JP2013511546A - エールリッヒア抗体の検出のためのペプチド、装置、および方法 - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、その全体が参照により本明細書中に組み込まれる、2009年11月20に出願された米国特許仮出願番号第61/263,329号の利益を主張する。
電子出願されるテキストファイルの説明
電子出願されたテキストファイルの内容は、その全体が参照により本明細書中に組み込まれる:配列表のコンピュータで読み取り可能な形式のコピー(ファイル名:ABAX_036_01WO_SeqList_ST25.txt、記録日:2010年11月18日、ファイルサイズ41キロバイト)。
X1−X2−X3−X4−X5−X6−X7−X8−T−X10−X11−X12−X13−G−L−K−Q−X18−W−X20−G−X22−X23−X24−X25−X26−X27−X28−X29−X30−X31−X32−X33−X34−X35−X36−X37−X38−X39−X40(配列番号1)
の配列を含み、ここで、X1〜X6およびX27〜X40のそれぞれは任意のアミノ酸であり、X7は、NおよびQからなる群から選択されるアミノ酸であり、X8は、TおよびPからなる群から選択されるアミノ酸であり、X10は、TおよびVからなる群から選択されるアミノ酸であり、X11は、GおよびAからなる群から選択されるアミノ酸であり、X12は、LおよびVからなる群から選択されるアミノ酸であり、X13は、YおよびFからなる群から選択されるアミノ酸であり、X18は、DおよびNからなる群から選択されるアミノ酸であり、X20は、DおよびNからなる群から選択されるアミノ酸であり、X22は、SおよびVからなる群から選択されるアミノ酸であり、X23は、A、SおよびTからなる群から選択されるアミノ酸であり、X24は、AおよびIからなる群から選択されるアミノ酸であり、X25は、S、TおよびPからなる群から選択されるアミノ酸であり、そしてX26は、S、NおよびKからなる群から選択されるアミノ酸である。
F−S−A−K−X5−X6−X7−A−E−T−X11−X12−T−F−G−X16−X17−X18−X19−X20−D−G−A−X24−X25−X26−X27−N−X29−V−X31−N−X33−F−T−I−S−N(配列番号59)
の配列を含み、ここで、X5は、EおよびQからなる群から選択されるアミノ酸であり、X6は、EおよびQからなる群から選択されるアミノ酸であり、X7は任意のアミノ酸であり、X11は、KおよびRからなる群から選択されるアミノ酸であり、X12は任意のアミノ酸であり、X16は、LおよびIからなる群から選択されるアミノ酸であり、X17は任意のアミノ酸であり、X18は、RおよびKからなる群から選択されるアミノ酸であり、X19は、QおよびNからなる群から選択されるアミノ酸であり、X20は、YおよびTからなる群から選択されるアミノ酸であり、X24は任意のアミノ酸であり、X25は、IおよびLからなる群から選択されるアミノ酸であり、X26は任意のアミノ酸であり、X27は、DおよびEからなる群から選択されるアミノ酸であり、X29は、EおよびQからなる群から選択されるアミノ酸であり、X31は、EおよびQからなる群から選択されるアミノ酸であり、そしてX33は、KおよびRからなる群から選択されるアミノ酸である。
G−X2−F−S−A−K−X7−X8−K−X10−A−D−T−R−X15−T−F−G−L−X20−K−Q−T−D−G−A−X27−I−X29−E−N−X32−V−X34−N−X36−F−T−I−S−N(配列番号92)
を含み、ここで、X2は、DおよびNからなる群から選択されるアミノ酸であり、X7は、EおよびQからなる群から選択されるアミノ酸であり、X8は、EおよびQからなる群から選択されるアミノ酸であり、X10は任意のアミノ酸であり、X15は任意のアミノ酸であり、X20は任意のアミノ酸であり、X27は任意のアミノ酸であり、X29は任意のアミノ酸であり、X32は、EおよびQからなる群から選択されるアミノ酸であり、X34は、EおよびQからなる群から選択されるアミノ酸であり、そしてX36は、KおよびRからなる群から選択されるアミノ酸である。ある実施形態では、本発明のペプチドは、X2がNであり、X7がEであり、X8がEであり、X32がQであり、X34がQであり、X36がKである配列番号92の配列を含むか、または配列番号92の配列から構成される。
