CN116397020B - 生物标志物在预测磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性中的应用 - Google Patents

生物标志物在预测磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性中的应用 Download PDF

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Abstract

本发明公开了生物标志物在预测磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性中的应用。本发明提供了检测样本中生物标志物Alb、Lamp1、Ace表达水平的试剂在制备预测磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性的产品中的应用及一种预测磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性的产品，同时还提供了Alb、Lamp1、Ace在制备促进磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性的药物组合物中的应用及一种促进磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性的药物组合物。

Description

生物标志物在预测磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性中的 应用
技术领域
本发明属于生物医药领域，涉及生物标志物在预测磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性中的应用。
背景技术
白消安(Busulfan,BU)是一种细胞周期非特异性的双功能烷化剂，临床常用于治疗髓系肿瘤性疾病，因其具有造血干细胞损伤作用，后被用于造血干细胞移植前的清髓预处理。造血干细胞损伤是清髓成功的标志。白消安主要通过诱导氧化自由基升高和促进DNA损伤从而引起造血干细胞早老性改变(premature)，清除接受移植患者体内的造血干细胞，为移植提供必要的植入空间。
白消安作为多药清髓性预处理方案的一部分，4天给药后需使药时曲线下面积(area under the concentration time curve,AUC)维持在59.1-98.5mg·h/L(14400-24000μM·min)范围内，因为AUC的微小变化都会对造血干细胞移植的临床结果有重大影响，白消安剂量不足会导致移植效果不佳，例如引起疾病复发或移植物排斥反应，而药物过量会导致治疗相关毒副作用发生率升高，例如肝窦阻塞综合征(sinusoidal obstructivesyndrome)和治疗相关死亡。不同个体用药后AUC差异非常大，即使考虑了体型指标(实际体重、体表面积、正常脂肪量)和/或年龄依赖性等影响制定用药方案，仍有25％-55％的患者用药后体内药物浓度在目标范围以外，影响治疗效果。
不同的患者/受试者对白消安的敏感性之间存在显著的差异性，仅凭医生根据患者的临床特征和临床经验难以准确判断患者/受试者对白消安的敏感性。目前对白消安药物敏感性的预测指标研究，多使用代谢组学方法，筛选能预测BU体内药物浓度及清除率的指标。然而最近的研究发现，白消安清除率不能预测造血干细胞移植患者肝静脉闭塞性疾病发生的风险，可能需要考虑其他因素对BU药效及毒性的影响，如遗传背景等。
随着分子生物学和细胞生物学的飞速发展，研究者和临床医生把焦点转移到如何利用生物标志物去预测药物敏感性。发现能够用于预测白消安诱导骨髓损伤敏感性的新的生物标志物，能够为患者/受试者提供更为有效和准确的药物敏感性评价指标，从而有助于临床医生为患者/受试者制定个体化的治疗方案、减少用药盲目性，监测药物疗效。
发明内容
为了弥补现有技术的不足，本发明的目的在于提供与磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性相关的标志物及其在预测/促进磺酸类烷化剂药物敏感性中的应用。
为了实现上述目的，本发明采用如下技术方案：
本发明的第一方面提供了检测样本中生物标志物表达水平的试剂在制备预测磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性的产品中的应用。
进一步，所述生物标志物包含Alb、Lamp1和/或Ace。
进一步，所述试剂选自：
特异性识别所述生物标志物的探针；或
特异性扩增所述生物标志物的引物；或
特异性结合所述生物标志物编码的蛋白的结合剂。
进一步，所述结合剂包括特异性结合所述生物标志物编码的蛋白的抗体、抗体功能片段、偶联抗体。
进一步，所述产品包括通过核酸杂交技术、核酸扩增技术、蛋白免疫技术、测序技术、色谱技术、质谱技术检测所述生物标志物表达水平的试剂。
进一步，所述产品包括能够检测所述生物标志物表达水平的芯片、试剂盒或核酸膜条。
进一步，所述磺酸类烷化剂包括白消安、马法兰。
进一步，所述磺酸类烷化剂为白消安。
进一步，所述骨髓损伤包括骨髓造血干细胞损伤。
进一步，所述样本选自组织、血液、尿液、脑脊髓液、细胞系、细胞培养物。
进一步，所述样本为尿液。
本发明的第二方面提供了一种预测磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性的产品，所述产品包括检测生物标志物Alb、Lamp1和/或Ace表达水平的试剂。
进一步，所述试剂包括检测样本中所述生物标志物蛋白表达水平的试剂、检测样本中所述生物标志物mRNA表达水平的试剂。
进一步，所述试剂选自：
特异性识别所述生物标志物的探针；或
特异性扩增所述生物标志物的引物；或
特异性结合所述生物标志物编码的蛋白的结合剂。
进一步，所述结合剂包括特异性结合所述生物标志物编码的蛋白的抗体、抗体功能片段、偶联抗体。
进一步，所述磺酸类烷化剂包括白消安、马法兰。
进一步，所述磺酸类烷化剂为白消安。
进一步，所述骨髓损伤包括骨髓造血干细胞损伤。
进一步，所述产品包括能够检测所述生物标志物表达水平的芯片、试剂盒或核酸膜条。
进一步，所述芯片包括基因芯片、蛋白芯片，所述基因芯片包括用于检测所述生物标志物基因转录水平的针对所述生物标志物基因的寡核苷酸探针，所述蛋白芯片包括所述生物标志物蛋白的特异性结合剂；所述试剂盒包括基因检测试剂盒、蛋白检测试剂盒，所述基因检测试剂盒包括用于检测所述生物标志物基因转录水平的试剂或芯片，所述蛋白检测试剂盒包括用于检测所述生物标志物蛋白表达水平的试剂或芯片。
