定義
本明細書と特許請求の範囲で用いられるように、単数形「a」、「an」、および「the」は、特に示していない限り、複数形を含む。それゆえ、例えば、「植物」に関しては、1つまたはそれ以上の植物を含み、「細胞」に関しては、細胞、組織、その類似物の混合物を含む。
「対立遺伝子」は、遺伝子またはいずれかの種類の同定可能な遺伝学的エレメントの異なる形態に結合する様々な遺伝学的単位の代替的な形態であって、前記形態が、相同染色体の同一遺伝子座に位置するため、遺伝時に代替する形態を意味し、本発明の範囲内であると理解される。二倍体細胞または生物において、所定の遺伝子(またはマーカー)の2つの対立遺伝子は、典型的に、1ペア(pair)の相同染色体において対応する遺伝子座が占める。
量的形質に関連する対立遺伝子は、単一の遺伝子または複数の遺伝子あるいは前記QTLにより表される表現形を寄与する遺伝学的因子をコードする遺伝子も含む。
本明細書で用いられるように、用語「育種」、およびその文法的に変化させた用語は、子孫の個体を作成するプロセスをいう。育種は、生殖または無性、あるいはそれらの組み合わせでありうる。典型的な育種のタイプは、交配、自家受粉、倍加半数体誘導体の発生、およびそれらの組み合わせを含むが、これらだけに限定されない。
本明細書で用いられるように、用語「樹立された育種集団」は、育種プログラム;例えば、商業的な育種プログラムにおいて、親により産生されるか、および/または親として用いられる可能性のある育種パートナーの集合物をいう。樹立された育種集団のメンバーは、典型的に、遺伝学的および/または表現形としてよく特徴付けられる。例えば、目的の数種の表現形の形質は、例えば、複数の場所、および/または異なる時期に、異なる環境条件下で評価されていてもよい。代替的または加えて、表現形の形質の発現に関連する1つまたはそれ以上の遺伝子座が同定されていてもよく、育種集団の1つまたはそれ以上のメンバーが、1つまたはそれ以上の遺伝子座に関して、ならびに1つまたはそれ以上の遺伝子座に関連する1つまたはそれ以上の遺伝学的マーカーに関して遺伝子型が決定されていてもよい。
本明細書で用いられるように、用語「二倍体個体」は、2組の染色体、典型的には、その2つの親の各々に由来する1つを有する個体をいう。しかしながら、いくつかの具体例において、二倍体個体は、植物が自家受粉して植物の次世代を作成する時のように、同じ単体生物に由来する染色体のその「母性」と「父性」のセットを受け取ることができると理解される。
「ホモ接合体」は、相同染色体上の1つまたはそれ以上の対応する遺伝子座における類似の対立遺伝子をいい、本発明の範囲内と理解される。
「ヘテロ接合体」は、相同染色体上の1つまたはそれ以上の対応する遺伝子座における非類似の対立遺伝子をいい、本発明の範囲内と理解される。
「戻し交配」は、交雑子孫が親の1つに繰り返し戻し交配されるプロセスをいい、本発明の範囲内と理解される。
「遺伝子連鎖」は、遺伝子座間のパーセント組み換えにより測定される(センチモルガン、cM)、同一染色体上の近接した遺伝子の位置による遺伝時における性質の連関をいい、本発明の範囲内と理解される。
本明細書で用いられるように、用語「量的形質」は、数値的に記載されうる(すなわち、定量または定量化される)表現形の形質をいう。量的形質は、典型的に、1つの集団の個体間の連続変異を示す;すなわち、表現形の形質の数値における相違が軽微であり、相互に除々に変化する。高い頻度で、量的表現形の形質の集団における度数分布が、釣鐘曲線を示す(すなわち、2つの両極間の正常な分布を示す)。量的形質は、典型的に、環境と相互作用する遺伝子座、あるいはお互いにおよび/または環境と相互作用する複数遺伝子座(QTL)の結果である。量的形質の例は、植物の高さと収量を含む。
本明細書で用いられるように、用語「量的形質遺伝子座」(QTL)と「マーカー形質連関」は、遺伝学的マーカーおよび染色体領域および/または目的の形質の表現形に影響を与える遺伝子の間の連関をいう。典型的に、このことは、例えば、文献で公表された1つまたはそれ以上の方法に基づいて、統計的に調べられる。QTLは、表現形の形質(量的形質または質的形質のいずれか)の発現に異なった影響を与える少なくとも2つの対立遺伝子を有する染色体領域および/または遺伝子座でありうる。
本明細書で用いられるように、今回開示される主題の文脈における用語「雌雄交配」および「雌雄生殖」は、子孫を産生するための(例えば、植物の受粉により種子を産生するように、受精による)配偶子の融合をいう。「雌雄交配」または「交配−受精」は、いくつかの具体例において、1つの個体から別の個体への受精(例えば、植物における交配受粉)である。用語「自家受粉」は、いくつかの具体例において、自家受精または自家受粉による種子の産生;すなわち、花粉と胚珠が同一の植物に由来することをいう。
本明細書で用いられるように、用語「遺伝学的マーカー」は、1つまたはそれ以上の目的の遺伝子座に関連する個体のゲノムの特徴(例えば、個体ゲノムに存在するヌクレオチドまたはポリヌクレオチド配列)をいう。いくつかの具体例において、遺伝学的マーカーは、場合により、目的の集団における多型性であるか、あるいはその多型性により占められた遺伝子座である。遺伝学的マーカーは、例えば、多くの他の例があるが、中でも、一塩基多型(SNPs)、インデル(すなわち、挿入/欠失)、単純配列反復(SSRs)、制限断片長多型(RFLPs)、ランダム増幅多型DNA(RAPDs)、切断増幅多型配列(CAPS)マーカー、多様性アレイ技術(DArT)マーカー、および増幅断片長多型(AFLPs)を含む。遺伝学的マーカーは、例えば、染色体上の表現形の形質の発現における可変性に寄与する対立遺伝子を含む遺伝子座を配置するのに用いることができる。用語「遺伝学的マーカー」はまた、プローブとして用いられる核酸配列のごとき、ゲノム配列に相補的なポリヌクレオチド配列をいうことができる。
遺伝学的マーカーは、それが関連する遺伝子座の中または外側である染色体上の位置(すなわち、それぞれ遺伝子内または遺伝子外)に物理的に位置することができる。言い換えると、目的の遺伝子座に対応する遺伝子の染色体上の位置が同定されておらず、遺伝学的マーカーと目的の遺伝子座間のゼロでない割合の組み換えが存在する場合に遺伝学的マーカーが典型的に用いられる一方で、今回開示される主題はまた、物理的に遺伝子座の境界内(例えば、遺伝子のイントロンまたはエクソン内の多型であるが、これだけに限られない遺伝子に対応ゲノム配列内)である遺伝学的マーカーを用いることができる。今回開示される主題のいくつかの具体例において、1つまたはそれ以上の遺伝学的マーカーは、1個から10個の間のマーカーを含み、いくつかの具体例において、1つまたはそれ以上の遺伝学的マーカーは、10個より多くの遺伝学的マーカーを含む。
本明細書で用いられるように、用語「遺伝子型」は、細胞または生物の遺伝子構成をいう。個体の「1組の遺伝学的マーカーに関する遺伝子型」は、個体に存在し、1つまたはそれ以上の遺伝学的マーカーに関する特定の対立遺伝子を含む。当該技術分野で知られているように、遺伝子型は、遺伝子座が関連するか関連しないか、および/または連結されるか連結されないか、単一の遺伝子座または複数の遺伝子座に関連しうる。いくつかの具体例において、個体の遺伝子型は、1つまたはそれ以上の遺伝子が目的の表現形の発現に関連するという点(例えば、本明細書で定義されるごとき量的形質)で1つまたはそれ以上の遺伝子に関連する。それゆえ、いくつかの具体例において、遺伝子型は、量的形質の1つまたはそれ以上の遺伝子座における個体内に存在する1つまたはそれ以上の対立遺伝子のまとまりを含む。いくつかの具体例において、遺伝子型は、(以下の明細書で定義される)ハプロタイプを単位として発現される。
本明細書で用いられるように、用語「生殖質」は、個体の集団またはその他の群の遺伝子型全体(例えば、種)をいう。用語「生殖質」はまた、植物材料;例えば、様々な対立遺伝子の保存場所(repository)として作用する一群の植物をいうことができる。用語「適合された生殖質」は、例えば、一定の環境または地理的領域に対して証明された遺伝学的優位性の植物材料をいう一方で、用語「適合されない生殖質」、「生の生殖質」および「外来の生殖質」は、例えば、一定の環境または地理的領域に対して知られていないか、または証明されていない遺伝学的価値の植物材料をいい、その結果、用語「適合されない生殖質」は、いくつかの具体例において、樹立された育種集団の部分ではなく、樹立された育種集団のメンバーに公知の関係を有するものではない植物材料をいう。
本明細書で用いられるように、用語「ハプロタイプ」は、1つの親から遺伝した個体の対立遺伝子セットをいう。それゆえ、二倍体個体は、2つのハプロタイプを有する。用語「ハプロタイプ」は、狭義において、表現形の形質に関連した、物理的に連結されるか、および/または連結されていない遺伝学的マーカー(例えば、配列多型)をいうのに用いることができる。用語「ハプロタイプブロック」(単に、文献中、ハプロタイプとしても示される)は、単一の染色体(またはその部分)に物理的に連結される2つまたはそれ以上の遺伝学的マーカーの群をいう。典型的に、各ブロックは、数個の共通のハプロタイプを有し、これらのハプロタイプそれぞれを独自に同定する遺伝学的マーカーのサブセット(すなわち、「ハプロタイプタグ」)が選ばれうる。
本明細書で用いられるように、用語「交雑」、「交雑植物」および「交雑子孫」は、遺伝学的に異なる親から産生された個体(例えば、遺伝学的にヘテロ接合またはほとんどヘテロ接合である個体)をいう。
2つの個体が特定の遺伝子座に同一の対立遺伝子を有し、対立遺伝子が1つの共通の子孫から遺伝された(すなわち、対立遺伝子が同一親の対立遺伝子のコピーである)場合、対立遺伝子が「同祖的(identical by descent)」であると呼ばれる。別の言い方として、対立遺伝子が「同質的(identical by state)」である(すなわち、対立遺伝子が同一に見えるが、2つの異なるコピーの対立遺伝子に由来する)とされる。同祖的な情報は連鎖研究に有用であり;同祖的および同質的な情報は、本明細書に記載されるごとき相関研究に用いることができるが、同祖的な情報が特に有用でありうる。
本明細書で用いられるように、用語「単一交配F1交雑株」は、2つの近交株間の交配から産生されたF1交雑株をいう。
本明細書で用いられるように、用語「近交株」は、遺伝学的にホモ接合体またはホモ接合体にほぼ近い集団をいう。近交株は、例えば、数サイクルの兄妹/姉妹育種または自家受粉を通して生み出すことができる。いくつかの具体例において、近交株の育種は、1つまたはそれ以上の目的の表現形の形質に対して当てはまる。「近交系」、「近交系個体」、または「近交系子孫」は、近交株からサンプリングされた個体である。
本明細書で用いられるように、用語「連鎖」、およびその文法上の変形は、遺伝子座の物理的な近さの結果としてのいくつかの具体例において、遺伝が独立であった場合に期待されるより一緒に分離する同一染色体上の異なる遺伝子座における対立遺伝子の傾向をいう。
本明細書で用いられるように、用語「連鎖不均衡」(「対立遺伝子相関」とも呼ばれる)は、一定の集団で個体の頻度から期待されるより高頻度で親から子孫に分離する際に、2つまたはそれ以上の遺伝子座における特定の対立遺伝子が連鎖群に一緒に残りやすい現象をいう。例えば、遺伝学的マーカー対立遺伝子およびQTL対立遺伝子は、個体の対立遺伝子頻度から予想されるよりも高頻度とともに生じる時に連鎖不均衡を示すことができる。連鎖不均衡は、染色体上で接近している対立遺伝子を含むが、これだけに限らないいくつかの理由のため生じうる。
本明細書で用いられるように、用語「遺伝子座」は、形質、遺伝学的マーカー、またはそれらの類似物に寄与する遺伝子を含む、染色体上の位置をいう。
本明細書で用いられるように、用語「核酸」は、ヌクレオチドのポリマー(例えば、典型的なDNAまたはRNAポリマー)、改変されたオリゴヌクレオチド(例えば、2’−O−メチル化オリゴヌクレオチドのごとき、生物学的RNAまたはDNAに一般的ではない基剤を含むオリゴヌクレオチド)、およびそれらの類似物を含む、一連のヌクレオチドに対応しうるモノマー単位の物理的な糸状のものをいう。いくつかの具体例において、核酸は、一本鎖、二本鎖、複数鎖、またはそれらの組み合わせでありうる。特に示されない限り、今回開示される発明の特定の核酸配列は、任意選択的に、明確に示される配列に加えて、相補的な配列を含むか、またはコードする。
本明細書で用いられるように、用語「表現形」または「表現形の形質」は、そのゲノムと環境との相互作用から生じる、個体の外観またはその他の区別可能かつ検出可能な性質をいう。
本明細書で用いられるように、用語「多数」は、1つより多いことをいう。それゆえ、「個体の多数」は少なくとも2つの個体をいう。いくつかの具体例において、用語、多数は、全体の半数以上をいう。例えば、いくつかの具体例において、「集団の多数」は、集団の半数より多くのメンバーをいう。
本明細書で用いられるように、用語「子孫」は、特定の交配の子孫をいう。典型的に、子孫は2つの個体の育種から生じるが、いくつかの種(特に、いくつかの植物および雌雄同体の動物)は自家受精できる(すなわち、同一の植物が雄と雌の両方の配偶子のドナーとして働く)。子孫は、例えば、F1、F2、または後の世代でありうる。
本明細書で用いられるように、用語「量的形質」は、主な表現形の効果を表す、1または数個の遺伝子により制御される表現形の形質をいう。このことから、量的形質は、典型的に、単純に遺伝される。植物における例は、花の色、穂軸(cob)の色、およびトウモロコシすす紋病耐性のごとき病害耐性を含むが、これらだけに限定されない。
「マーカーに基づいた選択」は、植物に由来する1つまたはそれ以上の核酸を検出する遺伝学的マーカーの使用をいい、本発明の範囲内と理解され、前記核酸は、これらの植物が選択的な育種プログラムで用いる(または回避する)ことができるように、所望の(または所望しない)形質に対する遺伝子を保有する植物を同定する所望の形質に関連する。
「マイクロサテライトまたはSSRs(単純配列反復)(マーカー)」は、DNA塩基の短い配列の多くの反復からなる遺伝学的マーカーの1つのタイプをいい、本発明の範囲内と理解され、それらは、植物のDNAの至る所の遺伝子座で見出され、高度に多型である可能性を有する。
「PCR(ポリメラーゼ連鎖反応)」は、DNAの特定の比較的大きな領域を生成し、それによりこれらの領域に基づく様々な解析を可能にする方法をいい、本発明の範囲内と理解される。
「PCRプライマー」は、DNAの特定の領域のPCR増幅に用いられる一本鎖DNAの比較的短い断片をいい、本発明の範囲内と理解される。
「多型」は、遺伝子、遺伝学的マーカー、または遺伝される形質の2つまたはそれ以上の異なる形態の集団の存在をいい、本発明の範囲内と理解される。
「選択的育種」は、親として所望の形質を有するか、または示す植物を用いる育種プログラムをいい、本発明の範囲内と理解される。
「テスター植物」は、試験される植物の形質を遺伝学的に特徴付けるのに用いられる植物をいい、本発明の範囲内と理解される。典型的に、試験される植物は、「テスター」植物と交配され、交配の子孫における形質の分離率が数値化される。
本明細書で用いられるように、用語「テスター」は、標準的な遺伝子型、公知の性質、および確立された能力を有する株または個体をいう。「テスター親」は、雌雄交配における親として用いられるテスター株に由来する個体である。典型的に、テスター親は、交配される個体と関連せず、遺伝学的に異なる。テスターは、典型的に、表現形の評価のために、個体または近交株と交配されてF1子孫を作成するのに用いられる。
本明細書で用いられるように、用語「トップ交雑組み合わせ」は、単一テスター株を複数株に対して交配するプロセスをいう。かかる交配を産生する目的は、交雑子孫の表現形の能力を調べること;すなわち、テスター交配による株から生じる交雑子孫において所望の表現形を産生する複数株の各々の能力を評価することである。
「配列相同性または配列同一性」は、本明細書では相互に同じ意味に用いられる。2つまたはそれ以上の核酸またはタンパク質配列との関連における用語「同一性」またはパーセント「同一性」は、以下の配列比較アルゴリズムを用いるか、または視覚により測定されるように、最大に一致する時について比較および配列された場合、同一であるか、または同一であるアミノ酸残基もしくはヌクレオチドの特定のパーセントを有する2つまたはそれ以上の配列または部分配列をいう。相互に比較される2つの配列が長さについて異なる場合、配列同一性は、好ましくは、より長い配列のヌクレオチド残基と同一であるより短い配列のヌクレオチド残基の割合に関連する。配列同一性は、通常、Bestfitプログラム(Wisconsin Sequence Analysis Package, Version 8 for Unix, Genetics Computer Group, University Research Park, 575 Science Drive Madison, WI 53711)のごときコンピュータープログラムの使用により調べることができる。Bestfitは、2つの配列間の最も高い配列同一性を有する部分を探索するために、Smith and Waterman, Advances in Applied Mathematics 2 (1981), 482-489の局所的相同性(local homology)アルゴリズムを利用する。ある配列が、例えば本発明の参照配列と95%同一性を有するかどうかを調べるためにBestfitまたは別の配列アラインメントプログラムを用いる場合、パラメーターは、好ましくは、同一性のパーセンテージが参照配列の全長にわたり算出され、参照配列における合計ヌクレオチドの5%までの相同性ギャップ(gap)が認容されるように調整される。Bestfitを用いる場合、いわゆる任意選択的なパラメーターは、好ましくは、既定(「初期設定」)値のままである。所定の配列と上記本発明の配列間の比較で現れる偏差は、例えば、付加、欠失、置換、挿入または組み換えにより引き起こされてもよい。かかる配列比較は、好ましくは、プログラム「fasta20u66」(William R.Pearsonおよびヴァージニア大学によるversion 2.0u66, September 1998;W.R. Pearson (1990), Methods in Enzymology 183, 63-98、添付の実施例、およびhttp://workbench.sdsc.edu/も参照のこと)を用いて行うこともできる。このため、「初期設定」パラメーター設定が用いられてもよい。
2つの核酸配列が実質的に同一である別の指標は、2つの分子がストリンジェントな条件下で相互にハイブリダイズすることである。用語:「特異的にハイブリダイズする」は、複合混合物(例えば、細胞内の全ての)DNAまたはRNA中に存在する場合、ストリンジェントな条件下で一定のヌクレオチド配列のみに対する分子の結合、二本鎖、またはハイブリダイズをいう。「実質的に結合する」は、プローブ核酸と標的核酸間の相補的ハイブリダイゼーションをいい、標的核酸配列の所望の検出を行うためにハイブリダイゼーション培地のストリンジェントな強度を減少させることにより適合されうる軽微なミスマッチを含む。
本明細書で用いられる用語「ハイブリダイズ」は、一般的なハイブリダイゼーションの条件、好ましくは、5xSSPE、1% SDS、1xデンハルト溶液が水溶液として用いられ、および/またはハイブリダイゼーション温度が35℃と70℃の間、好ましくは65℃である、ハイブリダイゼーション条件をいう。ハイブリダイゼーション後、洗浄は、35℃から75℃の間、特に、45℃から65℃、より特に、59℃の温度において、好ましくは、1回目に2xSSC、1% SDS、次に0.2xSSCで行われる(SSPE、SSCおよびデンハルト溶液に関して、Sambrook et al. loc. citを参照のこと)。例えば、上記Sambrookらに記載される高ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件が特に好ましい。特に好ましいストリンジェントなハイブリダイゼーション条件は、例えば、上記に示されるごとくハイブリダイゼーションと洗浄が65℃で行われる時である。例えば、45℃で行われるハイブリダイゼーションと洗浄による非ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件があまり好ましくなく、35℃ではさらに好ましくない。
サザンとノザンハイブリダイゼーションのごとき核酸ハイブリダイゼーション実験における「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」と「ストリンジェントなハイブリダイゼーション洗浄条件」は、配列依存的であり、異なる環境パラメーター下で相違する。より長い配列は、より高い温度で特異的にハイブリダイズする。核酸のハイブリダイゼーションに関する広範囲のガイドが、Tijssen (1993) Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology-Hybridization with Nucleic Acid Probes part I chapter 2 "Overview of principles of hybridization and the strategy of nucleic acid probe assays" Elsevier, New York中で見出される。一般的に、高いストリンジェントなハイブリダイゼーションと洗浄条件は、定義されたイオン強度とpHにおける特定の配列の融点(T.sub.m)より約5℃低いことが選択される。典型的に、「ストリンジェントな条件」下では、プローブはその標的部分配列に対してハイブリダイズするが、他の配列に対してハイブリダイズしない。
T.sub,mは、標的配列の50%が完全に合致したプローブにハイブリダイズする(定義されたイオン強度とpHにおける)温度である。厳格なストリンジェントの条件は、特定のプローブのT.sub.mに同等であることが選択される。サザンまたはノザンブロットにおけるフィルター上の100個以上の相補的な残基を有する相補核酸のハイブリダイゼーションのためのストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の一例は、一晩行われるハイブリダイゼーションにおいて、42℃にて1mgのヘパリンを含む50% ホルムアルデヒドである。高ストリンジェントな洗浄条件の一例は、72℃における0.1 5M NaClである。ストリンジェントな洗浄条件の一例は、65℃で15分間の0.2xSSC洗浄である(上記SambrookのSSC緩衝液の記載を参照のこと)。多くの場合、高ストリンジェント洗浄は、プローブシグナルのバックグランドを取り除くために低ストリンジェント洗浄より開始する。例えば、100ヌクレオチドより多い二本鎖のための一例の培地ストリンジェントな洗浄は、45℃で15分間の1xSSCである。例えば、100ヌクレオチドより多い二本鎖のための低ストリンジェントな洗浄の一例は、40℃で15分間の4−6xSSCである。短いプローブ(例えば、約10から50ヌクレオチド)については、ストリンジェントな条件は、典型的に、約1.0M Naイオン、典型的に約0.1から1.0M Naイオン濃度(またはその他の塩)より低い塩濃度に関連し、温度は、典型的に少なくとも約30℃である。ストリンジェントな条件は、ホルムアミドのごとき不安定剤の付加によって行うこともできる。一般的に、特定のハイブリダイゼーションアッセイにおいて、関連しないプローブに対して観察された22倍(またはそれより以上)のノイズ比対シグナル比が特異的なハイブリダイゼーションの検出を示す。ストリンジェントな条件下で相互にハイブリダイズしない核酸は、それらがコードするタンパク質が実質的に同一である場合にすでに実質的に同一である。このことは、例えば、1コピーの核酸が遺伝子コードにより許容される最大のコドン縮重を用いて作り出される場合に生じる。
「植物」は、いずれの発生段階における植物、特に種子植物である。
「植物細胞」は、プロトプラストと細胞壁を含む、植物の構造的および物理的な単位である。植物細胞は、単離された単一細胞または培養された細胞の形態であってもよく、あるいは、例えば、植物組織、植物器官、または植物全体のごときより高度に組織化された単位の一部としてであってもよい。用語、植物細胞は、細胞壁の一部のみまたは全てが取り除かれた植物プロトプラストを含むとも理解される。
「植物細胞培養」は、例えば、プロトプラスト、細胞培養細胞、植物組織における細胞、花粉、花粉管、胚珠、胚嚢、接合体および様々な発生段階における胚のごとき植物単位の培養を意味する。
「植物材料」は、葉、茎、根、花または花の部分、果実、花粉、卵細胞、接合体、種子、挿し木、細胞または組織培養、植物のいずれか他の部分または産物をいう。
「植物器官」は、根、茎、葉、花芽、または胚のごとき、区別でき、明確に構造化し、分化した植物の部分である。
本明細書で用いられる「植物組織」は、構造的かつ機能的な単位に組織化した植物細胞の群を意味する。植物体(planta)または培養中の植物組織のいずれもが含まれる。この用語は、植物全体、植物器官、植物種子、組織培養ならびに構造的および/または機能的な単位に組織化した植物細胞のいずれかの群を含むが、これらだけに限定されない。上記に列挙されるか、この定義に包含されるごとき特定のタイプの植物組織と併せて、または非存在下におけるこの用語の使用は、その他のタイプの植物組織を排他することが意図されていない。
1の具体例において、本発明は、経済的に重要なQTLの対応する組と関連し、表A−Gに示される対応マーカーに遺伝学的に連結される対立遺伝子の組を含むゲノムを有するトウモロコシ植物に関するものであって、前記QTLの組が、少なくとも2個のQTL、特に、少なくとも5個、より特に、少なくとも10個、さらにより特に、少なくとも20個、ならびに37個までのQTLを含み、穀粒、収穫時の穀粒水分、初期および後期の根の倒伏、茎の倒伏、一般的な黒穂病の発生、赤かび病の発生、スルコトリオン(sulcotrione)耐性、および房構造の群から選択される表現形の形質に寄与するものである。
特に、本発明は、QTLの各々が経済的に重要な表現形の形質に寄与し、QTLの対応する組における対立遺伝子の組を含む核ゲノムを含むトウモロコシ植物に関するものであって、
a)各QTLが、表A−Gに示される配列番号:1−82に示されるごときヌクレオチド配列を示すフォワード(foward)プライマーとリバース(reverse)プライマーからなる1ペア(pair)のPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうる少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され;ならびに
b)対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、前記マーカー対立遺伝子が、表A−Gに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアを用いるPCR反応において得ることができるPCR増幅産物により特徴付けられ、前記増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)およびM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一であり;前記QTLの組が、少なくとも10個、特に少なくとも15個、より特に少なくとも20個、さらにより特に少なくとも25個、しかし特別には少なくとも30個であり、37個までの異なるQTLを含むものである。
上記の工程a)およびb)で列挙されるプライマーペアは、奇数で番号付けされた配列番号を有するフォワード(foward)プライマーと次の偶数で番号付けされた配列番号を有するリバース(reverse)プライマーからなる。例えば、配列番号:1を有するフォワードプライマーと配列番号:2を有するリバースプライマーがプライマーペアを構成しており、配列番号:3と配列番号:4;配列番号:5と配列番号:6なども同様である。
