JP2019509316A - ヒトライノウイルスの阻害剤としてのアルキニルヌクレオシド類似体 - Google Patents
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Abstract
Description
[式中、
R1は、H、Me、Et、iPrまたはシクロプロピルであり、
R2は、H、ホスフェート、ジホスフェート、トリホスフェート、−P(=X)(OR4)2、−P(=X)(OR4)(NR5R6)または−P(=X)(NR5R6)2であり、R3は、Hまたは−C(O)Rであるか、
または、R3およびR2は、一緒になって、−P(=X)(OR4)−もしくは−P(=X)(NR5R6)−を形成し、
Xは、それぞれの出現において、独立して、OまたはSであり、
R4は、H、リストAから選択される1または2個の基で場合により置換されているフェニル、ならびに、ハロ、−OR、−OC(O)R、−OC(O)−OR、−−NR2、−C(O)R、COORおよび−C(O)NR2から選択される1または2個の基で場合により置換されているC1〜C4アルキルから選択され、
各R5は、独立して、H、−C(O)R、COOR、または、OH、アミノもしくはCOORで場合により置換されているC1〜C4アルキルであり、
各R6は、H、リストAから選択される1または2個の基で場合により置換されているフェニル、およびリストBから選択される1または2個の基で場合により置換されているC1〜C4アルキルから独立して選択され、
各Rは、独立して、H、またはハロ、ヒドロキシ、CN、アミノ、C1〜C3アルコキシ、−C(O)R7、−OC(O)R7、−C(O)−OR7もしくは−OC(O)−OR7から選択される1〜3個の基で場合により置換されているC1〜C4アルキル基であり、
R7は、H;ハロ、ヒドロキシ、CN、アミノおよびC1〜C3アルコキシから選択される1〜3個の基で場合により置換されているC1〜C4アルキル、またはリストAから選択される1もしくは2個の基で場合により置換されているフェニルから選択され、
リストAは、ハロ、ヒドロキシ、−NO2、CN、−OR8、−OC(O)R8、−OC(O)−OR8、−N(R8)2、−C(O)R8、COOR8、−C(O)N(R8)2、ならびに、ハロ、ヒドロキシ、CN、アミノおよびC1〜C3アルコキシから選択される1〜3個の基で場合により置換されているC1〜C3アルキルであり、
リストBは、ハロ、ヒドロキシ、オキソ、CN、−OR8、−OC(O)R8、−OC(O)−OR8、−N(R8)2、−C(O)R8、COOR8および−C(O)N(R8)2であり、
R8は、それぞれの出現において、H、ならびに、ハロ、ヒドロキシ、CN、アミノおよびC1〜C3アルコキシから選択される1〜3個の基で場合により置換されているC1〜C4アルキルから独立して選択され、
同じ窒素原子に結合した2個のR8は、場合により環化して、3〜7員ヘテロ環を形成することができ、これは、環員として追加のN、OまたはSを場合により含有し、オキソ、ハロ、−OH、アミノ、C1〜C3アルキル、C1〜C3アルコキシおよびC1〜C3ハロアルキルから選択される1または2個の基によって置換され得る]
の化合物、または薬学的に許容されるその塩。
a)希釈剤、例えば、ラクトース、デキストロース、スクロース、マンニトール、ソルビトール、セルロースおよび/またはグリシン;
b)滑沢剤、例えば、シリカ、タルカム、ステアリン酸、そのマグネシウムもしくはカルシウム塩および/またはポリエチレングリコール;錠剤についてはさらに、
c)結合剤、例えば、ケイ酸アルミニウムマグネシウム、デンプン糊、ゼラチン、トラガカント、メチルセルロース、カルボキシメチルセルロースナトリウムおよび/またはポリビニルピロリドン;所望ならば、
d)崩壊剤、例えば、デンプン、寒天、アルギン酸もしくはそのナトリウム塩、または発泡性混合物;ならびに/または
e)吸収剤、着色剤、香味剤および甘味剤
から選択される1つまたは複数の賦形剤と一緒に含む、錠剤またはゼラチンカプセル剤である。
i.対象における細菌感染症を処置するための方法であって、対象に、本明細書において記述されている通りの式(I)の化合物および免疫調節薬を投与することを含む、方法。
ii.免疫調節薬が、共刺激分子の活性化剤または免疫チェックポイント分子の阻害剤である、実施形態iの方法。
iii.共刺激分子の活性化剤が、OX40、CD2、CD27、CDS、ICAM−1、LFA−1(CD11a/CD18)、ICOS(CD278)、4−1BB(CD137)、GITR、CD30、CD40、BAFFR、HVEM、CD7、LIGHT、NKG2C、SLAMF7、NKp80、CD160、B7−H3およびCD83リガンドの1つまたは複数のアゴニストである、実施形態iおよびiiのいずれかの方法。
iv.免疫チェックポイント分子の阻害剤が、PD−1、PD−L1、PD−L2、CTLA4、TIM3、LAG3、VISTA、BTLA、TIGIT、LAIR1、CD160、2B4およびTGFRベータから選択される、上記の実施形態i〜iiiのいずれかの方法。
v.免疫チェックポイント分子の阻害剤が、PD−1、PD−L1、LAG−3、TIM−3もしくはCTLA4の阻害剤、またはそれらの組合せから選択される、実施形態i〜iiiのいずれかの方法。
vi.免疫チェックポイント分子の阻害剤が、可溶性リガンド、または、免疫チェックポイント分子と結合する抗体もしくはその抗原結合フラグメントである、実施形態i〜vのいずれかの方法。