进一步，所述试剂盒包括通过RT-PCR法、qRT-PCR法、生物芯片检测法、DNA印迹法、原位杂交法、免疫印迹法、酶联免疫吸附测定检测所述生物标志物基因或蛋白表达水平的试剂。
进一步，所述产品还包括处理样本的试剂。
本发明的第三方面提供了Alb、Lamp1和/或Ace在构建预测磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性的计算模型中的应用。
进一步，所述磺酸类烷化剂包括白消安、马法兰。
进一步，所述磺酸类烷化剂为白消安。
进一步，所述骨髓损伤包括骨髓造血干细胞损伤。
本发明的第四方面提供了Alb、Lamp1和/或Ace在制备促进磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性的药物组合物中的应用。
进一步，所述药物组合物包括Alb、Lamp1的抑制剂和/或Ace的促进剂。
进一步，所述抑制剂特异性降低Alb、Lamp1的表达水平。
进一步，所述抑制剂包括核酸抑制物、蛋白抑制物、化合物抑制物。
进一步，所述促进剂特异性促进Ace的表达水平。
进一步，所述促进剂包括过表达Ace的载体或Ace蛋白。
进一步，所述药物组合物能够增加磺酸类烷化剂的敏感性。
进一步，所述药物组合物还包括药学上可接受的载体。
进一步，所述磺酸类烷化剂包括白消安、马法兰。
进一步，所述磺酸类烷化剂为白消安。
进一步，所述骨髓损伤包括骨髓造血干细胞损伤。
本发明的第五方面提供了一种促进磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性的药物组合物，所述药物组合物包括Alb、Lamp1的抑制剂和/或Ace的促进剂。
进一步，所述抑制剂特异性降低Alb、Lamp1的表达水平。
进一步，所述抑制剂包括核酸抑制物、蛋白抑制物、化合物抑制物。
进一步，所述促进剂特异性促进Ace的表达水平。
进一步，所述促进剂包括过表达Ace的载体或Ace蛋白。
进一步，所述药物组合物还包括药学上可接受的载体。
进一步，所述磺酸类烷化剂包括白消安、马法兰。
进一步，所述磺酸类烷化剂为白消安。
进一步，所述骨髓损伤包括骨髓造血干细胞损伤。
本发明的第六方面提供了Alb、Lamp1和/或Ace在筛选促进磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性的候选药物中的应用。
进一步，所述筛选促进磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性的候选药物的方法如下：用待筛选物质处理表达或含有Alb、Lamp1和/或Ace基因或其编码的蛋白的培养体系；和检测所述体系中Alb、Lamp1和/或Ace基因或其编码的蛋白的表达或活性；其中，当所述待筛选物质抑制Alb、Lamp和/或促进Ace基因的或其编码的蛋白的表达水平或活性时，该待筛选物质是促进磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感的候选药物。
进一步，所述磺酸类烷化剂包括白消安、马法兰。
进一步，所述磺酸类烷化剂为白消安。
进一步，所述骨髓损伤包括骨髓造血干细胞损伤。
本发明的第七方面提供了一种筛选促进磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性的候选药物的方法，所述方法包括用待筛选物质处理表达或含有Alb、Lamp1和/或Ace基因或其编码的蛋白的培养体系；和检测所述体系中Alb、Lamp1和/或Ace基因或其编码的蛋白的表达或活性；其中，当所述待筛选物质抑制Alb、Lamp1和/或促进Ace基因的或其编码的蛋白的表达水平或活性时，该待筛选物质是磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性的候选药物。
进一步，所述磺酸类烷化剂包括白消安、马法兰。
进一步，所述磺酸类烷化剂为白消安。
进一步，所述骨髓损伤包括骨髓造血干细胞损伤。
本发明的第八方面提供了一种预测磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性的系统/装置，所述系统/装置包括：
(1)磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性评估装置包括控制单元和存储单元，通过与彼此通信连接的信息通信终端装置连接，用于评估磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性的情况；
(2)彼此通信连接的信息通信终端装置：用于提供关于来自磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性的样本中Alb、Lamp1和/或Ace表达水平的数据。
进一步，所述磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性评估装置的控制单元包括如下四个单元：
1)数据接收单元：用于接收从所述信息通信终端设备传输的关于所述样本中Alb、Lamp1和/或Ace表达水平的数据；
2)判别值计算单元：其基于对由所述数据接收单元接收的所述样本中Alb、Lamp1和/或Ace表达水平以及存储在所述存储单元中的作为解释变量的Alb、Lamp1和/或Ace表达水平的判别来计算判别值；
3)判别值基准评价单元：其基于由所述判别值计算单元计算的判别值，对所述磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性的发展风险情况进行评价；
4)评估结果发送单元：其将由所述判别值基准评估单元获得的所述磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性的评估结果发送到所述信息通信终端装置。
进一步，所述磺酸类烷化剂包括白消安、马法兰。
进一步，所述磺酸类烷化剂为白消安。
进一步，所述骨髓损伤包括骨髓造血干细胞损伤。
本发明的优点和有益效果：
本发明首次发现了与预测磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性相关的生物标志物-Alb、Lamp1或Ace基因，通过检测受试者尿液中Alb、Lamp1或Ace的表达水平，可以预测受试者对磺酸类烷化剂的药物敏感性，从而指导临床医师给受试者提供预防方案或者治疗方案。
