JP2019050828A - 酸性α−グルコシダーゼにおけるアンチセンス誘導エクソン２包含 - Google Patents

酸性α−グルコシダーゼにおけるアンチセンス誘導エクソン２包含 Download PDF

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Abstract

【課題】酸性α−グルコシダーゼにおけるアンチセンス誘導エクソン２包含を提供すること。【解決手段】本開示は、ＩＩ型糖原貯蔵障害（ＧＳＤ−ＩＩ）（ポンぺ病、糖原病ＩＩ、酸性マルターゼ欠損症（ＡＭＤ）、酸性α−グルコシダーゼ欠損症、およびリソソームα−グルコシダーゼ欠損症としても公知）の処置のためのエクソン包含の誘導のためのアンチセンスオリゴマーおよび関連組成物ならびに方法に関し、より具体的には、エクソン２の包含を誘導し、それにより、回復レベルのＧＡＡ遺伝子によってコードされる酵素的に活性な酸性α−グルコシダーゼ（ＧＡＡ）タンパク質を得ることに関する。【選択図】なし

Description

関連出願への相互参照
本出願は、２０１３年９月５日に出願された米国特許出願第６１／８７４，２６１号および２０１４年１月２７日に出願された米国特許出願第６１／９３２，１９５号の、３５Ｕ．Ｓ．Ｃ．§１１９（ｅ）の下での優先権を主張し、それぞれの出願は、その全体が参考として援用される。
配列表についての記載
本願に付随する配列表は、紙のコピーの代わりにテキストフォーマットで提供され、そして本明細書に参考として援用される。配列表を含むテキストファイルの名称はＳＡＴＨ＿００１＿０２ＷＯ＿ＳＴ２５．ｔｘｔである。テキストファイルは約６２ＫＢであり、２０１４年９月５日に作成され、ＥＦＳ−Ｗｅｂを通して電子的に提出されている。
背景
開示の分野
本開示は、ＩＩ型糖原貯蔵障害（ＧＳＤ−ＩＩ）（ポンぺ病、糖原病ＩＩ、酸性マルターゼ欠損症（ＡＭＤ）、酸性α−グルコシダーゼ欠損症、およびリソソームα−グルコシダーゼ欠損症としても公知）の処置のためのエクソン包含の誘導のためのアンチセンスオリゴマーおよび関連組成物ならびに方法に関し、より具体的には、エクソン２の包含を誘導し、それにより、回復レベルのＧＡＡ遺伝子によってコードされる酵素的に活性な酸性α−グルコシダーゼ（ＧＡＡ）タンパク質を得ることに関する。
関連技術の説明
選択的スプライシングにより、単一遺伝子から複数のタンパク質が産生されるので、ヒトゲノムが多数のタンパク質をコードすることができる。不適切な選択的スプライシングは、ますます多くのヒト疾患にも関連する。
ＧＳＤ−ＩＩは、酸性α−グルコシダーゼ（ＧＡＡ）と呼ばれる酵素の欠損に原因する遺伝性の常染色体劣性リソソーム貯蔵障害である。体内でのＧＡＡの役割は、グリコーゲンを分解することである。ＧＡＡ活性の減少またはＧＡＡ活性が存在しないことにより、罹患組織（心臓、骨格筋（呼吸に関与する骨格筋が含まれる）、肝臓、および神経系が含まれる）内にグリコーゲンが蓄積される。このグリコーゲン蓄積は、ＧＳＤ−ＩＩ罹患個体における進行性の筋力低下および呼吸機能不全の原因となると考えられている。ＧＳＤ−ＩＩは、乳児、幼児、または成人において生じ得、発病時期および症状の重症度によって予後は様々である。臨床的には、ＧＳＤ−ＩＩは、重篤（乳児型）からより軽度（遅発性の成人型）までの広範且つ連続的な重症度の範囲で発症し得る。患者は、最終的に呼吸機能不全で死亡する。疾患の重症度と残存する酸性α−グルコシダーゼ活性との間の相関性が高く、この活性は、遅発型で正常の１０〜２０％であり、早期発症型で正常の２％未満である。ＧＳＤ−ＩＩは全世界での罹患数がおよそ５，０００〜１０，０００人であると推定されている。
この疾患の成人発症型に関連する変異は、ＩＶＳ１−１３Ｔ＞Ｇが最も一般的である。成人発症型ＧＳＤ−ＩＩ患者の２／３超で認められるので、この変異は、ヘテロ接合個体で選択的に優位であり得るか、非常に古い変異である。この変異を有する成人発症型ＧＳＤ−ＩＩ個体は民族間の変動が大きく、共通始祖とすることには否定的である。
ＧＡＡ遺伝子は２０エクソンからなり、約２０ｋｂにわたる。３．４ｋｂのｍＲＮＡは、分子量がおよそ１０５ｋＤのタンパク質をコードする。ＩＶＳ１−１３Ｔ＞Ｇ変異により、開始コドンＡＵＧを含むエクソン２（５７７塩基）を喪失する。
ＧＳＤ−ＩＩの処置には薬物処置ストラテジー、食事療法、および骨髄移植が行われてきたが、大きな成果は挙げられていない。近年、ＧＳＤ−ＩＩ患者にとっての新たな希望として酵素代償療法（ＥＲＴ）が実施されている。例えば、Ｍｙｏｚｙｍｅ（登録商標）（組換えＧＡＡタンパク質薬）は、米国および欧州において２００６年にＧＳＤ−ＩＩ疾患患者での使用が承認された。Ｍｙｏｚｙｍｅ（登録商標）は、リソソームへの送達のためのＧＡＡタンパク質表面上のマンノース−６−リン酸（Ｍ６Ｐ）を拠り所とする。
主にＲＮＡ下方制御のために使用されているアンチセンステクノロジーは、最近、スプライシング過程を変化させるために採用されている。多数の遺伝子の一次遺伝子転写物（プレ−ｍＲＮＡ）のプロセシングは、イントロンの除去およびエクソンの正確なスプライシングを含み、ドナースプライス部位がアクセプタースプライス部位に接合する。スプライシングは、ポジティブエクソンスプライスエンハンサー（主にエクソン内に存在する）とネガティブスプライスモチーフ（スプライスサイレンサーは主にイントロン中に存在する）とのバランスを取りながらドナースプライス部位およびアクセプタースプライス部位ならびに分枝部位（アクセプタースプライス部位の上流）を協調的に認識する精密な過程である。
ＧＡＡプレ−ｍＲＮＡのスプライシングを変化させることができる有効な薬剤は、ＧＳＤ−ＩＩ処置の改善に治療的に有用である可能性が高い。
概要
本開示の実施形態は、細胞内のエクソン２含有ＧＡＡコードｍＲＮＡレベルを増加させるためのアンチセンスオリゴマーおよび関連組成物ならびに方法であって、ＧＡＡ遺伝子のプレ−ｍＲＮＡ内の領域に特異的にハイブリッド形成するのに十分な長さおよび相補性のアンチセンスオリゴマーと細胞を接触させることを含み、アンチセンスオリゴマーの前記領域への結合が細胞内のエクソン２含有ＧＡＡコードｍＲＮＡレベルを増加させる、アンチセンスオリゴマーおよび関連組成物ならびに方法に関する。
したがって、いくつかの実施形態では、本開示は、ヒト酸性α−グルコシダーゼ（ＧＡＡ）遺伝子のプレ−ｍＲＮＡのイントロン１（配列番号１）、エクソン２（配列番号２）、またはイントロン２（配列番号３）内の領域に特異的にハイブリッド形成するのに十分な長さおよび相補性のターゲティング配列を含む１０〜４０個のヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログのアンチセンスオリゴマーに関する。
一定の実施形態では、本開示は、アンチセンスオリゴマー化合物であって、
ホスホルアミダートモルホリノオリゴマーまたはホスホロジアミダートモルホリノオリゴマー（ＰＭＯ）、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ホスホロチオアートオリゴマー、トリシクロ−ＤＮＡオリゴマー、トリシクロ−ホスホロチオアートオリゴマー、２’Ｏ−Ｍｅ修飾オリゴマー、または前記の任意の組み合わせから選択される非天然化学骨格；および
ヒト酸性α−グルコシダーゼ（ＧＡＡ）遺伝子のプレ−ｍＲＮＡのイントロン１（配列番号１）、イントロン２（配列番号２）、またはエクソン２（配列番号３）内の領域に相補的なターゲティング配列を含むアンチセンスオリゴマー化合物に関する。
いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、表１に記載のＧＡＡ配列のイントロン１、エクソン２、および／またはイントロン２内の領域に特異的にハイブリッド形成する。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、イントロンスプライスサイレンサーエレメントまたはエクソンスプライスサイレンサーエレメントに特異的にハイブリッド形成する。一定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、表２に記載のターゲティング配列、表２中のターゲティング配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドのフラグメント、または表２中のターゲティング配列と少なくとも８０％の配列が同一のバリアントを含む。特定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、表２に記載のターゲティング配列からなるか、本質的になる。
一定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ホスホルアミダートモルホリノオリゴマーまたはホスホロジアミダートモルホリノオリゴマー（ＰＭＯ）、ＰＭＯ−Ｘ、ＰＰＭＯ、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ホスホロチオアートオリゴマー、トリシクロ−ＤＮＡオリゴマー、トリシクロ−ホスホロチオアートオリゴマー、２’Ｏ−Ｍｅ修飾オリゴマー、または前記の任意の組み合わせである。
いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０、少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０、または約１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個以下のカチオン性ヌクレオシド間連結を含む。一定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、約または少なくとも約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％のカチオン性ヌクレオシド間連結を含む。一定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、約ｐＫａ４．５と約ｐＫａ１２との間を示す約１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個、少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個、または約１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個以下のヌクレオシド間連結を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、約ｐＫａ４．５と約ｐＫａ１２との間を示す約または少なくとも約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％のヌクレオシド間連結を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、塩基性の窒素およびアルキル基、アリール基、またはアラルキル基の両方を含むヌクレオシド間連結を有する。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーはモルホリノを含む。
一定の実施形態では、本開示のアンチセンスオリゴマーは、式（Ｉ）：
（式中、
各Ｎｕは、共にターゲティング配列を形成する核酸塩基であり；
ｘは８〜３８の整数であり；
各Ｙは、独立して、Ｏまたは−ＮＲａから選択され、Ｒａは、水素、−Ｔ１−ＮＲｃＲｄＲｅ、および−［（Ｃ（Ｏ）ＣＨＲ’ＮＨ）ｍ］Ｒ’’からなる群から選択され：
Ｒ’は、天然に存在するアミノ酸またはその１炭素ホモログもしくは２炭素ホモログの側鎖であり、Ｒ’’は水素またはアシルから選択され、ｍは１〜６０の整数であり、Ｒｃは、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、アラルキル、および−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２からなる群から選択され、Ｒｄは、水素、アラルキル、およびＣ１〜Ｃ６アルキルからなる群から選択され、またはＲＣおよびＲｄがそれぞれ独立してＣ１〜Ｃ６アルキルまたはアラルキルである場合、ＲｃおよびＲｄは窒素原子と付着して５〜７員環を形成し、前記環は、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、フェニル、ハロゲン、およびアラルキルからなる群から選択される置換基と必要に応じて置換され、Ｒｅは、電子対、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、およびアラルキルからなる群から選択され；
各Ｌは、−Ｐ（Ｏ）２ＯＨ−、−Ｐ（Ｏ）２Ｒ１−、ピペラジニル基、カルボニル基、Ｈ（Ｏ（ＣＨ２）ｓＯ）ｗ−、−（ＯＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｗ、および−［（Ｃ（Ｏ）ＣＨＲ’ＮＨ）ｍ］Ｒ’’からなる群から独立して選択され、ｗは３〜２０から選択される整数であり、Ｓは１〜８から選択される整数であり；
ｎは０〜３の整数であり；
各Ｒ１は、−Ｎ（ＣＨ３）２、−ＮＲ５Ｒ６、−ＯＲ７、
式（ＩＩ）部分：
（式中、
Ｒ８は、水素、メチル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｚ−Ｔ２−ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２、および−［（Ｃ（Ｏ）ＣＨＲ’ＮＨ）ｍ］Ｒ’’からなる群から選択され、Ｚはカルボニルまたは直接結合であり、Ｒ９は、電子対、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、およびアラルキルからなる群から選択され、各Ｒ１０は、水素またはメチルから独立して選択される）；および
式（ＩＩＩ）部分：
（式中、
ｑは０〜２の整数であり、Ｒ１１は、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、アラルキル、および−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２からなる群から選択され、Ｒ１２は、水素、アラルキル、およびＣ１〜Ｃ６アルキルからなる群から選択され、またはＲ１１およびＲ１２は窒素原子と付着して５〜７員環を形成し、前記環は、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、フェニル、ハロゲン、およびアラルキルからなる群から選択される置換基と必要に応じて置換され、Ｒ１３は、電子対、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、およびアラルキルからなる群から選択される）からなる群から独立して選択され；
Ｒ２は、水素、ＯＨ、ヌクレオチド、−（ＣＨ２）ｍＣ（Ｏ）ＮＲｆＲｇからなる群から選択され、ＲｆおよびＲｇは、Ｈ、アシル、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、および−［（Ｃ（Ｏ）ＣＨＲ’ＮＨ）ｍ］Ｒ’’、−［（Ｃ（Ｏ）ＣＨＲ’ＮＨ）ｍ］Ｒ’’、Ｈ（Ｏ（ＣＨ２）ｓＯ）ｗ−、Ｈ（ＯＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｗ−、トリチル、−Ｃ（＝Ｏ）ＯＲｆ、およびアシルから独立して選択され、Ｒｆは、１つまたはそれを超える酸素部分もしくはヒドロキシル部分またはその組み合わせを含むＣ１〜Ｃ３０アルキルであり、またはＲ２は存在せず；
Ｒ３は、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、ヌクレオチド、−［（Ｃ（Ｏ）ＣＨＲ’ＮＨ）ｍ］Ｒ’’、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、トリチル、−Ｃ（＝Ｏ）ＯＲｇ、アシル、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｍＣ（Ｏ）、およびＴ４−（４−（４，６−（ＮＲ２）−１，３，５−トリアジン−２−イル）ピペラジン−１−イルからなる群から選択され、Ｒｇは、１つまたはそれを超える酸素部分もしくはヒドロキシル部分またはその組み合わせを含むＣ１〜Ｃ３０アルキルであり、Ｔ４は−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）６Ｃ（Ｏ）−または−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２Ｓ２（ＣＨ２）２Ｃ（Ｏ）−から選択され、Ｒは−（ＣＨ２）ＯＣ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ２）６ＮＨＣ（ＮＨ）ＮＨ２であり；
Ｒ４は、電子対、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、およびアシルからなる群から選択され、
各Ｒ５は水素またはメチルから独立して選択され；
各Ｒ６および各Ｒ７は、水素または−Ｔ３−ＮＲｃＲｄＲｅから独立して選択され；
Ｔ１、Ｔ２、およびＴ３の各々は、独立して、アルキル基、アルコキシ基、もしくはアルキルアミノ基、またはその組み合わせを含む１８原子長までの任意選択的なリンカーであり、
ここで、ターゲティング配列は、ヒト酸性α−グルコシダーゼ（ＧＡＡ）遺伝子のプレ−ｍＲＮＡのイントロン１（配列番号１）、イントロン２（配列番号２）、またはエクソン２（配列番号３）内の領域に相補的である）の化合物またはその薬学的に許容され得る塩である。
一定の実施形態では、本開示のアンチセンスオリゴマーは、式（ＩＶ）：
（式中、
各Ｎｕは、共にターゲティング配列を形成する核酸塩基であり；
ｘは１５〜２５の整数であり；
各ＹはＯであり；
各Ｒ１は、
（式中、少なくとも１つのＲ１は−Ｎ（ＣＨ３）２である）からなる群から独立して選択され、
ここで、ターゲティング配列は配列番号４〜１２０（ここで、Ｘはウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択される）から選択される）の化合物またはその薬学的に許容され得る塩である。
一定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、細胞取り込みを促進するペプチド部分をさらに含む。
表２に記載のヒト酸性α−グルコシダーゼ（ＧＡＡ）遺伝子のプレ−ｍＲＮＡのイントロン１（配列番号１）、エクソン２（配列番号２）、またはイントロン２（配列番号３）内の領域に特異的にハイブリッド形成するのに十分な長さおよび相補性のターゲティング配列を含むアンチセンスオリゴマーも開示の範囲内に含まれる。いくつかの実施形態では、ターゲティング配列は、配列番号４〜１２０（ここで、Ｘはウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択される）から選択されるターゲティング配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドを含む。一定の実施形態では、ターゲティング配列は、配列番号４〜１２０（ここで、Ｘはウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択される）から選択されるターゲティング配列と８０％の配列が同一である。
特定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ホスホルアミダートモルホリノオリゴマーまたはホスホロジアミダートモルホリノオリゴマー（ＰＭＯ）、ＰＭＯ−Ｘ、ＰＰＭＯ、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ホスホロチオアートオリゴマー、トリシクロ−ＤＮＡオリゴマー、トリシクロ−ホスホロチオアートオリゴマー、２’Ｏ−Ｍｅ修飾オリゴマー、または前記の任意の組み合わせである。
生理学的に許容され得るキャリアおよび本明細書中に記載のアンチセンスオリゴマーを含む薬学的組成物も含まれる。
一定の実施形態は、細胞内のエクソン２含有酸性α−グルコシダーゼ（ＧＡＡ）ｍＲＮＡレベルを増加させる方法であって、ＧＡＡ遺伝子のプレ−ｍＲＮＡ内の領域に特異的にハイブリッド形成するのに十分な長さおよび相補性のアンチセンスオリゴマーと前記細胞を接触させる工程を含み、前記アンチセンスオリゴマーの前記領域への結合が細胞内のエクソン２含有ＧＡＡｍＲＮＡレベルを増加させる、方法も含む。
いくつかの実施形態では、細胞内のエクソン２含有ＧＡＡｍＲＮＡレベルは、コントロールと比較して少なくとも約１０％増加する。一定の実施形態では、細胞内の機能的ＧＡＡタンパク質レベルは、コントロールと比較して少なくとも約１０％増加する。一定の実施形態では、細胞は、（アンチセンス未処置で）エクソン２含有ＧＡＡｍＲＮＡの発現を減少させるそのゲノムの１つまたはそれを超える対立遺伝子中にＩＶＳ１−１３Ｔ＞Ｇ変異を有する。
いくつかの実施形態では、細胞はそれを必要とする被験体中に存在し、方法は被験体へのアンチセンスオリゴマーの投与を含む。いくつかの実施形態では、被験体は、ＩＩ型糖原貯蔵障害（ＧＳＤ−ＩＩ）を有するか、有するリスクがある。本開示のいくつかの実施形態は、ＩＩ型糖原貯蔵障害（ＧＳＤ−ＩＩ；ポンぺ病）の処置を必要とする被験体におけるＩＩ型糖原貯蔵障害（ＧＳＤ−ＩＩ；ポンぺ病）の処置方法であって、被験体に有効量の本開示のアンチセンスオリゴマーを投与する工程を含む、方法に関する。一方、一定の実施形態は、ＩＩ型糖原貯蔵障害（ＧＳＤ−ＩＩ；ポンぺ病）処置のための医薬の調製で用いるアンチセンスオリゴマーに関する。
一定の実施形態では、被験体は、乳児ＧＳＤ−ＩＩを有するか有するリスクが有る。特定の実施形態では、被験体は、遅発性ＧＳＤ−ＩＩを有するか有するリスクが有る。一定の実施形態では、方法は、コントロールと比較して被験体中の１つまたはそれを超える組織中のグリコーゲンレベルを少なくとも約１０％減少させる工程を含む。
さらに、本開示は、ヒト酸性α−グルコシダーゼ（ＧＡＡ）遺伝子ｍＲＮＡ中のエクソン２包含を検出する方法であって、
配列番号１２１、１２２、または１２３からなる群から選択される塩基配列を含む少なくとも１つのポリメラーゼ連鎖反応プライマーを使用してＧＡＡｍＲＮＡを増幅する工程を含む、方法も含む。
本開示のこれらの態様および他の態様は、以下の詳細な説明および添付の図面を参照すると明らかとなるであろう。本明細書中に開示の全ての文献は、各々が個別に組み込まれるかのようにその全体が本明細書中で参考として組み込まれる。
例えば、本発明は以下の項目を提供する。
（項目１）
１０〜４０個のヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログのアンチセンスオリゴマー化合物であって、
ホスホルアミダートモルホリノオリゴマーまたはホスホロジアミダートモルホリノオリゴマー（ＰＭＯ）、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ホスホロチオアートオリゴマー、トリシクロ−ＤＮＡオリゴマー、トリシクロ−ホスホロチオアートオリゴマー、２’Ｏ−Ｍｅ−ホスホロチオアートオリゴマー、または前記の任意の組み合わせから選択される非天然化学骨格；および
ヒト酸性α−グルコシダーゼ（ＧＡＡ）遺伝子のプレ−ｍＲＮＡのイントロン１（配列番号１）、イントロン２（配列番号２）、またはエクソン２（配列番号３）内の領域に相補的なターゲティング配列
を含む、アンチセンスオリゴマー化合物。
（項目２）
前記ターゲティング配列が、配列番号４〜１２０（ここで、Ｘがウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択される）から選択される、項目１に記載の化合物。
（項目３）
式（Ｉ）：

（式中、
各Ｎｕは、共にターゲティング配列を形成する核酸塩基であり；
ｘは８〜３８の整数であり；
各Ｙは、独立して、Ｏまたは−ＮＲａから選択され、Ｒａは、水素、−Ｔ１−ＮＲｃＲｄＲｅ、および細胞透過性ペプチドからなる群から選択され：
Ｒｃは、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、アラルキル、および−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２からなる群から選択され、
Ｒｄは、水素、アラルキル、およびＣ１〜Ｃ６アルキルからなる群から選択され、または
ＲＣおよびＲｄがそれぞれ独立してＣ１〜Ｃ６アルキルまたはアラルキルである場合、ＲｃおよびＲｄは窒素原子と付着して５〜７員環を形成し、前記環は、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、フェニル、ハロゲン、およびアラルキルからなる群から選択される置換基と必要に応じて置換され、
Ｒｅは、電子対、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、およびアラルキルからなる群から選択され；
各Ｌは、

および細胞透過性ペプチドからなる群から独立して選択され、ｗは３〜２０から選択される整数であり、Ｓは１〜８から選択される整数であり；
ｎは０〜３の整数であり；
各Ｒ１は、−Ｎ（ＣＨ３）２、−ＮＲ５Ｒ６、−ＯＲ７、
式（ＩＩ）部分：

（式中、
Ｒ８は、水素、メチル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｚ−Ｔ２−ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２、および細胞透過性ペプチドからなる群から選択され、Ｚはカルボニルまたは直接結合であり、
Ｒ９は、電子対、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、およびアラルキルからなる群から選択され；
各Ｒ１０は、水素またはメチルから独立して選択される）；および
式（ＩＩＩ）部分：

（式中、
ｑは０〜２の整数であり、
Ｒ１１は、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、アラルキル、および−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２からなる群から選択され、
Ｒ１２は、水素、アラルキル、およびＣ１〜Ｃ６アルキルからなる群から選択され、または
Ｒ１１およびＲ１２は窒素原子と付着して５〜７員環を形成し、前記環は、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、フェニル、ハロゲン、およびアラルキルからなる群から選択される置換基と必要に応じて置換され、
Ｒ１３は、電子対、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、およびアラルキルからなる群から選択される）からなる群から独立して選択され、
Ｒ２は、水素、ＯＨ、ヌクレオチド、細胞透過性ペプチド、式

の部分、トリチル、−Ｃ（＝Ｏ）ＯＲｆ、およびアシルから独立して選択され、Ｒｆは、１つまたはそれを超える酸素部分もしくはヒドロキシル部分によって必要に応じて置換されたＣ１〜Ｃ３０アルキルであり、またはＲ２は存在せず；
Ｒ３は、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、ヌクレオチド、細胞透過性ペプチド、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、トリチル、−Ｃ（＝Ｏ）ＯＲｇ、アシル、および式

の部分からなる群から選択され、
Ｒｇは、１つまたはそれを超える酸素部分もしくはヒドロキシル部分によって必要に応じて置換されたＣ１〜Ｃ３０アルキルであり、
Ｒ４は、電子対、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、およびアシルからなる群から選択され、
Ｒ５は水素またはメチルから独立して選択され；
Ｒ６およびＲ７は、水素または−Ｔ３−ＮＲｃＲｄＲｅから独立して選択され；
Ｔ１、Ｔ２、およびＴ３の各々は、独立して、アルキル基、アルコキシ基、もしくはアルキルアミノ基、またはその組み合わせを含む１８原子長までの任意選択的なリンカーであり、
ここで、前記ターゲティング配列が、ヒト酸性α−グルコシダーゼ（ＧＡＡ）遺伝子のプレ−ｍＲＮＡのイントロン１（配列番号１）、イントロン２（配列番号２）、またはエクソン２（配列番号３）内の領域に相補的である）の化合物またはその薬学的に許容され得る塩。
（項目４）
各Ｎｕが、アデニン、グアニン、チミン、ウラシル、シトシン、ヒポキサンチン、２，６−ジアミノプリン、５−メチルシトシン、Ｃ５−プロピニル修飾ピリミジン、および１０−（９−（アミノエトキシ）フェノキサジン）からなる群から独立して選択される、項目３に記載の化合物。
（項目５）
各Ｒ１が−Ｎ（ＣＨ３）２である、項目３に記載の化合物。
（項目６）
前記ターゲティング配列が、配列番号４〜１２０（ここで、Ｘはウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択される）から選択される、項目５に記載の化合物。
（項目７）
少なくとも１つのＲ１が、

