JP2017225447A - 呼吸器疾患関連遺伝子特異的siRNA、そのようなsiRNAを含む二重らせんオリゴRNA構造体およびこれを含む呼吸器疾患予防または治療用組成物 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】構造式1で表される二重らせんオリゴRNA構造体。A−X−R−Y−B(構造式1)(Aは親水性物質;Bは疎水性物質;X及びYは夫々独立して単純共有結合又はリンカー媒介された共有結合;RはCTGF特異的siRNA)
【選択図】図1
Description
配列番号101〜110、124、153、166、187、197、409、410、415、417、418、420、422、424、427および429番で構成された群から選択されたいずれか一つの配列をセンス鎖として含むCyr61特異的siRNA、または
配列番号201〜210、212、218、221、223、504〜507、514、515および522〜525番で構成された群から選択されたいずれか一つの配列をセンス鎖として含むPlekho1特異的siRNAである。
配列番号102、104、107、108、124、153、166、187、197、410、422および424番で構成された群から選択されたいずれか一つの配列をセンス鎖として含むCyr61特異的siRNA、または
配列番号206〜209、212、218、221、223、507、515および525番で構成された群から選択されたいずれか一つの配列をセンス鎖として含むPlekho1特異的siRNAであり、
最も好ましくは、配列番号42、59、602または323に係るいずれか一つの配列をセンス鎖として含むCTGF特異的siRNA、
配列番号124、153、187、197または424番の配列をセンス鎖として含むCyr61特異的siRNA、または
配列番号212、218、221、223または525番の配列をセンス鎖として含むPlekho1特異的siRNAである。
A−X−R−Y−B (構造式1)
前記構造式(1)で、Aは親水性物質、Bは疎水性物質、XおよびYはそれぞれ独立して単純共有結合またはリンカー媒介された共有結合を意味して、RはCTGF、Cyr61またはPlekho1特異的siRNAを意味する。
(A’m−J)n (構造式5)
(J−A’m)n (構造式6)
前記構造式5および構造式6で、A’は、親水性物質単量体(monomer)を、Jはm個の親水性物質単量体の間またはm個の親水性物質単量体とsiRNAを互いに連結するリンカー、mは1〜15の整数、nは1〜10の整数を意味して、(A’m−J)または(J−A’m)で表される繰り返し単位が親水性物質ブロックの基本単位に該当する。
(A’m−J)n−X−R−Y−B (構造式7)
(J−A’m)n−X−R−Y−B (構造式8)
前記構造式7および構造式8で、X、R、YおよびBは、構造式1での定義と同様であり、A’、J、mおよびnは、構造式5および構造式6での定義と同様である。
配列番号101〜110、124、153、166、187、197、409、410、415、417、418、420、422、424、427および429番で構成された群から選択されたいずれか一つの配列をセンス鎖として含むCyr61特異的siRNA、または
配列番号201〜210番、212、218、221、223、504〜507、514、515および522〜525番で構成された群から選択されたいずれか一つの配列をセンス鎖として含むPlekho1特異的なsiRNAである。
配列番号102、104、107、108、124、153、166、187、197、410、422および424番で構成された群から選択されたいずれか一つの配列をセンス鎖として含むCry61特異的siRNA、または
配列番号206〜209、212、218、221、223、507、515および525番で構成された群から選択されたいずれか一つの配列をセンス鎖として含むPlekho1特異的siRNAであり、
最も好ましくは配列番号42、59、602または323番に係るいずれか一つの配列をセンス鎖として含むCTGF特異的siRNA、
配列番号124、153、187、197または424番に係るいずれか一つの配列をセンス鎖として含むCry61特異的siRNA、または
配列番号212、218、221、223または525番の配列をセンス鎖で含むPlekho1特異的siRNAである。
