JP7094700B2 - 喀痰試料中のバイオマーカーとしての細胞外遊離ヌクレオソームの使用 - Google Patents
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Description
本発明は、疾患に対するバイオマーカーとしての、細胞外遊離(cell-free)ヌクレオソーム、詳細には細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物(feature)の使用に関する。本発明はまた、喀痰試料中のヌクレオソーム及び後成的に変化したヌクレオソームの存在を検出及び測定することによる、肺癌及び前癌の検出のための方法を提供する。具体的には、該方法は、喀痰試料中のヌクレオソームクロマチン断片の検出及びエピジェネティックプロファイリング、及び、健康な肺細胞のクロマチンにおける又は肺癌細胞のクロマチンにおけるその細胞的起点を確かめるために、このエピジェネティック情報を使用することに関する。
肺癌は、よく見られる疾患であり、2012年には、全世界で、新たな症例が180万件、死亡が160万人と推定されている。大多数の肺癌症例は、喫煙と関連性がある。死亡率は、有効な治療選択肢が利用可能である場合に疾患が初期の限局段階で検出されるか、疾患が肺内部に広がっている可能性がある場合に末期段階で検出されるか、それを超えて、治療がより困難な時に検出されるかによって大きく異なる。5年生存率は、疾患がステージIAで検出された人については80%に達する可能性があるが、末期段階の疾患が検出された人についてはわずか約4%である。残念ながら、ほとんどの癌は、現在、末期段階で検出される。
本発明の第1の態様によれば、癌、腺腫、自己免疫疾患、又は炎症性疾患の診断又は検出のための、喀痰試料中のバイオマーカーとしての細胞外遊離 ヌクレオソームの使用が提供される。
動物又はヒト対象における癌、腺腫、自己免疫疾患、又は炎症性疾患を診断又は検出するための方法であって:
(i)該対象から喀痰試料を得るステップと;
(ii)対象の喀痰試料中の細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物を検出又は測定するステップと;
(iii)前記エピジェネティック特徴物を含有する細胞外遊離ヌクレオソームの測定されたレベルを、対象における前記疾患の存在を示すものとして使用するステップと
を含む前記方法が提供される。
本発明は、疾患のバイオマーカーとしての、細胞外遊離ヌクレオソーム、具体的には細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物の使用に関する。本発明はまた、喀痰試料中のヌクレオソーム及び後成的に変化したヌクレオソームの存在を検出及び測定することによる、肺癌及び前癌の検出のための方法を提供する。具体的には、該方法は、健康な肺細胞のクロマチンにおける又は肺癌細胞のクロマチンにおけるその細胞的起点を確かめるために、喀痰試料中のヌクレオソームクロマチン断片の検出及びエピジェネティックプロファイリング、及びこのエピジェネティック情報を使用することに関する。本発明者らは、以前に、血液試料中のヌクレオソームクロマチン断片の検出及びエピジェネティックプロファイリングを報告している(WO 2005/019826、WO 2013/030579、WO 2013/030577、WO 2013/084002)。対象から採取された血液試料中の変化したエピジェネティッククロマチン断片の存在は、その対象における癌の存在を示すために使用することができるが、血液はすべての組織を潅流しているので、その癌に罹患している特定の器官の情報は乏しい可能性がある。喀痰試料の使用の特別な利点は、試料それ自体が、変化したエピジェネティッククロマチン断片の起源を呼吸器に限定することである。対象から採取された喀痰試料中の変化したエピジェネティッククロマチン断片の存在を使用して、その対象における癌の存在を示す、また、その癌を肺又は呼吸器の癌と特定することができる。
(i)該対象から喀痰試料を得るステップと;
