MX2012002640A - Diagnostico de interferon tipo 1. - Google Patents

Abstract

La presente invención comprende los perfiles de expresión de marcadores PD inducidos por IFN e IFN tipo 1, Kits y método para identificar los perfiles de expresión de marcadores PD inducidos por IFN. Los perfiles de expresión de marcadores PD inducidos por IFN tipo 1 también se pueden usar, por ejemplo, en métodos para tratar pacientes que tienen un trastorno mediado por IFN o IFN tipo 1, métodos para monitorear la evolución de las enfermedades de pacientes que reciben tratamiento con un agente terapéutico que modula la actividad del interferón tipo 1, para identificar pacientes como candidatos para recibir un terapéutico que se une a y neutralizar la actividad de IFN, y para diagnosticar o proporcionar un pronóstico a pacientes que tienen trastornos inducidos por ifn.

Description

DIAGNOSTICO DE INTERFERON TIPO 1 CAMPO DE LA INVENCIÓN La presente invención se refiere a marcadores farmacodinámicos (PD, por sus siglas en inglés) inducibles por interferones tipo 1, tales como interferón (IFN, por sus siglas en inglés) alfa, sondas y kits que detectan los marcadores PD, y métodos que emplean los mismos. La presente invención se refiere adicionalmente a marcadores PD inducidos mediante enfermedades autoinmunitarias . La presente invención también se refiere a genes cuya expresión se puede usar como diagnóstico para pacientes que padecen enfermedades autoinmunitarias, tales como SLE, DM, PM, SSc, RA, Sjogren y nefritis lúpica. La descripción se refiere adicionalmente a genes cuya expresión se puede usar para identificar pacientes que padecen una enfermedad autoinmunitaria que responderán a un agente terapéutico que modula la actividad del interferón tipo 1, tal como un anticuerpo anti - interferón alfa.

ANTECEDENTES DE LA INVENCIÓN La presente invención comprende marcadores PD que se inducen mediante IFNOÍ. LOS marcadores PD se pueden usar en métodos para tratar pacientes con un agente terapéutico que modula la actividad del interferón tipo 1, tal como un agente que se une a y modula la actividad de IFNOÍ, métodos que identifican pacientes como candidatos para un agente REF: 228216 terapéutico que modula la actividad del interferón tipo 1, métodos para diagnosticar un paciente con un trastorno asociado con niveles aumentados de interferón tipo 1 o de IFNa, métodos para monitorear la evolución de la enfermedad de un paciente que recibe tratamiento con un agente terapéutico que modula la actividad del interferón tipo 1, tal como un agente terapéutico que se une a y modula la actividad de IFNa, y métodos para identificar un terapéutico candidato para tratar los trastornos mediados por IFNa. La presente invención también comprende marcadores PD que están de otra forma involucrados en enfermedades autoinmunitarias tales como SLE, DM, PM, SSc, RA, Sjogrens y nefritis lúpica.

BREVE DESCRIPCIÓN DE LA INVENCIÓN Una modalidad de la descripción comprende un método para identificar un paciente como candidato para un agente terapéutico que modula la actividad del interferón tipo 1, tal como un agente terapéutico que se une a y modula la actividad de IFNa y un agente que se une a un receptor de un interferón tipo 1 o IFNa. La presencia o ausencia de un perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa se detecta en una muestra del paciente. El perfil de expresión de marcadores PD comprende la regulación por incremento de la expresión o actividad de un conjunto de genes. En una modalidad específica, el conjunto de genes puede ser: (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; o (b) IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2; O (c) IFI27, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; o (d) IFI27, IFI44, IFI6 y RSAD2 ; o (e) IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2 ; o (f) IFI27, IFI44, IFI44L e IFI6.

Otra modalidad de la descripción comprende un método para tratar un paciente que tiene una enfermedad o trastorno mediado por IFNa o IFN tipo 1. Se administra al paciente un agente que modula la actividad de IFNa o IFN tipo 1. En una modalidad, el agente se une a o neutraliza la actividad de IFNa o IFN. En otra modalidad, el agente se une a un receptor de un interferón tipo 1 o IFNa. El agente neutraliza un perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 del paciente. El perfil de expresión de marcadores PD comprende la regulación por incremento de la expresión o actividad de un conjunto de genes. En una modalidad específica, el conjunto de genes puede ser: (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; o (b) IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; o (c) IFI27, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; o (d) IFI27, IFI44, IFI6 y RSAD2; o (e) IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2 ; o (f) IFI27, IFI44, IFI44L e IFI6.

Aun otra modalidad de la descripción comprende un método para tratar un paciente con enfermedad autoinmunitaria que comprende un perfil de marcadores PD de IFNa o IFN tipo 1 moderado o fuerte. Se administra al paciente un agente que modula la actividad de IFNa o IFN tipo 1. En una modalidad, el agente se une a o neutraliza la actividad de IFNa o IFN.

En otra modalidad, el agente se une a un receptor de un interferón tipo 1 o IFNa. El agente neutraliza un perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 del paciente. El perfil de expresión de marcadores PD comprende la regulación por incremento de la expresión o actividad de un conjunto de genes. En una modalidad específica, el conjunto de genes puede ser: (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; o (b) IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; o (c) IFI27, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; o (d) IFI27, IFI44, IFI6 y RSAD2; o (e) IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2 ; o (f) IFI27, IFI44, IFI44L e IFI6.

Una modalidad adicional de la descripción comprende un método para neutralizar un perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 en un paciente que lo necesita. Se administra al paciente un agente que modula la actividad de IFNa o IFN tipo 1. En una modalidad, el agente se une a o neutraliza la actividad de IFNa o IFN. En otra modalidad, el agente se une a un receptor de un interferón tipo 1 o IFNa. El agente neutraliza un perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 del paciente. El perfil de expresión de marcadores PD comprende la regulación por incremento de la expresión o actividad de un conjunto de genes. En una modalidad específica, el conjunto de genes puede ser: (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; o (b) IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; O (c) IFI27, IFI44L, IFI6 y RSAD2; o (d) IFI27, IFI44, IFI6 y RSAD2 ; o (e) IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2; o (f) IFI27, IFI44, IFI44L e IFI6.

Otra modalidad de la descripción comprende un método para diagnosticar un paciente con un trastorno asociado con niveles aumentados de IFNa. La presencia o ausencia de un perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa se detecta en una muestra del paciente. El perfil de expresión de marcadores PD comprende la regulación por incremento de la expresión o actividad de un conjunto de genes. En una modalidad específica, el conjunto de genes puede ser: (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; o (b) IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2; o (c) IFI27, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; o (d) IFI27, IFI44, IFI6 y RSAD2 ; o (e) IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2 ; o (f) IFI27, IFI44, IFI44L e IFI6.

Una modalidad adicional de la descripción comprende un método para monitorear la evolución de una enfermedad de un paciente que recibe tratamiento con un agente terapéutico que se une a o modula la actividad de IFNa. Un primer perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa se obtiene en una primera muestra del paciente. Se administra al paciente un agente que modula la actividad de IFNa o IFN tipo 1. En una modalidad, el agente se une a o neutraliza la actividad de IFNa o IFN. En otra modalidad, el agente se une a un receptor de un interferón tipo 1 o IFNa. Un segundo perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa se obtiene de una segunda muestra del paciente. Se compara el primer y segundo perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa. El perfil de expresión de marcadores PD comprende la regulación por incremento de la expresión o actividad de un conjunto de genes. En una modalidad específica, el conjunto de genes puede ser: (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; o (b) IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; o (c) IFI27, IFI44L, IFI6 y RSAD2; o (d) IFI27, IFI44, IFI6 y RSAD2 ; o (e) IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2 ; o (f) IFI27, IFI44, IFI44L e IFI6.

Aun otra modalidad de la descripción comprende un método para identificar un terapéutico candidato para tratar trastornos mediados por IFNa. Las células que comprenden un perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa se ponen en contacto con un agente. Se detecta la presencia o ausencia de un cambio en el perfil de expresión de marcadores PD inducidos por IFNa de las células. El perfil de expresión de marcadores PD comprende la regulación por incremento de la expresión o actividad de un conjunto de genes. En una modalidad específica, el conjunto de genes puede ser: (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; o (b) IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2; o (c) IFI27, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; o (d) IFI27, IFI44, IFI6 y RSAD2 ; o (e) IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2 ; o (f) IFI27, IFI44, IFI44L e IFI6.

Una modalidad adicional de la descripción comprende un conjunto de oligonucleótidos . El conjunto de oligonucleótidos puede comprender oligonucleótidos que específicamente detectan la expresión de un conjunto de genes. En una modalidad específica, el conjunto de genes puede ser: (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; o (b) IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2; o (c) IFI27, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; o (d) IFI27, IFI44, IFI6 y RSAD2 ; o (e) IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2 ; o (f) IFI27, IFI44, IFI44L e IFI6.

Aun una modalidad adicional de la descripción comprende oligonucleótidos que específicamente detectan 18S, ACTB y GAPDH.

Otra modalidad de la descripción es un kit que comprende oligonucleótidos para detectar específicamente al menos cuatro de IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 , y 18S, ACTB, y GAPDH, así como también reactivos adecuados para la detección.

Otra modalidad de la descripción comprende un método para detectar la actividad de IFN en una muestra. Las células que comprenden una secuencia de polinucleótidos que comprende un gen indicador en control de un elemento de respuesta estimulado por IFN se incuban con una muestra. Se detecta la expresión del gen indicador.

Aun una modalidad adicional de la descripción comprende un método para monitorear la evolución o regresión de un trastorno autoinmunitario de un paciente. Un primer perfil de expresión de marcadores PD se obtiene de una primera muestra del paciente. Un segundo perfil de expresión de marcadores PD se obtiene de una segunda muestra del paciente. Se compara el primer y segundo perfil de expresión de marcadores PD. Una diferencia en el primer y segundo perfil de expresión de marcadores PD indica la evolución o regresión de la enfermedad.

BREVE DESCRIPCIÓN DE LAS FIGURAS Figura 1. Curva característica del operador receptor (ROO para la firma de cuatro genes (IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2) usada para un diagnóstico. Este gráfico demuestra el equilibrio entre la sensibilidad (tasa de verdaderos positivos) y 1-especificidad (tasa de falsos positivos) para pacientes con SLE tratados usando el criterio de valoración clínico primario a los 182 y 196 días.

Figuras 2A y 2B. Claro límite entre los pacientes con prueba diagnóstica positiva y negativa en SLE usando la prueba basada en la firma de cuatro genes (IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2) . Fig. 2A Se muestra el cambio múltiplo log2 promedio - usando plataforma de matriz de baja densidad qRT-PCR Taq an de Applied Biosystem (TLDA) para los pacientes con prueba negativa y prueba positiva. Fig. 2B Gráfico de densidad de cambio múltiplo log2 promedio de los valores de firma genética para pacientes con SLE tratados con fármacos.

Figuras 3A y 3B. Puntaje de SLEDAI de área bajo la curva menos línea de base ajustado según el tiempo en pacientes con SLE con firma de cuatro genes (IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2) Fig. 3A positiva o Fig. 3B negativa en placebo o 0.3/1/3/10 mg/kg de cohortes MEDI-545. Todos los datos pertenecen a un estudio de escalado de dosis, con control de placebo, de doble ciego, aleatorizado, multicéntrico y de fase Ib, para evaluar las múltiples dosis intravenosas de MEDI-545 en pacientes con SLE moderadamente a gravemente activo. Todos los sujetos con SLE tienen puntaje de SLEDAI = 6 en la preselección .

Figuras 4A y 4B. Respuestas SELDAI, reducción (mejoría) = 4 puntos. Fig. 4A. Diagnóstico positivo. Fig. 4B. Diagnóstico negativo. Todos los datos pertenecen a un estudio de escalado de dosis, con control de placebo, de doble ciego, aleatorizado, multicéntricos y de fase Ib, para evaluar las múltiples dosis intravenosas de MEDI-545 en pacientes con SLE moderadamente a gravemente activo. Todos los sujetos con SLE tienen puntaje de SLEDAI = 6 en la preselección.

Figuras 5A y 5B. Respuestas de SLEDAI, reducción (mejoría) > 4 puntos, en sujetos Dx+ con > 50% de reducción en comparación con < 50% de reducción en Dx a continuación de la línea de base. Todos los datos pertenecen a un estudio de escalado de dosis, con control de placebo, de doble ciego, aleatorizado, multicéntrico y de fase Ib, para evaluar las múltiples dosis intravenosas de MEDI-545 en pacientes con SLE moderadamente a gravemente activo. Todos los sujetos con SLE tienen puntaje de SLEDAI = 6 en la preselección .

Figuras 6A y 6B. Respuestas compuestas. Fig. 6A Respuesta compuesta para pacientes positivos para firma de cuatro genes. Fig. 6B Respuesta compuesta para pacientes negativos para firma de cuatro genes. Todos los datos pertenecen a un estudio de escalado de dosis, con control de placebo, de doble ciego, aleatorizado, multicéntrico y de fase Ib, para evaluar las múltiples dosis intravenosas de MEDI -545 en pacientes con SLE moderadamente a gravemente activo. Todos los sujetos con SLE tienen puntaje de SLEDAI = 6 en la preselección.

Figuras 7A y 7B . Área bajo la curva menos línea de base de SLEDAI. Fig. 7A sujetos positivos para firma de cuatro genes. Fig. 7B sujetos negativos para firma de cuatro genes. Todos los datos pertenecen a un estudio de escalado de dosis, con control de placebo, de doble ciego, aleatorizado, multicéntrico y de fase Ib, para evaluar las múltiples dosis intravenosas de MEDI-545 en pacientes con SLE moderadamente a gravemente activo. Todos los sujetos con SLE tienen puntaje de SLEDAI = 6 en la preselección.

Figuras 8A y 8B . Cambio a partir de la línea de base de SLEDAI. Fig. 8A sujetos positivos para firma de cuatro genes. Fig. 8B sujetos negativos para firma de cuatro genes. Todos los datos pertenecen a un estudio de escalado de dosis, con control de placebo, de doble ciego, aleatorizado, multicéntrico y de fase Ib, para evaluar las múltiples dosis intravenosas de MEDI-545 en pacientes con SLE moderadamente a gravemente activo. Todos los sujetos con SLE tienen puntaje de SLEDAI = 6 en la preselección .

Figuras 9A-9C. Los sujetos con > 50% de inhibición de firma del IFN tipo 1 tienen respuestas al SLEDAI más altas (reducción > 4 puntos) . Fig. 9A 1 mg/kg intravenoso cada 2 semanas Fig. 9B 3 mg/kg intravenoso cada 2 semanas Fig. 9C 10 mg/kg intravenoso cada 2 semanas.

Figuras 10A-10C. Los sujetos con < 50% de inhibición de firma del IFN tipo 1 tienen respuestas al SLEDAI más bajas (reducción > 4 puntos) . Fig. 10A 1 mg/kg intravenoso cada 2 semanas Fig. 10B 3 mg/kg intravenoso cada 2 semanas Fi.g 10C 10 mg/kg intravenoso cada 2 semanas.

Figuras 11A y 11B. Firma de cinco genes en varias enfermedades. Fig 11A Firma genética en sangre normal, de SLE, SM, PM, RA y SSc . Fig. 11B Firma genética en piel normal, piel de SLE, piel de SSc, músculos normales, músculos de DM, músculos de PM, tejido sinovial normal.

Figuras 12A y 12B. Firma de cuatro genes en varias enfermedades. Fig. 12A Firma genética en sangre normal, de SLE, SM, PM, RA y SSc. Fig. 12B Firma genética en piel normal, piel de SLE, piel de SSc, músculos normales, músculos de DM, músculos de PM, tejido sinovial normal.

DESCRIPCIÓN DETALLADA DE LA INVENCIÓN La descripción comprende métodos para identificar, diagnosticar, tratar y monitorear la evolución de una enfermedad en pacientes. Los pacientes incluyen cualquier animal que tiene una enfermedad, trastorno o afección inducible por IFNa o IFN tipo 1. Los pacientes incluyen cualquier animal que tiene una enfermedad, trastorno o afección autoinmunitarios . Las enfermedades/trastornos/afecciones autoinmunitarias incluyen lupus eritematoso sistémico (SLE, por sus siglas en inglés) , diabetes mellitus dependiente de insulina, enfermedad inflamatoria intestinal (que incluye la enfermedad de Crohn, colitis ulcerosa y enfermedad celíaca) , esclerosis múltiple, psoriasis, tiroiditis autoinmune, esclerodermia, artritis reumatoide, glomerulonefritis , miositis inflamatoria idiopática, síndrome de Sjogren, vasculitis, miositis por cuerpos de inclusión (IBM, por sus siglas en inglés) , dermatomiositis (DM) , polimiositis (PM) , sarcoidosis, esclerodermia y nefritis lúpica. El paciente puede tener la enfermedad, trastorno o afección como resultado de investigación experimental, por ejemplo, puede ser un modelo experimental desarrollado para la enfermedad, trastorno o afección. De manera alternativa, el paciente puede tener la enfermedad, trastorno o afección en ausencia de manipulación experimental. Los pacientes incluyen humanos, ratones, ratas, caballos, cerdos, gatos, perros y cualquier animal usado para investigación.

El paciente puede comprender un perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1. El perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 puede ser un perfil fuerte, un perfil moderado o un perfil débil. El perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 puede designarse fácilmente como fuerte, moderado o débil al determinar la desregulación múltiple del perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 del paciente, (por ejemplo, el aumento múltiple de la expresión de los marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 regulados por incremento en el paciente) , relativo a una(s) muestra (s) de control o paciente (s) de control (s) y al comparar la desregulación múltiple del paciente con la de otros pacientes que tienen perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1. La desregulación múltiple se puede calcular mediante métodos conocidos en la técnica, así como también la comparación. Véase, por ejemplo, el Ejemplo 8 de la Solicitud Internacional N° PCT/US2007/024947. En una modalidad, la desregulación múltiple se calcula como el cambio múltiplo en los niveles de expresión del ARNm. Los perfiles fuerte, moderado o débil se pueden generar igualmente para genes que no son específicamente inducibles por IFNa o IFN tipo 1.

La regulación por incremento o disminución de un grupo de genes comprendido por un perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNOÍ O IFN tipo 1 se puede calcular mediante métodos conocidos en la técnica. En una modalidad, la regulación por incremento o por disminución se calcula como el cambio múltiplo promedio en los niveles de expresión del ARNm del grupo de al menos cuatro genes elegidos de IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2. En otra modalidad, la regulación por incremento o por disminución se calcula como la diferencia entre Ct medio (ciclo umbral) para al menos cuatro genes diana (IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2) y el Ct medio de tres genes de control .

I. Perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 A. Genes de diagnóstico El grupo de genes incluidos en el perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 son (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; o (b) IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2; o (c) IFI27, IFI44L, IFI6. y RSAD2 ; o (d) IFI27, IFI44, IFI6 y RSAD2 ; o (e) IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2 ; o (f) IFI27, IFI44, IFI44L y IFI6.

En una modalidad específica, el grupo de genes incluidos en el perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 del paciente comprende IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2. En otra modalidad específica, el grupo de genes incluidos en el perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 del paciente consiste en IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2. En una modalidad adicional específica, el grupo de genes incluidos en el perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 del paciente comprende IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2. En otra modalidad específica, el grupo de genes incluidos en el perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 del paciente consiste en IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2.

Los marcadores PD inducibles por IFNa en un perfil de expresión pueden incluir (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2; o (b) IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; o (c) IFI27, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; o (d) IFI27, IFI44, IFI6 y RSAD2 ; o (e) IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2 ; o (f) IFI27, IFI44, IFI44L y IFI6.