表A−Gに示されるオリゴヌクレオチドプライマーペアを用いるPCR反応において、上記の工程b)で列挙されるPCR増幅産物は、分子量またはヌクレオチド配列に基づいて同定することができ、その両方が、同一のプライマーペアを用いるPCR反応において近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応するPCR増幅産物の分子量またはヌクレオチド配列に実質的に同一である。
特定の具体例において、本発明による、上述の本明細書に記載された前記トウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70および73/74、75/76、77/78に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、穀粒収量の表現形の形質に寄与する少なくとも5個、特に少なくとも8個、より特に少なくとも10個、さらにより特に少なくとも14個の異なるQTLを含むものであり、前記QTLが、1、2、4、5、および7番染色体上の遺伝子座に位置するものであり、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表Aに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明の1の態様において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70および73/74、75/76、77/78に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、穀粒収量の表現形の形質に寄与する14個の異なるQTLを含むものであり、QTLが、1、2、4、5、および7番染色体上の遺伝子座に位置するものであり、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表Aに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
別の特定の具体例において、本発明による、上述の本明細書に記載された前記トウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58および65/66、67/68、69/70、71/72に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、収穫時の穀粒水分の表現形の形質に寄与する少なくとも5個、特に少なくとも7個、より特に少なくとも9個、さらにより特に少なくとも11個の異なるQTLを含むものであり、QTLが、1、2、3、4、5、7、および8番染色体上の遺伝子座に位置するものであり、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表Bに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明の1の態様において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58および65/66、67/68、69/70、71/72に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、収穫時の穀粒水分の表現形の形質に寄与する11個の異なるQTLを含むものであり、QTLが、1、2、3、4、5、7および8番染色体上の遺伝子座に位置するものであり、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表Bに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
なお別の特定の具体例において、本発明による、上述の本明細書に記載された前記トウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Cに示される配列番号:3/4、27/28、45/46、47/48、および59/60に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、少なくとも4個の異なるQTLを含むが、特に3個のQTLが、初期および後期の根の倒伏/茎の倒伏の表現形の形質に寄与するものであって、前記QTLが1番染色体上の遺伝子座に位置するものであり、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表Cに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
なお別の特定の具体例において、本発明による、上述の本明細書に記載された前記トウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Eに示される配列番号:7/8、11/12、31/32、39/40、55/56、および81/82に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、少なくとも4個の異なるQTLを含むが、特に4個のQTLが、房構造の表現形の形質に寄与するものであって、前記QTLが、3、6、7および9番染色体上の遺伝子座に位置するものであり、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表Eに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
なお別の特定の具体例において、本発明による、上述の本明細書に記載された前記トウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、各々、表Dに示される配列番号:11と12に示され、表Fに示される配列番号:7/8、43/44、および81/82に示され、ならびに表Gに示される配列番号:1/2、15/16、および79/80に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、スルコトリオン耐性、フザリウム発生および一般的な黒穂病の発生からなる群から選択される細菌耐性または発生の表現形の形質に寄与する少なくとも1個、特に少なくとも2個、より特に少なくとも4個の異なるQTLを含み、前記QTLが、3、5および9番染色体上の遺伝子座に位置するものであり、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、各々、表D、FおよびGに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明の1の態様において、本発明による、上述の本明細書に記載された前記トウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、各々、表Dに示される配列番号:11と12に示され、表Fに示される配列番号:7/8、43/44、および81/82に示され、ならびに表Gに示される配列番号:1/2、15/16、および79/80に示されるフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、赤かび病の発生の表現形の形質に寄与する2個の異なるQTLを含み、前記QTLが、5番染色体上の遺伝子座に位置するものであり、2個の異なるQTLが、3番および9番染色体上の遺伝子座に位置するスルコトリオン耐性の表現形の形質に寄与し、1個のQTLが、3番染色体上の遺伝子座に位置する一般的な黒穂病の発生の表現形の形質に寄与するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、各々、表D、FおよびGに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
特定の具体例において、本発明による、上述の本明細書に記載された前記トウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70、73/74、75/76および77/78に示され、ならびに表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58、65/66、67/68、69/70、71/72に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、穀粒収量と収穫時の穀粒水分の表現形の形質に寄与する、少なくとも10個、特に少なくとも15個、より特に少なくとも20個、さらにより特に少なくとも25個の異なるQTLを含み、前記QTLが、1、2、3、4、5、7、および8番染色体上の遺伝子座に位置するものであり、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表AおよびBに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明の別の具体例において、本発明による、上述の本明細書に記載された前記トウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70、73/74、75/76および77/78に示され、ならびに表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58、65/66、67/68、69/70、71/72に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、25個の異なるQTLを含み、そのうちの14個が穀粒収量の表現形の形質に寄与し、1、2、4、5および7番染色体上の遺伝子座に位置し、そのうちの11個のQTLが、穀粒水分に寄与し、1、2、3、4、5、7および8番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表AおよびBに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明のなお別の具体例において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70、73/74、75/76および77/78に示され;表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58および65/66、67/68、69/70、71/72に示され;ならびに表Cに示される配列番号:3/4、27/28、45/46、47/48、および59/60に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、穀粒収量、収穫時の穀粒水分および初期および後期の根の倒伏、茎の倒伏の表現形の形質に寄与する、少なくとも10個、特に少なくとも15個、より特に少なくとも20個、さらにより特に少なくとも25個、しかし特別には少なくとも28個の異なるQTLを含み、前記QTLが、1、2、3、4、5、7、および8番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表A−Cに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明の1の態様において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70、73/74、75/76および77/78に示され;表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58および65/66、67/68、69/70、71/72に示され;ならびに表Cに示される配列番号:3/4、27/28、45/46、47/48、および59/60に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、28個の異なるQTLを含み、そのうちの14個が、穀粒収量に寄与し、1、2、4、5および7番染色体上の遺伝子座に位置し;11個のQTLが、穀粒水分に寄与し、1、2、3、4、5、7および8番染色体上の遺伝子座に位置し、ならびに3個のQTLが、根と茎の倒伏に寄与し、1番染色体に位置し、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表A−Cに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明の別の具体例において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70、73/74、75/76および77/78に示され;表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58および65/66、67/68、69/70、71/72に示され;ならびに表Cに示される配列番号:3/4、27/28、45/46、47/48、および59/60に示され;ならびに表Dに示される配列番号:11および12に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、穀粒収量、収穫時の穀粒水分、初期および後期の根の倒伏、茎の倒伏ならびに一般的な黒穂病の発生の表現形の形質に寄与する、少なくとも10個、特に少なくとも15個、より特に少なくとも20個、さらにより特に少なくとも25個、しかし特別には少なくとも29個の異なるQTLを含み、QTLが、1、2、3、4、5、7、および8番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表A−Dに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
特に、本発明は、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物が、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70、73/74、75/76および77/78に示され;表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58および65/66、67/68、69/70、71/72に示され;ならびに表Cに示される配列番号:3/4、27/28、45/46、47/48、および59/60に示され;ならびに表Dに示される配列番号:11および12に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、29個の異なるQTLを含み、そのうちの14個が、穀粒収量に寄与し、1、2、4、5および7番染色体上の遺伝子座に位置し;11個のQTLが、穀粒水分に寄与し、1、2、3、4、5、7および8番染色体上の遺伝子座に位置し、3個のQTLが、根および茎の倒伏に寄与し、1番染色体に位置し、ならびに1個のQTLが、一般的な黒穂病の発生に寄与し、3番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表A−Dに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一であるトウモロコシ植物を提供する。
本発明の別の具体例において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70、73/74、75/76および77/78に示され;表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58および65/66、67/68、69/70、71/72に示され;ならびに表Dに示される配列番号:11および12に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、穀粒収量、収穫時の穀粒水分、および一般的な黒穂病の発生の表現形の形質に寄与する、少なくとも10個、特に少なくとも15個、より特に少なくとも20個、さらにより特に少なくとも25個、しかし特別には少なくとも26個の異なるQTLを含み、QTLが、1、2、3、4、5、7、および8番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表A、BおよびDに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
特に、本発明は、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物が、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70、73/74、75/76および77/78に示され;表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58および65/66、67/68、69/70、71/72に示され;ならびに表Dに示される配列番号:11および12に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、26個の異なるQTLを含み、そのうちの14個が、穀粒収量に寄与し、1、2、4、5および7番染色体上の遺伝子座に位置し;11個のQTLが、穀粒水分に寄与し、1、2、3、4、5、7および8番染色体上の遺伝子座に位置し、ならびに1個のQTLが、一般的な黒穂病の発生に寄与し、3番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表A、BおよびDに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一であるトウモロコシ植物を提供する。
本発明の別の具体例において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70、73/74、75/76および77/78に示され;表Cに示される配列番号:3/4、27/28、45/46、47/48、および59/60に示され;ならびに表Dに示される配列番号:11および12に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、穀粒収量、後期の根の倒伏、茎の倒伏および一般的な黒穂病の発生の表現形の形質に寄与する、少なくとも8個、特に少なくとも12個、より特に少なくとも15個、しかし特別には少なくとも18個の異なるQTLを含み、QTLが、1、2、3、4、5、および7番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表A、CおよびDに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
特に、本発明は、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物が、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70、73/74、75/76および77/78に示され;表Cに示される配列番号:3/4、27/28、45/46、47/48、および59/60に示され;ならびに表Dに示される配列番号:11および12に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、18個の異なるQTLを含み、そのうちの14個が、穀粒収量に寄与し、1、2、4、5および7番染色体上の遺伝子座に位置し;3個のQTLが、根および茎の倒伏に寄与し、1番染色体に位置し、ならびに1個のQTLが、一般的な黒穂病の発生に寄与し、3番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表A、CおよびDに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一であるトウモロコシ植物を提供する。
本発明の別の具体例において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58および65/66、67/68、69/70、71/72に示され;表Cに示される配列番号:3/4、27/28、45/46、47/48、および59/60に示され;ならびに表Dに示される配列番号:11および12に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、収穫時の穀粒水分、初期および後期の根の倒伏、茎の倒伏および一般的な黒穂病の発生の表現形の形質に寄与する、少なくとも8個、特に少なくとも12個、より特に少なくとも15個、しかし特別には少なくとも15個の異なるQTLを含み、QTLが、1、2、3、4、5、7、および8番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表B、CおよびDに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
特に、本発明は、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物が、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58および65/66、67/68、69/70、71/72に示され、表Cに示される配列番号:3/4、27/28、45/46、47/48、および59/60に示され、ならびに表Dに示される配列番号:11および12に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、15個の異なるQTLを含み、11個のQTLが、穀粒水分に寄与し、1、2、3、4、5、7および8番染色体上の遺伝子座に位置し、3個のQTLが、根および茎の倒伏に寄与し、1番染色体に位置し、ならびに1個のQTLが、一般的な黒穂病の発生に寄与し、3番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表B、CおよびDに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一であるトウモロコシ植物を提供する。
本発明の他の具体例において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70、73/74、75/76および77/78に示され;表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58および65/66、67/68、69/70、71/72に示され、ならびに表Cに示される配列番号:3/4、27/28、45/46、47/48、および59/60に示され、ならびに表Dに示される配列番号:11および12に示され、表Eに示される配列番号:7/8、11/12、31/32、39/40、55/56、および81/82に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、穀粒収量、収穫時の穀粒水分、および初期、後期の根の倒伏、茎の倒伏、一般的な黒穂病の発生および房構造の表現形の形質に寄与する、少なくとも10個、特に少なくとも15個、より特に少なくとも20個、さらにより特に少なくとも25個、しかし特別には少なくとも30個および33個までの異なるQTLを含み、QTLが、1、2、3、4、5、6、7、8および9番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表A−Eに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明の特定の態様において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70、73/74、75/76および77/78に示され;表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58および65/66、67/68、69/70、71/72に示され、ならびに表Cに示される配列番号:3/4、27/28、45/46、47/48、および59/60に示され、ならびに表Dに示される配列番号:11および12に示され、表Eに示される配列番号:7/8、11/12、31/32、39/40、55/56、および81/82に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、33個の異なるQTLを含み、そのうちの14個が、穀粒収量に寄与し、1、2、4、5および7番染色体上の遺伝子座に位置し;11個のQTLが、穀粒水分に寄与し、1、2、3、4、5、7および8番染色体上の遺伝子座に位置し、3個のQTLが、根および茎の倒伏に寄与し、1番染色体に位置し、1個のQTLが、一般的な黒穂病の発生に寄与し、3番染色体上の遺伝子座に位置し、ならびに4個のQTLが、房構造に寄与し、3、6、7および9番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表A−Eに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明の別の具体例において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58および65/66、67/68、69/70、71/72に示され、ならびに表Cに示される配列番号:3/4、27/28、45/46、47/48、および59/60に示され、表Dに示される配列番号:11および12に示され、ならびに表Eに示される配列番号:7/8、11/12、31/32、39/40、55/56、および81/82に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、収穫時の穀粒水分および初期、後期の根の倒伏、茎の倒伏、一般的な黒穂病の発生および房構造の表現形の形質に寄与する、少なくとも8個、特に少なくとも12個、より特に少なくとも15個、しかし特別には少なくとも19個の異なるQTLを含み、前記QTLが、1、2、3、4、5、6、7、8および9番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表B−Eに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明の特定の態様において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58および65/66、67/68、69/70、71/72に示され、ならびに表Cに示される配列番号:3/4、27/28、45/46、47/48、および59/60に示され、表Dに示される配列番号:11および12に示され、ならびに表Eに示される配列番号:7/8、11/12、31/32、39/40、55/56、および81/82に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、19個の異なるQTLを含み、11個が、穀粒水分に寄与し、1、2、3、4、5、7および8番染色体上の遺伝子座に位置し、3個のQTLが、根および茎の倒伏に寄与し、1および5番染色体に位置し、1個のQTLが、一般的な黒穂病の発生に寄与し、3番染色体上の遺伝子座に位置し、ならびに4個のQTLが、房構造に寄与し、3、6、7および9番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表B−Eに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明の別の具体例において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70、73