JP2014168461A - (7s)−3,4−ジメトキシビシクロ[4.2.0]オクタ−1,3,5−トリエン−7−カルボン酸の酵素的合成方法、ならびにイバブラジン及びその塩の合成における適用 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】式(I)で表されるイバブラジン合成中間体化合物の合成方法。
有機溶媒とpH5〜10を有する水性溶液との混合物中、溶媒混合物1リットルあたり1〜500gの濃度の対応するラセミ体のニトリルを、コンピテント生物系を有する別の生物において過剰発現したロドコッカス・ロドクラウスのニトリラーゼにより、1/1〜1/100のE/S比、25℃〜40℃の温度で、エナンチオ選択的酵素的加水分解を行う、合成方法。
【選択図】なし
Description
で示される化合物の酵素的合成方法に関し、そしてまた、
式(II):
で示されるイバブラジン、すなわち、3−{3−[{[(7S)−3,4−ジメトキシビシクロ[4.2.0]オクタ−1,3,5−トリエン−7−イル]メチル}(メチル)アミノ]−プロピル}−7,8−ジメトキシ−1,3,4,5−テトラヒドロ−2H−3−ベンゾアゼピン−2−オン、薬学的に許容しうる酸とのその付加塩及びそれらの水和物の合成における、式(I)の化合物の適用に関する。
で示される化合物、すなわち(7S)−1−(3,4−ジメトキシビシクロ[4.2.0]オクタ−1,3,5−トリエン−7−イル)N−メチルメタンアミンから出発する、イバブラジン塩酸塩の合成について記載している。
式(IV):
で示されるニトリルの、テトラヒドロフラン中のBH3による還元、
続く、塩酸の付加により、
式(V):
で示されるラセミアミンの塩酸塩を生成し、
これを、クロロギ酸エチルと反応させて、
式(VI):
で示されるカルバマートを生成し、
これのLiAlH4による還元により、式(VII):
で示されるラセミメチル化アミンを生成し、
カンファースルホン酸を使用するこれの分割により、式(III)の化合物を得る、
式(III)の化合物の合成について記載している。
光学的に純粋な式(IX):
で示されるニトリルを生成し、これを、NaBH4を用いるか又は加水分解性水素により還元して、式(VIII)の第一級アミンを生成する。次に、第一級アミンを上記と同じ反応順序(カルバマートへの変換、そして続く還元)を使用してメチル化することができる。それにより、式(III)の化合物を、式(IV)のラセミニトリルから出発して5工程にて、分解工程については収率45.6%で得ることができる。
で示されるニトリルは、Almac社によって市販されているNESK-1400スクリーニングキットのニトリラーゼの基質として記載されている。
で示される化合物の合成方法であって、
式(IV):
で示される、ラセミ体、すなわち光学的に純粋でない、ニトリルのエナンチオ選択的酵素的加水分解による、
細菌、酵母又は真菌のようなコンピテント生物系を有する別の生物において過剰発現したロドコッカス・ロドクラウス NCIMB 11216 のニトリラーゼを使用し、
有機溶媒と、pH5〜10を有する水性溶液との、好ましくはpH5〜10を有する緩衝液との混合物中、
1〜500g/Lの、好ましくは溶媒混合物1リットルあたり式(IV)のニトリル2g〜100gの濃度で、
1/1〜1/100のE/S比で、
25℃〜40℃の温度での、
合成方法に関する。
光学的に純粋な化合物とは、90%より大きい又は90%に等しい鏡像体過剰率を有する化合物であると理解される。
で示されるアミドに変換され、
これの、好ましくはBH3、NaBH4又はLiAlH4による還元により、式(III)の化合物を生成する、合成方法に関する。
式(XII):
[式中、Xは、ハロゲン原子、好ましくはヨウ素原子を表す]で示される化合物とカップリングするか、又は、
式(XIII):
[式中、
R2は、CHO及びCHR3R4より選択される基を表し、
R3及びR4は、各々、直鎖状もしく分岐鎖状(C1−C6)アルコキシ基を表すか、又はそれらを担持する炭素原子と一緒になって、1,3−ジオキサン、1,3−ジオキソランもしくは1,3−ジオキセパン環を形成する]で示される化合物と、還元剤の存在下、還元的アミノ化反応に供するかのいずれかにより、
イバブラジンを生成し、次にこれを薬学的に許容しうる酸との付加塩(該塩は、無水又は水和物の形態である)に変換する。
