JP2016171801A - 細胞特異的ターゲティングのためのペプチドに基づいたシステムの組成物 - Google Patents
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Abstract
【課題】細胞特異的ターゲティングのためのペプチドに基づいたシステムの組成物の提供。【解決手段】本発明は、siRNA又は他の薬剤を腫瘍に向けるためのタンパク質ナノ粒子システムを記載する。タンパク質システムの基礎は、siRNAの核酸にいったんさらされると自己集合するエラスチン様ペプチドである。標準的な遺伝子工学法によって特異的なターゲティングペプチドをコアのELP構造に融合する。これらのターゲティングペプチドは腫瘍細胞の表面上の受容体にナノ粒子の特異的な結合を付与し、腫瘍細胞へのナノ粒子の取り込みを可能にする。【選択図】なし
Description
関連出願との相互参照
本出願は、その全体が参照によって本明細書に組み入れられる2010年11月1日に出願された米国仮特許出願第61/436、127号の利益を主張する。
本出願は、その全体が参照によって本明細書に組み入れられる2010年11月1日に出願された米国仮特許出願第61/436、127号の利益を主張する。
本発明は一般に医学及び分子生物学の分野に関する。特に、本発明は治療用分子の送達についてのポリペプチド及びその使用方法に関する。
癌、代謝性疾患及び感染性疾患、及びその他の疾患は特定の遺伝子の不適切な活性化が原因で生じる。RNA干渉(RNAi)を介して選択的に遺伝子を沈黙させる能力は、細胞から特定の遺伝子産物又はタンパク質を取り除くことを目的とした新しい部類の薬剤を創製することによって、疾患及び病気を治療する方法を革命的に変革する可能性を提供している。RNAiは、腫瘍学、インフルエンザ、肝炎、糖尿病、黄斑変性、パーキンソン病、ハンチントン病、及び深刻な満たされない医学ニーズの多数の領域の前臨床モデルで納得の行くように実証されている。
低分子干渉RNA(siRNA)二本鎖の使用に基づくRNA干渉は、有効な治療剤の迅速な開発に多数の利点を有する。標的タンパク質のmRNA配列に基づいて、siRNA治療剤は相対的に速く設計することができる(従来の低分子薬剤を合成し、スクリーニングするのに要する時間に比べて)。さらに、siRNAに基づく治療剤は、当該の標的mRNAに対して大きな特異性を持つように設計することができる。
siRNAを腫瘍に対して向ける幾つかの送達ビヒクルは臨床試験中であり、FDAによる認可は未だ受けていない(非特許文献1;非特許文献2)。これらの試験では、非標的化ナノ粒子によるsiRNAの全身性投与によって用量依存性の腫瘍での蓄積及び標的遺伝子の発現のサイレンシングを生じることができた(非特許文献3)。これらの心強いデータにもかかわらず、これらのsiRNAの標的となった遺伝子は、多数の腫瘍細胞よりは低レベルではあるが、あらゆる正常細胞で発現される(非特許文献4;非特許文献5)。非標的化ナノ粒子を使用することに対するさらなる一般的な欠点は、肝臓、腎臓及び脾臓におけるそれらの有意な蓄積であり、それは標的外れ効果の可能性を招き、他の臓器への治療有効負荷の有効用量を減らすことになる。
RNAは生体内ではRNAヌクレアーゼによって迅速に分解され、siRNA薬剤は、循環血中でヌクレオチドの濃度を高めることができるナノ粒子に被包することによってこれらの酵素から保護されなければならない。siRNAを使用することの短所は循環中におけるヌクレアーゼによるその迅速な分解である。哺乳類にて治療剤としてsiRNAを使用する最初の難題は、標的遺伝子を発現する特定の組織及び臓器への無傷のsiRNAの細胞内送達である。疾患を治療するためにsiRNAを上手く使用するには2つの重要な因子が必須である:(1)特定の疾患の亢進に関与する特異的な遺伝的標的を選択すること及び(2)病んだ細胞に対してsiRNAを直接向ける方法、である。癌の治療では、たとえば、siRNAの標的として特定の癌遺伝子を選択すること及び腫瘍細胞に対してsiRNAを直接向ける方法である。
しかしながら、これら必須のターゲティング因子は未だに達成されていない。従って、治療有効性を高めるための、細胞、特に癌細胞へのsiRNA(及び他の薬剤分子)の標的化送達のための試薬及び方法に対する当該技術におけるニーズが存在したままである。
しかしながら、これら必須のターゲティング因子は未だに達成されていない。従って、治療有効性を高めるための、細胞、特に癌細胞へのsiRNA(及び他の薬剤分子)の標的化送達のための試薬及び方法に対する当該技術におけるニーズが存在したままである。
Castanotto and Rossi、 Nature、 2009、 457: 426−33
Zimmermann et al.、 Nature、 2006、 441 : 111−4
Juhasz et al、 Oncol Rep.、 2006、 15: 1299−304
Cerqueira et al.、 Curr Med Chem.、 2005、 12: 1283−94
Heidel et al、 Proc. Natl. Acad. Sci. USA.、 2007、 104: 5715−21
本発明は、治療用組成物に対してポリペプチド送達ビヒクルを提供することによって従来技術における欠陥を克服する。本発明のポリペプチド送達ビヒクルは一般に治療用分子との複合体にてエラスチン様ポリペプチド(ELP)を含む。たとえば、そのようなELP組成物は、治療用の小分子、ポリペプチド又は核酸と複合体化したELPを含み得る。場合によっては、ELPは治療用分子と共有結合し得る。たとえば、ELP組成物は、小分子と共有結合したELPドメイン又はペプチド結合によって治療用ポリペプチドに結合したELP(すなわち、ELP融合タンパク質)を含み得る。さらに場合によっては、ELPは治療用分子に結合するポリペプチドに融合し得る。同様に、ELPはたとえば、治療用分子に結合するアプタマーのような核酸アプタマーとともに複合体化し得るし、又はそれと共有結合し得る。
記載されるナノ粒子システムのモジュール型の性質は、化学合成技術又は組換えDNA技術のいずれかによって異なった薬物結合ペプチドの又はターゲティングペプチドの配列を分子の構造に容易に導入することができるという点で、現在のリポソーム又はナノ粒子の薬剤送達システムに有利な柔軟性を提供する。非限定例では、ナノ粒子ポリペプチドを調製するのに使用されるプラスミドベクターに本発明に係るポリペプチドをコードする核酸をクローニングすることができ、特定のターゲティング配列をその特定の実施形態に導入することができる。別の利点は製造の簡素性であり、その際、組換えベクター又は発現構築物を適切な細胞種に導入することができ(たとえば、ナノ粒子ポリペプチド用のDNA配列を持つプラスミドを細菌細胞に導入する)、ポリペプチドが多量に産生され、特異的な結合、とりわけ、DNAアフィニティカラムを用いて精製される。
特定の実施形態では、例えば以下が提供される:
(項目1)
集合ドメイン(AD)と、細胞ターゲティングドメイン(CTD)と、核酸結合ドメイン(NBD)を含む単離されたポリペプチド。
(項目2)
さらに薬剤結合ドメイン(DBD)を含む項目1に記載のポリペプチド。
(項目3)
核酸結合ドメイン(NBD)がsiRNAに結合する項目1に記載のポリペプチド。
(項目4)
単離されたポリペプチドが配列番号56を含む項目1に記載のポリペプチド。
(項目5)
NBDがカチオン性ドメインを含む項目1に記載のポリペプチド。
(項目6)
NBDがオリゴリジンドメインを含み、前記オリゴリジンドメインがアミノ酸配列(Val−Gly−LysK−Gly)を含み、Kが1より大きい整数である項目1に記載のポリペプチド。
(項目7)
Kが8に等しい項目6に記載のポリペプチド。
(項目8)
NBDがオリゴアルギニンドメインを含み、前記オリゴアルギニンドメインがアミノ酸配列(Val−Gly−ArgR−Gly)を含み、Rが1より大きい整数である項目1に記載のポリペプチド。
(項目9)
Rが9に等しい項目8に記載のポリペプチド。
(項目10)
DBDが、従来の薬剤又は試験中の薬剤に結合する項目2に記載のポリペプチド。
(項目11)
ADがエラスチン様ポリペプチド(ELP)を含む項目1に記載のポリペプチド。
(項目12)
ELPがアミノ酸配列(Val−Pro−Gly−X−Gly)N(配列番号57)を含み、XがVal、Ala及びGlyを含むペプチドであり、Nが1以上の整数である項目11に記載のポリペプチド。
(項目13)
Nが60に等しい項目12に記載のポリペプチド。
(項目14)
Xが、約5:2:3の比率でVal、Ala及びGlyを含むペプチドである項目12に記載のポリペプチド。
(項目15)
CTDが、標的細胞の表面上に存在する生体分子と相互作用する項目1に記載のポリペプチド。
(項目16)
CTDが、標的細胞の外表面上に存在する生体分子と相互作用する項目1に記載のポリペプチド。
(項目17)
CTDが、標的細胞の内表面上に存在する生体分子と相互作用する項目1に記載のポリペプチド。
(項目18)
CTDが配列番号19を含む項目1に記載のポリペプチド。
(項目19)
生体分子が細胞接着分子を含む項目15に記載のポリペプチド。
(項目20)
生体分子が受容体分子を含む項目15に記載のポリペプチド。
(項目21)
細胞接着分子がフィブロネクチン又はラミニンを含む項目19に記載のポリペプチド。
(項目22)
項目1に記載のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有する単離されたポリヌクレオチド。
(項目23)
単離されたポリヌクレオチドが配列番号55を含む項目22に記載の単離されたポリヌクレオチド。
(項目24)
項目22に記載のポリヌクレオチドを含む組換え発現構築物。
(項目25)
項目22に記載のポリヌクレオチドを含む宿主細胞。
(項目26)
項目1に記載の1以上のポリペプチドを含むナノ粒子であって、溶液中で集合する前記ナノ粒子。
(項目27)
薬剤をさらに含む項目26に記載のナノ粒子。
(項目28)
薬剤がsiRNA分子である項目27に記載のナノ粒子。
(項目29)
ポリペプチドが配列番号56を含む項目26に記載のナノ粒子。
(項目30)
標的細胞に対して薬剤を向ける方法であって、
凝集ドメイン(AD)、ヌクレオチド結合ドメイン(NBD)、及び細胞ターゲティングドメイン(CTD)を含む1以上のポリペプチドを得ることと;
1以上のポリペプチドのNBDに薬剤を接触させることと;
1以上のポリペプチドのADを凝集させて集合ポリペプチドを生成することと;
集合ポリペプチドを標的細胞に接触させることと;
標的細胞の外側に存在する生体分子に集合ポリペプチドのCTDを接触させることを含む、前記方法。
(項目31)
標的細胞に対して薬剤を向ける方法であって、
凝集ドメイン(AD)、薬剤結合ドメイン(DBD)、及び細胞ターゲティングドメイン(CTD)を含む1以上のポリペプチドを得ることと;
1以上のポリペプチドのDBDに薬剤を接触させることと;
1以上のポリペプチドのADを凝集させて集合ポリペプチドを生成することと;
集合ポリペプチドを標的細胞に接触させることと;
標的細胞の外側に存在する生体分子に集合ポリペプチドのCTDを接触させることを含む、前記方法。
(項目32)
1以上のポリペプチドが配列番号56を含む項目30に記載の方法。
(項目33)
生体分子が標的細胞の内側に存在する項目30に記載の方法。
(項目34)
薬剤がsiRNA分子を含む項目30に記載の方法。
(項目35)
細胞が腫瘍細胞を含む項目30に記載の方法。
(項目36)
腫瘍細胞が、ヒト膀胱細胞、ヒト乳腺細胞、ヒト結腸細胞、ヒト肝臓細胞、ヒト肺細胞、ヒト神経芽腫細胞、ヒト卵巣細胞、ヒト膵臓細胞、ヒト前立腺細胞又はヒト皮膚細胞である項目35に記載の方法。
(項目37)
生体分子が細胞接着分子を含む項目30に記載の方法。
(項目38)
生体分子が受容体分子を含む項目30に記載の方法。
(項目39)
細胞接着分子がフィブロネクチン又はラミニンを含む項目37に記載の方法。
記載されるナノ粒子システムのモジュール型の性質は、化学合成技術又は組換えDNA技術のいずれかによって異なった薬物結合ペプチドの又はターゲティングペプチドの配列を分子の構造に容易に導入することができるという点で、現在のリポソーム又はナノ粒子の薬剤送達システムに有利な柔軟性を提供する。非限定例では、ナノ粒子ポリペプチドを調製するのに使用されるプラスミドベクターに本発明に係るポリペプチドをコードする核酸をクローニングすることができ、特定のターゲティング配列をその特定の実施形態に導入することができる。別の利点は製造の簡素性であり、その際、組換えベクター又は発現構築物を適切な細胞種に導入することができ(たとえば、ナノ粒子ポリペプチド用のDNA配列を持つプラスミドを細菌細胞に導入する)、ポリペプチドが多量に産生され、特異的な結合、とりわけ、DNAアフィニティカラムを用いて精製される。
特定の実施形態では、例えば以下が提供される:
(項目1)
集合ドメイン(AD)と、細胞ターゲティングドメイン(CTD)と、核酸結合ドメイン(NBD)を含む単離されたポリペプチド。
(項目2)
さらに薬剤結合ドメイン(DBD)を含む項目1に記載のポリペプチド。
(項目3)
核酸結合ドメイン(NBD)がsiRNAに結合する項目1に記載のポリペプチド。
(項目4)
単離されたポリペプチドが配列番号56を含む項目1に記載のポリペプチド。
(項目5)
NBDがカチオン性ドメインを含む項目1に記載のポリペプチド。
(項目6)
NBDがオリゴリジンドメインを含み、前記オリゴリジンドメインがアミノ酸配列(Val−Gly−LysK−Gly)を含み、Kが1より大きい整数である項目1に記載のポリペプチド。
(項目7)
Kが8に等しい項目6に記載のポリペプチド。
(項目8)
NBDがオリゴアルギニンドメインを含み、前記オリゴアルギニンドメインがアミノ酸配列(Val−Gly−ArgR−Gly)を含み、Rが1より大きい整数である項目1に記載のポリペプチド。
(項目9)
Rが9に等しい項目8に記載のポリペプチド。
(項目10)
DBDが、従来の薬剤又は試験中の薬剤に結合する項目2に記載のポリペプチド。
(項目11)
ADがエラスチン様ポリペプチド(ELP)を含む項目1に記載のポリペプチド。
(項目12)
ELPがアミノ酸配列(Val−Pro−Gly−X−Gly)N(配列番号57)を含み、XがVal、Ala及びGlyを含むペプチドであり、Nが1以上の整数である項目11に記載のポリペプチド。
(項目13)
Nが60に等しい項目12に記載のポリペプチド。
(項目14)
Xが、約5:2:3の比率でVal、Ala及びGlyを含むペプチドである項目12に記載のポリペプチド。
(項目15)
CTDが、標的細胞の表面上に存在する生体分子と相互作用する項目1に記載のポリペプチド。
(項目16)
CTDが、標的細胞の外表面上に存在する生体分子と相互作用する項目1に記載のポリペプチド。
(項目17)
CTDが、標的細胞の内表面上に存在する生体分子と相互作用する項目1に記載のポリペプチド。
(項目18)
CTDが配列番号19を含む項目1に記載のポリペプチド。
(項目19)
生体分子が細胞接着分子を含む項目15に記載のポリペプチド。
(項目20)
生体分子が受容体分子を含む項目15に記載のポリペプチド。
(項目21)
細胞接着分子がフィブロネクチン又はラミニンを含む項目19に記載のポリペプチド。
(項目22)
項目1に記載のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有する単離されたポリヌクレオチド。
(項目23)
単離されたポリヌクレオチドが配列番号55を含む項目22に記載の単離されたポリヌクレオチド。
(項目24)
項目22に記載のポリヌクレオチドを含む組換え発現構築物。
(項目25)
項目22に記載のポリヌクレオチドを含む宿主細胞。
(項目26)
項目1に記載の1以上のポリペプチドを含むナノ粒子であって、溶液中で集合する前記ナノ粒子。
(項目27)
薬剤をさらに含む項目26に記載のナノ粒子。
(項目28)
薬剤がsiRNA分子である項目27に記載のナノ粒子。
(項目29)
ポリペプチドが配列番号56を含む項目26に記載のナノ粒子。
(項目30)
標的細胞に対して薬剤を向ける方法であって、
凝集ドメイン(AD)、ヌクレオチド結合ドメイン(NBD)、及び細胞ターゲティングドメイン(CTD)を含む1以上のポリペプチドを得ることと;
1以上のポリペプチドのNBDに薬剤を接触させることと;
1以上のポリペプチドのADを凝集させて集合ポリペプチドを生成することと;
集合ポリペプチドを標的細胞に接触させることと;
標的細胞の外側に存在する生体分子に集合ポリペプチドのCTDを接触させることを含む、前記方法。
(項目31)
標的細胞に対して薬剤を向ける方法であって、
凝集ドメイン(AD)、薬剤結合ドメイン(DBD)、及び細胞ターゲティングドメイン(CTD)を含む1以上のポリペプチドを得ることと;
1以上のポリペプチドのDBDに薬剤を接触させることと;
1以上のポリペプチドのADを凝集させて集合ポリペプチドを生成することと;
集合ポリペプチドを標的細胞に接触させることと;
標的細胞の外側に存在する生体分子に集合ポリペプチドのCTDを接触させることを含む、前記方法。
(項目32)
1以上のポリペプチドが配列番号56を含む項目30に記載の方法。
(項目33)
生体分子が標的細胞の内側に存在する項目30に記載の方法。
