JP2015147788A - I型インターフェロン診断法 - Google Patents
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Abstract
【課題】I型IFNまたはIFNα仲介性障害を有する患者のうち、I型インターフェロン活性を調節する治療剤による治療に適した被検体を同定するためのキットおよび方法の提供。
【解決手段】I型インターフェロンを調節する治療薬を含む薬力学(PD)マーカー、IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6及びRSAD2のうちの少なくとも4つのmRNAの増加を検出し、少なくとも約4倍のmRNA増加により、全身性エリテマトーデス(狼瘡)を薬剤による治療する為の医薬組成物。
【選択図】図1
【解決手段】I型インターフェロンを調節する治療薬を含む薬力学(PD)マーカー、IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6及びRSAD2のうちの少なくとも4つのmRNAの増加を検出し、少なくとも約4倍のmRNA増加により、全身性エリテマトーデス(狼瘡)を薬剤による治療する為の医薬組成物。
【選択図】図1
Description
関連出願の相互参照
本願は、その内容全体が参照により組み込まれる、2009年9月3日に出願された米国特許仮出願第61/239,630号に対する優先権を主張する。
本願は、その内容全体が参照により組み込まれる、2009年9月3日に出願された米国特許仮出願第61/239,630号に対する優先権を主張する。
配列表
本願は、EFS−Webを介してASCII形式で提出され、かつその内容全体が参照により本明細書に組み込まれる、配列表を含む。2010年9月1日に作成されたASCIIコピーはMED217T4.txtという名称で、28,665バイトの大きさである。
本願は、EFS−Webを介してASCII形式で提出され、かつその内容全体が参照により本明細書に組み込まれる、配列表を含む。2010年9月1日に作成されたASCIIコピーはMED217T4.txtという名称で、28,665バイトの大きさである。
本開示は、インターフェロン(IFN)アルファのようなI型インターフェロンにより誘導可能な薬力学(PD)マーカー、PDマーカーを検出するプローブおよびキット、ならびにその使用法に関する。さらに本開示は、自己免疫疾患により誘導されるPDマーカーに関する。さらに本開示は、その発現が自己免疫疾患、例えばSLE、DM、PM、SSc、RA、シェーグレン症候群およびループス腎炎などに罹患している患者の診断法として使用し得る遺伝子に関する。さらに本開示は、その発現が、抗インターフェロンアルファ抗体のようなI型インターフェロン活性を調節する治療剤に応答する自己免疫疾患に罹患している患者を同定するために使用し得る遺伝子に関する。
本開示は、IFNαにより誘導されるPDマーカーを包含する。PDマーカーは、治療剤、I型インターフェロン活性を調節する治療剤、例えばIFNαと結合してその活性を調節する薬剤などにより患者を治療する方法、I型インターフェロン活性を調節する治療剤のための候補として患者を同定する方法、患者をI型インターフェロンまたはIFNαレベルの増加と関連した障害を有すると診断する方法、I型インターフェロン活性を調節する治療剤、例えばIFNαと結合してその活性を調節する治療剤などによる治療を受けている患者の疾患進行をモニターする方法、およびIFNα仲介性障害の治療のための候補治療剤を同定する方法において使用し得る。また本開示は、他に自己免疫疾患、例えばSLE、DM、PM、SSc、RA、シェーグレン症候群およびループス腎炎などに関与するPDマーカーも包含する。
本開示の一実施形態は、I型インターフェロン活性を調節する治療剤、例えばIFNαと結合してその活性を調節する治療剤およびI型インターフェロンまたIFNαの受容体と結合する薬剤などのための候補として患者を同定する方法を包含する。IFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルの有無は、患者由来の試料中で検出する。PDマーカー発現プロファイルは、遺伝子セットの発現または活性の上方制御を含む。特定の実施形態では、遺伝子セットは:(a)IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または(b)IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または(c)IFI27、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または(d)IFI27、IFI44、IFI6およびRSAD2;または(e)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2;または(f)IFI27、IFI44、IFI44LおよびIFI6であり得る。
本開示の別の実施形態は、I型IFNまたはIFNα仲介性疾患または障害を有する患者の治療法を包含する。I型IFNまたはIFNα活性を調節する薬剤を患者に投与する。一実施形態では、薬剤は、IFNまたはIFNαと結合してその活性を中和する。別の実施形態では、薬剤は、I型インターフェロンまたはIFNαの受容体と結合する。薬剤は、患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを中和する。PDマーカー発現プロファイルは、遺伝子セットの発現または活性の上方制御を含む。特定の実施形態では、遺伝子セットは:(a)IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または(b)IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または(c)IFI27、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または(d)IFI27、IFI44、IFI6およびRSAD2;または(e)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2;または(f)IFI27、IFI44、IFI44LおよびIFI6であり得る。
本開示のさらに別の実施形態は、中程度のまたは強いI型IFNまたはIFNαPDマーカープロファイルを含む自己免疫疾患患者の治療法を包含する。I型IFNまたはIFNα活性を調節する薬剤を患者に投与する。一実施形態では、薬剤は、IFNまたはIFNαと結合してその活性を中和する。別の実施形態では、薬剤は、I型インターフェロンまたはIFNαの受容体と結合する。薬剤は、患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを中和する。PDマーカー発現プロファイルは、遺伝子セットの発現または活性の上方制御を含む。特定の実施形態では、遺伝子セットは:(a)IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または(b)IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または(c)IFI27、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または(d)IFI27、IFI44、IFI6およびRSAD2;または(e)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2;または(f)IFI27、IFI44、IFI44LおよびIFI6であり得る。
本開示のさらなる実施形態は、I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルの中和を、それを必要とする患者において行う方法を包含する。I型IFNまたはIFNα活性を調節する薬剤を患者に投与する。一実施形態では、薬剤は、IFNまたはIFNαと結合してその活性を中和する。別の実施形態では、薬剤は、I型インターフェロンまたはIFNαの受容体と結合する。薬剤は、患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを中和する。PDマーカー発現プロファイルは、遺伝子セットの発現または活性の上方制御を含む。特定の実施形態では、遺伝子セットは:(a)IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または(b)IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または(c)IFI27、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または(d)IFI27、IFI44、IFI6およびRSAD2;または(e)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2;または(f)IFI27、IFI44、IFI44LおよびIFI6であり得る。
本開示の別の実施形態は、患者をIFNαレベルの増加と関連した障害を有すると診断する方法を包含する。IFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルの有無を、患者由来の試料中で検出する。PDマーカー発現プロファイルは、遺伝子セットの発現または活性の上方制御を含む。特定の実施形態では、遺伝子セットは:(a)IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または(b)IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または(c)IFI27、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または(d)IFI27、IFI44、IFI6およびRSAD2;または(e)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2;または(f)IFI27、IFI44、IFI44LおよびIFI6であり得る。
本開示のさらなる実施形態は、IFNαと結合してその活性を調節する治療剤による治療を受けている患者の疾患進行をモニターする方法を包含する。第一のIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを患者由来の第一の試料で得る。I型IFNまたはIFNα活性を調節する薬剤を患者に投与する。一実施形態では、薬剤は、IFNまたはIFNαと結合してその活性を中和する。別の実施形態では、薬剤は、I型インターフェロンまたはIFNαの受容体と結合する。第二のIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを患者由来の第二の試料から得る。第一と第二のIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを比較する。PDマーカー発現プロファイルは、遺伝子セットの発現または活性の上方制御を含む。特定の実施形態では、遺伝子セットは:(a)IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または(b)IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または(c)IFI27、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または(d)IFI27、IFI44、IFI6およびRSAD2;または(e)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2;または(f)IFI27、IFI44、IFI44LおよびIFI6であり得る。
本開示のさらに別の実施形態は、IFNα仲介性障害を治療するための候補薬剤の同定法を包含する。IFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを含む細胞を薬剤と接触させる。細胞のIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルにおける変化の有無を検出する。PDマーカー発現プロファイルは、遺伝子セットの発現または活性の上方制御を含む。特定の実施形態では、遺伝子セットは:(a)IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または(b)IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または(c)IFI27、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または(d)IFI27、IFI44、IFI6およびRSAD2;または(e)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2;または(f)IFI27、IFI44、IFI44LおよびIFI6であり得る。
本開示のさらなる実施形態は、オリゴヌクレオチドのセットを包含する。オリゴヌクレオチドのセットは、遺伝子セットの発現を特異的に検出するオリゴヌクレオチドを含み得る。特定の実施形態では、遺伝子セットは:(a)IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または(b)IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または(c)IFI27、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または(d)IFI27、IFI44、IFI6およびRSAD2;または(e)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2;または(f)IFI27、IFI44、IFI44LおよびIFI6であり得る。
本開示のさらなる実施形態は、18S、ACTBおよびGAPDHを特異的に検出するオリゴヌクレオチドを包含する。
本開示の別の実施形態は、IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のうちの少なくとも4つならびに18S、ACTBおよびGAPDHを特異的に検出するためのオリゴヌクレオチドと、検出に適した試薬とを含むキットである。
本開示の別の実施形態は、試料中のIFN活性の検出法を包含する。IFN刺激応答エレメントの制御下にあるレポーター遺伝子を含むポリヌクレオチド配列を含む細胞を、試料と共にインキュベートする。レポーター遺伝子の発現を検出する。
本開示のさらなる実施形態は、患者の自己免疫障害の進行または退行をモニターする方法を包含する。第一のPDマーカー発現プロファイルを患者の第一の試料から得る。第二のPDマーカー発現プロファイルを患者の第二の試料から得る。第一と第二のPDマーカー発現プロファイルを比較する。第一と第二のPDマーカー発現プロファイルの間の差異が疾患の進行または退行を示す。
本開示は、患者における疾患進行を同定、診断、治療およびモニターする方法を包含する。患者には、I型IFNまたはIFNα誘導性疾患、障害または状態を有する任意の動物が含まれる。患者には、自己免疫疾患または障害または状態を有する任意の動物が含まれる。自己免疫疾患/障害/状態としては、全身性エリテマトーデス(SLE)、インスリン依存性糖尿病、炎症性腸疾患(クローン病、潰瘍性大腸炎およびセリアック病を含む)、多発性硬化症、乾癬、自己免疫性甲状腺炎、強皮症、関節リウマチ、糸球体腎炎、特発性炎症性筋炎、シェーグレン症候群、血管炎、封入体筋炎(IBM)、皮膚筋炎(DM)、多発性筋炎(PM)、サルコイドーシス、強皮症およびループス腎炎が挙げられる。患者は、実験的研究の結果として疾患、障害または状態を有し得る、すなわち、患者は疾患、障害または状態のために開発された実験モデルであり得る。あるいは、患者は、実験的操作なしで疾患、障害または状態を有し得る。患者としては、ヒト、マウス、ラット、ウマ、ブタ、ネコ、イヌおよび研究に使用される任意の動物が挙げられる。
患者は、I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを有し得る。I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルは、強いプロファイル、中程度のプロファイルまたは弱いプロファイルであり得る。I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルは、対照試料(1つまたは複数)または対照患者(単数または複数)に対する患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルの制御不全倍数(例えば、患者における上方制御されたI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカーの発現の増加倍数)を決定し、その患者の制御不全倍数をI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを有する他の患者のものと比較することにより、強い、中程度または弱いと命名することができる。制御不全倍数は、比較と同様に当該技術分野で公知の方法により算出することができる。例えば、国際出願PCT/US2007/024947号の実施例8を参照されたい。一実施形態では、制御不全倍数は、mRNA発現レベルの変化倍数として算出する。強い、中程度のまたは弱いプロファイルは、特にI型IFNまたはIFNα誘導性ではない遺伝子に関して同様に作製し得る。
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルに含まれる遺伝子グループの上方または下方制御は、当該技術分野で公知の方法により算出することができる。一実施形態では、上方または下方制御を、IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2から選択される少なくとも4つの遺伝子のグループのmRNA発現レベルにおける平均変化倍数として算出する。別の実施形態では、上方または下方制御を、少なくとも4つの標的遺伝子(IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2)の平均Ct(サイクル閾値)と3つの対照遺伝子の平均Ctとの間の差として算出する。
I.I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイル
A.診断遺伝子
患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルに含まれる遺伝子のグループは、(a)IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または(b)IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または(c)IFI27、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または(d)IFI27、IFI44、IFI6およびRSAD2;または(e)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2;または(f)IFI27、IFI44、IFI44LおよびIFI6である。
A.診断遺伝子
患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルに含まれる遺伝子のグループは、(a)IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または(b)IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または(c)IFI27、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または(d)IFI27、IFI44、IFI6およびRSAD2;または(e)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2;または(f)IFI27、IFI44、IFI44LおよびIFI6である。
特定の実施形態では、患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルに含まれる遺伝子のグループは、IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2を含む。別の特定の実施形態では、患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルに含まれる遺伝子のグループは、IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2からなる。さらなる特定の実施形態では、患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルに含まれる遺伝子のグループは、IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2を含む。別の特定の実施形態では、患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルに含まれる遺伝子のグループは、IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2からなる。
発現プロファイルにおけるIFNα誘導性PDマーカーは、(a)IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または(b)IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または(c)IFI27、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または(d)IFI27、IFI44、IFI6およびRSAD2;または(e)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2;または(f)IFI27、IFI44、IFI44LおよびIFI6を含み得る。
発現プロファイルにおけるIFNα誘導性PDマーカーは、(a)IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または(b)IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または(c)IFI27、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または(d)IFI27、IFI44、IFI6およびRSAD2;または(e)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2;または(f)IFI27、IFI44、IFI44LおよびIFI6からなり得る。
B.血清タンパク質
発現プロファイルにおけるIFNα誘導性PDマーカーは、アディポネクチン、アルファ−フェトプロテイン、アポリポタンパク質CIII、ベータ−2ミクログロブリン、癌抗原125、癌抗原19−9、エオタキシン、FABP、第VII因子、フェリチン、IL−10、IL−12p70、IL−16、IL−18、IL−1ra、IL−3、MCP−1、MMP−3、ミオグロビン、SGOT、組織因子、TIMP−1、TNF RII、TNF−アルファ、VCAM−1、vWF、BDNK、補体3、CD40リガンド、EGF、ENA−78、EN−RAGE、IGF−1、MDC、ミエロペルオキシダーゼ、RANTESまたはトロンボポエチンの血清タンパク質レベルのいずれか1つ以上における変化を含み得る。
発現プロファイルにおけるIFNα誘導性PDマーカーは、アディポネクチン、アルファ−フェトプロテイン、アポリポタンパク質CIII、ベータ−2ミクログロブリン、癌抗原125、癌抗原19−9、エオタキシン、FABP、第VII因子、フェリチン、IL−10、IL−12p70、IL−16、IL−18、IL−1ra、IL−3、MCP−1、MMP−3、ミオグロビン、SGOT、組織因子、TIMP−1、TNF RII、TNF−アルファ、VCAM−1、vWF、BDNK、補体3、CD40リガンド、EGF、ENA−78、EN−RAGE、IGF−1、MDC、ミエロペルオキシダーゼ、RANTESまたはトロンボポエチンの血清タンパク質レベルのいずれか1つ以上における変化を含み得る。
発現プロファイルにおけるIFNα誘導性PDマーカーは、アディポネクチン、アルファ−フェトプロテイン、アポリポタンパク質CIII、ベータ−2ミクログロブリン、癌抗原125、癌抗原19−9、エオタキシン、FABP、第VII因子、フェリチン、IL−10、IL−12p70、IL−16、IL−18、IL−1ra、IL−3、MCP−1、MMP−3、ミオグロビン、SGOT、組織因子、TIMP−1、TNF RII、TNF−アルファ、VCAM−1またはvWFの血清タンパク質レベルのいずれか1つ以上における変化を含み得る。
発現プロファイルにおけるIFNα誘導性PDマーカーは、BDNK、補体3、CD40リガンド、EGF、ENA−78、EN−RAGE、IGF−1、MDC、ミエロペルオキシダーゼ、RANTESまたはトロンボポエチンの血清タンパク質レベルのいずれか1つ以上における変化を含み得る。
IFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルは、ベースラインに比べて上昇したIFNαレベルに曝露された細胞における遺伝子の上方制御された発現または活性を含み得る。遺伝子の上方制御された発現または活性としては、遺伝子からのmRNAの発現増加、遺伝子によりコードされるタンパク質の発現増加または遺伝子によりコードされるタンパク質の活性増加が挙げられる。遺伝子の発現または活性は、IFNαに対する直接的または間接的応答として上方制御され得る。
C.インターフェロンサブタイプ
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを含む患者は、任意の数のIFNαまたはI型IFNサブタイプの発現の上方制御をさらに含み得る。IFNαまたはI型IFNサブタイプは、任意の2個以上、2個超、3個超、4個超、5個超、6個超、7個超、8個超、9個超または10個超のIFNαまたはI型IFNサブタイプを含み得る。これらのサブタイプは、IFNα1、IFNα2、IFNα4、IFNα5、IFNα6、IFNα7、IFNα8、IFNα10、IFNα14、IFNα17、IFNα21、IFNβまたはIFNωを含み得る。患者は、IFNサブタイプFNα1、FNα2、IFNα8およびIFNα14の発現の上方制御を含み得る。
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを含む患者は、任意の数のIFNαまたはI型IFNサブタイプの発現の上方制御をさらに含み得る。IFNαまたはI型IFNサブタイプは、任意の2個以上、2個超、3個超、4個超、5個超、6個超、7個超、8個超、9個超または10個超のIFNαまたはI型IFNサブタイプを含み得る。これらのサブタイプは、IFNα1、IFNα2、IFNα4、IFNα5、IFNα6、IFNα7、IFNα8、IFNα10、IFNα14、IFNα17、IFNα21、IFNβまたはIFNωを含み得る。患者は、IFNサブタイプFNα1、FNα2、IFNα8およびIFNα14の発現の上方制御を含み得る。
あるいは、本開示に包含される方法で治療する患者は、単に任意の数のIFNαまたはI型IFNサブタイプの発現の上方制御を有する遺伝子発現プロファイル含むと同定される患者であり得る。IFNαまたはI型IFNサブタイプは、任意の2個以上、2個超、3個超、4個超、5個超、6個超、7個超、8個超、9個超または10個超のIFNαまたはI型IFNサブタイプを含み得る。これらのサブタイプは、IFNα1、IFNα2、IFNα4、IFNα5、IFNα6、IFNα7、IFNα8、IFNα10、IFNα14、IFNα17、IFNα21、IFNβまたはIFNωを含み得る。これらのサブタイプは、IFNα1、IFNα2、IFNα8およびIFNα14を含み得る。
D.IFN−α受容体
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを含む患者は、IFNAR1もしくはIFNAR2のいずれかまたはその両方のIFNα受容体、またはTNFαまたはIFNγまたはIFNγ受容体(IFNGR1、IFNGR2、またはIFNGR1とIFNGR2の両方)の発現の上方制御をさらに含み得る。患者は、単にIFNAR1もしくはIFNAR2のいずれかまたはその両方のIFNα受容体、またはTNFαまたはIFNγまたはIFNγ受容体(IFNGR1、IFNGR2、またはIFNGR1とIFNGR2の両方)の発現の上方制御を含む患者として同定され得る。
