JP2018516552A - メチオニンの生物学的産生のための組成物及び方法 - Google Patents
メチオニンの生物学的産生のための組成物及び方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2018516552A JP2018516552A JP2017557456A JP2017557456A JP2018516552A JP 2018516552 A JP2018516552 A JP 2018516552A JP 2017557456 A JP2017557456 A JP 2017557456A JP 2017557456 A JP2017557456 A JP 2017557456A JP 2018516552 A JP2018516552 A JP 2018516552A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- hydrogen
- utilizing microorganism
- utilizing
- methionine
- recombinant
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 229930182817 methionine Natural products 0.000 title claims abstract description 212
- FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N L-methionine Chemical compound CSCC[C@H](N)C(O)=O FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N 0.000 title claims abstract description 211
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 86
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 title claims description 36
- 239000000203 mixture Substances 0.000 title abstract description 34
- 244000005700 microbiome Species 0.000 claims abstract description 400
- 230000002074 deregulated effect Effects 0.000 claims abstract description 121
- 239000007789 gas Substances 0.000 claims abstract description 76
- 241000203069 Archaea Species 0.000 claims abstract description 47
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 claims abstract description 44
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 claims abstract description 42
- 230000000696 methanogenic effect Effects 0.000 claims abstract description 39
- 230000001965 increasing effect Effects 0.000 claims abstract description 37
- UFHFLCQGNIYNRP-UHFFFAOYSA-N Hydrogen Chemical compound [H][H] UFHFLCQGNIYNRP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract description 36
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims description 210
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 claims description 207
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 claims description 206
- 229910002091 carbon monoxide Inorganic materials 0.000 claims description 162
- 230000000694 effects Effects 0.000 claims description 143
- 108010064711 Homoserine dehydrogenase Proteins 0.000 claims description 135
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 126
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 125
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 125
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 105
- 108010055400 Aspartate kinase Proteins 0.000 claims description 103
- 230000035772 mutation Effects 0.000 claims description 98
- 239000000758 substrate Substances 0.000 claims description 84
- NINIDFKCEFEMDL-UHFFFAOYSA-N Sulfur Chemical compound [S] NINIDFKCEFEMDL-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 75
- 229910052717 sulfur Inorganic materials 0.000 claims description 75
- 239000011593 sulfur Substances 0.000 claims description 75
- KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N Lysine Natural products NCCCCC(N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 72
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 claims description 72
- AYFVYJQAPQTCCC-UHFFFAOYSA-N Threonine Natural products CC(O)C(N)C(O)=O AYFVYJQAPQTCCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 68
- 239000004473 Threonine Substances 0.000 claims description 68
- KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N L-lysine Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N 0.000 claims description 57
- AYFVYJQAPQTCCC-GBXIJSLDSA-N L-threonine Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(O)=O AYFVYJQAPQTCCC-GBXIJSLDSA-N 0.000 claims description 52
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 claims description 50
- 150000001413 amino acids Chemical group 0.000 claims description 41
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims description 40
- 101150035025 lysC gene Proteins 0.000 claims description 39
- 230000006696 biosynthetic metabolic pathway Effects 0.000 claims description 36
- 101710083973 Homocysteine synthase Proteins 0.000 claims description 35
- 230000005764 inhibitory process Effects 0.000 claims description 31
- 108010075604 5-Methyltetrahydrofolate-Homocysteine S-Methyltransferase Proteins 0.000 claims description 30
- 102000011848 5-Methyltetrahydrofolate-Homocysteine S-Methyltransferase Human genes 0.000 claims description 30
- 108010034653 homoserine O-acetyltransferase Proteins 0.000 claims description 29
- DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N Glycine Chemical compound NCC(O)=O DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 28
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 claims description 27
- 241001529871 Methanococcus maripaludis Species 0.000 claims description 25
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 claims description 25
- 241000109953 Methanococcus maripaludis S2 Species 0.000 claims description 24
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 claims description 23
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 claims description 23
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 claims description 23
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 claims description 23
- 241001485655 Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 Species 0.000 claims description 21
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 claims description 21
- 108090000856 Lyases Proteins 0.000 claims description 20
- 102000004317 Lyases Human genes 0.000 claims description 20
- -1 aspartyl Chemical group 0.000 claims description 19
- 241001302035 Methanothermobacter Species 0.000 claims description 17
- 108010076010 Cystathionine beta-lyase Proteins 0.000 claims description 16
- 102000018832 Cytochromes Human genes 0.000 claims description 15
- 108010052832 Cytochromes Proteins 0.000 claims description 15
- 241000203353 Methanococcus Species 0.000 claims description 15
- 241000186226 Corynebacterium glutamicum Species 0.000 claims description 14
- 239000004471 Glycine Substances 0.000 claims description 14
- 241000205274 Methanosarcina mazei Species 0.000 claims description 14
- ZSLZBFCDCINBPY-ZSJPKINUSA-N acetyl-CoA Chemical compound O[C@@H]1[C@H](OP(O)(O)=O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OCC(C)(C)[C@@H](O)C(=O)NCCC(=O)NCCSC(=O)C)O[C@H]1N1C2=NC=NC(N)=C2N=C1 ZSLZBFCDCINBPY-ZSJPKINUSA-N 0.000 claims description 14
- 102000002667 Glycine hydroxymethyltransferase Human genes 0.000 claims description 13
- 108010043428 Glycine hydroxymethyltransferase Proteins 0.000 claims description 13
- 241000205284 Methanosarcina acetivorans Species 0.000 claims description 13
- 230000008569 process Effects 0.000 claims description 13
- 239000013598 vector Substances 0.000 claims description 13
- 108010020869 Homocysteine S-Methyltransferase Proteins 0.000 claims description 12
- 241000193751 Methanoculleus Species 0.000 claims description 12
- 108091022908 Serine O-acetyltransferase Proteins 0.000 claims description 12
- UKAUYVFTDYCKQA-UHFFFAOYSA-N -2-Amino-4-hydroxybutanoic acid Natural products OC(=O)C(N)CCO UKAUYVFTDYCKQA-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 11
- UKAUYVFTDYCKQA-VKHMYHEASA-N L-homoserine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCO UKAUYVFTDYCKQA-VKHMYHEASA-N 0.000 claims description 11
- 241000204641 Methanopyrus kandleri Species 0.000 claims description 11
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 11
- 108010003415 Aspartate Aminotransferases Proteins 0.000 claims description 10
- 241000205276 Methanosarcina Species 0.000 claims description 10
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 claims description 10
- 102000004625 Aspartate Aminotransferases Human genes 0.000 claims description 9
- 241001486996 Methanocaldococcus Species 0.000 claims description 9
- 241000205275 Methanosarcina barkeri Species 0.000 claims description 9
- 108010061618 O-succinylhomoserine (thiol)-lyase Proteins 0.000 claims description 9
- 108010053763 Pyruvate Carboxylase Proteins 0.000 claims description 9
- 101150014006 thrA gene Proteins 0.000 claims description 9
- 241001174354 Methanocella Species 0.000 claims description 8
- 108020005115 Pyruvate Kinase Proteins 0.000 claims description 8
- 102000013009 Pyruvate Kinase Human genes 0.000 claims description 8
- 102100039895 Pyruvate carboxylase, mitochondrial Human genes 0.000 claims description 8
- 230000007423 decrease Effects 0.000 claims description 8
- 108010062110 water dikinase pyruvate Proteins 0.000 claims description 8
- 108091000044 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase Proteins 0.000 claims description 7
- 241000202974 Methanobacterium Species 0.000 claims description 7
- 241001648836 Methanobrevibacter ruminantium Species 0.000 claims description 7
- 241001233112 Methanocalculus Species 0.000 claims description 7
- 241000477278 Methanocella conradii Species 0.000 claims description 7
- 241001174353 Methanocella paludicola Species 0.000 claims description 7
- 241000205280 Methanomicrobium Species 0.000 claims description 7
- 241000204679 Methanoplanus Species 0.000 claims description 7
- 241000204675 Methanopyrus Species 0.000 claims description 7
- 241000202997 Methanothermus Species 0.000 claims description 7
- 241000205011 Methanothrix Species 0.000 claims description 7
- 108010006873 Threonine Dehydratase Proteins 0.000 claims description 7
- 230000033228 biological regulation Effects 0.000 claims description 7
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 7
- 241000305997 Methanimicrococcus blatticola Species 0.000 claims description 6
- 241000850383 Methanobacterium alcaliphilum Species 0.000 claims description 6
- 241000202972 Methanobacterium bryantii Species 0.000 claims description 6
- 241000238769 Methanobacterium congolense Species 0.000 claims description 6
- 241001647363 Methanobacterium espanolae Species 0.000 claims description 6
- 241000202970 Methanobacterium formicicum Species 0.000 claims description 6
- 241000202983 Methanobacterium ivanovii Species 0.000 claims description 6
- 241000202989 Methanobacterium palustre Species 0.000 claims description 6
- 241001649100 Methanobacterium thermaggregans Species 0.000 claims description 6
- 241001649102 Methanobacterium uliginosum Species 0.000 claims description 6
- 241000202987 Methanobrevibacter Species 0.000 claims description 6
- 241000516657 Methanobrevibacter acididurans Species 0.000 claims description 6
- 241001407720 Methanobrevibacter gottschalkii Species 0.000 claims description 6
- 241001160906 Methanobrevibacter olleyae Species 0.000 claims description 6
- 241000202985 Methanobrevibacter smithii Species 0.000 claims description 6
- 241001407718 Methanobrevibacter woesei Species 0.000 claims description 6
- 241001407719 Methanobrevibacter wolinii Species 0.000 claims description 6
- 241001645363 Methanocaldococcus fervens Species 0.000 claims description 6
- 241000948316 Methanocaldococcus infernus Species 0.000 claims description 6
- 241000203407 Methanocaldococcus jannaschii Species 0.000 claims description 6
- 241001265502 Methanocaldococcus vulcanius Species 0.000 claims description 6
- 241000204999 Methanococcoides Species 0.000 claims description 6
- 241000203378 Methanococcus vannielii Species 0.000 claims description 6
- 241000203400 Methanocorpusculum Species 0.000 claims description 6
- 241001235650 Methanocorpusculum bavaricum Species 0.000 claims description 6
- 241000203396 Methanocorpusculum parvum Species 0.000 claims description 6
- 241001187049 Methanoculleus submarinus Species 0.000 claims description 6
- 241001621918 Methanofollis Species 0.000 claims description 6
- 241000205267 Methanofollis liminatans Species 0.000 claims description 6
- 241000203390 Methanogenium Species 0.000 claims description 6
