JP2012516683A - 細胞内の伝達能が増加した低分子干渉rna複合体 - Google Patents
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Abstract
Description
本発明の他の目的は、向上した細胞内の伝達能を有する新しい構造の多機能性核酸構造複合体を提供することである。
本発明はまた、前記siRNA複合体を細胞内に導入することを含むsiRNAの細胞内の伝達方法を提供する。
本発明はまた、3つ以上の官能基を有する化合物にsiRNA、miRNA、アンタゴmiR(antagomiR)、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム(ribozyme)及びアプタマーからなる群から選択される3つ以上の核酸オリゴヌクレオチドの各々の一末端が連結している多機能性核酸構造体を提供する。
本発明はまた、前記多機能性核酸構造体に陽イオン性細胞伝達体が結合されている、細胞内の伝達能が増加した多機能性核酸構造複合体を提供する。
本発明はまた、前記多機能性核酸構造複合体を細胞内に導入することを含む多機能性核酸構造の細胞内の伝達方法を提供する。
本発明はまた、3つ以上の官能基を有する化合物にsiRNA、miRNA、アンタゴmiR、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム及びアプタマーからなる群から選択される核酸オリゴヌクレオチドの一末端を連結させることを特徴とする多機能性核酸構造体の製造方法を提供する。
(a)3つ以上の官能基を有する化合物にsiRNA、miRNA、アンタゴmiR、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム及びアプタマーからなる群から選択される核酸オリゴヌクレオチドの一末端を連結して、多機能性核酸構造体を製造する工程;及び
(b)前記多機能性RNA構造に陽イオン性細胞伝達体を電荷相互作用によって結合させる工程。
本発明はまた、前記siRNA複合体を含有する遺伝子発現抑制用組成物を提供する。
本発明はまた、前記siRNA複合体の遺伝子発現抑制用用途を提供する。
本発明はまた、前記siRNA複合体を細胞内に導入することを特徴とする遺伝子発現抑制方法を提供する。
本発明はまた、前記siRNA複合体を含有する抗癌組成物を提供する。
本発明はまた、前記siRNA複合体の抗癌用途を提供する。
本発明はまた、前記siRNA複合体を細胞内に導入することを特徴とする癌の抑制または治療方法を提供する。
本発明はまた、前記多機能性核酸構造複合体を含有する遺伝子発現抑制用組成物を提供する。
本発明はまた、前記多機能性核酸構造複合体の遺伝子発現抑制用用途を提供する。
本発明はまた、前記多機能性核酸構造複合体を細胞内に導入することを特徴とする遺伝子発現抑制方法を提供する。
本発明はまた、前記多機能性核酸構造複合体を含有する抗癌組成物を提供する。
本発明はまた、前記多機能性核酸構造複合体の抗癌用途を提供する。
本発明はまた、前記多機能性核酸構造複合体を細胞内に導入することを特徴とする癌の抑制または治療方法を提供する。
本発明はまた、前記遺伝子発現用抑制用組成物を含む遺伝子発現抑制用キットを提供する。
本発明はまた、前記siRNA複合体または多機能性核酸構造複合体のウィルス治療剤としての用途を提供する。
本発明の他の特徴及び実施態様は下記の詳細な説明及び特許請求の範囲からより一層明白になる。
本発明の詳細な説明などにおいて使用される主な用語の定義は、下記の通りである。
本発明はまた、前記siRNA複合体を細胞内に導入することを含むsiRNAの細胞内の伝達方法を提供する。
本実施例において使われた多重siRNA、及び実験に使うsiRNAはBioneer社から化学的に合成されたRNAを購入した後、製造者のプロトコールに従ってアニーリングすることによって提供された。
まず、ラミンA/C、DBP及びTIG3 mRNAをターゲットとする三重目的遺伝子発現抑制RNA(triple-target gene silencing siRNA:tsiRNA)は図1(a)のように製造した。
前記tsiRNAを提供するための3本鎖は下記の通りである。
1st strand:5’−UGUUCUUCUGGAAGUCCAGUCGAAGACAUCGCUUCUCA−3’(配列番号1)
2nd strand:5’−UGAGAAGCGAUGUCUUCGACUGUCUCAGGCGUUCUCUA−3’(配列番号2)
3rd strand:5’−UAGAGAACGCCUGAGACAGCUGGACUUCCAGAAGAACA−3’(配列番号3)
一方、対照群として使った前記三つの各部位に対するsiRNAは下記の通りである。
Lamin mRNAに対するsiRNA(siLamin)
センス(sense):5’−CUGGACUUCCAGAAGAACA(dTdT)−3’(配列番号4)
アンチセンス(antisense):5’−UGUUCUUCUGGAAGUCCAG(dTdT)−3’(配列番号5)
DBP mRNAに対するsiRNA(siDBP)
センス(sense):5’−UCGAAGACAUCGCUUCUCA(dTdT)−3’(配列番号6)
アンチセンス(antisense):5’−UGAGAAGCGAUGUCUUCGA(dTdT)−3’(配列番号7)
TIG3 mRNAに対するsiRNA(siTIG3)
センス(sense):5’−CUGUCUCAGGCGUUCUCUA(dTdT)−3’(配列番号8)