からなる群から選択される、項目３に記載の化合物。
（項目８）
５０〜９０％のＲ１基が−Ｎ（ＣＨ３）２である、項目３に記載の化合物。
（項目９）
６６％のＲ１基が−Ｎ（ＣＨ３）２である、項目３に記載の化合物。
（項目１０）
ｎは２であり；
Ｒ２とＬが共に式：

を形成し；
Ｙは各部位でＯである、項目３に記載の化合物
（項目１１）
式（ＩＶ）：

（式中、
各Ｎｕは、共にターゲティング配列を形成する核酸塩基であり；
ｘは１５〜２５の整数であり；
各ＹはＯであり；
各Ｒ１は、：

からなる群から独立して選択され、
少なくとも１つのＲ１は−Ｎ（ＣＨ３）２であり、
ここで、前記ターゲティング配列は配列番号４〜１２０（ここで、Ｘはウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択される）から選択される）の化合物またはその薬学的に許容され得る塩。
（項目１２）
１０〜４０個のヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログのアンチセンスオリゴマー化合物および薬学的に許容され得るキャリアを含む薬学的組成物であって、前記化合物が、ホスホルアミダートモルホリノオリゴマーまたはホスホロジアミダートモルホリノオリゴマー（ＰＭＯ）、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ホスホロチオアートオリゴマー、トリシクロ−ＤＮＡオリゴマー、トリシクロ−ホスホロチオアートオリゴマー、２’Ｏ−Ｍｅ−ホスホロチオアートオリゴマー、または前記の任意の組み合わせから選択される非天然化学骨格；および
ヒト酸性α−グルコシダーゼ（ＧＡＡ）遺伝子のプレ−ｍＲＮＡのイントロン１（配列番号１）、イントロン２（配列番号２）、またはエクソン２（配列番号３）内の領域に相補的なターゲティング配列
を含む、薬学的組成物。
（項目１３）
前記ターゲティング配列が、配列番号４〜１２０（ここで、Ｘはウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択される）から選択される、項目１２に記載の薬学的組成物。
（項目１４）
式（Ｉ）：

（式中、
各Ｎｕは、共にターゲティング配列を形成する核酸塩基であり；
ｘは８〜３８の整数であり；
各Ｙは、独立して、Ｏまたは−ＮＲａから選択され、Ｒａは、水素、−Ｔ１−ＮＲｃＲｄＲｅ、および細胞透過性ペプチドからなる群から選択され：
Ｒｃは、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、アラルキル、および−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２からなる群から選択され、
Ｒｄは、水素、アラルキル、およびＣ１〜Ｃ６アルキルからなる群から選択され、または
ＲＣおよびＲｄがそれぞれ独立してＣ１〜Ｃ６アルキルまたはアラルキルである場合、ＲｃおよびＲｄは窒素原子と付着して５〜７員環を形成し、前記環は、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、フェニル、ハロゲン、およびアラルキルからなる群から選択される置換基と必要に応じて置換され、
Ｒｅは、電子対、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、およびアラルキルからなる群から選択され；
各Ｌは、

および細胞透過性ペプチドからなる群から独立して選択され、ｗは３〜２０から選択される整数であり、Ｓは１〜８から選択される整数であり；
ｎは０〜３の整数であり；
各Ｒ１は、−Ｎ（ＣＨ３）２、−ＮＲ５Ｒ６、−ＯＲ７、
式（ＩＩ）部分：

（式中、
Ｒ８は、水素、メチル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｚ−Ｔ２−ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２、および細胞透過性ペプチドからなる群から選択され、Ｚはカルボニルまたは直接結合であり、
Ｒ９は、電子対、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、およびアラルキルからなる群から選択され；
各Ｒ１０は、水素またはメチルから独立して選択される）；および
式（ＩＩＩ）部分：

（式中、
ｑは０〜２の整数であり；
Ｒ１１は、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、アラルキル、および−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２からなる群から選択され、
Ｒ１２は、水素、アラルキル、およびＣ１〜Ｃ６アルキルからなる群から選択され、または
Ｒ１１およびＲ１２は窒素原子と付着して５〜７員環を形成し、前記環は、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、フェニル、ハロゲン、およびアラルキルからなる群から選択される置換基と必要に応じて置換され；
Ｒ１３は、電子対、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、およびアラルキルからなる群から選択される）からなる群から独立して選択され；
Ｒ２は、水素、ＯＨ、ヌクレオチド、細胞透過性ペプチド、式
の部分、トリチル、−Ｃ（＝Ｏ）ＯＲｆ、およびアシルから独立して選択され、Ｒｆは、１つまたはそれを超える酸素部分もしくはヒドロキシル部分によって必要に応じて置換されたＣ１〜Ｃ３０アルキルであり、またはＲ２は存在せず；
Ｒ３は、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、ヌクレオチド、細胞透過性ペプチド、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、トリチル、アシル、および
式

の部分からなる群から選択され、
Ｒｇは、１つまたはそれを超える酸素部分もしくはヒドロキシル部分によって必要に応じて置換されたＣ１〜Ｃ３０アルキルであり；
Ｒ４は、電子対、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、およびアシルからなる群から選択され、
Ｒ５は水素またはメチルから独立して選択され；
Ｒ６およびＲ７は、水素または−Ｔ３−ＮＲｃＲｄＲｅから独立して選択され；
Ｔ１、Ｔ２、およびＴ３の各々は、独立して、アルキル基、アルコキシ基、もしくはアルキルアミノ基、またはその組み合わせを含む１８原子長までの任意選択的なリンカーであり、
ここで、前記ターゲティング配列が、ヒト酸性α−グルコシダーゼ（ＧＡＡ）遺伝子のプレ−ｍＲＮＡのイントロン１（配列番号１）、イントロン２（配列番号２）、またはエクソン２（配列番号３）内の領域に相補的である）の化合物またはその薬学的に許容され得る塩、および
薬学的に許容され得るキャリア
を含む薬学的組成物。
（項目１５）
各Ｒ１が−Ｎ（ＣＨ３）２である、項目１４に記載の薬学的組成物。
（項目１６）
前記ターゲティング配列が、配列番号４〜１２０（ここで、Ｘはウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択される）から選択される、項目１５に記載の薬学的組成物。
（項目１７）
ｎは２であり；
Ｒ２とＬが共に式：

を形成し；
Ｙは各部位でＯである、項目１４に記載の薬学的組成物。
（項目１８）
ＩＩ型糖原貯蔵障害の処置を必要とする被験体におけるＩＩ型糖原貯蔵障害の処置方法であって、有効量の以下：
ホスホルアミダートモルホリノオリゴマーまたはホスホロジアミダートモルホリノオリゴマー（ＰＭＯ）、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ホスホロチオアートオリゴマー、トリシクロ−ＤＮＡオリゴマー、トリシクロ−ホスホロチオアートオリゴマー、２’Ｏ−Ｍｅ−ホスホロチオアート（ｐｈｏｓｐｈｏｒｏｔｉｏａｔｅ）オリゴマー、または前記の任意の組み合わせから選択される非天然化学骨格；および
ヒト酸性α−グルコシダーゼ（ＧＡＡ）遺伝子のプレ−ｍＲＮＡのイントロン１（配列番号１）、イントロン２（配列番号２）、またはエクソン２（配列番号３）内の領域に相補的なターゲティング配列
を含む１０〜４０個のヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログのアンチセンスオリゴマー化合物を前記被験体に投与する工程を含む、方法。
（項目１９）
前記ターゲティング配列が、配列番号４〜１２０（ここで、Ｘはウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択される）から選択される、項目１８に記載の方法。
（項目２０）
ＩＩ型糖原貯蔵障害の処置を必要とする被験体におけるＩＩ型糖原貯蔵障害の処置方法であって、有効量の式（Ｉ）：

（式中、
各Ｎｕは、共にターゲティング配列を形成する核酸塩基であり；
ｘは８〜３８の整数であり；
各Ｙは、独立して、Ｏまたは−ＮＲａから選択され、Ｒａは、水素、−Ｔ１−ＮＲｃＲｄＲｅ、および細胞透過性ペプチドからなる群から選択され：
Ｒｃは、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、アラルキル、および−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２からなる群から選択され、
Ｒｄは、水素、アラルキル、およびＣ１〜Ｃ６アルキルからなる群から選択され、または
ＲＣおよびＲｄがそれぞれ独立してＣ１〜Ｃ６アルキルまたはアラルキルである場合、ＲｃおよびＲｄは窒素原子と付着して５〜７員環を形成し、前記環は、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、フェニル、ハロゲン、およびアラルキルからなる群から選択される置換基と必要に応じて置換され、
Ｒｅは、電子対、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、およびアラルキルからなる群から選択され；
各Ｌは、

および細胞透過性ペプチドからなる群から独立して選択され、ｗは３〜２０から選択される整数であり、Ｓは１〜８から選択される整数であり；
ｎは０〜３の整数であり；
各Ｒ１は、−Ｎ（ＣＨ３）２、−ＮＲ５Ｒ６、−ＯＲ７、
式（ＩＩ）部分：

（式中、
Ｒ８は、水素、メチル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｚ−Ｔ２−ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２、および細胞透過性ペプチドからなる群から選択され、Ｚはカルボニルまたは直接結合であり、
Ｒ９は、電子対、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、およびアラルキルからなる群から選択され；
各Ｒ１０は、水素またはメチルから独立して選択される）；および
式（ＩＩＩ）部分：

（式中、
ｑは０〜２の整数であり；
Ｒ１１は、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、アラルキル、および−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２からなる群から選択され、
Ｒ１２は、水素、アラルキル、およびＣ１〜Ｃ６アルキルからなる群から選択され、または
Ｒ１１およびＲ１２は窒素原子と付着して５〜７員環を形成し、前記環は、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、フェニル、ハロゲン、およびアラルキルからなる群から選択される置換基と必要に応じて置換され；
Ｒ１３は、電子対、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、およびアラルキルからなる群から選択される）からなる群から独立して選択され；
Ｒ２は、水素、ＯＨ、ヌクレオチド、細胞透過性ペプチド
式

の部分、トリチル、−Ｃ（＝Ｏ）ＯＲｆ、およびアシルから独立して選択され、Ｒｆは、１つまたはそれを超える酸素部分もしくはヒドロキシル部分によって必要に応じて置換されたＣ１〜Ｃ３０アルキルであり、またはＲ２は存在せず；
Ｒ３は、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、ヌクレオチド、細胞透過性ペプチド、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、トリチル、アシル、および式

の部分からなる群から選択され、
Ｒｇは、１つまたはそれを超える酸素部分もしくはヒドロキシル部分によって必要に応じて置換されたＣ１〜Ｃ３０アルキルであり、
Ｒ４は、電子対、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、およびアシルからなる群から選択され、
Ｒ５は水素またはメチルから独立して選択され；
Ｒ６およびＲ７は、水素または−Ｔ３−ＮＲｃＲｄＲｅから独立して選択され；
Ｔ１、Ｔ２、およびＴ３の各々は、独立して、アルキル基、アルコキシ基、もしくはアルキルアミノ基、またはその組み合わせを含む１８原子長までの任意選択的なリンカーであり、
ここで、前記ターゲティング配列が、ヒト酸性α−グルコシダーゼ（ＧＡＡ）遺伝子のプレ−ｍＲＮＡのイントロン１（配列番号１）、イントロン２（配列番号２）、またはエクソン２（配列番号３）内の領域に相補的である）のアンチセンスオリゴマー化合物またはその薬学的に許容され得る塩を前記被験体に投与する工程を含む、方法。
（項目２１）
各Ｒ１が−Ｎ（ＣＨ３）２である、項目２０に記載の方法。
（項目２２）
前記ターゲティング配列が、配列番号４〜１２０（ここで、Ｘがウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択される）から選択される、項目２１に記載の方法。
（項目２３）
ｎは２であり；
Ｒ２とＬは共に式：