(項目34)
薬剤がsiRNA分子を含む項目30に記載の方法。
(項目35)
細胞が腫瘍細胞を含む項目30に記載の方法。
(項目36)
腫瘍細胞が、ヒト膀胱細胞、ヒト乳腺細胞、ヒト結腸細胞、ヒト肝臓細胞、ヒト肺細胞、ヒト神経芽腫細胞、ヒト卵巣細胞、ヒト膵臓細胞、ヒト前立腺細胞又はヒト皮膚細胞である項目35に記載の方法。
(項目37)
生体分子が細胞接着分子を含む項目30に記載の方法。
(項目38)
生体分子が受容体分子を含む項目30に記載の方法。
(項目39)
細胞接着分子がフィブロネクチン又はラミニンを含む項目37に記載の方法。
当業者に周知の従来の技法をオリゴヌクレオチド合成又は化学的ポリペプチド合成に用いた。製造元の仕様書に従って、又は本明細書で記載されるように当該技術で一般に達成されるように、酵素反応及び精製を行った。当該技術で周知の従来の方法に従って、及び本明細書全体を通して引用され、議論される種々の一般的な及びさらに特定の参考文献に記載されたように、技法及び手順を一般的に実施した。たとえば、あらゆる目的で参照によって本明細書に組み入れられるSambrookら、2001、MOLECULAR CLONING:A LABORATORY MANUAL、第3版、Cold Spring Harbor Laboratory Press、Cold Spring Harbor、N.Y.、及びBenoiton、N.L、Chemistry of Peptide Synthesis、第1版、CRC Press(2005年8月12日)を参照のこと。特定の定義が提供されない限り、本明細書で記載される分子生物学、遺伝子工学、分析化学、合成有機化学、及び医薬化学に関連した命名法並びにその実験室での手順及び技法は、当該技術で周知であり、一般的に使用される。標準的な技法を化学合成、化学分析、及び患者の治療に使用することができる。
文脈によって求められない限り、単数用語は複数を含むべきであり、複数用語は単数を含むべきである。
本開示に従って利用されるように、以下の用語は、特に指示されない限り、以下の意味を有するように理解されるべきである。
1.ポリペプチド
態様の1つでは、本発明は、核酸結合ドメイン(NBD)、集合ドメイン(AD)及び細胞ターゲティングドメイン(CTD)を含む単離されたポリペプチドを記載する。他の実施形態では、単離されたポリペプチドはさらに、薬剤結合ドメイン(DBD)を含む。特定の実施形態では、単離されたポリペプチドは以下の断片:AD、CTD、NBD及びDBDを含む。本発明のポリペプチドのドメインは当業者に容易に明らかなように、任意の順序であり得る。本発明はさらに、複数のAD、CTD、NBD及び/又はDBDを含む単一のポリペプチドを記載する。
態様の1つでは、本発明は、核酸結合ドメイン(NBD)、集合ドメイン(AD)及び細胞ターゲティングドメイン(CTD)を含む単離されたポリペプチドを記載する。他の実施形態では、単離されたポリペプチドはさらに、薬剤結合ドメイン(DBD)を含む。特定の実施形態では、単離されたポリペプチドは以下の断片:AD、CTD、NBD及びDBDを含む。本発明のポリペプチドのドメインは当業者に容易に明らかなように、任意の順序であり得る。本発明はさらに、複数のAD、CTD、NBD及び/又はDBDを含む単一のポリペプチドを記載する。
特定の実施形態では、本発明は、たとえば、エラスチン様ポリペプチドのような少なくとも1つのポリペプチドを含む組成物に関する。本明細書で使用されるとき、「ポリペプチド」は一般に複数のアミノ酸を伴った少なくとも1つのポリペプチドを含有するタンパク質分子を指すが、これに限定されない。タンパク質は、たとえば、二量体又は三量体又は他の三次構造のような1を超えるポリペプチドを含有し得る。一部の実施形態では、タンパク質は、3以上のアミノ酸を有するポリペプチド又は3〜100のアミノ酸のペプチドを指す。用語「ポリペプチド」及び「タンパク質」は相互交換可能に使用される。
特定の実施形態では、ポリペプチドのサイズは、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、300、310、320、330、340、350、360、370、380、390、400、410、420、430、440、441、450、460、470、480、490、500、510、520、530、540、550、560、570、580、590、600以上のアミノ酸分子残基、及びそれらで導出できる範囲を含み得る、又は多くとも若しくは少なくともそうである。さらに、それは、たとえば、エラスチンポリマーのような本明細書で提供されるポリペプチドに由来する隣接するアミノ酸のそのような長さを含有し得る。
本発明のポリペプチドは、標準の分子生物学の技法を介したタンパク質、ポリペプチド又はペプチドの発現、天然供給源からのポリペプチドの単離、又はポリペプチドの化学合成を含む当業者に既知の任意の技法によって作製され得る。種々の遺伝子についてのヌクレオチド及びタンパク質、ポリペプチド及びペプチドの配列は以前開示されており、当業者に既知のコンピュータ化したデータベースで見つけられ得る。そのようなデータベースの1つは、全米バイオテクノロジー情報センターのGenbank及びGenPeptデータベース(ncbi.nlm.nih.gov/のウェブサイトにて)である。これらの既知の遺伝子についてのコーディング領域は、本明細書で開示されるような又は当業者に既知であるような技法を用いて増幅され得るし、及び/又は発現され得る。或いは、タンパク質、ポリペプチド及びペプチドの種々の市販の調製物が当業者に既知である。
特定の実施形態では、ポリペプチドは精製され得る。一般に、「精製される」は、種々の他のタンパク質、ポリペプチド又はペプチドを取り除く分画化に供された、特定のタンパク質、ポリペプチド又はペプチドについて、たとえば、当業者に既知であるタンパク質アッセイによって評価され得るような活性を組成物が実質的に保持する、特定のタンパク質、ポリペプチド又はペプチドの組成物を指すであろう。
一部の実施形態では、タンパク質、たとえば、本発明のポリペプチドを精製することが望ましくてもよい。タンパク質の精製法は当業者に周知である。これらの技法には、一段階でのポリペプチド分画と非ポリペプチド分画への細胞環境の粗い分画化が関与する。他のタンパク質からポリペプチドを分離して、クロマトグラフィ法又は電気泳動法を用いて当該ポリペプチドをさらに精製し、部分的な又は完全な精製(又は均質への精製)を達成し得る。純粋なペプチド又はポリペプチドの調製に特に適する分析方法は、濾過、イオン交換クロマトグラフィ、排除クロマトグラフィ、ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、アフィニティクロマトグラフィ、又は等電点電気泳動法である。ペプチドを精製する特に効率的な方法は高速タンパク質液体クロマトグラフィ又は均一HPLCである。ELP組成物の場合、タンパク質精製は、米国特許第6,852,834号に記載されたようなELPドメインの熱転移特性によっても助けられ得る。
タンパク質又はペプチドの精製の程度を定量する種々の方法は、本開示の観点で当業者に既知であろう。これらには、たとえば、活性分画の特定の活性を判定すること、又はSDS/PAGE解析によって分画内でのポリペプチドの量を評価することが含まれる。分画の純度を評価するのに好まれる方法は、分画の比活性を計算し、当初に抽出物の比活性とそれを比較し、こうして純度の程度を計算することである。活性の量を表すのに使用される実際の単位は、当然、精製に続いて選択される、発現されたタンパク質又はペプチドが検出可能な活性を示すかどうかの特定のアッセイ法に左右されるであろう。
タンパク質の精製に使用するのに好適な種々の技法は当業者に周知である。これらには、たとえば、硫酸アンモニウム、PEG、抗体等による又は熱変性による沈殿、その後の遠心;たとえば、イオン交換、ゲル濾過、逆相、ハイドロキシアパタイト及びアフィニティクロマトグラフィのようなクロマトグラフィ工程;等電点電気泳動法;ゲル電気泳動法;及びそのような及び他の技法の組み合わせが挙げられる。当該技術で一般に知られるように、種々の精製工程を実施する順序を変更してもよく、又は特定の工程が省略されてもよく、さらに実質的に精製されたタンパク質又はペプチドの調製のために好適な方法を結果的に生じてもよいと考えられる。
2.ポリヌクレオチド及び遺伝子の発現
本発明のポリペプチドは従来の生物学的技法によって調製することができる。態様の1つでは、本発明は、薬剤結合ドメイン(DBD)、集合ドメイン(AD)及び細胞ターゲティングドメイン(CTD)を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有する単離されたポリヌクレオチドを記載する。
本発明のポリペプチドは従来の生物学的技法によって調製することができる。態様の1つでは、本発明は、薬剤結合ドメイン(DBD)、集合ドメイン(AD)及び細胞ターゲティングドメイン(CTD)を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有する単離されたポリヌクレオチドを記載する。
本明細書で使用されるとき、用語「単離されたポリヌクレオチド」は、ゲノム、cDNA、若しくは合成起源又はその組み合わせのポリヌクレオチドを意味し、その供給源によって、「単離されたポリヌクレオチド」は、(1)「単離されたポリヌクレオチド」が天然で見い出されるポリヌクレオチドのすべて又は一部に関連しない、(2)天然では結合しないポリヌクレオチドに結合する、又は(3)さらに大きな配列の一部として天然には存在しない。
特定されない限り、一本鎖ポリヌクレオチド配列の左端は5’末端であり、二本鎖ポリヌクレオチド配列の左端は5’方向と呼ばれる。5’から3’への新生RNA転写物の付加の方向は転写方向と呼ばれ;RNAと同一の配列を有するDNA鎖上の、RNA転写物の5’から5’末端までである配列領域は「上流配列」と呼ばれ;RNAと同一の配列を有するDNA鎖上の、RNA転写物の3’から3’末端までである配列領域は「下流配列」と呼ばれる。
用語「ポリヌクレオチド」は本明細書で使用されるとき、長さが少なくとも10塩基であるヌクレオチドの高分子形態を意味する。特定の実施形態では、塩基はリボヌクレオチド又はデオキシリボヌクレオチドであることができ、又はヌクレオチドのいずれかの型の修飾された形態であることができる。その用語には、DNA又はRNAの一本鎖及び二本鎖の形態が含まれる。
用語「オリゴヌクレオチド」は本明細書で使用されるとき、天然に存在する及び/又は天然に存在しないオリゴヌクレオチド結合によって一緒に連結される天然に存在する及び修飾されたヌクレオチドを含む。オリゴヌクレオチドは200以下のヌクレオチドを一般に含むポリヌクレオチドのサブセットである。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、長さ10〜60のヌクレオチドである。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、長さ12、13、14、15、16、17、18、19、20、21又は30〜40の塩基である。オリゴヌクレオチドは、たとえば、アンチセンスRNAとして使用するための一本鎖であることができ、又は低分子干渉RNA(siRNA)若しくは低分子(又は短鎖)ヘアピンRNA(shRNA)としての二本鎖であることができる。オリゴヌクレオチドは、たとえば、放射性標識、蛍光標識、抗原性標識又はハプテンのような検出可能な標識を含むことができる。
用語「天然に存在するヌクレオチド」にはデオキシリボヌクレオチド及びリボヌクレオチドが挙げられる。用語「修飾されたヌクレオチド」には、修飾された又は置換された糖基などを持つヌクレオチドが挙げられる。用語「オリゴヌクレオチド結合」には、たとえば、ホスフェート、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホロセレノエート、ホスホロジセレノエート、ホスホロアニロチオエート、ホスホロアニラデート、ホスホロアミデートのようなオリゴヌクレオチド結合が挙げられる。たとえば、その開示のそれぞれがあらゆる目的で参照によって本明細書に組み入れられるLaPlancheら、1986,Nucl.Acids Res.14:9081;Stecら、1984,J.Am.Chem.Soc.106:6077;Steinら、1988,Nucl.Acids Res.16:3209;Zonら、1991,Anti−Cancer Drug Design 6:539;Zonら、1991,OLIGONUCLEOTIDES AND ANALOGUES:A PRACTICAL APPROACH,(F.Eckstein編),Oxford University Press,Oxford England,pp.87−108;Stecら、米国特許第5,151,510号;Uhlmann及びPeyman,1990,Chemical Reviews
90:543を参照のこと。
90:543を参照のこと。
別の態様では、本発明は、集合ドメイン(AD)、細胞ターゲティングドメイン(CTD)及び薬剤結合ドメイン(DBD)をコードするヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドを含む組換え発現構築物を記載する。
用語「組換え発現構築物」は、コーディング情報を宿主細胞又は標的細胞に移すのに使用されるヌクレオチド(たとえば、核酸、プラスミド又はウイルス)を指すのに使用される。用語「組換え発現構築物」及び「ベクター」は相互交換可能に使用することができる。本発明の方法に好適なウイルスベクターには、たとえば、アデノウイルス、アデノ関連ウイルス、レトロウイルス、単純性ヘルペスウイルス又はワクシニアウイルスに由来するものが挙げられる。
用語「発現ベクター」は、宿主細胞又は標的細胞の形質転換に好適であり、挿入された核酸配列の発現を指示する及び/又は制御する制御配列を含む核酸配列を含有するベクターを指す。用語「発現」には、転写及びイントロンが存在すればRNAスプライシングのようなプロセシングが含まれるが、これらに限定されない。
本発明の発現ベクターは、制御配列に操作可能に連結されるコーディング配列を有するDNA又はRNAの配列を含むことができる。用語「制御配列」又は「制御要素」は本明細書で使用されるとき、それらが連結されるコーディング配列の発現及びプロセシングに影響を及ぼし得るポリヌクレオチド配列を指す。そのような制御配列の性質は宿主生物によって異なり得る。特定の実施形態によれば、原核細胞用の制御配列には、プロモータ、リプレッサ、オペレータ、リボソーム結合部位、及び転写終結配列及びアンチセンスmRNAが含まれ得る。特定の実施形態によれば、真核細胞用の制御配列には、プロモータ、エンハンサ、及び転写終結配列、又はタンパク質の分解、mRNAの分解、核の局在、核外搬出、細胞質保留、タンパク質のリン酸化、タンパク質のアセチル化、タンパク質のSUMO化又はRNA阻害(RNAi)を調節する配列が含まれ得る。特定の実施形態では、「制御配列」には、リーダー配列及び/又は融合相手の配列が含まれ得る。「制御配列」は、それが連結されるコーディング配列の発現及びプロセシングを「制御配列」がもたらす場合、コーディング配列に「操作可能に連結される」。
通常、宿主細胞又は標的細胞で使用される発現ベクターは、ベクターの維持のための及び外来ヌクレオチド配列の発現のための配列を含有する。特定の実施形態ではまとめて「フランキング配列」と呼ばれるそのような配列は通常、以下のヌクレオチド配列:プロモータ、1以上のエンハンサ配列、転写終結配列、ドナーとアクセプタのスプライス部位を含有する完全なイントロン配列、リボソーム結合部位、ポリアデニル化シグナル配列、発現されるsiRNAをコードする核酸を挿入するための1又は複数の制限エンドヌクレアーゼ部位を含むポリリンカー領域、及び選択可能なマーカー要素の1以上を含むであろう。
フランキング配列は、相同(すなわち、宿主細胞又は標的細胞と同一の種及び/又は株に由来する)、非相同(すなわち、宿主細胞又は標的細胞の種又は株以外の種に由来する)、ハイブリッド(すなわち、1を超える供給源に由来するフランキング配列の組み合わせ)、合成、又は天然であることができる。そのようなものとして、フランキング配列の供給源は、フランキング配列が宿主細胞又は標的細胞の機構にて機能的であり、それによって活性化され得るという条件で、原核生物又は真核生物、脊椎動物又は非脊椎生物、又は植物であることができる。
本発明のベクターで有用なフランキング配列は当該技術で周知の幾つかの方法によって得ることができる。通常、本明細書で有用なフランキング配列はマッピング及び/又は制限エンドヌクレアーゼ消化によって以前特定されているので、適当な制限エンドヌクレアーゼを用いて適切な組織供給源から単離することができる。場合によっては、フランキング配列の完全なヌクレオチド配列を知ることができる。フランキング配列はまた、核酸の合成又はクローニングのために本明細書で記載される方法を用いて合成することもできる。
