JP2019508037A5 - - Google Patents
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Description
一部の実施形態では、シトシンのうちの1つまたは複数はクランプ−G(9−(2−グアニジノエトキシ)フェノキサジン)で置き換えられている。好ましい実施形態では、フーグスティーン結合セグメントは、シュードシトシン、シュードイソシトシン、および5−メチルシトシンからなる群から選択される1つまたは複数の化学修飾されたシトシンを含む。ワトソンクリック結合セグメントは、好ましくは、三重鎖の外側でワトソンクリック結合により標的二重鎖に結合する最長15個の核酸塩基のテール配列を含む。好ましい実施形態では、2つのセグメントは、例えば、1から10ユニットの間の8−アミノ−3,6−ジオキサオクタン酸のリンカーにより連結されている。
特定の実施形態では、例えば、以下が提供される:
(項目1)
フーグスティーン結合ペプチド核酸(PNA)セグメントおよびワトソンクリック結合PNAセグメントを合わせて合計50核酸塩基以下の長さで含む三重鎖形成組成物であって、該2つのセグメントは、細胞のゲノム中のポリプリンストレッチを含む標的領域に結合またはハイブリダイズして、鎖侵入、置換、および該2つのPNAセグメントと該細胞のゲノムの該ポリプリンストレッチの間での三本鎖分子の形成を誘導することが可能であり、
該フーグスティーン結合セグメントが、最小の5核酸塩基の長さのフーグスティーン結合により標的二重鎖に結合し、
該ワトソンクリック結合セグメントが、最小の5核酸塩基の長さのワトソンクリック結合により標的二重鎖に結合し、
PNAモノマーのうちの1つまたは複数がγPNAモノマーである、
三重鎖形成組成物。
(項目2)
前記フーグスティーン結合セグメントが、シュードシトシン、シュードイソシトシン、および5−メチルシトシンからなる群から選択される1つまたは複数の化学修飾されたシトシンを含む、項目1に記載の三重鎖形成組成物。
(項目3)
前記ワトソンクリック結合セグメントが、前記三重鎖の外側でワトソンクリック結合により前記標的二重鎖に結合する最長15核酸塩基のテール配列を含む、項目1または2に記載の三重鎖形成組成物。
(項目4)
前記2つのセグメントがリンカーにより連結されている、項目1から3のうちのいずれか一項に記載の三重鎖形成組成物。
(項目5)
前記リンカーが、1から10ユニットの間の8−アミノ−3,6−ジオキサオクタン酸である、項目4に記載の三重鎖形成組成物。
(項目6)
前記セグメントが、配列GAAAGAAAGAGA(配列番号15)またはTGCCCTGAAAGAAAGAGA(配列番号16)またはGGAGAAA(配列番号17)またはAGAATGGTGCAAAGAGG(配列番号18)またはAAAAGGG(配列番号19)またはACATGATTAGCAAAAGGG(配列番号20)を含むベータグロビン遺伝子の領域と三本鎖分子を形成することが可能である、項目1から5のうちのいずれか一項に記載の三重鎖形成組成物。
(項目7)
(i)前記フーグスティーン結合セグメントが配列JTTTJTTTJTJT(配列番号30)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列TCTCTTTCTTTC(配列番号22)またはTCTCTTTCTTTCAGGGCA(配列番号23)を含み、
(ii)前記フーグスティーン結合セグメントが配列TTTTJJJ(配列番号31)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列CCCTTTT(配列番号25)またはCCCTTTTGCTAATCATGT(配列番号26)を含み、
(iii)前記フーグスティーン結合セグメントが配列TTTJTJJ(配列番号32)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列CCTCTTT(配列番号28)またはCCTCTTTGCACCATTCT(配列番号29)を含み、
(iv)前記フーグスティーン結合セグメントが配列TJTTTTJTTJ(配列番号36)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列CTTCTTTTCT(配列番号37)を含み、
(v)前記フーグスティーン結合セグメントが配列TTJTTJTTTJ(配列番号3
8)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列CTTTCTTCTT(配列番号39)を含み、
(vi)前記フーグスティーン結合セグメントが配列JJJTJJTTJT(配列番号40)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列TCTTCCTCCC(配列番号41)を含み、
(vii)前記フーグスティーン結合セグメントが配列JJTJTTJ(配列番号56)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列CTTCTCC(配列番号46)またはCTTCTCCAAAGGAGT(配列番号47)またはCTTCTCCACAGGAGTCAG(配列番号48)またはCTTCTCCACAGGAGTCAGGTGC(配列番号205)を含み、
(viii)前記フーグスティーン結合セグメントが配列TTJJTJT(配列番号49)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列TCTCCTT(配列番号50)またはTCTCCTTAAACCTGT(配列番号51)またはTCTCCTTAAACCTGTCTT(配列番号212)を含み、または
(ix)前記フーグスティーン結合セグメントが配列TJTJTTJT(配列番号52)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列TCTTCTCT(配列番号53)またはTCTTCTCTGTCTCCAC(配列番号54)またはTCTTCTCTGTCTCCACAT(配列番号55)を含み、
「J」がシュードイソシトシンである、
