JP2016536622A - 肺がん診断 - Google Patents
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Abstract
Description
肺がんは、世界中のがんによる死亡の主要原因である。手術以外の治療方法は、あまり効果的ではなく、耐性につながる。そのため、肺がんの病因やその進行についての見識が至急必要とされている。大腸がんは、がん関連死の別の主要原因であり、世界中で4番目に最も一般的なものである。大腸がん患者の生存率及び予後は、診断時の腫瘍のステージに依存する。早期ステージの大腸がんは治癒可能である。残念なことに、57%以上は、診断時に疾患が周辺に広がっていたり、あるいは遠隔転移していたりする。がんの管理における多額の投資や進歩にもかかわらず、5年生存率は、進行期の大腸がん患者でわずか15%である。
a)- 異なるペプチドの組み合わせを、対象の血液または血清試料に暴露させるステップであって、前記ペプチドは、ヒトBARD1のアミノ酸配列のひと続きのアミノ酸配列(配列番号42)またはそのアイソフォームのアミノ酸配列(配列番号43〜51)を含むペプチドから選択され、前記ペプチドは、独立して、4〜300個のアミノ酸の長さを有する、曝露させるステップと;
- 前記ペプチドの各々に結合している前記試料中の抗体の量に関係するパラメーターを決定するステップと;
b)前のステップで得られたパラメーターから、前記対象が肺がんに対して陽性または陰性と診断されるかどうかを決定するステップとを含む。
1)前記血液または血清試料を、前記異なるペプチドが結合している1つ以上の表面及び/または固体マトリックスに接触させるステップであって、接触ステップは、前記試料中に存在する抗体を、抗原抗体相互作用を介して異なるペプチドに結合させるのに十分な条件下である、接触ステップと;
2)1つ以上の表面または固体マトリックスから任意の非結合抗体を除去するための血液または血清試料を除去するステップと;
3)前記表面及び/またはマトリックスに結合している抗原−抗体複合体のレベルを測定することで、循環血清抗体の量に関係する前記パラメーターを決定するステップとを含む。
BARD1(配列番号42〜51)のアイソフォームの発現の研究後、配列番号1〜41を含む41個の異なるペプチドを定義し、選択した。これらの実験には、1つのアイソフォームのsiRNAベースの特異的抑制、ウェスタンブロットでの潜在的な翻訳産物の抑制の確認、アイソフォームの過剰発現、及び正しいサイズの内因性タンパク質の発現の確認を伴った。
実施例1の41個のペプチドを、Meso Scale MSD技術プラットフォーム(Mesoscale, MD 20850〜3173, Rockeville, USA)を用いてマイクロタイターウェル上に沈着させた。特に、各ペプチドを、マルチスポットプレートのスポット上に所定量で沈着させた。各マルチスポットアレイは、ペプチドを沈着する炭素被覆作用電極を含む。抗体結合の検出では、電気刺激により、スルホタグマーカー分子(ルテニウムIIトリス−ビピリジン−(4−メチルスルホナート)NSHエステルを介した光生成をもたらす。ペプチドのプレーティングは、Mesoscaleで行った。各ウェルには、10個の異なるスポットを含むため、10個の異なるペプチドを、96−ウェルマイクロタイタープレートの1つのウェルにプレートした。
血液試料を肺(n=178)、結腸(n=80)、良性乳房(n=9)、悪性乳房(n=14)、良性卵巣(n=50)、悪性卵巣(n=43)、及び神経芽細胞腫(n=20)のヒトがん患者及び健常対照(n=266)から収集した。性別及び年齢は、大部分の対象から分かっていた。
実施例3で得られたデータを統計的に分析した。データセットは、少なくとも1組の変数が測定されている379個の固有の試料からなる。いくつかの試料では、2回または3回の別々の測定を行い、平均をとった。変数は、血液試料を40個のペプチドの1つに暴露させた時に測定された信号から得られた数値である。言い換えると、変数は、ペプチドの1つに特異的に結合している試料中の抗体の量に関係する値である。全体で、データセットは、40個の変数の測定を含み、各々が10個の変数の4つのサブセットに分割する(10個の異なるペプチドを、1つのウェルの10個の異なるスポットとしてプレートする)。各プレートは、1つのそのようなサブセットからペプチドの測定値を含み、4枚のプレートは、サブセットごとに分析されている。プレートは、分析した日付けで示されるであろう。いくつかの試料では、変数の1つのサブセットのみを測定したが、他の試料では、いくつかのサブセットの測定値が存在する。同じ変数が異なるプレート上で何回も測定されているいくつかの試料も存在する。性別及び年齢についての情報は、研究試料の大部分において入手可能である。がん試料については、より詳細な診断情報も提供する。
以下の表1に示すように、予測因子値の算出を示すこの実施例は、各ペプチドに起因する係数に基づくものである。
