JP2012506238A - インスリン様増殖因子−1受容体キナーゼ阻害剤に対する抗がん反応を予測する生物学的マーカー - Google Patents
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Abstract
本発明は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤によるがん患者の処置の有効性を予測するための診断方法を提供する。腫瘍細胞が、特定の感受性若しくは耐性バイオマーカー、又はゲノムの分類子を発現するかどうかを評価することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害への腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法が提供される。この方法を組み込んだ、IGF−1Rキナーゼ阻害剤によりがん患者を処置するための改良方法も提供される。
Description
がんは、無秩序な増殖、分化の欠如、及び局部組織に浸潤して転移する能力を特徴とする広範囲の細胞性悪性腫瘍に対する総称である。これらの悪性新生物は、種々の程度の有病率で、体内のすべての組織及び器官に影響を与える。本発明は、がん患者を診断し処置する方法に関する。特に、本発明は、どの患者がインスリン様増殖因子−1受容体(IGF−1R)キナーゼ阻害剤による処置から最も利益を受けるかを決定する方法に関する。
IGF−1Rは、インスリン受容体(IR)、IGF−1R(ホモダイマー)、IGF−1R/IR(ハイブリッド受容体)及びIGF−2R(マンノース6−リン酸受容体)を含むインスリン受容体ファミリーに属する。IGF−1R/IRハイブリッドは、ホモダイマーとして作用して、IGFと優先的に結合しシグナル伝達する。IRは、2つのアイソフォーム:IR−B(従来のインスリン受容体)及びIR−A(選択腫瘍中に再発現し、優先的にIGF−IIと結合する胎児型)、として存在する。IGF−2Rは、IGF−IIに対する「シンク」として機能する非シグナル伝達受容体である(非特許文献1)。6種の特徴が分かっているインスリン様増殖因子結合タンパク質(IGFBP−1〜−6)は、IGFリガンドと結合してIGFを安定化させ、IGF−1Rを結合するそれらの能力を調節する。
IGF−1Rは、主としてIGF−1に結合するが、しかしより低い親和性を有するIGF−II及びインスリンにも結合する膜貫通RTKである。IGF−1のその受容体への結合は、受容体オリゴマー化、チロシンキナーゼの活性化、分子間受容体の自己リン酸化、IRS1及びShcを含む細胞基質のリン酸化をもたらし、PI3K/Akt及びマイトジェン活性化プロテインキナーゼ(MAPK)経路の活性化につながる(非特許文献2、1、3)。リガンド活性化IGF−1Rは、正常細胞にマイトジェン活性を誘導し、異常増殖において重要な役割を果たす。IGF−1系の主要な生理学的役割は、正常増殖及び再生の促進である。過剰発現されたIGF−1R(1型インスリン様増殖因子受容体)は、有糸分裂誘発を開始し、リガンド依存性悪性形質転換を促進することができる。更に、IGF−1Rは、悪性表現型の樹立及び維持において重要な役割を果たす。上皮増殖因子(EGF)受容体と違って、いずれのIGF−1Rの変異発がん型も同定されていない。しかしながら、幾つかのがん遺伝子はIGF−1及びIGF−1R発現に影響を与えることが証明されている。IGF−1R発現低下と形質転換への耐性との相関は認められている。IGF−1RRNAへのmRNAアンチセンスへの細胞曝露は、種々のヒト腫瘍細胞株の軟寒天増殖を抑制する。IGF−1Rは、インビボ及びインビトロの両方でアポトーシスへの進行を阻害する。また、野生型レベル以下のIGF−1Rのレベル低下は、インビボにおいて腫瘍細胞のアポトーシスを引き起こすことが示されている。アポトーシスを引き起こすIGF−1Rの破壊能力は、正常の非腫瘍原性細胞で低下すると考えられる。
IGF−1経路は、ヒト腫瘍発生において重要な役割を果たす。IGF−1R過剰発現は、しばしば種々の腫瘍(乳房、結腸、肺、肉腫)に認められ、しばしば進行性表現型と関連する。高い循環IGF1の濃度は、前立腺、肺及び乳がんリスクと強く相関している。更に、IGF−1Rは、インビトロ及びインビボでの形質転換表現型の樹立及び維持に必要である(非特許文献3)。IGF−1Rのキナーゼ活性は、幾つかのがん遺伝子:EGFR、PDGFR、SV40T抗原、活性化Ras、Raf、及びv−Src、の形質転換活性に不可欠である。正常な線維芽細胞におけるIGF−1R発現は悪性表現型を誘導し、次いでインビボで腫瘍を形成することができる。IGF−1R発現は足場非依存性増殖において重要な役割を果たす。また、IGF−1Rは、化学療法、放射線及びサイトカイン誘導アポトーシスから細胞を保護することが示されている。逆に、ドミナントネガティブIGF−1R、三重螺旋形成又はアンチセンス発現ベクターによる内因性IGF−1Rの阻害は、インビトロでの形質転換活性及び動物モデルにおける腫瘍増殖を抑制することが示されている。また、IGF−1Rのシグナル伝達経路は、CRCにおける受容体及びリガンドの過剰発現、より悪性の表現型との関連性、化学療法耐性、及び予後不良との相関を示すデータに基づいて、結腸直腸がん(CRC)における強固な標的であるように見える(非特許文献4、5、6、7、8)。
タンパク質チロシンキナーゼ阻害剤が、哺乳動物がん細胞増殖の選択的阻害剤として有用であることは認識されている。例えば、Gleevec(商標)(メシル酸イマチニブとしても知られている)、BCR−ABL融合遺伝子産物のキナーゼ活性を阻害する2−フェニルピリミジンチロシンキナーゼ阻害剤は、CMLの処置のために米国食品医薬品局によって承認されている。4−アニリノキナゾリン化合物Tarceva(商標)(エルロチニブHCl)もFDAによって承認されており、そして高い効力でEGF受容体キナーゼを選択的に阻害する。IGF−1Rのキナーゼ活性を直接阻害する化合物、並びにIGF−1R活性化を遮断することによりIGF−1Rキナーゼ活性を低下させる抗体、又はIGF−1R発現を遮断するアンチセンスオリゴヌクレオチドの、抗腫瘍剤として使用するための開発は、強力な研究努力の領域である(例えば、非特許文献9、10、11、12、13、14、15、16を参照)。IGF−1R経路を阻害する薬剤は、インビトロ及びインビボ両方の重複ヒトがんモデルにおいて、特にユーイング肉腫及び横紋筋肉腫の小児モデルにおいて、抗腫瘍効果を示している(非特許文献17)。肉腫患者における有効性の早期の手掛りにもかかわらず、初期臨床試験におけるIGF−1R阻害剤の現在までの結果は優れたものではないことから、このアプローチを前進させるためには患者選択方法及び合理的な組み合わせが必要となる可能性があることを示す (非特許文献18)。これまでに収集されたデータは、IGF−1R経路のメンバーの活性化、過剰発現又は増幅が反応性を予測できることを示していない。
抗がん薬は、非悪性細胞への毒性と比較して広い治療係数で、がん細胞を選択的に殺細胞すると考えられる。抗がん薬は、また、薬物への長期曝露後でも、悪性細胞に対するその効果を保持する可能性がある。残念ながら、最新の化学療法はいずれもそのような理想的なプロファイルを有してない。それどころか、大部分は非常に狭い治療係数を有している。更に、化学療法剤のやや亜致死濃度に曝露されたがん性細胞は、そのような薬剤に対して耐性を、その上幾つかの他の抗腫瘍薬に対してかなり頻繁な交差耐性を、非常にしばしば生じる可能性がある。加えて、いずれの特定のがん型に対しても、タンパク質チロシンキナーゼ阻害剤などの新しい遺伝子標的療法をもってしても、どの患者が特定の処置に反応する可能性があるかを高い頻度で予測することはできないことから、最も有効な治療法を見出すために、患者に対してしばしば相当のリスク及び不快を伴って、少なからぬ試行錯誤を余儀なくさせている。
このように、新生物及び他の増殖性疾患に対するより有効な処置の、及びどの腫瘍がどの処置に反応することができるかを決定するためのより有効な手段のニーズがある。既存薬剤の治療的有効性を増強する方法は、それらの投与スケジュール、及び、また、他の抗がん又は生化学的修飾薬との併用によるそれらの使用の変更を含む。併用療法は、治療的関連用量の各薬剤単独の使用に応じてより大きな有効性、及び副作用の減少をもたらすことができる方法として周知である。ある場合には、薬物併用の効果は相加的(併用の効果が各薬剤単独の効果の和にほぼ等しい)であるが、しかし他の場合には、効果は相乗的(併用の効果が単独で与えられた各薬剤効果の和よりもより大きい)である。標的特異的治療アプローチは、一般に従来の細胞毒性薬と比べて低毒性を伴い、従ってそれ自体を併用レジメンで使用するのに役立つ。
幾つかのグループは、タンパク質チロシンキナーゼ阻害剤に対する患者の反応を予測する有望なバイオマーカーを検討している(例えば、PCT資料:特許文献1、2、3、4;並びに米国特許出願:特許文献5、6、7を参照)。しかしながら、当該阻害剤によるそれらの患者の処置において医師の有効な指針となり、又はどの腫瘍が標準化学療法薬と当該阻害剤の併用に最も都合よく反応するかを医師に示すことができる、いずれの診断又は予後試験も未だに現われていない。
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このように、いずれの特定がん患者の処置に対しても最良の処置様式を決定するための改良法に対する緊急な必要性が未だ残っている。本発明は、腫瘍細胞が新しい「感受性」又は「耐性」バイオマーカーを発現するかどうかに基づいて、どの腫瘍が最も効果的にIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して最も効果的に反応するかを決定し、そして当該阻害剤を単剤として使用するかそれとも他の抗がん剤と併用するかに関わらず、がん患者のより有効な処置レジメンに当該決定法を組み入れるための方法を提供する。
本発明は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤によるがん患者の処置の有効性を予測するための診断方法を提供する。これらの方法は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性が、当該腫瘍細胞が特定の「感受性」若しくは「耐性」バイオマーカー、又はゲノム分類子を発現するかどうかによって予測されるという驚くべき発見に基づいている。
また、上記の方法を組み入れた、IGF−1Rキナーゼ阻害剤によりがん患者を処置するための改良方法も提供される。このように、本発明は、更に、腫瘍細胞が高レベルの感受性及び/又は耐性バイオマーカー、又は特定のゲノム分類子を発現するかどうかを評価することにより、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の予想される反応性を診断し、そして阻害剤に対する感受性が予測される該患者に、IGF−1Rキナーゼ阻害剤(例えば、OSI−906)の治療的有効量を投与する工程を含む、患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置する方法を提供する。
動物における用語「がん」は、無制限増殖、不死、転移能、急速増殖及び増殖速度などの発がん細胞の典型的な特徴、並びに特定の独特な形態学的特徴を有する細胞の存在を指す。しばしば、がん細胞は腫瘍の形態で存在し得るが、しかし、そのような細胞は動物内に単独で存在するか、又は白血病細胞のような独立細胞として血流中で循環する可能性がある。
本明細書で使用される「異常細胞増殖」は、特に明記しない限り、正常の調節メカニズムから独立している細胞増殖を指す(例えば、接触阻止の欠如)。これは、以下の異常な増殖を含む:(1)変異チロシンキナーゼを発現することにより、又は受容体チロシンキナーゼの過剰発現により増殖する腫瘍細胞(腫瘍);(2)異常なチロシンキナーゼ活性化が起こる他の増殖性疾患の良性及び悪性細胞;(4)受容体チロシンキナーゼによって増殖するいずれかの腫瘍;(5)異常なセリン/トレオニンキナーゼの活性化によって増殖するいずれかの腫瘍;そして(6)異常なセリン/トレオニンキナーゼの活性化が起こる他の増殖性疾患の良性及び悪性細胞。
本明細書で使用される用語「処置する」は、特に明記しない限り、がん患者における腫瘍の増殖、腫瘍転移、又は他の発がん若しくは腫瘍細胞の進行を止め、軽減し、阻害し、又は部分的に若しくは完全に予防することを意味する。本明細書で使用される用語「処置」は、特に明記しない限り、処置行為を指す。
例えば、がんに適用する場合に、語句「処置方法」又はその相当語句は、動物のがん細胞数を減少させる若しくは除去する、又はがんの症状を軽減するためにデザインされる手順又は手続きを指す。がん又は別の増殖性障害を「処置する方法」は、がん細胞若しくは他の障害が実際に除去し得ること、細胞の数若しくは障害が実際に減少し得ること、又はがん若しくは他の障害の症状が実際に軽減し得ることを必ずしも意味するものではない。しばしばがんを処置する方法は、低い成功の可能性でも実施し得るが、しかし病歴及び動物の生存期待の予想を考慮すると、それでも全体的に有益な手続きと考えられる。
用語「治療薬」は、研究者、獣医師、医師又は他の臨床医によって検討されている組織、システム、動物又は人間の生物学的又は医学的反応を誘発する可能性のある組成物を意味する。
用語「治療的有効量」又は「有効量」は、研究者、獣医師、医師又は他の臨床医によって検討されている組織、システム、動物又は人間の生物学的又は医学的反応を誘発する可能性のある、対象化合物又は組み合わせの量を意味する。
下記の本明細書の詳細な実験の項に示されるデータは、CRC(結腸直腸がん)細胞などの腫瘍細胞が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤(例えば、PQIP、OSI−906)により増殖阻害に対して一連の感受性を示すことを実証している。IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する腫瘍細胞の感受性の程度は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対して相対的に感受性(即ち「感受性」バイオマーカー)か、又は相対的に耐性(即ち「耐性」バイオマーカー)である細胞に特徴的な、腫瘍細胞によって発現するバイオマーカーのレベルを決定することによって評価することができる。例えば、マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼ6(MAP2K6)及びアルデヒドデヒドロゲナーゼ1−A1(ALDH1A1)のような「感受性」バイオマーカーの高レベルの腫瘍細胞発現は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する高感受性と相関する。逆に、メタロチオネイン1E(MT−1E)及びカルデスモン(CALD1)のような「耐性」バイオマーカーの高レベルの腫瘍細胞発現は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する低感受性と相関する。IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する腫瘍細胞の感受性のレベルを予測するのに使用することができる、更なる感受性又は耐性バイオマーカーは以下のように図14及び15に示されている。このように、これらの観察は、腫瘍増殖に対するIGF−1Rキナーゼ阻害剤の効果を予測する有用な新しい診断法の基礎を形成し、そして腫瘍医が彼らの患者に対する最も適切な処置を選択するのに役立つ、更なるツールを提供することができる。データは、また、感受性又は耐性バイオマーカー発現を測定することにより、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に感受性であると予測される腫瘍細胞が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤と、抗がん剤がSN38、オキサリプラチン又は5−フルオロウラシルである、抗がん剤の組み合わせによる処置にも相乗的に反応する可能性が高いことを示唆する。更に、データから、耐性バイオマーカーは、どの腫瘍がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対して耐性になるかを予測するのに有用であるかを示唆する。
本発明のいずれの方法においても有用な感受性バイオマーカーは、以下の遺伝子の発現産物を含む:アルデヒドデヒドロゲナーゼ1ファミリー、メンバーA1(ALDH1A1、GeneID:216);リングフィンガータンパク質128(RNF128、GeneID:79589);マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼ6(MAP2K6、GeneID:5608);キノリン酸ホスホリボシルトランスフェラーゼ(ニコチン酸ヌクレオチドピロホスホリラーゼ(カルボキシル化)(QPRT、GeneID:23475);インターロイキン15(IL15、GeneID:3600);ホスホリパーゼD1、ホスファチジルコリン特異的(PLD1、GeneID:5337);仮説タンパク質LOC157860(LOC157860、GeneID:157860);マッスルブラインド様2(ショウジョウバエ)(MBNL2、GeneID:10150);TBC1ドメインファミリー、メンバー8B(GRAMドメインを有する)(TBC1D8B、GeneID:54885);ガラクトキナーゼ2(GALK2、GeneID:2585);UDP−N−アセチル−α−D−ガラクトサミン:ポリペプチドN−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ4(GalNAc−T4)(GALNT4、GeneID:8693);PAN3ポリA特異的リボヌクレアーゼサブユニット相同体(S.cerevisiae)(PAN3、GeneID:255967);2重特異性のチロシン−(Y)−リン酸化制御キナーゼ2(DYRK2、GeneID:8445);ペリノ相同体2(ショウジョウバエ)(PELI2、GeneID:57161);ホスホイノシチド−3−キナーゼ、調節サブユニット1(p85α)(PIK3R1、GeneID:5295;ホスホグルコムターゼ2様1(PGM2L1、GeneID:283209);ホスホリラーゼキナーゼ、β(PHKB、GeneID:5257);仮説タンパク質LOC644009(LOC644010、GeneID:644010);CDC14細胞分裂周期14相同体B(S. cerevisiae)///CDC14細胞分裂周期14相同体B(S. cerevisiae)(CDC14B、GeneID:8555);仮説タンパク質LOC128977(C22orf39、GeneID:128977);溶質キャリアファミリー44、メンバー1(SLC44A1、GeneID:23446);仮説タンパク質LOC202451(LOC202451、GeneID:202451);膜貫通タンパク質164///仮説タンパク質FLJ22679と同類(TMEM164、GeneID:84187);子宮頸がんサプレッサー−1と同類(ST20、GeneID:400410(LOC400410としても知られている));仮説タンパク質FLJ30596(C5orf33、GeneID:133686);リソソーム関連膜タンパク質2(LAMP2、GeneID:3920);プロテインホスファターゼ1B(以前の2C)、マグネシウム依存、βアイソフォーム(PPM1B、GeneID:5495);デヒドロゲナーゼ/レダクターゼ(SDRファミリー)メンバー3(DHRS3、GeneID:9249);ロイシンジッパー及びCTNNBIP1ドメイン含有(LZIC、GeneID:84328);ユビキチン特異的ペプチダーゼ様1(USPL1、GeneID:10208);ゴルジ自己抗原、ゴルジンサブファミリーb、マクロゴルジン(膜シグナルを有する)、1(GOLGB1、GeneID:2804);染色体20オープンリーディングフレーム74(C20orf74、GeneID:57186);コイルドコイルドメイン含有52(CCDC52、GeneID:152185);RAB40B、メンバーRAS発がん遺伝子ファミリー(RAB40B、GeneID:10966);高頻度再編成進行T細胞リンパ腫2(FRAT2、GeneID:23401);hsa−miR−224(GeneID:407009);hsa−miR−181a(GeneID:406995);hsa−miR−194(GeneID:406969、406970);hsa−miR−192(GeneID:406967);hsa−miR−215(GeneID:406997;hsa−miR−200b(GeneID:);hsa−miR−429(GeneID:554210);hsa−miR−200a(GeneID:406983);hsa−miR−192*(GeneID:406967);hsa−miR−200b*(GeneID:406984);及びhsa−mirR−584(GeneID:693169)。
本発明のいずれの方法においても有用な耐性バイオマーカーは、以下の遺伝子の発現産物を含む:カルデスモン1(CALD1、GeneID:800);ケルチ様5(ショウジョウバエ)(KLHL5、GeneID:51088);メタロチオネイン1E(機能的)(MT1E、GeneID:4493);β−1,3−N−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ1(グロボシド血液型)(B3GALNT1、GeneID:8706);システイン豊富な血管新生誘導因子、61(CYR61、GeneID:3491);メタロチオネイン1X(MT1X、GeneID:4501);トロポニンT型1(骨格筋、遅筋型)(TNNT1、GeneID:7138);メタロチオネイン1H様タンパク質///仮説タンパク質LOC650610(MT1P2、GeneID:645745(LOC645745としても知られている));メタロチオネイン1H(MT1H、GeneID:4496);メタロチオネイン1F(機能的)(MT1F、GeneID:4494);メタロチオネイン2A(MT2A、GeneID:4502);メタロチオネイン1M(MT1M、GeneID:4499);MHCクラスIポリペプチド関連配列B(MICB、GeneID:4277);コラーゲン、VI型、α1(COL6A1、GeneID:1291);ミオシン、軽鎖ポリペプチド9、調節(MYL9、GeneID:10398);メタロチオネイン1G(MT1G、GeneID:4495);末梢性ミエリンタンパク質22(PMP22、GeneID:5376);染色体1オープンリーディングフレーム115(C1orf115、GeneID:79762);SWI/SNF関連、マトリックス結合性、アクチン依存性クロマチン制御因子、サブファミリーd、メンバー3(SMARCD3、GeneID:6604);クラステリン(CLU、GeneID:1191);マッシュルームファミリーメンバー2(SHROOM2、GeneID:357);プリン受容体P2X、リガンド依存性イオンチャネル、5(P2RX5、GeneID:5026);コイルドコイルドメイン含有109B(CCDC109B、GeneID:55013);膜貫通タンパク質52(TMEM52、GeneID:339456);サイクリンE2(CCNE2、GeneID:9134);形質転換増殖因子、β1(Camurati-Engelmann病)(TGFB1、GeneID:7040);サイトカインシグナル抑制因子3(SOCS3、GeneID:9021);NACHT、ロイシンリッチリピート及びPYD含有11(NLRP11、GeneID:204801);グリピカン1(GPC1、GeneID:2817);キネシン軽鎖3(KLC3、GeneID:147700);胸癌腫増幅配列4(BCAS4、GeneID:55653);コヒージョン1相同体2樹立物(S.cerevisiae)(ESCO2、GeneID:157570);ネトリン1(NTN1、GeneID:9423);MAD2有糸分裂停止欠損様2(酵母)(MAD2L2、GeneID:1045);チューブリンチロシンリガーゼ様ファミリー(TTLLl7、GeneID:79739)メンバー7;スカベンジャー受容体クラスA、メンバー3(SCARA3、GeneID:51435);増殖停止及びDNA損傷誘導性、β(GADD45B、GeneID:4616);免疫グロブリンスーパーファミリー、メンバー4C(CADM4、GeneID:199731(IGSF4Cとしても知られている));DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);BTGファミリー、メンバー3(BTG3、GeneID:10950);キネシンファミリーメンバー26A(KIF26A、GeneID:26153)、KIAA1622(PPP4R4、GeneID:57718);グアノシンモノリン酸レダクターゼ///グアノシンモノリン酸レダクターゼ(GMPRGeneID:2766;ストークヘッドボックス1(STOX1、GeneID:219736);KIAA0672遺伝子産物(RICH2、GeneID:9912);MCM10ミニ染色体維持欠損10(S. cerevisiae)(MCM10、GeneID:55388);DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);アデノシンデアミナーゼ、RNA特異的、B1(RED1ホモロジーラット)(ADARB1、GeneID:104);CKLF様MARVEL膜貫通ドメイン含有7(CMTM7、GeneID:112616);フォークヘッドボックスF1(FOXF1、GeneID:2294);核カゼインキナーゼ及びサイクリン依存性キナーゼ基質1(NUCKS1、GeneID:64710);染色体11オープンリーディングフレーム63(C11orf63、GeneID:79864);アシルCoAチオエステラーゼ7(ACOT7、GeneID:11332);ジンクフィンガータンパク質286(ZNF286A、GeneID:57335);アミロイドβ(A4)前駆体様タンパク質1(APLP1、GeneID:333);オルニチンアミノトランスフェラーゼ(脳回転状萎縮症)(OAT、GeneID:4942);中心子周辺物質1(MBD1、GeneID:4152(PCM1としても知られている));PRP40mRNA前駆体プロセシング因子40相同体B(S.cerevisiae)(PRPF40B、GeneID:25766);溶質キャリアファミリー12(カリウム/塩素トランスポーター)、メンバー4(SLC12A4、GeneID:6560);仮説タンパク質FLJ38973(C2orf69、GeneID:205327);カルシウム及びインテグリン結合ファミリーメンバー2(CIB2、GeneID:10518);インテグリン、α7(ITGA7、GeneID:3679);ベンゾイミダゾール類によって阻害されない発芽3BUB3相同体(酵母)(BUB3、GeneID:9184);染色体1オープンリーディングフレーム135(C1orf135、GeneID:79000);細胞分裂周期27(CDC27、GeneID:996);ドッキングタンパク質1、62kDa(チロシンキナーゼ1の下流)(DOK1、GeneID:1796);アデノシンキナーゼ(ADK、GeneID:132);Meis1、骨髄性エコトロピックウイルス組込み部位1相同体3(マウス)(MEIS3、GeneID:56917);クリングル含有膜貫通タンパク質2(KREMEN2、GeneID:79412);染色体21オープンリーディングフレーム91(C21orf91、GeneID:54149);溶質キャリアファミリー4、アニオン交換体、メンバー3(SLC4A3、GeneID:6508);ジンクフィンガータンパク質558(ZNF558、GeneID:148156);KIAA1442タンパク質(EBF4、GeneID:57593(RP5−860F19.3としても知られている));MCM4ミニ染色体維持欠損4(S.cerevisiae)(MCM4、GeneID:4173);マイトジェン活性化プロテインキナーゼ1(MAPK1、GeneID:5594);hsa−miR−886−3p(GeneID:100126299);hsa−miR−521(GeneID:574494、574481);及びhsa−miR−432(GeneID:574451)。
本明細書に記載のNCBI GeneID番号は、NCBI Entrez遺伝子データベース記録(全米バイオテクノロジー情報センター(NCBI)、米国国立医学図書館、8600
Rockville Pike、Buiding 38A、Bethesda, MD20894;インターネットアドレスhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/)からのバイオマーカー遺伝子の固有の識別子である。バイオマーカー遺伝子から発現する代表的mRNAの配列も以下に記載されている。これらのmRNAから発現するタンパク質は、本発明のいずれの方法にも使用される可能性があるバイオマーカータンパク質を表す。
Rockville Pike、Buiding 38A、Bethesda, MD20894;インターネットアドレスhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/)からのバイオマーカー遺伝子の固有の識別子である。バイオマーカー遺伝子から発現する代表的mRNAの配列も以下に記載されている。これらのmRNAから発現するタンパク質は、本発明のいずれの方法にも使用される可能性があるバイオマーカータンパク質を表す。
従って、本発明は、腫瘍細胞によって発現される感受性バイオマーカーのレベルを評価すること;及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法であって、腫瘍細胞感受性バイオマーカーの高発現レベルが、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する方法を提供することである。感受性バイオマーカーの好ましい例は、マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼ6(MAP2K6)及びアルデヒドデヒドロゲナーゼ1−A1(ALDH1A1)を含む。本発明の方法において使用することができる感受性バイオマーカーの更なる例は、上記に、そして図14に記載のものを含む。
本発明は、また、腫瘍細胞によって発現される耐性バイオマーカーのレベルを評価すること;及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法であって、腫瘍細胞耐性バイオマーカーの高発現レベルが、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する低感受性と相関する方法を提供することである。耐性バイオマーカーの好ましい例は、メタロチオネイン1E(MT−1E)及びカルデスモン(CALD1)を含む。本発明の方法において使用することができる耐性バイオマーカーの更なる例は、上記に、そして図15に記載のものを含む。
本発明のいずれかの方法において、腫瘍細胞によって発現される感受性又は耐性バイオマーカーレベルの評価は、一般的にIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する感受性が知られている、又は容易に決定することができる、対照細胞試料中の該感受性又は耐性バイオマーカーの発現レベルに応じて決定される(例えば、図1に記載のような腫瘍細胞株)。あるいは、腫瘍細胞株パネルは、各々が感受性又は耐性バイオマーカーの異なるレベルの発現を示し、そしてこのようにIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する異なる感受性は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する相対感度が予測できる標準曲線を構築するために使用することができる。試験腫瘍細胞試料、又は対照細試料中の感受性又は耐性バイオマーカーの発現レベルは、細胞数、総タンパク質若しくは総RNAレベル、又は「相対的発現レベル」を与えるために、その発現が1つの細胞から別の細胞へほとんど又は全然変化しないハウスキーピング遺伝子の発現レベル、に応じて決定されると考えられる。試験腫瘍細胞試料vs.対照細胞試料におけるバイオマーカー発現レ
ベルの比較は、当該相対的発現レベルを比較することによって行ってもよい。
ベルの比較は、当該相対的発現レベルを比較することによって行ってもよい。
本発明との関連で、バイオマーカーの発現が高く又は低く規定されるかどうかは、既知のバイオマーカー発現レベル及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対して感受性を有する対照腫瘍細胞に応じて決定されると考えられる。例えば、本明細書の図1に記載のCRC腫瘍細胞株は、対照腫瘍細胞として使用してもよい。例えば、これらの細胞株のうち、幾つかはIGF−1Rキナーゼ阻害剤PQIP及びOSI−906(例えば、Colo205、HT29及びLS513)に感受性であり、高レベルの感受性バイオマーカー及び低レベルの耐性バイオマーカーを発現する。図1において他の細胞株は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤PQIP及びOSI−906に相対的に耐性であり、高レベルの耐性バイオマーカー及び低レベルの感受性バイオマーカー(例えば、SW948、SW48、NCI−H508、HCT116、HCT15、SW480、RKO、HCT8、LoVo、LS123、T84、LS174T、LS180、SW1417、SW1116、SW837、SW1463、及びSW403)を発現する。PQIPに対する腫瘍細胞増殖の感受性は、腫瘍細胞が0.5μMより小さいIC50で阻害される場合に高いと定義され、腫瘍細胞が5.0μMより大きいIC50で阻害される場合に低い(即ち、相対的に耐性)と定義される。他のIGF−1Rキナーゼ阻害剤、特に、OSI−906などの本明細書に記載の式(I)の化合物では、それらがPQIPと同じシグナル伝達経路を阻害することにより腫瘍細胞増殖を阻害することから、定性的に同様の結果が期待されるが、定量的にIC50値は他の阻害剤vs.PQIPの相対的効力に依存して異なる可能性がある。OSI−906及びPQIPは、同じ腫瘍細胞タイプで試験する場合に、ほとんど同じIC50値を有する。このように、OSI−906に対する腫瘍細胞増殖の感受性は、腫瘍細胞が1.5μMより小さいIC50で阻害される場合に高いと定義され、そして腫瘍細胞が5.0μMより大きいIC50で阻害される場合に低い(即ち、相対的に耐性)と定義される。他のIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する感受性範囲は、化合物の効力が異なる場合、異なる可能性がある。しかしながら、それらの対応するレベルの感受性及び耐性バイオマーカーレベルを有する、上記の同じ2群の感受性及び耐性腫瘍細胞は、当該試験腫瘍細胞の感受性及び/又は耐性バイオマーカーレベルが、感受性又は耐性腫瘍細胞群の細胞型により類似しているかを決定することにより、新しい試験腫瘍がこのような他のIGF−1Rキナーゼ阻害剤に感受性であるかどうかを予測するために使用することができる。当業者は、また、対照腫瘍細胞として使用することもできる高い又は低いバイオマーカー発現レベルを有する、更なる腫瘍細胞型を容易に同定することができる。
当業者には当然のことながら、対照細胞試料は分析を行う際に各分析に対して設定する必要はなく、むしろ基準又は対照は、本明細書に記載のいずれかの方法によって設定された対照レベルのように、感受性又は耐性患者(レスポンダー及びノンレスポンダー)に対する既決定対照レベルに関して、保存情報の形式を参照することにより設定することができる。このような保存情報の形式は、例えば、参照チャート、集団のリスト若しくは電子ファイル又は感受性及び耐性腫瘍/患者に関する個人データ、又は評価する患者にとって有用な感受性若しくは耐性バイオマーカーの発現の対照レベルに関するその他のデータソースを含むが、これらに限定されるものではない。
従って、本発明は、試験腫瘍細胞によって発現する感受性バイオマーカーのレベルを評価すること;IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対して既知感受性の対照腫瘍細胞によって発現した、感受性バイオマーカーのレベルと該レベルを比較すること;及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法であって、腫瘍細胞感受性バイオマーカーの高発現レベルが、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する方法を提供する。
本発明は、また、試験腫瘍細胞によって発現する耐性バイオマーカーのレベルを評価すること;IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対して既知感受性の対照腫瘍細胞によって発現した、耐性バイオマーカーのレベルと該レベルを比較すること;及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法であって、腫瘍細胞耐性バイオマーカーの高発現レベルが、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する低感受性と相関する方法を提供する。
本明細書に提供される多くの実施例は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤PQIP又はOSI−906に関するものであるが、本発明の方法は、この特定のIGF−1Rキナーゼ阻害剤に反応し又は反応しない患者又は腫瘍の予測に限定されず、むしろ、小分子、ペプチド、抗体、核酸などの阻害剤、又は他のタイプの阻害剤を含む、いずれかのIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の転帰を予測ために使用することができる。1つの実施態様では、小分子IGF−1Rキナーゼ阻害剤は、本明細書の式Iに記載の、新しいクラスの相対的に特異的な、経口投与可能な小分子化合物の1つであってよい(米国特許出願第2006/0235031号;例えば、OSI−906も参照)。
本明細書に記載の本発明の方法、組成物又はキットのいずれにおいても、用語「小分子IGF−1Rキナーゼ阻害剤」は、酵素のキナーゼドメインに結合することによってIGF−1Rキナーゼを阻害する、低分子量(即ち、5000ダルトン未満;好ましくは1000ダルトン未満、そしてより好ましくは300〜700ダルトン)有機化合物を指す。当該化合物の例は、本明細書に記載の式(I)のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を含む。式(I)のIGF−1Rキナーゼ阻害剤は、患者への投与時にIGF−1Rキナーゼを阻害する式(I)によって包含されるいずれのIGF−1Rキナーゼ阻害剤化合物であってもよい。当該阻害剤の例は、米国特許出願第2006/0235031号に公開されており、その内容の全文は本明細書に組み入れられており、そして本明細書に記載の実験で用いられているように、OSI−906(シス−3−[8−アミノ−1−(2−フェニル−キノリン−7−イル)−イミダゾ[1,5−a]ピラジン−3−イル]−1−メチル−シクロブタノール)を含む。
特定の感受性又は耐性バイオマーカーでは、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に相対的に非感受性の腫瘍細胞と感受性の腫瘍細胞間における発現レベルの範囲は、例えば、本明細書に記載の腫瘍細胞パネル(例えば、図1)で試験することにより、又は腫瘍細胞がIGF−1Rキナーゼ阻害剤(例えば、PQIP、OSI−906)に対して、一定範囲の感受性を示す患者からの腫瘍生検で試験することにより、当業者によって容易に評価することができる。
加えて、特に、診断検査及び治療薬処置の適用に係わる医学分野の当業者は、生体系が多少可変性で必ずしも完全に予測可能ではなく、それ故多くの優良な診断検査及び治療薬は時に無効であることを認識することができる。このように、検査結果、患者の病態及び病歴、並びに自身の経験に基づいて、最終的に個々の患者の最適な処置方針を決定するのは主治医の判断次第である。例えば、医師がIGF−1Rキナーゼ阻害剤で患者を処置することを選択する場合に、診断検査から又は他の基準からのデータに基づいて、腫瘍が特にIGF−1Rキナーゼ阻害剤に感受性であることが予測されない場合であっても、特にすべての又は大部分の他の明白な処置選択肢が無効で、又は別の処置が与えられる場合に幾分かの相乗効果が期待されれば、それは好機ともなる可能性がある。1クラスの化合物としてのIGF−1Rキナーゼ阻害剤が、がんの処置に使用されるより伝統的な化学療法又は細胞毒性薬などの、他の多くの抗がん化合物と比較して相対的に良耐容性であるという事実は、これをより有効な選択肢にする。また、本明細書に開示されるバイオマーカーは、どの腫瘍患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤から最も多くの利益を受ける可能性が高いかを予測する一方で、最適なバイオマーカー特性を有さない腫瘍患者が利益を受けない可能性があることを必ずしも意味するものではなく、まさにより緩やかな効果が期待されることに、留意するべきである。
生体系における診断分析はほとんどが絶対確実なものではないので、本発明は、1つのバイオマーカーレベルより多い、腫瘍細胞における発現レベルの同時評価が用いられる、更なる実施態様をも提供する。当該実施態様では(下記)、単一のバイオマーカー発現レベルの測定を用いる方法と比較して、誤った予測の可能性は低い可能性がある。
従って、本発明は、腫瘍細胞によって発現される2つ又はそれ以上(又はパネルの)感受性バイオマーカーのレベルを評価すること;及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法であって、すべての評価した腫瘍細胞感受性バイオマーカーの同時高発現レベルが、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する方法を提供する。本方法の1つの好ましい実施態様では、感受性バイオマーカーは、2つの腫瘍細胞感受性バイオマーカーの同時高発現レベルが、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する、マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼ6(MAP2K6)及びアルデヒドデヒドロゲナーゼ1−A1(ALDH1A1)を含む。後者の実施態様では、両バイオマーカーの高発現レベルが高感受性を示すのに必要であることに留意されたい。
従って、本発明は、腫瘍細胞によって発現する2つ又はそれ以上の(又はパネルの)耐性バイオマーカーのレベルを評価すること;及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法であって、すべての評価した腫瘍細胞耐性バイオマーカーの同時低又は検出不能発現レベルが、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する方法を提供する。本方法の1つの好ましい実施態様では、耐性バイオマーカーは、2つの腫瘍細胞耐性バイオマーカーの同時低又は検出不能発現レベルが、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する、メタロチオネイン1E(MT−1E)及びカルデスモン(CALD1)を含む。後者の実施態様では、両バイオマーカーの低又は検出不能発現が高感受性を示すのに必要であることに留意されたい。
本発明は、また、腫瘍細胞によって発現する感受性バイオマーカーのレベルを評価すること;腫瘍細胞によって発現する耐性バイオマーカーのレベルを評価すること;及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法であって、耐性バイオマーカー発現レベルに対する感受性レベルの高比率が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する方法を提供する。本方法の1つの好ましい実施態様では、感受性バイオマーカーは、マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼ6(MAP2K6)又はアルデヒドデヒドロゲナーゼ1−A1(ALDH1A1)を含み、そして耐性バイオマーカーはメタロチオネイン1E(MT−1E)又はカルデスモン(CALD1)を含む。
本発明は、また、腫瘍の細胞によって発現される2つ又はそれ以上の(又はパネルの)感受性バイオマーカーのレベルを評価すること;及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍増殖の感受性を予測することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍増殖の感受性を予測する方法であって、すべての評価した腫瘍細胞感受性バイオマーカーの同時高発現レベルが、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する方法を提供する。本方法の1つの好ましい実施態様では、感受性バイオマーカーは、2つの腫瘍細胞感受性バイオマーカーの同時高発現レベルが、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する、マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼ6(MAP2K6)及びアルデヒドデヒドロゲナーゼ1−A1(ALDH1A1)を含む。後者の実施態様では、両バイオマーカーの高発現レベルが高感受性を示すのに必要であることに留意されたい。
本発明は、また、腫瘍の細胞によって発現される2つ又はそれ以上の(又はパネルの)耐性バイオマーカーのレベルを評価すること;及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍増殖の感受性を予測することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍増殖の感受性を予測する方法であって、すべての評価した腫瘍細胞耐性バイオマーカーの同時低又は検出不能発現レベルが、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する方法を提供する。本方法の1つの好ましい実施態様では、耐性バイオマーカーは、2つの腫瘍細胞耐性バイオマーカーの同時低又は検出不能発現レベルが、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する、メタロチオネイン1E(MT−1E)及びカルデスモン(CALD1)を含む。後者の実施態様では、両バイオマーカーの低又は検出不能発現が高感受性を示すのに必要であることに留意されたい。
本発明は、また、腫瘍の細胞によって発現する感受性バイオマーカーのレベルを評価すること;腫瘍の細胞によって発現する耐性バイオマーカーのレベルを評価すること;及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍増殖の感受性を予測することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍増殖の感受性を予測する方法であって、耐性バイオマーカー発現レベルに対する感受性レベルの高比率が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関する方法を提供する。本方法の1つの好ましい実施態様では、感受性バイオマーカーは、マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼ6(MAP2K6)又はアルデヒドデヒドロゲナーゼ1−A1(ALDH1A1)を含み、そして耐性バイオマーカーはメタロチオネイン1E(MT−1E)又はカルデスモン(CALD1)を含む。
本発明は、また、腫瘍の細胞によって発現する2つ又はそれ以上の(又はパネルの)感受性バイオマーカーのレベルを評価すること;及び腫瘍がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に有効に反応することができるかどうかを予測することを含む、がん患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に有効に反応することができる腫瘍に罹っているかどうかを予測する方法であって、すべての腫瘍細胞感受性バイオマーカーの同時高発現レベルが、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に有効に反応することができる腫瘍と相関する方法を提供する。本方法の1つの好ましい実施態様では、感受性バイオマーカーは、2つの腫瘍細胞感受性バイオマーカーの同時高発現レベルが、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に有効に反応することができる腫瘍と相関する、マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼ6(MAP2K6)及びアルデヒドデヒドロゲナーゼ1−A1(ALDH1A1)を含む。後者の実施態様では、両バイオマーカーの高発現レベルは、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に有効に反応することができる腫瘍であることを示すのに必要であることに留意されたい。
本発明は、また、腫瘍の細胞によって発現する2つ又はそれ以上の(又はパネルの)耐性バイオマーカーのレベルを評価すること;及び腫瘍がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に有効に反応することができるかどうかを予測することを含む、がん患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に有効に反応することができる腫瘍に罹っているかどうかを予測する方法であって、すべての腫瘍細胞耐性バイオマーカーの同時低又は検出不能発現レベルが、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に有効に反応することができる腫瘍と相関する方法を提供する。本方法の1つの好ましい実施態様では、耐性バイオマーカーは、2つの腫瘍細胞耐性バイオマーカーの同時低又は検出不能発現レベルが、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に有効に反応することができる腫瘍と相関する、メタロチオネイン1E(MT−1E)及びカルデスモン(CALD1)を含む。後者の実施態様では、両バイオマーカーの低又は検出不能発現は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して有効に反応することができる腫瘍であることを示すのに必要であることに留意されたい。
本発明は、また、腫瘍の細胞によって発現する感受性バイオマーカーのレベルを評価すること;腫瘍の細胞によって発現される耐性バイオマーカーのレベルを評価すること;及び腫瘍がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に有効に反応することができるかどうかを予測することを含む、がん患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に有効に反応することができる腫瘍に罹っているかどうかを予測する方法であって、耐性バイオマーカー発現レベルに対する感受性レベルの高比率が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に有効に反応することができる腫瘍と相関する方法を提供する。本方法の1つの好ましい実施態様では、感受性バイオマーカーは、マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼ6(MAP2K6)又はアルデヒドデヒドロゲナーゼ1−A1(ALDH1A1)を含み、そして耐性バイオマーカーはメタロチオネイン1E(MT−1E)又はカルデスモン(CALD1)を含む。
本発明は、また、患者の腫瘍の試料を採取すること;腫瘍の細胞によって発現される感受性バイオマーカーのレベルを評価すること;該レベルが、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に感受性であることが知られている腫瘍細胞の同じ感受性バイオマーカーのレベルに、又はIGF−1Rキナーゼ阻害剤に耐性であることが知られている腫瘍細胞の同じ感受性バイオマーカーのレベルに、統計的により類似しているかどうかを決定すること;及び感受性バイオマーカーのレベルが、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に感受性であることが知られている腫瘍細胞の感受性バイオマーカーのレベルに統計的により類似している場合に、腫瘍がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に有効に反応することができることを予測することを含む、がん患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に有効に反応することができる腫瘍に罹っているかどうかを予測する方法であって、感受性バイオマーカーが、本明細書に記載のいずれかの腫瘍細胞から選択される方法を提供する。
本発明は、また、患者の腫瘍の試料を採取すること;腫瘍の細胞によって発現される耐性バイオマーカーのレベルを評価すること;該レベルが、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に感受性であることが知られている腫瘍細胞の同じ耐性バイオマーカーのレベルに、又はIGF−1Rキナーゼ阻害剤に耐性であることが知られている腫瘍細胞の同じ耐性バイオマーカーのレベルに、統計的により類似しているかどうかを決定すること;及び耐性バイオマーカーのレベルが、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に感受性であることが知られている腫瘍細胞の耐性バイオマーカーのレベルに統計的により類似している場合に、腫瘍がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に有効に反応することができることを予測することを含む、がん患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に有効に反応することができる腫瘍に罹っているかどうかを予測する方法であって、その耐性バイオマーカーが本明細書に記載のいずれかの腫瘍細胞から選択される方法を提供する。
本発明は、また、患者の腫瘍の試料を採取すること;腫瘍の細胞によって発現される感受性バイオマーカーのレベルを評価すること;該レベルが、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に感受性であることが知られている腫瘍細胞の同じ感受性バイオマーカーのレベルに、又はIGF−1Rキナーゼ阻害剤に耐性であることが知られている腫瘍細胞の同じ感受性バイオマーカーのレベルに、統計的により類似しているかどうかを決定すること;及び感受性バイオマーカーのレベルが、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に感受性であることが知られている腫瘍細胞の感受性バイオマーカーのレベルに統計的により類似している場合、腫瘍がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に有効に反応することができることを予測することによって、がん患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に有効に反応することができる腫瘍に罹っているかどうかを予測すること;及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に有効に反応すると予測される腫瘍に患者が罹っている場合、治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤で患者を処置することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤でがん患者を処置する方法であって、感受性バイオマーカーが本明細書に記載されたいずれかの腫瘍細胞から選択される方法を提供する。
本発明は、また、患者の腫瘍の試料を採取すること;腫瘍の細胞によって発現される耐性バイオマーカーのレベルを評価すえうこと;該レベルが、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に感受性であることが知られている腫瘍細胞の同じ耐性バイオマーカーのレベルに、又はIGF−1Rキナーゼ阻害剤に耐性であることが知られている腫瘍細胞の同じ耐性バイオマーカーのレベルに、統計的により類似しているかどうかを決定すること;及び耐性バイオマーカーのレベルが、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に感受性であることが知られている腫瘍細胞の耐性バイオマーカーのレベルに統計的により類似している場合、腫瘍がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に有効に反応することができることを予測することによって、がん患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に有効に反応することができる腫瘍に罹っているかどうかを予測すること;及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に有効に反応すると予測される腫瘍に患者が罹っている場合、治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤で患者を処置することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤でがん患者を処置する方法であって、耐性バイオマーカーが本明細書に記載されたいずれかの腫瘍細胞から選択される方法を提供する。
本明細書に記載のいずれの方法においても、患者の腫瘍の腫瘍細胞との比較のための参照又は対照として使用される、「IGF−1Rキナーゼ阻害剤に感受性であることが知られている腫瘍細胞」又は「IGF−1Rキナーゼ阻害剤に耐性であることが知られている腫瘍細胞」は、調べられている患者からの腫瘍の細胞と同じ腫瘍タイプ(例えば、CRC、NSCLC、乳がんなど)であってもよく、又はそれらは感受性若しくは耐性バイオマーカー発現レベル、及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤による増殖に対する腫瘍細胞の感受性とそれらの相関に関して、同様の特性を有する腫瘍タイプから由来していてもよい。
本明細書に記載のいずれの方法においても、「IGF−1Rキナーゼ阻害剤に感受性であることが知られている腫瘍細胞の同じ感受性バイオマーカーのレベル、又はIGF−1Rキナーゼ阻害剤に耐性であることが知られている腫瘍細胞の同じ感受性バイオマーカーのレベルに、該レベルが統計的により類似しているかを決定する」場合に、「感受性であることが知られている」又は「耐性であることが知られている」腫瘍細胞のバイオマーカー発現レベルは、それぞれ1つの感受性又は1つの耐性腫瘍細胞タイプからのものに対応するレベルであってもよく(例えば、本明細書の実験の項で使用されるCRC腫瘍細胞株の1つ)、又はそのレベルは感受性若しくは耐性腫瘍細胞タイプのパネルから推定される平均値であってよい。
本発明は、また、hsa−miR−224又はhsa−miR−181の合成細胞透過性miRNAミミックとIGF−1Rキナーゼ阻害剤の組み合わせの治療的有効量を、当該患者に同時又は逐次的に投与することを含む、患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置する方法を提供する。本方法では、IGF−1Rキナーゼ阻害剤は、例えば、PQIP又はOSI−909などの式(I)のIGF−1Rキナーゼ阻害剤のような、小分子IGF−1Rキナーゼ阻害剤であってもよく、又は本明細書に記載のような抗IGF−1R抗体であってもよい。1つの実施態様では、患者はがんの処置を必要とするヒトである。
本発明は、また、薬学的に許容される担体中の、hsa−miR−224又はhsa−miR−181の合成細胞透過性miRNAミミック、及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤を含む医薬組成物を提供する。この組成物では、IGF−1Rキナーゼ阻害剤は、例えば、PQIP又はOSI−909などの式(I)のIGF−1Rキナーゼ阻害剤のような、小分子IGF−1Rキナーゼ阻害剤であってもよく、又は本明細書に記載のような抗IGF−1R抗体であってもよい。
本発明は、また、hsa−miR−224又はhsa−miR−181の合成細胞透過性miRNAミミック、及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤を含む、1つ又はそれ以上の容器を含むキットを提供する。このキットでは、IGF−1Rキナーゼ阻害剤は、例えば、PQIP又はOSI−909などの式(I)のIGF−1Rキナーゼ阻害剤のような、小分子IGF−1Rキナーゼ阻害剤であってもよく、又は本明細書に記載のような抗IGF−1R抗体であってもよい。
本発明との関連で、「合成細胞透過性miRNAミミック」は、患者の腫瘍細胞に入り込み、そしてhsa−miR−224のmiRNAミミックに対して、IGF−1Rキナーゼ阻害に関して本明細書に見られるように、類似の感作効果をもたらすことができる薬剤である(実験の項参照)。1つの実施態様では、本薬剤は、患者の腫瘍細胞中にhsa−miR−224又はhsa−miR−181を発現することができるベクターを含んでもよい(例えば、アデノ関連ウイルス(AAV)ベクター;例えば、Wang, Z., et al (2005) Nat. Biotechnol. 23, 321-328.を参照)。別の実施態様では、薬剤は、例えば、リポソーム及び/又は細胞透過性ペプチドとの複合体(例えば、Torchilin VP. (2006) Adv Drug Deliv Rev. 2006 Dec 1;58 (14):1532-55を参照)を経て腫瘍細胞に送達することができる、細胞及び/又は血液分解酵素に耐性になるように修飾されたオリゴヌクレオチド(例えば、5′及び3′両末端で2−O−メチルRNA塩基による、例えば、ホスホロチオアート又は2′−O−メトキシエチル修飾オリゴヌクレオチド)を含んでもよい。当該薬剤は、当技術分野で公知の方法により容易に製造することができる。例えば、完全ホスホロチオアート化オリゴヌクレオチドは、β−シアノエチルホスホラミダイト化学を用いて、DNAシンセサイザーで合成することができる (例えば Agrawal S, et al. Proc Natl Acad Sci USA 1997; 94:2620-2625を参照)。合成後、オリゴヌクレオチドは標準プロトコールを用いて脱保護し、高速液体クロマトグラフィーによって精製することができる。
本発明方法の実行に使用することができる、感受性又は耐性分子バイオマーカーの例のためにコード化する遺伝子は、本明細書に、上記に、そして図14及び15に記載されている。感受性又は耐性分子バイオマーカーは、これらの遺伝子によって発現されるいずれの産物も、例えば、発現mRNA又はタンパク質、スプライスバリアント、多型バリアントなども含むことができる。このように、バイオマーカーは、本明細書の下記の配列リストに記載されるこれらのバイオマーカー遺伝子によって発現されるmRNA、又はこれらの核酸の補体へストリンジェントな条件下にハイブリダイズするmRNAを含み、ここで、ストリンジェントな条件は、例えば、50%ホルムアミド、5×SSC、及び1%SDSを含む溶液中で42℃にてインキュベートすること、及び0.2×SSC及び0.1%SDS、又はこれらのmRNAのいずれかによってコード化されたポリペプチドを含む溶液中で65℃にて洗浄することを含む。腫瘍が非ヒト患者に存在する更なる実施態様では、バイオマーカーはヒト遺伝子産物の動物相同体である(例えば、イヌ、マウス、ラット、ウサギ、ネコ、サル、類人猿などからの)。
本明細書に記載のように、本発明は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍の感受性を予測するための、異なるバイオマーカーを使用する方法を提供する。これらの方法は各々潜在的な利点と欠点があり、そして好ましい方法は最終的には個々の患者の状況によって決まる一方で、複数の診断方法の使用は、恐らくIGF−1Rキナーゼ阻害剤の使用を含む治療レジメンの転帰を予測するそれ自体の能力を恐らく向上させると考えられる。従って、本発明は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する感受性を予測するために、前記のいずれかの2つ又はそれ以上の診断方法の同時又は順次の初期の使用と、それに続く1つ又はそれ以上の診断方法が、患者が潜在的にIGF−1Rキナーゼ阻害剤に反応性であることを示唆する場合、治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を該患者に投与することを含む、患者における腫瘍又は腫瘍転移を処置する方法を提供する。
IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍感受性を予測する好ましい診断方法を決定する際に考慮すべき因子は、各々の方法の固有の特性及び方法の使用に影響を与える技術的問題点の両方を含む。例えば、上記のように、特定の感受性又は耐性バイオマーカーは、単一バイオマーカーを用いる診断方法よりも好ましい。IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する感受性を正しく予測する能力の改善は、2つ又はそれ以上のバイオマーカー測定を診断法に適用することによって達成されると考えられる。
感受性又は耐性バイオマーカーのレベルの測定は、感受性又は耐性バイオマーカーとして分離するタンパク質の直接分析を含む、多くの異なるアプローチによって評価することができる。本アプローチの利点は、マーカーが直接読み込まれることである。しかしながら、本アプローチは、また、分析(例えば、免疫組織化学)を行うために十分量の組織を必要とする。十分量の組織はFNA(微細針吸引)のような特定の手順から得るのは困難と考えられる。コア生検は大量の組織を与えるが、診断時に時としてルーチンには行なわれない。あるいは、これらのバイオマーカーは、それらのコード化RNA転写物の発現レベルに基づいて、定量的PCRベースアプローチを用いて評価することが可能である。本アプローチの利点は、本測定には非常に少ない腫瘍細胞しか必要としないこと、及び十分な材料はFNAを経て得られる可能性があると考えられる。しかしながら、ここでは所定のバイオマーカーに対する転写物レベルは、腫瘍並びに腫瘍からの浸潤間質細胞の両方から由来する可能性がある。間質細胞は、また、感受性又は耐性バイオマーカーを発現する可能性があることを考慮すると、これは腫瘍細胞に対するIGF−1Rキナーゼ阻害剤感受性状態の検出を覆い隠す可能性がある。インサイチュハイブリダイゼーション(例えば、FISH)又は組織マイクロダイセクションの使用は、ここではこの潜在的限界を克服するのに有用と考えられる。
本明細書に記載の方法では、腫瘍細胞は、通常はがん、前がん状態又は別の形態の異常細胞増殖と診断され、そして処置を必要とする患者由来である。がんは、肺がん(例えば、非小細胞肺がん(NSCLC))、膵がん、頭頚部がん、胃がん、乳がん、結腸がん、卵巣がん、又は本明細書に記載された様々な他のがんのいずれかであってよい。がんは、好ましくは潜在的にIGF−1Rキナーゼ阻害剤で処置できることが知られているがんである。
本発明の方法では、感受性又は耐性バイオマーカー発現レベルは、発現レベルが異なる腫瘍細胞中で相対的に一定の状態にある、対照分子(例えば、GAPDH、β−アクチン、チューブリンなどのような「ハウスキーピング」遺伝子)と比較して評価することができる。バイオマーカー発現レベルは、腫瘍細胞バイオマーカー(即ち耐性と比べて感受性)の別のタイプ、又は同じ組織の非腫瘍細胞、又は分析参照として使用される別の細胞若しくは組織源中のバイオマーカーレベルと比較して評価することができる。
本発明の方法では、腫瘍細胞によって発現する感受性又は耐性バイオマーカーのレベルは、下記により詳細に記載されるように、例えば、ELISA,RIA、免疫沈降、イムノブロット法、免疫蛍光顕微鏡法、RT−PCR、インサイチュハイブリダイゼーション、cDNAマイクロアレイなどを含む、遺伝子発現レベルの測定のための、当技術分野で公知のいずれかの標準バイオアッセイ手順を用いることによって評価することができる。
本発明の方法では、腫瘍感受性又は耐性バイオマーカーの発現レベルは、好ましくは腫瘍生検を分析することによって評価される。しかしながら、他の実施態様では、腫瘍細胞バイオマーカーの発現レベルは、腫瘍又は腫瘍細胞に由来する検出可能レベルのバイオマーカーを含んでいる体液又は排泄物で評価できる可能性がある。本発明において有用な体液又は排泄物は、血液、尿、唾液、便、胸水、リンパ液、喀痰、腹水、前立腺液、脳脊髄液(CSF)、又は他の分泌液若しくはその誘導体を含む。血液とは、全血、血漿、血清又はいずれかの血液誘導体を含むことを意図する。当該体液又は排泄物中の腫瘍感受性又は耐性バイオマーカーの評価は、時に侵襲性サンプリング方法が不適切であるか又は不都合な状況において好まれる可能性がある。
本発明の方法では、腫瘍細胞は、肺がん腫瘍細胞(例えば、非小細胞肺がん(NSCLC))、膵がん腫瘍細胞、乳がん腫瘍細胞、頭頚部がん腫瘍細胞、胃がん腫瘍細胞、結腸がん腫瘍細胞、卵巣がん腫瘍細胞、又は本明細書に記載される様々な他のがんからの腫瘍細胞のいずれかであってよい。腫瘍細胞は、固形腫瘍からのすべてのがんのように、好ましくはIGF−1Rキナーゼを発現することが知られる又は期待されるタイプである。IGF−1Rキナーゼは野生型又は突然変異型であってよい。
本発明の方法では、IGF−1Rキナーゼ阻害剤は、薬理学的に許容される塩又はその多形体を含む、本明細書に記載のようにIGF−1Rキナーゼ阻害剤であってよい。
以下の方法は、本発明方法の更なる具体的な実施態様を示す。
本発明は、腫瘍の細胞によって発現する感受性バイオマーカーのレベルを評価すること;及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍増殖の感受性を予測することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍増殖の感受性を予測する方法であって、腫瘍細胞感受性バイオマーカーの高発現レベルが、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍増殖の高感受性と相関する方法を提供する。
本発明は、腫瘍の細胞によって発現する耐性バイオマーカーのレベルを評価すること;及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍増殖の感受性を予測することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍増殖の感受性を予測する方法であって、腫瘍細胞耐性バイオマーカーの高発現レベルが、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍増殖の低感受性と相関する方法を提供する。
本発明は、腫瘍の細胞によって発現する感受性バイオマーカーのレベルを評価すること;及び腫瘍がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に有効に反応することができるかどうかを予測することを含む、がん患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に有効に反応することができる腫瘍に罹っているかどうかを予測する方法であって、腫瘍細胞感受性バイオマーカーの高発現レベルが、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に有効に反応することができる腫瘍と相関する方法を提供する。
本発明の方法では、腫瘍は、肺がん腫瘍(例えば、非小細胞肺がん(NSCLC))、膵がん腫瘍、乳がん腫瘍、頭頚部がん腫瘍、胃がん腫瘍、結腸がん腫瘍、卵巣がん腫瘍、又は本明細書に記載される様々な他のがんからの腫瘍のいずれかであってよい。腫瘍は、その細胞がすべての固形腫瘍のように、好ましくはIGF−1Rキナーゼ阻害剤を発現することが知られる又は期待されるタイプである。IGF−1Rキナーゼは野生型又は突然変異型であってよい。
本発明は、腫瘍の細胞によって発現する耐性バイオマーカーのレベルを評価すること;及び腫瘍がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に有効に反応することができるかどうかを予測することを含む、がん患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に有効に反応することができる腫瘍に罹っているかどうかを予測する方法であって、腫瘍細胞耐性バイオマーカーの高発現レベルが、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に低効果で反応する腫瘍と相関する方法を提供する。
本発明は、感受性バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞レベルを測定すること;対照ポリペプチドの腫瘍細胞レベルを測定すること;及び感受性バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞レベルと対照ポリペプチドの腫瘍細胞レベルを比較することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法であって、腫瘍細胞対照ポリペプチドに対する腫瘍細胞バイオマーカーポリペプチドの高い比率が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の高い予測感受性を示唆する方法を提供する。本方法では、有用な感受性バイオマーカーポリペプチドの例は、マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼ6(MAP2K6)及びアルデヒドデヒドロゲナーゼ1−A1(ALDH1A1)を含む。
本発明は、ポリペプチドをコード化する感受性バイオマーカーポリヌクレオチドの腫瘍細胞レベルを測定すること;対照ポリヌクレオチドの腫瘍細胞レベルを測定すること;及びポリペプチドをコード化する感受性バイオマーカーポリヌクレオチドの腫瘍細胞レベルと対照ポリヌクレオチドの腫瘍細胞レベルを比較することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法であって、腫瘍細胞対照ポリヌクレオチドに対する腫瘍細胞バイオマーカーポリヌクレオチドの高い比率が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の高い予測感受性を示唆する方法を提供する。本方法では、感受性バイオマーカーポリヌクレオチドによってコード化されるポリペプチドの例は、マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼ6(MAP2K6)及びアルデヒドデヒドロゲナーゼ1−A1(ALDH1A1)を含む。
本発明は、耐性バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞レベルを測定すること;対照ポリペプチドの腫瘍細胞レベルを測定すること;及び耐性バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞レベルと対照ポリペプチドの腫瘍細胞レベルを比較することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法であって、腫瘍細胞対照ポリペプチドに対する腫瘍細胞バイオマーカーポリペプチドの低い比率が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の高い予測感受性を示唆する方法を提供する。本方法では、有用な耐性バイオマーカーポリペプチドの例は、メタロチオネイン1E(MT−1E)及びカルデスモン(CALD1)を含む。
本発明は、ポリペプチドをコード化する耐性バイオマーカーポリヌクレオチドの腫瘍細胞レベルを測定すること;対照ポリヌクレオチドの腫瘍細胞レベルを測定すること;及びポリペプチドをコード化する耐性バイオマーカーポリヌクレオチドの腫瘍細胞レベルと対照ポリヌクレオチドの腫瘍細胞レベルを比較することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法であって、腫瘍細胞対照ポリヌクレオチドに対する腫瘍細胞バイオマーカーポリヌクレオチドの低い比率が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の高い予測感受性を示唆する方法を提供する。本方法では、バイオマーカーポリヌクレオチドによってコード化される有用なポリペプチドの例は、メタロチオネイン1E(MT−1E)及びカルデスモン(CALD1)を含む。
本発明は、感受性バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞レベルを測定すること;感受性バイオマーカーポリペプチドの非腫瘍細胞レベルを測定すること;及び感受性バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞レベルと感受性バイオマーカーポリペプチドの非腫瘍細胞レベルを比較することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法であって、非腫瘍細胞バイオマーカーポリペプチドに対する腫瘍細胞バイオマーカーポリペプチドの高い比率が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の高い予測感受性を示唆する方法を提供する。本方法では、有用な感受性バイオマーカーポリペプチドの例は、マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼ6(MAP2K6)及びアルデヒドデヒドロゲナーゼ1−A1(ALDH1A1)を含む。
本発明は、ポリペプチドをコード化する感受性バイオマーカーポリヌクレオチドの腫瘍細胞レベルを測定すること;ポリペプチドをコード化する感受性バイオマーカーポリヌクレオチドの非腫瘍細胞レベルを測定すること;及びポリペプチドをコード化する感受性バイオマーカーポリヌクレオチドの腫瘍細胞レベルとポリペプチドをコード化する感受性バイオマーカーポリヌクレオチドの非腫瘍細胞レベルを比較することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法であって、非腫瘍細胞バイオマーカーポリヌクレオチドに対する腫瘍細胞バイオマーカーポリヌクレオチドの高い比率が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の高い予測感受性を示唆する方法を提供する。本方法では、感受性バイオマーカーポリヌクレオチドによってコード化される有用なポリペプチドの例は、マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼ6(MAP2K6)及びアルデヒドデヒドロゲナーゼ1−A1(ALDH1A1)を含む。
本発明は、耐性バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞レベルを測定すること;耐性バイオマーカーポリペプチドの非腫瘍細胞レベルを測定すること;及び耐性バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞レベルと耐性バイオマーカーポリペプチドの非腫瘍細胞レベルを比較することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法であって、非腫瘍細胞バイオマーカーポリペプチドに対する腫瘍細胞バイオマーカーポリペプチドの低い比率が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の高い予測感受性を示唆する方法を提供する。本方法では、有用な耐性バイオマーカーポリペプチドの例は、メタロチオネイン1E(MT−1E)及びカルデスモン(CALD1)を含む。
本発明は、ポリペプチドをコード化する耐性バイオマーカーポリヌクレオチドの腫瘍細胞レベルを測定すること;ポリペプチドをコード化する耐性バイオマーカーポリヌクレオチドの非腫瘍細胞レベルを測定すること;及びポリペプチドをコード化する耐性バイオマーカーポリヌクレオチドの腫瘍細胞レベルと耐性バイオマーカーポリヌクレオチドの非腫瘍細胞レベルを比較することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法であって、非腫瘍細胞バイオマーカーポリヌクレオチドに対する腫瘍細胞バイオマーカーポリヌクレオチドの低い比率が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の高い予測感受性を示唆する方法を提供する。本方法では、バイオマーカーポリヌクレオチドによってコード化される有用なポリペプチドの例は、メタロチオネイン1E(MT−1E)及びカルデスモン(CALD1)を含む。
本発明は、感受性バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞レベルを測定すること;耐性バイオマーカーポリペプチドの腫瘍細胞レベルを測定すること;及び感受性バイオマーカーポリペプチドのレベルと耐性バイオマーカーポリペプチドのレベルを比較することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法であって、耐性バイオマーカーポリペプチドに対する感受性バイオマーカーポリペプチドの高い比率が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の高い予測感受性を示唆する方法を提供する。本方法では、有用な感受性バイオマーカーポリペプチドの例は、マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼ6(MAP2K6)及びアルデヒドデヒドロゲナーゼ1−A1(ALDH1A1)を含む。本方法では、有用な耐性バイオマーカーポリペプチドの例は、メタロチオネイン1E(MT−1E)及びカルデスモン(CALD1)を含む。
本発明は、ポリペプチドをコード化する感受性バイオマーカーポリヌクレオチドの腫瘍細胞レベルを測定すること;ポリペプチドをコード化する耐性バイオマーカーポリヌクレオチドの腫瘍細胞レベルを測定すること;及び(c)感受性バイオマーカーポリヌクレオチドのレベルと耐性バイオマーカーポリヌクレオチドのレベルを比較することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法であって、耐性バイオマーカーポリヌクレオチドに対する感受性バイオマーカーポリヌクレオチドの高い比率が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の高い予測感受性を示唆する方法を提供する。本方法では、感受性バイオマーカーポリヌクレオチドによってコード化される有用なポリペプチドの例は、マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼ6(MAP2K6)及びアルデヒドデヒドロゲナーゼ1−A1(ALDH1A1)を含む。本方法では、耐性バイオマーカーポリヌクレオチドによってコード化される有用なポリペプチドの例は、メタロチオネイン1E(MT−1E)及びカルデスモン(CALD1)を含む。
本発明は、患者試料中の耐性バイオマーカーの発現レベル;及び対照非がん試料中のバイオマーカー発現の正常レベルを比較することを含む、がん患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に有効に反応することができるがんに罹っているかどうかを評価する方法であって、正常レベルを超える患者試料中の耐性バイオマーカー発現レベルの顕著な増加が、患者はIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に有効に反応する可能性が少ないがんに罹っているという徴候であると評価する方法を提供する。本方法では、有用な耐性バイオマーカーの例は、メタロチオネイン1E(MT−1E)及びカルデスモン(CALD1)、及びこれらのタンパク質をコード化する核酸を含む。
本発明は、患者試料中の感受性バイオマーカーの発現レベル;及び対照非がん試料中のバイオマーカー発現の正常レベルを比較することを含む、がん患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に有効に反応することができるがんに罹っているかどうかを評価する方法であって、正常レベルを超える患者試料中の感受性バイオマーカー発現レベルの顕著な減少が、患者はIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に有効に反応する可能性が少ないがんに罹っているという徴候であると評価する方法を提供する。本方法では、有用な感受性バイオマーカーの例は、マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼ6(MAP2K6)及びアルデヒドデヒドロゲナーゼ1−A1(ALDH1A1)、及びこれらのタンパク質をコード化する核酸を含む。
本発明は、患者試料中の感受性バイオマーカーの発現レベル;及び患者がん試料中の耐性バイオマーカー発現レベルを比較することを含む、がん患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に有効に反応することができるがんに罹っているかどうかを評価する方法であって、耐性バイオマーカー発現レベルに対する感受性バイオマーカー発現レベルの高い比率が、患者はIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に有効に反応する可能性が高いがんに罹っているという徴候であると評価する方法を提供する。 本方法では、有用な感受性バイオマーカーの例は、マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼ6(MAP2K6)及びアルデヒドデヒドロゲナーゼ1−A1(ALDH1A1)、及びこれらのタンパク質をコード化する核酸を含む。本方法では、有用な耐性バイオマーカーの例は、メタロチオネイン1E(MT−1E)及びカルデスモン(CALD1)、及びこれらのタンパク質をコード化する核酸を含む。
患者試料に関するいずれの上記の方法においても、当該試料の例は腫瘍生検であってよい。
本発明は、(a)ヒト核酸又はタンパク質、ヒト被験者の細胞から由来する該核酸又はタンパク質を含む生体物質の試料を採集すること、(b)試料中の感受性バイオマーカータンパク質又は感受性バイオマーカーmRNAの発現レベルを定量的に又は半定量的に測定すること;及び(c)(b)における発現レベルを、正常対照中のバイオマーカー発現レベルと、又は試料中の対照ポリペプチド若しくは核酸レベルと比較することを含む、ヒト被験者において腫瘍が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に反応する可能性があるかどうかを決定する方法であって、対照レベルに関して、感受性バイオマーカータンパク質又は感受性バイオマーカーmRNAの発現減少が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に有効に反応する可能性が少ない腫瘍のヒト被験者における存在を示す方法を提供する。
本発明は、(a)ヒト核酸又はタンパク質、ヒト被験者の細胞から由来する該核酸又はタンパク質を含む生体物質の試料を採集すること、(b)試料中の耐性バイオマーカータンパク質又は耐性バイオマーカーmRNAの発現レベルを定量的に又は半定量的に測定すること;及び(c)(b)における発現レベルを、正常対照中のバイオマーカー発現レベルと、又は試料中の対照ポリペプチド若しくは核酸レベルと比較することを含む、ヒト被験者において腫瘍が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に反応する可能性があるかを決定する方法であって、対照レベルに関して、耐性バイオマーカータンパク質又は耐性バイオマーカーmRNAの発現増加が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に有効に反応する可能性が少ない腫瘍のヒト被験者における存在を示す方法を提供する。
本発明は、腫瘍の細胞中の感受性バイオマーカーレベルを測定すること、非腫瘍対照中の感受性バイオマーカー発現のレベルと、又は腫瘍試料中の対照ポリペプチド又は核酸レベルと該レベルを比較すること、及び腫瘍の細胞が相対的に高いレベルの感受性バイオマーカーを含んでいるかどうかを測定することを含む、腫瘍を有する患者が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による治療から相対的に長期の生存利益を示すような可能性を決定する方法であって、高いレベルが、腫瘍を有する患者は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による治療から相対的に長期の生存利益を示すことを示唆する方法を提供する。
本発明は、腫瘍の細胞中の耐性バイオマーカーレベルを測定すること、非腫瘍対照中の耐性バイオマーカー発現のレベルと、又は腫瘍試料中の対照ポリペプチド又は核酸レベルと該レベルを比較すること、及び腫瘍の細胞が相対的に低いレベルの耐性バイオマーカーを含んでいるかどうかを測定することを含む、腫瘍を有する患者が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による治療から相対的に長期の生存利益を示すような可能性を決定する方法であって、低いレベルが、腫瘍を有する患者は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による治療から相対的に長期の生存利益を示すことを示唆する方法を提供する。
本発明は、腫瘍の細胞中の感受性バイオマーカーレベルを測定すること、非腫瘍対照中の感受性バイオマーカー発現のレベルと、又は腫瘍試料中の対照ポリペプチド若しくは核酸レベルと該レベルを比較すること、及び腫瘍の細胞が相対的に高いレベルの感受性バイオマーカーを含んでいるかどうかを測定すること;腫瘍の細胞中の耐性バイオマーカーレベルを測定し、非腫瘍対照中の耐性バイオマーカー発現のレベルと、又は腫瘍試料中の対照ポリペプチド又は核酸レベルと該レベルを比較し、そして腫瘍の細胞が相対的に低いレベルの耐性バイオマーカーを含んでいるかどうかを測定することを含む、腫瘍を有する患者に対して、該患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による治療から相対的に長期の生存利益を示すような可能性を決定する方法であって、高いレベルの感受性バイオマーカー及び低いレベルの耐性バイオマーカーが、腫瘍を有する患者は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による治療から相対的に長期の生存利益を示すことを示唆する方法を提供する。
本発明は、腫瘍細胞と関連する感受性バイオマーカーのレベルを測定すること、及び感受性バイオマーカーの該レベルを非腫瘍性感受性バイオマーカー参照レベルと、又は腫瘍細胞と関連する対照ポリペプチド若しくは核酸のレベルと比較することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による治療に応じた腫瘍性病態を有する患者の生存予後を決定する方法であって、腫瘍細胞と関連する感受性バイオマーカーのレベル減少が該患者の生存の減少と相関する方法を提供する。
本発明は、腫瘍細胞と関連する耐性バイオマーカーのレベルを測定すること、及び耐性バイオマーカーの該レベルを非腫瘍性耐性性バイオマーカー参照レベルと、又は腫瘍細胞と関連する対照ポリペプチド若しくは核酸のレベルと比較することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による治療に応じた腫瘍性病態を有する患者の生存予後を決定する方法であって、腫瘍細胞と関連する耐性バイオマーカーのレベル増加が該患者の生存の減少と相関する方法を提供する。
本発明は、また、どの腫瘍細胞がIGF−1R阻害剤と抗がん剤との組み合わせによる処置で相乗的に阻害されるかを予測する方法であって、抗がん剤がN38、オキサリプラチン、又は5−フルオロウラシルであり、腫瘍細胞感受性又は耐性バイオマーカー発現を測定することによる方法を提供する。IGF−1Rキナーゼ阻害剤に感受性と予測される腫瘍細胞は、また、IGF−1R阻害剤と抗がん剤との組み合わせによる処置で相乗的に阻害される可能性がある。このように、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する腫瘍細胞の感受性を予測する本明細書に記載のいずれの方法も、どの腫瘍細胞がIGF−1R阻害剤と、抗がん剤、ここで、抗がん剤はN38、オキサリプラチン、又は5−フルオロウラシルである、との組み合わせによる処置で相乗的に阻害されるかを予測することができる。
このように、本発明は、腫瘍細胞によって発現される耐性バイオマーカーのレベルを評価すること、及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤と抗がん剤との組み合わせによる腫瘍細胞増殖阻害が相乗的である可能性を予測することを含む、IGF−1R阻害剤及び抗がん剤、ここで、抗がん剤はSN38、オキサリプラチン又は5−フルオロウラシルである、の組み合わせによる処置で、患者の腫瘍細胞が相乗的に阻害されるかどうかを予測する方法であって、腫瘍細胞による低いレベルの耐性バイオマーカー発現が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤と抗がん剤との組み合わせによる阻害が相乗的であるという高い確率と相関する方法を提供する。
本発明は、また、腫瘍細胞によって発現される感受性バイオマーカーのレベルを評価すること、及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤と抗がん剤との組み合わせによる腫瘍細胞増殖阻害が相乗的である可能性を予測することを含む、IGF−1R阻害剤及び抗がん剤、ここで、抗がん剤はSN38、オキサリプラチン又は5−フルオロウラシルである、の組み合わせによる処置で、患者の腫瘍細胞が相乗的に阻害されるかどうかを予測する方法であって、腫瘍細胞による高いレベルの耐性バイオマーカー発現が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤と抗がん剤との組み合わせによる阻害が相乗的であるという高い確率と相関する方法を提供する。
本発明は、また、腫瘍細胞によって発現される耐性バイオマーカーのレベルを評価することにより、IGF−1Rキナーゼ阻害剤及び抗がん剤、ここで、抗がん剤はSN38、オキサリプラチン又は5−フルオロウラシルである、の組み合わせによる処置で、患者の腫瘍細胞が相乗的に阻害される可能性があるかどうかを予測すること、及び患者が潜在的にIGF−1Rキナーゼ阻害剤化学療法併用に相乗的に反応性であると診断される場合、治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤とSN38、オキサリプラチン又は5−フルオロウラシルの1つとの組み合わせを該患者へ投与することの工程を含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤化学療法併用による、患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置する方法であって、腫瘍細胞による低いレベルの耐性バイオマーカー発現が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤化学療法併用による阻害は相乗的であるという高い確率と相関する方法を提供する。本方法の1つの実施態様では、該患者に投与されるIGF−1Rキナーゼ阻害剤はOSI−906である。別の実施態様では、腫瘍細胞はNSCL、結腸、乳房、卵巣、頭頚部、又は膵臓腫瘍細胞である。
本発明は、また、腫瘍細胞によって発現される感受性バイオマーカーのレベルを評価することにより、IGF−1Rキナーゼ阻害剤、及び抗がん剤、ここで、抗がん剤はSN38、オキサリプラチン又は5−フルオロウラシルである、の組み合わせによる処置で、患者の腫瘍細胞が相乗的に阻害される可能性があるかどうかを予測すること、及び患者が潜在的にIGF−1Rキナーゼ阻害剤化学療法併用に相乗的に反応性であると診断される場合、治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤とSN38、オキサリプラチン又は5−フルオロウラシルの1つとの組み合わせを該患者へ投与することの工程を含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤化学療法併用による、患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置する方法であって、腫瘍細胞による高いレベルの感受性バイオマーカー発現が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤化学療法併用による阻害は相乗的であるという高い確率と相関する方法を提供する。本方法の1つの実施態様では、該患者に投与されるIGF−1Rキナーゼ阻害剤はOSI−906である。別の実施態様では、腫瘍細胞はNSCL、結腸、乳房、卵巣、頭頚部、又は膵臓腫瘍細胞である。
本発明は、また、腫瘍細胞によって発現する耐性バイオマーカーのレベルを評価すること;及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測することを含む、腫瘍細胞がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する耐性を生じるかどうかについて予測する方法であって、腫瘍細胞による高いレベルの耐性バイオマーカー発現が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する低い感受性、従って、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する耐性と相関する方法を提供する。本方法の1つの実施態様では、耐性バイオマーカーは、カルデスモン1(CALD1、GeneID:800);ケルチ様5(ショウジョウバエ)(KLHL5、GeneID:51088);メタロチオネイン1E(機能的)(MT1E、GeneID:4493);β−1,3−N−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ1(グロボシド血液型)(B3GALNT1、GeneID:8706);システイン豊富な血管新生誘導因子、61(CYR61、GeneID:3491);メタロチオネイン1X(MT1X、GeneID:4501);トロポニンT1型(骨格筋、遅筋型)(TNNT1、GeneID:7138);メタロチオネイン1H様タンパク質///仮説タンパク質LOC650610(MT1P2、GeneID:645745);メタロチオネイン1H(MT1H、GeneID:4496);メタロチオネイン1F(機能的)(MT1F、GeneID:4494);メタロチオネイン2A(MT2A、GeneID:4502);メタロチオネイン1M(MT1M、GeneID:4499);MHCクラスIポリペプチド関連配列B(MICB、GeneID:4277);コラーゲン、VI型、α1(COL6A1、GeneID:1291);ミオシン、軽鎖ポリペプチド9、調節(MYL9、GeneID:10398);メタロチオネイン1G(MT1G、GeneID:4495)から選択される。本方法は、また、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する耐性が、投与されるIGF−1Rキナーゼ阻害剤の更なる用量の投与前に発現しているかどうかを本方法が予測するのに使用されるために、処置レジメンに組み入れることができる。耐性が発現していない場合、有効性及び無毒性の目標が達成されていると仮定して、更なる用量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤が示唆される。耐性が発現している場合、次いで更なる用量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤の適用を差し止めてもよく、医師は別の抗がん剤による処置又は別の
処置を選択してもよい。
処置を選択してもよい。
識別分類子としてK−TSPアルゴリズムを使用して、下記の詳細な実験の項で示されるデータは、IGF−1Rキナーゼ阻害剤(例えば、PQIP、OSI−906)に対する腫瘍細胞増殖(例えば、結腸直腸腫瘍細胞)の感受性を予測するのに使用することができる、3つのヒト遺伝子対、(PROM1(GeneID:8842)、MT1E(GeneID:4493)、(LY75(GeneID:4065)、OXCT1(GeneID:5019))及び(HSD17B2(GeneID:3294)、(CALD1(GeneID:800))を同定した。このように、これら遺伝子対の各第1メンバーの発現が第2メンバーの発現より大きい場合、腫瘍細胞増殖はIGF−1Rキナーゼ阻害剤に感受性である可能性が高い。
従って、本発明は、腫瘍細胞によって発現する遺伝子MT1Eのレベルを評価すること;腫瘍細胞によって発現する遺伝子PROM1のレベルを評価すること;腫瘍細胞がMT1Eより高いレベルのPROM1を発現するかどうかを測定すること;及び腫瘍細胞がMT1Eより高いレベルのPROM1を発現する場合、腫瘍細胞増殖がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対して感受性である可能性が高いことを予測することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法を提供する。本方法は、患者の腫瘍の細胞(例えば、腫瘍生検、又は血液試料から分離した循環腫瘍細胞)試料に対して、単独か又はIGF−1Rキナーゼ阻害剤の投与への反応を予測する他の診断試験に加えて、それを適用することにより、IGF−1Rキナーゼ阻害剤の治療的投与から利益を得ると予測されるがん患者を選択するために利用することができる。従って、本発明は、患者の腫瘍試料を採取すること;腫瘍細胞によって発現する遺伝子MT1Eのレベルを評価すること;腫瘍細胞によって発現する遺伝子PROM1のレベルを評価すること;腫瘍細胞がMT1Eより高いレベルのPROM1を発現するかどうかを測定すること;及び腫瘍細胞がMT1Eより高いレベルのPROM1を発現する場合に、その患者をIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置から最も利益を受ける可能性が高いものと同定することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置から最も利益を受ける可能性が高いがん患者を同定する方法を提供する。
従って、本発明は、腫瘍細胞によって発現する遺伝子OXCT1のレベルを評価すること;腫瘍細胞によって発現する遺伝子LY75のレベルを評価すること;腫瘍細胞がOXCT1より高いレベルのLY75を発現するかどうかを測定すること;及び腫瘍細胞がOXCT1より高いレベルのLY75を発現する場合、腫瘍細胞増殖がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対して感受性である可能性が高いことを予測することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法を提供する。本方法は、患者の腫瘍の細胞(例えば、腫瘍生検、又は血液試料から分離した循環腫瘍細胞)試料に対して、単独か又はIGF−1Rキナーゼ阻害剤の投与への反応を予測する他の診断試験に加えて、それを適用することにより、IGF−1Rキナーゼ阻害剤の治療的投与から利益を得ると予測されるがん患者を選択するために利用することができる。従って、本発明は、患者の腫瘍試料を採取すること;腫瘍細胞によって発現する遺伝子OXCT1のレベルを評価すること;腫瘍細胞によって発現する遺伝子LY75のレベルを評価すること;腫瘍細胞がOXCT1より高いレベルのLY75を発現するかどうかを測定すること;及び腫瘍細胞がOXCT1より高いレベルのLY75を発現する場合、その患者をIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置から最も利益を受ける可能性が高いものと同定することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置から最も利益を受ける可能性が高いがん患者を同定する方法を提供する。
従って、本発明は、腫瘍細胞によって発現する遺伝子CALD1のレベルを評価すること;腫瘍細胞によって発現する遺伝子HSD17B2のレベルを評価すること;腫瘍細胞がCALD1より高いレベルのHSD17B2を発現するかどうかを測定すること;及び腫瘍細胞がCALD1より高いレベルのHSD17B2を発現する場合、腫瘍細胞増殖がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対して感受性である可能性が高いことを予測することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法を提供する。本方法は、患者の腫瘍の細胞(例えば、腫瘍生検、又は血液試料から分離した循環腫瘍細胞)試料に対して、単独か又はIGF−1Rキナーゼ阻害剤の投与への反応を予測する他の診断試験に加えて、それを適用することにより、IGF−1Rキナーゼ阻害剤の治療的投与から利益を得ると予測されるがん患者を選択するために利用することができる。従って、本発明は、患者の腫瘍試料を採取すること;腫瘍細胞によって発現する遺伝子CALD1のレベルを評価すること;腫瘍細胞によって発現する遺伝子HSD17B2のレベルを評価すること;腫瘍細胞がCALD1より高いレベルのHSD17B2を発現するかどうかを測定すること;及び腫瘍細胞がCALD1より高いレベルのHSD17B2を発現する場合、その患者をIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置から最も利益を受ける可能性が高いものと同定することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置から最も利益を受ける可能性が高いがん患者を同定する方法を提供する。
3つの遺伝子対の各遺伝子、(PROM1、MT1E)、(LY75、OXCT1)及び(HSD17B2、CALD1)の遺伝子発現レベルの測定は、例えば、バイオマーカーについて本明細書に記載されている例のように、遺伝子の発現レベルを評価する当技術分野で公知のいずれの方法によっても達成することができる。好ましい実施例では、遺伝子によって発現するmRNAレベルが測定される。他の実施態様では、遺伝子によって発現するタンパク質のレベルが測定される。
下記の詳細な実験の項で示されるデータは、CRC(結腸直腸がん)細胞のような腫瘍細胞が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤、(例えば、PQIP、OSI−906)によって増殖阻害に一定範囲の感受性を示すこと、そしてIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する腫瘍細胞の感受性の程度は、変異K−RASの存在が、細胞はIGF−1Rキナーゼ阻害剤による増殖阻害に対して低い感受性を有し、若しくは相対的に耐性である可能性を有することを示し、又は逆に、変異K−RASの非存在(即ち野生型K−RAS)が、細胞はIGF−1Rキナーゼ阻害剤による増殖阻害に対して高い感受性を有する可能性を示すように、腫瘍細胞中の変異K−RASの存在を決定することによって評価することができることを証明している。
従って、本発明は、腫瘍細胞が変異K−RAS遺伝子を有するかを決定すること、及び腫瘍細胞が変異K−RAS遺伝子を有さない場合、腫瘍細胞増殖がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に感受性である可能性を予測することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法を提供する。従って、本方法は、患者の腫瘍細胞試料(例えば、腫瘍生検、又は血液試料から分離した循環腫瘍細胞)に対して、単独か又はIGF−1Rキナーゼ阻害剤の投与への反応を予測する他の診断試験に加えて、それを適用することにより、IGF−1Rキナーゼ阻害剤の治療的投与から利益を受けると予測されるがん患者を選択するために利用することができる。従って、本発明は、患者の腫瘍試料を採取すること;腫瘍細胞が変異K−RAS遺伝子を有するかどうかを測定すること;及び腫瘍細胞が変異K−RAS遺伝子を有さない場合、その患者をIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置から最も利益を受ける可能性が高いものと同定することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置から最も利益を受ける可能性が高いがん患者を同定する方法を提供する。変異K−RAS遺伝子は、以下のようにコドン12及び13における既知の7KRAS点突然変異のいずれか1つに活性化突然変異を有するK−RAS遺伝子(GeneID:3845)であり得る:Gly12Asp(GGT>GAT)、Gly12Ala(GGT>GCT)、Gly12Val(GGT>GTT)、Gly12Ser(GGT>AGT)、Gly12Arg(GGT>CGT)、gly12Cys(GGT>TGT)、及びGly13Asp(GGC>GAC)。腫瘍細胞における変異K−RAS遺伝子の発現が、野生型KRASを有する腫瘍細胞よりも、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による増殖阻害に対する腫瘍細胞のより低い感受性と相関するという認識は、本方法に固有なものである。
本明細書に記載のいずれの方法においても、IGF−1Rキナーゼ阻害剤は、例えば、OSI−906、又は抗IGF−1R抗体など、本明細書に開示の式Iの化合物などの小分子キナーゼ阻害剤であってよい。患者の腫瘍細胞は、NSCL、結腸、CRC、乳房、卵巣、頭頚部、又は膵臓腫瘍細胞であってよい。1つの実施態様では、1つ又はそれ以上の更なる抗がん剤は、同時に又は逐次的にIGF−1Rキナーゼ阻害剤と併用してもよい。このような更なる抗がん剤は、例えば、EGFRキナーゼ阻害剤(例えば、エルロチニブ、抗EGFR抗体)、又は本明細書に記載のようないずれの他の抗がん剤を含んでもよい。
下記の詳細な実験の項に示されるデータは、また、IGF−1R遺伝子コピー数の増加(又はゲノム増加、即ち、不均衡ゲノム増加)を顕わすCRC(結腸直腸がん)細胞などの腫瘍細胞が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤(例えば、PQIP、OSI−906)による処置に特に反応すると予測され、従って、当該細胞の腫瘍を有する患者がこの治療ラインの使用に対して最良の候補であることを示す。対照的に、IGF−1R遺伝子のコピー数にほとんど又は全く増加がない腫瘍を有する患者は、それらの腫瘍細胞が阻害に対してより耐性があるために、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して不良転帰を有すると予測される。このようにIGF−1R遺伝子コピー数は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測するのに使用することができる、更なる「感受性」バイオマーカーを表す。従って、腫瘍細胞中の本バイオマーカー(即ち、IGF−1R遺伝子コピー数)の発現レベル又は量の評価又は定量化は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による有力な処置のための患者選択を支援するのに使用することができる。
従って、本発明は、腫瘍細胞におけるIGF−1R遺伝子コピー数を評価すること、IGF−1R遺伝子コピー数の増加(即ち、倍数性に正常化される場合の不均衡増加)があるかどうかを測定すること;及び腫瘍細胞がIGF−1R遺伝子コピー数を増加している場合、腫瘍細胞増殖がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に感受性である可能性を予測することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法を提供する。本発明は、また、患者の腫瘍細胞試料を採取すること;腫瘍細胞中のIGF−1R遺伝子コピー数を評価すること;倍数性に対して腫瘍細胞がIGF−1R遺伝子コピー数を増加しているかどうかを測定すること;及び腫瘍細胞がIGF−1R遺伝子コピー数を増加している場合、その患者をIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置から最も利益を受ける可能性が高いものと同定することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置から最も利益を受ける可能性が高いがん患者を同定する方法を提供する。
本明細書に示される研究では、IGF−1R遺伝子コピー数がFISHによって研究されたが、これは本方法が幾つかの利点を示すためであり、本発明の実行は本技術に限定されるものではない。FISHはDNAに基づくものであり、新鮮又は保存パラフィン包埋腫瘍試料で成功裡に実施することができる。この技術は十分確立されており、臨床細胞遺伝学及び分子病理学研究室では短期応答時間を有し、そしてIGF−1RのFISHプローブは入手可能であり、容易に商業的に入手することが可能である。従って、これらの結果は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤(例えば、OSI−906)治療に対して患者を選ぶために、IGF−1R−FISH分析及び関連技術(例えば、CISH、SISH)の日常的使用を支持する。
本発明によって提供される方法及び検査キットは、NSCLC、CRC、乳がん、卵巣がん、頭頚部がん、膵がんなどのようなIGF−1Rキナーゼ阻害剤で処置できるいずれのがん患者に対しても非常に有用である。当該患者は、本明細書に提供される方法の結果として、副作用及びそれらがIGF−1R遺伝子座に影響を与えるゲノム増加を有さない事象において、効果のない治療費用を免れる可能性がある。
本発明に記載の腫瘍細胞中の遺伝子コピー数は、例えば、FISH分析では、例えば、細胞核の中で測定することができる。当該試験、並びに他の検出方法は、原発腫瘍、転移性腫瘍、局所的再発腫瘍、喀痰、気管支洗浄液、腹水、脊髄液又は他の腫瘍セッティングにおいて実施することができる。マーカーは、新鮮、凍結、固定、又は別な方法で保存される腫瘍標本で測定することができる。本発明に記載の遺伝子コピー数の定量化は、当技術分野で周知の、そして本明細書に記載の他の種々のタイプのハイブリダイゼーション分析、例えば、CISH(発色性インサイチュハイブリダイゼーション)、SISH(銀インサイチュハイブリダイゼーション)、PCR法、SNPを含むゲノムアレイ法を用いて行なうことができる。
ヒトIGF−1R遺伝子(GeneID:3480)のヌクレオチド配列は当技術分野で公知であり、例えば、GenBank Accession No. NC_000015(参照することにより本明細書に組み入れられている)で見出すことができる。ヌクレオチドプローブも、また、当技術分野で公知であり、IGF−1R遺伝子を検出するプローブとして使用することができる。例えば、IGF−1R及び染色体10セントロメアの両配列を検出するためのプローブは、本明細書に記載のように入手可能である。
本発明の方法では、腫瘍細胞試料中のIGF−1R遺伝子コピー数のレベル又は量は、以下から選択されるIGF−1R遺伝子コピー数の対照レベルと比較することができる:(i)IGF−1Rキナーゼ阻害剤(例えば、PQIP、OSI−906)に対する感受性と相関している対照レベル;及び(ii)IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する耐性と相関している対照レベル。患者腫瘍細胞中のIGF−1R遺伝子コピー数のレベルが、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する感受性と相関している、IGF−1R遺伝子コピー数の対照レベルと統計的に類似しているか又はより大きい場合、又は患者腫瘍細胞中のIGF−1R遺伝子コピー数のレベルが、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する耐性と相関している、IGF−1R遺伝子コピー数のレベルより統計的に大きい場合、患者はIGF−1Rキナーゼ阻害剤の治療的投与から利益を受けることが予測されるとして選択される。患者腫瘍細胞中のIGF−1R遺伝子コピー数のレベルが、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する感受性と相関している、IGF−1R遺伝子コピー数の対照レベルより統計的に小さい場合、又は患者腫瘍細胞中のIGF−1R遺伝子コピー数のレベルが、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する耐性と相関している、IGF−1R遺伝子コピー数のレベルと統計的に類似しているか又はより小さい場合、患者はIGF−1Rキナーゼ阻害剤の治療的投与から利益を受けないことが予測されるとして選択される。図1及び2に示されるIGF−1Rキナーゼ阻害剤感受性又は耐性腫瘍細胞は、IGF−1R遺伝子コピー数の対照レベルのために使用される可能性がある細胞の例である。IGF−1R遺伝子コピー数の対照レベルを決定するための好ましい耐性腫瘍細胞は、例えば、HCT116、HCT15、HCT8、LS174T、及びRKOを含む。IGF−1R遺伝子コピー数の対照レベルを決定するための好ましい感受性腫瘍細胞は、例えば、Colo205、HT29、CaCo2、及びLS513を含む。
