JP2010538089A - 生物学的に活性なc末端アルギニン含有ペプチド - Google Patents
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Abstract
Description
ペプトンの一般的効果は細胞増殖の亢進と生産性の増加であり、標準的な培地と同じ製品品質を有する (Jan等, Cytotechnology 16:17-26 (1994);Heidemann等, Cytotechnology 32:157-167 (2000);Sung等, Appl. Microbiol. Biotechnol. 63:527-536 (2004))。幾つかの文献は、ペプトンが遊離アミノ酸、オリゴペプチド、鉄塩、脂質及び微量成分等の物質を含んでいることを示している (Franek等, Biotechnol. Prog. 16:688-692 (2000); Martone等, Bioresour. Technol. 96:383-387 (2005))。ある研究はペプトンの潜在的な役割を調査し、それらが栄養効果を有しうることを示している(Heidemann等, Cytotechnology 32:157-167 (2000))。また、Schlaeger, J. Immunol. Meth. 194:191-199 (1996)は、特定のタンパク質加水分解物が抗アポトーシス特性を示すことを証明している。
従って、良好に定まった再現可能な濃度で良好に特定される活性成分を含む「定まった培地」をつくるために、ペプトン中の活性成分の組成を理解し同定することは有益であろう。また、活性なペプトン成分の同定は、細胞増殖及び死の制御と組換えタンパク質発現の良好な制御への窓を開くことになることが期待される。
従って、ペプトン組成物を特徴付けし細胞培養に対するその効果の機構を理解するための努力がなされている。
(X1)nX2R
(上式中、X1とX2は同一か異なっていてもよく、独立してアルギニン以外の何れかのアミノ酸からなり;
nは0又は1であり;
Rはアルギニンを表す)
のペプチドであって、ペプトンの生物学的活性を示すペプチドに関する。
他の実施態様では、ペプチドが、表1に列挙されたペプチドから選択される。
更に他の実施態様では、ペプチドは表1に列挙されたペプチドから選択されるトリペプチドである。
ペプトン生物活性は、例えば細胞増殖の促進、細胞密度の促進;生細胞数;及び組換え宿主細胞培養における生産収量の増加からなる群から選択されうる。
一実施態様では、組成物は細胞培養培地である。
更なる態様では、本発明は、上述のペプチドを含有する細胞培養物に関する。
一実施態様では、細胞培養物は、組換え宿主細胞の培養物であり、ここで組換え宿主細胞は、限定しないでチャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞及び大腸菌細胞を含む任意の真核生物又は原核生物宿主でありうる。
宿主細胞によって生産される異種タンパク質は、例えば抗体(抗体断片を含む)又は任意の治療用タンパク質でありうる。
また更なる態様では、本発明は上述の二以上のペプチドの混合物に関する。
(X1)nX2R
(上式中、X1とX2は同一か異なっていてもよく、独立してアルギニン以外の何れかのアミノ酸からなり;
nは0又は1であり;
Rはアルギニンを表す)
のペプチドを含み、該ペプチドから本質的になり、又は該ペプチドからなり、
該ペプチドの少なくとも幾らかがペプトン生物学的活性を示す、コンビナトリアルペプチドライブラリーに関する。
本発明のこれらのまた他の態様は、実施例を含む次の記載から明らかであろう。
特段の定義をしない限り、ここで使用される技術的及び科学的用語は、この発明が属する分野の当業者が通常理解するところと同じ意味を持つ。Singleton等, Dictionary of Microbiology and Molecular Biology 第2版, J. Wiley & Sons (New York, NY 1994)は、当業者に本出願において使用される用語の多くに対する一般的なガイドを与える。
ここで用いられる「アニオン交換樹脂」は、正に荷電した固相を意味し、例えばそれに結合した第4級アミノ基等の一又は複数の正荷電リガンドを有する。市販のアニオン交換樹脂は、DEAEセルロース、QAE SEPHADEXTM及びFAST Q SEPHAROSETM(Pharmacia)を含む。
ペプトンの分画と分析
本発明は、様々なクロマトグラフィー及び他の分離技術を使用する、活性なペプトン断片の同定に基づく。