非必須アミノ酸の一つであるヒスチジンは、残基(−R)にイミダゾリン(pka3 6.04)を持つので、エンドソームとリソソームで緩衝能力(buffering capacity)を増加させる効果があって、リポソームをはじめとする非ウィルス性遺伝子伝達体(non−viral gene carrier)でエンドソーム脱出効率を上げるために、ヒスチジン修飾を利用することができる点が知られている(Novel histidine−conjugated galactosylated cationic liposomes for efficient hepatocyte selective gene trasnsfer in human hepatoma HepG2 cells.J.Controlled Release 118,pp262−270)。
P−J1−J2−A−X−R−Y−B (構造式9)
前記構造式9で、A、B、R、XおよびYは、構造式1での定義と同様であり、Pは、アミン基またはポリヒスチジン基を意味して、J1とJ2は、リンカーとして、独立して単純共有結合、PO3 −、SO3、CO2、C2−12のアルキル、アルケニル、アルキニルから選択されるが、これに限定されず、使用される親水性物質により本発明の目的に合致するJ1とJ2はいかなるリンカーでも使用できることは当業者には自明である。
P−J1−J2−(A’m−J)n−X−R−Y−B (構造式10)
P−J1−J2−(J−A’m)n−X−R−Y−B (構造式11)
前記構造式10および構造式11で、X、R、Y、B、A’、J、mおよびnは、構造式5または構造式6での定義と同様であり、P、J1およびJ2は、構造式9での定義と同様である。
(Li−Z)−A−X−R−Y−B (構造式15)
前記構造式15で、A、B、XおよびYは、前記構造式1での定義と同様であり、Lは受容体媒介内包作用(receptor−mediated endocytosis,RME)を介してターゲット細胞内在化(internalization)を増進させる受容体と特異的に結合する特性を持つリガンド、Zは、単純共有結合または親水性物質ブロック内の親水性物質単量体とリガンドの結合を媒介するリンカーを意味して、iは、1〜5の整数、好ましくは1〜3の整数である。
(1)固形支持体(solid support)をベースに親水性物質を結合させる段階;
(2)前記親水性物質が結合された固形支持体をベースにRNA一本鎖を合成する段階;
(3)前記RNA一本鎖5’末端に疎水性物質を共有結合させる段階;
(4)前記RNA一本鎖の配列と相補的な配列のRNA一本鎖を合成する段階;
(5)合成が完了すれば固形支持体からRNA−高分子構造体およびRNA一本鎖を分離精製する段階;及び
(6)製造されたRNA−高分子構造体と相補的な配列のRNA一本鎖のアニーリングにより二重らせんオリゴRNA構造体を製造する段階;
を含む。
(1)官能基が結合されている固形支持体に親水性物質を結合させる段階;
(2)官能基−親水性物質が結合されている固形支持体をベースにRNA一本鎖を合成する段階;
(3)前記RNA一本鎖の5’末端に疎水性物質を共有結合させる過程で合成する段階;
(4)前記RNA一本鎖の配列と相補的な配列のRNA一本鎖を合成する段階;
(5)合成が完了すると、固形支持体から官能基−RNA−高分子構造体および相補的な配列のRNA一本鎖を分離する段階;
(6)前記官能基を利用して親水性物質末端にリガンドを結合してリガンド−RNA−高分子構造体一本鎖を製造する段階;及び
(7)製造されたリガンド−RNA−高分子構造体と相補的な配列のRNA一本鎖のアニーリングによりリガンド−二重らせんオリゴRNA構造体を製造する段階;
を含む。
配列番号1〜100番または602〜604番および301〜400番で構成された群から選択されたいずれか一つの配列、好ましくは配列番号1〜10、35、42、59、602〜604、301〜303、305〜307、309、317、323および329番で構成された群から選択されたいずれか一つの配列、さらに好ましくは配列番号4、5、8、9、35、42、59、602〜604、301、303、307および323番で構成された群から選択されたいずれか一つの配列、最も好ましくは配列番号42、59、602または323番に係る配列を含むセンス鎖およびこれと相補的な配列を含むアンチセンス鎖を含むCTGF特異的なsiRNAを含む二重らせんオリゴRNA構造体、
配列番号101〜200番および400〜500番で構成された群から選択されたいずれか一つの配列、好ましくは配列番号101〜110、124、153、166、187、197、409、410、415、417、418、420、422、424、427および429番で構成された群から選択されたいずれか一つの配列、さらに好ましくは配列番号102、104、107、108、124、153、166、187、197、410、422および424番で構成された群から選択されたいずれか一つの配列、最も好ましくは配列番号124、153、187、197または424番の配列を含むセンス鎖およびこれと相補的な配列を含むアンチセンス鎖を含むCyr61特異的なsiRNAを含む二重らせんオリゴRNA構造体、または