附图说明
图1为体外集落形成能力实验检测白消安对造血细胞功能影响的效果图；
图2为候选蛋白表达量的统计图，其中2A是Alb表达量的统计图，2B是Lamp1表达量的统计图，2C是Ace表达量的统计图；
图3为ELISA检测Alb表达量的统计图；
图4为ELISA检测Ace表达量的统计图，其中4A是尿液中Ace表达量的统计图，4B是血浆中Ace表达量的统计图；
图5为ROC曲线图，其中5A是尿液中的Alb诊断LAM组和NUK组的ROC曲线图，5B尿液中的Ace诊断LAM组和NUK组的ROC曲线图，5C是血浆中的Ace诊断LAM组和NUK组的ROC曲线图。
具体实施方式
本发明通过广泛而深入的研究，选取对白消安诱导骨髓造血干细胞损伤敏感性不同的三种品系GD小鼠，分别为高敏感NUK、中敏感C57和低敏感LAM，研究尿液蛋白质与白消安药物敏感性的关系，筛选指示白消安诱导骨髓造血干细胞损伤敏感性差异的生物标志物，发现Alb、Lamp1或Ace在三种品系GD小鼠中呈现显著性差异，进一步研究发现，通过抑制Alb、Lamp1或促进Ace的表达水平可以增加白消安的药物敏感性，提示Alb、Lamp1或Ace可作为较好的标志物应用于预测或促进白消安诱导骨髓造血干细胞损伤敏感性。
在本发明中，术语“生物标志物”是指基因、基因产物，其是用于调节一种或多种目标表型的靶标。然而，在一些实施方案中，所述术语还涵盖已被确定为指示目标输出例如一种或多种诊断、预后、预测药物敏感性和/或治疗输出的靶标的可测量实体。在其他实施方案中，所述术语还涵盖调节基因或基因产物的组合物，包括抗基因产物抗体及其抗原结合片段。因此，生物标志物可包括但不限于核酸(例如，基因组核酸和/或转录的核酸)、蛋白质和抗体(以及其抗原结合片段)。
生物标志物可以在任何水平上差异地存在，但是一般以如下的差异水平存在，所述水平增加了至少5％、至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少100％、至少110％、至少120％、至少130％、至少140％、至少150％、或更多；或一般以如下的水平存在，所述水平减少了至少5％、至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、或100％(即不存在)，优选地，所述生物标志物具有统计学差异(P﹤0.05)。
在本发明中，术语“表达水平”是指生物标志物分子或基因组的量、积累或速率。表达水平可以例如由以下来表示：由基因编码的信使RNA(mRNA)的量或合成速率、由基因编码的多肽或蛋白质的量或合成速率、或在细胞或生物流体中积累的生物分子的量或合成速率。
Alb包括野生型、突变型或其片段。该术语涵盖全长，未加工的Alb，以及源自细胞中加工的任何形式的Alb。该术语涵盖Alb的天然发生变体(例如剪接变体或等位变体)。该术语涵盖例如Alb基因，人的Alb以及来自任何其它脊椎动物来源，包括哺乳动物，诸如灵长动物和啮齿动物(例如小鼠和大鼠)的Alb。作为一种优选的实施方案，在本发明中，Alb为人的基因，基因ID为213。
Lamp1包括野生型、突变型或其片段。该术语涵盖全长，未加工的Lamp1，以及源自细胞中加工的任何形式的Lamp1。该术语涵盖Lamp1的天然发生变体(例如剪接变体或等位变体)。该术语涵盖例如Lamp1基因，人的Lamp1以及来自任何其它脊椎动物来源，包括哺乳动物，诸如灵长动物和啮齿动物(例如小鼠和大鼠)的Lamp1。作为一种优选的实施方案，在本发明中，Lamp1为人的基因，基因ID为3916。
Ace包括野生型、突变型或其片段。该术语涵盖全长，未加工的Ace，以及源自细胞中加工的任何形式的Ace。该术语涵盖Ace的天然发生变体(例如剪接变体或等位变体)。该术语涵盖例如Ace基因，人的Ace以及来自任何其它脊椎动物来源，包括哺乳动物，诸如灵长动物和啮齿动物(例如小鼠和大鼠)的Ace。作为一种优选的实施方案，在本发明中，Ace为人的基因，基因ID为1636。
在本发明的上下文中，所使用的术语“样本”，是指获得自或衍生自受试者(例如感兴趣的个体)的组合物，其包含有待根据例如物理，生化，化学和/或生理特点来表征和/或鉴定的细胞和/或其它分子实体。例如，样本是指来源于感兴趣的受试者的任何样本，预计或已知其包含待表征的细胞和/或分子实体。样本包括但不限于，组织样本、原代或培养的细胞或细胞系、细胞培养物、细胞上清、细胞裂解物、血小板、血清、血浆、玻璃体液、淋巴液、滑液、滤泡液、精液、羊水、乳液、全血、血液衍生的细胞、尿液、脑脊髓液、唾液、痰液、泪液、汗液、粘液、组织培养液、组织提取物、匀浆化的组织、细胞提取物及其组合。在本发明的具体实施例中，所述样本为尿液。
本发明中，术语“烷化剂”是指能够进行烷基从一个分子至另一个的转移的任何化学或非化学物质。烷基可包括：烷基碳正离子、碳负离子、自由基、碳烯(carbine)和甲基。在其最简单的形式中，烷基化可以包括甲基化-仅一个碳基团的转移。在一些实施方案中，术语“烷化剂”包括甲基化剂。
烷化剂包括但不限于氮芥类、乙烯亚胺类、磺酸类、亚硝基脲类、三氮烯类或肼类。在一些实施方案中，所述烷化剂为磺酸类烷化剂；进一步，所述磺酸类烷化剂包括但不限于白消安、马法兰；进一步，所述磺酸类烷化剂为白消安。
在本发明的上下文中，术语“敏感性”，是指患有、怀疑患有或倾向于患者/受试者以某种方式对白消安诱导骨髓损伤显示阳性反应。本领域的技术人员根据本发明所述的方法会容易地确定采用白消安诱导骨髓损伤方案的患者/受试者是否显示阳性反应。
在本发明中，术语“探针”指能与特别预期的靶生物分子，例如由内在基因编码的或相应于内在基因的核苷酸转录物或蛋白选择性结合的分子。探针可以由本领域技术人员合成，或者可以来自于合适的生物制备物。可以特异性地设计探针以对其进行标记。可以用作探针的分子的实例包括，但不限于RNA、DNA、蛋白、抗体和有机分子。
在本发明中，针对Alb、Lamp1或Ace基因的探针可以是DNA、RNA、DNA-RNA嵌合体、PNA或其它衍生物。所述探针的长度没有限制，只要完成特异性杂交、与目的核苷酸序列特异性结合，任何长度都可以。所述探针的长度可短至25、20、15、13或10个碱基长度。同样，所述探针的长度可长至60、80、100、150、300个碱基对或更长，甚至整个基因。由于不同的探针长度对杂交效率、信号特异性有不同的影响，所述探针的长度通常至少是14个碱基对，最长一般不超过30个碱基对，与目的核苷酸序列互补的长度以15-25个碱基对最佳。所述探针自身互补序列最好少于4个碱基对，以免影响杂交效率。