より具体的には、本発明によれば、「対照レベル」は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する感受性と相関しているレベル、又はIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する耐性と相関しているレベルを含むことができる、IGF−1R遺伝子コピー数の対照レベルである。従って、IGF−1R遺伝子コピー数の対照又は基準レベルと比べて、患者試料がIGF−1Rキナーゼ阻害剤治療に対して感受性又は耐性である可能性が高いかどうかを決定することができる(例えば、良好なレスポンダー又はレスポンダー(治療から利益を受けることができる患者)、又は不良なレスポンダー又はノンレスポンダー(治療から利益を受ける可能性がないか又はほとんど可能性がない患者))。
IGF−1R遺伝子コピー数の対照レベルを設定するための方法は、試料タイプ、試料を採取する組織又は器官、及び評価すべき患者の状態に基づいて選択される。好ましくは、その方法は、患者の試料を評価するために使用されるものと同じ方法である。好ましい実施態様では、対照レベルは評価すべき細胞と同じ細胞タイプを用いて設定される。好ましい実施態様では、対照レベルはIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対して耐性又は感受性であることが知られている患者又は細胞株由来である対照試料から設定される。1つの態様では、対照試料は適合した個人の集団から得られる。本発明によれば、語句「適合した個人」は、評価すべき細胞タイプ又は腫瘍増殖に好適な1つ又はそれ以上の特性に基づいた対照個人の適合を指す。例えば、対照個人は、性別、年齢、人種、又は個人若しくは患者の基準に影響を与える可能性のある、あらゆる生物学的若しくは社会学的因子を基にして、評価すべき患者と適合し得る(例えば、既存の病態、特定の物質の摂取、他の生物学的又は社会学的因子のレベル)。対照レベルを設定するために、試験試料と同じように適合した多くの個人からの試料が採取され、そして評価される。好適な対照レベルを設定するために、対照試料を採取しなければならない適合個人(例えば、集団)の数は、当業者によって決定することができるが、しかし評価すべき患者(即ち、試験患者)との比較のために、好適な基準を設定するのに統計的に適するものとすべきである。対照試料から得られる値は、当該値を設定する技術分野での標準方法を用いて基準レベルを設定するために、いずれかの好適な統計解析方法を用いて統計的に処理される。
当業者には当然のことながら、対照レベルは分析を行う際に分析毎に設定する必要はなく、むしろ基準又は対照は、上記方法のいずれかによって設定された対照レベルなどの感受性及び耐性患者(レスポンダー及びノンレスポンダー)の既測定対照レベルに関して、保存情報の形式を参照することにより設定することができる。このような形式の保存情報としては、例えば、参照チャート、感受性及び耐性腫瘍/患者に関する集団又は個人データのリスト若しくは電子ファイル、又は評価すべき患者にとって有用なIGF−1R遺伝子コピー数に関するその他データソースが挙げられるが、それらに限定されるものではない。例えば、上記に確立され、そして所定の患者試料を評価するために、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する反応性と既に相関している、IGF−1R遺伝子コピー数の増加を設定するために、上記及び実験の項に更に記載されたガイドラインを使用することができる。
従って、本発明は、(a)i)IGF−1R遺伝子コピー数の発現レベル又は量;ii)感受性バイオマーカーの発現レベル;及びiii)耐性バイオマーカーの発現レベル、から成る群から選択されるバイオマーカーのレベルを患者からの腫瘍細胞試料中に検出すること;b)i)IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する感受性と相関しているバイオマーカーの対照レベル;及びii)IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する耐性と相関しているバイオマーカーの対照レベル、から成る群から選択されるバイオマーカーの対照レベルと腫瘍細胞試料中のバイオマーカーのレベルとを比較すること;及びc)患者腫瘍細胞中のバイオマーカーのレベルが、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する感受性と相関しているバイオマーカーの対照レベルと統計的に類似し又はより大きい場合、又は患者腫瘍細胞中のバイオマーカーのレベルが、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する耐性と相関しているバイオマーカーの対照レベルより統計的に大きい場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤の治療的投与から利益を受けることが予測されている患者を選択すること;又はd)患者腫瘍細胞中のバイオマーカーのレベルが、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する感受性と相関しているバイオマーカーの対照レベルよりも統計的に小さい場合、又は患者腫瘍細胞中のバイオマーカーのレベルが、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する耐性と相関しているバイオマーカーのレベルと統計的に類似し又はより小さい場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤の治療的投与から利益を受けないことが予測されている患者を選択することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤の治療的投与から利益を受ける又は受けないと予測されるがん患者を選択する方法を提供する。1つの実施態様では、(a)(i)又は(a)(ii)における検出工程は、IGF−1R遺伝子にハイブリダイズするヌクレオチドプローブを用いて行なわれる。本実施態様では、検出工程は、染色体15セントロメアにハイブリダイズするヌクレオチドプローブを使用することを更に含む。あるいは、IGF−1R遺伝子に、そして染色体15セントロメアにハイブリダイズするキメラヌクレオチドプローブを使用してもよい。
本発明は、更に、(a)IGF−1Rキナーゼ阻害剤の治療的投与から利益を受ける又は受けないと予測されるがん患者を選択する方法の工程を実施すること、及び(b)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤の治療的投与から利益を受けると予測される場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤(例えば、OSI−906)の治療的有効量を該患者に投与し、又は患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤の治療的投与から利益を受けないと予測される場合、代替療法又は無治療を患者に施行することを含む、患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置する方法を提供する。
本発明は、更に、腫瘍細胞中のIGF−1R遺伝子コピー数を評価すること;及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞の感受性を予測する方法であって、腫瘍細胞IGF−1R遺伝子コピー数のレベル増加がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する高い感受性と相関する方法を提供する。
本発明は、更に、患者の腫瘍細胞のIGF−1R遺伝子コピー数を評価することによる、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の予想される反応性を診断すること、及び患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に反応する可能性があると診断される場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤の治療的有効量を該患者に投与することの工程を含む、患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置する方法であって、腫瘍細胞中のIGF−1R遺伝子コピー数のレベル増加が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する高い感受性と相関する方法を提供する。1つの実施態様では、該患者に投与されるIGF−1Rキナーゼ阻害剤は、OSI−906である。本方法の別の実施態様では、腫瘍細胞はNSCL、結腸、乳房、卵巣、頭頚部、又は膵臓の腫瘍細胞である。
本発明の別の実施例は、本発明のいずれの方法をも実施するための分析キットを含む。本分析キットは、腫瘍細胞試料中のIGF−1R遺伝子コピー数、又は他のバイオマーカーを検出する手段を含む。本分析キットは、好ましくは1つ又はそれ以上の対照をも含む。本対照は:(i)患者に使用するために評価されているIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する感受性を検出する対照試料;(ii)IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する耐性を検出するための対照試料;(iii)IGF−1Rキナーゼ阻害剤の感受性又は耐性について、測定する特定のバイオマーカーの所定の対照レベルを含む情報(例えば、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する感受性又はIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する耐性と相関している、IGF−1R遺伝子コピー数、又は他のバイオマーカーの所定の対照レベル)を含む。
以下の詳細な実験の項に示されるデータは、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する腫瘍細胞増殖感受性の幾つかの分類子が、当該阻害剤に対する感受性の特徴を発現するように、一緒に統合できることを示す。高感受性を有する腫瘍細胞のこれらの分類子又は特性は、以下の5つの分類子を含む:MT1E遺伝子より高いPROM1遺伝子の発現レベル;OXCT1遺伝子より高いLY75遺伝子の発現レベル;CALD1遺伝子より高いHSD17B2遺伝子の発現レベル;IGF−1R遺伝子コピー数(即ち、倍数性に正常化される場合の不均衡増加);及び変異K−RAS遺伝子の非存在。統合されたゲノムの分類子では、腫瘍細胞がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対して感受性であると予測するために、これらの分類子のうちの少なくとも4つは、腫瘍細胞中に存在することが可能なはずである。この統合されたゲノムの分類子は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤感受性を、試験腫瘍細胞株では89%成功率で、そしてヒト外植片株では100%の成功率で正確に予測することができ、個々の予測子で達成されるものより優れた結果であった。
従って、本発明は、更に、(1)患者の腫瘍試料を採取すること、(2)試料の腫瘍細胞が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による増殖阻害に最も感受性の可能性がある腫瘍細胞の以下の分類子:(a)MT1E遺伝子より高いPROM1遺伝子の発現レベル;(b)OXCT1遺伝子より高いLY75遺伝子の発現レベル;(c)CALD1遺伝子より高いHSD17B2遺伝子の発現レベル;(d)IGF−1R遺伝子コピー数の増加(即ち倍数性に正常化される場合の不均衡増加);(e)変異K−RAS遺伝子の非存在、を示すかどうかを決定すること、及び(3)5つの評価特性のうち少なくとも4つが腫瘍細胞中に存在する場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置から利益を受ける可能性が最も高いものとして患者を同定することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置から利益を受ける可能性が最も高いがん患者を同定する方法を提供する。工程1において、患者の腫瘍の試料を採取することは、例えば、腫瘍生検を行うこと、又は血液試料から循環腫瘍細胞を分離することにより達成することができる。
本発明は、更に、どの患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤の投与から最も利益を受ける可能性があるかを決定するために、処置レジメンの一部として先行する方法の使用を提供する。従って、本発明は、更に、(1)患者の腫瘍試料を採取すること、(2)試料の腫瘍細胞が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による増殖阻害に最も感受性の可能性がある腫瘍細胞の以下の分類子:(a)MT1E遺伝子より高いPROM1遺伝子の発現レベル;(b)OXCT1遺伝子より高いLY75遺伝子の発現レベル;(c)CALD1遺伝子より高いHSD17B2遺伝子の発現レベル;(d)IGF−1R遺伝子コピー数の増加(即ち倍数性に正常化される場合の不均衡増加);(e)変異K−RAS遺伝子の非存在、を示すかどうかを決定すること、及び(3)5つの評価特性のうち少なくとも4つが存在する場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に反応する可能性がある腫瘍を有する患者を同定することにより、(A)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に反応する可能性がある腫瘍を有するかどうかを決定することによって、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の予想される反応性を診断すること;及び(B)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対して潜在的に反応性であると診断される場合、該患者に治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与することの工程を含む、患者のがんを処置する方法を提供する。
本発明は、更に、患者の腫瘍試料を採取すること、試料の腫瘍細胞が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による増殖阻害に最も感受性の可能性がある腫瘍細胞の以下の分類子:(a)MT1E遺伝子より高いPROM1遺伝子n0発現レベル;(b)OXCT1遺伝子より高いLY75遺伝子の発現レベル;(c)CALD1遺伝子より高いHSD17B2遺伝子の発現レベル;(d)倍数性に関連したIGF−1R遺伝子コピー数のレベル増加;(e)変異K−RAS遺伝子の非存在、を示すかどうかを決定すること、及び5つの評価分類子のうち少なくとも4つが腫瘍細胞中に存在する場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に反応する可能性がある腫瘍を有する患者を同定することにより、(A)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に反応する可能性がある腫瘍を有するかを決定することによって、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の予想される反応性を診断すること;及び(B)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対して潜在的に反応性であると診断される場合、該患者に治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与することの工程を含む、患者のがんを処置する方法を提供する。
本発明は、更に、腫瘍細胞がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対して感受性であると予測するための、5つの分類子のうち少なくとも3つは腫瘍細胞中に存在しなければならないという、代替の統合されたゲノム分類子を提供する。本発明は、更に、腫瘍細胞がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対して感受性であると予測するための、5つの分類子のうち少なくとも2つは腫瘍細胞中に存在しなければならないという、代替の統合されたゲノム分類子を提供する。本発明は、このように、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置から最も利益を受ける可能性があるがん患者を同定するために、これらの代替の統合されたゲノム分類子を用いる対応の方法、及び統合されたゲノム分類子に対して上記に記載の患者のがんを処置する方法を提供する。
本発明は、更に、患者の腫瘍試料を採取すること;腫瘍細胞によって発現するMT1E遺伝子のレベルを評価すること;腫瘍細胞によって発現するPROM1遺伝子のレベルを評価すること;腫瘍細胞がMT1Eより高いレベルのPROM1を発現するかどうかを測定すること;及び腫瘍細胞がMT1Eより高いレベルのPROM1を発現する場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置から利益を受ける可能性がある患者を同定することにより、(A)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に反応する可能性がある腫瘍を有するかどうかを決定することによって、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の予想される反応性を診断すること;及び(B)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対して潜在的に反応性であると診断される場合、該患者に治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与することの工程を含む、患者のがんを処置する方法を提供する。
本発明は、更に、患者の腫瘍試料を採取すること;腫瘍細胞によって発現するOXCT1遺伝子のレベルを評価すること;腫瘍細胞によって発現するLY75遺伝子のレベルを評価すること;腫瘍細胞がOXCT1より高いレベルのLY75を発現するかどうかを測定すること;及び腫瘍細胞がOXCT1より高いレベルのLY75を発現する場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置から利益を受ける可能性がある患者を同定することにより、(A)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に反応する可能性がある腫瘍を有するかどうかを決定することによって、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の予想される反応性を診断すること;及び(B)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対して潜在的に反応性であると診断される場合、該患者に治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与することの工程を含む、患者のがんを処置する方法を提供する。
本発明は、更に、患者の腫瘍試料を採取すること;腫瘍細胞によって発現するCALD1遺伝子のレベルを評価すること;腫瘍細胞によって発現するHSD17B2遺伝子のレベルを評価すること;腫瘍細胞がCALD1より高いレベルのHSD17B2を発現するかどうかを測定すること;及び腫瘍細胞がCALD1より高いレベルのHSD17B2を発現する場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置から利益を受ける可能性がある患者を同定することにより、(A)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に反応する可能性がある腫瘍を有するかどうかを決定することによって、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の予想される反応性を診断すること;及び(B)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対して潜在的に反応性であると診断される場合、該患者に治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与することの工程を含む、患者のがんを処置する方法を提供する。
本発明は、更に、患者の腫瘍試料を採取すること;腫瘍細胞中のIGF−1R遺伝子コピー数を評価すること;倍数性に関連したIGF−1R遺伝子コピー数の増加があるかどうかを測定すること;及び腫瘍細胞がIGF−1R遺伝子コピー数を増加している場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置から利益を受ける可能性がある患者を同定することにより、(A)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に反応する可能性がある腫瘍を有するかどうかを決定することによって、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の予想される反応性を診断すること;及び(B)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対して潜在的に反応性であると診断される場合、該患者に治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与することの工程を含む、患者のがんを処置する方法を提供する。
本発明は、更に、患者の腫瘍試料を採取すること;腫瘍細胞が変異K−RAS遺伝子を有するかどうかを測定すること;及び腫瘍細胞が変異K−RAS遺伝子を有さない場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置から利益を受ける可能性がある患者を同定することにより、(A)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に反応する可能性がある腫瘍を有するかどうかを決定することによって、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の予想される反応性を診断すること;及び(B)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対して潜在的に反応性であると診断される場合、該患者に治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与することの工程を含む、患者のがんを処置する方法を提供する。
腫瘍細胞の感受性又は耐性バイオマーカー発現の評価では、腫瘍細胞又はこれらの腫瘍細胞によって産生されるタンパク質若しくは核酸を含む患者試料を、本発明の方法において使用することができる。これらの実施態様では、バイオマーカーの発現レベルは、腫瘍細胞試料、例えば、患者から得られる腫瘍生検、又は腫瘍由来の材料を含む他の患者試料(例えば、血液、血清、尿、又は上記の本明細書に記載の体液若しくは排出物)における、マーカー量(絶対量又は濃度)を算定することにより評価することができる。細胞試料は勿論、試料中のマーカーの量を評価する前に、種々の周知の収集後調製及び貯蔵方法(例えば、核酸及び/又はタンパク質抽出、固定化、貯蔵、凍結、限外濾過、濃縮、蒸発、遠心分離など)にかけることができる。同様に、腫瘍生検も、収集後調製及び貯蔵方法、例えば、固定化にかけることができる。
本発明の方法では、それを発現する腫瘍細胞の表面に示される、少なくとも一部分を有しているバイオマーカータンパク質の発現を検出することができる。熟練技術者が、マーカータンパク質、又はその一部分が細胞表面に露出されているかどうかを明らかにすることは簡単なことである。例えば、免疫学的方法は、全細胞でそのようなタンパク質を検出するために使用することができ、又は周知のコンピュータに基づく配列解析法は、少なくとも1つの細胞外ドメイン(即ち、分泌タンパク質及び少なくとも1つの細胞表面ドメインを有するタンパク質の両方を含む)の存在を予測するために使用することができる。それを発現する細胞表面に示される、少なくとも1部分を有しているマーカータンパク質の発現は、腫瘍細胞を必ずしも溶解することなしに検知できる可能性がある(例えば、タンパク質の細胞表面ドメインと特異的に結合する標識抗体を用いて)。
本発明に記載のバイオマーカーの発現は、転写核酸又はタンパク質の発現を検出するいずれの広範な周知方法によって評価してもよい。当該方法の非限定的例は、分泌性、細胞表面、細胞質、若しくは核タンパク質を検出する免疫学的方法、タンパク質精製法、タンパク機能又は活性分析、核酸ハイブリダイゼーション法、核酸相互逆転写法、及び核酸増幅法を含む。
1つの態様では、バイオマーカーの発現は、抗体(例えば、放射性標識、クロモフォア標識、フルオロフォア標識、又は酵素標識抗体)、抗体誘導体(例えば、基質と又はタンパク質若しくはタンパク質−リガンド対のリガンドと結合した抗体{例えば、ビオチン−ストレプトアビジン})、又は腫瘍細胞中で正常になされている翻訳後修飾(例えば、グリコシル化、リン酸化、メチル化など)のすべて又は一部を受けているバイオマーカータンパク質を含む、バイオマーカータンパク質又はそのフラグメントと特異的に結合する抗体フラグメント(例えば、単鎖抗体、分離抗体超可変ドメインなど)を用いて評価される。
別の実施態様では、バイオマーカー発現は、患者試料中の細胞からmRNA/cDNA(即ち、転写ポリヌクレオチド)を調製することによって、そしてmRNA/cDNAを、バイオマーカー核酸、又はそのフラグメントの補体である参照ポリヌクレオチドでハイブリダイズすることによって評価される。cDNAは、場合により参照ポリヌクレオチドによるハイブリダイゼーション前に種々のポリメラーゼ連鎖反応のいずれかを用いて増幅することができる。バイオマーカーの発現は、バイオマーカーの発現レベルを評価するために、同様に定量的PCRを用いて検出することができる。あるいは、本発明のバイオマーカーの突然変異又は変異体(例えば、一塩基多型、欠失など)を検出する多くの公知方法のいずれも、患者のバイオマーカーの発生を検出するために使用することができる。
関連する実施態様では、試料から得られる転写ポリヌクレオチドの混合物は、バイオマーカー核酸の少なくとも一部分(例えば、少なくとも7、10、15、20、25、30、40、50、100、500、又はそれ以上のヌクレオチド残基)に、相補性又は相同性のポリヌクレオチドがそれに固定している基質と接触される。相補性又は相同性のポリヌクレオチドが基質上で差次的に検出可能な場合(例えば、異なるクロモフォア若しくはフルオロフォアを用いて、又は異なる選択された位置に固定して検出できる)、次いで複数のバイオマーカーは、単一基質(例えば、選択された位置に固定したポリヌクレオチドの「遺伝子チップ」マイクロアレイ)を用いて同時に評価することができる。1つの核酸と別の核酸とのハイブリダイゼーションを含む、バイオマーカー発現を評価する方法が使用される場合、ハイブリダイゼーションはストリンジェントハイブリダイゼーション条件下で実施することが好ましい。
本発明の複数バイオマーカーを本発明の方法で使用する場合、患者試料中の各バイオマーカーの発現レベルは、同じタイプの非がん性試料における(又は対照細胞でのバイオマーカーレベルと)複数バイオマーカー各々の正常レベル発現と、あるいは単一反応混合物において(即ち、各バイオマーカーに対して種々の蛍光プローブなどの試薬を用いて)か、又は各バイオマーカーに対応した個々の反応混合物における発現と比較することができる。
正常(即ち、非がん)ヒト組織におけるバイオマーカーの発現レベルは、種々の方法で評価することができる。1つの実施態様では、この正常レベルの発現は、非がんに見える細胞の部分におけるバイオマーカーの発現レベルを評価し、次いでこの正常レベルの発現を腫瘍細胞の部分における発現レベルと比較することによって評価される。代わりに、そして具体的に更なる情報が、本明細書に記載される方法のルーチン実行の結果として利用可能になることから、本発明のバイオマーカーの正常な発現に対する母集団の平均値を使用してもよい。他の実施態様では、バイオマーカーの発現の「正常」レベルは、非がん性罹患患者から、患者にがん発生が疑われる前に患者から得られる患者試料から、保存患者試料などから得られる、患者試料中のバイオマーカーの発現を評価することによって決定してもよい。
生体試料におけるバイオマーカータンパク質又は核酸の有無を検出する典型的な方法は、被験者から生体試料(例えば、腫瘍関連体液)を採取すること、及び生体試料をポリペプチド又は核酸(例えば、mRNA、cDNA)を検出することができる化合物又は薬剤と接触させることを含む。本発明の検出方法は、このように、例えば、インビトロ並びにインビボでの生体試料において、mRNA、タンパク質、又はcDNAを検出するために使用することができる。例えば、mRNAのインビトロ検出方法には、ノーザンハイブリダイゼーション及びインサイチュハイブリダイゼーションが含まれる。バイオマーカータンパク質のインビトロ検出方法には、酵素免疫吸着法(ELISA)、ウエスタンブロット法、免疫沈降及び免疫蛍光法が含まれる。ゲノムDNAのインビトロ検出法には、サザンハイブリダイゼーションが含まれる。mRNAのインビボ検出方法には、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、ノーザンハイブリダイゼーション及びインサイチュハイブリダイゼーションが含まれる。更に、バイオマーカータンパク質のインビボ検出方法には、タンパク質又はそのフラグメントに対する標識抗体を被験者に導入することが含まれる。例えば、抗体は、被験者でのその存在と位置が標準イメージング法によって検出できる、放射性マーカーで標識することができる。
当該診断及び予後解析の一般原則は、適切な条件下に、そしてバイオマーカー及びプローブが相互作用及び結合するのに十分な時間にわたって、バイオマーカー及びプローブを含むと考えられる試料又は反応混合物を調製し、その結果反応混合物中に除去及び/又は検出し得る複合体を形成することを含む。これらの分析は、種々の方法で実施することができる。
例えば、このような分析を実施するための1つの方法は、基材とも呼ばれる固相支持体上にバイオマーカー又はプローブを固定すること、及び反応の終了時に固相に固定された標識バイオマーカー/プローブ複合体を検知することを含む。このような方法の1つの実施態様では、バイオマーカーの存在及び/又は濃度について分析予定の被験者からの試料は、担体又は固相支持体上に固定することができる。別の実施態様では、プローブを固相に固定することができ、そして被験者からの試料を分析の非固定成分として反応することができるような、逆の状況が可能である。
分析成分を固相に固定する確立された多くの方法がある。これらは、ビオチン及びストレプトアビジンの結合を通して固定化されるバイオマーカー又はプローブ分子を含むが、これに限定されるものではない。当該ビオチン化分析成分は、当技術分野で公知の技術(ビオチン化キット、Pierce Chemicals, Rockford, Ill.)を用いて、ビオチン−NHS(N−ヒドロキシスキシンイミド)から調製し、そしてストレプトアビジン被覆96ウェルプレート(Pierce Chemical)のウェルに固定化することができる。特定の実施態様では、固定化分析成分を有する表面を前もって調製し、貯蔵することができる。
当該分析のための他の好適な担体又は固相支持体は、バイオマーカー又はプローブが所属する分子のクラスに結合することができるいずれの材料をも含む。周知の支持体又は担体は、ガラス、ポリスチレン、ナイロン、ポリプロピレン、ポリエチレン、デキストラン、アミラーゼ、天然及び修飾セルロース、ポリアクリルアミド、斑糲岩、並びに磁鉄鉱を含むが、これらに限定されない。
上記のアプローチにより分析を実施するために、非固定化成分は第2の成分が固定される固相に加えられる。反応が完了後、非複合化成分は、生成した複合体のいずれもが固相上で固定化された条件下で除去される(例えば、洗浄によって)と考えられる。固相に固定されたバイオマーカー/プローブ複合体の検出は、本明細書で説明した多くの方法で実現することができる。
1つの実施態様では、それが非固定分析成分の場合には、分析の検出及び読出のために、プローブは本明細書に記載のそして当業者に周知の検出可能な標識により、直接的又は間接的に標識することができる。
例えば、蛍光エネルギー移動法(即ち、FET(例えば、 Lakowicz et al., 米国特許第5631169号; Stavrianopoulos, et al., 米国特許第4868103号を参照)を用いることによって、いずれの成分(バイオマーカー又はプローブ)の更なる操作又は標識化なしに、バイオマーカー/プローブ複合体の形成を直接検出することもできる。第1の「ドナー」分子上でのフルオロフォア標識は、適切な波長の入射光による励起時に、その放射蛍光のエネルギーが第2の「アクセプター」分子上の蛍光標識によって吸収されるように選択され、それが順々に吸収エネルギーに因り蛍光を発することができる。あるいは、「ドナー」タンパク質分子はトリプトファン残基の自然蛍光エネルギーを簡単に利用することができる。「アクセプター」分子標識が「ドナー」分子標識と識別されるように、異なる波長の光を発光する標識が選択される。標識間のエネルギー伝達の効率は分子を引き離す距離に関連するので、分子間の空間的な関係を評価することができる。結合が分子の間で起こる状況では、分析における「アクセプター」分子標識の蛍光発光は最大であるべきである。FET結合イベントは、当技術分野で周知の標準蛍光の検出手段(例えば、蛍光光度計を用いて)を通して便利に測定することができる。
別の実施態様では、プローブがバイオマーカーを認識する能力の決定は、リアルタイム生体分子相互作用分析(BIA)(例えば、Sjolander, S. and Urbaniczky, C., 1991, Anal. Chem. 63:2338-2345 and Szabo et al., 1995, Curr. Opin. Struct. Biol. 5:699-705を参照)のような技術を利用することによって、いずれの分析成分(プローブ又はバイオマーカー)をも標識化することなく達成することができる。本明細書で使用される「BIA」又は「表面プラスモン共鳴」は、いずれの反応体(例えば、BIAcore)も標識化せずに、リアルタイムで生体特異的相互作用を検討する技術である。結合表面(結合イベントを示す)での量の変化は、表面近傍の光の屈折率(表面プラスモン共鳴(SPR)の光学現象)の変化をもたらし、生体分子間でのリアルタイム反応の指標として使用することができる、検出可能なシグナルをもたらす。
あるいは、別の実施態様では、類似の診断及び予後分析が、液相における溶質としてバイオマーカー及びプローブにより実施することができる。このような分析では、複合バイオマーカー及びプローブは、分画遠心法、クロマトグラフィー、電気泳動及び免疫沈降を含む多くの標準的な方法のいずれかによって非複合成分から分離されるが、それらに限定されるものではない。分画遠心法では、バイオマーカー/プローブ複合体は、それらの異なるサイズ及び密度を基準にした複合体の異なる沈降平衡に因り、一連の遠心分離工程を通した非複合分析成分から分離してもよい(例えば、Rivas, G., and Minton, A. P., 1993, Trends Biochem Sci. 18(8):284-7を参照)。標準クロマトグラフ法も、複合分子を非複合分子から分離するのに使用してもよい。例えば、ゲル濾過クロマトグラフィーは、サイズに基づいて、そしてカラム形式で適切なゲル濾過樹脂の活用を通して分子を分離し、例えば、相対的に大きな複合体は、相対的に小さい非複合成分から分離することができる。同様に、非複合成分と比較したバイオマーカー/プローブ複合体の異なる電荷特性は、例えば、イオン交換クロマトグラフィー樹脂の活用を通して、非複合成分から複合体を識別するのに利用してもよい。当該樹脂及びクロマトフ法は、当業者において周知である(例えば、Heegaard, N. H., 1998, J. Mol. Recognit. Winter 11(1-6):141-8; Hage, D. S., and Tweed, S. A. J. Chromatogr B Biomed Sci Appl 1997 Oct 10;699(1-2):499-525を参照)。ゲル電気泳動も、また、非結合成分から複合分析成分を分離するのに用いることができる(例えば、Ausubel et al., ed., Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, New York, 1987-1999を参照)。本方法では、タンパク質又は核酸複合体は、例えば、サイズ又は電荷に基づいて分離される。電気泳動工程時に結合相互作用を維持するためには、非変性ゲルマトリックス材料及び還元剤の非存在の条件が一般的に好ましい。特定の分析及びその成分に対する適切な条件は、当業者に周知と考えられる。
特定の実施態様では、バイオマーカーmRNAのレベルは、当技術分野で公知の方法を用いて、生体試料におけるインサイチュ及びインビトロ形式の両方で測定することができる。用語「生体試料」は、被験者から分離した組織、細胞、体液及びその分離物、並びに被験者内に存在する組織、細胞及び体液を含むことを意図している。多くの発現検出方法は単離RNAを使用する。インビトロ方法では、mRNAの単離に対して選択しないいずれのRNA単離方法も、腫瘍細胞からのRNAの精製に利用することができる(例えば、Ausubel et al.,ed., Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons,
New York 1987-1999を参照)。加えて、多数の組織試料は、例えば、Chomczynski(1989、米国特許第 4843155号)の一段階RNA単離方法など、当業者に周知の技術を用いて容易に処理することができる。
New York 1987-1999を参照)。加えて、多数の組織試料は、例えば、Chomczynski(1989、米国特許第 4843155号)の一段階RNA単離方法など、当業者に周知の技術を用いて容易に処理することができる。
単離mRNAは、サザンブロット又はノーザンブロット解析、ポリメラーゼ連鎖反応解析及びプローブアレイを含む、ハイブリダイゼーション又は増幅分析において使用することができる。mRNAレベルの検出のための1つの好ましい診断方法は、検出中の遺伝子によってコード化されるmRNAにハイブリダイズすることができる核酸分子(プローブ)と単離mRNAを接触させることを含む。核酸プローブは、例えば、完全長cDNA、又は少なくとも7、15、30、50、100、250又は500ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドなどのその一部分であり、そして本発明のバイオマーカーをコード化するmRNA又はゲノムDNAのストリンジェントな条件下で特異的にハイブリダイズするのに十分であり得る。本発明の診断分析に使用するための他の好適なプローブは、本明細書に記載されている。mRNAのプローブによるハイブリダイゼーションは、対象のバイオマーカーが発現していることを示す。
1つの形式では、mRNAは固体表面に固定化され、そして、例えば、アガロースゲル上で単離mRNAを移動させ、そしてゲルからニトロセルロースなどの膜へとmRNAを移行させることにより、プローブと接触させる。他の形式では、プローブは固体表面に固定化され、そしてmRNAをAffymetrix遺伝子チップアレイにてプローブと接触させる。熟練した技術者は、本発明のバイオマーカーによってコード化されるmRNAレベルを検出する際に用いるために、公知のmRNA検出方法を容易に適応させることができる。
試料中のmRNAバイオマーカーレベルを測定する別の方法としては、例えば、RT−PCR(Mullis, 1987, 米国特許第4,683,202号に記載の実験的実施態様セット)、リガーゼ連鎖反応(Barany, 1991, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88:189-193)、自己維持的配列複製(Guatelli et al., 1990, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:1874-1878)、転写増幅系(Kwoh et al., 1989, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:1173-1177)、Q−βレプリカーゼ(Lizardi et al., 1988, Bio/Technology 6:1197)、ローリングサークル複製(Lizardi et al., 米国特許第5,854,033号)、又は他の核酸増幅方法が含まれ、それに続いて当業者に周知の方法を用いる増幅分子の検出が含まれる。これらの検出スキームは、当該分子が非常に少ない数で存在する場合、該核酸分子の検出に特に有用である。本明細書で使用される増幅プライマーは、遺伝子の5′又は3′領域にアニールすることができる1対の核酸分子であると規定され(それぞれプラス鎖とマイナス鎖、又は逆の場合も同じ)、そしてその間の短い領域を含む。一般的に、増幅プライマーは約10〜30のヌクレオチド長さであり、約50〜200のヌクレオチド長さの領域に隣接する。適切な条件下及び適切な試薬により、当該プライマーは、プライマーによって挟まれるヌクレオチド配列を含む核酸分子増幅を可能にする。
インサイチュ方法では、mRNAは、検出前に腫瘍細胞から単離する必要はない。当該方法では、細胞又は組織試料は、公知の組織学的方法を用いて調製/処理される。次いで試料は一般的に支持体、通常はスライドガラスに固定され、その後バイオマーカーをコード化するmRNAにハイブリダイズすることができるプローブと接触される。
バイオマーカーの絶対発現レベルを基準にして測定する代わりとして、測定はバイオマーカーの正常化発現レベルを基準にしてもよい。発現レベルは、その発現をバイオマーカーではない遺伝子、例えば、構成的に発現されるハウスキーピング遺伝子の発現と比較することにより、バイオマーカーの絶対発現レベルを修正することによって正常化される。正常化のための好適な遺伝子は、アクチン遺伝子のようなハウスキーピング遺伝子、又は対象の腫瘍細胞タイプ中に一定レベルで発現する腫瘍細胞特異的遺伝子を含む。この正常化は、1つの試料、例えば、患者試料中の発現レベルと、別の試料、例えば、非腫瘍試料、対照試料との、又は異なる起源からの試料間との比較を可能にする。
あるいは、発現レベルは、相対的発現レベルとしてもたらされる可能性がある。
バイオマーカー(例えば、耐性バイオマーカー)の相対的発現レベルを決定するために、対象試料の発現レベルの測定に先立って、正常vs.がん細胞分離株(又は耐性細胞vs.感受性細胞分離株)の10又はそれ以上の試料、好ましくは50又はそれ以上の試料に対して、バイオマーカーの発現レベルが測定される。多数の試料で分析される各遺伝子の平均発現レベルが測定され、これがバイオマーカーの基準発現レベルとして使用される。試験試料で測定されるバイオマーカーの発現レベル(絶対発現レベル)は、次いでそのバイオマーカーで得られる平均発現値で除される。これは相対的発現レベルを与える。
バイオマーカー(例えば、耐性バイオマーカー)の相対的発現レベルを決定するために、対象試料の発現レベルの測定に先立って、正常vs.がん細胞分離株(又は耐性細胞vs.感受性細胞分離株)の10又はそれ以上の試料、好ましくは50又はそれ以上の試料に対して、バイオマーカーの発現レベルが測定される。多数の試料で分析される各遺伝子の平均発現レベルが測定され、これがバイオマーカーの基準発現レベルとして使用される。試験試料で測定されるバイオマーカーの発現レベル(絶対発現レベル)は、次いでそのバイオマーカーで得られる平均発現値で除される。これは相対的発現レベルを与える。
本発明の別の実施態様では、バイオマーカータンパク質が検出される。本発明のバイオマーカータンパク質を検出する好ましい薬剤は、当該タンパク質又はそのフラグメントに対して結合できる抗体、好ましくは検出可能な標識を有する抗体である。抗体はポリクローナル、又は、より好ましくはモノクローナルであってよい。完全抗体、又はそのフラグメント若しくは誘導体(例えば、(Fab又はF(ab)′.sub.2)を使用することができる。プローブ又は抗体に関して、用語「標識される」は、検出可能な物質をプローブ又は抗体に結合すること(即ち、物理的結合)によるプローブ又は抗体の直接標識化、並びに直接標識される別の試薬との反応性によるプローブ又は抗体の間接標識化を包含するように意図されている。間接標識化の例は、蛍光標識二次抗体、及び蛍光標識ストレプトアビジンにより検出できるように、ビオチンによるDNAプローブの末端標識化を使用した一次抗体の検出を含む。
腫瘍細胞からのタンパク質は、当業者に周知の方法を用いて単離することができる。用いられるタンパク質の単離方法は、例えば、Harlow and Lane (Harlow and Lane, 1988, Antibodies : A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y.)によって記載される方法などであってよい。
試料が所定の抗体に結合するタンパク質を含むかどうかを決定するために、種々の形式を用いることができる。当該形式の例は、酵素免疫測定法(EIA)、ラジオイムノアッセイ(RIA)、ウエスタンブロット法及び酵素免疫吸着法(ELISA)を含むが、それらに限定されるものではない。熟練技術者は、腫瘍細胞が本発明のバイオマーカーを発現するかどうかを決定するのに使用するために、公知のタンパク質/抗体検出法を容易に適合させることができる。
1つの形式では、抗体、又は抗体フラグメント若しくは誘導体を、発現タンパク質を検出するために、ウエスタンブロット法又は免疫蛍光法のような方法で使用することができる。当該使用では、固体支持体上で抗体か又はタンパク質を固定することが一般的に好ましい。好適な固相支持体又は担体は、抗原又は抗体を結合することができるいずれの支持体をも含む。周知の支持体又は担体は、ガラス、ポリスチレン、ポリプロピレン、ポリエチレン、デキストラン、ナイロン、アミラーゼ、天然及び修飾セルロース、ポリアクリルアミド、斑糲岩、及び磁鉄鉱を含む。
当業者は、抗体又は抗原を結合するため多くの他の好適なキャリアを知ることができ、そして本発明で使用するために支持体を適合させることができる。例えば、腫瘍細胞から単離されるタンパク質は、ポリアクリルアミドゲル電気泳動にかけて、ニトロセルロースなどの固相支持体に固定化することができる。次いで支持体は好適な緩衝液で洗浄し、続いて検出可能な標識抗体で処理することができる。固相支持体は、次に非結合抗体を除去するために緩衝液で2回洗浄することができる。次に固体支持体上の結合標識量は従来法によって検出することができる。
ELISA分析では、特異的結合対は免疫又は非免疫タイプであってよい。免疫特異的結合対は、抗原抗体系又はハプテン/抗ハプテン系によって例示される。
そこに、フルオレセイン/抗フルオレセイン、ジニトロフェニル/抗ジニトロフェニル、ビオチン/抗ビオチン、ペプチド/抗ペプチドなどを記載することができる。特異的結合対の抗体メンバーは、当業者によく知られる慣用方法によって生産することができる。当該方法は、特異的結合対の抗原メンバーを動物に免疫することを含む。特異的結合対の抗原メンバーが免疫原性でない場合、例えば、ハプテンは、それを免疫原にするために担体タンパク質に共有結合することができる。非免疫性結合対は、2つの成分が互いへの自然親和性を共有するが、A抗体ではない系を含む。典型的な非免疫性対は、ビオチン−ストレプトアビジン、内因子−ビタミンB12、葉酸−葉酸結合タンパク質などである。
種々の方法は、特異的結合対のメンバーにより共有結合で抗体を標識することが可能である。方法は、特異的結合対のメンバーの性質、所望の結合タイプ、及び種々の結合化学に対する抗体の耐容性に基づいて選択される。ビオチンは、市販活性誘導体を用いることによって抗体に共有結合することができる。これらの幾つかは、タンパク質上のアミン基に結合するビオチン−N−ヒドロキシスクシンイミド;カルボジイミドカップリングを経て炭水化物部分、アルデヒド及びカルボキシル基に結合するビオチンヒドラジド;及びスルフヒドリル基に結合するビオチンマレイミド及びヨードアセチルビオチンである。フルオレセインは、フルオレセインイソチオシアネートを用いてタンパク質のアミン基に結合することができる。ジニトロフェニル基は、2,4−ジニトロベンゼンスルファート又は2,4−ジニトロフルオロベンゼンを用いてタンパク質のアミン基に結合することができる。結合のその他標準的方法は、ジアルデヒド、カルボジイミドカップリング、ホモファンクショナル架橋、及びヘテロ二官能性架橋を含む特異的結合対のメンバーにモノクローナル抗体を結合して用いることができる。カルボジイミドカップリングは、1つの物質上のカルボキシル基を別の物質上のアミン基へカップリングする効果的な方法である。カルボジイミドカップリングは、市販の試薬1−エチル−3−(ジメチルアミノプロピル)−カルボジイミド(EDAC)を用いることによって促進される。
二官能性イミドエステル及び二官能性N−ヒドロキシスクシンイミドエステルを含むホモ二官能性架橋剤は市販されており、1つの物質上のアミノ基を別の物質上のアミン基へカップリングするために用いられる。ヘテロ二官能性架橋剤は、異なる官能基を有する試薬である。最も一般的な市販のヘテロ二官能性架橋剤は、1つの官能基としてアミン反応性N−ヒドロキシスクシンイミドエステルを、そして第2の官能基としてスルフヒドリル反応基を有する。最も一般的スルフヒドリル反応基は、マレイミド、ピリジルジスルフィド及び活性ハロゲンである。官能基の1つは、照射により種々の基と反応する光活性アリールニトレンであってよい。
特異的結合対の検出可能標識抗体又は検出可能標識メンバーは、レポーターに連結することによって調製され、それらは放射性同位体、酵素、蛍光発生、化学発光又は電気化学物質であってよい。2つの一般的に使用される放射性同位体は、125I及び3Hである。標準的放射性同位体標識手順には、クロラミンT、ラクトペルオキシダーゼ及び125Iに対するBolton-Hunter法、及び3Hに対する還元的メチル化が含まれる。用語「検出可能標識」は、標識の固有酵素活性により又は別の成分の標識への結合により、容易に検出され、それ自体容易に検出できるように標識された分子を指す。
本発明で使用するための好適な酵素としては、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、アルカリ性ホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼ、グルコースオキシダーゼ、ホタル及びウミシイタケを含むルシフェラーゼ、β−ラクタマーゼ、ウレアーゼ、緑色蛍光蛋白質(GFP)及びリゾチームが含まれるが、これらに限定されない。酵素標識化は、抗体を特異的結合対メンバーとカップリングさせるために、上記のようにジアルデヒド、カルボジイミドカップリング、ホモ二官能性架橋剤及びヘテロ二官能性架橋剤を使用することによって容易に促進される。
選択標識化法は、酵素及び標識される物質で利用できる官能基、並びに結合条件に対する両方の耐容性によって決まる。本発明で使用される標識化法は、Engvall and Pearlmann, Immunochemistry 8, 871 (1971), Avrameas and Ternynck, Immunochemistry 8, 1175 (1975), Ishikawa et al., J. Immunoassay 4(3):209-327 (1983) and Jablonski, Anal. Biochem. 148:199 (1985)によって記載されているものを含む、一般に用いられる従来法のいずれかの1つであってよいが、これらに限定されない。
標識化は、スペーサ又は特異的結合対の他のメンバーを使用するなどの間接的方法によって達成することができる。この例は、非標識ストレプトアビジン及びビオチン化酵素による、逐次的か又は同時に加えられるストレプトアビジン及びビオチン化酵素による、ビオチン化抗体の検出である。このように、本発明によれば、検出に使用される抗体は、レポーターと直接的に又は特異的結合対の第1のメンバーと間接的に検出可能に標識することができる。抗体が特異的結合対の第1のメンバーに結合される場合、次いで特異的結合複合体の抗体第1メンバーを、上記のように標識又は非標識した結合対の第2のメンバーと反応させることによって、検出が達成される。
更に、非標識検出抗体は、非標識抗体を非標識抗体に特異的な標識抗体と反応させることによって検出することができる。本この場合、上記で使用される「検出可能に標識された」は、それによって非標識抗体に特異的な抗体が結合するエピトープを含むことを意味するものとする。当該抗抗体は、上記に議論されるいずれかのアプローチを用いて、直接的又は間接的に標識することができる。例えば、抗抗体は、上記に議論されるストレプトアビジン−ホースラディッシュペルオキシダーゼ系と反応することによって検出されるビオチンに結合することができる。
本発明の1つの実施態様では、ビオチンが使用される。ビオチン化抗体は、順にストレプトアビジン−ホースラディッシュペルオキシダーゼ複合体と反応される。発色検出を行うために、オルトフェニレンジアミン、4−クロロナフトール、テトラメチルベンジジン(TMB)、ABTS、BTS又はASAを使用することができる。
本発明を実施するための1つの免疫測定形式では、従来法を用いて捕捉試薬が支持体の表面に固定化される、順方向サンドイッチ分析が使用される。分析で使用される好適な支持体としては、ポリプロピレン、ポリスチレン、置換ポリスチレン、例えばアミノ化又はカルボキシル化ポリスチレン、ポリアクリルアミド、ポリアミド、ポリ塩化ビニル、ガラスビーズ、アガロース、又はニトロセルロースなどの合成ポリマー支持体が含まれる。
本発明は、また、生体試料中のバイオマーカータンパク質又は核酸の存在を検出するキットを包含する。被験者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に低感受性の腫瘍に罹っているかどうか、発症リスクが増加しているかどうかを決定する場合、当該キットを使用することができる。例えば、本キットは、標識化合物又は生体試料中にタンパク質又は核酸を検出することができる薬剤、及び試料中のタンパク質又はmRNAの量を測定する手段(例えば、タンパク質若しくはそのフラグメントを結合する抗体、又はタンパク質をコード化しているDNA又はmRNAに結合するオリゴヌクレオチドプローブ)を含むことができる。本キットには、キットを使用して得られる結果を解釈するための使用説明書も含まれる。
抗体に基づくキットでは、本キットは、例えば:(1)バイオマーカータンパク質に結合する第1の抗体(例えば、固体支持体に付着している);及び場合により、(2)タンパク質か又は第1の抗体に結合し、そして検出可能な標識に結合している第2の異なる抗体を含むことができる。
オリゴヌクレオチドに基づくキットでは、本キットは、例えば:(1)オリゴヌクレオチド、例えば、バイオマーカータンパク質をコード化している核酸配列にハイブリダイズする、検出可能な標識オリゴヌクレオチド、又は(2)バイオマーカー該核酸分子を増幅するのに有用なプライマー対を含むことができる。本キットは、また、例えば、緩衝剤、保存剤、又はタンパク質安定化剤を含むことができる。本キットは、更に検出可能な標識(例えば、酵素又は基質)を検出するために必要な成分を含むことができる。本キットは、また、対照試料、又は分析できそして試験試料と比較できる一連の対照試料を含むことができる。本キットの各成分は、個々の容器内に封入することができ、そして各種容器のすべては、キットを用いて行なわれた分析結果を解釈するための使用説明書と共に、単一のパッケージ内に入れることもできる。
本発明は、更に、腫瘍細胞感受性及び/又は耐性バイオマーカーの発現レベルを測定する本明細書に記載のいずれかの方法を用いて、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の予想される反応性を診断すること、及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤の治療的有効量を該患者に投与することの工程を含む、患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置療する方法を提供する。本方法では、好ましいIGF−1Rキナーゼ阻害剤の例は、PQIPに類似の特性(例えば、選択性、効力)を有するもの(例えば、薬理学的に許容される塩又はその多形体を含む、OSI−906)であってよい。本方法では、個々の患者に関連するいずれかの更なる状況と併せて、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の予想される反応性の予測から鑑みて、投与する医師によって適切と判断される場合には、1つ又はそれ以上の更なる抗がん剤又は処置法を、IGF−1Rキナーゼ阻害剤と同時に又は逐次的に共投与することができる。
医学分野の当業者には当然のことながら、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の予想される反応性の診断後、IGF−1Rキナーゼ阻害剤の治療的有効量を該患者に投与する正確な方法は、主治医の裁量であってよい。投薬量、他の抗がん剤との併用、投与のタイミング及び回数などを含む投与方法は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の予想される反応性の診断、並びに患者の病態又は病歴によって影響を受ける可能性がある。このように、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対して相対的に非感受性と予測される腫瘍を有すると判断された患者でも、尚当該阻害剤による処置、特に他の抗がん剤、又はIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する腫瘍の感受性を変える可能性のある薬剤との併用、から利益を受ける可能性がある。
本発明は、更に、腫瘍細胞がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に感受性であるかを評価することにより、例えば、腫瘍細胞感受性及び/又は耐性バイオマーカーの発現レベルを測定する本明細書に記載のいずれかの方法により、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の予想される反応性を診断すること、患者をIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に有効な反応性を示す可能性があるものと同定すること、及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤の治療的有効量を該患者に投与することの工程を含む、患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置する方法を提供する。1つの実施態様では、処置のために使用されるIGF−1Rキナーゼ阻害剤はOSI−906を含む。
本発明は、また、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測するための、本明細書に記載された方法のいずれかを使用することによって、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の予想される反応性を診断すること、IGF−1Rキナーゼ阻害剤での処置に対して有効な反応を示す可能性のあるものとして患者を同定すること、及び該患者に治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与することの工程を含む、患者の腫瘍細胞増殖を阻害する方法を提供する。1つの実施態様では、処置に使用されるIGF−1Rキナーゼ阻害剤はOSI−906を含む。
本発明は、また、患者の腫瘍細胞によって発現された耐性バイオマーカーのレベルを評価することにより、IGF−1Rキナーゼ阻害剤への患者の予想される反応性を診断すること、及びもし患者の腫瘍細胞で発現された耐性バイオマーカーのレベルが低く、患者が潜在的にIGF−1Rキナーゼ阻害剤に反応することを暗示する場合、該患者に治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与することの工程を含む、患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置する方法であって、耐性バイオマーカーは、本明細書にリストアップされたもののいずれから選択され(例えば、図15を参照)、且つ、腫瘍細胞によるバイオマーカーの高レベルの発現がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害への低感受性と相関する方法を提供する。1つの実施態様では、処置に使用されるIGF−1Rキナーゼ阻害剤はOSI−906を含む。
本発明は、また、患者の腫瘍細胞によって発現された感受性バイオマーカーのレベルを評価することによりIGF−1Rキナーゼ阻害剤への患者の予想される反応性を診断すること、及びもし患者の腫瘍細胞で発現された感受性バイオマーカーのレベルが高く、患者が潜在的にIGF−1Rキナーゼ阻害剤に反応することが暗示される場合、該患者に治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与することの工程を含む、患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置する方法であって、感受性バイオマーカーは本明細書にリストアップされたもののいずれかから選択され(例えば、図14を参照)、且つ、腫瘍細胞によるバイオマーカーの高レベルの発現はIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害への高感受性と相関する方法を提供する。1つの実施態様では、処置に使用されるIGF−1Rキナーゼ阻害剤はOSI−906を含む。
本発明は、また、患者の腫瘍細胞によって発現された本明細書にリストアップされた耐性バイオマーカー(例えば、図15を参照)のいずれかのレベルを評価することにより、IGF−1Rキナーゼ阻害剤への患者の予想される反応性を診断すること、及びもし患者が潜在的にIGF−1Rキナーゼ阻害剤に反応すると診断された場合(即ち、もし低レベルの耐性バイオマーカーがIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対して高感受性を予測した場合)、該患者に治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与することの工程を含む、患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置する方法であって、腫瘍細胞による高レベルの耐性バイオマーカーの発現がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害への低感受性と相関する方法を手帰郷する。1つの実施態様では、処置に使用されるIGF−1Rキナーゼ阻害剤はOSI−906を含む。別の実施態様において、耐性バイオマーカーは、カルデスモン1(CALD1,GeneID:800);ケルチ様5(kelch-like 5)(ショウジョウバエ)(KLHL5,GeneID:51088);メタロチオネイン1E(機能性)(MT1E,GeneID:4493);β−1,3−N−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ1(グロボシド血液型)(B3GALNT1,GeneID:8706);システインリッチ、血管新生誘導因子、61(CYR61、GeneID:3491);メタロチオネイン1X(MT1X、GeneID:4501);トロポニンTタイプ1(骨格性、遅い)(TNNT1、GeneID:7138);メタロチオネイン1H様タンパク質///仮想タンパク質LOC650610(MT1P2、GeneID:645745);メタロチオネイン1H(MT1H、GeneID:4496);メタロチオネイン1F(機能性)(MT1F、GeneID:4494);メタロチオネイン2A(MT2A、GeneID:4502);メタロチオネイン1M(MT1M、GeneID:4499);MHCクラスIポリペプチド関連の配列B(MICB、GeneID:4277);及びコラーゲン、タイプVI、α1(COL6A1、GeneID:1291)から選択される。上記の方法では、mRNA又はバイオマーカー遺伝子によって発現されたタンパク質が決定され得る。
本発明は、また、患者の腫瘍細胞によって発現された本明細書にリストアップされた感受性バイオマーカー(例えば、図14を参照)のいずれかのレベルを評価することにより、IGF−1Rキナーゼ阻害剤への患者の予想される反応性を診断すること、及びもし患者が潜在的にIGF−1Rキナーゼ阻害剤に反応すると診断された場合(即ち、もし高レベルの感受性バイオマーカーがIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対して高感受性を予測した場合)、該患者に治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与することの工程を含む、患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置する方法であって、腫瘍細胞による高レベルの感受性バイオマーカーの発現がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害への高感受性と相関する方法を提供する。1つの実施態様では、処置に使用されるIGF−1Rキナーゼ阻害剤はOSI−906を含む。別の実施態様において、感受性バイオマーカーは、アルデヒドデヒドロゲナーゼ1ファミリー、メンバーA1(ALDH1A1、GeneID:216);リングフィンガータンパク質128(RNF128、GeneID:79589);マイトジェン活性化タンパク質キナーゼのキナーゼ6(MAP2K6、GeneID:5608);及びキノリン酸ホスホリボシルトランスフェラーゼ(ニコチン酸ヌクレオチドピロホスホリラーゼ(カルボン酸塩化))(QPRT、GeneID:23475)から選ばれる。上記の方法では、mRNA又はバイオマーカー遺伝子によって発現されたタンパク質が決定され得る。
本発明は、さらに、腫瘍細胞感受性及び又は耐性バイオマーカーの発現レベルを決定するための、本明細書に記載された方法のいずれかを使用することによって、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の予想される反応性を診断すること、IGF−1Rキナーゼ阻害剤での処置に対して有効な反応を示す可能性のあるような患者を同定すること、及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤とは異なる他の抗がん治療で該患者を処置することの工程を含む、患者の腫瘍細胞増殖を阻害する方法を提供する。
本発明は、また、本明細書に記載されたIGF−1Rキナーゼ阻害剤での処置方法のいずれに対しても、IGF−1Rキナーゼ阻害剤を患者に投与する工程の前に、IGF−1及び/又はIGF−2(即ち、インスリン様増殖因子1及び/又は2)のレベルを評価することの追加的工程を含む、記載された方法を提供する。IGF−1Rキナーゼ阻害剤は、リガンド(即ち、IGF−1及び/又はIGF−2)結合でのみ活性化されると報告されているので、もし腫瘍内にあるIGF−1Rリガンドが一切存在しないなら、その時は、例え本発明の1つ又はそれ以上の方法がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に感受性である筈であると予測しても、腫瘍細胞は、そのような環境下では、増殖と生存のためのIGF−1Rシグナル伝達経路に頼ることができず、従って、IGF−1Rキナーゼ阻害剤はおそらく有効な処置にはならないであろう。多くの腫瘍は、IGF−1又はIGF−2値の上昇を発現することが見出されており(Pollack, M.N. et al. (2004) Nature Reviews Cancer 4:505-518)、これらのIGF−1又はIGF−2は、腫瘍細胞自体から、腫瘍内に存在する間質細胞から、又は、非腫瘍細胞(例えば、肝細胞)からの脈管系を介して生じることができる。IGF−1及び/又はIGF−2のレベルの評価は、例えば、バイオマーカーレベル評価用の本明細書に記載の方法のいずれか、例えば、IGF−1及び/又はIGF−2のタンパク質レベルのイムノアッセイ測定;IGF−1及び/又はIGF−2mRNA転写物レベルの決定等の、業界で公知の方法のいずれかによっても実施することができる。別の実施態様において、患者の腫瘍の中のIGF−1及び/又はIGF−2(即ち、インシュリン様増殖因子1及び/又は2)のレベルの評価の工程は、患者の血液又は血清中のIGF−1及び/又はIGF−2(即ち、インシュリン様増殖因子1及び/又は2)のレベルの評価の工程で置き換えることができる。この代替法は、腫瘍中のIGF−1及び/又はIGF−2のレベルの直接測定ではないが、腫瘍中のIGF−1Rに対するリガンドの潜在的な利用可能性の指標を与えることができ、そしてより単純で安価な検査である。このIGF−1及び/又はIGF−2の間接的評価の潜在的な欠点は、もしIGF−1及び/又はIGF−2が腫瘍中で、腫瘍細胞自体によって、又は腫瘍中の間質細胞によって、局所的に産出される場合、腫瘍中のリガンドのレベルの真の指標を示さない可能性があることである。
従って、本発明は、腫瘍細胞によって発現された感受性及び/又は耐性バイオマーカーのレベルを評価することによって、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の予想される反応性を診断すること、患者の腫瘍(又は、血液又は血清)中のIGF−1及び/又はIGF−2のレベルを評価すること;及びもし患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に潜在的に反応すると診断された場合、そして腫瘍はIGF−1及び/又はIGF−2を有すると決定された場合(又は血液又は血清レベルが、腫瘍細胞へのIGF−1及び/又はIGF−2の潜在的な利用可能性を示唆する場合)、治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を該患者に投与することの工程を含む、患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置する方法であって、感受性バイオマーカーの高発現レベルはIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害への高感受性と相関し、且つ、耐性バイオマーカーの高発現レベルはIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害への低感受性と相関する方法を提供する。IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する感受性を予測するために1つ以上のバイオマーカーが評価される本方法との関連で、もし少なくとも1つのバイオマーカーが潜在的感受性を示す場合、患者はIGF−1Rキナーゼ阻害剤に潜在的に反応すると診断される。
本発明は、また、腫瘍細胞がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に感受性であるかどうかの耐性及び/又は感受性バイオマーカーのレベルを評価することによって、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の予想される反応性を診断すること;IGF−1のレベル及び(又は)患者の腫瘍中のIGF−1及び/又はIGF−2のレベルを評価すること;及びもし患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に潜在的に反応性があると診断され、そして腫瘍がIGF−1及び/又はIGF−2を有すると決定された場合、治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を該患者に投与することの工程を含む、患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置する方法を提供する。
本発明は、さらに、(a)IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する感受性の範囲を表示する腫瘍細胞のパネルにおける、候補感受性バイオマーカーの発現レベルを測定すること、(b)IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害への、腫瘍細胞中の該候補感受性バイオマーカーの発現レベルと腫瘍細胞増殖の感受性との間の相関を同定することを含む、発現レベルがIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対して腫瘍細胞増殖の感受性を予測する感受性バイオマーカーを同定する方法であって、腫瘍細胞増殖の高感受性を有する感受性バイオマーカーの、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する高レベルの相関は、該感受性バイオマーカーの発現レベルが、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測することを示唆する方法を提供する。この方法の1つの実施態様において、腫瘍細胞のパネルが腫瘍細胞株のパネルである。別の実施形態において、腫瘍細胞パネルは、患者又は実験動物モデル由来の腫瘍サンプルから調製された、一次腫瘍細胞のパネルである。さらなる実施態様では、腫瘍細胞パネルは、マウスの異種移植における腫瘍細胞株のパネルであり、この場合、例えば、増殖の分子マーカー又は腫瘍増殖の肉眼的測定、例えば、腫瘍の直径又は重量を監視することによって、腫瘍細胞増殖を決定することができる。
本発明は、さらに、(a)IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する感受性の範囲を表示する腫瘍細胞のパネルにおける候補耐性バイオマーカーの発現レベルを測定すること、(b)IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害への、腫瘍細胞中の該候補耐性バイオマーカーの発現レベルと腫瘍細胞増殖の感受性との間の相関を同定することを含む、発現レベルがIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対して腫瘍細胞増殖の感受性を予測する耐性バイオマーカーを同定する方法であって、耐性バイオマーカーのIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の低感受性との高レベルの相関は、該耐性バイオマーカーの発現レベルが、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性の欠落を予測することを示唆する方法を提供する。この方法の1つの実施態様において、腫瘍細胞のパネルが腫瘍細胞株のパネルである。別の実施形態において、腫瘍細胞パネルは、患者又は実験動物モデル由来の腫瘍サンプルから調製された、一次腫瘍細胞のパネルである。さらなる実施態様では、腫瘍細胞パネルは、マウスの異種移植における腫瘍細胞株のパネルであり、この場合、例えば、増殖の分子マーカー又は腫瘍増殖の肉眼的測定、例えば、腫瘍の直径又は重量を監視することによって、腫瘍細胞増殖を決定することができる。
本発明は、さらに、(a)新生物病態を有する患者からの腫瘍細胞含有試料中の候補感受性バイオマーカーのレベルを測定すること、及び(b)患者からの試料中の該候補感受性バイオマーカーのレベルと、IGF−1Rキナーゼ阻害剤を用いた新生物病態の処置の有効性との間の相関を確認することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤を用いた新生物病態のより有効な処置用の診断用薬である感受性バイオマーカーを同定する方法であって、IGF−1Rキナーゼ阻害剤を用いた新生物病態のより有効な処置との感受性バイオマーカーの高いレベルの相関は、該感受性バイオマーカーがIGF−1Rキナーゼ阻害剤を用いた新生物病態のより有効な処置用の診断用薬であることを示唆する方法を提供する。
本発明は、さらに、(a)新生物病態を有する患者からの腫瘍細胞含有試料中の候補耐性バイオマーカーのレベルを測定すること、及び(b)患者からの試料中の該候補耐性バイオマーカーのレベルと、IGF−1Rキナーゼ阻害剤を用いた新生物病態の処置の有効性との間の相関を確認することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤を用いた新生物病態の効果の少ない処置用の診断用薬である耐性バイオマーカーを同定する方法であって、IGF−1Rキナーゼ阻害剤を用いた新生物病態の効果の少ない処置での耐性バイオマーカーの高いレベルの相関は、該耐性バイオマーカーがIGF−1Rキナーゼ阻害剤を用いた新生物病態の効果の少ない処置用の診断用薬であることを示唆する方法を提供する。
前項の方法における処置の有効性は、例えば、新生物病態の患者に存在する腫瘍の大きさの減少を測定するか、又は腫瘍細胞の増殖の程度の分子決定因子を測定するかによって決定することができる。
本発明は、(a)新生物病態を有する患者からの腫瘍細胞含有試料中の候補感受性バイオマーカーのレベルを測定すること、及び(b)患者からの試料中の該候補感受性バイオマーカーのレベルと、IGF−1Rキナーゼ阻害剤で処置された時のその患者の生存との間の相関を確認することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤で処置された場合、新生物病態の患者の生存率上昇の診断用薬である感受性バイオマーカーを同定する方法であって、感受性バイオマーカーの該患者における生存との相関は、該感受性バイオマーカーがIGF−1Rキナーゼ阻害剤で処置された場合、該新生物病態を有する患者の生存率上昇の診断用薬であることを示唆する方法を提供する。
本発明は、(a)新生物病態を有する患者からの腫瘍細胞含有試料中の候補耐性バイオマーカーのレベルを測定すること、及び(b)患者からの試料中の該候補耐性バイオマーカーのレベルと、IGF−1Rキナーゼ阻害剤で処置された場合のその患者の生存率との間の相関を確認することを含む、IGF−1Rキナーゼ阻害剤で処置された場合、新生物病態を有する患者の生存率低下用の耐性バイオマーカーを同定する方法であって、耐性バイオマーカーの該患者における生存率との相関は、該耐性バイオマーカーがIGF−1Rキナーゼ阻害剤で処置された場合、該新生物病態を有する患者の生存率を低下する診断用薬であることを示唆する方法を提供する。
本発明は、さらに、治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤、そして更に、1つ又はそれ以上の他の細胞毒性薬、化学療法剤若しくは抗がん剤、又はそのような薬剤の効果を高める化合物を、同時に又は順次に患者に投与することを含む、患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置するための本明細書に記載されたいずれかの方法を提供する。
本発明に関連して、他の細胞毒性薬、化学療法剤若しくは抗がん剤、又はそのような薬剤の効果を高める化合物として、例えば、以下のものが挙げられる:シクロホスファミド(CTX;例えば、CYTOXAN(登録商標)、クロラムブシル(CHL;例えば、LEUKERAN(登録商標))、シスプラチン(CisP;例えば、PLATINOL(登録商標))、ブスルファン(例えば、MYLERAN(登録商標)))、メルファラン、カルムスチン(BCNU)、ストレプトゾトシン、トリエチレンメラミン(TEM)、マイトマイシンC等のアルキル化剤又はアルキル化作用を有する薬剤;メトトレキサート(MTX)、エトポシド(VP16;例えば、VEPESID(登録商標))、6−メルカプトプリン(6MP)、6−チオグアニン(6TG)、シタラビン(Ara−C)、5−フルオロウラシル(5−FU)、カペシタビン(例えば.XELODA(登録商標))、ダカルバジン(DTIC)等の抗代謝剤;アクチノマイシンD、ドキソルビシン(DXR;例えば、ADRIAMYCIN(登録商標))、ダウノルビシン(ダウノマイシン)、ブレオマイシン、ミトラマイシン等の抗生物質;ビンクリスチン(VCR)、ビンブラスチン等の、ビンカアルカロイド等のアルカロイド;及び、パクリタキセル(例えば、TAXOL(登録商標))及びパクリタキセル誘導体等の他の抗腫瘍剤、細胞増殖抑制剤、デキサメタゾン(DEX;例えば、DECADRON(登録商標))等のグルココルチコイド及びプレドニゾン等のコルチコステロイド、ヒドロキシ尿素等のヌクレオシド酵素阻害薬、アスパラギナーゼ、ロイコボリン及び他の葉酸誘導体等のアミノ酸枯渇酵素、並びに同様の多様な抗悪性腫瘍剤。以下の薬剤も、また、さらなる薬剤として使用されてもよい:アミホスチン(例えば、ETHYOL(登録商標))、ダクチノマイシン、メクロレタミン(ナイトロジェンマスタード)、ストレプトゾシン、シクロホスファミド、ロムスチン(CCNU)、ドキソルビシンリポ(例えば、DOXIL(登録商標))、ゲミシタビン(例えば、GEMZAR(登録商標))、ダウノルビシンリポ(例えば、DAUNOXOME(登録商標))、プロカルバジン、マイトマイシン、ドセタキセル(例えば、TAXOTERE(登録商標))、アルデスロイキン、カルボプラチン、オキサリプラチン、クラジリビン、カンプトセシン、CPT11(イリノテカン)、10−ヒドロキシ7−エチル−カンプトセシン(SN38)、フロクスウリジン、フルダラビン、イホスファミド、イダルビシン、メスナ、インターフェロンβ、インターフェロンα、ミトキサントロン、トポテカン、ロイプロリド、メゲストロール、メルファラン、メルカプトプリン、プリカマイシン、ミトタン、ペグアスパラガーゼ、ペントスタチン、ピポプロマン、プリカマイシン、タモキシフェン、テニポシド、テストラクトン、チオグアニン、チオテパ、ウラシルマスタード、ビノレルビン、クロラムブシル。
本発明は、さらに、治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤、そして更に1つ又はそれ以上の抗ホルモン剤を、同時に又は順次に患者に投与することを含む、患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置するための本明細書に記載されたいずれかの方法を提供する。本明細書で使用されるように、用語「抗ホルモン剤」は、腫瘍へのホルモン作用を制御するか又は阻害する作用をする、天然の又は合成の有機又はペプチド性化合物を含む。
抗ホルモン剤は、例えば、以下のものが挙げられる:ステロイド受容体アンタゴニスト、タモキシフェン、ラロキシフェン、アロマターゼ阻害4(5)−イミダゾール、他のアロマターゼ阻害剤、42−ヒドロキシタモキシフェン、トリオキシフェン、ケオキシフェン(keoxifene)、LY 117018、オナプリストン(onapristone)、及びトレミフェン(例えば、FARESTON(登録商標))等の抗エストロゲン;フルタミド、ニルタミド、ビカルタミド、ロイプロリド及びゴセレリン等の抗アンドロゲン;及び、上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸又は誘導体;卵胞刺激ホルモン(FSH)、甲状腺刺激ホルモン(TSH)、並びに黄体形成ホルモン(LH)及びLHRH(黄体形成ホルモン放出ホルモン)等の糖タンパク質ホルモンのアゴニスト及び/又はアンタゴニスト;LHRHアゴニスト酢酸ゴセレリン(ZOLADEX(登録商標)(AstraZeneca)として入手可能);LHRHアンタゴニストD−アラニンアミドN−アセチル−3−(2−ナフタレニル)−D−アラニル−4−クロロ−D−フェニルアラニル−3−(3−ピリジニル)−D−アラニル−L−セリル−N6−(3−ピリジニルカルボニル)−L−リシル−N6−(3−ピリジニルカルボニル)−D−リシル−L−ロイシル−N6−(1−メチルエチル)−L−リシル−L−プロリン(例えば、ANTIDE(登録商標),Ares-Serono)、LHRHアンタゴニストガニレリクスアセタート;ステロイド性抗アンドロゲン酢酸シプロテロン(CPA)及び酢酸メゲストロール((MEGACE(登録商標)(Bristol-Myers Oncology)として入手可能)。非ステロイド性抗アンドロゲンフルタミド(2−メチル−N−[4,20−ニトロ−3−(トリフルオロメチル)フェニルプロパンアミド)(EULEXIN(登録商標)(Schering社)として入手可能);非ステロイド性抗アンドロゲンニルタミド、(5,5−ジメチル−3−[4−ニトロ−3−(トリフルオロメチル−4′−ニトロフェニル)−4,4−ジメチル−イミダゾリジン−ジオン);及びRAR、RXR、TR、VDR等に対するアンタゴニスト等の他の非許容状態の受容体用のアンタゴニスト。
化学療法レジメンでの上記の細胞毒性薬及び他の抗がん剤の使用は、一般的によくがん療法技術で特徴付けられ、本明細書でのそれらの使用は、耐性及び効果をモニターするために、そしていくつかの調節付きの投与経路及び投与用量を制御するために、同じ考えに該当する。例えば、細胞毒性薬の実際の用量は、ヒストカルチャー(histoculture、組織培養を用いた抗がん剤感受性試験)法を用いることによって決定される患者の培養細胞応答次第で変り得る。一般に、他の追加薬剤の非存在下に使用される量と比較して、投与量は減少するであろう。
有効な細胞毒性薬の代表的な投与量は、メーカーによって推奨された範囲内であってよく、インビトロ反応又は動物モデルにおける反応によって示された場合、約一桁の濃度又は量まで、削減することができる。このように、主要な培養悪性細胞若しくはヒストカルチャー組織サンプル、又は適切な動物モデルで観察される応答のインビトロ反応性に基づいて、実際の用量は、医師の判断、患者の病態、及び治療方法の有効性によって決まるであろう。
本発明は、さらに、治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤、そして加えるに、1つ又はそれ以上の血管新生阻害薬を、同時に又は順次に患者に投与することを含む、患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置するための本明細書に記載された方法のいずれかを提供する。
血管新生阻害剤は、例えば:SU−5416及びSU−6668等のVEGFR阻害剤(Sugen Inc. of South San Francisco, Calif., USA)、又は、例えば、WO99/24440、WO99/62890、WO95/21613、WO99/61422、WO98/50356、WO99/10349、WO97/32856、WO97/22596、WO98/54093、WO98/02438、WO99/16755、並びにWO98/02437、並びに米国特許第5,883,113号、同第5,886,020号、同第5,792,783号、同第5,834,504号及び同第6,235,764号に記載されるようなもの;IM862(Cytran Inc. of Kirkland, Wash., USA)のようなVEGF阻害剤;アンジオザイム(angiozyme)、リボザイム(Ribozyme)(Boulder, Colo.)からの合成リボザイム及びカイロン(Chiron)(Emeryville, Calif.);及びベバシズマブ(例えば、AVASTIN(商標), Genentech, South San Francisco, CA)等のVEGFに対する抗体、VEGFに対する組換え型ヒト化抗体;αvβ3、αvβ5及びαvβ6インテグリン等に対するインテグリン受容体アンタゴニスト及びインテグリンアンタゴニスト、並びにそのサブタイプ、例えば、シレンジタイド(EMD121974)、又は、例えば、αvβ3特異的なヒト化抗体(例えば、VITAXIN(登録商標))等の抗インテグリン抗体;IFNアルファ(米国特許第4,153,901号、同第4,503,035号及び同第5,231,176号)等の因子;アンジオスタチン及びプラスミノーゲンフラグメント(例えば、クリングル1−4、クリングル5、クリングル1−3(O'Reilly, M. S. et al. (1994) Cell 79:315-328; Cao et al. (1996) J. Biol. Chem. 271 : 29461-29467; Cao et al. (1997) J. Biol. Chem. 272:22924-22928);エンドスタチン(O'Reilly, M. S. et al. (1997) Cell 88:277; 及びWO97/15666);トロンボスポンジン(TSP-I; Frazier, (1991) Curr. Opin. Cell Biol. 3:792);血小板因子4(PF4);プラスミノーゲン活性化因子/ウロキナーゼ阻害剤;ウロキナーゼ受容体アンタゴニスト;ヘパリナーゼ;TNP−4701等のフマギリンアナログ;スラミン及びスラミンアナログ;アンジオスタティックステロイド;bFGFアンタゴニスト;flk−1及びflt−1アンタゴニスト;MMP−2(マトリックス−メタロプロテアーゼ2)阻害剤及びMMP−9(マトリックス−メタロプロテアーゼ9)阻害剤等の抗脈管形成薬が挙げられる。有用なマトリックスメタロプロテイナーゼ阻害剤の例は、以下の国際特許に記載されている。WO96/33172、WO96/27583、WO98/07697、WO98/03516、WO98/34918、WO98/34915、WO98/33768、WO98/30566、WO90/05719、WO99/52910、WO99/52889、WO99/29667及びWO99/07675、欧州特許第818,442,780,386号、同第1,004,578、606,046号及び同第931,788号;英国特許公開第9912961号、並びに米国特許第5,863,949号及び同第5,861,510号に記載されている。好ましい MMP−2及びMMP−9阻害剤は、殆ど又は全くMMP−1を阻害する活性を有しないものである。より好ましいものは、選択的に他のマトリックス−メタロプロティナーゼ(例えば、MMP−1、MMP−3、MMP−4、MMP−5、MMP−6、MMP−7、MMP−8、MMP−10、MMP−11、MMP−12、及びMMP−13)に対してMMP−2及び/又はMMP−9を阻害するそれらである。
本発明は、さらに、治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤、そしてさらに、1つ又はそれ以上の腫瘍細胞アポトーシス性の薬剤又はアポトーシス刺激剤を、同時に又は順次に患者に投与することを含む、患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置する本明細書に記載の方法のいずれかを提供する。
本発明は、さらに、治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤、そしてさらに、1つ又はそれ以上のシグナル伝達阻害剤を、同時に又は順次に患者に投与することを含む、患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置する本明細書に記載の方法のいずれかを提供する。
シグナル伝達阻害剤としては、例えば:有機分子等のerbB2受容体阻害剤、erbB2受容体に結合する抗体、例えば、トラスツズマブ(例えば、HERCEPTIN(登録商標));他のタンパク質チロシン−キナーゼの阻害剤、例えば、イマチニブ(例えば、GLEEVEC(登録商標));EGFRキナーゼ阻害剤(以下を参照);ラス(ras)阻害薬;raf阻害剤;MEK阻害剤;mTORC1キナーゼ及びmTORC2キナーゼの両方に結合し且つ直接的に阻害するmTOR阻害剤を含むmTOR阻害剤;例えば、Fan, Q-W et al (2006) Cancer Cell9:341-349及びKnight, Z.A. et al. (2006) Cell125:733-747に記載の化合物PI−103等の二重PI3K/mTORキナーゼ阻害剤であるmTOR阻害剤細胞;mTORキナーゼの二重複抑制剤及び1つ又はそれ以上の他のPIKK(又は、PIK関連)キナーゼファミリーメンバーであるmTOR阻害剤が挙げられる。そのようなメンバーとしては、MEC1、TEL1、RAD3、MEI−41、DNA−PK、ATM、ATR、TRRAP、PI3K及びPI4Kキナーゼ;サイクリン依存性キナーゼ阻害剤;プロテインキナーゼC阻害剤;PI−3キナーゼ阻害剤;並びに、PDK−1阻害薬が挙げられる(そのような阻害薬のいくつかの例の記載、及びがんの処置のため臨床試験でのそれらの使用に関してはDancey,J. and Sausville, E.A.(2003) Nature Rev. Drug Discovery2:92-313を参照)。
EGFR阻害剤としては、例えば;[6,7−ビス(2−メトキシエトキシ)−4−キナゾリン−4−イル]−(3−エチニルフェニル)アミン(OSI−774、エルロチニブ、又はTARCEVATM(商標)(エルロチニブHCl);OSIPharmaceuticals/Genentech/Rocheとして知られている)(米国特許第5,747,498号;WO01/34574及びMoyer, J.D. et al. (1997) Cancer res. 57:4838-4848);CI−1033(以前は、PD183805;Pfizerとして知られている)(Sherwood et al.,1999, Proc. Am. Assoc. Cancer Res.40:723); PD−158780(Pfizer);AG−1478(カリフォルニア大学);CGP326(Novartis);PKI−166(Novartis);EKB−569(Wyeth);GW−2016(GW−572016又はラパティニブジトシラート;GSKとしても知られている);ゲフェニチブ(ZD1839又はIRESSATM;Astrazeneca社としても知られている)(Woodburn et al.,1997, Proc. Am. Assoc. Cancer Res.38:633);及び抗体ベースのEGFRキナーゼ阻害剤が挙げられる。本発明によって使用することができる、特に好ましい低分子量EGFRキナーゼ阻害剤は、[6,7−ビス(2−メトキシエトキシ)−4−キナゾリン−4−イル]−(3−エチニルフェニル)アミン(即ち、エルロチニブ)、その塩酸塩(即ち、エルロチニブHCl、TARCEVA(商標))、又は他の塩形態(例えば、エルロチニブメシレート)である。抗体ベースEGFRキナーゼ阻害剤としては、その天然リガンドにより部分的に又は完全にEGFR活性化を阻害することができる、いずれかのアンチ−EGFR抗体又は抗体フラグメントが挙げられる。抗体に基づくEGFRキナーゼ阻害の非限定的な例としては、Modjtahedi, H., et al., 1993, Br. J. Cancer 67:247-253; Teramoto, T., et al., 1996, Cancer 77:639-645; Goldstein et al., 1995, Clin. Cancer Res. 1: 1311-1318; Huang, S. M., et al., 1999, Cancer Res. 15:59(8):1935-40; and Yang, X., et al., 1999, Cancer Res. 59: 1236-1243に記載されているものが挙げられる。このように、EGFRキナーゼ阻害剤は、モノクローナル抗体MAb E7.6.3(Yang, X.D. et al. (1999) Cancer Res. 59:1236-43)、若しくはMAb C225(ATCC Accession No. H B-8508)、又はその結合特異性に結合する抗体若しくは抗体フラグメントであり得る。適切なモノクローナル抗体EGFRキナーゼ阻害剤としては、IMC−C225(また、セツキシマブ又はERBITUXTM(商標);Imclone Systemsとしても知られている)、ABX−EGF(Abgenix)、EMD72000(Merck KgaA, Darmstadt)、RH3(York Medical Bioscience INC.)及びMDX−447(Medarex/Merck KgaA)が挙げられるが、これらに制限されない。
EGFRキナーゼ阻害剤としては、また、EGFRキナーゼ上に活性を持つ、例えば、マルチキナーゼ阻害剤、即ち、EGFRキナーゼ及び1つ又はそれ以上の追加のキナーゼを阻害する阻害剤が挙げられる。そのような化合物の例としては、EGFR及びHER2阻害剤CI−1033(以前はPD183805;Pfeizerとして知られている); EGFR及びHER2阻害剤GW−2016(GW−572016又はラパティニブジトシラート;GSKとしても知られている);EGFR及びJAK 2/3インヒビターAG490(チルホスチン);EGFR及びHER2阻害剤ARRY−334543(Array BioPharma);BIBW−2992、不可逆二重EGFRHER2キナーゼ阻害剤(Boehringer Ingelheim Corp.);EGFR及びHER2阻害剤EKB−569(Wyeth);VEGF−R2及びEGFR阻害剤ZD6474(ZACTIMA(商標);AstraZeneca Pharmaceuticalsとしても知られている)、及びEGFR及びHER2阻害剤BMS−599626(Bristol-Myers Squibb)が挙げられる。
ErbB2受容体阻害剤としては、例えば;GW−282974(Glaxo Wellcome plc)等のErbB2受容体阻害剤、AR−209(Aronex Pharmaceuticals Inc. of The Woodlands, Tex., USA) 及び2B−1(Chiron) 等のモノクローナル抗体;並びにWO98/02434、WO99/35146、WO99/35132、WO98/02437、WO97/13760、及びWO95/19970、並びに米国特許第5,587,458号、同第5,877,305号、同第6,465,449号及び同第6,541,481号に記載されているもの等のERBB2阻害薬が挙げられる。
本発明は、さらに、治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤、そしてさらに、1つ又はそれ以上のアンチ−HER2抗体又はその免疫療法的に活性なフラグメントを、同時に又は順次に患者に投与することを含む、患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置する本明細書に記載の方法のいずれかを提供する。
本発明は、さらに、治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤、そしてさらに、1つ又はそれ以上の抗増殖剤を、同時に又は順次に患者に投与することを含む、患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置する本明細書に記載の方法のいずれかを提供する。
追加の抗増殖剤としては、例えば:米国特許第6,080,769号、同第6,194,438号、同第6,258,824号、同第6,58,6447号、同第6,071,935号、同第6,495,564号、同第6,150,377号、同第6,596,735号及び同第6,479,513号並びにWO01/40217に開示され請求された化合物を含む、酵素ファルネシルプロテイントランスフェラーゼの阻害剤及び受容体チロシンキナーゼPDGFRの阻害剤、並びにFGFRキナーゼ阻害剤が挙げられる。
本発明によって使用することができるPDGFRキナーゼ阻害剤の例としては、イマチニブ(GLEEVEC(登録商標);Novartis);SU−12248(スニチブリンゴ酸(SUTENT(登録商標)Pfizer);ダサチニブ(SPRYCEL(登録商標);BMS;BMS−354825としても知られている);ソラフェニブ (NEXAVAR(登録商標);Bayer;Bay−43−9006としても知られている);AG−13736(Axitinib ; Pfizer);RPR127963(Sanofi-Aventis);CP−868596(Pfizer/OSI Pharmaceuticals);MLN−518(タンヂュチニブ; Millennium Pharmaceuticals);AMG−706(Motesanib;Amgen);ARAVA(登録商標)(レフルノミド;Sanofi-Aventis;SU101としても知られている);及びOSI−930(OSI Pharmaceuticals)が挙げられる。本発明によって使用することができるFGFRキナーゼ阻害剤でもある低分子量PDGFRキナーゼ阻害剤の別の好ましい例としては、XL−999(Exelixis);SU6668(Pfizer);CHIR−258/TKI−258(Chiron);RO4383596(Hoffmann-La Roche)及びbibf−1120(Boehringer Ingelheim)が挙げられる。
本発明によって使用することができるFGFRキナーゼ阻害剤の例としては、RO−4396686(Hoffmann-La Roche);CHIR−258(Chiron;TKI−258としても知られている);PD173074(Pfizer);PD166866(Pfizer);ENK−834及びENK−835(両者ともEnkam Pharmaceuticals A/S);並びに、SU5402(Pfizer)が挙げられる。本発明によって使用することができるPDGFRキナーゼ阻害剤でもある低分子量FGFRキナーゼ阻害の別の好適な例としては、XL−999(Exelixis);SU6668(Pfizer);CHIR−258/TKI−258(Chiron);RO4383596(Hoffmann-La Roche)及びBIBF−1120(Boehringer Ingelheim)が挙げられる。
本発明は、さらに、治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤、そしてさらに、COX−II(シクロオキシゲナーゼII)阻害剤を、同時に又は順次に患者に投与することを含む、患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置する本明細書に記載の方法のいずれかを提供する。有用なCOX−II阻害剤の例としては、アレコキシブ (例えば、CELEBREX(商標))、バルデコキシブ及びロフェコキシブが挙げられる。
本発明は、さらに、治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤、そしてさらに、放射線による処置又は放射性医薬品を、同時に又は順次に患者に施すことを含む、患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置する本明細書に記載の方法のいずれかを提供する。
放射線源は処置を受けている患者に対して、外部的でも又は内部的でもよい。線源が患者の外部である時、治療は、体外照射療法(EBRT)として知られている。放射線源が患者の内部にある時、治療は、密封小線源治療(BT)と呼ばれている。本発明に関連する使用のための放射性原子は、ラジウム、セシウム−137、イリジウム−192、アメリシウム−241、金−198、コバルト−57、銅−67、テクネチウム−99、沃素−123、沃素−131及びインジウム−111を含むが、これらに限定されないグループから選択することができる。本発明に従うIGF−1Rキナーゼ阻害剤が抗体である場合、そのような放射性同位元素で抗体を標識することも可能である。
放射線療法は、切除できない又は手術不能な腫瘍及び/又は腫瘍転移を制御する標準治療である。放射線療法を化学療法と併用した場合、改善結果が見られている。放射線療法は、標的領域に送達された高線量放射線が、腫瘍と正常組織の両方に生殖細胞の死をもたらす原理に基づいている。放射線量レジメンは、一般に放射線吸収線量(Gy)、時間及び照射分割量に関して規定され、腫瘍医によって慎重に規定されなければならない。患者が受ける放射線の量は、様々な配慮に依存するが、2つの最も重要なことは、体内の他の重大な構造又は臓器に対する腫瘍の位置、及び腫瘍の広がりの程度である。放射線療法を受けている患者の一般的な処置の過程は、一週間に5日、約1.8〜2.0Gyの一日当たりの分割量で、患者に投与される10及び80Gyの間の総線量での、1〜6週期間に亘る処置スケジュールであろう。この発明の好ましい例では、ヒトの患者の腫瘍が本発明及び放射線照射の併用処置で処置される場合、相乗効果がある。言い換えれば、本発明の併用を含む薬剤による腫瘍増殖の阻害は、放射線照射、及び場合により追加の化学療法又は抗がん剤を併用する場合、増強される。補助放射線療法のパラメータは、例えば、WO99/60023に含まれている。
本発明は、さらに、治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤、そしてさらに、抗腫瘍免疫応答を増強することができる1つ又はそれ以上の薬剤での処置を、同時に又は順次に患者に施すことを含む、患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置する本明細書に記載の方法のいずれかを提供する。
抗腫瘍免疫応答を増強することができる薬剤としては、例えば:CTLA4(細胞傷害性リンパ球抗原4)抗体(例えば、MDX−CTLA4)、及びCTLA4をブロックすることができる他の薬剤が挙げられる。本発明で使用することができる具体的なCTLA4抗体は、米国特許第6,682、736号に記載のものが挙げられる。
本発明に関連して、薬剤又は処置の「有効量」は、上記に定義した通りである。薬剤又は処置の「治療量以下の量」は、その薬剤又は処置に対する有効量より少ない量であるが、別の薬剤又は治療の有効量又は治療量以下の量と合わせる場合、例えば、得られた有効な作用又は副作用の減少の相乗作用によって、医師によって望まれた結果をもたらすことができる。
本明細書で用いられるように、用語「患者」は、いかなる目的に対してもIGF−1Rキナーゼ阻害剤による治療を必要としているヒトを言い、そしてより好ましくは、がん、又は前がん病態若しくは病変を処置するためにそのような処置を必要としているヒトを言う。しかし、用語「患者」は、また、ヒト以外の動物、好ましくはイヌ、ネコ、馬、牛、豚、ヒツジ及びヒト以外の霊長類等の哺乳類、とりわけIGF−1Rキナーゼ阻害剤による治療を必要としている動物を言うこともある。
好ましい実施態様では、患者は、がん、前がん状態若しくは病変、又は異常な細胞増殖の他の形態を処置する必要のあるヒトである。がんは、好ましくはIGF−1Rキナーゼ阻害剤の投与によって、部分的に又は完全に処置可能ないずれかのがん又は腫瘍である。がん又は腫瘍は、例えば、肺がん、非小細胞肺(NSCL)がん、細気管支胞肺がん、骨がん、膵臓がん、皮膚がん、頭又は首のがん、皮膚又は眼内のメラノーマ、子宮がん、卵巣がん、直腸がん、肛門部のがん、胃がん(stomach cancer)、胃がん(gastric cancer)、結腸がん、大腸がん(CRC)、乳がん、子宮がん、ファロピーオ管のがん、子宮内膜のがん、頚部のがん、膣のがん、外陰がん、ホジキン病、食道がん、小腸がん、内分泌系のがん、甲状腺がん、上皮小体のがん、副腎のがん、軟繊維の肉腫、尿道のがん、陰茎のがん、前立腺がん、膀胱がん、腎臓又は尿管のがん、腎細胞がん、腎盤のがん、中皮腫、肝細胞性のがん、胆汁のがん、慢性又は急性白血病、リンパ球性リンパ腫、中枢神経系(CNS)の新生物、脊柱軸の腫瘍、脳幹部グリオーマ、多形膠芽腫、星状細胞腫、神経鞘腫、上衣種、髄芽種、髄膜腫、扁平上皮細胞がん、下垂体腺種であってよく、且つ、上記のがんのうちのいずれかの難治性バージョン又は上記のがんの1つ又はそれ以上の併発を含んでよい。前がん状態又は病変には、例えば、口腔白板症、日光角化症(日光角化症)、大腸又は直腸の前がんポリープ、腸感受性異形成、腺腫性異形成、遺伝性非ポリープ性大腸がん症候群(HNPCC)、バレット食道、膀胱異形成及び前がん頸部の病態からなるグループが挙げられる。
本明細書で用いられる用語「難治性」は、処置(例えば、化学療法薬、生物兵器、及び/又は放射線療法)が無効であることが証明されたがんを規定するために使用される。難治性がん腫瘍は縮小する可能性があるが、処置が効果的であると決定されるポイントまでの可能性はない。しかし通常は、腫瘍は、処置(安定した症状)前と同じサイズにとどまるか、又は増殖する(進行性疾患)。
本発明の目的に対して、IGF−1Rキナーゼ阻害剤を追加の抗がん剤(両方の成分は以降「2つの活性物質」と言う)と一緒に「共投与」及び「共投与する」とは、併用療法の効果を得るために設計された適切な投与量レジメンの部分として、2つの活性剤が投与される、単独で又は一緒に、2つの活性剤のいかなる投与をも言う。このように、2つの活性剤は、同一医薬組成の部分として又は別の医薬組成において投与することができる。追加の薬剤は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤の投与に先立って、同時に、若しくは続いて、又はそれらのいくつかの組み合わせで投与することができる。IGF−1Rキナーゼ阻害剤が、繰り返された間隔、例えば、処置の標準コースを通じて患者に投与される場合、追加の薬剤は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤の各投与に先だって、同時に 、若しくは続いて、又はそれらのいくつかの組み合わせで、又はIGF−1Rキナーゼ阻害剤処置に関して異なる間隔で、又はIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置過程に先だっての単回投与、処置中のいかなる時間においても、若しくは処置に続いて投与することができる。
IGF−1Rキナーゼ阻害剤は、当業者に知られているように、そして、例えば、WO01/34574の中で開示されているように、患者が処置されつつあるがん(有効性と安全性の視点の両方から)の最も効果的な処置を供する投与量レジメンで投与されるであろう。本発明の処置方法を実施する際に、IGF−1Rキナーゼ阻害剤は、処置されているがんのタイプ、使用されているIGF−1Rキナーゼ抑制剤のタイプ(例えば、小さい分子、抗体、RNAi、リボザイム又はアンチセンス構築物)、及び公表された臨床研究の結果に基づくような処方医師の医学的判断によって、経口、局所用、静脈内、腹腔内、筋肉内、関節内、皮下、鼻腔内、眼内、膣、直腸又は経皮的ルート等による、当業者に公知のいかなる有効な方法によっても投与することができる。
投与されるIGF−1Rキナーゼ阻害剤の量及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤の投与のタイミングは、処置される疾患のタイプ(種、性別、年齢、重量等)及び患者の病態、処置される疾患又は病態の重症度、並びに、投与経路に依存するであろう。例えば、小分子IGF−1Rキナーゼ阻害剤は、単回で若しくは分割用量で、又は連続注入(例えば、WO01/34574を参照)によって、1日当たり又は一週間当たり0.001〜100mg/kg体重の範囲の投与量で患者に投与することができる。特に、Compound66等の化合物、又は類似の化合物は、単回若しくは分割用量、又は連続注入によって、1日当たり5〜200mg、又は1週間当たり100〜1600mgの範囲の投与量で患者に投与することができる。好ましい投与量は150mg/日である。抗体に基づくIGF−1Rキナーゼ阻害剤、若しくはアンチセンス、RNAi若しくはリボザイム構築物は、1日当たり又は1週間当たり0.001〜100mg/kg体重の範囲の投与量で患者に投与することができる。場合によっては、前記範囲の下限未満の投与量レベルが適量を超えるかもしれないし、一方、他の場合には、いかなる有害な副作用も起こずより多い用量が用いられるかもしれないが、但し、そのような多い投与量は、1日中の投与に対していくつかの少量に先ず分割される。
IGF−1Rキナーゼ阻害剤及び他の追加の薬剤は、別々に又は一緒に同一の又は異なる経路によって、そして多様な異なった剤形で投与することができる。例えば、IGF−1Rキナーゼ阻害剤は、好ましくは経口的に又は非経口的に投与される。IGF−1Rキナーゼ阻害剤は、Compound66、又は類似のそのような化合物である場合、経口投与が望ましい。IGF−1Rキナーゼ阻害剤も他の追加薬剤の両方は、単一の又は複数の投与量で投与することができる。
IGF−1Rキナーゼ阻害剤は、錠剤、カプセル、ロゼンジ、トローチ、ハードキャンディ、粉末、スプレー、クリーム、軟膏、坐剤、ゼリー、ゲル、ペースト、ローション、軟膏、エリキシル剤、シロップ等の形態で、各種の医薬上許容できる不活性担体と共に投与することができる。そのような剤形の投与を、単一又は複数の投与量で実施することができる。担体は、固体希釈剤又はフィラー、無菌水系培地及び各種の非毒性有機溶剤などを含む。経口医薬組成物は、好適に甘くしたり及び/又は風味付けしたりすることができる
IGF−1Rキナーゼ阻害剤は、スプレー、クリーム、軟膏、坐剤、ゼリー、ゲル、ペースト、ローション、軟膏等の形で各種の医薬上許容できる不活性担体と組み合わすことができる。そのような剤形の投与は、単一又は複数の投与量で実施することができる。担体は、固体希釈剤又はフィラー、無菌水系培地及び各種の非毒性有機溶剤等を含む
タンパク質のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を含む全ての製剤は、阻害剤の生物学的活性の変性及び/又は低下及び喪失を避けるように選択されるべきである。
IGF−1Rキナーゼ阻害剤を含む医薬組成物の製造方法は、当分野では公知であり、例えば、WO01/34574に記載されている。本発明の教示の観点から、IGF−1Rキナーゼ阻害剤を含む医薬組成物の製造方法は、上記に引用された刊行物及びその他のRemington's Pharmaceutical Sciences, Mack Publishing Company, Easton, Pa. 18th edition (1990) 等の公知の参考文献から明らかであろう。
IGF−1Rキナーゼ阻害剤の経口投与のためには、活性剤の1つ又は両方を含んでいる錠剤が、デンプン(そして、好ましくはトウモロコシ、ポテト又はタピオカデンプン)、アルギン酸及び或る種の複雑なケイ酸塩等の種々の崩壊剤と共に、且つ、ポリビニルピロリドン、ショ糖、ゼラチン及びアカシア等の粒化結合材と共に、例えば、微結晶性セルロース、クエン酸ナトリウム、炭酸カルシウム、リン酸二カルシウム及びグリシン等の種々の賦形剤のいずれかと組み合わされる。さらに、ステアリン酸マグネシウム、ラウリル硫酸ナトリウム及びタルク等の潤滑剤が、しばしば錠剤化の目的に非常に有用である。類似のタイプの固体組成物も、また、ゼラチンカプセル中のフィラーとして用いることができ;これに関連して好ましい材料には、また、ラクトース又は乳糖、並びに高分子量のポリエチレングリコールが挙げられる。水性懸濁剤及び/又はエリキシル剤が経口投与のために望ましい場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤は、種々の甘味剤又は着香剤、着色剤又は色素と組み合わせてよく、そして望ましい場合は、乳化剤及び/又は懸濁剤も、水、エタノール、プロピレングリコール、グリセリン及びそれらの種々の組み合わせと共に、組み合わせることができる。
活性物質の一方又は両方の非経口投与のために、ゴマ油か落花生油のどちらか又は含水プロピレングリコールの溶液を用いてよく、並びに活性物質又はその対応する水溶性塩を含む滅菌水溶液も用いてよい。そのような滅菌水溶液は、好ましくは好適に緩衝され、同様に、例えば充分な生理食塩水又はグルコースで好ましくは等張にされる。これらの特殊な水溶液は、特に静脈内の、筋肉内の、皮下の、及び腹腔内の注入目的に好適である。油性溶液は、関節内、筋肉内及び皮下の注入目的に好適である。これらすべての無菌条件下の溶液の調製は、当業者によく知られた標準的医療技術によって容易に成し遂げられる。阻害剤の変性と生物活性の喪失を避けるために、タンパク質性のインスリン様増殖因子1受容体キナーゼ阻害剤の投与に選択されるいかなる非経口製剤も、選択されるべきである。
さらに、標準的医薬実務に従って、例えば、クリーム、ローション、ゼリー、ゲル、ペースト、軟膏、軟膏等の手段によって、活性薬剤のどちらか又は両方を局所に投与することが可能である。例えば、約0.1%(w/v)〜約5%(w/v)の濃度のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を含む局所用製剤を調製することができる。
獣医学的目的のために、活性薬剤は上記に記載のいかなる形態及びいかなる経路によっても、単独で又は一緒に動物に投与することできる。好ましい実施態様では、IGF−1Rキナーゼ阻害剤は、注射によって又はインプラントとして、カプセル、ボーラス、錠剤、液体水薬の形態で投与される。代替手段として、IGF−1Rキナーゼ阻害剤は、動物飼料と共に投与することができ、この目的で、濃縮飼料添加剤又はプレミックスを、通常の動物飼料用に製造することができる。そのような製剤は、標準的な獣医学実務に従って慣用の方法で調製される。
本明細書で用いられるように、用語「IGF−1Rキナーゼ阻害剤」は現在当業者に公知であるか、又は今後同定されるであろう、いかなるIGF−1Rキナーゼ阻害剤をも言い、患者への投与時に、患者におけるIGF−1受容体の活性化と特異的に関連して、且つ、その1つ又は複数の天然リガンドのIGF−1Rへの結合から生じる、生物学的活性の阻害をもたらす、いかなる化学成分をも含む。そのようなIGF−1Rキナーゼ阻害剤は、IGF−1R活性化及び患者のがんの処置に関係するIGF−1R活性化の下流の生物学的作用を阻害する可能性がある、いかなる薬剤をも含む。そのような阻害剤は、受容体の細胞内領域に直接的に結合し、そしてキナーゼ活性を阻害して作用する可能性がある。或いは、そのような阻害剤は、IGF−1受容体のリガンド結合部又はその部分を占め、それによってその正常生物学的活性を阻止するか又は減少するように、受容体を天然リガンドにアクセスできなくして作用する可能性がある。或いは、そのような阻害剤は、IGF−1Rポリペプチドの二量体化、又は他の蛋白質とのIGF−1Rポリペプチドの相互作用を調整することによって作用する可能性があり、又はIGF−1Rのユビキチン化及び飲食作用分解を高めることができる。IGF−1Rキナーゼ阻害剤は、また、IGF−1Rを活性化するのに利用できるIGF−1の量を減少することによって、例えば、IGF−1Rの受容体への結合をアンタゴナイズすることによって、IGF−1のレベルを下げることによって、又はIGF結合蛋白質(例えば、IGFBP3)等のIGF−1R以外のタンパク質とIGF−1の会合を促進することによって、作用する可能性がある。IGF−1Rとしては、低分子阻害剤、抗体又は抗体フラグメント、アンチセンス構築物、小さい抑制性のRNA(即ち、dsRNA;RNAiによるRNA干渉)、及びリボザイムが挙げられるが、これらに限定されない。好ましい実施態様では、IGF−1Rキナーゼ阻害剤は、ヒトのIGF−1Rに特異的に結合する小有機分子又は抗体である。