配列番号201〜300番および501〜600番で構成された群から選択されたいずれか一つの配列、好ましくは配列番号201〜210、212、218、221、223、504〜507、514、515および522〜525番で構成された群から選択されたいずれか一つの配列、さらに好ましくは配列番号206〜209、212、218、221、223、507、515および525番で構成された群から選択されたいずれか一つの配列、最も好ましくは配列番号212、218、221、223または525番の配列を含むセンス鎖およびこれと相補的な配列を含むアンチセンス鎖を含むPlekho1特異的なsiRNAを含む二重らせんオリゴRNA構造体が含まれてもよい。
配列番号102、104および105番で構成された群から選択されたいずれか一つの配列、好ましくは配列番号102番に係るヒトおよびマウスCyr61に共に特異的なsiRNAセンス鎖およびこれと相補的な配列を含むアンチセンス鎖を含むCyr61特異的siRNAを含む二重らせんオリゴRNA構造体、または
配列番号204、207および208番で構成された群から選択されたいずれか一つの配列、好ましくは配列番号207番に係るヒトおよびマウスPlekho1に共に特異的なsiRNAセンス鎖およびこれと相補的な配列を含むアンチセンス鎖を含むPlekho1特異的siRNAを含む二重らせんオリゴRNA構造体が含まれてもよい。
CTGF(Homo sapiens)遺伝子のmRNA配列(NM_001901)、Cyr61(Homo sapiens)遺伝子のmRNA配列(NM_001554)、Plekho1(Homo sapiens)遺伝子のmRNA配列(NM_016274)、CTGF(Mus musculus)遺伝子のmRNA配列(NM_010217)、Cyr61(Mus musculus)遺伝子のmRNA配列(NM_010516)、またはPlekho1(Mus musculus)遺伝子のmRNA配列(NM_023320)に結合できる目標塩基配列(センス鎖)を604種をデザインして、前記目標塩基配列の相補的配列であるアンチセンス鎖のsiRNAを製造した。
本発明で製造した改善された二重らせんオリゴRNA構造体は、親水性物質をPEGの代わりに親水性物質ブロックである[PO3 −−ヘキサエチレングリコール]4(以下、‘Mono−HEG−SAMiRNA’という、構造式17参照)を使用したもので、下記の構造式17のような構造を持つ。
前記構造式17によるMono−HEG SAMiRNAの構造は、下記の構造式18のように表すことができる。
前記実施例3で製造された二重らせんオリゴRNA構造体(Mono−HEG−SAMiRNA)は、二重らせんオリゴRNAの末端に結合された疎水性物質の間の疎水性相互作用によってナノ粒子、すなわちミセル(micelle)を形成するようになる(図1)。
前記Mono−HEG−SAMiRNA−hCTGFを1.5mL DPBS(Dulbecco’s Phosphate Buffered Saline)に50μg/mLの濃度で溶解した後、−75℃、5mTorr条件で48時間凍結乾燥を介してナノ粒子パウダーを製造した後、溶媒であるDPBSに溶解して均質化されたナノ粒子を製造した。Mono−HEG−SAMiRNA−hCyr、Mono−HEG−SAMiRNA−hPlek、Mono−HEG−SAMiRNA−mCTGF、Mono−HEG−SAMiRNA−mCyr、Mono−HEG−SAMiRNA−mPlek、Mono−HEG−SAMiRNA−CONTからなるナノ粒子も同様の方法で製造した。
ゼータ電位測定機(zeta−potential measurement)を介して前記ナノ粒子の大きさを測定した。
前記実施例1で製造された配列番号1番〜10番、101番〜110番、201番〜210番および601番の配列をセンス鎖として持つsiRNAを利用して繊維細胞株であるヒト線維芽細胞(MRC−5)を形質転換させて、前記形質転換された線維芽細胞(MRC−5)の細胞株で目標遺伝子の発現様子を分析した。
韓国細胞株銀行(KCLB、Korean Cell line bank,Korea)から入手したヒト線維芽細胞(MRC−5)の細胞株をRPMI−1640培養培地(GIBCO/Invitrogen、USA、10%(v/v)牛胎児血清、ペニシリン100units/mLおよびストレプトマイシン100μg/mL)で37℃、5%(v/v)CO2の条件下で培養した。
前記実施例5−1で培養された1.8×105線維芽細胞(MRC−5)の細胞株を37℃で5%(v/v)CO2の条件下で6−wellプレートで18時間RPMI1640で培養した後、培地を除去した後、各well当たり500μLのOpti−MEM培地(GIBCO,USA)を分株した。
前記実施例5−2で形質注入された細胞株から全RNAを抽出してcDNAを製造した後、リアルタイムPCR(real−time PCR)を利用してターゲット遺伝子のmRNA発現量を相対定量した。
