JP2017211886A - 女性の健康増進に有用なカスタマイズ情報の提供システム - Google Patents
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Abstract
Description
[1]以下のステップを備えたことを特徴とする女性の健康増進に有用なカスタマイズ情報の提供システム。
1)対象女性の唾液からDNAを抽出、増幅した後に、女性の健康遺伝子のSNPを解析し、健康遺伝子解析データを得るステップ(a);
2)前記対象女性が入力した生活習慣などの環境要因入力データを得るステップ(b);
3)ステップ(a)で得られた健康遺伝子解析データとステップ(b)で得られた環境要因入力データとを組み合わせて、女性の健康増進に有用なカスタマイズ情報を前記対象女性に提供するステップ(c);
[2]DNAチップを用いて女性の健康遺伝子のSNPを解析することを特徴とする上記[1]記載の提供システム。
[3]遺伝子のSNPが、良性変異を有するrs3218536、rs1045485、rs2229616、rs2681472、及びrs13333226から選ばれることを特徴とする上記[1]又は[2]記載の提供システム。
[4]環境要因入力データが、身長、体重、体温、心拍数、呼吸数、歩数/日から選ばれるデータであることを特徴とする上記[1]〜[3]のいずれか記載の提供システム。
[5]女性の健康増進に有用なカスタマイズ情報が、食事、運動、睡眠における健康管理情報であるであることを特徴とする上記[1]〜[4]のいずれか記載の提供システム。
[6]女性の健康遺伝子のSNPを含む領域を特異的に増幅するプライマーセットであって、前記SNPがrs3218536、rs1045485、rs2229616、rs2681472、及びrs13333226から選ばれる良性変異を有するSNPを有することを特徴とするプライマーセット。
[7]女性の健康遺伝子のSNPを特異的に検出するプローブが担体上に固定化されてなるDNAチップであって、前記SNPがrs3218536、rs1045485、rs2229616、rs2681472、及びrs13333226から選ばれる良性変異を有するSNPを含むことを特徴とするDNAチップ。
[8]対象女性由来の試料からゲノムDNAを抽出する工程と、抽出したゲノムDNAを鋳型とし、上記[6]記載のプライマーセットにより女性の健康遺伝子のSNPを含む領域を増幅する工程と、上記[7]記載のDNAチップにおける担体上に固定化されたプローブと前記増幅DNAとを接触させる工程と、各プローブにおける増幅DNAとのハイブリダイズを検出し、ハイブリダイズした核酸の比に基づいて女性の健康遺伝子のSNPを解析する工程とを含むことを特徴とする女性の健康遺伝子のSNPを解析する方法。
[9]上記[6]記載のプライマーセット、及び上記[7]記載のDNAチップを含むことを特徴とする女性の健康遺伝子のSNP解析キット。
上記DNAマイクロアレイ法においては、前記PCR法により増幅されたヌクレオチドの配列における各SNPにおける野生型と変異型の配列を区別するために、ハイブリダイズできるヌクレオチドプローブ(以下、単に「プローブ」ともいう)を予め合成し、かかるプローブがそれぞれ担体上の定められた領域に固定されているDNAチップを作製し、前記蛍光標識増幅DNAを、DNAチップに接触させて、前記蛍光標識増幅DNAと前記プローブとのハイブリダイゼーションの有無を判定することにより、上記女性の健康遺伝子のSNPsを解析することが好ましい。
上記各プローブとハイブリダイズした上記蛍光増幅DNAの蛍光標識を検出することにより定量化する方法を挙げることができ、具体的には、特定の蛍光標識を適切に検出できる波長光を照射することにより、各ハイブリダイズした蛍光増幅DNAにおける励起した蛍光を測定する方法を挙げることができる。例えば、蛍光標識がIC5である場合には、640nmの波長の光を各スポットに照射することにより蛍光を検出し、各スポットの蛍光強度値をもとに、例えば、以下の式1により求められた判定値を指標として、あらかじめ用意された分類表により、蛍光強度/バックグラウンド値の値が2以上であることを前提として、対象女性の各SNPがワイルド型、ヘテロ型、バリアントホモ型のいずれかであるかを判定する方法を挙げることができる。
女性の被検者40人について唾液を0.5〜2mL採取し、Saliva DNA,Collection,Preservation,& Isolationキットを用いて、DNAを抽出し、各被検者のDNA試料を調製した。
12種類のSNPの遺伝子配列について、試料中の増幅DNAが野生型かバリアント型かを判別するために、野性型検出用DNAプローブには各SNPにおいて野生型の配列を有する由来の蛍光増幅DNAがハイブリダイズし、変異型検出用DNAプローブにはバリアント型配列を有する蛍光増幅DNAがハイブリダイズするようにプローブを作製した。プローブ塩基長の調整及びプローブ性能評価による選別を実施し、以下の[表3]に示す12種類のプローブを作製した。