本発明は、一つには、エールリッヒアOMP−1タンパク質の断片におけるある配列変異体は、様々なエールリッヒア種に対する抗体応答のロバストな検出をもたらすという発見に基づく。したがって、一態様において、本発明は、エールリッヒア抗原を認識する抗体と結合することができるペプチドを提供する。
X1−X2−X3−X4−X5−X6−X7−X8−T−X10−X11−X12−X13−G−L−K−Q−X18−W−X20−G−X22−X23−X24−X25−X26−X27−X28−X29−X30−X31−X32−X33−X34−X35−X36−X37−X38−X39−X40(配列番号1)
の配列を含み、ここで、配列番号1は本明細書全体にわたって用いられる場合、特に更に特定されない限り、次の特性を有する:X1〜X6およびX27〜X40のそれぞれは任意のアミノ酸であり、X7は、NおよびQからなる群から選択されるアミノ酸であり、X8は、TおよびPからなる群から選択されるアミノ酸であり、X10は、TおよびVからなる群から選択されるアミノ酸であり、X11は、GおよびAからなる群から選択されるアミノ酸であり、X12は、LおよびVからなる群から選択されるアミノ酸であり、X13は、YおよびFからなる群から選択されるアミノ酸であり、X18は、DおよびNからなる群から選択されるアミノ酸であり、X20は、DおよびNからなる群から選択されるアミノ酸であり、X22は、SおよびVからなる群から選択されるアミノ酸であり、X23は、A、SおよびTからなる群から選択されるアミノ酸であり、X24は、AおよびIからなる群から選択されるアミノ酸であり、X25は、S、TおよびPからなる群から選択されるアミノ酸であり、X26は、S、NおよびKからなる群から選択されるアミノ酸である。
F−S−A−K−X5−X6−X7−A−E−T−X11−X12−T−F−G−X16−X17−X18−X19−X20−D−G−A−X24−X25−X26−X27−N−X29−V−X31−N−X33−F−T−I−S−N(配列番号59)
を含むか、またはこの配列から構成され、ここで、X5は、EおよびQからなる群から選択されるアミノ酸であり、X6は、EおよびQからなる群から選択されるアミノ酸であり、X7は任意のアミノ酸であり、X11は、KおよびRからなる群から選択されるアミノ酸であり、X12は任意のアミノ酸であり、X16は、LおよびIからなる群から選択されるアミノ酸であり、X17は任意のアミノ酸であり、X18は、RおよびKからなる群から選択されるアミノ酸であり、X19は、QおよびNからなる群から選択されるアミノ酸であり、X20は、YおよびTからなる群から選択されるアミノ酸であり、X24は任意のアミノ酸であり、X25は、IおよびLからなる群から選択されるアミノ酸であり、X26は任意のアミノ酸であり、X27は、DおよびEからなる群から選択されるアミノ酸であり、X29は、EおよびQからなる群から選択されるアミノ酸であり、X31は、EおよびQからなる群から選択されるアミノ酸であり、そしてX33は、KおよびRからなる群から選択されるアミノ酸である。
G−X2−F−S−A−K−X7−X8−K−X10−A−D−T−R−X15−T−F−G−L−X20−K−Q−T−D−G−A−X27−I−X29−E−N−X32−V−X34−N−X36−F−T−I−S−N(配列番号92)
を含むか、またはこの配列から構成され、ここで、X2は、DおよびNからなる群から選択されるアミノ酸であり、X7は、EおよびQからなる群から選択されるアミノ酸であり、X8は、EおよびQからなる群から選択されるアミノ酸であり、X10は任意のアミノ酸であり、X15は任意のアミノ酸であり、X20は任意のアミノ酸であり、X27は任意のアミノ酸であり、X29は任意のアミノ酸であり、X32は、EおよびQからなる群から選択されるアミノ酸であり、X34は、EおよびQからなる群から選択されるアミノ酸であり、そしてX36は、KおよびRからなる群から選択されるアミノ酸である。ある実施形態では、本発明のペプチドは、X2がNであり、X7がEであり、X8がEであり、X32がQであり、X34がQであり、X36がKである、配列番号92の配列を含むか、または配列番号92の配列から構成される。他の実施形態において、本発明のペプチドは、配列番号93の配列、DNQVQNKFTISNYSFKYEDNP(配列番号93)を含むか、またはこの配列から構成される。