Los marcadores PD inducibles por IFNa en un perfil de expresión pueden consistir en (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2; o (b) IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; o (c) IFI27, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; o (d) IFI27, IFI44, IFI6 y RSAD2 ; o (e) IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2 ; o (f) IFI27, IFI44, IFI44L y IFI6.

B. Proteínas séricas Los marcadores PD inducibles por IFNa en un perfil de expresión pueden incluir alteraciones en cualesquiera uno o más de los niveles de proteínas séricas de adiponectina, alfa-fetoproteína, apolipoproteína CIII, beta-2 microglobulina , antígeno de cáncer 125, antígeno de cáncer 19-9, eotaxina, FABP, factor VII, ferritina, IL-10, IL-12p70, IL-16, IL-18, IL-lra, IL-3, MCP-1, MMP-3, mioglobina, SGOT, factor tisular, TIMP-1, TNF RII, TNF-alfa, VCAM-1, vWF, BDNK, complemento 3, ligando CD40, EGF, ENA-78, EN-RAGE, IGF-1, MDC, mieloperoxidasa, RA TES o trombopoyetina .

Los marcadores PD inducibles por IFN en un perfil de expresión pueden incluir alteraciones en cualesquiera uno o más de los niveles de proteínas séricas de adiponectina, alfa-fetoproteína, apolipoproteína CIII, beta-2 microglobulina, antígeno de cáncer 125, antígeno de cáncer 19-9, eotaxina, FABP, factor VII, ferritina, IL-10, IL-12p70, IL-16, IL-18, IL-lra, IL-3, MCP-1, MMP-3, mioglobina, SGOT, factor tisular, TIMP-1, TNF RII, TNF-alfa, VCAM-1 o vWF .

Los marcadores PD inducibles por IFNa en un perfil de expresión pueden incluir alteraciones en cualesquiera uno o más de los niveles de niveles de proteínas séricas de BDNK, complemento 3, ligando CD40, EGF, ENA-78, EN-RAGE, IGF-1, MDC, mieloperoxidasa, RANTES o trombopoyetina .

Los perfiles de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa pueden incluir expresión o actividad regulada por incremento de genes en células expuestas a niveles elevados de IFNa con relación a la línea de base. La expresión o actividad regulada por incremento de genes incluye un incremento en la expresión de AR m a partir de un gen, un incremento en la expresión de una proteína codificada por un gen o un incremento en la actividad de una proteína codificada por un gen. La expresión o actividad de los genes se puede regular por incremento como una respuesta directa o indirecta a IFN .

C. Subtipos de interferones El paciente que comprende el perfil de la expresión de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 puede comprender adicionalmente la regulación por incremento de expresión de cualquier cantidad de subtipos de IFNa o IFN tipo 1. Los subtipos de IFNa o IFN tipo 1 pueden incluir cualesquiera más de uno, más de dos, más de tres, más de cuatro, más de cinco, más de seis, más de siete, más de ocho, más de nueve o más de diez subtipos de IFNa o IFN tipo 1. Estos subtipos pueden incluir IFNal, IFNa2, IFNa4, IFNa5, IFNa6, IFNa7, IFNa8, IFNalO, IFNal4, IFNal7, IFNa21, ???ß o IFNco. El paciente puede comprender la regulación por incremento de la expresión de los subtipos de IFN IFNal, IFNa2 , IFNa8 e IFNal4.

De manera alternativa, un paciente tratado según los métodos comprendidos por la descripción puede simplemente identificarse como uno que comprende un perfil de expresión génica con regulación por incremento de la expresión de cualquier cantidad de subtipos de IFNa o IFN tipo 1. Los subtipos de IFNa o IFN tipo 1 pueden incluir cualesquiera más de uno, más de dos, más de tres, más de cuatro, más de cinco, más de seis, más de siete, más de ocho, más de nueve o más de diez subtipos de IFNa o IFN tipo 1. Estos subtipos pueden incluir IFNal, IFNa2, IFNa4 , IFNa5, IFNa6, IFNa7, IFNa8 , IFNalO, IFNal4, IFNal7, IFNa21, ?? ß o IFNco. Estos subtipos pueden incluir IFN IFNal, IFNa2, IFN 8 e IFNal4.

D. Receptores de iFN-a El paciente que comprende el perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 puede comprender adicionalmente la regulación por incremento de la expresión de los receptores de IFNa, ya sea IFNAR1 o IFNAR2, o ambos, o TNFa, o IFNy, o receptores de IFNy (ya sea IFNGR1, IFNGR2, o tanto IFNGR1 como IFNGR2). El paciente puede simplemente identificarse como uno que comprende la regulación por incremento de la expresión de los receptores de IFNa, ya sea IFNAR1 o IFNAR2, o ambos, o TNFa, o IFNy, o receptores de IFNy (ya sea IFNGR1, IFNGR2, o tanto IFNGR1 como IFNGR2) .

II. Regulación por incremento La regulación por incremento o regulación por disminución de los marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 en el perfil de expresión del paciente puede ser en cualquier grado relativa a la de una muestra de un control (que puede ser de una muestra que no sea un tejido enfermo del paciente (por ejemplo, piel no lesional de un paciente con psoriasis) o de una persona sana que no padece la enfermedad o trastorno) o puede ser relativa a la de genes del paciente cuya expresión no cambia a causa de la enfermedad (denominados genes "de mantenimiento").

El grado de regulación por incremento o regulación por disminución puede ser de al menos 10%, al menos 15%, al menos 20%, al menos 25%, al menos 30%, al menos 40%, al menos 50%, al menos 60%, al menos 70%, al menos 75%, al menos 80%, al menos 85%, al menos 90%, al menos 95%, al menos 100%, al menos 125%, al menos 150%, o al menos 200%, o al menos 300%, o al menos 400%, o al menos 500% o más que el del control o muestra de control .

El perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNOÍ o IFN tipo 1 se puede calcular como el aumento múltiple promedio en la expresión o actividad del conjunto de genes comprendidos por el marcador PD. El perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 también se puede calcular como la diferencia entre el Ct medio (ciclo umbral) para los cuatro genes diana y el Ct medio de los tres genes de control .

El aumento múltiple promedio en la expresión o actividad del conjunto de genes puede ser de entre al menos alrededor de 2 y al menos alrededor de 15, entre al menos alrededor de 2 y al menos alrededor de 10, o entre al menos alrededor de 2 y al menos alrededor de 5. El aumento múltiple promedio en la expresión o actividad del conjunto de genes puede ser de al menos alrededor de 2 , al menos alrededor de 2.5, al menos alrededor de 3 , al menos alrededor de 3.5, al menos alrededor de 4, al menos alrededor de 4.5, al menos alrededor de 5 , al menos alrededor de 5.5, al menos alrededor de 6, al menos alrededor de 6.5, al menos alrededor de 7, al menos alrededor de 8 , al menos alrededor de 9 o al menos alrededor de 10.

El grado de expresión aumentada permite la identificación de un límite de cambio múltiplo para identificar los pacientes con firma positiva y con firma negativa que padecen enfermedades autoinmunitarias . En una modalidad, el límite es de al menos alrededor de 2. En otra modalidad, el límite es de al menos alrededor de 2.5. En otra modalidad, el límite es de al menos alrededor de 3. En otra modalidad, el límite es de al menos alrededor de 3.5. En otra modalidad, el límite es de al menos alrededor de 4. En otra modalidad, el límite es de al menos alrededor de 4.5. En otra modalidad, el límite se elige de al menos 3.5, 3.6, 3.7, 3.8, 3.9, 4.0, 4.1, 4.2, 4.3, 4.4 y 4.5. En otra modalidad, el límite es entre alrededor de 2 y alrededor de 8. En una modalidad, el límite es el promedio de los niveles de expresión aumentados de al menos cuatro de IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2. En otra modalidad, el límite es la mediana de los niveles de expresión aumentados de al menos cuatro de IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2.

El grado de expresión aumentada también permite la identificación de un límite de Ct delta para identificar los pacientes con firma positiva y con firma negativa que padecen enfermedades autoinmunitarias . En una modalidad, el límite es de al menos alrededor de 7.6. En otra modalidad, el límite es 7.56. Se puede usar el límite de cambio múltiplo para determinar un límite de Ct delta adecuado (por ejemplo, 1 < log2 del cambio múltiplo < 3 corresponde al intervalo de Ct delta de 8.65 a 6.56.). Por consiguiente, en otra modalidad, el límite de Ct delta es entre alrededor de 6.56 y alrededor de 8.56.

Asimismo, el paciente puede sobreexpresar o tener un tejido que sobreexprese un subtipo de IFN tipo 1 de al menos 10%, al menos 15%, al menos 20%, al menos 25%, al menos 30%, al menos 40%, al menos 50%, al menos 60%, al menos 70%, al menos 75%, al menos 80%, al menos 90%, al menos 100%, al menos 125%, al menos 150%, o al menos 200%, o al menos 300%, o al menos 400% o al menos 500% que el del control. El subtipo de IFN tipo 1 puede se cualquiera de IFNal, IFNa2, IFNa4, IFNa5 , IFNOÍ6 , IFNa7 , IFNa8, IFNalO, IFNal4, IFNal7, IFNa21, IFNp o IFNco. Los subtipos de IFN tipo 1 pueden incluir cualquiera de IFNal, IFNa2, IFNa8 y IFNal4.

La expresión o actividad regulada por incremento de cualquier gen detectado en una muestra, mediante sondas, o mediante sondas en kits en un perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFN puede ser de al menos 1.2 veces, al menos 1.25 veces, al menos 1.3 veces, al menos 1.4 veces, al menos 1.5 veces, al menos 2.0 veces, al menos 2.25 veces, al menos 2.5 veces, al menos 2.75 veces, al menos. 3.0 veces, al menos 3.5 veces, al menos 4.0 veces, al menos 4.5 veces, al menos 5.0 veces, al menos 6.0 veces, al menos 7.0 veces, al menos 8.0 veces, al menos 9.0 veces, al menos 10.0 veces, al menos 15.0 veces, al menos 20.0 veces, al menos 25.0 veces, o al menos 50.0 veces, con relación a los niveles de línea de base de las células de control, por ejemplo, células de voluntarios sanos o células de animales de control o células no expuestas a IFNa en cultivo. Todos los genes en el perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa pueden tener expresión o actividad regulada por incremento en el mismo aumento múltiple. De manera alternativa, los genes en el perfil de expresión de marcadores PD pueden tener niveles diversos de expresión o actividad regulada por incremento.

A. Medición de la regulación por incremento La regulación por incremento o por disminución de la expresión o actividad génica de marcadores PD inducibles por IFNa se puede determinar por cualquier medio conocido en la técnica. Por ejemplo, la regulación por incremento o por disminución de la expresión génica se puede detectar al determinar los niveles de AR m. La expresión de AR m se puede determinar mediante transferencia northern, transferencia por ranuras, reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa cuantitativa o técnicas de hibridación de chips genéticos. Véase patente estadounidense N° 5,744,305 y 5,143,854 como ejemplos para realizar matrices de ácido nucleico para técnicas de hibridación de chips genéticos. Véanse Establishing and functional characterization of an HEK-293 cell line expressing autofluorescently tagged ß-actin (pEYFP-ACTIN) and the neurokinin type 1 receptor (NK1-R) Hrovat, A; Zavec , AB; Pogacnik, A; Frangez, R; Vrecl, M 2010 Cellular & Molecular Biology Letters 1, 55-69, Expression profiles of proliferative and antiapoptotic genes in sporadic and colitis-related mouse colon cáncer models Svec, J; Ergang, P; Mandys, V; Kment , M; Pacha, J 2010 International Journal of Experimental Pathology 1, 44-53, y Protein kinase inhibitors emodin and dichloro-ribofuranosylbenzimidazole modulate the cellular accumulation and cytotoxicity of cisplatin in a schedule-dependent manner Kurokawa, T; He, GA; Siddik, ZH 2010 Cáncer Chemotherapy and Pharmacology 3, 427-436, como ejemplos de cómo usar el método TAQMA ® para medir la expresión génica.

Los cebadores que se unen selectivamente con dianas en reacciones en cadena de polimerasa (PCR, por sus siglas en inglés) se pueden elegir según la determinación empírica de cebadores que se hibridan en una reacción de PCR y producen suficiente señal para detectar la diana sobre el fondo, o se pueden predecir usando la temperatura de fusión del dúplex cebador : diana tal como se describe en Maniatis et ál. Molecular Cloning, segunda edición, Sección 11.46. 1989. De manera similar, las sondas para detectar productos de PCR en TAQMAN® o método relacionado se pueden elegir o predecir empíricamente. Los cebadores y sondas (denominadas en su conjunto "oligonucleótidos" ) pueden ser entre 10 y 30 nucleótidos o mayores en longitud.

La regulación por incremento o por disminución de la expresión o actividad génica de marcadores PD inducibles por' IFNa se puede determinar por la detección de los niveles de proteína. Los métodos para detectar los niveles de expresión de proteína incluyen inmunoensayos tales como ensayos de inmunoabsorción, transferencia western, matriz de proteínas y tinción de plata.

Un perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNOÍ puede comprender un perfil de la actividad de las proteínas. La regulación por incremento o por disminución de la expresión o actividad génica de los marcadores PD inducibles por IFNa se puede determinar por la detección de la actividad de las proteínas que incluyen, de modo no taxativo, actividad de fosforilación, actividad de desfosforilación o actividad de escisión detectables. Asimismo, la regulación por incremento o por disminución de la expresión o actividad génica de marcadores PD inducibles por IFNa se puede determinar por la detección de cualquier combinación de estas actividades o niveles de expresión génica.

III. Enfermedades, trastornos o afecciones inducibles por IFNa o IFN tipo 1 Una enfermedad, trastorno o afección inducible por IFNa o IFN tipo 1 es cualquiera que exhiba una firma genética o un perfil de expresión de marcadores PD de IFNa o IFN tipo 1. Se entenderá que un perfil de expresión de marcadores PD y una firma genética son equivalentes. Estas enfermedades, trastornos o afecciones incluyen aquellas con un componente autoinmunitario tal como lupus eritematoso sistémico (SLE, por sus siglas en inglés) , diabetes mellitus dependiente de insulina, enfermedad inflamatoria intestinal (que incluye la enfermedad de Crohn, colitis ulcerosa y enfermedad celíaca) , esclerosis múltiple, psoriasis, tiroiditis autoinmune, esclerodermia, artritis reumatoide, glomerulonefritis , miositis inflamatoria idiopática, síndrome de Sjogren, vasculitis, miositis por cuerpos de inclusión (IBM, por sus siglas en inglés) , dermatomiositis , polimiositis , nefritis lúpica y sarcoidosis. Otras enfermedades, trastornos o afecciones incluyen la enfermedad de injerto contra huésped y rechazo de trasplante.

A. Síntomas del paciente Los pacientes también pueden exhibir cualquiera de una cantidad de síntomas tal como se describe en, por ejemplo, Solicitud internacional N° PCT/US2007/024941 , o pueden tener un puntaje de SLEDAI o puntaje de BILAG clínico tal como se describe en la misma. Estos síntomas pueden incluir fatiga, daño de los órganos, erupción malar y alopecia. El paciente se puede puntuar usando un conocido sistema de puntaje clínico, por ejemplo, SLEDAI que es un índice de la actividad de la enfermedad SLE medido y evaluado dentro de los últimos 10 días (Bombardier C, Gladman D D, 1 Urowitz M B, Carón D, Chang C H and the Committee on Prognosis Studies in SLE: Derivation of the SLEDAI for Lupus Patients. Arthritis Rheum 35:630-640, 1992.). La actividad de la enfermedad según el sistema de puntaje de SLEDAI puede variar de 0 a 105. Se identificaron las siguientes categorías de la actividad de SLEDAI: sin actividad (SLEDAI = 0); actividad leve (SLEDAI = 1-5) ; actividad moderada (SLEDAI = 6-10) ; actividad alta (SLEDAI = 11-19) ; actividad muy alta (SLEDAI = 20 o más alta). (Griffiths, et ál . , Assessment of Patients with Systemic Lupus Erythematosus and the use of Lupus Disease Activity Indices) . Otro índice de puntaje de enfermedades es el índice BILAG que es un índice de la actividad de SLE basado en manifestaciones clínicas específicas en ocho sistemas de órganos: resultados general, mucocutáneo, neurológico, musculoesquelético, cardiovascular, respiratorio, renal y hematológico . El puntaje se basa en un sistema de letras, pero también se pueden asignar puntos numéricos ponderados a cada letra, haciendo posible el cálculo del puntaje de BILAG en el intervalo de 0-72. (Griffiths, et ál . , Assessment of Patients with Systemic Lupus Erythematosus and the use of Lupus Disease Activity Indices) . Otros índices de puntuación incluyen la puntuación PGA, el índice compuesto del que responde (CRI, por sus siglas en inglés) y la prueba ANAM4™ . Los métodos descritos en la presente, por ejemplo, para tratar un trastorno autoinmunitario, se puede usar para cualquier sujeto al que se le identifica cualquier nivel de actividad de actividad de enfermedad medido por cualquier metodología de clasificación conocida en la técnica, por ejemplo, leve, moderada, alta o muy alta. Los métodos descritos en la presente, por ejemplo, para tratar un trastorno autoinmunitario, puede causar una disminución de los síntomas del paciente o una mejoría en el puntaje de una enfermedad para la enfermedad, trastorno o afección inducible por IFNa o IFN tipo 1 del paciente.

IV. Agentes terapéuticos Un agente terapéutico se puede administrar a un paciente o se puede identificar a un paciente como candidato para la administración de un agente o un agente terapéutico. Un agente terapéutico puede modular la actividad del interferón tipo 1 o IFN . Los agentes terapéuticos adecuados incluyen moléculas que se unen a y modulan la actividad de IFNa o IFN tipo 1. Los agentes terapéuticos adecuados incluyen moléculas que se unen a y modulan la actividad de los receptores de los interferones tipo 1 o IFNa. El agente terapéutico puede ser una molécula pequeña o un agente biológico. Si el agente terapéutico es una molécula pequeña se puede sintetizar o identificar y aislar a partir de una fuente natural .

Si el agente terapéutico es un agente biológico, puede ser un anticuerpo específico para cualquier subtipo (s) de IFN tipo 1 o IFNa. Por ejemplo, el anticuerpo puede ser específico para cualesquiera de IFNal, IFNa2, IFNa4, IFNa5, IFNa6, IFNa7, IFNa8, IFNalO, IFNal4, IFNal7, IFNa21, IFN o IFNco. De manera alternativa, el anticuerpo puede ser específico para cualesquiera de dos, cualesquiera de tres, cualesquiera de cuatro, cualesquiera de cinco, cualesquiera de seis, cualesquiera de siete, cualesquiera de ocho, cualesquiera de nueve, cualesquiera de diez, cualesquiera de once, cualesquiera de doce subtipos de IFN tipo 1 o IFNa. Si el anticuerpo es específico para más de un subtipo de IFN tipo 1, el anticuerpo puede ser específico para IFNal, IFNa2, IFNa4, IFNa5 , IFNa8 , IFNalO y IFNa21; o puede ser específico para IFNal, IFNa2, IFNa4, IFNa5, IFN 8 y IFNalO; o puede ser específico para IFNal, IFNa2 , IFNa4, IFNa5, IFNa8 y IFNa21; o puede ser específico para IFNal, IFNa2, IFNa4, IFNa5, IFNalO y IFNOÍ21. Los anticuerpos específicos para IFN tipo 1 o IFNa incluyen MEDI-545, cualquier biológico o anticuerpo distinto de MEDI-545, los anticuerpos descritos en las solicitudes de patente estadounidenses 11/009,410 presentada el 10 de diciembre de 2004 y 11/157,494 presentada el 20 de junio de 2005, 9F3 y otros anticuerpos descritos en la patente estadounidense N° 7,087,726 (Ejemplo 1 y Ejemplo 2, aquellos descritos en la Tabla 3 y la Tabla 4, y/o aquellos descritos en la tabla denominada "Depósito de material" en las líneas 25-54, columna 56), NK-2 y YOK5/19 (WO 84/03105), LO-22 (patente estadounidense 4,902,618), 144 BS (patente estadounidense 4,885,166) y EBI-1, EBI-2 y EBI-3 (EP 119476). Un agente terapéutico que modula la actividad de IFNa puede neutralizar la actividad de IFNa. Un experto en la técnica es consciente de la preparación y formulación de los agentes biológicos y métodos de administración.

