JP2017131214A - メディトープおよびメディトープ結合性抗体ならびにそれらの使用 - Google Patents

メディトープおよびメディトープ結合性抗体ならびにそれらの使用 Download PDF

Info

Publication number
JP2017131214A
JP2017131214A JP2017001626A JP2017001626A JP2017131214A JP 2017131214 A JP2017131214 A JP 2017131214A JP 2017001626 A JP2017001626 A JP 2017001626A JP 2017001626 A JP2017001626 A JP 2017001626A JP 2017131214 A JP2017131214 A JP 2017131214A
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
alkyl
meditope
group
antibody
fragment
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
JP2017001626A
Other languages
English (en)
Other versions
JP6552529B2 (ja
Inventor
シー． ウィリアムズ，ジョン
C Williams John
シー． ウィリアムズ，ジョン
ホルン，デヴィッド，エー
A Horne David
マ，ユエロン
Yuelong Ma
ウェイ チャン，ヘン
Heng Wei Chang
ウェイ チャン，ヘン
ドナルドソン，ジョシュア，マイケル
Michael Donaldson Joshua
ツァー，シンディ
Zer Cindy
ビジィメク，クリストフ
Bzymek Krzysztof
アヴェリー，ケンドラ，ニコル
Nicole Avery Kendra
シー，ジュン
Jun Xie
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
City of Hope
Original Assignee
City of Hope
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Priority claimed from US13/270,207 external-priority patent/US8658774B2/en
Application filed by City of Hope filed Critical City of Hope
Publication of JP2017131214A publication Critical patent/JP2017131214A/ja
Priority to JP2019123402A priority Critical patent/JP6938570B2/ja
Application granted granted Critical
Publication of JP6552529B2 publication Critical patent/JP6552529B2/ja
Priority to JP2021142104A priority patent/JP7309797B2/ja
Priority to JP2023110539A priority patent/JP2023134564A/ja
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/32—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against translation products of oncogenes
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K47/00—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient
    • A61K47/50—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates
    • A61K47/51—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent
    • A61K47/62—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent the modifying agent being a protein, peptide or polyamino acid
    • A61K47/66—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent the modifying agent being a protein, peptide or polyamino acid the modifying agent being a pre-targeting system involving a peptide or protein for targeting specific cells
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K47/00—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient
    • A61K47/50—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates
    • A61K47/51—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent
    • A61K47/68—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent the modifying agent being an antibody, an immunoglobulin or a fragment thereof, e.g. an Fc-fragment
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K47/00—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient
    • A61K47/50—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates
    • A61K47/51—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent
    • A61K47/68—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent the modifying agent being an antibody, an immunoglobulin or a fragment thereof, e.g. an Fc-fragment
    • A61K47/6801—Drug-antibody or immunoglobulin conjugates defined by the pharmacologically or therapeutically active agent
    • A61K47/6803—Drugs conjugated to an antibody or immunoglobulin, e.g. cisplatin-antibody conjugates
    • A61K47/6811—Drugs conjugated to an antibody or immunoglobulin, e.g. cisplatin-antibody conjugates the drug being a protein or peptide, e.g. transferrin or bleomycin
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K47/00—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient
    • A61K47/50—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates
    • A61K47/51—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent
    • A61K47/68—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent the modifying agent being an antibody, an immunoglobulin or a fragment thereof, e.g. an Fc-fragment
    • A61K47/6801—Drug-antibody or immunoglobulin conjugates defined by the pharmacologically or therapeutically active agent
    • A61K47/6803—Drugs conjugated to an antibody or immunoglobulin, e.g. cisplatin-antibody conjugates
    • A61K47/6811—Drugs conjugated to an antibody or immunoglobulin, e.g. cisplatin-antibody conjugates the drug being a protein or peptide, e.g. transferrin or bleomycin
    • A61K47/6813—Drugs conjugated to an antibody or immunoglobulin, e.g. cisplatin-antibody conjugates the drug being a protein or peptide, e.g. transferrin or bleomycin the drug being a peptidic cytokine, e.g. an interleukin or interferon
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K47/00—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient
    • A61K47/50—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates
    • A61K47/51—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent
    • A61K47/68—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent the modifying agent being an antibody, an immunoglobulin or a fragment thereof, e.g. an Fc-fragment
    • A61K47/6835—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent the modifying agent being an antibody, an immunoglobulin or a fragment thereof, e.g. an Fc-fragment the modifying agent being an antibody or an immunoglobulin bearing at least one antigen-binding site
    • A61K47/6851—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent the modifying agent being an antibody, an immunoglobulin or a fragment thereof, e.g. an Fc-fragment the modifying agent being an antibody or an immunoglobulin bearing at least one antigen-binding site the antibody targeting a determinant of a tumour cell
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K47/00—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient
    • A61K47/50—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates
    • A61K47/51—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent
    • A61K47/68—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent the modifying agent being an antibody, an immunoglobulin or a fragment thereof, e.g. an Fc-fragment
    • A61K47/6835—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent the modifying agent being an antibody, an immunoglobulin or a fragment thereof, e.g. an Fc-fragment the modifying agent being an antibody or an immunoglobulin bearing at least one antigen-binding site
    • A61K47/6875—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent the modifying agent being an antibody, an immunoglobulin or a fragment thereof, e.g. an Fc-fragment the modifying agent being an antibody or an immunoglobulin bearing at least one antigen-binding site the antibody being a hybrid immunoglobulin
    • A61K47/6877—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent the modifying agent being an antibody, an immunoglobulin or a fragment thereof, e.g. an Fc-fragment the modifying agent being an antibody or an immunoglobulin bearing at least one antigen-binding site the antibody being a hybrid immunoglobulin the antibody being an immunoglobulin containing regions, domains or residues from different species
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K47/00—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient
    • A61K47/50—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates
    • A61K47/51—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent
    • A61K47/68—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent the modifying agent being an antibody, an immunoglobulin or a fragment thereof, e.g. an Fc-fragment
    • A61K47/6891—Pre-targeting systems involving an antibody for targeting specific cells
    • A61K47/6897—Pre-targeting systems with two or three steps using antibody conjugates; Ligand-antiligand therapies
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K47/00—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient
    • A61K47/50—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates
    • A61K47/69—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the conjugate being characterised by physical or galenical forms, e.g. emulsion, particle, inclusion complex, stent or kit
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K51/00—Preparations containing radioactive substances for use in therapy or testing in vivo
    • A61K51/02—Preparations containing radioactive substances for use in therapy or testing in vivo characterised by the carrier, i.e. characterised by the agent or material covalently linked or complexing the radioactive nucleus
    • A61K51/04—Organic compounds
    • A61K51/08—Peptides, e.g. proteins, carriers being peptides, polyamino acids, proteins
    • A61K51/10—Antibodies or immunoglobulins; Fragments thereof, the carrier being an antibody, an immunoglobulin or a fragment thereof, e.g. a camelised human single domain antibody or the Fc fragment of an antibody
    • A61K51/1084—Antibodies or immunoglobulins; Fragments thereof, the carrier being an antibody, an immunoglobulin or a fragment thereof, e.g. a camelised human single domain antibody or the Fc fragment of an antibody the antibody being a hybrid immunoglobulin
    • A61K51/1087—Antibodies or immunoglobulins; Fragments thereof, the carrier being an antibody, an immunoglobulin or a fragment thereof, e.g. a camelised human single domain antibody or the Fc fragment of an antibody the antibody being a hybrid immunoglobulin the immunoglobulin comprises domains from different animal species, e.g. chimeric immunoglobulins
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P19/00—Drugs for skeletal disorders
    • A61P19/08—Drugs for skeletal disorders for bone diseases, e.g. rachitism, Paget's disease
    • A61P19/10—Drugs for skeletal disorders for bone diseases, e.g. rachitism, Paget's disease for osteoporosis
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P29/00—Non-central analgesic, antipyretic or antiinflammatory agents, e.g. antirheumatic agents; Non-steroidal antiinflammatory drugs [NSAID]
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A61P31/12—Antivirals
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
    • A61P37/02—Immunomodulators
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
    • A61P37/02—Immunomodulators
    • A61P37/06—Immunosuppressants, e.g. drugs for graft rejection
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
    • A61P37/08—Antiallergic agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P9/00—Drugs for disorders of the cardiovascular system
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P9/00—Drugs for disorders of the cardiovascular system
    • A61P9/10—Drugs for disorders of the cardiovascular system for treating ischaemic or atherosclerotic diseases, e.g. antianginal drugs, coronary vasodilators, drugs for myocardial infarction, retinopathy, cerebrovascula insufficiency, renal arteriosclerosis
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/28—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • C07K16/2863—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against receptors for growth factors, growth regulators
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/28—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • C07K16/30—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants from tumour cells
    • C07K16/3007—Carcino-embryonic Antigens
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/44—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material not provided for elsewhere, e.g. haptens, metals, DNA, RNA, amino acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K7/00—Peptides having 5 to 20 amino acids in a fully defined sequence; Derivatives thereof
    • C07K7/04—Linear peptides containing only normal peptide links
    • C07K7/08—Linear peptides containing only normal peptide links having 12 to 20 amino acids
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2299/00—Coordinates from 3D structures of peptides, e.g. proteins or enzymes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/20—Immunoglobulins specific features characterized by taxonomic origin
    • C07K2317/24—Immunoglobulins specific features characterized by taxonomic origin containing regions, domains or residues from different species, e.g. chimeric, humanized or veneered
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/30—Immunoglobulins specific features characterized by aspects of specificity or valency
    • C07K2317/34—Identification of a linear epitope shorter than 20 amino acid residues or of a conformational epitope defined by amino acid residues
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/40—Immunoglobulins specific features characterized by post-translational modification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/50—Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments
    • C07K2317/55—Fab or Fab'
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/60—Immunoglobulins specific features characterized by non-natural combinations of immunoglobulin fragments
    • C07K2317/62—Immunoglobulins specific features characterized by non-natural combinations of immunoglobulin fragments comprising only variable region components
    • C07K2317/622—Single chain antibody (scFv)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/70—Immunoglobulins specific features characterized by effect upon binding to a cell or to an antigen
    • C07K2317/73—Inducing cell death, e.g. apoptosis, necrosis or inhibition of cell proliferation
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/90—Immunoglobulins specific features characterized by (pharmaco)kinetic aspects or by stability of the immunoglobulin
    • C07K2317/92—Affinity (KD), association rate (Ka), dissociation rate (Kd) or EC50 value
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2319/00—Fusion polypeptide
    • C07K2319/30—Non-immunoglobulin-derived peptide or protein having an immunoglobulin constant or Fc region, or a fragment thereof, attached thereto

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Physical Education & Sports Medicine (AREA)
  • Rheumatology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Orthopedic Medicine & Surgery (AREA)
  • Cardiology (AREA)
  • Heart & Thoracic Surgery (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Communicable Diseases (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Transplantation (AREA)

Abstract

【課題】抗体及びその抗体に結合するメディトープ、更には、このメディトープと抗体とを含有する複合体、組成物、及び組合せ、並びに治療及び診断のための方法及び使用を包含する、それらを製造、使用、試験及びスクリーニングする方法の提供。
【解決手段】重鎖可変領域および軽鎖可変領域を含む単離されたメディトープ利用可能抗体又はそのフラグメントであって、ＶＬ領域が、Ｋａｂａｔナンバリングに従うと４０位にトレオニン、セリン又はアスパルタート、４１位にグリシン以外の残基及び８５位にアスパルタート又はアスパラギンを含むアミノ酸配列を有し、抗体又はフラグメントが、セツキシマブが特異的に結合するＥＧＦＲのエピトープに特異的に結合せず、かつ抗体又はフラグメントが、特定のアミノ酸配列を有するペプチド、又はそれに由来する環式ペプチドであるメディトープに結合する、単離されたメディトープ利用可能抗体又はそのフラグメント。
【選択図】なし

