JP2015528295A5

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Publication number: JP2015528295A5
Application number: JP2015530089A
Authority: JP
Filing date: 2013-08-30
Publication date: 2017-09-07
Anticipated expiration: 2033-08-30

Description

更なる実施形態において、本発明は、チロシンキナーゼ抗がん療法に対する患者の応答又は転帰を予測するアッセイシステムであって、ａ）ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体を含む遺伝子融合体の存在、ｂ）ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体によりコードされる遺伝子転写産物の発現のレベル、ｃ）ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体によりコードされるタンパク質の存在、ｄ）ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体によりコードされるタンパク質のレベル、及び、ｅ）ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体によりコードされるタンパク質の活性の少なくとも１つを検出する手段を含む、チロシンキナーゼ抗がん療法に対する患者の応答又は転帰を予測するアッセイシステムを含む。いくつかの実施の形態において、検出する手段は、ＮＴＲＫ１遺伝子の少なくとも１０〜５０個の連続核酸塩基、又はその相補的核酸配列を含む核酸プローブを含む。いくつかの実施の形態において、検出する手段は、ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体によりコードされるポリペプチドを特異的に検出する結合リガンドを含む。いくつかの実施の形態において、アッセイシステムの表面は、チップ、アレイ、又は流動性カード（fluidity card）を備えている。いくつかの実施の形態において、アッセイシステムは、１又は複数のキナーゼ阻害剤を含む化学療法計画の実施に対する応答と関連付けられた、ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体によりコードされる遺伝子転写産物の予め決定された対照レベルを含有する情報、及び１又は複数のキナーゼ阻害剤を含む化学療法計画の実施に対する応答の欠如と関連付けられた、ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体によりコードされる遺伝子転写産物の予め決定された対照レベルを含有する情報からなる群から選択される対照を更に含む。

本発明の別の実施形態は、本発明のＮＴＲＫ１遺伝子融合体マーカーの発現の検出のための、複数の抗体、又はその抗原結合断片、又はアプタマーを含むアッセイシステムに関する。複数の抗体、又はその抗原結合断片、又はアプタマーは、ＮＴＲＫ１遺伝子融合体マーカーによりコードされるタンパク質に選択的に結合する。

本発明のアッセイシステムは、腫瘍細胞のサンプルにおいて、本発明のＮＴＲＫ１遺伝子融合体マーカーの存在、及び／又は本発明のＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体マーカーの発現のレベル、及び／又は本発明のＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体マーカーのタンパク質産物のレベルを検出する手段を含むことができる。

アッセイシステムはまた、１又は複数の対照も含むのが好ましい。対照は、（ｉ）チロシンキナーゼ阻害剤化学療法薬に対する感受性を検出するための対照サンプル、（ｉｉ）チロシンキナーゼ阻害剤化学療法薬に対する耐性を検出するための対照サンプル、（ｉｉｉ）チロシンキナーゼ阻害剤感受性又は耐性に関して測定されるマーカーの予め決定された対照レベル（例えば、チロシンキナーゼ阻害剤化学療法薬に対する感受性又はチロシンキナーゼ阻害剤化学療法薬に対する耐性と関連付けられた本発明のＮＴＲＫ１遺伝子融合体のマーカーの予め決定された対照レベル）を含有する情報を含むことができる。

本発明のアッセイシステムの検出する手段は検出可能なタグ又は検出可能な標識と接合させることができる。かかるタグは目的の遺伝子又はタンパク質を検出するために使用される試薬の検出を可能とするいずれかの好適なタグとすることができ、例えば、これらに限定されないが、分光学的、光化学的、電気的、光学的又は化学的手段によって検出可能ないずれかの組成物又は標識が挙げられる。本発明において有用な標識としては、標識化ストレプトアビジン接合体による染色用のビオチン、磁気ビーズ（例えば、ＤＹＮＡＢＥＡＤＳ（商標））、蛍光色素（例えば、フルオレセイン、テキサスレッド、ローダミン、緑色蛍光タンパク質等）、放射標識（例えば、³Ｈ、¹²⁵Ｉ、³⁵Ｓ、¹⁴Ｃ、又は³²Ｐ）、酵素（例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ及びＥＬＩＳＡにおいて一般的に使用されているその他の酵素）、及びコロイド金又は色ガラス又はプラスチック（例えば、ポリスチレン、ポリプロピレン、ラテックス等）ビーズ等の比色標識が挙げられる。