IGF−1Rキナーゼ阻害としては、例えば、イミダゾピラジンIGF−1Rキナーゼ阻害剤、キナゾリンIGF−1Rキナーゼ阻害剤、ピリドピリミジンIGF−1Rキナーゼ阻害剤、ピリミド−ピリミジンIGF−1Rキナーゼ阻害剤、ピロロピリミジンIGF−1Rキナーゼ阻害剤、ピラゾロピリミジンIGF−1Rキナーゼ阻害剤、フェニルアミノピリミジンIGF−1Rキナーゼ阻害剤、オキシインドールIGF−1Rキナーゼ阻害剤、インドロカルバゾールIGF−1Rキナーゼ阻害剤、フタラジンIGF−1Rキナーゼ阻害剤、イソフラボンIGF−1Rキナーゼ阻害剤、キナロンIGF−1Rキナーゼ阻害剤、及びチルホスチンIGF−1Rキナーゼ阻害剤、並びに全ての薬学的に許容される塩及びそのようなIGF−1Rキナーゼ阻害剤の溶媒和物が挙げられる。
IGF−1Rキナーゼ阻害の追加の例としては、6,6−二環式環が置換したヘテロ二環のプロテインキナーゼ阻害剤を記述しているWO05/097800、イミダゾピラジンIGF−1Rキナーゼ阻害剤を記述しているWO05/037836、IGF−1R関連疾患を処置するためのピリミジンを記述しているWO03/018021及びWO03/018022、cyclolignans及びIGF−1R抑制剤としてのcyclolignansを記述しているWO02/102804及びWO02/102805、IGF−1Rチロシンキナーゼの阻害に反応する疾病の処置用のピロロピリミジンを記述しているWO02/092599、ピロロピリミジンをチロシンキナーゼ阻害剤として記述しているWO01/72751、キナーゼのピロロトリアジン阻害剤を記述しているWO00/71129、ピロロ[2、3−d]ピリミジン及びチロシンキナーゼ阻害剤としてのそれらの使用を記述しているWO 97/28161、インビトロ及びインビボでのIGF−1R阻害活性を有するチルホスチンを記述しているParrizasら (Endocrinology, 138: 1427-1433(1997)) 、IGF−1R阻害剤としてヘテロアリール−アリール尿素を記述しているWO00/35455、IGF−1Rの修飾物質としてピリミジン誘導体を記述しているWO03/048133、キナーゼタンパク質への阻害作用を有する化学化合物を記述しているWO03/024967、WO03/035614、WO03/035615、WO03/035616及びWO03/035619、過剰増殖の病態を処置する方法と構成を記述しているWO03/068265、プロテインキナーゼ阻害剤としてピロロピリミジンを記述しているWO00/17203、セフェム化合物、その生産及び抗菌性組成物を記述している日本特許第07/133280号、プテリジン研究及び4−位で置換されていないプテリジンを記述しているAlbert, A. et al., Journal of the Chemical Society, 11: 1540-1547 (1970)、(3−4−ジヒドロプテリジンを介してピラジンからのプテリジン(4−位で置換されていない)の合成を記述しているA. Albert et al., Chem. Biol. Pteridines Proc. Int. Symp., 4th, 4: 1-5 (1969) が挙げられる。
本発明において特に有用なIGF−1Rキナーゼ阻害剤としては、米国特許出願第2006/0235031号に記載された式(I)で表される化合物(下記を参照)が挙げられ、この特許出願の中に、それらの製造が詳細に記載されている。PQIP(シス−3−[3−(4−メチル−ピペラジン−1−イル)−シクロブチル]−1−(2−フェニル−キノリン−7−イル)−イミダゾ[1,5−a]ピラジン−8−イルアミン)及びOSI−906(シス−3−[8−アミノ−1−(2−フェニル−キノリン−7−イル)−イミダゾ[1,5−a]ピラジン−3−イル]−1−メチル−シクロブタノール)は、式(I)に従うIGF−1Rキナーゼ阻害剤を表わす。
米国特許出願第2006/0235031号に記載された式(I)のIGF−1Rキナーゼ阻害剤は、以下の式:
又は、薬学的に許容されるその塩で表され;ここで:
X1及びX2は、互いに独立に、N又はC−(E1)aaであり;
X5は、N、C−(E1)aa、又はN−(E1)aaであり;
X3、X4、X6及びX7は、互いに独立に、N又はCであり;
ここで、X3、X4、X5、X6及びX7の少なくとも1つは、独立に、N又はN−(E1)aaであり;
X1及びX2は、互いに独立に、N又はC−(E1)aaであり;
X5は、N、C−(E1)aa、又はN−(E1)aaであり;
X3、X4、X6及びX7は、互いに独立に、N又はCであり;
ここで、X3、X4、X5、X6及びX7の少なくとも1つは、独立に、N又はN−(E1)aaであり;
Q1は:
であり;
X11、X12、X13、X14、X15及びX16は、互いに独立に、N、C−(E11)bb又はN+−O-であり;
ここで、X11、X12、X13、X14、X15及びX16の少なくとも1つは、N又はN+−O-であり;
X11、X12、X13、X14、X15及びX16は、互いに独立に、N、C−(E11)bb又はN+−O-であり;
ここで、X11、X12、X13、X14、X15及びX16の少なくとも1つは、N又はN+−O-であり;
R1は、存在しないか、C0-10アルキル、シクロC3-10アルキル、ビシクロC5-10アルキル、アリール、ヘテロアリール、アラルキル、ヘテロアラルキル、ヘテロシクリル、ヘテロビシクロC5-10アルキル、スピロアルキル又はヘテロスピロアルキルであり、それらはいずれも、場合により、1つ又はそれ以上の独立したG11置換基で置換され;
E1、E11、G1、及びG41は、互いに独立に、ハロ、−CF3、−OCF3、−OR2、−NR2R3(R2a)j1、−C(=O)R2、−CO2R2、−CONR2R3、−NO2、−CN、−S(O)j1R2、−SO2NR2R3、−NR2C(=O)R3、−NR2C(=O)OR3、−NR2C(=O)NR3R2a、−NR2S(O)j1R3、−C(=S)OR2、−C(=O)SR2、−NR2C(=NR3)NR2aR3a、−NR2C(=NR3)OR2a、−NR2C(=NR3)SR2a、−OC(=O)OR2、−OC(=O)NR2R3、−OC(=O)SR2、−SC(=O)OR2、−SC(=O)NR2R3、C0-10アルキル、C2-10アルケニル、C2-10アルキニル、C1-10アルコキシC1-10アルキル、C1-10アルコキシC2-10アルケニル、C1-10アルコキシC2-10アルキニル、C1-10アルキルチオC1-10アルキル、C1-10アルキルチオC2-10アルケニル、C1-10アルキルチオC2-10アルキニル、シクロC3-8アルキル、シクロC3-8アルケニル、シクロC3-8アルキルC1-10アルキル、シクロC3-8アルケニルC1-10アルキル、シクロC3-8アルキルC2-10アルケニル、シクロC3-8アルケニルC2-10アルケニル、シクロC3-8アルキルC2-10アルキニル、シクロC3-8アルケニルC2-10アルキニル、ヘテロシクリル−C0-10アルキル、へテロシクリル−C2-10アルケニル又はヘテロシクリル−C2-10アルキニルであり、これらはいずれも、場合により、1つ又はそれ以上の独立した、ハロ、オキソ、−CF3、−OCF3、−OR222、−NR222R333(R222a)j1a、−C(=O)R222、−CO2R222、−C(=O)NR222R333、−NO2、−CN、−S(=O)j1aR222、−SO2NR222R333、−NR222C(=O)R333、−NR222C(=O)OR333、−NR222C(=O)NR333R222a、−NR222S(O)j1aR333、−C(=S)OR222、−C(=O)SR222、−NR222C(=NR333)NR222aR333a、−NR222C(=NR333)OR222a、−NR222C(=NR333)SR222a、−OC(=O)OR222、−OC(=O)NR222R333、−OC(=O)SR222、−SC(=O)OR222、又は−SC(=O)NR222R333の置換基で置換され;
又は、E1、E11若しくはG1は、場合により、−(W1)n−(Y1)m−R4であり;
又は、E1、E11、G1若しくはG41は、場合により、独立に、アリール−C0-10アルキル、アリール−C2-10アルケニル、アリール−C2-10アルキニル、ヘテロアリール(hetaryl)−C0-10アルキル、ヘテロアリール(hetaryl)−C2-10アルケニル、又はヘテロアリール(hetaryl)−C2-10アルキニルであり、これらはいずれも、場合により、1つ又はそれ以上の独立した、ハロ、−CF3、−OCF3、−OR222、−NR222R333(R222a)j2a、−C(O)R222、−CO2R222、−C(=O)NR222R333、−NO2、−CN、−S(O)j2aR222、−SO2NR222R333、−NR222C(=O)R333、−NR222C(=O)OR333、−NR222C(=O)NR333R222a、−NR222S(O)j2aR333、−C(=S)OR222、−C(=O)SR222、−NR222C(=NR333)NR222aR333a、−NR222C(=NR333)OR222a、−NR222C(=NR333)SR222a、−OC(=O)OR222、−OC(=O)NR222R333、−OC(=O)SR222、−SC(=O)OR222、又は−SC(=O)NR222R333の置換基で置換され;
G11は、ハロ、オキソ、−CF3、−OCF3、−OR21、−NR21R31(R2a1)j4、−C(O)R21、−CO2R21、−C(=O)NR21R31、−NO2、−CN、−S(O)j4R21、−SO2NR21R31、NR21(C=O)R31、NR21C(=O)OR31、NR21C(=O)NR31R2a1、NR21S(O)j4R31、−C(=S)OR21、−C(=O)SR21、−NR21C(=NR31)NR2a1R3a1、−NR21C(=NR31)OR2a1、−NR21C(=NR31)SR2a1、−OC(=O)OR21、−OC(=O)NR21R31、−OC(=O)SR21、−SC(=O)OR21、−SC(=O)NR21R31、−P(O)OR21OR31、C1-10アルキリデン、C0-10アルキル、C2-10アルケニル、C2-10アルキニル、C1-10アルコキシC1-10アルキル、C1-10アルコキシC2-10アルケニル、C1-10アルコキシC2-10アルキニル、C1-10アルキルチオC1-10アルキル、C1-10アルキルチオC2-10アルケニル、C1-10アルキルチオC2-10アルキニル、シクロC3-8アルキル、シクロC3-8アルケニル、シクロC3-8アルキルC1-10アルキル、シクロC3-8アルケニルC1-10アルキル、シクロC3-8アルキルC2-10アルケニル、シクロC3-8アルケニルC2-10アルケニル、シクロC3-8アルキルC2-10アルキニル、シクロC3-8アルケニルC2-10アルキニル、ヘテロシクリル−C0-10アルキル、ヘテロシクリル−C2-10アルケニル又はヘテロシクリル−C2-10アルキニルであり、これらはいずれも、場合により、1つ又はそれ以上の独立した、ハロ、オキソ、−CF3、−OCF3、−OR2221、−NR2221R3331(R222a1)j4a、−C(O)R2221、−CO2R2221、−C(=O)NR2221R3331、−NO2、−CN、−S(O)j4aR2221、−SO2NR2221R3331、−NR2221C(=O)R3331、−NR2221C(=O)OR3331、−NR2221C(=O)NR3331R222a1、−NR2221S(O)j4aR3331、−C(=S)OR2221、−C(=O)SR2221、−NR2221C(=NR3331)NR222a1R333a1、−NR2221C(=NR3331)OR222a1、−NR2221C(=NR3331)SR222a1、−OC(=O)OR2221、−OC(=O)NR2221R3331、−OC(=O)SR2221、−SC(=O)OR2221、−P(O)OR2221OR3331又は−SC(=O)NR2221R3331の置換基で置換され;
又は、G11は、アリール−C0-10アルキル、アリール−C2-10アルケニル、アリール−C2-10アルキニル、ヘテロアリール(hetaryl)−C0-10アルキル、ヘテロアリール(hetaryl)−C2-10アルケニル又はヘテロアリール(hetaryl)−C2-10アルキニルであり、これらはいずれも、場合により、1つ又はそれ以上の独立した、ハロ、−CF3、−OCF3、−OR2221、−NR2221R3331(R222a1)j5a、−C(O)R2221、−CO2R2221、−C(=O)NR2221R3331、−NO2、−CN、−S(O)j5aR2221、−SO2NR2221R3331、−NR2221C(=O)R3331、−NR2221C(=O)OR3331、−NR2221C(=O)NR3331R222a1、−NR2221S(O)j5aR3331、−C(=S)OR2221、−C(=O)SR2221、−NR2221C(=NR3331)NR222a1R333a1、−NR2221C(=NR3331)OR222a1、−NR2221C(=NR3331)SR222a1、−OC(=O)OR2221、−OC(=O)NR2221R3331、−OC(=O)SR2221、−SC(=O)OR2221、−P(O)OR2221OR3331、又は−SC(=O)NR2221R3331の置換基で置換され;
又は、G11は、それが結合する炭素と共に、R5及びG111で置換されたC=C二重結合を形成するCであり;
R2、R2a、R3、R3a、R222、R222a、R333、R333a、R21、R2a1、R31、R3a1、R2221、R222a1、R3331及びR333a1は、互いに独立に、C0-10アルキル、C2-10アルケニル、C2-10アルキニル、C1-10アルコキシC1-10アルキル、C1-10アルコキシC2-10アルケニル、C1-10アルコキシC2-10アルキニル、C1-10アルキルチオC1-10アルキル、C1-10アルキルチオC2-10アルケニル、C1-10アルキルチオC2-10アルキニル、シクロC3-8アルキル、シクロC3-8アルケニル、シクロC3-8アルキルC1-10アルキル、シクロC3-8アルケニルC1-10アルキル、シクロC3-8アルキルC2-10アルケニル、シクロC3-8アルケニルC2-10アルケニル、シクロC3-8アルキルC2-10アルキニル、シクロC3-8アルケニルC2-10アルキニル、ヘテロシクリル−C0-10アルキル、ヘテロシクリル−C2-10アルケニル、ヘテロシクリル−C2-10アルキニル、アリール−C0-10アルキル、アリール−C2-10アルケニル、又はアリール−C2-10アルキニル、ヘテロアリール(hetaryl)−C0-10アルキル、ヘテロアリール(hetaryl)−C2-10アルケニル又はヘテロアリール(hetaryl)−C2-10アルキニルであり、これらはいずれも、場合により、1つ又はそれ以上の独立したG111置換基で置換され;
又は、−NR2R3(R2a)j1、若しくは−NR222R333(R222a)j1a、若しくは−NR222R333(R222a)j2a、若しくは−NR21R31(R2a1)j4、若しくは−NR2221R3331(R222a1)j4a、若しくは−NR2221R3331(R222a1)j5aの場合、R2及びR3、又はR222及びR333、又はR2221及びR3331は、それぞれ、場合により、それらが結合する窒素原子と共に、3〜10員環の飽和又は不飽和環を形成し、ここで、該環は、場合により、1つ又はそれ以上の独立したG111置換基で置換され、そして、ここで、該環は、場合により、1つ又はそれ以上のR2及びR3、又はR222及びR333、又はR2221及びR3331が結合する窒素以外のヘテロ原子を含み;
W1及びY1は、互いに独立に、−O−、−NR7−、−S(O)j7−、−CR5R6−、−N(C(O)OR7)−、−N(C(O)R7)−、−N(SO2R7)−、−CH2O−、−CH2S−、−CH2N(R7)−、−CH(NR7)−、−CH2N(C(O)R7)−、−CH2N(C(O)OR7)−、−CH2N(SO2R7)−、−CH(NHR7)−、−CH(NHC(O)R7)−、−CH(NHSO2R7)−、−CH(NHC(O)OR7)−、−CH(OC(O)R7)−、−CH(OC(O)NHR7)−、−CH=CH−、−C≡C−、−C(=NOR7)−、−C(O)−、−CH(OR7)−、−C(O)N(R7)−、−N(R7)C(O)−、−N(R7)S(O)−、−N(R7)S(O)2−、−OC(O)N(R7)−、−N(R7)C(O)N(R8)−、−NR7C(O)O−、−S(O)N(R7)−、−S(O)2N(R7)−、−N(C(O)R7)S(O)−、−N(
C(O)R7)S(O)2−、−N(R7)S(O)N(R8)−、−N(R7)S(O)2N(R8)−、−C(O)N(R7)C(O)−、−S(O)N(R7)C(O)−、−S(O)2N(R7)C(O)−、−OS(O)N(R7)−、−OS(O)2N(R7)−、−N(R7)S(O)O−、−N(R7)S(O)2O−、−N(R7)S(O)C(O)−、−N(R7)S(O)2C(O)−、−SON(C(O)R7)−、−SO2N(C(O)R7)−、−N(R7)SON(R8)−、−N(R7)SO2N(R8)−、−C(O)O−、−N(R7)P(OR8)O−、−N(R7)P(OR8)−、−N(R7)P(O)(OR8)O−、−N(R7)P(O)(OR8)−、−N(C(O)R7)P(OR8)O−、−N(C(O)R7)P(OR8)−、−N(C(O)R7)P(O)(OR8)O−、−N(C(O)R7)P(OR8)−、−CH(R7)S(O)−、−CH(R7)S(O)2−、−CH(R7)N(C(O)OR8)−、−CH(R7)N(C(O)R8)−、−CH(R7)N(SO2R8)−、−CH(R7)O−、−CH(R7)S−、−CH(R7)N(R8)−、−CH(R7)N(C(O)R8)−、−CH(R7)N(C(O)OR8)−、−CH(R7)N(SO2R8)−、−CH(R7)C(=NOR8)−、−CH(R7)C(O)−、−CH(R7)CH(OR8)−、−CH(R7)C(O)N(R8)−、−CH(R7)N(R8)C(O)−、−CH(R7)N(R8)S(O)−、−CH(R7)N(R8)S(O)2−、−CH(R7)OC(O)N(R8)−、−CH(R7)N(R8)C(O)N(R7a)−、−CH(R7)NR8C(O)O−、−CH(R7)S(O)N(R8)−、−CH(R7)S(O)2N(R8)−、−CH(R7)N(C(O)R8)S(O)−、−CH(R7)N(C(O)R8)S(O)−、−CH(R7)N(R8)S(O)N(R7a)−、−CH(R7)N(R8)S(O)2N(R7a)−、−CH(R7)C(O)N(R8)C(O)−、−CH(R7)S(O)N(R8)C(O)−、−CH(R7)S(O)2N(R8)C(O)−、−CH(R7)OS(O)N(R8)−、−CH(R7)OS(O)2N(R8)−、−CH(R7)N(R8)S(O)O−、−CH(R7)N(R8)S(O)2O−、−CH(R7)N(R8)S(O)C(O)−、−CH(R7)N(R8)S(O)2C(O)−、−CH(R7)SON(C(O)R8)−、−CH(R7)SO2N(C(O)R8)−、−CH(R7)N(R8)SON(R7a)−、−CH(R7)N(R8)SO2N(R7a)−、−CH(R7)C(O)O−、−CH(R7)N(R8)P(OR7a)O−、−CH(R7)N(R8)P(OR7a)−、−CH(R7)N(R8)P(O)(OR7a)O−、−CH(R7)N(R8)P(O)(OR7a)−、−CH(R7)N(C(O)R8)P(OR7a)O−、−CH(R7)N(C(O)R8)P(OR7a)−、−CH(R7)N(C(O)R8)P(O)(OR7a)O−、又は−CH(R7)N(C(O)R8)P(OR7a)−であり;
C(O)R7)S(O)2−、−N(R7)S(O)N(R8)−、−N(R7)S(O)2N(R8)−、−C(O)N(R7)C(O)−、−S(O)N(R7)C(O)−、−S(O)2N(R7)C(O)−、−OS(O)N(R7)−、−OS(O)2N(R7)−、−N(R7)S(O)O−、−N(R7)S(O)2O−、−N(R7)S(O)C(O)−、−N(R7)S(O)2C(O)−、−SON(C(O)R7)−、−SO2N(C(O)R7)−、−N(R7)SON(R8)−、−N(R7)SO2N(R8)−、−C(O)O−、−N(R7)P(OR8)O−、−N(R7)P(OR8)−、−N(R7)P(O)(OR8)O−、−N(R7)P(O)(OR8)−、−N(C(O)R7)P(OR8)O−、−N(C(O)R7)P(OR8)−、−N(C(O)R7)P(O)(OR8)O−、−N(C(O)R7)P(OR8)−、−CH(R7)S(O)−、−CH(R7)S(O)2−、−CH(R7)N(C(O)OR8)−、−CH(R7)N(C(O)R8)−、−CH(R7)N(SO2R8)−、−CH(R7)O−、−CH(R7)S−、−CH(R7)N(R8)−、−CH(R7)N(C(O)R8)−、−CH(R7)N(C(O)OR8)−、−CH(R7)N(SO2R8)−、−CH(R7)C(=NOR8)−、−CH(R7)C(O)−、−CH(R7)CH(OR8)−、−CH(R7)C(O)N(R8)−、−CH(R7)N(R8)C(O)−、−CH(R7)N(R8)S(O)−、−CH(R7)N(R8)S(O)2−、−CH(R7)OC(O)N(R8)−、−CH(R7)N(R8)C(O)N(R7a)−、−CH(R7)NR8C(O)O−、−CH(R7)S(O)N(R8)−、−CH(R7)S(O)2N(R8)−、−CH(R7)N(C(O)R8)S(O)−、−CH(R7)N(C(O)R8)S(O)−、−CH(R7)N(R8)S(O)N(R7a)−、−CH(R7)N(R8)S(O)2N(R7a)−、−CH(R7)C(O)N(R8)C(O)−、−CH(R7)S(O)N(R8)C(O)−、−CH(R7)S(O)2N(R8)C(O)−、−CH(R7)OS(O)N(R8)−、−CH(R7)OS(O)2N(R8)−、−CH(R7)N(R8)S(O)O−、−CH(R7)N(R8)S(O)2O−、−CH(R7)N(R8)S(O)C(O)−、−CH(R7)N(R8)S(O)2C(O)−、−CH(R7)SON(C(O)R8)−、−CH(R7)SO2N(C(O)R8)−、−CH(R7)N(R8)SON(R7a)−、−CH(R7)N(R8)SO2N(R7a)−、−CH(R7)C(O)O−、−CH(R7)N(R8)P(OR7a)O−、−CH(R7)N(R8)P(OR7a)−、−CH(R7)N(R8)P(O)(OR7a)O−、−CH(R7)N(R8)P(O)(OR7a)−、−CH(R7)N(C(O)R8)P(OR7a)O−、−CH(R7)N(C(O)R8)P(OR7a)−、−CH(R7)N(C(O)R8)P(O)(OR7a)O−、又は−CH(R7)N(C(O)R8)P(OR7a)−であり;
R5、R6、G111及びG1111は、互いに独立に、C0-10アルキル、C2-10アルケニル、C2-10アルキニル、C1-10アルコキシC1-10アルキル、C1-10アルコキシC2-10アルケニル、C1-10アルコキシC2-10アルキニル、C1-10アルキルチオC1-10アルキル、C1-10アルキルチオC2-10アルケニル、C1-10アルキルチオC2-10アルキニル、シクロC3-8アルキル、シクロC3-8アルケニル、シクロC3-8アルキルC1-10アルキル、シクロC3-8アルケニルC1-10アルキル、シクロC3-8アルキルC2-10アルケニル、シクロC3-8アルケニルC2-10アルケニル、シクロC3-8アルキルC2-10アルキニル、シクロC3-8アルケニルC2-10アルキニル、ヘテロシクリル−C0-10アルキル、ヘテロシクリル−C2-10アルケニル、ヘテロシクリル−C2-10アルキニル、アリール−C0-10アルキル、アリール−C2-10アルケニル、アリール−C2-10アルキニル、ヘテロアリール(hetaryl)−C0-10アルキル、ヘテロアリール(hetaryl)−C2-10アルケニル、又はヘテロアリール(hetaryl)−C2-10アルキニルであり、これらはいずれも、場合により、1つ又はそれ以上の独立した、ハロ、−CF3、−OCF3、−OR77、−NR77R87、−C(O)R77、−CO2R77、−CONR77R87、−NO2、−CN、−S(O)j5aR77、−SO2NR77R87、−NR77C(=O)R87、−NR77C(=O)OR87、−NR77C(=O)NR78R87、−NR77S(O)j5aR87、−C(=S)OR77、−C(=O)SR77、−NR77C(=NR87)NR78R88、−NR77C(=NR87)OR78、−NR77C(=NR87)SR78、−OC(=O)OR77、−OC(=O)NR77R87、−OC(=O)SR77、−SC(=O)OR77、−P(O)OR77OR87又は−SC(=O)NR77R87の置換基で置換され;
又は、R5及びR6は、それらが結合する炭素原子と共に,3〜10員環の飽和又は不飽和の環を形成し、ここで、該環は、場合により、1つ又はそれ以上の独立したR69置換基で置換され、そして該環は、場合により、1つ又はそれ以上のヘテロ原子を含み;
R7、R7a、及びR8は、互いに独立に、アシル、C0-10アルキル、C2-10アルケニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル又はシクロC3-10アルキルであり、これらはいずれも、場合により、1つ又はそれ以上の独立したG111置換基で置換され;
R4は、C0-10アルキル、C2-10アルケニル、C2-10アルキニル、アリール、ヘテロアリール、シクロC3-10アルキル、ヘテロシクリル、シクロC3-8アルケニル又はヘテロシクロアルケニルであり、これらはいずれも、場合により、1つ又はそれ以上の独立したG41置換基で置換され;
R69は、ハロ、−OR78、−SH、−NR78R88、−CO2R78、−C(=O)NR78R88、−NO2、−CN、−S(O)j8R78、−SO2NR78R88、C0-10アルキル、C2-10アルケニル、C2-10アルキニル、C1-10アルコキシC1-10アルキル、C1-10アルコキシC2-10アルケニル、C1-10アルコキシC2-10アルキニル、C1-10アルキルチオC1-10アルキル、C1-10アルキルチオC2-10アルケニル、C1-10アルキルチオC2-10アルキニル、シクロC3-8アルキル、シクロC3-8アルケニル、シクロC3-8アルキルC1-10アルキル、シクロC3-8アルケニルC1-10アルキル、シクロC3-8アルキルC2-10アルケニル、シクロC3-8アルケニルC2-10アルケニル、シクロC3-8アルキルC2-10アルキニル、シクロC3-8アルケニルC2-10アルキニル、ヘテロシクリル−C0-10アルキル、ヘテロシクリル−C2-10アルケニル又はヘテロシクリル−C2-10アルキニルであり、これらはいずれも、場合により、1つ又はそれ以上の独立した、ハロ、シアノ、ニトロ、−OR778、−SO2NR778R888又は−NR778R888の置換基で置換され;
又は、R69は、アリール−C0-10アルキル、アリール−C2-10アルケニル、アリール−C2-10アルキニル、ヘテロアリール(hetaryl)−C0-10アルキル、ヘテロアリール(hetaryl)−C2-10アルケニル、ヘテロアリール(hetaryl)−C2-10アルキニル、モノ(C1-6アルキル)アミノC1-6アルキル、ジ(C1-6アルキル)アミノC1-6アルキル、モノ(アリール)アミノC1-6アルキル、ジ(アリール)アミノC1-6アルキル、又は−N(C1-6アルキル)−C1-6アルキル−アリールであり、これらはいずれも、場合により、1つ又はそれ以上の独立した、ハロ、シアノ、ニトロ、−OR778、C1-10アルキル、C2-10アルケニル、C2-10アルキニル、ハロC1-10アルキル、ハロC2-10アルケニル、ハロC2-10アルキニル、−COOH、C1-4アルコキシカルボニル、−C(=O)NR778R888、−SO2NR778R888又は−NR778R888の置換基で置換され;
又は、−NR78R88の場合、R78及びR88は、場合により、それらが結合する窒素原子と共に、3〜10員環の飽和又は不飽和の環を形成し、ここで、該環は、場合により、1つ又はそれ以上の独立した、ハロ、シアノ、ヒドロキシ、ニトロ、C1-10アルコキシ、−SO2NR778R888、又は−NR778R888の置換基で置換され、そして該環は、場合により、R78及びR88が結合する窒素以外の1つ又はそれ以上のヘテロ原子を含み;
R77、R78、R87、R88、R778及びR888は、互いに独立に、C0-10アルキル、C2-10アルケニル、C2-10アルキニル、C1-10アルコキシC1-10アルキル、C1-10アルコキシC2-10アルケニル、C1-10アルコキシC2-10アルキニル、C1-10アルキルチオC1-10アルキル、C1-10アルキルチオC2-10アルケニル、C1-10アルキルチオC2-10アルキニル、シクロC3-8アルキル、シクロC3-8アルケニル、シクロC3-8アルキルC1-10アルキル、シクロC3-8アルケニルC1-10アルキル、シクロC3-8アルキルC2-10アルケニル、シクロC3-8アルケニルC2-10アルケニル、シクロC3-8アルキルC2-10アルキニル、シクロC3-8アルケニルC2-10アルキニル、ヘテロシクリル−C0-10アルキル、ヘテロシクリル−C2-10アルケニル、ヘテロシクリル−C2-10アルキニル、C1-10アルキルカルボニル、C2-10アルケニルカルボニル、C2-10アルキニルカルボニル、C1-10アルコキシカルボニル、C1-10アルコキシカルボニルC1-10アルキル、モノC1-6アルキルアミノカルボニル、ジC1-6アルキルアミノカルボニル、モノ(アリール)アミノカルボニル、ジ(アリール)アミノカルボニル、又はC1-10アルキル(アリール)アミノカルボニルであり、これらはいずれも、場合により、1つ又はそれ以上の独立した、ハロ、シアノ、ヒドロキシ、ニトロ、C1-10アルコキシ、−SO2N(C0-4アルキル)(C0-4アルキル)、又は−N(C0-4アルキル)(C0-4アルキル)の置換基で置換され;
又は、R77、R78、R87、R88、R778、及びR888は、互いに独立に、アリール−C0-10アルキル、アリール−C2-10アルケニル、アリール−C2-10アルキニル、ヘテロアリール(hetaryl)−C0-10アルキル、ヘテロアリール(hetaryl)−C2-10アルケニル、ヘテロアリール(hetaryl)−C2-10アルキニル、モノ(C1-6アルキル)アミノC1-6アルキル、ジ(C1-6アルキル)アミノC1-6アルキル、モノ(アリール)アミノC1-6アルキル、ジ(アリール)アミノC1-6アルキル、又は−N(C1-6アルキル)−C1-6アルキル−アリールであり、これらはいずれも、場合により、1つ又はそれ以上の独立した、ハロ、シアノ、ニトロ、−O(C0-4アルキル)、C1-10アルキル、C2-10アルケニル、C2-10アルキニル、ハロC1-10アルキル、ハロC2-10アルケニル、ハロC2-10アルキニル、−COOH、C1-4アルコキシカルボニル、−CON(C0-4アルキル)(C0-10アルキル)、−SO2N(C0-4アルキル)(C0-4アルキル)、又は−N(C0-4アルキル)(C0-4アルキル)の置換基で置換され;
n、m、j1、j1a、j2a、j4、j4a、j5a、j7、及びj8は、互いに独立に、0、1又は2であり;そして、aa及びbbは、互いに独立に、0又は1である。
n、m、j1、j1a、j2a、j4、j4a、j5a、j7、及びj8は、互いに独立に、0、1又は2であり;そして、aa及びbbは、互いに独立に、0又は1である。
本発明に記載のインスリン様増殖因子1受容体キナーゼ阻害剤の、追加の、特定の例として、h7C10(Centre de Recherche Pierre Fabre)、IGF−1アンタゴニスト;
EM−164(ImmunoGen Inc.)、IGF−1Rモジュレーター;CP−751871(フィギツムマブ ; Pfizer Inc.)、IGF−1アンタゴニスト;ランレオチド(Ipsen)、IGF−1アンタゴニスト;IGF−1Rオリゴヌクレオチド(Lynx Therapeutics Inc.);IGF−1オリゴヌクレオチド(米国国立がん研究所);ノバルティスで開発中のIGF−1Rプロテインーチロシンキナーゼ阻害剤(例えば、NVP-AEW541,Garcia-Echeverria,C. et al. (2004), Cancer Cell 5:231-239; 又は NVP-ADW742, Mitsiades, C.S. et al. (2004), Cancer Cell 5:221-230);IGF−1Rプロテインーチロシンキナーゼ阻害剤(Ontogen Corp);OSI−906(OSI Pharmaceuticals);AG−1024(Camirand, A. et al.(2005),Breast Cancer Research 7:R570-R579 (DOI 10.1186/bcr1028); Camirand, A. and Pollak, M. (2004), Brit. J. Cancer 90:1825-1829; Pfizer Inc.)、IGF−1アンタゴニスト;チルホスチンAG−538及びI−OME−AG 538;BMS−536924、IGF−1Rの小分子阻害剤;PNU−145156E(Pharmacia & Upjohn SpA)、IGF−1アンタゴニスト;BMS536924、二重のIGF−1R及びIRキナーゼ阻害剤(Bristol-Myers Squibb);AEW541(Novartis);GSK621659A(Glaxo Smith-Kline);INSM−18(Insmed);及びXL−228(Exelixis)が挙げられる。
EM−164(ImmunoGen Inc.)、IGF−1Rモジュレーター;CP−751871(フィギツムマブ ; Pfizer Inc.)、IGF−1アンタゴニスト;ランレオチド(Ipsen)、IGF−1アンタゴニスト;IGF−1Rオリゴヌクレオチド(Lynx Therapeutics Inc.);IGF−1オリゴヌクレオチド(米国国立がん研究所);ノバルティスで開発中のIGF−1Rプロテインーチロシンキナーゼ阻害剤(例えば、NVP-AEW541,Garcia-Echeverria,C. et al. (2004), Cancer Cell 5:231-239; 又は NVP-ADW742, Mitsiades, C.S. et al. (2004), Cancer Cell 5:221-230);IGF−1Rプロテインーチロシンキナーゼ阻害剤(Ontogen Corp);OSI−906(OSI Pharmaceuticals);AG−1024(Camirand, A. et al.(2005),Breast Cancer Research 7:R570-R579 (DOI 10.1186/bcr1028); Camirand, A. and Pollak, M. (2004), Brit. J. Cancer 90:1825-1829; Pfizer Inc.)、IGF−1アンタゴニスト;チルホスチンAG−538及びI−OME−AG 538;BMS−536924、IGF−1Rの小分子阻害剤;PNU−145156E(Pharmacia & Upjohn SpA)、IGF−1アンタゴニスト;BMS536924、二重のIGF−1R及びIRキナーゼ阻害剤(Bristol-Myers Squibb);AEW541(Novartis);GSK621659A(Glaxo Smith-Kline);INSM−18(Insmed);及びXL−228(Exelixis)が挙げられる。
抗体系のIGF−1Rキナーゼ阻害剤は、部分的に、あるいは完全に、その天然リガンドによりIGF−1R活性化を阻害する可能性があるいかなる抗IGF−1R抗体又は抗体フラグメントをも含む。抗体系のIGF−1Rキナーゼ阻害剤は、また、部分的に、あるいは完全に、IGF−1R活性化を阻害する可能性があるいかなる抗IGF−1 抗体又は抗体フラグメントをも含む。抗体系のIGF−1Rキナーゼ阻害剤の非制限的な例としては、Larsson, O. et al (2005), Brit. J. Cancer 92:2097-2101 and Ibrahim, Y.H.
and Yee, D. (2005), Clin. Cancer Res. 11:944s-950sに記載の、又はImclone (例えば、A12) 又は Schering-Plough Research Institute (例えば、19D12) によって開発中の; 又は米国特許出願第2005/0136063(A1)号 及び米国特許出願第2004/0018191(A1)号に記載のものが挙げられる。IGF−1Rキナーゼ阻害剤は、その結合特異性を有しているモノクローナル抗体、又は抗体若しくは抗体フラグメントであり得る。
and Yee, D. (2005), Clin. Cancer Res. 11:944s-950sに記載の、又はImclone (例えば、A12) 又は Schering-Plough Research Institute (例えば、19D12) によって開発中の; 又は米国特許出願第2005/0136063(A1)号 及び米国特許出願第2004/0018191(A1)号に記載のものが挙げられる。IGF−1Rキナーゼ阻害剤は、その結合特異性を有しているモノクローナル抗体、又は抗体若しくは抗体フラグメントであり得る。
とりわけ、例えば、豚、牛、馬、ウサギ、ヤギ、ヒツジ及びマウスから選択される宿主動物に適切な抗原又はエピトープを投与することによる公知の方法によって、追加の抗体系のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を挙げることができる。抗体の産生を増大させるために、当該分野で公知である種々のアジュバントを使用することができる。
本発明を実施するのに有用な抗体は、ポリクローナルであり得るが、モノクローナル抗体が好ましい。IGF−1Rに対するモノクローナル抗体は、培養における継代細胞株によって抗体分子の産生を提供するいかなる技術を使用しても、製造し、分離することができる。産生及び単離のための技術は、もともとKohler and Milstein (Nature, 1975, 256: 495-497)によって記載されたハイブリドーマ法;ヒトB細胞ハイブリドーマ法(Kosbor et al., 1983, Immunology Today 4:72; Cote et al., 1983, Proc. Nati. Acad. Sci. USA 80: 2026-2030); 及びEBVハイブリドーマ法(Cole et al, 1985, Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy, Alan R. Liss, Inc., pp. 77-96)を含むが、それらに限定されない。
あるいは、単鎖抗体の産生(米国特許第4946778号を参照) について記載した技術は、抗IGF−1R単鎖抗体を生産するために適合させることができる。また、本発明を実施するのに有用な抗体系のIGF−1Rキナーゼ阻害剤は、限定されることはないが、インタクト抗体分子のペプシン処理によって生成することができるF(ab’).sub.2フラグメントを含む抗IGF−1R抗体フラグメント、及びF(ab’).sub.2フラグメントのジスルフィド架橋を還元することによって生成することができるFabフラグメントも含む。あるいは、IGF−1Rに対して所望の特異性を有しているフラグメントの迅速な同定を可能にするために、Fab及び/又はscFv発現ライブラリーを構築することができる(例えば、Huse et al., 1989, Science 246: 1275-1281を参照)。
モノクローナル抗体及び抗体フラグメントの産生及び分離のための技術は当業者には公知であり、Harlow and Lane, 1988, Antibodies;A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, and in J. W. Goding, 1986, Monoclonal Antibodies: Principles and Practice, Academic Press, Londonに記載されている。Vaughn, T. J. et al., 1998, Nature Biotech. 16:535-539に記載の技術及びその中に引用された文献のような周知の技術によって、ヒト化抗IGF−1R抗体及び抗体フラグメントも製造することができ、そのような抗体又はそのフラグメントも、本発明を実施することにおいて有用である。
本発明に使用するためのIGF−1Rキナーゼ阻害剤は、もう1つの方法としてアンチセンスオリゴヌクレオチド構築物に基づくことができる。アンチセンスRNA分子及びアンチセンスDNAの分子を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドは、それに結合することによって、そして蛋白質翻訳を阻害するか又はmRNA分解を高め、従って細胞中のIGF−1Rキナーゼタンパクのレベル、従って活性、を下げることによって、IGF−1RmRNAの翻訳を直接的にブロックするように作用するであろう。例えば、IGF−1Rを符号化するmRNA転写物配列のユニークな領域への少なくとも約15の塩基及び相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチドは、従来のホスホジエステル技術によって合成することができ、そして、例えば、静脈注射又は静脈注入によって投与される。その配列が知られている遺伝子の遺伝子発現を具体的に阻害するアンチセンス技術を使用する方法は、当業者には公知である(例えば、米国特許第6,566号,同第135;6,566,131号;同第6,365,354号;同第6,410,323号;同第6,107,091号;同第6,046,321号;及び同第5,981,732号を参照)。
小さな抑制性のRNA(低分子干渉RNA)は、また、本発明の使用に対するIGF−1Rキナーゼ阻害剤として機能することができる。IGF−1R遺伝子発現は、腫瘍、対象者又は細胞を、小さな二本鎖のRNA(二本鎖RNA)、又はIGF−1Rの発現が具体的に阻害されるような小さな二本鎖のRNAの産出を引き起こしているベクター又は構築物と接触させることによって減少させることができる(即ち、RNA干渉又はRNAi)。適切な二本鎖RNA又は二本鎖RNAコードベクトルを選択する方法は、その配列が知られている遺伝子は当業者には公知である。(例えば、Tuschi, T., et al. (1999), Genes Dev. 13(24):3191-3197; Elbashir, S.M. et al. (2001), Nature 411:494-498; Hannon, G.J. (2002), Nature 418:244-251; McManus, M.T. and Sharp, P. A. (2002), Nature Reviews Genetics 3:737-747; Bremmelkamp, T.R. et al. (2002), Science 296:550-553; 米国特許第6,573,099号及び同第6,506,559号;及び国際特許公開第01/36646号、同第99/32619号、及び同第01/68836号を参照)。
リボザイムは、また、本発明に使用するためのIGF−1Rキナーゼ阻害剤として機能することができる。リボザイムは、RNAの特定の切断を触媒することができる酵素的RNA分子である。リボザイム作用のメカニズムには、エンドヌクレオ分解的切断を伴う、リボザイム分子の相補的標的RNAへの配列特異的ハイブリダイゼーションが含まれる。特異的に、且つ、効果的にIGF−1RmRNA配列のエンドヌクレオ分解的切断を触媒する、人工的ヘアピン型又はハンマーヘッド型のモチーフリボザイム分子は、それによって本発明の範囲内で有用である。いかなる潜在的RNA標的の中の特異的リボザイム切断部位も、最初にリボザイム切断部位に対する標的分子をスキャンすることによって同定され、それは通常、以下の配列、GUA、GUU及びGUCを含む。一旦同定されると、切断部位を含んでいる標的遺伝子の領域に対応する約15の及び20のリボヌクレオチドの間の短いRNA配列に対して、オリゴヌクレオチド配列を不適当にする可能性のある二次構造のような予測構造的特徴を評価することができる。候補標的の適性は、また、例えば、リボヌクレアーゼ保護アッセイを使って、相補的オリゴヌクレオチドとのハイブリダイゼーションへのアクセスのしやすさをテストすることによって評価することができる。
IGF−1Rキナーゼ阻害剤として有用なアンチセンスオリゴヌクレオチドとリボザイムの両者は、公知の方法によって作成することができる。これらには、例えば、固相ホスホラミダイト化学合成のような化学合成技術が含まれる。あるいは、アンチセンスRNA分子は、RNA分子をコードするDNAの配列のインビボ又はインビトロでの転写によって生成することができる。そのようなDNA配列は、T7又はSP6ポリメラーゼプロモーターのような好適なRNAポリメラーゼのプロモーターを取り込む多種多様のベクターに取り込むことができる。本発明のオリゴヌクレオチドへの様々な変更は、細胞内安定性及び半減期を増加させる手段として導入することができる。可能な修飾は、これらに限定されないが、分子の5′及び/又は3′末端へのリボヌクレオチド若しくはデオキシリボヌクレオチドのフランキング配列の付加、又はオリゴヌクレオチドバックボーン中にホスホジエステラーゼ結合よりむしろ、ホスホロチオエート又は2′−O−メチルの使用を含む。
本発明の治療方法の関連で、IGF−1Rキナーゼ阻害剤は、薬学的に許容される担体及び非毒性の治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤化合物(それらの薬学的に許容される塩も含む)から成る組成物として使用される。
用語「薬学的に許容される塩」は、薬学的に許容される非毒性の塩基又は酸から製造される塩を言う。本発明の化合物が酸性である場合、その対応する塩は、無機塩基及び有機塩基を含む薬学的に許容される非毒性の塩基から便利に製造することができる。そのような無機塩基由来の塩には、アルミニウム、アンモニウム、カルシウム、銅(第二銅及び第一銅)、第二鉄、第一鉄、リチウム、マグネシウム、マンガン(第二マンガン及び第一マンガン)、カリウム、ナトリウム、亜鉛等の塩が含まれる。特に、アンモニウム、カルシウム、マグネシウム、カリウム及びナトリウム塩が好ましい。薬学的に許容される有機非毒性塩基由来の塩には、第一級、第二級及び第三級アミン、並びに天然に存在する及び合成された置換アミン等の環状アミン及び置換アミンの塩が含まれる。塩を形成することができる他の薬学的に許容される有機非毒性塩基には、例えば、アルギニン、ベタイン、カフェイン、コリン、N′,N′−ジベンジルエチレンジアミン、ジエチルアミン、2−ジエチルアミノエタノール、2−ジメチルアミノエタノール、エタノールアミン、エチレンジアミン、N−エチルモルホリン、N−エチルピペリジン、グルカミン、グルコサミン、ヒスチジン、ヒドラバミン、イソプロピルアミン、リジン、メチルグルカミン、モルホリン、ピペラジン、ピペリジン、ポリアミン樹脂、プロカイン、プリン、テオブロミン、トリエチルアミン、トリメチルアミン、トリプロピルアミン、トロメタミン等のイオン交換樹脂が含まれる。
本発明で使用される化合物が塩基性である場合、その対応する塩は、無機及び有機酸を含む薬学的に許容される非毒性の酸から便利に製造することができる。そのような酸には、例えば、酢酸、ベンゼンスルホン酸、安息香性、カンファースルホン酸、クエン酸、エタノールスルホン酸、フマル酸、グルコン酸、グルタミン酸、臭化水素酸、塩酸、イセチオン酸、乳酸、マレイン酸、リンゴ酸、マンデリン酸、メタンスルホン酸、粘液酸、硝酸、パモン酸、パントテン酸、燐酸、コハク酸、硫酸、酒石酸、p−トルエンスルホン酸等が含まれる。特に好ましいものは、クエン酸、臭化水素酸、塩酸、マレイン酸、燐酸、硫酸及び酒石酸である。
活性成分としてIGF−1Rキナーゼ阻害剤化合物(それらの薬学的に許容される塩も含む)を含んでいる本発明で使用される医薬組成物は、薬学的に許容される担体、及び場合により他の治療成分又はアジュバントを含むことができる。他の治療剤は、それらの細胞毒性剤、化学療法剤若しくは抗がん剤、又は上記に掲げたような薬剤の効果を高める薬剤を含んでもよい。どんな所定の症例においても最適のルートは、特定のホスト、並びに活性成分が投与される病態の性質及び重篤度によって異なるであろうけれども、組成物は経口、直腸、局所及び非経口(皮下、筋肉内及び静脈内を含む)投与に好適な組成物を含む。医薬組成物は、単位用量形態で便利に提供され、医薬業界で周知の如何なる方法によって製造してもよい。
実際には、この発明のIGF−1Rキナーゼ阻害剤化合物(それらの薬学的に許容される塩も含む)が、活性成分として、従来の医薬配合技術に記載の医薬担体と緊密な混合物で組み合わせることができる。担体は、投与、例えば、経口投与又は非経口投与(静脈内を含む)に望ましい製剤形態によって、多種多様の形態をとってもよい。このように、本発明の医薬組成物は、それぞれが所定量の活性成分を含んでいるカプセル、カシェ又は錠剤等の経口投与に適している個々の単位として提示することができる。さらに、組成物は、粉末として、顆粒として、溶液として、水性液体における懸濁液として、非水性液体として、水中油型エマルションとして、又は油中水型液体エマルションとして、 提示することができる。上に述べられた一般的な剤形に加えて、IGF−1Rキナーゼ阻害剤化合物(それらの各成分の薬学的に許容される塩も含む)は、また、制御放出手段及び/又は送達手段によって投与されることもある。組み合わせられた組成物は、いかなる薬学の方法によって製造してもよい。一般に、そのような方法としては、有効成分を1つ又はそれ以上の必要な成分を構成する担体と関連させる工程を含む。一般に、組成物は、活性成分を、液体担体若しくは微細に分割された固体担体又はその両者と、均一に且つ密接に混ぜることによって調製される。生成物は、次に、所望の体裁に便利に成形することができる。
本発明で使用されるIGF−1Rキナーゼ阻害剤化合物(それらの薬学的に許容される塩も含む)は、また、1つ又は以上のその他の治療的活性化合物と組み合わせて医薬組成物に含むことができる。その他の治療的活性化合物には、それらの細胞毒性剤、化学療法剤若しくは抗がん剤、又は上記に掲げるような薬剤の効果を高める薬剤を含んでもよい。
このように、本発明の1つの実施形態において、医薬組成物は、抗がん剤と組み合わせられたIGF−1Rキナーゼ阻害剤化合物を含むことができ、ここで、該抗がん剤は、アルキル化剤、代謝拮抗剤、微小管阻害剤、ポドフィロトキシン、抗生物質、ニトロソウレア、ホルモン療法、キナーゼ阻害剤、腫瘍細胞アポトーシスの活性化因子及び血管新生阻害剤から成る群から選択されるメンバーである。
使用される医薬担体は、例えば、固体、液体又は気体であってよい。固体担体の例には、乳糖、白土、ショ糖、タルク、ゼラチン、寒天、ペクチン、アカシア、ステアリン酸マグネシウム及びステアリン酸が挙げられる。液体担体の例には、糖シロップ、落花生油、オリーブ油及び水が挙げられる。気体状担体の例には、二酸化炭素及び窒素が挙げられる。
経口的投与形態のための組成物を製造においては、いかなる便利な医薬媒体が使われてもよい。例えば、懸濁液、エリキシル剤及び溶液等の経口液体調剤を形成するために、水、グリコール、油、アルコール、着香剤、保存剤、着色剤等を使用することができ;一方、澱粉、糖、微結晶セルロース、希釈剤、顆粒化剤、潤滑剤、結合剤、崩壊剤等が、粉末、カプセル及び錠剤等の経口固体製剤を形成するために使用されてもよい。容易な投与のために、錠剤及びカプセルはそれによって固体製剤担体が使用される好ましい経口投与ユニットである。場合により、錠剤は、標準的な水性又は非水性技術によってコーティングされてもよい。
本発明に使用される組成物を含有している錠剤は、圧縮又は成形、場合により1つ又はそれ以上の補助成分又はアジュバントと共に、製造されてもよい。圧縮錠剤は、適切な機械で、活性成分を粉末又は顆粒のような自由流体の形態に圧縮して、場合によりバインダー、潤滑剤、不活性な希釈剤、界面活性剤又は分散剤と混合して製造してもよい。成形錠剤は、適切な機械で、不活性な液体希釈剤で湿らせた粉末化合物の混合物を成形することによって作成することができる。各錠剤は、好ましくは約0.05mg〜5gの活性成分及び各カシェを含有し、又はカプセルは、好ましくは約0.05mg〜5gの活性成分を含有する。
例えば、ヒトへの経口投与用に意図された処方は、全組成物の約5〜約95%で変化し得る適切な且つ便利な量の担体物質と配合された、約0.5mg〜5gの活性剤を含有してもよい。単位剤形は、一般的には約1mg〜2g、典型的には25mg、50mg、100mg、200mg、300mg、400mg、500mg、600mg、800mg又は1000mgの活性成分を含むことができる。
非経口投与に好適な本発明で使用される医薬組成物は、活性化合物の水溶液又は水懸濁液として製造し得る。例えば、ヒドロキシプロピルセルロース等のような好適な界面活性剤を含むことができる。分散液は、また、グリセロール、液体ポリエチレングリコール、及びオイル中でのそれらの混合物中で製造することもできる。さらに、微生物の有害な増殖を防ぐために、保存剤を含むことができる。
注射可能な使用に好適な本発明で使用される医薬組成物は、無菌の水溶液又は水性分散液を含む。さらに、組成物は、そのような無菌の注射可能な溶液又は分散液の即時調製用の無菌粉末の形態であってもよい。全ての場合、最終的な注射可能な形態は、無菌でなければならないし、注射容易性のために効果的な液体でなければならない。医薬組成物は、製造及び保管の条件で安定でなければならない;従って、好ましくは、細菌や真菌等の微生物の汚染作用に対して保護されなければならない。担体は、例えば、水、エタノール、ポリオール(例えば、グリセロール、プロピレングリコール及び液体ポリエチレングリコール)、植物油及びそれらの好適な混合物を含む溶媒又は分散媒体であってよい。
本発明の医薬組成物は、例えば、エアロゾル、クリーム、軟膏、ローション、散布剤等の局所用使用のために好適な形態であってよい。さらに、組成物は、経皮装置の使用のために好適な形態であってよい。これらの製剤は、従来の処理法を用いて、IGF−1Rキナーゼ阻害剤化合物(それらの薬学的に許容される塩を含む)を利用して製造し得る。一例として、クリーム又は軟膏は、親水性材料及び水を約5質量%〜約10質量%の化合物と共に混合することにより調製されて、所望の稠度を有するクリーム又は軟膏を製造する。
本発明のための医薬組成物は、担体が固体である直腸投与に好適な形態であってもよい。混合物は、単位用量坐薬を形成することが望ましい。好適な担体は、当業者に一般的に使用されるココアバター及び他の材料を含む。坐薬は、初めに組成物を柔らかくした又は熔かした1つ又は複数の担体と混合し、続いて型枠中で冷却して成形することによって便利に形成され得る。
前記担体成分に加えて、上記の医薬製剤は、必要に応じて、希釈剤、緩衝剤、着香剤、結合剤、界面活性剤、増粘剤、潤滑剤、保存剤(抗酸化剤を含む)等の1つ又はそれ以上の追加の担体成分を含んでもよい。更に、製剤を意図したレシピエントの血液と等張にするために、他のアジュバントを含むことができる。IGF−1Rキナーゼ阻害剤化合物(それらの薬学的に許容される塩を含む)を含む組成物は、また、粉末又は濃縮液体の形態で製造することもできる。
本発明を実施するために使用される化合物の用量レベルは、おおよそ本明細書に記載される通りの、又はこれらの化合物の技術に記載される通りのレベルである。しかしながら、当然のことながら、いずれの特定の患者に対する具体的な用量レベルも、治療を受けている特定の疾病の、年齢、体重、健康状態、性別、食事、投与の時間、投与経路、排泄速度、薬物併用及び重篤度を含む種々のファクターに依存するであろう。
例えば、本発明に関する技術領域で利用可能な優れたマニュアル及びテキストの内容に記載されているような (例えば、Using Antibodies, A Laboratory Manual, edited by Harlow, E. and Lane, D., 1999, Cold Spring Harbor Laboratory Press, (e.g. ISBN 0-87969-544-7); Roe B.A. et. al.1996, DNA Isolation and Sequencing (Essential Techniques Series), John Wiley & Sons. (e.g. ISBN 0-471-97324-0); Methods in Enzymology: Chimeric Genes and Proteins", 2000, ed. J.Abelson, M.Simon, S.Emr, J.Thorner. Academic Press; Molecular Cloning: a Laboratory Manual, 2001, 3rd Edition, by Joseph Sambrook andPeter MacCallum, (the former Maniatis Cloning manual) (e.g. ISBN0-87969-577-3); Current Protocols in Molecular Biology, Ed. Fred M. Ausubel, et. al. John Wiley & Sons (e.g. ISBN 0-471-50338-X); Current Protocols in Protein Science, Ed. John E. Coligan, John Wiley & Sons (e.g. ISBN 0-471-11184-8); and Methods in Enzymology: Guide to protein Purification, 1990, Vol. 182, Ed. Deutscher, M.P., Acedemic Press, Inc. (e.g. ISBN 0-12-213585-7))、又は、分子生物学における実験方法を記述することを専門とする多くの大学及び商用ウエブサイトに記載されているような、当該分野で公知の代替実験方法の多くは、本発明の実施において、本明細書に記載されている実験方法とうまく置き換えることができる。
本発明は、後に続く実験の詳細から更によく理解されよう。しかしながら、論じられている具体的な方法及び結果は、更に後に続く特許請求の範囲の中でより充分に記載されている本発明を単に説明するためのものであり、決してそれに限定されるものと考えるべきではないことを、当業者は容易に理解するであろう。
実験の詳細
序論
結腸直腸がん(CRC)は主要な健康負荷の代表であり、そして米国ではがんによる死亡原因の第2位である。過去10年間では、主としてイリノテカン、オキサリプラチン及び血管内皮増殖因子(VEGF)及び上皮増殖因子受容体(EGFR)経路をターゲッティングするシグナル伝達調節剤に因り、転移性CRC(mCRC)の患者で生存期間中央値は増加している(Goldberg R.M., The Oncologist 2006;11(9):981-7; Cunningham D., et al. The New England Journal of Medicine 2004;351(4):337-45; Hurwitz H., et al. The New England Journal of Medicine, 2004;350(23):2335-42;Van Cutsem E., et al. J Clin Oncol 2007;25(13):1658-64)。段々と患者は上記の薬剤すべてを一次又は二次ラインで投与を受け、その結果次ぎのサルベージ療法を受ける患者では、無進行生存中央値(PFS)は8〜10週である(Saltz LB, et al. J Clin Oncol 2007;25(30): 4793-4799)。このCRC患者集団では、選択肢は限られ、従って腫瘍の緩解か又は疾患の安定化を誘導する可能性がある新薬が必要とされる。IGF−1Rシグナル伝達経路は、結腸直腸がん(CRC)中の受容体及びリガンドの過剰発現、より悪性の表現型との関連、化学療法抵抗性、及び予後不良との相関を示すデータに基づいて、CRCにおける頑健な標的になると思われる(Saltz, L.B., et al. J Clin Oncol 2007;25(30): 4793-4799; Tripkovic I., et al. Med Res. 2007 Jul;38(5):519-25. Epub 2007 Apr 26; Miyamoto S., et al. Clin Cancer Res. 2005 May 1;11(9):3494-502; Nakamura M., et al. Clin Cancer Res. 2004 Dec 15;10(24):8434-41; Grothey A, et al. J Cancer Res Clin Oncol. 1999;125(3-4):166-73)。
序論
結腸直腸がん(CRC)は主要な健康負荷の代表であり、そして米国ではがんによる死亡原因の第2位である。過去10年間では、主としてイリノテカン、オキサリプラチン及び血管内皮増殖因子(VEGF)及び上皮増殖因子受容体(EGFR)経路をターゲッティングするシグナル伝達調節剤に因り、転移性CRC(mCRC)の患者で生存期間中央値は増加している(Goldberg R.M., The Oncologist 2006;11(9):981-7; Cunningham D., et al. The New England Journal of Medicine 2004;351(4):337-45; Hurwitz H., et al. The New England Journal of Medicine, 2004;350(23):2335-42;Van Cutsem E., et al. J Clin Oncol 2007;25(13):1658-64)。段々と患者は上記の薬剤すべてを一次又は二次ラインで投与を受け、その結果次ぎのサルベージ療法を受ける患者では、無進行生存中央値(PFS)は8〜10週である(Saltz LB, et al. J Clin Oncol 2007;25(30): 4793-4799)。このCRC患者集団では、選択肢は限られ、従って腫瘍の緩解か又は疾患の安定化を誘導する可能性がある新薬が必要とされる。IGF−1Rシグナル伝達経路は、結腸直腸がん(CRC)中の受容体及びリガンドの過剰発現、より悪性の表現型との関連、化学療法抵抗性、及び予後不良との相関を示すデータに基づいて、CRCにおける頑健な標的になると思われる(Saltz, L.B., et al. J Clin Oncol 2007;25(30): 4793-4799; Tripkovic I., et al. Med Res. 2007 Jul;38(5):519-25. Epub 2007 Apr 26; Miyamoto S., et al. Clin Cancer Res. 2005 May 1;11(9):3494-502; Nakamura M., et al. Clin Cancer Res. 2004 Dec 15;10(24):8434-41; Grothey A, et al. J Cancer Res Clin Oncol. 1999;125(3-4):166-73)。
患者の選択はCRCにおける新興領域でもあり、そこではEGFR標的抗体の開発が、患者選択及び効力予測の最も適切なマーカーを巡っての論議を孕んでいる。これらの薬剤はEGFR免疫組織化学(IHC)を選択ツールとして用いて最初に開発されたが、一方で、大規模無作為化試験の結果は、このクラスの薬物に対する反応の決定因子を理解し始めているだけであることを示す(Khambata-Ford S., et al. J Clin Oncol. 2007 Aug 1;25(22):3230-7; Lievre A, et al. Cancer Res. 2006 Apr 15;66(8):3992-5; Italiano A., et al. Ann Surg Oncol. 2007 Nov 7; [Epub ahead of print]; Chung K.Y., et al. J Clin Oncol. 2005 Mar 20;23(9):1803-10. Epub 2005 Jan 27)。IGF−1R阻害剤による処置のための患者を選択するために、使用することができるバイオマーカーを同定するのに、本明細書で取られる戦略は、CRCにおけるIGF−1R阻害剤の初期臨床開発の前の、又はそれと並行した有望な予測マーカーを同定することである。そのようなアプローチは、また、最近ではダサチニブ及びプロアポトーシスリガンド、Apo2L/TRAILの開発でも活用されており(Coldren C.D., et al. Mol Cancer Res 2006;4(8):
521-8; Witta S.E., et al. Cancer Res. 2006;66(2):944-50; Frederick B.A., et al. Molecular cancer therapeutics 2007;6(6):1683-91; Huang F., et al. Cancer Res. 2007 Mar 1;67(5):2226-38; Wagner K.W., et al. Nat Med. 2007 Sep;13(9):1070-7. Epub 2007 Sep 2)、そしてEGFR又はIGF−1Rチロシンキナーゼ阻害剤、それぞれダサチニブ、及びApo2L/TRAILへの反応性と、上皮間葉転換(EMT)、乳がん「トリプルネガティブ」表現型、死受容体O−グリコシル化との関係を含む、貴重な生物学的洞察をもたらしている(Witta S.E., et al. Cancer Res. 2006;66(2):944-50; Frederick B.A., et al. Molecular cancer therapeutics 2007;6(6):1683-91; Huang F., et al. Cancer Res. 2007 Mar 1;67(5):2226-38; Wagner K.W., et al. Nat Med. 2007 Sep;13(9):1070-7. Epub 2007 Sep 2)。
521-8; Witta S.E., et al. Cancer Res. 2006;66(2):944-50; Frederick B.A., et al. Molecular cancer therapeutics 2007;6(6):1683-91; Huang F., et al. Cancer Res. 2007 Mar 1;67(5):2226-38; Wagner K.W., et al. Nat Med. 2007 Sep;13(9):1070-7. Epub 2007 Sep 2)、そしてEGFR又はIGF−1Rチロシンキナーゼ阻害剤、それぞれダサチニブ、及びApo2L/TRAILへの反応性と、上皮間葉転換(EMT)、乳がん「トリプルネガティブ」表現型、死受容体O−グリコシル化との関係を含む、貴重な生物学的洞察をもたらしている(Witta S.E., et al. Cancer Res. 2006;66(2):944-50; Frederick B.A., et al. Molecular cancer therapeutics 2007;6(6):1683-91; Huang F., et al. Cancer Res. 2007 Mar 1;67(5):2226-38; Wagner K.W., et al. Nat Med. 2007 Sep;13(9):1070-7. Epub 2007 Sep 2)。
ここでは、本発明者らは、IGF−1受容体阻害に対するCRC腫瘍細胞の感受性が、種々の「感受性」バイオマーカーによって予測されることを実証する。逆に、IGF−1受容体阻害に対する非感受性は、種々の「耐性」バイオマーカーによって予測される。多くの新開発標的薬剤は、従来の化学療法レジメンにおいて最終的に臨床に組み入れられる可能性があることから、結腸がん細胞株において標準化学療法剤(5−フルオロウラシル、SN38及びオキサリプラチン)と組合わせでのIGF−1R阻害剤の効果についても検討した。「感受性」又は「耐性」バイオマーカーは、どの腫瘍細胞がIGF−1R阻害剤に感受性であるかを予測するだけでなく、IGF−1R阻害剤と化学療法剤を組み合わせによって処置した場合に、どれが相乗的に反応するかを予測することができることが見出された。
PQIP試験
材料及び方法
IGF−1R阻害剤化合物:
IGF−1R阻害剤化合物PQIPは、OSI Pharmaceuticals (Melville, NY)によって提供された。PQIP(シス−3−[3−(4−メチル−ピペラジン−1−イル)−シクロブチル]1−(2−フェニル−キノリン−7−イル)−イミダゾ[1,5−a]ピラジン−8−イルアミン)は、WO2005/097800A1に記載の方法によって合成された、1,3−ジ置換−8−アミノ−イミダゾピラジン誘導体である。化合物同一性及び純度(>99%)は、それぞれBruker Advance 400、WatersMicromass ZQ、及びWaters
LC Module I Plusの装置を用いて、1H及び13C核磁気共鳴、質量分析(MS)、及び高速液体クロマトグラフィーによって、並びに元素分析によって確認された。PQIPは、DMSOに溶解して10mmol/L原液とし、インビトロにおいて生化学的又は細胞アッセイに用いた。
材料及び方法
IGF−1R阻害剤化合物:
IGF−1R阻害剤化合物PQIPは、OSI Pharmaceuticals (Melville, NY)によって提供された。PQIP(シス−3−[3−(4−メチル−ピペラジン−1−イル)−シクロブチル]1−(2−フェニル−キノリン−7−イル)−イミダゾ[1,5−a]ピラジン−8−イルアミン)は、WO2005/097800A1に記載の方法によって合成された、1,3−ジ置換−8−アミノ−イミダゾピラジン誘導体である。化合物同一性及び純度(>99%)は、それぞれBruker Advance 400、WatersMicromass ZQ、及びWaters
LC Module I Plusの装置を用いて、1H及び13C核磁気共鳴、質量分析(MS)、及び高速液体クロマトグラフィーによって、並びに元素分析によって確認された。PQIPは、DMSOに溶解して10mmol/L原液とし、インビトロにおいて生化学的又は細胞アッセイに用いた。
細胞株及び培養:
28のヒト結腸がん培養細胞は、ATCC(Manassas,Va)から得た。細胞を10%ウシ胎仔血清、1%非必須アミノ酸、1%ペニシリン/ストレプトマイシンを補充したRPMI培地で増殖させ、5%CO2を含む大気下でインキュベーター中37℃に保持した。細胞は型通りにマイコプラズマ(MycoAlert, Cambrex Bio Science, Baltimore, MD)の存在をスクリーニングし、それらが約70%密集に至った時にPQIPに曝露した。
28のヒト結腸がん培養細胞は、ATCC(Manassas,Va)から得た。細胞を10%ウシ胎仔血清、1%非必須アミノ酸、1%ペニシリン/ストレプトマイシンを補充したRPMI培地で増殖させ、5%CO2を含む大気下でインキュベーター中37℃に保持した。細胞は型通りにマイコプラズマ(MycoAlert, Cambrex Bio Science, Baltimore, MD)の存在をスクリーニングし、それらが約70%密集に至った時にPQIPに曝露した。
マイクロアレイ解析:
細胞を採取の24時間前に6ウェルプレート中に2×106で平板培養した。24時間後に細胞をPBSで2回リンスし、RNeasy Plusミニキット(Qiagen, Valencia, CA)を用いてRNAを調製した。RNAの安定化、単離及びマイクロアレイ試料標識化を、逆転写及び1回のインビトロ転写の標準法を用いて行なった。HG−U133セットマイクロアレイを10μgのcRNAでハイブリダイズし、そしてメーカー(Affymetrix)のプロトコールに従って処理した。ハイブリダイゼーションシグナル及び検出コールは、germa及
びaffyソフトウェアパッケージを使用してBioConductorにて発生させた。マイクロアレイデータは、Dr. Richard Simon及びAmy Peng Lamによって開発されたBRBアレイツールv3.2を用いて解析した。中央相関を用いた多次元尺度法を行ない、110の遺伝子がp<0.005で有意であることを見い出した。
細胞を採取の24時間前に6ウェルプレート中に2×106で平板培養した。24時間後に細胞をPBSで2回リンスし、RNeasy Plusミニキット(Qiagen, Valencia, CA)を用いてRNAを調製した。RNAの安定化、単離及びマイクロアレイ試料標識化を、逆転写及び1回のインビトロ転写の標準法を用いて行なった。HG−U133セットマイクロアレイを10μgのcRNAでハイブリダイズし、そしてメーカー(Affymetrix)のプロトコールに従って処理した。ハイブリダイゼーションシグナル及び検出コールは、germa及
びaffyソフトウェアパッケージを使用してBioConductorにて発生させた。マイクロアレイデータは、Dr. Richard Simon及びAmy Peng Lamによって開発されたBRBアレイツールv3.2を用いて解析した。中央相関を用いた多次元尺度法を行ない、110の遺伝子がp<0.005で有意であることを見い出した。
RT−PCR解析:
アレイ解析からの対象の遺伝子の発現レベルはRT−PCRを用いて評価した。全RNAはRNeasyミニキット(Qiagen, Valencia, CA)を用いて細胞から分離し、cDNAはTaqman 逆転写キット(Applied Biosystems, Foster City, CA)を用いて、1mgの全RNAから合成し、そして発現レベルはPower SYBR Green 検出化学 (Applied Biosystems, Foster City CA)を用いて、100ngのcDNAから検出したが、すべては製造業者の使用説明書に従った。サンプルは、Applied Biosystems Step One Plus (Applied Biosystems, Foster City CA)で処理した。
アレイ解析からの対象の遺伝子の発現レベルはRT−PCRを用いて評価した。全RNAはRNeasyミニキット(Qiagen, Valencia, CA)を用いて細胞から分離し、cDNAはTaqman 逆転写キット(Applied Biosystems, Foster City, CA)を用いて、1mgの全RNAから合成し、そして発現レベルはPower SYBR Green 検出化学 (Applied Biosystems, Foster City CA)を用いて、100ngのcDNAから検出したが、すべては製造業者の使用説明書に従った。サンプルは、Applied Biosystems Step One Plus (Applied Biosystems, Foster City CA)で処理した。
shRNAノックダウン:
pRS−shE2F6遺伝子特異的shRNA発現カセットは、元のpRSベクターを含む対照shRNAプラスミド(TR20003)と共に、OriGene (Rockville MD)から購入した。メタロチオネイン2A特異的29マーのshRNAの配列は、GTAAAGAACGCGACTTCCACAAACCTGGAである。安定クローンは、メーカーの推奨によって、Fugene 6 (Roche, Basel Switzerland)を使用して、各々1μgのshRNAプラスミドを有する、6ウェルシャーレ中でHCT116細胞をトランスフェクトすることによって作成した。トランスフェクションの72時間後に、細胞を2.0μg/mLのピューロマイシンによる選択下に入れ、細胞が密集度に達した時に、1:5に分けた。同じトランスフェクションからの複数のクローンは、ピューロマイシン選択下にプールし増殖した。特異的遺伝子及び遺伝子産物の完全ノックダウンの奏功は、半定量的RT−PCR及び特異抗体での免疫ブロット法によって確認した。
pRS−shE2F6遺伝子特異的shRNA発現カセットは、元のpRSベクターを含む対照shRNAプラスミド(TR20003)と共に、OriGene (Rockville MD)から購入した。メタロチオネイン2A特異的29マーのshRNAの配列は、GTAAAGAACGCGACTTCCACAAACCTGGAである。安定クローンは、メーカーの推奨によって、Fugene 6 (Roche, Basel Switzerland)を使用して、各々1μgのshRNAプラスミドを有する、6ウェルシャーレ中でHCT116細胞をトランスフェクトすることによって作成した。トランスフェクションの72時間後に、細胞を2.0μg/mLのピューロマイシンによる選択下に入れ、細胞が密集度に達した時に、1:5に分けた。同じトランスフェクションからの複数のクローンは、ピューロマイシン選択下にプールし増殖した。特異的遺伝子及び遺伝子産物の完全ノックダウンの奏功は、半定量的RT−PCR及び特異抗体での免疫ブロット法によって確認した。
中期及び間期細胞を用いる細胞遺伝学スライドの調製:
9種の結腸直腸がん(CRC)細胞株の培養細胞を有糸分裂停止にかけ、0.075MのKCl中37℃で20分間低張化後、メタノール/酢酸(3:1)を用いて固定化して採取した。固定剤を3回交換した後、各細胞株に対して4スライドを落として、その間最適細胞濃度、染色体分散、被包/残存細胞質及び染色体形態をチェックした。
9種の結腸直腸がん(CRC)細胞株の培養細胞を有糸分裂停止にかけ、0.075MのKCl中37℃で20分間低張化後、メタノール/酢酸(3:1)を用いて固定化して採取した。固定剤を3回交換した後、各細胞株に対して4スライドを落として、その間最適細胞濃度、染色体分散、被包/残存細胞質及び染色体形態をチェックした。
FISHプローブとしてのBACクローンの調製:
IFG−1R遺伝子を包み込むFISHプローブは、クローンRP11−262P8から誘導した。IFG1RのDNAは、メーカーの使用説明書によりVysis Nickトランスレーションキット(Abbott Molecular)を用いて、SpectrumRed 結合dUTPSによって標識した。標識DNAは、キャリアとしてニシン精子DNA(1:50v/v)を、そして反復配列をブロックするためにヒトCot−1DNA(1:10v/v)を用いてエタノール沈殿させた。DNAペレットは、10μlのハイブリダイゼーションミックス(50%ホルムアミド/10%デキストラン硫酸/2X SSC)にて希釈した。
IFG−1R遺伝子を包み込むFISHプローブは、クローンRP11−262P8から誘導した。IFG1RのDNAは、メーカーの使用説明書によりVysis Nickトランスレーションキット(Abbott Molecular)を用いて、SpectrumRed 結合dUTPSによって標識した。標識DNAは、キャリアとしてニシン精子DNA(1:50v/v)を、そして反復配列をブロックするためにヒトCot−1DNA(1:10v/v)を用いてエタノール沈殿させた。DNAペレットは、10μlのハイブリダイゼーションミックス(50%ホルムアミド/10%デキストラン硫酸/2X SSC)にて希釈した。
蛍光インサイチュハイブリダイゼーション分析:
デュアルカラーFISH分析は、120ngのSpectrumRed標識IGF1R及び0.3μlの SpectrumGreen標識CEP15(Abbott Molecular)/113mm2ハイブリダイゼーションエリアを用いて、実験室標準プロトコールに従って直腸がん細胞株のプレパラート上で行った。スライドは、先ず70%酢酸で20〜30秒間洗浄し、次いで0.008%ペプシン/0.01MHC1中で37℃にて3〜5分間、1%ホルムアルデヒド中で10分間インキュベートし、そして段階的なエタノール系列で脱水した。プローブミックスを選択ハイブリダイゼーションエリアに適用し、ガラスカバースリップで覆い、ゴム接着剤でシールした。DNA共変性を85℃で9分間行ない、ハイブリダイゼーションが37℃にて40〜48時間で起こるようにした。ハイブリダイゼーション後の洗浄を、2xSSC/0.3%NP−40を用いて72℃で、2xSSCを用いて室温で2分間行ない、そして段階的なエタノール系列で脱水した。クロマチンは、DAPI(Vectashield Mounting Medium中0.3μg/ml, Vector Laboratories)で対比染色した。分析は、緑(FITC)、赤(テキサスレッド)、及び青(DAPI)、並びに二重(赤/緑)及び三重(青、赤、緑)帯域通過フィルタに対する単一干渉フィルタセットを用いてエピ蛍光顕微鏡で行った。約20の分裂中期延展体及び100の間期核を各細胞株中で分析し、そしてこのセッティングでほぼ大まかに倍数性を推定し、IGF1R/CEP15プローブセットに相同配列を固定している染色体を同定した。ドキュメンテーションのために、画像をCCDカメラを用いて取り、専用ソフト(CytoVision, AI)を用いて合体した。
デュアルカラーFISH分析は、120ngのSpectrumRed標識IGF1R及び0.3μlの SpectrumGreen標識CEP15(Abbott Molecular)/113mm2ハイブリダイゼーションエリアを用いて、実験室標準プロトコールに従って直腸がん細胞株のプレパラート上で行った。スライドは、先ず70%酢酸で20〜30秒間洗浄し、次いで0.008%ペプシン/0.01MHC1中で37℃にて3〜5分間、1%ホルムアルデヒド中で10分間インキュベートし、そして段階的なエタノール系列で脱水した。プローブミックスを選択ハイブリダイゼーションエリアに適用し、ガラスカバースリップで覆い、ゴム接着剤でシールした。DNA共変性を85℃で9分間行ない、ハイブリダイゼーションが37℃にて40〜48時間で起こるようにした。ハイブリダイゼーション後の洗浄を、2xSSC/0.3%NP−40を用いて72℃で、2xSSCを用いて室温で2分間行ない、そして段階的なエタノール系列で脱水した。クロマチンは、DAPI(Vectashield Mounting Medium中0.3μg/ml, Vector Laboratories)で対比染色した。分析は、緑(FITC)、赤(テキサスレッド)、及び青(DAPI)、並びに二重(赤/緑)及び三重(青、赤、緑)帯域通過フィルタに対する単一干渉フィルタセットを用いてエピ蛍光顕微鏡で行った。約20の分裂中期延展体及び100の間期核を各細胞株中で分析し、そしてこのセッティングでほぼ大まかに倍数性を推定し、IGF1R/CEP15プローブセットに相同配列を固定している染色体を同定した。ドキュメンテーションのために、画像をCCDカメラを用いて取り、専用ソフト(CytoVision, AI)を用いて合体した。
免疫沈降及び免疫ブロット法:
HT29及びHCT116のCRC細胞株を6ウェルプレートへ播種し、24時間付着できるようにし、血清を一夜不足状態にした。次いで細胞を3時間のPQIP(0.4μmol/L)前処理の有り又は無しで、IGF−2(100ng/mL)に10分間曝露した。処理細胞をPBSでリンスし、プロテアーゼ阻害剤、EDTA、NaF、及びオルトバナジン酸ナトリウムを含有するRIPA溶解緩衝液中へ掻き落した。総タンパク質はBioRad Dcタンパク質分析(BioRad, Hercules, CA)を用いて定量した。総タンパク質(30μg)は、4〜20%勾配SDS−ポリアクリルアミドゲルで電気泳動し、次いで電気泳動的にImmobilon-P(Millipore, Bedford, MA)へ移動させた。膜は、適切な一次抗体と4℃で一夜インキュベートする前に、TBS−Tween(0.1%)中5%脱脂粉乳(BioRad, Hercules, CA)で1時間ブロックした。次いでブロットをTBS−Tween(0.1%)中で3×20分洗浄し、1:20,000の適切な二次抗ウサギ又は抗マウスIgG1ホースラディッシュペルオキシダーゼ結合抗体(Jackson ImmunoResearch, West Grove, PA)で、室温にて1時間インキュベートした。3回の更なる洗浄後、ブロットをImmobilon Western Chemiluminescent HRP基質(Millipore, Billerica, MA)によって展開した。抗IGF1Rβウサギポリクローナル(Cell Signaling Technology, Danvers, MA)を1:50希釈で免疫沈降に使用した。以下の一次抗体を、イムノブロット法に使用した(すべてCell Signaling Technology, Danvers, MAから)。1:1000での、抗リン酸化Akt(T308)ウサギポリクローナル、抗リン酸化S6リボソームタンパク質(S235/236)ウサギmAb、抗リン酸化p44/42MAPK(Thr202/Tyr204)ウサギmAb、及び抗リン酸化チロシンマウスmAb。1:5000での、抗Akt(汎)ウサギmAb、抗S6リボソームタンパク質ウサギmAb、抗p44/42MAPキナーゼウサギmAb、抗汎−アクチンウサギポリクローナル、抗IGF1Rβウサギポリクローナル、抗PARPウサギポリクローナル、及び抗サイクリンD1ウサギポリクローナル。
HT29及びHCT116のCRC細胞株を6ウェルプレートへ播種し、24時間付着できるようにし、血清を一夜不足状態にした。次いで細胞を3時間のPQIP(0.4μmol/L)前処理の有り又は無しで、IGF−2(100ng/mL)に10分間曝露した。処理細胞をPBSでリンスし、プロテアーゼ阻害剤、EDTA、NaF、及びオルトバナジン酸ナトリウムを含有するRIPA溶解緩衝液中へ掻き落した。総タンパク質はBioRad Dcタンパク質分析(BioRad, Hercules, CA)を用いて定量した。総タンパク質(30μg)は、4〜20%勾配SDS−ポリアクリルアミドゲルで電気泳動し、次いで電気泳動的にImmobilon-P(Millipore, Bedford, MA)へ移動させた。膜は、適切な一次抗体と4℃で一夜インキュベートする前に、TBS−Tween(0.1%)中5%脱脂粉乳(BioRad, Hercules, CA)で1時間ブロックした。次いでブロットをTBS−Tween(0.1%)中で3×20分洗浄し、1:20,000の適切な二次抗ウサギ又は抗マウスIgG1ホースラディッシュペルオキシダーゼ結合抗体(Jackson ImmunoResearch, West Grove, PA)で、室温にて1時間インキュベートした。3回の更なる洗浄後、ブロットをImmobilon Western Chemiluminescent HRP基質(Millipore, Billerica, MA)によって展開した。抗IGF1Rβウサギポリクローナル(Cell Signaling Technology, Danvers, MA)を1:50希釈で免疫沈降に使用した。以下の一次抗体を、イムノブロット法に使用した(すべてCell Signaling Technology, Danvers, MAから)。1:1000での、抗リン酸化Akt(T308)ウサギポリクローナル、抗リン酸化S6リボソームタンパク質(S235/236)ウサギmAb、抗リン酸化p44/42MAPK(Thr202/Tyr204)ウサギmAb、及び抗リン酸化チロシンマウスmAb。1:5000での、抗Akt(汎)ウサギmAb、抗S6リボソームタンパク質ウサギmAb、抗p44/42MAPキナーゼウサギmAb、抗汎−アクチンウサギポリクローナル、抗IGF1Rβウサギポリクローナル、抗PARPウサギポリクローナル、及び抗サイクリンD1ウサギポリクローナル。
細胞毒性及び組み合わせ効果:
HT29、HCT116、RKO、及びLS513 CRC細胞株を、0〜10nMのSN−38(7−エチル−10−ヒドロキシ−カンプトテシン)、0〜10μMのオキサリプラチン、又は0〜50μMの5−フルオロウラシル(5−FU)に72時間曝露した。HT29、HCT116、RKO、及びLS513CRC細胞株を、SN−38、オキサリプラチン又は5−FUと組み合わせてPQIPに曝露した。すべての組み合わせにおいて、細胞は96−ウェルの平底プレートに播種し一夜放置した。PQIP及び化学療法を、両方とも72時間加えた。組み合わせの結果は、Calcusyn(Biosoft, Ferguson, MO)を用いてChou and Talalay法によって分析した。
HT29、HCT116、RKO、及びLS513 CRC細胞株を、0〜10nMのSN−38(7−エチル−10−ヒドロキシ−カンプトテシン)、0〜10μMのオキサリプラチン、又は0〜50μMの5−フルオロウラシル(5−FU)に72時間曝露した。HT29、HCT116、RKO、及びLS513CRC細胞株を、SN−38、オキサリプラチン又は5−FUと組み合わせてPQIPに曝露した。すべての組み合わせにおいて、細胞は96−ウェルの平底プレートに播種し一夜放置した。PQIP及び化学療法を、両方とも72時間加えた。組み合わせの結果は、Calcusyn(Biosoft, Ferguson, MO)を用いてChou and Talalay法によって分析した。
メソスケールディスカバリー分析(MSD)を使用するIGF1Rの検出:
HT29及びHCT116 CRC細胞株を6ウェルプレートへ播種し、24時間付着できるようにし、そしてPQIP及び化学療法(SN−38、又はオキサリプラチン)単独又は組み合わせで72時間曝露した。曝露後、細胞をPBSでリンスし、プロテアーゼ阻害剤、EDTA、NaF、及びオルトバナジン酸ナトリウムを含有するRIPA溶解緩衝液中へ掻き落した。総タンパク質はBioRad Dcタンパク質アッセイ(BioRad, Hercules,
CA)を用いて定量した。メーカーの使用説明書(Meso Scale Discovery, Gaithersburg,
MD)によって、リン酸化IGF−1RのMSD検出のために、ウェル当たり25μL中50μgの蛋白質を加えた。
HT29及びHCT116 CRC細胞株を6ウェルプレートへ播種し、24時間付着できるようにし、そしてPQIP及び化学療法(SN−38、又はオキサリプラチン)単独又は組み合わせで72時間曝露した。曝露後、細胞をPBSでリンスし、プロテアーゼ阻害剤、EDTA、NaF、及びオルトバナジン酸ナトリウムを含有するRIPA溶解緩衝液中へ掻き落した。総タンパク質はBioRad Dcタンパク質アッセイ(BioRad, Hercules,
CA)を用いて定量した。メーカーの使用説明書(Meso Scale Discovery, Gaithersburg,
MD)によって、リン酸化IGF−1RのMSD検出のために、ウェル当たり25μL中50μgの蛋白質を加えた。
結果
CRC細胞株は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤PQIPに対して一定範囲の感受性を示す:
IGF−1Rキナーゼ阻害剤PQIPによる増殖阻害に対する26結腸直腸がん(CRC)細胞株の感受性を、スルホローダミンB(SRB)分析を用いて試験した(試験細胞株の特徴の図1を参照)。CRC細胞株を、一定範囲濃度のPQIP(0.05〜5μMから)で72時間処理した。図2に示すように、大多数の細胞株は5μmol/LまでIC50に到達しなかったが、しかし、感受性であった細胞株(即ち、IC50<0.5μmol/Lを示す細胞株Colo205、HT29、Colo320、及びLS513)、と耐性であった細胞株(即ち、IC50>5μmol/Lを示すHCT116、HCT15、SW480、RKO、LS1034、CaCo2、HCT8、LoVo、LS123、T84、LS174T、LS180、SW1417、SW1116、SW48、NCI−H508、SW948、SW837、SW1463、SW403)との間で、明瞭な区別を行うことができた。幾つかの細胞株は、中間の感受性(例えば、SW620、 Colo201、SK−CO−1)であった。
CRC細胞株は、IGF−1Rキナーゼ阻害剤PQIPに対して一定範囲の感受性を示す:
IGF−1Rキナーゼ阻害剤PQIPによる増殖阻害に対する26結腸直腸がん(CRC)細胞株の感受性を、スルホローダミンB(SRB)分析を用いて試験した(試験細胞株の特徴の図1を参照)。CRC細胞株を、一定範囲濃度のPQIP(0.05〜5μMから)で72時間処理した。図2に示すように、大多数の細胞株は5μmol/LまでIC50に到達しなかったが、しかし、感受性であった細胞株(即ち、IC50<0.5μmol/Lを示す細胞株Colo205、HT29、Colo320、及びLS513)、と耐性であった細胞株(即ち、IC50>5μmol/Lを示すHCT116、HCT15、SW480、RKO、LS1034、CaCo2、HCT8、LoVo、LS123、T84、LS174T、LS180、SW1417、SW1116、SW48、NCI−H508、SW948、SW837、SW1463、SW403)との間で、明瞭な区別を行うことができた。幾つかの細胞株は、中間の感受性(例えば、SW620、 Colo201、SK−CO−1)であった。
PQIP感受性とPQIP耐性CRC細胞株の間の差次的遺伝子発現:
PQIP処置への感受性又は耐性に関連する遺伝子を決定するために、4種の最も感受性(S)の高い及び5種の最も耐性(R)の高いCRC細胞株のPQIP未処置試料の遺伝子発現プロファイルを調べた。この遺伝子プロファイルは、PQIP耐性及びPQIP感受性CRC細胞株の差次的発現を解析することによってもたらされた。RNAは、9細胞株からAffymetrix Human Gene1.0STアレイを用いて調製した。公開済みの方法で、2サンプルT検定(図14及び15)を用いて、単変量有意差のp<0.005レベルで有意であった110の遺伝子を特定することができた。トップスコア遺伝子(即ち、p<0.0015)としては、カルデスモン(CALD1)、幾つかのメタロチオネイン(例えば、MT−1E)、アルデヒドデヒドロゲナーゼ(ALDH1A1)、及びマイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼ6(MAP2K6)が含まれた。
PQIP処置への感受性又は耐性に関連する遺伝子を決定するために、4種の最も感受性(S)の高い及び5種の最も耐性(R)の高いCRC細胞株のPQIP未処置試料の遺伝子発現プロファイルを調べた。この遺伝子プロファイルは、PQIP耐性及びPQIP感受性CRC細胞株の差次的発現を解析することによってもたらされた。RNAは、9細胞株からAffymetrix Human Gene1.0STアレイを用いて調製した。公開済みの方法で、2サンプルT検定(図14及び15)を用いて、単変量有意差のp<0.005レベルで有意であった110の遺伝子を特定することができた。トップスコア遺伝子(即ち、p<0.0015)としては、カルデスモン(CALD1)、幾つかのメタロチオネイン(例えば、MT−1E)、アルデヒドデヒドロゲナーゼ(ALDH1A1)、及びマイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼ6(MAP2K6)が含まれた。
カルデスモンは、R腫瘍細胞で高レベルに発現した(R細胞で61倍増加、p=0.0002;図4A及び15)。カルデスモンは、細胞質膜から突出し細胞外マトリックス(ECM)を分解する、ポドソーム及び浸潤突起、細胞接着構造の形成及び動態の調節に重要な役割を果たすことが最近示された、アクチン結合タンパク質であり、従ってがん細胞侵入を促進する(Linder, S. and Aepfelbacher, M. Trends Cell Biol 2003 13: 376-385; Yoshio, T., et al. FEBS lett. 2007 581: 3777-3782; Koji-Owada, M., et al. Proc Natl Acad Sci USA 1984 81: 3133-3137)。興味深いことに、カルデスモンは、アクチンを封鎖することによるポドソーム及び浸潤突起形成の負の調節因子であり、従って浸潤性/悪性表現型を有するCRC細胞株は、IGF−1R阻害に対してより大きな反応性を示すことを示唆する。
また、重金属イオンを結合して解毒する遍在性低分子量細胞内蛋白質の1ファミリーの、メタロチオネイン(例えば、MT−1E)も、S細胞株に比べてRにおいて過剰発現している(Kagi, J.H.R. Meth Enzymol1991 205:613-626 ; Bauman, J.W. et al. Toxicol Appl Pharmacol1991 110:347-354)(図15;MT−1E RT−PCR、図4B(RT−PCR))。このファミリーは、最高位(15〜36倍;p=9.2×10-6〜0.0001)群の差次的発現遺伝子である(図15;MT−1E RT−PCR、図4B)。メタロチオネインは、様々な刺激によって誘導され、発生、分化、増殖、及び発がんなどの他の細胞機能などに関与し、そしてがんの予後不良及び転移に関連している可能性がある(Bauman, J.W. et al. Toxicol Appl Pharmacol 1991 110: 347-354; Bruewer, M, et al. World J Surg 2002 26: 726-731; Sens, MA, et al. Am J Pathol 2001 159: 21-26; Cherian, M.G., et al. Mut Res 2003 533: 201-209; Jin, R., et al. Br J Cancer 2000 83: 319-323; Shmid, K.W., et al. Arch A Pathol Anat Histopathol 1993 422: 153-159)。それらは、また、がんの薬剤耐性に機能的役割を果たす可能性があるが、このメカニズムは未だ不明のところが多い(Surowiak, P, et al., Histol Histopathol 2005 20: 1037-1044; Saga, Y, et al. Int J Urol 2004 11: 407-415)。
S腫瘍細胞株に高発現する遺伝子の例は、アルデヒドデヒドロゲナーゼ遺伝子、ALDH1A1(83倍;p=0.002;図14、4C(RT−PCR))、アルコールの代謝及び興味深いことに、オールトランス型レチナールのオールトランス型レチノイン酸への酸化に関わる酵素である(Molotkov A, and Duester G. J Biol Chem. 2003 Sep 19;278(38):36085-90. Epub 2003 Jul 7; Luo P, Wang A, et al. Stem Cells. 2007 Oct;25(10):2628-37. Epub 2007 Jul 12; Rice K.L., et al. Leuk Res. 2007 Dec 12; [Epub ahead of print])。ALDH1A1は、また、薬剤耐性に関連している。ALDH1A1が肺がん細胞株中でノックダウンされる場合、それらは4−ヒドロペルオキシシクロホスファミド(4−HC)に感受性となる(Moreb, J.S., et al. Cancer Chemother Pharmacol. 2007 Jan;59(1):127-36. Epub 2006 Apr 14)。これは、ALDH1A1がPQIP感受性細胞株においてアップレギュレーションされているという点で、ここで見られるものと逆である。
S腫瘍細胞株に高発現する遺伝子の別の例は、マイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼ6(MAP2K6)である。MAP2K6は、p38 MAPK経路の一部であり、p38を直接活性化するように作用する。MAP2K6は、多数のがん細胞株においてシスプラチンによる処置に続いて活性化することが示されている。この活性化は、次にp38 MAPKを活性化し、それは順次シスプラチン処置後に殺細胞増加をもたらす。p38の活性化を阻害する場合、がん細胞は耐性になる。このことは、MAP2K6が抗がん剤に対する感受性において役割を果たし得ることを示す(Losa J.H., et al. Oncogene 2003 Jun 26; 22(26): 3998-4006)。
選択遺伝子のshRNAノックダウン:
これらの遺伝子の潜在的意義を明らかにするために、安定的にトランスフェクトしたshRNAを用いて、S及びR細胞株におけるそれらの発現を選択的に減少させ、S又はR表現型に及ぼすそれらの効果を検討した。選択遺伝子がPQIPへの感受性及び耐性に果たすと考えられる潜在的機能性を明らかにするために、耐性及び感受性CRC細胞株を安定的に特定のshRNAでトランスフェクトし、漸増濃度のPQIPで処置し、そして操作の際にこれらの遺伝子が反応性(即ち、S又はR表現型)を変えるかどうかを見るために、増殖分析を行なった。2つの耐性細胞株HCT116及びSW480は、メタロチオネイン2A(MT−2A)shRNAでトランスフェクトし、漸増濃度のPQIPに曝露した。RT−PCRの結果は、80%より大きい遺伝子発現の減少が2つの別のクローンで達成されること、及び蛋白質発現のほぼ完全な減少をもたらすことを示唆した。これらの両トランスフェクト細胞の増殖を上記のように分析した。図5に示されるように、MT2A発現を減少させるために2つの異なるshRNA構築物でトランスフェクトしたHCT116細胞は、親細胞株又は非標的スクランブルshRNA対照と比較した場合、感受性の左シフトを示した。しかしながら、トランスフェクトしたSW480細胞株は、親又は非標的スクランブルshRNA対照と比較した場合、たとえあったとしても非常に緩やかな感受性の左シフトを示した(図5)。カルデスモンの発現を減少させるために、PQIP耐性CRC細胞株に高アップレギュレーションされる他の遺伝子として、カルデスモンshRNAでトランスフェクトしたHCT116及びSW480細胞株は、親又は非標的スクランブルshRNA対照と比較した場合、感受性の左シフトを示さなかった(データは示されていない)。HT29腫瘍細胞は、PQIP感受性細胞株でアップレギュレーションされる、ALDH1A1のshRNAでトランスフェクトされた。ALDH1A1をHT29においてノックダウンし、そして漸増濃度でPQIPに曝露する場合、感受性の左シフトは認められない(データは示されていない)。
これらの遺伝子の潜在的意義を明らかにするために、安定的にトランスフェクトしたshRNAを用いて、S及びR細胞株におけるそれらの発現を選択的に減少させ、S又はR表現型に及ぼすそれらの効果を検討した。選択遺伝子がPQIPへの感受性及び耐性に果たすと考えられる潜在的機能性を明らかにするために、耐性及び感受性CRC細胞株を安定的に特定のshRNAでトランスフェクトし、漸増濃度のPQIPで処置し、そして操作の際にこれらの遺伝子が反応性(即ち、S又はR表現型)を変えるかどうかを見るために、増殖分析を行なった。2つの耐性細胞株HCT116及びSW480は、メタロチオネイン2A(MT−2A)shRNAでトランスフェクトし、漸増濃度のPQIPに曝露した。RT−PCRの結果は、80%より大きい遺伝子発現の減少が2つの別のクローンで達成されること、及び蛋白質発現のほぼ完全な減少をもたらすことを示唆した。これらの両トランスフェクト細胞の増殖を上記のように分析した。図5に示されるように、MT2A発現を減少させるために2つの異なるshRNA構築物でトランスフェクトしたHCT116細胞は、親細胞株又は非標的スクランブルshRNA対照と比較した場合、感受性の左シフトを示した。しかしながら、トランスフェクトしたSW480細胞株は、親又は非標的スクランブルshRNA対照と比較した場合、たとえあったとしても非常に緩やかな感受性の左シフトを示した(図5)。カルデスモンの発現を減少させるために、PQIP耐性CRC細胞株に高アップレギュレーションされる他の遺伝子として、カルデスモンshRNAでトランスフェクトしたHCT116及びSW480細胞株は、親又は非標的スクランブルshRNA対照と比較した場合、感受性の左シフトを示さなかった(データは示されていない)。HT29腫瘍細胞は、PQIP感受性細胞株でアップレギュレーションされる、ALDH1A1のshRNAでトランスフェクトされた。ALDH1A1をHT29においてノックダウンし、そして漸増濃度でPQIPに曝露する場合、感受性の左シフトは認められない(データは示されていない)。
カルデスモンではなく、MT2Aは、PQIP耐性CRC細胞株HCT116においてPQIPに対する感受性を増強するようにみえる。このように、PQIP耐性の予測マーカーであることに加えて、MT2Aは、制御的に調節される場合に、耐性細胞株においてIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する感受性を増強することができることから、耐性との因果関係を示唆する。これは、耐性腫瘍を有する患者においてMTを標的化する能力をもたらし、PQIPに対するそれらの感受性を増強する可能性がある。これまでのところ、調節される場合に耐性の方への右シフトを示す、感受性を伴う遺伝子はない。
PQIP曝露後の遺伝子発現分析:
PQIPに曝露した後に調節される遺伝子を同定するために、5感受性及び5耐性CRC細胞株を400nMのPQIPで72時間処置し、全RNAを精製し、そして遺伝子アレイ解析を前述のように行った。PQIP曝露後の遺伝子発現プロファイルを、個々の未処置プロファイルと比較した。遺伝子発現プロファイルの変化を明らかにするために、1つのPQIP耐性(HCT116)及び1つのPQIP感受性(HT29)腫瘍細胞タイプを調べ、そしてカルデスモン、メタロチオネイン、ALDH1A1、及びMAP2K6発現レベルを解析した。
PQIPに曝露した後に調節される遺伝子を同定するために、5感受性及び5耐性CRC細胞株を400nMのPQIPで72時間処置し、全RNAを精製し、そして遺伝子アレイ解析を前述のように行った。PQIP曝露後の遺伝子発現プロファイルを、個々の未処置プロファイルと比較した。遺伝子発現プロファイルの変化を明らかにするために、1つのPQIP耐性(HCT116)及び1つのPQIP感受性(HT29)腫瘍細胞タイプを調べ、そしてカルデスモン、メタロチオネイン、ALDH1A1、及びMAP2K6発現レベルを解析した。
表1に見られるように、HCT116とHT29の両方で、全体でのMTの発現はPQIP曝露後に高く、HT29のCRC細胞株でははるかに高い発現を有する。これらの増加は、PQIP曝露後に残る細胞がPQIPに対してより耐性であり、それ故に、MTのより高い発現を有するという事実に因ると考えられる。幾つかのMTは、また、耐性細胞におけるPQIP処置後に適度にアップレギュレートされるので、このことはPQIPが実際にMT発現を調節し、そしてMTがPQIP処置後に患者中の代用バイオマーカーとして利用できる可能性を示すと考えられる。
カルデスモンは、また、わずかに両CRC細胞株で高かった。未処置PQIP感受性CRC細胞株のHT29で高い発現を有していたALDH1A1は、PQIP曝露後に発現が減少した。しかしながら、HCT116のPQIP耐性CRC細胞株では、ALDH1A1の発現はPQIP曝露後に増加した。MAP2K6の発現はPQIP曝露後に大きくは変化しなかった。
結腸がん細胞株におけるIGF1Rの蛍光インサイチュハイブリダイゼーション:
最近の試験は、FISHによるEGFR遺伝子コピー数検出が、セツキシマブ及び化学療法(Hirsch FR, et. al. J Clin Oncol. 2008 Jul 10;26(20):3351-7)で処置した患者の転帰を予測できることを示している。従ってPQIPへの感受性が同様の様式で予測できるかどうかを見るために、CRC細胞株におけるIGF−1R遺伝子コピー数を調べた。デュアルカラーFISH分析を、結腸直腸がん細胞株のプレパラートで行った。IGF−1R(赤)/CEP15(緑)プローブセットでハイブリダイズした細胞株RK0及びColo205からの中期延展体及び間期核を、図12及び13に例示する。間期及び中期解析の詳細な結果を、25のCRC細胞株に対して図10、11及び16に示す。各細胞株の倍数性は、解析した中期における染色体数に基づいて概算した。これらのCRC細胞株はいずれも、IGF1R遺伝子増幅又は顕著な欠失を示さなかった。しかしながら、興味深いことに、PQIPに感受性の4細胞株、即ち、COLO205、HT29、CaCo2、及びLS513のすべては、IGF−1Rコピー数のわずかな増加(倍数性に正常化される場合の不均衡増加)を示した。対照的に、16種のR細胞株のうち2種だけが不均衡増加を示した。この結果によれば、いずれのCRC細胞株も遺伝子増幅又は顕著な欠失増加を示しているようには見えない。しかしながら、IGF−1R遺伝子コピー数(倍数性に正常化される場合の不均衡増加)は、PQIPに対する感受性の有意な予測因子であるようである。
最近の試験は、FISHによるEGFR遺伝子コピー数検出が、セツキシマブ及び化学療法(Hirsch FR, et. al. J Clin Oncol. 2008 Jul 10;26(20):3351-7)で処置した患者の転帰を予測できることを示している。従ってPQIPへの感受性が同様の様式で予測できるかどうかを見るために、CRC細胞株におけるIGF−1R遺伝子コピー数を調べた。デュアルカラーFISH分析を、結腸直腸がん細胞株のプレパラートで行った。IGF−1R(赤)/CEP15(緑)プローブセットでハイブリダイズした細胞株RK0及びColo205からの中期延展体及び間期核を、図12及び13に例示する。間期及び中期解析の詳細な結果を、25のCRC細胞株に対して図10、11及び16に示す。各細胞株の倍数性は、解析した中期における染色体数に基づいて概算した。これらのCRC細胞株はいずれも、IGF1R遺伝子増幅又は顕著な欠失を示さなかった。しかしながら、興味深いことに、PQIPに感受性の4細胞株、即ち、COLO205、HT29、CaCo2、及びLS513のすべては、IGF−1Rコピー数のわずかな増加(倍数性に正常化される場合の不均衡増加)を示した。対照的に、16種のR細胞株のうち2種だけが不均衡増加を示した。この結果によれば、いずれのCRC細胞株も遺伝子増幅又は顕著な欠失増加を示しているようには見えない。しかしながら、IGF−1R遺伝子コピー数(倍数性に正常化される場合の不均衡増加)は、PQIPに対する感受性の有意な予測因子であるようである。
免疫組織化学による結腸がん細胞株のIGF1R経路の特性化:
以前の試験では、遺伝子コピー数とIHCによるタンパク質発現の組み合わせが、ゲフェニチブ処置に対するNSCLC患者の転帰を予測できることが示されている(44)。しかしながら、EGFR発現とEGFR標的薬剤(例えば、ゲフェニチブ、エルロチニブ)に対する感受性間で、いずれも整合性ある相関があるようではなかった。そこで、この経路のいずれの部分の過剰発現が感受性を予測することができるかを明らかにするために、IGF1R経路をIHCによって評価した。IGF1R及びIGF2Rタンパク質発現を、確立された方法を用いてIHCによって評価した。表2は、CRC細胞株のパネルについて、IGF1R及びIGF2Rタンパク質発現のスコア(0〜4)を示す。EGFR経路について以前報告された結果と同様に、IGF1R又はIGF2R発現とPQIPに対する感受性間には相関があるようには見えない。
以前の試験では、遺伝子コピー数とIHCによるタンパク質発現の組み合わせが、ゲフェニチブ処置に対するNSCLC患者の転帰を予測できることが示されている(44)。しかしながら、EGFR発現とEGFR標的薬剤(例えば、ゲフェニチブ、エルロチニブ)に対する感受性間で、いずれも整合性ある相関があるようではなかった。そこで、この経路のいずれの部分の過剰発現が感受性を予測することができるかを明らかにするために、IGF1R経路をIHCによって評価した。IGF1R及びIGF2Rタンパク質発現を、確立された方法を用いてIHCによって評価した。表2は、CRC細胞株のパネルについて、IGF1R及びIGF2Rタンパク質発現のスコア(0〜4)を示す。EGFR経路について以前報告された結果と同様に、IGF1R又はIGF2R発現とPQIPに対する感受性間には相関があるようには見えない。
受容体リン酸化及び経路活性化に対するPQIPの効果:
PQIPはIGF1Rの自己リン酸化を阻害することが予想されるので、その受容体及び経路のIGF−2媒介活性化を阻害する能力を試験した。1つのPQIP感受性及び1つのPQIP耐性CRC細胞株を、免疫沈降及びイムノブロット分析のために選択した。18時間の血清飢餓培養に続いて、HT29及びHCT116 CRC細胞株を、PQIP(0.4μmol/l)の3時間のプレ曝露有り又は無しで、100ng/mLのIGF−2で10分間刺激し又は刺激しなかった。両方の感受性HT29及び耐性HCT116のCRC細胞株では、PQIPは殆ど完全にIGF1RのIGF−2誘導チロシン自己リン酸化を阻害する(図6)。これらのCRC細胞株では、PQIPは同様にAkt、S6リボソームタンパク質のリン酸化をIGF−2刺激の有り又は無しで阻害する。しかしながら、p42/44MAPKのIGF−2誘導リン酸化は、感受性HT29でのみ阻害され、耐性HCT116のCRC細胞株では阻害されない(図6)。
PQIPはIGF1Rの自己リン酸化を阻害することが予想されるので、その受容体及び経路のIGF−2媒介活性化を阻害する能力を試験した。1つのPQIP感受性及び1つのPQIP耐性CRC細胞株を、免疫沈降及びイムノブロット分析のために選択した。18時間の血清飢餓培養に続いて、HT29及びHCT116 CRC細胞株を、PQIP(0.4μmol/l)の3時間のプレ曝露有り又は無しで、100ng/mLのIGF−2で10分間刺激し又は刺激しなかった。両方の感受性HT29及び耐性HCT116のCRC細胞株では、PQIPは殆ど完全にIGF1RのIGF−2誘導チロシン自己リン酸化を阻害する(図6)。これらのCRC細胞株では、PQIPは同様にAkt、S6リボソームタンパク質のリン酸化をIGF−2刺激の有り又は無しで阻害する。しかしながら、p42/44MAPKのIGF−2誘導リン酸化は、感受性HT29でのみ阻害され、耐性HCT116のCRC細胞株では阻害されない(図6)。
予想したように、HT29及びHCT116の両細胞株では、IGF1R、Akt、及びS6リボソームタンパク質は、PQIPの添加によってすべて成功裡に阻害される。興味深いことに、PQIPは感受性HT29細胞においてのみERKを阻害することから、HCT116の耐性は、IGF1R以外の増殖因子受容体への依存性によって説明できることを示唆する。同様の結果はGEOのCRC細胞で以前報告され、ERKではなくAktの阻害を示した(Ji Q.S., et. al. Mol Cancer Ther. 2007 Aug;6(8):2158-67. Epub 2007 Aug 1)。
結腸がん細胞株における化学療法とのPQIPの組み合わせ処置:
IGF1RはCRCに過剰発現し、化学療法に対する抵抗性と関連している。従って、CRCに対して標準的化学療法との組み合わせでPQIPの効果を検討した。2つのPQIP感受性及び2つのPQIP耐性を含む4CRC細胞株を、組み合わせのために選択した。約0.3μmol/LのIC50のHT29及びLS513のCRC細胞株を感受性と分類した。IC50>5μmol/LのHCT116及びRKOのCRC細胞株を耐性と分類した。濃度は、各化合物に対する単剤増殖曲線に基づいて選択した。細胞を、PQIP及び化学療法(SN38、オキサリプラチン、又は5−フルオロウラシル)に72時間同時に曝露し、そして組み合わせをSRB分析を用いて評価した。感受性HT29及びLS513のCRC細胞株は相乗効果を示し、ほとんどすべてで0.2〜1.0間の併用係数(CI)値を有した(図7)。耐性HCT116及びRKOのCRC細胞株は、試験したほとんどすべての組み合わせにおいて、大部分は相加性で幾つかは若干の相乗効果(CI値0.6〜1.4)を示し、組み合わせに対する感受性低下を示した(図8)。このように腫瘍細胞感受性を予測するバイオマーカーは、どの細胞が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤(例えば、PQIP)及び化学療法(即ち、SN38、オキサリプラチン、又は5−フルオロウラシル)に相乗的に反応するかを示唆するように見える。
IGF1RはCRCに過剰発現し、化学療法に対する抵抗性と関連している。従って、CRCに対して標準的化学療法との組み合わせでPQIPの効果を検討した。2つのPQIP感受性及び2つのPQIP耐性を含む4CRC細胞株を、組み合わせのために選択した。約0.3μmol/LのIC50のHT29及びLS513のCRC細胞株を感受性と分類した。IC50>5μmol/LのHCT116及びRKOのCRC細胞株を耐性と分類した。濃度は、各化合物に対する単剤増殖曲線に基づいて選択した。細胞を、PQIP及び化学療法(SN38、オキサリプラチン、又は5−フルオロウラシル)に72時間同時に曝露し、そして組み合わせをSRB分析を用いて評価した。感受性HT29及びLS513のCRC細胞株は相乗効果を示し、ほとんどすべてで0.2〜1.0間の併用係数(CI)値を有した(図7)。耐性HCT116及びRKOのCRC細胞株は、試験したほとんどすべての組み合わせにおいて、大部分は相加性で幾つかは若干の相乗効果(CI値0.6〜1.4)を示し、組み合わせに対する感受性低下を示した(図8)。このように腫瘍細胞感受性を予測するバイオマーカーは、どの細胞が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤(例えば、PQIP)及び化学療法(即ち、SN38、オキサリプラチン、又は5−フルオロウラシル)に相乗的に反応するかを示唆するように見える。
IGF1Rタンパク質レベルの解析を含む更なる組み合わせの実験を、PQIP感受性HT29及びPQIP耐性HCT116のCRC細胞株を用いて行なった。細胞を、PQIP(0.4μmol/L)及び化学療法(SN38は0.004μmol/L、又はオキサリプラチンは1μmol/L)単独、又は組み合わせで72時間曝露した。タンパク質を抽出し、Meso Scale Discovery(MSD; Gaithersburg, Maryland20877)分析を用いてホスホ/合計IGF1Rレベルを分析した。図9に示すように、リン酸化IGF1Rは、PQIP単独への曝露時にそして両方の組み合わせで阻害された。SN38又はオキサリプラチンは単独で、GF1Rリン酸化に対して有意な効果は認められなかった(図9)。
HT29及びHCT116における化学療法、具体的にはオキサリプラチンは、総及びリン酸化Akt及びERK両方の発現レベルの増加を誘導する。それにもかかわらず、増殖に対して相乗効果をもたらすことができ、これらのプロ生存経路の阻害は、これらの化合物の作用に対する絶対的必要条件ではないことを示唆した。以前の試験では、他の化合物がリン酸化ERKレベルを増加させることができることを示し、このことはプロアポトーシス細胞死に関連している長期的vs.一時的ERK活性を反映していることを示している(46)。
これらの化合物での相乗効果に因り、更なる検討をMSD分析を用いた化学療法の組み合わせで行った。興味深いことに、リン酸化IGF1Rの基底レベルは、耐性HCT116細胞におけるよりも感受性HT29細胞で高い。加えて、すべての組み合わせは、PQIP単独でリン酸化IGF1Rの同様の減少を示す。このことは、認められた相乗効果がリン酸化IGF1Rに非依存性であり、アポトーシスのような他のメカニズムによっている可能性を同様に示唆する。