(ii)該対象の喀痰試料中の細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物を検出又は測定するステップと;
(iii)前記エピジェネティック特徴物を含有する細胞外遊離ヌクレオソームの測定されたレベルを、対象における前記疾患の存在を示すものとして使用するステップと
を含む前記方法が提供される。
(i)該対象から喀痰試料を得るステップと;
(ii)該喀痰試料を、細胞外遊離ヌクレオソーム又はその構成成分と結合する第1の結合剤と接触させるステップと;
(iii)該喀痰試料又は細胞外遊離ヌクレオソームを、前記細胞外遊離ヌクレオソーム内のエピジェネティック特徴物と結合する第2の結合剤と接触させるステップと;
(iv)該喀痰試料中の前記細胞外遊離ヌクレオソーム内のエピジェネティック特徴物に対する前記第2の結合剤の結合を検出又は定量化するステップと;
(v)該喀痰試料中の前記エピジェネティック特徴物を含有する細胞外遊離ヌクレオソームの存在の尺度として、こうした結合の存在、程度、又は量を使用するステップと
を含む前記方法が提供される。
(i)該対象から喀痰試料を得るステップと;
(ii)該喀痰試料を、前記細胞外遊離ヌクレオソーム内のエピジェネティック特徴物と結合する第1の結合剤と接触させるステップと;
(iii)該喀痰試料又は細胞外遊離ヌクレオソームを、細胞外遊離ヌクレオソーム又はその構成成分と結合する第2の結合剤と接触させるステップと;
(iv)該喀痰試料中の細胞外遊離ヌクレオソーム又はその構成成分に対する前記第2の結合剤の結合を検出又は定量化するステップと;
(v)該喀痰試料中の前記エピジェネティック特徴物を含有する細胞外遊離ヌクレオソームの存在の尺度として、こうした結合の存在、程度、又は量を使用するステップと
を含む前記方法が提供される。
(i)該対象から喀痰試料を得るステップと;
(ii)該対象の喀痰試料中の細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物を検出又は測定するステップと;
(iii)前記エピジェネティック特徴物を含有する細胞外遊離ヌクレオソームの測定されたレベルを、該細胞外遊離ヌクレオソームが、健康な肺細胞、肺癌細胞、若しくは他の損傷を有する細胞、又はこうした細胞のいずれかの混合物に由来するかどうかの指標として使用するステップと
を含む前記方法が提供される。
(i)該対象から喀痰試料を得るステップと;
(ii)該喀痰試料を、第1及び第2の結合剤(ここでは、前記結合剤の一方は、細胞外遊離ヌクレオソーム又はその構成成分と結合し、前記結合剤の他方は、前記細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物と結合する)と接触させるステップと;
(iii)喀痰試料における前記結合剤の一方又は両方の結合を検出又は定量化するステップと;
(iv)喀痰試料中の前記エピジェネティック特徴物を有する細胞外遊離ヌクレオソームの存在の尺度として、こうした結合の存在、程度、又は量を使用するステップと
を含む前記方法が提供される。
(i)該対象から喀痰試料を得るステップと;
(ii)該喀痰試料におけるある特定の翻訳後修飾又はヌクレオソーム付加物を含有するある特定のヒストンバリアント、ヒストンアイソフォーム、又はヒストンのレベルを検出又は測定するステップと;
(iii)該喀痰試料における該特定のヒストンバリアント、アイソフォーム、又は修飾の測定されたレベルを、該対象における前記疾患の存在の指標として使用するステップと
を含む前記方法が提供される。
(i)該対象から喀痰試料を得るステップと;
(ii)該喀痰試料中の後成的に修飾されたヌクレオチドのレベルを検出又は測定するステップと;
(iii)該喀痰試料中の後成的に修飾されたヌクレオチドの測定されたレベルを、該対象における前記疾患の存在の指標として使用するステップと
を含む前記方法が提供される。
(i)対象から得られた喀痰試料におけるエピジェネティック特徴物を含有する細胞外遊離ヌクレオソームを検出又は測定するステップと;
