JP2018029597A - 結合要素を用いたアッセイのための装置及び方法 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】標的化合物を捕捉するように適合された第一の結合要素と、標的化合物の存在及び/又は量の指標となるレポーター化合物を捕捉するように適合された第二の結合要素とを含む反応チェンバーを含み、前記第一の結合要素は、捕捉化合物および標的化合物を含む複合体に結合するように構成された、合成粒子、ビーズ又は多孔性マトリックスを含み、及び、前記第二の結合要素は、表面に配置されたレポーター特異的捕捉化合物のマイクロアレイである、装置。
【選択図】なし
Description
本発明は、アッセイ、例えば、ポリヌクレオチドのためのアッセイに関する。
一態様において、装置は、堅固な基材と、該基材を少なくとも部分的に覆う柔軟なカバー要素と、前記基材中に形成され、液体を収容するように適合され、及び1つ又はそれ以上の細胞、芽胞又はウイルスの内容物を放出するように適合された第一の構造と(前記内容物は、標的分子(例えば、構造又はチャンバー又はウェル中の乾燥された緩衝液)を含む。)、前記基材中に形成され、液体を収容するように適合され、並びに標的分子を捕捉するように及び標的分子の存在及び/又は量の指標となる値を測定するように適合された少なくとも1つの結合要素を含む第二の構造(第一の構造とは異なり得る。)と、少なくとも前記第一の構造と前記第二の構造を相互接続する微小流体ネットワークと、並びに微小流体ネットワークの一部を選択的に閉鎖するために前記基材に対して前記柔軟なカバー要素を押圧することによって前記第一の構造と前記第二の構造の間に液体流を生じさせるように適合されたアクチュエータ要素とを含む。
第二の結合要素上の、標的核酸と複合体を形成していないレポーター化合物の前記量の残りの一部を捕捉すること;並びに第二の結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び/又は量の指標となる1つ又はそれ以上の値を測定すること。
生物学的試料の分析は、1つ又はそれ以上のポリヌクレオチド(例えば、DNA、RNA、mRNA又はrRNA)が試料中に存在するかどうかを測定することを含み得る。例えば、特定の病原体の存在の指標となるポリヌクレオチドが存在するかどうかを測定するために、試料を分析することができる。
a)レポーター化合物のある量;捕捉分子のアンカー基を結合するように構成されている第一の結合要素;レポーター化合物を捕捉することができる第二の結合要素;前記レポーター化合物と複合体を形成することができる標的核酸のある量(レポーター化合物との複合体の形成は第二の結合要素によるレポーター化合物の補足を阻害する。);捕捉分子のある量(各捕捉分子は標的核酸のある領域に対して特異的な結合部分及びアンカー基を含む。)を提供すること;
b)それぞれ標的核酸及び捕捉分子を含む複合体を形成すること;
c)複合体を第一の結合要素に結合させるために、複合体を第一の結合要素と接触させること;
d)第一の結合要素から標的核酸の前記量の少なくとも一部を放出させること;
e)標的核酸の前記量の少なくとも一部とのレポーター化合物の前記量の一部の複合体を形成させること;
f)第二の結合要素上の、標的核酸と複合体を形成していないレポーター化合物の前記量の残りの一部を捕捉すること;並びに
g)第二の結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び/又は量の指標となる値を測定すること。
−レポーター化合物のある量、レポーター化合物を結合することができる結合要素及びレポーター化合物を結合することができる標的核酸の量のある量を含む組成物を形成させること(レポーター化合物への標的核酸の結合は結合要素へのレポーター化合物の結合を阻害する。);
−標的核酸の前記量の少なくとも一部と、レポーター化合物の前記量の一部とを結合させること;
−結合要素上の、標的核酸と複合体を形成していないレポーター化合物の量の残りの一部とを結合させること;並びに
−結合要素に結合されたレポーター化合物の存在及び/又は量の指標となる値を測定すること
を含む。
−第一のレポーター化合物のある量と、
−第一のレポーター化合物と複合体を形成することができる第一の標的核酸の量と(第一のレポーター化合物との複合体の形成は結合要素による第一のレポーター化合物の捕捉を阻害する。)、
−第二のレポーター化合物、並びに
−第二のレポーター化合物と複合体を形成することができる第二の標的核酸のある量(第二のレポーター化合物との複合体の形成は結合要素による第二のレポーター化合物の捕捉を阻害する。)
を含む組成物を形成することを含む。
実施した競合的アッセイの原理は、図22中に模式的に示されている。適切な発現ベクター中(pCR(R)2.1−TOPO(R),Clontech,Inc.Palo Alto,CA,USA)にクローニングされたヒトポリオウイルス1単離株TCDCO1−861(GenBank受付番号AF538843)のDNAをDNAテンプレートとして使用した(本明細書では、「EV」(エンテロウイルス)DNAとも表記される。)。
フォワードPCRプライマー:
pr for EV 02:5’−CAAACCAGTGATTGGCCTGTCGTAACG−3’(AF538843のヌクレオチド位置492から518に対応する。)
リバースPCRプライマー:
pr rev EV01:5’−TTCACCGGATGGCCAATCCAATTCG−3’(AF538843のヌクレオチド位置617から641に対応する。)。
HP EV2 001:FAM−5’−ACCGACTACTTTGGGTGTCCGTGTTT−3’−TAMRA
(AF538843のヌクレオチド位置536から561に対応する。)。
EV2 02CY3:5’−ACCGACTACTTTGGGTGTCCGTGTTT−3’−CY3
(AF538843のヌクレオチド位置536から561に相当する。)の20nM(最終濃度)をさらに含有した。
実施した競合的アッセイの原理は、図24A中に模式的に示されている。発現ベクターpCR(R)2.1−TOPO(R)(Clontech,Inc.Palo Alto,CA,USA)のEcoRIエンドヌクレアーゼ制限部位中にクローニングされた合成HIV1gag/env融合構築物(EMBL受付番号A06258)のDNAをDNAテンプレートとして使用した。
フォワードPCRプライマー:cdia:5’−TGAAGGGTACTAGTAGTTCCTGCTATGTC−3’(A06258のヌクレオチド位置214から232に対応する。)
リバースプライマー:
cdis:5’−ATCAAGCAGCCATGCAAATGTT−3’(A06258のヌクレオチド位置384から405に対応する。)。
非特異的プローブ:
ara 54986 NH2:5’−ACCAGCTTTGAACCCAACAC−3’受容体特異的プローブ:
cdso29 NH2:5’−ACCATCAATGAGGAAGCTGCAGAATGGGA−3’。
Claims (256)
- (a)堅固な基材;
(b)前記基材を少なくとも部分的に覆う柔軟なカバー要素;
(c)液体を収容するように適合された、及び1つ又はそれ以上の細胞、芽胞又はウイルスの、標的分子を含む内容物を放出するように適合された、前記基材中に形成された第一の構造;
(d)液体を収容し、及び前記標的分子を捕捉するように適合された少なくとも1つの結合要素を含むように適合された、並びに前記標的分子の存在及び/又は量の指標となる値を測定するように適合された、前記基材中に形成された第二の構造;