Description

優先権の主張
本出願は、その内容全体が参照によって本明細書に組み込まれる２０１２年２月１０日出願の米国特許仮出願第６１／５９７，７０８号；２０１１年１０月１０日出願の米国特許出願公開第１３／２７０，２０７号；および２０１１年１０月１０日出願の国際出願ＰＣＴ／ＵＳ２０１１／０５５６５６号に基づく利益を主張するものである。
モノクローナル抗体（ｍＡｂ）は、いくつかの治療用、診断用、および研究用途で使用されている。治療用および診断用分野には、癌、抗ウイルス治療、自己免疫疾患および炎症性疾患、アレルギー、心臓血管疾患、骨粗鬆症、およびリウマチ学が包含される。
タンパク質工学などの努力によって、有効性および標的化が改善されていて（例えば、二重特異性ｍＡｂ）、限局性、組織浸透、および血液クリアランスが改善されていて（例えば、単鎖Ｆａｂ可変フラグメント（ｓｃＦｖ）、ディアボディ（ｄｉａｂｏｄｉｅｓ）、ミニボディ（ｍｉｎｉｂｏｄｉｅｓ）、および他のフラグメント）、かつ（例えば、変異またはグリコシル化によって）修飾されたＦｃ領域を含有するものなど免疫賦活性、安全性、毒性、および／または薬物速度／薬物動態特性が改変されているｍＡｂが作成されている。送達の改善のために小分子の部位特異的コンジュゲーションが可能となるように（例えば、ＴｈｉｏＭＡＢ）、またはその抗原に不可逆的に結合するように（例えば、無限親和性ｍＡｂ）、ｍＡｂは再設計されている。また、生理活性ペプチドおよび他の生物製剤（例えば、ＣｏｖＸ−ｂｏｄｙ）の循環および提示が改善されるように、ｍＡｂは開発されている。様々な薬剤とのコンジュゲーションによって、標的化免疫療法および診断方法が可能になっている。事前標的化療法のために、かつ腫瘍イメージングにおける検出限界を改善するために、ヘテロ多量体ｓｃＦｖおよびアビジンと融合したｓｃＦｖまたはｍＡｂが開発されている。
ｍＡｂは有効であり、小分子による手法を上回る利点を有し得るが、既存の抗体および方法には、様々な限界がある。これらの限界には、オフターゲット相互作用から生じる有害な副作用および／またはとりわけ抗体−薬物コンジュゲートの長時間循環などによる付随的損傷が包含され得る。有効性、相乗作用、特異性、および安全性の改善をもたらすものを包含する改善された抗体および関連化合物ならびにそれらの方法および使用が必要とされている。そのような必要性に対処する、抗体、化合物、ならびにペプチドおよび他の分子を包含する組成物、ならびに関連方法を提供する。
概要
提供する実施形態には、抗体、化合物、ならびに抗体と共に使用するためのペプチドおよび他の分子を包含する組成物、さらにはそれらを生産するための方法および使用、さらには化合物、組成物、複合体、混合物、およびシステム、例えば、それらを含有するキットがある。一部の態様では、提供する実施形態は、利用可能な抗体および関連化合物、組成物、方法および使用と比較して、有効性、相乗作用、特異性、および／または安全性の改善をもたらす。
１つまたは複数のメディトープに結合する（すなわち、結合し得る）メディトープ利用可能（ｍｅｄｉｔｏｐｅ−ｅｎａｂｌｅｄ）抗体（そのフラグメントを包含）を包含する抗体を提供する。一部の態様では、この抗体は、配列番号１のアミノ酸配列を有するペプ
チドに由来する環式ペプチドであるメディトープに結合する。
一部の態様では、抗体は、配列番号２のアミノ酸配列を有するペプチドに由来する環式ペプチドであるメディトープに結合する。一部の態様では、抗体は、配列番号１、２、１６〜１８、２３、２９、３１、３２、３６、３９、４２、４３、４５、４６、５１、５２、５４、および５５で示される配列からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するペプチドもしくはそれに由来する環式ペプチド、または配列番号１、２、および１５〜５５で示される配列を有するペプチドもしくはそれに由来する環式ペプチドであるメディトープに、あるいは本明細書において記載されているメディトープのうちの任意のものに結合する。場合によっては、このメディトープは、配列番号１または２に示されているアミノ酸配列のペプチドに由来する環式ペプチドである。
一部の態様では、抗体またはフラグメントは、セツキシマブ、メディトープ利用可能トラスツズマブ、メディトープ利用可能Ｍ５Ａ、または他の例示抗体などの本明細書において記載されている例示的な抗体の親和性に等しいか、または実質的に等しい親和性などの特定の親和性で、メディトープに結合する。一部の例では、表面プラスモン共鳴（ＳＰＲ）、等温滴定熱量測定（ＩＴＣ）、蛍光、蛍光偏光、ＮＭＲ、ＩＲ、熱量滴定；結合平衡除外（Ｋｉｎｅｔｉｃ ｅｘｃｌｕｓｉｏｎ）；円偏光二色性、示差走査熱分析、または他の知られている方法、例えば、ＳＰＲなどの特定の技術によって測定した場合に、抗体は、１つのメディトープまたは複数のメディトープに、１０（または約１０）μＭ以下、５（または約５）μＭ以下、または２（または約２）μＭ以下、１（または約１）μＭ以下、５００、４００、３００、２００、１００（または約５００、４００、３００、２００、１００）ｎＭ以下、あるいはそれ未満、例えば２００（または約２００）ピコモル以下の解離定数で、例えばそのような解離定数で結合する。
一部の態様では、抗体には、重鎖可変（ＶＨ）領域および／または軽鎖可変（ＶＬ）領域が包含される。一部の態様では、ＶＬ領域は、Ｋａｂａｔナンバリングに従うと４０位にトレオニン、セリン、もしくはアスパルタート、４１位にグリシン以外の残基、および／または８５位にアスパルタートまたはアスパラギンを含み、かつ／またはＫａｂａｔナンバリングに従うと１０位にイソロイシンまたはロイシン、および８３位にイソロイシンを含み、かつ／またはＫａｂａｔナンバリングに従うと９位にバリンまたはイソロイシン、および１００位にグルタミン以外の残基を含むアミノ酸配列を有する。一部の例では、ＶＬ領域のアミノ酸配列は、Ｋａｂａｔナンバリングに従うと４０位にトレオニン、４１位にアスパラギン、および８５位にアスパルタートを有する。
一部の態様では、ＶＨ領域は、Ｋａｂａｔナンバリングに従うと４０位にセリンまたはプロリン、および８９位にイソロイシン、チロシン、メチオニン、フェニルアラニン、またはトリプトファンを含むアミノ酸配列を有する。一部の例では、ＶＨ領域のアミノ酸配列は、Ｋａｂａｔナンバリングに従うと４０位にセリンおよび８９位にイソロイシンを有する。
一部の例では、ＶＬ領域のアミノ酸配列は、Ｋａｂａｔナンバリングに従うと９位にバリンまたはイソロイシン、１０位にイソロイシンまたはロイシン、３９位にアルギニン、４０位にトレオニン、４１位にアスパラギン、４２位にグリシン、４３位にセリン、８３位にイソロイシン、８５位にアスパルタート、および１００位にアラニンを有し；かつ／またはＶＨ領域のアミノ酸配列は、Ｋａｂａｔナンバリングに従うと４０位にセリンおよび８９位にイソロイシンを有する。
提供する抗体の一部の態様では、ＶＬ領域は、Ｋａｂａｔナンバリングに従うと４０位にプロリン、４１位にグリシン、および／または８５位にトレオニンを含有せず、かつ／
またはＶＨ領域は、Ｋａｂａｔナンバリングに従うと４０位にアスパラギンもしくはアラニン、および／または８９位にバリンを含有しない。
一部の態様では、ＶＬ領域は、Ｋａｂａｔナンバリングに従うと１０位にセリン、４０位にプロリン、４１位にグリシン、８３位にフェニルアラニン、および／または８５位にトレオニンを含有せず、かつ／またはＶＨ領域は、Ｋａｂａｔナンバリングに従うと４０位にアスパラギンもしくはアラニン、および／または８９位にバリンを含有しない。
一部の態様では、抗体（フラグメントを包含）はさらに、１つまたは複数の、ＣＬおよび／またはＣＨ１、例えば、ヒトＣＬおよび／またはＣＨ１などの定常領域、典型的にはヒト定常領域（複数可）を包含する。
一部の態様では、提供する抗体またはフラグメントは、配列番号７１または配列番号６１で示される軽鎖配列のうちの軽鎖フレームワーク領域（ＦＲ）１（ＦＲ−Ｌ１）、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４（あるいは配列番号７１または６１の軽鎖のうちのＦＲ−Ｌ１、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４に対して少なくとも（または約）７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％同一であるＦＲ−Ｌ１、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４）を含むアミノ酸配列を有するＶＬ領域、および一部の態様では、配列番号７１で示される軽鎖配列のＣＤＲとは別である少なくとも１つの相補性決定領域（ＣＤＲ）；および／または配列番号７２または配列番号６３で示される重鎖配列のうちの重鎖ＦＲ１（ＦＲ−Ｈ１）、ＦＲ−Ｈ２、ＦＲ−Ｈ３、および／またはＦＲ−Ｈ４を有するアミノ酸配列を有するＶＨ領域（あるいは配列番号７２または６３の重鎖のＦＲ−Ｈ１、ＦＲ−Ｈ２、ＦＲ−Ｈ３、および／またはＦＲ−Ｈ４に対して少なくとも（または約）７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％同一であるＦＲ−Ｈ１、ＦＲ−Ｈ２、ＦＲ−Ｈ３、および／またはＦＲ−Ｈ４）、および一部の態様では、配列番号７２で示される重鎖配列のＣＤＲとは別である少なくとも１つのＣＤＲを有する。
一部の態様では、提供する抗体またはフラグメントは、配列番号６１で示される軽鎖配列のＣＤＲ、配列番号６３で示される重鎖配列のＣＤＲを有する。
一部の態様では、ＶＬは、配列番号７６のアミノ酸配列を含み、ＶＨは配列番号７７のアミノ酸配列を含む。
一部の態様では、抗体は、配列番号９で示される軽鎖配列のうちの軽鎖フレームワーク領域（ＦＲ）１（ＦＲ−Ｌ１）、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４（あるいは配列番号９のうちのＦＲ−Ｌ１、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４に対して少なくとも（または約）７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％同一であるＦＲ−Ｌ１、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４）を含むアミノ酸配列を有するＶＬ領域；および／または配列番号６で示される重鎖配列のうちの重鎖ＦＲ１（ＦＲ−Ｈ１）、ＦＲ−Ｈ２、ＦＲ−Ｈ３、および／またはＦＲ−Ｈ４（あるいはＦ配列番号９のうちのＦＲ−Ｈ１、ＦＲ−Ｈ２、ＦＲ−Ｈ３、および／またはＦＲ−Ｈ４に対して少なくとも（または約）７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％同一であるＦＲ−Ｈ１、ＦＲ−Ｈ２、ＦＲ−Ｈ３、および／またはＦＲ−Ｈ４）を有するアミノ酸配列を有するＶＨ領域を有する。一部の例では、ＶＬ領域は、配列番号９に示されているＶＬ配列のＣＤＲとは別である少なくとも１つの相補性決定領域（ＣＤＲ）を含み；かつ／またはＶＨ領域は、配列番号６に示されているＶＨ配列のＣＤＲとは別である少なくとも１つのＣＤＲを含む。
一部の例では、ＶＬ領域は、配列番号７３のアミノ酸配列を含む。一部の例では、ＶＨ領域は、配列番号７４のアミノ酸配列を含む。
一部の態様では、抗体またはフラグメントは、配列番号６８で示される軽鎖配列のうちの軽鎖フレームワーク領域（ＦＲ）１（ＦＲ−Ｌ１）、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４（あるいは配列番号６８で示される軽鎖のうちのＦＲ−Ｌ１、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４に対して少なくとも（または約）７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％同一であるＦＲ−Ｌ１、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４）を含むアミノ酸配列を有するＶＬ領域を有する。一部の例では、ＶＬ領域は、配列番号６９で示される軽鎖配列のＣＤＲとは別である少なくとも１つの相補性決定領域（ＣＤＲ）を含み；かつ／またはＶＨ領域は、配列番号７０で示される重鎖配列のＣＤＲとは別である少なくとも１つのＣＤＲを含む。
一部の例では、ＶＬ領域は、配列番号７５のアミノ酸配列を含む。
一部の態様では、抗体は、セツキシマブが特異的に結合するＥＧＦＲのエピトープに特異的に結合せず、セツキシマブのＣＤＲを含有せず、かつ／または抗原結合について、セツキシマブと競合しない。他の態様では、抗体はセツキシマブである。
一部の態様では、抗体またはフラグメントは、抗原結合について、１種または複数の知られている抗体と競合し、それらと同じ抗原またはエピトープに特異的に結合し、かつ／またはそれらの１つ、複数、または全部のＣＤＲ（またはそのＣＤＲに対して少なくとも（または約）７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を有するＣＤＲ）（例えば、重鎖ＣＤＲ１、２、および／もしくは３ならびに／または軽鎖ＣＤＲ１、２、および／または３を包含する）を含有し、ここで、１種または複数の知られている抗体には、アバゴボマブ、アブシキシマブ、アダリムマブ、アデカツムマブ、アレムツズマブ、アルツモマブ、ペンテト酸アルツモマブ、アナツモマブ、アナツモマブマフェナトクス、アルシツモマブ、アトリズマブ、バシリキシマブ、ベクツモマブ、エクツモマブ、ベリムマブ、ベンラリズマブ、ベバシズマブ、ブレンツキシマブ、カナキヌマブ、カプロマブ、カプロマブペンデチド、カツマキソマブ、セルトリズマブ、クリバツズマブテトラキセタン、ダクリズマブ、デノスマブ、エクリズマブ、エドレコロマブ、エファリズマブ、エタラシズマブ、エルツマキソマブ、ファノレソマブ、Ｆｂｔａ０５、フォントリズマブ、ゲムツズマブ、ギレンツキシマブ、ゴリムマブ、イブリツモマブ、イゴボマブ、インフリキシマブ、イピリムマブ、ラベツズマブ、メポリズマブ、ムロモナブ、ムロモナブ−ＣＤ３、ナタリズマブ、ネシツムマブ、ニモツズマブ、オファツムマブ、オマリズマブ、オレゴボマブ、パリビズマブ、パニツムマブ、ラニビズマブ、リツキシマブ、サツモマブ、スレソマブ、イブリツモマブ、イブリツモマブチウキセタン、トシリズマブ、トシツモマブ、トラスツズマブ、Ｔｒｂｓ０７、ウステキヌマブ、ビシリズマブ、ボツムマブ、ザルツムマブ、および／またはブロダルマブ、および／またはアンルキンズマブ、バピヌズマブ、ダロツズマブ、デムシズマブ、ガニツマブ、イノツズマブ、マブリリムマブ、モキセツモマブパスドトックス、リロツムマブ、シファリムマブ、タネズマブ、トラロキヌマブ、トレメリムマブ、ウレルマブなどの任意の市販の抗体、ハイブリドーマ１０Ｂ５によって産生される抗体（Ｅｄｅｌｓｏｎ ＆ Ｕｎａｎｕｅ、Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ、２０００年８月；１２（４）：４２５〜３１を参照されたい）、Ｂ６Ｈ１２．２（ａｂｃａｍ）、もしくは他の抗ＣＤ４７抗体（Ｃｈａｏら、Ｃｅｌｌ、１４２、６９９〜７１３、２０１０年９月３日を参照されたい）；ならびに／または配列番号７８〜１２４および／もしくは１２５〜１７０のいずれかで示される配列を有する抗体もしくはそのフラグメントが包含される。
一部の態様では、抗体またはフラグメントは、以下からなる群から選択される抗原に特異的に結合する：ＣＡ−１２５、糖タンパク質（ＧＰ）ＩＩｂ／ＩＩＩａ受容体、ＴＮＦ−α、ＣＤ５２、ＴＡＧ−７２、癌胎児性抗原（ＣＥＡ）、インターロイキン−６受容体（ＩＬ−６Ｒ）、ＩＬ−２、インターロイキン−２受容体α−鎖（ＣＤ２５）、ＣＤ２２、Ｂ細胞活性化因子、インターロイキン−５受容体（ＣＤ１２５）、ＶＥＧＦ、ＶＥＧＦ−Ａ、ＣＤ３０、ＩＬ−１β、前立腺特異的膜抗原（ＰＳＭＡ）、ＣＤ３、ＥｐＣＡＭ、ＥＧＦ受容体（ＥＧＦＲ）、ＭＵＣ１、ヒトインターロイキン−２受容体、Ｔａｃ、ＲＡＮＫリガンド、補体タンパク質、例えば、Ｃ５、ＥｐＣＡＭ、ＣＤ１１ａ、例えば、ヒトＣＤ１１ａ、インテグリン、例えば、αｖβ３インテグリン、ビトロネクチン受容体αｖβ３インテグリン、ＨＥＲ２、ｎｅｕ、ＣＤ３、ＣＤ１５、ＣＤ２０（小ループおよび／または大ループ）、インターフェロンγ、ＣＤ３３、ＣＡ−ＩＸ、ＴＮＦα、ＣＴＬＡ−４、癌胎児性抗原、ＩＬ−５、ＣＤ３ε、ＣＡＭ、α−４−インテグリン、ＩｇＥ、例えば、ＩｇＥ Ｆｃ領域、ＲＳＶ抗原、例えば、呼吸系発疹ウイルス（ＲＳＶ）のＦタンパク質、ＴＡＧ−７２、ＮＣＡ−９０（顆粒細胞抗原）、ＩＬ−６、ＧＤ２、ＧＤ３、ＩＬ−１２、ＩＬ−２３、ＩＬ−１７、ＣＴＡＡ１６．８８、ＩＬ１３、インターロイキン−１β、β−アミロイド、ＩＧＦ−１受容体（ＩＧＦ−１Ｒ）、デルタ様リガンド４（ＤＬＬ４）、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子受容体のαサブユニット、肝細胞成長因子、ＩＦＮ−α、神経成長因子、ＩＬ−１３、ＣＤ３２６、プログラム細胞死１リガンド１（ＣＤ２７４、Ｂ７−Ｈ１としても知られているＰＤ−Ｌ１）、ＣＤ４７、およびＣＤ１３７。
一部の態様では、抗体またはフラグメントは、Ｋａｂａｔナンバリングに従うとＰ８、Ｖ９またはＩ９、Ｉ１０またはＬ１０、Ｑ３８、Ｒ３９、Ｔ４０、Ｎ４１、Ｇ４２、Ｓ４３、Ｐ４４、Ｒ４５、Ｄ８２、Ｉ８３、Ａ８４、Ｄ８５、Ｙ８６、Ｙ８７、Ｇ９９、Ａ１００、Ｇ１０１、Ｔ１０２、Ｋ１０３、Ｌ１０４、Ｅ１０５、Ｒ１４２、Ｓ１６２、Ｖ１６３、Ｔ１６４、Ｅ１６５、Ｑ１６６、Ｄ１６７、Ｓ１６８、および／またはＹ１７３を有する軽鎖を有し、かつ／またはＫａｂａｔナンバリングに従うとＱ６、Ｐ９、Ｒ３８、Ｑ３９、Ｓ４０、Ｐ４１、Ｇ４２、Ｋ４３、Ｇ４４、Ｌ４５、Ｓ８４、Ｄ８６、Ｔ８７、Ａ８８、Ｉ８９、Ｙ９０、Ｙ９１、Ｗ１０３、Ｇ１０４、Ｑ１０５、Ｇ１０６、Ｔ１０７、Ｌ１０８、Ｖ１１１、Ｔ１１０、Ｙ１４７、Ｅ１５０、Ｐ１５１、Ｖ１５２、Ｔ１７３、Ｆ１７４、Ｐ１７５、Ａ１７６、Ｖ１７７、Ｙ１８５、Ｓ１８６、および／またはＬ１８７を有する重鎖を有する。
また、１つまたは複数のメディトープに結合している１つの抗体または複数の抗体（例えば、メディトープ利用可能抗体）を含有する複合体を提供する。この抗体または抗体は、上述の抗体（そのフラグメントを包含）のうちの任意のものなど、本明細書において記載されているメディトープ利用可能抗体のうちの任意のものであってよい。１つまたは複数のメディトープには、このセクションで記載されているものなど、本明細書において記載されているメディトープのうちの任意の１つまたは複数が包含され得、一価および多価メディトープならびに標識されたメディトープ、さらにはメディトープ融合タンパク質が包含される。
また、メディトープ、例えば、単離されたメディトープを提供する。提供するメディトープのうちには、上記のものがある。提供するメディトープのうちには、メディトープ利用可能抗体のメディトープ結合部位に結合するペプチドを含むものがあり、ここで、このペプチドは、配列番号１もしくは２のペプチド、またはそれに由来する環式ペプチドではない。他の態様では、このメディトープは、配列番号１もしくは２のペプチド、またはそれに由来する環式ペプチドである。
一部の態様では、表面プラスモン共鳴（ＳＰＲ）、等温滴定熱量測定（ＩＴＣ）、蛍光、蛍光偏光、ＮＭＲ、ＩＲ、熱量滴定；結合平衡除外；円偏光二色性、示差走査熱分析、または他の知られている方法、例えば、ＳＰＲなどの特定の技術によって測定した場合に、メディトープ（例えば、ペプチド）はメディトープ結合部位に、１０（または約１０）μＭ以下、５（または約５）μＭ以下、または２（または約２）μＭ以下、１（または約１）μＭ以下、５００、４００、３００、２００、１００（または約５００、４００、３００、２００、１００）ｎＭ以下、あるいはそれ未満、例えば（または約）２００ピコモル以下の解離定数で、例えばそのような解離定数で結合する。
一部の態様では、メディトープ結合部位は、Ｋａｂａｔナンバリングに従うとメディトープ利用可能抗体の軽鎖の残基４０、４１、８３、および／または８５を、かつ／またはＫａｂａｔナンバリングに従うとメディトープ利用可能抗体の重鎖の残基３９、８９、１０５、および／または１０８を包含する。
一部の態様では、メディトープは、配列番号７１で示されるアミノ酸配列を含む軽鎖および配列番号７２で示されるアミノ酸配列を含む重鎖を有するメディトープ利用可能抗体に；配列番号９で示されるアミノ酸配列を有する軽鎖および配列番号６で示されるアミノ酸配列を含む重鎖を有するメディトープ利用可能抗体に；かつ／または配列番号６８で示されるアミノ酸配列を有する軽鎖および／または配列番号７０で示されるアミノ酸配列を有する重鎖を有するメディトープ利用可能抗体に結合する。
一部の態様では、ペプチドは５から１６アミノ酸長さである。
一部の態様では、ペプチドは下式を有する：
Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｘ７−Ｘ８−Ｘ９−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｘ１２（式Ｉ）
［式中、
Ｘ１＝Ｃｙｓ、Ｇｌｙ、β−アラニン、２，３−ジアミノプロピオン酸、β−アジドアラニン、または存在しない；
Ｘ２＝Ｇｌｎまたは存在しない；
Ｘ３＝Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、β−β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、２−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、３−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニンもしくは４−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、修飾Ｐｈｅ、水和性カルボニル含有残基；またはボロン酸含有残基；
Ｘ４＝ＡｓｐまたはＡｓｎ；
Ｘ５＝Ｌｅｕ；β−β’−ジフェニル−Ａｌａ；Ｐｈｅ；フェニルアラニン、トリプトファン、もしくはチロシンの非天然類似体；水和性カルボニル含有残基；またはボロン酸含有残基；
Ｘ６＝ＳｅｒまたはＣｙｓ；
Ｘ７＝ＴｈｒまたはＳｅｒまたはＣｙｓ；
Ｘ８＝Ａｒｇ、修飾Ａｒｇ、または水和性カルボニルもしくはボロン酸含有残基；
Ｘ９＝Ａｒｇ、Ａｌａ；
Ｘ１０＝Ｌｅｕ、Ｇｌｎ、Ｇｌｕ、β−β’−ジフェニル−Ａｌａ；Ｐｈｅ；フェニルアラニン、トリプトファン、もしくはチロシンの非天然類似体；水和性カルボニル含有残基；またはボロン酸含有残基；
Ｘ１１＝Ｌｙｓ；および
Ｘ１２＝Ｃｙｓ、Ｇｌｙ、７−アミノヘプタン酸、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、プロパルギルグリシン、イソアスパラギン酸、または存在しない、
ここで、
修飾Ａｒｇは、図３４に示されている式の構造を有し、
修飾Ｐｈｅは、フェニル環に組み込まれている１個または複数のハロゲンを有するＰｈｅであり、かつ
式Ｉは、配列番号１もしくは配列番号２、またはそれに由来する環式ペプチドではない］。
一部の態様では、ペプチドは、環化がジスルフィド架橋、チオエーテル架橋、ラクタム結合、付加環化によるものである環式ペプチドなどの環式ペプチドである。ペプチドが式Ｉのペプチドである特定の態様では、その環化は、Ｘ１とＸ１２との、Ｘ１とＸ１１との、Ｘ３とＸ１１との、Ｘ４とＸ１１との、またはＸ２とＸ１２との結合を介したものである。ペプチドが式Ｉのペプチドである一部の態様では、非天然アミノ酸は、β−β’−ジフェニル−Ａｌａ、分枝アルキルまたは伸長された芳香族である。ペプチドが式Ｉのペプチドである一部の態様では、１個または複数のハロゲンはそれぞれ、オルト−、メタ−、またはパラ−ブロモフェニル置換基である。
提供するメディトープのうちには、配列番号１、２、および１５〜５５、例えば、１、２、１６〜１８、２３、２９、３１、３２、３６、３９、４２、４３、４５、４６、５１、５２、５４、および５５、例えば、１６〜１８、２３、２９、３１、３２、３６、３９、４２、４３、４５、４６、５１、５２、５４、および５５で示される配列からなる群から選択されるアミノ酸を有するペプチド、またはそれに由来する環式ペプチドがある。
一部の実施形態では、メディトープは、式（Ｘ）の化合物または薬学的に許容されるその塩を含む：
［式中、
「＊」でマークされている中心は、「Ｒ」または「Ｓ」配置であり；
Ｒ３およびＲ３’はそれぞれ独立に、Ｈか、またはＣ１〜４アルキル、−ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、およびヨードから独立に選択される１、２、または３個の置換基で置換されていてもよいフェニルであり；
Ｒ５は以下の（Ａ）あるいは（Ｂ）であり：
（Ａ）オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）２、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＯ２Ｃ１〜４アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ１〜４アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｃ１〜４アルキル、−ＣＯ２Ｈ、および−ＣＯＮＨ２基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基で置換されていてもよいＣ１〜８アルキル；あるいは
（Ｂ）以下のａ）またはｂ）で置換されているＣ１〜４アルキル基：
ａ）１個もしくは２個のフェニル基（ここで、各フェニルは、−ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、およびヨードから独立に選択される１、２、もしくは３個の置換基で置換されていてもよい）；または
ｂ）ナフチル、イミダゾール、もしくはインドール基；
Ｒ６は、−Ｃ１〜４アルキル−ＯＨまたは−Ｃ１〜４アルキル−ＳＨであり；
Ｒ７は、−Ｃ１〜４アルキル−ＯＨまたは−Ｃ１〜４アルキル−ＳＨであり；
ｍは、０、１、２、３、４、または５であり；
Ｒ８は下記の（ａ）あるいは（ｂ）であり：
（ａ）−ＯＨ、−ＮＲａＲｂ、−Ｎ（Ｒｃ）Ｃ（Ｏ）Ｒｅ、または−Ｎ（Ｒｃ）Ｃ（＝ＮＲｄ）Ｒｅ；（ここで、
ＲａはＨであり；
Ｒｂは、Ｈか、またはオキソ、アセタールおよびケタール、−Ｂ（ＯＨ）２、−ＳＨ、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ１〜４アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｃ１〜４アルキル、−ＣＯ２Ｈ、もしくは−ＣＯ２Ｃ１〜４アルキル基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基で置換されていてもよいＣ１〜８アルキルであり；
Ｒｃは、Ｈ、Ｃ１〜８アルキル、Ｃ３〜８シクロアルキル、分枝アルキル、またはアリールであり；
Ｒｄは、Ｈか、またはそれぞれ、−Ｎ３、−ＮＨ２、−ＯＨ、−ＳＨ、ハロゲン、オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）２、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ１〜４アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｃ１〜４アルキル、−ＣＯ２Ｈ、および−ＣＯ２Ｃ１〜４アルキル基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基で置換されていてもよいＣ１〜８アルキル、Ｃ２〜８アルケニル、Ｃ２〜８アルキニル、Ｃ３〜８シクロアルキル、分枝アルキル、もしくはアリール基であり；かつ
Ｒｅは、Ｈ；−ＮＨＲｄ；または−Ｎ３、−ＮＨ２、−ＯＨ、−ＳＨ、オキソ、Ｃ２〜４アセタール、Ｃ２〜４ケタール、−Ｂ（ＯＨ）２、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ１〜４アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｃ１〜４アルキル、および−ＣＯ２Ｃ１〜４アルキル基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基でそれぞれ置換されていてもよいＣ１〜１２アルキル、Ｃ３〜８シクロアルキル、Ｃ２〜１２アルケニル、Ｃ２〜８アルキニル、またはアリール基である）；あるいは
（ｂ）オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）２、ボロン酸エステル、−ＳＨ、−ＯＨ、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ１〜４アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｃ１〜４アルキル、または−ＣＯ２Ｃ１〜４アルキル基で置換されているＣ１〜１２アルキル；
Ｒ９は、Ｃ１〜４アルキルまたは−Ｃ１〜２アルキレン−Ｒｘであり；
（ここで、Ｒｘは、−ＣＯ２Ｈ、−ＣＯＮＨ２、−ＣＨ２ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ２、または−ＣＨ２ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２である）；
Ｒ１０は下記の（１）あるいは（２）であり：
（１）オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）２、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ１〜４アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｃ１〜４アルキル、−ＣＯ２Ｃ１〜４アルキル、−ＣＯ２Ｈ、および−ＣＯＮＨ２基からなる群から選択される１個または複数の置換基で置換されていてもよいＣ１〜８アルキル；あるいは
（２）１もしくは２個のフェニル基、または１個のナフチル、イミダゾール、もしくはインドール基で置換されているＣ１〜４アルキル基（ここで、各フェニルは、−ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、およびヨードから独立に選択される１、２、または３個の置換基で置換されていてもよい）；
ｎは、０または１であり；
ｐは、０または１であり；
Ｘは、その各炭素が−ＣＯ２Ｈ、−ＮＨ２、または−ＮＨＣ（Ｏ）Ｒｙで置換されていてもよいＣ１〜８アルキレンまたはＣ２〜８アルケニレンであり；
（ここで、前記アルキレンのうちの１個の炭素は、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、５員のヘテロアリール環、または−Ｓ−Ｓ−で置き換えられていてもよい）；かつ
Ｒｙは、−Ｃ１〜４アルキルまたは−ＣＨ（Ｒｚ）ＣＯ２Ｈである
（ここで、Ｒｚは、−Ｈか、または−ＯＨ、−ＳＨ、もしくは−ＮＨ２で置換されていてもよい−Ｃ１〜４アルキルである）］。
一実施形態では、メディトープは、メディトープ結合部位のシステインに共有結合するシステインを含有する。そのようなメディトープを、マーカーなどの小分子の診断用分子などの治療用分子であってよい任意の物質、分子、または化合物とコンジュゲートさせることができる。一部の態様では、「Ｃｙｓメディトープ」は、そのコンジュゲートをＩｇへと向かわせ、共有結合を介して結合する。
また、提供するメディトープのうちには、メディトープ（上記のもののうちの任意のものなど）と、治療剤または診断剤とを含むものなどの標識されたメディトープがある。一部の態様では、治療剤または診断剤は、以下からなる群から選択される：金属イオンに結合している金属キレート剤、小分子、化学療法剤、治療用抗体または機能性フラグメント、毒素、放射性同位体、酵素、ヌクレアーゼ、ホルモン、免疫調節剤、オリゴヌクレオチド、有機または無機ナノ粒子、ＲＮＡｉ分子、ｓｉＲＮＡ、キレート剤、ホウ素化合物、光活性剤、色素、蛍光または発光物質、酵素、増感剤、放射性物質、およびキレート剤。
また、提供するメディトープのうちには、２つ以上のメディトープおよび１つまたは複数のリンカーを含むものなどの多価メディトープがあり、例えば、ここで、２つ以上のメディトープの各々は、メディトープ利用可能抗体のメディトープ結合部位に結合するペプチドである。そのような多価メディトープは、本明細書において記載されている、例えば、上記のメディトープのうちの任意のものを含んでよい。一態様では、２つ以上のメディトープは、少なくとも３つのメディトープまたは少なくとも４つのメディトープを含む。一態様では、１つまたは複数のリンカーには、ペプチド、小さな化学的スキャフォールド、ビオチン−ストレプトアビジン、有機もしくは無機ナノ粒子、ポリヌクレオチド配列、ペプチド核酸、有機ポリマー、または免疫グロブリンＦｃドメインが包含される。
また、提供する実施形態のうちには、メディトープ利用可能抗体−メディトープ複合体があり、これには、メディトープ利用可能抗体のうちの任意のものと、本明細書において記載されている、例えば、上記のメディトープのうちの任意のものとを含有するものが包含される。場合によっては、表面プラスモン共鳴（ＳＰＲ）によって測定した場合に１０μＭ未満の解離定数で、または上記のとおりの別の親和性で、ペプチドはメディトープ結合部位に結合する。
また、上記のメディトープおよび／または抗体のうちの任意のものなどのメディトープおよび／または抗体を使用する方法を提供する。例えば、メディトープ利用可能抗体もしくはそのフラグメント、またはメディトープ利用可能抗体もしくはそのフラグメントを発現する細胞を精製する方法を提供する。一態様では、そのような方法は、メディトープ利用可能抗体またはフラグメントがペプチドに結合する条件下で、メディトープ利用可能抗体、フラグメント、または細胞を含有する組成物をメディトープと接触させるステップを包含する。一部の態様では、それらの方法は、次いで抗体もしくはフラグメントまたは細胞を単離するステップをさらに包含する。一部の態様ではこうして、そのような方法は、抗体、フラグメント、または細胞を精製する。
一部の態様では、メディトープを固体支持体にカップリングさせる。一部の態様では、単離または精製を、ｐＨの変化によって行う。
また、本明細書において記載されている、例えば上記のメディトープ（多価メディトープおよび標識されたメディトープを包含）、メディトープ利用可能抗体、および複合体、および／または他の化合物を含む組成物、例えば、医薬組成物を提供する。一例では、組成物は、複合体、メディトープ、および／またはメディトープ利用可能抗体と、薬学的に許容される担体とを包含する。
また、対象に、本明細書において記載されている、例えば、上記のような医薬組成物あるいはメディトープ利用可能抗体、メディトープ、複合体、および／または他の化合物のうちの任意のものを投与することによって実施される方法などの治療方法を提供する。一例では、この方法は、対象に、上記のとおりの抗体またはフラグメントを投与することを包含する。
一例では、治療方法は、対象に、１つまたは複数のメディトープ利用可能抗体またはフラグメント、例えば、上記のもののうちの任意のものを投与することを包含する。一例では、この方法は、対象に、１つまたは複数の、上記のとおりのメディトープ利用可能抗体またはフラグメントと、メディトープ、例えば、多価メディトープおよび治療剤または診断剤にカップリングしているメディトープを包含する上記のもののうちの任意のものとを投与することを包含する。一態様では、メディトープ利用可能抗体またはフラグメントと、１つまたは複数のメディトープとを逐次的に投与する。別の態様では、それらを同時に投与する。概して、この１つまたは複数のメディトープは、メディトープ利用可能抗体またはフラグメントのメディトープ結合部位に結合するペプチドを含む。一態様では、メディトープ利用可能抗体および１つまたは複数のメディトープの投与が、メディトープ利用可能抗体およびメディトープからなる複合体を投与することを含むように、メディトープ利用可能抗体またはフラグメントを１つまたは複数のメディトープに結合させる。別の態様では、１つまたは複数のメディトープを投与する前に、メディトープ利用可能抗体を投与する。
一部の態様では、１つまたは複数のメディトープを、薬物、化学療法剤、治療用抗体、毒素、放射性同位体、酵素、キレート剤、ホウ素化合物、光活性剤、色素、金属、金属合金、およびナノ粒子からなる群から選択される治療剤などの治療剤にカップリングさせる。
また、対象に、本明細書において記載されている、例えば、上記のような医薬組成物あるいはメディトープ利用可能抗体、メディトープ、複合体、および／または他の化合物のうちの任意のものを投与し、投与された組成物、抗体、メディトープ、複合体、および／または化合物と対象内の物質との、例えば抗原との結合を検出することによって実施される方法などの診断方法を提供する。一部の態様では、診断方法は、対象に、１つまたは複数のメディトープ利用可能抗体またはそのフラグメント、例えば、上記のもののうちの任意のものを投与することを包含する。一部の態様では、この方法は、抗体またはフラグメントと対象内の抗原との結合を検出することをさらに包含する。一部の態様では、メディトープ利用可能抗体またはフラグメントと、１つまたは複数のメディトープとを逐次的に投与し、他の態様では、それらを同時に投与する。一例では、メディトープ利用可能抗体および１つまたは複数のメディトープの投与が、メディトープ利用可能抗体およびメディトープからなる複合体を投与することを含むように、メディトープ利用可能抗体またはフラグメントを１つまたは複数のメディトープに結合させる。別の例では、１つまたは複数のメディトープを投与する前に、メディトープ利用可能抗体を投与する。一部の態様では、この１つのメディトープまたは複数のメディトープは、多価メディトープである。一部
の態様では、このメディトープを、蛍光物質、発光物質、色素、指示薬、および放射性物質からなる群から選択されるイメージング剤などの診断剤とカップリングさせる。場合によっては、イメージング剤はＤＯＴＡである。
また、例えば、テンプレート抗体に基づき、メディトープ利用可能抗体またはそのフラグメントを作成する方法を提供する。一部の態様では、そのような方法は、テンプレート抗体またはそのフラグメントにおいて１つまたは複数のアミノ酸置換を行うことを包含する。一例では、その置換には、Ｋａｂａｔナンバリングに従うとＶＬ領域の４０、４１、もしくは８５位での、かつ／またはＶＨ領域の４０位もしく８９位での置換が包含される。
一部の態様では、方法は、配列番号：１、２、１６〜１８、２３、２９、３１、３２、３６、３９、４２、４３、４５、４６、５１、５２、５４、および５５で示される配列からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するペプチド、またはそれに由来する環式ペプチドであるメディトープに結合するメディトープ利用可能抗体またはそのフラグメントを作成する。
一部の態様では、テンプレート抗体またはフラグメントは、以下：アバゴボマブ、アブシキシマブ、アダリムマブ、アデカツムマブ、アレムツズマブ、アルツモマブ、ペンテト酸アルツモマブ、アナツモマブ、アナツモマブマフェナトクス、アルシツモマブ、アトリズマブ、バシリキシマブ、ベクツモマブ、エクツモマブ、ベリムマブ、ベンラリズマブ、ベバシズマブ、ブレンツキシマブ、カナキヌマブ、カプロマブ、カプロマブペンデチド、カツマキソマブ、セルトリズマブ、クリバツズマブテトラキセタン、ダクリズマブ、デノスマブ、エクリズマブ、エドレコロマブ、エファリズマブ、エタラシズマブ、エルツマキソマブ、ファノレソマブ、Ｆｂｔａ０５、フォントリズマブ、ゲムツズマブ、ギレンツキシマブ、ゴリムマブ、イブリツモマブ、イゴボマブ、インフリキシマブ、イピリムマブ、ラベツズマブ、メポリズマブ、ムロモナブ、ムロモナブ−ＣＤ３、ナタリズマブ、ネシツムマブ、ニモツズマブ、オファツムマブ、オマリズマブ、オレゴボマブ、パリビズマブ、パニツムマブ、ラニビズマブ、リツキシマブ、サツモマブ、スレソマブ、イブリツモマブ、イブリツモマブチウキセタン、トシリズマブ、トシツモマブ、トラスツズマブ、Ｔｒｂｓ０７、ウステキヌマブ、ビシリズマブ、ボツムマブ、ザルツムマブ、およびブロダルマブからなる群から選択されるか、またはハイブリドーマ１０Ｂ５によって産生される抗体であるか、またはＢ６Ｈ１２．２である。
一部の態様では、ＳＰＲまたは他の上記の方法によって測定した場合に特定の親和性で、例えば、１０、５、または２（または上記で規定された他の数）μＭ未満の解離定数で、メディトープ利用可能抗体は、１つまたは複数のメディトープ（例えば、配列番号１、２、またはそれに由来する環式ペプチドのうちのいずれか）、例えば、上記のものに結合する。
一部の態様では、１つまたは複数のアミノ酸置換はそれぞれ、Ｋａｂａｔナンバリングに従うと軽鎖の８、９、１０、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、８２、８３、８４、８５、８６、８７、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１４２、１６２、１６３、１６４、１６５、１６６、１６７、１６８、および１７３位、ならびに／または重鎖の６、９、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、８４、８６、８７、８８、８９、９０、９１、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１４７、１５０、１５１、１５２、１７３、１７４、１７５、１７６、１７７、１８５、１８６、および１８７位からなる群から選択される位置においての置換である。一部の態様では、メディトープ利用可能抗体は、Ｋａｂａｔナンバリングに従うとＰ８、Ｖ９またはＩ９、Ｉ１０またはＬ１０、Ｑ３８、Ｒ３９、Ｔ４０
、Ｎ４１ Ｇ４２、Ｓ４３、Ｐ４４、Ｒ４５、Ｄ８２、Ｉ８３、Ａ８４、Ｄ８５、Ｙ８６、Ｙ８７、Ｇ９９、Ａ１００、Ｇ１０１、Ｔ１０２、Ｋ１０３、Ｌ１０４、Ｅ１０５、Ｒ１４２、Ｓ１６２、Ｖ１６３、Ｔ１６４、Ｅ１６５、Ｑ１６６、Ｄ１６７、Ｓ１６８、およびＹ１７３を有する軽鎖、ならびにＫａｂａｔナンバリングに従うとＱ６、Ｐ９、Ｒ３８、Ｑ３９、Ｓ４０、Ｐ４１、Ｇ４２、Ｋ４３、Ｇ４４、Ｌ４５、Ｓ８４、Ｄ８６、Ｔ８７、Ａ８８、Ｉ８９、Ｙ９０、Ｙ９１、Ｗ１０３、Ｇ１０４、Ｑ１０５、Ｇ１０６、Ｔ１０７、Ｌ１０８、Ｖ１１１、Ｔ１１０、Ｙ１４７、Ｅ１５０、Ｐ１５１、Ｖ１５２、Ｔ１７３、Ｆ１７４、Ｐ１７５、Ａ１７６、Ｖ１７７、Ｙ１８５、Ｓ１８６、およびＬ１８７を有する重鎖を含有する。
また、メディトープ利用可能抗体およびメディトープをコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチド、さらにはそれを包含するベクターおよびそのベクターを含むライブラリを提供する。
また、抗体またはそのフラグメントをライブラリから発現させるステップと、抗体またはそのフラグメントを、発現された抗体またはフラグメントのうちから選択するステップとを包含する方法などのスクリーニング方法を提供する。場合によっては、その選択は、選択される抗体またはそのフラグメントの結合親和性、ｐＨ耐性、ｐＨ依存性、毒性、ＰＫ、またはＰＤに基づき、かつ／またはその抗体またはそのフラグメントをメディトープと接触させ、かつ１つまたは複数の抗体またはフラグメントへのそのメディトープの結合を検出することによって行われる。
また、（ａ）メディトープおよびメディトープ利用可能抗体またはそのフラグメントを組み合わせ、それによってメディトープが抗体またはそのフラグメントに非共有結合するステップと；（ｂ）メディトープ変異体または類似体候補を加えるステップと；（ｃ）メディトープ変異体または類似体候補によるメディトープの置き換えを測定するステップとを含み、その変異体または類似体候補によってメディトープが置き換えられたら、それらをメディトープ変異体または類似体として同定する方法を包含する、メディトープ類似体またはメディトープ変異体を選択する方法を提供する。
また、１つまたは複数のアミノ酸置換、挿入、または欠失を、配列番号１、２、１６〜１８、２３、２９、３１、３２、３６、３９、４２、４３、４５、４６、５１、５２、５４、および５５のうちの任意のもので示される配列を有するペプチド、またはそれに由来する環式ペプチドに対して行い、それによって、上記のもののうちの任意のものなどのメディトープ利用可能抗体またはそのフラグメントに対するペプチドの結合親和性のｐＨ依存性を改変することを含むメディトープを修飾するための方法を包含する、メディトープおよびメディトープ利用可能抗体を修飾する方法を提供する。一部の態様では、この方法によって、リソソームｐＨレベルでの抗体またはフラグメントに対するペプチドの結合親和性を低下させる。他の態様では、この方法によって、低酸素環境における結合親和性を上昇させる。
また、１つまたは複数の修飾を、Ｋａｂａｔナンバリングに従うとメディトープ利用可能抗体の軽鎖の８、９、１０、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、８２、８３、８４、８５、８６、８７、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１４２、１６２、１６３、１６４、１６５、１６６、１６７、１６８、および／もしくは１７３位、または重鎖の６、９、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、８４、８６、８７、８８、８９、９０、９１、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１４７、１５０、１５１、１５２、１７３、１７４、１７５、１７６、１７７、１８５、１８６、および／もしくは１８７位で行うステップを含む方法など、メディトープ利用可能抗体を修飾するための方法を提供する。一部の態様で
は、修飾されたメディトープにおける修飾に基づき、抗体を修飾するか、またはその逆などによって、互いに結合する修飾されたメディトープおよび修飾されたメディトープ利用可能抗体を生成する修飾方法を同時に提供する。
また、上記のメディトープ利用可能抗体の任意のものに結合するもの、および／または上記のメディトープのうちの任意のものに匹敵する結合特性を有するものを包含するメディトープ類似体を提供する。
セツキシマブのフレームワークループに結合しているメディトープペプチドが示されている。図１Ａ：セツキシマブＦａｂ（軽鎖はＶＬおよびＣＬによって示されている；重鎖はＶＨおよびＣＨによって示されている）と環式ＣＱＦＤＬＳＴＲＲＬＫＣ（網掛け部分内に示されており、語「メディトープ」で標識されている）（配列番号１）との複合体は、このメディトープが、セツキシマブのＣＤＲループとは別であるＦａｂフレームワークのインターフェースに結合することを示している。図１Ｂ（上）は、ｃＱＦＤメディトープの棒モデルによる表示を示しており、（下）は、ｃＱＹＮメディトープの棒モデルによる表示を示している。Ｎ末端およびＣ末端システインは、溶媒に曝露されており、高い温度因子を示す。 セツキシマブＦａｂ結合インターフェースの特定の実施形態が示されている。セツキシマブはヒト−マウスキメラであるので、マウスＩｇ可変ドメインおよびヒト定常Ｉｇドメインを混合して有する。図２Ａには、ｃｈ１４．１８の残基およびメディトープと接するセツキシマブの残基に対応するヒト化トラスツズマブの残基が示されている。図２Ｂには、セツキシマブのマウス配列によってコードされる別のポケットを占めるｃＱＦＤメディトープのＡｒｇ９の立体像が示されている（前面）。セツキシマブ軽鎖のＡｓｐ８５から、メディトープＡｒｇ９のグアニジウム基およびＬｅｕ１０のバックボーンアミドまでの塩橋が存在する。 ｃＱＦＤおよびｃＱＹＮと固定化Ｆａｂとの表面プラスモン共鳴（ＳＰＲ）トレースが示されている。結晶学的調査のために使用されるセツキシマブＦａｂを、ＣＭ５チップに低密度でカップリングさせた。ｃＱＦＤ（図３Ａ）およびｃＱＹＮ（図３Ｂ）メディトープの濃度を漸増させた場合のトレースが示されている。一連のトレースを、単純な１：１Ｌａｎｇｍｕｉｒ結合モデルにフィットさせる。このフィットの残差がそれぞれ下段に示されている。 既に仮定されていたとおり、ｃＱＦＤおよびｃＱＹＮメディトープが、セツキシマブのＣＤＲには結合しないことが示されている。図４Ａには、２つの結晶構造が重ねて示されており、一方は、セツキシマブＦａｂおよびその抗原ＥＧＦＲドメインＩＩＩであり、他方は、ｃＱＦＤメディトープおよびセツキシマブＦａｂを示しており、ここで、ｃＱＦＤメディトープは、セツキシマブＦａｂの中央空洞部に結合している。抗原ＥＧＦＲドメインＩＩＩは、メディトープ結合部位からかなり離れた相補性決定領域で結合している。図４Ｂの左側には、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ結果が、かつ右側には、対応するサイズ排除クロマトグラフィー結果が示されている。個々の成分であるＦａｂ、ＥＧＦＲドメインＩＩＩ、およびＳＭＴ−ｃＱＦＤメディトープ、さらには、それら３種全ての混合物のサイズ排除実験によって、ヘテロ三量体複合体の形成およびその共溶出が示されている。非還元ＳＤＳ−ＰＡＧＥゲルは、初めに溶出された画分を示しており、このことは、混合物で観察される新たなピーク（「複合体」の薄灰色に網掛けされている一番左のピーク）中に、３つの成分全てが存在することを示している。図４Ｃには、ＦＡＣＳ分析の結果が示されており、これは、ｃＱＦＤメディトープは、セツキシマブの存在下でのみ、ＥＧＦＲ陽性ＭＤ−ＭＢＡ−４６８細胞に結合したことを示している（矢印）。メディトープ単独またはＭ４２５、マウスＥＧＦＲ抗体の存在下でのメディトープは、結合しなかった。 図４Ｄには、セツキシマブｓｃＦｖまたはＦａｂとカップリングしたセンサーチップを使用する表面プラスモン共鳴実験の結果が示されている。実験によって、１００μＭという高濃度のｃＱＦＤメディトープでも、ｓｃＦｖは飽和され得ないことが示されている。セツキシマブＦａｂをカップリングさせたセンサーチップを使用する同じ実験では、完全な飽和が示されている。この実験での解離定数は６６０ｎＭである。対照ＳＰＲ実験（下段のパネル）によって、セツキシマブｓｃＦｖは可溶性ＥＧＦＲドメインＩＩＩフラグメントに容易に結合することが示されており、これは、ＣＤＲループが機能性であったことを示している。 細胞数と比較した蛍光強度のグラフであり、ｃＱＦＤの存在下でのＭＤＡ−ＭＢ−４６８細胞への蛍光標識セツキシマブの結合を示している。セツキシマブは、メディトープが存在しなくても、かつ６μＭおよび６０μＭのメディトープが存在しても、ＭＤＡ−ＭＢ−４６８細胞に結合する。予測されたとおり、この図は、アイソタイプＩｇＧ対照がＭＤＡ−ＭＢ４６８細胞上のＥＧＦＲに結合しなかったことを示している。 メディトープおよびＥＧＦＲがどのように別の部位に結合するかが示されている。上段のイメージは、ｃＱＦＤ−Ｆａｂ複合体およびＥＧＦＲ−Ｆａｂ複合体（１ＹＹ８）を立体的に重ね合わせて示している。下段のイメージは、重鎖の残基３９〜４６がフレキシブルであり、メディトープを収容することを示している。 Ｆａｂフレームワークのバインダーが示されている。メディトープ、プロテインＡ、およびプロテインＬに結合しているＦａｂを重ね合わせることで、それぞれが、セツキシマブＦａｂ上の固有の部位に結合していることが示されている。 腫瘍治療を増強するための一実施形態における作用機序が示されている。例示されている実施形態では、二価抗体は、腫瘍細胞上で過剰発現される抗原（例えば、ＥｒｂＢ受容体ファミリー）に結合し（左側のパネル）、かつ受容体シグナル伝達をブロックし、細胞内取り込み作用および受容体リサイクリングを改変し、かつ／または免疫応答を誘発する。ＥＧＦＲの別のドメインを認識するマツズマブなどの抗体をセツキシマブと組み合わせて加えることが場合によって、表面受容体のデイジーチェーニングによって、より有効であり得る（右側のパネル１）。多価メディトープ（この特定の実施例では、三価）は治療用ｍＡｂをテザー（ｔｅｔｈｅｒ）／架橋して、その治療可能性を増強することができる（右側）。加えて、多価メディトープ（ここでは、三価バージョンとして示されている）は、治療法と、さらにはイメージングとの両方を増強することができるイメージング剤を担持することができる。 ｓｃＦｖ−メディトープのリンカーが示されている。１２〜２０アミノ酸リンカー（典型的には｛ＧＧＧＳ｝３−５）を介して軽鎖可変ドメインを重鎖可変ドメインに（またはその逆で）融合させることによって、ｓｃＦｖを作る。この例では、フレキシブルなリンカー配列の一部を、メディトープ配列に置き換えることができる。 ビーズにカップリングさせたｃＱＦＤメディトープがセツキシマブに結合し得ることを示す、ＳＤＳ−ＰＡＧＥからの結果が示されている。ビオチン化ｃＱＦＤペプチドを、アビジンとカップリングしているビーズに加え、十分に洗浄し、かつＰＢＳ中で平衡させた。次いで、セツキシマブをビーズに加え（レーン１）、洗浄し（レーン２〜４）、次いで、溶出した（レーン５）。最上部のバンドはＩｇＧ重鎖であり、下部のバンドはＩｇＧ軽鎖である。 立体マスクの例示的な実施形態の図である。この例示的な実施形態では、メディトープは、腫瘍関連プロテアーゼ部位を含有するフレキシブルなリンカーを介して、Ｆａｂ軽鎖または重鎖のＮ末端に融合していて、抗原結合部位を立体的に塞いでいる。 ＳＰＲによって決定された、一価（左側のパネル）および四価（右側のパネル）メディトープとセツキシマブとの結合反応速度が示されている。表面プラスモン共鳴トレースの上のパネルは、二価ＩｇＧ上を通過する一価メディトープのイラストを示している。右側のパネルに示されているとおり、アビジンは、ビオチン化メディトープで飽和されて、同じ固定化セツキシマブＩｇＧ上を通過した。多価メディトープのオフレートは、少なくとも１／３６に低減された（２つの実験の間で時間尺度が異なることに注意されたい）。 ラクタム結合を含有するメディトープについて、一部の実施形態による二量体および三量体メディトープの合成が示されている。 フルオレセインイソチオシアナート（ＦＩＴＣ）標識されたメディトープ二量体（図１３中の「１４」）のキャラクタリゼーションが、最終二価メディトープのＨＰＬＣトレースおよびその質量スペクトルと共に示されている。 一部の実施形態によるメディトープ−Ｆｃ融合タンパク質についての核酸配列（配列番号３）および対応するアミノ酸配列（配列番号４）が示されている。 例示的な二価メディトープが示されている。このメディトープは、ＩｇＧのＦｃ領域に直接融合しているペプチドリンカーのＮ末端に直接融合している。この例では、このＦｃは、発現中に自然にホモ二量体化するので、メディトープ−Ｆｃコンストラクトからの最終生成物は二価である。 一価および二価メディトープの、セツキシマブで事前処置されたＥＧＦＲ発現細胞への結合をモニタリングする一連の例示的なＦＡＣＳ分析の結果が示されている。ＥＧＦＲを過剰発現するＭＤＡ−ＭＢ−４６８細胞を、１０ｎＭのセツキシマブで３０分間事前処置し、すすぎ、次いで、４種の濃度のメディトープ−Ｆｃコンストラクトまたは単量体メディトープのいずれかで処置した。一番下のトレースは、陰性対照（抗体なし）である。次の４つのトレースは、単量体メディトープがセツキシマブで事前処置された細胞に濃度依存的に結合することを示している。上の４つのトレースも、二価メディトープＦｃがセツキシマブで事前処置された細胞に濃度依存的に、ただしより高い親和性で結合することを示している（すなわち、右側にさらにシフトしている）。このことは予測されており、多価相互作用と一致する。 特定の実施形態で使用することができる別のメディトープ−Ｆｃリンカー、多重コイルの図である。 ＮＭＲによるフラグメントスクリーニングが示されている。セツキシマブ添加前（上段のトレース）および添加後（下段のトレース）のフラグメントプールの代表的なＮＭＲスペクトル。この方法を使用して、リード化合物（例えば、本明細書において示されているもの）を同定し、回折研究を使用して、結合部位を決定することとする。 指向ランダムライブラリ（ｄｉｒｅｃｔｅｄ ｒａｎｄｏｍ ｌｉｂｒａｒｙ）を使用して、メディトープ部位でのメディトープまたは化合物の結合に対するｍＡｂの結合親和性を改変および／または増強（または他の特性を改変）するための例示的なステップが示されている。具体的には、ＦＡＣＳソーティング（メディトープおよび抗原を別の蛍光体で標識する）を使用して、メディトープ結合部位をライニングしているｍＡｂ残基のためのコドンがＮＮＫ（ここで、Ｎは、任意のヌクレオチドであり、Ｋは、チミジンまたはグアノシンである）で置き換えられている遺伝子ライブラリを選択することができる。別の実施形態では、このコドンをＮＮＮ（ここで、Ｎは、任意のヌクレオチドである）で置換する。ＧＰＩリンカーによって、選択されたｍＡｂが、その遺伝子配列をコードするベクターでトランスフェクトされた細胞と結合したままとなることを保証することができる。選択された細胞に由来する軽鎖および重鎖をコードする遺伝子を配列決定することで、高親和性のｍＡｂが同定されるはずである。この方法を繰り返すことで、より高い親和性のメディトープまたはメディトープ類似体を選択することができる。 セツキシマブとトラスツズマブとの配列の相違の表面表示である。上段のパネルにおける濃灰色の領域は、セツキシマブと完全ヒト化トラスツズマブフレームワークとの間のアミノ酸の相違を示している。囲み内のいくつかの残基をトラスツズマブフレームワーク上で変異させている。トラスツズマブのＣＤＲループを同定して（濃色領域；下段のパネル）、セツキシマブフレームワーク上にグラフト化した。 メディトープ利用可能トラスツズマブがメディトープ−Ｆｃ融合タンパク質に結合することが示されている。メディトープ結合部位を、トラスツズマブ（腫瘍抗原ＨＥＲ２に結合するヒト化ｍＡｂ）上に作った。上段のパネルにおけるＦＡＣＳ分析によって、メディトープ利用可能トラスツズマブが、ＨＥＲ２を過剰発現するＳＫＢＲ３細胞に結合することが示されている（上の２つのトレース）。下段のグラフでは、メディトープ−Ｆｃは、メディトープ利用可能トラスツズマブには結合するが（上の２つのトレースでは、ピークが右にシフトしている）、野生型トラスツズマブ（下から２番目）または陰性対照（一番下のトレース）には結合しない。 図２３Ａは、メディトープ利用可能トラスツズマブ重鎖配列の核酸配列（配列番号５）を示している。シグナルペプチド配列が、灰色に網掛けされている。図２３Ｂは、メディトープ利用可能トラスツズマブ重鎖配列のアミノ酸配列（配列番号６）を、野生型配列（配列番号７）と比較して示している。相違が、灰色で強調されている。図２３Ｂに示されているアミノ酸の後には、示されている重鎖のヒト配列中に相違は残っていない。 図２３Ｃは、メディトープ利用可能トラスツズマブ軽鎖配列の核酸配列（配列番号８）を示している。シグナルペプチド配列が、灰色に網掛けされている。図２３Ｄは、メディトープ利用可能トラスツズマブ軽鎖配列のアミノ酸配列（配列番号９）を、野生型配列（配列番号１０）と比較して示している。相違が、灰色で強調されている。 セツキシマブ様フレームワーク上にグラフト化されたＨＥＲ２結合ＣＤＲループを含有する抗体は、ＨＥＲ２およびメディトープ−Ｆｃに結合することが示されている。図２４Ａでは、ＦＡＣＳ分析によって、ＨＥＲ２−ＣＤＲグラフト化されたメディトープ利用可能ｍＡｂは、ＨＥＲ２を過剰発現するＳＫＢＲ３細胞に結合することが示されている（濃度が異なる上の３つのトレース）。図２４Ｂは、メディトープ−Ｆｃが、ＨＥＲ２−ＣＤＲグラフト化されたメディトープ利用可能ｍＡｂには結合した一方で（上の３つのトレースでは、ピークが濃度依存的に右にシフトしている）、野生型トラスツズマブ（下から２番目）または陰性対照（一番下のトレース）には結合しなかったことを示している。 図２５Ａは、トラスツズマブの重鎖の核酸配列（配列番号１１）およびアミノ酸配列（配列番号１２）を分泌配列および操作された制限部位（下線部）と共に示している。 図２５Ｂは、トラスツズマブの軽鎖の核酸配列（配列番号１３）およびアミノ酸配列（配列番号１４）を分泌配列および操作された制限部位（下線部）と共に示している。網掛け部分は、一部の態様では、メディトープの特異性を増強または改変するために改変することができるか、または修飾エピトープとの結合相互作用に関与し得る例示的な残基を示している。 ＩｇＧおよびＩｇＥ Ｆａｂドメインの配列および構造アラインメントの例を示しており、ここで、網掛け部分は、メディトープ結合部位付近の残基に対応する特定の残基を示している。 表面プラスモン共鳴（ＳＰＲ）研究を示すグラフである。セツキシマブに対する種々のメディトープ［ｃＱＦＤ（メディトープ１、配列番号１）、ｃＱＹＮ（メディトープ２、配列番号２）およびｃＱＹＤ（メディトープ１６、配列番号１６）］の結合親和性を、ｐＨ＝４．０からｐＨ＝８．０までで決定した。 ＭＤＡ−ＭＢ−４６８細胞増殖を阻害する二価メディトープ−Ｆｃの有効性を単量体メディトープの有効性と比較するＭＴＴアッセイの結果が示されている。図２８Ａは、研究結果を示しており、この研究結果において、セツキシマブと組み合わせた場合に、メディトープ−Ｆｃは、細胞増殖を阻害したが、単量体メディトープは阻害しなかった。図２８Ｂは、Ｍ４２５およびセツキシマブの組合せと類似して、メディトープ−Ｆｃは、セツキシマブの細胞死滅能力を増強することを示している。 メディトープが、セツキシマブメディトープ結合部位（図に示されている「セツキシマブ結合」）には結合するが、完全ヒト化フレームワーク（図に示されている「トラスツズマブ、結合なし」）または他のマウス−キメラフレームワーク（図に示されている「リツキシマブ、結合なし」）には結合しないことが示されている。ｃＱＦＤメディトープ（メディトープ１、配列番号１）を、表面プラスモン共鳴研究のためのＣＭ５チップにコンジュゲートさせて、セツキシマブ（メディトープ結合Ｆａｂ）、トラスツズマブ（完全ヒト化フレームワーク）、およびリツキシマブ（マウス−ヒトキメラフレームワーク）を、０．０１、０．０５、０．１、０．５、および１μＭの濃度で試験した。セツキシマブのみが、メディトープをコンジュゲートさせたチップに結合した。 メディトープについて得られた生物物理学的データが示されている。図３０Ａは、セツキシマブＦａｂチップを使用する、未修飾メディトープｃＱＦＤ（配列番号１）およびＱＹＮメディトープ（配列番号２）のＳＰＲセンサーグラムを示している。図３０Ｂは、メディトープ（配列番号１）およびセツキシマブＦａｂの代表的な結合等温線（上段）および積分（下段）を示している。図３０Ｃは、両方のメディトープの重ね合わせを示している。楕円形１は、Ｐｈｅ／Ｔｙｒ位置を示している。矢印は、好ましい水素結合ネットワークをもたらし、エンタルピーの好ましい変化を説明し得るバックボーンのシフトを示している。疎水基Ｆ／Ｙ３、Ｌ５、およびＬ１０は、ほぼ同一に配置されているが、ｃＱＹＮメディトープ中のＹ５のヒドロキシル基は、ｃＱＦＤメディトープにおいて観察されるとおり、Ｒ８がＱ１０５バックボーンと相互作用することを妨げる（「立体クラッシュ（ｓｔｅｒｉｃ ｃｌａｓｈ）」）。この再編成はまた、β回転（「バックボーン回転」）のバックボーン残基において随伴変化をもたらす。図３０Ｄは、種々のメディトープ変異体のＩＴＣによって決定された個々の熱力学的パラメーターを示している。Ｐｈｅ３Ｔｙｒ変異体（メディトープ２、配列番号２）は、比較的低い親和性にもかかわらず、ΔＨにおいてかなりの変化を示している。構造に基づき、配列番号１のメディトープ中のＧｌｎ２を、Ｄ−ステレオマー（ｓｔｅｒｅｏｍｅｒ）と置き換えた。このメディトープ（配列番号１５）のＩＴＣ分析によって、エントロピーのかなりの上昇およびエンタルピーの低下が判明した。 一部の実施形態によるメディトープの化学構造が示されている。円は、修飾して、例えばＦａｂに対するメディトープ親和性を向上させることができる位置を示している。囲みは、環化ストラテジーを示している。上段と下段の一番右の囲み内の「クリック」化学およびオレフィン複分解はそれぞれ、メディトープを環化するための追加の経路である。 ラクタム（２、配列番号３２）およびフルオレセイン標識されたラクタム（３）の合成が示されている。 一部の実施形態による最適化の部位が示されている。楕円は、メディトープの親和性を最適化するために利用することができるｍＡｂのＦａｂ領域内の空洞を示している。 メディトープ結合パラメーターを最適化するために使用することができ、本明細書において記載されている実施形態によって使用することができる修飾されたＡｒｇ８残基が示されている（Ｒ＝アルキル、置換アルキル、芳香族、またはＮＨＲ’’’であり、ここで、Ｒ’’’＝アルキル、置換アルキル、または芳香族である）。 メディトープのＰｈｅ３付近にある親水性インターフェースが示されている。フェニル環に組み込まれているハロゲンは、セツキシマブＴｙｒ８７またはＴｙｒ９１のヒドロキシル基と、さらにはバックボーンカルボニルと強い非共有結合を形成し得る。 メディトープとセツキシマブのバックボーンとの間の共有相互作用が示されている。水和性側鎖を、Ａｒｇ８（左側）またはＬｅｕ１０（右側）に組み込んで、ＦａｂのＳｅｒまたはＴｙｒのヒドロキシル基との共有結合を形成することができる。 非標識ペプチドによる、セツキシマブとフルオレセインで標識されたペプチドとの間の相互作用の用量依存的阻害の蛍光偏光アッセイが示されている。このアッセイで、ｍＡｂ結合についてメディトープと競合し得て、したがってメディトープと同様に機能するように開発することができる小分子化合物を同定した。対照として、非標識メディトープは、蛍光標識されたメディトープに置き換わり得ることが証明された。３つの時点での置き換えの平衡は、このアッセイが確固としたものであり、ハイスループットスクリーニングのために修正可能であることを示している。 蛍光偏光スクリーニングによって同定された５種のリード化合物が示されている。 配列番号２２（Ａ）、配列番号１６（Ｂ）、配列番号１７（Ｃ）、配列番号１８（Ｄ）、配列番号１５（Ｅ）、および配列番号２３（Ｆ）に対応する、１８種の修飾メディトープについての棒モデルによる構造が示されている。これらの構造の配列は、表３および４に示されている。 配列番号２４（Ｇ）、配列番号２５（Ｈ）、配列番号３２（Ｉ）、配列番号３３（Ｊ）、配列番号３４（Ｋ）、および配列番号３５（Ｌ）に対応する、１８種の修飾メディトープについての棒モデルによる構造が示されている。これらの構造の配列は、表３および４に示されている。 配列番号３６（Ｍ）、配列番号３７（Ｎ）、配列番号３８（Ｏ）、配列番号３９（Ｐ）、配列番号４０（Ｑ）、および配列番号４１（Ｒ）に対応する、１８種の修飾メディトープについての棒モデルによる構造が示されている。これらの構造の配列は、表３および４に示されている。 配列番号４２（Ｓ）、配列番号４３（Ｔ）、配列番号４４（Ｕ）、配列番号４６（Ｖ）、配列番号４９（Ｗ）、および配列番号５１（Ｘ）に対応する、１８種の修飾メディトープについての棒モデルによる構造が示されている。これらの構造の配列は、表３および４に示されている。 配列番号５２（Ｙ）、配列番号５３（Ｚ）、配列番号５４（ＡＡ）、および配列番号５５（ＢＢ）に対応する、１８種の修飾メディトープについての棒モデルによる構造が示されている。これらの構造の配列は、表３および４に示されている。 図３９に示されている構造ならびに表３および４の追加のメディトープについてのＸ線回折データを示す表である。 図３９に示されている構造ならびに表３および４の追加のメディトープについてのＸ線回折データを示す表である。 図３９に示されている構造ならびに表３および４の追加のメディトープについてのＸ線回折データを示す表である。 図３９に示されている構造ならびに表３および４の追加のメディトープについてのＸ線回折データを示す表である。 図３９に示されている構造ならびに表３および４の追加のメディトープについてのＸ線回折データを示す表である。 図３９に示されている構造ならびに表３および４の追加のメディトープについてのＸ線回折データを示す表である。 図３９に示されている構造ならびに表３および４の追加のメディトープについてのＸ線回折データを示す表である。 図３９に示されている構造ならびに表３および４の追加のメディトープについてのＸ線回折データを示す表である。 メディトープ変異体の代表的な表面プラスモン共鳴研究が示されている。ｃＱＦＤメディトープにおけるＰｈｅ３Ｈｉｓ変異の構造情報に基づき、変異型メディトープを、β，β’−ジフェニルアラニンを３位で用いて合成した（上段のトレース）。約４倍のセツキシマブへの結合親和性のかなりの向上が、表面プラスモン共鳴によって観察された。元のメディトープのジスルフィド架橋と置き換えるために、アミノヘキサン酸を使用した（下段のトレース）。結合親和性は低下したが、これらのデータは、動物およびヒト研究における薬物速度、薬物動態、および毒性についての潜在的な問題に対処するために、メディトープを修飾することができることを示している。この組合せを、メディトープ内の他の位置の非天然アミノ酸と組み合わせることができることに注意されたい。 例えば、メディトープ親和性を向上させるために有用であり得る構造情報が示されている。上段のパネルは、メディトープが結合しているセツキシマブの結晶構造を示しており、セツキシマブのＦａｂ空洞内に結合しているＰｈｅ３を示している。ヒスチジンでのこの位置の置換およびその後の構造分析によって、側鎖（イミダゾール）が新たな立体配座を取ることが示されている（中央のパネル）。この観察に基づき、１つのフェニル側鎖を元の位置に、かつ１つのフェニル側鎖をイミダゾール環に配置し得るβ，β’−ジフェニルアラニンを３位で代わりに用いた。結晶構造によって、この置換は、両方の側鎖立体配置を模倣することが示されている。表面プラスモン共鳴研究によって、この置換はより高い親和性で結合することが示されている（図４１、上段のパネル）。 実施例４において記載されているとおり、本明細書で提供するメディトープ利用可能トラスツズマブは、抗原に対して野生型トラスツズマブと同様の結合親和性を有することを実証する研究の結果が示されている。 野生型トラスツズマブ（ＷＴ Ｔ）と事前結合しているＨＥＲ２発現細胞ではなく、メディトープ利用可能トラスツズマブ（ＴＭ）と事前結合しているＨＥＲ２発現細胞がｃＱＦＤ（配列番号１）メディトープ−プロテインＬ融合体（ＭＰＬ）と結合することを実証する、実施例４に記載されている研究の結果が示されている。事前結合している抗体を有さない対照細胞（ＭＰＬ（ＷＴ）単独）も、ＭＰＬに結合しなかった。 野生型トラスツズマブ（ＷＴ Ｔ）と事前結合しているＨＥＲ２発現細胞（ＳＫＢＲ３）ではなく、メディトープ利用可能トラスツズマブ（ＴＭ）と事前結合しているＨＥＲ２発現細胞（ＳＫＢＲ３）が、プロテインＬのうちの１個を除いて全てのリシンがアルギニンおよびアスパラギンに変異しているｃＱＦＤ（配列番号１）メディトープ−プロテインＬ融合体（ＭＰＬ−５Ｋ）と結合することを実証する、実施例４において記載されている研究の結果が示されている。どの抗体とも事前結合していない対照細胞（ＭＰＬ−５Ｋ単独）も、ＭＰＬ−５Ｋに結合しなかった。 メディトープと共にインキュベーションする前に、抗体を抗原を発現する細胞に事前に結合させても（左側のパネル）、またはメディトープ−プロテインＬ−および抗体を事前混合し、次いで、抗原を発現する細胞と共にインキュベートしても（右側のパネル）、同程度で、メディトープはメディトープ利用可能トラスツズマブに結合することが実証する、実施例４において記載されている研究の結果が示されている。ＴＭ＝メディトープ利用可能トラスツズマブ。未処置対照に対するＭＰＬ陽性細胞のパーセンテージは、説明文中に示す。 図４７Ａには、ＣＤＲをグラフト化されたメディトープ利用可能トラスツズマブ（セツキシマブ様フレームワーク上にグラフト化されたトラスツズマブ様ＣＤＲを含む）の軽鎖核酸配列（配列番号６１）および軽鎖アミノ酸配列（配列番号６１）が網掛けされたシグナル配列および他の残基と共に示されている。 図４７Ｂには、この抗体の重鎖核酸配列（配列番号６２）および重鎖アミノ酸配列（配列番号６３）が示されている。 ５位β，β’−ジフェニルアラニンメディトープ（配列番号１８、メディトープ１８）およびｃＱＦＤ（メディトープ１、配列番号１）を重ね合わせた構造を有する、セツキシマブＦａｂフラグメント（裏面図）に結合しているメディトープ５４（表４を参照されたい）の構造が示されている。 Ａｌｅｘａ４８８で標識されたメディトープ−Ｆｃ融合タンパク質（６００ｎＭ、１８０ｎＭ、または６０ｎＭ）を、セツキシマブまたはＭ４２５（マウス抗ＥＧＦＲ抗体）で３０分間事前標識されたＭＤＡ−ＭＢ−４６８細胞と共にインキュベートし、かつ抗体結合およびメディトープ結合をＦＡＣＳ分析によって分析した研究の結果が示されている。 （上段のパネル）には、セツキシマブ（濃灰色の棒）に結合しているメディトープ１８（配列番号１８、表３に示されている；５位にβ，β’−ジフェニルアラニンを含む）、メディトープ利用可能トラスツズマブ（白色の棒）に結合している同じメディトープ（１８）、および野生型トラスツズマブ（輪郭線）の構造の棒モデルによる表示が重ね合わせて示されている。下のパネルには、野生型およびメディトープ利用可能トラスツズマブを比較するリボンモデルによるイラストが示されている。 上段左のパネルには、トラスツズマブの構造と、トラスツズマブｍｅｍａｂ（この図において、トラスツズマブｍｅｍａｂは、「メディトープ利用可能Ｍｅｍａｂ」と称される）の構造とが重ね合わせて示されており、ここで、メディトープ利用可能抗体においてメディトープ結合に関与する一定の残基は、棒モデルによって示されている。上段右のパネルには、メディトープ利用可能トラスツズマブ（ｍｅｍａｂ）の構造とセツキシマブの構造とが重ね合わせて示されており、ここで、同じ残基は標識されている。下段のパネルには、これら３つの構造全てを重ね合わせた「イラスト／リボンダイアグラム」が示されている。 メディトープ（３位β，β’ジフェニル）、プロテインＬ（左側）、プロテインＡ（右側）、およびＦａｂ（灰色のイラスト）の構造が示されている。本明細書において記載されているＭＰＬにおいて変異したプロテインＬおよびメディトープ中のリシンは、黒色で示されている。 メディトープ−プロテインＬ融合体（ＭＰＬ）についての表面プラスモン共鳴（ＳＰＲ）データが示されている。上段のパネルは、１０ｎＭまでの濃度でメディトープ利用可能トラスツズマブに加えられたＭＰＬのトレースを示している。フィットデータは、１６５ｐＭの結合親和性を示している。下段のパネルは、同じ濃度でメディトープ利用可能トラスツズマブに加えられたプロテインＬ（単独）のトレースを示しており、この濃度では結合が存在しないことを示している。 ＧＰＩに連結しているメディトープ利用可能トラスツズマブが、メディトープ−プロテインＬ（ＭＰＬ）融合タンパク質に結合することが示されている。１×１０６細胞／試料を使用した。穏やかにピペットで処理することにより、細胞をプレートから離し、ＰＢＳ中０．１％のＢＳＡ（ｗ／ｖ）で１回洗浄した。ＡＦ６４７で標識されたＭＰＬを洗浄緩衝液中で１０ｎＭまで希釈し、細胞と共に室温で３０分間インキュベートした。細胞を２回洗浄し、次いでＦＡＣＳによって分析した。 図５５Ａには、ヒトＩｇＧ２、ＩｇＧ４、ＩｇＧ３、およびＩｇＧ１のＣＨ１ドメイン（配列番号６４〜６７）における配列比較が示されている。図５５Ｂには、セツキシマブおよびメディトープ１（配列番号１、ｃＱＦＤ）の共結晶構造上にマッピングされたこれらの配列における相違が示されている。 メディトープ利用可能（「ｍｅｄｉ」）抗ＣＥＡ抗体（メディトープ利用可能Ｍ５Ａ）（配列番号６８）の軽鎖のアミノ酸配列が、野生型Ｍ５Ａ軽鎖配列（配列番号６９）と比較して示されている。網掛けされた残基は、Ｍ５Ａ抗体の軽鎖に導入されて、Ｍ５Ａ抗体がメディトープと結合し得るようにする８つの点突然変異を示している（参照のために、重鎖Ｍ５Ａ配列は配列番号７０で示されている）。 メディトープ利用可能Ｍ５Ａ抗体（Ｍ５Ａ ８Ｍ）と、ＬＳ１７４Ｔ細胞上のＭ５Ａ抗原（ＣＥＡ）との結合を実証する、ＦＡＣＳ分析の結果が示されている。 Ｍ５Ａ ８Ｍメディトープ利用可能抗体に結合した５−ジフェニルメディトープについての表面プラスモン共鳴（ＳＰＲ）データが示されている。 メディトープ５４のキャラクタリゼーションがＨＰＬＣトレースおよびその質量スペクトルで示されている。 出発物質比１２０：１（ＤＯＴＡ−ＮＨＳ：ＭＰＬ）から形成されたＤＯＴＡ−ＮＨＳ−ＭＰＬコンジュゲートの質量スペクトルが示されている。 図６１Ａには、Ａｌｅｘａ５５５−セツキシマブと共に事前インキュベートされ、次いでＡｌｅｘａ４８８−メディトープ−Ｆｃと共にインキュベートされたＭＤＡ−ＭＢ−４６８細胞が示されている。ＤＡＰＩを対比染色液として使用した。イメージをＯｌｙｍｐｕｓ ＡＸ７０ Ａｕｔｏｍａｔｉｃ Ｕｐｒｉｇｈｔ顕微鏡で撮影した。白色の矢印は、陽性メディトープ−Ｆｃ染色を示している。図６１Ｂには、メディトープ−Ｆｃ陽性細胞の定量が示されている。棒グラフは、２つのフィールドからカウントされたセツキシマブ事前処置試料または未処置試料の全細胞数に対するメディトープ−Ｆｃ陽性細胞数のパーセンテージを示している。