項目1から5のうちのいずれか一項に記載の三重鎖形成組成物。
(項目8)
前記セグメントが連結されて配列:
を有する分子を形成し、
「J」がシュードイソシトシンであり、O=柔軟な8−アミノ−3,6−ジオキサオクタン酸、6−アミノヘキサン酸モノマーである、
項目7に記載の三重鎖形成組成物。
(項目9)
(i)前記フーグスティーン結合セグメントが配列TJTJJTTT(配列番号91)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列TTTCCTCT(配列番号83)またはTTTCCTCTATGGGTAAG(配列番号84)を含み、
(ii)前記フーグスティーン結合セグメントが配列TJTTJTJJ(配列番号91)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列CCTCTTCT(配列番号86)、またはCCTCTTCTAGTTGGCAT(配列番号87)を含み、
(iii)前記フーグスティーン結合セグメントが配列TTJJJTTTJ(配列番号92)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列CTTTCCCTT(配列番号89)、またはCTTTCCCTTGTATCTTTT(配列番号90)を含み、
(iv)前記フーグスティーン結合セグメントが配列JTTJJTJTTT(配列番号106)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列TTTCTCCTTC(配列番号98)またはTTTCTCCTTCAGTGTTCA(配列番号99)を含み、
(v)前記フーグスティーン結合セグメントが配列TTTTJJT(配列番号107)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列TCCTTTT(配列番号101)またはTCCTTTTGCTCACCTGTGGT(配列番号102)を含み、
(vi)前記フーグスティーン結合セグメントが配列TJTTTTTTJJ(配列番号108)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列CCTTTTTTCT(配列番号104)またはCCTTTTTTCTGGCTAAGT(配列番号105)を含み、
(vii)前記フーグスティーン結合セグメントが配列TJTTTTT(配列番号118)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列TTTTTCT(配列番号111)またはTTTTTCTGTAATTTTTAA(配列番号112)を含み、
(viii)前記フーグスティーン結合セグメントが配列TJTJTTTJT(配列番号119)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列TCTTTCTCT(配列番号114)またはTCTTTCTCTGCAAACTT(配列番号115)を含み、または
(ix)前記フーグスティーン結合セグメントが配列TTTJTTT(配列番号120
)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列TTTCTTT(配列番号116)またはTTTCTTTAAGAACGAGCA(配列番号117)を含み、
「J」がシュードイソシトシンである、
項目1から5のうちのいずれか一項に記載の三重鎖形成組成物。
(項目10)
前記セグメントが連結されて配列:
を有する分子を形成し、
「J」がシュードイソシトシンであり、O=柔軟な8−アミノ−3,6−ジオキサオクタン酸、6−アミノヘキサン酸モノマーである、
項目9に記載の三重鎖形成組成物。
(項目11)
(i)前記フーグスティーン結合セグメントが配列JTJTTJTTJT(配列番号132)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列TCTTCTTCTC(配列番号126)またはTCTTCTTCTCATTTC(配列番号127)を含み、
(ii)前記フーグスティーン結合セグメントが配列JTTJT(配列番号133)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列TCTTC(配列番号129)、TCTTCTTCTC(配列番号130)、またはTCTTCTTCTCATTTC(配列番号131)を含み、
「J」がシュードイソシトシンである、
項目1から5のうちのいずれか一項に記載の三重鎖形成組成物。
(項目12)
前記セグメントが連結されて配列:
を有する分子を形成し、
「J」がシュードイソシトシンであり、O=柔軟な8−アミノ−3,6−ジオキサオクタン酸、6−アミノヘキサン酸モノマーである、
項目5に記載の三重鎖形成組成物。
(項目13)
(i)前記フーグスティーン結合セグメントが配列TTJJJJT(配列番号148)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列TCCCCTT(配列番号146)またはTCCCCTTGGTGAAGG(配列番号147)を含み、
(ii)前記フーグスティーン結合セグメントが配列JJTTJT(配列番号153)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列TCTTCC(配列番号151)またはTCTTCCGAGCAG(配列番号152)を含み、
「J」がシュードイソシトシンである、
項目1から5のうちのいずれか一項に記載の三重鎖形成組成物。
(項目14)
前記セグメントが連結されて配列:
を有する分子を形成し、
「J」がシュードイソシトシンであり、O=柔軟な8−アミノ−3,6−ジオキサオクタン酸、6−アミノヘキサン酸モノマーである、
項目5に記載の三重鎖形成組成物。
(項目15)
前記フーグスティーン結合セグメントのみの、前記ワトソンクリック結合セグメントのみの、またはPNAオリゴマー全体にわたる前記ペプチド核酸モノマーのすべてがγPNAモノマーである、項目1から14のうちのいずれか一項に記載の三重鎖形成組成物。
(項目16)