を形成し；
Ｙは各部位でＯである、項目２０に記載の方法。
（項目２４）
ヒト酸性α−グルコシダーゼ（ＧＡＡ）遺伝子のプレ−ｍＲＮＡのイントロン１（配列番号１）、エクソン２（配列番号２）、またはイントロン２（配列番号３）内の領域に特異的にハイブリッド形成するのに十分な長さおよび相補性のターゲティング配列を含むアンチセンスオリゴマー。
（項目２５）
前記ターゲティング配列が、配列番号４〜１２０（ここで、Ｘはウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択される）から選択されるターゲティング配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドを含む、項目２４に記載のアンチセンスオリゴマー。
（項目２６）
前記ターゲティング配列が、配列番号４〜１２０（ここで、Ｘはウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択される）から選択されるターゲティング配列と８０％の配列が同一である、項目２４に記載のアンチセンスオリゴマー。
図１は、立体遮断アンチセンスオリゴマーがエクソン欠失ＧＡＡｍＲＮＡと比較してエクソン２含有ＧＡＡｍＲＮＡレベルを増強することができる機構の１つを示す。 図２は、エクソン１（順方向）およびエクソン３（逆方向）に指向するプライマーを使用した、エクソン２を含有する野生型ＧＡＡ遺伝子由来の約１１７７塩基のＰＣＲ増幅産物を示す（実施例２を参照のこと）。 図３Ａ〜３Ｃは、実施例２の表Ｅ１由来の２’−Ｏ−メチル修飾アンチセンスオリゴマーの結果を示す。図３Ａは、約６００塩基アンプリコンの増幅の減少（約１１７７塩基の全長アンプリコンとの比較）によって証明されるように、オリゴマー９（ＧＡＡ−ＩＶＳ１（−７４−５５））および１２（ＧＡＡ−ＩＶＳ１（−１５８−１４０））がＩＶＳ１−１３Ｇ＞Ｔ変異を保有するヒト細胞中のエクソン２包含を誘導したことを示す。図３Ｂは、オリゴマー１４（ＧＡＡ−ＩＶＳ２（−５３−７２））がエクソン２包含を誘導したことを示す。図３Ｃは、オリゴマー２０（ＧＡＡ−ＩＶＳ２（−１７３−１９２））および２２（ＧＡＡ−ＩＶＳ２（−３３８−３６４））が同様にある程度のエクソン−２包含を誘導したことを示す。 図３Ａ〜３Ｃは、実施例２の表Ｅ１由来の２’−Ｏ−メチル修飾アンチセンスオリゴマーの結果を示す。図３Ａは、約６００塩基アンプリコンの増幅の減少（約１１７７塩基の全長アンプリコンとの比較）によって証明されるように、オリゴマー９（ＧＡＡ−ＩＶＳ１（−７４−５５））および１２（ＧＡＡ−ＩＶＳ１（−１５８−１４０））がＩＶＳ１−１３Ｇ＞Ｔ変異を保有するヒト細胞中のエクソン２包含を誘導したことを示す。図３Ｂは、オリゴマー１４（ＧＡＡ−ＩＶＳ２（−５３−７２））がエクソン２包含を誘導したことを示す。図３Ｃは、オリゴマー２０（ＧＡＡ−ＩＶＳ２（−１７３−１９２））および２２（ＧＡＡ−ＩＶＳ２（−３３８−３６４））が同様にある程度のエクソン−２包含を誘導したことを示す。 図３Ａ〜３Ｃは、実施例２の表Ｅ１由来の２’−Ｏ−メチル修飾アンチセンスオリゴマーの結果を示す。図３Ａは、約６００塩基アンプリコンの増幅の減少（約１１７７塩基の全長アンプリコンとの比較）によって証明されるように、オリゴマー９（ＧＡＡ−ＩＶＳ１（−７４−５５））および１２（ＧＡＡ−ＩＶＳ１（−１５８−１４０））がＩＶＳ１−１３Ｇ＞Ｔ変異を保有するヒト細胞中のエクソン２包含を誘導したことを示す。図３Ｂは、オリゴマー１４（ＧＡＡ−ＩＶＳ２（−５３−７２））がエクソン２包含を誘導したことを示す。図３Ｃは、オリゴマー２０（ＧＡＡ−ＩＶＳ２（−１７３−１９２））および２２（ＧＡＡ−ＩＶＳ２（−３３８−３６４））が同様にある程度のエクソン−２包含を誘導したことを示す。 図４Ａ〜４Ｃは、表４ＡのＰＭＯアンチセンスオリゴマーについてのＲＴ−ＰＣＲの結果を示す。 図４Ａ〜４Ｃは、表４ＡのＰＭＯアンチセンスオリゴマーについてのＲＴ−ＰＣＲの結果を示す。 図４Ａ〜４Ｃは、表４ＡのＰＭＯアンチセンスオリゴマーについてのＲＴ−ＰＣＲの結果を示す。
詳細な説明
Ｉ．定義
他で定義しない限り、本明細書中で使用した全ての技術用語および科学用語は、開示分野に属する当業者によって一般的に理解されている意味を有する。本明細書中に記載の方法と材料と類似するか等価な任意の方法と材料を本開示の主題の実施または試験で使用することができるが、好ましい方法と材料を記載する。本開示の目的のために、以下の用語を以下に定義する。
冠詞「ａ」および「ａｎ」を、本明細書中で、１つまたは１つを超える（すなわち、少なくとも１つの）その冠詞の文法上の対象をいうために使用する。例として「エレメント（ａｎ ｅｌｅｍｅｎｔ）」は、１つのエレメントまたは１つを超えるエレメントを意味する。
「約」は、基準となる重量、レベル、値、数、頻度、百分率、寸法、サイズ、量、重さ、または長さに対して３０、２５、２０、１５、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、または１％程度変動する重量、レベル、値、数、頻度、百分率、寸法、サイズ、量、重さ、または長さを意味する。
「コード配列」は、遺伝子のポリペプチド産物のコードに寄与する任意の核酸配列を意味する。対照的に、用語「非コード配列」は、遺伝子のポリペプチド産物のコードに直接寄与しない任意の核酸配列をいう。
本開示を通して、文脈上他の意味に解すべき場合を除き、用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」、および「含むこと（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」は、記載の工程、要素、または工程もしくは要素の群を含むが、いかなる他の工程、要素、または工程もしくは要素の群を排除しないことを意味すると理解されるであろう。
「〜からなる」は、句「〜からなる」に続く要素を包含し、この包含はこれらの要素に限定されることを意味する。したがって、句「〜からなる」は、列挙した要素が必要または必須であり、他の要素が存在し得ないことを示す。「〜から本質的になる」は、句の後に列挙した任意の要素を包含し、列挙した要素についての開示に定められた活性または作用に干渉や寄与しない他の要素に限って包含することを意味する。しがって、句「〜から本質的になる」は、列挙した要素が必要または必須であるが、他の要素が列挙した要素の活性または作用に実質的に影響を及ぼすかどうかに依存して他の要素は選択的であり、存在してもしなくてもよいことを示す。
本明細書中で使用する場合、用語「細胞を接触させること」、「導入すること」、または「送達すること」は、当該分野で日常的な方法（例えば、トランスフェクション（例えば、リポソーム、リン酸カルシウム、ポリエチレンイミン）、エレクトロポレーション（例えば、ヌクレオフェクション）、微量注入））による細胞内への開示のオリゴマーの送達を含む。
本明細書中で使用する場合、用語「アルキル」には、１つまたはそれを超える官能基で必要に応じて置換された直鎖（すなわち、非分岐または非環式）、分岐、環式、または多環式の非芳香族炭化水素基が含まれることが意図される。他で規定しない限り、「アルキル」基は、１〜８個、好ましくは１〜６個の炭素原子を含む。Ｃ１〜Ｃ６アルキルには、Ｃ１、Ｃ２、Ｃ３、Ｃ４、Ｃ５、およびＣ６アルキル基が含まれることが意図される。低級アルキルは、１〜６個の炭素原子を含むアルキル基をいう。アルキルの例には、メチル、エチル、ｎ−プロピル、イソプロピル、シクロプロピル、ブチル、イソブチル、ｓｅｃ−ブチル、ｔｅｒｔ−ブチル、シクロブチル、ペンチル、イソペンチルｔｅｒｔ−ペンチル、シクロペンチル、ヘキシル、イソヘキシル、シクロヘキシルなどが含まれるが、これらに限定されない。アルキルは置換または非置換であり得る。例示的な置換アルキル基には、フルオロメチル、ジフルオロメチル、トリフルオロメチル、２−フルオロエチル、３−フルオロプロピル、ヒドロキシメチル、２−ヒドロキシエチル、３−ヒドロキシプロピル、ベンジル、置換ベンジル、フェネチル、置換フェネチルなどが含まれるが、これらに限定されない。
本明細書中で使用する場合、用語「アルコキシ」は、表示の炭素数の上記定義のアルキル基が酸素橋を介して付着したアルキルの部分集合を意味する。例えば、「アルコキシ」は、アルキル基が直鎖、分岐、環式の立体配置の１〜８個の炭素原子を含む−Ｏ−アルキル基をいう。「アルコキシ」の例には、メトキシ、エトキシ、ｎ−プロポキシ、ｉ−プロポキシ、ｔ−ブトキシ、ｎ−ブトキシ、およびｓ−ペントキシなどが含まれるが、これらに限定されない。
本明細書中で使用する場合、単独または「アラルキル」、「アラルコキシ」、もしくは「アリールオキシ−アルキル」のような大きい方の部分の一部として使用される用語「アリール」は、６〜１４個の環原子を有する芳香環基（フェニル、１−ナフチル、２−ナフチル、１−アントラシル、および２−アントラシルなど）をいう。「アリール」環は、１つまたはそれを超える置換基を含んでよい。用語「アリール」を、用語「アリール環」と互換的に使用することができる。「アリール」には、芳香環が１つまたはそれを超える環に縮合した縮合多環式芳香環系も含まれる。有用なアリール環基の非限定的な例には、フェニル、ヒドロキシフェニル、ハロフェニル、アルコキシフェニル、ジアルコキシフェニル、トリアルコキシフェニル、アルキレンジオキシフェニル、ナフチル、フェナントリル、アントリル、およびフェナントロなど、ならびに１−ナフチル、２−ナフチル、１−アントラシル、および２−アントラシルが含まれる。本明細書中で使用する場合、ラジカルまたは付着点が芳香環上に存在する芳香環が１つまたはそれを超える非芳香環に縮合した基（インダニル、フェナントリジニル、またはテトラヒドロナフチルなど）も用語「アリール」の範囲内に含まれる。
用語「アシル」は、Ｃ（Ｏ）Ｒ基（式中、上記定義のように、Ｒは、Ｈ、アルキル、またはアリールを示す）を意味する。アシル基の例には、ホルミル、アセチル、ベンゾイル、フェニルアセチル、および類似の基が含まれる。
用語「ホモログ」は、本明細書中で使用する場合、同一の化学基の連続的付加によって規則的に異なる化合物を意味する。例えば、化合物のホモログは、１つまたはそれを超える−ＣＨ２−基、アミノ酸残基、ヌクレオチド、またはヌクレオチドアナログが付加されていることが異なり得る。
用語「細胞透過性ペプチド」（ＣＰＰ）または「細胞取り込みを増強するペプチド部分」を互換的に使用し、この用語は、「輸送ペプチド」、「キャリアペプチド」、または「ペプチド伝達ドメイン」とも呼ばれるカチオン性細胞透過性ペプチドをいう。ペプチドは、本明細書中で示すように、所与の細胞培養集団の細胞の約または少なくとも約３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％の細胞内の細胞透過を誘導する能力を有し、全身投与の際にｉｎ ｖｉｖｏで複数の組織内に高分子を移行可能である。いくつかの実施形態では、ＣＰＰは、式−［（Ｃ（Ｏ）ＣＨＲ’ＮＨ）ｍ］Ｒ’’（式中、Ｒ’は、天然に存在するアミノ酸またはその１炭素ホモログもしくは２炭素ホモログの側鎖であり、Ｒ’’は水素またはアシルから選択され、ｍは５０までの整数である）のＣＰＰである。さらなるＣＰＰが当該分野で周知であり、例えば、米国特許出願公開第２０１０／００１６２１５号（その全体が参考として組み込まれる）に開示されている。他の実施形態では、ｍは１〜５０から選択される整数であり、ｍが１である場合、一部は単一のアミノ酸またはその誘導体である。
本明細書中で使用する場合、「アミノ酸」は、一次アミノ基、カルボン酸基、側鎖、および水素原子に付着する炭素原子からなる化合物をいう。例えば、用語「アミノ酸」には、グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、アスパラギン、グルタミン、リジン、およびアルギニンが含まれるが、これらに限定されない。さらに、本明細書中で使用する場合、「アミノ酸」には、エステル、アミド、および塩、ならびに他の誘導体などのアミノ酸の誘導体（活性形態への代謝の際に薬理学的性質を有する誘導体が含まれる）も含まれる。したがって、用語「アミノ酸」は、天然に存在するアミノ酸および天然に存在しないアミノ酸が含まれると理解される。
「電子対」は、他の原子と結合していないまたは他の原子と共有されていない価電子対をいう。
「相同性」は、同一であるか、保存的置換を構成するアミノ酸数の百分率をいう。相同性を、ＧＡＰなどの配列比較プログラムを使用して決定することができる（Ｄｅｖｅｒａｕｘら，１９８４，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ １２，３８７−３９５）。このような方法で、本明細書中に引用した長さと類似するか実質的に異なる長さの配列を、アラインメント内にギャップを挿入し、かかるギャップを、例えば、ＧＡＰで使用した比較アルゴリズムによって決定することによって比較することができる。
「単離された」は、通常はその未変性の状態で付随する成分を実質的または本質的に含まない材料を意味する。例えば、「単離されたポリヌクレオチド」、「単離されたオリゴヌクレオチド」、または「単離されたオリゴマー」は、本明細書中で使用する場合、天然に存在する状態で隣接する配列から精製または除去されているポリヌクレオチドをいうことができる（例えば、ゲノム内のフラグメントに隣接する配列から取り出されたＤＮＡフラグメント）。細胞に関する場合、用語「単離」は、供給源となる被験体（例えば、ポリヌクレオチド反復疾患を有する被験体）からの細胞（例えば、線維芽細胞、リンパ芽球）の精製をいう。ｍＲＮＡまたはタンパク質の文脈では、「単離」は、供給源（例えば、細胞）からのｍＲＮＡまたはタンパク質の回収をいう。
用語「調整する」には、１つまたはそれを超える定量可能なパラメーターが必要に応じて所定量および／または統計的に有意な量だけ「増加すること」または「減少すること」が含まれる。「増加する」もしくは「増加」、「増強する」もしくは「増強」、または「刺激する」もしくは「刺激」は、一般に、１つまたはそれを超えるアンチセンス化合物またはアンチセンス組成物が、アンチセンス化合物の非存在下またはコントロール化合物のいずれかに原因する応答と比較して細胞または被験体内により高い生理学的応答（すなわち、下流効果）を生じるか引き起こす能力をいう。関連する生理学的応答または細胞応答（ｉｎ ｖｉｖｏまたはｉｎ ｖｉｔｒｏ）は、当業者に明らかであり、それを必要とする細胞、組織、または被験体中のＧＡＡコードプレ−ｍＲＮＡ中のエクソン２の包含の増加または機能的ＧＡＡ酵素発現の増加が含まれ得る。「増大した」または「増強した」量は、典型的には「統計的に有意な」量であり、アンチセンス化合物の非存在下（薬剤の非存在下）またはコントロール化合物によって得られる量の１．１、１．２、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、３０、４０、５０倍、またはそれを超える（例えば、５００、１０００倍）（１の間または１を超える全ての整数および小数点（例えば、１．５、１．６、１．７．１．８）が含まれる）増加が含まれ得る。用語「軽減する」または「抑制する」は、一般に、診断分野における日常的技術にしたがって測定した場合に１つまたはそれを超えるアンチセンス化合物またはアンチセンス組成物が関連する生理学的応答または細胞応答（本明細書中に記載の疾患または容態の症状など）を「軽減する」能力に関する。関連する生理学的応答または細胞応答（ｉｎ ｖｉｖｏまたはｉｎ ｖｉｔｒｏ）は当業者に明らかであり、ポンぺ病などの糖原貯蔵障害の症状または病態の軽減（例えば、１つまたはそれを超える組織中のグリコーゲン蓄積の減少）が含まれ得る。応答の「減少」は、アンチセンス化合物の非存在下またはコントロール組成物によって得られる応答と比較して「統計的に有意」であり得、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％（前述の数値間の全ての整数が含まれる）の減少が含まれ得る。
本明細書中で使用する場合、「アンチセンスオリゴヌクレオチド」、「アンチセンスオリゴマー」、または「オリゴヌクレオチド」は、核酸塩基がワトソン・クリック型塩基対合によってＲＮＡ中の標的配列にハイブリッド形成して標的配列内にオリゴマー：ＲＮＡヘテロ二重鎖を形成することが可能なヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログの直鎖状配列をいう。用語「アンチセンスオリゴヌクレオチド」、「アンチセンスオリゴマー」、「オリゴマー」、および「化合物」を、オリゴマーをいうために互換的に使用することができる。環状サブユニットは、リボースまたは別のペントース糖、または一定の実施形態では、モルホリノ基（以下のモルホリノオリゴマーの説明を参照のこと）に基づき得る。当該分野で公知の他のアンチセンス剤のうちで特にペプチド核酸（ＰＮＡ）、ロックド核酸（ＬＮＡ）、トリシクロ−ＤＮＡオリゴマー、トリシクロ−ホスホロチオアートオリゴマー、および２’−Ｏ−メチルオリゴマーも意図される。
天然に存在しないオリゴマー、すなわち「オリゴヌクレオチドアナログ」（（ｉ）修飾された骨格構造（例えば、天然に存在するオリゴヌクレオチドおよびポリヌクレオチド中に見いだされる標準的なホスホジエステル連結以外の骨格）、および／または（ｉｉ）修飾された糖部分（例えば、リボース部分またはデオキシリボース部分よりもむしろモルホリノ部分）を有するオリゴマーが含まれる）が含まれる。オリゴマーアナログは、ワトソン・クリック型塩基対合によって標準的なポリヌクレオチド塩基に水素結合することができる塩基を支持し、ここで、アナログ骨格は、配列特異的様式でのオリゴマーアナログ分子と標準的なポリヌクレオチド（例えば、一本鎖ＲＮＡまたは一本鎖ＤＮＡ）中の塩基との間のかかる水素結合を可能にする様式で塩基を提供する。好ましいアナログは、骨格を含む実質的に無電荷のリンを有するアナログである。
「ヌクレアーゼ耐性」オリゴマーは、その骨格が体内の一般的な細胞外ヌクレアーゼおよび細胞内ヌクレアーゼ（例えば、３’−エキソヌクレアーゼなどのエキソヌクレアーゼ、エンドヌクレアーゼ、ＲＮアーゼＨ）によるヌクレアーゼ切断に実質的に耐性を示す非ハイブリッド形成形態またはハイブリッド形成形態のオリゴマーをいう。すなわち、このオリゴマーは、オリゴマーが曝される体内の通常のヌクレアーゼ条件下でほとんどまたは全くヌクレアーゼ切断されない。「ヌクレアーゼ耐性ヘテロ二重鎖」は、ヘテロ二重鎖が二本鎖ＲＮＡ／ＲＮＡ複合体またはＲＮＡ／ＤＮＡ複合体を切断することができる細胞内ヌクレアーゼおよび細胞外ヌクレアーゼによるｉｎ ｖｉｖｏ分解に実質的に耐性を示すようにアンチセンスオリゴマーのその相補的標的への結合によって形成されたヘテロ二重鎖をいう。「ヘテロ二重鎖」は、アンチセンスオリゴマーと標的ＲＮＡの相補的部分との間の二重鎖をいう。
本明細書中で使用する場合、「核酸塩基」（Ｎｕ）、「塩基対合部分」、または「塩基」を、未変性のＤＮＡまたはＲＮＡ中に見出されるプリン塩基またはピリミジン塩基（ウラシル、チミン、アデニン、シトシン、およびグアニン）、ならびにオリゴマーに対する結合親和性などの性質を改善する天然に存在するプリンおよびピリミジンのアナログをいうために互換的に使用する。例示的なアナログには、ヒポキサンチン（ヌクレオシドイノシンの塩基成分）；２，６−ジアミノプリン；５−メチルシトシン；Ｃ５−プロピニル修飾ピリミジン；および９−（アミノエトキシ）フェノキサジン（Ｇ−ｃｌａｍｐ）などが含まれる。
塩基対合部分のさらなる例には、ウラシル、チミン、アデニン、シトシン、グアニン、およびヒポキサンチン（その各アミノ基がアシル保護基によって保護されている）、２−フルオロウラシル、２−フルオロシトシン、５−ブロモウラシル、５−ヨードウラシル、２，６−ジアミノプリン、アザシトシン、ピリミジンアナログ（シュードイソシトシンおよびシュードウラシルなど）ならびに他の修飾された核酸塩基（８−置換プリン、キサンチン、またはヒポキサンチン（後者の２つは天然分解産物である）など）が含まれるが、これらに限定されない。Ｃｈｉｕ ａｎｄ Ｒａｎａ，ＲＮＡ，２００３，９，１０３４−１０４８，Ｌｉｍｂａｃｈら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１９９４，２２，２１８３−２１９６、およびＲｅｖａｎｋａｒ ａｎｄ Ｒａｏ，Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ Ｎａｔｕｒａｌ Ｐｒｏｄｕｃｔｓ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，ｖｏｌ．７，３１３に開示された修飾核酸塩基も意図する。
塩基対合部分のさらなる例には、１つまたはそれを超えるベンゼン環が付加されているサイズの大きな核酸塩基が含まれるが、これらに限定されない。Ｇｌｅｎ Ｒｅｓｅａｒｃｈカタログ（ｗｗｗ．ｇｌｅｎｒｅｓｅａｒｃｈ．ｃｏｍ）；Ｋｒｕｅｇｅｒ ＡＴら，Ａｃｃ．Ｃｈｅｍ．Ｒｅｓ．，２００７，４０，１４１−１５０；Ｋｏｏｌ，ＥＴ，Ａｃｃ．Ｃｈｅｍ．Ｒｅｓ．，２００２，３５，９３６−９４３；Ｂｅｎｎｅｒ Ｓ．Ａ．ら，Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｇｅｎｅｔ．，２００５，６，５５３−５４３；Ｒｏｍｅｓｂｅｒｇ，Ｆ．Ｅ．ら，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．，２００３，７，７２３−７３３；Ｈｉｒａｏ，Ｉ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．，２００６，１０，６２２−６２７に記載の核塩基置換は、本明細書中に記載のオリゴマーの合成に有用であると予想されている。サイズの大きな核酸塩基の例を以下に示す。
リボース、糖アナログ、またはモルホリノに共有結合性に連結した核酸塩基は、ヌクレオシドを含む。「ヌクレオチド」は、１つのリン酸基と共にヌクレオシドから構成される。リン酸基が隣接ヌクレオチドと相互に共有性に連結してオリゴマーを形成する。
生理学的条件下にて実質的に４０℃超または４５℃超、好ましくは少なくとも５０℃、典型的には６０℃〜８０℃またはそれを超えるＴｍでオリゴマーが標的にハイブリッド形成する場合、オリゴマーは標的ポリヌクレオチドに「特異的にハイブリッド形成する」。かかるハイブリッド形成は、好ましくは、ストリンジェントなハイブリッド形成条件に相当する。所与のイオン強度およびｐＨで、Ｔｍは、５０％の標的配列が相補性ポリヌクレオチドにハイブリッド形成する温度である。標的配列に対してアンチセンスオリゴマーが「ほぼ」または「実質的に」相補的ならびに厳密に相補的である場合にかかるハイブリッド形成が起こり得る。
本明細書中で使用する場合、「十分な長さ」は、ＧＡＡのイントロン１、エクソン２、もしくはイントロン２の領域または上記のいずれかにわたる領域中の少なくとも８個、より典型的には８〜４０個の連続する核酸塩基に相補的なアンチセンスオリゴマーをいう。十分な長さのアンチセンスオリゴマーは、変異ＲＮＡ中のＧＡＡプレ−ｍＲＮＡ反復領域に特異的にハイブリッド形成することができる少なくとも最小数のヌクレオチドを有する。好ましくは、十分な長さのオリゴマーは、８〜３０ヌクレオチド長である。より好ましくは、十分な長さのオリゴマーは、９〜２７ヌクレオチド長である。
例えば、「５０％同一の配列」を含む「配列同一性」という用語は、本明細書中で使用する場合、配列が比較ウィンドウにわたってヌクレオチド毎またはアミノ酸毎に同一な範囲をいう。したがって、「配列同一率」を、２つの最適にアラインメントした配列を比較ウィンドウにわたって比較し、同一の核酸塩基（例えば、Ａ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ｉ）または同一のアミノ酸残基（例えば、Ａｌａ、Ｐｒｏ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｇｌｙ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、Ｔｒｐ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、Ｇｌｕ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、Ｃｙｓ、およびＭｅｔ）が両配列で生じる位置の数を決定して適合した位置の数を得、この適合した位置の数を比較ウィンドウ中の位置の総数（すなわち、ウィンドウサイズ）で除し、結果に１００を掛けて配列同一率を得ることによって計算することができる。比較ウィンドウのアラインメントに最適な配列アラインメントを、アルゴリズム（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｐａｃｋａｇｅ Ｒｅｌｅａｓｅ ７．０，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ，５７５ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｄｒｉｖｅ Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．，ＵＳＡのＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ、およびＴＦＡＳＴＡ）のコンピュータによる実行または目視および選択された種々の方法のいずれかによって得られた最良のアラインメント（すなわち、比較ウィンドウにわたって最高の相同率が得られる）によって行うことができる。例えば、Ａｌｔｓｃｈｕｌら，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：３３８９，１９９７によって開示されたＢＬＡＳＴファミリープログラムも参照することができる。
「被験体」または「それを必要とする被験体」には、ヒト被験体などの哺乳動物被験体が含まれる。例示的な哺乳動物被験体は、ＧＳＤ−ＩＩ（またはポンぺ病）を有するか有するリスクが有る。本明細書中で使用する場合、用語「ＧＳＤ−ＩＩ」は、ＩＩ型糖原貯蔵障害（ＧＳＤ−ＩＩまたはポンぺ病）（罹患個体におけるＧＡＡタンパク質の過小発現によってしばしば特徴づけられるヒト常染色体劣性疾患）をいう。一定の実施形態では、被験体は、１つまたはそれを超える組織（例えば、心臓、骨格筋、肝臓、および神経系組織）中のＧＡＡタンパク質の発現および／または活性が減少している。いくつかの実施形態では、被験体は、１つまたはそれを超える組織（例えば、心臓、骨格筋、肝臓、および神経系組織）中のグリコーゲン蓄積が増加している。特定の実施形態では、被験体は、ＩＶＳ１−１３Ｔ＞Ｇ変異または機能的ＧＡＡタンパク質発現を減少させる他の変異を有する（例えば、Ｚａｍｐｉｅｒｉら，Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｊ．Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ．１９：４２２−４３１，２０１１を参照のこと）。
本明細書中で使用する場合、用語「標的」は、ＲＮＡ領域をいい、具体的には、ＧＡＡ遺伝子によって同定される領域をいう。特定の実施形態では、標的は、エクソン２包含を促進するシグナルの抑制を担うＧＡＡコードプレ−ｍＲＮＡのイントロン１またはイントロン２内の領域である。別の実施形態では、標的領域は、ＧＡＡエクソン２のｍＲＮＡ領域である。