別の態様において、本発明は、試料においてエールリッヒア抗原のエピトープに対する抗体を検出する方法を提供する。ある実施形態では、当該方法は、試料を本発明のペプチドと接触させる工程、および、該ペプチドを含む抗体−ペプチド複合体の形成を検出する工程であって、該複合体の形成が、該試料中のエールリッヒア抗原のエピトープに対する抗体の存在を表す工程を含む。ある実施形態では、エールリッヒア抗原は感染性エールリッヒア種由来である。ある実施形態では、エールリッヒア抗原は、エールリッヒア・シャフェンシスまたはエールリッヒア・カニスなどの病原性エールリッヒア種由来である。単球性エールリッヒア症に関与するエールリッヒアの他の種も、本発明のペプチドと特異的に反応できる抗体を誘導するならば、本発明の方法を用いて検出することができる。したがって、「病原性エールリッヒア」という用語は、本明細書中で用いられる場合、単球性エールリッヒア症を引き起こす任意のそのようなエールリッヒア種を指すと理解されるべきである。
更に別の態様において、本発明はキットを提供する。ある実施形態では、キットは本発明のペプチドを含む。ある実施形態では、キットは、2、3、4、またはそれ以上の異なる本発明のペプチドを含む。ペプチドは、配列番号1、配列番号59、または配列番号92の配列を含み得る。ある実施形態では、ペプチドは、固体支持体に付着しているか、または固体支持体上に固定化されている。例えば、ある実施形態では、固体支持体は、ビーズ(例えば、コロイド粒子もしくはナノ粒子)、ラテラルフローイムノアッセイ装置中の流路、分析ローター中の流路、または管もしくはウェル(例えばプレート中)である。
エールリッヒアについて陽性であるか、または陰性であることがわかっている血清試料を用いて、計深棒試験を実施した。計深棒は、幅2mmのHF180ニトロセルロースからなり、17mmのCF6上部芯とニトロセルロース膜に付着したAIRM−2ペプチドを含む捕捉ラインとを有する。AIRM−2ペプチドは、それぞれが配列番号1の配列を有するビオチン化ペプチドの混合物であり、ストレプトアビジンを介して膜に付着していた。計深棒の下半分をPBS、1%のBSA、1%のTriton X−100、pH7.4の溶液でブロックした。
0.5mg/mlのAIRM−2ペプチド、ペプチド:ストレプトアビジン比1:4、およびOD1結合体を用いて実施例1の方法にしたがって計深棒試験を実施し、エールリッヒア陽性および陰性血清試料のパネルを試験した。結果を表3に示す。
実施例1の方法に従って計深棒試験を実施し、エールリッヒア陰性R09266−008血清試料でのエールリッヒア陽性BH19血清試料の連続希釈を分析した。結果を表4に示す。
それぞれ配列番号96または配列番号97の配列を有するビオチン化ペプチドの2つの異なる混合物を、標準的合成手順を用いて合成した:
配列番号96:F−S−A−K−E−E−X7−A−E−T−K−X12−T−F−G−L−X17−K−N−Y−D−G−A−X24−I−X26−D−N−Q−V−Q−N−K−F−T−I−S−N
配列番号97:F−S−A−K−E−E−X7−A−E−T−R−X12−T−F−G−L−X17−K−Q−Y−D−G−A−X24−I−X26−E−N−Q−V−Q−N−K−F−T−I−S−N(ここで、X7、X12、X17、X24、およびX26は任意のアミノ酸である)。
Claims (42)
- 配列番号1の式
X1−X2−X3−X4−X5−X6−X7−X8−T−X10−X11−X12−X13−G−L−K−Q−X18−W−X20−G−X22−X23−X24−X25−X26−X27−X28−X29−X30−X31−X32−X33−X34−X35−X36−X37−X38−X39−X40(配列番号1)