ペプトンの分画は、クロマトグラフィー工程の組合せを含む当該分野でよく知られた技術によって実施されうる。ペプトンPP3の分画及び分析の典型的なスキームを図1に示す。このスキームにおける第一工程は、成分をその疎水性特性に基づいて分離するものである逆相HPLC(RPHPLC)である。化合物は高水性移動相中において逆相HPLCカラムに結合し、高有機移動相と共にRPHPLCカラムから溶出される。よって、ペプチドは線形又は非線形勾配の適切な有機溶媒を流すことによって、この技術を使用して分離することができる。
生成されたペプトン画分は、実施例に記載された細胞ベースのバイオアッセイを含む既知のバイオアッセイを使用して試験することができる。ペプトン誘導ペプチドの生物活性のアッセイは、典型的には培養培地中に当該ペプチドを含む細胞培養物における様々な培養パラメータの測定に基づく。そのようなパラメータは、例えば細胞密度、生細胞数、生産された異種ポリペプチド(例えば抗体)の生産性を含む。そのようなアッセイは、例えばFranek等, Biotechnol. Prog. 16:688-692 (2000);Franek等, Biotechnol. Prog. 18:155-158 (2002);Franek等, Biotechnol. Prog. 19:169-174 (2003);Franek等, Biotechnol. Prog. 21:96-08 (2005)に開示されている。
よって、ペプトン及びペプトン画分の組成は質量分析法(MS)、NMR、ICPMS、アミノ酸分析、及び当該分野でよく知られているこれら及び他の技術の様々な組合せによって分析することができる。
質量分析計は、イオン源、質量分析器、イオン検出器、及びデータ獲得ユニットからなる。先ず、ペプチドがイオン源でイオン化される。ついで、イオン化されたペプチドは質量分析器においてその質量対電荷比に従って分離され、別のイオンが検出される。質量分析計は、特にマトリックス支援レーザー脱離イオン化質量分析法(MALDI−TOF)及びエレクトロスプレーイオン化(ESI)法の発明以来、タンパク質の分析において広く使用されている。例えばMALDI−TOF及び三重又は四重極−TOF、又はESIと対になったイオントラップ質量分析器を含む幾つかのタイプの質量分析器がある。よって、例えばQ−Tof−2質量分析器は、全質量スペクトル範囲にわたってイオンの同時検出を可能にする直交飛行時間分析器を利用する。更なる詳細については、例えばChemusevich等, J. Mass Spectrom. 36:849-865 (2001)を参照のこと。
コンビナトリアルペプチドライブラリーは当該分野でよく知られており、かかるライブラリーの生成とスクリーニングの方法は標準的なテキスト、例えばCombinatorial Peptide Library Protocols (Methods in Molecular Biology), Shmuel Cabilly編, Humana Press Inc. 1998に記載されている。
本発明に従って同定されるペプチドは、ペプチド合成の一般的な方法、例えば合成において使用されるアミノ酸モノマーのN末端を保護するためにFmoc(9H−フルオレン−9−イル−メトキシ−カルボニル)又はBoc(tert−ブトキシカルボニル)保護基を使用して、様々な形態で実施することができる固相合成法によって合成することができる。自動合成機は双方の技術に対して市販されているが、固相合成法はまたマニュアルで実施することができる。更なる詳細については、例えばAtherton, E., Sheppard, R.C. (1989).Solid Phase peptide synthesis: a practical approach.Ocford, England: IRL Press.ISBN 0199630674;及びStewart, J.M., Young, J.D. (1984). Solid phase peptide synthesis, 2版, Rockford: Pierce Chemical Company, 91. ISBN 0935940030を参照のこと。
本発明のジ−及びトリ−ペプチドは、抗体を含む組換えポリペプチドの生産に使用される増殖培地の成分として使用することができる。
例えば抗体のような組換えポリペプチドは、様々な真核生物及び原核生物宿主生物中で生産されうる。
材料と方法
TubeSpinバイオアッセイ
TubeSpinバイオアッセイを設計し、1.5×106細胞/mLの初期生細胞密度を使用して5ミリリットル(mL)の作用体積中での細胞増殖及び生産性(それぞれ生細胞密度及び生産した抗体の濃度によって決定)に対する細胞培養培地添加剤の効果を調べた。