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを含む患者は、IFNAR1もしくはIFNAR2のいずれかまたはその両方のIFNα受容体、またはTNFαまたはIFNγまたはIFNγ受容体(IFNGR1、IFNGR2、またはIFNGR1とIFNGR2の両方)の発現の上方制御をさらに含み得る。患者は、単にIFNAR1もしくはIFNAR2のいずれかまたはその両方のIFNα受容体、またはTNFαまたはIFNγまたはIFNγ受容体(IFNGR1、IFNGR2、またはIFNGR1とIFNGR2の両方)の発現の上方制御を含む患者として同定され得る。
II.上方制御
患者の発現プロファイルにおけるI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカーの上方制御または下方制御は、対照由来の試料(患者の疾患組織でない試料(例えば、乾癬患者の非病変皮膚)由来または疾患もしくは障害に罹患していない健常者由来であり得る)のものに比べて任意の程度であり得るか、またはその発現が疾患により変化しない患者由来遺伝子(いわゆる「ハウスキーピング」遺伝子)のものと比べたものであり得る。
患者の発現プロファイルにおけるI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカーの上方制御または下方制御は、対照由来の試料(患者の疾患組織でない試料(例えば、乾癬患者の非病変皮膚)由来または疾患もしくは障害に罹患していない健常者由来であり得る)のものに比べて任意の程度であり得るか、またはその発現が疾患により変化しない患者由来遺伝子(いわゆる「ハウスキーピング」遺伝子)のものと比べたものであり得る。
上方制御または下方制御の程度は、対照または対照試料の少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも100%、少なくとも125%、少なくとも150%、または少なくとも200%、または少なくとも300%、または少なくとも400%、または少なくとも500%以上であり得る。
I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルは、PDマーカーに含まれる遺伝子セットの発現または活性の平均増加倍数として算出し得る。またI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルは、4つの標的遺伝子の平均Ct(サイクル閾値)と3つの対照遺伝子の平均Ctとの間の差としても算出し得る。
遺伝子セットの発現または活性の平均増加倍数は、少なくとも約2と少なくとも約15の間、少なくとも約2と少なくとも約10の間、または少なくとも約2と少なくとも約5の間であり得る。遺伝子セットの発現または活性の平均増加倍数は、少なくとも約2、少なくとも約2.5、少なくとも約3、少なくとも約3.5、少なくとも約4、少なくとも約4.5、少なくとも約5、少なくとも約5.5、少なくとも約6、少なくとも約6.5、少なくとも約7、少なくとも約8、少なくとも約9または少なくとも約10であり得る。
発現増加の程度により、自己免疫疾患に罹患しているサイン陽性およびサイン陰性患者を同定するための変化倍数カットオフの同定が可能となる。一実施形態では、カットオフは少なくとも約2である。別の実施形態では、カットオフは少なくとも約2.5である。別の実施形態では、カットオフは少なくとも約3である。別の実施形態では、カットオフは少なくとも約3.5である。別の実施形態では、カットオフは少なくとも約4である。別の実施形態では、カットオフは少なくとも約4.5である。別の実施形態では、カットオフは、少なくとも3.5、3.6、3.7、3.8、3.9、4.0、4.1、4.2、4.3、4.4および4.5から選択される。別の実施形態では、カットオフは約2と約8の間である。一実施形態では、カットオフは、IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のうちの少なくとも4つの発現レベル増加の平均である。別の実施形態では、カットオフは、IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のうちの少なくとも4つの発現レベル増加の中央値である。
また発現増加の程度により、自己免疫疾患に罹患しているサイン陽性およびサイン陰性患者を同定するためのデルタCtカットオフの同定も可能となる。一実施形態では、カットオフは少なくとも約7.6である。別の実施形態では、カットオフは7.56である。変化倍数カットオフを用いて適当なデルタCtカットオフを決定し得る(例えば、1<変化倍数のlog2<3は、8.65〜6.56のデルタCt範囲に対応する)。したがって、別の実施形態では、デルタCtカットオフは約6.56〜約8.56の間である。
さらに、患者はI型IFNサブタイプを、対照のI型IFNサブタイプの少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも100%、少なくとも125%、少なくとも150%、または少なくとも200%、少なくとも300%、または少なくとも400%、または500%過剰発現するか、または過剰発現する組織を有し得る。I型IFNサブタイプは、IFNα1、IFNα2、IFNα4、IFNα5、IFNα6、IFNα7、IFNα8、IFNα10、IFNα14、IFNα17、IFNα21、IFNβまたはIFNωのいずれか1つであり得る。I型IFNサブタイプは、IFNα1、IFNα2、IFNα8およびIFNα14をすべて含み得る。
IFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルにおける、プローブまたはキット中のプローブにより試料中で検出される任意の遺伝子の発現または活性の上方制御は、対照細胞、例えば、健常志願者の細胞、または対照動物の細胞、または培養中でIFNαに曝露されていない細胞のベースラインレベルに比べて、少なくとも1.2倍、少なくとも1.25倍、少なくとも1.3倍、少なくとも1.4倍、少なくとも1.5倍、少なくとも2.0倍、少なくとも2.25倍、少なくとも2.5倍、少なくとも2.75倍、少なくとも3.0倍、少なくとも3.5倍、少なくとも4.0倍、少なくとも4.5倍、少なくとも5.0倍、少なくとも6.0倍、少なくとも7.0倍、少なくとも8.0倍、少なくとも9.0倍、少なくとも10.0倍、少なくとも15.0倍、少なくとも20.0倍、少なくとも25.0倍または少なくとも50.0倍であり得る。IFNα誘導性PDマーカー発現プロファイル中のすべての遺伝子は、同じ増加倍数の上方制御された発現または活性を有し得る。あるいは、PDマーカー発現プロファイル中の遺伝子は、異なるレベルの上方制御された発現または活性を有し得る。
A.上方制御の測定
IFNα誘導性PDマーカーの遺伝子発現または活性の上方または下方制御は、当該技術分野で公知の任意の手段により決定し得る。例えば、遺伝子発現の上方または下方制御は、mRNAレベルを決定することにより検出し得る。mRNA発現は、ノーザンブロット法、スロットブロット法、定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応または遺伝子チップハイブリダイゼーション技術により決定し得る。例えば、遺伝子チップハイブリダイゼーション技術のための核酸アレイ作製の例として、米国特許第5,744,305号および同第5,143,854号を参照されたい。遺伝子発現測定のためのTAQMAN(登録商標)法の使用法の例として、Establishing and functional characterization of an HEK−293 cell line expressing autofluorescently tagged β−actin(pEYFP−ACTIN)and the neurokinin type 1 receptor(NK1−R)Hrovat,A;Zavec,AB;Pogacnik,A;Frangez,R;Vrecl,M 2010 Cellular & Molecular Biology Letters 1,55−69,Expression profiles of proliferative and antiapoptotic genes in sporadic and colitis−related mouse colon cancer models Svec,J;Ergang,P;Mandys,V;Kment,M;Pacha,J 2010 International Journal of Experimental Pathology 1,44−53、およびProtein kinase inhibitors emodin and dichloro−ribofuranosylbenzimidazole modulate the cellular accumulation and cytotoxicity of cisplatin in a schedule−dependent manner Kurokawa,T;He,GA;Siddik,ZH 2010 Cancer Chemotherapy and Pharmacology 3,427−436を参照されたい。
IFNα誘導性PDマーカーの遺伝子発現または活性の上方または下方制御は、当該技術分野で公知の任意の手段により決定し得る。例えば、遺伝子発現の上方または下方制御は、mRNAレベルを決定することにより検出し得る。mRNA発現は、ノーザンブロット法、スロットブロット法、定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応または遺伝子チップハイブリダイゼーション技術により決定し得る。例えば、遺伝子チップハイブリダイゼーション技術のための核酸アレイ作製の例として、米国特許第5,744,305号および同第5,143,854号を参照されたい。遺伝子発現測定のためのTAQMAN(登録商標)法の使用法の例として、Establishing and functional characterization of an HEK−293 cell line expressing autofluorescently tagged β−actin(pEYFP−ACTIN)and the neurokinin type 1 receptor(NK1−R)Hrovat,A;Zavec,AB;Pogacnik,A;Frangez,R;Vrecl,M 2010 Cellular & Molecular Biology Letters 1,55−69,Expression profiles of proliferative and antiapoptotic genes in sporadic and colitis−related mouse colon cancer models Svec,J;Ergang,P;Mandys,V;Kment,M;Pacha,J 2010 International Journal of Experimental Pathology 1,44−53、およびProtein kinase inhibitors emodin and dichloro−ribofuranosylbenzimidazole modulate the cellular accumulation and cytotoxicity of cisplatin in a schedule−dependent manner Kurokawa,T;He,GA;Siddik,ZH 2010 Cancer Chemotherapy and Pharmacology 3,427−436を参照されたい。
ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)において標的と選択的に結合するプライマーは、PCR反応においてハイブリダイズし、かつバックグラウンド上に標的を検出する十分なシグナルを生じるプライマーを実験的に決定することに基づいて選択し得るか、またはManiatisら,Molecular Cloning,第2版,第11.46節,1989に記載されているように、プライマー:標的二重鎖の融解温度を用いて予測し得る。同様に、TAQMAN(登録商標)または関連する方法においてPCR産物を検出するためのプローブを、実験的に選択または予測し得る。このようなプライマーおよびプローブ(まとめて「オリゴヌクレオチド」)は、長さが10〜30ヌクレオチドの間であるか、またはそれを超え得る。
IFNα誘導性PDマーカーの遺伝子発現または活性の上方または下方制御は、タンパク質レベルを検出することにより決定し得る。タンパク質発現レベルを検出するための方法としては、酵素結合免疫吸着測定法のような免疫ベースのアッセイ、ウエスタンブロット法、タンパク質アレイおよび銀染色が挙げられる。
IFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルは、タンパク質活性のプロファイルを含み得る。IFNα誘導性PDマーカーの遺伝子発現または活性の上方または下方制御は、検出可能なリン酸化活性、脱リン酸化活性または切断活性を含むがこれらに限定されないタンパク質活性を検出することにより決定し得る。さらに、IFNα誘導性PDマーカーの遺伝子発現または活性の上方または下方制御は、これらの遺伝子発現レベルまたは活性の任意の組合せを検出することにより決定し得る。
III.I型IFNまたはIFNα誘導性疾患、障害または状態
I型IFNまたはIFNα誘導性疾患、障害または状態は、I型IFNまたはIFNαのPDマーカー発現プロファイルまたは遺伝子サインを示す任意のものである。PDマーカー発現プロファイルおよび遺伝子サインは同等のものであることが理解されるであろう。上記疾患、障害または状態としては、自己免疫的要素を有するもの、例えば全身性エリテマトーデス(SLE)、インスリン依存性糖尿病、炎症性腸疾患(クローン病、潰瘍性大腸炎およびセリアック病を含む)、多発性硬化症、乾癬、自己免疫性甲状腺炎、強皮症、関節リウマチ、糸球体腎炎、特発性炎症性筋炎、シェーグレン症候群、血管炎、封入体筋炎(IBM)、皮膚筋炎、多発性筋炎、ループス腎炎およびサルコイドーシスなどが挙げられる。その他の疾患、障害または状態としては、移植片対宿主病および移植拒絶反応が挙げられる。
I型IFNまたはIFNα誘導性疾患、障害または状態は、I型IFNまたはIFNαのPDマーカー発現プロファイルまたは遺伝子サインを示す任意のものである。PDマーカー発現プロファイルおよび遺伝子サインは同等のものであることが理解されるであろう。上記疾患、障害または状態としては、自己免疫的要素を有するもの、例えば全身性エリテマトーデス(SLE)、インスリン依存性糖尿病、炎症性腸疾患(クローン病、潰瘍性大腸炎およびセリアック病を含む)、多発性硬化症、乾癬、自己免疫性甲状腺炎、強皮症、関節リウマチ、糸球体腎炎、特発性炎症性筋炎、シェーグレン症候群、血管炎、封入体筋炎(IBM)、皮膚筋炎、多発性筋炎、ループス腎炎およびサルコイドーシスなどが挙げられる。その他の疾患、障害または状態としては、移植片対宿主病および移植拒絶反応が挙げられる。
A.患者の症状
患者は、例えば国際出願PCT/US2007/024941号で論じられている数多くの症状のうちの任意のものも示し得るか、または同明細書で論じられている臨床的SLEDAIスコアまたはBILAGスコアを有し得る。これらの症状は、疲労、器官損傷、頬部紅斑および脱毛症を含み得る。患者は、既知の臨床スコアリングシステム、例えば、過去10日以内に測定および評価される、SLE疾患活動性の指標であるSLEDAI(Bombardier C,Gladman D D,Urowitz M B,Caron D,Chang C Hおよびthe Committee on Prognosis Studies in SLE:Derivation of the SLEDAI for Lupus Patients.Arthritis Rheum 35:630−640,1992)を用いてスコア化し得る。SLEDAIスコアリングシステムでの疾患活動性は0〜105の範囲であり得る。以下のSLEDAI活動性のカテゴリーが定められている:無活動性(SLEDAI=0);軽度の活動性(SLEDAI=1〜5);中等度の活動性(SLEDAI=6〜10);高度の活動性(SLEDAI=11〜19);非常に高度の活性(SLEDAI=20以上)(Griffithsら,Assessment of Patients with Systemic Lupus Erythematosus and the use of Lupus Disease Activity Indices)。もう1つの疾患スコアリング指標は、8種類の器官系:全身、粘膜皮膚系、神経系、筋骨格系、心血管系、呼吸器系、腎臓系および血液系の結果における特定の臨床症状に基づくSLEの活動性指標であるBILAG指標である。スコアリングは文字形式に基づくが、各文字に加重した数値スコアを割り当てることも可能であり、これにより0〜72の範囲でBILAGスコアを算出することが可能となる(Griffithsら,Assessment of Patients with Systemic Lupus Erythematosus and the use of Lupus Disease Activity Indices)。その他のスコアリング指標としては、PGAスコア、複合応答指標(CRI)およびANAM4(商標)試験が挙げられる。本明細書に記載されている、例えば自己免疫障害治療の方法は、当該技術分野で公知の任意の分類法により測定される疾患活動性の任意の活動性レベル、例えば、軽度、中等度、高度または非常に高度の活動性レベルを有すると同定される任意の被検体に対して使用し得る。本明細書に記載されている、例えば自己免疫障害治療の方法は、患者の症状の減少をもたらし得るか、または患者のI型IFNまたはIFNα誘導性疾患、障害または状態に対する疾患スコアの改善をもたらし得る。
患者は、例えば国際出願PCT/US2007/024941号で論じられている数多くの症状のうちの任意のものも示し得るか、または同明細書で論じられている臨床的SLEDAIスコアまたはBILAGスコアを有し得る。これらの症状は、疲労、器官損傷、頬部紅斑および脱毛症を含み得る。患者は、既知の臨床スコアリングシステム、例えば、過去10日以内に測定および評価される、SLE疾患活動性の指標であるSLEDAI(Bombardier C,Gladman D D,Urowitz M B,Caron D,Chang C Hおよびthe Committee on Prognosis Studies in SLE:Derivation of the SLEDAI for Lupus Patients.Arthritis Rheum 35:630−640,1992)を用いてスコア化し得る。SLEDAIスコアリングシステムでの疾患活動性は0〜105の範囲であり得る。以下のSLEDAI活動性のカテゴリーが定められている:無活動性(SLEDAI=0);軽度の活動性(SLEDAI=1〜5);中等度の活動性(SLEDAI=6〜10);高度の活動性(SLEDAI=11〜19);非常に高度の活性(SLEDAI=20以上)(Griffithsら,Assessment of Patients with Systemic Lupus Erythematosus and the use of Lupus Disease Activity Indices)。もう1つの疾患スコアリング指標は、8種類の器官系:全身、粘膜皮膚系、神経系、筋骨格系、心血管系、呼吸器系、腎臓系および血液系の結果における特定の臨床症状に基づくSLEの活動性指標であるBILAG指標である。スコアリングは文字形式に基づくが、各文字に加重した数値スコアを割り当てることも可能であり、これにより0〜72の範囲でBILAGスコアを算出することが可能となる(Griffithsら,Assessment of Patients with Systemic Lupus Erythematosus and the use of Lupus Disease Activity Indices)。その他のスコアリング指標としては、PGAスコア、複合応答指標(CRI)およびANAM4(商標)試験が挙げられる。本明細書に記載されている、例えば自己免疫障害治療の方法は、当該技術分野で公知の任意の分類法により測定される疾患活動性の任意の活動性レベル、例えば、軽度、中等度、高度または非常に高度の活動性レベルを有すると同定される任意の被検体に対して使用し得る。本明細書に記載されている、例えば自己免疫障害治療の方法は、患者の症状の減少をもたらし得るか、または患者のI型IFNまたはIFNα誘導性疾患、障害または状態に対する疾患スコアの改善をもたらし得る。
IV.治療剤
治療剤を患者に投与し得るか、または患者を薬剤もしくは治療剤投与のための候補として同定し得る。治療剤はI型インターフェロンまたはIFNα活性を調節し得る。適切な治療剤は、I型IFNまたはIFNαと結合してその活性を調節する分子を含む。適切な治療剤は、I型インターフェロンまたはIFNαの受容体と結合してその活性を調節する分子を含む。治療剤は低分子または生物学的薬剤であり得る。治療剤が低分子である場合、それを合成するか、または天然源から同定および単離し得る。
治療剤を患者に投与し得るか、または患者を薬剤もしくは治療剤投与のための候補として同定し得る。治療剤はI型インターフェロンまたはIFNα活性を調節し得る。適切な治療剤は、I型IFNまたはIFNαと結合してその活性を調節する分子を含む。適切な治療剤は、I型インターフェロンまたはIFNαの受容体と結合してその活性を調節する分子を含む。治療剤は低分子または生物学的薬剤であり得る。治療剤が低分子である場合、それを合成するか、または天然源から同定および単離し得る。
治療剤が生物学的薬剤である場合、それはI型IFNまたはIFNαの任意のサブタイプ(単数または複数)に対して特異的な抗体であり得る。例えば、抗体は、IFNα1、IFNα2、IFNα4、IFNα5、IFNα6、IFNα7、IFNα8、IFNα10、IFNα14、IFNα17、IFNα21、IFNβまたはIFNωに対して特異的であり得る。あるいは、抗体は、任意の2個、任意の3個、任意の4個、任意の5個、任意の6個、任意の7個、任意の8個、任意の9個、任意の10個、任意の11個、任意の12個のIFNαサブタイプのI型IFNに対して特異的であり得る。抗体が2個以上のI型IFNサブタイプに対して特異的である場合、その抗体はIFNα1、IFNα2、IFNα4、IFNα5、IFNα8、IFNα10およびIFNα21に対して特異的であり得る;またはそれはIFNα1、IFNα2、IFNα4、IFNα5、IFNα8およびIFNα10に対して特異的であり得る;またはそれはIFNα1、IFNα2、IFNα4、IFNα5、IFNα8およびIFNα21に対して特異的であり得る;またはそれはIFNα1、IFNα2、IFNα4、IFNα5、IFNα10およびIFNα21に対して特異的であり得る。I型IFNまたはIFNαに対して特異的な抗体としては、MEDI−545、MEDI−545以外の任意の生物学的薬剤または抗体、2004年10月10日に出願された米国特許出願第11/009,410号および2005年6月20日に出願された同第11/157,494号に記載の抗体、ならびに米国特許第7,087,726号に記載の9F3およびその他の抗体(実施例1および実施例2、表3および表4に開示されているもの、および/または56段25〜54行目の「Deposit of Material」と題される表に開示されているもの)、NK−2およびYOK5/19(国際公開第84/03105号)、LO−22(米国特許第4,902,618号)、144BS(米国特許第4,885,166号)、ならびにEBI−1、EBI−2およびEBI−3(欧州特許第119476号)が挙げられる。IFNα活性を調節する治療剤は、IFNα活性を中和し得る。当業者は、上記生物学的薬剤の調製および製剤化、ならびにその投与法を十分に理解している。
MEDI−545は、大部分のインターフェロン‐アルファ(IFN−α)サブタイプと結合する、完全ヒト、147,000ダルトンのIgG1kモノクローナル抗体(Mab)である。MEDI−545は100%ヒトタンパク質配列から作製されることにより、完全ヒトモノクローナル抗体となる。完全ヒトモノクローナル抗体は、より好ましい安全性プロファイルを有し得、かつヒト体内から遅い速度で排除されることにより投与の頻度をおそらく減らし得るということから、キメラおよびヒト化抗体のような他の形態のモノクローナル抗体よりも優れた利点を有し得る。MEDI−545は1IgG4κ抗体である13H5から誘導されたものであり、13H5は潜在的な治療剤の最も望ましい特性を有するとして機能アッセイに基づき選択された。次いで13H5はIgG1抗体アイソタイプに変換されて、CHO細胞中で産生され、最初はMDX−1103という名称でさらなる特徴付けおよび前臨床開発のために選択されたが、現在はMEDI−545と呼ばれている。それぞれあらゆる目的でその内容全体が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許出願公開第2007/0014724号;2008年3月25日に出願された、「Antibodies with Decreased Deamidation Profiles」と題される国際出願PCT/US2008/058133号および2008年3月25日に出願された国際出願PCT/US2008/058132号も参照されたい。
治療剤は、米国特許第7,619,070号および同第7,662,381号、ならびに国際出願PCT/US2009/033358号に開示されているものを含めた、インターフェロン受容体に対する抗体であり得る。
A.抗体
抗体は、合成抗体、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、組換え作製抗体、細胞内抗体、多重特異性抗体(二重特異性抗体を含む)、ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、一本鎖Fv(scFv)(二重特異性scFvを含む)、BiTE分子、一本鎖抗体、Fabフラグメント、F(ab’)フラグメント、ジスルフィド結合Fv(sdFv)または上記のいずれかのエピトープ結合フラグメントであり得る。抗体は、いずれかの免疫グロブリン分子または免疫グロブリン分子の活性部分であり得る。さらに、抗体は任意のアイソタイプであり得る。例えば、それはアイソタイプIgG1、IgG2、IgG3またはIgG4のいずれかであり得る。抗体は、可変および定常領域を含む完全長抗体、あるいはその抗原結合フラグメント、例えば一本鎖抗体またはFabもしくはFab’2フラグメントであり得る。また抗体は、細胞毒素または放射性同位元素のような治療剤とコンジュゲートまたは連結されていてもよい。
抗体は、合成抗体、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、組換え作製抗体、細胞内抗体、多重特異性抗体(二重特異性抗体を含む)、ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、一本鎖Fv(scFv)(二重特異性scFvを含む)、BiTE分子、一本鎖抗体、Fabフラグメント、F(ab’)フラグメント、ジスルフィド結合Fv(sdFv)または上記のいずれかのエピトープ結合フラグメントであり得る。抗体は、いずれかの免疫グロブリン分子または免疫グロブリン分子の活性部分であり得る。さらに、抗体は任意のアイソタイプであり得る。例えば、それはアイソタイプIgG1、IgG2、IgG3またはIgG4のいずれかであり得る。抗体は、可変および定常領域を含む完全長抗体、あるいはその抗原結合フラグメント、例えば一本鎖抗体またはFabもしくはFab’2フラグメントであり得る。また抗体は、細胞毒素または放射性同位元素のような治療剤とコンジュゲートまたは連結されていてもよい。
治療法において、IFNαと結合してその活性を調節する薬剤またはI型インターフェロンもしくはIFNαの受容体と結合してその活性を調節する薬剤以外の第二の薬剤を患者に投与し得る。第二の薬剤としては、非ステロイド系抗炎症剤、例えばイブプロフェン,ナプロキセン,スリンダク,ジクロフェナク,ピロキシカム,ケトプロフェン、ジフルニサル,ナブメトン,エトドラクおよびオキサプロジン,インドメタシンなど;ヒドロキシクロロキンのような抗マラリア剤;副腎皮質ステロイドホルモン、例えばプレドニゾン,ヒドロコルチゾン、メチルプレドニゾロンおよびデキサメタゾンなど;メトトレキサート;免疫抑制剤、例えばアザチオプリンおよびシクロホスファミドなど;ならびに例えばT細胞を標的とするアレファセプトおよびエファリズマブのような生物学的薬剤、またはTNFαを標的とするEnbrel、RemicadeおよびHumiraのような生物学的薬剤が挙げられるが、これらに限定されない。
B.候補治療剤の同定
IFNα仲介性障害を治療するための候補治療剤は、本開示に包含される方法により同定され得る。候補治療剤は、低分子または生物学的薬剤を含めた任意のタイプの分子であり得る。本開示に包含される方法により同定される候補治療剤は、疾患、障害または状態のための治療剤として有用であることが直ちに同定され得る。あるいは、本開示に包含される方法により同定される候補治療剤は、患者治療用の選択の前に、さらに試験および/または修飾する必要があり得る。あるいは、本開示に包含される方法により同定される候補治療剤は、さらなる試験の後、患者治療用の分子としての選択から外され得る。