さらに、本発明のアッセイシステムの検出する手段は基体上に固定化することができる。かかる基体は、以前に記載された検出の方法のいずれかにおいて使用されるであろうもの等の検出試薬の固定化に好適ないずれかの基体を含むことができる。簡単に言えば、検出する手段の固定化に好適な基体としては、所望の標的分子を検出する検出手段の活性及び／又は能力に著しく影響せずに、検出する手段と結合を形成することができるいずれかの固体有機支持体、生体高分子支持体又は無機支持体等のいずれかの固体支持体が挙げられる。例示的な有機固体支持体としては、ポリスチレン、ナイロン、フェノール−ホルムアルデヒド樹脂、及びアクリル系共重合体（例えば、ポリアクリルアミド）等のポリマーが挙げられる。キットはまた、試薬の検出及び／又は陽性若しくは陰性対照の標識化に好適な試薬、洗浄溶液、希釈バッファー等を含むこともできる。アッセイシステムはまた、系を使用し、結果を解釈するための記載された説明書のセットも含むことができる。

アッセイシステムはまた、サンプリングされる細胞型の特徴である対照マーカーを検出する手段を含むこともでき、概して本明細書において先に記載したマーカーの存在を検出する方法等によるサンプルにおける既知のマーカーの（核酸又はタンパク質レベルでの）存在を検出する方法において使用することができるいずれかのタイプの試薬とすることができる。具体的には、上記手段は、細胞型を陽性に同定する、分析される細胞型の特異的マーカーを同定することを特徴とする。例えば、肺腫瘍アッセイにおいては、マーカー発現及び／又は生物学的活性のレベルについて肺がん細胞をスクリーニングすることが望ましい。それゆえ、対照マーカーを検出する手段は、例えば、肺細胞の特徴であるマーカーを同定することにより、その細胞を結合組織又は炎症細胞等のその他の細胞型から区別する。かかる手段は本発明のアッセイの正確性及び特異性を上昇させる。かかる対照マーカーを検出する手段としては、これらに限定されないが、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でタンパク質マーカーをコードする核酸分子にハイブリダイズするプローブ、かかる核酸分子を増幅するＰＣＲプライマー、標的分子上の立体構造的に異なる部位に特異的に結合するアプタマー、及び／又はサンプルにおける対照マーカーに選択的に結合する抗体、その抗原結合断片、若しくは抗原結合ペプチドが挙げられる。多くの細胞マーカーについての核酸及びアミノ酸配列は当該技術分野において既知であり、検出のためのかかる試薬を産生するために使用することができる。

本発明のアッセイシステム及び方法は、チロシンキナーゼ阻害剤化学療法薬に対して応答すると予測される患者を同定するのに使用することができるだけでなく、チロシンキナーゼ阻害剤化学療法薬に対して耐性のがん細胞の応答性を向上させることができる治療を同定すること、及びがん患者のチロシンキナーゼ阻害剤化学療法薬（複数の場合もあり）に対する応答を強化するアジュバント治療を開発することにも使用することができる。
（訂正の理由１の説明に必要な資料国際出願ＰＣＴ／ＵＳ２０１３／０５７４９５の明細書３５−３６頁の請求項１４−１８の写し）

