JP2010518841A - 新しい癌マーカー - Google Patents
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Abstract
Description
したがって、プロモーター領域内のCpGアイランドが癌において高頻度で高メチル化されるさらなる遺伝子の同定が望ましい。
a)上述の対象から得たサンプル中の少なくとも1つの遺伝子のプロモーター領域、最初のエクソン又はイントロン、の核酸配列内のCpG部位のメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はメチル化状態を測定する
を含んで成り、ここで、上記遺伝子が以下の:
CNRIP1、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000119865、entrez ID 25927によって特定されるもの;
SPG20、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000133104、entrez ID 23111によって特定されるもの;
FBN1、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000166147、entrez ID 2200によって特定されるもの;
SNCA、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000145335、entrez ID 6622によって特定されるもの;及び
INA、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000148798、entrez ID 9118によって特定されるもの
から成る群から選択される前記方法に関する。
b)上記のメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態を基準と比較し;そして
c)上記のメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態が、上記基準のメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又CpG部位のメチル化状態に比べて高ければ、上記対象が、癌を発症しやすいか、発症しているか、又は発症する可能性が高いか、あるいは、癌治療後に再発していると断定し、そして、上記のメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態が、上述の基準のメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態を下回っていれば、対象が、癌を発症しにくいか、発症していないか、又は発症する可能性が低いか、あるいは、癌治療後に再発していないと断定する
をさらに含むことができる。
a)対象からのサンプルのメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態を測定し;
b)健康人集団からのサンプルから得られた上記の少なくとも1つの遺伝子のメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態に関するパーセンタイル・プロットを作成し;
c)健康人集団で測定したメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態、及び癌に罹患している集団で測定したメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態に基づくROC(受信者動作特性)曲線を作成し;
d)感度と特異性の所望の組み合わせをROC曲線から選択し;
e)決定した又は選択した特異性に相当するメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態をパーセンタイル・プロットから決定し;そして
f)サンプル中の上述の少なくとも1つの遺伝子のメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態が、上述の感度/特異性の所望の組み合わせに相当するメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態に比べて等しいか、又はそれより高ければ、上記対象が癌に罹患している可能性が高いと予測し、そして、サンプルのメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態が、上述の感度/特異性の所望の組み合わせに相当するメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態に比べて低ければ、上記対象が癌に罹患している可能性が低いか又は罹患していないと予測する
を含んで成る前記方法に関する。
CNRIP1、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000119865、entrez ID 25927によって特定されるもの;
SPG20、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000133104、entrezid23111によって特定されるもの;
FBN1、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000166147、entrez ID 2200によって特定されるもの;
SNCA、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000145335、entrez ID 6622によって特定されるもの;及び
INA、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000148798、entrez ID 9118によって特定されるもの
から選択される遺伝子の核酸配列にそれぞれ相補的である1つ以上のオリゴヌクレオチド・プライマー又は1つ以上のオリゴヌクレオチド・プライマーのセットを含んで成る前記キットにさらに関係する。
CNRIP1、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000119865、entrez ID 25927によって特定されるもの;
SPG20、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000133104、entrez ID 23111によって特定されるもの;
FBN1、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000166147、entrez ID 2200によって特定されるもの;
SNCA、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000145335、entrez ID 6622によって特定されるもの;及び
INA、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000148798、entrez ID 9118によって特定されるもの
を含んで成る群から選択される1つ以上の遺伝子の使用方法にさらに関係する。
A)配列番号6、配列番号7、配列番号9、配列番号13、配列番号14、及び配列番号16のいずれかによって規定される核酸配列;
B)A)で規定された配列に相補的である核酸配列;
C)A)又はB)で規定された核酸配列の部分配列;
D)A)、B)、又はC)で規定された配列と少なくとも75%同一である核酸配列
から成る群から選択される核酸配列を含んで成る前記方法に関係する。
A)配列番号6、配列番号7、配列番号9、配列番号13、配列番号14、及び配列番号16のいずれかによって規定される核酸配列;
B)A)で規定された配列に相補的である核酸配列;
C)A)又はB)で規定された核酸配列の部分配列;
D)A)、B)、又はC)で規定された配列と少なくとも75%同一である核酸配列
から成る群から選択されるメチル化核酸配列を認識する抗体をさらに提供する。
別段の規定がない限り、本明細書中に使用されるすべての技術用語及び学術用語は、本願発明が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を持っている。本明細書中に記載したものと同様又は同等のいずれかの方法及び材料が本発明の実施又は試験に使用できるが、好ましい方法及び材料が説明されている。本発明の目的のために、次の用語が規定される。
メチル化は、細胞分裂を通して引き継がれる非配列ベースの変化と規定されるエピジェネティックな変化(epigentic change)である。
「高メチル化」は、このような文脈において、基準メチル化を上回るメチル化である。基準メチル化は、健康被験者又は正常組織からのサンプル中の遺伝子のメチル化である。よって、正常組織で非メチル化であるところのメチル化遺伝子は、高メチル化に分類されるだろう。「メチル化状態」は、少なくとも1つの核酸配列内の1つ以上のCpG部位におけるメチル修飾の存在又は不存在の程度である。1つ以上のCpG部位のメチル化状態が着目する特定遺伝子の複数のコピーにおいて好ましくは測定されることを理解すべきである。
「CpG部位」は、その長さに沿って直鎖塩基配列のグアニン・ヌクレオチドの隣にシトシン・ヌクレオチドが現れるDNA領域である。「CpG」は、リン酸によって隔てられたシトシンとグアニンを表し、そのリン酸がDNA内で2つのヌクレオシドを結びつけている。「CpG」表記法は、グアニンと塩基対を形成するシトシンと、シトシンとそれに続くグアニンを区別するのに使用される。
「プロモーター領域又は配列」は、所定の遺伝子の転写開始部位から1000bp上流に伸びる連続した核酸配列、及び転写開始部位から300塩基対川下に伸びる連続した核酸配列を含んで成る。配列リストでは、上流配列が小文字で示されているのに対して、下流配列は大文字で示されている。配列の3’部分では、イントロン配列が小文字で示されている。
「転写開始部位」は、転写が開始される地点を説明するために現在の発明と関連して使用される。転写は、遺伝子内の1以上の部位において開始でき、そして、1つの遺伝子が複数の転写開始部位を持つことができ、そのいくつかが特定の細胞型又は組織における転写に特異的であり得る。
遺伝子は、ポリペプチド鎖の産生及び調整に関与するDNA領域である。遺伝子には、イントロン、エクソン、プロモーター、イニシエーター、エンハンサー、ターミネーター、マイクロRNAs、及び他の調節エレメントを含めたコード部分と非コード部分の両方が含まれる。本明細書中に使用される、「遺伝子」は、少なくとも遺伝子の一部を意味するものである。よって、例えば、「遺伝子」は、本発明の目的のためのプロモーターであると考えることができる。したがって、本発明の1つの態様において、遺伝子のパネルの少なくとも1つのメンバーは、全遺伝子の中の非コード部分を含んで成る。特定の態様において、遺伝子の非コード部分はプロモーターである。他の態様において、遺伝子の中の全パネルのすべてのメンバーが、これだけに制限されることなく、イントロンなどの、遺伝子の非コード部分を含んで成る。他の特定の態様において、遺伝子の中のメンバーの非コード部分はプロモーターである。本発明の他の態様において、遺伝子の中のパネルの少なくとも1つのメンバーは、その遺伝子のコード部分を含んで成る。他の態様において、遺伝子の中の全パネルのすべてのメンバーは、遺伝子のコード部分を含んで成る。
「癌」は、細胞が攻撃的(通常の制限に関係なく増殖し、そして、分裂する)、侵襲的(周囲の組織に浸潤し、そして、破壊する)、そして、時々、転移的(体内の他の場所に拡散する)である疾患群である。癌のこれらの3つの悪性特性が、増殖において自己限定的であり、且つ、通常、浸潤又は転移しない良性腫瘍とそれらを区別する。