IFNα仲介性障害を治療するための候補治療剤は、本開示に包含される方法により同定され得る。候補治療剤は、低分子または生物学的薬剤を含めた任意のタイプの分子であり得る。本開示に包含される方法により同定される候補治療剤は、疾患、障害または状態のための治療剤として有用であることが直ちに同定され得る。あるいは、本開示に包含される方法により同定される候補治療剤は、患者治療用の選択の前に、さらに試験および/または修飾する必要があり得る。あるいは、本開示に包含される方法により同定される候補治療剤は、さらなる試験の後、患者治療用の分子としての選択から外され得る。
候補薬剤を同定する方法では、IFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを含む細胞を薬剤と接触させる。細胞は任意のタイプの細胞、例えばIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを含む市販の不死化細胞系、IFNαで処置してIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを誘導した市販の不死化細胞系、IFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを有する患者から単離された細胞、または健常患者から単離し、IFNαで処置してIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを誘導した細胞などであり得る。
細胞を薬剤と接触させた後に、細胞のIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルにおける変化の有無を検出する。変化の存在は、IFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルの少なくとも1つの遺伝子の上方制御された発現または活性における少なくとも10%の減少、少なくとも1つの上方制御された遺伝子の少なくとも20%の減少、少なくとも1つの上方制御された遺伝子の少なくとも30%の減少、少なくとも1つの上方制御された遺伝子の少なくとも40%の減少、少なくとも1つの上方制御された遺伝子の少なくとも50%の減少、少なくとも1つの上方制御された遺伝子の少なくとも60%の減少、少なくとも1つの上方制御された遺伝子の少なくとも70%の減少、少なくとも1つの上方制御された遺伝子の少なくとも75%の減少、少なくとも1つの上方制御された遺伝子の少なくとも80%の減少、少なくとも1つの上方制御された遺伝子の少なくとも85%の減少、少なくとも1つの上方制御された遺伝子の少なくとも90%の減少、少なくとも1つの上方制御された遺伝子の少なくとも95%の減少、少なくとも1つの上方制御された遺伝子の少なくとも96%の減少、少なくとも1つの上方制御された遺伝子の少なくとも97%の減少、少なくとも1つの上方制御された遺伝子の少なくとも98%の減少、少なくとも1つの上方制御された遺伝子の少なくとも99%の減少または少なくとも1つの上方制御された遺伝子の100%の減少を含めた、IFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルにおける任意の変化であり得る。
V.患者におけるI型IFNまたはIFNα誘導性プロファイルの中和
薬剤による治療は、I型IFNまたはIFNα誘導性プロファイルの中和をもたらし得る。薬剤による治療は、I型IFNまたはIFNα仲介性の疾患または障害の1つ以上の症状の減少をもたらし得る。薬剤による治療は、I型IFNまたはIFNα仲介性の疾患または障害に関連した再燃の減少をもたらし得る。薬剤による治療は、I型IFNまたはIFNα仲介性の疾患または障害を有する患者の予後の改善をもたらし得る。薬剤による治療は、患者のより高い生活の質をもたらし得る。薬剤による治療は、患者への第二の薬剤の共投与の必要性を軽減するか、または第二の薬剤の投与量を減少させ得る。薬剤による治療は、I型IFNまたはIFNα仲介性の疾患または障害に関連した患者の入院回数を減少させ得る。
薬剤による治療は、I型IFNまたはIFNα誘導性プロファイルの中和をもたらし得る。薬剤による治療は、I型IFNまたはIFNα仲介性の疾患または障害の1つ以上の症状の減少をもたらし得る。薬剤による治療は、I型IFNまたはIFNα仲介性の疾患または障害に関連した再燃の減少をもたらし得る。薬剤による治療は、I型IFNまたはIFNα仲介性の疾患または障害を有する患者の予後の改善をもたらし得る。薬剤による治療は、患者のより高い生活の質をもたらし得る。薬剤による治療は、患者への第二の薬剤の共投与の必要性を軽減するか、または第二の薬剤の投与量を減少させ得る。薬剤による治療は、I型IFNまたはIFNα仲介性の疾患または障害に関連した患者の入院回数を減少させ得る。
I型IFNまたはIFNαと結合してその活性を調節する薬剤は、I型IFNまたはIFNα誘導性プロファイルを中和し得る。I型IFNまたはIFNα誘導性プロファイルの中和は、少なくとも1つ、少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つの遺伝子の減少であり得る。I型IFNまたはIFNα誘導性プロファイルの中和は、I型IFNまたはIFNα誘導性プロファイルにおいて上方制御された少なくとも1つ、少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つの任意の遺伝子の少なくとも2%、少なくとも3%、少なくとも4%、少なくとも5%、少なくとも7%、少なくとも8%、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%または少なくとも90%の減少である。あるいは、I型IFNまたはIFNα誘導性プロファイルの中和は、上方制御されたI型IFNまたはIFNα誘導性遺伝子の、対照試料中のそのI型IFNまたはIFNα誘導性遺伝子発現レベルの最大50%、最大45%、最大40%、最大35%、最大30%、最大25%、最大20%、最大15%、最大10%、最大5%、最大4%、最大3%、最大2%または最大1%以内である発現減少を指す。I型IFNまたはIFNαと結合してその活性を調節する薬剤が抗体のような生物学的薬剤である場合、薬剤は、0.3〜30mg/kg、0.3〜10mg/kg、0.3〜3mg/kg、0.3〜1mg/kg、1〜30mg/kg、3〜30mg/kg、5〜30mg/kg、10〜30mg/kg、1〜10mg/kg、3〜10mg/kgまたは1〜5mg/kgの用量でI型IFNまたはIFNαプロファイルを中和し得る。
I型IFNまたはIFNαと結合してその活性を調節する薬剤は、さらにまたは代わりに、1つ以上のI型IFNまたはIFNαサブタイプの発現を中和する。IFNαまたはI型IFNサブタイプは、任意の2個以上、2個超、3個超、4個超、5個超、6個超、7個超、8個超、9個超または10個超のIFNαまたはI型IFNサブタイプを含み得る。これらのサブタイプは、IFNα1、IFNα2、IFNα4、IFNα5、IFNα6、IFNα7、IFNα8、IFNα10、IFNα14、IFNα17、IFNα21、IFNβまたはIFNωを含み得る。これらのサブタイプは、IFNα1、IFNα2、IFNα8およびIFNα14をすべて含み得る。あるいは、これらのサブタイプは、IFNα1、IFNα2、IFNα4、IFNα5、IFNα8、IFNα10、IFNα21を含み得る。IFNαまたはI型IFNサブタイプの中和は、少なくとも1個、少なくとも2個、少なくとも3個、少なくとも5個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも10個の任意のサブタイプの少なくとも2%、少なくとも3%、少なくとも4%、少なくとも5%、少なくとも7%、少なくとも8%、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%または少なくとも90%の減少であり得る。IFNαまたはI型IFNサブタイプの中和は、IFNαまたはI型IFNサブタイプ遺伝子の、対照試料中のそのIFNαまたはI型IFNサブタイプ発現レベルの最大50%、最大45%、最大40%、最大35%、最大30%、最大25%、最大20%、最大15%、最大10%、最大5%、最大4%、最大3%、最大2%または最大1%以内である発現減少であり得る。I型IFNまたはIFNαと結合してその活性を調節する薬剤が抗体のような生物学的薬剤である場合、薬剤は、0.3〜30mg/kg、0.3〜10mg/kg、0.3〜3mg/kg、0.3〜1mg/kg、1〜30mg/kg、3〜30mg/kg、5〜30mg/kg、10〜30mg/kg、1〜10mg/kg、3〜10mg/kgまたは1〜5mg/kgの用量でIFNαまたはI型IFNサブタイプを中和し得る。
I型IFNまたはIFNαと結合してその活性を調節する薬剤は、さらにまたは代わりに、IFNAR1もしくはIFNAR2のいずれかまたはその両方のIFNα受容体、またはTNFαまたはIFNγまたはIFNγ受容体(IFNGR1、IFNGR2、またはIFNGR1とIFNGR2の両方)の発現を中和し得る。IFNAR1もしくはIFNAR2のいずれかまたはその両方のIFNα受容体、またはTNFαまたはIFNγまたはIFNγ受容体(IFNGR1、IFNGR2、またはIFNGR1とIFNGR2の両方)の発現の中和は、少なくとも1つ、少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも5つ、少なくとも6つの任意のこれらの遺伝子の少なくとも2%、少なくとも3%、少なくとも4%、少なくとも5%、少なくとも7%、少なくとも8%、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%または少なくとも90%の減少であり得る。IFNAR1もしくはIFNAR2のいずれかまたはその両方のIFNα受容体、またはTNFαまたはIFNγまたはIFNγ受容体(IFNGR1、IFNGR2、またはIFNGR1とIFNGR2の両方)の発現の中和は、対照試料中のこれらの遺伝子発現レベルの最大50%、最大45%、最大40%、最大35%、最大30%、最大25%、最大20%、最大15%、最大10%、最大5%、最大4%、最大3%、最大2%または最大1%の発現の減少である。I型IFNまたはIFNαと結合してその活性を調節する薬剤が抗体のような生物学的薬剤である場合、薬剤は、0.3〜30mg/kg、0.3〜10mg/kg、0.3〜3mg/kg、0.3〜1mg/kg、1〜30mg/kg、3〜30mg/kg、5〜30mg/kg、10〜30mg/kg、1〜10mg/kg、3〜10mg/kgまたは1〜5mg/kgの用量でIFNAR1もしくはIFNAR2のいずれかまたはその両方のIFNα受容体、またはTNFαまたはIFNγまたはIFNγ受容体IFNGR1もしくはIFNGR2の発現を中和し得る。
C.患者試料
試料は、本開示の方法で患者からも入手し得る。試料としては、任意の生物学的液体または組織、例えば全血、唾液、尿、滑液、骨髄、脳脊髄液、鼻分泌液、痰、羊水、気管支肺胞洗浄液、末梢血単核球、全白血球細胞、リンパ節細胞、脾細胞、扁桃腺細胞または皮膚が挙げられる。試料は、当該技術分野で公知の任意の手段により入手し得る。
試料は、本開示の方法で患者からも入手し得る。試料としては、任意の生物学的液体または組織、例えば全血、唾液、尿、滑液、骨髄、脳脊髄液、鼻分泌液、痰、羊水、気管支肺胞洗浄液、末梢血単核球、全白血球細胞、リンパ節細胞、脾細胞、扁桃腺細胞または皮膚が挙げられる。試料は、当該技術分野で公知の任意の手段により入手し得る。
VI.疾患進行のモニター法
患者の疾患進行のモニター法では、患者由来の試料を薬剤、例えば、I型IFNまたはIFNαと結合してその活性を調節する薬剤、またはI型IFNまたはIFNαと結合するがその活性を調節しない薬剤、またはI型IFNまたはIFNαと結合してその活性を調節する薬剤を含み得るまたは含み得ない薬剤の組合せの投与の前後に入手し得る。I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルは、(薬剤投与の前後の)試料中で入手し得る。試料中のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを比較する。比較は、試料中に存在するI型IFNまたはIFNα誘導性マーカーの数であり得るか、または試料中に存在するI型IFNまたはIFNα誘導性マーカーの量であり得るか、またはそれらの任意の組合せであり得る。上方制御されたI型IFNまたはIFNα誘導性マーカーの数またはレベル(またはそれらの組合せ)が、治療剤投与の後に得られた試料において、治療剤投与の前に得られた試料に比べて減少する場合、治療剤の有効性を示す差異が示され得る。上方制御されたI型IFNまたはIFNα誘導性マーカーの数は、少なくとも1倍、少なくとも2倍、少なくとも3倍、少なくとも4倍、少なくとも5倍、少なくとも6倍、少なくとも7倍、少なくとも8倍、少なくとも9倍または少なくとも10倍だけ減少し得る。所与の上方制御されたI型IFNまたはIFNα誘導性マーカーのレベルは、少なくとも10%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%または少なくとも95%だけ減少し得る。レベルが減少した上方制御されたI型IFNまたはIFNα誘導性マーカーの数は、少なくとも1つ、少なくとも2つ、少なくとも3つまたは少なくとも4つであり得る。上方制御されたI型IFNまたはIFNα誘導性マーカーの数の減少とレベルの減少の任意の組合せが有効性を示し得る。下方制御されたI型IFNまたはIFNα誘導性マーカーの数またはレベル(またはそれらの任意の組合せ)が、治療剤投与の後に得られた試料において、治療剤投与の前に得られた試料に比べて減少する場合、治療剤の有効性を示す差異が示され得る。
患者の疾患進行のモニター法では、患者由来の試料を薬剤、例えば、I型IFNまたはIFNαと結合してその活性を調節する薬剤、またはI型IFNまたはIFNαと結合するがその活性を調節しない薬剤、またはI型IFNまたはIFNαと結合してその活性を調節する薬剤を含み得るまたは含み得ない薬剤の組合せの投与の前後に入手し得る。I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルは、(薬剤投与の前後の)試料中で入手し得る。試料中のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを比較する。比較は、試料中に存在するI型IFNまたはIFNα誘導性マーカーの数であり得るか、または試料中に存在するI型IFNまたはIFNα誘導性マーカーの量であり得るか、またはそれらの任意の組合せであり得る。上方制御されたI型IFNまたはIFNα誘導性マーカーの数またはレベル(またはそれらの組合せ)が、治療剤投与の後に得られた試料において、治療剤投与の前に得られた試料に比べて減少する場合、治療剤の有効性を示す差異が示され得る。上方制御されたI型IFNまたはIFNα誘導性マーカーの数は、少なくとも1倍、少なくとも2倍、少なくとも3倍、少なくとも4倍、少なくとも5倍、少なくとも6倍、少なくとも7倍、少なくとも8倍、少なくとも9倍または少なくとも10倍だけ減少し得る。所与の上方制御されたI型IFNまたはIFNα誘導性マーカーのレベルは、少なくとも10%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%または少なくとも95%だけ減少し得る。レベルが減少した上方制御されたI型IFNまたはIFNα誘導性マーカーの数は、少なくとも1つ、少なくとも2つ、少なくとも3つまたは少なくとも4つであり得る。上方制御されたI型IFNまたはIFNα誘導性マーカーの数の減少とレベルの減少の任意の組合せが有効性を示し得る。下方制御されたI型IFNまたはIFNα誘導性マーカーの数またはレベル(またはそれらの任意の組合せ)が、治療剤投与の後に得られた試料において、治療剤投与の前に得られた試料に比べて減少する場合、治療剤の有効性を示す差異が示され得る。
患者から得られる試料は、薬剤の最初の投与の前、すなわち、患者が薬剤の投与を受けずに入手し得る。あるいは、患者から得られる試料は、治療過程における薬剤投与の後に生じ得る。例えば、モニタリングプロトコールの開始前に薬剤が投与されていてもよい。薬剤投与の後に患者から追加の試料を入手してもよく、試料中のI型IFNまたはIFNα誘導性マーカーを比較する。試料は、同じまたは異なるタイプであり得る、例えば、得られた各試料は血液試料であり得るか、または得られた各試料は血清試料であり得る。各試料中で検出されるI型IFNまたはIFNα誘導性マーカーは、同じであり得るか、または大幅に重複し得るか、または類似し得る。
試料は、治療剤の投与前後の任意の時間に入手し得る。治療剤投与の後に入手する試料は、治療剤投与の少なくとも2日、少なくとも3日、少なくとも4日、少なくとも5日、少なくとも6日、少なくとも7日、少なくとも8日、少なくとも9日、少なくとも10日、少なくとも12日または少なくとも14日後に入手し得る。治療剤投与の後に入手する試料は、治療剤投与の少なくとも2週間、少なくとも3週間、少なくとも4週間、少なくとも5週間、少なくとも6週間、少なくとも7週間または少なくとも8週間後に入手し得る。治療剤投与の後に入手する試料は、治療剤投与の少なくとも2ヶ月、少なくとも3ヶ月、少なくとも4ヶ月、少なくとも5ヶ月または少なくとも6ヵ月後に入手し得る。
治療剤投与の後に追加の試料を患者から入手し得る。少なくとも2個、少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも12個、少なくとも15個、少なくとも20個、少なくとも25個の試料を患者から入手して、疾患または障害の経時的な進行または退行をモニターし得る。疾患進行は、少なくとも1週間、少なくとも2週間、少なくとも3週間、少なくとも4週間、少なくとも5週間、少なくとも6週間、少なくとも7週間、少なくとも2ヶ月、少なくとも3ヶ月、少なくとも4ヶ月、少なくとも5ヶ月、少なくとも6ヶ月、少なくとも1年、少なくとも2年、少なくとも3年、少なくとも4年、少なくとも5年、少なくとも10年または患者の生涯にわたる期間の間モニターし得る。追加の試料は、一定の間隔で、例えば月1回、隔月、四半期に1回、年2回または年1回などの間隔で患者から入手し得る。試料は、薬剤投与後に一定間隔で患者から入手し得る。例えば、薬剤の各投与の1週間後、または薬剤の各投与の2週間後、または薬剤の各投与の3週間後、または薬剤の各投与の1ヵ月後または薬剤の各投与の2ヵ月後に患者から入手し得る。あるいは、薬剤の各投与後に患者から複数の試料を入手し得る。
患者における疾患進行は、薬剤の投与なしで同様にモニターし得る。疾患または障害を有する患者から試料を定期的に入手し得る。I型IFNまたはIFNα誘導性マーカーが、後に入手した試料において前に入手した試料に比べて増加する場合、疾患進行が同定される。I型IFNまたはIFNα誘導性マーカーの数は、少なくとも1個、少なくとも2個、少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個または少なくとも10個だけ増加し得る。所与の上方制御されたI型IFNまたはIFNα誘導性マーカーのレベルが少なくとも10%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%または少なくとも95%だけ増加する場合、疾患進行が同定される。所与の下方制御されたI型IFNまたはIFNα誘導性マーカーのレベルが少なくとも10%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%または少なくとも95%だけ減少する場合、疾患進行が同定される。レベルが増加した上方制御されたI型IFNまたはIFNα誘導性マーカーの数は、少なくとも1個、少なくとも2個、少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも15個、少なくとも20個、少なくとも25個、少なくとも30個または少なくとも35個であり得る。レベルが減少した下方制御されたI型IFNまたはIFNα誘導性マーカーの数は、少なくとも1個、少なくとも2個、少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも15個、少なくとも20個、少なくとも25個、少なくとも30個または少なくとも35個であり得る。上方制御されたI型IFNまたはIFNα誘導性マーカーの数の増加とレベルの増加の任意の組合せが、疾患進行を示し得る。代わりにまたは組み合わせて、下方制御されたI型IFNまたはIFNα誘導性マーカーの数の減少とレベルの減少の任意の組合せが、疾患の進行を示し得る。また疾患退行も、薬剤により治療されていない、疾患または障害を有する患者において同定し得る。この場合、I型IFNまたはIFNα誘導性マーカーの数が、後に入手した試料において前に入手した試料に比べて減少すれば、退行が同定され得る。I型IFNまたはIFNα誘導性マーカーの数は、少なくとも1個、少なくとも2個、少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個または少なくとも10個だけ減少し得る。所与の上方制御された型IFNまたはIFNα誘導性マーカーのレベルが少なくとも10%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%または少なくとも95%だけ減少する場合、疾患退行が同定され得る。所与の下方制御されたI型IFNまたはIFNα誘導性マーカーのレベルが、少なくとも10%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%または少なくとも95%だけ増加する場合、疾患退行が同定され得る。レベルが減少した上方制御されたI型IFNまたはIFNα誘導性マーカーの数は、少なくとも1個、少なくとも2個、少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも15個、少なくとも20個、少なくとも25個、少なくとも30個または少なくとも35個であり得る。レベルが増加した下方制御されたI型IFNまたはIFNα誘導性マーカーの数は、少なくとも1個、少なくとも2個、少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも15個、少なくとも20個、少なくとも25個、少なくとも30個または少なくとも35個であり得る。任意の期間にわたり、任意の間隔で試料を入手することにより、疾患退行または障害退行をモニターし得る。試料を少なくとも1週間、少なくとも2週間、少なくとも3週間、少なくとも4週間、少なくとも5週間、少なくとも6週間、少なくとも7週間、少なくとも2ヶ月、少なくとも3ヶ月、少なくとも4ヶ月、少なくとも5ヶ月、少なくとも6ヶ月、少なくとも1年、少なくとも2年、少なくとも3年、少なくとも4年、少なくとも5年、少なくとも10年または患者の生涯の期間にわたって入手することにより、疾患退行または障害退行をモニターし得る。試料を少なくとも月1回、隔月、四半期に1回、年2回または年1回入手することにより、疾患退行または障害退行をモニターし得る。試料は厳密な間隔で入手する必要はない。
VII.キットおよびプローブ
本開示はキットおよびプローブも包含する。プローブは、IFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルに含まれ得る任意の遺伝子の任意の発現または活性を検出する任意の分子であり得る。
本開示はキットおよびプローブも包含する。プローブは、IFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルに含まれ得る任意の遺伝子の任意の発現または活性を検出する任意の分子であり得る。
VIII.IFN活性の検出法
本開示はIFN活性の検出法も包含する。これらの方法は、インターフェロン刺激応答エレメントの制御下にあるレポーター遺伝子を含むポリヌクレオチド配列を含む細胞を使用し得る。ポリヌクレオチド配列を含む細胞は、ポリヌクレオチド配列によるトランスフェクションまたは形質転換が可能であり、かつ培養で維持することができる任意の細胞であり得る。このような細胞としては、動物細胞、細菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞または植物細胞が挙げられる。これらの細胞は、付着性であり得るか、または浮遊状態で培養し得る。細胞が動物細胞である場合、細胞は既知の細胞系、例えばHeLa、COS、NIH3T3、AGS、293、CHO、Huh−7、HUVEC、MCF−7、C6、BHK−21、BNL CL2、C2C12、HepG2およびATDC5などに由来し得る。その他の数多くの細胞系が知られており、かつ当業者により入手可能である。あるいは細胞は、不死化されているかまたはされていない初代細胞であり得る。
本開示はIFN活性の検出法も包含する。これらの方法は、インターフェロン刺激応答エレメントの制御下にあるレポーター遺伝子を含むポリヌクレオチド配列を含む細胞を使用し得る。ポリヌクレオチド配列を含む細胞は、ポリヌクレオチド配列によるトランスフェクションまたは形質転換が可能であり、かつ培養で維持することができる任意の細胞であり得る。このような細胞としては、動物細胞、細菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞または植物細胞が挙げられる。これらの細胞は、付着性であり得るか、または浮遊状態で培養し得る。細胞が動物細胞である場合、細胞は既知の細胞系、例えばHeLa、COS、NIH3T3、AGS、293、CHO、Huh−7、HUVEC、MCF−7、C6、BHK−21、BNL CL2、C2C12、HepG2およびATDC5などに由来し得る。その他の数多くの細胞系が知られており、かつ当業者により入手可能である。あるいは細胞は、不死化されているかまたはされていない初代細胞であり得る。
細胞は、インターフェロン刺激応答エレメントの制御下にあるレポーター遺伝子を含むポリヌクレオチド配列を含み得る。ポリヌクレオチド配列は、細胞のDNA内に安定に組み込まれ得るか、または細胞中で安定的にまたは一時的に存在する染色体外エレメントであり得る。ポリヌクレオチドは、裸のポリヌクレオチド分子、脂質もしくはその他の分子と複合体形成したポリヌクレオチド分子、またはウイルス粒子中のポリヌクレオチドとして細胞内に導入されていてよい。
ポリヌクレオチド分子が裸のポリヌクレオチドとして導入された場合、ポリヌクレオチドは直線状または環状分子であり得る。環状ポリヌクレオチド分子の非限定的な例としては、プラスミドおよび人工染色体が挙げられる。これらのベクターは、例えば、酵素により切断されて直線状のポリヌクレオチド分子を生じ得る。
さらに、ポリヌクレオチドが裸のポリヌクレオチドとして導入された場合、それは当該技術分野で公知の任意の多くの技術により細胞内に導入されていてよい。このような技術としては、エレクトロポレーション、マイクロインジェクションおよび微粒子銃粒子送達が挙げられるが、これらに限定されない。また例えば、LoefflerおよびBehr,1993,Meth.Enzymol.217:599−618;Cohenら,1993,Meth.Enzymol.217:618−644;Clin.Pharma.Ther.29:69−92(1985),Sambrookら,Molecular Cloning:A Laboratory Manual.第2版,Cold Spring Harbor Laboratory,Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.,1989ならびにAusubelら編,Current Protocols in Molecular Biology,John Wiley & Sons,Inc.,N.Y.,N.Y.(1987−2001)も参照されたい。
ポリヌクレオチドが脂質またはリポソームとの複合体として導入された場合、これも当業者に公知の任意の多くの技術により導入されていてよい。脂質またはリポソームは、DNAまたはRNAと結合して疎水性のコートされた送達媒体を生じる脂肪粒子または脂質の混合物を含む。適切なリポソームは、卵、植物または動物源のような天然源由来のリン脂質、例えばホスファチジルコリン、ホスファチジルエタノールアミン、ホスファチジルグリセロール、スフィンゴミエリン、ホスファチジルセリンまたはホスファチジルイノシトールなどを含めた従来の合成または天然のリン脂質リポソーム材料のいずれかを含み得る。また合成リン脂質、例えば、ジミリストイルホスファチジルコリン、ジオレオイルホスファチジルコリン、ジオレオイルホスファチジルコリンならびに対応する合成ホスファチジルエタノールアミンおよびホスファチジルグリセロールも使用し得る。当業者に公知の市販の脂質またはリポソームトランスフェクション試薬の例としては、LIPOFECTAMINE(商標)(Invitrogen)、GENEJUICE(登録商標)(Novagen)、GENEJAMMER(登録商標)(Stratagene)、FUGENE(登録商標)HD(Roche)、MEGAFECTIN(商標)(Qbiogene)、SUPERFECT(登録商標)(Qiagen)およびEFFECTENE(登録商標)(Qiagen)が挙げられる。