前記PNAオリゴマーのうちの前記フーグスティーン結合セグメントのみの、または前記ワトソンクリック結合セグメントのみの、前記ペプチド核酸モノマーのうちの1つまたは複数がPNAおよびγPNAである、項目15に記載の三重鎖形成組成物。
(項目17)
前記フーグスティーン結合部分のみの、前記ワトソンクリック結合部分のみの、または前記PNAオリゴマー全体にわたる交互残基がPNAおよびγPNAである、項目1か
ら14のうちのいずれか一項に記載の三重鎖形成組成物。
(項目18)
太字で下線を付した残基がγPNAモノマーである、項目8、10、12、または14のうちのいずれか一項に記載の三重鎖形成組成物。
(項目19)
前記γPNAモノマー(複数可)のγの側鎖が、アラニン、セリン、スレオニン、システイン、バリン、ロイシン、イソロイシン、メチオニン、プロリン、フェニルアラニン、チロシン、アスパラギン酸、グルタミン酸、アスパラギン、グルタミン、ヒスチジン、リジン、アルギニン、およびその誘導体からなる群から選択されるアミノ酸の側鎖を含む、項目1から18のうちのいずれか一項に記載の三重鎖形成組成物。
(項目20)
前記γPNAモノマー(複数可)のγの側鎖が、ジエチレングリコール(「ミニPEG」)である、項目1から18のうちのいずれか一項に記載の三重鎖形成組成物。
(項目21)
前記シトシンのうちの1つまたは複数が、クランプ−G(9−(2−グアニジノエトキシ)フェノキサジン)で置き換えられている、項目1から19のうちのいずれか一項に記載の三重鎖形成組成物。
(項目22)
三重鎖形成分子によって誘導または増強される組換えにより前記細胞のゲノムにおいて変異(複数可)を修正することが可能な配列を含むドナーオリゴヌクレオチドをさらに含む、項目1から21のうちのいずれか一項に記載の三重鎖形成組成物。
(項目23)
ナノ粒子をさらに含み、前記PNAセグメント、ドナーオリゴヌクレオチド、またはその組合せが同じまたは別々のナノ粒子にパッケージされている、項目1から22のうちのいずれか一項に記載の三重鎖形成組成物。
(項目24)
前記ナノ粒子がポリ(乳酸−co−グリコール酸)(PLGA)を含む、項目23に記載の三重鎖形成組成物。
(項目25)
前記ナノ粒子がポリ(ベータアミノ)エステル(PBAE)を含む、項目24に記載の三重鎖形成組成物。
(項目26)
前記ナノ粒子が、約5から約25パーセントの間のPBAE(wt%)を含む、PLGAとPBAEのブレンドを含む、項目25に記載の三重鎖形成組成物。
(項目27)
前記ナノ粒子が二重エマルジョンまたはナノ沈殿により調製される、項目23から26のうちのいずれか一項に記載の三重鎖形成組成物。
(項目28)
前記PNAセグメントまたは前記ナノ粒子に直接的または間接的に会合する、連結する、コンジュゲートする、またはその他の方法で結合する、標的化部分、細胞浸透性ペプチド、またはその組合せをさらに含む、項目1から27のうちのいずれか一項に記載の三重鎖形成組成物。
(項目29)
前記細胞浸透性ペプチドが、配列GALFLGFLGAAGSTMGAWS QPKKKRKV(配列番号12)(MPG(合成キメラ:SV40LgT.Ant.+HIV gb41コート)を含む、項目28に記載の三重鎖形成組成物。
(項目30)
受容体チロシンキナーゼC−kitリガンド、ATR−Chk1細胞周期チェックポイント経路阻害剤、DNAポリメラーゼアルファ阻害剤、および熱ショックタンパク質90阻害剤(HSP90i)からなる群から選択される遺伝子編集増強剤をさらに含む、請求
項1から29のうちのいずれか一項に記載の三重鎖形成組成物。
(項目31)
前記C−kitリガンドが、C−kitの二量体化を引き起こしそのチロシンキナーゼ活性を活性化するのに十分な幹細胞因子タンパク質(stem factor protein)またはそ
の断片である、項目30に記載の三重鎖形成組成物。
(項目32)
前記C−kitリガンドが、C−kitの二量体化を引き起こしそのチロシンキナーゼ活性を活性化するのに十分な幹細胞因子タンパク質またはその断片をコードする核酸である、項目31に記載の三重鎖形成組成物。
(項目33)
前記核酸がmRNAまたは発現ベクターである、項目32に記載の三重鎖形成組成物。
(項目34)
前記ATR−Chk1細胞周期チェックポイント経路阻害剤が、AZD7762、SCH900776/MK−8776、IC83/LY2603618、LY2606368、GDC−0425、PF−00477736、XL844、CEP−3891、SAR−020106、CCT−244747、Arry−575、SB218075、シサンドリンB、NU6027、NVP−BEZ235、VE−821、VE−822(VX−970)、AZ20、AZD6738、MIRIN、KU5593、VE−821、NU7441、LCA、およびL189からなる群から選択される、項目30に記載の三重鎖形成組成物。
(項目35)
前記DNAポリメラーゼアルファ阻害剤がアフィディコリンである、項目30に記載の三重鎖形成組成物。
(項目36)
前記熱ショックタンパク質90阻害剤が、(HSP90i)STA−9090(ガネテスピブ)、ゲルダナマイシン(GA)、17−AAG(17−アリルアミノ−17−デメトキシ−ゲルダナマイシン)、17−DMAG(17−ジメチルアミノエチルアミノ−17−デメトキシ−ゲルダナマイシン)、(アルベスピマイシン)IPI−504(レタスピマイシン)、およびAUY922からなる群から選択される、項目30に記載の三重鎖形成組成物。
(項目37)
細胞のゲノムを改変する方法であって、有効量の、
(i)受容体チロシンキナーゼC−kitリガンド、ATR−Chk1細胞周期チェックポイント経路阻害剤、DNAポリメラーゼアルファ阻害剤、および熱ショックタンパク質90阻害剤(HSP90i)からなる群から選択される遺伝子編集増強剤、ならびに
(ii)三重鎖形成分子、偽相補的オリゴヌクレオチド、CRISPR系、ジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)、小断片相同置換、およびイントロンにコードされたメガヌクレアーゼからなる群から選択される該細胞のゲノム改変を誘導することが可能な遺伝子編集技術
に該細胞を接触させることを含み、
