JP2015102475A - 糖ペプチド解析装置 - Google Patents
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Abstract
Description
(1)糖タンパク質を精製する。
(2)酵素消化を用いて糖タンパク質を糖ペプチドへ分解する。
(3)糖ペプチドの濃縮処理を行う。
(4)逆相液体クロマトグラフにより、糖ペプチドを糖鎖結合部位が同じである糖ペプチド毎に分離する。
(5)糖鎖結合部位毎に分離されたグリコフォーム混合物をそれぞれMALDI-リニア型TOF MSを用いて質量分析(MS1分析)する。
(6)MS1分析により得られたマススペクトル上のピーク強度を用い、糖鎖結合部位毎に糖鎖構造の相違するグリコフォームを相対的に定量する。
a)試料から生成されたイオンを一旦捕捉するとともに捕捉したイオンを開裂させ得るイオントラップを有し、該イオントラップ自体又は該イオントラップとは別の質量分離部によりイオンを質量電荷比に応じて分離して検出するイオントラップ型質量分析部と、
b)試料から生成されたイオンを飛行空間に導入し、該飛行空間内でイオンを質量電荷比に応じて分離して検出する飛行時間型質量分析部と、
c)前記イオントラップ型質量分析部による測定結果に基づく第1のMS1スペクトルに対して特定の糖の脱離に関連するピークを検出する一方、前記飛行時間型質量分析部による測定結果に基づく第2のMS1スペクトルに対して分子イオンピークを検出し、両MS1スペクトルに共通に現れるピークから糖ペプチドイオンを求める糖ペプチド検出部と、
d)前記糖ペプチド検出部で検出された糖ペプチドイオンについて、第2のMS1スペクトルにおける相対的なピーク強度を用いてグリコフォームの相対定量を行う定量解析部と、
e)前記糖ペプチド検出部で検出された糖ペプチドイオンについて、少なくとも前記イオントラップ型質量分析部によるMSn(ここでnは2以上の整数)分析を実施した結果を用いてグリコフォームの構造解析を行う構造解析部と、
を備えることを特徴としている。
なお、主制御部4、分析制御部3、及びデータ解析部2の少なくとも一部は、パーソナルコンピュータをハードウエア資源とし、該コンピュータに予めインストールされた専用の制御及び処理ソフトウエアを動作させることでそれぞれの機能を達成する構成とすることができる。
ユーザはMALDI用に調製された同じ目的化合物(糖ペプチド)を含む試料Sをイオントラップ型質量分析部11及び飛行時間型質量分析部12にそれぞれセットし、操作部5で所定の操作を行うことで各種分析条件を設定したあとに分析開始を指示する。この指示を受けて分析制御部3はイオントラップ型質量分析部11及び飛行時間型質量分析部12をそれぞれ動作させ、セットされた試料Sに対する質量分析を実施する。このとき、イオントラップ型質量分析部11ではまず、イオントラップに捕捉したイオンに対するCID操作を行わずに、通常の質量分析、つまりMS1分析を実行する。
11…イオントラップ型質量分析部
12…飛行時間型質量分析部
2…データ解析部
21、22…マススペクトル作成部
23…糖ペプチド検出部
24…定量解析部
25…構造解析部
3…分析制御部
4…主制御部
5…操作部
6…表示部
Claims (2)
- 糖タンパク質又は糖ペプチドのグリコフォーム混合物についての解析を行うための糖ペプチド解析装置であって、
a)試料から生成されたイオンを一旦捕捉するとともに捕捉したイオンを開裂させ得るイオントラップを有し、該イオントラップ自体又は該イオントラップとは別の質量分離部によりイオンを質量電荷比に応じて分離して検出するイオントラップ型質量分析部と、
b)試料から生成されたイオンを飛行空間に導入し、該飛行空間内でイオンを質量電荷比に応じて分離して検出する飛行時間型質量分析部と、
c)前記イオントラップ型質量分析部による測定結果に基づく第1のMS1スペクトルに対して特定の糖の脱離に関連するピークを検出する一方、前記飛行時間型質量分析部による測定結果に基づく第2のMS1スペクトルに対して分子イオンピークを検出し、両MS1スペクトルに共通に現れるピークから糖ペプチドイオンを求める糖ペプチド検出部と、
d)前記糖ペプチド検出部で検出された糖ペプチドイオンについて、第2のMS1スペクトルにおける相対的なピーク強度を用いてグリコフォームの相対定量を行う定量解析部と、
e)前記糖ペプチド検出部で検出された糖ペプチドイオンについて、少なくとも前記イオントラップ型質量分析部によるMSn(ここでnは2以上の整数)分析を実施した結果を用いてグリコフォームの構造解析を行う構造解析部と、
を備えることを特徴とする糖ペプチド解析装置。 - 請求項1に記載の糖ペプチド解析装置であって、
前記イオントラップ型質量分析部はマトリクス支援レーザ脱離イオン化イオントラップ飛行時間型質量分析装置であり、前記飛行時間型質量分析部はマトリクス支援レーザ脱離イオン化リニア飛行時間型質量分析装置であることを特徴とする糖ペプチド解析装置。
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Families Citing this family (2)
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CN110108778B (zh) * | 2019-04-19 | 2021-08-10 | 中国科学院合肥物质科学研究院 | 一种挥发性有机物的uv-faims定量检测方法 |
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2009044900A1 (ja) * | 2007-10-05 | 2009-04-09 | Hokkaido University | 糖鎖自動前処理装置 |
JP2011175897A (ja) * | 2010-02-25 | 2011-09-08 | Shimadzu Corp | 質量分析装置 |
Family Cites Families (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2001086306A2 (en) * | 2000-05-05 | 2001-11-15 | Purdue Research Foundation | Affinity selected signature peptides for protein identification and quantification |
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GB0415046D0 (en) * | 2004-07-05 | 2004-08-04 | Micromass Ltd | Mass spectrometer |
WO2006106997A1 (ja) * | 2005-03-31 | 2006-10-12 | The Noguchi Institute | 生体試料の解析法及び疾患マーカーの検索法 |
WO2007022248A2 (en) * | 2005-08-16 | 2007-02-22 | Sloan Kettering Institute For Cancer Research | Methods of detection of cancer using peptide profiles |
US9159539B2 (en) * | 2012-03-28 | 2015-10-13 | Ulvac-Phi, Incorporated | Method and apparatus to provide parallel acquisition of mass spectrometry/mass spectrometry data |
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Patent Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2009044900A1 (ja) * | 2007-10-05 | 2009-04-09 | Hokkaido University | 糖鎖自動前処理装置 |
JP2011175897A (ja) * | 2010-02-25 | 2011-09-08 | Shimadzu Corp | 質量分析装置 |
Non-Patent Citations (1)
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---|
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Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN113466317A (zh) * | 2021-07-06 | 2021-10-01 | 深圳泰莱生物科技有限公司 | 用飞行时间质谱做葡萄糖定量的方法 |
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