RNA抽出キット(AccuPrep Cell total RNA extraction kit,BIONEER,Korea)を利用して、前記実施例5−2で形質注入された細胞株から全RNAを抽出して、抽出されたRNAはRNA逆転写酵素(AccuPower CycleScript RT Premix/dT20,Bioneer,Korea)を利用して、下記の方法でcDNAを製造した。具体的に、0.25mLエッペンドルフチューブに入っているAccuPower CycleScript RT Premix/dT20(Bioneer,Korea)でチューブ当たり抽出された1μgずつのRNAを入れて総体積が20μLになるようにDEPC(diethyl pyrocarbonate)処理された蒸溜水を添加した。これを遺伝子増幅器(MyGenieTM 96 Gradient Thermal Block,BIONEER,Korea)で30℃で1分間RNAとプライマーを混成化して、52℃で4分間cDNAを製造する二つの過程を6回繰り返した後、90℃で5分間酵素を不活性化させて増幅反応を終了した。
前記実施例5−3−1で製造されたcDNAを鋳型にしてリアルタイムPCRを介して呼吸器疾患関連遺伝子mRNAの相対量を下記の方法で定量した。96−wellプレートの各wellに前記実施例5−3−1で製造されたcDNAを蒸溜水で5倍希釈して、ターゲット遺伝子mRNA発現量分析のために希釈されたcDNA 3μLと2×GreenStarTM PCR master mix(BIONEER,Korea)を25μL、蒸溜水19μL、qPCRプライマー(表2;F、Rそれぞれ10pmole/μL;BIONEER、Korea)を3μL入れて混合液を作った。一方、ターゲット遺伝子mRNAの発現量を正規化するためにハウスキーピング遺伝子(housekeeping gene、以下HK遺伝子)のRPL13A(ribosomal protein L13a)を標準遺伝子とした。前記混合液が入った96−wellプレートをExicyclerTM96 Real−Time Quantitative Thermal Block(BIONEER,Korea)を利用して下記のような反応を行った:95℃で15分間反応して酵素の活性化およびcDNAの二次構造をなくした後、94℃で30秒変性(denaturing)、58℃で30秒アニーリング(annealing)、72℃で30秒延長(extension)、SYBRグリーンスキャン(SYBR green scan)の四つの過程を42回繰り返し行って、72℃で3分間最終延長を行った後、55℃で1分間温度を維持して、55℃から95℃まで融解曲線(melting curve)を分析した。PCRが終了した後、それぞれ収得したターゲット遺伝子のCt(threshold cycle)値は、GAPDH遺伝子を介して補正されたターゲット遺伝子のCt値を求めた後、遺伝子発現阻害を起こさないコントロール配列のsiRNA(配列番号601番、siCONT)が処理された実験群を対照群としてΔCt値の差を求めた。
前記実施例5−3−2で選定された配列番号1、3、4、8、9、10、102、104、105、106、107、108、109、204、206、207、208、209、210および601番の配列をセンス鎖として持つsiRNAを利用してヒト線維芽細胞(MRC−5)を形質転換させて、前記形質転換された線維芽細胞(MRC−5)の細胞株でターゲット遺伝子の発現様子を分析して高効率のsiRNAを選定した。
韓国細胞株銀行(KCLB、Korean Cell line bank,Korea)から入手したヒト線維芽細胞(MRC−5)の細胞株は実施例5−1と同じ条件で培養した。
実施例6−2.ヒト線維芽細胞の細胞株への目標siRNAの形質注入(transfection)
前記実施例6−1で培養された1.8×105線維芽細胞(MRC−5)の細胞株を37℃で5%(v/v)CO2の条件下で6−wellプレートで18時間RPMI1640で培養した後、培地を除去した後、各well当たり500μLのOpti−MEM培地(GIBCO,USA)を分株した。
前記実施例6−2で形質注入された細胞株から前記実施例4−3と同じ方法で全RNAを抽出してcDNAを製造した後、リアルタイムPCR(real−time PCR)を利用してターゲット遺伝子のmRNA発現量を相対定量した。siRNAの低濃度処理によるターゲット遺伝子発現阻害量観察により各siRNAの効能を明確に確認することができて、8、107および206番をセンス鎖として持つsiRNAは非常に低い濃度でも比較的高いターゲット遺伝子発現阻害を示すことを確認した(図3)。