(ii)対象についての好適な治療の選択のためのパラメータとして検出される、前記特徴物を有する細胞外遊離ヌクレオソームの測定されたレベルを使用するステップと
を含む前記方法が提供される。
(i)該対象から喀痰試料を得るステップと;
(ii)該対象の喀痰試料中の細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物を測定するステップと;
(iii)前記エピジェネティック特徴物を含有する細胞外遊離ヌクレオソームの測定されたレベルを、前記対象から採取された以前の試料と比較して、前記治療法の有効性を示すものとして使用するステップと
を含む前記方法が提供される。
(i)該対象から喀痰試料を得るステップと;
(ii)該対象の喀痰試料中の細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物を測定するステップと;
(iii)前記エピジェネティック特徴物を含有する細胞外遊離ヌクレオソームのレベルを、癌、腺腫、自己免疫疾患、又は炎症性疾患の予後を示すものとして使用するステップと
を含む前記方法が提供される。
(i)疾患のある対象の喀痰試料中のエピジェネティック特徴物を含む喀痰の細胞外遊離ヌクレオソームを検出又は測定するステップと;
(ii)健康な対象又は対照被験者の喀痰試料中の同じエピジェネティック特徴物を含む細胞外遊離ヌクレオソームを検出又は測定するステップと;
(iii)疾患のある対象と対照被験者との検出された測定されたレベル間の差を使用して、該エピジェネティック特徴物を含むヌクレオソームが、独立型のバイオマーカーとして、又は、他のバイオマーカーと組み合わせて、疾患状態に対するバイオマーカーとして有用であるかどうかを特定するステップと
を含む前記方法が提供される。
(i)本明細書に定義する通りのバイオマーカーの量を定量化することと;
(ii)試験試料中の前記バイオマーカーの量を、同じ試験対象から、より早期の段階に採取された、1以上の対照及び/又は1以上の以前の試験試料中に存在する量と比較することと
を含む前記方法が提供される。
(i)対象の喀痰試料中の細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物を検出又は測定するステップと;
(ii)前記エピジェネティック特徴物を含有する細胞外遊離ヌクレオソームの測定されたレベルを、対象における前記疾患の存在を示すものとして使用するステップと;
(iii)ステップ(ii)で癌、腺腫、自己免疫疾患、又は炎症性疾患を有する患者と診断された対象に、治療薬を投与するステップと
を含む前記方法が提供される。
喀痰試料を、非小細胞肺癌(NSCLC)と診断された17人の治療を受けたことがない対象(ステージT1疾患を有する2対象、ステージT2疾患を有する2対象、ステージT3疾患を有する5対象、ステージT4疾患を有する4対象、及び不確定のステージTxの疾患を有する4対象が含まれる)から採取した。喀痰試料を、慢性閉塞性肺疾患(COPD)と診断された10人の対象と、12人の年齢がほぼ一致する健康な対照被験者からも採取した。採取については、対象は、喀痰形成を誘発するために、5分間、NaCl溶液を含有するネブライザーを通して呼吸し、続いて容器に喀出するように求められた。喀痰が生じなかった場合には、これを、さらに最大3回繰り返した(すなわち、最大で合計20分、ネブライザー上で呼吸を行う)。試料体積を測定し、試料をリン酸緩衝生理食塩水で1+3希釈した。希釈した試料を、遠心分離して細胞性物質を除去し、ガーゼを通して濾過し、分析のために使用するまで凍結した。
健康な対象と肺癌を有する対象との、また、慢性閉塞性肺疾患(COPD)を有する対象と肺癌を有する対象との、本発明の単一のELISA方法の識別。結果は、受信者動作特性(ROC)分析によって算出された曲線下面積(AUC)(%)として表す。