OSIP−906試験
材料及び方法
IGF−1R阻害化合物
IGF−1R阻害化合物のOSI−906は、OSI Pharmaceuticals(Melville, NY)によって提供された。OSIP−906(シス−3−[8−アミノ−1−(2−フェニル−キノリン−7−イル)−イミダゾ[1,5−a]ピラジン−3−イル]−1−メチル−シクロブタノール)は、WO2005/097800に記載の方法によって合成した。
材料及び方法
IGF−1R阻害化合物
IGF−1R阻害化合物のOSI−906は、OSI Pharmaceuticals(Melville, NY)によって提供された。OSIP−906(シス−3−[8−アミノ−1−(2−フェニル−キノリン−7−イル)−イミダゾ[1,5−a]ピラジン−3−イル]−1−メチル−シクロブタノール)は、WO2005/097800に記載の方法によって合成した。
細胞株及び培養:
27のヒト結腸がん培養細胞を、アメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション(Manassas Va)から入手した。GEO細胞は、Dr. Fortunato Ciardiello (Cattedra Oncologia Medica, Dipartimento Medico-Chirurgico Internistica Clinica e Sperimentale “F Magrassi eA Lanzara、”Seconda Universita Studi Napoli, Naples)からの好意の寄贈を受けた。GEOを除くすべての細胞を、10%ウシ胎仔血清、1%非必須アミノ酸、及び1%ペニシリン/ストレプトマイシンを補充したRPMI培地で増殖し、5%CO2を含む大気下でインキュベーター中37℃で保持した。GEO細胞を、10%ウシ胎仔血清、1%非必須アミノ酸、1%ペニシリン/ストレプトマイシンを補足したDMEM/F12で増殖した。細胞は定期的にマイコプラズマ(MycoAlert, Cambrex Bio Science, Baltimore, MD)の存在をスクリーニングし、それらが約70%密集に至った時に、OSI−906に曝露した。OSI−906はOSI Pharmaceuticals、(Boulder, CO)によって提供され、DMSO中の10mM原液として調製した。
27のヒト結腸がん培養細胞を、アメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション(Manassas Va)から入手した。GEO細胞は、Dr. Fortunato Ciardiello (Cattedra Oncologia Medica, Dipartimento Medico-Chirurgico Internistica Clinica e Sperimentale “F Magrassi eA Lanzara、”Seconda Universita Studi Napoli, Naples)からの好意の寄贈を受けた。GEOを除くすべての細胞を、10%ウシ胎仔血清、1%非必須アミノ酸、及び1%ペニシリン/ストレプトマイシンを補充したRPMI培地で増殖し、5%CO2を含む大気下でインキュベーター中37℃で保持した。GEO細胞を、10%ウシ胎仔血清、1%非必須アミノ酸、1%ペニシリン/ストレプトマイシンを補足したDMEM/F12で増殖した。細胞は定期的にマイコプラズマ(MycoAlert, Cambrex Bio Science, Baltimore, MD)の存在をスクリーニングし、それらが約70%密集に至った時に、OSI−906に曝露した。OSI−906はOSI Pharmaceuticals、(Boulder, CO)によって提供され、DMSO中の10mM原液として調製した。
蛍光インサイチュハイブリダイゼーション(FISH):
デュアルカラーFISH分析は、実験室標準プロトコールにより、113mm2ハイブリダイゼーションエリア当り120ngのSpectrum Red標識IGF−IR(Unversity of Colorado Cancer Center Cytogenetics Lab)及び0.3μlのSpectrum Green標識CEP15(Abbott Molecular, Abbott Park, IL)を用いて、CRC細胞株のプレパラートで行った(1)。スライドを、先ず70%酢酸で20〜30秒間洗浄し、次いで0.008%ペプシン/0.01MHC1中で37℃にて3〜5分間、1%ホルムアルデヒド中で10分間インキュベートし、そして段階的なエタノール系列で脱水した。プローブミックスを選択ハイブリダイゼーションエリアに適用し、ガラスカバースリップで覆い、ゴム接着剤でシールした。DNA共変性を85℃で9分間行ない、ハイブリダイゼーションが37℃にて40〜48時間で起こるようにした。ハイブリダイゼーション後の洗浄を、2xSSC/0.3%NP−40を用いて72℃で、2xSSCを用いて室温で2分間行ない、そして段階的なエタノール系列で脱水した(Cappuzzo F, et al. Br J Cancer 2008;99(1):83-9)。クロマチンを、DAPI(Vectashield Mounting Medium中0.3μg/ml, Vector Laboratories,Burlingame,CA)で対比染色した。分析は、緑(FITC)、赤(テキサスレッド)、及び青(DAPI)、並びに二重(赤/緑)及び三重(青、赤、緑)帯域通過フィルタに対する単一干渉フィルタセットを用いてエピ蛍光顕微鏡で行った。約20の中期延展体及び100の間期核を各細胞株中で分析し、そしてこのセッティングでほぼ大まかに倍数性を推定し、IGF−IR/CEP15プローブセットに相同配列を固定している染色体を同定した。ドキュメンテーションのために、画像をCCDカメラを用いて取り、専用ソフト(CytoVision, AI, San Jose, CA)を用いて合体した。
デュアルカラーFISH分析は、実験室標準プロトコールにより、113mm2ハイブリダイゼーションエリア当り120ngのSpectrum Red標識IGF−IR(Unversity of Colorado Cancer Center Cytogenetics Lab)及び0.3μlのSpectrum Green標識CEP15(Abbott Molecular, Abbott Park, IL)を用いて、CRC細胞株のプレパラートで行った(1)。スライドを、先ず70%酢酸で20〜30秒間洗浄し、次いで0.008%ペプシン/0.01MHC1中で37℃にて3〜5分間、1%ホルムアルデヒド中で10分間インキュベートし、そして段階的なエタノール系列で脱水した。プローブミックスを選択ハイブリダイゼーションエリアに適用し、ガラスカバースリップで覆い、ゴム接着剤でシールした。DNA共変性を85℃で9分間行ない、ハイブリダイゼーションが37℃にて40〜48時間で起こるようにした。ハイブリダイゼーション後の洗浄を、2xSSC/0.3%NP−40を用いて72℃で、2xSSCを用いて室温で2分間行ない、そして段階的なエタノール系列で脱水した(Cappuzzo F, et al. Br J Cancer 2008;99(1):83-9)。クロマチンを、DAPI(Vectashield Mounting Medium中0.3μg/ml, Vector Laboratories,Burlingame,CA)で対比染色した。分析は、緑(FITC)、赤(テキサスレッド)、及び青(DAPI)、並びに二重(赤/緑)及び三重(青、赤、緑)帯域通過フィルタに対する単一干渉フィルタセットを用いてエピ蛍光顕微鏡で行った。約20の中期延展体及び100の間期核を各細胞株中で分析し、そしてこのセッティングでほぼ大まかに倍数性を推定し、IGF−IR/CEP15プローブセットに相同配列を固定している染色体を同定した。ドキュメンテーションのために、画像をCCDカメラを用いて取り、専用ソフト(CytoVision, AI, San Jose, CA)を用いて合体した。
免疫ブロット法:
細胞を処置の24時間前に6ウェルプレートへ播種し、新しい培地を薬物の有り又は無しで更に72時間加えた。処置後、細胞を、プロテアーゼ阻害剤、EDTA、NaF、及びオルトバナジン酸ナトリウムを含有するRIPA緩衝液中へ掻き落した。試料中の総タンパク質はBioRad Dcタンパク質アッセイ(BioRad, Hercules, CA)を用いて定量した。30μgの総タンパク質を、10%勾配ゲル上へ置いて電気泳動にかけ、次いでI-Blot(Invitrogen, Carlsbad, CA)を用いてPVDFに移動させた。膜は、以下の一次抗体により4℃で一夜インキュベートする前に、Tween−20を含むTBS(0.1%)中5%脱脂粉乳によりRTで1時間ブロックした:pIGF−IR、IGF−IR、pSHC、SHC、pIRS−1、IRS−1、pAKT、AKT、pERK、ERK、pS6RP、S6RP、pPI3K、及びPI3K(すべてCell Signaling, Beverly, MAから)。一次抗体後、ブロットをTBS−Tween(0.1%)中で3×20分洗浄し、1:20,000での適切な二次抗ウサギ又は抗マウスIgGホースラディッシュペルオキシダーゼ結合抗体(Jackson ImmunoResearch, West Grove, PA)で、RTにて1時間インキュベートし、3回洗浄して、Immobilon Western Chemiluminescent HRP基質(Millipore, Billerica, MA)を用いて展開した。イムノブロット実験は、各抗体により3つ組(triplicate)で行った。
細胞を処置の24時間前に6ウェルプレートへ播種し、新しい培地を薬物の有り又は無しで更に72時間加えた。処置後、細胞を、プロテアーゼ阻害剤、EDTA、NaF、及びオルトバナジン酸ナトリウムを含有するRIPA緩衝液中へ掻き落した。試料中の総タンパク質はBioRad Dcタンパク質アッセイ(BioRad, Hercules, CA)を用いて定量した。30μgの総タンパク質を、10%勾配ゲル上へ置いて電気泳動にかけ、次いでI-Blot(Invitrogen, Carlsbad, CA)を用いてPVDFに移動させた。膜は、以下の一次抗体により4℃で一夜インキュベートする前に、Tween−20を含むTBS(0.1%)中5%脱脂粉乳によりRTで1時間ブロックした:pIGF−IR、IGF−IR、pSHC、SHC、pIRS−1、IRS−1、pAKT、AKT、pERK、ERK、pS6RP、S6RP、pPI3K、及びPI3K(すべてCell Signaling, Beverly, MAから)。一次抗体後、ブロットをTBS−Tween(0.1%)中で3×20分洗浄し、1:20,000での適切な二次抗ウサギ又は抗マウスIgGホースラディッシュペルオキシダーゼ結合抗体(Jackson ImmunoResearch, West Grove, PA)で、RTにて1時間インキュベートし、3回洗浄して、Immobilon Western Chemiluminescent HRP基質(Millipore, Billerica, MA)を用いて展開した。イムノブロット実験は、各抗体により3つ組(triplicate)で行った。
免疫組織化学(IHC):
IGF−IR及び下流のエフェクタータンパク質の発現は、以下の抗体を用いるIHCによって評価した。IGF−IR(Ventana Medical Syatem,Tucson,AZ)、IGF−2R(Santa Cruz, Santa Cruz, CA)、ホスホERK(Cell Signaling, Beverly,MA)、IGF2(ABCAM,Cambrige, MA)。染色手順は、抗体メーカーの推奨に従って行なった。蛋白質のスコアリングでは、0〜4まで等級化された染色腫瘍細胞×平均染色強度のパーセントとして計算された染色指数を使用した結果、0〜400の指数値となった。既報と一致して、200より高い染色指数を有する試料は、タンパク質陽性とあらかじめ定めた(Jimeno A., et al. Cancer Res 2008;68(8):284:1-9)。スコアリングは、曝露データに対して盲検の病理学者によって行なわれた。
IGF−IR及び下流のエフェクタータンパク質の発現は、以下の抗体を用いるIHCによって評価した。IGF−IR(Ventana Medical Syatem,Tucson,AZ)、IGF−2R(Santa Cruz, Santa Cruz, CA)、ホスホERK(Cell Signaling, Beverly,MA)、IGF2(ABCAM,Cambrige, MA)。染色手順は、抗体メーカーの推奨に従って行なった。蛋白質のスコアリングでは、0〜4まで等級化された染色腫瘍細胞×平均染色強度のパーセントとして計算された染色指数を使用した結果、0〜400の指数値となった。既報と一致して、200より高い染色指数を有する試料は、タンパク質陽性とあらかじめ定めた(Jimeno A., et al. Cancer Res 2008;68(8):284:1-9)。スコアリングは、曝露データに対して盲検の病理学者によって行なわれた。
KRAS/BRAF/PI3K変異解析:
ヒト原発腫瘍外植片及びCRC細胞株の両方で、QiagenのDNA抽出キットを用いてDNAを分離した。KRAS変異は2つの方法の1つによって解析した。ヒト原発腫瘍外植片は、コロラド大学がんセンター病理学コアのDxS Scorpion法(DxS Ltd., Manchester, UK)によりメーカー使用説明書を用いて解析した。簡潔に言えば、コドン12及び13において、7つの公知KRAS点突然変異のセット(即ち、Gly12Asp(GGT>GAT)、Gly12Ala(GGT>GCT)、Gly12Val(GGT>GTT)、Gly12Ser(GGT>AGT)、Gly12Arg(GGT>CGT)、Gly12Cys(GGT>TGT)、及びGly13Asp(GGC>GAC))に対して、THERASCREEN(登録商標)KRAS変異検出キット(DxS Ltd., Manchester, UK)を用いて、鋳型DNAを解析した。反応及び解析は、キットメーカーによって提供される染色検量キットを使用して、較正したLightcycler480リアルタイムPCR機器(LC480)で行った。反応は、各々約60ngのDNA鋳型を使用して、20μl反応液中96ウェルプレートで行った。試料DNAは、内部Scorpionレポータープローブを有する8つの別々のプライマーセット(野生型配列で1つ及び7つの異なる点突然変異の各々で1つ)により増幅した。LC480フィットポイントソフトウェアパッケージを用いてサイクルクロスポイント(CP)値を算出し、そしてコントロールCpは各々の変異特異的プライマーセットのCpから減じた(図2)。変異鋳型の非存在下では擬似低レベル増幅がある可能性があるため、増幅産物はしばしば大部分のプライマーセットでは遅いサイクル数で見られる。バックグラウンド増幅による偽陽性結果を避けるために、コントロールCp値が35サイクルより小さいか等しい場合だけ解析は有効と考えられる。このバックグラウンド増幅を補償するために、Cp閾値が計算される。Cpが統計的に設定された5%信頼値閾よりも小さい場合に突然変異と呼ばれる(Franklin WA HJ, Sugita M, Bemis L, Jimeno A, Messersmith WA KRAS変異: 結腸がんの組織試験法及び採取法の比較,J Mol Diagn
2009)。
ヒト原発腫瘍外植片及びCRC細胞株の両方で、QiagenのDNA抽出キットを用いてDNAを分離した。KRAS変異は2つの方法の1つによって解析した。ヒト原発腫瘍外植片は、コロラド大学がんセンター病理学コアのDxS Scorpion法(DxS Ltd., Manchester, UK)によりメーカー使用説明書を用いて解析した。簡潔に言えば、コドン12及び13において、7つの公知KRAS点突然変異のセット(即ち、Gly12Asp(GGT>GAT)、Gly12Ala(GGT>GCT)、Gly12Val(GGT>GTT)、Gly12Ser(GGT>AGT)、Gly12Arg(GGT>CGT)、Gly12Cys(GGT>TGT)、及びGly13Asp(GGC>GAC))に対して、THERASCREEN(登録商標)KRAS変異検出キット(DxS Ltd., Manchester, UK)を用いて、鋳型DNAを解析した。反応及び解析は、キットメーカーによって提供される染色検量キットを使用して、較正したLightcycler480リアルタイムPCR機器(LC480)で行った。反応は、各々約60ngのDNA鋳型を使用して、20μl反応液中96ウェルプレートで行った。試料DNAは、内部Scorpionレポータープローブを有する8つの別々のプライマーセット(野生型配列で1つ及び7つの異なる点突然変異の各々で1つ)により増幅した。LC480フィットポイントソフトウェアパッケージを用いてサイクルクロスポイント(CP)値を算出し、そしてコントロールCpは各々の変異特異的プライマーセットのCpから減じた(図2)。変異鋳型の非存在下では擬似低レベル増幅がある可能性があるため、増幅産物はしばしば大部分のプライマーセットでは遅いサイクル数で見られる。バックグラウンド増幅による偽陽性結果を避けるために、コントロールCp値が35サイクルより小さいか等しい場合だけ解析は有効と考えられる。このバックグラウンド増幅を補償するために、Cp閾値が計算される。Cpが統計的に設定された5%信頼値閾よりも小さい場合に突然変異と呼ばれる(Franklin WA HJ, Sugita M, Bemis L, Jimeno A, Messersmith WA KRAS変異: 結腸がんの組織試験法及び採取法の比較,J Mol Diagn
2009)。
CRC細胞株のKRAS変異を、カスタムプライマーを用いる高分解能融解温度法によるコロラド大学がんセンター病理学コア、及びRocheのLC480リアルタイムPCR装置(Mannheim, Germany)によって解析した。簡潔に言えば、鋳型DNAを、Lightcycler
480リアルタイムPCR装置(Roche Applied Science, Indianapolis, IN)を用い、High Resolution Melting(HRM)解析によって試験した。凡そ60ngの腫瘍鋳型DNA、野生型対照DNA及び変異対照DNAを、HRMのマスターミックス(Rocheカタログ番号04909631001)を用い、Lightcycler 480装置上で、96ウェルプレートで10μl中のRASO1及びRASA2プライマー、並びに1.75mMのMgCl2により、2ステップ繰返しプログラム(95℃融解、72℃アニーリング及びエクステンション)を使用して45サイクル増幅した。PCR産物は、温度上昇の度毎に25データ収集を有するHRMによって、40℃から90℃まで解析した。基準計算のために、既知の野生型の対照試料を用いたLightcycler 480 Gene Scanningソフトウェアを、これらの解析に使用した(3)。BRAF及びPI3K突然変異を、既述のように、産物のPCR増幅及び直接配列決定によって解析した(Jhawer M、Cancer Res 2008;68(6):1953-61)。使用したプライマーは、BRAFのエキソン15増幅では、F、AACACATTTCAAGCCCCAAA及びR、GAAACTGGTTTCAAAATATTCGTT;PIK3CAのエキソン9では、F、GCTTTTTCTGTAAATCATCTGTG及びR、CTGAG−ATCAGCCAAATTCAGT;そして(コドン1023の変異で)F、CATTTGCTCCAAACTGACCA及びR、TACTCCAAAGCCTCTTGCTC、及びPIK3CAのエキソン20では(コドン1047の変異で)、F、ACATTCGAAA−GACCCTAGCC及びR、CAATTCCTATGCAATCGGTCTであった。
480リアルタイムPCR装置(Roche Applied Science, Indianapolis, IN)を用い、High Resolution Melting(HRM)解析によって試験した。凡そ60ngの腫瘍鋳型DNA、野生型対照DNA及び変異対照DNAを、HRMのマスターミックス(Rocheカタログ番号04909631001)を用い、Lightcycler 480装置上で、96ウェルプレートで10μl中のRASO1及びRASA2プライマー、並びに1.75mMのMgCl2により、2ステップ繰返しプログラム(95℃融解、72℃アニーリング及びエクステンション)を使用して45サイクル増幅した。PCR産物は、温度上昇の度毎に25データ収集を有するHRMによって、40℃から90℃まで解析した。基準計算のために、既知の野生型の対照試料を用いたLightcycler 480 Gene Scanningソフトウェアを、これらの解析に使用した(3)。BRAF及びPI3K突然変異を、既述のように、産物のPCR増幅及び直接配列決定によって解析した(Jhawer M、Cancer Res 2008;68(6):1953-61)。使用したプライマーは、BRAFのエキソン15増幅では、F、AACACATTTCAAGCCCCAAA及びR、GAAACTGGTTTCAAAATATTCGTT;PIK3CAのエキソン9では、F、GCTTTTTCTGTAAATCATCTGTG及びR、CTGAG−ATCAGCCAAATTCAGT;そして(コドン1023の変異で)F、CATTTGCTCCAAACTGACCA及びR、TACTCCAAAGCCTCTTGCTC、及びPIK3CAのエキソン20では(コドン1047の変異で)、F、ACATTCGAAA−GACCCTAGCC及びR、CAATTCCTATGCAATCGGTCTであった。
遺伝子発現プロファイル:
細胞は、採取の24時間前に6ウェルプレートに2×106で平板培養した。24〜72時間後に、細胞をPBSで2回リンスし、RNAはRNeasy Plusミニキット(Qiagen, Valencia, CA)を用いて調製した。RNAの安定化、分離及びマイクロアレイ試料標識化を、逆転写及び1ラウンドのインビトロ転写のために標準法を用いて行なった。CRC細胞株及び腫瘍移植片から分離したすべてのRNAを、Affymetrix U133 Plus 2.0遺伝子アレイで少なくとも2つ組でハイブリダイズした。この遺伝子アレイは、約20,000遺伝子を含む約54,000プローブを有する。Affymetrix GeneChip (登録商標) 発現解析マニュアル(Affymetrix Inc., Santa Clara, CA)に記載のように、試料調製及び処理手順を行なった。加えて、CRC細胞株の遺伝子発現プロファイルを、NCIのがんバイオインフォマティクスGrid(caBIG(登録商標)ウェブサイト(https://cabig.nci.nih.gov/)を経て、GlaxoSmithKline(GSK)ゲノムプロファイリングデータから得た。これらのデータを、また、Affymetrix U133 Plus 2.0遺伝子アレイを使用して3つ組でプロファイルした。当ラボ及びGSKから生成されるデータを統合するために、マイクロアレイ遺伝子発現プロファイルからの絶対強度シグナルを抽出し、同じ遺伝子を示すプローブセットは最大値を基準にして分解した。次いで、遺伝子発現レベルを、各々のマイクロアレイでランクベースマトリックスに変換し標準化した(平均=0、標準偏差=1)。この前処理方法を用いて、異なるデータセットからの同じ細胞株を、それらの遺伝子発現プロファイルに基づいてクラスター化した。データ解析は、このランクに基づくマトリックスで行なった。
細胞は、採取の24時間前に6ウェルプレートに2×106で平板培養した。24〜72時間後に、細胞をPBSで2回リンスし、RNAはRNeasy Plusミニキット(Qiagen, Valencia, CA)を用いて調製した。RNAの安定化、分離及びマイクロアレイ試料標識化を、逆転写及び1ラウンドのインビトロ転写のために標準法を用いて行なった。CRC細胞株及び腫瘍移植片から分離したすべてのRNAを、Affymetrix U133 Plus 2.0遺伝子アレイで少なくとも2つ組でハイブリダイズした。この遺伝子アレイは、約20,000遺伝子を含む約54,000プローブを有する。Affymetrix GeneChip (登録商標) 発現解析マニュアル(Affymetrix Inc., Santa Clara, CA)に記載のように、試料調製及び処理手順を行なった。加えて、CRC細胞株の遺伝子発現プロファイルを、NCIのがんバイオインフォマティクスGrid(caBIG(登録商標)ウェブサイト(https://cabig.nci.nih.gov/)を経て、GlaxoSmithKline(GSK)ゲノムプロファイリングデータから得た。これらのデータを、また、Affymetrix U133 Plus 2.0遺伝子アレイを使用して3つ組でプロファイルした。当ラボ及びGSKから生成されるデータを統合するために、マイクロアレイ遺伝子発現プロファイルからの絶対強度シグナルを抽出し、同じ遺伝子を示すプローブセットは最大値を基準にして分解した。次いで、遺伝子発現レベルを、各々のマイクロアレイでランクベースマトリックスに変換し標準化した(平均=0、標準偏差=1)。この前処理方法を用いて、異なるデータセットからの同じ細胞株を、それらの遺伝子発現プロファイルに基づいてクラスター化した。データ解析は、このランクに基づくマトリックスで行なった。
shRNAノックダウン:
pRS−shE2F6遺伝子特異的shRNA発現カセットは、元のpRSベクターを含む対照shRNAプラスミド(TR20003)と共に、OriGene (Rockville MD)から購入した。メタロチオネイン2A特異的29マーのshRNAの配列は、GTAAAGAACGCGACTTCCACA−AACCTGGAである。安定クローンは、メーカーの推奨によってFugene 6(Roche, Basel Switzerland)を使用し、各々1μgのshRNAプラスミドを用いて、6ウェルシャーレ中でHCT116細胞をトランスフェクトすることにより作成した。トランスフェクションの72時間後に、細胞を2.0μg/mLのピューロマイシンによる選択下に置き、細胞が密集度に達した時に、1:5に分けた。同一のトランスフェクションからの複数のクローンを、ピューロマイシン選択下にプールし、増殖した。特異的遺伝子及び遺伝子産物の完全ノックダウンの奏功は、半定量的RT−PCR及び特異抗体による免疫ブロット法によって確認した。
pRS−shE2F6遺伝子特異的shRNA発現カセットは、元のpRSベクターを含む対照shRNAプラスミド(TR20003)と共に、OriGene (Rockville MD)から購入した。メタロチオネイン2A特異的29マーのshRNAの配列は、GTAAAGAACGCGACTTCCACA−AACCTGGAである。安定クローンは、メーカーの推奨によってFugene 6(Roche, Basel Switzerland)を使用し、各々1μgのshRNAプラスミドを用いて、6ウェルシャーレ中でHCT116細胞をトランスフェクトすることにより作成した。トランスフェクションの72時間後に、細胞を2.0μg/mLのピューロマイシンによる選択下に置き、細胞が密集度に達した時に、1:5に分けた。同一のトランスフェクションからの複数のクローンを、ピューロマイシン選択下にプールし、増殖した。特異的遺伝子及び遺伝子産物の完全ノックダウンの奏功は、半定量的RT−PCR及び特異抗体による免疫ブロット法によって確認した。
遺伝子セット濃縮解析:
遺伝子セット解析は、Broad研究所(http://www.broad.mit.edu/gsea) (Subramanian A. et al, Proc Natl Acad Sci U S A. 2005 Oct 25; 102(43):15545-50. Epub 2005 Sep
30; PMID: 16199517)から得たGSEAソフトウェアバージョン2.0.1を使用して行った。遺伝子セット順列は、各解析で1000回行なった。各表現型で濃縮される経路を振り分けるために、公称p値及び正規化濃縮スコア(NES)を用いた。この試験(PMID: 18077471; Kanehisa M., et al., Nucleic Acids Res. 2008 Jan;36 (Database issue):D480-4. Epub 2007 Dec 12)でセットされた遺伝子として、遺伝子及びゲノムの京都エンサイクロペディア(KEGG)データベースによって規定された199の経路を使用した。ヒト経路注釈は、KEGG(2007年8月発売)からダウンロードされた。この試験に使用したKEGGヒト経路は、代謝、遺伝子情報処理、環境情報処理、細胞過程及びヒト疾患を含む。166の遺伝子セットは、遺伝子セットサイズフィルタ基準(最小=10、最大=500)をパスした。
遺伝子セット解析は、Broad研究所(http://www.broad.mit.edu/gsea) (Subramanian A. et al, Proc Natl Acad Sci U S A. 2005 Oct 25; 102(43):15545-50. Epub 2005 Sep
30; PMID: 16199517)から得たGSEAソフトウェアバージョン2.0.1を使用して行った。遺伝子セット順列は、各解析で1000回行なった。各表現型で濃縮される経路を振り分けるために、公称p値及び正規化濃縮スコア(NES)を用いた。この試験(PMID: 18077471; Kanehisa M., et al., Nucleic Acids Res. 2008 Jan;36 (Database issue):D480-4. Epub 2007 Dec 12)でセットされた遺伝子として、遺伝子及びゲノムの京都エンサイクロペディア(KEGG)データベースによって規定された199の経路を使用した。ヒト経路注釈は、KEGG(2007年8月発売)からダウンロードされた。この試験に使用したKEGGヒト経路は、代謝、遺伝子情報処理、環境情報処理、細胞過程及びヒト疾患を含む。166の遺伝子セットは、遺伝子セットサイズフィルタ基準(最小=10、最大=500)をパスした。
K−TSP分類子:
OSI−906に感受性の腫瘍を予測する際の識別分類子を構築するために、K−TSPアルゴリズム(PMID: 16105897; Kanehisa M. et al., Nucleic Acids Res. 2008 Jan;
36 (Database issue):D480-4. Epub 2007 Dec 12.)を使用した。簡潔に言えば、このアルゴリズムは、クラスY=1(OSI−906感受性)からY=−1(OSI−906耐性)まで、N試料にわたって事象(Ri<Rj)の確率に有意差がある、「マーカー遺伝子対」(i、j)に焦点を合わせることにより、ランクに基づくマトリックスに含まれる情報を引き出すが、ここで、事象(Ri<Rj)は、遺伝子iが遺伝子jよりも少なく発現する場合に、そしてその場合に限り(相対発現)、遺伝子iのランクと等しいか又は遺伝子jのランクより小さい。ここでは、対象の量は、pij(m)=Prob(Ri<Rj|Y=m)、m=(1、−1)、即ち、各クラスにおいて観測されるRi<Rjの確率である。これらの確率は、プロファイル内でのそしてサンプルにわたるRi<Rjの発生の相対頻度によって推定される。Δijは遺伝子対(i、j)の「スコア」を表わすものとし、ここで、Δij=|pij(1)−pij(−1)|である。スコアΔijは、i、j∈{1,...,P}、i≠jの遺伝子対毎に計算される。内部一除外交差検証法を使用し、最終的k−TSP分類子は、kの互いに素の遺伝子対を利用し、トレーニングセットからのkのベストスコアを達成する。本試験では、対の最大数(kmax)は10と固定した。
OSI−906に感受性の腫瘍を予測する際の識別分類子を構築するために、K−TSPアルゴリズム(PMID: 16105897; Kanehisa M. et al., Nucleic Acids Res. 2008 Jan;
36 (Database issue):D480-4. Epub 2007 Dec 12.)を使用した。簡潔に言えば、このアルゴリズムは、クラスY=1(OSI−906感受性)からY=−1(OSI−906耐性)まで、N試料にわたって事象(Ri<Rj)の確率に有意差がある、「マーカー遺伝子対」(i、j)に焦点を合わせることにより、ランクに基づくマトリックスに含まれる情報を引き出すが、ここで、事象(Ri<Rj)は、遺伝子iが遺伝子jよりも少なく発現する場合に、そしてその場合に限り(相対発現)、遺伝子iのランクと等しいか又は遺伝子jのランクより小さい。ここでは、対象の量は、pij(m)=Prob(Ri<Rj|Y=m)、m=(1、−1)、即ち、各クラスにおいて観測されるRi<Rjの確率である。これらの確率は、プロファイル内でのそしてサンプルにわたるRi<Rjの発生の相対頻度によって推定される。Δijは遺伝子対(i、j)の「スコア」を表わすものとし、ここで、Δij=|pij(1)−pij(−1)|である。スコアΔijは、i、j∈{1,...,P}、i≠jの遺伝子対毎に計算される。内部一除外交差検証法を使用し、最終的k−TSP分類子は、kの互いに素の遺伝子対を利用し、トレーニングセットからのkのベストスコアを達成する。本試験では、対の最大数(kmax)は10と固定した。
インビボ増殖試験:
5〜6週齢の雌の胸線欠損マウス(Harlan Sprague Dawley)を使用した。試験プロトコールは、コロラド大学Denverの動物実験委員会によって承認された。マウスは5匹群でケージに入れ、12時間の明/暗サイクルで維持し、滅菌飼料及び水で自由給餌した。試験はすべて実験動物の管理及び使用のためのNIHのガイドラインに従って行ない、そして動物はアメリカ実験動物保護認定協会によって公認された施設で飼育した。動物は、いずれの処置もその前の少なくとも7日間環境に慣れるようにした。
5〜6週齢の雌の胸線欠損マウス(Harlan Sprague Dawley)を使用した。試験プロトコールは、コロラド大学Denverの動物実験委員会によって承認された。マウスは5匹群でケージに入れ、12時間の明/暗サイクルで維持し、滅菌飼料及び水で自由給餌した。試験はすべて実験動物の管理及び使用のためのNIHのガイドラインに従って行ない、そして動物はアメリカ実験動物保護認定協会によって公認された施設で飼育した。動物は、いずれの処置もその前の少なくとも7日間環境に慣れるようにした。
一次CRC異種移植片は、公開の方法(Rubio-Viqueira B, et al. Clin Cancer Res 2006;12(15):4652-61.)によって作製した。簡潔に言えば、コロラド大学病院で手術された患者の手術標本を、各患者当たり5マウスにs.c.再移植した。腫瘍は、採取された時点で1000〜1500mm3のサイズに増殖するようにし、分けられ、そして腫瘍バンクを維持するために、別の5マウスに移植された。それに続く増殖経過後腫瘍を摘出し、処置のために≧25マウス集団まで増殖した。この集団からの腫瘍は、約150〜300mm3に達するまで増殖するようにし、その時点でそれらを2つの処置群に均等サイズで分配した。この処置段階からの腫瘍は、賦形剤対照(25mmM酒石酸)か、又はOSI−906(40mg/kg)により28日間処置した。マウスの毒性の徴候を毎日モニターし、毎週2回体重測定した。腫瘍サイズは、週に2回、以下の式を使用してキャリパー測定によって評価した:腫瘍容積=[長さ×幅2]/0.52。相対腫瘍増殖指数を、治療開始からの対照マウスの相対腫瘍増殖で割った処置マウスの相対腫瘍増殖(T/C)によって算出した。
細胞株異種移植片では、上記のようにマウスが環境に慣れるようにした。すべてのCRC細胞を、指数増殖期で採取し、無血清RPMI1640とマトリゲル(BD Biosciences)の1:1混合物に再懸濁した。マウス当たり5〜10ミリオンの細胞を、23のゲージ針を用いて側腹部にs.c.注入した。マウスの毒性の徴候を毎日モニターし、毎週2回体重測定した。腫瘍サイズは、週に2回、以下の式を使用してキャリパー測定によって評価した:腫瘍容積=[長さ×幅2]/0.52。腫瘍が150〜300mm3マウスに達した場合に、マウスを群当たり少なくとも10の腫瘍を有する2群に無作為に割り付けた。マウスを、上記のように賦形剤か又はOSI−906で14日間処置した。
統計的方法
GraphPad Prism ソフトウェア(La Jolla、Ca)を用いて、群の比較のために有意水準を計算した。差は、P<0.05で有意であると考えた。
GraphPad Prism ソフトウェア(La Jolla、Ca)を用いて、群の比較のために有意水準を計算した。差は、P<0.05で有意であると考えた。
miRNAプロファイリング
miRNAプロファイリングは、それらの独自のmiRNAプローブセット及び2カラー高密度アレイを使用して、Dharmacon(Lafayette, CO)で行なった。OSI−906感受性(S)及び耐性(R)CRC細胞株におけるmiRNAパターンを、qRT−PCRを用いて確認した。全RNAを、以下の8結腸がん細胞株:LS513、COLO205、HT29、GEO、HCT−15、RKO、HCT−8及びSW480から、Qiagenの miRNeasyミニキットを用いて抽出した。次いで、逆転写をQiagenの miScript逆転写キットを用いて行ない、続いてmiRNA特異的プライマー及びステップワンプラスリアルタイムPCRソフトウェアを用いて、リアルタイムqPCRを行った。実験は、結果を確認するために3回繰り返した。OSI−906感受性に関してmiRNA発現の機能的意義を評価するために、トランスフェクションを、miR−181a及びmiR−224アンタゴニストを有する1つの感受性細胞株、並びにmiR−181a及びmiR−224ミミックを有する1つの耐性細胞株で行なった。細胞を24時間60mmシャーレでトランスフェクションし、その後試料を96ウェルのプレートで平板培養し、そして異なる用量のOSI−906(5μM〜0.075μM)で処置した。結果をSRBを用いて解析した。miR−224でトランスフェクトした試料の残りを60mmシャーレで平板培養し、qRT−PCRを行った。プロファイルされたmiRNA、及びそれらのコーディング遺伝子を、表2b.に記載する。プローブmiRNAの配列及び他の詳細は、http://microrna.sanger.ac.uk/にあるSangerのmiRNAデータベース「miRBase」;及びNCBIEntrez遺伝子データベース(全米バイオテクノロジー情報センター(NCBI)、米国国立医学図書館, 8600 Rockville Pike, Building 38A, Bethesda, MD 20894; Internet address http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)を含む、多数のオンラインデータベースのいずれかで見ることができる。
miRNAプロファイリングは、それらの独自のmiRNAプローブセット及び2カラー高密度アレイを使用して、Dharmacon(Lafayette, CO)で行なった。OSI−906感受性(S)及び耐性(R)CRC細胞株におけるmiRNAパターンを、qRT−PCRを用いて確認した。全RNAを、以下の8結腸がん細胞株:LS513、COLO205、HT29、GEO、HCT−15、RKO、HCT−8及びSW480から、Qiagenの miRNeasyミニキットを用いて抽出した。次いで、逆転写をQiagenの miScript逆転写キットを用いて行ない、続いてmiRNA特異的プライマー及びステップワンプラスリアルタイムPCRソフトウェアを用いて、リアルタイムqPCRを行った。実験は、結果を確認するために3回繰り返した。OSI−906感受性に関してmiRNA発現の機能的意義を評価するために、トランスフェクションを、miR−181a及びmiR−224アンタゴニストを有する1つの感受性細胞株、並びにmiR−181a及びmiR−224ミミックを有する1つの耐性細胞株で行なった。細胞を24時間60mmシャーレでトランスフェクションし、その後試料を96ウェルのプレートで平板培養し、そして異なる用量のOSI−906(5μM〜0.075μM)で処置した。結果をSRBを用いて解析した。miR−224でトランスフェクトした試料の残りを60mmシャーレで平板培養し、qRT−PCRを行った。プロファイルされたmiRNA、及びそれらのコーディング遺伝子を、表2b.に記載する。プローブmiRNAの配列及び他の詳細は、http://microrna.sanger.ac.uk/にあるSangerのmiRNAデータベース「miRBase」;及びNCBIEntrez遺伝子データベース(全米バイオテクノロジー情報センター(NCBI)、米国国立医学図書館, 8600 Rockville Pike, Building 38A, Bethesda, MD 20894; Internet address http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)を含む、多数のオンラインデータベースのいずれかで見ることができる。
結果及び考察
OSI−906に対するCRC細胞株パネルの反応性の評価
CRC細胞株のOSI−906に対する感受性差を評価するために、27株のCRC細胞株パネルを漸増する濃度のOSI−906に接触させ、増殖を前記のSRBアッセイ(Pitts, TM, et al. Mol Cancer Ther 2009;8(2):342-9)を用いて測定した。図17に示したように、OSI−906に対するCRC細胞株の感受性は広範囲であり、大部分の細胞株のIC50は5μmol/Lまで到達しなかったが、感受性細胞株と耐性細胞株は明瞭に区別することができた。分類については、感受性細胞株はIC50≦1.5μmol/Lのもの、それに対して耐性細胞株は>5μmol/LのIC50を有するものとして分類した。このパネルからの6種類のCRC細胞株(即ち、Colo205、GEO、LS513、HT29、CaCo2及びLS1034)が感受性であることの基準を満たし、残りの21株(即ち、Colo201、SK−CO−1、SW948、SW48、NCI−H508、HCT116、HCT15、SW480、RKO、HCT8、LoVo、LS123、T84、LS174T、LS180、SW1417、SW1116、SW837、SW1463、SW620及びSW403)は耐性であった。
OSI−906に対するCRC細胞株パネルの反応性の評価
CRC細胞株のOSI−906に対する感受性差を評価するために、27株のCRC細胞株パネルを漸増する濃度のOSI−906に接触させ、増殖を前記のSRBアッセイ(Pitts, TM, et al. Mol Cancer Ther 2009;8(2):342-9)を用いて測定した。図17に示したように、OSI−906に対するCRC細胞株の感受性は広範囲であり、大部分の細胞株のIC50は5μmol/Lまで到達しなかったが、感受性細胞株と耐性細胞株は明瞭に区別することができた。分類については、感受性細胞株はIC50≦1.5μmol/Lのもの、それに対して耐性細胞株は>5μmol/LのIC50を有するものとして分類した。このパネルからの6種類のCRC細胞株(即ち、Colo205、GEO、LS513、HT29、CaCo2及びLS1034)が感受性であることの基準を満たし、残りの21株(即ち、Colo201、SK−CO−1、SW948、SW48、NCI−H508、HCT116、HCT15、SW480、RKO、HCT8、LoVo、LS123、T84、LS174T、LS180、SW1417、SW1116、SW837、SW1463、SW620及びSW403)は耐性であった。
CRC細胞株のIGF−IR遺伝子コピー数の蛍光インサイチューハイブリダイゼーション(FISH)分析
前の試験から、EGFR(上皮細胞増殖因子受容体)のコピー数の増加は、EGFRに向けられた薬剤を予測させる可能性のあることが示唆されたので、本発明者らはパネルの細胞株のIGF−IR遺伝子コピー数を評価した(Hirsch FR, et al. J Clin Oncol 2008; 26(20): 3351-7)。IGF−IRに特異的なプローブを使用し、IGF−IR阻害剤のOSI−906に対して異なる感受性をもつ27株のCRC細胞株のFISH分析を行った。CRC細胞株のいずれにおいてもIGF−IR遺伝子増幅は認められなかったけれども、それらの中の数株は、IGF−IRコピー数の不均衡な増幅率(倍数性に基づいた)を示し、不均衡な増幅率の存在と感受性との間に関連性がある傾向(p=0.17)があった(表3)。図18に、感受性細胞株(18A)及び耐性細胞株(18B)の代表的な中期延展体/間期核を示した。
前の試験から、EGFR(上皮細胞増殖因子受容体)のコピー数の増加は、EGFRに向けられた薬剤を予測させる可能性のあることが示唆されたので、本発明者らはパネルの細胞株のIGF−IR遺伝子コピー数を評価した(Hirsch FR, et al. J Clin Oncol 2008; 26(20): 3351-7)。IGF−IRに特異的なプローブを使用し、IGF−IR阻害剤のOSI−906に対して異なる感受性をもつ27株のCRC細胞株のFISH分析を行った。CRC細胞株のいずれにおいてもIGF−IR遺伝子増幅は認められなかったけれども、それらの中の数株は、IGF−IRコピー数の不均衡な増幅率(倍数性に基づいた)を示し、不均衡な増幅率の存在と感受性との間に関連性がある傾向(p=0.17)があった(表3)。図18に、感受性細胞株(18A)及び耐性細胞株(18B)の代表的な中期延展体/間期核を示した。
配列決定によるKRAS/BRAF/PI3K遺伝子の変異状態の評価
変異体KRAS/BRAF又はPI3Kをもつ腫瘍は、EGFRを基盤にした治療に対して耐性を示すので、本発明者らはCRC細胞株のKRAS/BRAF/PI3Kの変異状態の特徴付けを行った(Sartore-Bianchi A, et al. Cancer Res 2009; 69(5):1851-7;Di Nicolantonio F, et al. J Clin Oncol 2008;26(35):5705-12;Perrone F, et al. Ann Oncol 2009;20(1):84-90;Jimeno A, et al. Cancer J 2009;15(2):110-3)。KRAS状態とOSI−906感受性の間で観察した相関関係は統計的な有意性に達しなかったが、KRASが野生型の腫瘍の方がより感受性であり、KRAS変異体はより耐性である傾向(p=0.3442)があった。BRAF又はpI3Kのいずれかの変異の状態とOSI−906に対する反応性との間に関連性はなかった。
変異体KRAS/BRAF又はPI3Kをもつ腫瘍は、EGFRを基盤にした治療に対して耐性を示すので、本発明者らはCRC細胞株のKRAS/BRAF/PI3Kの変異状態の特徴付けを行った(Sartore-Bianchi A, et al. Cancer Res 2009; 69(5):1851-7;Di Nicolantonio F, et al. J Clin Oncol 2008;26(35):5705-12;Perrone F, et al. Ann Oncol 2009;20(1):84-90;Jimeno A, et al. Cancer J 2009;15(2):110-3)。KRAS状態とOSI−906感受性の間で観察した相関関係は統計的な有意性に達しなかったが、KRASが野生型の腫瘍の方がより感受性であり、KRAS変異体はより耐性である傾向(p=0.3442)があった。BRAF又はpI3Kのいずれかの変異の状態とOSI−906に対する反応性との間に関連性はなかった。
OSI−906感受性対OSI−906耐性CRC細胞株において異なる形で発現された遺伝子の同定
最初にOSI−906への感受性と相関した遺伝子を同定するために、本発明者らは、4株の最も感受性のCRC細胞株及び4株の最も耐性のCRC細胞株の基本遺伝子発現プロファイルを分析した。2サンプルt検定を用い、139の遺伝子を、OSI−906感受性及びOSI−906耐性CRC細胞株で異なった形で発現された遺伝子として同定した。これらの潜在的なバイオマーカーを特徴付けるために、本発明者らは、最初の実験のために最高得点の遺伝子(p<0.002)に着目することにした。例えば、最近、アクチン結合タンパク質のカルデスモン(61倍に上方制御)は、細胞膜から突出して細胞外マトリックス(ECM)を分解し、そのようにしてがん細胞の侵襲を促進する細胞接着構造体のポドソーム及びインベードポディアの形成及び動態学を調節する重要な役割を果たすことが示された(Linder S, et al.: Trends Cell Biol 2003;13(7):376-85)。興味深いことに、カルデスモンは、ポドソーム及びインベードポディア形成の負の調節因子であり、侵襲/悪性表現型を持つCRC細胞株がIGF−1R阻害に対してより反応性であることを示している。グループとしてのメタロチオネイン(MT)は、耐性CRC細胞株では感受性細胞と対比して上方制御されていた。MTは、遍在性の低分子量の細胞内タンパク質ファミリーであり、重金属イオンと結合して解毒化する(Kagi JH. Methods Enzymol
1991;205:613-26;Bauman JW, et al. Toxicol Appl Pharmacol 1991;110(2):347-54)。このファミリーは、異なった形で発現された遺伝子の最も高くランクされたグループ(9〜36倍増加)を代表した。MTは、様々な刺激によって誘導することができ、発達、分化増殖、及び発がんなどの他の細胞機能に関与し、がんの不良な予後及び転移に関係する(Bruewer M, et al. World J Surg 2002;26(6):726-31;Sens MA, et al. Am J Pathol2001;159(1):21-6; Cherian MG, et al. Mutat Res 2003;533(1-2):201-9; Jin R, et al. Br J Cancer 2000;83(3):319-23)。MTは、また、メカニズムは未だよく理解されていないが、がんの薬剤耐性において機能的役割を担う可能性がある(Surowiak P, et al. Histol Histopathol 2005;20(4):1037-44; Saga Y, et al. Int J Urol 2004;11(6):407-15)。感受性株においても、数種類の遺伝子が上方制御された。興味あるのは、アルデヒドデヒドロゲナーゼ(ALDH1A1、83倍)及びマイトジェン活性化タンパク質キナーゼのキナーゼ6(MAP2K6、11倍)であった。ALDH1A1は、アルコールの代謝に関与する酵素であり、興味深いことに全トランス型レチナールを全トランス型レチノイン酸に酸化することである(Molotkov A, Duester G. Genetic evidence that J Biol Chem 2003;278(38):36085-90; Rice KL, et al. Leuk Res 2008;32(6):873-83)。MAP2K6は、炎症性サイトカイン又は環境ストレスに反応してp38MAPキナーゼをリン酸化し、そして活性化するタンパク質である。この遺伝子は、p38MAPキナーゼが介在するシグナル伝達経路の重要な成分として、ストレスで誘発された細胞周期停止、転写活性化、浸潤/遊走及びアポトーシスなどの細胞プロセスの多くに関与している(Abdollahi T, et al. Apoptosis 2005;10(6):1383-93; Hsieh YH, et al. Cancer Res 2007;67(9):4320-7; Timofeev O, et al. Cell Cycle 2005;4(1):118-20)。
最初にOSI−906への感受性と相関した遺伝子を同定するために、本発明者らは、4株の最も感受性のCRC細胞株及び4株の最も耐性のCRC細胞株の基本遺伝子発現プロファイルを分析した。2サンプルt検定を用い、139の遺伝子を、OSI−906感受性及びOSI−906耐性CRC細胞株で異なった形で発現された遺伝子として同定した。これらの潜在的なバイオマーカーを特徴付けるために、本発明者らは、最初の実験のために最高得点の遺伝子(p<0.002)に着目することにした。例えば、最近、アクチン結合タンパク質のカルデスモン(61倍に上方制御)は、細胞膜から突出して細胞外マトリックス(ECM)を分解し、そのようにしてがん細胞の侵襲を促進する細胞接着構造体のポドソーム及びインベードポディアの形成及び動態学を調節する重要な役割を果たすことが示された(Linder S, et al.: Trends Cell Biol 2003;13(7):376-85)。興味深いことに、カルデスモンは、ポドソーム及びインベードポディア形成の負の調節因子であり、侵襲/悪性表現型を持つCRC細胞株がIGF−1R阻害に対してより反応性であることを示している。グループとしてのメタロチオネイン(MT)は、耐性CRC細胞株では感受性細胞と対比して上方制御されていた。MTは、遍在性の低分子量の細胞内タンパク質ファミリーであり、重金属イオンと結合して解毒化する(Kagi JH. Methods Enzymol
1991;205:613-26;Bauman JW, et al. Toxicol Appl Pharmacol 1991;110(2):347-54)。このファミリーは、異なった形で発現された遺伝子の最も高くランクされたグループ(9〜36倍増加)を代表した。MTは、様々な刺激によって誘導することができ、発達、分化増殖、及び発がんなどの他の細胞機能に関与し、がんの不良な予後及び転移に関係する(Bruewer M, et al. World J Surg 2002;26(6):726-31;Sens MA, et al. Am J Pathol2001;159(1):21-6; Cherian MG, et al. Mutat Res 2003;533(1-2):201-9; Jin R, et al. Br J Cancer 2000;83(3):319-23)。MTは、また、メカニズムは未だよく理解されていないが、がんの薬剤耐性において機能的役割を担う可能性がある(Surowiak P, et al. Histol Histopathol 2005;20(4):1037-44; Saga Y, et al. Int J Urol 2004;11(6):407-15)。感受性株においても、数種類の遺伝子が上方制御された。興味あるのは、アルデヒドデヒドロゲナーゼ(ALDH1A1、83倍)及びマイトジェン活性化タンパク質キナーゼのキナーゼ6(MAP2K6、11倍)であった。ALDH1A1は、アルコールの代謝に関与する酵素であり、興味深いことに全トランス型レチナールを全トランス型レチノイン酸に酸化することである(Molotkov A, Duester G. Genetic evidence that J Biol Chem 2003;278(38):36085-90; Rice KL, et al. Leuk Res 2008;32(6):873-83)。MAP2K6は、炎症性サイトカイン又は環境ストレスに反応してp38MAPキナーゼをリン酸化し、そして活性化するタンパク質である。この遺伝子は、p38MAPキナーゼが介在するシグナル伝達経路の重要な成分として、ストレスで誘発された細胞周期停止、転写活性化、浸潤/遊走及びアポトーシスなどの細胞プロセスの多くに関与している(Abdollahi T, et al. Apoptosis 2005;10(6):1383-93; Hsieh YH, et al. Cancer Res 2007;67(9):4320-7; Timofeev O, et al. Cell Cycle 2005;4(1):118-20)。
OSI−906感受性を予測するためのK−TSP分類子のトレーニング及び検証
本プロジェクトの主たる目標は、OSI−906に対する感受性を予測するための分類子を構築することであった。この目的に対して、本発明者らは、トレーニングセットとしてOSI−906処理した細胞株と異種移植片の両者を使用した。本発明者らは、インビトロ及びインビボの両者で生育された4種の最も感受性の高い細胞株及び4種の最も耐性の高い細胞株由来の基準遺伝子アレイを使用した。この試験では、本発明者ら識別分類子として、多くの試験で証明されているK−TSPアルゴリズム(Tan A, et al. Bioinformatics 2005;2:3896-904)を使用した。内部リーブ・ワン・アウト(Leave-One-Out)交差検定を用い、最終的なk−TSP分類子は、トレーニングセットから最良スコアのkが達成されるk組の素な遺伝子ペアを利用する。本試験では、最大のペア数(kmax)を10に固定した。OSI−906に対する4種の感受性及び耐性細胞株を使用し、k−TSP分類子は、3組の遺伝子ペアを最終的な分類子として特定した:(PROM1、MT1E)、(LY75、OXCT1)及び(HSD17B2、CALD1)。興味深いことに、これらの遺伝子の2つ、MT1E及びCALD1は、前述の遺伝子解析にも出現した。遺伝子ペアに加えて、本発明者らはIGF−1R阻害剤に対する感受性のサインを発現させるために、KRAS突然変異(WT)状態及びIGF−1RのFISH(不均衡増幅)分析を統合した。図19は、この予測がどのように使用されるかを図式的に示す。腫瘍が、感受性であると予測されるためには、5個の分類子の内の4個が適合しなければならない。トレーニングのデータから、総合したゲノムの分類子は、推定リーブ・ワン・アウト交差検定の85.8%を達成した。この統合されたゲノムの分類子を使用し、本発明者らは、トレーニングセットで使用されない18種のCRC細胞株で予測を検証した。この検証セットで、統合されたゲノムの分類子により、89%(16/18)の細胞株について、正確にOSI−906感受性が予測された。
本プロジェクトの主たる目標は、OSI−906に対する感受性を予測するための分類子を構築することであった。この目的に対して、本発明者らは、トレーニングセットとしてOSI−906処理した細胞株と異種移植片の両者を使用した。本発明者らは、インビトロ及びインビボの両者で生育された4種の最も感受性の高い細胞株及び4種の最も耐性の高い細胞株由来の基準遺伝子アレイを使用した。この試験では、本発明者ら識別分類子として、多くの試験で証明されているK−TSPアルゴリズム(Tan A, et al. Bioinformatics 2005;2:3896-904)を使用した。内部リーブ・ワン・アウト(Leave-One-Out)交差検定を用い、最終的なk−TSP分類子は、トレーニングセットから最良スコアのkが達成されるk組の素な遺伝子ペアを利用する。本試験では、最大のペア数(kmax)を10に固定した。OSI−906に対する4種の感受性及び耐性細胞株を使用し、k−TSP分類子は、3組の遺伝子ペアを最終的な分類子として特定した:(PROM1、MT1E)、(LY75、OXCT1)及び(HSD17B2、CALD1)。興味深いことに、これらの遺伝子の2つ、MT1E及びCALD1は、前述の遺伝子解析にも出現した。遺伝子ペアに加えて、本発明者らはIGF−1R阻害剤に対する感受性のサインを発現させるために、KRAS突然変異(WT)状態及びIGF−1RのFISH(不均衡増幅)分析を統合した。図19は、この予測がどのように使用されるかを図式的に示す。腫瘍が、感受性であると予測されるためには、5個の分類子の内の4個が適合しなければならない。トレーニングのデータから、総合したゲノムの分類子は、推定リーブ・ワン・アウト交差検定の85.8%を達成した。この統合されたゲノムの分類子を使用し、本発明者らは、トレーニングセットで使用されない18種のCRC細胞株で予測を検証した。この検証セットで、統合されたゲノムの分類子により、89%(16/18)の細胞株について、正確にOSI−906感受性が予測された。
潜在的な予測バイオマーカー遺伝子のshRNAノックダウン
あらゆる高ランク遺伝子がOSI−906への反応性を媒介する機能的役割を有するかどうかを決定するために、本発明者らはshRNAのノックダウン実験を行った。CRC細胞株に上記の遺伝子(カルデスモン、メタロチオネイン2A(MT2A)、MT1E、LDH1A1、及びMAP2K6)のshRNAを移入し、そしてCRC細胞株を、漸増する濃度のOSI−906に接触させることによって表現型を解析した。図20Aに示すように、MT2AのshRNAノックダウンは、OSI−906耐性のHCT116 及びSW480細胞にMT2AのRNA及びタンパク質の確実な減少をもたらした。これらの細胞は、漸増する濃度のOSI−906に接触した場合、感受性の「左方移動」(IC50>5μmol/LからIC50=5μmol/Lヘ)を示した。対照的に、SW480細胞は、同様の「左方移動」を示さなかった、図20B。上記に示した他の遺伝子の同様のshRNAノックダウンは、OSI−906に対する感受性(ALDH1A1、MAP2K6)又は耐性(CALD1、MT1E)を媒介する機能的役割を明示しなかった(データは示されていない)。
あらゆる高ランク遺伝子がOSI−906への反応性を媒介する機能的役割を有するかどうかを決定するために、本発明者らはshRNAのノックダウン実験を行った。CRC細胞株に上記の遺伝子(カルデスモン、メタロチオネイン2A(MT2A)、MT1E、LDH1A1、及びMAP2K6)のshRNAを移入し、そしてCRC細胞株を、漸増する濃度のOSI−906に接触させることによって表現型を解析した。図20Aに示すように、MT2AのshRNAノックダウンは、OSI−906耐性のHCT116 及びSW480細胞にMT2AのRNA及びタンパク質の確実な減少をもたらした。これらの細胞は、漸増する濃度のOSI−906に接触した場合、感受性の「左方移動」(IC50>5μmol/LからIC50=5μmol/Lヘ)を示した。対照的に、SW480細胞は、同様の「左方移動」を示さなかった、図20B。上記に示した他の遺伝子の同様のshRNAノックダウンは、OSI−906に対する感受性(ALDH1A1、MAP2K6)又は耐性(CALD1、MT1E)を媒介する機能的役割を明示しなかった(データは示されていない)。
K−TSP、FISH、KRAS状態は、ヒト腫瘍の外植片におけるOSI−906感受性を予測できる
さらに、予測的分類子を検証するために、本発明者は、OSI−906で処理する前の5例のヒト腫瘍外植片について感受性を予測した。分類子は、3例の外植片を耐性として、2例を感受性として予測した。ヒト腫瘍外植片における予測因子の総体的な精度は、100%であった。OSI−906による処理を行った後、感受性として予測された2例は確かに感受性であり(TGI=21〜28%)、耐性として予測された3例は確かに耐性であった(TGI=130〜200%)。図21A〜21Dは、2例の耐性外植片及び2例の感受性外植片の代表的なグラフを示す。
さらに、予測的分類子を検証するために、本発明者は、OSI−906で処理する前の5例のヒト腫瘍外植片について感受性を予測した。分類子は、3例の外植片を耐性として、2例を感受性として予測した。ヒト腫瘍外植片における予測因子の総体的な精度は、100%であった。OSI−906による処理を行った後、感受性として予測された2例は確かに感受性であり(TGI=21〜28%)、耐性として予測された3例は確かに耐性であった(TGI=130〜200%)。図21A〜21Dは、2例の耐性外植片及び2例の感受性外植片の代表的なグラフを示す。
イムノブロット及びIHC(免疫組織染色)によるIGF−IR経路分析
反応性のパターンが存在するかどうかを、IGF−IR経路の下流のエフェクターを分析することによって明らかにするために、ベースライン時にCRC細胞株の免疫ブロット及びIHCを行った。図22に示すように、IGF−IR経路の主要な構成要素のいずれもOSI−906への感受性を予測させるようには見えなかった。例えば、活性化された(リン酸化された)IGF−IR、ERK、AKT、IRS−1、mTOR、PI3K、Shc及びS6キナーゼは、ベースライン時に感受性及び耐性細胞株の両者に可変的に存在した(3A)。同様に、IHCによるリン酸化されたERK、AKT、IGF−IR、IGF−2R及び総IGFのベースライン発現は、OSI−906に対する感受性に対応しなかった。表4は、CRC細胞株のIHCスコアを示す。
反応性のパターンが存在するかどうかを、IGF−IR経路の下流のエフェクターを分析することによって明らかにするために、ベースライン時にCRC細胞株の免疫ブロット及びIHCを行った。図22に示すように、IGF−IR経路の主要な構成要素のいずれもOSI−906への感受性を予測させるようには見えなかった。例えば、活性化された(リン酸化された)IGF−IR、ERK、AKT、IRS−1、mTOR、PI3K、Shc及びS6キナーゼは、ベースライン時に感受性及び耐性細胞株の両者に可変的に存在した(3A)。同様に、IHCによるリン酸化されたERK、AKT、IGF−IR、IGF−2R及び総IGFのベースライン発現は、OSI−906に対する感受性に対応しなかった。表4は、CRC細胞株のIHCスコアを示す。
ベースライン時及びOSI−906接触後のOSI−906感受性及び耐性CRC細胞株の経路解析
いかなる特定の経路がOSI−906に対する反応性と関連するかを決定するために、接触させる前のCRC細胞について経路増強解析を行った。68のKEGG経路は、耐性CRC細胞に対して感受性細胞で上方制御された。表5は、感受性細胞株で過剰発現された、Wnt、ヘッジホッグ、基底細胞がん及びp53のシグナル伝達経路を含む上位20の経路を示す。これらの経路中に、コア遺伝子はいくつかのフリズルド受容体及びそれらに関連したwntリガンドが含まれた。p53経路では、上方制御されたのはp53遺伝
子だけでなくIGF−IRリガンドも含まれ、IGF−Iも過剰発現された。OSI−906耐性細胞株でも、ErbB、MAPK及びVEGFシグナル伝達並びに細胞接着分子(CAM)、及び焦点接着キナーゼのような細胞接着に関与するものを含む、いくつかの上方制御されたユニークな経路があった。これらの経路及び他の経路内のいくつかのコア遺伝子が、OSI−906に対する耐性を付与することに関与する可能性がある。
いかなる特定の経路がOSI−906に対する反応性と関連するかを決定するために、接触させる前のCRC細胞について経路増強解析を行った。68のKEGG経路は、耐性CRC細胞に対して感受性細胞で上方制御された。表5は、感受性細胞株で過剰発現された、Wnt、ヘッジホッグ、基底細胞がん及びp53のシグナル伝達経路を含む上位20の経路を示す。これらの経路中に、コア遺伝子はいくつかのフリズルド受容体及びそれらに関連したwntリガンドが含まれた。p53経路では、上方制御されたのはp53遺伝
子だけでなくIGF−IRリガンドも含まれ、IGF−Iも過剰発現された。OSI−906耐性細胞株でも、ErbB、MAPK及びVEGFシグナル伝達並びに細胞接着分子(CAM)、及び焦点接着キナーゼのような細胞接着に関与するものを含む、いくつかの上方制御されたユニークな経路があった。これらの経路及び他の経路内のいくつかのコア遺伝子が、OSI−906に対する耐性を付与することに関与する可能性がある。
OSI−906に接触した後、どの経路/遺伝子が調節されるかを決めるために、前と同様に感受性及び耐性CRC細胞株について経路解析を行った。OSI−906感受性細胞株では、甲状腺がん、膵臓がん及びノッチシグナル伝達経路が上方制御された。これらの経路に関与するコア遺伝子としては、TP53、ErbB2、STAT3及びCDKN2が挙げられる。耐性細胞株で調節される経路及び遺伝子を決定することは、処置に対して腫瘍を感受性にすることができる可能性のある合理的な薬物組み合わせを見出すのに極めて有益になる。OSI−906耐性細胞株の経路解析により、大腸がん、VEGF及びFcεR1シグナル伝達経路を含むいくつかの経路がすべて、接触後に上方制御されることが示された。興味深いことに、これらの経路に関与する遺伝子には、いくつかのMAPK、AKT及びFZD受容体が含まれる。
miRNAプロファイリング分析
miRNAプロファイリングの後、OSI−906感受性及び耐性CRC細胞株において違った形で発現されるmiRNAを示すヒートマップを作成した(図23)。hsa−miR−224及びhsa−miR−181aの2つのmiRNAが、OSI−906感受性CRC細胞株で上方制御されることが示された。本発明者らは、これら2つのmiRNAに注目することにした。その理由は、それらがメタロチオネインの発現に関連する可能性があること、そしてそれらは逆相関関係を示すことが既に示されているためである(Prueitt RL, et al. Prostate 2008;68(11): 1152-64)(図24)。
miRNAプロファイリングの後、OSI−906感受性及び耐性CRC細胞株において違った形で発現されるmiRNAを示すヒートマップを作成した(図23)。hsa−miR−224及びhsa−miR−181aの2つのmiRNAが、OSI−906感受性CRC細胞株で上方制御されることが示された。本発明者らは、これら2つのmiRNAに注目することにした。その理由は、それらがメタロチオネインの発現に関連する可能性があること、そしてそれらは逆相関関係を示すことが既に示されているためである(Prueitt RL, et al. Prostate 2008;68(11): 1152-64)(図24)。
OSI−906に接触した際、hsa−miR−224が増殖に対して如何なる作用を及ぼすかを決定するため、耐性CRC細胞株(RKO)にhsa−miR−224模倣体を移入し、増殖をSRBアッセイによって評価した。図25に見られるように、hsa−miR−224模倣物をRKO細胞に移入した場合、増殖阻害の増加が見られ、hsa−miR−224がOSI−906に対する感受性に作用する可能性があることを示している。その反対が正しいかどうかを知るために、本発明者らは906感受性細胞株(HT29)にhsa−miR−224アンタゴニストを移入し、増殖をSRBアッセイによって評価した。図26に見られるように、hsa−miR−224アンタゴニストは、増殖に影響しない。
いくつかの他のmiRNAも、また、OSI−906感受性CRC細胞株で上方制御されたが、その程度低かった。これらには、hsa−miR−194、hsa−miR−192、hsa−miR−215、hsa−miR−200b、hsa−miR−429、hsa−miR−200a、hsa−miR−192*、hsa−miR−200b*、hsa−miR−584が含まれた。3種のmiRNA、即ち、hsa−miR−886−3p、hsa−miR−521及びhsa−miR−432は、OSI−906耐性CRC細胞株で上方制御された。
このような上方制御されたmiRNAは、IGF−1Rキナーゼ阻害剤(例えば、OSI−906、抗IGF−1R抗体)に対して感受性か又は耐性かの何れかの腫瘍細胞株において、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する腫瘍細胞株の感受性を予測するために使用できる更なるバイオマーカーを提供する。さらに、hsa−miR−224 模倣物のIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する耐性腫瘍細胞株の感受性増大は、IGF−1Rキナーゼとhsa−miR−224模倣物の活性を持つ薬剤との組み合わせを含む、
新たな治療法の選択肢を可能にする。
新たな治療法の選択肢を可能にする。
結論
インビボで4つの感受性の高い細胞株及び4つの最も耐性の高い細胞株によって繰り返された27株のCRC細胞に、インビトロでOSI−906に対する広範な感受性が観察された。K−TSP分類子を開発するために、本発明者らは、純然たる腫瘍の微細環境に関連する差異を最小限に抑えられるように、トレーニングセットの所定の細胞株用のインビトロ及びインビボ両者のベースライン遺伝子アレイを使用した。本発明者らの統合的なゲノム分類子は、他の公開された薬物反応性遺伝子発現のサインとは2つの重要な点で異なる:第1に、遺伝子サインが検証されていない状態の他の試験とは対照的に、本発明者らは、本発明者らの統合的なゲノム分類子を、クリニックに移る前の中間工程として、独立した直接ヒトのCRC外植片のセットで検証しており;第2に、分類子は、3組の遺伝子ペア、KRAS突然変異状態、及びIGF−1RのFISH分析の相対的な発現から成っており、それらの全ては臨床の現場で容易に適用できる(Zha J, et al.. Mol. Cancer Ther. 2009 Aug;8(8):2110-21. Epub 2009 Aug 11; Watters JW, Roberts CJ. Mol Cancer Ther. 2006 Oct;5(10):2444-9; Potti A, et al. Nat Med. 2006 Nov;12(11):1294-300. Epub 2006 Oct 22)。要約すると、これらのデータは、IGF−1Rキナーゼ阻害剤の臨床開発の初期において、予測的バイオマーカー開発への統合的アプローチが実行可能であることを示している。
インビボで4つの感受性の高い細胞株及び4つの最も耐性の高い細胞株によって繰り返された27株のCRC細胞に、インビトロでOSI−906に対する広範な感受性が観察された。K−TSP分類子を開発するために、本発明者らは、純然たる腫瘍の微細環境に関連する差異を最小限に抑えられるように、トレーニングセットの所定の細胞株用のインビトロ及びインビボ両者のベースライン遺伝子アレイを使用した。本発明者らの統合的なゲノム分類子は、他の公開された薬物反応性遺伝子発現のサインとは2つの重要な点で異なる:第1に、遺伝子サインが検証されていない状態の他の試験とは対照的に、本発明者らは、本発明者らの統合的なゲノム分類子を、クリニックに移る前の中間工程として、独立した直接ヒトのCRC外植片のセットで検証しており;第2に、分類子は、3組の遺伝子ペア、KRAS突然変異状態、及びIGF−1RのFISH分析の相対的な発現から成っており、それらの全ては臨床の現場で容易に適用できる(Zha J, et al.. Mol. Cancer Ther. 2009 Aug;8(8):2110-21. Epub 2009 Aug 11; Watters JW, Roberts CJ. Mol Cancer Ther. 2006 Oct;5(10):2444-9; Potti A, et al. Nat Med. 2006 Nov;12(11):1294-300. Epub 2006 Oct 22)。要約すると、これらのデータは、IGF−1Rキナーゼ阻害剤の臨床開発の初期において、予測的バイオマーカー開発への統合的アプローチが実行可能であることを示している。
略語
EGF:上皮増殖因子;EMT:上皮−間葉移行;NSCLC:非小細胞肺がん;HNSCC:頭頚部扁平上皮がん;CRC:大腸がん;MBC:転移性乳がん;EGFR:上皮増殖因子受容体;ErbB3:「v−erb−b2赤芽球性白血病ウイルス性がん遺伝子同族体3」、また、HER−3としても知られる;pHER3:リン酸化されたHER3;ErKキナーゼ:細胞外シグナル制御プロテインキナーゼ、また、マイトジェン活性化プロテインキナーゼとしても知られる;pErk:リン酸化されたErk;Brk:乳房腫瘍キナーゼ(また、プロテインチロシンキナーゼ6(PTK6)としても知られる);LC:液体クロマトグラフィー;MS:質量分析;IGF−1:インスリン様増殖因子−1;IGF−1R又はIGFR:インスリン様増殖因子1受容体;TGFα:形質転換増殖因子α;HB−EGF:ヘパリン結合性上皮増殖因子;LPA:リゾホスファチジン酸;TGFα:形質転換増殖因子α;IC50:最大阻害濃度の半分;RT:室温;pY:ホスホチロシン;pPROTEIN:リンタンパク質、「PROTEIN」は、リン酸化
され得るあらゆるタンパク質、例えば、EGFR、ERK、HER3、s6など;wt:野生型;pI3K:ホスファチジルイノシトール−3キナーゼ;GAPDH:グリセルアルデヒド3―リン酸デヒドロゲナーゼ、PMID:PubMed固有の識別子;NCBI:国立バイオテクノロジー情報センター。
EGF:上皮増殖因子;EMT:上皮−間葉移行;NSCLC:非小細胞肺がん;HNSCC:頭頚部扁平上皮がん;CRC:大腸がん;MBC:転移性乳がん;EGFR:上皮増殖因子受容体;ErbB3:「v−erb−b2赤芽球性白血病ウイルス性がん遺伝子同族体3」、また、HER−3としても知られる;pHER3:リン酸化されたHER3;ErKキナーゼ:細胞外シグナル制御プロテインキナーゼ、また、マイトジェン活性化プロテインキナーゼとしても知られる;pErk:リン酸化されたErk;Brk:乳房腫瘍キナーゼ(また、プロテインチロシンキナーゼ6(PTK6)としても知られる);LC:液体クロマトグラフィー;MS:質量分析;IGF−1:インスリン様増殖因子−1;IGF−1R又はIGFR:インスリン様増殖因子1受容体;TGFα:形質転換増殖因子α;HB−EGF:ヘパリン結合性上皮増殖因子;LPA:リゾホスファチジン酸;TGFα:形質転換増殖因子α;IC50:最大阻害濃度の半分;RT:室温;pY:ホスホチロシン;pPROTEIN:リンタンパク質、「PROTEIN」は、リン酸化
され得るあらゆるタンパク質、例えば、EGFR、ERK、HER3、s6など;wt:野生型;pI3K:ホスファチジルイノシトール−3キナーゼ;GAPDH:グリセルアルデヒド3―リン酸デヒドロゲナーゼ、PMID:PubMed固有の識別子;NCBI:国立バイオテクノロジー情報センター。
参照による組み込み
本明細書に開示されるすべての特許、公開特許出願及び他の文献は、参照することによりその内容は明確に本明細書に組み込まれている。
本明細書に開示されるすべての特許、公開特許出願及び他の文献は、参照することによりその内容は明確に本明細書に組み込まれている。
等価物
当業者であれば、本明細書に具体的に記載された本発明の特定の実施態様と等価な多くのものを、単に日常的なものに過ぎない実験を用いて認識又は解明することができる。そのような等価物は、以下の請求項の範囲に包含されることを意図する。
当業者であれば、本明細書に具体的に記載された本発明の特定の実施態様と等価な多くのものを、単に日常的なものに過ぎない実験を用いて認識又は解明することができる。そのような等価物は、以下の請求項の範囲に包含されることを意図する。
バイオマーカー配列表(mRNA):
感受性バイオマーカー
ALDH1A1 GeneID: 216
>gi|25777722|ref|NM_000689.3| ホモサピエンスアルデヒドデヒドロゲナーゼ1ファミリー、メンバーA1 (ALDH1A1)、mRNA
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GCCAGACTTACCTGTCCTACTCACCGATTTGAAGATTCAATATACTAAGATCTTCATAAACAATGAATGG
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GTGGCGTACTATGGATGCTTCCGAGAGGGGGCGACTATTATACAAGTTGGCTGATTTAATCGAAAGAGAT
CGTCTGCTGCTGGCGACAATGGAGTCAATGAATGGTGGAAAACTCTATTCCAATGCATATCTGAATGATT
TAGCAGGCTGCATCAAAACATTGCGCTACTGTGCAGGTTGGGCTGACAAGATCCAGGGCCGTACAATACC
AATTGATGGAAATTTTTTTACATATACAAGACATGAACCTATTGGTGTATGTGGCCAAATCATTCCTTGG
AATTTCCCGTTGGTTATGCTCATTTGGAAGATAGGGCCTGCACTGAGCTGTGGAAACACAGTGGTTGTCA
AACCAGCAGAGCAAACTCCTCTCACTGCTCTCCACGTGGCATCTTTAATAAAAGAGGCAGGGTTTCCTCC
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GGAACAGTGTGGGTGAATTGCTATGGCGTGGTAAGTGCCCAGTGCCCCTTTGGTGGATTCAAGATGTCTG
GAAATGGAAGAGAACTGGGAGAGTACGGTTTCCATGAATATACAGAGGTCAAAACAGTCACAGTGAAAAT
CTCTCAGAAGAACTCATAAAGAAAATACAAGAGTGGAGAGAAGCTCTTCAATAGCTAAGCATCTCCTTAC
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ATATTAGTATTAATACTACCCATAGAAAACTTGACATGTAGCTTCTTCTGAAAGAATTATTTGCCTTCTG
AAATGTGACCCCCAAGTCCTATCCTAAATAAAAAAAGACAAATTCGGATGTATGATCTCTCTAGCTTTGT
CATAGTTATGTGATTTTCCTTTGTAGCTACTTTTGCAGGATAATAATTTTATAGAAAAGGAACAGTTGCA
TTTAGCTTCTTTCCCTTAGTGACTCTTGAAGTACTTAACATACACGTTAACTGCAGAGTAAATTGCTCTG
TTCCCAGTAGTTATAAAGTCCTTGGACTGTTTTGAAAAGTTTCCTAGGATGTCATGTCTGCTTGTCAAAA
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感受性バイオマーカー
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CGTCTGCTGCTGGCGACAATGGAGTCAATGAATGGTGGAAAACTCTATTCCAATGCATATCTGAATGATT
TAGCAGGCTGCATCAAAACATTGCGCTACTGTGCAGGTTGGGCTGACAAGATCCAGGGCCGTACAATACC
AATTGATGGAAATTTTTTTACATATACAAGACATGAACCTATTGGTGTATGTGGCCAAATCATTCCTTGG
AATTTCCCGTTGGTTATGCTCATTTGGAAGATAGGGCCTGCACTGAGCTGTGGAAACACAGTGGTTGTCA
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TGGAGTAGTGAATATTGTTCCTGGTTATGGGCCTACAGCAGGGGCAGCCATTTCTTCTCACATGGATATA
GACAAAGTAGCCTTCACAGGATCAACAGAGGTTGGCAAGTTGATCAAAGAAGCTGCCGGGAAAAGCAATC
TGAAGAGGGTGACCCTGGAGCTTGGAGGAAAGAGCCCTTGCATTGTGTTAGCTGATGCCGACTTGGACAA
TGCTGTTGAATTTGCACACCATGGGGTATTCTACCACCAGGGCCAGTGTTGTATAGCCGCATCCAGGATT
TTTGTGGAAGAATCAATTTATGATGAGTTTGTTCGAAGGAGTGTTGAGCGGGCTAAGAAGTATATCCTTG
GAAATCCTCTGACCCCAGGAGTCACTCAAGGCCCTCAGATTGACAAGGAACAATATGATAAAATACTTGA
CCTCATTGAGAGTGGGAAGAAAGAAGGGGCCAAACTGGAATGTGGAGGAGGCCCGTGGGGGAATAAAGGC
TACTTTGTCCAGCCCACAGTGTTCTCTAATGTTACAGATGAGATGCGCATTGCCAAAGAGGAGATTTTTG
GACCAGTGCAGCAAATCATGAAGTTTAAATCTTTAGATGACGTGATCAAAAGAGCAAACAATACTTTCTA
TGGCTTATCAGCAGGAGTGTTTACCAAAGACATTGATAAAGCCATAACAATCTCCTCTGCTCTGCAGGCA
GGAACAGTGTGGGTGAATTGCTATGGCGTGGTAAGTGCCCAGTGCCCCTTTGGTGGATTCAAGATGTCTG
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CTCTCAGAAGAACTCATAAAGAAAATACAAGAGTGGAGAGAAGCTCTTCAATAGCTAAGCATCTCCTTAC
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TTTAGCTTCTTTCCCTTAGTGACTCTTGAAGTACTTAACATACACGTTAACTGCAGAGTAAATTGCTCTG
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GAAATAATCCCTGTAATATTTAGCTGTAAACTGAATATAAAGCTTAATAAAAACAACCTTGCATGAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAA
RNF128 GeneID: 79589
>gi|37588870|ref|NM_024539.3| ホモサピエンスリングフィンガータンパク質128(RNF128)、転写バリアント2、mRNA
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TTTACCTTTTTACTTAAAATTACAGCATCTTTTTCAATGAGTGCCTATGTGACTGTGACTTATTACAATG
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AATACTAAGAAGCCCTGGATTGCGCTGATAGAAAGAGGTAATTGTACATTTTCAGAAAAAATTCAAACAG
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TTTCCATAAGACATGTGTTGACCCATGGCTGTTAGAACACAGGACTTGCCCCATGTGCAAATGTGACATA
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>gi|37588870|ref|NM_024539.3| ホモサピエンスリングフィンガータンパク質128(RNF128)、転写バリアント2、mRNA
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TTTCCATAAGACATGTGTTGACCCATGGCTGTTAGAACACAGGACTTGCCCCATGTGCAAATGTGACATA
CTCAAAGCTTTGGGAATTGAGGTGGATGTTGAAGATGGATCAGTGTCTTTACAAGTCCCTGTATCCAATG
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GTCTGGTGTTAGTTTAAAAAAAAAAAAA
MAP2K6 GeneID: 5608
>gi|90577186|ref|NM_002758.3| ホモサピエンスマイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼ6(MAP2K6)、mRNA
AGTTCCAAGTTTGGAGCTTTTAGCTGCCAGCCCTGGCCCATCATGTAGCTGCAGCACAGCCTTCCCTAAC
GTTGCAACTGGGGGAAAAATCACTTTCCAGTCTGTTTTGCAAGGTGTGCATTTCCATCTTGATTCCCTGA
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TTTTATGGCGCACTGTTTCGGGAGGGTGATGTGTGGATCTGCATGGAGCTCATGGATACATCACTAGATA
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GAAGGGATACAGTGTGAAGTCTGACATTTGGAGTCTGGGCATCACGATGATTGAGTTGGCCATCCTTCGA
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TCCCAGCAGACAAGTTCTCTGCAGAGTTTGTTGACTTTACCTCACAGTGCTTAAAGAAGAATTCCAAAGA
ACGGCCTACATACCCAGAGCTAATGCAACATCCATTTTTCACCCTACATGAATCCAAAGGAACAGATGTG
GCATCTTTTGTAAAACTGATTCTTGGAGACTAAAAAGCAGTGGACTTAATCGGTTGACCCTACTGTGGAT
TGGTGGGTTTCGGGGTGAAGCAAGTTCACTACAGCATCAATAGAAAGTCATCTTTGAGATAATTTAACCC
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TAATGATGTGTCATATGAGTCCTCAAGCTTCTCAGACTTCTCTTATTCTTTACAAAATGAATGCATTGGC
CCTGACAAAAAGGTGCTACGGTAGTGATGAAATTATAAGTAGATTTGTAGTTTGTCCCATTTATTATTTT
AATATTTATGTTTAAGTGCTTGGTTGAAAAGATTCCATTTTATACAAGAAGGGAGATTCAAAAAAAAAAT
ATAAGGTTGGGTTAGCAATATTTATAGGGCTTTTATTTTTTAAGTTCAATTGTGTCTGTGGTCCAGAAGA
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GGACAGCCGGGCACGATGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGAAGATCACTT
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GTGCGGGCGGCCAGACAGGCGGCTGACTTCGCTCTGAAGGTGGAAGTGGAATGCAGCAGCCTGCAGGAGG
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AGGAGGCATTGTGGATGGATGGCTGCTGGAAACCCCTTGCCATAGCCAGCTCTTCTTCAATACTTAAGGA
TTTACCGTGGCTTTGAGTAATGAGAATTTCGAAACCACATTTGAGAAGTATTTCCATCCAGTGCTACTTG
TGTTTACTTCTAAACAGTCATTTTCTAACTGAAGCTGGCATTCATGTCTTCATTTTGGGCTGTTTCAGTG
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TCAATCTATGCATATTGATGCTACTTTATATACGGAAAGTGATGTTCACCCCAGTTGCAAAGTAACAGCA
ATGAAGTGCTTTCTCTTGGAGTTACAAGTTATTTCACTTGAGTCCGGAGATGCAAGTATTCATGATACAG
TAGAAAATCTGATCATCCTAGCAAACAACAGTTTGTCTTCTAATGGGAATGTAACAGAATCTGGATGCAA
AGAATGTGAGGAACTGGAGGAAAAAAATATTAAAGAATTTTTGCAGAGTTTTGTACATATTGTCCAAATG
TTCATCAACACTTCTTGATTGCAATTGATTCTTTTTAAAGTGTTTCTGTTATTAACAAACATCACTCTGC
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ATCAGACCTTGGATCAGATGAACTCTTAGAAATGAAGGCAGAAAAATGTCATTGAGTAATATAGTGACTA
TGAACTTCTCTCAGACTTACTTTACTCATTTTTTTAATTTATTATTGAAATTGTACATATTTGTGGAATA
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GCAAAATAGCATTTGTTTAAGGGTGATAGTCAAATTATGTATTGGTGGGGCTGGGTACCAATGCTGCAGG
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TTATACTGTAATTTAGTTATTGATGTATAAAGCAACTGTTATGAAATAAAGAAATTGCAATAACTGGCAA
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TATCCCTTTCTCTGCTATTTATAACACTCAAGGATTTAAGGAGCCTAATATACAGACGTATCTCTCCGGC
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TTTACACTATTGAATTAACACATGGGGAATTTAAATGGCAAGTTAAGAGGAAATTCAAGCATTTTCAAGA
ATTTCACAGAGAGCTGCTCAAGTACAAAGCCTTTATCCGCATCCCCATTCCCACTAGAAGACACACGTTT
AGGAGGCAAAACGTCAGAGAGGAGCCTCGAGAGATGCCCAGTTTGCCCCGTTCATCTGAAAACATGATAA
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AAAGTACCATGAAGAGTCCATCCACGCCGCTTACGTCCATGTGATAGAGAACAGCAGGCACTATATCTAT
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CCCAGAGGATCCTGAAAGCTCACAGGGAAAACCAGAAATACCGGGTATATGTCGTGATACCACTTCTGCC
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AAGCTAATACTTCAGTTGGAAAAATTAAACAGGAGCACAAAGTCAGGGATAGGGGTTAGCAGAAGAGAGA
AATAGTGTCACATCAAGGGCAGGATCTCATAGCTAGGGAACATTTCACAAATAAGGTGAGATTTTGTAAC
CAATAATAAAAATGAATGTTTTTATAAGTAAATAACTTATTTTTCATATGGCTAAAGATGGTAAAATGAC
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TAAATCCACTCAATGTGTAGATGGTAGAGCTGGGACTAGCAACATTGCTGCAGCCCATTGTTGGCCTCTC
TCTTCACTTTATCATTGCCCAAGAATGAGGATATGCAGTAAACAGAATTCAGGCAAGATACCTCTAAGCT
GTTTTGAACCCTCTGATATTTTGTATTTATGTGTTTGTCTGTCTCCCCCTACTAGAATGTAAGCTCCATG
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GTATAGAAACTATCATGCCACAACAGAGTTTCTTGATATAAGCCAGCTGTCTTTCATCCATGATTTGGGA
CCAAAGGGCATAGAAGGTATGATAATGAAAAGATCTGGAGGACACAGAATACCAGGCTTGAATTGCTGTG
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AAAGGATATTTTGAAGATGTGGCAAATGCAATGGAAGAGGCAAATGAAGAGATTTTTATCACAGACTGGT
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AAAACAAACAAACAAACAAAACAAAAAAGCAAACCACATTTGTTATCTCAAATTTTGATGATATTCTCAA
ATACAAATATACTTTTTTATATTTCACAATATATGCAATATCAGGGGAATATGCTAAATGTTACCACCAG
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TCAAAGACCCTCTATAACTTATTTCATGAGGACCCTGAAGAAGAATCATTATATCAAGCCATTGCTGTTG
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AAAACAAACAAACAAACAAAACAAAAAAGCAAACCACATTTGTTATCTCAAATTTTGATGATATTCTCAA
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GGGTCAGCACGAGGGACCATTGCCCAGGCAGCATGCTGGATTATTGCCAGAATCTCTTATTTGGGCATAT
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GTTTACATCACAAATCCAAGAATGTTTGCATCCTAAATGCTAGTTTGCTTCAGCCCCTAGTTAACCTCAG
GACTTGGTTTGCATATAAAAGGTAGACAGCTGATATGTTTTCATGAATAAATATTGTCAGCCAGAAAAGG
TTGGTGTCAGGTAATGCATATTTTTTTAAGCTTTGTTTTATATTTATTTTTCATTTAGTTTTTATTGGGA
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TTTTTGAGGGTACCTTTGTATTTTGCTTTTGACCTTGGTTCTGTGATTTGGATGTCAACAACTTCCCTAA
AAAGCACCAGTGTGTTAGGTTCTAATGTCATGACCCAATTTGTGTTATTCATCTTTAATCCTGTTTTCAG
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>gi|153281166|ref|NM_003583.3| ホモサピエンス2重特異性のチロシン−(Y)−リン酸化調節キナーゼ2(DYRK2)、転写バリアント1、mRNA
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GGACCGGCGGCGGCGACGGCAGCCCTGAAATGCATTTTCCTCTCCAGCGGCCATGTTAACCAGGAAACCT
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GCTGGACAGCATTCATAGACGGCAGGGGAGCTCCACCTCTCTAAAGTCCATGGAAGGCATGGGGAAGGTG
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GATCCGAATCCTGGAACACCTGCGGAAGCAGGACAAGGATAACACAATGAATGTCATCCATATGCTGGAG
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GGATGCTTTGCACAAAAACAGAATAATTCACTGTGACCTTAAGCCCGAGAACATTTTGTTAAAGCAGCAG
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CTGAAGGGGTGTGATGATCCCCTTTTCCTTGACTTCTTAAAACAGTGTTTAGAGTGGGATCCTGCAGTGC
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GAAAAGTTCAACCTCAAGTTAAATGGTTTGACTTATTCTTCGTATCATTAGAAGAACCCCAGAGATAGCA
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>gi|87080798|ref|NM_021255.2| ホモサピエンスペリノホモログ2(ショウジョウバエ)(PELI2)、mRNA
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ACAGCTAAACAGTGACTTCCTAGGACCAAGAAATCGCAGCCAGGGCTAGACCGATGCCCTAAATCGGGAC
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GTGCTGCCACCGTGACACCGACTTTAGGACCCCGGCCTCGGATGGAGAAAGGAGGGTACGGAGCCACCAC
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GACTTACCAGGACAAATACTGCTTCTGGCTCGATGGTGCTGCCCATGAACATCCGCCGGCTCTGAGAAAC
GAGCTGCACTGTCAGTGAGAAACCGTGGGCACTGAGAAACGAGCGGACTGCAACTGATAACTGCCCACCC
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AAGAAGACCTTTATTTTTCCTAGCGAAGTCATACTGAGGGCCCCATCAACCGATCCCTTGCGATGCGCAT
GGGAAAAGGAGGCAGTATAGGGACCGAGAATCGGGCGGATTGGGCTGGCCCTGGTAACAAAAGCCATCCG
GGTCGCCAACCGTCTTCCACTGCAAGAAACAAACCTTCCAGTGGCTGGGCTCCGCCCTTCTCCTTGGTCA
GAGCCCTCCAGGCTCCTAAGGGCGAAGCCGACACCTCATCCCTTTGGAACTTGAAGTTCTCAGTCCAAGA
CCTCCGTGGAGAGTGAAAGACTCAATGCCTCCTGACCGAGGCTTCAGGCCTGCCCCGGCAGCTAGGTACC
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ATTGATGGTGAGGCCTTTGCTCCCTCTCCCCTTGAAATCCTCAAAGGGCAGTTCCCGATTTCTATCACCT
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CTCTCCCACATTTGTCAAATATACTGACGCTACAAACTCCTTTCTTACAGGAAACCTGAAACTGCCATTG
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CCCCAAAGAGACCTCCAGACTCTACCATGAGTGTCTCCAGCTGAACTCATCGTGTCTAATCCTCACCCTA
GCTTATCCTGTTCAAATCATTTCCATCTTTTTCTGGATGAACCTGGGCGGATGTCAGACCAGAGAAGAGC
ACAGAATGTACCAGAGAGGTAAGAAGACCCATTTTGGGCTCTCACTTCTCACCCACTCCCAAGATGGTCA
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CTTCAGTTGCCTTCTTTTGCAGGCAGTAGAATAAAGGAAAGAGGGCAGTGTCAATAGAAGAAAAGTTACA
GCCACTTTATCTAATTGAAGATACTGTGCAGAGCCTTTGAAAAAACAAAATATCTCACCCACCATTCCTC
TCTCCGTTTCCACCCTAGCTTCCTATTTTAGCAAAAATGGTGGGATCAGCACCTCTGGAGGGAAGGGGTC
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TATTTGGGGAGAACCCCAGAAGAAGCATATAGAATATTAATCTTTGGAGAGACATCCTATATTCCTTTCA
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AATGGAGATTTAAATTGGATAATACCAGACCGATTTATTGCCTTCTGTGGACCTCATTCAAGAGCCAGAC
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ACCCAAGCCCTCTGGTACCCAGGGAGCTGGCTGGTCTGTGGTGCATGTGTGTCCCTGTGATGGCAATCAT
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ACTATTTGGCTTAATCATCTTCACTTGACTATTTGTAATACTGTTGTAATGTTAACTCTGTTAAGTACCC
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GACTGAAGAACTGGGAGGCTGCCCATTGTTTGGTTGCCAGTCATACAAATTAAAATCATATTTCCTTCCA
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AAAAAAAAGTTACCACTTTTTTAGAGTCCTTCCCTGTAACATTGGATTTTTTTTTTCCCTTATGAGATCC
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TATACACATAACTATGTATTTGTGTGTGTGGGTGTGTGTATATATGTATATGTATGTGTGTATATATGTA
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CTATTTTGAAAGAATAATTCTCCAGAAGTTAACATCTAATATCTAGTATCACCAAACAGTATCGCTGTTC
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TATACACATAACTATGTATTTGTGTGTGTGGGTGTGTGTATATATGTATATGTATGTGTGTATATATGTA
TATGTATATACACACACACACATAAATCAGCCAAAATCAGAGAAAAGGAACAGGGATTTAATACCTTTTT
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AAGTATCTGCGTAGACATTCATAGCAAAGAATTTATGACATATCAGATAGAAATACATTAAAATGTAGTG
TTTTCCCAGAGATTGATCTGGCTTTTTTTTTTTGATATACATAAGATACCACTTTATAAAGAAGCTCCAT
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TAACATATTAATAGGTAACTTGCTGTGTAAAATTATAAGCCATATTTTAAAAGGTTTTAAAAATACTTAT
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CACAGGCAGTGGTTTTAAGTGTAGATGATGGCTCCTTAACCCAGTGTCATTAGATAATCAAACCTAAAGT
CTTCCCATATTAGGCAAGCGCAATTCTCTATTTTGGACCCTTCCCATTCTTCCCTTACCTTCTGCTTTTC
GTACTGAGGAATTTCGTGTGATTTTAGATAAAGTGATAATGAGATATTGAGCAAATAAGAAAATAGAGGT
AATGCTATAAAAAACTAAGCTATGTACACTTTCAAAATGCATGTTTCTTGCATGCTTTTTACTACTTAAT
TGCATTCTTTGCTAATTTCCTTTCCTTGCTGTCTGTTCTTTTCTAACAGCTGAAGAATGTTCTGCTGACT
CTGACCTCAACTTTCTTATTCCTGTTGCAGTGGGTGTGGCCTTGGGCTTCCTTATAATTGTTGTCTTTAT
CTCTTATATGATTGGAAGAAGGAAAAGTCGTACTGGTTATCAGTCTGTGTAATCAGTTAAATCTAGTGTT
TGTTTGTTTTTTTCAATTAGAAGTTACGTTTCCATTGGCTAAAAGCCAGGACATGCTGTGCAATAGATTG
TTTAAGATATGCAGACTAACTTCAGTGAGTTCCTAGCTAACTTGGGCATGAGTACACTTATTTAAGACAA
AATATATTAGGACCAATTTTTTTCTGTTTTTTTTCTTCCTTTGTTAAAGTATAATTAAAAGAAAAATTGT
GGCTTAGAATTTTTTAAGTAAATAATGATTTTAAGCCCCTGGATCCAATTATGAAAGCATTTTTGCTGAT
GTGTAATTTTATATGTTACAGTTACTTATATTTTACTACTTTGATGTTATTTGCAAAATCAAAGGTGTTA
AAGAATTTAACTTGCTTCAGGAAATAAATTCAAGAACATAGTGGATTCATTTTCATTGGTGGCAGACACG
AAATTTGGTTCATGATAAGACTTCCTTTCCCCACCTCCTGATCAGCATTATTTAAATCTGTATTTTTCTG
TTAGTTAAGAAAGAAATGGCTTCATGATATTGTATTTAATAGCAAAAGTTTGGCTGTCTTCTTCATTACT
GTTAATAGCTACTATATTTTAACAAGGAGATTTCTTTTTTTGTTGTTGTTGTTCTAGAGTTTGGAATATA
CTGATTATCTCAGACTTGACATTTATACTGAAGGATGAAGTAAGACCTCCAGCTTTTTTTAAAAAAGGTG
TTGATTTGGAACACCTGTATGGGTTATGGTTTATTAAGGTTATGGTTTAGAAAGTTTTTTTCCCTCAGAG
CCTTAACTTGTTAAGAAGGTTCATTTATCCTGCACTGAAAACAAAAACTCTATATACTTTGTTTGTGTGC
CTCCTGCACTCTCCCATTCCCTATGTGAATATGCTCTAGTTGATATTTTTAATATATTGATTTCTTTTTT
CTCACAGCAACAAGTGCTTACTCTAGAGGTTAGTGGGCCCTGATATGTCATCAGTCAGATGCCTGCCTAG
CCAAAGCTGGACTAAGATTATTCTGTACATTTGTTGATCTTGATATAGACTTATATCCCTGTAGGGACTG
CTAATGGCTCCGGCTTCTGGAGTAAGGTACTGGAGACCACTCATCCCTGTGTCTGCTTGATTGGTTCAGC
TGTTGAATTGCCCTTTTATTTGGAAGCAGTGTTGAAGTTGTCTAGGGTTCAAATGGCTGCTTTGTACACC
TGTCATTAGTATAAGGCAGATGTTTATTTTATCAAGCTATTTTATCTCTACATTTAACTAAAAACAAAAG
TTCCCAAAGATCTGCCTTCACTTCAGAAATTTTTTTTGGATTAAAAAAATTAAGCCTGAACCTTAAATAA
AGTGAGTTGGTTATTCATTCCAAGGATTAAGTCCCAATCTACCTCTCAGCACAATGCAGAAGCTCACCAC
TGTATTGCTGCCATTAACTCATGCCAGAACCCTTTGCCAATAACTGGAATTACAAATTTTTGTTAAAGAA
AATTTATCAAGATCTTTCTTTACTGCCTTCTCTATATGTACATCTCAAAAACATGTACATCTCAAAAACT
GGAGTAGAAAGTTAGATTGCTCAACTACAACTCCTCTAGAACTCTATAGCTCTGACATACAGATTCACAC
TCTCCTCTATTTGCTAAGTATGTAAAGAATGTTTTCTTTTAAAATGTTCTCTTTTGAGAACAACTGCTTA
TTTGTTATAAAAGCATTTGGTTAAAATGATGTCATCATAAAAAACAGTGGCTTTGTTTCAATACATATTT
TTGAGATGATTATCTAGAAGCCAGATTAATAAAATCAGCTTGTGACCTTGCTAAGCATATAAACTGGAAA
TTCAGATACATTCAAAATTATGGGTTCATTTAAAAGTGTTCTACCTTTTGGGTATGAGACTAATATCACT
AATTCCTCAATAGTTATCATGGCTCTATCTTAATTAATTAGAAAATATGTGTGTTTAATTCTTTGAGAAT
TAAAATAGAGAATATTAACAGAGGGTTAAAAACTGCTTCAACTCCAATAAGATAAAGGAAGCTCAAAATC
TATGAGCTGAGTGTTCAATTAGCTTTGCCTACTGAGTTCAATTTTATGTCAATACAACAGTGGATCAGAC
AGTACGACTTTGAACTGGTGAATGTAAACAATTGTTTTTCACCTAAGCTGCTTTGGAAGAACTGATGCTT
GCTGCTAACTAAAGTTTTGGATGTATCGATTTAGAGAACCAATTAATACCTGCAAAATAAAGCATACTGT
GGTACTTCTGTTTGATCTAGTATGTGTGATTTTAGATTGATGGATTAAAAATTAATAAAGATCATACATT
CCATACCAAAAAAAAAAAAAAAA
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>gi|75758173|ref|NM_002706.4| ホモサピエンスプロテインホスファターゼ1B(以前の2C)、マグネシウム依存、βアイソフォーム(PPM1B)、転写バリアント1、mRNA
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GGCCTCGTTCCCCTAGCAGTTGCGGGGGAGTTTCCTGCCGGCGCGGCTGGAGTCTCTGATTCTCAGGGTT
CGGTGGTTGGAAGATGCTCCAGAGAGACGAGGCTGCGGCGGAGGAGGTGGCGGCGGCCGAATCGGCAACG
GCGCTAGGGTGGAGAGAAGGCGGCATCGGCGGCGGCGGCGGCGTGAGGGGCCGGGCGGTGTAAACAGCCC
CGGAGGCGGCGGTCGAGACCCCGAGGGGGAAGCGGCGGCTGAGTCAGGGTCGCGCCTCCGTTGGAAACTT
GGGCTGAGTACCGCGGCGGGCGCGAGCGAGGCGCCCTAGACATCTTCTCCCTCCCTTGCCTCAGATTTAT
TGCTAAACATGGGTGCATTTTTGGATAAACCCAAAACTGAAAAACATAATGCTCATGGTGCTGGGAATGG
TTTACGTTATGGCCTGAGCAGCATGCAAGGATGGAGAGTGGAAATGGAAGATGCACACACAGCTGTTGTA
GGTATTCCTCACGGCTTGGAAGACTGGTCATTTTTTGCAGTTTATGATGGTCATGCTGGATCCCGAGTGG
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AGGATCTGCTCTTGAGCTTTCAGTGGAAAATGTTAAGAATGGTATCAGAACTGGATTTTTGAAAATTGAT
GAATACATGCGTAACTTTTCAGACCTCAGAAACGGGATGGACAGGAGTGGTTCAACTGCAGTGGGAGTTA
TGATTTCACCTAAGCATATCTACTTTATCAACTGTGGTGATTCACGTGCTGTTCTGTATAGGAATGGACA
AGTCTGCTTTTCTACCCAGGATCACAAACCTTGCAATCCAAGGGAAAAGGAGCGAATCCAAAATGCAGGA
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AGTGTGTTGATGGCAAGGGCCCAACAGAACAACTTGTTTCTCCAGAGCCTGAGGTTTATGAAATTTTAAG
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CAAATTTGCCTCCTGGGGGAGGTCTTGCTGGCAAGCGTAATGTTATTGAAGCTGTTTATAGTAGACTGAA
TCCACATAGAGAAAGTGATGGGGCCTCCGATGAAGCAGAGGAAAGTGGATCACAGGGAAAATTGGTGGAA
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AGCTCTAATGAAGATGCAGGGACAAAGATGAGTGGTGAAAAAATATGACTTTCCTTTTTGGTAATATTTT
TGTGATCTTTGATGGTTTTTAACCTAGGAAGTGTAATGTATGCATTTATATAACTGTTTTGTTATTTGAA
TCTTGGAAAACTAGTTTTATTATATTCAGATAGCCTTGTTTTTTAAAAAGGCCTTTGCATACACCTTTAT
GAGATAGTGTAAAATTGACTATTTATAGTACTATGGATTTAATGAAATTATATGTCATTTCACATTGTAT
GCCAGAAATTAGGCTACCAATTATGAATTAAAGTCAGTAGTTAAATTAATACTAGATAGAATTAGAAATT
TTGATTAGAGAGATTATGCTATATTATGGAAAAACTTGTTAATGTAGAATTATACTGCTTCATATTATTT
TACCTATTAGTACACTCATAGTTAGCTTTGTAATAAATTTATGTTTTCTTTAATAATTTTAGTTCTTCAA
AGAATGGCTGATGCTGGCCTGTAATTTTTCTTTCAAGGATGATAATTTGTGTGTTGTTTGATTTGTTTAT
ATTTTACATCTCTGTAGTTTTATTTTTAGAAGTTGTGAGATATTGGATGTGTGGCTATTTTTCCTTTCTC
TGTATTCTTTATGAAACATAACTTTTGAAAAACCTATGTATTATTCATACAGCTTTGGTTTGTATATTCT
GTATAGCCTAACTACACACATCAAAATGTATGTCAACCAAGTGTTTAGAATGAAATTATAAGTGTTTAAG
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>gi|75758173|ref|NM_002706.4| ホモサピエンスプロテインホスファターゼ1B(以前の2C)、マグネシウム依存、βアイソフォーム(PPM1B)、転写バリアント1、mRNA