vii.抗体またはその抗原結合フラグメントが、IgG1またはIgG4(例えば、ヒトIgG1またはIgG4)由来である、実施形態i〜viのいずれかの方法。
viii.抗体またはその抗原結合フラグメントが、Fc受容体結合、抗体グリコシル化、システイン残基の数、エフェクター細胞機能または補体機能の1つもしくは複数を増大または減少させるために変化する、例えば突然変異する、実施形態i〜viiのいずれかの方法。
ix.抗体分子が、PD−1またはPD−L1に対する第1の結合特異性およびTIM−3、LAG−3またはPD−L2に対する第2の結合特異性を有する、二重特異性または多重特異性抗体分子である、実施形態i〜viiiのいずれかの方法。
x.免疫調節薬が、ニボルマブ、ペンブロリズマブまたはピディリズマブから選択される抗PD−1抗体である、実施形態i〜ixのいずれかの方法。
xi.免疫調節薬が、YW243.55.S70、MPDL3280A、MEDI−4736、MSB−0010718CまたはMDX−1105から選択される抗PD−L1抗体である、実施形態i〜xのいずれかの方法。
xii.免疫調節薬が、抗LAG−3抗体分子である、実施形態i〜xのいずれかの方法。
xiii.抗LAG−3抗体分子が、BMS−986016である、実施形態xiiの方法。
xiv.免疫調節薬が、約1〜30mg/kg、例えば、約5〜25mg/kg、約10〜20mg/kg、約1〜5mg/kg、または約3mg/kgの用量で、例えば、1週間に1回から2、3または4週間毎に1回、注射によって(例えば、皮下にまたは静脈内に)投与される抗PD−1抗体分子である、実施形態i〜xのいずれかの方法。
xv.抗PD−1抗体分子が、約10〜20mg/kgまでの用量で、隔週で投与される、実施形態xivの方法。
xvi.抗PD−1抗体分子、例えば、ニボルマブが、約1mg/kg〜3mg/kgまで、例えば、約1mg/kg、2mg/kgまたは3mg/kgの用量で、2週間毎に、静脈内に投与される、実施形態xvの方法。
xvii.抗PD−1抗体分子、例えば、ニボルマブが、約2mg/kgの用量で、3週間間隔で、静脈内に投与される、実施形態xvの方法。
0.5Mプロパ−1−イニルマグネシウムブロミド(144mL、0.072mol)を、THF(150mL)中の(4R,5R)−4−(2,4−ジクロロベンジルオキシ)−5−((2,4−ジクロロベンジルオキシ)メチル)−2−メトキシジヒドロフラン−3(2H)−オン(CAS636581−82−3、11.5g、0.023mol)の溶液に、−78℃で30分間かけて添加した。反応混合物をゆっくりと室温に到達させ、4時間撹拌した。反応の完了後、これを0℃に冷却し、飽和NH4Cl水溶液でクエンチした。反応混合物をEtOAcで抽出し、有機層を、水、続いて、ブライン溶液で洗浄した。有機層をNa2SO4で脱水し、濾過し、真空中で濃縮した。残留物をシリカゲルカラムクロマトグラフィーによって精製して、(3R,4R,5R)−4−(2,4−ジクロロベンジルオキシ)−5−((2,4−ジクロロベンジルオキシ)メチル)−2−メトキシ−3−(プロパ−1−イニル)テトラヒドロフラン−3−オール(6.12g、0.012mmol、収率48%)を得た。1H NMR (CDCl3, 400 MHz) δ 1.83 (s, 3H), 3.40 (s, 1H), 3.49 (s, 3H), 3.70 (dd, J = 4.8, 2.0 Hz, 2H), 3.86 (d, J = 4.4 Hz, 1H), 4.21 (q, J = 4.8 Hz, 1H), 4.61 (ABq, J = 13.2 Hz, 2H), 4.70 (d, J = 13.2 Hz, 1H), 4.88 (s, 1H), 4.89 (d, J = 12.0 Hz, 1H), 7.18-7.24 (m, 2H), 7.35 (dd, J = 6.8, 2.0 Hz, 2H), 7.40 (dd, J = 8.0, 2.8 Hz, 2H).
水(11.6mL)中のトリフルオロ酢酸(164.25mL)を、(3R,4R,5R)−4−(2,4−ジクロロベンジルオキシ)−5−((2,4−ジクロロベンジルオキシ)メチル)−2−メトキシ−3−(プロパ−1−イニル)テトラヒドロフラン−3−オール(50.0g、0.096mol)に0℃で添加した。反応混合物を55℃に4時間加熱した。混合物を減圧下で濃縮し、続いて、トルエンと2回共蒸留した。得られた粗製物をシリカゲルカラムクロマトグラフィーによって精製して、(3R,4R,5R)−4−(2,4−ジクロロベンジルオキシ)−5−((2,4−ジクロロベンジルオキシ)メチル)−3−(プロパ−1−イニル)テトラヒドロフラン−2,3−ジオール(40.10g、0.079mol、収率82%)を得た。1H NMR (CDCl3, 400 MHz) δ 1.86, 1.92 (s x 2, 3H), 3.44, 3.90 (brs x 2, 1H), 3.58-3.65 (m, 1H), 3.69-3.74 (m, 1H), 4.10-4.15 (m, 2H), 4.59 (ABq, J = 13.2 Hz, 2H), 4.75 (d, J = 12.4 Hz, 1H), 4.95 (d, J = 12.8 Hz, 1H), 5.10, 5.31 (s x 2, 1H), 7.22-7.25 (m, 2H), 7.33-7.40 (m, 4H).