- 241000897229 Methanogenium frigidum Species 0.000 claims description 6
- 241000204639 Methanohalobium Species 0.000 claims description 6
- 241000203006 Methanohalophilus Species 0.000 claims description 6
- 241000586167 Methanolacinia Species 0.000 claims description 6
- 241000530472 Methanolacinia petrolearia Species 0.000 claims description 6
- 241000205278 Methanomicrobium mobile Species 0.000 claims description 6
- 241000204678 Methanoplanus limicola Species 0.000 claims description 6
- 241001118708 Methanoregula boonei Species 0.000 claims description 6
- 241000872955 Methanosaeta harundinacea Species 0.000 claims description 6
- 241001592653 Methanosaeta pelagica Species 0.000 claims description 6
- 241001487033 Methanosalsum Species 0.000 claims description 6
- 241000205290 Methanosarcina thermophila Species 0.000 claims description 6
- 241000204677 Methanosphaera Species 0.000 claims description 6
- 241000228101 Methanothermobacter defluvii Species 0.000 claims description 6
- 241001302044 Methanothermobacter marburgensis Species 0.000 claims description 6
- 241000228126 Methanothermobacter thermophilus Species 0.000 claims description 6
- 241001302037 Methanothermobacter wolfeii Species 0.000 claims description 6
- 241000010754 Methanothermococcus Species 0.000 claims description 6
- 241000203382 Methanothermococcus thermolithotrophicus Species 0.000 claims description 6
- 241000203364 Methanothermus sociabilis Species 0.000 claims description 6
- 241000205007 Methanothrix soehngenii Species 0.000 claims description 6
- 241000205003 Methanothrix thermoacetophila Species 0.000 claims description 6
- 241001486995 Methanotorris Species 0.000 claims description 6
- 101710102974 O-acetyl transferase Proteins 0.000 claims description 6
- 108010031852 Pyruvate Synthase Proteins 0.000 claims description 6
- 239000001963 growth medium Substances 0.000 claims description 6
- 239000007791 liquid phase Substances 0.000 claims description 6
- 230000004044 response Effects 0.000 claims description 6
- 241001571579 Methanocaldococcus indicus Species 0.000 claims description 5
- 241000477279 Methanocella arvoryzae Species 0.000 claims description 5
- 241000203375 Methanococcus voltae Species 0.000 claims description 5
- 241000767488 Methanogenium marinum Species 0.000 claims description 5
- 241000900014 Methanoregula Species 0.000 claims description 5
- 102100033451 Thyroid hormone receptor beta Human genes 0.000 claims description 5
- 108010071598 homoserine kinase Proteins 0.000 claims description 5
- 101150031330 metl gene Proteins 0.000 claims description 5
- 241000305995 Methanimicrococcus Species 0.000 claims description 4
- 241000205017 Methanolobus Species 0.000 claims description 4
- 241001450794 Methanomethylovorans Species 0.000 claims description 4
- 241000228125 Methanothermobacter thermoflexus Species 0.000 claims description 4
- 239000003674 animal food additive Substances 0.000 claims description 4
- 238000012258 culturing Methods 0.000 claims description 4
- 241000147080 Methanococcus aeolicus Species 0.000 claims description 3
- 241001467517 Methanoplanus endosymbiosus Species 0.000 claims description 3
- 230000008859 change Effects 0.000 claims description 3
- 101000834113 Moorella thermoacetica 5-methyltetrahydrofolate:corrinoid/iron-sulfur protein co-methyltransferase Proteins 0.000 claims description 2
- 241000356651 Thermoflexus Species 0.000 claims description 2
- 102000009516 Protein Serine-Threonine Kinases Human genes 0.000 claims 2
- 108010009341 Protein Serine-Threonine Kinases Proteins 0.000 claims 2
- FDJOLVPMNUYSCM-WZHZPDAFSA-L cobalt(3+);[(2r,3s,4r,5s)-5-(5,6-dimethylbenzimidazol-1-yl)-4-hydroxy-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] [(2r)-1-[3-[(1r,2r,3r,4z,7s,9z,12s,13s,14z,17s,18s,19r)-2,13,18-tris(2-amino-2-oxoethyl)-7,12,17-tris(3-amino-3-oxopropyl)-3,5,8,8,13,15,18,19-octamethyl-2 Chemical compound [Co+3].N#[C-].N([C@@H]([C@]1(C)[N-]\C([C@H]([C@@]1(CC(N)=O)C)CCC(N)=O)=C(\C)/C1=N/C([C@H]([C@@]1(CC(N)=O)C)CCC(N)=O)=C\C1=N\C([C@H](C1(C)C)CCC(N)=O)=C/1C)[C@@H]2CC(N)=O)=C\1[C@]2(C)CCC(=O)NC[C@@H](C)OP([O-])(=O)O[C@H]1[C@@H](O)[C@@H](N2C3=CC(C)=C(C)C=C3N=C2)O[C@@H]1CO FDJOLVPMNUYSCM-WZHZPDAFSA-L 0.000 claims 2
- 230000006798 recombination Effects 0.000 claims 1
- 238000005215 recombination Methods 0.000 claims 1
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 abstract description 40
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 abstract description 40
- 230000012010 growth Effects 0.000 abstract description 15
- 230000001851 biosynthetic effect Effects 0.000 abstract description 13
- UGFAIRIUMAVXCW-UHFFFAOYSA-N Carbon monoxide Chemical class [O+]#[C-] UGFAIRIUMAVXCW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 165
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 description 79
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 78
- VNWKTOKETHGBQD-UHFFFAOYSA-N methane Chemical compound C VNWKTOKETHGBQD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 54
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 53
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 49
- 108700026244 Open Reading Frames Proteins 0.000 description 43
- OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N Methanol Chemical compound OC OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 36
- 229940024606 amino acid Drugs 0.000 description 35
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 29
- CURLTUGMZLYLDI-UHFFFAOYSA-N Carbon dioxide Chemical compound O=C=O CURLTUGMZLYLDI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 28
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 28
- 230000037361 pathway Effects 0.000 description 27
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 24
- OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N Carbon Chemical compound [C] OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 22
- 108091035707 Consensus sequence Proteins 0.000 description 22
- MEFKEPWMEQBLKI-AIRLBKTGSA-N S-adenosyl-L-methioninate Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](C[S+](CC[C@H](N)C([O-])=O)C)O[C@H]1N1C2=NC=NC(N)=C2N=C1 MEFKEPWMEQBLKI-AIRLBKTGSA-N 0.000 description 22
- 229960001570 ademetionine Drugs 0.000 description 22
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 description 22
- 239000000047 product Substances 0.000 description 22
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 20
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 20
- 239000013615 primer Substances 0.000 description 19
- CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N L-aspartic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N 0.000 description 16
- RXWNCPJZOCPEPQ-NVWDDTSBSA-N puromycin Chemical compound C1=CC(OC)=CC=C1C[C@H](N)C(=O)N[C@H]1[C@@H](O)[C@H](N2C3=NC=NC(=C3N=C2)N(C)C)O[C@@H]1CO RXWNCPJZOCPEPQ-NVWDDTSBSA-N 0.000 description 16
- 239000002028 Biomass Substances 0.000 description 15
- PLUBXMRUUVWRLT-UHFFFAOYSA-N Ethyl methanesulfonate Chemical compound CCOS(C)(=O)=O PLUBXMRUUVWRLT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 15
- 229940009098 aspartate Drugs 0.000 description 15
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 15
- 238000002407 reforming Methods 0.000 description 15
- QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N Ammonia Chemical compound N QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 14
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 14
- 108010016979 Homoserine O-succinyltransferase Proteins 0.000 description 14
- GGLZPLKKBSSKCX-YFKPBYRVSA-N L-ethionine Chemical compound CCSCC[C@H](N)C(O)=O GGLZPLKKBSSKCX-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 14
- 239000001569 carbon dioxide Substances 0.000 description 14
- 229910002092 carbon dioxide Inorganic materials 0.000 description 14
- 230000003647 oxidation Effects 0.000 description 14
- 238000007254 oxidation reaction Methods 0.000 description 14
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 14
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 13
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 12
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 12
- 238000000629 steam reforming Methods 0.000 description 12
- 241001646716 Escherichia coli K-12 Species 0.000 description 11
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 11
- 241000894007 species Species 0.000 description 11
- 101710088194 Dehydrogenase Proteins 0.000 description 10
- 238000002453 autothermal reforming Methods 0.000 description 10
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 10
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 9
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 9
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 9
- 238000010353 genetic engineering Methods 0.000 description 9
- 108010002610 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-homocysteine S-methyltransferase Proteins 0.000 description 8
- FFFHZYDWPBMWHY-VKHMYHEASA-N L-homocysteine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCS FFFHZYDWPBMWHY-VKHMYHEASA-N 0.000 description 8
- 102100031551 Methionine synthase Human genes 0.000 description 8
- 101710163328 Methionine synthase Proteins 0.000 description 8
- 239000003245 coal Substances 0.000 description 8
- 238000000855 fermentation Methods 0.000 description 8
- 230000004151 fermentation Effects 0.000 description 8
- 230000004907 flux Effects 0.000 description 8
- 238000002309 gasification Methods 0.000 description 8
- 150000002431 hydrogen Chemical class 0.000 description 8
- 101150043924 metXA gene Proteins 0.000 description 8
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 8
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 8
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 8
- 229950010131 puromycin Drugs 0.000 description 8
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 8
- 101150044854 repA gene Proteins 0.000 description 8
- SSPYSWLZOPCOLO-UHFFFAOYSA-N 6-azauracil Chemical compound O=C1C=NNC(=O)N1 SSPYSWLZOPCOLO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-M Acetate Chemical compound CC([O-])=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 7
- 229910021529 ammonia Inorganic materials 0.000 description 7
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 7
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 7
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 7
- 239000003345 natural gas Substances 0.000 description 7
- 239000002994 raw material Substances 0.000 description 7
- 230000002269 spontaneous effect Effects 0.000 description 7
- 239000002699 waste material Substances 0.000 description 7
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N Acetic acid Chemical compound CC(O)=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 229920001817 Agar Polymers 0.000 description 6
- 108020004652 Aspartate-Semialdehyde Dehydrogenase Proteins 0.000 description 6
- 101100290837 Bacillus subtilis (strain 168) metAA gene Proteins 0.000 description 6
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 6
- OTMSDBZUPAUEDD-UHFFFAOYSA-N Ethane Chemical compound CC OTMSDBZUPAUEDD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 6
- ATUOYWHBWRKTHZ-UHFFFAOYSA-N Propane Chemical compound CCC ATUOYWHBWRKTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 239000008272 agar Substances 0.000 description 6
- 150000001720 carbohydrates Chemical class 0.000 description 6
- 235000014633 carbohydrates Nutrition 0.000 description 6
- 230000009123 feedback regulation Effects 0.000 description 6
- 238000012239 gene modification Methods 0.000 description 6
- 230000005017 genetic modification Effects 0.000 description 6
- 235000013617 genetically modified food Nutrition 0.000 description 6
- 101150063051 hom gene Proteins 0.000 description 6
- 229930195733 hydrocarbon Natural products 0.000 description 6
- 150000002430 hydrocarbons Chemical class 0.000 description 6