术语“引物”指能够与核酸杂交并允许互补核酸的聚合作用(一般通过提供游离的3'-OH基团)的单链多核苷酸。
术语“结合剂”指结合至本发明所述的感兴趣的靶标的任何实体。在许多实施例中，感兴趣的结合剂是与其靶标特异性结合的结合剂，因为它在特定的相互作用环境中区分开其靶标与其他潜在的结合配偶体。通常，结合剂可以是或包括任何化学类别(例如聚合物、非聚合物、小分子、多肽、化合物、脂质、核酸等)的实体。在一些实施例中，结合剂是单一化学实体。在一些实施例中，结合剂是在相关条件下通过非共价相互作用彼此缔合的两种或更多种离散化学实体的复合物。例如，本领域技术人员将理解，在一些实施例中，结合剂可以包括“通用”结合部分(例如生物素/抗生物素蛋白/链亲和素和/或类特异性抗体之一)和连接到通用结合部分的配偶体的“特异性”结合部分(例如具有特定分子靶标的抗体或适体)。在一些实施例中，这种方法可以允许多种结合剂通过不同特异性结合部分与相同的通用结合部分配偶体的连接进行分子组装。在一些实施例中，结合剂是或包括多肽(包括例如抗体或抗体片段)。在一些实施例中，结合剂是或包括小分子。在一些实施例中，结合剂是或包括核酸。在一些实施例中，结合剂是适体(aptamer)。在一些实施例中，结合剂是聚合物；在一些实施例中，结合剂不是聚合物。在一些实施例中，结合剂是非聚合的，因为它们缺乏聚合部分。在一些实施例中，结合剂是或包括化合物。在一些实施例中，结合剂是或包括凝集素。在一些实施例中，结合剂是或包括肽模拟物。在一些实施例中，结合剂是或包括支架蛋白。在一些实施例中，结合剂是或包括模拟表位。在一些实施例中，结合剂是或包括钉合肽(stapledpeptide)。在某些实施例中，结合剂是或包括核酸，例如DNA或RNA。
术语“抗体”在本发明中以最广义使用，而且明确覆盖单克隆抗体、多克隆抗体、自至少两种完整抗体形成的多特异性抗体(例如双特异性抗体)、及抗体片段，只要它们展现期望的生物学活性。术语“抗体功能片段”包含完整抗体的一部分，优选包含其抗原结合区。抗体片段的例子包括Fab、Fab'、F(ab')2、和Fv片段；双抗体；线性抗体；单链抗体分子；及自抗体片段形成的多特异性抗体。本发明的“抗体功能片段”指那些保留与衍生它们的完整全链分子以基本上相同的亲和力结合多肽且在至少一种测定法中有活性(诸如在小鼠模型中，或在体外抑制抗体片段结合的抗原的生物学活性)的片段。
本发明中所述的芯片、试剂盒或核酸膜条可用于检测包括Alb、Lamp1或Ace基因在内的多个基因及其表达产物的表达水平。将预测白消安诱导骨髓造血干细胞损伤敏感性的多个标志物同时进行检测，可大大提高骨髓造血干细胞损伤预测的准确率。
术语“芯片”也称为“阵列”，指包含连接的核酸或肽探针的固体支持物。阵列通常包含按照不同的已知位置连接至基底表面的多种不同的核酸或肽探针。这些阵列，也称为“微阵列”，通常可以利用机械合成方法或光引导合成方法来产生这些阵列，所述光引导合成方法合并了光刻方法和固相合成方法的组合。阵列可以包含平坦的表面，或者可以是珠子、凝胶、聚合物表面、诸如光纤的纤维、玻璃或任何其它合适的基底上的核酸或肽。可以以一定的方式来包装阵列，从而允许进行全功能装置的诊断或其它方式的操纵。
“微阵列”是杂交阵列原件有序排列在基质上，所述杂交阵列原件诸如聚核苷酸探针(例如寡核苷酸)或结合剂(例如抗体)。所述基质可以是固体基质，例如，玻璃或二氧化硅玻片、珠、纤维光学粘结剂或半固态基质，例如硝酸纤维素膜。核苷酸序列可以是DNA、RNA或其中的任何排列。
本发明中，术语“试剂盒”包括检测Alb、Lamp1或Ace基因或蛋白的试剂，以及选自下组的一种或多种物质：容器、使用说明书、阳性对照物、阴性对照物、缓冲剂、助剂或溶剂。试剂盒的组分可以以水介质的形式或以冻干的形式来包装。试剂盒中适当的容器通常至少包括一种小瓶、试管、长颈瓶、宝特瓶、针筒或其它容器，其中可放置一种组分，并且优选地，可进行适当地等分。在试剂盒中存在多于一种的组分时，试剂盒中通常也将包含第二、第三或其它附加的容器，其中分离地放置附加的组分。然而，不同组合的组分可被包含在一个小瓶中。本发明的试剂盒通常也将包括一种用于容纳反应物的容器，密封以用于商业销售。这种容器可包括注模或吹模的塑料容器，其中可保留所需的小瓶。
本发明所述的试剂盒包括但不限于qPCR试剂盒、ELISA试剂盒、免疫印迹检测试剂盒、免疫层析检测试剂盒、免疫组化检测试剂盒、流式细胞分析试剂盒、电化学发光检测试剂盒。
在本发明中，“核酸膜条”包括基底和固定于所述基底上的寡核苷酸探针；所述基底可以是任何适于固定寡核苷酸探针的基底，包括尼龙膜、硝酸纤维素膜、聚丙烯膜、玻璃片、硅胶晶片、微缩磁珠，但不限于此。
术语“RT-PCR法”也称为“反转录聚合酶链式反应”或“逆转录聚合酶链式反应”，是将RNA的反转录(RT)和cDNA的聚合酶链式扩增(PCR)相结合的技术。首先经反转录酶的作用，从RNA合成cDNA，再以cDNA为模板，在DNA聚合酶作用下扩增合成目的片段。RT-PCR技术灵敏而且用途广泛，可用于检测细胞中基因表达水平、细胞中RNA病毒的含量和直接克隆特定基因的cDNA序列。
术语“qRT-PCR”也称为“定量实时聚合酶链式反应”，是指利用荧光信号的变化实时检测PCR扩增反应中每一个循环扩增产物量的变化，最终对起始模板进行精确的定量分析。
术语“免疫印迹法”也称为“蛋白质印迹”或“western blot”指对固定化到载体上的蛋白质(或多肽)的分析。
术语“酶联免疫吸附测定”或“ELISA”涉及用于以多孔板形式(通常每板96孔)定量或半定量确定样品(例如尿液)的蛋白质浓度的方法。简言之，溶液中的蛋白质被吸附到ELISA板上。可以使用目的蛋白特异性的抗体来探测板。通过优化封闭和洗涤方法来最小化背景，并且通过阳性和阴性对照的存在来确保特异性。检测方法通常是基于比色或化学发光。
本发明提供了Alb、Lamp1和/或Ace在预测磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性的计算模型中的应用，正如熟练技术人员知道的，可以以不同方式实施和实现将标志物水平与某种可能性或风险关联起来的步骤。优选地，在数学上组合标志物和一种或多种其它标志物的测定浓度，并将组合值与根本的诊断问题关联起来。可以通过任何适宜的现有技术数学方法将标志物值的测定组合。
本发明提供了Alb、Lamp1和/或Ace在制备促进磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性的药物组合物中的应用以及促进磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性的药物组合物，所述药物组合物包括Alb、Lamp1的抑制剂和/或Ace的促进剂。
