CN109545280B

CN109545280B - 一种西北春小麦全基因组关联分析方法

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Publication number: CN109545280B
Application number: CN201811480751.2A
Authority: CN
Inventors: 刘德梅; 王海庆; 陈志国; 刘瑞娟; 窦全文; 袁飞敏; 权有娟; 李想
Original assignee: Northwest Institute of Plateau Biology of CAS
Current assignee: Northwest Institute of Plateau Biology of CAS
Priority date: 2018-12-05
Filing date: 2018-12-05
Publication date: 2022-12-06
Anticipated expiration: 2038-12-05
Also published as: CN109545280A

Abstract

本发明公开了一种西北春小麦全基因组关联分析方法。包括：选择小麦种子种植；成熟期测株高、穗长、小穗数、穗粒数、基部不孕小穗数；成熟后收获种子，测种子粒宽、粒长、重量，计算千粒重；用CTAB法提取DNA，制备DArT芯片；采用STRUCTURE计算小麦品种群体结构，利用贝叶斯模型划分群体结构，采用TASSEL进行群体连锁不平衡分析，获得与产量和种子特性相关的DArT分子标记；包括12个株高关联标记；2个穗长相关标记；8个小穗数相关标记；3个穗粒数关标记；4个不实小穗数关联标记；3个粒长关联标记；1个千粒重关联标记；4个粒宽关联标记。本发明的DArT分子标记可应用于农业育种中。

Description

一种西北春小麦全基因组关联分析方法

技术领域

本发明涉及分子标记技术领域，尤其涉及一种西北春小麦全基因组关联分析方法。

背景技术

普通小麦(Triticum aestivum L，2n＝6X＝42，AABBDD)是世界上最主要的农作物之一。长期以来育种的目标是重新装配符合需要的遗传性状来产生具有改良性状的新品种。随着人口增加，全球气候变化等生物胁迫和非生物胁迫的增加，常规育种的方法将远远不能满足小麦新品种的需求，当今随着各种新型生物技术的发展，分子育种与常规育种相结合可以实现快速、高效、精准育种。

小麦籽粒大小和形状显著影响着籽粒重量和面粉产量。过去由于技术落后，精确测定籽粒大小和形状存在局限性，费时费力，而且无法准确的描述籽粒间细微差别的形状。近年来随着近红外扫描设备应用于种子分析中，很好地解决了复杂表型性状的测定，如MARVIN是新一代种子分析仪，通过仪器拍摄出植物种子图片，然后通过软件自动计算出数据，实现了复杂表型数据的精准测定。此外,利用遗传多样性丰富的自然群体进行全基因组关联分析(GWAS)成为研究热点。GWAS可直接利用基因本身或基因附近微小区域的分子标记与性状表型的关联来定位和挖掘数量性状位点，从而实现基因的精细定位。近年来通过GWAS方法已得到一些与产量和籽粒性状相关的重要位点和染色体区域，如与籽粒产量相关联的基因主要分布在2B、2DS、4A、4B、5A、7AL、7B和7DL。与籽粒长、宽及重量有关的相关联的基因主要分布在1A、4B、5A和7D染色体上。与千粒重相关的基因分布在2A、2B、2D、3B、4B、4D、5A、5B、6A、7A和7B。尽管已有许多与产量相关的基因/QTL已经发掘，但在育种中可以有效利用的基因相对较少。

因此，深入研究小麦遗传多样性及挖掘其新基因具有重大意义。

发明内容

有鉴于此，本发明实施例提供了一种西北春小麦全基因组关联分析方法。

为达到上述目的，本发明主要提供了如下技术方案：

一方面，本发明实施例提供了一种西北春小麦全基因组关联分析方法，所述分子标记包括：选择小麦种子并种植；成熟期，测量株高、穗长、小穗数、穗粒数、基部不孕小穗数；成熟后，收获种子，采用高通量分子仪测定收获种子的粒宽、粒长、重量，计算千粒重；用CTAB法提取DNA，将DNA浓度调至约50-100ng·μl^-1，制备DArT芯片；采用STRUCTURE计算小麦品种的群体结构，利用贝叶斯模型划分群体结构，采用TASSEL进行群体连锁不平衡分析，分别获得与产量和种子特性相关的DArT分子标记；所述分子标记包括：