の配列を含む、単離されたペプチドであって、ここで、X1〜X6およびX27〜X40のそれぞれは、任意のアミノ酸であり、X7は、NおよびQからなる群から選択されるアミノ酸であり、X8は、TおよびPからなる群から選択されるアミノ酸であり、X10は、TおよびVからなる群から選択されるアミノ酸であり、X11は、GおよびAからなる群から選択されるアミノ酸であり、X12は、LおよびVからなる群から選択されるアミノ酸であり、X13は、YおよびFからなる群から選択されるアミノ酸であり、X18は、DおよびNからなる群から選択されるアミノ酸であり、X20は、DおよびNからなる群から選択されるアミノ酸であり、X22は、SおよびVからなる群から選択されるアミノ酸であり、X23は、A、SおよびTからなる群から選択されるアミノ酸であり、X24は、AおよびIからなる群から選択されるアミノ酸であり、X25は、S、TおよびPからなる群から選択されるアミノ酸であり、そしてX26は、S、NおよびKからなる群から選択されるアミノ酸である、ペプチド。 - X7がQであり、X25が、TおよびPからなる群から選択されるアミノ酸である、請求項1記載の単離されたペプチド。
- X1が、SおよびKからなる群から選択されるアミノ酸であり、X2が、A、V、およびRからなる群から選択されるアミノ酸であり、X3が、KおよびDからなる群から選択されるアミノ酸であり、X4がEであり、X5がE、D、およびNからなる群から選択されるアミノ酸であり、そしてX6が、KおよびQからなる群から選択されるアミノ酸である、請求項1記載の単離されたペプチド。
- X1がSであり、X2が、AおよびVからなる群から選択されるアミノ酸であり、X3がKであり、X4がEであり、X5が、EおよびDからなる群から選択されるアミノ酸であり、そしてX6がKである、請求項1記載の単離されたペプチド。
- X27〜X40が、Q−R−K−N−D−P−S−E−T−S−P−G−Q−E(配列番号3)、M−A−P−F−H−E−L−D−V−N−N−H−P−N(配列番号4)、S−L−N−V−S−F−L−I−D−P−M−A−P−F(配列番号5)、およびQ−D−S−N−L−Y−S−S−I−F−F−V−P−Q(配列番号6)からなる群から選択される配列を有する、請求項1記載の単離されたペプチド。
- さらなるN末端ペプチド配列を含み、該さらなるN末端ペプチド配列が、天然OMP−1配列または非OMP−1エールリッヒア抗原である、請求項1記載の単離されたペプチド。
- さらなるC末端ペプチド配列を含み、該さらなるC末端ペプチド配列が、天然OMP−1配列または非OMP−1エールリッヒア抗原である、請求項1記載の単離されたペプチド。
- 非OMP−1エールリッヒア抗原が、エールリッヒアp38、p43、p120、p140、p153、p156、p200、gp19、gp36、gp47、gp200、またはHGE−3タンパク質由来である、請求項6または7記載の単離されたペプチド。
- 少なくとも30、35、40、45、50、または60アミノ酸を含む、請求項1記載の単離されたペプチド。
- リガンドに結合している、請求項1記載の単離されたペプチド。
- ビオチン化されている、請求項1記載の単離されたペプチド。
- アビジン、ストレプトアビジン、ニュートラビジン、またはそのHRPもしくはコロイド状金との結合体に結合している、請求項1記載の単離されたペプチド。
- 固体支持体に付着しているかまたは固定化されている、請求項1記載の単離されたペプチド。
- ビーズ、ラテラルフローイムノアッセイ装置中の流路、マイクロタイタープレート中のウェル、またはローター中の流路に付着しているかまたは固定化されている、請求項1記載の単離されたペプチド。
- 配列番号7〜22および配列番号27〜58からなる群から選択される配列を含む、請求項1記載の単離されたペプチド。
- 第1の単離されたペプチドおよび第2の単離されたペプチドを含む単離されたペプチドの混合物であって、第1の単離されたペプチドが第2の単離されたペプチドとは異なり、第1および第2の単離されたペプチドがそれぞれ、配列番号1の配列
X1−X2−X3−X4−X5−X6−X7−X8−T−X10−X11−X12−X13−G−L−K−Q−X18−W−X20−G−X22−X23−X24−X25−X26−X27−X28−X29−X30−X31−X32−X33−X34−X35−X36−X37−X38−X39−X40(配列番号1)