- LELOWRISYMNNSU-UHFFFAOYSA-N hydrogen cyanide Chemical compound N#C LELOWRISYMNNSU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 101150086633 metAA gene Proteins 0.000 description 6
- 101150003180 metB gene Proteins 0.000 description 6
- 230000000813 microbial effect Effects 0.000 description 6
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 6
- 101100301559 Bacillus anthracis repS gene Proteins 0.000 description 5
- 101100247969 Clostridium saccharobutylicum regA gene Proteins 0.000 description 5
- 101100412434 Escherichia coli (strain K12) repB gene Proteins 0.000 description 5
- AGPKZVBTJJNPAG-WHFBIAKZSA-N L-isoleucine Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(O)=O AGPKZVBTJJNPAG-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 5
- FCXZBWSIAGGPCB-YFKPBYRVSA-N O-acetyl-L-homoserine Chemical compound CC(=O)OCC[C@H]([NH3+])C([O-])=O FCXZBWSIAGGPCB-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 5
- 101100114425 Streptococcus agalactiae copG gene Proteins 0.000 description 5
- 230000001195 anabolic effect Effects 0.000 description 5
- 230000003197 catalytic effect Effects 0.000 description 5
- ASARMUCNOOHMLO-WLORSUFZSA-L cobalt(2+);[(2r,3s,4r,5s)-5-(5,6-dimethylbenzimidazol-1-yl)-4-hydroxy-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] [(2s)-1-[3-[(1r,2r,3r,4z,7s,9z,12s,13s,14z,17s,18s,19r)-2,13,18-tris(2-amino-2-oxoethyl)-7,12,17-tris(3-amino-3-oxopropyl)-3,5,8,8,13,15,18,19-octamethyl-2 Chemical compound [Co+2].[N-]([C@@H]1[C@H](CC(N)=O)[C@@]2(C)CCC(=O)NC[C@H](C)OP([O-])(=O)O[C@H]3[C@H]([C@H](O[C@@H]3CO)N3C4=CC(C)=C(C)C=C4N=C3)O)\C2=C(C)/C([C@H](C\2(C)C)CCC(N)=O)=N/C/2=C\C([C@H]([C@@]/2(CC(N)=O)C)CCC(N)=O)=N\C\2=C(C)/C2=N[C@]1(C)[C@@](C)(CC(N)=O)[C@@H]2CCC(N)=O ASARMUCNOOHMLO-WLORSUFZSA-L 0.000 description 5
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 5
- 229960000310 isoleucine Drugs 0.000 description 5
- AGPKZVBTJJNPAG-UHFFFAOYSA-N isoleucine Natural products CCC(C)C(N)C(O)=O AGPKZVBTJJNPAG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 239000000463 material Substances 0.000 description 5
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 5
- 238000012261 overproduction Methods 0.000 description 5
- 238000009628 steelmaking Methods 0.000 description 5
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 description 4
- 108010063377 Aspartokinase Homoserine Dehydrogenase Proteins 0.000 description 4
- 101100322888 Escherichia coli (strain K12) metL gene Proteins 0.000 description 4
- ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N Formamide Chemical compound NC=O ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 241001531418 Methanobrevibacter arboriphilus Species 0.000 description 4
- BAVYZALUXZFZLV-UHFFFAOYSA-N Methylamine Chemical compound NC BAVYZALUXZFZLV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- 241000204099 Thermosipho melanesiensis Species 0.000 description 4
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 4
- 238000007792 addition Methods 0.000 description 4
- 230000004075 alteration Effects 0.000 description 4
- QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N atomic oxygen Chemical compound [O] QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 4
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 4
- 239000000571 coke Substances 0.000 description 4
- 230000001143 conditioned effect Effects 0.000 description 4
- 101150011371 dapA gene Proteins 0.000 description 4
- 230000006870 function Effects 0.000 description 4
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 4
- 238000004128 high performance liquid chromatography Methods 0.000 description 4
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 4
- 239000002207 metabolite Substances 0.000 description 4
- 238000005457 optimization Methods 0.000 description 4
- 230000002018 overexpression Effects 0.000 description 4
- 239000001301 oxygen Substances 0.000 description 4
- 229910052760 oxygen Inorganic materials 0.000 description 4
- 239000012071 phase Substances 0.000 description 4
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 4
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 4
- GETQZCLCWQTVFV-UHFFFAOYSA-N trimethylamine Chemical compound CN(C)C GETQZCLCWQTVFV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 101150076274 upp gene Proteins 0.000 description 4
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 4
- DKIDEFUBRARXTE-UHFFFAOYSA-N 3-mercaptopropanoic acid Chemical compound OC(=O)CCS DKIDEFUBRARXTE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- RZVAJINKPMORJF-UHFFFAOYSA-N Acetaminophen Chemical compound CC(=O)NC1=CC=C(O)C=C1 RZVAJINKPMORJF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 241001468163 Acetobacterium woodii Species 0.000 description 3
- 101000742087 Bacillus subtilis (strain 168) ATP-dependent threonine adenylase Proteins 0.000 description 3
- ZAMOUSCENKQFHK-UHFFFAOYSA-N Chlorine atom Chemical compound [Cl] ZAMOUSCENKQFHK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 241000193403 Clostridium Species 0.000 description 3
- 241000204486 Desulfomonile tiedjei Species 0.000 description 3
- WSFSSNUMVMOOMR-UHFFFAOYSA-N Formaldehyde Chemical compound O=C WSFSSNUMVMOOMR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 230000005526 G1 to G0 transition Effects 0.000 description 3
- 241000590002 Helicobacter pylori Species 0.000 description 3
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 3
- 241001276824 Methanocella conradii HZ254 Species 0.000 description 3
- 108091000080 Phosphotransferase Proteins 0.000 description 3
- LCTONWCANYUPML-UHFFFAOYSA-M Pyruvate Chemical compound CC(=O)C([O-])=O LCTONWCANYUPML-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M Sodium hydroxide Chemical compound [OH-].[Na+] HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- 229910000831 Steel Inorganic materials 0.000 description 3
- 241000606014 Syntrophomonas wolfei Species 0.000 description 3
- 241001670075 Syntrophothermus lipocalidus Species 0.000 description 3
- 241000658696 Tepidanaerobacter acetatoxydans Species 0.000 description 3
- 241001087612 Thermodesulfobium narugense Species 0.000 description 3
- 241000204652 Thermotoga Species 0.000 description 3
- 101000774739 Thermus thermophilus Aspartokinase Proteins 0.000 description 3
- 229940041514 candida albicans extract Drugs 0.000 description 3
- 229910002090 carbon oxide Inorganic materials 0.000 description 3
- 239000000460 chlorine Substances 0.000 description 3
- 229910052801 chlorine Inorganic materials 0.000 description 3
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 3
- 238000012136 culture method Methods 0.000 description 3
- 239000003546 flue gas Substances 0.000 description 3
- 235000013373 food additive Nutrition 0.000 description 3
- 239000002778 food additive Substances 0.000 description 3
- 229940037467 helicobacter pylori Drugs 0.000 description 3
- 230000014759 maintenance of location Effects 0.000 description 3
- 101150108178 metE gene Proteins 0.000 description 3
- 101150095438 metK gene Proteins 0.000 description 3
- 230000004060 metabolic process Effects 0.000 description 3
- 150000003956 methylamines Chemical class 0.000 description 3
- 231100000350 mutagenesis Toxicity 0.000 description 3
- 238000002703 mutagenesis Methods 0.000 description 3
- 235000015097 nutrients Nutrition 0.000 description 3
- 239000003921 oil Substances 0.000 description 3
- KHPXUQMNIQBQEV-UHFFFAOYSA-N oxaloacetic acid Chemical compound OC(=O)CC(=O)C(O)=O KHPXUQMNIQBQEV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 102000020233 phosphotransferase Human genes 0.000 description 3
- ZWLUXSQADUDCSB-UHFFFAOYSA-N phthalaldehyde Chemical compound O=CC1=CC=CC=C1C=O ZWLUXSQADUDCSB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 239000001294 propane Substances 0.000 description 3
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 3
- 229910052708 sodium Inorganic materials 0.000 description 3
- 239000010959 steel Substances 0.000 description 3
- 230000001629 suppression Effects 0.000 description 3
- 231100000331 toxic Toxicity 0.000 description 3
- 230000002588 toxic effect Effects 0.000 description 3
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 3
- 230000007704 transition Effects 0.000 description 3
- 108091000036 uracil phosphoribosyltransferase Proteins 0.000 description 3
- 239000012138 yeast extract Substances 0.000 description 3
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 2
- 241001468161 Acetobacterium Species 0.000 description 2
- IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N Atomic nitrogen Chemical compound N#N IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 101000779368 Bacillus subtilis (strain 168) Aspartokinase 3 Proteins 0.000 description 2
- 101100076641 Bacillus subtilis (strain 168) metE gene Proteins 0.000 description 2
- 241000589875 Campylobacter jejuni Species 0.000 description 2
- 108090000489 Carboxy-Lyases Proteins 0.000 description 2
- 108010078791 Carrier Proteins Proteins 0.000 description 2
- 108700010070 Codon Usage Proteins 0.000 description 2
- 241000186216 Corynebacterium Species 0.000 description 2
- 101100465553 Dictyostelium discoideum psmB6 gene Proteins 0.000 description 2
- ROSDSFDQCJNGOL-UHFFFAOYSA-N Dimethylamine Chemical compound CNC ROSDSFDQCJNGOL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- SIKJAQJRHWYJAI-UHFFFAOYSA-N Indole Chemical compound C1=CC=C2NC=CC2=C1 SIKJAQJRHWYJAI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- GHSJKUNUIHUPDF-BYPYZUCNSA-N L-thialysine Chemical compound NCCSC[C@H](N)C(O)=O GHSJKUNUIHUPDF-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 2
- LSDPWZHWYPCBBB-UHFFFAOYSA-N Methanethiol Chemical compound SC LSDPWZHWYPCBBB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 2
- 108090000854 Oxidoreductases Proteins 0.000 description 2
- 229910000805 Pig iron Inorganic materials 0.000 description 2
- 102000001253 Protein Kinase Human genes 0.000 description 2
- 101100169519 Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) dapAL gene Proteins 0.000 description 2
- 108090001066 Racemases and epimerases Proteins 0.000 description 2
- GGLZPLKKBSSKCX-UHFFFAOYSA-N S-ethylhomocysteine Chemical compound CCSCCC(N)C(O)=O GGLZPLKKBSSKCX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000949716 Sphaerochaeta Species 0.000 description 2
- 101100116199 Streptomyces lavendulae dcsE gene Proteins 0.000 description 2
- UCKMPCXJQFINFW-UHFFFAOYSA-N Sulphide Chemical compound [S-2] UCKMPCXJQFINFW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 101150057540 aar gene Proteins 0.000 description 2
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 2
- 230000003698 anagen phase Effects 0.000 description 2
- 239000012620 biological material Substances 0.000 description 2
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 2
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 2
- 239000006227 byproduct Substances 0.000 description 2
- 238000007444 cell Immobilization Methods 0.000 description 2
- 230000002759 chromosomal effect Effects 0.000 description 2
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 2
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 2
- 230000003750 conditioning effect Effects 0.000 description 2
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 2
- 239000000356 contaminant Substances 0.000 description 2
- 235000018417 cysteine Nutrition 0.000 description 2
- XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N cysteine Natural products SCC(N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000003831 deregulation Effects 0.000 description 2
- 235000015872 dietary supplement Nutrition 0.000 description 2
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 2
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 2
- 230000003828 downregulation Effects 0.000 description 2
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 2