在本发明中，术语“抑制剂”是指Alb、Lamp1功能性表达的抑制剂，包括核酸抑制物、蛋白抑制物、化合物抑制物，但不限于此。其中核酸抑制物选自：以Alb、Lamp1或其转录本为靶序列、且能够抑制Alb、Lamp1基因表达或基因转录的干扰分子，包括：shRNA(小发夹RNA)、小干扰RNA(siRNA)、dsRNA、微小RNA、反义核酸，或能表达或形成所述shRNA、小干扰RNA、dsRNA、微小RNA、反义核酸的构建物；所述蛋白抑制物包括但不限于蛋白水解酶、蛋白结合分子；蛋白结合分子选自：与Alb、Lamp1蛋白特异性结合的物质，如能够抑制Alb、Lamp1蛋白活性的抗体或配体。
术语“促进剂”是指任何可增加Ace蛋白的活性、提高Ace基因或蛋白的稳定性、上调Ace蛋白的表达、增加Ace蛋白有效作用时间、或促进Ace基因的转录和翻译的物质，这些物质均可用于本发明，作为对于上调Ace有用的物质，从而可用于预防或治疗肿瘤。例如所述的促进剂包括核酸促进剂，蛋白促进剂。所述促进剂包括但不限于过表达Ace的载体、Ace蛋白或其活性肽。
在本发明中，术语“药物组合物”指包含至少一种生物活性化合物。本发明所述的药物组合物可口服给药、非胃肠道给药、通过吸入喷雾给药、局部给药、直肠给药、鼻给药、颊给药、阴道给药或通过植入的贮药装置给药。本发明的药物组合物可含有任何常用的无毒可药用载体、辅料或赋形剂。在某些情况下，药用酸、碱或缓冲剂可用来调节制剂的pH以提高所配制的化合物或其给药剂型的稳定性。本发明所用术语非胃肠道包括皮下、皮内、静脉内、肌内、关节内、动脉内、滑膜内、胸骨内、鞠内、损伤部位内、和颅内注射或输注技术。只要能达到目标组织，本发明所述药物组合物可以通过任何途径给予受体。
术语“药学上可接受的载体”是指本身不诱导对接受组合物的个体有害的抗体的产生并且可以在没有过度毒性的情况下施用的任何药物载体。合适的载体可以是大的、代谢缓慢的大分子，如蛋白质、多糖、聚乳酸、聚乙醇酸、聚合氨基酸和氨基酸共聚物。此类载体是本领域普通技术人员众所周知的。治疗组合物中的药学上可接受的载体可以包含流体，如水、盐水、甘油和乙醇。此类媒剂中还可以存在辅助物质，如润湿剂或乳化剂、pH缓冲物质等。
本发明的药物组合物还可与其他促进磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性的药物联用，其他促进磺酸类烷化剂敏感性化合物可以与主要的活性成分(例如，Ace的促进剂)同时给药，甚至在同一组合物中同时给药。还可以以单独的组合物或与主要的活性成分不同的剂量形式单独给予其它治疗性化合物。主要成分(如Ace促进剂)的部分剂量可以与其它促进磺酸类烷化剂敏感性化合物同时给药，而其它剂量可以单独给药。
本发明进一步提供了一种筛选促进磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性的候选药物的方法，所述方法包括用待筛选物质处理表达或含有Alb、Lamp1和/或Ace基因或其编码的蛋白的培养体系；和检测所述体系中Alb、Lamp1和/或Ace基因或其编码的蛋白的表达或活性；其中，当所述待筛选物质抑制Alb、Lamp1和/或促进Ace基因的或其编码的蛋白的表达水平或活性时，该待筛选物质是磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性的候选药物。
在本发明中，所述的方法还包括：对上面步骤获得的候选药物进一步测试其抑制磺酸类烷化剂抵抗性或促进磺酸类烷化剂敏感性的效果，若测试化合物对磺酸类烷化剂抵抗性有显著的抑制效果或磺酸类烷化剂敏感性有显著的促进效果，则说明该候选药物为促进磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性的候选药物。
本发明提供了被编程为实现本发明内容的方法的系统。所述系统被编程或以其他方式配置为分析序列数据、构建基因的表达量矩阵。所述系统可以调控本发明内容的序列分析的各个方面，诸如，例如将数据针对已知序列进行匹配。所述系统可以是用户的电子装置或相对于该电子装置远程定位的计算机系统。电子装置可以是移动电子装置。
AUC测量对于跨全部数据范围比较分类器的准确度是有用的。具有较高AUC的分类器具有在两个目标组之间进行正确分类未知的更高的能力。ROC曲线对于在两个群体(例如，对治疗剂应答和非应答的个体)之间进行区别时描绘特定特征(例如，本发明所描述的任何生物标志物和/或另外的生物医学信息的任何条目)的性能是有用的。通常，以单个特征的值为基础以升序顺序跨越整个群体选出特征数据。然后，对于该特征的每个值，计算数据的真阳性和假阳性率。真阳性率通过计数高于该特征的值的病例的数目并除以病例总数而确定。假阳性率通过计数高于该特征的值的对照的数目并除以对照总数而确定。虽然该定义指与对照相比较在病例中特征是增高的情况，该定义还应用于与对照相比较在病例中特征较低的情况(在该情况中，将计数低于该特征的值的样品)。ROC曲线可关于单独特征来生成，且可关于其他单独输出来生成，例如，两个或更多个特征的组合可用数学方法结合(例如，相加、相减、相乘等)以提供单独的总和值，且该单独的总和值可绘制于ROC曲线中。另外，其中的组合源自单独的输出值的多个特征的任意组合可绘制于ROC曲线中。特征的这些组合可包括试验。ROC曲线是试验的真阳性率(敏感度)针对试验的假阳性率(1-特异性)的图。
下面结合附图和实施例对本发明作进一步详细的说明。以下实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。根据本发明的实质对本发明进行的简单改进都属于本发明要求保护的范围。
实施例1白消安诱导不同品系小鼠造血干细胞损伤敏感性的分析
1、实验材料
1)实验动物
8～10周龄SPF级雄性LAM-DA(以下简称LAM)、NUK品系遗传多样性(GD)小鼠各10只，由中国医学科学院医学实验动物研究所提供【SCXK(京)2014－0011】。8～10周龄SPF级雄性C57BL/6J小鼠(以下简称为C57)10只，由北京华阜康生物科技股份有限公司提供【SCXK(京)2014-0004】。小鼠饲养于中国医学科学院医学实验动物研究所屏障环境动物房【SYXK(京)2015-0035】。小鼠在标准环境(昼夜各半交替，湿度恒定，温度20℃～25℃)中饲养3d后开始实验。动物实验研究符合动物福利，遵循中国医学实验动物研究所制定的实验动物保护和使用的指南，实验方案通过医学实验动物研究所实验动物管理和使用委员会批准(IACUC号:MAM21001)。一切实验操作遵循中国医学科学院医学实验动物研究所伦理委员会的审查和批准。