フランキング配列のすべて又は一部のみが知られている場合、たとえば、ポリメラーゼ鎖反応(PCR)のような試験管内の増幅方法を用いて、及び/又は同一種又は別の種からの好適なオリゴヌクレオチド及び/又はフランキング配列の断片によるゲノムライブラリのスクリーニングによって、それを得ることができる。フランキング配列が知られていない場合、フランキング配列を含有するDNAの断片は、たとえば、コーディング配列又はさらに別の遺伝子(単数)若しくは遺伝子(複数)を含有することができるDNAのさらに大きな断片から単離することができる。単離は、適切なDNA断片を作出する制限エンドヌクレアーゼ消化、その後のアガロースゲル精製、キアゲンカラムクロマトグラフィ(カリフォルニア州、チャッツワース)、又は技量のある熟練者に既知の他の方法を用いた単離によって達成することができる。この目的を達成するのに好適な酵素の選択は当業者に容易に明らかである。
転写終結配列は通常、ポリペプチドのコーディング領域の3’から末端に位置し、転写を終結させるのに役立つ。普通、原核細胞における転写終結配列はG−Cリッチ断片にポリT配列が続く。配列はライブラリから容易にクローニングされ、又はさらにベクターの一部として商業的に購入される一方で、たとえば、本明細書で記載されるもののような核酸合成の方法を用いて容易にそれを合成することもできる。真核細胞は、転写終結シグナルとして及びエンドヌクレアーゼ切断に必要とされるポリAシグナルとしての双方で機能する配列を有し、その後にポリA残基(普通、約200A残基から成る)の付加が続く。
本発明の発現及びクローニング用のベクターは通常、宿主生物によって認識され、遺伝子をコードする核酸に操作可能に連結されるプロモータを含有する。プロモータは構造遺伝子(一般に100〜1000bpの範囲内)の開始コドンの上流(すなわち、5’)に位置する、構造遺伝子の転写を制御する非転写配列である。プロモータは従来、2つのクラス:誘導性プロモータ及び構成的プロモータのうちの1つに分けられる。誘導性プロモータは、たとえば、栄養物の存在若しくは非存在、又は温度変化のような培養条件における何らかの変化に対応するその制御下でDNAからの転写レベルの上昇を開始する。構成的プロモータは、それに対して、連続的な遺伝子産物の作出を開始し、すなわち、遺伝子発現について実験的な制御はほとんどないか、又は全くない。種々の考えられる宿主細胞又は標的細胞によって認識される多数のプロモータが周知である。
哺乳類細胞で使用するのに好適なプロモータは周知であり、それには、たとえば、ポリオーマウイルス、鶏痘ウイルス、アデノウイルス(たとえば、アデノウイルス2)、ウシパピローマウイルス、トリ肉腫ウイルス、サイトメガロウイルス、レトロウイルス、B型肝炎ウイルス、及び最も好ましくはサルウイルス40(SV40)のような真核生物ウイルスのゲノムに由来するものが挙げられるが、これらに限定されない。その他の好適な哺乳類プロモータには、非相同性の哺乳類プロモータ、たとえば、熱ショックプロモータ及びアクチンプロモータが挙げられる。
本発明の組換え発現ベクターの実践に有用な特定のプロモータには、SV40早期プロモータ領域(Bernoist and Chambon, 1981, Nature 290: 304−10);CMVプロモータ、ラウス肉腫ウイルスの3’長い末端反復に含有されるプロモータ(Yamamoto, et al, 1980, Cell 22: 787−97);ヘルペスのチミジンキナーゼプロモータ(Wagner et al, 1981, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 78: 1444−45);及びメタロチオニン遺伝子の調節配列(Brinster et al., 1982, Nature 296: 39−42)が挙げられるが、これらに限定されない。関心かあるのはまた、組織特異性を呈し、トランスジェニック動物で利用されている以下の動物転写制御領域:膵臓の腺房細胞で活性があるエラスターゼI遺伝子の制御領域(Swift et al., 1984, Cell 38: 639−46; Ornitz et al, 1986, Cold Spring Harbor Symp. Quaint. Biol. 50: 399409; MacDonald, 1987, Hepatology 7: 425−515);膵臓のβ細胞で活性があるインスリン遺伝子の制御領域(Hanahan, 1985, Nature 315: 115−22);精巣、乳腺、リンパの細胞及び肥満細胞で活性があるマウス乳癌ウイルスの制御領域(Leder et al, 1986, Cell 45: 485−95);骨髄細胞で活性があるβグロビン遺伝子の制御領域(Mogram et al., 1985, Nature 315: 338−40; Kollias et al., 1986, Cell 46: 89−94);脳の乏突起膠細胞で活性があるミエリン塩基性タンパク質遺伝子の制御領域(Readhead et al, 1987, Cell 48: 703−12);骨格筋で活性があるミオシン軽鎖−2遺伝子の制御領域(Sani, 1985, Nature 314: 283−86);視床下部で活性がある性腺刺激ホルモン遺伝子の制御領域(Mason et al, 1986, Science 234: 1372−78);及び最も特には、リンパ系細胞で活性がある免疫グロブリン遺伝子の制御領域(Grosschedl et al, 1984, Cell 38: 647−58; Adames et al, 1985, Nature 318: 533−38; Alexander et al, 1987, Mol. Cell Biol. 7: 1436−44)である。
好ましくは、本発明の発現ベクターのプロモータは標的細胞又は宿主細胞が由来する組織で活性がある。たとえば、細胞が肝臓細胞であれば、アルブミン遺伝子の制御領域(Pinkert et al, 1987, Genes and Devel. 1 : 268−76);α−フェトタンパク質遺伝子の制御領域(Krumlauf et al., 1985, Mol. Cell Biol. 5: 1639−48; Hammer et al, 1987, Science 235: 53−58)又はα−1−アンチトリプシン遺伝子の制御領域(Kelsey et al., 1987, Genes and Devel. 1 : 161−71)を有利に使用してもよく、そのすべては肝臓で活性がある。
本発明のベクターは高等な真核細胞で転写を高めるエンハンサ配列も含有することができる。エンハンサはDNAのシス作用性要素であり、普通、長さ約10〜300bpであり、転写を高めるようにプロモータにて作用する。エンハンサは方向性及び位置に相対的に無関係である。それらは、転写単位までの5’及び3’の双方で数キロ塩基の範囲内と同様にイントロンの範囲内で見つかっている。哺乳類遺伝子から利用可能な幾つかのエンハンサ配列が知られている(たとえば、グロビン、エラスターゼ、アルブミン、α−フェトタンパク質、インスリン、トランスサイレチン、及びHNF−6遺伝子からのエンハンサ)。ウイルスからのエンハンサも遺伝子の発現を高めるのに使用することができる。SV40エンハンサ、サイトメガロウイルスの早期プロモータのエンハンサ、ポリオーマのエンハンサ、及びアデノウイルスのエンハンサは、真核細胞のプロモータの活性化のための例となるエンハンサ要素である。エンハンサは核酸分子の5’又は3’の位置でベクターにスプライスされ得るが、通常それはプロモータの5’部位に位置する。
本発明の発現ベクターは、たとえば、市販のベクターのような好都合な出発ベクターから構築することができる。そのようなベクターは所望のフランキング配列をすべて含有することができ、又は含有することができない。本明細書で記載されるフランキング配列の1以上がベクターにすでに存在しない場合、それらを個々に入手し、ベクターに連結することができる。フランキング配列のそれぞれを入手するのに使用される方法は当業者に周知である。
ベクターを構築し、たとえば、記載されたELPポリペプチドをコードする核酸分子をベクターの適切な部位に挿入した後、完成したベクターを好適な宿主細胞又は標的細胞に挿入することができる。記載されたELPポリペプチドをコードする発現ベクターすべてを選択された宿主細胞又は標的細胞に導入することは、たとえば、形質移入、感染、塩化カルシウム、エレクトロポレーション、微量注入、リポフェクション、DEAE−デキストラン法、又は上述のような他の既知の技法のような方法を含む周知の方法によって達成することができる。選択される方法は部分的には、使用される宿主細胞又は標的細胞の種類の機能である。これらの方法及び他の好適な方法は技量のある熟練者には周知であり、たとえば、Sambrookら、2001,MOLECULAR CLONING: A LABORATORY MANUAL,第3版、Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Yに述べられている。
用語「形質移入」は、細胞による外来の又は外因性のDNAの取り込みを指すのに使用され、外因性のDNAが細胞の内部に導入されていると、細胞は「形質移入されて」いる。多数の形質移入の技法が当該技術で周知であり、本明細書で開示される。たとえば、Grahamら、1973,Virology、52:456;Sambrookら、2001,MOLECULAR CLONING: A LABORATORY MANUAL,第3版、Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.;Davisら、1986,BASIC METHODS IN MOLECULAR BIOLOGY(Elsevier);及びChuら、1981,Gene、13:197を参照のこと。そのような技法を使用して好適な宿主細胞に外因性のDNAを導入することができる。
他の実施形態では、本発明は、本発明の発現ベクターを含む、哺乳類細胞、たとえば、ヒト細胞を提供する。
3.集合ドメイン(AD)
特定の実施形態では、ADはタンパク質に基づくポリマーである。他の実施形態では、ADはエラスチン様ポリペプチド(ELP)を含む。
特定の実施形態では、ADはタンパク質に基づくポリマーである。他の実施形態では、ADはエラスチン様ポリペプチド(ELP)を含む。
本明細書で使用されるとき、用語「エラスチン様ポリペプチド」又は「エラスチン様反復」(ELP)は相互交換可能に使用される。ELPは温度によって構造変化を受けるアミノ酸ポリマーの部類を指す。温度を上昇させることによって、溶解度が高い伸長した鎖から溶解度が大きく低下したきつく折り畳んだ集合体へのELPの転移(米国特許第6,852,834号を参照)。ELPは、たとえば、この相転移が起きる平均温度によって定義され得る。従って、本発明の特定の態様では、ELPは約37℃を超える平均の相転移温度を有するであろう。一部のさらなる実施形態では、ELPは約38℃、39℃、40℃、41℃、42℃、43℃、44℃、45℃、又は46℃の転移温度のような生理学的範囲にて平均の相転移温度を有し得る。場合によっては、ELPは相転移が起きるのを超える温度範囲に基づいて定義され得る。たとえば、場合によっては、相転移は5℃未満の温度範囲を超えて起こるであろう。たとえば、相転移は約4℃、3℃、2℃、1℃以下の温度範囲で起き得る。
本発明の一部の特定の実施形態では、ELPドメインはそのアミノ酸配列によって定義され得る。たとえば、ELPドメインはアミノ酸配列VPGXG(配列番号57)の複数の反復を含んでもよく、Xはプロリン以外のアミノ酸である。たとえば、本発明のELPはVPGXG配列の10〜500の反復を含み得る。さらに特定な場合によっては、本発明のELPは50〜300又は80〜200の間のアミノ酸を含み得る。一部の実施形態では、ELPにおける「X」残基はすべて同じアミノ酸であるが、特定の他の場合では、ELPはポリマー全体を通してX位にて種々の異なった残基を含み得る。たとえば、場合によっては、たとえば、最初の5つの反復ではX=Valであり、次の2つの反復ではX=Alaであり残りの3つの反復ではX=Glyである(V5:A2:G3で表す)VPGXGの10反復を含むELPのように、Xはアラニン、バリン又はグリシンの残基であり得る。
ELPのようなタンパク質に基づいたポリマーは、広い範囲の生物医学的応用に好まれる特性を持つポリマーの部類である。ELPは、ヒトのトロポエラスチンに由来する(Val−Pro−Gly−X−Gly)(配列番号57)の反復で構成される人工的なペプチドポリマーであり、「ゲスト残基」として知られるXはプロリン以外のアミノ酸の混合物であり得る(Urry, D. W. Prog. Biophys. Mol. Biol. 57: 23−57, 1992.)。有用な感熱性の生体物質としてのELPの意義は元々、D.T.McPherson,J.Xu及びD.W.Urry.Protein Expr.Purif.7:51−57(1996)によって示唆された。
ELPは複数の理由でADとして有用である。第1に、ELPは、それを超えるとバルク水から脱溶媒和し、相分離する特徴的な転移温度(Tt)にて水溶液中で逆相転移を受ける(Urry D.W., 1997, Journal of Physical Chemistry B 101 : 11007−11028..)。組換えELPブロックコポリマーについては、この相転移挙動は、ブロック1つの脱溶媒和によって引き起こされるナノ構造への自己集合を促進する(Yamaoka et al, 2003, Biomacromolecules 4: 1680−1685; Cappello et al, 1998, Journal of Controlled Release 53: 105−117; Dreher et al, 2008, J Am Chem Soc 130:687−694)。このことは、ポリペプチド/薬剤混合物に十分な両親媒性を付与し、ナノ構造へのその自己集合を引き起こすELPの能力を説明することができる(Wright et al, 2002, Advanced Drug Delivery Reviews 54: 1057−1073; Megeed et al, 2002, Advanced Drug Delivery Reviews 54: 1075−1091)。第2に、ELPは、非毒性であり(Urry et al, 1991, Journal of Bioactive and Compatible Polymers 6:263−282; Liu et al., 2006, J Control Release 116: 170−178)、生分解性であり、良好な薬物動態を示す(Chilkoti et al, 2002, Adv Drug Deliv Rev 54: 1093−1111)有用な生体高分子である。第3に、ELPは遺伝子工学によって作出することができるので、その組成、分子量及びポリ分散性を正確に制御することができる。第4に、ELPは大腸菌にて高い収率(約100〜200mg/L)で産出でき、その相転移挙動を利用して容易に迅速に生成することができるので(Meyer and Chilkoti, 1999, Nature Biotechnology 17: 1112−1115)、高純度の臨床等級の物質が容易に且つ安価に得られる。構築の単純性は、ナノ粒子の製造及びsiRNAの形成、cGMP産出についての重要な懸念及び品質制御に一貫性をもたらす。ELPの有用性及び安全性は糖尿病の治療についてのフェーズI臨床評価で実証されている(PhaseBio Pharmaceuticals社)。
本発明のさらなる態様では、たとえば、ELPの相転移特性、ELPの組成又はナノ粒子を変化させるようにELPドメインの配列を改変してもよいことが理解される。たとえば、場合によっては、ELPドメインは、配列(Val−Pro−Gly−X−Gly)(配列番号57)を含み、Xはプロリン以外のアミノ酸を含む。X位にて異なったアミノ酸を置き換えることによって、ELPドメインの特性が改変され得る。たとえば、さらに低い転移温度が所望である場合、さらに疎水性の残基がXにて代用され得る。逆に、転移温度を上げるには、疎水性の少ない残基がX位にて代用され得る。タンパク質にて生物機能を付与することにおける疎水性又はアミノ酸のハイドロパシー指標の重要性は当該技術で一般に理解されている(Kyte & Doolittle, 1982, J. Mol. Biol.157: 105−132)。アミノ酸の相対的なハイドロパシー性が得られるタンパク質の二次構造に寄与する、言い換えれば、タンパク質の他の分子、たとえば、酵素、基質、受容体、DNA、抗体、抗原等との相互作用を規定することが受け入れられる。
米国特許第4,554,101号に詳述されたように、以下の親水性値がアミノ酸残基に割り振られている:アルギニン(+3.0);リジン(+3.0);アスパラギン酸(+3.0±1);グルタミン酸(+3.0±1);セリン(+3.0);アスパラギン(+2.0);グルタミン(+2.0);グリシン(0);スレオニン(−0.4);プロリン(−0.5±1);アラニン(0.5);ヒスチジン(−0.5);システイン(−1.0);メチオニン(−1.3);バリン(−1.5);ロイシン(−1.8);イソロイシン(−1.8);チロシン(2.3);フェニルアラニン(−2.5);トリプトファン(−3.4)。従って、X位のアミノ酸が高い親水性値を有する場合、ELPの転移温度は上昇し得るが、転移温度を下げるには、低い親水性値を持つアミノ酸を使用し得ることが理解されるであろう。
