JP2014030370A - きのこ類における無胞子性変異の原因遺伝子 - Google Patents
きのこ類における無胞子性変異の原因遺伝子 Download PDFInfo
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Abstract
【解決手段】 担子菌亜門の生物由来の、(a)配列番号1で示される塩基配列からなるDNA鎖、(b)ミスマッチ修復遺伝子の相同遺伝子、(c)前記(a)のDNA鎖由来のRNA鎖、cDNA、もしくは蛋白質、及び(d)前記(b)の相同遺伝子由来のRNA鎖、cDNA、もしくは蛋白質、からなる群から選ばれる1つ以上の生体分子の、変異又は欠損の有無を検出する工程を含む、胞子欠損性変異株の検出方法を用いる。
【選択図】 図9
Description
遺伝子破壊ベクターの構築 (1週間)→菌体(Pleurotus pulmonarius)の培養 (2週間以上)→プロトプラスト化→PEG法による形質転換(3週間以上)の手順で実験を行った。
下記の手順で、stpp1破壊ベクターを構築した。概要図を図7、8に示す。
(1−1)使用したプライマー
MRP-F:TGCCATACTCAGCAGGAAC、Tm 56℃、配列番号3
MRP-R:GTGGACGCTGTCATCTCTT、Tm 56℃、配列番号4
1. MRP-Fのプライマーと、MRP-Rのプライマーを用いて、野生型ゲノムDNA (31664-S1)をテンプレートに、stpp1の約1.2 kbをPCRで増幅した。
→この断片をMRP-p1とした。なお、31664-S1 はPleurotus pulmonariusのTMIC-31664株を由来とする単胞子分離株のゲノムDNAであり、DNeasy plant mini kit (Qiagen)を用いて調製した。
2. pGEM-T Easy Vector (Promega, Cat.No. A1360)でMRP-p1をTA-cloningした。
→このプラスミドをpGEM/MRP-p1とした。
3.5'末端側及び3'末端側にHindIIIサイトを有する抗生物質耐性遺伝子を含む断片をPCRで増幅した。
→この断片をRh-p1とした。
4. Rh-p1をpGEM-T Easy VectorでTA-cloningした。
→このプラスミドをpGEM/Rh-p1とした。
5. HindIIIでそれぞれのTA-cloningベクターを酵素処理後、ゲル抽出し、断片を回収した。
6. pGEM/MRP-p1のHindIIIサイトを利用してRh-p1を組み込んだ。これによりMRP-p1配列内の100bp程度が失われるが遺伝子破壊には問題ないと思われる。→このプラスミドをpGEM/MRPRとした。
以下の通り、培養菌糸を準備した。
(2−1)MYG培地の調整に用いた試薬
マルツエキス (Malt Extract Powder、1 kg、オリエンタル酵母工業株式会社, Cat.No.4220400)
Yeast Extract (Dried Yeast Extract D-3、250 g、Wako, Cat. No. 390-00531)
D(+)-Glucose (10 kg、Wako, Cat. No. 040-00607)
マルツエキス:2%
Yeast extract:0.2%
Glucose:2%
DW up to
120℃, 20 min Autoclave
1. 20 mlのMYG培地を分注した100 ml三角フラスコに、2-3個のPleurotus pulmonariusの菌糸ブロックを浮かべ、2週間程度培養した。なお、菌糸ブロックは、MYG培地で培養した菌糸をメスで切り取った1-2 mm角を使用した。
2. 培養した菌糸はホモジナイザーを用いて10000 rpm, 10 secの条件で破砕した。
3. ホモジナイズした菌糸を20 mlのMYG培地を分注した100 ml三角フラスコに2 mlずつ分注して4日間培養した。
以下の通り、培養菌糸からプロトプラストを調製した。
(3−1)必要な道具
Millex-HA Syringe Driven Filter Unit (0.45 μm, 50 Filters, (MILLIPORE, Cat.No. SLHA025OS))