/74、75/76および77/78に示され;表Cに示される配列番号:3/4、27/28、45/46、47/48、および59/60に示され、表Dに示される配列番号:11および12に示され、ならびに表Eに示される配列番号:7/8、11/12、31/32、39/40、55/56、および81/82に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、穀粒収量、初期、後期の根の倒伏、茎の倒伏、一般的な黒穂病の発生および房構造の表現形の形質に寄与する、少なくとも10個、特に少なくとも15個、より特に少なくとも20個、しかし特別には少なくとも22個の異なるQTLを含み、前記QTLが、1、2、3、4、5、6、7、および9番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表A、およびC−Eに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明の特定の態様において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70、73/74、75/76および77/78に示され;表Cに示される配列番号:3/4、27/28、45/46、47/48、および59/60に示され、表Dに示される配列番号:11および12に示され、ならびに表Eに示される配列番号:7/8、11/12、31/32、39/40、55/56、および81/82に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、22個の異なるQTLを含み、そのうちの14個が、穀粒収量に寄与し、1、2、4、5および7番染色体上の遺伝子座に位置し;3個のQTLが、根および茎の倒伏に寄与し、1番染色体に位置し、1個のQTLが、一般的な黒穂病の発生に寄与し、3番染色体上の遺伝子座に位置し、ならびに4個のQTLが、房構造に寄与し、3、6、7および9番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表AおよびC−Eに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明の別の具体例において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70、73/74、75/76および77/78に示され;表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58および65/66、67/68、69/70、71/72に示され、表Dに示される配列番号:11および12に示され、ならびに表Eに示される配列番号:7/8、11/12、31/32、39/40、55/56、および81/82に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、穀粒収量、収穫時の穀粒水分、一般的な黒穂病の発生および房構造の表現形の形質に寄与する、少なくとも10個、特に少なくとも15個、より特に少なくとも20個、さらにより特に少なくとも25個、しかし特別には少なくとも30個の異なるQTLを含み、前記QTLが、1、2、3、4、5、6、7、8および9番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表A、B、DおよびEに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明の特定の具体例において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70、73/74、75/76および77/78に示され;表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58および65/66、67/68、69/70、71/72に示され、表Dに示される配列番号:11および12に示され、ならびに表Eに示される配列番号:7/8、11/12、31/32、39/40、55/56、および81/82に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、30個の異なるQTLを含み、そのうちの14個が、穀粒収量に寄与し、1、2、4、5および7番染色体上の遺伝子座に位置し;11個のQTLが、穀粒水分に寄与し、1、2、3、4、5、7および8番染色体上の遺伝子座に位置し、1個のQTLが、一般的な黒穂病の発生に寄与し、3番染色体上の遺伝子座に位置し、ならびに4個のQTLが、房構造に寄与し、3、6、7、および9番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表A、B、DおよびEに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明の別の具体例において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70、73/74、75/76および77/78に示され;表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58および65/66、67/68、69/70、71/72に示され、ならびに表Cに示される配列番号:3/4、27/28、45/46、47/48、および59/60に示され、ならびに表Eに示される配列番号:7/8、11/12、31/32、39/40、55/56、および81/82に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、穀粒収量、収穫時の穀粒水分、初期、後期の根の倒伏、茎の倒伏、および房構造の表現形の形質に寄与する、少なくとも10個、特に少なくとも15個、より特に少なくとも20個、さらにより特に少なくとも25個、しかし特別には少なくとも30個および32個までの異なるQTLを含み、前記QTLが、1、2、3、4、5、6、7、8および9番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表A−CおよびEに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明の特定の具体例において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70、73/74、75/76および77/78に示され;表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58および65/66、67/68、69/70、71/72に示され、ならびに表Cに示される配列番号:3/4、27/28、45/46、47/48、および59/60に示され、ならびに表Eに示される配列番号:7/8、11/12、31/32、39/40、55/56、および81/82に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、32個の異なるQTLを含み、そのうちの14個が、穀粒収量に寄与し、1、2、4、5および7番染色体上の遺伝子座に位置し;11個のQTLが、穀粒水分に寄与し、1、2、3、4、5、7および8番染色体上の遺伝子座に位置し、3個のQTLが、根および茎の倒伏に寄与し、1番染色体に位置し、ならびに4個のQTLが、房構造に寄与し、3、6、7、および9番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表A−CおよびEに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明の別の具体例において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70、73/74、75/76および77/78に示され;表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58および65/66、67/68、69/70、71/72に示され、ならびに表Cに示される配列番号:3/4、27/28、45/46、47/48、および59/60に示され、表Dに示される配列番号:11および12に示され、ならびに表Eに示される配列番号:7/8、11/12、31/32、39/40、55/56、および81/82に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、穀粒収量、収穫時の穀粒水分および初期、後期の根の倒伏、茎の倒伏、一般的な黒穂病の発生、房構造およびスルコトリオン耐性の表現形の形質に寄与する、少なくとも10個、特に少なくとも15個、より特に少なくとも20個、さらにより特に少なくとも25個、しかし特別には少なくとも30個および35個までの異なるQTLを含み、前記QTLが、1、2、3、4、5、6、7、8および9番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表A−Fに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明の特定の具体例において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70、73/74、75/76および77/78に示され;表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58および65/66、67/68、69/70、71/72に示され、ならびに表Cに示される配列番号:3/4、27/28、45/46、47/48、および59/60に示され、表Dに示される配列番号:11および12に示され、ならびに表Eに示される配列番号:7/8、11/12、31/32、39/40、55/56、および81/82に示され、ならびに表Fに示される配列番号:7/8、43/44、および81/82に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、35個の異なるQTLを含み、そのうちの14個が、穀粒収量に寄与し、1、2、4、5および7番染色体上の遺伝子座に位置し;11個のQTLが、穀粒水分に寄与し、1、2、3、4、5、7および8番染色体上の遺伝子座に位置し、3個のQTLが、根および茎の倒伏に寄与し、1番染色体に位置し、1個のQTLが、一般的な黒穂病の発生に寄与し、3番染色体上の遺伝子座に位置し、4個のQTLが、房構造に寄与し、3、6、7および9番染色体上の遺伝子座に位置し、ならびに2個のQTLが、スルコトリオン耐性に寄与し、3および9番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表A−Fに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明の別の具体例において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58および65/66、67/68、69/70、71/72に示され、ならびに表Cに示される配列番号:3/4、27/28、45/46、47/48、および59/60に示され、表Dに示される配列番号:11および12に示され、ならびに表Eに示される配列番号:7/8、11/12、31/32、39/40、55/56、および81/82に示され、ならびに表Fに示される配列番号:7/8、43/44、および81/82に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、収穫時の穀粒水分および初期、後期の根の倒伏、茎の倒伏、一般的な黒穂病の発生、房構造およびスルコトリオン耐性の表現形の形質に寄与する、少なくとも10個、特に少なくとも15個、より特に少なくとも20個、しかし特別には少なくとも21個の異なるQTLを含み、前記QTLが、1、2、3、4、5、6、7、8および9番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表B−Fに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明の特定の具体例において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58および65/66、67/68、69/70、71/72に示され、ならびに表Cに示される配列番号:3/4、27/28、45/46、47/48、および59/60に示され、表Dに示される配列番号:11および12に示され、ならびに表Eに示される配列番号:7/8、11/12、31/32、39/40、55/56、および81/82に示され、ならびに表Fに示される配列番号:7/8、43/44、および81/82に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、21個の異なるQTLを含み、11個のQTLが、穀粒水分に寄与し、1、2、3、4、5、7および8番染色体上の遺伝子座に位置し、3個のQTLが、根および茎の倒伏に寄与し、1番染色体に位置し、1個のQTLが、一般的な黒穂病の発生に寄与し、3番染色体上の遺伝子座に位置し、4個のQTLが、房構造に寄与し、3、6、7および9番染色体上の遺伝子座に位置し、ならびに2個のQTLが、スルコトリオン耐性に寄与し、3および9番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表B−Fに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明の別の具体例において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70、73/74、75/76および77/78に示され;表Cに示される配列番号:3/4、27/28、45/46、47/48、および59/60に示され、表Dに示される配列番号:11および12に示され、ならびに表Eに示される配列番号:7/8、11/12、31/32、39/40、55/56、および81/82に示され、ならびに表Fに示される配列番号:7/8、43/44、および81/82に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、穀粒収量、初期、後期の根の倒伏、茎の倒伏、一般的な黒穂病の発生、房構造およびスルコトリオン耐性の表現形の形質に寄与する、少なくとも10個、特に少なくとも15個、より特に少なくとも20個、しかし特別には少なくとも24個の異なるQTLを含み、前記QTLが、1、2、3、4、5、6、7、および9番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表AおよびC−Fに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明の特定の態様において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70、73/74、75/76および77/78に示され;表Cに示される配列番号:3/4、27/28、45/46、47/48、および59/60に示され、表Dに示される配列番号:11および12に示され、ならびに表Eに示される配列番号:7/8、11/12、31/32、39/40、55/56、および81/82に示され、ならびに表Fに示される配列番号:7/8、43/44、および81/82に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、24個の異なるQTLを含み、そのうちの14個が、穀粒収量に寄与し、1、2、4、5および7番染色体上の遺伝子座に位置し;3個のQTLが、根および茎の倒伏に寄与し、1および5番染色体に位置し、1個のQTLが、一般的な黒穂病の発生に寄与し、3番染色体上の遺伝子座に位置し、4個のQTLが、房構造に寄与し、3、6、7および9番染色体上の遺伝子座に位置し、ならびに2個のQTLが、スルコトリオン耐性に寄与し、3および9番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表AおよびC−Fに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明の別の具体例において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70、73/74、75/76および77/78に示され;表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58および65/66、67/68、69/70、71/72に示され、表Dに示される配列番号:11および12に示され、ならびに表Eに示される配列番号:7/8、11/12、31/32、39/40、55/56、および81/82に示され、ならびに表Eに示される配列番号:7/8、43/44、および81/82、ならびに表Fに示される配列番号:7、8、43、44、81および82に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、穀粒収量、収穫時の穀粒水分、一般的な黒穂病の発生、房構造およびスルコトリオン耐性の表現形の形質に寄与する、少なくとも10個、特に少なくとも15個、より特に少なくとも20個、さらにより特に少なくとも25個、しかし特別には少なくとも30個および32個までの異なるQTLを含み、前記QTLが、1、2、3、4、5、6、7、8および9番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表A、BおよびD−Fに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明の特定の態様において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70、73/74、75/76および77/78に示され;表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58および65/66、67/68、69/70、71/72に示され、表Dに示される配列番号:11および12に示され、ならびに表Eに示される配列番号:7/8、11/12、31/32、39/40、55/56、および81/82に示され、ならびに表Fに示される配列番号:7/8、43/44、および81/82に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、32個の異なるQTLを含み、そのうちの14個が、穀粒収量に寄与し、1、2、4、5および7番染色体上の遺伝子座に位置し;11個が、穀粒水分に寄与し、1、2、3、4、5、7および8番染色体上の遺伝子座に位置し、1個のQTLが、一般的な黒穂病の発生に寄与し、3番染色体上の遺伝子座に位置し、4個のQTLが、房構造に寄与し、3、6、7および9番染色体上の遺伝子座に位置し、ならびに2個のQTLが、スルコトリオン耐性に寄与し、3および9番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表A、BおよびD−Fに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明の別の具体例において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70、73/74、75/76および77/78に示され;表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58および65/66、67/68、69/70、71/72に示され、ならびに表Cに示される配列番号:3/4、27/28、45/46、47/48、および59/60に示され、表Eに示される配列番号:7/8、11/12、31/32、39/40、55/56、および81/82に示され、ならびに表Fに示される配列番号:7/8、43/44、および81/82に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、穀粒収量、収穫時の穀粒水分、後期の根の倒伏、茎の倒伏、房構造およびスルコトリオン耐性の表現形の形質に寄与する、少なくとも10個、特に少なくとも15個、より特に少なくとも20個、さらにより特に少なくとも25個、しかし特別には少なくとも30個および34個までの異なるQTLを含み、前記QTLが、1、2、3、4、5、6、7、8および9番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表A−C、EおよびFに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明の特定の態様において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70、73/74、75/76および77/78に示され;表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58および65/66、67/68、69/70、71/72に示され、ならびに表Cに示される配列番号:3/4、27/28、45/46、47/48、および59/60に示され、表Eに示される配列番号:7/8、11/12、31/32、39/40、55/56、および81/82に示され、ならびに表Fに示される配列番号:7/8、43/44、および81/82に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、34個の異なるQTLを含み、そのうちの14個が、穀粒収量に寄与し、1、2、4、5および7番染色体上の遺伝子座に位置し;11個のQTLが、穀粒水分に寄与し、1、2、3、4、5、7および8番染色体上の遺伝子座に位置し、3個のQTLが、根および茎の倒伏に寄与し、1番染色体に位置し、4個のQTLが、房構造に寄与し、3、6、7および9番染色体上の遺伝子座に位置し、ならびに2個のQTLが、スルコトリオン耐性に寄与し、3および9番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表A−C、EおよびFに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明の別の具体例において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70、73/74、75/76および77/78に示され;表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58および65/66、67/68、69/70、71/72に示され、ならびに表Cに示される配列番号:3/4、27/28、45/46、47/48、および59/60に示され、表Dに示される配列番号:11および12に示され、ならびに表Fに示される配列番号:7/8、43/44、および81/82に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、穀粒収量、収穫時の穀粒水分および初期、後期の根の倒伏、茎の倒伏、一般的な黒穂病の発生、およびスルコトリオン耐性の表現形の形質に寄与する、少なくとも10個、特に少なくとも15個、より特に少なくとも20個、さらにより特に少なくとも25個、しかし特別には少なくとも30個および31個までの異なるQTLを含み、前記QTLが、1、2、3、4、5、7、および8番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表A−DおよびFに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明の特定の態様において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70、73/74、75/76および77/78に示され;表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58および65/66、67/68、69/70、71/72に示され、ならびに表Cに示される配列番号:3/4、27/28、45/46、47/48、および59/60に示され、表Dに示される配列番号:11および12に示され、ならびに表Fに示される配列番号:7/8、43/44、および81/82に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、31個の異なるQTLを含み、そのうちの14個が、穀粒収量に寄与し、1、2、4、5および7番染色体上の遺伝子座に位置し;11個のQTLが、穀粒水分に寄与し、1、2、3、4、5、7および8番染色体上の遺伝子座に位置し、3個のQTLが、根および茎の倒伏に寄与し、1番染色体に位置し、1個のQTLが、一般的な黒穂病の発生に寄与し、3番染色体上の遺伝子座に位置し、ならびに2個のQTLが、スルコトリオン耐性に寄与し、3および9番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表A−DおよびFに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明の別の具体例において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70、73/74、75/76および77/78に示され;表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58および65/66、67/68、69/70、71/72に示され、ならびに表Cに示される配列番号:3/4、27/28、45/46、47/48、および59/60に示され、表Dに示される配列番号:11および12に示され、ならびに表Eに示される配列番号:7/8、11/12、31/32、39/40、55/56、および81/82に示され、ならびに表Fに示される配列番号:7/8、43/44、および81/82に示され、ならびに表Gに示される配列番号:1/2、15/16、および79/80に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、穀粒収量、収穫時の穀粒水分、後期の根の倒伏、茎の倒伏、一般的な黒穂病の発生、房構造、スルコトリオン耐性および赤かび病の発生の表現形の形質に寄与する、少なくとも10個、特に少なくとも15個、より特に少なくとも20個、さらにより特に少なくとも25個、しかし特別には少なくとも30個および37個までの異なるQTLを含み、前記QTLが、1、2、3、4、5、6、7、8および9番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表A−Gに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明の特定の態様において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70、73/74、75/76および77/78に示され;表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58および65/66、67/68、69/70、71/72に示され、ならびに表Cに示される配列番号:3/4、27/28、45/46、47/48、および59/60に示され、表Dに示される配列番号:11および12に示され、ならびに表Eに示される配列番号:7/8、11/12、31/32、39/40、55/56、および81/82に示され、ならびに表Fに示される配列番号:7/8、43/44、および81/82に示され、ならびに表Gに示される配列番号:1/2、15/16、および79/80に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