2)试剂与仪器
试剂：白消安(BU，Sigma-Aldrich)、甲基纤维素半固体培养基MethoCult GF(M3434)(StemCell)；
ELISA试剂盒：MouseACE/CD143 ELISAKit检测试剂盒(酶联免疫吸附法)(联科生物)；
仪器：RIGOL L-3000高效液相色谱系统(北京普源精电科技有限公司)、ORBITRAPECLIPSE质谱仪(Thermo Fisher Scientific)。
2、动物分组及造模
每个品系的10只小鼠均随机分为对照组和BU给药组，每组5只，观察不同品系GD小鼠对白消安诱导造血干细胞损伤敏感程度的差异。白消安粉末由DMSO配置为80mg/mL作为母液贮存，使用时用PBS稀释为所需浓度。给药组腹腔注射40mg/kg白消安，分两天给药，每天给予20mg/kg，对照组小鼠给予等体积含5％DMSO的PBS作为对照。
3、骨髓细胞集落形成能力测定
白消安给药后14天，无菌取小鼠骨髓细胞，用PBS将小鼠骨髓浓度调整至4×105个/mL，每个样加0.2mL细胞至事先分装好的1mL M3434培养基中，振荡器充分混匀，静置2～5min，待气泡消失。加入24孔板，每孔0.5mL。轻摇培养板，使培养基均匀分布。将24孔板置于37℃，5％二氧化碳恒温培养箱中培养。于第7天读取粒细胞-巨噬细胞集落形成数(CFU-GM)，其中BMNCs代表骨髓单个核细胞，以检测小鼠造血祖细胞增殖分化为粒细胞和巨噬细胞的能力，以检测小鼠造血干细胞功能。
4、实验结果
实验结果如图1所示，结果显示，与对照组相比，LAM给药组小鼠的CFU-GM下降32.97％，C57给药组小鼠的CFU-GM下降35.24％，NUK给药组小鼠的CFU-GM下降55.61％，均具有显著性差异(P<0.05)；表明品系小鼠接受白消安给药后，骨髓细胞体外集落形成数均下降，说明白消安对造血干祖细胞增殖有抑制作用，且与C57相比，NUK对白消安药物处理更敏感，LAM对白消安的敏感度相对较低。
实施例2生物标志物的筛选及验证
1、尿液蛋白质分析
1)尿液样本收集
小鼠腹腔注射给药处理前一夜(0D)统一将其置于代谢笼中过夜收集尿液。在尿液收集过程中禁食不禁水，两次收集的尿液都在4℃条件下以10000rpm离心5min，收集上清放入-80℃冰箱保存。
2)尿液样本处理
每品系选取0D各3个尿液样本进行尿液蛋白质组学分析。
冻存尿液样本37℃复溶，2000g离心10min，取1ml上清加入尿素颗粒(0.42g)至浓度为7M(加入尿素后体积变为1.5ml左右)；将尿液样本加入3kD(或者10kda)超滤管(Millipore)中，14000g离心浓缩至100μl；然后倒置超滤管，收集浓缩蛋白，Bradford法定量。
酶解脱盐：取适量蛋白加入终浓度为5mM DTT，37℃孵育1h，然后恢复室温。加入终浓度为10mM的碘乙酰胺，室温避光孵育45min。用25mM碳酸氢铵将样本稀释4倍按照蛋白和胰酶比例50:1加入胰酶，37℃孵育过夜；第二天加入甲酸调节pH小于3，终止酶切。使用C18脱盐柱对样本进行脱盐，100％乙腈活化脱盐柱，0.1％甲酸平衡柱子，加载样本到柱子上，随后使用0.1％甲酸洗涤柱子，洗掉杂质，最后使用70％乙腈洗脱，收集流穿液，冻干。混合标记后的样品用100μl流动相A溶解，14000g离心20min，取上清，使用高效液相进行分级处理。
3)液相色谱串联质谱分析
向酶切后的肽段中加入0.1％的甲酸酸化，进行质谱分析并收集数据。所用仪器为RIGOL L-3000高效液相色谱系统(北京普源精电科技有限公司)和ORBITRAP ECLIPSE质谱仪。
使用1μg多肽样本通过RIGOL L-3000色谱系统进行分离，参数设定如下，洗脱时间85min，洗脱梯度为(流动相A：100％水、0.1％甲酸；流动相B：80％乙腈、0.1％甲酸)。洗脱下来的肽段通过ORBITRAP ECLIPSE质谱仪进行检测。对所有样品用数据非依赖型采集模式(Data-independent acquisition,DIA)进行质谱数据采集。
4)数据处理
将DDA质谱数据和单个样品的DIA质谱数据分别生成DDA-library和direct-DIA-library，并在Spectronaut软件(Biognosys,version 15.7.220308.50606)中计算合并为混合库。混合库用于在Spectronaut软件中搜索单个样品的质谱数据，进行最终的蛋白鉴定和定量。本次使用数据库：Mus musculus(蛋白数：55,315，数据库：uniprot，下载时间：2022.03.17)。
2、ELISA检测
为了验证上述候选蛋白在小鼠体内的表达量与组学检测结果一致，进一步进行ELISA检测确定目标蛋白表达量。每品系各选取0D尿液样本15个(共45个)，及其中8个对应的小鼠血浆样本(共24个)，使用MouseACE/CD143 ELISA Kit检测试剂盒检测Ace浓度，使用MouseAlb/Serum albumin ELISAKit检测试剂盒检测Alb浓度。操作按说明书进行，所有检测均做复孔，结果取平均值。
3、统计学方法
将给药前不同品系鉴定到的蛋白质进行比较，筛选表达量随品系敏感性变化且蛋白丰度大于1的差异蛋白质。差异蛋白质筛选条件为：组间变化倍数(fold change)＞1.2或小于1/1.2，配对t检验分析的P校正值<0.05，且不同品系蛋白表达量呈线性变化。对筛选到的差异蛋白质使用UniProt网站(https://www.uniprot.org/)进行生物学分析，使用QuickGO数据库(https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/)对鉴定到的差异蛋白进行生物学过程(Biological process,BP)、细胞定位(Cellular component，CC)和分子功能(Molecularfunction,MF)3个方面的功能富集分析，并在PubMed数据库(https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/)上对已报道文献进行检索。
采用GraphPad Prism 9软件进行数据统计分析。两组间比较采用t检验，多组间比较采用双因素方差分析(two-wayAVOVA)，以P<0.05为差异有显著性。