(e)少なくとも前記第一の構造及び前記第二の構造を相互接続する微小流体ネットワーク;
(f)前記微小流体ネットワークの一部を選択的に閉鎖するために、前記基材に対して前記柔軟なカバー要素を押圧することによって、前記第一の構造と前記第二の構造の間に流体流を起こさせるように適合されたアクチュエータユニット;
を含む装置。 - (a)少なくとも1つの結合要素を含み及び微小流体ネットワークと流体連通している、液体を収容するように適合された構造;
(b)前記標的分子が少なくとも1つの結合要素において捕捉されるように、微小流体ネットワークを通じた流体流を調節するように適合され、前記構造中の前記標的分子の増幅を調節するように適合され、及び少なくとも1つの結合要素において捕捉された化合物の検出を調節するように適合された調節ユニット;
を含む装置。 - 化合物が標的分子である、請求項2に記載の装置。
- 化合物が標的分子の存在及び/又は量の指標となるレポーター化合物である、請求項2に記載の装置。
- 少なくとも1つの結合要素が標的分子を捕捉するように適合されている、請求項1から4の何れか一項に記載の装置。
- 少なくとも1つの結合要素が標的分子の存在及び/又は量の指標となるレポーター化合物を捕捉するように適合されている、請求項1から5の何れか一項に記載の装置。
- 少なくとも1つの結合要素が標的分子を捕捉するように適合された第一の結合要素並びに標的分子の存在及び/又は量の指標となるレポーター化合物を捕捉するように適合された第二の結合要素を含む、請求項1から6の何れか一項に記載の装置。
- 前記構造がウェルである、請求項1から7の何れか1項に記載の装置。
- 微小流体ネットワークが1つのチャネル又は相互接続されたチャネルの複数を含む、請求項1から8の何れか一項に記載の装置。
- 微小流体ネットワークが少なくとも1つのさらなる構造を含む、請求項1から9の何れか一項に記載の装置。
- 少なくとも1つのさらなる構造が1つ又はそれ以上の細胞、芽胞又はウイルスの、標的分子を含む内容物を放出するように適合されている、請求項10に記載の装置。
- 少なくとも1つのさらなる構造が標的分子と複合体を形成することができる捕捉プローブを含む、請求項10又は11に記載の装置。
- 少なくとも1つのさらなる構造が標的分子の増幅を促進する少なくとも1つの物質を含む、請求項10から12の何れか一項に記載の装置。
- 前記少なくとも1つのさらなる構造がウェルである、請求項10から13の何れか1項に記載の装置。
- 基材を含み、前記構造が前記基材上に及び/又は基材中に付与されている、請求項1から14の何れか一項に記載の装置。
- 基材が堅固な基材である、請求項15に記載の装置。
- 基材を少なくとも部分的に覆うカバー要素を含む、請求項15又は16に記載の装置。
- 前記基材が第一の表面及び該第一の表面と対向する第二の表面を有し、
前記構造が前記基材の前記第一の表面上及び/又は表面中に付与されており、
前記基材の前記第二の表面上及び/又は表面中に付与されているさらなる構造を含み、
前記第一及び第二の表面の間に配置され、並びに前記構造を前記さらなる構造との流体連通させるように構成された接続構造を含む、
請求項15から17の何れか一項に記載の装置。 - 接続構造が基材中の通過穴又は基材の第一の表面中及び第二の表面中の溝である、請求項18に記載の装置。
- さらなる基材を含み、さらなる構造がさらなる基材上及びさらなる基材中に付与されており、前記基材がさらなる基材に接続されている作動状態において、前記構造と前記さらなる構造が流体連通されるように、前記基材及び前記さらなる基材が相互接続可能であるように適合されている、請求項15から19の何れか一項に記載の装置。
- 標的分子の分析中における固相カップリング手順の複数が少なくとも1つの結合要素において行われるように、少なくとも1つの結合要素が適合されている、請求項1から20の何れか一項に記載の装置。
- 標的分子の分析中における正確に2つの固相カップリング手順が少なくとも1つの結合要素において行われるように、少なくとも1つの結合要素が適合されている、請求項1から21の何れか一項に記載の装置。
- 試料中の標的分子の分析中における正確に1つの固相カップリング手順が少なくとも1つの結合要素において行われるように、少なくとも1つの結合要素が適合されている、請求項1から19の何れか一項に記載の装置。
- 少なくとも1つの結合要素に隣接して配置された装置の少なくとも一部が1nmから10μmの波長の範囲の電磁波照射に対して透過性であり、これにより、標的分子の存在及び/又は量の指標となり、及び少なくとも1つの結合要素に捕捉された化合物の電磁波照射をベースとする検出が可能となる、請求項1から23の何れか一項に記載の装置。
- 調節ユニットがプロセッサである、特にマイクロプロセッサ及び中央演算装置からなる群の1つである、請求項2から24又は97の何れかに記載の装置。
- 前記構造に配置され、及び前記構造中に配置された少なくとも1つの結合要素、特にビーズが前記構造から取り除かれることを防ぐように適合された少なくも1つのフィルター、特に少なくとも1つのフリットを含む、請求項1から25の何れかに記載の装置。
- 少なくとも1つの結合要素が表面機能化を含む、請求項1から26の何れかに記載の装置。
- 少なくとも1つの結合要素が、前記構造の表面上に配置された捕捉分子、粒子上に配置された捕捉分子、前記構造の多孔性表面上に配置された捕捉分子及び前記構造の表面に関して異なる位置上に配置された1つ又はそれ以上の異なる捕捉分子からなる群の少なくとも1つを含む、請求項1から27の何れか一項に記載の装置。
- 前記構造が1μLから1mLの範囲、特に20μLから300μLの範囲の容積を有する、請求項1から28の何れか一項に記載の装置。
- 前記基材が装置に液体を供給するための挿管を受容するように構成された溝を有する、請求項15から29の何れか一項に記載の装置。
- 基材が前記構造に隣接するウィンドウ部分を有し、及び1nmから10μmの波長の範囲、400nmから800nmの波長の範囲の電磁波照射に対して透過性であり、これにより、前記構造又は前記微小流体ネットワークを通じた液体流のメニスカスの電磁波照射をベースとする検出を可能とする、請求項15から30の何れか一項に記載の装置。
- 前記構造及び前記さらなる構造からなる群の少なくとも1つが2つの液体開口部を含む、請求項10から31の何れか一項に記載の装置。
- 少なくとも1つの結合要素が捕捉分子のアンカー基を結合するように構成されている、請求項1から32の何れか一項に記載の装置。
- 少なくとも1つの結合要素がポリヌクレオチドを捕捉するように構成されている、請求項1から33の何れかに記載の装置。
- カバー要素が柔軟なカバー要素である、請求項17から34の何れかに記載の装置。
- カバー要素が少なくとも部分的に変形可能であるように構成されている、請求項17から35の何れか一項に記載の装置。
- 前記構造又は前記微小流体ネットワークを開放又は閉鎖することにより、液体の流れを選択的に可能又は不能にするように、カバー要素が少なくとも部分的に変形可能なように構成されている、請求項17から36の何れか一項に記載の装置。
- 前記構造に沿って又は前記微小流体ネットワークに沿って液体を輸送するように、カバー要素が少なくとも部分的に変形可能なように構成されている、請求項17から37の何れか一項に記載の装置。
- (a)前記構造を覆うカバー要素の一部;及び
(b)前記カバー要素を変形させるように作動されるように適合されたアクチュエータユニット;