- 235000013305 food Nutrition 0.000 description 2
- 150000004675 formic acid derivatives Chemical class 0.000 description 2
- 238000009472 formulation Methods 0.000 description 2
- 239000012510 hollow fiber Substances 0.000 description 2
- 230000002779 inactivation Effects 0.000 description 2
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 description 2
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 description 2
- 239000004615 ingredient Substances 0.000 description 2
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 2
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 2
- 239000004922 lacquer Substances 0.000 description 2
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 2
- 239000012092 media component Substances 0.000 description 2
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 2
- 101150117293 metC gene Proteins 0.000 description 2
- 101150115974 metX gene Proteins 0.000 description 2
- 230000002503 metabolic effect Effects 0.000 description 2
- BDAGIHXWWSANSR-UHFFFAOYSA-N methanoic acid Natural products OC=O BDAGIHXWWSANSR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 150000002741 methionine derivatives Chemical class 0.000 description 2
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 2
- 235000016709 nutrition Nutrition 0.000 description 2
- 230000001590 oxidative effect Effects 0.000 description 2
- 238000007747 plating Methods 0.000 description 2
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 2
- 230000004952 protein activity Effects 0.000 description 2
- 108060006633 protein kinase Proteins 0.000 description 2
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 2
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 2
- 238000005201 scrubbing Methods 0.000 description 2
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 2
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 2
- 239000001509 sodium citrate Substances 0.000 description 2
- NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K sodium citrate Chemical compound O.O.[Na+].[Na+].[Na+].[O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 2
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 2
- 238000001179 sorption measurement Methods 0.000 description 2
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 2
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 2
- 239000003053 toxin Substances 0.000 description 2
- 231100000765 toxin Toxicity 0.000 description 2
- 108700012359 toxins Proteins 0.000 description 2
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 2
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 2
- 239000002912 waste gas Substances 0.000 description 2
- OSWFIVFLDKOXQC-UHFFFAOYSA-N 4-(3-methoxyphenyl)aniline Chemical compound COC1=CC=CC(C=2C=CC(N)=CC=2)=C1 OSWFIVFLDKOXQC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004475 Arginine Substances 0.000 description 1
- DCXYFEDJOCDNAF-UHFFFAOYSA-N Asparagine Natural products OC(=O)C(N)CC(N)=O DCXYFEDJOCDNAF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BTBUEUYNUDRHOZ-UHFFFAOYSA-N Borate Chemical compound [O-]B([O-])[O-] BTBUEUYNUDRHOZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000193163 Clostridioides difficile Species 0.000 description 1
- 241000350576 Clostridioides difficile F665 Species 0.000 description 1
- 241001345107 Clostridioides difficile T19 Species 0.000 description 1
- 102000008169 Co-Repressor Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010060434 Co-Repressor Proteins Proteins 0.000 description 1
- 101900149749 Corynebacterium glutamicum Aspartokinase Proteins 0.000 description 1
- YPWSLBHSMIKTPR-UHFFFAOYSA-N Cystathionine Natural products OC(=O)C(N)CCSSCC(N)C(O)=O YPWSLBHSMIKTPR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ILRYLPWNYFXEMH-UHFFFAOYSA-N D-cystathionine Natural products OC(=O)C(N)CCSCC(N)C(O)=O ILRYLPWNYFXEMH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 description 1
- 230000004543 DNA replication Effects 0.000 description 1
- 108020005199 Dehydrogenases Proteins 0.000 description 1
- 102100037458 Dephospho-CoA kinase Human genes 0.000 description 1
- RWSOTUBLDIXVET-UHFFFAOYSA-N Dihydrogen sulfide Chemical compound S RWSOTUBLDIXVET-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101100456896 Drosophila melanogaster metl gene Proteins 0.000 description 1
- 108700039691 Genetic Promoter Regions Proteins 0.000 description 1
- WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N Glutamic acid Natural products OC(=O)C(N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101100008681 Glycine max DHPS1 gene Proteins 0.000 description 1
- 108010033040 Histones Proteins 0.000 description 1
- 102000005298 Iron-Sulfur Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010081409 Iron-Sulfur Proteins Proteins 0.000 description 1
- 108010044467 Isoenzymes Proteins 0.000 description 1
- XUJNEKJLAYXESH-REOHCLBHSA-N L-Cysteine Chemical compound SC[C@H](N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N L-alanine Chemical compound C[C@H](N)C(O)=O QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- ODKSFYDXXFIFQN-BYPYZUCNSA-P L-argininium(2+) Chemical compound NC(=[NH2+])NCCC[C@H]([NH3+])C(O)=O ODKSFYDXXFIFQN-BYPYZUCNSA-P 0.000 description 1
- DCXYFEDJOCDNAF-REOHCLBHSA-N L-asparagine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O DCXYFEDJOCDNAF-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- ILRYLPWNYFXEMH-WHFBIAKZSA-N L-cystathionine Chemical compound [O-]C(=O)[C@@H]([NH3+])CCSC[C@H]([NH3+])C([O-])=O ILRYLPWNYFXEMH-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N L-leucine Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 1
- COLNVLDHVKWLRT-QMMMGPOBSA-N L-phenylalanine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 COLNVLDHVKWLRT-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 1
- ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N Leucine Natural products CC(C)CC(N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241001131705 Methanobrevibacter ruminantium M1 Species 0.000 description 1
- 101100101877 Methanococcus maripaludis (strain S2 / LL) upp gene Proteins 0.000 description 1
- 241001139408 Methanosarcina acetivorans C2A Species 0.000 description 1
- 101100023016 Methanothermobacter marburgensis (strain ATCC BAA-927 / DSM 2133 / JCM 14651 / NBRC 100331 / OCM 82 / Marburg) mat gene Proteins 0.000 description 1
- 241000010755 Methanothermococcus okinawensis Species 0.000 description 1
- 241001571463 Methanotorris formicicus Species 0.000 description 1
- 241000203373 Methanotorris igneus Species 0.000 description 1
- 102000016397 Methyltransferase Human genes 0.000 description 1
- 108060004795 Methyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 241001045988 Neogene Species 0.000 description 1
- 229930193140 Neomycin Natural products 0.000 description 1
- 241000497429 Obus Species 0.000 description 1
- 241001135232 Odoribacter splanchnicus Species 0.000 description 1
- OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N Phosphorus Chemical compound [P] OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000055027 Protein Methyltransferases Human genes 0.000 description 1
- 241000252565 Pseudothermotoga thermarum Species 0.000 description 1
- 102000007056 Recombinant Fusion Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010008281 Recombinant Fusion Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102220532340 Replication factor C subunit 1_G14E_mutation Human genes 0.000 description 1
- 101710090029 Replication-associated protein A Proteins 0.000 description 1
- 241000433127 Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 Species 0.000 description 1
- 241000639167 Sphaerochaeta globosa Species 0.000 description 1
- 102000004357 Transferases Human genes 0.000 description 1
- 108090000992 Transferases Proteins 0.000 description 1
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 1
- 150000001242 acetic acid derivatives Chemical class 0.000 description 1
- 108020002494 acetyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 102000005421 acetyltransferase Human genes 0.000 description 1
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 1
- 239000012190 activator Substances 0.000 description 1
- 235000004279 alanine Nutrition 0.000 description 1
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 description 1
- 239000003242 anti bacterial agent Substances 0.000 description 1
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 1
- 229940088710 antibiotic agent Drugs 0.000 description 1
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 1
- 241000617156 archaeon Species 0.000 description 1
- ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N arginine Natural products OC(=O)C(N)CCCNC(N)=N ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960001230 asparagine Drugs 0.000 description 1
- 235000009582 asparagine Nutrition 0.000 description 1
- 235000003704 aspartic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000010426 asphalt Substances 0.000 description 1
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 1
- 238000010923 batch production Methods 0.000 description 1
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 1
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 1
- OQFSQFPPLPISGP-UHFFFAOYSA-N beta-carboxyaspartic acid Natural products OC(=O)C(N)C(C(O)=O)C(O)=O OQFSQFPPLPISGP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000000903 blocking effect Effects 0.000 description 1
- 150000001722 carbon compounds Chemical class 0.000 description 1
- 108010079058 casein hydrolysate Proteins 0.000 description 1
- 230000001925 catabolic effect Effects 0.000 description 1
- 230000006652 catabolic pathway Effects 0.000 description 1
- 230000010261 cell growth Effects 0.000 description 1
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 1
- 230000019522 cellular metabolic process Effects 0.000 description 1
- 239000007795 chemical reaction product Substances 0.000 description 1
- 239000003638 chemical reducing agent Substances 0.000 description 1
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 description 1
- 239000003636 conditioned culture medium Substances 0.000 description 1
- 238000012790 confirmation Methods 0.000 description 1
- 230000021615 conjugation Effects 0.000 description 1
- 230000001276 controlling effect Effects 0.000 description 1
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 1
- 108010049285 dephospho-CoA kinase Proteins 0.000 description 1
- 238000001212 derivatisation Methods 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- 230000002222 downregulating effect Effects 0.000 description 1
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 1
- 238000001035 drying Methods 0.000 description 1
- 238000004520 electroporation Methods 0.000 description 1
- 229910001651 emery Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000003623 enhancer Substances 0.000 description 1
- 230000002708 enhancing effect Effects 0.000 description 1
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 1
- 239000003797 essential amino acid Substances 0.000 description 1
- 235000020776 essential amino acid Nutrition 0.000 description 1
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 1
- 239000013604 expression vector Substances 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 239000003337 fertilizer Substances 0.000 description 1
- 239000000706 filtrate Substances 0.000 description 1
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 1
- 239000012467 final product Substances 0.000 description 1
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 1
- 235000019253 formic acid Nutrition 0.000 description 1
- 102000034356 gene-regulatory proteins Human genes 0.000 description 1
- 108091006104 gene-regulatory proteins Proteins 0.000 description 1
- 230000004077 genetic alteration Effects 0.000 description 1
- 231100000118 genetic alteration Toxicity 0.000 description 1