先に実施例1で生じた種々の単一のエピジェネティック特徴物測定の光学密度(OD)結果を、様々な組み合わせで集計して、試験パネル結果を得た。肺癌を有する対象を健康な対象から、また、慢性閉塞性肺疾患(COPD)を有する対象から識別するための、本発明の複数パネルELISA方法の識別を、個々のELISA方法に対するOD結果のフィッシャーの線形判別分析を使用して算出される、簡単な演算数理モデルを使用して決定した。結果を、いくつかのパネル方法について、100%及び90%の臨床的特異度での、それぞれのモデルのROC分析及び算出された臨床的感度を使用して評価した。これを表2に示す。
肺癌を有する対象についての、健康な対象からの、また、癌を有する対象についての、慢性閉塞性肺疾患(COPD)を有する対象からの、本発明のいくつかの複数パネルELISA方法の識別。これらのパネルについての数理モデルを、個々のELISA方法に対するOD結果のフィッシャーの線形判別分析を使用して算出した。結果を、健康に対するNSCLCについて、又はCOPDに対するNSCLCについて、100%又は90%の特異度での、観察された臨床的感度(%)として表す。
薬物又は他の治療法(例えば、HDACi、HMTi、DNMTi、若しくは他のエピジェネティック薬物)を用いる、予想される治療計画の前に、肺癌患者から喀痰試料を得、本発明の方法(例えば、ある特定のエピジェネティック特徴物を含有するヌクレオソームに対する2部位イムノアッセイ、又はあるパネルのこうした2部位イムノアッセイ)を使用して、腫瘍のエピジェネティック状態を評価する。喀痰ヌクレオソームのエピジェネティック状態を使用して、どの治療法が、患者にとって有効又は最適な治療である可能性が高いかを決定する。
(例えば、HDACi、HMTi、DNMTiを含めたエピジェネティック薬物を用いる)治療計画の前に、肺癌患者から喀痰試料を得、本発明の方法(例えば、ある特定のエピジェネティック特徴物を含有するヌクレオソームに対する2部位イムノアッセイ、又はあるパネルのこうした2部位イムノアッセイ)を使用して、腫瘍のエピジェネティック状態を評価する。治療後の患者から、さらなる喀痰試料を得、喀痰ヌクレオソームのエピジェネティック状態を、いずれかの変化について再び評価して、患者を薬物有効性について確認又はモニタリングする。
肺癌患者から喀痰試料を得、本発明の方法(例えば、ある特定のエピジェネティック特徴物を含有するヌクレオソームに対する2部位イムノアッセイ、又はあるパネルのこうした2部位イムノアッセイ)を使用して、腫瘍のエピジェネティック状態を評価する。喀痰ヌクレオソームのエピジェネティック状態を使用して、患者の予後を評価する。
(構成1)
癌、腺腫、自己免疫疾患、又は炎症性疾患の診断又は検出のための、喀痰試料中のバイオマーカーとしての細胞外遊離ヌクレオソームの使用。
(構成2)
前記バイオマーカーが、細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物である、構成1に定義した通りの使用。
(構成3)
前記細胞外遊離ヌクレオソームが、モノヌクレオソーム、オリゴヌクレオソーム、又は他の染色体断片である、構成1又は構成2に定義した通りの使用。
(構成4)
動物又はヒト対象における癌、腺腫、自己免疫疾患、又は炎症性疾患を診断又は検出するための方法であって:
(i)該対象から喀痰試料を得るステップと;
(ii)該対象の喀痰試料中の細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物を検出又は測定するステップと;
(iii)前記エピジェネティック特徴物を含有する細胞外遊離ヌクレオソームの測定されたレベルを、該対象における前記疾患の存在を示すものとして使用するステップと
を含む前記方法。
(構成5)
前記エピジェネティック特徴物が、翻訳後ヒストン修飾、ヒストンバリアント若しくはアイソフォーム、DNA修飾、又は前記ヌクレオソームに付加されるタンパク質(5-メチルシトシンから選択されるDNA修飾、γ-H2AX及びH2AZから選択される1以上のヒストンバリアント、又はH3K9Me3、H3K9Ac、H3K27Me3、H4K16Ac、H4K20Me3、ユビキチル-H2A、及びH4PanAc(汎アセチル化H4)から選択される1以上のヒストン修飾など)から選択される、構成1から4のいずれか1項に定義した通りの使用又は方法。
(構成6)
