JP2018529931A5 - - Google Patents

Description

(参考文献)

本件出願は、以下の構成の発明を提供する。
（構成１）
癌、腺腫、自己免疫疾患、又は炎症性疾患の診断又は検出のための、喀痰試料中のバイオマーカーとしての細胞外遊離ヌクレオソームの使用。
（構成２）
前記バイオマーカーが、細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物である、構成1に定義した通りの使用。
（構成３）
前記細胞外遊離ヌクレオソームが、モノヌクレオソーム、オリゴヌクレオソーム、又は他の染色体断片である、構成1又は構成2に定義した通りの使用。
（構成４）
動物又はヒト対象における癌、腺腫、自己免疫疾患、又は炎症性疾患を診断又は検出するための方法であって:
(i)該対象から喀痰試料を得るステップと;
(ii)該対象の喀痰試料中の細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物を検出又は測定するステップと;
(iii)前記エピジェネティック特徴物を含有する細胞外遊離ヌクレオソームの測定されたレベルを、該対象における前記疾患の存在を示すものとして使用するステップと
を含む前記方法。
（構成５）
前記エピジェネティック特徴物が、翻訳後ヒストン修飾、ヒストンバリアント若しくはアイソフォーム、DNA修飾、又は前記ヌクレオソームに付加されるタンパク質(5-メチルシトシンから選択されるDNA修飾、γ-H2AX及びH2AZから選択される1以上のヒストンバリアント、又はH3K9Me3、H3K9Ac、H3K27Me3、H4K16Ac、H4K20Me3、ユビキチル-H2A、及びH4PanAc(汎アセチル化H4)から選択される1以上のヒストン修飾など)から選択される、構成1から4のいずれか1項に定義した通りの使用又は方法。
（構成６）
癌、腺腫、自己免疫疾患、又は炎症性疾患を有する、又は有する疑いがある、又は素因を有する、動物又はヒト対象における治療法の有効性をモニタリングするための方法であって:
(i)該対象から喀痰試料を得るステップと;
(ii)該対象の喀痰試料中の細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物を測定するステップと;
(iii)前記エピジェネティック特徴物を含有する細胞外遊離ヌクレオソームの測定されたレベルを、前記対象から採取された以前の試料と比較して、前記治療法の有効性を示すものとして使用するステップと
を含む前記方法。
（構成７）
癌、腺腫、自己免疫疾患、又は炎症性疾患を有する動物又はヒト対象の予後を決定するための方法であって:
(i)該対象から喀痰試料を得るステップと;
(ii)該対象の喀痰試料中の細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物を測定するステップと;
(iii)前記エピジェネティック特徴物を含有する細胞外遊離ヌクレオソームのレベルを、癌、腺腫、自己免疫疾患、又は炎症性疾患の予後を示すものとして使用するステップと
を含む前記方法。
（構成８）
癌、肺癌、特に非小細胞肺癌(NSCLC)などの診断又は検出のためのものである、構成1から7のいずれか1項に定義した通りの使用又は方法。
（構成９）
動物又はヒト対象における喀痰の細胞外遊離ヌクレオソームの細胞起源を決定するための方法であって:
(i)該対象から喀痰試料を得るステップと;
(ii)該対象の喀痰試料中の細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物を検出又は測定するステップと;
(iii)前記エピジェネティック特徴物を含有する細胞外遊離ヌクレオソームの測定されたレベルを、該細胞外遊離ヌクレオソームが、健康な肺細胞、肺癌細胞、若しくは他の損傷を有する細胞、又はこうした細胞のいずれかの混合物に由来するかどうかの指標として使用するステップと
を含む前記方法。
（構成１０）
前記検出又は測定が、イムノアッセイ、免疫化学的方法、質量分析法、クロマトグラフ法、クロマチン免疫沈降法、又はバイオセンサー法を含む、構成1から9のいずれか1項に定義した通りの使用又は方法。
（構成１１）