バイオマーカーは、その検出が特定の病状を示す物質であってもよい。バイオマーカーはまた、疾患の危険性若しくは進行、又は所定の処置に対する疾患の感受性と相関するタンパク質の発現又は状況の変化も示し得る。優れたバイオマーカーは、個人の疾患の危険性、疾患の存在を診断するか、又は個人の疾患に対する個別化治療に使用できる。バイオマーカー及びマーカーといった用語は、本文脈の中で互換的に使用される。
対象が、癌を発症したか、発症しているか、又は発症しやすいか、あるいは、対象が癌治療後に再発しているかどうかを判定することに加えて、本発明による方法は、対象における癌の進行を検出するのにも使用できる。これは、異なる時点における対象の1つ以上の遺伝子のメチル化状況又はレベルを測定し、次に、経時的に1つ以上の遺伝子のメチル化状態又はレベルで相違を測定することによっておこなわれ得る。経時的なメチル化状態又はレベルの相違は、対象が、癌を発症したか、発症しているか、又は発症しやすいか、あるいは、対象が癌治療後に再発しているかどうかの指標となり得る。
サンプルは、これだけに制限されることなく、治療される新生物の一部などの組織切片又は生検検体であり、又はそれは周囲の正常組織の一部であってもよい。サンプルは、好ましくは、これだけに制限されることなく、血液、大便(糞便(feaces))、尿、胸膜液、胆汁、気管支液、うがい液(oral washings)、組織生検、腹水、膿、脳脊髄液、穿刺液(aspitate)、卵胞液、組織又は粘液である。サンプルは、アッセイされる前に処理されてもよい。例えば、サンプルは、希釈されるか、濃縮されるか、又は精製されてもよく、及び/又は内部標準などの少なくとも1つの化合物が、サンプルに加えられてもよい。別々のサンプルを扱う手順は、当業者に知られている。本発明によるすべての方法が、好ましくは、サンプルの試験管内分析に関係することを理解すべきである。
用語「サンプルのメチル化頻度」は、本明細書中では、メチル化されているサンプルの定量的測定、すなわち、着目の遺伝子がメチル化されているサンプルの相対数と規定される。例として、表3から明らかであるように、結腸細胞株からの20個のサンプルのうちの20個がメチル化されている、CNRIP1のサンプルのメチル化頻度は100%である。メチル化されているサンプルの相対量は、感度とそれぞれの遺伝子の特異性に基づいて見積もられる基準又はカットオフ・レベルと比較される。
対象が癌を発症したか、発症しているか、又は発症しやすいか、あるいは、癌治療後に対象が再発しているかどうか判定するために、基準、基準レベル又は基準値が定められなければならない。基準はまた、アッセイ及び方法の変化、キットの変化、取り扱いの変化、互いの若しくは他の公知のマーカーとのマーカーの組み合わせに関連する変化、及び直接的又は間接的にメチル化に関連しないその他の変化を計算に入れることも可能にする。
基準又は基準レベルは、この関係において、健康対照集団と知られている癌に罹患している集団の両方のパラメーター(メチル化状態又はメチル化レベル)を計測することによって決定された値又はレベルと理解すべきであり、それによって、健康対照者集団と癌患者集団のパラメータ値と知られている臨床データとの関係の分析に基づく所定の特異性又は所定の感度のいずれかを用いて癌集団を特定する。
いずれかの所定のスクリーニング試験の感度は、その試験によって正しく特定又は診断される、病態を有する人の割合であり、例えば、所定の病態を有するすべての人が陽性の試験であれば、感度は100%である。所定のスクリーニング試験の特異性は、その試験によって正しく特定又は診断される、病態を有さない人の割合であり、例えば、病態を有さないすべての人に陰性の試験結果を得れば、100%の特異性がある。
診断試験の精度は、その受信者動作特性(ROC)によって最もよく説明される(特にZweig,M. H.,and Campbell,G.,Clin.Chem.39(1993)561−577を参照のこと)。ROCグラフは、観察されたデータの全範囲にわたる基準レベルの連続的な変化に起因する感度/特異性対のプロットである。
対象が、例えば、癌を発症する危険性が高いかどうか判定するために、陽性試験のカットオフ制限が確立されなければならない。このカットオフは、実験室によって、医師によって、又は各対象に基づいて個別的に確立され得る。
いくつかの腫瘍サプレッサ遺伝子が、CpGアイランド・プロモーターのメチル化によって不活性化されることが確認された。例としては、転写開始点の約200塩基対上流の限られた数のCpG部位の高メチル化が遺伝子発現の欠如と不変的に相関するMLH1遺伝子がある。
本発明は、結腸直腸癌などの癌において並外れて高い頻度で高メチル化される遺伝子が、Lindらによって先に議論された21種類の遺伝子から選択される6種類の遺伝子の特定サブセットの中で見つけられたという知見に基づく。これらの非常に好適な高メチル化マーカーには、CNRIP1、SPG20、FBN1、SNCA、INA、及びMALが含まれる。例えば、MALに関する知見は、MALの高メチル化が結腸直腸癌において低頻度でしか見られない先の報告に反している。
a)上述の対象から得たサンプル中の少なくとも1つの遺伝子のプロモーター領域、最初のエクソン又はイントロン、の核酸配列内のCpG部位のメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はメチル化状態を測定する、
を含んで成り、ここで、上記遺伝子が以下の:
CNRIP1、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000119865、entrez ID 25927によって特定されるもの;
SPG20、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000133104、entrez ID 23111によって特定されるもの;
FBN1、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000166147、entrez ID 2200によって特定されるもの;
SNCA、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000145335、entrez ID 6622によって特定されるもの;及び
INA、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000148798、entrez ID 9118によって特定されるもの
から成る群から選択される前記方法に関する。
前記方法は、以下のステップ:
b)上記のメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態を基準と比較し;そして
c)上記のメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態が、上記基準のメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又CpG部位のメチル化状態に比べて高ければ、上記対象が、癌を発症しやすいか、発症しているか、又は発症する可能性が高いか、あるいは、癌治療後に再発していると断定し、そして、上記のメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態が、上述の基準のメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態を下回っていれば、対象が、癌を発症しにくいか、発症していないか、又は発症する可能性が低いか、あるいは、癌治療後に再発していないと断定する
をさらに含むことができる。
a)対象からのサンプルのメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態を測定し;
b)健康人集団からのサンプルから得られた上記の少なくとも1つの遺伝子のメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態に関するパーセンタイル・プロットを作成し;
c)健康人集団で測定したメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態、及び癌に罹患している集団で測定したメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態に基づくROC(受信者動作特性)曲線を作成し;
d)感度と特異性の所望の組み合わせをROC曲線から選択し;
e)決定した又は選択した特異性に相当するメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態をパーセンタイル・プロットから決定し;そして
f)サンプル中の上述の少なくとも1つの遺伝子のメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態が、上述の感度/特異性の所望の組み合わせに相当するメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態に比べて等しいか、又はそれより高ければ、上記対象が癌に罹患している可能性が高いと予測し、そして、サンプルのメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態が、上述の感度/特異性の所望の組み合わせに相当するメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態に比べて低ければ、上記対象が癌に罹患している可能性が低いか又は罹患していないと予測する
を含んで成る前記方法を提供する。
A)配列番号6、配列番号7、配列番号9、配列番号13、配列番号14、及び配列番号16のいずれかによって規定される核酸配列;
B)A)で規定された配列に相補的である核酸配列;
C)A)又はB)で規定された核酸配列の部分配列;
D)A)、B)、又はC)で規定された配列と少なくとも75%同一である核酸配列
から成る群から選択される配列を含んで成る核酸配列のメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状況を測定するステップを含んで成る方法が含まれる。
A)配列番号6、配列番号7、配列番号9、配列番号13、配列番号14、及び配列番号16のいずれかによって規定される核酸配列;
B)A)で規定された配列に相補的である核酸配列;
C)A)又はB)で規定された核酸配列の部分配列;
D)A)、B)、又はC)で規定された配列と少なくとも75%同一である核酸配列
から成る群から選択される追加遺伝子の核酸配列内のCpG部位のメチル化状況を測定するステップを含んでもよい。
A)配列番号6、配列番号7、配列番号9、配列番号13、配列番号14、及び配列番号16のいずれかによって規定される核酸配列;
B)A)で規定された配列に相補的である核酸配列;
C)A)又はB)で規定された核酸配列の部分配列;
D)A)、B)、又はC)で規定された配列と少なくとも75%同一である核酸配列
である。
トロンボスポンジン・タイプ1モチーフを有するアダム・メタロペプチダーゼ(ADAMTS1、C3−C5、KIAA1346、METH1);
ビメンチン(VIM);
分泌型Frizzled関連タンパク質1(SFRP1);及び
分泌型Frizzled関連タンパク質2(SFRP2)、
から成る群から選択される。
i)配列番号33、配列番号34、配列番号35、及び配列番号36のいずれかによって規定される核酸配列;
ii)i)で規定された配列に相補的な核酸配列;
iii)i)又はii)で規定された核酸配列の部分配列;
iv)i)、ii)、又はiii)で規定された配列に対して、少なくとも75%同一である、例えば、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、又は少なくとも99%ほど同一である核酸配列
から成る群から選択される配列を含んで成る核酸配列内のCpG部位のメチル化状況を測定するステップを含んでもよい。
I)配列番号1〜4から成る群から選択される配列を含んで成る核酸配列、及びその関連配列、並びに
II)前の段落で規定された1つ、2つ、又は3つの核酸配列