、37個の異なるQTLを含み、そのうちの14個が、穀粒収量に寄与し、1、2、4、5および7番染色体上の遺伝子座に位置し;11個のQTLが、穀粒水分に寄与し、1、2、3、4、5、7および8番染色体上の遺伝子座に位置し、3個のQTLが、根および茎の倒伏に寄与し、1番染色体に位置し、1個のQTLが、一般的な黒穂病の発生に寄与し、3番染色体上の遺伝子座に位置し、4個のQTLが、房構造に寄与し、3、6、7および9番染色体上の遺伝子座に位置し、2個のQTLが、スルコトリオン耐性に寄与し、3および9番染色体上の遺伝子座に位置し、2個のQTLが、赤かび病の発生に寄与し、5番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表A−Gに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明の別の具体例において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58および65/66、67/68、69/70、71/72に示され、ならびに表Cに示される配列番号:3/4、27/28、45/46、47/48、および59/60に示され、表Dに示される配列番号:11および12に示され、ならびに表Eに示される配列番号:7/8、11/12、31/32、39/40、55/56、および81/82に示され、ならびに表Fに示される配列番号:7/8、43/44、および81/82に示され、ならびに表Gに示される配列番号:1/2、15/16、および79/80に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、収穫時の穀粒水分および初期、後期の根の倒伏、茎の倒伏、一般的な黒穂病の発生、房構造、スルコトリオン耐性および赤かび病の発生の表現形の形質に寄与する、少なくとも10個、特に少なくとも15個、より特に少なくとも20個、しかし特別には少なくとも23個の異なるQTLを含み、前記QTLが、1、2、3、4、5、6、7、8および9番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表B−Gに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明の特定の態様において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58および65/66、67/68、69/70、71/72に示され、ならびに表Cに示される配列番号:3/4、27/28、45/46、47/48、および59/60に示され、表Dに示される配列番号:11および12に示され、ならびに表Eに示される配列番号:7/8、11/12、31/32、39/40、55/56、および81/82に示され、ならびに表Fに示される配列番号:7/8、43/44、および81/82に示され、ならびに表Gに示される配列番号:1/2、15/16、および79/80に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、23個の異なるQTLを含み、11個のQTLが、穀粒水分に寄与し、1、2、3、4、5、7および8番染色体上の遺伝子座に位置し、3個のQTLが、根および茎の倒伏に寄与し、1番染色体に位置し、1個のQTLが、一般的な黒穂病の発生に寄与し、3番染色体上の遺伝子座に位置し、4個のQTLが、房構造に寄与し、3、6、7および9番染色体上の遺伝子座に位置し、2個のQTLが、スルコトリオン耐性に寄与し、3および9番染色体上の遺伝子座に位置し、2個のQTLが、赤かび病の発生に寄与し、5番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表B−Gに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明の別の具体例において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70、73/74、75/76および77/78に示され;表Cに示される配列番号:3/4、27/28、45/46、47/48、および59/60に示され、表Dに示される配列番号:11および12に示され、ならびに表Eに示される配列番号:7/8、11/12、31/32、39/40、55/56、および81/82に示され、ならびに表Fに示される配列番号:7/8、43/44、および81/82に示され、ならびに表Gに示される配列番号:1/2、15/16、および79/80に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、穀粒収量、後期の根の倒伏、茎の倒伏、一般的な黒穂病の発生、房構造、スルコトリオン耐性および赤かび病の発生の表現形の形質に寄与する、少なくとも10個、特に少なくとも15個、より特に少なくとも20個、しかし特別には少なくとも25個および26個までの異なるQTLを含み、前記QTLが、1、2、3、4、5、6、7、および9番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表AおよびC−Gに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明の特定の態様において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70、73/74、75/76および77/78に示され;表Cに示される配列番号:3/4、27/28、45/46、47/48、および59/60に示され、表Dに示される配列番号:11および12に示され、ならびに表Eに示される配列番号:7/8、11/12、31/32、39/40、55/56、および81/82に示され、ならびに表Fに示される配列番号:7/8、43/44、および81/82に示され、ならびに表Gに示される配列番号:1/2、15/16、および79/80に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、26個の異なるQTLを含み、そのうちの14個が、穀粒収量に寄与し、1、2、4、5および7番染色体上の遺伝子座に位置し;3個のQTLが、根および茎の倒伏に寄与し、1番染色体に位置し、1個のQTLが、一般的な黒穂病の発生に寄与し、3番染色体上の遺伝子座に位置し、4個のQTLが、房構造に寄与し、3、6、7および9番染色体上の遺伝子座に位置し、2個のQTLが、スルコトリオン耐性に寄与し、3および9番染色体上の遺伝子座に位置し、ならびに2個のQTLが、赤かび病の発生に寄与し、5番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表AおよびC−Gに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明の別の具体例において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70、73/74、75/76および77/78に示され;表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58および65/66、67/68、69/70、71/72に示され、表Dに示される配列番号:11および12に示され、ならびに表Eに示される配列番号:7/8、11/12、31/32、39/40、55/56、および81/82に示され、ならびに表Fに示される配列番号:7/8、43/44、および81/82に示され、ならびに表Gに示される配列番号:1/2、15/16、および79/80に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、穀粒収量、収穫時の穀粒水分、一般的な黒穂病の発生、房構造、スルコトリオン耐性および赤かび病の発生の表現形の形質に寄与する、少なくとも10個、特に少なくとも15個、より特に少なくとも20個、さらにより特に少なくとも25個、しかし特別には少なくとも30個および34個までの異なるQTLを含み、前記QTLが、1、2、3、4、5、6、7、8および9番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表A、BおよびD−Gに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明の特定の態様において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70、73/74、75/76および77/78に示され;表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58および65/66、67/68、69/70、71/72に示され、表Dに示される配列番号:11および12に示され、ならびに表Eに示される配列番号:7/8、11/12、31/32、39/40、55/56、および81/82に示され、ならびに表Fに示される配列番号:7/8、43/44、および81/82に示され、ならびに表Gに示される配列番号:1/2、15/16、および79/80に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、34個の異なるQTLを含み、そのうちの14個が、穀粒収量に寄与し、1、2、4、5および7番染色体上の遺伝子座に位置し;11個のQTLが、穀粒水分に寄与し、1、2、3、4、5、7および8番染色体上の遺伝子座に位置し、1個のQTLが、一般的な黒穂病の発生に寄与し、3番染色体上の遺伝子座に位置し、4個のQTLが、房構造に寄与し、3、6、7および9番染色体上の遺伝子座に位置し、2個のQTLが、スルコトリオン耐性に寄与し、3および9番染色体上の遺伝子座に位置し、ならびに2個のQTLが、赤かび病の発生に寄与し、5番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表A、BおよびD−Gに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明の別の具体例において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70、73/74、75/76および77/78に示され;表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58および65/66、67/68、69/70、71/72に示され、表Cに示される配列番号:3/4、27/28、45/46、47/48、および59/60に示され、表Eに示される配列番号:7/8、11/12、31/32、39/40、55/56、および81/82に示され、ならびに表Fに示される配列番号:7/8、43/44、および81/82に示され、ならびに表Gに示される配列番号:1/2、15/16、および79/80に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、穀粒収量、収穫時の穀粒水分および初期、後期の根の倒伏、茎の倒伏、房構造、スルコトリオン耐性および赤かび病の発生の表現形の形質に寄与する、少なくとも10個、特に少なくとも15個、より特に少なくとも20個、さらにより特に少なくとも25個、しかし特別には少なくとも30個および36個までの異なるQTLを含み、前記QTLが、1、2、3、4、5、6、7、8および9番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表A−CおよびE−Gに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明の特定の態様において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70、73/74、75/76および77/78に示され;表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58および65/66、67/68、69/70、71/72に示され、ならびに表Cに示される配列番号:3/4、27/28、45/46、47/48、および59/60に示され、表Eに示される配列番号:7/8、11/12、31/32、39/40、55/56、および81/82に示され、ならびに表Fに示される配列番号:7/8、43/44、および81/82に示され、ならびに表Gに示される配列番号:1/2、15/16、および79/80に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、36個の異なるQTLを含み、そのうちの14個が、穀粒収量に寄与し、1、2、4、5および7番染色体上の遺伝子座に位置し;11個のQTLが、穀粒水分に寄与し、1、2、3、4、5、7および8番染色体上の遺伝子座に位置し、3個のQTLが、根および茎の倒伏に寄与し、1番染色体に位置し、4個のQTLが、房構造に寄与し、3、6、7および9番染色体上の遺伝子座に位置し、2個のQTLが、スルコトリオン耐性に寄与し、3および9番染色体上の遺伝子座に位置し、ならびに2個のQTLが、赤かび病の発生に寄与し、5番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表A−CおよびE−Gに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明の別の具体例において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組に結合した対立遺伝子の組により特徴付けられ、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70、73/74、75/76および77/78に示され;表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58および65/66、67/68、69/70、71/72に示され、ならびに表Cに示される配列番号:3/4、27/28、45/46、47/48、および59/60に示され、表Dに示される配列番号:11および12に示され、ならびに表Fに示される配列番号:7/8、43/44、および81/82に示され、ならびに表Gに示される配列番号:1/2、15/16、および79/80に示されるマーカーに遺伝学的に連結されるものであって、前記QTLの組が、穀粒収量、収穫時の穀粒水分および初期、後期の根の倒伏、茎の倒伏、一般的な黒穂病の発生、スルコトリオン耐性および赤かび病の発生の表現形の形質に寄与する、少なくとも10個、特に少なくとも15個、より特に少なくとも20個、さらにより特に少なくとも25個、しかし特別には少なくとも30個および33個までの異なるQTLを含み、前記QTLが、1、2、3、4、5、7、および8番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表A−D、FおよびGに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明の特定の態様において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70、73/74、75/76および77/78に示され;表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58および65/66、67/68、69/70、71/72に示され、ならびに表Cに示される配列番号:3/4、27/28、45/46、47/48、および59/60に示され、表Dに示される配列番号:11および12に示され、表Fに示される配列番号:7/8、43/44、および81/82に示され、ならびに表Gに示される配列番号:1/2、15/16、および79/80に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、33個の異なるQTLを含み、そのうちの14個が、穀粒収量に寄与し、1、2、4、5および7番染色体上の遺伝子座に位置し;11個のQTLが、穀粒水分に寄与し、1、2、3、4、5、7および8番染色体上の遺伝子座に位置し、3個のQTLが、根および茎の倒伏に寄与し、1番染色体に位置し、1個のQTLが、一般的な黒穂病の発生に寄与し、3番染色体上の遺伝子座に位置し、2個のQTLが、スルコトリオン耐性に寄与し、3および9番染色体上の遺伝子座に位置し、ならびに2個のQTLが、赤かび病の発生に寄与し、5番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表A−D、FおよびGに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明の別の具体例において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70、73/74、75/76および77/78に示され;表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58および65/66、67/68、69/70、71/72に示され、表Cに示される配列番号:3/4、27/28、45/46、47/48、および59/60に示され、表Dに示される配列番号:11および12に示され、表Eに示される配列番号:7/8、11/12、31/32、39/40、55/56、および81/82に示され、ならびに表Gに示される配列番号:1/2、15/16、および79/80に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、穀粒収量、収穫時の穀粒水分および初期、後期の根の倒伏、茎の倒伏、一般的な黒穂病の発生、房構造、および赤かび病の発生の表現形の形質に寄与する、少なくとも10個、特に少なくとも15個、より特に少なくとも20個、さらにより特に少なくとも25個、しかし特別には少なくとも30個および35個までの異なるQTLを含み、前記QTLが、1、2、3、4、5、6、7、8および9番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表A−EおよびGに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
本発明の特定の態様において、本発明による、上述の本明細書に記載されたトウモロコシ植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組により特徴付けられ、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表Aに示される配列番号:9/10、13/14、17/18、19/20、25/26、27/28、29/30、35/36、41/42、47/48、49/50、51/52、59/60、61/62、63/64、65/66、69/70、73/74、75/76および77/78に示され;表Bに示される配列番号:3/4、5/6、9/10、13/14、21/22、23/24、29/30、31/32、33/34、37/38、39/40、43/44、53/54、57/58および65/66、67/68、69/70、71/72に示され、表Cに示される配列番号:3/4、27/28、45/46、47/48、および59/60に示され、表Dに示される配列番号:11および12に示され、表Eに示される配列番号:7/8、11/12、31/32、39/40、55/56、および81/82に示され、ならびに表Gに示される配列番号:1/2、15/16、および79/80に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって、前記QTLの組が、35個の異なるQTLを含み、そのうちの14個が、穀粒収量に寄与し、1、2、4、5および7番染色体上の遺伝子座に位置し;11個のQTLが、穀粒水分に寄与し、1、2、3、4、5、7および8番染色体上の遺伝子座に位置し、3個のQTLが、根および茎の倒伏に寄与し、1番染色体に位置し、1個のQTLが、一般的な黒穂病の発生に寄与し、3番染色体上の遺伝子座に位置し、4個のQTLが、房構造に寄与し、3、6、7および9番染色体上の遺伝子座に位置し、ならびに2個のQTLが、赤かび病の発生に寄与し、5番染色体上の遺伝子座に位置するものであって、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表A−EおよびGに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
特定の具体例において、本発明は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組を含む核ゲノムを含むトウモロコシ植物に関するものであって、前記QTLの各々が、穀粒収量、収穫時の穀粒水分、初期と後期の根の倒伏、茎の倒伏、一般的な黒穂病の発生、赤かび病の発生、スルコトリオン耐性、および房構造の群から選択される表現形の形質に寄与するものであって、
a)各QTLが、少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、マーカー遺伝子座が、表A−Gに示される配列番号:1−82に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであって;ならびに
b)対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表A−Gに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、増幅産物が、同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)とM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一であり、前記QTLの組が、表A−Gに示される37個の異なるQTLを含むが、特に、前記QTLの少なくとも一部が、各々、トウモロコシ近交株M3047/2(NCIMB 41460)およびM3047/1(NCIMB 41459)から得られるトウモロコシ植物である。
1の具体例において、本発明は、少なくとも10個、特に少なくとも11個、特に少なくとも12個、しかし特別には少なくとも13個のQTLの対応する組における好ましい対立遺伝子の組を含む核ゲノムを含むトウモロコシ植物に関するものであって、前記各QTLが、穀粒収量の表現形の形質に寄与し、
a)各QTLが、少なくとも1ペアの連結されたマーカーにより特徴付けられる遺伝子座の群から選択される少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、連結されたマーカーの各々が、
QTL1に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:59/60および77/78;
QTL2に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:77/78および27/28;
QTL3に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:47/48および75/76;
QTL4に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:65/66および9/10;
QTL5に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:69/70および13/14;
QTL6に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:73/74および25/26;
QTL7に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:35/36および63/64;
QTL8に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:35/36および63/64;
QTL9に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:35/36および63/64;
QTL10に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:41/42および49/50;
QTL11に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:49/50および61/62;
QTL12に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:17/18および51/52;
QTL13に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:51/52および19/20;ならびに
QTL14に連結されたマーカーを同定する、配列番号:29および30
に示されるごときヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであり、ならびに
b)対応するQTLにおける各対立遺伝子が、PCT増幅産物により定義されるものであって、前記PCT増幅産物が、a)で同定されるプライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)およびM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる、表Aに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
1の具体例において、本発明は、対応する14個のQTLにおける好ましい対立遺伝子の完全な組を含む、上述の本明細書に記載されるごときトウモロコシ植物に関する。
1の具体例において、本発明は、
QTL1−4が、1番染色体上に位置し;
QTL5および6が、2番染色体上に位置し;
QTL7−9が、4番染色体上に位置し;
QTL10−13が、5番染色体上に位置し;
QTL14が、7番染色体上に位置する
上述の明細書に記載されるごときトウモロコシ植物に関する。
1の具体例において、本発明は、少なくとも7個のQTLの対応する組における好ましい対立遺伝子の組を含む核ゲノムを含むトウモロコシ植物に関するものであって、前記QTLの各々が、収穫時の穀粒水分の表現形の形質に寄与し、
a)各QTLが、少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、前記マーカー遺伝子座が、少なくとも1ペアの連結されたマーカーにより特徴付けられ、連結されたマーカーの各々が、
QTL3に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:69/70および13/14;
QTL4に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:71/72および53/54;
QTL5に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:53/54および57/58;
QTL6に連結されたマーカーを同定する配列番号:43/44;
QTL7に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:5/6および37/38;
QTL8に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:21/22および33/34;
QTL9に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:31/32および39/40;