MEDI-545 es un anticuerpo monoclonal IgGlk de 147,000 Dalton completamente humano (Mab) que se una a la mayoría de los subtipos de interferón-alfa (IFN-a) . MEDI-545 está compuesto por 100% de secuencia de proteínas humanas, haciéndolo un anticuerpo monoclonal completamente humano. Los anticuerpos monoclonales completamente humanos pueden tener ventajas sobre otras formas de anticuerpos monoclonales, tales como anticuerpos quiméricos y humanizados, debido a que pueden tener un perfil de seguridad más favorable y se pueden eliminar más lentamente del cuerpo humano, posiblemente reduciendo así la frecuencia de dosificación. MEDI-545 se obtuvo de un anticuerpo IgG4K, 13H5, que se seleccionó según ensayos funcionales como el que posee más propiedades deseables para un potencial agente terapéutico. 13H5 se convirtió posteriormente en un isotipo de anticuerpo IgGl, producido en células CHO, y se seleccionó para caracterización adicional y desarrollo preclínico con una designación inicial de MDX-1103, ahora denominada MEDI-545. Véanse también la publicación de solicitud de patente estadounidense N° 2007/0014724; solicitud PCT PCT/US2008/058133 presentada el 25 de marzo de 2008 titulada "Antibodies with Decreased Deamidation Profiles," y solicitud PCT PCT/US2008/058132 presentada el 25 de marzo de 2008, cada una de las cuales se incorpora a la presente en su totalidad mediante esta referencia a todos los efectos.

El agente terapéutico puede ser un anticuerpo contra un receptor interferón, que incluye aquellos descritos en las patentes estadounidenses N° 7,619,070 y 7,662,381 y solicitud internacional N° PCT/US2009/033358.

?. Anticuerpos El anticuerpo puede ser un anticuerpo sintético, un anticuerpo monoclonal, anticuerpos policlonales , un anticuerpo producido de manera recombinante , un intracuerpo, un anticuerpo multiespecífico (que incluyen anticuerpos biespecíficos) , un anticuerpo humano, un anticuerpo humanizado, un anticuerpo quimérico, un Fv de cadena simple (scFv) (que incluye scFv biespecífico) , una molécula BiTE, un anticuerpo de cadena simple, un fragmento Fab, un fragmento F(ab'), un Fv unido por disulfuro (sdFv) , o un fragmento de unión al epítopo de cualquiera de los anteriores . El anticuerpo puede ser cualquiera de una molécula de inmunoglobulina o porción inmunológicamente activa de una molécula de inmunoglobulina. Asimismo, el anticuerpo puede ser de cualquier isotipo. Por ejemplo, puede ser cualquiera de los isotipos IgGl , IgG2 , IgG3 o IgG4. El anticuerpo puede ser un anticuerpo de longitud completa que comprende regiones variables y constantes, o un fragmento de unión al antígeno de las mismas, tal como un anticuerpo de cadena simple, o un fragmento Fab o Fab' 2. El anticuerpo también se puede conjugar o unir a un agente terapéutico, tal como citotoxina o un isótopo radiactivo.

En los métodos de tratamiento se puede administrar al paciente un segundo agente distinto del agente que se une o modula la actividad de IFNa, o un agente que se une y modula la actividad de un receptor de un interferón tipo 1 o IFNa. Los agentes secundarios incluyen, de modo no taxativo, fármacos antiinflamatorios no esteroideos tales como ibuprofeno, naproxeno, sulindac, diclofenac, piroxicam, cetoprofeno, diflunisal, nabumetona, etodolac y oxaprozina, indometacina; fármacos anti -malaria tales como hidroxicloroquina; hormonas corticosteroides , tales como prednisona, hidrocortisona, metilprednisolona y dexametasona; metotrexato; agentes inmunosupresores , tales como azatioprina y ciclofosfamida ; y agentes biológicos que, por ejemplo, se dirigen a las células T tales como Alefacept y Efalizumab, o se dirigen a TNFa, tales como, Enbrel, Remicade y Humira.

B. Identificación de agentes terapéuticos candidatos Se puede identificar un terapéutico candidato para tratar trastornos mediados por IFN mediante los métodos comprendidos por la descripción. Los terapéuticos candidatos pueden ser cualquier tipo de molécula, que incluye una molécula pequeña o un agente biológico. Un terapéutico candidato identificado por los métodos comprendidos por la descripción se puede identificar como útil como terapéutico para una enfermedad, trastorno o afección. De manera alternativa, un terapéutico candidato identificado por los métodos comprendidos por la descripción puede requerir pruebas y/o modificaciones adicionales antes de seleccionarse para tratar pacientes. De manera alternativa, un terapéutico candidato identificado por los métodos comprendidos por la descripción puede, luego de las pruebas adicionales, deseleccionarse como una molécula para tratar pacientes. 3 En los métodos que identifican terapéuticos candidatos, las células que comprenden un perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFN se ponen en contacto con un agente. Las células pueden ser de cualquier tipo de célula, tal como líneas celulares inmortalizadas comercialmente disponibles que comprenden un perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa, líneas celulares inmortalizadas comercialmente disponibles que fueron tratadas con IFNa para inducir un perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa, células aisladas de un paciente con un perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa o células aisladas de un paciente sano y tratadas con IFNa para inducir un perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa.

Se detecta la presencia o ausencia de un cambio en el perfil de expresión de marcadores PD inducidos por IFNa de las células luego de poner en contacto las células con un agente. La presencia de un cambio puede ser cualquier cambio en el perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa que incluye al menos un 10% de disminución en la expresión o actividad regulada por incremento de al menos 1 gen en el perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa, al menos un 20% de disminución de al menos 1 gen regulado por incremento, al menos un 30% de disminución de al menos 1 gen regulado por incremento, al menos un 40% de disminución de al menos 1 gen regulado por incremento, al menos un 50% de disminución de al menos 1 gen regulado por incremento, al menos un 60% de disminución de al menos 1 gen regulado por incremento, al menos un 70% de disminución de al menos 1 gen regulado por incremento, al menos un 75% de disminución de al menos 1 gen regulado por incremento, al menos un 80% de disminución de al menos 1 gen regulado por incremento, al menos un 85% de disminución de al menos 1 gen regulado por incremento, al menos un 90% de disminución de al menos 1 gen regulado por incremento, al menos un 95% de disminución de al menos 1 gen regulado por incremento, al menos un 96% de disminución de al menos 1 gen regulado por incremento, al menos un 97% de disminución de al menos 1 gen regulado por incremento, al menos un 98% de disminución de al menos 1 gen regulado por incremento, al menos un 99% de disminución de al menos 1 gen regulado por incremento, o un 100% de disminución de al menos 1 gen regulado por incremento .

V. Neutralización del perfil inducible por IFNa o IFN tipo 1 en pacientes El tratamiento con el agente puede dar como resultado la neutralización del perfil inducible por IFNa o IFN tipo 1. El tratamiento con el agente puede dar como resultado una disminución de uno o más síntomas de la enfermedad o trastorno mediado por IFNa o IFN tipo 1. El tratamiento con el agente puede dar como resultado menos exacerbaciones relacionadas con la enfermedad o trastorno mediado por IFNa o IFN tipo 1. El tratamiento con el agente puede dar como resultado un pronóstico mejorado para el paciente que tiene la enfermedad o trastorno mediado por IFNa o IFN tipo 1. El tratamiento con el agente puede dar como resultado una mayor calidad de vida para el paciente. El tratamiento con el agente puede aliviar la necesidad de coadministrar segundos agentes o puede disminuir la dosificación de administración del segundo agente al paciente. El tratamiento con el agente puede reducir la cantidad de hospitalizaciones del paciente relacionado con la enfermedad o trastorno mediado por IFNa o IFN tipo 1.

El agente que se une a y modula la actividad de IFNa o IFN tipo 1 puede neutralizar el perfil inducible por IFNa o IFN tipo 1. La neutralización del perfil inducible por IFNa o IFN tipo 1 puede ser una reducción de al menos uno, al menos dos, al menos tres, al menos cuatro genes. La neutralización del perfil inducible por IFNa o IFN tipo 1 es una reducción de al menos 2%, al menos 3%, al menos 4%, al menos 5%, al menos 7%, al menos 8%, al menos 10%, al menos 15%, al menos 25%, al menos 30%, al menos 35%, al menos 40%, al menos 45%, al menos 50%, al menos 60%, al menos 70%, al menos 75%, al menos 80%, o al menos 90% de cualquiera de al menos uno, al menos dos, al menos tres, al menos cuatro genes regulados por incremento en el perfil inducible por IFNa o IFN tipo 1. De manera alternativa, la neutralización del perfil inducible por IFNa o IFN tipo 1 se refiere a una reducción de la expresión de genes regulados por incremento inducibles por IFNa o IFN tipo 1 que se encuentra dentro de como máximo 50%, como máximo 45%, como máximo 40%, como máximo 35%, como máximo 30%, como máximo 25%, como máximo 20%, como máximo 15%, como máximo 10%, como máximo 5%, como máximo 4%, como máximo 3%, como máximo2%, o como máximo 1% de los niveles de expresión de esos genes inducibles por IFNa o IFN tipo 1 en una muestra de control . Si el agente que se une a y modula la actividad de IFNa o IFN tipo 1 es un agente biológico, tal como un anticuerpo, el agente puede neutralizar el perfil de IFNa o IFN tipo 1 en dosis de 0.3 a 30 mg/kg, 0.3 a 10 mg/kg, 0.3 a 3 mg/kg, 0.3 a 1 mg/kg, 1 a 30 mg/kg, 3 a 30 mg/kg, 5 a 30 mg/kg, 10 a 30 mg/kg, 1 a 10 mg/kg, 3 a 10 mg/kg o 1 a 5 mg/kg .

El agente que se une a y modula la actividad de IFNa o IFN tipo 1 puede adicional o alternativamente neutralizar la expresión de uno o más subtipos de IFNa o IFN tipo 1. Los subtipos de IFNa o IFN tipo 1 pueden incluir cualesquiera más de uno, más de dos, más de tres, más de cuatro, más de cinco, más de seis, más de siete, más de ocho, más de nueve o más de diez subtipos de IFNa o IFN tipo 1. Estos subtipos pueden incluir IFNal, IFNa2 , IFNa4 , IFNa5, IFNa6, IFNa7 , IFNa8, IFNalO, IFNal4, IFNal7, IFN 21, ???ß o IFNco. Estos subtipos pueden incluir cualquiera de IFN l, IFNa2 , IFNa8 e IFNal4. De manera alternativa, estos subtipos pueden incluir IFNal, IFNa2, IFNa4, IFNa5, IFNa8 , IFNalO e IFNa21. La neutralización de los subtipos de IFNa o IFN tipo 1 puede ser una reducción de al menos 2%, al menos 3%, al menos 4%, al menos 5%, al menos 7%, al menos 8%, al menos 10%, al menos 15%, al menos 25%, al menos 30%, al menos 35%, al menos 40%, al menos 45%, al menos 50%, al menos 60%, al menos 70%, al menos 75%, al menos 80%, o al menos 90% de cualquiera de al menos uno, al menos dos, al menos tres, al menos cinco, al menos siete, al menos ocho o al menos diez de los subtipos. La neutralización de los subtipos de IFNa o IFN tipo 1 puede ser una reducción de la expresión de genes de subtipo de IFNa o IFN tipo 1 que se encuentra dentro de como máximo 50%, como máximo 45%, como máximo 40%, como máximo 35%, como máximo 30%, como máximo 25%, como máximo 20%, como máximo 15%, como máximo 10%, como máximo 5%, como máximo 4%, como máximo 3%, como máximo2%, o como máximo 1% de los niveles de expresión de esos subtipos de IFNa o IFN tipo 1 en una muestra de control. Si el agente que se une a y modula la actividad de IFNa o la actividad de IFN tipo 1 es un agente biológico, tal como un anticuerpo, el agente puede neutralizar los subtipos de IFNa o IFN tipo 1 en dosis de 0.3 a 30 mg/kg, 0.3 a 10 mg/kg, 0.3 a 3 mg/kg, 0.3 a 1 mg/kg, 1 a 30 mg/kg, 3 a 30 mg/kg, 5 a 30 mg/kg, 10 a 30 mg/kg, 1 a 10 mg/kg, 3 a 10 mg/kg o 1 a 5 mg/kg.

El agente que se une a y modula la actividad de iFNa o IFN tipo 1 o de manera alternativa neutraliza la expresión de los receptores de IFNa, ya sea IFNAR1 o IFNAR2, o ambos, o TNFa, o IFNy, o receptores de IFNy (ya sea IFNGR1, IFNGR2, o tanto IFNGR1 como IFNGR2) . La neutralización de la expresión de los receptores de IFNOÍ, ya sea IFNAR1 o IFNAR2, o ambos, o TNFa, o IFNy, O receptores de IFNy (ya sea IFNGR1 , IFNGR2, o tanto IFNGR1 como IFNGR2) puede ser una reducción de al menos 2%, al menos 3%, al menos 4%, al menos 5%, al menos 7%, al menos 8%, al menos 10%, al menos 15%, al menos 25%, al menos 30%, al menos 35%, al menos 40%, al menos 45%, al menos 50%, al menos 60%, al menos 70%, al menos 75%, al menos 80%, o al menos 90% de cualquiera de al menos uno, al menos dos, al menos tres, al menos cinco o al menos seis de esos genes. La neutralización de la expresión de los receptores de IFNa, ya sea IFNAR1 o IFNAR2, o TNFa, o IFNy, o receptores de IFNy (ya sea IFNGR1, IFNGR2, o tanto IFNGR1 como IFNGR2) es una reducción de la expresión de como máximo 50%, como máximo 45%, como máximo 40%, como máximo 35%, como máximo 30%, como máximo 25%, como máximo 20%, como máximo 15%, como máximo 10%, como máximo 5%, como máximo 4%, como máximo 3%, como máximo 2%, o como máximo 1% de niveles de expresión de esos genes en una muestra de control. Si el agente que se une a y modula la actividad de IFNa o IFN tipo 1 es un agente biológico, tal como un anticuerpo, el agente puede neutralizar la expresión de los receptores de IFNa IFNAR1 o IFNAR2, o TNFa, o IFNy, o receptores de IFNy IFNGR1 o IFNGR2 en dosis de 0.3 a 30 mg/kg, 0.3 a 10 mg/kg, 0.3 a 3 mg/kg, 0.3 a 1 mg/kg, 1 a 30 mg/kg, 3 a 30 mg/kg, 5 a 30 mg/kg, 10 a 30 mg/kg, 1 a 10 mg/kg, 3 a 10 mg/kg o 1 a 5 mg/kg.

C. Muestras de pacientes Las muestras también se pueden obtener de pacientes mediante los métodos de la descripción. Las muestras incluyen cualquier líquido o tejido biológico, tal como sangre, saliva, orina, líquido sinovial, médula ósea, líquido cefalorraquídeo, secreciones nasales, esputo, líquido amniótico, líquido del lavado bronquioalveolar, células mononucleares de sangre periférica, glóbulos blancos totales, células de los ganglios linfáticos, células del bazo, células de las amígdalas o piel . Las muestras se pueden obtener por cualquier medio conocido en la técnica.

VI. Métodos para monitorear la evolución de las enfermedades En los métodos para monitorear la evolución de una enfermedad de un paciente, se deben obtener muestras antes o después de la administración de un agente, por ejemplo, un agente que se une a o modula la actividad de IFNa o IFN tipo 1, o un agente que se une a y no modula la actividad de IFNa o IFN tipo 1, o una combinación de agentes que pueden incluir 0 no un agente que se une a y modula la actividad de IFN o IFN tipo 1. Los perfiles de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 se obtienen en las muestras (antes o después del agente de administración) . Se comparan los perfiles de expresión de marcadores PD inducibles por IFNOÍ o IFN tipo 1 en las muestras. La comparación puede ser una cantidad de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 presentes en las muestras o puede ser de la cantidad de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 presentes en las muestras, o cualquier combinación de los mismos. La diferencia que indica la eficacia del agente terapéutico se puede indicar si la cantidad o nivel (o cualquier combinación de los mismos) de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 regulados por incremento disminuye en la muestra obtenida luego de la administración del agente terapéutico con relación a la muestra obtenida antes de la administración del agente terapéutico. La cantidad de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 regulados por incremento puede disminuir en al menos 1, al menos 2, al menos 3, al menos 4, al menos 5, al menos 6, al menos 7, al menos 8, al menos 9 o al menos 10 veces. El nivel de cualquier marcador PD inducible por IFNa o IFN tipo 1 regulado por incremento puede disminuir en al menos 10%, al menos 20%, al menos 25%, al menos 30%, al menos 35%, al menos 40%, al menos 50%, al menos 60%, al menos 70%, al menos 80%, al menos 90% o al menos 95%. La cantidad de marcadores PD inducibles por IFNOÍ o IFN tipo 1 regulados por incremento con niveles disminuidos puede ser al menos ' 1 , al menos 2 , al menos 3 o al menos 4. Cualquier combinación de cantidad disminuida y nivel disminuido de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 puede indicar eficacia. La diferencia que indica la eficacia del agente terapéutico se puede indicar si la cantidad o nivel (o cualquier combinación de los mismos) de marcadores PD inducibles por IFNOÍ O IFN tipo 1 regulados por disminución disminuye en la muestra obtenida luego de la administración del agente terapéutico con relación a la muestra obtenida antes de la administración del agente terapéutico.

La muestra obtenida de un paciente se puede obtener antes de una primera administración del agente, es decir, el paciente nunca se trató con el agente. De manera alternativa, la muestra obtenida del paciente puede ocurrir luego de la administración del agente en el transcurso del tratamiento. Por ejemplo, el agente puede haberse administrado antes del inicio del protocolo de monitoreo. Luego de la administración del agente se puede obtener una muestra adicional del paciente y se comparan los marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 en las muestras. Las muestras pueden ser del mismo tipo o de diferente tipo, por ejemplo, cada muestra obtenida puede ser una muestra de sangre, o cada muestra obtenida puede ser una muestra de suero. Los marcadores PD inducibles por IFN o IFN tipo 1 detectados en cada muestra pueden ser iguales, pueden coincidir sustancialmente o pueden ser similares.

Las muestras se pueden obtener en cualquier momento antes y después de la administración del agente terapéutico. La muestra obtenida luego de la administración del agente terapéutico se puede obtener al menos 2, al menos 3, al menos 4, al menos 5, al menos 6, al menos 7, al menos 8, al menos 9, al menos 10, al menos 12 o al menos 14 días después de la administración del agente terapéutico. La muestra obtenida luego de la administración del agente terapéutico se puede obtener al menos 2 , al menos 3 , al menos 4 , al menos 5 , al menos 6 , al menos 7 o al menos 8 semanas después de la administración del agente terapéutico. La muestra obtenida luego de la administración del agente terapéutico se puede obtener al menos 2 , al menos 3 , al menos 4 , al menos 5 o al menos 6 meses después de la administración del agente terapéutico.