TFA トリフルオロ酢酸
TLC 薄層クロマトグラフィー
DBU ジアザビシクロウンデセン
DKR 動的速度論的分割
DMF ジメチルホルムアミド
DMSO ジメチルスルホキシド
OD 光学密度
E エナンチオ選択的係数
ee 鏡像体過剰率
eq モル当量
HPLC 高速液体クロマトグラフィー
IPTG イソプロピルβ−D−1−チオガラクトピラノシド
LB LB(溶原)培地
MeOH メタノール
MTBE メチルtert−ブチルエーテル
op 光学純度又はエナンチオマー純度
E/S比 酵素/基質の比(g/g)
NMR 核磁気共鳴(分光分析)
MS 質量分析
THF テトラヒドロフラン
TMS テトラメチルシラン
ニトリラーゼの過剰発現:
ロドコッカス・ロドクラウス NCIMB 11216のニトリラーゼタンパク質は、タンパク質及びゲノムのデータベースに記載されている。目的遺伝子の配列は、EMBL-BankのENA(European Nucleotide Archive/欧州ヌクレオチドアーカイブ)中の識別子SVA(Sequence Version Archive/配列版アーカイブ)「EF467367」に列記されている。この配列は、UniProtKB/TrEMBL データベース中の参照「A4LA85」に対応している。発現ベクター pET28a-Nit1で形質転換された生産菌株 E. coli BL21(DE3)を使用した。ニトリラーゼ過剰発現プロトコルは、Applied Biochemistry and Biotechnology 2010, Vol 160(2), pp 393-400に記載されている。それにより形質転換された細胞は、細菌スラリーの形態で直接使用されるか、又は使用前に凍結乾燥されるかのいずれかである。
上記プロトコルに従って形質転換された細胞を、5.6×109細胞/mLの濃度で撹拌した(OD=1(600nm)での培養液1mLは、1.109細菌及び細菌スラリー約10mg又は凍結乾燥1.5mgに相当する)。リン酸緩衝液KH2PO4/Na2HPO4(1/15M、pH7)250mLの溶液に、E. coliの凍結乾燥1g及び2%DMSO(5mL)中の3,4−ジメトキシビシクロ[4.2.0]オクタ−1,3,5−トリエン−7−カルボニトリル500mg(c=2g/L、10mM)を加えた。反応混合物を、220rpmで回転撹拌しながら、30℃で6時間保持した。
Chiralpak IBカラム
90%n−ヘキサン 10%2−PrOH+0.1%TFA
1mL/分、30℃、288nm
カラムタイプ:80g SiOH Macherey-Nagel
材料及び方法:Reveleris(登録商標)
溶離剤:均一濃度(シクロヘキサン+1%酢酸/酢酸エチル+1%酢酸75/25)
検出:UV 288nm
流速:60mL/分
結果:
ニトリル(R):収率(収量)36%(179mg)、ee(R):96%
酸(S):収率(収量)39%(246mg)、ee(S):96%
(R)−(3,4−ジメトキシビシクロ[4.2.0]オクタ−1,3,5−トリエン−7−イル)ニトリル100mg(0.53mmol)、イソプロパノール5mL及びDBU 121mg(1.5当量)を、冷却器及び磁気攪拌機を備えたフラスコに移した。65℃で2時間加熱し、次に周囲温度に戻るにまかせた。濾過して、標記化合物を得た。
実施例1で得た(7S)−3,4−ジメトキシビシクロ[4.2.0]オクタ−1,3,5−トリエン−7−カルボン酸(300mg)をTHF(3mL)に周囲温度で懸濁し、次にトリエチルアミン(200μL)を加えた。クロロギ酸エチル(150μL)を、混合物にゆっくりと加えた。反応混合物が沈殿した(混合物(I))。別のフラスコで、THF中の2M 溶液としてメチルアミン(2.25mL)を水(1mL)及びトリエチルアミン(300μL)と一緒に撹拌した。撹拌を20分間維持し、次に得られた混合物を混合物(I)に加え、周囲温度で一晩撹拌した。次に反応混合物を蒸発させ、分取HPLCにより精製した。(7S)−3,4−ジメトキシ−N−メチルビシクロ[4.2.0]オクタ−1,3,5−トリエン−7−カルボキサミドを収率60%で得た。
1H NMR (DMSO-d6, ppm / TMS) = 2.61 (m; 3H); 3.16 (m; 2H); 3.71 (s; 6H); 4.05 (m; 1H); 6.78 (s; 1H); 6.81 (s; 1H); 7.78 (br s; 1H).