をさらに含む、請求項38に記載の装置。 - 前記構造が生物学的に、生化学的に及び/又は化学的に活性である1つ又はそれ以上の物質を含む、請求項1から39の何れかに記載の装置。
- 1つ又はそれ以上の物質が、捕捉分子、検出可能なマーカー及び試薬からなる群の少なくとも1つを含む、請求項40に記載の装置。
- 1つ又はそれ以上の物質が乾燥された形態で、特に凍結乾燥された形態で存在する、請求項40又は41に記載の装置。
- チャネルが50μmから1mmの範囲、特に100μmから300μmの範囲の幅を有する、請求項9から42の何れか一項に記載の装置。
- チャネルが20μmから300μmの範囲、特に50μmから200μmの範囲の高さを有する、請求項9から43の何れか一項に記載の装置。
- 前記構造が液体用の輸送媒体として適合された材料を含む、請求項1から44の何れかに記載の装置。
- 材料が固体材料、ゲル材料、液体材料及びこれらの組み合わせからなる群の少なくとも1つを含む、請求項45に記載の装置。
- カバー要素が柔軟な膜又は柔軟な密封を含む、請求項17から46の何れかに記載の装置。
- カバー要素を変形し、これにより、構造中及び/又は微小流体ネットワーク中の液体の液体流の特性を調節するように作動するように適合されたアクチュエータユニットを含む、請求項17から47の何れかに記載の装置。
- チャネルの直線部分に沿って液体の液体流特性を調節するようにアクチュエータユニットが適合されている、請求項48に記載の装置。
- バルブ、流体混合装置及び流体ポンプからなる群の少なくとも1つとして、アクチュエータユニットが適合されている、請求項48又は49に記載の装置。
- アクチュエータユニットが、カバー要素を変形して、これにより、調節ユニットによって規定される流体流スキームに従って液体の液体流特性を調節するために協調的に作動されるように適合されたアクチュエータ要素の複数を含む、請求項48から50の何れか一項に記載の装置。
- 標的分子が少なくとも1つの結合要素に捕捉され、標的分子が構造中で増幅され、並びに標的分子の存在及び/又は量の指標となり、及び少なくとも1つの結合要素に捕捉された化合物が検出されるようにカバー要素を変形するためにアクチュエータユニットを調節するように調節ユニットが適合される、請求項48から51の何れか一項に記載の装置。
- アクチュエータユニットが往復運動されるように構成されたピンを含む、請求項48から52の何れか一項に記載の装置。
- アクチュエータユニットが基材の主表面に対して垂直な方向に移動可能に取り付けられている、請求項48から53の何れかに記載の装置。
- 前記構造を通じた液体の輸送を不能にするために、前記構造の少なくとも一部を選択的に閉鎖するように、アクチュエータユニットが移動可能に取り付けられている、請求項48から54の何れかに記載の装置。
- 前記構造を通じた液体の輸送を可能とするために、前記構造の少なくとも一部を選択的に開放するように、アクチュエータユニットが移動可能に取り付けられている、請求項48から55の何れかに記載の装置。
- 前記構造を通じた液体の流体流を選択的に可能又は不能とするために、基材の主表面に対して垂直に往復運動するようにアクチュエータユニットが適合されている、請求項48から56の何れかに記載の装置。
- 前記構造を通じて液体を拍出するために、基材の主表面に対して垂直に往復運動するようにアクチュエータユニットが適合されている、請求項48から57の何れかに記載の装置。
- アクチュエータユニットが構造の容量又は高さを調節するように適合されている、請求項48から58の何れかに記載の装置。
- アクチュエータユニットが構造を選択的に閉鎖するように適合されている、請求項48から59の何れかに記載の装置。
- アクチュエータユニットを機械的に駆動するように適合された駆動ユニットを含み、駆動ユニットが調節ユニットによって調節可能である、請求項48から60の何れかに記載の装置。
- 駆動ユニットが空気圧式駆動機構、水力学的駆動機構及び電磁的駆動機構からなる群の少なくとも1つを含む、請求項61に記載の装置。
- 少なくとも1つの結合要素が三次元媒体を含む、請求項1から62の何れか一項に記載の装置。
- 三次元媒体が粒子及び多孔性マトリックスからなる群の少なくとも1つから選択される、請求項63に記載の装置。
- アクチュエータユニットを移動させることによって可逆的に圧縮可能であるように三次元媒体が配置及び構成されている、請求項63又は64に記載の装置。
- バイオセンサーアッセイ装置、微小流体カートリッジ及びラブ・オン・チップ(lab on chip)からなる群の少なくとも1つとして適合された、請求項1から65の何れかに記載の装置。
- 液体の温度を感知するように適合され、及び好ましくはアクチュエータユニットに配置されている温度センサーを含む、請求項1から66の何れかに記載の装置。
- 液体の温度を操作するように適合され、及び好ましくはアクチュエータユニットに配置されている温度操作ユニットを含む、請求項1から67の何れかに記載の装置。
- 温度操作ユニットがポリメラーゼ連鎖反応を実施するための温度系列に従って構造中に配置された液体の温度を操作するように適合されている、請求項68に記載の装置。
- 構造中に配置されている液体の温度を最大95℃まで上昇させるように、温度操作単位が適合されている、請求項68又は69に記載の装置。
- 温度操作ユニットが加熱要素及び冷却要素からなる群の少なくとも1つを含む、請求項68から70の何れか一項に記載の装置。
- 液体の温度を操作するように適合された温度操作ユニットを含み、前記温度操作ユニットが第一の加熱要素及び第二の加熱要素を含み、前記構造が第一の加熱要素と第二の加熱要素の間に配置されている、請求項1から71の何れか一項に記載の装置。
- 第一の加熱要素が連続板であり、及び第二の加熱要素が環状板である、請求項72に記載の装置。
- 構造中の液体の温度を制御するように適合された温度制御ユニットを含む、請求項1から73の何れかに記載の装置。
- 基材が光透過性材料を含む、請求項15から74の何れかに記載の装置。
- 少なくとも1つの結合要素に捕捉された化合物を検出するように適合された検出ユニットを前記構造中に含む、請求項1から75の何れかに記載の装置。
- 検出領域が光学的検出ユニット、特に蛍光検出ユニットを含む、請求項76に記載の装置。
- 微小流体ネットワークが相互接続されたチャネルの複数を含む、請求項1から77の何れかに記載の装置。
- 基材及びカバー要素が互いに接続されている別個のコンポーネントである、請求項17から78の何れかに記載の装置。
- 基材及びカバー要素が異なる材料で作製されている、請求項17から79の何れかに記載の装置。
- 前記構造及び/又は微小流体ネットワークを通じて液体を輸送するように適合された輸送ユニットを含む、請求項1から80の何れかに記載の装置。
- 輸送ユニットがポンプ、特に、圧縮空気ポンプ、水圧式ポンプ、蠕動式ポンプ及び真空ポンプからなる群の1つを含む、請求項81に記載の装置。
- 輸送ユニットが前記構造中及び/又は微小流体ネットワーク中に気泡を発生させることによって、液体を輸送するように適合されている、請求項81に記載の装置。
- 基材及びカバー要素が直接接触している、請求項17から83の何れかに記載の装置。
- 基材がカバー要素と直接接触していない、請求項17から84の何れかに記載の装置。
- 前記構造に隣接して位置している基材の一部が400nmから800nmの波長の範囲の電磁的放射に対して透過性であり、これにより、前記構造中での光学的検出を可能とする、請求項15から85の何れかに記載の装置。