定義
「抗体」は、本明細書で使用される場合、抗原またはエピトープに特異的に結合するか、または免疫学的に反応する免疫グロブリン分子を指し、これには、ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体の両方、さらには、これらに限定されないが、フラグメント抗原結合性（Ｆａｂ）フラグメント、Ｆ（ａｂ’）２フラグメント、Ｆａｂ’フラグメント、Ｆｖフラグメント、組換えＩｇＧ（ｒＩｇＧ）フラグメント、単鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）、および単一ドメイン抗体（例えば、ｓｄＡｂ、ｓｄＦｖ、ナノボディ）フラグメントを包含する機能性抗体フラグメントが包含される。用語「抗体」には、細胞内抗体、ペプチボディ（ｐｅｐｔｉｂｏｄｙ）、キメラ抗体、完全ヒト抗体、ヒト化抗体、メディトープ利用可能抗体、およびヘテロコンジュゲート抗体（例えば、二重特異性抗体、ディアボディ（ｄｉａｂｏｄｙ）、トリアボディ（ｔｒｉａｂｏｄｙ）、テトラボディ（ｔｅｔｒａｂｏｄｙ）、タンデムｄｉ−ｓｃＦｖ、タンデムｔｒｉ−ｓｃＦｖ）など、免疫グロブリンの遺伝子操作されているか、または別段に修飾された形態が包含される。別段に述べられていない限り、用語「抗体」には、これらの機能性抗体フラグメントが包含されると理解すべきである。
用語「相補性決定領域」および「ＣＤＲ」は、当技術分野では、抗原特異性および結合親和性をもたらす抗体可変領域内のアミノ酸の非連続配列を指すことが知られている。一般に、各重鎖可変領域には３つのＣＤＲ（ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、ＣＤＲ−Ｈ３）が、かつ各軽鎖可変領域には３つのＣＤＲ（ＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、ＣＤＲ−Ｌ３）が存在する。「フレームワーク領域」および「ＦＲ」は、重鎖および軽鎖の可変領域の非ＣＤＲ部分を指すことが当技術分野では知られている。一般に、各重鎖可変領域には４つのＦＲ（ＦＲ−Ｈ１、ＦＲ−Ｈ２、ＦＲ−Ｈ３、およびＦＲ−Ｈ４）が、かつ各軽鎖可変領域には４つのＦＲ（ＦＲ−Ｌ１、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、およびＦＲ−Ｌ４）が存在する。
Ｋａｂａｔら（１９９１）、「Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ」、第５版、Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ、Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ（「Ｋａｂａｔ」ナンバリングスキーム）、Ａｌ−Ｌａｚｉｋａｎｉら（１９９７）、ＪＭＢ ２７３、９２７〜９４８（「Ｃｈｏｔｈｉａ」ナンバリングスキーム）、ＭａｃＣａｌｌｕｍら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２６２：７３２〜７４５（１９９６）、「Ａｎｔｉｂｏｄｙ−ａｎｔｉｇｅｎ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ： Ｃｏｎｔａｃｔ ａｎａｌｙｓｉｓ ａｎｄ ｂｉｎｄｉｎｇ ｓｉｔｅ ｔｏｐｏｇｒａｐｈｙ」、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２６２、７３２〜７４５、（「Ｃｏｎｔａｃｔ」ナンバリングスキーム）、Ｌｅｆｒａｎｃ ＭＰら、「ＩＭＧＴ ｕｎｉｑｕｅ ｎｕｍｂｅｒｉｎｇ ｆｏｒ ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ ａｎｄ Ｔ ｃｅｌｌ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｖａｒｉａｂｌｅ ｄｏｍａｉｎｓ ａｎｄ Ｉｇ ｓｕｐｅｒｆａｍｉｌｙ Ｖ−ｌｉｋｅ ｄｏｍａｉｎｓ」、Ｄｅｖ Ｃｏｍｐ Ｉｍｍｕｎｏｌ、２００３年１月；２７（１）：５５〜７７（「ＩＭＧＴ」ナンバリングスキーム）、ならびにＨｏｎｅｇｇｅｒ ＡおよびＰｌｕｃｋｔｈｕｎ Ａ、「Ｙｅｔ ａｎｏｔｈｅｒ ｎｕｍｂｅｒｉｎｇ ｓｃｈｅｍｅ ｆｏｒ ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ ｖａｒｉａｂｌｅ ｄｏｍａｉｎｓ： ａｎ ａｕｔｏｍａｔｉｃ ｍｏｄｅｌｉｎｇ ａｎｄ ａｎａｌｙｓｉｓ ｔｏｏｌ」、Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ、２００１年６月８日；３０９（３）：６５７〜７０（ＡＨｏナンバリングスキーム）に記載されているものを包含する、いくつかのよく知られているスキームのうちの任意のものを使用することで、所与のＣＤＲまたはＦＲの正確なアミノ酸配列の境界を容易に決定することができる。
所与のＣＤＲまたはＦＲの境界は、同定のために使用されるスキームに応じて変化し得る。例えば、Ｋａｂａｔスキームは構造アラインメントに基づくが、Ｃｈｏｔｈｉａスキームは構造情報に基づく。ＫａｂａｔおよびＣｈｏｔｈｉａスキームでのナンバリングは
両方とも、最も共通する抗体領域の配列長さに基づき、挿入は、例えば「３０ａ」など、挿入文字によって収められ、欠失が一部の抗体で現れる。これら２つのスキームは、異なる位置に一定の挿入および欠失（「インデル」）を設けるので、ナンバリングに相違が生じる。Ｃｏｎｔａｃｔスキームは複雑な結晶構造の分析に基づき、多くの観点においてＣｈｏｔｈｉａナンバリングスキームと類似している。
以下の表１に、Ｋａｂａｔ、Ｃｈｏｔｈｉａ、およびＣｏｎｔａｃｔスキームによって個々に同定されたＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、ＣＤＲ−Ｌ３、およびＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、ＣＤＲ−Ｈ３の位置を列挙している。ＣＤＲ−Ｈ１では、ＫａｂａｔおよびＣｈｏｔｈｉａナンバリングスキームの両方を使用して、残基ナンバリングをリストに挙げる。ＫａｂａｔナンバリングスキームはＨ３５ＡおよびＨ３５Ｂに挿入を設けているので、Ｋａｂａｔナンバリング規則を使用してナンバリングした場合のＣｈｏｔｈｉａ ＣＤＲ−Ｈ１ループの末端は、ループの長さに応じて、Ｈ３２からＨ３４の間で変動することに注意されたい。
したがって、別段の指定がない限り、所与の抗体またはその領域、例えば、その可変領域などの「ＣＤＲ」もしくは「相補性決定領域」、または個々に指定されるＣＤＲ（例えば、ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２）は、公知のスキームのうちの任意のものによって規定されるとおりの任意の（または具体的な）相補性決定領域を包含すると理解されるべきである。同様に、別段の指定がない限り、所与の抗体またはその領域、例えば、その可変領域などの「ＦＲ」もしくは「フレームワーク領域」、または個々に指定されるＦＲ（例えば、ＦＲ−Ｈ１、ＦＲ−Ｈ２）は、公知のスキームのうちの任意のものによって定義されるとおりの任意の（または具体的な）フレームワーク領域を包含すると理解されるべきである。一部の例では、Ｋａｂａｔ、Ｃｈｏｔｈｉａ、またはＣｏｎｔａｃｔ方法によって定義されるとおりのＣＤＲなど、特定の１つのＣＤＲ、ＦＲ、または複数のＦＲもしくはＣＤＲを同定するためのスキームが指定されている。他の場合には、ＣＤＲまたはＦＲの特定のアミノ酸配列が示されている。
用語「メディトープ利用可能」抗体および「ｍｅＭＡｂ」は、メディトープ結合部位を介してメディトープに結合し得る抗体またはその機能性フラグメントを指す。メディトー
プ利用可能抗体の例には、これに限定されないが、本明細書において記載されているセツキシマブなどが包含される。「メディトープ結合部位」は、結合したメディトープと相互作用するアミノ酸残基を含有するメディトープ利用可能抗体の領域であり、その残基には、重鎖および軽鎖のフレームワーク領域（ＦＲ）の残基が包含される。抗体のＦａｂフラグメントまたはＦａｂ部分に関して、メディトープ結合部位は、Ｆａｂフラグメントまたは部分の中央空洞内に位置している。
Ｆａｂの三次元構造に関して、「中央空洞」は、重鎖および軽鎖の可変および定常領域の部分によってライニングされているＦａｂの内部空洞を指す。したがって、中央空洞は、ＶＨ、ＶＬ、ＣＨ１、およびＣＬ領域の残基によってライニングされており、抗原結合部位を包含しない。
一部の実施形態では、メディトープ結合部位は、Ｋａｂａｔナンバリングに従うとメディトープ利用可能抗体の軽鎖の残基４０、４１、８３、および８５、ならびに／またはＫａｂａｔナンバリングに従うとメディトープ利用可能抗体の重鎖の残基３９、８９、１０５、および１０８を包含する。
一部の実施形態では、メディトープ結合部位は、Ｋａｂａｔナンバリングに従うと抗体の軽鎖の残基８、９、１０、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、８２、８３、８４、８５、８６、８７、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１４２、１６２、１６３、１６４、１６５、１６６、１６７、１６８、および１７３、ならびに重鎖の残基６、９、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、８４、８６、８７、８８、８９、９０、９１、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１１１、１１０、１４７、１５０、１５１、１５２、１７３、１７４、１７５、１７６、１７７、１８５、１８６、および１８７によって形成される空洞内に位置している。
メディトープ利用可能抗体のＦａｂ部分に関して、メディトープ結合部位は、中央空洞内に残基を包含する。メディトープ結合部位は典型的に、定常領域の残基をさらに包含する。
用語「メディトープ」は、本明細書で使用される場合、メディトープ利用可能抗体のメディトープ結合部位に結合する１つのペプチドまたは複数のペプチドを指し、その抗体は、Ｋａｂａｔナンバリングに従うとその軽鎖の４０位にトレオニン、４１位にアスパラギン、および８５位にアスパルタートを有するか、または本明細書において開示されているセツキシマブ、メディトープ利用可能トラスツズマブ、またはメディトープ利用可能Ｍ５Ａのメディトープ結合部位内のものに対応する残基を含有するメディトープ結合部位を含有する。例示的なメディトープには、これらに限定されないが、ｃＱＦＤおよびｃＱＹＮペプチド、ならびにその変異体（「メディトープ変異体」または「変異型メディトープ」）、さらには多価および標識メディトープが包含される。メディトープの特徴と類似の機能的特徴を有すれば、他の分子も、メディトープ利用可能抗体のメディトープ結合部位に結合し得る。そのような分子、メディトープ類似体には、これらに限定されないが、メディトープと同じメディトープ結合部位に結合し得る小分子、アプタマー、核酸分子、ペプチボディ、および任意の他の物質が包含され得る。
「治療剤」は、本明細書で使用される場合、疾患または状態を治療する際に有用な原子、分子、または化合物である。
「治療有効量」、「治療有効濃度」、または「治療有効用量」は、標的状態の予防もしくは治療、その状態に関連する症状の緩和、所望の生理学的効果の提示、または疾患もし
くは状態の治療をもたらす状態のイメージングまたは診断を可能にすることなど、所望の治療効果を対象においてもたらす化合物の量である。正確な治療有効量は、所与の対象における治療の有効性に関して、最も有効な結果をもたらす組成物の量である。この量は、これらに限定されないが、治療用化合物の特徴（活性、薬物速度、薬物動態、および生物学的利用能を包含）、対象の生理学的状態（年齢、性別、疾患の種類および段階、全身状態、所与の投薬量および薬物種に対する反応性を包含）、製剤中の薬学的に許容される１種の担体または複数の担体の性質、ならびに投与経路を包含する様々な因子に応じて変化するはずである。臨床分野および薬理学的分野の当業者であれば、日常的な実験を介して、即ち、化合物の投与に対する対象の反応をモニタリングし、それにしたがって投薬量を調節することによって、治療有効量を決定することができる。補足的なガイダンスについては、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ
Ｐｈａｒｍａｃｙ 第２１版、Ｕｎｉｖ． ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ ｉｎ Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ（ＵＳＩＰ）、Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ Ｗｉｌｌｉａｍｓ ＆ Ｗｉｌｋｉｎｓ、Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ、ＰＡ、２００５を参照されたい。
「薬学的に許容される担体」は、目的の化合物を身体のある組織、器官、または部分から、身体の別の組織、器官、または部分へと担持または運搬することに従事する薬学的に許容される材料、組成物、またはビヒクルを指す。例えば、この担体は、液体または固体の増量剤、希釈剤、賦形剤、溶媒、もしくはカプセル封入材料、またはそれらの一部の組合せであってよい。担体の各成分は、「薬学的に許容される」必要があり、その際、担体は、製剤の他の成分と相容性でなければならない。また、担体が遭遇し得る身体のいずれの組織、器官、または部分との接触にも適していなければならず、このことは、担体が、毒性、刺激、アレルギー性応答、免疫原性、またはその治療効果を上回る何らかの他の合併症のリスクを持っていてはならないことを意味している。
「投与経路」は、これらに限定されないが、エアゾール、腸内、経鼻、眼、経口、非経口、直腸、経皮、または膣による経路を包含する当技術分野で知られている任意の投与経路を指し得る。局所用クリーム剤もしくは軟膏剤を使用して、または経皮パッチによって、「経皮」投与を達成することができる。「非経口」は、眼窩内、点滴、動脈内、嚢内、心臓内、皮内、筋肉内、腹腔内、肺内、髄腔内、胸骨内、髄腔内、子宮内、静脈内、クモ膜下、被膜下、皮下、経粘膜、または経皮気管内を包含する、一般的に注入に関連する投与経路を指す。
「組み合わせて」または「〜と組み合わせて」は、複数の薬剤、治療剤、または治療の文脈において本明細書において使用される場合、対象における同じ疾患または状態を治療する過程において、２種以上の薬剤、薬物、治療レジメン、治療様式、またはそれらの組合せ（例えば、メディトープまたは多価テザリング剤と組み合わせた抗体）を任意の順序で施すことを意味する。これには、同時投与（または「共投与」）、第１の薬剤を投与し、その前または後に第２の薬剤を投与すること、さらには、最大で数日間の時間的間隔を空けて順番に投与することが包含される。また、そのような併用治療は、任意の１種または複数の薬剤、薬物、治療レジメン、または治療様式の複数回の施与を包含し得る。さらに、２種以上の薬剤、薬物、治療レジメン、治療様式、またはそれらの組合せの施与は、同じか、または異なる投与経路によるものであってよい。
「治療用抗体」は、癌、自己免疫疾患、移植拒絶、心臓血管疾患、または本明細書において記載されているものなどの他の疾患もしくは状態を治療するために使用される任意の抗体またはその機能性フラグメントを指し得る。本明細書において記載されている実施形態に従って使用することができる治療用抗体の例には、これらに限定されないが、マウス抗体、マウス化もしくはヒト化キメラ抗体、またはヒト抗体が包含され、それらには、これらに限定されないが、Ｅｒｂｉｔｕｘ（セツキシマブ）、ＲｅｏＰｒｏ（アブシキシマ
ブ）、Ｓｉｍｕｌｅｃｔ（バシリキシマブ）、Ｒｅｍｉｃａｄｅ（インフリキシマブ）；Ｏｒｔｈｏｃｌｏｎｅ ＯＫＴ３（ムロモナブ（ｍｕｒｏｍｏｎａｂ）−ＣＤ３）；Ｒｉｔｕｘａｎ（リツキシマブ）、Ｂｅｘｘａｒ（トシツモマブ）、Ｈｕｍｉｒａ（アダリムマブ）、Ｃａｍｐａｔｈ（アレムツズマブ）、Ｓｉｍｕｌｅｃｔ（バシリキシマブ）、Ａｖａｓｔｉｎ（ベバシズマブ）、Ｃｉｍｚｉａ（セルトリズマブペゴル）、Ｚｅｎａｐａｘ（ダクリズマブ）、Ｓｏｌｉｒｉｓ（エクリズマブ）、Ｒａｐｔｉｖａ（エファリズマブ）、Ｍｙｌｏｔａｒｇ（ゲムツズマブ）、Ｚｅｖａｌｉｎ（イブリツモマブ・チウキセタン）、Ｔｙｓａｂｒｉ（ナタリズマブ）、Ｘｏｌａｉｒ（オマリズマブ）、Ｓｙｎａｇｉｓ（パリビズマブ）、Ｖｅｃｔｉｂｉｘ（パニツムマブ）、Ｌｕｃｅｎｔｉｓ（ラニビズマブ）、およびＨｅｒｃｅｐｔｉｎ（トラスツズマブ）が包含される。
ある状態を「治療すること」またはその「治療」は、その状態を予防すること、その状態の発症または発生速度を遅らせること、その状態が発生するリスクを低減すること、その状態に関連した症状の発生を予防または遅延させること、その状態に関連する症状を低減または終息させること、その状態の完全または部分的退縮を生じさせること、あるいはこれらの一部の組合せを指し得る。
本明細書で使用される場合、用語「包含すること」、「含有すること」、および「含むこと」は、そのオープンな非限定的な意味で使用されている。
本明細書で使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」は、文脈によって別段に明瞭に示されていない限り、複数指示物も包含する。
より簡潔な説明を提供するために、本明細書に示されている量的表現のうちの一部は、用語「約」で修飾されていない。用語「約」が明確に使用されているか、使用されていないかに関わらず、本明細書に示されている全ての量は、実際に示されている値を指すことが意図されており、かつ示されているそのような値についての実験条件および／または測定条件による同値および近似値を包含する、当技術分野の通常の技能に基づき合理的に推測されるであろう示されているそのような値の近似値も指すことが意図されていることは理解されるであろう。
本明細書で使用される場合、「アルキル」は、１〜１２個の炭素原子を有する飽和の直鎖または分枝鎖炭化水素基を指す。代表的なアルキル基には、これらに限定されないが、メチル、エチル、ｎ−プロピル、イソプロピル、２−メチル−１−プロピル、２−メチル−２−プロピル、２−メチル−１−ブチル、３−メチル−１−ブチル、２−メチル−３−ブチル、２，２−ジメチル−１−プロピル、２−メチル−１−ペンチル、３−メチル−１−ペンチル、４−メチル−１−ペンチル、２−メチル−２−ペンチル、３−メチル−２−ペンチル、４−メチル−２−ペンチル、２，２−ジメチル−１−ブチル、３，３−ジメチル−１−ブチル、２−エチル−１−ブチル、ブチル、イソブチル、ｔ−ブチル、ｎ−ペンチル、イソペンチル、ネオペンチル、ｎ−ヘキシルなど、およびヘプチル、オクチルなどのより長いアルキル基が包含される。用語「Ｃｘ〜ｙアルキル」（ここで、ｘおよびｙは整数である）は、ｘ〜ｙ個の炭素原子を有するアルキルを指す。
本明細書で使用される場合、「アルケニル」は、その中に１つまたは複数の二重結合を有し、かつ２〜１２個の炭素原子を有する直鎖または分枝鎖炭化水素基を指す。アルケニル基の実例には、これらに限定されないが、エチレニル、ビニル、アリル、ブテニル、ペンテニル、ヘキセニル、ブタジエニル、ペンタジエニル、ヘキサジエニル、２−エチルヘキセニル、２−プロピル−２−ブテニル、４−（２−メチル−３−ブテン）−ペンテニルなどが包含される。用語「Ｃｘ〜ｙアルケニル」（ここで、ｘおよびｙは整数である）は、ｘ〜ｙ個の炭素原子を有するアルケニルを指す。
用語「アルキレニル」または「アルキレン」は、二価のアルキル基を指す。用語「アルケニレン」または「アルケニレン」は、二価のアルケニル基を指す。
本明細書で使用される場合、「アルキニル」は、その中に１つまたは複数の三重結合を有し、かつ２〜１０個の炭素原子を有する直鎖または分枝鎖炭化水素基を指す。例示的なアルキニル基には、これらに限定されないが、エチニル、プロピニル、ブチニル、ペンチニル、ヘキシニル、メチルプロピニル、４−メチル−１−ブチニル、４−プロピル−２−ペンチニル、４−ブチル−２−ヘキシニルなどが包含される。
「アリール」は、基の環が全て芳香族である単環式、二環式、または三環式芳香族基を意味する。二環式または三環式系では、個々の芳香環が互いに縮合している。例示的なアリール基には、これらに限定されないが、フェニル、ナフタレンおよびアントラセンが包含される。
用語「ボロン酸エステル」は、置換基−Ｂ（ＯＲ）２を指す（ここで、各Ｒ基は独立に、Ｃ１〜４アルキルであるか、または２個のＲ基は一緒になって、Ｃ２〜６アルキレンを形成している）。
用語「アセタール」は、−ＣＨ（ＯＲ）２基を指す（ここで、各Ｒ基は独立に、Ｃ１〜４アルキルであるか、または２個のＲ基は一緒になって、Ｃ２〜６アルキレンを形成している）。例示的なアセタール基には、ジメチルアセタールもしくはジエチルアセタールまたは環式アセタールが包含される。用語「ケタール」は、−Ｃ（ＯＲ）２−基を指す（ここで、各Ｒ基は独立に、Ｃ１〜４アルキルであるか、または２個のＲ基は一緒になって、Ｃ２〜６アルキレンを形成している）。例示的なケタールには、ジメチルケタールもしくはジエチルケタールまたは環式ケタールが包含される。
用語「ハロ」は、クロロ、フルオロ、ブロモ、またはヨードを表す。一部の実施形態では、ハロは、クロロ、フルオロ、またはブロモである。用語「ハロゲン」は、本明細書で使用される場合、フッ素、塩素、臭素、またはヨウ素を指す。
用語「オルトエステル」は、−Ｃ（ＯＲ）３基を指す（ここで、各Ｒ基は独立に、Ｃ１〜４アルキルであるか、または２個のＲ基は一緒になって、Ｃ２〜６アルキレンを形成している）。
用語「オキソ」は、＝Ｏ基を意味し、炭素原子または硫黄原子に結合していてよい。
用語「ホスホン酸エステル」は、−Ｐ（Ｏ）（ＯＲ）２基を指す（ここで、各Ｒ基は独立に、Ｃ１〜４アルキルであるか、または２個のＲ基は一緒になって、Ｃ２〜６アルキレンを形成している）。
本明細書で使用される場合、用語「シクロアルキル」は、３〜１５個の環炭素原子を有する飽和または部分飽和の単環式、縮合多環式、架橋多環式、またはスピロ多環式炭素環を指す。シクロアルキル基の非限定的カテゴリーは、３〜６個の炭素原子を有する飽和または部分飽和の単環式炭素環である。シクロアルキル基の実例には、これらに限定されないが、以下の部分が包含される：
本明細書で使用される場合、用語「５員のヘテロアリール」は、炭素、酸素、窒素、および硫黄から選択される５個の環原子を有する単環式芳香族複素環を指す。５員のヘテロアリール基の例には、これらに限定されないが、イミダゾリル、ピラゾリル、トリアゾリル、テトラゾリル、フラニル、チエニル、イソオキサゾリル、チアゾリル、オキサゾリル、イソチアゾリル、ピロリル、およびチアジアゾリルが包含される。５員のヘテロアリールの特定の例には、アジドとプロパルギル基との間でのＨｕｉｓｇｅｎ反応などの１，３−付加環化反応によって形成され得るものが包含される。
本明細書で使用される場合、用語「置換」は、指定の基または部分が、１個または複数の適切な置換基を持っていることを意味している。本明細書で使用される場合、用語「非置換」は、指定の基が置換基を持っていないことを意味している。本明細書で使用される場合、用語「置換されていてもよい」は、指定の基が非置換であるか、または指定の数の置換基によって置換されていることを意味している。構造系を説明するために用語「置換」が使用されている場合、その置換は、その系の上の、価が許容する任意の位置に存在することが意図されている。
本明細書で使用される場合、表現「１個または複数の置換基」は、その系の上の、価が許容する任意の位置に存在し得る１個から最大可能な数までの置換を示している。ある種の実施形態では、「１個または複数の置換基」は、１、２、３、４、または５個の置換基を意味する。別の実施形態では、１個または複数の置換基は、１、２、または３個の置換基を意味する。
本明細書に示されている、価が満たされていない任意の原子は、原子価を満たすために十分な数の水素原子を有すると仮定されている。
アルキル、Ｒ３、またはＲ５などの任意の変数記号が、本明細書中で提示されているいずれかの式または説明中に１回より多く出現している場合、各出現におけるその変数記号の定義は、他のどの出現におけるその定義からも独立している。
数値範囲は、本明細書で使用される場合、連続する数値全体を包含することが意図されている。例えば、「０から４」または「０〜４」と表されている範囲は、０、１、２、３、および４を包含する。
多官能価部分が示されている場合、核への結合点は、線またはハイフンによって示されている。例えば、−ＯＨは、酸素原子が分子の残りの部分へのヒドロキシル基の結合点である部分を指す。
本明細書において示されている式はいずれも、構造式によって示されている構造を有する化合物、さらには特定の変形または形態を表すことが意図されている。例えば、本明細
書において示されているいずれの式の化合物も不斉中心またはキラル中心を有することがあり、したがって種々の立体異性体型で存在し得る。その一般式の化合物の、光学異性体、鏡像異性体、およびジアステレオ異性体を包含する立体異性体およびその混合物は全て、その式の範囲内にあるものとみなす。さらに、ある種の構造は、幾何異性体（すなわち、シスおよびトランス異性体）として、互変異性体として、またはアトロプ異性体として存在し得る。そのような異性体型およびその混合物は全て、本明細書においては、本発明の一部として企図される。したがって、本明細書において示されている式はいずれも、ラセミ化合物、１種もしくは複数の鏡像異性体型、１種もしくは複数のジアステレオ異性体型、１種もしくは複数の互変異性体型、またはアトロプ異性体型、およびその混合物を表すことが意図されている。
ジアステレオ異性体混合物は、例えば、クロマトグラフィーおよび／または分別結晶化などによる当業者によく知られている方法によって、その物理的化学的相違に基づき、その個々のジアステレオ異性体に分離することができる。適切な光学的に活性な化合物（例えば、キラルアルコールまたはモッシャー酸塩化物などのキラル補助剤）との反応（またはジアステレオ異性体塩の混合物の形成）によって、鏡像異性体の混合物をジアステレオ異性体混合物に変換し、そのジアステレオ異性体を分離し、かつ個々のジアステレオ異性体を対応する純粋な鏡像異性体に変換（例えば、加水分解または脱塩）することによって、鏡像異性体を分離することができる。鏡像異性体は他にも、キラルＨＰＬＣカラムを使用することによって分離することができる。本発明の化合物のキラル中心は、ＩＵＰＡＣ
１９７４推奨によって定義されるとおり「Ｒ」もしくは「Ｓ」と、またはペプチド文献に合わせて「Ｄ」もしくは「Ｌ」名称によって命名することができる。
本明細書で使用される場合、下付き文字と共に表示されている構造の一部を囲む囲みは、その囲み内にある構造フラグメントが、下付き文字に従って繰り返されることを示している。例えば、下部構造：
［式中、ｘは０、１、または２である］は、そのフラグメントが構造に存在しないか、または−フラグメント−であるか、または−フラグメント−フラグメント−であることを示している。例えば、式（Ｘ）内では、以下の下部構造：
［式中、ｐは０または１である］は、囲み内の−Ｘ−ＮＨ−基が構造に存在しないか（ｐが０である）、または１回存在する（ｐが１である）ことを意味している。
本発明の化合物は、薬学的に許容される塩を形成することができ、これも、本発明の範囲内のものである。「薬学的に許容される塩」は、非毒性で、生理学的に許容可能で、それを製剤化した医薬組成物と相容性で、かつ他の点でも、対象への処方および／または投与に適している本明細書において記載されている化合物の遊離の酸または塩基の塩を指す。本明細書における化合物に対する言及は、別段に示されていない限り前記化合物の薬学的に許容される塩に対する言及を包含すると理解されたい。
化合物塩には、無機酸および／または有機酸で形成される酸塩、さらには、無機塩基および／または有機塩基で形成される塩基塩が包含される。加えて、所与の化合物が、これ
らに限定されないが、ピリジンまたはイミダゾールなどの塩基性部分と、これらに限定されないが、カルボン酸などの酸性部分との両方を含有する場合、当業者は、その化合物が双性イオン（分子内塩）として存在し得ることが分かるであろう；そのような塩は、本明細書で使用されるとおりの用語「塩」の範囲内に包含される。例えば、塩がその中で沈殿するものなどの媒体中か、または水性媒体中で化合物を、当量などの量の適切な酸または塩基と反応させ、続いて凍結乾燥させることによって、本発明の化合物の塩を調製することができる。
例示的な塩には、これらに限定されないが、硫酸塩、クエン酸塩、酢酸塩、シュウ酸塩、塩化物、臭化物、ヨウ化物、硝酸塩、硫酸水素塩、リン酸塩、酸性リン酸塩、イソニコチン酸塩、乳酸塩、サリチル酸塩、酸性クエン酸塩、酒石酸塩、オレイン酸塩、タンニン酸塩、パントテン酸塩、酒石酸水素塩、アスコルビン酸塩、コハク酸塩、マレイン酸塩、ゲンチシン酸塩、フマル酸塩、グルコン酸塩、グルクロン酸塩、サッカリン酸塩、ギ酸塩、安息香酸塩、グルタミン酸塩、メタンスルホン酸塩（「メシル酸塩」）、エタンスルホン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、ｐ−トルエンスルホン酸塩、およびパモ酸塩（すなわち、１，１’−メチレン−ビス（２−ヒドロキシ−３−ナフトアート））が包含される。薬学的に許容される塩は、アセタートイオン、スクシナートイオン、または他の対イオンなどの他の分子の包接を伴うことがある。対イオンは、親化合物上の電荷を安定させる任意の有機または無機部分であってよい。さらに、薬学的に許容される塩は、その構造中に１個超の荷電原子を有することがある。多数の荷電原子が薬学的に許容される塩の一部である例は、多数の対イオンを有し得る。したがって、薬学的に許容される塩は、１個もしくは複数の荷電原子および／または１個もしくは複数の対イオンを有し得る。
例示的な酸付加塩には、酢酸塩、アスコルビン酸塩、安息香酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、硫酸水素塩、ホウ酸塩、酪酸塩、クエン酸塩、樟脳酸塩、樟脳スルホン酸塩、フマル酸塩、塩酸塩、臭化水素酸塩、ヨウ化水素酸塩、乳酸塩、マレイン酸塩、メタンスルホン酸塩、ナフタレンスルホン酸塩、硝酸塩、シュウ酸塩、リン酸塩、プロピオン酸塩、サリチル酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、酒石酸塩、チオシアン酸塩、トルエンスルホン酸塩（トシル酸塩としても知られている）などが包含される。
例示的な塩基性塩には、アンモニウム塩、ナトリウム塩、リチウム塩、およびカリウム塩などのアルカリ金属塩、カルシウム塩およびマグネシウム塩などのアルカリ土類金属塩、ジクロヘキシルアミン、ｔ−ブチルアミンなどの有機塩基（例えば、有機アミン）を有する塩、ならびにアルギニン、リシンなどのアミノ酸との塩などが包含される。塩基性窒素含有基を、低級アルキルハロゲン化物（例えば、塩化、臭化、およびヨウ化メチル、エチル、およびブチル）、ジアルキル硫酸塩（例えば硫酸ジメチル、ジエチルおよびジブチル）、長鎖ハロゲン化物（例えば、塩化、臭化、およびヨウ化デシル、ラウリル、およびステアリル）、アラルキルハロゲン化物（例えば、臭化ベンジルおよびフェネチル）などの薬剤で第四級化することができる。
加えて、医薬化合物から薬学的に有用な塩を形成するために適していると一般的に判断される酸および塩基は、例えば、Ｐ．Ｓｔａｈｌら、Ｃａｍｉｌｌｅ Ｇ．（編）、Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓａｌｔｓ． Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ， Ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ ａｎｄ Ｕｓｅ．（２００２）Ｚｕｒｉｃｈ：Ｗｉｌｅｙ−ＶＣＨ；Ｓ．Ｂｅｒｇｅら、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ（１９７７）６６（１）、１〜１９；Ｐ．Ｇｏｕｌｄ、Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｊ． ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃｓ（１９８６）３３、２０１〜２１７；Ａｎｄｅｒｓｏｎら、Ｔｈｅ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（１９９６）、Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ；およびＴｈｅ Ｏｒａｎｇｅ Ｂｏｏｋ（Ｆｏｏｄ ＆ Ｄｒｕｇ Ａｄｍｉｎｉｓｔｒａ
ｔｉｏｎ、ＭＤ、ＦＤＡから入手可能）において検討されている。これらの開示は、参照によって本明細書に組み込まれる。
加えて、本明細書において記載されている化合物はいずれも、そのような化合物の任意の非溶媒和形態または水和物、溶媒和物、もしくは多形およびその混合物も指すことが意図されている（そのような形態が、明確に列挙されていなくても）。「溶媒和物」は、本発明の化合物と１個または複数の溶媒分子との物理的会合を意味する。この物理的会合は、水素結合を包含する、様々な程度のイオン結合および共有結合を伴う。特定の場合には、例えば１個または複数の溶媒分子が結晶質固体の結晶格子中に組み込まれている場合には、溶媒和物を単離することができる。「溶媒和物」は、溶液相および単離可能な溶媒和物の両方を包含する。適切な溶媒和物には、水、エタノールなどの薬学的に許容される溶媒と共に形成されるものが包含される。一部の実施形態では、溶媒は水であり、溶媒和物は水和物である。
本明細書に示されている式はいずれも、化合物の標識されていない形態、さらには同位体標識された形態を表すことが意図されている。同位体標識された化合物は、本明細書に示されている式によって示されるが、ただし、１個または複数の原子が、選択された原子質量または質量数を有する原子によって置き換えられている構造を有する。本発明の化合物に組み込むことができる同位体の例には、それぞれ２Ｈ、３Ｈ、１１Ｃ、１３Ｃ、１４Ｃ、１５Ｎ、１８Ｏ、１７Ｏ、３１Ｐ、３２Ｐ、３５Ｓ、１８Ｆ、３６Ｃｌ、および１２５Ｉなどの水素、炭素、窒素、酸素、リン、フッ素、塩素、およびヨウ素の同位体が包含される。そのような同位体で標識された化合物は、代謝研究（例えば、１４Ｃを用いる）、反応速度研究（例えば、２Ｈまたは３Ｈを用いる）、薬物もしくは基質組織分布アッセイを包含する検出もしくはイメージング技術［陽電子放射型断層撮影法（ＰＥＴ）もしくは単光子放射型コンピューター断層撮影法（ＳＰＥＣＴ）など］、または患者の放射性治療において有用である。特に、１８Ｆまたは１１Ｃ標識された化合物は、ＰＥＴまたはＳＰＥＣＴ研究に特に適し得る。さらに、ジュウテリウム（すなわち、２Ｈ）などの比較的重い同位体で置換することで、より高い代謝安定性、例えばｉｎ ｖｉｖｏ半減期の延長または投薬必要量の低減から生じる、ある種の治療上の利点を得ることができる。一般的には、下記のスキームまたは実施例および調製において開示されている手順を実施し、その際、容易に利用可能な同位体標識された試薬を同位体標識されていない試薬の代わりに用いることによって、同位体標識された本発明の化合物およびそのプロドラッグを調製することができる。
Ｂ． 抗体および抗体結合物質
本明細書では、モノクローナル抗体（ｍＡｂ）およびそのフラグメント、例えば、機能性フラグメントを包含する抗体と、その抗体に結合するメディトープなどのペプチドおよびメディトープ類似体を包含する化合物および組成物とを提供する。これらの物質、例えば、メディトープは一般的に、相補性決定領域（ＣＤＲ）以外の（例えば、それとは別の）抗体およびフラグメントの領域／結合部位に、典型的には、抗体およびフラグメントのフレームワーク領域（ＦＲ）および／または定常領域内の残基に結合する。また、抗体および物質、例えば、メディトープを含有する複合体、化合物、および組成物、さらにはこれらの抗体および物質の治療用、診断用、研究用の使用、および他の使用を包含するそれらの方法および使用、ならびにそれらを製造する方法を提供する。
ある種の態様では、提供する実施形態は、ある種のペプチド、Ｃ−ＱＦＤＬＳＴＲＲＬＫ−Ｃ（ｃＱＦＤ；配列番号１）およびＣ−ＱＹＮＬＳＳＲＡＬＫ−Ｃ（ｃＱＹＮ；配列番号２）は、フレームワークおよび定常領域内の残基を包含する相補性決定領域（ＣＤＲ）以外の残基と相互作用することによって、マウス−ヒトキメラ抗体であるセツキシマブに非共有結合するという、本明細書において記載されている発見に基づく。また、本明細
書において記載されているとおり、これらのペプチドの結合能は、セツキシマブに特異的なある種の態様に基づくものであり、本明細書に記載の研究では、例えば、完全ヒト抗体、マウス抗体、または他のキメラ抗体に対しては結合は観察されなかった。本明細書において実証されているとおり、これらのメディトープは、このキメラ抗体を同時にその抗原と結合させ得る。図４を参照されたい。本明細書において実証されているとおり、セツキシマブ上でのこれらのメディトープの結合部位は、超抗原ブドウ球菌プロテインＡ（ＳｐＡ）およびペプトストレプトコッカス−マグヌスプロテインＬ（ＰｐＬ）などの他のフレームワーク結合抗原の結合部位とも別である（図７）。ある種の態様では、提供する実施形態は、この発見に基づき、例えば、他のｍＡｂを、これらのメディトープおよび他のメディトープにそれらが結合できるように修飾（すなわち、「メディトープ利用可能化」）することによって、かつ変異型メディトープおよび／または改変型メディトープ利用可能抗体、例えば、結合親和性、毒性、ＰＫ／ＰＤおよび／またはｐＨ依存性の向上を包含する、特性が改変されたものを生じさせることによって成されている。
Ｃ． メディトープ利用可能抗体および複合体
メディトープ結合部位を介して１つまたは複数のメディトープに結合し得るメディトープ利用可能抗体を提供する。場合によっては、メディトープ利用可能抗体は、配列番号１または２（メディトープ１または２）の環式ペプチドに、かつ／あるいはメディトープ１、２、１６〜１８、２３、２９、３１、３２、３６、３９、４２、４３、４５、４６、５１、５２、５４、または５５（配列番号１、２、１６〜１８、２３、２９、３１、３２、３６、３９、４２、４３、４５、４６、５１、５２、５４、または５５で示される配列を有するペプチドに基づくメディトープ）などの１種または複数のその変異体、または場合によっては、メディトープ１、２、または１５〜５５の任意のものに結合する。提供するメディトープ利用可能抗体のうちには、セツキシマブの親和性と類似の親和性で１つのメディトープまたは複数のメディトープに結合するものがある。例えば、ある種の態様では、１０（または約１０）μＭ以下、５（または約５）μＭ以下、または２（または約２）μＭ以下、１（または約１）μＭ以下、５００、４００、３００、２００、１００（または約５００、４００、３００、２００、１００）ｎＭ以下、あるいはそれ未満、例えば（または約）２００ピコモル以下の解離定数で、抗体はメディトープに結合する。場合によっては、本明細書に列挙されているもののうちの任意のものなど解離定数は、表面プラスモン共鳴（ＳＰＲ）、等温滴定熱量測定（ＩＴＣ）、蛍光、蛍光偏光、ＮＭＲ、ＩＲ、熱量滴定；結合平衡除外；円偏光二色性、示差走査熱分析、または他の知られている方法などの特定の技術を使用して測定される解離定数である。例えば、場合によっては、類似体またはメディトープは、ＳＰＲによって測定した場合に、もしくはＩＴＣによって測定した場合に、またはこれらの方法のうちの任意の方法によって測定した場合に、１０（または約１０）μＭ以下、５（または約５）μＭ以下、または２（または約２）μＭ以下、１（または約１）μＭ以下、５００、４００、３００、２００、１００（または約５００、４００、３００、２００、１００）ｎＭ以下、あるいはそれ未満の結合定数を示す。
一部の例では、メディトープ結合部位は、ＥＧＦＲ発現性転移性結腸直腸癌および頭頚部癌を治療するために使用されるモノクローナル抗体であり、かつヒト−マウスキメラ抗体であるセツキシマブの構造的特徴である。したがって、場合によっては、メディトープ結合部位は、セツキシマブのメディトープ結合部位内の残基に対応する残基を含有する。本明細書において報告する研究では、Ｘ線結晶学的解析によって、配列番号１のペプチドは、重鎖および軽鎖の様々な残基によって定義されるセツキシマブＦａｂフラグメントの中央空洞内のメディトープ結合部位に（図１および４Ａを参照されたい）、約７００ｎＭの結合定数で（図３０Ａ〜３０Ｂを参照されたい）結合することが判明している。
セツキシマブのメディトープ結合部位とｃＱＦＤ（配列番号１、メディトープ１）およびｃＱＹＮ（配列番号２、メディトープ２）メディトープとのいくつかの相互作用は、セ
ツキシマブの、詳細にはＦａｂフラグメントの中央空洞のフレームワークおよび定常領域内の特定の構造的特徴に基づく。メディトープ結合部位を構成するセツキシマブの領域は独自のものであり、かつこの抗体のキメラ性の結果であるようである。具体的には、Ｆａｂ可変領域（Ｆｖｓ）はマウス由来であり、Ｆａｂ定常領域（ＣＨ１およびＣＬ）はヒト由来である。このＦａｂの操作によって、マウスおよびヒトキメラ抗体の配列アラインメントには存在しない残基の組合せが生じた。例えば、本明細書のデータは、メディトープは、完全ヒトＩｇＧフレームワーク（例えば、トラスツズマブ）、リツキシマブなどの他のキメラ抗体（図２９）、マウス抗体には結合しなかったことを示しており、このことによって、セツキシマブメディトープ結合部位が高度に特異的なものであることが確認される。これらの結果に加えて、トラスツズマブ（１Ｎ８Ｚ；Ｃｈｏら、Ｎａｔｕｒｅ、「Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｏｆ ｔｈｅ ｅｘｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒ ｒｅｇｉｏｎ ｏｆ ＨＥＲ２ ａｌｏｎｅ ａｎｄ ｉｎ ｃｏｍｐｌｅｘ ｗｉｔｈ ｔｈｅ Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ Ｆａｂ」、２００３年２月１３日；４２１（６９２４）：７５６〜６０）およびリツキシマブ（２ＯＳＬ；Ｄｕら、Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ、２００７年５月１８日；２８２（２０）：１５０７３〜８０． Ｅｐｕｂ ２００７年３月２９日）Ｆａｂの分子構造を、メディトープ結合セツキシマブＦａｂ構造の上に重ね合わせることで、このフレームワークの独自性がさらに強調された。いくつかのヒトおよびマウスＦａｂをセツキシマブ−環式ペプチド（メディトープ１）構造に重ね合わせたところ、このペプチドとマウス−ヒトキメラＦａｂとの間での重要な相互作用は、この研究において比較されたヒトのみおよびマウスのみのＩｇＧ構造のいずれにも存在しないことが示された。ｃＱＦＤ環式ペプチド（メディトープ１）内の重要な残基を点突然変異させると、セツキシマブＦａｂに対するその結合親和性が低減されたので、高い特異性および構造モデルがさらに確認された。したがって、この相互作用は、この特異的マウス−ヒトキメラＦａｂの中央空洞および選択されたメディトープに特異的なものであるようである。
ある種の実施形態では、メディトープとセツキシマブ結合部位との独自の相互作用を利用して、追加のメディトープ利用可能抗体を作成する。例えば、抗体および細胞精製方法を改善するために、ｍＡｂの治療効力を向上させるために、事前標的化送達およびイメージングにおいてを包含するイメージング剤または治療剤の標的化送達を増強するために、かつｍＡｂをベースとするイメージング方法を改善するために、メディトープ利用可能抗体は有用であり、一部の態様では、任意のモノクローナル抗体に幅広く適用可能である。
一部の実施形態では、配列番号１もしくは２のメディトープまたはその変異体などの提供するメディトープのうちの１つまたは複数に結合する能力を与えるように、セツキシマブのＣＤＲとは別である１つまたは複数のＣＤＲを有する抗体などのセツキシマブ以外の抗体（時にはテンプレート抗体と称される）を修飾することによって、メディトープ利用可能抗体を作成する。このテンプレート抗体は、ヒトもしくはヒト化抗体またはマウス抗体であってよい。一態様では、修飾には、Ｆａｂフラグメントの中央空洞内、典型的には重鎖および軽鎖可変領域のフレームワーク領域（ＦＲ）ならびに／または定常領域内の残基を、そのテンプレート抗体がメディトープ利用可能となるように置換することが包含される。例えば、テンプレート抗体がヒトまたはヒト化抗体である場合、修飾は一般的に、重鎖および軽鎖可変領域のＦＲ内の残基での置換を包含する。一部の実施形態では、そのような残基を、セツキシマブまたは匹敵するアミノ酸中に存在する対応する残基と置き換える。したがって、ある種の実施形態では、ヒトまたはヒト化抗体のＦＲ内の残基を、対応するマウス残基で置き換え；ある種の実施形態では、それらを、メディトープと相互作用する類似の官能基または部分を有する残基などの他の残基によって置き換える。典型的には、対応するマウス（または他の）残基によって置き換えられる残基は、中央Ｆａｂ空洞内に存在するので、免疫系に曝露されない。したがって、一部の実施形態では、ヒト対象への送達に関して、これらのアミノ酸置換をヒトまたはヒト化抗体に導入することで、修飾されたテンプレート抗体の抗原性は上昇しないか、または実質的に上昇しない。加え
て、抗原性予測アルゴリズムをさらに使用して、点突然変異を有するヒト配列が抗原性であるはずがないことをさらに示すことができる。
一部の実施形態では、置き換えられる１個または複数の残基は、Ｋａｂａｔナンバリング（その全体が参照によって本明細書に組み込まれるＫａｂａｔ Ｅ．Ａ．ら（１９９１） Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ
Ｉｎｔｅｒｅｓｔ、第５版、ＮＩＨ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ Ｎｏ．９１〜３２４２を参照されたい）に従うと軽鎖フレームワーク残基１０、３９〜４３、８３、８５、１００、および１０４および／またはＫａｂａｔナンバリングに従うと重鎖フレームワーク残基番号４０、８９、および１０５から選択される（図２を参照されたい）。一般に、別段の指定がない限り、抗体の重鎖または軽鎖中のアミノ酸位置は、Ｋａｂａｔナンバリングに関する。セツキシマブメディトープ結合部位内の残基などの本明細書において記載されているセツキシマブの残基に対応する他の抗体中の残基も、本開示内に包含される。一部の実施形態では、軽鎖残基９、１０、３９、４０、４１、４２、４３、８３、８５、１００、および／もしくは１０４ならびに／または重鎖残基４０、８９、および／もしくは１０５に対応するテンプレート抗体中の残基を、例えば、セツキシマブ内でそれらの位置に存在するアミノ酸で置き換える。
一実施形態では、置き換えられる１個または複数の残基は、これらに限定されないが、Ｋａｂａｔナンバリングに従うと４０、４１、８３、および８５を包含する軽鎖フレームワーク残基である。一実施形態では、軽鎖残基４０を、トレオニンで置き換え；軽鎖残基４１をアスパラギンで置き換え、軽鎖残基８３をイソロイシンもしくはバリンで置き換え、かつ／または軽鎖残基８５をアスパルタートで置き換える。特定の例では、軽鎖フレームワークＰｒｏ４０をＴｈｒ（Ｐ４０Ｔ）またはＳｅｒ（Ｐ４０Ｓ）で置き換え、軽鎖フレームワークＧｌｙ４１をＡｓｎ（Ｇ４１Ｎ）で置き換え、軽鎖フレームワーク残基Ｐｈｅ８３をＩｌｅ（Ｆ８３Ｉ）またはＶａｌ（Ｆ８３Ｖ）で置き換え、かつ軽鎖フレームワーク残基Ｔｈｒ８５をＡｓｐ（Ｔ８５Ｄ）またはＡｓｎ（Ｔ８５Ｎ）で置き換える。
したがって、提供するメディトープ利用可能抗体のうちには、１つまたは複数の修飾、典型的にはアミノ酸置換を、セツキシマブまたは他のメディトープ利用可能抗体（メディトープ利用可能トラスツズマブおよびメディトープ利用可能Ｍ５Ａを包含する本明細書において記載されているものなど）のメディトープ結合部位内の位置に対応する残基に有する抗体がある。それらの抗体のうちには、Ｋａｂａｔナンバリングに従うと４０位にトレオニン、セリンまたはアスパルタート、４１位にグリシン以外の残基、および８５位にアスパルタートまたはアスパラギンを有するＶＬ領域を有する抗体、例えば、４０位にトレオニン、４１位にアスパラギン、および８５位にアスパルタートを有するＶＬ領域を備えた抗体がある。一部の実施形態では、この抗体は、Ｋａｂａｔナンバリングに従うと、４０位にセリンおよび８９位にイソロイシンを備えたＶＨ領域、ならびに／または４０位にセリンまたはプロリンおよび８９位にイソロイシン、チロシン、メチオニン、フェニルアラニン、またはトリプトファンを備えたＶＨ領域を有する。一部の実施形態では、ＶＬ領域は、１０位にイソロイシンもしくはロイシンおよび／または８３位にイソロイシンを有する。一部の実施形態では、このＶＬ領域は、９位にバリンまたはイソロイシンおよび／または１００位にグルタミン以外の残基を有する。
一部の例では、Ｋａｂａｔナンバリングに従うと、そのＶＬ領域は、９位にバリンまたはイソロイシン、１０位にイソロイシンまたはロイシン、３９位にアルギニン、４０位にトレオニン、４１位にアスパラギン、４２位にグリシン、４３位にセリン、８３位にイソロイシン、８５位にアスパルタート、および１００位にアラニンを有し、かつそのＶＨ領域は、４０位にセリンおよび８９位にイソロイシンを有する。
一部の例では、そのＶＬ領域は、Ｋａｂａｔナンバリングに従うと４０位にプロリン、４１位にグリシン、もしくは８５位にトレオニンを含有せず、かつ／またはそのＶＨ領域は、Ｋａｂａｔナンバリングに従うと４０位にアスパラギンもしくはアラニン、または８９位にバリンを含有しない。一部の例では、そのＶＬ領域は、Ｋａｂａｔナンバリングに従うと１０位にセリン、４０位にプロリン、４１位にグリシン、８３位にフェニルアラニン、または８５位にトレオニンを含有せず、かつ／あるいはそのＶＨ領域はＫａｂａｔナンバリングに従うと４０位にアスパラギンもしくはアラニンまたは８９位にバリンを含有しない。
一部の態様では、抗体は、Ｋａｂａｔナンバリングに従うとＰ８、Ｖ９またはＩ９、Ｉ１０またはＬ１０、Ｑ３８、Ｒ３９、Ｔ４０、Ｎ４１、Ｇ４２、Ｓ４３、Ｐ４４、Ｒ４５、Ｄ８２、Ｉ８３、Ａ８４、Ｄ８５、Ｙ８６、Ｙ８７、Ｇ９９、Ａ１００、Ｇ１０１、Ｔ１０２、Ｋ１０３、Ｌ１０４、Ｅ１０５、Ｒ１４２、Ｓ１６２、Ｖ１６３、Ｔ１６４、Ｅ１６５、Ｑ１６６、Ｄ１６７、Ｓ１６８、およびＹ１７３を有する軽鎖、ならびに／またはＫａｂａｔナンバリングに従うとＱ６、Ｐ９、Ｒ３８、Ｑ３９、Ｓ４０、Ｐ４１、Ｇ４２、Ｋ４３、Ｇ４４、Ｌ４５、Ｓ８４、Ｄ８６、Ｔ８７、Ａ８８、Ｉ８９、Ｙ９０、Ｙ９１、Ｗ１０３、Ｇ１０４、Ｑ１０５、Ｇ１０６、Ｔ１０７、Ｌ１０８、Ｖ１０９、Ｔ１１０、Ｖ１１１、Ｙ１４７、Ｅ１５０、Ｐ１５１、Ｖ１５２、Ｔ１７３、Ｆ１７４、Ｐ１７５、Ａ１７６、Ｖ１７７、Ｙ１８５、Ｓ１８６、およびＬ１８７を有する重鎖を有する。
他の実施形態では、ＣＤＲグラフティングを介して、典型的には、本明細書において記載されているメディトープ利用可能抗体のうちの任意のものなどのメディトープ利用可能抗体の重鎖および／または軽鎖の１つまたは複数の相補性決定領域（ＣＤＲ）（例えば、ＣＤＲ１〜３のうちの１つまたは複数）を、それらを既存抗体または新たな抗体のＣＤＲなどの他のＣＤＲと置き換えるように変更することによって、メディトープ利用可能抗体を作成する。ＣＤＲグラフティングは、例えば、マウスなどの非ヒト種において作成される抗体のＣＤＲをヒト抗体フレームワーク上にグラフト化することによる、ヒト化モノクローナル抗体を生産するための標準的な実行法である。米国特許第５，５５８，８６４号および同第８，１３３，９８２号；Ｋｅｔｔｌｅｂｏｒｏｕｇｈら、「Ｈｕｍａｎｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ａ ｍｏｕｓｅ ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｂｙ ＣＤＲ−ｇｒａｆｔｉｎｇ： ｔｈｅ ｉｍｐｏｒｔａｎｃｅ ｏｆ ｆｒａｍｅｗｏｒｋ
ｒｅｓｉｄｕｅｓ ｏｎ ｌｏｏｐ ｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ」、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ．、４：７７３〜７８３（１９９１）を参照されたい。したがって、ある種の実施形態では、目的の既存抗体または新たに生じさせた抗体のＣＤＲをグラフト化することによって、メディトープ利用可能抗体の抗原特異性を改変する。また、提供するメディトープ利用可能抗体のうちには、そのようなＣＤＲグラフト化されたメディトープ利用可能抗体がある。
一部の実施形態では、本明細書において開示されている抗体（例えば、セツキシマブ、メディトープ利用可能トラスツズマブ、またはメディトープ利用可能Ｍ５Ａ（抗ＣＥＡ）抗体）のうちの１種をテンプレート配列として使用し、かつそれを改変する、例えば、その抗原結合特徴を改変するための１つまたは複数の既知の抗体操作方法を実施して、別の特徴を持つメディトープ利用可能抗体を生成することで、メディトープ利用可能抗体を作成する。抗原結合特性および他の特性を改変するために典型的に使用される既知の抗体操作方法には、様々なｉｎ ｖｉｔｒｏ無作為化、親和性成熟、選択法が包含され、この選択法には、エラープローンＰＣＲ、スパイクＰＣＲ（ｓｐｉｋｅｄ ＰＣＲ）、特定部位の変異誘発、ファージディスプレイ、および他の選択方法が包含される。また、コンストラクト、ライブラリ、およびＧＰＩに連結している発現系を包含する発現系を、そのような方法を実施するために提供する。
したがって、ある種の実施形態では、提供するメディトープ利用可能抗体は、軽鎖および／または重鎖可変領域を、セツキシマブ、メディトープ利用可能トラスツズマブ、またはメディトープ利用可能Ｍ５Ａなどのメディトープ利用可能抗体のフレームワーク領域または領域（ＦＲ）（またはそのような抗体のＦＲ（複数可）に対して少なくとも（または約）７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％の同一性を有するＦＲ（複数可））と共に有する。一部の態様では、そのような抗体は、そのメディトープ利用可能抗体のＣＤＲとは別である１つまたは複数のＣＤＲを有する。
例えば、一部の実施形態では、ＶＬ領域は、配列番号７１で示される軽鎖配列の軽鎖フレームワーク領域（ＦＲ）１（ＦＲ−Ｌ１）、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４（あるいは配列番号７１のＦＲ−Ｌ１、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４に対して少なくとも（または約）７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％同一であるＦＲ−Ｌ１、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４）ならびに一部の態様では、配列番号７１で示される軽鎖配列のＣＤＲとは別である少なくとも１つのＣＤＲを含むアミノ酸配列を有し；かつ／またはＶＨ領域は、配列番号７２で示される重鎖配列の重鎖ＦＲ１（ＦＲ−Ｈ１）、ＦＲ−Ｈ２、ＦＲ−Ｈ３、および／またはＦＲ−Ｈ４（あるいは配列番号７２のＦＲ−Ｈ１、ＦＲ−Ｈ２、ＦＲ−Ｈ３、および／またはＦＲ−Ｈ４に対して少なくとも（または約）７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％同一であるＦＲ−Ｈ１、ＦＲ−Ｈ２、ＦＲ−Ｈ３、および／またはＦＲ−Ｈ４）ならびに一部の態様では、配列番号７２で示される重鎖配列のＣＤＲとは別である少なくとも１つのＣＤＲを有するアミノ酸配列を有する。
一部の実施形態では、ＶＬ領域は、配列番号９で示される軽鎖配列の軽鎖フレームワーク領域（ＦＲ）１（ＦＲ−Ｌ１）、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４（あるいは配列番号９のＦＲ−Ｌ１、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４に対して少なくとも（または約）７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％同一であるＦＲ−Ｌ１、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４）ならびに一部の態様では、配列番号９で示される軽鎖配列のＣＤＲとは別である少なくとも１つのＣＤＲを含むアミノ酸配列を有し；かつ／またはＶＨ領域は、配列番号６で示される重鎖配列の重鎖ＦＲ１（ＦＲ−Ｈ１）、ＦＲ−Ｈ２、ＦＲ−Ｈ３、および／またはＦＲ−Ｈ４（あるいは配列番号６のＦＲ−Ｈ１、ＦＲ−Ｈ２、ＦＲ−Ｈ３、および／またはＦＲ−Ｈ４に対して少なくとも（または約）７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％同一であるＦＲ−Ｈ１、ＦＲ−Ｈ２、ＦＲ−Ｈ３、および／またはＦＲ−Ｈ４）ならびに一部の態様では、配列番号６で示される重鎖配列のＣＤＲとは別である少なくとも１つのＣＤＲを有するアミノ酸配列を有する。
一部の実施形態では、ＶＬ領域は、配列番号６８で示される軽鎖配列の軽鎖フレームワーク領域（ＦＲ）１（ＦＲ−Ｌ１）、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４（あるいは配列番号６８のＦＲ−Ｌ１、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４に対して少なくとも（または約）７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％同一であるＦＲ−Ｌ１、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４）ならびに一部の態様では、配列番号６８で示される軽鎖配列のＣＤＲとは別である少なくとも１つのＣＤＲを含むアミノ酸配列を有し；かつ／またはＶＨ領域は、配列番号７０で示される重鎖配列の重鎖ＦＲ１（ＦＲ−Ｈ１）、ＦＲ−Ｈ２、ＦＲ−Ｈ３、および／またはＦＲ−Ｈ４（あるいは配列番号７０のＦＲ−Ｈ１、ＦＲ−Ｈ２、ＦＲ−Ｈ３、および／またはＦＲ−Ｈ４に対して少なくとも（または約）７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは
９９％同一であるＦＲ−Ｈ１、ＦＲ−Ｈ２、ＦＲ−Ｈ３、および／またはＦＲ−Ｈ４）ならびに一部の態様では、配列番号７０で示される重鎖配列のＣＤＲとは別である少なくとも１つのＣＤＲを有するアミノ酸配列を有する。
一部の実施形態では、ＶＬ領域は、配列番号６１で示される軽鎖配列の軽鎖フレームワーク領域（ＦＲ）１（ＦＲ−Ｌ１）、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４（あるいは配列番号６１のＦＲ−Ｌ１、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４に対して少なくとも（または約）７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％同一であるＦＲ−Ｌ１、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、および／またはＦＲ−Ｌ４）ならびに一部の態様では、配列番号６１で示される軽鎖配列のＣＤＲとは別である少なくとも１つのＣＤＲを含むアミノ酸配列を有し；かつ／またはＶＨ領域は、配列番号６３で示される重鎖配列の重鎖ＦＲ１（ＦＲ−Ｈ１）、ＦＲ−Ｈ２、ＦＲ−Ｈ３、および／またはＦＲ−Ｈ４（あるいは配列番号６３のＦＲ−Ｈ１、ＦＲ−Ｈ２、ＦＲ−Ｈ３、および／またはＦＲ−Ｈ４に対して少なくとも（または約）７５、８０、８５、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、もしくは９９％同一であるＦＲ−Ｈ１、ＦＲ−Ｈ２、ＦＲ−Ｈ３、および／またはＦＲ−Ｈ４）ならびに一部の態様では、配列番号６３で示される重鎖配列のＣＤＲとは別である少なくとも１つのＣＤＲを有するアミノ酸配列を有する。
一部の実施形態では、メディトープ利用可能抗体は、配列番号６、７、９、１０、１２、１４、６１、６３、６８、６９、７０、７１、および／または７２で示されるＣＤＲとは別である１つまたは複数のＣＤＲを有する。
一部の実施形態では、メディトープは、セツキシマブ以外の抗体であり、ＥＧＦＲに特異的に結合せず、ＥＧＦＲ以外の抗原に結合し、かつ／またはセツキシマブが特異的に結合するＥＧＦＲ上のエピトープに特異的に結合しない。
一部の例では、メディトープ利用可能抗体を、アバゴボマブ、アブシキシマブ、アダリムマブ、アデカツムマブ、アレムツズマブ、アルツモマブ、ペンテト酸アルツモマブ、アナツモマブ、アナツモマブマフェナトクス、アルシツモマブ、アトリズマブ、バシリキシマブ、ベクツモマブ、エクツモマブ、ベリムマブ、ベンラリズマブ、ベバシズマブ、ブレンツキシマブ、カナキヌマブ、カプロマブ、カプロマブペンデチド、カツマキソマブ、セルトリズマブ、クリバツズマブテトラキセタン、ダクリズマブ、デノスマブ、エクリズマブ、エドレコロマブ、エファリズマブ、エタラシズマブ、エルツマキソマブ、ファノレソマブ、Ｆｂｔａ０５、フォントリズマブ、ゲムツズマブ、ギレンツキシマブ、ゴリムマブ、イブリツモマブ、イゴボマブ、インフリキシマブ、イピリムマブ、ラベツズマブ、メポリズマブ、ムロモナブ、ムロモナブ−ＣＤ３、ナタリズマブ、ネシツムマブ、ニモツズマブ、オファツムマブ、オマリズマブ、オレゴボマブ、パリビズマブ、パニツムマブ、ラニビズマブ、リツキシマブ、サツモマブ、スレソマブ、イブリツモマブ、イブリツモマブチウキセタン、トシリズマブ、トシツモマブ、トラスツズマブ、Ｔｒｂｓ０７、ウステキヌマブ、ビシリズマブ、ボツムマブ、ザルツムマブ、ブロダルマブ、アンルキンズマブ、バピヌズマブ、ダロツズマブ、デムシズマブ、ガニツマブ、イノツズマブ、マブリリムマブ、モキセツモマブパスドトックス、リロツムマブ、シファリムマブ、タネズマブ、トラロキヌマブ、トレメリムマブ、ハイブリドーマ１０Ｂ５によって産生される抗体、Ｂ６Ｈ１２．２、およびウレルマブ、そのフラグメント、そのＣＤＲおよび／または抗原結合領域を有する抗体、および／もしくは結合についてそのような抗体と競合する抗体；ならびに／または配列番号７８〜１２４および／または１２５〜１７０のうちの任意のもので示される配列を有する抗体、そのフラグメント、そのＣＤＲおよび／または抗原結合領域を有する抗体、ならびに／または結合についてそのような抗体と競合する抗体のうちから選択されるテンプレート抗体を基にして作成する。
表２に、一定の抗体についてのＣＡＳ（登録商標）登録番号を列挙する（ｗｗｗ．ｃａｓ．ｏｒｇ／ｅｘｐｅｒｔｉｓｅ／ｃａｓｃｏｎｔｅｎｔ／ｒｅｇｉｓｔｒｙ／ｒｅｇｓｙｓ．ｈｔｍｌを参照されたい）。
他の例では、テンプレート抗体は、アバゴボマブ、アブシキシマブ、アダリムマブ、アデカツムマブ、アレムツズマブ、アルツモマブ、ペンテト酸アルツモマブ、アナツモマブ、アナツモマブマフェナトクス、アルシツモマブ、アトリズマブ、バシリキシマブ、ベク
ツモマブ、エクツモマブ、ベリムマブ、ベンラリズマブ、ベバシズマブ、ブレンツキシマブ、カナキヌマブ、カプロマブ、カプロマブペンデチド、カツマキソマブ、セルトリズマブ、クリバツズマブテトラキセタン、ダクリズマブ、デノスマブ、エクリズマブ、エドレコロマブ、エファリズマブ、エタラシズマブ、エルツマキソマブ、ファノレソマブ、Ｆｂｔａ０５、フォントリズマブ、ゲムツズマブ、ギレンツキシマブ、ゴリムマブ、イブリツモマブ、イゴボマブ、インフリキシマブ、イピリムマブ、ラベツズマブ、メポリズマブ、ムロモナブ、ムロモナブ−ＣＤ３、ナタリズマブ、ネシツムマブ、ニモツズマブ、オファツムマブ、オマリズマブ、オレゴボマブ、パリビズマブ、パニツムマブ、ラニビズマブ、リツキシマブ、サツモマブ、スレソマブ、イブリツモマブ、イブリツモマブチウキセタン、トシリズマブ、トシツモマブ、トラスツズマブ、Ｔｒｂｓ０７、ウステキヌマブ、ビシリズマブ、ボツムマブ、ザルツムマブ、ハイブリドーマ１０Ｂ５によって産生される抗体、およびブロダルマブまたはチウゼタン（ｔｉｕｚｅｔａｎ）のうちから選択される。一部のそのような例では、１つまたは複数のＣＤＲは、これらのテンプレート抗体に存在するＣＤＲであり、かつ／または抗体は、そのような抗体と同じ抗原もしくはエピトープに特異的に結合し、かつ／またはそれらの抗原への結合について、そのような抗体と競合する。
したがって、場合によっては、メディトープ利用可能抗体（そのフラグメントを包含）は、ＣＡ−１２５、糖タンパク質（ＧＰ）ＩＩｂ／ＩＩＩａ受容体、ＴＮＦ−α、ＣＤ５２、ＴＡＧ−７２、癌胎児性抗原（ＣＥＡ）、インターロイキン−６受容体（ＩＬ−６Ｒ）、ＩＬ−２、インターロイキン−２受容体ａ−鎖（ＣＤ２５）、ＣＤ２２、Ｂ細胞活性化因子、インターロイキン−５受容体（ＣＤ１２５）、ＶＥＧＦ、ＶＥＧＦ−Ａ、ＣＤ３０、ＩＬ−１β、前立腺特異的膜抗原（ＰＳＭＡ）、ＣＤ３、ＥｐＣＡＭ、ＥＧＦ受容体（ＥＧＦＲ）、ＭＵＣ１、ヒトインターロイキン−２受容体、Ｔａｃ、ＲＡＮＫリガンド、補体タンパク質、例えば、Ｃ５、ＥｐＣＡＭ、ＣＤ１１ａ、例えば、ヒトＣＤ１１ａ、インテグリン、例えば、αｖβ３インテグリン、ビトロネクチン受容体αｖβ３インテグリン、ＨＥＲ２、ｎｅｕ、ＣＤ３、ＣＤ１５、ＣＤ２０（小ループおよび／または大ループ）、インターフェロンγ、ＣＤ３３、ＣＡ−ＩＸ、ＴＮＦα、ＣＴＬＡ−４、癌胎児性抗原、ＩＬ−５、ＣＤ３ε、ＣＡＭ、α−４−インテグリン、ＩｇＥ、例えば、ＩｇＥ Ｆｃ領域、ＲＳＶ抗原、例えば、呼吸系発疹ウイルス（ＲＳＶ）の融合タンパク質、ＴＡＧ−７２、ＮＣＡ−９０（顆粒細胞抗原）、ＩＬ−６、ＧＤ２、ＧＤ３、ＩＬ−１２、ＩＬ−２３、ＩＬ−１７、ＣＴＡＡ１６．８８、ＩＬ１３、インターロイキン−１β、β−アミロイド、ＩＧＦ−１受容体（ＩＧＦ−１Ｒ）、デルタ様リガンド４（ＤＬＬ４）、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子受容体のαサブユニット、肝細胞成長因子、ＩＦＮ−α、神経成長因子、ＩＬ−１３、ＰＤ−Ｌ１、ＣＤ３２６、ＣＤ４７、およびＣＤ１３７からなる群から選択される抗原に特異的に結合する。一部の例では、メディトープ利用可能抗原は、癌または他の疾患などの目的の疾患または状態において標的として同定されている他の抗原に結合する。
メディトープ利用可能抗体は一般的に、一般的にはヒト定常領域または部分的にヒト定常領域である定常領域、典型的には重鎖および軽鎖定常領域をさらに包含する。一部の態様では、重鎖定常領域は、ＣＨ１またはその一部分を包含する。一部の態様では、軽鎖定常領域は、ＣＬまたはその一部分を包含する。一部の実施形態では、その定常領域の部分は、例えば、必要な結合親和性で、抗体がメディトープに結合し得るようにするために十分なものである。一部の態様では、その定常領域は、セツキシマブまたはトラスツズマブの定常領域である。したがって、一部の態様では、重鎖定常領域は、１つまたは複数のヒトＩｇＧ１定常領域であり；一部の態様では、軽鎖定常領域は、κ定常鎖領域である。他の例では、定常領域は、ヒト（または他の生物、例えば、マウスまたはニワトリ）ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＥｓ、ＩｇＡ１、ＩｇＡ２、ＩｇＤ、またはＩｇＭを包含する他のアイソタイプのものを包含し得、かつκまたはλ定常領域を包含し得
る。したがって、提供するメディトープ利用可能抗体のうちには、ヒト、マウス、もしくはニワトリなどの他のＩｇＧ、または他の免疫グロブリン中の残基の変異によって生じるものがある。言い換えると、本明細書において提供するメディトープ利用可能化方法は、ＩｇＡ、ＩｇＥ、ＩｇＤ、およびＩｇＭを包含し、かつこれらに限定されないが、ニワトリ、マウス、ラット、ウシ、ウサギ、霊長類、およびヤギを包含する、抗体を産生する任意の生物に由来する任意の抗体のために使用することができる。
例えば、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、およびＩｇＧ４の第一定常領域（ＣＨ１）の配列を図５５Ａで比較する。図５５Ｂは、セツキシマブおよびｃＱＦＤメディトープ（メディトープ１、配列番号１）の共結晶構造上にマッピングされたＩｇＧ２〜４ ＣＨ１における配列の相違をＩｇＧ１ ＣＨ１と比較して示している。図に示されているとおり、これらのアイソタイプ内の相違する残基は、セツキシマブのメディトープ結合領域内にあるのではなく、したがって、メディトープ利用可能化技術は、セツキシマブのＩｇＧ１以外のアイソタイプにも適用可能であることが確認される。他の例として、ＩｇＧ１およびＩｇＥ Ｆａｂドメインの配列および構造アラインメントは、メディトープ結合部位付近のＩｇＥ上の残基を示している（図２６）。
モノクローナル抗体内のＦａｂ空洞にメディトープ部位をグラフト化するために提供する方法を使用して、メディトープ結合のための独自のハンドルを作り、既に開示した技術と共に、新たに作成する抗体のために使用することができる。ある種の実施形態では、メディトープ結合部位を、既存の抗体および未来のモノクローナル抗体全てに作ることができる。
以下のセクションＦにおいて記載されているとおり、例えば、親和性、結合活性、ｐＨ依存性を包含するメディトープとの相互作用の態様、さらには、抗体の薬物速度（ＰＫ）および薬物動態（ＰＤ）を包含する他の態様を包含するメディトープ利用可能抗体の様々な特性を改変するように、メディトープ利用可能抗体を修飾する方法も提供する。したがって、提供するメディトープ利用可能抗体のうちには、以下のセクションＦに記載されている任意の１つまたは複数の修飾を有する抗体を包含する、これらの方法に従って、例えば、ファルマコホア結合モデルを作成することによって作成された修飾抗体もある。
また、メディトープ利用可能抗体を作成するためにテンプレート抗体として使用される抗体のうちには、ＣｏｖＸ−Ｂｏｄｙ（商標）などの修飾抗体およびその部分がある。したがって、提供するメディトープ利用可能抗体のうちには、提供するメディトープのうちの１種または複数に、例えば、本明細書において記載されているとおりの親和性で結合し得るように修飾されたＣｏｖＸ-ｂｏｄｙがある。
また、本明細書において記載されている抗体のうちの任意のものなどのメディトープ利用可能抗体に結合している１つまたは複数のメディトープを含有する複合体を提供する。
また、メディトープ利用可能抗体をコードするｃＤＮＡおよびＲＮＡ分子などの核酸、ならびにそれらを含有するベクターおよびライブラリ、さらには、選択および発現方法を包含するそれらを使用するための方法、ならびにそのようなコンストラクトを使用してトランスジェニック動物を発生させるための方法を提供する。
Ｄ． メディトープ
また、メディトープ利用可能抗体に結合する、変異型、修飾型、および多価メディトープを包含するメディトープ、ならびにそれらを含有する複合体および組成物、ならびにそれらの方法および使用を提供する。ある種の実施形態では、そのメディトープには、メディトープ１および２（ｃＱＦＤ（配列番号１）およびｃＱＹＮ（配列番号２））が包含さ
れるが、これらは元々は、Ｒｉｅｍｅｒら（２００４）；Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ １７３、３９４〜４０１；Ｒｉｅｍｅｒら（２００５）；Ｊ Ｎａｔｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ
９７、１６６３〜１６７０に記載されているとおり、セツキシマブのＣＤＲ領域に結合させるためのペプチド候補として同定されたものであった。本明細書において実証されているとおり、ｃＱＦＤおよびｃＱＹＮメディトープは、セツキシマブＣＤＲとは別であるセツキシマブ内の部位に結合するので、おそらく、ワクチンとして使用するための特異的セツキシマブ様抗体免疫原のための候補にはならなかった。