癌、腺腫、自己免疫疾患、又は炎症性疾患を有する、又は有する疑いがある、又は素因を有する、動物又はヒト対象における治療法の有効性をモニタリングするための方法であって:
(i)該対象から喀痰試料を得るステップと;
(ii)該対象の喀痰試料中の細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物を測定するステップと;
(iii)前記エピジェネティック特徴物を含有する細胞外遊離ヌクレオソームの測定されたレベルを、前記対象から採取された以前の試料と比較して、前記治療法の有効性を示すものとして使用するステップと
を含む前記方法。
(構成7)
癌、腺腫、自己免疫疾患、又は炎症性疾患を有する動物又はヒト対象の予後を決定するための方法であって:
(i)該対象から喀痰試料を得るステップと;
(ii)該対象の喀痰試料中の細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物を測定するステップと;
(iii)前記エピジェネティック特徴物を含有する細胞外遊離ヌクレオソームのレベルを、癌、腺腫、自己免疫疾患、又は炎症性疾患の予後を示すものとして使用するステップと
を含む前記方法。
(構成8)
癌、肺癌、特に非小細胞肺癌(NSCLC)などの診断又は検出のためのものである、構成1から7のいずれか1項に定義した通りの使用又は方法。
(構成9)
動物又はヒト対象における喀痰の細胞外遊離ヌクレオソームの細胞起源を決定するための方法であって:
(i)該対象から喀痰試料を得るステップと;
(ii)該対象の喀痰試料中の細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物を検出又は測定するステップと;
(iii)前記エピジェネティック特徴物を含有する細胞外遊離ヌクレオソームの測定されたレベルを、該細胞外遊離ヌクレオソームが、健康な肺細胞、肺癌細胞、若しくは他の損傷を有する細胞、又はこうした細胞のいずれかの混合物に由来するかどうかの指標として使用するステップと
を含む前記方法。
(構成10)
前記検出又は測定が、イムノアッセイ、免疫化学的方法、質量分析法、クロマトグラフ法、クロマチン免疫沈降法、又はバイオセンサー法を含む、構成1から9のいずれか1項に定義した通りの使用又は方法。
(構成11)
細胞外遊離ヌクレオソームそれ自体及び/又は細胞外遊離ヌクレオソームエピジェネティック特徴物の2以上の測定が、ヌクレオソーム特徴物のパネルとして実施される、構成1から10のいずれか1項に定義した通りの使用又は方法。
(構成12)
癌、腺腫、自己免疫疾患、又は炎症性疾患の診断又は検出のための、喀痰の細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物を検出及び/又は定量化することが可能な1以上の結合剤を含むキットの使用。
(構成13)
動物又はヒト対象から得られた喀痰試料中の細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物を検出又は定量化するための方法であって:
(i)該対象から喀痰試料を得るステップと;
(ii)該喀痰試料を、細胞外遊離ヌクレオソーム又はその構成成分と結合する第1の結合剤と接触させるステップと;
(iii)該喀痰試料又は細胞外遊離ヌクレオソームを、前記細胞外遊離ヌクレオソーム内のエピジェネティック特徴物と結合する第2の結合剤と接触させるステップと;
(iv)該喀痰試料中の前記細胞外遊離ヌクレオソーム内のエピジェネティック特徴物に対する前記第2の結合剤の結合を検出又は定量化するステップと;
(v)該喀痰試料中の前記エピジェネティック特徴物を含有する細胞外遊離ヌクレオソームの存在の尺度として、こうした結合の存在、程度、又は量を使用するステップと
を含む前記方法。
(構成14)
動物又はヒト対象から得られた喀痰試料中の細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物を検出又は定量化するための方法であって:
(i)該対象から喀痰試料を得るステップと;