特定の実施形態では、反復方向指示型連結(RDL)に基づく組換えDNAクローニング法、従来の細菌培養発現(14)によって達成される簡易生合成経路を介して遺伝子を送達するために単離されたポリペプチドを設計し、合成する。特定の実施形態では、ポリペプチドはアミノ酸配列(Val−Pro−Gly−X−Gly)n(配列番号57)を含み、XはVal、Ala、及びGlyを含むペプチドであり、nは1以上の整数である。他の実施形態では、nは2、5、10、20、50、100以上である。さらに特定に実施形態では、Xは約5:2:3の比でVal、Ala、及びGlyを含むペプチドである。特定の実施形態では、nは、ELP(1〜60)のように記される60である。ELP(1〜60)は、Chenら、2007,Pharm.Res.25:683−691に記載されており、Meyer及びChilkoti,1999,Nat.Biotech.17,1112−1115に記載されたようなELP(1〜30)に由来し、それぞれその全体が参照によって本明細書に組み入れられる。反復方向指示型連結による以前の研究に従って他のブロックコポリマーを合成することができる。
ELPドメインにおけるELP様反復の数を変えることによってELPドメイン、ELPの組成物及びナノ粒子の転移温度を改変し得ることも理解されるであろう。たとえば、ELPドメインによって付与される転移温度を上げるために、ELP反復の数を減らしてもよい。逆に、ELPドメインにおけるELP反復の数を増やすことは一般にELPドメイン、ELPの組成物又はナノ粒子の転移温度を下げるであろう。
特定の実施形態では、ペプチド又はポリペプチドは、参照配列又は参照配列の特定の領域と同一である又は類似するアミノ酸配列を含有し得る。特定の実施形態では、ペプチド又はポリペプチドは、特定のポリペプチドのアミノ酸配列に関して、又は特定のポリペプチドの領域の範囲内で、少なくとも又は多くとも60、65、70、75、80、85、90、95、96、97、98、99、99.5、100%の同一性を有する。場合によっては、ELPドメインの配列は、ヒトのエラスチンのドメインの配列にさらに密接に一致するように改変され得る。たとえば、ELPドメイン又はELP組成物(たとえば、ELP融合タンパク質)の免疫原性をさらに減らすためにそのような改変が為され得る。たとえば、本発明の一部の実施形態では、ELPドメインは、ヒトのエラスチン反復配列と少なくとも約60、65、70、75、80、85、90又は95%同一であると定義され得る。
4.細胞ターゲティングドメイン
特定の且つ有利な実施形態では、本発明のポリペプチドは1以上の細胞ターゲティングドメイン(CTD)を含む。組換えDNAを含む従来の遺伝子工学技法を用いて、様々な細胞ターゲティングドメインのヌクレオチド配列を包含して、ポリペプチド又はナノ粒子のターゲティングに対するその効果を判定することができる。
特定の且つ有利な実施形態では、本発明のポリペプチドは1以上の細胞ターゲティングドメイン(CTD)を含む。組換えDNAを含む従来の遺伝子工学技法を用いて、様々な細胞ターゲティングドメインのヌクレオチド配列を包含して、ポリペプチド又はナノ粒子のターゲティングに対するその効果を判定することができる。
本発明のポリペプチドはAD及びCTDを含む融合タンパク質を含むことができ、さらなる場合では、そのような融合タンパク質はNBDも含むことができ、さらなる場合では、そのような融合タンパク質はDBDも含むことができる。
本発明の一部の実施形態では、ポリペプチドは、抗体若しくはその特異的な結合部位、リガンド、サイトカイン、ケモカイン又は核酸アプタマーであるCTDを含む。「特異的な結合部位」は抗原と相互作用する抗体のペプチドドメインとして定義される。そのようなドメインを本発明のELP組成物に抱合させることができる。細胞ターゲティング抗体には、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、単鎖抗体、抗体断片、又はヒト化抗体が挙げられるが、これらに限定されない。別の例では、細胞ターゲティングリガンドは、VEGF、又は受容体結合に介在するアミノ酸であり得る。CTDは、たとえば、免疫細胞、癌細胞、又は特定の組織若しくは系列に由来する細胞のような特定の部類の細胞に優先的に結合することができる。本発明の特定の態様では、CTDはまたELPに基づく組成物の内部移行にも介在することができる。
本発明の特定の実施形態では、CTDは標的細胞の表面上に存在する生体分子と相互作用することができる。他の実施形態では、CTDは標的細胞の外表面に存在する生体分子と相互作用することができる。他の実施形態では、CTDは標的細胞の内表面に存在する生体分子と相互作用することができる。さらに他の実施形態では、CTDは細胞の外側に存在する生体分子と相互作用することができる。さらに他の実施形態では、CTDは細胞の内側に存在する生体分子と相互作用することができる。ナノ粒子が細胞膜に透過性であるようにナノ粒子は凝集することができる。そのような代替の実施形態では、ナノ粒子は細胞の内側の生体分子と接触することができる。
他の実施形態では、生体分子は受容体分子を含む。特定の実施形態では、生体分子は細胞接着分子を含む。他の特定の実施形態では、生体分子はフィブロネクチン又はラミニンを含む。特定の実施形態では、生体分子が標的細胞の外表面に存在するということは、生体分子のいずれかの部分が、全体で又は部分的に、いずれかで細胞の外側に暴露されていることを意味する。特定の実施形態では、本発明は、癌細胞の表面にて腫瘍生体マーカーを結合するCTDを含むポリペプチドを記載する。
CTDは、どんな特定のポリペプチド配列にも限定されない。それは任意の所望の生体分子を標的とするように設計することができる。特異的な特定の実施形態では、生体分子は所望の細胞種にて特異的に発現される。非限定例として、CTDは、腫瘍細胞で発現されるが、非腫瘍細胞では発現されない生体分子を標的とするように設計された。特定の実施形態では、ポリペプチドのCTDは腫瘍細胞に特異的なペプチドリガンドを含む。腫瘍特異的なCTDポリペプチド配列の非限定例を表1に示す。一実施形態では、CTDはL1細胞接着分子(L1CAM)を結合するペプチドリガンドを含む。特定の腫瘍細胞を標的とすることは、腫瘍を探索するELPナノ粒子にて送達される薬剤の特異的ターゲティングによって癌療法の副作用を減らすために有利である。特異的ターゲティングは、低濃度の薬剤を使用する一方で癌療法の有効性を維持する又は高めることができる。一実施形態では、CTDはペプチド配列(GSQRKHSKRHIHKDHV)(配列番号19)を含む
本発明の別の態様では、薬剤を標的細胞に向ける方法が提供され、それは、集合ドメイン(AD)と、薬剤結合ドメイン(DBD)と、細胞ターゲティングドメイン(CTD)を含む1以上のポリペプチドを使用することと、1以上のポリペプチドのDBDに薬剤を接触させることと、1以上のポリペプチドのADを集合させて集合ポリペプチドを生成することと、集合ポリペプチドを標的細胞に接触させることと、標的細胞の外側に存在する生体分子に集合ポリペプチドのCTDを接触させることを含む。用語「得ること」は生理的検体の物理的所有を要することを意味する。物質が取得される方法は、特定の過程に限定されない。特定の実施形態では、集合ポリペプチドは薬剤を含む。他の実施形態では、集合ポリペプチドは凝集し、ナノ粒子を形成することができる。他の実施形態では、集合ポリペプチドは薬剤とともに凝集し、ナノ粒子を形成することができる。
特定の実施形態では、本発明の方法は、所望の細胞に薬剤を向ける。ターゲティングにはどんな細胞も選択することができる。特定の実施形態では、標的細胞は、真核細胞であり、さらに好ましくは哺乳類細胞であり、最も好ましくは齧歯類又はヒトの細胞である。特定の実施形態では、標的細胞は腫瘍細胞である。本発明によって熟考される腫瘍細胞の非限定例は、ヒト膀胱細胞、ヒト乳腺細胞、ヒト結腸細胞、ヒト肝臓細胞、ヒト肺細胞、ヒト神経芽腫細胞、ヒト卵巣細胞、ヒト膵臓細胞、ヒト前立腺細胞、又はヒト皮膚細胞である。加えて、標的細胞は、本発明の方法によって治療されるべき患者を冒す疾患又は状態に基づいて選択することができる。
5.薬剤結合ドメイン(DBD)
本発明の特定の態様では、ポリペプチドは薬剤結合ドメイン(DBD)を含む。DBDは薬剤を結合するポリペプチド配列を含むことができる。用語「剤」又は「薬剤」は、化合物、化合物の混合物、生体高分子、又は生体物質から作られる抽出物を示すのに本明細書で使用される。薬剤には、アルキル化剤、代謝拮抗物質、アントラサイクリン、植物アルカロイド、トポイソメラーゼ阻害剤及びその他の抗癌剤が挙げられる。他の薬剤には、アザシチジン、アザチオプリン、ブレオマイシン、ボルテゾニブ、カルボプラチン、カペシタビン、シスプラチン、クロラムブシル、サイクロホスファミド、シタラビン、ダウノルビシン、ドセタキセル、ドキシフルリジン、ドキソルビシン、エピルビシン、エポチロン、エトポシド、フルオロウラシル、ゲムシタビン、ヒドロキシウレア(カテゴリー化を必要とする)、イダルビシン、イマチニブ、メクロレタミン、メルカプトプリン、メソトレキセート、ミトキサントロン、オキサリプラチン、パクリタキセル、ペメトレキセド、テニポシド、チオグアニン、バルルビシン、ビンブラスチン、ビンクリスチン、ビンデシン及びビノレルビンが挙げられる。
本発明の特定の態様では、ポリペプチドは薬剤結合ドメイン(DBD)を含む。DBDは薬剤を結合するポリペプチド配列を含むことができる。用語「剤」又は「薬剤」は、化合物、化合物の混合物、生体高分子、又は生体物質から作られる抽出物を示すのに本明細書で使用される。薬剤には、アルキル化剤、代謝拮抗物質、アントラサイクリン、植物アルカロイド、トポイソメラーゼ阻害剤及びその他の抗癌剤が挙げられる。他の薬剤には、アザシチジン、アザチオプリン、ブレオマイシン、ボルテゾニブ、カルボプラチン、カペシタビン、シスプラチン、クロラムブシル、サイクロホスファミド、シタラビン、ダウノルビシン、ドセタキセル、ドキシフルリジン、ドキソルビシン、エピルビシン、エポチロン、エトポシド、フルオロウラシル、ゲムシタビン、ヒドロキシウレア(カテゴリー化を必要とする)、イダルビシン、イマチニブ、メクロレタミン、メルカプトプリン、メソトレキセート、ミトキサントロン、オキサリプラチン、パクリタキセル、ペメトレキセド、テニポシド、チオグアニン、バルルビシン、ビンブラスチン、ビンクリスチン、ビンデシン及びビノレルビンが挙げられる。
特定の実施形態では、DBDは従来の薬剤又は試験中の薬剤を結合することができる。他の実施形態では、DBDは抗腫瘍剤を結合することができる。他の実施形態では、ポリペプチドは複数のDBDを含む。
特定の実施形態では、DBDは治療剤を結合する。一部の実施形態では、治療剤は生物学的に活性のあるタンパク質である。好適なタンパク質には、特に、たとえば、エリスロポイエチン、インターフェロン、インスリン、モノクローナル抗体、血液因子、コロニー刺激因子、成長ホルモン、インターロイキン、増殖因子、治療用ワクチン、カルシトニン、腫瘍壊死因子(TNF)及び酵素のような治療用タンパク質を含む、医学、農学及びその他の科学分野及び産業分野で関心のあるものが挙げられる。そのような治療用タンパク質の具体例には、限定しないで、補充療法で利用される酵素;動物にて成長を促進するための又は細胞培養にて細胞増殖を促進するためのホルモン;及び種々の応用、たとえば、バイオテクノロジー又は医学診断で使用される活性のあるタンパク質様物質が挙げられる。具体例には、スーパーオキシドジスムターゼ、インターフェロン、アスパラギナーゼ、グルタミナーゼ、アルギナーゼ、アルギニンデアミナーゼ、アデノシンデアミナーゼリボヌクレアーゼ、トリプシン、キモトリプシン、パピン、インスリン、カルシトニン、ACTH、グルカゴン、ソマトシン、ソマトロピン、ソマトメジン、副甲状腺ホルモン、エリスロポイエチン、視床下部放出ホルモン、プロラクチン、甲状腺刺激ホルモン、エンドフリン、エンケファリン及びバゾプレッシンが挙げられるが、これらに限定されない。本発明の他の実施形態では、DBDは治療用ポリペプチドドメインを含む。本発明の特定の態様では、DBDはELPドメインに化学的に結合することができるが、特定に場合では、ELPドメイン及び治療用ポリペプチドドメインは融合タンパク質に含まれ得る。本発明で使用するための治療用ポリペプチドには、サイトカイン、ケモカイン、血管新生因子、抗血管新生因子が挙げられるが、これらに限定されない。特定の場合によっては、治療用ポリペプチドは、インターフェロン(IFN)、腫瘍壊死因子(TNF)、HIF−1、血管内皮増殖因子(VEGF)、線維芽細胞増殖因子(FGF)、血小板由来増殖因子(PDGF)、NF−κB阻害配列、インターフェロンのコンセンサス配列、インターロイキン(IL)−2、IL−12、IL−4、IL−8又はVEGF特異的scFvのような単鎖抗体配列(scFv)であり得る。本発明の特定の態様では、治療用ポリペプチドは、たとえば、VEGF受容体(VEGFR)−1(Flt−1)、VEGFR−2(Flk−l/KDR)又はVEGFR−3のような受容体タンパク質の細胞外ドメインを含むことができる。
特定の実施形態では、剤は診断剤又は造影剤である。本発明は画像化又は治療のための正確なターゲティングを可能にする。用語「造影剤」は、哺乳類における特定の生理又は病態生理を標的とするように設計され、生体内又は試験管内でのその投与の後、検出することができる化合物を意味する。造影剤の非限定例は蛍光標識である。他の標識は当該技術で周知である。
特定の実施形態では、DBDは核酸結合部分を含む。特定の実施形態では、本発明のポリペプチドは核酸に結合するカチオン性ドメインを含むDBDドメインを含む。特定の実施形態では、核酸はsiRNA分子である。他の実施形態では、薬剤はsiRNA分子である。
6.核酸結合ドメイン(NBD)
本発明の特定の態様では、ポリペプチドは核酸結合ドメイン(NBD)を含む。特定の実施形態では、ポリペプチドはDBD及びNBDの双方を含む。一部の実施形態では、DBD及びNBDは双方とも核酸を結合することができる。特定の実施形態では、NBDはsiRNA結合ドメインを含む。特定の場合では、NBDは、たとえば、共有結合を介してELPに抱合することができる。ポリペプチドのNBD及び他のドメインはスペーサーペプチドによって分離することができる。一部の他の場合では、NBDを含むポリペプチドはNBD、AD及びCTDを含む融合タンパク質であり得る。
本発明の特定の態様では、ポリペプチドは核酸結合ドメイン(NBD)を含む。特定の実施形態では、ポリペプチドはDBD及びNBDの双方を含む。一部の実施形態では、DBD及びNBDは双方とも核酸を結合することができる。特定の実施形態では、NBDはsiRNA結合ドメインを含む。特定の場合では、NBDは、たとえば、共有結合を介してELPに抱合することができる。ポリペプチドのNBD及び他のドメインはスペーサーペプチドによって分離することができる。一部の他の場合では、NBDを含むポリペプチドはNBD、AD及びCTDを含む融合タンパク質であり得る。
当該技術で既知の核酸結合ポリペプチドを本発明のNBDに使用することができる。たとえば、NBDは、たとえば、鉄調節性タンパク質(IRP)1又は2のRNA結合ドメインのような特定の核酸配列に結合することができる。特定の追加の場合では、NBDは、カチオン残基が豊富であるアミノ酸ポリマーのように、非特異的に核酸に結合することができる。たとえば、NBDは、たとえば、リジンのような生理的pHで正に荷電する、25%、30%、35%、40%、45%、50%以上の残基を有することができる。特定の例では、NBDは、アミノ酸配列VK又はVKGの反復を含むことができる。たとえば、配列は、たとえば、4、8、12、16、20、24、28、32、36、40、44、48、52、56、60、64、68、72、76、80、84、88、92、96又は100のVK又はVKGの反復を伴った核酸結合ドメインのような4〜100のVK又はVKGの反復又はその混合物を有することができる。従って、GAのような薬剤は本発明に従ってNBDと複合体化することができる。
特定の実施形態では、NBDはオリゴリジンドメインを含み、それは順番に複数のリジン残基を含む。オリゴリジンドメインは核酸を結合する。特定の実施形態では、NBDは、nが4を超える整数であるアミノ酸配列(Kn)を含む。好まれる実施形態では、nは8である。特定の実施形態では、NBDはアミノ酸配列(K8)(配列番号58)を含む。別の好まれる実施形態では、オリゴリジンドメインはアミノ酸配列Lys−Lys−Lys−Lys−Lys−Lys−Lys−Lys−(K8;配列番号58)を含む。
他の実施形態では、NBDはオリゴアルギニンドメインを含み、それは、順番に複数のアルギニン残基を含む。特定の実施形態では、NBDは、nが4を超える整数であるアミノ酸配列(Rn)を含む。特定の実施形態では、n=9(R9;配列番号59)。
特定の実施形態では、単離されたポリペプチドは、オリゴリジン(K8)又はオリゴアルギニン(R9)及び(Val−Pro−Gly−X−Gly)60又は(VPGXG)60として表される60回反復したペンタペプチド単位を伴ったELPブロックから構成され、Xは5:2:3の比率でVal、Ala及びGlyである。
特定の実施形態では、薬剤はsiRNA分子を含む。特定の実施形態では、薬剤は癌遺伝子から発現されるRNAの一部を認識する配列を持つヌクレオチドを含む。