実施例3で得た(7S)−3,4−ジメトキシ−N−メチルビシクロ[4.2.0]オクタ−1,3,5−トリエン−7−カルボキサミド(450mg)をテトラヒドロフラン(20mL)に懸濁し、次にテトラヒドロフラン中の2M LiAlH4溶液1.6mLを、反応混合物に周囲温度でゆっくり加えた。著しい気体の発生が観察され、反応混合物が清澄になった。反応混合物を還流温度で30分間加熱した。周囲温度に戻った後、加水分解し、次に酢酸エチルで抽出した。MgSO4で乾燥させ、次に蒸発させた。得られた残留物を、分取HPLC(溶離剤:水/アセトニトリル/トリフルオロ酢酸、98/2/0.2〜20/80/0.2)により30分間かけて精製して、標記生成物を収率46%で得た。
1H NMR (DMSO-d6, ppm / TMS) = 2.60 (m; 3H); 2.85 (m; 1H); 3.15 (m; 1H); 3.25 (dd; 1H); 3.30 (m; 1H); 3.62 (m; 1H); 3.70 (s; 6H); 6.82 (s; 1H); 6.89 (s; 1H); 8.48 (br s; 1H)
テトラヒドロフラン中のBH3の1モル溶液20mLを、テトラヒドロフラン45mL中の実施例3で得た(7S)−3,4−ジメトキシ−N−メチルビシクロ[4.2.0]オクタ−1,3,5−トリエン−7−カルボキサミド2.2g(10mmol)の混合物に、周囲温度で加えた。1時間の撹拌の後、テトラヒドロフラン中のBH3の溶液10mLを加えた。周囲温度で一晩撹拌した後、エタノール20mLを滴下し、気体の発生がなくなるまで(約1時間)、混合物を撹拌した。次にエタノール中の塩酸溶液20mLを滴下した。4時間の撹拌の後、得られた沈殿物(標記生成物1.2g)を濾別した。濾液を濃縮し、酢酸エチル/エタノールの80/20の混合物中でそれを固体にすることにより、さらなる0.65gの標記生成物を得た。2つの沈殿物を合わせて、標記生成物1.85gを得た(収率:77%)。
3−[2−(1,3−ジオキソラン−2−イル)エチル]−7,8−ジメトキシ−1,3−ジヒドロ−2H−3−ベンゾアゼピン−2−オン5.5kg、エタノール27.5リットル、及びパラジウム担持炭素550gを、オートクレーブに入れた。窒素で、次に水素でパージし、55℃に加熱し、次に理論上の水素の量が吸収されてしまうまで、55℃で5barの圧力下、水素化した。次に周囲温度に戻し、オートクレーブを減圧した。次に(7S)−3,4−ジメトキシビシクロ[4.2.0]オクタ−1,3,5−トリエン−7−イル]N−メチルメタンアミン塩酸塩4kg、エタノール11リットル、水5.5リットル及びパラジウム担持炭素1kgを加えた。窒素で、次に水素でパージし、85℃に加熱し、次に理論上の水素の量が吸収されてしまうまで、85℃で30barの圧力下、水素化した。次に周囲温度に戻し、オートクレーブをパージし、次に反応混合物を濾過した;溶媒を留出させ、次にトルエン/1−メチル−2−ピロリジノンの混合物からの結晶化により、イバブラジン塩酸塩を単離した。それによりイバブラジン塩酸塩を、収率85%及び99%を越える化学純度で得た。
凍結乾燥の形態の、試験中のニトリラーゼ(15mg)を、管に量り入れ、次に0.1MKH2PO4緩衝液4mL(pH=7)、及びDMSO 100μLに溶解した3,4−ジメトキシビシクロ[4.2.0]オクタ−1,3,5−トリエン−7−カルボニトリル(20mg)を加えた。インキュベーター(28℃、220rpm)に置いた。変換割合を、24時間後及び72時間後にHPLCにより測定した。ニトリラーゼNIT 101、NIT 102、NIT 103、NIT 104、NIT 105、NIT 106、NIT 108、NIT 109、NIT 111、NIT 112及びNIT 113 (Almac)は、24時間後、ニトリルを加水分解しなかった(酸の形成又はアミドの形成なし)。
