JP2012524252A5

JP2012524252A5 -

Info

Publication number: JP2012524252A5
Application number: JP2012505225A
Authority: JP
Filing date: 2010-04-16
Publication date: 2013-05-09
Anticipated expiration: 2030-04-16

Claims

以下を含む、サンプル中の修飾ペプチドの定量化方法：
（ａ）サンプルからペプチド類を得る；
（ｂ）工程（ａ）で得られたペプチド類に参照修飾ペプチドを追加して、ペプチド類と参照修飾ペプチドとの混合物を形成する；
（ｃ）ペプチド類と参照修飾ペプチドとの混合物について質量分析（ＭＳ）を行い、サンプル中のペプチド類に関するデータを得る；および
（ｄ）サンプル中のペプチド類に関するデータを、修飾ペプチドに関するデータベース内のデータと、コンピュータプログラムを使用して比較する；
ここで、修飾ペプチドに関するデータベースは、以下を含む方法によってコンパイルされる：
（ｉ）サンプルからペプチド類を得る；
（ｉｉ）工程（ｉ）で得られたペプチド類から修飾ペプチドを富化する；
（ｉｉｉ）工程（ｉｉ）で得られた富化された修飾ペプチドについて液体クロマトグラフ−タンデム質量分析法（ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ）を行う；
（ｉｖ）修飾ペプチドを同定するために工程（ｉｉｉ）で検出された修飾ペプチドを既知のリファレンスデータベースと比較する；
（ｖ）工程（ｉｖ）で同定された修飾ペプチドに関連するデータをデータベースにコンパイルする。
修飾ペプチド類がリン酸化ペプチド類である、請求項１記載の方法。
該サンプルが細胞ラインまたは一次組織である、請求項１または２記載の方法。
工程（ａ）が以下を含む、請求項１から３のいずれか１項記載の方法：
（１）サンプルに細胞を溶解する；
（２）工程（１）で得られた溶解細胞からタンパク質を抽出する；および
（３）前記タンパク質をペプチド類に分解する。
工程（３）が、プロテアーゼを使用して行われる、請求項４記載の方法。
プロテアーゼがトリプシン、キモトリプシン、Ａｒｇ−Ｃ、ペプシン、Ｖ８、Ｌｙｓ−Ｃ、Ａｓｐ−Ｃ、およびＡｓｐＮから成る群から選択される、請求項５記載の方法。
工程（３）は、５から３０のアミノ酸類のペプチド類まで前記タンパク質を分解することを含む、請求項４から６のいずれか１項記載の方法。
工程（ｂ）が、前記ペプチド類と参照修飾ペプチドの混合物から修飾ペプチドを富化し、富化された修飾ペプチドの混合物を製造し、工程（ｃ）は、該富化された修飾ペプチドの混合物に質量分析法（ＭＳ）を行い、サンプル中の修飾ペプチド類に関連したデータを得ることを含む、請求項１から７のいずれか１項記載の方法。
修飾ペプチドの富化工程が、クロマトグラフィーを使用して行われる、請求項８記載の方法。
クロマトグラフィーは固定された金属イオンアフィニティークロマトグラフィー（ＩＭＡＣ）、二酸化チタン（ＴｉＯ_２）クロマトグラフィー、および二酸化ジルコニウム（ＺｒＯ_２）クロマトグラフィーから成る群から選択される、請求項９記載の方法。
修飾ペプチドの富化工程が、抗体に基づく方法で行われる、請求項８記載の方法。
サンプル内のペプチド類に関連するデータが、（質量／電荷）比（ｍ／ｚ）、電荷（ｚ）、ペプチド類の相対保持時間である、請求項１から１１のいずれか１項記載の方法。
工程（ｃ）における前記質量分析法（ＭＳ）は液体クロマトグラフィー−質量分析法（ＬＣ−ＭＳ）である、請求項１から１２のいずれか１項記載の方法。
工程（ｉ）が以下を含む、請求項４から７のいずれか１項記載の方法：
（１）サンプルに細胞を溶解する；
（２）工程（１）で得られた溶解細胞からタンパク質を抽出する；および
（３）前記タンパク質を請求項４の工程（３）に記載されたものと同じ方法でペプチド類に分解する。
工程（ｉｉ）が、多次元クロマトグラフィーを使用して行われる、請求項１から１４のいずれか１項記載の方法。
多次元クロマトグラフィーが、強カチオン交換高速液クロマトグラフィー（ＳＣＸ−ＨＰＬＣ）、固定された金属イオンアフィニティークロマトグラフィー（ＩＭＡＣ）、または二酸化チタン（ＴｉＯ_２）クロマトグラフィーを使用して行われる、請求項１５記載の方法。
多次元クロマトグラフィーが、陰イオン交換高速液体クロマトグラフィー（ＳＡＸ−ＨＰＬＣ）、固定された金属イオンアフィニティークロマトグラフィー（ＩＭＡＣ）、または二酸化チタン（ＴｉＯ_２）クロマトグラフィーを使用して行われる、請求項１５記載の方法。
工程（ｉｉ）が、抗体に基づく方法を使用して行われる、請求項１４記載の方法。
工程（ｉｖ）が、ＭＡＳＣＯＴサーチエンジンを使用して行われる、請求項１から１８のいずれか１項記載の方法。
修飾ペプチドに関連するデータが、修飾ペプチドの同定、（質量／電荷）比（ｍ／ｚ）、電荷（ｚ）、および相対保持時間から成る群から選択される、請求項１から１９のいずれか１項記載の方法。