Se pueden obtener muestras adicionales del paciente después de la administración del agente terapéutico. Se pueden obtener al menos 2 , al menos 3 , al menos 4 , al menos 5, al menos 6, al menos 7, al menos 8, al menos 9, al menos 10, al menos 12, al .menos 15, al menos 20, al menos 25 muestras del paciente para monitorear la evolución o regresión de la enfermedad o trastorno en el tiempo. La evolución de la enfermedad se puede monitorear a lo largo de un período de tiempo de al menos 1 semana, al menos 2 semanas, al menos 3 semanas, al menos 4 semanas, al menos 5 semanas, al menos 6 semanas, al menos 7 semanas, al menos 2 meses, al menos 3 meses, al menos 4 meses, al menos 5 meses, al menos 6 meses, al menos 1 año, al menos 2 años, al menos 3 años, al menos 4 años, al menos 5 años, al menos 10 años o en el transcurso de la vida del paciente. Las muestras adicionales se pueden obtener del paciente en intervalos regulares tales como intervalos mensuales, bimensuales, trimestrales, semestrales o anuales. Las muestras se pueden obtener del paciente después de la administración del agente terapéutico a intervalos regulares. Por ejemplo, las muestras se pueden obtener del paciente una semana después de cada administración del agente, o dos semanas después de cada administración del agente, o tres semanas después de cada administración del agente, o un mes después de cada administración del agente, o dos meses después de cada administración del agente. De manera alternativa, se pueden obtener muestras múltiples del paciente después de cada administración del agente.

La evolución de la enfermedad en un paciente se puede monitorear de manera similar a falta de la administración de un agente. Se pueden obtener muestras de manera periódica del paciente que tiene la enfermedad o trastorno. La evolución de la enfermedad se puede identificar si la cantidad de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 aumenta en una muestra obtenida posteriormente con relación a una muestra obtenida anteriormente. La cantidad de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 puede aumentar en al menos 1 , al menos 2 , al menos 3 , al menos 4 , al menos 5 , al menos 6, al menos 7, al menos 8, al menos 9 o al menos 10. La evolución de la enfermedad se puede identificar si el nivel de cualquier marcador PD inducible por IFNa o IFN tipo 1 regulado por incremento aumenta en al menos 10%, al menos 20%, al menos 25%, al menos 30%, al menos 35%, al menos 40%, al menos 50%, al menos 60%, al menos 70%, al menos 80%, al menos 90% o al menos 95%. La evolución de la enfermedad se puede identificar si el nivel de cualquier marcador PD inducible por IFNa o IFN tipo 1 regulado por disminución disminuye en al menos 10%, al menos 20%, al menos 25%, al menos 30%, al menos 35%, al menos 40%, al menos 50%, al menos 60%, al menos 70%, al menos 80%, al menos 90% o al menos 95%. La cantidad de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 regulados por incremento con niveles aumentados puede ser de al menos 1, al menos 2, al menos 3, al menos 4, al menos 5, al menos 6, al menos 7, al menos 8, al menos 9, al menos 10, al menos 15, al menos 20, al menos 25, al menos 30 o al menos 35. La cantidad de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 regulados por disminución con niveles disminuidos puede ser de al menos 1, al menos 2, al menos 3, al menos 4, al menos 5, al menos 6, al menos 7, al menos 8, al menos 9, al menos 10, al menos 15, al menos 20, al menos 25, al menos 30 o al menos 35. Cualquier combinación de cantidad aumentada y nivel aumentado de marcadores PD inducibles por IFN o IFN tipo 1 regulados por incremento puede indicar evolución de la enfermedad. De manera alternativa, cualquier combinación de cantidad disminuida y nivel disminuido de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 regulados por disminución puede indicar evolución de la enfermedad. La regresión de la enfermedad también se puede identificar en un paciente con una enfermedad o trastorno, no tratado por un agente. En ese caso, la regresión se puede identificar si la cantidad de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 disminuye en una muestra obtenida posteriormente con relación a una muestra obtenida anteriormente. La cantidad de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 puede disminuir en al menos 1, al menos 2, al menos 3, al menos 4, al menos 5, al menos 6, al menos 7, al menos 8, al menos 9 o al menos 10. La regresión de la enfermedad se puede identificar si el nivel de cualquier marcador PD inducible por IFNa o IFN tipo 1 regulado por incremento disminuye en al menos 10%, al menos 20%, al menos 25%, al menos 30%, al menos 35%, al menos 40%, al menos 50%, al menos 60%, al menos 70%, al menos 80%, al menos 90% o al menos 95%. La regresión de la enfermedad se puede identificar si el nivel de cualquier marcador PD inducible por IFN o IFN tipo 1 regulado por disminución aumenta en al menos 10%, al menos 20%, al menos 25%, al menos 30%, al menos 35%, al menos 40%, al menos 50%, al menos 60%, al menos 70%, al menos 80%, al menos 90% o al menos 95%. La cantidad de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 regulados por incremento con niveles disminuidos puede ser de al menos 1, al menos 2, al menos 3, al menos 4, al menos 5, al menos 6, al menos 7, al menos 8, al menos 9, al menos 10, al menos 15, al menos 20, al menos 25, al menos 30 o al menos 35. La cantidad de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 regulados por disminución con niveles aumentados puede ser de al menos 1, al menos 2, al menos 3, al menos 4, al menos 5, al menos 6, al menos 7, al menos 8, al menos 9, al menos 10, al menos 15, al menos 20, al menos 25, al menos 30 o al menos 35. La evolución de la enfermedad o regresión de la enfermedad se puede monitorear al obtener muestras a lo largo de un período de tiempo y en cualquier intervalo. La evolución de la enfermedad o regresión de la enfermedad se puede monitorear al obtener muestras durante un transcurso de al menos 1 semana, al menos 2 semanas, al menos 3 semanas, al menos 4 semanas, al menos 5 semanas, al menos 6 semanas, al menos 7 semanas, al menos 2 meses, al menos 3 meses, al menos 4 meses, al menos 5 meses, al menos 6 meses, al menos 1 año, al menos 2 años, al menos 3 años, al menos 4 años, al menos 5 años, al menos 10 años o en el transcurso de la vida del paciente. La evolución de la enfermedad o regresión de la enfermedad se puede monitorear al obtener muestras al menos mensualmente , bimensualmente , trimestralmente, semestralmente o anualmente. Las muestras no necesitan obtenerse a intervalos estrictos.

VII. Kits y sondas La descripción también comprende kits y sondas. Las sondas pueden ser cualquier molécula que detecte cualquier expresión o actividad de cualquier gen que se puede incluir en un perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNOÍ.

VIII. Métodos para detectar actividad de IFN La descripción también comprende métodos para detectar la actividad de IFN. Estos métodos pueden emplear células que comprenden una secuencia de polinucleótidos que comprende un gen indicador en control de un elemento de respuesta estimulado por interferón. Las células que comprenden la secuencia de polinucleótidos pueden ser cualesquiera células susceptibles de transfección o transformación con una secuencia de polinucleótidos y que se pueden mantener en cultivo. Estas células incluyen células animales, células bacterianas, células de levadura, células de insectos o células vegetales. Estas células pueden ser adherentes o pueden crecer en suspensión. Si las células son células animales, pueden ser de una línea celular conocida tal como HeLa, COS, NIH3T3, AGS , 293, CHO, Huh-7, HUVEC, MCF-7, C6, BHK-21, BNL CL 2, C2C12, HepG2 y ATDC5. Se conoce un sinfín de líneas celulares y se pueden obtener de los expertos en la técnica. Las células pueden ser, de manera alternativa, células primarias que se han inmortalizado o no.

Las células pueden comprender una secuencia de polinucleótidos que comprende un gen indicador en control de un elemento de respuesta estimulado por interferón. La secuencia de polinucleótidos puede estar integrada de manera estable en el ADN de la célula o puede ser un elemento extracromosómico que está de manera estable o transitoria en la célula. El polinucleótido puede haberse introducido a la célula como una molécula de polinucleótido desnudo, una molécula de polinucleótido combinada con lípidos u otras moléculas, o un polinucleótido en una partícula de virus.

Si el polinucleótido se introdujo como una molécula de polinucleótido desnudo, el polinucleótido puede haber sido una molécula lineal o circular. Los ejemplos no taxativos de molécula de polinucleótido circulares incluyen plásmidos y cromosomas artificiales. Estos vectores pueden escindirse con enzimas, por ejemplo, para generar moléculas de polinucleótido lineales.

Asimismo, si el polinucleótido se introdujo como un polinucleótido desnudo puede haberse introducido en las células mediante cualquiera de las diversas técnicas conocidas en la técnica. Estas técnicas incluyen, de modo no taxativo, electroporación, microinyección y administración biolística de partículas. Véase, también, por ejemplo, Loeffler and Behr, 1993, Meth. Enzymol . 217:599-618; Cohén et ál., 1993, Meth. Enzymol. 217:618-644; Clin. Pharma . Ther. 29:69-92 (1985), Sambrook, et ál . Molecular Cloning: A Laboratory Manual. 2da, ed. , Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y., 1989 y Ausubel et ál . , ed. Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, Inc., N.Y., N.Y. (1987-2001) .

Si el polinucleótido se introdujo como un complejo con lípidos o liposomas, también puede haberse introducido mediante uno de las diversas técnicas conocidas para el experto. Los lípidos o liposomas comprenden una mezcla de partículas de grasa o lípidos que se unen ál ADN o AR para proporcionar un vehículo cubierto hidrofóbico para administración. Los liposomas adecuados pueden comprender cualquiera de los materiales de liposomas fosfolípidos naturales o sintéticos que incluyen fosfolípidos de origen natural tal como huevo, origen animal o vegetal tal como fosfatidilcolina, fosfatidiletanolamina, fosfatidilglicerol , esfingomielina, fosfatidilserina o fosfatidilinositol . También se pueden usar fosfolípidos sintéticos, por ejemplo, dimiristoilfosfatidilcolina, dioleoilfosfatidiIcolina, dioleoilfosfatidicolina y fosfatidiletanolaminas y fosfatidilgliceroles sintéticos correspondientes. Los lípidos o liposomas que se pueden conjugar con el vector están también comercialmente disponibles para el experto en la técnica. Los ejemplos de reactivos de transfección de lípidos o liposomas comercialmente disponibles conocidos para el experto en la técnica incluyen LIPOFECTAMINE™ ( Invitrogen) , GENEJUICE® (Novagen) , GENEJAMMER® (Stratagene) , FUGENE® HD (Roche) , MEGAFECTIN™ (Qbiogene) , SUPERFECT® (Qiagen) y EFFECTENE® (Qiagen) .

Si el polinucleótido se introdujo como un complejo con otras moléculas puede haber sido compactado o en una nanósfera. Los complejos de polinucleótidos compactados se describen en las patentes estadounidenses 5,972,901, 6,008,336 y 6,077,835. Las nanósferas se describen en las patentes estadounidenses 5,718,905 y 6,207,195. Estos complejos de polinucleótidos compactos y nanósferas que combinan ácidos nucleicos utilizan cationes poliméricos. Los cationes poliméricos típicos incluyen gelatina, poli-L-lisina y quitosano. De manera alternativa, el polinucleótido puede haberse combinado con DEAE-dextrano, o transfectado usando técnicas tales como coprecipitacion con fosfato de calcio o coprecipitacion con cloruro de calcio.

Si el polinucleótido se introdujo asociado con un virus, el virus puede haber sido cualquier virus conocido adecuado para la administración del polinucleótido . Los ejemplos de virus que se pueden usar como vectores incluyen adenovirus, virus asociado a adeno, lentivirus, retrovirus, herpes virus (por ejemplo virus del herpes simple), virus vacuna, papovirus, virus Sendai, virus SV40, virus respiratorio sincicial, etc.

La secuencia de polinucleótidos puede incluir un gen indicador y un elemento de respuesta estimulado por interferón. El gen indicador puede ser cualquiera de luciferasa, cloranfenicol acetil transferasa, ß-galactosidasa, proteína verde fluorescente, ß-glucuronidasa o fosfatasa alcalina placentaria secretada. Las variantes de muchos de estos genes indicadores, por ejemplo, proteína verde fluorescente y luceriferasa , son conocidas y se pueden identificar fácilmente y/o producir por los expertos en la técnica. Otros genes indicadores además de aquellos enumerados también serán conocidos para los expertos en la técnica y se encuentran disponibles. Los elementos de respuesta estimulados por interferón también son conocidos por los expertos en la técnica. Se pueden obtener de vendedores comerciales tales como Stratagene, Clonetech y Biomyx. También fueron reportados en, por ejemplo, Alcántara et ál. (Nuc. Acid. Res. 30 (2002) : 2068-2075 y Kirchhoff et ál. (Oncogene 18 (1999) : 3725-3736) .

Las células empleadas en el ensayo se pueden incubar con una muestra. La muestra se puede obtener de un paciente, de un vendedor con muestras de pacientes o una muestra de control usada para calibración o como control. Si la muestra se obtiene de un paciente puede ser cualquier líquido o tejido biológico, tal como sangre, saliva, orina, líquido sinovial, médula ósea, líquido cefalorraquídeo, secreciones nasales, esputo, líquido amniótico, líquido del lavado bronquioalveolar, células mononucleares de sangre periférica, glóbulos blancos totales, células de los ganglios linfáticos, células del bazo, células de las amígdalas o piel.

La expresión del gen indicador se detecta mediante cualquier medio conocido en la técnica. La expresión, incluso si "0" indica la actividad de IFN en la muestra. Un experto en la técnica puede cuantificar adicionalmente cualquier nivel de expresión del gen indicador que se puede correlacionar luego con el nivel de la actividad de IFN en la muestra .

Las solicitudes proporcionan un conjunto de modalidades no taxativas para describir algunos de los aspectos de la descripción .

MODALIDADES Modalidad 1. Un método para tratar un paciente que tiene una enfermedad o trastorno mediado por IFNa o IFN tipo 1 que comprende : administrar un agente que se une a y modula la actividad de IFNa o IFN tipo 1 ; donde el paciente comprende un perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 ; y donde el agente neutraliza un perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 del paciente.

Modalidad 2. Un método para tratar un paciente con enfermedad autoinmunitaria que comprende un perfil de marcadores PD de IFNa o IFN tipo 1 moderado o fuerte que comprende : administrar un agente que se une a y modula la actividad de IFNa o IFN tipo 1; donde el agente neutraliza un perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 del paciente.

Modalidad 3. Un método para neutralizar un perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 en un paciente con una enfermedad o trastorno, que comprende: administrar un agente que se une a y modula la actividad de IFNa o IFN tipo 1 al paciente; donde el agente neutraliza un perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 del paciente.

Modalidad 4. El método de cualquiera de las modalidades 1 a 3 que comprende adicionalmente detectar la neutralización del perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 del paciente.

Modalidad 5. El método de cualquiera de las modalidades 1 a 4 donde el perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 comprende transcripciones de genes marcadores PD.

Modalidad 6. El método de cualquiera de las modalidades 1 a 4 donde el perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 comprende polipéptidos expresados a partir de genes marcadores PD.

Modalidad 7. El método de cualquiera de las modalidades 1 a 6 donde el perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 comprende la expresión o actividad regulada por incremento de un conjunto de genes elegidos de: (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; (b) IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; (c) IFI27, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; (d) IFI27, IFI44, IFI6 y RSAD2 ; (e) IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2 ; y (f) IFI27, IFI44, IFI44L e IFI6.

Modalidad 8. El método de cualquiera de las modalidades 1 a 6 donde el perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 consiste en la expresión o actividad regulada por incremento de un conjunto de genes elegidos de: (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; (b) IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; (c) IFI27, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; (d) IFI27, IFI44, IFI6 y RSAD2 ; (e) IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2 ; y (f) IFI27, IFI44, IFI44L e IFI6.

Modalidad 9. El método de la modalidad 7 u 8 donde la expresión o actividad regulada por incremento de un conjunto de genes se calcula como un aumento múltiple promedio en la expresión o actividad del conjunto de genes.

Modalidad 10. El método de la modalidad 9 donde el aumento múltiple promedio en la expresión o actividad del conjunto de genes es de entre al menos alrededor de 3 y al menos alrededor de 15, entre al menos alrededor de 3 y al menos alrededor de 10, o entre al menos alrededor de 3 y al menos alrededor de 5.

Modalidad 11. El método de la modalidad 9 donde el aumento múltiple promedio en la expresión o actividad del conjunto de genes es de al menos alrededor de 2, al menos alrededor de 2.5, al menos alrededor de 3 , al menos alrededor de 3.5, al menos alrededor de 4, al menos alrededor de 4.5, al menos alrededor de 5, al menos alrededor de 5.5, al menos alrededor de 6 , al menos alrededor de 6.5 , al menos alrededor de 7, al menos alrededor de 8, al menos alrededor de 9 o al menos alrededor de 10.

Modalidad 12. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 11 donde el agente es un agente biológico .

Modalidad 13. El método de la modalidad 12 donde el agente es un anticuerpo.

Modalidad 14. El método de la modalidad 13 donde el agente es MEDI-545.

Modalidad 15. El método de la modalidad 13 donde el anticuerpo es específico para uno o más subtipos de IFN o IFN tipo 1 pero no es MEDI-545.

Modalidad 16. El método de cualquiera de las modalidades 1 a 15 donde administrar el agente alivia uno o más síntomas de la enfermedad o trastorno.

Modalidad 17. El método de cualquiera de las modalidades 13 a 16 donde el anticuerpo se administra a una dosis de entre aproximadamente 0.03 y 30 mg/kg.

Modalidad 18. El método de la modalidad 17 donde el anticuerpo se administra a una dosis de entre 0.3 y 3 mg/kg o entre .03 y 1 mg/kg.

Modalidad 19. El método de cualquiera de las modalidades 1 a 18 donde el agente neutraliza el perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 del paciente en al menos 10%, en al menos 20%, en al menos 30%, en al menos 40% o en al menos 50%.

Modalidad 20. El método de cualquiera de las modalidades 1 a 19 donde la enfermedad o trastorno es uno de lupus, nefritis lúpica, dermatomiositis , polimiositis , psoriasis, SSc, vasculitis, sarcoidosis, síndrome de Sjogren o miositis inflamatoria idiopática.

Modalidad 21. El método de la modalidad 20 donde la enfermedad o trastorno es lupus.

Modalidad 22. El método de la modalidad 20 donde la enfermedad o trastorno es psoriasis.

Modalidad 23. El método de cualquiera de las modalidades 1 a 22 donde el perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNOÍ O IFN tipo 1 comprende la expresión o actividad regulada por incremento de al menos los subtipos de IFNa 1, 2, 8 y 14.

Modalidad 24. Un método para monitorear o pronosticar la evolución de una enfermedad autoinmunitaria de un paciente que comprende: obtener un primer perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa en una primera muestra de un paciente.

Modalidad 25. El método de la modalidad 24 donde el primer perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa es un perfil fuerte y el pronóstico del paciente es la evolución de la enfermedad.

Modalidad 26. El método de la modalidad 25 donde la enfermedad autoinmunitaria es SLE y la evolución es un brote de SLE.

Modalidad 27. El método de la modalidad 26 donde el primer perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa es un perfil débil y el pronóstico del paciente es la regresión de la enfermedad Modalidad 28. El método de la modalidad 24 que comprende adicionalmente : obtener un segundo perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa en una segunda muestra de un paciente; donde un aumento en la cantidad o nivel de los marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 en el segundo perfil de expresión con relación al primero pronostica la evolución de la enfermedad; o donde una disminución en la cantidad o nivel de los marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 en el segundo perfil de expresión con relación al primero pronostica la regresión de la enfermedad.

