JP2012055254A - 国産および外国産のイネまたはそれに由来する組織、あるいはそれらの加工品の識別法 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】国産および外国産のイネまたはそれに由来する組織、あるいはそれらの加工品の識別法であって、被験ゲノムDNAにおいて、mPing挿入部位の遺伝的多型に基づいて、イネまたはそれに由来する組織、あるいはそれらの加工品が国産または外国産であるかを識別することを含み、mPing挿入部位が、第6染色体中に見出される3番目のmPing挿入部位、または/および第12染色体中に見出される1番目のmPing挿入部位である、識別法;イネにおけるmPing挿入部位の有無を検出し得る2以上のプライマーおよびそのセット。
【選択図】なし
Description
6−3のmPing挿入部位は、配列番号1に示される塩基配列(6−3のmPing挿入部位周辺の塩基配列)において、2286〜2715番目のヌクレオチド残基からなる領域に存在する(図3)。したがって、6−3のmPing挿入部位を検出するための2以上のプライマーとして、本領域の上流部位(センス鎖またはアンチセンス鎖)に対応する第1のプライマー、および本領域の下流部位(アンチセンス鎖またはセンス鎖)に対応する第2のプライマーの組合せ(トランスポゾンの有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、トランスポゾンの有無を検出し得るプライマーの組合せ)、ならびに本領域の上流部位(センス鎖またはアンチセンス鎖)、または本領域の下流部位(アンチセンス鎖またはセンス鎖)に対応する第1のプライマー、および本領域(センス鎖またはアンチセンス鎖)に対応する第2のプライマーの組合せ(増幅の有無によりmPing挿入部位の有無を検出し得るプライマーの組合せ)を用いることができる。このような2以上のプライマーとしては、例えば、以下が挙げられる(例、図1を参照):
1a)配列番号1に示される塩基配列における1〜2285番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第1のプライマー、および配列番号1に示される塩基配列における2716〜5000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第2のプライマーの組合せ;
1b)配列番号1に示される塩基配列における1〜2285番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第1のプライマー、および配列番号1に示される塩基配列における2716〜5000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第2のプライマーの組合せ;
1c)配列番号1に示される塩基配列における1〜2285番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第1のプライマー、および配列番号1に示される塩基配列における2286〜2715番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第2のプライマーの組合せ;
1d)配列番号1に示される塩基配列における1〜2285番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第1のプライマー、および配列番号1に示される塩基配列における2286〜2715番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第2のプライマーの組合せ;
1e)配列番号1に示される塩基配列における2286〜2715番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第1のプライマー、および配列番号1に示される塩基配列における2716〜5000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第2のプライマーの組合せ;
1f)配列番号1に示される塩基配列における2286〜2715番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第1のプライマー、および配列番号1に示される塩基配列における2716〜5000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第2のプライマーの組合せ。
12−1のmPing挿入部位は、配列番号2に示される塩基配列(12−1のmPing挿入部位周辺の塩基配列)において、2286〜2715番目のヌクレオチド残基からなる領域に存在する(図4)。したがって、12−1のmPing挿入部位を検出するための2以上のプライマーとして、本領域の上流部位(センス鎖またはアンチセンス鎖)に対応する第1のプライマー、および本領域の下流部位(アンチセンス鎖またはセンス鎖)に対応する第2のプライマーの組合せ(トランスポゾンの有無に応じてサイズの異なる増幅産物を得ることにより、トランスポゾンの有無を検出し得るプライマーの組合せ)、ならびに本領域の上流部位(センス鎖またはアンチセンス鎖)、または本領域の下流部位(アンチセンス鎖またはセンス鎖)に対応する第1のプライマー、および本領域(センス鎖またはアンチセンス鎖)に対応する第2のプライマーの組合せ(増幅の有無によりmPing挿入部位の有無を検出し得るプライマーの組合せ)を用いることができる。このような2以上のプライマーとしては、例えば、以下が挙げられる(例、図2を参照):
2a)配列番号2に示される塩基配列における1〜2285番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第1のプライマー、および配列番号2に示される塩基配列における2716〜5000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第2のプライマーの組合せ;
2b)配列番号2に示される塩基配列における1〜2285番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第1のプライマー、および配列番号2に示される塩基配列における2716〜5000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第2のプライマーの組合せ;
2c)配列番号2に示される塩基配列における1〜2285番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第1のプライマー、および配列番号2に示される塩基配列における2286〜2715番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第2のプライマーの組合せ;
2d)配列番号2に示される塩基配列における1〜2285番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第1のプライマー、および配列番号2に示される塩基配列における2286〜2715番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第2のプライマーの組合せ;
2e)配列番号2に示される塩基配列における2286〜2715番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第1のプライマー、および配列番号2に示される塩基配列における2716〜5000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第2のプライマーの組合せ;
2f)配列番号2に示される塩基配列における2286〜2715番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第1のプライマー、および配列番号2に示される塩基配列における2716〜5000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第2のプライマーの組合せ。