CH2Cl2(50mL)中の(3R,4R,5R)−4−(2,4−ジクロロベンジルオキシ)−5−((2,4−ジクロロベンジルオキシ)メチル)−3−(プロパ−1−イニル)テトラヒドロフラン−2,3−ジオール(1.0g、1.9mmol)の溶液に、Et3N(0.9mL、0.0059mol)、続いて、DMAP(触媒)を室温で添加した。反応混合物を0℃に冷却し、次いで、p−TsCl(0.615g、2.9mol)を1ロットで添加した。生じた反応混合物を、室温で3時間撹拌した。反応の完了後、反応混合物をCH2Cl2で希釈し、有機層を水およびブラインで洗浄した。有機層をNa2SO4で脱水し、濾過し、真空中で濃縮して、(1R,3R,4R,5R)−4−(2,4−ジクロロベンジルオキシ)−3−((2,4−ジクロロベンジルオキシ)メチル)−5−(プロパ−1−イニル)−2,6−ジオキサビシクロ[3.1.0]ヘキサン(1.2g)を得た。この粗化合物を、次のステップに直接使用した。
CH3CN(10mL)中の4−クロロ−7H−ピロロ[2,3−d]ピリミジン(0.374g、2.4mol)の溶液に、NaH(60%懸濁液、0.176g、4.0mol)を0℃で添加し、混合物を室温で1時間撹拌した。CH3CN(10mL)中の(1R,3R,4R,5R)−4−(2,4−ジクロロベンジルオキシ)−3−((2,4−ジクロロベンジルオキシ)メチル)−5−(プロパ−1−イニル)−2,6−ジオキサビシクロ[3.1.0]ヘキサン(1.20g、2.4mol)を、反応混合物に添加した。得られた反応混合物を50℃に16時間加熱した。反応の完了後、混合物を減圧下で濃縮し、氷冷水に注ぎ入れた。混合物をEtOAcで抽出し、有機層を水およびブラインで洗浄した。有機層をNa2SO4で脱水し、濾過し、真空中で濃縮した。残留物をシリカゲルカラムクロマトグラフィーによって精製して、(2S,3R,4R,5R)−2−(4−クロロ−7H−ピロロ[2,3−d]ピリミジン−7−イル)−4−(2,4−ジクロロベンジルオキシ)−5−((2,4−ジクロロベンジルオキシ)メチル)−3−(プロパ−1−イニル)テトラヒドロフラン−3−オール(2ステップにわたって0.72g、1.12mmol、収率57%)を得た。1H NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ 1.35 (s, 3H), 3.78 (dd, J = 11.2, 3.6 Hz, 1H), 3.92 (dd, J = 11.2, 2.4 Hz, 1H), 4.20 (dt, J = 8.4, 3.6 Hz, 1H), 4.37 (d, J = 8.4 Hz, 1H), 4.60 (ABq, J = 12.8 Hz, 2H), 4.75 (d, J = 13.2 Hz, 1H), 4.94 (d, J = 12.8 Hz, 1H), 6.36 (s, 1H), 6.56 (s, 1H), 6.65 (d, J = 4.0 Hz, 1H), 7.42-7.48 (m, 3H), 7.54 (d, J = 8.0 Hz, 1H), 7.63 (dd, J = 12.8, 1.6 Hz, 2H), 7.87 (d, J = 3.2 Hz, 1H), 8.68 (s, 1H);LC−MS:m/z640.05(M+H)+。
鋼製ボンベ内、液体NH3(200mL)中の(2S,3R,4R,5R)−2−(4−クロロ−7H−ピロロ[2,3−d]ピリミジン−7−イル)−4−(2,4−ジクロロベンジルオキシ)−5−((2,4−ジクロロベンジルオキシ)メチル)−3−(プロパ−1−イニル)テトラヒドロフラン−3−オール(18.0g、0.028mol)の撹拌溶液に、生じた反応混合物を60℃で48時間撹拌した。反応の完了後、液体NH3を減圧下で除去した。得られた粗製物を中性アルミナ上でのカラムクロマトグラフィーによって精製し、CH2Cl2中MeOHの5%勾配で溶離して、(2S,3R,4R,5R)−2−(4−アミノ−7H−ピロロ[2,3−d]ピリミジン−7−イル)−4−(2,4−ジクロロベンジルオキシ)−5−((2,4−ジクロロベンジルオキシ)メチル)−3−(プロパ−1−イニル)テトラヒドロフラン−3−オール(12.1g、0.019mol、収率69%)を得た。1H NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ 1.40 (s, 3H), 3.75 (dd, J = 11.2, 4.0 Hz, 1H), 3.87 (dd, J = 13.2, 2.4 Hz, 1H), 4.11-4.13 (m, 1H), 4.35 (d, J = 8.4 Hz, 1H), 4.57 (ABq, J = 12.8 Hz, 2H), 4.77 (d, J = 13.2 Hz, 1H), 4.96 (d, J = 13.2 Hz, 1H), 6.25 (s, 1H), 6.36 (s, 1H), 6.50 (d, J = 4.0 Hz, 1H), 6.96 (s, 2H), 7.27 (d, J = 3.6 Hz, 1H), 7.39-7.47 (m, 3H), 7.56 (d, J = 8.4 Hz, 1H), 7.61 (dd, J = 5.6, 2.0 Hz, 2H), 8.06 (s, 1H);LC−MS:m/z621.13(M+H)+。
−78℃のCH2Cl2(1200mL)中の(2S,3R,4R,5R)−2−(4−アミノ−7H−ピロロ[2,3−d]ピリミジン−7−イル)−4−(2,4−ジクロロベンジルオキシ)−5−((2,4−ジクロロベンジルオキシ)メチル)−3−(プロパ−1−イニル)テトラヒドロフラン−3−オール(12.0g、19mmol)の撹拌溶液に、CH2Cl2中1.0MBCl3溶液(193mL、19mmol)を添加した。反応混合物を、−78℃で2時間、続いて、−20℃で6時間撹拌した。反応の完了後、反応物をCH2Cl2(300mL)中のMeOH(200mL)により−30℃でクエンチし、混合物を30分間撹拌した。反応混合物をメタノール性NH3により−20℃で中和し、得られた沈殿物を濾過し、濾液を真空中で濃縮した。残留物をシリカゲルカラムクロマトグラフィーによって精製して、(3R,4R,5R)−2−(4−アミノ−7H−ピロロ[2,3−d]ピリミジン−7−イル)−5−(ヒドロキシメチル)−3−(プロパ−1−イニル)テトラヒドロフラン−3,4−ジオール(4.0g、13.1mmol、収率60%)を得た。1H NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ 1.40 (s, 3H), 3.60-3.62 (m, 1H), 3.75-3.82 (m, 2H), 4.23 (t, J = 7.6 Hz, 1H), 5.07 (br, 1H), 5.44 (d, J = 7.2 Hz, 1H), 5.90 (s, 1H), 6.19 (s, 1H), 6.55 (d, J = 3.6 Hz, 1H), 6.95 (s, 2H), 7.39 (d, J = 4.0 Hz, 1H), 8.05 (s, 1H);LC−MS:m/z305.28(M+H)+。