- 標的分子の分析中における少なくとも2つの固相カップリング手順が少なくとも1つの結合要素の正確に1つにおいて行われるように、少なくとも1つの結合要素が適合されている、請求項1から86の何れか一項に記載の装置。
- 標的分子の分析中における少なくとも2つの固相カップリング手順が少なくとも1つの結合要素の異なる結合要素において行われるように、少なくとも1つの結合要素が適合されている、請求項1から86の何れか一項に記載の装置。
- 溶解剤と及び標的分子と複合体を形成することができる捕捉プローブとを含む溶解構造を含み、
液体の1つ又はそれ以上の細胞、芽胞又はウイルスの内容物(該内容物は標的分子を含む。)が放出され、及び捕捉プローブと複合体を形成するように、溶解構造への液体の流れを調節するように調節ユニットが適合されている、請求項2から88の何れかに記載の装置。 - 複合体が構造中の少なくとも1つの結合部分に捕捉されるように、調節ユニットが、溶解構造から前記構造中への複合体の流体流を調節するように適合されている、請求項89に記載の装置。
- 前記構造と流体連通している廃棄チャンバーを含み、
少なくとも1つの結合要素に捕捉されていない構造中の成分が廃棄チャンバー中に輸送される様式で、調節ユニットが微小液体ネットワークを通じた流体流を調節するように適合されている、請求項90に記載の装置。 - 洗浄剤を含む洗浄構造を含み、
洗浄手順が構造中で行われるように、調節ユニットが洗浄構造から前記構造中への洗浄剤の流体流を調節するように適合されている、請求項91に記載の装置。 - 逆転写剤を含む逆転写構造を含み、逆転写手順が前記構造中で行われるように、調節ユニットが逆転写構造から前記構造中への逆転写剤の流体流を調節するように適合されている、請求項92に記載の装置。
- 増幅剤を含む増幅構造を含み、増幅構造中への前記構造からの液体の流体流を調節するように、及び増幅構造から前記構造へ戻る液体の及び増幅剤の流体流を調節するように調節ユニットが適合されている、請求項93に装置。
- 増幅剤を使用することによって及び前記構造へ温度系列を適用することによって、前記構造中の増幅を調節するように調節ユニットが適合されている、請求項94に記載の装置。
- 少なくとも1つの結合要素に捕捉された、増幅された化合物の検出を調節するように調節ユニットが適合されている、請求項95に記載の装置。
- 標的分子が少なくとも1つの結合要素において捕捉されるように、微小流体ネットワークを通じた流体流を調節するように適合され、第二の構造中の標的分子の増幅を調節するように適合され、及び少なくとも1つの結合要素において捕捉された化合物の検出を調節するように適合された調節ユニットを含む、請求項1に記載の装置。
- 微小流体ネットワークを通じた液体流を調節するために、アクチュエータユニットを調節するように、調節ユニットが適合されている、請求項97に記載の装置。
- 液体を収容するように適合された構造を含み、該構造が第一の化合物を捕捉するように適合された第一の結合要素と並びに第一の化合物の存在及び/又は量の指標となる第二の化合物を捕捉するように適合された第二の結合要素とを含む、装置。
- (a)少なくとも1つの結合要素を含み及び微小流体ネットワークと流体連通している構造中に液体を収容すること、
(b)標的分子が少なくとも1つの結合要素において捕捉されるように、微小流体ネットワークを通じた流体流を調節すること、
(c)構造中の標的分子を増幅すること、及び
(d)標的分子の存在及び/又は量の指標となり、並びに少なくとも1つの結合要素に捕捉された化合物を検出すること、
を含む、方法。 - (a)それぞれ標的核酸と捕捉分子を含む複合体を形成させること(各捕捉分子は、標的核酸のある領域に対して特異的な結合部分とアンカー基を含む。)、
(b)複合体を結合要素と接触させること(結合要素は、複合体を結合要素に結合するための捕捉分子のアンカー基を結合するように構成されている。)、
(c)1つ又はそれ以上の標的核酸を増幅に供すること、
(d)結合要素に関して、増幅された標的核酸を捕捉すること、及び
(e)捕捉された標的核酸の存在及び/又は量の指標となる1つ又はそれ以上の値を測定すること、
を含む、方法。 - 1つ又はそれ以上の標的核酸が一本鎖核酸である、請求項101に記載の方法。
- 工程(c)を実施する前に、標的核酸を逆転写に供することをさらに含む、請求項102に記載の方法。
- 捕捉された、増幅された標的核酸を結合要素から放出させること、並びに工程(c)及び(d)を反復することをさらに含む、請求項101から103の何れかに記載の方法。
- 捕捉された、増幅された標的核酸を結合要素から放出させ、並びに工程(c)及び(d)を反復するサイクルが少なくとも10回実施される、請求項104に記載の方法。
- 捕捉された、増幅された標的核酸を結合要素から放出させ、並びに工程(c)及び(d)を反復するサイクルが少なくとも20回実施される、請求項105に記載の方法。
- 捕捉された、増幅された標的核酸を結合要素から放出させ、並びに工程(c)及び(d)を反復する少なくとも1サイクルの後に、工程(e)が実施される、請求項104から106の何れかに記載の方法。
- 捕捉された、増幅された標的核酸を結合要素から放出させ、並びに工程(c)及び(d)を反復する各サイクルの後に、工程(e)が実施される、請求項107に記載の方法。
- 結合要素が標的核酸を捕捉することができる1つ又はそれ以上の捕捉分子を含み、及び標的核酸が1つ又はそれ以上の捕捉分子によって、結合要素に関し捕捉されている、請求項101から108の何れかに記載の方法。
- 工程(a)が工程(b)から空間的に隔てて行われる、請求項101から109の何れかに記載の方法。
- 結合要素が粒子を含む、請求項101から110の何れかに記載の方法。
- 工程(c)及び/又は(d)を実施する前に、1つ又はそれ以上の検出可能なマーカーを添加することによって、標的核酸を標識することをさらに含む、請求項101から111の何れかに記載の方法。
- 1つ又はそれ以上の検出可能なマーカーが蛍光マーカーである、請求項112に記載の方法。
- 工程(e)が、取得された1つ又はそれ以上の指標値の時間依存的モニタリングを含む、請求項101から113の何れかに記載の方法。
- 工程(a)を実施する前に、1つ又はそれ以上の標的核酸を提供することをさらに含む、請求項101から114の何れかに記載の方法。
- 1つ又はそれ以上の標的核酸を提供することが生物学的材料からの標的核酸を放出させることを含む、請求項115に記載の方法。
- 生物学的材料が1つ又はそれ以上の原核細胞、1つ又はそれ以上の真核細胞及び1つ又はそれ以上のウイルス粒子並びにこれらの混合物からなる群から選択される、請求項116に記載の方法。
- 生物学的材料から標的核酸を放出させることが生物学的材料を溶解試薬と接触させることを含む、請求項116又は117に記載の方法。
- 1つ又はそれ以上の標的核酸を提供することが、1つ又はそれ以上の標的核酸を含む試料を提供することを含み、前記試料が、全血、血漿、血清、尿、痰、唾液及び脳脊髄液からなる群から選択される、請求項115から118の何れかに記載の方法。
- きょう雑材料から1つ又はそれ以上の標的核酸を分離することをさらに含む、請求項101から119の何れかに記載の方法。
- 標的核酸を提供することが工程(b)、(c)、(d)及び(e)から空間的に隔てて行われる、請求項116から120の何れかに記載の方法。
- 請求項1から99の何れかに記載の装置中で行われる、請求項101から111の何れかに記載の方法。