前記実施例1で製造された配列番号35、42、59、602、603、604、124、153、166、187、197、212、218、221、223および601番の配列をセンス鎖として持つsiRNAを利用して肺腫瘍細胞株であるヒト肺癌細胞株(A549)を形質転換させて、前記形質転換された肺癌細胞(A549)の細胞株で目標遺伝子の発現様子を分析した。
米国種菌協会(American Type Culture Collection,ATCC)から入手したヒト肺癌細胞(A549)の細胞株は、DMEM培養培地(GIBCO/Invitrogen、USA、10%(v/v)牛胎児血清、ペニシリン100units/mLおよびストレプトマイシン100μg/mL)で37℃、5%(v/v)CO2の条件下で培養した。
前記実施例7−1で1.2×105肺癌細胞(A549)の細胞株を37℃で5%(v/v)CO2の条件下で6−wellプレートで18時間DMEMで培養した後、培地を除去した後、各ウェル(well)当たり500μLのOpti−MEM培地(GIBCO,USA)を分株した。
前記実施例7−2で形質注入された細胞株から全RNAを抽出してcDNAを製造した後、リアルタイムPCR(real−time PCR)を利用してターゲット遺伝子のmRNA発現量を相対定量した。
RNA抽出キット(AccuPrep Cell total RNA extraction kit,BIONEER,Korea)を利用して、前記実施例5−2で形質注入された細胞株から全RNAを抽出して、抽出されたRNAは、RNA逆転写酵素(AccuPower CycleScript RT Premix/dT20,Bioneer,Korea)を利用して、下記の方法でcDNAを製造した。具体的に、0.25mLエッペンドルフチューブに入っているAccuPower CycleScript RT Premix/dT20(Bioneer,Korea)に一チューブ当たり抽出された1μgずつのRNAを入れて総体積が20μLになるようにDEPC(diethyl pyrocarbonate)処理された蒸溜水を添加した。これを遺伝子増幅器(MyGenieTM 96 Gradient Thermal Block,BIONEER,Korea)で30℃で1分間RNAとプライマーを混成化して、52℃で4分間cDNAを製造する二つの過程を6回繰り返した後、90℃で5分間酵素を不活性化させて増幅反応を終了した。
前記実施例7−3−1で製造されたcDNAを鋳型としてリアルタイムPCRを介して呼吸器疾患関連遺伝子mRNAの相対量を下記の方法で定量した。96−wellプレートの各wellに前記実施例6−3−1で製造されたcDNAを蒸溜水で5倍希釈して、ターゲット遺伝子mRNA発現量分析のために希釈されたcDNA 3μLと2×GreenStarTM PCR master mix(BIONEER,Korea)を25μL、蒸溜水19μL、qPCRプライマー(表2;F、Rそれぞれ10pmole/μL;BIONEER、Korea)を3μL入れて混合液を作った。一方、ターゲット遺伝子mRNAの発現量を正規化するために、ハウスキーピング遺伝子(housekeeping gene、以下HK遺伝子)のRPL13A(ribosomal protein L13a)を標準遺伝子とした。前記混合液が入った96−wellプレートをExicyclerTM96 Real−Time Quantitative Thermal Block(BIONEER,Korea)を利用して下記のような反応を行った:95℃で15分間反応して酵素の活性化およびcDNAの二次構造をなくした後、94℃で30秒変性(denaturing)、58℃で30秒アニーリング(annealing)、72℃で30秒延長(extension)、SYBRグリーンスキャン(SYBR green scan)の四つの過程を42回繰り返し行って、72℃で3分間最終延長を行った後、55℃で1分間温度を維持して、55℃から95℃まで融解曲線(melting curve)を分析した。PCRが終了した後、それぞれ収得したターゲット遺伝子のCt(threshold cycle)値は、GAPDH遺伝子を介して補正されたターゲット遺伝子のCt値を求めた後、遺伝子発現阻害を起こさないコントロール配列のsiRNA(配列番号601番、siCONT)が処理された実験群を対照群としてΔCt値の差を求めた。
前記実施例7−3−2で選定された配列番号42、59、602、124、153、187、197、212、218、221および223番の配列をセンス鎖として持つsiRNAを含むSAMiRNA LPからなるナノ粒子を利用してヒト肺癌細胞(A549)を形質転換させて、前記形質転換された肺癌細胞(A549)の細胞株でターゲット遺伝子の発現様子を分析した。
米国種菌協会(American Type Culture Collection,ATCC)から入手したヒト肺癌細胞(A549)の細胞株は実施例7−1と同じ条件で培養した。