ゲノム改変が(i)の非存在下で(ii)に接触させた同等の集団においてよりも(i)と(ii)の両方に接触させた細胞の集団においてより高い頻度で起こる方法。
(項目38)
前記遺伝子編集技術によって誘導または増強される挿入または組換えにより前記細胞のゲノムにおいて変異(複数可)を修正する配列を含むドナーオリゴヌクレオチドに該細胞を接触させることをさらに含む、項目37に記載の方法。
(項目39)
前記細胞のゲノムが、血友病、グロビン異常症、嚢胞性線維症、色素性乾皮症、およびリソソーム蓄積症からなる群から選択される疾患または障害の根底にある変異を有する、
項目38に記載の方法。
(項目40)
前記グロビン異常症が鎌状赤血球貧血またはベータサラセミアである、項目39に記載の方法。
(項目41)
前記リソソーム蓄積症はゴーシェ病、ファブリー病、ハーラー症候群である、項目39に記載の方法。
(項目42)
前記遺伝子編集技術によって誘導または増強される挿入または組換えにより前記細胞のゲノムにおいて変異(複数可)を誘導する配列を含むドナーオリゴヌクレオチドに該細胞を接触させることをさらに含む、項目37に記載の方法。
(項目43)
前記変異が、前記細胞へのHIVの侵入を促進する細胞表面受容体の活性を低減することによりHIV感染を低減する、項目42に記載の方法。
(項目44)
前記接触させることがex vivoで起こる、項目37から43のうちのいずれか一項に記載の方法。
(項目45)
前記細胞が造血幹細胞である、項目44に記載の方法。
(項目46)
前記細胞を、それを投与すること必要とする被験体に投与することをさらに含む、項目43から45のうちのいずれか一項に記載の方法。
(項目47)
前記細胞が、疾患または障害の1つまたは複数の症状を処置するのに有効な量で前記被験体に投与される、項目46に記載の方法。
(項目48)
前記接触させることが、(i)、(ii)、および任意選択で前記ドナーオリゴヌクレオチドの投与であって、それを必要とする被験体への投与に続いてin vivoで起こる、項目37から43のうちのいずれか一項に記載の方法。
(項目49)
前記被験体が、血友病、グロビン異常症、嚢胞性線維症、色素性乾皮症、およびリソソーム蓄積症からなる群から選択される疾患または障害を有する、項目48に記載の方法。
(項目50)
遺伝子改変が、前記被験体において前記疾患または障害の1つまたは複数の症状を低減するのに有効な量で起こる、項目49に記載の方法。
(項目51)
(i)、(ii)、前記ドナーオリゴヌクレオチドまたはその組合せがナノ粒子に一緒にまたは別々にパッケージされる、項目37から50のうちのいずれか一項に記載の方法。
(項目52)
前記ナノ粒子がポリヒドロキシ酸を含む、項目51に記載の方法。
(項目53)
前記ナノ粒子がポリ(乳酸−co−グリコール酸)(PLGA)を含む、項目52に記載の方法。
(項目54)
前記ナノ粒子が、約5から約25パーセントの間のポリ(ベータアミノ)エステル(PBAE)(wt%)を含む、PLGAとPBAEのブレンドを含む、項目53に記載の方法。
(項目55)
前記ナノ粒子が二重エマルジョンまたはナノ沈殿により調製される、項目43から46のうちのいずれか一項に記載の方法。
(項目56)
前記増強剤、前記遺伝子編集技術、または前記ナノ粒子に直接的にまたは間接的に会合する、連結する、コンジュゲートする、またはその他の方法で結合する、標的化部分、細胞浸透性ペプチド、またはその組合せをさらに含む、項目37から55のうちのいずれか一項に記載の方法。
(項目57)
前記細胞浸透性ペプチドが、配列GALFLGFLGAAGSTMGAWS QPKKKRKV(配列番号12)(MPG(合成キメラ:SV40LgT.Ant.+HIV gb41コート)を含む、項目56に記載の方法。
(項目58)
(i)を(ii)に先立って前記細胞に接触させる、項目37から57のうちのいずれか一項に記載の方法。
(項目59)
(ii)を(i)に先立ってまたは(i)と同時に前記細胞に接触させる、項目37から57のうちのいずれか一項に記載の方法。
(項目60)
前記C−kitリガンドが、C−kitの二量体化を引き起こしそのチロシンキナーゼ活性を活性化するのに十分な幹細胞因子タンパク質またはその断片である、項目37から59のうちのいずれか一項に記載の方法。
(項目61)
前記C−kitリガンドが、C−kitの二量体化を引き起こしそのチロシンキナーゼ活性を活性化するのに十分な幹細胞因子タンパク質またはその断片をコードする核酸である、項目37から59のうちのいずれか一項に記載の方法。
(項目62)
前記核酸がmRNAまたは発現ベクターである、項目61に記載の方法。
(項目63)
前記ATR−Chk1細胞周期チェックポイント経路阻害剤が、AZD7762、SCH900776/MK−8776、IC83/LY2603618、LY2606368、GDC−0425、PF−00477736、XL844、CEP−3891、SAR−020106、CCT−244747、Arry−575、SB218075、シサンドリンB、NU6027、NVP−BEZ235、VE−821、VE−822(VX−970)、AZ20、AZD6738、MIRIN、KU5593、VE−821、NU7441、LCA、およびL189からなる群から選択される、項目37から51のうちのいずれか一項に記載の方法。
(項目64)
前記DNAポリメラーゼアルファ阻害剤がアフィディコリンである、項目37から51のうちのいずれか一項に記載の方法。
(項目65)
前記熱ショックタンパク質90阻害剤が、(HSP90i)STA−9090(ガネテスピブ)、ゲルダナマイシン(GA)、17−AAG(17−アリルアミノ−17−デメトキシ−ゲルダナマイシン)、17−DMAG(17−ジメチルアミノエチルアミノ−17−デメトキシ−ゲルダナマイシン)、(アルベスピマイシン)IPI−504(レタスピマイシン)、およびAUY922からなる群から選択される、項目37から51のうちのいずれか一項に記載の方法。
(項目66)
細胞のゲノムを改変する方法であって、有効量の、
(i)受容体チロシンキナーゼC−kitリガンドおよびATR−Chk1細胞周期チェックポイント経路阻害剤からなる群から選択される遺伝子編集増強剤、ならびに