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GGCCTCGTTCCCCTAGCAGTTGCGGGGGAGTTTCCTGCCGGCGCGGCTGGAGTCTCTGATTCTCAGGGTT
CGGTGGTTGGAAGATGCTCCAGAGAGACGAGGCTGCGGCGGAGGAGGTGGCGGCGGCCGAATCGGCAACG
GCGCTAGGGTGGAGAGAAGGCGGCATCGGCGGCGGCGGCGGCGTGAGGGGCCGGGCGGTGTAAACAGCCC
CGGAGGCGGCGGTCGAGACCCCGAGGGGGAAGCGGCGGCTGAGTCAGGGTCGCGCCTCCGTTGGAAACTT
GGGCTGAGTACCGCGGCGGGCGCGAGCGAGGCGCCCTAGACATCTTCTCCCTCCCTTGCCTCAGATTTAT
TGCTAAACATGGGTGCATTTTTGGATAAACCCAAAACTGAAAAACATAATGCTCATGGTGCTGGGAATGG
TTTACGTTATGGCCTGAGCAGCATGCAAGGATGGAGAGTGGAAATGGAAGATGCACACACAGCTGTTGTA
GGTATTCCTCACGGCTTGGAAGACTGGTCATTTTTTGCAGTTTATGATGGTCATGCTGGATCCCGAGTGG
CAAATTACTGCTCAACACATTTATTAGAACACATCACTACTAACGAAGACTTTAGGGCAGCTGGAAAATC
AGGATCTGCTCTTGAGCTTTCAGTGGAAAATGTTAAGAATGGTATCAGAACTGGATTTTTGAAAATTGAT
GAATACATGCGTAACTTTTCAGACCTCAGAAACGGGATGGACAGGAGTGGTTCAACTGCAGTGGGAGTTA
TGATTTCACCTAAGCATATCTACTTTATCAACTGTGGTGATTCACGTGCTGTTCTGTATAGGAATGGACA
AGTCTGCTTTTCTACCCAGGATCACAAACCTTGCAATCCAAGGGAAAAGGAGCGAATCCAAAATGCAGGA
GGCAGCGTGATGATACAACGTGTTAATGGTTCATTAGCAGTATCTCGTGCTCTGGGGGACTATGATTACA
AGTGTGTTGATGGCAAGGGCCCAACAGAACAACTTGTTTCTCCAGAGCCTGAGGTTTATGAAATTTTAAG
AGCAGAAGAGGATGAATTTATCATCTTGGCTTGTGATGGGATCTGGGATGTTATGAGTAATGAGGAGCTC
TGTGAATATGTTAAATCTAGGCTTGAGGTATCTGATGACCTGGAAAATGTGTGCAATTGGGTAGTGGACA
CTTGTTTACACAAGGGAAGTCGAGATAACATGAGTATTGTACTAGTTTGCTTTTCAAATGCTCCCAAGGT
CTCAGATGAAGCGGTGAAAAAAGATTCAGAGTTGGATAAGCACTTGGAATCACGGGTTGAAGAGATTATG
GAGAAGTCTGGCGAGGAAGGAATGCCTGATCTTGCCCATGTCATGCGCATCTTGTCTGCAGAAAATATCC
CAAATTTGCCTCCTGGGGGAGGTCTTGCTGGCAAGCGTAATGTTATTGAAGCTGTTTATAGTAGACTGAA
TCCACATAGAGAAAGTGATGGGGCCTCCGATGAAGCAGAGGAAAGTGGATCACAGGGAAAATTGGTGGAA
GCTCTCAGGCAAATGAGAATTAATCATAGGGGAAACTACCGACAACTTCTGGAGGAGATGCTGACTAGTT
ACAGGCTAGCTAAAGTAGAGGGAGAAGAAAGCCCTGCTGAACCAGCTGCCACAGCTACTTCTTCGAACAG
TGATGCTGGAAACCCAGTGACAATGCAGGAAAGCCATACTGAATCAGAAAGTGGTCTTGCTGAATTAGAC
AGCTCTAATGAAGATGCAGGGACAAAGATGAGTGGTGAAAAAATATGACTTTCCTTTTTGGTAATATTTT
TGTGATCTTTGATGGTTTTTAACCTAGGAAGTGTAATGTATGCATTTATATAACTGTTTTGTTATTTGAA
TCTTGGAAAACTAGTTTTATTATATTCAGATAGCCTTGTTTTTTAAAAAGGCCTTTGCATACACCTTTAT
GAGATAGTGTAAAATTGACTATTTATAGTACTATGGATTTAATGAAATTATATGTCATTTCACATTGTAT
GCCAGAAATTAGGCTACCAATTATGAATTAAAGTCAGTAGTTAAATTAATACTAGATAGAATTAGAAATT
TTGATTAGAGAGATTATGCTATATTATGGAAAAACTTGTTAATGTAGAATTATACTGCTTCATATTATTT
TACCTATTAGTACACTCATAGTTAGCTTTGTAATAAATTTATGTTTTCTTTAATAATTTTAGTTCTTCAA
AGAATGGCTGATGCTGGCCTGTAATTTTTCTTTCAAGGATGATAATTTGTGTGTTGTTTGATTTGTTTAT
ATTTTACATCTCTGTAGTTTTATTTTTAGAAGTTGTGAGATATTGGATGTGTGGCTATTTTTCCTTTCTC
TGTATTCTTTATGAAACATAACTTTTGAAAAACCTATGTATTATTCATACAGCTTTGGTTTGTATATTCT
GTATAGCCTAACTACACACATCAAAATGTATGTCAACCAAGTGTTTAGAATGAAATTATAAGTGTTTAAG
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TTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTCTCACCCGGTGCTTTGCATTTGGGAAGAGGTGATTTCAAGAGTGGCCAG
GTGGGACGCCTCTCTCCTCCTTATTCGGTTTACTATTTATTGTTCGGGGTGTTTTTTAATTCCTGTATTG
CTCGGCCCGGGGAGTTTCGCCCCCTGCCCGGCTCCGCGGCGCGGAGGATGGTGTGGAAACGGCTGGGCGC
GCTGGTGATGTTCCCTCTACAGATGATCTATCTGGTGGTGAAAGCAGCCGTCGGACTGGTGCTGCCCGCC
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CCCGCGAGTTCGCGGAGCGCGGCGCCAGAAAGATTGTTCTCTGGGGCCGGACTGAGAAATGCCTGAAGGA
GACGACGGAGGAGATCCGGCAGATGGGCACTGAGTGCCATTACTTCATCTGTGATGTGGGCAACCGGGAG
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GCCCTTCCACACCAGCACCGAGATGTTCCAGGGCATGAGAGTCAGGTTTCCCAACCTCTTTCCCCCACTG
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GGACAATGCATGCCCTCGTTATCTTGAAAAGCATACTTCCACAGGCTGCACTCGAGGAGATCCACAAATT
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AAAAA
>gi|62988332|ref|NM_004753.4| ホモサピエンスデヒドロゲナーゼ/レダクターゼ(SDRファミリー)メンバー3(DHRS3)、mRNA
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CTCGGCCCGGGGAGTTTCGCCCCCTGCCCGGCTCCGCGGCGCGGAGGATGGTGTGGAAACGGCTGGGCGC
GCTGGTGATGTTCCCTCTACAGATGATCTATCTGGTGGTGAAAGCAGCCGTCGGACTGGTGCTGCCCGCC
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GACGACGGAGGAGATCCGGCAGATGGGCACTGAGTGCCATTACTTCATCTGTGATGTGGGCAACCGGGAG
GAGGTGTACCAGACGGCCAAGGCCGTCCGGGAGAAGGTGGGTGACATCACCATCCTGGTGAACAATGCCG
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GGACAATGCATGCCCTCGTTATCTTGAAAAGCATACTTCCACAGGCTGCACTCGAGGAGATCCACAAATT
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AAAAA
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AAATATGACTTTGGTAGATGAACTAAGTGGAATGCAGCTGGCTATTCAGGCAGCTATCAGCCAGGCCTTT
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TGGTGTCTTTCTTCTGGGGTTTTCAGTTATTGCAAAGAAATGAAGAGATTCTGGAAATGCATCAATAACC
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ACACTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
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>gi|40255081|ref|NM_032368.3| ホモサピエンスロイシンジッパー及びCTNNBIP1ドメイン含有(LZIC)、mRNA
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GACAGAGATTAAAATGGCTTCCAGAGGAAAGACAGAGACAAGCAAATTAAAGCAGAATTTAGAAGAACAG
TTGGATAGACTCATGCAACAATTACAAGATCTGGAGGAATGCAGAGAGGAACTTGATACAGATGAATATG
AAGAAACCAAAAAGGAAACTCTGGAGCAACTAAGTGAATTTAATGATTCACTAAAGAAAATTATGTCTGG
AAATATGACTTTGGTAGATGAACTAAGTGGAATGCAGCTGGCTATTCAGGCAGCTATCAGCCAGGCCTTT
AAAACCCCAGAGGTCATCAGATTGTTTGCAAAGAAACAACCAGGTCAGCTTCGGACAAGGTTAGCAGAGA
TGGATAGAGATCTGATGGTAGGAAAGCTGGAAAGAGACCTGTACACTCAACAGAAAGTGGAGATACTAAC
AGCTCTTAGGAAACTTGGAGAGAAGCTGACTGCAGATGATGAGGCCTTCTTGTCAGCAAATGCAGGTGCT
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TTGAGGTTGAAAAAACAAAAAAATGACATGGTGCAGAAGCTTGTAACATTGATCACATTCTTAATGTAAA
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ACACTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAA
USPL1 GeneID: 10208
>gi|171460955|ref|NM_005800.4| ホモサピエンスユビキチン特異的ペプチダーゼ様1(USPL1)、mRNA
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TGAGTATTGCCCTGCTTGTAGAGAGAAGGGAAAGTTAAAAGCCTTAAAGACTTACCGAATTAGTTTTCAA
GAATCTATCTTTTTGTGTGAGGATCTGCAGTGCATCTATCCTTTGGGCTCTAAATCACTTAATAACCTAA
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TAAGGATTCACTTCTTTTAGCAAATTCCAAAAAGACTAGAAATTATATTGCTATTGACGGTGGAAAAGTT
TTGAACAGCAAACATAATGGAGAAGTATATGACGAAACCTCGTCAAACTTACCTGATAGTAGTGGTCAAC
AGAATCCAATTAGGACAGCTGATTCCTTGGAGCGGAATGAGATTTTGGAAGCTGATACTGTTGACATGGC
TACTACAAAAGATCCTGCTACAGTTGATGTCTCTGGAACTGGCAGACCTTCCCCTCAAAATGAAGGATGT
ACATCTAAACTGGAAATGCCACTGGAGAGCAAATGTACATCATTTCCCCAGGCTTTATGTGTCCAGTGGA
AAAATGCTTATGCTCTCTGTTGGTTAGACTGTATCCTGTCAGCTTTGGTGCACTCGGAAGAGTTAAAGAA
CACCGTGACTGGACTGTGCTCGAAGGAGGAATCTATATTCTGGCGGTTGCTTACAAAATATAATCAAGCA
AATACACTTCTATATACCAGTCAATTGAGTGGTGTTAAAGATGGAGATTGTAAAAAACTTACCTCAGAAA
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CCTGCCTTCCACTTAAAAAGACTAATGACCAACACGCTCTCAGTAATGAGAAACCAGTATCTTTAACATC
GTGTTCTGTGGGTGATGCTGCCTCAGCTGAAACAGCCTCAGTAACTCACCCTAAAGATATATCAGTTGCC
CCTCGTACTCTTTCACAGGACACAGCTGTAACTCATGGAGATCATTTACTTTCAGGTCCAAAAGGTTTGG
TTGACAATATTTTACCTCTGACACTTGAAGAAACTATCCAGAAAACAGCCTCAGTTTCACAGTTAAATTC
TGAAGCTTTCCTGTTAGAAAATAAACCTGTAGCAGAAAATACAGGAATTCTCAAAACCAATACTTTGCTA
TCACAAGAATCACTAATGGCTTCTTCAGTATCAGCTCCATGTAATGAAAAGCTTATTCAAGACCAATTTG
TGGACATAAGTTTTCCATCCCAAGTTGTAAATACAAACATGCAGTCAGTACAGCTGAATACAGAAGATAC
TGTAAATACTAAATCTGTGAATAATACTGATGCTACTGGTCTTATACAGGGAGTGAAGTCAGTAGAAATT
GAGAAGGACGCTCAGTTAAAACAATTCCTTACACCAAAAACTGAACAATTAAAACCAGAACGTGTCACAT
CTCAGGTATCTAATTTGAAGAAAAAAGAAACTACAGCAGATTCTCAAACCACAACATCTAAGTCATTACA
GAATCAGTCTCTGAAAGAAAATCAGAAGAAGCCATTTGTGGGAAGTTGGGTTAAAGGCTTAATAAGCAGG
GGTGCTTCTTTTATGCCACTCTGTGTTTCAGCTCATAATAGAAACACTATAACTGATTTACAACCTTCAG
TTAAAGGGGTAAATAATTTTGGTGGCTTTAAAACTAAAGGTATAAACCAGAAGGCCAGCCACGTATCCAA
GAAAGCTCGTAAGAGTGCAAGTAAGCCTCCTCCCATCAGTAAGCCACCAGCAGGCCCTCCATCGTCTAAT
GGCACAGCTGCCCACCCACATGCTCATGCTGCTTCAGAAGTTTTGGAAAAGTCTGGAAGCACCTCATGTG
GAGCTCAACTCAACCACAGTTCTTATGGGAATGGTATTTCTTCAGCAAACCATGAAGACTTGGTGGAAGG
TCAGATTCATAAACTTCGTCTAAAACTTCGTAAAAAGCTAAAGGCAGAAAAGAAGAAATTAGCTGCTCTT
ATGTCTTCCCCGCAAAGCAGAACAGTTCGAAGTGAAAATCTAGAACAGGTGCCCCAGGATGGGTCTCCAA
ATGATTGTGAATCAATAGAGGACTTGTTAAATGAGCTACCATATCCAATTGATATTGCCAGTGAGTCTGC
ATGCACCACTGTTCCTGGTGTTTCCCTGTACAGTAGTCAAACTCATGAAGAAATTTTAGCGGAATTATTG
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ATAGTCATATCCCACCACCAGTACCAAGTGAATTCAATGATGTTTCCCAGAACACACATCTGAGACAGGA
CCATAATTATTGTAGCCCCACCAAGAAAAATCCATGTGAAGTTCAGCCAGACTCTCTGACAAATAATGCC
TGCGTTAGAACATTAAACTTGGAGAGTCCGATGAAGACTGATATTTTCGATGAGTTTTTTTCCTCCTCAG
CATTAAATGCTTTAGCAAATGACACATTAGACCTACCTCATTTCGATGAATATCTGTTTGAGAATTATTG
AATTAATGCTTGTTAACTTTTTTCATATAATATTTATTATTATTAGAAGAACTTACAATGTGTTCAGGTA
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>gi|171460955|ref|NM_005800.4| ホモサピエンスユビキチン特異的ペプチダーゼ様1(USPL1)、mRNA
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TCACCTTCCCCGCCACGCCACCGTCCTTTCAGGCCCAGCGTGCAGCAGGAAGGAGGACTCTTTTGCCGCG
GACTCAAGCCGGAAGCCGCCTTCCTAGTGGAGACGCGAGTGGGGGAGGAGCAGTCCGAGGGGAACGTGGG
TTGAACGTTGCAACTAGGGTGGAGATCAAGCTGGAACAGGAGTTCCGATCGACCCGGTACCAAGAAGGGG
AGTGCCCGCGGCAGGGTTCATTGAAAAAATCCTTAGTGATATTGACATGTCTCAAGTGACATAAATTAGC
CAATGACTCGGAATGATGGATTCTCCGAAGATTGGAAATGGTTTGCCAGTGATTGGACCAGGGACTGATA
TAGGGATATCTTCACTCCACATGGTGGGGTATTTGGGAAAAAATTTTGATTCAGCTAAAGTTCCATCAGA
TGAGTATTGCCCTGCTTGTAGAGAGAAGGGAAAGTTAAAAGCCTTAAAGACTTACCGAATTAGTTTTCAA
GAATCTATCTTTTTGTGTGAGGATCTGCAGTGCATCTATCCTTTGGGCTCTAAATCACTTAATAACCTAA
TTTCTCCTGATTTGGAAGAATGTCACACTCCACATAAGCCTCAGAAAAGGAAGAGCTTAGAAAGCAGCTA
TAAGGATTCACTTCTTTTAGCAAATTCCAAAAAGACTAGAAATTATATTGCTATTGACGGTGGAAAAGTT
TTGAACAGCAAACATAATGGAGAAGTATATGACGAAACCTCGTCAAACTTACCTGATAGTAGTGGTCAAC
AGAATCCAATTAGGACAGCTGATTCCTTGGAGCGGAATGAGATTTTGGAAGCTGATACTGTTGACATGGC
TACTACAAAAGATCCTGCTACAGTTGATGTCTCTGGAACTGGCAGACCTTCCCCTCAAAATGAAGGATGT
ACATCTAAACTGGAAATGCCACTGGAGAGCAAATGTACATCATTTCCCCAGGCTTTATGTGTCCAGTGGA
AAAATGCTTATGCTCTCTGTTGGTTAGACTGTATCCTGTCAGCTTTGGTGCACTCGGAAGAGTTAAAGAA
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AATACACTTCTATATACCAGTCAATTGAGTGGTGTTAAAGATGGAGATTGTAAAAAACTTACCTCAGAAA
TATTTGCAGAGATAGAGACCTGTCTGAATGAAGTTAGAGATGAAATTTTTATTAGCCTTCAGCCCCAGCT
TAGATGCACATTAGGTGATATGGAAAGCCCTGTGTTTGCATTTCCCCTGCTCTTAAAACTAGAAACCCAC
ATTGAAAAGCTCTTCCTATATTCTTTTTCTTGGGACTTTGAATGTTCGCAGTGTGGACACCAATATCAAA
ACAGGCATATGAAGAGTCTGGTCACCTTTACAAATGTCATCCCTGAGTGGCACCCACTTAATGCTGCCCA
TTTTGGTCCATGTAACAATTGCAACAGTAAATCACAAATAAGAAAAATGGTATTAGAAAAAGTATCTCCC
ATATTCATGTTGCACTTTGTAGAAGGCTTACCACAGAATGACTTGCAGCACTATGCATTTCATTTTGAAG
GCTGTCTTTATCAGATAACTTCTGTAATTCAGTATCGAGCAAATAATCATTTTATAACATGGATTTTAGA
TGCTGATGGAAGTTGGCTGGAATGTGATGACTTAAAAGGCCCATGTTCTGAAAGGCACAAGAAATTTGAA
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CCTGCCTTCCACTTAAAAAGACTAATGACCAACACGCTCTCAGTAATGAGAAACCAGTATCTTTAACATC
GTGTTCTGTGGGTGATGCTGCCTCAGCTGAAACAGCCTCAGTAACTCACCCTAAAGATATATCAGTTGCC
CCTCGTACTCTTTCACAGGACACAGCTGTAACTCATGGAGATCATTTACTTTCAGGTCCAAAAGGTTTGG
TTGACAATATTTTACCTCTGACACTTGAAGAAACTATCCAGAAAACAGCCTCAGTTTCACAGTTAAATTC
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TCACAAGAATCACTAATGGCTTCTTCAGTATCAGCTCCATGTAATGAAAAGCTTATTCAAGACCAATTTG
TGGACATAAGTTTTCCATCCCAAGTTGTAAATACAAACATGCAGTCAGTACAGCTGAATACAGAAGATAC
TGTAAATACTAAATCTGTGAATAATACTGATGCTACTGGTCTTATACAGGGAGTGAAGTCAGTAGAAATT
GAGAAGGACGCTCAGTTAAAACAATTCCTTACACCAAAAACTGAACAATTAAAACCAGAACGTGTCACAT
CTCAGGTATCTAATTTGAAGAAAAAAGAAACTACAGCAGATTCTCAAACCACAACATCTAAGTCATTACA
GAATCAGTCTCTGAAAGAAAATCAGAAGAAGCCATTTGTGGGAAGTTGGGTTAAAGGCTTAATAAGCAGG
GGTGCTTCTTTTATGCCACTCTGTGTTTCAGCTCATAATAGAAACACTATAACTGATTTACAACCTTCAG
TTAAAGGGGTAAATAATTTTGGTGGCTTTAAAACTAAAGGTATAAACCAGAAGGCCAGCCACGTATCCAA
GAAAGCTCGTAAGAGTGCAAGTAAGCCTCCTCCCATCAGTAAGCCACCAGCAGGCCCTCCATCGTCTAAT
GGCACAGCTGCCCACCCACATGCTCATGCTGCTTCAGAAGTTTTGGAAAAGTCTGGAAGCACCTCATGTG
GAGCTCAACTCAACCACAGTTCTTATGGGAATGGTATTTCTTCAGCAAACCATGAAGACTTGGTGGAAGG
TCAGATTCATAAACTTCGTCTAAAACTTCGTAAAAAGCTAAAGGCAGAAAAGAAGAAATTAGCTGCTCTT
ATGTCTTCCCCGCAAAGCAGAACAGTTCGAAGTGAAAATCTAGAACAGGTGCCCCAGGATGGGTCTCCAA
ATGATTGTGAATCAATAGAGGACTTGTTAAATGAGCTACCATATCCAATTGATATTGCCAGTGAGTCTGC
ATGCACCACTGTTCCTGGTGTTTCCCTGTACAGTAGTCAAACTCATGAAGAAATTTTAGCGGAATTATTG
TCTCCTACACCTGTTTCAACAGAGCTGTCAGAAAATGGGGAAGGTGACTTTAGGTATTTGGGAATGGGAG
ATAGTCATATCCCACCACCAGTACCAAGTGAATTCAATGATGTTTCCCAGAACACACATCTGAGACAGGA
CCATAATTATTGTAGCCCCACCAAGAAAAATCCATGTGAAGTTCAGCCAGACTCTCTGACAAATAATGCC
TGCGTTAGAACATTAAACTTGGAGAGTCCGATGAAGACTGATATTTTCGATGAGTTTTTTTCCTCCTCAG
CATTAAATGCTTTAGCAAATGACACATTAGACCTACCTCATTTCGATGAATATCTGTTTGAGAATTATTG
AATTAATGCTTGTTAACTTTTTTCATATAATATTTATTATTATTAGAAGAACTTACAATGTGTTCAGGTA
GTGTTTATACACTGGACTTGTGTAATTACTTGTGTAATAACCATGAACAAAATGCAAGGTTTAACCTTTG
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>gi|148596983|ref|NM_004487.3| ホモサピエンスゴルジンB1、ゴルジ内在性膜たんぱく質(GOLGB1)、mRNA
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GAGGCAGACAGAGAAGTCAGTGAGATCAGCATTGTTGATATTGCCAACAAGAGGAGCTCTTCTGCTGAGG
AAAGTGGACAAGATGTTCTAGAAAACACATTTTCTCAGAAACATAAAGAATTATCAGTTTTATTGTTGGA
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AATCTATGAGAAAAATTTAGATGAGAAAGCTAAGGAAATTAGCAACCTAAACCAGTTGATTGAGGAGTTT
AAGAAAAATGCTGACAACAACAGCAGTGCATTCACTGCTTTGTCTGAAGAAAGAGACCAGCTTCTCTCTC
AGGTGAAGGAACTTAGCATGGTAACAGAATTGAGGGCTCAGGTAAAGCAACTGGAAATGAACCTTGCAGA
AGCAGAAAGGCAAAGAAGACTTGATTATGAAAGCCAAACTGCCCATGACAACCTGCTCACTGAACAGATC
CATAGTCTCAGCATAGAAGCCAAATCTAAAGATGTGAAAATTGAAGTTTTACAGAATGAACTGGATGATG
TGCAGCTTCAGTTTTCTGAGCAGAGTACCCTGATAAGAAGCCTGCAAAGCCAGCTGCAAAATAAGGAAAG
TGAAGTGCTTGAGGGGGCAGAACGTGTAAGGCATATCTCAAGTAAAGTGGAAGAACTGTCCCAGGCTCTT
TCACAGAAGGAACTTGAAATAACAAAAATGGATCAGCTCTTACTAGAGAAAAAGAGAGATGTGGAAACCC
TCCAACAAACCATCGAGGAGAAGGATCAACAAGTGACAGAAATCAGCTTTAGTATGACTGAGAAAATGGT
TCAGCTTAATGAAGAGAAGTTTTCTCTTGGGGTTGAAATTAAGACTCTTAAAGAACAGCTAAATTTATTA
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AATCACAAGTAACACGGATGCAAGTGATGGGGACTCCGTAGCACTTGTAAAGGAAACAGTGGTGATAAGT
CCACCTTGTACAGGTAGTAGTGAACACTGGAAACCAGAACTAGAAGAAAAGATACTGGCCCTTGAAAAAG
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GGAGAAAGAAAGACATCTCAGGGAGGAGCTAAAGCAACAGAAAGATGACTATAATCGCTTGCAAGAACAG
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AATCCATAGACGGAAAACTCCCAAGCACAGACCAGCAGGAATCGTGTTCTTCCACTCCAGGTTTAGAAGA
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ACAGCTAAAGAGTGTATGGAAACACTTCTTTCTTCCAATGCCAGCATGAAGGAAGAACTTGAAAGGGTCA
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CCATATGGAAGAATTAAAGATTAACATTTCCAGGCTTGAACATGACAAGCAGATTTGGGAGTCCAAGGCC
CAGACAGAGGTCCAGCTTCAGCAGAAGGTCTGTGATACTCTACAGGGGGAAAACAAAGAACTTTTGTCCC
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GAGTCTCAAAGACCAGTTGACTGATTTAAGTAACTCTTTAGAAAAATGTAAGGAACAAAAAGGAAACTTG
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TTGCCCTTGATCACATGTATACTAAGGTATTAAGTGGCCCAAGTCTTTCCTTTCACCAAAGGGCAGGGAG
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CCCCTAGACCCTGAATTACACCAAGAATCTGACATGGAATTTAATAATACTACACAAGAAGATGTTCAGG
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CATGCGAAGGCCAAATTAACTTCTTTGAATAAATACATAGAAGAAATGAAAGCACAAGGAGGGACTGTTC
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AAAAAGACATGGGAACAGATGTTGCAAATACTACTCAGGATAACAGAAGCTGTCATGCAGAAGCCAAAGG
ATAAACAAATAAAGGACTTGTTTGCCCAGAGCTTGGCAGGGTTACTATTTAGGACGCTCATGGTAGCTTG
GATCCGAGCAAACCTCTGTGTGTACATTTCTCGAGAGCTCTGGGATGACTTTCTTGGTGTGCTGTCCTCC
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GAACCGTTTATGGAGTTGAGATGACAAACCTACCTCTGGATAAATTAAGTGAACAAAAGGAAAAGAAGCA
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TGCAGCCGGATCTGGCCATCTCACAGTGGGACAGCAGCAGCAGGTCCTTCGGAGCAGCAGCACCTCCGAC
ATCCCCGAGCCGCTGTGCTCAGATTCTTCTCAGGGTCAAAAGGCAGAAAACACACAGAATTCGAGTTCTT
CAGAGCCTCAGCCTATTCAAGAGAATAAAGGACATGTGAAGAGAGAACATGAAGGAATAACAATCTTAGT
TCGAAGAAGCAGCAGCCCTGCTGAATTGGATTTGAAAGATGATTTGCAGCAGACACAAGGAAAATGTAGG
GAAAGACAGAAGAGTGAAAGTACCAACAGTGACACAACTCTGGGCTGTACCAATGAGGCAGAGCTGTCCA
TGGGCCCATGGCAGACCTGTGAGGAAGACCCAGAACTGAATACTCCCACAGATGTTGTGGCTGATGCTGA
TGCCCGTCATTGGTTACAACTGAGTCCCACCGATGCTTCAAATTTAACAGATAGCAGCGAGTGCCTCACA
GATGACTGTAGTATAATCGCCGGGGGGAGCCTCACTGGTTGGCACCCAGACTCTGCTGCTGTGTTATGGC
GAAGGGTCTTGGGGATCCTCGGAGATGTGAATAACATCCAGTCACCCAAGATCCATGCCAGAGTTTTCTG
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TCTTCTCCATCTCCTCCAGTTTTGATCCCACCACTCAGAATGTTTGCATCATGGCTGTTTAAGGCGGCGA
CACTGCCAAATGAATATAAGGAAGGCAAACTACAAGCCTACAGGCTGATCTGTGCCATGATGACCAGACG
CCAGGACGTTCTGCCAAACTCAGATTTCCTGGTGCATTTTTACCTTGTGATGCACCTGGGATTAACCAGC
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GCTTCTCAATGCTGGTGGGGGACTTCATCACGGCCGCTGCCAGGGTCCTTAGCACAGACATTTTGACGGC
GCCTCGTTCAGAGGCTGTCACTGTCCTCGGCTCTCTGGTCTGCTTTCCAAATACCTACCAGGAGATTCCT
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GGTCTGGATATGTGAAGAGCTTGCACAGTGTACAAGCCACCCTCAGGTGAAAGAGGCCATCAATGTGATA
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GTCCAAACCTGCAGCTGTTTGTATTTAATGATAGCACCCTCATCTCCTACCTTCAGACACCCACAGAAGG
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TACTCTTGGGATGGTAAGGTTTTATATGGACCTTTGGAAGGCTGCTTAGCACCCAATGGAAGAAATCCTT
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GGATGATGTTCTTGACAAATTACTTGAAAACATTGGCCATACAAGTCCTGAATGCCTTTTACCGTCACAG
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TCATTTTGCGCCAAAATGCTCAAGAGGATGAGTATATCCAGAGTCATAACTTCGATTCTGCAATGAAAGT
CACCAGCCAAGGGCAGCCCTCCCCAGTGGAGCCCCGAGGACCCTTTTATTTCTGCAGGTTATTGCTTGAT
GACTTGGGAATGAATTCTTGGGACAGAAGGAAGAATTTTCATCTATTGAAGAAAAATTCAAAATTATTGA
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GGACTTGGATGGGAGGTGGATCTCTCCACCCACTGTGGGTTCATGGGTGGCCTTCAGCGCAATGGCAGCA
CCGGGCAGACGGCCCCTTACTATGCTACCTCAACTGTGGAAGTGATTTTCCATGTTTCCACTCGAATGCC
GTCAGACTCAGATGATTCCCTCACCAAAAAGCTTCGTCACTTGGGGAATGACGAGGTCCATATCGTCTGG
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GTTTGATGGAGCCATAGTGAGTGGGAAGCTGCTGCCAAGCCTTGTATGTGCCACGTGCATCAACGCCAGC
AGGGCTGTGAAGTGCCTCATCCCACTCTACCAGAGCTTCTATGAAGAGCGAGCTCTGTATCTCGAAGCAA
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CTACTCCCTCAGCGGAACGGATTAAAACACGTAAAGGTCTCATTTCAATATTTGAGCAAGGGGCCCTGGC
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CCCCGAGCCACTAAACCCAGAATCTCCAGGAAATTTCGTTGCTGTACTAGTGCCCTCAGCAGGTCTTCCC
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TCATCTTGTCCTGAAACCTCACAAACCTTGGACTTCCAAAGAAGAAAAGAAAAAGTCACCAAAAACCAGA
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TGAGAGTGCAAATGTCATTTGTCAGAGTGAACCGCTGTGGTCCCCGAGTTGGTGTAAGAAAGACACCGAA
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AACTCCAAGAAAAAGCTTTGAAGAGAAAATGGAGGAAGCAGAAACCAGAAACTTTAAATCTTGAGAAAAG
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CATCTAATAGCTGCAGCAAAAGAGCTGTTTCCTCGTAGGCGCACAGGGTTTCCAAATGTAACAGTGGCTC
CTGATTCCTCTCAGGGTCCCATTGTGGTAAATCAAGACCCTATCACCCAATCTATCTTTAATGAGTCTGT
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AACAACTAACAGAAGAGAATTTTGAGTTAATTAGTAAGTTGTGGACTGACATTCAGCAGAAAATAGCAAC
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CAAGCTACGTTGTGGGACACGTGCTGAACTCAAGGAAGCAAAAACAGCTGTTAAATAAAGTGAAAAGGAA
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TGAGCAACTGATATCACTCACACATGCTATTAAGAACTGTCCTGTGATAAATAACAGACAAGAAATTCAG
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TCTCACTGAGTTTGTTCTTAATAATTTATTACTTCCCTTTCCCTGCTCTGACTTTTAAGTTTTTATATCC
TTCTTTCAGATAAAACCTACAAAGATCCTGTGAATTAGTACTAATGAAACAGAGAAATAAAGCAATTATT
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TTACCTTTATCTTTATTCAGGGTTTTTTGAGGTTTAGTATATCTTAGTTGATCCATTTATTTATTTATTT
TCCTGAAGAACTAATTTGCTTTGCATGTAACTTACAATAAAATTCCTCTGTGTGATTAGAGTCTGGCTTT
CAGGAATATGTAACACCCACTTTTCTTTCTTTTTTCTTGGGAAGTCATTGCTGTTCATCACTTTTTCCAT
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AATCAAATAAATATGATTCTAGAGCTCAAATGCCTAAATGTGGTAACATTGATTTAATGGTATATTTAAT
GCTTCAAACAATTAAATAGAAAAAGTTGCTATTAATTTTCCCAGCCCTGAATTTAAGCAGATCTTTCAGG
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TAGGATTATAGGTTCATGCCACCACGCCCAGCTAATTTGTGTATTTTCAGTAGAGACGGGGTTTCACCAT
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TATTTCTATTTTAAACTTGTTTTTTGAATGATCTCTGCTCCCTGGCTCTATGATAGGAATTCTCAACCTG
AGTGAACAATTCAAACTGAGATTACTTGTGTTTAGACTCATATATTTTGATAACATATGACTTCTCCAGT
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TATTCCGCTCCTACTCCCGGGGCGCACAGGGTGTGATCCTGGTCTATGACATTGCGAACCGCTGGTCTTT
TGACGGCATTGATCGATGGATTAAGGAGATCGATGAGCATGCCCCCGGAGTCCCCAAGATCCTGGTGGGG
AACCGCCTGCACCTGGCGTTCAAGCGGCAGGTGCCCACGGAGCAGGCCCAGGCCTACGCCGAGCGCCTGG
GCGTGACCTTCTTTGAGGTCAGCCCTCTGTGCAATTTCAACATCACAGAGTCGTTCACGGAGCTGGCCAG
GATCGTGCTGCTGCGGCATGGGATGGACCGGCTCTGGCGGCCGAGCAAGGTGCTGAGCTTGCAAGACCTC
TGCTGCCGGGCGGTCGTGTCCTGCACGCCGGTGCACCTGGTGGACAAGCTCCCGCTCCCCATTGCCTTAA
GAAGCCACCTCAAGTCCTTCTCGATGGCCAACGGCCTGAATGCCAGGATGATGCACGGCGGTTCCTACTC
CCTCACCACCAGCTCCACCCACAAAAGGAGCAGCCTCCGCAAAGTGAAGCTCGTCCGCCCCCCCCAGAGC
CCCCCCAAAAACTGCACCAGAAACAGCTGCAAAATTTCTTAAGGAAGGCACTGAAAGAAACACGGCGGAA
TCTCTCCAGGAGAAGCTCGGCGTTACCCCCGGCAGCTGGTGGATGCATCTCAGATCCCGGTTCCTCTCGG
CGAATGCTGCTTGCGAATGTGTGCGACGCCTTCCGTGTGATGGAAACACACTACCCCGTCGGACTTCGAA
TTTCTACGTGGATGTGCATGAAGCTCTTGTTTTCGATGTGTGTTTGTAAAGGGAAAATTAGTACTCTGCT
CGACTCTTGGTAACATGAAATTCTGAATGTTACTTTATCATGATTGCACTGCAACTTTTTTCCTTAAAAT
AACTGCTTTTGTAAGAACGGTGATATTGGAGTGATTAGTATAAATTCAATGGAATTTGAGAAGCAATGGC
AGCGGGATAATTTAGAGTCACTGATATTACGAGAGGGGTCTTTTTGTAAACCTCCTTTTCAATGTCAAAG
CACCAATTTATAAAACGCTGCAGATGTAGAGGTTATGTGCAACTGATCTGTCCAGTTTGTGTATGAAATG
GATTTGATAAAGTTTTTGCTAGTTATTTACTACATTTTGGGATTAATAAGTGATTTATATGCATATTTTT
CTGTAAATCTACAGTTTTTTGTACAAGATATTCTACAAGTTATGAAGCTAAGGGAAGAAAATGCCAAAGA
TACCTCTAGTTATGTTGAACACAGCCAGCACAGTTTCGACAGGTCAAGGAAGAGCTGTTTCAGTAAAGAA
TGAAGTGAAAACACTTATTTAGGAAAATGTTTCTCAACAATAAAATGTATAGTTGTTTCTCTC
FRAT2 GeneID: 23401
>gi|31317237|ref|NM_012083.2| ホモサピエンス進行T細胞リンパ腫2での高頻度再編成(FRAT2)、mRNA
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CGCGGGCAACCAAGCCCCCAGCGAAGCCCGCACAGCTCCGGGTGCCAGGACGGGGGGCCATGCCGTGCCG
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CTGCAGCAGTCGGTGACGCTGGGCAGCTCGGGCGAGGTGGACCGGCTGGTGGCCCAGATCGGCGAGACGC
TGCAGCTGGACGCGGCGCAGGACAGCCCGGCCTCGCCGTGCGCGCCCCCGGGGGTGCCGCTGCGGGCCCC
GGGGCCCCTGGCTGCGGCGGTGCCGGCGGACAAGGCCCGGCCCCCGGCGGTGCCGCTGCTGCTGCCGCCC
GCTTCGGCTGAGACGGTGGGCCCGGCGCCCTCTGGGGCCCTGCGCTGCGCCCTAGGGGACCGCGGCCGCG
TGCGCGGACGCGCTGCGCCCTACTGCGTGGCGGAGGTCGCCGCAGGCCCCAGCGCGCTGCCGGGGCCGTG
CCGGCGAGGATGGCTCAGGGACGCGGTCACCTCCCGCCGCTTGCAGCAGCGCCGATGGACCCAAGCCGGG
GCACGCGCCGGCGACGACGACCCGCATCGGCTCCTCCAGCAGCTCGTGCTCTCGGGAAACCTCATCAAGG
AAGCCGTGCGGAGACTCCAACGAGCCGTCGCCGCGGTTGCAGCCACGGGCCCCGCAAGCGCCCCTGGGCC
CGGGGGAGGCCGCAGCGGACCTGACCGCATTGCCCTGCAGCCCTCAGGCTCCTTGCTCTGACGCAGGCCT
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CCGACGTCGCCAGCCTGGGAGCGACCACTTTGGCTGCGGGGAGGCGCGTGGGGAGAGATCTCAACCAGAG
AAGTTACCAGCCGCGGCGAGGCCGTCGGAGAAAACTTAAGCGTGGAGAAATGTATGCGCCAGGGTGCTTC
CGTGGGGCATGAGAATTTCCCGGGCCATCCAAGCCCAAGGACCTGGGATAAACTGGGAGAACTATGGCAG
CTACTTGCATCGACTTGTACCTCACTTAGCCCTTGGGGGCGTCGTGAGCTTGGATTGTTTAAGGAGGGCT
CAGGGGTAGGAATCGCGATGGCTTTATAACAATACTTGAAAACTAACGACACGCATACATTTTCTTATTT
TCTGGTGGAGGAGCTTAGTAAGTGGTGCTACAATTGCTGTGCAAAGAAATTCCAGAGGGGAGAAGAATGT
AAAAGTTTGGTGGTGGGTGGCTTGGCATTGCCCCTTTTTCCCACCGATTCGGTGGCTGGTGAAGGTGGGA
GATGTGAACTCCAATTAAGGGACTGGAGAGAGGTGAAGAATTTTGCAGGTGGGAGATTTGGATTTGAATG
TGGACTTGTAAATGACTTGACCTTGCCATCTGTGTTCAAGGTCACGGTTTGCTGTGGGGTTCCTGGGAGA
GCTTACTCACCCCGGAGTCTTTTCTTTCTCTTGCTCCAAGAAGAGCCCTGTTGGTGCTTTACCACCGCTT
GGAGTCTCCCGAGGACACAAACAGGCAGAGAGGGACGTGTAGGGAGAGTTCTTTCCTGTTTTCTGTGCTT
TCCTTTTTACAGGACTCCCGGAAGGCCACTCATGGCCATGCCAGGAGCTTTCTCAGAAACAGTCATAAAC
GATCTCTTGAGTCTCTTTCTTGTCCTCCCAGCTGAGCTTTCTTATTCCACCCTTTCTGGTGTCTATAGGA
ATGCATGAGAGACCCTGGACGTTTTTCTGCTCTCTTCTGGCCCTCCATGGAGTCATGGGCCTCGGCCTCG
GCGGCTCCTCACCCTCACAATTTATTTCCTCCTCCCGTGCCAGCCCTTCTTTTGTGTCTGAAACCGGTTT
TAAAATGTGACTCTCCCAGAGAAGAAGCCGCTGGCTGTATGAAACTTGACGGCGCTTTTGTAAGGTGCCA
CCCCCAAACTTTAAGGTAGCTAAACCAATTTTTAAAAGATTCAATGGCTTGTTCATCCTCCAGATGTAGC
TATTGATGTACACTTCGCAACGGAGTGTCTGAAATTGTGGTGGTCCTGATTTATAGGATTTCATAATTAA
AATGTCTGCTGAATAAATTTGGCTTTTGTTTTGGAAAAAAAAAAAAAAAAAA
>gi|31317237|ref|NM_012083.2| ホモサピエンス進行T細胞リンパ腫2での高頻度再編成(FRAT2)、mRNA
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CGCGGGCAACCAAGCCCCCAGCGAAGCCCGCACAGCTCCGGGTGCCAGGACGGGGGGCCATGCCGTGCCG
GAGGGAGGAGGAAGAGGAAGCCGGCGAGGAGGCGGAGGGGGAGGAAGAGGAGGACGACAGCTTCCTCCTG
CTGCAGCAGTCGGTGACGCTGGGCAGCTCGGGCGAGGTGGACCGGCTGGTGGCCCAGATCGGCGAGACGC
TGCAGCTGGACGCGGCGCAGGACAGCCCGGCCTCGCCGTGCGCGCCCCCGGGGGTGCCGCTGCGGGCCCC
GGGGCCCCTGGCTGCGGCGGTGCCGGCGGACAAGGCCCGGCCCCCGGCGGTGCCGCTGCTGCTGCCGCCC
GCTTCGGCTGAGACGGTGGGCCCGGCGCCCTCTGGGGCCCTGCGCTGCGCCCTAGGGGACCGCGGCCGCG
TGCGCGGACGCGCTGCGCCCTACTGCGTGGCGGAGGTCGCCGCAGGCCCCAGCGCGCTGCCGGGGCCGTG
CCGGCGAGGATGGCTCAGGGACGCGGTCACCTCCCGCCGCTTGCAGCAGCGCCGATGGACCCAAGCCGGG
GCACGCGCCGGCGACGACGACCCGCATCGGCTCCTCCAGCAGCTCGTGCTCTCGGGAAACCTCATCAAGG
AAGCCGTGCGGAGACTCCAACGAGCCGTCGCCGCGGTTGCAGCCACGGGCCCCGCAAGCGCCCCTGGGCC
CGGGGGAGGCCGCAGCGGACCTGACCGCATTGCCCTGCAGCCCTCAGGCTCCTTGCTCTGACGCAGGCCT
CCTGGAGGAGGAAGTGGAGGCCGCTGCGTAGACCCAACAGCGTCCAGTTCCTACTAACTCTGAGCTGAAG
CCGACGTCGCCAGCCTGGGAGCGACCACTTTGGCTGCGGGGAGGCGCGTGGGGAGAGATCTCAACCAGAG
AAGTTACCAGCCGCGGCGAGGCCGTCGGAGAAAACTTAAGCGTGGAGAAATGTATGCGCCAGGGTGCTTC
CGTGGGGCATGAGAATTTCCCGGGCCATCCAAGCCCAAGGACCTGGGATAAACTGGGAGAACTATGGCAG
CTACTTGCATCGACTTGTACCTCACTTAGCCCTTGGGGGCGTCGTGAGCTTGGATTGTTTAAGGAGGGCT
CAGGGGTAGGAATCGCGATGGCTTTATAACAATACTTGAAAACTAACGACACGCATACATTTTCTTATTT
TCTGGTGGAGGAGCTTAGTAAGTGGTGCTACAATTGCTGTGCAAAGAAATTCCAGAGGGGAGAAGAATGT
AAAAGTTTGGTGGTGGGTGGCTTGGCATTGCCCCTTTTTCCCACCGATTCGGTGGCTGGTGAAGGTGGGA
GATGTGAACTCCAATTAAGGGACTGGAGAGAGGTGAAGAATTTTGCAGGTGGGAGATTTGGATTTGAATG
TGGACTTGTAAATGACTTGACCTTGCCATCTGTGTTCAAGGTCACGGTTTGCTGTGGGGTTCCTGGGAGA
GCTTACTCACCCCGGAGTCTTTTCTTTCTCTTGCTCCAAGAAGAGCCCTGTTGGTGCTTTACCACCGCTT
GGAGTCTCCCGAGGACACAAACAGGCAGAGAGGGACGTGTAGGGAGAGTTCTTTCCTGTTTTCTGTGCTT
TCCTTTTTACAGGACTCCCGGAAGGCCACTCATGGCCATGCCAGGAGCTTTCTCAGAAACAGTCATAAAC
GATCTCTTGAGTCTCTTTCTTGTCCTCCCAGCTGAGCTTTCTTATTCCACCCTTTCTGGTGTCTATAGGA
ATGCATGAGAGACCCTGGACGTTTTTCTGCTCTCTTCTGGCCCTCCATGGAGTCATGGGCCTCGGCCTCG
GCGGCTCCTCACCCTCACAATTTATTTCCTCCTCCCGTGCCAGCCCTTCTTTTGTGTCTGAAACCGGTTT
TAAAATGTGACTCTCCCAGAGAAGAAGCCGCTGGCTGTATGAAACTTGACGGCGCTTTTGTAAGGTGCCA
CCCCCAAACTTTAAGGTAGCTAAACCAATTTTTAAAAGATTCAATGGCTTGTTCATCCTCCAGATGTAGC
TATTGATGTACACTTCGCAACGGAGTGTCTGAAATTGTGGTGGTCCTGATTTATAGGATTTCATAATTAA
AATGTCTGCTGAATAAATTTGGCTTTTGTTTTGGAAAAAAAAAAAAAAAAAA
耐性バイオマーカー
CALD1 GeneID: 800
>gi|44680106|ref|NM_004342.5| ホモサピエンスカルデスモン1(CALD1),転写バリアント2、mRNA
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CAGTCCTTCCTTTCCGACTTAGTCCTCGGGAAGAAGTTTCAGACTACAAGGTATCATTGGAACATTTCAA
GATCATCAAATCAAATTCCACAGGGATTGGTGACCAACCAGAAGGCTCAGACATCTGATTGCTGACCTGT
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AAAAAAGTGAAAGTCGCCAAGAAAGATACGAGATAGAGGAAACAGAAACAGTCACCAAGTCCTACCAGAA
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AAGAAGTTAAGAGCTTCATGGATCGAAAGAAGGGATTTACAGAAGTTAAGTCGCAGAATGGAGAATTCAT
GACCCACAAACTTAAACATACTGAGAATACTTTCAGCCGCCCTGGAGGGAGGGCCAGCGTGGACACCAAG
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GAAAAAGAGGGAGGAGAGAAGGAAGGTCCTGGAGGAGGAAGAGCAGAGGAGGAAGCAGGAGGAAGCCGAT
CGAAAACTCAGAGAGGAGGAAGAGAAGAGGAGGCTAAAGGAAGAGATTGAAAGGCGAAGAGCAGAAGCTG
CTGAGAAACGCCAGAAGATGCCAGAAGATGGCTTGTCAGATGACAAGAAACCATTCAAGTGTTTCACTCC
TAAAGGTTCATCTCTCAAGATAGAAGAGCGAGCAGAATTTTTGAATAAGTCTGTGCAGAAAAGCAGTGGT
GTCAAATCGACCCATCAAGCAGCAATAGTCTCCAAGATTGACAGCAGACTGGAGCAGTATACCAGTGCAA
TTGAGGGAACAAAAAGCGCAAAACCTACAAAGCCGGCAGCCTCGGATCTTCCTGTTCCTGCTGAAGGTGT
ACGCAACATCAAGAGTATGTGGGAGAAAGGGAATGTGTTTTCATCCCCCACTGCAGCAGGCACACCAAAT
AAGGAAACTGCTGGCTTGAAGGTAGGGGTTTCTAGCCGCATCAATGAATGGCTAACTAAAACCCCAGATG
GAAACAAGTCACCTGCTCCCAAACCTTCTGACTTGAGACCAGGAGACGTATCCAGCAAGCGGAACCTCTG
GGAAAAGCAATCTGTGGATAAGGTCACTTCCCCCACTAAGGTTTGAGACAGTTCCAGAAAGAACCCAAGC
TCAAGACGCAGGACGAGCTCAGTTGTAGAGGGCTAATTCGCTCTGTTTTGTATTTATGTTGATTTACTAA
ATTGGGTTCATTATCTTTTATTTTTCAATATCCCAGTAAACCCATGTATATTATCACTATATTTAATAAT
CACAGTCTAGAGATGTTCATGGTAAAAGTACTGCCTTTGCACAGGAGCCTGTTTCTAAAGAAACCCATGC
TGTGAAATAGAGACTTTTCTACTGATCATCATAACTCTGTATCTGAGCAGTGATACCAACCACATCTGAA
GTCAACAGAAGATCCAAGTTTAAAATTGCCTGCGGAATGTGTGCAGTATCTAGAAAAATGAACCGTAGTT
TTTGTTTTTTTAAATACAGAAGTCATGTTGTTTCTGCACTTTATAATAAAGCATGGAAGAAATTATCTTA
GTAGGCAATTGTAACACTTTTTGAAAGTAACCCATTTCAGATTTGAAATACTGCAATAATGGTTGTCTTT
AAAAAAAAAAAAGAAATGTACTGTTAAGGTATTACTTTTTTTCATGCTGATGATTCATATCTAAATTACA
TTATTATGTTAGCTGACAGTGGTACTGATTTTTTAGGTTGGTTGTTTTGTGGATTTCTTTAGTAGTGATA
GTAGCCTGAACCACATTTTAGATAACTCAATTATGTATGTATGTGCATACACATATACAAACACACTAAT
GGTAGAATGCTTTTTTATGTGCTAGACTATTATATTTAGTAGTATGTCATTGTAACTAGCCAATATCACA
GCTTTTGAAAAATTAAAAAATCACACTATATTAATATTTCATATTTGCCAACAGAAACATGGCAGATAGG
TATCAATATGTTTTCAATGCCTGATGACCTATAAGAAGAAAGTATTGAAAAGAAGAGAGATTAGAACTGT
TAGAAGGAGTTGAAATTTTCTAAAAGACATAGTATTTAGTTTATAATTAAATGCATTCTTGAAGTCCAGT
GTGAATTTTATTAATGCTATCATCTCGACCAAGCTCAAAGCCTACTTATTAGAAACAATGAAGTTCACAA
TAGGTCATAAGGTCTCTTCCTTTTCTAAAATTGAAAGACAAGAAATTTAGTGCCAATATTGTACAGACAG
AAATTCCATGTATGAGTCTCAACAAAGACTACCTTTGGCTAAATGTCTAGAAGCAGAGAAGTAAAGTGAG
CAAAATCCAGTGTTGAGGAGTCATGACAGTACTTTGATCTTTATATACTCTGAAGCATTTCTTCAAACTT
TTCTACTTTTATTTGTCATTGATACCTGTAGTAAGTTGACAATGTGGTGAAATTTCAAAATTATATGTAA
CTTCTACTAGTTTTACTTTCTCCCCCAAGTCTTTTTTAACTCATGATTTTTACACACACAATCCAGAACT
TATTATATAGCCTCTAAGTCTTTATTCTTCACAGTAGATAATGAAAGAGTCCTCCAGTGTCTTGGCAAAA
TGTTCTAGTATAGCTGGATACATACAGTGGAGTTCTATAAACTCATACCTCAGTGGACTTAACCAAAATT
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CCAGAAGAGCTAACCAGGGCAGGGCTGGCATGAGAAGTGACATCTGCGTTACAAAGTCTATCTTCCTCAT
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ATGCAGAAGTCAAACCCTCATGACAAAGTAGGCACAAGTCTACAATAAGCTAAATCAGAATTTACAAATA
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GTAAGGTAACATTGCTTTGTTGTACTTTTGAACAAGAGCTCCTCCTGATCACTATTACATATTTTTCTAG
AAAATCTAAAGTTCAGAAGAGAATGTATCACTGCTGACTTTTATTCCAATATTTGGATGGAGTAAGTTTT
AGGGTAGAATTTTGTTCAGTTTGGATTTAATCTTTTGAAAAGTAAATTCCTTGTTTACTGGTTTGACTAT
AATTCTCTGTTATCTTTACGAGGTAAAACTGCAAGCTGACTAGCATGTTCTGTGAATCTGCCATTCCTAA
AAATTTTATAAACACTTGATACTTTTCACTGATAATGGATCGCTCCAATAAACATATATTGTGAAAATGC
ATCCACAATAAATGGAATTCCTTCCTGCAAAATGTCTTTTTCTCACTTATTTTTATGTACAATATTGATA
GTGAGAGGTATGTCTATTATAATAAAGATTATGGCACAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAA
CALD1 GeneID: 800
>gi|44680106|ref|NM_004342.5| ホモサピエンスカルデスモン1(CALD1),転写バリアント2、mRNA
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AGAGGAGGCAGCCCGGGAACGGCGCCGCCGAGCCCGACAGGAACGGCTGCGGCAGAAGCAGGAGGAAGAA
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GGAAAGACGCCAAAAACGCCTTCAGGAGGCTCTGGAGCGGCAGAAGGAGTTCGACCCAACAATAACAGAT
GCAAGTCTGTCGCTCCCAAGCAGAAGAATGCAAAATGACACAGCAGAAAATGAAACTACCGAGAAGGAAG
AAAAAAGTGAAAGTCGCCAAGAAAGATACGAGATAGAGGAAACAGAAACAGTCACCAAGTCCTACCAGAA
GAATGATTGGAGGGATGCTGAAGAAAACAAGAAAGAAGACAAGGAAAAGGAGGAGGAGGAAGAGGAGAAG
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GACCCACAAACTTAAACATACTGAGAATACTTTCAGCCGCCCTGGAGGGAGGGCCAGCGTGGACACCAAG
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GAAAAAGAGGGAGGAGAGAAGGAAGGTCCTGGAGGAGGAAGAGCAGAGGAGGAAGCAGGAGGAAGCCGAT
CGAAAACTCAGAGAGGAGGAAGAGAAGAGGAGGCTAAAGGAAGAGATTGAAAGGCGAAGAGCAGAAGCTG
CTGAGAAACGCCAGAAGATGCCAGAAGATGGCTTGTCAGATGACAAGAAACCATTCAAGTGTTTCACTCC
TAAAGGTTCATCTCTCAAGATAGAAGAGCGAGCAGAATTTTTGAATAAGTCTGTGCAGAAAAGCAGTGGT
GTCAAATCGACCCATCAAGCAGCAATAGTCTCCAAGATTGACAGCAGACTGGAGCAGTATACCAGTGCAA
TTGAGGGAACAAAAAGCGCAAAACCTACAAAGCCGGCAGCCTCGGATCTTCCTGTTCCTGCTGAAGGTGT
ACGCAACATCAAGAGTATGTGGGAGAAAGGGAATGTGTTTTCATCCCCCACTGCAGCAGGCACACCAAAT
AAGGAAACTGCTGGCTTGAAGGTAGGGGTTTCTAGCCGCATCAATGAATGGCTAACTAAAACCCCAGATG
GAAACAAGTCACCTGCTCCCAAACCTTCTGACTTGAGACCAGGAGACGTATCCAGCAAGCGGAACCTCTG
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TCAAGACGCAGGACGAGCTCAGTTGTAGAGGGCTAATTCGCTCTGTTTTGTATTTATGTTGATTTACTAA
ATTGGGTTCATTATCTTTTATTTTTCAATATCCCAGTAAACCCATGTATATTATCACTATATTTAATAAT
CACAGTCTAGAGATGTTCATGGTAAAAGTACTGCCTTTGCACAGGAGCCTGTTTCTAAAGAAACCCATGC
TGTGAAATAGAGACTTTTCTACTGATCATCATAACTCTGTATCTGAGCAGTGATACCAACCACATCTGAA
GTCAACAGAAGATCCAAGTTTAAAATTGCCTGCGGAATGTGTGCAGTATCTAGAAAAATGAACCGTAGTT
TTTGTTTTTTTAAATACAGAAGTCATGTTGTTTCTGCACTTTATAATAAAGCATGGAAGAAATTATCTTA
GTAGGCAATTGTAACACTTTTTGAAAGTAACCCATTTCAGATTTGAAATACTGCAATAATGGTTGTCTTT
AAAAAAAAAAAAGAAATGTACTGTTAAGGTATTACTTTTTTTCATGCTGATGATTCATATCTAAATTACA
TTATTATGTTAGCTGACAGTGGTACTGATTTTTTAGGTTGGTTGTTTTGTGGATTTCTTTAGTAGTGATA
GTAGCCTGAACCACATTTTAGATAACTCAATTATGTATGTATGTGCATACACATATACAAACACACTAAT
GGTAGAATGCTTTTTTATGTGCTAGACTATTATATTTAGTAGTATGTCATTGTAACTAGCCAATATCACA
GCTTTTGAAAAATTAAAAAATCACACTATATTAATATTTCATATTTGCCAACAGAAACATGGCAGATAGG
TATCAATATGTTTTCAATGCCTGATGACCTATAAGAAGAAAGTATTGAAAAGAAGAGAGATTAGAACTGT
TAGAAGGAGTTGAAATTTTCTAAAAGACATAGTATTTAGTTTATAATTAAATGCATTCTTGAAGTCCAGT
GTGAATTTTATTAATGCTATCATCTCGACCAAGCTCAAAGCCTACTTATTAGAAACAATGAAGTTCACAA
TAGGTCATAAGGTCTCTTCCTTTTCTAAAATTGAAAGACAAGAAATTTAGTGCCAATATTGTACAGACAG
AAATTCCATGTATGAGTCTCAACAAAGACTACCTTTGGCTAAATGTCTAGAAGCAGAGAAGTAAAGTGAG
CAAAATCCAGTGTTGAGGAGTCATGACAGTACTTTGATCTTTATATACTCTGAAGCATTTCTTCAAACTT
TTCTACTTTTATTTGTCATTGATACCTGTAGTAAGTTGACAATGTGGTGAAATTTCAAAATTATATGTAA
CTTCTACTAGTTTTACTTTCTCCCCCAAGTCTTTTTTAACTCATGATTTTTACACACACAATCCAGAACT
TATTATATAGCCTCTAAGTCTTTATTCTTCACAGTAGATAATGAAAGAGTCCTCCAGTGTCTTGGCAAAA
TGTTCTAGTATAGCTGGATACATACAGTGGAGTTCTATAAACTCATACCTCAGTGGACTTAACCAAAATT
GTGTTAGTCTCAATTCCTACCACACTGAGGGAGCCTCCCAAATAACTATTTTCTTATCTGCAGTATTCCT
CCAGAAGAGCTAACCAGGGCAGGGCTGGCATGAGAAGTGACATCTGCGTTACAAAGTCTATCTTCCTCAT
AAGTCTGTAAAGAGCAATTGAATCTTCTAGCTTTAGCAAACCTAAGCCAAAGGAAGGAAAGCCACGAAGA
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ATCCACAATAAATGGAATTCCTTCCTGCAAAATGTCTTTTTCTCACTTATTTTTATGTACAATATTGATA
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KLHL5 GeneID: 51088
>gi|65289291|ref|NM_015990.3| ホモサピエンスケルチ様5(ショウジョウバエ)(KLHL5)、転写バリアント1、mRNA
TGTTTCATCTTTATTCATTATCCTTTGTTCTTTAAAATCTGATATATTGGCATAAAAGTAATTGTAGATA
TATATATGAATGTGATTTATTTTCCTTTACATATTTTTGTTGTGTACAGCAGGGCATATACTTCTCTTGT
CTTGGTTGGATGCACAAATCTGTGTGCAGTGCTTTTTGCCCGTTGCCTAGACGATCACTTGGTTTCTCTG
AGGATGTCTGGTTCTCGTAAAGAGTTTGATGTGAAACAGATTTTGAAAATCAGATGGAGGTGGTTTGGTC
ATCAAGCATCATCTCCTAATTCTACAGTTGACAGCCAGCAGGGAGAATTTTGGAACCGAGGACAGACTGG
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CATACTATGGAGCCATGTACATCAGATGAATTTTTCCAAGCCCTTAATCATGCCGAGCAAACATTTAAAA
AAATGGAAAACTATTTGAGACATAAACAGTTGTGTGATGTAATTTTAGTCGCTGGTGATCGCAGAATTCC
AGCTCACAGATTGGTGCTCTCCTCTGTCTCAGACTATTTTGCTGCCATGTTTACTAATGATGTCAGAGAG
GCAAGACAAGAAGAAATAAAAATGGAAGGTGTAGAACCAAATTCGTTGTGGTCCTTGATCCAGTATGCTT
ATACAGGCCGCCTTGAATTAAAAGAAGATAATATTGAGTGCCTGTTATCTACAGCTTGCCTTCTTCAGCT
TTCACAGGTTGTAGAAGCATGCTGTAAGTTTTTAATGAAACAGCTTCATCCATCCAACTGTCTTGGAATT
CGTTCTTTTGCTGATGCCCAAGGTTGTACAGATTTGCATAAAGTGGCTCACAATTATACTATGGAGCATT
TCATGGAAGTAATCAGAAACCAGGAATTTGTATTATTACCAGCCAGCGAAATTGCAAAGCTCTTGGCTAG
TGATGACATGAACATTCCTAATGAGGAGACAATATTGAATGCACTTCTTACTTGGGTCCGTCATGATTTG
GAACAGAGACGGAAAGATCTAAGTAAACTTTTGGCTTATATTAGGCTACCTCTTCTTGCACCACAGTTCC
TGGCAGACATGGAAAATAATGTACTTTTTCGGGATGATATAGAATGTCAGAAACTCATTATGGAAGCAAT
GAAGTACCATTTATTACCAGAGAGACGACCCATGTTACAAAGTCCTCGGACAAAACCTAGGAAGTCAACT
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AGATGACAAACTGTATGTGGTTGGAGGAAGAGATGGACTGAAGACTTTGAATACTGTAGAGTGCTACAAC
CCCAAAACAAAAACTTGGAGTGTGATGCCACCTATGTCCACACATAGACATGGCCTTGGTGTGGCTGTAC
TGGAAGGTCCCATGTATGCCGTAGGAGGACATGATGGCTGGAGCTATCTGAACACAGTGGAAAGATGGGA
CCCTCAGGCTCGCCAGTGGAATTTTGTTGCCACTATGTCTACCCCTAGGAGTACAGTAGGTGTGGCAGTA
CTAAGTGGAAAACTTTATGCAGTTGGTGGTCGTGATGGAAGTTCTTGTCTCAAATCAGTAGAATGTTTTG
ATCCTCATACTAATAAGTGGACACTGTGTGCACAGATGTCAAAAAGGAGAGGTGGCGTAGGAGTGACGAC
CTGGAATGGACTGCTGTATGCTATAGGGGGGCACGATGCTCCCGCATCCAACTTGACTTCCAGACTCTCA
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CTTTATTAATTTAGTATAATTATTCTATCAATGGATACATTTTTAGTAAATGTGCATTGTCACAATCCTG
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AATGATATACTAAAGATAACACTATTTAGTTTTTTCAGAAACATCTGCATTATATGTGTGTTGGTTGTGG
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AAATGGAAAACTATTTGAGACATAAACAGTTGTGTGATGTAATTTTAGTCGCTGGTGATCGCAGAATTCC
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AATGATATACTAAAGATAACACTATTTAGTTTTTTCAGAAACATCTGCATTATATGTGTGTTGGTTGTGG
ATTTTGTTTCTAAAATTGGCTTAGTCCAATAAATAAAGAAAAGCATTAAGGACTTAAAGCAACAATAACC
AAATAAAAACTTGATAGGATCTTTGAAGTCTATTTAAATATTCATTCCATTACATCTAGACTCACCAAGA
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ATGTAGAGAAAATAAATGTTATATACCCTATAATCTTTCACCTAATTAGTATTTAATTATATGGATTTGT
TTTATATTATAAAAGATGTTTTGATTTTGTCTTTTGATATTGACAAAATTGTTTGGATATCCTTATGTTC
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TAATAGGACCAAACAATTTGGACATGTCATTCTGTAGACTAGAATTTCTTAAAAGGGTGTTACTGAGTTA
TAAGCTCACTAGGCTGTAAAAACAAAACAATGTAGAGTTTTATTTATTGAACAATGTAGTCACTTGAAGG
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TCACAGTTATTATTATTTAAAATTACTTCAACTTTGTGTTTTTAAATGTTTTGACGATTTCAATACAAGA
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TATTTTACTGTGGTAATATAGAGAAGAATTAAAGCAAGAAAATCTGAAGTATTGTCTTGTTTTTAAAAAA
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TACAGGATGGAAAAAGGTCATATCCTTTGTCAGGAAATATAAACTTGAAAGTATGTAGTCAGCTCTTGTA
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AAAAAAAAA
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CAGCCTAGGCCGCACCAGGATGTCGGACACCGAGGAGCAGGAATATGAGGAGGAGCAGCCGGAAGAGGAG
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CAGCGGAAGAAGGAGGAAGAGGAGCTGGTTGCCTTGAAGGAGCGCATTGAGCGGCGCCGGTCAGAGAGAG
CCGAGCAACAGCGCTTCAGAACTGAGAAGGAACGCGAACGTCAGGCTAAGCTGGCGGAGGAGAAGATGAG
GAAGGAAGAGGAAGAGGCCAAGAAGCGGGCAGAGGATGATGCCAAGAAAAAGAAGGTGCTGTCCAACATG
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TCAACGTGCTGTACAACCGCATCAGCCACGCCCAGAAGTTCCGGAAGGGGGCAGGGAAGGGCCGCGTTGG
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ATGCCATGAAGACCAAGACACACTATCGCGCTATGCAGGCAGACTGCCTGCAGAAACTACAGCGATATCT
GAAATCCGGGGTGGCCATCAGGAGAACAGTGCCCCCCATGGTGAATGTCACCTGCAGCGAGGTCTCAGAG
GGCAACATCACCGTGACATGCAGGGCTTCCAGCTTCTATCCCCGGAATATCACACTGACCTGGCGTCAGG
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GACCTGGGTGGCCACCAGGATTCGCCAAGGAGAGGAGCAGAGGTTCACCTGCTACATGGAACACAGCGGG
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ATGTTTCTGCTGCTATGCCATGTTTTGTTATTATTATTATTCTCTGTGTCCCTTGTTGCAAGAAGAAAAC
ATCAGCGGCAGAGGGTCCAGAGCTTGTGAGCCTGCAGGTCCTGGATCAACACCCAGTTGGGACAGGAGAC
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GTTTCCTGACCTATGAAACAGAGAAAATAACATCACTTATTTATTGTTGTTGGATGCTGCAAAGTGTTAG
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CCCCTCTTCTTGCTATCTCCTATACCAATAAATACGAAGGGCTGTGGAAGATCAGAGCCCTTGTTCACGA
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CCTTTGTTCAGTCCAATACAGGGTTGTGGGGCCCTTAACAGTGCCATATTAATTGGTATCATTATTTCTG
TTGTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTGCAGTTCA
CTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGCACTTCTCGTACCTCAGACTCCCG
AATAGCTGGGATTACAGACAGGCACCACCACACCCAGCTAATTTTTGTATTTTTTGTAGAGACGGGGTTT
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CTGGGATTACAAGAATGAGCCACCGTGCCTGGCCTATTTTATTATATTGTAATATATTTTATTATATTAG
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GCTAAGACCTGGGACACAGAGACCGAGGACTTGACAGAGAATGGGCAAGACCTCAGGAGGACCCTGACTC
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GAATCGACAGTGCCCCAGTCCTCCAGAGCTCAGACCTTGGCTATGAACGTCACAAATTTCTGGAAGGAAG
ATGCCATGAAGACCAAGACACACTATCGCGCTATGCAGGCAGACTGCCTGCAGAAACTACAGCGATATCT
GAAATCCGGGGTGGCCATCAGGAGAACAGTGCCCCCCATGGTGAATGTCACCTGCAGCGAGGTCTCAGAG
GGCAACATCACCGTGACATGCAGGGCTTCCAGCTTCTATCCCCGGAATATCACACTGACCTGGCGTCAGG
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GACCTGGGTGGCCACCAGGATTCGCCAAGGAGAGGAGCAGAGGTTCACCTGCTACATGGAACACAGCGGG
AATCACGGCACTCACCCTGTGCCCTCTGGGAAGGCGCTGGTGCTTCAGAGTCAACGGACAGACTTTCCAT
ATGTTTCTGCTGCTATGCCATGTTTTGTTATTATTATTATTCTCTGTGTCCCTTGTTGCAAGAAGAAAAC
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CACAGGGATGCAGCACAGCTGGGATTTCAGCCTCTGATGTCAGCTACTGGGTCCACTGGTTCCACTGAGG
GCACCTAGACTCTACAGCCAGGCGGCCAGGATTCAACTCCCTGCCTGGATCTCACCAGCACTTTCCCTCT
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TAGGTATGAGGTGTTTGCTGCTCTGCCACGTAGAGAGCCAGCAAAGGGATCATGACCAACTCAACATTCC
ATTGGAGGCTATATGATCAAACAGCAAATTGTTTATCATGAATGCAGGATGTGGGCAAACTCACGACTGC
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TAGAGCCTATTGTTTGAGGAATGCAGTCTTACAAGCCTACTCTGGACCCAGCAGCTGACTCCTTCTTCCA
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GAAGCAAGAAGCCCCCTGACCCCTTGTTCCAAATATACTCTTTTGTCTTTCTCTTTATTCCCACGTTCGC
CCTTTGTTCAGTCCAATACAGGGTTGTGGGGCCCTTAACAGTGCCATATTAATTGGTATCATTATTTCTG
TTGTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTGCAGTTCA
CTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGCACTTCTCGTACCTCAGACTCCCG
AATAGCTGGGATTACAGACAGGCACCACCACACCCAGCTAATTTTTGTATTTTTTGTAGAGACGGGGTTT
CGCCAAGTTGACCAGCCCAGTTTCAAACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCCTGCCTTGGCATCCCAAAGTG
CTGGGATTACAAGAATGAGCCACCGTGCCTGGCCTATTTTATTATATTGTAATATATTTTATTATATTAG
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AACGAGGCCAAGCACCTGGGCGTCAAAGTCTTCTCGGTGGCCATCACACCCGACCACCTGGAGCCGCGTC
TGAGCATCATCGCCACGGACCACACGTACCGGCGCAACTTCACGGCGGCTGACTGGGGCCAGAGCCGCGA
CGCAGAGGAGGCCATCAGCCAGACCATCGACACCATCGTGGACATGATCAAAAATAACGTGGAGCAAGTG
TGCTGCTCCTTCGAATGCCAGCCTGCAAGAGGACCTCCGGGGCTCCGGGGCGACCCCGGCTTTGAGGGAG
AACGAGGCAAGCCGGGGCTCCCAGGAGAGAAGGGAGAAGCCGGAGATCCTGGAAGACCCGGGGACCTCGG
ACCTGTTGGGTACCAGGGAATGAAGGGAGAAAAAGGGAGCCGTGGGGAGAAGGGCTCCAGGGGACCCAAG
GGCTACAAGGGAGAGAAGGGCAAGCGTGGCATCGACGGGGTGGACGGCGTGAAGGGGGAGATGGGGTACC
CAGGCCTGCCAGGCTGCAAGGGCTCGCCCGGGTTTGACGGCATTCAAGGACCCCCTGGCCCCAAGGGAGA
CCCCGGTGCCTTTGGACTGAAAGGAGAAAAGGGCGAGCCTGGAGCTGACGGGGAGGCGGGGAGACCAGGG
AGCTCGGGACCATCTGGAGACGAGGGCCAGCCGGGAGAGCCTGGGCCCCCCGGAGAGAAAGGAGAGGCGG
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ATGAGGGTCCCCCAGGGTCCGAGGGTGCCAGAGGAGCCCCAGGACCTGCCGGACCCCCTGGAGACCCGGG
GCTGATGGGTGAAAGGGGAGAAGACGGCCCCGCTGGAAATGGCACCGAGGGCTTCCCCGGCTTCCCCGGG
TATCCGGGCAACAGGGGCGCTCCCGGGATAAACGGCACGAAGGGCTACCCCGGCCTCAAGGGGGACGAGG
GAGAAGCCGGGGACCCCGGAGACGATAACAACGACATTGCACCCCGAGGAGTCAAAGGAGCAAAGGGGTA
CCGGGGTCCCGAGGGCCCCCAGGGACCCCCAGGACACCAAGGACCGCCTGGGCCGGACGAATGCGAGATT
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TGGACAGCTCAGAGAGCATTGGCCTGCAGAACTTCGAGATTGCCAAGGACTTCGTCGTCAAGGTCATCGA
CCGGCTGAGCCGGGACGAGCTGGTCAAGTTCGAGCCAGGGCAGTCGTACGCGGGTGTGGTGCAGTACAGC
CACAGCCAGATGCAGGAGCACGTGAGCCTGCGCAGCCCCAGCATCCGGAACGTGCAGGAGCTCAAGGAAG
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TCTTACTAGAAACAACGCAAACCTCTCCTTCCTCAGAATAGTGATGTGTTCGACGTTTTATCAAAGGCCC
CCTTTCTATGTTCATGTTAGTTTTGCTCCTTCTGTGTTTTTTTCTGAACCATATCCATGTTGCTGACTTT
TCCAAATAAAGGTTTTCACTCCTCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
>gi|87196338|ref|NM_001848.2| ホモサピエンスコラーゲン、VI型、α1(COL6A1)、mRNA
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GCCGCGCTGTGTGGTGACCGCAGGCCCCAGACATGAGGGCGGCCCGTGCTCTGCTGCCCCTGCTGCTGCA
GGCCTGCTGGACAGCCGCGCAGGATGAGCCGGAGACCCCGAGGGCCGTGGCCTTCCAGGACTGCCCCGTG
GACCTGTTCTTTGTGCTGGACACCTCTGAGAGCGTGGCCCTGAGGCTGAAGCCCTACGGGGCCCTCGTGG
ACAAAGTCAAGTCCTTCACCAAGCGCTTCATCGACAACCTGAGGGACAGGTACTACCGCTGTGACCGAAA
CCTGGTGTGGAACGCAGGCGCGCTGCACTACAGTGACGAGGTGGAGATCATCCAAGGCCTCACGCGCATG
CCTGGCGGCCGCGACGCACTCAAAAGCAGCGTGGACGCGGTCAAGTACTTTGGGAAGGGCACCTACACCG
ACTGCGCTATCAAGAAGGGGCTGGAGCAGCTCCTCGTGGGGGGCTCCCACCTGAAGGAGAATAAGTACCT
GATTGTGGTGACCGACGGGCACCCCCTGGAGGGCTACAAGGAACCCTGTGGGGGGCTGGAGGATGCTGTG
AACGAGGCCAAGCACCTGGGCGTCAAAGTCTTCTCGGTGGCCATCACACCCGACCACCTGGAGCCGCGTC
TGAGCATCATCGCCACGGACCACACGTACCGGCGCAACTTCACGGCGGCTGACTGGGGCCAGAGCCGCGA
CGCAGAGGAGGCCATCAGCCAGACCATCGACACCATCGTGGACATGATCAAAAATAACGTGGAGCAAGTG
TGCTGCTCCTTCGAATGCCAGCCTGCAAGAGGACCTCCGGGGCTCCGGGGCGACCCCGGCTTTGAGGGAG
AACGAGGCAAGCCGGGGCTCCCAGGAGAGAAGGGAGAAGCCGGAGATCCTGGAAGACCCGGGGACCTCGG
ACCTGTTGGGTACCAGGGAATGAAGGGAGAAAAAGGGAGCCGTGGGGAGAAGGGCTCCAGGGGACCCAAG
GGCTACAAGGGAGAGAAGGGCAAGCGTGGCATCGACGGGGTGGACGGCGTGAAGGGGGAGATGGGGTACC
CAGGCCTGCCAGGCTGCAAGGGCTCGCCCGGGTTTGACGGCATTCAAGGACCCCCTGGCCCCAAGGGAGA
CCCCGGTGCCTTTGGACTGAAAGGAGAAAAGGGCGAGCCTGGAGCTGACGGGGAGGCGGGGAGACCAGGG
AGCTCGGGACCATCTGGAGACGAGGGCCAGCCGGGAGAGCCTGGGCCCCCCGGAGAGAAAGGAGAGGCGG
GCGACGAGGGGAACCCAGGACCTGACGGTGCCCCCGGGGAGCGGGGTGGCCCTGGAGAGAGAGGACCACG
GGGGACCCCAGGCACGCGGGGACCAAGAGGAGACCCTGGTGAAGCTGGCCCGCAGGGTGATCAGGGAAGA
GAAGGCCCCGTTGGTGTCCCTGGAGACCCGGGCGAGGCTGGCCCTATCGGACCTAAAGGCTACCGAGGCG
ATGAGGGTCCCCCAGGGTCCGAGGGTGCCAGAGGAGCCCCAGGACCTGCCGGACCCCCTGGAGACCCGGG
GCTGATGGGTGAAAGGGGAGAAGACGGCCCCGCTGGAAATGGCACCGAGGGCTTCCCCGGCTTCCCCGGG
TATCCGGGCAACAGGGGCGCTCCCGGGATAAACGGCACGAAGGGCTACCCCGGCCTCAAGGGGGACGAGG
GAGAAGCCGGGGACCCCGGAGACGATAACAACGACATTGCACCCCGAGGAGTCAAAGGAGCAAAGGGGTA
CCGGGGTCCCGAGGGCCCCCAGGGACCCCCAGGACACCAAGGACCGCCTGGGCCGGACGAATGCGAGATT
TTGGACATCATCATGAAAATGTGCTCTTGCTGTGAATGCAAGTGCGGCCCCATCGACCTCCTGTTCGTGC
TGGACAGCTCAGAGAGCATTGGCCTGCAGAACTTCGAGATTGCCAAGGACTTCGTCGTCAAGGTCATCGA
CCGGCTGAGCCGGGACGAGCTGGTCAAGTTCGAGCCAGGGCAGTCGTACGCGGGTGTGGTGCAGTACAGC
CACAGCCAGATGCAGGAGCACGTGAGCCTGCGCAGCCCCAGCATCCGGAACGTGCAGGAGCTCAAGGAAG
CCATCAAGAGCCTGCAGTGGATGGCGGGCGGCACCTTCACGGGGGAGGCCCTGCAGTACACGCGGGACCA
GCTGCTGCCGCCCAGCCCGAACAACCGCATCGCCCTGGTCATCACTGACGGGCGCTCAGACACTCAGAGG
GACACCACACCGCTCAACGTGCTCTGCAGCCCCGGCATCCAGGTGGTCTCCGTGGGCATCAAAGACGTGT
TTGACTTCATCCCAGGCTCAGACCAGCTCAATGTCATTTCTTGCCAAGGCCTGGCACCATCCCAGGGCCG
GCCCGGCCTCTCGCTGGTCAAGGAGAACTATGCAGAGCTGCTGGAGGATGCCTTCCTGAAGAATGTCACC
GCCCAGATCTGCATAGACAAGAAGTGTCCAGATTACACCTGCCCCATCACGTTCTCCTCCCCGGCTGACA
TCACCATCCTGCTGGACGGCTCCGCCAGCGTGGGCAGCCACAACTTTGACACCACCAAGCGCTTCGCCAA
GCGCCTGGCCGAGCGCTTCCTCACAGCGGGCAGGACGGACCCCGCCCACGACGTGCGGGTGGCGGTGGTG
CAGTACAGCGGCACGGGCCAGCAGCGCCCAGAGCGGGCGTCGCTGCAGTTCCTGCAGAACTACACGGCCC
TGGCCAGTGCCGTCGATGCCATGGACTTTATCAACGACGCCACCGACGTCAACGATGCCCTGGGCTATGT
GACCCGCTTCTACCGCGAGGCCTCGTCCGGCGCTGCCAAGAAGAGGCTGCTGCTCTTCTCAGATGGCAAC
TCGCAGGGCGCCACGCCCGCTGCCATCGAGAAGGCCGTGCAGGAAGCCCAGCGGGCAGGCATCGAGATCT
TCGTGGTGGTCGTGGGCCGCCAGGTGAATGAGCCCCACATCCGCGTCCTGGTCACCGGCAAGACGGCCGA
GTACGACGTGGCCTACGGCGAGAGCCACCTGTTCCGTGTCCCCAGCTACCAGGCCCTGCTCCGCGGTGTC
TTCCACCAGACAGTCTCCAGGAAGGTGGCGCTGGGCTAGCCCACCCTGCACGCCGGCACCAAACCCTGTC
CTCCCACCCCTCCCCACTCATCACTAAACAGAGTAAAATGTGATGCGAATTTTCCCGACCAACCTGATTC
GCTAGATTTTTTTTAAGGAAAAGCTTGGAAAGCCAGGACACAACGCTGCTGCCTGCTTTGTGCAGGGTCC
TCCGGGGCTCAGCCCTGAGTTGGCATCACCTGCGCAGGGCCCTCTGGGGCTCAGCCCTGAGCTAGTGTCA
CCTGCACAGGGCCCTCTGAGGCTCAGCCCTGAGCTGGCGTCACCTGTGCAGGGCCCTCTGGGGCTCAGCC
CTGAGCTGGCCTCACCTGGGTTCCCCACCCCGGGCTCTCCTGCCCTGCCCTCCTGCCCGCCCTCCCTCCT
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GCCTGTGCCGCACTAGCCTCCCTCTCCTCTGTCCCCATAGCTGGTTTTTCCCACCAATCCTCACCTAACA
GTTACTTTACAATTAAACTCAAAGCAAGCTCTTCTCCTCAGCTTGGGGCAGCCATTGGCCTCTGTCTCGT
TTTGGGAAACCAAGGTCAGGAGGCCGTTGCAGACATAAATCTCGGCGACTCGGCCCCGTCTCCTGAGGGT
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CCTCAGAGAGTACTCGCAGGGGCGCTGGCTGCACTCAAGACCCTCGAGATTAACGGTGCTAACCCCGTCT
GCTCCTCCCTCCCGCAGAGACTGGGGCCTGGACTGGACATGAGAGCCCCTTGGTGCCACAGAGGGCTGTG
TCTTACTAGAAACAACGCAAACCTCTCCTTCCTCAGAATAGTGATGTGTTCGACGTTTTATCAAAGGCCC
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>gi|31563522|ref|NM_006097.3| ホモサピエンスミオシン、軽鎖ポリペプチド9、調節(MYL9)、転写バリアント1、mRNA
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ACACCCCAGCCCCCGCCAGTCACCCCTCCCCGCACACACCCGTCCATACCAGCTCCCTGCCCATGACCCT
CGCTCAGGGATCCCCCTTTGAGGGGTTAGGGTCCCAGTTCCCAGTGGAAGAAACAGGCCAGGAGAAGTGC
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AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
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AAGCCCCACCCACCAGAAGCCAAGATGTCCAGCAAGCGGGCCAAAGCCAAGACCACCAAGAAGCGGCCAC
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CATGATTGACCAGAACCGTGATGGCTTCATTGACAAGGAGGACCTGCACGACATGCTGGCCTCGCTGGGG
AAGAACCCCACAGACGAATACCTGGAGGGCATGATGAGCGAGGCCCCGGGGCCCATCAACTTCACCATGT
TCCTCACCATGTTTGGGGAGAAGCTGAACGGCACGGACCCCGAGGATGTGATTCGCAACGCCTTTGCCTG
CTTCGACGAGGAAGCCTCAGGTTTCATCCATGAGGACCACCTCCGGGAGCTGCTCACCACCATGGGTGAC
CGCTTCACAGATGAGGAAGTGGACGAGATGTACCGGGAGGCACCCATTGATAAGAAAGGCAACTTCAACT
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ACACCCCAGCCCCCGCCAGTCACCCCTCCCCGCACACACCCGTCCATACCAGCTCCCTGCCCATGACCCT
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GGGCTGTTCCCCGAGGAGGAAGGGAAGGGGCTCTGTGTGCCCCCCAGGAGGAAGAGGCCCTGAGTCCTGG
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AGAAAACCAAAGTGTGGGTAGAAACCCCAAATGTCCAAAAGCCCTTTTCTGGTGGGTGACCCAGTGCATC
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AATGACTTGTATTGGCCACCAACTGTAGATGTATATATGGTGCCCTTCTGATGCTAAGACTCCAGACCTT
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GGCCTTCCCCCTGGCCCTTCTCAGCGGTGTCATCTATGTGATCTTGCGGAAACGCGAATGAGGCGCCCAG
ACGGTCTGTCTGAGGCTCTGAGCGTACATAGGGAAGGGAGGAAGGGAAAACAGAAAGCAGACAAAGAAAA
AAGAGCTAGCCCAAAATCCCAAACTCAAACCAAACCAAACAGAAAGCAGTGGAGGTGGGGGTTGCTGTTG
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AGAAAACCAAAGTGTGGGTAGAAACCCCAAATGTCCAAAAGCCCTTTTCTGGTGGGTGACCCAGTGCATC
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ATCTAAATGAGAAATCAGTGACAACAAGTCTTTGAAATGGTGCTATGGATTTACCATTCCTTATTATCAC
TAATCATCTAAACAACTCACTGGAAATCCAATTAACAATTTTACAACATAAGATAGAATGGAGACCTGAA
TAATTCTGTGTAATATAAATGGTTTATAACTGCTTTTGTACCTAGCTAGGCTGCTATTATTACTATAATG
AGTAAATCATAAAGCCTTCATCACTCCCACATTTTTCTTACGGTCGGAGCATCAGAACAAGCGTCTAGAC
TCCTTGGGACCGTGAGTTCCTAGAGCTTGGCTGGGTCTAGGCTGTTCTGTGCCTCCAAGGACTGTCTGGC
AATGACTTGTATTGGCCACCAACTGTAGATGTATATATGGTGCCCTTCTGATGCTAAGACTCCAGACCTT
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CGGCGGACGAGCGGGGCCCGGGGACCCGGGGCGCGCGGAGGGTGCACTTCGCCCTCCTGCCCGAGCGCTA
CGAGCCACTGGAGGAGCCGGCGCCGAGCGAGCAGCCCAGGAAGAGGTACCGGAGGAAGCTGAAGAAGTAC
GGCAAGAATGTCGGGAAGGTCATCATCAAAGGATGCCGCTACGTGGTCATCGGCCTGCAAGGCTTCGCTG
CAGCCTACTCCGCCCCGTTTGCGGTAGCCACCAGCGTGGTATCCTTCGTGCGCTAATGGGAGCTGCTGTG
GCAGGTGCCCCCAGAGTGAACGGGAGCCCCTGCTGTGGGAACTTTGTGAATCCTGGAGCATCTCAGACTT
GAACACACAGCATATTTGGAAGAGAAAACATGCCTTTCTTTGTTGAATCACATTAGTATGATGAGTGAGT
CATCCCTGCCCATCTGCTGAGCTTCTCACATCTCTCAGTCACACGTGGACCCAGTGGTCAATCCTGCAGA
GAATTCGGCGGAGGTTAGGTTTGGGAGTGGAGCTAGCGTGCTAAAGCCAGAGCCTTCACGTGAAGGTGGC
AGGCACTGGGGCGGAAGCCAACACTCAACAGATGCAAGCAGTGTGGGTGTGCAGCAGAACAGTGATCTTG
GGGGAGGAAGAGGATGTTACTAGAGTCAGATGATTTGCTGTATTCTCCTGAAAGGTCGTAGGCTGACAGG
CGCTCACATTCCTTGGCTGCCTCGGTTCTGAGGGCAGCTAAGGAGCTGTTTATTCCTCAAGTCATGCTCC
CCGATCTCCTTCCTCTACCACTCTGTCACCAGGAGTTTAATTACAGGCTTGAGGAGAAGAAAGGAAGAAA
AGATATCTTGATGCTTTGAAAACTGTGTTGGCAGTGTGGCATGACTGTTTAAAGTAGATAAAACCTTGTC
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GCCCAGCCACGTGTTTGCAGCGACCAGAGTCCCTGCAAAGGTGTGGCTGGCTGTGGTCAGGGTGCTACTA
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GGTGGGCATGGGTCTTGGGCCTGACACCCACCAAGGATGACCTGTGGACTGCCATCGGATGCTGAACAGG
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AAGTGAAACAAGTGATCTGGTTTTAGCCCAGATGATGAAAGTGGATATGGCACATTTTCACACACGTGAG
ATAATTACAGCTTGCCCCACAACACTGGGTGTTGGAGAAAGGGAGAGATAGTCATAAGTGGAAGAAAAAG
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GAATCTGTCCCAGGAAGAGCTTCCCCACTCCCATCCCCCAAATTGGAAAAACCGTACATTCAAGCCTGTT
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GTTGTCCTGGGAGTCAGGTTCACGGGTACAGAAGATGAATCTCAGATGTCACTCAACCTGAGCCGTCATT
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GCAGGTGCCCCCAGAGTGAACGGGAGCCCCTGCTGTGGGAACTTTGTGAATCCTGGAGCATCTCAGACTT
GAACACACAGCATATTTGGAAGAGAAAACATGCCTTTCTTTGTTGAATCACATTAGTATGATGAGTGAGT
CATCCCTGCCCATCTGCTGAGCTTCTCACATCTCTCAGTCACACGTGGACCCAGTGGTCAATCCTGCAGA
GAATTCGGCGGAGGTTAGGTTTGGGAGTGGAGCTAGCGTGCTAAAGCCAGAGCCTTCACGTGAAGGTGGC
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ATTTTACCCCATCCCTGCATGACTGTGAAGCTGGCGAGGAAGGAGGAAGAAGGGCAAGTTCAGATGCAGG
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GCACCATCAGCGCACTCCCGCCATTGGCTCAGCTCCTCTCTGCCAGTCCAACTAAGAGTGCTTTGTCCTG
GGTGGGACATAGGGGCTGAGAGAGATGGGGGGAGACATAACACCCAGGAATGAAAATACAGATTTAGAGA
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GAATCTGTCCCAGGAAGAGCTTCCCCACTCCCATCCCCCAAATTGGAAAAACCGTACATTCAAGCCTGTT
TGGCCCTGAAATTCTTAAGAATCTGGTTAAGAATTAACTCACTAATGTCAAAAGTCAAAACCTCCTAGGG
GTTGTCCTGGGAGTCAGGTTCACGGGTACAGAAGATGAATCTCAGATGTCACTCAACCTGAGCCGTCATT
CTCTGTGGCAGGGCTGCCCTGGGTTTCTCTTACTCAATCCCTGGAGTGTAAGCATTTGGATTGTGTCACA
GATTACCTTTTTACCTTTTCTTTCTTTTTTTTTCTTTTTTTCAATATCAGTGCCCACACCTTACTGAGTA
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ATGTAAATAAAAGCCTCGATTTATGTAATGTTAAAAAAAAAAAAAAAAAA
SMARCD3 GeneID: 6604
>gi|51477701|ref|NM_001003801.1| ホモサピエンスSWI/SNF関連、マトリックス結合性、アクチン依存性クロマチン制御因子、サブファミリーd、メンバー3(SMARCD3)、転写バリアント3、mRNA
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GGCCCCCGCGGGCATGGAGCCCGCCCGCAAGCGAGCAGCGCCCCCGCCCGGGCAGAGCCAGGCACAGAGC
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GCAGCATTGCCTCCTGGGAGCTACGGGTGGAGGGGAAGCTCCTGGATGATCCCAGCAAACAGAAGCGGAA
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GTCCCCGGCTGAAGTTTTCTGAGATTCCCCAGCGCCTCACAGCCCTGCTATTGCCCCCTGACCCAATTGT
CATCAACCATGTCATCAGCGTGGACCCTTCAGACCAGAAGAAGACGGCGTGCTATGACATTGACGTGGAG
GTGGAGGAGCCATTAAAGGGGCAGATGAGCAGCTTCCTCCTATCCACGGCCAACCAGCAGGAGATCAGTG
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ATGACAGATGTAGCCGGCAACCCTGAAGAGGAGCGCCGGGCTGAGTTCTACCACCAGCCCTGGTCCCAGG
AGGCCGTCAGTCGCTACTTCTACTGCAAGATCCAGCAGCGCAGGCAGGAGCTGGAGCAGTCGCTGGTTGT
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ACAAAAAAAAAAAAAAAAAA
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GAGAGTGAGAGGAGCCGCTGAGCCCACCCCGATGGCCGCGGACGAAGTTGCCGGAGGGGCGCGCAAAGCC
ACGAAAAGCAAACTTTTTGAGTTTCTGGTCCATGGGGTGCGCCCCGGGATGCCGTCTGGAGCCCGGATGC
CCCACCAGGGGGCGCCCATGGGCCCCCCGGGCTCCCCGTACATGGGCAGCCCCGCCGTGCGACCCGGCCT
GGCCCCCGCGGGCATGGAGCCCGCCCGCAAGCGAGCAGCGCCCCCGCCCGGGCAGAGCCAGGCACAGAGC
CAGGGCCAGCCGGTGCCCACCGCCCCCGCGCGGAGCCGCAGTGCCAAGAGGAGGAAGATGGCTGACAAAA
TCCTCCCTCAAAGGATTCGGGAGCTGGTCCCCGAGTCCCAGGCTTACATGGACCTCTTGGCATTTGAGAG
GAAACTGGATCAAACCATCATGCGGAAGCGGGTGGACATCCAGGAGGCTCTGAAGAGGCCCATGAAGCAA
AAGCGGAAGCTGCGACTCTATATCTCCAACACTTTTAACCCTGCGAAGCCTGATGCTGAGGATTCCGACG
GCAGCATTGCCTCCTGGGAGCTACGGGTGGAGGGGAAGCTCCTGGATGATCCCAGCAAACAGAAGCGGAA
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GTCCCCGGCTGAAGTTTTCTGAGATTCCCCAGCGCCTCACAGCCCTGCTATTGCCCCCTGACCCAATTGT
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GCTGGATGTCATGCAGGACCACTTCAGCCGCGCGTCCAGCATCATAGACGAGCTCTTCCAGGACAGGTTC
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GCTCTGGATCCTGCACTCTAACACTCGACTCTGCTGCTCATGGGAAGAACAGAATTGCTCCTGCATGCAA
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CAGGCCCAGGCCGCAGGCGACCCTCAGGGCTCGGAGGAGAAGCTCAGTTGTTTCCCGCCCAGGGTCCCCG
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TCCCCCACCCACGGTGGGCCAGAGCCCACGCCATCACCTACCTCAGCCTGAGGGTCCTCCGGATGCCCGC
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ACCCAGGAAGGACCCCTCGCTGGCACCTATAAAGACCACCTGAAAGAGGCCCAAGCCCGGGTCCTGAGGG
CCACGTCCTTCAAGCGCCGCGACTTGGACCCCAACCCAGGAGACCTATACCCGGAGTCACTGGAACACCG
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GGCGGGCCCCACCCGCCCCGCATCGGAGGCCGGAGACGGTTCACAGCTGAGCAGAAATTGAAGTCCTACT
CGGAACCTGAGAAGATGAACGAGGTGGGCCTCACGAGGGGCTACAGTCCTCACCAGCACCCCAGGACATC
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AGGCCTGCCCAGAAGCAAGCTCTTCACGGAATCCCGAGAGACAAGCCAGAGAGGCCGCGGACAGCGGGCC
GCACATGTGAGGGCACGGAGCCCTGGTCGCGCACCACCTCCCTTGGGGACAGCCTCAACGCTCACAGCGC