細胞外遊離ヌクレオソームそれ自体及び/又は細胞外遊離ヌクレオソームエピジェネティック特徴物の2以上の測定が、ヌクレオソーム特徴物のパネルとして実施される、構成1から10のいずれか1項に定義した通りの使用又は方法。
（構成１２）
癌、腺腫、自己免疫疾患、又は炎症性疾患の診断又は検出のための、喀痰の細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物を検出及び/又は定量化することが可能な1以上の結合剤を含むキットの使用。
（構成１３）
動物又はヒト対象から得られた喀痰試料中の細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物を検出又は定量化するための方法であって:
(i)該対象から喀痰試料を得るステップと;
(ii)該喀痰試料を、細胞外遊離ヌクレオソーム又はその構成成分と結合する第１の結合剤と接触させるステップと;
(iii)該喀痰試料又は細胞外遊離ヌクレオソームを、前記細胞外遊離ヌクレオソーム内のエピジェネティック特徴物と結合する第2の結合剤と接触させるステップと;
(iv)該喀痰試料中の前記細胞外遊離ヌクレオソーム内のエピジェネティック特徴物に対する前記第2の結合剤の結合を検出又は定量化するステップと;
(v)該喀痰試料中の前記エピジェネティック特徴物を含有する細胞外遊離ヌクレオソームの存在の尺度として、こうした結合の存在、程度、又は量を使用するステップと
を含む前記方法。
（構成１４）
動物又はヒト対象から得られた喀痰試料中の細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物を検出又は定量化するための方法であって:
(i)該対象から喀痰試料を得るステップと;
(ii)該喀痰試料を、前記細胞外遊離ヌクレオソーム内のエピジェネティック特徴物と結合する第１の結合剤と接触させるステップと;
(iii)該喀痰試料又は細胞外遊離ヌクレオソームを、細胞外遊離ヌクレオソーム又はその構成成分と結合する第2の結合剤と接触させるステップと;
(iv)該喀痰試料中の細胞外遊離ヌクレオソーム又はその構成成分に対する前記第2の結合剤の結合を検出又は定量化するステップと;
(v)該喀痰試料中の前記エピジェネティック特徴物を含有する細胞外遊離ヌクレオソームの存在の尺度として、こうした結合の存在、程度、又は量を使用するステップと
を含む前記方法。
（構成１５）
前記エピジェネティック特徴物が、翻訳後ヒストン修飾、ヒストンバリアント若しくはアイソフォーム、DNA修飾、又は前記ヌクレオソームに付加されるタンパク質(5-メチルシトシンから選択されるDNA修飾、γ-H2AX及びH2AZから選択される1以上のヒストンバリアント、又はH3K9Me3、H3K9Ac、H3K27Me3、H4K16Ac、H4K20Me3、ユビキチル-H2A、及びH4PanAc(汎アセチル化H4)から選択される1以上のヒストン修飾など)から選択される、構成13又は構成14に定義した通りの使用。
（構成１６）
動物又はヒト対象における癌、腺腫、自己免疫疾患、又は炎症性疾患を治療するための方法であって:
(i)対象の喀痰試料中の細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物を検出又は測定するステップと;
(ii)前記エピジェネティック特徴物を含有する細胞外遊離ヌクレオソームの測定されたレベルを、対象における前記疾患の存在を示すものとして使用するステップと;
(iii)ステップ(ii)で癌、腺腫、自己免疫疾患、又は炎症性疾患を有する患者と診断された対象に、治療薬を投与するステップと
を含む前記方法。
（構成１７）
それを必要とする個体において、癌、腺腫、自己免疫疾患、又は炎症性疾患を治療する方法であって、喀痰試料において、対照被験者由来の細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物のレベルと比較した場合に異なるレベルの細胞外遊離ヌクレオソームの前記エピジェネティック特徴物を有すると特定された患者に、治療薬を投与するステップを含む前記方法。
（構成１８）
癌、肺癌、特に非小細胞肺癌(NSCLC)などの治療のためのものである、構成16又は構成17に定義した通りの方法。
（構成１９）