アセトン中の(3R,4R,5R)−2−(4−アミノ−7H−ピロロ[2,3−d]ピリミジン−7−イル)−5−(ヒドロキシメチル)−3−(プロパ−1−イニル)テトラヒドロフラン−3,4−ジオール(0.95g、3.1mmol)の撹拌溶液に、p−TsOH.H2O(0.71g、3.7mmol)、続いて、2,2−ジメトキシプロパン(7.6mL、62.5mmol)を室温で添加した。得られた混合物を室温で16時間撹拌した。反応混合物をEtOAcで希釈し、有機層を、飽和NaHCO3水溶液、水およびブラインで洗浄した。有機層をNa2SO4で脱水し、濾過し、真空中で濃縮した。残留物をシリカゲルカラムクロマトグラフィーによって精製して、((3aR,4R,6aR)−6−(4−アミノ−7H−ピロロ[2,3−d]ピリミジン−7−イル)−2,2−ジメチル−6a−(プロパ−1−イニル)テトラヒドロフロ[3,4−d][1,3]ジオキソール−4−イル)メタノール(0.79g、3.0mmol、収率73%)を得た。1H NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ 1.45 (s, 3H), 1.56 (s, 3H), 1.58 (s, 3H), 3.64-3.69 (m, 2H), 4.05 (dd, J = 8.8, 4.4 Hz, 1H), 4.84 (d, J = 4.4 Hz, 1H), 5.21 (t, J = 6.0 Hz, 1H), 6.40 (s, 1H), 6.59 (d, J = 3.2 Hz, 1H), 7.01 (s, 2H), 7.33 (d, J = 3.2 Hz, 1H), 8.06 (s, 1H);LC−MS:m/z345.29(M+H)+。
ピリジン(2.0mL)中の((3aR,4R,6aR)−6−(4−アミノ−7H−ピロロ[2,3−d]ピリミジン−7−イル)−2,2−ジメチル−6a−(プロパ−1−イニル)テトラヒドロフロ[3,4−d][1,3]ジオキソール−4−イル)メタノール(0.20g、0.58mmol)の撹拌溶液に、TMSCl(0.23mL、1.8mmol)を室温で添加し、混合物を室温で3時間撹拌した。反応混合物を10℃に冷却した後、塩化ベンゾイル(0.08mL、0.69mmol)を添加し、混合物を室温で16時間撹拌した。反応混合物をEtOAcで希釈し、有機層を、飽和KHSO4水溶液、水およびブラインで洗浄した。有機層をNa2SO4で脱水し、濾過し、真空中で濃縮した。この粗材料をアンモニア水溶液で処理し、混合物を室温で4時間撹拌した。反応混合物をEtOAcで希釈し、有機層を水およびブラインで洗浄した。有機層をNa2SO4で脱水し、濾過し、真空中で濃縮した。残留物をシリカゲルカラムクロマトグラフィーによって精製して、N−(7−((3aR,6R,6aR)−6−(ヒドロキシメチル)−2,2−ジメチル−3a−(プロパ−1−イニル)テトラヒドロフロ[3,4−d][1,3]ジオキソール−4−イル)−7H−ピロロ[2,3−d]ピリミジン−4−イル)ベンズアミド(0.11g、0.25mmol、収率42%)を得た。1H NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ 1.46 (s, 3H), 1.57 (s, 3H), 1.59 (s, 3H), 3.68-3.73 (m, 2H), 4.13 (dd, J = 9.6, 5.2 Hz, 1H), 4.89 (d, J = 4.0 Hz, 1H), 5.21 (t, J = 6.0 Hz, 1H), 6.59 (s, 1H), 6.70 (d, J = 3.6 Hz, 1H), 7.55 (t, J = 7.6 Hz, 2H), 7.65 (t, J = 7.2 Hz, 1H), 7.69 (d, J = 4.0 Hz, 1H), 8.08 (d, J = 7.6 Hz, 2H), 8.63 (s, 1H), 11.13 (s, 1H);LC−MS:m/z449.52(M+H)+。
THF(25mL)中のN−(7−((3aR,6R,6aR)−6−(ヒドロキシメチル)−2,2−ジメチル−3a−(プロパ−1−イニル)テトラヒドロフロ[3,4−d][1,3]ジオキソール−4−イル)−7H−ピロロ[2,3−d]ピリミジン−4−イル)ベンズアミド(1.60g、3.5mmol)の撹拌溶液に、1−ニトロ−2−セレノシアナトベンゼン(1.62g、7.1mol)、続いて、n−Bu3P(2.80mL、14mol)を室温で添加し、混合物を室温で6時間撹拌した。反応の完了後、反応混合物をEtOAcで希釈し、有機層を、飽和NaHCO3水溶液、水およびブラインで洗浄した。有機層をNa2SO4で脱水し、濾過し、真空中で濃縮した。得られた生成物をトリフルオロ酢酸(18mL)および水(2mL)に溶解し、混合物を室温で4時間撹拌した。反応の完了後、溶媒を減圧下で蒸発させ、残留物をシリカゲルカラムクロマトグラフィーによって精製して、N−(7−((3R,4R,5S)−3,4−ジヒドロキシ−5−((2−ニトロフェニルセラニル)メチル)−3−(プロパ−1−イニル)テトラヒドロフラン−2−イル)−7H−ピロロ[2,3−d]ピリミジン−4−イル)ベンズアミド(2.0g、3.38mmol、収率95%)を得た。1H NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ 1.45 (s, 3H), 3.44-3.55 (m, 2H), 4.13-4.17 (m, 1H), 4.26-4.29 (m, 1H), 5.81 (d, J = 6.8 Hz, 1H), 6.10 (s, 1H), 6.37 (s, 1H), 6.70 (d, J = 3.6 Hz, 1H), 7.42 (t, J = 7.2 Hz, 1H), 7.53-7.59 (m, 2H), 7.60-7.66 (m, 3H), 7.81 (d, J = 8.4 Hz, 1H), 8.08 (d, J = 7.6 Hz, 2H), 8.24 (d, J = 8.0 Hz, 1H), 8.61 (s, 1H), 11.3 (s, 1H);LC−MS:m/z594.45(M+H)+。