AGCGGAGAAGGCAGGGACTTCAGACCTGCCGCGGAGGCTCGGCACCTTTGCAGAGTATCAGGCCTCTTGG
AAGGAACAGAGGAAACCTCTGGAGGCCAGGAGCTCTGGGCGCTGCCACTCAGCGGATGACATCCTGGATG
TGAGCCTGGACCCACAGGAGAGGCCGCAGCACGTTCATGGGAGGTCCCGGTCTTCACCGTCCACAGACCA
CTACAAGCAGGAAGCTTCTGTCGAACTGCGAAGGCAGGCAGGGGACCCCGGCGAGCCCAGAGAAGAGCTT
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CGGTCGACAAGTTACTGGCTGGAGATGAGATCGTCGGCATCAATGACATTGGTCTCTCAGGGTTTAGACA
GGAAGCGATTTGCCTGGTGAAGGGGTCCCATAAGACCCTGAAGCTGGTCGTCAAAAGGAGGAGCGAGCTG
GGCTGGAGGCCTCACTCCTGGCATGCCACCAAGTTCTCTGACAGCCACCCCGAGCTAGCGGCCTCCCCAT
TCACCTCCACCAGCGGCTGTCCTTCCTGGTCCGGCCGACACCACGCGAGTTCTTCCTCCCACGACCTGTC
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CTGGACCACCCCTCCAGTCGCCTCTCGGTGGCCAAGTCCAACAGCAGCATCGACCACCTGGGCAGCCACA
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CGACACGTCCTCCGCAGAGAACATCCTCTACACTGTGGGCCTCTGGGAGGCTCCCAGGCAGGGTGGCCGG
CAGGCCCAGGCCGCAGGCGACCCTCAGGGCTCGGAGGAGAAGCTCAGTTGTTTCCCGCCCAGGGTCCCCG
GTGACAGCGGCAAAGGCCCCAGGCCAGAGTACAATGCCGAGCCCAAGCTGGCTGCCCCTGGGAGGTCCAA
TTTTGGGCCAGTCTGGTATGTTCCCGATAAGAAGAAAGCACCATCATCCCCACCTCCTCCCCCTCCCCCT
CTCCGCAGTGACAGCTTTGCTGCCACCAAGAGCCACGAGAAGGCCCAGGGCCCTGTGTTCTCAGAGGCGG
CTGCGGCACAGCACTTTACGGCCCTGGCCCAGGCTCAGCCTCGTGGTGACCGGAGACCAGAGCTCACCGA
TCGGCCTTGGAGGTCAGCACACCCGGGGAGCCTCGGGAAGGGATCGGGAGGCCCGGGCTGCCCACAGGAG
GCCCACGCAGACGGCAGCTGGCCGCCCTCCAAGGATGGAGCTTCCAGTAGGCTGCAGGCCTCTCTGTCCA
GCTCAGATGTGCGCTTCCCTCAGTCTCCTCATAGCGGCCGACACCCTCCCCTATACAGCGACCACAGCCC
CCTCTGTGCTGACAGCCTTGGGCAGGAGCCAGGGGCTGCCAGCTTCCAGAACGACAGCCCTCCTCAGGTG
AGGGGGCTCAGCAGCTGTGACCAGAAGCTGGGGAGCGGCTGGCAGGGTCCCCGGCCCTGTGTGCAGGGAG
ACCTGCAAGCAGCACAGCTCTGGGCGGGATGCTGGCCTTCTGACACAGCCCTTGGAGCCCTCGAGAGTCT
TCCCCCACCCACGGTGGGCCAGAGCCCACGCCATCACCTACCTCAGCCTGAGGGTCCTCCGGATGCCCGC
GAGACAGGACGGTGTTACCCGCTGGACAAAGGGGCCGAGGGCTGCTCCGCGGGAGCCCAGGAGCCTCCCA
GGGCCAGCCGTGCAGAAAAAGCCAGCCAGAGGCTGGCAGCCAGCATCACGTGGGCAGATGGGGAGAGCAG
CAGGATCTGCCCGCAGGAGACGCCCCTGTTGCACTCCCTGACCCAGGAGGGGAAGCGCCGGCCTGAGAGC
AGTCCAGAGGACAGCGCCACCAGACCGCCACCGTTCGACGCCCACGTGGGCAAGCCCACCCGAAGAAGCG
ACCGCTTTGCCACCACCCTGCGGAATGAGATCCAGATGCATAGAGCCAAGCTGCAGAAGAGCCGGAGCAC
AGTGGCTCTGACTGCAGCAGGGGAGGCGGAGGATGGCACCGGCCGCTGGAGGGCCGGGTTGGGAGGTGGC
ACCCAGGAAGGACCCCTCGCTGGCACCTATAAAGACCACCTGAAAGAGGCCCAAGCCCGGGTCCTGAGGG
CCACGTCCTTCAAGCGCCGCGACTTGGACCCCAACCCAGGAGACCTATACCCGGAGTCACTGGAACACCG
GATGGGGGATCCAGACACTGTCCCCCACTTCTGGGAGGCAGGCCTGGCCCAGCCACCCTCATCTACAAGT
GGCGGGCCCCACCCGCCCCGCATCGGAGGCCGGAGACGGTTCACAGCTGAGCAGAAATTGAAGTCCTACT
CGGAACCTGAGAAGATGAACGAGGTGGGCCTCACGAGGGGCTACAGTCCTCACCAGCACCCCAGGACATC
TGAGGATACTGTGGGCACGTTTGCTGACAGGTGGAAGTTTTTTGAGGAAACGAGCAAACCTGTTCCCCAG
AGGCCTGCCCAGAAGCAAGCTCTTCACGGAATCCCGAGAGACAAGCCAGAGAGGCCGCGGACAGCGGGCC
GCACATGTGAGGGCACGGAGCCCTGGTCGCGCACCACCTCCCTTGGGGACAGCCTCAACGCTCACAGCGC
AGCGGAGAAGGCAGGGACTTCAGACCTGCCGCGGAGGCTCGGCACCTTTGCAGAGTATCAGGCCTCTTGG
AAGGAACAGAGGAAACCTCTGGAGGCCAGGAGCTCTGGGCGCTGCCACTCAGCGGATGACATCCTGGATG
TGAGCCTGGACCCACAGGAGAGGCCGCAGCACGTTCATGGGAGGTCCCGGTCTTCACCGTCCACAGACCA
CTACAAGCAGGAAGCTTCTGTCGAACTGCGAAGGCAGGCAGGGGACCCCGGCGAGCCCAGAGAAGAGCTT
CCCTCCGCAGTCCGGGCCGAGGAGGGACAGTCCACGCCGAGACAAGCAGATGCCCAGTGTCGGGAAGGCA
GCCCAGGATCACAGCAGCACCCACCGAGTCAGAAGGCACCGAACCCACCCACATTCTCTGAACTATCTCA
CTGCCGGGGAGCCCCAGAGCTGCCCCGGGAGGGCCGGGGCCGAGCGGGAACCCTACCTCGAGATTATAGA
TACTCGGAGGAGAGCACCCCAGCAGACTTGGGACCCCGAGCCCAGAGCCCTGGCTCACCCCTGCATGCTC
GAGGACAAGACTCGTGGCCAGTGAGCTCAGCCCTGCTCTCCAAGAGGCCAGCCCCACAGAGGCCACCGCC
ACCCAAGCGCGAGCCCAGGAGATACAGGGCCACAGACGGCGCACCTGCTGACGCCCCCGTGGGCGTCCTC
GGCAGGCCCTTCCCAACGCCATCCCCTGCGTCCCTGGATGTGTATGTGGCCCGCCTGTCCCTCTCCCACA
GCCCCTCTGTGTTCAGCAGTGCCCAGCCCCAGGACACCCCGAAGGCCACTGTCTGTGAGCGTGGAAGCCA
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AACCTCCCCTGCTCATCCAGGATGAGGATTCAACCAGAATTGAGCGGGTGATGGACAACAACACCACGGT
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TGCCCCGCCGAGCCACCTGCCCTGCCCCACGGGCTGGAGAAAGACCAGATCAAGACGCTGAGCACATCTG
AGCAGTTCTACTCGCGCTTCTGTCTGTACACGCGGCAGGGTGCTGAGCCCGAGGCCCCACATAGGGCCCA
GCCGGCTGAGCCCCAGCCCCTGGGCACCCAGGTGCCCCCCGAGAAAGACCGCTGCACCTCCCCTCCAGGG
CTCAGCTACATGAAGGCCAAAGAGAAGACTGTGGAAGACCTGAAGTCGGAGGAGCTGGCCAGGGAGATCG
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GGAAGGCATCTTCCCCAAAGACGAGCACCTCCTGGAAGAAGCCCAGCAACGGAGGAAGCTGCTCCCCAAA
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CGGGTGGAGAATGCCCTCAATAATTTGGACGACGGCGCTTCTCCCGGTGATCGGCAATCACTGCTTGAGA
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CATCGTCTTTGACATTTTGGCCAACTATCTGAGCGAGGAGAGCCTCGCGGACTATGAGCACTTCGTGAAG
ATGAAGTCGGCCCTCATCATCGAGCAGCGGGAGCTGGAAGATAAAATCCACCTTGGTGAAGAGCAGCTGA
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GGGGCCTCCGAGCTCCAGCTCCGTTCCCAAGGATACTCGTGAAGACCCCATCTGTGTTCATGGCCTGGAA
AGAGACTTCTCCCATAGCAAAGAGGCTGTTATAAAAGCAATAACTTTTGTGTTTGTGTGGGATGATTTAT
TTAATTTTTTAGTTTCCCCTTTGATTGCTGAGAGCCATTTTCCTTTACACATAACTACACCTGACACCAG
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GTCAGTGGGAAACCCGTTGTTCCTCCCGTCTTCAGATGCTGAGCCAACTGCTTGGACAGCAGCCAGCGCG
TCATGACGTGCATGAGAGGGGGACCCTGGTGCTCATCTTCTCTTGTCATTCATCCAGGCATGGGCTGCCA
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AGAAATCATCATCATGATGATGATAATTTATTAACTTTTTGGAAGGGTGAATAGTTTCCTAATGGTTAAA
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ACATCACAGTTGTTCTGCAAAGTAAAATTTTTTGGTTAAGAGCGTGTCCAGTAGTAATGTGCTTGTTAGC
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ATGGACGGGAAGACCCCTTCCTCTTCAGAGGTCCCGTGGACTACACAGCTCCTGAGCTTGATCTTTTTCT
GCCATGAAGTTTAAAGATTCTATGCCCATTTCCTTGATTGAAATGGCAGGATTCTAAAGAGAGCCTGGTT
TGTTAAAAGAAAACACTGTCATGCTGTCAGTTCCCAATTGACAAGTCACAGACTGGGAGAAAATATTTGC
AAATCGTGTATCTGACAAAAGGTTTGTGTCCAGGATGTACAAAGAACTCTCAAACCGGATAGTAAGAAAA
CAAACAGCCCAAGTGAAAAGCAGGCAAAAGACTTGAATAGACACTTCACCAAAGAGCATACACGCGTGGC
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GCTCGAGTATCCTTGTAGCAAAGCACATAGAGCCAGCTGTCCTGTCAGTTCCCCTGTTTGCCTCTGAAAC
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ATAGAAAATCAATCTGGTGCTAATGGTTGGCCCTGGTGTTGTTGGGTGGCAGCTGCTCCTTCGCCCTCTT
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>gi|17318564|ref|NM_057749.1| ホモサピエンスサイクリンE2(CCNE2)、mRNA
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TCCTTTAATCCAGTGTTACTGTGTTTATCTTGATAAACTAGGAATTTTGTCACTGGAGTTTTGGACTGGA
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CTCCTGGCTAAATCTCTTTCTCCAAGTTGATGCTCTTAAAGATGCTCCTAAAGTTCTTCTACCTCAGTAT
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TCCAGTACAGAATACTGACTGCTGCTGCCTTGTGCCATTTTACCTCCATTGAAGTGGTTAAGAAAGCCTC
AGGTTTGGAGTGGGACAGTATTTCAGAATGTGTAGATTGGATGGTACCTTTTGTCAATGTAGTAAAAAGT
ACTAGTCCAGTGAAGCTGAAGACTTTTAAGAAGATTCCTATGGAAGACAGACATAATATCCAGACACATA
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TAACTAAGCAAACAAGTTGGAATTCACCAAGATTGGGTAGAACTGGTATCACTGAACTACTAAAGTTTTA
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TCCTTTAATCCAGTGTTACTGTGTTTATCTTGATAAACTAGGAATTTTGTCACTGGAGTTTTGGACTGGA
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CTACACTCTTGACTAGTGCAATTTGGTTCTTGAAAATTAAATTTAAACTTGTTTACAAAGGTTTAGTTTT
GTAATAAGGTGACTAATTTATCTATAGCTGCTATAGCAAGCTATTATAAAACTTGAATTTCTACAAATGG
TGAAATTTAATGTTTTTTAAACTAGTTTATTTGCCTTGCCATAACACATTTTTTAACTAATAAGGCTTAG
ATGAACATGGTGTTCAACCTGTGCTCTAAACAGTGGGAGTACCAAAGAAATTATAAACAAGATAAATGCT
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CTTTCTAAATTCCTCCATTGTGAGATAAGGACAGTGTCAAAGTGATAAAGCTTAACACTTGACCTAAACT
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ATGAAAACTTGCTGTACATAGGCTAGCTATTTCTAAATATTTTAAATTAGCTTTTCTAAAAAAAAAATCC
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CAGCTCCAAGAGCGAGTACCAGCTGGTGGTGAACGCAGTGCGCAAGCTGCAGGAGAGCGGCTTCTACTGG
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CCAGTGTGAGGGGGGCAGCTTCTCTCTGCAGAGCGATCCCCGGAGCACGCAGCCCGTGCCCCGCTTCGAC
TGCGTGCTCAAGCTGGTGCACCACTACATGCCGCCCCCTGGAGCCCCCTCCTTCCCCTCGCCACCTACTG
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AAGTCATCTGAGCTTGATGAAATGTGATTTGCGAGCCAGCGAATGTGAAGAAATCGCCTCTCTCCTCATC
AGTGGCGGGAGTCTGAGAAAACTGACCTTATCCAGCAATCCGCTGAGGAGCGACGGGATGAACATACTGT
GTGATGCCTTGCTTCATCCCAACTGCACTCTTATATCACTGGTGTTAGTCTTCTGCTGTCTCACTGAAAA
TTGCTGCAGCGCCCTTGGAAGAGTGCTTCTGTTCAGCCCAACTCTAAGACAACTAGACCTGTGTGTGAAT
CGCTTAAAAAATTACGGAGTGTTGCATGTGACGTTTCCCTTGCTGTTTCCAACCTGTCAGTTAGAGGAGC
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CAATGATGGAGTTGCAAAACTTCTTGAGAGCTTGATCAGCCCAGATTGTGTACTTAAGGTAGTTGGGCTT
CCATTAACTGGCCTGAACACACAAACCCAGCAGTTGCTGATGACTGTAAAGGAAAGAAAACCCAGTTTGA
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ACGTCAAATACAGCATCTAGGCAACCCCTTTGATCATGTTGTACGTAAACAGTATTTATTATAAATTACT
ACCGTGACTGGGATGCAAGAGAATTAGGACTATAATTTTCCTATTTGATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG
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CGAATTGCTCCCTTGCCATTGGCTCAGAGGGCTTTTGATGAACAGATCCAGAAAATATGTGAAGCGAAAC
GCCCACCGCCCCTTGAGGGGCTGTTCTAGACCTTTGCTCCTGGTGTCGTATAGAGCGGGGGATATTTCAA
GCTGGAGATCCGTTTTCTTGTCCCAGTGAACAGGTGCACTATGTTGAAATAAGAGTGGTGACGGAGGCCT
TGTTTATCTTGTATCTTATTGTAAAAGGTCATCAAGAACCCACCTTGGCCAATCAAGAGAGGAGTCAGCT
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AGACCTGGTGGCAGGGTTGATCTCATATTTCTTGTGCCTCAAAATCCCTTCTCTGAAGTCTGCCTTCCCT
GGAGAAGCAAGATGGCAGAATCGGATTCTACTGACTTTGACCTGCTGTGGTATCTAGAGAATCTCAGTGA
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CTGATACAGATGACAAAAGAAGAACTGGCTAACGTGTTGCCAATCTCTTATGAGGGACAGTATATATGGA
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GGAAAATTTCATTATAAATTTTTTCGTGACGTTTCGTCAGATGTGTTCTACATACTTCAATTAGCCTATG
ATTCTACCAGCTATTATTCAGCAAACAATCTCAATGTGTTCCTGATGGGAGAGAGAGCATCTGGAAAAAC
TATTGTTATAAATCTGGCTGTGTTGAGGTGGATCAAGGGTGAGATGTGGCAGAACATGATCTCGTACGTC
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GTCGAATGGGAAGAGGGAGATATATTTTAACTCTTTCTTTAAAGACCGCCAGAGGGCGTCGGCAGCCCTC
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TCAGATGTGTTGGGTTTACTGAGGCTGATGTCTCTGTGTTGCAGGCCGCGAATATTCTTTTGCCGAGCAA
CACTCATAAAGACCGTTACAAGTTCATACACTTGAACGTCCAGGAGTTTTGTACAGCCATTGCATTTCTG
ATGGCAGTACCCAACTATCTGATCCCCTCAGGCAGCAGAGAGTATAAAGAGAAGAGAGAACAATACTCTG
ACTTTAATCAAGTGTTTACTTTCATTTTTGGTCTTCTAAATGCAAACAGGAGAAAGATTCTTGAGACATC
CTTTGGATACCAGCTACCGATGGTAGACAGCTTCAAGTGGTACTCGGTGGGATACATGAAACATTTGGAC
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TTGTGAAGACGATTGTGGATGCTCTCATGGAGGTTACAGTTTACCTTCAATCAGACAAGGATATGATGGT
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AACAAAGAGCCACTTATAAGGCCAACTGCTAGTCAAATGAAGAGCCTTGTCTACTGGAGAGAGATCTGCT
CTCTTTTTTATACAATGGAGAGCCTCCGGGAGCTGCATATCTTTGACAATGACCTTAATGGTATTTCAGA
AAGGATTCTGTCTAAAGCCCTGGAGCATTCTAGCTGTAAACTTCGCACACTCAAGTTGTCCTATGTCTCG
ACTGCTTCTGGTTTTGAAGACTTACTCAAGGCTTTGGCTCGTAATCGGAGCCTGACATACCTGAGTATCA
ACTGTACGTCCATTTCCCTAAATATGTTTTCACTTCTGCATGACATCCTGCACGAGCCCACATGCCAAAT
AAGTCATCTGAGCTTGATGAAATGTGATTTGCGAGCCAGCGAATGTGAAGAAATCGCCTCTCTCCTCATC
AGTGGCGGGAGTCTGAGAAAACTGACCTTATCCAGCAATCCGCTGAGGAGCGACGGGATGAACATACTGT
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CGCTTAAAAAATTACGGAGTGTTGCATGTGACGTTTCCCTTGCTGTTTCCAACCTGTCAGTTAGAGGAGC
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CAATGATGGAGTTGCAAAACTTCTTGAGAGCTTGATCAGCCCAGATTGTGTACTTAAGGTAGTTGGGCTT
CCATTAACTGGCCTGAACACACAAACCCAGCAGTTGCTGATGACTGTAAAGGAAAGAAAACCCAGTTTGA
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GGCGGTAACTGCCCCAAGGCCCCAGGGACAGAGGCCAAGGACTGACTTTGCCAAAAATACAACACAGACG
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AGGCGCAGAGGTCCCAGCCCCAGGCCTGGCCTCGCCTGCCTTTCTGCCTTTTAATTTTGTATGAGGTCCT
CAGGTCAGCTGGGAGCCAGTGTGCCCAAAAGCCATGTATTTCAGGGACCTCAGGGGCACCTCCGGCTGCC
TAGCCCTCCCCCCAGCTCCCTGCACCGCCGCAGAAGCAGCCCCTCGAGGCCTACAGAGGAGGCCTCAAAG
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GGAGCTGCGAGCCGCGACCGCCGGGAGCGCACCTGCCCCGCCTCCGCCAGGCGGTCCGCGGGGCATGCAG
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TGAGCTTTGTGGTCTTCCCATCAGGAACGCTGGAAAGTGACATTGTGTACACACTGCAGCTTGGGGGTTT
TTTCTTTGTATTGCTGTTTATTTTATATTTTAAAAATATTTAAAAAAATGTCGAGATGGGGTCTCACTAT
GTTGTCCAGACTGATCTCAAACTCCTGGGCTCAAGTGATCCACCCACCTTGGCCTTCCAAAGTGGTGGGA
TTATGGGCAGGAGCCTCCGTGCCCAGGCTGCTGCCATTTTCAAATTTCCTCCCTGCCTCATGTGAGACCA
CAGGGTTTGGAGAAGCAGTTGGAACCCACGTGTGGTGATGCCTCCCACATCGGCCTGCTTGGGGTTCTAC
AGGGGTTGAGGGACCAGGCCTGGCCGGGGCTGATGGACAGTGGGGACTTTCCTTCTCTCCATGATGGCTT
TGCAGGGGCTCCATGGTCCTTCTCTCTGTGATGGGTTTTTGCACGGGGTGTGCTCTGCCACTGTGGTGGG
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ACATCCCAGTCCTTAAGGCCAAACTGACAGAAATGCGTGGCATCTATGCCAAAGTGGACCGGCTAGAGGC
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GGGGCCTTCCCTCAGGCCCTGCGGAGGTGGCTGGGATCCGCAGGGCTCCCCTCCTTCAGGAACGTGGAGT
GCAGTGGCACAATCCCAGCTCGCTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCCGCCTC
CCAAGTAGCTGGGATTACAGAAGTCACCTGCACCGGTGCCCGTGACGTACGAGCTGCCCACACTGTATAG
GACGGAGGACTATTTTCCTGTGGACGCCGGGGAAGCACAGCACCACCCCCGCACCTGCCCTCGGCCTTTG
TGAGCTTTGTGGTCTTCCCATCAGGAACGCTGGAAAGTGACATTGTGTACACACTGCAGCTTGGGGGTTT
TTTCTTTGTATTGCTGTTTATTTTATATTTTAAAAATATTTAAAAAAATGTCGAGATGGGGTCTCACTAT
GTTGTCCAGACTGATCTCAAACTCCTGGGCTCAAGTGATCCACCCACCTTGGCCTTCCAAAGTGGTGGGA
TTATGGGCAGGAGCCTCCGTGCCCAGGCTGCTGCCATTTTCAAATTTCCTCCCTGCCTCATGTGAGACCA
CAGGGTTTGGAGAAGCAGTTGGAACCCACGTGTGGTGATGCCTCCCACATCGGCCTGCTTGGGGTTCTAC
AGGGGTTGAGGGACCAGGCCTGGCCGGGGCTGATGGACAGTGGGGACTTTCCTTCTCTCCATGATGGCTT
TGCAGGGGCTCCATGGTCCTTCTCTCTGTGATGGGTTTTTGCACGGGGTGTGCTCTGCCACTGTGGTGGG
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AGGAATTCTAGAAATTCCAAGCAAAATCGAGTGATCTATAAGCCAATTGTGGAGAAGGAAAATAATTGTC
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AAAGTTGATAAAAATGAGGCTTTTTCTTCAGAGGATTCTCTTGGTGAGAATAAGACAATTTCTCCTAAGT
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AAACTTTTGCGACAAGGCAAGTGCCAAAGTGCTTGGTCCTAGAAGAGAAATTGAAAATTGGACTACTGAG
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AAAGTTGATAAAAATGAGGCTTTTTCTTCAGAGGATTCTCTTGGTGAGAATAAGACAATTTCTCCTAAGT
CCACTGTCTATCCAATCTTCAGTGCATCTTCAGTCAATTCAAAAAGATCTTTAGGTGAAGAACAGTTTTC
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GTGGGATAAGTAGAATCTGGGTTTTCAGACTGAAGAGAAGAAAGCGCATTGCAAGACGACTGGTTGATAC
CCTCAGGAATTGCTTCATGTTTGGCTGTTTTCTCAGCACTGATGAAATAGCATTTTCTGACCCAACACCA
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GCTGATTTCAGTTATAAAGGAGTTACTATCTGGATAAGTTCAAAGAGCTCCTTATTATAAAATACAAACT
ATTTAATATCAAAATAAAAAATACCGAGACTCACACTCATACACACACACACACACACGCACACACACAT
ATCACAGTTTTGTTCCTTATGAGTTGAAAAGTCAGGAATAAATTTGTTGAAAATTATCTGGGGATTCAAA
GGAAAAATCTTTGGGTGATTCCCTGATTAGCACTCTGAATGTTTAATTATGAAACTTTGTAGCTATAACT
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TGGGCAAGTAATTTCTGTGCCCAATTTGTAAAGGGAATTCCTGAATTTTTTTTTTTTTTTAATAGAGGCA
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GAATAAGATTATCCCATATGCATTTCTGTAGAGCAGAATTTGATAGCTTAGTGTTCAATCTTTTTGAAAA
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TGTTGTATGGAAATATTGGTAGTACTACTTTGGGAACCTGTTACTGACAATTGATGTCATTAACAAAATG
CCTAGTTGGATTAGATGTTTTCATTTTCTAATTTTTTGCTTGTTTAAAATGCACCTTACTTGTTCTGAGA
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ATGAGAGACCATGGAACTGTGTAAATACACTTAAATGTTCACACATTTTTCTAGTGTAATTCTTGGATAC
TTTAAAAAGCAAAACATTGTTCAAATTGTTTTGATTCTGAAAAATCATTCAACTGCTAACTGGCAATAAG
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CTGTAAGTTAACATGTTTCCAAAATTTAAAAGCCTGGGTCCCCAAAAGAATGTGGAAGTATTAAAATGTA
TGTAATTATGCAAACATTTTAATGCTATTTTCTGCACTTATTTCTTTTAAATATTTTATTTAAAATTTTT
AATTAACATTTTGTTTGCTTAATGCTTTTGTTATGAATCAATTAAAATTCTTTATTTTATACAACTAAAA
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CGAGCCGCATCCGCCGCGGTGACCAGAGCCTGTGGATCCGCTCGCGGGACATCGCCTGCAAGTGTCCCAA
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CGAGCCGCATCCGCCGCGGTGACCAGAGCCTGTGGATCCGCTCGCGGGACATCGCCTGCAAGTGTCCCAA
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GGAAGCCCCTGCTGCTGCCTGTCTCTGCCCCTGCCCCTGCCCCTGCCCAGCGTGGGGCTGGCCCATCCGG
AAGGCAGTGGGCCCAGGGACACCCCTGAGAAGCCCAAGCCGGGTGGTCACCGCCTCATGCTGGAGCTGCC
TGTTGGAGGAGGCATCGCAAACGCAAAACCTCCCAGAGAGTTTCCTTTTGGAAACTTGGAACCAGCCCTT
TTTATGACGTTTTCCAGGGGGAGGGGGAGGGGCACTGGCTGGGTTTACGGCAGTGACACTATTTATGTAA
ATGACATCAGCTCCCGCAAGGCCCCTCAGCAATGTCAACAGCTGGAAAGGGCCTGAACGGGCTTGGAGTC
TGCAGGCTGCGAAGGCACTTGGGCCTGGCTTGGGGCCGGGGGCTTGTTTGAGCTGGGATGGGGTTTGCTG
GCTCAGTGAAGTACCAGAGTGCCTGAGCCATGGGTGGGCAGGGGCACAGGAATGACCAGGTTCCTGGGGG
CCAAGGAGGCCATGCTGGCTTCTCCAAGGGAAGGCACAGAGGCTGCCGGCCTGCCCCCTACAGCTGTCTT
GGGTCTGGCCTGGGCCACACCTTGACCGTGCCTTTCCAGACGGTCTTTGTGGAGTCTGCCCGTGCCCTCC
ACTGTGCCCCAGCCCTCCTTCCAAAATCTCCTAGAGACACGGTCCTCAAGCAGGCAGCCCCTTTTGTTCT
GACCTCCTCACACAGGGTCCATTCCTGTGCCCTGGGGCCTCCTGGCTCCCTGCCTTCCTGGGCTCTCTGC
ACTGCCCGGGCCTCTGGCCCACATCCTCACACCCGGCGCACTGAATTAAGAGGCCTGGCTCCCCTCACAG
TCAGGAAATTGGTTTCACTTTCCCGGCCAGAGTTTGGCTGCTCAAAAGGGTCATACCAAGTATGAAGCTC
GGCCCCCGGTGGTCTGGCTTCCCTCCGCCTTCCCCACATTTACCCGCATCACGGCTGCCATTTATTGAGC
ACCTGCTGTGTGCCAGGCACTTTACCCACATGCTCCCAGTGTGTACTCATGACAACCCTGTGGGACAGGG
ACTCATTATCACCAGCAAGGAGACTGGAGTACACGTGCCCAAGGTCATGCTGCAAATTGGTGGCAGGACT
GGGGCTCAAACTCCAGAGCCCGACTTTCTGACCAGGGGCCACGCTGGCCCTCACTGCACTCCAGCTCTGC
AGCCTACCCGCCCAATCCCTGTGCAGGCTGGGAGGGTGCTCTTGGGGGAGTGGCCACCGAGCCCCTGGCC
CTGGTTACTGCCTCTTGAGGACACTGGCATCTGGGCTGGAGAACAGGAGCCCGGGGTGGGGTAGGGCATG
GGGACAATCACATCTTCAGAGGAGGCAGCAAAGTGGTGCGGGATGCAGGGACGGACTTGCCAGATGGCAG
CTCCAGGTTCCAGGAAGGCAGGCCTTGGATGCTCCGAAGAGGTGGTAGAAAGGTGTTTTTAGAAAGGTGT
TTTGGCTGCCTCAGGGTGGTTGGAGAGACTCCAGGAGAGACTGGCAGAGGTGCCTCAGGGGCAGGGAGCA
GACAGACCTGCCCTGGGAAGGGGCATTTGGCTTCCCTGAATCCAGCCCAAGGCTAGAAGACAGGGCCCCT
CTCCAAGCTGTCAGCGCCCCTCGGATGCCCAGTGTGGTGTGCTGGGCGCCATCAGCATCACAAGGCACTA
CGCTGCTGGGGCGGTTGTCCTATTTCTGTCTATGCCAGTGTGGTTTCTTCACCCTGCCCAGAAGGGCTGT
GGCAGCCCCACGATATCCCACCCTGGGTCTGGGTCTCACGGGTGTCCTGTGAGGGGCTTGCATTTGTGGT
GGTCTCTGAGGCCACCTCAGCAACGGAGCTGGCGACACGCCAAGCAACAAGGCATCTTGCGGAAAATTCA
GCCAGTGTCCTGCCCCTCCCTTCGGCTCAGCACCCCGCAGGGCACAGGCTGTCCGCCCGGTGGTCTGGCC
CTTGGGGAATGCGTCAGGGTGACCAGATCCACCATGCTAGCAGCCAGGTCACTGTTGGGATTGCACGGTC
GTCACGAGCTGCCTTTCCTATCCACACACCCAGCCAGGACCCAGCCCACCACTCCCGACTGCAGCCCCGG
CCTCTGCGGTGAGCACCATCCTTGGGAAAGCACCCCTCCTCCACTCCGGTGCCCCACTCCAAGGAGCAGA
GGGAAATGGGAATTGAGGTGTCCCGGTTTGTACAGTTAGGAAGGGATGTAAAACGGAACTAGATTTTGAT
TTTGAAGAGTGTATTAACCAGAATTGTGCTATGTAGGTGTTTGTTTGAAGAAAAACATACCAGATTAGTC
TTTGTTTTTGAAACAGCTTCCCCAGTTGTCCTTTTTCTTACCAGCTGGGTGGTCTGGTGCCCCTGACAGC
TGAGTGCCTGCTTTACGGACACGCAGTAATGCCGAAGATTTGCGGGGGAGGACATAGGGCTGTCCCCGGG
ATTCACCTGCTGGCTGTGGTCTCTGCCCACTGCTTCTGTCCTTGGAAAGCAGGGCAGGAGGCAGCATCCC
CAGGGGCCTCTATGTGGGAGGGAGGGACACCTGGGGTCACAACCCAGGGAGGGAGGGTCACAGCCCAGGG
AGGCTGGGAGCTGCTCCAAGGCCCTGGAACTCTGCCTCAGTCGCGGCATGCTGGAGAGGGGTACGGACTT
ACTTTCTTGGAGTTGTCCCAGGTTGGAATGAGACTGAACTCAAGAAGAGACCCTAAGGGACTGGGGAATG
GTTCCTGCCTTCAGGAAAGTGAAAGACGCTTAGGCTGTCAACACTTAAAGGAAGTCCCCTTGAAGCCCAG
AGTGGACAGACTAGACCCATTGATGGGGCCACTGGCCATGGTCCGTGGACAAGACATTCCTGTGGGCCAT
GGCACACCGGGGGGGATCAAAATGTGTACTTGTGGGGTCTCGCCCCTTGCCAAAAGCCAAACCAGTCCCA
CTCCTGTCATTGGACGTTTCTTCCCATTCCCTCCTCCCAAATGCACTTCCCCTCCTCCCTCTGCCCCCTC
CTGTGTTTTGGATTTCTGTTCACTCAGAATTGTAAATGTTTAGTTGTGACCATGACGTATTGTTTGGGTC
AATGTCCCTTTCCAATGCATACTAATATATTATGGTTATTATATATGAATATATTTAATGACATGGAAAA
AGTTGTGGATTTTCTTTCTTTCCTTTTTTTTGGGGGGGGGTGGGGGGTTGGTTAGAGTTGTAATGGACCC
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ACTA
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GGAGAAGATCCAGGTCATCAAGGATTTCCCCTGGATCCTGGCGGATGAGCAGGATGTCCACATGCATGAC
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CTCATAAAGGCAGCTGAGGGGGCACCTGCCACCCCACTGATGCCCAAACTGTCAGACTTTGGGGGATCCC
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CCCCAGCCCGGGGCCGCTCAGGTCTGCTTGGAGGATGCCTCCCCCAGGAGGGCAGTGAGGGATGCCGCAA
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TTTCAATAAAGGGGCCCCAAGGGCTGGGCTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAA
>gi|187960078|ref|NM_001127325.1| ホモサピエンスMAD2有糸分裂停止欠損様2(酵母)(MAD2L2)、転写バリアント1、mRNA
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GAGGCAGACAAAGGCGGGCGCAGCCCAGCAGCCGTGCGGGCACCGGGCGAGGCAGGCCCACTCCTCCCGG
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AGAGCACCGCCCAGTGGAGAAATTCGTCTTTGAGATCACCCAGCCTCCACTGCTGTCCATCAGCTCAGAC
TCGCTGTTGTCTCATGTGGAGCAGCTGCTCCGGGCCTTCATCCTGAAGATCAGCGTGTGCGATGCCGTCC
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GGAGAAGATCCAGGTCATCAAGGATTTCCCCTGGATCCTGGCGGATGAGCAGGATGTCCACATGCATGAC
CCCCGGCTGATACCACTAAAAACCATGACGTCGGACATTTTAAAGATGCAGCTTTACGTGGAAGAGCGCG
CTCATAAAGGCAGCTGAGGGGGCACCTGCCACCCCACTGATGCCCAAACTGTCAGACTTTGGGGGATCCC
CGCCTAGGGCAGTGCTGCATGGCTGCCCTGATTCCAAGTGCTCTTATCGCCTCTGTGTGTGGATCGCCCG
CCCCAGCCCGGGGCCGCTCAGGTCTGCTTGGAGGATGCCTCCCCCAGGAGGGCAGTGAGGGATGCCGCAA
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AAAAAA
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GCTTGGTACAGCAGCACACACTGCTTGCTAATCAGCACAGGCAATAATGCCATCTCTGCCTCAAGAAGGA
GTTATTCAGGGACCCTCTCCCCTGGATTTGAATACAGAATTACCTTATCAAAGCACAATGAAAAGGAAAG
TCAGAAAGAAGAAAAAGAAGGGAACCATTACAGCAAATGTTGCCGGGACAAAGTTTGAAATTGTTCGTTT
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TCTGCTGTTCAGCAGGAGAAAATTTCAGAGCTGCAAAATTATCAGAGGATCAACCATTTTCCAGGAATGG
GGGAGATCTGTAGGAAGGATTTCTTAGCAAGAAATATGACCAAAATGATCAAGTCTCGGCCTCTGGATTA
TACCTTTGTTCCTCGAACTTGGATCTTTCCTGCTGAATATACTCAATTCCAAAATTATGTGAAAGAATTG
AAGAAAAAACGGAAGCAGAAAACTTTTATAGTGAAACCAGCTAATGGTGCAATGGGTCATGGGATTTCTT
TGATAAGAAATGGTGACAAACTTCCATCTCAGGATCATTTGATTGTTCAAGAATACATTGAAAAGCCTTT
CCTAATGGAAGGTTACAAGTTTGACTTACGAATTTATATTCTGGTTACATCGTGTGATCCACTAAAAATA
TTTCTCTACCATGATGGGCTTGTGCGAATGGGTACAGAGAAGTACATTCCACCTAATGAGTCCAATTTGA
CCCAGTTATACATGCATCTGACAAACTACTCCGTGAACAAGCATAATGAGCATTTTGAACGGGATGAAAC
TGAGAACAAAGGCAGCAAACGTTCCATCAAATGGTTTACAGAATTCCTTCAAGCAAATCAACATGATGTT
GCTAAGTTTTGGAGTGATATTTCAGAATTGGTGGTAAAGACCCTGATTGTAGCAGAACCTCATGTCCTGC
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TGATATTTTGTTGGATAGAAAACTAAAGCCATGGCTTCTGGAGATTAACCGAGCCCCAAGCTTTGGAACT
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GGAATTATAGACGAATTTATCCTCCTGAAGATAAAGCATTACTTGAAAAGTATGAAAATTTGTTAGCTGT
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GAGTACCAAAATAAGAAAAGAGAAAAGCAAGTTACATATAATCTTAAACCCTCCAACCACTACAAATTAA
TTCAACAACCCAGCTCCATAAGACGTTCAGTCAGCTGCCCTCGGTCCATCTCTGCTCAATCACCTTCCAG
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ATTTGTTCTCAAAGACATGAAGATCCGGTTTCCAGGAAAGTCAGATGCAGAATCAGAACTTCTGATAGAA
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TAAAACAACGAAAAGTTTTGGACATAGTGAAAACAAGTATTCGTACAGTTCTTCCACGCATCTGGAAGGT
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GGCCAAGGGCTGTGGAACTGTTTCTGTGATTCAGGATCCTCTTGGGAGAGTATATTCAATAAAAGCCCGG
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GAATGACTCGCTCCAATGTTTTGTTTACATCCAGATATGGCCATCTGTGAAACAGAAGGGAAGATCGCCA
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GCTGTTTTATGTATATAAGACATATATATGTGTGAAAATATATGCACATATGCACCCTAATAACATATAT
TTATTATATTAAATGATATATGAAAGAAGAATTAGCAGAAAATGGAATATAAGACTTAACCTTTCTGGAA
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ATTCCTTCCTACTAGAAATGTTATTTTTGCTGCAGAGTATATAAAACAAATTGATCTTGAAGATCCAATT
ACAGTGTTAAATTATTTTCTAGATAACATGCCTTTTGACCTGAAAAAGGGTTTAGTATAATACCTTAAAA
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TTCTCCAA
>gi|94536792|ref|NM_024686.4| ホモサピエンスチューブリンチロシンリガーゼ様ファミリー、メンバー7(TTLL7)、mRNA
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TCAGAAAGAAGAAAAAGAAGGGAACCATTACAGCAAATGTTGCCGGGACAAAGTTTGAAATTGTTCGTTT
AGTAATAGATGAAATGGGATTTATGAAAACTCCAGATGAGGATGAAACAAGTAATCTTATATGGTGTGAT
TCTGCTGTTCAGCAGGAGAAAATTTCAGAGCTGCAAAATTATCAGAGGATCAACCATTTTCCAGGAATGG
GGGAGATCTGTAGGAAGGATTTCTTAGCAAGAAATATGACCAAAATGATCAAGTCTCGGCCTCTGGATTA
TACCTTTGTTCCTCGAACTTGGATCTTTCCTGCTGAATATACTCAATTCCAAAATTATGTGAAAGAATTG
AAGAAAAAACGGAAGCAGAAAACTTTTATAGTGAAACCAGCTAATGGTGCAATGGGTCATGGGATTTCTT
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TTTCTCTACCATGATGGGCTTGTGCGAATGGGTACAGAGAAGTACATTCCACCTAATGAGTCCAATTTGA
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TGAGAACAAAGGCAGCAAACGTTCCATCAAATGGTTTACAGAATTCCTTCAAGCAAATCAACATGATGTT
GCTAAGTTTTGGAGTGATATTTCAGAATTGGTGGTAAAGACCCTGATTGTAGCAGAACCTCATGTCCTGC
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TGATATTTTGTTGGATAGAAAACTAAAGCCATGGCTTCTGGAGATTAACCGAGCCCCAAGCTTTGGAACT
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AATTAAAAGGCTCTTACCAGGCTCCTCAGACTGGGAACAGCAGAGACACCAGTTGGAGAGGCGGAAAGAA
GAGTTGAAAGAGAGACTCGCTCAAGTACGAAAGCAGATCTCACGAGAAGAACATGAAAATCGACATATGG
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ATGAAGGAAGAAGATATTTTGGATCTTCTGGAGCAATGTGAAATTGATGATGAAAAGTTGATGGGAAAAA
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ATTTGTTCTCAAAGACATGAAGATCCGGTTTCCAGGAAAGTCAGATGCAGAATCAGAACTTCTGATAGAA
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TAAAACAACGAAAAGTTTTGGACATAGTGAAAACAAGTATTCGTACAGTTCTTCCACGCATCTGGAAGGT
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GCTGTTTTATGTATATAAGACATATATATGTGTGAAAATATATGCACATATGCACCCTAATAACATATAT
TTATTATATTAAATGATATATGAAAGAAGAATTAGCAGAAAATGGAATATAAGACTTAACCTTTCTGGAA
ACGTAATAAACCATGTTAAAATTGTTTACACAAATATGTGAATGTCTAGAATCTGCTAGGTTTATAATTA
ATTCCTTCCTACTAGAAATGTTATTTTTGCTGCAGAGTATATAAAACAAATTGATCTTGAAGATCCAATT
ACAGTGTTAAATTATTTTCTAGATAACATGCCTTTTGACCTGAAAAAGGGTTTAGTATAATACCTTAAAA
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TTCTCCAA
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>gi|33598923|ref|NM_016240.2| ホモサピエンススカベンジャー受容体クラスA、メンバー3(SCARA3)、転写バリアント1、mRNA
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TATGACAAGAAGCTTGTGTTAATGCAGAAAAATCTCCAGGGCCTGGATCCGAAAGCCCTGAACAACTGCT
CTTTCTGCCATGAAGCTGGGCAGCTGGGGCCAGAGATCCGAAAACTGCAGGAGGAGCTGGAGGGAATTCA
GAAGCTGCTTCTGGCCCAGGAGGTGCAGCTGGACCAGACCTTACAGGCCCAGGAGGTGCTCTCCACCACC
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ACACACACATGCACTGCACACATATCCATGCACACAAACACATATATACACATGCACATACACAGATTTT
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CACAGTGCCCCCTGAGAAGTTCAACATTTATTTCTTCACGTGTCCAGAAAATTCCTCAATTCATCCTTGC
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>gi|33598923|ref|NM_016240.2| ホモサピエンススカベンジャー受容体クラスA、メンバー3(SCARA3)、転写バリアント1、mRNA
TGAGTCCCGGCCGGAGCCCCACGGCCGCGGGCGGCGCCTAGGACGGCGATCCGCGCCCTGGAGGATCCGC
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CTTTCTGCCATGAAGCTGGGCAGCTGGGGCCAGAGATCCGAAAACTGCAGGAGGAGCTGGAGGGAATTCA
GAAGCTGCTTCTGGCCCAGGAGGTGCAGCTGGACCAGACCTTACAGGCCCAGGAGGTGCTCTCCACCACC
AGCAGACAAATCTCCCAGGAGATGGGCAGTTGCTCCTTCTCCATCCACCAGGTTAACCAGTCTCTGGGGC
TCTTCCTGGCCCAGGTGAGAGGCTGGCAGGCCACCACAGCTGGCCTGGACCTCTCTCTGAAGGACCTCAC
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ATCCACGGGATCCAGCGGAAGACAGACGAGGAGACCCTGACCCTCCAGAAGATTGTCACCGACTGGCAGA
ACTACACACGGCTCTTCAGCGGCCTGCGCACCACCTCCACCAAGACTGGAGAGGCGGTCAAGAACATCCA
GGCCACCCTGGGGGCCTCCTCACAGCGCATCAGCCAGAACTCAGAGAGCATGCACGACCTGGTACTCCAG
GTCATGGGCTTGCAGCTGCAGCTGGATAACATCTCGTCCTTCCTGGATGACCACGAAGAGAACATGCATG
ATCTTCAGTACCATACCCACTACGCCCAGAACCGCACTGTGGAGAGGTTTGAGTCTCTGGAAGGACGCAT
GGCTTCTCACGAGATTGAAATTGGCACCATCTTCACCAACATCAATGCCACCGACAACCACGTGCACAGC
ATGCTCAAGTACCTGGATGACGTGCGGCTCTCCTGCACGCTGGGCTTCCACACCCATGCCGAGGAGCTCT
ACTACCTGAACAAGTCTGTCTCCATCATGCTGGGCACCACAGACCTGCTCCGGGAGCGCTTCAGCCTGCT
CAGTGCCCGGCTGGACCTCAACGTCCGGAACCTCTCCATGATCGTGGAGGAGATGAAGGCAGTGGACACA
CAGCATGGAGAAATCCTTCGCAATGTCACCATCCTACGAGGTGCCCCCGGCCCTCCAGGACCAAGAGGAT
TCAAAGGAGATATGGGCGTGAAAGGGCCTGTTGGCGGCAGAGGCCCGAAAGGAGACCCCGGCAGCTTGGG
CCCCCTGGGACCCCAGGGTCCTCAGGGGCAACCTGGAGAGGCCGGGCCTGTGGGAGAAAGGGGCCCTGTT
GGCCCTCGAGGGTTCCCAGGCCTCAAAGGCTCAAAGGGCAGCTTTGGAACTGGAGGGCCGAGAGGACAGC
CAGGCCCAAAAGGGGACATAGGGCCCCCAGGGCCAGAAGGGCCCCCGGGGTCTCCAGGGCCCTCAGGGCC
TCAGGGAAAACCGGGAATTGCAGGGAAGACAGGGTCACCAGGCCAGCGGGGGGCCATGGGGCCTAAGGGT
GAACCAGGGATCCAGGGTCCCCCTGGTCTCCCGGGGCCTCCAGGTCCACCAGGAAGCCAGAGCTTCTACT
GAGGAGGGCTGTGGCAGAGCCACTGTCACACAGAATGCCGGAGGGGCGCAGAGCAGATCCAGGCCCCAGA
AAGCCTCACCTACAGACAGCTGTGGTCCTCTGATTCCAATGAGGGGGCTCCCCAGGGCTGACCCTGCAGC
TTTGGGCTCCCCCATAGTGACTGTGCCATAGGAAAGCAGCCCCTCCTCACACATACATGTGCACATGCAC
ACACATGCATGCACACACATGCACACATACACGCACATGCACACATACACATGCATGCACACATACACAG
GCATACATGCATGCACACACACATGCACGCACACACACATGCACACATACACGTGCACACATACACAGGC
ACACATGCATGCACACATACACATGCACACACACATGCACACATATATGCACAGGCACACACATGTACGC
ACACACACATGCACTGCACACATATCCATGCACACAAACACATATATACACATGCACATACACAGATTTT
TCTGCTGGCCAGGTGGGCCAACTGGGTTTCCCTGGCTGGGCAGGAGGAGAGGGCAGAGGAAGACCCCCTC
TCCTGTGACTGAGCCTGCCAGGGAGGCAGCTACCTCGGGAGGAAGGTCTCACATCTGTCTCTGGGCACCC
ATGCTGGCCAGCAGTTTCCCAGGGCTCCCTGGGGTTGAAAAGCCCCAAGGAAACCTTTGCGGGTGGGGCG
TTACTGCCAAAACTCCAGAGGCAAAGTGGACCTGGCAACCACAAGACCCTCCCCATAAGCAGGGGACCAG
CATACCCGGGAGCTGTCCCTGTCTGTCACAGCACAGTGGGGCCACGAGGCTGACATTCTCTGGCCTTGCA
CACAGTGCCCCCTGAGAAGTTCAACATTTATTTCTTCACGTGTCCAGAAAATTCCTCAATTCATCCTTGC
CTCTGCCCTTCAGGAGCAGCCTGGAAGGAATCCAAGCAGGAGTTTCATCTGCATGGGGGCACTCTGCAGG
CCCTGGAACATTGGGCCTGAGTGGAGATGGGAGACAGAGGCAGGCCAGAAGGTTCTCTCTGCACAGCTGC
CTCCCTTGCTCTCCCTGAGGCTGGCCTGCCCCATTCCCCAAGGGGGCTCCTCTGGAGTGGTGGGGAGGAT
TAGGCTGCAGAAGGGCCAACCCCTTGCAACAGGGCAGCTCTCGCCTCCCGCACACGGCTCTCCTGATCAC
AGCTGCATGCCGACCTTGTCCCACCGGGACCCACAATGGCCCGAGCCCTCTTTGCATGGGCAGCCAGCTG
GACTAGGAGTGGGAAGGGCCTGGACACTCACAGAGGCCCCCTCTGTCATCACTCCTTGGCACCCACCAAC
TTCCTGCACACACTGGCAGAGAGGGGCGCTGGGAAATCACCCCACAGGGTGGAGGTCTCCTGTTGGCTAC
ACTCTAAAGCTGCTTTGCCTTCATGTTCAAACAGATTCAGGCACCACCCCCTCCACCGCCCGCAAGGTTA
GGGCATAGAGTTGTCTCCTTCCCAACACGGACCCAGAGAGCAGCCCTTCCCTGCTCAAAGCCTTTCCGCA
CCCTCCTGACTGTCCTGGATGTGCAACTGGTTTGCACTGCACACCCCACGGCCATGTAACTCTCCTGTCC
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TGCGGGTGTCGGGCATGCAGCGCCTGGCGCAGCTCCTGGGAGAGCCGGCCGAGACCCAGGGCACCACCGA
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ACCCCCTCCCCCCCAGCACAACCCCCCCAAAACAACCCAACCCACGAGGACCATCGGGGGCAGAGTCGTT
GGAGACTGAAGAGGAAGAGGAGGAGGAGAAGGGGAGTGAGCGGCCGCCCCCAGGGCGGAGATCCAGGAGC
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CTTGGGATGGAGCAGAAGCCGGAGTGGCGGGGCACGCTGCCGCCTTCCCCATCACGGAGGGTCCAGACTG
TCCACTCGGGGGTGGAGTGAGACTGACTGCAAGCCCCACCCTCCTTGAGACTGGAGCTGGCGTCTGCATA
CGAGAGACTTGGTTGAACTTGGTTGGTCCTTGTCTGCACCCTCGACAAGACCACACTTTGGGACTTGGGA
GCTGGGGCTGAAGTTGCTCTGTACCCATGAACTCCCAGTTTGCGAATTATAGAGACAATCTATTTTGTTA
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>gi|86991435|ref|NM_015675.2| ホモサピエンス増殖停止及びDNA損傷誘導性、β(GADD45B)、mRNA
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CCGCCTTTTCTGGAAGGATTTCGCTGCTTCCCGAAGGTCTTGGACGAGCGCTCTAGCTCTGTGGGAAGGT
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TATAATTGCAACATGACGCTGGAAGAGCTCGTGGCGTGCGACAACGCGGCGCAGAAGATGCAGACGGTGA
CCGCCGCGGTGGAGGAGCTTTTGGTGGCCGCTCAGCGCCAGGATCGCCTCACAGTGGGGGTGTACGAGTC
GGCCAAGTTGATGAATGTGGACCCAGACAGCGTGGTCCTCTGCCTCTTGGCCATTGACGAGGAGGAGGAG
GATGACATCGCCCTGCAAATCCACTTCACGCTCATCCAGTCCTTCTGCTGTGACAACGACATCAACATCG
TGCGGGTGTCGGGCATGCAGCGCCTGGCGCAGCTCCTGGGAGAGCCGGCCGAGACCCAGGGCACCACCGA
GGCCCGAGACCTGCATTGTCTCCTGGTCACGAACCCTCACACGGACGCCTGGAAGAGCCACGGCTTGGTG
GAGGTGGCCAGCTACTGCGAAGAAAGCCGGGGCAACAACCAGTGGGTCCCCTACATCTCTCTTCAGGAAC
GCTGAGGCCCTTCCCAGCAGCAGAATCTGTTGAGTTGCTGCCACAAACAAAAAATACAATAAATATTTGA
ACCCCCTCCCCCCCAGCACAACCCCCCCAAAACAACCCAACCCACGAGGACCATCGGGGGCAGAGTCGTT
GGAGACTGAAGAGGAAGAGGAGGAGGAGAAGGGGAGTGAGCGGCCGCCCCCAGGGCGGAGATCCAGGAGC
TGGCGGCCGCCGATCCGATGGAGAAGGGGGGACCCAGGCCAGCAGGAGACAGGACCCCCGAAGCTGAGGC
CTTGGGATGGAGCAGAAGCCGGAGTGGCGGGGCACGCTGCCGCCTTCCCCATCACGGAGGGTCCAGACTG
TCCACTCGGGGGTGGAGTGAGACTGACTGCAAGCCCCACCCTCCTTGAGACTGGAGCTGGCGTCTGCATA
CGAGAGACTTGGTTGAACTTGGTTGGTCCTTGTCTGCACCCTCGACAAGACCACACTTTGGGACTTGGGA
GCTGGGGCTGAAGTTGCTCTGTACCCATGAACTCCCAGTTTGCGAATTATAGAGACAATCTATTTTGTTA
CTTGCACTTGTTATTCGAACCACTGAGAGCGAGATGGGAAGCATAGATATCTATATTTTTATTTCTACTA
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TGTCATCCAGAACCCAGCCCGGCAGACCCTCTTCTTCAATGGCACCCGTGCCTTGAAGGATGAGCGTTTC
CAGCTTGAGGAGTTCTCCCCACGCCGGGTGCGGATCCGGCTCTCAGATGCCCGCCTGGAGGACGAGGGGG
GCTATTTCTGCCAGCTCTACACAGAAGACACCCACCACCAGATTGCCACGCTCACGGTACTAGTGGCCCC
AGAGAATCCTGTGGTGGAGGTCCGGGAGCAGGCGGTAGAGGGCGGCGAGGTGGAGCTCAGCTGCCTCGTT
CCGCGGTCCCGTCCGGCTGCCACCCTGCGCTGGTACCGGGACCGCAAGGAGCTGAAAGGAGTGAGCAGCA
GCCAGGAAAATGGCAAGGTCTGGAGCGTGGCAAGCACAGTACGGTTTCGTGTGGACCGTAAGGACGACGG
TGGTATCATCATCTGTGAGGCGCAGAACCAGGCGCTGCCCTCCGGACACAGCAAGCAGACGCAGTACGTG
CTGGATGTGCAGTACTCCCCCACGGCCCGGATTCATGCCTCCCAAGCTGTGGTGAGGGAGGGAGACACGC
TGGTGTTGACGTGTGCTGTCACGGGGAACCCCAGGCCAAACCAGATCCGCTGGAACCGCGGGAATGAGTC
TTTGCCGGAGAGGGCGGAGGCCGTGGGAGAGACGCTCACGCTGCCGGGTCTGGTATCCGCGGATAACGGC
ACCTACACTTGCGAGGCGTCCAATAAGCACGGCCATGCGAGGGCGCTCTACGTACTTGTGGTCTACGACC
CTGGTGCGGTGGTAGAGGCTCAGACGTCGGTTCCCTATGCCATTGTGGGCGGCATCCTGGCGCTGCTGGT
GTTTCTGATCATATGTGTGCTAGTGGGCATGGTCTGGTGCTCGGTACGGCAGAAGGGTTCCTATCTGACC
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AGTGAGGGCCCAGAGGTCTGGGTCCCCCAGGGGGCAGGGGCCAAAGGTCCAGACCCCCCAAGTCCAGTGA
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GGTCCTAGACCCCATGCCAGCCATTGTAAGAGTTCCACAGAGCTCTGGGCACTTCTTTGCAAAGCCATGT
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GGCCTTCCCCATCTCTCCTCCAGGCCCCCCGGGGAGGGGGAAAGGAGTTTGGGGAGGATTCGTGGTCTTC
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AGAGAATCCTGTGGTGGAGGTCCGGGAGCAGGCGGTAGAGGGCGGCGAGGTGGAGCTCAGCTGCCTCGTT
CCGCGGTCCCGTCCGGCTGCCACCCTGCGCTGGTACCGGGACCGCAAGGAGCTGAAAGGAGTGAGCAGCA
GCCAGGAAAATGGCAAGGTCTGGAGCGTGGCAAGCACAGTACGGTTTCGTGTGGACCGTAAGGACGACGG
TGGTATCATCATCTGTGAGGCGCAGAACCAGGCGCTGCCCTCCGGACACAGCAAGCAGACGCAGTACGTG
CTGGATGTGCAGTACTCCCCCACGGCCCGGATTCATGCCTCCCAAGCTGTGGTGAGGGAGGGAGACACGC
TGGTGTTGACGTGTGCTGTCACGGGGAACCCCAGGCCAAACCAGATCCGCTGGAACCGCGGGAATGAGTC
TTTGCCGGAGAGGGCGGAGGCCGTGGGAGAGACGCTCACGCTGCCGGGTCTGGTATCCGCGGATAACGGC
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GAGAAC
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TCCCGACGAACTCGGGGGGCGGCGGCGCGACAGGAGGGTCCCCCGGGGAAAGGAAACGTACCCGGCTTGG
CGGCCCGGCGGCCCGGCACCGCTATGAGGTAGTGACGGAGCTGGGCCCGGAGGAGGTACGCTGGTTCTAC
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CCCTGCTGCAGACCACGGGTGCCCGGCCCCAGGGCGGGGACCGGGACGGCGACCATGTGTGCTCCCCCAC
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TGGATGTGACCCAAGGAGAGTGCTACCCGGTGTACTGGAACCAGGCTGATAAAATACCAGTAATGCGTGG
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AAGATGCTGTTCATAGTTTCAAGTTGAGTCGAAACCATGTGGACTGGCACAGTGTGGATGAAGTATATCT
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AGTAGTGGTACCAGACTTCATAGAGGTTATGTAGAAGAAGCCACATTAGAAGACAAGCCATCACAGACTA
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CCAGTGGCTTATAGATTAGAACCATTAATACTGAAACGCTACAGCAACATTTCACCTGTCCAGATCCACT
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TACCTCAGTTTCAGAGAATGAAGGCATTTCAACCATACCAAGCCCTGTGACCTCACCAGTTTTGTCCCGC
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CTGCCCAAGAACATCCCCATTTCTGTTCCTGGACCCTCTTCTGTCACCCCATCGACAAGTAAAGAAATCA
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CTTTCACTAGCTGATGATTCATTCCGGACTCGTAATGCCAGTAGCGTTCCATCTTCCTTTTCTCCTAATA
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ATAATCGTAAACAAGAACAGAGACATGAGGTCATTCAAAAATTAATTGAACAATTGGGCCAAGGAAAAAG
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ACGGAGCCCCGAGCATAACGGCCGAGGCGGCGGCGGCGGCGCCTGGGAGCTGGGCTCAGACGCGAGGCCA
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TGGCCCTGCTGCGCGGGGAACCCGGGCTGCATTTGGCGCCGGGCACCGACGACCACAACCACCACCTCGC
GCTGGACCCCTGCCTCAGTGACGAGAACTATGACTTCAGCTCCGCCGAGTCGGGCTCCTCGCTGCGCTAC
TACAGCGAGGGTGAGAGCGGCGGCGGCGGCAGCTCCTTGTCGCTGCACCCGCCGCAGCAGCCTCCGCTGG
TCCCGACGAACTCGGGGGGCGGCGGCGCGACAGGAGGGTCCCCCGGGGAAAGGAAACGTACCCGGCTTGG
CGGCCCGGCGGCCCGGCACCGCTATGAGGTAGTGACGGAGCTGGGCCCGGAGGAGGTACGCTGGTTCTAC
AAGGAGGACAAGAAGACCTGGAAGCCCTTCATCGGCTACGACTCGCTCCGCATCGAGCTCGCCTTCCGGA
CCCTGCTGCAGACCACGGGTGCCCGGCCCCAGGGCGGGGACCGGGACGGCGACCATGTGTGCTCCCCCAC
GGGCCCAGCCTCCAGTTCCGGAGAAGATGACGATGAGGACCGCGCCTGCGGCTTCTGCCAGAGTACGACG
GGGCACGAGCCGGAGATGGTGGAGCTTGTGAACATCGAGCCTGTGTGCGTGCGGGGCGGCCTCTACGAGG
TGGATGTGACCCAAGGAGAGTGCTACCCGGTGTACTGGAACCAGGCTGATAAAATACCAGTAATGCGTGG
ACAGTGGTTTATTGACGGCACTTGGCAGCCTCTAGAAGAGGAAGAAAGTAATTTAATTGAGCAAGAACAT
CTCAATTGTTTTAGGGGCCAGCAGATGCAGGAAAATTTCGATATTGAAGTGTCAAAATCCATAGATGGAA
AAGATGCTGTTCATAGTTTCAAGTTGAGTCGAAACCATGTGGACTGGCACAGTGTGGATGAAGTATATCT
TTATAGTGATGCAACAACATCTAAAATTGCAAGAACAGTTACCCAAAAACTGGGATTTTCTAAAGCATCA
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CCCATATTGTATTTGTTGTGCATGGCATTGGGCAGAAAATGGACCAAGGAAGAATTATCAAAAATACAGC
TATGATGAGAGAAGCTGCAAGAAAAATAGAAGAAAGGCATTTTTCCAACCATGCAACACATGTTGAATTT
CTGCCTGTTGAGTGGCGGTCAAAACTTACTCTTGATGGAGACACTGTTGATTCCATTACTCCTGACAAAG
TACGAGGTTTAAGGGATATGCTGAACAGCAGTGCAATGGACATAATGTATTATACTAGTCCACTTTATAG
AGATGAACTAGTTAAAGGCCTTCAGCAAGAGCTGAATCGATTGTATTCCCTTTTCTGTTCTCGGAATCCA
GACTTTGAAGAAAAAGGGGGTAAAGTCTCAATAGTATCACATTCCTTGGGATGTGTAATTACTTATGACA
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ACGATGGATGAGCTATGAAGAACGACATCTTCTTGATGAACTCTATATAACTAAACGACGGCTGAAGGAA
ATAGAAGAACGGCTTCACGGATTGAAAGCATCATCTATGACACAAACACCTGCCTTAAAATTTAAGGTTG
AGAATTTCTTCTGTATGGGATCCCCATTAGCAGTTTTCTTGGCGTTGCGTGGCATCCGCCCAGGAAATAC
TGGAAGTCAAGACCATATTTTGCCTAGAGAGATTTGTAACCGGTTACTAAATATTTTTCATCCTACAGAT
CCAGTGGCTTATAGATTAGAACCATTAATACTGAAACGCTACAGCAACATTTCACCTGTCCAGATCCACT
GGTACAATACTTCAAATCCTTTACCTTATGAACATATGAAGCCAAGCTTTCTCAACCCAGCTAAAGAACC
TACCTCAGTTTCAGAGAATGAAGGCATTTCAACCATACCAAGCCCTGTGACCTCACCAGTTTTGTCCCGC
CGACACTATGGAGAATCTATAACAAATATAGGCAAAGCAAGCATATTAGGGGCTGCTAGCATTGGAAAGG
GACTTGGAGGAATGTTGTTCTCAAGATTTGGACGTTCATCTACAACACAGTCATCTGAAACATCAAAAGA
CTCAATGGAAGATGAGAAGAAGCCAGTTGCCTCACCTTCTGCTACCACCGTAGGGACACAGACCCTTCCA
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TGAACTCTCTTGAAGGACATGAATGGCCTAAAACTGATTTTTTTTTTTTCCGTTAAAATGTGTGTGTCAA
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ACTTTATTTAAAAAAAAAAGAAGTTTTCAGTTCTGAAGAAGTCATTTACAGTTTGCATCATTTTAATTAT
GAGTCTGACAAAACCTTCTCCAGAGAATCAAGCAAGACCTGGATGTGAAGAAGGTTTGGGTAAACTGCAT
GTAAAGGCTACAAATCACAATCTGATTCCTCCCAAATATAAAGGCATATGGAACATAATGTATTAACCAA
AGTATGTTATAAATCAAAAATGGTCAAGGTTCAGCATATTCTATATGAAGATCACAAGGTGGTATCGTTT
TAGATTTCTATGAAGGCTTTCATTTGTACATCCCTTTGAAAAAATATAACAGATTTAAAATGTTTTGAAT
TTAACTTGTTTAGAAAAACTAATGCTTAAAACAATATTTGAACTACTGTATTTATAATTTATTACCTCTA
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GCGTTCGGCGGCGGCGTCTGCTGCTTCGAGCACCTGCCCGGCGGGGACCCGGACGACGGCGACGTGCCCC
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GCTGGACCCCTGCCTCAGTGACGAGAACTATGACTTCAGCTCCGCCGAGTCGGGCTCCTCGCTGCGCTAC
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TCCCGACGAACTCGGGGGGCGGCGGCGCGACAGGAGGGTCCCCCGGGGAAAGGAAACGTACCCGGCTTGG
CGGCCCGGCGGCCCGGCACCGCTATGAGGTAGTGACGGAGCTGGGCCCGGAGGAGGTACGCTGGTTCTAC
AAGGAGGACAAGAAGACCTGGAAGCCCTTCATCGGCTACGACTCGCTCCGCATCGAGCTCGCCTTCCGGA
CCCTGCTGCAGACCACGGGTGCCCGGCCCCAGGGCGGGGACCGGGACGGCGACCATGTGTGCTCCCCCAC
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GGGCACGAGCCGGAGATGGTGGAGCTTGTGAACATCGAGCCTGTGTGCGTGCGGGGCGGCCTCTACGAGG
TGGATGTGACCCAAGGAGAGTGCTACCCGGTGTACTGGAACCAGGCTGATAAAATACCAGTAATGCGTGG
ACAGTGGTTTATTGACGGCACTTGGCAGCCTCTAGAAGAGGAAGAAAGTAATTTAATTGAGCAAGAACAT
CTCAATTGTTTTAGGGGCCAGCAGATGCAGGAAAATTTCGATATTGAAGTGTCAAAATCCATAGATGGAA
AAGATGCTGTTCATAGTTTCAAGTTGAGTCGAAACCATGTGGACTGGCACAGTGTGGATGAAGTATATCT
TTATAGTGATGCAACAACATCTAAAATTGCAAGAACAGTTACCCAAAAACTGGGATTTTCTAAAGCATCA
AGTAGTGGTACCAGACTTCATAGAGGTTATGTAGAAGAAGCCACATTAGAAGACAAGCCATCACAGACTA
CCCATATTGTATTTGTTGTGCATGGCATTGGGCAGAAAATGGACCAAGGAAGAATTATCAAAAATACAGC
TATGATGAGAGAAGCTGCAAGAAAAATAGAAGAAAGGCATTTTTCCAACCATGCAACACATGTTGAATTT
CTGCCTGTTGAGTGGCGGTCAAAACTTACTCTTGATGGAGACACTGTTGATTCCATTACTCCTGACAAAG
TACGAGGTTTAAGGGATATGCTGAACAGCAGTGCAATGGACATAATGTATTATACTAGTCCACTTTATAG
AGATGAACTAGTTAAAGGCCTTCAGCAAGAGCTGAATCGATTGTATTCCCTTTTCTGTTCTCGGAATCCA
GACTTTGAAGAAAAAGGGGGTAAAGTCTCAATAGTATCACATTCCTTGGGATGTGTAATTACTTATGACA
TAATGACTGGCTGGAATCCAGTTCGGCTGTATGAACAGTTGCTGCAAAAGGAAGAAGAGTTGCCTGATGA
ACGATGGATGAGCTATGAAGAACGACATCTTCTTGATGAACTCTATATAACTAAACGACGGCTGAAGGAA
ATAGAAGAACGGCTTCACGGATTGAAAGCATCATCTATGACACAAACACCTGCCTTAAAATTTAAGGTTG
AGAATTTCTTCTGTATGGGATCCCCATTAGCAGTTTTCTTGGCGTTGCGTGGCATCCGCCCAGGAAATAC
TGGAAGTCAAGACCATATTTTGCCTAGAGAGATTTGTAACCGGTTACTAAATATTTTTCATCCTACAGAT
CCAGTGGCTTATAGATTAGAACCATTAATACTGAAACGCTACAGCAACATTTCACCTGTCCAGATCCACT
GGTACAATACTTCAAATCCTTTACCTTATGAACATATGAAGCCAAGCTTTCTCAACCCAGCTAAAGAACC
TACCTCAGTTTCAGAGAATGAAGGCATTTCAACCATACCAAGCCCTGTGACCTCACCAGTTTTGTCCCGC
CGACACTATGGAGAATCTATAACAAATATAGGCAAAGCAAGCATATTAGGGGCTGCTAGCATTGGAAAGG
GACTTGGAGGAATGTTGTTCTCAAGATTTGGACGTTCATCTACAACACAGTCATCTGAAACATCAAAAGA
CTCAATGGAAGATGAGAAGAAGCCAGTTGCCTCACCTTCTGCTACCACCGTAGGGACACAGACCCTTCCA
CATAGCAGTTCTGGCTTCCTCGATTCTGCATTGGAGTTGGATCACAGGATTGATTTTGAACTCAGAGAAG
GCCTTGTGGAGAGCCGCTATTGGTCAGCTGTCACGTCGCATACTGCCTATTGGTCATCCTTGGATGTTGC
CCTTTTTCTTTTAACCTTCATGTATAAACATGAGCACGATGATGATGCAAAACCCAATTTAGATCCAATC
TGAACTCTCTTGAAGGACATGAATGGCCTAAAACTGATTTTTTTTTTTTCCGTTAAAATGTGTGTGTCAA
GATACGGAGATTTCAGGGTTAAAGTATATTTCAGTTTTCTTTAGGGCAACATATATTTGAATTTAAAAGC
ACTTTATTTAAAAAAAAAAGAAGTTTTCAGTTCTGAAGAAGTCATTTACAGTTTGCATCATTTTAATTAT
GAGTCTGACAAAACCTTCTCCAGAGAATCAAGCAAGACCTGGATGTGAAGAAGGTTTGGGTAAACTGCAT
GTAAAGGCTACAAATCACAATCTGATTCCTCCCAAATATAAAGGCATATGGAACATAATGTATTAACCAA
AGTATGTTATAAATCAAAAATGGTCAAGGTTCAGCATATTCTATATGAAGATCACAAGGTGGTATCGTTT
TAGATTTCTATGAAGGCTTTCATTTGTACATCCCTTTGAAAAAATATAACAGATTTAAAATGTTTTGAAT
TTAACTTGTTTAGAAAAACTAATGCTTAAAACAATATTTGAACTACTGTATTTATAATTTATTACCTCTA
ATTGCTTTATTTCAGTGTATGAGACATTACTGTTTTAATGTTTGCTTTGAACATAATTTAAGAACCAGAT
TTATTTTCTATAGTGATAAACCCTTTTTTCTCAGAACTCCATCTTTGTACTCTTCAGATGAATATATAGA
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CTAGAAAAATTTCAAGACAGAAACAGTCTCCGCCAGTCAAGAAACCCTCAAAAGTATTTTGCCATGGATA
TAGAAGATGAAGAAAACATGAGTTCCAGCAGCACTGATGTGAAGGAAAACCGCAATCTGGACAACGTGTC
CCCCAAGGATGGCAGCACACCTGGGCCTGGCGAGGGCTCTCAGCTCTCCAATGGGGGTGGTGGTGGCCCC
GGCAGAAAGCGGCCCCTGGAGGAGGGCAGCAATGGCCACTCCAAGTACCGCCTGAAGAAAAGGAGGAAAA
CACCAGGGCCCGTCCTCCCCAAGAACGCCCTGATGCAGCTGAATGAGATCAAGCCTGGTTTGCAGTACAC
ACTCCTGTCCCAGACTGGGCCCGTGCACGCGCCTTTGTTTGTCATGTCTGTGGAGGTGAATGGCCAGGTT
TTTGAGGGCTCTGGTCCCACAAAGAAAAAGGCAAAACTCCATGCTGCTGAGAAGGCCTTGAGGTCTTTCG
TTCAGTTTCCTAATGCCTCTGAGGCCCACCTGGCCATGGGGAGGACCCTGTCTGTCAACACGGACTTCAC
ATCTGACCAGGCCGACTTCCCTGACACGCTCTTCAATGGTTTTGAAACTCCTGACAAGGCGGAGCCTCCC
TTTTACGTGGGCTCCAATGGGGATGACTCCTTCAGTTCCAGCGGGGACCTCAGCTTGTCTGCTTCCCCGG
TGCCTGCCAGCCTAGCCCAGCCTCCTCTCCCTGTCTTACCACCATTCCCACCCCCGAGTGGGAAGAATCC
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GCCAAGAGCTTCGTCATGTCTGTGGTCGTGGATGGTCAGTTCTTTGAAGGCTCGGGGAGAAACAAGAAGC
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ATGTATTAATGGTGAATACATGAGTGATCGTGGCCTTGCATTAAATGACTGCCATGCAGAAATAATATCT
CGGAGATCCTTGCTCAGATTTCTTTATACACAACTTGAGCTTTACTTAAATAACAAAGATGATCAAAAAA
GATCCATCTTTCAGAAATCAGAGCGAGGGGGGTTTAGGCTGAAGGAGAATGTCCAGTTTCATCTGTACAT
CAGCACCTCTCCCTGTGGAGATGCCAGAATCTTCTCACCACATGAGCCAATCCTGGAAGGGTCTCGCTCT
TACACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCAATCATGGCTCACTGCAGCCTCGACCTCCTGGGCTCTTAAGCG
ATCCTTCCACCTCAACCTTCCAAGGAGCTGGGACTACAGAACCAGCAGATAGACACCCAAATCGTAAAGC
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GGAACGTGGTGGGCATCCAGGGATCCCTGCTCAGCATTTTCGTGGAGCCCATTTACTTCTCGAGCATCAT
CCTGGGCAGCCTTTACCACGGGGACCACCTTTCCAGGGCCATGTACCAGCGGATCTCCAACATAGAGGAC
CTGCCACCTCTCTACACCCTCAACAAGCCTTTGCTCAGTGGCATCAGCAATGCAGAAGCACGGCAGCCAG
GGAAGGCCCCCAACTTCAGTGTCAACTGGACGGTAGGCGACTCCGCTATTGAGGTCATCAACGCCACGAC
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CTGGGTGGAGAAGCCCACCGAGCAGGACCAGTTCTCACTCACGCCCTGACCCGGGCAGACATGATGGGGG
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CTTGGGGAGGGAGTAGGGGGACACGGGGGACCACCAGGTGTCCACGGTTGTCCCCAGCATCTCACATCAG
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GAGTTCTACTGAGTAGGGCTTCCTTAAGTTTAGGAAAATAGAAATTACTTTGTGTGAAATTCTTGAATAA
ATAATTTATTCAGAGCTAGGAATGTGGTTTATAAAATAGGAAGTAATTGTGTCAGGTCACTTTTATGCCA
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CTAAAGGAAATCGCCACACGTCTGTCTAAACTTAGGTCTCTTTTCTCCGTAGGTACCTCCCTGGGTAGTT
CCACACACTAGGTTGTAACAGTCTCTCCCTGAGGAGCAGACTCCCAGCATGGTGTAGCGTGGCCCTGTCA
TGCACATGGGGTCCCGCAGCAGTGACTGTGTGTCCTGCAGAGGCGTGACCCAGGCCCCTGTAGCCCTCAG
CCTCCTCTAGAAGCTTCTGTACTCCTTGTAGGATCAGATCATGGAAAACTTTTCTCAGTTTACTTCTAAG
TAATCACAGATAATACATGGCCAGTAATCCCAGGCTGGCCATTCATTCAGGTTTTTTAAAGGATATTTAA
CTTTTATGGACTAGAAGGAATCACGAGGGCTACTGCACAATACATGGCCTAAGTTCCCTCTGTTCCTTCC
TCTGAATCGAATGGATGTGGGTGACCGCCCGAAGGCCTTCACAGGATGGAAGTAGAATGATTTCAGTAGA
TACTCATTCTTGGAAAATGCCATAGTTTTAAATTATTGTTTCCAGCTTTATCAAAGACATGTTTGAAAAA
TAAAAAGCATCCAAGTGAGAGCTGGTGAGACCACGTGCTGCTGGCGTAGTGTAGGCCAGACATTGACAGT
CCTGACGGGAGCTCAGGGCTGCCCAGCGCCCAGCGTGCACGGGACGGCCCCACGACAGAGGGAGTCAGCC
CGGGAGGTCAGGAGCGCGGCGGGCGAGGGCCCTGTGTGGACCACCTCCACCAAGCTCAGAGATTTGCACC
AGGTGCCTTGTTGCCTCCGCTCAGGATGAAAGAGGAGCTGAGAGAAGTGCTCTGCCTGCCAGTGCAGTGC
CCAGCTCCAAGGCTCTAGAGGGTGTTCAGGTACACTGAGGAGGGGACGGCTCCGTCTTCACATTGTGCAC
AGATCTGAGGATGGGATTAGCGAAGCTGTGGAGACTGCACATCCGGACCTGCCCATGTCTCAAAACAAAC
ACATGTACAGTGGCTCTTTTTCCTTCTCAAACACTTTACCCCAGAAGCAGGTGGTCTGCCCCAGGCATAA
AGAAGGAAAATTGGCCATCTTTCCCACCTCTAAATTCTGTAAAATTATAGACTTGCTCAAAAGATTCCTT
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GCCCCCTAGCGTGTTTTGTGACAATCTCCCTGGGTGAGGAGTGGGTGCACCCAGCCCCGAGGCCAGTGGT
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GTGTCGGCTTTTTCAGTCTCATGTGAAAATCCTCCTGTCTCTGGCAGCACTGTCTGCACTTTCTTGTTTA
CTGTTTGAAGGGACGAGTACCAAGCCACAAGAACACTTCTTTTGGCCACAGCATAAGCTGATGGTATGTA
AGGAACCGATGGGCCATTAAACATGAACTGAACGGTTAAAAGCACAGTCTATGGAACGCTAATGGAGTCA
GCCCCTAAAGCTGTTTGCTTTTTCAGGCTTTGGATTACATGCTTTTAATTTGATTTTAGAATCTGGACAC
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CTAGAAAAATTTCAAGACAGAAACAGTCTCCGCCAGTCAAGAAACCCTCAAAAGTATTTTGCCATGGATA
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TTCAGTTTCCTAATGCCTCTGAGGCCCACCTGGCCATGGGGAGGACCCTGTCTGTCAACACGGACTTCAC
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TGCCTGCCAGCCTAGCCCAGCCTCCTCTCCCTGTCTTACCACCATTCCCACCCCCGAGTGGGAAGAATCC
CGTGATGATCTTGAACGAACTGCGCCCAGGACTCAAGTATGACTTCCTCTCCGAGAGCGGGGAGAGCCAT
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ATGTATTAATGGTGAATACATGAGTGATCGTGGCCTTGCATTAAATGACTGCCATGCAGAAATAATATCT
CGGAGATCCTTGCTCAGATTTCTTTATACACAACTTGAGCTTTACTTAAATAACAAAGATGATCAAAAAA
GATCCATCTTTCAGAAATCAGAGCGAGGGGGGTTTAGGCTGAAGGAGAATGTCCAGTTTCATCTGTACAT
CAGCACCTCTCCCTGTGGAGATGCCAGAATCTTCTCACCACATGAGCCAATCCTGGAAGGGTCTCGCTCT
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TACTCATTCTTGGAAAATGCCATAGTTTTAAATTATTGTTTCCAGCTTTATCAAAGACATGTTTGAAAAA
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AGAAGGAAAATTGGCCATCTTTCCCACCTCTAAATTCTGTAAAATTATAGACTTGCTCAAAAGATTCCTT
TTTATCATCCCCACGCTGTGTAAGTGGAAAGGGCATTGTGTTCCGTGTGTGTCCAGTTTACAGCGTCTCT
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GTGTCGGCTTTTTCAGTCTCATGTGAAAATCCTCCTGTCTCTGGCAGCACTGTCTGCACTTTCTTGTTTA
CTGTTTGAAGGGACGAGTACCAAGCCACAAGAACACTTCTTTTGGCCACAGCATAAGCTGATGGTATGTA
AGGAACCGATGGGCCATTAAACATGAACTGAACGGTTAAAAGCACAGTCTATGGAACGCTAATGGAGTCA
GCCCCTAAAGCTGTTTGCTTTTTCAGGCTTTGGATTACATGCTTTTAATTTGATTTTAGAATCTGGACAC
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CMTM7 GeneID: 112616
>gi|31657097|ref|NM_138410.2| ホモサピエンスCKLF様MARVEL膜貫通ドメイン含有7(CMTM7)、転写バリアント1、mRNA
AGTCTAACTTCCGCGCATCTACGAGGGCCGGGACTGCCGCTACCTTTCTGGAAGGCGCCGGCCGGCCAGT
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AGCTACCCCCGCACCCACGCGGCCCTGCTGAAAGTGGCGCAAATGGTCACCCTGCTGATTGCCTTCATCT
GTGTGCGGAGCTCCCTGTGGACCAACTACAGCGCCTACAGCTACTTTGAAGTGGTCACCATTTGCGACTT
GATAATGATCCTCGCCTTTTACCTGGTCCACCTCTTCCGCTTCTACCGCGTGCTCACCTGTATCAGCTGG
CCCCTGTCGGAACTTCTGCACTATTTAATCGGTACCCTGCTCCTCCTCATCGCCTCCATTGTGGCAGCTT
CCAAGAGTTACAACCAGAGCGGACTGGTAGCCGGAGCGATCTTTGGTTTCATGGCCACCTTCCTCTGCAT
GGCAAGCATATGGCTGTCCTATAAGATCTCGTGTGTAACCCAGTCCACAGATGCAGCCGTCTGATGAGGC
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GTGTTCCTGTGCCAAAGTCCTGTCAGGCTGGTGGGCACCAGGAAAGGCCTGCACCCTCTTCCTGCTCTCC
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CTCCCATTCTGGGAAAGGAAAGCAGCCTCCAGGGAAATGTTTTCTGCCTTCCTGCTTCTAGAACCACCTC
AGGTACTGATGAACCCCACTTAGCACAGCTGAAGGGGTTTGTGAATACTCCCGCCTAAATCCCTTCTACT
TCACTCCTCAGGGGAGTGAAGTGCCTTAAGAAACAAAGCCCTGTCCTAATTTATCTAGCTTGTCAGTCCG
GTCTTAGAGATACCCTCTTTCCTGAAGTGAGGCGTGCCTGTAGAAACACTATGTGGTCAGCCTGTCCCCA
AGGAGATCTTGTGTCTCCTCTCCATCTCTGCCTTTGTTACCAGTGTGCATGTGTTTGTGTGTTTTTTAAT
AAAATATTGACTCGGCCAGTTAAAAAAAAAAAAAAAAAA
>gi|31657097|ref|NM_138410.2| ホモサピエンスCKLF様MARVEL膜貫通ドメイン含有7(CMTM7)、転写バリアント1、mRNA
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GGCGGCCAGCGAGCTGGGGCCGCGCAATGTCGCACGGAGCCGGGCTCGTCCGCACCACGTGCAGCAGCGG
CAGCGCGCTCGGACCCGGGGCCGGCGCGGCCCAGCCCAGCGCGAGCCCCTTGGAGGGGCTGCTGGACCTC
AGCTACCCCCGCACCCACGCGGCCCTGCTGAAAGTGGCGCAAATGGTCACCCTGCTGATTGCCTTCATCT
GTGTGCGGAGCTCCCTGTGGACCAACTACAGCGCCTACAGCTACTTTGAAGTGGTCACCATTTGCGACTT
GATAATGATCCTCGCCTTTTACCTGGTCCACCTCTTCCGCTTCTACCGCGTGCTCACCTGTATCAGCTGG
CCCCTGTCGGAACTTCTGCACTATTTAATCGGTACCCTGCTCCTCCTCATCGCCTCCATTGTGGCAGCTT
CCAAGAGTTACAACCAGAGCGGACTGGTAGCCGGAGCGATCTTTGGTTTCATGGCCACCTTCCTCTGCAT
GGCAAGCATATGGCTGTCCTATAAGATCTCGTGTGTAACCCAGTCCACAGATGCAGCCGTCTGATGAGGC
CACAACCCCTAGGCCCCTCAGGAGCTTTGCAGAGAGGAGGACGTGTACTCCAGGCGAGGCCTCTGGACCT
GTGTTCCTGTGCCAAAGTCCTGTCAGGCTGGTGGGCACCAGGAAAGGCCTGCACCCTCTTCCTGCTCTCC
CAGGAAGCCAGCTCCCTGAGCTCCTGAGCCAGCCGGAAACTCTTCCTCCAGCCTTCCGGGGAGAACATCC
CTCCCATTCTGGGAAAGGAAAGCAGCCTCCAGGGAAATGTTTTCTGCCTTCCTGCTTCTAGAACCACCTC
AGGTACTGATGAACCCCACTTAGCACAGCTGAAGGGGTTTGTGAATACTCCCGCCTAAATCCCTTCTACT
TCACTCCTCAGGGGAGTGAAGTGCCTTAAGAAACAAAGCCCTGTCCTAATTTATCTAGCTTGTCAGTCCG
GTCTTAGAGATACCCTCTTTCCTGAAGTGAGGCGTGCCTGTAGAAACACTATGTGGTCAGCCTGTCCCCA
AGGAGATCTTGTGTCTCCTCTCCATCTCTGCCTTTGTTACCAGTGTGCATGTGTTTGTGTGTTTTTTAAT
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AGCCGCTTCCCCTTCTTCCGGGGCTCCTACCAGGGCTGGAAGAACTCCGTGCGCCACAACCTCTCGCTCA
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CGGCCACTTGCCGGGCAACGTGGACGGCATGGCCCTGCCCAGCCACTCGGTGCCCCACCTGCCTTCCAAC
GGCGGCCACTCGTACATGGGCGGCTGCGGCGGCGCGGCGGCCGGCGAGTACCCGCACCACGACAGCTCGG
TGCCCGCCTCCCCGCTGCTGCCCACCGGCGCCGGTGGGGTCATGGAGCCGCACGCCGTCTACTCGGGCTC
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CTGTCCCCCTGTAACCCCGCGGCCAACCCCCTGTCCGGCAGCCTCTCCACGCACTCCCTGGAGCAGCCGT
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CGGTGCTGTGCAGGGGAAAGCCCCCGCACCCACACAGGAATTCTGCTGAGGTCCCCCCTCCTTCCGGCCA
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ATTTTTTGGTTGAGTATTTATCTTTTTATTTTTTATTTTTTTTTTGAAAGAATGTCTTGGAATGCGCAAG
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TCCCCACCTCCGAAGTCTCCTCCGTGGACCACAGGTGGATCTTTGTGCGAACAACTTGCATTTCGGAAGC
CACTGTCCGTCTTTAAACAGAAAGTCAAAGGAGCCACGAAGCAAGCGGCCGTCCGGGCGTCCGCCTCCGT
CCCCTTCCATGTTCCTCCTCTTCCTTCGCTTCAGCCTCTTCTGTTATGTTTTGTCTTGAATTTTATTTAG
ACTTTTTCAGTGGGTATTTTTCTGTCTCCCAACCTCTACTGTAAACTTTCTGGTCCGAGAACGAGCCGAA
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CATCGTCATGGCCATCCAGAGTTCACCCACCAAGCGCCTGACGCTGAGCGAGATCTACCAGTTCCTGCAG
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ACGAGTGCTTCATCAAGCTACCCAAGGGCCTTGGGCGGCCCGGCAAGGGCCACTACTGGACCATCGACCC
GGCCAGCGAGTTCATGTTCGAGGAGGGCTCCTTTCGGCGGCGGCCGCGCGGCTTCCGAAGGAAATGCCAG
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ATTTTTTGGTTGAGTATTTATCTTTTTATTTTTTATTTTTTTTTTGAAAGAATGTCTTGGAATGCGCAAG
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TATATAAATATATATATAATATGAAGGACTACCCTCCTTTTTTTTTTTTGTATTTTGGCTGCTAGAGTGC
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CAGTTCGAAAAAGAAAAACAAAAAGATGGTTAAGAAGTCCAAACCTGAAAGAAAAGAAAAGAAAATGCCC
AAACCCAGACTAAAGGCTACAGTGACGCCAAGTCCAGTGAAAGGCAAAGGGAAAGTGGGTCGCCCCACAG
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AAAGAAAACATCTACAAGCCCCCCACCCGAGAAATCTGGGGATGAAGGGTCTGAAGATGAAGCCCCTTCT
GGGGAGGATTAAAAGTGATGATGGTCTGGGGAGAGATTTTATTAAAAAAAAAAAGAAAAAAAAAGAAAAA
AGAGGGAGGAAAAAAAAGAACCTACTTAAGATAGAACATGGTTTTGGCTATGGCTTGACTCATGGGCTTT
CAGTGCTTTTTTCCATTTGTTGAAAGTAACATTTCTCTCTCTCTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAG
CAAACCATTGTATGTGTAAGTGTTTAAGTTACCTTTTTGTCTATTGGTCTCTTTGCCAGCCCTCCCCTTT
CCCAATGAAAGCCATGTCAAATTAATCACTGGATTGACTGCTTCATCTTTTTATTTTTAATGAAAGGTGT
ACCACGGTTGTAAAGCAATAAGATTTGAGATGAACACTATTGAAACTTCGCTTTTTGCTAAAAAATAGCA
AGTTGAATAGTAATCAAAAAACATAGAAAGATTTTAGTTCAAAATGATTGCTCCTTTCTCTACCTGGACT
TTTAAAAAATCAATTGTCATCTAATATGAGTTTATTTGTCTATAGACACAAGTATCAATGTCTAAAAAAA
ATCATGACTTTAAACTTCCACCGATGAGGCAGGTAGGAGATAAAGATGAATTCTGAACTGTTACTAAAAG
TACTCATTTTTTACCTTGTAGGGAGGGTGGGCAATGGGGTTACCTGACCTTATTTGAGGGTATGGGCTTT
CTTTTTTATTTCATCACTTGTTATCTCAAAGAGACTCGGAGCCAGTGATCCTTTTATCCTGCTACAGTCT
TTAGGGAGCTAAAAAAAAAAAAAAAGCAGGGGCTGCCAAAACTCTTGATTTCATATTTCCTTCTCTAAAT
ATATATGTATCCTGTTTTTTGGATAAAATTTTACCAAGAATCCAAAAAAAAAAAAACCCTAGAATTTAAT
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AAGTTCCAGTTAATGTGAAACTCAGTCACAAAGAGTTGAGATTTTTCCTTTATGAAATAGAATTGACATT
CTTTTATGCTATAAATGTGCATTCAGGTCCCATTAACCATGCTCTGCTTTTATTTGGGGATAGAACATTT
TCTTTTTCATATCCCGATCTTCCCATTTCTTCATAGAAATGTGATAAGAAGTACATCCCTGTGATCCTGC
TGCTTCGTAGAGCACCACTGCACACCCTACCCCGAGTGCCAACCACCTCTGCTATAGGACACTATTTTCC
TGGCCCTATTCTTCACTTACTTCCCATCCTGTCCTTGACTAGGAATATGTTAAATGCTGCTCCCATACAA
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AAAGGGTCCTGGTATGCTAATAAATTGAAAAATTAGTGAAATTTAAACTTCTGCCTTTTTTTCCTGCCTT
TTAATCTAGATTTGCTTCCTCAATATCCTACTTTGTGGTTTACTAGGAACATGCTTACTCTGATCTTTTT
TTAAAAAACACACAGTGGCAGAGTCATTTCACTATTGCACTGTGTGTTAAAGAATGAATAAGGAGTTTTC
AGTTACATGGCCAAAAATACAGGACTTGAACATAAATAGCAGTTGGATCATTCTCTTTCATGACGGTTAA
ATTCAGAGGTGTGAACTTTGTAATGAGGGTGTTAAAGATTAATCTATTTGCCTAAATGGGTTTGTTCAGG
TATCCATTTTTAACAAAGAAGTTTGTGTTCATATAGTAAAAGACCTATCAGTGTTTCCACCATGCACTTC
TATTTTTTAGGAGTTTATAATTTTAAGTCTTACATTCCTAGTAACATTTGGGCTTTTCTTAGGTTATGTT
TCGTGAAGATTTGGGGGGAGGGCTCTTTTAAAACTTCAGCCTCAGTTGTTTAACAGTCTCTTTAATATAT
TAATCTGCACTAACATCTCTGTGATATATGCACATATTTTAGAGGTAATCATGTCTTCTAGATTACTTGT
GTGCATTTGATTGGGCTTCTTGTTTAGGGTCCCTTTTAAAATTAATTCATTAGATTGAAAAATGTATTCT
ATATTTCTGATAGACTGGACAGAAGGATCTGTGTCCCCAAGTGAGACAGGCTCTGAATAACCTTTGTTTT
CTCCACTTTTTATTGATGATTTAAAACACTCTAGTCTTCCCCTCAAATCATGCATGCAAATAGGAGGACA
GTGGTGGTGACTCAACTGGATACAGGTGCTCAATAGTCAGGCTTGATAGTGATGTCAGGACGCATTACAA
GCTGTAAGCCGATACTGACTGGCCATTGGCACCATCCTTGACTAACCTTCCTCTTTTTCTCTAGTGTGCC
TATGGTGAAATGGCAATAGCATTCACTGTCGTATTTTGCAGTGCTCAGGAAGTGGGACGTTAACTTTGAA
GGTGCTTGTTTGTATTAGCTCTGCTAGGTTTACCTCTACAACGTAGATTTCAGCAGCTATGCTGACTGAC
ACTACATTCTAGTTCTTAAGATTTTTTTTCCAGATCCCCCCTTCCCCAGCTAGACATACGTAGCATACTT
TCATCTTATTCAGTCTTTCTGTAACCTGCTGCTGCTTTTAGTCCTCCTCACCTCAGATCGGAATCAATGG
AGTGGGCCCAGAGGATACATTTTAATTCCAGTAATGGTAGGTAGATTTGTCCTGCTTTCTAAAACATCTC
CTCATTTCATATTTCCACTCCATATTGATTCCATAAGGGAAAATTAATGGGTGTTTCCTCCTTTAGGGAG
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TATTGACTGTTTTCACAATAACCTGTTTGCCCCAGTTCAATCCTCATTTTAATACTTAATTTGGTACTGG
CTCAAATAGCATTTTCTTACAGATAACAAATCAAGAGTGAAATTTGAGGTTATACTCCAGTAAAGTTTTT
AACACTTGTGAATATGGTCAGCTAGACTAAACTTGACTCTTTTTTTTAATGGCTTTTTTATCTGTGAACA
TTCAGATAAGTGGATTTTCAAGTACTGGTTGGGGATGGGAATCGTGCTTTTCTTTAAACTTCAGTTTACG
AGATGCTTTGAGAGCGTTAGGCAAAAGCAGAAATAAATATCAGGAGCAACGGGGAAAGCTTTATAAAAGA
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AAAATGGAGAGTTGGCTTATTGTTTGAATATTGGGACATCAAGCTATCTATAGCCAAGTTTCAGTCGCAA
CCAGTTTTCCCTTTGTCTGGGGTAAATTCGATACAAAATGATTCTTTTTGAATCCTGAATCCATAAATTA
