JP2017515103A - エーリキア属の種を同定するための組成物及び方法 - Google Patents
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Abstract
Description
本願は、2014年4月4日出願の米国特許仮出願第61/975,581号の利益を主張するものであり、この出願は、その全体が参照により本明細書中に組み込まれる。
電子出願されたテキストファイルの内容は、その全体が参照により本明細書中に組み込まれる:配列表のコンピューターで読み取り可能な形式のコピー(ファイル名:ABAX_043_01WO_SeqList_ST25.txt、記録日:2015年4月1日、ファイルサイズ86キロバイト)。
本発明は、広義には、細菌感染を検出し、細菌種を同定するための組成物及び方法に関する。特に、本発明は、細菌抗原(例えば、エーリキア属の種由来の抗原)に対する抗体を検出するためのペプチド組成物、方法、及びキットに関する。
エーリキア属細菌は、哺乳類宿主中の循環リンパ球に感染する偏性細胞内病原体である。エーリキア属伝染の最も自然な流行は、種々の媒介ダニを介してである。エーリキア・カニス(Ehrlichia canis)(E.カニス)及びエーリキア・シャフェンシス(Ehrlichia chaffeensis)(E.シャフェンシス)は、イヌ科動物及びヒトに感染するエーリキア属の同じ亜属群のメンバーであり、イヌ科動物の単球エーリキア症(CME)及びヒト単球エーリキア症(HME)をそれぞれ引き起こす。エーリキア・エウィンギ(Ehrlichia ewingii)(E.エウィンギ)として知られるエーリキア属の別の種は、顆粒球に対する指向性を有し、顆粒球エーリキア症を引き起こす。イヌ科動物の疾患は、発熱、癲癇、協調運動不能、けん怠感、出血症状、リンパ節膨張、体重減少、及び汎血球減少症によって特徴付けられる。ヒトにおいて、該疾患は、発熱、頭痛、筋肉痛、及び白血球減少によって特徴付けられる。
対象由来の試料を単離されたペプチドの第1集団に接触させる段階と;
抗体と第1集団における1つまたは複数のペプチドとを含む第1の複合体セットの形成を検出する段階と;
前記試料を単離されたペプチドの第2集団に接触させる段階と;
抗体と第2集団における1つまたは複数のペプチドとを含む第2の複合体セットの形成を検出する段階とを含み、ここで、第1及び第2の複合体セットの両方の形成は、対象がE.エウィンギに感染していることを示し、第2の複合体セットではなく第1の複合体セットの形成は、対象がE.カニス及び/またはE.シャフェンシスに感染していることを示す。いくつかの実施形態において、単離されたペプチドの第1集団は、少なくとも3つの異なるペプチドを含み、各々のペプチドは、
の配列またはその断片を含み、ここで、X2は、A及びVからなる群から選択されるアミノ酸であり、X5は、E及びDからなる群から選択されるアミノ酸であり、X8は、T及びPからなる群から選択されるアミノ酸であり、X10は、T及びVからなる群から選択されるアミノ酸であり、X11は、G及びAからなる群から選択されるアミノ酸であり、X12は、L及びVからなる群から選択されるアミノ酸であり、X13は、Y及びFからなる群から選択されるアミノ酸であり、X18は、D及びNからなる群から選択されるアミノ酸であり、X20は、D及びNからなる群から選択されるアミノ酸であり、X22は、S及びVからなる群から選択されるアミノ酸であり、X23は、A、S、及びTからなる群から選択されるアミノ酸であり、X24は、A及びIからなる群から選択されるアミノ酸であり、X25は、T及びPからなる群から選択されるアミノ酸であり、X26は、S、N、及びKからなる群から選択されるアミノ酸であり、X39は、任意のアミノ酸であり、X44は、任意のアミノ酸であり、X49は、任意のアミノ酸であり、X56は、任意のアミノ酸であり、並びにX58は、任意のアミノ酸である。関連する実施形態において、単離されたペプチドの第2集団は、少なくとも3つの異なるペプチドを含み、各々のペプチドは、