癌、腺腫、自己免疫疾患、又は炎症性疾患の診断又は検出のための、喀痰試料中のバイオマーカーとしての、翻訳後ヒストン修飾、ヒストンバリアント若しくはアイソフォーム、又は修飾されたヌクレオチドの使用。

Claims (19)

1. 癌、腺腫、自己免疫疾患、又は炎症性疾患の診断又は検出のための、喀痰試料中のバイオマーカーであって、細胞外遊離ヌクレオソームを含む、前記バイオマーカー。
2. 前記バイオマーカーが、細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物である、請求項1記載のバイオマーカー。
3. 前記エピジェネティック特徴物が、翻訳後ヒストン修飾、ヒストンバリアント若しくはアイソフォーム、DNA修飾、又は前記ヌクレオソームに付加されるタンパク質(5-メチルシトシンから選択されるDNA修飾、γ-H2AX及びH2AZから選択される1以上のヒストンバリアント、又はH3K9Me3、H3K9Ac、H3K27Me3、H4K16Ac、H4K20Me3、ユビキチル-H2A、及びH4PanAc(汎アセチル化H4)から選択される1以上のヒストン修飾など)から選択される、請求項2記載のバイオマーカー。
4. 前記細胞外遊離ヌクレオソームが、モノヌクレオソーム、オリゴヌクレオソーム、又は他の染色体断片である、請求項1〜3のいずれか一項記載のバイオマーカー。
5. 動物又はヒト対象における癌、腺腫、自己免疫疾患、又は炎症性疾患を診断又は検出するためのデータを取得する方法であって:
   (i)該対象から得られた喀痰試料中の細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物を検出又は測定するステップと;
   (ii)前記エピジェネティック特徴物を含有する細胞外遊離ヌクレオソームの測定されたレベルを、該対象における前記疾患の存在を示すものとして使用するステップと
   を含む、前記方法。
6. 癌、腺腫、自己免疫疾患、又は炎症性疾患を有する、又は有する疑いがある、又は素因を有する、動物又はヒト対象における治療法の有効性をモニタリングするための方法であって:
   (i)該対象から得られた喀痰試料中の細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物を測定するステップと;
   (ii)前記エピジェネティック特徴物を含有する細胞外遊離ヌクレオソームの測定されたレベルを、前記対象から採取された以前の試料と比較して、前記治療法の有効性を示すものとして使用するステップと
   を含む、前記方法。
7. 癌、腺腫、自己免疫疾患、又は炎症性疾患を有する動物又はヒト対象の予後を決定するためのデータを取得する方法であって:
   (i)該対象から得られた喀痰試料中の細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物を測定するステップと;
   (ii)前記エピジェネティック特徴物を含有する細胞外遊離ヌクレオソームのレベルを、癌、腺腫、自己免疫疾患、又は炎症性疾患の予後を示すものとして使用するステップと
   を含む、前記方法。
8. 前記癌が、肺癌、特に非小細胞肺癌(NSCLC)である、請求項5から7のいずれか1項記載の方法。
9. 動物又はヒト対象における喀痰の細胞外遊離ヌクレオソームの細胞起源を決定するための方法であって:
   (i)該対象から得られた喀痰試料中の細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物を検出又は測定するステップと;
   (ii)前記エピジェネティック特徴物を含有する細胞外遊離ヌクレオソームの測定されたレベルを、該細胞外遊離ヌクレオソームが、健康な肺細胞、肺癌細胞、若しくは他の損傷を有する細胞、又はこうした細胞のいずれかの混合物に由来するかどうかの指標として使用するステップと
   を含む、前記方法。
10. 前記検出又は測定が、イムノアッセイ、免疫化学的方法、質量分析法、クロマトグラフ法、クロマチン免疫沈降法、又はバイオセンサー法を含む、請求項5から9のいずれか1項記載の方法。
11. 細胞外遊離ヌクレオソームそれ自体及び/又は細胞外遊離ヌクレオソームエピジェネティック特徴物の2以上の測定が、ヌクレオソーム特徴物のパネルとして実施される、請求項5から10のいずれか1項記載の方法。