を含み、ここで、X1〜X6およびX27〜X40のそれぞれは任意のアミノ酸であり、X7は、NおよびQからなる群から選択されるアミノ酸であり、X8は、TおよびPからなる群から選択されるアミノ酸であり、X10は、TおよびVからなる群から選択されるアミノ酸であり、X11は、GおよびAからなる群から選択されるアミノ酸であり、X12は、LおよびVからなる群から選択されるアミノ酸であり、X13は、YおよびFからなる群から選択されるアミノ酸であり、X18は、DおよびNからなる群から選択されるアミノ酸であり、X20は、DおよびNからなる群から選択されるアミノ酸であり、X22は、SおよびVからなる群から選択されるアミノ酸であり、X23は、A、SおよびTからなる群から選択されるアミノ酸であり、X24は、AおよびIからなる群から選択されるアミノ酸であり、X25は、S、TおよびPからなる群から選択されるアミノ酸であり、そしてX26は、S、NおよびKからなる群から選択されるアミノ酸である、単離されたペプチドの混合物。 - 3以上の異なる単離されたペプチドを含む単離されたペプチドの混合物であって、それぞれの単離されたペプチドが、配列番号1の配列
X1−X2−X3−X4−X5−X6−X7−X8−T−X10−X11−X12−X13−G−L−K−Q−X18−W−X20−G−X22−X23−X24−X25−X26−X27−X28−X29−X30−X31−X32−X33−X34−X35−X36−X37−X38−X39−X40(配列番号1)
を含み、ここで、X1〜X6およびX27〜X40のそれぞれは任意のアミノ酸であり、X7は、NおよびQからなる群から選択されるアミノ酸であり、X8は、TおよびPからなる群から選択されるアミノ酸であり、X10は、TおよびVからなる群から選択されるアミノ酸であり、X11は、GおよびAからなる群から選択されるアミノ酸であり、X12は、LおよびVからなる群から選択されるアミノ酸であり、X13は、YおよびFからなる群から選択されるアミノ酸であり、X18は、DおよびNからなる群から選択されるアミノ酸であり、X20は、DおよびNからなる群から選択されるアミノ酸であり、X22は、SおよびVからなる群から選択されるアミノ酸であり、X23は、A、SおよびTからなる群から選択されるアミノ酸であり、X24は、AおよびIからなる群から選択されるアミノ酸であり、X25は、S、TおよびPからなる群から選択されるアミノ酸であり、そしてX26は、S、NおよびKからなる群から選択されるアミノ酸である、単離されたペプチドの混合物。 - それぞれの単離されたペプチドがリガンドに結合している、請求項16または17記載の混合物。
- 単離されたペプチドの1以上がビオチン化されている、請求項16または17記載の混合物。
- 単離されたペプチドの1以上が、アビジン、ストレプトアビジン、またはニュートラビジンと結合している、請求項16または17記載の混合物。
- それぞれの単離されたペプチドが固体支持体に固定化されている、請求項16または17記載の混合物。
- 以下の工程を含む、試料中でエールリッヒア抗原のエピトープに対する抗体を検出する方法:
試料を請求項1記載の単離されたペプチドと接触させる工程;および
該単離されたペプチドを含む抗体−ペプチド複合体の形成を検出する工程であって、該複合体の形成が、エールリッヒア抗原のエピトープに対する抗体が該試料中に存在することを表す、工程。 - 前記エールリッヒア抗原が、エールリッヒア・シャフェンシス種またはエールリッヒア・カニス種由来である、請求項22記載の方法。
- 前記単離されたペプチドが固体支持体に固定化されている、請求項22記載の方法。
- 前記固体支持体が、ビーズ、ラテラルフローアッセイ装置中の流路、マイクロタイタープレート中のウェル、またはローター中の流路である、請求項24記載の方法。
- 前記検出工程が、(i)ELISAアッセイを実施すること、(ii)ラテラルフローアッセイを実施すること、(iii)凝集アッセイを実施すること、または(iv)分析ローターを通じて試料を流すことを含む、請求項22記載の方法。
- 前記試料がヒトまたはイヌ対象由来である、請求項22記載の方法。
- 前記試料が血液、血清、脳脊髄液、尿、または唾液の試料である、請求項22記載の方法。
- 前記試料を請求項1記載の2以上の単離されたペプチドと接触させる工程を含む、請求項22記載の方法。
- 以下の工程を含む、対象において単球性エールリッヒア症を診断する方法:
対象由来の試料を請求項1記載の単離されたペプチドと接触させる工程;および