本発明の一実施形態では、薬剤はEVI1遺伝子から発現されるRNAの一部を認識する配列を持つヌクレオチドを含む。細胞内でのEVI1の発現の阻害は、細胞分裂の阻止及び/又はアポトーシスの活性化を引き起こす。本発明の一実施形態では、ヌクレオチドはワトソン/クリック配列相補性によってEVI1遺伝子配列に結合し、その発現を阻止する。ヌクレオチドは、DNA又はRNAのレベルでEVI1遺伝子の発現を阻害するのに十分な長さのDNAオリゴヌクレオチドであり得る。別の実施形態では、ヌクレオチドは、RNAのプロセシング機構と関連してEVI1の発現を下方調節する二本鎖RNA(dsRNA)であり得る。このdsRNAはおよそ20塩基対の低分子干渉RNA(siRNA)であり得る。
特定の実施形態では、本出願は、二本鎖RNA(dsRNA)及びRNAi構築物に関する。用語「dsRNA」は本明細書で使用されるとき、siRNAを含む、RNA干渉(RNAi)が可能である二本鎖RNA分子を指す。加えて、RNAiは、二本鎖RNA(dsRNA)が特異的な、転写後の様態で遺伝子発現を阻止する、植物及び蠕虫にて認められた現象に最初に適用された用語である。RNAiは試験管内又は生体内で遺伝子発現を阻害する又は低下させる有用な方法を提供する。
用語「低分子干渉RNA」、「siRNA」又は「低分子干渉核酸」は本明細書で使用されるとき、細胞によって適切にプロセシングされる場合、RNAi又は遺伝子スプライシングに介在することが可能である核酸を指す。たとえば、siRNAは、自己相補的なセンス領域及びアンチセンス領域を含む二本鎖ポリヌクレオチド分子であることができ、アンチセンス領域は標的遺伝子に対する相補性を含む。siRNAは、自己相補的なセンス領域及びアンチセンス領域を有する一本鎖ヘアピンポリヌクレオチドであることができ、アンチセンス領域は標的遺伝子に対する相補性を含む。siRNAは、2以上のループ構造と自己相補的なセンス領域及びアンチセンス領域を含むステムを有する環状の一本鎖ポリヌクレオチドであることができ、アンチセンス領域は標的遺伝子に対する相補性を含み、環状ポリヌクレオチドは試験管内又は生体内でプロセシングを受けてRNAiに介在することが可能である活性のあるsiRNAを生成することができる。siRNAはまた、標的遺伝子に対する相補性を有する一本鎖ポリヌクレオチドを含むこともでき、一本鎖ポリヌクレオチドはさらに、たとえば、5’−リン酸又は5’,3’−二リン酸のような末端リン酸基を含むことができる。特定の実施形態では、siRNAは、標的核酸に結合し、標的核酸の活性を変える非酵素性の核酸である。たとえば、RNA誘導サイレンシング複合体(又はRISC)のような1以上のタンパク質又はタンパク質複合体との相互作用によってsiRNAの結合及び/又は活性を促進することができる。特定の実施形態では、siRNAは、siRNA分子の一方の鎖の単一の隣接配列に沿って標的配列に相補的である配列を含む。
任意で、本出願のsiRNAは、生理的条件下(たとえば、細胞環境にて)にて、阻害される遺伝子(「標的遺伝子」)についてのmRNA転写物の少なくとも一部の核酸配列とハイブリッド形成するヌクレオチド配列を含有する。二本鎖RNAは、RNAiに介在する能力を有する点で天然のRNAに十分類似することのみを必要とする。従って、本出願は、遺伝子変異、株の多型現象、又は進化の多様性によって予測され得る配列の変異を認容することができる長所を有する。標的配列とsiRNA配列の間で認容されるヌクレオチドのミスマッチの数は、5塩基対に1以下、又は10塩基対に1以下、又は20塩基対に1以下、又は50塩基対に1以下である。siRNA二本鎖の中心におけるミスマッチは最も重要であり、標的RNAの切断を本質的になくしてしまう。それに対して、標的RNAに相補的であるsiRNA鎖の3’末端におけるヌクレオチドは標的認識の特異性に十分には寄与しない。配列の比較及び配置のアルゴリズムによって、たとえば、初期設定のパラメータを用いてBESTFITソフトウエアで実施されるようなスミス/ウォーターマンのアルゴリズムによりヌクレオチド配列間の差異比率を計算することによって配列同一性を最適化することができる。siRNAと標的遺伝子の一部との間で90%、95%、96%、97%、98%、又は99%を超える又はさらに100%の配列同一性が好まれる。或いは、RNAの二本鎖領域は、ストリンジェントな条件下(たとえば、400mMのNaCl、40mMのPIPES、pH6.4、1mMのEDTA、50℃又は70℃で12〜16時間ハイブリッド形成、その後洗浄)で、標的遺伝子の転写物の一部とハイブリッド形成することが可能であるヌクレオチド配列として機能的に定義することができる。
dsRNAの二本鎖構造は、単一の自己相補性RNA、2本の相補性RNA鎖、又はDNA鎖と相補性RNA鎖によって形成することができる。任意で、RNA二本鎖の形成は細胞の内側又は外側で開始することができる。細胞当たり少なくとも1コピーの送達を可能にする量でRNAを導入することができる。二本鎖物質の用量(たとえば、細胞当たり少なくとも5、10、100、500又は1000コピー)は多ければ多いほど有効な阻害が得られるが、少ない用量も特定の適用には有用であり得る。RNAの二本鎖領域に相当するヌクレオチド配列が阻害にて標的とされるという点で、阻害は配列特異的である。
本明細書で記載されるように、主題のsiRNAは、長さ約19〜30ヌクレオチド、長さ約21〜27ヌクレオチド、長さ約21〜25ヌクレオチド、又は長さ約21〜23ヌクレオチドの二本鎖領域を含む。siRNAは、ヌクレアーゼ複合体を動員し、特定の配列と対を為すことによって標的遺伝子転写物に複合体を導くと理解されている。その結果、タンパク質複合体におけるヌクレアーゼによって標的遺伝子転写物が分解される。特定の実施形態では、siRNA分子は3’ヒドロキシル基を含む。特定の実施形態では、siRNA構築物は、たとえば、酵素ダイサーの存在下でさらに長い二本鎖RNAのプロセシングによって生成することができる。一実施形態では、ショウジョウバエの試験管内の系が使用される。この実施形態では、dsRNAはショウジョウバエの胚に由来する可溶性抽出物と組み合わせられ、それによって組み合わせを生じる。dsRNAが約21〜約27ヌクレオチドのRNA分子にプロセシングされる条件下で組み合わせを維持する。siRNA分子は当業者に既知の多数の技法を用いて精製することができる。たとえば、ゲル電気泳動法を用いてsiRNAを精製することができる。或いは、たとえば、非変性カラムクロマトグラフィのような非変性の方法を用いてsiRNAを精製することができる。加えて、クロマトグラフィ(たとえば、サイズ排除クロマトグラフィ)、グリセロール勾配遠心分離、抗体によるアフィニティ精製を用いてsiRNAを精製することができる。
主題のdsRNA(たとえば、siRNA)の製造は、化学合成法によって又は組換え核酸法によって実施することができる。処理した細胞の内因性ポリメラーゼは生体内で転写に介在することができ、クローニングしたRNAポリメラーゼは試験管内での転写に使用することができる。本明細書で使用されるとき、本出願のdsRNA又はsiRNAの分子はRNAのみを含有する分子に限定される必要はないが、化学的に修飾されたヌクレオチド及び非ヌクレオチドをさらに包含する。たとえば、dsRNAはリン酸/糖の主鎖又はヌクレオシドのいずれかに修飾を含んで、たとえば、細胞性ヌクレアーゼへの感受性を低下させる、生体利用効率を改善する、製剤特性を改善する、及び/又は他の薬物動態特性を変化させる。説明するように、天然のRNAのホスホジエステル結合を修飾して少なくとも1つの窒素又はイオウのヘテロ原子を含むことができる。dsRNAへの一般的な応答を回避する一方で特異的な遺伝的阻害を可能にするようにRNAにおける修飾を誂えることができる。同様に、塩基を修飾してアデノシンデアミナーゼの活性を遮断することができる。dsRNAは酵素的に製造することができ、又は部分的な/全体的な有機合成によって製造することができ、修飾されたリボヌクレオチドを試験管内の酵素合成又は有機合成によって導入することができる。RNA分子を化学的に修飾する方法はdsRNAを修飾するのに適合させることができる。単に説明にて、ホスホロチオエート、ホスホルアミデート、ホスホジチオエート、キメラのメチルホスホネート/ホスホジエステル、ペプチド核酸、5−プロピル−ピリミジン含有のオリゴマー又は糖修飾(たとえば、2’−置換リボヌクレオシド、α−配置)によってdsRNA又はsiRNAの主鎖を修飾することができる。特定の場合では、本出願のdsRNAは2’−ヒドロキシ(2’−OH)含有のヌクレオチドを欠く。特定の実施形態では、siRNA分子はホスホロチオエートセンス鎖を含む。特定の実施形態では、siRNA分子はホスホジエステルアンチセンス鎖を含む。
特定の実施形態では、siRNAの少なくとも一方の鎖は、長さ約1〜約10ヌクレオチド、長さ約1〜約5ヌクレオチド、長さ約1〜3ヌクレオチド、又は長さ約2〜4ヌクレオチドの3’−オーバーハングを有する。特定の実施形態では、siRNAは、3’−オーバーハングを有する一方の鎖を含むことができ、他方の鎖は、3’末端にて平滑末端である(すなわち、3’−オーバーハングを有さない)。別の実施形態では、siRNAは、双方の鎖で3’−オーバーハングを含むことができる。オーバーハングの長さは各鎖について同一であっても異なっていてもよい。siRNAの安定性をさらに高めるために、分解に対して3’−オーバーハングを安定化することができる。一実施形態では、たとえば、アデノシン又はグアノシンの分子のようなプリンヌクレオチドを含むことによってRNAを安定化させる。或いは、修飾された類似体によるピリミジンヌクレオチドの置換、たとえば、2’−デオキシチミジンによるウリジンヌクレオチド3’オーバーハングの置換が認容され、RNAiの効率に影響を及ぼさない。2’ヒドロキシルの非存在は、組織培養培地におけるオーバーハングのヌクレアーゼ耐性を十分に高め、生体内で有益であり得る。
別の特定の実施形態では、主題のdsRNAは長い二本鎖RNAの形態であることもできる。たとえば、dsRNAは少なくとも25、50、100、200、300又は400の塩基である。場合によっては、dsRNAは長さ400〜800塩基である。任意でdsRNAを細胞内で消化し、たとえば、細胞内でsiRNAを作出する。しかしながら、多分、配列とは無関係なdsRNAの応答により生じ得る有害な効果のために、生体内での長い二本鎖RNAの使用は必ずしも実践的ではない。そのような実施形態では、インターフェロン又はPKRの効果を減らす局所送達の系及び/又は剤の使用が好まれる。
さらなる特定の実施形態では、dsRNA又はsiRNAは低分子のヘアピン(shRNA)構造の形態である。shRNAは外因性に合成することができ、又は生体内でRNAポリメラーゼIIIプロモータから転写することによって形成することができる。好ましくは、そのようなshRNAは、標的遺伝子を確実に連続して及び安定して抑制するように細胞内で又は動物にて操作される。細胞内でヘアピンRNAをプロセシングすることによってsiRNAを作出できることは当該技術で既知である。
特定の実施形態では、本発明で提供されるような薬剤は低分子干渉RNA(siRNA)の種である。用語「低分子干渉RNA」又は「siRNA」は本明細書で使用されるとき、たとえば、Bass,2001,Nature、411:428−429;Elbashirら、2001,Nature、411:494−498;及びKreutzerら、国際PCT公開番号WO00/44895;Zernicka−Goetzら、国際PCT公開番号WO01/36646;Fire,国際PCT公開番号WO99/32619;Plaetinckら、国際PCT公開番号WO00/01846;Mello及びFire,国際PCT公開番号WO01/29058;Deschamps−Depaillette,国際PCT公開番号WO99/07409;並びにLiら、国際PCT公開番号WO00/44914に記載されたようなRNA干渉又は「RNAi」が可能である二本鎖核酸分子を指す。本明細書で使用されるとき、siRNA分子はRNAのみを含有するものに限定される必要はないが、RNAi能又はその活性を有する化学的に修飾されたヌクレオチド及び非ヌクレオチドをさらに含むことができる。
RNA干渉は、低分子干渉RNA(siRNA)が介在する動物における配列特異的な転写後の遺伝子のサイレンシングの過程を指す(Fire et al., 1998, Nature 391 :806)。細胞における高分子dsRNAの存在は、「ダイサー」と呼ばれるリボヌクレアーゼIII酵素の活性を刺激する。ダイサーは高分子dsRNAの、dsRNAの小片であるsiRNAへのプロセシングに関与する(Berstein et al., 2001, Nature 409:363)。ダイサー活性に由来する低分子干渉RNAは通常、長さ21〜23のヌクレオチドであり、約19塩基対の二本鎖を含む。ダイサーは、翻訳制御に関与する保存された構造の前駆体RNAからの21及び22のヌクレオチドの小分子RNA(stRNA)の切り出しにも関与している(Hutvagner et al., 2001, Science 293:834)。RNAiの反応はまた、一般にRNA誘導のサイレンシング複合体(RISC)と呼ばれるsiRNAを含有するエンドヌクレアーゼ複合体を特徴とし、それは、siRNAに相同な配列を有する一本鎖RNAの切断に介在する。標的RNAの切断は、siRNA二本鎖のガイド配列に相補的な領域の中ほどで起きる(Elbashir et al, 2001, Genes Dev. 15: 188)。
低分子干渉RNAが介在するRNAiは種々の系で検討されている。FireらはC.elegansにおいて初めてRNAiを観察した(1998, Nature 391 :806)。Wianny及びGoetzはマウスの胚におけるdsRNAが介在するRNAiを記載した(1999, Nature Cell Biol. 2:70)。HammondらはdsRNAを形質移入したショウジョウバエの細胞でRNAiを記載した(2000, Nature 404:293)。Elbashirらは、ヒトの胎児性腎細胞及びHeLa細胞を含む哺乳類の培養細胞における合成の21ヌクレオチドRNAの導入によって誘導されたRNAiを記載した(2001, Nature 411
:494)。
:494)。
ショウジョウバエの胚溶解物における最近の研究は、効率的なRNAi活性に介在するのに必須であるsiRNAの長さ、構造、化学組成、及び配列についての特定の要件を明らかにした。これらの研究は、2つのヌクレオチド3’−オーバーハングを含有する場合、21ヌクレオチドを含むsiRNA二本鎖で最も活性があることを示している。さらに、2’−デオキシヌクレオチド又は2’−O−メチルヌクレオチドによるsiRNAの一方又は両方の置換はRNAi活性を破壊する一方で、デオキシヌクレオチドによる3’−末端siRNAヌクレオチドの置換は認容されることが示された。siRNA二本鎖の中心における配列のミスマッチもRNAi活性を破壊することが示された。加えて、これらの研究はまた、標的RNAにおける切断部位の位置は3’末端ではなくsiRNAのガイド配列の5’末端によって規定されることを示している(Elbashir et al., 2001, EMBO J. 20:6877)。その他の研究は、siRNA二本鎖の標的に相補的な鎖における5’−リン酸がsiRNA活性に必要とされ、siRNAにおけるS’−リン酸部分を維持するのに細胞でATPが利用されることを示している(Nykanen et al., 2001, Cell 107:309)。しかしながら、5’−リン酸を欠くsiRNA分子が、外因性に導入される場合、活性があるということは、siRNA構築物の5’−リン酸化が生体内で起こり得ることを示唆している。
本発明の薬剤は、自己相補性のセンス及びアンチセンス領域を含む二本鎖ポリヌクレオチド分子であることができ、その際、アンチセンス領域はヌクレオチド配列の一部に相補的であるヌクレオチド配列を含み、センス領域は核酸配列又はその一部に相当するヌクレオチド配列を有する。siRNA分子は2つの別々のオリゴヌクレオチドから作ることができ、その際、一方の鎖はセンス鎖であり、他方はアンチセンス鎖であり、アンチセンス鎖とセンス鎖は自己相補性である。核酸系リンカー又は非核酸系リンカーによって連結される自己相補性のセンス領域とアンチセンス領域を有する単一のオリゴヌクレオチドからもsiRNA分子を作ることができる。siRNA分子は、実質的に対称性の二本鎖、非対称性の二本鎖、ヘアピン又は非対称性のヘアピン二次構造を形成することができるポリヌクレオチドであり得る。siRNA分子はまた、ヌクレオチド配列又はその一部と相補的なヌクレオチド配列を有する一本鎖ポリヌクレオチドを含むこともでき、その際、一本鎖ポリヌクレオチドは、たとえば、Martinezら、2002,Cell、110:563−574及びSchwarzら、2002,Molecular:Cell、10:537−568で議論されたような5’,3’−二リン酸又は5’−リン酸のような末端リン酸基をさらに含むことができる。