の配列またはその断片を含み、ここで、X7は、任意のアミノ酸であり、X12は、任意のアミノ酸であり、X17は、任意のアミノ酸であり、X24は、任意のアミノ酸であり、及びX26は、任意のアミノ酸である。
対象由来の試料を本明細書に記載の単離されたペプチドの第1集団に接触させる段階と;
抗体と前記第1集団における1つまたは複数のペプチドとを含む第1の複合体セットの形成を検出する段階と;
前記試料を単離されたペプチドの第3集団に接触させる段階と;
抗体と第3集団における1つまたは複数のペプチドとを含む第3の複合体セットの形成を検出する段階とを含み、ここで、第1及び第3の抗体−ペプチド複合体セットの両方の形成は、対象がE.カニス及び/またはE.シャフェンシスに感染していることを示し、第3の抗体−ペプチド複合体セットではなく第1の抗体−ペプチド複合体セットの形成は、対象がE.エウィンギに感染していることを示す。特定の実施形態において、単離されたペプチドの第3集団は、少なくとも3つの異なるペプチドを含み、各々のペプチドは、
の配列またはその断片を含み、ここで、X2は、A及びVからなる群から選択されるアミノ酸であり、X5は、E及びDからなる群から選択されるアミノ酸であり、X8は、T及びPからなる群から選択されるアミノ酸であり、X10は、T及びVからなる群から選択されるアミノ酸であり、X11は、G及びAからなる群から選択されるアミノ酸であり、X12は、L及びVからなる群から選択されるアミノ酸であり、X13は、Y及びFからなる群から選択されるアミノ酸であり、X18は、D及びNからなる群から選択されるアミノ酸であり、X20は、D及びNからなる群から選択されるアミノ酸であり、X22は、S及びVからなる群から選択されるアミノ酸であり、X23は、A、S、及びTからなる群から選択されるアミノ酸であり、X24は、A及びIからなる群から選択されるアミノ酸であり、X25は、T及びPからなる群から選択されるアミノ酸であり、X26は、S、N、及びKからなる群から選択されるアミノ酸であり、X39は、任意のアミノ酸であり、X41は、D及びNからなる群から選択されるアミノ酸であり、X44は、任意のアミノ酸であり、X48は、V及びAからなる群から選択されるアミノ酸であり、X49は、任意のアミノ酸であり、X56は、任意のアミノ酸であり、並びにX58は、任意のアミノ酸である。
対象由来の試料を本明細書に記載の単離されたペプチドの第1集団に接触させる段階と;
抗体と第1集団における1つまたは複数のペプチドとを含む第1の複合体セットの形成を検出する段階と;
前記試料を本明細書に記載の単離されたペプチドの第2集団に接触させる段階と;
抗体と第2集団における1つまたは複数のペプチドとを含む第2の複合体セットの形成を検出する段階と;
前記試料を本明細書に記載の単離されたペプチドの第3集団に接触させる段階と;
抗体と第3集団における1つまたは複数のペプチドとを含む第3の複合体セットの形成を検出する段階とを含み、ここで、第3の複合体セットではなく第1及び第2の複合体セットの両方の形成は、対象がE.エウィンギに感染していることを示し、第2の複合体セットではなく第1及び第3の複合体セットの両方の形成は、対象がE.カニス及び/またはE.シャフェンシスに感染していることを示す。
本明細書中で用いられる場合、以下の用語は以下の意味を有する:
対象由来の試料を単離されたペプチドの第1集団に接触させる段階と;
抗体と第1集団における1つまたは複数のペプチドとを含む第1の複合体セットの形成を検出する段階と;
前記試料を本明細書に記載の単離されたペプチドの第2集団に接触させる段階と;