の中のプロモーター領域内の核酸配列におけるメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態を測定するステップを含んで成る。
I)配列番号6から成る配列を含んで成る核酸配列、及びその関連配列、並びに
II)前の段落で規定された1つ、2つ、又は3つの核酸配列
の中のプロモーター領域内の核酸配列におけるメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態を測定するステップを含んで成る。
I)配列番号7から成る配列を含んで成る核酸配列、及びその関連配列、並びに
II)前の段落で規定された1つ、2つ、又は3つの核酸配列
の中のプロモーター領域内の核酸配列におけるメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態を測定するステップを含んで成る。
I)配列番号9から成る配列を含んで成る核酸配列、及びその関連配列、並びに
II)前の段落で規定された1つ、2つ、又は3つの核酸配列
の中のプロモーター領域内の核酸配列におけるメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態を測定するステップを含んで成る。
I)配列番号13〜14から成る群から選択される配列を含んで成る核酸配列、及びその関連配列、並びに
II)前の段落で規定された1つ、2つ、又は3つの核酸配列
の中のプロモーター領域内の核酸配列におけるメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態を測定するステップを含んで成る。
I)配列番号16から成る配列を含んで成る核酸配列、及びその関連配列、並びに
II)前の段落で規定された1つ、2つ、又は3つの核酸配列
の中のプロモーター領域内の核酸配列におけるメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態を測定するステップを含んで成る。
CNRIP1、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000119865、entrez ID 25927によって特定されるもの;
SPG20、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000133104、entrez ID 23111によって特定されるもの;
FBN1、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000166147、entrez ID 2200によって特定されるもの;
SNCA、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000145335、entrez ID 6622によって特定されるもの;及び
INA、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000148798、entrez ID 9118によって特定されるもの;
MAL、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000172005によって特定されるもの
から成る群から選択される。
よって、先に説明した理由のために、メチル化レベル又はメチル化状態は、1種類以上の他のマーカーの測定値に組み合わせられ、そして、複合基準レベルと比較され得る。計測されたマーカー・レベルは、足し算、引き算、掛け算などの算術演算、並びにパーセンテージ、平方根、累乗法、及び対数関数の計算操作によって組み合わせることができる。レベルはまた、様々なモデル、例えば、ロジスティック回帰及び最尤推定を使用した操作に従って組み合わせることもできる。様々なバイオマーカー組み合わせ、及び組み合わせられた基準値の様々な計算手段が、技術を有する受信者(skilled addressee)に知られている手段によって実施され得る。
本発明による異なるマーカー遺伝子の組み合わせによって、相乗効果を達成できる。
具体的には、本明細書中では、相乗効果は、一緒に作用するいくつかのマーカーが、別々のマーカーの感度又は特異性のみを知ることによって予測されたものと比べて、診断のためのより高い感度又は特異性を有する「複合マーカー・シグナル」を生み出す現象を指す。
SPG20、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000133104、entrez ID 23111によって特定されるもの;
FBN1、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000166147、entrez ID 2200によって特定されるもの;
SNCA、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000145335、entrez ID 6622によって特定されるもの;及び
INA、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000148798、entrez ID 9118によって特定されるもの
から成る群から選択される少なくとも1種類の追加マーカーのメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態を測定するステップと組み合わせて、CNRIP1のメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態を測定するステップを含んで成る。
CNRIP1、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000119865、entrez ID 25927によって特定されるもの;
FBN1、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000166147、entrez ID 2200によって特定されるもの;
SNCA、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000145335、entrez ID 6622によって特定されるもの;及び
INA、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000148798、entrez ID 9118によって特定されるもの
から成る群から選択される少なくとも1種類の追加マーカーのメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態を測定するステップと組み合わせて、SPG20のメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態を測定するステップを含んで成る。
CNRIP1、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000119865、entrez ID 25927によって特定されるもの;
SPG20、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000133104、entrez ID 23111によって特定されるもの;
SNCA、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000145335、entrez ID 6622によって特定されるもの;及び
INA、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000148798、entrez ID 9118によって特定されるもの
から成る群から選択される少なくとも1種類の追加マーカーのメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態を測定するステップと組み合わせて、FBN1のメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態を測定するステップを含んで成る。
CNRIP1、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000119865、entrez ID 25927によって特定されるもの;
SPG20、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000133104、entrez ID 23111によって特定されるもの;
FBN1、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000166147、entrez ID 2200によって特定されるもの;及び
INA、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000148798、entrez ID 9118によって特定されるもの
から成る群から選択される少なくとも1種類の追加マーカーのメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態を測定するステップと組み合わせて、SNCAのメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態を測定するステップを含んで成る。
CNRIP1、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000119865、entrez ID 25927によって特定されるもの;
SPG20、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000133104、entrez ID 23111によって特定されるもの;
FBN1、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000166147、entrez ID 2200によって特定されるもの;及び
SNCA、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000145335、entrez ID 6622によって特定されるもの
から成る群から選択される少なくとも1種類の追加マーカーのメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態を測定するステップと組み合わせて、INAのメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態を測定するステップを含んで成る。
本発明は、遺伝子又は遺伝子パネルのメンバーのメチル化状態を評価するために使用されるアッセイのタイプによって制限されない。実際には、遺伝子又は遺伝子パネルのメチル化状況又はレベルを測定するために用いられるあらゆるアッセイが、本発明の目的のために十分であるべきである。
本発明によるマーカーは、それらの高い感度と特異性のため、癌のマーカーとしての使用に非常に好適である。よって、本発明のもう一つの側面は、対象が癌を発症したか、発症しているか、又は癌を発症しやすいか、あるいは、対象が癌治療後に再発しているかどうかに関する指標として、メチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態が評価される診断アッセイにおける、以下の:
CNRIP1、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000119865、entrez ID 25927によってを特定されるもの;
SPG20、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000133104、entrez ID 23111によって特定されるもの;
FBN1、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000166147、entrez ID 2200によって特定されるもの;