アンチセンス(antisense):5’−UAGAGAACGCCUGAGACAG(dTdT)−3’(配列番号9)
前記のように取得したtsiRNAにポリエチレンイミン(PEI、Polyplus社)を製造者のプロトコールにより加えて、本発明に係るsiRNA複合体を製造した。
実施例1で製造したラミンA/C、DBP及びTIG3 mRNAをターゲットとする三重目的遺伝子発現抑制RNA(tsiRNA)とPEIの複合体と、実施例1の従来siRNA構造体のsiLamin、siDBP及びsiTIG3を各々PEIと複合体を形成したものをHeLa細胞(ATCC CCL−2)へ導入した。HeLa細胞は、10%FBS(fetal bovine serum)を補充したDulbecco’s改質Eagle’s培地(Hyclone社)で培養し、細胞は12ウェルプレートで平板培養し、導入前には抗生剤がない完全培地でコンフルエンシー(confluency)が80%になるまで24時間培養した。siRNA混合物は、各100nM使い、tsiRNAも100nM使い、使ったPEI(N/P=5)はPolyplus社から購入し、導入は製造者のプロトコールに従った。
導入してから3時間後に培地を交換し、ラミン、DBP、及びTIG3 mRNAのレベルは定量的なリアルタイムRT−PCRによって測定した。即ち、全RNAをTir−reagentキット(Ambion社)を利用して、細胞溶解物から抽出した後、取得された全RNAは、ImPro−II(商品名)逆転写システム(Promega社)を利用してcDNA合成をするための鋳型として使った。前記cDNAの合成は、前記製造会社のプロトコールに従った。それから、ステップワンリアルタイムPCRシステム(Applied Biosystems)を利用して、製造会社のプロトコールに従って各目的遺伝子の発現レベルを測定し、測定されたラミン、DBP、TIG3のmRNAレベルは、GAPPDH(対照群)mRNAレベルで分けて比較した。使った各遺伝子に対するプライマーは下記の通りである。
DBPのRT−PCR用プライマー対
DBP−forward 5’−CCT CGA AGA CAT CGC TTC TC−3’(配列番号10)
DBP−reverse 5’−GCA CCG ATA TCT GGT TCT CC−3’(配列番号11)
GAPDHのRT−PCR用プライマー対
GAPDH−forward 5’−GAG TCA ACG GAT TTG GTC GT−3’(配列番号12)
GAPDH−reverse 5’−GAC AAG CTT CCC GTT CTC AG−3’(配列番号13)
LaminのRT−PCR用プライマー対
Lamin−forward 5’−CCG AGT CTG AAG AGG TGG TC−3’(配列番号14)
Lamin−reverse 5’−AGG TCA CCC TCC TTC TTG GT−3’(配列番号15)
TIG3のRT−PCR用プライマー対
TIG3−forward 5’−AGA TTT TCC GCC TTG GCT AT−3’(配列番号16)
TIG3−reverse 5’−TTT CAC CTC TGC ACT GTT GC−3’(配列番号17)
導入した後、導入してから30分後、1時間及び3時間後にRT−PCRでmRNAレベルを各々ラミン、DBP及びTIG3のmRNAレベルを測定した結果、図1(b)乃至1(d)に示したように、各時間帯毎に本発明に係るsiRNA複合体(tsiRNA)がより優秀な遺伝子抑制活性を示すことが分かる。
一方、実施例1で取得したsiRNA複合体(TsiRNA)及び実施例1で取得したtsiRNAに、Lipofectamine2000(Invitrogen社)を製造会社のプロトコールに従って加えて製造したsiRNA複合体(TsiRNA−1)を、各々前記と同様の方法でHeLa細胞(ATCC CCL−2)へ導入した後、24時間後RT−PCRでmRNAレベルを測定した。
その結果、図2に示したように、従来の報告と同様で(Bolcato-Bellemin A.L. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 104:16050, 2007)、各々のsiRNAとPEIとの混合物は、非常に限定的な遺伝子発現抑制活性を見せたが、TsiRNAを陽イオン性ポリマーのPEIを結合させた場合と、陽イオン性脂質であるLipofectamine2000を結合させた場合とは、共に三つ全ての遺伝子mRNAの発現レベルがずっと低いことが分かる。
このような結果は本発明に係るsiRNA複合体が、従来のsiRNA構造にPEIやLipofectamine2000のような陽イオン性細胞伝達体を結合して処理した場合と比べて、三つの互いに異なる遺伝子発現を抑制するのにさらに効果的であることを示す。
本発明に係るsiRNA複合体と、従来のsiRNA(siTIG3)の細胞内の伝達能を比較するために、次のような実験を行った。
siTIG3のセンス鎖の3'末端と、tsiRNAのTIG3センスの3'末端にFITCをラベルした。そして、FITCラベルしたsiRNA混合物(siLamin、siDBP、FITC−siTIG3)とFITCラベルしたtsiRNA(FITC−tsiRNA)をPEIと結合させてHeLa細胞に導入した。導入後、HeLa細胞は時間帯毎に蛍光顕微鏡(Olympus)で観察した。