(ii)該喀痰試料を、前記細胞外遊離ヌクレオソーム内のエピジェネティック特徴物と結合する第1の結合剤と接触させるステップと;
(iii)該喀痰試料又は細胞外遊離ヌクレオソームを、細胞外遊離ヌクレオソーム又はその構成成分と結合する第2の結合剤と接触させるステップと;
(iv)該喀痰試料中の細胞外遊離ヌクレオソーム又はその構成成分に対する前記第2の結合剤の結合を検出又は定量化するステップと;
(v)該喀痰試料中の前記エピジェネティック特徴物を含有する細胞外遊離ヌクレオソームの存在の尺度として、こうした結合の存在、程度、又は量を使用するステップと
を含む前記方法。
(構成15)
前記エピジェネティック特徴物が、翻訳後ヒストン修飾、ヒストンバリアント若しくはアイソフォーム、DNA修飾、又は前記ヌクレオソームに付加されるタンパク質(5-メチルシトシンから選択されるDNA修飾、γ-H2AX及びH2AZから選択される1以上のヒストンバリアント、又はH3K9Me3、H3K9Ac、H3K27Me3、H4K16Ac、H4K20Me3、ユビキチル-H2A、及びH4PanAc(汎アセチル化H4)から選択される1以上のヒストン修飾など)から選択される、構成13又は構成14に定義した通りの使用。
(構成16)
動物又はヒト対象における癌、腺腫、自己免疫疾患、又は炎症性疾患を治療するための方法であって:
(i)対象の喀痰試料中の細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物を検出又は測定するステップと;
(ii)前記エピジェネティック特徴物を含有する細胞外遊離ヌクレオソームの測定されたレベルを、対象における前記疾患の存在を示すものとして使用するステップと;
(iii)ステップ(ii)で癌、腺腫、自己免疫疾患、又は炎症性疾患を有する患者と診断された対象に、治療薬を投与するステップと
を含む前記方法。
(構成17)
それを必要とする個体において、癌、腺腫、自己免疫疾患、又は炎症性疾患を治療する方法であって、喀痰試料において、対照被験者由来の細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物のレベルと比較した場合に異なるレベルの細胞外遊離ヌクレオソームの前記エピジェネティック特徴物を有すると特定された患者に、治療薬を投与するステップを含む前記方法。
(構成18)
癌、肺癌、特に非小細胞肺癌(NSCLC)などの治療のためのものである、構成16又は構成17に定義した通りの方法。
(構成19)
癌、腺腫、自己免疫疾患、又は炎症性疾患の診断又は検出のための、喀痰試料中のバイオマーカーとしての、翻訳後ヒストン修飾、ヒストンバリアント若しくはアイソフォーム、又は修飾されたヌクレオチドの使用。
Claims (9)
- 非小細胞肺癌(NSCLC)の診断又は検出のための、喀痰試料中のバイオマーカーであって、該バイオマーカーは、細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物であり、該エピジェネティック特徴物は、翻訳後ヒストン修飾、ヒストンバリアント若しくはアイソフォーム、又はDNA修飾から選択され、
ここで、前記DNA修飾は5-メチルシトシンであり、前記ヒストンバリアント若しくはアイソフォームはγ-H2AXであり、前記翻訳後ヒストン修飾は、H3K9Me3、H3K9Ac、H3K27Me3、H4K16Ac、H4K20Me3、及びH4PanAc(汎アセチル化H4)から選択される、前記バイオマーカー。 - 前記細胞外遊離ヌクレオソームが、モノヌクレオソーム、オリゴヌクレオソーム、又は他の染色体断片である、請求項1記載のバイオマーカー。
- 動物又はヒト対象における非小細胞肺癌(NSCLC)を診断又は検出するためのデータを取得する方法であって:
該対象から得られた喀痰試料中の細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物を検出又は測定することを含み、
前記エピジェネティック特徴物が、H3K9Me3、H3K9Ac、H3K27Me3、H4K16Ac、H4K20Me3及びH4PanAc(汎アセチル化H4)から選択される翻訳後ヒストン修飾、γ-H2AXヒストンバリアント若しくはアイソフォーム、又は5-メチルシトシンDNA修飾から選択され、