抗体と第2集団における1つまたは複数のペプチドとを含む第2の複合体セットの形成を検出する段階とを含み、ここで、第1及び第2の複合体セットの両方の形成は、対象がE.エウィンギに感染していることを示し、第2の複合体セットではなく第1の複合体セットの形成は、対象がE.カニス及び/またはE.シャフェンシスに感染していることを示す。
対象由来の試料を本明細書に記載の単離されたペプチドの第1集団に接触させる段階と;
抗体と第1集団における1つまたは複数のペプチドとを含む第1の複合体セットの形成を検出する段階と;
前記試料を本明細書に記載の単離されたペプチドの第3集団に接触させる段階と;
抗体と第3集団における1つまたは複数のペプチドとを含む第3の複合体セットの形成を検出する段階とを含み、ここで、第1及び第3の抗体−ペプチド複合体セットの両方の形成は、対象がE.カニス及び/またはE.シャフェンシスに感染していることを示し、第3の抗体−ペプチド複合体セットではなく第1の抗体−ペプチド複合体セットの形成は、対象がE.エウィンギに感染していることを示す。
対象由来の試料を本明細書に記載の単離されたペプチドの第1集団に接触させる段階と;
抗体と第1集団における1つまたは複数のペプチドとを含む第1の複合体セットの形成を検出する段階と;
前記試料を本明細書に記載の単離されたペプチドの第2集団に接触させる段階と;
抗体と第2集団における1つまたは複数のペプチドとを含む第2の複合体セットの形成を検出する段階と;
前記試料を本明細書に記載の単離されたペプチドの第3集団に接触させる段階と;
抗体と第3集団における1つまたは複数のペプチドとを含む第3の複合体セットの形成を検出する段階とを含み、ここで、第3の複合体セットではなく第1及び第2の複合体セットの両方の形成は、対象がE.エウィンギに感染していることを示し、第2の複合体セットではなく第1及び第3の複合体セットの両方の形成は、対象がE.カニス及び/またはE.シャフェンシスに感染していることを示す。
の配列またはその断片を含み、ここで、X2は、A及びVからなる群から選択されるアミノ酸であり、X5は、E及びDからなる群から選択されるアミノ酸であり、X8は、T及びPからなる群から選択されるアミノ酸であり、X10は、T及びVからなる群から選択されるアミノ酸であり、X11は、G及びAからなる群から選択されるアミノ酸であり、X12は、L及びVからなる群から選択されるアミノ酸であり、X13は、Y及びFからなる群から選択されるアミノ酸であり、X18は、D及びNからなる群から選択されるアミノ酸であり、X20は、D及びNからなる群から選択されるアミノ酸であり、X22は、S及びVからなる群から選択されるアミノ酸であり、X23は、A、S、及びTからなる群から選択されるアミノ酸であり、X24は、A及びIからなる群から選択されるアミノ酸であり、X25は、T及びPからなる群から選択されるアミノ酸であり、X26は、S、N、及びKからなる群から選択されるアミノ酸であり、X39は、任意のアミノ酸であり、X44は、任意のアミノ酸であり、X49は、任意のアミノ酸であり、X56は、任意のアミノ酸であり、並びにX58は、任意のアミノ酸である。
の配列またはその断片を含み、ここで、X7は、任意のアミノ酸であり、X12は、任意のアミノ酸であり、X17は、任意のアミノ酸であり、X24は、任意のアミノ酸であり、及びX26は、任意のアミノ酸である。
の配列またはその断片を含み、ここで、X2は、A及びVからなる群から選択されるアミノ酸であり、X5は、E及びDからなる群から選択されるアミノ酸であり、X8は、T及びPからなる群から選択されるアミノ酸であり、X10は、T及びVからなる群から選択されるアミノ酸であり、X11は、G及びAからなる群から選択されるアミノ酸であり、X12は、L及びVからなる群から選択されるアミノ酸であり、X13は、Y及びFからなる群から選択されるアミノ酸であり、X18は、D及びNからなる群から選択されるアミノ酸であり、X20は、D及びNからなる群から選択されるアミノ酸であり、X22は、S及びVからなる群から選択されるアミノ酸であり、X23は、A、S、及びTからなる群から選択されるアミノ酸であり、X24は、A及びIからなる群から選択されるアミノ酸であり、X25は、T及びPからなる群から選択されるアミノ酸であり、X26は、S、N、及びKからなる群から選択されるアミノ酸であり、X39は、任意のアミノ酸であり、X41は、D及びNからなる群から選択されるアミノ酸であり、X44は、任意のアミノ酸であり、X48は、V及びAからなる群から選択されるアミノ酸であり、X49は、任意のアミノ酸であり、X56は、任意のアミノ酸であり、並びにX58は、任意のアミノ酸である。
本明細書に記載の単離されたペプチドの第1集団と;
本明細書に記載の単離されたペプチドの第2集団と;
本明細書に記載の単離されたペプチドの第3集団と;
存在する場合に生物試料中のエーリキア属の種を同定するためにペプチドの第1、第2、及び第3集団を使用するための使用説明書と
を含む。
この実施例は、特定のエーリキア属の種に特異的な抗体が生成され、本明細書に記載のペプチドの集団に反応することが分かったことを示す。
1.被覆抗原
1.1. 96ウェルプレート(Thermo Scientific Nunc(商標)MaxiSorp「マイクロプレート」)中の所望の数のウェルを、1〜20μg/mLのアバクシス社のエーリキア抗原集団ECHEW1、EE12EW1、またはEE13(各々は、BSAにコンジュゲートさせ、0.1M炭酸/重炭酸ナトリウム緩衝液(pH9〜9.4)に希釈した)で被膜した。0.1mLの抗原を各ウェルに添加し、プレートをマイクロプレートシェーカー上で、250〜300rpmで室温にておよそ1時間インキュベートすることで被覆を行った。
1.2. 被覆溶液を除去した後、紙タオル上でプレートを軽くたたき、もしあれば懸滴を除去した。0.3mLの脱イオン水を各ウェルに添加し、プレートを250〜300rpmで5分間振動させた。液体を上述のように除去した。
1.3. 1.2と同様に、洗浄工程を2回繰り返した。
2.プレートのブロッキング
2.1. 被覆したプレートウェルを、100mLの脱イオン水中に30gの無脂肪乳からなるブロッキング溶液で処理することでブロックした。各ウェルに0.3mlのブロッキング溶液を充填し、プレートをシェーカー上に250〜300rpmでおよそ1時間載置した。
2.2. ブロッキング溶液を除去し、紙タオル上でプレートを軽くたたき、懸滴を除去した。
3.試料/キャリブレータインキュベーション
3.1. 抗エーリキア抗体キャリブレータを、公知の種に対して高力価の血漿試料のプールを作製することで、イヌ科動物の血漿から生成した。SNAP 4DX Plus(商標)及びSNAP 3DX(商標)(IDEXXによって作製、E.エウィンギではなくE.カニス、E.エウィンギ及びE.シャフェンシスに対する抗体を検出する)鑑別試験及びIFAによって種を判断した。その後、プールに任意のスコアを割り当て、陰性イヌ科動物血漿希釈液中で種々のレベルに希釈した。スコアは、希釈と線形的にスケーリングした:例えば、スコア40の試料は、得られたスコアが20のものの2倍に希釈した。5つのエーリキアキャリブレータのセットを、エーリキアELISA用の各プレート上で実行した。1つのセットは、E.カニス、E.シャフェンシス及びE.エウィンギに陽性である血漿試料から構成され、ECHEW1被膜プレートと一緒に使用した。1つのセットは、カニス及びシャフェンシスそれぞれのIFAにおいて近い力価を示す試料を用いた、抗E.カニス/E.シャフェンシス陽性試料から構成され、ECHEW1被膜プレート及びEE12EW1被膜プレートと一緒に使用した。別のセットは、抗E.エウィンギ陽性試料から構成され、EE13被膜プレートと一緒に使用した。各イヌ血漿試料またはキャリブレータは、ブロッキング溶液中で250倍に希釈した。希釈したキャリブレータとイヌ血漿試料の各々の0.1mLのアリコートをウェルに添加し、プレートをシェーカー上に250〜300rpmで1時間載置した。キャリブレータ及びイヌ血漿試料の両方を2回実行し、報告した結果は、2回の読み取りの平均である。