4、实验结果
尿蛋白筛选结果如图2所示，结果显示，白蛋白(Albumin,Alb)、溶酶体相关膜蛋白1(lysosomal-associated membrane protein 1,Lamp1)、血管紧张素I转换酶(angiotensin I converting enzyme,Ace)丰度随小鼠品系敏感性增高逐渐降低，Alb、Lampl、Ace在LAM组和NUK组小鼠中均呈现显著性差异，其中LAM组小鼠Alb表达量显著高于NUK组(P<0.01)，LAM组小鼠Lamp1表达量显著高于NUK组(P<0.001)，NUK组小鼠Ace表达量显著高于LAM组(P<0.01)；表明Alb、Lamp1在预测白消安诱导骨髓损伤的敏感性中为抗性基因，即受试者Alb、Lamp1表达量越高，则对白消安的敏感性越差；Ace在预测白消安诱导骨髓损伤的敏感性中为敏感性基因，即受试者Ace表达量越高，则对白消安的敏感性越强。
ELISA检测Alb结果如图3所示，LAM组和NUK组小鼠尿液中的Alb表达量与尿蛋白组学检测趋势一致，LAM组小鼠Alb表达量显著高于NUK组(P<0.001)。
ELISA检测Ace结果如图4所示，结果显示，LAM组和NUK组小鼠尿液中的Ace表达量与尿蛋白组学检测趋势一致，NUK组小鼠Ace表达量显著高于LAM组(P<0.001)；LAM组和NUK组小鼠血浆中的Ace表达情况也与尿蛋白组学检测趋势一致，NUK组小鼠Ace表达量显著高于LAM组(P<0.0001)。
实施例3诊断效能分析
1、实验方法
使用graphpad绘制受试者ROC工作曲线，分析AUC值、敏感性和特异性判断指标的诊断效能。使用ELISA检测的蛋白表达量进行分析，选择最大的Youden指数对应的点水平作为其cut off值。
2、实验结果
Alb、Ace的诊断效能如图5、表1所示，结果显示，尿液中的Alb表达水平用于诊断LAM组和NUK组小鼠的AUC值为1，敏感性为100％，100％-特异性％为0％；尿液中的Ace表达水平用于诊断LAM组和NUK组小鼠的AUC值为0.8178，敏感性为73.33％，100％-特异性％为86.67％；血浆中的Ace表达水平用于诊断LAM组和NUK组小鼠的AUC值为1，敏感性为100％，100％-特异性％为0％；表明Alb、Ace可以预测白消安诱导骨髓损伤的敏感性。
表1Alb、Ace的诊断效能
AUC 敏感性 特异性
尿液中的Alb 1 100％ 0％
尿液中的Ace 0.8178 73.53％ 82.35％
血浆中的Ace 1 100％ 0％
上述实施例的说明只是用于理解本发明的方法及其核心思想。应当指出，对于本领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明原理的前提下，还可以对本发明进行若干改进和修饰，这些改进和修饰也将落入本发明权利要求的保护范围内。

Claims (13)

1.检测样本中生物标志物表达水平的试剂在制备预测磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性的产品中的应用；所述磺酸类烷化剂为白消安；
所述生物标志物包含尿液中的Alb和/或血浆中的Ace。
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述试剂选自：
特异性识别所述生物标志物的探针；或
特异性扩增所述生物标志物的引物；或
特异性结合所述生物标志物基因编码的蛋白的结合剂。
3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述结合剂包括特异性结合所述生物标志物基因编码的蛋白的抗体。
4.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述产品包括通过核酸杂交技术、核酸扩增技术、蛋白免疫技术、测序技术、色谱技术、质谱技术检测所述生物标志物表达水平的试剂。
5.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述产品包括能够检测所述生物标志物表达水平的芯片、试剂盒或核酸膜条。
6.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述骨髓损伤包括骨髓造血干细胞损伤。
7.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述试剂包括检测样本中所述生物标志物蛋白表达水平的试剂、检测样本中所述生物标志物mRNA表达水平的试剂。
8.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，所述芯片包括基因芯片、蛋白芯片，所述基因芯片包括用于检测所述生物标志物基因转录水平的针对所述生物标志物基因的寡核苷酸探针，所述蛋白芯片包括所述生物标志物蛋白的特异性结合剂；所述试剂盒包括基因检测试剂盒、蛋白检测试剂盒，所述基因检测试剂盒包括用于检测所述生物标志物基因转录水平的试剂、或芯片，所述蛋白检测试剂盒包括用于检测所述生物标志物蛋白表达水平的试剂、或芯片。
9.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，所述试剂盒包括通过RT-PCR法、qRT-PCR法、生物芯片检测法、DNA印迹法、原位杂交法、免疫印迹法、酶联免疫吸附测定检测所述生物标志物基因或蛋白表达水平的试剂。
10.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述产品还包括处理样本的试剂。
11.一种预测磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性的装置，其特征在于，所述装置包括：
（1）磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性评估装置包括控制单元和存储单元，通过与彼此通信连接的信息通信终端装置连接，用于评估磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性的情况；
（2）彼此通信连接的信息通信终端装置：用于提供关于来自磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性的尿液中Alb和/或血浆中Ace表达水平的数据；
所述磺酸类烷化剂为白消安。