メディトープ変異体および多価メディトープを包含するメディトープをコードする核酸、さらにはそれらを含有するベクター、細胞、ライブラリ、および他の系も提供する。
Ｉ．変異型メディトープ
提供するメディトープのうちには、メディトープ１または２（配列番号１または２のメディトープ）と比較して１つまたは複数の修飾、例えば、構造的修飾を有するメディトープ変異体（変異型メディトープとも呼ばれる）があり、かつそれらを生産する方法を提供する。一部の実施形態では、ｃＱＦＤおよびｃＱＹＮメディトープを、メディトープ変異体を設計する際の出発点として使用する。一部の態様では、例えば、未修飾のメディトープ、ｃＱＦＤおよびｃＱＹＮと比較して、セツキシマブおよび本明細書において記載されている他の抗体を包含する１つまたは複数の提供するメディトープ利用可能抗体についての親和性の上昇または改変、ｐＨ依存性の改変、または異なる生理学的条件下での異なる親和性などの改変された特性を有するように、メディトープ変異体を設計する。様々な化学的および生物物理的方法を使用して、メディトープ変異体を設計および生産する。
メディトープ変異体には、これらに限定されないが、メディトープ、例えば、ｃＱＦＤおよびｃＱＹＮならびに本明細書において記載されている他のものなどに修飾が組み込まれている変異体が包含される。適切な修飾には、これらに限定されないが、ペプチド環化の様式および／または位置に対する修飾、環式ペプチドの１つもしくは複数のアミノ酸成分に対する修飾、または環式ペプチドへの１つもしくは複数のアミノ酸の付加もしくはそれらからのアミノ酸の欠失などの、当技術分野で知られている任意のペプチド修飾が包含されるが、これらに限定されない。特定の例では、ｃＱＦＤを、以下の修飾のうちの１つまたは複数で改変することができる：Ａｒｇ８の修飾、Ｐｈｅ３の修飾、Ｌｅｕ５の修飾、Ｌｅｕ１０の修飾、ペプチド環化の様式の変更、および／または１つもしくは複数の位置での水和可能カルボニル官能基の組み込み、および１つもしくは複数のアミノ酸欠失もしくは付加。ｃＱＹＮの場合には、適切な修飾には、以下のうちの１つまたは複数が包含され得る：Ａｒｇ８の修飾、Ｌｅｕ５の修飾、Ｌｅｕ１０の修飾、ペプチド環化の様式の変更、および／または１つもしくは複数の位置での水和可能カルボニル官能基の組み込み、および１つもしくは複数のアミノ酸欠失もしくは付加。メディトープ内の一定のアミノ酸位置を欠失させるか、または異なる天然アミノ酸もしくは非天然アミノ酸で置き換えることができるか、あるいはメディトープをフラグメントと化学的にコンジュゲートさせることができる。配列番号１のＡｒｇ９がシトルリンに変異しているメディトープは、セツキシマブに結合することが、本明細書では示されている。加えて、アミノおよびカルボキシ末端をさらなるアミノ酸で、メディトープ変異体の環式部分より先まで（すなわち、それに加えて）伸長して、Ｆａｂに追加的に接触させることができる。例えば、プロテインＬをｃＱＦＤメディトープのＣ末端に加えたところ、先行データによって、これは、かなり高い親和性で結合することが示されている。そのような修飾は、実施例６および７でさらに検討する。
一部の実施形態では、メディトープには、表３および４に列挙されているもの、さらには１６アミノ酸長さまでのものなど、追加のアミノ酸を含むそのようなメディトープが包含される。例えば、一部の態様では、メディトープは、第１の残基の前、すなわち、０位
にセリンをさらに包含するメディトープ１、２、または１５〜５５のうちの一つである。表３に列挙されているメディトープは、ＣおよびＮ末端を接続するためにジスルフィド結合を利用し（ただし、メディトープ３１は追加のテール部を含有し、これは、２個の末端残基の間にジスルフィド結合がないことを意味している）；表４のペプチドでは、ラクタム架橋、ジスルフィド以外の結合（［３＋２］付加環化など）または結合なしが利用されている（例えば、非環式または線状変異体）。本明細書において記載されている実施形態に従って使用することができる追加のメディトープには、本明細書において定義されるとおりの任意のメディトープ、セツキシマブまたは任意の他の治療用抗体の抗体フレームワーク結合インターフェース（すなわち、Ｆａｂ軽鎖および重鎖の間）に結合するペプチドが包含される。例えば、環式ペプチドｃＱＦＤおよびｃＱＹＮに加えて、一部の実施形態は、ｃＱＦＤおよびｃＱＹＮの１つまたは複数の変異体を包含する。
メディトープ変異体は典型的には、５〜１６アミノ酸長さ、例えば、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、または１６アミノ酸長さ、例えば８〜１３アミノ酸長さ、例えば、９〜１２アミノ酸長さのアミノ酸配列長さを有する。加えて、メディトープは、（例えば、融合タンパク質またはペプチドの一部としての）他の分子、例えば、リンカーまたは薬剤を包含する他のペプチドとコンジュゲートまたは会合していてよい。したがって、この場合、メディトープを含有する化合物は、このパラグラフに記載されている長さを超える追加のアミノ酸残基を含有することがあり、その際、メディトープ部分が、５〜１６アミノ酸を含有し、複合体または化合物が追加のアミノ酸を含有する。例は、本明細書において記載されており、例えば、上記の配列番号３１である。
一部の実施形態では、変異型メディトープは環式ペプチドである。他の実施形態では、それらは、線状または非環式ペプチドである。
メディトープは、例えば、下式を有するペプチドまたはそのようなペプチドに由来する
環式ペプチドを包含し得る：
Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｘ７−Ｘ８−Ｘ９−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｘ１２（式Ｉ）
［例えば、式中：
Ｘ１＝Ｃｙｓ、Ｇｌｙ、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、β−アジドアラニン、または存在しない；
Ｘ２＝Ｇｌｎまたは存在しない；
Ｘ３＝Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、β−β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、２−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、３−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニンもしくは４−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、修飾Ｐｈｅ、水和性カルボニル含有残基；またはボロン酸含有残基；
Ｘ４＝ＡｓｐまたはＡｓｎ；
Ｘ５＝Ｌｅｕ；β−β’−ジフェニル−Ａｌａ；Ｐｈｅ；フェニルアラニン、トリプトファン、もしくはチロシンの非天然類似体；水和性カルボニル含有残基；またはボロン酸含有残基；
Ｘ６＝Ｓｅｒ；
Ｘ７＝ＴｈｒまたはＳｅｒ；
Ｘ８＝Ａｒｇ、修飾Ａｒｇ、または水和性カルボニルもしくはボロン酸含有残基；
Ｘ９＝Ａｒｇ、Ａｌａ；
Ｘ１０＝Ｌｅｕ、Ｇｌｎ、Ｇｌｕ、β−β’−ジフェニル−Ａｌａ；Ｐｈｅ；フェニルアラニン、トリプトファン、もしくはチロシンの非天然類似体；水和性カルボニル含有残基；またはボロン酸含有残基；
Ｘ１１＝Ｌｙｓ；および
Ｘ１２＝Ｃｙｓ、Ｇｌｙ、７−アミノヘプタン酸、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、プロパルギルグリシン、イソアスパラギン酸、または存在しない］。
一部の態様では、修飾Ａｒｇは、図３４に示されている式の構造を有する。一部の態様では、修飾Ｐｈｅは、フェニル環に１個または複数のハロゲンが組み込まれたＰｈｅである。一部の態様では、式Ｉは、配列番号１または配列番号２ではない。
一部の実施形態では、メディトープは、式（Ｘ）の構造を有するペプチドまたは薬学的に許容されるその塩である：
［式中、
「＊」でマークされている中心は、「Ｒ」または「Ｓ」配置であり；
Ｒ３およびＲ３’はそれぞれ独立に、Ｈか、またはＣ１〜４アルキル、−ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、およびヨードから独立に選択される１、２、または３個の置換基で置換されていてもよいフェニルであり；
Ｒ５は以下の（Ａ）あるいは（Ｂ）であり：
（Ａ）オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）２、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＯ２Ｃ１〜４アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ１〜４アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｃ１〜４アルキル、−ＣＯ２Ｈ、および−ＣＯＮＨ２基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基で置換されていてもよいＣ１〜８アルキル；あるいは
（Ｂ）以下のａ）またはｂ）で置換されているＣ１〜４アルキル：
ａ）１個もしくは２個のフェニル基（ここで、各フェニルは、−ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、およびヨードから独立に選択される１、２、もしくは３個の置換基で置換されていてもよい）；または
ｂ）ナフチル、イミダゾール、もしくはインドール基；
Ｒ６は、−Ｃ１〜４アルキル−ＯＨまたは−Ｃ１〜４アルキル−ＳＨであり；
Ｒ７は、−Ｃ１〜４アルキル−ＯＨまたは−Ｃ１〜４アルキル−ＳＨであり；
ｍは、０、１、２、３、４、または５であり；
Ｒ８は下記の（ａ）あるいは（ｂ）であり：
（ａ）−ＯＨ、−ＮＲａＲｂ、−Ｎ（Ｒｃ）Ｃ（Ｏ）Ｒｅ、または−Ｎ（Ｒｃ）Ｃ（＝ＮＲｄ）Ｒｅ；（ここで、
ＲａはＨであり；
Ｒｂは、Ｈか、またはオキソ、アセタールおよびケタール、−Ｂ（ＯＨ）２、−ＳＨ、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ１〜４アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｃ１〜４アルキル、−ＣＯ２Ｈ、もしくは−ＣＯ２Ｃ１〜４アルキル基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基で置換されていてもよいＣ１〜８アルキルであり；
Ｒｃは、Ｈ、Ｃ１〜８アルキル、Ｃ３〜８シクロアルキル、分枝アルキル、またはアリールであり；
Ｒｄは、Ｈか、またはそれぞれ、−Ｎ３、−ＮＨ２、−ＯＨ、−ＳＨ、ハロゲン、オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）２、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ１〜４アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｃ１〜４アルキル、−ＣＯ２Ｈ、および−ＣＯ２Ｃ１〜４アルキル基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基で置換されていてもよいＣ１〜８アルキル、Ｃ２〜８アルケニル、Ｃ２〜８アルキニル、Ｃ３〜８シクロアルキル、分枝アルキル、もしくはアリール基であり；かつ
Ｒｅは、Ｈ；−ＮＨＲｄ；または−Ｎ３、−ＮＨ２、−ＯＨ、−ＳＨ、オキソ、Ｃ２〜４アセタール、Ｃ２〜４ケタール、−Ｂ（ＯＨ）２、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ１〜４アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｃ１〜４アルキル、および−ＣＯ２Ｃ１〜４アルキル基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基でそれぞれ置換されていてもよいＣ１〜１２アルキル、Ｃ３〜８シクロアルキル、Ｃ２〜１２アルケニル、Ｃ２〜８アルキニル、またはアリール基である）；あるいは
（ｂ）オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）２、ボロン酸エステル、−ＳＨ、−ＯＨ、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ１〜４アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｃ１〜４アルキル、または−ＣＯ２Ｃ１〜４アルキル基で置換されているＣ１〜１２アルキル；
Ｒ９は、Ｃ１〜４アルキルまたは−Ｃ１〜２アルキレン−Ｒｘであり；
（ここで、Ｒｘは、−ＣＯ２Ｈ、−ＣＯＮＨ２、−ＣＨ２ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ２、または−ＣＨ２ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２である）；
Ｒ１０は下記の（１）あるいは（２）であり：
（１）オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）２、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ１〜４アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｃ１〜４アルキル、−ＣＯ２Ｃ１〜４アルキル、−ＣＯ２Ｈ、および−ＣＯＮＨ２基からなる群から選択される１個または複数の置換基で置換されていてもよいＣ１〜８アルキル；あるいは
（２）１もしくは２個のフェニル基、または１個のナフチル、イミダゾール、もしくはインドール基で置換されているＣ１〜４アルキル基（ここで、各フェニルは、−ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、およびヨードから独立に選択される１、２、または３個の置換基で置換されていてもよい）；
ｎは、０または１であり；
ｐは、０または１であり；
Ｘは、その各炭素が−ＣＯ２Ｈ、−ＮＨ２、または−ＮＨＣ（Ｏ）Ｒｙで置換されていてもよいＣ１〜８アルキレンまたはＣ２〜８アルケニレンであり；
（ここで、前記アルキレンのうちの１個の炭素は、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、５員のヘテロアリール環、または−Ｓ−Ｓ−で置き換えられていてもよい）；かつ
Ｒｙは、−Ｃ１〜４アルキルまたは−ＣＨ（Ｒｚ）ＣＯ２Ｈである
（ここで、Ｒｚは、−Ｈか、または−ＯＨ、−ＳＨ、もしくは−ＮＨ２で置換されていてもよい−Ｃ１〜４アルキルである）］。
場合によっては、そのようなメディトープは、配列番号１もしくは２ではないか、またはそのような配列に由来する環式ペプチドではなく、かつ／またはメディトープ１または２ではない。
式（Ｘ）のメディトープの一部の実施形態では、ｍは、０、１、もしくは２である。他の実施形態では、Ｒ３は、Ｈまたはフェニルであり、Ｒ３’は、フェニル、２−ブロモフェニル、３−ブロモフェニル、または４−ブロモフェニルである。さらなる実施形態では、Ｒ５は、オキソ、−Ｂ（ＯＨ）２、−ＣＯ２Ｈ、もしくは−ＣＯＮＨ２基で、またはブロモもしくはクロロ置換基でそれぞれ置換されていてもよい１個もしくは２個のフェニル基でそれぞれ置換されていてもよいメチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ｓｅｃ−ブチル、またはｔｅｒｔ−ブチルである。さらなる実施形態では、Ｒ８は、−ＯＨ、−ＮＨ２、−Ｎ（Ｒｃ）Ｃ（Ｏ）Ｒｅ、または−Ｎ（Ｒｃ）Ｃ（＝ＮＲｄ）Ｒｅである。なおさらなる実施形態では、Ｒｃは、Ｈまたはメチルであり、Ｒｄは、ＨまたはＣ１〜４アルキルであり、かつＲｅは、Ｃ１〜４アルキルまたは−ＮＨ（Ｃ１〜４アルキル）である。他の実施形態では、Ｒ９は、−ＣＯ２Ｈ、−ＣＯＮＨ２、−ＣＨ２ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ２、または−ＣＨ２ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２で置換されていてもよいメチルまたはエチルである。なお他の実施形態では、Ｒ１０は、オキソ、−Ｂ（ＯＨ）２、−ＣＯ２Ｈ、または−ＣＯＮＨ２基でそれぞれ置換されていてもよいメチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ｓｅｃ−ブチル、またはｔｅｒｔ−ブチルである。なお他の実施形態では、−Ｘ−ＮＨ−は、−Ｃｙｓ−Ｃｙｓ−、−Ｇｌｙ−Ｇｌｙ−、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）６−ＮＨ−、−β−Ａｌａ−β−Ａｌａ−、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ（ＮＨ２）ＣＨ２ＣＨ＝ＣＨＣＨ２ＣＨ（ＣＯ２Ｈ）−ＮＨ−、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ（ＮＨ２）ＣＨ２ＮＨＣ（Ｏ）ＣＨ２ＣＨ（ＣＯ２Ｈ）−ＮＨ−、−β−Ａｌａ−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＣＨ（ＣＯ２Ｈ）−ＮＨ−、または−Ｃ（Ｏ）ＣＨ（ＮＨ２）ＣＨ２−トリアジニル−ＣＨ２−ＣＨ（ＣＯ２Ｈ）−ＮＨ−である。
修飾
構造データおよび熱力学的データに基づき、本明細書において記載されているメディトープ１および２内のいくつかの位置が、全体結合親和性を増強し、かつ／または本明細書において記載されているとおりの他の特性を改変するために例えば、種々の天然または非天然アミノ酸で修飾するための標的部位として同定されている。そのような修飾には、こ
れらに限定されないが、ヘッドトゥテールの環式ラクタムペプチドを作成するためのｃＱＦＤまたはｃＱＹＮの修飾、Ａｒｇ８の修飾、３位の修飾（例えば、ｃＱＦＤまたはその変異体のＰｈｅ３）、Ｌｅｕ５の修飾、Ｌｅｕ１０の修飾、および／または水和性カルボニル官能基の組み込みが包含される（図３１を参照されたい）。本明細書において実証されているとおり、ｃＱＦＤの元のメディトープにおいてＰｈｅ３、Ｌｅｕ５、およびＡｒｇ８をそれぞれアラニンに変異させると、メディトープ利用可能抗体結合インターフェースに対する、生じた化合物の親和性が１０〜１４０分の１に低下する。一部の態様では、変異型メディトープには、配列番号１もしくは２のメディトープまたは表３もしくは４に列挙されている他のメディトープの１、３、５、８、１０、および１２位のうちの１つまたは複数に修飾を有するものが包含される。
８位
一部の実施形態では、メディトープ変異体は、メディトープ１または２の８位（Ａｒｇ８）に対応する位置に修飾を含有する。未修飾のメディトープ（ｃＱＦＤ；配列番号１）において、Ａｒｇ８は伸長されて、メディトープ利用可能抗体重鎖のＱ１０５の重鎖カルボニルと水素結合を形成している。この残基のすぐ周囲の範囲は、溶媒に曝露されても疎水性である（図３３Ａ）。一部の態様では、このメディトープは、この位置に修飾された残基を含有する（例えば、修飾されたＡｒｇ８）。一部の例では、この修飾された残基は、メディトープ利用可能抗体Ｈ−結合のために有用なＡｒｇ８残基のイミニウム官能基を維持しており、置換または非置換の疎水性アームを導入して、空洞を満たす。リガンドドッキング計算によって裏付けられるとおり、そのような修飾は、エントロピーの上昇によって結合をかなり増大させる。Ｎ−アルキルグアニジニウム基またはアルキル−アミジン官能基を使用することによって、そのような修飾を組み込むことができる。いずれの場合においても、末端Ｎ原子の置換される基は、アルキルまたはアリールであってよく、その場合、そのアルキルまたはアリール基の各位置は、末端位を包含する基内で、追加の官能基で場合によって置換されていてよい。一例では、図３４に示されているとおりの構造を有する修飾されたアルギニン（修飾されたＡｒｇ８）は、例えば、配列番号１または２のメディトープのＡｒｇ８について、ＮＨ２上でブチル基で置換されている（図３４ではＮＨＲとして示されている）。一部の態様では、変異型メディトープは、８位にｎ−ブチル−アルギニンまたはブチルアミジン修飾を含有する。
３位
一部の実施形態では、メディトープ変異体は、メディトープ１のＰｈｅ３など、３位に対応する位置に修飾を含有する。構造データで本明細書において示されているとおり、メディトープ変異体Ｐｈｅ３Ｔｙｒ ｃＱＹＮ（配列番号２）のヒドロキシル基は、ｃＱＦＤ（配列番号１）と比較して、Ａｒｇ８側鎖の伸長された立体配座中に改変を有する（図３０Ｃおよび３５を参照されたい）。本明細書のデータによって、Ｆａｂへの水結合を伴う、好ましい水素結合ネットワークの形成が示唆されている。エンタルピーによって駆動される最適化は、薬物設計における多くの小分子手法で成功することが判明しており、提供するメディトープには、エントロピーの上昇を操作する機会が存在する。一部の実施形態では、メディトープ設計においてエンタルピーおよび／またはエントロピーを上昇させる手法を使用して、様々なメディトープを作成する、例えば、結合を最適化する。
例えば、メディトープ利用可能抗体に結合すると、Ｐｈｅ３の疎水性フェニル環は、メディトープ利用可能抗体Ｆａｂの側鎖残基のかなり極性の配列に囲まれる（図３５）。一部の実施形態では、１個または複数のハロゲンをこの残基のフェニル環に導入して、極性側鎖残基とのハロゲン結合相互作用を可能にする。ハロゲン結合は、水素結合と類似しているが、臭素または塩素（または他のハロゲン）などのハロゲンと酸素原子との相互作用を伴う比較的強い非共有結合である。一部の態様では、この位置の残基を、ハロゲン置換基を組み込むように修飾する。一部の態様では、メディトープ利用可能抗体との、例えば
、メディトープ利用可能抗体のそれぞれＴｙｒ８７（軽鎖）、Ｇｌｎ３８、および／またはＴｙｒ９１（重鎖）位でのハロゲン結合に適した位置に臭素原子が位置するように、Ｐｈｅ３を、２−ブロモ−、３−ブロモ−、または４−ブロモフェニルアラニンで置き換える。そのようなフェニルアラニン誘導体は市販されており、かつ一部の態様では固相ペプチド合成（ＳＰＰＳ）によって、環式ペプチドメディトープ変異体に組み込まれる。例示的な変異型メディトープには、２−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、３−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、または４−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニンをメディトープ１のＰｈｅ３に対応する位置に含有するものが包含される。
他の例では、メディトープに、追加のフェニル基をこの位置で、例えば、Ｐｈｅ３をβ，β’−ジフェニルアラニンに置き換えることによって組み込む。
５および１０位（例えば、メディトープ１または２のＬｅｕ５、Ｌｅｕ１０）
一部の実施形態では、メディトープ変異体は、メディトープ１または２の５または１０位（Ｌｅｕ５またはＬｅｕ１０）に対応する位置に修飾を含有する。本明細書において示されているとおり、メディトープ１のＬｅｕ５およびＬｅｕ１０の側鎖は、メディトープ利用可能Ｆａｂ、セツキシマブに疎水性に接触している（図３６、右側のパネルを参照されたい；Ｌｅｕ１０）。ある種の実施形態では、異なる天然アミノ酸または非天然アミノ酸をこれらの位置のうちの一方または両方に組み込み、例えばそれによって、伸長され得る表面積量を変えることによって、メディトープの１つまたは複数の特性、例えば、親和性を改変する。一実施形態では、天然アミノ酸（Ｐｈｅ／Ｔｙｒ／Ｔｒｐ）および非天然類似体（例えば、β，β’−ジフェニル−Ｌ−アラニンまたは、分枝アルキル、ナフチルなどの伸長された芳香族、もしくは他の疎水基を包含する側鎖が組み込まれているアミノ酸）を、ＳＰＰＳを介して、一方または両方の位置に体系的に導入する。
「水和性」官能基
ある種の実施形態では、メディトープ利用可能抗体のメディトープ結合部位を囲む１個または複数のＦａｂヒドロキシル支持側鎖を、選択的なトラッピングを介して、水和性官能基が組み込まれているメディトープと共有結合を形成することによって利用する。したがって、一部の実施形態では、例えば、高度に選択的であるが、メディトープ利用可能抗体または他の物質との不可逆的な相互作用を生じさせるために、メディトープは、水和性置換基を有する１個または複数の残基を含有する。例えば、メディトープ１のＡｒｇ８は、Ｋａｂａｔナンバリングに従うとメディトープ利用可能抗体の軽鎖のＳｅｒ４３（３．５Å）および重鎖のＴｙｒ９１（３．８Å）の近傍まで伸長している（図３６、左側のパネル）。メディトープのＡｒｇ８またはＬｅｕ１０の末端に水和性官能基を組み込むことで、セリンまたはチロシンヘミアセタールの選択的な形成が可能になるであろう。そのような共有付加物は本質的に、不可逆的な結合をもたらすであろう。加えて、ボロン酸を含有する残基も、水和性基としてメディトープに取り込むことができる。ボロン酸は、多発性骨髄腫を治療するために使用されるボルテザミブ（ｂｏｒｔｅｚａｍｉｂ）（Ｖｅｌｃａｄｅ（登録商標））の構造活性において重要な役割を果たす。水和性残基のさらなる代表的な例を図３４にも示すが、ここで、Ｒ＝−ＣＨ２ＣＨＯまたは−ＣＨ２Ｂ（ＯＨ）２である。一部の例では、ＳＰＰＳを使用して、そのような基を含有する残基を組み込むことによって、そのような変異体を調製する。
抗体のＦａｂ−メディトープ結合部位内で新たなアミノ酸残基を設計する際、および必要な相補性「水和性」官能基をそのメディトープの種々の位置に導入する際に、そのような水和性ストラテジーを適用することができる。システイン残基をＦａｂ領域に導入することによって、類似のストラテジーを適用することができ、このストラテジーでは、この官能基を、メディトープ内に含有される求電子性カルボニル基またはその誘導体などの「水和性」官能基を求核的に攻撃するために、またはＦａｂ領域と、必要なチオール官能基
またはチオール同等官能基を含有するメディトープとの間に選択的ジスルフィド結合（−Ｓ−Ｓ−）を作るために使用する。このアイデアによる他の実施形態には、α，β−不飽和カルボニル官能基などの、メディトープに含有されるマイケルアクセプタを導入することが包含されるであろう。これらの官能基は、チオールと選択的に反応して、安定な共有炭素−硫黄結合を形成することがよく知られている。
別の環化ストラテジーおよびジスルフィド架橋の置き換え
ある種の実施形態では、変異型メディトープは、ｃＱＦＤおよびｃＱＹＮ中においてと同様に、ジスルフィド架橋を包含する。２個のシステイン残基の側鎖が反応することによって、ジスルフィド架橋が形成され得る。ある種の実施形態では、メディトープ、例えば、メディトープ１または２中のジスルフィド架橋を、別の結合に置き換えるか、または除去する。したがって、変異型メディトープのうちには、元のメディトープとは別の結合を有するか、またはそれらのジスルフィド架橋を欠いたものがある。
一部の態様では、アミノ酸鎖内の１個または複数の非天然アミノ酸の間に結合を作る。非天然アミノ酸で作ることができる結合の例には、以下を含む結合が包含される：（ｉ）アルデヒドまたはケトンを含む残基と、アミン基（ここで、そのアミン窒素は、−ＮＨ２またはアルキルオキシ基で置換されている）を含む残基との反応（例えば、ｐ−アセチルフェニルアラニン、ｍ−アセチルフェニルアラニン、またはｐ−（３−オキソブタノイル）−Ｌ−フェニルアラニン残基と、ｐ−（２−アミノ−３−ヒドロキシエチル）−フェニルアラニン残基との反応）によって作られる安定なヒドラゾンまたはオキシムベースの結合、（ｉｉ）フェニルセレニジルアラニン（ｐｈｅｎｙｌｓｅｌｅｎｉｄｙｌａｌａｎｉｎｅ）を組み込むことによる、チオール反応性、（ｉｉｉ）ｐ−ベンゾイル−Ｌ−フェニルアラニンを組み込むことによる、ベンゾフェノンを含有するＵＶ架橋剤、（ｉｖ）ｐ−イソプロピルチオカルボニル−フェニルアラニンまたはｐ−エチルチオカルボニル−フェニルアラニンを組み込むことによる、アミン反応性、（ｖ）例えば、アジド基を含有する残基と、アルキン基を含有する残基とのＨｕｉｓｇｅｎ付加環化を介しての反応（例えば、ｐ−プロパルギルオキシフェニルアラニン残基とｐ−アジドフェニルアラニン残基との反応）によって作られる、トリアジン、チアゾール、チアゾリジン、またはオキサゾール結合などの複素環式結合；（ｖ）一方の残基中の酸基と他方の残基中のアミン基との反応によって作られるアミド結合；（ｖｉ）一方の残基中の酸基と、セリンなどの他方の残基中のアルコールとの反応によって作られるエステル結合；（ｖｉｉ）末端オレフィンをそれぞれ含有する２個の残基の反応によって、例えば、オレフィン複分解（例えば、２個のアリルグリシン残基または２個のＮ−アリル置換アミノ酸の反応）によって作られる二重結合、あるいは（ｖｉｉｉ）当技術分野で知られている適切な残基の任意の他の対の反応による結合。総説については、例えば、Ｄａｖｉｅｓ，Ｊ．Ｓ．、「Ｔｈｅ Ｃｙｃｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ Ｐｅｐｔｉｄｅｓ ａｎｄ Ｄｅｐｓｉｐｅｐｔｉｄｅｓ」、Ｊ．
Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｓｃｉ． ２００３、９、４７１〜５０１を参照されたい。一実施形態では、メディトープは、反応性基を、ｐ−アセチルフェニルアラニンなどのＦａｂに組み込まれている非天然アミノ酸に向けることもできる。
例えば、ｉｎ ｖｉｖｏ安定性に対処し、かつ後続のコンジュゲーション化学作用のために化学選択的制御を可能にするために、メディトープを環化させるための様々な方法を使用することができる。一部の実施形態では、環化ストラテジーは、ヘッドトゥテール（ヘッドテール）ラクタム環化（非環式ペプチドの末端残基の間での環化）および／または他の残基の間でのラクタム結合を包含するラクタム環化ストラテジーである。また、グリシン、β−Ａｌａ、７−アミノヘプタン酸などの残基を、非環式メディトープ環化前駆体に組み込んで、異なるラクタム環サイズおよび結合様式を生じさせることによって、ラクタム形成を行うことができる。「クリック」化学およびオレフィン複分解などの追加の環化ストラテジーも使用することができる（図３１、右の囲みを参照されたい）。ペプチド
およびペプチド模倣物質を環化するそのような方法は、当技術分野でよく知られている。
一部の実施形態では、ラクタム結合を含有するメディトープは、ｉｎ ｖｉｖｏでより安定であり、例えば、他の結合を有するメディトープと比較して、ｉｎ ｖｉｖｏでより安定な結合を有する。
一部の実施形態では、非環式ペプチドの末端残基を反応させて、環式メディトープ、例えば、環式メディトープ変異体を形成する。他の実施形態では、残基３と１１との、および４と１１との間を包含する他の位置が環化に適している。したがって、一部の態様では、メディトープは、例えば１２−アミノ酸ペプチドの残基３と１１との、および／または４と１１との間など、Ｎ末端残基およびＣ末端残基以外の残基の間で形成される結合を含有する。
一部の実施形態では、メディトープ、例えば、変異型メディトープは、反応性アミン官能基（例えば、Ｌｙｓ１１）を含有し、これは、メディトープ変異体を、例えば、スキャフォールドもしくはリンカーに、または本明細書において記載されているとおりの診断用、例えば、イメージング剤または治療剤などの薬剤に後でコンジュゲートするために使用することができる。例えば、図１３は、メディトープ変異体をＦＡＣＳ分析用のフルオレセインとコンジュゲートするための手順を示している；このストラテジーは、ｉｎ ｖｉｖｏＰＥＴイメージング用のＤＯＴＡを包含する他のイメージング剤および他の薬剤に適用することもできる。
一部の実施形態では、チオール官能基をメディトープ上の任意の適切な位置に導入することができ、かつイメージング剤、他のタンパク質およびペプチド、金属キレート剤、ｓｉＲＮＡ、ナノ粒子、ならびに細胞毒性剤物を含有するいくつかの外部試薬を使用して、選択的に修飾することができる。
メディトープのキャラクタリゼーション
一部の実施形態では、例えば、本明細書において実施例で記載されている方法などのＩＴＣ、ＳＰＲ、および／または回折、および／または他の方法によって、変異型メディトープなどのメディトープをキャラクタライズする。一例では、例えば、最も望ましい特性、例えば、１つまたは複数のメディトープ利用可能抗体に対して最大の親和性、またはｐＨ依存性などの他の望ましい特性を有するメディトープ変異体を引き続き修飾して望ましい特性を向上させるように、メディトープの合成およびそのキャラクタリゼーションを反復して実施する。
一例では、メディトープのメディトープ利用可能抗体への結合をキャラクタライズするために、そのメディトープを均一性＞９５％まで精製し、質量分析法によって構造的にキャラクタライズする。ペプチドを水中で透析し、その濃度をＵＶ−Ｖｉｓによって測定し、かつ元素分析で較正し、適切な緩衝液中に希釈する（＞１００×）。メディトープ利用可能抗体への結合を、ＩＴＣ、ＳＰＲ、Ｘ線回折、またはそれらの組合せによって厳密にキャラクタライズする。ＩＴＣ測定は、ＴＡ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ ｎａｎｏＩＴＣで、測定１回当たり僅かペプチド１〜２ｍｇを用いるだけで行うことができる。一例では、ＳＰＲ測定のためには、低密度チップおよび高密度チップをメディトープ利用可能抗体、例えば、Ｆａｂまたは完全ＩｇＧとコンジュゲートさせる。場合によっては、セツキシマブの場合、ＥＧＦＲ（残基１〜６２１）の全細胞外ドメインのうちの可溶性フラグメントなどの抗原を使用して、そのチップを初めにキャラクタライズする。本明細書において報告される研究では、例えば、ＳＰＲおよびＩＴＣによって測定した場合に、ｃＱＦＤメディトープは、完全に無傷のセツキシマブＩｇＧと比較して、同様のエンタルピーおよびエントロピーで、セツキシマブＦａｂフラグメントに結合した。したがって、セツキシマ
ブまたは他のメディトープ利用可能抗体の全ＩｇＧまたはＦａｂフラグメントを使用して、結合測定を実施することができる。一例では、回折のために、セツキシマブＦａｂフラグメントおよび配列番号１のメディトープの共結晶化条件を十分に確立し、回折品質の結晶を典型的には、１〜３日、典型的には１日で得る。全データセットは社内ソース（Ｒｉｇａｋｕ ００７−ＨＦおよびＲ−Ａｘｉｓ ＩＶ＋＋）では８〜１２時間で、かつＳｔａｎｆｏｒｄ Ｓｙｎｃｈｒｏｔｒｏｎ Ｒａｄｉａｔｉｏｎ Ｌｉｇｈｔｓｏｕｒｃｅでは１０分間で収集されるので、メディトープ変異体とメディトープ利用可能抗体との相互作用を迅速にキャラクタライズすることができる。
一部の態様では、ＩＴＣ、ＳＰＲ、およびＸ線回折データは、例えば総合的に、後続の化学的修飾のガイドとなり、かつ最終的にメディトープの親和性を向上させ、かつ／またはメディトープを他に改変するための原子の詳細を提示する。ΔＧ＝−ＲＴ ｌｎ Ｋａに基づく計算によって、セツキシマブに対するメディトープのマイクロモルからナノモルまでの親和性の相違は、強い水素結合程度に基づく３００Ｋでの約４ｋＣａｌ／ｍｏｌの自由エネルギーの変化から生じていることが示されている。したがって、タンパク質結合ポケットから、整列していた水分子が失われるか、またはアミノ酸残基鎖が再配向するだけでも十分に、結合は数桁変わり得る。
一部の例では、メディトープの特性を改変するために、例えば、メディトープ−Ｆａｂ相互作用の親和性を向上させるために、他の手法を使用する。一例では、上記の研究で得られるものなどの構造データを使用して、例えば、相補性メディトープ結合を改善し得るように、例えば追加の水素結合を加える、アミノ酸で非天然アミノ酸を置換する、または疎水性インターフェースを改変する変異誘発によって、Ｆａｂ中の残基を置き換えることができる。一部の例では、蛍光偏光アッセイを使用して、配列番号１などの所与のメディトープに置き換わり得るメディトープ変異体を同定する。他の例では、同じ技術を使用して、メディトープに置き換わり得る小分子を同定し、次いでこれらの小分子をテンプレートとして使用して、メディトープの結合親和性をさらに向上させる。
一部の例では、メディトープ変異体を、ｐＨ依存性に基づき、例えば、異なるｐＨ条件では異なる親和性を有するように設計する。したがって、ある種の実施形態では、ｍｅＭＡｂ−メディトープ相互作用をｐＨに関して微調整する。そのようなメディトープの例を本明細書において記載する。一部の態様では、メディトープ変異体の結合親和性を、緩衝液のｐＨを関数として測定する。例えば、変異型メディトープは、１つまたは複数のメディトープ利用可能抗体またはフラグメントに対して、リソソームのｐＨレベルでは低いか、または低酸素環境では高い結合親和性を有するメディトープを包含する。例えば、メディトープ利用可能抗体に対して、中性ｐＨ（例えば、ｐＨ７〜８、例えば、ｐＨ７．３〜７．５）では比較的高い結合親和性を示し、かつその抗体に対して、より酸性のｐＨ、例えば（または約）、４〜６．５のｐＨでは、例えば、エンドソームのｐＨ（例えば、（または約）５〜６．５）またはリソソームのｐＨ（例えば（または約）、４．５〜５）では、比較的低い結合親和性を示す変異型メディトープを提供する。いくつかの例を示している図２７を参照されたい。他の例では、メディトープは、腫瘍環境などの低酸素環境では、例えば、血液中などの他の生理学的条件下で観察される親和性と比較して、抗体に対して高い結合親和性を有する。一部の実施形態では、低いｐＨで（例えば、薬物送達のためにリソソームにおいて）特異的に放出するためのメディトープ変異体またはメディトープ「類似体」の修飾；および低酸素環境（例えば、腫瘍間質ｐＨは多くの場合に、正常組織よりも低い）においてより高い親和性で結合するようなメディトープの修飾を提供する。また、そのようなメディトープ変異体を作成する方法を提供する。
一部の実施形態によれば、メディトープ結合部位を利用または最適化して、メディトープ利用可能抗体およびその機能性フラグメントの結合、それらの精製、および／またはそ
れらを使用するイメージング方法もしくは他の方法を増強することができる。別の実施形態では、メディトープは、メディトープ結合部位のＦａｂ中の１個または複数の操作システイン（例えば、ＴｈｉｏＭＡｂ）に結合する１個または複数のシステイン残基を含有してよい。これによって、このメディトープは、任意の診断用および／または治療用物質、分子、または化合物にコンジュゲートする。例えば、その物質は、マーカーなどの小分子診断用分子であってよい。この「Ｃｙｓメディトープ」は、そのコンジュゲートを抗体に向かわせ、共有結合を介して結合する。別法では、このメディトープをＦａｂに、メディトープ結合部位に組み込まれている１つまたは複数の非天然アミノ酸にコンジュゲートさせることができる。
ＩＩ． 多価メディトープ
また、提供するメディトープのうちには、多価メディトープがある。ある種の態様では、メディトープをリンカーまたはスキャフォールド（例えば、多価テザリング体を形成するための）にコンジュゲートさせることで、抗原、例えば、腫瘍関連抗原に結合するメディトープ利用可能ｍＡｂに対する全体親和性およびその標的化をかなり向上させる。
全長モノクローナル抗体（ｍＡｂ）およびＦ（Ａｂ）’２フラグメントは、２つのＦａｂドメインを包含する（全長ｍＡｂの場合には、二量体Ｆｃにカップリングしている）。そのような二価抗体（例えば、ＩｇＧ）は抗原を発現する細胞に高密度で優先的に結合する。同じ抗原上で独自のエピトープを認識するモノクローナル抗体（ｍＡｂ）を組み合わせると、様々な抗体エフェクター機能（例えば、ＡＤＣＣ、補体依存性溶解、シグナル伝達阻害）の増強、細胞死の増強、および癌標的化抗体の場合には、腫瘍増殖阻害の増強を包含する相乗効果が生まれ得る。例えば、Ｄｅｃｈａｎｔ Ｍら、「Ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔ−ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ｔｕｍｏｒ ｃｅｌｌ ｌｙｓｉｓ ｔｒｉｇｇｅｒｅｄ ｂｙ ｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎｓ ｏｆ ｅｐｉｄｅｒｍａｌ ｇｒｏｗｔｈ ｆａｃｔｏｒ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ」、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ、２００８年７月１日；６８（１３）：４９９８〜５００３；Ｓｃｈｅｕｅｒ Ｗら、「Ｓｔｒｏｎｇｌｙ ｅｎｈａｎｃｅｄ ａｎｔｉｔｕｍｏｒ ａｃｔｉｖｉｔｙ ｏｆ ｔｒａｓｔｕｚｕｍａｂ ａｎｄ ｐｅｒｔｕｚｕｍａｂ ｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ｏｎ ＨＥＲ２−ｐｏｓｉｔｉｖｅ ｈｕｍａｎ ｘｅｎｏｇｒａｆｔ ｔｕｍｏｒ
ｍｏｄｅｌｓ」、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ、２００９年１２月１５日；６９（２４）：９３３０〜６；Ｃａｒｄａｒｅｌｌｉ ＰＭら、「Ｂｉｎｄｉｎｇ ｔｏ ＣＤ２０ ｂｙ
ａｎｔｉ−Ｂ１ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｏｒ Ｆ（ａｂ’）（２） ｉｓ ｓｕｆｆｉｃｉｅｎｔ ｆｏｒ ｉｎｄｕｃｔｉｏｎ ｏｆ ａｐｏｐｔｏｓｉｓ ｉｎ Ｂ−ｃｅｌｌ ｌｉｎｅｓ」、Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ、２００２年３月；５１（１）：１５〜２４． Ｅｐｕｂ ２００１年１２月１８日を参照されたい。この細胞死増強の正確な機構については論争中であるが、研究によって、効果の増強を達成するためには、ｍＡｂは両方とも多価（例えば、全抗体またはＦ（ａｂ）’２）であるべきことが示されており、このことは、第２の二価ｍＡｂ（同じ抗原上で独自のエピトープに結合する）が細胞表面抗原をクラスター化し、より有効に作用する、例えば、腫瘍細胞をより有効に死滅させ得ることを示唆している。図８および１６を参照されたい。
本明細書における一部の実施形態では、多価メディトープを使用して、そのようなクラスター化を再現する。一部の態様では、メディトープ利用可能抗体と組み合わせて相乗作用を達成するために、一部の態様では、多価メディトープを第２の抗体の代わりに使用する。一部の態様では、多価メディトープは、別のエピトープを認識する第２の抗体の使用と比較して、利点を提供する。例えば、多価メディトープの生産は、第２の抗体に比較して、より効率的で、かつ対費用効果が高いものであり得る。例えば、いくつかの前臨床／治験が、２種のモノクローナル抗体の同時投与を調査しているが、そのような治療剤の生産コストおよび販売コストは、法外なものとなる可能性がある。一部の態様では、多価メ
ディトープはまた、比較的より簡単に腫瘍などの疾患部位に標的化される。メディトープ結合部位（抗体ＣＤＲとは別のメディトープ結合部位内）の性質および選択される任意の抗体をメディトープ利用可能化するために本明細書において提供されている広く適用可能な方法によって、多価メディトープは、治療的に許容される特徴を有する第２の抗体またはエピトープを同定することを必要とせずに、広い範囲の治療用抗体に容易に適用し得るという利点も有する。したがって、一部の態様では、多価メディトープを使用することで、許容される特徴を有する第２のｍＡｂを同定する必要性およびその開発に付随するかなりのコストが回避される。
多くの場合に多価を介して、特異性および親和性が達成される。リンカーを伴う二価リガンドでは、これは、ΔＧ全体＝ΔＧ１＋ΔＧ２−ΔＧリンカーと表すことができる。言い換えると、Ｋ全体＝Ｋ１×Ｋ２／Ｋリンカーである。リンカーが自由エネルギーに寄与していない場合（Ｋリンカー約１）、二価標的のための二価リガンドの見掛けの親和性は、単量体結合定数の積である。したがって、一般に多価を介して、親和性の有意な増大を達成することができる（例えば、ＫＤ＝１μＭのメディトープでは、「理論」二価メディトープの親和性は１ｐＭである）。そのような大きな増大は一般には稀にしか見られないが（主に、二価／三価／多価受容体の幾何学的形状によって）、相乗作用は観察される。細胞表面で発現される抗原の幾何学的形状は、多価メディトープのリンカーに対して厳密な制約を課し得るが、特異性も保証することができ、この特異性は、標的化送達するためなどの一部の状況においては、例えば、オフターゲット効果のリスクを最小限にすることによって、重要な目標であり得る。
一例では、多価メディトープは、Ｆｃ領域の実質的に全てなど、抗体のＦｃ領域またはその一部を含有する。リガンドを「二量体化する」ためにＦｃ領域を使用することは確立されており、例えば、Ｊａｚａｙｅｒｉ ＪＡ ＆ Ｃａｒｒｏｌｌ ＧＪ．、「Ｆｃ−ｂａｓｅｄ ｃｙｔｏｋｉｎｅｓ： ｐｒｏｓｐｅｃｔｓ ｆｏｒ ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ ｓｕｐｅｒｉｏｒ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ」、ＢｉｏＤｒｕｇｓ、２２（１）：１１〜２６（２００８）に記載されている。一部の例では、二価メディトープを作成するために、メディトープをリンカー、典型的にはペプチドリンカー、例えば、フレキシブルなペプチドリンカーを介してＦｃ領域に（例えば、ＩｇＧのＦｃ領域のＮ末端に）融合させる。一例では、１７アミノ酸長さなど、ＩｇＧのＦａｂの間の距離におおよそ合うように、リンカーの長さを選択する。一部の態様では、このリンカーは、グリシン、セリン、および／またはそれらの組合せを含有する。例示的な「メディトープ−Ｆｃ」融合を図１５に示す（それぞれ配列番号３および４）。図１６も参照されたい。
一部の実施形態では、リンカーの組成および／またはＦｃとメディトープとの間の距離を、例えば親和性および特異性を最適化するために体系的に改変する。一実施形態では、各天然または非天然残基を、最適化のために、リンカー内の任意の位置で置換することができる。一部の態様では、リンカーは、２〜１００（または約２〜１００）残基長さ、例えば（または約）、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１２５、１５０、１７５、または２００残基（アミノ酸）長さ、あるいはそれ以上である。一例では、現在および未来のＤＮＡシンセサイザーを使用して、そのようなリンカーを作成し、メディトープとＦｃ領域との間に挿入する。このリンカーをまた、回転半径を制限し、かつＦｃ−メディトープの親和性および特異性を増強するために「硬直化（ｒｉｇｉｄｉｆｉｅｄ）」することもできる。例えば、多重コイルドメインを、メディトープとＦｃとの間に設けることができる（図１８）。他の例では、不活性タンパク質ドメイン（例えば、免疫グロブリンフォールド）をリンカーの代わりに用いる。多数の免疫グロブリンフォールドを、メディトープとＦｃドメインとの間に設けるこ
とができる。ある種の実施形態では、リンカーの組成は、あり得る抗原性を緩和するために、ヒト由来のものである。
一部の例では、例えば、選択性および結合親和性の増強のために、提供するメディトープをスキャフォールドにテザーして、多価メディトープを作成する。一部の実施形態では、腫瘍関連抗原に結合するメディトープ利用可能ｍＡｂにスキャフォールドを設け、それを「デイジーチェーン」して、リガンド拮抗作用を増強し、受容体細胞内取り込み作用を改変し、かつ／またはＡＤＣＣ／ＣＤＣを介する免疫応答を改善するために、多価メディトープスキャフォールドを使用する（図８を参照されたい）。したがって、一部の実施形態では、２つ以上の抗体またはその機能性フラグメントをテザーするために、メディトープを使用する。そのようなメディトープは、例えば、癌または腫瘍の治療およびイメージングを増強するための多価テザリング剤の一部であってよい。多価テザリング剤には、多価メディトープテザリング体を作るために、リンカー（複数可）を介して、例えば長いリンカーおよびビオチンを介してストレプトアビジンにカップリングしている２つ以上のメディトープを包含し得る。
一実施形態では、多価メディトープテザリング体は、四価メディトープテザリング剤である。一態様では、四量体テザリング体は、表面プラスモン共鳴によって、一価ペプチドと比較して、抗体への結合の増大を有することが示されており、このことは、多価相互作用と一致する。一例では、そのような多価メディトープ（例えば、四価メディトープ）の使用は、抗体単独または一価メディトープ単独の使用と比較して、抗原へのメディトープ利用可能抗体の結合親和性（例えば、セツキシマブの場合には、ＥＧＦＲ陽性細胞に対する結合親和性）の増大をもたらす。そのような結合親和性は、よく知られている方法を使用して、例えば、ＦＡＣＳ分析によって決定することができる。図１２を参照されたい。
一部の実施形態では、リンカー上での受容体の制約に対処するために、実施例６に記載されているとおりに得られるものなどの未修飾か、または修飾されている、例えば、変異型の、例えば、最適化されているメディトープを、リンカーを最適化することなどによって、多価スキャフォールドにカップリングさせる。一部の態様では、多価メディトープを隣接する抗体、例えば、ＩｇＧに「ラッチ−オン（ｌａｔｃｈ−ｏｎ）」して、「デイジーチェーン」様配列を形成することができ（図８を参照されたい）、これは、例えば腫瘍抗原を標的化している抗体において、腫瘍細胞の抗原密度が高い場合に使用することができる。二価メディトープおよび抗体の分子内会合が可能である一方で、抗体、例えば、ＩｇＧのＣ２対称性が、そのような相互作用について、リンカーに重大な幾何形状的制約を課し得る。したがって、一部の態様では、メディトープは三価以上のスキャフォールドに基づき、１個超の抗体が「デイジーチェーン」されるであろうことを保証する。第３のメディトープアームを包含することによって、三価メディトープと抗原結合抗体との当初遭遇の寿命が延長され得る。このことは次いで、その追加のアームが隣接する抗原結合抗体に結合して、複合体全体を安定化させる確率を上昇させ得る。他の実施形態では、ｍｅｍａｂおよび他の標的、例えば他のＢ細胞およびＴ細胞表面タンパク質、例えばＴ細胞受容体および同時刺激分子に同時に結合する多官能化メディトープを構成することができる。一部の実施形態では、異なるメディトープについて特異性を有する複数のメディトープ利用可能抗体（例えば、１つまたは複数の修飾メディトープ利用可能抗体を包含）をそのような異なるメディトープと一緒に、そのような多価実施形態で使用する。
様々なリンカーおよびスキャフォールドが当技術分野では知られており、これらの実施形態に関連して使用することができる。例示的なスキャフォールド合成スキームを図１３に示し、かつ本明細書中の実施例において検討する。一部の態様では、図１３に示されているテンプレート４および５の使用によって、二価および三価メディトープの両方の形成がそれぞれ可能となる。一部の実施形態では、例えば、結合または他の特性を改善または
改変するために、種々の長さのポリエチレングリコール（ＰＥＧ）および／または他のリンカーを使用する。一部の態様では、ＰＥＧ長さは、１０（または約１０）Ａ〜１０００（または約１０００）Ａまたはその付近である。合成手法は、放射性核種イメージング用のＤＯＴＡを組み込むためにも適している。例えば、ＦＩＴＣ標識二価メディトープ、すなわち化合物１３の合成では、３０ÅのＰＥＧ二官能性アームが組み込まれている（図１３）。ＩｇＧ内のＣＤＲ領域間の距離は、約１３０Åである。この手法が最適であることを保証するために、ＰＥＧリンカーの長さを体系的に変えることができる。市販のＰＥＧのエンドツーエンド距離は、９０Åに達し（Ｐｉｅｒｃｅ）、これは、ＩｇＧ距離を超えるであろう。
他の実施形態では、例えば、高親和性多価メディトープを作成し、かつ／または相乗作用をもたらすために、他のスキャフォールドおよび／またはリンカーを使用する。例えば、ＤＮＡを、より硬直したスキャフォールドを作るためのメディトープ用のスキャフォールドとして使用することができる。例えば、多価を達成するために、生物および化学由来の種々のスキャフォールドも使用することができる。これには、これらに限定されないが、二価または三価スキャフォールドの構築、四価スキャフォールドとしてストレプトアビジン（欧州特許出願公開第２０６５４０２（Ａ１）号を参照されたい）またはストレパビジン、独自のスキャフォールド（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｓｃｉｅｎｃｅｄｉｒｅｃｔ．ｃｏｍ／ｓｃｉｅｎｃｅ／ａｒｔｉｃｌｅ／ｐｉｉ／Ｓ００２２２８３６１１０００２８３）、Ｏｒｉｇａｍｉ ＤＮＡ（Ｇｕら、Ｎａｔｕｒｅ Ｎａｎｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ
４、２４５〜２４８（２００９）を参照されたい）などの使用が包含される。これらに限定されないが、ＤＮＡ（一本鎖、二重鎖、Ｈｏｌｌｉｄａｙジャンクション、アプタマーなど）、ＲＮＡ（一本鎖、ヘアピン、ステムループ、アプタマーなど）、ＰＮＡ（ペプチド核酸）、硬直のためのＤＮＡ／ＰＮＡ二重鎖および三重鎖、有機およびまたは無機ナノ粒子（直接カップリングしているか、またはＰＥＧなどの有機ポリマーを介してカップリングしている）、それ自体と、および／またはＤＮＡもしくはＰＮＡと二重鎖を形成し得る有機ポリマーを包含する分子を使用して、化学的スキャフォールドを作ることもできる。
多価メディトープのキャラクタリゼーション
例えば、多価スキャフォールドへのコンジュゲーションが、メディトープ−Ｉｇ相互作用に影響を及ぼさないことを保証するために、ＳＰＲおよびＩＴＣを包含するいくつかの知られている方法のうちのいずれかによって、メディトープ利用可能抗体への多価メディトープの結合特性をキャラクタライズすることができる。これらの手法が一般的に、細胞表面上に（腫瘍細胞の表面上などに）存在する抗原に関連していない場合、場合によっては、そのような測定は、多価および相乗効果を決定するその能力において制限を受け得る。したがって、一部の態様では、ＦＡＣＳ分析および／または細胞生存率アッセイを使用して、メディトープ利用可能抗体（例えば、セツキシマブの状況では、ＥＧＦＲを過剰発現する細胞）が認識する抗原を発現する細胞そのものに対する多価メディトープの作用を定量する。例示的なプロトコルを実施例７において記載する。一般に、メディトープ利用可能抗体が認識する抗原を発現（例えば、過剰発現）する細胞系をメディトープ利用可能抗体と共に、抗体が、細胞上に発現されている抗原に結合する条件下でインキュベートする。場合によっては、様々な濃度の抗体を使用する。同時にか、またはその後に、細胞を多価メディトープと共に、場合によっては濃度を変えてインキュベートする。適切なインキュベーション時間および洗い出しを実施する。第２の抗体および一価メディトープを、陽性対照および陰性対照としてそれぞれ使用することができる。抗体およびメディトープを、よく知られているフローサイトメトリーまたは顕微鏡によって検出可能な薬剤で標識することもできる。一部の例では、一価メディトープと比較して、多価メディトープの存在下でのシグナルのシフト（ＦＡＣＳの場合）または上昇は、相乗作用または相加作用を示している。他の例では、多価メディトープの相加作用をさらに確認するために、非標識
の一価メディトープを競合アッセイで使用して、それが、抗原結合したメディトープ利用可能抗体について、標識された多価メディトープと競合し得るかどうかを決定する。
他の例では、細胞生存性アッセイを使用して、メディトープ利用可能抗体の細胞死滅効果を増強する多価メディトープの能力を決定する。例えば、目的の抗原を発現する細胞を、メディトープ利用可能抗体および／または多価メディトープの濃度を変えながらインキュベートすることができる。一価メディトープおよび第２抗体を再び、対照として使用することができる。一部の例では、ＭＴＴ（３−（４，５−ジメチルチアゾール−２−イル）−２，５−ジフェニルテトラゾリウムブロミド）を使用して、生細胞の数またはパーセンテージを定量する。細胞生存性、増殖、および／または死を測定するための他の手法が当技術分野では知られており、それらを使用することもできる。
他の例では、そのようなアッセイにおいて活性を実証する多価メディトープについて、ウェスタンブロット分析または他の生化学的手法またはシグナル伝達による手法を行って、細胞表面受容体などの特定の抗原に関連するシグナル伝達の阻害を調査する（例えば、セツキシマブの場合には、ＥＧＦＲシグナル伝達経路の一部であるＥＧＦＲ、ＡＫＴ、ＭＡＰのリン酸化状態を追跡する）。そのような研究からのデータを、メディトープ利用可能抗体のみ（すなわち、メディトープなし）、一価メディトープで、かつ／またはチロシンキナーゼまたは他の既知の阻害剤（ＡＧ１４７８など）で処置された細胞からのデータと比較することができる。一部の例では、多価メディトープ濃度を関数として細胞死の上昇が観察されるが、このことは、多価メディトープの相乗的細胞死滅効果を実証している。
ＩＩＩ． 融合タンパク質
また、１つまたは複数のメディトープを含有する融合タンパク質を提供する。本明細書において実証されているとおり、ｃＱＦＤメディトープ（メディトープ１）に結合しているメディトープ利用可能Ｆａｂフラグメントの回折によって、抗体結合メディトープのＮ末端およびＣ末端が、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＧ、ＩｇＥ、およびＩｇＡを包含するヒト抗体に結合する結合プロテインＬ、細菌タンパク質の位置と並列していることが示された。一部の実施形態では、メディトープ−プロテインＬ融合タンパク質（ＭＰＬ）を提供する。一部の態様では、プロテインＬ−メディトープ融合体は、メディトープ単独および／またはタンパク質単独と比較して、例えば、エネルギー相加性を介して、より大きな親和性でメディトープ利用可能抗体への結合を示す。ＭＰＬはまた、プロテインＬ単独ならびに他の、プロテインＬ、プロテインＡ、および／または類似の抗体結合性タンパク質の多価コンジュゲートと比較して、有利であり得、その際、ＭＰＬは、メディトープ利用可能抗体に対する特異性をもたらし、かつ治療で投与された場合に、内因性免疫グロブリン分子を標的化しない。
細菌Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｍａｇｎｕｓから元々は単離されたプロテインＬは、ヒトおよび他の抗体のκ軽鎖に結合するタンパク質である。例示的なメディトープ−プロテインＬ（ＭＰＬ）融合タンパク質には、提供するメディトープがプロテインＬに結合しているものが包含され、ここで、このプロテインＬは、野生型プロテインＬあるいは当技術分野で知られているいくつかの変異体または抗原性を低下させるなどのために１つもしくは複数の特性を向上させるように修飾されている変異体のうちのいずれかなどのその変異体であってよい。抗原性または免疫原性を低下させるか、または「免疫耐性」を改善するためなどの、類似するタンパク質を修飾するための方法は、当技術分野で知られており、例えば、Ａｈｌｇｒｅｎら、Ｊ Ｎｕｃｌ Ｍｅｄ、２０１０；５１：１１３１〜１１３８；Ｆｅｌｄｗｉｓｃｈ Ｊら、Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ、２０１０年４月３０日；３９８（２）：２３２〜４７．、Ｅｐｕｂ２０１０年３月１０日に記載されている。例えば、反復プロセスで、無作為に、または構造モデリングに基づき、望ましい特性
、例えば、抗原性の分析に従って、例えば、アミノ酸置換を行うことができる。他の例では、特異性を向上させるために、変異を導入する。他の実施形態では、メディトープを、他の抗体結合性タンパク質、例えば、プロテインＡまたはプロテインＧなどの他の抗体結合性物質と融合させる。
ＭＰＬは一般的に、メディトープ部分をプロテインＬ部分に連結するリンカーを包含する。リンカーは典型的には、少なくとも２個、より典型的には少なくとも３個、例えば、３、４、５、６、７、８、９、または１０個のアミノ酸残基（例えば、４個のグリシン）を包含する。一部の態様では、そのような残基は、メディトープのＣ末端およびプロテインＬのＮ末端を連結する。一例では、このメディトープ−プロテインＬ融合タンパク質は、配列番号５８(SCQFDLSTRRLKCGGGGSEVTIKVNLIFADGKIQTAEFKGTFEEATAEAYRYAALLAKVNGEYTADLEDGGNHMNIKFAG)で示される配列を有する。
一部の実施形態では、ＭＰＬを、メディトープ利用可能抗体に関連して、本明細書において記載されている方法および使用で使用し、その際、この方法および使用には、例えば、疾患を標的化し、かつ／または疾患部位をイメージングするために、メディトープと薬剤、例えば治療剤または診断剤、例えば細胞毒素、放射性核種、ＤＯＴＡ、タンパク質、または他の生物学的分子とのコンジュゲーションを伴うものが包含される。一部の態様では、そのようなコンジュゲーションを促進するために、プロテインＬ融合体中の１個または複数のリシンを、例えば、アルギニンまたはアスパラギンに変異させて、例えば、コンジュゲーションのために利用可能なＮ末端アミンおよびεアミン（後者は、溶媒に曝露され、より反応性である）を脱離させることによって、他の分子に特異的にコンジュゲートし得るプロテインＬ融合タンパク質を作成する。例示的な融合タンパク質は、配列番号５９(SCQFDLSTRRLRCGGGGSEVTIRVNLIFADGNIQTAEFRGTFEEATAEAYRYAALLARVNGEYTADLEDGGNHMNIKFAG)で示される配列を有し、この場合、１個を除いて全てのリシンが除去されている。
例示的なメディトープ−プロテインＬ融合タンパク質のコード配列は、配列番号５６で示される。例示的なメディトープ−プロテインＬ融合タンパク質の配列は、配列番号５７（Ｈｉｓ６−Ｓｍｔ３−メディトープ−プロテインＬ）および配列番号５８（一部の態様では、例えばペルオキシドまたは空気中での一晩によってＭＰＬを環化させるために使用される、太字で示されている２個のシステインを含有）で示される。
SCQFDLSTRRLKCGGGGSEVTIKVNLIFADGKIQTAEFKGTFEEATAEAYRYAALLAKVNGEYTADLEDGGNHMNIKFAG（配列番号５８）。
一部の実施形態では、メディトープ−プロテインＬ（ＭＰＬ）コンストラクトは、メディトープ単独と比較して、メディトープ利用可能抗体に対して結合親和性の向上を示す。例えば、この向上は、対応するメディトープ単独および／またはプロテインＬ単独と比較して、メディトープ利用可能抗体に対する少なくとも（または約）１０，０００、９０００、８０００、７０００、６０００、５０００、４０００、３０００、２０００、１０００、９００、８００、７００、６００、５００、４００、３００、２００、１００、９０、８０、７０、６０、５０、４０、３０、２０、もしくは１０倍の親和性、例えば解離定数の向上であり得る。一例では、プロテインＬおよびメディトープ単独とメディトープ利用可能抗体との間の相互作用での結合定数は、それぞれ約０．５μＭおよび１μＭであるが、その抗体へのＭＰＬでの結合定数は約１６５ｐＭである。
ＩＶ． メディトープ−薬剤コンジュゲート
ある種の実施形態では、１つまたは複数のメディトープ、メディトープ変異体、多価メディトープ、メディトープ−プロテインＬ融合体（ＭＰＬ）、多価テザリング剤、または多価メディトープ変異体テザリング剤を包含するメディトープを、治療有効量の１種または複数の治療剤もしくは診断剤に、例えば、イメージング剤、治療上有効な薬剤もしくは
化合物に、または両方にコンジュゲートする。メディトープおよび１種または複数の薬剤を含有するそのような複合体を提供する。
一部の態様では、メディトープまたはその変異体と、治療剤または診断剤（例えば、イメージング剤）または化合物にコンジュゲートしている１つまたは複数のメディトープ利用可能抗体との結合を使用して、疾患または状態を治療、予防、診断、またはモニタリングする。一態様では、多価メディトープなどのメディトープと薬剤とのそのようなコンジュゲーションは、メディトープ利用可能モノクローナル抗体に関連して使用すると、疾患を治療および検出するためのｍＡｂをベースとする治療およびイメージング方法をかなり改善する高度に多用途のプラットフォーム技術をもたらす（図８を参照されたい）。
診断剤および治療剤には、関連技術においてよく知られているような任意のそのような薬剤が包含される。イメージング剤のうちには、これらに限定されないが、「色素」、「標識」、または「指示薬」と一般に称される様々な有機または無機小分子を包含する蛍光および発光物質がある。例には、フルオレセイン、ローダミン、アクリジン色素、Ａｌｅｘａ色素、およびシアニン色素が包含される。本開示の実施形態に従ってイメージング剤として使用することができる酵素には、これらに限定されないが、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、酸性ホスファターゼ、グルコースオキシダーゼ、β−ガラクトシダーゼ、β−グルコロニダーゼ、またはβ−ラクタマーゼが包含される。そのような酵素を、色素原、蛍光原化合物または、発光原化合物と組み合わせて使用して、検出可能なシグナルを生成することができる。
本開示の実施形態に従ってイメージング剤として使用することができる放射性物質には、これらに限定されないが、１８Ｆ、３２Ｐ、３３Ｐ、４５Ｔｉ、４７Ｓｃ、５２Ｆｅ、５９Ｆｅ、６２Ｃｕ、６４Ｃｕ、６７Ｃｕ、６７Ｇａ、６８Ｇａ、７７Ａｓ、８６Ｙ、９０Ｙ、８９Ｓｒ、８９Ｚｒ、９４Ｔｃ、９４Ｔｃ、９９ｍＴｃ、９９Ｍｏ、１０５Ｐｄ、１０５Ｒｈ、１１１Ａｇ、１１１Ｉｎ、１２３Ｉ、１２４Ｉ、１２５Ｉ、１３１Ｉ、１４２Ｐｒ、１４３Ｐｒ、１４９Ｐｍ、１５３Ｓｍ、１５４−１５８１Ｇｄ、１６１Ｔｂ、１６６Ｄｙ、１６６Ｈｏ、１６９Ｅｒ、１７５Ｌｕ、１７７Ｌｕ、１８６Ｒｅ、１８８Ｒｅ、１８９Ｒｅ、１９４Ｉｒ、１９８Ａｕ、１９９Ａｕ、２１１Ａｔ、２１１Ｐｂ、２１２Ｂｉ、２１２Ｐｂ、２１３Ｂｉ、２２３Ｒａおよび２２５Ａｃが包含される。本開示の実施形態に従って追加のイメージング剤として使用することができる常磁性イオンには、これらに限定されないが、遷移金属およびランタニド金属（例えば、原子番号２１〜２９、４２、４３、４４、または５７〜７１を有する金属）のイオンが包含される。これらの金属には、Ｃｒ、Ｖ、Ｍｎ、Ｆｅ、Ｃｏ、Ｎｉ、Ｃｕ、Ｌａ、Ｃｅ、Ｐｒ、Ｎｄ、Ｐｍ、Ｓｍ、Ｅｕ、Ｇｄ、Ｔｂ、Ｄｙ、Ｈｏ、Ｅｒ、Ｔｍ、Ｙｂ、およびＬｕのイオンが包含される。
イメージング剤が放射性金属または常磁性イオンである場合、この薬剤を、これらのイオンに結合するための長いテールに結合している１個または複数のキレート基を有する長いテールを有するテールの長い他の試薬と反応させることができる。その長いテールは、金属またはイオンを結合のためにそれに加えることができる懸垂基を有するポリリシン、多糖、または他の誘導体化もしくは誘導体化可能な鎖などのポリマーであってよい。本開示に従って使用することができるキレート基の例には、これらに限定されないが、エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）、ジエチレントリアミン五酢酸（ＤＴＰＡ）、ＤＯＴＡ、ＮＯＴＡ、ＮＥＴＡ、ＴＥＴＡ、ポルフィリン、ポリアミン、クラウンエーテル、ビス−チオセミカルバゾン、ポリオキシム、および同様の基が包含される。免疫反応性の最小限の低下ならびに最小限の凝集および／または内部架橋を伴って、分子への結合の形成を可能にする基によって、キレートは通常、ＰＳＭＡ抗体または機能性抗体フラグメントに連結する。同じキレートを、マンガン、鉄、およびガドリニウムなどの非放射性金属と複合
体化させて、本明細書において記載されている抗体および担体と共に使用すると、そのキレートはＭＲＩのために有用である。ＮＯＴＡ、ＤＯＴＡ、およびＴＥＴＡなどの大環状キレートが、様々な金属、ならびにこれらに限定されないが、それぞれガリウム、イットリウム、および銅の放射性核種を包含する放射性金属と共に使用される。ＲＡＩＴのために２２３Ｒａなどの核種を安定的に結合するために重要な大環状ポリエーテルなどの他の環状キレートも使用することができる。ある種の実施形態では、Ａｌ−１８Ｆ複合体などのＰＥＴイメージング剤をＰＥＴ分析において使用するための標的化分子に結合させるために、キレート部分を使用することができる。
例示的な治療剤には、これらに限定されないが、薬物、化学療法剤、治療用抗体および抗体フラグメント、毒素、放射性同位体、酵素（例えば、腫瘍の部位でプロドラッグを切断して細胞毒性剤にするための酵素）、ヌクレアーゼ、ホルモン、免疫調節剤、アンチセンスオリゴヌクレオチド、ＲＮＡｉ分子（例えば、ｓｉＲＮＡまたはｓｈＲＮＡ）、キレート剤、ホウ素化合物、光活性剤、ならびに色素が包含される。治療剤には、キレート剤に結合している金属、金属合金、金属間またはコア−シェルナノ粒子も包含され得、これらは、健康な細胞と比較して、標的化細胞の放射線療法に対する感度を上げるための放射線増感剤として作用する。さらに、治療剤には、ＭＲＩコントラスト剤のための常磁性ナノ粒子（例えば、マグネタイトまたはＦｅ３Ｏ４）が包含され得、これらは、他の種類の療法（例えば、光線力学的療法および温熱療法ならびにイメージング（例えば、蛍光イメージング（ＡｕおよびＣｄＳｅ））と共に使用することができる。
化学療法剤は多くの場合に、本来、細胞毒性または細胞増殖抑制性であり、それらには、アルキル化剤、代謝拮抗剤、抗腫瘍抗生物質、トポイソメラーゼ阻害剤、有糸分裂阻害剤、ホルモン療法、標的化治療剤、および免疫治療剤が包含され得る。一部の実施形態では、本開示の実施形態に従って治療剤として使用することができる化学療法剤には、これらに限定されないが、１３−シス−レチノイン酸、２−クロロデオキシアデノシン、５−アザシチジン、５−フルオロウラシル、６−メルカプトプリン、６−チオグアニン、アクチノマイシン−Ｄ、アドリアマイシン、アルデスロイキン、アレムツズマブ、アリトレチノイン、オールトランスレチノイン酸、アルファインターフェロン、アルトレタミン、アメトプテリン、アミホスチン、アナグレリド、アナストロゾール、アラビノシルシトシン、三酸化ヒ素、アムサクリン、アミノカンプトテシン、アミノグルテチミド、アスパラギナーゼ、アザシチジン、カルメット−ゲラン桿菌（ＢＣＧ）、ベンダムスチン、ベバシズマブ、エタネルセプト、ベキサロテン、ビカルタミド、ボルテゾミブ、ブレオマイシン、ブスルファン、ロイコボリンカルシウム、シトロボラム因子、カペシタビン、カネルチニブ、カルボプラチン、カルムスチン、セツキシマブ、クロラムブシル、シスプラチン、クラドリビン、コルチゾン、シクロホスファミド、シタラビン、ダルベポエチンアルファ、ダサチニブ、ダウノマイシン、デシタビン、デニロイキンジフチトクス、デキサメタゾン、デキサゾン、デクスラゾキサン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デカルバジン（ｄｅｃａｒｂａｚｉｎｅ）、ドセタキセル、ドキソルビシン、ドキシフルリジン、エニルウラシル、エピルビシン、エポエチンアルファ、エルロチニブ、エベロリムス、エキセメスタン、エストラムスチン、エトポシド、フィルグラスチム、フルオキシメステロン、フルベストラント、フラボピリドール、フロクスウリジン、フルダラビン、フルオロウラシル、フルタミド、ゲフィチニブ、ゲムシタビン、ゲムツズマブ、オゾガマイシン、ゴセレリン、顆粒球コロニー刺激因子、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子、ヘキサメチルメラミン、ヒドロコルチゾン、ヒドロキシウレア、イブリツモマブ、インターフェロンアルファ、インターロイキン２、インターロイキン１１、イソトレチノイン、イキサベピロン、イダルビシン、メシル酸イマチニブ、イホスファミド、イリノテカン、ラパチニブ、レナリドマイド、レトロゾール、ロイコボリン、ロイプロリド、リポソームＡｒａ−Ｃ（ｌｉｐｏｓｏｍａｌ Ａｒａ−Ｃ）、ロムスチン、メクロレタミン、メゲストロール、メルファラン、メルカプトプリン、メスナ、メトトレキサート、メチルプレドニゾロン、マ
イトマイシンＣ、ミトタン、ミトキサントロン、ネララビン、ニルタミド、オクトレオチド、オプレルベキン、オキサリプラチン、パクリタキセル、パミドロネート、ペメトレキセド、パニツムマブ、ＰＥＧインターフェロン、ペグアスパラガーゼ、ペグフィルグラスチム、ＰＥＧ−Ｌ−アスパラギナーゼ、ペントスタチン、プリカマイシン、プレドニゾロン、プレドニゾン、プロカルバジン、ラロキシフェン、リツキシマブ、ロミプロスチム、ラリトレキセド（ｒａｌｉｔｒｅｘｅｄ）、サパシタビン、サルグラモスチム、サトラプラチン、ソラフェニブ、スニチニブ、セムスチン、ストレプトゾシン、タモキシフェン、テガフール、テガフール−ウラシル、テムシロリムス、テモゾラミド（ｔｅｍｏｚｏｌａｍｉｄｅ）、テニポシド、サリドマイド、チオグアニン、チオテパ、トポテカン、トレミフェン、トシツモマブ、トラスツズマブ、トレチノイン、トリミトレキサート（ｔｒｉｍｉｔｒｅｘａｔｅ）、アルルビシン（ａｌｒｕｂｉｃｉｎ）、ビンクリスチン、ビンブラスチン、ビンデシン、ビノレルビン、ボリノスタット、またはゾレドロン酸が包含される。
本開示の実施形態に従って治療剤として使用することができる治療抗体およびその機能性フラグメントには、これらに限定されないが、アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、エドレコロマブ、ゲムツズマブ、イブリツモマブチウキセタン、パニツムマブ、リツキシマブ、トシツモマブ、およびトラスツズマブ、ならびに本明細書に列挙されている具体的な疾患に関連する他の抗体が包含される。
本開示の実施形態に従って治療剤として使用することができる毒素には、これらに限定されないが、リシン、アブリン、リボヌクレアーゼ（ＲＮアーゼ）、ＤＮアーゼＩ、ブドウ球菌エンテロトキシンＡ、ヤマゴボウ抗ウイルスタンパク質、ゲロニン、ジフテリア毒素、シュードモナス外毒素、およびシュードモナス内毒素が包含される。
本開示の実施形態に従って治療剤として使用することができる放射性同位体には、これらに限定されないが、３２Ｐ、８９Ｓｒ、９０Ｙ、９９ｍＴｃ、９９Ｍｏ、１３１Ｉ、１５３Ｓｍ、１７７Ｌｕ、１８６Ｒｅ、２１３Ｂｉ、２２３Ｒａ、および２２５Ａｃが包含される。
Ｅ． 使用方法および組成物