SNCA、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000145335、entrez ID 6622によって特定されるもの;及び
INA、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000148798、entrez ID 9118によって特定されるもの
から成る群から選択される1種類以上の遺伝子の使用に関係する。
A)配列番号6、配列番号7、配列番号9、配列番号13、配列番号14、及び配列番号16のいずれかによって規定される核酸配列;
B)A)で規定された配列に相補的な核酸配列;
C)A)又はB)で規定された核酸配列の部分配列;
D)A)、B)又はC)で規定された配列に対して少なくとも75%同一である核酸配列
から成る群から選択される核酸配列を含んで成る、核酸配列の使用に関係する。
本発明はまた、メチル化された配列に対する抗体に関係する。よって、本発明の他の態様は、以下の:
A)配列番号6、配列番号7、配列番号9、配列番号13、配列番号14、及び配列番号16のいずれかによって規定される核酸配列;
B)A)で規定された配列に相補的な核酸配列;
C)A)又はB)で規定された核酸配列の部分配列;
D)A)、B)又はC)で規定された配列に対して少なくとも75%同一である核酸配列
から成る群から選択されるメチル化された核酸配列を認識する抗体に関係する。
好ましい側面において、本発明は、それぞれ、以下の:
CNRIP1、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000119865、entrez ID 25927によって特定されるもの;
SPG20、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000133104、entrez ID 23111によって特定されるもの;
FBN1、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000166147、entrez ID で2200によって特定されるもの;
SNCA、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000145335、entrez ID 6622によって特定されるもの;及び
INA、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000148798、entrez ID 9118によって特定されるもの
から選択される遺伝子の核酸配列に相補的である、1つ以上のオリゴヌクレオチド・プライマー、又は1セット以上のオリゴヌクレオチド・プライマーを含んで成る癌を判定するための診断キットを提供する。
CNRIP1、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000119865、entrez ID 25927によって特定されるもの;
SPG20、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000133104、entrez ID 23111によって特定されるもの;
FBN1、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000166147、entrez ID で2200によって特定されるもの;
SNCA、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000145335、entrez ID 6622によって特定されるもの;及び
INA、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000148798、entrez ID 9118によって特定されるもの
から成る群から選択される前記診断キットを提供する。
A)配列番号6、配列番号7、配列番号9、配列番号13、配列番号14、及び配列番号16のいずれかによって規定される核酸配列;
B)A)で規定された配列に相補的な核酸配列;
C)A)又はB)で規定された核酸配列の部分配列;
D)A)、B)、又はC)で規定された配列に対して少なくとも75%同一である核酸配列
から成る群から選択される配列を含んで成る核酸配列に相補的である/ハイブリダイズすることができる1つ以上のオリゴヌクレオチド・プライマー又はオリゴヌクレオチド・プライマーのセットを含んで成る。
トロンボスポンジン・タイプ1モチーフを有するアダム・メタロペプチダーゼ(ADAMTS1、C3−C5、KIAA1346、METH1);
ビメンチン(VIM);
分泌型Frizzled関連タンパク質1(SFRP1);及び
分泌型Frizzled関連タンパク質2(SFRP2)、
MAL(T細胞分化タンパク質);
ユビキチン・タンパク質リガーゼE3A(UBE3A、AS、ANCR、E6−AP、FLJ26981);
脳が発現した、X連鎖1(BEX1);
筋細胞エンハンサー因子2C、MEF2c
から成る群から選択される遺伝子のプロモーター領域/配列内の核酸配列に相補的である/ハイブリダイズすることができる1つ以上のオリゴヌクレオチド・プライマー又は1セット以上のオリゴヌクレオチド・プライマーを含んで成る。
A)配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号8、配列番号10、配列番号11、配列番号12、及び配列番号15のいずれかによって規定される核酸配列;
B)A)で規定された配列に相補的な核酸配列;
C)A)又はB)で規定された核酸配列の部分配列;
D)A)、B)、又はC)で規定された配列に対して少なくとも75%同一である核酸配列
から成る群から選択される配列を含んで成る核酸配列に相補的である/ハイブリダイズすることができる1以上のオリゴヌクレオチド・プライマー又はオリゴヌクレオチド・プライマーのセットを含んで成る。
i)配列番号33、配列番号34、配列番号35、及び配列番号36のいずれかによって規定される核酸配列;
ii)i)で規定された配列に相補的な核酸配列;
iii)i)又はii)で規定された核酸配列の部分配列;
iv)i)、ii)、又はiii)で規定された配列に対して少なくとも75%同一である、例えば、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、又は少なくとも99%ほど同一である核酸配列
から成る群から選択される配列を含んで成る核酸配列に相補的である/ハイブリダイズすることができる1つ以上のオリゴヌクレオチド・プライマー又は1セット以上のオリゴヌクレオチド・プライマーを含んで成る。
A)配列番号1のいずれかによって規定される核酸配列;
B)A)で規定された配列に相補的な核酸配列;
C)A)又はB)で規定された核酸配列の部分配列;
D)A)、B)、又はC)で規定された配列に対して少なくとも75%同一である核酸配列
から成る群から選択される核酸配列に相補的である/ハイブリダイズすることができる1つ以上のオリゴヌクレオチド・プライマー又は1セット以上のオリゴヌクレオチド・プライマーを含んで成る。
亜硫酸水素塩処理とメチル化特異的PCR
細胞株及び結腸直腸癌からのDNAを、先に記載のとおり亜硫酸水素塩で処理した(Grunau et al.及びFraga et al.)。それに対して、腺腫からのDNAを、CpGenome(商標)DNA修飾キット(Intergen、Boston, MA)のプロトコールに従って亜硫酸水素塩処理した(Smith−Sorensen et al.)。MAL、C3orf14、FBN1、MEF2c、CNRIP1、SPG20、UBE3A、SNCA、BEX、及びINAのプロモーター・メチル化状況を、それに続いて、非メチル化対立遺伝子とメチル化対立遺伝子の区別を可能にする方法であるメチル化特異的PCR(MSP)によって分析した(Herman et al.及びDerks et al.)。すべてのプライマーを、MethPrimer(Li及びDahiya)又はMethyl Primer Express(Applied Biosystems)を用いて設計した。それらの配列を、各PCR法についての産物断片長、プライマー位置、及びアニーリング温度と共に表1に列挙する。その断片を、HotStarTaq DNA Polymerase(QIAGEN Inc.、Valencia, CA)を使用して増幅し、そして、すべての結果物をMSPの独立した第2週目で確認した。
すべての断片をHotStarTaq DNA Polymeraseを用いて増幅し、そして、MinEluteゲル抽出キット(QIAGEN)によって2%のアガロースゲルから溶出した。それに続いて、サンプルを、3730シーケンサ(Applied Biosystems)によりdGTP BigDye Terminator Cycle Sequencing Ready Kit(Applied Biosystems、Foster City,CA)を使用して配列決定した。様々な断片のそれぞれのCpG部位のメチル・シトシンの概算量を、Melkiらによって以前に記載されているとおり、シトシン・シグナルのピークの高さと、シトシン及びチミン・シグナルのピークの高さの合計を比較することによって算出した。
メチル化特異的ポリメラーゼ連鎖反応(MSP)を、遺伝子:MAL、C3orf14、FBN1、SPG20、SNCA、BEX1、INA、CNRIP1、UBE3A、MEF2Cについて実施した。
MAL:56℃、1.5mMのMgCl2;
C3orf14:53℃、1.5mMのMgCl2;
FBN1:48℃、非メチル化反応について1.7mMのMgCl2、及びメチル化反応について2.0mMのMgCl2;
SPG20:56℃、1.5mMのMgCl2;
SNCA:53℃、1.5mMのMgCl2;
BEX1:51℃、1.5mMのMgCl2;
INA:55℃、1.5mMのMgCl2;
CNRIP1:52℃、1.5mMのMgCl2。
異なるサンプル中のマーカー遺伝子のメチル化
DNAを大便から精製し、そして、MSPを、先の実施例に記載のとおり、以下の遺伝子MAL、FBN1、CNRIP1、INA、SPG20、及びSNCAに関して実施した。
また、加えて、糞便サンプルを得た10人の患者のうちの9人で、血液サンプルも採取し、そして、結果を表5の中で比較した。
SPG20もまた、血液サンプル・スクリーニングのための非常に有望なマーカーと思われる。
異なる細胞株におけるINA、SNCA、CNRIP1、SPC20、又はFBN1の組織特異的サンプル・メチル化頻度
各サンプル(乳房、腎臓、卵巣、膵臓、前立腺、子宮、及び胃由来の細胞株)について、実施例2に記載のとおり、DNAを、MSP前に亜硫酸水素塩処理した。
定量的遺伝子発現解析を、以下の遺伝子:SPG20、INA、及びCNRIP1について実施した。
遺伝子発現を、6種類の結腸癌細胞株についてエピジェネティック薬での処理前後に計測した。大腸癌細胞株(n=6)におけるSPG20、INA、及びCNRIP1の相対発現レベルを計測した。発現レベルを、基準として未処理サンプルを使用したデルタデルタCT法から算出した倍数変化として表示する。ACTBとGUSBの平均発現を、内在性対照として使用した。
MALの高メチル化
64人の患者からの65個の結腸直腸癌(36個がマイクロサテライト安定;MSS、及び29個がマイクロサテライトの不安定性を有する;MSI)、52人の患者からサイズ中央値8mm、範囲5〜50mm(61個がMSS及び2個がMSI)である63個の腺腫、21人の大腸癌患者からの21個の正常粘膜サンプル(原発癌の遠位部位から採取)、並びに22人の癌に罹患していない人からの23個の正常な結腸直腸粘膜サンプルと、それに加えて、20個の大腸癌細胞株(11個がMSS及び9個がMSI)、及び様々な組織からの29個の癌細胞株(乳房、胃、腎臓、卵巣、膵臓、前立腺、及び子宮;表9)を含めた218個の新しい凍結サンプルからの患者及び細胞株DNAをメチル化分析にかけた。診断における平均年齢は、癌腫を患っている患者については70歳(33〜92歳の範囲)、腺腫を患っている人については67歳(62〜72歳の範囲)、正常粘膜提供者の第1群については64歳(24〜89歳の範囲)、そして、正常粘膜提供者の第2群については54歳(33〜86歳の範囲)であった。結腸直腸癌、及び癌患者からの正常サンプルを、ノルウェーの東南地区に位置する7つの病院から回収した任意抽出の見込みのあるシリーズから入手した。腺腫を、結腸直腸癌に関する集団ベースのS字結腸鏡スクリーニング・プログラムに参加した人から得た。癌に罹患していない人からの正常粘膜サンプルを死亡者から入手し、そして、正常なサンプルの全体集合の大部分(27/44)は粘液だけから成ったが、残りのサンプルを腸壁から採取した。現在の腫瘍シリーズのための追加的な臨床病理データには、性別及び腫瘍位置、並びにポリープ・サイズ、及び腺腫シリーズについて個人あたりのポリープの総数が含まれる。