に示されるごときヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであり、ならびに
b)対応するQTLにおける各対立遺伝子が、PCT増幅産物により定義されるものであって、前記PCT増幅産物が、a)で同定されるプライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)およびM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる、表Bに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
1の具体例において、本発明は、少なくとも9個のQTL、特に少なくとも10個のQTL、しかし特別には少なくとも11個のQTLの対応する組における好ましい対立遺伝子の組を含む核ゲノムを含む、上述の本明細書に記載されるごときトウモロコシ植物に関するものであって、前記QTLの各々が、収穫時の穀粒水分の表現形の形質に寄与し、
a)各QTLが、少なくとも1ペアの連結されたマーカーにより特徴付けられる遺伝子座の群から選択される少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、連結されたマーカーの各々が、
QTL1に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:23/24および3/4;
QTL2に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:65/66および9/10;
QTL3に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:69/70および13/14;
QTL4に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:71/72および53/54;
QTL5に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:53/54および57/58;
QTL6に連結されたマーカーを同定する配列番号:43/44;
QTL7に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:5/6および37/38;
QTL8に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:21/22および33/34;
QTL9に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:31/32および39/40;
QTL10に連結されたマーカーを同定する配列番号:29/30;
QTL11に連結されたマーカーを同定する配列番号:67/68;
に示されるごときヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであり、ならびに
b)対応するQTLにおける各対立遺伝子が、PCT増幅産物により定義されるものであって、前記PCT増幅産物が、a)で同定されるプライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)およびM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる、表Bに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
1の具体例において、本発明は、少なくとも9個、特に少なくとも10個、しかし特別には少なくとも11個のQTLの対応する組における好ましい対立遺伝子の組を含む核ゲノムを含む、上述の本明細書に記載されるごときトウモロコシ植物に関するものであって、前記QTLの各々が、収穫時の穀粒水分の表現形の形質に寄与し、
a1)7個のQTLが、少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、前記マーカー遺伝子座が、少なくとも1ペアの連結されたマーカーにより特徴付けられ、連結されたマーカーの各々が、
QTL3に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:69/70および13/14;
QTL4に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:71/72および53/54;
QTL5に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:53/54および57/58;
QTL6に連結されたマーカーを同定する配列番号:43/44;
QTL7に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:5/6および37/38;
QTL8に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:21/22および33/34;
QTL9に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:31/32および39/40;
に示されるごときヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであり、ならびに
a2)残りの2個のQTLが、少なくとも1ペアの連結されたマーカーにより特徴付けられる遺伝子座の群から選択される少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、連結されたマーカーの各々が、
QTL1に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:23/24および3/4;
QTL2に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:65/66および9/10;
QTL10に連結されたマーカーを同定する、配列番号:29/30;ならびに
QTL11に連結されたマーカーを同定する、配列番号:67/68;
に示されるごときヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであり、
b)対応するQTLにおける各対立遺伝子が、PCT増幅産物により定義されるものであって、前記PCT増幅産物が、a)で同定されるプライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)およびM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる、表Bに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である。
1の具体例において、本発明は、上述の本明細書に記載されるごときトウモロコシ植物であって、
a)各QTLが、少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、前記マーカー遺伝子座が、少なくとも1ペアの連結されたマーカーにより特徴付けられ、連結されたマーカーの各々が、
QTL1に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:23/24および3/4;
QTL2に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:65/66および9/10;
QTL3に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:69/70および13/14;
QTL4に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:71/72および53/54;
QTL5に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:53/54および57/58;
QTL6に連結されたマーカーを同定する配列番号:43/44;
QTL7に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:5/6および37/38;
QTL8に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:21/22および33/34;
QTL9に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:31/32および39/40;
QTL10に連結されたマーカーを同定する配列番号:29/30;
QTL11に連結されたマーカーを同定する配列番号:67/68;
に示されるごときヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであり、ならびに
b)対応するQTLにおける各対立遺伝子が、PCT増幅産物により定義されるものであって、前記PCT増幅産物が、a)で同定されるプライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)およびM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる、表Bに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である、
トウモロコシ植物に関する。
1の具体例において、本発明は、上述の本明細書に記載されるごときトウモロコシ植物であって、
QTL1および2が、1番染色体上に位置し;
QTL3−5が、2番染色体上に位置し;
QTL6が、3番染色体上に位置し;
QTL7が、4番染色体上に位置し;
QTL8が、5番染色体上に位置し;
QTL9および10が、7番染色体上に位置し;
QTL11が、8番染色体上に位置する、
トウモロコシ植物に関する。
1の具体例において、本発明は、QTLの対応する組、特に少なくとも19個のQTLの組における好ましい対立遺伝子の組を含む核ゲノムを含むトウモロコシ植物であって、
a1)前記QTLのうち、10個、特に11個、特に12個、特に13個、しかし特別には14個が穀粒収量の表現形の形質に寄与するものであって、穀粒収量に寄与する各QTLが、少なくとも1ペアの連結されたマーカーにより特徴付けられる遺伝子座の群から選択される少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結されるものであり、連結されたマーカーの各々が、
QTL1に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:59/60および77/78;
QTL2に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:77/78および27/28;
QTL3に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:47/48および75/76;
QTL4に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:65/66および9/10;
QTL5に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:69/70および13/14;
QTL6に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:73/74および25/26;
QTL7に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:35/36および63/64;
QTL8に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:35/36および63/64;
QTL9に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:35/36および63/64;
QTL10に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:41/42および49/50;
QTL11に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:49/50および61/62;
QTL12に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:17/18および51/52;
QTL13に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:51/52および19/20;ならびに
QTL14に連結されたマーカーを同定する、配列番号:29および30;
に示されるごときヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであり、
a2)前記QTLのうち、9個、特に10個、しかし特別には11個が、収穫時の穀粒水分の表現形の形質に寄与するものであって、穀粒水分に寄与する各QTLが、少なくとも1ペアの連結されたマーカーにより特徴付けられる遺伝子座の群から選択される少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結されるものであって、前記連結されたマーカーの各々が、
QTL1に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:23/24および3/4;
QTL2に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:65/66および9/10;
QTL3に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:69/70および13/14;
QTL4に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:71/72および53/54;
QTL5に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:53/54および57/58;
QTL6に連結されたマーカーを同定する配列番号:43/44;
QTL7に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:5/6および37/38;
QTL8に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:21/22および33/34;
QTL9に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:31/32および39/40;
QTL10に連結されたマーカーを同定する配列番号:29/30;
QTL11に連結されたマーカーを同定する配列番号:67/68;
に示されるごときヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであり、
b)対応するQTLにおける各対立遺伝子が、PCT増幅産物により定義されるものであって、前記PCT増幅産物が、a)で同定されるプライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)およびM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる、表AおよびBに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である、
トウモロコシ植物に関する。
1の具体例において、本発明は、QTLの対応する組、特に少なくとも17個のQTLの組における好ましい対立遺伝子の組を含む核ゲノムを含むトウモロコシ植物であって、
a1)前記QTLのうち、10個、特に11個、特に12個、特に13個、しかし特別には14個が穀粒収量の表現形の形質に寄与するものであって、穀粒収量に寄与する各QTLが、少なくとも1ペアの連結されたマーカーにより特徴付けられる遺伝子座の群から選択される少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結されるものであり、連結されたマーカーの各々が、
QTL1に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:59/60および77/78;
QTL2に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:77/78および27/28;
QTL3に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:47/48および75/76;
QTL4に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:65/66および9/10;
QTL5に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:69/70および13/14;
QTL6に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:73/74および25/26;
QTL7に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:35/36および63/64;
QTL8に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:35/36および63/64;
QTL9に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:35/36および63/64;
QTL10に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:41/42および49/50;
QTL11に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:49/50および61/62;
QTL12に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:17/18および51/52;
QTL13に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:51/52および19/20;ならびに
QTL14に連結されたマーカーを同定する配列番号:29および30;
に示されるごときヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであり、
a2)前記QTLのうち7個が、収穫時の穀粒水分に寄与するものであって、穀粒水分に寄与する各QTLが、少なくとも1ペアの連結されたマーカーにより特徴付けられる遺伝子座の群から選択される少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結されるものであって、前記連結されたマーカーの各々が、
QTL3に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:69/70および13/14;
QTL4に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:71/72および53/54;
QTL5に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:53/54および57/58;
QTL6に連結されたマーカーを同定する配列番号:43/44;
QTL7に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:5/6および37/38;
QTL8に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:21/22および33/34;
QTL9に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:31/32および39/40;
に示されるごときヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであり、
b)対応するQTLにおける各対立遺伝子が、PCT増幅産物により定義されるものであって、前記PCT増幅産物が、a1)およびa2)で同定されるプライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)およびM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる、表AおよびBに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である、
トウモロコシ植物に関する。
1の具体例において、本発明は、QTLの対応する組、特に少なくとも19個のQTLの組における好ましい対立遺伝子の組を含む核ゲノムを含むトウモロコシ植物であって、
a1)前記QTLのうち、10個、特に11個、特に12個、特に13個、しかし特別には14個が穀粒収量の表現形の形質に寄与するものであって、穀粒収量に寄与する各QTLが、少なくとも1ペアの連結されたマーカーにより特徴付けられる遺伝子座の群から選択される少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結されるものであり、連結されたマーカーの各々が、
QTL1に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:59/60および77/78;
QTL2に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:77/78および27/28;
QTL3に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:47/48および75/76;
QTL4に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:65/66および9/10;
QTL5に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:69/70および13/14;
QTL6に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:73/74および25/26;
QTL7に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:35/36および63/64;
QTL8に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:35/36および63/64;
QTL9に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:35/36および63/64;
QTL10に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:41/42および49/50;
QTL11に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:49/50および61/62;
QTL12に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:17/18および51/52;
QTL13に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:51/52および19/20;ならびに
QTL14に連結されたマーカーを同定する、配列番号:29および30;
に示されるごときヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであり、
a2)前記QTLのうち、9個、特に10個、しかし特別には11個が、収穫時の穀粒水分の表現形の形質に寄与するものであって、
a2.1)前記QTLのうちの7個が、少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結されるものであって、前記マーカー遺伝子座が、少なくとも1ペアの連結されたマーカーにより特徴付けられ、前記連結されたマーカーの各々が、
QTL3に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:69/70および13/14;
QTL4に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:71/72および53/54;
QTL5に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:53/54および57/58;
QTL6に連結されたマーカーを同定する配列番号:43/44;
QTL7に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:5/6および37/38;
QTL8に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:21/22および33/34;
QTL9に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:31/32および39/40;
に示されるごときヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであり、
a2.2)残りのQTLが、少なくとも1ペアの連結されたマーカーにより特徴付けられる遺伝子座の群から選択される少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結されるものであって、前記連結されたマーカーの各々が、
QTL1に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:23/24および3/4;
QTL2に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:65/66および9/10;
QTL10に連結されたマーカーを同定する、配列番号:29/30;
QTL11に連結されたマーカーを同定する、配列番号:67/68;
に示されるごときヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであり、
b)対応するQTLにおける各対立遺伝子が、PCT増幅産物により定義されるものであって、前記PCT増幅産物が、a1)およびa2)で同定されるプライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)およびM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる、表AおよびBに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物と実質的に同一である、
トウモロコシ植物に関する。
1の具体例において、本発明は、穀粒収量に寄与する対応する14個のQTLにおける好ましい対立遺伝子の完全な組を含む、上述の本明細書に記載されるごときトウモロコシ植物に関する。
1の具体例において、本発明は、収穫時の穀粒水分に寄与する対応する11個のQTLにおける好ましい対立遺伝子の完全な組を含む、上述の本明細書に記載されるごときトウモロコシ植物に関する。
1の具体例において、本発明は、穀粒収量に寄与する対応する14個および収穫時の穀粒水分に寄与する11個のQTLにおける好ましい対立遺伝子の完全な組を含む、上述の本明細書に記載されるごときトウモロコシ植物に関する。