用語「標的配列」は、オリゴマーアナログが指向する標的ＲＮＡの部分、すなわち、オリゴマーアナログが相補性配列のワトソン・クリック型塩基対合によってハイブリッド形成する配列をいう。
用途「ターゲティング配列」は、ＲＮＡゲノム中の「標的配列」に相補的な（さらに、実質的に相補的であることを意味する）オリゴマーまたはオリゴマーアナログ中の配列である。アンチセンスオリゴマーの全配列または一部のみが標的配列と相補的であり得る。例えば、２０〜３０塩基を有するオリゴマー中、約６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、または２９塩基が標的領域に相補的なターゲティング配列であり得る。典型的には、ターゲティング配列は、オリゴマー中の連続塩基から形成されるが、代わりに、共存する場合、例えば、オリゴマーの逆末端から標的配列にわたる配列を構成する不連続配列から形成され得る。
「ターゲティング配列」は、標的配列に対して「ほぼ」または「実質的に」相補性を有することができ、依然として本開示の目的のために機能し得る（すなわち、依然として「相補的」であり得る）。好ましくは、本開示で使用されるオリゴマーアナログ化合物は、１０ヌクレオチドのうちで標的配列とのミスマッチが最大で１つ、好ましくは２０ヌクレオチドのうちで最大で１つのミスマッチを有する。あるいは、使用されるアンチセンスオリゴマーは、本明細書中で指摘した例示的なターゲティング配列と少なくとも９０％の配列相同性、好ましくは少なくとも９５％の配列相同性を有する。
本明細書中で使用する場合、用語「定量する」、「定量」、または他の関連用語は、核酸、ポリヌクレオチド、オリゴマー、ペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質の単位体積中の量、質量、または濃度の決定をいう。
本明細書中で使用する場合、被験体（例えば、ヒトなどの哺乳動物）または細胞の「処置」は、個体または細胞の自然経過を変化させるために使用される任意の介入型である。処置には、薬学的組成物の投与が含まれるが、これらに限定されず、予防的または病理学的事象の開始もしくは病原体との接触後に行うことができる。処置される疾患または容態の進行の減速、疾患または容態の発症の遅延、またはその発症の重症度軽減を対象にすることができる「予防的」処置も含まれる。「処置」または「予防」は、疾患もしくは容態またはその関連する症状の完全な根絶、治癒、防止を必ずしも示さない。
ＩＩ．ＧＡＡのスプライス調整のための配列
一定の実施形態は、細胞中のエクソン−２欠失ＧＡＡｍＲＮＡと比較してエクソン２含有ＧＡＡコードｍＲＮＡレベルを増強する方法であって、細胞中のエクソン−２欠失ＧＡＡｍＲＮＡと比較してエクソン２含有ＧＡＡｍＲＮＡレベルが増強されるように、ＧＡＡ遺伝子内の領域に特異的にハイブリッド形成するのに十分な長さおよび相補性のアンチセンスオリゴマーと細胞を接触させる工程を含む方法に関する。いくつかの実施形態では、細胞は被験体中に存在し、本方法は、アンチセンスオリゴマーを被験体に投与する工程を含む。
アンチセンスオリゴマーを、ｍＲＮＡの翻訳を遮断、阻害、または調整するか、プレ−ｍＲＮＡスプライスプロセシングを阻害または調整するか、ターゲティングされたｍＲＮＡの分解を誘導するようにデザインすることができ、このことを、ハイブリッド形成する標的配列「〜に指向する」または「をターゲティングする」ということができる。一定の実施形態では、標的配列には、プレプロセシングしたｍＲＮＡの３’または５’スプライス部位、枝分かれ部位、またはスプライシングの調節に関与する他の配列を含む領域が含まれる。標的配列は、エクソン内、イントロン内、またはイントロン／エクソンジャンクションに及び得る。
一定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、有効な様式で標的ＲＮＡ領域（例えば、プレ−ｍＲＮＡ）を遮断するための標的ＲＮＡ（すなわち、スプライス部位選択が調整されるＲＮＡ）に対する十分な配列相補性を有する。例示的な実施形態では、かかるＧＡＡプレ−ｍＲＮＡの遮断は、スプライシングを調整すると考えられる未変性タンパク質の結合部位のマスキングおよび／またはターゲティングされたＲＮＡの構造の変化のいずれかによってスプライシングを調整するのに役立つ。いくつかの実施形態では、標的ＲＮＡは標的プレ−ｍＲＮＡ（例えば、ＧＡＡ遺伝子プレ−ｍＲＮＡ）である。
標的ＲＮＡのスプライシングを調整するのに十分な標的ＲＮＡ配列に対する配列相補性を有するアンチセンスオリゴマーは、アンチセンス剤が、ターゲティングされたＲＮＡのスプライシングを調整し、そして／または三次元構造を変化させると考えられる未変性タンパク質の結合部位のマスキングを誘発するのに十分な配列を有することを意味する。同様に、標的ＲＮＡのスプライシングを調整するのに十分な標的ＲＮＡ配列に対する配列相補性を有するアンチセンスオリゴマー試薬は、オリゴマー試薬がターゲティングされたＲＮＡのスプライシングを調整し、そして／または三次元構造を変化させると考えられる未変性タンパク質の結合部位のマスキングを誘発するのに十分な配列を有することを意味する。
一定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ヒトＧＡＡプレ−ｍＲＮＡのイントロン１、ヒトＧＡＡプレ−ｍＲＮＡのエクソン２、またはヒトＧＡＡプレ−ｍＲＮＡのイントロン２中の配列に対して十分な長さおよび相補性を有する。ヒトＧＡＡプレ−ｍＲＮＡのイントロン１／エクソン２にわたる領域またはヒトＧＡＡプレ−ｍＲＮＡのエクソン２／イントロン２にわたる領域に相補的なアンチセンスオリゴマーも含まれる。ヒトＧＡＡ遺伝子のイントロン１配列（配列番号１）、エクソン２配列（配列番号２）、およびイントロン２配列（配列番号３）を以下の表１に示す（配列番号１の３’末端付近の強調したＴ／Ｇは上記のＩＶＳ１−１３Ｔ＞Ｇ変異である；この位置のヌクレオチドはＴまたはＧのいずれかである）。
一定の実施形態では、アンチセンスターゲティング配列を、表１に列挙した１つまたはそれを超える標的配列領域にハイブリッド形成するようにデザインする。選択されたアンチセンスターゲティング配列を、より短く（例えば、約１２塩基）またはより長く（例えば、約４０塩基）することができ、この配列が標的配列へのハイブリッド形成の際にスプライス調整するのに十分な相補性を示し、必要に応じてＲＮＡとＴｍが４５℃またはそれを超えるヘテロ二重鎖を形成する限り、少数のミスマッチを含む。
一定の実施形態では、標的配列とアンチセンスターゲティング配列との間の相補度は、安定な二重鎖を形成するのに十分である。アンチセンスオリゴマーの標的ＲＮＡ配列との相補性領域は、８〜１１塩基の短さであってよいが、１２〜１５塩基またはそれを超え得る（例えば、１０〜４０塩基、１２〜３０塩基、１２〜２５塩基、１５〜２５塩基、１２〜２０塩基、または１５〜２０塩基（これらの範囲の間の全ての整数が含まれる））。約１４〜１５塩基のアンチセンスオリゴマーは、一般に、固有の相補配列を有するのに十分な長さである。一定の実施形態では、本明細書中で考察するように、必要な結合Ｔｍを得るのに最低限の相補塩基の長さが必要であり得る。
一定の実施形態では、長さが４０塩基であり、少なくとも最小数の塩基（例えば、１０〜１２塩基）が標的配列に相補的であるオリゴマーが適切であり得る。いくつかの実施形態では、約３０塩基未満のオリゴマー長が容易または活性な細胞中への取り込みに最適である。本明細書中でさらに記載されるＰＭＯオリゴマーについて、結合安定性と取り込みとの最適なバランスは、一般に、１８〜２５塩基長で得られる。約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、または４０塩基からなり、少なくとも約６、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、または４０個の連続または不連続の塩基が表１の標的配列（例えば、配列番号１〜３、配列番号１／２または配列番号２／３に及ぶ配列）に相補的であるアンチセンスオリゴマー（例えば、ＰＭＯ、ＰＭＯ−Ｘ、ＰＮＡ、ＬＮＡ、２’−ＯＭｅ）が本開示に含まれる。
アンチセンスオリゴマーは、典型的には、ヒトＧＡＡ遺伝子のプレ−ｍＲＮＡ配列のイントロン１、エクソン２、またはイントロン２内またはこれらに隣接する配列または領域に十分に相補的な塩基配列を含む。理想的に、アンチセンスオリゴマーは、ＧＡＡプレ−ｍＲＮＡの異常なスプライシングを有効に調整し、それにより、活性ＧＡＡタンパク質の発現を増加させることができる。オリゴマー化合物が、哺乳動物細胞によって能動的に取り込まれ、一旦取り込まれると、必要に応じて約４０℃または４５℃を超えるＴｍで標的ｍＲＮＡと安定な二重鎖（またはヘテロ二重鎖）を形成する能力を有する場合、この要件が必要に応じて満たされる。
一定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、標的配列に１００％相補的であり得るか、オリゴマーと標的配列との間に形成されたヘテロ二重鎖が細胞ヌクレアーゼの作用およびｉｎ ｖｉｖｏで起こり得る他の分解様式に耐えぬくのに十分に安定である限り、例えば、バリアントに適応するためのミスマッチを含むことができる。それ故、一定のオリゴマーは、オリゴマーと標的配列との間に実質的な相補性（約または少なくとも約７０％の配列相補性（例えば、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％配列相補性を意味する）を有し得る。ヌクレアーゼによる切断に対する感受性が低いオリゴマー骨格を、本明細書中で考察している。ミスマッチは、存在する場合、典型的には、ハイブリッド二重鎖の中央よりも末端領域に向かって不安定性が低くなる。許容されるミスマッチ数は、十分に理解されている二重鎖安定性の原理にしたがって、オリゴマーの長さ、二重鎖中のＧ：Ｃ塩基対の割合、および二重鎖中のミスマッチの位置に依存するであろう。かかるアンチセンスオリゴマーが必ずしも標的配列に１００％相補的でないにもかかわらず、アンチセンスオリゴマーは標的配列を安定且つ特異的に結合するのに有効であり、その結果、標的プレ−ＲＮＡのスプライシングが調整される。
オリゴマーと標的配列との間に形成された二重鎖の安定性は、結合Ｔｍと細胞酵素的切断に対する二重鎖の感受性との関数である。相補配列ＲＮＡに関するオリゴマーのＴｍを、従来の方法（Ｈａｍｅｓら，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ，ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ，１９８５，ｐｐ．１０７−１０８またはＭｉｙａｄａ Ｃ．Ｇ．ａｎｄ Ｗａｌｌａｃｅ Ｒ．Ｂ．，１９８７，Ｏｌｉｇｏｍｅｒ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ．Ｖｏｌ．１５４ ｐｐ．９４−１０７に記載の方法など）によって測定することができる。一定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、相補配列ＲＮＡに関して、体温より高温、好ましくは約４５℃または５０℃を超える結合Ｔｍを有し得る。６０〜８０℃の範囲またはそれを超えるＴｍも含まれる。周知の原理にしたがって、相補ベースのＲＮＡハイブリッドに関するオリゴマーのＴｍを、二重鎖中のＣ：Ｇ対合塩基の比率の増加、および／またはヘテロ二重鎖の（塩基対中の）長さの増加によって上昇させることができる。同時に、細胞取り込みの至適化のために、オリゴマーのサイズを制限することが有利であり得る。この理由で、２５塩基長またはそれ未満で高Ｔｍ（４５〜５０℃またはそれを超える）を示す化合物は、一般に、高Ｔｍ値を得るために２５塩基を超えることが必要な化合物より好ましい。
以下の表２は、ヒトＧＡＡ遺伝子のプレ−ｍＲＮＡ配列のイントロン１、エクソン２、またはイントロン２に完全に相補的な例示的なターゲティング配列（５’→３’方向）を示す。
したがって、一定のアンチセンスオリゴマーは、表１中の配列（例えば、配列番号４〜１２０）またはそのバリアント、連続部分、もしくは不連続部分を含むか、これらからなるか、これらから本質的になる。例えば、一定のアンチセンスオリゴマーは、配列番号４〜１２０のいずれかの約または少なくとも約６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、または２７個の連続または不連続のヌクレオチドを含む。不連続部分について、介在ヌクレオチドを欠失させるか、異なるヌクレオチドと置換するか、介在ヌクレオチドを付加することができる。バリアントのさらなる例には、配列番号４〜１２０のいずれかの全配列にわたって約または少なくとも約７０％の配列同一性または配列相同性（例えば、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性または配列相同性）を有するオリゴマーが含まれる。
アンチセンスオリゴマーおよびそのバリアントの活性を、当該分野の日常的技術にしたがってアッセイすることができる。例えば、調査対象のＲＮＡおよびタンパク質のスプライス型および発現レベルを、転写された核酸またはタンパク質のスプライス型および／または発現の検出のための広範な種々の周知の検出方法のいずれかによってアッセイすることができる。かかる方法の非限定的な例には、スプライスング型ＲＮＡのＲＴ−ＰＣＲおよびその後のＰＣＲ産物のサイズ分離、核酸ハイブリッド形成法（例えば、ノーザンブロットおよび／または核酸アレイの使用）；核酸増幅法；タンパク質検出のための免疫学的方法；タンパク質精製法；およびタンパク質の機能または活性のアッセイが含まれる。
ＲＮＡ発現レベルを、細胞、組織、または器官由来のｍＲＮＡ／ｃＤＮＡ（すなわち、転写されたポリヌクレオチド）の調製およびアッセイされる核酸またはそのフラグメントに相補的な基準ポリヌクレオチドを使用したｍＲＮＡ／ｃＤＮＡのハイブリッド形成によってアッセイすることができる。ｃＤＮＡを、必要に応じて、相補ポリヌクレオチドとのハイブリッド形成前に種々のポリメラーゼ連鎖反応またはｉｎ ｖｉｔｒｏ転写法のうちのいずれかを使用して増幅させることができる。好ましくは、増幅させない。１つまたはそれを超える転写物の発現を、定量的ＰＣＲを使用して検出して転写物の発現レベルを評価することもできる。
ＩＩＩ．アンチセンスオリゴマーの化学的性質
Ａ．一般的な特徴
本開示の一定のアンチセンスオリゴマーは、イントロンスプライスサイレンサーエレメントまたはエクソンスプライスサイレンサーエレメントに特異的にハイブリッド形成する。いくつかのアンチセンスオリゴマーは、表２に記載のターゲティング配列、表２中のターゲティング配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドのフラグメント、または表２中のターゲティング配列と少なくとも８０％の配列が同一のバリアントを含む。特異的なアンチセンスオリゴマーは、表２に記載のターゲティング配列からなるか、本質的になる。いくつかの実施形態では、オリゴマーはヌクレアーゼ耐性を示す。
一定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ホスホルアミダートモルホリノオリゴマーまたはホスホロジアミダートモルホリノオリゴマー（ＰＭＯ）、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ホスホロチオアートオリゴマー、トリシクロ−ＤＮＡオリゴマー、トリシクロ−ホスホロチオアートオリゴマー、２’Ｏ−Ｍｅ修飾オリゴマー、または前記の任意の組み合わせから選択される非天然化学骨格、およびヒト酸性α−グルコシダーゼ（ＧＡＡ）遺伝子のプレ−ｍＲＮＡのイントロン１（配列番号１）、イントロン２（配列番号２）、またはエクソン２（配列番号３）内の領域に相補的なターゲティング配列を含む。例えば、いくつかの実施形態では、ターゲティング配列は、配列番号４〜１２０（ここで、Ｘはウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択される）から選択される。
開示のアンチセンスオリゴマーは、一般に、複数のヌクレオチドサブユニットを含み、各ヌクレオチドサブユニットは、共にターゲティング配列（例えば、上記で考察のもの）を形成するか含む核酸塩基を保有する。したがって、いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、約１０〜約４０サブユニット長、より好ましくは約１０〜３０サブユニット長、典型的には１５〜２５サブユニット長の範囲である。例えば、本開示のアンチセンス化合物は、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、または４０サブユニット長であり得るか、１０サブユニット〜４０サブユニット、１０サブユニット〜３０サブユニット、１４サブユニット〜２５サブユニット、１５サブユニット〜３０サブユニット、１７サブユニット〜３０サブユニット、１７サブユニット〜２７サブユニット、１０サブユニット〜２７サブユニット、１０サブユニット〜２５サブユニット、および１０サブユニット〜２０サブユニットの範囲であり得る。一定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、約１０〜約４０ヌクレオチド長または約５〜約３０ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、約１４〜約２５または約１７〜約２７ヌクレオチド長である。
いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーの骨格は、実質的に無電荷であり、必要に応じて、細胞膜を通過する能動輸送または促進輸送の基質として認識される。いくつかの実施形態では、全てのヌクレオシド間（ｉｎｔｅｒｎｕｃｌｏｅｓｉｄｅ）連結が無電荷である。オリゴマーが標的ＲＮＡと安定な二重鎖を形成する能力はまた、骨格の他の特徴（標的に関するアンチセンスオリゴマーの長さおよび相補度、Ａ：Ｔに対するＧ：Ｃの塩基マッチの比、ならびにミスマッチした任意の塩基の位置が含まれる）に関し得る。アンチセンスオリゴマーが細胞ヌクレアーゼに耐性を示す能力により、生存度および薬物の細胞質への最終的な送達を促進することができる。例示的なアンチセンスオリゴマーターゲティング配列を表２（上記）に列挙している。
一定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、生理学的ｐＨで正電荷またはカチオン性の少なくとも１つのヌクレオシド間連結を有する。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ｐＫａが約５．５と約１２との間の少なくとも１つのヌクレオシド間連結を有する。必要に応じて、アンチセンスオリゴマーは、塩基性窒素とアルキル基、アリール基、またはアラルキル基との両方を有する少なくとも１つのヌクレオシド間連結を有する。特定の実施形態では、カチオン性ヌクレオシド間連結は、４−アミノピペリジン（ａｍｉｎｏｐｉｐｅｒｄｉｎ）−１−イル（ＡＰＮ）基またはその誘導体を含む。いかなる１つの理論にも拘束されないが、オリゴマー中のカチオン性連結（例えば、ＡＰＮ基またはＡＰＮ誘導体）の存在が標的ヌクレオチド中の負電荷のリン酸への結合を容易にすると考えられる。したがって、変異ＲＮＡとカチオン性連結含有オリゴマーとの間のヘテロ二重鎖の形成は、イオン性引力とワトソン・クリック型塩基対合との両方によって保持され得る。
いくつかの実施形態では、カチオン性連結数は、少なくとも２且つ総ヌクレオシド間連結数の約半分以下（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０または約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０以下）のカチオン性連結である。しかし、いくつかの実施形態では、全てのヌクレオシド間連結数までがカチオン性連結である（例えば、総ヌクレオシド間連結の約または少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、または４０がカチオン性連結である）。特定の実施形態では、約１９〜２０サブユニットのオリゴマーは、２〜１０（例えば、４〜８）のカチオン性連結を有することができ、残りは無電荷連結である。他の特定の実施形態では、１４〜１５サブユニットのオリゴマーは、２〜７（例えば、２、３、４、５、６、または７）のカチオン性連結を有することができ、残りは無電荷連結である。したがって、オリゴマー中のカチオン性連結の総数は、約１〜１０、１５、２０、３０までまたはそれを超えてよく（数値の間の全整数が含まれる）、カチオン性連結はオリゴマーの至る所に散在し得る。
いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、２〜５、または２、３、４、もしくは５無電荷連結あたり約１または約１まで（１０無電荷連結あたり約４〜５、４、または５など）のカチオン性連結を有し得る。
一定の実施形態は、約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％カチオン性連結を含むアンチセンスオリゴマーを含む。一定の実施形態では、約２５％の骨格連結がカチオン性である場合、アンチセンス活性の最適な改善が認められる。一定の実施形態では、少数（例えば、１０〜２０％のカチオン性連結）であるか、カチオン性連結数が５０〜８０％の範囲（約６０％など）である場合、アンチセンス活性の増強が認められる。
いくつかの実施形態では、カチオン性連結は骨格に沿って散在する。かかるオリゴマーは、必要に応じて、少なくとも２つの連続する無電荷連結を含む。すなわち、オリゴマーは、必要に応じて、その全長に沿って厳格に交互のパターンを持たない。具体例として、１つまたは２つの各カチオン性連結は、少なくとも１、２、３、４、または５個の無電荷連結によって骨格に沿って分離されている。
カチオン性連結のブロックおよび無電荷連結のブロックを有するオリゴマーも含まれる。例えば、無電荷連結の中心ブロックは、カチオン性連結のブロックに隣接することができ、その逆も同様である。いくつかの実施形態では、オリゴマーは、およそ等しい長さの５’、３’、および中心領域を有し、中心領域中のカチオン性連結の割合は、総カチオン性連結数の約５０％、６０％、７０％、または８０％を超える。
一定のアンチセンスオリゴマーでは、大部分のカチオン性連結（例えば、７０、７５％、８０％、９０％のカチオン性連結）は、「中心領域」骨格連結に近接して分布している（例えば、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５の真ん中の連結）。例えば、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、または２４量体のオリゴマーは、８、９、１０、１１、または１２個の真ん中の連結に局在する総カチオン性連結のうちの少なくとも５０％、６０％、７０％、または８０％を有し得る。
Ｂ．骨格の化学的性質の特徴
アンチセンスオリゴマーは、種々のアンチセンスの化学的性質を利用することができる。オリゴマーの化学的性質の例には、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ホスホロチオアート、２’Ｏ−Ｍｅ修飾オリゴマー、モルホリノ、ＰＭＯ、ＰＰＭＯ、ＰＭＯｐｌｕｓ、およびＰＭＯ−Ｘの化学的性質（上記のいずれかの組み合わせが含まれる）が含まれるが、これらに限定されない。一般に、ＰＮＡおよびＬＮＡの化学的性質は、ＰＭＯおよび２’Ｏ−Ｍｅオリゴマーより比較的高い標的結合強度を有するので、より短いターゲティング配列を利用することができる。ホスホロチオアートおよび２’Ｏ−Ｍｅ修飾の化学的性質をしばしば組み合わせて２’Ｏ−Ｍｅ−ホスホロチオアート骨格を生成する。例えば、ＰＣＴ公開番号ＷＯ／２０１３／１１２０５３号およびＷＯ／２００９／００８７２５号（その全体が本明細書中で参考として組み込まれる）を参照のこと。
いくつかの例では、ＰＭＯなどのアンチセンスオリゴマーを、細胞内送達を容易にするために細胞透過性ペプチド（ＣＰＰ）に結合体化することができる。ペプチド結合体化ＰＭＯをＰＰＭＯと呼び、一定の実施形態は、ＰＣＴ公開番号ＷＯ／２０１２／１５０９６０号（その全体が本明細書中で参考として組み込まれる）に記載のＰＰＭＯを含む。
１．ペプチド核酸（ＰＮＡ）
ペプチド核酸（ＰＮＡ）は、骨格がデオキシリボース骨格と構造的に同形であり、ピリミジン塩基またはプリン塩基が付着したＮ−（２−アミノエチル）グリシン単位からなるＤＮＡアナログである。天然のピリミジン塩基およびプリン塩基を含むＰＮＡは、ワトソン・クリック塩基対合則に従って相補オリゴマーにハイブリッド形成し、塩基対認識に関してＤＮＡを模倣する（Ｅｇｈｏｌｍ，Ｂｕｃｈａｒｄｔら、１９９３）。ＰＮＡ骨格は、ホスホジエステル結合よりもむしろペプチド結合によって形成され、それにより、アンチセンスへ適用するのに十分に適するようになる（以下の構造を参照のこと）。骨格は無電荷であり、それにより熱安定性が通常より高いＰＮＡ／ＤＮＡ二重鎖またはＰＮＡ／ＲＮＡ二重鎖が得られる。ＰＮＡは、ヌクレアーゼやプロテアーゼによって認識されない。ＰＮＡの非限定的な例を以下に示す。
天然構造と比較して構造変化が大きいにもかかわらず、ＰＮＡはヘリックス形態中のＤＮＡまたはＲＮＡに配列特異的に結合することができる。ＰＮＡの特徴には、相補ＤＮＡまたはＲＮＡに対する高結合親和性、１塩基ミスマッチに原因する不安定化、ヌクレアーゼおよびプロテアーゼに対する耐性、塩濃度と無関係のＤＮＡまたはＲＮＡとのハイブリッド形成、およびホモプリンＤＮＡとの三重鎖形成が含まれる。ＰＡＮＡＧＥＮＥ（商標）は、その専売のＢｔｓ ＰＮＡ単量体（Ｂｔｓ；ベンゾチアゾール−２−スルホニル基）および専売のオリゴマー形成プロセスを開発した。Ｂｔｓ ＰＮＡモノマーを使用したＰＮＡオリゴマー形成は、脱保護、カップリング、およびキャッピングの反復サイクルから構成される。ＰＮＡを、当該分野で公知の任意の技術を使用して合成することができる。例えば、米国特許第６，９６９，７６６号、同第７，２１１，６６８号、同第７，０２２，８５１号、同第７，１２５，９９４号、同第７，１４５，００６号、および同第７，１７９，８９６号を参照のこと。ＰＮＡの調製については、米国特許第５，５３９，０８２号；同第５，７１４，３３１号；および同第５，７１９，２６２号も参照のこと。ＰＮＡ化合物のさらなる教示を、Ｎｉｅｌｓｅｎら，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２５４：１４９７−１５００，１９９１に見出すことができる。上記の各文献は、その全体が参考として組み込まれる。
２．ロックド核酸（ＬＮＡ）
アンチセンスオリゴマー化合物は、「ロックド核酸」サブユニット（ＬＮＡ）も含むことができる。「ＬＮＡ」は、架橋核酸（ＢＮＡ）と呼ばれる修飾物クラスのメンバーである。ＢＮＡは、Ｃ３０−エンド（ノーザン）糖パッカー（Ｃ３０−ｅｎｄｏ（ｎｏｒｔｈｅｒｎ）ｓｕｇａｒ ｐｕｃｋｅｒ）中のリボース環の高次構造をロックする共有連結によって特徴づけられる。ＬＮＡについて、架橋は、２’−Ｏ位と４’−Ｃ位との間のメチレンから構成される。ＬＮＡは、骨格のプレオーガニゼーションおよび塩基の積み重ねを増強してハイブリッド形成および熱安定性を増大させる。