10分、30分、1時間及び3時間間隔で観察した結果、図3に示したように、図3(a)のsiRNA混合物を、PEIを利用して導入させた場合、テストした全ての培養時間帯においてほとんど蛍光が観察されないことが明らかになった。これに対して、FITCラベルしたtsiRNAを、PEIを利用して導入した場合(図3(b))、細胞内の部位で散在された緑色のスポットが見られ、これは培養時間の増加に従って順次その強度も増加することが明らかになった。
このような結果は、本発明に係るsiRNA複合体が、従来のsiRNA構造にPEIを結合させたものに比べて、細胞内の伝達活性が非常に優れていることを示す。
従来のRNAi機構を利用したウィルス複製抑制の場合、高いウィルスの回避率による問題点があった。そこで、このような問題点を克服できるか、及び本発明に係るsiRNA構造が一般にsiRNA機構のために適用される機構であるかを確認するために、以下の実験を行った。まず、本発明に係るsiRNA複合体をウイルスゲノム(coxsackievirus A24:CVA24)の3つの互いに異なる部位(CRE、3D1、3D2)をターゲットとするように図4(a)(tsiRNA−CVA)のように製造した。
前記tsiRNA−CVAを提供するための3本鎖は下記の通りである。
tsiRNA−CVA:
1ststrand:5’−UCAAUACGGUGUUUGCUCUUGGUGAUGAUGUAAUUGCU−3’(配列番号18)
2ndstrand:5’−AGCAAUUACAUCAUCACCACCAUGACUCCAGCUGACAA−3’(配列番号19)
3rdstrand:5’−UUGUCAGCUGGAGUCAUGGAGAGCAAACACCGUAUUGA−3’(配列番号20)
一方、対照群として使った前記3つの各部位に対するsiRNAは下記の通りである。
CVA−CRE mRNAに対するsiRNA(siCVA−CRE)
センス(sense):5’−AGAGCAAACACCGUAUUGA(dTdT)−3’(配列番号21)
アンチセンス(antisense):5’−UCAAUACGGUGUUUGCUCU(dTdT)−3’(配列番号22)
CVA−3D1 mRNAに対するsiRNA(siCVA−3D1)
センス(sense):5’−UGGUGAUGAUGUAAUUGCU(dTdT)−3’(配列番号23)
アンチセンス(antisense):5’−AGCAAUUACAUCAUCACCA(dTdT)−3’(配列番号24)
CVA−3D2 mRNAに対するsiRNA(siCVA−3D2)
センス(sense):5’−CCAUGACUCCAGCUGACAA(dTdT)−3’(配列番号25)
アンチセンス(antisense):5’−UUGUCAGCUGGAGUCAUGG(dTdT)−3’(配列番号26)
次に、siCVA−CREに対するターゲット配列、siCVA−3D1に対するターゲット配列、siCVA−3D2に対するターゲット配列を、各々pMIR Report−luciferase vector(Ambion社)のルシフェラーゼmRNAコーディング遺伝子の3'非番駅部位のSpeII及びHindIII位置に挿入したベクターpMIR−CRE、pMIR−3D1、及びpMIR−3D2を構築した。前記挿入された各ターゲット配列は下記の通りである。
CRE AS−target
Hind 5’−AGCTT T CAA TAC GGT GTT TGC TCT A −3’(配列番号27)
Spe 3’− A A GTT ATG CCA CAA ACG AGA TGATC−5’(配列番号28)
3D1 AS−target
Hind 5’−AGCTT A GCA ATT ACA TCA TCA CCA A −3’(配列番号29)
Spe 3’− A T CGT TAA TGT AGT AGT GGT TGATC−5’(配列番号30)
3D2 AS−target
Hind 5’−AGCTT T TGT CAG CTG GAG TCA TGG A −3’(配列番号31)
Spe 3’− A A ACA GTC GAC CTC AGT ACC TGATC−5’(配列番号32)
各々の前記ベクターをsiRNA混合物(siCVA−CRE、siCVA−3D1、siCVA−3D2)とPEIとの複合体、またはtsiRNA−CVAとPEIとの複合体として、HeLa細胞に導入した後、ルシフェラーゼ活性を下記の通り測定した。即ち、導入してから24時間後に、細胞をDual−luciferase Reorter Assay System(Promega社)のPassive lysisバッファーで溶解させた。ルシフェラーゼ活性はショウジョウバエ及びRenillaルシフェラーゼのためのVictor3プレートリーダー(Victor3 plate reader、PerkinElmer社)を利用して測定した。
その結果、図4(b)に示したように、実施例2の結果と同様に、従来のsiRNA構造にPEIを結合させて導入したものと比べて、本発明に係るsiRNA複合体がずっと低いルシフェラーゼ活性を示すことが確認された。
前記の実験結果は、本発明に係るsiRNA複合体は、既存のRNAi機構に対し高い回避率を示すウィルスの複製抑制のためにも有用に利用できることを提示している。これは本発明に係るsiRNA複合体の構造が、実施例2の目的遺伝子の発現抑制にだけ限定されるものではなく、細胞伝達能及び抑制効率が改善された一般的なsiRNA機構として提供できることを意味する。
但し、追加的に本発明に係るsiRNA複合体が従来のRNAi機構の用途と同じ範疇で使われるかを確認するために、次の機構分析実験を行った。