(ii)項目1から36のうちのいずれか一項に記載の三重鎖形成組成物
に該細胞を接触させることを含み、
ゲノム改変が(i)の非存在下で(ii)に接触させた同等の集団においてよりも(i)と(ii)の両方に接触させた細胞の集団においてより高い頻度で起こる方法。
(項目67)
項目37から66のうちのいずれかに記載の方法に従って遺伝的に改変される単離された細胞。
特定の実施形態では、例えば、以下が提供される:
(項目1)
フーグスティーン結合ペプチド核酸(PNA)セグメントおよびワトソンクリック結合PNAセグメントを合わせて合計50核酸塩基以下の長さで含む三重鎖形成組成物であって、該2つのセグメントは、細胞のゲノム中のポリプリンストレッチを含む標的領域に結合またはハイブリダイズして、鎖侵入、置換、および該2つのPNAセグメントと該細胞のゲノムの該ポリプリンストレッチの間での三本鎖分子の形成を誘導することが可能であり、
該フーグスティーン結合セグメントが、最小の5核酸塩基の長さのフーグスティーン結合により標的二重鎖に結合し、
該ワトソンクリック結合セグメントが、最小の5核酸塩基の長さのワトソンクリック結合により標的二重鎖に結合し、
PNAモノマーのうちの1つまたは複数がγPNAモノマーである、
三重鎖形成組成物。
(項目2)
前記フーグスティーン結合セグメントが、シュードシトシン、シュードイソシトシン、および5−メチルシトシンからなる群から選択される1つまたは複数の化学修飾されたシトシンを含む、項目1に記載の三重鎖形成組成物。
(項目3)
前記ワトソンクリック結合セグメントが、前記三重鎖の外側でワトソンクリック結合により前記標的二重鎖に結合する最長15核酸塩基のテール配列を含む、項目1または2に記載の三重鎖形成組成物。
(項目4)
前記2つのセグメントがリンカーにより連結されている、項目1から3のうちのいずれか一項に記載の三重鎖形成組成物。
(項目5)
前記リンカーが、1から10ユニットの間の8−アミノ−3,6−ジオキサオクタン酸である、項目4に記載の三重鎖形成組成物。
(項目6)
前記セグメントが、配列GAAAGAAAGAGA(配列番号15)またはTGCCCTGAAAGAAAGAGA(配列番号16)またはGGAGAAA(配列番号17)またはAGAATGGTGCAAAGAGG(配列番号18)またはAAAAGGG(配列番号19)またはACATGATTAGCAAAAGGG(配列番号20)を含むベータグロビン遺伝子の領域と三本鎖分子を形成することが可能である、項目1から5のうちのいずれか一項に記載の三重鎖形成組成物。
(項目7)
(i)前記フーグスティーン結合セグメントが配列JTTTJTTTJTJT(配列番号30)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列TCTCTTTCTTTC(配列番号22)またはTCTCTTTCTTTCAGGGCA(配列番号23)を含み、
(ii)前記フーグスティーン結合セグメントが配列TTTTJJJ(配列番号31)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列CCCTTTT(配列番号25)またはCCCTTTTGCTAATCATGT(配列番号26)を含み、
(iii)前記フーグスティーン結合セグメントが配列TTTJTJJ(配列番号32)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列CCTCTTT(配列番号28)またはCCTCTTTGCACCATTCT(配列番号29)を含み、
(iv)前記フーグスティーン結合セグメントが配列TJTTTTJTTJ(配列番号36)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列CTTCTTTTCT(配列番号37)を含み、
(v)前記フーグスティーン結合セグメントが配列TTJTTJTTTJ(配列番号3
8)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列CTTTCTTCTT(配列番号39)を含み、
(vi)前記フーグスティーン結合セグメントが配列JJJTJJTTJT(配列番号40)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列TCTTCCTCCC(配列番号41)を含み、
(vii)前記フーグスティーン結合セグメントが配列JJTJTTJ(配列番号56)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列CTTCTCC(配列番号46)またはCTTCTCCAAAGGAGT(配列番号47)またはCTTCTCCACAGGAGTCAG(配列番号48)またはCTTCTCCACAGGAGTCAGGTGC(配列番号205)を含み、
(viii)前記フーグスティーン結合セグメントが配列TTJJTJT(配列番号49)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列TCTCCTT(配列番号50)またはTCTCCTTAAACCTGT(配列番号51)またはTCTCCTTAAACCTGTCTT(配列番号212)を含み、または
(ix)前記フーグスティーン結合セグメントが配列TJTJTTJT(配列番号52)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列TCTTCTCT(配列番号53)またはTCTTCTCTGTCTCCAC(配列番号54)またはTCTTCTCTGTCTCCACAT(配列番号55)を含み、
「J」がシュードイソシトシンである、
項目1から5のうちのいずれか一項に記載の三重鎖形成組成物。
(項目8)
前記セグメントが連結されて配列:
を有する分子を形成し、
「J」がシュードイソシトシンであり、O=柔軟な8−アミノ−3,6−ジオキサオクタン酸、6−アミノヘキサン酸モノマーである、
項目7に記載の三重鎖形成組成物。
(項目9)
(i)前記フーグスティーン結合セグメントが配列TJTJJTTT(配列番号91)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列TTTCCTCT(配列番号83)またはTTTCCTCTATGGGTAAG(配列番号84)を含み、