また、治療用および診断用の使用を包含するメディトープ、メディトープ利用可能抗体、およびそれらを含有する複合体の方法および使用、さらには抗体の精製を包含する他の使用を提供する。また、そのような診断および治療方法において使用するための、メディトープ（変異型および多価メディトープならびにメディトープ融合タンパク質を包含する）を含有する医薬組成物を提供する。
Ｉ．治療用および診断用の使用ならびに医薬組成物
一実施形態では、典型的には、（同時にか、または別々に）１つまたは複数のメディトープ利用可能モノクローナル抗体と組み合わせて投与する場合に、メディトープ、メディトープ変異体、多価メディトープ、ＭＰＬ、多価メディトープテザリング剤、および多価メディトープ変異体テザリング剤などの特異性および結合を使用して、疾患または状態を治療、診断（例えば、イメージング）するための治療剤、診断剤（例えば、イメージング剤）、またはそれらの組合せを送達する。
一例では、下記でさらに記載するとおりの事前標的化療法または事前標的化イメージングのために、メディトープ利用可能モノクローナル抗体を投与し、その後で、メディトープ、メディトープ変異体、多価メディトープテザリング剤、または多価メディトープ変異体テザリング剤を投与することによって、メディトープ、例えば、多価メディトープを使用する。さらに、操作ｓｃＦｖｓまたは化学的にコンジュゲートされたｍＡｂについて実
証されているとおり、多価メディトープを使用することによって、選択性を増強し、かつ腫瘍の検出を改善することができるが、これらの非ヒトコンストラクトに固有の起こり得る免疫原性は回避される。
したがって、本明細書において記載されているプラットフォーム技術は、ｍＡｂ送達分野において大きなインパクトを有し、かつ抗体の使用が適応とされるものなど、癌を包含する様々な疾患および条件を治療および診断するための有用な方法を提供する。例えば、結腸直腸癌、扁平上皮細胞癌腫、頭頚部癌を包含するＥＧＦＲ陽性癌を対象とするメディトープ利用可能抗体は、セツキシマブおよびメディトープの使用から利益を受けるであろう。加えて、そのような抗体のメディトープ利用可能バージョンを作成するために他の治療用抗体を修飾することによって、このプラットフォーム技術を、いくつかの他の癌、疾患、および他の状態を治療および診断するための方法において利用することができる。
そのような方法でのメディトープの使用は、例えば抗体に結合またはコンジュゲートするための他の手段と比較して、例えば、特異性によって有利である。例えば、ＰｐＬ（プロテインＬ）およびＳｐＡ（プロテインＡ）は、マウス特異的またはキメラ抗体特異的ではない。ＰｐＬは、マウスの約６６％に、かつヒトＩｇＧκ軽鎖の約５０％に結合し、ＳｐＡは、マウスの１２％およびヒト可変重鎖の５０％に結合する（Ｇｒａｉｌｌｅら、２００２）。対照的に、本明細書において実証されているとおり、メディトープとメディトープ利用可能抗体との相互作用は高度に特異的であり、このことによって、オフターゲット作用を包含する有害作用が回避され得、例えば、対象に内因性の免疫グロブリンへの治療用化合物の結合が回避され得る。
一部の実施形態では、メディトープ利用可能抗体と組み合わせて投与されるメディトープ、抗体−メディトープ複合体、メディトープ利用可能抗体と組み合わせて投与される多価テザリング剤、またはそれらの組合せを、１つまたは複数のイメージング剤とコンジュゲートすることができる。一態様では、イメージング剤には、これらに限定されないが、蛍光、発光、磁気性タンパク質、または放射性核種タンパク質、ペプチドもしくはその誘導体（例えば、遺伝子操作された変異体）が包含され得る。ｍＲＮＡ成分によって発現され得る蛍光タンパク質には、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、高感度ＧＦＰ（ＥＧＦＰ）、赤色、青色、黄色、シアン、およびサファイア蛍光タンパク質、ならびにリーフコーラル蛍光タンパク質が包含される。ｍＲＮＡ成分によって発現され得る発光タンパク質には、ルシフェラーゼ、エクオリン、およびその誘導体が包含される。多数の蛍光および発光色素およびタンパク質が、当技術分野では知られている（例えば、いずれも、本明細書において全て示されているかのように、参照によって本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２００４／００６７５０３号；Ｖａｌｅｕｒ，Ｂ．、「Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ」、Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ、２００２；Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔ Ｐｒｏｂｅｓ ａｎｄ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｐｒｏｄｕｃｔｓ， Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｂｅｓ， ９．ｓｕｐ．ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ、２００２；およびＴｈｅ Ｈａｎｄｂｏｏｋ−−Ａ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔ Ｐｒｏｂｅｓ ａｎｄ Ｌａｂｅｌｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ， Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、１０ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎウェブサイトで入手可能）を参照されたい）。
他の態様では、メディトープ利用可能抗体と組み合わせて投与されるメディトープ、抗体−メディトープ複合体、メディトープ利用可能抗体と組み合わせて投与される多価テザリング剤、またはそれらの組合せを、ナノ粒子、放射性物質（例えば、放射性同位体、放射性核種、放射標識、または放射性トレーサー）、色素、コントラスト剤、蛍光化合物または分子、生物発光化合物または分子、酵素、および増感剤（例えば、常磁性イオン）な
どの非タンパク質イメージング剤または送達ビヒクルとさらにコンジュゲートさせるか、または別段に会合させることができる。加えて、一部のナノ粒子、例えば量子ドットおよび金属ナノ粒子（下記）は、イメージング剤または治療剤として使用するためにも適し得ることに留意すべきである（例えば、温熱および光線力学的療法を使用して、さらには蛍光およびまたはＭＲＩコントラストを介するイメージング剤）。
メディトープ−ｍＡｂ技術によって、１つまたは複数のメディトープ利用可能抗体、治療剤、イメージング剤、またはそれらの組合せにさらにコンジュゲートさせることができる抗体−メディトープ複合体を作成するために使用することができるシステムが可能である。したがって、独自の細胞毒性剤またはイメージング剤にそれぞれコンジュゲートしているメディトープまたは高親和性メディトープ変異体のセットによって、治療に望ましいメディトープコンジュゲートおよびメディトープ利用可能ｍＡｂを同時に投与することができるであろう。メディトープコンジュゲートは、化学的修飾またはペイロードの放出による特異性の低下などの欠点を有する現行の抗体−薬物コンジュゲートを上回る改善である。治療用抗体またはその機能性フラグメントの結合親和性を増大するための方法を本明細書では提供する。そのような方法は、対象に、治療有効量の医薬組成物を、任意の適切な投与経路を介して投与することを包含し得る。医薬組成物は、メディトープ利用可能抗体と組み合わせたメディトープまたはメディトープ変異体、メディトープ利用可能抗体と組み合わせた多価メディトープまたはメディトープ変異体テザリング体、メディトープ利用可能治療用抗体またはその機能性フラグメント、薬学的に許容される担体、ならびに任意のそれらの組合せを包含し得る。多価メディトープの結合親和性の増大は、細胞表面に結合しているＩｇＧの多価架橋に帰せられ得る。ＩｇＧの架橋（親マウスＭ４２５抗体を介するか、または抗ＩｇＧ ＩｇＭを使用）は、シグナル伝達、受容体細胞内取り込み作用および再循環、ならびに細胞死に大きな影響を及ぼす。したがって、多価ペプチドは、治療用モノクローナル抗体と相乗的に作用して、その治療効力を増強させ得る。
一部の実施形態では、メディトープは単独で、またはテザリング体の一部として、結合部位でＦａｂシステインに結合するシステインまたは他の適切なアルキル化剤を含有して、システイン−システイン相互作用をもたらし得る。別法では、メディトープは、非天然アミノ酸（例えば、ｐ−アセチルフェニルアラニン）でＦａｂに結合し得る。このＣｙｓメディトープは、任意の物質とコンジュゲートし、そのコンジュゲートをＩｇＧへと向ける。
治療用抗体によって標的化され得る疾患または状態で、治療を特定の種類の細胞または細胞群に向けるための方法において、抗体−メディトープ複合体を使用することもできる。そのような治療方法は、治療有効量の医薬組成物を、疾患または状態を有する対象に、任意の適切な投与経路を介して投与することを包含し得る。医薬組成物は、メディトープ利用可能抗体と組み合わせたメディトープまたはメディトープ変異体、メディトープ利用可能抗体と組み合わせた多価メディトープまたはメディトープ変異体テザリング体、メディトープ利用可能治療用抗体またはその機能性フラグメントを包含し得る。
他の実施形態では、腫瘍または他の組織をイメージングするための方法を提供する。そのような方法では、未修飾の治療用抗体を、対応する抗原を過剰発現する腫瘍または他の組織を標的化するために投与することができる。その後、イメージング剤で標識されている多価メディトープテザリング体を、任意の適切な投与経路を介して投与し、標的腫瘍または組織に結合している治療用抗体に結合させる。図８を参照されたい。イメージング剤の例には、これらに限定されないが、放射標識（例えば、３Ｈ、１４Ｃ、３５Ｓ、９０Ｙ、９９ｍＴｃ、１２５Ｉ、１３１Ｉ、１７７Ｌｕ、１６６Ｈｏ、および１５３Ｓｍ）、金属または磁気性標識（例えば、金、鉄、ガドリニウム）、ビオチン、キレート化剤（例えば、１，４，７，１０−テトラアザシクロドデカン−Ｎ，Ｎ’，Ｎ”，Ｎ’’’−四酢酸
（「ＤＯＴＡ」））、または上記の任意の薬剤が包含される。一実施形態では、本明細書において記載されている方法で使用されるイメージング剤は、ＤＯＴＡである。
上記のイメージングまたは治療方法には、既知の方法を上回るいくつかの利点が存在する。第一には、治療用モノクローナル抗体の二価特性によって、腫瘍に対する選択性が増強される。下記でさらに検討するとおり、この選択性の増強は、ｓｃＦｖｓを使用すると失われ、かつ親和性の増強によっても完全には補償されない。第二には、標識されている多価メディトープテザリング体の質量が、濾過について腎閾値未満であり（６０ｋＤａ未満、約１０ｋＤａの低さであることもある）、身体から容易に濾過によって排出され得る。対照的に、治療用抗体をイメージング剤または他の治療剤で直接標識することは典型的には回避される。それというのも、その抗体が、体内を長期間（数日から数週間）にわたって循環するであろうためである。したがって、腫瘍または他の罹患器官のイメージングは多くの場合に、選択性の低いｓｃＦｖｓを使用して実行されている。
さらなる実施形態では、メディトープを使用して２つ以上の治療用分子を合わせて、癌、自己免疫疾患、または他の状態を治療するために医薬組成物の一部として、治療有効量で対象に投与することができる医薬化合物を形成することができる。２つ以上の治療用分子には、これらに限定されないが、上記のものなどの腫瘍または疾患特異的受容体を標的化し得る機能性抗体フラグメント（例えば、Ｆ（ａｂ’）２またはＦａｂフラグメント）、ペプチド、または他の小分子が包含され得る。それらの治療用分子は、同じ治療用分子が２つ以上であってもよいし、または別法では、同じ腫瘍または罹患組織を標的化する異なる分子が２つ以上であってもよい。
一部の実施形態では、医薬化合物または組成物には、ＣｏｖＸ−Ｂｏｄｙ（商標）などの特許権下の抗体またはその一部が包含され得る。一例では、メディトープを、２つ以上の治療用分子を特別に設計されたＣｏｖＸ抗体に結合するためのリンカーとして使用する。一例では、そのようなメディトープに随伴する小分子、ペプチド、またはｓｃＦｖは、ＣｏｖＸ抗体のメディトープ結合部位（例えば、フレームワーク結合インターフェース）によって認識される。これらの成分を合わせると、その結果生じる二価ＣｏｖＸ−Ｂｏｄｙ（商標）は、抗体の長い半減期も保持しながら、小分子、ペプチド、またはｓｃＦｖの生物学的作用を持つ。
一部の実施形態では、提供するメディトープ、メディトープ利用可能抗体、およびその複合体を、治療用抗体を使用することで治療または標的化することができる任意の癌、疾患、または他の状態を包含する疾患または状態の治療、診断、またはイメージングにおいて使用する。癌は、免疫系を活発に抑制することによって、免疫学的監視を回避する。この免疫抑制に対抗することを目的とする方法の一つは、腫瘍細胞によって独自に発現または過剰発現される抗原のエピトープを使用するワクチン接種を介するものである。例えば、シグナル伝達経路を阻害し、増殖因子を抑制し、かつ／または免疫応答を誘導するモノクローナル抗体（ｍＡｂ）は、癌および他の疾患を治療するために成功裏に臨床導入されている。
したがって、それらの疾患および条件には、任意の癌、さらには治療用ｍＡｂを使用して標的化されるものなどの他の疾患および条件が包含され、これらに限定されないが、白血病およびリンパ腫（例えば、アレムツズマブ、ベクツモマブ、ゲムツズマブ、ＦＢＴＡ０５、イブリツモマブチウゼタン、オファツムマブ、リツキシマブ、トシツモマブのメディトープ利用可能バージョンを使用して治療またはイメージングすることができる）、乳癌（例えば、トラスツズマブ、アデカツムマブ、エルツマキソマブ（ｅｒｔｕｍａｘｏｍａｂ）のメディトープ利用可能バージョンを使用して、治療またはイメージングすることができる）、前立腺癌（例えば、アデカツムマブ、カプロマブペンデチド、エタラシズマ
ブのメディトープ利用可能バージョンを使用して、治療またはイメージングすることができる）、結腸直腸癌（例えば、ラベツズマブ、パニツムマブ、ペンテト酸アルツムマブ、ボツムマブのメディトープ利用可能バージョンを使用して治療またはイメージングすることができる）、胃腸癌（例えば、アルシツムマブ、カツマキソマブのメディトープ利用可能バージョンを使用して治療またはイメージングすることができる）、卵巣癌（例えば、アバゴボマブ、カツマキソマブ、エタラシズマブ、イゴボマブ、オレゴボマブのメディトープ利用可能バージョンを使用して治療またはイメージングすることができる）、肺癌（例えば、アナツムマブマフェナトックスのメディトープ利用可能バージョンを使用して治療またはイメージングすることができる）、膵臓癌（例えば、クリバツズマブテトラキセタンのメディトープ利用可能バージョンを使用して治療またはイメージングすることができる）、腎臓癌（例えば、ギレンツキシマブのメディトープ利用可能バージョンを使用して治療またはイメージングすることができる）、黒色腫癌（例えば、エタラシズマブ、イピリムマブ、ＴＲＢＳ０７のメディトープ利用可能バージョンを使用して治療またはイメージングすることができる）、膠腫（例えば、ニモツズマブのメディトープ利用可能バージョンを使用して治療またはイメージングすることができる）、骨転移（例えば、デノスマブのメディトープ利用可能バージョンを使用して治療またはイメージングすることができる）、頭頚部癌（例えば、ザルツムマブのメディトープ利用可能バージョンを使用して治療またはイメージングすることができる）、心臓血管疾患（例えば、アブシキシマブのメディトープ利用可能バージョンを使用して治療またはイメージングすることができる）、自己免疫障害（例えば、アダリムマブ、インフリキシマブのメディトープ利用可能バージョンを使用して治療またはイメージングすることができる）、関節リウマチ（例えば、アトリズマブ、ゴリムマブ、インフリキシマブのメディトープ利用可能バージョンを使用して治療またはイメージングすることができる）、移植拒絶（例えば、バシリキシマブ、ダクリズマブ、ムロモナブ−ＣＤ３のメディトープ利用可能バージョンを使用して治療またはイメージングすることができる）、クローン病（例えば、セルトリズマブ、フォントリズマブ、ナタリズマブ、インフリキシマブ、ビシリズマブのメディトープ利用可能バージョンを使用して治療またはイメージングすることができる）、ヘモグロビン尿（エクリズマブのメディトープ利用可能バージョンを使用して治療またはイメージングすることができる）、乾癬（例えば、エファリズマブ、インフリキシマブ、ウステキヌマブのメディトープ利用可能バージョンを使用して治療またはイメージングすることができる）、多発性硬化症（例えば、ナタリズマブ、ウステキヌマブのメディトープ利用可能バージョンを使用して治療またはイメージングすることができる）、喘息（例えば、ベンラリズマブ、メポリズマブ、オマリズマブのメディトープ利用可能バージョンを使用して治療またはイメージングすることができる）、呼吸系発疹ウイルス（ＲＳＶ）（例えば、パリビズマブのメディトープ利用可能バージョンを使用して治療またはイメージングすることができる）、黄斑変性（例えば、ラニビズマブのメディトープ利用可能バージョンを使用して治療またはイメージングすることができる）、虫垂炎（例えば、ファノレソマブのメディトープ利用可能バージョンを使用して治療またはイメージングすることができる）、および抗体で標的化または治療され得る任意の他の状態が包含される。上記で列挙された抗体および関連疾患または障害は単なる例であり、プラットフォームを制限するものではない。
ある種の実施形態では、メディトープまたはその変異体を１つまたは複数のメディトープ利用可能抗体に治療上有効な化合物と共に結合させることで、疾患または状態を治療、予防、診断、モニタリングし得るように、１つまたは複数のメディトープ、メディトープ変異体、多価メディトープテザリング剤、または多価メディトープ変異体テザリング剤を、１種または複数のイメージング剤、治療有効量の治療上有効な薬剤もしくは化合物、または両方にコンジュゲートさせることができる。メディトープ利用可能ｍＡｂにカップリングする高親和性および／または多価メディトープのそのようなコンジュゲーションは、疾患を治療および検出するためのｍＡｂベースの治療およびイメージング方法をかなり改善する高度に多用途のプラットフォーム技術を提供する（図８を参照されたい）。
ＩＩＩ． 他の使用および組成物
また、ｓｃＦｖ（単一鎖Ｆａｂ可変）フラグメントを安定化させるための方法および組成物を提供する。一般に、ｓｃＦｖフラグメント（例えば、所与のＦａｂのｓｃＦｖフォーマット）は、Ｆａｂ自体などの全長ｍＡｂおよび他のフラグメントよりもかなり低い親和性で抗原に結合する。そのような低い親和性は、少なくとも部分的には、Ｆｖドメインの配向、配座の変動に直接的に影響を及ぼすＦａｂ定常ドメインが存在しないことと、おそらく不十分なリンカー設計に帰せられる。他方で、ｓｃＦｖおよびより小さな他のフラグメントは、より良好な組織、例えば腫瘍への浸透を包含する別の利点を有し得る。
一部の実施形態では、ｓｃＦｖフラグメントの安定性および親和性を向上させるための方法を提供する。一態様では、対応するＦａｂまたは全抗体のメディトープ結合部位内の残基に対応するＶＨおよびＶＬ領域中の残基とのその相互作用を促進することによりメディトープをｓｃＦｖフラグメントに組み込むことによって、例えば、ｓｃＦｖを安定化させるために、ｓｃＦｖとメディトープとの間にリンカーを導入することによって、そのような方法を実施する。また、１つまたは複数のメディトープに結合しているｓｃＦｖを含有する複合体およびそれを含有する組成物ならびに提供する方法におけるそれらの使用を提供する。一部の態様では、そのような方法は、可変ドメインの適正な配向を実施するために、したがって、親和性を増強するために役立つ（図９）。
また、メディトープ利用可能抗体およびそのフラグメントならびに／またはそのような抗体を発現する細胞を精製する方法を包含する、メディトープを使用する単離および精製方法ならびにその方法で使用するための組成物およびキットを提供する。一実施形態では、メディトープ（例えば、提供するメディトープのうちの任意のもの）をビーズ、例えば磁気ビーズ、プレート、カラム、または他の固体支持体などの固体支持体にカップリングさせることによって、そのような方法を実施する。図１０を参照されたい。他の例では、配列ＣＱＦＤＬＳＴＲＲＬＲＣＧＧＧＳＫを有するメディトープを、アミンカップリングを介して固体支持体に成功裏に連結させたが、これは、例えば、ビアコア／表面プラスモン共鳴研究において有用である。図２９を参照されたい。そのようなビアコア研究は、ある種の実施形態では、アミンカップリングした長いメディトープチップに抗体を流すことによって行う。
固体支持体にタンパク質をカップリングさせるための方法は、当業者によく知られており、この実施形態に関連して使用することができる。次いで、メディトープ利用可能抗体またはそれを発現する細胞を固体支持体に曝露すると、それらを単離および精製することができる。
他の利用可能な方法と比較して、そのような精製方法には、いくつかの利点がある。例えば、提供するメディトープを容易に合成し、かつ一般的な固体支持体（磁気ビーズを包含）に容易に加えることができる。第二に、メディトープの親和性を点突然変異によって容易に変調し、このことによって、精製手順の微調整が可能となり、かつプロテインＡまたはプロテインＬから抗体を溶出するために一般的に使用される低いｐＨなどの苛酷な条件が回避される。一部の実施形態では、これらのプロテインＡまたはプロテインＬ樹脂は通常、全長（例えば、野生型）配列を含有し、そこには、５つまでのドメインが存在する。これらのドメインのうちの１つまたは複数は、本明細書において使用されるプロテインＬおよびプロテインＡと同じである。一部の例では、無傷のメディトープ利用可能抗体などのメディトープ利用可能抗体を抽出する際に使用するために、メディトープは、二価または多価（以下の実施例７において記載されているものなど）で作成される。
一部の態様では、提供する精製および単離方法は、プロテインＡまたはプロテインＬの
生産に関連する高いコストの削減、これらのタンパク質の限られたライフサイクルに比較しての改善、およびプロテインＬまたはＡの使用に関連する細菌性病原体などの外来生物材料を導入するリスクの回避を包含する、プロテインＡまたはプロテインＬを使用する他の精製方法を上回る追加の利点を有する。
Ｆ． メディトープおよびメディトープ利用可能抗体の修飾およびスクリーニング
Ｉ． メディトープ利用可能抗体の修飾
また、メディトープに関連する結合親和性もしくは特異性などの１つまたは複数の抗体の特性および／または他の特性を改変するために、メディトープ利用可能抗体を修飾するための方法を提供する。また、その方法によって生産される修飾抗体およびそれを産生するためのライブラリを提供する。一実施形態では、メディトープ利用可能抗体のメディトープ結合部位をライニングし、かつ／または他の点で、そのような抗体をメディトープに結合するために重要である残基を体系的に、または無作為に改変して（例えば、縮重ライブラリおよび選択を使用して）、例えば、メディトープまたはメディトープ類似体の特異性を増強および／または変化させる（例えば、改変を行う方法については、参照によって本明細書に組み込まれるＳｈｅｅｄｙら、２００７およびＡｋａｍａｔｓｕら、２００７を参照されたい）。一部の態様では、メディトープ相互作用の親和性を向上させ、かつ／またはメディトープ−抗体相互作用の他の特性を改変するために、残基を天然もしくは非天然アミノ酸または両方で置換する。二重特異性抗体を作成するために抗体に非天然アミノ酸を組み込むことは、Ｈｕｔｃｈｉｎｓら（２０１１）によって記載された。
メディトープと接触し、かつ／または他の点で重要である、例えば、空洞をライニングしているメディトープ利用可能抗体の残基、例えば、体系的に、または無作為に変化させて、水素結合、イオン、静電、または立体相互作用を介してメディトープ親和性を向上させ得る結合メディトープのうちの任意の原子からなる８Å以内の残基には、これらに限定されないが、１個または複数の軽鎖残基（例えば、Ｋａｂａｔナンバリングに基づき、かつセツキシマブ、メディトープ利用可能トラスツズマブ、もしくはメディトープ利用可能Ｍ５Ａ、または他のメディトープ利用可能抗体中の類似の残基に関して、軽鎖のＰ８、Ｖ９またはＩ９、Ｉ１０またはＬ１０、Ｓ１４、Ｅ１７、Ｑ３８、Ｒ３９、Ｔ４０、Ｎ４１
Ｇ４２、Ｓ４３、Ｐ４４、Ｒ４５、Ｄ８２、Ｉ８３、Ａ８４、Ｄ８５、Ｙ８６、Ｙ８７、Ｇ９９、Ａ１００、Ｇ１０１、Ｔ１０２、Ｋ１０３、Ｌ１０４、Ｅ１０５、Ｋ１０７、Ｒ１４２、Ｓ１６２、Ｖ１６３、Ｔ１６４、Ｅ１６５、Ｑ１６６、Ｄ１６７、Ｓ１６８、またはＹ１７３）および／または１個または複数の重鎖残基（例えば、Ｋａｂａｔナンバリングに基づき、かつセツキシマブ、メディトープ利用可能トラスツズマブ、もしくはメディトープ利用可能Ｍ５Ａ、または他のメディトープ利用可能抗体中の類似の残基に関して、重鎖のＱ６、Ｐ９、Ｒ３８、Ｑ３９、Ｓ４０、Ｐ４１、Ｇ４２、Ｋ４３、Ｇ４４、Ｌ４５、Ｓ８４、Ｄ８６、Ｔ８７、Ａ８８、Ｉ８９、Ｙ９０、Ｙ９１、Ｗ１０３、Ｇ１０４、Ｑ１０５、Ｇ１０６、Ｔ１０７、Ｌ１０８、Ｖ１０９、Ｔ１１０、Ｖ１１１、Ｙ１４７、Ｅ１５０、Ｐ１５１、Ｖ１５２、Ｔ１７３、Ｆ１７４、Ｐ１７５、Ａ１７６、Ｖ１７７、Ｙ１８５、Ｓ１８６、またはＬ１８７）あるいはそれらの組合せが包含され得る。
例えば、一部の態様では、軽鎖のＰ８、Ｖ９またはＩ９、Ｉ１０またはＬ１０、Ｑ３８、Ｒ３９、Ｔ４０、Ｎ４１、Ｇ４２、Ｓ４３、Ｐ４４、Ｒ４５、Ｄ８２、Ｉ８３、Ａ８４、Ｄ８５、Ｙ８６、Ｙ８７、Ｇ９９、Ａ１００、Ｇ１０１、Ｔ１０２、Ｋ１０３、Ｌ１０４、Ｅ１０５、Ｒ１４２、Ｓ１６２、Ｖ１６３、Ｔ１６４、Ｅ１６５、Ｑ１６６、Ｄ１６７、Ｓ１６８、およびＹ１７３のうちの１個もしくは複数および／または重鎖のＱ６、Ｐ９、Ｒ３８、Ｑ３９、Ｓ４０、Ｐ４１、Ｇ４２、Ｋ４３、Ｇ４４、Ｌ４５、Ｓ８４、Ｄ８６、Ｔ８７、Ａ８８、Ｉ８９、Ｙ９０、Ｙ９１、Ｗ１０３、Ｇ１０４、Ｑ１０５、Ｇ１０６、Ｔ１０７、Ｌ１０８、Ｖ１０９、Ｔ１１０、Ｖ１１１、Ｙ１４７、Ｅ１５０、Ｐ１５１、Ｖ１５２、Ｔ１７３、Ｆ１７４、Ｐ１７５、Ａ１７６、Ｖ１７７、Ｙ１８５、Ｓ１８
６、およびＬ１８７のうちの１個もしくは複数（セツキシマブまたは他のメディトープ利用可能抗体中の類似の残基に関して）を変異させる。
メディトープ結合部位内か、またはそれに近接する他の残基を変異させて、メディトープ基がそれを水和させて、高い親和性で結合するようにすることができる。例えば、軽鎖残基のＴｙｒ８７、重鎖残基のＴｙｒ９１、または両方を使用して、メディトープ類似体に由来するアルデヒドまたはボロン含有化合物で水和物を形成することができる。一部の態様では、本明細書の実施例において示されているとおり、メディトープは、抗原結合に影響を及ぼさず、これを、薬物を送達するために、抗体をデイジーチェーン／架橋するために、治療用抗体の効率および／または有効性を上昇させるために、かつ本明細書において記載されているとおりの他の使用方法のうちでも、標的化診断方法、例えば、イメージング方法において使用することができる。したがって、一部の実施形態では、例えば、メディトープに高い親和性で結合することでき、かつ／または１種または複数の変異型メディトープ、メディトープ類似体、および／またはＤＯＴＡもしくはＤＯＴＡ誘導体などの小分子（放射性送達用および／または事前標的化イメージング用）と結合することができるように、提供するメディトープ利用可能抗体のメディトープ結合部位を改変する。
一部の実施形態では、メディトープ結合部位の残基の改変は、体系的な改変によるものである。一部の態様では、全ての部位の変異は、＞２０６、場合によっては＞２０１６の変異組合せを含むであろう。したがって、一部の態様では、抗体における変異がＤＮＡレベルで作成されるライブラリを使用して、所望の変異を効率的に同定する。一態様では、ライブラリは、変異について標的化されている１つまたは複数の位置でそれぞれ個々の天然アミノ酸をまとめて発現する個々のメンバーを含有する。一例では、縮重オリゴヌクレオチドを目的の部位（例えば、本明細書において記載されている部位のうちの任意の１つまたは複数、例えば、重鎖のＩｌｅ８９、Ｔｈｒ８７、Ｌｅｕ１０８、およびＴｈｒ１１０ならびに軽鎖のＬｙｓ１０３およびＧｌｕ１６５）で使用して、ＤＮＡライブラリを作成し、天然に存在するアミノ酸２０種全てをそのメンバーがこれらの部位でまとめてコードするライブラリを生産する。
一部の態様では、アンカー、例えば、ＧＰＩドメインを、ライブラリの抗体メンバーに、例えば抗体（例えば、ＩｇＧ）重鎖のＣ末端にカップリングさせて、発現される抗体の選択を促進する。標準的な方法を使用して、ライブラリをトランスフェクトし、ライブラリのメンバーを発現させることができる。
次いで、１つまたは複数の所望の特徴を有するライブラリの変異型抗体を選択することができる。一部の態様では、例えば、抗原結合に影響を及ぼさない変異について選択するために、ライブラリのメンバーを、抗原に結合するその能力について選択する。一例では、蛍光標識された抗原（例えば、ＨＥＲ２、ＥＧＦＲ、ＩＧＦＲ、ＣＬＴＡ−４など）に結合するライブラリの抗体を発現する細胞を、例えばＦＡＣＳによって選択する（図２０）。一部の態様では（抗原結合選択の後か、またはその代わりに）、ライブラリの抗体を発現する細胞を、特異的なメディトープ、メディトープ類似体、または目的の他の分子（例えば、ＤＯＴＡ）への結合などの他の特徴について選択する。他の例では、２つ以上の特徴について同時に選択する。
ライブラリの選択メンバー、例えば、その抗体を発現する細胞を評価およびキャラクタライズして、例えば、特定の特性の達成について望ましい変異または変異の組合せを決定する。一態様では、分類された細胞をＰＣＲによってキャラクタライズして、メディトープ／類似体／小分子結合を促進または増強するように生じた変異を同定する。
一部の態様では、反復して、例えば、変異、選択、およびキャラクタリゼーションプロ
セスを例えば複数回繰り返して、結合または他の所望の特徴（複数可）を「展開／最適化」することによって、この方法を実施する。
ＩＩ． メディトープ類似体およびフラグメント
また、メディトープ類似体ならびにそのような類似体を同定、生産、およびスクリーニングするための方法を提供する。したがって、一部の実施形態では、他の分子も、メディトープの特徴と類似の機能的特徴で、メディトープ利用可能抗体のメディトープ結合部位に結合する。そのような分子をメディトープ類似体と呼び、それらには、これらに限定されないが、小分子、アプタマー、核酸分子、ペプチボディ、およびメディトープと同じ結合インターフェースに結合し得る任意の他の物質が包含される。一例では、この類似体は、ＤＯＴＡ誘導体である。
一実施形態では、メディトープを模倣する小分子類似体を包含するそのような類似体を同定するためのスクリーニング方法を提供する。そのような方法には、蛍光偏光アッセイ、回折をベースとするフラグメントスクリーニングおよびＮＭＲをベースとするフラグメントスクリーニング、ならびにテザリング動的組合せ法（ｔｅｔｈｅｒｉｎｇ ｄｙｎａｍｉｃ ｃｏｍｂｉｎａｔｏｒｉａｌ ｍｅｔｈｏｄ）が包含される。
他の実施形態では、フラグメントをベースとする創薬手法を使用して、メディトープ、メディトープ結合部位、および／またはメディトープ利用可能抗体にメディトープ結合部位付近で結合するフラグメント、化学基などの小分子を同定する。例えば、Ｅｒｌａｎｓｏｎ、Ｔｏｐ Ｃｕｒｒ Ｃｈｅｍ（２０１２）３１７：１〜３２を参照されたい。一部の例では、同定されたフラグメントをメディトープにカップリングさせて、例えば、メディトープ結合部位とのその親和性または他の相互作用の特性を向上させる。他の例では、これらを伸長し、かつ／または一緒に連結させて、メディトープまたはメディトープ利用可能抗体にカップリングさせるためか、またはメディトープ類似体として使用するための化合物を作成する。フラグメントおよび／またはメディトープ類似体を発見するための方法には、これらに限定されないが、以下のものが包含される。一部の例では、フラグメントは、１００（または約１００）〜１０００（または約１０００）Ｄａである。
蛍光偏光アッセイ
一部の態様では、この方法は、蛍光偏光アッセイおよび／または他の競合をベースとするアッセイを包含する。一例では、メディトープ部位に結合することができ、かつ類似の機能のために使用することができる別の分子を同定するために、例えば、適切な方法（例えば、アミン、スルフヒドリル、カルボキシラート、糖、または他の知られている方法）を使用して、蛍光マーカー（例えば、Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ、ローダミン、フルオレセイン）をメディトープにコンジュゲートし、メディトープ利用可能抗体と相互作用させる。一般に、標識されたメディトープとメディトープ利用可能抗体との間の相互作用は、蛍光タグの蛍光偏光／強度の変化をもたらす。確立されたら、小分子化合物（ＭＷ＜１０００Ｄａ）などの試験化合物（有望な類似体）を加え、例えば、蛍光標識されたメディトープ−抗体複合体と平衡させ、蛍光偏光をモニタリングする。メディトープ−抗体相互作用をブロックする試験化合物は、蛍光偏光特性を改変する。したがって、他の実施形態は、標的送達のために最適化され、使用され得る化合物を同定する方法である。類似体または有望な類似体をスクリーニングし、メディトープをキャラクタライズするために、本明細書において記載されている結晶学または他の方法によって、さらにキャラクタライズすることができる。
回折法
リード化合物を同定するための回折をベースとする方法は、十分に確立されている（Ｓｈｕｋｅｒら、１９９６；Ｅｒｌａｎｓｏｎら、２００１；Ｈｕｇｈｅｓら、２０１１）
。セツキシマブおよび他のメディトープ利用可能Ｆａｂは２．５Å超で回折するので、ある種の実施形態では、この手法を使用して、メディトープにカップリングさせるか、または類似体として使用することができるリード化合物または小分子フラグメントを同定する。例えば、そのような化合物には、次いで一緒に連結して合成メディトープ類似体を形成するフラグメントが包含される。一例では、セツキシマブまたは他のメディトープ利用可能抗体の結晶に吸収される化合物ライブラリを開発している。これらの吸収からの回折データを収集し、データセットを分析する。そのような方法によって、フラグメントの成長および最適化に適したメディトープ利用可能抗体上の追加の部位を同定することができる。
そのフラグメントを成長させて（化学的に誘導体化して）、その結合および特異性を増強することができる。フラグメントを、メディトープに化学的にテザーすることもできる。この化学的カップリングを最適化することによって、メディトープ結合部位に対するメディトープの全体結合親和性をかなり増強することができる。加えて、回折法によって発見された類似体を最適化して、メディトープの代わりに、薬物送達、多価スキャフォールド化、および他の機能のために使用することができる。さらに、軽鎖および重鎖での変異によって、リガンド（メディトープ）の特異性を変えることができ、かつこれらの回折法（蛍光偏光、ＮＭＲスクリーニング、およびファージディスプレイ法を包含）を使用して、別のリガンドを最適化することができる。
ＮＭＲスクリーニング
ＮＭＲを使用して、本明細書において記載されているとおりに最適化して、使用することができる類似体およびフラグメント（例えば、ペプチドフラグメント、非ペプチドベースの小分子）を同定することもできる。一例では、そのようなリード化合物を同定するために、フラグメント、例えば、１５〜２０のフラグメントを含有するプールの一次元（１Ｄ）スペクトルを収集する。一実施形態では、使用されるフラグメントは、非ペプチドベースの小分子である。次いで、メディトープ利用可能抗体を各プールに加えて、第２の１Ｄスペクトルを収集する。メディトープ利用可能抗体に結合（過渡的に）する化合物を迅速な磁化移動に掛けると、強度の低下が生じる。したがって、一部の態様では、メディトープ利用可能抗体の結合前後のスペクトルを比較し、変化したピークを同定することで、相互作用が示される。これらのピークを具体的な化合物に事前に割り当てることができるので、ピークはすぐに分かるか、またはそのプールを細分して、スペクトルを再収集することができる。数ラウンドの後に、化合物の正確なアイデンティティが分かる。これらの実験では、相互作用の正確な位置は分からない。ＮＭＲまたは蛍光偏光アッセイによって、結合部位を決定することができる。別法では、Ｆａｂフラグメントを、ＮＭＲ活性および不活性核（例えば、１３Ｃ、１５Ｎおよび２Ｈ）で標識し、複数回のＮＭＲ実験を行って、スペクトルを割り当て、次いで、結合位置を同定するためにフラグメントライブラリと共に使用することができる。
バーチャルリガンドスクリーニング
バーチャルリガンドスクリーニングは、リードメディトープ類似体、フラグメント、および他の化合物を同定するために使用することができる別の方法である。結晶構造を使用すると、標準的なプログラム（例えば、Ｓｃｈｒｏｅｒｄｉｎｇｅｒ Ｇｌｉｄｅ）が、高分子の部位の周囲の「囲み」（メディトープ結合部位）を定義して、既知のリガンドをこの部位にドッキングさせることができる。有望なリード化合物を、選んだエネルギー関数によってスコアリングし、上位５０〜２００の化合物を購入することができる。本発明者らの当初の研究では、約１００種のリード化合物を同定したが、結晶学を使用して、これらのリード化合物がメディトープ部位に結合することの実証を示さなければならない。
一実施形態では、メディトープまたはメディトープ類似体をスクリーニングする方法を
本明細書では提供する。そのような方法は、これらに限定されないが、推定されるメディトープまたは小分子のライブラリをメディトープ利用可能抗体と接触させるステップと；推定されるメディトープまたは小分子がメディトープ利用可能抗体にフレームワーク結合インターフェースで結合するかどうかを決定するステップと；１種または複数のメディトープまたはメディトープ類似体候補を同定するステップと；１種または複数の候補の結合親和性を決定するステップと；結合解離定数が０．７０μＭ未満である場合に、候補のうちの１種または複数をメディトープまたはメディトープ類似体として同定するステップとを包含し得る。他の状況では、最小解離定数が指定されている、例えば、０．７０μＭであるような低親和性メディトープが望ましい。一部の例では、１０（または約１０）μＭ未満、５（または約５）μＭ未満、もしくは２（または約２）μＭ未満、１（または約１）μＭ未満、５００、４００、３００、２００、１００（または約５００、４００、３００、２００、１００）ｎｍ未満、またはそれら未満の結合定数を示したら、その候補をメディトープまたはその類似体と同定する。場合によっては、本明細書に列挙されている解離定数のうちの任意のものなどの解離定数は、ＳＰＲ、等温滴定熱量測定（ＩＴＣ）、蛍光、蛍光偏光、ＮＭＲ、ＩＲ、熱量滴定；結合平衡除外；円偏光二色性、示差走査熱分析、または他の知られている方法などの特定の技術を使用して測定されるものである。例えば、場合によっては、類似体またはメディトープは、ＳＰＲによって測定した場合に、またはＩＴＣによって測定した場合に、またはこれらの方法のうちの任意の方法によって測定した場合に、１０（または約１０）μＭ未満、５（または約５）μＭ未満、もしくは２（または約２）μＭ未満、１（または約１）μＭ未満、５００、４００、３００、２００、１００（または約５００、４００、３００、２００、１００）ｎｍ未満、またはそれら未満の結合定数を示す。
加えて、新規なフレームワーク結合インターフェースをスクリーニングする方法も提供し、これを、以下の実施例においてさらに記載する。
別の実施形態では、メディトープ類似体を構築する際および／またはその機能を向上させるためにメディトープにカップリングさせる際など、メディトープに関連して有用なフラグメントを同定および最適化するための方法を提供する。また、そのような類似体およびフラグメントおよび化合物を提供する。
実施形態および例示的な実施例に関して本発明を記載したが、記載および例示されているとおりの本発明を、本明細書に開示されているとおりの本発明の意図および範囲から逸脱することなく変更することを、当業者であれば認め得るであろう。実施例は、本発明の理解を促進するために示されているものであって、本発明の範囲をいかなる形でも制限することを意図したものでも、そのように解釈されるべきものでもない。実施例は、従来方法の詳細な説明を含まない。そのような方法は、当業者によく知られており、多くの刊行物において記載されている。さらに、上記および下記の実施例において引用されている参照文献は全てその全体が、本明細書に完全に記載されているかのように、参照によって本明細書に組み込まれる。
［実施例１］メディトープ−抗体ＦＡＢ結晶構造の決定
高い特異性および親和性で、セツキシマブのＦａｂ領域およびＦａｂフラグメントの中央空洞内に結合するメディトープを発見した。これらのメディトープを、セツキシマブＦａｂに結合させ、その構造を結晶学的に決定した。
材料および方法
試薬
セツキシマブＩｇＧを固定化パパイン（Ｐｉｅｒｃｅ）と共に温浸し、続いてプロテインＡおよびサイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）で、Ｓｕｐｅｒｄｅｘ ７５カラム
（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）で逆精製することによって、セツキシマブの抗原結合フラグメント（Ｆａｂ）を得た。セツキシマブの単一鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖＣ２２５）を、軽鎖と重鎖との間の２０アミノ酸リンカーで合成した。ＳｃＦｖＣ２２５および可溶性上皮成長因子受容体ドメインＩＩＩ（ｓＥＧＦＲｄＩＩＩ）を、Ｓｆ９細胞で発現させ、既に記載されているとおりに精製した（Ｄｏｎａｌｄｓｏｎ，Ｊ．Ｍ．、Ｋａｒｉ，Ｃ．、Ｆｒａｇｏｓｏ，Ｒ．Ｃ．、Ｒｏｄｅｃｋ，Ｕ．およびＷｉｌｌｉａｍｓ，Ｊ．Ｃ．、Ｄｅｓｉｇｎ ａｎｄ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ｍａｓｋｅｄ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｔｏ ｌｉｍｉｔ ｏｆｆ−ｔａｒｇｅｔ ｅｆｆｅｃｔｓ： Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｔｏ ａｎｔｉ−ＥＧＦＲ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ． Ｃａｎｃｅｒ Ｂｉｏｌ Ｔｈｅｒ ８（２００９））。
Ｒｉｅｍｅｒ，Ａ．Ｂ．ら、Ｖａｃｃｉｎａｔｉｏｎ ｗｉｔｈ ｃｅｔｕｘｉｍａｂ
ｍｉｍｏｔｏｐｅｓ ａｎｄ ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ ｏｆ ｉｎｄｕｃｅｄ ａｎｔｉ−ｅｐｉｄｅｒｍａｌ ｇｒｏｗｔｈ ｆａｃｔｏｒ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ、Ｊ Ｎａｔｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ ９７、１６６３〜７０（２００５）に記載されているとおりのファージディスプレイバイオパニング実験から単離されたメディトープＣＱＦＤＬＳＴＲＲＬＫＣ（ｃＱＦＤ；配列番号１）およびＣＱＹＮＬＳＳＲＡＬＫＣ（ｃＱＹＮ；配列番号２）をＣｉｔｙ ｏｆ Ｈｏｐｅ
Ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ ａｎｄ Ｐｏｌｙｍｅｒ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ Ｃｏｒｅ Ｆａｃｉｌｉｔｙで合成し、酸化させ、精製した。
結晶化および回折データ
セツキシマブＦａｂ（５ｍｇ／ｍＬ）をｃＱＦＤおよびｃＱＹＮメディトープと１：１０のモル比で混合し、Ｑｉａｇｅｎ ＪＣＳＧ Ｃｏｒｅ Ｓｕｉｔｅｓ（ＩＩＶ）を２０℃で使用して、結晶形成をスクリーニングした。２．２Å超で回折した共結晶を１００ｍＭのリン酸／クエン酸ナトリウム（ｐＨ４．５）、２．５Ｍのリン酸ナトリウム／カリウム、および１．６％ｗ／ｖのメソエリトリトール中で成長させた。結晶を１４％ｗ／ｖのメソエリトリトールを介してウィック処理（ｗｉｃｋｅｄ）し、液体窒素中で急速冷凍した。結晶化試験および当初スクリーニング研究をＣｉｔｙ ｏｆ ＨｏｐｅのＸ線施設内で実施した。回折データをＳｔａｎｆｏｒｄ Ｓｙｎｃｈｒｏｔｒｏｎ Ｒａｄｉａｔｉｏｎ Ｌａｂ（ビームライン９．１および１１．１）で収集した。プログラムＰｈａｓｅｒ（ＭｃＣｏｙ，Ａ．Ｊ．ら、Ｐｈａｓｅｒ ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｉｃ ｓｏｆｔｗａｒｅ．、Ｊ Ａｐｐｌ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ ４０、６５８〜６７４ （２００７））を使用し、セツキシマブ（ｐｄｂ：１ＹＹ８−鎖ＡおよびＢ）のリガンド非結合型構造で（Ｌｉ，Ｓ．ら、Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ ｂａｓｉｓ ｆｏｒ ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｅｐｉｄｅｒｍａｌ ｇｒｏｗｔｈ ｆａｃｔｏｒ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｂｙ ｃｅｔｕｘｉｍａｂ． Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ７、３０１〜１１（２００５））、分子置き換えによって初期位相を決定した。２つのＦａｂを非対称単位にＭａｔｔｈｅｗｓ係数３．２６、溶媒含有率６２．４％で配置した。Ｚスコア（平均値に対する解の標準偏差）は、ローテショナル・サーチでは２７および２５、トランスレーショナル・サーチでは３８および７１であった。第３のＦａｂフラグメントは配置することができなかった（非対称単位格子中のＦａｂ３つで、溶媒４３％で適正なＭａｔｔｈｅｗｓ係数２．１８が生じる）。Ｃｏｏｔ（Ｅｍｓｌｅｙ，Ｐ．およびＣｏｗｔａｎ，Ｋ．Ｃｏｏｔ：ｍｏｄｅｌ−ｂｕｉｌｄｉｎｇ ｔｏｏｌｓ ｆｏｒ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｇｒａｐｈｉｃｓ． Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ Ｄ Ｂｉｏｌ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ ６０、２１２６〜３２（２００４））およびＰｈｅｎｉｘ（Ａｄａｍｓ，Ｐ．Ｄ．ら、ＰＨＥＮＩＸ：ｂｕｉｌｄｉｎｇ ｎｅｗ ｓｏｆｔｗａｒｅ ｆｏｒ ａｕｔｏｍａｔｅｄ ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｉｃ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｄｅｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ． Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ Ｄ Ｂｉｏｌ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ ５８、１９４８〜５４（２００２））を使用して複数回反復し、手動でｃＱ
ＦＤおよびｃＱＹＮメディトープを密度内に構築した。
結晶化および構造決定
上述のとおり、セツキシマブＦａｂを作成および精製し、ｃＱＦＤメディトープ（配列番号１の環式ペプチド）と１：１０の比で混合し、市販のファクトリアル（ｆａｃｔｏｒｉａｌｓ）を使用して、結晶形成をスクリーニングした。２０℃で１日後に、結晶が形成した。これらの結晶の初期回折解析によって、単位格子寸法および空間群は、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄａｔａ Ｂａｎｋに既に寄託されているセツキシマブＦａｂ（１ＹＹ８．ｐｄｂ）（Ｌｉ，Ｓら、Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ ｂａｓｉｓ ｆｏｒ ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｅｐｉｄｅｒｍａｌ ｇｒｏｗｔｈ ｆａｃｔｏｒ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｂｙ ｃｅｔｕｘｉｍａｂ． Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ７、３０１〜１１（２００５））のものと類似していることが示された。寄託された構造中のＣＤＲループが広範な結晶接点を作成しているという観察は、ｃＱＦＤメディトープが結晶中には存在しないということを示唆し得るであろう。しかしながら、分子置換によって構造を解明し、実験で得られたマップを調査することで、メディトープと一致するモデリングされていない電子密度を同定した。初期Ｆｏ−Ｆｃマップは、Ｆａｂフラグメントの中央部分を有望な結合部位として明示している（図１）。Ｆａｂモデルだけを使用する初期ラウンドの精密化の後、メディトープと一致する連続したモデリングされていない密度が観察された。メディトープを密度に構築すると、ＲおよびＲＦｒｅｅが低下した。Ｐｈｅｎｉｘ（Ａｄａｍｓ，Ｐ．Ｄ．ら、ＰＨＥＮＩＸ： ｂｕｉｌｄｉｎｇ ｎｅｗ ｓｏｆｔｗａｒｅ ｆｏｒ ａｕｔｏｍａｔｅｄ ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｉｃ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｄｅｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ． Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ Ｄ Ｂｉｏｌ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ ５８、１９４８〜５４（２００２））を使用する精密化の際に、水分子を付加した。回折データおよび精密化統計値を、以下の表５に示す。
これらの観察と、比較の観点から、メディトープｃＱＹＮ（配列番号２）に結合したセツキシマブＦａｂの結晶を得た。配列番号１のメディトープについてと同様に、明らかなモデリングされていない電子密度が、Ｆａｂの中央部分に観察された。第１の構造を使用して、配列の相違を適宜にモデリングし、複数回ラウンドの精密化を実施した。両方のメディトープの代表的な電子密度マップを図１Ｂに示す。ｃＱＹＮ−Ｆａｂ複合体の回折データおよび精密化統計値も、上記の表５に示す。
［実施例２］セツキシマブＦａｂのメディトープ結合部位のキャラクタリゼーション
セツキシマブのメディトープ結合部位を、下記で検討するとおりキャラクタライズした。このメディトープ結合部位は独自のものであることが実証され、今日までに調査された
免疫グロブリンにおいて、その存在は見出されていなかった。
材料および方法
上記実施例１において記載したものに加え、以下の材料および方法を使用した。
メディトープおよび点突然変異。実施例１に記載のとおり、ＣＱＦＤＬＳＴＲＲＬＫＣ（ｃＱＦＤ；配列番号１）およびＣＱＹＮＬＳＳＲＡＬＫＣ（ｃＱＹＮ；配列番号２）をＣｉｔｙ ｏｆ Ｈｏｐｅ Ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ ａｎｄ Ｐｏｌｙｍｅｒ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ Ｃｏｒｅ Ｆａｃｉｌｉｔｙで合成し、酸化させ、かつ精製した。アラニン点突然変異をｃＱＦＤメディトープ中の残基３（Ｐｈｅ３をＡｌａに）、残基５（Ｌｅｕ５をＡｌａに）、残基８（Ａｒｇ８をＡｌａに）、および残基１０（Ｌｅｕ１０をＡｌａに）に作成し、細菌にＳＭＴ３のＣ末端でこのペプチドをコードさせることによって、変異体を生成した（Ｍｏｓｓｅｓｓｏｖａ，Ｅ．およびＬｉｍａ，Ｃ．Ｄ． Ｕｌｐ１−ＳＵＭＯ ｃｒｙｓｔａｌ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｎｄ ｇｅｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｉｓ ｒｅｖｅａｌ ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ ａｎｄ ａ ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ ｅｌｅｍｅｎｔ ｅｓｓｅｎｔｉａｌ ｆｏｒ ｃｅｌｌ ｇｒｏｗｔｈ ｉｎ ｙｅａｓｔ． Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ ５、８６５〜７６（２０００））。このペプチドをＤＴＴを含まない緩衝液に透析することによって酸化させ、ＳＥＣによって精製することによって、単量体を得た。表面プラスモン共鳴（ＳＰＲ）分析の前に、ユビキチン様プロテアーゼ（Ｕｌｐ１）を試料に加えてペプチドを遊離させた。生合成された変異ペプチドはそれぞれ、ＵＬＰ１切断部位によるＮ末端に追加のセリン残基を含有した。Ｕｌｐ１およびＳＭＴ３は対照として操作したが、これらはセツキシマブＦａｂと相互作用しなかった。
メディトープ−Ｆａｂインターフェースのキャラクタリゼーション
ＳＰＲによるアフィニティー分析を、既に記載されているとおりに（Ｄｏｎａｌｄｓｏｎら、２００９；Ｌｉら、２００５、前出）行った。簡潔には、ｓｃＦｖＣ２２５またはＦａｂＣ２２５（セツキシマブＦａｂ）を、アミン化学を用いてＣＭ５チップ上に固定化した。ペプチドまたはｓＥＧＦＲｄＩＩＩの親和性を２０℃で平衡法によって測定し、式ＲＵ＝［Ｒｍａｘ＊［Ｌ］］／［［Ｌ］＊Ｋｄ］＋Ｒｏｆｆｓｅｔにフィットさせた。Ｓｕｐｅｒｄｅｘ ２００ １０／３００カラム（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ社）を用いてＳＥＣを行った。タンパク質を混合し、室温で２０分間インキュベートし、４℃でカラムに適用した。
ＥＧＦＲを発現するＭＤＡ−ＭＢ−４６８細胞系を使用して、ペプチドメディトープの存在下で、セツキシマブの結合を試験した。標識されたセツキシマブ（ＡＦ４８８、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社）を、６０μＭのｃＱＦＤペプチドの存在下または非存在下、４℃で２０分間加えた。標識されたＭＯＰＳ−２１をアイソタイプ対照として使用した。ＦＡＣＳ Ｃａｌｉｂｕｒ装置（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ社）を用いて細胞の蛍光を決定した。
メディトープ／Ｆａｂインターフェースの解析
メディトープ（配列番号１）とセツキシマブＦａｂとの間の結合部位のインターフェースは、ＩｇＧ Ｆａｂの４つのドメイン全てによって形成されていると決定された（例えば、重鎖および軽鎖の可変ドメイン、軽鎖定常領域、ならびに重鎖ＣＨ１）。ＰＩＳＡサーバーを使用すると、ｃＱＦＤまたはｃＱＹＮメディトープ−Ｆａｂインターフェースの埋没した表面積は、それぞれ９０４（±２８）Å２および７８７（±４２）Å２であり、軽鎖および重鎖にほぼ等しく分布していた。図２、３５、および３６に、メディトープと接触すると決定されたＦａｂの残基およびループを示す。
両方のメディトープ（配列番号１および２）は、セツキシマブＦａｂと複数の水素結合および疎水性接触を成していると決定された。セツキシマブ（マウスキメラＩｇＧ）のアミノ酸配列を、配列番号１および２のメディトープおよびトラスツズマブ（ＥｒｂＢ２に結合するヒト化モノクローナル抗体）を本来は同定したファージディスプレイ実験でアイソタイプ対照として使用したキメラモノクローナルＩｇＧ（ｃｈ１４．１８）とアラインメントさせた（図２Ａを参照されたい）。トラスツズマブＦａｂの構造も、配列番号１のメディトープに結合しているセツキシマブＦａｂの構造に重ね合わせた。図２Ａは、セツキシマブＦａｂ（マウスキメラＩｇＧ）の中央空洞メディトープ結合インターフェース内の残基およびｃｈ１４．１８およびトラスツズマブの間でのアミノ酸の相違を示している。
ヒト化トラスツズマブＦａｂ（１ＮＺ８．ｂｄｂ）をセツキシマブＦａｂに重ね合わせることで、ｃＱＦＤメディトープのＡｒｇ９がマウス可変軽鎖によって作られる独自の空洞に結合することが示された。具体的には、Ｋａｂａｔナンバリングに基づくとセツキシマブのマウス可変軽鎖のＡｓｐ８５、Ｉｌｅ８３、およびＴｈｒ４０は、ｃＱＦＤメディトープのＡｒｇ９残基への結合に関して、重要であることが示された（図２Ｂ）。可変軽鎖のマウスフレームワーク領域内のＡｓｐ８５は、ｃＱＦＤメディトープのＡｒｇ９のグアニジウム基への塩橋を構成していることが示された（ｄＮＥ・・・ＯＤ１＝２．７および２．９ÅおよびｄＮＨ２・・・ＯＤ２＝３．０および３．１Å）。Ａｓｐ８５のカルボキシル基も、ｃＱＦＤメディトープのＬｅｕ１０のバックボーンアミド窒素への水素結合を構成していることが示された（ｄＯＤ２・・・ＨＮ＝２．７および２．８Å）。軽鎖からのＴｈｒ４０のヒドロキシル基も、メディトープＡｒｇ９のグアニジウム基への水素結合を構成していることが示された（両方ともｄｏｇ１・・・ＮＨ１＝３．２Å）。構造を重ね合わせることで、ヒト可変軽鎖配列中に存在するＰｈｅ８３中のフェニル環およびＰｒｏ４０のピロリジン環（それぞれセツキシマブ中では、ＩｌｅおよびＴｈｒに対応）は、ｃＱＦＤメディトープ中のＡｒｇ９の側鎖を立体的に塞ぐように位置していることも示された。
ｃＱＦＤメディトープ中のＡｒｇ９側鎖が、マウスＦａｂ配列とヒトＦａｂ配列との間の相違にマッピングされたが、ｃＱＹＮメディトープはｃＱＦＤメディトープ中のＡｒｇ９と同じ位置にアラニンをコードしており、したがって、ヒトＦａｂに結合する可能性があり得た。軽鎖のＡｓｐ８５へのｃＱＦＤメディトープのＡｒｇ９のグアニジニウム基への水素結合は、ｃＱＹＮメディトープには存在しなかったが、軽鎖のＡｓｐ８５のカルボキシル基は、ｃＱＹＮメディトープのＬｅｕ１０のバックボーンアミド窒素へのその水素結合を保持していることが示された。ｃＱＦＤとｃＱＹＮメディトープとの間の相違およびセツキシマブＦａｂとのそれらの相互作用を決定した。セツキシマブＦａｂ（具体的には重鎖および軽鎖ＦａｂのＣα原子の）に結合しているこれら２種のメディトープ（ｃＱＦＤおよびｃＱＹＮ）の構造を重ね合わせることで、各メディトープの残基Ｐｈｅ／Ｔｙｒ３、Ｌｅｕ５、およびＬｅｕ１０の疎水性側鎖は、ほぼ同じ場所に位置していることが示され、このことは、これらの残基と抗体との相互作用が結合には重要であることを示している（図２Ｂ）。フェニル環は重鎖可変領域の保存Ｇｌｎ３９（Ｋａｂａｔナンバリング）を埋めていることが示され；Ｌｅｕ５側鎖は、重鎖可変領域のＩｌｅ８９およびＬｅｕ１０８（Ｋａｂａｔナンバリング）、さらには、メディトープのＰｈｅ３／Ｔｙｒ３からのフェニル環を埋めていることが示された。メディトープのＬｅｕ１０は、可変軽鎖上に位置している露出ポケットに結合することが示された。
しかしながら、ｃＱＦＤおよびｃＱＹＮペプチドのバックボーン・トレースはかなりずれている。特に、ｃＱＦＤメディトープのＡｒｇ８側鎖構造は伸長されており、Ｆａｂ重鎖のＧｌｎ１０５のバックボーン・カルボニルと強力なバックボーン水素結合を構成している（ｄＮＨ１ ・・・Ｏ＝Ｃ＝２．６および２．８；ｄＮＨ２ ・・・Ｏ＝Ｃ＝２．８
および２．９Å）。しかしながら、ｃＱＹＮペプチドのＴｙｒ３のヒドロキシル基は立体的にＡｒｇ８側鎖に干渉し（図２Ｂ）、ｃＱＹＮメディトープのＡｒｇ８と重鎖のＡｓｎ１０５との間の相互作用をブロックする。この観察と一致して、ｃＱＹＮ複合体中のＡｒｇ８側鎖は両方とも、電子密度マップ中で不明瞭であり、少なくとも２つの異なる回転体をとる（非対称単位中に２つのＦａｂ−メディトープ複合体が存在する）。この変化に伴って、バックボーン水素結合パターンのシフトが観察された。ｃＱＦＤメディトープ中のＴｈｒ７のアミドカルボニルは、セツキシマブＦａｂ軽鎖中のアミドＡｓｎ４１と水素結合を構成する（ｄＮ−Ｈ・・・Ｏ＝Ｃ＝２．７および２．８Å）。この水素結合は、ｃＱＹＮペプチドではＡｓｎ４１のバックボーンのアミドでＡｒｇ８バックボーンのカルボニルにシフトする（ｄＣ＝Ｏ・・・Ｈ−Ｎ＝３．０および３．１Å）。
この重ね合わせによって、ヒト軽鎖配列中のＰｒｏ４０およびＧｌｙ４１をセツキシマブ軽鎖中のＴｈｒおよびＡｓｎに変えることで、立体的な制約が除去され、メディトープと水素結合を形成するためのポイントが追加で２つ得られることが示された。ｃＱＦＤメディトープ−セツキシマブＦａｂ構造において、Ｆａｂ Ａｓｎ４１のアミド窒素は、メディトープのＴｈｒ７のカルボニルと相互作用することが示され（ｄＮ−Ｈ・・・Ｏ＝Ｃ＝２．７および２．８Å）、かつＦａｂ Ａｓｎ４１の側鎖アミドは、メディトープのＳｅｒ６のカルボニルと相互作用することが示された（ｄＮＤ２・・・Ｏ＝Ｃ＝３．２および３．２Å）。ｃＱＹＮメディトープ−セツキシマブＦａｂ構造において、バックボーンのシフトは、水素結合パターンのシフトをもたらしている。Ｆａｂ Ａｓｎ４１のアミド窒素は、ｃＱＹＮのＡｒｇ８のカルボニルと相互作用するが（ｄＮ−Ｈ・・・Ｏ＝Ｃ＝３．０および３．１Å）、Ｆａｂ Ａｓｎ４１との側鎖相互作用は失われている。
これらの結果に加えて、トラスツズマブ（１Ｎ８Ｚ；Ｃｈｏら、Ｎａｔｕｒｅ、「Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｏｆ ｔｈｅ ｅｘｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒ ｒｅｇｉｏｎ ｏｆ ＨＥＲ２ ａｌｏｎｅ ａｎｄ ｉｎ ｃｏｍｐｌｅｘ ｗｉｔｈ ｔｈｅ Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ Ｆａｂ」、２００３年２月１３日；４２１（６９２４）：７５６〜６０）およびリツキシマブ（２ＯＳＬ；Ｄｕら、Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ、２００７年５月１８日；２８２（２０）：１５０７３〜８０。Ｅｐｕｂ ２００７年３月２９日）Ｆａｂの分子構造を、セツキシマブＦａｂ構造に結合しているメディトープに重ね合わせることで、フレームワークの独自性がさらに強調された。
まとめると、これらの結果は、セツキシマブおよび対照ＩｇＧのフレームワーク領域における相違（ＣＤＲにおける相違とは異なり）がＦａｂの中央空洞に対するメディトープ選別の原因である（すなわち、セツキシマブおよびファージディスプレイ対照抗体は、ＣＤＲ以外の領域において異なる）ことを示唆している。
メディトープはＦａｂに大きなコンフォメーション変化をもたらさない
メディトープ−セツキシマブＦａｂインターフェースの位置に基づいて、メディトープが非ライゲート構造および／またはライゲート構造に対するＩｇＧドメインの相対配向を妨害するか否かを決定した。初めに、両方のメディトープ複合体の非対称単位格子内の軽鎖および重鎖を比較し、次いで、各鎖を非ライゲート構造およびＥＧＦＲライゲート構造と比較した。いずれのメディトープに結合した軽鎖の可変ドメインも、本質的にセツキシマブのリガンド非結合型構造と同一であった（ｒ．ｍ．ｓ．ｄ．平均：ｃＱＦＤ，０．２３１±０．０１４Å；ｃＱＹＮ，０．１８±０．０１Å）。しかしながら、重鎖の可変ドメインは、より大きな相違性を示した（ｒ．ｍ．ｓ．ｄ．平均：ｃＱＦＤ，０．８５±０．０１Å；ｃＱＹＮ，０．８８±０．０１Å）。この相違は主に、フレームワーク領域２（残基３９〜４６）の位置に起因するものであり、これは、この領域中の残基を欠失させて、ｒ．ｍ．ｓ．ｄ．を再計算すると、かなり低い値となるためである（ｃＱＦＤ、０．１８±０．０１Å；ｃＱＹＮ，０．３１±０．０１Å）（図６）。加えて、この領域がＦ
ａｂ Ｃ２２５−ＥＧＦＲ（セツキシマブＦａｂ−抗原）共結晶構造中では置き換えられたことが示され、かつその相対Ｂ因子値は、これがフレキシブルであることを示唆した（図６）。最終的に、メディトープの存在は、ＥＧＦＲ結合型または非結合型構造に関してＣＤＲ構造に有意な変化を与えなかった。ＥＧＦＲ−リガンド結合型構造の重鎖ＣＤＲループ３中のＴｙｒ９８のバックボーンは、いずれのメディトープに結合したＦａｂ構造と比較しても反転していることが示され、この反転は、リガンド非結合型セツキシマブＦａｂ構造でも観察される（Ｌｉら、２００５、前出）。
メディトープ残基の抗体結合への寄与
ｃＱＦＤメディトープ−Ｆａｂ複合体の構造、さらにはｃＱＹＮおよびｃＱＦＤの配列同一性に基づき、いくつかの点突然変異をｃＱＦＤメディトープ中に作成し（Ｐｈｅ３→Ａｌａ、Ｌｅｕ５→Ａｌａ、Ａｒｇ８→Ａｌａ、およびＬｅｕ１０→Ａｌａ）、メディトープの全体結合親和性に対するこれらの残基の役割をキャラクタライズした。結合親和性を評価するために、標準的なアミン化学を用いてセツキシマブＦａｂフラグメントをＣＭ５チップにカップリングさせ、表面プラスモン共鳴（ＳＰＲ）を使用して、様々なメディトープの結合特性を測定した。セツキシマブＦａｂに対する合成ｃＱＦＤおよびｃＱＹＮメディトープの親和性はそれぞれ、９５０±３０ｎＭおよび３．５±０．１μＭであると測定された（ｎ＝３）。結合反応速度も測定した（図３）。二分子相互作用としてモデリングした場合の会合定数は、ｃＱＦＤおよびｃＱＹＮでそれぞれ４．２（±０．１）×１０４Ｍ−１ｓ−１および１．８（±０．１）×１０４Ｍ−１ｓ−１であった。解離定数は、ｃＱＦＤおよびｃＱＹＮでそれぞれ２．５（±０．１）×１０−２ｓ−１および８．６（±０．１）×１０−２ｓ−１であった。これらの測定値に基づくＫＤ値（ｃＱＦＤで４３０（±３０）ｎＭおよびｃＱＹＮで３．５（±０．１）μΜ）は、平衡測定とほぼ一致する。
次いで、各変異型ｃＱＦＤメディトープの親和性を測定した。点突然変異型および野生型ｃＱＦＤメディトープを、ＳＭＴ３のＣ末端融合体として作成し、Ｕｌｐ１で開裂した後、分析した。生物学的に生成した野生型ｃＱＦＤメディトープは、合成ｃＱＦＤと同様に、７７０ｎＭの親和性で結合したが、Ｐｈｅ３→Ａｌａ、Ｌｅｕ５→Ａｌａ、およびＡｒｇ８→Ａｌａ変異によって、セツキシマブＦａｂに対する親和性が著しく低下した（以下の表６）。特に、Ａｒｇ８→Ａｌａ変異では、結合親和性が約１８３倍に低下した。
表６において、ＷＴ＝ｃＱＦＤ（配列番号１）、Ｆ３Ａ＝配列番号２６（システインの前に追加のセリンを含む）、Ｌ５Ａ＝配列番号２７（システインの前に追加のセリンを含む）、Ｒ８Ａ＝配列番号２８（システインの前に追加のセリンを含む）、およびＬ１０Ａ＝配列番号２９（システインの前に追加のセリンを含む）。
最終的に、ヒト化治療用モノクローナル抗体、トラスツズマブのＦａｂをＣＭ５チップにカップリングさせて、ヒト・フレームワークに対するｃＱＦＤおよびｃＱＹＮメディトープの親和性をキャラクタライズした。平衡測定により、これら両方のメディトープの解離定数が１５０μＭを超えることが明らかになった。
［実施例３］ＣＤＲ以外の領域へのメディトープの結合
材料および方法
メディトープ利用可能抗体（セツキシマブ）へのメディトープｃＱＦＤおよびｃＱＹＮなどの結合は、抗原に結合するその抗体の能力に影響を及ぼさないことが実証されたが、このことは、メディトープ利用可能抗体が抗原およびメディトープに同時に結合し得ることを意味している。
上記の実施例１および２に記載された材料および方法に加えて、以下の材料および方法を使用した。
試薬。上記のとおり、軽鎖および重鎖の間の２０アミノ酸リンカーを用いて、セツキシマブの単一鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖＣ２２５）を合成した。ＳｃＦｖＣ２２５および可溶性上皮成長因子受容体ドメインＩＩＩ（ｓＥＧＦＲｄＩＩＩ）をＳｆ９細胞で発現させ、既に記載されているとおりに精製した（Ｄｏｎａｌｄｓｏｎら、２００９）。
メディトープおよび点突然変異。上記のとおり、ＣＱＦＤＬＳＴＲＲＬＫＣ（ｃＱＦＤ；配列番号１）およびＣＱＹＮＬＳＳＲＡＬＫＣ（ｃＱＹＮ；配列番号２）をシステインの酸化を介して環化させて、ジスルフィド結合を作り、Ｃｉｔｙ ｏｆ Ｈｏｐｅ Ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ ａｎｄ Ｐｏｌｙｍｅｒ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ Ｃｏｒｅ Ｆａｃｉｌｉｔｙで精製した。アラニン点突然変異をｃＱＦＤメディトープ中の残基３（Ｐｈｅ３をＡｌａに）、残基５（Ｌｅｕ５をＡｌａに）、残基８（Ａｒｇ８をＡｌａに）、および残基１０（Ｌｅｕ１０をＡｌａに）に作成し、細菌にＳＭＴ３のＣ末端でこのペプチドをコードさせることによって生成した（Ｍｏｓｓｅｓｓｏｖａら、２０００）。表面プラスモン共鳴（ＳＰＲ）分析の前に、ユビキチン様プロテアーゼ（Ｕｌｐ１）を試料に加えてペプチドを遊離させた。Ｎ末端セリン残基は、プロテアーゼ切断部位の残遺物として残った。
ＦａｂへのＥＧＦＲおよびメディトープの同時結合
セツキシマブＦａｂを、ｓＥＧＦＲｄＩＩＩおよびｃＱＦＤと共にインキュベートし、分析用ＳＥＣカラムに適用した。１３．９ｍＬにピークが観察されたが、このことは、こ
れら３つの成分の間でヘテロ三量体複合体が形成したことを示している。このピークの非還元ＳＤＳ−ＰＡＧＥにより、３つの成分全ての存在が示された（図４Ｂ）。比較すると、個々の成分は、１５．２ｍＬ（Ｆａｂ Ｃ２２５）、１５．６ｍＬ（ｓＥＧＦＲｄＩＩＩ）、および１６．３ｍＬ（ＳＭＴ−ＣＱＦＤＬＳＴＲＲＬＫＣ；配列番号１）で溶出された。この結果は、メディトープおよびＥＧＦＲがセツキシマブに同時に結合し得たことを示しており、このことは、このメディトープ結合が、セツキシマブによる抗原結合を塞がなかったことを示している。
加えて、Ｆｏｒｓｔｅｒ共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）測定を使用して、メディトープがセツキシマブによる抗原結合に影響を及ぼさないことを確認した。Ａｌｅｘｆｌｕｏｒ ４８８で標識されたセツキシマブＦａｂから放出される蛍光シグナルは、Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ ５５５標識されたｓＥＧＦＲｄＩＩＩが結合すると消滅した。標識されたｓＥＧＦＲｄＩＩＩで標識されたセツキシマブを滴定すると、２０ｎＭの結合定数が得られたが、これは、ＳＰＲを使用して観察される値と本質的に同じ値であった（データは図示せず）。アロステリーについて試験するために、標識されたセツキシマブＦａｂを、５〜１０００ｎＭの範囲の濃度のｓＥＧＦＲｄＩＩＩと共に、ｃＱＦＤメディトープ（６６μＭ）の存在下でインキュベートした。実験を三重に行った。ＳＥＣ研究と同様に、Ｆａｂ−ｓＥＧＦＲｄＩＩＩ相互作用の結合定数に実質的な変化は観察されなかった。
まとめると、これらの生化学的研究によって、メディトープ−Ｆａｂ相互作用は、抗原結合に実質的な影響を及ぼさないことが示されている。これらの観察は、Ｆａｂへの抗原結合に影響を及ぼすことなく、Ｆａｂフレームワーク領域にも結合するプロテインＬおよびプロテインＡでの結果と同様である。
ｃＱＦＤメディトープは、セツキシマブのＣＤＲループに結合しない
メディトープがＣＤＲに結合しないことをさらに確認するために、ｃＱＦＤメディトープとセツキシマブのｓｃＦｖフラグメントとの間の結合を評価した。ｓｃＦｖでは、ＣＤＲループは無傷のままであるが、Ｆａｂ可変ドメインは短鎖ペプチドリンカーを介して直接結合しており、Ｆａｂ定常ドメインは除去されている。言い換えると、ｓｃＦｖではメディトープ結合ポケットの多くが除去されており、ＣＤＲは最小限の影響しか受けていない。ＳＰＲは、ＥＧＦＲドメインＩＩＩおよびｃＱＦＤメディトープがＣＭ５チップにテザーされたセツキシマブＦａｂに結合することを実証した（図４Ｄを参照されたい）。加えて、ＥＧＦＲドメインＩＩＩは、第２のＣＭ５チップにテザーされたｓｃＦｖに、最小限の親和性の低下で結合した。しかしながら、Ｆａｂ結合に比較して、ｃＱＦＤメディトープは、１００μＭという高濃度のメディトープでもｓｃＦｖを飽和しなかった。これは、ＣＤＲに対するメディトープの親和性が（あったとしても）最小限であることを示しており、結晶学的研究と一致している。
ｃＱＦＤメディトープ結合はセツキシマブのＥＧＦＲ発現細胞への結合に影響を与えない
上記のとおり、セツキシマブＦａｂは、ｃＱＦＤメディトープおよびＥＧＦＲドメインＩＩＩに同時に結合し得た。さらに、このメディトープは、セツキシマブ（全長ＩｇＧ）のＥＧＦＲ発現細胞への結合に影響を及ぼさないことが示された。ＦＡＣＳ分析を使用して、メディトープ濃度を関数として、ＩｇＧのＭＤＡ ＭＢ−４６８細胞（ＥＧＦＲを過剰発現する）への結合を追跡した。細胞を、漸増濃度のｃＱＦＤメディトープの存在下でセツキシマブと共にインキュベートした。６０μＭを超えるメディトープ濃度でも、セツキシマブの細胞への結合に有意な変化は観察されなかった。この観察は上記のＳＥＣ研究と一致しており、メディトープが抗原結合のアロステリック調節剤として作用しないことを示している。
ＥＧＦＲドメインＩＩＩおよびメディトープがＦａｂに同時に結合していることが、メ
ディトープのＫＤより有意に高い濃度で示されている。ｃＱＦＤおよびｃＱＹＮメディトープと同様に、スーパー抗原ＳｐＡおよびＰｐＬはＦａｂフレームワーク領域に結合し、抗原結合に影響を与えない（Ｇｒａｉｌｌｅ，Ｍ．ら、Ｃｒｙｓｔａｌ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｏｆ ａ Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ａ ｄｏｍａｉｎ ｃｏｍｐｌｅｘｅｄ ｗｉｔｈ ｔｈｅ Ｆａｂ ｆｒａｇｍｅｎｔ ｏｆ ａ ｈｕｍａｎ ＩｇＭ ａｎｔｉｂｏｄｙ：ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ ｂａｓｉｓ ｆｏｒ ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ ｏｆ Ｂ−ｃｅｌｌ ｒｅｃｅｐｔｏｒｓ ａｎｄ ｓｕｐｅｒａｎｔｉｇｅｎ ａｃｔｉｖｉｔｙ． Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ ９７、５３９９〜４０４（２０００））；Ｇｒａｉｌｌｅ，Ｍ．ら、Ｃｏｍｐｌｅｘ ｂｅｔｗｅｅｎ Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｍａｇｎｕｓ
Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｌ ａｎｄ ａ ｈｕｍａｎ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｒｅｖｅａｌｓ ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ ｃｏｎｖｅｒｇｅｎｃｅ ｉｎ ｔｈｅ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ ｍｏｄｅｓ ｏｆ Ｆａｂ ｂｉｎｄｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎｓ． Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ９、６７９〜８７（２００１）；Ｙｏｕｎｇ，Ｗ．Ｗ．，Ｊｒ．、Ｔａｍｕｒａ，Ｙ．、Ｗｏｌｏｃｋ，Ｄ．Ｍ．およびＦｏｘ，Ｊ．Ｗ．、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｌ
Ｐｒｏｔｅｉｎ Ａ ｂｉｎｄｉｎｇ ｔｏ ｔｈｅ Ｆａｂ ｆｒａｇｍｅｎｔｓ ｏｆ ｍｏｕｓｅ ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ． Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ １３３、３１６３〜６（１９８４）；Ｇｒａｉｌｌｅ，Ｍ．ら、Ｅｖｉｄｅｎｃｅ ｆｏｒ ｐｌａｓｔｉｃｉｔｙ ａｎｄ ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ ｍｉｍｉｃｒｙ ａｔ
ｔｈｅ ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ ｌｉｇｈｔ ｃｈａｉｎ−Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｌ ｉｎｔｅｒｆａｃｅ． Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２７７、４７５００〜６（２００２）を参照されたい）。
他のＦａｂ結合タンパク質との関連でのメディトープ結合
Ｆａｂ上のメディトープ結合部位は、Ｆａｂのフレームワーク領域に結合する他のタンパク質のものとは別である。例えば、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓから単離されたプロテインＡのドメインＤは、ヒトＩｇＧの重鎖（ＶＨ）のフレームワークに結合し；Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｍａｇｎｕｓから単離されたプロテインＬのＢ１ドメインは、ヒトＩｇＧのκ軽鎖（ＶＬ）のフレームワーク領域に結合し；かつＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｌ株から単離されたプロテインＧのドメインＩＩは、ヒトＩｇＧの重鎖（ＶＣ）のフレームワークに結合する。インターフェースが、溶媒に曝露される単一Ｆａｂドメインに主に限られるこれらの相互作用とは異なり、メディトープ−Ｆａｂインターフェースは、４つのドメイン全て（例えば、重鎖および軽鎖の可変および定常ドメイン）によって形成されることが示された。
ｃＱＦＤおよびｃＱＹＮメディトープ−セツキシマブＦａｂインターフェースの埋没した表面積は、それぞれ９０４（±２８）Å２および７８７（±４２）Å２であり、軽鎖および重鎖におおむね等しく分布していることが示された。これらの値は、それらのＦａｂドメインに結合するプロテインＡ、Ｌ、およびＧドメインのインターフェースでの値：それぞれ５８０Å２（１ＤＥＥ．ｐｄｂ）、７１４Å２（１ＨＥＺ．ｐｄｂ）、および５１８Å２（１ＱＫＺ．ｐｄｂ）とほぼ同様である。Ｆａｂの可変領域とプロテインＬとの間には、６４６Å２を埋没させる２つの独自のインターフェースが存在し、Ｆａｂの定常領域とプロテインＧとの間には、１８４Å２を埋没させる軽微な相互作用が存在する。
立体マスク
メディトープを、マウスキメラ化またはメディトープ利用可能ヒトｍＡｂの軽鎖または重鎖Ｎ末端いずれかのＮ末端に、フレキシブルなリンカーを介してテザーすることができる（図１１）。ｍＡｂ ＩｇＧのＮ末端は抗原結合部位と並列しており、フレキシブル・リンカーを介するＮ末端からの伸長によって抗原結合は立体的に妨害される。リンカー内に腫瘍特異的プロテアーゼ部位（例えば、ＭＭＰ９、ＭＭＰ１４、前立腺特異的抗原（Ｐ
ＳＡ）セリンプロテアーゼ、または他の好適な部位）をコードさせることによって、分子内「マスキングされた」ＩｇＧコンストラクトの立体的な制約が腫瘍部位で切断され、抗体結合が可能となる。この設計原理では、分子内「マスキングされた」ＩｇＧの正常組織への結合が回避され、オフターゲット結合による有害な副作用が回避される。セツキシマブ上のアビジン−ペプチドマスクのオフレート決定は、多価メディトープが一価メディトープより高い親和性で結合するが、マスキングはしないことを示した。
［実施例４］メディトープ利用可能抗体の作成
構造情報に基づき、追加のメディトープ利用可能抗体を作成した。
Ａ．変異によるメディトープ利用可能トラスツズマブの作成
トラスツズマブを変異させることによって、メディトープ利用可能ＨＥＲ２結合抗体を作成した。セツキシマブのものと比較した場合の、ヒトＩｇＧ（トラスツズマブ−１Ｎ８Ｚ．ｐｄｂ）の重鎖および軽鎖可変領域フレームワーク領域の間での配列の相違を、ｃＱＦＤメディトープに結合しているセツキシマブＦａｂの結晶構造上にマッピングした。セツキシマブ中のメディトープ結合部位をライニングしている残基に対応するヒトフレームワーク中の残基を変異させて、セツキシマブ中に存在する対応する残基を含有するようにした；加えて、Ｋａｂａｔナンバリングに従うと軽鎖のＳ９およびＳ１０をそれぞれイソロイシンおよびロイシンに変異させた。図２３Ａおよび２３Ｃは、変異型（メディトープ利用可能）トラスツズマブの重鎖（配列番号５）および軽鎖（配列番号８）の一部の核酸配列をそれぞれ示している。図２３Ｂおよび２３Ｄは、メディトープ利用可能トラスツズマブの重鎖（配列番号６）および軽鎖（配列番号９）の一部のアミノ酸配列をそれぞれ示している。図２３Ｂおよび２３Ｄは、これらのアミノ酸配列と、野生型トラスツズマブの重鎖および軽鎖の一部のアミノ酸配列（それぞれ配列番号７および配列番号１０）との比較も示している。
標準的な方法を使用して、この変異型メディトープ利用可能トラスツズマブの重鎖および軽鎖をコードする核酸を合成し、哺乳類発現のための標準的なベクターにサブクローニングした。標準的な方法を使用してメディトープ利用可能トラスツズマブＩｇＧを精製し、ＨＥＲ２およびｃＱＦＤメディトープに結合する能力についてキャラクタライズした。
メディトープ利用可能トラスツズマブは抗原およびメディトープに結合し、かつ野生型トラスツズマブと区別不可能なＰＫ／ＰＤ特性を有する
抗原結合をキャラクタライズするための研究の一つにおいて、標準的なプロトコルを使用して、野生型トラスツズマブおよびメディトープ利用可能トラスツズマブをＡｌｅｘａ
６４７で標識した。同じプロトコルを使用して、ｃＱＦＤ（配列番号１）メディトープ−Ｆｃ融合タンパク質（実施例７に記載されていて、図１５および１６に示されているとおりに生成）をＡｌｅｘａ４８８で標識した。メディトープ−Ｆｃが、メディトープ利用可能トラスツズマブには結合し、野生型トラスツズマブには結合しないことを示すために、ＨＥＲ２を過剰発現するＳＫＢＲ３細胞（０．５×１０６）を、標識された野生型およびメディトープ利用可能トラスツズマブと共に３０分間インキュベートした。未結合の抗体を洗い出し、その細胞をメディトープ−Ｆｃコンストラクトと共に３０分間インキュベートした。抗体結合およびメディトープ結合をＦＡＣＳ分析によって分析した。ＦＡＣＳデータによって、メディトープ利用可能トラスツズマブは、ＳＫＢＲ３細胞で発現されるＨＥＲ２に結合すること（例えば、そのメディトープ部位は、抗原特異性を低下させることなく、抗体上にグラフト化され得る）（図２２Ａ）、およびメディトープ−Ｆｃは、メディトープ利用可能トラスツズマブには結合するが、野生型トラスツズマブには結合しないこと（図２２Ｂ）が実証された。
別の研究では、標準的なプロトコルを使用して、野生型およびメディトープ利用可能ト
ラスツズマブをＡｌｅｘａｆｌｕｏｒ ４８８で標識した。ＳＫＢＲ３細胞（０．５×１０６）をトリプシン処理し、０．１％のＢＳＡで１回洗浄し、１、１０、または１００ｎＭの野生型またはメディトープ利用可能トラスツズマブと共に３０分間インキュベートした。未結合の抗体を２回洗浄し、フローサイトメトリーによって解析した。結果を図４３に示すが、これは、メディトープ利用可能トラスツズマブが、野生型トラスツズマブと同様の、抗原発現細胞に対する同様の親和性を有したことを実証している。
別の研究では、同じ標準的なプロトコルを使用して、ｃＱＦＤ（配列番号１）メディトープ−プロテインＬ融合タンパク質（ＭＰＬ）をＡｌｅｘａｆｌｕｏｒ ６４７で標識した。ＳＫＢＲ３細胞をトリプシン処理し、０．１％のＢＳＡで洗浄し、次いで、野生型トラスツズマブ（ＷＴ Ｔ）またはメディトープ利用可能トラスツズマブ（ＴＭ）に予め結合させた（３０分間のインキュベーションによって）。次いで、細胞を洗浄し、続いて、０．１μＭまたは１μＭのＭＰＬ（右側）と共にさらに３０分間インキュベートした。細胞を２回洗浄し、フローサイトメトリー（ＦＡＣＳ）によって分析した。抗体に事前結合させていない細胞（ＭＰＬ（ＷＴ）単独）を陰性対照として使用した。結果を図４４に示す。ヒストグラムによって、メディトープ−プロテインＬ融合タンパク質に、メディトープ利用可能トラスツズマブに結合している細胞は結合するが、未結合の細胞または野生型トラスツズマブに結合している細胞は結合しなかったことが実証されている。ドットプロットは、ＭＰＬのみの対照に対する各象限での細胞のパーセンテージを示している。
図４５において示されているとおり、プロテインＬ中のリシン１個を除いて全て、Ａｒｇ／Ａｓｎ残基に変異させたメディトープ−プロテインＬ（ＭＰＬ−５Ｋ）を使用して、同じ結果が得られた。
これらのデータによって、メディトープ利用可能トラスツズマブは、野生型抗体と同じ程度まで、抗原に結合することができること、およびメディトープ利用可能トラスツズマブ（野生型トラスツズマブではない）は、メディトープに結合することが実証されている。したがって、これらのデータによって、この抗体のメディトープ結合部位へのメディトープの結合は、この研究においては抗原結合に影響を及ぼさなかったことが確認され、これは、三者相互作用を実証している。
図５０（上段のパネル）には、セツキシマブに結合しているメディトープ１８（配列番号１８、表３に示されている；５位にβ，β’−ジフェニルアラニンを有する）（濃灰色棒）、メディトープ利用可能トラスツズマブに結合している同じメディトープ（１８）（白色の棒）、および野生型トラスツズマブ（輪郭線）の構造の棒モデルによる表示が重ね合わされて示されている。下段のパネルには、野生型およびメディトープ利用可能トラスツズマブを比較するリボンモデルによるイラストが示されている。結果は、メディトープとの結合に重要な残基の位置は、セツキシマブおよびメディトープ利用可能トラスツズマブでほぼ同じ位置にあることを実証している。図５０の右側のパネルには、野生型およびメディトープ利用可能トラスツズマブのリボンモデルによるイラストを示しており、これは、構造の相違が小さいことを実証している。
同様に、図５１の上段左側のパネルには、トラスツズマブと、棒モデルによって示されているメディトープ利用可能抗体においてメディトープ結合に関与している一定の残基を含むトラスツズマブｍｅｍＡｂ（標識された「メディトープ利用可能Ｍｅｍａｂ」）の構造の重ね合わせが示されている。上段右側のパネルには、標識された同じ残基を有するメディトープ利用可能トラスツズマブ（ｍｅｍＡｂ）およびセツキシマブの構造の重ね合わせが示されている。示されているとおり、Ｉｌｅ８３が個々の構造において２種の回転異性体の形をとるが、これは、メディトープが結合しているメディトープ利用可能トラスツズマブの結晶構造において、セツキシマブで観察されるのと同じ回転異性体を仮定すれば
、問題にならないと決定された。下段のパネルは、重ね合わせた３つの構造全ての「イラスト／リボンダイアグラム」図であり、全体に有意な相違がないことが実証されている。ＣＤＲループにおいて多少の相違が観察されたが、これは、予期されたとおりである（これらの抗体が異なる抗原に結合することによる）。
加えて、動物研究によって、メディトープ利用可能トラスツズマブおよび野生型トラスツズマブの生体内分布は区別不可能であったことが示された。
これらのデータは、セツキシマブのメディトープ結合インターフェース内のものに対応するように残基を変異させることによって、他の機能は保持しつつ、抗体を有効にメディトープ利用可能化し得ることを実証している。
メディトープと逐次的に接触させるか、または事前混合させるかにかかわらず、メディトープ利用可能トラスツズマブはメディトープおよび抗原に結合する
他の研究によって、細胞を抗体と事前に結合させたか（逐次的）、または事前に形成させたメディトープ−抗体複合体（事前混合）を細胞に適用したかにかかわらず、同様の効率で、メディトープはメディトープ利用可能トラスツズマブに結合することが実証された。結果を図４６に示す。この研究では、ＳＫＢＲ３細胞をトリプシン処理し、０．１％のＢＳＡで１回洗浄し、次いで、１０ｎＭのメディトープ利用可能トラスツズマブ（ＴＭ）と共に３０分間インキュベートし、洗浄し、次いで、４、２０、または１００ｎＭのＭＰＬ（左側のパネル）と共にさらに３０分間インキュベートした。別法では、１０ｎＭのＴＭを４、２０、または１００ｎＭのＭＰＬと共に氷上で３０分間事前に混合し、続いて、その混合物を細胞に１時間適用した（右側のパネル）。細胞を２回洗浄し、ＦＡＣＳによって分析した。無処置対照に対するＭＰＬ陽性細胞のパーセンテージを、説明文中に示す。
Ｂ． ＣＤＲグラフト化によるメディトープ利用可能ＨＥＲ２結合抗体の作成
トラスツズマブのＣＤＲをセツキシマブ上にグラフト化することによって、メディトープ利用可能ＨＥＲ２結合抗体を作成した。
トラスツズマブの重鎖の核酸およびアミノ酸配列を図２５Ａ（それぞれ配列番号１１および１２）に、シグナル配列および他の配列と共に示す。トラスツズマブの軽鎖の核酸およびアミノ酸配列を図２５Ｂ（それぞれ配列番号１３および１４）に、シグナル配列および他の配列と共に示す。
ｍＡｂのＣＤＲループの「境界」は、一般には配列相同性構造方法によって明確に定義されているが、トラスツズマブの結晶構造をセツキシマブに重ね合わせ、各残基の位置を、ＣＤＲループの立体配座に対して二次的な作用を有し得るＣＤＲループの外側にあり得る相違に対処するように調査し；この情報に基づき、ＣＤＲを修飾すること以外の追加の修飾を行う。トラスツズマブ様ＣＤＲをセツキシマブ様フレームワーク上に含有するように設計された抗体の軽鎖および重鎖のアミノ酸配列をＤＮＡ配列に翻訳し、それぞれをコードする遺伝子を合成した。その結果生じた、セツキシマブ様フレームワーク上にグラフト化されたトラスツズマブ様ＣＤＲを含有する抗体の重鎖および軽鎖のアミノ酸および核酸配列を図４７に示す。具体的には、図４７Ａには、ＣＤＲグラフト化メディトープ利用可能トラスツズマブ（セツキシマブ様フレームワーク上にグラフト化されたトラスツズマブ様ＣＤＲを有する）の軽鎖核酸配列（配列番号６０）および軽鎖アミノ酸配列（配列番号６１）が、シグナル配列および網掛けされた他の残基と共に示されている。図４７Ｂには、この抗体の重鎖核酸（配列番号６２）および重鎖アミノ酸（配列番号６３）が示されている。
次いで、遺伝子をインフレームで、残りのＩｇＧ ＤＮＡ配列にサブクローニングし、ＤＮＡ塩基配列決定によって確認し、かつ個々の発現ベクターに入れた。生じた発現ベクターをＮＳ０細胞にトランスフェクトして、重鎖および軽鎖を同時発現させた。発現された全長ＣＤＲグラフト化ＩｇＧが分泌されたら、上清を遠心分離によって清澄にし、濃縮し、プロテインＡカラムに通した。低ｐＨ溶液を使用して、ＩｇＧを溶出させ、すぐに中和した。ＳＤＳ−ＰＡＧＥ（ポリアクリルアミドゲル電気泳動）を全長ＣＤＲグラフト化ＩｇＧで、還元条件下で実施した。その結果は、軽鎖および重鎖と一致する見掛けの質量を有する２つのタンパク質バンドを示した。バンドの位置は、野生型セツキシマブと比較すると同様の位置でマイグレートした。
抗原結合をキャラクタライズするために、標準的なプロトコルを使用して、野生型トラスツズマブおよびトラスツズマブＣＤＲグラフト化メディトープ利用可能ｍＡｂ（ｍｅｍＡｂ）をＡｌｅｘａｆｌｕｏｒ ６４７で標識した。上記のとおり、同じプロトコルを使用して、ｃＱＦＤ（配列番号１）メディトープ−Ｆｃ（実施例７において記載したとおりに生成し、図１５および１６に示している）；メディトープ−ＦｃをＡｌｅｘａｆｌｕｏｒ ４８８で標識した。メディトープ−ＦｃがトラスツズマブＣＤＲグラフト化メディトープ利用可能ｍＡｂには結合するが、野生型トラスツズマブには結合しないことを示すために、ＨＥＲ２を過剰発現するＳＫＢＲ３細胞（０．５×１０６）を、標識された野生型トラスツズマブまたはこの実施例において生成されたとおりのＣＤＲグラフト化メディトープ利用可能トラスツズマブと共に３０分間インキュベートした。未結合の抗体を洗浄し、細胞をメディトープ−Ｆｃコンストラクトと共に３０分間インキュベートした。抗体結合およびメディトープ結合をＦＡＣＳ分析によって分析した。「ＣＤＲグラフト化」の重要な成分として。結果を図２４に示す。ＦＡＣＳデータは、トラスツズマブＣＤＲグラフト化メディトープ利用可能ｍＡｂが、ＳＫＢＲ３細胞上に発現されているＨＥＲ２に結合したことを示したが、これは、メディトープ利用可能抗体（セツキシマブ）フレームワーク上にグラフト化された抗体（トラスツズマブ）のＣＤＲループが、抗原（ＨＥＲ２）に結合する能力を保持していることを実証している（図２４Ａ）。また、ＦＡＣＳデータは、メディトープ−Ｆｃが、トラスツズマブＣＤＲグラフト化メディトープ利用可能ｍＡｂには結合したが、野生型トラスツズマブには結合しなかったことを示したが（図２４Ｂ）、これは、ＣＤＲグラフト化メディトープ利用可能抗体がメディトープに結合することを実証している。
ＣＤＲグラフト化メディトープ利用可能トラスツズマブの生成の最適化は、より厳密で／定量的にキャラクタライズするための材料をより多くもたらすであろうことに注意する。この研究では、材料が少ないこと、したがってキャラクタリゼーションの厳密さ／定量性が劣ること（例えば、メディトープ利用可能トラスツズマブの最終濃度およびＡｌｅｘａｆｌｕｏｒ ６４７でのその標識の不確実性）が、明らかな親和性の低下の原因となる可能性がある。抗原結合を最適化するための方法が、当技術分野では知られている。データは、ＣＤＲグラフト化メディトープ利用可能トラスツズマブはトラスツズマブ抗原に結合し（すなわち、ＳＫＢＲ３細胞が過剰発現するＨＥＲ２に結合する）、かつ配列番号１のメディトープに結合する（すなわち、ＣＤＲグラフト化メディトープ利用可能トラスツズマブで事前処理された抗原発現細胞がメディトープに結合する）ことを示している。
Ｃ．変異によるメディトープ利用可能ＣＥＡ結合抗体（メディトープ利用可能Ｍ５Ａ）の作成
加えて、セツキシマブの残基に対応する残基を変異させることによって、抗ＣＥＡ抗体（Ｍ５Ａ）をメディトープ利用可能化した。具体的には、図５６において網掛けで示されているとおり、８つの点突然変異を、Ｍ５Ａ抗体の軽鎖に導入して、これがメディトープに結合し得るようにした。野生型重鎖配列およびメディトープ利用可能軽鎖配列を、Ｌｏｎｚａグルタミン選択発現ベクターにクローニングし、かつ、ＮＳ０細胞にトランスフェ
クトした。メディトープ利用可能ｍＡｂを約５ｍｇ／Ｌで発現する２つの安定な系が得られた。
ＦＡＣＳによって、ＬＳ１７４Ｔ細胞を使用して、メディトープ利用可能Ｍ５ＡとＭ５Ａ抗原（ＣＥＡ）との結合を実証した。５００ｎＭのＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ ４８８標識された野生型またはメディトープ利用可能Ｍ５Ａを、トリプシン処理された細胞および９μＭのＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ ６４７標識されたメディトープ−プロテインＬ（実施例１０を参照されたい）と共に室温で３０分間インキュベートした。細胞を０．１％のＢＳＡで２回洗浄し、ＦＡＣＳ分析を行った。結果を図５７に示す。Ｍ５Ａが、トラスツズマブと同じバックボーンを有するヒト化抗体である場合、結果は、メディトープ−プロテインＬが野生型Ｍ５Ａに容易に結合したことを示した。しかしながら、メディトープ利用可能Ｍ５Ａ（Ｍ５Ａ ８Ｍ）で、結合の増強が観察されたが、これは、メディトープおよびプロテインＬの両方が同時に結合したことによって獲得された結合活性によるものである。
加えて、本明細書において記載されているとおりに、表面プラスモン共鳴を使用して、ＳＰＲ測定を実施したが、ＣＱＡ（ジフェニル）ＤＬＳＴＲＲＬＫＣ、ＣＱＦＤＡ（ジフェニル）ＳＴＲＲＬＫＣ、メディトープ３１、およびｃＱＹＮメディトープを包含する様々なメディトープ変異体と、このメディトープ利用可能抗体との結合が確認された（図５８）。
［実施例５］メディトープ結合部位の修飾
例えば、縮重ライブラリおよび選択を使用して、セツキシマブなどの提供するメディトープ利用可能抗体の１つまたは複数のメディトープ結合部位をライニングしている残基を体系的または無作為に改変して、メディトープまたはメディトープ類似体の特異性を増強または変化させる（改変を行う方法については、Ｓｈｅｅｄｙら、２００７およびＡｋａｍａｔｓｕら、２００７を参照されたい）。これらの位置にある残基を、天然もしくは非天然アミノ酸または両方で置換して、例えば、メディトープ相互作用の親和性を向上させ、かつ／またはメディトープ−抗体相互作用の他の特性を改変する。
メディトープと接触し、空洞をライニングし、かつ／または他の点でも重要なメディトープ利用可能抗体の残基（本明細書において修飾に関して記載される残基など）を改変させる。一例では、上記の研究において得られたデータなどの構造データを使用して、例えば、補足的なメディトープ結合を改良するように、変異によってＦａｂ中の残基を置き換える、例えば、追加の水素結合を加えるか、アミノ酸で非天然アミノ酸を置換するか、または疎水性インターフェースを改変する（図２１を参照されたい）。
一例では、個々の残基を体系的に改変し、続いて、変異型抗体を生成およびキャラクタライズする。他の例では、目的の部位で縮重オリゴを使用して、ＩｇＧのライブラリをＤＮＡレベルで作成して、目的の１つまたは複数の部位で天然に存在するアミノ酸２０種全てをまとめてコードするメンバーを生成して、そのライブラリが、１つまたは複数の所与の部位で置換された各アミノ酸を有するライブラリの個々のメンバーを生成するようにする。
ＧＰＩドメインをライブラリ内の抗体の例えば、Ｉｇ重鎖のＣ末端に加えた。一例では、標準的な方法を使用して、ライブラリをトランスフェクトし；ライブラリからの抗体（例えば、ＩｇＧ）を発現させる。
これらの方法によるＧＰＩ連結メディトープ利用可能抗体への結合を実証するために、ＧＰＩ連結メディトープ利用可能トラスツズマブを生成した。図５４は、このＧＰＩ連結
メディトープ利用可能トラスツズマブが、下記の実施例１０に記載されているとおりに生成されたメディトープ−プロテインＬ（ＭＰＬ）に結合したことを示している。この研究では、１×１０６細胞／試料を使用した。穏やかなピペット処理によって、細胞をプレートから外し、ＰＢＳ中０．１％のＢＳＡ（ｗ／ｖ）で１回洗浄した。ＡＦ６４７ ＭＰＬを洗浄緩衝液中で１０ｎＭに希釈し、細胞と共に室温で３０分間インキュベートした。細胞を２回洗浄し、次いで、ＦＡＣＳによって分析した。
ライブラリから生成された抗体を、１つまたは複数の所望の特色についてスクリーニングする。一例では、抗原結合に影響を及ぼさない変異を選択するために、抗体が特異的に結合する蛍光標識された抗原（例えば、ＨＥＲ２、ＥＧＦＲ、ＩＧＦＲ、ＣＬＴＡ−４など）に結合するライブラリ（例えば、抗体を発現する細胞）からの抗体を、例えばＦＡＣＳによって選択する（図２０）。一例では、その抗原結合能について選択された抗体を、例えば、特異的なメディトープ、メディトープ類似体、または目的の他の分子に結合する変異型抗体について選択するための他の選択ラウンドに掛ける。
選択の後に、選択された抗体を、所望の変異の組合せを決定するためにキャラクタライズする。一例では、細胞選別の後に、ＰＣＲを使用して、メディトープ／類似体／小分子結合を促進または増強する生じた変異を同定する。一例では、このプロセスを複数回繰り返して、所望の特徴、例えば、結合、ｐＨ依存性、ＰＫ、および／またはＰＤを「展開／最適化」する。
［実施例６］変異型メディトープ
いくつかの変異型メディトープを作成した。例えば、セツキシマブに対する結合親和性が実証されている表３および４（上記）のいくつかのメディトープ変異体を合成した。表３中のペプチドでは、ＣおよびＮ末端を接続するために、ジスルフィド結合を使用した（追加のテールを含有するメディトープ３１は除くが、これは、２つの末端残基の間にジスルフィド結合が存在しないことを意味している）。メディトープ２６、２７、２８、および２９は生合成されるので、この実施例では、第１のシステインの前、即ち、０位に追加のセリンを含有した。さらに、一部の実施形態では、メディトープ３１は場合によって、ＧＧＳＫリンカーを包含してよい。表４中のペプチドでは、ラクタム橋、ジスルフィド以外の結合（［３＋２］付加環化など）、または結合なしが、コネクタとして使用された。例えば、メディトープ５５は、メディトープ結合部位内で結合している線状ペプチドである。これらの表中の個々のメディトープを以下で検討する。
上記のとおり、環式ペプチドｃＱＦＤ（配列番号１）およびｃＱＹＮ（配列番号２）を同定し、セツキシマブＦａｂと共に共結晶化させると、これらは、Ｆａｂの軽鎖および重鎖によって作られた空洞に結合していることが示された。生物物理学的および生化学的方法を使用して、この相互作用をキャラクタライズした。具体的には、Ｐｈｅ３、Ｌｅｕ５、およびＡｒｇ８をアラニンに変異させると、結合インターフェースに対するメディトープの親和性が４４〜１８３倍に低下した。表６および７を参照されたい。
メディトープ修飾および化学的設計
構造的および熱力学的データに基づき、提供するメディトープ内の複数の位置を、例えば、全体結合親和性を増強し、かつ／または他の特性を改変するために例えば、置換および／または非天然アミノ酸で修飾するためのターゲットとして同定した。修飾には、ヘッドトゥテール環式ラクタムペプチドの作成、Ａｒｇ８の修飾、Ｐｈｅ３の修飾、Ｌｅｕ５の修飾、Ｌｅｕ１０の修飾、および水和性カルボニル官能基の組み込みが包含される（図３１を参照されたい）。
Ａｒｇ８の修飾
Ａｒｇ８を修飾した。構造データに基づき、未修飾のメディトープ（ｃＱＦＤ；配列番号１）のＡｒｇ８を伸長させて、メディトープ利用可能抗体重鎖のＱ１０５の重鎖カルボニルと水素結合させることを決定した。この残基のすぐ周囲の領域は疎水性であり、なお溶媒に曝露される（図３３Ａ）。
構造データによって、メディトープ利用可能抗体とのＨ結合のためのグアニジニウム官能基を保持している修飾されたＡｒｇ８残基を組み込みつつ、同時に、空洞を部分的に満たすための疎水性アームを導入することで、リガンドドッキング計算によって裏付けられるとおり、エントロピーの増加によって、結合が有意に増大し得たことが示された。
以下のとおりに、８位にｎ−ブチル−アルギニンを含有する変異型メディトープ、メディトープ５４（配列番号５４、表４に示されている）を作成した：
Ｆｍｏｃ−Ｎ−ブチルＡｒｇ誘導体３（メディトープ５４）の合成
上記１５（２３ｍｇ、０．０３ｍｍｏｌ）のＣＨ２Ｃｌ２（０．６ｍＬ）中の撹拌溶液に、ＥＤＣＩ（１２ｍｇ、０．０６ｍｍｏｌ、２当量）およびｎ−ブチルアミン（４．４ｍｇ、０．０６ｍｍｏｌ、２当量）を加えた。室温（ｒｔ）での５分の後に、溶媒を真空中で除去した。残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＥｔＯＡｃ４０〜５０％／Ｈｅｘ）によって精製して、上記の生成物１６（２３ｍｇ、９５％）を得た。1H NMR（400MHz，CDCl3）δ 7.78〜7.70（m，2H）、7.60〜7.54（m，2H）、7.42〜7.37（m，2H）、7.35〜7.27（m，2H）、5.95〜5.83（m，1H）、5.52〜5.42（m，1H）、5.36〜5.22（m，2H
）、4.61(d，J＝5.4Hz，2H）、4.44〜4.30（m，3H）、4.16（t，J＝6.4Hz，1H）、3.30〜3.02（m，4H）、2.92（s，2H）、2.54（s，3H）、2.48（s，3H）、2.07（s，3H）、1.98
〜1.80（m，1H）、1.76〜1.50（m，3H）、1.45（s，6H）、1.36〜1.26（m，4H）、0.85（t，J＝7.2Hz，3H)；13C NMR（100MHz，CDCl3）δ 171.9、158.7、156.4、155.0、144.0、143.8、141.5、138.5、133.8、132.4、131.5、128.0、127.3、125.2、124.6、120.3、119.6、117.6、86.5、67.4、66.5、53.3、47.3、43.5、41.5、41.0、30.9、30.7、28.8、25.4、20.2、19.5、18.2、13.9、12.7; HRMS C41H52N4O7S [M+Na]+ 計算値 767.3449、実測
値。767.3455。
上記１６（２３ｍｇ、０．０３ｍｍｏｌ）のＴＨＦ（０．８ｍＬ）中の撹拌溶液に、Ｎ−メチルアニリン（１０ｍｇ、０．０９ｍｍｏｌ、３当量）およびＰｄ（ＰＰｈ３）４（２ｍｇ、０．００１５ｍｍｏｌ、０．０５当量）を加えた。室温（ｒｔ）での４５分の後に、溶媒を真空中で除去した。残基をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＭｅＯＨ：ＣＨ２Ｃｌ２：ＨＯＡｃ＝２５：１：０．１）によって精製して、上記の生成物１７（２０ｍｇ、９０％）を得た。1H NMR（400MHz，CDCl3）δ 7.78〜7.70（m，2H）、7.60〜7.5
4（m，2H）、7.40〜7.34（m，2H）、7.30〜7.24（m，2H）、5.95〜5.83（m，1H）、4.48
〜4.10（m，5H）、3.30〜3.02（m，4H）、2.90（s，2H）、2.58（s，3H）、2.50（s，3H
）、2.07（s，3H）、2.00〜1.86（m，1H）、1.86〜1.74（m，1H）、1.72〜1.60（m，2H）、1.45（s，6H）、1.30〜1.22（m，4H）、0.82（t，J＝7.2Hz，3H)；13C NMR（100MHz，CDCl3）δ 174.9、158.9、156.6、155.2、144.0、143.8、141.5、138.5、133.3、132.4、129.3、128.5、128.0、127.3、125.3、124.8、120.2、117.7、86.6、67.4、53.4、47.4、43.4、41.6、41.1、31.4、29.9、28.8、25.2、20.1、19.5、18.2、13.9、12.7;HRMS C38H48N4O7S [M+Na]+ 計算値 727.3136、実測値。727.3144。
Ｍａｒｔｉｎ，Ｎ．Ｉ．およびＬｉｓｋａｍｐ，Ｒ．Ｍ．Ｊ．、Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．、２００８、７３、７８４９〜７８５１を参照されたい。
Ａｒｇ−ブチルメディトープ５４の合成
加えて、固相Ｆｍｏｃ合成プロトコルに従って、Ｆｍｏｃ−Ｎ−ブチルＡｒｇ誘導体１７を使用して、メディトープ５４（上記構造の（配列番号５４））を調製した。図５９は、メディトープ５４のＨＰＬＣトレースおよび質量スペクトルを示している。
セツキシマブＦａｂフラグメントに結合しているメディトープ５４の構造（裏面図）を図４８に示すが、ここでは、５−位β，β’−ジフェニルアラニンメディトープ（配列番号１８、メディトープ１８）およびｃＱＦＤ（メディトープ１、配列番号１）の構造が重ね合わされている。以下の表７に示されているとおり、メディトープ５４はＳＰＲによって、７４５．２ｎＭの平均ＫＤでセツキシマブに結合することが決定された。
一部の例では、これらの研究で同定されたこのメディトープ利用可能抗体結合ポケットを、本明細書において記載されているとおりに、メディトープ−メディトープ利用可能抗体相互作用の親和性を上昇させ得る新たな接点（メディトープまたは類似体）について調べた。
Ｐｈｅ３の修飾
ｃＱＦＤのＰｈｅ３を様々に修飾した。構造データによって、メディトープ変異体Ｐｈｅ３Ｔｙｒ ｃＱＹＮ（配列番号２）のヒドロキシル基は、ｃＱＦＤ（メディトープ１）と比較して、Ａｒｇ８側鎖の伸長構造に改変を有することが実証された（図３０Ｃおよび３５を参照されたい）。ＳＰＲによって、セツキシマブＦａｂに対するこの変異体の全体親和性が低下したことが実証された。ＩＴＣ測定によって、未修飾のメディトープ（配列番号１）と比較して、このＰｈｅ３Ｔｙｒ ｃＱＹＮ変異体では、結合すると、エントロピーがかなり低下することが示されたが、これは、エンタルピーの有利な上昇によって相殺された（−２．１ｋＣａｌ／ｍｏｌから−７．９ｋＣａｌ／ｍｏｌへ［ｎ＝３］）（図３０Ｄ）。構造データによって、水がＦａｂに結合している有利な水素結合ネットワーク
の形成が示唆されている。
メディトープ利用可能抗体に結合すると、Ｐｈｅ３の疎水性フェニル環は、メディトープ利用可能抗体（セツキシマブ）Ｆａｂの側鎖残基のかなり極性のアレイによって囲まれることが決定された（図３５）。オルト−、メタ−、および／またはパラ−ブロモフェニル置換基を組み込むことなどによって、ハロゲン結合（水素結合と類似しているが、臭素または塩素などのハロゲンと酸素原子との相互作用を伴う比較的強い非共有結合）に参加し得る１個または複数のハロゲン原子をフェニル環に導入して、臭素原子を、メディトープ利用可能抗体のそれぞれＴｙｒ８７（軽鎖）、Ｇｌｎ３９、および／またはＴｙｒ９１（重鎖）とのハロゲン結合のために有利に位置させることが望ましかった。３位に、Ｐｈｅの代わりにそれぞれ２−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、３−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、および４−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニンを含有するメディトープ３６（配列番号３６）、３７（配列番号３７）、および３８（配列番号３８）を作成した。これらのメディトープをセツキシマブＦａｂと共に共結晶化させた。これらの市販の誘導体をＳＰＰＳによって組み込んだ。構造を図３９に示す。回折データを図４０に示す。セツキシマブＦａｂに対するこれらのメディトープのうちの一部の親和性（平均ＫＤ値）を、ＳＰＲによって決定し、かつ下記の表７に列挙する。
加えて、Ｐｈｅ３Ｈｉｓ変異（メディトープ３３、配列番号３３）を含有するメディトープについての構造情報に基づき、３位にβ，β’−ジフェニルアラニンを有するメディトープを合成した（メディトープ１７、配列番号１７）。図４１に示しているとおり、ＳＰＲによって、セツキシマブに対する結合親和性のかなりの向上が観察されたが、これは、ｃＱＦＤと比較して、約４倍の上昇を表している（約４〜５倍の親和性の上昇（約２００ｎＭ））。
Ｌｅｕ５およびＬｅｕ１０の修飾
Ｌｅｕ５およびＬｅｕ１０を修飾した。Ｌｅｕ５およびＬｅｕ１０側鎖は、メディトープ利用可能Ｆａｂに対する疎水性接点を構成することが決定された（図３６、右側のパネル；Ｌｅｕ１０）。一例では、天然アミノ酸（Ｐｈｅ／Ｔｙｒ／Ｔｒｐ）および／または非天然類似体（例えば、β，β’−ジフェニルアラニン、分枝アルキル、ナフチルなどの伸長芳香族など）を体系的に、ＳＰＰＳを介して、これらの位置の一方または両方に導入する。β，β’−ジフェニルアラニンを３位に導入すると、セツキシマブＦａｂに対する全体親和性が上昇するという上記の観察（図４１〜４２を参照されたい）は、そのような非天然アミノ酸をメディトープに導入することによる成功を実証した。したがって、β，β’−ジフェニルアラニンを５位に導入し、生じたメディトープ（メディトープ１８、配列番号１８）の平均親和性をＳＰＲによって、６８７ｎＭであると決定した（以下の表７を参照されたい）。これらのデータによって、残基を改変および変異させるための領域を同定するために、構造生物学を使用することは、その結合反応速度を向上させるためなど、メディトープの特徴を改変するために有用であることが確認される。別の実施形態では、Ｌｅｕ１０を同様に修飾することができる。
別の環化ストラテジーおよびジスルフィド架橋の置き換え
別の環化ストラテジーを使用して、ｃＱＦＤおよび他のメディトープ中のジスルフィド架橋を置き換えた。表４に示したとおり、種々のラクタム環サイズを生成するためにグリシン、β−Ａｌａ、７−アミノヘプタン酸、ジアミノプロピオン酸、およびイソアスパラギン酸を包含する種々の出発物質に基づき作成される、天然および非天然アミノ酸を含むものを包含する様々なラクタム環化ストラテジーを使用した（図３１の左側および中央の囲みを参照されたい）。
一例では、７−アミノヘプタン酸を使用して、元のｃＱＦＤメディトープのジスルフィ
ド架橋を置き換え、かつ生じたメディトープの、セツキシマブＦａｂフラグメントに対する親和性をＳＰＲによって決定した（メディトープ４２、配列番号４２）。ＳＰＲデータを図４１の下段のパネルに示す。結合親和性は、ｃＱＦＤと比較すると低下したが、これらのデータは、動物およびヒト研究において薬物速度、薬物動態、および毒性について起こり得る問題に対処するために、メディトープを修飾することができることを示している。別のリンカーを非天然アミノ酸と、メディトープ内の他の位置で組み合わせることができることに注意する。
グリシン、７−アミノヘプタン酸、イソ−アスパラギン酸、β−アラニン、およびジアミノプロピオン酸を使用して、ラクタム結合を伴う他の変異型メディトープを作成した（表４中に列挙されているメディトープ４２、４３、４４、４５、４６、４９、５１、５２、５３、および５４などを参照されたい）。これらのメディトープ変異体の一部の、セツキシマブＦａｂに対する親和性を表７に列挙する。
アジドアルキンＨｕｉｓｇｅｎ付加環化を使用して、１２位にプロパルギルグリシンおよび１位にβ−アジドアラニンを組み込み、かつ、これらの末端の間で環化を実施することによって、メディトープ５０中の結合部としてトリアゾールを生成した。
「クリック」化学およびオレフィン複分解などの追加の環化ストラテジーも使用した（図３１、右側の囲み）。例えば、固相ペプチド合成（ＳＰＰＳ）によって、Ｆｍｏｃ−Ａｓｐ（Ｗａｎｇ ｒｅｓｉｎ ＬＬ）−Ｏａｌｌから出発して、ヘッドトゥテールラクタムペプチドを設計および合成した（図３１の下段左の囲みおよび図３２）。そのような変異体の一つである、ＦＩＴＣコンジュゲーションを伴うメディトープ３２（配列番号３２）は、配列番号１（メディトープ１）の未修飾のメディトープと比較すると、やや低い親和性ではあるが、同様にセツキシマブに結合することが示された。生成した他のヘッドトゥテールラクタム変異型メディトープには、メディトープ３３〜４７、４９、および５０〜５４（表４および７を参照されたい）が包含される。表４中のメディトープ４８をジスルフィド結合および４：１１ラクタム結合で操作した。
メディトープ３２を、ＦＡＣＳ分析のためにフルオレセインとコンジュゲートさせた。他の例では、このストラテジーを、メディトープをｉｎ ｖｉｖｏ ＰＥＴイメージング用のＤＯＴＡとコンジュゲートするために適用する。
構造データによって、さらなる位置が、残基３と１１との間または残基４と１１との間での環化などによって環化するために適していることが証明された。
線状ペプチドであるメディトープ５５を生成したが、これは、親和性は低下しているものの、メディトープ利用可能抗体、セツキシマブに結合することが実証された。
水和性カルボニル官能基
他の例では、水和性カルボニル機能（ｃａｐａｂｉｌｉｔｉｅｓ）を備えたメディトープを開発して、高度に選択的であるが、不可逆的な相互作用を得る。メディトープ空洞を囲むメディトープ利用可能抗体中のいくつかのＦａｂヒドロキシル担持側鎖を、選択的なトラッピングを介して、水和性−可能化メディトープを使用する、その対応するヘミ−アセタールまたは−ケタールの形成によって利用する。例えば、メディトープのＡｒｇ８を、Ｋａｂａｔナンバリングに従うとメディトープ利用可能抗体軽鎖のＳｅｒ４３（３．５Å）および重鎖のＴｙｒ９１（３．８および４．０Å）付近まで伸長する（図３６、左のパネル）。一例では、水和性カルボニル官能基をメディトープのＡｒｇ８またはＬｅｕ１０の末端に組み込むことで、セリンまたはチロシンヘミ−アセタールを選択的に形成することができ、これによって、不可逆的な結合が本質的に得られる。別の実施例では、ボロ
ン酸を含有する残基を水和性カルボニル基の代わりとして、メディトープに組み込む。ボロン酸は、多発性骨髄腫を治療するために使用されるボルテザミブ（Ｖｅｌｃａｄｅ（登録商標））の構造活性において重要な役割を果たす。そのような水和性残基の代表的な例は、図３６または３４にも示してあり、ここで、Ｒ＝−ＣＨ２ＣＨＯまたは−ＣＨ２Ｂ（ＯＨ）２である。一部の例では、ＳＰＰＳを使用して、そのような類似体を修飾する（Ｄｕｇｇａｎ，Ｐ．Ｊ．およびＤ．Ａ．Ｏｆｆｅｒｍａｎｎ（２００７）、「Ｔｈｅ Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ ｏｆ Ｓｏｌｉｄ−Ｓｕｐｐｏｒｔｅｄ Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｂｏｒｏｎｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｄｅｒｉｖｅｄ ｆｒｏｍ ４−Ｂｏｒｏｎｏ−Ｌ−ｐｈｅｎｙｌａｌａｎｉｎｅ ａｎｄ ｔｈｅｉｒ Ａｆｆｉｎｉｔｙ ｆｏｒ Ａｌｉｚａｒｉｎ」、Ａｕｓｔｒａｌｉａｎ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、６０（１１）：８２９〜８３４）。
他の方法
一部の例では、蛍光偏光アッセイを使用して、配列番号１などの所与のメディトープに代わり得るメディトープ変異体を同定することができる。他の例では、同じ技術を使用して、そのメディトープに代わり得る小分子を同定し、次いで、これらの小分子を、メディトープの結合親和性をさらに向上させるためのテンプレートとして使用する。
メディトープのキャラクタリゼーション
キャラクタリゼーションのために、変異型メディトープペプチドの凍結乾燥粉末を１０ｍＭのトリスｐＨ８．０緩衝液５００μＬ中に懸濁させ、かつ各回Ｈ２Ｏ１Ｌに３回透析した。透析後の最終体積を慎重に測定し、かつ吸光度測定を行って、濃度を推定した（典型的には、１〜１０ｍＭ）。これらの保存液を使用して、ＳＰＲ測定のためのＨＢＳ−ＥＰ緩衝液（１０ｍＭのＨｅｐｅｓ、ｐＨ７．４、１５０ｍＭのＮａＣｌ、３ｍＭのＥＤＴＡ、および０．０５％ｖ／ｖの界面活性剤Ｐ２０）中で希釈した。ＳＰＲ測定をＧＥ Ｂｉａｃｏｒｅ Ｔ１００機器で、アミンカップリング化学を使用して固定化されたセツキシマブＩｇＧまたはセツキシマブＦａｂリガンドを備えたＣＭ５チップを使用して実施した。反応速度データに適した低レベルで、リガンドを固定化した。ランニング緩衝液および再生緩衝液の両方としてＨＢＳ−ＥＰを使用して、典型的な反応速度ＳＰＲ実験を３０μＬ／分の流速で実施した。Ｂｉａｃｏｒｅ Ｔ１００評価ソフトウェアのバージョン２．０．１を使用して、反応速度パラメーターを算出した。
１００ｍＭのＨｅｐｅｓ（ｐＨ７．４）中、２５℃で、Ｎａｎｏ ＩＴＣ熱量計（ＴＡ
Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ）を使用して、等温滴定熱量測定実験を行った。典型的な実験では、０．０３〜０．０６ｍＭのタンパク質（ＦａｂまたはＩｇＧ）２５０μｌを熱量計セル（１６３μｌまたは１８５μｌ）を負荷し、滴定液（０．３〜０．８ｍＭのメディトープ）を５０μｌシリンジに負荷した。セル溶液を２５０ｒｐｍで撹拌し、平衡したら、滴定液を２〜２．５μｌ刻みで加えた。反応物の熱を測定し、ＮａｎｏＡｎａｌｙｚｅソフトウェア（ＴＡ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ）を使用して、データを処理した。最後の４つの測定を平均することによって、またはタンパク質を含有しない緩衝液中に同じ濃度のメディトープを滴定することで得られた反応物の熱を引くことによって、バックグラウンド熱を引いた。
いくつかのメディトープ変異体を、セツキシマブＦａｂフラグメントと共結晶させた。メディトープを均一性＞９５％まで精製し、質量分析法によって構造的にキャラクタライズした。ペプチドを水に透析した。それらの濃度を、例えば、場合によっては、ＵＶ−Ｖｉｓによって測定し、元素分析で較正し、適切な緩衝液中に希釈した（＞１００×）。配列番号１５〜１８、２２〜２５、および３１〜４０に対応するこれらのメディトープ変異体のうちのいくつかの構造を図３９に示す。
様々なメディトープとメディトープ利用可能抗体セツキシマブとの相互作用をＸ線回折によってキャラクタライズした。セツキシマブＦａｂフラグメントおよび配列番号１のメディトープの共結晶化条件は十分に確立されているので、１〜３日で、典型的には１日で、回折品質の結晶が典型的には得られた。完全なデータセットが、社内ソース（Ｒｉｇａｋｕ ００７−ＨＦおよびＲ−Ａｘｉｓ ＩＶ＋＋）では８〜１２時間で、かつＳｔａｎｆｏｒｄ Ｓｙｎｃｈｒｏｔｒｏｎ Ｒａｄｉａｔｉｏｎ Ｌｉｇｈｔｓｏｕｒｃｅでは１０分未満で収集されたので、メディトープ変異体とセツキシマブとの相互作用を迅速にキャラクタライズすることができる。
ｃＱＦＤ（配列番号１）およびｃＱＹＮ（配列番号２）メディトープおよび修飾メディトープを含有する複合体を包含する様々な異なるメディトープ−Ｆａｂ（セツキシマブ）複合体について、回折データを収集した。いくつかのメディトープのためのＸ線回折データを図４０に示す。これらの共結晶構造のうちの多くは、２．４Å超で回折し、それぞれ２０％および２４％未満のＲおよびＲＦｒｅｅで十分に精密化されることが示された。これらのメディトープ変異体は全て、非常に良好な立体化学値を有する（８９パーセンタイルを超えるＭｏｌｐｒｏｂｉｔｙスコア）。
ＳＰＲ測定のために、低密度および高密度チップを、セツキシマブＦａｂまたは全長ＩｇＧとコンジュゲートさせた。各チップを初めに、ＥＧＦＲの全細胞外ドメインの可溶性フラグメント（残基１〜６２１）を使用して、キャラクタライズした。以前に報告されたものと同様の反応速度および結合親和性が観察された。低密度チップを使用して、未修飾のメディトープについてのオンレートおよびオフレートを測定し、それぞれｋｏｎ＝９．２×１０−４Ｍ−１ｓ−１およびｋｏｆｆ＝９．９×１０−３ｓ−１であると決定した。配列番号１および２のメディトープを用いると、ＩＴＣと一致して、Ｆａｂ−コンジュゲートされたチップとＩｇＧ−コンジュゲートされたチップとで同様の値が観察され、このことは、結合を推定するためにどちらも使用することができることを実証している。
下記の表７は、表３および４に列挙されたメディトープのうちのいくつかについての、ＳＰＲによって決定された平均解離定数（ＫＤ）についての情報を列挙している。
いくつかのメディトープとメディトープ利用可能抗体セツキシマブとの結合をＩＴＣ、ＳＰＲ、Ｘ線回折、およびそれらの組合せによって厳密にキャラクタライズした。ＴＡ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ ｎａｎｏＩＴＣで、測定１回当たり僅か１〜２ｍｇのペプチドを用いて、ＩＴＣ測定を行った。ＩＴＣ、ＳＰＲ、およびＸ線回折データによって例えばまとめて、後続の化学的修飾をガイドし、最終的にメディトープの親和性を向上させ、かつ／またはメディトープをさらに改変するための原子の詳細を得る。ΔＧ＝−ＲＴ ｌｎ
Ｋａに基づく計算によって、セツキシマブに対するメディトープのマイクロモルからナノモルまでの親和性の相違は、強い水素結合程度に基づく３００Ｋでの約４ｋＣａｌ／ｍｏｌの自由エネルギーの変化から生じていることが示されている。したがって、タンパク質結合ポケットから、整列していた水分子が失われるか、またはアミノ酸残基鎖が再配向するだけでも十分に、結合は数桁変わり得る。
この実施例におけるデータによって、メディトープ置換のうちの多数は体系的かつ効率的に導入することができることが実証されており、このことは、例えば、メディトープ−メディトープ利用可能抗体結合親和性、薬物速度（ＰＫ）、薬物動態（ＰＤ）、毒性、および／または異なる条件、例えばｐＨ下での結合能もしくは結合強度、例えば、ｐＨ依存性の改変を生じさせるために、例えば、高親和性メディトープを生成するためにメディトープ変異体置換のうちの多数を作成することができることを示している。
一例では、ＩＴＣ、ＳＰＲ、および回折法によるキャラクタリゼーションの後に、最も高い親和性（または他の望ましい特性、例えば、ｐＨ依存性）を有するメディトープを引き続き修飾して、例えば、望ましい特性（例えば、全体親和性またはｐＨ依存性）をさらに向上させる。
［実施例７］多価メディトープの作成
例えば、メディトープ利用可能抗体を、抗原を発現する細胞の表面に「架橋する」ことによって選択性および／または結合親和性を増強する際に使用するために、二価および他の多価メディトープを作成した。
二価メディトープ−Ｆｃ
リガンドを「二量体化」するためのＦｃ領域の使用は確立されており、例えば、Ｊａｚａｙｅｒｉ ＪＡおよびＣａｒｒｏｌｌ ＧＪ．、「Ｆｃ−ｂａｓｅｄ ｃｙｔｏｋｉｎｅｓ： ｐｒｏｓｐｅｃｔｓ ｆｏｒ ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ ｓｕｐｅｒｉｏｒ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ」、ＢｉｏＤｒｕｇｓ、２２（１）：１１〜２６（２００８）に記載されている。二価メディトープを作成するために、グリシンおよびセリンからなる１７アミノ酸長さのフレキシブルなペプチドリンカーを介して、メディトープｃＱＦＤ（配列番号１）をＩｇＧのＦｃ領域のＮ末端に融合した。ＩｇＧのＦａｂ間の距離におおむね一致するように、リンカーの長さを選択した。生じた「メディトープ−Ｆｃ」の核酸およびアミノ酸配列を図１５に示す（それぞれ配列番号３および４）。メディトープ−Ｆｃの構造を図１６に示す。
メディトープ−Ｆｃの多価によって得られる、抗原への結合の増強を実証するために、０．５×１０６ＭＤＡ−ＭＢ−４６８細胞を１０ｎＭのセツキシマブで室温で３０分間標識し、洗浄し、次いで、０．１、０．３、１、および３μＭの二価メディトープ−Ｆｃまたは単量体メディトープと共に室温で３０分間インキュベートし、洗浄し、次いでＦＡＣＳによって分析した。図１７に示されているとおり、ＦＡＣＳ分析によって、化学量論で修正されたメディトープ−Ｆｃは、メディトープ単量体と比較してより高い親和性で、セツキシマブで事前処理された細胞に結合したことが実証された。相互作用は、メディトープ利用可能ｍＡｂ（セツキシマブ）に特異的であることが実証された。これらのデータは、メディトープ−Ｆｃをメディトープ利用可能ｍＡｂと組み合わせて使用することの相乗作用を、したがって相乗効果を生むために二価メディトープを第２の抗体の代わりに用いることができることを実証している。
他の研究では、メディトープ−Ｆｃ融合タンパク質を上記のとおり、Ａｌｅｘａ４８８で標識した。ＭＤＡ−ＭＢ−４６８細胞をセツキシマブまたはＭ４２５（マウス抗ＥＧＦＲ抗体）で３０分間標識した。未結合の抗体を洗浄し、細胞をメディトープ−Ｆｃ（６００ｎＭ、１８０ｎＭまたは、６０ｎＭ）と共に３０分間インキュベートした。抗体結合およびメディトープ結合をＦＡＣＳ分析によって分析した。図４９に示されているＦＡＣＳデータによって、メディトープ−Ｆｃはセツキシマブと共にインキュベートされた細胞には結合したが、Ｍ４２５と共にインキュベートされた細胞か、またはいずれかの抗体ともインキュベートされなかったものとは結合せず、その際、メディトープ−Ｆｃの濃度が高まるにつれてシグナルが上昇したことが実証された。
上記のＦＡＣＳ実験と同様に、ＭＤＡ−ＭＢ−４６８細胞をＡｌｅｘａ ５５５標識されたセツキシマブで処理し、洗浄し、Ａｌｅｘａ ４８８標識されたメディトープ−Ｆｃと共にインキュベートし、かつ洗浄した。次いで、細胞を顕微鏡で２０倍でイメージングした（図６１Ａ）。セツキシマブの強い表面会合染色が観察された。また、メディトープ−ＦＣは細胞表面に限られ、セツキシマブと共局在しているようであった（図６１Ａ）。この染色と同時に、本発明者らは、標識メディトープ−Ｆｃの共局在が観察されたことも観察している（図６１Ａ、白色の矢印）。しかしながら、この共局在は、セツキシマブで事前処理されなかった細胞には存在しなかった（図６１Ｂ）。
まとめると、これらの実験は、メディトープがセツキシマブで事前処理されたＥＧＦＲ発現細胞に結合すること、多価スキャフォールドを使用することで、セツキシマブ事前処理細胞に対してより高い見掛けの親和性が生じること、およびその見掛けの結合親和性は、この研究では、感受性がより高いことを示している。
二価メディトープ−Ｆｃがメディトープ利用可能抗体であるセツキシマブと共に細胞死を誘発する能力を、ＭＴＴアッセイを使用して確認した。４０００ＭＤＡ−ＭＢ−４６８細胞を９６ウェルプレートの各ウェル内に、培地８０μｌ中で入れた。１μＭのセツキシマブ１０μｌを０．１、１、または１０μＭの一価メディトープ（ｃＱＦＤ−（対照）または二価メディトープ−Ｆｃ（２つのｃＱＦＤ）１０μｌと共に、０．１μＭのセツキシマブおよび０．０１、０．１、および１μＭのメディトープまたはメディトープ−Ｆｃの最終濃度まで加えた。各成分を単独で対照として、ＰＢＳと共に加えた。４８時間のインキュベーションの後に、ＭＴＴ試薬１０μｌを加え、さらに４時間インキュベートした。次いで、培養上清を除去し、ＭＴＴ結晶を溶解する試薬１００μｌを加え、プレートを６３０ｎｍで読み取った。一価メディトープ（単独か、またはセツキシマブと共に）またはメディトープ−Ｆｃのみを加えてもいずれも、細胞増殖は有意に改変しなかった。しかしながら、図２８Ａに示されているとおり、メディトープ−Ｆｃをセツキシマブと一緒に加えると、細胞増殖が阻害された。
第２抗ＥＧＦＲ抗体に匹敵するほどの、多価メディトープ−Ｆｃがセツキシマブによる細胞殺滅を増強する能力が、ＭＴＴアッセイによって実証された。このアッセイでは、メディトープ−Ｆｃによる、およびＭ４２５（マウス抗ＥＧＦＲ抗体）による、抗原発現性腫瘍細胞増殖のセツキシマブ媒介阻害の増強を比較した。４０００ＭＤＡ−ＭＢ−４６８細胞を９６ウェルプレートの各ウェル内に、培地８０μｌ中で入れた。１μＭのセツキシマブ１０μｌを、２、４、または８μＭのメディトープ−ＦｃまたはＭ４２５のいずれか１０μｌと共に、０．１μＭのセツキシマブおよび０．２、０．４、または０．８μＭのメディトープ−ＦｃまたはＭ４２５の最終濃度まで加えた。ＰＢＳのみと共に加えられたセツキシマブを対照として使用した。４８時間のインキュベーション期間の後に、ＭＴＴ試薬１０μｌを加え、混合物をさらに４時間インキュベートした。培養上清を除去し、ＭＴＴ結晶を溶解する試薬１００μｌを加え、プレートを６３０ｎｍで読み取った。図２８Ｂに示されているとおり、メディトープ−ＦｃおよびＭ４２５は同程度に、セツキシマブの細胞殺滅能を増強した。
一部の例では、親和性および特異性を最適化するために、Ｆｃおよびメディトープの組成およびそれらの間の距離を体系的に調査する。一例では、最適化のために、各天然または非天然残基を、リンカー内の任意の位置で置換する。他の例では、リンカーを「硬直化」させて、回転半径を制限し、かつＦｃ−メディトープの親和性および特異性を増強する。一例では、多重コイルドメインをメディトープとＦｃとの間に設ける（図１８）。他の例では、不活性タンパク質ドメイン（例えば、免疫グロブリンフォールド）をリンカーの代わりに用いる。一例では、多数の免疫グロブリンフォールドをメディトープとＦｃドメ
インとの間に設ける。ある種の実施例では、リンカーの組成は、起こり得る抗原性を軽減するために、例えば、ヒト由来のものである。
多価スキャフォールド
リンカー上での受容体の制約に対処するために、メディトープを多価スキャフォールドにカップリングさせた。
多価メディトープを、隣接するＩｇＧに「ラッチオン」して、「デイジーチェーン」様アレイを形成するように設計した（図８を参照されたい）。「クリック」化学を用い、化合物２（配列番号３２）を使用して、ＦＩＴＣ標識二価メディトープの合成を開発した。図１３のテンプレート４および５を使用して、それぞれ二価および三価のメディトープを形成した。図１３に示されているように、３０ÅのＰＥＧ二官能性アームを、配列番号３２（メディトープ３２）のメディトープを含有するＦＩＴＣ−標識二価メディトープ、すなわち化合物１３を合成する際に組み込んだ。図１３にも示されているとおり、三価メディトープ（化合物１４）も、成功裏に合成された。図１４は、このフルオレセインイソチオシアナート（ＦＩＴＣ）標識されたメディトープ化合物１３のキャラクタリゼーションを図示している。
他の例では、例えば、結合を最適化するために、種々の長さのポリエチレングリコール（ＰＥＧ）（および他の）リンカーを使用する。他の例では、この合成手法を使用して、放射性核種イメージング用のＤＯＴＡを組み込む。ＩｇＧ内のＣＤＲ領域間の距離は、約１３０Åである。市販のＰＥＧの端々の距離は、ＩｇＧ距離を超えるであろう９０Å（Ｐｉｅｒｃｅ）に達する。一例では、この制約に留意しつつ、ＰＥＧリンカーの長さを体系的に変化させる。
一部の例では、１個よりも多い抗体を「デイジーチェーン」することを目標として、三価またはそれ以上の価のスキャフォールドを使用する。一部の例では、異なるスキャフォールドおよびリンカーを使用して、高親和性多価メディトープを作成する。一例では、ＤＮＡを、より硬直したスキャフォールドとして使用する。
多価を達成するために、種々の生物学的および化学由来のスキャフォールドを使用する。これには、これらに限定されないが、二価または三価スキャフォールドの構築、ストレプトアビジンまたはコラーゲン（ｈｔｔｐ：／／ｉｐ．ｃｏｍ／ｐａｔａｐｐ／ＥＰ２０６５４０２Ａ１）、四価スキャフォールドとしてのストレパビジン、独特のスキャフォールド（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｓｃｉｅｎｃｅｄｉｒｅｃｔ．ｃｏｍ／ｓｃｉｅｎｃｅ／ａｒｔｉｃｌｅ／ｐｉｉ／Ｓ００２２２８３６１１０００２８３）、Ｏｒｉｇａｍｉ ＤＮＡ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎａｔｕｒｅ．ｃｏｍ／ｎｎａｎｏ／ｊｏｕｒｎａｌ／ｖ４／ｎ４／ａｂｓ／ｎｎａｎｏ．２００９．５．ｈｔｍｌ）などを使用することが包含される。これらに限定されないが、ＤＮＡ（一本鎖、二重鎖、Ｈｏｌｌｉｄａｙジャンクション、アプタマーなど）、ＲＮＡ（一本鎖、ヘアピン、ステムループ、アプタマーなど）、ＰＮＡ（ペプチド核酸）、硬直のためのＤＮＡ／ＰＮＡ二重鎖および三重鎖、有機または無機ナノ粒子（直接カップリングさせるか、またはＰＥＧなどの有機ポリマーを介してカップリングさせる）、それ自体と、かつ／またはＤＮＡもしくはＰＮＡと二重鎖を形成し得る有機ポリマーを包含する分子を使用して、化学的スキャフォールドを作ることもできる。
多価メディトープキャラクタリゼーション
一例では、多価スキャフォールドへのコンジュゲーションがメディトープ−ＩｇＧ相互作用に影響を及ぼさないことを立証するために、多価メディトープをＳＰＲおよびＩＴＣによってキャラクタライズする。
他の例では、ＦＡＣＳ分析、細胞生存率アッセイ、および他のアッセイを使用する。例えば、メディトープ−Ｆｃについて上記したとおりの細胞生存性アッセイを使用して、メディトープ利用可能抗体がセツキシマブの場合にはＥＧＦＲなどの、選択されたメディトープ利用可能抗体によって認識される抗原を過剰発現する細胞への直接的な多価メディトープの効果を定量する。例えば、ＭＴＴ、（３−（４，５−ジメチルチアゾール−２−イル）−２，５−ジフェニルテトラゾリウムブロミドを使用して、生細胞の数またはパーセンテージを定量する。一部の例では、対応する一価メディトープで観察されるよりもかなり低い濃度でのシフトおよび／またはシフトする細胞のパーセンテージの相対的な上昇が観察される。
一部の例では、そのようなアッセイにおいて活性を実証する多価メディトープについて、ウェスタンブロット分析を行って、セツキシマブなどのＥＧＦＲシグナル伝達経路を標的化する抗体の場合には、ＥＧＦＲ、ＡＫＴ、ＭＡＰＫのリン酸化状態などの他のパラメーターを追跡する。一例では、データを、抗体（例えば、セツキシマブ）のみで処理された細胞および阻害剤（例えば、チロシンキナーゼ阻害剤（ＡＧ１４７８））で処理された細胞からのデータと比較する。多価メディトープ濃度を関数として細胞死の上昇が観察される。
一例では、多価メディトープの相加作用をさらに確認するために、抗原結合セツキシマブについて標識された多価メディトープと競合する非標識の一価メディトープを使用する。
［実施例８］ｐＨを関数とするメディトープ結合親和性
メディトープの組成を改変して、ｐＨを関数とする結合親和性に影響を与える。図２７に示されているとおり、３つの異なるメディトープ変異体の結合親和性を、緩衝液ｐＨを関数として測定した。結果によって、ｃＱＹＤ（配列番号１６、メディトープ１６）メディトープ変異体は、低ｐＨで、メディトープ利用可能抗体セツキシマブに対する親和性の著しい低下を示すことが実証された。ｃＱＹＮ変異体中のアスパルタートをアスパラギンに置換すると、ｐＨ依存性はフラットになる。ｃＱＦＤメディトープ（配列番号１）の親和性は、ｐＨが高くなるにつれて、わずかに上昇すると決定された。総合すると、これらのデータは、メディトープ−ｍｅｍＡｂ相互作用の親和性を、使用されるｐＨに合わせて調整して、薬物送達のために、リゾチーム中においてなどの低ｐＨでは特異的に放出され、かつ／または例えば、腫瘍間質などの低酸素環境においてはより高い親和性で結合するメディトープ変異体を作成することができることを実証している。
［実施例９］メディトープ類似体、フラグメント、および他の化合物
メディトープ利用可能抗体にメディトープ結合部位付近で結合し、かつ一部の態様では、メディトープに結合して、例えば、メディトープ結合部位へのその親和性を向上させ得る小分子、フラグメント、アプタマー、核酸分子、ペプチボディ、および／または他の物質などのメディトープ類似体および化合物を同定するために、スクリーニング方法を実施した。
蛍光偏光アッセイ：メディトープ利用可能抗体のメディトープ結合部位に結合することができ、したがって、同様の機能のために使用することができる別の分子を包含する化合物を同定するために、置き換えアッセイを確立した。環式メディトープを合成し、フルオレセインに化学的に結合させて、以下の配列：ＡｃＣＱＦＤＬＳＴＲＲＬＲＣＧＧＧＳＫ（配列番号３１、システインはジスルフィド結合を形成する）−フルオレセインのフルオレセイン標識されたメディトープを作成する。次いで、この蛍光標識されたペプチドをセツキシマブで滴定し、蛍光偏光を測定した。標識されたメディトープとｍＡｂとの間の相
互作用は、蛍光タグの蛍光偏光／強度を変化させる。ほぼ一致する値である解離定数、１μＭが、表面プラスモン共鳴および等温滴定熱量測定から得られた。非標識メディトープ、ＡｃＣＱＦＤＬＳＴＲＲＬＲＣＧＧＧＳＫ（配列番号３１）を使用して、セツキシマブに事前結合していたフルオレセイン標識ペプチドを置き換えた。蛍光偏光をモニタリングした。メディトープ−抗体の相互作用をブロックした化合物は蛍光偏光特性を変えた。図３７に示されているとおり、競合反応を示すＳ字状曲線が観察された。したがって、この方法は、メディトープ類似体を同定するために有用である。
これらのデータに基づき、メディトープに置き換わり得る小分子を同定するための当初スクリーニングを実施した。この研究では、５０μＭの濃度の４２種のリード化合物を、３０，０００種の小分子化合物のライブラリから同定した。図３８は、そのようなリード化合物５種を示している。
他の例では、これらの化合物を、例えば結晶学によってさらにキャラクタライズする。
回折法
セツキシマブＦａｂは、上記で示した通り、２．５Å超で回折することが示された。確立されている回折をベースとする方法（リード化合物を同定するために十分に確立されている（Ｓｈｕｋｅｒら、１９９６；Ｅｒｌａｎｓｏｎら、２００１；Ｈｕｇｈｅｓら、２０１１））を使用して、メディトープにカップリングさせて、例えば、メディトープ結合部位に対する親和性を向上させ得る化合物を包含する候補化合物を同定した。小分子のライブラリは、セツキシマブの結晶中に吸収されることが明らかになった。これらの吸収からの回折データを収集し、いくつかのデータセットを解析した。これらの当初研究で、フラグメント成長および最適化のために修正することができる２つの追加の部位をセツキシマブ上で同定した。
他の例では、化学基、例えば、イミダゾールまたは他の化学基などのそのようなフラグメント（より大きな実体のための構成単位として役立ち得る小分子）を成長させて（化学的に誘導体化させて）、その結合および特異性を増強し、かつ／またはメディトープに化学的にテザーさせる。この化学的カップリングを最適化することによって、全体結合親和性を有意に増強することができる。
ＮＭＲスクリーニング：
ＮＭＲを使用して、例えば、メディトープに結合し、かつ／またはメディトープの代わりに（すなわち、メディトープ類似体として）使用することによってメディトープを最適化するためのフラグメントを同定した。これらのリード化合物を同定するために、１５〜２０のフラグメントを含有するプールの一次元（１Ｄ）スペクトルを収集した。セツキシマブを各プールに加えて、第２の１Ｄスペクトルを収集した。セツキシマブに（過渡的に）結合した化合物を、迅速な磁化移動に掛けると、強度の低下が生じた。セツキシマブの付加前後のスペクトルを比較すると、ピークの変化が同定され、これは相互作用を示した。
一例では、これらのピークを具体的な化合物に事前に割り当てるので、すぐに分かる。別法では、そのプールを細分して、スペクトルを再収集する。数ラウンドの後に、化合物の正確なアイデンティティが分かる。これらの実験では、相互作用の正確な位置は分からない。ＮＭＲまたは蛍光偏光アッセイによって、結合部位を決定する。別法では、Ｆａｂフラグメントを、ＮＭＲ活性および不活性な核（例えば、１３Ｃ、１５Ｎおよび２Ｈ）で標識し、続いて、複数回のＮＭＲ実験を行って、スペクトルを割り当て、次いで、結合位置を同定するためにフラグメントライブラリを使用する。この手順を使用して、当初リード化合物のセットを同定した（図１９、下段）。
バーチャルリガンドスクリーニング：バーチャルリガンドスクリーニングを使用して、メディトープとして機能するリード化合物を同定した。結晶構造を使用する場合、標準的なプログラム（例えば、Ｓｃｈｒｏｅｒｄｉｎｇｅｒ Ｇｌｉｄｅ）を使用して、高分子のある部位（メディトープ結合部位）の周囲の「囲み」を定義して；既知のリガンドをこの部位にドッキングさせた。有望なリード化合物を、選んだエネルギー関数によってスコアリングした。この研究では、約１００種のリード化合物を同定した。
他の例では、回折法によって見出された追加の類似体を最適化し、薬物送達、多価スキャフォールディング、および他の機能のために、メディトープの代わりに使用する。
他の例では、軽鎖および重鎖で変異させて、リガンド（メディトープ）の特異性を変え、かつ上記の方法全て（蛍光偏光、ＮＭＲスクリーニング、ファージディスプレイ、および回折法を包含する）を、最適化された別のリガンドに対して使用する。
［実施例１０］メディトープ−プロテインＬ融合体
メディトープに結合しているｃＱＦＤメディトープ利用可能Ｆａｂフラグメントの回折によるキャラクタリゼーションによって、メディトープのＮ末端およびＣ末端は、結合しているプロテインＬ、ヒトＩｇＧに結合する細菌性タンパク質と並列していることが実証された。メディトープ１８（５−β，β’−ジフェニル）、プロテインＬ（左側）、プロテインＡ（右側）、およびＦａｂ（灰色のイラスト）、およびメディトープ利用可能トラスツズマブＦａｂの結晶構造を示している図５２を参照されたい。
エネルギー加算性を介して、より高い親和性でメディトープ利用可能抗体に結合するメディトープを作成するために、メディトープ−プロテインＬ融合ポリペプチドを生成した。構造データの情報に基づき、４個のグリシンを導入して、ｃＱＦＤメディトープのＣ末端およびプロテインＬのＮ末端を連結した。メディトープ−プロテインＬ融合タンパク質のコード配列は、配列番号５６で示される。
Ｈｉｓ６−Ｓｍｔ３タグ（通常文字）、メディトープ（下線付き）、およびプロテインＬ（太字）を包含するコードされたタンパク質のアミノ酸配列は以下の配列番号５７：
HHHHHHSSGLVPRGSHMASMSDSEVNQEAKPEVKPEVKPETHINLKVSDGSSEIFFKIKKTTPLRRLMEAFAKRQGKEMDSLRFLYDGIRIQADQTPEDLDMEDNDIIEAHREQIGGSCQFDLSTRRLKCGGGGSEVTIKVNLIFADGKIQTAEFKGTFEEATAEAYRYAALLAKVNGEYTADLEDGGNHMNIKFAG（配列番号５７）
で示される。
タグの切断後のメディトープ−プロテインＬ融合タンパク質のアミノ酸配列は下記の配列番号５８：
SCQFDLSTRRLKCGGGGSEVTIKVNLIFADGKIQTAEFKGTFEEATAEAYRYAALLAKVNGEYTADLEDGGNHMNIKFAG（配列番号５８）
（メディトープは下線付き；環化（例えば、ペルオキシドまたは空気中で一晩によって）している２個のシステインは太字で表示）で示される。
メディトープ利用可能抗体トラスツズマブとのこの融合タンパク質の相互作用（および別に、各個別の成分の相互作用）についての結合定数を、表面プラスモン共鳴（ＳＰＲ）によって測定した。プロテインＬとメディトープ利用可能トラスツズマブとの相互作用についての結合定数は約０．５μＭであった。メディトープとメディトープ利用可能トラスツズマブＦａｂフラグメントとの相互作用については、結合定数は約１μＭであった。しかしながら、メディトープ−プロテインＬ融合タンパク質とＩｇＧとの相互作用についての結合定数は１６５ｐＭであった。図５３は、メディトープ−プロテインＬ融合体（ＭＰ
Ｌ）についての表面プラスモン共鳴（ＳＰＲ）データを示しており：上段のパネルは、１０ｎＭまでの濃度でメディトープ利用可能トラスツズマブに加えられたＭＰＬのトレースを示している。フィットデータは、１６５ｐＭの結合親和性を示している。下段のパネルは、メディトープ利用可能トラスツズマブに同じ濃度で加えられたプロテインＬ（単独）のトレースを示しており、これは、この研究において、この濃度では結合が存在しなかったことを示している。この結果によって、個々の相互作用と比較して、融合タンパク質とメディトープ利用可能抗体との間の結合ははるかに強いことが実証されたが、このことは、加算性を介して、親和性が向上することを示している。
プロテインＬおよびメディトープ中に点突然変異を生じさせて、特異性を保証した。予測されたとおり、両方のケースにおいて、結合定数が低下した。
治療剤および診断剤、例えば、細胞毒素、放射性ヌクレオチド、例えば、ＤＯＴＡ、タンパク質、固体支持体、ならびに例えば、薬物送達、イメージング、または精製のための他の分子などの様々な分子のコンジュゲーションを促進するために、プロテインＬ−メディトープ融合タンパク質中の、１個を除いて全てのリシンを、アルギニンまたは他の残基に変異させた。図５２に示されている結晶構造を使用して、コンジュゲートする場合には、メディトープ−プロテインＬ／メディトープ利用可能抗体相互作用を立体的に塞ぐであろうプロテインＬおよびメディトープ上の全てのリシンを同定した。この情報に基づき、配列番号５９(SCQFDLSTRRLRCGGGGSEVTIRVNLIFADGNIQTAEFRGTFEEATAEAYRYAALLARVNGEYTADLEDGGNHMNIKFAG)で示される配列を有するメディトープ−プロテインＬ融合体（ＭＰＬ）を生成したが、ここでは、プロテインＬ／メディトープ中の特定のリシン（図５２中に黒色で示されている−１個を除いて全てのリシン）がＡｒｇまたはＡｓｎに変異された。上記の配列において、リシンからアルギニン／アスパラギンに変異させた残基は、太字で示されている。変異させなかったリシン（上記では下線付き）は、溶媒との接点である。したがって、生じたメディトープ−プロテインＬ融合タンパク質において、Ｎ末端アミンおよびεアミンをコンジュゲーションのために残したが、後者は溶媒に曝露され、より反応性である可能性がある。
他の例では、この変異体中のこの独自のリシン残基を使用して、例えば、あり得る抗原性に対処するために、ＭＰＬをペグ化する。
ＭＰＬ−ＤＯＴＡ−ＮＨＳコンジュゲート
様々な比（０．５：１、２：１、１０：１、３０：１、６０：１、１２０：１、２４０：１）の出発物質（ＤＯＴＡ−ＮＨＳ：ＭＰＬ）を用いて、リン酸緩衝液（８０ｍＭ）中、１０分間で、Ｎ末端コンジュゲーションと比較して、リシンへのコンジュゲーションに好ましいｐＨ＝１０で実施される反応で、配列番号５９で示される配列を有するＭＰＬをＤＯＴＡ−ＮＨＳにコンジュゲートした。ＤＯＴＡ−ＮＨＳが増加するにつれて、モノ−ＤＯＴＡ−コンジュゲート生成物は増加する。かなりの量のＭＰＬ−モノ−ＤＯＴＡ−ＭＰＬが６０：１の比で形成され、かつかなりの量のＭＰＬ−モノ−ＤＯＴＡおよびＭＰＬ−ジ−ＤＯＴＡの両方が１２０：１の比で形成された（図６０）。
前述の本発明の実施例および方法は、単なる例証であって、本発明をいかなるようにも制限することを意図したものではない。前述の様々な変更形態が本発明の意図の範囲内であることは、当業者には認識されるであろう。
参考文献
以下及び上記本明細書中で引用したすべての参考文献は、ここに完全に記載したように、参照としてその全体を本明細書に組み入れるものとする。
1. Accardi, L., and Di Bonito, P. (2010) Antibodies in single-chain format 1. ag
ainst tumour-associated antigens: present and future applications, Curr Med Chem
17, 1730-1755.