PP3の20%(w/v)水溶液を調製し、直ぐに使用した。5×5cmのステンレス鋼カラムにWaters分取C18シリカ(125Å孔径;55−105ミクロンの粒径)を充填した。該カラムは、10容量の水中0.02%(w/v)トリフルオロ酢酸(TFA)(バッファーA)で前もって平衡にしておき、60ml/分の流量で操作した。上記PP3溶液の200mLをカラムに充填した。カラムの溶媒コントロールと溶出液モニターは、Unicornソフトウェア(GE Healthcare)によって制御されるAktaクロマトグラフィーシステムを使用して達成した。充填後、カラムを、280nmでの溶出液の吸光度がベースラインに達するまでバッファーAで洗浄する。ついで、カラムを、0.02%のTFAを含む85%(v/v)アセトニトリル(ACN)で洗浄し結合物質を溶出させた。画分の生物学的活性を、バイオアッセイを使用して検査した。
C18からのフロースルー物質をロータリーエバポレーターによって濃縮し、G−15セファデックスカラム(7cm直径×50cm長)で更に分画した。該カラムは充填前に脱イオン水で平衡にし、C18フロースループール全体を充填した。画分を集め、上述のバイオアッセイを使用して活性を検査した。
活性な画分の試料を、Hypercarb(グラファイト)カラム(5ミクロン粒径;カラム寸法:0.1mm×50mm)を使用して分析した。使用したバッファーは、バッファーA:水性0.02%TFA;及びバッファーB:85%ACN+0.02%TFAであった。様々な体積(0−10マイクロリットル)を、バッファーAで予め平衡にしておいたカラムに充填し、50%のバッファーBまで線形勾配で25分にわたって操作した。カラムは0.1ml/分の流量で操作した。溶媒コントロールは、ダイオードアレイディテクターを備えたAgilent 1100HPLCとMSDシングル四重極質量分析計を用いて達成した。システム全体はAgilent Chemstationソフトウェアの制御下にあった。
Q−TOF(Waters Corporation)又はOrbitrap質量分析器(Thermofinnigan)を使用して高分解能質量分析を実施した。機器はスタティックスプレーモードで操作し、質量精度は双方とも<5ppmであることが分かった。スペクトルを使用して精確な質量情報を得、これを使用してペプチドライブラリー情報と相関させた。
上で検討したようにして決定した質量と相関付けるために必要な質量精度を持つジペプチド及びトリペプチドのインシリコライブラリーを構築した。
Fmoc固相ペプチド合成法を使用してトリペプチドライブラリーを作製した。該ライブラリーは全ての可能なアルギニン(R)で終端するトリペプチド、つまりXXRを含むように設計した。
PP3の分画
PP3分画及び分析のスキームを図1に模式的に示す。
PP3の初期分画を、逆相HPLCを使用して達成した。図2に示すクロマトグラムは、PP3の逆相クロマトグラフィープロファイルを示す。質量の殆ど(初期乾燥重さの〜70%)が殆どの生物活性がそうであるようにカラムを流通する。
C18からのフロースルー画分を濃縮し、サイズ排除クロマトグラフィーのためにG−15セファデックスに充填した。その結果を図3に示す。
活性な成分の分子の性質についての情報を得るために質量分析法を使用して活性な画分を分析した。図5は、上述のようにして得られたG15プールの試料から得られた代表的な質量スペクトルを示す。該スペクトルは<500Daの質量の数多くのピークを含んでいる。スペクトルの一つの顕著な特徴は、それらが14の質量単位だけ質量が異なる多くのピークを繰り返して含んでいるという事実であった。また、175.1m/zのピーク(図5)は、正確な質量及び続く元素組成分析によってアルギニンとして同定された。更に、衝突解離(CID)を使用する図5に示されたスペクトルからの3つの質量(403.2,389.2及び375.2m/z;ボックスでマーク)の分析は、<200Daの質量範囲において同様な断片化パターンを明らかにした。これは3つの質量の各々からの175.1m/zでの無傷のアルギニン残基の同定を含んでいた。また、精確な質量測定に基づいて、これらの分子は次の可能なアイデンティティを有するペプチドとして同定された:
403.2Da: EVR;DIR;DLR
389.2Da: LTR;ITR
375.2Da: SIR;SLR;TVR
上記配列中の最初の2のアミノ酸の順序はまた逆にすることもできるであろう。個々のアミノ酸の組合せにおける重複性のため幾つかの可能性が各質量において存在する。
ペプトン画分からの質量スペクトルに見られる14の質量単位の反復構造とこれらの分子群におけるC末端アルギニンの存在は、動物組織から生じるPP3中のペプチドの酵素的につくり出される「コンビナトリアルライブラリー」の存在を示唆している。この考えを更に調査するために、我々はC末端アルギニン含有トリペプチドのインシリコライブラリーを作製することを決めた。該ライブラリーは400の可能なペプチドを含み、その質量組成と分布は図6に示すグラフに表す。その分布は、14Daの間隔で反復ピークを有するペプトン画分に見られる14質量単位の差に確かに類似している。