前記エピジェネティック特徴物を含有する細胞外遊離ヌクレオソームの測定されたレベルが、該対象における前記疾患の存在を示すものとして機能し得る、前記方法。 - 動物又はヒト対象における喀痰の細胞外遊離ヌクレオソームの細胞起源を決定するための方法であって:
(i)該対象から得られた喀痰試料中の細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物を検出又は測定するステップであって、前記エピジェネティック特徴物が、H3K9Me3、H3K9Ac、H3K27Me3、H4K16Ac、H4K20Me3及びH4PanAc(汎アセチル化H4)から選択される翻訳後ヒストン修飾、γ-H2AXヒストンバリアント若しくはアイソフォーム、又は5-メチルシトシンDNA修飾から選択される前記ステップと;
(ii)前記エピジェネティック特徴物を含有する細胞外遊離ヌクレオソームの測定されたレベルを、該細胞外遊離ヌクレオソームが、健康な肺細胞に由来するか又は非小細胞肺癌(NSCLC)細胞に由来するかの指標として使用するステップと
を含む、前記方法。 - 前記検出又は測定が、イムノアッセイ、免疫化学的方法、質量分析法、クロマトグラフ法、クロマチン免疫沈降法、又はバイオセンサー法を含む、請求項3から4のいずれか1項記載の方法。
- 細胞外遊離ヌクレオソームそれ自体及び/又は細胞外遊離ヌクレオソームエピジェネティック特徴物の2以上の測定が、ヌクレオソーム特徴物のパネルとして実施される、請求項3から5のいずれか1項記載の方法。
- 非小細胞肺癌(NSCLC)の診断又は検出のためのキットであって、喀痰の細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物を検出及び/又は定量化することが可能な1以上の結合剤を含み、
前記エピジェネティック特徴物が、H3K9Me3、H3K9Ac、H3K27Me3、H4K16Ac、H4K20Me3及びH4PanAc(汎アセチル化H4)から選択される翻訳後ヒストン修飾、γ-H2AXヒストンバリアント若しくはアイソフォーム、又は5-メチルシトシンDNA修飾から選択される、前記キット。 - 動物又はヒト対象から得られた喀痰試料中の細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物を検出又は測定することが、
(i)該対象から得られた喀痰試料を、細胞外遊離ヌクレオソーム又はその構成成分と結合する第1の結合剤と接触させるステップと;
(ii)該喀痰試料又は細胞外遊離ヌクレオソームを、前記細胞外遊離ヌクレオソーム内のエピジェネティック特徴物と結合する第2の結合剤と接触させるステップと;
(iii)該喀痰試料中の前記細胞外遊離ヌクレオソーム内のエピジェネティック特徴物に対する前記第2の結合剤の結合を検出又は測定するステップと;
(iv)該喀痰試料中の前記エピジェネティック特徴物を含有する細胞外遊離ヌクレオソームの存在の尺度として、こうした結合の存在、程度、又は量を使用するステップと
を含む、請求項3記載の方法。 - 動物又はヒト対象から得られた喀痰試料中の細胞外遊離ヌクレオソームのエピジェネティック特徴物を検出又は測定することが、
(i)該対象から得られた喀痰試料を、前記細胞外遊離ヌクレオソーム内のエピジェネティック特徴物と結合する第1の結合剤と接触させるステップと;
(ii)該喀痰試料又は細胞外遊離ヌクレオソームを、細胞外遊離ヌクレオソーム又はその構成成分と結合する第2の結合剤と接触させるステップと;
(iii)該喀痰試料中の細胞外遊離ヌクレオソーム又はその構成成分に対する前記第2の結合剤の結合を検出又は測定するステップと;
(iv)該喀痰試料中の前記エピジェネティック特徴物を含有する細胞外遊離ヌクレオソームの存在の尺度として、こうした結合の存在、程度、又は量を使用するステップと
を含む、請求項3記載の方法。
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