(ii)前記フーグスティーン結合セグメントが配列TJTTJTJJ(配列番号91)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列CCTCTTCT(配列番号86)、またはCCTCTTCTAGTTGGCAT(配列番号87)を含み、
(iii)前記フーグスティーン結合セグメントが配列TTJJJTTTJ(配列番号92)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列CTTTCCCTT(配列番号89)、またはCTTTCCCTTGTATCTTTT(配列番号90)を含み、
(iv)前記フーグスティーン結合セグメントが配列JTTJJTJTTT(配列番号106)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列TTTCTCCTTC(配列番号98)またはTTTCTCCTTCAGTGTTCA(配列番号99)を含み、
(v)前記フーグスティーン結合セグメントが配列TTTTJJT(配列番号107)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列TCCTTTT(配列番号101)またはTCCTTTTGCTCACCTGTGGT(配列番号102)を含み、
(vi)前記フーグスティーン結合セグメントが配列TJTTTTTTJJ(配列番号108)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列CCTTTTTTCT(配列番号104)またはCCTTTTTTCTGGCTAAGT(配列番号105)を含み、
(vii)前記フーグスティーン結合セグメントが配列TJTTTTT(配列番号118)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列TTTTTCT(配列番号111)またはTTTTTCTGTAATTTTTAA(配列番号112)を含み、
(viii)前記フーグスティーン結合セグメントが配列TJTJTTTJT(配列番号119)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列TCTTTCTCT(配列番号114)またはTCTTTCTCTGCAAACTT(配列番号115)を含み、または
(ix)前記フーグスティーン結合セグメントが配列TTTJTTT(配列番号120
)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列TTTCTTT(配列番号116)またはTTTCTTTAAGAACGAGCA(配列番号117)を含み、
「J」がシュードイソシトシンである、
項目1から5のうちのいずれか一項に記載の三重鎖形成組成物。
(項目10)
前記セグメントが連結されて配列:
を有する分子を形成し、
「J」がシュードイソシトシンであり、O=柔軟な8−アミノ−3,6−ジオキサオクタン酸、6−アミノヘキサン酸モノマーである、
項目9に記載の三重鎖形成組成物。
(項目11)
(i)前記フーグスティーン結合セグメントが配列JTJTTJTTJT(配列番号132)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列TCTTCTTCTC(配列番号126)またはTCTTCTTCTCATTTC(配列番号127)を含み、
(ii)前記フーグスティーン結合セグメントが配列JTTJT(配列番号133)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列TCTTC(配列番号129)、TCTTCTTCTC(配列番号130)、またはTCTTCTTCTCATTTC(配列番号131)を含み、
「J」がシュードイソシトシンである、
項目1から5のうちのいずれか一項に記載の三重鎖形成組成物。
(項目12)
前記セグメントが連結されて配列:
を有する分子を形成し、
「J」がシュードイソシトシンであり、O=柔軟な8−アミノ−3,6−ジオキサオクタン酸、6−アミノヘキサン酸モノマーである、
項目5に記載の三重鎖形成組成物。
(項目13)
(i)前記フーグスティーン結合セグメントが配列TTJJJJT(配列番号148)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列TCCCCTT(配列番号146)またはTCCCCTTGGTGAAGG(配列番号147)を含み、
(ii)前記フーグスティーン結合セグメントが配列JJTTJT(配列番号153)を含み、前記ワトソンクリック結合セグメントが配列TCTTCC(配列番号151)またはTCTTCCGAGCAG(配列番号152)を含み、
「J」がシュードイソシトシンである、
項目1から5のうちのいずれか一項に記載の三重鎖形成組成物。
(項目14)
前記セグメントが連結されて配列:
を有する分子を形成し、
「J」がシュードイソシトシンであり、O=柔軟な8−アミノ−3,6−ジオキサオクタン酸、6−アミノヘキサン酸モノマーである、
項目5に記載の三重鎖形成組成物。
(項目15)
前記フーグスティーン結合セグメントのみの、前記ワトソンクリック結合セグメントのみの、またはPNAオリゴマー全体にわたる前記ペプチド核酸モノマーのすべてがγPNAモノマーである、項目1から14のうちのいずれか一項に記載の三重鎖形成組成物。
(項目16)
前記PNAオリゴマーのうちの前記フーグスティーン結合セグメントのみの、または前記ワトソンクリック結合セグメントのみの、前記ペプチド核酸モノマーのうちの1つまたは複数がPNAおよびγPNAである、項目15に記載の三重鎖形成組成物。
(項目17)
前記フーグスティーン結合部分のみの、前記ワトソンクリック結合部分のみの、または前記PNAオリゴマー全体にわたる交互残基がPNAおよびγPNAである、項目1か
ら14のうちのいずれか一項に記載の三重鎖形成組成物。
(項目18)
太字で下線を付した残基がγPNAモノマーである、項目8、10、12、または14のうちのいずれか一項に記載の三重鎖形成組成物。