ポリヌクレオチドがその他の分子との複合体として導入された場合、それは圧縮されているか、またはナノスフェア中にあり得る。圧縮されたポリヌクレオチド複合体は、米国特許第5,972,901号、同第6,008,336号および同第6,077,835に記載されている。ナノスフェアは、米国特許第5,718,905号および同第6,207,195号に記載されている。核酸と複合体を形成するこれらの圧縮されたポリヌクレオチド複合体およびナノスフェアは、ポリマー性カチオンを用いる。典型的なポリマー性カチオンとしては、ゼラチン、ポリ−L−リジンおよびキトサンが挙げられる。あるいは、ポリヌクレオチドは、DEAE−デキストランと複合体を形成しているか、またはリン酸カルシウム共沈殿または塩化カルシウム共沈殿のような技術を用いてトランスフェクトされていてもよい。
ポリヌクレオチドがウイルスに付随して導入された場合、ウイルスは、ポリヌクレオチド送達に適した任意の公知のウイルスであり得る。ベクターとして使用し得るウイルスの例としては、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、レンチウイルス、レトロウイルス、ヘルペスウイルス(例えば、単純ヘルペスウイルス)、ワクシニアウイルス、パボウイルス、センダイウイルス、SV40ウイルス、呼吸器多核体ウイルスなどが挙げられる。
ポリヌクレオチド配列は、レポーター遺伝子およびインターフェロン刺激応答エレメントを含み得る。レポーター遺伝子は、ルシフェラーゼ、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ、β−ガラクトシダーゼ、緑色蛍光タンパク質、β−グルクロニダーゼまたは分泌性胎盤アルカリホスファターゼのいずれか1つであり得る。多くの上記レポーター遺伝子、例えば緑色蛍光タンパク質およびルセリフェラーゼ(luceriferase)のバリエーションが知られており、かつ当業者により容易に同定および/または作製し得る。上記のものに加えその他のレポーター遺伝子も当業者に既知であり、容易に入手可能である。インターフェロン刺激応答エレメントも当業者に既知である。これらは、Stratagene、ClonetechおよびBiomyxのような販売業者から入手し得る。またこれらは、例えば、Alcantaraら(Nuc.Acid.Res.30(2002):2068−2075)およびKirchhoffら(Oncogene 18(1999):3725−3736)において報告されている。
アッセイで使用する細胞を試料と共にインキュベートし得る。試料は、患者から、患者試料または較正のためのもしくは対照として使用する対照試料を有する業者から入手し得る。試料を患者から入手する場合、それは任意の生物学的液体または組織、例えば全血、唾液、尿、滑液、骨髄、脳脊髄液、鼻分泌液、痰、羊水、気管支肺胞洗浄液、末梢血単核球、全白血球細胞、リンパ節細胞、脾細胞、扁桃腺細胞または皮膚などであり得る。
レポーター遺伝子の発現は、当該技術分野で公知の任意の手段により検出する。発現は、「0」であっても、試料中のIFN活性を示す。当業者は、レポーター遺伝子の任意のレベルの発現をさらに定量化し、次いでこれを試料中のIFN活性のレベルと関連付け得る。
出願人らは、本開示の態様のいくつかを記載するために、非限定的な一連の実施形態を提供する。
実施形態
実施形態1.I型IFNまたはIFNα仲介性の疾患または障害を有する患者を治療する方法であって:
I型IFNまたはIFNαと結合してその活性を調節する薬剤を投与し;
患者がI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを含み;かつ
薬剤が患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを中和することを含む方法。
実施形態1.I型IFNまたはIFNα仲介性の疾患または障害を有する患者を治療する方法であって:
I型IFNまたはIFNαと結合してその活性を調節する薬剤を投与し;
患者がI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを含み;かつ
薬剤が患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを中和することを含む方法。
実施形態2.中等度のまたは強いI型IFNまたはIFNαPDマーカープロファイルを含む自己免疫疾患患者を治療する方法であって:
I型IFNまたはIFNαと結合してその活性を調節する薬剤を投与し;
薬剤が患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを中和することを含む方法。
I型IFNまたはIFNαと結合してその活性を調節する薬剤を投与し;
薬剤が患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを中和することを含む方法。
実施形態3.疾患または障害を有する患者におけるI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを中和する方法であって:
I型IFNまたはIFNαと結合してその活性を調節する薬剤を患者に投与し;
薬剤が患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを中和することを含む方法。
I型IFNまたはIFNαと結合してその活性を調節する薬剤を患者に投与し;
薬剤が患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを中和することを含む方法。
実施形態4.患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルの中和を検出することをさらに含む、実施形態1〜3のいずれか1つの方法。
実施形態5.I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルがPDマーカー遺伝子の転写産物を含む、実施形態1〜4のいずれか1つの方法。
実施形態6.I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルが、PDマーカー遺伝子から発現されるポリペプチドを含む、実施形態1〜4のいずれか1つの方法。
実施形態7.I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルが:
(a)IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(b)IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(c)IFI27、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(d)IFI27、IFI44、IFI6およびRSAD2;
(e)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2ならびに
(f)IFI27、IFI44、IFI44LおよびIFI6
から選択される遺伝子セットの上方制御された発現または活性を含む、実施形態1〜6のいずれか1つの方法。
(a)IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(b)IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(c)IFI27、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(d)IFI27、IFI44、IFI6およびRSAD2;
(e)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2ならびに
(f)IFI27、IFI44、IFI44LおよびIFI6
から選択される遺伝子セットの上方制御された発現または活性を含む、実施形態1〜6のいずれか1つの方法。
実施形態8.I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルが:
(a)IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(b)IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(c)IFI27、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(d)IFI27、IFI44、IFI6およびRSAD2;
(e)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2;ならびに
(f)IFI27、IFI44、IFI44LおよびIFI6
から選択される遺伝子セットの上方制御された発現または活性からなる、実施形態1〜6のいずれか1つの方法。
(a)IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(b)IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(c)IFI27、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(d)IFI27、IFI44、IFI6およびRSAD2;
(e)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2;ならびに
(f)IFI27、IFI44、IFI44LおよびIFI6
から選択される遺伝子セットの上方制御された発現または活性からなる、実施形態1〜6のいずれか1つの方法。
実施形態9.遺伝子セットの上方制御された発現または活性が、遺伝子セットの発現または活性の平均増加倍数として算出される、実施形態7または8の方法。
実施形態10.遺伝子セットの発現または活性の平均増加倍数が、少なくとも約3と少なくとも約15の間、少なくとも約3と少なくとも約10の間または少なくとも約3と少なくとも約5の間である、実施形態9の方法。
実施形態11.遺伝子セットの発現または活性の平均増加倍数が、少なくとも約2、少なくとも約2.5、少なくとも約3、少なくとも約3.5、少なくとも約4、少なくとも約4.5、少なくとも約5、少なくとも約5.5、少なくとも約6、少なくとも約6.5、少なくとも約7、少なくとも約8、少なくとも約9または少なくとも約10である、実施形態9の方法。
実施形態12.薬剤が生物学的薬剤である、実施形態1〜11のいずれか1つの方法。
実施形態13.薬剤が抗体である、実施形態12の方法。
実施形態14.抗体がMEDI−545である、実施形態13の方法。
実施形態15.抗体が、1つ以上のI型IFNまたはIFNαサブタイプに対して特異的であるが、MEDI−545ではない、実施形態13の方法。
実施形態16.薬剤の投与が、疾患または障害の1つ以上の症状を軽減する、実施形態1〜15のいずれか1つの方法。
実施形態17.抗体を約0.03〜30mg/kgの間の用量で投与する、実施形態13〜16のいずれか1つの方法。
実施形態18.抗体を、0.3〜3mg/kgの間または0.03〜1mg/kgの間の用量で投与する、実施形態17の方法。
実施形態19.薬剤が、患者のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを少なくとも10%だけ、少なくとも20%だけ、少なくとも30%だけ、少なくとも40%だけまたは少なくとも50%だけ中和する、実施形態1〜18のいずれか1つの方法。
実施形態20.疾患または障害が、狼瘡、ループス腎炎、皮膚筋炎、多発性筋炎、乾癬、SSc、血管炎、サルコイドーシス、シェーグレン症候群または特発性炎症性筋炎のうちの1つである、実施形態1〜19のいずれか1つの方法。
実施形態21.疾患または障害が狼瘡である、実施形態20の方法。
実施形態22.疾患または障害が乾癬である、実施形態20の方法。
実施形態23.I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルが、少なくともIFNαサブタイプ1、2、8および14の上方制御された発現または活性を含む、実施形態1〜22のいずれか1つの方法。
実施形態24.患者の自己免疫疾患進行をモニターまたは予後診断する方法であって、患者由来の第一の試料における第一のIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを入手することを含む方法。
実施形態25.第一のIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルが強いプロファイルであり、かつ患者の予後が疾患進行である、実施形態24の方法。
実施形態26.自己免疫疾患がSLEであり、かつ進行がSLE再燃である、実施形態25の方法。
実施形態27.第一のIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルが弱いプロファイルであり、かつ患者の予後が疾患退行である、実施形態26の方法。
実施形態28.実施形態24の方法であって:
患者由来の第二の試料における第二のIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを入手し;
第一の発現プロファイルと比較した第二の発現プロファイルにおけるI型IFNもしくはIFNα誘導性マーカーの数もしくはレベルの増加が、疾患進行を予後診断する;または
第一の発現プロファイルと比較した第二の発現プロファイルにおけるI型IFNもしくはIFNα誘導性マーカーの数もしくはレベルの減少が、疾患退行を予後診断する
ことを含む方法。
患者由来の第二の試料における第二のIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを入手し;
第一の発現プロファイルと比較した第二の発現プロファイルにおけるI型IFNもしくはIFNα誘導性マーカーの数もしくはレベルの増加が、疾患進行を予後診断する;または
第一の発現プロファイルと比較した第二の発現プロファイルにおけるI型IFNもしくはIFNα誘導性マーカーの数もしくはレベルの減少が、疾患退行を予後診断する
ことを含む方法。
実施形態29.I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルが、PDマーカー遺伝子の転写産物を含む、実施形態26〜28のいずれか1つの方法。
実施形態30.I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルが、PDマーカー遺伝子から発現されるポリペプチドを含む、実施形態24〜28のいずれか1つの方法。
実施形態31.I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルが:
(a)IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(b)IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(c)IFI27、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(d)IFI27、IFI44、IFI6およびRSAD2;
(e)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2;ならびに
(f)IFI27、IFI44、IFI44LおよびIFI6
から選択される遺伝子セットの発現または活性を含む、実施形態24〜28のいずれか1つの方法。
(a)IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(b)IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(c)IFI27、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(d)IFI27、IFI44、IFI6およびRSAD2;
(e)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2;ならびに
(f)IFI27、IFI44、IFI44LおよびIFI6
から選択される遺伝子セットの発現または活性を含む、実施形態24〜28のいずれか1つの方法。
実施形態32.I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルが:
(a)IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(b)IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(c)IFI27、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(d)IFI27、IFI44、IFI6およびRSAD2;
(e)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2;ならびに
(f)IFI27、IFI44、IFI44LおよびIFI6
から選択される遺伝子セットの発現または活性からなる、実施形態24〜28のいずれか1つの方法。
(a)IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(b)IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(c)IFI27、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(d)IFI27、IFI44、IFI6およびRSAD2;
(e)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2;ならびに
(f)IFI27、IFI44、IFI44LおよびIFI6
から選択される遺伝子セットの発現または活性からなる、実施形態24〜28のいずれか1つの方法。
実施形態33.IFNαと結合してその活性を調節する治療剤による治療を受けている患者の疾患進行をモニターする方法であって:
患者由来の第一の試料における第一のIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを入手すること;
IFNαと結合してその活性を調節する治療剤を投与すること;
患者由来の第二の試料における第二のIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを入手すること;および
第一と第二のIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを比較することを含み、
第一と第二のIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルにおける差異が、IFNαと結合してその活性を調節する治療剤の有効性のレベルを示す方法。
患者由来の第一の試料における第一のIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを入手すること;
IFNαと結合してその活性を調節する治療剤を投与すること;
患者由来の第二の試料における第二のIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを入手すること;および
第一と第二のIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを比較することを含み、
第一と第二のIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルにおける差異が、IFNαと結合してその活性を調節する治療剤の有効性のレベルを示す方法。
実施形態34.第一のI型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルが:
(a)IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(b)IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(c)IFI27、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(d)IFI27、IFI44、IFI6およびRSAD2;
(e)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2;ならびに
(f)IFI27、IFI44、IFI44LおよびIFI6
から選択される遺伝子セットの上方制御された発現または活性を含む、実施形態33の方法。
(a)IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(b)IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(c)IFI27、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(d)IFI27、IFI44、IFI6およびRSAD2;
(e)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2;ならびに
(f)IFI27、IFI44、IFI44LおよびIFI6
から選択される遺伝子セットの上方制御された発現または活性を含む、実施形態33の方法。
実施形態35.I型IFNまたはIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルが:
(a)IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(b)IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(c)IFI27、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(d)IFI27、IFI44、IFI6およびRSAD2;
(e)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2;ならびに
(f)IFI27、IFI44、IFI44LおよびIFI6
から選択される遺伝子セットの上方制御された発現または活性からなる、実施形態33の方法。
(a)IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(b)IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(c)IFI27、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(d)IFI27、IFI44、IFI6およびRSAD2;
(e)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2;ならびに
(f)IFI27、IFI44、IFI44LおよびIFI6
から選択される遺伝子セットの上方制御された発現または活性からなる、実施形態33の方法。
実施形態36.差異が遺伝子の活性レベルの上方制御された発現の減少である、実施形態34または35の方法。
実施形態37.疾患または障害が、狼瘡、ループス腎炎、皮膚筋炎、多発性筋炎、乾癬、SSc、血管炎、サルコイドーシス、シェーグレン症候群または特発性炎症性筋炎のうちの1つである、実施形態33〜35のいずれか1つの方法。
実施形態38.疾患が狼瘡である、実施形態37の方法。
実施形態39.治療剤が低分子または生物学的薬剤である、実施形態33〜38のいずれか1つの方法。
実施形態40.生物学的薬剤が抗体である、実施形態39の方法。
実施形態41.抗体が、MEDI−545および/または1つ以上のI型IFNもしくはIFNαサブタイプに対して特異的であるが、MEDI−545ではない抗体である、実施形態40の方法。
実施形態42.第一のIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを治療剤投与の前に入手する、実施形態33〜41のいずれか1つの方法。
実施形態43.第一のIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを治療剤投与時に入手する、実施形態33〜41のいずれか1つの方法。
実施形態44.第一および第二の試料が全血または血清である、実施形態33〜43のいずれか1つの方法。
実施形態45.患者由来の第三の試料における第三のIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを入手することをさらに含む、実施形態33〜44のいずれか1つの方法。
実施形態46.患者由来の第四の試料における第四のIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを入手することをさらに含む、実施形態45の方法。
実施形態47.患者由来の第五の試料における第五のIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを入手することをさらに含む、実施形態46の方法。
実施形態48.患者由来の第六の試料における第六のIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを入手することをさらに含む、実施形態47の方法。
実施形態49.第二の試料を、治療剤投与の少なくとも1週間、少なくとも2週間、少なくとも3週間、少なくとも1ヶ月または少なくとも2ヵ月後に入手する、実施形態33〜48のいずれか1つの方法。
実施形態50.第三の試料を、第二の試料入手の少なくとも2日、少なくとも5日、少なくとも1週間、少なくとも2週間、少なくとも3週間、少なくとも1ヶ月または少なくとも2ヵ月後に入手する、実施形態45の方法。
実施形態51.第四の試料を、第三の試料入手の少なくとも2日、少なくとも5日、少なくとも1週間、少なくとも2週間、少なくとも3週間、少なくとも1ヶ月または少なくとも2ヵ月後に入手する、実施形態46の方法。
実施形態52.第五の試料を、第四の試料入手の少なくとも2日、少なくとも5日、少なくとも1週間、少なくとも2週間、少なくとも3週間、少なくとも1ヶ月または少なくとも2ヵ月後に入手する、実施形態47の方法。
実施形態53.差異が遺伝子の上方制御された発現または活性の減少である、実施形態33〜52のいずれか1つの方法。
実施形態54.減少が少なくとも10%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%または100%である、実施形態53の方法。
実施形態55.IFNαと結合してその活性を調節する治療剤のための候補として患者を同定する方法であって:
患者由来の試料中のIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルの有無を検出し、
IFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルの存在の検出が、IFNαと結合してその活性を調節する治療剤のための候補として患者を同定する
ことを含む方法。
患者由来の試料中のIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルの有無を検出し、
IFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルの存在の検出が、IFNαと結合してその活性を調節する治療剤のための候補として患者を同定する
ことを含む方法。
実施形態56.IFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルが:
(a)IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(b)IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(c)IFI27、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(d)IFI27、IFI44、IFI6およびRSAD2;
(e)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2;ならびに
(f)IFI27、IFI44、IFI44LおよびIFI6
から選択される遺伝子セットの上方制御された発現または活性を含む、実施形態55の方法。