- 235000013922 glutamic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000004220 glutamic acid Substances 0.000 description 1
- 239000003102 growth factor Substances 0.000 description 1
- 125000004435 hydrogen atom Chemical group [H]* 0.000 description 1
- 230000000415 inactivating effect Effects 0.000 description 1
- PZOUSPYUWWUPPK-UHFFFAOYSA-N indole Natural products CC1=CC=CC2=C1C=CN2 PZOUSPYUWWUPPK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- RKJUIXBNRJVNHR-UHFFFAOYSA-N indolenine Natural products C1=CC=C2CC=NC2=C1 RKJUIXBNRJVNHR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000009655 industrial fermentation Methods 0.000 description 1
- 239000011261 inert gas Substances 0.000 description 1
- 230000010354 integration Effects 0.000 description 1
- 230000002452 interceptive effect Effects 0.000 description 1
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 1
- ZNOVTXRBGFNYRX-ABLWVSNPSA-N levomefolic acid Chemical compound C1NC=2NC(N)=NC(=O)C=2N(C)C1CNC1=CC=C(C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O)C=C1 ZNOVTXRBGFNYRX-ABLWVSNPSA-N 0.000 description 1
- 235000007635 levomefolic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000011578 levomefolic acid Substances 0.000 description 1
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 1
- 230000021121 meiosis Effects 0.000 description 1
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 1
- 238000012269 metabolic engineering Methods 0.000 description 1
- 230000037353 metabolic pathway Effects 0.000 description 1
- WSFSSNUMVMOOMR-NJFSPNSNSA-N methanone Chemical compound O=[14CH2] WSFSSNUMVMOOMR-NJFSPNSNSA-N 0.000 description 1
- 125000001360 methionine group Chemical group N[C@@H](CCSC)C(=O)* 0.000 description 1
- 125000002496 methyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 description 1
- 125000001570 methylene group Chemical group [H]C([H])([*:1])[*:2] 0.000 description 1
- 230000000116 mitigating effect Effects 0.000 description 1
- 238000002715 modification method Methods 0.000 description 1
- 239000002808 molecular sieve Substances 0.000 description 1
- 231100000219 mutagenic Toxicity 0.000 description 1
- 231100000707 mutagenic chemical Toxicity 0.000 description 1
- 230000003505 mutagenic effect Effects 0.000 description 1
- 101150091879 neo gene Proteins 0.000 description 1
- 229960004927 neomycin Drugs 0.000 description 1
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000011368 organic material Substances 0.000 description 1
- 239000008188 pellet Substances 0.000 description 1
- COLNVLDHVKWLRT-UHFFFAOYSA-N phenylalanine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CC=CC=C1 COLNVLDHVKWLRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- LGZSREIUDDFVJE-REOHCLBHSA-N phospho-asparagine Chemical compound NC(=O)C[C@@H](C(O)=O)NP(O)(O)=O LGZSREIUDDFVJE-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- DTBNBXWJWCWCIK-UHFFFAOYSA-K phosphonatoenolpyruvate Chemical compound [O-]C(=O)C(=C)OP([O-])([O-])=O DTBNBXWJWCWCIK-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 229910052698 phosphorus Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000011574 phosphorus Substances 0.000 description 1
- 230000026731 phosphorylation Effects 0.000 description 1
- 238000006366 phosphorylation reaction Methods 0.000 description 1
- 239000002243 precursor Chemical class 0.000 description 1
- 239000002987 primer (paints) Substances 0.000 description 1
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 1
- QQONPFPTGQHPMA-UHFFFAOYSA-N propylene Natural products CC=C QQONPFPTGQHPMA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000004805 propylene group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([*:1])C([H])([H])[*:2] 0.000 description 1
- 230000005855 radiation Effects 0.000 description 1
- 239000000376 reactant Substances 0.000 description 1
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 1
- 238000010188 recombinant method Methods 0.000 description 1
- 238000011084 recovery Methods 0.000 description 1
- 230000003362 replicative effect Effects 0.000 description 1
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 1
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 1
- 230000001932 seasonal effect Effects 0.000 description 1
- 238000004062 sedimentation Methods 0.000 description 1
- 238000011218 seed culture Methods 0.000 description 1
- 239000006152 selective media Substances 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 239000013605 shuttle vector Substances 0.000 description 1
- 238000002741 site-directed mutagenesis Methods 0.000 description 1
- URGAHOPLAPQHLN-UHFFFAOYSA-N sodium aluminosilicate Chemical compound [Na+].[Al+3].[O-][Si]([O-])=O.[O-][Si]([O-])=O URGAHOPLAPQHLN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- FQENQNTWSFEDLI-UHFFFAOYSA-J sodium diphosphate Chemical compound [Na+].[Na+].[Na+].[Na+].[O-]P([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O FQENQNTWSFEDLI-UHFFFAOYSA-J 0.000 description 1
- 229940048086 sodium pyrophosphate Drugs 0.000 description 1
- 239000011343 solid material Substances 0.000 description 1
- 239000007858 starting material Substances 0.000 description 1
- 230000003068 static effect Effects 0.000 description 1
- 235000000346 sugar Nutrition 0.000 description 1
- 150000008163 sugars Chemical class 0.000 description 1
- 150000003463 sulfur Chemical class 0.000 description 1
- 125000004434 sulfur atom Chemical group 0.000 description 1
- 229920002994 synthetic fiber Polymers 0.000 description 1
- 235000019818 tetrasodium diphosphate Nutrition 0.000 description 1
- 239000001577 tetrasodium phosphonato phosphate Substances 0.000 description 1
- 230000002103 transcriptional effect Effects 0.000 description 1
- 238000001890 transfection Methods 0.000 description 1
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 1
- 238000006276 transfer reaction Methods 0.000 description 1
- 230000009261 transgenic effect Effects 0.000 description 1
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 1
- 230000022860 translational attenuation Effects 0.000 description 1
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 1
- 230000001228 trophic effect Effects 0.000 description 1
- 241001148471 unidentified anaerobic bacterium Species 0.000 description 1
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 1
- 238000011179 visual inspection Methods 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12P—FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
- C12P13/00—Preparation of nitrogen-containing organic compounds
- C12P13/04—Alpha- or beta- amino acids
- C12P13/12—Methionine; Cysteine; Cystine
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/195—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from bacteria
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12M—APPARATUS FOR ENZYMOLOGY OR MICROBIOLOGY; APPARATUS FOR CULTURING MICROORGANISMS FOR PRODUCING BIOMASS, FOR GROWING CELLS OR FOR OBTAINING FERMENTATION OR METABOLIC PRODUCTS, i.e. BIOREACTORS OR FERMENTERS
- C12M29/00—Means for introduction, extraction or recirculation of materials, e.g. pumps
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
- C12N15/74—Vectors or expression systems specially adapted for prokaryotic hosts other than E. coli, e.g. Lactobacillus, Micromonospora
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/0004—Oxidoreductases (1.)
- C12N9/0095—Oxidoreductases (1.) acting on iron-sulfur proteins as donor (1.18)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/10—Transferases (2.)
- C12N9/1003—Transferases (2.) transferring one-carbon groups (2.1)
- C12N9/1007—Methyltransferases (general) (2.1.1.)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/10—Transferases (2.)
- C12N9/12—Transferases (2.) transferring phosphorus containing groups, e.g. kinases (2.7)
- C12N9/1217—Phosphotransferases with a carboxyl group as acceptor (2.7.2)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/88—Lyases (4.)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y207/00—Transferases transferring phosphorus-containing groups (2.7)
- C12Y207/02—Phosphotransferases with a carboxy group as acceptor (2.7.2)
- C12Y207/02004—Aspartate kinase (2.7.2.4)
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Y—ENZYMES
- C12Y201/00—Transferases transferring one-carbon groups (2.1)
- C12Y201/01—Methyltransferases (2.1.1)
- C12Y201/01013—Methionine synthase (2.1.1.13)
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Biophysics (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Sustainable Development (AREA)
- Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Fodder In General (AREA)
- Coloring Foods And Improving Nutritive Qualities (AREA)
- Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
Abstract
【選択図】なし
Description
本出願に関連する配列表は、紙のコピーの代わりにテキスト形式で提供され、それによって明細書中に参照によって援用される。配列表を含むテキストファイルの名称は、910215_407WO_SEQUENCE_LISTING.txt.である。テキストファイルは、30.5KBであって、2016年5月6日に創出され、EFS−Webを介して電気的に提出されている。
本開示は、野生型または親の生物体と比較してより高いレベルのメチオニンを産生するように、水素資化微生物の代謝工学(例えば、遺伝子、遺伝子発現、遺伝子発現調節を変更する)のための組成物及び方法を提供する。
本開示の親または出発の水素資化微生物は、野生型(天然)株、変異(非天然)株(例えば、増殖速度の増大、調節解除または抑制解除された生合成酵素)または組換え株であり得、これらはそれぞれ、親水素資化微生物よりも高レベルでメチオニンを産生するようにさらに改変されてもよい。特定の実施形態では、水素資化生物は、メタン生成古細菌であってもよい。
本開示の水素資化微生物は、目的の硫黄同化ポリペプチドをノックアウト、低減、発現または過剰発現するために遺伝子操作(すなわち、遺伝子的に操作)、組換え修飾、またはそれらの組み合わせをしてもよく、その結果、H2/COx基質の種々の成分をメチオニンまたはメチオニン含有フィードに変換(例えば、利用、変換、同化、酸化、還元)するために有用な組み換え微生物が生じる。
水素産生は、一連の改質、コンディショニング及び分離ステップを含み、ここで、これらのステップのいくつか(例えば、水蒸気改質、自己熱改質、高温シフト、低温シフト、CO2スクラビング及び圧力スイング吸着)は、それ自体で、または1つ以上の他のガス流と組み合わさって、本開示の水素資化微生物及び方法の原料として有用なH2/COx基質を提供し得る、原料を提供し得る。特定の実施形態では、本開示の微生物は、必要に応じてH2の存在下でCOx基質を利用し得る。
様々な培養方法が、本明細書に記載される非自然または組み換えの水素資化微生物(例えば、細菌、メタン生成古細菌)のために使用され得る。例えば、バッチ培養または連続培養法によって、水素資化微生物を増殖させてもよい。特定の実施形態では、制御培養ユニット、例えば発酵槽、バイオリアクター、中空繊維膜バイオリアクター、気泡塔バイオリアクター、トリクルベッドバイオリアクターなどで、培養物を増殖させる。
さらなる態様では、本開示は、メチオニンを産生するためのシステムであって、H2/COx基質を含むガスの供給源と;(a)親の水素資化微生物と比較して活性が増大している1つ以上の硫黄同化ポリペプチドを発現するか;(b)1つ以上の硫黄同化ポリペプチドを過剰発現するか;または(c)1つ以上の硫黄同化ポリペプチドの改変された調節を含む、上述の非自然または組み換えの水素資化微生物のうち任意の1つ以上を含むバイオリアクターと;このバイオリアクターへのガスの流入を可能にするように、このガス供給源とバイオリアクターとの間に配置されたコネクターとを備え、ここで非自然の水素資化微生物が、親の水素資化微生物と比較して、前記H2/COx基質を代謝して1つ以上のメチオニン経路のアミノ酸を過剰産生するシステムを提供する。
Methanococcus maripaludisのエチオニン耐性変異体の産生
メチオニン産生は、特にフィードバック阻害によって、微生物において高度に調節される。細菌または古細菌をDL−エチオニンのような毒性のあるメチオニンアナログに曝露すると、毒素類似体の存在下で増殖することができる変異体として特定される、メチオニンフィードバック阻害で変異した細胞が得られる(例えば、Kumar et al.,Biotechnology Advances 23:41〜61、2005を参照のこと)。表1は、野生型と比較したその遺伝的背景とともに、作製された生物体のリストを示しており、これには本明細書に記載された実験で使用されたものを含む。
エチオニン耐性変異体を生成するために、Trel10−333UR−ΔdA(リシンフィードバック耐性lysC及びdapA欠失を含むM.maripaludis S2、表1)を、37℃で、100mg/Lのリシンを補充したカザミノ酸を含まない25mLのMcCas培地中で約0.50のOD600になるまで増殖させ(Sarmiento et al.,Methods Enzymol.494:44、2011、これは培地McCVについて述べており、カザミノ酸または酵母抽出物なしで、本明細書で使用される)、次いで、2つの嫌気的Balchチューブ(各5mLの培養液)に分注して、1本のチューブに0.3mLの変異原メタンスルホン酸エチル(EMS、McCas no Casで1:50希釈)、もう一方のチューブに0.3mLのMcCas no Cas単独を対照として与えた。チューブをH2/CO2の80/20混合物で40PSIGに加圧し、振盪せずに37℃で1時間インキュベートした。1時間のインキュベーションの後、圧力を解放して、各チューブから0.5mLの培養物を取り出し、McCas寒天プレート上にプレートして殺傷率を決定した。
エチオニン耐性Methanosarcina変異体を選択するために、変異誘発をTrel42(Methanosarcina acetivorans C2A、DSM 2834)またはTrel 9(Methanosarcina mazei GO1、DSM 3647)に対して行った。要するに、菌株を、25mLのMcCas培地+カザミノを含まない5G/Lのメタノール(培地の処方については、Sarmientoら、Methods Enzymol.494:44、2011;これは、培地McCVを述べており、ここでは、カザミノ酸も酵母抽出物もなしで使用している)、またはカシトン(Casitone)及び酵母なしのDSM120培地+5G/Lのメタノール中で、37℃で約0.50のOD600まで増殖させた。5mLの培養液を2つの嫌気性Balchチューブに分注した。一方のチューブに0.3mLのメタンスルホン酸エチル(EMS、McCas no Cas中の1:50希釈)を添加し、第2のチューブに0.3mLの培地を添加した(対照)。チューブを、37℃で振盪することなく、N2/CO2 20 PSIGの80/20混合物と共に37℃で1時間インキュベートした。1時間のインキュベーションの後、圧力を解放し、0.5mLの各チューブを取り出して、寒天プレート上にプレートして殺傷率を決定した。
Methanococcus maripaludis及びMethanosarcina acetivoransのエチオニン耐性変異体
Methanococcus maripaludis:ゲノムDNAを、メチオニンを過剰産生するM.maripaludis変異体から、同様に、親の株S2(Trel10)から、Qiagen DNAeasy Blood&Tissue Kitを使用して、グラム陰性細菌のプロトコールに従って単離した。MMP1359−MMP1358オペロンの硫黄同化ORFのポリメラーゼ連鎖反応(PCR)増幅は、以下のプライマーを使用して行った:
1359seqF1(5’−CTATAGAACTAACCCAATG−3’;配列番号9)