Modalidad 29. El método de cualquiera de las modalidades 26 a 28 donde el perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 comprende transcripciones de genes marcadores PD.

Modalidad '30. El método de cualquiera de las modalidades 24 a 28 donde el perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 comprende polipéptidos expresados a partir de genes marcadores PD.

Modalidad 31. El método de cualquiera de las modalidades 24 a 28 donde el perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 comprende la expresión o actividad de un conjunto de genes elegidos de: (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; (b) IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; (c) IFI27, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; (d) IFI27, IFI44, IFI6 y RSAD2 ; (e) IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2 ; y (f) IFI27, IFI44, IFI44L e IFI6.

Modalidad 32. El método de cualquiera de las modalidades 24 a 28 donde el perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 consiste en la expresión o actividad de un conjunto de genes elegidos de: (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; (b) IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; (c) IFI27, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; (d) IFI27, IFI44, IFI6 y RSAD2 ; (e) IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2 ; y (f) IFI27, IFI44, IFI44L e IFI6.

Modalidad 33. Un método para monitorear la evolución de una enfermedad de un paciente que recibe tratamiento con un agente terapéutico que se une a o modula la actividad de IFNa que comprende : obtener un primer perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa en una primera muestra del paciente; administrar un agente terapéutico que se une a y modula la actividad de IFNa; obtener un segundo perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa en una segunda muestra del paciente; y comparar el primer y segundo perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa, donde una variación en el primer y segundo perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNOÍ indica un nivel de eficacia del agente terapéutico que se une o y modula la actividad de IFNa.

Modalidad 34. El método de la modalidad 33 donde el primer perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 comprende la expresión o actividad regulada por incremento de un conjunto de genes elegidos de: (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; (b) IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; (c) IFI27, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; (d) IFI27, IFI44, IFI6 y RSAD2 ; (e) IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2 ; y (f) IFI27, IFI44, IFI44L e IFI6.

Modalidad 35. El método de la modalidad 33 donde el primer perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa o IFN tipo 1 consiste en la expresión o actividad regulada por incremento de un conjunto de genes elegidos de: (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; (b) IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; (c) IFI27, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; (d) IFI27, IFI44, IFI6 y RSAD2 ; (e) IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2 ; y (f) IFI27, IFI44, IFI44L e IFI6.

Modalidad 36. El método de la modalidad 34 o 35 donde la variación es una disminución de los niveles de expresión o actividad regulados por incremento de los genes.

Modalidad 37. El método de cualquiera de las modalidades 33 a 35 donde la enfermedad o trastorno es uno de lupus, nefritis lúpica, dermatomiositis , polimiositis , psoriasis, SSc, vasculitis, sarcoidosis, síndrome de Sjogren o miositis inflamatoria idiopática.

Modalidad 38. El método de la modalidad 37 donde la enfermedad es lupus .

Modalidad 39. El método de cualquiera de las reivindicaciones 33 a 38 donde el agente terapéutico es una molécula pequeña o agente biológico.

Modalidad 40. El método de la modalidad 39 donde el agente biológico es un anticuerpo.

Modalidad 41. El método de la modalidad 40 donde el anticuerpo es MEDI-545 y/o un anticuerpo específico para uno o más subtipos de IFNa o IFN tipo 1 pero no es MEDI-545.

Modalidad 42. El método de cualquiera de las modalidades 33 a 41 donde el primer perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa se obtiene antes de la 2 administración del agente terapéutico.

Modalidad 43. El método de cualquiera de las modalidades 33 a 41 donde el primer perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa se obtiene al momento de la administración del agente terapéutico.

Modalidad 44. El método de cualquiera de las modalidades 33 a 43 donde la primera y segunda muestra es sangre o suero.

Modalidad 45. El método de cualquiera de las modalidades 33 a 44 que comprende adicionalmente obtener un tercer perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa en una tercera muestra del paciente.

Modalidad 46. El método de la modalidad 45 que comprende adicionalmente obtener un cuarto perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa en una cuarta muestra del paciente.

Modalidad 47. El método de la modalidad 46 que comprende adicionalmente obtener un quinto perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa en una quinta muestra del paciente.

Modalidad 48. El método de la modalidad 47 que comprende adicionalmente obtener un sexto perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa en una sexta muestra del paciente .

Modalidad 49. El método de cualquiera de las modalidades 33 a 48 donde la segunda muestra se obtiene al menos una semana, al menos dos semanas, al menos tres semanas, al menos un mes o al menos dos meses después de la administración del agente terapéutico.

Modalidad 50. El método de la modalidad 45 donde la tercera muestra se obtiene al menos 2 días, al menos 5 días, al menos una semana, al menos 2 semanas, al menos tres semanas, al menos un mes o al menos dos meses después de obtener la segunda muestra .

Modalidad 51. El método de la modalidad 46 donde la cuarta muestra se obtiene al menos dos días, al menos cinco días, al menos una semana, al menos dos semanas, al menos tres semanas, al menos un mes o al menos dos meses después de obtener la tercera muestra.

Modalidad 52. El método de la modalidad 47 donde la quinta muestra se obtiene al menos dos días, al menos cinco días, al menos una semana, al menos dos semanas, al menos tres semanas, al menos un mes o al menos dos meses después de obtener la cuarta muestra.

Modalidad 53. El método de cualquiera de las modalidades 33 a 52 donde la variación es una disminución de la expresión o actividad reguladas por incremento del gen.

Modalidad 54. El método de la modalidad 53 donde la disminución es de al menos 10%, al menos 20%, al menos 25%, al menos 30%, al menos 40%, al menos 45%, al menos 50%, al menos 60%, al menos 70%, al menos 75%, al menos 80%, al menos 85%, al menos 90%, al menos 95%, al menos 96%, al menos 97%, al menos 98%, al menos 99% o 100%.

Modalidad 55. Un método para identificar un paciente como candidato para un agente terapéutico que se une a y modula la actividad de IFNa que comprende: detectar la presencia o ausencia de un perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa en una muestra del paciente, donde detectar la presencia del perfil de expresión de marcadores PD inducidos por IFNa identifica al paciente como un candidato para el agente terapéutico que se une a y modula la actividad de IFNa.

Modalidad 56. El método de la modalidad 55 donde el perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa comprende la expresión o actividad regulada por incremento de un conjunto de genes elegidos de: (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; (b) IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; (c) IFI27, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; (d) IFI27, IFI44, IFI6 y RSAD2 ; (e) IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2 ; y (f) IFI27, IFI44, IFI44L e IFI6.

Modalidad 57. El método de la modalidad 55 donde el perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa consiste en la expresión o actividad regulada por incremento de un conjunto de genes elegidos de: (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; (b) IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; (c) IFI27, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; (d) IFI27, IFI44, IFI6 y RSAD2 ; (e) IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2 ; y (f) IFI27, IFI44, IFI44L e IFI6.

Modalidad 58. El método de la modalidad 56 o 57 donde la expresión o actividad regulada por incremento de un conjunto de genes se calcula como un aumento múltiple promedio en la expresión o actividad del conjunto de genes.

Modalidad 59. El método de la modalidad 58 donde el aumento múltiple promedio en la expresión o actividad del conjunto de genes es de al menos alrededor de 2, al menos alrededor de 3 y al menos alrededor de 4.

Modalidad 60. El método de la modalidad 59 donde el aumento múltiple promedio en la expresión o actividad del conjunto de genes es de al menos alrededor de 2, al menos alrededor de 2.5, al menos alrededor de 3 , al menos alrededor de 3.5, al menos alrededor de 4 , al menos alrededor de 4.5, al menos alrededor de 5 , al menos alrededor de 5.5, al menos alrededor de 6 , al menos alrededor de 6.5, al menos alrededor de 7, al menos alrededor de 8, al menos alrededor de 9 o al menos alrededor de 10.

Modalidad 61. El método de cualquiera de las modalidades 55 a 60 donde al paciente se le ha diagnosticado un trastorno elegido de lupus, nefritis lúpica, dermatomiositis, polimiositis , psoriasis, SSc, vasculitis, sarcoidosis, síndrome de Sjogren o miositis inflamatoria idiopática .

Modalidad 62. El método de la modalidad 61 donde el trastorno es lupus .

Modalidad 63. El método de cualquiera de las reivindicaciones 55 a 62 donde el agente terapéutico es una molécula pequeña o agente biológico.

Modalidad 64. El método de la modalidad 63 donde el agente biológico es un anticuerpo.

Modalidad 65. El método de la modalidad 64 donde el anticuerpo es MEDI-545.

Modalidad 66. El método de la modalidad 64 donde el anticuerpo es específico para uno o más subtipos de IFNOÍ O IFN tipo 1 pero no es MEDI-545.

Modalidad 67. El método de cualquiera de las modalidades 55 a 66 donde la expresión o actividad regulada por incremento comprende un aumento en los niveles de ARNm de uno o más de los genes .

Modalidad 68. El método de cualquiera de las modalidades 55 a 66 donde la expresión o actividad regulada por incremento comprende un aumento en los niveles de proteína de uno o más de los genes.

Modalidad 69. El método de cualquiera de las modalidades 55 a 66 donde la expresión o actividad regulada por incremento comprende un aumento en la actividad enzimática de una proteína expresada a partir de uno o más de los genes .

Modalidad 70. El método de cualquiera de las reivindicaciones 55 a 69 donde la muestra es sangre.

Modalidad 71. Un método para diagnosticar un paciente como que padece un trastorno asociado con niveles de IFNa aumentados que comprende : detectar la presencia o ausencia de un perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa en una muestra del paciente, donde detectar la presencia del perfil de expresión de marcadores PD inducidos por IFNa identifica al paciente como que padece un trastorno asociado con niveles de IFNa aumentados .

Modalidad 72. El método de la modalidad 71 donde el perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa comprende la expresión o actividad regulada por incremento de un conjunto de genes elegidos de: (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; (b) IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; (c) IFI27, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; 8 (d) IFI27, IFI44, IFI6 y RSAD2 ; (e) IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2 ; y (f) IFI27, IFI44, IFI44L e IFI6.

Modalidad 73. El método de la modalidad 71 donde el perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa consiste en la expresión o actividad regulada por incremento de un conjunto de genes elegidos de: (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; (b) IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; (c) IFI27, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; (d) IFI27, IFI44, IFI6 y RSAD2 ; (e) IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2 ; y (f) IFI27, IFI44, IFI44L e IFI6.

Modalidad 74. El método de la modalidad 72 o 73 donde la expresión o actividad regulada por incremento de un conjunto de genes se calcula como un aumento múltiple promedio en la expresión o actividad del conjunto de genes.

Modalidad 75. El método de la modalidad 74 donde el aumento múltiple promedio en la expresión o actividad del conjunto de genes es de entre al menos alrededor de 2, al menos alrededor de 3 y al menos alrededor de 4.

Modalidad 76. El método de la modalidad 74 donde el aumento múltiple promedio en la expresión o actividad del conjunto de genes es de al menos alrededor de 2 , al menos alrededor de 2.5 , al menos alrededor de 3 , al menos alrededor de 3.5, al menos alrededor de 4 , al menos alrededor de 4.5, al menos alrededor de 5 , al menos alrededor de 5.5, al menos alrededor de 6, al menos alrededor de 6.5, al menos alrededor de 7 , al menos alrededor de 8, al menos alrededor de 9 o al menos alrededor de 10.

Modalidad 77. El método de cualquiera de las modalidades 72 a 76 donde la enfermedad o trastorno es uno de lupus, nefritis lúpica, dermatomiositis , polimiositis , psoriasis, SSc, vasculitis, sarcoidosis, síndrome de Sjogren o miositis inflamatoria idiopática.

Modalidad 78. El método de la modalidad 77 donde el trastorno es lupus.

Modalidad 79. El método de cualquiera de las modalidades 72 a 78 donde la expresión o actividad regulada por incremento comprende un aumento en los niveles de ARNm de uno o más de los genes .

Modalidad 80. El método de cualquiera de las modalidades 72 a 78 donde la expresión o actividad regulada por incremento comprende un aumento en los niveles de proteína de uno o más de los genes.

Modalidad 81. El método de cualquiera de las modalidades 72 a 78 donde la expresión o actividad regulada por incremento comprende un aumento en la actividad enzimática de una proteína expresada de uno o más de los genes.

Modalidad 82. Un método para identificar un terapéutico candidato para tratar trastornos mediados por IFNa que comprende : poner en contacto células que comprenden un perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa con un agente; y detectar la presencia o ausencia de un cambio en el perfil de expresión de marcadores PD inducidos por IFNa de las células, donde la presencia de un cambio que comprende una reducción en la regulación por incremento de los genes del perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa indica que el agente es un agente terapéutico candidato.

Modalidad 83. El método de la modalidad 82 donde el perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa comprende la expresión o actividad regulada por incremento de un conjunto de genes elegidos de: (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; (b) IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; (c) IFI27, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; (d) IFI27, IFI44, IFI6 y RSAD2 ; (e) IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2 ; y (f) IFI27, IFI44, IFI44L e IFI6.

Modalidad 84. El método de la modalidad 82 donde el perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa consiste en la expresión o actividad regulada por incremento de un conjunto de genes elegidos de: (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; (b) IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; (c) IFI27, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; (d) IFI27, IFI44, IFI6 y RSAD2 ; (e) IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2 ; y (f) IFI27, IFI44, IFI44L e IFI6.

Modalidad 85. El método de la modalidad 83 o 84 donde la expresión o actividad regulada por incremento de un conjunto de genes se calcula como un aumento múltiple promedio en la expresión o actividad del conjunto de genes.

Modalidad 86. El método de la modalidad 85 donde el aumento múltiple promedio en la expresión o actividad del conjunto de genes es de entre al menos alrededor de 3 y al menos alrededor de 15, entre al menos alrededor de 3 y al menos alrededor de 10, o entre al menos alrededor de 3 y al menos alrededor de 5.

Modalidad 87. El método de la modalidad 85 donde el aumento múltiple promedio en la expresión o actividad del conjunto de genes es de al menos alrededor de 2, al menos alrededor de 2.5, al menos alrededor de 3 , al menos alrededor de 3.5, al menos alrededor de 4 , al menos alrededor de 4.5, al menos alrededor de 5 , al menos alrededor de 5.5, al menos alrededor de 6 , al menos alrededor de 6.5 , al menos alrededor de 7, al menos alrededor de 8, al menos alrededor de 9 o al menos alrededor de 10.

Modalidad 88. El método de cualquiera de las modalidades 83 a 87 donde las células obtenidas de un paciente que comprende un trastorno asociado con niveles de IFNa aumentados.

Modalidad 89. El método de cualquiera de las modalidades 83 a 87 donde las células son células tratadas con IFNa para inducir el perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa.

Modalidad 90. El método de cualquiera de las modalidades 83 a 89 donde la regulación por incremento de los genes del perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa comprende un aumento en los niveles de ARNm de uno o más de los genes.

Modalidad 91. El método de cualquiera de las modalidades 83 a 89 donde la regulación por incremento de los genes del perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa comprende un aumento en los niveles de prote na de uno o más de los genes .

Modalidad 92. El método de cualquiera de las modalidades 83 a 89 donde la regulación por incremento de los genes del perfil de expresión de marcadores PD inducibles por IFNa comprende un aumento en los niveles de la actividad enzimática de una proteína expresada de uno o más de los genes.

Modalidad 93. Un conjunto de cebadores que comprende polinucleótidos que específicamente amplifican y detectan la expresión de cualquiera de los siguientes conjuntos de genes: (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; o (b) IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; o (c) IFI27, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; o (d) IFI27, IFI44, IFI6 y RSAD2 ; o (e) IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2 ; o (f) IFI27, IFI44, IFI44L e IFI6.

Modalidad 94. El conjunto de cebadores de la modalidad 93 que comprende adicionalmente cebadores para amplificar y detectar 18S, ACTB y GAPDH.

Modalidad 95. Un conjunto de cebadores que consiste en polinucleótidos que específicamente detectan la expresión de cualquiera de los siguientes conjuntos de genes: (a) IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; O (b) IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; o (c) IFI27, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ; o (d) IFI27, IFI44, IFI6 y RSAD2 ; o (e) IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2 ; o (f) IFI27, IFI44, IFI44L e IFI6.

Modalidad 96. Las modalidades 93 y 94 donde el conjunto de cebadores tienen secuencias de las SEQ ID NOs 1-24.

Modalidad 96. Cualquiera de las modalidades 1-95, donde IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 tiene las secuencias de las SEQ ID NOs : 25-32.

Modalidad 97. Un kit que comprende los cebadores de las modalidades 93-96.

Modalidad 98. Cualquiera de las modalidades 1-96, donde la expresión aumentada de la expresión aumentada promedio o mediana en los niveles de AR m de IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2.

Modalidad 99. Un método para identificar un sujeto adecuado para el tratamiento con un agente terapéutico que modula la actividad del interferón tipo 1 que comprende detectar ARNm aumentado de al menos cuatro de IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 en una muestra del sujeto, donde un aumento del ARNm de al menos alrededor de cuatro veces indica un sujeto adecuado para tratamiento con el agente.

Modalidad 100. El método de la modalidad 99, donde el ARNm aumenta en relación al ARNm de al menos cuatro de IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 en muestras compuestas de pacientes sanos.

Modalidad 101. El método de cualquiera de las modalidades 99 o 100 donde el ARNm aumentado está relacionado con el ARNm de uno o más genes de control presentes en la muestra .

Modalidad 102. El método de cualquiera de las modalidades 99-101, donde uno o más genes de control se eligen de ACTB, GAPDH y 18S ARNr.

Modalidad 103. El método de cualquiera de las modalidades 99-102, donde se detecta el ARNm aumentado de IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2.

Modalidad 104. El método de cualquiera de las modalidades 99-103, donde el agente se elige de un anticuerpo anti-interferón alfa y un anticuerpo del receptor anti-interferón alfa.

Modalidad 105. El método de cualquiera de las reivindicaciones 99-104, donde el anticuerpo anti- interferón es sifalimumab .

Modalidad 106. El método de la modalidad de cualquiera de 99-105, donde el anticuerpo anti-interferón no es sifalimumab .

Modalidad 107. El método de la modalidad de cualquiera de 99-106 donde detectar el ARNm de al menos IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 comprende 1) aislar ARN de una muestra obtenida del sujeto; 2) sintetizar el ADNc del ARN; 3) hibridar el ADNc con oligonucleótidos que se hibridan a secuencias de ácido nucleico de las SEQ ID NOs : 25-32; y 4) amplificar el ADNc y detectar los productos ampli icados .

Modalidad 108. El método de la modalidad de cualquiera de 99-107, donde los oligonucleótidos se eligen de oligonucleótidos que tienen las secuencias de las SEQ ID NOs : 13-24.

Modalidad 109. Un método para identificar un sujeto adecuado para el tratamiento con un agente terapéutico que module la actividad del interferón tipo 1 que comprende detectar AR m aumentado de al menos cuatro de IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 en una muestra del sujeto, donde el ARNm aumentado se calcula de acuerdo al siguiente algoritmo: donde Ct ACTB + Ct, GAPDH +C t f — 185 y donde a ACtiFN de alrededor de 7.6 indica que el sujeto es adecuado para el tratamiento con el agente.

Modalidad 110. El método de la modalidad de cualquiera de 99-109, donde el agente se elige de un anticuerpo anti-interferón alfa y un anticuerpo del receptor anti- interferón alfa.