(項目19)
前記γPNAモノマー(複数可)のγの側鎖が、アラニン、セリン、スレオニン、システイン、バリン、ロイシン、イソロイシン、メチオニン、プロリン、フェニルアラニン、チロシン、アスパラギン酸、グルタミン酸、アスパラギン、グルタミン、ヒスチジン、リジン、アルギニン、およびその誘導体からなる群から選択されるアミノ酸の側鎖を含む、項目1から18のうちのいずれか一項に記載の三重鎖形成組成物。
(項目20)
前記γPNAモノマー(複数可)のγの側鎖が、ジエチレングリコール(「ミニPEG」)である、項目1から18のうちのいずれか一項に記載の三重鎖形成組成物。
(項目21)
前記シトシンのうちの1つまたは複数が、クランプ−G(9−(2−グアニジノエトキシ)フェノキサジン)で置き換えられている、項目1から19のうちのいずれか一項に記載の三重鎖形成組成物。
(項目22)
三重鎖形成分子によって誘導または増強される組換えにより前記細胞のゲノムにおいて変異(複数可)を修正することが可能な配列を含むドナーオリゴヌクレオチドをさらに含む、項目1から21のうちのいずれか一項に記載の三重鎖形成組成物。
(項目23)
ナノ粒子をさらに含み、前記PNAセグメント、ドナーオリゴヌクレオチド、またはその組合せが同じまたは別々のナノ粒子にパッケージされている、項目1から22のうちのいずれか一項に記載の三重鎖形成組成物。
(項目24)
前記ナノ粒子がポリ(乳酸−co−グリコール酸)(PLGA)を含む、項目23に記載の三重鎖形成組成物。
(項目25)
前記ナノ粒子がポリ(ベータアミノ)エステル(PBAE)を含む、項目24に記載の三重鎖形成組成物。
(項目26)
前記ナノ粒子が、約5から約25パーセントの間のPBAE(wt%)を含む、PLGAとPBAEのブレンドを含む、項目25に記載の三重鎖形成組成物。
(項目27)
前記ナノ粒子が二重エマルジョンまたはナノ沈殿により調製される、項目23から26のうちのいずれか一項に記載の三重鎖形成組成物。
(項目28)
前記PNAセグメントまたは前記ナノ粒子に直接的または間接的に会合する、連結する、コンジュゲートする、またはその他の方法で結合する、標的化部分、細胞浸透性ペプチド、またはその組合せをさらに含む、項目1から27のうちのいずれか一項に記載の三重鎖形成組成物。
(項目29)
前記細胞浸透性ペプチドが、配列GALFLGFLGAAGSTMGAWS QPKKKRKV(配列番号12)(MPG(合成キメラ:SV40LgT.Ant.+HIV gb41コート)を含む、項目28に記載の三重鎖形成組成物。
(項目30)
受容体チロシンキナーゼC−kitリガンド、ATR−Chk1細胞周期チェックポイント経路阻害剤、DNAポリメラーゼアルファ阻害剤、および熱ショックタンパク質90阻害剤(HSP90i)からなる群から選択される遺伝子編集増強剤をさらに含む、請求
項1から29のうちのいずれか一項に記載の三重鎖形成組成物。
(項目31)
前記C−kitリガンドが、C−kitの二量体化を引き起こしそのチロシンキナーゼ活性を活性化するのに十分な幹細胞因子タンパク質(stem factor protein)またはそ
の断片である、項目30に記載の三重鎖形成組成物。
(項目32)
前記C−kitリガンドが、C−kitの二量体化を引き起こしそのチロシンキナーゼ活性を活性化するのに十分な幹細胞因子タンパク質またはその断片をコードする核酸である、項目31に記載の三重鎖形成組成物。
(項目33)
前記核酸がmRNAまたは発現ベクターである、項目32に記載の三重鎖形成組成物。
(項目34)
前記ATR−Chk1細胞周期チェックポイント経路阻害剤が、AZD7762、SCH900776/MK−8776、IC83/LY2603618、LY2606368、GDC−0425、PF−00477736、XL844、CEP−3891、SAR−020106、CCT−244747、Arry−575、SB218075、シサンドリンB、NU6027、NVP−BEZ235、VE−821、VE−822(VX−970)、AZ20、AZD6738、MIRIN、KU5593、VE−821、NU7441、LCA、およびL189からなる群から選択される、項目30に記載の三重鎖形成組成物。
(項目35)
前記DNAポリメラーゼアルファ阻害剤がアフィディコリンである、項目30に記載の三重鎖形成組成物。
(項目36)
前記熱ショックタンパク質90阻害剤が、(HSP90i)STA−9090(ガネテスピブ)、ゲルダナマイシン(GA)、17−AAG(17−アリルアミノ−17−デメトキシ−ゲルダナマイシン)、17−DMAG(17−ジメチルアミノエチルアミノ−17−デメトキシ−ゲルダナマイシン)、(アルベスピマイシン)IPI−504(レタスピマイシン)、およびAUY922からなる群から選択される、項目30に記載の三重鎖形成組成物。
(項目37)
細胞のゲノムを改変する方法であって、有効量の、
(i)受容体チロシンキナーゼC−kitリガンド、ATR−Chk1細胞周期チェックポイント経路阻害剤、DNAポリメラーゼアルファ阻害剤、および熱ショックタンパク質90阻害剤(HSP90i)からなる群から選択される遺伝子編集増強剤、ならびに
(ii)三重鎖形成分子、偽相補的オリゴヌクレオチド、CRISPR系、ジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)、小断片相同置換、およびイントロンにコードされたメガヌクレアーゼからなる群から選択される該細胞のゲノム改変を誘導することが可能な遺伝子編集技術
に該細胞を接触させることを含み、
ゲノム改変が(i)の非存在下で(ii)に接触させた同等の集団においてよりも(i)と(ii)の両方に接触させた細胞の集団においてより高い頻度で起こる方法。
(項目38)
前記遺伝子編集技術によって誘導または増強される挿入または組換えにより前記細胞のゲノムにおいて変異(複数可)を修正する配列を含むドナーオリゴヌクレオチドに該細胞を接触させることをさらに含む、項目37に記載の方法。
(項目39)
前記細胞のゲノムが、血友病、グロビン異常症、嚢胞性線維症、色素性乾皮症、およびリソソーム蓄積症からなる群から選択される疾患または障害の根底にある変異を有する、