特定の実施形態では、本発明に係るsiRNA分子及びその他の薬剤は、対象への投与のためのリポソーム及びナノ粒子を含む送達用ビヒクル;キャリア及び希釈剤及びその塩を含むことができ;医薬組成物中に存在することができる。特に、siRNAは本発明に係るELPナノ粒子と関連して送達される。核酸分子を送達する方法は、たとえば、Akhtarら、1992,Trends Cell Bio.2:139;Delivery Strategies for Antisense Oligonucleotide Therapeutics,ed.Akhtar,1995,Maurerら、1999,Mol.Membr.Biol.16:129−140;Hofland及びHuang,1999,Handb.Exp.Pharmacol,137:165−192;並びにLeeら、2000,ACS Symp.Ser.752:184−192に記載されており、そのすべてが参照によって本明細書に組み入れられる。Beigelmanら、米国特許第6,395,713号及びSullivanら、PCT WO94/02595はさらに、細胞及び組織への核酸分子の送達の一般的な方法を記載している。核酸分子を細胞に実際に送達するのにこれらのプロトコールを利用することができる。イオン導入法による、又は他の送達ビヒクル、たとえば、ヒドロゲル、シクロデキストリン、生分解性ナノカプセル及び生体接着性ミクロスフェアへの取り込みによる、又はタンパク質様ベクター(たとえば、O’Hare及びNormand、国際PCT公開WO00/53722を参照)によるリポソームにおける被包を含むが、これらに限定されない当業者に既知の種々の方法によって核酸分子を細胞に投与することができる。
或いは、核酸/ビヒクルの組み合わせを直接注入又は輸液ポンプの使用によって局所に送達することができる。核酸分子の直接送達は、皮下、筋肉内又は経皮であれ、標準の針及びシリンジの方法を用いて行うことができ、又はCornyら、1999,Clin.Cancer Res.5:2330−2337及びBarryら、国際PCT公開番号WO99/31262に記載されたもののような針なし法によって行うことができる。当該技術における多数の例が浸透圧ポンプによるオリゴヌクレオチドの送達方法(Chun et al, 1998, Neuroscience Letters 257: 135−138, D’Aldin et al, 1998, Mol. Brain Research 55: 151−164, Dryden et al, 1998, J. Endocrinol. 157: 169−175, Ghirnikar et al, 1998, Neuroscience Letters 247:21−24を参照)又は直接注入(Broaddus et al, 1997, Neurosurg. Focus 3, article 4)を記載している。他の送達経路には、経口送達(たとえば、錠剤又は丸薬の形態で)及び/又はクモ膜下送達(Gold, 1997, Neuroscience 76: 1153−1158)が挙げられるが、これらに限定されない。核酸の送達及び投与のさらに詳細な記載は、そのすべてが参照によって本明細書に組み入れられるSullivanら、PCT WO94/02595,Draperら、PCT WO93/23569,Beigelmanら、PCT WO99/05094及びKlimukらPCT WO99/04819に提供されている。
或いは、本発明のポリペプチドは真核細胞のプロモータから細胞内で発現させることができる(たとえば、Izant and Weintraub, 1985, Science 229:345; McGarry and Lindquist, 1986, Proc. Natl. Acad. Sci USA 83:399; Scanlon et al, 1991, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88: 10591−5; Kashani−Sabet et al, 1992, Antisense Res. Dev. 2:3−15; Dropulic et al, 1992, J. Virol. 66: 1432−41; Weerasinghe et al, 1991, J. Virol. 65:5531−4; Ojwang et al, 1992, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:10802−6; Chen et al, 1992, Nucleic Acids Res. 20:4581−9; Sarver et al, 1990, Science 247: 1222−1225; Thompson et al, 1995, Nucleic Acids Res. 23:2259; Good et al., 1997, Gene Therapy 4: 45を参照のこと)。当業者は、適切なDNA/RNAベクターを用いて核酸を真核細胞にて発現させることができることを認識するであろう。酵素的核酸による一次転写物からの放出によってそのような核酸の活性を増強することができる(Draper et al, PCT WO 93/23569, and Sullivan et al, PCT WO 94/02595; Ohkawa et al, 1992, Nucleic Acids Symp. Ser. 27: 15−6; Taira et al, 1991, Nucleic Acids Res. 19:5125−30; Ventura et al, 1993, Nucleic Acids Res. 21 :3249−55; Chowrira et al, 1994, J. Biol. Chem. 269:25856)。
本発明の別の態様では、本発明のポリペプチドは、DNA/RNAベクターに挿入された転写単位(たとえば、Couture et al., 1996, TIG 12:510を参照)から発現させることができる。組換えベクターはDNAプラスミド又はウイルスベクターであることができる。siRNAを発現するウイルスベクターは、アデノ関連ウイルス、レトロウイルス、アデノウイルス又はアルファウイルスに基づくが、これらに限定されないウイルスに基づいて構築することができる。別の実施形態では、polIIIに基づく構築物を用いて本発明の核酸分子を発現させる(Thompson,米国特許第5,902,880号及び同第6,146,886号を参照)。siRNA分子を発現することが可能である組換えベクターは上述のように送達され、標的細胞にて生き残ることができる。或いは、核酸分子の一時的な発現を提供するウイルスベクターを使用することができる。そのようなベクターは必要に応じて繰り返し投与することができる。いったん発現されると、siRNA分子は標的のmRNAと相互作用し、RNAi反応を生じる。siRNAを発現するベクターの送達は、対象から外植した標的細胞への投与の後、対象への再導入によって、又は所望の標的細胞への導入を可能にする他の手段によって、たとえば、静脈内投与又は筋肉内投与のような全身性であり得る(概説については、Couture et al, 1996, TIG. 12:510を参照のこと)。
他の態様では、本発明は、(a)転写開始領域(たとえば、真核細胞のpolI、II又はIIIの開始領域)、(b)転写終結領域(たとえば、真核細胞のpolI、II又はIIIの終結領域)及び(c)本発明の少なくとも1つのsiRNA分子をコードする核酸配列を含む発現ベクターを提供し、その際、前記配列は、siRNA分子の発現及び/又は送達を可能にする様態で、前記開始領域及び前記終結領域と操作可能に連結される。ベクターは任意で、本発明のsiRNAをコードする配列の5’側又は3’側に操作可能に連結されるオープンリーディングフレーム(ORF);及び/又はイントロン(介在配列)を含むことができる。
siRNA分子の転写は、真核細胞のRNAポリメラーゼI(polI)、RNAポリメラーゼII(polII)、又はRNAポリメラーゼIII(polIII)についてのプロモータから推進される。polII又はpolIIIプロモータからの転写物はあらゆる細胞で高レベルにて発現され;所与の細胞型における所与のpolIIプロモータのレベルは、近傍に存在する遺伝子調節配列(エンハンサ、サイレンサ等)の性質に左右される。原核細胞のRNAポリメラーゼ酵素が適当な細胞で発現されるという条件で、原核細胞のRNAポリメラーゼプロモータも使用される(Elroy−Stein and Moss, 1990, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:6743−7; Gao and Huang 1993, Nucleic Acids Res. 21 :2867−72; Lieber et al, 1993, Methods Enzymol. 217:47−66; Zhou et al, 1990, Mol Cell Biol. 10:4529−37)。数人の研究者らは、そのようなプロモータから発現させた核酸分子が哺乳類細胞で機能できることを実証している(たとえば、Kashani−Sabet et al, 1992, Antisense Res. Dev. 2:3−15; Ojwang et al, 1992, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89: 10802−6; Chen et al, 1992, Nucleic Acids Res. 20:4581−9; Yu et al, 1993, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:6340−4; L’Huillier et al, 1992, EMBO J. 11 :4411−8; Lisziewicz et al, 1993, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A 90:8000−4; Thompson et al, 1995, Nucleic Acids Res. 23:2259; Sullenger and Cech, 1993, Science 262: 1566)。さらに具体的には、U6核内低分子(snRNA)、転移RNA(tRNA)及びアデノウイルスVARNAをコードする遺伝子に由来するもののような転写単位は、細胞にて、たとえば、siRNAのような所望のRNA分子を高濃度で生成するのに有用である(Thompson et al, 1995, Nucleic Acids. Res. 23:2259; Couture et al, 1996, TIG 12:510, Noonberg et al, 1994, Nucleic Acid Res. 22:2830; Noonberg et al, U.S. Pat. No. 5,624,803; Good et al, 1997, Gene Ther. 4:45; Beigelman et al, International PCT Publication No. WO 96/18736)。哺乳類細胞への導入のために、プラスミドDNAベクター、ウイルスDNAベクター(たとえば、アデノウイルス又はアデノ関連ウイルスのベクター)又はウイルスRNAベクター(たとえば、レトロウイルス又はアルファビリスのベクター)(概説については、Couture et al, 1996, TIG 12:510を参照)を含むが、これらに限定されない種々のベクターに上記SiRNA転写単位を組み入れることができる。
本発明の実践に有用である発現ベクターには、ヘアピンループを含有するsiRNA分子の発現を可能にする様態で、小さなヌクレオチドのスペーサー配列によって分離されたsiRNA分子の2つの相補性配列をコードする核酸配列を含む発現ベクターが挙げられる。一般に、有用な発現ベクターは、(a)転写開始領域、(b)転写終結領域及び(c)小さなヌクレオチドのスペーサー配列によって分離されたsiRNA分子の2つの相補性配列をコードする核酸配列を含み、その際、配列は、小さなヘアピンループを含有するsiRNA分子の発現及び/又は送達を可能にする様態で、開始領域及び終結領域に操作可能に連結される。
特定の実施形態では、本発明は、薬学上許容可能な希釈剤、キャリア、可溶化剤、乳化剤、保存剤及び/又は補助剤と一緒に、本明細書で提供されるようなポリペプチド、ナノ粒子又は薬剤の治療上有効量を含む医薬組成物を提供する。本発明はさらに、本明細書で提供されるようなポリペプチド、ナノ粒子又は薬剤を含む医薬組成物を提供する。特に、本発明に従って、ELPナノ粒子と関連してsiRNA及び他の薬剤が送達される。
許容可能な製剤材料は、採用される投与量及び濃度にて受入者に対して非毒性である。医薬組成物は、たとえば、組成物のpH、浸透圧、粘度、透明性、色、等張性、臭い、無菌性、安定性、溶解又は放出の速度、吸収又は浸透を改変する、維持する又は保存するために製剤材料を含有することができる。好適な製剤材料には、アミノ酸(たとえば、グリシン、グルタミン、アスパラギン、アルギニン又はリジン);抗菌剤;抗酸化剤(たとえば、アスコルビン酸、亜硫酸ナトリウム又は亜硫酸水素ナトリウム);緩衝液(たとえば、ホウ酸塩、重炭酸塩、トリス−HCl、クエン酸塩、リン酸塩又はその他の有機酸);増量剤(たとえば、マンニトール又はグリシン);キレート剤(たとえば、エチレンジアミン四酢酸(EDTA));錯化剤(たとえば、カフェニン、ポリビニルピロリドン、β−シクロデキストリン又はヒドロキシプロピル−β−シクロデキストリン);充填剤;単糖類、二糖類及び他の炭水化物(たとえば、グルコース、マンノース又はデキストリン);タンパク質(たとえば、アルブミン、ゼラチン又は免疫グロブリン);着色剤、香味剤及び希釈剤;乳化剤;親水性ポリマー(たとえば、ポリビニルピロリドン);低分子量ポリペプチド;塩形成性の対イオン(たとえば、ナトリウム);保存剤(たとえば、塩化ベンザルコニウム、安息香酸、サリチル酸、チメロサール、フェネチルアルコール、メチルパラベン、プロピルパラベン、クロロヘキシジン、ソルビン酸、又は過酸化水素);溶媒(たとえば、グリセリン、プロピレングリコール又はポリエチレングリコール);糖アルコール(たとえば、マンニトール又はソルビトール);懸濁剤;界面活性剤又は湿潤剤(たとえば、プルロニクス、ポリエチレングリコール(PEG)、ソルビタンエステル、ポリソルベート20及びポリソルベート80のようなポリソルベート、トリトン、トリメタミン、レシチン、コレステロール又はチロキサパル);安定性向上剤(たとえば、スクロース又はソルビトール);等張性向上剤(たとえば、アルカリ金属ハロゲン化合物、好ましくは塩化ナトリウム又は塩化カリウム、マンニトール又はソルビトール);送達ビヒクル;希釈剤;賦形剤及び/又は医薬補助剤が挙げられるが、これらに限定されない。たとえば、REMINGTONのPHARMACEUTICAL SCIENCES,18.sup.th Edition,(A.R.Gennaro,ed.),1990,Mack Publishing Companyを参照のこと。
7.ナノ粒子
別の態様では、本発明は、集合ドメイン(AD)と細胞ターゲティングドメイン(CTD)に核酸結合ドメイン(NBD)及び/又は薬剤結合ドメイン(DBD)を加えて含む1以上のポリペプチドを含むナノ粒子を記載する。特定の実施形態では、ナノ粒子はさらに薬剤を含む。他の実施形態では、ナノ粒子はさらにsiRNA分子を含む。
別の態様では、本発明は、集合ドメイン(AD)と細胞ターゲティングドメイン(CTD)に核酸結合ドメイン(NBD)及び/又は薬剤結合ドメイン(DBD)を加えて含む1以上のポリペプチドを含むナノ粒子を記載する。特定の実施形態では、ナノ粒子はさらに薬剤を含む。他の実施形態では、ナノ粒子はさらにsiRNA分子を含む。
ナノ粒子は通常、ヌクレオチド又は薬剤を結合し且つ血中で分子を安定化するシェル構造に化学的に基づく。ナノ粒子は、糖、デキストリン、リン酸カルシウム、キトサン、ペプチド及び/又は可塑性ポリマーを含むことが多い。抗癌剤送達のための薬剤を負荷したナノ粒子は好ましくは、以下の特性:(1)高い収率及び純度で数工程にて合成するのに容易であること;(2)100nm未満のサイズで単分散性の薬剤負荷ナノ粒子に集合すること;(3)多様な薬剤のカプセル化が可能であること;(4)好都合な薬物動態及び腫瘍蓄積を示すこと;(5)制御された又は調節可能な動態で薬剤を放出すること;(6)治療応答を導くこと;及び(7)非毒性成分に分解し、有害な毒性なしで体内からのクリアランスを可能にすること、を有する。癌療法には多数の異なったナノ規模の送達系が提案されているが、そのほとんどは、これらの系を臨床実践に移行させるのに決定的であるこれらの基準を満たしていない。
一実施形態では、本発明は、薬剤の接着に際してほぼ単分散の100nmより小さいサイズのナノ粒子に集合し、生分解性であり、良好な薬物動態と腫瘍蓄積を示し、低毒性であり、標的ペプチドを用いたsiRNAを腫瘍細胞に送達するマウスの腫瘍モデルで優れた生体内有効性を示すポリペプチドのナノ粒子の第1の例を記載する。特定の実施形態では、本発明のポリペプチドは、siRNA、オリゴ(リジン)/siRNA(コア)及びELP/抗受容体ペプチド(シェル)と混合する際、コア/シェルのナノ粒子を形成するであろう。
特定の実施形態では、本発明のポリペプチドは溶液中で容易に集合し、ナノ粒子を形成する。用語「集合する」は、粒子が形成されるように塊に一体となる又は集まることとして定義される。溶液はどんな種類でも構わない。溶液は水性であり得る。本発明のELPポリペプチドは可逆性の逆温度転移を受け;転移温度(Tt)未満ではそれらは構造的に乱れ、水に高度に可溶性であるが、温度がTtを超えて上昇すると、はっきりした(2〜3度)無秩序〜秩序の転移を示し、ポリペプチドの脱溶媒和及び集合を招く。十分なサイズに達するとELPの集合体は、遠心によって溶液から容易に取り出し、単離することができる。重要なことに、そのような相転移は可逆性であり、ELPの集合体は、温度がELPのTt未満に戻されると緩衝溶液にて完全に再溶解することができる。