3.2. 試料溶液を除去し、50mMのTrizma塩基(シグマアルドリッチT1503)及び0.05%のCHAPS洗剤(pH8.0)(シグマアルドリッチC3023)を含む洗浄緩衝液でプレートを洗浄した。0.3mLの洗浄緩衝液を添加し、プレートを250〜300rpmで5分間振動することで洗浄工程を行った。プレートを反転させることで洗浄溶液を除去した後、紙タオル上で軽くたたき、もしあれば懸滴を除去した。
3.3. 上記の洗浄工程を2回繰り返した。
4.コンジュゲートインキュベーション
4.1. タンパク質A−HRPコンジュゲート(Bio−Rad 170−6522)をブロッキング溶液(上の2.1に記載)中に8000倍に希釈し、0.1mLの希釈コンジュゲートを各ウェルに添加した。次いで、プレートを250〜300rpmで室温にておよそ1時間振動させながらインキュベートした。
4.2. コンジュゲートを除去し、プレートを紙タオル上で軽くたたき、懸滴を除去した。3.2及び3.3で上述したように、プレートを3回洗浄した。最後に、プレートをウェル当たり0.3mLの希釈水で洗浄した。
4.3.0.1mLの基質TMB溶液(Millipore ES022)を添加することによって、結合したコンジュゲートを分析した。基質を室温で10分間反応させ、OD650nmの読み取りをプレートリーダー(Spectramax340PC.)で行った。
この実施例は、抗エーリキア抗体の存在の検出と、存在する場合には、ELISAにおいてペプチドのECHEW1、EE13、及びEE12EW1集団を用いて基準方法によって抗エーリキア陽性または陰性であると同定されたさらなる試料由来の種特異的抗体とを示す。ELISA結果が基準方法の結果と一致することを示す。
(表1)公知のエーリキア陽性または陰性試料のELISA結果
1試料状態は、IFA及びSNAP試験の結果から判断した。
2ECHEW1のELISA結果は、スコア≧3の場合には「陽性」、スコア<3の場合には「陰性」として分類した。
この実施例は、単離されたペプチドの3つの集団、ECHEW1、EE13、及びEE12EW1の標準曲線をどのように生成することができるかのみならず、3つの未知の試料を本発明の方法に従ってどのように分類したかを詳細に示す。
ペプチドの各集団の標準曲線は、x軸にスコア(全ての種のECHEW1スコア、カニス及び/またはシャフェンシスのEE12EW1スコア、及びエウィンギのEE13スコア)及びy軸に光学密度(OD)で、ELISAキャリブレータをそれぞれ用いて調製した。未知の試料のエーリキアスコアを、この標準曲線から補間した。未知の試料のECHEW1スコア、EE12EW1スコア、またはEE13スコアは、較正曲線の範囲内にある希釈からODを用いて判断した。
ECHEW1:OD=0.0088(ECHEW1スコア)+0.0027
EE12EW1:OD=0.0055(EE12EW1スコア)+0.005
EE13:OD=0.0069(EE13スコア)+0.0029
(スコア)=(OD−B)/A
ここで、Bは標準曲線の切片であり、Aは勾配である。
各スコアについて、使用したOD及び定数は、当該ペプチド集団に由来する。
1.)未知1
(ECHEW1スコア)=(0.42−0.0027)/0.0088=47
(EE12EW1スコア)=(0.03−0.005)/0.0055=5
(EE13スコア)=(0.34−0.0029)/0.0069=49
2.)未知2
(ECHEW1スコア)=(0.48−0.0027)/0.0088=54
(EE12EW1スコア)=(0.31−0.005)/0.0055=55