1の具体例において、本発明は、根および組の倒伏に寄与する対応するQTLにおける好ましい対立遺伝子の少なくとも1つのさらなる組を含む上述の本明細書に記載されるごときトウモロコシ植物であって、前記QTLが、少なくとも1ペアの連結されたマーカーにより特徴付けられるマーカー遺伝子座の群から選択される少なくとも1つのさらなるマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結されるものであって、前記連結されたマーカーの各々が、
QTL1に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:3/4および59/60;
QTL2に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:27/28および47/48;ならびに
QTL3に連結されたマーカーを同定する、それぞれ配列番号:45/46;
に示されるごときヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであり、
特に、QTL1、2および3が、1番染色体上に位置する、
トウモロコシ植物に関する。
1の具体例において、本発明は、一般的な黒穂病の発生に寄与する対応するQTLにおける好ましい対立遺伝子の少なくとも1つのさらなる組を含む上述の本明細書に記載されるごときトウモロコシ植物であって、前記QTLが、少なくとも1ペアの連結されたマーカーにより特徴付けられる少なくとも1つのさらなるマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結されるものであって、連結されたマーカーの各々が、
QTL1に連結されたマーカーを同定する配列番号:11/12、
に示されるごときヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであり、
特に、QTL1が、3番染色体上に位置する、
トウモロコシ植物に関する。
1の具体例において、本発明は、房構造に寄与する対応するQTLにおける好ましい対立遺伝子の少なくとも1つのさらなる組を含む上述の本明細書に記載されるごときトウモロコシ植物であって、前記QTLが、少なくとも1ペアの連結されたマーカーにより特徴付けられるマーカー遺伝子座の群から選択される少なくとも1つのさらなるマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結されるものであって、連結されたマーカーの各々が、
QTL1に連結されたマーカーを同定する配列番号:11/12;
QTL2に連結されたマーカーを同定する配列番号:55/56;
QTL3に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:31/32および39/40;
QTL4に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:81/82および7/8;
に示されるごときヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであり、
特に、
QTL1が、3番染色体上に位置し、
QTL2が、6番染色体上に位置し、
QTL3が、7番染色体上に位置し、ならびに
QTL4が、9番染色体上に位置する
トウモロコシ植物に関する。
1の具体例において、本発明は、スルコトリオン耐性に寄与する対応するQTLにおける好ましい対立遺伝子の少なくとも1つのさらなる組を含む上述の本明細書に記載されるごときトウモロコシ植物であって、前記QTLが、少なくとも1ペアの連結されたマーカーにより特徴付けられるマーカー遺伝子座の群から選択される少なくとも1つのさらなるマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結されるものであって、連結されたマーカーの各々が、
QTL1に連結されたマーカーを同定する配列番号:43/44;ならびに
QTL2に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:81/82および7/8:
に示されるごときヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであり、
特に、
QTL1が、3番染色体上に位置し、
QTL2が、9番染色体上に位置する
トウモロコシ植物に関する。
1の具体例において、本発明は、赤かび病の発生に寄与する対応するQTLにおける好ましい対立遺伝子の少なくとも1つのさらなる組を含む上述の本明細書に記載されるごときトウモロコシ植物であって、前記QTLが、少なくとも1ペアの連結されたマーカーにより特徴付けられるマーカー遺伝子座の群から選択される少なくとも1つのさらなるマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結されるものであって、連結されたマーカーの各々が、
QTL1に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:1/2および79/80;ならびに
QTL2に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:79/80および15/16:
に示されるごときヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであり、
特に、
QTL1および2が、5番染色体上に位置する
トウモロコシ植物に関する。
1の具体例において、本発明は、植物が、常時、QTLに連結されたマーカー遺伝子座における最も好ましい対立遺伝子を保有し、および/または表A〜Gに示されるごときLOTスコアを示す、最も好ましい上述の本明細書に記載されるごときトウモロコシ植物に関する。
1の具体例において、本発明は、前記植物が、各遺伝子座に最も好ましい対立遺伝子の少なくとも1コピーを有する、上述の本明細書に記載されるごときトウモロコシ植物に関する。
1の具体例において、本発明は、列挙されたQTLの少なくとも一部が、受入番号NCIMB 41460およびNCIMB 41459でNCIMBに寄託されたトウモロコシ近交株M3047/2およびM3047/1それぞれから得られるものである、上述の本明細書に記載されるごときトウモロコシ植物に関する。
1の具体例において、本発明による上述の本明細書に記載されるごとき植物は、近交株である。
別の具体例において、本発明による上述の本明細書に記載されるごとき植物は、交雑株、特に単一交配F1交雑株である。
本発明はまた、上述の量的形質遺伝子座の少なくとも1つ、好ましくは1つより多く、最も好ましくは全てに由来する遺伝学的材料が、ゲノムに遺伝子移入された、改良された近交株および交雑株トウモロコシ植物、およびその子孫、特に、高い穀粒収量および収穫時の低い穀粒水分の形質を示す、改良された近交株および交雑株トウモロコシ植物、およびその子孫を意図する。
本発明の特定の具体例において、トウモロコシ植物は、前記植物が、常時、QTLに連結されたマーカー遺伝子座における最も好ましい対立遺伝子を保有する、上述の本明細書に記載されるごとく提供される。
特に、本発明は、前記好ましい対立遺伝子がホモ接合状態である。上述の明細書に記載されるごときトウモロコシ植物に関する。
さらに別の特定な具体例において、トウモロコシ植物は、トウモロコシ植物が、表A−Gに表されるQTLに連結されたマーカー対立遺伝子座における最も好ましい対立遺伝子を保有し、本発明による上述の本明細書に記載されるごとく提供される。
1の態様において、本発明は、表A−Gに表される配列番号:1−82に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーを含む、1つのマーカーまたは2個もしくはそれ以上のマーカーおよび41個までのマーカーの組に関するものであって、前記プライマーが、分子量またはヌクレオチド配列を示すPCR反応において増幅産物を生じるものであって、前記分子量またはヌクレオチド配列が、同一プライマーペアを用いるPCRにおいて、近交株M3047/1(NCIMB 41459)およびM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる対応するPCR増幅産物の分子量またはヌクレオチド配列に実質的に同一である。
別の態様において、本発明は、表Aに表される配列番号:9、10、13、14、17−20、25−30、35、36、41、42、47−52、59−66、69、70および73−78に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーを含む、1つのマーカーまたは2個もしくはそれ以上のマーカーおよび20個までのマーカーの組に関するものであって、前記プライマーが、前記分子量またはヌクレオチド配列を示すPCR反応において増幅産物を生じるものであって、分子量またはヌクレオチド配列が、同一プライマーペアを用いるPCRにおいて、近交株M3047/1(NCIMB 41459)およびM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる対応するPCR増幅産物の分子量またはヌクレオチド配列に実質的に同一である。
なお別の態様において、本発明は、表Bに表される配列番号:3−6、9、10、13、14、21−24、29−34、37−40、43、44、53、54、57、58および65−72に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーを含む、1つのマーカーまたは2個もしくはそれ以上のマーカーおよび18個までのマーカーの組に関するものであって、前記プライマーは、分子量またはヌクレオチド配列を示すPCR反応において増幅産物を生じるものであって、前記分子量またはヌクレオチド配列は、同一プライマーペアを用いるPCRにおいて、近交株M3047/1(NCIMB 41459)およびM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる対応するPCR増幅産物の分子量またはヌクレオチド配列に実質的に同一である。
なお別の態様において、本発明は、表Cに表される配列番号:3、4、27、28、45−48、59および60に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーを含む、1つのマーカーまたは2個もしくはそれ以上のマーカーおよび41個までのマーカーの組に関するものであって、前記プライマーは、分子量またはヌクレオチド配列を示すPCR反応において増幅産物を生じるものであって、前記分子量またはヌクレオチド配列が、同一プライマーペアを用いるPCRにおいて、近交株M3047/1(NCIMB 41459)およびM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる対応するPCR増幅産物の分子量またはヌクレオチド配列に実質的に同一である。
なお別の態様において、本発明は、表Dに表される配列番号:11および12に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーを含む、1つのマーカーまたは2個もしくはそれ以上のマーカーおよび5個までのマーカーの組に関するものであって、前記プライマーが、分子量またはヌクレオチド配列を示すPCR反応において増幅産物を生じるものであって、前記分子量またはヌクレオチド配列が、同一プライマーペアを用いるPCRにおいて、近交株M3047/1(NCIMB 41459)およびM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる対応するPCR増幅産物の分子量またはヌクレオチド配列に実質的に同一である。
なお別の態様において、本発明は、表Eに表される配列番号:7、8、11、12、31、32、39、40、55、56、81および82に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーを含む、1つのマーカーまたは2個もしくはそれ以上のマーカーおよび6個までのマーカーの組に関するものであって、前記プライマーは、分子量またはヌクレオチド配列を示すPCR反応において増幅産物を生じるものであって、前記分子量またはヌクレオチド配列は、同一プライマーペアを用いるPCRにおいて、近交株M3047/1(NCIMB 41459)およびM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる対応するPCR増幅産物の分子量またはヌクレオチド配列に実質的に同一である。
なお別の態様において、本発明は、表Fに表される配列番号:7、8、43、44、81および82に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーを含む、1つのマーカーまたは2個もしくはそれ以上のマーカーおよび3個までのマーカーの組に関するものであって、前記プライマーが、分子量またはヌクレオチド配列を示すPCR反応において増幅産物を生じるものであって、前記分子量またはヌクレオチド配列が、同一プライマーペアを用いるPCRにおいて、近交株M3047/1(NCIMB 41459)およびM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる対応するPCR増幅産物の分子量またはヌクレオチド配列に実質的に同一である。
なお別の態様において、本発明は、表Gに表される配列番号:1、2、15、16、79および80に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーを含む、1つのマーカーまたは2個もしくはそれ以上のマーカーおよび3個までのマーカーの組に関するものであって、前記プライマーが、分子量またはヌクレオチド配列を示すPCR反応において増幅産物を生じるものであって、前記分子量またはヌクレオチド配列が、同一プライマーペアを用いるPCRにおいて、近交株M3047/1(NCIMB 41459)およびM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる対応するPCR増幅産物の分子量またはヌクレオチド配列に実質的に同一である。
特定の具体例において、本発明は、表A−Gから選ぶことができ、上述で同定された対立遺伝子の異なるサブグループのいずれか1つを検出できるマーカーの組に関する。
本発明のマーカー対立遺伝子に特有のDNA断片を増幅するためのPCR増幅反応で用いられる、本発明による上述の本明細書に記載されるごときプライマーペアは、奇数で番号を付けた配列同定番号を有するフォワードプライマーおよび偶数で番号を付けた配列同定番号を有するリバースプライマーからなる。例えば、配列番号:1を有するフォワードプライマーと配列番号:2を有するリバースプライマーは、プライマーペアを構成し、配列番号:3と配列番号:4;配列番号:5と配列番号:6、なども同様に構成する。
特に、本発明は、穀粒収量に寄与するQTLに連結されたマーカーを同定することができるフォワードプライマーとリバースプライマーからなるPCRオリゴヌクレオチドプライマーの集合からなるマーカーの組またはマーカーペアに関するものであって、前記プライマーが、
QTL1に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:59/60および77/78;
QTL2に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:77/78および27/28;
QTL3に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:47/48および75/76;
QTL4に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:65/66および9/10;
QTL5に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:69/70および13/14;
QTL6に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:73/74および25/26;
QTL7に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:35/36および63/64;
QTL8に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:35/36および63/64;
QTL9に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:35/36および63/64;
QTL10に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:41/42および49/50;
QTL11に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:49/50および61/62;
QTL12に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:17/18および51/52;
QTL13に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:51/52および19/20;
QTL14に連結されたマーカーを同定する配列番号:29および30;
に示されるヌクレオチド配列を示し、前記プライマーが、分子量またはヌクレオチド配列を示すPCR反応において増幅産物を生じ、前記分子量またはヌクレオチド配列が、同一プライマーペアを用いるPCRにおいて、近交株M3047/1(NCIMB 41459)およびM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる対応するPCR増幅産物の分子量またはヌクレオチド配列に実質的に同一である。
1の具体例において、本発明は、収穫時の穀粒水分に寄与するQTLに連結されたマーカーを同定することができるフォワードプライマーとリバースプライマーからなるPCRオリゴヌクレオチドプライマーの集合からなるマーカーの組またはマーカーペアに関するものであって、前記プライマーが、
QTL3に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:69/70および13/14;
QTL4に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:71/72および53/54;
QTL5に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:53/54および57/58;
QTL6に連結されたマーカーを同定する配列番号:43/44;
QTL7に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:5/6および37/38;
QTL8に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:21/22および33/34;
QTL9に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:31/32および39/40;
に示されるヌクレオチド配列を示し、前記プライマーが、分子量またはヌクレオチド配列を示すPCR反応において増幅産物を生じ、前記分子量またはヌクレオチド配列が、同一プライマーペアを用いるPCRにおいて、近交株M3047/1(NCIMB 41459)およびM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる対応するPCR増幅産物の分子量またはヌクレオチド配列に実質的に同一である。
本発明の1の具体例において、前記マーカーの組が、
QTL1に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:23/24および3/4;
QTL2に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:65/66および9/10;
QTL10に連結されたマーカーを同定する配列番号:29/30;
QTL11に連結されたマーカーを同定する配列番号:67/68;
に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなるプライマーの群から選択されるPCRオリゴヌクレオチドプライマーの少なくとも1つのさらなるペアを含む、PCRオリゴヌクレオチドプライマーのさらなるペアを含む。
1の具体例において、本発明は、収穫時の穀粒水分に寄与するQTLに連結されたマーカーを同定することができるフォワードプライマーとリバースプライマーからなるPCRオリゴヌクレオチドプライマーの集合からなるマーカーの組またはマーカーペアに関するものであって、前記プライマーが、
QTL1に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:23/24および3/4;
QTL2に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:65/66および9/10;
QTL3に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:69/70および13/14;
QTL4に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:71/72および53/54;
QTL5に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:53/54および57/58;
QTL6に連結されたマーカーを同定する配列番号:43/44;
QTL7に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:5/6および37/38;
QTL8に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:21/22および33/34;
QTL9に連結されたマーカーペアを同定する、それぞれ配列番号:31/32および39/40;
QTL10に連結されたマーカーを同定する配列番号:29/30;
QTL11に連結されたマーカーを同定する配列番号:67/68;
に示されるヌクレオチド配列を示し、前記プライマーが、分子量またはヌクレオチド配列を示すPCR反応において増幅産物を生じ、前記分子量またはヌクレオチド配列が、同一プライマーペアを用いるPCRにおいて、近交株M3047/1(NCIMB 41459)およびM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる対応するPCR増幅産物の分子量またはヌクレオチド配列に実質的に同一である。
PCR増幅反応で用いられる条件は、適当な濃度における、PCR緩衝液および塩水溶液、dNPs、適当なポリメラーゼ、特にTaqポリメラーゼならびに適切なフォワードとリバースプライマーに関して当業者によく知られた一般的な条件である。
PCR増幅は、40秒から5分の間、特に50秒から2分の間、より特に60秒から90秒の間、しかし特別には60秒の、20から100増幅サイクルの間、特に、30から80増幅サイクルの間、より特に、40から60増幅サイクルの間、しかし特別には40増幅サイクルを含む。
かかる増幅サイクル内に、DNAは、5秒から30秒の間、特に10秒から20秒の間、しかし特別には15秒間、90℃から98℃の間、特に92℃から96℃の間、しかし特別には94℃の範囲で最初に加熱処理を受ける。前記工程は、35℃から65℃の間、特に40℃から60℃の間、しかし特別には59℃の温度で継続され、任意選択的に、次いで、65℃から80℃の間、特に70℃から75℃の間、しかし特別には75℃の温度において、1分から5分、特に2分から3分、しかし特別には2分間のDNAのインキュベーションを行う。
本発明による上述の本明細書に記載されるPCR増幅産物は、表A−Gのいずれか1つに示されるオリゴヌクレオチドプライマーペアを用いるPCR反応で得られ、分子量またはヌクレオチド配列に基づいて同定されうるものであって、分子量またはヌクレオチド配列の両方が、同一プライマーペアを用いるPCRにおいて、近交株M3047/1(NCIMB 41459)およびM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる対応するPCR増幅産物の分子量またはヌクレオチド配列に実質的に同一である。
1の具体例において、本発明は、葉、茎、根、花もしくは花の部分、果実、花粉、卵細胞、接合子、種子、挿し木、細胞もしくは組織培養物、あるいは植物のいずれか他の部分もしくは産物を含むが、これらに限定されない本発明による上述の本明細書に記載されるごとき植物材料に関する。本発明は、さらに、植物種子、例えば、根、茎、葉、花芽、または胚などのごとき植物器官、胚珠、花粉小胞体、植物細胞、植物組織、例えば、プロトプラスト、細胞培養細胞、植物組織中の細胞、花粉、花粉管、胚珠、胚嚢、接合子ならびに様々な発生段階における胚などのごとき植物細胞培養を含むが、これらだけに限定されない本発明による上述の本明細書に記載される植物から得ることができる植物材料に関する。
本発明はまた、加工されたトウモロコシ産物、特に、製粉化穀物、粉末、油糟、発酵産物などを含むが、これらだけに限定されないトウモロコシ穀物の湿式または乾式粉砕から生じる産物に関するものであり、さらに、例えば、穀粒粉砕(kernel cracking)または蒸気剥離(steam flaking)を介して動物飼料配合に用いられる穀粒または穀に関するものである。
1の具体例において、本発明は、本発明による上述の本明細書に開示されるごとき植物を産生する方法に関するものであって、
i) 本発明による上述の本明細書に記載されるごとき植物の発生に寄与することができる遺伝学的バックグラウンドを有する2つまたはそれ以上の親植物を交配し、特に、QTLの好ましい組を含む2つの親植物、特に、例えば、トウモロコシ近交株M3047/1(NCIMB 41459)およびM3047/2(NCIMB 41460)により表される遺伝学的バックグラウンドを有する親植物のごとき対応するQTLに連結されたマーカー遺伝子座における多くの最も好ましい対立遺伝子を含む親植物、あるいはその先祖または前駆植物を交配させ、
ii) i)で作成された交配の子孫を、親植物に由来するQTLの対応する組における最も好ましい対立遺伝子の組み合わせた組をゲノムに有する植物であって、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座、特に表A−Gで同定されるマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、前記QTLの組が少なくとも10個、特に少なくとも15個、より特に少なくとも20個、さらにより特に少なくとも25個、しかし特別には少なくとも30個、かつ37個までの異なるQTLを含み、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、
1.表A−Gに表される配列番号:1−82に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーを用いるPCR反応において少なくとも1つのマーカー遺伝子座を同定し、
2.工程1で得られたPCR増幅産物の分子量を調べることによりマーカー対立遺伝子を同定すること
によりQTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義される植物についてスクリーニングし、
iii)所望のプロファイルを有する植物を選択する
工程を含むものである。
1の具体例において、本発明は、本発明による上述の本明細書に開示されるごとき植物を産生する方法に関するものであって、