集合によって生じた本発明のナノ粒子はサブユニットを作ろうとして、ブロックの反復(約50〜100nm)の数に応じて、定義されたサイズのミセルに組織化する(図2)。ナノ粒子ポリペプチドのモジュール型の性質は、異なったドメイン配列、たとえば、細胞ターゲティングリガンドを含有するものがELPを調製するのに使用されるプラスミドベクターに容易にクローニングすることができるという点で、現在のリポソーム又はナノ粒子の薬剤送達系に対して柔軟性の長所を提供する。
特定の実施形態では、ナノ粒子は単一のポリペプチドを含む。これは、それ自体のADと相互作用する(分子内集合)単一ポリペプチドであり得る。他の実施形態では、ナノ粒子は複数のペプチドを含む。この実施形態では、ポリペプチドのADは異なったポリペプチドのADドメインと相互作用する(分子間集合)。他の実施形態では、ナノ粒子はキメラである。
本発明の一部のさらなる態様では、ナノ粒子は本発明のポリペプチドとの複合体にて治療剤を含み、NBDは核酸と複合体化する。たとえば、本発明のナノ粒子は、治療用の核酸と複合体化したNBDを含むポリペプチドを含み得る。本発明のナノ粒子は、DNA又はRNAの分子を含み得る。たとえば、本発明のナノ粒子で使用され得る核酸には、DNA発現ベクター、RNA発現ベクター、siRNA、miRNA、アプタマー及びリボザイムが挙げられるが、これらに限定されない。ナノ粒子の核酸は場合によっては、遺伝子療法に使用され得る治療用の核酸であり得る。たとえば、治療用の核酸は、癌細胞にてアポトーシスを誘導し得るし、又は遺伝性障害を正すように変異遺伝子の機能を回復し得る。本発明の一部の態様では、結合した核酸を含むナノ粒子は、ナノ粒子の転移温度を超える温度にて、結合した核酸の少なくとも20、30、40、50、60、70、80、90、95パーセント以上を放出するであろうということが技量のある熟練者によって理解されるであろう。
その上さらなる実施形態では、本発明のポリペプチドを核酸分子と混合することを含むナノ粒子を作製する方法が提供される。場合によっては、可溶性ナノ粒子を用いて核酸によって細胞に形質移入し得る。しかしながら、本発明の特定の態様では、細胞に形質移入するために、ナノ粒子は不溶性形態に移行し得る。ナノ粒子は、細胞をナノ粒子に接触させる前又は後のいずれかで、不溶性形態(すなわち、凝集体)に移行し得る。特定の場合によっては、熱の適用(すなわち、ナノ粒子の温度を上昇させることによって)によってナノ粒子を不溶性形態に移行させ得る。ナノ粒子の形成はMerisko−Liversidgeら、Toxicol.Pathol.(2008)36:43に一般的に記載されている。
特定の実施形態では、ナノ粒子は薬剤との会合に際して100nm未満のサイズである。このサイズ範囲内での物体が固形腫瘍内で蓄積することを多数の試験が示しているので、ナノ規模の送達ビヒクル(直径10〜100nm)への臨床的に認可された薬剤の包装は癌療法にとって特に関心がある。これは、腫瘍の血液及びリンパの脈管系の異常性から生じる高い透過性及び保持(EPR)の効果により生じると考えられる。
本発明はELP/ナノ粒子に限定されない。本発明の他の実施形態は、(1)ヌクレオチド分子を運ぶことができる、(2)従来の化学療法剤を運ぶことができる又はできない、(3)特定の腫瘍種を標的とする又は腫瘍の転移を阻止するペプチド分子を収容することができるリポソーム、ポリデキストラン又は他のポリマーを利用することができる。
リポソーム組成物は組織への送達のために追加の物質を含み得ることが熟考される。たとえば、本発明の特定の実施形態では、脂質又はリポソームは赤血球凝集ウイルス(HVJ)と会合し得る。これは、細胞膜との融合を円滑にし、リポソーム被包DNAの細胞への侵入を促進することが示されている(Kanada et al;., 1989, Science 243: 375−378)。別の例では、核の非ヒストン染色体タンパク質(HMG−1)と併せて脂質又はリポソームが複合体化され得るし、又は採用され得る(Kato et al., 1991, J. Biol. Chem., 266:3361−3364)。その上さらなる実施形態では、脂質はHVJ及びHMG−1の双方と併せて複合体化され得るし、又は採用され得る。
本発明の別の実施態様では、循環血から薬剤を保護し、標的組織で薬剤を濃縮することができるリポソーム又はナノ粒子の中に薬剤が被包される。特定の実施形態では、薬剤はヌクレオチドである。リポソームは、ヌクレオチドを取り囲む層を形成する脂質表面分子である。通常カチオン性リポソームを使用して負に荷電したヌクレオチドを被包する。
本発明のさらなる実施形態では、追加のターゲティングリガンドは薬剤を含有するリポソーム又はナノ粒子と会合し、腫瘍細胞上のその標的受容体はアポトーシス破壊を受ける。リポソームをポリエチレングリコールで被覆して(すなわち、ペグ化)、循環にてリポソームの寿命を延ばすことができる。同様に、ナノ粒子をそのように被覆することができる。
ターゲティング分子は標的細胞の表面上で受容体を特異的に結合するアプタマーと呼ばれる有機化学リンカーであり得る。アプタマーはリポソームの脂質又はナノ粒子のポリマーに共有結合することができる。腫瘍細胞にリポソーム又はナノ粒子を向けるのに使用することができる他の分子は、腫瘍細胞の表面上の特異的な受容体に向けられたペプチド、タンパク質、又は抗体である。
本発明の特定の態様は、細胞をナノ粒子に接触させることによって薬剤を細胞に送達する方法に関する。そのような方法は試験管内、生体外又は生体内での核酸の送達を含み得ることが理解されるであろう。従って、場合によっては、本発明のナノ粒子はヒトに投与され得る。
用語「医薬組成物」は本明細書で使用されるとき、薬学上許容可能なキャリア、賦形剤又は希釈剤及び化合物、ペプチドを含む組成物、又は患者に適切に投与されると所望の治療効果を誘導することが可能である本明細書で記載されるような組成物を指す。
用語「治療上有効な量」は、哺乳類において治療応答を生じると判定される、本発明の医薬組成物又は本発明のスクリーニング法で特定される化合物の量を指す。そのような治療上有効な量は、本明細書に記載される方法を用いて当業者によって容易に確定される。
本明細書で使用されるとき、「実質的に純粋」は、存在する優勢な種である(すなわち、モル基準で、それが組成物中で他のどんな個々の種よりも豊富である)物体種を意味する。特定の実施形態では、実質的に精製された分画が組成物であり、その際、物体種は存在する全高分子種の少なくとも約50パーセント(モル基準又は重量若しくは数の基準で)を含む。特定の実施形態では、実質的に純粋な組成物は、組成物に存在する全高分子種の約80%、85%、90%、95%又は99%を超えるものを含む。特定の実施形態では、物体種は本質的に均質に精製され(従来の検出方法では組成物にて混入する種を検出することはできない)、組成物は単一の高分子種から本質的に成る。
用語「患者」にはヒト対象及び動物対象が含まれる。
最適な医薬組成物は、たとえば、投与の意図される経路、送達形式及び所望の投与量に応じて当業者によって決定することができる。たとえば、上記REMINGTONのPHARMACEUTICAL SCIENCESを参照のこと。そのような組成物は、本発明の物理的状態、安定性、生体内での放出速度、及び生体内でのクリアランス速度に影響を与え得る。
医薬組成物における主なビヒクル又はキャリアには、非経口投与用組成物で共通する他の物質で場合によって補完される注射用水、生理的食塩水溶液又は人工の脳脊髄液が挙げられるが、これらに限定されない。中性の緩衝化食塩水又は血清アルブミンと混合した生理食塩水はさらなる例となるビヒクルである。医薬組成物は、pH約7.0〜8.5のトリス緩衝液又はpH約4.0〜5.5の酢酸緩衝液を含むことができ、それはさらにソルビトール又は好適なその代用物を含むことができる。本発明の医薬組成物は、凍結乾燥したケーキ又は水溶液の形態で所望の程度の純度を有する選択された組成物を任意の製剤化剤(上記REMINGTONのPHARMACEUTICAL SCIENCES)と混合することによって保存のために調製することができる。さらに、たとえば、スクロースのような適当な賦形剤を用いてナノ粒子を凍結乾燥物として製剤化することができる。
製剤の成分は、投与される部位に許容可能である濃度で存在する。緩衝液は、生理的なpH又はやや低いpH、通常、約5〜約8の範囲のpHの範囲内で組成物を維持するのに有利に使用される。
本発明の医薬組成物は非経口で送達することができる。非経口投与が熟考される場合、本発明で使用するための治療用組成物は発熱物質を含まない、本発明の所望のナノ粒子を含む非経口で許容可能な水溶液の形態であり得る。調製には、その後、デポー注射を介して送達することができる生成物の制御放出又は徐放性放出を提供することができる、たとえば、注射可能なミクロスフェア、生体浸食可能な粒子、ポリマー化合物(たとえば、ポリ酢酸又はポリグリコール酸)、ビーズ又はリポソームのような剤との所望の分子の製剤化が関与し得る。ヒアルロン酸による製剤化は、循環での持続する持続時間を助長する効果を有する。埋め込み可能な薬剤送達用具を用いて所望の分子を導入することができる。
本発明の医薬組成物は、たとえば、経口でのように、消化管を介して送達することができる。そのような薬学上許容可能な組成物の調製は当該技術の技量の範囲内である。この方法で投与されるナノ粒子は、たとえば、錠剤及びカプセルのような固形剤形の配合で習慣的に使用されるキャリアとともに又はキャリアなしで製剤化することができる。カプセルは、生物利用効率が最大化され、前全身性分解が最少化される時点で消化管にて製剤の活性部分を放出するように設計することができる。追加の剤を含めて、本明細書で開示されるナノ粒子の吸収を円滑にすることができる。希釈剤、香味剤、低融点ワックス、植物油、潤滑剤、懸濁剤、錠剤崩壊剤及び結合剤も採用することができる。
医薬組成物は、錠剤の製造に好適である非毒性の賦形剤との混合物にて本明細書で開示される有効量のナノ粒子を含むことができる。無菌水、又は別の適当なビヒクルに錠剤を溶解することによって、単位用量形態で溶液を調製することができる。好適な賦形剤には、たとえば、炭酸カルシウム、炭酸ナトリウム又は重炭酸ナトリウム、ラクトース、若しくはリン酸カルシウムのような不活性希釈剤;又はたとえば、デンプン、ゼラチン若しくはアカシアのような結合剤;又は、たとえば、ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸若しくはタルクのような潤滑剤が挙げられるが、これらに限定されない。
徐放性送達又は制御送達の製剤にて本発明のナノ粒子又は化合物を含む製剤を含む追加の医薬製剤は当業者に明らかである。たとえば、リポソームキャリア、生体浸食性の微粒子又は多孔性のビーズ及びデポーのような種々の他の徐放性送達又は制御送達の手段を製剤化する技法も当業者に既知である。たとえば、医薬組成物の送達のための多孔性ポリマー微粒子の制御放出を記載しているPCT出願番号PCT/US93/00829を参照のこと。徐放性製剤は、成形物品の形態、たとえば、フィルム又はマイクロカプセルにおける半透過性ポリマーマトリクス、ポリエステル、ヒドロゲル、ポリ酢酸(米国特許第3,773,919号及び欧州特許第058,481号)、L−グルタミン酸とγ−エチル−L−グルタミン酸のコポリマー(Sidman et al., 1983, Biopolymers 22: 547−556)、ポリ(2−ヒドロキシエチル−メタクリレート)(Langer et al., 1981 , J. Biomed. Mater. Res. 15: 167−277) and Langer, 1982,
Chem. Tech. 12: 98−105)、エチレン酢酸ビニル(Langer et al.,上記)、又はポリ−D(−)−3−ヒドロキシ酪酸(欧州特許第133,988号)を含むことができる。徐放性組成物はまた、当該技術で既知の幾つかの方法によって調製することができるリポソームを含むこともできる。たとえば、Eppsteinら、1985,Proc.Natl.Acad.Sci.USA、82:3688−3692;欧州特許第036,676号;同第088,046号及び同第143,949号を参照のこと。
Chem. Tech. 12: 98−105)、エチレン酢酸ビニル(Langer et al.,上記)、又はポリ−D(−)−3−ヒドロキシ酪酸(欧州特許第133,988号)を含むことができる。徐放性組成物はまた、当該技術で既知の幾つかの方法によって調製することができるリポソームを含むこともできる。たとえば、Eppsteinら、1985,Proc.Natl.Acad.Sci.USA、82:3688−3692;欧州特許第036,676号;同第088,046号及び同第143,949号を参照のこと。
生体内での投与に使用される医薬組成物は通常、無菌である。特定の実施形態では、無菌の濾過膜を介した濾過によってこれを達成することができる。特定の実施形態では、組成物が凍結乾燥される場合、この方法を用いた無菌化は、凍結乾燥及び再構築の前又は後のいずれかで実施することができる。特定の実施形態では、非経口投与用の組成物は凍結乾燥した形態又は溶液にて保存することができる。特定の実施形態では、非経口組成物は一般に、無菌のアクセスポートを有する容器、たとえば、皮下注射針で貫通可能なストッパーを有する静脈内溶液バッグ又はバイアルの中に入れられる。
本発明の医薬組成物はいったん製剤化されると、溶液、懸濁液、ジェル、エマルジョン、固形物として、又は脱水した若しくは凍結乾燥した粉末として無菌バイアルにて保存することができる。そのような製剤は、すぐ使用できる形態又は投与に先立って再構築される形態(たとえば、凍結乾燥させた)のいずれかで保存することができる。
本発明の医薬組成物は単独で投与することができ、又は他の治療剤との併用で、特に他の抗癌剤との併用で投与することができる。そのような剤には一般に放射線療法又は化学療法が挙げられる。化学療法には、たとえば、以下の剤:アントラサイクリン、タキソール、タモキシフェン、ドキソルビシン、5−フルオロウラシル、及び当業者に既知の他の薬剤の1以上による治療が関与し得る。
本発明のナノ粒子を細胞に導入することは、当該技術で既知の方法又は本明細書で記載されるような方法によって達成することができる。たとえば、ナノ粒子の局所送達は直接注入によって達成することができる(Hefti, 1994, Neurobiology 25:1418−35.)。
以下の実施例は、上述の方法及び有利な結果の特定の態様を説明する。以下の実施例は、限定を目的にするのではなく説明を目的として示される。
本明細書で記載される本発明については、腫瘍特異的な受容体のリガンドを含有するELPに基づいたナノ粒子へのsiRNAの製剤化を記載する実施例が提供される。これらのナノ粒子の物理化学的特性を評価する一連のアッセイは、siRNAの有無の双方で実施して、粒度及びゼータ電位(表面電荷)、siRNAの取り込み効率及び血清安定性を判定する。本明細書で記載される基本的なナノ粒子は、ゲスト残基XaaがVal:Ala:Gly[5:2:3]である60回の5量体の反復を有するように操作した。このナノ粒子は、それが体温で高い溶解性を示し、濃度/時間曲線下面積(AUC)(13)によって分かる長い血漿循環を有するように、Tt=60℃を持つ親水性ポリマー(MW=24.5kD)である。オリゴリジン(K8;配列番号58)又はオリゴアルギニン(R9;配列番号59)の断片をナノ粒子のN末端に付加してsiRNAの連結部位を提供し、ポリマーに十分な両親媒性を付与する。この断片はそれぞれリジン又はアルギニンの8つ又は9つの薬剤結合点を提供し、ナノ粒子のN末端でクラスター化した。
実施例1.培養ヒト癌細胞において受容体を標的とし、siRNAを負荷したELPに基づくナノ粒子の調製並びに物理化学的な及び試験管内での性状分析
mRNAレベル(qPCR)及びタンパク質レベル(ウエスタンブロット)でのその標的遺伝子を下方調節するsiRNAの能力もこれらの細胞株にて調べる。siRNAが負荷され、ヌクレアーゼ分解からそれを保護し、受容体が介在するエンドサイトーシスを介した卵巣癌細胞による取り込みを促進するELP含有のナノ粒子の能力は、以下の試験によって確認される。
mRNAレベル(qPCR)及びタンパク質レベル(ウエスタンブロット)でのその標的遺伝子を下方調節するsiRNAの能力もこれらの細胞株にて調べる。siRNAが負荷され、ヌクレアーゼ分解からそれを保護し、受容体が介在するエンドサイトーシスを介した卵巣癌細胞による取り込みを促進するELP含有のナノ粒子の能力は、以下の試験によって確認される。
以下の構造:(i)siRNA凝集のためのオリゴ(リジン);(ii)非クロマトグラフィ精製及びナノ粒子の安定性のためのXの置換比がV5:A2:G3であるエラスチン様ポリペプチド(ELP)ブロック/(VPGXG)n(配列番号57)を持つモジュール型のカチオン性トリブロック生体高分子の小さなライブラリを、卵巣癌、乳癌、前立腺癌、結腸癌、肺癌及び皮膚癌の細胞を標的とするために遺伝的に操作した。これによってプラスミドK8ELP(1〜60)/pET25bを形成した。この組換えアプローチは、従来の合成ポリマーに比べて、簡単なモジュール型の交換により、有害な有機溶媒の使用を伴わずに、生体高分子構造の正確な制御及び分子量を提供した。組換え生体高分子は、siRNAとの混合に際して、コア/シェルのナノ粒子、オリゴ(リジン)siRNA(コア)及びELP/抗受容体ペプチド(シェル)を形成した。