該ペプチドを含む抗体−ペプチド複合体の形成を検出する工程であって、該複合体の形成が、該対象が単球性エールリッヒア症を有することを表す、工程。 - 請求項1記載の1以上の単離されたペプチドと、該1以上の単離されたペプチドのエピトープを認識する抗体と結合することができる標識試薬とを含む、キット。
- 前記1以上の単離されたペプチドが固体支持体に付着している、請求項31記載のキット。
- 前記1以上の単離されたペプチドが、ビーズ、管もしくはウェル、ラテラルフローアッセイ装置、または分析ローターに付着している、請求項31記載のキット。
- 標識試薬が、検出可能な標識に結合した抗ヒトまたは抗イヌIgG抗体である、請求項31記載のキット。
- 検出可能な標識がコロイド状金粒子である、請求項34記載のキット。
- 配列番号59の式
F−S−A−K−X5−X6−X7−A−E−T−X11−X12−T−F−G−X16−X17−X18−X19−X20−D−G−A−X24−X25−X26−X27−N−X29−V−X31−N−X33−F−T−I−S−N(配列番号59)
の配列を含む、単離されたペプチドであって、ここで、X5は、EおよびQからなる群から選択されるアミノ酸であり、X6は、EおよびQからなる群から選択されるアミノ酸であり、X7は任意のアミノ酸であり、X11は、KおよびRからなる群から選択されるアミノ酸であり、X12は任意のアミノ酸であり、X16は、LおよびIからなる群から選択されるアミノ酸であり、X17は任意のアミノ酸であり、X18は、RおよびKからなる群から選択されるアミノ酸であり、X19は、QおよびNからなる群から選択されるアミノ酸であり、X20は、YおよびTからなる群から選択されるアミノ酸であり、X24は任意のアミノ酸であり、X25は、IおよびLからなる群から選択されるアミノ酸であり、X26は任意のアミノ酸であり、X27は、DおよびEからなる群から選択されるアミノ酸であり、X29は、EおよびQからなる群から選択されるアミノ酸であり、X31は、EおよびQからなる群から選択されるアミノ酸であり、そしてX33は、KおよびRからなる群から選択されるアミノ酸である、単離されたペプチド。 - X5がEであり、X6がEであり、X16がLであり、X18がKであり、X20がYであり、X25がIであり、X29がQであり、X31がQであり、X33がKである、請求項36記載の単離されたペプチド。
- X7がKであり、X12が、KおよびRからなる群から選択されるアミノ酸であり、X17が、EおよびDからなる群から選択されるアミノ酸であり、X24が、KおよびQからなる群から選択されるアミノ酸であり、そしてX26が、EおよびTからなる群から選択されるアミノ酸である、請求項36記載の単離されたペプチド。
- 配列番号92の式
G−X2−F−S−A−K−X7−X8−K−X10−A−D−T−R−X15−T−F−G−L−X20−K−Q−T−D−G−A−X27−I−X29−E−N−X32−V−X34−N−X36−F−T−I−S−N(配列番号92)
の配列を含む、単離されたペプチドであって、ここで、X2は、DおよびNからなる群から選択されるアミノ酸であり、X7は、EおよびQからなる群から選択されるアミノ酸であり、X8は、EおよびQからなる群から選択されるアミノ酸であり、X10は任意のアミノ酸であり、X15は任意のアミノ酸であり、X20は任意のアミノ酸であり、X27は任意のアミノ酸であり、X29は任意のアミノ酸であり、X32は、EおよびQからなる群から選択されるアミノ酸であり、X34は、EおよびQからなる群から選択されるアミノ酸であり、そしてX36は、KおよびRからなる群から選択されるアミノ酸である、単離されたペプチド。 - X2がNであり、X7がEであり、X8がEであり、X32がQであり、X34がQであり、X36がKである、請求項39記載の単離されたペプチド。
- 固体支持体に付着しているかまたは固定化されている、請求項36または39記載の単離されたペプチド。
- ビーズ、ラテラルフローイムノアッセイ装置中の流路、マイクロタイタープレート中のウェル、またはローター中の流路に付着しているかまたは固定化されている、請求項41記載の単離されたペプチド。
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