原発性腫瘍及び正常粘膜サンプルからのDNAを、以前に記載したとおり、亜硫酸水素塩処理した。大腸癌細胞株からのDNAを、EpiTect亜硫酸水素塩キット(Qiagen Inc.、Valencia,CA,USA)を使用して亜硫酸水素塩処理した。全遺伝子のプロモーターのメチル化状況を、HotStarTaq DNAポリメラーゼ(Qiagen)を使用したメチル化特異的ポリメラーゼ連鎖反応(MSP)によって分析した。すべての結果を、独立した第2ラウンドのMSPで確認した。試験管内においてSss1メチルトランスフェラーゼ(New England Biolabs Inc.、Beverly,MA,USA)で処理したヒト胎盤DNA(Sigma Chemical Co、St.Louis,MO,USA)をメチル化MSP反応の陽性対照として使用し、それに対して、正常リンパ球からのDNAを非メチル化対立遺伝子の陽性対照として使用した。水を、両反応の陰性対照として使用した。MethPrimer及びMethyl Primer Expressを用いてプライマーを設計し、それらの配列を表7に列挙する。
すべての大腸癌細胞株(n=20)を、MALプロモーターの直接亜硫酸水素塩配列決定法にかけた。2つの断片:A断片、(我々のMSP産物と重複する)転写開始点に対してポイント−68〜168塩基に及ぶ、及び断片B、−427〜−23塩基に及ぶ、を増幅した。A断片は、全体で24個のCpG部位を対象とし、そして、それをHotStarTaq DNAポリメラーゼを使用して、35PCRサイクルで増幅した。断片Bは、全体で32個のCpG部位を対象とし、同じポリメラーゼを使用して、36PCRサイクルで増幅した。プライマー配列を、表8に列挙する。余分なプライマー及びヌクレオチドを、製造業者のプロトコールに従ってExoSAP−IT処理で取り除いた(GE Healthcare,USE Corporation、Ohio,USA)。精製した産物を、それに続いて、AB Prism 3730シーケンサ(Applied Biosystems)によりdGTP BigDye Terminator Cycle Sequencing Ready Reactionキット(Applied Biosystems、Foster City,CA,USA)を使用して配列決定した。それぞれのCpG部位のメチル・シトシンの概算量を、以前に記載したとおり、シトシン・シグナルのピークの高さを、シトシン及びチミン・シグナルのピークの高さの合計と比較することによって計算した。0〜0.20の範囲の比を有するCpG部位を非メチル化と分類し、そして、0.21〜0.80の範囲内のCpG部位を部分的メチル化と分類し、そして、0.81〜1.0の範囲のCpG部位を高メチル化と分類した。
全RNAを、Trizol(Invitrogen、Carlsbad CA, USA)を使用して、細胞株(n=46)、腫瘍(n=16)、及び正常組織(n=3)から抽出し、そして、RNA濃度を、ND−1000 Nanodrop(NanoDrop Technologies、Wilmington,DE,USA)を使用することで測定した。各サンプルに関して、全RNAを、ランダムプライマーを含むHigh−Capacity cDNA Archiveキット(Applied Biosystems)を使用してcDNAに変換した。MAL(Hs00242749 m1及びHs00360838 m1)、内在対照ACTB(Hs99999903 m1)、及びGUSB(Hs99999908 m1)を、推奨されるプロトコール(Applied Biosystems)に従って、96ウェル・ファースト・プレート内で別々に増幅し、そして、7900HT Sequence Detection System(Applied Biosystems)によってリアルタイム定量的遺伝子発現を計測した。すべてのサンプルを、三重反復試験で分析し、そして、中央値をデータ分析に使用した。(10種類の異なる細胞株からのRNAの混合物を含む;Stratagene)ヒト普遍的基準RNAを、検量線を作成するために使用し、そして、得られたMALの定量的な発現レベルを、2つの内在性対照の平均値に対して標準化した。
結腸直腸癌におけるタンパク質発現のその場検出において、組織マイクロアレイ(TMA)を、以前に記載した技術に基づいて構築した。TMAに埋め込まれているのは、281人に由来するエタノール固定し、そして、パラフィン包埋した腫瘍サンプルからの(直径0.6mmの)292個の円筒組織コアである。同じ患者シリーズからのサンプルを、様々な生物学的変数及び臨床的エンドポイントについて調べた。加えて、そのアレイは、対照として腎臓、肝臓、脾臓、及び心臓からの正常組織を含む。結腸直腸癌に関して知られている病歴のない4人からのエタノール固定した正常な結腸組織を別々に得た。
TMAブロックの5μm厚切片を、免疫組織学的分析のためにガラス・スライド上に移した。切片を、キシレン・バス内において10分間脱パラフィンで処理し、そして、一連の段階的なエタノール・バスにより再水和した。熱誘発エピトープ修復を、0.05%のTween−20を含む10mMのクエン酸バッファーpH6.0中に浸漬しながら、電子レンジにより最大効果(850W)にて15分間加熱し、それに続いて、100Wにて5分間加熱することによって実施した。室温に冷ました後に、DAKO Envision+(商標) K5007キットのプロトコールに従って、免疫組織化学的染色を実施した。
SPSS13.0ソフトウェア(SPSS、Chicago, IL, USA)を使用した両側統計的検定からすべてのP値を得た。フィッシャーの直接確率検定を、2×2分割表を分析するのに使用した。2×3表とカイ2乗検定を、MALの定量的遺伝子発現とプロモーターのメチル化状況の間の潜在的な関連を分析するために使用した。サンプルを、それらの遺伝子発現レベルにより2つのカテゴリに分けた:低発現には、すべての細胞株又はすべての腫瘍にわたる中央値に比べて、遺伝子発現が同等又は低いサンプルが含まれ、高発現には、中央値に比べて、高い遺伝子発現を有するサンプルが含まれた。メチル化状況を、3つのカテゴリ:非メチル化、部分的メチル化、及び高メチル化、に分けた。
MALのプロモーター・メチル化状況を、MSPを用いて分析した(図5)。23個の癌ではない提供者からの正常粘膜サンプルのうちの1つ(4%)、及び21個の原発性腫瘍から離れて採取された正常粘膜サンプルのうちの2つ(10%)がメチル化されていたが、ゲル電気泳動後に陽性対照と比較して、低い強度バンドだけが示された。63の腺腫のうちの45個(71%)及び49/61個の癌腫(80%)が、プロモーターの高メチル化を示した。20個の結腸癌細胞株のうちの19個(95%)、及び様々な組織(乳房、腎臓、卵巣、膵臓、前立腺、及び子宮)からの癌細胞株の15/26個(58%)が、高メチル化されていた(表9は組織特異的な頻度を列挙している)。
MALプロモーターの2つの重複断片を、20種類の大腸癌細胞株において亜硫酸水素塩配列決定した。結果を図6にまとめ、そして、代表的な生データは図7に見ることができる。そして、高い関連性は、MSPによって評価されるメチル化状況と、重複断片Aの亜硫酸水素塩配列決定の間で見られた。しかしながら、断片Bでは、MSPデータとの低い関連性しかなかった。転写開始点に対してより上流に位置しているこの断片に関して、いくつかの連続したCpG部位が、高い頻度で非メチル化であるか、及び/又は部分的にメチル化されていた。これはまた、転写開始点の周りで重度にメチル化されることが示された細胞株においても当てはまった(断片A;図6)。
細胞株(n=46)、原発性結腸直腸癌(n=16)、及び正常粘膜(n=3)におけるMAL mRNA発現のレベルを、定量的なリアルタイムPCR法によって評価した。細胞株共通して、MALプロモーターの高メチル化と、遺伝子発現の減少又は喪失との間に強い関連性があった(P=0.041;図8)。さらに、MALの遺伝子発現は、5−アザ−2’デオキシシチジンとトリコスタチンAの併用処理によって誘発したプロモーターの脱メチル後の大腸癌細胞株において上方制御された(図9)。デアセチラーゼ阻害剤のトリコスタチンA単独での処理がMAL発現を増強しなかったのに対して、DNAを脱メチルする5−アザ−2’デオキシシチジンでの処理は、HT29細胞において高発現を引き起こしたが、HCT15細胞においてより緩やかなレベルを引き起こした(図9)。原発性結腸直腸癌に共通して、MALのプロモーター高メチル化を保持するもの(n=13)は、非メチル化腫瘍(n=3)と比較して、ややより低いレベルのMAL mRNAしか発現しなかったが、統計的に有意ではなかった(図8)。
MALの免疫組織化学分析を評価するために、腎臓及び心筋の組織が、それぞれ、陽性対照及び陰性対照として含まれた(図10A〜B)。231個のスコアラブルな(scorable)結腸直腸組織コア、すなわち、悪性結腸直腸上皮組織を含むものから、198個がMAL染色に関して陰性であった(図10C〜D)。これらのうちの29個には、同じ組織コア内の非上皮組織成分に、主にニューロン及び血管に陽性染色があった(未掲載)。それに対し、正常結腸組織のすべての切片には、上皮細胞におけるMALの陽性染色が含まれていた(図10E〜F)。
Claims (19)
- 対象が癌を発症したか、発症しているか、又は発症しやすいか、あるいは、対象が癌治療後に再発しているかどうかの判定方法であって、以下のステップ:
a)上述の対象から得たサンプル中の少なくとも1つの遺伝子のプロモーター領域、最初のエクソン又はイントロンの核酸配列内のCpG部位のメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はメチル化状態を測定する
を含んで成り、ここで、上記遺伝子が、以下の:
CNRIP1、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000119865、entrez ID 25927によって特定されるもの;
SPG20、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000133104、entrez ID 23111によって特定されるもの;
FBN1、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000166147、entrez ID 2200によって特定されるもの;
SNCA、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000145335、entrez ID 6622によって特定されるもの;及び
INA、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000148798、entrez ID 9118によって特定されるもの
から成る群から選択される前記方法。 - 以下のステップ:
b)前記のメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態を基準と比較し;そして