1359seqR1(5’−GGTGTTGCAGATACTAT−3’;配列番号10)
1359SeqF3(5’−AGACTTGAACCTTTA−3’;配列番号11)
1359seqR3(5’−CGCCAAAATCTTCCCTGC−3’;配列番号12)。
これらの同じプライマーを、MMP1359−MMP1358オペロンのフォワード配列決定プライマー及びリバース配列決定プライマーとして使用して、これらのORFの完全な重複する配列範囲を得た。
C2A1821F(5’−GTATTGAATTGGCAAACT−3’;配列番号22)
C2A1821R(5’−ACCGGCTCAGACCCGGTG−3’;配列番号23)
C2A1821SEQ1(5’−GGAAAGAACTCGACGTGC−3’;配列番号24)
C2A1821SEQ2(5’−ACTGACATTCTTGATTATG−3’;配列番号25)
C2A1821SEQ3(5’−CTTGCAGCGCGCAGGCT−3’;配列番号26)
G/CからA/Tへのトランジションが、Trel42mut3において、ORF1821のヌクレオチド位置1466で見出された(配列番号31)。この変異は、ORF1821において489位置でのSからNへのアミノ酸変化を生じる(配列番号32)。
水素資化微生物のLysC変異体
M maripaludisのフィードバック耐性lysC(アスパルトキナーゼ)変異体の単離については以前に記載されている。要するに、野生型Methanococcus maripaludisのTrel10を、カザミノ酸を含まない25mLのMcCas培地(培地処方については、Sarmiento et al.,Methods Enzymol.494:44、2011を参照のこと;これは、McCV培地を述べており、ここでは、カザミノ酸も酵母抽出物もなしで使用する)中で、37℃でOD600がほぼ0.20まで増殖させた。5mLの培養液を2つの嫌気性Balchチューブに分注した。一方のチューブには0.3mLのメタンスルホン酸エチル(EMS、McCas no Cas中の1:50希釈)を添加し、第2のチューブには0.3mLのMcCas no casを添加した(対照)。チューブをH2/CO2の80/20混合物で40PSIGに加圧し、37℃で1時間振とうせずにインキュベートした。インキュベーションの1時間後、圧力を解放し、各チューブの0.5mLを取り出し、McCas寒天プレート上にプレートして、殺傷率を決定した。
水素資化微生物におけるウラシルホスホリボシルトランスフェラーゼ欠失及びrepA挿入
プラスミド形質転換効率を改善するために、ウラシルホスホリボシルトランスフェラーゼ(upp)遺伝子(Locus MMP0680)を、複製プロテインA(repA、それ自身のプロモーターを有する)をコードする遺伝子で置換することにより、lysC変異体Methanococcus maripaludis Trel10−Mut333をゲノムレベルで改変し、Trel10−333URと呼ぶ。repAは、repAを有する任意のプラスミド、例えば、repA含有pURB500プラスミドに由来するか、またはそれに基づくプラスミド(Tumbula et al.,J。Bacteriol.179:2976,1997を参照のこと)の効率的な形質転換を可能にする。ウラシルホスホリボシルトランスフェラーゼ活性の喪失によって、修飾されたM.maripaludisに6−アザウラシル耐性表現型が得られる。
水素資化微生物におけるDAPA欠失
メチオニン産生を増大するためのTrel10−333UR−ΔdA−dapA欠失の構築は、Sarmiento et al.(2011)に記載されたものと本質的に同じマーカーなしの変異誘発法を使用して生成された。プライマーDapAfor2(5’−tccctgatcgatagaaagtgtagt−3’;配列番号16)及びDapAfor2(5’−ttgccgatgaaattaaagtgaaa−3’;配列番号17)を使用するPCRを介して、上流及び下流領域にそってdapA遺伝子を含むM.maripaludis S2(Trel10)ゲノムからの約2.4kbの断片を合成し、プラスミドpTOPO中にクローニングして、pJB012を作製した。dapA遺伝子のインフレーム欠失のフラグメントを、プライマーDapAdelfor2(5’−gcgggcgcgccgcataattacaccttatgcgttc−3’;配列番号18)及びDapAdelrev2(5’−gcgggcgcgcctaatcacggttcgtgatactat−3’;配列番号19)(両方とも5’AscI部位を含む)を使用する外向きPCRを使用することによって、作製した。PCR産物を精製し、AscIで消化し、pTOPOに連結してpJB013を作製した。最後に、upp::neo遺伝子を含む断片を、プライマーuppneoF(5’−attacgccaagcttggtaccactctcttcttcttcaggga−3’;配列番号20)及びuppneoR(5’−gtggatccgagctcggtacctgagatccccgcgctggagg−3’;配列番号21)を使用して、pKH14からPCR増幅して、pJB013のKpnI部位にクローニングしてpJB015を作製した。
メチオニン生合成遺伝子の過剰発現
lysC、調節解除されたlysC、asd、MMP1358 ORF、MMP1359 ORF、調節解除されたMMP1358 ORF、調節解除されたMMP1359 ORFまたはメチオニンシンターゼを含む、Methanococcus maripaludis Trel10メチオニン生合成経路の任意の遺伝子は、天然プロモーターを除去すること、及びそれを強力な構成的プロモーターで置き換えることによって過剰発現され得る。1例では、各々がメチオニンシンターゼ(MetE)の有無の状態で、調節解除されたMMP 1358 ORFまたは調節解除されたMMP1359 ORFを、複製プラスミド上の構成的ヒストン遺伝子hmvプロモーターに作動可能に連結し、M maripaludis Trel10に導入した。別の場合には、調節解除されたORF1358及びOrf1359を、hmvプロモーターに作動可能に連結して、Trel10−Mut333に導入した。血清ボトル(実施例1に記載)及び発酵槽(実施例9に記載)におけるアミノ酸産生を測定して、その結果を表4及び5にまとめる。
水素資化微生物からのメチオニンエクスポート
Corynebacterium glutamicum由来の候補brnFEまたはmetTメチオニンエクスポーター遺伝子を単離し、機能性について検査する。機能を高めるためにさらなる変異を必要に応じて導入するか、または強力なプロモーターに作動可能に連結することによってエクスポート遺伝子を過剰発現させるか、または機能的な外因性brnFE遺伝子もしくはmetT遺伝子を、M maripaludisに導入する。過剰産生されたメチオニンは、培養培地から容易に回収及び/または単離し得る。
水素資化微生物におけるメチオニン産生への交互性炭素フラックス
水素資化微生物(例えば、M.maripaludis)の主な炭素フラックスは、メチオニン生合成により多くの炭素を供給するために、種々の方法でシフトしてもよい。例えば、ピルビン酸からホスホエノールピルビン酸(PEP)への炭素の流れを制限することは、PEPシンターゼ遺伝子を、不活性化または下方制御することによって達成される。さらに、イソロイシン経路(存在する場合)を必要に応じてノックアウトして、この経路によって使用されるピルビン酸及びアセチルCoAを保存する。特定の酵素活性の不活性化または減少は、遺伝子的に操作すること(例えば、遺伝子または遺伝子部分の欠失)、または変異による不活性化(例えば、自発的または誘導)を選択することによって導入してもよい。あるいは、ピルビン酸カルボキシラーゼ遺伝子を必要に応じて過剰発現させて、ピルビン酸からオキサロ酢酸(OAA)に多くの炭素を注ぎ込む。さらに、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ遺伝子を、必要に応じて過剰発現させ、より多くのOAAをアスパラギン酸(asparate)に変換する。過剰発現は、例えば、遺伝子の複数のコピーを提供することによって、またはプロモーター領域を改変してより強力な発現を得ることによって、達成され得る。
バイオリアクター中の非自然及び組み換えの水素資化微生物の培養
M.maripaludisは、培養物が定常状態に達するまで、嫌気性条件下で、気泡塔バイオリアクター内で72時間〜120時間培養され、これは、極めて大容積の高密度培養物に達するように、漸増容積の一連の連続容器で行ってもよい(例えば50mlで開始、この培養物を使用して10Lを播種し、次いでこの培養物を使用して300L以上を播種する)。この時間の間、このシステムは、合成ガスが発酵ブロスに連続的に供給される流加法モードで運転される。ブロス自体は交換されない。一旦、適切なOD600に達すれば(分光光度計で測定して)、連続培養プロセスが開始され、ここでは、培地/ブロスの交換が開始される。交換の割合は、発酵槽内の培養物のOD600を考慮して決定される。例えば、約1.5〜約3.0の全量のブロスが1日に交換される。
Claims (109)
- 非自然の遺伝子操作型の水素資化微生物であって、ここで前記遺伝子操作型の水素資化微生物は、COx基質を、必要に応じて、H2の存在下で代謝して、親の水素資化微生物よりも高レベルでメチオニンを生成し、ここで前記遺伝子操作型の水素資化微生物は、遺伝子的に操作された内因性ポリペプチドを発現し、前記ポリペプチドは以下:
(a)配列番号4及び8のうちの少なくとも1つに示されるアミノ酸配列を有する遺伝子的に操作されたポリペプチド;
(b)配列番号4及び8のうちの少なくとも1つに対して少なくとも90%の配列同一性を含むアミノ酸配列を有する遺伝子的に操作されたポリペプチドであって、ここで前記遺伝子操作型のポリペプチドが、1つ以上のフィードバック阻害因子について調節解除される、前記ポリペプチド;
(c)配列番号2及び6のうちの少なくとも1つに対して少なくとも70%の配列同一性を含む核酸分子によってコードされる遺伝子的に操作されたポリペプチドであって、ここで前記遺伝子操作型のポリペプチドが、1つ以上のフィードバック阻害因子について調節解除される、前記ポリペプチド;
または
(d)配列番号2及び6の全長相補体に対してストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子によってコードされる遺伝子的に操作されたポリペプチドであって、ここで前記遺伝子操作型のポリペプチドが、1つ以上のフィードバック阻害因子について調節解除される、前記ポリペプチド
、を含む、前記非自然の遺伝子操作型の水素資化微生物。 - 前記遺伝子操作型のポリペプチドが、Methanococcus maripaludis S2 DSM14266のMMP1359のホモログまたはオーソログである、請求項1に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記ホモログまたはオーソログが、残基D439で変異を含み、ここで前記残基のナンバリングが、Methanococcus maripaludis S2 DSM14266由来のMMP1359の残基位置に相当する、請求項2に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記変異が、D439N置換であり、かつ前記残基ナンバリングがMethanococcus maripaludis S2 DSM1 4266由来のMMP1359の残基位置に相当する、請求項2または3に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記遺伝子操作型のポリペプチドが、Methanococcus maripaludis S2 DSM14266のMMP1358のホモログまたはオーソログである、請求項1〜4のいずれか1項に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記ホモログまたはオーソログが、残基G114で変異を含み、かつ前記残基のナンバリングが、Methanococcus maripaludis S2 DSM14266由来のMMP1358の残基位置に相当する、請求項5に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記変異が、G114E置換であり、かつ前記残基のナンバリングが、Methanococcus maripaludis S2 DSM14266由来のMMP1358の残基位置に相当する、請求項5または6に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記非自然の水素資化微生物がさらに、調節解除されたアスパルトキナーゼ活性、メチオニンシンターゼ、またはその両方を含む、請求項1〜7のいずれか1項に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記調節解除されたアスパルトキナーゼ活性が、内因性アスパルトキナーゼ、外因性アスパルトキナーゼ、またはその両方である、請求項8に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記調節解除されたアスパルトキナーゼ活性が、リシン、トレオニン、またはメチオニンのうちの1つ以上によるフィードバック阻害に対して耐性であるアスパルトキナーゼ変異体である、請求項8または9のいずれか1項に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記調節解除されたアスパルトキナーゼ活性が、変異体thrA遺伝子、metL遺伝子、lysC遺伝子またはそれらの組み合わせによってコードされ、各々が、自然変異、ランダム突然変異、部位特異的突然変異、またはそれらの任意の組み合わせを含んでいる、請求項8〜10のいずれか1項に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記調節解除されたアスパルトキナーゼ活性が、トレオニン結合部位で変異を含んでいる変異体lysC遺伝子によってコードされる、請求項8〜11のいずれか1項に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記トレオニン結合部位の変異が、残基I272、D274、G277、E278、A279、D294、Q298、N372、N374、I375、またはそれらの任意の組み合わせであり、ここで前記残基のナンバリングが、Corynebacterium glutamicum ATCC 13032のlysCによってコードされる残基位置に相当する、請求項12に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記調節解除されたアスパルトキナーゼ活性が、リシン結合部位で変異を含んでいる変異体lysC遺伝子によってコードされる、請求項8〜13のいずれか1項に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記リシン結合部位の変異が、残基I291、I293、D294、T361、S381、E382またはそれらの任意の組み合わせであり、ここで前記残基のナンバリングが、Corynebacterium glutamicum ATCC 13032のlysCによってコードされる残基位置に相当する、請求項14に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記調節解除された内因性のアスパルトキナーゼ活性が、リシン及びトレオニン結合部位で変異を含んでいる変異体lysC遺伝子によってコードされる、請求項8〜15のいずれか1項に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記リシン及びトレオニン結合部位の変異が、残基D294であり、ここで前記残基のナンバリングが、Corynebacterium glutamicum ATCC 13032のlysCによってコードされる残基位置に相当する、請求項16に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記調節解除されたアスパルトキナーゼ活性が、リシンまたはトレオニン結合部位以外の部位で変異を含んでいる変異体lysC遺伝子によってコードされる、請求項8〜17のいずれか1項に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記リシン及びトレオニン結合部位以外の部位での変異が、残基F283、N299、S301、S302、T308、T311、T336、G359、F364、M365、T380、R384、S386、またはそれらの任意の組み合わせであり、ここで前記残基のナンバリングが、Corynebacterium glutamicum ATCC 13032のlysCによってコードされる残基位置に相当する、請求項18に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記非自然の水素資化微生物がさらに、メチオニン生合成経路由来の1つ以上のポリペプチドをコードする外因性核酸分子を含む、請求項1〜19のいずれか1項に記載の非自然の水素資化微生物。
- メチオニン生合成経路由来の1つ以上のポリペプチドが、アスパルトキナーゼ、アスパルチルセミアルデヒドデヒドロゲナーゼ、ホモセリンデヒドロゲナーゼ、ホモセリンO−アセチルトランスフェラーゼ、ホモセリンO−トランススクシニルトランスフェラーゼ、O−スクシニルホモセリンリアーゼ、シスタチオニンγ−シンターゼ、シスタチオニンβ−リアーゼ、O−アセチルホモセリンスルフヒドリラーゼ、ホモシステインS−メチルトランスフェラーゼ、メチオニンシンターゼ(コバラミン依存性または非依存性)、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項20に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記外因性核酸分子が、ホモセリンデヒドロゲナーゼ、セリンアセチルトランスフェラーゼもしくはその両方をコードするか、または外因性核酸分子がホモセリンO−アセチルトランスフェラーゼ、O−アセチルホモセリンスルフヒドリラーゼ、もしくはその両方をコードする、請求項20に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記ホモセリンデヒドロゲナーゼ、セリンアセチルトランスフェラーゼ、もしくはその両方が、過剰発現されるか、またはホモセリンO−アセチルトランスフェラーゼ、O−アセチルホモセリンスルフヒドリラーゼ、もしくはその両方が過剰発現される、請求項22に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記ホモセリンデヒドロゲナーゼ、セリンアセチルトランスフェラーゼ、もしくはその両方が調節解除されるか、または前記ホモセリンO−アセチルトランスフェラーゼ、O−アセチルホモセリンスルフヒドリラーゼもしくはその両方が調節解除される、請求項22または23のいずれか1項に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記外因性核酸分子がメチオニンシンターゼをコードする、請求項20〜24のいずれか1項に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記メチオニンシンターゼが、メチオニンシンターゼをコードする外因性核酸分子を欠いている親の水素資化微生物と比較して過剰発現される、請求項25に記載の非自然の水素資化微生物。
- リシン生合成経路由来のポリペプチドをコードする1つ以上の核酸分子がノックアウトされるか、または活性が低下している、請求項20〜26のいずれか1項に記載の非自然の水素資化微生物。
- トレオニン生合成経路由来のポリペプチドをコードする1つ以上の核酸分子が、ノックアウトされるか、または活性が低下している、請求項20〜27のいずれか1項に記載の非自然の水素資化微生物。
- ジヒドロジピコリン酸シンターゼ、ホモセリンキナーゼ、トレオニンデヒドラターゼ、トレオニンアルドラーゼ、セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼもしくはそれらの任意の組み合わせをコードする核酸分子がノックアウトされるか、または活性の低下したジヒドロジピコリン酸シンターゼ変異体、ホモセリンキナーゼ変異体、トレオニンデヒドラターゼ変異体、トレオニンアルドラーゼ変異体、セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ変異体、もしくはそれらの任意の組み合わせをコードする、請求項27または28のいずれか1項に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記外因性核酸分子が、非自然の水素資化微生物のゲノムに組み込まれる、請求項9〜29のいずれか1項に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記外因性核酸分子が、非自然の水素資化微生物における自己複製ベクターである、請求項9〜29のいずれか1項に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記非自然の水素資化微生物が、リシン栄養要求株、トレオニン栄養要求株、グリシン栄養要求株、またはそれらの任意の組み合わせである、請求項1〜31のいずれか1項に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記非自然の水素資化微生物が、ホスホエノールピルビン酸シンターゼ活性の低下、ピルビン酸キナーゼ活性の増大、またはその両方を有する、先行請求項のいずれか1項に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記非自然の水素資化微生物が、ピルビン酸カルボキシラーゼ活性の増大、5−メチルテトラヒドロ葉酸コリノイド/鉄硫黄タンパク質メチルトランスフェラーゼ活性の増大、ピルビン酸シンターゼの増大、アセチル−CoAシンターゼの増大、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ活性の増大、またはそれらの任意の組み合わせを有する、先行請求項のいずれか1項に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記COx基質が、H2、CO、及びCO2からなるH2/COx基質である、先行請求項のいずれか1項に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記COx基質が、合成ガスまたは水性ガスシフトの合成ガスからなる、H2/COx基質である、先行請求項のいずれか1項に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記CO2対H2の比が、それぞれ、約1:50〜約10:1におよぶ、請求項35または36に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記CO2対H2の比が、それぞれ、約1:2〜約1:4におよぶ、請求項35または36に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記COの総量が、約1%以下である、請求項35〜38のいずれか1項に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記水素資化微生物がメタン生成古細菌である、請求項1〜39のいずれか1項に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記メタン生成古細菌が、Methanobacterium、Methanobrevibacter、Methanocalculus、Methanocaldococcus、Methanocella、Methanococcus、Methanococcoides、Methanocorpusculum、Methanoculleus、Methanofollis、Methanogenium、Methanohalobium、Methanohalophilus、Methanolacinia、Methanolobus、Methanomethylovorans、Methanomicrobium、Methanomicrococcus、Methanoplanus、Methanopyrus、Methanoregula、Methanosaeta、Methanosalsum、Methanosarcina、Methanosphaera、Methanospirillium、Methanothermobacter、Methanothermococcus、Methanothermus、またはMethanotorrisから選択される、請求項40に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記メタン生成古細菌が、Methanobacterium alcaliphilum、Methanobacterium bryantii、Methanobacterium congolense、Methanobacterium defluvii、Methanobacterium espanolae、Methanobacterium formicicum、Methanobacterium ivanovii、Methanobacterium palustre、Methanobacterium thermaggregans、Methanobacterium uliginosum、Methanobrevibacter acididurans、Methanobrevibacter arboriphilicus、Methanobrevibacter gottschalkii、Methanobrevibacter olleyae、Methanobrevibacter ruminantium、Methanobrevibacter smithii、Methanobrevibacter woesei、Methanobrevibacter wolinii、Methanocella arvoryzae、Methanocella conradii、Methanocella paludicola、Methanothermobacter marburgensis、Methanothermobacter thermautotrophicum、Methanothermobacter thermoflexus、Methanothermobacter thermophilus、Methanothermobacter wolfeii、Methanothermus sociabilis、Methanocorpusculum bavaricum、Methanocorpusculum parvum、Methanoculleus chikuoensis、Methanoculleus submarinus、Methanogenium frigidum、Methanogenium liminatans、Methanogenium marinum、Methanomicrococcus blatticola、Methanoplanus endosymbiosus、Methanoplanus limicola、Methanoplanus petrolearius、Methanopyrus kandleri、Methanoregula boonei、Methanosaeta concilii、Methanosaeta harundinacea、Methanosaeta pelagica、Methanosaeta thermophila、Methanosarcina acetivorans、Methanosarcina barkeri、Methanosarcina mazei、Methanosarcina thermophila、Methanomicrobium mobile、Methanococcus aeolicus、Methanococcus maripaludis、Methanococcus vannielii、Methanococcus voltae、Methanothermococcus thermolithotrophicus、Methanopyrus kandleri、Methanothermobacter thermoautotroiphicus、Methanocaldococcus fervens、Methanocaldococcus indicus、Methanocaldococcus infernus、Methanocaldococcus jannaschii、及びMethanocaldococcus vulcaniusからなる群より選択される、請求項40に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記メタン生成古細菌が、シトクロムを生じない、請求項40〜42のいずれか1項に記載の非自然の水素資化微生物。