C末端アルギニン含有ペプチドがPP3画分に見られる活性の幾つかの原因であるかも知れないという考えを更に探求するために、我々は固相(Fmoc)ペプチド合成法を使用してこれら分子のコンビナトリアルライブラリーを作製した。凍結乾燥したペプチドを含むライブラリーを脱イオン水に溶解させ、溶液のpHをNaOHで〜7.0に調節した。ついで、その溶液を、G−15カラムを使用して脱塩した。ライブラリーの画分を集め、ロータリーエバポレーターによって濃縮させ、質量分析法とバイオアッセイによってアッセイした。質量スペクトル分析はジペプチド及びトリペプチドの双方の存在を明らかにした。混合物中に見出されたジペプチドは、ある割合の失敗したペプチド合成反応から生じたと考えた。
質量分析法は数多くのピークの存在を明らかにしたが、これを上で言及したインシリコライブラリーと比較した。表1はこの画分に見出されたペプチドの質量、アイデンティティ及び相対強度を列挙している。割り当ては<5ppmの誤差の精確な質量測定に基づいている。このリストは、この画分中に存在する全てのペプチドの部分的なリストである。
上述のようにして調製されたXXRペプチドについてバイオアッセイにおいて活性を調べ、細胞増殖と力価について有意なポジティブな効果を有していることが見出された。
この実施例で得られた結果は、PP3が<500Daの分子量の活性分子を含むことを示している。これらの分子の幾つかはC末端アルギニン含有トリペプチドとして同定された。これらのペプチドのコンビナトリアルライブラリーは6日のバイオアッセイで生物学的活性を示した。我々は、C末端アルギニン含有トリペプチドがPP3の増殖及び力価促進活性に対して少なくとも部分的に寄与していると結論付けた。
Claims (23)
- 式
(X1)nX2R
(上式中、X1とX2は同一か異なっていてもよく、独立してアルギニン以外の何れかのアミノ酸からなり;
nは0又は1であり;
Rはアルギニンを表す)
のペプチドであって、ペプトンの生物学的活性を示すペプチド。 - ペプトンの分画によって得られる請求項1に記載のペプチド。
- 上記ペプトンがPP3である請求項2に記載のペプチド。
- 表1に列挙されたペプチドから選択される請求項1に記載のペプチド。
- トリペプチドである請求項1に記載のペプチド。
- トリペプチドが表1に列挙されたペプチドから選択される請求項5に記載のペプチド。
- 上記生物学的活性が、細胞増殖の促進、細胞密度の促進;生細胞数;及び組換え宿主細胞培養における生産収量の増加からなる群から選択される請求項1に記載のペプチド。
- 請求項1に記載のペプチドを含有する組成物。
- 細胞培養培地である請求項8に記載の組成物。
- 請求項1に記載のペプチドを含有する細胞培養物。
- 組換え宿主細胞の培養物である請求項10に記載の細胞培養物。
- 上記宿主細胞が真核生物宿主細胞である請求項11に記載の細胞培養物。
- 上記宿主細胞が、チャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞である請求項12に記載の細胞培養物。
- 上記組換え宿主細胞培養が異種タンパク質を生産する請求項11に記載の細胞培養物。
- 上記組換えタンパク質が抗体又は抗体断片である請求項14に記載の細胞培養物。
- 請求項1に記載の二以上のペプチドの混合物。
- 式
(X1)nX2R
(上式中、X1とX2は同一か異なっていてもよく、独立してアルギニン以外の何れかのアミノ酸からなり;
nは0又は1であり;
Rはアルギニンを表す)
のペプチドを含み、
該ペプチドの少なくとも幾らかがペプトン生物学的活性を示す、コンビナトリアルペプチドライブラリー。 - 式
(X1)nX2R
(上式中、X1とX2は同一か異なっていてもよく、独立してアルギニン以外の何れかのアミノ酸からなり;
nは0又は1であり;
Rはアルギニンを表す)
のペプチドから本質的になり、
該ペプチドの少なくとも幾らかがペプトン生物学的活性を示す、請求項17に記載のコンビナトリアルペプチドライブラリー。 - 式
(X1)nX2R
(上式中、X1とX2は同一か異なっていてもよく、独立してアルギニン以外の何れかのアミノ酸からなり;
nは0又は1であり;
Rはアルギニンを表す)
のペプチドからなり、
該ペプチドの少なくとも幾らかがペプトン生物学的活性を示す、請求項17に記載のコンビナトリアルペプチドライブラリー。 - 異種タンパク質の組換え生産方法であって、上記タンパク質をコードする核酸を含む組換え宿主細胞を、上記異種タンパク質の発現に適した条件下で培養培地中で培養することを含み、上記培養培地が請求項1に記載の少なくとも一のペプチドを含む方法。
- 上記宿主細胞が、真核生物宿主細胞である請求項20に記載の方法。
- 上記組換え宿主細胞が原核生物宿主細胞である請求項20に記載の方法。
- 上記異種タンパク質が抗体又は抗体断片である請求項20に記載の方法。
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