(a)IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(b)IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(c)IFI27、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(d)IFI27、IFI44、IFI6およびRSAD2;
(e)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2;ならびに
(f)IFI27、IFI44、IFI44LおよびIFI6
から選択される遺伝子セットの上方制御された発現または活性を含む、実施形態55の方法。
実施形態57.IFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルが:
(a)IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(b)IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(c)IFI27、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(d)IFI27、IFI44、IFI6およびRSAD2;
(e)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2;ならびに
(f)IFI27、IFI44、IFI44LおよびIFI6
から選択される遺伝子セットの上方制御された発現または活性からなる、実施形態55の方法。
(a)IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(b)IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(c)IFI27、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(d)IFI27、IFI44、IFI6およびRSAD2;
(e)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2;ならびに
(f)IFI27、IFI44、IFI44LおよびIFI6
から選択される遺伝子セットの上方制御された発現または活性からなる、実施形態55の方法。
実施形態58.遺伝子セットの上方制御された発現または活性が、遺伝子セットの発現または活性の平均増加倍数として算出される、実施形態56または57の方法。
実施形態59.遺伝子セットの発現または活性の平均増加倍数が、少なくとも約2、少なくとも約3および少なくとも約4である、実施形態58の方法。
実施形態60.遺伝子セットの発現または活性の平均増加倍数が、少なくとも約2、少なくとも約2.5、少なくとも約3、少なくとも約3.5、少なくとも約4、少なくとも約4.5、少なくとも約5、少なくとも約5.5、少なくとも約6、少なくとも約6.5、少なくとも約7、少なくとも約8、少なくとも約9または少なくとも約10である、実施形態59の方法。
実施形態61.患者が、狼瘡、ループス腎炎、皮膚筋炎、多発性筋炎、乾癬、SSc、血管炎、サルコイドーシス、シェーグレン症候群または特発性炎症性筋炎から選択される障害を有すると診断されている、実施形態55〜60のいずれか1つの方法。
実施形態62.障害が狼瘡である、実施形態61の方法。
実施形態63.治療剤が低分子または生物学的薬剤である、実施形態55〜62のいずれか1つの方法。
実施形態64.生物学的薬剤が抗体である、実施形態63の方法。
実施形態65.抗体がMEDI−545である、実施形態64の方法。
実施形態66.抗体が、1つ以上のI型IFNまたはIFNαサブタイプに対して特異的であるが、MEDI−545ではない、実施形態64の方法。
実施形態67.上方制御された発現または活性が、1つ以上の遺伝子のmRNAレベルの増加を含む、実施形態55〜66のいずれか1つの方法。
実施形態68.上方制御された発現または活性が、1つ以上の遺伝子のタンパク質レベルの増加を含む、実施形態55〜66のいずれか1つの方法。
実施形態69.上方制御された発現または活性が、1つ以上の遺伝子から発現されるタンパク質の酵素活性の増加を含む、実施形態55〜66のいずれか1つの方法。
実施形態70.試料が全血である、実施形態55〜69のいずれか1つの方法。
実施形態71.患者をIFNαレベルの増加と関連した障害を有すると診断する方法であって:
患者由来の試料中のIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルの有無を検出し、
IFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルの存在の検出が、患者をIFNαレベルの増加と関連した障害を有すると同定する
ことを含む方法。
患者由来の試料中のIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルの有無を検出し、
IFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルの存在の検出が、患者をIFNαレベルの増加と関連した障害を有すると同定する
ことを含む方法。
実施形態72.IFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルが:
(a)IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(b)IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(c)IFI27、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(d)IFI27、IFI44、IFI6およびRSAD2;
(e)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2;ならびに
(f)IFI27、IFI44、IFI44LおよびIFI6
から選択される遺伝子セットの上方制御された発現または活性を含む、実施形態71の方法。
(a)IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(b)IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(c)IFI27、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(d)IFI27、IFI44、IFI6およびRSAD2;
(e)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2;ならびに
(f)IFI27、IFI44、IFI44LおよびIFI6
から選択される遺伝子セットの上方制御された発現または活性を含む、実施形態71の方法。
実施形態73.IFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルが:
(a)IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(b)IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(c)IFI27、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(d)IFI27、IFI44、IFI6およびRSAD2;
(e)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2;ならびに
(f)IFI27、IFI44、IFI44LおよびIFI6
から選択される遺伝子セットの上方制御された発現または活性からなる、実施形態71の方法。
(a)IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(b)IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(c)IFI27、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(d)IFI27、IFI44、IFI6およびRSAD2;
(e)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2;ならびに
(f)IFI27、IFI44、IFI44LおよびIFI6
から選択される遺伝子セットの上方制御された発現または活性からなる、実施形態71の方法。
実施形態74.遺伝子セットの上方制御された発現または活性が、遺伝子セットの発現または活性の平均増加倍数として算出される、実施形態72または73の方法。
実施形態75.遺伝子セットの発現または活性の平均増加倍数が、少なくとも約2、少なくとも約3と少なくとも約4の間である、実施形態74の方法。
実施形態76.遺伝子セットの発現または活性の平均増加倍数が、少なくとも約2、少なくとも約2.5、少なくとも約3、少なくとも約3.5、少なくとも約4、少なくとも約4.5、少なくとも約5、少なくとも約5.5、少なくとも約6、少なくとも約6.5、少なくとも約7、少なくとも約8、少なくとも約9または少なくとも約10である、実施形態74の方法。
実施形態77.疾患または障害が、狼瘡、ループス腎炎、皮膚筋炎、多発性筋炎、乾癬、SSc、血管炎、サルコイドーシス、シェーグレン症候群または特発性炎症性筋炎のうちの1つである、実施形態72〜76のいずれか1つの方法。
実施形態78.障害が狼瘡である、実施形態77の方法。
実施形態79.上方制御された発現または活性が、1つ以上の遺伝子のmRNAレベルの増加を含む、実施形態72〜78のいずれか1つの方法。
実施形態80.上方制御された発現または活性が、1つ以上の遺伝子のタンパク質レベルの増加を含む、実施形態72〜78のいずれか1つの方法。
実施形態81.上方制御された発現または活性が、1つ以上の遺伝子から発現されるタンパク質の酵素活性の増加を含む、実施形態72〜78のいずれか1つの方法。
実施形態82.IFNα仲介性障害を治療するための候補治療剤を同定する方法であって:
IFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを含む細胞を薬剤と接触させること;および
細胞のIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルにおける変化の有無を検出することを含み、
IFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルの遺伝子の上方制御における減少を含む変化の存在が、その薬剤が候補治療剤であることを示す方法。
IFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを含む細胞を薬剤と接触させること;および
細胞のIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルにおける変化の有無を検出することを含み、
IFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルの遺伝子の上方制御における減少を含む変化の存在が、その薬剤が候補治療剤であることを示す方法。
実施形態83.IFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルが:
(a)IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(b)IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(c)IFI27、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(d)IFI27、IFI44、IFI6およびRSAD2;
(e)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2;ならびに
(f)IFI27、IFI44、IFI44LおよびIFI6
から選択される遺伝子セットの上方制御された発現または活性を含む、実施形態82の方法。
(a)IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(b)IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(c)IFI27、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(d)IFI27、IFI44、IFI6およびRSAD2;
(e)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2;ならびに
(f)IFI27、IFI44、IFI44LおよびIFI6
から選択される遺伝子セットの上方制御された発現または活性を含む、実施形態82の方法。
実施形態84.IFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルが:
(a)IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(b)IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(c)IFI27、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(d)IFI27、IFI44、IFI6およびRSAD2;
(e)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2;ならびに
(f)IFI27、IFI44、IFI44LおよびIFI6
から選択される遺伝子セットの上方制御された発現または活性からなる、実施形態82の方法。
(a)IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(b)IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(c)IFI27、IFI44L、IFI6およびRSAD2;
(d)IFI27、IFI44、IFI6およびRSAD2;
(e)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2;ならびに
(f)IFI27、IFI44、IFI44LおよびIFI6
から選択される遺伝子セットの上方制御された発現または活性からなる、実施形態82の方法。
実施形態85.遺伝子セットの上方制御された発現または活性が、遺伝子セットの発現または活性の平均増加倍数として算出される、実施形態83の方法。
実施形態86.遺伝子セットの発現または活性の平均増加倍数が、少なくとも約3と少なくとも約15の間、少なくとも約3と少なくとも約10の間または少なくとも約3と少なくとも約5の間である、実施形態85の方法。
実施形態87.遺伝子セットの発現または活性の平均増加倍数が、少なくとも約2、少なくとも約2.5、少なくとも約3、少なくとも約3.5、少なくとも約4、少なくとも約4.5、少なくとも約5、少なくとも約5.5、少なくとも約6、少なくとも約6.5、少なくとも約7、少なくとも約8、少なくとも約9または少なくとも約10である、実施形態85の方法。
実施形態88.IFNαレベルに関連した障害を含む患者から細胞を入手する、実施形態実施形態83〜87のいずれか1つの方法。
実施形態89.細胞をIFNαで処置してIFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルを誘導する、実施形態83〜87のいずれか1つの方法。
実施形態90.IFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルの遺伝子の上方制御が、1つ以上の遺伝子のmRNAレベルの増加を含む、実施形態83〜89のいずれか1つの方法。
実施形態91.IFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルの遺伝子の上方制御が、1つ以上の遺伝子のタンパク質レベルの増加を含む、実施形態83〜89のいずれか1つの方法。
実施形態92.IFNα誘導性PDマーカー発現プロファイルの遺伝子の上方制御が、1つ以上の遺伝子から発現されるタンパク質の酵素活性の増加を含む、実施形態83〜89のいずれか1つの方法。
実施形態93.以下の遺伝子セット:
(a)IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または
(b)IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または
(c)IFI27、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または
(d)IFI27、IFI44、IFI6およびRSAD2;または
(e)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2;または
(f)IFI27、IFI44、IFI44LおよびIFI6
のいずれか1つの発現を特異的に増幅し検出するポリヌクレオチドを含む、プライマーセット。
(a)IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または
(b)IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または
(c)IFI27、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または
(d)IFI27、IFI44、IFI6およびRSAD2;または
(e)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2;または
(f)IFI27、IFI44、IFI44LおよびIFI6
のいずれか1つの発現を特異的に増幅し検出するポリヌクレオチドを含む、プライマーセット。
実施形態94.18S、ACTBおよびGAPDHを増幅し検出するプライマーをさらに含む、実施形態93のプライマーセット。
実施形態95.遺伝子セット:
(a)IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または
(b)IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または
(c)IFI27、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または
(d)IFI27、IFI44、IFI6およびRSAD2;または
(e)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2;または
(f)IFI27、IFI44、IFI44LおよびIFI6
のいずれか1つの発現を特異的に検出するポリヌクレオチドからなるプライマーセット。
(a)IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または
(b)IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または
(c)IFI27、IFI44L、IFI6およびRSAD2;または
(d)IFI27、IFI44、IFI6およびRSAD2;または
(e)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2;または
(f)IFI27、IFI44、IFI44LおよびIFI6
のいずれか1つの発現を特異的に検出するポリヌクレオチドからなるプライマーセット。
実施形態96.プライマーセットが配列番号1〜24の配列を有する、実施形態93および94。
実施形態96.IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2が、配列番号25〜32の配列を有する、実施形態1〜95のいずれか実施形態。
実施形態97.実施形態93〜96のプライマーを含むキット。
実施形態98.発現増加が、IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のmRNAレベルにおける平均または中央値の発現増加である、実施形態1〜96のいずれかの実施形態。
実施形態99.I型インターフェロン活性を調節する治療剤による治療に適した被検体を同定する方法であって、被検体の試料中のIFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のうちの少なくとも4つのmRNAの増加を検出することを含み、少なくとも約4倍のmRNA増加が、薬剤による治療に適した被検体を示す方法。
実施形態100.mRNAが、健常な患者由来のプール試料中のIFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2うちの少なくとも4つのmRNAに比べて増加している、実施形態99の方法。
実施形態101.mRNA増加が、試料中に存在する1つ以上の対照遺伝子のmRNAと比較したものである、実施形態99または100のいずれかの方法。
実施形態102.1つ以上の対照遺伝子が、ACTB、GAPDHおよび18S rRNAから選択される、実施形態99〜101のいずれかの方法。
実施形態103.IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2のmRNA増加を検出する、実施形態99〜102のいずれかの方法。
実施形態104.薬剤が抗インターフェロンアルファ抗体および抗インターフェロンアルファ受容体抗体から選択される、実施形態99〜103のいずれかの方法。
実施形態105.抗インターフェロン抗体がシファリムマブである、99〜104のいずれかの実施形態の方法。
実施形態106.抗インターフェロン抗体がシファリムマブでない、99〜105のいずれかの実施形態の方法。
実施形態107.少なくともIFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のmRNA検出が、
1)被検体から得た試料からRNAを単離すること;
2)そのRNAからcDNAを合成すること;
3)そのcDNAを、配列番号25〜32の核酸配列とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせること;および
4)そのcDNAを増幅し、増幅産物を検出すること
を含む、99〜106のいずれかの実施形態の方法。
1)被検体から得た試料からRNAを単離すること;
2)そのRNAからcDNAを合成すること;
3)そのcDNAを、配列番号25〜32の核酸配列とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせること;および
4)そのcDNAを増幅し、増幅産物を検出すること
を含む、99〜106のいずれかの実施形態の方法。
実施形態108.オリゴヌクレオチドが、配列番号13〜24の配列を有するオリゴヌクレオチドから選択される、99〜107のいずれかの実施形態の方法。
実施形態109.I型インターフェロン活性を調節する治療剤による治療に適した被検体を同定する方法であって、被検体の試料中のIFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のうちの少なくとも4つのmRNAの増加を検出することを含み、mRNA増加が以下の演算法:
に従って算出され、かつ約7.6のΔCtIFNが薬剤による治療に適した被検体を示す方法。
実施形態110.薬剤が、抗インターフェロンアルファ抗体および抗インターフェロンアルファ受容体抗体から選択される、99〜109のいずれかの実施形態の方法。
実施形態111.抗インターフェロン抗体がシファリムマブである、99〜110のいずれかの実施形態の方法。
実施形態112.抗インターフェロン抗体がシファリムマブでない、99〜111のいずれかの実施形態の方法。
実施形態113.少なくともIFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のmRNAの検出が:
1)被検体から得た試料からRNAを単離すること;
2)そのRNAからcDNAを合成すること;
3)そのcDNAを、配列番号25〜35の核酸配列とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせること;および
4)そのcDNAを増幅し、増幅産物を検出すること
を含む、99〜112のいずれかの実施形態の方法。
1)被検体から得た試料からRNAを単離すること;
2)そのRNAからcDNAを合成すること;
3)そのcDNAを、配列番号25〜35の核酸配列とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせること;および
4)そのcDNAを増幅し、増幅産物を検出すること
を含む、99〜112のいずれかの実施形態の方法。
実施形態114.オリゴヌクレオチドが、配列番号1〜24の配列を有するオリゴヌクレオチドから選択される、99〜113のいずれかの実施形態の方法。
実施形態115.I型インターフェロン活性を調節する治療剤により被検体を治療する方法であって:
a)被検体の試料中のIFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のうちの少なくとも4つのmRNAの増加を検出することにより治療に適した被検体を同定し、少なくとも約4倍のmRNA増加が治療に適した被検体を示すこと;および
b)治療剤を投与すること
を含む方法。
a)被検体の試料中のIFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のうちの少なくとも4つのmRNAの増加を検出することにより治療に適した被検体を同定し、少なくとも約4倍のmRNA増加が治療に適した被検体を示すこと;および
b)治療剤を投与すること
を含む方法。
実施形態116.mRNA増加が、健常な患者由来のプール試料中のIFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のうちの少なくとも4つのmRNAと比較したものである、99〜115のいずれかの実施形態の方法。
実施形態117.mRNA増加が、試料中に存在する1つ以上の対照遺伝子のmRNAと比較したものである、99〜116のいずれかの実施形態の方法。
実施形態118.1つ以上の対照遺伝子が、ACTB、GAPDHおよび18S rRNAから選択される、99〜117のいずれかの実施形態の方法。
実施形態119.IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2のmRNA増加を検出する、99〜118のいずれかの実施形態の方法。
実施形態120.薬剤が抗インターフェロンアルファ抗体および抗インターフェロンアルファ受容体抗体から選択される、99〜119のいずれかの実施形態の方法。
実施形態121.抗インターフェロン抗体がシファリムマブである、99〜120のいずれかの実施形態の方法。
実施形態122.抗インターフェロン抗体がシファリムマブでない、99〜121のいずれかの実施形態の方法。
実施形態123.少なくともIFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のmRNAの検出が:
1)被検体から得た試料からRNAを単離すること;
2)そのRNAからcDNAを合成すること;
3)そのcDNAを、配列番号25〜35の核酸配列とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせること;および
4)そのcDNAを増幅し、増幅産物を検出すること
を含む、99〜122のいずれかの実施形態の方法。
1)被検体から得た試料からRNAを単離すること;
2)そのRNAからcDNAを合成すること;
3)そのcDNAを、配列番号25〜35の核酸配列とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせること;および
4)そのcDNAを増幅し、増幅産物を検出すること
を含む、99〜122のいずれかの実施形態の方法。
実施形態124.オリゴヌクレオチドが、配列番号13〜24の配列を有するオリゴヌクレオチドから選択される、99〜123のいずれかの実施形態の方法。
実施形態125.I型インターフェロン活性を調節する治療剤による治療に適した被検体を同定する方法であって、
a)被検体の試料中のIFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のうちの少なくとも4つのmRNAの増加を検出し、mRNA増加が以下の演算法:
a)被検体の試料中のIFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のうちの少なくとも4つのmRNAの増加を検出し、mRNA増加が以下の演算法:
に従って算出され、かつ約7.6のΔCtIFNが、IFNα活性を調節する薬剤による治療に適した被検体を示すこと;および
b)治療剤を投与すること
を含む方法。
b)治療剤を投与すること