本発明に係るsiRNA構造が、従来の19+2 siRNAと同じRNAi機構によって、遺伝子発現を抑制させるかを確認するために次のような実験を行った。即ち、各目的mRNAに対する切断部位を分析するために5’RACE(Rapid amplification of cDNA ends)分析を行った。
まず、siRNA(siLamin、siDBP、siTIG3)または実施例1で作製したtsiRNAをPEIを利用してHeLa細胞に導入してから、18時間後にTri−reagent kit(Ambion)で全RNAを抽出した。全RNA(3μg)は前処理を行わずに0.25μgのGeneRacer RNA oligoを接合(ligation)させてから、GeneRacer RNA oligo−接合された全RNAをGeneRacer oligo dT及びSuperScript(商品名)III RT kit(Invitrogen)を利用して逆転写させた。RNAオリゴ接合されたmRNAは、遺伝子特異的なプライマーを利用して増幅した。次にPCR産物はT&A vector(RBC)でクローンした後、M13フォワードプライマーでシーケンシングした。
TIG3 Gene specific 3’primer:
5’−GGGGCAGATGGCTGTTTATTGATCC−3’(配列番号33)
TIG3 Gene specific 3’nested primer:
5’−ACTTTTGCCAGCGAGAGAGGGAAAC−3’(配列番号34)
Lamin Gene specific 3’primer:
5’−CCAGTGAGTCCTCCAGGTCTCGAAG−3’(配列番号35)
Lamin Gene specific 3’nested primer:
5’−CCTGGCATTGTCCAGCTTGGCAGA−3’(配列番号36)
DBP gene specific primer
5’−CGGGACAGCACGGCGCGGTAGT−3’(配列番号37)
DBP gene specific 3’ nested primer
5’−CTCCTGGCGCACGGCCACAACTT−3’(配列番号38)
M13フォワードプライマー
5’−GTTTTCCCAGTCACGAC−3’(配列番号39)
その結果、図5に示したように、siRNA−PEI複合体を処理した場合及びtsiRNA−PEI複合体を処理した場合共に、Lamin、DBP及びTIG3 mRNAの同じ地点を切断することが明らかになった。
前記実験結果は、本発明に係るsiRNA複合体の多重siRNA構造が、従来の19+2 siRNA構造と同じRNAi機構によって、遺伝子発現を抑制することを意味する。
30bp以上のRNA2本鎖は、非特異的な抗ウィルス反応をHeLa細胞で起こして、特異的な遺伝子発現抑制を起こさなかったと報告されている(Manche L. et al., Mol. Cell Biol., 12:5238, 1992; Elbashir S.M. et al., Nature, 411:494, 2001)。本発明に係るsiRNA複合体が従来のsiRNA構造と比較すると、特異的かつ効率的な遺伝子発現抑制効率を示すか実験した。
抗ウィルス性反応が起こるか否かを確認するために、実施例2のsiRNA混合物とtsiRNAをPEIと結合して導入させた後、インターフェロン−β(IFN−β)の誘導レベルを実施例2と同様の方法でRT−PCR方法によって測定した。使われたプライマー対は下記の通りであり、抗ウィルス性反応を起こす陽性対照群ではポリ(I:C)導入された細胞を使った。
IFN−βRT−PCR用プライマー対
IFN−βforward:5’−AGA AGT CTG CAC CTG AAA AGA TAT T−3’(配列番号40)
IFN−βreverse:5’−TGT ACT CCT TGG CCT TCA GGT AA−3’(配列番号41)
その結果、図6に示したように、本発明に係るsiRNA複合体も従来のsiRNA構造を有するsiRNA混合物をPEIと結合させて導入した場合と同様にポリI:Cの陽性対照群によって誘導されるIFN−βmRNAレベルの1%未満に過ぎなかった。
前記実験結果は、本発明に係るsiRNA複合体の多重siRNAが、30bp以上の長さにもかかわらず従来siRNA構造と同様に非特異的な抗ウィルス反応を示さないことを意味する。
7−1:T−tiSurvivinの製造及び遺伝子抑制活性測定
図7に示したような三重ホスホアミダイト化合物(Trebler phosphoramidite,Trilink Bio Technology,USA)を利用して、三重siRNA伝達複合体を作製した。
まず、前記Treblerホスホアミダイトを購入した後、ゲノテック社に依頼してTreblerホスホアミダイトに配列番号42のDNAオリゴヌクレオチドを三本連結した(赤色表示、Treblerから5'−>3'方向)。次に、配列番号42のDNAオリゴヌクレオチドに相補的な塩基配列を有する部分とsiSurvivinのアンチセンス配列を同時に有するRNAオリゴヌクレオチド(配列番号43)、そしてsiSurvivinセンス配列(配列番号44)を同時にアニーリングして、図7に示したT−tiSurvivinを得た。それから、対照群として図8のsiSurvivin、long siSurvivin、そして図7のT−tiSurvivinを各々PEIと結合させてHeLa細胞内部に伝達してから、24時間後にSurvivin mRNAの発現程度を実施例2と同様の方法でリアルタイムRT−PCRを使って測定した。使われたプライマー対は下記の通りである。