- 装置が液体を収容するように適合された第一の構造を含み、及び工程(a)が第一の構造中で実施される、請求項122に記載の方法。
- 装置が液体を収容するように適合され、及び1つ又はそれ以上の標的核酸を検出するように構成された第二の構造を含み(第二の構造は第二の構造を覆うカバー要素を含む。)、及びカバー要素を変形するように作動されるように適合されたアクチュエータユニットを含み、並びに工程(e)が第二の構造中で行われる、請求項122又は123に記載の方法。
- 工程(c)及び/又は工程(d)が第二の構造中で行われる、請求項124に記載の方法。
- 工程(e)がカバー要素を変形させるように作動されるアクチュエータを用いて実施される、請求項124又は125に記載の方法。
- 第二の構造の容量が減少されるようにカバー要素が変形される、請求項126に記載の方法。
- 工程(e)を実施した後に、第二のウェルの容積が再度増加される、請求項127に記載の方法。
- (a)レポーター化合物のある量;
捕捉分子のアンカー基を結合するように構成された第一の結合要素;
レポーター化合物を捕捉することができる第二の結合要素;
レポーター化合物と複合体を形成することができる標的核酸のある量(レポーター化合物との複合体の形成は第二の結合要素によるレポーター化合物の捕捉を阻害する。);及び
捕捉分子のある量(各捕捉分子は標的核酸のある領域に対して特異的な結合部分及びアンカー基を含む。)を提供すること;
(b)それぞれ標的核酸及び捕捉分子を含む複合体を形成すること;
(c)複合体を第一の結合要素に結合させるために、複合体を第一の結合要素と接触させること;
(d)第一の結合要素から標的核酸の前記量の少なくとも一部を放出させること;
(e)標的核酸の前記量の少なくとも一部との、レポーター化合物の前記量の一部の複合体を形成させること;
(f)第二の結合要素上の、標的核酸と複合体を形成していないレポーター化合物の前記量の残りの一部を捕捉すること;並びに
(e)第二の結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び/又は量の指標となる値を測定すること、
を含む、方法。 - 第二の結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び/又は量の指標となる値に基づいて、標的核酸の存在及び/又は量の指標となる値を測定することをさらに含む、請求項129に記載の方法。
- 第二の結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び/又は量の指標となる値を測定する工程の後に、第二の結合要素からレポーター化合物の前記量の残りの一部を放出させること;
標的核酸の前記量の少なくとも一部とレポーター化合物の前記量のサブセットの複合体を形成させること;
第二の結合要素上の、標的核酸と複合体を形成していないレポーター化合物の前記量の残りの一部を捕捉すること;並びに
第二の結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び/又は量の指標となる値を測定すること
をさらに含む、請求項129又は130に記載の方法。 - N回のさらなる回数(Nは、1より大きい又は1に等しい整数である。)、放出させる、複合体を形成させる、捕捉する及び測定する工程を実施することをさらに含む、請求項121に記載の方法。
- N>5である、請求項132に記載の方法。
- N>10である、請求項132に記載の方法。
- N>20である、請求項132に記載の方法。
- 標的核酸の前記量の少なくとも一部とレポーター化合物の前記量の一部の複合体を形成させる工程及び第二の結合要素上の、標的核酸と複合体を形成していないレポーター化合物の前記量の残りの一部を捕捉する工程が同時に行われる、請求項129から135の何れかに記載の方法。
- 標的核酸を増幅に供することをさらに含む、請求項129から136の何れかに記載の方法。
- 標的核酸の前記量の少なくとも一部との、レポーター化合物の前記量の一部の複合体を形成させる工程の前に、標的核酸の増幅が開始される、請求項137に記載の方法。
- 標的核酸の前記量の少なくとも一部との、レポーター化合物の前記量の一部の複合体の形成及び第二の結合要素上の、標的核酸と複合体を形成していないレポーター化合物の前記量の残りの一部の捕捉が化学的平衡状態になる前に、第二の結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び/又は量の指標となる値が測定される、請求項136から138の何れかに記載の方法。
- 標的核酸の前記量の少なくとも一部との、レポーター化合物の前記量の一部の複合体を形成する工程及び第二の結合要素上の、標的核酸と複合体を形成していないレポーター化合物の前記量の残りの一部を捕捉する工程を開始してから1秒ないし120秒後に、第二の結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び/又は量の指標となる値が測定される、請求項136から139の何れかに記載の方法。
- レポーター化合物が1つ又はそれ以上の検出可能な標識を含む、請求項129から140の何れかに記載の方法。
- 1つ又はそれ以上の検出可能な標識が蛍光標識である、請求項141に記載の方法。
- レポーター化合物がオリゴヌクレオチドである、請求項129から142の何れかに記載の方法。
- 標的核酸を増幅に供する前に、標的核酸を逆転写に供することをさらに含む、請求項137から143の何れかに記載の方法。
- 第二の結合要素が、第二の結合要素上にレポーター化合物を捕捉することができる1つ又はそれ以上の異なるレポーター特異的捕捉分子を含む、請求項129から144の何れかに記載の方法。
- レポーター特異的捕捉分子がオリゴヌクレオチドである、請求項145に記載の方法。
- 異なるレポーター特異的捕捉分子が第二の結合要素に関して異なる位置上に配置されている、請求項145又は146に記載の方法。
- レポーター特異的捕捉分子と複合体を形成することによって、レポーター化合物が第二の結合要素上に捕捉される、請求項145から147の何れかに記載の方法。
- 標的核酸と複合体を形成することが可能なレポーター化合物の相互作用部位の少なくとも一部がレポーター特異的捕捉分子と複合体を形成することもできる、請求項145から148の何れかに記載の方法。
- レポーター特異的捕捉分子及び標的核酸がレポーター化合物との複合体の形成に関して競合する、請求項145から149の何れかに記載の方法。
- 増幅が二本鎖核酸を変性させる工程を含む、請求項137から150の何れかに記載の方法。
- 二本鎖核酸が標的核酸とのレポーター化合物の複合体、レポーター特異的捕捉分子とのレポーター化合物の複合体、レポーター化合物の二本鎖及び標的核酸の二本鎖を含む、請求項151に記載の方法。
- 増幅が標的核酸へプライマー分子を徐冷する工程を含む、請求項137から152の何れかに記載の方法。
- 標的核酸の前記量の少なくとも一部との、レポーター化合物の前記量の一部の複合体を形成させる工程及び/又は第二の結合要素上の、標的核酸と複合体を形成していないレポーター化合物の前記量の残りの一部を捕捉する工程と同時に徐冷工程が行われる、請求項153に記載の方法。
- 増幅が循環増幅である、請求項137から154の何れかに記載の方法。
- 循環増幅がPCRである、請求項155に記載の方法。
- PCRを実施することがエキソヌクレアーゼ活性を有するポリメラーゼを使用することを含む、請求項156に記載の方法。