を含む方法。
実施形態126.薬剤が抗インターフェロンアルファ抗体および抗インターフェロンアルファ受容体抗体から選択される、99〜125のいずれかの実施形態の方法。
実施形態127.抗インターフェロン抗体がシファリムマブである、99〜126のいずれかの実施形態の方法。
実施形態128.抗インターフェロン抗体がシファリムマブでない、99〜127のいずれかの実施形態の方法。
実施形態129.少なくともIFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のmRNAの検出が:
1)被検体から入手した試料からRNAを単離すること;
2)そのRNAからcDNAを合成すること;
3)そのcDNAを、配列番号25〜35の核酸配列とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせること;および
4)そのcDNAを増幅し、増幅産物を検出すること
を含む、99〜128のいずれかの実施形態の方法。
1)被検体から入手した試料からRNAを単離すること;
2)そのRNAからcDNAを合成すること;
3)そのcDNAを、配列番号25〜35の核酸配列とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせること;および
4)そのcDNAを増幅し、増幅産物を検出すること
を含む、99〜128のいずれかの実施形態の方法。
実施形態130.オリゴヌクレオチドが、配列番号1〜24の配列を有するオリゴヌクレオチドから選択される、99〜129のいずれかの実施形態の方法。
本明細書で言及されるすべての刊行物、特許および特許出願は、各刊行物、特許および特許出願が具体的かつ個別にその内容全体が参照により本明細書に組み込まれることが示された場合と同様に、参照により本明細書に組み込まれる。
本願は、2007年5月3日に出願された米国特許仮出願第60/924,219号、2007年5月21日に出願された同第60/924,584号、2007年9月19日に出願された同第60/960,187号、2007年11月5日に出願された同第60/996,176号、2008年6月20日に出願された同第61/129,366号、2007年12月6日に出願された国際出願PCT/US2007/024947号、2008年5月5日に出願された同PCT/US2008/62646号、2009年6月19日に出願された同PCT/US2009/048028号および2009年6月2日に出願された米国特許出願第12/517,333号を参照により組み込む。また本願は、2007年5月3日に出願された米国特許仮出願第60/924,220号、2007年11月6日に出願された同第60/996,219号および2007年12月6日に出願された同第60/996,820号も参照により組み込む。さらに本願は、2007年11月5日に出願された米国特許仮出願第60/996,174号、2007年12月6日に出願された国際出願PCT/US2007/024941号および2009年6月2日に出願された米国特許出願第12/517,334号を参照により組み込む。本願はさらに、2008年2月8日に出願された米国特許仮出願第61/006,963号および2009年2月6日に出願された国際出願PCT/US2009/033407号を参照により組み込む。
以下の一連の例は単に説明の目的で提供されるものであり、本開示はこれらの例に限定されるものとして決して解釈されるべきではない。
IX.実施例1:抗IFNアルファ治療剤用の診断検査の開発
A.背景
遺伝子発現プロファイリングを用いて、その転写産物が3つの選択基準を満たす薬力学(PD)遺伝子を同定した。具体的には、この基準は1)I型IFNサブタイプにより誘導可能であること、2)SLE患者血清中においてMEDI−545により抑制されること、および3)SLE患者において正常な健常ドナーに比べて過剰発現されることである。このような遺伝子としては、それぞれその内容全体が参照により組み込まれる、2007年12月6日に出願された国際出願PCT/US2007/024947号、2008年5月5日に出願された同PCT/US2008/062646号、2009年2月6日に出願された同PCT/US2009/033407号および2009年6月19日に出願された同PCT/US2009/048028号の遺伝子が挙げられる。
A.背景
遺伝子発現プロファイリングを用いて、その転写産物が3つの選択基準を満たす薬力学(PD)遺伝子を同定した。具体的には、この基準は1)I型IFNサブタイプにより誘導可能であること、2)SLE患者血清中においてMEDI−545により抑制されること、および3)SLE患者において正常な健常ドナーに比べて過剰発現されることである。このような遺伝子としては、それぞれその内容全体が参照により組み込まれる、2007年12月6日に出願された国際出願PCT/US2007/024947号、2008年5月5日に出願された同PCT/US2008/062646号、2009年2月6日に出願された同PCT/US2009/033407号および2009年6月19日に出願された同PCT/US2009/048028号の遺伝子が挙げられる。
過去の研究により、SLEのような疾患の「サイン」として使用し得る遺伝子グループの同定が可能となった。例えば、本出願人らは以前、SLEおよびその他の自己免疫疾患の21の遺伝子サインを同定した。その内容全体が参照により組み込まれる、2007年12月6日に出願された国際出願PCTPCT/US2007/024947号を参照されたい。本出願人らは、21の遺伝子のサブセットがSLEのような自己免疫疾患に罹患している患者を同定するために確実に使用し得るか否かを判定することを望んでいた。さらに、本出願人らは、患者がI型インターフェロンを調節する治療剤、例えば抗インターフェロンアルファ抗体または抗インターフェロン受容体抗体などに応答するか否かのサインとして、21の遺伝子のサブセットを使用し得るか否かを判定することを望んでいた。
21の遺伝子のサブセットを患者の同定に使用し得るか否かを判定するために、本出願人らは、MEDI−545の臨床試験が進行中である患者からの遺伝子発現データを解析した。標準的な臨床プロトコールに従って、MEDI−545をSLE患者に投与した。臨床結果は、標準的なSLE評価法、例えばエリテマトーデスにおけるエストロゲンの安全性−全身性エリテマトーデス疾患活動性指標(Safety of Estrogens in Lupus Erythematosus−Systemic Lupus Erythematosus Disease Activity Index)(SELENA−SLEDAI)、ブリテン諸島狼瘡活動性グループ指標(British Isles Lupus Activity Group index)および医師包括評価(Physician Global Assessment)(MDGA)などを用いて評価した。Affymetrix human genome U133 plus 2.0 GeneChips(登録商標)を用いて患者試料の遺伝子発現プロファイリングを行い、候補遺伝子を同定した。
以下で述べるように、この解析により、抗IFNアルファまたはI型インターフェロン治療剤による治療のための患者(例えば、SLEまたは筋炎患者)同定のための診断用遺伝子セット(例えば、4または5遺伝子ベースのアッセイ)の同定がもたらされた。具体的には、診断用遺伝子セットを、SLE患者におけるシファリムマブ(MEDI−545)に対する応答を予測するその能力に関して選択した。その結果、上記4つの遺伝子の発現測定を用いて、シファリムマブによる治療が有効なまたは有効でないSLE患者を予測することができる。以下で詳述するように、4つの遺伝子の発現は、様々な状態において、またこれらの疾患に対する治療法による治療に適した患者を同定するために使用し得る。診断検査に適した5つの遺伝子のグループは、IFI44、IFI44L、IFI27、RSAD2およびIFI6からなる。このグループから選択される任意の4つの遺伝子が診断検査に適切であり得る。表1ならびに図1および2に解析データが記載されている遺伝子のグループは、IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2からなる。
B.検査の原理
診断検査は定量的逆転写‐ポリメラーゼ連鎖反応(qRT−PCR)に基づくものであ。この検査は、4つの標的遺伝子:IFI44、IFI44L、IFI27およびRSAD2から生じる転写産物を増幅し検出する。またこの診断検査は、対照(「ハウスキーピング遺伝子」)としての内在性RNA分子のセット:ACTB、GAPDHおよび18S rRNAも増幅し検出する。転写産物標的は、許可されているPAXgene(商標)Blood RNA System(Qiagen,キットカタログ番号762164;Becton Dickinson,採血管カタログ番号762165;K042613)を用いて患者から採取した全血試料から得られた全RNA試料から増幅する。PAXgene(商標)Blood RNAキットに明記されている手順を用いてRNAを単離する。2つの配列特異的な順方向および逆方向プライマー(未標識)を用いて標的転写産物を増幅する。蛍光レポーター部分であるFAMおよび蛍光クエンチャー部分であるBHQ1で標識した配列特異的プローブを用いて、増幅された各標的を検出する。各標的を96ウェルプレートの各ウェルにおいて増幅し検出する。試料中の各転写産物量の定量をClinical Multiplex Test Systemである、SDSソフトウェアバージョン1.4を備えたApplied Biosystems 7500 Fast DxリアルタイムPCR機器(Applied Biosystems,Foster City,CA,カタログ番号4406985;K082562)での蛍光検出に基づいて行う。
診断検査は定量的逆転写‐ポリメラーゼ連鎖反応(qRT−PCR)に基づくものであ。この検査は、4つの標的遺伝子:IFI44、IFI44L、IFI27およびRSAD2から生じる転写産物を増幅し検出する。またこの診断検査は、対照(「ハウスキーピング遺伝子」)としての内在性RNA分子のセット:ACTB、GAPDHおよび18S rRNAも増幅し検出する。転写産物標的は、許可されているPAXgene(商標)Blood RNA System(Qiagen,キットカタログ番号762164;Becton Dickinson,採血管カタログ番号762165;K042613)を用いて患者から採取した全血試料から得られた全RNA試料から増幅する。PAXgene(商標)Blood RNAキットに明記されている手順を用いてRNAを単離する。2つの配列特異的な順方向および逆方向プライマー(未標識)を用いて標的転写産物を増幅する。蛍光レポーター部分であるFAMおよび蛍光クエンチャー部分であるBHQ1で標識した配列特異的プローブを用いて、増幅された各標的を検出する。各標的を96ウェルプレートの各ウェルにおいて増幅し検出する。試料中の各転写産物量の定量をClinical Multiplex Test Systemである、SDSソフトウェアバージョン1.4を備えたApplied Biosystems 7500 Fast DxリアルタイムPCR機器(Applied Biosystems,Foster City,CA,カタログ番号4406985;K082562)での蛍光検出に基づいて行う。
定量により、RNA試料中の転写産物の相対存在量に対応する、各標的のサイクル閾値(Ct)の値が決定される。Ctは、各増幅サイクルの伸長段階におけるポリメラーゼの5’−3’エキソヌクレアーゼ活性による隣接レポーター−クエンチャーの切り離しにより生じた蛍光シグナルの幾何学的増加を測定することにより決定される。各遺伝子および対照の定量的Ct値を用いて、健常被検体に対する、自己免疫疾患に罹患している被検体における標的遺伝子の過剰発現のレベルを算出する。過剰発現のレベルは、健常被検体における遺伝子の平均レベルに対する、自己免疫疾患に罹患している被検体における標的遺伝子のmRNAレベルの平均変化倍数として表すか、またはI型インターフェロン誘導性遺伝子の過剰発現のスコアとして表し得る。
に従って算出する。
次いでこのスコアを用いて定量試験結果を決定するが、ここでは、カットオフ以上のスコアが陽性の試験結果であり、カットオフ未満のスコアが陰性の試験結果である。陰性の試験結果は、患者がシファリムマブ治療に応答する可能性がない(非応答者である)ことを示し、陽性の試験結果は、患者がシファリムマブ治療に応答する可能性がある(応答者である)ことを示す。
C.検査手順
1.RNA調製
許可されているPAXgene(商標)Blood RNA System(Qiagen,キットカタログ番号762164;Becton Dickinson,採血管カタログ番号762165;K042613)を用いて、全RNAを全血から調製し、cDNA合成の鋳型を得る。RNAの収率および品質を、260nmおよび280nmの波長での吸光度を測定することにより分光測光法で試験する。RNA収率は式C(mg/ml)=A280/0.025を用いて算出する。さらに、260nmおよび280nmにおける吸光度の比を用いてRNAの純度を評価する。A260/A280比の許容範囲は1.6以上である。
1.RNA調製
許可されているPAXgene(商標)Blood RNA System(Qiagen,キットカタログ番号762164;Becton Dickinson,採血管カタログ番号762165;K042613)を用いて、全RNAを全血から調製し、cDNA合成の鋳型を得る。RNAの収率および品質を、260nmおよび280nmの波長での吸光度を測定することにより分光測光法で試験する。RNA収率は式C(mg/ml)=A280/0.025を用いて算出する。さらに、260nmおよび280nmにおける吸光度の比を用いてRNAの純度を評価する。A260/A280比の許容範囲は1.6以上である。
2.cDNA合成および標的増幅
液体RT酵素MixならびにRTプライマーおよびヌクレオチドを含有するRT緩衝液を用いて、cDNAを精製全RNAから合成する。cDNAの合成は、RNA分子とハイブリダイズし、かつRT酵素の基質として働くランダムヘキサデカマーの混合物であるRTプライマーを使用した、ランダムプライミング法を用いる。得られたcDNAは、RNA試料中に存在する配列を表すDNAの比例混合物を含有する。
液体RT酵素MixならびにRTプライマーおよびヌクレオチドを含有するRT緩衝液を用いて、cDNAを精製全RNAから合成する。cDNAの合成は、RNA分子とハイブリダイズし、かつRT酵素の基質として働くランダムヘキサデカマーの混合物であるRTプライマーを使用した、ランダムプライミング法を用いる。得られたcDNAは、RNA試料中に存在する配列を表すDNAの比例混合物を含有する。
qPCR緩衝液、遺伝子プライマーおよびプローブ、ならびに臨床グレードのAmpliTaq Goldポリメラーゼを用いて、標的転写産物を同時に増幅し検出する。各増幅サイクルの間に、2つの配列特異的な順方向および逆方向プライマー(未標識)が、アニーリング段階において相補的なcDNA鋳型とハイブリダイズし、伸長段階においてAmpliTaq Goldポリメラーゼの基質として働くことにより、標的に相補的な新たなDNA鎖が生成される。順方向および逆方向プライマーは、それぞれ異なるセンスまたはアンチセンス鎖とハイブリダイズする。増幅された各標的の検出は、蛍光レポーター部分であるFAMおよび蛍光消光部分であるBHQ1で標識され、アニーリング段階において相補的な標的配列とハイブリダイズする、配列特異的プローブを用いて行う。各標的は、96ウェルプレートの各ウェルにおいて増幅し検出する。
3.シグナル検出
試料中の各転写産物量の定量を、SDSソフトウェアバージョン1.4を備えたApplied Biosystems 7500 Fast DxリアルタイムPCR機器(Applied Biosystems,Foster City,CA,カタログ番号4406985;K082562)での蛍光検出に基づいて行い、これにより、RNA試料中の転写産物の相対存在量に対応する、各標的のサイクル閾値(Ct)の値が決定される。この機器は、各増幅サイクルの伸長段階におけるポリメラーゼの5’−3’エキソヌクレアーゼ活性による隣接レポーター−クエンチャーの切り離しにより生じた蛍光シグナルの幾何学的増加を測定することによりCtを決定する。各遺伝子および対照の定量的Ct値を用いて、I型インターフェロン誘導性遺伝子の過剰発現のスコアを算出する。
試料中の各転写産物量の定量を、SDSソフトウェアバージョン1.4を備えたApplied Biosystems 7500 Fast DxリアルタイムPCR機器(Applied Biosystems,Foster City,CA,カタログ番号4406985;K082562)での蛍光検出に基づいて行い、これにより、RNA試料中の転写産物の相対存在量に対応する、各標的のサイクル閾値(Ct)の値が決定される。この機器は、各増幅サイクルの伸長段階におけるポリメラーゼの5’−3’エキソヌクレアーゼ活性による隣接レポーター−クエンチャーの切り離しにより生じた蛍光シグナルの幾何学的増加を測定することによりCtを決定する。各遺伝子および対照の定量的Ct値を用いて、I型インターフェロン誘導性遺伝子の過剰発現のスコアを算出する。
4.検査対照
逆転写、cDNA合成、PCR、ハイブリダイゼーションおよび/または検出段階における潜在的なユーザーエラー、汚染、交差反応および/または検査不具合を検出するために、実行ごとに任意に含まれるインビトロ転写産物(IVT)RNA対照(それぞれの4つの標的遺伝子およびハウスキーピング遺伝子対照)を設計する。対照結果は、所与の実行を有効または無効とするための有効性の対照として使用する。これらは、許可されているPAXgene(商標)Blood RNA Systemにより行われ、かつRNA品質検査により管理されたRNA単離の有効性を立証するためには使用しない。カットオフに近い陰性および低い陽性対照も含め得る。
逆転写、cDNA合成、PCR、ハイブリダイゼーションおよび/または検出段階における潜在的なユーザーエラー、汚染、交差反応および/または検査不具合を検出するために、実行ごとに任意に含まれるインビトロ転写産物(IVT)RNA対照(それぞれの4つの標的遺伝子およびハウスキーピング遺伝子対照)を設計する。対照結果は、所与の実行を有効または無効とするための有効性の対照として使用する。これらは、許可されているPAXgene(商標)Blood RNA Systemにより行われ、かつRNA品質検査により管理されたRNA単離の有効性を立証するためには使用しない。カットオフに近い陰性および低い陽性対照も含め得る。
5.ソフトウェア
ソフトウェアを使用して、上記方程式を用いてデルタCtを算出する。次いでデルタCtを用いて定量試験結果を決定するが、ここでは、カットオフ以上のスコアが陽性の試験結果であり、カットオフ未満のスコアが陰性の試験結果である。陰性の試験結果は、患者がシファリムマブ治療に応答する可能性がない(非応答者である)ことを示し、陽性の試験結果は、患者がシファリムマブ治療に応答する可能性がある(応答者である)ことを示す。
ソフトウェアを使用して、上記方程式を用いてデルタCtを算出する。次いでデルタCtを用いて定量試験結果を決定するが、ここでは、カットオフ以上のスコアが陽性の試験結果であり、カットオフ未満のスコアが陰性の試験結果である。陰性の試験結果は、患者がシファリムマブ治療に応答する可能性がない(非応答者である)ことを示し、陽性の試験結果は、患者がシファリムマブ治療に応答する可能性がある(応答者である)ことを示す。
X.実施例2:種々の解析はMEDI−545に対する応答が4遺伝子サインに関連することを示す
2つの主要な方法を用いて、診断陽性患者対陰性患者を命名するために使用する閾値を決定した。第一に、202人のSLE被検者の4遺伝子診断の変化倍数スコアの分布を、単一の最頻値以外の最頻値の存在に関して評価した。このような多峰性分布は、2つ以上のスコア母集団の存在を示唆し得る。この分布から2つの異なる最頻値を特定し、これら2つの最頻値を区別する領域の重心を約4の値で見出した。この分布は、約2〜約8の範囲を用いて2つの最頻値が区別され、適切な平均変化倍数のカットオフが約2と約8の間であり得ることを示している。
2つの主要な方法を用いて、診断陽性患者対陰性患者を命名するために使用する閾値を決定した。第一に、202人のSLE被検者の4遺伝子診断の変化倍数スコアの分布を、単一の最頻値以外の最頻値の存在に関して評価した。このような多峰性分布は、2つ以上のスコア母集団の存在を示唆し得る。この分布から2つの異なる最頻値を特定し、これら2つの最頻値を区別する領域の重心を約4の値で見出した。この分布は、約2〜約8の範囲を用いて2つの最頻値が区別され、適切な平均変化倍数のカットオフが約2と約8の間であり得ることを示している。
第二に、24人の正常な健常ドナーの4遺伝子診断の変化倍数スコア分布を、SLEスコア分布と比較した上限に関して評価した。24人の正常な健常ドナーの平均診断変化倍数スコアは1.34で上界(平均+2*SD)が2.91である。正常な健常ドナー母集団の被検者数は、本発明者らの疾患母集団の被検者数よりもかなり少なかったため、本発明者らは、二峰性のSLEスコア分布の結果と一致する正常な健常ドナーにおける上界診断スコアの内輪の見積もりを用いた。したがって、診断陽性および診断陰性群のSLE患者を層別化するために4以上というカットポイントを選択した。
診断陽性母集団では、147人のSLE被験者がこの群に層別化され、スコアの平均、中央値および標準偏差はそれぞれ、36.13、63.76および2.71である。診断陰性母集団では、55人のSLE被験者がこの群に層別化され、スコアの平均、中央値および標準偏差はそれぞれ、0.95、0.89および2.00である。二試料両側のWelch改変t検定は、p値1.62×10−66で2群間の有意差を示している。
変化倍数算出に基づく臨床試験データから得られた4遺伝子サイン(すなわち、IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2サイン)を用いて、SLEDAI臨床エンドポイントを用いた受診者動作特性(ROC)曲線を作成した。この曲線を図1に示すが、これは治療後182日、196日および210日目に評価し、エンドポイントとしてベースラインからの少なくとも4ポイントのSLEDAI減少を用いたものである。ROC曲線に基づき、IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2の発現において4以上という平均変化倍数のカットオフポイントを選択した。
4以上という平均変化倍数のカットオフポイントでは、治療後182日目に採取した血液試料から得られたデータに基づく試験の感度および特異度は、それぞれ87.0%および32.9%である。182日目のデータのAUCは0.59である。4以上という平均変化倍数のカットオフポイントでは、治療後196日目に採取した血液試料から得られたデータに基づく試験の感度および特異度は、それぞれ85.7%および32.8%である。196日目のデータのAUCは0.57である。最後に、同じカットオフポイントを用いた場合、治療後210日目に得られた感度、特異度およびAUCの値はそれぞれ、86.0%、33.8%および0.56である。
SLE患者を診断陽性(応答者)対診断陰性(非応答者)状態に区分するための分類指標として、4つの各遺伝子の変化倍数として示される過剰発現の平均を用いた場合、群間が明確に区別される。log2尺度での4遺伝子平均スコアの分布は、2つの明白な最頻値を明瞭に示しており、その間に当てはまる値はほとんどない。図2Aおよび2Bは、平均変化倍数のカットオフが4以上の4遺伝子(IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2)診断法を用いた診断試験陽性および陰性群への患者の分布を示す。
A.4以上のSLENA−SLEDAI
本発明者らは、MI−CP152にわたってすべてのシファリムマブ用量群をプールし、ベースラインからのSELENA−SLEDAIの4ポイント以上の減少(SELENA−SLEDAI応答者)という臨床エンドポイントを用いて、182日目に46.6%の陽性的中率(PPV;診断陽性被検者[Dx+]のうち応答者である被験者のパーセンテージ)を算出した。同様に、182日目に82.1%の陰性的中率(NPV;診断陰性被検者[Dx−]のうち非応答者である被験者のパーセンテージ)を算出した。この同じ臨床エンドポイントでは、感度および特異度の値は87.0%および32.9%であった。
本発明者らは、MI−CP152にわたってすべてのシファリムマブ用量群をプールし、ベースラインからのSELENA−SLEDAIの4ポイント以上の減少(SELENA−SLEDAI応答者)という臨床エンドポイントを用いて、182日目に46.6%の陽性的中率(PPV;診断陽性被検者[Dx+]のうち応答者である被験者のパーセンテージ)を算出した。同様に、182日目に82.1%の陰性的中率(NPV;診断陰性被検者[Dx−]のうち非応答者である被験者のパーセンテージ)を算出した。この同じ臨床エンドポイントでは、感度および特異度の値は87.0%および32.9%であった。
本発明者らは、約20%〜40%のプラセボ奏効率を観察したため、本発明者らは、「デルタPPV」および「デルタNPV」を算出して、的中率に対するプラセボ効果を考慮することが適切であることを見出した。デルタPPV値は、シファリムマブ治療被験者のPPV(大部分が中間解析時に得られた0.3および1.0mg/kgのデータに基づく)とプラセボ治療被験者のPPVの間の差である。同様に、デルタNPVでは、この計算はシファリムマブ治療被験者(同様に、大部分が0.3および1.0mg/kg群のデータ)のNPVとプラセボ治療被験者のNPVの間の差からなる。これらのデルタPPV/NPV統計値はPPVとNPVの内輪の見積もりであり、プラセボ投与された応答患者との関連における薬物投与された応答患者のパーセンテージを示す。したがって、これらの統計値は、応答者状態に本来存在する「ノイズ」レベルを示す。しかし、これらの調整されたPPV/NPV値を用いても、シファリムマブで治療したDx陰性患者に比べ、シファリムマブで治療したDx陽性患者において優れた奏効率が依然として見られる。
結果のまとめを表1に示す。
CI=信頼区間;DX=診断
図3Aおよび3Bは、中等度から重度の活動性SLEを有する患者におけるMEDI−545の複数回静脈内投与を評価するための第1b相、多施設、無作為化、二重盲検、プラセボ対照、用量漸増研究のデータを示す。すべてのSLE被験者は、予備スクリーニングにおいて6以上のSLEDAIスコアを有する。図3Aおよび3Bは、プラセボまたは0.3/1/3/10mg/kgのMEDI−545のコホートの4遺伝子(IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2)サイン陽性または陰性のSLE患者の対時間曲線下面積マイナスベースラインSLEDAIスコアを示す。図3Aはサイン陽性、図3Bはサイン陰性である。
図3Aおよび3Bは、中等度から重度の活動性SLEを有する患者におけるMEDI−545の複数回静脈内投与を評価するための第1b相、多施設、無作為化、二重盲検、プラセボ対照、用量漸増研究のデータを示す。すべてのSLE被験者は、予備スクリーニングにおいて6以上のSLEDAIスコアを有する。図3Aおよび3Bは、プラセボまたは0.3/1/3/10mg/kgのMEDI−545のコホートの4遺伝子(IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2)サイン陽性または陰性のSLE患者の対時間曲線下面積マイナスベースラインSLEDAIスコアを示す。図3Aはサイン陽性、図3Bはサイン陰性である。
4遺伝子診断(すなわち、IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2サイン)と臨床試験における被験者の主要な人口統計学的/臨床的変数との間に大きな相関パターンはない。これらの主要な変数に対するピアソン相関係数を表2に記載する。
表2.4遺伝子サイン(すなわち、IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2サイン)と主要な人口統計学的/臨床的変数に対するピアソン相関係数。182日目および196日目は、それぞれMEDI545投与後182日目および196日目に採取した血液から得られた遺伝子発現パターンを表す。
B.SELDAI応答における正相関、4ポイント以上の減少(改善)
データは試験CP152のものである。中等度から重度の活動性SLEを有する被験者をI型IFNサインのスクリーニングにより層別化した後、0〜182日目までプラセボまたはシファリムマブを投与した。4ポイント以上のSLEDAI減少(疾患活動性における改善)であるSLEDAI応答を示す。黒四角/実線はシファリムマブ投与被験者を表し、白四角/点線はプラセボ患者を表す。182〜210日目のみの短い線は、182〜210日目の平均値であり、記号のない実線はシファリムマブ被験者の平均値を表し、記号のない点線はプラセボ被験者の平均値を表す。少なくとも1用量のプラセボまたはシファリムマブを投与され、かつ6以上ベースラインSLEDAIスコアを有する患者が含まれており、1、3または10mg/kgのシファリムマブまたはプラセボを投与された被験者のデータが示されている。196日目以前に疾患活動性の増加に対してプロトコールで許容されるものより高いレベルのレスキュー副腎皮質ステロイド剤を必要とした被験者は、この解析では非応答者と見なされる。