- シトクロムを生成しない前記メタン生成古細菌が、Methanococcus maripaludisまたはMethanococcus vannieliiである、請求項43に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記メタン生成古細菌がシトクロムを生じる、請求項40〜42のいずれか1項に記載の非自然の水素資化微生物。
- シトクロムを生成する前記メタン生成古細菌が、Methanosarcina barkeriまたはMethanosarcina mazeiである、請求項45に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記非自然の水素資化微生物がメチオニンのエクスポーターを発現するか、または過剰発現する、先行請求項のいずれか1項に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記非自然の水素資化微生物がさらに、メチオニンのエクスポーターをコードする外因性核酸分子を含む、先行請求項のいずれか1項に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記エクスポーターがbrnFEまたはmetT遺伝子である、請求項47または48に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記組み換え水素資化微生物であって、COx基質を、必要に応じて、H2の存在下で代謝して、親の水素資化微生物よりも高レベルのメチオニンを生成し、ここで前記組み換え水素資化微生物が、外因性ポリペプチドを発現し、前記ポリペプチドは以下:
(a)配列番号3、4、7及び8のうちの少なくとも1つに示されるアミノ酸配列を有するポリペプチド;
(b)配列番号3、4、7もしくは8のうちの少なくとも1つに対して少なくとも90%の配列同一性を含むアミノ酸配列を有するポリペプチドであって、ここで前記ポリペプチドが、必要に応じて1つ以上のフィードバック阻害因子について調節解除される、前記ポリペプチド;
(c)配列番号1、2、5もしくは6のうちの少なくとも1つに対して少なくとも70%の配列同一性を含む核酸分子によってコードされるポリペプチドであって、ここで前記ポリペプチドが、必要に応じて1つ以上のフィードバック阻害因子について調節解除される、前記ポリペプチド;
または
(d)配列番号1、2、5もしくは6の全長相補体に対してストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子によってコードされるポリペプチドであって、ここで前記ポリペプチドが、必要に応じて1つ以上のフィードバック阻害因子について調節解除される、前記ポリペプチド
、を含む、前記組み換え水素資化微生物。 - 前記ポリペプチドが、Methanococcus maripaludis S2 DSM14266由来のMMP1359のホモログまたはオーソログである、請求項50に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記ホモログまたはオーソログが、残基D439で変異を含み、ここで前記残基のナンバリングが、Methanococcus maripaludis S2 DSM14266由来のMMP1359の残基位置に相当する、請求項51に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記変異が、D439N置換であり、かつ前記残基のナンバリングが、Methanococcus maripaludis S2 DSM14266のMMP1359によってコードされる残基位置に相当する、請求項51または52のいずれか1項に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記微生物が、Methanococcus maripaludis S2 DSM14266由来のMMP1358のオーソログである遺伝子中に変異を含む、請求項48〜51のいずれか1項に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記変異が、残基G114であり、かつ前記残基のナンバリングが、Methanococcus maripaludis S2 DSM14266のMMP1358によってコードされる残基位置に相当する、請求項54に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記変異が、G114E置換であり、かつ前記残基のナンバリングが、Methanococcus maripaludis S2 DSM14266のMMP1358によってコードされる残基位置に相当する、請求項54または55のいずれか1項に記載の組み換え水素資化微生物。
- 請求項50〜56のいずれか1項に記載の組み換え水素資化微生物であって、ここで前記組み換え水素資化微生物が、遺伝子操作型の調節解除された内因性ポリペプチドを発現し、前記ポリペプチドは以下:
(a)配列番号4及び8のうちの少なくとも1つに示されるアミノ酸配列を有するポリペプチド;
(b)配列番号4及び8のうちの少なくとも1つに対して少なくとも90%の配列同一性を含むアミノ酸配列を有するポリペプチドであって、ここで前記ポリペプチドが、1つ以上のフィードバック阻害因子について調節解除される、前記ポリペプチド;
(c)配列番号2及び6のうちの少なくとも1つに対して少なくとも70%の配列同一性を含む核酸分子によってコードされるポリペプチドであって、ここで前記ポリペプチドが、1つ以上のフィードバック阻害因子について調節解除される、前記ポリペプチド;
または
(d)配列番号2及び6の相補体に対してストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子によってコードされるポリペプチドであって、ここで前記ポリペプチドが、1つ以上のフィードバック阻害因子について調節解除される、前記ポリペプチド
、を含む、前記組み換え水素資化微生物。 - 前記組み換え水素資化微生物がさらに、調節解除されたアスパルトキナーゼ活性、メチオニンシンターゼ、またはその両方を含む、請求項50〜57のいずれか1項に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記微生物が、調節解除された内因性アスパルトキナーゼ活性、調節解除された外因性アスパルトキナーゼ活性、またはその両方を発現する、請求項58に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記調節解除された内因性アスパルトキナーゼ活性が、1つ以上のリシン、トレオニン、及びメチオニンにより、フィードバック阻害に耐性であるアスパルトキナーゼ変異体である、請求項59に記載の組み換え水素資化微生物。
- アスパルトキナーゼ活性を有するポリペプチドをコードする前記核酸分子が、調節解除されたアスパルトキナーゼ変異体をコードする、請求項58〜60のいずれか1項に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記調節解除されたアスパルトキナーゼ変異体が、1つ以上のリシン、トレオニン、及びメチオニンにより、フィードバック阻害に耐性である、請求項61のいずれか1項に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記核酸分子が、アスパルトキナーゼ活性を有するポリペプチドを過剰発現する、請求項58〜62のいずれか1項に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記外因性、内因性もしくはその両方のアスパルトキナーゼ活性が、個々に変異体lysC遺伝子によってコードされるか、または外因性アスパルトキナーゼ活性が個々に変異体thrA遺伝子、metL遺伝子、lysC遺伝子もしくはそれらの組み合わせによってコードされ、各々が自然変異、ランダム突然変異、部位特異的突然変異、もしくはそれらの任意の組み合わせを含む、請求項58〜63のいずれか1項に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記外因性、内因性またはその両方のアスパルトキナーゼ活性が、個々に、トレオニン結合部位で変異を含んでいる変異体lysC遺伝子によってコードされる、請求項58〜64のいずれか1項に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記トレオニン結合部位の変異が、残基I272、D274、G277、E278、A279、D294、Q298、N372、N374、I375、またはそれらの任意の組み合わせであり、かつ前記残基のナンバリングが、Corynebacterium glutamicum ATCC 13032のlysCによってコードされる残基位置に相当する、請求項65に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記外因性、内因性またはその両方のアスパルトキナーゼ活性が、リシン結合部位で変異を含む変異体lysC遺伝子によって個々にコードされる、請求項58〜64のいずれか1項に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記リシン結合部位の変異が、残基I291、I293、D294、T361、S381、E382、またはそれらの任意の組み合わせであり、ここで前記残基のナンバリングが、Corynebacterium glutamicum ATCC 13032のlysCによってコードされる残基位置に相当する、請求項67に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記外因性、内因性またはその両方のアスパルトキナーゼ活性が、リシン及びトレオニン結合部位で変異を含む変異体lysC遺伝子によって個々にコードされる、請求項58〜64のいずれか1項に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記リシン及びトレオニン結合部位の変異が、残基D294であり、ここで残基のナンバリングが、Corynebacterium glutamicum ATCC 13032のlysCによってコードされる残基位置に相当する、請求項69に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記外因性、内因性またはその両方のアスパルトキナーゼ活性が、リシンまたはトレオニン結合部位以外の部位での変異を含む変異体lysC遺伝子によって個々にコードされる、請求項58〜64のいずれか1項に記載の組み換え水素資化微生物。
- リシン及びトレオニン結合部位以外の部位の前記変異が、残基F283、N299、S301、S302、T308、T311、T336、G359、F364、M365、T380、R384、S386、またはそれらの任意の組み合わせであり、かつここで前記残基のナンバリングが、Corynebacterium glutamicum ATCC 13032のlysCによってコードされる残基位置に相当する、請求項71に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記組み換え水素資化微生物がさらに、メチオニン生合成経路由来の1つ以上のポリペプチドをコードする外因性核酸分子を含み、かつ前記組み換え水素資化微生物が、メチオニンを、親の水素資化微生物よりも高レベルで生成する、請求項50〜72のいずれか1項に記載の組み換え水素資化微生物。
- メチオニン生合成経路由来の前記1つ以上のコードされたポリペプチドが、アスパルトキナーゼ、アスパルチルセミアルデヒドデヒドロゲナーゼ、ホモセリンデヒドロゲナーゼ、ホモセリンO−アセチルトランスフェラーゼ、ホモセリンO−トランススクシニルトランスフェラーゼ、O−スクシニルホモセリンリアーゼ、シスタチオニンγ−シンターゼ、シスタチオニンβ−リアーゼ、O−アセチルホモセリンスルフヒドリラーゼ、ホモシステインS−メチルトランスフェラーゼ、メチオニンシンターゼ(コバラミン依存性または非依存性)、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項73に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記外因性核酸分子が、ホモセリンデヒドロゲナーゼ、セリンアセチルトランスフェラーゼもしくはその両方をコードするか、または前記第2の外因性核酸分子が、ホモセリンO−アセチルトランスフェラーゼ、O−アセチルホモセリンスルフヒドリラーゼもしくはその両方をコードする、請求項73に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記ホモセリンデヒドロゲナーゼ、セリンアセチルトランスフェラーゼ、またはその両方をコードする前記外因性核酸分子が、核酸発現制御配列に対して作動可能に連結されている、請求項75に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記ホモセリンデヒドロゲナーゼ、セリンアセチルトランスフェラーゼ、もしくはその両方が、過剰発現されるか、または前記ホモセリンO−アセチルトランスフェラーゼ、O−アセチルホモセリンスルフヒドリラーゼもしくはその両方が過剰発現される、請求項76に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記ホモセリンデヒドロゲナーゼ、セリンアセチルトランスフェラーゼ、もしくはその両方が調節解除されるか、または前記ホモセリンO−アセチルトランスフェラーゼ、O−アセチルホモセリンスルフヒドリラーゼもしくはその両方が調節解除される、請求項75〜77のいずれか1項に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記外因性核酸分子が、メチオニンシンターゼをコードする、請求項73〜78のいずれか1項に記載の非自然の水素資化微生物。
- 前記メチオニンシンターゼが、メチオニンシンターゼをコードする外因性の核酸分子を欠いている親の水素資化微生物と比較して過剰発現される、請求項79に記載の非自然の水素資化微生物。
- リシン生合成経路由来のポリペプチドをコードする1つ以上の核酸分子がノックアウトされるか、または活性が低下している、請求項50〜80のいずれか1項に記載の組み換え水素資化微生物。
- トレオニン生合成経路由来のポリペプチドをコードする1つ以上の核酸分子がノックアウトされるか、または活性が低下している、請求項50〜81のいずれか1項に記載の組み換え水素資化微生物。
- ジヒドロジピコリン酸シンターゼ、トレオニンキナーゼ、トレオニンデヒドラターゼ、トレオニンアルドラーゼ、セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ、またはそれらの任意の組み合わせをコードする核酸分子がノックアウトされるか、または活性の低下したジヒドロジピコリン酸シンターゼ変異体、トレオニンキナーゼ、トレオニンデヒドラターゼ変異体、トレオニンアルドラーゼ変異体、セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ変異体、またはそれらの任意の組み合わせをコードする、請求項81または82に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記外因性核酸分子が、前記組み換え水素資化微生物のゲノムに組み込まれている、請求項50〜83のいずれか1項に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記外因性核酸分子が、前記組み換え水素資化微生物中の自己複製ベクター中にある、請求項50〜83のいずれか1項に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記組み換え水素資化微生物がリシン栄養要求株、トレオニン栄養要求株、もしくはその両方である、請求項50〜85のいずれか1項に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記組み換え水素資化微生物が、ホスホエノールピルビン酸シンターゼ活性の低下、ピルビン酸キナーゼ活性の増大、またはその両方を有する、請求項50〜86のいずれか1項に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記組み換え水素資化微生物が、ピルビン酸カルボキシラーゼ活性の増大、ピルビン酸シンターゼの増大、アセチル−CoAシンターゼの増大、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ活性の増大、またはそれらの任意の組み合わせを有する、請求項50〜87のいずれか1項に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記COx基質がH2、CO、及びCO2からなるH2/COx基質である、請求項50〜88のいずれか1項に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記COx基質が合成ガスまたは水性ガスシフトの合成ガスからなるH2/COx基質である、請求項50〜89のいずれか1項に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記CO2対H2の比が、それぞれ、約1:50〜約10:1におよぶ、請求項89または90のいずれか1項に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記CO2対H2の比が、それぞれ、約1:2〜約1:4におよぶ、請求項89または90のいずれか1項に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記COの総量が、約1%以下である、請求項89〜92のいずれか1項に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記水素資化微生物がメタン生成古細菌である、請求項50〜93のいずれか1項に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記メタン生成古細菌が、Methanobacterium、Methanobrevibacter、Methanocalculus、Methanocaldococcus、Methanococcus、Methanococcoides、Methanocorpusculum、Methanoculleus、Methanofollis、Methanogenium、Methanohalobium、Methanohalophilus、Methanolacinia、Methanolobus、Methanomethylovorans、Methanomicrobium、Methanomicrococcus、Methanoplanus、Methanopyrus、Methanoregula、Methanosaeta、Methanosalsum、Methanosarcina、Methanosphaera、Methanospirillium、Methanothermobacter、Methanothermococcus、Methanothermus、またはMethanotorrisから選択される、請求項94に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記メタン生成古細菌が、Methanobacterium alcaliphilum、Methanobacterium bryantii、Methanobacterium congolense、Methanobacterium defluvii、Methanobacterium espanolae、Methanobacterium formicicum、Methanobacterium ivanovii、Methanobacterium palustre、Methanobacterium thermaggregans、Methanobacterium uliginosum、Methanobrevibacter acididurans、Methanobrevibacter arboriphilicus、Methanobrevibacter gottschalkii、Methanobrevibacter olleyae、Methanobrevibacter ruminantium、Methanobrevibacter smithii、Methanobrevibacter woesei、Methanobrevibacter wolinii、Methanothermobacter marburgensis、Methanothermobacter thermautotrophicum、Methanothermobacter thermoflexus、Methanothermobacter thermophilus、Methanothermobacter wolfeii、Methanothermus sociabilis、Methanocorpusculum bavaricum、Methanocorpusculum parvum、Methanoculleus chikuoensis、Methanoculleus submarinus、Methanogenium frigidum、Methanogenium liminatans、Methanogenium marinum、Methanomicrococcus blatticola、Methanoplanus endosymbiosus、Methanoplanus limicola、Methanoplanus petrolearius、Methanopyrus kandleri、Methanoregula boonei、Methanosaeta concilii、Methanosaeta harundinacea、Methanosaeta pelagica、Methanosaeta thermophila、Methanosarcina acetivorans、Methanosarcina barkeri、Methanosarcina mazei、Methanosarcina thermophila、Methanomicrobium mobile、Methanococcus aeolicus、Methanococcus maripaludis、Methanococcus vannielii、Methanococcus voltae、Methanothermococcus thermolithotrophicus、Methanopyrus kandleri、Methanothermobacter thermoautotroiphicus、Methanocaldococcus fervens、Methanocaldococcus indicus、Methanocaldococcus infernus、Methanocaldococcus jannaschii、及びMethanocaldococcus vulcaniusからなる群より選択される、請求項95に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記メタン生成古細菌が、シトクロムを生じない、請求項94〜96のいずれか1項に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記シトクロムを生成しないメタン生成古細菌が、Methanococcus maripaludisまたはMethanococcus vannieliiである、請求項97に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記メタン生成古細菌がシトクロムを生じる、請求項94〜96のいずれか1項に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記シトクロムを生成するメタン生成古細菌が、Methanosarcina barkeriまたはMethanosarcina mazeiである、請求項99に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記組み換え水素資化微生物が、メチオニンのエクスポーターを発現するか、または過剰発現する、請求項50〜100のいずれか1項に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記組み換え水素資化微生物がさらに、メチオニンのエクスポーターをコードする外因性核酸分子を含む、請求項52〜101のいずれか1項に記載の組み換え水素資化微生物。