2. Adams, G. P., Schier, R., McCall, A. M., Simmons, H. H., Horak, E. M., Alpaugh, R. K., Marks, J. D., and Weiner, L. M. (2001) Cancer Res 61, 4750-4755.

3. Adams, J., Behnke, M., Chen, S., Cruickshank, A. A., Dick, L. R., Grenier, L., Klunder, J. M., Ma, Y. T., Plamondon, L., and Stein, R. L. (1998) Potent and selective inhibitors of the proteasome: dipeptidyl boronic acids, Bioorg Med Chem
Lett 8, 333-338.

4. Adams, P. D., Grosse-Kunstleve, R. W., Hung, L. W., Ioerger, T. R., McCoy, A.
J., Moriarty, N. W., Read, R. J., Sacchettini, J. C., Sauter, N. K., and Terwilliger, T. C. (2002) Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 58, 1948-1954.

5. Adessi, C., and Soto, C. (2002) Converting a peptide into a drug: strategies to improve stability and bioavailability, Curr Med Chem 9, 963-978.

6. Akamatsu, Y., Pakabunto, K., Xu, Z., Zhang, Y., and Tsurushita, N. (2007) Whole
7. IgG surface display on mammalian cells: Application to isolation of neutralizing chicken monoclonal anti-IL-12 antibodies, J Immunol Methods 327, 40-52.

8. Alley, S. C., Okeley, N. M., and Senter, P. D. (2010) Antibody-drug conjugates: targeted drug delivery for cancer, Curr Opin Chem Biol 14, 529-537.

9. Auffinger, P., Hays, F. A., Westhof, E., and Ho, P. S. (2004) Halogen bonds in biological molecules, Proc Natl Acad Sci U S A 101, 16789-16794.

10. Beck, A., Wurch, T., Bailly, C., and Corvaia, N. (2010) Strategies and challenges for the next generation of therapeutic antibodies, Nat Rev Immunol 10, 345-352.

11. Beck, A., Wagner-Rousset, E., Bussat, M. C., Lokteff, M., Klinguer-Hamour, C., Haeuw, J. F., Goetsch, L., Wurch, T., Van Dorsselaer, A., and Corvaia, N. (2008) Trends in glycosylation, glycoanalysis and glycoengineering of therapeutic antibodies and Fc-fusion proteins, Curr Pharm Biotechnol 9, 482-501.

12. Bilgicer, B., Moustakas, D. T., and Whitesides, G. M. (2007) A synthetic trivalent hapten that aggregates anti-2,4-DNP IgG into bicyclic trimers, J Am Chem Soc 129, 3722-3728.

13. Bilgi軻r B, Thomas SW 3rd, Shaw BF, Kaufman GK, Krishnamurthy VM, Estroff LA, Yang J, Whitesides GM., A non-chromatographic method for the purification of a
bivalently active monoclonal IgG antibody from biological fluids. J. Am. Chem. Soc. 2009 JUL 8;131(26):9361-7.

14. Bokemeyer, C., Bondarenko, I., Makhson, A., Hartmann, J. T., Aparicio, J., de Braud, F., Donea, S., Ludwig, H., Schuch, G., Stroh, C., Loos, A. H., Zubel, A., and Koralewski, P. (2009) Fluorouracil, leucovorin, and oxaliplatin with and
without cetuximab in the first-line treatment of metastatic colorectal cancer, J
Clin Oncol 27, 663-671.

15. Bretscher, L. E., Li, H., Poulos, T. L., and Griffith, O. W. (2003) Structural characterization and kinetics of nitric-oxide synthase inhibition by novel N5-(iminoalkyl)- and N5-(iminoalkenyl)-ornithines, J Biol Chem 278, 46789-46797.

16. Butlin, N. G., and Meares, C. F. (2006) Antibodies with infinite affinity: origins and applications, Acc Chem Res 39, 780-787.

17. Cardarelli, P. M., Quinn, M., Buckman, D., Fang, Y., Colcher, D., King, D. J., Bebbington, C., and Yarranton, G. (2002) Binding to CD20 by anti-B1 antibody or F(ab')(2) is sufficient for induction of apoptosis in B-cell lines, Cancer Immunol Immunother 51, 15-24.

18. Carson, K. R., Focosi, D., Major, E. O., Petrini, M., Richey, E. A., West, D. P., and Bennett, C. L. (2009) Lancet Oncol 10(8), 816-824

19. Chen, V. B., Arendall, W. B., 3rd, Headd, J. J., Keedy, D. A., Immormino, R.
M., Kapral, G. J., Murray, L. W., Richardson, J. S., and Richardson, D. C. (2010) MolProbity: all-atom structure validation for macromolecular crystallography,
Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 66, 12-21.

20. Chih, H. W., Gikanga, B., Yang, Y., and Zhang, B. (2011) Identification of amino acid residues responsible for the release of free drug from an antibody-drug conjugate utilizing lysine-succinimidyl ester chemistry, J Pharm Sci 100, 2518-2525.

21. Chmura, A. J., Orton, M. S., and Meares, C. F. (2001) Antibodies with infinite affinity, Proc Natl Acad Sci U S A 98, 8480-8484.

22. Cho, H. S., Mason, K., Ramyar, K. X., Stanley, A. M., Gabelli, S. B., Denney, D. W., Jr., and Leahy, D. J. (2003) Structure of the extracellular region of HER2 alone and in complex with the Herceptin Fab, Nature 421, 756-760.

23. Collis, A. V., Brouwer, A. P., and Martin, A. C. (2003) J Mol Biol 325, 337-354.

24. Dechant, M., Weisner, W., Berger, S., Peipp, M., Beyer, T., Schneider-Merck,
T., Lammerts van Bueren, J. J., Bleeker, W. K., Parren, P. W., van de Winkel, J. G., and Valerius, T. (2008) Complement-dependent tumor cell lysis triggered by
combinations of epidermal growth factor receptor antibodies, Cancer Res 68, 4998-5003.

25. Demarest, S. J., and Glaser, S. M. (2008) Antibody therapeutics, antibody engineering, and the merits of protein stability, Curr Opin Drug Discov Devel 11, 675-687.

26. DeNardo, G., and DeNardo, S. (2010) Dose intensified molecular targeted radiotherapy for cancer-lymphoma as a paradigm, Semin Nucl Med 40, 136-144.

27. Derksen, D. J., Stymiest, J. L., and Vederas, J. C. (2006) Antimicrobial leucocin analogues with a disulfide bridge replaced by a carbocycle or by noncovalent interactions of allyl glycine residues, J Am Chem Soc 128, 14252-14253.

28. Donaldson, J. M., Kari, C., Fragoso, R. C., Rodeck, U., and Williams, J. C. (2009) Design and development of masked therapeutic antibodies to limit off-target effects: application to anti-EGFR antibodies, Cancer Biol Ther 8, 2147-2152.

29. Doppalapudi, V. R., Huang, J., Liu, D., Jin, P., Liu, B., Li, L., Desharnais, J., Hagen, C., Levin, N. J., Shields, M. J., Parish, M., Murphy, R. E., Del Rosario, J., Oates, B. D., Lai, J. Y., Matin, M. J., Ainekulu, Z., Bhat, A., Bradshaw, C. W., Woodnutt, G., Lerner, R. A., and Lappe, R. W. (2010) Chemical generation of bispecific antibodies, Proc Natl Acad Sci U S A 107, 22611-22616.

30. Doppalapudi, V. R., Tryder, N., Li, L., Aja, T., Griffith, D., Liao, F. F., Roxas, G., Ramprasad, M. P., Bradshaw, C., and Barbas, C. F., 3rd. (2007) Chemically programmed antibodies: endothelin receptor targeting CovX-Bodies, Bioorg Med Chem Lett 17, 501-506.

31. Dornan, D., Bennett, F., Chen, Y., Dennis, M., Eaton, D., Elkins, K., French, D., Go, M. A., Jack, A., Junutula, J. R., Koeppen, H., Lau, J., McBride, J., Rawstron, A., Shi, X., Yu, N., Yu, S. F., Yue, P., Zheng, B., Ebens, A., and Polson, A. G. (2009) Therapeutic potential of an anti-CD79b antibody-drug conjugate,
anti-CD79b-vc-MMAE, for the treatment of non-Hodgkin lymphoma, Blood 114, 2721-2729.

32. Du, J., Wang, H., Zhong, C., Peng, B., Zhang, M., Li, B., Huo, S., Guo, Y., and Ding, J. (2007) Structural basis for recognition of CD20 by therapeutic antibody Rituximab, J Biol Chem 282, 15073-15080

33. Emsley, P., and Cowtan, K. (2004) Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 60, 2126-2132.

34. Erlanson, D. A., Arndt, J. W., Cancilla, M. T., Cao, K., Elling, R. A., English, N., Friedman, J., Hansen, S. K., Hession, C., Joseph, I., Kumaravel, G., Lee, W. C., Lind, K. E., McDowell, R. S., Miatkowski, K., Nguyen, C., Nguyen, T. B., Park, S., Pathan, N., Penny, D. M., Romanowski, M. J., Scott, D., Silvian, L., Simmons, R. L., Tangonan, B. T., Yang, W., and Sun, L. (2011) Discovery of a potent and highly selective PDK1 inhibitor via fragment-based drug discovery, Bioorg Med Chem Lett 21, 3078-3083.
35. Ferenczy, G. G., and Keseru, G. M. (2010) Thermodynamics guided lead discovery and optimization, Drug Discov Today 15, 919-932.

36. Gencoglan, G., and Ceylan, C. (2007) Skin Pharmacol Physiol 20, 260-262.

37. Goodwin, D. A., and Meares, C. F. (1999) Pretargeted peptide imaging and therapy, Cancer Biother Radiopharm 14, 145-152.

38. Graille, M., Stura, E. A., Corper, A. L., Sutton, B. J., Taussig, M. J., Cha
rbonnier, J. B., and Silverman, G. J. (2000) Proc Natl Acad Sci U S A 97, 5399-5404.

39. Graille, M., Stura, E. A., Housden, N. G., Beckingham, J. A., Bottomley, S. P., Beale, D., Taussig, M. J., Sutton, B. J., Gore, M. G., and Charbonnier, J. B. (2001) Structure 9, 679-687.

40. Graille, M., Harrison, S., Crump, M. P., Findlow, S. C., Housden, N. G., Muller, B. H., Battail-Poirot, N., Sibai, G., Sutton, B. J., Taussig, M. J., Jolivet-Reynaud, C., Gore, M. G., and Stura, E. A. (2002) J Biol Chem 277, 47500-47506.

41. Green, D. J., Pagel, J. M., Pantelias, A., Hedin, N., Lin, Y., Wilbur, D. S., Gopal, A., Hamlin, D. K., and Press, O. W. (2007) Pretargeted radioimmunotherapy for B-cell lymphomas, Clin Cancer Res 13, 5598-5603.

42. Guay, D., Beaulieu, C., and Percival, M. D. (2010) Therapeutic utility and medicinal chemistry of cathepsin C inhibitors, Curr Top Med Chem 10, 708-716.

43. Hansel, T. T., Kropshofer, H., Singer, T., Mitchell, J. A., and George, A. J. (2010) The safety and side effects of monoclonal antibodies, Nat Rev Drug Discov 9, 325-338.

44. Hardegger, L. A., Kuhn, B., Spinnler, B., Anselm, L., Ecabert, R., Stihle, M., Gsell, B., Thoma, R., Diez, J., Benz, J., Plancher, J. M., Hartmann, G., Banner, D. W., Haap, W., and Diederich, F. (2011) Systematic investigation of halogen bonding in protein-ligand interactions, Angew Chem Int Ed Engl 50, 314-318.

45. Hartmann, C., Muller, N., Blaukat, A., Koch, J., Benhar, I., and Wels, W. S.
(2010) Oncogene 29, 4517-4527.

46. Hernandes, M. Z., Cavalcanti, S. M., Moreira, D. R., de Azevedo Junior, W. F., and Leite, A. C. (2010) Halogen atoms in the modern medicinal chemistry: hints for the drug design, Curr Drug Targets 11, 303-314.

47. Hughes, S. J., Millan, D. S., Kilty, I. C., Lewthwaite, R. A., Mathias, J. P., O'Reilly, M. A., Pannifer, A., Phelan, A., Stuhmeier, F., Baldock, D. A., and
Brown, D. G. (2011) Fragment based discovery of a novel and selective PI3 kinase inhibitor, Bioorg Med Chem Lett.

48. Hutchins, B. M., Kazane, S. A., Staflin, K., Forsyth, J. S., Felding-Habermann, B., Schultz, P. G., and Smider, V. V. (2011) Site-specific coupling and sterically controlled formation of multimeric antibody fab fragments with unnatural amino acids, J Mol Biol 406, 595-603.

49. Junutula, J. R., Raab, H., Clark, S., Bhakta, S., Leipold, D. D., Weir, S., Chen, Y., Simpson, M., Tsai, S. P., Dennis, M. S., Lu, Y., Meng, Y. G., Ng, C., Yang, J., Lee, C. C., Duenas, E., Gorrell, J., Katta, V., Kim, A., McDorman, K.,
Flagella, K., Venook, R., Ross, S., Spencer, S. D., Lee Wong, W., Lowman, H. B., Vandlen, R., Sliwkowski, M. X., Scheller, R. H., Polakis, P., and Mallet, W. (
2008) Site-specific conjugation of a cytotoxic drug to an antibody improves the therapeutic index, Nat Biotechnol 26, 925-932.

50. Kamat, V., Donaldson, J. M., Kari, C., Quadros, M. R., Lelkes, P. I., Chaiken, I., Cocklin, S., Williams, J. C., Papazoglou, E., and Rodeck, U. (2008) Enhanced EGFR inhibition and distinct epitope recognition by EGFR antagonistic mAbs C225 and 425, Cancer Biol Ther 7, 726-733.

51. Kiessling, L. L., and Splain, R. A. (2010) Chemical approaches to glycobiology, Annu Rev Biochem 79, 619-653.

52. Ladbury, J. E., Klebe, G., and Freire, E. (2010) Adding calorimetric data to
decision making in lead discovery: a hot tip, Nat Rev Drug Discov 9, 23-27.

53. Lazar, G. A., Dang, W., Karki, S., Vafa, O., Peng, J. S., Hyun, L., Chan, C., Chung, H. S., Eivazi, A., Yoder, S. C., Vielmetter, J., Carmichael, D. F., Hayes, R. J., and Dahiyat, B. I. (2006) Engineered antibody Fc variants with enhanced effector function, Proc Natl Acad Sci U S A 103, 4005-4010.

54. Lesch, H. P., Kaikkonen, M. U., Pikkarainen, J. T., and Yla-Herttuala, S. (2010) Avidin-biotin technology in targeted therapy, Expert Opin Drug Deliv 7, 551-564.

55. Li, M., Yan, Z., Han, W., and Zhang, Y. (2006) Cell Immunol 239, 136-143.

56. Li, S., Schmitz, K. R., Jeffrey, P. D., Wiltzius, J. J., Kussie, P., and Ferguson, K. M. (2005) Structural basis for inhibition of the epidermal growth factor receptor by cetuximab, Cancer Cell 7, 301-311.

57. Liu, C. C., and Schultz, P. G. (2010) Adding new chemistries to the genetic code, Annu Rev Biochem 79, 413-444.

58. Lowe CR, Lowe AR, Gupta G. (2001) J. Biochem. Bioph. Meth. 49: 561- 574.

59. Mammen, M., Choi, S.-K., and Whitesides, G. M. Polyvalent Interactions in Biological Systems: Implications for Design and Use of Multivalent Ligands and Inhibitors, (1998) Angew. Chem. Int. Ed. Engl., 37, 2749-2798.

60. McCoy, A. J., Grosse-Kunstleve, R. W., Adams, P. D., Winn, M. D., Storoni, L. C., and Read, R. J. (2007) J Appl Crystallogr 40, 658-674.

61. Meares, C. F. (2008) The chemistry of irreversible capture, Adv Drug Deliv Rev 60, 1383-1388.

62. Meira, D. D., Nobrega, I., de Almeida, V. H., Mororo, J. S., Cardoso, A. M.,
Silva, R. L., Albano, R. M., and Ferreira, C. G. (2009) Eur J Cancer 45, 1265-1273.

63. Melosky, B., Burkes, R., Rayson, D., Alcindor, T., Shear, N., and Lacouture,
M. (2009) Curr Oncol 16(1), 16-26.

64. Meredith, R. F., and Buchsbaum, D. J. (2006) Pretargeted radioimmunotherapy,
Int J Radiat Oncol Biol Phys 66, S57-59.

65. Milo, L. J., Lai, J. H., Wu, W., Liu, Y., Maw, H., Li, Y., Jin, Z., Shu, Y.,
Poplawski, S., Wu, Y., Sanford, D. G., Sudmeier, J. L., and Bachovchin, B. (2011) Chemical and Biological Evaluation of Dipeptidyl Boronic Acid Proteasome Inhibitors for Use in Pro- and Pro-soft Drugs Targeting Solid Tumors, J Med Chem (in
press - DOI: 10.1021/jm200460q).

66. Molloy, E. S., and Calabrese, L. H. (2009) Nat Rev Rheumatol 5(8), 418-419.

67. Morse, L., and Calarese, P. (2006) Semin Oncol Nurs 22(3), 152-162.

68. Moss, L. S., Starbuck, M. F., Mayer, D. K., Harwood, E. B., and Glotzer, J. (2009) Oncol Nurs Forum 36, 676-685.

69. Mossessova, E., and Lima, C. D. (2000) Mol Cell 5, 865-876.

70. Muller, D., and Kontermann, R. E. (2010) Bispecific antibodies for cancer immunotherapy: Current perspectives, BioDrugs 24, 89-98.

71. Muller, S., Lange, S., Gautel, M., and Wilmanns, M. (2007) Rigid conformation of an immunoglobulin domain tandem repeat in the A-band of the elastic muscle protein titin, J Mol Biol 371, 469-480.

72. Nicola, G., Peddi, S., Stefanova, M., Nicholas, R. A., Gutheil, W. G., and Davies, C. (2005) Crystal structure of Escherichia coli penicillin-binding protein 5 bound to a tripeptide boronic acid inhibitor: a role for Ser-110 in deacylation, Biochemistry 44, 8207-8217.

73. Pagel, J. M., Lin, Y., Hedin, N., Pantelias, A., Axworthy, D., Stone, D., Hamlin, D. K., Wilbur, D. S., and Press, O. W. (2006) Comparison of a tetravalent single-chain antibody-streptavidin fusion protein and an antibody-streptavidin chemical conjugate for pretargeted anti-CD20 radioimmunotherapy of B-cell lymphomas, Blood 108, 328-336.

74. Pakkala, M., Weisell, J., Hekim, C., Vepsalainen, J., Wallen, E. A., Stenman, U. H., Koistinen, H., and Narvanen, A. (2010) Mimetics of the disulfide bridge
between the N- and C-terminal cysteines of the KLK3-stimulating peptide B-2, Amino Acids 39, 233-242.

75. Pugashetti, R., and Koo, J. (2009) J Dermatolog Treat 20(3), 132-136.

76. Rao, J., Lahiri, J., Isaacs, L., Weis, R. M., and Whitesides, G. M. (1998) A
trivalent system from vancomycin.D-ala-D-Ala with higher affinity than avidin.biotin, Science 280, 708-711.

77. Riemer, A. B., Klinger, M., Wagner, S., Bernhaus, A., Mazzucchelli, L., Pehamberger, H., Scheiner, O., Zielinski, C. C., and Jensen-Jarolim, E. (2004) J Imm
unol 173, 394-401.

78. Riemer, A. B., Kurz, H., Klinger, M., Scheiner, O., Zielinski, C. C., and Jensen-Jarolim, E. (2005) Vaccination with cetuximab mimotopes and biological properties of induced anti-epidermal growth factor receptor antibodies, J Natl Cancer Inst 97, 1663-1670.

79. Rivera, F., Garcia-Castano, A., Vega, N., Vega-Villegas, M. E., and Gutierrez-Sanz, L. (2009) Cetuximab in metastatic or recurrent head and neck cancer: the
EXTREME trial, Expert Rev Anticancer Ther 9, 1421-1428.

80. Roe, E., Garcia Muret, M. P., Marcuello, E., Capdevila, J., Pallares, C., and Alomar, A. (2006) J Am Acad Dermatol 55(3), 429-437.

81. Rossi, E. A., Goldenberg, D. M., Cardillo, T. M., McBride, W. J., Sharkey, R. M., and Chang, C. H. (2006) Stably tethered multifunctional structures of defined composition made by the dock and lock method for use in cancer targeting, Proc Natl Acad Sci U S A 103, 6841-6846.

82. Rudnick, S. I., and Adams, G. P. (2009) Cancer Biother Radiopharm 24, 155-161.

83. Scheuer W, Friess T, Burtscher H, Bossenmaier B, Endl J, Hasmann M., Strongly enhanced antitumor activity of trastuzumab and pertuzumab combination
84. treatment on HER2-positive human xenograft tumor models. Cancer Res. 2009 Dec 15;69(24):9330-6.

85. Schrag, D., Chung, K. Y., Flombaum, C., and Saltz, L. (2005) J Natl Cancer Inst 97(16), 1221-1224.

86. Seeman, N. C. (2003) DNA in a material world, Nature 421, 427-431.

87. Shaav, T., Wiesmuller, K. H., and Walden, P. (2007) Vaccine 25, 3032-3037.

88. Shan, D., Ledbetter, J. A., and Press, O. W. (1998) Apoptosis of malignant human B cells by ligation of CD20 with monoclonal antibodies, Blood 91, 1644-1652.

89. Sharkey, R. M., Rossi, E. A., McBride, W. J., Chang, C. H., and Goldenberg, D. M. (2010) Recombinant bispecific monoclonal antibodies prepared by the dock-and-lock strategy for pretargeted radioimmunotherapy, Semin Nucl Med 40, 190-203.

90. Sheedy, C., MacKenzie, C. R., and Hall, J. C. (2007) Isolation and affinity maturation of hapten-specific antibodies, Biotechnol Adv 25, 333-352.

91. Shirasaki, Y., Nakamura, M., Yamaguchi, M., Miyashita, H., Sakai, O., and Inoue, J. (2006) Exploration of orally available calpain inhibitors 2: peptidyl hemiacetal derivatives, J Med Chem 49, 3926-3932.

92. Shuker, S. B., Hajduk, P. J., Meadows, R. P., and Fesik, S. W. (1996) Discov
ering high-affinity ligands for proteins: SAR by NMR, Science 274, 1531-1534.

93. Spangler, J. B., Neil, J. R., Abramovitch, S., Yarden, Y., White, F. M., Lauffenburger, D. A., and Wittrup, K. D. (2010) Combination antibody treatment down-regulates epidermal growth factor receptor by inhibiting endosomal recycling, Proc Natl Acad Sci U S A 107, 13252-13257.

94. Stymiest, J. L., Mitchell, B. F., Wong, S., and Vederas, J. C. (2005) Synthesis of oxytocin analogues with replacement of sulfur by carbon gives potent antagonists with increased stability, J Org Chem 70, 7799-7809.

95. Teillaud, J. L. (2005) Engineering of monoclonal antibodies and antibody-based fusion proteins: successes and challenges, Expert Opin Biol Ther 5 Suppl 1, S15-27.

96. Thakur, A., and Lum, L. G. (2010) Cancer therapy with bispecific antibodies:
Clinical experience, Curr Opin Mol Ther 12, 340-349.

97. Van Cutsem, E., Kohne, C. H., Hitre, E., Zaluski, J., Chang Chien, C. R., Makhson, A., D'Haens, G., Pinter, T., Lim, R., Bodoky, G., Roh, J. K., Folprecht, G., Ruff, P., Stroh, C., Tejpar, S., Schlichting, M., Nippgen, J., and Rougier, P. (2009) Cetuximab and chemotherapy as initial treatment for metastatic colorectal cancer, N Engl J Med 360, 1408-1417.

98. Wakankar, A. A., Feeney, M. B., Rivera, J., Chen, Y., Kim, M., Sharma, V. K., and Wang, Y. J. (2010) Physicochemical stability of the antibody-drug conjugate Trastuzumab-DM1: changes due to modification and conjugation processes, Bioconjug Chem 21, 1588-1595.

99. Young, W. W., Jr., Tamura, Y., Wolock, D. M., and Fox, J. W. (1984) J Immunol 133, 3163-3166.

Claims (115)