i) 本発明による上述の本明細書に記載されるごとき植物の発生に寄与することができる遺伝学的バックグラウンドを有する2つまたはそれ以上の親植物を交配し、特に、QTLの所定の組を含む2つの親植物、特に、例えば、トウモロコシ近交株M3047/1(NCIMB 41459)およびM3047/2(NCIMB 41460)により表される遺伝学的バックグラウンドを有する親植物のごとき対応するQTLに連結されたマーカー遺伝子座における多くの最も好ましい対立遺伝子を含む親植物、あるいはその先祖または前駆植物を交配させ、
ii) i)で作成された交配の子孫を、親植物に由来するQTLの対応する組における最も好ましい対立遺伝子の組み合わせた組をゲノムに有する植物であって、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座、特に表A−Gで同定されるマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、前記QTLの組が少なくとも10個、特に少なくとも15個、より特に少なくとも20個、さらにより特に少なくとも25個、しかし特別には少なくとも30個、かつ37個までの異なるQTLを含み、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、
1.)子孫植物に由来する植物材料を得て、前記材料からDNAを抽出し;
2.)工程1)で得られたDNAサンプルを、穀粒収量、収穫時の穀粒水分、初期および後期の根の倒伏、茎の倒伏、一般的な黒穂病の発生、赤かび病の発生、スルコトリオン耐性、および房構造の群から選択される表現形の形質に寄与する対応するQTLに遺伝学的に連結された、少なくとも10個、特に少なくとも15個、より特に少なくとも20個、さらにより少なくとも25個、しかし特別には少なくとも30個、かつ37個までのマーカー遺伝子座、特に、表A−Gで同定されるマーカー遺伝子座に存在する対立遺伝子変異を調べるために、
a)表A−Gに表される配列番号:1−82に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマー、特に、配列番号:1−82に示されるプライマーペアの全ての組を用いるPCR反応においてマーカー遺伝子座を同定し;
b)工程a)で得られたPCR増幅産物の分子量および/またはヌクレオチド配列を決定することによりマーカー対立遺伝子を同定し;
c)工程b)により決定されたPCR増幅産物の分子量および/またはヌクレオチド配列を、工程a)で用いられたプライマーペアの同一の組を用いるPCR反応において近交株M3047/1(NCIMB 41459)およびM3047/2(NCIMB 41460)から得られた対応するPCR増幅産物の分子量および/またはヌクレオチド配列を比較し、実質的に同一な分子量および/またはヌクレオチド配列を有するPCR産物の分子量および/またはヌクレオチド配列を同定すること
により解析すること
により、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義される植物についてスクリーニングし、
iii)マーカー解析のデータを用いて所望のプロファイルを有する植物、特に、前記QTLの所定の組に連結されたマーカー遺伝子座における多くの最も好ましい対立遺伝子を含む植物を同定し、選択する
工程を含むものである。
1の具体例において、本発明は、本発明による上述の本明細書に開示されるごとき植物を産生する方法に関するものであって、
a)2つまたはそれ以上の親植物であって、そのうちの少なくとも1つが、上述の本明細書に開示されるごとく、穀粒収量または収穫時の穀粒水分に寄与する多くの対応するQTLに連結されたマーカー遺伝子座における多くの最も好ましい対立遺伝子を含むものである親植物、あるいはその組み合わせを交配させ;
b)工程a)で作成された交配種の子孫を、表Aに表される穀粒収量の表現形の形質に寄与する、少なくとも10個、特に少なくとも11個、特に少なくとも12個、特に少なくとも13個、しかし特別には少なくとも14個のQTLの対応する組における最も好ましい対立遺伝子の全ての組をゲノムに有する植物、または表Bに表される収穫時の穀粒水分の表現形の形質に寄与する、少なくとも9個、特に少なくとも10個、しかし特別には少なくとも11個のQTLの対応する組における最も好ましい対立遺伝子の全ての組をゲノムに有する植物、あるいは最も好ましい対立遺伝子の両方の組の組み合わせをゲノムに有する植物について、
i.子孫植物から植物材料を得て、前記材料からDNAを抽出し;
ii.対応するQTLに遺伝学的に連結されたマーカー遺伝子座に存在する対立遺伝子変異を調べるために、PCR増幅反応において本発明による上述の本明細書に記載されるごときマーカーの組を用いることにより解析し;
iii.工程ii)で得られたPCR増幅産物の分子量および/またはヌクレオチド配列を決定することによりマーカー対立遺伝子を同定すること
によりスクリーニングし、
c)工程iii)により決定されたPCR増幅産物の分子量および/またはヌクレオチド配列を、工程ii)で用いられたプライマーペアの同一な組を用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)およびM3047/2(NCIMB 41460)から得られた対応するPCR増幅産物の分子量および/またはヌクレオチド配列と比較し、実質的に同一な分子量および/またはヌクレオチド配列を有するPCR産物を同定し;
d)マーカー解析のデータを用いて所望のプロファイルを有する植物を同定し、選択する
工程を含むものである。
1の具体例において、本発明は、工程a)において、親植物の1つが、トウモロコシ近交株M3047/1(NCIMB 41459)またはM3047/2(NCIMB 41460)により表される遺伝学的バックグランドを有する植物である、上述の本明細書に記載されるごとき方法に関する。
1の具体例において、本発明は、工程a)の交配で用いられる両方の親植物が、近交株、特に、トウモロコシ近交株M3047/1(NCIMB 41459)およびM3047/2(NCIMB 41460)により表される遺伝学的バックグラウンドを有する近交株である、上述の本明細書に記載されるごとき方法に関する。
1の具体例において、本発明は、工程a)の交配で用いられる親植物が、近交株M3047/1(NCIMB 41459)およびM3047/2(NCIMB 41460)である、上述の本明細書に記載されるごとき方法に関する。
1の具体例において、本発明は、かかる方法により産生される交雑株、特に、単一交配F1交雑株に関する。
特に、本発明は、親植物の少なくとも1つが、マーカー遺伝子座に遺伝学的に連結されたQTLの対応するサブセット(sub−set)に関連する対立遺伝子のサブセットを含むゲノムを有し、前記マーカー遺伝子座が、表A−Gに表される配列番号:1−82に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーを用いるPCR反応で同定されうるものであって、前記QTLのサブセットが、穀粒収量、収穫時の穀粒水分、初期および後期の根の倒伏、茎の倒伏、一般的な黒穂病の発生、赤かび病の発生、スルコトリオン耐性、および房構造の群から選択される表現形の形質に寄与する、少なくとも2個のQTL、特に少なくとも5個、より特に少なくとも10個、さらにより特に少なくとも15個、しかし特別には20個および30−37個までのQTLを含む方法に関する。
特定の具体例において、本発明は、親植物の少なくとも1つが、マーカー遺伝子座に遺伝学的に連結されたQTLの対応するサブセットに関連する対立遺伝子のサブセットを含むゲノムを有し、前記マーカー遺伝子座が、表Aに表される配列番号:9、10、13、14、17−20、25−30、35、36、41、42、47−52、59−66、69、70および73−78に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーを用いるPCR反応で同定されうるものであって、前記QTLのサブセットが、穀粒収量の表現形の形質に寄与する、少なくとも5個、特に少なくとも8個、より特に少なくとも10個、さらにより特に少なくとも14個の異なるQTLを含み、前記QTLが、1、2、4、5、および7番染色体上の遺伝子座に位置する方法に関する。
別の特定の具体例において、本発明は、親植物の少なくとも1つが、表Bに表される配列番号:3−6、9、10、13、14、21−24、29−34、37−40、43、44、53、54、57、58および65−72に示されるごとき、遺伝学的に連結されたQTLの対応するサブセットに関連する対立遺伝子のサブセットを含むゲノムを有する方法であって、前記QTLのサブセットが、少なくとも5個、特に少なくとも7個、より特に少なくとも9個、さらにより特に少なくとも11個の異なるQTLを含み、前記QTLが、1、2、3、4、5、7および8番染色体上の遺伝子座に位置する方法に関する。
なお別の特定の具体例において、本発明は、親植物の少なくとも1つが、表Cに表される配列番号:3、4、27、28、45−48、59および60に示されるごとき、遺伝学的に連結されたQTLの対応するサブセットに関連する対立遺伝子のサブセットを含むゲノムを有する方法であって、前記QTLのサブセットが、初期および後期の根の倒伏/茎の倒伏の表現形の形質に寄与する、少なくとも1個、特に少なくとも2個、より特に少なくとも3個、しかし特別には少なくとも4個の異なるQTLを含み、前記QTLが、1番および5番染色体上の遺伝子座に位置する方法に関する。
なお別の特定の具体例において、本発明は、親植物の少なくとも1つが、表Eに表される配列番号:7、8、11、12、31、32、39、40、55、56、81および82に示されるごとき、遺伝学的に連結されたQTLの対応するサブセットに関連する対立遺伝子のサブセットを含むゲノムを有する方法であって、前記QTLのサブセットが、房構造の表現形の形質に寄与する、少なくとも1個、特に少なくとも2個、より特に少なくとも3個、しかし特別には少なくとも4個の異なるQTLを含み、前記QTLが、3、6、7および9番染色体上の遺伝子座に位置する方法に関する。
なお別の特定の具体例において、本発明は、親植物の少なくとも1つが、表Dに表される配列番号:11および12に示されるごとき、表Fに表される配列番号:7、8、43、44、81および82に示されるごとき、ならびに表Gに表される配列番号:1、2、15、16、79および80に示されるごとき、遺伝学的に連結されたQTLの対応するサブセットに関連する対立遺伝子のサブセットを含むゲノムを有する方法であって、前記QTLのサブセットが、スルコトリオン耐性、赤かび病の発生および一般的な黒穂病の発生からなる群から選択される細菌耐性または発生の表現形の形質に寄与する、少なくとも1個、特に少なくとも2個、より特に少なくとも4個の異なるQTLを含み、前記QTLが、3、5および9番染色体上の遺伝子座に位置する方法に関する。
1の具体例において、本発明は、親植物の少なくとも1つが、上述の本明細書で定義されるごときQTLの対応する組における対立遺伝子のサブセットのいずれか1つを含むゲノムを有する方法に関する。
特定の具体例において、本発明は、本発明による上述の本明細書で開示されるごとき交雑トウモロコシ植物を産生する方法に関するものであって、
i) 本発明による上述の本明細書で開示されるごとき近交株植物を、表現形を検出できる形質を通して効果を生じる所望の特定を示すトウモロコシ近交株と交配させて植物の分離集団を産生し、
ii) この分離集団内の植物を、i)で作成された交配の子孫を、親植物に由来するQTLの対応する組における最も好ましい対立遺伝子の組み合わせた組をゲノムに有する植物であって、各QTLが少なくとも1つのマーカー遺伝子座、特に表A−Gで同定されるマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、前記QTLの組が少なくとも10個、特に少なくとも15個、より特に少なくとも20個、さらにより特に少なくとも25個、しかし特別には少なくとも30個および37個までの異なるQTLを含み、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、
a.表A−Gに表される配列番号:1−82に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーを用いるPCR反応において少なくとも1つのマーカー遺伝子座を同定し、次いで
b.工程a)で得られたPCR増幅産物の分子量を調べることによりマーカー対立遺伝子を同定すること
により、QTLの対応する組における対立遺伝子の組を有するゲノムに有する植物であって、前記QTLが、少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、前記QTLの組が、少なくとも10個、特に少なくとも15個、より特に少なくとも20個、さらにより特に少なくとも25個、しかし特別には少なくとも30個、かつ37個までのQTLを含み、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカーにおける少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義される植物の存在について、スクリーニングし、
iii)上記工程ii)に示されるQTLプロファイルを有する分離集団から交雑植物を選択する
工程を含む方法に関する。
特に、本発明は、単一交配F1交雑株に関する。
1の具体例において、本発明は、QTLの対応する組に関連する対立遺伝子の組を前記対立遺伝子の組を欠失するトウモロコシ生殖質に遺伝子移入するためのマーカーに基づいた選択において、核酸マーカーの組を用いる方法であって、前記対立遺伝子が、穀粒収量、収穫時の穀粒水分、初期および後期の根の倒伏、茎の倒伏、一般的な黒穂病の発生、赤かび病の発生、スルコトリオン耐性、および房構造の群から選択される表現形の形質に寄与し、核酸マーカーが、表A−Gに表されるマーカーの群から選択される方法に関する。
別の具体例において、本発明は、QTLの対応する組に関連する対立遺伝子の組を、前記対立遺伝子の組を欠失するトウモロコシ生殖質に遺伝子移入するためのマーカーに基づいた選択において、核酸マーカーの組を用いる方法であって、前記対立遺伝子が、穀粒収量の表現形の形質に寄与し、核酸マーカーの組が、表Aに表される配列番号:9、10、13、14、17−20、25−30、35、36、41、42、47−52、59−66、69、70および73−78に示されるマーカーの群から選択されるものであって、前記マーカーが、(i)表Aに表されるごときヌクレオチド配列を有するフォワードとリバースプライマーからなる1ペアのプライマーに関するPCR反応で増幅され、ならびに(ii)同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)およびM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる対応するPCR増幅産物に実質的に同一である分子量またはヌクレオチド配列を有する、ポリヌクレオチド断片により表される方法に関する。
別の具体例において、本発明は、QTLの対応する組に関連する対立遺伝子の組を前記対立遺伝子の組を欠失するトウモロコシ生殖質に遺伝子移入するためのマーカーに基づいた選択において、核酸マーカーの組を用いる方法であって、前記対立遺伝子が、収穫時の穀粒水分の表現形の形質に寄与し、核酸マーカーの組が、表Bに表される配列番号:3−6、9、10、13、14、21−24、29−34、37−40、43、44、53、54、57、58および65−72に示されるマーカーの群から選択されるものであって、前記マーカーが、(i)表Bに表されるごときヌクレオチド配列を有するフォワードとリバースプライマーからなる1ペアのプライマーに関するPCR反応で増幅され、ならびに(ii)同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)およびM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる対応するPCR増幅産物に実質的に同一である分子量またはヌクレオチド配列を有する、ポリヌクレオチド断片により表される方法に関する。
別の具体例において、本発明は、QTLの対応する組に関連する対立遺伝子の組を前記対立遺伝子の組を欠失するトウモロコシ生殖質に遺伝子移入するためのマーカーに基づいた選択において、核酸マーカーの組を用いる方法であって、前記対立遺伝子が、初期および後期の根の倒伏、茎の倒伏の表現形の形質に寄与し、核酸マーカーの定義された組が、表Cに表される配列番号:3、4、27、28、45−48、59および60に示されるマーカーの群から選択されるものであって、前記マーカーが、(i)表Cに表されるごときヌクレオチド配列を有するフォワードとリバースプライマーからなる1ペアのプライマーに関するPCR反応で増幅され、ならびに(ii)同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)およびM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる対応するPCR増幅産物に実質的に同一である分子量またはヌクレオチド配列を有する、ポリヌクレオチド断片により表される方法に関する。
別の具体例において、本発明は、QTLの対応する組に関連する対立遺伝子の組を前記対立遺伝子の組を欠失するトウモロコシ生殖質に遺伝子移入するためのマーカーに基づいた選択において、核酸マーカーの組を用いる方法であって、前記対立遺伝子が、房構造の表現形の形質に寄与し、核酸マーカーの定義された組が、表Eに表される配列番号:7、8、11、12、31、32、39、40、55、56、81および82に示されるマーカーの群から選択されるものであって、前記マーカーが、(i)表Eに表されるごときヌクレオチド配列を有するフォワードとリバースプライマーからなる1ペアのプライマーに関するPCR反応で増幅され、ならびに(ii)同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)およびM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる対応するPCR増幅産物に実質的に同一である分子量またはヌクレオチド配列を有する、ポリヌクレオチド断片により表される方法に関する。
別の具体例において、本発明は、QTLの対応する組に関連する対立遺伝子の組を前記対立遺伝子の組を欠失するトウモロコシ生殖質に遺伝子移入するためのマーカーに基づいた選択において、核酸マーカーの組を用いる方法であって、前記対立遺伝子が、スルコトリオン耐性、赤かび病の発生および一般的な黒穂病の発生からなる群から選択される細菌耐性または発生の表現形の形質に寄与し、核酸マーカーの定義された組が、それぞれ表Dに表される配列番号:11および12に示され、表Fに表される配列番号:7、8、43、44、81および82に示され、ならびに表Gに表される配列番号:1、2、15、16、79および80に示されるマーカーの群から選択されるものであって、前記マーカーが、(i)表D、FおよびGそれぞれに表されるごときヌクレオチド配列を有するフォワードとリバースプライマーからなる1ペアのプライマーに関するPCR反応で増幅され、ならびに(ii)同一プライマーペアを用いるPCR反応において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)およびM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる対応するPCR増幅産物に実質的に同一である分子量またはヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチド断片により表される方法に関する。
特に、本発明は、上述の本明細書で定義される核酸マーカーの組の1つ、特に、表A−Gから選択され、QTLの対応する組に関連する対立遺伝子の前記サブセットを対立遺伝子の前記サブセットを欠失するトウモロコシ生殖質に遺伝子移入するためのマーカーに基づいた選択において、上述の本明細書で同定される対立遺伝子の異なるサブグループのいずれか1つを検出できるように収集されうるマーカーの組を用いる方法に関する。
本発明の別の具体例において、本発明によるトウモロコシ植物は、好ましい性質を有する新規な植物株を発生させるための育種プログラムにおける育種パートナーとして用いることができる。その他の育種パートナーの1つまたはそれ以上は、育種プログラム;例えば、商業的な育種プログラムにおけるパートナーとして産生され、および/または用いられる樹立された育種集団から得られてもよい。樹立された育種集団のメンバーは、典型的に、遺伝学的および/または表現形的によく特徴付けられる。例えば、いくつかの目的の表現形の形質は、例えば、異なる環境条件下で、複数の場所で、および/または異なる時に、評価されてもよい。代替的に、または加えて、1つまたはそれ以上の表現形の形質の発現に関連する遺伝子座が同定されてもよく、1つまたはそれ以上の育種集団のメンバーは、1つまたはそれ以上の遺伝子座について、ならびに1つまたはそれ以上の遺伝子座に関連する1つまたはそれ以上の遺伝子マーカーについて遺伝子型が決定されてもよい。
1の具体例において、本発明は、QTLの好ましい組を含む本発明による上述の本明細書に記載されるごときトウモロコシ植物、特に、前記QTLに連結されたマーカー遺伝子座における多くの最も好ましい対立遺伝子を含むトウモロコシ植物を同定する方法に関するものであって、前記方法が、以下の工程:
i) テストされる植物または植物集団から植物材料を得て、前記材料からDNAを抽出し;
ii) 工程i)で得られたDNAサンプルを、穀粒収量、収穫時の穀粒水分、初期および後期の根の倒伏、茎の倒伏、一般的な黒穂病の発生、赤かび病の発生、スルコトリオン耐性、および房構造の群から選択される表現形の形質に寄与する対応するQTLに遺伝学的に連結された、少なくとも1個、特に少なくとも5個、より特に少なくとも15個、さらにより特に少なくとも20個、しかし特別には少なくとも25個、かつ30−40個までのマーカー遺伝子座、特に表A−Gで同定されるマーカー遺伝子座に存在する対立遺伝子変異を決定するために、
a)表A−Gに表される配列番号:1−82に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマー、特に、配列番号:1−82に示されるプライマーセットの全ての組を用いるPCRにおいて、少なくとも1つのマーカー遺伝子座を同定し;
b)工程1で得られたPCR増幅産物の分子量および/またはヌクレオチド配列を決定することによりマーカー対立遺伝子を同定すること
により解析し;
iii)工程b)により決定されたPCR増幅産物の分子量および/またはヌクレオチド配列を、工程a)で用いられたプライマーペアの同一組を用いるPCR反応において近交株M3047/1(NCIMB 41459)およびM3047/2(NCIMB 41460)から得られる対応するPCR増幅産物の分子量および/またはヌクレオチド配列と比較し、実質的に同一な分子量および/またはヌクレオチド配列を有するPCR産物を同定し;
iv) マーカー解析のデータを用いて所望のプロファイルを有する植物、特に、QTLの前記所定の組に連結されたマーカー遺伝子座に多くの最も好ましい対立遺伝子を含む植物を同定し、選択すること
を含む。
本発明の別の具体例において、近交株M3047/1(NCIMB 41459)およびM3047/2(NCIMB 41460)以外の異なる遺伝学的バックグラウンドのトウモロコシ植物に由来するDNAサンプルが得られ、配列番号:1−82に示されるヌクレオチド配列を示す表A−Gに示されるごときプライマーペアを用いるPCR増幅で得られる増幅DNAの存在または非存在についてテストされる。当業者に周知な育種技術を用いて、近交株M3047/1(NCIMB 41459)およびM3047/2(NCIMB 41460)に由来のもの以外の異なるトウモロコシ遺伝学的バックグラウンドの植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子の組の供給源であって、前記QTLの各々が、上述の本明細書で開示され、記載される経済的に重要な表現形の形質に寄与するものであって、
a)各QTLが、少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、前記マーカー遺伝子座が、表A−Gに表される配列番号:1−82に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであり;ならびに
b)対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、前記マーカー対立遺伝子が、表A−Gに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、前記増幅産物が、同一プライマーを用いるPCR反応において近交株M3047/1(NCIMB 41459)およびM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物に実質的に同一であり;ならびに前記QTLの組が、少なくとも10個、少なくとも15個、より特に少なくとも20個、さらにより特に少なくとも25個、しかし特別には少なくとも30個、かつ37個までの異なるQTLを含む。
本発明の特定の具体例において、異なる遺伝学的バックグラウンドのトウモロコシ植物から得られる対立遺伝子の組は、当業者に公知なマーカー補助育種技術により親の材料に遺伝子移入されうる。単なる一例として、マーカー補助戻し交配(marker−assisted backcrossing)(MABC)は、育種者が、所望の組み換え染色体およびドナー親ゲノムを含む供給源材料の子孫を同定できるようにDNAマーカーを用いる(Fehr 1987)。マーカー補助戻し交配プロトコルは、Ragotら(1995)により発表された。
所望の形質に関連したQTLを選択するためのマーカーを用いる様々な他の方法が当業者に知られている。例えば、DNAマーカーを用いる「フォワード育種(forward breeding)」の方法はまた、トウモロコシ育種プログラムにより提唱され、行われてきた。現在の反復的(recurrent)選択方法の重要な利点は、選択の各世代における全ての子孫に関する遺伝学的データの利用可能性、遺伝学および表現形のデータの統合ならびにオフシーズンの苗床における選択と情報により方向付けられた交配世代の急速な循環である。
フォワード育種の2つの異なる形態、単純大規模マーカー補助選択(single large−scale marker−assisted selection)(SLS−MAS)(Ribaut and Betran 1999)およびマーカー補助反復性選択(MARS)が公表された(Edwards and Johnson 1994;Lee 1995;Stam 1995,van Berloo and Stam 1998)。
マーカー補助反復性選択(MARS)は、育種プログラムにおける重要な全ての形質を標的とし、遺伝学的情報について得ることができる。遺伝学的情報は、通常、実験集団において行われるQTL解析から得られ、対応する効果を有するQTLの地図の形態となる。前提として、ここでは、目的は、できる限り多くの蓄積された好ましい対立遺伝子を有する個体を得ることである(Gallais et al. 1997; Gimelfarb and Lande 1994; Lande and Thompson 1990; Moreau et al. 1998; Xie and Xu 1998)。この育種スキームは、個体を交配させる数回の継続的世代に関連し(Peleman and Van Der Voort 2003; Stam 1995)、それゆえ、マーカー補助反復性選択(MARS)または遺伝子型構築物と呼ばれるものを構成するだろう。この考えは、好ましい対立遺伝子が2つ以上の親に由来する状況にまで広がりうる(Peleman and Van Der Voort 2003; Stam 1995)。