Phenomenex LUNA HST 50*3カラム C18(2) 2.5μm
8分間に亘り0%〜100%B 0.8mL/分 40℃
A(1000 水+25 ACN+1 TFA)
B(1000 ACN+25 水+1 TFA)
Chiralpak IC 250*4.6カラム
30%無水エタノール+0.1%TFA+70%ヘプタン+0.1%TFA
1mL/分 30℃ 288nm
注記: これらの条件下、酸の鏡像異性体を分離したが、ニトリルの鏡像異性体は分離しなかった。
多数の細菌性誘発剤(プロピオニトリル、ベンゾニトリル、4−ブロモベンゾニトリル)を用いる研究では、プロピオニトリルが、3,4−ジメトキシビシクロ[4.2.0]オクタ−1,3,5−トリエン−7−カルボニトリルとのニトリラーゼ活性の最良の誘発を提供することを示した。細菌の菌株を、プロピオニトリル72mMで72時間誘発し、細胞を0.1M リン酸緩衝液KH2PO4/K2HPO450mL(pH=7.3)(濃縮2回、濃度:1mLにつき細胞10mg)に取り、3,4−ジメトキシビシクロ[4.2.0]オクタ−1,3,5−トリエン−7−カルボニトリルを2%DMSO中の10mMの濃度(v/v最終)で加えた。真菌の菌株をバレロニトリルで誘発した。
逆相分析
Phenomenex LUNA HST 50*3カラム C18(2) 2.5μm
8分間に亘り0%B〜100%B 0.8mL/分 40℃
A(1000 水+25 ACN+1 TFA)
B(1000 ACN+25 水+1 TFA)
キラル−相分析
Chiralpak IC 250*4.6カラム
30%無水エタノール+0.1%TFA+70%ヘプタン+0.1%TFA
1mL/分 30℃ 288nm
LB+寒天+カナマイシン上に置き、静置インキュベーション(37℃、24時間)(組換えE. coliのニトリラーゼの株11216)。
LB 5mL+カナマイシン(50mg/L)中で前培養、インキュベーション(37℃、180rpm、一晩)。
培養:LB 50mL及び前培養500μLを、隔壁なし(non-baffled)の250mL容量のエルレンマイヤー(Erlenmeyer)フラスコに移し、ODが0.6に等しくなるまで(すなわち、約4時間)インキュベーション(28℃、160rpm)。
IPTG(0.5mM)での誘導、インキュベーション(17℃、160rpm、一晩(17時間))。
活性試験:培養物を4℃で、6000rpm、20分間遠心分離し、0.1M リン酸緩衝液10mL(pH7)中のスラリーを再懸濁した。ビシクロ[4.2.0]オクタ−1,3,5−トリエン−7−カルボニトリル(10mM)+2%エタノールを加えた。220rpm、30℃でインキュベートした。
注記: 遠心分離するとき、培養物が50mLを越えている場合、50mLを取り除き、そして培養物のスラリー50mLを用いて活性試験を実施すること。
カラム:Phenomenex(登録商標)LUNA HST 50*3 C18(2) 2.5μm
溶離剤:A+B(8分間に亘り0〜100%B)
A:1000 水+25 ACN+1 TFA
B:1000 ACN+ 25水+1 TFA
0.8mL/分 40℃ UV 210nm
Claims (14)
- 光学的に純粋な式(I):
で示される化合物の合成方法であって、
式(IV):
で示される、ラセミ体、すなわち光学的に純粋でない、ニトリルのエナンチオ選択的酵素的加水分解による、