前記実施例8−1で培養された1.2×105肺癌細胞(A549)細胞株を37℃で5%(v/v)CO2の条件下で12−wellプレートで18時間RPMI1640で培養した後、培地を除去した後、各well当たり同量のOpti−MEM培地(GIBCO,USA)を分株した。Opti−MEM培地100μLと前記実施例4−2で製造したSAMiRNALPおよびmonoSAMiRNALPを50μg/mLの濃度でDPBSに添加して、実施例5−1と同じ方法で−75℃、5mTorr条件で48時間凍結乾燥して均一なナノ粒子を製造した。その後、Opti−MEMに分株された腫瘍細胞株の各ウェルに形質注入(transfection)用溶液を200nMの濃度で処理して、37℃で5%(v/v)CO2の条件下に計48時間培養した。
前記実施例8−2で形質注入された細胞株から前記実施例6−3と同じ方法で全RNAを抽出してcDNAを製造した後、リアルタイムPCR(real−time PCR)を利用してターゲット遺伝子のmRNA発現量を相対定量した。siRNAの低濃度処理によるターゲット遺伝子発現阻害量観察により各siRNAの効能を明確に確認することができて、42、59および602番をセンス鎖として持つsiRNAは、非常に低い濃度でも比較的高いターゲット遺伝子発現阻害を示すことを確認した(図5)。
前記実施例1で製造された配列番号301〜330、401〜430、501〜530および601番の配列をセンス鎖として持つsiRNAを利用して繊維細胞株であるマウス線維芽細胞(NIH3T3)を形質転換させて、前記形質転換された線維芽細胞(NIH3T3)の細胞株で目標遺伝子の発現様子を分析した。
米国種菌協会(American Type Culture Collection,ATCC)から入手したマウス線維芽細胞(NIH3T3)の細胞株をRPMI−1640培養培地(GIBCO/Invitrogen、USA、10%(v/v)牛胎児血清、ペニシリン100units/mLおよびストレプトマイシン100μg/mL)で37℃、5%(v/v)CO2の条件下で培養した。
前記実施例9−1で培養された1×105線維芽細胞(NIH3T3)の細胞株を37℃で5%(v/v)CO2の条件下で12−wellプレートで18時間RPMI1640で培養した後、培地を除去した後、各well当たり500μLのOpti−MEM培地(GIBCO,USA)を分株した。
前記実施例9−2で形質注入された細胞株から前記実施例5−3と同じ方法で全RNAを抽出してcDNAを製造した後、リアルタイムPCR(real−time PCR)を利用してターゲット遺伝子のmRNA発現量を相対定量した。
前記実施例9−3で選定された配列番号301、303、307、323、410、422、424、507、515、525および601番の配列をセンス鎖として持つsiRNAを利用してマウス線維芽細胞(NIH3T3)細胞株でターゲット遺伝子の発現様子を分析して高効率のsiRNAを選定した。
米国種菌協会(American Type Culture Collection,ATCC)から入手したマウス線維芽細胞(NIH3T3)の細胞株は、前記実施例9−1と同じ条件で培養した。
前記実施例10−1で培養された1×105線維芽細胞(NIH3T3)の細胞株を37℃で5%(v/v)CO2の条件下で12−wellプレートで18時間RPMI1640で培養した後、培地を除去した後、各well当たり500μLのOpti−MEM培地(GIBCO,USA)を分株した。
前記実施例10−2で形質注入された細胞株から前記実施例5−3と同じ方法で全RNAを抽出してcDNAを製造した後、リアルタイムPCR(real−time PCR)を利用してターゲット遺伝子のmRNA発現量を相対定量した。
バイオ新薬の作用部位が主にタンパク質構造や遺伝子配列のように種(species)特異的であるため、バイオ新薬開発過程で効率性確保のためには治療薬物の同一性が大変重要である。前記実施例1で設計されたヒトに対するターゲット遺伝子特異的なsiRNAとマウスターゲット遺伝子との間の遺伝子配列相同性(homology)を分析して、マウス線維芽細胞でターゲット遺伝子発現阻害効果を確認するsiRNA配列を選定した。
米国種菌協会(American Type Culture Collection,ATCC)から入手したマウス線維芽細胞(NIH3T3)の細胞株は、前記実施例9−1と同じ条件で培養した。
前記実施例11−1で培養された1.8×105線維芽細胞(NIH3T3)の細胞株を37℃で5%(v/v)CO2の条件下で6−wellプレートで18時間RPMI1640で培養した後、培地を除去した後、各well当たり500μLのOpti−MEM培地(GIBCO,USA)を分株した。