- 循環増幅が少なくとも10のサイクルを含む、請求項155から157の何れかに記載の方法。
- 循環増幅が少なくとも20のサイクルを含む、請求項155から158の何れかに記載の方法。
- 第二の結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び/又は量の指標となる値が循環増幅の少なくとも1サイクル後に測定される、請求項155から159の何れかに記載の方法。
- 第二の結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び/又は量の指標となる値が循環増幅の各サイクル後に測定される、請求項155から160の何れかに記載の方法。
- 標的核酸の存在及び/又は量の指標となる値が、第二の結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び/又は量の指標となる値を測定した後に毎回測定される、請求項155から161の何れかに記載の方法。
- 第二の結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び/又は量の指標となる値の測定が指標値の時間依存性モニタリングを含む、請求項129から162の何れかに記載の方法。
- 標的核酸の存在及び/又は量の指標となる値が、レポーター化合物の存在及び/又は量の指標となる値を標的核酸の存在及び/又は量の指標となる値と相関させる較正曲線に基づいて測定される、請求項130から163の何れかに記載の方法。
- 請求項1から99の何れかに記載の装置中で行われる、請求項129から164の何れかに記載の方法。
- 装置が液体を収容するように適合された第一の構造を含み、及びそれぞれ標的核酸と捕捉分子を含む複合体を形成させる工程(各捕捉分子は標的核酸のある領域に対して特異的な結合部分とアンカー基を含む。)が第一の構造中で行われる、請求項165に記載の方法。
- 装置が液体を収容するように適合された第二の構造を含み、第一の結合要素及び場合によって第二の結合要素が第二の構造中に提供される、請求項165又は166に記載の方法。
- 試料が1μLから50μLの容積を有する流体試料である、請求項100から167の何れかに記載の方法。
- 試料が液体全血試料である、請求項100から168の何れかに記載の方法。
- 請求項100から169の何れかに記載の方法を実施するように構成された請求項1から99の何れかに記載の流体装置。
- −レポーター化合物のある量、
−レポーター化合物を捕捉することができる結合要素及び
−レポーター化合物と複合体を形成することができる標的核酸のある量(レポーター化合物との複合体の形成は結合要素によるレポーター化合物の捕捉を阻害する。)、
を含む組成物を形成すること;
標的核酸の前記量の少なくとも一部との、レポーター化合物の前記量の一部の複合体を形成させること;
結合要素上の、標的核酸と複合体を形成していないレポーター化合物の前記量の残りの一部を捕捉すること;並びに
結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び/又は量の指標となる値を測定すること
を含む方法。 - 結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び/又は量の指標となる値に基づいて、標的核酸の存在及び/又は量の指標となる値を測定することをさらに含む、請求項171に記載の方法。
- 標的核酸の前記量の少なくとも一部との、レポーター化合物の前記量の一部の複合体を形成させる工程の後に、結合要素からレポーター化合物の前記量の残りの一部を放出させること、結合要素上の、標的核酸と複合体を形成していないレポーター化合物の前記量の残りの一部を捕捉すること、並びに結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び/又は量の指標となる値を測定することをさらに含む、請求項171又は172に記載の方法。
- N回のさらなる回数(Nは、1より大きい又は1に等しい整数である。)、放出、複合体の形成、捕捉及び測定の工程を実施することをさらに含む、請求項173に記載の方法。
- N>5である、請求項174に記載の方法。
- N>10である、請求項174に記載の方法。
- N>20である、請求項174に記載の方法。
- 複合体を形成させる工程の前に、
結合要素上にレポーター化合物の前記量の少なくとも一部を捕捉すること;
結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び/又は量の指標となる値を測定すること;並びに
捕捉されたレポーター化合物を結合要素から放出させること
をさらに含む、請求項171から177の何れかに記載の方法。 - 標的核酸の前記量の少なくとも一部との、レポーター化合物の前記量の一部の複合体を形成させる工程及び結合要素上の、標的核酸と複合体を形成していないレポーター化合物の前記量の残りの一部を捕捉する工程が同時に行われる、請求項171から178の何れかに記載の方法。
- 標的核酸を増幅に供することをさらに含む、請求項171から179の何れかに記載の方法。
- 標的核酸の前記量の少なくとも一部との、レポーター化合物の前記量の一部の複合体を形成させる工程の前に、標的核酸の増幅が開始される、請求項180に記載の方法。
- 標的核酸の前記量の少なくとも一部との、レポーター化合物の前記量の一部の複合体の形成及び結合要素上の、標的核酸と複合体を形成していないレポーター化合物の前記量の残りの一部の捕捉が化学的平衡状態になる前に、結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び/又は量の指標となる値が測定される、請求項171から181の何れかに記載の方法。
- 標的核酸の前記量の少なくとも一部との、レポーター化合物の前記量の一部の複合体を形成する工程及び結合要素上の、標的核酸と複合体を形成していないレポーター化合物の前記量の残りの一部を捕捉する工程を開始してから1秒ないし120秒後に、結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び/又は量の指標となる値が測定される、請求項171から182の何れかに記載の方法。
- レポーター化合物が1つ又はそれ以上の検出可能な標識を含む、請求項171から183の何れかに記載の方法。
- 1つ又はそれ以上の検出可能な標識が蛍光標識である、請求項184に記載の方法。
- レポーター化合物がオリゴヌクレオチドである、請求項171から185の何れかに記載の方法。
- 標的核酸を増幅に供する前に、標的核酸を逆転写に供することをさらに含む、請求項180から186の何れかに記載の方法。
- 組成物を形成することが、
−第一のレポーター化合物のある量と、
−第一のレポーター化合物と複合体を形成することができる第一の標的核酸のある量と(第一のレポーター化合物との複合体の形成は結合要素による第一のレポーター化合物の捕捉を阻害する。)、
−第二のレポーター化合物のある量と、及び
−第二のレポーター化合物と複合体を形成することができる第二の標的核酸のある量(第二のレポーター化合物との複合体の形成は結合要素による第二のレポーター化合物の捕捉を阻害する。)と
を含む組成物を形成することを含む、請求項171から187の何れかに記載の方法。 - 結合要素が、結合要素上にレポーター化合物を捕捉することができる1つ又はそれ以上の異なるレポーター捕捉分子を含む、請求項171から188の何れかに記載の方法。