Modalidad 111. El método de cualquiera de las reivindicaciones 99-110, donde el anticuerpo anti- interferón es sifalimumab.

Modalidad 112. El método de la modalidad de cualquiera de 99-111, donde el anticuerpo anti - interferón no es sifalimumab.

Modalidad 113. El método de la modalidad de cualquiera de 99-112 donde detectar el ARNm de al menos IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 comprende: 1) aislar ARN de una muestra obtenida del sujeto; 2) sintetizar el ADNc del ARN 3) hibridar el ADNc con oligonucleótidos que se hibridan a secuencias de ácido nucleico de las SEQ ID NOs : 25-35, y 4) amplificar el ADNc y detectar los productos amplificados .

Modalidad 114. El método de la modalidad de cualquiera de 99-113, donde los oligonucleótidos se eligen de oligonucleótidos que tienen las secuencias de las SEQ ID NOs : 1-24.

Modalidad 115. Un método para tratar un sujeto con un agente terapéutico que modula la actividad del interferón tipo 1 que comprende: a) identificar un sujeto adecuado para el tratamiento al detectar ARNm aumentado de al menos cuatro de IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 en una muestra del sujeto, donde un aumento del ARNm de al menos alrededor de 4 veces indica un sujeto adecuado para tratamiento; y b) administrar el agente terapéutico.

Modalidad 116. El método de la modalidad de cualquiera de 99-115, donde el ARNm aumentado está relacionado con ARNm 7 de al menos cuatro de IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 en muestras compuestas de pacientes sanos.

Modalidad 117. El método de la modalidad de cualquiera de 99-116, donde el ARNm aumentado está relacionado con el ARNm de uno o más genes de control presentes en la muestra.

Modalidad 118. El método de la modalidad de cualquiera de 99-117, donde uno o más genes de control se eligen de ACTB, GAPDH y 18S ARNr.

Modalidad 119. El método de la modalidad de cualquiera de 99-118, donde se detecta el ARNm aumentado de IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2.

Modalidad 120. El método de la modalidad de cualquiera de 99-119, donde el agente se elige de un anticuerpo anti-interferón alfa y un anticuerpo del receptor anti-interferón alfa.

Modalidad 121. El método de cualquiera de las reivindicaciones 99-120, donde el anticuerpo anti- interferón es sifalimumab.

Modalidad 122. El método de la modalidad de cualquiera de 99-121, donde el anticuerpo anti - interferón no es sifalimumab .

Modalidad 123. El método de la modalidad de cualquiera de 99-122 donde detectar el ARNm de al menos IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 comprende 1) aislar ARN de una muestra obtenida del sujeto; 2) sintetizar el ADNc del ARN; 3) hibridar el ADNc con oligonucleótidos que se hibridan a secuencias de ácido nucleico de las SEQ ID NOs: 25-32, y 4) amplificar el ADNc y detectar los productos amplificados .

Modalidad 124. El método de la modalidad de cualquiera de 99-123, donde los oligonucleótidos se eligen de oligonucleótidos que tienen las secuencias de las SEQ ID NOs: 13-24.

Modalidad 125. Un método para identificar un sujeto adecuado para el tratamiento con un agente terapéutico que modula la actividad del interferón tipo 1 que comprende a) detectar ARNm aumentado de al menos cuatro de IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 en una muestra del sujeto, donde el ARNm aumentado se calcula de acuerdo con el siguiente algoritmo : A/-* _ 4 ¾£f) + (¾.744¿ CtREF)-\-(CtIF¡21 CtR£F)+ (CtRSAD2 Ctj^p ) donde y donde un ACtiFN de alrededor de 7.6 indica que el sujeto es adecuado para el tratamiento con un agente terapéutico que modula la actividad de IFNa; y b) administrar el agente terapéutico.

Modalidad 126. El método de la modalidad de cualquiera de 99-125, donde el agente se elige de un anticuerpo anti-interferón alfa y un anticuerpo del receptor anti-interferón alfa.

Modalidad 127. El método de cualquiera de las reivindicaciones 99-126, donde el anticuerpo anti- interferón es sifalimumab.

Modalidad 128. El método de la modalidad de cualquiera de 99-127, donde el anticuerpo anti-interferón no es sifalimumab.

Modalidad 129. El método de la modalidad de cualquiera de 99-128 donde detectar el ARNm de al menos IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 comprende: 1) aislar ARN de una muestra obtenida del sujeto; 2) sintetizar el ADNc del ARN; 3) hibridar el ADNc con oligonucleótidos que se hibridan a secuencias de ácido nucleico de las SEQ ID NOs : 25-35, y 4) amplificar el ADNc y detectar los productos amplificados.

Modalidad 130. El método de la modalidad de cualquiera de 99-129, donde los oligonucleótidos se eligen de oligonucleótidos que tienen las secuencias de las SEQ ID NOs : 1-24.

Todas las publicaciones, patentes y solicitudes de patente mencionadas en esta memoria descriptiva se incorporan en la presente a modo de referencia en la memoria descriptiva en la misma medida que si cada publicación, patente o solicitud de patente individual se hubiera indicado individualmente como incorporada a la presente en su totalidad a modo de referencia.

Esta solicitud incorpora mediante esta referencia la Solicitud provisional estadounidense N° de serie 60/924,219 presentada el 3 de mayo de 2007, Solicitud provisional estadounidense N° de serie 60/924,584 presentada el 21 de mayo de 2007, Solicitud provisional estadounidense N° de serie 60/960,187 presentada el 19 de setiembre de 2007, Solicitud provisional estadounidense N° de serie 60/996,176 presentada el 5 de- noviembre de 2007, Solicitud provisional estadounidense N° de serie 61/129,366 presentada el 20 de junio de 2008, Solicitud PCT PCT/US2007/024947 presentada el 6 de diciembre de 2007, Solicitud PCT PCT/US2008/62646 presentada el 5 de mayo de 2008, Solicitud PCT PCT/US2009/048028 presentada el 19 de junio de 2009 y Solicitud de patente estadounidense N° de serie 12/517,333 presentada el 2 de junio de 2009. Esta solicitud también incorpora mediante esta referencia Solicitud provisional estadounidense N° de serie 60/924,220 presentada el 3 de mayo de 2007, Solicitud provisional estadounidense N° de serie 60/996,219 presentada el 6 de noviembre de 2007 y Solicitud provisional estadounidense N° de serie 60/996,820 presentada el 6 de diciembre de 2007. Esta solicitud incorpora adicionalmente mediante esta referencia Solicitud provisional estadounidense N° de serie 60/996,174 presentada el 5 de noviembre de 2007, Solicitud PCT/US2007/024941 presentada el 6 de diciembre de 2007 y Solicitud de patente estadounidense N° de serie 12/517,334 presentada el 2 de junio de 2009. Esta solicitud incorpora adicionalmente mediante esta referencia la Solicitud provisional estadounidense N° de serie 61/006,963 presentada el 8 de febrero de 2008 y la Solicitud PCT PCT/US2009/033407 presentada el 6 de febrero de 2009.

El conjunto de ejemplos que obran a continuación se proporcionan a fines de ilustrar únicamente y la descripción no debería de ninguna manera considerarse limitante para estos ejemplos.

EJEMPLOS IX. Ejemplo 1: Desarrollo de un ensayo de diagnóstico para terapéuticos anti-IFN alfa A. Antecedentes El perfil de la expresión génica se usó para identificar genes farmacodinámicos (PD) cuyas transcripciones satisfacen tres criterios de selección. Específicamente, estos son 1) inducibles por subtipos de IFN tipo 1, 2) reprimidos en suero de pacientes con SLE por MEDI-545, y 3) sobreexpresados en pacientes con SLE en comparación con donantes sanos normales. Los genes incluyen aquellos de la Solicitud internacional N° PCT/US2007/024947 , presentada el 6 de diciembre de 2007, Solicitud internacional N° PCT/US2008/062646 , presentada el 5 de mayo de 2008, Solicitud internacional N° PCT/US2009/033407 , presentada el 6 de febrero de 2009 y la Solicitud internacional N° PCT/US2009/048028 , presentada el 19 de junio de 2009, cada una de las cuales se incorpora en su totalidad mediante esta referencia.

Estudios anteriores permitieron la identificación de grupos de genes que se pueden usar como "firmas" de enfermedades, tales como SLE. Por ejemplo, se identificó previamente una firma de 21 genes para SLE y otras enfermedades autoinmunitarias . Véase la Solicitud internacional N° PCT/US2007/024947 , presentada el 6 de diciembre de 2007, que se incorpora en su totalidad mediante esta referencia. Se quería determinar si se podía usar un subconjunto de los 21 genes de manera confiable para identificar pacientes que padecieran enfermedades autoinmunitarias, tales como SLE. Asimismo, se quería determinar si se podía usar un subconjunto de 21 genes como una firma para ver si un paciente respondía a un agente terapéutico que modula el interferón tipo 1, tal como, por ejemplo, anticuerpos anti-interferón alfa o anticuerpos de receptores anti-interferón.

Para determinar si se podía usar un subconjunto de 21 genes para identificar pacientes, se analizaron los datos de expresión génica de pacientes involucrados en ensayos clínicos en curso de MEDI-545. Se administró MEDI-545 a pacientes con SLE luego de los protocolos clínicos estándar. El resultado clínico se evaluó usando métodos de evaluación de SLE estándar tales como la Seguridad de los Estrógenos en el Lupus Eritematoso: índice de Actividad de Enfermedad del Lupus Eritematoso Sistémico (SELENA-SLEDAI, por sus siglas en inglés) , el índice del Grupo de Evaluación de Lupus de las Islas Británicas y la Evaluación Global del Médico (MDGA, por sus siglas en inglés) . La expresión génica que perfila las muestras de los pacientes se llevó a cabo usando genoma humano Affymetrix U133 plus 2.0 GeneChips® para identificar genes candidatos .

Tal como se describe a continuación, este análisis provocó la identificación de un conjunto de genes para diagnóstico (por ejemplo, ensayo basado en 4 o 5 genes) para i identificar pacientes (por ej , pacientes con SLE o m ositis) para el tratamiento con un terapéutico anti-IFN alfa o interferón tipo 1. Específicamente, el gen para diagnóstico establecido se seleccionó por su capacidad de predecir la respuesta al sifalimumab (MEDI-545) en pacientes con SLE. Como resultado, la medición de la expresión de estos cuatro genes se puede usar para predecir pacientes con SLE que se beneficiarán o no del tratamiento con sifalimumab. Tal como se detalla a continuación, la expresión de los cuatro genes se puede usar en diversos trastornos y para identificar pacientes adecuados para el tratamiento con terapias dirigidas contra estas enfermedades. Un grupo de cinco genes adecuados para un ensayo de diagnóstico consiste en IFI44, IFI44L, IFI27, RSAD2 e IFI6. Cualesquiera 4 genes seleccionados de este grupo pueden ser adecuados para un ensayo de diagnóstico. El grupo de genes para los cuales se proporcionan datos analíticos en la Tabla 1 y Figuras 1 y 2 consiste en IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2.

B. Principio de los ensayos El ensayo de diagnóstico se basa en reacción en cadena de la polimerasa de transcripción inversa cuantitativa (qRT-PCR) . El ensayo amplifica y detecta transcripciones que se originan a partir de cuatro genes diana: IFI44, IFI44L, IFI27 y RSAD2. El ensayo de diagnóstico también amplifica y detecta un conjunto de moléculas de AR endógenas como controles ("genes de mantenimiento"): ACTB, GAPDH y 18S AR r. Las dianas de transcripción se amplifican a partir de muestras de ARN totales obtenidas a partir de muestras de sangre tomadas de pacientes usando el sistema PAXgene™ Blood RNA depurado (Qiagen, kit Cat # 762164; Becton Dickinson, tubos de recogida Cat # 762165; K042613) . El ARN se aisla usando los procedimientos especificados en el kit PAXgene™ Blood RNA. Las transcripciones diana se amplifican usando dos cebadores directos e inversos específicos para secuencias (sin marcar) . Cada diana amplificada se detecta usando una sonda específica para secuencias que está marcada con un resto indicador fluorescente, FAM, y un resto de inactivación fluorescente, BHQ1. Cada diana se amplifica y detecta en pocilios individuales en una placa de 96 pocilios. Se lleva a cabo una determinación cuantitativa de la cantidad de cada transcripción en una muestra basada en la detección de la fluorescencia con Instrumento PCR Applied Biosystems 7500 Fast Dx en tiempo real, un sistema de pruebas múltiples clínicas (Applied Biosystems, Foster City, CA, Cat # 4406985; K082562) con software SDS versión 1.4.

La medición cuantitativa da como resultado la determinación de un valor de ciclo umbral (Ct, por sus siglas en inglés) para cada diana que corresponde a la abundancia relativa de la transcripción en la muestra de AR . El Ct se determina mediante la medición del aumento geométrico en la señal de fluorescencia que da como resultado la liberación de proximidad indicadora- inactivadora por la actividad exonucleasa 5' -3' de la polimerasa durante la fase de alargamiento de cada ciclo de amplificación. Los valores Ct cuantitativos para cada gen y control se usan para calcular el nivel de sobreexpresión de genes diana en sujetos que padecen enfermedades autoinmunitarias con relación a sujetos sanos. El nivel de sobreexpresión se puede expresar como un cambio múltiplo promedio en el nivel de ARNm de los genes diana en un sujeto que padece una enfermedad autoinmunitaria con relación al nivel promedio de los genes en un sujeto sano o se puede expresar como un puntaje de sobreexpresion de los genes inducibles por interferón tipo 1.

Específicamente, el puntaje (ACtIFN) ("Ct delta") se calcula como la diferencia entre el Ct promedio para los cuatro genes diana y el Ct promedio de los tres genes de control de acuerdo con el siguiente algoritmo: Este puntaje se usa luego para determinar un resultado de prueba cualitativo en el que un puntaje mayor o igual a un límite es un resultado de prueba positivo y un puntaje menor a un límite es un resultado de prueba negativo. Un resultado negativo indica que no es probable que un paciente responda al tratamiento con sifalimumab (no respondedor) y un resultado positivo indica que es probable que un paciente responda al tratamiento con sifalimumab (respondedor) .

C. Pasos de los ensayos 1. Preparación de ARN El ARN total se prepara a partir de sangre, usando el sistema PAXgene™ Blood RNA depurado (Qiagen, kit Cat # 762164; Becton Dickinson, tubos de recogida Cat # 762165; K042613) y proporciona la plantilla para la síntesis de ADNc. El rendimiento y calidad del ARN se somete a prueba por espectrofotometría al medir la absorbancia a longitudes de onda de 260nm y 280nm. El rendimiento de ARN se calcula usando la fórmula C (mg/ml) = A280/0.025. Además, la pureza del ARN se evalúa usando la relación de absorbancia a 260 nm y 280 nm. El intervalo aceptable de la relación A260/A280 es > 1.6. 2. Síntesis de ADNc y amplificación de dianas El ADNc se sintetiza a partir de ARN total purificado usando la mezcla de enzimas RT líquida y el amortiguador RT que contiene nucleótidos y cebadores RT. La síntesis de ADNc usa un enfoque iniciador aleatorio que usa cebadores RT que son una mezcla de hexadecámeros aleatorios que se hibridan a las moléculas de ARN y sirven como sustrato para las enzimas RT. El ADNc resultante contiene una mezcla proporcional de ADN que representa las secuencias presentes en la muestra de ARN.

Las transcripciones diana se amplifican y detectan simultáneamente usando el amortiguador qPCR, el cebador del gen y sondas y polimerasa AmpliTaq Gold de grado clínico. Durante cada ciclo de amplificación, se hibridan dos cebadores directos e inversos específicos de secuencias (sin marcar) a plantillas de ADNc complementarias durante la fase de templado y sirven como sustrato para la polimerasa AmpliTaq Gold durante la fase de alargamiento, dando como resultado la producción de un nueva cadena de ADN complementaria a la diana. Cada uno de los cebadores directos e inversos se hibridan a una cadena sentido o antisentido diferente. La detección de cada diana amplificada se logra usando una sonda específica de secuencias que se marca con un resto indicador fluorescente, FAM, y un resto de inactivación fluorescente, BHQ1, que se híbrida a la secuencia diana complementaria durante la fase de templado. Cada diana se amplifica y detecta en pocilios individuales en una placa de 96 pocilios.

Protocolo térmico de repetición 37C durante 15 min 95C durante 10 min 95C durante 15 sec 50 ciclos 60C durante 1 min 7500 modo de ejecución de ciclador térmico: Estándar 3. Detección de señales Se lleva a cabo una determinación cuantitativa de la cantidad de cada transcripción en una muestra según la detección de fluorescencia con el Instrumento PCR Applied Biosystems 7500 Fast Dx en tiempo real (Applied Biosystems, Foster City, CA, Cat # 4406985; K082562) con software SDS versión 1.4, que da como resultado la determinación de un valor de ciclo umbral (Ct) para cada diana que corresponde a la abundancia relativa de la transcripción en la muestra de ARN. El instrumento determina el Ct mediante la medición del aumento geométrico en la señal de fluorescencia que da como resultado la liberación de proximidad indicadora- inactivadora por la actividad exonucleasa 5' -3' de la polimerasa durante la fase de alargamiento de cada ciclo de amplificación. Los valores de Ct cuantitativos para cada gen y control se usan para calcular un puntaje de sobreexpresión de los genes inducibles por interferón tipo 1. 4. Controles de ensayo Los controles de ARN de transcripción in vitro (IVT, por sus siglas en inglés) (cada uno de los cuatro genes diana y los controles de genes de mantenimiento) opcionalmente incluidos con cada ejecución se diseñan para detectar posibles errores del usuario, contaminación, reacciones cruzadas y/o fallas de ensayos durante los pasos de transcripción inversa, síntesis de ADNc, PCR, hibridación y/o detección. Los resultados de control se usan como controles de validez para validar o invalidar una ejecución dada. No se usan para validar el aislamiento de ARN, que se lleva a cabo con el sistema PAXgene™ Blood RNA depurado y controlado con una verificación de calidad de ARN. Se puede incluir y proporcionar un control negativo y positivo bajo, próximo al límite. 5. Software El software se usa para calcular el Ct delta usando la ecuación descrita anteriormente. El Ct delta se usa luego para determinar un resultado de prueba cualitativo en el que un puntaje mayor o igual a un límite es un resultado de prueba positivo y un puntaje menor al límite es un resultado de prueba negativo. Un resultado negativo indica que no es probable que un paciente responda al tratamiento con sifalimumab (no respondedor) y un resultado positivo indica que es probable que un paciente responda al tratamiento con sifalimumab (respondedor) . 6. Componentes del kit de ensayo 7. Oligonucleótidos para amplificar y detectar simultáneamente genes diana Secuencia de genes diana Nombre diana SEQ ID NO IFI27 variante 1 SEQ ID NO: 25 IFI27 variante 2 SEQ ID NO: 26 IFI44 SEQ ID NO: 27 IFI44L SEQ ID NO: 28 IFI6 variante 1 SEQ ID NO: 29 IFI6 variante 2 SEQ ID NO: 30 IFI6 variante 3 SEQ ID NO: 31 RSAD2 SEQ ID NO: 32 18S SEQ ID NO: 33 ACTB SEQ ID NO: 34 GAPDH SEQ ID NO: 35 Ejemplo 2: Diversos análisis demuestran que la respuesta a MEDI-545 se correlaciona con la firma de cuatro genes .