(EE13スコア)=(0.01−0.0029)/0.0069=1
EE12EW1スコア>>EE13スコアであるため、試料は、E.カニス/E.シャフェンシスに対して陽性である。
3.)未知3
(ECHEW1スコア)=(0.003−0.0027)/0.0088=0
(EE12EW1スコア)=(0.012−0.005)/0.0055=1
(EE13スコア)=(0.002−0.0029)/0.0069=0
3つ全てのスコアは非常に低いため、試料は、3つ全てのエーリキア属の種に対して陰性である。
ELISA試験法のカットオフは、294個の試料、128個の陰性及び166個の陽性の分析に基づいて算出した。これらの試料は、SNAP 4Dx Plus、及びE.カニス及びE.シャフェンシスIFA力価を使用して分類した。この研究で用いた試料は、両方の方法が一致した、すなわち、SNAP及びIFAの両方とも陽性または両方とも陰性であったもののいずれかである。この場合、IFA力価のうちのどちらか高いほうが、使用した値であった。これら294個の試料の各々は、実施例1に記載の手順に従って、ELISAアッセイを用いて試験し、抗体レベルスコアを、試料ごとの各アッセイ結果に割り当てた。このELISAアッセイを行った試料の陽性及び陰性状態は、ECHEW1スコアのみに基づいて判断したため、ここの計算全ては、これらの試料のECHEW1スコアに関するものであった。
陰性試料の平均は、0.37
陰性試料の標準偏差は、0.82
平均+3×{標準偏差}は、2.84である。
Claims (31)
- 対象由来の試料を少なくとも3つの異なるペプチドを含む単離されたペプチドの第1集団に接触させる段階であって、各々のペプチドが、
の配列またはその断片を含み、ここで、X2は、A及びVからなる群から選択されるアミノ酸であり、X5は、E及びDからなる群から選択されるアミノ酸であり、X8は、T及びPからなる群から選択されるアミノ酸であり、X10は、T及びVからなる群から選択されるアミノ酸であり、X11は、G及びAからなる群から選択されるアミノ酸であり、X12は、L及びVからなる群から選択されるアミノ酸であり、X13は、Y及びFからなる群から選択されるアミノ酸であり、X18は、D及びNからなる群から選択されるアミノ酸であり、X20は、D及びNからなる群から選択されるアミノ酸であり、X22は、S及びVからなる群から選択されるアミノ酸であり、X23は、A、S、及びTからなる群から選択されるアミノ酸であり、X24は、A及びIからなる群から選択されるアミノ酸であり、X25は、T及びPからなる群から選択されるアミノ酸であり、X26は、S、N、及びKからなる群から選択されるアミノ酸であり、X39は、任意のアミノ酸であり、X44は、任意のアミノ酸であり、X49は、任意のアミノ酸であり、X56は、任意のアミノ酸であり、並びにX58は、任意のアミノ酸である、前記段階と;
抗体と前記第1集団における1つまたは複数のペプチドとを含む第1の複合体セットの形成を検出する段階と;
前記試料を少なくとも3つの異なるペプチドを含む単離されたペプチドの第2集団に接触させる段階であって、各々のペプチドが、
の配列またはその断片を含み、ここで、X7は、任意のアミノ酸であり、X12は、任意のアミノ酸であり、X17は、任意のアミノ酸であり、X24は、任意のアミノ酸であり、及びX26は、任意のアミノ酸である、前記段階と;
抗体と前記第2集団における1つまたは複数のペプチドとを含む第2の複合体セットの形成を検出する段階であって、前記第1及び第2の複合体セットの両方の形成が、前記対象がエーリキア・エウィンギ(Ehrlichia ewingii)(E.エウィンギ)に感染していることを示し、前記第2の複合体セットではなく前記第1の複合体セットの形成が、前記対象がエーリキア・カニス(Ehrlichia canis)(E.カニス)及び/またはエーリキア・シャフェンシス(Ehrlichia chaffeensis)(E.シャフェンシス)に感染していることを示す、前記段階と