項目38に記載の方法。
(項目40)
前記グロビン異常症が鎌状赤血球貧血またはベータサラセミアである、項目39に記載の方法。
(項目41)
前記リソソーム蓄積症はゴーシェ病、ファブリー病、ハーラー症候群である、項目39に記載の方法。
(項目42)
前記遺伝子編集技術によって誘導または増強される挿入または組換えにより前記細胞のゲノムにおいて変異(複数可)を誘導する配列を含むドナーオリゴヌクレオチドに該細胞を接触させることをさらに含む、項目37に記載の方法。
(項目43)
前記変異が、前記細胞へのHIVの侵入を促進する細胞表面受容体の活性を低減することによりHIV感染を低減する、項目42に記載の方法。
(項目44)
前記接触させることがex vivoで起こる、項目37から43のうちのいずれか一項に記載の方法。
(項目45)
前記細胞が造血幹細胞である、項目44に記載の方法。
(項目46)
前記細胞を、それを投与すること必要とする被験体に投与することをさらに含む、項目43から45のうちのいずれか一項に記載の方法。
(項目47)
前記細胞が、疾患または障害の1つまたは複数の症状を処置するのに有効な量で前記被験体に投与される、項目46に記載の方法。
(項目48)
前記接触させることが、(i)、(ii)、および任意選択で前記ドナーオリゴヌクレオチドの投与であって、それを必要とする被験体への投与に続いてin vivoで起こる、項目37から43のうちのいずれか一項に記載の方法。
(項目49)
前記被験体が、血友病、グロビン異常症、嚢胞性線維症、色素性乾皮症、およびリソソーム蓄積症からなる群から選択される疾患または障害を有する、項目48に記載の方法。
(項目50)
遺伝子改変が、前記被験体において前記疾患または障害の1つまたは複数の症状を低減するのに有効な量で起こる、項目49に記載の方法。
(項目51)
(i)、(ii)、前記ドナーオリゴヌクレオチドまたはその組合せがナノ粒子に一緒にまたは別々にパッケージされる、項目37から50のうちのいずれか一項に記載の方法。
(項目52)
前記ナノ粒子がポリヒドロキシ酸を含む、項目51に記載の方法。
(項目53)
前記ナノ粒子がポリ(乳酸−co−グリコール酸)(PLGA)を含む、項目52に記載の方法。
(項目54)
前記ナノ粒子が、約5から約25パーセントの間のポリ(ベータアミノ)エステル(PBAE)(wt%)を含む、PLGAとPBAEのブレンドを含む、項目53に記載の方法。
(項目55)
前記ナノ粒子が二重エマルジョンまたはナノ沈殿により調製される、項目43から46のうちのいずれか一項に記載の方法。
(項目56)
前記増強剤、前記遺伝子編集技術、または前記ナノ粒子に直接的にまたは間接的に会合する、連結する、コンジュゲートする、またはその他の方法で結合する、標的化部分、細胞浸透性ペプチド、またはその組合せをさらに含む、項目37から55のうちのいずれか一項に記載の方法。
(項目57)
前記細胞浸透性ペプチドが、配列GALFLGFLGAAGSTMGAWS QPKKKRKV(配列番号12)(MPG(合成キメラ:SV40LgT.Ant.+HIV gb41コート)を含む、項目56に記載の方法。
(項目58)
(i)を(ii)に先立って前記細胞に接触させる、項目37から57のうちのいずれか一項に記載の方法。
(項目59)
(ii)を(i)に先立ってまたは(i)と同時に前記細胞に接触させる、項目37から57のうちのいずれか一項に記載の方法。
(項目60)
前記C−kitリガンドが、C−kitの二量体化を引き起こしそのチロシンキナーゼ活性を活性化するのに十分な幹細胞因子タンパク質またはその断片である、項目37から59のうちのいずれか一項に記載の方法。
(項目61)
前記C−kitリガンドが、C−kitの二量体化を引き起こしそのチロシンキナーゼ活性を活性化するのに十分な幹細胞因子タンパク質またはその断片をコードする核酸である、項目37から59のうちのいずれか一項に記載の方法。
(項目62)
前記核酸がmRNAまたは発現ベクターである、項目61に記載の方法。
(項目63)
前記ATR−Chk1細胞周期チェックポイント経路阻害剤が、AZD7762、SCH900776/MK−8776、IC83/LY2603618、LY2606368、GDC−0425、PF−00477736、XL844、CEP−3891、SAR−020106、CCT−244747、Arry−575、SB218075、シサンドリンB、NU6027、NVP−BEZ235、VE−821、VE−822(VX−970)、AZ20、AZD6738、MIRIN、KU5593、VE−821、NU7441、LCA、およびL189からなる群から選択される、項目37から51のうちのいずれか一項に記載の方法。
(項目64)
前記DNAポリメラーゼアルファ阻害剤がアフィディコリンである、項目37から51のうちのいずれか一項に記載の方法。
(項目65)
前記熱ショックタンパク質90阻害剤が、(HSP90i)STA−9090(ガネテスピブ)、ゲルダナマイシン(GA)、17−AAG(17−アリルアミノ−17−デメトキシ−ゲルダナマイシン)、17−DMAG(17−ジメチルアミノエチルアミノ−17−デメトキシ−ゲルダナマイシン)、(アルベスピマイシン)IPI−504(レタスピマイシン)、およびAUY922からなる群から選択される、項目37から51のうちのいずれか一項に記載の方法。
(項目66)
細胞のゲノムを改変する方法であって、有効量の、
(i)受容体チロシンキナーゼC−kitリガンドおよびATR−Chk1細胞周期チェックポイント経路阻害剤からなる群から選択される遺伝子編集増強剤、ならびに
(ii)項目1から36のうちのいずれか一項に記載の三重鎖形成組成物
に該細胞を接触させることを含み、
ゲノム改変が(i)の非存在下で(ii)に接触させた同等の集団においてよりも(i)と(ii)の両方に接触させた細胞の集団においてより高い頻度で起こる方法。
(項目67)
項目37から66のうちのいずれかに記載の方法に従って遺伝的に改変される単離された細胞。
Claims (1)
- 本願明細書に記載の発明。
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