THF(15mL)中のN−(7−((3R,4R,5S)−3,4−ジヒドロキシ−5−(((2−ニトロフェニル)セラニル)メチル)−3−(プロパ−1−イン−1−イル)テトラヒドロフラン−2−イル)−7H−ピロロ[2,3−d]ピリミジン−4−イル)ベンズアミド(1.31g、2.21mmol)の溶液に、30%H2O2水溶液(1.4mL、13.9mmol)を添加した。反応混合物を室温で1.5時間撹拌した。反応混合物に、Et3N(1.9mL、13.9mmol)およびピリジン(5mL)を添加した。反応混合物を50℃で35時間撹拌した。溶媒のバルクを濃縮した後、残留物をEtOAcで希釈した。混合物を水およびブラインで洗浄し、Na2SO4で脱水し、濾過し、真空中で濃縮した。残留物をシリカゲルカラムクロマトグラフィーによって精製して、N−(7−((3R,4S)−3,4−ジヒドロキシ−5−メチレン−3−(プロパ−1−イン−1−イル)テトラヒドロフラン−2−イル)−7H−ピロロ[2,3−d]ピリミジン−4−イル)ベンズアミド(340mg、0.871mmol、収率39%)を得た。1H NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ 1.75 (s, 3H), 4.25 (s, 1H), 4.42 (s, 1H), 4.92 (d, J = 7.6 Hz, 1H), 5.91 (d, J = 7.2 Hz, 1H), 6.31 (s, 1H), 6.59 (s, 1H), 6.74 (d, J = 4.0 Hz, 1H), 7.54-7.57 (m, 3H), 7.65 (t, J = 7.2 Hz, 1H), 8.08 (d, J = 7.2 Hz, 2H), 8.65 (s, 1H), 11.16 (s, 1H);LC−MS:m/z391.1(M+H)+。
0℃のCH3CN(4mL)中のN−(7−((3R,4S)−3,4−ジヒドロキシ−5−メチレン−3−(プロパ−1−イン−1−イル)テトラヒドロフラン−2−イル)−7H−ピロロ[2,3−d]ピリミジン−4−イル)ベンズアミド(359mg、0.92mmol)の懸濁液に、トリエチルアミントリヒドロフルオリド(0.15mL、0.92mmol)、続いて、CH3CN(4mL)中のN−ヨードスクシンイミド(259mg、1.15mmol)の溶液をゆっくりと添加した。反応混合物を、0℃で45分間、および室温で40分間撹拌した。追加のトリエチルアミントリヒドロフルオリド(0.05mL、0.31mmol)およびCH3CN(1mL)中のN−ヨードスクシンイミド(100mg、0.39mmol)の溶液を0℃で添加し、混合物を、0℃で20分間、および室温で30分間撹拌した。反応混合物をNaHCO3水溶液およびNa2S2O3の溶液に注ぎ入れた。得られた沈殿物を濾過によって収集し、EtOAcおよび水で洗浄し、乾燥させて、所望生成物を得た。濾液をEtOAcで抽出した。有機抽出物を水およびブラインで洗浄し、Na2SO4で脱水し、濾過し、真空中で濃縮した。残留物をEtOAc−シクロヘキサンで粉砕し、固体を濾過によって収集して、追加の生成物を得た。濾液を濃縮し、残留物をシリカゲルカラムクロマトグラフィーによって精製して、追加の生成物とした。得られた生成物を合わせて、N−(7−((3R,4S,5R)−5−フルオロ−3,4−ジヒドロキシ−5−(ヨードメチル)−3−(プロパ−1−イン−1−イル)テトラヒドロフラン−2−イル)−7H−ピロロ[2,3−d]ピリミジン−4−イル)ベンズアミド(434mg、0.809mmol、収率88%)を得た。1H NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ 1.43 (s, 3H), 3.63 (dd, J = 11.6, 4.0 Hz, 1H), 3.79 (dd, J = 26.8, 11.6 Hz, 1H), 4.72 (dd, J = 18.4, 9.2 Hz, 1H), 6.01 (d, J = 8.8 Hz, 1H), 6.25 (s, 1H), 6.61 (s, 1H), 6.73 (d, J = 4.0 Hz, 1H), 7.55 (t, J = 7.2 Hz, 1H), 7.62-7.67 (m, 2H), 8.07 (d, J = 7.2 Hz, 2H), 8.65 (s, 1H), 11.16 (s, 1H);LC−MS:m/z537.1(M+H)+。
0℃のピリジン(4mL)中のN−(7−((3R,4S,5R)−5−フルオロ−3,4−ジヒドロキシ−5−(ヨードメチル)−3−(プロパ−1−イン−1−イル)テトラヒドロフラン−2−イル)−7H−ピロロ[2,3−d]ピリミジン−4−イル)ベンズアミド(434mg、0.809mmol)の溶液に、塩化ベンゾイル(0.94mL、8.09mmol)を添加した。反応混合物を、0℃で5分間および室温で10時間撹拌した。EtOAcで希釈後、混合物を、KHSO4水溶液(×2)、飽和NaHCO3水溶液(×2)、水およびブラインで洗浄し、Na2SO4で脱水し、濾過し、真空中で濃縮した。残留物をシリカゲルカラムクロマトグラフィーによって精製して、(2R,3S,4R)−5−(4−(N−ベンゾイルベンズアミド)−7H−ピロロ[2,3−d]ピリミジン−7−イル)−2−フルオロ−2−(ヨードメチル)−4−(プロパ−1−イン−1−イル)テトラヒドロフラン−3,4−ジイルジベンゾエート(725mg、0.854mmol、収率100%)を得た。1H NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ 1.38 (s, 3H), 3.89-3.94 (m, 2H), 6.62 (d, J = 4.0 Hz, 1H), 6.77 (d, J = 16.0 Hz, 1H), 7.22 (s, 1H), 7.46-7.64 (m, 9H), 7.70-7.75 (m, 2H), 7.82-7.86 (m, 4H), 7.92-7.95 (m, 2H), 8.00-8.04 (t, J = 7.6 Hz, 4H), 8.69 (s, 1H);LC−MS:m/z849.5(M+H)+。