を含む、存在する場合に対象に感染しているエーリキア属の種を同定するための方法。 - 対象由来の試料を請求項1に記載の単離されたペプチドの第1集団に接触させる段階と;
抗体と前記第1集団における1つまたは複数のペプチドとを含む第1の複合体セットの形成を検出する段階と;
前記試料を少なくとも3つの異なるペプチドを含む単離されたペプチドの第3集団に接触させる段階であって、各々のペプチドが、
の配列またはその断片を含み、ここで、X2は、A及びVからなる群から選択されるアミノ酸であり、X5は、E及びDからなる群から選択されるアミノ酸であり、X8は、T及びPからなる群から選択されるアミノ酸であり、X10は、T及びVからなる群から選択されるアミノ酸であり、X11は、G及びAからなる群から選択されるアミノ酸であり、X12は、L及びVからなる群から選択されるアミノ酸であり、X13は、Y及びFからなる群から選択されるアミノ酸であり、X18は、D及びNからなる群から選択されるアミノ酸であり、X20は、D及びNからなる群から選択されるアミノ酸であり、X22は、S及びVからなる群から選択されるアミノ酸であり、X23は、A、S、及びTからなる群から選択されるアミノ酸であり、X24は、A及びIからなる群から選択されるアミノ酸であり、X25は、T及びPからなる群から選択されるアミノ酸であり、X26は、S、N、及びKからなる群から選択されるアミノ酸であり、X39は、任意のアミノ酸であり、X41は、D及びNからなる群から選択されるアミノ酸であり、X44は、任意のアミノ酸であり、X48は、V及びAからなる群から選択されるアミノ酸であり、X49は、任意のアミノ酸であり、X56は、任意のアミノ酸であり、並びにX58は、任意のアミノ酸である、前記段階と;
抗体と前記第3集団における1つまたは複数のペプチドとを含む第3の複合体セットの形成を検出する段階であって、前記第1及び第3の抗体−ペプチド複合体セットの両方の形成が、前記対象がE.カニス及び/またはE.シャフェンシスに感染していることを示し、前記第3の抗体−ペプチド複合体セットではなく前記第1の抗体−ペプチド複合体セットの形成が、前記対象がE.エウィンギに感染していることを示す、前記段階と
を含む、存在する場合に対象に感染しているエーリキア属の種を同定するための方法。 - 配列番号1におけるX39が、Kである、請求項1または2に記載の方法。
- 配列番号1におけるX44が、KまたはRであり、配列番号1におけるX49が、EまたはDである、請求項1または2に記載の方法。
- 配列番号1におけるX56が、KまたはQであり、配列番号1におけるX58が、EまたはTである、請求項1または2に記載の方法。
- 配列番号1の前記断片が、配列番号1に由来する少なくとも20、25、30、35、または40個の連続したアミノ酸を含む、請求項1または2に記載の方法。
- 配列番号1の前記断片が、配列番号1のアミノ酸33〜71を含む、請求項1または2に記載の方法。
- 前記第1集団における各ペプチドが、配列番号1の配列を含む、請求項1または2に記載の方法。
- 配列番号2におけるX7が、Kである、請求項1に記載の方法。
- 配列番号2におけるX12が、KまたはRであり、配列番号2におけるX17が、EまたはDである、請求項1に記載の方法。
- 配列番号2におけるX24が、KまたはQであり、配列番号2におけるX26が、EまたはTである、請求項1に記載の方法。
- 配列番号2の前記断片が、配列番号2に由来する少なくとも15、20、25、30、または35個の連続したアミノ酸を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記第2集団における各ペプチドが、配列番号2の配列を含む、請求項1に記載の方法。