  1. 重鎖可変（ＶＨ）領域および軽鎖可変（ＶＬ）領域を含む単離されたメディトープ利用可能抗体またはそのフラグメントであって：
    ＶＬ領域が、Ｋａｂａｔナンバリングに従うと４０位にトレオニン、セリンまたはアスパルタート、４１位にグリシン以外の残基、および８５位にアスパルタートまたはアスパラギンを含むアミノ酸配列を有し；
    抗体またはフラグメントが、セツキシマブが特異的に結合するＥＧＦＲのエピトープに特異的に結合せず；かつ
    抗体またはフラグメントが、配列番号１、２、１６〜１８、２３、２９、３１、３２、３６、３９、４２、４３、４５、４６、５１、５２、５４、もしくは５５で示される配列からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するペプチド、またはそれに由来する環式ペプチドであるメディトープに結合する、単離されたメディトープ利用可能抗体またはそのフラグメント。
  2. ＶＨ領域が、Ｋａｂａｔナンバリングに従うと４０位にセリンまたはプロリン、および８９位にイソロイシン、チロシン、メチオニン、フェニルアラニン、またはトリプトファンを含むアミノ酸配列を有する、請求項１に記載のメディトープ利用可能抗体またはフラグメント。
  3. ＶＬ領域のアミノ酸配列が、Ｋａｂａｔナンバリングに従うと１０位にイソロイシンまたはロイシン、および８３位にイソロイシンをさらに含む、請求項１または２に記載のメディトープ利用可能抗体またはフラグメント。
  4. ＶＬ領域のアミノ酸配列が、Ｋａｂａｔナンバリングに従うと９位にバリンまたはイソロイシン、および１００位にグルタミン以外の残基をさらに含む、請求項１から３のいずれかに記載のメディトープ利用可能抗体またはフラグメント。
  5. ＶＬ領域のアミノ酸配列が、Ｋａｂａｔナンバリングに従うと４０位にトレオニン、４１位にアスパラギン、および８５位にアスパルタートを有する、請求項１から４のいずれかに記載のメディトープ利用可能抗体またはフラグメント。
  6. ＶＨ領域のアミノ酸配列が、Ｋａｂａｔナンバリングに従うと４０位にセリン、および８９位にイソロイシンを有する、請求項１から５のいずれかに記載の抗体またはフラグメント。
  7. ＶＬ領域のアミノ酸配列が、Ｋａｂａｔナンバリングに従うと９位にバリンまたはイソロイシン、１０位にイソロイシンまたはロイシン、３９位にアルギニン、４０位にトレオニン、４１位にアスパラギン、４２位にグリシン、４３位にセリン、８３位にイソロイシン、８５位にアスパルタート、および１００位にアラニンを有し；かつ
    ＶＨ領域のアミノ酸配列が、Ｋａｂａｔナンバリングに従うと４０位にセリンおよび８９位にイソロイシンを有する、請求項１から６のいずれかに記載の抗体またはそのフラグメント。
  8. 重鎖可変（ＶＨ）領域および軽鎖可変（ＶＬ）領域を含む単離された抗体またはそのフラグメントであって、
    ＶＬ領域が、配列番号７１または配列番号６１で示される軽鎖配列の軽鎖フレームワーク領域（ＦＲ）１（ＦＲ−Ｌ１）、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、およびＦＲ−Ｌ４ならびに配列番号７１で示される軽鎖配列のＣＤＲとは別である少なくとも１つのＣＤＲを含むアミノ酸配列を有し；かつ
    ＶＨ領域が、配列番号７２または配列番号６３で示される重鎖配列の重鎖ＦＲ１（ＦＲ−Ｈ１）、ＦＲ−Ｈ２、ＦＲ−Ｈ３、およびＦＲ−Ｈ４を有するアミノ酸配列ならびに配列番号７２で示される重鎖配列のＣＤＲとは別である少なくとも１つのＣＤＲを有する、単離された抗体またはそのフラグメント。
  9. 配列番号７１で示される軽鎖配列のＣＤＲとは別である少なくとも１つのＣＤＲが、配列番号６１で示される軽鎖配列のＣＤＲを包含し；かつ
    配列番号７２で示される重鎖配列のＣＤＲとは別である少なくとも１つのＣＤＲが、配列番号６３で示される重鎖配列のＣＤＲを包含する、請求項８に記載の抗体またはフラグメント。
  10. ＶＬが、配列番号７６のアミノ酸配列を含み、かつＶＨが、配列番号７７のアミノ酸配列を含む、請求項８に記載の抗体またはフラグメント。
  11. 重鎖可変（ＶＨ）領域および軽鎖可変（ＶＬ）領域を含む単離された抗体またはそのフラグメントであって：
    ＶＬ領域が、配列番号９で示される軽鎖配列の軽鎖フレームワーク領域（ＦＲ）１（ＦＲ−Ｌ１）、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、およびＦＲ−Ｌ４を含むアミノ酸配列を有し；かつ
    ＶＨ領域が、配列番号６で示される重鎖配列の重鎖ＦＲ１（ＦＲ−Ｈ１）、ＦＲ−Ｈ２、ＦＲ−Ｈ３、およびＦＲ−Ｈ４を有するアミノ酸配列を有する、単離された抗体またはそのフラグメント。
  12. ＶＬ領域が、配列番号９で示されるＶＬ配列のＣＤＲとは別である少なくとも１つの相補性決定領域（ＣＤＲ）を含み；かつ
    ＶＨ領域が、配列番号６で示されるＶＨ配列のＣＤＲとは別である少なくとも１つのＣＤＲを含む、請求項１１に記載の抗体またはそのフラグメント。
  13. ＶＬ領域が配列番号７３のアミノ酸配列を含み；かつ
    ＶＨ領域が配列番号７４のアミノ酸配列を含む、請求項１１に記載の抗体。
  14. 重鎖可変（ＶＨ）領域および軽鎖可変（ＶＬ）領域を含む単離された抗体またはそのフラグメントであって、
    ＶＬ領域が、配列番号６８で示される軽鎖配列の軽鎖フレームワーク領域（ＦＲ）１（ＦＲ−Ｌ１）、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、およびＦＲ−Ｌ４を含むアミノ酸配列を有する、単離された抗体またはそのフラグメント。
  15. ＶＬ領域が、配列番号６９で示される軽鎖配列のＣＤＲとは別である少なくとも１つの相補性決定領域（ＣＤＲ）を含み；
    ＶＨ領域が、配列番号７０で示される重鎖配列のＣＤＲとは別である少なくとも１つのＣＤＲを含む、請求項１４に記載の抗体またはそのフラグメント。
  16. ＶＬ領域が、配列番号７５のアミノ酸配列を含む、請求項１４に記載の抗体。
  17. 配列番号１、２、１６〜１８、２３、２９、３１、３２、３６、３９、４２、４３、４５、４６、５１、５２、５４、もしくは５５で示される配列からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するメディトープ、またはそれに由来する環式ペプチドに結合する、請求項８から１６のいずれかに記載の抗体またはフラグメント。
  18. 表面プラスモン共鳴（ＳＰＲ）によって決定した場合に１０μＭ未満の解離定数で、メ
    ディトープに結合する、請求項１から７および１７のいずれかに記載の抗体またはフラグメント。
  19. 解離定数が５μＭ未満である、請求項１８に記載の抗体またはそのフラグメント。
  20. 解離定数が２μＭ未満である、請求項１９に記載の抗体またはフラグメント。
  21. メディトープが、配列番号１または２で示されるアミノ酸配列のペプチドに由来する環式ペプチドである、請求項１から７および１７から２０のいずれかに記載の抗体またはフラグメント。
  22. 重鎖可変（ＶＨ）領域および軽鎖可変（ＶＬ）領域を含む単離された抗体またはそのフラグメントであって、
    ＳＰＲによって決定した場合に１０μＭ未満の解離定数でメディトープに結合し、その際、メディトープは、配列番号１または２のアミノ酸配列を有するペプチドに由来する環式ペプチドであり；かつ
    セツキシマブが特異的に結合するＥＧＦＲのエピトープに特異的に結合しない、単離された抗体またはそのフラグメント。
  23. ＶＬ領域が、Ｋａｂａｔナンバリングに従うと４０位にＰ、４１位にＧ、または８５位にＴを含有せず、かつＶＨ領域が、Ｋａｂａｔナンバリングに従うと４０位にＮもしくはＡ、または８９位にＶを含有しない、請求項２２に記載の抗体またはフラグメント。
  24. ＶＬ領域が、Ｋａｂａｔナンバリングに従うと１０位にＳ、４０位にＰ、４１位にＧ、８３位にＦ、または８５位にＴを含有せず、かつＶＨ領域がＫａｂａｔナンバリングに従うと４０位にＮもしくはＡ、または８９位にＶを含有しない、請求項２２または２３に記載の抗体またはそのフラグメント。
  25. ヒト定常領域をさらに含む、請求項１から２４のいずれかに記載の抗体またはそのフラグメント。
  26. アバゴボマブ、アブシキシマブ、アダリムマブ、アデカツムマブ、アレムツズマブ、アルツモマブ、ペンテト酸アルツモマブ、アナツモマブ、アナツモマブマフェナトクス、アルシツモマブ、アトリズマブ、バシリキシマブ、ベクツモマブ、エクツモマブ、ベリムマブ、ベンラリズマブ、ベバシズマブ、ブレンツキシマブ、カナキヌマブ、カプロマブ、カプロマブペンデチド、カツマキソマブ、セルトリズマブ、クリバツズマブテトラキセタン、ダクリズマブ、デノスマブ、エクリズマブ、エドレコロマブ、エファリズマブ、エタラシズマブ、エルツマキソマブ、ファノレソマブ、Ｆｂｔａ０５、フォントリズマブ、ゲムツズマブ、ギレンツキシマブ、ゴリムマブ、イブリツモマブ、イゴボマブ、インフリキシマブ、イピリムマブ、ラベツズマブ、メポリズマブ、ムロモナブ、ムロモナブ−ＣＤ３、ナタリズマブ、ネシツムマブ、ニモツズマブ、オファツムマブ、オマリズマブ、オレゴボマブ、パリビズマブ、パニツムマブ、ラニビズマブ、リツキシマブ、サツモマブ、スレソマブ、イブリツモマブ、イブリツモマブチウキセタン、トシリズマブ、トシツモマブ、トラスツズマブ、Ｔｒｂｓ０７、ウステキヌマブ、ビシリズマブ、ボツムマブ、ザルツムマブ、ブロダルマブ、アンルキンズマブ、バピヌズマブ、ダロツズマブ、デムシズマブ、ガニツマブ、イノツズマブ、マブリリムマブ、モキセツモマブパスドトックス、リロツムマブ、シファリムマブ、タネズマブ、トラロキヌマブ、トレメリムマブ、ハイブリドーマ１０Ｂ５によって産生される抗体、およびウレルマブからなる群から選択される抗体または抗体フラグメントと、抗原結合について競合するか、またはそれらと同じエピトープに結合する、請求項１から２５のいずれかに記載の抗体またはそのフラグメント。
  27. アバゴボマブ、アブシキシマブ、アダリムマブ、アデカツムマブ、アレムツズマブ、アルツモマブ、ペンテト酸アルツモマブ、アナツモマブ、アナツモマブマフェナトクス、アルシツモマブ、アトリズマブ、バシリキシマブ、ベクツモマブ、エクツモマブ、ベリムマブ、ベンラリズマブ、ベバシズマブ、ブレンツキシマブ、カナキヌマブ、カプロマブ、カプロマブペンデチド、カツマキソマブ、セルトリズマブ、クリバツズマブテトラキセタン、ダクリズマブ、デノスマブ、エクリズマブ、エドレコロマブ、エファリズマブ、エタラシズマブ、エルツマキソマブ、ファノレソマブ、Ｆｂｔａ０５、フォントリズマブ、ゲムツズマブ、ギレンツキシマブ、ゴリムマブ、イブリツモマブ、イゴボマブ、インフリキシマブ、イピリムマブ、ラベツズマブ、メポリズマブ、ムロモナブ、ムロモナブ−ＣＤ３、ナタリズマブ、ネシツムマブ、ニモツズマブ、オファツムマブ、オマリズマブ、オレゴボマブ、パリビズマブ、パニツムマブ、ラニビズマブ、リツキシマブ、サツモマブ、スレソマブ、イブリツモマブ、イブリツモマブチウキセタン、トシリズマブ、トシツモマブ、Ｔｒｂｓ０７、ウステキヌマブ、ビシリズマブ、ボツムマブ、ザルツムマブ、ブロダルマブ、アンルキンズマブ、バピヌズマブ、ダロツズマブ、デムシズマブ、ガニツマブ、イノツズマブ、マブリリムマブ、モキセツモマブパスドトックス、リロツムマブ、シファリムマブ、タネズマブ、トラロキヌマブ、トレメリムマブ、ハイブリドーマ１０Ｂ５によって産生される抗体、およびウレルマブからなる群から選択される抗体または抗体フラグメントの少なくとも１つの相補性決定領域（ＣＤＲ）を含有する、請求項１から２５のいずれかに記載の抗体またはそのフラグメント。
  28. 少なくとも１つのＣＤＲが、重鎖ＣＤＲ１、２、および３、ならびに軽鎖ＣＤＲ１、２、および３を包含する、請求項２７に記載の抗体またはフラグメント。
  29. ＣＡ−１２５、糖タンパク質（ＧＰ）ＩＩｂ／ＩＩＩａ受容体、ＴＮＦ−α、ＣＤ５２、ＴＡＧ−７２、癌胎児性抗原（ＣＥＡ）、インターロイキン−６受容体（ＩＬ−６Ｒ）、ＩＬ−２、インターロイキン−２受容体ａ−鎖（ＣＤ２５）、ＣＤ２２、Ｂ細胞活性化因子、インターロイキン−５受容体（ＣＤ１２５）、ＶＥＧＦ、ＶＥＧＦ−Ａ、ＣＤ３０、ＩＬ−１β、前立腺特異的膜抗原（ＰＳＭＡ）、ＣＤ３、ＥｐＣＡＭ、ＥＧＦ受容体（ＥＧＦＲ）、ＭＵＣ１、ヒトインターロイキン−２受容体、Ｔａｃ、ＲＡＮＫリガンド、Ｃ５または他の補体タンパク質、ＥｐＣＡＭ、ＣＤ１１ａ、αｖβ３インテグリン、ビトロネクチン受容体αｖβ３インテグリン、ＨＥＲ２、ｎｅｕ、ＣＤ３、ＣＤ１５、ＣＤ２０、インターフェロンγ、ＣＤ３３、ＣＡ−ＩＸ、ＴＮＦα、ＣＴＬＡ−４、癌胎児性抗原、ＩＬ−５、ＣＤ３ε、ＣＡＭ、α−４−インテグリン、ＩｇＥ、ＩｇＥ Ｆｃ領域、ＲＳＶ抗原、呼吸系発疹ウイルス（ＲＳＶ）のＦ（または融合）タンパク質、ＴＡＧ−７２、ＮＣＡ−９０（顆粒細胞抗原）、ＩＬ−６、ＧＤ２、ＧＤ３、ＩＬ−１２、ＩＬ−２３、ＩＬ−１７、ＣＴＡＡ１６．８８、ＩＬ１３、インターロイキン−１β、β−アミロイド、ＩＧＦ−１受容体（ＩＧＦ−１Ｒ）、デルタ様リガンド４（ＤＬＬ４）、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子受容体のαサブユニット、肝細胞成長因子、ＩＦＮ−α、神経成長因子、ＩＬ−１３、ＣＤ３２６、ＰＤ−Ｌ１、ＣＤ４７、およびＣＤ１３７からなる群から選択される抗原に特異的に結合する、請求項１から２８のいずれかに記載の抗体またはそのフラグメント。
  30. Ｋａｂａｔナンバリングに従うとＰ８、Ｖ９またはＩ９、Ｉ１０またはＬ１０、Ｑ３８、Ｒ３９、Ｔ４０、Ｎ４１ Ｇ４２、Ｓ４３、Ｐ４４、Ｒ４５、Ｄ８２、Ｉ８３、Ａ８４、Ｄ８５、Ｙ８６、Ｙ８７、Ｇ９９、Ａ１００、Ｇ１０１、Ｔ１０２、Ｋ１０３、Ｌ１０４、Ｅ１０５、Ｒ１４２、Ｓ１６２、Ｖ１６３、Ｔ１６４、Ｅ１６５、Ｑ１６６、Ｄ１６７、Ｓ１６８、およびＹ１７３を有する軽鎖、ならびにＫａｂａｔナンバリングに従うとＱ６、Ｐ９、Ｒ３８、Ｑ３９、Ｓ４０、Ｐ４１、Ｇ４２、Ｋ４３、Ｇ４４、Ｌ４５、Ｓ８４、Ｄ８６、Ｔ８７、Ａ８８、Ｉ８９、Ｙ９０、Ｙ９１、Ｗ１０３、Ｇ１０４、Ｑ１０５
    、Ｇ１０６、Ｔ１０７、Ｌ１０８、Ｖ１１１、Ｔ１１０、Ｙ１４７、Ｅ１５０、Ｐ１５１、Ｖ１５２、Ｔ１７３、Ｆ１７４、Ｐ１７５、Ａ１７６、Ｖ１７７、Ｙ１８５、Ｓ１８６、およびＬ１８７を有する重鎖を有する、請求項１から２９のいずれかに記載の抗体またはそのフラグメント。
  31. メディトープに結合している、請求項１から３０のいずれかに記載の抗体を含む複合体。
  32. メディトープ利用可能抗体のメディトープ結合部位に結合するペプチドを含み、ペプチドが、配列番号１もしくは２のペプチド、またはそれに由来する環式ペプチドではない、単離されたメディトープ。
  33. 表面プラスモン共鳴（ＳＰＲ）によって測定した場合に１０μＭ未満の解離定数で、ペプチドがメディトープ結合部位に結合する、請求項３２に記載のメディトープ。
  34. メディトープ結合部位が、Ｋａｂａｔナンバリングに従うとメディトープ利用可能抗体の軽鎖の残基４０、４１、８３、および８５、ならびにＫａｂａｔナンバリングに従うとメディトープ利用可能抗体の重鎖の残基３９、８９、１０５、および１０８を包含する、請求項３２または３３に記載のメディトープ。
  35. 配列番号７１で示されるアミノ酸配列を含む軽鎖および配列番号７２で示されるアミノ酸配列を含む重鎖；
    配列番号９で示されるアミノ酸配列を有する軽鎖および配列番号６で示されるアミノ酸配列を含む重鎖；または
    配列番号６８で示されるアミノ酸配列を有する軽鎖および配列番号７０で示されるアミノ酸配列を有する重鎖
    を有するメディトープ利用可能抗体に結合する、請求項３１から３４のいずれかに記載のメディトープ。
  36. ペプチドが５から１６アミノ酸長さである、請求項３２から３５のいずれかに記載のメディトープ。
  37. ペプチドが下式を有する、請求項３２から３６のいずれかに記載のメディトープ：
    Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｘ７−Ｘ８−Ｘ９−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｘ１２（式Ｉ）
    ［式中、
    Ｘ１＝Ｃｙｓ、Ｇｌｙ、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、β−アジドアラニン、または存在しない；
    Ｘ２＝Ｇｌｎまたは存在しない；
    Ｘ３＝Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、β−β’−ジフェニル−Ａｌａ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、２−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、３−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニンもしくは４−ブロモ−Ｌ−フェニルアラニン、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、修飾Ｐｈｅ、水和性カルボニル含有残基；またはボロン酸含有残基；
    Ｘ４＝ＡｓｐまたはＡｓｎ；
    Ｘ５＝Ｌｅｕ；β−β’−ジフェニル−Ａｌａ；Ｐｈｅ；フェニルアラニン、トリプトファン、もしくはチロシンの非天然類似体；水和性カルボニル含有残基；またはボロン酸含有残基；
    Ｘ６＝ＳｅｒまたはＣｙｓ；
    Ｘ７＝ＴｈｒまたはＳｅｒまたはＣｙｓ；
    Ｘ８＝Ａｒｇ、修飾Ａｒｇ、または水和性カルボニルもしくはボロン酸含有残基；
    Ｘ９＝Ａｒｇ、Ａｌａ；
    Ｘ１０＝Ｌｅｕ、Ｇｌｎ、Ｇｌｕ、β−β’−ジフェニル−Ａｌａ；Ｐｈｅ；フェニルアラニン、トリプトファン、もしくはチロシンの非天然類似体；水和性カルボニル含有残基；またはボロン酸含有残基；
    Ｘ１１＝Ｌｙｓ；および
    Ｘ１２＝Ｃｙｓ、Ｇｌｙ、７−アミノヘプタン酸、β−アラニン、ジアミノプロピオン酸、プロパルギルグリシン、イソアスパラギン酸、または存在しない
    修飾Ａｒｇは、図３４に示されている式の構造を有し、
    修飾Ｐｈｅは、フェニル環に組み込まれている１個または複数のハロゲンを有するＰｈｅであり、かつ
    式Ｉは、配列番号１もしくは配列番号２、またはそれに由来する環式ペプチドではない］。
  38. ペプチドが環式ペプチドである、請求項３２から３７のいずれかに記載のメディトープ。
  39. 環化が、ジスルフィド架橋、チオエーテル架橋、ラクタム結合、付加環化によるものである、請求項３８に記載のメディトープ。
  40. ペプチドが式Ｉのペプチドであり、環化が、Ｘ１とＸ１２との、Ｘ１とＸ１１との、Ｘ３とＸ１１との、Ｘ４とＸ１１との、またはＸ２とＸ１２との結合を介するものである、請求項３８または３９に記載のメディトープ。
  41. ペプチドが式Ｉのペプチドであり、非天然アミノ酸がβ−β’−ジフェニル−Ａｌａ、分枝アルキル、または伸長された芳香族である、請求項３７から４０のいずれかに記載のメディトープ。
  42. 式Ｉのペプチドであり、１個または複数のハロゲンがそれぞれ、オルト−、メタ−、またはパラ−ブロモフェニル置換基である、請求項３７から４０のいずれかに記載のペプチド。
  43. 配列番号１６〜１８、２３、２９、３１、３２、３６、３９、４２、４３、４５、４６、５１、５２、５４、もしくは５５で示される配列からなる群から選択されるアミノ酸を有するペプチド、またはそれに由来する環式ペプチドである、請求項３２から４２のいずれかに記載のペプチド。
  44. 式（Ｘ）の化合物または薬学的に許容されるその塩を含む、単離されたメディトープ：
    ［式中、
    「＊」でマークされている中心は、「Ｒ」または「Ｓ」配置であり；
    Ｒ３およびＲ３’はそれぞれ独立に、Ｈか、またはＣ１〜４アルキル、−ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、およびヨードから独立に選択される１、２、または３個の置換基で置換されていてもよいフェニルであり；
    Ｒ５は以下の（Ａ）あるいは（Ｂ）であり：
    （Ａ）オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）２、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＯ２Ｃ１〜４アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ１〜４アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ２Ｃ１〜４アルキル、−ＣＯ２Ｈ、および−ＣＯＮＨ２基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基で置換されていてもよいＣ１〜８アルキル；あるいは
    （Ｂ）以下のａ）またはｂ）で置換されているＣ１〜４アルキル基：
    ａ）１個もしくは２個のフェニル基（ここで、各フェニルは、−ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、およびヨードから独立に選択される１、２、もしくは３個の置換基で置換されていてもよい）；または
    ｂ）ナフチル、イミダゾール、もしくはインドール基；
    Ｒ6は、−Ｃ1〜4アルキル−ＯＨまたは−Ｃ1〜4アルキル−ＳＨであり；
    Ｒ7は、−Ｃ1〜4アルキル−ＯＨまたは−Ｃ1〜4アルキル−ＳＨであり；
    ｍは、０、１、２、３、４、または５であり；
    Ｒ8は下記の（ａ）あるいは（ｂ）であり：
    （ａ）−ＯＨ、−ＮＲaＲb、−Ｎ（Ｒc）Ｃ（Ｏ）Ｒe、または−Ｎ（Ｒc）Ｃ（＝ＮＲd）Ｒe；（ここで、
    ＲaはＨであり；
    Ｒbは、Ｈか、またはオキソ、アセタールおよびケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、−ＳＨ、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｈ、もしくは−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基
    で置換されていてもよいＣ1〜8アルキルであり；
    Ｒcは、Ｈ、Ｃ1〜8アルキル、Ｃ3〜8シクロアルキル、分枝アルキル、またはアリール
    であり；
    Ｒdは、Ｈか、またはそれぞれ、−Ｎ3、−ＮＨ2、−ＯＨ、−ＳＨ、ハロゲン、オキソ
    、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、
    オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｈ、および−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル基からなる
    群から選択され１個もしくは複数の置換基で置換されていてもよいＣ1〜8アルキル、Ｃ2
    〜8アルケニル、Ｃ2〜8アルキニル、Ｃ3〜8シクロアルキル、分枝アルキル、もしくはア
    リール基であり；かつ
    Ｒeは、Ｈ；−ＮＨＲd；または−Ｎ3、−ＮＨ2、−ＯＨ、−ＳＨ、オキソ、Ｃ2〜4アセタール、Ｃ2〜4ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、
    オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、および−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基でそれぞれ置換されていてもよいＣ1〜12アルキル、Ｃ3〜8シクロアルキル、Ｃ2〜12アルケニル、Ｃ2〜8アルキニル、またはアリール基である）；あるいは
    （ｂ）オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、−ＳＨ、−
    ＯＨ、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、または−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル基で置換されているＣ1〜12アルキル；
    Ｒ9は、Ｃ1〜4アルキルまたは−Ｃ1〜2アルキレン−Ｒxであり；
    （ここで、Ｒxは、−ＣＯ2Ｈ、−ＣＯＮＨ2、−ＣＨ2ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ2、または−ＣＨ2ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ2である）；
    Ｒ10は下記の（１）あるいは（２）であり：
    （１）オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、ホスホナー
    トエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｈ、お
    よび−ＣＯＮＨ2基からなる群から選択される１個または複数の置換基で置換されていて
    もよいＣ1〜8アルキル；あるいは
    （２）１もしくは２個のフェニル基、または１個のナフチル、イミダゾール、もしくはインドール基で置換されているＣ1〜4アルキル基（ここで、各フェニルは、−ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、およびヨードから独立に選択される１、２、または３個の置換基で置換されていてもよい）；
    ｎは、０または１であり；
    ｐは、０または１であり；
    Ｘは、その各炭素が−ＣＯ2Ｈ、−ＮＨ2、または−ＮＨＣ（Ｏ）Ｒyで置換されていて
    もよいＣ1〜8アルキレンまたはＣ2〜8アルケニレンであり；
    （ここで、前記アルキレンのうちの１個の炭素は、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、５員のヘテロアリール環、または−Ｓ−Ｓ−で置き換えられていてもよい）；かつ
    Ｒyは、−Ｃ1〜4アルキルまたは−ＣＨ（Ｒz）ＣＯ2Ｈであるが；
    （ここで、Ｒzは、−Ｈか、または−ＯＨ、−ＳＨ、もしくは−ＮＨ2で置換されていてもよい−Ｃ1〜4アルキルである）；
    ただし、化合物は、配列番号１または配列番号２の化合物ではない］。
  45. ｍが０または１である、請求項４４に記載のメディトープ。
  46. Ｒ3がＨまたはフェニルであり、Ｒ3'がフェニル、２−ブロモフェニル、３−ブロモフ
    ェニル、または４−ブロモフェニルである、請求項４４に記載のメディトープ。
  47. Ｒ5が、オキソ、−Ｂ（ＯＨ）2、−ＣＯ2Ｈ、および−ＣＯＮＨ2基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基で、またはブロモもしくはクロロ置換基でそれぞれ置換されていてもよい１個もしくは２個のフェニル基でそれぞれ置換されていてもよいメチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ｓｅｃ−ブチル、またはｔｅｒｔ−ブチルである、請求項４４に記載のメディトープ。
  48. Ｒ8が−ＯＨ、−ＮＨ2、−Ｎ（Ｒc）Ｃ（Ｏ）Ｒe、または−Ｎ（Ｒc）Ｃ（＝ＮＲd）Ｒ
    eである、請求項４４に記載のメディトープ。
  49. ＲcがＨまたはメチルであり、ＲdがＨまたはＣ1〜4アルキルであり、ＲeがＣ1〜4アル
    キルまたは−ＮＨ（Ｃ1〜4アルキル）である、請求項４８に記載のメディトープ。
  50. Ｒ9が、−ＣＯ2Ｈ、−ＣＯＮＨ2、−ＣＨ2ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ2、または−ＣＨ2ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ2で置換されていてもよいメチルまたはエチルである、請求項４４に記載の
    メディトープ。
  51. Ｒ10が、オキソ、−Ｂ（ＯＨ）2、−ＣＯ2Ｈ、および−ＣＯＮＨ2基からなる群から選
    択される１個または複数の置換基でそれぞれ置換されていてもよいメチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ｓｅｃ−ブチル、またはｔｅｒｔ−ブチルである、請求項４４に記載のメディトープ。
  52. −Ｘ−ＮＨ−は、−Ｃｙｓ−Ｃｙｓ−、−Ｇｌｙ−Ｇｌｙ−、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ2）6−ＮＨ−、−β−Ａｌａ−β−Ａｌａ−、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ（ＮＨ2）ＣＨ2ＣＨ＝ＣＨＣＨ2
    ＣＨ（ＣＯ2Ｈ）−ＮＨ−、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ（ＮＨ2）ＣＨ2ＮＨＣ（Ｏ）ＣＨ2ＣＨ（ＣＯ2Ｈ）−ＮＨ−、−β−Ａｌａ−Ｃ（Ｏ）ＣＨ2ＣＨ（ＣＯ2Ｈ）−ＮＨ−、または−Ｃ（
    Ｏ）ＣＨ（ＮＨ2）ＣＨ2−トリアジニル−ＣＨ2−ＣＨ（ＣＯ2Ｈ）−ＮＨ−である、請求項４４に記載のメディトープ。
  53. メディトープ利用可能抗体もしくはそのフラグメント、またはメディトープ利用可能抗体もしくはそのフラグメントを発現する細胞を精製するための方法であって：
    （ａ）メディトープ利用可能抗体またはフラグメントがペプチドに結合する条件下で、メディトープ利用可能抗体、フラグメント、または細胞を含有する組成物をメディトープと接触させるステップと；
    （ｂ）抗体またはフラグメントまたは細胞を単離して、抗体、フラグメント、または細胞を精製するステップと
    を含み、その際、メディトープが、メディトープ利用可能抗体のメディトープ結合部位に結合するペプチドである方法。
  54. 表面プラスモン共鳴（ＳＰＲ）によって測定した場合に１０μＭ未満の解離定数で、ペプチドがメディトープ結合部位に結合する、請求項５３に記載の方法。
  55. ペプチドが、５および１６アミノ酸長さである、請求項５３または５４に記載の方法。
  56. ペプチドが、式（Ｘ）のペプチドまたは薬学的に許容されるその塩である、請求項５３から５５のいずれかに記載の方法：
    ［式中、
    「＊」でマークされている中心は、「Ｒ」または「Ｓ」配置であり；
    Ｒ3およびＲ3'はそれぞれ独立に、Ｈか、またはＣ1〜4アルキル、−ＯＨ、フルオロ、
    クロロ、ブロモ、およびヨードから独立に選択される１、２、または３個の置換基で置換されていてもよいフェニルであり；
    Ｒ5は以下の（Ａ）あるいは（Ｂ）であり：
    （Ａ）オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、ホスホナ
    ートエステル、オルトエステル、−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−Ｃ
    Ｈ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｈ、および−ＣＯＮＨ2基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基で置換されて
    いてもよいＣ1〜8アルキル；あるいは
    （Ｂ）以下のａ）またはｂ）で置換されているＣ1〜4アルキル：
    ａ）１個もしくは２個のフェニル基（ここで、各フェニルは、−ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、およびヨードから独立に選択される１、２、もしくは３個の置換基で置換されていてもよい）；または
    ｂ）ナフチル、イミダゾール、もしくはインドール基；
    Ｒ6は、−Ｃ1〜4アルキル−ＯＨまたは−Ｃ1〜4アルキル−ＳＨであり；
    Ｒ7は、−Ｃ1〜4アルキル−ＯＨまたは−Ｃ1〜4アルキル−ＳＨであり；
    ｍは、０、１、２、３、４、または５であり；
    Ｒ8は下記の（ａ）あるいは（ｂ）であり：
    （ａ）−ＯＨ、−ＮＲaＲb、−Ｎ（Ｒc）Ｃ（Ｏ）Ｒe、または−Ｎ（Ｒc）Ｃ（＝ＮＲd）Ｒe；（ここで、
    ＲaはＨであり；
    Ｒbは、Ｈか、またはオキソ、アセタールおよびケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、−ＳＨ、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｈ、もしくは−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基
    で置換されていてもよいＣ1〜8アルキルであり；
    Ｒcは、Ｈ、Ｃ1〜8アルキル、Ｃ3〜8シクロアルキル、分枝アルキル、またはアリール
    であり；
    Ｒdは、Ｈか、またはそれぞれ、−Ｎ3、−ＮＨ2、−ＯＨ、−ＳＨ、ハロゲン、オキソ
    、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、
    オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｈ、および−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル基からなる
    群から選択される１個もしくは複数の置換基で置換されていてもよいＣ1〜8アルキル、Ｃ2〜8アルケニル、Ｃ2〜8アルキニル、Ｃ3〜8シクロアルキル、分枝アルキル、もしくはアリール基であり；かつ
    Ｒeは、Ｈ；−ＮＨＲd；または−Ｎ3、−ＮＨ2、−ＯＨ、−ＳＨ、オキソ、Ｃ2〜4アセタール、Ｃ2〜4ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、
    オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、および−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基でそれぞれ置換されていてもよいＣ1〜12アルキル、Ｃ3〜8シクロアルキル、Ｃ2〜12アルケニル、Ｃ2〜8アルキニル、またはアリール基である）；あるいは
    （ｂ）オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、−ＳＨ、−
    ＯＨ、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、または−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル基で置換されているＣ1〜12アルキル；
    Ｒ9は、Ｃ1〜4アルキルまたは−Ｃ1〜2アルキレン−Ｒxであり；
    （ここで、Ｒxは、−ＣＯ2Ｈ、−ＣＯＮＨ2、−ＣＨ2ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ2、または−ＣＨ2ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ2である）；
    Ｒ10は下記の（１）あるいは（２）であり：
    （１）オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、ホスホナー
    トエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｈ、お
    よび−ＣＯＮＨ2基からなる群から選択される１個または複数の置換基で置換されていて
    もよいＣ1〜8アルキル；あるいは
    （２）１もしくは２個のフェニル基、または１個のナフチル、イミダゾール、もしくはインドール基で置換されているＣ1〜4アルキル基（ここで、各フェニルは、−ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、およびヨードから独立に選択される１、２、または３個の置換基で置換されていてもよい）；
    ｎは、０または１であり；
    ｐは、０または１であり；
    Ｘは、その各炭素が−ＣＯ2Ｈ、−ＮＨ2、または−ＮＨＣ（Ｏ）Ｒyで置換されていて
    もよいＣ1〜8アルキレンまたはＣ2〜8アルケニレンであり；
    （ここで、前記アルキレンのうちの１個の炭素は、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、５員のヘテロアリール環、または−Ｓ−Ｓ−で置き換えられていてもよい）；かつ
    Ｒyは、−Ｃ1〜4アルキルまたは−ＣＨ（Ｒz）ＣＯ2Ｈである
    （ここで、Ｒzは、−Ｈか、または−ＯＨ、−ＳＨ、もしくは−ＮＨ2で置換されていてもよい−Ｃ1〜4アルキルである）］。
  57. メディトープが固体支持体にカップリングされている、請求項５３から５６のいずれかに記載の方法。
  58. 単離をｐＨの変化によって行う、請求項５３から５７のいずれかに記載の方法。
  59. メディトープ利用可能抗体のメディトープ結合部位に結合するペプチドを含むメディトープ；および
    治療剤または診断剤を含む、標識されたメディトープ。
  60. 治療剤または診断剤が、金属イオンに結合している金属キレート剤、小分子、化学療法剤、治療用抗体または機能性フラグメント、毒素、放射性同位体、酵素、ヌクレアーゼ、ホルモン、免疫調節剤、オリゴヌクレオチド、有機または無機ナノ粒子、ＲＮＡｉ分子、ｓｉＲＮＡ、キレート剤、ホウ素化合物、光活性剤、色素、蛍光または発光物質、酵素、
    増感剤、放射性物質、およびキレート剤からなる群から選択される、請求項５９に記載の標識されたメディトープ。
  61. ２つ以上のメディトープおよび１つまたは複数のリンカーを含み、２つ以上のメディトープがそれぞれ、メディトープ利用可能抗体のメディトープ結合部位に結合するペプチドである、多価メディトープ。
  62. ２つ以上のメディトープが少なくとも３つのメディトープを含む、請求項６１に記載の多価メディトープ。
  63. １つまたは複数のリンカーが、ペプチド、小さな化学的スキャフォールド、ビオチン−ストレプトアビジン、有機または無機ナノ粒子、ポリヌクレオチド配列、ペプチド核酸、有機ポリマー、または免疫グロブリンＦｃドメインを包含する、請求項６１または６２に記載の多価メディトープ。
  64. メディトープに結合している請求項１から３０のいずれか一項に記載の抗体またはフラグメントを含み、その際、メディトープが、抗体またはフラグメントのメディトープ結合部位に結合するペプチドを含む、単離されたメディトープ利用可能抗体−メディトープ複合体。
  65. 表面プラスモン共鳴（ＳＰＲ）によって測定した場合に１０μＭ未満の解離定数で、ペプチドがメディトープ結合部位に結合している、請求項６４に記載の複合体。
  66. ペプチドが、５から１６アミノ酸長さである、請求項６４または６５に記載の複合体。
  67. ペプチドが、式（Ｘ）の化合物または薬学的に許容されるその塩である、請求項６４から６６のいずれかに記載の複合体：
    ［式中、
    「＊」でマークされている中心は、「Ｒ」または「Ｓ」配置であり；
    Ｒ3およびＲ3'はそれぞれ独立に、Ｈか、またはＣ1〜4アルキル、−ＯＨ、フルオロ、
    クロロ、ブロモ、およびヨードから独立に選択される１、２、または３個の置換基で置換されていてもよいフェニルであり；
    Ｒ5は以下の（Ａ）あるいは（Ｂ）であり：
    （Ａ）オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、ホスホナ
    ートエステル、オルトエステル、−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−Ｃ
    Ｈ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｈ、および−ＣＯＮＨ2基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基で置換されて
    いてもよいＣ1〜8アルキル；あるいは
    （Ｂ）以下のａ）またはｂ）で置換されているＣ1〜4アルキル：
    ａ）１個もしくは２個のフェニル基（ここで、各フェニルは、−ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、およびヨードから独立に選択される１、２、もしくは３個の置換基で置換されていてもよい）；または
    ｂ）ナフチル、イミダゾール、もしくはインドール基；
    Ｒ6は、−Ｃ1〜4アルキル−ＯＨまたは−Ｃ1〜4アルキル−ＳＨであり；
    Ｒ7は、−Ｃ1〜4アルキル−ＯＨまたは−Ｃ1〜4アルキル−ＳＨであり；
    ｍは、０、１、２、３、４、または５であり；
    Ｒ8は下記の（ａ）あるいは（ｂ）であり：
    （ａ）−ＯＨ、−ＮＲaＲb、−Ｎ（Ｒc）Ｃ（Ｏ）Ｒe、または−Ｎ（Ｒc）Ｃ（＝ＮＲd）Ｒe；（ここで、
    ＲaはＨであり；
    Ｒbは、Ｈか、またはオキソ、アセタールおよびケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、−ＳＨ、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｈ、もしくは−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基
    で置換されていてもよいＣ1〜8アルキルであり；
    Ｒcは、Ｈ、Ｃ1〜8アルキル、Ｃ3〜8シクロアルキル、分枝アルキル、またはアリール
    であり；
    Ｒdは、Ｈか、またはそれぞれ、−Ｎ3、−ＮＨ2、−ＯＨ、−ＳＨ、ハロゲン、オキソ
    、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、
    オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｈ、および−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル基からなる
    群から選択される１個もしくは複数の置換基で置換されていてもよいＣ1〜8アルキル、Ｃ2〜8アルケニル、Ｃ2〜8アルキニル、Ｃ3〜8シクロアルキル、分枝アルキル、もしくはアリール基であり；かつ
    Ｒeは、Ｈ；−ＮＨＲd；または−Ｎ3、−ＮＨ2、−ＯＨ、−ＳＨ、オキソ、Ｃ2〜4アセタール、Ｃ2〜4ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、
    オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、および−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基でそれぞれ置換されていてもよいＣ1〜12アルキル、Ｃ3〜8シクロアルキル、Ｃ2〜12アルケニル、Ｃ2〜8アルキニル、またはアリール基である）；あるいは
    （ｂ）オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、−ＳＨ、−
    ＯＨ、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、または−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル基で置換されているＣ1〜12アルキル；
    Ｒ9は、Ｃ1〜4アルキルまたは−Ｃ1〜2アルキレン−Ｒxであり；
    （ここで、Ｒxは、−ＣＯ2Ｈ、−ＣＯＮＨ2、−ＣＨ2ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ2、または−ＣＨ2ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ2である）；
    Ｒ10は下記の（１）あるいは（２）であり：
    （１）オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、ホスホナー
    トエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｈ、お
    よび−ＣＯＮＨ2基からなる群から選択される１個または複数の置換基で置換されていて
    もよいＣ1〜8アルキル；あるいは
    （２）１もしくは２個のフェニル基、または１個のナフチル、イミダゾール、もしくはインドール基で置換されているＣ1〜4アルキル基（ここで、各フェニルは、−ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、およびヨードから独立に選択される１、２、または３個の置換基で置換されていてもよい）；
    ｎは、０または１であり；
    ｐは、０または１であり；
    Ｘは、その各炭素が−ＣＯ2Ｈ、−ＮＨ2、または−ＮＨＣ（Ｏ）Ｒyで置換されていて
    もよいＣ1〜8アルキレンまたはＣ2〜8アルケニレンであり；
    （ここで、前記アルキレンのうちの１個の炭素は、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、５員のヘテロアリール環、または−Ｓ−Ｓ−で置き換えられていてもよい）；かつ
    Ｒyは、−Ｃ1〜4アルキルまたは−ＣＨ（Ｒz）ＣＯ2Ｈである
    （ここで、Ｒzは、−Ｈか、または−ＯＨ、−ＳＨ、もしくは−ＮＨ2で置換されていてもよい−Ｃ1〜4アルキルである）］。
  68. メディトープが多価メディトープである、請求項６４から６７のいずれかに記載の複合体。
  69. 請求項３１から５０のいずれかに記載のメディトープ、請求項５９もしくは６０に記載の標識されたメディトープ、または請求項６１から６３のいずれかに記載の多価メディトープに結合しているメディトープ利用可能抗体またはそのフラグメントを含む単離された抗体−メディトープ複合体。
  70. 請求項６４から６９のいずれかに記載の複合体；および薬学的に許容される担体を含む、医薬組成物。
  71. 対象に、請求項７０に記載の医薬組成物を投与するステップを含む、治療方法。
  72. （ａ）対象に、請求項６４から６９のいずれかに記載の抗体−メディトープ複合体を投与するステップと；
    （ｂ）抗体−メディトープ複合体と抗原との結合を対象において検出するステップと
    を含む診断方法。
  73. 対象に、請求項１から３０のいずれかに記載の抗体またはそのフラグメントを投与するステップを含む治療方法。
  74. 対象に、メディトープ利用可能抗体またはそのフラグメントを投与するステップと、対象に、１つまたは複数のメディトープを投与するステップとを含み、その際、メディトープ利用可能抗体またはフラグメントおよび１つまたは複数のメディトープを、逐次的にまたは同時に投与し、かつ１つまたは複数のメディトープが、メディトープ利用可能抗体またはフラグメントのメディトープ結合部位に結合するペプチドを含む治療方法。
  75. メディトープ利用可能抗体またはフラグメントが重鎖可変（ＶＨ）領域および軽鎖可変（ＶＬ）領域を含み、その際、ＶＬ領域が、Ｋａｂａｔナンバリングに従うと４０位にトレオニン、セリン、またはアスパルタート、４１位にグリシン以外の残基、および８５位にアスパルタートまたはアスパラギンを含むアミノ酸配列を有する、請求項７１に記載の方法。
  76. メディトープ利用可能抗体および１つまたは複数のメディトープの投与が、メディトープ利用可能抗体およびメディトープの複合体の投与を含むように、メディトープ利用可能抗体またはフラグメントを１つまたは複数のメディトープに結合させる、請求項７４また
    は７５に記載の方法。
  77. １つまたは複数のメディトープを投与する前に、メディトープ利用可能抗体を投与する、請求項７４または７５に記載の方法。
  78. ペプチドが、式（Ｘ）の化合物または薬学的に許容されるその塩である、請求項７４から７７のいずれかに記載の方法：
    ［式中、
    「＊」でマークされている中心は、「Ｒ」または「Ｓ」配置であり；
    Ｒ3およびＲ3'はそれぞれ独立に、Ｈか、またはＣ1〜4アルキル、−ＯＨ、フルオロ、
    クロロ、ブロモ、およびヨードから独立に選択される１、２、または３個の置換基で置換されていてもよいフェニルであり；
    Ｒ5は以下の（Ａ）あるいは（Ｂ）であり：
    （Ａ）オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、ホスホナ
    ートエステル、オルトエステル、−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−Ｃ
    Ｈ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｈ、および−ＣＯＮＨ2基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基で置換されて
    いてもよいＣ1〜8アルキル；あるいは
    （Ｂ）以下のａ）またはｂ）で置換されているＣ1〜4アルキル基：
    ａ）１個もしくは２個のフェニル基（ここで、各フェニルは、−ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、およびヨードから独立に選択される１、２、もしくは３個の置換基で置換されていてもよい）；または
    ｂ）ナフチル、イミダゾール、もしくはインドール基；
    Ｒ6は、−Ｃ1〜4アルキル−ＯＨまたは−Ｃ1〜4アルキル−ＳＨであり；
    Ｒ7は、−Ｃ1〜4アルキル−ＯＨまたは−Ｃ1〜4アルキル−ＳＨであり；
    ｍは、０、１、２、３、４、または５であり；
    Ｒ8は下記の（ａ）あるいは（ｂ）であり：
    （ａ）−ＯＨ、−ＮＲaＲb、−Ｎ（Ｒc）Ｃ（Ｏ）Ｒe、または−Ｎ（Ｒc）Ｃ（＝ＮＲd）Ｒe；（ここで、
    ＲaはＨであり；
    Ｒbは、Ｈか、またはオキソ、アセタールおよびケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、−ＳＨ、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｈ、もしくは−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基
    で置換されていてもよいＣ1〜8アルキルであり；
    Ｒcは、Ｈ、Ｃ1〜8アルキル、Ｃ3〜8シクロアルキル、分枝アルキル、またはアリール
    であり；
    Ｒdは、Ｈか、またはそれぞれ、−Ｎ3、−ＮＨ2、−ＯＨ、−ＳＨ、ハロゲン、オキソ
    、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、
    オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｈ、および−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル基からなる
    群から選択される１個もしくは複数の置換基で置換されていてもよいＣ1〜8アルキル、Ｃ2〜8アルケニル、Ｃ2〜8アルキニル、Ｃ3〜8シクロアルキル、分枝アルキル、もしくはアリール基であり；かつ
    Ｒeは、Ｈ；−ＮＨＲd；または−Ｎ3、−ＮＨ2、−ＯＨ、−ＳＨ、オキソ、Ｃ2〜4アセタール、Ｃ2〜4ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、
    オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、および−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基でそれぞれ置換されていてもよいＣ1〜12アルキル、Ｃ3〜8シクロアルキル、Ｃ2〜12アルケニル、Ｃ2〜8アルキニル、またはアリール基である）；あるいは
    （ｂ）オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、−ＳＨ、−
    ＯＨ、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、または−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル基で置換されているＣ1〜12アルキル；
    Ｒ9は、Ｃ1〜4アルキルまたは−Ｃ1〜2アルキレン−Ｒxであり；
    （ここで、Ｒxは、−ＣＯ2Ｈ、−ＣＯＮＨ2、−ＣＨ2ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ2、または−ＣＨ2ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ2である）；
    Ｒ10は下記の（１）あるいは（２）であり：
    （１）オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、ホスホナー
    トエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｈ、お
    よび−ＣＯＮＨ2基からなる群から選択される１個または複数の置換基で置換されていて
    もよいＣ1〜8アルキル；あるいは
    （２）１もしくは２個のフェニル基、または１個のナフチル、イミダゾール、もしくはインドール基で置換されているＣ1〜4アルキル基（ここで、各フェニルは、−ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、およびヨードから独立に選択される１、２、または３個の置換基で置換されていてもよい）；
    ｎは、０または１であり；
    ｐは、０または１であり；
    Ｘは、その各炭素が−ＣＯ2Ｈ、−ＮＨ2、または−ＮＨＣ（Ｏ）Ｒyで置換されていて
    もよいＣ1〜8アルキレンまたはＣ2〜8アルケニレンであり；
    （ここで、前記アルキレンのうちの１個の炭素は、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、５員のヘテロアリール環、または−Ｓ−Ｓ−で置き換えられていてもよい）；かつ
    Ｒyは、−Ｃ1〜4アルキルまたは−ＣＨ（Ｒz）ＣＯ2Ｈである
    （ここで、Ｒzは、−Ｈか、または−ＯＨ、−ＳＨ、もしくは−ＮＨ2で置換されていてもよい−Ｃ1〜4アルキルである）］。
  79. 抗体またはそのフラグメントが１つまたは複数のメディトープに結合していて、１つまたは複数のメディトープが式（Ｘ）のペプチドまたは薬学的に許容されるその塩を含む、請求項７３に記載の方法：
    ［式中、
    「＊」でマークされている中心は、「Ｒ」または「Ｓ」配置であり；
    Ｒ3およびＲ3'はそれぞれ独立に、Ｈか、またはＣ1〜4アルキル、−ＯＨ、フルオロ、
    クロロ、ブロモ、およびヨードから独立に選択される１、２、または３個の置換基で置換されていてもよいフェニルであり；
    Ｒ5は以下の（Ａ）あるいは（Ｂ）であり：
    （Ａ）オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、ホスホナ
    ートエステル、オルトエステル、−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−Ｃ
    Ｈ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｈ、および−ＣＯＮＨ2基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基で置換されて
    いてもよいＣ1〜8アルキル；あるいは
    （Ｂ）以下のａ）またはｂ）で置換されているＣ1〜4アルキル基：
    ａ）１個もしくは２個のフェニル基（ここで、各フェニルは、−ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、およびヨードから独立に選択される１、２、もしくは３個の置換基で置換されていてもよい）；または
    ｂ）ナフチル、イミダゾール、もしくはインドール基；
    Ｒ6は、−Ｃ1〜4アルキル−ＯＨまたは−Ｃ1〜4アルキル−ＳＨであり；
    Ｒ7は、−Ｃ1〜4アルキル−ＯＨまたは−Ｃ1〜4アルキル−ＳＨであり；
    ｍは、０、１、２、３、４、または５であり；
    Ｒ8は下記の（ａ）あるいは（ｂ）であり：
    （ａ）−ＯＨ、−ＮＲaＲb、−Ｎ（Ｒc）Ｃ（Ｏ）Ｒe、または−Ｎ（Ｒc）Ｃ（＝ＮＲd）Ｒe；（ここで、
    ＲaはＨであり；
    Ｒbは、Ｈか、またはオキソ、アセタールおよびケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、−ＳＨ、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｈ、もしくは−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基
    で置換されていてもよいＣ1〜8アルキルであり；
    Ｒcは、Ｈ、Ｃ1〜8アルキル、Ｃ3〜8シクロアルキル、分枝アルキル、またはアリール
    であり；
    Ｒdは、Ｈか、またはそれぞれ、−Ｎ3、−ＮＨ2、−ＯＨ、−ＳＨ、ハロゲン、オキソ
    、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、
    オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｈ、および−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル基からなる
    群から選択される１個もしくは複数の置換基で置換されていてもよいＣ1〜8アルキル、Ｃ2〜8アルケニル、Ｃ2〜8アルキニル、Ｃ3〜8シクロアルキル、分枝アルキル、もしくはアリール基であり；かつ
    Ｒeは、Ｈ；−ＮＨＲd；または−Ｎ3、−ＮＨ2、−ＯＨ、−ＳＨ、オキソ、Ｃ2〜4アセタール、Ｃ2〜4ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、
    オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、および−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基でそれぞれ置換されていてもよいＣ1〜12アルキル、Ｃ3〜8シクロアルキル、Ｃ2〜12アルケニル、Ｃ2〜8アルキニル、またはアリール基である）；あるいは
    （ｂ）オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、−ＳＨ、−
    ＯＨ、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、または−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル基で置換されているＣ1〜12アルキル；
    Ｒ9は、Ｃ1〜4アルキルまたは−Ｃ1〜2アルキレン−Ｒxであり；
    （ここで、Ｒxは、−ＣＯ2Ｈ、−ＣＯＮＨ2、−ＣＨ2ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ2、または−ＣＨ2ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ2である）；
    Ｒ10は下記の（１）あるいは（２）であり：
    （１）オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、ホスホナー
    トエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｈ、お
    よび−ＣＯＮＨ2基からなる群から選択される１個または複数の置換基で置換されていて
    もよいＣ1〜8アルキル；あるいは
    （２）１もしくは２個のフェニル基、または１個のナフチル、イミダゾール、もしくはインドール基で置換されているＣ1〜4アルキル基（ここで、各フェニルは、−ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、およびヨードから独立に選択される１、２、または３個の置換基で置換されていてもよい）；
    ｎは、０または１であり；
    ｐは、０または１であり；
    Ｘは、その各炭素が−ＣＯ2Ｈ、−ＮＨ2、または−ＮＨＣ（Ｏ）Ｒyで置換されていて
    もよいＣ1〜8アルキレンまたはＣ2〜8アルケニレンであり；
    （ここで、前記アルキレンのうちの１個の炭素は、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、５員のヘテロアリール環、または−Ｓ−Ｓ−で置き換えられていてもよい）；かつ
    Ｒyは、−Ｃ1〜4アルキルまたは−ＣＨ（Ｒz）ＣＯ2Ｈである
    （ここで、Ｒzは、−Ｈか、または−ＯＨ、−ＳＨ、もしくは−ＮＨ2で置換されていてもよい−Ｃ1〜4アルキルである）］。
  80. 次いで、対象に、１つまたは複数のメディトープを投与するステップをさらに含み、１つまたは複数のメディトープが式（Ｘ）のペプチドまたは薬学的に許容されるその塩を含む、請求項７３に記載の方法：
    ［式中、
    「＊」でマークされている中心は、「Ｒ」または「Ｓ」配置であり；
    Ｒ3およびＲ3'はそれぞれ独立に、Ｈか、またはＣ1〜4アルキル、−ＯＨ、フルオロ、
    クロロ、ブロモ、およびヨードから独立に選択される１、２、または３個の置換基で置換されていてもよいフェニルであり；
    Ｒ5は以下の（Ａ）あるいは（Ｂ）であり：
    （Ａ）オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、ホスホナ
    ートエステル、オルトエステル、−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−Ｃ
    Ｈ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｈ、および−ＣＯＮＨ2基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基で置換されて
    いてもよいＣ1〜8アルキル；あるいは
    （Ｂ）以下のａ）またはｂ）で置換されているＣ1〜4アルキル：
    ａ）１個もしくは２個のフェニル基（ここで、各フェニルは、−ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、およびヨードから独立に選択される１、２、もしくは３個の置換基で置換されていてもよい）；または
    ｂ）ナフチル、イミダゾール、もしくはインドール基；
    Ｒ6は、−Ｃ1〜4アルキル−ＯＨまたは−Ｃ1〜4アルキル−ＳＨであり；
    Ｒ7は、−Ｃ1〜4アルキル−ＯＨまたは−Ｃ1〜4アルキル−ＳＨであり；
    ｍは、０、１、２、３、４、または５であり；
    Ｒ8は下記の（ａ）あるいは（ｂ）であり：
    （ａ）−ＯＨ、−ＮＲaＲb、−Ｎ（Ｒc）Ｃ（Ｏ）Ｒe、または−Ｎ（Ｒc）Ｃ（＝ＮＲd）Ｒe；（ここで、
    ＲaはＨであり；
    Ｒbは、Ｈか、またはオキソ、アセタールおよびケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、−ＳＨ、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｈ、もしくは−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基
    で置換されていてもよいＣ1〜8アルキルであり；
    Ｒcは、Ｈ、Ｃ1〜8アルキル、Ｃ3〜8シクロアルキル、分枝アルキル、またはアリール
    であり；
    Ｒdは、Ｈか、またはそれぞれ、−Ｎ3、−ＮＨ2、−ＯＨ、−ＳＨ、ハロゲン、オキソ
    、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、
    オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｈ、および−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル基からなる
    群から選択される１個もしくは複数の置換基で置換されていてもよいＣ1〜8アルキル、Ｃ2〜8アルケニル、Ｃ2〜8アルキニル、Ｃ3〜8シクロアルキル、分枝アルキル、もしくはアリール基であり；かつ
    Ｒeは、Ｈ；−ＮＨＲd；または−Ｎ3、−ＮＨ2、−ＯＨ、−ＳＨ、オキソ、Ｃ2〜4アセタール、Ｃ2〜4ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、
    オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、および−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基でそれぞれ置換されていてもよいＣ1〜12アルキル、Ｃ3〜8シクロアルキル、Ｃ2〜12アルケニル、Ｃ2〜8アルキニル、またはアリール基である）；あるいは
    （ｂ）オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、−ＳＨ、−
    ＯＨ、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、または−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル基で置換されているＣ1〜12アルキル；
    Ｒ9は、Ｃ1〜4アルキルまたは−Ｃ1〜2アルキレン−Ｒxであり；
    （ここで、Ｒxは、−ＣＯ2Ｈ、−ＣＯＮＨ2、−ＣＨ2ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ2、または−ＣＨ2ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ2である）；
    Ｒ10は下記の（１）あるいは（２）であり：
    （１）オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、ホスホナー
    トエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｈ、お
    よび−ＣＯＮＨ2基からなる群から選択される１個または複数の置換基で置換されていて
    もよいＣ1〜8アルキル；あるいは
    （２）１もしくは２個のフェニル基、または１個のナフチル、イミダゾール、もしくはインドール基で置換されているＣ1〜4アルキル基（ここで、各フェニルは、−ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、およびヨードから独立に選択される１、２、または３個の置換基で置換されていてもよい）；
    ｎは、０または１であり；
    ｐは、０または１であり；
    Ｘは、その各炭素が−ＣＯ2Ｈ、−ＮＨ2、または−ＮＨＣ（Ｏ）Ｒyで置換されていて
    もよいＣ1〜8アルキレンまたはＣ2〜8アルケニレンであり；
    （ここで、前記アルキレンのうちの１個の炭素は、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、５員のヘテロアリール環、または−Ｓ−Ｓ−で置き換えられていてもよい）；かつ
    Ｒyは、−Ｃ1〜4アルキルまたは−ＣＨ（Ｒz）ＣＯ2Ｈである
    （ここで、Ｒzは、−Ｈか、または−ＯＨ、−ＳＨ、もしくは−ＮＨ2で置換されていてもよい−Ｃ1〜4アルキルである）］。
  81. １つまたは複数のメディトープが多価メディトープを含む、請求項７４から８０のいずれかに記載の方法。
  82. １つまたは複数のメディトープが治療剤にカップリングされている、請求項７４から８１のいずれかに記載の方法。
  83. 治療剤が、薬物、化学療法剤、治療用抗体、毒素、放射性同位体、酵素、キレート剤、ホウ素化合物、光活性剤、染料、金属、金属合金、およびナノ粒子からなる群から選択される、請求項８２に記載の方法。
  84. （ａ）対象に、請求項１から３０のいずれかに記載の抗体またはそのフラグメントを投与するステップと；
    （ｂ）抗体またはフラグメントと抗原との結合を対象において検出するステップと
    を含む診断方法。
  85. 対象に、メディトープ利用可能抗体またはそのフラグメントおよび１つまたは複数のメディトープを投与するステップと、抗体またはフラグメントと抗原との結合を対象において検出するステップとを含み、その際、
    メディトープ利用可能抗体またはフラグメントおよび１つまたは複数のメディトープを逐次的にまたは同時に投与し；かつ
    １つまたは複数のメディトープが、メディトープ利用可能抗体またはフラグメントのメディトープ結合部位に結合するペプチドを含む診断方法。
  86. メディトープ利用可能抗体またはフラグメントが重鎖可変（ＶＨ）領域および軽鎖可変（ＶＬ）領域を含み、ここで、ＶＬ領域が、Ｋａｂａｔナンバリングに従うと４０位にトレオニン、セリン、またはアスパルタート、４１位にグリシン以外の残基、および８５位にアスパルタートまたはアスパラギンを含むアミノ酸配列を有する、請求項８５に記載の診断方法。
  87. メディトープ利用可能抗体および１つまたは複数のメディトープの投与が、メディトープ利用可能抗体およびメディトープの複合体の投与を含むように、メディトープ利用可能抗体またはフラグメントを１つまたは複数のメディトープに結合させる、請求項８５または８６に記載の方法。
  88. １つまたは複数のメディトープを投与する前に、メディトープ利用可能抗体を投与する、請求項８５または８６に記載の方法。
  89. ペプチドが、式（Ｘ）の化合物または薬学的に許容されるその塩である、請求項８５から８８のいずれかに記載の方法：
    ［式中、
    「＊」でマークされている中心は、「Ｒ」または「Ｓ」配置であり；
    Ｒ3およびＲ3'はそれぞれ独立に、Ｈか、またはＣ1〜4アルキル、−ＯＨ、フルオロ、
    クロロ、ブロモ、およびヨードから独立に選択される１、２、または３個の置換基で置換されていてもよいフェニルであり；
    Ｒ5は以下の（Ａ）あるいは（Ｂ）であり：
    （Ａ）オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、ホスホナ
    ートエステル、オルトエステル、−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−Ｃ
    Ｈ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｈ、および−ＣＯＮＨ2基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基で置換されて
    いてもよいＣ1〜8アルキル；あるいは
    （Ｂ）以下のａ）またはｂ）で置換されているＣ1〜4アルキル：
    ａ）１個もしくは２個のフェニル基（ここで、各フェニルは、−ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、およびヨードから独立に選択される１、２、もしくは３個の置換基で置換されていてもよい）；または
    ｂ）ナフチル、イミダゾール、もしくはインドール基；
    Ｒ6は、−Ｃ1〜4アルキル−ＯＨまたは−Ｃ1〜4アルキル−ＳＨであり；
    Ｒ7は、−Ｃ1〜4アルキル−ＯＨまたは−Ｃ1〜4アルキル−ＳＨであり；
    ｍは、０、１、２、３、４、または５であり；
    Ｒ8は下記の（ａ）あるいは（ｂ）であり：
    （ａ）−ＯＨ、−ＮＲaＲb、−Ｎ（Ｒc）Ｃ（Ｏ）Ｒe、または−Ｎ（Ｒc）Ｃ（＝ＮＲd）Ｒe；（ここで、
    ＲaはＨであり；
    Ｒbは、Ｈか、またはオキソ、アセタールおよびケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、−ＳＨ、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｈ、もしくは−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基
    で置換されていてもよいＣ1〜8アルキルであり；
    Ｒcは、Ｈ、Ｃ1〜8アルキル、Ｃ3〜8シクロアルキル、分枝アルキル、またはアリール
    であり；
    Ｒdは、Ｈか、またはそれぞれ、−Ｎ3、−ＮＨ2、−ＯＨ、−ＳＨ、ハロゲン、オキソ
    、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、
    オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｈ、および−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル基からなる
    群から選択される１個もしくは複数の置換基で置換されていてもよいＣ1〜8アルキル、Ｃ2〜8アルケニル、Ｃ2〜8アルキニル、Ｃ3〜8シクロアルキル、分枝アルキル、もしくはアリール基であり；かつ
    Ｒeは、Ｈ；−ＮＨＲd；または−Ｎ3、−ＮＨ2、−ＯＨ、−ＳＨ、オキソ、Ｃ2〜4アセタール、Ｃ2〜4ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、
    オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、および−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基でそれぞれ置換されていてもよいＣ1〜12アルキル、Ｃ3〜8シクロアルキル、Ｃ2〜12アルケニル、Ｃ2〜8アルキニル、またはアリール基である）；あるいは
    （ｂ）オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、−ＳＨ、−
    ＯＨ、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、または−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル基で置換されているＣ1〜12アルキル；
    Ｒ9は、Ｃ1〜4アルキルまたは−Ｃ1〜2アルキレン−Ｒxであり；
    （ここで、Ｒxは、−ＣＯ2Ｈ、−ＣＯＮＨ2、−ＣＨ2ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ2、または−ＣＨ2ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ2である）；
    Ｒ10は下記の（１）あるいは（２）であり：
    （１）オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、ホスホナー
    トエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｈ、お
    よび−ＣＯＮＨ2基からなる群から選択される１個または複数の置換基で置換されていて
    もよいＣ1〜8アルキル；あるいは
    （２）１もしくは２個のフェニル基、または１個のナフチル、イミダゾール、もしくはイ
    ンドール基で置換されているＣ1〜4アルキル基（ここで、各フェニルは、−ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、およびヨードから独立に選択される１、２、または３個の置換基で置換されていてもよい）；
    ｎは、０または１であり；
    ｐは、０または１であり；
    Ｘは、その各炭素が−ＣＯ2Ｈ、−ＮＨ2、または−ＮＨＣ（Ｏ）Ｒyで置換されていて
    もよいＣ1〜8アルキレンまたはＣ2〜8アルケニレンであり；
    （ここで、前記アルキレンのうちの１個の炭素は、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、５員のヘテロアリール環、または−Ｓ−Ｓ−で置き換えられていてもよい）；かつ
    Ｒyは、−Ｃ1〜4アルキルまたは−ＣＨ（Ｒz）ＣＯ2Ｈである
    （ここで、Ｒzは、−Ｈか、または−ＯＨ、−ＳＨ、もしくは−ＮＨ2で置換されていてもよい−Ｃ1〜4アルキルである）］。
  90. 抗体またはフラグメントが１つまたは複数のメディトープに結合していて、１つまたは複数のメディトープが式（Ｘ）のペプチドまたは薬学的に許容されるその塩を含む、請求項８４に記載の方法：
    ［式中、
    「＊」でマークされている中心は、「Ｒ」または「Ｓ」配置であり；
    Ｒ3およびＲ3'はそれぞれ独立に、Ｈか、またはＣ1〜4アルキル、−ＯＨ、フルオロ、
    クロロ、ブロモ、およびヨードから独立に選択される１、２、または３個の置換基で置換されていてもよいフェニルであり；
    Ｒ5は以下の（Ａ）あるいは（Ｂ）であり：
    （Ａ）オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、ホスホナ
    ートエステル、オルトエステル、−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−Ｃ
    Ｈ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｈ、および−ＣＯＮＨ2基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基で置換されて
    いてもよいＣ1〜8アルキル；あるいは
    （Ｂ）以下のａ）またはｂ）で置換されているＣ1〜4アルキル：
    ａ）１個もしくは２個のフェニル基（ここで、各フェニルは、−ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、およびヨードから独立に選択される１、２、もしくは３個の置換基で置換されていてもよい）；または
    ｂ）ナフチル、イミダゾール、もしくはインドール基；
    Ｒ6は、−Ｃ1〜4アルキル−ＯＨまたは−Ｃ1〜4アルキル−ＳＨであり；
    Ｒ7は、−Ｃ1〜4アルキル−ＯＨまたは−Ｃ1〜4アルキル−ＳＨであり；
    ｍは、０、１、２、３、４、または５であり；
    Ｒ8は下記の（ａ）あるいは（ｂ）であり：
    （ａ）−ＯＨ、−ＮＲaＲb、−Ｎ（Ｒc）Ｃ（Ｏ）Ｒe、または−Ｎ（Ｒc）Ｃ（＝ＮＲd）Ｒe；（ここで、
    ＲaはＨであり；
    Ｒbは、Ｈか、またはオキソ、アセタールおよびケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、−ＳＨ、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｈ、もしくは−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基
    で置換されていてもよいＣ1〜8アルキルであり；
    Ｒcは、Ｈ、Ｃ1〜8アルキル、Ｃ3〜8シクロアルキル、分枝アルキル、またはアリール
    であり；
    Ｒdは、Ｈか、またはそれぞれ、−Ｎ3、−ＮＨ2、−ＯＨ、−ＳＨ、ハロゲン、オキソ
    、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、
    オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｈ、および−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル基からなる
    群から選択される１個もしくは複数の置換基で置換されていてもよいＣ1〜8アルキル、Ｃ2〜8アルケニル、Ｃ2〜8アルキニル、Ｃ3〜8シクロアルキル、分枝アルキル、もしくはアリール基であり；かつ
    Ｒeは、Ｈ；−ＮＨＲd；または−Ｎ3、−ＮＨ2、−ＯＨ、−ＳＨ、オキソ、Ｃ2〜4アセタール、Ｃ2〜4ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、
    オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、および−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基でそれぞれ置換されていてもよいＣ1〜12アルキル、Ｃ3〜8シクロアルキル、Ｃ2〜12アルケニル、Ｃ2〜8アルキニル、またはアリール基である）；あるいは
    （ｂ）オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、−ＳＨ、−
    ＯＨ、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、または−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル基で置換されているＣ1〜12アルキル；
    Ｒ9は、Ｃ1〜4アルキルまたは−Ｃ1〜2アルキレン−Ｒxであり；
    （ここで、Ｒxは、−ＣＯ2Ｈ、−ＣＯＮＨ2、−ＣＨ2ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ2、または−ＣＨ2ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ2である）；
    Ｒ10は下記の（１）あるいは（２）であり：
    （１）オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、ホスホナー
    トエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｈ、お
    よび−ＣＯＮＨ2基からなる群から選択される１個または複数の置換基で置換されていて
    もよいＣ1〜8アルキル；あるいは
    （２）１もしくは２個のフェニル基、または１個のナフチル、イミダゾール、もしくはインドール基で置換されているＣ1〜4アルキル基（ここで、各フェニルは、−ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、およびヨードから独立に選択される１、２、または３個の置換基で置換されていてもよい）；
    ｎは、０または１であり；
    ｐは、０または１であり；
    Ｘは、その各炭素が−ＣＯ2Ｈ、−ＮＨ2、または−ＮＨＣ（Ｏ）Ｒyで置換されていて
    もよいＣ1〜8アルキレンまたはＣ2〜8アルケニレンであり；
    （ここで、前記アルキレンのうちの１個の炭素は、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、５員のヘテロアリール環、または−Ｓ−Ｓ−で置き換えられていてもよい）；かつ
    Ｒyは、−Ｃ1〜4アルキルまたは−ＣＨ（Ｒz）ＣＯ2Ｈである
    （ここで、Ｒzは、−Ｈか、または−ＯＨ、−ＳＨ、もしくは−ＮＨ2で置換されていてもよい−Ｃ1〜4アルキルである）］。
  91. 対象に、１つまたは複数のメディトープを投与するステップ（ｃ）をさらに含み、その際、１つまたは複数のメディトープが、式（Ｘ）のペプチドまたは薬学的に許容されるその塩を含む、請求項８４に記載の方法：
    ［式中、
    「＊」でマークされている中心は、「Ｒ」または「Ｓ」配置であり；
    Ｒ3およびＲ3'はそれぞれ独立に、Ｈか、またはＣ1〜4アルキル、−ＯＨ、フルオロ、
    クロロ、ブロモ、およびヨードから独立に選択される１、２、または３個の置換基で置換されていてもよいフェニルであり；
    Ｒ5は以下の（Ａ）あるいは（Ｂ）であり：
    （Ａ）オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、ホスホナ
    ートエステル、オルトエステル、−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−Ｃ
    Ｈ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｈ、および−ＣＯＮＨ2基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基で置換されて
    いてもよいＣ1〜8アルキル；あるいは
    （Ｂ）以下のａ）またはｂ）で置換されているＣ1〜4アルキル：
    ａ）１個もしくは２個のフェニル基（ここで、各フェニルは、−ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、およびヨードから独立に選択される１、２、もしくは３個の置換基で置換されていてもよい）；または
    ｂ）ナフチル、イミダゾール、もしくはインドール基；
    Ｒ6は、−Ｃ1〜4アルキル−ＯＨまたは−Ｃ1〜4アルキル−ＳＨであり；
    Ｒ7は、−Ｃ1〜4アルキル−ＯＨまたは−Ｃ1〜4アルキル−ＳＨであり；
    ｍは、０、１、２、３、４、または５であり；
    Ｒ8は下記の（ａ）あるいは（ｂ）であり：
    （ａ）−ＯＨ、−ＮＲaＲb、−Ｎ（Ｒc）Ｃ（Ｏ）Ｒe、または−Ｎ（Ｒc）Ｃ（＝ＮＲd）Ｒe；（ここで、
    ＲaはＨであり；
    Ｒbは、Ｈか、またはオキソ、アセタールおよびケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、−ＳＨ、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｈ、もしくは−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基
    で置換されていてもよいＣ1〜8アルキルであり；
    Ｒcは、Ｈ、Ｃ1〜8アルキル、Ｃ3〜8シクロアルキル、分枝アルキル、またはアリール
    であり；
    Ｒdは、Ｈか、またはそれぞれ、−Ｎ3、−ＮＨ2、−ＯＨ、−ＳＨ、ハロゲン、オキソ
    、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、
    オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｈ、および−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル基からなる
    群から選択される１個もしくは複数の置換基で置換されていてもよいＣ1〜8アルキル、Ｃ2〜8アルケニル、Ｃ2〜8アルキニル、Ｃ3〜8シクロアルキル、分枝アルキル、もしくはアリール基であり；かつ
    Ｒeは、Ｈ；−ＮＨＲd；または−Ｎ3、−ＮＨ2、−ＯＨ、−ＳＨ、オキソ、Ｃ2〜4アセタール、Ｃ2〜4ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、ホスホナートエステル、
    オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、および−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル基からなる群から選択される１個もしくは複数の置換基でそれぞれ置換されていてもよいＣ1〜12アルキル、Ｃ3〜8シクロアルキル、Ｃ2〜12アルケニル、Ｃ2〜8アルキニル、またはアリール基である）；あるいは
    （ｂ）オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、−ＳＨ、−
    ＯＨ、ホスホナートエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、または−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル基で置換されているＣ1〜12アルキル；
    Ｒ9は、Ｃ1〜4アルキルまたは−Ｃ1〜2アルキレン−Ｒxであり；
    （ここで、Ｒxは、−ＣＯ2Ｈ、−ＣＯＮＨ2、−ＣＨ2ＮＨＣ（Ｏ）ＮＨ2、または−ＣＨ2ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ2である）；
    Ｒ10は下記の（１）あるいは（２）であり：
    （１）オキソ、アセタール、ケタール、−Ｂ（ＯＨ）2、ボロン酸エステル、ホスホナー
    トエステル、オルトエステル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨＯ、−ＣＨ＝ＣＨ−Ｃ（Ｏ）Ｃ1〜4アルキル、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｃ1〜4アルキル、−ＣＯ2Ｈ、お
    よび−ＣＯＮＨ2基からなる群から選択される１個または複数の置換基で置換されていて
    もよいＣ1〜8アルキル；あるいは
    （２）１もしくは２個のフェニル基、または１個のナフチル、イミダゾール、もしくはインドール基で置換されているＣ1〜4アルキル基（ここで、各フェニルは、−ＯＨ、フルオロ、クロロ、ブロモ、およびヨードから独立に選択される１、２、または３個の置換基で置換されていてもよい）；
    ｎは、０または１であり；
    ｐは、０または１であり；
    Ｘは、その各炭素が−ＣＯ2Ｈ、−ＮＨ2、または−ＮＨＣ（Ｏ）Ｒyで置換されていて
    もよいＣ1〜8アルキレンまたはＣ2〜8アルケニレンであり；
    （ここで、前記アルキレンのうちの１個の炭素は、−Ｃ（Ｏ）ＮＨ−、５員のヘテロアリール環、または−Ｓ−Ｓ−で置き換えられていてもよい）；かつ
    Ｒyは、−Ｃ1〜4アルキルまたは−ＣＨ（Ｒz）ＣＯ2Ｈである
    （ここで、Ｒzは、−Ｈか、または−ＯＨ、−ＳＨ、もしくは−ＮＨ2で置換されていてもよい−Ｃ1〜4アルキルである）］。
  92. １つまたは複数のメディトープが多価メディトープである、請求項８５から９１のいずれかに記載の方法。
  93. メディトープが診断剤にカップリングされている、請求項８５から９２のいずれかに記載の方法。
  94. 診断剤がイメージング剤である、請求項９３に記載の方法。
  95. イメージング剤が、蛍光物質、発光物質、色素、指示薬、および放射性物質からなる群から選択される、請求項９４に記載の方法。
  96. イメージング剤がＤＯＴＡである、請求項９５に記載の方法。
  97. メディトープ利用可能抗体またはそのフラグメントを作成する方法であって：
    テンプレート抗体またはそのフラグメントにおいて１つまたは複数のアミノ酸置換を行うが、その際、置換は、Ｋａｂａｔナンバリングに従うとＶＬ領域の４０、４１、もしくは８５位、またはＶＨ領域の４０位もしくは８９位での置換を包含し、
    それによって、配列番号１、２、１６〜１８、２３、２９、３１、３２、３６、３９、４２、４３、４５、４６、５１、５２、５４、および５５で示される配列からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するペプチド、またはそれに由来する環式ペプチドであるメディトープに結合するメディトープ利用可能抗体またはそのフラグメントを作成するステップを含む方法。
  98. テンプレート抗体またはそのフラグメントが、アバゴボマブ、アブシキシマブ、アダリムマブ、アデカツムマブ、アレムツズマブ、アルツモマブ、ペンテト酸アルツモマブ、アナツモマブ、アナツモマブマフェナトクス、アルシツモマブ、アトリズマブ、バシリキシマブ、ベクツモマブ、エクツモマブ、ベリムマブ、ベンラリズマブ、ベバシズマブ、ブレンツキシマブ、カナキヌマブ、カプロマブ、カプロマブペンデチド、カツマキソマブ、セルトリズマブ、クリバツズマブテトラキセタン、ダクリズマブ、デノスマブ、エクリズマブ、エドレコロマブ、エファリズマブ、エタラシズマブ、エルツマキソマブ、ファノレソマブ、Ｆｂｔａ０５、フォントリズマブ、ゲムツズマブ、ギレンツキシマブ、ゴリムマブ、イブリツモマブ、イゴボマブ、インフリキシマブ、イピリムマブ、ラベツズマブ、メポリズマブ、ムロモナブ、ムロモナブ−ＣＤ３、ナタリズマブ、ネシツムマブ、ニモツズマブ、オファツムマブ、オマリズマブ、オレゴボマブ、パリビズマブ、パニツムマブ、ラニビズマブ、リツキシマブ、サツモマブ、スレソマブ、イブリツモマブ、イブリツモマブチウキセタン、トシリズマブ、トシツモマブ、トラスツズマブ、Ｔｒｂｓ０７、ウステキヌマブ、ビシリズマブ、ボツムマブ、ザルツムマブ、ブロダルマブ、アンルキンズマブ、バピヌズマブ、ダロツズマブ、デムシズマブ、ガニツマブ、イノツズマブ、マブリリムマブ、モキセツモマブパスドトックス、リロツムマブ、シファリムマブ、タネズマブ、トラロキヌマブ、トレメリムマブ、ウレルマブ、Ｂ６Ｈ１２．２、およびハイブリドーマ１０Ｂ５によって産生される抗体からなる群から選択される、請求項９７に記載の方法。
  99. ＳＰＲによって測定した場合に１０μＭ未満の解離定数で、メディトープ利用可能抗体がメディトープに結合する、請求項９７または９８に記載の方法。
  100. 解離定数が５μＭ未満である、請求項９９に記載の方法。
  101. 解離定数が２μＭ未満である、請求項１００に記載の方法。
  102. メディトープが、配列番号１もしくは２で示されるアミノ酸配列のペプチド、またはそれに由来する環式ペプチドである、請求項９７から１０１のいずれかに記載の方法。
  103. １つまたは複数のアミノ酸置換がそれぞれ、Ｋａｂａｔナンバリングに従うと軽鎖の８、９、１０、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、８２、８３、８４、８５、８６、８７、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１４２、１６２、１６３、１６４、１６５、１６６、１６７、１６８、および１７３位、または重鎖の６、９、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、８４、８６、８７、８８
    、８９、９０、９１、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１４７、１５０、１５１、１５２、１７３、１７４、１７５、１７６、１７７、１８５、１８６、および１８７位からなる群から選択される位置においての置換である、請求項９７から１０２のいずれかに記載の方法。
  104. メディトープ利用可能抗体が、Ｋａｂａｔナンバリングに従うとＰ８、Ｖ９またはＩ９、Ｉ１０またはＬ１０、Ｑ３８、Ｒ３９、Ｔ４０、Ｎ４１ Ｇ４２、Ｓ４３、Ｐ４４、Ｒ４５、Ｄ８２、Ｉ８３、Ａ８４、Ｄ８５、Ｙ８６、Ｙ８７、Ｇ９９、Ａ１００、Ｇ１０１、Ｔ１０２、Ｋ１０３、Ｌ１０４、Ｅ１０５、Ｒ１４２、Ｓ１６２、Ｖ１６３、Ｔ１６４、Ｅ１６５、Ｑ１６６、Ｄ１６７、Ｓ１６８、およびＹ１７３を有する軽鎖、ならびにＫａｂａｔナンバリングに従うとＱ６、Ｐ９、Ｒ３８、Ｑ３９、Ｓ４０、Ｐ４１、Ｇ４２、Ｋ４３、Ｇ４４、Ｌ４５、Ｓ８４、Ｄ８６、Ｔ８７、Ａ８８、Ｉ８９、Ｙ９０、Ｙ９１、Ｗ１０３、Ｇ１０４、Ｑ１０５、Ｇ１０６、Ｔ１０７、Ｌ１０８、Ｖ１１１、Ｔ１１０、Ｙ１４７、Ｅ１５０、Ｐ１５１、Ｖ１５２、Ｔ１７３、Ｆ１７４、Ｐ１７５、Ａ１７６、Ｖ１７７、Ｙ１８５、Ｓ１８６、およびＬ１８７を有する重鎖を含有する、請求項１０３に記載の方法。
  105. 請求項１から３０のいずれかに記載の抗体またはそのフラグメントをコードするヌクレオチド配列を含む、ポリヌクレオチド。
  106. 請求項１０５に記載のポリヌクレオチドを含む、ベクター。
  107. 請求項１０６に記載のベクターを含む、ライブラリ。
  108. （ａ）請求項１０７に記載のライブラリから、抗体またはそのフラグメントを発現させるステップと；
    （ｂ）発現された抗体またはフラグメントのうちから、抗体またはそのフラグメントを選択するステップと
    を含むスクリーニング方法。
  109. 選択が、選択される抗体またはそのフラグメントの結合親和性、ｐＨ耐性、ｐＨ依存性、毒性、ＰＫ、またはＰＤに基づく、請求項１０８に記載のスクリーニング方法。
  110. 抗体またはそのフラグメントをメディトープと接触させ、かつ抗体またはフラグメントのうちの１つまたは複数とメディトープとの結合を検出するステップによって、選択を行う、請求項１０８または１０９に記載の方法。
  111. メディトープ類似体またはメディトープ変異体を選択する方法であって、
    （ａ）メディトープおよびメディトープ利用可能抗体またはそのフラグメントを組み合わせ、それによってメディトープが抗体またはそのフラグメントに非共有結合するステップと；
    （ｂ）メディトープ変異体または類似体候補を加えるステップと；
    （ｃ）メディトープ変異体または類似体候補によるメディトープの置き換えを測定するが、その際、変異体または類似体候補によってメディトープが置き換えられたら、その変異体または類似体候補を、メディトープ変異体または類似体と同定するステップと
    を含む、方法。
  112. １つまたは複数のアミノ酸置換、挿入または欠失を、配列番号１、２、１６〜１８、２３、２９、３１、３２、３６、３９、４２、４３、４５、４６、５１、５２、５４、および５５のうちの任意のもので示される配列を有するペプチド、またはそれに由来する環式
    ペプチドに対して行うステップを含み、それによって、請求項１から３０のいずれかに記載の抗体またはフラグメントに対するペプチドの結合親和性のｐＨ依存性を変更する、メディトープを修飾するための方法。
  113. リソソームのｐＨレベルでの、抗体またはフラグメントに対するペプチドの結合親和性を低下させる、請求項１１２に記載の方法。
  114. 低酸素環境下での結合親和性を上昇させる、請求項１１２または１１３に記載の方法。
  115. メディトープ利用可能抗体を修飾するための方法であって、１つまたは複数の修飾を、Ｋａｂａｔナンバリングに従うとメディトープ利用可能抗体の軽鎖の８、９、１０、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、８２、８３、８４、８５、８６、８７、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１４２、１６２、１６３、１６４、１６５、１６６、１６７、１６８、および／もしくは１７３位、または重鎖の６、９、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、８４、８６、８７、８８、８９、９０、９１、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１４７、１５０、１５１、１５２、１７３、１７４、１７５、１７６、１７７、１８５、１８６、および／もしくは１８７位で行うステップを含む、方法。
JP2017001626A 2011-10-10 2017-01-10 メディトープおよびメディトープ結合性抗体ならびにそれらの使用 Active JP6552529B2 (ja)

Priority Applications (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
JP2019123402A JP6938570B2 (ja) 2011-10-10 2019-07-02 メディトープおよびメディトープ結合性抗体ならびにそれらの使用
JP2021142104A JP7309797B2 (ja) 2011-10-10 2021-09-01 メディトープおよびメディトープ結合性抗体ならびにそれらの使用
JP2023110539A JP2023134564A (ja) 2011-10-10 2023-07-05 メディトープおよびメディトープ結合性抗体ならびにそれらの使用

Applications Claiming Priority (6)

Application Number Priority Date Filing Date Title
USPCT/US2011/055656 2011-10-10
US13/270,207 2011-10-10
US13/270,207 US8658774B2 (en) 2010-10-08 2011-10-10 Meditopes and related meditope-monoclonal antibody delivery systems, synthesis and therapeutic uses thereof
PCT/US2011/055656 WO2012048332A2 (en) 2010-10-08 2011-10-10 A monoclonal antibody framework binding interface for meditopes, meditope delivery systems and methods for their use
US201261597708P 2012-02-10 2012-02-10
US61/597,708 2012-02-10

Related Parent Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2014535709A Division JP6076357B2 (ja) 2011-10-10 2012-04-10 メディトープおよびメディトープ結合性抗体ならびにそれらの使用

Related Child Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2019123402A Division JP6938570B2 (ja) 2011-10-10 2019-07-02 メディトープおよびメディトープ結合性抗体ならびにそれらの使用

Publications (2)

Publication Number Publication Date
JP2017131214A true JP2017131214A (ja) 2017-08-03
JP6552529B2 JP6552529B2 (ja) 2019-07-31

Family

ID=48082257

Family Applications (5)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2014535709A Active JP6076357B2 (ja) 2011-10-10 2012-04-10 メディトープおよびメディトープ結合性抗体ならびにそれらの使用
JP2017001626A Active JP6552529B2 (ja) 2011-10-10 2017-01-10 メディトープおよびメディトープ結合性抗体ならびにそれらの使用
JP2019123402A Active JP6938570B2 (ja) 2011-10-10 2019-07-02 メディトープおよびメディトープ結合性抗体ならびにそれらの使用
JP2021142104A Active JP7309797B2 (ja) 2011-10-10 2021-09-01 メディトープおよびメディトープ結合性抗体ならびにそれらの使用
JP2023110539A Pending JP2023134564A (ja) 2011-10-10 2023-07-05 メディトープおよびメディトープ結合性抗体ならびにそれらの使用

Family Applications Before (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2014535709A Active JP6076357B2 (ja) 2011-10-10 2012-04-10 メディトープおよびメディトープ結合性抗体ならびにそれらの使用

Family Applications After (3)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2019123402A Active JP6938570B2 (ja) 2011-10-10 2019-07-02 メディトープおよびメディトープ結合性抗体ならびにそれらの使用
JP2021142104A Active JP7309797B2 (ja) 2011-10-10 2021-09-01 メディトープおよびメディトープ結合性抗体ならびにそれらの使用
JP2023110539A Pending JP2023134564A (ja) 2011-10-10 2023-07-05 メディトープおよびメディトープ結合性抗体ならびにそれらの使用

Country Status (10)

Country Link
EP (2) EP3741773A1 (ja)
JP (5) JP6076357B2 (ja)
KR (3) KR102056932B1 (ja)
CN (3) CN104039809A (ja)
AU (4) AU2012321301B2 (ja)
CA (2) CA3101452C (ja)
HK (1) HK1200853A1 (ja)
IL (5) IL296507A (ja)
SG (1) SG11201401411TA (ja)
WO (1) WO2013055404A1 (ja)

Families Citing this family (30)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US8962804B2 (en) 2010-10-08 2015-02-24 City Of Hope Meditopes and meditope-binding antibodies and uses thereof
HUE041499T2 (hu) * 2012-11-21 2019-05-28 Janssen Biotech Inc Bispecifikus EGFR/C-MET-ellenanyagok
LT2981822T (lt) 2013-05-06 2020-12-28 Scholar Rock, Inc. Kompozicijos ir būdai, skirti augimo faktoriaus moduliacijai
CN105593242B (zh) * 2013-07-11 2020-11-06 斯克利普斯研究所 卷曲螺旋免疫球蛋白融合蛋白及其组合物
KR20230066491A (ko) * 2014-10-02 2023-05-15 시티 오브 호프 다가 메디토프, 메디토프 결합 항체 및 이의 용도
ES2941897T3 (es) 2014-11-12 2023-05-26 Seagen Inc Compuestos que interaccionan con glicanos y procedimientos de uso
US9879087B2 (en) 2014-11-12 2018-01-30 Siamab Therapeutics, Inc. Glycan-interacting compounds and methods of use
US11014989B2 (en) * 2015-01-26 2021-05-25 Cellectis Anti-CLL1 specific single-chain chimeric antigen receptors (scCARs) for cancer immunotherapy
US9809625B2 (en) * 2015-03-18 2017-11-07 Bristol-Myers Squibb Company Immunomodulators
WO2016161018A1 (en) * 2015-03-30 2016-10-06 City Of Hope Mechanically interlocking complexes
DK3294764T3 (da) 2015-05-15 2021-01-25 Hope City Kimæriske antigenreceptor sammensætninger
JP2018531625A (ja) * 2015-09-11 2018-11-01 ナセント バイオテック インコーポレイテッド 脳への向上した薬物送達の方法
EP3375873A4 (en) * 2015-10-22 2019-05-22 Protenova Co., Ltd. POLYPEPTIDE BINDING TO IMMUNOBLOBULINS
IL258768B2 (en) 2015-11-12 2023-11-01 Siamab Therapeutics Inc Compounds interacting with glycans and methods of use
US11459397B2 (en) * 2016-01-08 2022-10-04 Meditope Biosciences Inc. Self-crosslinking antibodies
WO2017136581A1 (en) * 2016-02-02 2017-08-10 Meditope Biosciences, Inc. Anti-egfr antibody drug conjugate
RU2744959C2 (ru) 2016-03-23 2021-03-17 Мэбспейс Байосайнсиз (Сучжоу) Ко., Лтд Новые анти-pd-l1 антитела
JP2019530685A (ja) * 2016-06-06 2019-10-24 ノースウェスタン ユニバーシティ 融合タンパク質コンストラクト
WO2018075813A1 (en) 2016-10-19 2018-04-26 City Of Hope Use of endogenous viral vaccine in chimeric antigen receptor t cell therapy
EP3541847A4 (en) 2016-11-17 2020-07-08 Seattle Genetics, Inc. COMPOUNDS INTERACTING WITH GLYCANE AND METHODS OF USE
EP3551665A4 (en) * 2016-12-06 2020-09-30 City of Hope ANTIBODIES ACTIVATED BY A CYSTEINE PEPTIDE
KR20240044544A (ko) 2017-03-03 2024-04-04 씨젠 인크. 글리칸-상호작용 화합물 및 사용 방법
US20210061879A1 (en) * 2017-12-29 2021-03-04 City Of Hope Meditope-enabled t cells
JP7202577B2 (ja) * 2018-08-01 2023-01-12 国立大学法人 鹿児島大学 ペプチド融合タンパク質
AU2020205851A1 (en) * 2019-01-07 2021-08-12 Astellas Pharma Inc. Conjugate comprising ligand, spacer, peptide linker, and biomolecule
CN110379467B (zh) * 2019-07-17 2022-08-19 成都火石创造科技有限公司 一种化学分子式切分方法
CN110669108A (zh) * 2019-09-06 2020-01-10 中国药科大学 一种多肽及其应用
CN115175919A (zh) * 2019-12-09 2022-10-11 光行科技株式会社 转换结合剂、其制备方法、和各自使用该转换结合剂的药物组合物、测定试剂盒、以及抗原和抗体测定方法
US11492394B1 (en) 2021-10-29 2022-11-08 Nascent Biotech, Inc. Kits and containers for treating vimentin expressing tumors
CN117187189B (zh) * 2023-11-02 2024-02-27 北京丹大生物技术有限公司 一种用于检测乌司奴单抗的杂交瘤细胞株组合和抗体组合及其应用

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2005056606A2 (en) * 2003-12-03 2005-06-23 Xencor, Inc Optimized antibodies that target the epidermal growth factor receptor

Family Cites Families (18)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CZ282603B6 (cs) 1991-03-06 1997-08-13 Merck Patent Gesellschaft Mit Beschränkter Haftun G Humanizované a chimerické monoklonální protilátky
EP2048154B2 (en) 2002-02-05 2015-06-03 Genentech, Inc. Protein purification
US7524630B2 (en) 2002-04-22 2009-04-28 University Of Florida Research Foundation, Inc. Functionalized nanoparticles and methods of use
EP2357237A1 (en) * 2003-05-14 2011-08-17 Domantis Limited A process for recovering polypeptides that unfold reversibly from a polypeptide repertoire
US20050042664A1 (en) * 2003-08-22 2005-02-24 Medimmune, Inc. Humanization of antibodies
PT2311873T (pt) * 2004-01-07 2018-11-20 Novartis Vaccines & Diagnostics Inc Anticorpo monoclonal específico para m-csf e respetivos usos
WO2005110474A2 (en) 2004-05-10 2005-11-24 Macrogenics, Inc. HUMANIZED FcϜRIIB SPECIFIC ANTIBODIES AND METHODS OF USE THEREOF
AU2006278260B2 (en) * 2005-08-08 2012-03-08 Onconon, Llc. Antibody compositions, methods for treating neoplastic disease and methods for regulating fertility
US10183986B2 (en) 2005-12-15 2019-01-22 Industrial Technology Research Institute Trimeric collagen scaffold antibodies
MX2008009494A (es) * 2006-01-23 2009-01-07 Joseph P Errico Metodos y composiciones de desarrollo dirigido de farmacos.
EP2041180B8 (en) * 2006-06-19 2014-03-05 Liquidating Trust Ilt3 binding molecules and uses therefor
MX2009000476A (es) * 2006-07-14 2009-01-28 Ac Immune Sa Anticuerpo humanizado contra beta amiloide.
US9382327B2 (en) * 2006-10-10 2016-07-05 Vaccinex, Inc. Anti-CD20 antibodies and methods of use
CN102838673B (zh) * 2007-06-25 2016-05-11 艾斯巴技术-诺华有限责任公司 修饰抗体的方法和具有改善的功能性质的修饰抗体
US8092804B2 (en) * 2007-12-21 2012-01-10 Medimmune Limited Binding members for interleukin-4 receptor alpha (IL-4Rα)-173
RU2490278C2 (ru) * 2007-12-21 2013-08-20 Медиммун Лимитед ЭЛЕМЕНТ, СВЯЗЫВАЮЩИЙСЯ С α-РЕЦЕПТОРОМ ИНТЕРЛЕЙКИНА-4 (IL-4Rα)-173
US9029508B2 (en) * 2008-04-29 2015-05-12 Abbvie Inc. Dual variable domain immunoglobulins and uses thereof
AU2011312106B8 (en) * 2010-10-08 2017-09-14 City Of Hope A monoclonal antibody framework binding interface for meditopes, meditope delivery systems and methods for their use

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2005056606A2 (en) * 2003-12-03 2005-06-23 Xencor, Inc Optimized antibodies that target the epidermal growth factor receptor

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
J. NATL. CANCER INST., (2005), 97, [22], P.1663-1670, JPN7016000172, ISSN: 0003927548 *

Also Published As

Publication number Publication date
EP2766382B1 (en) 2020-05-06
JP6938570B2 (ja) 2021-09-22
IL296507A (en) 2022-11-01
CA3101452A1 (en) 2013-04-18
EP2766382A4 (en) 2015-06-10
JP7309797B2 (ja) 2023-07-18
KR20210088752A (ko) 2021-07-14
CA2852099C (en) 2020-12-08
KR102541217B1 (ko) 2023-06-08
AU2019283789A1 (en) 2020-01-23
CN114634572A (zh) 2022-06-17
HK1200853A1 (en) 2015-08-14
AU2012321301A1 (en) 2014-05-01
IL266893A (en) 2019-07-31
EP3741773A1 (en) 2020-11-25
JP2015501299A (ja) 2015-01-15
IL272831B (en) 2021-12-01
JP6076357B2 (ja) 2017-02-08
EP2766382A1 (en) 2014-08-20
AU2017203871A1 (en) 2017-07-13
JP2023134564A (ja) 2023-09-27
KR102056932B1 (ko) 2019-12-17
IL288203B2 (en) 2023-02-01
IL288203A (en) 2022-01-01
WO2013055404A1 (en) 2013-04-18
CN104039809A (zh) 2014-09-10
IL232071A0 (en) 2014-05-28
KR102276792B1 (ko) 2021-07-15
JP2019213527A (ja) 2019-12-19
IL232071B (en) 2019-05-30
SG11201401411TA (en) 2014-08-28
KR20200003419A (ko) 2020-01-09
AU2012321301B2 (en) 2017-03-09
CN107840888A (zh) 2018-03-27
IL266893B (en) 2020-02-27
NZ623781A (en) 2016-07-29
AU2017203871B2 (en) 2019-09-19
AU2021215122B2 (en) 2023-08-31
CA2852099A1 (en) 2013-04-18
AU2021215122A1 (en) 2021-09-02
IL288203B (en) 2022-10-01
JP2022023026A (ja) 2022-02-07
IL272831A (en) 2020-04-30
CN107840888B (zh) 2022-03-29
AU2019283789B2 (en) 2021-05-13
KR20140082794A (ko) 2014-07-02
JP6552529B2 (ja) 2019-07-31
CA3101452C (en) 2024-04-23

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP6938570B2 (ja) メディトープおよびメディトープ結合性抗体ならびにそれらの使用
US20230001003A1 (en) Meditopes and meditope-binding antibodies and uses thereof
JP7403509B2 (ja) メディトープ（Ｍｅｄｉｔｏｐｅ）のためのモノクローナル抗体フレームワーク結合インターフェース、メディトープ送達系、およびその使用法
US9428553B2 (en) Meditopes and meditope-binding antibodies and uses thereof

Legal Events

Date Code Title Description
A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20180116

A601 Written request for extension of time

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601

Effective date: 20180412

A601 Written request for extension of time

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601

Effective date: 20180614

A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20181204

A601 Written request for extension of time

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601

Effective date: 20190228

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20190425

TRDD Decision of grant or rejection written
A01 Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01

Effective date: 20190604

A61 First payment of annual fees (during grant procedure)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61

Effective date: 20190702

R150 Certificate of patent or registration of utility model

Ref document number: 6552529

Country of ref document: JP

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150

R250 Receipt of annual fees

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250

R250 Receipt of annual fees

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250