実施例4に記載のLasso法を用いて、特に女性の肺がんを診断するためのモデルを開発した。このモデルでは、統計的に有意であり、優れたAUC値をもたらすモデルを得るために、19個のペプチドが必要であることが分かった。19個の異なるペプチドは、配列:配列番号1〜配列番号6;配列番号11〜配列番号14;配列番号18〜配列番号21;配列番号26〜配列番号30を有するペプチドである。
実施例4に記載のLasso法を用いて、特に男性の肺がんを診断するためのモデルを開発した。このモデルでは、統計的に有意であり、優れたAUC値をもたらすモデルを得るために、22個のペプチドが必要であることが分かった。22個の異なるペプチドは、配列:配列番号1〜配列番号5;配列番号7;配列番号8;配列番号11〜配列番号13;配列番号15;配列番号18〜配列番号20;配列番号22;配列番号23;配列番号26;配列番号27;及び配列番号31〜配列番号34を有するペプチドである。
178個の肺がん試料と266個の対照試料を分析した。データセットは、少なくとも1組の変数(ペプチドまたはポリペプチド)が測定されている379個の固有の試料からなる。全体で、データセットは、40個の変数の測定を含み、各々が10個の変数の4つのサブセットに分割する。
Claims (20)
- 哺乳類対象における肺がんのインビトロ及び/またはエクスビボ診断方法であって、
a)前記対象から採取した血液または血清試料に基づいて、ヒトBARD1のひと続きのアミノ酸配列(配列番号42)及び/またはそのアイソフォーム(配列番号43〜51)を含む異なるペプチドに特異的に結合している抗体の量に関係するパラメーターを決定するステップと;
b)前のステップで得られた前記パラメーターに基づいて、前記対象が肺がんを患っているかどうかを診断するステップと
を含む、方法。 - 対象が肺がんを患う可能性及び/またはリスクの評価方法であって、
a)前記対象から採取した血液または血清試料に基づいて、ヒトBARD1のひと続きのアミノ酸配列(配列番号42)及び/またはそのアイソフォーム(配列番号43〜51)を含む異なるペプチドに特異的に結合している抗体の量に関係するパラメーターを決定するステップと;
b)ステップa)で測定した前記パラメーターから前記対象が肺がんを患う可能性及び/またはリスクを評価するステップと
を含む、方法。 - 肺がんのスクリーニング、モニタリング、診断、予後、予測、及び再発のためのインビトロ及び/またはエクスビボ方法、及び/または、肺がんのスクリーニング、モニタリング、診断、予後、予測、及び再発の臨床効率を高める方法における、ヒトBARD1のひと続きのアミノ酸配列(配列番号42)及び/またはそのアイソフォーム(配列番号43〜51)を含む異なるペプチドの組み合わせの使用。
- 各個別のパラメーターが前記異なるペプチドの1つの特定のペプチドに結合している抗体の量に関係する複数のパラメーターを得るように、抗体の量に関係する前記パラメーターをペプチドごとに別々に決定する、請求項1〜3のいずれか1項に記載の方法。
- 前記異なるペプチドが、異なるペプチドの組み合わせである、請求項1〜4のいずれか1項に記載の方法。
- 前記ステップb)が、前記パラメーターに基づいて、かつ、各ペプチドに特有の統計的に決定された係数から、前記対象の試験値を算出するステップを含む、請求項1〜5のいずれか1項に記載の方法。
- 前記試験値を閾値と比較することで、前記対象が肺がんを患っているかどうかを診断するステップをさらに含む、請求項6に記載の方法。
- 前記ペプチドが、独立して、4〜300個、好ましくは8〜250個のアミノ酸の長さを有する、請求項1〜7のいずれか1項に記載の方法。
- 前記異なるペプチドが、5〜35個、好ましくは11〜30個、及びより好ましくは17〜28個の異なるペプチドからなる、請求項1〜8のいずれか1項に記載の方法。
- 異なるペプチドの組み合わせが、41個のペプチドの群から選択され、41個のペプチドの前記群の各ペプチドが、それぞれ、配列番号1〜41からなる前記群の41個のアミノ酸配列の1つを含む、及び/または、から実質的になる、請求項1〜9のいずれか1項に記載の方法。
- 前記異なるペプチドが、いくつかの群のペプチド、A群のペプチド、B群のペプチド、C群のペプチド、D群のペプチド、及びE群のペプチドを含む、請求項1〜10のいずれか1項に記載の方法。
- 前記A群が、配列番号1(#286);配列番号2(#720);配列番号3(#493);配列番号4(#68/524);配列番号5(#140);配列番号6(#139);配列番号7(#349);及び配列番号8(#117);配列番号9(#5);及び配列番号10(#−4)からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、または、から実質的になる1つ以上のペプチドを含み、前記B群が、配列番号11(#16);配列番号12(#453);配列番号13(EX4..2);配列番号14(#BRCT2.2);配列番号15(#15);配列番号16(#523);及び配列番号17(#109)からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、または、から実質的になる1つ以上のペプチドを含み、前記C群が、配列番号18(#117/635);配列番号19(