前記実施例11−2で形質注入された細胞株から前記実施例5−3と同じ方法で全RNAを抽出してcDNAを製造した後、リアルタイムPCR(real−time PCR)を利用してターゲット遺伝子のmRNA発現量を相対定量した。CTGF(Mus musculus)特異的siRNA(配列番号307番)またはCTGF(Homo sapiens)特異的siRNA(配列番号4、5、6、8または9番)が処理された細胞のターゲット遺伝子の発現量を相対定量した(図9のA)。また、Cyr61(Mus musculus)特異的siRNA(配列番号424番の配列をセンス鎖として持つ)またはCyr61(Homo sapiens)特異的siRNA(配列番号102、104、105、107、108または109番の配列をセンス鎖として持つ)が処理された細胞のターゲット遺伝子の発現量を相対定量して(図9のB)、Plekho1(Mus musculus)特異的siRNA(配列番号525番の配列をセンス鎖として持つ)またはPlekho1(Homo sapiens)特異的siRNA(配列番号202、204、206、207、208または209の配列をセンス鎖として持つ)が処理された細胞のターゲット遺伝子の発現量を相対定量した(図9のC)。
Claims (36)
- 配列番号1〜600および配列番号602〜604番から選択されたいずれか一つの配列を持つセンス鎖とそれに相補的な配列を持つアンチセンス鎖を含むCTGF、Cyr61またはPlekho1特異的siRNA。
- siRNAのセンス鎖またはアンチセンス鎖は、19〜31個のヌクレオチドからなることを特徴とする請求項1に記載のCTGF、Cyr61またはPlekho1特異的siRNA。
- 配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、35、42、59、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、124、153、166、187、197、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、212、218、221、223、301、302、303、305、306、307、309、317、323、329、409、410、415、417、418、420、422、424、427、429、504、505、506、507、514、515、522、523、524、525、602、603および604番で構成された群から選択されたいずれか一つの配列を持つセンス鎖とそれに相補的な配列を持つアンチセンス鎖を含むことを特徴とする請求項1に記載のCTGF、Cyr61またはPlekho1特異的siRNA。
- siRNAのセンス鎖またはアンチセンス鎖は、一つ以上の化学的修飾を含むことを特徴とする請求項1から請求項3のいずれかに記載のCTGF、Cyr61またはPlekho1特異的siRNA。
- 前記化学的修飾は、ヌクレオチド内糖構造の2’炭素位置で−OH基が−CH3(メチル)、−OCH3(メトキシ)、−NH2、−F(フッ素)、−O−2−メトキシエチル−O−プロピル、−O−2−メチルチオエチル、−O−3−アミノプロピル、−O−3−ジメチルアミノプロピル、−O−N−メチルアセトアミドまたは−O−ジメチルアミドオキシエチルへの置換による修飾;ヌクレオチド内糖構造内の酸素が硫黄に置き換えられた修飾;ヌクレオチド結合のホスホロチオエートまたはボラノホスフェート、メチルホスホネート結合への修飾;及びPNA、LNAまたはUNA形態への修飾から選択された一つ以上の修飾であることを特徴とする請求項4に記載のCTGF、Cyr61またはPlekho1特異的siRNA。
- siRNAのアンチセンス鎖の5’末端に一つ以上のリン酸基が結合されていることを特徴とする請求項1から請求項5のいずれかに記載のCTGF、Cyr61またはPlekho1特異的siRNA。
- 下記の構造式1の構造を持つ二重らせんオリゴRNA構造体:
A−X−R−Y−B (構造式1)
(前記構造式1で、Aは親水性物質、Bは疎水性物質、XおよびYはそれぞれ独立して単純共有結合またはリンカー媒介された共有結合を意味して、RはCTGF、Cyr61またはPlekho1特異的siRNAを意味する)。 - CTGF、Cyr61またはPlekho1特異的siRNAは、請求項1から請求項6のいずれかに記載のsiRNAであることを特徴とする請求項7から請求項9のいずれかに記載の二重らせんオリゴRNA構造体。
- 前記親水性物質の分子量は、200〜10,000であることを特徴とする請求項7から請求項10のいずれかに記載の二重らせんオリゴRNA構造体。
- 前記親水性物質は、ポリエチレングリコール(PEG)、ポリビニルピロリドン及びポリオキサゾリンで構成された群から選択されるいずれか一つであることを特徴とする請求項11に記載の二重らせんオリゴRNA構造体。