DMSO(8mL)中の(2R,3S,4R,5R)−5−(4−(N−ベンゾイルベンズアミド)−7H−ピロロ[2,3−d]ピリミジン−7−イル)−2−フルオロ−2−(ヨードメチル)−4−(プロパ−1−イン−1−イル)テトラヒドロフラン−3,4−ジイルジベンゾエート(725mg、0.854mmol)の溶液に、安息香酸ナトリウム(1.23g、8.54mmol)および15−クラウン−5(1.7mL、8.54mmol)を添加した。反応混合物を100℃で22時間撹拌した。追加の安息香酸ナトリウム(0.6g、4.16mmol)および15−クラウン−5(0.7mL、3.53mmol)を添加した。100℃で22時間撹拌した後、追加の安息香酸ナトリウム(0.6g、4.16mmol)および15−クラウン−5(0.7mL、3.53mmol)を添加した。100℃で7時間撹拌した後、混合物をEtOAcで希釈し、セライトのパッドに通して濾過した。濾液を飽和NaHCO3水溶液(×2)および水で洗浄し、Na2SO4で脱水し、濾過し、真空中で濃縮した。残留物をシリカゲルカラムクロマトグラフィーによって精製して、(2S,3S,4R)−5−(4−ベンズアミド−7H−ピロロ[2,3−d]ピリミジン−7−イル)−2−((ベンゾイルオキシ)メチル)−2−フルオロ−4−(プロパ−1−イン−1−イル)テトラヒドロフラン−3,4−ジイルジベンゾエート(541mg、0.498mmol、収率58%)を得た。1H NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ 1.46 (s, 3H), 4.90 (t, J = 11.6 Hz, 1H), 5.02 (dd, J = 18.0, 12.0 Hz, 1H), 5.75 (s, 1H), 6.79 (d, J = 3.2 Hz, 1H), 6.97 (d, J = 15.2 Hz, 1H), 7.32-7.37 (m, 3H), 7.52-7.78 (m, 10H), 7.89 (d, J = 7.6 Hz, 2H), 8.00 (d, J = 8.0 Hz, 2H), 8.05 (d, J = 7.2 Hz, 2H), 8.10 (d, J = 7.2 Hz, 2H), 8.68 (s, 1H), 11.25 (s, 1H);LC−MS:m/z739.4(M+H)+。
(2S,3S,4R,5R)−5−(4−ベンズアミド−7H−ピロロ[2,3−d]ピリミジン−7−イル)−2−((ベンゾイルオキシ)メチル)−2−フルオロ−4−(プロパ−1−イン−1−イル)テトラヒドロフラン−3,4−ジイルジベンゾエート(541mg、0.732mmol)を、エタノール中33%メチルアミン溶液に溶解した。得られた混合物を室温で16時間撹拌した後、溶媒のバルクを真空中で濃縮した。残留物をシリカゲルカラムクロマトグラフィーによって精製して、(2S,3S,4R)−5−(4−アミノ−7H−ピロロ[2,3−d]ピリミジン−7−イル)−2−フルオロ−2−(ヒドロキシメチル)−4−(プロパ−1−イン−1−イル)テトラヒドロフラン−3,4−ジオール(183mg、0.568mmol、収率78%)を得た。1H NMR (DMSO-d6, 400 MHz) δ 1.39 (s, 3H), 3.56-3.62 (m, 2H), 4.51 (dd, J = 19.3, 6.8 Hz, 1H), 5.62 (t, J = 5.6 Hz, 1H), 5.69 (d, J = 7.9 Hz, 1H), 6.10 (s, 1H), 6.52 (s, 1H), 6.60 (d, J = 3.6 Hz, 1H), 7.02 (s, 2H), 7.26 (d, J = 3.8 Hz, 1H), 8.09 (s, 1H); 19F NMR (DMSO-d6, 376 MHz) δ-119.96;LC−MS:m/z323.3(M+H)+。
((2S,3S,4R,5R)−5−(4−アミノ−7H−ピロロ[2,3−d]ピリミジン−7−イル)−2−フルオロ−3,4−ジヒドロキシ−4−(プロパ−1−イン−1−イル)テトラヒドロフラン−2−イル)メチルビス(((1−イソプロポキシカルボニル)オキシ)メチル)ホスフェート(実施例2)の合成。
シンチレーションバイアル内、出発ホスホン酸(200mg、0.61mmol、((ヒドロキシホスホリル)ビス(オキシ))ビス(メチレン)ジイソプロピルジカーボネート)および実施例1のヌクレオシド(64mg、0.20mmol、(2S,3S,4R,5R)−5−(4−アミノ−7H−ピロロ[2,3−d]ピリミジン−7−イル)−2−フルオロ−2−(ヒドロキシメチル)−4−(プロパ−1−イン−1−イル)テトラヒドロフラン−3,4−ジオール)を、ピリジン(2mL)に懸濁した。1−メチルイミダゾール(247mg、3.0mmol)を添加し、混合物を30秒間超音波処理した。次いで、混合物を回転蒸発によって20分間蒸発させて、残留物とした。次いで、残留物をCH3CN(2mL)に再懸濁し、30秒間超音波処理した。反応物に撹拌子を装着し、撹拌を開始した。次いで、BOP−Cl(280mg、1.1mmol、ビス(2−オキソオキサゾリジン−3−イル)ホスフィン酸クロリド)を固体として添加し、反応物を室温で3時間撹拌した。反応をLC/MSによってモニターした。反応が完了したとみなされたら、水(1mL)を添加して、クエンチした。反応物を10分間撹拌し、次いで、凍結し、凍結乾燥乾固した。残留物を分取HPLCによって精製して、所望生成物(60mg、0.076mmol、収率38%)を得た。1H NMR (CD3OD, 400 MHz) δ 1.28 (d, J = 12 Hz, 12H), 1.47 (s, 3H), 4.34-4.42 (m, 2H), 4.66 (d, J = 16 Hz, 1H), 4.86-4.93 (m, 2H), 5.62-5.69 (m, 4H), 6.63 (s, 1H), 6.95 (d, J = 4 Hz, 1H), 7.47 (d, J = 4 Hz, 1H), 8.31 (s, 1H); 31P NMR (CD3OD, 162 MHz) δ -5.22;LC−MS:m/z635.2(M+H)+。