#368);配列番号20(BRCT.1.);配列番号21(EX4..1);配列番号22(#188);配列番号23(LINK);配列番号24(#A21/635);及び配列番号25(RING)からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、または、から実質的になる1つ以上のペプチドを含み、前記D群が、配列番号26(Ank);配列番号27(#A20/122);配列番号28(#54);配列番号29(#48/522);配列番号30(#149);配列番号31(#73);配列番号32(#A−4);配列番号33(#3ORF);及び配列番号34(#557)からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、または、から実質的になる1つ以上のペプチドを含み、前記E群が、配列番号35(#319);配列番号36(#702);配列番号37(#175);配列番号38(#84);配列番号39(#A29);配列番号40(#542);及び配列番号41(#309)からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、または、から実質的になる1つ以上のペプチドを含み、ペプチドの前記組み合わせが、前記A群から選択された1つ以上のペプチドと、前記B群、C群、D群、及び/またはE群の前記いずれか1つから選択された1つ以上のペプチドとを含む、請求項11に記載の方法。
- 前記異なるペプチドが、前記A群から選択された5つ以上のペプチドと;B群から選択された2つ以上のペプチドと;及びC群から選択された2つ以上のペプチドとを含む、請求項1〜12のいずれか1項に記載の方法。
- 前記異なるペプチドが、少なくとも10個の異なるペプチドを含み、前記10個のペプチドの各々が、それぞれ、配列番号1〜10からなる群から選択される1つのアミノ酸配列を含む、または、から実質的になる、請求項1〜13のいずれか1項に記載の方法。
- 前記異なるペプチドが、配列番号1〜4;11〜13;18〜2からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むペプチドを含む、請求項1〜14のいずれか1項に記載の方法。
- 女性ヒト対象における肺がんのインビトロ及び/またはエクスビボ診断方法であって、
- 前記女性対象から採取した血液または血清試料に基づいて、少なくとも19個の異なるペプチドに特異的に結合している抗体の量に関係するパラメーターを決定するステップであって、前記ペプチドが、それぞれ、配列番号1〜配列番号6;配列番号11〜配列番号14;配列番号18〜配列番号21;配列番号26〜配列番号30のアミノ酸配列を含むペプチドである、決定するステップと;
- 前のステップで得られた前記パラメーターに基づいて、前記女性対象が肺がんを患っているかどうかを診断するステップと
を含む、方法。 - 男性ヒト対象における肺がんのインビトロ及び/またはエクスビボ診断方法であって、
- 前記女性対象から採取した血液または血清試料に基づいて、少なくとも22個の異なるペプチドに特異的に結合している抗体の量に関係するパラメーターを決定するステップであって、前記ペプチドが、それぞれ、配列番号1〜配列番号5;配列番号7;配列番号8;配列番号11〜配列番号13;配列番号15;配列番号18〜配列番号20;配列番号22;配列番号23;配列番号26;配列番号27;及び配列番号31〜配列番号34のアミノ酸配列を含むペプチドである、決定するステップと;
- 前のステップで得られた前記パラメーターに基づいて、前記男性対象が肺がんを患っているかどうかを診断するステップと
を含む、方法。 - 肺がんを診断するための診断検査キットであって、前記診断検査キットは、少なくとも11個の異なるペプチドの組み合わせを含み、各ペプチドは、ヒトBARD1のひと続きのアミノ酸配列(配列番号42)及び/またはそのアイソフォーム(配列番号43〜51)を含む、診断検査キット。
- 肺がんのスクリーニング、モニタリング、診断、予後、予測、及び再発の臨床効率を高める方法であって、
a)前記対象から採取した血液または血清試料に基づいて、ヒトBARD1のひと続きのアミノ酸配列(配列番号42)及び/またはそのアイソフォーム(配列番号43〜51)を含む異なるペプチドに特異的に結合している抗体の量に関係するパラメーターを決定することと;
b)、前のステップで得られた前記パラメーターに基づいて、前記対象が肺がんを患うリスク及び/または可能性が増しているかどうかを決定すること、
を含む、方法。 - 肺がんの発生と関連付けられた抗体のレベルを検出する及び/または測定するインビトロ及び/またはエクスビボ方法であって、
a)前記対象から採取した前記血液または血清試料に基づいて、ヒトBARD1のひと続きのアミノ酸配列(配列番号42)及び/またはそのアイソフォーム(配列番号43〜51)を含む異なるペプチドに特異的に結合している抗体の量に関係するパラメーターを決定するステップ
を含む、方法。
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