CACTTTTTTTTTTCAAATTCACAAAATTCACAGTGGTGCTGACTGTGTAATAACCACTATTGGGAAACAT
CCCGTAAACCTGCCTGTTGCCATGCCAATGGAGTGACTGAACTGGTGACATCTGTTTGAGCATGCTTTGT
GTGGCTGGTAGAATGCCACCGTTGTGCATACACTTTGTACATCAGGGGTGAAGGGAGGGTTTTCTAGATT
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GCTTATGCCCTAAAATAACATGTATAAAAACCCCTGAAGTATTGTGTGGGTGTGTACGTGTGAGTGTGTG
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TAACTAGTCCATGGGCTGAGACCGGGGCATCTCTTTTCTTCATACTGCAATGTTGCTAGATACATGATCA
GACACCAGAGGGTTGGGCATTCTTGCAATACCTTAACAGTGCTGAAATCTGCAGCATGGTACTAAGGAAG
TTAAAGTTTGAATGTAACCACTTTATTTAAAAGGTTTTTTTCTTTAATTTAAATGAAATGGGGTTGAAGT
GAACATGATTTTGTTGACCATGTTCGTGAATTACAGATGCAACATGCATTGGTAGAATCGTGTGATGGTC
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TCCCCTTTATTTTTTTCTCTTTTTGGGACATATGAAGCAAGTTATTCTTTTTCTGTATCTTTTTTTCTTT
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TCACTTAACCAGTAGCTATCTGGGATGGTTCCAGAGGCTGAAGTTTGCAGTTGAATAACATTTTAAATAG
TGTTAAGCGACTTGGGATCTCTGGCCCTTTGCGTTTCAGTATTTGTCCTTTTTATGCCTGATGTTTAACC
TGCCACATGTTTGTACTGCAACATGAATCTTGGAAATTTTAATGTTATGCATTTCAAATGTTTTTGGTTA
TCTGTAAACTAAATGTGCCCTTATTGGCTCACTTGTCAATAAAGATGTTTGTATATGTATTGTCAGAAAA
AAAAAAAAAAAA
>gi|195927046|ref|NM_001130842.1| ホモサピエンスジンクフィンガータンパク質286A(ZNF286A)、転写バリアント2、mRNA
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CCAAGGCGCTTCTGGGAATTGTAGTTCCGGGCGGGATGAGGGCAGCACGCCTGGCTCCGCTCCTTCTTAC
GCATGCGCGACTCCGAGCTGGCCAAAGAAGTTCGTCCCCTTTGTGAGGCCCGGGATGGGAGGCTCCAGCG
CCGTAGGACTGAGGCAGACTCCACGGTGAGAAAGAGACCCGATCTAACCCAGGCCTTTCATCAGAGCCCA
GGAGGGAAGGCAGGAAGTGGGACCACGAGGCCCGGGGGGCTTCTAACTCGTCTGGCCAGGGAGATCTGAA
TTGGGGTGAAGAGCAGAATCTCCAGAACAAGGAGGAGGTGGTGATCATGGAGACAGATTTGGCTGAAATG
CCTGAGAAAGGAGCTCTGTCTTCCCAGGATTCTCCCCATTTCCAAGAGAAGAGCACAGAAGAGGGAGAAG
TGGCTGCTCTGCGCCTCACGGCCAGATCCCAGGAAACAGTGACATTCAAGGATGTGGCCATGGACTTTAC
ACCAGAGGAGTGGGGGAAGCTGGATCCTGCACAAAGGGATGTGATGCTGGAGAACTATAGGAACCTAGTC
TCACTTTGGCTTCCAGTTTCCAAACCTGAGAGCTACAACTTGGAGAATGGAAAAGAACCATTGAAGCTTG
AGAGAAAAGCCCCCAAAAGCAGCTATTCAGACATGGAGACTAGACCACAGAGCAAGGATTCAACTTCAGT
GCAAGATTTTTCCAAAGCAGAATCATGCAAAGTTGCAATAATAGACAGACTGACACGGAATAGTGTCTAT
GACTCTAACTTGGAAGCAGCCCTTGAATGTGAAAATTGGTTAGAGAATCAGCAAGGAAATCAGGAGAGAC
ATTTGAGAGAAATGTTCACTCACATGAATTCACTCTCTGAGGAAACAGACCATAAGCATGATGTATACTG
GAAAAGCTTCAATCAGAAATCTGTCCTTATCACTGAAGACAGAGTTCCCAAAGGATCTTATGCCTTCCAT
ACACTTGAAAAAAGCTTGAAACAAAAATCAAACTTAATGAAAAAGCAGAGAACTTATAAAGAGAAAAAAC
CTCATAAATGTAATGATTGTGGTGAACTCTTCACCTACCATTCAGTGCTTATTCGACACCAGAGAGTCCA
TACTGGAGAGAAACCCTATACCTGCAATGAATGTGGGAAATCTTTTAGCCACAGAGCTAATTTAACTAAA
CACCAGAGAACTCATACTAGAATTCTCTTTGAATGCAGTGAATGCAAGAAAACCTTCACAGAAAGCTCAT
CCCTTGCAACACATCAGAGAATTCACGTTGGAGAGAGACCTTATGAATGCAATGAATGTGGGAAAGGTTT
TAATCGAAGTACACATCTTGTGCAGCATCAGTTGATTCATACTGGAGTGAAGCCTTATGAATGTAATGAA
TGTGATAAAGCTTTTATTCATTCATCAGCACTCATTAAACATCAAAGAACTCATACTGGAGAGAAACCTT
ATAAATGTCAAGAATGTGGGAAAGCCTTTAGCCATTGCTCATCCCTAACTAAGCATCAGAGAGTTCATAC
TGGAGAAAAGCCATATGAATGCAGTGAATGTGGAAAAACTTTTAGTCAGAGCACACATCTTGTTCAACAT
CAGAGAATTCACACTGGAGAGAAACCCTATGAGTGTAATGAATGTGGGAAAACCTTCAGCCGGAGCTCCA
ATTTTGCTAAACATCAAAGAATTCATATTGGAAAGAAACCGTACAAATGTAGCGAGTGTGGAAAAGCCTT
CATTCATTCATCAGCTCTCATTCAACATCAGAGAACTCATACCGGAGAGAAACCCTTTAGATGTAATGAG
TGTGGGAAAAGCTTTAAGTGCAGTTCATCTCTCATCAGACATCAAAGAGTTCACACTGAAGAGCAACCCT
GAAAAATTACTGAATGTGAAGAAATGTAAGTTGGTTTTATCACTGTATTAAATACTTGAGTGTTTAGGTG
GAAGGCGCATCCATAATATGCATGTGAGGACCAATTCTGTATGCATCTAATTTCATTTGCGTAATACATA
GTTTTGAGCCATAAGCAGGTTCTTTATGTCCGTTAATTTGATAATTATGAAATCTAGCCAGCGATTTCAA
AATTTTAATCTCCAACGTCCCAAATAGCTATCTGTGGAAATTCAAGAAGTCCCTGAGAGTAGGTAGCAGT
ACGAACATTGTGAAATCCAGTTTTCCCCTCTCTTGTTTATGTCAGAGCTTTGTTGTAAGCCTCTCACTTT
GTAAGGAAATTCTTATTGGGTAGGTTAGGCTGAGGGCTTACATCCTTATCATCAGGAAGACACAATGTTG
TTATTTATTACTCCTTGAGATCTAGATACACATATGGTATAATTCATCTAGAGTGTAATTTCTTTTATAT
TAGCCTTAAAAACCAAAAATGCTGGGTTCAAAGTCCTTAGAATTCCCTTCCTCCCTCAACAAGCTGCTGT
CTATGTTGATGACCATAACTGGGATGTATAATATTTACAGACAACTCTAAGTTACGTTCACATGGATTAT
GTACATCATTGATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTTGCTCTGTTGCCCGGGCTGGAGTGC
AGTGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCACCTCCCAGGTTCATGCCATTCTCTTGTCTCAGCCTCCC
AAGTAGCTGGGACTACAGGCACCTGCCAGTACGCCTGGCTAATTTTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGG
GTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTTGATCTCCTGACCTCGTGATCTGCCTGCCTCGGCCTCCCAAAG
TGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCATGCCTGGCATCATCATTGATTTATGTCATTGTTATCCCTCTAC
CGCGGAGACCTTCTTTCATTTTCCATTTCCCTGGGAGTTCACGTGAAGTAGTGAATGGGTCAAAATCTTA
ACAGTGGTTGTTGATCAAGTCCTTCCTTTCTTATCCTTGGCACTGAATAAATCTTTGGTTTTCCATAATC
AAAGGGTGAGGGAGACTTCTTTTGTCTACATTATTCAGCTTTCTGAAAGCTATGCTGTGTCCATTTGAGA
AAAAGCCCCAGGGATATTGAAGGTCTGAGAAGTTGAGTGGTTCAGTGTGTTATTATATTTAGGGTCCCAG
TAAAGAAGAACTGAAGCAACTGTGAGACACCAGGGCATACTTCCCTGTATGAGTGGAAAACAAGGCACGG
AAAATAGCTCACAGGATAGTCCTCAACTGACTTGCTTGAGGATAAGCAGCTTCCCTTCGTGAAGAAGTTG
CCATTTCTCTGGCCTTCATATTTATCTACTTTTTGTTATTGTTGTCTGTATCGGTTCAATCTCACACTGC
TATAAAGAAATGCCTGAGACTGGGTAACTTATAAAGAAAAAAGGTTTAATTGGCTCATGGTTCCATGGGC
TGTACAGGAAGTATGACTGGGGAGGTCTCAGGGAGCTTTTACTCATGGCAAAAGGCAAAGCCAGAGCAGG
TATCTTCACAGGGCTAGAGCAAGAGGAAAAGAGAGAGGGGAGGTGCTACACACTTTTTATGCAACCAAAT
CTCATGAGAACTCTATCACGAGACAGCAGTAGGGGGACAGTGCTAAATCATTCATGAGAAACTACCTGCG
TGGTCCAGTCACCTTGCACCAGGCCCCACCTCCCACATTGGGGATTACAATTAAACATGAGATTTGGGTG
GGGATACAGATCTAAACTGTATCATTACTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAGAAAAGAAAACACAGGAAA
AGGAACTCACCTCTTTTATCATCTTAGTATTTAGTACTAATGGTTTAGAGCAGGAATTGACAAACTGTGG
CCTGGACTCATGGACCAACTCTGGCCCACCACCTGTTTCTCAGAAGAAAATTTTATTGGAACTCAGCCAC
ACTTACTCATTTACATGTTGTCCTTGACTGCCTTTGTGTCCAGTGTCAGAACTGAGTAGCTGCAGCGGAG
GTTGTGCCTCTGGGCTTTAATATCACAAACAGAGCAGCTTATAAGCAACAGAAACTTACTTCTCACAGTT
TTGGAGGCTGGGAAGTCCAAGATCAAGGTGTCAACATATTTAGGGTCTAGGGAAGGTCTGCTTCTTGGTT
AATAGAAAGCACCTTTCACTGTGTCTTCACATGGTAGAAGGGGAGAGCTCTGGTATCTTCAGCCCCTTAT
AAGGGCACTAATCCCATTCATGAGAGCTCCACCCTCACGACCTAATCACCTCCAAAAGGCCCCATTTCGT
AATACCGTCAGTTAAGTTTCATTATATGACTTTGATGGGGATATAGCCCATAGTAGGTTGTATGTCCCTG
AAAGCCTAAAATATTTACTGTTTGGCTCTTTACAGAAAATATTTTCTTGGCCCCTGTTCCAGAGCATTCA
TCAAGTCAGATAAAGGGTTTAAACCAGTCAGAGAAACTAGGTGGAATGGAAAAGTACTGAGAGATAATTG
GGGACAGAAAAATAAAAGAGATGGGAAATGCTGCATCAAAATACTCCTACCTCTAGGATGTTACTATATA
TTGTTAGGAGAATTCAAGTTATTGAAACTTGCCAAATTCTTGAGTGAAGAGGAATTCATTTGAGAGCCAA
AATTTGACTAAGGAAAGAAGACCAACATGGGCTTTCCAAAGTTGAGTTTGAATTCTGCCATCCCCACTAA
GCAGTCATGTGACCTTGGAAAAACTCCCTACTCTGAGTCTCAGTTTCTTTATCTGTATTAGGTTTCAACA
AAGGGAATAAATCATTGGCTTCTCATGAGGTTGTCATAAGGATTAAATAAGACAATGCATATAAAAGAAC
TGGCAGACAATAAATATAGAGTCCCCCACTCCTGCTTGGTGCTCTCTTTCTCTCTCCTTCTCTACATAGA
GAAGTGCCAGAGCATCCGTCAGTAGAAGTTACTTAAGGTTGGCTGTGTCTTCCACATCTTTTGTTTACCC
ATGAAGAACTGTGACCATCTTGTTCTGTGTCTTGTCATAAAGATGGGACGTGACTTCTTTCTGCTCTTGC
TTCCATCTGGTGCTGTTTTCTGCACAGCCTCCTTGAGACCTTCCAGAACCTTCTTTTTTCCTACTTCATA
TCACTTAACCAGTAGCTATCTGGGATGGTTCCAGAGGCTGAAGTTTGCAGTTGAATAACATTTTAAATAG
TGTTAAGCGACTTGGGATCTCTGGCCCTTTGCGTTTCAGTATTTGTCCTTTTTATGCCTGATGTTTAACC
TGCCACATGTTTGTACTGCAACATGAATCTTGGAAATTTTAATGTTATGCATTTCAAATGTTTTTGGTTA
TCTGTAAACTAAATGTGCCCTTATTGGCTCACTTGTCAATAAAGATGTTTGTATATGTATTGTCAGAAAA
AAAAAAAAAAAA
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>gi|67782337|ref|NM_001024807.1| ホモサピエンスアミロイドβ(A4)前駆体様タンパク質1(APLP1)、転写バリアント1、mRNA
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CCCTCCAGGGACCCCCGACCCATCTGGGACAGCAGTTGGTGACCCCTCCACCCGGTCCTGGCCCCCGGGG
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>gi|67782337|ref|NM_001024807.1| ホモサピエンスアミロイドβ(A4)前駆体様タンパク質1(APLP1)、転写バリアント1、mRNA
GGGGCGGGGCTGGCGGCGCCGGCGCAGCCCGGGGGCGGCGGGAGGAGGAGGTGGCGGCGGTGGCGCTGGG
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CCACTATTGCTGCTGCTTCTGCGCGCGCAGCCCGCCATCGGGAGCCTGGCCGGTGGGAGCCCCGGCGCGG
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GCCTGGTGAATTTGTGAGTGAGGCCCTGCTGGTGCCTGAAGGCTGCCGGTTCTTGCACCAGGAGCGCATG
GACCAATGTGAGAGTTCAACCCGGAGGCATCAGGAGGCACAGGAGGCCTGCAGCTCCCAGGGCCTCATCC
TGCACGGCTCGGGCATGCTCTTACCCTGTGGCTCGGATCGGTTCCGTGGTGTGGAGTATGTGTGCTGTCC
CCCTCCAGGGACCCCCGACCCATCTGGGACAGCAGTTGGTGACCCCTCCACCCGGTCCTGGCCCCCGGGG
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CCACTCATCGGAGATTCAGAGGGATGAGCTGGCACCAGCTGGGACAGGGGTGTCCCGTGAGGCTGTGTCG
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OAT GeneID: 4942
>gi|171543856|ref|NM_000274.2| ホモサピエンスオルニチンアミノトランスフェラーゼ(脳回転状萎縮症)(OAT)、核遺伝子をコードするミトコンドリアタンパク質、mRNA
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ACGTAACTAAATAATGTAATGGCATCTATATTCAGTTGAAGTGTTTTGATGTGCATGTGTACTTCCTAAG
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TATAAAGTGAAATCATTGTTATTGAATTTTAGGAAGGATTAATGGTTAAGTGTATATAAAATACTAATAT
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AAGTTGCAGTGACTCTCCGGCGTCACTGTTGCGCTTCATAGACGCCGCGTGTACCCGGTTGTCCTCAGGC
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>gi|156105674|ref|NM_015846.3| ホモサピエンスメチル化CpG結合ドメインタンパク
質1(MBD1)、転写バリアント1、mRNA
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AGCTGGTGCCCTTCCTCACAGAGTTAAATATGCATCTGGCCCAGGAATTAGAGAAGCTGAAAGGATGATC
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GCAGATACATGGCAACGTGTGAACTGCAACAACGCCTGGTGCCCCAGCACCAACCTTCCAAGTGTAAAAA
CAATGTGCTGCTGCTTCACTTCCGCCCTCCGGTTATCAAGCAAAATGTCTCTTGTGGCCCATCTTACTGG
AAGAGAGTTCCGGGAAACATAGCCTCACCAAGGTGACACATTACAAAGCCACCCTACCATGAATCCGCTC
CCAAGGGTCTCACTGCTCACCTGAGGATAACTCAATATAACTATGTGGCTGAAAATGCAAAGCTGAAGAC
CATGGATTTCATGGTGATTCCAGCAAGTACAGAGATTCTATGAAGCCCACCCAGAAAAAACTTGCTGGTC
CTGGCTATTTTTGTGTCATTTATTCAAGTATTGAGAACCTGGCCTGTGGTAGGCACTGTACTTAATACTA
GGATACAGAAATGCAAAAGATACGGCCCATGCAATTTTATTAAATGCATCAATATGTATTACAAATGGTG
AATGGATTTCCAACTTTATCATGGAATTTAATGCTGAATATATAGAATTCAGAAAATTGTTGGGAGGACA
GCCCTTTTGTGAACCTTGTTTGGGGCACAGTAGGAATTGGAAATAATTTAGTTTCTATCTCTAAGCTGTT
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AGAGGCGGAGCCCGAGAGGCAGGCAGCGGACTTCCGGTTCCGGGAGCAACGAACAGCCGCGGAGGCGACA
GCTACCGCTTCAGAGGAGGCGGCCGCGGAGGAGGAGGAAGGGGAGGAGGGCGAGGCGGGAGGTGCAGGAG
GGACCCTCGCCATGGGTCCACGGGCCTAGAGTGGCGGAAGATACCGGCCTGGTGCCAAACTGGCTACTGC
TGCTTCCTGTGGCCTCCATGGCTGAGGACTGGCTGGACTGCCCGGCCCTGGGCCCTGGCTGGAAGCGCCG
CGAAGTCTTTCGCAAGTCAGGGGCCACCTGTGGACGCTCAGACACCTATTACCAGAGCCCCACAGGAGAC
AGGATCCGAAGCAAAGTTGAGCTGACTCGATACCTGGGCCCTGCGTGTGATCTCACCCTCTTCGACTTCA
AACAAGGCATCTTGTGCTATCCAGCCCCCAAGGCCCATCCCGTGGCGGTTGCCAGCAAGAAGCGAAAGAA
GCCTTCAAGGCCAGCCAAGACTCGGAAACGTCAGGTTGGACCCCAGAGTGGTGAGGTCAGGAAGGAGGCC
CCGAGGGATGAGACCAAGGCTGACACTGACACAGCCCCAGCTTCATTCCCTGCTCCTGGGTGCTGTGAGA
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AGCACAGAGAATTGCCTTCAACCGGGAACAGAGAATGTTTAAGCGTGTGGGCTGTGGGGAGTGTGCAGCC
TGCCAGGTAACAGAAGACTGTGGGGCCTGCTCCACCTGCCTCCTGCAGCTGCCCCATGATGTGGCATCGG
GGCTGTTCTGCAAGTGTGAACGGAGACGCTGCCTCCGGATTGTGGAAAGGAGCCGAGGGTGTGGAGTATG
CCGGGGCTGTCAGACCCAAGAGGATTGTGGCCATTGCCCCATCTGCCTTCGCCCTCCCCGCCCTGGTCTC
AGGCGCCAGTGGAAATGTGTCCAGCGACGTTGCCTACGGGGTAAACATGCCCGCCGCAAGGGAGGCTGTG
ACTCCAAGATGGCTGCCAGGCGGCGCCCCGGAGCCCAGCCACTGCCTCCACCACCCCCATCACAGTCCCC
AGAGCCCACAGAGCCGCACCCCAGAGCCCTGGCCCCCTCGCCACCTGCCGAGTTCATCTATTACTGTGTA
GACGAGGACGAGCTACAGCCCTACACGAACCGCCGGCAGAACCGCAAGTGCGGGGCCTGTGCAGCCTGCC
TACGGCGGATGGACTGTGGCCGCTGCGACTTCTGCTGCGACAAGCCCAAATTCGGGGGCAGCAACCAGAA
GCGCCAGAAGTGTCGTTGGCGCCAATGCCTGCAGTTTGCCATGAAGCGGCTGCTGCCCAGTGTCTGGTCA
GAGTCTGAGGATGGGGCAGGATCGCCCCCACCTTACCGTCGTCGAAAGAGGCCCAGCTCTGCCCGACGGC
ACCATCTTGGCCCTACCTTGAAGCCCACCTTGGCTACACGCACAGCCCAACCAGACCATACCCAGGCTCC
AACGAAGCAGGAAGCAGGTGGTGGCTTTGTGCTGCCCCCGCCTGGCACTGACCTTGTGTTTTTACGGGAA
GGCGCAAGCAGTCCTGTGCAGGTGCCGGGCCCTGTTGCAGCTTCCACAGAAGCCCTGTTGCAGGAGGCCC
AGTGCTCTGGCCTGAGTTGGGTTGTGGCCTTACCCCAGGTGAAGCAAGAGAAGGCGGATACCCAGGACGA
GTGGACACCAGGCACAGCTGTCCTGACTTCTCCCGTATTGGTGCCTGGCTGCCCTAGCAAGGCAGTAGAC
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CTGCCTCCAAATTGGCCCCAGAGGAAGAGGCAGGAGGGGCTGGCACACCCGTGATCACGGAGATTTTCAG
CCTGGGTGGAACCCGCTTCCGAGATACAGCAGTCTGGTTGCCAAGGTCCAAAGACCTTAAAAAACCTGGA
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AGCTGGTGCCCTTCCTCACAGAGTTAAATATGCATCTGGCCCAGGAATTAGAGAAGCTGAAAGGATGATC
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GCAGATACATGGCAACGTGTGAACTGCAACAACGCCTGGTGCCCCAGCACCAACCTTCCAAGTGTAAAAA
CAATGTGCTGCTGCTTCACTTCCGCCCTCCGGTTATCAAGCAAAATGTCTCTTGTGGCCCATCTTACTGG
AAGAGAGTTCCGGGAAACATAGCCTCACCAAGGTGACACATTACAAAGCCACCCTACCATGAATCCGCTC
CCAAGGGTCTCACTGCTCACCTGAGGATAACTCAATATAACTATGTGGCTGAAAATGCAAAGCTGAAGAC
CATGGATTTCATGGTGATTCCAGCAAGTACAGAGATTCTATGAAGCCCACCCAGAAAAAACTTGCTGGTC
CTGGCTATTTTTGTGTCATTTATTCAAGTATTGAGAACCTGGCCTGTGGTAGGCACTGTACTTAATACTA
GGATACAGAAATGCAAAAGATACGGCCCATGCAATTTTATTAAATGCATCAATATGTATTACAAATGGTG
AATGGATTTCCAACTTTATCATGGAATTTAATGCTGAATATATAGAATTCAGAAAATTGTTGGGAGGACA
GCCCTTTTGTGAACCTTGTTTGGGGCACAGTAGGAATTGGAAATAATTTAGTTTCTATCTCTAAGCTGTT
CTATTTTAAAATTATTTTTAAATTTTTATTGTCCCACTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
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>gi|72534685|ref|NM_001031698.1| ホモサピエンスPRP40mRNA前駆体プロセシング因子40ホモログB(S.cerevisiae)(PRPF40B)、
転写バリアント1、mRNA
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GTCACCGCAGCGACGGCTCCGGGTGCGGACACCGCCAGCTCTGCTGTGGCTGGGACAGGCCCTCCGAGGG
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TCACCGACCCCCGTTACAGTGCCTTGCCTAAACTGAGTGAGAAAAAGCAGGCATTCAATGCCTACAAGGC
GCAGCGGGAGAAGGAGGAGAAGGAGGAGGCCCGGCTAAGGGCCAAAGAGGCCAAGCAGACCCTGCAGCAT
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GGGATGAGTAGTGTCAACTTCCAAACCACGTGGTCCCAGGCCCAGCAGTACCTCATGGATAACCCCAGCT
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GGATGGAGCTATATCCAGCAGTCAGCACTGATGTCCGCTTTGCCAACATGCTGGGCCAGCCGGGCTCCAC
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ATGGAAAAAAAAAAAAAAAAAA
>gi|72534685|ref|NM_001031698.1| ホモサピエンスPRP40mRNA前駆体プロセシング因子40ホモログB(S.cerevisiae)(PRPF40B)、
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TTGCTCAGGACCATCAGCTGCAGAACATGGACAAGGAAGATGCACTGATCTGTTTTGAGGAGCACATCCG
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ATGGAAAAAAAAAAAAAAAAAA
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TGGAGATGCATAACAGTGACATCTCTGCATACACCTACGAGCGGACGCTGATGATGGAGCAGCGGTCGCA
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AGATGACGTGGACCAGGGACAAGTACATGACTGAGACCTGGGACCCCAGCCATGCCCCTGACAATTTCCG
GGAGCTGGTGCACATTAAGCCGGACCAATCCAATGTGCGGCGCATGCACACTGCTGTGAAGCTCAATGAA
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AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
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>gi|205360988|ref|NM_153689.5| ホモサピエンス染色体2オープンリーディングフレーム69(C2orf69)、mRNA
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GCTTTCCACCGTGCCTGGAGCCGATCCGCAGCGCAGCAACGAATTGCTCCTGTTGGCGGCGGCCGGGGAG
GGACTGGAGCGGCAGGACCTCCCCGGGGACCCAGCGAAGGAGGAGCCGCAGCCGCCGCCCCAGCATCACG
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GGAAAACTGGAGTCTAGAAAATGTTGCTACCATTTTAGCCCACCGGTTCCCCAATAGTTATATTTGGGTG
ATAAAATGTTCCCGAATGCATTTGCACAAATTCAGCTGCTATGACAATTTTGTGAAAAGTAACATGTTTG
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ACGTGATCCAATGAGATCTTGGATTGGAAAGGAGCACAAGAAATTTGTTCAGATACTTGGGGATCTTGGT
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AGTTAGAATTAGTTAATTTGAAATCTAACAAGGTGGTTTGTAATAATGCTGAGGAGATATAAGACCCTTA
AAATGAAAGTTACAACATTGTTCTTATAAAAGGTAACTAAAATTGTTACTGTTGGAAATAACTGATTTTC
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TAAAACAAAACAAAACAAAATTACACTTAAGCACTATTGTTTAATTTTTAATTGTCAGTTTATCATTATT
TTGGGTAAGACATTCTGGGGTTTCTTGAATCTTGTCCAAAAACCAGTTGTTTTGGAAAATTGCTTTAAAT
TGAGCATATTTATGTATATTGGATAAAAATGTACTACAGAGCAAATTTCAAATTTTTCATTATATCAGTC
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TCTTTGGCCAAAATGCAAAATTACATTGCTATAAGAAAAGTTACAAGGGAAAGTTTGAAGACACAAATGA
TTTAATTTTGGCTCAAAAACTGAATTTGCTTAACACTGCTACATAATTTGGGTGAAGTTTCCTTCTGCCC
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TCTAAATGGCTTTTTTTTTTTTTTTAAAGACAAAGTAGTATTATGTTGCTTCAGTTTCTTTAAATACCTC
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TTGCCTTTAAGCACTATGATTGGATGGCTTTTTTTCTATTTGTTTAATAATCCTTGGCTAAATTCACATG
TATCTAAAGTAAAATAGCTGAGTTACTGAATTCTATAAGGGGAAGAAAAAGCATTTATTTTCACATGATT
AACTGAAATGGAAAAGTAAGACATTTAGCAGAATAATTCATTTAAAAATAATTTTAAAAAATCAGACATA
TTTAAAAATCTAGGTTGTCTATCCAGTATGTGAATGCTTAATTATAATTGTTACATGTTGAATGGGTATT
AAGAGTAAGTCACCAGGTACACAAAACTGCCATCATAGCAAAATGAGACAGTGTTGAAAAGACAAAATAT
TTTCTGGAATGAAAATATATTCAAGTTGATCCATATTCAGATGTTTTCTGTTTAATACTTCAGATTGGTC
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AATTGATCATCCACAGAAAAAAAAAAAAAAAA
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GGAAAACTGGAGTCTAGAAAATGTTGCTACCATTTTAGCCCACCGGTTCCCCAATAGTTATATTTGGGTG
ATAAAATGTTCCCGAATGCATTTGCACAAATTCAGCTGCTATGACAATTTTGTGAAAAGTAACATGTTTG
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TTTAAGTCAGAATAGTTTATCAAAGAAAAGTTTGAATGTTTGGAATAAGGACTCCATAGCATCTAACTGT
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AGTCTGCCATGAGTTTTTATCCACCATCACTAAATGACGCATCTTTTACTTTGATTGGATTCAGTAAAGG
TTGTGTTGTTTTGAATCAGTTGCTTTTTGAATTGAAAGAAGCCAAGAAAGACAAGAACATAGATGCTTTT
ATCAAAAGCATAAGAACAATGTATTGGCTGGATGGTGGTCATTCTGGAGGAAGCAATACTTGGGTTACTT
ATCCAGAAGTCTTGAAAGAATTTGCACAAACAGGAATTATCGTTCACACTCATGTAACACCTTACCAAGT
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ATGCAGGTGACTAGCCAAATTCATTTTACAAAGGAAGCTCCTTCCATAGAGAATCACTTCAGGGTTCATG
AAGTATTTTGAGATTACAGGTATATTAATGAACTTGTTCAGTGGAAGAACATAAGCACTTTTGAGTGTTA
TAAATTCAGATAATGGGATGTAATTCATAGCTGCATTGTCAGTTTTGGGGTATGGGGGGAAGCACACATT
CCTAAAATGTGAGTGTAATGTGCAATAGTATTTTTTGCTTGTGAATGTGAGCAGTTATTAATTTGGATTG
AGTTAGAATTAGTTAATTTGAAATCTAACAAGGTGGTTTGTAATAATGCTGAGGAGATATAAGACCCTTA
AAATGAAAGTTACAACATTGTTCTTATAAAAGGTAACTAAAATTGTTACTGTTGGAAATAACTGATTTTC
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TTTCTCTTCAAACAAAAGCAAAGGTACGATGCTGTTTTCTATCATTTTGGAATAACTGCACCCTGCCTTT
TGTGTTTTTGTAAACTCCTTGACTCATTCTTTCATGTGTCACCAAGTACTTTTCTCATGAGAGTCAACAT
ATATTTGTTTCCAAATGTCCACAAGTGTACAATAGTGTAAAGGTGGTTTTTAAAAACATAGCCAGGTGTG
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TAAAACAAAACAAAACAAAATTACACTTAAGCACTATTGTTTAATTTTTAATTGTCAGTTTATCATTATT
TTGGGTAAGACATTCTGGGGTTTCTTGAATCTTGTCCAAAAACCAGTTGTTTTGGAAAATTGCTTTAAAT
TGAGCATATTTATGTATATTGGATAAAAATGTACTACAGAGCAAATTTCAAATTTTTCATTATATCAGTC
TTTTTGAAAGGATCAACTTGGATAAAATAAATATATAATGCTCTATTTGTTAGAGCTCTATTAAAAAGGA
AACAGATTCCATAGATCTAAGTCAATGTTTCTCCAGAAGCATGATTTTGTCTGCCAAAAGAAAATAGCTC
TCTTTGGCCAAAATGCAAAATTACATTGCTATAAGAAAAGTTACAAGGGAAAGTTTGAAGACACAAATGA
TTTAATTTTGGCTCAAAAACTGAATTTGCTTAACACTGCTACATAATTTGGGTGAAGTTTCCTTCTGCCC
GTTTTTCTTGACCTAGATAAATACACTTTGAGAAATCCAGATCTAATAAATGTCAACCAACATTGACATT
GTAATTGGGTGATTACAATAAAAGGTGAGCAGTTTGTTGTTTATTAATAATTAGCTTTTGCAGGTAATGA
AATAGCAGGGAAGTAACATGCTGCTTTAGGACTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGACACTGAAGCTTAATA
CCTTAATGACCCAGAAGACCTAGATTTATAAAGCCATATAGAATAAAAATGTTAATTTCTTGGTTTCTTC
CCAGAATTATATTTTAATGACTCCATAAATACATTCCAAATATTCAGAGATTCATGAGAAAGGATTCTTA
ACAAATGTTTAAAAATAACATTTCTTTTTGGTGTTTTAACACTTAATTTTATAAACTGCAGAACAGCATC
TCTAAATGGCTTTTTTTTTTTTTTTAAAGACAAAGTAGTATTATGTTGCTTCAGTTTCTTTAAATACCTC
GTTTCTTTTGAGACCAAAAATTCCCATCAAGGAAATAAATCAGCCTGATTTTAACATTTTACATATTACA
TTGCCTTTAAGCACTATGATTGGATGGCTTTTTTTCTATTTGTTTAATAATCCTTGGCTAAATTCACATG
TATCTAAAGTAAAATAGCTGAGTTACTGAATTCTATAAGGGGAAGAAAAAGCATTTATTTTCACATGATT
AACTGAAATGGAAAAGTAAGACATTTAGCAGAATAATTCATTTAAAAATAATTTTAAAAAATCAGACATA
TTTAAAAATCTAGGTTGTCTATCCAGTATGTGAATGCTTAATTATAATTGTTACATGTTGAATGGGTATT
AAGAGTAAGTCACCAGGTACACAAAACTGCCATCATAGCAAAATGAGACAGTGTTGAAAAGACAAAATAT
TTTCTGGAATGAAAATATATTCAAGTTGATCCATATTCAGATGTTTTCTGTTTAATACTTCAGATTGGTC
CTTTGTCCACATTTGTTTAAAACTTATTGTAATGTTAATTTATACTTTTGGATTGTGCCTTTGTCATGAG
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AGGCCCTCCGCACCCCGCCCCATGCCCCAGTCCTTTCCTACTCCAGAAATGCTCCCCACCCCCCCAAAGA
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GGATCTCCCCTCTCCGGCTCTGCGGCTCCCCTGACTCCATGTTCGGGATCAGCCTGGCTGTCCTGGGGGA
CCTCAACCAAGATGGCTTTCCAGATATTGCAGTGGGTGCCCCCTTTGATGGTGATGGGAAAGTCTTCATC
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AGAGCTTCGGCTACTCCCTGTCAGGCAGCTTGGATATGGATGGGAACCAATACCCTGACCTGCTGGTGGG
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TACCATGGGAGCAGCCTGGGGGTTGTCGCCAAACCTTCACAGGTGCTGGAGGGCGAGGCTGTGGGCATCA
AGAGCTTCGGCTACTCCCTGTCAGGCAGCTTGGATATGGATGGGAACCAATACCCTGACCTGCTGGTGGG
CTCCCTGGCTGACACCGCAGTGCTCTTCAGGGCCAGACCCATCCTCCATGTCTCCCATGAGGTCTCTATT
GCTCCACGAAGCATCGACCTGGAGCAGCCCAACTGTGCTGGCGGCCACTCGGTCTGTGTGGACCTAAGGG
TCTGTTTCAGCTACATTGCAGTCCCCAGCAGCTATAGCCCTACTGTGGCCCTGGACTATGTGTTAGATGC
GGACACAGACCGGAGGCTCCGGGGCCAGGTTCCCCGTGTGACGTTCCTGAGCCGTAACCTGGAAGAACCC
AAGCACCAGGCCTCGGGCACCGTGTGGCTGAAGCACCAGCATGACCGAGTCTGTGGAGACGCCATGTTCC
AGCTCCAGGAAAATGTCAAAGACAAGCTTCGGGCCATTGTAGTGACCTTGTCCTACAGTCTCCAGACCCC
TCGGCTCCGGCGACAGGCTCCTGGCCAGGGGCTGCCTCCAGTGGCCCCCATCCTCAATGCCCACCAGCCC
AGCACCCAGCGGGCAGAGATCCACTTCCTGAAGCAAGGCTGTGGTGAAGACAAGATCTGCCAGAGCAATC
TGCAGCTGGTCCACGCCCGCTTCTGTACCCGGGTCAGCGACACGGAATTCCAACCTCTGCCCATGGATGT
GGATGGAACAACAGCCCTGTTTGCACTGAGTGGGCAGCCAGTCATTGGCCTGGAGCTGATGGTCACCAAC
CTGCCATCGGACCCAGCCCAGCCCCAGGCTGATGGGGATGATGCCCATGAAGCCCAGCTCCTGGTCATGC
TTCCTGACTCACTGCACTACTCAGGGGTCCGGGCCCTGGACCCTGCGGAGAAGCCACTCTGCCTGTCCAA
TGAGAATGCCTCCCATGTTGAGTGTGAGCTGGGGAACCCCATGAAGAGAGGTGCCCAGGTCACCTTCTAC
CTCATCCTTAGCACCTCCGGGATCAGCATTGAGACCACGGAACTGGAGGTAGAGCTGCTGTTGGCCACGA
TCAGTGAGCAGGAGCTGCATCCAGTCTCTGCACGAGCCCGTGTCTTCATTGAGCTGCCACTGTCCATTGC
AGGAATGGCCATTCCCCAGCAACTCTTCTTCTCTGGTGTGGTGAGGGGCGAGAGAGCCATGCAGTCTGAG
CGGGATGTGGGCAGCAAGGTCAAGTATGAGGTCACGGTTTCCAACCAAGGCCAGTCGCTCAGAACCCTGG
GCTCTGCCTTCCTCAACATCATGTGGCCTCATGAGATTGCCAATGGGAAGTGGTTGCTGTACCCAATGCA
GGTTGAGCTGGAGGGCGGGCAGGGGCCTGGGCAGAAAGGGCTTTGCTCTCCCAGGCCCAACATCCTCCAC
CTGGATGTGGACAGTAGGGATAGGAGGCGGCGGGAGCTGGAGCCACCTGAGCAGCAGGAGCCTGGTGAGC
GGCAGGAGCCCAGCATGTCCTGGTGGCCAGTGTCCTCTGCTGAGAAGAAGAAAAACATCACCCTGGACTG
CGCCCGGGGCACGGCCAACTGTGTGGTGTTCAGCTGCCCACTCTACAGCTTTGACCGCGCGGCTGTGCTG
CATGTCTGGGGCCGTCTCTGGAACAGCACCTTTCTGGAGGAGTACTCAGCTGTGAAGTCCCTGGAAGTGA
TTGTCCGGGCCAACATCACAGTGAAGTCCTCCATAAAGAACTTGATGCTCCGAGATGCCTCCACAGTGAT
CCCAGTGATGGTATACTTGGACCCCATGGCTGTGGTGGCAGAAGGAGTGCCCTGGTGGGTCATCCTCCTG
GCTGTACTGGCTGGGCTGCTGGTGCTAGCACTGCTGGTGCTGCTCCTGTGGAAGATGGGATTCTTCAAAC
GGGCGAAGCACCCCGAGGCCACCGTGCCCCAGTACCATGCGGTGAAGATTCCTCGGGAAGACCGACAGCA
GTTCAAGGAGGAGAAGACGGGCACCATCCTGAGGAACAACTGGGGCAGCCCCCGGCGGGAGGGCCCGGAT
GCACACCCCATCCTGGCTGCTGACGGGCATCCCGAGCTGGGCCCCGATGGGCATCCAGGGCCAGGCACCG
CCTAGGTTCCCATGTCCCAGCCTGGCCTGTGGCTGCCCTCCATCCCTTCCCCAGAGATGGCTCCTTGGGA
TGAAGAGGGTAGAGTGGGCTGCTGGTGTCGCATCAAGATTTGGCAGGATCGGCTTCCTCAGGGGCACAGA
CCTCTCCCACCCACAAGAACTCCTCCCACCCAACTTCCCCTTAGAGTGCTGTGAGATGAGAGTGGGTAAA
TCAGGGACAGGGCCATGGGGTAGGGTGAGAAGGGCAGGGGTGTCCTGATGCAAAGGTGGGGAGAAGGGAT
CCTAATCCCTTCCTCTCCCATTCACCCTGTGTAACAGGACCCCAAGGACCTGCCTCCCCGGAAGTGCCTT
AACCTAGAGGGTCGGGGAGGAGGTTGTGTCACTGACTCAGGCTGCTCCTTCTCTAGTTTCCCCTCTCATC
TGACCTTAGTTTGCTGCCATCAGTCTAGTGGTTTCGTGGTTTCGTCTATTTATTAAAAAATATTTGAGAA
CAAAAAAAAAAAAAAAAAA
BUB3 GeneID: 9184
>gi|56550116|ref|NM_004725.2| ホモサピエンス ベンゾイミダゾール類によって阻害されない発芽3BUB3相同体(酵母)(BUB3)、転写バリアント1、mRNA
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AGGCGGCGGCGGCCGCAGCGAGTGGCGAGTAGTGGAAACGTTGCTTCTGAGGGGAGCCCAAGATGACCGG
TTCTAACGAGTTCAAGCTGAACCAGCCACCCGAGGATGGCATCTCCTCCGTGAAGTTCAGCCCCAACACC
TCCCAGTTCCTGCTTGTCTCCTCCTGGGACACGTCCGTGCGTCTCTACGATGTGCCGGCCAACTCCATGC
GGCTCAAGTACCAGCACACCGGCGCCGTCCTGGACTGCGCCTTCTACGATCCAACGCATGCCTGGAGTGG
AGGACTAGATCATCAATTGAAAATGCATGATTTGAACACTGATCAAGAAAATCTTGTTGGGACCCATGAT
GCCCCTATCAGATGTGTTGAATACTGTCCAGAAGTGAATGTGATGGTCACTGGAAGTTGGGATCAGACAG
TTAAACTGTGGGATCCCAGAACTCCTTGTAATGCTGGGACCTTCTCTCAGCCTGAAAAGGTATATACCCT
CTCAGTGTCTGGAGACCGGCTGATTGTGGGAACAGCAGGCCGCAGAGTGTTGGTGTGGGACTTACGGAAC
ATGGGTTACGTGCAGCAGCGCAGGGAGTCCAGCCTGAAATACCAGACTCGCTGCATACGAGCGTTTCCAA
ACAAGCAGGGTTATGTATTAAGCTCTATTGAAGGCCGAGTGGCAGTTGAGTATTTGGACCCAAGCCCTGA
GGTACAGAAGAAGAAGTATGCCTTCAAATGTCACAGACTAAAAGAAAATAATATTGAGCAGATTTACCCA
GTCAATGCCATTTCTTTTCACAATATCCACAATACATTTGCCACAGGTGGTTCTGATGGCTTTGTAAATA
TTTGGGATCCATTTAACAAAAAGCGACTGTGCCAATTCCATCGGTACCCCACGAGCATCGCATCACTTGC
CTTCAGTAATGATGGGACTACGCTTGCAATAGCGTCATCATATATGTATGAAATGGATGACACAGAACAT
CCTGAAGATGGTATCTTCATTCGCCAAGTGACAGATGCAGAAACAAAACCCAAGTCACCATGTACTTGAC
AAGATTTCATTTACTTAAGTGCCATGTTGATGATAATAAAACAATTCGTACTCCCCAATGGTGGATTTAT
TACTATTAAAGAAACCAGGGAAAATATTAATTTTAATATTATAACAACCTGAAAATAATGGAAAAGAGGT
TTTTGAATTTTTTTTTTTAAATAAACACCTTCTTAAGTGCATGAGATGGTTTGATGGTTTGCTGCATTAA
AGGTATTTGGGCAAACAAAATTGGAGGGCAAGTGACTGCAGTTTTGAGAATCAGTTTTGACCTTGATGAT
TTTTTGTTTCCACTGTGGAAATAAATGTTTGTAAATAAGTGTAATAAAAATCCCTTTGCATTCTTTCTGG
ACCTTAAATGGTAGAGGAAAAGGCTCGTGAGCCATTTGTTTCTTTTGCTGGTTATAGTTGCTAATTCTAA
AGCTGCTTCAGACTGCTTCATGAGGAGGTTAATCTACAATTAAACAATATTTCCTCTTGGCCGTCCATTA
TTTTCTGAAGCAGATGGTTCATCATTTCCTGGGCTGTTAAACAAAGCGAGGTTAAGGTTAGACTCTTGGG
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AGGCATCTATTTGGACCTGTTTCTATCTCTAAATGAATTTTTGGAAACATTAATGAGGTTTACATATTTC
TCTGACATTTATATAGTTCTTATGTCCATTTCAGTTGACCAGCCGCTGGTGATTAAAGTTAAAAAGAAAA
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TTCTAGGTAGTTCCAAATAGTATTTTTGTTGTCAAACTTTAAAATTTATATTAATTTGCAAATGTATGTC
TCTGAGTAGGACTTGGACCTTTCCTGAGATTTATTTTATCCGTGATGTATTTTTTTTAATTCTTTTGATA
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TCCCAGTTCCTGCTTGTCTCCTCCTGGGACACGTCCGTGCGTCTCTACGATGTGCCGGCCAACTCCATGC
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AGGACTAGATCATCAATTGAAAATGCATGATTTGAACACTGATCAAGAAAATCTTGTTGGGACCCATGAT
GCCCCTATCAGATGTGTTGAATACTGTCCAGAAGTGAATGTGATGGTCACTGGAAGTTGGGATCAGACAG
TTAAACTGTGGGATCCCAGAACTCCTTGTAATGCTGGGACCTTCTCTCAGCCTGAAAAGGTATATACCCT
CTCAGTGTCTGGAGACCGGCTGATTGTGGGAACAGCAGGCCGCAGAGTGTTGGTGTGGGACTTACGGAAC
ATGGGTTACGTGCAGCAGCGCAGGGAGTCCAGCCTGAAATACCAGACTCGCTGCATACGAGCGTTTCCAA
ACAAGCAGGGTTATGTATTAAGCTCTATTGAAGGCCGAGTGGCAGTTGAGTATTTGGACCCAAGCCCTGA
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GTCAATGCCATTTCTTTTCACAATATCCACAATACATTTGCCACAGGTGGTTCTGATGGCTTTGTAAATA
TTTGGGATCCATTTAACAAAAAGCGACTGTGCCAATTCCATCGGTACCCCACGAGCATCGCATCACTTGC
CTTCAGTAATGATGGGACTACGCTTGCAATAGCGTCATCATATATGTATGAAATGGATGACACAGAACAT
CCTGAAGATGGTATCTTCATTCGCCAAGTGACAGATGCAGAAACAAAACCCAAGTCACCATGTACTTGAC
AAGATTTCATTTACTTAAGTGCCATGTTGATGATAATAAAACAATTCGTACTCCCCAATGGTGGATTTAT
TACTATTAAAGAAACCAGGGAAAATATTAATTTTAATATTATAACAACCTGAAAATAATGGAAAAGAGGT
TTTTGAATTTTTTTTTTTAAATAAACACCTTCTTAAGTGCATGAGATGGTTTGATGGTTTGCTGCATTAA
AGGTATTTGGGCAAACAAAATTGGAGGGCAAGTGACTGCAGTTTTGAGAATCAGTTTTGACCTTGATGAT
TTTTTGTTTCCACTGTGGAAATAAATGTTTGTAAATAAGTGTAATAAAAATCCCTTTGCATTCTTTCTGG
ACCTTAAATGGTAGAGGAAAAGGCTCGTGAGCCATTTGTTTCTTTTGCTGGTTATAGTTGCTAATTCTAA
AGCTGCTTCAGACTGCTTCATGAGGAGGTTAATCTACAATTAAACAATATTTCCTCTTGGCCGTCCATTA
TTTTCTGAAGCAGATGGTTCATCATTTCCTGGGCTGTTAAACAAAGCGAGGTTAAGGTTAGACTCTTGGG
AATCAGCTAGTTTTCAATCTTATTAGGGTGCAGAAGGAAAACTAATAAGAAAACCTCCTAATATCATTTT
GTGACTGTAAACAATTATTTATTAGCAAACAATTGATCCCAGAAGGGCAAATTGTTTGAGTCAGTAATGA
GCTGAGAAAAGACAGAGCATATCTGTGTATTTGGAAAAATAATTGTAACGTAATTGCAGTGCATTTAGAC
AGGCATCTATTTGGACCTGTTTCTATCTCTAAATGAATTTTTGGAAACATTAATGAGGTTTACATATTTC
TCTGACATTTATATAGTTCTTATGTCCATTTCAGTTGACCAGCCGCTGGTGATTAAAGTTAAAAAGAAAA
AAATTATAGTGAGAATGAGATTCATTTCAATGTAATGCACTAAAGCAGAACACGAACTTAGCTTGGCCTA
TTCTAGGTAGTTCCAAATAGTATTTTTGTTGTCAAACTTTAAAATTTATATTAATTTGCAAATGTATGTC
TCTGAGTAGGACTTGGACCTTTCCTGAGATTTATTTTATCCGTGATGTATTTTTTTTAATTCTTTTGATA
CAGAGAAGGGTCTTTTTTTTTTTAAGTATTTCAGTGAAAACTTGGTGTAAGTCTGAACCCATCTTTTGAA
ATGTATTTTCTTCATTGCAGGTCCACCTAATCATCCTGTGAAAGTGGTTTCTCTATGGAAAGCTTTGTTT
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>gi|13128989|ref|NM_024037.1| ホモサピエンス染色体1オープンリーディングフレーム135(C1orf135)、mRNA
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ACAGTGGGTATTTATCTCTATGAAAGTGCCTTTTACTCAGCCTGCACAGAGCCATCTCTTTGCCCTTCCA
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TTTTTAGTAGAGACGAGGTTTCACCATATTAGCCAGGATGGTCTCCATCTCCTGACCTCCTGATCCGCCC
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TTTTGTGGTAACTGTACAGCACTTTAAAGTTATATACTCTATGTTTAAATATCTCCCTTAAAAAGCCTGA
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>gi|13128989|ref|NM_024037.1| ホモサピエンス染色体1オープンリーディングフレーム135(C1orf135)、mRNA
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TTGCAGCCAGGAAAGACAAATGGCAGTGACCAGAAGAGTGTTTCATCTCATACAGAAAGTCAGATCAACA
AAGAGTCCAAGAAAAATGCGACCCAGCTAGACCATTTGATCCCAGGCTTAGCACACGATTGCATGGCATC
CCCTTTAGCCACTTCAACCACTGCGGACATCCAGGAAGCTGGACTCTCTCCTCAGTCCCTCCAGACTTCT
GGCCACCACAGAATGAAAACCCCATTTTCAACTGAGCTATCTTTGCTCCAGCCTGATACTCCAGACTGTG
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AAAGGAAGAAAAAGGGGATTCTGCCAGGAAATGGGAATGGCTTCATGAGTCTAAGAAGAACTATCAGAGT
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AAACATAGAATCGGTGAAACAAAGCCGTAGTCCAGTTTCTGTGTTTTCCTGGGACAATGAAAAGAATGAC
AAGGACTCCTGGAGTCAACTTTTCACTGAAGATTCTCAAGGCCAGCGGGTCATTGCCCACAACACTAGAG
CTCCTTTTCAAGATGTAACCAATAACTGGAATTGGGACTTAGGGCCGTTTCCTAACAGTCCTTGGGCTCA
GTGCCAGGAGGATGGGCCAACTCAAAATCTGAAGCCTGATTTGCTCTTTACCCAGGACTCTGAAGGTAAT
CAAGTTATCAGACACCAATTCTAAATGTTTGAAGCTTTGTTTCTAAAAGTACCTTGAAATGATAGAGATG
TAGGAAAATATAGTTGTGGGTGGAGAGAGGAGTGAGTTTGTTTAGGTGGGAAGGTGGCATGGGATGAAGT
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ATGGCTTTCCCTCAGGAAGGTGGTGGCTGGTAAATTCCCTGAATGAGTCTATGATGAACACTGAGGCAGC
ACAGTGGGTATTTATCTCTATGAAAGTGCCTTTTACTCAGCCTGCACAGAGCCATCTCTTTGCCCTTCCA
GATGTCTGACTGGGACCTTGCTTATGGATGTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTCTG
TCGCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGACCTCAGCTCACTGCACCCTCTGTGTCCCGGATTCAAGCGATTC
TCCTGCCTCAGCCTCCCGAATAGCAGGGACTACAGGCATGCGCCACCACGCCCAGCTAATTTTTTTTGGA
TTTTTAGTAGAGACGAGGTTTCACCATATTAGCCAGGATGGTCTCCATCTCCTGACCTCCTGATCCGCCC
ACCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGAGATTACAGGCATAAGCCACCGCGCCCAGCCAGATGTGTGAGCTTTTA
ATCTCTGGCTGATCTTAACCCACATCAGCCTAAGCTTGGGATGATTACTCTTGACCCTTTTTTTTCAGTG
ATTAGCAAATCTCCCCACAACCCAGGTGTGGAGAGAAGAGAGGTAGAATGGTGCTAGTTTCCTATTTTAT
TTTTGTGGTAACTGTACAGCACTTTAAAGTTATATACTCTATGTTTAAATATCTCCCTTAAAAAGCCTGA
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>gi|167466176|ref|NM_001114091.1| ホモサピエンス細胞分裂周期27相同体(S. cerevisiae)(CDC27)、転写バリアント1、mRNA
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TAAGCAGAAAAGCCATGATGATATTGTTACTGAGTTTGGTGATTCAGCTTGCTTTACTCTTTCATTGTTG
GGACATGTATATTGCAAGACAGATCGGCTTGCCAAAGGATCAGAATGTTACCAAAAGAGCCTTAGTTTAA
ATCCTTTCCTCTGGTCTCCCTTTGAATCATTATGTGAAATAGGTGAAAAGCCAGATCCTGACCAAACATT
TAAATTCACATCTTTACAGAACTTTAGCAACTGTCTGCCCAACTCTTGCACAACACAAGTACCTAATCAT
AGTTTATCTCACAGACAGCCTGAGACAGTTCTTACGGAAACACCCCAGGACACAATTGAATTAAACAGAT
TGAATTTAGAATCTTCCAATTCAAAGTACTCCTTGAATACAGATTCCTCAGTGTCTTATATTGATTCAGC
TGTAATTTCACCTGATACTGTCCCACTGGGAACAGGAACTTCCATATTATCTAAACAGGTTCAAAATAAA
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CTTCGTGAAATGGGGAAAGGTTATTTAGCTTTGTGTTCATACAACTGCAAAGAAGCTATAAATATTTTGA
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TTCAGAGTACATGCAAGCTGAAAGAATATTCTCAGAGGTTAGAAGGATTGAGAATTATAGAGTTGAAGGC
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AAGGAGCCAATAACCAGATTAAAGAGGCAATTGATAAGCGTTATCTTCCAGATGATGAGGAGCCAATAAC
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TTTCTGTTTTTCTTTAATCTCCCTTTGTTGGAAAGTATCATGAAAGGAAGAGTTATGCTTTATCTTGAAG
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TTGGTTCTGTTCCTGATAAACAGAGTAACTGACCTTCATTTCTAGGTTCTTCAAGAATGGTGTTTGCAAG
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AACTTGCAGTATCTCCCATAAACAAATGTAATGGGCATATTGGGACTCGTATGTAGGAATCAAATATCCC
TCCATACAGTGTACTCTTATTCTTGGCAAGAATGCTTTAATGTCTAACCAAGAATTTTAATTTATTCATC
TTGCTTCAAAGTGTTGATCATTGTTGTCTTGGTATTGCAAACTTTAAAATTGTTTCTTACCATATTGCCT
CTTCTCTTTGAGCTCTGTGGGATCACCTTTAACATTCAGAGATGATAGAGTGGTTCCCCACTGAGAAGCC
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TTCAAAACATCCCTTTGACTTTTCTAAGTGTTTGCTTAAGCAGAGTGTAAGAATGTGTGGTTACCTTTGG
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TACTAAGAGTAATTGGGTTTAGGATGTTGGAAATTTTTAGCTTGGGGGAAAAAACATTCTTATGAAGGAG
ATAGGTTCTCTTCTGAGTTTGTCATAATATAGATTGGTGTCTTTGGAAAATGGCCACAATTTTAAGAATT
CAATTATGCATATAAAATGATAATTATTGGAATTCCACAGTAACAGATTTAAACAGTCTTAAATTGTTTA
TCTCCTTTACTGTAATGTATTGAAATTTTTAGAGAAATTTTAGTTGTTAACATTTTATTAAGTGCCAGTG
TCAGAATATAACAAATTATAGTTTCTTATGAATGACAGGCCTACAGTTATTATTCTGGATTATTTGATGG
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ATATAATGAAAAATTCCCAGAGGCTAGCACTTGGATTCTAACACGTATGCTATTGTATTATCCATTAGTT
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ATTTAGAGTTTTATAGAAAGCTTCAACCTGAGTTCTGCGTTATAAAGCCTGGAGAAAGCTAAGCTTAGAA
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TACTGATTTTTTGAGACCAAGGATAAAAGGATCGTTTTGTAAGACATGCCATGGCAATGGCTGGTTGGGG
GACAGTTTCCGCCCAAGCTTGGCCTATTTTATTTTTCCTCATACCTACTTTCAAAGTCATTTAGGTATTT
GAAGCCTTATTTCCCACGTAGTAACACTTTCTGGCTTTTGCAGTTTCTTTTTTTGTTTGGTTTTGTTTTT
TGCATGGAATGGGGATCAAACAACCCGAAGAAGAACACATTTTGATCAAGCAAAATGTTTGCTTCAAATT
TCAGAAGTTTATTTTACAGAAATTAAATTAAGTAGTTTGACATCCTTTTCTCTGTTTCACACATATATTA
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ACTTAATACATCTATATACATATATATATACGCGCACACACTTGTTCAGAAGTTATGTTGTGGCCTTGGA
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CAGTGGTACTCAAAAGAATGAAAGGTGGTCCCTACATTTTCTGTATTCATCACTTAAAATTTTTAATTTT
TCCGAGAACTACAAGTAACATTTGAACCATGCTGCTGTTGTACCTTAAACAAAAACTCAGTGATAACCAG
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ATGAGTCTTCACTGAGAAATATGGTGACCCATTTTCTTTGTGAAAACCTGGGAAAATGCAAGTGTGGGTA
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GAAAATCCAAA
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CGGAGCCGCTACAGGGGGGGCCTGAGGCACTGCAGAAAGTGGGCCTGAGCCTCGAGGATGACGGTGCTGC
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GGAAAGGCATATAAAGCATATAGACTCTTGAAAGGACACAGTTGTACTACACCGCAATGCAAATACCTGC
TTGCAAAATGTTGTGTTGATCTCAGCAAGCTTGCAGAAGGGGAACAAATCTTATCTGGTGGAGTGTTTAA
TAAGCAGAAAAGCCATGATGATATTGTTACTGAGTTTGGTGATTCAGCTTGCTTTACTCTTTCATTGTTG
GGACATGTATATTGCAAGACAGATCGGCTTGCCAAAGGATCAGAATGTTACCAAAAGAGCCTTAGTTTAA
ATCCTTTCCTCTGGTCTCCCTTTGAATCATTATGTGAAATAGGTGAAAAGCCAGATCCTGACCAAACATT
TAAATTCACATCTTTACAGAACTTTAGCAACTGTCTGCCCAACTCTTGCACAACACAAGTACCTAATCAT
AGTTTATCTCACAGACAGCCTGAGACAGTTCTTACGGAAACACCCCAGGACACAATTGAATTAAACAGAT
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TGTAATTTCACCTGATACTGTCCCACTGGGAACAGGAACTTCCATATTATCTAAACAGGTTCAAAATAAA
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TGCCATTAGAAACCCCAAGTCCTGGAGATGGATCCTATTTACAAAACTACACTAATACACCTCCTGTAAT
TGATGTGCCATCCACCGGAGCCCCTTCAAAAAAGACTTTTCGTGTTTTACAGTCTGTTGCCAGAATCGGC
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CACAAAGTTCTGGTCCACAAACAAGTACAACACCTCAGGTATTGAGCCCCACTATTACATCTCCCCCAAA
CGCACTGCCTCGAAGAAGTTCACGACTCTTTACTAGTGACAGCTCCACAACCAAGGAGAATAGCAAAAAA
TTAAAAATGAAGTTTCCACCTAAAATCCCAAACAGAAAAACAAAAAGTAAAACTAATAAAGGAGGAATAA
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CTTCGTGAAATGGGGAAAGGTTATTTAGCTTTGTGTTCATACAACTGCAAAGAAGCTATAAATATTTTGA
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TTCAGAGTACATGCAAGCTGAAAGAATATTCTCAGAGGTTAGAAGGATTGAGAATTATAGAGTTGAAGGC
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TAACAGACATGGATAAAAATTCGCCAGAGGCCTGGTGTGCTGCAGGGAACTGTTTCAGTCTGCAACGGGA
ACATGATATTGCAATTAAATTCTTCCAGAGAGCTATCCAAGTTGATCCAAATTACGCTTATGCCTATACT
CTATTAGGGCATGAGTTTGTCTTAACTGAAGAATTGGACAAAGCATTAGCTTGTTTTCGAAATGCTATCA
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GGAGTAGTTCAACATGCACTGAAAAAATCAGAGAAGGCTTTGGATACCCTAAACAAAGCCATTGTCATTG
ATCCCAAGAACCCTCTATGCAAATTTCACAGAGCCTCAGTTTTATTTGCAAATGAAAAATATAAGTCTGC
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GTTTACAAGAAGTTAGGTCAAACGCACCTCGCCCTGATGAATTTCTCTTGGGCTATGGATTTAGATCCTA
AAGGAGCCAATAACCAGATTAAAGAGGCAATTGATAAGCGTTATCTTCCAGATGATGAGGAGCCAATAAC
CCAAGAAGAACAGATCATGGGAACAGATGAATCCCAGGAGAGCAGCATGACAGATGCGGATGACACACAA
CTTCATGCAGCTGAAAGTGATGAATTTTAACTTCTGGAAATCAGACTTTTACAACTGGATGTGTGACTAG
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GCTGCTAACAAGACTGGCTCTTTTACCAGTATGAATGACAATTTATGGGGGGTAGGGTGGGGAACTTTCT
TTTCTGTTTTTCTTTAATCTCCCTTTGTTGGAAAGTATCATGAAAGGAAGAGTTATGCTTTATCTTGAAG
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TTGGTTCTGTTCCTGATAAACAGAGTAACTGACCTTCATTTCTAGGTTCTTCAAGAATGGTGTTTGCAAG
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AACTTGCAGTATCTCCCATAAACAAATGTAATGGGCATATTGGGACTCGTATGTAGGAATCAAATATCCC
TCCATACAGTGTACTCTTATTCTTGGCAAGAATGCTTTAATGTCTAACCAAGAATTTTAATTTATTCATC
TTGCTTCAAAGTGTTGATCATTGTTGTCTTGGTATTGCAAACTTTAAAATTGTTTCTTACCATATTGCCT
CTTCTCTTTGAGCTCTGTGGGATCACCTTTAACATTCAGAGATGATAGAGTGGTTCCCCACTGAGAAGCC
AAAACAAGGCCCTTAATAACCCCTTAAGTTCACCATATGAATCAGAAGGAGAACACTAAAGTGGAGAGAC
TTTTAAGAGATCATGATAGTGAAAGCCTTAATATAATCAGAATTGTACCATAACCTTGAATCTATATTTG
TTCAAAACATCCCTTTGACTTTTCTAAGTGTTTGCTTAAGCAGAGTGTAAGAATGTGTGGTTACCTTTGG
TTGAGATCCTTTCCATTCTTTTTGACTCTCTGCTTCAGATTTTTTCAGTAGTGTGAGTCACCAAAACATT
TACTAAGAGTAATTGGGTTTAGGATGTTGGAAATTTTTAGCTTGGGGGAAAAAACATTCTTATGAAGGAG
ATAGGTTCTCTTCTGAGTTTGTCATAATATAGATTGGTGTCTTTGGAAAATGGCCACAATTTTAAGAATT
CAATTATGCATATAAAATGATAATTATTGGAATTCCACAGTAACAGATTTAAACAGTCTTAAATTGTTTA
TCTCCTTTACTGTAATGTATTGAAATTTTTAGAGAAATTTTAGTTGTTAACATTTTATTAAGTGCCAGTG
TCAGAATATAACAAATTATAGTTTCTTATGAATGACAGGCCTACAGTTATTATTCTGGATTATTTGATGG
AGGACAAACTTACCTGTATTTGTTAGTCAAGCTGTGAAAATAAGGTGGATTACAAAAGATGTGAAAAAAA
TTTTAGTCTGTAGACTCAGTAATTTTCTATAATTTACTGTTAATCTCATTTGAACATGGATTAGGTACAA
TTTATAAATTAATTCAAGTCAGGGTCTTTAGGTATCAGGTGCCAGAGAGATATTTAACAGATTTCCCTAC
CTAAATTTATGTATATGTACTGTCTAAAACAATACTTTTTTAAAAAAAAGGAACAGTTGGGAGAAAATAA
ATATAATGAAAAATTCCCAGAGGCTAGCACTTGGATTCTAACACGTATGCTATTGTATTATCCATTAGTT
CTGTAATATTTAATTTTAGATTCTTTTATTTTTTTAATTGGCAAAGCACAAGGTGCTGTATAACAGTGTC
ATTTAGAGTTTTATAGAAAGCTTCAACCTGAGTTCTGCGTTATAAAGCCTGGAGAAAGCTAAGCTTAGAA
CATAACTTGCTGAAGTATAATTATCTTTTTGTAGCAGGAATTTATGTGCCAGAGGTGAGAGTCTTTCTGG
TACTGATTTTTTGAGACCAAGGATAAAAGGATCGTTTTGTAAGACATGCCATGGCAATGGCTGGTTGGGG
GACAGTTTCCGCCCAAGCTTGGCCTATTTTATTTTTCCTCATACCTACTTTCAAAGTCATTTAGGTATTT
GAAGCCTTATTTCCCACGTAGTAACACTTTCTGGCTTTTGCAGTTTCTTTTTTTGTTTGGTTTTGTTTTT
TGCATGGAATGGGGATCAAACAACCCGAAGAAGAACACATTTTGATCAAGCAAAATGTTTGCTTCAAATT
TCAGAAGTTTATTTTACAGAAATTAAATTAAGTAGTTTGACATCCTTTTCTCTGTTTCACACATATATTA
GGTTGGTGCATAAGTAATTGTGGTTTTTGCCATGACTTTTATGGCAAAACCTGCAATTACTTTTGCACCA
ACTTAATACATCTATATACATATATATATACGCGCACACACTTGTTCAGAAGTTATGTTGTGGCCTTGGA
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TCCGAGAACTACAAGTAACATTTGAACCATGCTGCTGTTGTACCTTAAACAAAAACTCAGTGATAACCAG
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TGAAGTGTGTGTTCTGTTTGCATTGAAACAATGTAATTTTGTGTCTTCTTTTTGCTTTAACTGACTTATT
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>gi|4755133|ref|NM_001381.2| ホモサピエンスドッキングタンパク質1、62kDa(チロシンキナーゼ1の下流)(DOK1)、mRNA
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TAAGCTTTCTGCCCTGGAGATGCTGGAGAACTCCTTGTACAGCCCTACCTGGGAAGGATCCCAATTCTGG
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>gi|32484974|ref|NM_006721.2| ホモサピエンスアデノシンキナーゼ(ADK),転写バリアントADK長、mRNA
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CCGGCCTCCCCAGCCCCTGCCCCCAGGCTTGGACAGCGACGGCCTGAAGAGGGAGAAGGATGAGATCTAT
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>gi|57863280|ref|NM_020160.1| ホモサピエンスMeisホメオボックス3(MEIS3)、転写バリアント1、mRNA
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GGACGGCGGCTGCAGGGAGGACTTCGAGGACTACCCAGCCTCCTGCCCCAGCCTCCCAGACCAGAATAAT
ATGTGGATTCGAGACCATGAGGATAGTGGGTCTGTACATTTGGGGACCCCAGGTCCATCCAGTGGGGGCC
TGGCCTCCCAGAGTGGGGACAACTCCAGTGACCAAGGAGACGGGCTGGACACCAGCGTGGCCTCTCCCAG
TTCTGGTGGAGAAGATGAGGACTTGGACCAGGAGCGACGGCGAAACAAGAAGAGGGGGATCTTCCCCAAG
GTGGCCACCAACATCATGCGAGCCTGGTTGTTCCAGCACCTCTCGAGACGCTCAGAAGCGCCGGTTCTCC
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CGGCCGGCCAGGCAGGCAGAGTGACTCTTGCTGGTGGCTGCAGCACCCGTACCCCTCGGAGGAGCAGAAG
AAACAGCTGGCGCAGGACACGGGGCTCACCATCCTGCAAGTCAACAACTGGTTCATTAACGCCCGGAGAC
GCATCGTGCAACCTATGATCGATCAATCCAACCGCACAGGGCAGGGTGCAGCCTTCAGCCCAGAGGGCCA
GCCCATCGGGGGCTATACCGAGACGCAGCCACACGTGGCCGTCCGGCCTCCGGGATCAGTGGGGATGAGT
TTGAACTTGGAAGGAGAATGGCATTATCTATAGAGGCTGATGCAGGAGAGACCCAGCCTCCGGCTGTGAC
CCCCAGCCTCACACCTGCCTCTGGTTCCCGCCTGGTCCTCCAGCTTCAGGACCCCACCTCCAAAGGCCCC
TCTGCTCAATGCCTACCTCCCTAGGGCCCTGCTGGGACATGGGGGCCTGAGTGCCCATCCAAGGGCTCTC
AAGGACACCGGCAAGGCCTCCAGGCCCTGAGCCCCACTTCTGCCTTCACCTCTGCCTGGGACCCGAGCTG
GGCTCCTGGGCCTTGGTCCCCAGAAGATGGCGGCTAGGGCCTCGCCGCCAGGACAGAGAAGGGACGGGGT
GGCTGGGCAGTCAGGGAAGGAGGGTCGCCCGGATCCGACATTTTGGAGAGATTCCTTCACTCTCCTGTCC
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AAAA
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>gi|27437007|ref|NM_172229.1| ホモサピエンスクリングル含有膜貫通タンパク質2(KREMEN2)、転写バリアント4、mRNA
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GGTGACCTATCCTTGGTTGAGAGCGATGGGGACACAAGCCCTGCAGGGCTTCCTCTTTCTCCTCTTCCTC
CCGCTGCTGCAGCCGCGTGGGGCCTCGGCTGGGAGCCTGCACAGTCCAGGCCTGTCCGAATGCTTCCAGG
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CTGGGACCAGACGCAGCAACACAGCTACAGCAGCGCCAGCGACCCCCACGGCCGCTGGGGGCTGGGCGCG
CACAACTTCTGCCGTAACCCAGACGGTGACGTGCAGCCGTGGTGCTACGTGGCTGAGACAGAGGAGGGCA
TCTACTGGCGCTACTGCGACATCCCCTCCTGTCACATGCCAGGCTACCTGGGATGCTTTGTGGACTCAGG
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ACCTGGCCCGGGGACGCCTGGCCCCCGCCACCGACTGTGACCAGATCTGTTTCGGCCACCCTGGACAGCT
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>gi|27437007|ref|NM_172229.1| ホモサピエンスクリングル含有膜貫通タンパク質2(KREMEN2)、転写バリアント4、mRNA
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CAACGCCCCCTAGGTCTCCTGGGAGACCCCGAAGCGACCCCGGGGGCAGCCCGGGCCGTGTCCGGGCGAG
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TGAATGGGGCTGACTACCGCGGCCACCAGAACCGCACTGGCCCGCGCGGGGCGGGCCGCCCGTGCCTCTT
CTGGGACCAGACGCAGCAACACAGCTACAGCAGCGCCAGCGACCCCCACGGCCGCTGGGGGCTGGGCGCG
CACAACTTCTGCCGTAACCCAGACGGTGACGTGCAGCCGTGGTGCTACGTGGCTGAGACAGAGGAGGGCA
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CCTCAGGGCGTCATCTACTCCCCGGACTTCCCGGACGAGTACGGGCCGGACCGGAACTGCAGCTGGGCCC
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GGAGCTGCGCGACGCGGCTTCGGGCAGCCTGCTCCGCGCCTTCGATGGCGCCCGCCCACCGCCGTCCGGG
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TCGCGCTCACCTACCGCGGGCTGCAGGACGCCGCTGAGGACCCAGAGGCCCCCGAGGGCTCGGCCCAGAC
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TCTCCGCTCTCTGACTCTGGGCCCCGAGGGTCCGCTGGGCCCGCCGCCGGCGAGATGGACACCTGAGATG
CTGTGCTGCGCCCTGCCTCGGCCTTGCGCCTGTGTAGGGGCAGCTCGGCCTCTGGTCGCCTTGGGGAGAC
CAAAAGTCGGACAGGAAACATCTGGTGCTATTATCTGGGACTTGGCCTGACCGTGGGGGTCCAGATGGTC
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TTTTAAGAGGGAAATGGAATTCATATCACCTCTTATTTATTATGAGCAATATTTTAATATAAAAATTTTA
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ATGTTTTCACAACGGTTACCTTGCTTTCCAAAGATAAATATATTTTGGATTAGAAATCTGAGTTGTTTTA
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GGTATTTTTCTAAACTTTAGACTCTATAGAGAAATATAGGATTGTTCTACAGAAGAAAAGCAAAACTCCT
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TTGCTTGAAAGTATCTGCTGAAAAGCCCAGTAACGTGGCAGCTTCATGCATAAAGATATAAATGACATTT
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AAGAAACACTTCAGTTTAATTGAAAACAACTTTTTGTAATGCTGACGTGTTAAATTGGCCTGAGGGTATT
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GGACAGTCATAAAAGTTGGGGATATGTTGCATTTGATATCAATAGTAGCATATTTCCAGAATATGAGCCA
TAAGTTGCAGTCCTGAATACAACAGTGTTATCCAAAGAAAGGAGTTTTCTGACAAATATACATAGCTTTG
CTAATGAGTACGGAACAAGTGGATGAACGTGTGCATGTGCTAAGGTCTTAAGTGGGACTCTGATTTATTC
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TCACACTACTTTATTTGGATGAGTTCCTAGTAAAAAAAACTTTTTGTTGAAGTATTTTGCACAGCAGTTT
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ATTAGAAAAGTGTTTTTGACCACACAGGTTGTTCTCTTTAAAGTTCAGCCTTATAATGAAGCTAAAAATC
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TAAAAGGCATGCACTTGAGACTCCAGTAATAGATGATTCAGGCAGCAGAATAGTGTTTTGTTGTGTCGTT
GACTATGCACAATGGTGGAGCAAAGACACATTCTTAGTTTTTCAAAACACATGTTCATTTTACCACAAAG
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GGCTTGTTAGTCCATTTTTGTAGTTTTTTTAAAGTAAGCTTTTAGATCTATTTGTGTTTTAATGTTTCCC
AGTTTGGGTTTTGTTTTGTTTTGGAAGAATCTGCTTTCATTATTAAATTATAAAATGTAAATGCTCTAAA
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CTACACCTAAAGCAAAGGGGAATTTTAGTAAGTGTGTGTACCTTGTTTCTTTCAGACGCATCTAGAATGT
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TCTTTTTTCCCAGAATTACTAAACAAATTTTATCACATGTGACTACTTAAATATACTGTTACAGTGTCAT
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TCCTGGAGTCTGTGCTTGAGGTCCCTGTCCCGGTCCGCTTCCTCTTCGTGATGCTGGGGCCCAGCCACAC
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CCCGAAATGTGCCGAGTGCTGCTCACCCATGAGATCATGTGCAGCCGGTGCTGTGACCGGAAGAGCTGTG
GCAACCGGAATGAGACGCCCTCAGACCCCGTCATCATTGACAGGTTCTTCCTCAAGTTCTTCCTCAAATG
CAACCAGAACTGCCTGAAGAATGCGGGGAATCCCAGAGACATGCGCCGCTTCCAGGTGGTGGTGTCCACG
ACGGTGAGCGTGGACGGACACGTGCTGGCCGTGTCCGACAACATGTTTGTGCACAACAACTCCAAGCATG
GCCGCAGGGCGCGCCGCCTGGACCCCTCCGAAGCTGCCACCCCCTGCATCAAGGCCATCAGCCCCGGGGA
GGGCTGGACCACGGGCGGCGCCACCGTCATTGTCATCGGCGACAACTTCTTCGACGGGTTGCAGGTCGTG
TTCGGAAACGTGCTCGTGTGGAGCGAGCTCATCACGCCCCACGCCATCCGGGTGCAGACGCCCCCGCGGC
ACATCCCCGGGGTGGTGGAGGTGACCCTCTCCTACAAGTCCAAGCAGTTTTGCAAGGGATGCCCCGGCCG
CTTTGTCTACACAGCTCTGAACGAGCCCACCATTGACTACGGATTCCAGAGGCTACAGAAAGTCATTCCC
AGACACCCCGGAGACCCCGAGAGGCTGCCCAAGGAAGTGCTGCTGAAGCGGGCGGCCGACTTGGCAGAAG
CCCTGTACGGAGTGCCCGGCAGTAACCAGGAGCTGCTCCTGAAGCGCGCGGCGGACGTGGCCGAGGCTCT
GTACAGCACCCCCCGCGCACCCGGGCCGCTCGCACCCCTGGCCCCGAGCCACCCACACCCCGCCGTCGTG
GGCATCAACGCCTTCAGCAGCCCGCTGGCCATCGCCGTCGGGGACGCCACCCCGGGGCCCGAGCCGGGCT
ACGCGCGCAGCTGCAGCAGCGCGTCCCCCCGCGGGTTCGCGCCCAGCCCCGGCTCGCAGCAGAGCGGCTA
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TCCCCCAGCTTCCTCAATGGCTCCACCGCCACCTCGCCCTTCGCCATCATGCCCTCTAGCCCCCCGCTGG
CGGCTGCCTCCTCCATGTCCCTCCCGGCCGCTGCCCCCACCACCAGCGTGTTCTCCTTCTCGCCTGTCAA
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GCCTGCCCCAGAGCCCACGGAGAGGGGCTTCCAGACCAGTCTTTTGAGGATTCTGACAAGTTTCACTCTC
CAGCCCGGGGGCTTCAGGGCCTGGCATACTCCTAATTACGGTCTGCAGCTGTTCCCATGGAGCCCGGACT
GGAGGTCCCTCTGGGATTCACAGCCACACCCCGGATGGTGGCACAGACAGATGCAGGGCCAGGGCCATGG
GCGGACCTCAACCCGTGAGCTGAACGGGGAGAGGCCTTCACCCCATGCTCAAGCCTCCCCGCTAGCAGCC
CCACAGGCTTCTCTCGCCTCCCTGTCTTGGGGTAGTCAGAAGCCCCAGCACTGTGCAGATGCTCTTGGCA
GGACAGCATCGCAGGGAGGTGCTGGGATTCTGGGCCTCACTGTCTGGGTCTTGGTTCCTCTGAAAGAGAT
GGATCTTGTGCAGACCAGGGTTGTTGAGTGAGGGGAGCGTGGGATGGGGACCGTGGGAAAGAGGACAGCT
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TCTGCAGCGAAAGGGTGGCGCCCCGCAGCCTCGGGAGGCCTGCCCAGGCTCCCGTGGAGCTTCCAACAGC
TGCTTGGCCCCGCAGCTGCCCCCACTTCCTTTGAGACCTGCACTCTCATGCTTGCCGCATCATGCCTCCC
TGTGGGGGCTTTGGGCATGGAGGAGGCAGAAGAGGGGGTGCCAGGCCTCCTGTATTTGGGGTCTTCCCCC
AGTGGATGTCTCATGGACTCTGGCCCCACACACTCACAATGACTCTGGCTGGCCCCACGCAGCGGGCCCA
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AGATCGGTATTGCATGAAGTCATGGAACAGCAGACTCTGTCCATTGCAAAGGCTGGGATCATCTGTCAGC
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TAAGATTGTCTAACAAAGTTGAAGCCATTGATGTGGAAGAGGCCAAACGCCTCCATCGGGAAGCTCTGAA
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ATATTACTGAACCTCTATACATGCAACGACTTGGGGAGATTAATGTTATTGGTGAGCCATTTTTAAATGT
GAACTGTGAACACATCAAATCATTTGACAAAAATTTGTACAGACAACTCATCTCTTACCCACAGGAAGTT
ATTCCAACTTTTGACATGGCTGTCAATGAAATCTTCTTTGACCGTTACCCTGACTCAATCTTAGAACATC
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GATGATCAAGCTTCAGGAGTCTCCGGAAGACATGCCTGCAGGGCAGACACCACACACAGTTATCCTGTTT
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CGGGGAATGGTTTCTGCATACCCTCGACAGCTAGAGTCATTAATCCGCTTAGCAGAAGCCCATGCTAAAG
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TGAAGCCTTGTGAGCAAGGAAGGCTCCCTGCATGTCCTGCTTGCTGCACGCCACATGGGTGTGGTCTGCA
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TTCCTCTGGATCAGCGTGTCTGAATGGACAGTCAGGTTCAGGTTGTGCTGAACACAGAAATGCTCACAGG
CCTCACTTTGCCGCCCAGGCACTGGCCCAGCACTTGGATTTACATAAGATGAGTTAGAAAGGTACTTCTG
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CATAAAGCTGGACCCATTGGCATTCTCTTTGAACTAGTGCATATCTTTCTCTATGTGGTACAGCCGCGTG
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AAGTCCATGGCAACAGCGATCAAGGAGACCAAAGAGGCGTTGGAGAACATGAACAGCACCTTGAAGAGCT
TGCACCAACAAAGTACACAGCTTAGCAGCAGTCTGACCAGCGTGAAAACTAGCCTGCGGTCATCTCTCAA
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AATAGCAACCCTGAACTGAGGCAGCTTCCACCCGTGGATGCAGAACTTGACAACGTTAATAACGTTCTTA
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ACAGTGACTGCAAAAAAAATAGAGGCACTTACGGCACTCTTCACCTGCAGAACAGCTTCAATATCAGTGA
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ATTATGACAGCTACTTGGCTCAGACTGGTAAATCCCCCGCAGGAGTGAATCTTTTATCATTTGCATATGA
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ATTAAAACAATTCACCAGCAACGAGTCCTTCCTATAGAACAATCACTGAGCACTCTATACCAAAGCGTCA
AGATACTTCAACGCACAGGGAATGGATTGTTGGAGAGAGTAACTAGGATTCTAGCTTCTCTGGATTTTGC
TCAGAACTTCATCACAAACAATACTTCCTCTGTTATTATTGAGGAAACTAAGAAGTATGGGAGAACAATA
ATAGGATATTTTGAACATTATCTGCAGTGGATCGAGTTCTCTATCAGTGAGAAAGTGGCATCGTGCAAAC
CTGTGGCCACCGCTCTAGATACTGCTGTTGATGTCTTTCTGTGTAGCTACATTATCGACCCCTTGAATTT
GTTTTGGTTTGGCATAGGAAAAGCTACTGTATTTTTACTTCCGGCTCTAATTTTTGCGGTAAAACTGGCT
AAGTACTATCGTCGAATGGATTCGGAGGACGTGTACGATGATGTTGAAACTATACCCATGAAAAATATGG
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TCCATGGTCCATCACTATTCAAGGATGACTCCCTCCCTTCCTGTCTATTTTTGTTTTTTACTTTTTTACA
CTGAGTTTCTATTTAGACACTACAACATATGGGGTGTTTGTTCCCATTGGATGCATTTCTATCAAAACTC
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GGAAAGATGCATTTTGTGTACAGTAAACGGTGTATATACCTTTTGTTACCACAGAGTTTTTTAAACAAAT
GAGTATTATAGGACTTTCTTCTAAATGAGCTAAATAAGTCACCATTGACTTCTTGGTGCTGTTGAAAATA
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ATCTTTCTGTTGGGTGCAGCAGGAAGAAAAAACCTTCAGGATTTTGCTGCTTGTGGAATAGACAGAATGA
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TCAGAACTTCATCACAAACAATACTTCCTCTGTTATTATTGAGGAAACTAAGAAGTATGGGAGAACAATA
ATAGGATATTTTGAACATTATCTGCAGTGGATCGAGTTCTCTATCAGTGAGAAAGTGGCATCGTGCAAAC
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AA
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AA
Claims (65)
- IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法であって、腫瘍細胞によって発現される耐性バイオマーカーのレベルを評価すること;及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測すること;を含み、ここで腫瘍細胞による耐性バイオマーカーの高レベルの発現が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する低感受性と相関し、耐性バイオマーカーが、カルデスモン1(CALD1、GeneID:800);ケルチ様5(ショウジョウバエ)(KLHL5、GeneID:51088);メタロチオネイン1E(機能性)(MT1E、GeneID:4493);β−1,3−N−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ1(グロボシド血液型)(B3GALNT1、GeneID:8706);システインリッチ、血管新生誘導因子、61(CYR61、GeneID:3491);メタロチオネイン1X(MT1X、GeneID:4501);トロポニンTタイプ1(骨格筋、遅筋型)(TNNT1、GeneID:7138);メタロチオネイン1H様タンパク質///仮説タンパク質LOC650610(MT1P2、GeneID:645745);メタロチオネイン1H(MT1H、GeneID:4496);メタロチオネイン1F(機能性)(MT1F、GeneID:4494);メタロチオネイン2A(MT2A、GeneID:4502);メタロチオネイン1M(MT1M、GeneID:4499);MHCクラスIポリペプチド関連配列B(MICB、GeneID:4277);コラーゲン、タイプVI、α1(COL6A1、GeneID:1291);ミオシン、軽ポリペプチド9、調節(MYL9、GeneID:10398);メタロチオネイン1G(MT1G、GeneID:4495);末梢ミエリンタンパク質22(PMP22、GeneID:5376);1番染色体オープンリーディングフレーム115(C1orf115、GeneID:79762);SWI/SNF関連、マトリックス関連、クロマチンのアクチン依存レギュレータ、サブファミリーd、メンバー3(SMARCD3、GeneID:6604);クラステリン(CLU、GeneID:1191);マッシュルームファミリー、メンバー2(SHROOM2、GeneID:357);プリン受容体P2X、リガンド依存性イオンチャネル、5(P2RX5、GeneID:5026);コイルドコイルドメイン含有109B(CCDC109B、GeneID:55013); 膜貫通タンパク質52(TMEM52、GeneID:339456);サイクリンE2(CCNE2、GeneID:9134);トランスフォーミング増殖因子、β1(カムラチ−エンゲルマン病)(TGFB1、GeneID:7040);サイトカインシグナル伝達抑制因子3(SOCS3、GeneID:9021);NACHT、ロイシンリッチリピート及びPYD含有11(NLRP11、GeneID:204801);グリピカン1(GPC1、GeneID:2817);キネシン軽鎖3(KLC3、GeneID:147700);胸癌腫増幅配列4(BCAS4、GeneID:55653);コヒージョン1相同体2樹立物(S.セレビシエ)(ESCO2、GeneID:157570);ネトリン1(NTN1、GeneID:9423);MAD2、有糸分裂停止欠損様2(酵母)(MAD2L2、GeneID:1045);チューブリンチロシンリガーゼ様ファミリー、メンバー7(TTLL7、GeneID:79739);スカベンジャー受容体クラスA、メンバー3(SCARA3、GeneID:51435);増殖停止及びDNA損傷誘導性、β(GADD45B、GeneID:4616);免疫グロブリンスーパーファミリー、メンバー4C(CADM4、GeneID:199731);DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);BTGファミリー、メンバー3(BTG3、GeneID:10950);キネシンファミリー、メンバー26A(KIF26A、GeneID:26153); KIAA1622(PPP4R4、GeneID:57718);グアノシン一リン酸レダクターゼ///グアノシン一リン酸レダクターゼ(GMPR、GeneID:2766);ストークヘッドボックス1(STOX1、GeneID:219736);KIAA0672遺伝子産物(RICH2、GeneID:9912);MCM10ミニ染色体維持欠損10(S.セレビシエ)(MCM10、GeneID:55388);DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);アデノシンデアミナーゼ、RNA特異的、B1(RED1相同体ラット)(ADARB1、GeneID:104);CKLF様MARVEL膜貫通ドメイン含有7(CMTM7、GeneID:112616);フォークヘッドボックスF1(FOXF1、GeneID:2294);核カゼインキナーゼ及びサイクリン依存性キナーゼ基質1(NUCKS1、GeneID:64710);11番染色体オープンリーディングフレーム63(C11orf63、GeneID:79864);アシル−CoAチオエステラーゼ7(ACOT7、GeneID:11332);亜鉛フィンガータンパク質286(ZNF286A、GeneID:57335);アミロイドベータ(A4)前駆体様タンパク質1(APLP1、GeneID:333);オルニチンアミノトランスフェラーゼ(脳回転状萎縮)(OAT、GeneID:4942);中心子周辺物質1(MBD1、GeneID:4152);PRP40、mRNA前駆体プロセシング因子40相同体B(S.セレビシエ)(PRPF40B、GeneID:25766);溶質キャリアファミリー12(カリウム/塩素トランスポーター)、メンバー4(SLC12A4、GeneID:6560);仮説タンパク質FLJ38973(C2orf69、GeneID:205327);カルシウム及びインテグリン結合ファミリーメンバー2(CIB2、GeneID:10518);インテグリン、α7(ITGA7、GeneID:3679);ベンゾイミダゾール類によって阻害されない発芽3BUB3相同体(酵母)(BUB3、GeneID:9184);1番染色体オープンリーディングフレーム135(C1orf135、GeneID:79000);細胞分裂周期27(CDC27、GeneID:996);ドッキングタンパク質1、62kDa(チロシンキナーゼ1の下流)(DOK1、GeneID:1796);アデノシンキナーゼ(ADK、GeneID:132);MEIS1、骨髄エコトロピックウイルス組込み部位1相同体3(マウス)(MEIS3、GeneID:56917);クリングル含有膜貫通タンパク質2(KREMEN2、GeneID:79412);21番染色体オープンリーディングフレーム91(C21orf91、GeneID:54149);溶質キャリアファミリー4、陰イオン交換体、メンバー3(SLC4A3、GeneID:6508);亜鉛フィンガータンパク質558(ZNF558、GeneID:148156);KIAA1442タンパク質(EBF4,GeneID:57593);MCM4ミニ染色体維持欠損4(S.セレビシエ)(MCM4、GeneID:4173);マイトジェン活性化プロテインキナーゼ1(MAPK1、GeneID:5594);hsa−miR−886−3p(GeneID:100126299);hsa−miR−521(GeneID:574494、574481);及びhsa−miR−432(GeneID:574451)から選択される、上記方法。
- 腫瘍細胞が、非小細胞肺(NSCL)、大腸、乳房、卵巣、頭頸部又は膵臓腫瘍の細胞である、請求項1に記載の方法。