室温のP(=O)(OMe)3(0.3mL)中の実施例1の化合物(9mg、0.028mmol)に、POCl3(0.031mL、0.335mmol)を添加し、混合物を2分間撹拌した。Proton Sponge(R)(1,8−ビス(ジメチルアミノ)ナフタレン:20.95mg、0.098mmol)を添加し、反応物を、室温で30分間(第1のバッチ)または2時間(第2のバッチ)にわたって撹拌し、次いで、1mLのDMFおよびBu3N(0.106mL、0.447mmol)中のピロホスフェート(250mg、0.456mmol)の混合物を添加することによってクエンチした。反応物を15分間撹拌した。トリホスフェート変換の完了後、粗反応混合物を0.2N重炭酸トリエチルアンモニウム(TEAB)緩衝液(20mL)に添加し、10分間撹拌し、次いで、凍結乾燥して半固体とし、以下で記述する通りに精製した。反応を同じ規模で繰り返し、精製のために2つのバッチを合わせた。
1H NMR (400 MHz, 重水) 1H NMR (400 MHz, 重水) δ 8.14 (s, 1H), 7.42 (d, J = 3.8 Hz, 1H), 6.68 (d, J = 3.8 Hz, 1H), 6.60 (s, 1H), 4.75 (d, J = 1.4 Hz, 1H), 4.30 (ddd, J = 11.4, 6.2, 2.7 Hz, 1H), 4.24 - 4.14 (m, 1H), 3.13 (q, J = 7.3 Hz, 18H), 1.29 (s, 3H), 1.21 (t, J = 7.3 Hz,29H). 31P: -9.42,-9.55, -12.07, -12.19, -22.78, -22.90, -23.02
1H NMRに基づき、塩中のヌクレオシドトリホスフェート対Et3Nの比は、1/3.0である。式量は、865.801である。
本発明による化合物の活性は、当該技術分野において公知の方法によって評価することができ、下記の方法を使用して、下記の表中のデータを生成した。
ヒトDNAポリメラーゼガンマ単一ヌクレオチド組み込みアッセイは、Clark et al. (Discovery of beta-D-20-deoxy-20-a-fluoro-40-a-cyano-5-aza-7,9-dideaza adenosine as a potent nucleoside inhibitor of respiratory syncytial virus with excellent selectivity over mitochondrial RNA and DNA polymerases. BMCL, 25: 2484-2487.)から適応させた。簡潔に述べると、200nMの組換えヒトDNAポリメラーゼガンマ(大サブユニット;POLG)および400nMの組換えヒトDNAポリメラーゼアクセサリーサブユニット(POLG2)を、氷上で2分間プレインキュベートした。RNAとの伸長複合体は、アッセイ緩衝液(50mMのトリス/HCl、pH8、10mMのMgCl2、50mMのNaCl、1mMのDTT)中、室温(RT)で1.5分間、150nMのアニールしたDNAプライマー/鋳型二本鎖DNAの添加、続いて、100μMのヌクレオシドトリホスフェート基質または阻害剤との急速混合によって形成した。組換えPOLG(aa30−1239)およびPOLG2(aa26−485)タンパク質を大腸菌(E. coli)から精製し、5mMのトリスpH7.5、250mMのNaCl、10%グリセロール、0.005%NP40およびPOLG2(aa26−485)、ならびに50mMのトリスpH7.5、150mMのNaCl、1mMのTCEP、0.005%NP40、10%グリセロール中にそれぞれ保管した。任意の反応物に添加されるPOLRMTの体積は、常に全体積の10分の1以下であった。プライマー鋳型は、適切な34−mer DNA鋳型にアニールされて、A、C、GまたはUデオキシ−またはリボヌクレオチドの単一添加を可能にする、5’−FAM標識18−mer DNAオリゴヌクレオチドプライマー(5’−TTTTGTCTTTGTACTAGGAGGC−3’)からなった(Clark et al. 2012)。反応を室温で1分間続行させ、EDTA(50mM)の添加によってクエンチした。変性PAGEによって、生成物を基質から分割した。等体積のローディング緩衝液(95%ホルムアミド、18mMのEDTAおよび0.025%SDS、キシレンシアノール、ならびにブロモフェノールブルー;Ambion、USA)を、クエンチした反応混合物に添加し、65℃に5分間加熱した後、1×TBE(89mMのトリス塩基、89mMのホウ酸、2mMのEDTA)および7Mの尿素を含有する20%変性ポリアクリルアミドゲルにロードした。電気泳動を、1×TBE緩衝液中、600Vで実施した。ゲルを、蛍光検出モード下、タイフーンイメージャーで可視化し、Image Quant(商標)TLソフトウェア(GE Healthcare、Piscataway、NJ)で定量化した。DNAオリゴヌクレオチドは、Sigma Aldrich、USAから取り寄せた。
1)デノボ蛍光ベースのアルカリホスファターゼ結合ポリメラーゼアッセイ(デノボFAPA):簡潔に述べると、アッセイは、20μLの最終体積で、次の通りに順次行った:90%DMSOおよび10%水に溶解した0.25uLの化合物を、384ウェルハイベース中吸着黒色プレート中に押し付け、対照ウェルにはDMSO/水混合物のみを受けさせた。酵素アッセイ緩衝液中の5μLの200nM DENV4 RdRpタンパク質ストック溶液を、アッセイプレートに分注し、湿度制御インキュベーター内、25℃で15分間プレインキュベートした。酵素反応を開始するために、5μLの200nM DENV4 IVT RNA基質ならびに40μMのGTP、ATP、UTPおよび10μMのAtto−CTP基質をすべてのウェルに添加し、この時点で、プレートを、湿度制御インキュベーター内、25℃で2時間インキュベートした。RNAおよびNTP基質混合物を、酵素アッセイ緩衝液中で同様に調製した。最終的な反応条件は、100nMの酵素、100nMのRNA、20μMのNTPおよび5μMのATTO−CTPを含有していた。中立対照(高活性対照)は、100nMの酵素、100nMのRNA、20μMのNTPおよび5μMのATTO−CTPからなった。活性対照(低活性ベースライン対照)は、1×アッセイ緩衝液、100nMのRNA、20μMのNTPおよび5μMのATTO−CTPからなった。反応を終了させるために、20nMのCIP(仔牛小腸ホスファターゼ)を含有する10μLの停止溶液をすべてのウェルに分注し、プレートを25℃で1時間インキュベートした。CIPを希釈するための停止溶液を、AttoPhos(R)緩衝液(2.4MのDEA pH10、0.057mMのMgCl2および0.85mMのNaN3)中、追加の20mMのMgCl2および160mMのNaClとともに調製し、4℃で保管した。Tecan Infinite(R)M6リーダーを、420nmの励起波長および560nmの発光波長、ならびに255フラッシュのゲイン:50を使用する、蛍光シグナル読み出しに使用した。