Claims

化学療法計画の実施に応答すると予測される肺がん患者を選択する方法であって、
前記患者からの肺腫瘍細胞のサンプルにおいて、ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体の存在若しくは非存在を検出することと、
ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体が、肺腫瘍細胞の前記サンプルにおいて検出される場合に、チロシンキナーゼ阻害剤から選択される作用剤を含む化学療法計画の前記実施に応答すると予測されるとして、前記患者を選択すること、又は、ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体が、肺腫瘍細胞の前記サンプルにおいて検出されない場合に、チロシンキナーゼ阻害剤から選択される作用剤を含む化学療法計画の前記実施に応答しないと予測されるとして、前記患者を選択することと、を含む、化学療法計画の実施に応答すると予測されるがん患者を選択する方法。
前記検出が、肺腫瘍細胞の前記サンプル中に存在する前記ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体のレベルを検出することと、前記レベルと標準レベル又は基準範囲とを比較することとを含む、請求項１に記載の方法。
前記標準レベル又は基準範囲が、リスク予測についての統計学的手法によって決定される、請求項２に記載の方法。
前記ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体の存在が、ポリヌクレオチドの存在を検出することによって決定される、請求項１に記載の方法。
前記ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体の存在が、蛍光ＩｎＳｉｔｕハイブリダイゼーション法（ＦＩＳＨ）によって決定される、請求項４に記載の方法。
前記ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体の存在が、ポリペプチドの存在を検出することによって決定される、請求項１に記載の方法。
前記ポリペプチドの存在を、抗体、抗体誘導体、及び前記ポリペプチド又はその断片に特異的に結合する抗体断片の少なくとも１つを用いて検出することを含む、請求項６に記載の方法。
前記ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体を検出することが、
肺腫瘍細胞の前記サンプルからＲＮＡを得ることと、
前記ＲＮＡからｃＤＮＡを作製することと、
前記ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体に特異的なプライマーにより前記ｃＤＮＡを増幅することと、
前記増幅されたｃＤＮＡにおける前記ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体の存在又は非存在を決定することと、
を含む、請求項１に記載の方法。
前記患者がヒトである、請求項１に記載の方法。
ａ）肺腫瘍細胞の前記サンプルにおける前記ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体の発現レベルと、１若しくは複数のキナーゼ阻害剤を含む化学療法計画の前記実施に対する有益な応答と関連付けられた前記ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体の対照レベル、及び、１若しくは複数のキナーゼ阻害剤を含む化学療法計画の前記実施に対する有益な応答の欠如と関連付けられた前記ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体の対照レベルからなる群から選択される前記ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体の対照レベルとを比較することと、
ｂ）肺腫瘍細胞の前記サンプルにおける前記ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体の前記レベルが、１若しくは複数のキナーゼ阻害剤を含む化学療法計画の前記実施に対する感受性と関連付けられた前記ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体の前記対照レベルと統計的に同様若しくは前記対照レベルより統計的に高い場合に、１若しくは複数のキナーゼ阻害剤を含む化学療法計画の前記実施に対して応答すると予測されるものとして前記患者を選択すること、又は、
ｃ）肺腫瘍細胞の前記サンプルにおける前記ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体の前記レベルが、１若しくは複数のキナーゼ阻害剤を含む化学療法計画の前記実施に対する有益な応答と関連付けられた前記ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体の前記対照レベルより統計的に低い場合に、１若しくは複数のキナーゼ阻害剤を含む化学療法計画の前記実施に応答しないと予測されるものとして前記患者を選択することと、
を更に含む、請求項１に記載の方法。
肺腫瘍細胞の前記サンプルにおける前記ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体のレベルと、１若しくは複数のキナーゼ阻害剤を含む化学療法計画の前記実施に対して応答しないと予測される第２の患者における前記ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体のレベルとを比較することと、
肺腫瘍細胞の前記サンプルにおける前記ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体の発現レベルが、前記第２の患者における前記ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体の発現のレベルより高い場合に、１若しくは又は複数のキナーゼ阻害剤を含む化学療法計画の前記実施に対して応答すると予測されるものとして前記患者を選択すること、又は、
肺腫瘍細胞の前記サンプルにおける前記ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体のレベルが、前記第２の患者における前記ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体のレベル以下である場合に、１若しくは複数のキナーゼ阻害剤を含む化学療法計画の前記実施に対して応答しないと予測されるものとして前記患者を選択することと、