Survivin−forward:5’−GCA CCA CTT CCA GGG TTT AT−3’(配列番号48)
Survivin−reverse:5’−CTC TGG TGC CAC TTT CAA GA−3’(配列番号49)
その結果、図9(a)に示したように、T−tiSurvivinの遺伝子発現抑制効果が既存のsiRNAや長い(long)siSurvivinに比べて、顕著に増加したことを確認することができた。また、IC50値を測定した結果、図9(b)に示したように、従来の構造のsiRNAに比べて、約11倍低い値を示すと確認された。これは既存のsiRNA構造に比べて、本発明のリンカーを利用した三重構造のsiRNAがより優秀な遺伝子抑制効率を示すことを意味する。
実施例7−1と同様の方法で、siSurvivin、siインテグリン及びsiβ−カテニンをTreblerホスホアミダイトに結合させて図10(a)のように三重siRNA伝達複合体を作製した。それから、図10(a)のT−tiRNA及び対照群として図8のsiSurvivinとsiインテグリン、siβ−カテニンの混合物をPEIと結合させてHeLa細胞内部に伝達してから、24時間後にSurvivin mRNA、インテグリンmRNA、β−カテニンmRNAの発現程度を実施例2と同様の方法でリアルタイムRT−PCRを使って測定した。使われたプライマー対は下記の通りである。この時、Survivinに対するプライマー対は実施例7−1で使ったプライマー対を利用した。
Integrin−forward 5’−CGT ATC TGC GGG ATG AAT CT−3’(配列番号54)
Integrin−reverse 5’−GGG TTG CAA GCC TGT TGT AT−3’(配列番号55)
β−catenin−forward 5’−ATG TCC AGC GTT TGG CTG AA−3’(配列番号56)
β−catenin−reverse 5’−TGG TCC TCG TCA TTT AGC AG−3’(配列番号57)
siIntegrin sense:5’−UGAACUGCACUUCAGAUAU(dTdT)−3’(配列番号58)
siIntegrin antisense:5’−AUAUCUGAAGUGCAGUUCA(dTdT)−3'(配列番号59)
siβ−catenin sense:5’−GUAGCUGAUAUUGAUGGACUU−3’(配列番号60)
siβ−catenin antisense:5’−GUCCAUCAAUAUCAGCUACUU−3’(配列番号61)
その結果、図10(b)に示したように、T−tiRNAの遺伝子発現抑制効果がsiRNA混合物に比べて、顕著に増加したことを確認することができた。これもまた既存のsiRNA構造に比べて、本発明のリンカーを利用した三重構造のsiRNAがより優秀な遺伝子抑制効率を示すことを意味する。
実施例7−1と同様の方法で、Anti−miR21、siIntegrin及びsiβ−カテニンをTreblerホスホアミダイトに結合させて図11(a)のように三重RNA構造体を作製した。それから、miR−21に対するターゲット配列をpMIR Report−luciferase vector(Ambion社)のルシフェラーゼmRNAコーディング遺伝子の3'非翻訳部位のSpeII及びHindIII位置に挿入したベクターを構築した。前記挿入される各ターゲット配列は下記の通りである。
miR−21 target
miR−21 sense:
5’−AATGCACTAGTTCAACATCAGTCTGATAAGCTAGCTCAGCAAGCTTAATGC−3’(配列番号63)
miR−21 antisense:
5’−GCATTAAGCTTGCTGAGCTAGCTTATCAGACTGATGTTGAACTAGTGCATT−3’(配列番号64)
前記ベクターを図11(a)のMT−tiRNA、及び対照群としてAnti−miR21及びsiインテグリン、siβ−カテニンの混合物をPEIと結合させてHeLa細胞内部に伝達した後、実施例4同様にルシフェラーゼ活性を測定した。
Anti−miR21:5’−UCAACAUCAGUCUGAUAAGCUA−3’(配列番号65)
また、図11(a)のMT−tiRNAと、対照群としてAnti−miR21及びsiインテグリン、siβ−カテニンの混合物をPEIと結合させてHeLa細胞内部に伝達してから、24時間後にインテグリン mRNA、β−カテニンmRNAの発現程度を実施例2と同様の方法でリアルタイムRT−PCRを使って測定した。使われたプライマー対としては実施例7−2で使ったプライマー対を利用した。
その結果、図11(b)に示したように、本発明に係るMT−tiRNA複合体が、miR−21を抑制してルシフェラーゼ活性が顕著に増加したことを確認することができた。即ち、本発明に係る核酸構造複合体は、miRNAを抑制する機能も示すことができる多機能性を示すことを確認することができた。
また、図11(c)に示したように、T−tiRNAの遺伝子発現抑制効果が、siRNA混合物に比べて、顕著に増加したことを確認することができた。これもまた既存のsiRNA構造に比べて、本発明のリンカーを利用した三重構造のsiRNAがより優秀な遺伝子抑制効率を示すことを意味する。
追加的に、実施例7−1と同様の方法で、三つのAnti−miR21を、各々Treblerホスホアミダイトに連結させて、三重RNA構造体を作製した。次に、実施例7−3と同様の方法でルシフェラーゼ活性を測定した。対照群としてはAnti−miR21を使った。