c)前記のメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態が、上記基準のメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又CpG部位のメチル化状態と比べて高ければ、上記対象が、癌を発症しやすいか、発症しているか、又は発症する可能性が高いか、あるいは、癌治療後に再発していると断定し、そして、上記のメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態が、上述の基準のメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態を下回っていれば、対象が、癌を発症しにくいか、発症していないか、又は発症する可能性が低いか、あるいは、癌治療後に再発していないと断定する
をさらに含んで成る、請求項1に記載の方法。 - 対象が、癌を発症したか、発症しているか、又は発症しやすいか、あるいは、対象が癌治療後に再発しているかどうかの判定方法であって、以下のステップ:
a)対象からのサンプルのメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態を測定し;
b)健康人集団からのサンプルから得られた上記の少なくとも1つの遺伝子のメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態に関するパーセンタイル・プロットを作成し;
c)健康人集団で測定したメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態、及び癌に罹患している集団で測定したメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態に基づくROC(受信者動作特性)曲線を作成し;
d)感度と特異性の所望の組み合わせをROC曲線から選択し;
e)決定した又は選択した特異性に相当するメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態をパーセンタイル・プロットから決定し;そして
f)サンプル中の上述の少なくとも1つの遺伝子のメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態が、上述の感度/特異性の所望の組み合わせに相当するメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態に比べて等しいか又はそれより高ければ、上記対象が癌に罹患している可能性が高いと予測し、そして、サンプルのメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態が、上述の感度/特異性の所望の組み合わせに相当するメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態に比べて低ければ、上記対象が癌に罹患している可能性が低いか又は罹患していないと予測する
を含んで成る前記方法。 - 少なくとも1種類の追加マーカーのメチル化レベル、メチル化したCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態を測定する、請求項1〜3のいずれか1項に記載の方法。
- 前記の少なくとも1種類の追加マーカーが、以下の:
CNRIP1、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000119865、entrez ID 25927によって特定されるもの;
SPG20、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000133104、entrez ID 23111によって特定されるもの;
FBN1、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000166147、entrez ID 2200によって特定されるもの;
SNCA、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000145335、entrez ID 6622によって特定されるもの;及び
INA、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000148798、entrez ID 9118によって特定されるもの;
MAL、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000172005によって特定されるもの
から成る群から選択される、請求項4に記載の方法。 - 以下の:
SPG20、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000133104、entrez ID 23111によって特定されるもの;
FBN1、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000166147、entrez ID 2200によって特定されるもの;
SNCA、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000145335、entrez ID 6622によって特定されるもの;及び
INA、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000148798、entrez ID 9118によって特定されるもの
から成る群から選択される少なくとも1種類の追加マーカーのメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態を測定するステップと組み合わせて、CNRIP1のメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態を測定するステップを含んで成る、請求項4に記載の方法。 - 以下の:
CNRIP1、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000119865、entrez ID 25927によって特定されるもの;
FBN1、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000166147、entrez ID 2200によって特定されるもの;
SNCA、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000145335、entrez ID 6622によって特定されるもの;及び
INA、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000148798、entrez ID 9118によって特定されるもの
から成る群から選択される少なくとも1種類の追加マーカーのメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態を測定するステップと組み合わせて、SPG20のメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態を測定するステップを含んで成る、請求項4に記載の方法。 - 以下の:
CNRIP1、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000119865、entrez ID 25927によって特定されるもの;
SPG20、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000133104、entrez ID 23111によって特定されるもの;
SNCA、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000145335、entrez ID 6622によって特定されるもの;及び
INA、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000148798、entrez ID 9118によって特定されるもの
から成る群から選択される少なくとも1種類の追加マーカーのメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態を測定するステップと組み合わせて、FBN1のメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態を測定するステップを含んで成る、請求項4に記載の方法。 - 以下の:
CNRIP1、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000119865、entrez ID 25927によって特定されるもの;
SPG20、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000133104、entrez ID 23111によって特定されるもの;
FBN1、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000166147、entrez ID 2200によって特定されるもの;及び
INA、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000148798、entrez ID 9118によって特定されるもの
から成る群から選択される少なくとも1種類の追加マーカーのメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態を測定するステップと組み合わせて、SNCAのメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態を測定するステップを含んで成る、請求項4に記載の方法。 - 以下の:
CNRIP1、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000119865、entrez ID 25927によって特定されるもの;
SPG20、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000133104、entrez ID 23111によって特定されるもの;
FBN1、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000166147、entrez ID 2200によって特定されるもの;及び
SNCA、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000145335、entrez ID 6622によって特定されるもの
から成る群から選択される少なくとも1種類の追加マーカーのメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態を測定するステップと組み合わせて、INAのメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態を測定するステップを含んで成る、請求項4に記載の方法。 - 前記のメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態を、亜硫酸水素塩配列決定法、定量的、及び/又は定性的なメチル化特異的ポリメラーゼ連鎖反応(MSP)、パイロシークエンシング、サザンブロッティング、制限酵素ランドマーク・ゲノム・スキャニング(RLGS)、単一ヌクレオチド・プライマー伸長法、CpGアイランド・マイクロアレイ、SNUPE、COBRA、質量分析法、メチル化に特異的な制限酵素の使用、前述の遺伝子の発現レベルの計測、あるいは、その組み合わせによって測定する、請求項10に記載の方法。
- 前記メチル化特異的PCRが、2つのCpG部位、及びCpG部位内にないシトシン残基を含んで成る核酸配列にハイブリダイズすることができる核酸プライマーの使用を含んで成る、請求項11に記載の方法。
- 前記癌が、以下の:結腸直腸の腫瘍、(小細胞肺癌、及び/又は非小細胞肺癌を含めた)肺の腫瘍、食道の腫瘍、胃の腫瘍、膵臓の腫瘍、肝臓の腫瘍、胆嚢及び/又は胆管の腫瘍、小腸の腫瘍、並びに大腸の腫瘍から成る群から選択される、請求項1〜12のいずれか1項に記載の方法。