El valor umbral usado para designar un sujeto con diagnóstico positivo contra negativo se determinó usando dos métodos primarios. Primero, la distribución del puntaje de cambio múltiplo de diagnóstico de cuatro genes de 202 sujetos con SLE se evaluó por la presencia de modos más allá del modo simple. La distribución de multimodos implicaría la presencia de más de una población con puntaje. A partir de esta distribución, se identificaron dos modos distintos y el centroide de la región que discriminó estos dos modos se encontró a un valor de aproximadamente 4. La distribución muestra que se puede usar un intervalo de alrededor de 2 a alrededor de 8 para discriminar los dos modos y por consiguiente un límite de cambio múltiplo promedio adecuado puede ser entre alrededor de 2 y alrededor de 8.

Segundo, se evaluó la distribución de puntaje de cambio múltiplo diagnóstico de cuatro genes de 24 donantes sanos normales para límites superiores en comparación con la distribución de puntaje de SLE. El puntaje de cambio múltiplo diagnóstico promedio de los 24 donantes sanos normales es 1.34 con el límite superior (promedio+2*SD) de 2.91. Debido a que el conteo de sujetos en la población de donantes sanos normales fue mucho más pequeño que los conteos de sujetos en nuestra población de enfermos, se usó una estimación conservadora del puntaje diagnóstico de límite superior de los donantes sanos normales que coincidieron con los resultados de la distribución de puntaje de SLE bimodal. Como tal, un punto de corte de > 4 se seleccionó para estratificar pacientes con SLE en grupos con diagnóstico positivo y negativo .

Para la población con diagnóstico positivo, se estratificaron 147 sujetos con SLE en este grupo y la desviación estándar, promedio y mediana para los puntajes con 36.13, 63.76 y 2.71, respectivamente. Para la población con diagnóstico negativo, se estratificaron 55 sujetos con SLE en este grupo y la desviación estándar, promedio y mediana para los puntajes con 0.95, 0.89 y 2.00, respectivamente. Una prueba-t modificada de Welch de dos colas y dos muestras indica una diferencia significativa entre los dos grupos a un valor p de 1.62 x 10"66.

Las curvas características del operador receptor (ROC, por sus siglas en inglés) usando la valoración clínica de SLEDAI se generaron usando la firma de cuatro genes (es decir, firma IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2) obtenida de los datos de prueba clínicos según el cálculo de cambio múltiplo. La curva se muestra en la Figura 1 usando una caída de SLEDAI de al menos 4 puntos desde la línea de base como el criterio de valoración, evaluado los días 182, 196 y 210 luego del tratamiento. Según la curva ROC, se seleccionó un punto límite de cambio múltiplo promedio de > 4 en expresión para IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2.

Con un punto límite de cambio múltiplo promedio de = 4 la sensibilidad y especificidad de la prueba es 87.0% y 32.9%, respectivamente, según los datos obtenidos de muestras de sangre recogidas el día 182 después del tratamiento. Los datos del AUC para el día 182 son 0.59. Con un punto límite de cambio múltiplo promedio de > 4 la sensibilidad y especificidad de la prueba es 85.7% y 32.8%, respectivamente, según los datos obtenidos de muestras de sangre recogidas el día 196 después del tratamiento. Los datos del AUC para el día 196 son 0.57. Finalmente, al usar el mismo punto límite, los valores de sensibilidad, especificidad y AUC obtenidos el día 210 después del tratamiento son 86.0%, 33.8% y 0.56, respectivamente.

Al usar el promedio de la sobreexpresion mostrado como un cambio múltiplo para cada uno de los cuatro genes como un clasificador para dividir los pacientes con SLE en estado de diagnóstico positivo (respondedor) contra diagnóstico negativo (no respondedor) , hay una clara separación entre los grupos. La distribución de los puntajes promedio de los cuatro genes en una escala log2 claramente exhibe dos modos aparentes, con pocos valores que se encuentran entre estos. Las Figuras 2A y B muestran la distribución de pacientes en grupos de prueba diagnóstica positiva y negativa usando el diagnóstico de cuatro genes (IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2) con un límite de cambio múltiplo promedio de >4. · A. SELENA-SLEDAI > 4 Se combinaron todos los grupos de dosis de sifalimumab en MI-CP 152, y se usó el criterio de valoración clínico de reducción en SELENA-SLEDAI 4 puntos a partir de la línea de base (respondedor a SELENA-SLEDAI) , para calcular el día 182 un valor predictivo positivo de 46.6% (PPV; porcentaje de sujetos respondedores entre sujetos con diagnóstico positivo [Dx+] ) . De manera similar, se calculó un valor predictivo negativo el día 182 de 82.1% (NPV; porcentaje de sujetos no respondedores entre sujetos con diagnóstico negativo [Dx-] ) . Para este mismo criterio de valoración clínico, los valores de sensibilidad y especificidad fueron 87.0% y 32.9%.

Debido a que se observó una tasa de respuesta al placebo de aproximadamente 20% a 40%, se consideró apropiado calcular el "PPV delta" y "NPV delta" , para factorizar en el efecto placebo en las tasas de precisión. El valor PPV delta es la diferencia entre el PPV para sujetos tratados con sifalimumab (basados mayormente en datos de 0.3 y 1.0 mg/kg disponibles al momento del análisis provisorio) y el PPV para sujetos tratados con placebo. De manera similar, para el NPV delta, este cálculo consistió en la diferencia entre el NPV para sujetos tratados con sifalimumab (nuevamente mayormente datos de grupos de 0.3 y 1.0 mg/kg) y el NPV para sujetos tratados con placebo. Estas estadísticas PPV/NPV delta son estimados prudentes del PPV y NPV y demuestran el porcentaje de pacientes que responden a determinado fármaco, en el contexto de aquellos pacientes que responden al placebo. Como tales, estas estadísticas muestran el inherente nivel de 'ruido' en el estado de pacientes que responden al tratamiento. Incluso con estos valores PPV/NPV ajustados, sin embargo, aún se nota una fuerte velocidad de respuesta para pacientes con Dx positivo tratados con Sifalimumab en comparación con pacientes con Dx negativo tratados con Sifalimumab.

En la Tabla 1 se muestra un resumen de los resultados .

Tabla 1. Velocidades de respuesta estratificadas por el estado de diagnóstico, reportado los dias 182, 196 y 210 después del tratamiento Cl = intervalo de confianza; DX = diagnóstico Las Figuras 3A y 3B muestran datos de un estudio de escalado de dosis, con control de placebo, de doble ciego, aleatorizado, multicéntrico y de fase Ib, para evaluar las múltiples dosis intravenosas de MEDI -545 en pacientes con SLE moderadamente a gravemente activo. Todos los sujetos con SLE tienen puntaje de SLEDAI = 6 en la preselección. Las Figuras 3A y B muestran el puntaje de SLEDAI de área bajo la curva menos línea de base ajustado según el tiempo en pacientes con SLE con firma de cuatro genes (IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2) positiva o negativa en placebo o 0.3/1/3/10 mg/kg de cohortes MEDI-545. Figura 3A firma positiva, Figura 3B firma negativa.

No hay patrones de correlación importantes entre los diagnósticos de los cuatro genes (es decir, la firma de IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2) y las variables clínicas/demográficas principales de los sujetos en las pruebas clínicas. Los coeficientes de correlación de Pearson se proporcionan en la Tabla 2 para estas variables principales .

Tabla 2. Coeficientes de correlación de Pearson para la firma de cuatro genes (es decir, la firma de IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2) y las variables clínicas/demográficas principales. El día 182 y el día 196 representan los patrones de expresión génica obtenidos de la sangre recogida los días 182 y 196, respectivamente, luego de la adminis ración de MEDI545.

B. Correlación positiva entre las respuestas de SELDAI, reducción (mejoría) = 4 puntos.

Los datos pertenecen a la prueba CP152. Los sujetos con SLE moderadamente a severamente activo se estratificaron mediante la firma de IFN tipo 1 de detección y luego se expusieron a placebo o sifalimumab durante los días 0 - 182. Se muestra una respuesta de SLEDAI , que es la reducción de SLEDAI (mejoría en la actividad de la enfermedad) _> 4 puntos. Los cuadrados cerrados/línea ininterrumpida representan a los sujetos expuestos a sifalimumab y los cuadrados abiertos/líneas punteadas representan los pacientes de placebo. Las líneas cortas de los días 182-210 únicamente son valores promedio para los días 182-210, la línea ininterrumpida sin símbolos representa el valor promedio para los sujetos con sifalimumab y las líneas punteadas sin símbolos representan los valores promedio para los pacientes con placebo. Se incluyeron los sujetos que recibieron al menos una dosis de placebo o sifalimumab y que tuvieron un puntaje de SLEDAI de línea de base _> 6, con los datos mostrados para sujetos que recibieron 1, 3 o 10 mg/kg de sifalimumab o placebo. Los sujetos que requirieron corticosteroides de rescate a niveles mayores a los permitidos en el protocolo para un incremento de la actividad de la enfermedad el día 196 o antes se consideran no respondedores en este análisis.

La Figura 4A incluye sujetos con una prueba diagnóstica positiva en la detección, con una respuesta de SLEDAI promedio (%) los días 182-210 52.5% para pacientes con sifalimumab (n = 88) y 33.9% para pacientes con placebo (n = 22). La Figura 4B incluye sujetos con una prueba diagnóstica negativa en la detección, con una respuesta compuesta promedio los días 182-210 25.7% para pacientes con sifalimumab (n = 22) y 22.2% para pacientes con placebo (n = 6) .

C. Correlación positiva entre la reducción de la firma y la respuesta de SLEDAI. Respuestas de SLEDAI, reducción (mejoría) = 4 puntos, en sujetos Dx+ con = 50% de reducción en comparación con < 50% de reducción en Dx luego de la línea de base Figuras 5A y 5B . Los datos pertenecen a la prueba CP152. Los sujetos con SLE moderadamente a severamente activo se estratificaron mediante la firma de IFN tipo 1 de detección y luego se expusieron a placebo o sifalimumab durante los días 0 - 182. Se muestra una respuesta de SLEDAI , que es la reducción de SLEDAI (mejoría en la actividad de la enfermedad) > 4 puntos. Los cuadrados cerrados/línea ininterrumpida representan a los sujetos expuestos a sifalimumab y los cuadrados abiertos/líneas punteadas representan a los pacientes de placebo. Las líneas cortas de los días 182-210 únicamente son valores promedio para los días 182-210, la línea ininterrumpida sin símbolos representa el valor promedio para los sujetos con sifalimumab y las líneas punteadas sin símbolos representan los valores promedio para los pacientes con placebo. Se incluyeron los sujetos que recibieron al menos una dosis de placebo o sifalimumab y un puntaje de SLEDAI de línea de base > 6, con los datos mostrados para sujetos que recibieron 1, 3 o 10 mg/kg de sifalimumab o placebo. Los sujetos que requirieron corticosteroides de rescate a niveles mayores a los permitidos en el protocolo para un incremento de la actividad de la enfermedad el día 196 o antes se consideran no respondedores en este análisis.

La Figura 5A incluye sujetos con una prueba diagnóstica positiva en la detección y, si se trataron con sifalimumab, tuvieron una reducción promedio > 50% en el puntaje de firma diagnóstico de línea de base luego de los días de dosificación 28-210, con respuesta de SLEDAI promedio (%) los días 182-210 66.3% para sujetos con sifalimumab (n = 23) y 33.9% para sujetos con placebo (n = 22) . La Figura B incluye sujetos con una prueba diagnóstica positiva en la detección y, si se trataron con sifalimumab, tuvieron una reducción promedio < 50% en el puntaje de firma diagnóstico de línea de base luego de los días de dosificación 28-210, con respuesta de SLEDAI promedio los días 182-210 48.0% para sujetos con sifalimumab (n = 23) y 33.9% para sujetos con placebo (n = 22) .

D. Correlación positiva entre la firma y la respuesta compuesta Tal como se muestra en las Figuras 6 A y B, la respuesta compuesta de los sujetos se correlaciona con un puntaje de firma positiva de cuatro genes. Los datos pertenecen a la prueba CP152. Los sujetos con SLE moderadamente a severamente activo se estratificaron mediante la firma de IFN tipo 1 de detección y luego se expusieron a placebo o sifalimumab a dosis de 0.3, 1, 3 o 10 mg/kg intravenoso cada 2 semanas, durante los días 0 - 182. Se muestra una respuesta compuesta, que es una reducción de SLEDAI (mejoría) _> 4 puntos + no más de 1 nuevo puntaje de BILAG B (una medida de al menos un brote moderado) + sin empeoramiento en la evaluación global del médico > 0.3 pulgadas en la escala análoga visual de 3 pulgadas. Los cuadrados cerrados/línea ininterrumpida representan a los sujetos expuestos a sifalimumab y los cuadrados abiertos/líneas punteadas representan a los pacientes de placebo. Las líneas cortas de los días 182-210 únicamente son valores promedio para los días 182-210, la línea ininterrumpida sin símbolos representa el valor promedio para los sujetos con sifalimumab y las líneas punteadas sin símbolos representan los valores promedio para los pacientes con placebo. Se incluyen los sujetos que recibieron al menos una dosis de placebo o sifalimumab y que tuvieron un puntaje de SLEDAI de línea de base > 6. Los sujetos que requirieron corticosteroides de rescate a niveles mayores a los permitidos en el protocolo para un incremento de la actividad de la enfermedad el día 196 o antes se consideran no respondedores en este análisis. La Figura 6A incluye sujetos con una prueba diagnóstica positiva en la detección, con una respuesta compuesta promedio (%) los días 182-210 46.4% para pacientes con sifalimumab (n = 88) y 36.1% para pacientes con placebo (n = 29) . La Figura 6B incluye sujetos con una prueba diagnóstica negativa en la detección, con una respuesta compuesta promedio los días 182-210 19.1% para pacientes con sifalimumab (n = 28) y 14.8% para pacientes con placebo (n = 9) .

E. Correlación positiva del área bajo la curva menos línea de base de SLEDAI Tal como se muestra en las Figuras 7A y 7B, la reducción del área bajo la curva menos la línea de base de SLEDAI se correlaciona con un puntaje positivo de firma de cuatro genes. Los datos pertenecen a la prueba CP152. Los sujetos con SLE moderadamente a severamente activo se estratificaron mediante la firma de IFN tipo 1 de línea de base y luego se expusieron a placebo o sifalimumab a dosis de 0.3, 1, 3 o 10 mg/kg intravenoso cada 2 semanas, durante los días 0 - 182. Se muestra el área bajo la curva menos la línea de base para el puntaje de SLEDAI (una medida de la actividad de la enfermedad) , con valores negativos mayores que indican una mayor reducción de la actividad de la enfermedad. Los cuadrados cerrados/línea ininterrumpida representan a los sujetos expuestos a sifalimumab y los cuadrados abiertos/líneas punteadas representan los pacientes de placebo. Las líneas cortas de los días 182-210 únicamente son valores promedio para los días 182-210, la línea ininterrumpida sin símbolos representa el valor promedio para los sujetos con sifalimumab y las líneas punteadas sin símbolos representan los valores promedio para los pacientes con placebo. Se incluyen los sujetos que recibieron al menos una dosis de placebo o sifalimumab. La Figura 7A incluye sujetos con una prueba diagnóstica positiva en la detección, con un área bajo la curva menos línea de base de SLEDAI promedio los días 182-210 de -2.34 para pacientes con sifalimumab (n = 92) y -1.14 para pacientes con placebo (n = 30) . La Figura 7B incluye sujetos con una prueba diagnóstica negativa en la detección, con un área bajo la curva menos línea de base de SLEDAI promedio los días 182-210 de -0.46 para pacientes con sifalimumab (n = 29) y -0.88 para pacientes con placebo (n = 10) .

F. Correlación positiva entre el cambio a partir de la línea de base de SLEDAI y la firma Tal como se muestra en las Figuras 8 A y B, la reducción de SLEDAI a partir de la línea de base se correlaciona con un puntaje positivo de firma de cuatro genes. Los datos pertenecen a la prueba CP152. Los sujetos con SLE moderadamente a severamente activo se estratificaron mediante la firma de IFN tipo 1 de detección y luego se expusieron a placebo o sifalimumab a dosis de 0.3 , 1, 3 o 10 mg/kg intravenoso cada 2 semanas, durante los días 0 - 182. Se muestra una respuesta de SLEDAI, que es la reducción de SLEDAI (mejoría en la actividad de la enfermedad) > 4 puntos, en sujetos con SLEDAI de línea de base > 6. Los cuadrados cerrados/línea ininterrumpida representan a los sujetos expuestos a sifalimumab y los cuadrados abiertos/líneas punteadas representan a los pacientes de placebo. Las líneas cortas de los días 168-210 únicamente son valores promedio para los días 168-210, la línea ininterrumpida sin símbolos representa el valor promedio para los sujetos con sifalimumab y las líneas punteadas sin símbolos representan los valores promedio para los pacientes con placebo. Sujetos que recibieron al menos una dosis de placebo o sifalimumab. Los sujetos que requirieron corticosteroides de rescate a niveles mayores a los permitidos en el protocolo para un incremento de la actividad de la enfermedad el día 196 o antes se consideran no respondedores en este análisis. Se muestran los sujetos con una prueba diagnóstica positiva en la línea de base y con reducción promedio en la firma de IFN tipo 1 de > 50% luego de la dosificación de los días 28-210. La Figura 8A incluye sujetos que recibieron sifalimumab a 1 mg/kg intravenoso con respuesta de SLEDAI promedio los días 168-210 de 53% para pacientes con sifalimumab (n = 10) y 21% para pacientes con placebo a partir del mismo cohorte (n = 7 ) . La Figura 8B incluye sujetos que recibieron sifalimumab a 3 mg/kg intravenoso con respuesta de SLEDAI promedio los días 168-210 de 63% para pacientes con sifalimumab (n = 6) y 33% para pacientes con placebo a partir del mismo cohorte (n = 6) .

G. Inhibición de la firma, respuesta de SLEDAI y dosis Figuras 9 A-C. Los datos pertenecen a la prueba CP152. Los sujetos con SLE moderadamente a severamente activo se estratificaron mediante la firma de IFN tipo 1 de detección y luego se expusieron a placebo o sifalimumab a dosis de 0.3, 1, 3 o 10 mg/kg intravenoso cada 2 semanas, durante los días 0 - 182. Se muestra una respuesta de SLEDAI , que es la reducción de SLEDAI (mejoría en la actividad de la enfermedad) _> 4 puntos, en sujetos con SLEDAI de línea de base > 6. Los cuadrados cerrados/línea ininterrumpida representan a los sujetos expuestos a sifalimumab y los cuadrados abiertos/líneas punteadas representan a los pacientes de placebo. Las líneas cortas de los días 168-210 únicamente son valores promedio para los días 168-210, la línea ininterrumpida sin símbolos representa el valor promedio para los sujetos con sifalimumab y las líneas punteadas sin símbolos representan los valores promedio para los pacientes con placebo. Sujetos que recibieron al menos una dosis de placebo o sifalimumab. Los sujetos que requirieron corticosteroides de rescate a niveles mayores a los permitidos en el protocolo para un incremento de la actividad de la enfermedad el día 196 o antes se consideran no respondedores en este análisis. Se muestran los sujetos con una prueba diagnóstica positiva en la línea de base y con reducción promedio en la firma de IFN tipo 1 de > 50% luego de la dosificación de los días 28-210. La Figura 9A incluye sujetos que recibieron sifalimumab a 1 mg/kg intravenoso con respuesta de SLEDAI promedio los días 168-210 de 53% para pacientes con sifalimumab (n = 10) y 21% para pacientes con placebo a partir del mismo cohorte (n = 7) . La Figura 9B incluye sujetos que recibieron sifalimumab a 3 mg/kg intravenoso con respuesta de SLEDAI promedio los días 168-210 de 63% para pacientes con sifalimumab (n = 6) y 33% para pacientes con placebo a partir del mismo cohorte (n = 6) . La Figura 9C incluye sujetos que recibieron sifalimumab a 10 mg/kg intravenoso con respuesta de SLEDAI promedio los días 168-210 de 75% para pacientes con sifalimumab (n = 9) y 45% para pacientes con placebo a partir del mismo cohorte (n = 9) .