- 捕捉分子がオリゴヌクレオチドである、請求項189に記載の方法。
- 異なる捕捉分子が結合要素に関して異なる位置上に配置されている、請求項189又は190に記載の方法。
- 捕捉分子と複合体を形成することによって、レポーター化合物が結合要素上に捕捉される、請求項189から191の何れかに記載の方法。
- 標的核酸と複合体を形成することが可能なレポーター化合物の相互作用部位の少なくとも一部が捕捉分子と複合体を形成することもできる、請求項189から192の何れかに記載の方法。
- 捕捉分子及び標的核酸がレポーター化合物との複合体の形成に関して競合する、請求項189から193の何れかに記載の方法。
- 増幅が二本鎖核酸を変性させる工程を含む、請求項180から194の何れかに記載の方法。
- 二本鎖核酸が標的核酸とのレポーター化合物の複合体、捕捉分子とのレポーター化合物の複合体、レポーター化合物の二本鎖及び標的核酸の二本鎖を含む、請求項195に記載の方法。
- 増幅が標的核酸へプライマー分子を徐冷する工程を含む、請求項180から196の何れかに記載の方法。
- 標的核酸の前記量の少なくとも一部との、レポーター化合物の前記量の一部の複合体を形成させる工程及び/又は結合要素上の、標的核酸と複合体を形成していないレポーター化合物の前記量の残りの一部を捕捉する工程と同時に徐冷工程が行われる、請求項197に記載の方法。
- 増幅が循環増幅である、請求項180から198の何れかに記載の方法。
- 循環増幅がPCRである、請求項199に記載の方法。
- PCRを実施することがエキソヌクレアーゼ活性を有するポリメラーゼを使用すること含む、請求項200に記載の方法。
- 循環増幅が少なくとも10のサイクルを含む、請求項199から201の何れかに記載の方法。
- 循環増幅が少なくとも20のサイクルを含む、請求項199から202の何れかに記載の方法。
- 結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び/又は量の指標となる値が循環増幅の少なくとも1つのサイクル後に測定される、請求項199から203の何れかに記載の方法。
- 結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び/又は量の指標となる値が循環増幅の各サイクル後に測定される、請求項199から204の何れかに記載の方法。
- 標的核酸の存在及び/又は量の指標となる値が、結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び/又は量の指標となる値を測定した後に毎回測定される、請求項199から205の何れかに記載の方法。
- 結合要素上に捕捉されたレポーター化合物の存在及び/又は量の指標となる値の測定が指標となる値の時間依存性モニタリングを含む、請求項171から206の何れかに記載の方法。
- 標的核酸の存在及び/又は量の指標となる値が、レポーター化合物の存在及び/又は量の指標となる値を標的核酸の存在及び/又は量の指標となる値と相関させる較正曲線に基づいて測定される、請求項172から207の何れかに記載の方法。
- バイオセンサーアッセイ装置、微小流体カートリッジ及びラブ・オン・チップ(lab on chip)からなる群から選択される装置中で実施される、請求項171から208の何れかに記載の方法。
- 二本鎖アンプリコンを形成させるために、少なくとも1つの標的ポリヌクレオチドを増幅すること、
アンプリコンを、アンプリコンを選択的に結合するように構成された表面と、及び
アンカー基によって前記表面に結合されたアンプリコンと接触させること、アンプリコンの存在を光学的に測定すること、
を含む、方法。 - 光学的に検出する工程の後に表面からアンプリコンを放出させること、放出されたアンプリコンを少なくとも1つ以上の増幅サイクルに供すること、得られたアンプリコンを前記表面と、及びアンカー基によって前記表面に結合されたアンプリコンと接触させること、アンプリコンの存在を光学的に測定すること、を単離することをさらに含む、請求項210に記載の方法。
- N回のさらなる回数(Nは、1より大きい又は1に等しい整数である。)、放出させる、供する、接触させる及び光学的測定する工程を実施することをさらに含む、請求項211に記載の方法。
- N>5である、請求項212に記載の方法。
- N>10である、請求項212に記載の方法。
- N>20である、請求項212に記載の方法。
- 増幅の工程の前に、
標的ポリヌクレオチドを提供すること、
それぞれ病原体から放出された標的ポリヌクレオチド及び少なくとも1つの捕捉分子(各捕捉分子は標的ポリヌクレオチドのある領域に対して特異的な結合部分とアンカー基を含む。)を含む複合体を形成させること、並びに
複合体を表面と接触させること(表面は、複合体及び表面を非選択的に結合させるために、捕捉分子のアンカー基を非選択的に結合するように構成されている。)、
をさらに含む、請求項210に記載の方法。 - ポリヌクレオチドを提供することが、標的ポリヌクレオチドを含む、1つ又はそれ以上の細胞、芽胞又はウイルスの内容物を放出させることを含む、請求項216に記載の方法。
- 放出の工程が、1つ又はそれ以上の細胞、芽胞又はウイルスを含む試料を、溶解試薬及び捕捉分子と接触させることを含む、請求項217に記載の方法。
- 試料を溶解試薬及び捕捉分子と接触させる工程が、試料を、凍結乾燥された形態の溶解試薬及び捕捉分子と接触させることを含む、請求項218に記載の方法。
- 標的ポリヌクレオチドを提供する工程が付随物質を提供することを含み、及び方法が表面に結合された複合体と付随物質を分離することをさらに含む、請求項216に記載の方法。
- 付随物質が、ポリヌクレオチドがそこから放出される少なくとも1つの細胞、芽胞又はウイルスの内容物を含む、請求項221に記載の方法。
- 表面が粒子の表面である、請求項210に記載の方法。
- 1つ又はそれ以上の標的ポリヌクレオチドを提供すること、
それぞれ標的ポリヌクレオチドと少なくとも1つの捕捉分子(各捕捉分子は標的ポリヌクレオチドある領域に対して特異的な結合部分とアンカー基を含む。)を含む複合体を形成させること、及び
複合体を表面と接触させること(表面は、複合体及び表面を非選択的に結合するために、捕捉分子のアンカー基を非選択的に結合するように構成されている。)、
を含む、方法。 - 提供する工程が、1つ又はそれ以上の細胞、芽胞又はウイルスの内容物を放出させることを含み、及び前記内容物がポリヌクレオチドを含む、請求項223に記載の方法。
- 表面に結合された複合体と、1つ又はそれ以上の細胞、芽胞又はウイルスから放出された他の内容物を分離することをさらに含む、請求項224に記載の方法。
- 請求項210から225の何れかに記載の方法を実施するように構成された装置。
- 微小流体装置の反応チャンバー中に液体を導入すること(前記液体は標的ポリヌクレオチドを含む。)、
反応チャンバー内に位置する第一の結合要素へ標的ポリヌクレオチドを結合させること、
アンプリコンを形成させるために、反応チャンバー内の標的ポリヌクレオチドを増幅すること(増幅は、レポート化合物の存在下で行われる。)、
反応チャンバー内のアンプリコンへレポーター化合物の一部を結合させること、
反応チャンバー内の第二の結合要素へレポーター化合物の残りの一部を結合させること、及び
第二の結合要素に結合されたレポーター化合物を検出すること、
を含む、方法。 - 微小流体装置の反応チャンバー中に液体を導入すること(前記液体は標的ポリヌクレオチドを含む。)、
反応チャンバー内に位置する第一の結合要素へ標的ポリヌクレオチドを結合させること、