3G2ガラスフィルター (3GP160, 3個入り (SIBATA, Cat.No. SB-1311-3160A))
Lysing Enzymes fromTrichoderma harzianum (5 g, (SIGMA, Cat.No. L1412-5G))
1. 50 mlチューブに菌体を入れ、3000 rpmで5分間遠心した。
2. DWをチューブに適当に分注して再度遠心した。
3. 0.6Mマンニトールを適当に分注して再度遠心後、薬さじを使って水分を除去し、滅菌済み50 mlコルベンに菌体を移した。
4. 4% Lysing Enzymes fromTrichoderma harzianumを含有する0.6Mマンニトールを調製 (3.0-4.0 ml)し、Millex-HA Syringe Driven Filter Unitを用いて滅菌し、シリンジからダイレクトにコルベンへ分注もしくは滅菌チューブ等に移してから分注した。
5. 約6時間, 28℃にて振盪しながら酵素処理した。
6. 0.6Mマンニトールを20 ml加えて懸濁させる。→酵素反応の停止。
7. 3G2ガラスフィルターでろ過し、菌糸片を除去した。このときピペッティングするとプロトプラストがよく落ちるが、ゴミもよく落ちる。
8. ろ液を2500-3000 rpm, 5 分, 20℃で遠心した。
9. 注意して上澄みを捨て、20 mlの0.6Mマンニトールを加えてプロトプラストを懸濁し、再度遠心した。
10. 上澄みを捨て、5 mlの0.6Mマンニトールを加えて懸濁後、血球計算盤を用いて1 ml濃度を計算した。
上記で調製したプロトプラストを用いて、以下の通り、PEG法による形質転換を実施した。
(4−1)プラスミド及び細胞
プラスミド:pGEM/MRPR
プロトプラスト:約107個/形質転換1反応あたり
Polyethylene Glycol 4000 (Wako, Cat.No. 162-09115):25%
CaCl2:25mM
Tris-HCl (pH 8.0):25mM
Mannitol:0.5M
Sucrose:1%
Malt extract:1%
Yeast extract:0.4%
Mannitol:0.6M
Agar:0.8%
Agar:1.5%
他は重層用と同じ
1. 上記の濃度に調製したプロトプラスト80 μlに、20 μlの25%PEG buffer、0.4 μg/μlの遺伝子破壊ベクター2.5 μlを添加し、氷上で30分間静置した。
2. 900 μlの25%PEG bufferを添加し、室温にて10分間静置した。この混合液を形質転換Mixとした。
3. 融解して保温しておいた5 mlのSMY再生培地(0.8%)と、形質転換Mixの全量とを十分混合後、10 mlの1.5%寒天含有SMY再生培地(プレート状)上に加えて固化させ、形質転換プレートを調整した。
4. 約15時間後、2 μg/mlのCarboxinを含有する1%寒天培地5 mlを、形質転換プレートに重層し、26℃にて2−3週間培養した。以上の手順により、stpp1破壊候補株を調整した。
stpp1破壊候補株について、遺伝子破壊ベクターの組み込みを確認する。
(5−1)使用したプライマー
MRP-F:TGCCATACTCAGCAGGAAC、Tm 56℃、配列番号3
MRP-R:GTGGACGCTGTCATCTCTT、Tm 56℃、配列番号4
DW:7.72 μl
10x buffer:1.0 μl
dNTP:0.8 μl
Primer:0.2x 2 μl
Ex Taq:0.08 μl
Total:10 μl
1. 94℃:2 min
2. 30 cycles × (94℃:10 sec、56℃:10 sec、72℃:4.0 min)
3. 72℃:10 min
4. 4℃:∞
上記(5−2)の反応液を準備後、各stpp1破壊候補株DNAを1 μlずつ添加した。反応後、5 μlを電気泳動に使用した。その結果を図9及び10に示す。#1、2、3、4、及び6サンプルは、野生型において予想される1.2 kbが増幅されたことから、野生型と判定された。#5及び7のサンプルは、標的遺伝子が破壊されたときのみにみられる約3.7 kbの増幅のみが確認できたため、遺伝子破壊株と判明した。図中のWは野生型株(コントロール)、Mはマーカーである。