を更に含む、請求項１に記載の方法。
前記チロシンキナーゼ阻害剤が、クリゾチニブ（ＰＦ−０２３４０１６６）、ポナチニブ（ＡＰ２４５３４）、ドビチニブ（ＴＫ−２５８）、レバスチニブ（ＤＣＣ−２０３６）、ＣＥＰ−７０１、ＡＺＤ−７４５１、ＡＲＲＹ−４７０、ＡＲＲＹ−５２３、ＡＲＲＹ−７７２及びそれらの組合せからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
前記チロシンキナーゼ阻害剤がＴｒｋＡ阻害剤である、請求項１に記載の方法。
チロシンキナーゼ阻害剤療法の実施に対する肺がん患者の応答又は転帰を予測するアッセイシステムであって、
ａ）ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体の存在、
ｂ）ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体によりコードされる遺伝子転写産物の発現のレベル、
ｃ）ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体によりコードされるタンパク質の存在、
ｄ）ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体によりコードされるタンパク質のレベル、及び、
ｅ）ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体によりコードされるタンパク質の活性、
の少なくとも１つを検出する手段を含み、
前記検出する手段が、
ＡＣＣＡＴＧＴＣＧＧＣＡＧＣＣＡＡＧＧＡＧＡＡＣＣＣＧＴＧＣ（配列番号２）、
ＡＣＡＣＡＣＧＡＧＣＴＧＡＣＣＴＣＴＣＴＧＣ（配列番号３）、
ＧＴＧＣＣＴＧＧＡＧＡＡＴＧＣＣＣＡＴＣＴＧ（配列番号４）、
ＧＣＧＡＡＧＧＣＴＡＡＧＧＣＴＧＡＣＴＧＴＧ（配列番号５）、
ＣＣＡＴＴＧＣＴＧＣＡＡＡＣＣＣＴＣＧＣＴＣ（配列番号６）、
ＧＡＡＴＴＣＧＣＣＧＣＣＧＣＧＣＣＧＡＣＣＡＴＧＴＣＧＧ（配列番号７）、
ＣＧＧＣＧＣＴＴＧＡＴＧＴＧＧＴＧＡＡＣ（配列番号８）、
ＴＡＴＴＣＣＧＧＣＴＡＡＣＣＡＣＴＣＣＣＡＧ（配列番号９）、
ＣＣＴＡＧＣＣＣＡＧＧＡＣＡＴＣＣＡＧＧ（配列番号１０）、及び、
ＣＧＣＧＧＣＣＧＣＴＴＡＡＧＣＧＴＡＧＴＣＴＧＧＧＡＣＧＴＣＧＴＡＴＧＧＧＴＡＧＣＣＣＡＧＧＡＣＡＴＣＣＡＧＧ（配列番号１１）、からなる群から選択されるＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体を同定するＰＣＲプライマーからなるか、
前記検出する手段が、
染色体１ｑ２３．１におけるＮＴＲＫ１遺伝子の切断点から３'側のゲノム領域の３３１．８Ｋｂをカバーする３'ＮＴＲＫ１プローブ、及び
染色体１７におけるＭＰＲＩＰ遺伝子の切断点から５'側のゲノム領域の３４１．４Ｋｂをカバーする５'ＭＰＲＩＰプローブ
から選択されるＦＩＳＨＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ融合体プローブからなるか、
前記検出する手段が、
染色体１ｑ２３．１におけるＮＴＲＫ１の切断点の上流の３３９．４ｋｂをカバーする５' ＮＴＲＫ１プローブ、及び
染色体１ｑ２３．１におけるＮＴＲＫ１の切断点の下流の３３１．８Ｋｂをカバーする３'ＮＴＲＫ１プローブ
からなるＮＴＲＫ１ブレイクアパートプローブセットからなるか、又はＨＡ特異的抗体及びＴＲＫＡ特異的抗体から選択される、ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体により発現された１１５ｋＤ〜１２０ｋＤのキメラタンパク質を認識する抗体からなる、
チロシンキナーゼ阻害剤療法の実施に対するがん患者の応答又は転帰を予測するアッセイシステム。
前記検出する手段が、ＮＴＲＫ１遺伝子の少なくとも１０〜５０個の連続核酸塩基、又はその相補的核酸の配列を含む核酸プローブを含む、請求項１４に記載のアッセイシステム。
チップ、アレイ、又は流動性カードを備えたアッセイ表面を含む、請求項１４に記載のアッセイシステム。
１又は複数のチロシンキナーゼ阻害剤を含む化学療法計画の前記実施に対する応答と関連付けられた、ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体によりコードされる遺伝子転写産物の予め決定された対照レベルを含有する情報、及び
１又は複数のチロシンキナーゼ阻害剤を含む化学療法計画の前記実施に対する応答の欠如と関連付けられた、ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体によりコードされる遺伝子転写産物の予め決定された対照レベルを含有する情報、
からなる群から選択される対照を更に含む、請求項１４に記載のアッセイシステム。
前記検出する手段が、比色標識を含む請求項１４に記載のアッセイシステム。
前記チロシンキナーゼ阻害剤が、クリゾチニブ（ＰＦ−０２３４０１６６）、ポナチニブ（ＡＰ２４５３４）、ドビチニブ（ＴＫ−２５８）、レバスチニブ（ＤＣＣ−２０３６）、ＣＥＰ−７０１、ＡＺＤ−７４５１、ＡＲＲＹ−４７０、ＡＲＲＹ−５２３、ＡＲＲＹ−７７２及びそれらの組合せからなる群から選択される、請求項１４に記載のアッセイシステム。
前記チロシンキナーゼ阻害剤がＴｒｋＡ阻害剤である、請求項１４に記載のアッセイシステム。
対象における肺がんを検出する方法であって、
前記対象からの肺腫瘍細胞のサンプルにおいて、ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体の存在を検出することを含み、前記ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体の存在が前記対象におけるがんを示す、対象におけるがんを検出する方法。
前記がんが非小細胞肺がんである、請求項２１に記載の方法。
前記ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体の存在をＲＴ−ＰＣＲにより検出する、請求項２１に記載の方法。
前記遺伝子融合体をＦＩＳＨにより検出する、請求項２１に記載の方法。
前記ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体の存在を該ＮＴＲＫ１−ＭＰＲＩＰ遺伝子融合体によりコードされるポリペプチドを検出することにより検出する、請求項２４に記載の方法。
前記ポリペプチドを、抗体、抗体誘導体、及び該ポリペプチド又はその断片に特異的に結合する抗体断片の少なくとも１つを用いて検出する、請求項２５に記載の方法。