ヒトL1CAMタンパク質(NM_000425.3)の抗−L1CAM配列(GSQRKHSKRHIHKDHV)(配列番号19)をK8ELP(1〜60)/pET25b+細菌発現プラスミドのXbal/Hindlll部位にてクローニングした。DNA配列決定によって正しい方向のクローニングを確認した。これによってLK8ELPプラスミドを形成し、発現されたペプチドをLK8ELPと名付けた。この発現プラスミドを大腸菌に導入し、一晩増殖させた。イソプロピル−β−D−1−チオガラクトピラノシド(IPTG)(1mM)を加えてタンパク質産生を刺激した。ELPの熱感受性を利用した非クロマトグラフィITC法を介してELP含有ナノ粒子を精製した。SDS−PAGE解析によって生体高分子の純度を確認し、25kDaの予想サイズを有する単一のタンパク質バンドを得た(図4のレーン7を参照)。
K8ELP(1〜60)/pET25b+細菌発現プラスミドにて、腫瘍特異的なCTDペプチドを発現する追加のヌクレオチドもクローニングする。これらの追加のCTDペプチドをコードするヌクレオチド配列を表5に示す。得られたポリペプチドはそれぞれ、LK8ELPについて記載されたように調べる。
実施例2.ナノ粒子の物理化学的凝集アッセイ
ゲルシフトアッセイ及びスキャチャード型分析によって精製K8ELPポリペプチドへのsiRNAの静電凝集を確認した。細胞輸送試験のために、5’センス鎖にてDY547(Dharmacon)又は他の好適な蛍光標識によってsiRNAを標識する。標識したsiRNAを0.2〜2N/P(生体高分子のカチオン性リジンアミンとsiRNAのアニオン性リン酸基のモル比)で混合し、1Xトリス塩基、酢酸及びEDTA(TAE)、5%グルコースの緩衝液にて室温で30分間インキュベートした。Microcon−100スピン遠心分離によって生体高分子/siRNAナノ粒子をsiRNAから分離した。蛍光分析分光光度アッセイによって遊離のsiRNA及び凝集したsiRNAの濃度を定量した。ナノ粒子と結合したsiRNAを保持するが、遊離のsiRNAを流してしまうMicrocon−100を介した遠心分離に混合物を供した。蛍光分析分光光度計及びDY547 siRNA(Ex/Em547/574)の既知の濃度の検量線を用いて、遊離のsiRNA及び結合したsiRNAの濃度を決定した。siRNAに対する生体高分子の親和性定数(Kd)はスキャチャードプロット解析によって算出し、低いマイクロモル範囲が得られた。CTDを伴ったK8ELPポリペプチドすべてについてこの調製を行う。
ゲルシフトアッセイ及びスキャチャード型分析によって精製K8ELPポリペプチドへのsiRNAの静電凝集を確認した。細胞輸送試験のために、5’センス鎖にてDY547(Dharmacon)又は他の好適な蛍光標識によってsiRNAを標識する。標識したsiRNAを0.2〜2N/P(生体高分子のカチオン性リジンアミンとsiRNAのアニオン性リン酸基のモル比)で混合し、1Xトリス塩基、酢酸及びEDTA(TAE)、5%グルコースの緩衝液にて室温で30分間インキュベートした。Microcon−100スピン遠心分離によって生体高分子/siRNAナノ粒子をsiRNAから分離した。蛍光分析分光光度アッセイによって遊離のsiRNA及び凝集したsiRNAの濃度を定量した。ナノ粒子と結合したsiRNAを保持するが、遊離のsiRNAを流してしまうMicrocon−100を介した遠心分離に混合物を供した。蛍光分析分光光度計及びDY547 siRNA(Ex/Em547/574)の既知の濃度の検量線を用いて、遊離のsiRNA及び結合したsiRNAの濃度を決定した。siRNAに対する生体高分子の親和性定数(Kd)はスキャチャードプロット解析によって算出し、低いマイクロモル範囲が得られた。CTDを伴ったK8ELPポリペプチドすべてについてこの調製を行う。
ナノ粒子に結合したsiRNAのゲルシフト解析によってK8ELP(1〜60)ナノ粒子の物理化学的特徴を解析した。このアッセイでは、siRNA(100ピコモル)を連続希釈したナノ粒子と混合し、常温で30分間インキュベートした。1X TAE緩衝液にて1%アガロースゲル上での120V、30分間の電気泳動分離に生成物を供した。ゲルはsiRNAの視覚化のために臭化エチジウムを含有した。K8ELP(1〜60)ナノ粒子によって凝集したsiRNAは上手く離れない(図5、レーン8)。CTDを伴ったK8ELPポリペプチドすべてについてこのゲルシフト解析も行う。動的光散乱及び走査電子顕微鏡によってもK8ELP(1〜60)ナノ粒子の物理化学的特徴を評価し、狭い分布で100nmを下回る平均サイズを示した。ゼータ電位及びRNA分解酵素保護によってもK8ELP)ナノ粒子の物理化学的特徴を評価する。
ゲル易動度、SDS−PAGE、及びナノ粒子からのsiRNAの放出に関する蛍光分析分光光度法によって、100%ヒト血清におけるナノ粒子の安定性も評価する。
実施例3.細胞ターゲティングドメインの結合アッセイ
LK8ELPのL1CAMの腫瘍細胞を結合する能力を免疫沈降アッセイによって調べる。CTDを含有する他のK8ELPペプチドもすべて評価する。プロテインGを事前に被覆したプロテインGMagnaBindビーズ(イリノイ州、ロックフォードのPierce、カタログ番号21356)は、各親和性標的の精製にすぐ使用できる手段を提供した。プロテインGと抗体との間の高い親和性の相互作用は、たとえば、SDS−PAGE用の試料負荷緩衝液又は8Mのグアニジン/HCl、pH1.5にて煮沸することのような非常に過酷な条件を除いて、効率的には解離しない。遠心分離又は重力法にて磁気ビーズを選択し、沈殿物へのナノ粒子の非特異的な包含を回避する。
LK8ELPのL1CAMの腫瘍細胞を結合する能力を免疫沈降アッセイによって調べる。CTDを含有する他のK8ELPペプチドもすべて評価する。プロテインGを事前に被覆したプロテインGMagnaBindビーズ(イリノイ州、ロックフォードのPierce、カタログ番号21356)は、各親和性標的の精製にすぐ使用できる手段を提供した。プロテインGと抗体との間の高い親和性の相互作用は、たとえば、SDS−PAGE用の試料負荷緩衝液又は8Mのグアニジン/HCl、pH1.5にて煮沸することのような非常に過酷な条件を除いて、効率的には解離しない。遠心分離又は重力法にて磁気ビーズを選択し、沈殿物へのナノ粒子の非特異的な包含を回避する。
黄色いヤギ(テキサス州、モンゴメリーのBethyl Laboratories)にて標準的なポリクローナル抗体の産生法によって抗受容体抗体を調製する。受容体結合ペプチドをスカシガイのタンパク質に結合させ、繰り返しヤギに注射する。8週間後、ヤギから抗血清を単離し、腫瘍細胞から単離したタンパク質を標的とするウエスタンブロット解析によって抗腫瘍細胞結合を確認する。
10μgのヤギ抗ヒト受容体抗体とともに4℃にて一晩、ELPナノ粒子(試料当たり0.75mg)をインキュベートする。プロテインGMagnaBindビーズを96深穴プレート(ウェル当たり0.5mg又は0.25mg)に加える。磁気スタンドを用いて、0.1%ツイーン20を含有するトリス緩衝化生理食塩水でビーズを洗浄し、ナノ粒子試料/抗体の混合物とともに1時間インキュベートし、3回洗浄し、次いで96℃にて10分間、SDS−PAGE還元試料緩衝液で溶出する。SDS−PAGEによって溶出液を分解し、抗受容体抗体によるウエスタンブロットによって解析する。
実施例4.腫瘍へのナノ粒子の局在化
動物全身の生物発光画像化(BLI)によって非侵襲性に腫瘍のサイズ及び局在をモニターする。一方は腫瘍特異的受容体(LK8ELP(1〜60))に対するリガンドを含有し、他方はこのペプチドK8ELP(1〜60)を欠く2つの異なったナノ粒子製剤を、蛍光標識(Dy677)を標識したsiRNAを含んで調製した。担癌マウスの群(n=3)は、3種の用量レベル(siRNAに関して1、3又は10mg)のうちの1つでの各ナノ粒子製剤の単回静脈注射を受けた。投与後の3つの時点(0.5、4及び24時間)にて、動物全身の生物発光画像化によって双方のK8ELP(1〜60)ナノ粒子の腫瘍局在化を測定した。
動物全身の生物発光画像化(BLI)によって非侵襲性に腫瘍のサイズ及び局在をモニターする。一方は腫瘍特異的受容体(LK8ELP(1〜60))に対するリガンドを含有し、他方はこのペプチドK8ELP(1〜60)を欠く2つの異なったナノ粒子製剤を、蛍光標識(Dy677)を標識したsiRNAを含んで調製した。担癌マウスの群(n=3)は、3種の用量レベル(siRNAに関して1、3又は10mg)のうちの1つでの各ナノ粒子製剤の単回静脈注射を受けた。投与後の3つの時点(0.5、4及び24時間)にて、動物全身の生物発光画像化によって双方のK8ELP(1〜60)ナノ粒子の腫瘍局在化を測定した。
100,000個のSKOV3ip2.1uc−D3転移性ヒト卵巣腫瘍細胞を左卵巣の嚢内に片側性にマウス(20g)に注射した。他の癌を標的とするCTDペプチドについては、卵巣腫瘍細胞ではなく相当する腫瘍細胞株を注射する(表2を参照)。調べる癌の種類に基づいて注射の部位も変わるであろう(たとえば、肺、結腸、脳の中に注射する)。IVISスペクトル上のBLI画像化によって注射後1週間で腫瘍の存在を確認した。以下の励起/放射フィルターを用い、自動露出によって:EX:605nm;EM:640、660、680、700、720、740、760、780nm;及びEX:675;EM:720、740、760、780nmを用いて、蛍光画像化を行った。
2匹のマウスにそれぞれ、対照として標識した裸のsiRNA(Dy677−siEVI1)及び処理群としてK8ELP(l−60)(Dy677−ELP−siEVI1)における標識したsiRNAを注射し、図6におけるビヒクル群とともに結果を示した。飽和されない画像を得る露出時間で生物発光画像化を実施した。Cy5.5についてのパラメータを用いて低バックグランド自己蛍光に対するスペクトルの不混合を行ったが、それはDy677による非常に類似するEx/Emを有する。時点(0.5、4及び24時間)すべてについて蛍光画像及びBLI画像すべてを、時点間で直接的な比較ができるように同一尺度に置いた。標識したsiRNAを含有する基本的なK8ELP(1〜60)ナノ粒子は4時間以内に腫瘍に特異的に局在化するのが見られ、腫瘍によって代謝されたので、24時間でシグナルが減衰した(図6を参照)。
実施例5.siRNAの腫瘍への送達
mRNA(qPCR)及びタンパク質(ウエスタンブロット)のレベルで標的遺伝子を下方調節するsiRNAの能力も表2に従って癌細胞にて調べる。RNA干渉の構成を5’RACE法によって測定する。原理の証明に使用されるsiRNAは癌遺伝子の転写因子EVI1のものである。剖検の際、マウスから腫瘍を切除し、イソチオシアン酸グアニジニウムTRIZol溶液にて保存し、凍結する。製造元の指示書に従ってTRIZol法(カリフォルニア州、カールスバットのInvitrogen)を用いてマウスの腫瘍から全RNAを単離する。ランダムプライマー及びAMV逆転写酵素を用いて逆転写に続いてPCRを行う。
mRNA(qPCR)及びタンパク質(ウエスタンブロット)のレベルで標的遺伝子を下方調節するsiRNAの能力も表2に従って癌細胞にて調べる。RNA干渉の構成を5’RACE法によって測定する。原理の証明に使用されるsiRNAは癌遺伝子の転写因子EVI1のものである。剖検の際、マウスから腫瘍を切除し、イソチオシアン酸グアニジニウムTRIZol溶液にて保存し、凍結する。製造元の指示書に従ってTRIZol法(カリフォルニア州、カールスバットのInvitrogen)を用いてマウスの腫瘍から全RNAを単離する。ランダムプライマー及びAMV逆転写酵素を用いて逆転写に続いてPCRを行う。
ポリメラーゼ鎖反応(PCR):PCRアッセイを行って、本明細書で記載されるsiRNA試薬の存在下でEVI1遺伝子発現における変化を検出する。これらのアッセイについては、使用したPCR反応条件は95℃の融解温度にて60秒間;95℃にて30秒間、60℃にて30秒間及び72℃にて30秒間の熱サイクルを25〜30回、並びに72℃にて60秒間の伸長である。
これらのアッセイでは、TRIZolを用いてマウスの腫瘍から全RNAを単離する。Integrated DNA Technologies(アイオワ州、コーラルビル)から入手した標的特異的なプローブ及びプライマーを用いて定量的PCR(qPCR)を行った。EVI1及びβ−アクチンのmRNAについてのプライマー及びリポーターは、CloneManagerプログラム(Sci−Edソフトウエア)を用いて設計し、正行及び逆行のプライマーの配列は以下に述べられる。PCR鋳型のcDNAはThermoFisherVerso cDNA合成キットを用いて調製した。全RNAから作製したcDNAを用いて、核酸濃度の3対数範囲にわたる試料濃度と増幅動態直線性の関係を実証することによってqPCRの試薬すべての有効性を確認する。Taqmanユニバーサルマーカーミックス(Fermentas)をPCR反応に用い、ABIプリズム7900配列検出器を用いて増幅データを回収し、Applied Biosystems(カリフォルニア州、カールスバット)からの配列検出システムソフトウエア(SDSV2.0)を用いて解析する。特に述べない限り、mRNAの存在量は、β−アクチンに対する標準化ΔCT=CT標的−CTβ−アクチンによって算出し、未処理の腫瘍細胞におけるmRNAの存在量に対して測定する(ΔΔCT=ΔCTEVIRNAΔTsiGio)。
癌細胞におけるEVI1のmRNAの存在量をβ−アクチンに対して標準化し、HFC細胞に対して測定する。QPCRの結果についての統計的な解析はSigma Statのマン/ウィットニー順位和解析関数を用いて実施した。
5’−RLM−RACE:Invitrogenの改変を伴ったGeneracerマニュアルに従って、5’−RLM−RACEを実施する。T4RNAリガーゼ(5単位)を用いて、2〜8μgの全RNAを250ngのGeneRacerRNAアダプタ(5’−CGACUGGAGCACGAGGACACUGACAUGGACUGAAGGAGUAGAAA−3’)(配列番号64)に37℃にて1時間、直接連結した。フェノール抽出及びエタノール沈殿の後、SuperScriptIII(Invitrogen)及びEVI1遺伝子特異的な逆転写プライマー(5’−TAGTCATCCTCAGGGTTTCC−3’)(配列番号61)を用いて55℃にて45分間、逆転写し、その後、70℃にて不活化した。Generacer5’プライマー(5’−CGACTGGAGCACGAGGACACTGA−3’)(配列番号66)及びEVI1遺伝子特異的な逆転写プライマー(5’−TAGTCATCCTCAGGGTTTCC−3’)(配列番号61)を用いて5’−RLM−RACE−PCRを実施する。95℃にて3分間(1サイクル)、95℃にて30秒間、60℃にて30秒間、72℃にて1分間(40サイクル)、72℃にて10分間(1サイクル)のPCR条件を用いて、ABIプリズム7900配列検出器を用いてPCRを行い、ABIからの配列検出システムソフトウエア(SDSV2.0)を用いて解析する。
次いで、GeneRacer5’ネスト化プライマー(5’−GGACACTGACATGGACTGAAGGAGTA−3’)(配列番号66)及びEVI1遺伝子特異的なネスト化プライマー(5’−TAGTCATCCTCAGGGTTTCC−3’)(配列番号61)を用いてネスト化PCRの2回目を行う。2%アガロースゲル上でPCR産物を流し、1μg/μl−1の臭化エチジウムで染色する。PCR産物をゲルから切り出し、直接配列決定してRACEバンドの同一性を確認する。細胞培養RACE実験については、リポフェクトアミンRNAiMax(Invitrogen)を用いて20nMのEVI1のsiRNAによって500,000個のHT−144黒色腫細胞に形質移入する。形質移入の48時間後、前述にようにPLM−RACEのためにRNAを抽出する。
ウエスタンブロット:マウス腫瘍(80ng/レーン)からのタンパク質調製物を10%SDS−PAGE上で分離し、常法によって免疫ブロットを行う。L1CAMの免疫ブロットにはOVCAR3細胞株を陽性対照として使用する。ビスクロロインドリルリン酸/ニトロブルーテトラゾリウム基質システムにおいてヤギ抗ヒト受容体(1/50)、アルカリホスファターゼ(1/2000)結合のウサギ抗ヤギを用いて免疫ブロットを行う。6000d.p.i.の解像度でEpsonスキャナーを用いてL1CAMについて濃度測定領域を得、MacBASv2.0定量ソフトウエア(コネチカット州、スタンフォードのFuji社)によってデータを解析する。試験siRNA分子としてEVI1を用いて、CTDを含有する各ペプチドを記載したように調べる。
本明細書で引用された特許、特許出願、科学論文及びその他の情報源はすべて、本出願にてその全体が明白に述べられているかのように参照によって本明細書に明白に組み入れられる。
前述の開示は特定の特別な実施形態を強調しており、それと同等の改変又は変更は添付のクレームで述べられるような本発明の精神及び範囲の中にあることが理解されるべきである。
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