Los datos pertenecen a la prueba CP152. Los sujetos con SLE moderadamente a severamente activo se estratificaron mediante la firma de IFN tipo 1 de detección y luego se expusieron a placebo o sifalimumab a dosis de 0.3, 1, 3 o 10 mg/kg intravenoso cada 2 semanas, durante los días 0 - 182. Se muestra una respuesta de SLEDAI, que es la reducción de SLEDAI (mejoría en la actividad de la enfermedad) _> 4 puntos, en sujetos con SLEDAI de línea de base :> 6. Los cuadrados cerrados/línea ininterrumpida representan a los sujetos expuestos a sifalimumab y los cuadrados abiertos/líneas punteadas representan a los pacientes de placebo. Las líneas cortas de los días 168-210 únicamente son valores promedio para los días 168-210, la línea ininterrumpida sin símbolos representa el valor promedio para los sujetos con sifalimumab y las líneas punteadas sin símbolos representan los valores promedio para los pacientes con placebo. Sujetos que recibieron al menos una dosis de placebo o sifalimumab. Los sujetos que requirieron corticosteroides de rescate a niveles mayores a los permitidos en el protocolo para un incremento de la actividad de la enfermedad el día 196 o antes se consideran no respondedores en este análisis. Se muestran los sujetos con una prueba diagnóstica positiva en la línea de base y con reducción promedio en la firma de IFN tipo 1 de < 50% luego de la dosificación de los días 28-210. La Figura 10A incluye sujetos que recibieron sifalimumab a 1 mg/kg intravenoso con respuesta de SLEDAI promedio los días 168-210 de 37% para pacientes con sifalimumab (n = 9) y 21% para pacientes con placebo a partir del mismo cohorte (n = 7) . La Figura 10B incluye sujetos que recibieron sifalimumab a 3 mg/kg intravenoso con respuesta de SLEDAI promedio los días 168-210 de 42% para pacientes con sifalimumab (n = 12) y 33% para pacientes con placebo a partir del mismo cohorte (n = 6) . La Figura 10C incluye sujetos que recibieron sifalimumab a 10 mg/kg intravenoso con respuesta de SLEDAI promedio los días 168-210 de 45% para pacientes con sifalimumab (n = 15) y 45% para pacientes con placebo a partir del mismo cohorte (n = 9) .

H. Ct delta relativo al cambio múltiplo en relación a donantes sanos En los estudios iniciales, se calcularon cambios múltiplos usando una combinación de 24 donantes sanos como referencia para cada paciente con SLE . Se encontró, sin embargo, que esta referencia puede tener algunos problemas confusos, específicamente los siguientes: 1) puede potencialmente introducir una discrepancia en el ensayo, y 2) fabricar una referencia artificial con el mismo intervalo dinámico sistemáticamente es muy difícil.

Se llevaron a cabo análisis para evaluar la necesidad de esta referencia normal y se encontró que al comparar los valores de Ct delta con valores de cambio múltiplo, hay una correlación mayor al 99% entre ambos (ambos log2 transformados) . Por consiguiente, es posible usar el valor Ct delta con los genes de mantenimiento de las muestras de pacientes con SLE como referencia, y no hay necesidad de medir o compararlo con donantes sanos. Este enfoque se puede mejorar cuando el resultado principal de la prueba diagnóstica sea un resultado cualitativo positivo o negativo, en oposición a un puntaje cuantitativo. Nuestros resultados muestran que un límite de =4 en la escala de cambio múltiplo se traduce en un límite de =7.6 en la escale Ct delta.

XI. Ejemplo 3. Relación entre la actividad de la enfermedad e ínterferón tipo 1, y otra expresión génica inducible por citocinas en sangre, en dermatomiositis y polimiositis A. Antecedentes Se sometió sangre periférica de 42 pacientes con DM o PM al perfilamiento de la expresión génica usando genoma humano Affymetrix U133 plus 2.0 GeneChips® en un estudio inicial para identificar la prevalencia de pacientes que exhiben sobreexpresion periférica de genes inducibles por IPN tipo 1. Para ganar más percepción científica sobre el IFN tipo 1 como una potencial diana terapéutica para DM y PM, se inscribieron eventualmente luego 24 pacientes con DM o PM y se controlaron durante hasta 6 años (promedio de 1.9 años) mientras recibían cuidado médico estándar.

B. Metodología Los cursos clínicos que incluyen el puntaje MITAX (índice de actividad por intención de tratar la miositis) de la actividad de la enfermedad se evaluaron en 150 visitas a pacientes. Este índice se basa en 6 órganos o sistemas que usa el médico, para cada órgano o sistema, que trataría con grandes dosis de fármacos inmunosupresores y/o esteroides. Las muestras de sangre periférica recogidas de 80 visitas a pacientes se usaron para análisis de micromatriz de expresión génica inducida por citocina para vías de señalización IFN tipo 1, TNF-O, IL-?ß, GM-CSF, IL-10 e IL-13.

C. Resultados 35 de 42 (87%) de pacientes con DM y PM tuvieron sobreexpresion moderada/fuerte de genes inducibles por IFN tipo 1 en la sangre periférica. En el estudio longitudinal durante el transcurso del tratamiento, 21 de 24 pacientes mostraron sobreexpresion de una firma genética inducible por IFN tipo 1 en sangre periférica. Específicamente, la sobreexpresion de IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2 y una firma compuesta de 13 genes inducible por IFN tipo 1 (IFI27, RSAD2 , IFI44L, ISG15, 0AS3, HERC5 , MX1, ESPTI1, IFIT3, IFI44, 0AS1, IFIT1 e IFI6) se correlacionó altamente con la actividad de la enfermedad durante el tratamiento. Para 3 pacientes, la sobreexpresion de los genes inducibles por IFN tipo 1 durante el tratamiento precedió la recaída de la enfermedad dentro de aproximadamente 1 mes las firmas de genes inducibles por TNF-OC, IL-?ß, GM-CSF, IL-10 y IL-13 también se sobreexpresaron en pacientes con DM y PM pero no se correlacionaron con la actividad de la enfermedad, [sic] El IFN tipo 1 de direccionamiento puede proporcionar un beneficio clínico en poblaciones de pacientes con DM y PM con sobreexpresion de genes inducibles por IFN tipo 1 en sangre periférica. La sobreexpresion de genes inducibles por IFN tipo 1 en sangre periférica amerita mayor estudio para usar como un biomarcador predictivo y farmacodinámico para desarrollar terapia anti IFN tipo 1 para estos pacientes. Específicamente, los resultados descritos anteriormente con SLE indican que el diagnóstico de los cuatro genes permitirá identificar pacientes con DM y PM que responderán a la terapia anti-interferón alfa.

XII. Ejemplo 4: Uso de la firma de cuatro o cinco genes para evaluar la presencia y magnitud de la sobreexpresión de genes inducibles por IFN tipo 1 en sangre de pacientes que padecen SLE, DM, PM, SSc y RA A. Antecedentes Se llevaron a cabo estudios para determinar si hay una convergencia de activación de la vía del interferón tipo 1 (IFN, por sus siglas en inglés) en sujetos con lupus eritematoso sistémico (SLE, por sus siglas en inglés) , dermatomiositis (DM) , polimiositis (PM, por sus siglas en inglés) , artritis reumatoide (RA) y esclerodermia sistémica (SSc, por sus siglas en inglés) .

Se identificaron transcripciones sobreexpresadas en la sangre (WB, por sus siglas en inglés) de 262 sujetos con SLE, 44 sujetos con DM, 33 sujetos con PM, 38 sujetos con SSc y 89 sujetos con RA y se comparó la expresión con 24 sujetos sanos usando Affymetrix U133 Plus 2.0 Genechip®. La activación de la vía del IFN tipo 1 en la WB se evaluó individualmente para cada sujeto usando la firma de IFN tipo 1 de cinco genes (IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6 y RSAD2 ) , así como también la piel lesional de 16 sujetos con SLE y 22 sujetos con SSc, biopsias musculares de 37 sujetos con DM y 36 sujetos con PM, y tejido sinovial de 20 sujetos con RA. También se evaluaron otras firmas de genes de citocina tales como TNF-a, IL1 , IL-10, IL-13, IL-17 y GM-CSF para la activación de la vía en la B de estos sujetos. De manera adicional, se llevó a cabo una clasificación molecular de enfermedad y sujetos sanos con un método de agrupamiento usando perfiles de expresión tanto de las transcripciones inducibles por IFN tipo 1 como de las no inducibles por IFN de tipo 1.

Este panel de 5 genes usado para evaluar la activación de la vía de IFN tipo 1 en sujetos se identificó del conjunto de 21 genes inducibles por IFN tipo 1 usados para medir la farmacodinámica de un mAb anti-IFN- a en sujetos con DM, PM y SLE, tal como se describe en Yao et ál . , 2009. Se encontró que los 5 genes eran los más sobreexpresados entre estos 21 genes en sujetos con SLE, DM, PM, SSc, RA y enfermedad de Sjogrén en comparación con donantes sanos normales (Tabla 3) . Los genes de la Tabla 3 están ordenados en orden descendiente para cada bloque de 21 genes (dentro de cada enfermedad individual) para ilustrar la clasificación de los 5 genes entre los 21 genes.

Tabla 3 Expresión genica en SLE, DM, PM, SSc, RA 11 11 Se encontró que la proporción de sujetos con SLE, DM, PM, SSc y RA que eran positivos para la activación de la vía de IFN tipo 1 en la WB era 72% para SLE , 66% para DM, 61% para PM, 50% para SSc y 33% para RA. Se observó sobreexpresión concordante de las transcripciones inducibles por IFN tipo 1 tanto en el tejido como en la WB involucrados.

A partir de estos estudios, se observó consistentemente la activación de la vía de IFN tipo 1 en una población de sujetos con SLE, DM, PM, SSc y RA. Los subgrupos de sujetos con PM y RA también mostró activación de la vía de TNF- y un subgrupo de sujetos con SSc mostró una fuerte activación de la vía de IL-17. Un conjunto común de 36 transcripciones inducibles por IFN tipo 1 estuvo entre las transcripciones más sobreexpresadas en la WB de sujetos. Por consiguiente, estos estudios muestran que es posible clasificar a todos los sujetos con diferentes manifestaciones de la enfermedad mediante características moleculares, en vez de presentar la nomenclatura clásica de SLE, DM, PM, SSc y RA.

B. Resultados Los puntajes para las firmas de genes inducibles por IFN tipo 1 tal como se calcula usando los cinco genes inducibles por IFN tipo 1 en la WB de sujetos con SLE, DM, PM, SSc y RA individuales y sujetos sanos se muestran en la Figura 11A. Los puntajes compuestos de la expresión relativa de genes múltiples pueden proporcionar una medición sólida de la actividad de la vía. Se consideró que los pacientes con los puntajes compuestos de más de 4 tenían firma de genes inducibles por IFN tipo 1 positiva. El umbral para el estado de firma de genes de IFN tipo 1 positiva/negativa usando el panel de 5 genes se determinó usando la distribución de valores de firma de donantes sanos normales. Debido a que el tamaño de la muestra para estos 24 donantes sanos normales es modesto, se construyó un estimativo conservador para un umbral de estado de la firma. El valor máximo de firma de genes IFN tipo 1 en donantes sanos normales es 3. Un límite de 4 permite variación adicional que está probablemente más alineado con la población general. Los puntajes para la sobreexpresion de las firmas de genes inducibles por IFN tipo 1 en la WB de estos sujetos fueron importantes al compararse con los de sujetos sanos (los puntajes promedio para sujetos sanos normales, con SLE, DM, PM, RA y SSc son 1.1, 34.5, 12.4, 5.3, 2.3 y 4.3, respectivamente; los valores p son 7.8x10" 47, 7.5xl0~7, 6.6xl0~4, 4.7xl0"5 y 5.2xl0"4, para sujetos con SLE, DM, PM, RA y SSc, respectivamente) .

Para cada enfermedad autoinmunitaria , el porcentaje de sujetos que se puntuó como "firma positiva" para la activación de las vías de IFN tipo 1 fue usando el puntaje de la firma de IFN tipo 1 de 5 genes (Tabla 4) . Los pacientes que tienen firma positiva para la activación de la vía de IFN tipo 1 dentro de cada enfermedad autoinmunitaria son: 73% con SLE, 66% con DM, 61% con PM y 50% con SSc, 33% con RA. Este método para identificar sujetos similares con una firma positiva (o firma negativa) sugiere una firme presencia de sobreexpresion del gen IFN tipo 1 en un subgrupo específico de estas enfermedades autoinmunitarias .

Tabla 4. Porcentajes de sujetos con una firma de genes inducibles por IFN tipo 1 positiva en controles sanos normales y las enfermedades SLE, DM, PM, RA y SSc en la WB También se evaluó la sobreexpresion de genes inducibles por IFN tipo 1 en los tejidos enfermos (piel lesional de sujetos con SLE y SSc, espécimen muscular de sujetos con DM y PM y tejido sinovial de sujetos con RA) . Se usó estimulación in vi tro de modelo principal de fibroblastos/queratinocitos humanos y línea celular muscular de mioblastos (SkMC) con IFN-a o IFN-ß para identificar potenciales transcripciones inducibles por IFN tipo 1 en células características de la piel y los músculos. La mayoría de las transcripciones inducidas por el IFN tipo 1 en las células de la piel residente o líneas celulares musculares fueron también inducibles en la WB (los datos de la piel se describieron en Yao Y, Jallal J, et ál . Type I IFN as a potential therapeutic target for psoriasis. PLoS ONE 2008; 3(7) : e2737. doi : 10.1371/journal .pone .0002737. ) En los siguientes tamaños de muestras, 16 sujetos con SLE, 37 sujetos con DM, 36 sujetos con PM, 22 sujetos con SSc y 20 sujetos con RA, una alta sobreexpresión de genes inducibles por IFN tipo 1 se observó en los sitios de enfermedad en un gran subconjunto de sujetos con SLE, SSc, DM, PM y RA que se evaluaron (valores p <0.01 para sujetos con SLE, SSc, DM y PM, respectivamente; los puntajes promedio de la firma de 5 genes de IFN tipo 1 son 0.8, 13.6, 4.5 en la piel de donantes sanos normales, sujetos con SLE y SSc; 0.9, 15.3 y 5 en especímenes musculares de donantes sanos normales, sujetos con DM y PM; 1.0 y 7.1 en tejidos sinoviales y donantes sanos normales y sujetos con RA (la comparación de RA tuvo un tamaño de muestra muy pequeño como tamaño de muestra de control normal para ser evaluado) ; Figura 11B) .

En un análisis entre aquellos pacientes que tienen firmas positivas de genes inducibles por IFN tipo 1 (usando la firma de 5 genes) en especímenes tisulares enfermos y WB emparejados, 13 de 16 sujetos con SLE mostraron puntajes de firma de genes inducibles por IFN tipo 1 comparables en WB y piel lesional (P<0.05 usando la prueba exacta de Fisher) . Para los 10 sujetos con DM y 9 sujetos con PM con especímenes musculares y WB emparejados, 2 especímenes musculares con DM, 1 músculo con PM y 1 espécimen de WB con PM (del mismo paciente) fueron negativos para una firma de genes inducibles por IFN tipo 1. Para los 10 sujetos con SSc con especímenes de piel y WB emparejados, 7 sujetos demostraron puntajes comparables de firmas de genes inducibles por IFN tipo 1. Estas observaciones muestran una fuerte tendencia de expresión concordante de genes inducibles por IFN tipo 1 en la WB y tejidos enfermos de sujetos con SLE, DM, PM y SSc .

En un análisis adicional, se estudió la firma de cuatro genes (IFI27, IFI44, IFI44L y RSAD2) y se determinó que también se muestra una fuerte tendencia de expresión concordante de los genes inducibles por IFN tipo 1 de cuatro genes en la WB y tejidos enfermos de sujetos con SLE, DM, PM y SSc. Véanse las Figuras 12A y 12B.

Se hace constar que con relación a esta fecha, el mejor método conocido por la solicitante para llevar a la práctica la citada invención, es el que resulta claro de la presente descripción de la invención.

Claims (12)

REIVINDICACIONES Habiéndose descrito la invención como antecede, se reclama como propiedad lo contenido en las siguientes reivindicaciones:

1. Un método para identificar un sujeto adecuado para tratamiento con un agente terapéutico que modula la actividad de interferón tipo 1, caracterizado porque comprende detectar ARNm aumentado de al menos cuatro de IFI27, IFI44, IFI44L, IFI6, y RSAD2 en una muestra del sujeto, en donde un aumento en el ARNm de al menos aproximadamente cuatro veces indica un sujeto adecuado para el tratamiento con el agente.

2. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque el agente se selecciona de un anticuerpo anti-interferón alfa y un anticuerpo anti-receptor de interferón alfa.

3. El método de conformidad con la reivindicación 2, caracterizado porque el anticuerpo anti - interferón es sifalimumab.

4. El método de conformidad con la reivindicación 2, caracterizado porque el anticuerpo anti-interferón no es sifalimumab .

5. El método de conformidad con la reivindicación 1, caracterizado porque la detección de ARNm de al menos IFI27, IF144, IFI44L, IFI6 y RSAD2 comprende 1) aislar ARN a partir de una muestra obtenida del sujeto; sintetizar ADNc a partir del ARN; 3) hibridar el ADNc con oligonucleotidos que hibriden con las secuencias de ácido nucleico de SEQ ID Os: 25-32; y 4) amplificar el ADNc y detectar los productos amplificados .

6. El método de conformidad con la reivindicación 5, caracterizado porque los oligonucleotidos se seleccionan a partir de oligonucleotidos que tienen las secuencias de SEQ ID NOS : 13-2 .

7. Uso de un agente terapéutico que modula la actividad de interferón tipo 1, en la elaboración de un medicamento para el tratamiento de un sujeto, el cual comprende : a) identificar un sujeto adecuado para el tratamiento mediante la detección de ARNm aumentado de al menos cuatro de IFI27, IF144, IFI44L, IFI6 y RSAD2 en una muestra del sujeto, en donde un aumento en el ARNm de al menos aproximadamente 4 veces indica un sujeto adecuado para el tratamiento, y b) administrar el agente terapéutico.

8. El uso de conformidad con la reivindicación 7, en donde el agente se selecciona de un anticuerpo anti-interferón alfa y un anticuerpo anti -receptor de interferón alfa.

9. El uso de conformidad con la reivindicación 8, en donde el anticuerpo anti-interferón es sifalimuraab.

10. El uso de conformidad con la reivindicación 8, en donde el anticuerpo anti-interferón no es sifalimumab.

11. El uso de conformidad con la reivindicación 7, en donde la detección de AR m de al menos IFI27, IF144, IFI44L, IFI6 y RSAD2 comprende 1) aislar ARN a partir de una muestra obtenida del sujeto; 2) sintetizar ADNc a partir del ARN; 3) hibridar el ADNc con oligonucleótidos que hibriden con las secuencias de ácido nucleico de SEQ ID NOs: 25-32; y 4) amplificar el ADNc y detectar los productos amplificados .

12. El uso de conformidad con la reivindicación 7, en donde los oligonucleótidos se seleccionan a partir de oligonucleótidos que tienen las secuencias de SEQ ID NOs: 13-24.