データは試験CP152のものである。中等度から重度の活動性SLEを有する被験者をI型IFNサインのスクリーニングにより層別化した後、0〜182日目までプラセボまたはシファリムマブを投与した。4ポイント以上のSLEDAI減少(疾患活動性における改善)であるSLEDAI応答を示す。黒四角/実線はシファリムマブ投与被験者を表し、白四角/点線はプラセボ患者を表す。182〜210日目のみの短い線は、182〜210日目の平均値であり、記号のない実線はシファリムマブ被験者の平均値を表し、記号のない点線はプラセボ被験者の平均値を表す。少なくとも1用量のプラセボまたはシファリムマブを投与され、かつ6以上ベースラインSLEDAIスコアを有する患者が含まれており、1、3または10mg/kgのシファリムマブまたはプラセボを投与された被験者のデータが示されている。196日目以前に疾患活動性の増加に対してプロトコールで許容されるものより高いレベルのレスキュー副腎皮質ステロイド剤を必要とした被験者は、この解析では非応答者と見なされる。
図4Aは、スクリーニングで診断試験が陽性の被験者を含み、182〜210日目の平均SLEDAI応答(%)はシファリムマブ被験者(n=88)で52.5%、およびプラセボ被験者(n=22)で33.9%である。図4Bは、スクリーニングで診断試験が陰性の被験者を含み、182〜210日目の平均複合応答はシファリムマブ被験者(n=22)で25.7%%、およびプラセボ被験者(n=6)で22.2%である。
C.サインの減少とSLEDAI応答の正相関。ベースライン後のDxにおいて50%以上の減少対50%未満の減少を有するDx+被験者における、4ポイント以上減少(改善)のSLEDAI応答
図5Aおよび5B。データは試験CP152のものである。中等度から重度の活動性SLEを有する被験者をI型IFNサインのスクリーニングにより層別化した後、0〜182日目までプラセボまたはシファリムマブを投与した。4ポイントを超えるSLEDAI減少(疾患活動性における改善)であるSLEDAI応答を示す。黒四角/実線はシファリムマブ投与被験者を表し、白四角/点線はプラセボ患者を表す。182〜210日目のみの短い線は、182〜210日目の平均値であり、記号のない実線はシファリムマブ被験者の平均値を表し、記号のない点線はプラセボ被験者の平均値を表す。少なくとも1用量のプラセボまたはシファリムマブを投与され、かつ6を超えるベースラインSLEDAIスコアを有する被験者が含まれており、1、3または10mg/kgのシファリムマブまたはプラセボを投与された被験者のデータが示されている。196日目以前に疾患活動性の増加に対してプロトコールで許容されるものより高いレベルのレスキュー副腎皮質ステロイド剤を必要とした被験者は、この解析では非応答者と見なされる。
図5Aおよび5B。データは試験CP152のものである。中等度から重度の活動性SLEを有する被験者をI型IFNサインのスクリーニングにより層別化した後、0〜182日目までプラセボまたはシファリムマブを投与した。4ポイントを超えるSLEDAI減少(疾患活動性における改善)であるSLEDAI応答を示す。黒四角/実線はシファリムマブ投与被験者を表し、白四角/点線はプラセボ患者を表す。182〜210日目のみの短い線は、182〜210日目の平均値であり、記号のない実線はシファリムマブ被験者の平均値を表し、記号のない点線はプラセボ被験者の平均値を表す。少なくとも1用量のプラセボまたはシファリムマブを投与され、かつ6を超えるベースラインSLEDAIスコアを有する被験者が含まれており、1、3または10mg/kgのシファリムマブまたはプラセボを投与された被験者のデータが示されている。196日目以前に疾患活動性の増加に対してプロトコールで許容されるものより高いレベルのレスキュー副腎皮質ステロイド剤を必要とした被験者は、この解析では非応答者と見なされる。
図5Aは、スクリーニングで診断試験が陽性であり、またシファリムマブで治療した場合、投与後28〜210日目のベースライン診断サインスコアにおいて50%を超える中央値減少を有した被験者を含み、182〜210日目の平均SLEDAI応答(%)はシファリムマブ被験者(n=23)で66.3%、およびプラセボ被験者(n=22)で33.9%である。図Bは、スクリーニングで陽性の診断試験を有し、またはシファリムマブで治療した場合、投与後28〜210日のベースライン診断サインスコアにおいて50%未満の中央値減少を有した被験者を含み、182〜210日目の平均SLEDAI応答(%)はシファリムマブ被験者(n=23)で48.0%、およびプラセボ被験者(n=22)で33.9%である。
D.複合応答とサインの正相関
図6Aおよび6Bに示されるように、被験者の複合応答は、陽性の4遺伝子サインスコアと相関する。データは試験CP152のものである。中等度から重度の活動性SLEを有する被験者をI型IFNサインのスクリーニングにより層別化した後、0〜182日目まで、プラセボまたは0.3、1、3もしくは10mg/kgのIV用量のシファリムマブを2週間ごとに投与した。4ポイント以上のSLEDAI減少(改善)および1以下の新たなBILAG Bスコア(少なくとも中等度の再燃の尺度)および3インチ(約7.6cm)視覚的アナログ尺度で0.3インチ(約0.76cm)を超える医師包括評価(physician global assessment)の悪化なしである複合応答を示す。黒四角/実線はシファリムマブ投与被験者を表し、白四角/点線はプラセボ患者を表す。182〜210日目のみの短い線は、182〜210日目の平均値であり、記号のない実線はシファリムマブ被験者の平均値を表し、記号のない点線はプラセボ被験者の平均値を表す。少なくとも1用量のプラセボまたはシファリムマブを投与され、かつ6以上のベースラインSLEDAIスコアを有する被験者が含まれる。196日目以前に疾患活動性の増加に対してプロトコールで許容されるものより高いレベルのレスキュー副腎皮質ステロイド剤を必要とした被験者は、この解析では非応答者と見なされる。図6Aは、スクリーニングで診断試験が陽性の被験者を含み、182〜210日目の平均複合応答(%)はシファリムマブ被験者(n=88)で46.4%、およびプラセボ被験者(n=29)で36.1%である。図6Bは、スクリーニングで診断試験が陰性の被験者を含み、182〜210日目の平均複合応答はシファリムマブ被験者(n=28)で19.1%、およびプラセボ被験者(n=9)で14.8%である。
図6Aおよび6Bに示されるように、被験者の複合応答は、陽性の4遺伝子サインスコアと相関する。データは試験CP152のものである。中等度から重度の活動性SLEを有する被験者をI型IFNサインのスクリーニングにより層別化した後、0〜182日目まで、プラセボまたは0.3、1、3もしくは10mg/kgのIV用量のシファリムマブを2週間ごとに投与した。4ポイント以上のSLEDAI減少(改善)および1以下の新たなBILAG Bスコア(少なくとも中等度の再燃の尺度)および3インチ(約7.6cm)視覚的アナログ尺度で0.3インチ(約0.76cm)を超える医師包括評価(physician global assessment)の悪化なしである複合応答を示す。黒四角/実線はシファリムマブ投与被験者を表し、白四角/点線はプラセボ患者を表す。182〜210日目のみの短い線は、182〜210日目の平均値であり、記号のない実線はシファリムマブ被験者の平均値を表し、記号のない点線はプラセボ被験者の平均値を表す。少なくとも1用量のプラセボまたはシファリムマブを投与され、かつ6以上のベースラインSLEDAIスコアを有する被験者が含まれる。196日目以前に疾患活動性の増加に対してプロトコールで許容されるものより高いレベルのレスキュー副腎皮質ステロイド剤を必要とした被験者は、この解析では非応答者と見なされる。図6Aは、スクリーニングで診断試験が陽性の被験者を含み、182〜210日目の平均複合応答(%)はシファリムマブ被験者(n=88)で46.4%、およびプラセボ被験者(n=29)で36.1%である。図6Bは、スクリーニングで診断試験が陰性の被験者を含み、182〜210日目の平均複合応答はシファリムマブ被験者(n=28)で19.1%、およびプラセボ被験者(n=9)で14.8%である。
E.SLEDAI曲線下面積マイナスベースラインにおける正相関
図7Aおよび7Bに示されるように、SLEDAI曲線下面積マイナスベースラインの減少は、陽性の4遺伝子サインスコアと相関する。データは試験CP152のものである。中等度から重度の活動性SLEを有する被験者をI型IFNサインのスクリーニングにより層別化した後、0〜182日目まで、プラセボまたは0.3、1、3もしくは10mg/kgのIV用量のシファリムマブを2週間ごとに投与した。SLEDAIスコア(疾患活動性の尺度)に対する曲線下面積マイナスベースラインを示し、負の大きな値ほど疾患活動性における大きな減少を示す。黒四角/実線はシファリムマブ投与被験者を表し、白四角/点線はプラセボ患者を表す。182〜210日目のみの短い線は、182〜210日目の平均値であり、記号のない実線はシファリムマブ被験者の平均値を表し、記号のない点線はプラセボ被験者の平均値を表す。少なくとも1用量のプラセボまたはシファリムマブを投与された被験者が含まれる。図7Aは、スクリーニングで診断試験が陽性の被験者を含み、182〜210日目の平均曲線下面積マイナスベースラインはシファリムマブ被験者(n=92)で−2.34、およびプラセボ被験者(n=30)で−1.14である。図7Bは、スクリーニングで診断試験が陰性の被験者を含み、182〜210日目の平均曲線下面積マイナスベースラインはシファリムマブ被験者(n=29)で−0.46、およびプラセボ被験者(n=10)で−0.88である。
図7Aおよび7Bに示されるように、SLEDAI曲線下面積マイナスベースラインの減少は、陽性の4遺伝子サインスコアと相関する。データは試験CP152のものである。中等度から重度の活動性SLEを有する被験者をI型IFNサインのスクリーニングにより層別化した後、0〜182日目まで、プラセボまたは0.3、1、3もしくは10mg/kgのIV用量のシファリムマブを2週間ごとに投与した。SLEDAIスコア(疾患活動性の尺度)に対する曲線下面積マイナスベースラインを示し、負の大きな値ほど疾患活動性における大きな減少を示す。黒四角/実線はシファリムマブ投与被験者を表し、白四角/点線はプラセボ患者を表す。182〜210日目のみの短い線は、182〜210日目の平均値であり、記号のない実線はシファリムマブ被験者の平均値を表し、記号のない点線はプラセボ被験者の平均値を表す。少なくとも1用量のプラセボまたはシファリムマブを投与された被験者が含まれる。図7Aは、スクリーニングで診断試験が陽性の被験者を含み、182〜210日目の平均曲線下面積マイナスベースラインはシファリムマブ被験者(n=92)で−2.34、およびプラセボ被験者(n=30)で−1.14である。図7Bは、スクリーニングで診断試験が陰性の被験者を含み、182〜210日目の平均曲線下面積マイナスベースラインはシファリムマブ被験者(n=29)で−0.46、およびプラセボ被験者(n=10)で−0.88である。
F.ベースラインからのSLEDAIの変化とサインの正相関
図8Aおよび8Bに示されるように、ベースラインからのSLEDAIの減少は、陽性の4遺伝子サインスコアと相関する。データは試験CP152のものである。中等度から重度の活動性SLEを有する被験者をI型IFNサインのスクリーニングにより層別化した後、0〜182日目まで、プラセボまたは0.3、1、3もしくは10mg/kgのIV用量のシファリムマブを2週間ごとに投与した。6以上のベースラインSLEDAIを有する患者において4ポイント以上のSLEDAI減少(疾患活動性における改善であるSLEDAI応答を示す。黒四角/実線はシファリムマブ投与被験者を表し、白四角/点線はプラセボ患者を表す。182〜210日目のみの短い線は、182〜210日目の平均値であり、記号のない実線はシファリムマブ被験者の平均値を表し、記号のない点線はプラセボ被験者の平均値を表す。少なくとも1用量のプラセボまたはシファリムマブを投与された被験者。196日目以前に疾患活動性の増加に対してプロトコールで許容されるものより高いレベルのレスキュー副腎皮質ステロイド剤を必要とした被験者は、この解析では非応答者と見なされる。ベースラインでの診断試験が陽性であり、かつ投与後28〜210日目に50%以上のI型IFNサインの中央値減少を有する被験者を示す。図8Aは、1mg/kgのIVでシファリムマブを投与された被験者を含み、168〜210日目の平均SLEDAI応答はシファリムマブ被験者(n=10)で53%、および同じコホートのプラセボ被験者(n=7)で21%である。図8Bは、3mg/kgのIVでシファリムマブを投与された被験者を含み、168〜210日目の平均SLEDAI応答はシファリムマブ被験者(n=6)で63%、および同じコホートのプラセボ被験者(n=6)で33%である。
図8Aおよび8Bに示されるように、ベースラインからのSLEDAIの減少は、陽性の4遺伝子サインスコアと相関する。データは試験CP152のものである。中等度から重度の活動性SLEを有する被験者をI型IFNサインのスクリーニングにより層別化した後、0〜182日目まで、プラセボまたは0.3、1、3もしくは10mg/kgのIV用量のシファリムマブを2週間ごとに投与した。6以上のベースラインSLEDAIを有する患者において4ポイント以上のSLEDAI減少(疾患活動性における改善であるSLEDAI応答を示す。黒四角/実線はシファリムマブ投与被験者を表し、白四角/点線はプラセボ患者を表す。182〜210日目のみの短い線は、182〜210日目の平均値であり、記号のない実線はシファリムマブ被験者の平均値を表し、記号のない点線はプラセボ被験者の平均値を表す。少なくとも1用量のプラセボまたはシファリムマブを投与された被験者。196日目以前に疾患活動性の増加に対してプロトコールで許容されるものより高いレベルのレスキュー副腎皮質ステロイド剤を必要とした被験者は、この解析では非応答者と見なされる。ベースラインでの診断試験が陽性であり、かつ投与後28〜210日目に50%以上のI型IFNサインの中央値減少を有する被験者を示す。図8Aは、1mg/kgのIVでシファリムマブを投与された被験者を含み、168〜210日目の平均SLEDAI応答はシファリムマブ被験者(n=10)で53%、および同じコホートのプラセボ被験者(n=7)で21%である。図8Bは、3mg/kgのIVでシファリムマブを投与された被験者を含み、168〜210日目の平均SLEDAI応答はシファリムマブ被験者(n=6)で63%、および同じコホートのプラセボ被験者(n=6)で33%である。
G.サイン抑制、SLEDAI応答および用量
図9A〜9C。データは試験CP152のものである。中等度から重度の活動性SLEを有する被験者をI型IFNサインのスクリーニングにより層別化した後、0〜182日目まで、プラセボまたは0.3、1、3もしくは10mg/kgのIV用量のシファリムマブを2週間ごとに投与した。6以上のベースラインSLEDAIを有する患者において、4ポイント以上のSLEDAI減少(疾患活動性における改善)であるSLEDAI応答を示す。黒四角/実線はシファリムマブ投与被験者を表し、白四角/点線はプラセボ患者を表す。182〜210日目のみの短い線は、182〜210日目の平均値であり、記号のない実線はシファリムマブ被験者の平均値を表し、記号のない点線はプラセボ被験者の平均値を表す。少なくとも1用量のプラセボまたはシファリムマブを投与された被験者。196日目以前に疾患活動性の増加に対してプロトコールで許容されるものより高いレベルのレスキュー副腎皮質ステロイド剤を必要とした被験者は、この解析では非応答者と見なされる。ベースラインでの診断試験が陽性であり、かつ投与後28〜210日目に50%以上のI型IFNサインの中央値減少を有する被験者を示す。図9Aは、1mg/kgのIVでシファリムマブを投与された被験者を含み、168〜210日目の平均SLEDAI応答はシファリムマブ被験者(n=10)で53%、および同じコホートのプラセボ被験者(n=7)で21%である。図9Bは、3mg/kgのIVでシファリムマブを投与された被験者を含み、168〜210日目の平均SLEDAI応答はシファリムマブ被験者(n=6)で63%、および同じコホートのプラセボ被験者(n=6)で33%である。図9Cは、10mg/kgのIVでシファリムマブを投与された被験者を含み、168〜210日目の平均SLEDAI応答はシファリムマブ被験者(n=9)で75%、および同じコホートのプラセボ被験者(n=9)で45%である。
図9A〜9C。データは試験CP152のものである。中等度から重度の活動性SLEを有する被験者をI型IFNサインのスクリーニングにより層別化した後、0〜182日目まで、プラセボまたは0.3、1、3もしくは10mg/kgのIV用量のシファリムマブを2週間ごとに投与した。6以上のベースラインSLEDAIを有する患者において、4ポイント以上のSLEDAI減少(疾患活動性における改善)であるSLEDAI応答を示す。黒四角/実線はシファリムマブ投与被験者を表し、白四角/点線はプラセボ患者を表す。182〜210日目のみの短い線は、182〜210日目の平均値であり、記号のない実線はシファリムマブ被験者の平均値を表し、記号のない点線はプラセボ被験者の平均値を表す。少なくとも1用量のプラセボまたはシファリムマブを投与された被験者。196日目以前に疾患活動性の増加に対してプロトコールで許容されるものより高いレベルのレスキュー副腎皮質ステロイド剤を必要とした被験者は、この解析では非応答者と見なされる。ベースラインでの診断試験が陽性であり、かつ投与後28〜210日目に50%以上のI型IFNサインの中央値減少を有する被験者を示す。図9Aは、1mg/kgのIVでシファリムマブを投与された被験者を含み、168〜210日目の平均SLEDAI応答はシファリムマブ被験者(n=10)で53%、および同じコホートのプラセボ被験者(n=7)で21%である。図9Bは、3mg/kgのIVでシファリムマブを投与された被験者を含み、168〜210日目の平均SLEDAI応答はシファリムマブ被験者(n=6)で63%、および同じコホートのプラセボ被験者(n=6)で33%である。図9Cは、10mg/kgのIVでシファリムマブを投与された被験者を含み、168〜210日目の平均SLEDAI応答はシファリムマブ被験者(n=9)で75%、および同じコホートのプラセボ被験者(n=9)で45%である。
データは試験CP152のものである。中等度から重度の活動性SLEを有する被験者をI型IFNサインのスクリーニングにより層別化した後、0〜182日目まで、プラセボまたは0.3、1、3もしくは10mg/kgのIV用量のシファリムマブを2週間ごとに投与した。6以上のベースラインSLEDAIを有する患者において、4ポイント以上のSLEDAI減少(疾患活動性における改善)であるSLEDAI応答を示す。黒四角/実線はシファリムマブ投与被験者を表し、白四角/点線はプラセボ患者を表す。182〜210日目のみの短い線は、182〜210日目の平均値であり、記号のない実線はシファリムマブ被験者の平均値を表し、記号のない点線はプラセボ被験者の平均値を表す。少なくとも1用量のプラセボまたはシファリムマブを投与された被験者。196日目以前に疾患活動性の増加に対してプロトコールで許容されるものより高いレベルのレスキュー副腎皮質ステロイド剤を必要とした被験者は、この解析では非応答者と見なされる。ベースラインでの診断試験が陽性であり、かつ投与後28〜210日目に50%未満のI型IFNサインの中央値減少を有する被験者を示す。図10Aは、1mg/kgのIVでシファリムマブを投与された被験者を含み、168〜210日目の平均SLEDAI応答はシファリムマブ被験者(n=9)で37%、および同じコホートのプラセボ被験者(n=7)で21%である。図10Bは、3mg/kgのIVでシファリムマブを投与された被験者を含み、168〜210日目の平均SLEDAI応答はシファリムマブ被験者(n=12)で42%、および同じコホートのプラセボ被験者(n=6)で33%である。図10Cは、10mg/kgのIVでシファリムマブを投与された被験者を含み、168〜210日目の平均SLEDAI応答はシファリムマブ被験者(n=15)で45%、および同じコホートのプラセボ被験者(n=9)で45%である。
H.健常ドナーに対する変化倍数に対するデルタCt
初期の研究では、本発明者らは、各SLE患者に対する参照として24人の正常な健常ドナーのプールを用いて変化倍数を算出した。しかし、本発明者らは、この参照は困惑するような問題点、具体的には:1)それは検査内に変動をもたらされす可能性がある、および2)常に同じ動的範囲を有する人為的な参照を作製することは負担となるという問題点を有し得ることがわかった。
初期の研究では、本発明者らは、各SLE患者に対する参照として24人の正常な健常ドナーのプールを用いて変化倍数を算出した。しかし、本発明者らは、この参照は困惑するような問題点、具体的には:1)それは検査内に変動をもたらされす可能性がある、および2)常に同じ動的範囲を有する人為的な参照を作製することは負担となるという問題点を有し得ることがわかった。
本発明者らは、この正常参照の必要性を評価するための解析を行い、デルタCt値を変化倍数の値と比較した場合、この2つ(共にlog2に変換)の間に99%を超える相関関係があることを見出した。したがって、参照としてSLE患者試料由来のハウスキーピング遺伝子にデルタCt値を用いることが可能であり、健常ドナーを測定する、またはそれと比較する必要なない。このアプローチは、診断試験の一次出力が定量的スコアではなく、陽性または陰性の定性的結果である場合に強化され得る。本発明者らの結果は、変化倍数尺度における4以上というカットオフは、デルタCt尺度における7.6以上というカットオフに置き換えられることを示している。
XI.実施例3.皮膚筋炎および多発性筋炎における疾患活動性と血中でのI型インターフェロン誘導性およびその他のサイトカイン誘導性遺伝子発現との間の関係
A.背景
DMまたはPMを有する42人の患者の末梢血を、初期実験におけるAffymetrix human genome U133 plus 2.0 GeneChips(登録商標)を用いた遺伝子発現プロファイリングに供し、I型IFN誘導性遺伝子の末梢過剰発現を示す患者の罹患率を特定した。DMおよびPMに対する潜在的な治療剤標的としてのI型IFNに関する科学的洞察をさらに得るために、次いでDMまたはPMを有する24人の患者を前向き研究に加え、標準的な臨床ケアを受けている間、最大で6年間(平均1.9年間)追跡した。
A.背景
DMまたはPMを有する42人の患者の末梢血を、初期実験におけるAffymetrix human genome U133 plus 2.0 GeneChips(登録商標)を用いた遺伝子発現プロファイリングに供し、I型IFN誘導性遺伝子の末梢過剰発現を示す患者の罹患率を特定した。DMおよびPMに対する潜在的な治療剤標的としてのI型IFNに関する科学的洞察をさらに得るために、次いでDMまたはPMを有する24人の患者を前向き研究に加え、標準的な臨床ケアを受けている間、最大で6年間(平均1.9年間)追跡した。
B.方法
疾患活動性の筋炎治療意図活動性指数(Myositis Intention to Treat Activity Index)(MITAX)を含めた臨床経過を150人にわたる患者診察で評価した。この指数は、各器官または系に対して医師が大用量のステロイドおよび/または免疫抑制剤により治療を行い得る、医師が用いる6つの器官または系に基づくものである。80人の患者診察で採取した末梢血試料を、I型IFN、TNF−α、IL−1β、GM−CSF、IL−10およびIL−13シグナル伝達経路のためのサイトカイン誘導性遺伝子発現のマイクロアレイ解析に使用した。
疾患活動性の筋炎治療意図活動性指数(Myositis Intention to Treat Activity Index)(MITAX)を含めた臨床経過を150人にわたる患者診察で評価した。この指数は、各器官または系に対して医師が大用量のステロイドおよび/または免疫抑制剤により治療を行い得る、医師が用いる6つの器官または系に基づくものである。80人の患者診察で採取した末梢血試料を、I型IFN、TNF−α、IL−1β、GM−CSF、IL−10およびIL−13シグナル伝達経路のためのサイトカイン誘導性遺伝子発現のマイクロアレイ解析に使用した。
C.結果
42人のうち35人(87%)のDMおよびPM患者が、末梢血におけるI型IFN誘導性遺伝子の中程度/強度の過剰発現を有していた。治療過程の間の長期的研究では、24人のうち21人の患者が末梢血におけるI型IFN誘導性遺伝子サインの過剰発現を示した。具体的には、IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2、ならびにI型IFN誘導性13遺伝子複合サイン(IFI27、RSAD2、IFI44L、ISG15、OAS3、HERC5、MX1、ESPTI1、IFIT3、IFI44、OAS1、IFIT1およびIFI6)が、治療期間中の疾患活動性と非常に相関していた。3人の患者では、治療期間中のI型IFN誘導性遺伝子の過剰発現が、疾患再発の約1ヶ月以内で先行した。またTNF−α、IL−1β、GM−CSF、IL−10およびIL−13誘導性遺伝子サインもDMおよびPM患者において過剰発現されたが、疾患活動性とは相関がなかった。
42人のうち35人(87%)のDMおよびPM患者が、末梢血におけるI型IFN誘導性遺伝子の中程度/強度の過剰発現を有していた。治療過程の間の長期的研究では、24人のうち21人の患者が末梢血におけるI型IFN誘導性遺伝子サインの過剰発現を示した。具体的には、IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2、ならびにI型IFN誘導性13遺伝子複合サイン(IFI27、RSAD2、IFI44L、ISG15、OAS3、HERC5、MX1、ESPTI1、IFIT3、IFI44、OAS1、IFIT1およびIFI6)が、治療期間中の疾患活動性と非常に相関していた。3人の患者では、治療期間中のI型IFN誘導性遺伝子の過剰発現が、疾患再発の約1ヶ月以内で先行した。またTNF−α、IL−1β、GM−CSF、IL−10およびIL−13誘導性遺伝子サインもDMおよびPM患者において過剰発現されたが、疾患活動性とは相関がなかった。
I型IFNの標的化は、末梢におけるI型IFN誘導性遺伝子の過剰発現を有するDMおよびPM患者母集団において臨床的利点をもたらし得る。末梢血におけるI型IFN誘導性遺伝子の過剰発現は、これらの患者の抗I型IFN療法の開発のための薬力学的および予測的バイオマーカーとしての使用のためのさらなる研究に値する。具体的には、SLEに関する上記結果は、4遺伝子診断が抗インターフェロンアルファ療法に応答するDMおよびPM患者の同定を可能にすることを示している。
XII.実施例4:SLE、DM、PM、SScおよびRA罹患患者由来の全血におけるI型IFN誘導性遺伝子の過剰発現の存在および程度を評価するための4または5遺伝子サインの使用
A.背景
本発明者らは、全身性エリテマトーデス(SLE)、皮膚筋炎(DM)、多発性筋炎(PM)、関節リウマチ(RA)および全身性強皮症(SSc)を有する患者におけるI型インターフェロン(IFN)経路の活性化に共通点があるか否かを判定する研究を行った。
A.背景
本発明者らは、全身性エリテマトーデス(SLE)、皮膚筋炎(DM)、多発性筋炎(PM)、関節リウマチ(RA)および全身性強皮症(SSc)を有する患者におけるI型インターフェロン(IFN)経路の活性化に共通点があるか否かを判定する研究を行った。
本発明者らは、Affymetrix U133 Plus 2.0 Genechip(登録商標)を用いて、262人のSLE、44人のDM、33人のPM、38人のSScおよび89人のRA被験者の全血(WB)において過剰発現された転写産物を同定し、発現を24人の健常被験者と比較した。WBにおけるI型IFN経路の活性化を、5遺伝子I型IFNサイン(IFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2)を用いて各被験者に関して個別に評価し、同様に16人のSLEおよび22人のSSc被験者由来の病変皮膚、37人のDMおよび36人のPM被験者由来の筋肉生検材料、ならびに20人のRA被験者由来の滑膜組織においても同様に評価した。上記被験者のWBにおける経路活性化に関して、その他のサイトカイン遺伝子サイン、例えばTNF−α、IL1β、IL−10、IL−13、IL−17およびGM−CSFなども評価した。さらに、I型IFN誘導性および非I型IFN誘導性転写産物の両方の発現プロファイルを用いたクラスタリング法により、疾患および健常被験者の分子分類を行った。