- 前記疎水性物質の分子量は、250〜1,000であることを特徴とする請求項7から請求項10のいずれかに記載の二重らせんオリゴRNA構造体。
- 前記疎水性物質は、ステロイド誘導体、グリセリド誘導体、グリセロールエーテル、ポリプロピレングリコール、C12〜C50の不飽和または飽和炭化水素、ジアシルホスファチジルコリン、脂肪酸、リン脂質、及びリポポリアミンで構成された群から選択されることを特徴とする請求項14に記載の二重らせんオリゴRNA構造体。
- 前記ステロイド誘導体は、コレステロール、コレスタノール、コール酸、コレステリルホルマート、コレスタニルホルマートおよびコレステリルアミンで構成された群から選択されることを特徴とする請求項15に記載の二重らせんオリゴRNA構造体。
- 前記グリセリド誘導体は、モノ−、ジ−およびトリ−グリセリドから選択されることを特徴とする請求項15に記載の二重らせんオリゴRNA構造体。
- 前記X、YおよびZで表される共有結合は、非分解性結合または分解性結合であることを特徴とする請求項7から請求項17のいずれかに記載の二重らせんオリゴRNA構造体。
- 前記非分解性結合は、アミド結合またはリン酸化結合であることを特徴とする請求項18に記載の二重らせんオリゴRNA構造体。
- 前記分解性結合は、ジスルフィド結合、酸分解性結合、エステル結合、アンハイドライド結合、生分解性結合または酵素分解性結合であることを特徴とする請求項18に記載の二重らせんオリゴRNA構造体。
- 前記親水性物質に受容体媒介内包作用(RME)を介してターゲット細胞内在化を増進させる受容体と特異的に結合する特性を持つリガンドが追加的に結合されたことを特徴とする請求項7から請求項20のいずれかに記載の二重らせんオリゴRNA構造体。
- 前記リガンドは、ターゲット受容体特異的抗体やアプタマー、ペプチド、葉酸、N−アセチルガラクトサミン(NAG)、ブドウ糖及びマンノースで構成された群から選択されることを特徴とする請求項21に記載の二重らせんオリゴRNA構造体。
- 前記親水性物質のsiRNAと結合された反対側末端部位にアミン基またはポリヒスチジン基が追加的に導入されたことを特徴とする請求項7から請求項20のいずれかに記載の二重らせんオリゴRNA構造体。
- 前記アミン基またはポリヒスチジン基は、一つ以上のリンカーを介して親水性物質または親水性ブロックと連結されたことを特徴とする請求項23に記載の二重らせんオリゴRNA構造体。
- 前記アミン基では、第一級〜第三級アミン基中から選択されたことを特徴とする請求項23に記載の二重らせんオリゴRNA構造体。
- 前記ポリヒスチジン基は、3〜10個のヒスチジンを含むことを特徴とする請求項23に記載の二重らせんオリゴRNA構造体。
- 請求項7から請求項26のいずれかに記載の二重らせんオリゴRNA構造体を含むナノ粒子。
- 互いに異なる配列を持つsiRNAを含む二重らせんオリゴRNA構造体が混合されて構成されることを特徴とする請求項27に記載のナノ粒子。
- 請求項1から請求項6のいずれかに記載のsiRNA、請求項7から請求項26のいずれかに記載の二重らせんオリゴRNA構造体、または請求項27または請求項28に記載のナノ粒子を有効成分として含む薬学的組成物。
- 前記薬学的組成物は、呼吸器疾患を予防または治療するための薬学的組成物であることを特徴とする請求項29に記載の薬学的組成物。
- 前記呼吸器疾患は、喘息、特発性肺線維症、慢性閉鎖性肺疾患(COPD)、急慢性気管支炎、アレルギー鼻炎、鎭咳去痰、急性下気道感染症、気管支炎、細気管支炎、急性上気道感染症、咽喉炎、扁桃炎及び喉頭炎で構成された群から選択されることを特徴とする請求項30に記載の薬学的組成物。
- 前記呼吸器疾患は、特発性肺線維症または慢性閉鎖性肺疾患(COPD)であることを特徴とする請求項30に記載の薬学的組成物。
- 請求項29から請求項32のいずれかに記載の組成物を含む凍結乾燥された形態の剤形。
- 請求項1から請求項33のいずれかに記載のsiRNA、二重らせんオリゴRNA構造体、ナノ粒子、組成物または剤形を予防または治療を要する個体に投与することを特徴とする呼吸器疾患の予防または治療方法。
- 前記呼吸器疾患は、喘息、特発性肺線維症、慢性閉鎖性肺疾患(COPD)、急慢性気管支炎、アレルギー鼻炎、鎭咳去痰、急性下気道感染症、気管支炎、細気管支炎、急性上気道感染症、咽喉炎、扁桃炎及び喉頭炎で構成された群から選択されることを特徴とする請求項34に記載の呼吸器疾患の予防または治療方法。
- 前記呼吸器疾患は、特発性肺線維症または慢性閉鎖性肺疾患(COPD)であることを特徴とする請求項35に記載の呼吸器疾患の予防または治療方法。
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