- 配列番号3におけるX39が、Kである、請求項2に記載の方法。
- 配列番号3におけるX44が、KまたはRであり、配列番号3におけるX49が、EまたはDである、請求項2に記載の方法。
- 配列番号3におけるX56が、KまたはQであり、配列番号3におけるX58が、EまたはTである、請求項2に記載の方法。
- 配列番号3の前記断片が、配列番号3に由来する少なくとも20、25、30、35、または40個の連続したアミノ酸を含む、請求項2に記載の方法。
- 配列番号3の前記断片が、配列番号3のアミノ酸33〜71を含む、請求項2に記載の方法。
- 前記第3集団における各ペプチドが、配列番号3の配列を含む、請求項2に記載の方法。
- 対象由来の試料を請求項1に記載の単離されたペプチドの第1集団に接触させる段階と;
抗体と前記第1集団における1つまたは複数のペプチドとを含む第1の複合体セットの形成を検出する段階と;
前記試料を請求項1に記載の単離されたペプチドの第2集団に接触させる段階と;
抗体と前記第2集団における1つまたは複数のペプチドとを含む第2の複合体セットの形成を検出する段階と;
前記試料を請求項2に記載の単離されたペプチドの第3集団に接触させる段階と;
抗体と前記第3集団における1つまたは複数のペプチドとを含む第3の複合体セットの形成を検出する段階であって、前記第3の複合体セットではなく前記第1及び第2の複合体セットの両方の形成が、前記対象がE.エウィンギに感染していることを示し、前記第2の複合体セットではなく前記第1及び第3の複合体セットの両方の形成が、前記対象がE.カニス及び/またはE.シャフェンシスに感染していることを示す、前記段階と
を含む、存在する場合に対象に感染しているエーリキア属の種を同定するための方法。 - 前記感染種がE.カニスまたはE.シャフェンシスであるかどうか判断するために、前記試料が少なくとも1つのアッセイでさらに分析される、先行請求項のいずれか1項に記載の方法。
- 前記少なくとも1つのアッセイが、間接免疫蛍光測定法(IFA)、ドットブロットアッセイ、ラテラルフローアッセイ、ELISA、またはウェスタンブロットである、請求項21に記載の方法。
- 前記検出段階のうちの少なくとも1つが、(i)ELISAアッセイを実施すること;(ii)ラテラルフローアッセイを実行すること;(iii)凝集アッセイを実施すること;(iv)ウェスタンブロット、スロットブロット、もしくはドットブロットアッセイを実施すること;(v)波長シフトアッセイを実施すること;(vi)分析もしくは遠心ローターで前記試料を処理すること;または(vii)マイクロアレイアッセイを実行することを含む、先行請求項のいずれか1項に記載の方法。
- 前記試料が、ヒト、イヌ科動物、またはネコ科動物対象由来である、先行請求項のいずれか1項に記載の方法。
- 前記試料が、血液、血清、血漿、脳脊髄液、組織抽出物、尿、または唾液試料である、先行請求項のいずれか1項に記載の方法。
- 前記試料が、全血試料である、請求項25に記載の方法。
- 検出結果を報告する段階をさらに含む、先行請求項のいずれか1項に記載の方法。
- 請求項1に記載の単離されたペプチドの第1集団と;
請求項1に記載の単離されたペプチドの第2集団と;
請求項2に記載の単離されたペプチドの第3集団と;
存在する場合に生物試料中のエーリキア属の種を同定するために前記ペプチドの第1、第2、及び第3集団を使用するための使用説明書と
を含む、キット。 - 前記使用説明書が、生物試料を前記ペプチドの第1、第2、及び第3集団に順次接触させるための指図を含む、請求項28に記載のキット。
- 1つまたは複数の標識試薬をさらに含む、請求項28に記載のキット。
- 前記ペプチドの第1、第2、及び/または第3集団が固体支持体に固定化される、請求項28に記載のキット。
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