- 前記サンプルが、血液、大便、尿、胸水、胆汁、気管支液、うがい液、組織生検、腹水、膿、脳脊髄液、穿刺液、卵胞液、組織、又は粘液から得られる、請求項1〜13のいずれか1項に記載の方法。
- 以下の:
A)配列番号6、配列番号7、配列番号9、配列番号13、配列番号14、及び配列番号16のいずれかによって規定される核酸配列;
B)A)で規定された配列に相補的である核酸配列;
C)A)又はB)で規定された核酸配列の部分配列;
D)A)、B)、又はC)で規定された配列と少なくとも75%同一である核酸配列
から成る群から選択される配列を含んで成る核酸配列内のメチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状況を測定するステップを含んで成る、請求項1〜14のいずれか1項に記載の方法。 - 癌の判定のための診断キットであって、以下の:
CNRIP1、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000119865、entrez ID 25927によって特定されるもの;
SPG20、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000133104、entrezid23111によって特定されるもの;
FBN1、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000166147、entrez ID 2200によって特定されるもの;
SNCA、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000145335、entrez ID 6622によって特定されるもの;及び
INA、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000148798、entrez ID 9118によって特定されるもの
から選択される遺伝子の核酸配列にそれぞれ相補的である1つ以上のオリゴヌクレオチド・プライマー又は1セット以上のオリゴヌクレオチド・プライマーを含んで成る前記キット。 - 対象が、癌を発症したか、発症しているか、又は発症しやすいか、あるいは、対象が癌治療後に再発しているかどうかに関する指標として、メチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態を評価する診断アッセイにおける、以下の:
CNRIP1、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000119865、entrez ID 25927によって特定されるもの;
SPG20、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000133104、entrez ID 23111によって特定されるもの;
FBN1、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000166147、entrez ID 2200によって特定されるもの;
SNCA、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000145335、entrez ID 6622によって特定されるもの;及び
INA、例えば、ensembl遺伝子ID ENSG00000148798、entrez ID 9118によって特定されるもの
を含んで成る群から選択される1種類以上の遺伝子の使用方法。 - 対象が、癌を発症したか、発症しているか、又は発症しやすいか、あるいは、対象が癌治療後に再発しているかどうかの指標として、メチル化レベル、メチル化されたCpG部位の数、又はCpG部位のメチル化状態を評価する診断アッセイにおける核酸配列の使用方法であって、上述の核酸が、以下の:
A)配列番号6、配列番号7、配列番号9、配列番号13、配列番号14、及び配列番号16のいずれかによって規定される核酸配列;
B)A)で規定された配列に相補的である核酸配列;
C)A)又はB)で規定された核酸配列の部分配列;
D)A)、B)、又はC)で規定された配列と少なくとも75%同一である核酸配列
から成る群から選択される核酸配列を含んで成る前記方法。 - 以下の:
A)配列番号6、配列番号7、配列番号9、配列番号13、配列番号14、及び配列番号16のいずれかによって規定される核酸配列;
B)A)で規定された配列に相補的である核酸配列;
C)A)又はB)で規定された核酸配列の部分配列;
D)A)、B)、又はC)で規定された配列と少なくとも75%同一である核酸配列
から成る群から選択されるメチル化核酸配列を認識する抗体。
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Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2013545437A (ja) * | 2010-09-13 | 2013-12-26 | クリニカル ジェノミクス ピーティーワイ リミテッド | 結腸直腸がんのエピジェネティックマーカー及び該マーカーを使用する診断法 |
JP2021530214A (ja) * | 2018-07-11 | 2021-11-11 | スティヒティング フェーユーエムセー | 膀胱がんのための尿dnaメチル化マーカー |
Families Citing this family (26)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US8415100B2 (en) * | 2003-08-14 | 2013-04-09 | Case Western Reserve University | Methods and compositions for detecting gastrointestinal and other cancers |
US8865669B2 (en) | 2008-02-04 | 2014-10-21 | National University Corporation Okayama University | DNA fragment and use thereof |
EP2382325B1 (en) * | 2008-12-23 | 2015-08-19 | Koninklijke Philips N.V. | Methylation biomarkers for predicting relapse free survival |
WO2010089538A2 (en) * | 2009-02-03 | 2010-08-12 | Oncomethylome Sciences Sa | Methods of detecting colorectal cancer |
JP5986746B2 (ja) * | 2009-06-30 | 2016-09-06 | シスメックス株式会社 | 生体試料中の上皮性癌由来の細胞の存否を判定するための方法、分子マーカー及びキット |
US10428388B2 (en) | 2009-11-05 | 2019-10-01 | Genomictree, Inc. | Method for detecting the methylation of colorectal-cancer-specific methylation marker genes for colorectal cancer diagnosis |
KR101142131B1 (ko) * | 2009-11-05 | 2012-05-11 | (주)지노믹트리 | 장암 진단을 위한 장암 특이적 메틸화 마커 유전자의 메틸화 검출방법 |
JP2011160711A (ja) * | 2010-02-09 | 2011-08-25 | Keio Gijuku | 特定の遺伝子のメチル化の頻度を、婦人科がんのバイオマーカーとして使用する方法 |
US9797016B2 (en) * | 2010-10-19 | 2017-10-24 | Oslo Universitetssykehus Hf | Methods and biomarkers for detection of bladder cancer |
JP5925478B2 (ja) * | 2011-02-04 | 2016-05-25 | 日東電工株式会社 | 粘着剤および粘着テープ |
US8597883B2 (en) | 2011-02-14 | 2013-12-03 | The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services | Biomarkers for cancer-related fatigue and use thereof |
WO2013057581A2 (en) * | 2011-10-17 | 2013-04-25 | King Abdullah University Of Science And Technology | Composite biomarkers for non-invasive screening, diagnosis and prognosis of colorectal cancer |
EP3140420B1 (en) * | 2014-05-07 | 2019-09-11 | Universite Libre De Bruxelles | Breast cancer epigenetic markers useful in anthracycline treatment prognosis |
CN104561258B (zh) * | 2014-10-08 | 2016-08-24 | 王红卫 | 一种用于直结肠癌早期诊断的检测试剂盒及其应用 |
CN104694637A (zh) * | 2015-02-13 | 2015-06-10 | 南京市中医院 | 粪便dna定量甲基化特异性pcr检测试剂盒及其用途 |
EP3262190B1 (en) * | 2015-02-24 | 2021-09-01 | Ruprecht-Karls-Universität Heidelberg | Biomarker panel for the detection of cancer |
JP2018518992A (ja) * | 2015-06-24 | 2018-07-19 | オックスフォード バイオダイナミックス リミテッド | 染色体相互作用の部位を用いた検出法 |
CN105177155A (zh) * | 2015-10-11 | 2015-12-23 | 苏州承美生物科技有限公司 | 一种人类粪便甲基化dna的pcr检测引物体系 |
CN105256018A (zh) * | 2015-10-11 | 2016-01-20 | 苏州承美生物科技有限公司 | 一种甲基化dna检测的新方法 |
CA3019381A1 (en) * | 2016-04-01 | 2017-10-05 | Nanomed Diagnostics B.V. | Detection of cancer in urine |
CN107190076B (zh) * | 2017-06-28 | 2019-12-27 | 中国科学院苏州生物医学工程技术研究所 | 一种人肿瘤相关的甲基化位点及其筛选方法和用途 |
EP3775290A4 (en) * | 2018-04-12 | 2021-12-29 | Singlera Genomics, Inc. | Compositions and methods for cancer or neoplasia assessment |
WO2020054782A1 (ja) | 2018-09-13 | 2020-03-19 | 国立研究開発法人国立がん研究センター | 乳癌細胞存在率の推定方法 |
AU2019404445A1 (en) * | 2018-12-21 | 2021-06-24 | Grail, Llc | Anomalous fragment detection and classification |