その結果、図12に示したように、アンタゴmiRのAnti−miR21を導入した場合とは異なり、T−tiAnti−miR21を導入した場合、miR−21を抑制してルシフェラーゼ活性が顕著に増加したことを確認することができた。即ち、本発明に係る核酸構造複合体は、既存のアンタゴmiRに比べて、より高い効率でmiRNAの活性を抑制することを確認することができた。
8−1:HSによる分離率比較
細胞内に核酸を導入する過程で核酸と陽イオン性細胞伝達体幹相互作用が細胞表面の陰電荷を帯びるプロテオグリカン(proteoglycan)によって阻害されるため、本発明に係る多重siRNA複合体の細胞表面に発現する陽イオン性ロテオグリカンであるHS(heparan sulfate)による分離率を次のように実験した。まず、図8の19bp siSurvivin及び図7のT−tiSurvivinを各々PEI(N/P=5)と結合させた後、各複合体とHS(Sigma/Aldrich)をHSの量を順次増加させながら30分の間培養した。次に、1%アガロースゲルで電気泳動を利用して、各複合体から放出されるsiRNAの量を測定した。この時、EtBrで染色してUV transilluminationで可視化させて確認した。
その結果、図13(a)に示したように、siSurvivinは同量(1 equivalent(wt/wt))のHSによってPEIから分離されたが、本発明に係る複合体は4倍増加したHSと共に培養した場合に限って分離されることを確認することができた。このような実験結果は、本発明に係る多機能性RNA構造複合体は、細胞内への導入前に、陽イオン性細胞表面物質による影響に抵抗性を有することを示す。
本発明に係る多機能性RNA構造体(T−tiSurvivin)及び従来siRNA(siSurvivin(図8))に対する細胞内の伝達程度を比較するために、実施例3と同様の方法でFITCで各々ラベルした後、蛍光顕微鏡で観察した。
その結果、図13(b)に示したように、siSurvivinの場合、細胞内に殆ど導入されないことが明らかになったが、本発明に係るT−tiSurvivinの場合、細胞内の部位で散在された緑色のスポットを確認することができた。
また、フローサイトメトリーを利用してFITC−ラベルされたRNAが導入された細胞の蛍光強度を測定した。測定は、FITC−ラベルされたT−tiSurvivin及びsiSurvivinを各々PEIに結合させてHeLa細胞にトランスフェクションさせてから、3時間後に細胞を収集してPBSで二回洗浄した後、FACSCalibur system(Becton Dickinson)を利用して行われた。
その結果、図13(c)に示したように、従来のsiRNA構造に比べて、本発明に係る多機能性核酸構造体は蛍光強度が増加したことが明らかになり、これを定量化した結果、図13(d)のように、平均強度で約10倍の差があることを確認することができた。
このような結果は、本発明に係る多機能性核酸構造体が、従来のsiRNAにPEIを結合させたものに比べて、細胞内の伝達活性が非常に優秀であることを示す。
本発明に係る複合体が抗癌組成物として使用可能であるかを確認するために、まず実施例7−1と同様の方法でSurvivin mRNA発現程度を測定した結果、本発明に係るT−tiSurvivinが従来のsiRNA構造のsiSurvivinに比べて顕著にSurvivin発現を抑制することを確認(図14(a))した。その後、図7のT−tiSurvivinと図8のsiSurvivinを各々肝臓ガン細胞株であるHepG2細胞(ATCC No.HB−8065)に導入して、癌細胞成長抑制程度を測定した。
その結果、図14(b)及び図14(c)に示したように、本発明に係る多機能性RNA構造体であるT−tiSurvivinをPEIと結合させて導入した場合、siSurvivinを導入した場合と何も処理しない対照群とは異なって、癌細胞増殖を抑制してアポトーシス化する効果があることが確認できた。
即ち、本発明に係る複合体が癌細胞の増殖を抑制する効果があり、癌の治療及び増殖抑制用抗癌組成物として提供できることを確認した。
本発明に係る多重siRNA及び核酸構造体が、従来のsiRNAと比較して、dsRNAによって媒介される先天性免疫反応を引き起こすかを確認するために、3つの抗ウィルス性免疫反応遺伝子の発現の有無を確認した。
まず、dsRNA処理に対し非常に高い免疫感受性を有すると報告されたT98G細胞に、図7のT−tiSurvivin、図8のsiSurvivinと、実施例2のsiRNA混合物及びtsiRNAを、各々Lipofectamine2000と結合して導入させた後、IFIT1、IFN−β、OAS2の誘導レベルを実施例2と同様の方法でRT−PCR方法によって測定した。使われたプライマー対は下記の通りであり、抗ウィルス性反応を起こす陽性対照群としてはポリ(I:C)導入された細胞を使った。
IFIT1 RT−PCR用プライマー対
IFIT1−Forward 5’−GCC ACA AAA AAT CAC AAG CCA−3’(配列番号66)
IFIT1−reverse 5’−CCA TTG TCT GGA TTT AAG CGG−3’(配列番号67)
IFN−β RT−PCR用プライマー対
IFN−β forward:5’−AGA AGT CTG CAC CTG AAA AGA TAT T−3’(配列番号40)