- 患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置する方法であって、患者の腫瘍細胞によって発現される耐性バイオマーカーのレベルを評価することによって、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の可能性がある反応性を診断する工程;及び患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する潜在的に反応性であると診断された場合、該患者に、治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与する工程;を含み、ここで腫瘍細胞による耐性バイオマーカーの高レベルの発現が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する低感受性と相関し、耐性バイオマーカーが、カルデスモン1(CALD1、GeneID:800);ケルチ様5(ショウジョウバエ)(KLHL5、GeneID:51088);メタロチオネイン1E(機能性)(MT1E、GeneID:4493);β−1,3−N−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ1(グロボシド血液型)(B3GALNT1、GeneID:8706);システインリッチ、血管新生誘導因子、61(CYR61、GeneID:3491);メタロチオネイン1X(MT1X、GeneID:4501);トロポニンTタイプ1(骨格筋、遅筋型)(TNNT1、GeneID:7138);メタロチオネイン1H様タンパク質///仮説タンパク質LOC650610(MT1P2、GeneID:645745);メタロチオネイン1H(MT1H、GeneID:4496);メタロチオネイン1F(機能性)(MT1F、GeneID:4494);メタロチオネイン2A(MT2A、GeneID:4502);メタロチオネイン1M(MT1M、GeneID:4499);MHCクラスIポリペプチド関連配列B(MICB、GeneID:4277);コラーゲン、タイプVI、α1(COL6A1、GeneID:1291);ミオシン、軽ポリペプチド9、調節(MYL9、GeneID:10398);メタロチオネイン1G(MT1G、GeneID:4495);末梢ミエリンタンパク質22(PMP22、GeneID:5376);1番染色体オープンリーディングフレーム115(C1orf115、GeneID:79762);SWI/SNF関連、マトリックス関連、クロマチンのアクチン依存レギュレータ、サブファミリーd、メンバー3(SMARCD3、GeneID:6604);クラステリン(CLU、GeneID:1191);マッシュルームファミリー、メンバー2、(SHROOM2、GeneID:357);プリン受容体P2X、リガンド依存性イオンチャネル、5(P2RX5、GeneID:5026);コイルドコイルドメイン含有109B(CCDC109B、GeneID:55013); 膜貫通タンパク質52(TMEM52、GeneID:339456);サイクリンE2(CCNE2、GeneID:9134);トランスフォーミング増殖因子、β1(カムラチ−エンゲルマン病)(TGFB1、GeneID:7040);サイトカインシグナル伝達抑制因子3(SOCS3、GeneID:9021);NACHT、ロイシンリッチリピート及びPYD含有11(NLRP11、GeneID:204801);グリピカン1(GPC1、GeneID:2817);キネシン軽鎖3(KLC3、GeneID:147700);胸癌腫増幅配列4(BCAS4、GeneID:55653);コヒージョン1相同体2樹立物(S.セレビシエ)(ESCO2、GeneID:157570);ネトリン1(NTN1、GeneID:9423);MAD2、有糸分裂停止欠損様2(酵母)(MAD2L2、GeneID:1045);チューブリンチロシンリガーゼ様ファミリー、メンバー7(TTLL7、GeneID:79739);スカベンジャー受容体クラスA、メンバー3(SCARA3、GeneID:51435);増殖停止及びDNA損傷誘導性、β(GADD45B、GeneID:4616);免疫グロブリンスーパーファミリー、メンバー4C(CADM4、GeneID:199731);DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);BTGファミリー、メンバー3(BTG3、GeneID:10950);キネシンファミリー、メンバー26A(KIF26A、GeneID:26153); KIAA1622(PPP4R4、GeneID:57718);グアノシン一リン酸レダクターゼ///グアノシン一リン酸レダクターゼ(GMPR、GeneID:2766);ストークヘッドボックス1(STOX1、GeneID:219736);KIAA0672遺伝子産物(RICH2、GeneID:9912);MCM10ミニ染色体維持欠損10(S.セレビシエ)(MCM10、GeneID:55388);DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);アデノシンデアミナーゼ、RNA特異的、B1(RED1相同体ラット)(ADARB1、GeneID:104);CKLF様MARVEL膜貫通ドメイン含有7(CMTM7、GeneID:112616);フォークヘッドボックスF1(FOXF1、GeneID:2294);核カゼインキナーゼ及びサイクリン依存性キナーゼ基質1(NUCKS1、GeneID:64710);11番染色体オープンリーディングフレーム63(C11orf63、GeneID:79864);アシル−CoAチオエステラーゼ7(ACOT7、GeneID:11332);亜鉛フィンガータンパク質286(ZNF286A、GeneID:57335);アミロイドベータ(A4)前駆体様タンパク質1(APLP1、GeneID:333);オルニチンアミノトランスフェラーゼ(脳回転状萎縮)(OAT、GeneID:4942);中心子周辺物質1(MBD1、GeneID:4152);PRP40、mRNA前駆体プロセシング因子40相同体B(S.セレビシエ)(PRPF40B、GeneID:25766);溶質キャリアファミリー12(カリウム/塩素トランスポーター)、メンバー4(SLC12A4、GeneID:6560);仮説タンパク質FLJ38973(C2orf69、GeneID:205327);カルシウム及びインテグリン結合ファミリーメンバー2(CIB2、GeneID:10518);インテグリン、α7(ITGA7、GeneID:3679);ベンゾイミダゾール類によって阻害されない発芽3BUB3相同体(酵母)(BUB3、GeneID:9184);1番染色体オープンリーディングフレーム135(C1orf135、GeneID:79000);細胞分裂周期27(CDC27、GeneID:996);ドッキングタンパク質1、62kDa(チロシンキナーゼ1の下流)(DOK1、GeneID:1796);アデノシンキナーゼ(ADK、GeneID:132);MEIS1、骨髄エコトロピックウイルス組込み部位1相同体3(マウス)(MEIS3、GeneID:56917);クリングル含有膜貫通タンパク質2(KREMEN2、GeneID:79412);21番染色体オープンリーディングフレーム91(C21orf91、GeneID:54149);溶質キャリアファミリー4、陰イオン交換体、、メンバー3(SLC4A3、GeneID:6508);亜鉛フィンガータンパク質558(ZNF558、GeneID:148156);KIAA1442タンパク質(EBF4,GeneID 9134);MCM4ミニ染色体維持欠損4(S.セレビシエ)(MCM4、GeneID:4173);マイトジェン活性化プロテインキナーゼ1(MAPK1、GeneID:5594);hsa−miR−224(GeneID:407009)、hsa−miR−181a(GeneID:406995);hsa−miR−194(GeneID:406969,406970);hsa−miR−192(GeneID:406967);hsa−miR−215(GeneID:406997);hsa−miR−200b(GeneID:);hsa−miR−429(GeneID:554210);hsa−miR−200a(GeneID:406983);hsa−miR−192*(GeneID:406967);hsa−miR−200b*(GeneID:406984);及びhsa−miR−584(GeneID:693169)から選択される、上記方法。
- 前記患者に投与されるIGF−1Rキナーゼ阻害剤がOSI−906である、請求項3に記載の方法。
- 腫瘍細胞が非小細胞肺(NSCL)、大腸、乳房、卵巣、頭頸部又は膵臓腫瘍の細胞である、請求項3に記載の方法。
- 1つ又はそれ以上の追加の抗がん剤をIGF−1Rキナーゼ阻害剤と同時に又は順次に共投与する、請求項3に記載の方法。
- IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法であって、腫瘍細胞によって発現される感受性バイオマーカーのレベルを評価すること;及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測すること;を含み、ここで腫瘍細胞による感受性バイオマーカーの高レベルの発現が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関し、感受性バイオマーカーが、デヒドロゲナーゼ1ファミリー、メンバーA1(ALDH1A1、GeneID:216);リングフィンガータンパク質128(RNF128、GeneID:79589);マイトジェン活性化タンパク質キナーゼのキナーゼ6(MAP2K6、GeneID:5608);キノリン酸ホスホリボシルトランスフェラーゼ(ニコチン酸ヌクレオチドピロホスホリラーゼ(カルボキシル化))(QPRT、GeneID:23475);インターロイキン15(IL15、GeneID:3600);ホスホリパーゼD1、ホスファチジルコリン特異的(PLD1、GeneID:5337);仮説タンパク質LOC157860(LOC157860、GeneID:157860);マッスルブラインド様2(ショウジョウバエ)(MBNL2、GeneID:10150);TBC1ドメインファミリー、メンバー8B(GRAMドメインを持つ)(TBC1D8B、GeneID:54885);ガラクトキナーゼ2(GALK2、GeneID:2585);UDP−N−アセチル−α−D−ガラクトサミン:ポリペプチドN−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ4(GalNAc−T4)(GALNT4、GeneID:8693);PAN3ポリA特異的リボヌクレアーゼサブユニット相同体(S.セレビシエ)(PAN3、GeneID:255967);二重特異性チロシン−(Y)−リン酸化調節キナーゼ2(DYRK2、GeneID:8445);ペリノ相同体2(ショウジョウバエ)(PELI2、GeneID:57161);ホスホイノシチド−3−キナーゼ、調節サブユニット1(p85α)(PIK3R1、GeneID:5295);ホスホグルコムターゼ2様1(PGM2L1,GeneID:283209);ホスホリラーゼキナーゼ、β(PHKB、GeneID:5257);仮説タンパク質LOC644009(LOC644010、GeneID:644010);CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)///CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)(CDC14B、GeneID:8555);仮説タンパク質LOC128977(C22orf39、GeneID:128977);溶質キャリアファミリー44、メンバー1(SLC44A1、GeneID:23446);仮説タンパク質LOC202451(LOC202451、GeneID:202451);膜貫通タンパク質164///仮説タンパク質FLJ22679に類似(TMEM164、GeneID:84187);子宮頸がん抑制因子−1に類似(ST20、GeneID:400410);仮説タンパク質FLJ30596(C5orf33、GeneID:133686);リソソーム関連膜タンパク質2(LAMP2、GeneID:3920);プロテインホスファターゼ1B(以前は2C)、マグネシウム依存性βアイソフォーム(PPM1B、GeneID:5495);デヒドロゲナーゼ/レダクターゼ(SDRファミリー)、メンバー3(DHRS3、GeneID:9249);ロイシンジッパー及びCTNNBIP1ドメイン含有(LZIC、GeneID:84328);ユビキチン特異的ペプチダーゼ様1(USPL1、GeneID:10208);ゴルジ自己抗原、ゴルジンサブファミリーb、マクロゴルジン(膜貫通シグナルをもつ)、1(GOLGB1、:GeneID2804);20番染色体オープンリーディングフレーム74(C20orf74、GeneID:57186);コイルドコイルドメイン含有52(CCDC52、GeneID:152185);Ras発がん遺伝子ファミリー、メンバーRAB40B(RAB40B、GeneID:10966);高頻度再編成進行T細胞リンパ腫2(FRAT2、GeneID:23401);hsa−miR−224(GeneID407009);hsa−miR−181a(GeneID:406995);hsa−miR−194(GeneID:406969、406970);hsa−miR−192(GeneID406967);hsa−miR−215(GeneID406997);hsa−miR−200b(GeneID:);hsa−miR−429(GeneID:554210);hsa−miR−200a(GeneID:406983);hsa−miR−192*(GeneID:406967);hsa−miR−200b*(GeneID:406984);及びhsa−miR−584(GeneID:693169)から選択される、上記方法。
- 腫瘍細胞が非小細胞肺(NSCL)、大腸、乳房、卵巣、頭頸部又は膵臓腫瘍の細胞である、請求項7に記載の方法。
- 患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置する方法であって、患者の腫瘍細胞によって発現される感受性バイオマーカーのレベルを評価することによって、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の可能性がある反応性を診断する工程;及び患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する潜在的な反応性があると診断された場合、該患者に治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与する工程;を含み、ここで腫瘍細胞による感受性バイオマーカーの高レベルの発現が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関し、感受性バイオマーカーが、デヒドロゲナーゼ1ファミリー、メンバーA1(ALDH1A1、GeneID:216);リングフィンガータンパク質128(RNF128、GeneID:79589);マイトジェン活性化タンパク質キナーゼのキナーゼ6(MAP2K6、GeneID:5608);キノリン酸ホスホリボシルトランスフェラーゼ(ニコチン酸ヌクレオチドピロホスホリラーゼ(カルボキシル化))(QPRT、GeneID:23475);インターロイキン15(IL15、GeneID:3600);ホスホリパーゼD1、ホスファチジルコリン特異的(PLD1、GeneID:5337);仮説タンパク質LOC157860(LOC157860、GeneID:157860);マッスルブラインド様2(ショウジョウバエ)(MBNL2、GeneID:10150);TBC1ドメインファミリー、メンバー8B(GRAMドメインを持つ)(TBC1D8B、GeneID:54885);ガラクトキナーゼ2(GALK2、GeneID:2585);UDP−N−アセチル−α−D−ガラクトサミン:ポリペプチドN−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ4(GalNAc−T4)(GALNT4、GeneID:8693);PAN3ポリA特異的リボヌクレアーゼサブユニット相同体(S.セレビシエ)(PAN3、GeneID:255967);二重特異性チロシン−(Y)−リン酸化調節キナーゼ2(DYRK2、GeneID:8445);ペリノ相同体2(ショウジョウバエ)(PELI2、GeneID:57161);ホスホイノシチド−3−キナーゼ、調節サブユニット1(p85α)(PIK3R1、GeneID:5295);ホスホグルコムターゼ2様1(PGM2L1,GeneID:283209);ホスホリラーゼキナーゼ、β(PHKB、GeneID:5257);仮説タンパク質LOC644009(LOC644010、GeneID:644010);CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)///CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)(CDC14B、GeneID:8555);仮説タンパク質LOC128977(C22orf39、GeneID:128977);溶質キャリアファミリー44、メンバー1(SLC44A1、GeneID:23446);仮説タンパク質LOC202451(LOC202451、GeneID:202451);膜貫通タンパク質164///仮説タンパク質FLJ22679に類似(TMEM164、GeneID:84187);子宮頸がん抑制因子−1に類似(ST20、GeneID:400410);仮説タンパク質FLJ30596(C5orf33、GeneID:133686);リソソーム関連膜タンパク質2(LAMP2、GeneID:3920);プロテインホスファターゼ1B(以前は2C)、マグネシウム依存性βアイソフォーム(PPM1B、GeneID:5495);デヒドロゲナーゼ/レダクターゼ(SDRファミリー)、メンバー3(DHRS3、GeneID:9249);ロイシンジッパー及びCTNNBIP1ドメイン含有(LZIC、GeneID:84328);ユビキチン特異的ペプチダーゼ様1(USPL1、GeneID:10208);ゴルジ自己抗原、ゴルジンサブファミリーb、マクロゴルジン(膜貫通シグナルをもつ)、1(GOLGB1、:GeneID2804);20番染色体オープンリーディングフレーム74(C20orf74、GeneID:57186);コイルドコイルドメイン含有52(CCDC52、GeneID:152185);RAS発がん遺伝子ファミリー、メンバーRAB40B(RAB40B、GeneID:10966);高頻度再編成進行T細胞リンパ腫2(FRAT2、GeneID:23401);hsa−miR−224(GeneID407009);hsa−miR−181a(GeneID:406995);hsa−miR−194(GeneID:406969、406970);hsa−miR−192(GeneID406967);hsa−miR−215(GeneID406997);hsa−miR−200b(GeneID:);hsa−miR−429(GeneID:554210);hsa−miR−200a(GeneID:406983);hsa−miR−192*(GeneID:406967);hsa−miR−200b*(GeneID:406984);及びhsa−miR−584(GeneID:693169)から選択される、上記方法。
- 前記患者に投与されるIGF−1Rキナーゼ阻害剤がOSI−906である、請求項9に記載の方法。
- 腫瘍細胞が非小細胞肺(NSCL)、大腸、乳房、卵巣、頭頸部又は膵臓腫瘍の細胞である、請求項9に記載の方法。
- 1つ又はそれ以上の追加の抗がん剤をIGF−1Rキナーゼ阻害剤と同時に又は順次に共投与する、請求項9に記載の方法。
- IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する方法であって、腫瘍細胞によって発現される感受性バイオマーカーのレベルを評価すること;腫瘍細胞によって発現される耐性バイオマーカーのレベルを評価すること;及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測すること;を含み、ここで耐性バイオマーカーに対する感受性バイオマーカーの発現レベルの高比率が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関し、感受性バイオマーカーが、デヒドロゲナーゼ1ファミリー、メンバーA1(ALDH1A1、GeneID:216);リングフィンガータンパク質128(RNF128、GeneID:79589);マイトジェン活性化タンパク質キナーゼのキナーゼ6(MAP2K6、GeneID:5608);キノリン酸ホスホリボシルトランスフェラーゼ(ニコチン酸ヌクレオチドピロホスホリラーゼ(カルボキシル化))(QPRT、GeneID:23475);インターロイキン15(IL15、GeneID:3600);ホスホリパーゼD1、ホスファチジルコリン特異的(PLD1、GeneID:5337);仮説タンパク質LOC157860(LOC157860、GeneID:157860);マッスルブラインド様2(ショウジョウバエ)(MBNL2、GeneID:10150);TBC1ドメインファミリー、メンバー8B(GRAMドメインを持つ)(TBC1D8B、GeneID:54885);ガラクトキナーゼ2(GALK2、GeneID:2585);UDP−N−アセチル−α−D−ガラクトサミン:ポリペプチドN−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ4(GalNAc−T4)(GALNT4、GeneID:8693);PAN3ポリA特異的リボヌクレアーゼサブユニット相同体(S.セレビシエ)(PAN3、GeneID:255967);二重特異性チロシン−(Y)−リン酸化調節キナーゼ2(DYRK2、GeneID:8445);ペリノ相同体2(ショウジョウバエ)(PELI2、GeneID:57161);ホスホイノシチド−3−キナーゼ、調節サブユニット1(p85α)(PIK3R1、GeneID:5295);ホスホグルコムターゼ2様1(PGM2L1,GeneID:283209);ホスホリラーゼキナーゼ、β(PHKB、GeneID:5257);仮説タンパク質LOC644009(LOC644010、GeneID:644010);CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)///CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)(CDC14B、GeneID:8555);仮説タンパク質LOC128977(C22orf39、GeneID:128977);溶質キャリアファミリー44、メンバー1(SLC44A1、GeneID:23446);仮説タンパク質LOC202451(LOC202451、GeneID:202451);膜貫通タンパク質164///仮説タンパク質FLJ22679に類似(TMEM164、GeneID:84187);子宮頸がん抑制因子−1に類似(ST20、GeneID:400410);仮説タンパク質FLJ30596(C5orf33、GeneID:133686);リソソーム関連膜タンパク質2(LAMP2、GeneID:3920);プロテインホスファターゼ1B(以前は2C)、マグネシウム依存性βアイソフォーム(PPM1B、GeneID:5495);デヒドロゲナーゼ/レダクターゼ(SDRファミリー)、メンバー3(DHRS3、GeneID:9249);ロイシンジッパー及びCTNNBIP1ドメイン含有(LZIC、GeneID:84328);ユビキチン特異的ペプチダーゼ様
1(USPL1、GeneID:10208);ゴルジ自己抗原、ゴルジンサブファミリーb、マクロゴルジン(膜貫通シグナルをもつ)、1(GOLGB1、:GeneID2804);20番染色体オープンリーディングフレーム74(C20orf74、GeneID:57186);コイルドコイルドメイン含有52(CCDC52、GeneID:152185);RAS発がん遺伝子ファミリー、メンバーRAB40B(RAB40B、GeneID:10966);高頻度再編成進行T細胞リンパ腫2(FRAT2、GeneID:23401);hsa−miR−224(GeneID407009);hsa−miR−181a(GeneID:406995);hsa−miR−194(GeneID:406969、406970);hsa−miR−192(GeneID406967);hsa−miR−215(GeneID406997);hsa−miR−200b(GeneID:);hsa−miR−429(GeneID:554210);hsa−miR−200a(GeneID:406983);hsa−miR−192*(GeneID:406967);hsa−miR−200b*(GeneID:406984);及びhsa−miR−584(GeneID:693169)から選択され;そして
耐性バイオマーカーが、カルデスモン1(CALD1、GeneID:800);ケルチ様5(ショウジョウバエ)(KLHL5、GeneID:51088);メタロチオネイン1E(機能性)(MT1E、GeneID:4493);β−1,3−N−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ1(グロボシド血液型)(B3GALNT1、GeneID:8706);システインリッチ、血管新生誘導因子、61(CYR61、GeneID:3491);メタロチオネイン1X(MT1X、GeneID:4501);トロポニンTタイプ1(骨格筋、遅筋型)(TNNT1、GeneID:7138);メタロチオネイン1H様タンパク質///仮説タンパク質LOC650610(MT1P2、GeneID:645745);メタロチオネイン1H(MT1H、GeneID:4496);メタロチオネイン1F(機能性)(MT1F、GeneID:4494);メタロチオネイン2A(MT2A、GeneID:4502);メタロチオネイン1M(MT1M、GeneID:4499);MHCクラスIポリペプチド関連配列B(MICB、GeneID:4277);コラーゲン、タイプVI、α1(COL6A1、GeneID:1291);ミオシン、軽ポリペプチド9、調節(MYL9、GeneID:10398);メタロチオネイン1G(MT1G、GeneID:4495);末梢ミエリンタンパク質22(PMP22、GeneID:5376);1番染色体オープンリーディングフレーム115(C1orf115、GeneID:79762);SWI/SNF関連、マトリックス関連、クロマチンのアクチン依存レギュレータ、サブファミリーd、メンバー3(SMARCD3、GeneID:6604);クラステリン(CLU、GeneID:1191);マッシュルームファミリー、メンバー2、(SHROOM2、GeneID:357);プリン受容体P2X、リガンド依存性イオンチャネル、5(P2RX5、GeneID:5026);コイルドコイルドメイン含有109B(CCDC109B、GeneID:55013); 膜貫通タンパク質52(TMEM52、GeneID:339456);サイクリンE2(CCNE2、GeneID:9134);トランスフォーミング増殖因子、β1(カムラチ−エンゲルマン病)(TGFB1、GeneID:7040);サイトカインシグナル伝達抑制因子3(SOCS3、GeneID:9021);NACHT、ロイシンリッチリピート及びPYD含有11(NLRP11、GeneID:204801);グリピカン1(GPC1、GeneID:2817);キネシン軽鎖3(KLC3、GeneID:147700);胸癌腫増幅配列4(BCAS4、GeneID:55653);コヒージョン1相同体2樹立物(S.セレビシエ)(ESCO2、GeneID:157570);ネトリン1(NTN1、GeneID:9423);MAD2、有糸分裂停止欠損様2(酵母)(MAD2L2、GeneID:1045);チューブリンチロシンリガーゼ様ファミリー、メンバー7(TTLL7、GeneID:79739);スカベンジャー受容体クラスA、メンバー3(SCARA3、GeneID:51435);増殖停止及びDNA損傷誘導性、β(GADD45B、GeneID:4616);免疫グロブリンスーパーファミリー、メンバー4C(CADM4、GeneID:199731);DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);BTGファミリー、メンバー3(BTG3、GeneID:10950);キネシンファミリー、メンバー26A(KIF26A、GeneID:26153); KIAA1622(PPP4R4、GeneID:57718);グアノシン一リン酸レダクターゼ///グアノシン一リン酸レダクターゼ(GMPR、GeneID:2766);ストークヘッドボックス1(STOX1、GeneID:219736);KIAA0672遺伝子産物(RICH2、GeneID:9912);MCM10ミニ染色体維持欠損10(S.セレビシエ)(MCM10、GeneID:55388);DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);アデノシンデアミナーゼ、RNA特異的、B1(RED1相同体ラット)(ADARB1、GeneID:104);CKLF様MARVEL膜貫通ドメイン含有7(CMTM7、GeneID:112616);フォークヘッドボックスF1(FOXF1、GeneID:2294);核カゼインキナーゼ及びサイクリン依存性キナーゼ基質1(NUCKS1、GeneID:64710);11番染色体オープンリーディングフレーム63(C11orf63、GeneID:79864);アシル−CoAチオエステラーゼ7(ACOT7、GeneID:11332);亜鉛フィンガータンパク質286(ZNF286A、GeneID:57335);アミロイドベータ(A4)前駆体様タンパク質1(APLP1、GeneID:333);オルニチンアミノトランスフェラーゼ(脳回転状萎縮)(OAT、GeneID:4942);中心子周辺物質1(MBD1、GeneID:4152);PRP40、mRNA前駆体プロセシング因子40相同体B(S.セレビシエ)(PRPF40B、GeneID:25766);溶質キャリアファミリー12(カリウム/塩素トランスポーター)、メンバー4(SLC12A4、GeneID:6560);仮説タンパク質FLJ38973(C2orf69、GeneID:205327);カルシウム及びインテグリン結合ファミリーメンバー2(CIB2、GeneID:10518);インテグリン、α7(ITGA7、GeneID:3679);ベンゾイミダゾール類によって阻害されない発芽3BUB3相同体(酵母)(BUB3、GeneID:9184);1番染色体オープンリーディングフレーム135(C1orf135、GeneID:79000);細胞分裂周期27(CDC27、GeneID:996);ドッキングタンパク質1、62kDa(チロシンキナーゼ1の下流)(DOK1、GeneID:1796);アデノシンキナーゼ(ADK、GeneID:132);MEIS1、骨髄エコトロピックウイルス組込み部位1相同体3(マウス)(MEIS3、GeneID:56917);クリングル含有膜貫通タンパク質2(KREMEN2、GeneID:79412);21番染色体オープンリーディングフレーム91(C21orf91、GeneID:54149);溶質キャリアファミリー4、陰イオン交換体、、メンバー3(SLC4A3、GeneID:6508);亜鉛フィンガータンパク質558(ZNF558、GeneID:148156);KIAA1442タンパク質(EBF4,GeneID 9134);MCM4ミニ染色体維持欠損4(S.セレビシエ)(MCM4、GeneID:4173);マイトジェン活性化プロテインキナーゼ1(MAPK1、GeneID:5594);hsa−miR−886−3p(GeneID:100126299);hsa−miR−521(GeneID:574494、574481);及びhsa−miR−432(GeneID:574451)から選択される、上記方法。 - 患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置する方法であって、腫瘍細胞によって発現される耐性バイオマーカーのレベルを評価することによって、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の可能性がある反応性を診断する工程;IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する工程;患者の腫瘍におけるIGF−1及び/又はIGF−2のレベルを評価する工程;及び患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する潜在的な反応性があると診断され、その腫瘍がIGF−1及び/又はIGF−2を有すると判定された場合、該患者に治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与する工程;を含み、ここで腫瘍細胞による耐性バイオマーカーの高レベルの発現が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する低感受性と相関し、耐性バイオマーカーが、カルデスモン1(CALD1、GeneID:800);ケルチ様5(ショウジョウバエ)(KLHL5、GeneID:51088);メタロチオネイン1E(機能性)(MT1E、GeneID:4493);β−1,3−N−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ1(グロボシド血液型)(B3GALNT1、GeneID:8706);システインリッチ、血管新生誘導因子、61(CYR61、GeneID:3491);メタロチオネイン1X(MT1X、GeneID:4501);トロポニンTタイプ1(骨格筋、遅筋型)(TNNT1、GeneID:7138);メタロチオネイン1H様タンパク質///仮説タンパク質LOC650610(MT1P2、GeneID:645745);メタロチオネイン1H(MT1H、GeneID:4496);メタロチオネイン1F(機能性)(MT1F、GeneID:4494);メタロチオネイン2A(MT2A、GeneID:4502);メタロチオネイン1M(MT1M、GeneID:4499);MHCクラスIポリペプチド関連配列B(MICB、GeneID:4277);コラーゲン、タイプVI、α1(COL6A1、GeneID:1291);ミオシン、軽ポリペプチド9、調節(MYL9、GeneID:10398);メタロチオネイン1G(MT1G、GeneID:4495);末梢ミエリンタンパク質22(PMP22、GeneID:5376);1番染色体オープンリーディングフレーム115(C1orf115、GeneID:79762);SWI/SNF関連、マトリックス関連、クロマチンのアクチン依存レギュレータ、サブファミリーd、メンバー3(SMARCD3、GeneID:6604);クラステリン(CLU、GeneID:1191);マッシュルームファミリー、メンバー2、(SHROOM2、GeneID:357);プリン受容体P2X、リガンド依存性イオンチャネル、5(P2RX5、GeneID:5026);コイルドコイルドメイン含有109B(CCDC109B、GeneID:55013); 膜貫通タンパク質52(TMEM52、GeneID:339456);サイクリンE2(CCNE2、GeneID:9134);トランスフォーミング増殖因子、β1(カムラチ−エンゲルマン病)(TGFB1、GeneID:7040);サイトカインシグナル伝達抑制因子3(SOCS3、GeneID:9021);NACHT、ロイシンリッチリピート及びPYD含有11(NLRP11、GeneID:204801);グリピカン1(GPC1、GeneID:2817);キネシン軽鎖3(KLC3、GeneID:147700);胸癌腫増幅配列4(BCAS4、GeneID:55653);コヒージョン1相同体2樹立物(S.セレビシエ)(ESCO2、GeneID:157570);ネトリン1(NTN1、GeneID:9423);MAD2、有糸分裂停止欠損様2(酵母)(MAD2L2、GeneID:1045);チューブリンチロシンリガーゼ様ファミリー、メンバー7(TTLL7、GeneID:79739);スカベンジャー受容体クラスA、メンバー3(SCARA3、GeneID:51435);増殖停止及びDNA損傷誘導性、β(GADD45B、GeneID:4616);免疫グロブリンスーパーファミリー、メンバー4C(CADM4、GeneID:199731);DDHDドメイン含有1 (DDHD1、GeneID:80821);BTGファミリー、メンバー3(BTG3、GeneID:10950);キネシンファミリー、メンバー26A(KIF26A、GeneID:26153); KIAA1622(PPP4R4、GeneID:57718);グアノシン一リン酸レダクターゼ///グアノシン一リン酸レダクターゼ(GMPR、GeneID:2766);ストークヘッドボックス1(STOX1、GeneID:219736);KIAA0672遺伝子産物(RICH2、GeneID:9912);MCM10ミニ染色体維持欠損10(S.セレビシエ)(MCM10、GeneID:55388);DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);アデノシンデアミナーゼ、RNA特異的、B1(RED1相同体ラット)(ADARB1、GeneID:104);CKLF様MARVEL膜貫通ドメイン含有7(CMTM7、GeneID:112616);フォークヘッドボックスF1(FOXF1、GeneID:2294);核カゼインキナーゼ及びサイクリン依存性キナーゼ基質1(NUCKS1、GeneID:64710);11番染色体オープンリーディングフレーム63(C11orf63、GeneID:79864);アシル−CoAチオエステラーゼ7(ACOT7、GeneID:11332);亜鉛フィンガータンパク質286(ZNF286A、GeneID:57335);アミロイドベータ(A4)前駆体様タンパク質1(APLP1、GeneID:333);オルニチンアミノトランスフェラーゼ(脳回転状萎縮)(OAT、GeneID:4942);中心子周辺物質1(MBD1、GeneID:4152);PRP40、mRNA前駆体プロセシング因子40相同体B(S.セレビシエ)(PRPF40B、GeneID:25766);溶質キャリアファミリー12(カリウム/塩素トランスポーター)、メンバー4(SLC12A4、GeneID:6560);仮説タンパク質FLJ38973(C2orf69、GeneID:205327);カルシウム及びインテグリン結合ファミリーメンバー2(CIB2、GeneID:10518);インテグリン、α7(ITGA7、GeneID:3679);ベンゾイミダゾール類によって阻害されない発芽3BUB3相同体(酵母)(BUB3、GeneID:9184);1番染色体オープンリーディングフレーム135(C1orf135、GeneID:79000);細胞分裂周期27(CDC27、GeneID:996);ドッキングタンパク質1、62kDa(チロシンキナーゼ1の下流)(DOK1、GeneID:1796);アデノシンキナーゼ(ADK、GeneID:132);MEIS1、骨髄エコトロピックウイルス組込み部位1相同体3(マウス)(MEIS3、GeneID:56917);クリングル含有膜貫通タンパク質2(KREMEN2、GeneID:79412);21番染色体オープンリーディングフレーム91(C21orf91、GeneID:54149);溶質キャリアファミリー4、陰イオン交換体、、メンバー3(SLC4A3、GeneID:6508);亜鉛フィンガータンパク質558(ZNF558、GeneID:148156);KIAA1442タンパク質(EBF4,GeneID 9134);MCM4ミニ染色体維持欠損4(S.セレビシエ)(MCM4、GeneID:4173);マイトジェン活性化プロテインキナーゼ1(MAPK1、GeneID:5594);hsa−miR−886−3p(GeneID:100126299);hsa−miR−521(GeneID:574494、574481);及びhsa−miR−432(GeneID:574451)から選択される、上記方法。
- 前記患者に投与されるIGF−1Rキナーゼ阻害剤がOSI−906である、請求項14に記載の方法。
- 患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置する方法であって、腫瘍細胞によって発現される感受性バイオマーカーのレベルを評価することによって、IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の可能性がある反応性を診断する工程;IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測する工程;患者の腫瘍におけるIGF−1及び/又はIGF−2のレベルを評価する工程;及び患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する潜在的な反応性があると診断され、その腫瘍がIGF−1及び/又はIGF−2を有すると判定された場合、該患者に治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与する工程;を含み、ここで腫瘍細胞による感受性バイオマーカーの高レベルの発現が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する高感受性と相関し、感受性バイオマーカーが、デヒドロゲナーゼ1ファミリー、メンバーA1(ALDH1A1、GeneID:216);リングフィンガータンパク質128(RNF128、GeneID:79589);マイトジェン活性化タンパク質キナーゼのキナーゼ6(MAP2K6、GeneID:5608);キノリン酸ホスホリボシルトランスフェラーゼ(ニコチン酸ヌクレオチドピロホスホリラーゼ(カルボキシル化))(QPRT、GeneID:23475);インターロイキン15(IL15、GeneID:3600);ホスホリパーゼD1、ホスファチジルコリン特異的(PLD1、GeneID:5337);仮説タンパク質LOC157860(LOC157860、GeneID:157860);マッスルブラインド様2(ショウジョウバエ)(MBNL2、GeneID:10150);TBC1ドメインファミリー、メンバー8B(GRAMドメインを持つ)(TBC1D8B、GeneID:54885);ガラクトキナーゼ2(GALK2、GeneID:2585);UDP−N−アセチル−α−D−ガラクトサミン:ポリペプチドN−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ4(GalNAc−T4)(GALNT4、GeneID:8693);PAN3ポリA特異的リボヌクレアーゼサブユニット相同体(S.セレビシエ)(PAN3、GeneID:255967);二重特異性チロシン−(Y)−リン酸化調節キナーゼ2(DYRK2、GeneID:8445);ペリノ相同体2(ショウジョウバエ)(PELI2、GeneID:57161);ホスホイノシチド−3−キナーゼ、調節サブユニット1(p85α)(PIK3R1、GeneID:5295);ホスホグルコムターゼ2様1(PGM2L1,GeneID:283209);ホスホリラーゼキナーゼ、β(PHKB、GeneID:5257);仮説タンパク質LOC644009(LOC644010、GeneID:644010);CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)///CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)(CDC14B、GeneID:8555);仮説タンパク質LOC128977(C22orf39、GeneID:128977);溶質キャリアファミリー44、メンバー1(SLC44A1、GeneID:23446);仮説タンパク質LOC202451(LOC202451、GeneID:202451);膜貫通タンパク質164///仮説タンパク質FLJ22679に類似(TMEM164、GeneID:84187);子宮頸がん抑制因子−1に類似(ST20、GeneID:400410);仮説タンパク質FLJ30596(C5orf33、GeneID:133686);リソソーム関連膜タンパク質2(LAMP2、GeneID:3920);プロテインホスファターゼ1B(以前は2C)、マグネシウム依存性βアイソフォーム(PPM1B、GeneID:5495);デヒドロゲナーゼ/レダクターゼ(SDRファミリー)、メンバー3(DHRS3、GeneID:9249);ロイシンジッパー及びCTNNBIP1ドメイン含有(LZIC、GeneID:84328);ユビキチン特異的ペプチダーゼ様1(USPL1、GeneID:10208);ゴルジ自己抗原、ゴルジンサブファミリーb、マクロゴルジン(膜貫通シグナルをもつ)、1(GOLGB1、:GeneID2804);20番染色体オープンリーディングフレーム74(C20orf74、GeneID:57186);コイルドコイルドメイン含有52(CCDC52、GeneID:152185);Ras発がん遺伝子ファミリー、メンバーRAB40B(RAB40B、GeneID:10966);高頻度再編成進行T細胞リンパ腫2(FRAT2、GeneID:23401);hsa−miR−224(GeneID407009);hsa−miR−181a(GeneID:406995);hsa−miR−194(GeneID:406969、406970);hsa−miR−192(GeneID406967);hsa−miR−215(GeneID406997);hsa−miR−200b(GeneID:);hsa−miR−429(GeneID:554210);hsa−miR−200a(GeneID:406983);hsa−miR−192*(GeneID:406967);hsa−miR−200b*(GeneID:406984);及びhsa−miR−584(GeneID:693169)から選択される、上記方法。
- 前記患者に投与されるIGF−1Rキナーゼ阻害剤がOSI−906である、請求項16に記載の方法。
- 患者の腫瘍又は腫瘍転移をIGF−1Rキナーゼ阻害剤の化学療法組み合わせで処置する方法であって、患者の腫瘍細胞がIGF−1Rキナーゼ阻害剤と抗がん剤のSN38、オキサリプラチン、又は5−フルオロウラシルとの組み合わせによる処置によって相乗的な形で阻害されることになるかどうかを、腫瘍細胞によって発現される耐性バイオマーカーのレベルを評価することによって予測する工程;及び患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤の化学療法組み合わせに対して潜在的に相乗的な形で反応性があると診断された場合、該患者にIGF−1Rキナーゼ阻害剤とSN38、オキサリプラチン、又は5−フルオロウラシルの1つを組み合わせた治療的有効量を投与する工程;を含み、ここで腫瘍細胞による耐性バイオマーカーの低レベルの発現が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤の化学療法組み合わせが相乗的になる高い確率と相関し、耐性バイオマーカーが、カルデスモン1(CALD1、GeneID:800);ケルチ様5(ショウジョウバエ)(KLHL5、GeneID:51088);メタロチオネイン1E(機能性)(MT1E、GeneID:4493);β−1,3−N−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ1(グロボシド血液型)(B3GALNT1、GeneID:8706);システインリッチ、血管新生誘導因子、61(CYR61、GeneID:3491);メタロチオネイン1X(MT1X、GeneID:4501);トロポニンTタイプ1(骨格筋、遅筋型)(TNNT1、GeneID:7138);メタロチオネイン1H様タンパク質///仮説タンパク質LOC650610(MT1P2、GeneID:645745);メタロチオネイン1H(MT1H、GeneID:4496);メタロチオネイン1F(機能性)(MT1F、GeneID:4494);メタロチオネイン2A(MT2A、GeneID:4502);メタロチオネイン1M(MT1M、GeneID:4499);MHCクラスIポリペプチド関連配列B(MICB、GeneID:4277);コラーゲン、タイプVI、α1(COL6A1、GeneID:1291);ミオシン、軽ポリペプチド9、調節(MYL9、GeneID:10398);メタロチオネイン1G(MT1G、GeneID:4495);末梢ミエリンタンパク質22(PMP22、GeneID:5376);1番染色体オープンリーディングフレーム115(C1orf115、GeneID:79762);SWI/SNF関連、マトリックス関連、クロマチンのアクチン依存レギュレータ、サブファミリーd、メンバー3(SMARCD3、GeneID:6604);クラステリン(CLU、GeneID:1191);マッシュルームファミリー、メンバー2、(SHROOM2、GeneID:357);プリン受容体P2X、リガンド依存性イオンチャネル、5(P2RX5、GeneID:5026);コイルドコイルドメイン含有109B(CCDC109B、GeneID:55013); 膜貫通タンパク質52(TMEM52、GeneID:339456);サイクリンE2(CCNE2、GeneID:9134);トランスフォーミング増殖因子、β1(カムラチ−エンゲルマン病)(TGFB1、GeneID:7040);サイトカインシグナル伝達抑制因子3(SOCS3、GeneID:9021);NACHT、ロイシンリッチリピート及びPYD含有11(NLRP11、GeneID:204801);グリピカン1(GPC1、GeneID:2817);キネシン軽鎖3(KLC3、GeneID:147700);胸癌腫増幅配列4(BCAS4、GeneID:55653);コヒージョン1相同体2樹立物(S.セレビシエ)(ESCO2、GeneID:157570);ネトリン1(NTN1、GeneID:9423);MAD2、有糸分裂停止欠損様2(酵母)(MAD2L2、GeneID:1045);チューブリンチロシンリガーゼ様ファミリー、メンバー7(TTLL7、GeneID:79739);スカベンジャー受容体クラスA、メンバー3(SCARA3、GeneID:51435);増殖停止及びDNA損傷誘導性、β(GADD45B、GeneID:4616);免疫グロブリンスーパーファミリー、メンバー4C(CADM4、GeneID:199731);DDHDドメイン含有1 (DDHD1、GeneID:80821);BTGファミリー、メンバー3(BTG3、GeneID:10950);キネシンファミリー、メンバー26A(KIF26A、GeneID:26153); KIAA1622(PPP4R4、GeneID:57718);グアノシン一リン酸レダクターゼ///グアノシン一リン酸レダクターゼ(GMPR、GeneID:2766);ストークヘッドボックス1(STOX1、GeneID:219736);KIAA0672遺伝子産物(RICH2、GeneID:9912);MCM10ミニ染色体維持欠損10(S.セレビシエ)(MCM10、GeneID:55388);DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);アデノシンデアミナーゼ、RNA特異的、B1(RED1相同体ラット)(ADARB1、GeneID:104);CKLF様MARVEL膜貫通ドメイン含有7(CMTM7、GeneID:112616);フォークヘッドボックスF1(FOXF1、GeneID:2294);核カゼインキナーゼ及びサイクリン依存性キナーゼ基質1(NUCKS1、GeneID:64710);11番染色体オープンリーディングフレーム63(C11orf63、GeneID:79864);アシル−CoAチオエステラーゼ7(ACOT7、GeneID:11332);亜鉛フィンガータンパク質286(ZNF286A、GeneID:57335);アミロイドベータ(A4)前駆体様タンパク質1(APLP1、GeneID:333);オルニチンアミノトランスフェラーゼ(脳回転状萎縮)(OAT、GeneID:4942);中心子周辺物質1(MBD1、GeneID:4152);PRP40、mRNA前駆体プロセシング因子40相同体B(S.セレビシエ)(PRPF40B、GeneID:25766);溶質キャリアファミリー12(カリウム/塩素トランスポーター)、メンバー4(SLC12A4、GeneID:6560);仮説タンパク質FLJ38973(C2orf69、GeneID:205327);カルシウム及びインテグリン結合ファミリーメンバー2(CIB2、GeneID:10518);インテグリン、α7(ITGA7、GeneID:3679);ベンゾイミダゾール類によって阻害されない発芽3BUB3相同体(酵母)(BUB3、GeneID:9184);1番染色体オープンリーディングフレーム135(C1orf135、GeneID:79000);細胞分裂周期27(CDC27、GeneID:996);ドッキングタンパク質1、62kDa(チロシンキナーゼ1の下流)(DOK1、GeneID:1796);アデノシンキナーゼ(ADK、GeneID:132);MEIS1、骨髄エコトロピックウイルス組込み部位1相同体3(マウス)(MEIS3、GeneID:56917);クリングル含有膜貫通タンパク質2(KREMEN2、GeneID:79412);21番染色体オープンリーディングフレーム91(C21orf91、GeneID:54149);溶質キャリアファミリー4、陰イオン交換体、メンバー3(SLC4A3、GeneID:6508);亜鉛フィンガータンパク質558(ZNF558、GeneID:148156);KIAA1442タンパク質(EBF4,GeneID 9134);MCM4ミニ染色体維持欠損4(S.セレビシエ)(MCM4、GeneID:4173);マイトジェン活性化プロテインキナーゼ1(MAPK1、GeneID:5594);hsa−miR−886−3p(GeneID:100126299);hsa−miR−521(GeneID:574494、574481);及びhsa−miR−432(GeneID:574451)から選択される、上記方法。
- 前記患者に投与されるIGF−1Rキナーゼ阻害剤がOSI−906である、請求項18に記載の方法。
- 腫瘍細胞が、非小細胞肺(NSCL)、大腸、乳房、卵巣、頭頸部又は膵臓腫瘍の細胞である、請求項18に記載の方法。
- 患者の腫瘍又は腫瘍転移をIGF−1Rキナーゼ阻害剤の化学療法組み合わせで処置する方法であって、患者の腫瘍細胞がIGF−1Rキナーゼ阻害剤と抗がん剤のSN38、オキサリプラチン、又は5−フルオロウラシルとの組み合わせによる処置によって相乗的な形で阻害されることになるかどうかを、腫瘍細胞によって発現される感受性バイオマーカーのレベルを評価することによって予測する工程;及び患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤の化学療法組み合わせに対して潜在的に相乗的な形で反応性があると診断された場合、該患者にIGF−1Rキナーゼ阻害剤とSN38、オキサリプラチン、又は5−フルオロウラシルの1つを組み合わせた治療的有効量を投与する工程;を含み、ここで腫瘍細胞による感受性バイオマーカーの高レベルの発現が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤の化学療法組み合わせが相乗的になる高い確率と相関し、感受性バイオマーカーが、デヒドロゲナーゼ1ファミリー、メンバーA1(ALDH1A1、GeneID:216);リングフィンガータンパク質128(RNF128、GeneID:79589);マイトジェン活性化タンパク質キナーゼのキナーゼ6(MAP2K6、GeneID:5608);キノリン酸ホスホリボシルトランスフェラーゼ(ニコチン酸ヌクレオチドピロホスホリラーゼ(カルボキシル化))(QPRT、GeneID:23475);インターロイキン15(IL15、GeneID:3600);ホスホリパーゼD1、ホスファチジルコリン特異的(PLD1、GeneID:5337);仮説タンパク質LOC157860(LOC157860、GeneID:157860);マッスルブラインド様2(ショウジョウバエ)(MBNL2、GeneID:10150);TBC1ドメインファミリー、メンバー8B(GRAMドメインを持つ)(TBC1D8B、GeneID:54885);ガラクトキナーゼ2(GALK2、GeneID:2585);UDP−N−アセチル−α−D−ガラクトサミン:ポリペプチドN−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ4(GalNAc−T4)(GALNT4、GeneID:8693);PAN3ポリA特異的リボヌクレアーゼサブユニット相同体(S.セレビシエ)(PAN3、GeneID:255967);二重特異性チロシン−(Y)−リン酸化調節キナーゼ2(DYRK2、GeneID:8445);ペリノ相同体2(ショウジョウバエ)(PELI2、GeneID:57161);ホスホイノシチド−3−キナーゼ、調節サブユニット1(p85α)(PIK3R1、GeneID:5295);ホスホグルコムターゼ2様1(PGM2L1,GeneID:283209);ホスホリラーゼキナーゼ、β(PHKB、GeneID:5257);仮説タンパク質LOC644009(LOC644010、GeneID:644010);CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)///CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)(CDC14B、GeneID:8555);仮説タンパク質LOC128977(C22orf39、GeneID:128977);溶質キャリアファミリー44、メンバー1(SLC44A1、GeneID:23446);仮説タンパク質LOC202451(LOC202451、GeneID:202451);膜貫通タンパク質164///仮説タンパク質FLJ22679に類似(TMEM164、GeneID:84187);子宮頸がん抑制因子−1に類似(ST20、GeneID:400410);仮説タンパク質FLJ30596(C5orf33、GeneID:133686);リソソーム関連膜タンパク質2(LAMP2、GeneID:3920);プロテインホスファターゼ1B(以前は2C)、マグネシウム依存性βアイソフォーム(PPM1B、GeneID:5495);デヒドロゲナーゼ/レダクターゼ(SDRファミリー)、メンバー3(DHRS3、GeneID:9249);ロイシンジッパー及びCTNNBIP1ドメイン含有(LZIC、GeneID:84328);ユビキチン特異的ペプチダーゼ様1(USPL1、GeneID:10208);ゴルジ自己抗原、ゴルジンサブファミリーb、マクロゴルジン(膜貫通シグナルをもつ)、1(GOLGB1、:GeneID2804);20番染色体オープンリーディングフレーム74(C20orf74、GeneID:57186);コイルドコイルドメイン含有52(CCDC52、GeneID:152185);Ras発がん遺伝子ファミリー、メンバーRAB40B(RAB40B、GeneID:10966);高頻度再編成進行T細胞リンパ腫2(FRAT2、GeneID:23401);hsa−miR−224(GeneID407009);hsa−miR−181a(GeneID:406995);hsa−miR−194(GeneID:406969、406970);hsa−miR−192(GeneID406967);hsa−miR−215(GeneID406997);hsa−miR−200b(GeneID:);hsa−miR−429(GeneID:554210);hsa−miR−200a(GeneID:406983);hsa−miR−192*(GeneID:406967);hsa−miR−200b*(GeneID:406984);及びhsa−miR−584(GeneID:693169)から選択される、上記方法。
- 前記患者に投与されるIGF−1Rキナーゼ阻害剤がOSI−906である、請求項21に記載の方法。
- 腫瘍細胞が非小細胞肺(NSCL)、大腸、乳房、卵巣、頭頸部又は膵臓腫瘍の細胞である、請求項21に記載の方法。
- 腫瘍細胞がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する耐性を発現しているかどうかを予測する方法であって、腫瘍細胞によって発現される耐性バイオマーカーのレベルを評価すること;及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する腫瘍細胞増殖の感受性を予測すること;を含み、ここで腫瘍細胞による耐性バイオマーカーの高レベルの発現が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する低感受性と相関し、従ってIGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対して耐性であり、ここで耐性バイオマーカーが、カルデスモン1(CALD1、GeneID:800);ケルチ様5(ショウジョウバエ)(KLHL5、GeneID:51088);メタロチオネイン1E(機能性)(MT1E、GeneID:4493);β−1,3−N−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ1(グロボシド血液型)(B3GALNT1、GeneID:8706);システインリッチ、血管新生誘導因子、61(CYR61、GeneID:3491);メタロチオネイン1X(MT1X、GeneID:4501);トロポニンTタイプ1(骨格筋、遅筋型)(TNNT1、GeneID:7138);メタロチオネイン1H様タンパク質///仮説タンパク質LOC650610(MT1P2、GeneID:645745);メタロチオネイン1H(MT1H、GeneID:4496);メタロチオネイン1F(機能性)(MT1F、GeneID:4494);メタロチオネイン2A(MT2A、GeneID:4502);メタロチオネイン1M(MT1M、GeneID:4499);MHCクラスIポリペプチド関連配列B(MICB、GeneID:4277);コラーゲン、タイプVI、α1(COL6A1、GeneID:1291);ミオシン、軽ポリペプチド9、調節(MYL9、GeneID:10398);及びメタロチオネイン1G(MT1G、GeneID:4495)から選択される、上記方法。
- IGF−1Rキナーゼ阻害剤の治療的投与から恩恵を受ける又は恩恵を受けないことが予測されるがん患者を選択する方法であって、a)患者由来の腫瘍細胞サンプル中の、i)IGF−1R遺伝子コピー数の発現レベル、ii)感受性バイオマーカーの発現レベル、及びiii)耐性バイオマーカーの発現レベルから成るグループから選択されるバイオマーカーのレベルを検出すること;b)腫瘍細胞サンプル中のバイオマーカーのレベルを、i)IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する感受性と相関しているバイオマーカーのコントロールレベル;及びii)IGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する耐性と相関しているバイオマーカーのコントロールレベルから成るグループから選択されるバイオマーカーのコントロールレベルと比較すること;及びc)患者の腫瘍細胞のバイオマーカーのレベルがIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する感受性と相関しているバイオマーカーのコントロールレベルと統計的に同等又はそれ以上である場合、又は患者の腫瘍細胞のバイオマーカーのレベルがIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する耐性と相関しているバイオマーカーのコントロールレベルよりも統計的に高い場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤の治療的投与から恩恵を受けることが予測されるものとして患者を選択すること;又はd)患者の腫瘍細胞のバイオマーカーのレベルがIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する感受性と相関しているバイオマーカーのコントロールレベルよりも統計的に低い場合、又は患者の腫瘍細胞のバイオマーカーのレベルがIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する耐性と相関しているバイオマーカーのコントロールレベルと統計的に同等又はそれ以上である場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤の治療的投与から恩恵を受けないことが予測されるものとして患者を選択すること;を含み、ここで感受性バイオマーカーが、デヒドロゲナーゼ1ファミリー、メンバーA1(ALDH1A1、GeneID:216);リングフィンガータンパク質128(RNF128、GeneID:79589);マイトジェン活性化タンパク質キナーゼのキナーゼ6(MAP2K6、GeneID:5608);キノリン酸ホスホリボシルトランスフェラーゼ(ニコチン酸ヌクレオチドピロホスホリラーゼ(カルボキシル化))(QPRT、GeneID:23475);インターロイキン15(IL15、GeneID:3600);ホスホリパーゼD1、ホスファチジルコリン特異的(PLD1、GeneID:5337);仮説タンパク質LOC157860(LOC157860、GeneID:157860);マッスルブラインド様2(ショウジョウバエ)(MBNL2、GeneID:10150);TBC1ドメインファミリー、メンバー8B(GRAMドメインを持つ)(TBC1D8B、GeneID:54885);ガラクトキナーゼ2(GALK2、GeneID:2585);UDP−N−アセチル−α−D−ガラクトサミン:ポリペプチドN−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ4(GalNAc−T4)(GALNT4、GeneID:8693);PAN3ポリA特異的リボヌクレアーゼサブユニット相同体(S.セレビシエ)(PAN3、GeneID:255967);二重特異性チロシン−(Y)−リン酸化調節キナーゼ2(DYRK2、GeneID:8445);ペリノ相同体2(ショウジョウバエ)(PELI2、GeneID:57161);ホスホイノシチド−3−キナーゼ、調節サブユニット1(p85α)(PIK3R1、GeneID:5295);ホスホグルコムターゼ2様1(PGM2L1,GeneID:283209);ホスホリラーゼキナーゼ、β(PHKB、GeneID:5257);仮説タンパク質LOC644009(LOC644010、GeneID:644010);CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)///CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)(CDC14B、GeneID:8555);仮説タンパク質LOC128977(C22orf39、GeneID:128977);溶質キャリアファミリー44、メンバー1(SLC44A1、GeneID:23446);仮説タンパク質LOC202451(LOC202451、GeneID:202451);膜貫通タンパク質164///仮説タンパク質FLJ22679に類似(TMEM164、GeneID:84187);子宮頸がん抑制因子−1に類似(ST20、GeneID:400410);仮説タンパク質FLJ30596(C5orf33、GeneID:133686);リソソーム関連膜タンパク質2(LAMP2、GeneID:3920);プロテインホスファターゼ1B(以前は2C)、マグネシウム依存性βアイソフォーム(PPM1B、GeneID:5495);デヒドロゲナーゼ/レダクターゼ(SDRファミリー)、メンバー3(DHRS3、GeneID:9249);ロイシンジッパー及びCTNNBIP1ドメイン含有(LZIC、GeneID:84328);ユビキチン特異的ペプチダーゼ様1(USPL1、GeneID:10208);ゴルジ自己抗原、ゴルジンサブファミリーb、マクロゴルジン(膜貫通シグナルをもつ)、1(GOLGB1、:GeneID2804);20番染色体オープンリーディングフレーム74(C20orf74、GeneID:57186);コイルドコイルドメイン含有52(CCDC52、GeneID:152185);Ras発がん遺伝子ファミリー、メンバーRAB40B(RAB40B、GeneID:10966);高頻度再編成進行T細胞リンパ腫2(FRAT2、GeneID:23401);hsa−miR−224(GeneID407009);hsa−miR−181a(GeneID:406995);hsa−miR−194(GeneID:406969、406970);hsa−miR−192(GeneID406967);hsa−miR−215(GeneID406997);hsa−miR−200b(GeneID:);hsa−miR−429(GeneID:554210);hsa−miR−200a(GeneID:406983);hsa−miR−192*(GeneID:406967);hsa−miR−200b*(GeneID:406984);及びhsa−miR−584(GeneID:693169)、から選択され、そして耐性バイオマーカーが、カルデスモン1(CALD1、GeneID:800);ケルチ様5(ショウジョウバエ)(KLHL5、GeneID:51088);メタロチオネイン1E(機能性)(MT1E、GeneID:4493);β−1,3−N−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ1(グロボシド血液型)(B3GALNT1、GeneID:8706);システインリッチ、血管新生誘導因子、61(CYR61、GeneID:3491);メタロチオネイン1X(MT1X、GeneID:4501);トロポニンTタイプ1(骨格筋、遅筋型)(TNNT1、GeneID:7138);メタロチオネイン1H様タンパク質///仮説タンパク質LOC650610(MT1P2、GeneID:645745);メタロチオネイン1H(MT1H、GeneID:4496);メタロチオネイン1F(機能性)(MT1F、GeneID:4494);メタロチオネイン2A(MT2A、GeneID:4502);メタロチオネイン1M(MT1M、GeneID:4499);MHCクラスIポリペプチド関連配列B(MICB、GeneID:4277);コラーゲン、タイプVI、α1(COL6A1、GeneID:1291);ミオシン、軽ポリペプチド9、調節(MYL9、GeneID:10398);メタロチオネイン1G(MT1G、GeneID:4495);末梢ミエリンタンパク質22(PMP22、GeneID:5376);1番染色体オープンリーディングフレーム115(C1orf115、GeneID:79762);SWI/SNF関連、マトリックス関連、クロマチンのアクチン依存レギュレータ、サブファミリーd、メンバー3(SMARCD3、GeneID:6604);クラステリン(CLU、GeneID:1191);マッシュルームファミリー、メンバー2、(SHROOM2、GeneID:357);プリン受容体P2X、リガンド依存性イオンチャネル、5(P2RX5、GeneID:5026);コイルドコイルドメイン含有109B(CCDC109B、GeneID:55013); 膜貫通タンパク質52(TMEM52、GeneID:339456);サイクリンE2(CCNE2、GeneID:9134);トランスフォーミング増殖因子、β1(カムラチ−エンゲルマン病)(TGFB1、GeneID:7040);サイトカインシグナル伝達抑制因子3(SOCS3、GeneID:9021);NACHT、ロイシンリッチリピート及びPYD含有11(NLRP11、GeneID:204801);グリピカン1(GPC1、GeneID:2817);キネシン軽鎖3(KLC3、GeneID:147700);胸癌腫増幅配列4(BCAS4、GeneID:55653);コヒージョン1相同体2樹立物(S.セレビシエ)(ESCO2、GeneID:157570);ネトリン1(NTN1、GeneID:9423);MAD2、有糸分裂停止欠損様2(酵母)(MAD2L2、GeneID:1045);チューブリンチロシンリガーゼ様ファミリー、メンバー7(TTLL7、GeneID:79739);スカベンジャー受容体クラスA、メンバー3(SCARA3、GeneID:51435);増殖停止及びDNA損傷誘導性、β(GADD45B、GeneID:4616);免疫グロブリンスーパーファミリー、メンバー4C(CADM4、GeneID:199731);DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);BTGファミリー、メンバー3(BTG3、GeneID:10950);キネシンファミリー、メンバー26A(KIF26A、GeneID:26153); KIAA1622(PPP4R4、GeneID:57718);グアノシン一リン酸レダクターゼ///グアノシン一リン酸レダクターゼ(GMPR、GeneID:2766);ストークヘッドボックス1(STOX1、GeneID:219736);KIAA0672遺伝子産物(RICH2、GeneID:9912);MCM10ミニ染色体維持欠損10(S.セレビシエ)(MCM10、GeneID:55388);DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);アデノシンデアミナーゼ、RNA特異的、B1(RED1相同体ラット)(ADARB1、GeneID:104);CKLF様MARVEL膜貫通ドメイン含有7(CMTM7、GeneID:112616);フォークヘッドボックスF1(FOXF1、GeneID:2294);核カゼインキナーゼ及びサイクリン依存性キナーゼ基質1(NUCKS1、GeneID:64710);11番染色体オープンリーディングフレーム63(C11orf63、GeneID:79864);アシル−CoAチオエステラーゼ7(ACOT7、GeneID:11332);亜鉛フィンガータンパク質286(ZNF286A、GeneID:57335);
アミロイドベータ(A4)前駆体様タンパク質1(APLP1、GeneID:333);オルニチンアミノトランスフェラーゼ(脳回転状萎縮)(OAT、GeneID:4942);中心子周辺物質1(MBD1、GeneID:4152);PRP40、mRNA前駆体プロセシング因子40相同体B(S.セレビシエ)(PRPF40B、GeneID:25766);溶質キャリアファミリー12(カリウム/塩素トランスポーター)、メンバー4(SLC12A4、GeneID:6560);仮説タンパク質FLJ38973(C2orf69、GeneID:205327);カルシウム及びインテグリン結合ファミリーメンバー2(CIB2、GeneID:10518);インテグリン、α7(ITGA7、GeneID:3679);ベンゾイミダゾール類によって阻害されない発芽3BUB3相同体(酵母)(BUB3、GeneID:9184);1番染色体オープンリーディングフレーム135(C1orf135、GeneID:79000);細胞分裂周期27(CDC27、GeneID:996);ドッキングタンパク質1、62kDa(チロシンキナーゼ1の下流)(DOK1、GeneID:1796);アデノシンキナーゼ(ADK、GeneID:132);MEIS1、骨髄エコトロピックウイルス組込み部位1相同体3(マウス)(MEIS3、GeneID:56917);クリングル含有膜貫通タンパク質2(KREMEN2、GeneID:79412);21番染色体オープンリーディングフレーム91(C21orf91、GeneID:54149);溶質キャリアファミリー4、陰イオン交換体、、メンバー3(SLC4A3、GeneID:6508);亜鉛フィンガータンパク質558(ZNF558、GeneID:148156);KIAA1442タンパク質(EBF4,GeneID 9134);MCM4ミニ染色体維持欠損4(S.セレビシエ)(MCM4、GeneID:4173);マイトジェン活性化プロテインキナーゼ1(MAPK1、GeneID:5594);hsa−miR−886−3p(GeneID:100126299);hsa−miR−521(GeneID:574494、574481);及びhsa−miR−432(GeneID:574451)から選択される、上記方法。 - 患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置する方法であって、患者の腫瘍細胞のIGF−1R遺伝子のコピー数を評価することによって、患者の腫瘍細胞における予想されるIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の反応性を診断する工程;及び患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する潜在的な反応性があると診断された場合、該患者に治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与する工程;を含み、腫瘍細胞におけるIGF−1R遺伝子のコピー数のレベルの増進が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による阻害に対する高い感受性と相関する、上記方法。
- 前記患者に投与されるIGF−1Rキナーゼ阻害剤がOSI−906である、請求項26に記載の方法。
- 腫瘍細胞が非小細胞肺(NSCL)、大腸、乳房、卵巣、頭頸部又は膵臓腫瘍の細胞である、請求項26に記載の方法。
- IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により最も恩恵を受ける可能性があるがん患者を識別する方法であって、
(1)患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
(2)サンプルの腫瘍細胞が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による増殖阻害に対して感受性である可能性がよりある、腫瘍細胞の以下の分類子:
(a)MT1E遺伝子より高い発現レベルのPROM1遺伝子;
(b)OXCT1遺伝子より高い発現レベルのLY75遺伝子;
(c)CALD1遺伝子より高い発現レベルのHSD17B2遺伝子;
(d)倍数性に関して増加したレベルのIGF−1R遺伝子コピー数;
(e)変異体K−RAS遺伝子の欠如;
を示すかどうかを測定すること;及び
(3)評価された5つの分類子の少なくとも4つが腫瘍細胞に存在する場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により最も恩恵を受ける可能性があるものとして患者を識別すること;
を含む、上記方法。 - IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により最も恩恵を受ける可能性があるがん患者を識別する方法であって、
患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞によって発現される遺伝子MT1Eのレベルを評価すること;
腫瘍細胞によって発現される遺伝子PROM1のレベルを評価すること;
腫瘍細胞が、MT1Eよりも高いレベルのPROM1を発現するかどうかを測定すること;及び
腫瘍細胞が、MT1Eよりも高いレベルのPROM1を発現する場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により最も恩恵を受ける可能性があるものとして患者を識別すること;
を含む、上記方法。 - IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により最も恩恵を受ける可能性があるがん患者を識別する方法であって、
患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞によって発現される遺伝子OXCT1のレベルを評価すること;
腫瘍細胞によって発現される遺伝子LY75のレベルを評価すること;
腫瘍細胞が、OXCT1よりも高いレベルのLY75を発現するかどうかを測定すること;及び
腫瘍細胞がOXCT1よりも高いレベルのLY75を発現する場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により最も恩恵を受ける可能性があるものとして患者を識別すること;
を含む、上記方法。 - IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により最も恩恵を受ける可能性があるがん患者を識別する方法であって、
患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞によって発現される遺伝子CALD1のレベルを評価すること;
腫瘍細胞によって発現される遺伝子HSD17B2のレベルを評価すること;
腫瘍細胞が、CALD1よりも高いレベルのHSD17B2を発現するかどうかを測定すること;及び
腫瘍細胞がCALD1よりも高いレベルのHSD17B2を発現する場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により最も恩恵を受ける可能性があるものとして患者を識別すること;
を含む、上記方法。 - IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により最も恩恵を受ける可能性があるがん患者を識別する方法であって、
患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞におけるIGF−1R遺伝子のコピー数を評価すること;
倍数性に関してIGF−1R遺伝子コピー数の増加があるかどうかを測定すること;及び
腫瘍細胞が増加したIGF−1R遺伝子コピー数を有する場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により最も恩恵を受ける可能性があるものとして患者を識別すること;を含む、上記方法。 - IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により最も恩恵を受ける可能性があるがん患者を識別する方法であって、
患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞が変異体K−RAS遺伝子を保有するかどうかを測定すること;及び
腫瘍細胞が変異体K−RAS遺伝子を保有しない場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により最も恩恵を受ける可能性があるものとして患者を識別すること;
を含む、上記方法。 - 患者のがんを処置する方法であって、
(A)患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
サンプルの腫瘍細胞が、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による増殖阻害に対して感受性である可能性がある以下の腫瘍細胞の分類子:
(a)MT1E遺伝子より高い発現レベルのPROM1遺伝子、
(b)OXCT1遺伝子より高い発現レベルのLY75遺伝子、
(c)CALD1遺伝子より高い発現レベルのHSD17B2遺伝子、
(d)倍数性に関して増加したレベルのIGF−1R遺伝子コピー数、
(e)変異体K−RAS遺伝子の欠如、
を示すかどうかを測定すること;及び
評価された5つの分類子の少なくとも4つが腫瘍細胞に存在する場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して反応する可能性がある腫瘍を保有する患者として識別すること;
によって、患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して反応する可能性がある腫瘍を有するかどうかを測定することによるIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の可能性がある反応性を診断する工程:及び
(B)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する潜在的な反応性があると診断された場合、該患者に治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与する工程:
を含む、上記方法。 - 患者のがんを処置する方法であって、
(A)患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞によって発現される遺伝子MT1Eのレベルを評価すること;
腫瘍細胞によって発現される遺伝子PROM1のレベルを評価すること;
腫瘍細胞が、MT1Eよりも高いレベルのPROM1を発現するかどうかを測定すること;及び
腫瘍細胞が、MT1Eよりもより高いレベルのPROM1を発現する場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により恩恵を受ける可能性がある患者として識別すること;によって、患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して反応する可能性がある腫瘍を有するかどうかを測定することによるIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の可能性がある反応性を診断する工程:及び
(B)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する潜在的な反応性があると診断された場合、該患者に、治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与する工程:
を含む、上記方法。 - 患者のがんを処置する方法であって、
(A)患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞によって発現される遺伝子OXCT1のレベルを評価すること;
腫瘍細胞によって発現される遺伝子LY75のレベルを評価すること;
腫瘍細胞が、OXCT1よりも高いレベルのLY75を発現するかどうかを測定すること;及び
腫瘍細胞がOXCT1よりも高いレベルのLY75を発現する場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により恩恵を受ける可能性があるものとして患者を識別すること;
によって、患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して反応する可能性がある腫瘍を有するかどうかを測定することによるIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の可能性がある反応性を診断する工程:及び
(B)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する潜在的な反応性があると診断された場合、該患者に治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与する工程:
を含む、上記方法。 - 患者のがんを処置する方法であって、
(A)患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞によって発現される遺伝子CALD1のレベルを評価すること;
腫瘍細胞によって発現される遺伝子HSD17B2のレベルを評価すること;
腫瘍細胞が、CALD1よりも高いレベルのHSD17B2を発現するかどうかを測定すること;及び
腫瘍細胞がCALD1よりも高いレベルのHSD17B2を発現する場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により恩恵を受ける可能性がある患者として識別すること;によって、患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して反応する可能性がある腫瘍を有するかどうかを測定することによるIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の可能性がある反応性を診断する工程:及び
(B)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する潜在的な反応性があると診断された場合、該患者に治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与する工程:
を含む、上記方法。 - 患者のがんを処置する方法であって、
(A)患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞におけるIGF−1R遺伝子のコピー数を評価すること;
倍数性に関してIGF−1R遺伝子コピー数の増加があるかどうかを測定すること;及び
腫瘍細胞が増加したIGF−1R遺伝子コピー数を有する場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により恩恵を受ける可能性があるものとして患者を識別すること;
によって、患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して反応する可能性がある腫瘍を有するかどうかを測定することによるIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の可能性がある反応性を診断する工程:及び
(B)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する潜在的な反応性があると診断された場合、該患者に、治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与する工程:
を含む、上記方法。 - 患者のがんを処置する方法であって、
(A)患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞が変異体K−RAS遺伝子を保有するかどうかを測定すること;
倍数性に関してIGF−1R遺伝子コピー数の増加があるかどうかを測定すること;及び
腫瘍細胞が変異体K−RAS遺伝子を保有しない場合、IGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置により恩恵を受ける可能性がある患者として識別すること;
によって、患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して反応する可能性がある腫瘍を有するかどうかを測定することによるIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する患者の可能性がある反応性を診断する工程:及び
(B)患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤に対する潜在的な反応性があると診断された場合、該患者に治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を投与する工程:
を含む、上記方法。 - IGF−1Rキナーゼ阻害剤が低分子キナーゼ阻害剤である、請求項29〜40のいずれか1項に記載の方法。
- IGF−1Rキナーゼ阻害剤がOSI−906である、請求項29〜40のいずれか1項に記載の方法。
- IGF−1Rキナーゼ阻害剤が抗IGF−1R抗体である、請求項29〜40のいずれか1項に記載の方法。
- 腫瘍細胞が非小細胞肺(NSCL)、大腸、乳房、卵巣、頭頸部又は膵臓腫瘍の細胞である、請求項29〜40のいずれか1項に記載の方法。
- 1つ又はそれ以上の追加の抗がん剤をIGF−1Rキナーゼ阻害剤と同時に又は順次に共投与する、請求項35〜40のいずれか1項に記載の方法
- 1種又はそれ以上の追加の抗がん剤がEGFRキナーゼ阻害剤を含む、請求項45に記載の方法。
- EGFRキナーゼ阻害剤がエルロチニブを含む、請求項46に記載の方法。
- EGFRキナーゼ阻害剤が抗EGFR抗体を含む、請求項46に記載の方法。
- がん患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して効果的に反応する腫瘍に罹患しているかどうかを予測する方法であって、
患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞によって発現される感受性バイオマーカーのレベルを評価すること;
該レベルがIGF−1Rキナーゼ阻害剤に感受性であることが知られている腫瘍細胞の同じ感受性バイオマーカーのレベルに統計的により類似するか、又はIGF−1Rキナーゼ阻害剤に耐性であることが知られている腫瘍細胞の同じ感受性バイオマーカーのレベルに統計的により類似するかを測定すること;及び
その感受性バイオマーカーのレベルがIGF−1Rキナーゼ阻害剤に感受性であることが知られている腫瘍細胞の感受性バイオマーカーのレベルに統計的により類似する場合、その腫瘍はIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に効果的に反応すると予測すること;を含み、ここで感受性バイオマーカーが、アルデヒドデヒドロゲナーゼ1ファミリー、メンバーA1(ALDH1A1、GeneID:216);リングフィンガータンパク質128(RNF128、GeneID:79589);マイトジェン活性化タンパク質キナーゼのキナーゼ6(MAP2K6、GeneID:5608);キノリン酸ホスホリボシルトランスフェラーゼ(ニコチン酸ヌクレオチドピロホスホリラーゼ(カルボキシル化))(QPRT、GeneID:23475);インターロイキン15(IL15、GeneID:3600);ホスホリパーゼD1、ホスファチジルコリン特異的(PLD1、GeneID:5337);仮説タンパク質LOC157860(LOC157860、GeneID:157860);マッスルブラインド様2(ショウジョウバエ)(MBNL2、GeneID:10150);TBC1ドメインファミリー、メンバー8B(GRAMドメインを持つ)(TBC1D8B、GeneID:54885);ガラクトキナーゼ2(GALK2、GeneID:2585);UDP−N−アセチル−α−D−ガラクトサミン:ポリペプチドN−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ4(GalNAc−T4)(GALNT4、GeneID:8693);PAN3ポリA特異的リボヌクレアーゼサブユニット相同体(S.セレビシエ)(PAN3、GeneID:255967);二重特異性チロシン−(Y)−リン酸化調節キナーゼ2(DYRK2、GeneID:8445);ペリノ相同体2(ショウジョウバエ)(PELI2、GeneID:57161);ホスホイノシチド−3−キナーゼ、調節サブユニット1(p85α)(PIK3R1、GeneID:5295);ホスホグルコムターゼ2様1(PGM2L1,GeneID:283209);ホスホリラーゼキナーゼ、β(PHKB、GeneID:5257);仮説タンパク質LOC644009(LOC644010、GeneID:644010);CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)///CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)(CDC14B、GeneID:8555);仮説タンパク質LOC128977(C22orf39、GeneID:128977);溶質キャリアファミリー44、メンバー1(SLC44A1、GeneID:23446);仮説タンパク質LOC202451(LOC202451、GeneID:202451);膜貫通タンパク質164///仮説タンパク質FLJ22679に類似(TMEM164、GeneID:84187);子宮頸がん抑制因子−1に類似(ST20、GeneID:400410(また、LOC400410としても知られる));仮説タンパク質FLJ30596(C5orf33、GeneID:133686);リソソーム関連膜タンパク質2(LAMP2、GeneID:3920);プロテインホスファターゼ1B(以前は2C)、マグネシウム依存性βアイソフォーム(PPM1B、GeneID:5495);デヒドロゲナーゼ/レダクターゼ(SDRファミリー)、メンバー3(DHRS3、GeneID:9249);ロイシンジッパー及びCTNNBIP1ドメイン含有(LZIC、GeneID:84328);ユビキチン特異的ペプチダーゼ様1(USPL1、GeneID:10208);ゴルジ自己抗原、ゴルジンサブファミリーb、マクロゴルジン(膜貫通シグナルをもつ)、1(GOLGB1、GeneID:2804);20番染色体オープンリーディングフレーム74(C20orf74、GeneID:57186);コイルドコイルドメイン含有52(CCDC52、GeneID:152185);RAS発がん遺伝子ファミリー、メンバーRAB40B(RAB40B、GeneID:10966);高頻度再編成進行T細胞リンパ腫2(FRAT2、GeneID:23401);hsa−miR−224(GeneID407009);hsa−miR−181a(GeneID:406995);hsa−miR−194(GeneID:406969、406970);hsa−miR−192(GeneID406967);hsa−miR−215(GeneID406997);hsa−miR−200b(GeneID:);hsa−miR−429(GeneID:554210);hsa−miR−200a(GeneID:406983);hsa−miR−192*(GeneID:406967);hsa−miR−200b*(GeneID:406984);及びhsa−miR−584(GeneID:693169)から選択される、上記方法。 - がん患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して効果的に反応する腫瘍に罹患しているかどうかを予測する方法であって、
患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞によって発現される耐性バイオマーカーのレベルを評価すること;
該レベルがIGF−1Rキナーゼ阻害剤に感受性であること知られている腫瘍細胞の同じ耐性バイオマーカーのレベルに統計的により類似するか、又はIGF−1Rキナーゼ阻害剤に耐性であることが知られている腫瘍細胞の同じ耐性バイオマーカーのレベルに統計的により類似するかを測定すること;及び
その耐性バイオマーカーのレベルがIGF−1Rキナーゼ阻害剤に感受性であることが知られている腫瘍細胞の感受性バイオマーカーのレベルに統計的により類似する場合、その腫瘍はIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に効果的に反応すると予測すること;
を含み、ここで耐性バイオマーカーが、カルデスモン1(CALD1、GeneID:800);ケルチ様5(ショウジョウバエ)(KLHL5、GeneID:51088);メタロチオネイン1E(機能性)(MT1E、GeneID:4493);β−1,3−N−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ1(グロボシド血液型)(B3GALNT1、GeneID:8706);システインリッチ、血管新生誘導因子、61(CYR61、GeneID:3491);メタロチオネイン1X(MT1X、GeneID:4501);トロポニンTタイプ1(骨格筋、遅筋型)(TNNT1、GeneID:7138);メタロチオネイン1H様タンパク質///仮説タンパク質LOC650610(MT1P2、GeneID:645745(また、LOC645745としても知られる));メタロチオネイン1H(MT1H、GeneID:4496);メタロチオネイン1F(機能性)(MT1F、GeneID:4494);メタロチオネイン2A(MT2A、GeneID:4502);メタロチオネイン1M(MT1M、GeneID:4499);MHCクラスIポリペプチド関連配列B(MICB、GeneID:4277);コラーゲン、タイプVI、α1(COL6A1、GeneID:1291);ミオシン、軽ポリペプチド9、調節(MYL9、GeneID:10398);メタロチオネイン1G(MT1G、GeneID:4495);末梢ミエリンタンパク質22(PMP22、GeneID:5376);1番染色体オープンリーディングフレーム115(C1orf115、GeneID:79762);SWI/SNF関連、マトリックス関連、クロマチンのアクチン依存レギュレータ、サブファミリーd、メンバー3(SMARCD3、GeneID:6604);クラステリン(CLU、GeneID:1191);マッシュルームファミリー、メンバー2(SHROOM2、GeneID:357);プリン受容体P2X、リガンド依存性イオンチャネル、5(P2RX5、GeneID:5026);コイルドコイルドメイン含有109B(CCDC109B、GeneID:55013); 膜貫通タンパク質52(TMEM52、GeneID:339456);サイクリンE2(CCNE2、GeneID:9134);トランスフォーミング増殖因子、β1(カムラチ−エンゲルマン病)(TGFB1、GeneID:7040);サイトカインシグナル伝達抑制因子3(SOCS3、GeneID:9021);NACHT、ロイシンリッチリピート及びPYD含有11(NLRP11、GeneID:204801);グリピカン1(GPC1、GeneID:2817);キネシン軽鎖3(KLC3、GeneID:147700);胸癌腫増幅配列4(BCAS4、GeneID:55653);コヒージョン1相同体2樹立物(S.セレビシエ)(ESCO2、GeneID:157570);ネトリン1(NTN1、GeneID:9423);MAD2、有糸分裂停止欠損様2(酵母)(MAD2L2、GeneID:1045);チューブリンチロシンリガーゼ様ファミリー、メンバー7(TTLL7、GeneID:79739);スカベンジャー受容体クラスA、メンバー3(SCARA3、GeneID:51435);増殖停止及びDNA損傷誘導性、β(GADD45B、GeneID:4616);免疫グロブリンスーパーファミリー、メンバー4C(CADM4、GeneID:199731(また、IGSF4Cとしても知られる));DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);BTGファミリー、メンバー3(BTG3、GeneID:10950);キネシンファミリー、メンバー26A(KIF26A、GeneID:26153); KIAA1622(PPP4R4、GeneID:57718);グアノシン一リン酸レダクターゼ///グアノシン一リン酸レダクターゼ(GMPR、GeneID:2766);ストークヘッドボックス1(STOX1、GeneID:219736);KIAA0672遺伝子産物(RICH2、GeneID:9912);MCM10ミニ染色体維持欠損10(S.セレビシエ)(MCM10、GeneID:55388);DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);アデノシンデアミナーゼ、RNA特異的、B1(RED1相同体ラット)(ADARB1、GeneID:104);CKLF様MARVEL膜貫通ドメイン含有7(CMTM7、GeneID:112616);フォークヘッドボックスF1(FOXF1、GeneID:2294);核カゼインキナーゼ及びサイクリン依存性キナーゼ基質1(NUCKS1、GeneID:64710);11番染色体オープンリーディングフレーム63(C11orf63、GeneID:79864);アシル−CoAチオエステラーゼ7(ACOT7、GeneID:11332);亜鉛フィンガータンパク質286(ZNF286A、GeneID:57335);アミロイドベータ(A4)前駆体様タンパク質1(APLP1、GeneID:333);オルニチンアミノトランスフェラーゼ(脳回転状萎縮)(OAT、GeneID:4942);中心子周辺物質1(MBD1、GeneID:4152(また、PCM1としても知られる));PRP40、mRNA前駆体プロセシング因子40相同体B(S.セレビシエ)(PRPF40B、GeneID:25766);溶質キャリアファミリー12(カリウム/塩素トランスポーター)、メンバー4(SLC12A4、GeneID:6560);仮説タンパク質FLJ38973(C2orf69、GeneID:205327);カルシウム及びインテグリン結合ファミリーメンバー2(CIB2、GeneID:10518);インテグリン、α7(ITGA7、GeneID:3679);ベンゾイミダゾール類によって阻害されない発芽3BUB3相同体(酵母)(BUB3、GeneID:9184);1番染色体オープンリーディングフレーム135(C1orf135、GeneID:79000);細胞分裂周期27(CDC27、GeneID:996);ドッキングタンパク質1、62kDa(チロシンキナーゼ1の下流)(DOK1、GeneID:1796);アデノシンキナーゼ(ADK、GeneID:132);MEIS1、骨髄エコトロピックウイルス組込み部位1相同体3(マウス)(MEIS3、GeneID:56917);クリングル含有膜貫通タンパク質2(KREMEN2、GeneID:79412);21番染色体オープンリーディングフレーム91(C21orf91、GeneID:54149);溶質キャリアファミリー4、陰イオン交換体、、メンバー3(SLC4A3、GeneID:6508);亜鉛フィンガータンパク質558(ZNF558、GeneID:148156);KIAA1442タンパク質(EBF4,GeneID:57593(また、RP5−860F19.3としても知られる));MCM4ミニ染色体維持欠損4(S.セレビシエ)(MCM4、GeneID:4173);マイトジェン活性化プロテインキナーゼ1(MAPK1、GeneID:5594);hsa−miR−886−3p(GeneID:100126299);hsa−miR−521(GeneID:574494、574481);及びhsa−miR−432(GeneID:574451)から選択される、上記方法。 - がん患者をIGF−1Rキナーゼ阻害剤で処置する方法であって、
患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞によって発現される感受性バイオマーカーのレベルを評価すること;
該レベルがIGF−1Rキナーゼ阻害剤に感受性であることが知られている腫瘍細胞の同じ感受性バイオマーカーのレベルに統計的により類似するか、又はIGF−1Rキナーゼ阻害剤に耐性であることが知られている腫瘍細胞の同じ感受性バイオマーカーのレベルに統計的により類似するかを測定すること;及び
その感受性バイオマーカーのレベルがIGF−1Rキナーゼ阻害剤に感受性であることが知られている腫瘍細胞の感受性バイオマーカーのレベルに統計的により類似する場合、その腫瘍はIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に効果的に反応すると予測すること;によって、患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して効果的に反応する腫瘍に罹患しているかどうかを予測すること:及び
患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して効果的に反応すると予測される腫瘍に罹患している場合、治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤で患者を処置すること:
を含み、ここで感受性バイオマーカーが、アルデヒドデヒドロゲナーゼ1ファミリー、メンバーA1(ALDH1A1、GeneID:216);リングフィンガータンパク質128(RNF128、GeneID:79589);マイトジェン活性化タンパク質キナーゼのキナーゼ6(MAP2K6、GeneID:5608);キノリン酸ホスホリボシルトランスフェラーゼ(ニコチン酸ヌクレオチドピロホスホリラーゼ(カルボキシル化))(QPRT、GeneID:23475);インターロイキン15(IL15、GeneID:3600);ホスホリパーゼD1、ホスファチジルコリン特異的(PLD1、GeneID:5337);仮説タンパク質LOC157860(LOC157860、GeneID:157860);マッスルブラインド様2(ショウジョウバエ)(MBNL2、GeneID:10150);TBC1ドメインファミリー、メンバー8B(GRAMドメインを持つ)(TBC1D8B、GeneID:54885);ガラクトキナーゼ2(GALK2、GeneID:2585);UDP−N−アセチル−α−D−ガラクトサミン:ポリペプチドN−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ4(GalNAc−T4)(GALNT4、GeneID:8693);PAN3ポリA特異的リボヌクレアーゼサブユニット相同体(S.セレビシエ)(PAN3、GeneID:255967);二重特異性チロシン−(Y)−リン酸化調節キナーゼ2(DYRK2、GeneID:8445);ペリノ相同体2(ショウジョウバエ)(PELI2、GeneID:57161);ホスホイノシチド−3−キナーゼ、調節サブユニット1(p85α)(PIK3R1、GeneID:5295);ホスホグルコムターゼ2様1(PGM2L1,GeneID:283209);ホスホリラーゼキナーゼ、β(PHKB、GeneID:5257);仮説タンパク質LOC644009(LOC644010、GeneID:644010);CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)///CDC14、細胞分裂周期14相同体B(S.セレビシエ)(CDC14B、GeneID:8555);仮説タンパク質LOC128977(C22orf39、GeneID:128977);溶質キャリアファミリー44、メンバー1(SLC44A1、GeneID:23446);仮説タンパク質LOC202451(LOC202451、GeneID:202451);膜貫通タンパク質164///仮説タンパク質FLJ22679に類似(TMEM164、GeneID:84187);子宮頸がん抑制因子−1に類似(ST20、GeneID:400410(また、LOC400410としても知られる));仮説タンパク質FLJ30596(C5orf33、GeneID:133686);リソソーム関連膜タンパク質2(LAMP2、GeneID:3920);プロテインホスファターゼ1B(以前は2C)、マグネシウム依存性βアイソフォーム(PPM1B、GeneID:5495);デヒドロゲナーゼ/レダクターゼ(SDRファミリー)、メンバー3(DHRS3、GeneID:9249);ロイシンジッパー及びCTNNBIP1ドメイン含有(LZIC、GeneID:84328);ユビキチン特異的ペプチダーゼ様1(USPL1、GeneID:10208);ゴルジ自己抗原、ゴルジンサブファミリーb、マクロゴルジン(膜貫通シグナルをもつ)、1(GOLGB1、GeneID:2804);20番染色体オープンリーディングフレーム74(C20orf74、GeneID:57186);コイルドコイルドメイン含有52(CCDC52、GeneID:152185);RAS発がん遺伝子ファミリー、メンバーRAB40B(RAB40B、GeneID:10966);高頻度再編成進行T細胞リンパ腫2(FRAT2、GeneID:23401);hsa−miR−224(GeneID407009);hsa−miR−181a(GeneID:406995);hsa−miR−194(GeneID:406969、406970);hsa−miR−192(GeneID406967);hsa−miR−215(GeneID406997);hsa−miR−200b(GeneID:);hsa−miR−429(GeneID:554210);hsa−miR−200a(GeneID:406983);hsa−miR−192*(GeneID:406967);hsa−miR−200b*(GeneID:406984);及びhsa−miR−584(GeneID:693169)から選択される、上記方法。 - がん患者をIGF−1Rキナーゼ阻害剤で処置する方法であって、
患者の腫瘍のサンプルを採取すること;
腫瘍細胞によって発現される耐性バイオマーカーのレベルを評価すること;
該レベルがIGF−1Rキナーゼ阻害剤に感受性であることが知られている腫瘍細胞の同じ耐性バイオマーカーのレベルに統計的により類似するか、又はIGF−1Rキナーゼ阻害剤に耐性であることが知られている腫瘍細胞の同じ耐性バイオマーカーのレベルに統計的により類似するかを測定すること;及び
その耐性バイオマーカーのレベルがIGF−1Rキナーゼ阻害剤に感受性であることが知られている腫瘍細胞の耐性バイオマーカーのレベルに統計的により類似する場合、その腫瘍はIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に効果的に反応すると予測すること;
によって、患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して効果的に反応する腫瘍に罹患しているかどうかを予測すること:及び
患者がIGF−1Rキナーゼ阻害剤による処置に対して効果的に反応すると予測される腫瘍に罹患している場合、治療的有効量のIGF−1Rキナーゼ阻害剤で患者を処置すること;
を含み、ここで耐性バイオマーカーが、カルデスモン1(CALD1、GeneID:800);ケルチ様5(ショウジョウバエ)(KLHL5、GeneID:51088);メタロチオネイン1E(機能性)(MT1E、GeneID:4493);β−1,3−N−アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ1(グロボシド血液型)(B3GALNT1、GeneID:8706);システインリッチ、血管新生誘導因子、61(CYR61、GeneID:3491);メタロチオネイン1X(MT1X、GeneID:4501);トロポニンTタイプ1(骨格筋、遅筋型)(TNNT1、GeneID:7138);メタロチオネイン1H様タンパク質///仮説タンパク質LOC650610(MT1P2、GeneID:645745(また、LOC645745としても知られる));メタロチオネイン1H(MT1H、GeneID:4496);メタロチオネイン1F(機能性)(MT1F、GeneID:4494);メタロチオネイン2A(MT2A、GeneID:4502);メタロチオネイン1M(MT1M、GeneID:4499);MHCクラスIポリペプチド関連配列B(MICB、GeneID:4277);コラーゲン、タイプVI、α1(COL6A1、GeneID:1291);ミオシン、軽ポリペプチド9、調節(MYL9、GeneID:10398);メタロチオネイン1G(MT1G、GeneID:4495);末梢ミエリンタンパク質22(PMP22、GeneID:5376);1番染色体オープンリーディングフレーム115(C1orf115、GeneID:79762);SWI/SNF関連、マトリックス関連、クロマチンのアクチン依存レギュレータ、サブファミリーd、メンバー3(SMARCD3、GeneID:6604);クラステリン(CLU、GeneID:1191);マッシュルームファミリー、メンバー2(SHROOM2、GeneID:357);プリン受容体P2X、リガンド依存性イオンチャネル、5(P2RX5、GeneID:5026);コイルドコイルドメイン含有109B(CCDC109B、GeneID:55013); 膜貫通タンパク質52(TMEM52、GeneID:339456);サイクリンE2(CCNE2、GeneID:9134);トランスフォーミング増殖因子、β1(カムラチ−エンゲルマン病)(TGFB1、GeneID:7040);サイトカインシグナル伝達抑制因子3(SOCS3、GeneID:9021);NACHT、ロイシンリッチリピート及びPYD含有11(NLRP11、GeneID:204801);グリピカン1(GPC1、GeneID:2817);キネシン軽鎖3(KLC3、GeneID:147700);胸癌腫増幅配列4(BCAS4、GeneID:55653);コヒージョン1相同体2樹立物(S.セレビシエ)(ESCO2、GeneID:157570);ネトリン1(NTN1、GeneID:9423);MAD2、有糸分裂停止欠損様2(酵母)(MAD2L2、GeneID:1045);チューブリンチロシンリガーゼ様ファミリー、メンバー7(TTLL7、GeneID:79739);スカベンジャー受容体クラスA、メンバー3(SCARA3、GeneID:51435);増殖停止及びDNA損傷誘導性、β(GADD45B、GeneID:4616);免疫グロブリンスーパーファミリー、メンバー4C(CADM4、GeneID:199731(また、IGSF4Cとしても知られる));DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);BTGファミリー、メンバー3(BTG3、GeneID:10950);キネシンファミリー、メンバー26A(KIF26A、GeneID:26153); KIAA1622(PPP4R4、GeneID:57718);グアノシン一リン酸レダクターゼ///グアノシン一リン酸レダクターゼ(GMPR、GeneID:2766);ストークヘッドボックス1(STOX1、GeneID:219736);KIAA0672遺伝子産物(RICH2、GeneID:9912);MCM10ミニ染色体維持欠損10(S.セレビシエ)(MCM10、GeneID:55388);DDHDドメイン含有1(DDHD1、GeneID:80821);アデノシンデアミナーゼ、RNA特異的、B1(RED1相同体ラット)(ADARB1、GeneID:104);CKLF様MARVEL膜貫通ドメイン含有7(CMTM7、GeneID:112616);フォークヘッドボックスF1(FOXF1、GeneID:2294);核カゼインキナーゼ及びサイクリン依存性キナーゼ基質1(NUCKS1、GeneID:64710);11番染色体オープンリーディングフレーム63(C11orf63、GeneID:79864);アシル−CoAチオエステラーゼ7(ACOT7、GeneID:11332);亜鉛フィンガータンパク質286(ZNF286A、GeneID:57335);アミロイドベータ(A4)前駆体様タンパク質1(APLP1、GeneID:333);オルニチンアミノトランスフェラーゼ(脳回転状萎縮)(OAT、GeneID:4942);中心子周辺物質1(MBD1、GeneID:4152(また、PCM1としても知られる));PRP40、mRNA前駆体プロセシング因子40相同体B(S.セレビシエ)(PRPF40B、GeneID:25766);溶質キャリアファミリー12(カリウム/塩素トランスポーター)、メンバー4(SLC12A4、GeneID:6560);仮説タンパク質FLJ38973(C2orf69、GeneID:205327);カルシウム及びインテグリン結合ファミリーメンバー2(CIB2、GeneID:10518);インテグリン、α7(ITGA7、GeneID:3679);ベンゾイミダゾール類によって阻害されない発芽3BUB3相同体(酵母)(BUB3、GeneID:9184);1番染色体オープンリーディングフレーム135(C1orf135、GeneID:79000);細胞分裂周期27(CDC27、GeneID:996);ドッキングタンパク質1、62kDa(チロシンキナーゼ1の下流)(DOK1、GeneID:1796);アデノシンキナーゼ(ADK、GeneID:132);MEIS1、骨髄エコトロピックウイルス組込み部位1相同体3(マウス)(MEIS3、GeneID:56917);クリングル含有膜貫通タンパク質2(KREMEN2、GeneID:79412);21番染色体オープンリーディングフレーム91(C21orf91、GeneID:54149);溶質キャリアファミリー4、陰イオン交換体、、メンバー3(SLC4A3、GeneID:6508);亜鉛フィンガータンパク質558(ZNF558、GeneID:148156);KIAA1442タンパク質(EBF4,GeneID:57593(また、RP5−860F19.3としても知られる));MCM4ミニ染色体維持欠損4(S.セレビシエ)(MCM4、GeneID:4173);マイトジェン活性化プロテインキナーゼ1(MAPK1、GeneID:5594);hsa−miR−886−3p(GeneID:100126299);hsa−miR−521(GeneID:574494、574481);及びhsa−miR−432(GeneID:574451)から選択される、上記方法。 - 患者の腫瘍又は腫瘍転移を処置する方法であって、該患者に治療的有効量の合成細胞透過性miRNA模倣体のhsa−miR−224又はhsa−miR−181及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤の組み合わせを、同時に又は順次に投与することを含む、上記方法。
- IGF−1Rキナーゼ阻害剤が式(I)のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を含む、請求項53に記載の方法。
- 式(I)のIGF−1Rキナーゼ阻害剤がOSI−906を含む、請求項54に記載の方法。
- 患者ががんの治療を必要とするヒトである、請求項53に記載の方法。
- 患者への投与が同時である、請求項53に記載の方法。
- 患者への投与が順次である、請求項53に記載の方法。
- 薬学的に許容される担体中に合成細胞透過性miRNA模倣体のhsa−miR−224又はhsa−miR−181及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤を含む、医薬組成物。
- IGF−1Rキナーゼ阻害剤が式(I)のGF−1Rキナーゼ阻害剤を含む、請求項59に記載の組成物。
- 式(I)のIGF−1Rキナーゼ阻害剤がOSI−906を含む、請求項60に記載の組成物。
- 合成細胞透過性miRNA模倣体のhsa−miR−224又はhsa−miR−181、及びIGF−1Rキナーゼ阻害剤を含む、1つ又はそれ以上の容器を含むキット。
- IGF−1Rキナーゼ阻害剤が式(I)のIGF−1Rキナーゼ阻害剤を含む、請求項62に記載のキット。
- 式(I)のIGF−1Rキナーゼ阻害剤がOSI−906を含む、請求項63に記載のキット。
- 前記患者に投与されるIGF−1Rキナーゼ阻害剤が抗IGF−1R抗体である、請求項3、9、16、19、21、又は26のいずれか1項に記載の方法。
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