ＬＮＡの構造を、例えば、Ｗｅｎｇｅｌら，Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎｓ（１９９８）４５５；Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ（１９９８）５４：３６０７，およびＡｃｃｏｕｎｔｓ ｏｆ Ｃｈｅｍ．Ｒｅｓｅａｒｃｈ（１９９９）３２：３０１）；Ｏｂｉｋａら，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔｅｒｓ（１９９７）３８：８７３５；（１９９８）３９：５４０１，およびＢｉｏｏｒｇａｎｉｃ Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（２００８）１６：９２３０に見出すことができる。ＬＮＡの非限定的な例を以下に示す。
本開示の化合物は、１つまたはそれを超えるＬＮＡを組み込むことができる。いくつかの場合、化合物は、専らＬＮＡから構成され得る。個別のＬＮＡヌクレオシドサブユニットの合成およびオリゴマーへのその組み込み方法は、例えば、米国特許第７，５７２，５８２号、同第７，５６９，５７５号、同第７，０８４，１２５号、同第７，０６０，８０９号、同第７，０５３，２０７号、同第７，０３４，１３３号、同第６，７９４，４９９号、および同第６，６７０，４６１号（それぞれその全体が参考として組み込まれる）に記載されている。典型的なサブユニット間リンカーは、ホスホジエステル部分およびホスホロチオアート部分を含み、あるいは、非亜リン酸含有リンカーを使用することができる。１つの実施形態は、各ＬＮＡサブユニットがＤＮＡサブユニットによって分離されたＬＮＡ含有化合物である。一定の化合物は、交互に存在するＬＮＡサブユニットおよびＤＮＡサブユニットから構成され、サブユニット間リンカーはホスホロチオアートである。
３．ホスホロチオアート
「ホスホロチオアート」（またはＳ−オリゴ）は、非架橋酸素のうちの１つが硫黄に置換された通常のＤＮＡのバリアントである。ホスホロチオアートの非限定的な例を以下に示す。
ヌクレオチド間結合の硫化により、エンドヌクレアーゼおよびエキソヌクレアーゼ（５’→３’および３’→５’のＤＮＡ ＰＯＬ１エキソヌクレアーゼ、ヌクレアーゼＳ１およびＰ１、ＲＮアーゼ、血清ヌクレアーゼ、およびヘビ毒ホスホジエステラーゼが含まれる）の作用を低下させる。ホスホロチオアートを、以下の２つの主な経路によって作製する：元素硫黄の炭素ジスルフィド溶液の水素ホスホナートに対する作用またはテトラエチルチウラムジスルフィド（ＴＥＴＤ）もしくは３Ｈ−１，２−ベンゾジチオール（ｂｅｎｓｏｄｉｔｈｉｏｌ）−３−オン１，１−ジオキシド（ＢＤＴＤ）のいずれかを使用して亜リン酸トリエステルを硫化すること（例えば、Ｉｙｅｒら，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．５５，４６９３−４６９９，１９９０を参照のこと）。後者の方法により、ほとんどの有機溶媒における元素硫黄の不溶性および炭素ジスルフィドの毒性の問題が回避される。ＴＥＴＤ法およびＢＤＴＤ法により、より高い純度のホスホロチオアートも得られる。
４．トリシクロ−ＤＮＡおよびトリシクロ−ホスホロチオアートヌクレオチド
トリシクロ−ＤＮＡ（ｔｃ−ＤＮＡ）は、骨格の高次構造の柔軟性を制限し、ねじれ角γの骨格幾何学的性質を最適にするために各ヌクレオチドがシクロプロパン環の導入によって修飾された拘束型ＤＮＡアナログクラスである。ホモ塩基性アデニンおよびチミン含有ｔｃ−ＤＮＡは、相補ＲＮＡと異常に安定なＡ−Ｔ塩基対を形成する。トリシクロ−ＤＮＡおよびその合成は、国際公開番号ＷＯ２０１０／１１５９９３号に記載されている。本開示の化合物は、１つまたはそれを超えるトリサイクル−ＤＮＡヌクレオチドを組み込むことができる。いくつかの場合、化合物は、専らトリサイクル−ＤＮＡヌクレオチドから構成され得る。
トリシクロ−ホスホロチオアートヌクレオチドは、ホスホロチオアートサブユニット間連結を有するトリシクロ−ＤＮＡヌクレオチドである。トリシクロ−ホスホロチオアートヌクレオチドおよびその合成は、国際公開番号ＷＯ２０１３／０５３９２８号に記載されている。本開示の化合物は、１つまたはそれを超えるトリサイクル−ＤＮＡヌクレオチドを組み込むことができる。いくつかの場合、化合物は、専らトリサイクル−ＤＮＡヌクレオチドから構成され得る。トリサイクル−ＤＮＡ／トリサイクル−ホスホチオアートヌクレオチドの非限定的な例を以下に示す。
５．２’Ｏ−メチルオリゴマー
「２’Ｏ−Ｍｅオリゴマー」分子は、リボース分子の２’−ＯＨ残基にメチル基を保有する。２’−Ｏ−Ｍｅ−ＲＮＡは、ＤＮＡと同一（または類似の）挙動を示すが、ヌクレアーゼ分解から保護されている。２’−Ｏ−Ｍｅ−ＲＮＡを、さらに安定化するためにホスホチオアートオリゴマー（ＰＴＯ）と組み合わせることもできる。２’Ｏ−Ｍｅオリゴマー（ホスホジエステルまたはホスホチオアート）を、当該分野の日常的技術にしたがって合成することができる（例えば、Ｙｏｏら，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．３２：２００８−１６，２００４を参照のこと）。２’Ｏ−Ｍｅオリゴマーの非限定的な例を以下に示す。
２’Ｏ−Ｍｅオリゴマーは、ホスホロチオアート連結（２’Ｏ−Ｍｅホスホロチオアートオリゴマー）を含むこともできる。
６．モルホリノオリゴマー
「モルホリノオリゴマー」または「ＰＭＯ」は、典型的なポリヌクレオチドに水素結合することができる核酸塩基を支持する骨格を有するオリゴマーをいい、このポリマーはペントース糖骨格部分を欠くが、その代わりにモルホリノ環を含む。したがって、ＰＭＯでは、モルホリノ環構造は、典型的には処置される細胞または被験体中の選択されたアンチセンス標的にハイブリッド形成するようにデザインされた塩基対合部分の配列を形成するように塩基対合部分を支持する。例示的な「モルホリノ」オリゴマーは、ホスホルアミダート連結またはホスホロジアミダート連結によって１つのサブユニットのモルホリノ窒素が隣接サブユニットの４’環外炭素に接合したモルホリノサブユニット構造を含み、各サブユニットは、塩基特異的水素結合によってポリヌクレオチド中の塩基へ結合するのに有効なプリン核酸塩基またはピリミジン核酸塩基を含む。モルホリノオリゴマー（アンチセンスオリゴマーが含まれる）については、例えば、米国特許第５，６９８，６８５号；同第５，２１７，８６６号；同第５，１４２，０４７号；同第５，０３４，５０６号；同第５，１６６，３１５号；同第５，１８５，４４４号；同第５，５２１，０６３号；同第５，５０６，３３７号、および継続中の米国特許出願１２／２７１，０３６号；同第１２／２７１，０４０号；ならびにＰＣＴ公開番号ＷＯ／２００９／０６４４７１号およびＷＯ／２０１２／０４３７３０号（前述の全てについて、その全体が本明細書中で参考として組み込まれる）に詳述されている。
オリゴマー構造内で、リン酸基は、一般に、オリゴマーの「ヌクレオシド間連結」の形成をいう。ＲＮＡおよびＤＮＡの天然に存在するヌクレオシド間連結は、３’→５’ホスホジエステル連結である。「ホスホルアミダート」基は３つの酸素原子および１つの窒素原子が結合したリンを含む一方で、「ホスホロジアミダート」基は２つの酸素原子および２つの窒素原子が付着したリンを含む。本明細書中に記載のＰＭＯおよび／またはＰＭＯ−Ｘオリゴマーの無電荷またはカチオン性のサブユニット間連結中の１つの窒素は骨格鎖に常に懸垂している。ホスホロジアミダート連結中の第２の窒素は、典型的には、モルホリノ環構造中の環窒素である。
「ＰＭＯ−Ｘ」は、（ｉ）モルホリノ環の窒素原子への共有結合および（ｉｉ）４−アミノピペリジン（ａｍｉｎｏｐｉｐｅｒｄｉｎ）−１−イル（すなわち、ＡＰＮ）または４−アミノピペリジン（ａｍｉｎｏｐｉｐｅｒｄｉｎ）−１−イルの誘導体の環窒素への第２の共有結合を有するリン原子を有するホスホロジアミダート（ｐｈｏｓｐｏｒｏｄｉａｍｉｄａｔｅ）モルホリノオリゴマー（ＰＭＯ）をいう。例示的なＰＭＯ−Ｘオリゴマーは、ＰＣＴ出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０１１／３８４５９号およびＰＣＴ公開番号ＷＯ／２０１３／０７４８３４号（それぞれその全体が本明細書中で参考として組み込まれる）に開示されている。「ＰＭＯ−ａｐｎ」または「ＡＰＮ」は、リン原子がモルホリノ基および４−アミノピペリジン（ａｍｉｎｏｐｉｐｅｒｄｉｎ）−１−イル（すなわち、ＡＰＮ）の環窒素に連結した少なくとも１つのヌクレオシド間連結を含むＰＭＯ−Ｘオリゴマーをいう。特定の実施形態では、表２に記載のターゲティング配列を含むアンチセンスオリゴマーは、少なくとも１つのＡＰＮ含有連結またはＡＰＮ誘導体含有連結を含む。特定の実施形態には、約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％のＡＰＮ／ＡＰＮ誘導体含有連結を有し、残存する連結（１００％未満の場合）が無電荷連結であるＰＭＯが含まれる（例えば、総ヌクレオシド間連結の約または少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、または４０がＡＰＮ／ＡＰＮ誘導体含有連結である）。
いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、式（Ｉ）：
（式中、
各Ｎｕは、共にターゲティング配列を形成する核酸塩基であり；
ｘは８〜３８の整数であり；
各Ｙは、独立して、Ｏまたは−ＮＲａから選択され、Ｒａは、水素、−Ｔ１−ＮＲｃＲｄＲｅ、および−［（Ｃ（Ｏ）ＣＨＲ’ＮＨ）ｍ］Ｒ’’からなる群から選択され：
Ｒ’は、天然に存在するアミノ酸またはその１炭素ホモログもしくは２炭素ホモログの側鎖であり、Ｒ’’は水素またはアシルから選択され、ｍは１〜６０の整数であり、Ｒｃは、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、アラルキル、および−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２からなる群から選択され、Ｒｄは、水素、アラルキル、およびＣ１〜Ｃ６アルキルからなる群から選択され、またはＲＣおよびＲｄがそれぞれ独立してＣ１〜Ｃ６アルキルまたはアラルキルである場合、ＲｃおよびＲｄは窒素原子と付着して５〜７員環を形成し、前記環は、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、フェニル、ハロゲン、およびアラルキルからなる群から選択される置換基と必要に応じて置換され、Ｒｅは、電子対、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、およびアラルキルからなる群から選択され；
各Ｌは、−Ｐ（Ｏ）２ＯＨ−、−Ｐ（Ｏ）２Ｒ１−、−Ｐ（Ｏ）２（Ｎ（ＣＨ３）３−Ｎ（ＣＨ３）ＣＨ２Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、ピペラジニル基、カルボニル基、Ｈ（Ｏ（ＣＨ２）ｓＯ）ｗ−、−（ＯＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｗ、および−［（Ｃ（Ｏ）ＣＨＲ’ＮＨ）ｍ］Ｒ’’からなる群から独立して選択され、ｗは３〜２０から選択される整数であり、Ｓは１〜８から選択される整数であり；
ｎは０〜３の整数であり；
各Ｒ１は、−Ｎ（ＣＨ３）２、−ＮＲ５Ｒ６、−ＯＲ７、
式（ＩＩ）部分：
（式中、
Ｒ８は、水素、メチル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｚ−Ｔ２−ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２、および−［（Ｃ（Ｏ）ＣＨＲ’ＮＨ）ｍ］Ｒ’’からなる群から選択され、Ｚはカルボニルまたは直接結合であり、Ｒ９は、電子対、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、およびアラルキルからなる群から選択され、各Ｒ１０は、水素またはメチルから独立して選択される）；および
式（ＩＩＩ）部分：
（式中、
ｑは０〜２の整数であり、Ｒ１１は、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、アラルキル、および−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２からなる群から選択され、Ｒ１２は、水素、アラルキル、およびＣ１〜Ｃ６アルキルからなる群から選択され、またはＲ１１およびＲ１２は窒素原子と付着して５〜７員環を形成し、前記環は、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、フェニル、ハロゲン、およびアラルキルからなる群から選択される置換基と必要に応じて置換され、Ｒ１３は、電子対、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、およびアラルキルからなる群から選択される）からなる群から独立して選択され；
Ｒ２は、水素、ＯＨ、ヌクレオチド、−（ＣＨ２）ｍＣ（Ｏ）ＮＲｆＲｇからなる群から選択され、ＲｆおよびＲｇは、Ｈ、アシル、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、および−［（Ｃ（Ｏ）ＣＨＲ’ＮＨ）ｍ］Ｒ’’、−［（Ｃ（Ｏ）ＣＨＲ’ＮＨ）ｍ］Ｒ’’、Ｈ（Ｏ（ＣＨ２）ｓＯ）ｗ−、Ｈ（ＯＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｗ−、トリチル、−Ｃ（＝Ｏ）ＯＲｆ、およびアシルから独立して選択され、Ｒｆは、１つまたはそれを超える酸素部分もしくはヒドロキシル部分またはその組み合わせを含むＣ１〜Ｃ３０アルキルであり、またはＲ２は存在せず；
Ｒ３は、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、ヌクレオチド、−［（Ｃ（Ｏ）ＣＨＲ’ＮＨ）ｍ］Ｒ’’、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、トリチル、−Ｃ（＝Ｏ）ＯＲｇ、アシル、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｍＣ（Ｏ）、およびＴ４−（４−（４，６−（ＮＲ２）−１，３，５−トリアジン−２−イル）ピペラジン−１−イルからなる群から選択され、Ｒｇは、１つまたはそれを超える酸素部分もしくはヒドロキシル部分またはその組み合わせを含むＣ１〜Ｃ３０アルキルであり、Ｔ４は−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）６Ｃ（Ｏ）−または−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２Ｓ２（ＣＨ２）２Ｃ（Ｏ）−から選択され、Ｒは−（ＣＨ２）ＯＣ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ２）６ＮＨＣ（ＮＨ）ＮＨ２であり；
Ｒ４は、電子対、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、およびアシルからなる群から選択され、
各Ｒ５は水素またはメチルから独立して選択され；
各Ｒ６および各Ｒ７は、水素または−Ｔ３−ＮＲｃＲｄＲｅから独立して選択され；
Ｔ１、Ｔ２、およびＴ３の各々は、独立して、アルキル基、アルコキシ基、もしくはアルキルアミノ基、またはその組み合わせを含む１８原子長までの任意選択的なリンカーである）の化合物またはその薬学的に許容され得る塩であって、
ここで、ターゲティング配列は、ヒト酸性α−グルコシダーゼ（ＧＡＡ）遺伝子のプレ−ｍＲＮＡのイントロン１（配列番号１）、イントロン２（配列番号２）、またはエクソン２（配列番号３）内の領域に相補的である）の化合物またはその薬学的に許容され得る塩である。
いくつかの実施形態では、Ｒ３はＴ４−（４−（４，６−（ＮＲ２）−１，３，５−トリアジン−２−イル）ピペラジン−１−イル部分であり、ここで、Ｔ４は−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）６Ｃ（Ｏ）−または−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２Ｓ２（ＣＨ２）２Ｃ（Ｏ）−から選択され、Ｒは−（ＣＨ２）ＯＣ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ２）６ＮＨＣ（ＮＨ）ＮＨ２である。かかる部分は、米国特許第７，９３５，８１６号（その全体が本明細書中で参考として組み込まれる）にさらに記載されている。
一定の実施形態では、Ｒ３は、下記の部分を含み得る。
一定の実施形態では、各Ｒ１は−Ｎ（ＣＨ３）２である。いくつかの実施形態では、約５０〜９０％のＲ１基がジメチルアミノ（すなわち、−Ｎ（ＣＨ３）２）である。一定の実施形態では、約６６％のＲ１基がジメチルアミノである。
いくつかの実施形態では、ターゲティング配列は、配列番号４〜１２０（ここで、Ｘはウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択される）から選択される。いくつかの実施形態では、各Ｒ１は−Ｎ（ＣＨ３）２であり、ターゲティング配列は配列番号４〜１２０（ここで、Ｘはウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択される）から選択される。
本開示のいくつかの実施形態では、Ｒ１を、以下からなる群から選択することができる。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのＲ１は以下である。
一定の実施形態では、ｎは２であり、Ｒ２とＬは共に式：
を形成し；
Ｙは各部位でＯである。
他の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、式（ＩＶ）：
（式中、
各Ｎｕは、共にターゲティング配列を形成する核酸塩基であり；
ｘは８〜３８の整数であり；
各Ｌは、−Ｐ（Ｏ）２ＯＨ−、−Ｐ（Ｏ）２Ｒ１−、−Ｐ（Ｏ）２（Ｎ（ＣＨ３）３−Ｎ（ＣＨ３）ＣＨ２Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、ピペラジニル基、カルボニル基、Ｈ（Ｏ（ＣＨ２）ｓＯ）ｗ−、−（ＯＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｗ、および−［（Ｃ（Ｏ）ＣＨＲ’ＮＨ）ｍ］Ｒ’’からなる群から独立して選択され、ｗは３〜２０から選択される整数であり、Ｓは１〜８から選択される整数であり、Ｒ’は、天然に存在するアミノ酸またはその１炭素ホモログもしくは２炭素ホモログの側鎖であり、Ｒ’’は水素またはアシルから選択され、ｍは１〜６０の整数であり；
ｎは０〜３の整数であり；
Ｒ２は、水素、ＯＨ、ヌクレオチド、−（ＣＨ２）ｍＣ（Ｏ）ＮＲｆＲｇからなる群から選択され、ＲｆおよびＲｇは、Ｈ、アシル、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、および−［（Ｃ（Ｏ）ＣＨＲ’ＮＨ）ｍ］Ｒ’’、−［（Ｃ（Ｏ）ＣＨＲ’ＮＨ）ｍ］Ｒ’’、Ｈ（Ｏ（ＣＨ２）ｓＯ）ｗ−、Ｈ（ＯＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｗ−、トリチル、−Ｃ（＝Ｏ）ＯＲｆ、およびアシルから独立して選択され、Ｒｆは、１つまたはそれを超える酸素部分もしくはヒドロキシル部分またはその組み合わせを含むＣ１〜Ｃ３０アルキルであり、またはＲ２は存在せず；
Ｒ３は、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、ヌクレオチド、−［（Ｃ（Ｏ）ＣＨＲ’ＮＨ）ｍ］Ｒ’’、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、およびアシルからなる群から選択され；
Ｒ４は、電子対、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、およびアシルからなる群から選択され、
ここで、ターゲティング配列が、ヒト酸性α−グルコシダーゼ（ＧＡＡ）遺伝子のプレ−ｍＲＮＡのイントロン１（配列番号１）、イントロン２（配列番号２）、またはエクソン２（配列番号３）内の領域に相補的である）の化合物またはその薬学的に許容され得る塩である。
いくつかの実施形態では、ｎは２であり；Ｒ２とＬは共に式：
を形成し；
Ｒ３は水素であり；Ｒ４は電子対である。
いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、式（Ｖ）：
（式中、
各Ｎｕは、共にターゲティング配列を形成する核酸塩基であり；
ｘは８〜３８の整数であり；各Ｌは、−Ｐ（Ｏ）２ＯＨ−、−Ｐ（Ｏ）２Ｒ１−、−Ｐ（Ｏ）２（Ｎ（ＣＨ３）３−Ｎ（ＣＨ３）ＣＨ２Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、ピペラジニル基、カルボニル基、Ｈ（Ｏ（ＣＨ２）ｓＯ）ｗ−、−（ＯＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｗ、および−［（Ｃ（Ｏ）ＣＨＲ’ＮＨ）ｍ］Ｒ’’からなる群から独立して選択され、ｗは３〜２０から選択される整数であり、Ｓは１〜８から選択される整数であり、Ｒ’は、天然に存在するアミノ酸またはその１炭素ホモログもしくは２炭素ホモログの側鎖であり、Ｒ’’は水素またはアシルから選択され、ｍは１〜６０の整数であり；
ｎは０〜３の整数であり；
Ｒ２は、水素、ＯＨ、ヌクレオチド、−（ＣＨ２）ｍＣ（Ｏ）ＮＲｆＲｇからなる群から選択され、ＲｆおよびＲｇは、Ｈ、アシル、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、および−［（Ｃ（Ｏ）ＣＨＲ’ＮＨ）ｍ］Ｒ’’、−［（Ｃ（Ｏ）ＣＨＲ’ＮＨ）ｍ］Ｒ’’、Ｈ（Ｏ（ＣＨ２）ｓＯ）ｗ−、Ｈ（ＯＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｗ−、トリチル、−Ｃ（＝Ｏ）ＯＲｆ、およびアシルから独立して選択され、Ｒｆは、１つまたはそれを超える酸素部分もしくはヒドロキシル部分またはその組み合わせを含むＣ１〜Ｃ３０アルキルであり、またはＲ２は存在せず、
ここで、ターゲティング配列が、ヒト酸性α−グルコシダーゼ（ＧＡＡ）遺伝子のプレ−ｍＲＮＡのイントロン１（配列番号１）、イントロン２（配列番号２）、またはエクソン２（配列番号３）内の領域に相補的である）の化合物またはその薬学的に許容され得る塩である。
いくつかの実施形態では、ｎは２であり；
Ｒ２とＬは共に式：
を形成する。
一定の実施形態では、本開示のアンチセンスオリゴマーは、式（ＶＩ）：
（式中、
各Ｎｕは、共にターゲティング配列を形成する核酸塩基であり；
ｘは１５〜２５の整数であり；
各ＹはＯであり；
各Ｒ１は、
からなる群から独立して選択され：
少なくとも１つのＲ１は−Ｎ（ＣＨ３）２であり、
ここで、ターゲティング配列は配列番号４〜１２０（ここで、Ｘはウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択される）から選択される）の化合物またはその薬学的に許容され得る塩である。いくつかの実施形態では、各Ｒ１は−Ｎ（ＣＨ３）２である。
いくつかの実施形態では、本開示のアンチセンスオリゴマー（式（Ｉ）、（ＩＶ）、（Ｖ）、および（ＶＩ）の化合物が含まれる）の各Ｎｕは、アデニン、グアニン、チミン、ウラシル、シトシン、ヒポキサンチン、２，６−ジアミノプリン、５−メチルシトシン、Ｃ５−プロピニル修飾ピリミジン、および９−（アミノエトキシ）フェノキサジンからなる群から独立して選択される。いくつかの実施形態では、本開示のアンチセンスオリゴマー（式（Ｉ）、（ＩＶ）、（Ｖ）、および（ＶＩ）の化合物が含まれる）のターゲティング配列は、配列番号４〜１２０（ここで、Ｘは、ウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択される）から選択される。
一定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、式（ＶＩＩ）：
（式中、
各Ｎｕは、共にターゲティング配列を形成する核酸塩基であり；
ｘは８〜３８の整数であり；
ここで、ターゲティング配列は配列番号４〜１２０（ここで、Ｘはウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択される）から選択される）の化合物またはその薬学的に許容され得る塩である。
本開示にしたがって使用することができるさらなるアンチセンスオリゴマー／化学的性質には、以下の特許および特許刊行物（その内容が本明細書中で参考として組み込まれる）に記載のものが含まれる：ＰＣＴ公開番号ＷＯ／２００７／００２３９０号；ＷＯ／２０１０／１２０８２０号；およびＷＯ／２０１０／１４８２４９号；米国特許第７，８３８，６５７号；ならびに米国特許出願公開第２０１１／０２６９８２０号。
Ｃ．塩基性窒素ヌクレオシド間リンカーを使用したＰＭＯ−Ｘの調製
モルホリノサブユニット、修飾サブユニット間連結、およびこれらを含むオリゴマーを、例えば、米国特許第５，１８５，４４４号および同第７，９４３，７６２号（その全体が参考として組み込まれる）に記載のように調製することができる。モルホリノサブユニットを、以下の一般的な反応スキームＩにしたがって調製することができる。
Ｂが塩基対合部分を示し、ＰＧが保護基を示す反応スキーム１を参照して、示すようにモルホリノサブユニットを対応するリボヌクレオシド（１）から調製することができる。モルホリノサブユニット（２）を、適切な保護基前駆体（例えば、トリチルクロリド）との反応によって必要に応じて保護することができる。３’保護基を、一般に、以下により詳細に記載のように、固体オリゴマー合成中に除去する。塩基対合部分を、固相オリゴマー合成のために適切に保護することができる。適切な保護基には、アデニンおよびシトシンのためのベンゾイル、グアニンのためのフェニルアセチル、ならびにヒポキサンチン（Ｉ）のためのピバロイルオキシメチルが含まれる。ピバロイルオキシメチル基を、ヒポキサンチン複素環塩基のＮ１位に導入することができる。非保護ヒポキサンチンサブユニットを使用することができるが、塩基を保護した場合の活性化反応における収量ははるかに多い。他の適切な保護基には、同時係属中の米国特許出願第１２／２７１，０４０号（その全体が本明細書中で参考として組み込まれる）に開示の保護基が含まれる。
活性化リン化合物４との３の反応により、所望の連結部分５を有するモルホリノサブユニット（ｓｕｂｕｎｉｎｔ）が得られる。構造４の化合物を、当業者に公知の多数の方法を使用して調製することができる。例えば、かかる化合物を、対応するアミンおよびオキシ塩化リンの反応によって調製することができる。これに関して、アミン出発物質を、当該分野で公知の任意の方法（例えば、実施例および米国特許第７，９４３，７６２号に記載の方法）を使用して調製することができる。