IFN−β reverse:5’−TGT ACT CCT TGG CCT TCA GGT AA−3’(配列番号41)
OAS2 RT−PCR用プライマー対
OAS2−forward:5’−TCA GAA GAG AAG CCA ACG TGA−3’(配列番号68)
OAS2−reverse:5’−CGG AGA CAG CGA GGG TAA AT−3’(配列番号69)
その結果、図15に示したように、本発明に係る多機能性核酸構造複合体とは異なり、dsRNA処理に対し非常に高い免疫感受性を有すると報告されたT98G細胞において本発明による多重siRNA複合体の場合、ウィルスによる免疫反応遺伝子と知られたIFIT1及びOAS2の発現を誘導することを確認することができた。即ち、非特異的な免疫反応を誘導することを確認することができた。但し、IFN−βの場合、HELA細胞に導入した実施例2と同様に、ポリI:Cの陽性対照群によって誘導されるIFN−βmRNAレベルの1%未満に過ぎなかった。
前記実験結果は、非特異的な免疫反応を誘導しないためには、3つ以上の官能基を有する化合物をリンカーとして利用した多機能性核酸構造複合体がより効果的であることを示す。
長いdsRNAが細胞内導入される場合、Dicerによって切断されて21〜23bpのsiRNAが生成されると知られている。そこで、本発明に係る多重siRNA及び多機能性核酸構造体が従来のdsRNAらと異なる機構に従うのかを確認するために次のような実験を行った。
27bpのdsRNA、実施例2のsiLaminとtsiRNA、図8のsiSurvivin、及び図7のT−tiSurvivinを各々30pmolずつTurbo Dicer siRNA generation Kit(Genlantis)を利用して、製造者のプロトコールに従って、12時間反応させた後、各反応物の2μL分画を取って、10%non−denaturing polyacrylamide gelで展開させた。この時、EtBrで染色し、UV transilluminationで確認した。
27bp dsRNA
Survivin27 Sense:5’−UCU UAG GAA AGG AGA UCA ACA UUU UCA−3’(配列番号70)
Survivin27 Antisense:5’−UGA AAA UGU UGA UCU CCU UUC CUA AGA−3’(配列番号71)
その結果、図16に示したように、27bpのdsRNAが完全に切断されることとは異なり、本発明に係る多重siRNAや多機能性核酸構造体は、良いDicer基質ではないと確認された。但し、tsiRNAの場合、部分的にDicerによって切断されたことが確認された。そこで、以下化学的修飾を有する多重siRNA及び多機能性核酸構造体を作製して、次のような実験を行った。
実施例2のtsiRNA及び図7のT−tiSurvivinの接合される部分の一末端を図17及び図18のように灰色でアンダーラインの部分のヌクレオチドのリボースの2'位置のヒドロキシル基を−O−メチル基で置き換えた化学的修飾を有する多重siRNA(tsiRNA(OMe))及び多機能性核酸構造体(T−tiSurvivin(OMe))を製造した後、実施例11−1と同様の方法で実験を行った。
その結果、図19に示したように、tsiRNA(OMe)及びT−tiSurvivin(OMe)は共にDicerの基質として作用しないことを確認することができた。
実施例11−2のようにDicerの基質として作用しない化学的修飾を有する多重siRNA複合体及び多機能性核酸構造複合体が遺伝子発現抑制効果を有するのか否かを確認するために、実施例2及び実施例7−1と同様の方法でRT−PCRを行った。
その結果、図20に示したように、化学的修飾を有する多重siRNA複合体及び多機能性核酸構造複合体共に優秀な遺伝子発現抑制効果を有することを確認することができた。
Claims (35)
- 3つ以上のsiRNAが各々の一末端で互いに接合されている多重siRNAに陽イオン性細胞伝達体が結合されている、細胞内の伝達能が増加したsiRNA複合体。
- 前記3つ以上のsiRNAはアンチセンスの3'方向末端で互いに接合されていることを特徴とする請求項1に記載のsiRNA複合体。
- 前記siRNAは化学的修飾を含むことを特徴とする請求項1に記載のsiRNA複合体。
- 前記化学的修飾は、前記siRNAに含まれる少なくとも1つのヌクレオチドのリボースの2’位置のヒドロキシル基が水素原子、フッ素原子、−O−アルキル基、−O−アシル基、及びアミノ基のいずれか一つに置換されることを特徴とする請求項1に記載のsiRNA複合体。
- 前記多重siRNAは異なるsiRNAより構成されることを特徴とする請求項1に記載のsiRNA複合体。
- 前記陽イオン性細胞伝達体は電荷相互作用により結合されることを特徴とする請求項1に記載のsiRNA複合体。
- 前記陽イオン性細胞伝達体は、陽イオン性ポリマーまたは陽イオン性脂質であることを特徴とする請求項1に記載のsiRNA複合体。
- 前記陽イオン性細胞伝達体は、ポリエチレンイミンまたはリポソームであることを特徴とする請求項7に記載のsiRNA複合体。
- 請求項1〜8のいずれか一項に記載の複合体を細胞内に導入することを含むsiRNAの細胞内の伝達方法。
- 3つ以上の官能基を有する化合物にsiRNA、miRNA、アンタゴmiR、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、及びアプタマーからなる群から選択される3つ以上の核酸オリゴヌクレオチドの各々の一末端が連結している多機能性核酸構造体。