アンプリコンを形成させるために、反応チャンバー内の標的ポリヌクレオチドを増幅すること(増幅は、レポート化合物の存在下で行われる。)、
反応チャンバー内のアンプリコンへレポーター化合物の一部を結合させること、
反応チャンバー内の第二の結合要素へレポーター化合物の残りの一部を結合させること、
第二の結合要素に結合されたレポーター化合物を検出すること、
を含む、方法。 - アンプリコンを形成させるために増幅混合物中の標的ポリヌクレオチドを増幅させること(増幅はレポーター化合物の存在下で実施され、アンプリコンの少なくとも一部はレポーター化合物と複合体を形成することができる。)
アンプリコンの少なくとも一部との、レポーター化合物の前記量の一部の複合体を形成させること;及び
レポーター化合物の残りの一部(アンプリコンと複合体を形成していない残りの一部の一員)を検出すること、
を含む、方法。 - 検出されたレポーター化合物の残りの一部に基づいて、増幅した後に存在するアンプリコンの数の指標となる値を測定することをさらに含む、請求項229に記載の方法。
- アンプリコンの数の指標となる値に基づいて、増幅混合物中に存在する標的ポリヌクレオチドの数の指標となる値を測定することをさらに含む、請求項230に記載の方法。
- 増幅の工程が、対照アンプリコンを形成するために増幅混合物中に存在する対照ポリヌクレオチドを増幅することをさらに含み(増幅は対照レポーター化合物の存在下で行われ、対照アンプリコンの少なくとも一部は対照レポーター化合物と複合体を形成することができる。)、
対照アンプリコンの少なくとも一部との、対照レポーター化合物の前記量の一部の複合体を形成させること;
対照レポーター化合物の残りの一部(対照アンプリコンと複合体を形成していない残りの一部の一員)を検出すること;並びに
レポーター化合物の検出された残りの一部及び対照レポーター化合物の検出された残りの一部に基づいて、増幅後に存在するアンプリコンの数の指標となる値を測定すること、
をさらに含む、請求項229又は231に記載の方法。 - レポーター化合物及び対照レポーター化合物がそれぞれ光学的標識を含み、検出の工程が光学的標識を検出することを含む、請求項232に記載の方法。
- 表面に関して固定化された結合要素へ、アンプリコンと複合体を形成していないレポーター化合物を結合させることをさらに含み、及び検出が結合要素に結合されたレポーター化合物の残りの一部を用いて行われる、請求項229から233の何れかに記載の方法。
- 結合要素が第一の結合要素であり、表面に関して固定化された第二の結合要素へ、対照アンプリコンと複合体を形成していない対照レポーター化合物を結合させることをさらに含み、及び第二の結合要素に結合された対照レポーター化合物の残りの一部を用いて、対照レポーター化合物の残りの一部の検出が行われる、請求項234に記載の方法。
- 結合要素が反応チャンバー中に配置されており、及び検出の工程が反応チャンバー内で行われる、請求項234に記載の方法。
- 第一及び第二の結合要素が反応チャンバー中に配置されており、及びレポーター化合物及び対照レポーター化合物を検出する工程が反応チャンバー中で行われる、請求項235に記載の方法。
- 増幅の工程の前に、第三の結合要素へ標的ポリヌクレオチドを結合させること、及び第三の結合要素から標的ポリヌクレオチドを放出させることをさらに含む、請求項229から237の何れかに記載の方法。
- 増幅の工程の前に、第三の結合要素へ標的ポリヌクレオチドを結合させること、及び第三の結合要素から標的ポリヌクレオチドを放出させることをさらに含み、第三の結合要素が反応チャンバー中に配置されている、請求項236又は237に記載の方法。
- 増幅、複合体の形成及び検出の工程をN回繰り返すことをさらに含み(Nは少なくとも2である。)、並びに増幅の反復される工程がアンプリコンを増幅することを含む、請求項229から239の何れかに記載の方法。
- N反復の少なくとも幾つかのそれぞれに対して、レポーター化合物の検出された残りの一部に基づいて、アンプリコンの数の指標となる値を測定することをさらに含む、請求項240に記載の方法。
- N反復の少なくとも1つに対して、アンプリコンの数の指標となる値に基づいて、増幅混合物中に存在する標的ポリヌクレオチドの数の指標となる値を測定することをさらに含む、請求項241に記載の方法。
- Nが少なくとも20である、請求項240から242の何れかに記載の方法。
- 増幅の反復される工程が対照アンプリコンを増幅することを含み、並びに方法が対照アンプリコンと対照レポーター化合物間の複合体を形成する工程及び対照レポーター化合物の残りの一部を検出する工程をN回繰り返すことを含む、請求項240から243の何れかに記載の方法。
- N反復の少なくとも幾つかのそれぞれに対して、レポーター化合物の検出された残りの一部及び対照レポーター化合物の検出された残りの一部に基づいて、アンプリコンの数の指標となる値を測定する、請求項244に記載の方法。
- 標的ポリヌクレオチドが病原体に由来し、及び方法が標的ポリヌクレオチドを放出するために病原体を溶解することを含む、請求項229から245の何れかに記載の方法。
- 病原体がウイルスである、請求項246に記載の方法。
- ウイルスがHIVである、請求項247に記載の方法。
- レポーター化合物が光学的に検出可能な標識を含み、及びレポーター化合物がアンプリコンと複合体を形成した場合と、レポーター化合物が複合体を形成していない場合とで、光学的に検出可能な標識の検出可能性が実質的に同じである、請求項229から248の何れかに記載の方法。
- 標識が蛍光性であり、及びレポーター化合物がアンプリコンと複合体を形成したときの蛍光標識の量子収率が、レポーター化合物がアンプリコンと複合体を形成していないときの標識の量子収率の10%以内である、請求項249に記載の方法。
- 対照レポーター化合物が光学的に検出可能な標識を含み、並びに対照レポーター化合物が対照アンプリコンと複合体を形成した場合と、及び対照レポーター化合物が複合体を形成していない場合とで、光学的に検出可能な標識の検出可能性が実質的に同じである、請求項249に記載の方法。
- 対照レポーター化合物の標識が蛍光性であり、及び対照レポーター化合物が対照アンプリコンと複合体を形成したときの蛍光標識の量子収率が、レポーター化合物が対照アンプリコンと複合体を形成していないときの標識の量子収率の10%以内である、請求項251に記載の方法。
- 第一及び第二の結合要素が同じ表面に関して固定化されている、請求項235に記載の方法。
- 増幅混合物中の標的ポリヌクレオチドを増幅することが、それぞれの異なるアンプリコンを形成させるために増幅混合物中の数N’のさらなる異なる標的ポリヌクレオチドを増幅すること(増幅はN’のそれぞれのレポーター化合物の存在下で実施され、第N’アンプリコンのそれぞれの少なくとも一部は第N’レポーター化合物と複合体を形成することができ、N’は少なくとも2である。)、
第N’アンプリコンの少なくとも一部との、第N’レポーター化合物のそれぞれの前記量の一部の複合体を形成させること;及び
第N’レポーター化合物のそれぞれの残りの一部(それぞれのアンプリコンと複合体を形成していないそれぞれの残りの一部の一員)を検出すること、
をさらに含む、請求項240から253の何れかに記載の方法。 - N’が少なくとも4である、請求項254に記載の方法。
- 請求項229から255に記載の方法の何れかを実施するように構成された装置。
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