CN109554476B (zh) * | 2018-12-29 | 2022-12-27 | 上海奕谱生物科技有限公司 | 基于甲基化修饰的肿瘤标记物stamp-ep3 |
CN111139300B (zh) * | 2020-02-19 | 2021-08-17 | 伯克利南京医学研究有限责任公司 | 一组结肠癌预后相关基因的应用 |
Citations (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2004524369A (ja) * | 2001-03-23 | 2004-08-12 | イゲネーオン・クレープス−イムンテラピー・フォルシュングス−ウント・エントヴィックルングス−アクチェンゲゼルシャフト | ワクチンの製造方法 |
JP2004529630A (ja) * | 2001-03-01 | 2004-09-30 | エピゲノミクス アーゲー | 診断および治療目的の遺伝子パネルを遺伝子の発現およびメチル化状態に基づいて開発する方法 |
WO2004110246A2 (en) * | 2003-05-15 | 2004-12-23 | Illumina, Inc. | Methods and compositions for diagnosing conditions associated with specific dna methylation patterns |
JP2005532041A (ja) * | 2002-03-07 | 2005-10-27 | ザ ジョンズ ホプキンス ユニバーシティー | 後生的に沈黙化された腫瘍抑制遺伝子のゲノムスクリーニング |
WO2005118878A2 (en) * | 2004-06-03 | 2005-12-15 | The Johns Hopkins University | Methods of screening for cell proliferation or neoplastic disorders |
Family Cites Families (19)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2000052204A2 (en) * | 1999-02-22 | 2000-09-08 | Orntoft Torben F | Gene expression in bladder tumors |
US6783933B1 (en) * | 1999-09-15 | 2004-08-31 | The Johns Hopkins University School Of Medicine | CACNA1G polynucleotide, polypeptide and methods of use therefor |
US20040058325A1 (en) * | 1999-12-29 | 2004-03-25 | Orntoft Torben F | Gene expression in biological conditions |
WO2001055454A1 (en) * | 2000-01-28 | 2001-08-02 | Althea Technologies, Inc. | Methods for analysis of gene expression |
NZ524229A (en) * | 2000-09-01 | 2006-01-27 | Epigenomics Ag | Method for simultaneous detection of many different methylation positions of specific cytosine residues in genomic DNA in the sequence context of 5'-CpG-3' |
DE10128508A1 (de) * | 2001-06-14 | 2003-02-06 | Epigenomics Ag | Verfahren und Nukleinsäuren für die Differenzierung von Prostata-Tumoren |
AU2002324881A1 (en) * | 2001-09-05 | 2003-03-18 | Wesleyan University | Diagnostic and prognostic tests |
US20050181375A1 (en) * | 2003-01-10 | 2005-08-18 | Natasha Aziz | Novel methods of diagnosis of metastatic cancer, compositions and methods of screening for modulators of metastatic cancer |
CA2519456A1 (en) * | 2003-03-17 | 2004-09-30 | Michael G. Goggins | Aberrantly methylated genes in pancreatic cancer |
WO2004108896A2 (en) * | 2003-06-03 | 2004-12-16 | The Board Of Trustees Of The University Of Arkansas | Gene expression profiling of uterine serous papillary carcinomas and ovarian serous papillary tumors |
EP1631682A1 (en) * | 2003-06-04 | 2006-03-08 | Agency for Science, Technology and Research | Differentially regulated hepatocellular carcinoma genes and uses thereof |
JP2007516693A (ja) * | 2003-06-09 | 2007-06-28 | ザ・リージェンツ・オブ・ザ・ユニバーシティ・オブ・ミシガン | 癌の治療および診断のための組成物および方法 |
US7927795B2 (en) * | 2003-06-09 | 2011-04-19 | Board Of Trustees Of The University Of Arkansas | Gene expression profiling in primary ovarian serous papillary tumors and normal ovarian epithelium |
WO2005042725A2 (en) * | 2003-11-03 | 2005-05-12 | Genenews, Inc. | Liver cancer biomarkers |
US9109256B2 (en) * | 2004-10-27 | 2015-08-18 | Esoterix Genetic Laboratories, Llc | Method for monitoring disease progression or recurrence |
CA2586874A1 (en) * | 2004-11-08 | 2006-05-11 | Institut Pasteur | Method of diagnosis/prognosis of human chronic lymphocytic leukemia comprising the profiling of lpl/adam genes |
US20070026424A1 (en) * | 2005-04-15 | 2007-02-01 | Powell Charles A | Gene profiles correlating with histology and prognosis |
US20070099209A1 (en) * | 2005-06-13 | 2007-05-03 | The Regents Of The University Of Michigan | Compositions and methods for treating and diagnosing cancer |
WO2008073303A2 (en) * | 2006-12-07 | 2008-06-19 | Switchgear Genomics | Transcriptional regulatory elements of biological pathways, tools, and methods |
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Patent Citations (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2004529630A (ja) * | 2001-03-01 | 2004-09-30 | エピゲノミクス アーゲー | 診断および治療目的の遺伝子パネルを遺伝子の発現およびメチル化状態に基づいて開発する方法 |
JP2004524369A (ja) * | 2001-03-23 | 2004-08-12 | イゲネーオン・クレープス−イムンテラピー・フォルシュングス−ウント・エントヴィックルングス−アクチェンゲゼルシャフト | ワクチンの製造方法 |
JP2005532041A (ja) * | 2002-03-07 | 2005-10-27 | ザ ジョンズ ホプキンス ユニバーシティー | 後生的に沈黙化された腫瘍抑制遺伝子のゲノムスクリーニング |
WO2004110246A2 (en) * | 2003-05-15 | 2004-12-23 | Illumina, Inc. | Methods and compositions for diagnosing conditions associated with specific dna methylation patterns |
WO2005118878A2 (en) * | 2004-06-03 | 2005-12-15 | The Johns Hopkins University | Methods of screening for cell proliferation or neoplastic disorders |
Non-Patent Citations (2)
Title |
---|
JPN6011069152; Gastroenterology, 131[3](2006) p.797-808 * |
JPN6011069153; Cancer Cell, 9(2006) p.199-207 * |
Cited By (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2013545437A (ja) * | 2010-09-13 | 2013-12-26 | クリニカル ジェノミクス ピーティーワイ リミテッド | 結腸直腸がんのエピジェネティックマーカー及び該マーカーを使用する診断法 |
JP2017060474A (ja) * | 2010-09-13 | 2017-03-30 | クリニカル ジェノミクス ピーティーワイ リミテッド | 結腸直腸がんのエピジェネティックマーカー及び該マーカーを使用する診断法 |
JP2019000112A (ja) * | 2010-09-13 | 2019-01-10 | クリニカル ジェノミクス ピーティーワイ リミテッド | 結腸直腸がんのエピジェネティックマーカー及び該マーカーを使用する診断法 |
JP2020031638A (ja) * | 2010-09-13 | 2020-03-05 | クリニカル ジェノミクス ピーティーワイ リミテッド | 結腸直腸がんのエピジェネティックマーカー及び該マーカーを使用する診断法 |
JP2021530214A (ja) * | 2018-07-11 | 2021-11-11 | スティヒティング フェーユーエムセー | 膀胱がんのための尿dnaメチル化マーカー |
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