- 前記3つ以上の官能基を有する化合物の各官能基に核酸断片が連結しており、そして前記siRNAのセンスまたはアンチセンスの一つの鎖、miRNA、アンタゴmiR、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム及びアプタマーから選択される一つに、前記核酸断片と相補的に結合できる配列を導入することによって、前記核酸オリゴヌクレオチドのそれぞれが、前記核酸断片に、相補的結合により連結されることを特徴とする請求項10に記載の多機能性核酸構造体。
- 前記多機能性核酸構造体は1以上のsiRNAを含むことを特徴とする請求項10に記載の多機能性核酸構造体。
- 前記多機能性核酸構造体は3つ以上のsiRNAより構成されることを特徴とする請求項10に記載の多機能性核酸構造体。
- 前記多機能性核酸構造体は互いに異なる三つのsiRNAより構成されることを特徴とする請求項13に記載の多機能性核酸構造体。
- 前記オリゴヌクレオチドは化学的修飾を含むことを特徴とする請求項10に記載の多機能性核酸構造体。
- 前記化学的修飾は、前記オリゴヌクレオチドに含まれる少なくとも1つのヌクレオチドのリボースの2’位置のヒドロキシル基が水素原子、フッ素原子、−O−アルキル基、−O−アシル基、及びアミノ基のいずれか一つに置換されることを特徴とする請求項10に記載の多機能性核酸構造体。
- 前記3つ以上の官能基を有する化合物は、ホスホアミダイト化合物、ヨードアセチル化合物、マレイミド化合物、エポキシド化合物、チオール−ジスルフィド化合物、チオール化されたエルマン試薬、NHSまたはsulfo−NHS化合物及びイソシアネート化合物のいずれか一つであることを特徴とする請求項10に記載の多機能性核酸構造体。
- 請求項10〜17のいずれか一項に記載の多機能性核酸構造体に陽イオン性細胞伝達体が結合されている、細胞内の伝達能が増加した多機能性核酸構造複合体。
- 前記陽イオン性伝達体は電荷相互作用により結合されることを特徴とする請求項18に記載の多機能性核酸構造複合体。
- 前記陽イオン性細胞伝達体は、陽イオン性ポリマーまたは陽イオン性脂質であることを特徴とする請求項18に記載の多機能性核酸構造複合体。
- 前記陽イオン性伝達体は、ポリエチレンイミンまたはリポソームであることを特徴とする請求項18に記載の多機能性核酸構造複合体。
- 請求項18に記載の多機能性核酸構造複合体を細胞内に導入することを含む多機能性核酸構造体の細胞内の伝達方法。
- 3つ以上の官能基を有する化合物にsiRNA、miRNA、アンタゴmiR、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム及びアプタマーからなる群から選択される核酸オリゴヌクレオチドの一末端を連結させることを特徴とする多機能性核酸構造体の製造方法。
- 前記3つ以上の官能基を有する化合物の各官能基に核酸断片が連結すること、そして前記オリゴヌクレオチドに前記核酸断片と相補的に結合できる配列を導入し、前記核酸断片に相補的に連結されることを含む、請求項23に記載の方法。
- 前記3つ以上の官能基を有する化合物は、ホスホアミダイト化合物、ヨードアセチル化合物、マレイミド化合物、エポキシド化合物、チオール−ジスルフィド化合物、チオール化されたエルマン試薬、NHSまたはsulfo−NHS化合物及びイソシアネート化合物のいずれか一つであることを特徴とする請求項23に記載の方法。
- 次の工程を含む、細胞内の伝達能が増加した多機能性核酸構造複合体の製造方法:
(a)3つ以上の官能基を有する化合物にsiRNA、miRNA、アンタゴmiR、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム及びアプタマーからなる群から選択される核酸オリゴヌクレオチドの一末端を連結して、多機能性核酸構造体を製造する工程;及び
(b)前記多機能性RNA構造に陽イオン性細胞伝達体を電荷相互作用によって結合させる工程。 - 前記(a)工程は3つ以上の官能基を有する化合物の各官能基に核酸断片が連結し、そして前記オリゴヌクレオチドに前記核酸断片と相補的に結合できる配列を導入し、前記核酸断片との相補的に連結される工程を含む、請求項26に記載の方法。
- 前記3つ以上の官能基を有する化合物は、ホスホアミダイト化合物、ヨードアセチル化合物、マレイミド化合物、エポキシド化合物、チオール−ジスルフィド化合物、チオール化されたエルマン試薬、NHSまたはsulfo−NHS化合物及びイソシアネート化合物のいずれか一つであることを特徴とする請求項26に記載の方法。
- 前記核酸断片は配列番号42の塩基配列を含むことを特徴とする請求項26に記載の方法。
- 前記オリゴヌクレオチドは化学的修飾を含むことを特徴とする請求項26に記載の方法。
- 前記陽イオン性細胞伝達体は、陽イオン性ポリマーまたは陽イオン性脂質であることを特徴とする請求項26に記載の方法。
- 請求項1〜8のいずれか一項に記載のsiRNA複合体を含有する遺伝子発現抑制用組成物。
- 請求項1〜8のいずれか一項に記載のsiRNA複合体を含有する抗癌組成物。
- 請求項12の多機能性核酸構造複合体を含有する遺伝子発現抑制用組成物。
- 請求項12の多機能性核酸構造複合体を含有する抗癌組成物。
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