構造５の化合物を、サブユニット間連結を含むオリゴマーの調製のための固相自動化オリゴマー合成で使用することができる。かかる方法は当該分野で周知である。簡潔に述べれば、構造５の化合物を、固体支持体に対するリンカーを含むように５’末端を修飾することができる。例えば、化合物５を、Ｌ１１およびＬ１５を含むリンカーによって固体支持体に連結することができる。例示的な方法を、図１および図２に示す。一旦支持されると、保護基（例えば、トリチル）を除去し、遊離アミンを、構造５の第２の化合物の活性化リン部分と反応させる。所望の長さのオリゴが得られるまでこの順序を反復する。５’末端中の保護基を除去するか、５’修飾が望ましい場合は残すことができる。オリゴを、多数の方法（例えば、図３および図４に記載のＤＴＴ処置後の水酸化アンモニウムでの処置）を使用して固体支持体から除去することができる。
修飾したモルホリノサブユニットおよびモルホリノオリゴマーの調製を、実施例により詳細に記載する。多数の修飾連結を含むモルホリノオリゴマーを、本明細書中に記載の方法、当該分野で公知の方法、および／または本明細書中の文献に記載の方法を使用して調製することができる。以前に記載のように調製したモルホリノオリゴマー（例えば、ＰＣＴ公開ＷＯ２００８０３６１２７号を参照のこと）の包括的修飾も実施例に記載する。
用語「保護基」は、化合物のいくつかまたは全ての反応部分をブロックし、保護性基が除去されるまでかかる反応部分が化学反応に関与するのを防止する化学的部分（例えば、Ｔ．Ｗ．Ｇｒｅｅｎｅ，Ｐ．Ｇ．Ｍ．Ｗｕｔｓ，Ｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅ Ｇｒｏｕｐｓ ｉｎ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，３ｒｄ ｅｄ．Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆
Ｓｏｎｓ（１９９９）に列挙および記載の部分）をいう。異なる保護基を使用する場合に各（異なる）保護性基を異なる手段によって除去可能であることが有利であり得る。完全に異なる反応条件下で切断される保護性基により、かかる保護基を差分的に除去可能である。例えば、保護性基を、酸、塩基、および水素化分解によって除去することができる。トリチル、ジメトキシトリチル、アセタール、およびｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリルなどの基は酸不安定性を示し、これらを使用して、水素化分解によって除去可能なＣｂｚ基および塩基不安定性を示すＦｍｏｃ基で保護されたアミノ基の存在下でカルボキシ反応部分およびヒドロキシ反応部分を保護することができる。カルボン酸部分を塩基不安定性基（メチルまたはエチルなどであるが、これらに限定されない）でブロックすることができ、ヒドロキシ反応部分を、ｔｅｒｔ−ブチルカルバマートなどの酸不安定性基または酸および塩基の両方に安定性を示すが、加水分解によって除去可能なカルバマートでブロックしたアミンの存在下にて塩基不安定性基（アセチルなど）でブロックすることができる。
カルボン酸反応部分およびヒドロキシル反応部分を、加水分解によって除去可能な保護性基（ベンジル基など）でブロックすることもできる一方で、アミン基を塩基不安定性基（Ｆｍｏｃなど）でブロックすることができる。式（Ｉ）の化合物の合成に特に有用なアミン保護基は、トリフルオロアセトアミドである。カルボン酸反応部分を、酸化によって除去可能な保護性基（２，４−ジメトキシベンジルなど）でブロックすることができる一方で、共存するアミノ基をフッ化物不安定性シリルカルバマートでブロックすることができる。
アリルブロック基は、酸保護基および塩基保護基の存在下で有用である。なぜなら、前者は安定であり、その後に金属触媒またはπ酸触媒によって除去することができるからである。例えば、アリルブロックしたカルボン酸を、酸不安定性ｔ−ブチルカルバマート保護基または塩基不安定性アセタートアミン保護基の存在下でのパラジウム（０）触媒反応を使用して脱保護することができる。さらに別の形態の保護基は、化合物または中間体を付着することができる樹脂である。残基が樹脂に付着する限り、官能基がブロックされ、反応できない。一旦樹脂から放出されると、官能基を反応に利用可能である。
典型的なブロック基／保護基は当該分野で公知であり、以下の部分が含まれるが、これらに限定されない。
別途記載がない限り、全ての化学物質を、Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ−Ｆｌｕｋａから入手した。ベンゾイルアデノシン、ベンゾイルシチジン、およびフェニルアセチルグアノシンを、Ｃａｒｂｏｓｙｎｔｈ Ｌｉｍｉｔｅｄ，ＵＫから入手した。
本明細書中に記載のさらなる連結修飾を含むＰＭＯ、ＰＭＯ＋、ＰＰＭＯ、およびＰＭＯ−Ｘの合成を、当該分野で公知であり、且つ継続中の米国特許出願第１２／２７１，０３６号および同第１２／２７１，０４０号ならびにＰＣＴ公開番号ＷＯ／２００９／０６４４７１号（その全体が本明細書中で参考として組み込まれる）に記載の方法を使用して行った。
３’トリチル修飾を有するＰＭＯを、脱トリチル化工程を省略したことを除いてＰＣＴ公開番号ＷＯ／２００９／０６４４７１号に本質的に記載のように合成する。
ＩＶ．処方物
本開示の化合物を、取り込み、分布、および／または吸収を補助するための他の分子、分子構造、または化合物の混合物（例えば、リポソーム、受容体をターゲティングした分子、経口処方物、直腸処方物、局所処方物、または他の処方物など）を使用して混合するか、カプセル化するか、結合体化するか、そうでなければ関連付けることもできる。かかる取り込み、分布、および／または吸収を補助する処方物の調製を教示している代表的な米国特許には、米国特許第５，１０８，９２１号号；同第５，３５４，８４４号；同第５，４１６，０１６号；同第５，４５９，１２７号；同第５，５２１，２９１号；同第５，５４３，１５８号；同第５，５４７，９３２号；同第５，５８３，０２０号；同第５，５９１，７２１号；同第４，４２６，３３０号；同第４，５３４，８９９号；同第５，０１３，５５６号；同第５，１０８，９２１号；同第５，２１３，８０４号；同第５，２２７，１７０号；同第５，２６４，２２１号；同第５，３５６，６３３号；同第５，３９５，６１９号；同第５，４１６，０１６号；同第５，４１７，９７８号；同第５，４６２，８５４号；同第５，４６９，８５４号；同第５，５１２，２９５号；同第５，５２７，５２８号；同第５，５３４，２５９号；同第５，５４３，１５２号；同第５，５５６，９４８号；同第５，５８０，５７５号；および同第５，５９５，７５６号（それぞれ本明細書中で参考として組み込まれる）が含まれるが、これらに限定されない。
本開示のアンチセンス化合物は、任意の薬学的に許容され得る塩、エステルもしくはかかるエステルの塩、または動物（ヒトが含まれる）への投与の際に生物学的に活性な代謝産物またはその残渣を（直接または間接的に）提供することができる任意の他の化合物を含む。したがって、例えば、本開示は、本開示の化合物のプロドラッグおよび薬学的に許容され得る塩、かかるプロドラッグの薬学的に許容され得る塩、および他の生物学的等価物も誘導される。
用語「プロドラッグ」は、不活性形態で調製され、内因性酵素または他の化学物質の作用および／または条件によって体内またはその細胞内で活性形態（すなわち、薬物）に変換される治療薬を示す。特に、１９９３年１２月９日公開のＧｏｓｓｅｌｉｎらのＷＯ９３／２４５１０号またはＩｍｂａｃｈらのＷＯ９４／２６７６４号および米国特許第５，７７０，７１３号に開示の方法にしたがって、本開示のオリゴマーのプロドラッグバージョンをＳＡＴＥ［（Ｓ−アセチル−２−チオエチル）ホスファート］誘導体として調製する。
用語「薬学的に許容され得る塩」は、開示の化合物の生理学的および薬学的に許容され得る塩（すなわち、親化合物の所望の生物学的活性を保持し、且つ親化合物に望ましくない毒物学的影響を及ぼさない塩）をいう。オリゴマーについて、薬学的に許容され得る塩およびその使用の例は、米国特許第６，２８７，８６０号（その全体が本明細書中で組み込まれる）にさらに記載されている。
本開示は、本開示のアンチセンス化合物を含む薬学的組成物および処方物も含む。本開示の薬学的組成物を、局所処置または全身処置のいずれが望ましいかに応じて、および処置すべき領域に応じて、多数の方法で投与することができる。投与は、局所投与（眼および粘膜（膣および直腸送達が含まれる）が含まれる）、肺投与（例えば、散剤またはエアロゾルの吸入またはガス注入（ネブライザーが含まれる））；気管内、鼻腔内、上皮、および経皮）、経口投与、または非経口投与であり得る。非経口投与には、静脈内、動脈内、皮下、腹腔内、または筋肉内への注射または注入；または頭蓋内投与（例えば、髄腔内投与または脳室内投与）が含まれる。少なくとも１つの２’−Ｏ−メトキシエチル修飾を有するオリゴマーは、経口投与に特に有用であると考えられる。局所投与のための薬学的組成物および薬学的処方物には、経皮貼布、軟膏、ローション、クリーム、ゲル、点滴薬、坐剤、噴霧剤、液剤、および散剤が含まれ得る。従来の薬学的キャリア、水性、粉末、または油性の基剤、および増粘薬などが必要であり得るか、望ましいかもしれない。コーティングしたコンドームおよびグローブなども有用であり得る。
単位投薬形態で都合よく提供することができる本開示の薬学的処方物を、医薬品産業で周知の従来の技術にしたがって調製することができる。かかる技術は、有効成分を薬学的キャリアまたは賦形剤と組み合わせる工程を含む。一般に、処方物を、有効成分を液体キャリアまたは微粉化固体キャリアまたはその両方と均一且つ十分に組み合わせ、次いで、必要に応じて生成物を成形することによって調製する。
本開示の組成物を、多数の可能な投薬形態のうちのいずれか（錠剤、カプセル、ゲルカプセル、液体シロップ、ソフトゲル、坐剤、および浣腸などであるが、これらに限定されない）に処方することができる。本開示の組成物を、水性、非水性、または混合した媒質の懸濁液として処方することができる。水性懸濁液は、懸濁液の粘度を増大させる物質（例えば、カルボキシメチルセルロースナトリウム、ソルビトール、および／またはデキストランが含まれる）をさらに含み得る。懸濁液は安定剤も含むことができる。
本開示の薬学的組成物には、溶液、乳濁液、フォーム、およびリポソームを含有する処方物が含まれるが、これらに限定されない。本開示の薬学的組成物および薬学的処方物は、１つまたはそれを超える浸透促進剤、キャリア、賦形剤、または他の活性成分もしくは不活性成分を含み得る。
乳濁液は、典型的には、一方の液体が他方の液体に分散された通常は直径が０．１μｍを超える液滴の形態の不均質系である。乳濁液は、分散相に加えて、さらなる成分、および水相、油相のいずれかに溶液としてかそれ自体が分離相として存在し得る活性薬物を含み得る。本開示の実施形態としてマイクロエマルジョンが含まれる。乳濁液およびその使用は当該分野で周知であり、米国特許第６，２８７，８６０号（その全体が本明細書中で組み込まれる）にさらに記載されている。
本開示の処方物には、リポソーム処方物が含まれる。本開示で使用する場合、用語「リポソーム」は、球状の二重層に配置された両親媒性の脂質から構成される小胞を意味する。リポソームは、親油性材料から形成された膜および送達すべき組成物を含む水性の内部を有する単層または多重層の小胞である。カチオン性リポソームは、安定な複合体を形成するために負電荷のＤＮＡ分子と相互作用すると考えられる正電荷のリポソームである。ｐＨ感受性であるか負電荷であるリポソームは、ＤＮＡとの複合体形成よりもＤＮＡを捕捉すると考えられている。カチオン性および非カチオン性のリポソームは、ＤＮＡを細胞に送達させるために使用されている。
リポソームには、「立体的に安定化された」リポソームも含まれる。この用語は、本開示で使用する場合、１つまたはそれを超える特化した脂質を含み、リポソーム中に組み込まれた場合にかかる特化した脂質を欠くリポソームと比較して循環寿命が延長されるリポソームをいう。立体的に安定化されたリポソームの例は、リポソームの小胞を形成する脂質部分が１つまたはそれを超える糖脂質を含むか、１つまたはそれを超える親水性ポリマー（ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）部分など）で誘導体化されているリポソームである。リポソームおよびその使用は、米国特許第６，２８７，８６０号（その全体が本明細書中で組み込まれる）にさらに記載されている。
本開示の薬学的処方物および薬学的組成物は、界面活性剤も含み得る。製剤、処方物、および乳濁液中の界面活性剤の使用は、当該分野で周知である。界面活性剤およびその使用は、米国特許第６，２８７，８６０号（その全体が本明細書中で組み込まれる）にさらに記載されている。
いくつかの実施形態では、本開示は、核酸、特にオリゴマーを効率的に送達させるための種々の浸透促進剤を使用する。細胞膜を通過する非親油性薬の拡散に加えて、浸透促進剤は、親油性薬物の透過性も増強する。浸透促進剤を、５つの広いカテゴリー（すなわち、界面活性剤、脂肪酸、胆汁酸塩、キレート剤、および非キレート化非界面活性剤）のうちの１つに属するように分類することができる。浸透促進剤およびその使用は、米国特許第６，２８７，８６０号（その全体が本明細書中で組み込まれる）にさらに記載されている。
当業者は、処方物がその意図する使用（すなわち、投与経路）にしたがって日常的にデザインされると認識するであろう。
局所投与用処方物には、本開示のオリゴマーが脂質、リポソーム、脂肪酸、脂肪酸エステル、ステロイド、キレート剤、および界面活性剤などの局所送達剤との混合物である処方物が含まれる。脂質およびリポソームには、中性（例えば、ジオレオイルホスファチジルＤＯＰＥエタノールアミン、ジミリストイルホスファチジルコリンＤＭＰＣ、ジステアロイルホスファチジルコリン）、負電荷（例えば、ジミリストイルホスファチジルグリセロールＤＭＰＧ）、およびカチオン性（例えば、ジオレオイルテトラメチルアミノプロピルＤＯＴＡＰおよびジオレオイルホスファチジルエタノールアミンＤＯＴＭＡ）のものが含まれる。
局所投与または他の投与のために、本開示のオリゴマーを、リポソーム内にカプセル化することができるか、特にカチオン性リポソームと複合体を形成することができる。あるいは、オリゴマーを、脂質、特にカチオン性脂質と複合体化することができる。脂肪酸およびエステル、その薬学的に許容され得る塩、ならびにその使用は、米国特許第６，２８７，８６０号（その全体が本明細書中で組み込まれる）にさらに記載されている。局所用処方物は、１９９９年５月２０日出願の米国特許出願第０９／３１５，２９８号（その全体が本明細書中で参考として組み込まれる）に詳述されている。
経口投与用の組成物および処方物には、散剤または顆粒剤、微粒子、ナノ粒子、水または非水性媒質の懸濁液または溶液、カプセル、ゲルカプセル、サシェ、錠剤、またはミニタブレットが含まれる。増粘薬、香味物質、希釈剤、乳化剤、分散助剤、または結合剤が望ましいかもしれない。経口処方物は、本開示のオリゴマーが１つまたはそれを超える浸透促進剤、界面活性剤、およびキレーターと併せて投与される処方物である。界面活性剤には、脂肪酸および／またはそのエステルまたは塩、胆汁酸および／またはその塩が含まれる。胆汁酸／塩および脂肪酸およびその使用は、米国特許第６，２８７，８６０号（その全体が本明細書中で組み込まれる）にさらに記載されている。いくつかの実施形態では、本開示は、浸透促進剤の組み合わせ（例えば、胆汁酸／塩と組み合わせた脂肪酸／塩）を提供する。例示的な組み合わせは、ラウリン酸、カプリン酸、およびＵＤＣＡのナトリウム塩である。さらなる浸透促進剤には、ポリオキシエチレン−９−ラウリルエーテル、ポリオキシエチレン−２０−セチルエーテルが含まれる。本開示のオリゴマーを、噴霧乾燥させた粒子を含む顆粒形態で経口送達させることができるか、微粒子またはナノ粒子を形成するために複合体化することができる。オリゴマー複合体化剤およびその使用は、米国特許第６，２８７，８６０号（その全体が本明細書中で組み込まれる）にさらに記載されている。オリゴマー用経口処方物およびその調製は、米国特許出願第０９／１０８，６７３号（１９９８年７月１日出願）、同第０９／３１５，２９８号（１９９９年５月２０日出願）、および同第１０／０７１，８２２号（２００２年２月８日出願）（それぞれその全体が本明細書中で参考として組み込まれる）に詳述されている。
非経口投与、髄腔内投与、または脳室内投与のための組成物および処方物は、緩衝液、希釈剤、および他の適切な添加物（浸透促進剤、キャリア化合物、および他の薬学的に許容され得るキャリアまたは賦形剤などであるが、これらに限定されない）も含み得る滅菌水溶液を含み得る。
本開示の一定の実施形態は、１つまたはそれを超えるオリゴマー化合物および１つまたはそれを超える非アンチセンス機構によって機能する他の化学療法薬を含む薬学的組成物を提供する。かかる化学療法薬の例には、癌化学療法薬（ダウノルビシン、ダウノマイシン、ダクチノマイシン、ドキソルビシン、エピルビシン、イダルビシン、エソルビシン、ブレオマイシン、マホスファミド、イフォスファミド、シトシンアラビノシド、ｂｉｓ−クロロエチルニトロソ尿素（ｂｉｓ−ｃｈｌｏｒｏｅｔｈｙｌｎｉｔｒｏｓｕｒｅａ）、ブスルファン、マイトマイシンＣ、アクチノマイシンＤ、ミトラマイシン、プレドニゾン、ヒドロキシプロゲステロン、テストステロン、タモキシフェン、ダカルバジン、プロカルバジン、ヘキサメチルメラミン、ペンタメチルメラミン、ミトキサントロン、アムサクリン、クロラムブシル、メチルシクロヘキシルニトロソ尿素（ｍｅｔｈｙｌｃｙｃｌｏｈｅｘｙｌｎｉｔｒｏｓｕｒｅａ）、ナイトロジェンマスタード、メルファラン、シクロホスファミド、６−メルカプトプリン、６−チオグアニン、シタラビン、５−アザシチジン、ヒドロキシ尿素、デオキシコホルマイシン、４−ヒドロキシペルオキシシクロホスホラミド、５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）、５−フルオロデオキシウリジン（５−ＦＵｄＲ）、メトトレキサート（ＭＴＸ）、コルヒチン、タキソール、ビンクリスチン、ビンブラスチン、エトポシド（ＶＰ−１６）、トリメトレキサート、イリノテカン、トポテカン、ゲムシタビン、テニポシド、シスプラチン、およびジエチルスチルベストロール（ＤＥＳ）など）が含まれるが、これらに限定されない。本開示の化合物と共に使用する場合、かかる化学療法薬を、個別に（例えば、５−ＦＵおよびオリゴマー）、連続的に（例えば、５−ＦＵおよびオリゴマーを使用後に一定期間を経てＭＴＸおよびオリゴマーを使用）、または１つまたはそれを超える他のかかる化学療法薬の組み合わせで（例えば、５−ＦＵ、ＭＴＸ、およびオリゴマーの組み合わせ、または５−ＦＵ、照射療法、およびオリゴマーの組み合わせ）使用することができる。抗炎症薬（非ステロイド性抗炎症薬およびコルチコステロイドが含まれるが、これらに限定されない）および抗ウイルス薬（リバビリン（ｒｉｂｉｖｉｒｉｎ）、ビダラビン、アシクロビル、およびガンシクロビルが含まれるが、これらに限定されない）を、本開示の組成物中で組み合わせることもできる。アンチセンス化合物と他の非アンチセンス薬との組み合わせも本開示の範囲内である。２つまたはそれを超える組み合わせ化合物を、同時または連続的に使用することができる。
別の関連する実施形態では、本開示の組成物は、第１の核酸をターゲティングする１つまたはそれを超えるアンチセンス化合物（特にオリゴマー）および第２の核酸標的をターゲティングする１つまたはそれを超えるさらなるアンチセンス化合物を含み得る。あるいは、本開示の組成物は、同一の核酸標的の異なる領域をターゲティングする２つまたはそれを超えるアンチセンス化合物を含み得る。アンチセンス化合物の多数の例は当該分野で公知である。２つまたはそれを超える組み合わせ化合物を同時または連続的に使用することができる。
Ｖ．使用方法
一定の実施形態は、本開示のアンチセンスオリゴマーを治療目的（例えば、ＧＳＤ−ＩＩ被験体の処置）で使用したエクソン２含有ＧＡＡｍＲＮＡおよび／またはタンパク質の発現を増加する方法に関する。したがって、いくつかの実施形態では、本開示は、有効量の本開示のアンチセンスオリゴマーを被験体に投与する工程を含む、ＧＳＤ−ＩＩに罹患しているか発症するリスクのある個体を処置する方法を提供する。いくつかの実施形態では、酸性α−グルコシダーゼ（ＧＡＡ）遺伝子のプレ−ｍＲＮＡ内の領域に特異的にハイブリッド形成するのに十分な長さおよび相補性のヌクレオチド配列を含むアンチセンスオリゴマーであって、前記領域へのアンチセンスオリゴマーの結合により被験体の細胞および／または組織中のエクソン２含有ＧＡＡｍＲＮＡレベルが増加する、アンチセンスオリゴマー。例示的なアンチセンスターゲティング配列を表２に示す。
酸性α−グルコシダーゼ（ＧＡＡ）遺伝子のプレ−ｍＲＮＡ内の領域に特異的にハイブリッド形成するのに十分な長さおよび相補性のヌクレオチド配列を含むＩＩ型糖原貯蔵障害（ＧＳＤ−ＩＩ；ポンぺ病）処置のための医薬の調製で用いるアンチセンスオリゴマーであって、前記領域へのアンチセンスオリゴマーの結合によりエクソン２含有ＧＡＡｍＲＮＡレベルが増加する、アンチセンスオリゴマーも含まれる。
ＧＳＤ−ＩＩを処置する方法またはＧＳＤ−ＩＩの処置のための医薬のいくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマー化合物は、以下を含む：
ホスホルアミダートモルホリノオリゴマーまたはホスホロジアミダートモルホリノオリゴマー（ＰＭＯ）、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ホスホロチオアートオリゴマー、トリシクロ−ＤＮＡオリゴマー、トリシクロ−ホスホロチオアートオリゴマー、２’Ｏ−Ｍｅ修飾オリゴマー、または前記の任意の組み合わせから選択される非天然化学骨格；および
ヒト酸性α−グルコシダーゼ（ＧＡＡ）遺伝子のプレ−ｍＲＮＡのイントロン１（配列番号１）、イントロン２（配列番号２）、またはエクソン２（配列番号３）内の領域に相補的なターゲティング配列。
上述のとおり、「ＧＳＤ−ＩＩ」は、ＩＩ型糖原貯蔵障害（ＧＳＤ−ＩＩまたはポンぺ病）（罹患個体におけるＧＡＡタンパク質の過小発現によってしばしば特徴づけられるヒト常染色体劣性疾患）をいう。乳児ＧＳＤ−ＩＩを有する被験体およびこの疾患の遅発型を有する被験体が含まれる。
一定の実施形態では、被験体は、（例えば、健康な被験体またはより早期と比較して）１つまたはそれを超える組織（心臓、骨格筋、肝臓、および神経系組織が含まれる）におけるＧＡＡタンパク質の発現および／または活性が減少している。いくつかの実施形態では、被験体は、（例えば、健康な被験体またはより早期と比較して）１つまたはそれを超える組織（心臓、骨格筋、肝臓、および神経系組織が含まれる）中のグリコーゲン蓄積量が増大している。特定の実施形態では、被験体は、おそらく機能的ＧＡＡタンパク質の発現を減少させる他の変異と組み合わせた少なくとも１つのＩＶＳ１−１３Ｔ＞Ｇ変異（ｃ．３３６−１３Ｔ＞Ｇとも呼ばれる）を有する。ＧＳＤ−ＩＩで使用した分子遺伝子試験のまとめを以下の表３に示す。
一定の実施形態は、本明細書中に記載のように、細胞、組織、および／または被験体中のエクソン２含有ＧＡＡｍＲＮＡまたはタンパク質の発現を増加させる方法に関する。いくつかの例では、エクソン−２含有ＧＡＡｍＲＮＡまたはタンパク質は、コントロール（例えば、コントロール細胞／被験体、アンチセンスオリゴマーを持たないコントロール組成物、非処置、および／またはより早い時点）と比較して約または少なくとも約５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％増加する。健康なコントロールのレベルと比較して含有するＧＡＡｍＲＮＡまたはタンパク質の発現を維持する方法も含まれる。
いくつかの実施形態は、本明細書中に記載のように、細胞、組織、および／または被験体中の機能的／活性ＧＡＡタンパク質の発現を増加させる方法に関する。一定の例では、機能的／活性ＧＡＡタンパク質レベルは、コントロール（例えば、コントロール細胞／被験体、アンチセンスオリゴマーを持たないコントロール組成物、非処置、および／またはより早い時点）と比較して約または少なくとも約５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％増加する。健康なコントロールのレベルと比較して機能的／活性ＧＡＡタンパク質の発現を維持する方法も含まれる。
特定の実施形態は、本明細書中に記載のように、１つまたはそれを超える細胞、組織、および／または被験体におけるグリコーゲンの蓄積を減少させる方法に関する。一定の例では、グリコーゲンの蓄積は、コントロール（例えば、コントロール細胞／被験体、アンチセンスオリゴマーを持たないコントロール組成物、非処置、および／またはより早い時点）と比較して約または少なくとも約５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％低下する。細胞、組織、および／または被験体中の正常またはそうでなければ健康なグリコーゲンレベル（例えば、無症状レベルまたはＧＳＤ−ＩＩの症状の軽減に関連するレベル）を維持する方法も含まれる。
１つまたはそれを超えるＧＳＤ−ＩＩの症状を軽減する必要のある被験体における１つまたはそれを超えるＧＳＤ−ＩＩの症状を軽減する方法も含まれる。特定の例には、乳児ＧＳＤ−ＩＩの症状（心臓肥大、緊張低下、心筋症、左心室流出障害、呼吸窮迫、運動遅滞／筋力低下、および摂食困難／発育不全など）が含まれる。さらなる例には、遅発性ＧＳＤ−ＩＩの症状（筋力低下（例えば、骨格筋の筋力低下（進行性筋力低下が含まれる））、障害性の咳、再発性胸部感染症、緊張低下、運動発達遅延、嚥下困難または咀嚼困難、および肺活量の低下または呼吸機能不全など）が含まれる。
本開示のアンチセンスオリゴマーを、ＧＳＤ−ＩＩを（予防的または治療的に）処置するために被験体に投与することができる。かかる処置と併せて、薬理ゲノミクス（すなわち、個体の遺伝子型と個体の外来の化合物または薬物に対する応答との間の関係の研究）を考慮することができる。治療薬の代謝困難は、薬理学的に活性な薬物の用量と血中濃度との間の関係の変化によって重篤な毒性または治療の失敗を招き得る。
したがって、医師または臨床家は、治療薬投与の決定ならびに治療薬の投薬量および／または治療薬を用いた処置の治療レジメンの調整において関連する薬理ゲノミクス研究で得た知識の適用を考慮することができる。
アンチセンスオリゴマーの標的核酸への有効な送達は、処置の１つの態様である。アンチセンスオリゴマーの送達経路には、種々の全身経路（経口経路および非経口経路（例えば、静脈内、皮下、腹腔内、および筋肉内）が含まれる）ならびに吸入送達、経皮送達、および局所送達が含まれるが、これらに限定されない。当業者は、適切な経路を、処置下の被験体の条件に適切なように決定することができる。血管または血管外の循環、血液またはリンパ系、および脳脊髄液は、ＲＮＡを導入することができるいくつかの非限定的な部位である。直接ＣＮＳ送達を使用することができる。例えば、脳室内投与または髄腔内投与を投与経路として使用することができる。
特定の実施形態では、アンチセンスオリゴマーを、筋肉内注射（ＩＭ）（すなわち、アンチセンスオリゴマーを筋肉内に投与するか送達させる）によって被験体に投与する。筋肉内注射部位の非限定的な例には、上腕三角筋、脚の外側広筋、腹部臀筋、および背側臀筋が含まれる。特定の実施形態では、ＰＭＯ、ＰＭＯ−Ｘ、またはＰＰＭＯをＩＭによって投与する。