2種類ずつのプローブ(合計24種類)及び位置プローブを、それぞれジーンシリコン(東洋鋼鈑社製)上に、1つのプローブに付き2箇所ずつスポッターを使用して固定化したDNAチップを作製した。また、固定化プローブの模式図を図1に示す。図1に示した女性の健康遺伝子のSNPを解析するキット(BCGチップキット)は、女性の健康遺伝子のSNPを増幅するプライマーセット、増幅した女性の健康遺伝子のSNPを検出するためのプローブ、当該プローブを備えるDNAチップ、これらを使用して女性の健康遺伝子のSNPを解析する方法を含む。なお、具体的なチップの単体基板材料、固定化に使用した試薬、固定化方法等についてはWO2009/130797の実施例に記載した方法に準じた。
上記各被検者のDNA試料について、上記24種類のプローブとハイブリダイズしうるDNA配列領域を含む核酸断片を増幅した。
5’末端をアミノ基で標識した以下の[表4]中の各SNP領域増幅用フォワードプライマー又はリバースプライマー12種類と、IC5−Osu(株式会社同仁化学研究所製)とを、リン酸ナトリウム緩衝液中で4℃にて一晩反応させた後精製することにより、12種類の蛍光標識プライマーを作製した。
上記蛍光標識増幅DNA4μLと、ハイブリダイズ反応用緩衝液2μL(2.25×SSC/0.23%SDS/1.8nM IC5標識オリゴDNA)の混合液とを調製し、この溶液を3μLとり、ハイブリダイズカバーの中央凸部の上に滴下して、これをチップの上に被せ、53℃にて60分間静置することによりハイブリダイズ反応を行った。
ハイブリダイズ反応後、非特異的にDNAプローブとハイブリダイズしている増幅DNAを0.5×SSC/0.1%SDS溶液に浸し、その後、チップの蛍光強度を検出するまで1×SSC溶液(室温)に浸した。
上記DNAチップにカバーフィルムを被せ、遺伝子解析装置BIOSHOT(A&T株式会社製)にセットした。波長640nmのレーザー光を照射することにより各ハイブリダイズしたDNA蛍光増幅産物中の励起した蛍光を測定した。
上記蛍光測定の結果を基に、12種類の遺伝子のSNPの遺伝子型を解析した。ハイブリダイズの有無の検出には、遺伝子解析装置研究用BIOSHOTを用い、露光時間を7秒に設定した。各スポット径内の画素の数値から、同じプローブがスポットされている2つのスポットの蛍光強度の平均値を求めた。SNPの変異の評価については、各スポットの蛍光強度値から上記式1により求められた判定値を指標として、ワイルド型、ヘテロ型、バリアントホモ型の判定を行った。
Claims (9)
- 以下のステップを備えたことを特徴とする女性の健康増進に有用なカスタマイズ情報の提供システム。
1)対象女性の唾液からDNAを抽出、増幅した後に、女性の健康遺伝子のSNPを解析し、健康遺伝子解析データを得るステップ(a);
2)前記対象女性が入力した生活習慣などの環境要因入力データを得るステップ(b);
3)ステップ(a)で得られた健康遺伝子解析データとステップ(b)で得られた環境要因入力データとを組み合わせて、女性の健康増進に有用なカスタマイズ情報を前記対象女性に提供するステップ(c); - DNAチップを用いて女性の健康遺伝子のSNPを解析することを特徴とする請求項1記載の提供システム。
- 遺伝子のSNPが、良性変異を有するrs3218536、rs1045485、rs2229616、rs2681472、及びrs13333226から選ばれることを特徴とする請求項1又は2記載の提供システム。
- 環境要因入力データが、身長、体重、体温、心拍数、呼吸数、歩数/日から選ばれるデータであることを特徴とする請求項1〜3のいずれか記載の提供システム。
- 女性の健康増進に有用なカスタマイズ情報が、食事、運動、睡眠における健康管理情報であるであることを特徴とする請求項1〜4のいずれか記載の提供システム。
- 女性の健康遺伝子のSNPを含む領域を特異的に増幅するプライマーセットであって、前記SNPがrs3218536、rs1045485、rs2229616、rs2681472、及びrs13333226から選ばれる良性変異を有するSNPを有することを特徴とするプライマーセット。
- 女性の健康遺伝子のSNPを特異的に検出するプローブが担体上に固定化されてなるDNAチップであって、前記SNPがrs3218536、rs1045485、rs2229616、rs2681472、及びrs13333226から選ばれる良性変異を有するSNPを含むことを特徴とするDNAチップ。
- 対象女性由来の試料からゲノムDNAを抽出する工程と、抽出したゲノムDNAを鋳型とし、請求項6記載のプライマーセットにより女性の健康遺伝子のSNPを含む領域を増幅する工程と、請求項7記載のDNAチップにおける担体上に固定化されたプローブと前記増幅DNAとを接触させる工程と、各プローブにおける増幅DNAとのハイブリダイズを検出し、ハイブリダイズした核酸の比に基づいて女性の健康遺伝子のSNPを解析する工程とを含むことを特徴とする女性の健康遺伝子のSNPを解析する方法。
- 請求項6記載のプライマーセット、及び請求項7記載のDNAチップを含むことを特徴とする女性の健康遺伝子のSNP解析キット。
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Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20200608 |