上記のように遺伝子破壊をPCRで確認した株について、子実体を発生させ、顕微鏡で胞子形成量を観察した。
シードを準備するため、MYG培地に菌糸を接種した(培地:MYG斜面培地)。
試験管にて培養していたシードを用いてオガクズ培地 (ブナ粉:ヌカ=4: 1、含有水分65%) にて培養した(4週間25℃)。培養後、表面の菌糸を掻き取り、注水1時間ののち、19℃下(明所、相対湿度90±5%)で子実体を発生させた。
シャーレ上に子実体カサを置き、霧吹きで湿室状態にして室温で一晩静置した(なお、シャーレに代えて黒い紙を使用することもできる。黒い紙を使用する場合は、上からビーカーをかぶせるなどして湿室状態を保つようにする)。その結果、上記の#1、2、3、4、及び6に対応する株を用いた場合、傘の下が胞子で真っ白になっていた。一方で、上記#5及び7に対応する株を用いた場合、傘の下の胞子は肉眼で確認することができなかった。このことから、上記#5及び7に対応する株は、無胞子性変異株であることが明らかになった。なお、上記#5及び7に対応する株を用いた場合の胞子形成量は、上記の#1、2、3、4、及び6に対応する株を用いた場合の0.04%未満と見なすことができる。なお一般に、無胞子性変異と判定しているものの胞子形成量は光学顕微鏡 (15x20)にて観察した結果に基づき、野生型における胞子形成量の0.1%未満とされている。
Claims (21)
- 担子菌亜門の生物由来の、
(a)配列番号1で示される塩基配列からなるDNA鎖、
(b)ミスマッチ修復遺伝子の相同遺伝子、
(c)前記(a)のDNA鎖由来のRNA鎖、cDNA、もしくは蛋白質、及び
(d)前記(b)の相同遺伝子由来のRNA鎖、cDNA、もしくは蛋白質、
からなる群から選ばれる1つ以上の生体分子の、変異又は欠損の有無を検出する工程を含む、胞子欠損性変異株の検出方法。 - 上記生物は、ヒラタケ属の生物である、請求項1に記載の検出方法。
- 上記変異は機能欠損変異であり、且つ胞子欠損性の表現型を誘導する変異である、請求項1又は2に記載の検出方法。
- 担子菌亜門の生物由来の、
(a)配列番号1で示される塩基配列からなるDNA鎖、
(b)ミスマッチ修復遺伝子の相同遺伝子、
(c)前記(a)のDNA鎖由来のRNA鎖、cDNA、もしくは蛋白質、及び
(d)前記(b)の相同遺伝子由来のRNA鎖、cDNA、もしくは蛋白質、
からなる群から選ばれる1つ以上の生体分子の、変異又は欠損の有無を検出するための検出用試薬。 - 上記試薬は、上記変異又は欠損の有無を検出可能なポリヌクレオチドを含む、請求項4に記載の検出用試薬。
- 胞子欠損性の検査用である、請求項5に記載の検出用試薬。
- (a)配列番号1で示される塩基配列からなるDNA鎖、
(b)ミスマッチ修復遺伝子の相同遺伝子、
(c)前記(a)のDNA鎖由来のRNA鎖、cDNA、もしくは蛋白質、及び
(d)前記(b)の相同遺伝子由来のRNA鎖、cDNA、もしくは蛋白質、
からなる群から選ばれる1つ以上の生体分子の、変異型生体分子又はその一部を含む、担子菌亜門の生物の胞子欠損性の検査用マーカー。 - 請求項7の検査用マーカーを指標として、担子菌亜門の生物の胞子欠損性変異株を検出する方法であって、
前記生体分子が、前記(a)のDNA鎖である、検出方法。 - (a)配列番号1で示される塩基配列からなるDNA鎖、
(b)ミスマッチ修復遺伝子の相同遺伝子、
(c)前記(a)のDNA鎖由来のRNA鎖、cDNA、もしくは蛋白質、及び
(d)前記(b)の相同遺伝子由来のRNA鎖、cDNA、もしくは蛋白質、
からなる群から選ばれる1つ以上の生体分子又はその一部を含む、担子菌亜門の生物の胞子欠損性の検査用マーカー。 - 請求項9の検査用マーカーの変異又は欠損の有無を指標として、担子菌亜門の生物の胞子欠損性変異株を検出する方法であって、
前記生体分子が、前記(a)のDNA鎖である、検出方法。 - 請求項5に記載の検出用試薬と、
DNAポリメラーゼと、
ヌクレオチドと、
を含む、