一定の実施形態では、中枢神経系組織中のグリコーゲン蓄積のような、必要とする被験体である。例には、中枢神経系の病態がＧＳＤ−ＩＩの呼吸欠損に寄与する例が含まれる（例えば、ＤｅＲｕｉｓｓｅａｕら，ＰＮＡＳ ＵＳＡ．１０６：９４１９−２４，２００９を参照のこと）。したがって、例えば、被験体がＣＮＳに関与するＧＳＤ−ＩＩを有する場合に、本明細書中に記載のアンチセンスオリゴマーを、任意の当該分野で認識されている方法によって被験体の神経系に送達させることができる。例えば、本開示のアンチセンスオリゴマーの末梢血注射を使用して、前記試薬を拡散および／または能動手段によって末梢神経に送達させることができる。あるいは、アンチセンスオリゴマーを、血液脳関門（ＢＢＢ）の通過を促進するように修飾して中枢神経系（ＣＮＳ）の神経細胞に前記試薬を送達させることができる。最近、アンチセンスオリゴマーテクノロジーおよび送達ストラテジーが具体的に進歩し、神経障害におけるアンチセンスオリゴマーの利用範囲が広がっている（例えば、Ｆｏｒｔｅ，Ａ．ら、２００５．Ｃｕｒｒ．Ｄｒｕｇ Ｔａｒｇｅｔｓ ６：２１−２９；Ｊａｅｇｅｒ，Ｌ．Ｂ．，ａｎｄ Ｗ．Ａ．Ｂａｎｋｓ．２００５．Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ．Ｍｅｄ．１０６：２３７−２５１；Ｖｉｎｏｇｒａｄｏｖ，Ｓ．Ｖ．ら、２００４．Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇ．Ｃｈｅｍ．５：５０−６０を参照のこと；上記はその全体が本明細書中で参考として組み込まれる）。例えば、本開示のアンチセンスオリゴマーを、ペプチド核酸（ＰＮＡ）化合物として生成することができる。ＰＮＡ試薬は、それぞれＢＢＢを通過することが同定されている（Ｊａｅｇｅｒ，Ｌ．Ｂ．，ａｎｄ Ｗ．Ａ．Ｂａｎｋｓ．２００５．Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ．Ｍｅｄ．１０６：２３７−２５１）。例えば、血管作用薬での被験体の処置は、ＢＢＢを通過する輸送を促進することも記載されている（Ｉｄ）。ＢＢＢを通過して能動輸送される薬剤への本開示のアンチセンスオリゴマーの係留を、送達機構として使用することもできる。ＰＣＴ公開番号ＷＯ／２０１３／０８６２０７号（その全体が参考として組み込まれる）に記載のように、イオヘキソールなどの造影剤を伴うアンチセンス剤の投与（例えば、個別、同時、同一処方物中）もまたＢＢＢを通過する送達を容易にすることができる。
一定の実施形態では、本開示のアンチセンスオリゴマーを、経皮的方法（例えば、例えば、乳濁液中へのアンチセンスオリゴマーの組み込み（かかるアンチセンスオリゴマーは必要に応じてリポソーム中にパッケージングされている）による）によって送達させることができる。かかる経皮および乳濁液／リポソーム媒介送達方法は、当該分野でアンチセンスオリゴマーの送達について、例えば、米国特許第６，９６５，０２５号（その内容全体が本明細書中で参考として組み込まれる）に記載されている。
本明細書中に記載のアンチセンスオリゴマーを、植込み型デバイスを介して送達させることもできる。かかるデバイスのデザインは、例えば、米国特許第６，９６９，４００号（その内容全体が本明細書中で参考として組み込まれる）に記載の合成埋没物のデザインを使用する当該分野で認識されたプロセスである。
アンチセンスオリゴマーを、当該分野で認識されている技術（例えば、トランスフェクション、エレクトロポレーション、融合、リポソーム、コロイド状ポリマー粒子、ウイルスベクターおよび非ウイルスベクター、ならびに当該分野で公知の他の手段）を使用して細胞に導入することができる。選択された送達方法は、少なくともオリゴマーの化学的性質、処置される細胞、および細胞の位置に依存し、この送達方法は当業者に明らかであろう。例えば、リポソームを指示するための特異的マーカーを表面上に有するリポソーム、標的細胞を含む組織への直接注射、または特異的受容体媒介取り込みなどによって局在化することができる。
当該分野で公知のように、アンチセンスオリゴマーを、例えば、リポソーム媒介取り込み、脂質結合体化、ポリリジン媒介取り込み、ナノ粒子媒介取り込み、および受容体媒介エンドサイトーシス、ならびにさらなる非エンドサイトーシスの送達様式（微量注入、透過処理（例えば、ストレプトリシン−Ｏ透過処理、アニオン性ペプチド透過処理）、エレクトロポレーションなど）、ならびに当該分野で公知の種々の非侵襲性非エンドサイトーシス送達方法（Ｄｏｋｋａ ａｎｄ Ｒｏｊａｎａｓａｋｕｌ，Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ Ｒｅｖｉｅｗｓ ４４，３５−４９（その全体が参考として組み込まれる）を参照のこと）を含む方法を使用して送達させることができる。
アンチセンスオリゴマーを、生理学的におよび／または薬学的に許容され得る任意の都合の良いビヒクルまたはキャリア中に含めて投与することができる。かかる組成物は、当業者によって使用される種々の標準的な薬学的に許容され得るキャリアのうちのいずれかを含み得る。例には、生理食塩水、リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）、水、エタノール水溶液、乳濁液（油／水乳濁液またはトリグリセリド乳濁液など）、錠剤、およびカプセルが含まれるが、これらに限定されない。適切な生理学的に許容され得るキャリアの選択は、選択した投与様式に応じて変化するであろう。「薬学的に許容され得るキャリア」は、薬学的投与に適合する任意および全ての溶媒、分散媒、コーティング、抗菌薬および抗真菌薬、等張剤、および吸収遅延剤などを含むことが意図される。薬学的に活性な物質のためのかかる媒質および薬剤の使用は当該分野で周知である。任意の従来の媒質または薬剤が活性化合物と適合しない場合を除いて、組成物中でのその使用が意図される。補足的な活性化合物を、組成物中に組み込むこともできる。
本開示の化合物（例えば、アンチセンスオリゴマー）を、一般に、遊離酸または遊離塩基として利用することができる。あるいは、本開示の化合物を、酸付加塩または塩基付加塩の形態で使用することができる。本開示の遊離アミノ化合物の酸付加塩を、当該分野で周知の方法によって調製することができ、この酸付加塩を、有機酸および無機酸から形成することができる。適切な有機酸には、マレイン酸、フマル酸、安息香酸、アスコルビン酸、コハク酸、メタンスルホン酸、酢酸、トリフルオロ酢酸、シュウ酸、プロピオン酸、酒石酸、サリチル酸、クエン酸、グルコン酸、乳酸、マンデル酸、桂皮酸、アスパラギン酸、ステアリン酸、パルミチン酸、グリコール酸、グルタミン酸、およびベンゼンスルホン酸が含まれる。
適切な無機酸には、塩酸、臭化水素酸、硫酸、リン酸、および硝酸が含まれる。塩基付加塩には、カルボン酸アニオンを使用して形成される塩が含まれ、有機カチオンおよび無機カチオン（アルカリ金属およびアルカリ土類金属（例えば、リチウム、ナトリウム、カリウム、マグネシウム、バリウム、およびカルシウム）、ならびにアンモニウムイオンおよびその置換誘導体（例えば、ジベンジルアンモニウム、ベンジルアンモニウム、および２−ヒドロキシエチルアンモニウムなど）から選択されるカチオンなど）を使用して形成された塩が含まれる。したがって、用語「薬学的に許容され得る塩」は、任意および全ての許容され得る塩形態を含むことが意図される。
さらに、プロドラッグも本開示の文脈の範囲内に含まれる。プロドラッグは、かかるプロドラッグが患者に投与された場合に化合物がｉｎ ｖｉｖｏで放出される任意の共有結合したキャリアである。プロドラッグを、一般に、日常的な操作またはｉｎ ｖｉｖｏのいずれかで修飾が切断されて親化合物が得られるような方法での官能基の修飾によって調製する。プロドラッグには、例えば、ヒドロキシ基、アミン基、またはスルフヒドリル基が任意の基に結合し、患者に投与した場合に結合が切断されてヒドロキシ基、アミン基、またはスルフヒドリル基を形成する本開示の化合物が含まれる。したがって、プロドラッグの代表例には、本開示のアンチセンスオリゴマーのアルコール官能基およびアミン官能基の酢酸誘導体、ギ酸誘導体、および安息香酸誘導体が含まれる（しかし、これらに限定されない）。さらに、カルボン酸（−ＣＯＯＨ）の場合、メチルエステルおよびエチルエステルなどのエステルを使用することができる。
いくつかの例では、リポソームを使用して、細胞中へのアンチセンスオリゴマーの取り込みを容易にすることができる（例えば、Ｗｉｌｌｉａｍｓ，Ｓ．Ａ．，Ｌｅｕｋｅｍｉａ １０（１２）：１９８０−１９８９，１９９６；Ｌａｐｐａｌａｉｎｅｎら，Ａｎｔｉｖｉｒａｌ Ｒｅｓ．２３：１１９，１９９４；Ｕｈｌｍａｎｎら，ａｎｔｉｓｅｎｓｅ ｏｌｉｇｏｍｅｒ：ａ ｎｅｗ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ｐｒｉｎｃｉｐｌｅ，Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｒｅｖｉｅｗｓ，Ｖｏｌｕｍｅ ９０，Ｎｏ．４，２５ ｐａｇｅｓ ５４４−５８４，１９９０；Ｇｒｅｇｏｒｉａｄｉｓ，Ｇ．，Ｃｈａｐｔｅｒ １４，Ｌｉｐｏｓｏｍｅｓ，Ｄｒｕｇ Ｃａｒｒｉｅｒｓ ｉｎ Ｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，ｐｐ．２８７−３４１，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，１９７９を参照のこと）。例えば、ＷＯ９３／０１２８６号に記載のように、ヒドロゲルを、アンチセンスオリゴマー投与のためのビヒクルとして使用することもできる。あるいは、オリゴマーを、ミクロスフィアまたは微粒子に含めて投与することができる（例えば、Ｗｕ，Ｇ．Ｙ．ａｎｄ Ｗｕ，Ｃ．Ｈ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６２：４４２９−４４３２，３０ １９８７を参照のこと）。あるいは、米国特許第６，２４５，７４７号に記載のように、アンチセンスオリゴマーと複合体化したガス充填微小気泡の使用により、標的組織への送達を増強することができる。徐放組成物も使用することができる。これらは、フィルムまたはマイクロカプセルなどの成形品の形態の半透性ポリマーマトリックスを含み得る。
１つの実施形態では、アンチセンスオリゴマーを適切な薬学的キャリアに含めてリソソーム貯蔵障害の症状を示す哺乳動物被験体（例えば、ヒトまたは家畜）に投与する。方法の１つの態様では、被験体は、ヒト被験体（例えば、ＧＳＤ−ＩＩ（ポンぺ病）と診断された患者）である。１つの好ましい実施形態では、アンチセンスオリゴマーは薬学的に許容され得るキャリア中に含まれ、これを経口送達する。別の好ましい実施形態では、オリゴマーは薬学的に許容され得るキャリア中に含まれ、これを静脈内（ｉ．ｖ．）送達する。
１つの実施形態では、アンチセンス化合物を、アンチセンスオリゴマーの血中最高濃度が少なくとも２００〜４００ｎＭとなるのに有効な量および様式で投与する。典型的には、単回または複数回分のアンチセンスオリゴマーを、一般に一定間隔で約１〜２週間投与する。経口投与に好ましい用量は、７０ｋｇあたり約１〜１０００ｍｇのオリゴマーである。いくつかの場合、１０００ｍｇオリゴマー／患者を超える用量が必要であり得る。ｉ．ｖ．投与について、好ましい用量は、約０．５ｍｇ〜１０００ｍｇオリゴマー／７０ｋｇである。アンチセンスオリゴマーを、一定間隔で短期間（例えば、２週間またはそれ未満にわたって毎日）投与することができる。しかし、いくつかの場合、オリゴマーを、より長い期間にわたって断続的に投与する。抗生物質の投与後または同時に投与または他の治療上の処置を行うことができる。処置下での被験体の免疫アッセイ、他の生化学試験、および生理学的試験の結果に基づいて、処置レジメンを示すように調整することができる（用量、頻度、経路など）。
本開示のアンチセンスオリゴマーを使用した有効なｉｎ ｖｉｖｏ処置レジメンは、持続期間、用量、頻度、および投与経路、ならびに処置下（すなわち、局所性感染または全身性感染に応答する投与に対する予防的投与）の被験体の健康状態に応じて変動し得る。したがって、かかるｉｎ ｖｉｖｏ治療は、最適な治療結果を達成するために、処置下の特定の障害型に適切な試験によるモニタリングおよび対応する用量または処置レジメンの調整がしばしば必要であろう。
処置を、例えば、当該分野で公知の疾患の一般的指標によってモニタリングすることができる。ｉｎ ｖｉｖｏ投与した本開示のアンチセンスオリゴマーの有効性を、アンチセンスオリゴマーの投与前、投与中、および投与後に被験体から採取した生物サンプル（組織、血液、尿など）から決定することができる。かかるサンプルのアッセイは、（１）当業者に公知の手順（例えば、電気泳動ゲル移動アッセイ）を使用した標的配列および非標的配列とのヘテロ二重鎖形成の有無のモニタリング；（２）標準的な技術（ＲＴ−ＰＣＲ、ノーザンブロッティング、ＥＬＩＳＡ、またはウェスタンブロッティングなど）によって決定した場合の基準の正常なｍＲＮＡまたはタンパク質と比較した変異ｍＲＮＡ量のモニタリングを含む。
いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、哺乳動物細胞によって能動的に取り込まれる。さらなる実施形態では、アンチセンスオリゴマーを、本明細書中に記載のように輸送部分（例えば、輸送ペプチドまたはＣＰＰ）に結合体化してかかる取り込みを容易にすることができる。
ＶＩ．投薬
治療組成物の処方およびその後のその投与（投薬）は、当業者の技術の範囲内と考えられる。投薬は処置すべき病状の重症度および応答性に依存し、一連の処置を数日間から数ヶ月、または治癒するか病状が軽減するまで継続する。最適な投与計画を、患者の体内の薬物蓄積の測定値から計算することができる。当業者は、至適投薬量、投薬法、および反復率を容易に決定することができる。至適投薬量は、各オリゴマーの相対的効力に応じて変動し得、一般に、ｉｎ ｖｉｔｒｏ動物モデルおよびｉｎ ｖｉｖｏ動物モデルで有効であることが見出されたＥＣ５０に基づいて評価することができる。一般に、投薬量は、０．０１μｇ〜１００ｇ／ｋｇ体重であり、１日、１週間、１ヶ月、または１年に１回または複数回、またはさらに２〜２０年毎に１回投与することができる。当業者は、体液または組織中の薬物の滞留時間および濃度の測定値に基づいて反復投薬率を容易に評価することができる。首尾の良い処置後、病状の再発を防止するために患者に維持療法を受けさせることが望ましいかもしれない。ここで、維持療法とは、維持量（０．０１μｇ〜１００ｇ／ｋｇ体重の範囲）のオリゴマーを１日１回または複数回から２０年毎に１回まで投与することである。
本開示を一定のその実施形態に従って詳細に記載している一方で、以下の実施例は本開示を例示することのみを目的とし、本開示を制限することを意図しない。本出願で引用した各々の文献、特許、特許出願、およびＧｅｎＢａｎｋ受入番号などは、その全体が本明細書中で参考として組み込まれる。
ＶＩＩ．実施例
実施例１
アンチセンスターゲティング配列のデザイン
アンチセンスオリゴマーターゲティング配列を、ヒトＧＡＡ遺伝子中のＩＶＳ１−１３Ｔ＞Ｇ変異に関連するスプライススイッチング治療に適用するためにデザインした。ここでは、スプライススイッチングオリゴマーがイントロンプライスサイレンサーエレメントおよびエクソンスプライスサイレンサーエレメント（それぞれ、ＩＳＳエレメントおよびＥＳＳエレメント）を抑制し、それにより、成熟ＧＡＡｍＲＮＡ中のエクソン２保持を促進することが期待される。次いで、正常なまたはほぼ正常なＧＡＡ発現への回復により、機能的酵素が合成され、それにより、ＧＳＤ−ＩＩ患者に臨床的利点が付与されるであろう。
したがって、一定のアンチセンスターゲティング配列を、ＧＡＡ遺伝子のエクソン２内またはその隣接イントロン内のいずれかでスプライスサイレンサーエレメントをマスキングするようにデザインした。潜在的なサイレンサーエレメント標的の非限定的な例には、ｈｎＲＮＰＡ１モチーフ（ＴＡＧＧＧＡ）、Ｔｒａ２−βモチーフ、および９Ｇ８モチーフが含まれる。イントロン１および２（それぞれ、ＩＶＳ１およびＩＶＳ２）ｍＲＮＡのｉｎ ｓｉｌｉｃｏ二次構造解析（ｍＦｏｌｄ）も使用して、適切なアンチセンス標的配列を得ることができる長距離相互作用を同定した。この解析から得られたアンチセンスターゲティング配列を表２に示す（配列番号４〜１２０も参照のこと）。
表２に記載のターゲティング配列を含む例示的なオリゴマーを、ホスホロチオアート骨格を有する２’−Ｏ−メチル修飾アンチセンスオリゴマーとして本実施例で調製する。以下の実施例２に記載のように、これらのアンチセンスオリゴマーを、カチオン性送達剤（リポフェクタミン２０００、リポフェクチン、または類似物）と複合体化し、ＩＶＳ１−１３Ｔ＞Ｇ変異を保有するＧＳＤ−ＩＩ患者由来の線維芽細胞および／またはリンパ球にトランスフェクトする。
さらなる試験では、表２に記載のターゲティング配列を含む他の例示的なオリゴマーを、ＰＭＯとして調製する。以下の実施例２にも記載のように、これらのアンチセンスオリゴマーを、ヌクレオフェクションプロトコールを使用して患者由来の線維芽細胞および／またはリンパ球中に導入する。
実施例２
アンチセンスオリゴマーはＧＳＤ−ＩＩ患者由来線維芽細胞中のエクソン２包含を誘導する
アンチセンスオリゴマーがＧＳＤ−ＩＩ個体由来の線維芽細胞および／またはリンパ球中のエクソン２包含を誘導する能力を試験するための試験を行う。一方の実験において、標準的なプロトコールにしたがって２’−Ｏ−メチル修飾アンチセンスオリゴマーを調製し、ＩＶＳ１−１３Ｇ＞Ｔ変異を保有するＧＳＤ−ＩＩ患者由来の線維芽細胞および／またはリンパ球にトランスフェクトする。他方の実験において、標準的なプロトコールにしたがってＰＭＯを調製し、ヌクレオフェクションによってこれらの細胞中に導入する。次いで、エクソン２含有ｍＲＮＡレベルを、ＲＴ−ＰＣＲによって測定する。
ＧＳＤ−ＩＩ細胞。ＧＳＤ−ＩＩ個体に由来する患者由来線維芽細胞またはリンパ球（Ｃｏｒｉｅｌｌ細胞株ＧＭ００４４３、ＧＭ１１６６１、ＧＭ１４４６３、および／またはＧＭ１４４８４）を、標準的なプロトコールにしたがって１０％ＦＢＳを含むイーグルＭＥＭ中で培養する。細胞を、実験の約３〜５日前に継代し、トランスフェクションまたはヌクレオフェクション時のコンフルエントはおよそ８０％である。
ＧＭ００４４３線維芽細胞は、３０歳男性に由来する。成人型；２０代で発症；ＧＡＡ（抗体によって検出されたＧＡＡタンパク質）のｍＲＮＡのサイズおよび量は正常、しかし９〜２６％しか正常な酸性α−１，４グルコシダーゼ活性を持たない；ＣＣＲで継代数３；ドナー被験体は、ＧＡＡ遺伝子のイントロン１の受容体部位の−１３位にＴ＞Ｇ塩基転換を保有する１つの対立遺伝子とヘテロ接合性を示し、それにより、第１のコードエクソンが欠失した選択的スプライシングを受けた転写物（エクソン２（ＩＶＳ１−１３Ｔ＞Ｇ））を生じる。
ＧＭ１１６６１線維芽細胞は、３８歳男性に由来する。肝臓機能試験で異常を示す；身体活動中にしばしば脚部が筋肉硬直を引き起こす；午前中に頭痛あり；高脂肪食に耐性なし；腹部嚢胞；線維芽細胞およびＷＢＣ酸性α−１，４グルコシダーゼ活性の欠乏；ドナー被験体は複合ヘテロ接合体である：対立遺伝子１はＧＡＡ遺伝子のイントロン１の受容体部位の−１３位にＴ＞Ｇ塩基転換を保有する（ＩＶＳ１−１３Ｔ＞Ｇ）；得られた選択的スプライシングを受けた転写物は開始コドンを含むエクソン２のインフレーム欠失を有する；対立遺伝子２はエクソン１８が欠損している。
ＧＭ１４４６３リンパ球は、２６歳女性に由来する。臨床的に罹患；成人発症型；重篤な全身性筋力低下および消耗疾患；重篤な呼吸機能不全；筋生検で酸性マルターゼ欠損症を示した；ドナー被験体は複合ヘテロ接合体である：一方の対立遺伝子はＧＡＡ遺伝子のイントロン１の受容体部位の−１３位にＴ＞Ｇ塩基転換を有し（ＩＶＳ１−１３Ｔ＞Ｇ）、それにより、第１のコードエクソン（エクソン２）が欠失した選択的スプライシングを受けた転写物を生じる；第２の対立遺伝子はエクソン２中のヌクレオチド３６６で１ｂｐ欠失しており（ｃ．３６６ｄｅｌＴ）、それにより、フレームシフトおよびタンパク質短縮が起こる（Ｇｌｎ１２４ＳｅｒｆｓＸ１８）。
ＧＭ１４４８４リンパ球は６１歳男性に由来する。臨床的に罹患；成人発症型）；ドナー被験体は複合ヘテロ接合体である：一方の対立遺伝子はＧＡＡ遺伝子のイントロン１の受容体部位の−１３位にＴ＞Ｇ塩基転換を有し（ＩＶＳ１−１３Ｔ＞Ｇ）、それにより、第１のコードエクソン（エクソン２）が欠失した選択的スプライシングを受けた転写物を生じる；第２の対立遺伝子はエクソン２中のヌクレオチド１７２にＣ＞Ｔ塩基転換を有し（ｃ．１７２Ｃ＞Ｔ）、それにより、コドン５８で終結する（Ｇｌｎ５８Ｔｅｒ（Ｑ５８Ｘ））。
到着時にＧＳＤ−ＩＩ患者細胞を増殖させ、アリコートを長期保存のために凍結した。次いで、細胞を増殖させ、細胞から抽出した総ＲＮＡに対してＲＴ−ＰＣＲを実施してエクソン２が成熟ＧＡＡコード転写物から喪失されていることを確認する。
トランスフェクションプロトコール。簡潔に述べれば、２’−Ｏ−メチル修飾アンチセンスオリゴマーを、カチオン性リポソーム調製物（リポフェクタミン２０００など）と混合し、０、２．５、５、１０、２５、５０、１００、および２００ｎＭの濃度範囲にわたって培養細胞に添加する。トランスフェクションから５時間後、培地を置換し、細胞を５％ＣＯ２中にて３７℃で２４〜７２時間インキュベートする。偽トランスフェクション細胞および未処置細胞を、ネガティブコントロールとして含める。総ＲＮＡを細胞調製物から抽出し、ＧＡＡ発現の変化をモニタリングするための（特に成熟ＧＡＡ転写物中のエクソン２の包含／保持の増加を調査するための）ＲＴ−ＰＣＲアッセイにおけるテンプレートとして使用する。トランスフェクトされた２’−Ｏ−メチル修飾アンチセンスオリゴマーを以下の表Ｅ１に示す。本実施例について、配列番号１１９および１２０の各Ｘはウラシル（Ｕ）であった。
ヌクレオフェクションプロトコール。アンチセンスＰＭＯを、無ヌクレアーゼ水（ＤＥＰＣで処理せず）の１〜２ｍＭ保存液として調製し、この保存液からヌクレオフェクションのために適切に希釈する。ＧＳＤ−ＩＩ細胞をトリプシン処理し、計数し、９０ｇで１０分間遠心分離し、１〜５×１０５細胞／ウェルをヌクレオフェクション溶液Ｐ２（Ｌｏｎｚａ）に再懸濁する。次いで、アンチセンスＰＭＯ溶液および細胞を、Ｎｕｃｌｅｏｃｕｖｅｔｔｅ１６ウェルストリップの各ウェルに添加し、プログラムＥＮ−１００を使用してパルスを発生させる。細胞を室温で１０分間インキュベートし、２連で１２ウェルプレートに移す。製造者の推奨するプロトコールにしたがってＧＥ Ｉｌｌｕｓｔｒａ ９６ Ｓｐｉｎキットを使用して、４８時間後に処置細胞から総ＲＮＡを単離する。回収したＲＮＡを分析前に−８０℃で保存する。
ＧＡＡ ＲＴ−ＰＣＲ。エクソン２含有ｍＲＮＡのＰＣＲ検出のために、エクソン１（順方向）からエクソン３（逆方向）までのプライマー配列を選択する。エクソン１〜３に及ぶＲＴ−ＰＣＲにより、およそ１１７７塩基の全長アンプリコンが生成されるであろう（正常なヒト細胞由来の全長アンプリコンについては、図２を参照のこと）。インタクトなアンプリコン（約１１７７塩基）とエクソン２（エクソン２は約５７８塩基である）を欠く約６００塩基の転写物との間のサイズの相違は、短い方の産物が実質的に優先的に増幅されることを意味するであろう。これにより、アンチセンスオリゴマーによる全長転写物またはエクソン２含有転写物のスプライシングの誘導効率のアッセイにおける高度なベンチマークが設定されるであろう。
ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔＩＩＩ Ｏｎｅ−Ｓｔｅｐ ＲＴ−ＰＣＲシステム（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を使用して逆転写酵素ＰＣＲを実施してＧＡＡ対立遺伝子を増幅させる。ヌクレオフェクションを行った細胞から単離した４００ｎｇの総ＲＮＡを逆転写し、遺伝子特異的プライマーを使用して増幅する。
Ｏｎｅ−Ｓｔｅｐキットに含まれる増幅溶液に、蛍光によるバンド視覚化を可能にするためのＣｙ５標識ｄＣＴＰ（ＧＥ）を補足する。消化したサンプルを、プレキャスト１０％アクリルアミド／ＴＢＥゲル（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）上で泳動し、プラテン表面に焦平面を有する６３３ｎｍ励起レーザーおよび６７０ｎｍ ＢＰ３０発光フィルタを使用してＴｙｐｈｏｏｎ Ｔｒｉｏ（ＧＥ）にて視覚化する。ＩｍａｇｅＱｕａｎｔ（ＧＥ）を使用してゲルを分析してバンド強度を決定する。エクソン２を含む全バンド由来の強度を合わせて包含分析における全エクソン２転写物レベルとする。
あるいは、ＰＣＲ増幅産物を、エクソン包含率決定のためにＣａｌｉｐｅｒバイオアナライザーまたはＡｇｉｌｅｎｔ２２００ＴａｐｅＳｔａｔｉｏｎで分析する。
表Ｅ１の２’−Ｏ−メチル修飾アンチセンスオリゴマーの結果を、図３Ａ〜３Ｃに示す。図３Ａは、（全長約１１７７塩基のアンプリコンと比較して）約６００塩基アンプリコンの増幅の減少によって証明されるように、オリゴマー９（ＧＡＡ−ＩＶＳ１（−７４−５５））および１２（ＧＡＡ−ＩＶＳ１（−１５８−１４０））がＩＶＳ１−１３Ｇ＞Ｔ変異を保有するヒト細胞中のエクソン２包含を誘導したことを示す。図３Ｂはオリゴマー１４（ＧＡＡ−ＩＶＳ２（−５３−７２））がエクソン−２包含を誘導したことを示し、図３Ｃはオリゴマー２０（ＧＡＡ−ＩＶＳ２（−１７３−１９２））およびオリゴマー２２（ＧＡＡ−ＩＶＳ２（−３３８−３６４））が同様にある程度のエクソン−２包含を誘導したことを示す。
実施例３
アンチセンスオリゴマーは、ＧＳＤ−ＩＩ患者由来線維芽細胞中の酵素活性酸性α−グルコシダーゼレベルの上昇を誘導する
（上記のように）本開示のアンチセンスオリゴマーで処置したＧＳＤ−ＩＩ患者細胞は、エクソン２含有ＧＡＡｍＲＮＡ発現の増加によって機能的／活性ＧＡＡレベルが上昇したことを示す。処置細胞を調製し、標準的プロトコールを使用してタンパク質を抽出する。タンパク質濃度を決定し、所定量の抽出タンパク質をＧＡＡ酵素活性について測定する。高レベルのＧＡＡを誘導するアンチセンスオリゴマーは、本開示の好ましい実施形態である。
実施例４
ＧＳＤ−ＩＩ患者由来線維芽細胞中のアンチセンスＰＭＯ誘導性の用量依存性エクソン２包含
ＧＭ００４４３線維芽細胞を、上記のヌクレオフェクション手順および上の実施例２に記載の最初のＧＡＡエクソン２包含の結果に基づいてＰＭＯとして作製したアンチセンス配列を使用して処置した。２０ｕＭの、以下の表４Ａで確認されるターゲティング配列を有する上記式（ＶＩＩ）のＰＭＯに、前述のようにヌクレオフェクションを行い、細胞を、総ＲＮＡ単離前に５％ＣＯ２を用いて３７℃で２４時間インキュベートした。表４ＢのプライマーＦＷＤ１２４（配列番号１２１）、ＦＷＤ６４５（配列番号１２２）、およびＲＥＶ７８０（配列番号１２３）を用いたＲＮＡのＲＴ−ＰＣＲ増幅を、Ｃａｌｉｐｅｒ
ＬａｂＣｈｉｐを使用して分析してエクソン２包含率を決定し、その結果を図４Ａ（イントロン１をターゲティングするＰＭＯ）、図４Ｂ（エクソン２をターゲティングするＰＭＯ）、および図４Ｃ（イントロン２をターゲティングするＰＭＯ）に示す。
したがって、本開示は、ヒト酸性α−グルコシダーゼ（ＧＡＡ）遺伝子ｍＲＮＡ中のエクソン２包含を検出する方法であって、
配列番号１２１、１２２、または１２３からなる群から選択される塩基配列を含む少なくとも１つのポリメラーゼ連鎖反応プライマーを使用してＧＡＡｍＲＮＡを増幅する工程を含む、方法も含む。
例えば、本発明の実施形態では、以下が提供される。
（項目１）
１０〜４０個のヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログのアンチセンスオリゴマー化合物であって、
ホスホルアミダートモルホリノオリゴマーまたはホスホロジアミダートモルホリノオリゴマー（ＰＭＯ）、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ホスホロチオアートオリゴマー、トリシクロ−ＤＮＡオリゴマー、トリシクロ−ホスホロチオアートオリゴマー、２’Ｏ−Ｍｅ−ホスホロチオアートオリゴマー、または前記の任意の組み合わせから選択される非天然化学骨格；および
ヒト酸性α−グルコシダーゼ（ＧＡＡ）遺伝子のプレ−ｍＲＮＡのイントロン１（配列番号１）、イントロン２（配列番号２）、またはエクソン２（配列番号３）内の領域に相補的なターゲティング配列
を含む、アンチセンスオリゴマー化合物。
（項目２）
前記ターゲティング配列が、配列番号４〜１２０（ここで、Ｘがウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択される）から選択される、項目１に記載の化合物。
（項目３）
式（Ｉ）：
（式中、
各Ｎｕは、共にターゲティング配列を形成する核酸塩基であり；
ｘは８〜３８の整数であり；
各Ｙは、独立して、Ｏまたは−ＮＲａから選択され、Ｒａは、水素、−Ｔ１−ＮＲｃＲｄＲｅ、および−［（Ｃ（Ｏ）ＣＨＲ’ＮＨ）ｍ］Ｒ’’からなる群から選択され：
Ｒ’は、天然に存在するアミノ酸またはその１炭素ホモログもしくは２炭素ホモログの側鎖であり、
Ｒ’’は水素またはアシルから選択され、
ｍは１〜６０の整数であり、
Ｒｃは、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、アラルキル、および−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２からなる群から選択され、
Ｒｄは、水素、アラルキル、およびＣ１〜Ｃ６アルキルからなる群から選択され、または
ＲＣおよびＲｄがそれぞれ独立してＣ１〜Ｃ６アルキルまたはアラルキルである場合、ＲｃおよびＲｄは窒素原子と付着して５〜７員環を形成し、前記環は、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、フェニル、ハロゲン、およびアラルキルからなる群から選択される置換基と必要に応じて置換され、
Ｒｅは、電子対、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、およびアラルキルからなる群から選択され；
各Ｌは、−Ｐ（Ｏ）２ＯＨ−、−Ｐ（Ｏ）２Ｒ１−、−Ｐ（Ｏ）２（Ｎ（ＣＨ３）３−Ｎ（ＣＨ３）ＣＨ２Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、ピペラジニル基、カルボニル基、Ｈ（Ｏ（ＣＨ２）ｓＯ）ｗ−、−（ＯＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｗ、および−［（Ｃ（Ｏ）ＣＨＲ’ＮＨ）ｍ］Ｒ’’からなる群から独立して選択され、ｗは３〜２０から選択される整数であり、Ｓは１〜８から選択される整数であり；
ｎは０〜３の整数であり；
各Ｒ１は、−Ｎ（ＣＨ３）２、−ＮＲ５Ｒ６、−ＯＲ７、
式（ＩＩ）部分：
（式中、
Ｒ８は、水素、メチル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｚ−Ｔ２−ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２、および−［（Ｃ（Ｏ）ＣＨＲ’ＮＨ）ｍ］Ｒ’’からなる群から選択され、Ｚはカルボニルまたは直接結合であり、
Ｒ９は、電子対、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、およびアラルキルからなる群から選択され；
各Ｒ１０は、水素またはメチルから独立して選択される）；および
式（ＩＩＩ）部分：
（式中、
ｑは０〜２の整数であり、
Ｒ１１は、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、アラルキル、および−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２からなる群から選択され、
Ｒ１２は、水素、アラルキル、およびＣ１〜Ｃ６アルキルからなる群から選択され、または
Ｒ１１およびＲ１２は窒素原子と付着して５〜７員環を形成し、前記環は、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、フェニル、ハロゲン、およびアラルキルからなる群から選択される置換基と必要に応じて置換され、
Ｒ１３は、電子対、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、およびアラルキルからなる群から選択される）からなる群から独立して選択され、
Ｒ２は、水素、ＯＨ、ヌクレオチド、−（ＣＨ２）ｍＣ（Ｏ）ＮＲｆＲｇからなる群から選択され、ＲｆおよびＲｇは、Ｈ、アシル、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、および−［（Ｃ（Ｏ）ＣＨＲ’ＮＨ）ｍ］Ｒ’’、−［（Ｃ（Ｏ）ＣＨＲ’ＮＨ）ｍ］Ｒ’’、Ｈ（Ｏ（ＣＨ２）ｓＯ）ｗ−、Ｈ（ＯＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｗ−、トリチル、−Ｃ（＝Ｏ）ＯＲｆ、およびアシルから独立して選択され、Ｒｆは、１つまたはそれを超える酸素部分もしくはヒドロキシル部分またはその組み合わせを含むＣ１〜Ｃ３０アルキルであり、またはＲ２は存在せず；
Ｒ３は、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、ヌクレオチド、−［（Ｃ（Ｏ）ＣＨＲ’ＮＨ）ｍ］Ｒ’’、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、トリチル、−Ｃ（＝Ｏ）ＯＲｇ、アシル、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｍＣ（Ｏ）、およびＴ４−（４−（４，６−（ＮＲ２）−１，３，５−トリアジン−２−イル）ピペラジン−１−イルからなる群から選択され、
Ｒｇは、１つまたはそれを超える酸素部分もしくはヒドロキシル部分またはその組み合わせを含むＣ１〜Ｃ３０アルキルであり、
Ｔ４は−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）６Ｃ（Ｏ）−または−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２Ｓ２（ＣＨ２）２Ｃ（Ｏ）−から選択され、
Ｒは−（ＣＨ２）ＯＣ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ２）６ＮＨＣ（ＮＨ）ＮＨ２であり；
Ｒ４は、電子対、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、およびアシルからなる群から選択され、
各Ｒ５は水素またはメチルから独立して選択され；
各Ｒ６および各Ｒ７は、水素または−Ｔ３−ＮＲｃＲｄＲｅから独立して選択され；
Ｔ１、Ｔ２、およびＴ３の各々は、独立して、アルキル基、アルコキシ基、もしくはアルキルアミノ基、またはその組み合わせを含む１８原子長までの任意選択的なリンカーであり、
ここで、前記ターゲティング配列が、ヒト酸性α−グルコシダーゼ（ＧＡＡ）遺伝子のプレ−ｍＲＮＡのイントロン１（配列番号１）、イントロン２（配列番号２）、またはエクソン２（配列番号３）内の領域に相補的である）の化合物またはその薬学的に許容され得る塩。
（項目４）
各Ｎｕが、アデニン、グアニン、チミン、ウラシル、シトシン、ヒポキサンチン、２，６−ジアミノプリン、５−メチルシトシン、Ｃ５−プロピニル修飾ピリミジン、および９−（アミノエトキシ）フェノキサジンからなる群から独立して選択される、項目３に記載の化合物。
（項目５）
各Ｒ１が−Ｎ（ＣＨ３）２である、項目３に記載の化合物。
（項目６）
前記ターゲティング配列が、配列番号４〜１２０（ここで、Ｘはウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択される）から選択される、項目５に記載の化合物。
（項目７）
少なくとも１つのＲ１が、
からなる群から選択される、項目３に記載の化合物。
（項目８）
５０〜９０％のＲ１基が−Ｎ（ＣＨ２）３である、項目３に記載の化合物。
（項目９）
６６％のＲ１基が−Ｎ（ＣＨ２）３である、項目３に記載の化合物。
（項目１０）
ｎは２であり；
Ｒ２とＬが共に式：
を形成し；
Ｙは各部位でＯである、項目３に記載の化合物
（項目１１）
式（ＩＶ）：
（式中、
各Ｎｕは、共にターゲティング配列を形成する核酸塩基であり；
ｘは１５〜２５の整数であり；
各ＹはＯであり；
各Ｒ１は、：
からなる群から独立して選択され、
少なくとも１つのＲ１は−Ｎ（ＣＨ３）２であり、
ここで、前記ターゲティング配列は配列番号４〜１２０（ここで、Ｘはウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択される）から選択される）の化合物またはその薬学的に許容され得る塩。
（項目１２）
１０〜４０個のヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログのアンチセンスオリゴマー化合物および薬学的に許容され得るキャリアを含む薬学的組成物であって、前記化合物が、ホスホルアミダートモルホリノオリゴマーまたはホスホロジアミダートモルホリノオリゴマー（ＰＭＯ）、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ホスホロチオアートオリゴマー、トリシクロ−ＤＮＡオリゴマー、トリシクロ−ホスホロチオアートオリゴマー、２’Ｏ−Ｍｅ−ホスホロチオアートオリゴマー、または前記の任意の組み合わせから選択される非天然化学骨格；および
ヒト酸性α−グルコシダーゼ（ＧＡＡ）遺伝子のプレ−ｍＲＮＡのイントロン１（配列番号１）、イントロン２（配列番号２）、またはエクソン２（配列番号３）内の領域に相補的なターゲティング配列
を含む、薬学的組成物。
（項目１３）
前記ターゲティング配列が、配列番号４〜１２０（ここで、Ｘはウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択される）から選択される、項目１２に記載の薬学的組成物。
（項目１４）
式（Ｉ）：
（式中、
各Ｎｕは、共にターゲティング配列を形成する核酸塩基であり；
ｘは８〜３８の整数であり；
各Ｙは、独立して、Ｏまたは−ＮＲａから選択され、Ｒａは、水素、−Ｔ１−ＮＲｃＲｄＲｅ、および−［（Ｃ（Ｏ）ＣＨＲ’ＮＨ）ｍ］Ｒ’’からなる群から選択され：
Ｒ’は、天然に存在するアミノ酸またはその１炭素ホモログもしくは２炭素ホモログの側鎖であり、
Ｒ’’は水素またはアシルから選択され、
ｍは１〜６０の整数であり、
Ｒｃは、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、アラルキル、および−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２からなる群から選択され、
Ｒｄは、水素、アラルキル、およびＣ１〜Ｃ６アルキルからなる群から選択され、または
ＲＣおよびＲｄがそれぞれ独立してＣ１〜Ｃ６アルキルまたはアラルキルである場合、ＲｃおよびＲｄは窒素原子と付着して５〜７員環を形成し、前記環は、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、フェニル、ハロゲン、およびアラルキルからなる群から選択される置換基と必要に応じて置換され、
Ｒｅは、電子対、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、およびアラルキルからなる群から選択され；
各Ｌは、−Ｐ（Ｏ）２ＯＨ−、−Ｐ（Ｏ）２Ｒ１−、−Ｐ（Ｏ）２（Ｎ（ＣＨ３）３−Ｎ（ＣＨ３）ＣＨ２Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、ピペラジニル基、カルボニル基、Ｈ（Ｏ（ＣＨ２）ｓＯ）ｗ−、−（ＯＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｗ、および−［（Ｃ（Ｏ）ＣＨＲ’ＮＨ）ｍ］Ｒ’’からなる群から独立して選択され、ｗは３〜２０から選択される整数であり、Ｓは１〜８から選択される整数であり；
ｎは０〜３の整数であり；
各Ｒ１は、−Ｎ（ＣＨ３）２、−ＮＲ５Ｒ６、−ＯＲ７、
式（ＩＩ）部分：
（式中、
Ｒ８は、水素、メチル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｚ−Ｔ２−ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２、および−［（Ｃ（Ｏ）ＣＨＲ’ＮＨ）ｍ］Ｒ’’からなる群から選択され、Ｚはカルボニルまたは直接結合であり、
Ｒ９は、電子対、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、およびアラルキルからなる群から選択され；
各Ｒ１０は、水素またはメチルから独立して選択される）；および
式（ＩＩＩ）部分：
（式中、
ｑは０〜２の整数であり；
Ｒ１１は、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、アラルキル、および−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２からなる群から選択され、
Ｒ１２は、水素、アラルキル、およびＣ１〜Ｃ６アルキルからなる群から選択され、または
Ｒ１１およびＲ１２は窒素原子と付着して５〜７員環を形成し、前記環は、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、フェニル、ハロゲン、およびアラルキルからなる群から選択される置換基と必要に応じて置換され；
Ｒ１３は、電子対、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、およびアラルキルからなる群から選択される）からなる群から独立して選択され；
Ｒ２は、水素、ＯＨ、ヌクレオチド、−（ＣＨ２）ｍＣ（Ｏ）ＮＲｆＲｇからなる群から選択され、ＲｆおよびＲｇは、Ｈ、アシル、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、および−［（Ｃ（Ｏ）ＣＨＲ’ＮＨ）ｍ］Ｒ’’、−［（Ｃ（Ｏ）ＣＨＲ’ＮＨ）ｍ］Ｒ’’、Ｈ（Ｏ（ＣＨ２）ｓＯ）ｗ−、Ｈ（ＯＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｗ−、トリチル、−Ｃ（＝Ｏ）ＯＲｆ、およびアシルから独立して選択され、Ｒｆは、１つまたはそれを超える酸素部分もしくはヒドロキシル部分またはその組み合わせを含むＣ１〜Ｃ３０アルキルであり、またはＲ２は存在せず；
Ｒ３は、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、ヌクレオチド、−［（Ｃ（Ｏ）ＣＨＲ’ＮＨ）ｍ］Ｒ’’、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、トリチル、−Ｃ（＝Ｏ）ＯＲｇ、アシル、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｍＣ（Ｏ）、およびＴ４−（４−（４，６−（ＮＲ２）−１，３，５−トリアジン−２−イル）ピペラジン−１−イルからなる群から選択され、
Ｒｇは、１つまたはそれを超える酸素部分もしくはヒドロキシル部分またはその組み合わせを含むＣ１〜Ｃ３０アルキルであり；
Ｔ４は−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）６Ｃ（Ｏ）−または−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２Ｓ２（ＣＨ２）２Ｃ（Ｏ）−から選択され；
Ｒは−（ＣＨ２）ＯＣ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ２）６ＮＨＣ（ＮＨ）ＮＨ２であり、
Ｒ４は、電子対、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、およびアシルからなる群から選択され、
各Ｒ５は水素またはメチルから独立して選択され；
各Ｒ６および各Ｒ７は、水素または−Ｔ３−ＮＲｃＲｄＲｅから独立して選択され；
Ｔ１、Ｔ２、およびＴ３の各々は、独立して、アルキル基、アルコキシ基、もしくはアルキルアミノ基、またはその組み合わせを含む１８原子長までの任意選択的なリンカーであり、
ここで、前記ターゲティング配列が、ヒト酸性α−グルコシダーゼ（ＧＡＡ）遺伝子のプレ−ｍＲＮＡのイントロン１（配列番号１）、イントロン２（配列番号２）、またはエクソン２（配列番号３）内の領域に相補的である）の化合物またはその薬学的に許容され得る塩、および
薬学的に許容され得るキャリア
を含む薬学的組成物。
（項目１５）
各Ｒ１が−Ｎ（ＣＨ３）２である、項目１４に記載の薬学的組成物。
（項目１６）
前記ターゲティング配列が、配列番号４〜１２０（ここで、Ｘはウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択される）から選択される、項目１５に記載の薬学的組成物。
（項目１７）
ｎは２であり；
Ｒ２とＬが共に式：
を形成し；
Ｙは各部位でＯである、項目１４に記載の薬学的組成物。
（項目１８）
ＩＩ型糖原貯蔵障害の処置を必要とする被験体におけるＩＩ型糖原貯蔵障害の処置方法であって、有効量の以下：
ホスホルアミダートモルホリノオリゴマーまたはホスホロジアミダートモルホリノオリゴマー（ＰＭＯ）、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、ロックド核酸（ＬＮＡ）、ホスホロチオアートオリゴマー、トリシクロ−ＤＮＡオリゴマー、トリシクロ−ホスホロチオアートオリゴマー、２’Ｏ−Ｍｅ−ホスホロチオアート（ｐｈｏｓｐｈｏｒｏｔｉｏａｔｅ）オリゴマー、または前記の任意の組み合わせから選択される非天然化学骨格；および
ヒト酸性α−グルコシダーゼ（ＧＡＡ）遺伝子のプレ−ｍＲＮＡのイントロン１（配列番号１）、イントロン２（配列番号２）、またはエクソン２（配列番号３）内の領域に相補的なターゲティング配列を含む１０〜４０個のヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログのアンチセンスオリゴマー化合物を前記被験体に投与する工程を含む、方法。
（項目１９）
前記ターゲティング配列が、配列番号４〜１２０（ここで、Ｘはウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択される）から選択される、項目１８に記載の方法。
（項目２０）
ＩＩ型糖原貯蔵障害の処置を必要とする被験体におけるＩＩ型糖原貯蔵障害の処置方法であって、有効量の式（Ｉ）：
（式中、
各Ｎｕは、共にターゲティング配列を形成する核酸塩基であり；
ｘは８〜３８の整数であり；
各Ｙは、独立して、Ｏまたは−ＮＲａから選択され、Ｒａは、水素、−Ｔ１−ＮＲｃＲｄＲｅ、および−［（Ｃ（Ｏ）ＣＨＲ’ＮＨ）ｍ］Ｒ’’からなる群から選択され：
Ｒ’は、天然に存在するアミノ酸またはその１炭素ホモログもしくは２炭素ホモログの側鎖であり、
Ｒ’’は水素またはアシルから選択され、
ｍは１〜６０の整数であり、
Ｒｃは、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、アラルキル、および−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２からなる群から選択され、
Ｒｄは、水素、アラルキル、およびＣ１〜Ｃ６アルキルからなる群から選択され、または
ＲＣおよびＲｄがそれぞれ独立してＣ１〜Ｃ６アルキルまたはアラルキルである場合、ＲｃおよびＲｄは窒素原子と付着して５〜７員環を形成し、前記環は、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、フェニル、ハロゲン、およびアラルキルからなる群から選択される置換基と必要に応じて置換され、
Ｒｅは、電子対、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、およびアラルキルからなる群から選択され；
各Ｌは、−Ｐ（Ｏ）２ＯＨ−、−Ｐ（Ｏ）２Ｒ１−、−Ｐ（Ｏ）２（Ｎ（ＣＨ３）３−Ｎ（ＣＨ３）ＣＨ２Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、ピペラジニル基、カルボニル基、Ｈ（Ｏ（ＣＨ２）ｓＯ）ｗ−、−（ＯＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｗ−、および−［（Ｃ（Ｏ）ＣＨＲ’ＮＨ）ｍ］Ｒ’’からなる群から独立して選択され；
ｎは０〜３の整数であり；
各Ｒ１は、−Ｎ（ＣＨ３）２、−ＮＲ５Ｒ６、−ＯＲ７、
式（ＩＩ）部分：
（式中、
Ｒ８は、水素、メチル、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、−Ｚ−Ｔ２−ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２、および−［（Ｃ（Ｏ）ＣＨＲ’ＮＨ）ｍ］Ｒ’’からなる群から選択され、Ｚはカルボニルまたは直接結合であり、
Ｒ９は、電子対、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、およびアラルキルからなる群から選択され；
各Ｒ１０は、水素またはメチルから独立して選択される）；および
式（ＩＩＩ）部分：
（式中、
ｑは０〜２の整数であり；
Ｒ１１は、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、アラルキル、および−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２からなる群から選択され、
Ｒ１２は、水素、アラルキル、およびＣ１〜Ｃ６アルキルからなる群から選択され、または
Ｒ１１およびＲ１２は窒素原子と付着して５〜７員環を形成し、前記環は、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、フェニル、ハロゲン、およびアラルキルからなる群から選択される置換基と必要に応じて置換され；
Ｒ１３は、電子対、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、およびアラルキルからなる群から選択される）からなる群から独立して選択され；
Ｒ２は、ＯＨ、オリゴマー、−（ＣＨ２）ｍＣ（Ｏ）ＮＲｆＲｇからなる群から選択され、ＲｆおよびＲｇは、Ｈ、アシル、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、および−［（Ｃ（Ｏ）ＣＨＲ’ＮＨ）ｍ］Ｒ’’、−［（Ｃ（Ｏ）ＣＨＲ’ＮＨ）ｍ］Ｒ’’、Ｈ（Ｏ（ＣＨ２）ｓＯ）ｗ−、Ｈ（ＯＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｗ−、トリチル、−Ｃ（＝Ｏ）ＯＲｆ、およびアシルから独立して選択され、ｗは３〜２０から選択される整数であり、Ｓは１〜４から選択される整数であり、Ｒｆは、１つまたはそれを超える酸素部分もしくはヒドロキシル部分またはその組み合わせを含むＣ１〜Ｃ３０アルキルであり、またはＲ２は存在せず；
Ｒ３は、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、オリゴマー、−［（Ｃ（Ｏ）ＣＨＲ’ＮＨ）ｍ］Ｒ’’、−Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ２、トリチル、−Ｃ（＝Ｏ）ＯＲｇ、アシル、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）ｍＣ（Ｏ）、およびＴ４−（４−（４，６−（ＮＲ２）−１，３，５−トリアジン−２−イル）ピペラジン−１−イルからなる群から選択され、
Ｒｇは、１つまたはそれを超える酸素部分もしくはヒドロキシル部分またはその組み合わせを含むＣ１〜Ｃ３０アルキルであり、
Ｔ４は−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）６Ｃ（Ｏ）−または−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２Ｓ２（ＣＨ２）２Ｃ（Ｏ）−から選択され、
Ｒは−（ＣＨ２）ＯＣ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ２）６ＮＨＣ（ＮＨ）ＮＨ２であり；
Ｒ４は、電子対、水素、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、およびアシルからなる群から選択され、
各Ｒ５は水素またはメチルから独立して選択され；
各Ｒ６および各Ｒ７は、水素または−Ｔ３−ＮＲｃＲｄＲｅから独立して選択され；
Ｔ１、Ｔ２、およびＴ３の各々は、独立して、アルキル基、アルコキシ基、もしくはアルキルアミノ基、またはその組み合わせを含む１８原子長までの任意選択的なリンカーであり、
ここで、前記ターゲティング配列が、ヒト酸性α−グルコシダーゼ（ＧＡＡ）遺伝子のプレ−ｍＲＮＡのイントロン１（配列番号１）、イントロン２（配列番号２）、またはエクソン２（配列番号３）内の領域に相補的である）のアンチセンスオリゴマー化合物またはその薬学的に許容され得る塩を前記被験体に投与する工程を含む、方法。
（項目２１）
各Ｒ１が−Ｎ（ＣＨ３）２である、項目２０に記載の方法。
（項目２２）
前記ターゲティング配列が、配列番号４〜１２０（ここで、Ｘがウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択される）から選択される、項目２１に記載の方法。
（項目２３）
ｎは２であり；
Ｒ２とＬは共に式：
を形成し；
Ｙは各部位でＯである、項目２０に記載の方法。
（項目２４）
ヒト酸性α−グルコシダーゼ（ＧＡＡ）遺伝子のプレ−ｍＲＮＡのイントロン１（配列番号１）、エクソン２（配列番号２）、またはイントロン２（配列番号３）内の領域に特異的にハイブリッド形成するのに十分な長さおよび相補性のターゲティング配列を含むアンチセンスオリゴマー。
（項目２５）
前記ターゲティング配列が、配列番号４〜１２０（ここで、Ｘはウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択される）から選択されるターゲティング配列の少なくとも１０個の連続するヌクレオチドを含む、項目２４に記載のアンチセンスオリゴマー。
（項目２６）
前記ターゲティング配列が、配列番号４〜１２０（ここで、Ｘはウラシル（Ｕ）またはチミン（Ｔ）から選択される）から選択されるターゲティング配列と８０％の配列が同一である、項目２４に記載のアンチセンスオリゴマー。

Claims (1)

  1. 本明細書に記載の発明。
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