mPingは、MITE(miniature inverted repeat transposable element)と呼ばれるクラスのトランスポゾンの1種であり、MITEとして初めてイネにおいて転移活性を有していることが報告された。mPingは、日本晴とコシヒカリといった近代に育種された品種間でも挿入多型が存在することが報告されていることから、mPingの挿入多型が近縁な国産米の品種間の識別に利用可能であると推測された。そこで、国産米の一品種である日本晴における全50箇所のmPing挿入部位が、他の国産米(全240品種:表2〜4を参照)でも保存されているか否かについて網羅的に検討した。なお、表2〜4に記載される240品種の国産米は全てジャポニカ種であり、これらの240品種は、日本の米の流通量の99.4%を占める。
次いで、国産米の品種間で極めて高度に保存されている6−3および12−1のmPing挿入部位が、外国産米(全31品種:18品種のタイ米+13品種のベトナム米:表8を参照)でも保存されているかどうかについて検討した。なお、表8に記載される31品種の外国産米は全てインディカ種である。
以上より、国産米の品種間で極めて高度に保存されている6−3および12−1のmPing挿入部位が、国産米・外国産米の品種の識別のためのDNAマーカーとして優れることが示された。
Claims (5)
- 国産および外国産のイネまたはそれに由来する組織、あるいはそれらの加工品の識別法であって、
被験ゲノムDNAにおいて、mPing挿入部位の遺伝的多型に基づいて、イネまたはそれに由来する組織、あるいはそれらの加工品が国産または外国産であるかを識別することを含み、
mPing挿入部位が、第6染色体中に見出される3番目のmPing挿入部位、または/および第12染色体中に見出される1番目のmPing挿入部位である、識別法。 - 前記mPing挿入部位の遺伝的多型として、前記mPing挿入部位が確認された場合に、イネまたはそれに由来する組織、あるいはそれらの加工品が、国産のものであると識別する、請求項1記載の識別法。
- 前記mPing挿入部位の遺伝的多型として、前記mPing挿入部位が確認されなかった場合に、イネまたはそれに由来する組織、あるいはそれらの加工品が、外国産のものであると識別する、請求項1記載の識別法。
- 以下からなる群より選ばれるプライマーの組合せを含む、イネにおけるmPing挿入部位の有無を検出し得る2以上のプライマー:
1a)配列番号1に示される塩基配列における1〜2285番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第1のプライマー、および配列番号1に示される塩基配列における2716〜5000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第2のプライマーの組合せ;
1b)配列番号1に示される塩基配列における1〜2285番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第1のプライマー、および配列番号1に示される塩基配列における2716〜5000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第2のプライマーの組合せ;
1c)配列番号1に示される塩基配列における1〜2285番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第1のプライマー、および配列番号1に示される塩基配列における2286〜2715番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第2のプライマーの組合せ;
1d)配列番号1に示される塩基配列における1〜2285番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第1のプライマー、および配列番号1に示される塩基配列における2286〜2715番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第2のプライマーの組合せ;
1e)配列番号1に示される塩基配列における2286〜2715番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第1のプライマー、および配列番号1に示される塩基配列における2716〜5000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第2のプライマーの組合せ;
1f)配列番号1に示される塩基配列における2286〜2715番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第1のプライマー、および配列番号1に示される塩基配列における2716〜5000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第2のプライマーの組合せ;
2a)配列番号2に示される塩基配列における1〜2285番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第1のプライマー、および配列番号2に示される塩基配列における2716〜5000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第2のプライマーの組合せ;
2b)配列番号2に示される塩基配列における1〜2285番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第1のプライマー、および配列番号2に示される塩基配列における2716〜5000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第2のプライマーの組合せ;
2c)配列番号2に示される塩基配列における1〜2285番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第1のプライマー、および配列番号2に示される塩基配列における2286〜2715番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第2のプライマーの組合せ;
2d)配列番号2に示される塩基配列における1〜2285番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第1のプライマー、および配列番号2に示される塩基配列における2286〜2715番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第2のプライマーの組合せ;
2e)配列番号2に示される塩基配列における2286〜2715番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第1のプライマー、および配列番号2に示される塩基配列における2716〜5000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第2のプライマーの組合せ;
2f)配列番号2に示される塩基配列における2286〜2715番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列の相補配列を有する第1のプライマー、および配列番号2に示される塩基配列における2716〜5000番目の塩基配列の少なくとも一部の塩基配列またはその均等な塩基配列を有する第2のプライマーの組合せ。 - 請求項4記載の1a)〜1f)のいずれか1つのプライマーの組合せ、および請求項4記載の2a)〜2f)のいずれか1つのプライマーの組合せを含む、2以上のプライマーのセット。
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