被験者のI型IFN経路活性化を評価するために使用したこの5遺伝子パネルは、Yaoら,2009に記載されているように、DM、PMおよびSLEを有する被験者における抗IFN−α mAbの薬力学を測定するために使用された、21個のI型IFN誘導性遺伝子のセットから同定された。この5遺伝子は、正常な健常ドナーに比べ、SLE、DM、PM、SSc、RAおよびシェーグレン病を有する被験者において、これら21個の遺伝子の中で最も過剰発現することが見出された(表3)。表3の遺伝子は、21個の遺伝子中でのこの5遺伝子の順位を示すために、各ブロックの21個の遺伝子を(個々の疾患それぞれにおいて)降順に並べ替えてある。
本発明者らは、WBにおけるI型IFN経路活性化に関して陽性であるSLE、DM、PM、SScおよびRA被験者の割合が、SLEで72%、DMで66%、PMで61%、SScで50%およびRAで33%であることを見出した。罹患組織およびWBの両方において、I型IFN誘導性転写産物の一致した過剰発現が観察された。
上記研究から、SLE、DM、PM、SScおよびRA被験者の母集団におけるI型IFN経路の活性化が一貫して観察された。PMおよびRA被験者のサブグループもTNF−α経路の活性化を示し、またSSc被験者のサブグループはIL−17経路の強い活性化を示した。36個のI型IFN誘導性転写産物の共通のセットが被験者WBにおいて最も過剰発現される転写産物に含まれていた。したがって、上記研究は、異なる疾患症状を有するすべての被験者を、古典的なSLE、DM、PM、SScおよびRAという名称を示すのではなく、分子的特徴により分類することが可能であることを示している。
B.結果
個々のSLE、DM、PM、SScおよびRA被験者ならびに健常被験者のWBにおける5つのI型IFN誘導性遺伝子を用いて算出したI型IFN誘導性遺伝子サインのスコアを、図11Aに示す。複数の遺伝子の相対的発現の総スコアは、経路活性の確固とした測定をもたらし得る。総スコアが4を超える患者をI型IFN誘導性遺伝子サイン陽性と見なした。5遺伝子パネルを用いたI型IFN遺伝子サイン陽性/陰性状態の閾値は、健常な正常ドナーのサイン値の分布を用いて決定した。これら24人の正常な健常ドナーの試料数が少ないため、本発明者らは、サイン状態の閾値の内輪の見積もりを組み込んだ。正常な健常ドナーのI型IFN遺伝子サイン値の最大値は3である。4というカットオフにより、一般母集団とより一致する可能性がある分散がさらにもたらされる。これらの被験者のWBにおけるI型IFN誘導性遺伝子サインの過剰発現のスコアは、健常被験者のものと比べて有意であった(健常な正常被験者、SLE、DM、PM、RAおよびSSc被験者の中央値スコアは、それぞれ1.1、34.5、12.4、5.3、2.3および4.3であり;SLE、DM、PM、RAおよびSSc被験者のp値は、それぞれ7.8×10−47、7.5×10−7、6.6×10−4、4.7×10−5および5.2×10−4である)。
個々のSLE、DM、PM、SScおよびRA被験者ならびに健常被験者のWBにおける5つのI型IFN誘導性遺伝子を用いて算出したI型IFN誘導性遺伝子サインのスコアを、図11Aに示す。複数の遺伝子の相対的発現の総スコアは、経路活性の確固とした測定をもたらし得る。総スコアが4を超える患者をI型IFN誘導性遺伝子サイン陽性と見なした。5遺伝子パネルを用いたI型IFN遺伝子サイン陽性/陰性状態の閾値は、健常な正常ドナーのサイン値の分布を用いて決定した。これら24人の正常な健常ドナーの試料数が少ないため、本発明者らは、サイン状態の閾値の内輪の見積もりを組み込んだ。正常な健常ドナーのI型IFN遺伝子サイン値の最大値は3である。4というカットオフにより、一般母集団とより一致する可能性がある分散がさらにもたらされる。これらの被験者のWBにおけるI型IFN誘導性遺伝子サインの過剰発現のスコアは、健常被験者のものと比べて有意であった(健常な正常被験者、SLE、DM、PM、RAおよびSSc被験者の中央値スコアは、それぞれ1.1、34.5、12.4、5.3、2.3および4.3であり;SLE、DM、PM、RAおよびSSc被験者のp値は、それぞれ7.8×10−47、7.5×10−7、6.6×10−4、4.7×10−5および5.2×10−4である)。
各自己免疫疾患において、I型IFN経路活性化に関して「サイン陽性」のスコアであった被験者のパーセンテージには、5遺伝子I型IFNサインスコアを用いた(表4)。各自己免疫疾患内でのI型IFN経路活性化に関してサイン陽性である患者は:SLEで73%、DMで66%、PMで61%およびSScで50%、RAで33%である。陽性サイン(または陰性サイン)である同様の被験者を同定するための方法は、これらの自己免疫疾患の特定のサブグループにおけるI型IFN遺伝子過剰発現の確固たる存在を示す。
また本発明者らは、疾患組織(SLEおよびSSc被験者の病変皮膚、DMおよびPM被験者の筋肉標本およびRA被験者の滑膜組織)におけるI型IFN誘導性遺伝子の過剰発現も評価した。本発明者らは、IFN−αまたはIFN−βによる初代ヒトケラチノサイト/線維芽細胞モデルおよび筋芽細胞筋細胞系(SkMC)のインビトロ刺激を用いて、皮膚および筋肉に特徴的な細胞における潜在的なI型IFN誘導性転写産物を同定した。常在皮膚細胞または筋細胞系においてI型IFNにより誘導された転写産物の大部分は、WBにおいても誘導可能であった(皮膚のデータはYao Y,Jallal Jら.Type I IFN as a potential therapeutic target for psoriasis. PLoS ONE 2008;3(7):e2737.doi:10.1371/journal.pone.0002737に記載されていたものである)。以下の試料数、16人のSLE、37人のDM、36人のPM、22人のSScおよび20人のRA被験者では、評価したSLE、SSc、DM、PMおよびRA被験者の大きなサブセットにおいて、疾患部位でI型IFN誘導性遺伝子の高い過剰発現が観察された(SLE、SSc、DMおよびPM被験者でそれぞれp値<0.01;5遺伝子I型IFNサインスコアの中央値は、正常な健常ドナー、SLEおよびSSc被験者の皮膚において0.8、13.6、4.5;正常な健常ドナー、DMおよびPM被験者の筋肉標本において0.9、15.3および5;滑膜組織および正常な健常ドナーおよびRA被験者において1.0および7.1(RA比較は正常対照の試料数が少な過ぎるために評価できなかった);図11B)。
マッチしたWBと疾患組織標本において陽性のI型IFN誘導性遺伝子サイン(5遺伝子サインを使用)を有する患者間の解析では、16人のSLE被験者のうち13人がWBおよび病変皮膚において同等のI型IFN誘導性遺伝子サインスコアを示した(フィッシャー直接検定を用いてP<0.05)。ペアのWBと筋肉標本を有する10人のDMおよび9人のPM被験者では、2つのDM筋肉標本、1つのPM筋肉および1つのPM WB標本(同一患者由来)がI型IFN誘導性遺伝子サインに関して陰性であった。ペアのWBと皮膚標本を有する10人のSSc被験者では、7人の被験者が同等のI型IFN誘導性遺伝子サインスコアを示した。これらの観察結果は、SLE、DM、PMおよびSSc被験者のWBおよび疾患組織におけるI型IFN誘導性遺伝子の発現が一致する強い傾向を示している。
さらなる解析で、本発明者らは、4遺伝子サイン(IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2)を調べ、これもSLE、DM、PMおよびSSc被験者のWBおよび疾患組織における4つのI型IFN誘導性遺伝子の発現が一致する強い傾向を示すと判断した。図12Aおよび12Bを参照されたい。
さらなる解析で、本発明者らは、4遺伝子サイン(IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2)を調べ、これもSLE、DM、PMおよびSSc被験者のWBおよび疾患組織における4つのI型IFN誘導性遺伝子の発現が一致する強い傾向を示すと判断した。図12Aおよび12Bを参照されたい。
以下、本発明の実施形態を示す。
(1)I型インターフェロン活性を調節する治療剤による治療に適した被検体を同定する方法であって、被検体の試料中のIFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のうちの少なくとも4つのmRNAの増加を検出することを含み、少なくとも約4倍のmRNA増加が前記薬剤による治療に適した被検体を示す、上記方法。
(2)前記mRNAが、健常患者由来のプール試料におけるIFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のうちの少なくとも4つのmRNAに比べて増加している、(1)に記載の方法。
(3)前記mRNAの増加が、前記試料中に存在する1つ以上の対照遺伝子のmRNAと比較したものである、(1)に記載の方法。
(4)前記1つ以上の対照遺伝子が、ACTB、GAPDHおよび18S rRNAから選択される、(3)に記載の方法。
(5)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2のmRNAの増加を検出する、(1)に記載の方法。
(7)前記薬剤が、抗インターフェロンアルファ抗体および抗インターフェロンアルファ受容体抗体から選択される、(5)に記載の方法。
(8)前記抗インターフェロン抗体がシファリムマブである、(7)に記載の方法。
(9)前記抗インターフェロン抗体がシファリムマブでない、(7)に記載の方法。
(10)少なくともIFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のmRNAの検出が、
1)前記被検体から得た試料からRNAを単離することと、
2)前記RNAからcDNAを合成することと、
3)前記cDNAを、配列番号25〜32の核酸配列とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせることと、
4)前記cDNAを増幅し、増幅産物を検出することと
を含む、(1)に記載の方法。
(11)前記オリゴヌクレオチドが、配列番号13〜24の配列を有するオリゴヌクレオチドから選択される、(10)に記載の方法。
(12)I型インターフェロン活性を調節する治療剤による治療に適した被検体を同定する方法であって、前記被検体の試料中のIFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のうちの少なくとも4つのmRNAの増加を検出することを含み、前記mRNAの増加が以下の演算法:
であり;
に従って算出され、かつ約7.6のΔCt IFN が前記薬剤による治療に適した被検体を示す、上記方法。
(13)前記薬剤が、抗インターフェロンアルファ抗体および抗インターフェロンアルファ受容体抗体から選択される、(12)に記載の方法。
(14)前記抗インターフェロン抗体がシファリムマブである、(13)に記載の方法。
(15)前記抗インターフェロン抗体がシファリムマブでない、(13)に記載の方法。
(16)少なくともIFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のmRNAの検出が、
1)前記被検体から得た試料からRNAを単離することと、
2)前記RNAからcDNAを合成することと、
3)前記cDNAを、配列番号25〜35の核酸配列とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせることと、
4)前記cDNAを増幅し、増幅産物を検出することと
を含む、(12)に記載の方法。
(17)前記オリゴヌクレオチドが、配列番号1〜24の配列を有するオリゴヌクレオチドから選択される、(16)に記載の方法。
(18)I型インターフェロン活性を調節する治療剤により被検体を治療するための方法であって、
a)前記被検体の試料中のIFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のうちの少なくとも4つのmRNAの増加を検出することにより、治療に適した被検体を同定し、少なくとも約4倍のmRNAの増加が治療に適した被検体を示すことと、
b)前記治療剤を投与することと
を含む、上記方法。
(19)前記mRNAの増加が、健常患者由来のプール試料におけるIFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のうちの少なくとも4つのmRNAと比較したものである、(18)に記載の方法。
(20)前記mRNAの増加が、前記試料中に存在する1つ以上の対照遺伝子のmRNAと比較したものである、(18)に記載の方法。
(21)前記1つ以上の対照遺伝子が、ACTB、GAPDHおよび18S rRNAから選択される、(20)に記載の方法。
(22)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2のmRNAの増加を検出する、(18)に記載の方法。
(23)前記薬剤が、抗インターフェロンアルファ抗体および抗インターフェロンアルファ受容体抗体から選択される、(18)に記載の方法。
(24)前記抗インターフェロン抗体がシファリムマブである、(23)に記載の方法。
(25)前記抗インターフェロン抗体がシファリムマブでない、(23)に記載の方法。
(26)少なくともIFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のmRNAの検出が、
1)前記被検体から得た試料からRNAを単離することと、
2)前記RNAからcDNAを合成することと、
3)前記cDNAを、配列番号25〜32の核酸配列とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせることと、
4)前記cDNAを増幅し、増幅産物を検出することと
を含む、(18)に記載の方法。
(27)前記オリゴヌクレオチドが、配列番号13〜24の配列を有するオリゴヌクレオチドから選択される、(20)に記載の方法。
(28)I型インターフェロン活性を調節する治療剤による治療に適した被検体を同定する方法であって、
a)前記被検体の試料中のIFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のうちの少なくとも4つのmRNAの増加を検出し、前記mRNAの増加が以下の演算法:
であり;
に従って算出され、かつ約7.6のΔCt IFN が、IFNα活性を調節する薬剤による治療に適した被検体を示すことと、
b)前記治療剤を投与することと
を含む、上記方法。
(29)前記薬剤が、抗インターフェロンアルファ抗体および抗インターフェロンアルファ受容体抗体から選択される、(28)に記載の方法。
(30)前記抗インターフェロン抗体がシファリムマブである、(29)に記載の方法。
(31)前記抗インターフェロン抗体がシファリムマブでない、(29)に記載の方法。
(32)少なくともIFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のmRNAの検出が、
1)前記被検体から得た試料からRNAを単離することと、
2)前記RNAからcDNAを合成することと、
3)前記cDNAを、配列番号25〜35の核酸配列とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせることと、
4)前記cDNAを増幅し、増幅産物を検出することと
を含む、(28)に記載の方法。
(33)前記オリゴヌクレオチドが、配列番号1〜24の配列を有するオリゴヌクレオチドから選択される、(16)に記載の方法。
以下、本発明の実施形態を示す。
(1)I型インターフェロン活性を調節する治療剤による治療に適した被検体を同定する方法であって、被検体の試料中のIFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のうちの少なくとも4つのmRNAの増加を検出することを含み、少なくとも約4倍のmRNA増加が前記薬剤による治療に適した被検体を示す、上記方法。
(2)前記mRNAが、健常患者由来のプール試料におけるIFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のうちの少なくとも4つのmRNAに比べて増加している、(1)に記載の方法。
(3)前記mRNAの増加が、前記試料中に存在する1つ以上の対照遺伝子のmRNAと比較したものである、(1)に記載の方法。
(4)前記1つ以上の対照遺伝子が、ACTB、GAPDHおよび18S rRNAから選択される、(3)に記載の方法。
(5)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2のmRNAの増加を検出する、(1)に記載の方法。
(7)前記薬剤が、抗インターフェロンアルファ抗体および抗インターフェロンアルファ受容体抗体から選択される、(5)に記載の方法。
(8)前記抗インターフェロン抗体がシファリムマブである、(7)に記載の方法。
(9)前記抗インターフェロン抗体がシファリムマブでない、(7)に記載の方法。
(10)少なくともIFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のmRNAの検出が、
1)前記被検体から得た試料からRNAを単離することと、
2)前記RNAからcDNAを合成することと、
3)前記cDNAを、配列番号25〜32の核酸配列とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせることと、
4)前記cDNAを増幅し、増幅産物を検出することと
を含む、(1)に記載の方法。
(11)前記オリゴヌクレオチドが、配列番号13〜24の配列を有するオリゴヌクレオチドから選択される、(10)に記載の方法。
(12)I型インターフェロン活性を調節する治療剤による治療に適した被検体を同定する方法であって、前記被検体の試料中のIFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のうちの少なくとも4つのmRNAの増加を検出することを含み、前記mRNAの増加が以下の演算法:
に従って算出され、かつ約7.6のΔCt IFN が前記薬剤による治療に適した被検体を示す、上記方法。
(13)前記薬剤が、抗インターフェロンアルファ抗体および抗インターフェロンアルファ受容体抗体から選択される、(12)に記載の方法。
(14)前記抗インターフェロン抗体がシファリムマブである、(13)に記載の方法。
(15)前記抗インターフェロン抗体がシファリムマブでない、(13)に記載の方法。
(16)少なくともIFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のmRNAの検出が、
1)前記被検体から得た試料からRNAを単離することと、
2)前記RNAからcDNAを合成することと、
3)前記cDNAを、配列番号25〜35の核酸配列とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせることと、
4)前記cDNAを増幅し、増幅産物を検出することと
を含む、(12)に記載の方法。
(17)前記オリゴヌクレオチドが、配列番号1〜24の配列を有するオリゴヌクレオチドから選択される、(16)に記載の方法。
(18)I型インターフェロン活性を調節する治療剤により被検体を治療するための方法であって、
a)前記被検体の試料中のIFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のうちの少なくとも4つのmRNAの増加を検出することにより、治療に適した被検体を同定し、少なくとも約4倍のmRNAの増加が治療に適した被検体を示すことと、
b)前記治療剤を投与することと
を含む、上記方法。
(19)前記mRNAの増加が、健常患者由来のプール試料におけるIFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のうちの少なくとも4つのmRNAと比較したものである、(18)に記載の方法。
(20)前記mRNAの増加が、前記試料中に存在する1つ以上の対照遺伝子のmRNAと比較したものである、(18)に記載の方法。
(21)前記1つ以上の対照遺伝子が、ACTB、GAPDHおよび18S rRNAから選択される、(20)に記載の方法。
(22)IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2のmRNAの増加を検出する、(18)に記載の方法。
(23)前記薬剤が、抗インターフェロンアルファ抗体および抗インターフェロンアルファ受容体抗体から選択される、(18)に記載の方法。
(24)前記抗インターフェロン抗体がシファリムマブである、(23)に記載の方法。
(25)前記抗インターフェロン抗体がシファリムマブでない、(23)に記載の方法。
(26)少なくともIFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のmRNAの検出が、
1)前記被検体から得た試料からRNAを単離することと、
2)前記RNAからcDNAを合成することと、
3)前記cDNAを、配列番号25〜32の核酸配列とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせることと、
4)前記cDNAを増幅し、増幅産物を検出することと
を含む、(18)に記載の方法。
(27)前記オリゴヌクレオチドが、配列番号13〜24の配列を有するオリゴヌクレオチドから選択される、(20)に記載の方法。
(28)I型インターフェロン活性を調節する治療剤による治療に適した被検体を同定する方法であって、
a)前記被検体の試料中のIFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のうちの少なくとも4つのmRNAの増加を検出し、前記mRNAの増加が以下の演算法:
b)前記治療剤を投与することと
を含む、上記方法。
(29)前記薬剤が、抗インターフェロンアルファ抗体および抗インターフェロンアルファ受容体抗体から選択される、(28)に記載の方法。
(30)前記抗インターフェロン抗体がシファリムマブである、(29)に記載の方法。
(31)前記抗インターフェロン抗体がシファリムマブでない、(29)に記載の方法。
(32)少なくともIFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のmRNAの検出が、
1)前記被検体から得た試料からRNAを単離することと、
2)前記RNAからcDNAを合成することと、
3)前記cDNAを、配列番号25〜35の核酸配列とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせることと、
4)前記cDNAを増幅し、増幅産物を検出することと
を含む、(28)に記載の方法。
(33)前記オリゴヌクレオチドが、配列番号1〜24の配列を有するオリゴヌクレオチドから選択される、(16)に記載の方法。
Claims (32)
- I型インターフェロン活性を調節する治療剤による治療に適した被検体を同定する方法であって、被検体の試料中のIFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のうちの少なくとも4つのmRNAの増加を検出することを含み、少なくとも約4倍のmRNA増加が前記薬剤による治療に適した被検体を示す、上記方法。
- 前記mRNAが、健常患者由来のプール試料におけるIFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のうちの少なくとも4つのmRNAに比べて増加している、請求項1に記載の方法。
- 前記mRNAの増加が、前記試料中に存在する1つ以上の対照遺伝子のmRNAと比較したものである、請求項1に記載の方法。
- 前記1つ以上の対照遺伝子が、ACTB、GAPDHおよび18S rRNAから選択される、請求項3に記載の方法。
- IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2のmRNAの増加を検出する、請求項1に記載の方法。
- 前記薬剤が、抗インターフェロンアルファ抗体および抗インターフェロンアルファ受容体抗体から選択される、請求項5に記載の方法。
- 前記抗インターフェロン抗体がシファリムマブである、請求項7に記載の方法。
- 前記抗インターフェロン抗体がシファリムマブでない、請求項7に記載の方法。
- 少なくともIFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のmRNAの検出が、
1)前記被検体から得た試料からRNAを単離することと、
2)前記RNAからcDNAを合成することと、
3)前記cDNAを、配列番号25〜32の核酸配列とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせることと、
4)前記cDNAを増幅し、増幅産物を検出することと
を含む、請求項1に記載の方法。 - 前記オリゴヌクレオチドが、配列番号13〜24の配列を有するオリゴヌクレオチドから選択される、請求項10に記載の方法。
- 前記薬剤が、抗インターフェロンアルファ抗体および抗インターフェロンアルファ受容体抗体から選択される、請求項12に記載の方法。
- 前記抗インターフェロン抗体がシファリムマブである、請求項13に記載の方法。
- 前記抗インターフェロン抗体がシファリムマブでない、請求項13に記載の方法。
- 少なくともIFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のmRNAの検出が、
1)前記被検体から得た試料からRNAを単離することと、
2)前記RNAからcDNAを合成することと、
3)前記cDNAを、配列番号25〜35の核酸配列とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせることと、
4)前記cDNAを増幅し、増幅産物を検出することと
を含む、請求項12に記載の方法。 - 前記オリゴヌクレオチドが、配列番号1〜24の配列を有するオリゴヌクレオチドから選択される、請求項16に記載の方法。
- I型インターフェロン活性を調節する治療剤により被検体を治療するための方法であって、
a)前記被検体の試料中のIFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のうちの少なくとも4つのmRNAの増加を検出することにより、治療に適した被検体を同定し、少なくとも約4倍のmRNAの増加が治療に適した被検体を示すことと、
b)前記治療剤を投与することと
を含む、上記方法。 - 前記mRNAの増加が、健常患者由来のプール試料におけるIFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のうちの少なくとも4つのmRNAと比較したものである、請求項18に記載の方法。
- 前記mRNAの増加が、前記試料中に存在する1つ以上の対照遺伝子のmRNAと比較したものである、請求項18に記載の方法。
- 前記1つ以上の対照遺伝子が、ACTB、GAPDHおよび18S rRNAから選択される、請求項20に記載の方法。
- IFI27、IFI44、IFI44LおよびRSAD2のmRNAの増加を検出する、請求項18に記載の方法。
- 前記薬剤が、抗インターフェロンアルファ抗体および抗インターフェロンアルファ受容体抗体から選択される、請求項18に記載の方法。
- 前記抗インターフェロン抗体がシファリムマブである、請求項23に記載の方法。
- 前記抗インターフェロン抗体がシファリムマブでない、請求項23に記載の方法。
- 少なくともIFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のmRNAの検出が、
1)前記被検体から得た試料からRNAを単離することと、
2)前記RNAからcDNAを合成することと、
3)前記cDNAを、配列番号25〜32の核酸配列とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせることと、
4)前記cDNAを増幅し、増幅産物を検出することと
を含む、請求項18に記載の方法。 - 前記オリゴヌクレオチドが、配列番号13〜24の配列を有するオリゴヌクレオチドから選択される、請求項20に記載の方法。
- 前記薬剤が、抗インターフェロンアルファ抗体および抗インターフェロンアルファ受容体抗体から選択される、請求項28に記載の方法。
- 前記抗インターフェロン抗体がシファリムマブである、請求項29に記載の方法。
- 前記抗インターフェロン抗体がシファリムマブでない、請求項29に記載の方法。
- 少なくともIFI27、IFI44、IFI44L、IFI6およびRSAD2のmRNAの検出が、
1)前記被検体から得た試料からRNAを単離することと、
2)前記RNAからcDNAを合成することと、
3)前記cDNAを、配列番号25〜35の核酸配列とハイブリダイズするオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせることと、
4)前記cDNAを増幅し、増幅産物を検出することと
を含む、請求項28に記載の方法。 - 前記オリゴヌクレオチドが、配列番号1〜24の配列を有するオリゴヌクレオチドから選択される、請求項16に記載の方法。
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