- 前記エクスポーターがbrnFEまたはmetT遺伝子である、請求項101または102に記載の組み換え水素資化微生物。
- メチオニンを生成するための方法であって、メチオニンを生成するために十分な時間、請求項1〜49のいずれか1項に記載の非自然の水素資化微生物を培養するステップを包含し、ここで、前記非自然の水素資化微生物が:(a)親の水素資化微生物と比較した場合活性が増大している1つ以上の硫黄同化ポリペプチドを発現するか;(b)1つ以上の硫黄同化ポリペプチドを過剰発現するか;または(c)1つ以上の硫黄同化ポリペプチドの調節の変化を含み、ここで前記非自然の水素資化微生物が親の水素資化微生物よりも高レベルでメチオニンを生成する、前記方法。
- メチオニンまたはメチオニン含有飼料添加物を作製するためのプロセスであって、請求項50〜103のいずれか1項に記載の組み換え、メチオニン排出性水素資化微生物を、硫黄同化ポリペプチドをコードする外因性ポリヌクレオチドの発現を可能にする条件下でかつそれに十分な時間、H2/COx基質の存在下で培養するステップを包含し、ここでメチオニンが、親の水素資化微生物によって生成される前記メチオニンよりも高レベルで生成されて前記培養培地中で蓄積する、前記プロセス。
- メチオニンを生成するためのシステムであって:
(a)必要に応じてH2の存在下において、COx基質を含むガスの供給源と、
(b)硫黄同化ポリペプチドをコードする外因性核酸分子を含む、請求項1〜49のいずれか1項に記載の非自然の水素資化微生物を含むバイオリアクターと;
(c)前記バイオリアクターへのガスの流れを可能にするための、前記ガス供給源と前記バイオリアクターとの間に配置されるコネクターと;
を備え、
ここで、前記非自然の水素資化微生物が、前記H2/COx基質を代謝して、親の水素資化微生物と比較した場合メチオニンを過剰発現する、前記システム。 - メチオニンを生成するためのシステムであって:
(a)必要に応じてH2の存在下において、COx基質を含むガスの供給源と、
(b)硫黄同化ポリペプチドをコードする外因性核酸分子を含む、請求項50〜103のいずれか1項に記載の組み換え水素資化微生物を含むバイオリアクターと;
(c)前記バイオリアクターへのガスの流れを可能にするための、前記ガス供給源と前記バイオリアクターとの間に配置されるコネクターと;
を備え、
ここで、前記非自然の水素資化微生物が、前記COx基質を、必要に応じてH2の存在下で代謝して、親の水素資化微生物と比較した場合メチオニンを過剰発現する、前記システム。 - 前記バイオリアクターが、液相、バブルカラム、またはトリクルベッドバイオリアクターである、請求項106または107のいずれか1項に記載のシステム。
- 前記COx基質が、合成ガスまたは水性ガスシフトの合成ガスからなるH2/COx基質である、請求項106または107のいずれか1項に記載のシステム。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US201562157797P | 2015-05-06 | 2015-05-06 | |
US62/157,797 | 2015-05-06 | ||
PCT/US2016/031318 WO2016179545A1 (en) | 2015-05-06 | 2016-05-06 | Compositions and methods for biological production of methionine |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2018516552A true JP2018516552A (ja) | 2018-06-28 |
JP2018516552A5 JP2018516552A5 (ja) | 2019-04-11 |
Family
ID=56087517
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2017557456A Pending JP2018516552A (ja) | 2015-05-06 | 2016-05-06 | メチオニンの生物学的産生のための組成物及び方法 |
Country Status (11)
Country | Link |
---|---|
US (2) | US10544436B2 (ja) |
EP (1) | EP3292208B1 (ja) |
JP (1) | JP2018516552A (ja) |
KR (1) | KR20180002700A (ja) |
CN (1) | CN107743520A (ja) |
AU (1) | AU2016258183A1 (ja) |
BR (1) | BR112017023761A2 (ja) |
CA (1) | CA2984797A1 (ja) |
RU (1) | RU2017142360A (ja) |
SG (1) | SG11201708741YA (ja) |
WO (1) | WO2016179545A1 (ja) |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
KR102079741B1 (ko) * | 2018-10-02 | 2020-02-20 | 이화여자대학교 산학협력단 | 메타노박테리움 콩고렌스를 유효성분으로 포함하는 포름산 제거용 조성물 및 이를 이용한 숙신산 제조방법 |
Families Citing this family (11)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US10982245B2 (en) | 2017-06-30 | 2021-04-20 | Cj Cheiljedang Corporation | O-succinyl homoserine transferase mutant and method for producing O-succinyl homoserine using same |
CN111315877B (zh) * | 2017-06-30 | 2023-08-08 | Cj第一制糖株式会社 | 新型o-琥珀酰高丝氨酸转移酶变体及使用其生产o-琥珀酰高丝氨酸的方法 |
CN110172432A (zh) * | 2019-04-16 | 2019-08-27 | 深圳市奥极因科技有限公司 | 一种不依赖vb12的聚球藻pcc 7002工程菌及其构建方法和应用 |
BR112021025130A2 (pt) * | 2019-06-14 | 2022-03-15 | Scripps Research Inst | Reagentes e métodos para replicação, transcrição e tradução em organismos semissintéticos |
WO2020252335A1 (en) * | 2019-06-14 | 2020-12-17 | Trelys, Inc. | Processes and systems for producing products by fermentation |
CN113337494B (zh) * | 2020-01-17 | 2023-12-26 | 浙江大学 | 一种l-苏氨酸醛缩酶突变体及其应用 |
CN116622596A (zh) * | 2022-02-10 | 2023-08-22 | 廊坊梅花生物技术开发有限公司 | 一种修饰的棒状杆菌属微生物及其构建方法与在生产苏氨酸中的应用 |
EP4296368A1 (en) | 2022-06-24 | 2023-12-27 | Arkeon GmbH | Method for producing amino acids with methanogenic microorganisms in a bioreactor |
EP4296354A1 (en) | 2022-06-24 | 2023-12-27 | Arkeon GmbH | Method for producing amino acids in a bioreactor with methanogenic microorganisms |
EP4296369A1 (en) | 2022-06-24 | 2023-12-27 | Arkeon GmbH | Method for producing amino acids in a bioreactor |
EP4296367A1 (en) | 2022-06-24 | 2023-12-27 | Arkeon GmbH | Method for fermentatively producing norvaline |
Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2000139471A (ja) * | 1998-11-17 | 2000-05-23 | Ajinomoto Co Inc | 発酵法によるl−メチオニンの製造法 |
JP2007536921A (ja) * | 2004-05-12 | 2007-12-20 | メタボリック エクスプローラ | フィードバック感受性が変化した組み換え酵素 |
JP2010523145A (ja) * | 2007-04-11 | 2010-07-15 | シージェイ チェイルジェダン コーポレイション | 組成物およびメチオニン生産方法 |
Family Cites Families (27)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JPH06277081A (ja) | 1992-11-19 | 1994-10-04 | Shimizu Corp | メタン生成細菌による5−アミノレブリン酸の生産方法 |
CN1117860C (zh) * | 1995-06-13 | 2003-08-13 | 味之素株式会社 | 发酵生产l-赖氨酸的方法 |
GB9518220D0 (en) | 1995-09-06 | 1995-11-08 | Medical Res Council | Checkpoint gene |
US6299774B1 (en) | 2000-06-26 | 2001-10-09 | Jack L. Ainsworth | Anaerobic digester system |
US20110111413A1 (en) | 2001-02-02 | 2011-05-12 | Padgett Hal S | Method of optimizing codon usage through dna shuffling |
JP2007068437A (ja) | 2005-09-05 | 2007-03-22 | Chisso Corp | 変異型アスパルトキナーゼとその利用方法 |
KR100905381B1 (ko) | 2006-07-28 | 2009-06-30 | 씨제이제일제당 (주) | L-메치오닌 전구체 생산 균주 및 상기 l-메치오닌전구체로부터의 l-메치오닌 및 유기산의 생산방법 |
US9005952B2 (en) * | 2008-04-04 | 2015-04-14 | Cj Cheiljedang Corporation | Microorganism producing L-methionine precursor and the method of producing L-methionine precursor using the microorganism |
CN101580813A (zh) * | 2008-05-12 | 2009-11-18 | 长春大成实业集团有限公司 | 应用发酵生产l-苏氨酸的方法 |
US20100120104A1 (en) | 2008-11-06 | 2010-05-13 | John Stuart Reed | Biological and chemical process utilizing chemoautotrophic microorganisms for the chemosythetic fixation of carbon dioxide and/or other inorganic carbon sources into organic compounds, and the generation of additional useful products |
WO2013148348A1 (en) | 2012-03-28 | 2013-10-03 | Kiverdi, Inc. | Engineered co2-fixing chemotrophic microorganisms producing carbon-based products and methods of using the same |
MY165658A (en) | 2010-04-27 | 2018-04-18 | Kiverdi Inc | Use of oxyhydrogen microorganisms for non-photosynthetic carbon capture and conversion of inorganic and/or c1 carbon sources into useful organic compounds |
US9657317B2 (en) | 2011-10-19 | 2017-05-23 | Calysta, Inc. | Host cells and method for making acrylate and precursors thereof using an odd-numbered alkane feedstock |
US9157058B2 (en) | 2011-12-14 | 2015-10-13 | Kiverdi, Inc. | Method and apparatus for growing microbial cultures that require gaseous electron donors, electron acceptors, carbon sources, or other nutrients |
EP2628792A1 (de) | 2012-02-17 | 2013-08-21 | Evonik Industries AG | Zelle mit verringerter ppGppase-Aktivität |
CN104685060B (zh) | 2012-07-13 | 2019-11-01 | 凯利斯塔公司 | 生物精炼系统、其方法和组合物 |
US9816111B2 (en) | 2012-09-18 | 2017-11-14 | Calysta, Inc. | Propylene synthesis using engineered enzymes |
WO2014058761A1 (en) | 2012-10-08 | 2014-04-17 | Calysta Energy, Llc | Gas-fed fermentation systems |
WO2014062703A1 (en) | 2012-10-15 | 2014-04-24 | Calysta Energy, Inc. | Genetically engineered microorganisms for biological oxidation of hydrocarbons |
US9845474B2 (en) | 2012-10-24 | 2017-12-19 | Calysta, Inc. | Engineering of multi-carbon substrate utilization pathways in methanotrophic bacteria |
BR112015021003A2 (pt) | 2013-03-07 | 2017-07-18 | Calysta Inc | composições e métodos para a produção biológica de isopreno. |
WO2014145194A2 (en) | 2013-03-15 | 2014-09-18 | Kiverdi, Inc. | Methods of using natural and engineered organisms to produce small molecules for industrial application |
ES2757913T3 (es) | 2013-06-18 | 2020-04-30 | Calysta Inc | Composiciones y métodos para la producción biológica de lactato a partir de compuestos de C1 mediante el uso de transformantes de deshidrogenasa láctica |
AU2015204088A1 (en) | 2014-01-02 | 2016-07-21 | Trelys, Inc | Compositions and methods for biological production of amino acids in hydrogenotrophic microorganisms |
CN105916976A (zh) | 2014-01-16 | 2016-08-31 | 凯利斯塔公司 | 碳水化合物富集的重组微生物 |
US10273446B2 (en) | 2014-01-16 | 2019-04-30 | Calysta, Inc. | Compositions and methods for recovery of stranded gas and oil |
JP2017504329A (ja) | 2014-01-16 | 2017-02-09 | キャリスタ, インコーポレイテッド | アミノ酸の増強された産生のための微生物および関連する方法 |
-
2016
- 2016-05-06 WO PCT/US2016/031318 patent/WO2016179545A1/en active Application Filing
- 2016-05-06 BR BR112017023761A patent/BR112017023761A2/pt not_active Application Discontinuation
- 2016-05-06 JP JP2017557456A patent/JP2018516552A/ja active Pending
- 2016-05-06 KR KR1020177033582A patent/KR20180002700A/ko unknown
- 2016-05-06 US US15/571,777 patent/US10544436B2/en not_active Expired - Fee Related
- 2016-05-06 SG SG11201708741YA patent/SG11201708741YA/en unknown
- 2016-05-06 CN CN201680033366.6A patent/CN107743520A/zh active Pending
- 2016-05-06 CA CA2984797A patent/CA2984797A1/en not_active Abandoned
- 2016-05-06 EP EP16725977.9A patent/EP3292208B1/en not_active Not-in-force
- 2016-05-06 AU AU2016258183A patent/AU2016258183A1/en not_active Abandoned
- 2016-05-06 RU RU2017142360A patent/RU2017142360A/ru not_active Application Discontinuation
-
2019
- 2019-12-05 US US16/704,883 patent/US20200095623A1/en not_active Abandoned
Patent Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2000139471A (ja) * | 1998-11-17 | 2000-05-23 | Ajinomoto Co Inc | 発酵法によるl−メチオニンの製造法 |
JP2007536921A (ja) * | 2004-05-12 | 2007-12-20 | メタボリック エクスプローラ | フィードバック感受性が変化した組み換え酵素 |
JP2010523145A (ja) * | 2007-04-11 | 2010-07-15 | シージェイ チェイルジェダン コーポレイション | 組成物およびメチオニン生産方法 |
Non-Patent Citations (2)
Title |
---|
BIOCHEMISTRY, vol. 54, no. 20, JPN6020000732, 11 May 2015 (2015-05-11), pages 3129 - 3132, ISSN: 0004330584 * |
MOL. MOCROBIOL., vol. 94, no. 6, JPN6020000731, December 2014 (2014-12-01), pages 1330 - 1342, ISSN: 0004330583 * |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
KR102079741B1 (ko) * | 2018-10-02 | 2020-02-20 | 이화여자대학교 산학협력단 | 메타노박테리움 콩고렌스를 유효성분으로 포함하는 포름산 제거용 조성물 및 이를 이용한 숙신산 제조방법 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CA2984797A1 (en) | 2016-11-10 |
US20180163240A1 (en) | 2018-06-14 |
US20200095623A1 (en) | 2020-03-26 |
SG11201708741YA (en) | 2017-11-29 |
KR20180002700A (ko) | 2018-01-08 |
AU2016258183A1 (en) | 2017-11-16 |
US10544436B2 (en) | 2020-01-28 |
WO2016179545A1 (en) | 2016-11-10 |
CN107743520A (zh) | 2018-02-27 |
BR112017023761A2 (pt) | 2018-07-31 |
EP3292208B1 (en) | 2020-08-19 |
RU2017142360A3 (ja) | 2019-09-18 |
RU2017142360A (ru) | 2019-06-06 |
EP3292208A1 (en) | 2018-03-14 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US10544436B2 (en) | Compositions and methods for biological production of methionine | |
US20190194630A1 (en) | Compositions and methods for biological production of amino acids in hydrogenotrophic microorganisms | |
JP5497628B2 (ja) | 組成物およびメチオニン生産方法 | |
JP6100370B2 (ja) | メチオニンの発酵生産のための組換え微生物 | |
ES2836800T3 (es) | Microorganismos recombinantes que exhiben un flujo aumentado a través de una ruta de fermentación | |
JP2008529485A (ja) | 低いγ脱離活性を有する発現酵素を含む微生物 | |
KR101825777B1 (ko) | O-아세틸-호모세린을 생산하는 미생물 및 이를 이용하여 o-아세틸-호모세린을 생산하는 방법 | |
CN102002472A (zh) | 产生o-乙酰高丝氨酸的微生物和利用所述微生物产生o-乙酰高丝氨酸的方法 | |
WO2015028674A1 (en) | Microorganism for methionine production with improved methionine synthase activity and methionine efflux | |
CN107109359B (zh) | 用于通过具有改进的甲硫氨酸排出的发酵生产甲硫氨酸的方法和微生物 | |
CA2787253A1 (en) | Production of hydrocarbons in microorganisms | |
Tsujimoto et al. | L-Lysine biosynthetic pathway of Methylophilus methylotrophus and construction of an L-lysine producer | |
JP2023071865A (ja) | メチオニン生産酵母 | |
KR20160144017A (ko) | O-아세틸-호모세린을 생산하는 미생물 및 이를 이용하여 o-아세틸-호모세린을 생산하는 방법 | |
CN102703398A (zh) | 组合物及甲硫氨酸的生产方法 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20190228 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20190228 |
|
A977 | Report on retrieval |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971007 Effective date: 20191213 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20200114 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20200824 |