コンピテント生物系を有する別の生物において過剰発現したロドコッカス・ロドクラウス(Rhodococcus rhodochrous)NCIMB 11216 のニトリラーゼを使用し、
有機溶媒と、pH5〜10を有する水性溶液との混合物中、
溶媒混合物1リットルあたり式(IV)のニトリル1〜500gの濃度で、
1/1〜1/100のE/S比で、
25℃〜40℃の温度での、
合成方法。 - コンピテント生物系を有する生物が、再編成したプラスミドを含む細菌である、請求項1記載の方法。
- ニトリラーゼを過剰発現している細菌を、細菌スラリー又は凍結乾燥の形態で直接使用する、請求項2記載の方法。
- 有機溶媒が、ジメチルスルホキシド、DMF、アセトン、アセトニトリル、エタノール、イソプロパノール、THF及びMTBEより選択される、請求項1〜3のいずれか一項記載の方法。
- 下記:
で示される二次的反応生成物である、立体配置(R)のニトリルが、酵素的加水分解法で再利用されるために、塩基の作用よってラセミ化されて、式(IV)のラセミニトリルを形成する、請求項1〜4のいずれか一項記載の合成方法。 - 塩基が、DBUである、請求項5記載の合成方法。
- ラセミ化工程が、インサイツで実施される、請求項5又は請求項6のいずれかに記載の合成方法。
- 式(I)の酸が、1つ以上の酵素的加水分解サイクル後に単離される、請求項5〜7のいずれか一項記載の合成方法。
- 式(III):
で示される化合物の合成方法であって、
請求項1〜8のいずれか一項に従って、
式(IV):
で示されるニトリルから出発して、
これを加水分解して、
光学的に純粋な式(I):
で示される酸を形成し、次にこれを、
光学的に純粋な式(XI):
で示されるアミドに変換し、
これの還元により、式(III)で示される化合物を得る、合成方法。 - 式(III)の化合物を形成するための式(XI)の化合物の還元は、BH3、NaBH4又はLiAlH4により実施される、請求項9記載の合成方法。
- 式(III)の化合物を、引き続き、
式(XII):
[式中、Xは、ハロゲン原子を表す]で示される化合物とカップリングするか、又は、
式(XIII):
[式中、
R2は、CHO及びCHR3R4より選択される基を表し、
R3及びR4は、各々、直鎖状もしく分岐鎖状(C1−C6)アルコキシ基を表すか、又はそれらを担持する炭素原子と一緒になって、1,3−ジオキサン、1,3−ジオキソランもしくは1,3−ジオキセパン環を形成する]で示される化合物と、還元剤の存在下、還元的アミノ化反応に供するかのいずれかにより、
イバブラジンを生成し、次にこれを薬学的に許容しうる酸との付加塩(無水又は水和物の形態)に変換する、請求項9又は請求項10のいずれかに記載の合成方法。 - Xが、ヨウ素原子である、請求項11記載の合成方法。
- 式(III)の化合物が、その塩酸塩の形態で還元的アミノ化反応において使用されて、イバブラジンを塩酸塩の形態で得る、請求項11記載の合成方法。
- 式(XIII)の化合物との還元的アミノ化反応を、パラジウム担持炭素によって触媒される二水素の存在下で実施する、請求項10又は請求項13のいずれかに記載の合成方法。
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WO2011138625A1 (en) * | 2010-05-07 | 2011-11-10 | Richter Gedeon Nyrt. | Industrial process for the synthesis of ivabradine salts |
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