12.根据权利要求11所述的装置，其特征在于，所述磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性评估装置的控制单元包括如下四个单元：
1）数据接收单元：用于接收从所述信息通信终端设备传输的关于所述尿液中Alb和/或血浆中Ace表达水平的数据；
2）判别值计算单元：其基于对由所述数据接收单元接收的所述尿液中Alb和/或血浆中Ace表达水平以及存储在所述存储单元中的作为解释变量的尿液中Alb和/或血浆中Ace表达水平的判别来计算判别值；
3）判别值基准评价单元：其基于由所述判别值计算单元计算的判别值，对所述磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性的发展风险情况进行评价；
4）评估结果发送单元：其将由所述判别值基准评估单元获得的所述磺酸类烷化剂诱导骨髓损伤敏感性的评估结果发送到所述信息通信终端装置；
所述磺酸类烷化剂为白消安。
13.根据权利要求11所述的装置，其特征在于，所述骨髓损伤包括骨髓造血干细胞损伤。
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Citations (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101918018A (zh) * 2007-11-14 2010-12-15 再生医药有限公司 使用白介素-1受体拮抗剂作为骨髓保护剂的方法
CN102151255A (zh) * 2011-03-04 2011-08-17 中国医学科学院放射医学研究所 白藜芦醇在制备防治辐射诱导骨髓抑制药物中的应用
CN102640001A (zh) * 2009-11-05 2012-08-15 诺瓦提斯公司 预测纤维化进展的生物标记物
WO2013022872A1 (en) * 2011-08-10 2013-02-14 Celgene Corporation Gene methylation biomarkers and methods of use thereof
CN111218510A (zh) * 2020-02-04 2020-06-02 中国医学科学院医学实验动物研究所 Smurf1基因、表达产物及其衍生物或其抑制剂在结直肠癌化疗中的应用
KR20200063081A (ko) * 2018-11-27 2020-06-04 재단법인 아산사회복지재단 급성골수성백혈병 또는 골수형성이상증후군 치료용 약학 조성물, 또는 급성골수성백혈병 또는 골수형성이상증후군 재발의 위험성을 예측하기 위한 조성물
WO2021055562A1 (en) * 2019-09-18 2021-03-25 Biomarker Strategies, Llc Methods to increase the sensitivity and reversing the resistance to drugs
CN113999912A (zh) * 2021-11-30 2022-02-01 青岛泱深生物医药有限公司 用于预测酪氨酸激酶抑制剂耐药的标志物

Family Cites Families (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
AU2017342555A1 (en) * 2016-10-14 2019-05-30 Children's Medical Center Corporation Compositions and methods for treating diseases and disorders of the central nervous system

Patent Citations (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101918018A (zh) * 2007-11-14 2010-12-15 再生医药有限公司 使用白介素-1受体拮抗剂作为骨髓保护剂的方法
CN102640001A (zh) * 2009-11-05 2012-08-15 诺瓦提斯公司 预测纤维化进展的生物标记物
CN102151255A (zh) * 2011-03-04 2011-08-17 中国医学科学院放射医学研究所 白藜芦醇在制备防治辐射诱导骨髓抑制药物中的应用
WO2013022872A1 (en) * 2011-08-10 2013-02-14 Celgene Corporation Gene methylation biomarkers and methods of use thereof
KR20200063081A (ko) * 2018-11-27 2020-06-04 재단법인 아산사회복지재단 급성골수성백혈병 또는 골수형성이상증후군 치료용 약학 조성물, 또는 급성골수성백혈병 또는 골수형성이상증후군 재발의 위험성을 예측하기 위한 조성물
WO2021055562A1 (en) * 2019-09-18 2021-03-25 Biomarker Strategies, Llc Methods to increase the sensitivity and reversing the resistance to drugs
CN111218510A (zh) * 2020-02-04 2020-06-02 中国医学科学院医学实验动物研究所 Smurf1基因、表达产物及其衍生物或其抑制剂在结直肠癌化疗中的应用
CN113999912A (zh) * 2021-11-30 2022-02-01 青岛泱深生物医药有限公司 用于预测酪氨酸激酶抑制剂耐药的标志物

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
"Screening for urinary markers predicting hematopoietic stem cell injury induced by busulfan using genetically diverse mice";Yuhang Sun et al.;《Anim Models Exp Med. 》;第6卷(第2期);第146-154页 *
"白消安对小鼠造血干细胞功能的损伤作用";李程程等;《中国比较医学杂志》;第28卷(第2期);第26-32页 *

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