本発明によると、マーカーに基づく表現形の選択は、多くの異なる方法において、相互に関連して、マーカー補助に基づいた育種スキームにて用いることができる。マーカー補助育種および/または表現形選択は、同時または連続的のいずれにも用いることにより、近交株M3047/1(NCIMB 41459)およびM3047/2(NCIMB 41460)ではなく多様な遺伝学的バックグラウンドのトウモロコシ植物から選択することができ、QTLの対応する組における対立遺伝子の組に由来する1つまたはそれ以上の対立遺伝子であって、前記QTLの各々が、経済的に重要な表現形の形質に寄与するものであって、
a)各QTLが、少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、前記マーカー遺伝子座が、表A−Gに表される配列番号:1−82に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより同定されうるものであり;ならびに
b)対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座において少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義され、マーカー対立遺伝子が、表A−Gに示される各オリゴヌクレオチドプライマーペアのPCR増幅産物により特徴付けられ、前記増幅産物が、同一のプライマーペアを用いるPCR反応において近交株M3047/1(NCIMB 41459)およびM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる表A−Gに示される好ましい対立遺伝子の対応する増幅産物に実質的に同一であり;ならびに
前記QTLの組が、少なくとも10個、特に少なくとも15個、より特に少なくとも20個、さらにより特に少なくとも25個、しかし特別には少なくとも30個、かつ37個までの異なるQTLを含む。
1つのさらなる方法は、本発明による前述の本明細書に記載されるごとき植物を産生するのに用いることができ、係属中の2007年1月17日出願のEP出願第07290060.8号で開示され、出典明示により本明細書に援用される。
本発明による前述の本明細書で開示される植物は、QTLの対応する組における対立遺伝子1組を含む核ゲノムを含むものであって、前記QTLの各々が、穀粒収量、収穫時の穀粒水分、初期および後期の根の倒伏、茎の倒伏、一般的な黒穂病の発生、赤かび病の発生、スルコトリオン耐性、および房構造から選択される経済的に重要な表現形の形質に寄与するものであって、前記植物は、
i) 本発明による前述の本明細書に記載されるごとき植物の発生に寄与することができる遺伝学的バックグラウンドを有する2つまたはそれ以上の親植物を交配させ、特に、トウモロコシ近交株M3047/1(NCIMB 41459)およびM3047/2(NCIMB 41460)により表されるごとき遺伝学的バックグラウンドを有する2つの親植物、またはその祖先または前駆植物を交配させ、
ii) QTLの対応する組における対立遺伝子の組をゲノムに有する植物であって、各QTLが、少なくとも1つのマーカー遺伝子座に遺伝学的に連結され、前記QTLの組が、少なくとも10個、特に少なくとも15個、より特に少なくとも20個、さらにより特に少なくとも25個、しかし特別には30個、かつ37個までの異なるQTLを含む、対応するQTLにおける各対立遺伝子が、QTLに連結された前記少なくとも1つのマーカー遺伝子座における少なくとも1つのマーカー対立遺伝子により定義される植物について、
1.表A−Gに表される配列番号:1−82に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーを用いるPCR反応において少なくとも1つのマーカー遺伝子座を同定し、次いで
2.工程1で得られたPCR増幅産物の分子量および/またはヌクレオチド配列を決定することによりマーカー対立遺伝子を同定すること
によりスクリーニングし、
iii)所望のプロファイルを有する植物を選択する
工程を含む方法により得ることができるものである。
特に、本発明は、親植物の少なくとも1つが、マーカー遺伝子座に遺伝学的に連結されたQTLの対応するサブセットにおける対立遺伝子のサブセットを含むゲノムを有し、前記マーカー遺伝子座が、表A−Gに表される配列番号:1−82に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーを用いるPCR反応で同定されうるものであって、前記QTLのサブセットが、穀粒収量、収穫時の穀粒水分、初期および後期の根の倒伏、茎の倒伏、一般的な黒穂病の発生、赤かび病の発生、スルコトリオン耐性、および房構造の群から選択される表現形の形質に寄与する、少なくとも2つのQTL、特に少なくとも5個、より特に少なくとも10個、さらにより特に少なくとも15個、しかし特に少なくとも20個、そして30−37個までのQTLを含む方法に関連する。
本発明による植物は、2つまたはそれ以上の親の遺伝子型を交配させることにより得られてもよく、前記遺伝子型の各々が、QTLの対応するサブセットにおける対立遺伝子のサブセットを有していてもよく、前記対立遺伝子のサブセットがその他の親の遺伝子型を欠失しているか、あるいは本発明による前述の本明細書に記載されるごとき植物が得られるようにその他の遺伝子型を相補するものであってもよい。2つの元々の親の遺伝子型が対立遺伝子の全ての組を提供しない場合、他の供給源が育種集団に含まれうる。
本発明の特定の具体例において、親の遺伝子型は、硬いフリント雑種強勢(heterotic)グループに由来するが、特に、近交株M3047/1とM3047/2それぞれの発明の関連する性質、特に本発明による対立遺伝子の相互に相補な組を有するトウモロコシ近交株からなる。近交株M3047/1とM3047/2の種子サンプルは、受入番号NCIMB 41459およびNCIMB 41460でNCIMBに寄託された。
これらの親の遺伝子型は、相互に交配されて子孫の種子が産生されてもよい。親の遺伝子型は、未制御であるか、開放受粉による野外試験場から選択されたヘテロ接合体植物を自家受粉させ、反復的選択手法を採用することにより開発された近交株であってもよい。優れた植物は、連続する世代で自家受粉され、選択される。連続する世代において、ヘテロ接合条件は、自家受粉と選択の結果としてホモ接合体株を生じる。同系交配の連続する世代を用いて、植物は、子孫植物内でよりホモ接合体となり、均一になる。典型的に、5から7回またはそれ以上(F1からF2;F3からF4;F4からF5)の自家受粉と系統選択は、植物と種子の性質が均一であり、連続的な自家受精下で均一のままである、近交株を得るのに実施されてもよい。
同系交配中、ヘテロ接合体遺伝子座における所望しない多くの劣性対立遺伝子が、優性対立遺伝子および子孫から排除された劣性対立遺伝子により置換されるであろう。さらに、マーカーに基づいた選択を介して、本発明による対立遺伝子の定められた組内における好ましい対立遺伝子数は、より好ましくない対立遺伝子が同定され、より好ましい対立遺伝子により連続的に置換され、最終的に、植物ゲノム内の所定の遺伝子座の各々で最も好ましい対立遺伝子を含む植物を生じるという点で最大化されうる。
QTLは、遺伝子マップ上のこれらの位置、これらの付加的および優性な効果により特徴付けられる。位置は、QTLの最も可能性の高い位置(通常、ピークのLODスコア値の位置)と隣接するマーカー遺伝子座との間の遺伝学的な距離(センチモルガン)として定められる。付加的および優性な効果は、平均からの標準偏差として定められ、それらが対照とする形質と同じ単位で表される。付加的な値は、親株のうちどの株がQTLにおける好ましい対立遺伝子を保有するかを定める。
好ましい対立遺伝子の起源(タイプ)は、QTLの効果の徴候(陽性または陰性)および形質の望ましさにより、各QTLにおいて決定することができる。このことは、各連結されたマーカーにて好ましい対立遺伝子を同定することを可能にする。さらに、この情報は、1つの個体に存在する好ましい対立遺伝子の数を最大にするために、マーカーに基づいた選択工程の間に、個体を選択するのに用いられうる。
例えば、近交株、特に、例えば、近交株M3047/2(NCIMB 41460)とM3047/1(NCIMB 41459)のごとき本発明による対立遺伝子の互いに相補な組を有する近交株の二親交配の場合、付加的な値は、親株の1つの対立遺伝子の効果を表すものであり、前記親株が、陽性か陰性であるかの対照株、例えば、M3047/2(NCIMB 41460)対立遺伝子である。所望の効果が形質のより高い値である穀粒収量のごとき形質について、陽性の付加的な値は、対照株、例えば、株M3047/2(NCIMB 41460)が好ましい対立遺伝子を保有することを意味する一方で、陰性の付加的な値は、その他の親株、例えば、M3047/1(NCIMB 41459)が好ましい対立遺伝子を保有することを意味する。このことは、各連結されたマーカーにおいて好ましい対立遺伝子を同定することを可能にする。これらは、表A−Gに表される。
近交発生の初期における選択は、表現形の特徴に大きく基づき、この表現形の特徴は、視覚的に調べることができ、例えば、植物活力、倒伏耐性、種子収量および量、害虫および細菌の発生のごとき主要な性能指標に関連し、商業的な雑種の産生に用いられる植物の感受性に関する。
本発明の1の具体例において、穀粒収量、収穫時の穀粒水分、初期の根の倒伏、茎の倒伏、一般的な黒穂病の発生、スルコトリオン耐性、赤かび病の発生および房構造が表現形の評価において記録される。
より進んだ世代、特にF3からF6、より特にF4世代において、マーカーに基づいた選択が適用され、その後、前述の本明細書に記載される本発明の関連遺伝子座の全てがホモ接合体の好ましい遺伝子型を有する個体を同定するための表現形が選択される。
制限酵素断片長多型(RFLP)、多型DNAのランダム増幅(RAPD)、増幅制限酵素断片長多型(AFLP)、単純反復配列(SSR)および一塩基多型SNPsを含む、マーカーに基づいた選択において用いられてもよい、いくつかのタイプの分子マーカーが存在する。
RFLPは、染色体DNAを特定の短い制限酵素部位で切断し、多型が、部位間の重複または欠失あるいは制限酵素部位の変異から生じる、制限酵素の使用に関する。
RAPDは、無名のDNA断片の系統特異的なアレイを生じる任意配列の単一プライマーを用いる低いストリンジェントのポリメラーゼ連鎖反応(PCR)増幅を利用する。この方法は、わずかなDNAサンプルのみを必要とし、多くの多型遺伝子座を分析する。
AFLPは、PCRを用いる前の制限酵素を用いた細胞DNAの消化ならびに特定の断片を増幅するプライマーの選択性ヌクレオチドを必要とする。この方法を用いて、100個までの多型遺伝子座を測定することができ、比較的小さいDNAサンプルのみが各実験に必要とされる。
SSR分析は、真核生物のゲノムを通して広く分散されているDNAマイクロサテライト(短い反復)配列に基づき、単純配列反復における変化を検出するように選択的に増幅される。わずかなDNAサンプルのみがSSR分析には必要とされる。SNPは、効率的に点変異を検出するPCR伸長アッセイを用いる。この手法は、1サンプルあたりわずかなDNAを必要とする。上記方法の1つまたは2つが、典型的なマーカーに基づいた選択育種プログラムで用いられてもよい。
かかる植物ゲノムの多型領域に及ぶヌクレオチド断片の増幅を行うのに最も好ましい方法は、二本鎖の形態で多型を定める近接配列にハイブリダイズできるリバースプライマーとフォワードプライマーに関するプライマーペアを用いる、ポリメラーゼ連鎖反応(「PCR」)を採用することである(Mullis et al., Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 51:263 273 (1986))。
代替的な方法として、特定の標的を指数関数的に増幅する2組のオリゴヌクレオチドプローブを用いる、「リガーゼ連鎖反応」(「LCR」)(Barany, Proc. Natl. Acad. Sci. (U.S.A.) 88:189 193 (1991))のごとき断片を増幅することが用いられてもよい。オリゴヌクレオチドの各組の配列は、その組が標的の同一鎖の隣接配列にハイブリダイズ可能であるものが選択される。かかるハイブリダイゼーションは、鋳型依存的なリガーゼに対する基質を形成する。それゆえ、PCRを用いる場合と同様に、生じる産物は、後のサイクルで鋳型として供され、所望される配列の指数関数的な増幅が得られる。
LCRは、多型部位の同一鎖の近位と遠位の配列を有するオリゴヌクレオチドを用いて行われうる。1の具体例において、いずれかのオリゴヌクレオチドは、その多型の実際の多型部位を含むように設計される。かかる1の具体例において、反応条件は、標的分子が、そのオリゴヌクレオチドに存在する多型部位に相補的である特異的なヌクレオチドを含むか、含まないかのどちらかに限り、オリゴヌクレオチドが一緒に結合されうることから選択される。代替的に、オリゴヌクレオチドは、それらが多型部位を含まないから選択されてもよい(SegevのPCT出願WO90/01069を参照)。
代替的に採用されてもよいさらなる方法は、「オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ」(「OLA」)である(Barany, Proc. Natl. Acad. Sci. (U.S.A.) 88:189 193 (1991))。OLAプロトコルは、標的の単一鎖の隣接配列にハイブリダイズできるように設計される2つのオリゴヌクレオチドを用いる。OLAは、LCRに類似し、特に点変異の検出に適当である。しかし、LCRと異なり、OLAは、標的配列の指数関数的というより「直線的」な増幅を生じる。
Nickersonらは、PCRとOLAの特性を合わせた核酸検出アッセイを公表した(Nickerson et al., Proc. Natl. Acad. Sci.(U.S.A.) 87:8923 8927 (1990))。この方法において、PCRが標的DNAの指数関数的増幅を行うのに用いられ、次いでOLAを用いて検出される。複数の、別個の処理工程を必要とするのに加えて、かかる組み合わせに関する1つの問題は、PCRとOLAに関連する問題の全てを引き継いでいることである。
「ジ−オリゴヌクレオチド」を生じ、それによりジ−オリゴヌクレオチドを増幅する配列を有する核酸の存在下における2つ(またはそれ以上)のオリゴヌクレオチドのライゲーションに基づくスキームもまた、公知であり(Wu et al., Genomics 4:560 569 (1989))、本発明の目的に容易に適用されてもよい。
1の具体例において、分子マーカーは、PCRにより増幅されるDNA断片、例えば、SSRマーカーまたはRAPDSマーカーである。1の具体例において、増幅されたDNAの存在もしくは非存在は、その形質またはその形質の具体的な対立遺伝子の存在もしくは非存在の指標である。1の具体例において、増幅されたDNA断片の長さの差は、形質の具体的な対立遺伝子の存在の指標であり、それゆえ、形質の異なる対立遺伝子間を区別することができる。
本発明の特定の具体例において、単純配列反復(SSR)マーカーは、親植物および/またはその子孫、ならびに前記親植物の交配から生じる子孫植物における発明関連対立遺伝子を同定するのに用いられる。単純配列反復は、短い繰り返しDNA配列であり、全ての真核生物のゲノムに存在し、1−4ヌクレオチドモチーフの数回から100回を超える繰り返しからなる。ゲノム中の特定の位置に存在する多くのSSRが植物間にて高頻度で異なることから、SSRは、特定の対立遺伝子の存在または非存在を調べるのに解析されうる。
1の態様において、本発明は、表A−Gに表される配列番号:1−82に示されるヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーとリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマーを含む、1個のマーカーまたは2個またはそれ以上かつ41個までのマーカーの組に関するものであって、前記プライマーが、分子量またはヌクレオチド配列を示すPCR反応において増幅産物を生じ、前記分子量またはヌクレオチド配列が、同一プライマーペアを用いるPCRにおいて、近交株M3047/1(NCIMB 41459)およびM3047/2(NCIMB 41460)から得ることができる対応するPCR増幅産物の分子量またはヌクレオチド配列に実質的に同一である。
第1工程において、DNAサンプルは、公知技術を用いてDNAを抽出することにより葉の組織のごとき適当な植物材料から得られる。次いで、上述の本明細書で開示される発明関連QTL内のSSRを含む領域に隣接するプライマーは、当業者に周知であるポリメラーゼ連鎖反応(PCR)法を用いてDNAサンプルを増幅するのに用いられる。
基本的に、PCR増幅の方法は、増幅されるDNA断片に隣接する2つの短いオリゴヌクレオチドプライマー配列を含む1ペアのプライマーの使用に関する。DNAの加熱と変性の反復サイクルは、低い温度における相補的な配列に対するプライマーのアニーリング、次いでDNAポリメラーゼによるアニールされたプライマーの伸長と続く。プライマーは、DNA標的配列の反対鎖にハイブリダイズする。ハイブリダイゼーションは、相補的DNA鎖のアニーリングを意味し、前記相補的は、一方の鎖のヌクレオチドが反対鎖のヌクレオチドに結合して二本鎖構造を形成することができるヌクレオチド配列を意味する。プライマーは、ポリメラーゼによるDNA合成がプライマー間のヌクレオチド配列を二方向で進行するように方向付けられる。この手法は、1サイクルでDNA断片の量を効率的に倍化する。PCR産物がプライマーに対して相補的であり、結合可能であるため、次のサイクルはそれぞれ、前回のサイクルで合成されたDNA量を倍化する。この手法の結果は、指数関数的蓄積、すなわち約2<n>であって、nはサイクル数である。
PCR増幅を通して、プライマーにより挟まれた数百万コピーのDNA断片が作られる。異なる対立遺伝子における隣接プライマー間の繰り返し配列の数の相違が、増幅されたDNA断片の長さのバリエーションに反映される。これらのバリエーションは、ゲル上の増幅されたDNA断片を電気泳動で分離することにより検出されうる。ゲルを分析することにより、植物がホモ接合体またはヘテロ接合体の状態で所望の対立遺伝子を含むかどうか、あるいは所望の対立遺伝子が植物ゲノムに不在かどうかを調べることができる。
マーカー解析は、非常に若い植物の葉の組織から抽出されたDNAサンプルを用いて、植物発生における初期において行うことができる。このことは、育種サイクルの初期に所望の遺伝子構成を有する植物を同定し、所望の発明関連対立遺伝子を含まない植物を受粉前に捨てることができ、それゆえ育種集団の大きさを減らすことが可能である。
さらに、分子マーカーを用いることにより、2コピーの所望の発明関連対立遺伝子を保有するホモ接合体劣性植物と1コピーのみを保有するヘテロ接合体植物の間で区別がなされうる。
本発明の1の具体例において、マーカー遺伝子座は、表A−Gに表される配列番号:1−82に示されるヌクレオチド配列または表A−Gに表される配列番号:1−82に示されるヌクレオチド配列またはそれらに相補的な核酸を示すフォワードプライマーおよびリバースプライマーからなる1ペアのPCRオリゴヌクレオチドプライマー、あるいはそれらの断片であって、配列番号:1−82に示されるヌクレオチド配列と90%と99%の間、特に、95%と98%の間の同一性を共有するヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーおよびリバースプライマーからなるオリゴヌクレオチド配列を含むものにより同定されうる。
さらに、高いストリンジェントな条件下において、表A−Gに表される配列番号:1−82に示されるフォワードおよびリバースプライマー配列のヌクレオチド配列にハイブリダイズするヌクレオチド配列を示すフォワードプライマーおよびリバースプライマーからなるオリゴヌクレオチドプライマーは、本発明の範囲内で用いられうる。
特に、ハイブリダイゼーション反応は、高いストリンジェントな条件下で行われ、溶液として、5xSSPE、1% SDS、1xデンハルト溶液が用いられ、および/またはハイブリダイゼーション温度は、35℃と70℃の間であって、72℃までであり、好ましくは65℃である。ハイブリダイゼーション後、洗浄は、温度、35℃と70℃の間であって、72℃までであり、特に65℃において、特に、最初に2xSSC、1% SDS、後に0.2xSSCで行なわれる(SSPE、SSCおよびデンハルト溶液については、Sambrook et al.loc.cit.を参照のこと)。
代替的なマーカーは、本発明による上述の明細書で開示される量的形質遺伝子座の対立遺伝子または対立遺伝子1組を有する植物を同定し、選択するのに開発され、用いられうる。
例えば、表A−Gに示されるプライマーペアを用いるPCR増幅で得られる増幅産物のヌクレオチド配列は、配列番号:1−82に示されるヌクレオチド配列を示し、当業者および新しいプライマーまたはPCR増幅産物の新たに決定されたヌクレオチド配列に基づいて設計されるプライマーペアにより得ることができる。
近交株の有用性および交雑子孫に一般的に寄与するその能力を調べるために、別の近交株、特に異なる雑種強勢グループとテスト交配が行われ、次いで、生じる子孫の表現型が評価される。記録されうる形質は、穀粒収量、収穫時の穀粒水分、初期および後期の根の倒伏、茎の倒伏、一般的な黒穂病の発生、赤かび病の発生、スルコトリオン耐性、および房構造、しかし特別には、穀粒収量、収穫時の穀粒水分、後期の根の倒伏、および茎の倒伏を含む、植物強勢と高生産に関する形質に関連する。
本発明の特定の具体例において、本発明による上述の本明細書で開示される植物は、近交株、特に、株M3047/2(NCIMB 41460)およびM3047/1(NCIMB 41459)の発明関連対立遺伝子を有する近交株を有する二親(bi−parent)交配を介して産生される。F1穀粒が収穫され、植え直される。生じるF1植物は、成熟するまで栽培され、自家受粉されてF2種子が産生される。
F2穀粒の限定された数、特に200個と1000個の間、より特に、300個と600個の間、しかし特別には500個が植え直される。生じるF2植物は再度、成熟するまで栽培され、自家受粉されてF3種子が産生される。
その後、単一穀粒系統(SKD)として知られるごとき一般的に用いられるgeneration advancement procedureが適用されてもよい。この手法では、わずか1つのF3穀粒が各F2植物において収穫される。収穫されたF3穀粒が植え付けられ、生じるF3植物が自家受粉されてF4種子が産生される。各F3植物において産生された全てのF4穀粒が収穫され、収穫された全てのF4穀粒を元々のF3植物により分けて維持し、それによりF4系統を樹立する。
次いで、各F4系統に由来する植物が栽培される。生じる植物の一部は、後に、DNA抽出と遺伝子型の決定に用いられる葉の組織を収集するのに用いられる。前記植物の別の部分は、テスター植物、特に、2つの親近交株とは異なる雑種強勢グループに由来するトウモロコシ近交株、特に、例えば、FSII434のごとき潜在的な雑種強勢グループに由来する近交株と交配される。F4植物は、房を取り除かれ、それにより雌性として用いられ、一方で、テスターは、雄性として用いられて、全てのF4植物が受粉される。テスト交配種子が収穫され、系統構成(family structure)を維持する。
F4系統に由来するテスト交配種子は、野外試験場、好ましくは異なる栽培および天候条件下で植え付けられ、評価される。検査(check)として用いられるいくつかの他の交雑株はまた、同一の試験場で植え付けられてもよい。
記録される形質は、穀粒収量、収穫時の穀粒水分、初期および後期の根の倒伏、茎の倒伏、一般的な黒穂病の発生、赤かび病の発生、スルコトリオン耐性、および房構造を含む。穀粒収量、収穫時の穀粒水分、後期の根の倒伏、および茎の倒伏は、テスト交配プロット(plot)、特に、初期の根の倒伏、茎の倒伏、一般的な黒穂病の発生、スルコトリオン耐性、および房構造に記録された。赤かび病の発生は、テスト交配プロットとF4プロットの両方に記録された。
QTLのサブセットは、同定された全てのQTLから選択される。隣接するマーカーに相対的なこれらのQTLの位置は、それらの効果と好ましい対立遺伝子とともに、表1から8に表される。これらのQTLは、新しい株を開発するのに用いられる選択の標的である。
遺伝子型の決定とQTLのマッピングのために、DNAは、例えば、葉の組織のごとき適当な植物材料から抽出される。特に、複数の植物の葉の束が、各F4系統用に収集される。DNAサンプルは、全トウモロコシゲノム、特に、80個と250個の間、特に90個と200個の間、より特に100個と150個の間、しかし特別には112個のSSRを包含する複数の多型SSRを用いて遺伝子型が決定される。
分子マーカーマップは、例えば、MapmakerおよびJoinmapのごとき一般的に用いられるソフトウェアを用いて構築されうる。この分子マーカーマップは、1つのマーカーあたり19.5cMごとのマーカー密度である、全長2187センチモルガン(cM)を有する。
遺伝子型と表現型データの統合解析は、例えば、ソフトウェアQTLCartographerおよびPlabQTLのごとき一般的なソフトウェアを用いて行われうる。全ての形質について、130個のQTLが同定される。特に、23個のQTLは、穀粒収量について同定され、40個が穀粒水分についてである。QTLは、ゲノムマップ上の位置、ならびにそれらの付加的で優勢な効果により特徴付けられる。QTLの最も可能性の高い位置(通常、ピークのLODスコア値の位置)と隣接マーカー遺伝子座の間の遺伝学的距離(センチモルガン)として定義される。付加的で優勢な効果は、平均からの標準偏差として定義され、それらが対照とする形質と同一単位で表される。付加的な値は、2つの親株のうちどちらがQTLにおける好ましい対立遺伝子を保有するかを定義する。本発明の特定の具体例において、付加的な値は、M3047/2(NCIMB 41460)対立遺伝子の陽性か陰性かのいずれかの効果を表す。所望の効果が形質のより高い値である穀粒収量のごとき形質について、陽性の付加的な値は、M3047/2(NCIMB 41460)が好ましい対立遺伝子を保有することを意味する一方で、陰性の付加的な値は、M3047/1(NCIMB 41459)が好ましい対立遺伝子を保有することを意味する。
本発明によるユニークなQTLプロファイルを示す近交株、しかし特別には、近交株M3047/1(NCIMB 41459)およびM3047/2(NCIMB 41460)の間の最初の交配から生じるF4個体で開始し、マーカーに基づいた選択、続いて表現型の選択が適用される。いくつかの近交株は、上記遺伝子座の全てがホモ接合体の好ましい遺伝子型について発生されてもよい。これらの近交株は、いくつかのテスター植物と交配され、農業生産力に関して異なる天候と環境条件下において野外試験場で試験され、次いで他の交雑株と比較されるテスト交配手法にかけられうる。
最も好ましい交雑株は、高い穀粒収量と低い収穫時の穀粒水分を示すものである。
植物の導入および生殖質は、本明細書で開示されるか、または当業者に知られている1つまたはそれ以上の技術を用いて、前記QTLに連結されたマーカー遺伝子座におけるマーカーのヌクレオチド配列ならびに対立遺伝子の分子量マーカーに基づいて、表1から8に開示される対応するQTLにおける対立遺伝子について選択されうる。