白色TCグレードグライナー384ウェルアッセイプレートに、90%DMSO/10%水中の0.5μLの化合物を押し付けた。HepG2細胞をトリプシン処理し、50mLのファルコンチューブ中に収集した。K562懸濁細胞を50mLのファルコンチューブ中に収集した。細胞を含有する両方のチューブを、卓上型遠心分離機内、1200rpmで5分間スピンさせた。上清を廃棄し、細胞ペレットを新鮮な培養培地(HepG2:DMEM:F12混合+10%FBS+1%ペニシリン/ストレプトマイシンおよびK562:IMDM+10%FBS+1%ペニシリン−ストレプトマイシン)に再懸濁した。血球計算盤を使用して細胞をカウントし、細胞を希釈して、HepG2については50,000細胞/mL、K562については20,000細胞/mLの作業懸濁液とした。50μLの細胞懸濁液を、384アッセイプレートの各ウェルに添加した。アッセイプレートを、37℃、5%CO2、90%湿度インキュベーターで72時間インキュベートした。次いで、アッセイプレートを25μLのPromegaのCell−Titer Glo(R)試薬で処理し、室温で10分間インキュベートした。プレートを、PolarStar−Omegaで、ルミネッセンス設定および3300のゲインを使用して読み出した。
Claims (18)
- 式(I):
[式中、
R1は、H、Me、Et、iPrまたはシクロプロピルであり、
R2は、H、ホスフェート、ジホスフェート、トリホスフェート、−P(=X)(OR4)2、−P(=X)(OR4)(NR5R6)または−P(=X)(NR5R6)2であり、R3は、Hまたは−C(O)Rであるか、
または、R3およびR2は、一緒になって、−P(=X)(OR4)−もしくは−P(=X)(NR5R6)−を形成し、
Xは、それぞれの出現において、独立して、OまたはSであり、
R4は、H、リストAから選択される1または2個の基で場合により置換されているフェニル、ならびに、ハロ、−OR、−OC(O)R、−OC(O)−OR、−NR2、−C(O)R、COORおよび−C(O)NR2から選択される1または2個の基で場合により置換されているC1〜C4アルキルから選択され、
各R5は、独立して、H、−C(O)R、COOR、または、OH、アミノもしくはCOORで場合により置換されているC1〜C4アルキルであり、
各R6は、H、リストAから選択される1または2個の基で場合により置換されているフェニル、およびリストBから選択される1または2個の基で場合により置換されているC1〜C4アルキルから独立して選択され、
各Rは、独立して、H、または、ハロ、ヒドロキシ、CN、アミノ、C1〜C3アルコキシ、−C(O)R7、−OC(O)R7、−C(O)−OR7もしくは−OC(O)−OR7から選択される1〜3個の基で場合により置換されているC1〜C4アルキル基であり、
R7は、H、またはハロ、ヒドロキシ、CN、アミノおよびC1〜C3アルコキシから選択される1〜3個の基で場合により置換されているC1〜C4アルキル、またはリストAから選択される1もしくは2個の基で場合により置換されているフェニルから選択され、
リストAは、ハロ、ヒドロキシ、−NO2、CN、−OR8、−OC(O)R8、−OC(O)−OR8、−N(R8)2、−C(O)R8、COOR8、−C(O)N(R8)2、ならびに、ハロ、ヒドロキシ、CN、アミノおよびC1〜C3アルコキシから選択される1〜3個の基で場合により置換されているC1〜C3アルキルであり、
リストBは、ハロ、ヒドロキシ、オキソ、CN、−OR8、−OC(O)R8、−OC(O)−OR8、−N(R8)2、−C(O)R8、COOR8および−C(O)N(R8)2であり、
R8は、それぞれの出現において、H、ならびに、ハロ、ヒドロキシ、CN、アミノおよびC1〜C3アルコキシから選択される1〜3個の基で場合により置換されているC1〜C4アルキルから独立して選択され、
同じ窒素原子に結合した2個のR8は、場合により環化して、3〜7員ヘテロ環を形成することができ、これは、環員として追加のN、OまたはSを場合により含有し、オキソ、ハロ、−OH、アミノ、C1〜C3アルキル、C1〜C3アルコキシおよびC1〜C3ハロアルキルから選択される1または2個の基によって置換され得る]
の化合物、または薬学的に許容されるその塩。 - R1が、メチルである、請求項1に記載の化合物。
- R2が、Hである、請求項1または請求項2に記載の化合物。
- R2が、ホスフェート、ジホスフェートもしくはトリホスフェートである、請求項1もしくは2に記載の化合物、または薬学的に許容されるその塩。
- R2が、−P(=X)(OR4)2である、請求項1もしくは請求項2に記載の化合物、
または薬学的に許容されるその塩。 - 各R4が、−CH2−O−C(O)−Rおよび−CH2−O−C(O)−ORから選択され、各Rが、独立して、C1〜C4アルキルである、請求項5に記載の化合物、または薬学的に許容されるその塩。
- R3およびR2が、一緒になって、−P(=O)(OR4)−または−P(=O)−(NR5R6)−を形成する、請求項1もしくは2に記載の化合物、または薬学的に許容されるその塩。
- R3が、Hである、請求項1〜7のいずれかに記載の化合物。
- 請求項1〜12のいずれかに記載の化合物または薬学的に許容されるその塩と、1つまたは複数の薬学的に許容される担体とを含む、医薬組成物。
- 治療有効量の請求項1〜12のいずれか一項に記載の化合物または薬学的に許容されるその塩と、1つまたは複数の治療的に活性な共薬剤とを含む、組合せ物。
- HRV感染症またはチクングニア感染症を処置する方法であって、それを必要とする対象に、治療有効量の請求項1〜12のいずれかに記載の化合物または薬学的に許容されるその塩を投与することを含む、方法。
- 医薬として使用するための、請求項1〜12のいずれか一項に記載の化合物または薬学的に許容されるその塩。
- ヒトライノウイルス感染症の処置に使用するための、請求項1〜12のいずれか一項に記載の化合物または薬学的に許容されるその塩。
- ヒトライノウイルス感染症の処置のための医薬の製造における、請求項1〜12のいずれか一項に記載の化合物または薬学的に許容されるその塩の使用。
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