12. 癌、腺腫、自己免疫疾患、又は炎症性疾患の診断又は検出のためのキットであって、喀痰の細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物を検出及び/又は定量化することが可能な1以上の結合剤を含む、前記キット。
13. 動物又はヒト対象から得られた喀痰試料中の細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物を検出又は定量化するための方法であって:
    (i)該対象から得られた喀痰試料を、細胞外遊離ヌクレオソーム又はその構成成分と結合する第１の結合剤と接触させるステップと;
    (ii)該喀痰試料又は細胞外遊離ヌクレオソームを、前記細胞外遊離ヌクレオソーム内のエピジェネティック特徴物と結合する第2の結合剤と接触させるステップと;
    (iii)該喀痰試料中の前記細胞外遊離ヌクレオソーム内のエピジェネティック特徴物に対する前記第2の結合剤の結合を検出又は定量化するステップと;
    (iv)該喀痰試料中の前記エピジェネティック特徴物を含有する細胞外遊離ヌクレオソームの存在の尺度として、こうした結合の存在、程度、又は量を使用するステップと
    を含む、前記方法。
14. 動物又はヒト対象から得られた喀痰試料中の細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物を検出又は定量化するための方法であって:
    (i)該対象から得られた喀痰試料を、前記細胞外遊離ヌクレオソーム内のエピジェネティック特徴物と結合する第１の結合剤と接触させるステップと;
    (ii)該喀痰試料又は細胞外遊離ヌクレオソームを、細胞外遊離ヌクレオソーム又はその構成成分と結合する第2の結合剤と接触させるステップと;
    (iii)該喀痰試料中の細胞外遊離ヌクレオソーム又はその構成成分に対する前記第2の結合剤の結合を検出又は定量化するステップと;
    (iv)該喀痰試料中の前記エピジェネティック特徴物を含有する細胞外遊離ヌクレオソームの存在の尺度として、こうした結合の存在、程度、又は量を使用するステップと
    を含む、前記方法。
15. 前記エピジェネティック特徴物が、翻訳後ヒストン修飾、ヒストンバリアント若しくはアイソフォーム、DNA修飾、又は前記ヌクレオソームに付加されるタンパク質(5-メチルシトシンから選択されるDNA修飾、γ-H2AX及びH2AZから選択される1以上のヒストンバリアント、又はH3K9Me3、H3K9Ac、H3K27Me3、H4K16Ac、H4K20Me3、ユビキチル-H2A、及びH4PanAc(汎アセチル化H4)から選択される1以上のヒストン修飾など)から選択される、請求項13又は14記載の方法。
16. 治療薬を含む、動物又はヒト対象における癌、腺腫、自己免疫疾患、又は炎症性疾患を治療するための医薬組成物であって、該動物又はヒト対象は、下記ステップ：
    (i)該対象から得られた喀痰試料中の細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物を検出又は測定するステップと;
    (ii)前記エピジェネティック特徴物を含有する細胞外遊離ヌクレオソームの測定されたレベルを、対象における前記疾患の存在を示すものとして使用するステップと;
    により、癌、腺腫、自己免疫疾患、又は炎症性疾患を有すると診断された対象である、前記医薬組成物。
17. 治療薬を含む、それを必要とする個体において、癌、腺腫、自己免疫疾患、又は炎症性疾患を治療するための医薬組成物であって、該個体は、喀痰試料において、対照被験者由来の細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物のレベルと比較した場合に異なるレベルの細胞外遊離ヌクレオソームの前記エピジェネティック特徴物を有すると特定された個体である、前記医薬組成物。
18. 前記癌が、肺癌、特に非小細胞肺癌(NSCLC)である、請求項16又は17記載の医薬組成物。
19. 癌、腺腫、自己免疫疾患、又は炎症性疾患の診断又は検出のための、喀痰試料中のバイオマーカーであって、翻訳後ヒストン修飾、ヒストンバリアント若しくはアイソフォーム、又は修飾されたヌクレオチドを含む、前記バイオマーカー。