担子菌亜門の生物由来の、配列番号1で示される塩基配列からなるDNA鎖、又はミスマッチ修復遺伝子の相同遺伝子の、
変異又は欠損の有無を検出するための検出キット。 - 担子菌亜門の生物において、配列番号1で示される塩基配列を含む遺伝子、又はミスマッチ修復遺伝子の相同遺伝子を、ノックアウト又はノックダウンする工程を含む、胞子欠損性変異株の生産方法。
- 担子菌亜門の生物において、配列番号1で示される塩基配列を含む遺伝子、又はミスマッチ修復遺伝子の相同遺伝子を、ノックアウト又はノックダウンするためのベクター。
- 担子菌亜門の生物において、配列番号1で示される塩基配列を含む遺伝子、又はミスマッチ修復遺伝子の相同遺伝子が、ノックアウト又はノックダウンしている胞子欠損性変異株。
- 請求項13のベクターを細胞に導入する工程を経て生産された、請求項14に記載の胞子欠損性変異株。
- 請求項14又は15の胞子欠損性変異株から得られる、子実体。
- 担子菌亜門の生物由来の、
(a)配列番号1で示される塩基配列からなるDNA鎖、
(b)ミスマッチ修復遺伝子の相同遺伝子、
(c)前記(a)のDNA鎖由来のRNA鎖、cDNA、もしくは蛋白質、及び
(d)前記(b)の相同遺伝子由来のRNA鎖、cDNA、もしくは蛋白質、
からなる群から選ばれる1つ以上の生体分子の変異型生体分子。 - 前記(b)の相同遺伝子は、
(e)配列番号1で示される塩基配列に対して80%以上の相同性をする塩基配列、
(f)配列番号1で示される塩基配列に対して1又は複数個の塩基が欠失、置換、挿入、もしくは付加している塩基配列、
(g)配列番号1で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなる核酸にストリンジェントな条件下で特異的にハイブリダイズする核酸の塩基配列、
からなる群から選ばれる1つ以上の塩基配列を含み、
上記変異は、機能欠損変異であり、且つ胞子欠損性の表現型を誘導する変異である、請求項17に記載の変異型生体分子。 - (h)配列番号1で示される塩基配列からなるDNA鎖、
(i)配列番号1で示される塩基配列に対して80%以上の相同性を有する塩基配列からなるDNA鎖、
(j)配列番号1で示される塩基配列に対して1又は複数個の塩基が欠失、置換、挿入、もしくは付加している塩基配列からなるDNA鎖、
(k)配列番号1で示される塩基配列に相補的な塩基配列からなる核酸に、ストリンジェントな条件下で特異的にハイブリダイズする核酸の塩基配列からなるDNA鎖、及び
(l)前記(h)〜(k)のいずれか1つ以上のDNA鎖由来のRNA鎖、cDNA、もしくは蛋白質、
からなる群から選ばれる1つ以上の、単離された生体分子。 - 担子菌亜門の生物の胞子欠損性変異株の育種方法であって、
担子菌亜門の生物の胞子に請求項13に記載のベクターを導入した後、胞子欠損性変異を有する一核菌株の単胞子コロニーを、前記ベクターによってゲノムに導入されたマーカーの有無によって一次選抜する工程と、
前記一次選抜された胞子欠損性変異を有する一核菌株の単胞子コロニー同士を交配させて二核菌株を作出し、上記二核菌株を培養して得られる子実体の胞子の有無を確認することによって、胞子欠損性変異を有する二核菌株を二次選抜する工程と、
を含む、育種方法。 - 担子菌亜門の生物の胞子欠損性変異株の育種方法であって、
担子菌亜門の生物の胞子に人工変異処理を施して、変異型胞子および未変異型胞子の混在した人工変異処理済の胞子混合物を得る工程と、
前記人工変異処理済の胞子混合物を発芽させて得られる一核菌株の単胞子コロニーから抽出したゲノムDNAについて、請求項5に記載の検出用試薬、又は、請求項11に記載の検出キットを用いて、胞子欠損性変異を有する一核菌株の単胞子コロニーを核酸増幅法によって一次選抜する工程と、
前記一次選抜された担子菌亜門の生物の胞子欠損性変異を有する一核菌株の単胞子コロニー同士を交配させて二核菌株を作出し、上記二核菌株を培養して得られる子実体の胞子の有無を確認することによって、胞子欠損性変異を有する二核菌株を二次選抜する工程と、
を含む、育種方法。
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