与株高相关的DArT分子标记的数量为12个，分别位于2BS、2BL、3AL、3DL、4AL、6BL和7BL染色体上；

与穗长相关的DArT分子标记的数量为2个，分别位于1BL和1DS染色体上；

与小穗数相关的DArT分子标记的数量为8个，分别位于2BL、4AL、4BS和7AS染色体上；

与穗粒数相关的DArT分子标记的数量为3个，分别位于2BS、3B、4AS染色体上；

与不实小穗数相关的DArT分子标记的数量为4个，分别位于4AL和2AS染色体上；

与粒长相关的DArT分子标记的数量为3个，分别位于3AL、3DL和6BL染色体上；

与千粒重相关的DArT分子标记的数量为1个，分别位于4BS染色体上；

与粒宽相关的DArT分子标记的数量为4个，分别位于1BL、4BS和6BS染色体上。

作为优选，所述与株高相关的DArT分子标记名称为3948001，其在染色体上的定位点为2BS-49.35；分子标记名称为977285 2，其在染色体上的定位点为2BL-147.5；分子标记名称为1095515，其在染色体上的定位点为2B-169.5；分子标记名称为1110999，其在染色体上的定位点为2BL-149.1；分子标记名称为3022662，其在染色体上的定位点为3A-251.6；分子标记名称为3034494，其在染色体上的定位点为3B-102.6；分子标记名称为2242056，其在染色体上的定位点为3DL-30.91；分子标记名称为1084423，其在染色体上的定位点为4AL-211.5；分子标记名称为1407545，其在染色体上的定位点为6BL-27.69；分子标记名称为2289515，其在染色体上的定位点为6BL-140.5；分子标记名称为1121404其在染色体上的定位点为7BL-39.3；分子标记名称为1696288其在染色体上的定位点为7BL-111.3。

作为优选，所述与穗长相关的DArT分子标记名称为1399704，其在染色体上的定位点为1BL-329.68，分子标记名称为3952261，其在染色体上的定位点为1DS-206.1；

所述与小穗数相关的DArT分子标记名称为1241626，其在染色体上的定位点为2BL-148.86，分子标记名称为1090024，其在染色体上的定位点为2BL-156.7，分子标记名称为1101447，其在染色体上的定位点为2BL-148.8，分子标记名称为1101543，其在染色体上的定位点为2BL-153.1。

作为优选，所述与穗粒数相关的DArT分子标记名称为1162334，其在染色体上的定位点为2BS-139.8，分子标记名称为1148843，其在染色体上的定位点为3B-16.73，分子标记名称为1082451，其在染色体上的定位点为4AS-45.7。

作为优选，所述与不实小穗数相关的DArT分子标记名称1105852，其在染色体上的定位点为2AS-130.9，分子标记名称为1084423，其在染色体上的定位点为4AL-211.5，分子标记名称为1139997，其在染色体上的定位点为4AL-237.6，分子标记名称为5410765，其在染色体上的定位点为4AL-248.4；

所述与粒长相关的DArT分子标记名称为1067022，其在染色体上的定位点为3AL-225.62，分子标记名称为3028287，其在染色体上的定位点为3DL-9.2，分子标记名称为3025848，其在染色体上的定位点为6BS-145.25。

作为优选，所述与千粒重相关的DArT分子标记名称为1091633，其在染色体上的定位点为4BS-64.7；

所述与粒宽相关的DArT分子标记名称1126137，其在染色体上的定位点为1BL-457.735，分子标记名称为1091633，其在染色体上的定位点为4BS-64.7，分子标记名称为1103903，其在染色体上的定位点6BS-60.43，分子标记名称为1279590，其在染色体上的定位点为6BL-60.4。

作为优选，所述与株高相关的DArT分子标记的解析率为10％-50％；所述与穗长相关的DArT分子标记的解析率均为15％；所述与小穗数相关的DArT分子标记的解析率为20-41％；所述与穗粒数相关的DArT分子标记的单个位点解析率为25-28％；所述与不实小穗数相关的DArT分子标记的单个位点解析率为9-29％；所述与粒长相关的DArT分子标记的单个位点解析率25-41％；所述与千粒重相关的DArT分子标记的单个位点解析率为43％；所述与粒宽相关的DArT分子标记的单个位点解析率为25％和31％。

作为优选，所述选择小麦种子的品种为56种；所述划分群体结构是分为7个亚群，分别为pop1、pop2、pop3、pop4、pop5、pop6及pop7；所述pop1包括以下品种：陇春17、陇春8139、柴春236、高原338、白大头、青春25、青春254和青农524；所述pop2包括以下品种：晋麦33、晋2148、中国春、高原602、陇春13、青春5号；所述pop3包括以下品种：结巴、和尚头、红农1号、大麦子；所述pop4包括以下品种：高原506、东春1号、内乡5号；所述pop5包括以下品种：曹选3号、互麦11号、甘春8号、青春533、柴春018、青春891、青春570、青春415、甘麦35、阿勃；所述pop6包括以下品种：民和853、欧柔、陇春23、山旱901、瀚海304、互助红宁春26号、青春38、辐射阿勃、宁春13、互麦13号、墨波、甘春20、柴春901、宁春4号、陇春15、青春37；所述pop7包括以下品种：高原158、高原175、高原314、甘肃96、高原363、高原448、高原913、高原437。

另一方面，本发明实施例提供了上述春小麦的DArT分子标记在小麦育种中的应用。

与现有技术相比，本发明的有益效果是：

本发明从遗传多样性、群体结构、连锁不平衡分析的基础上运用全基因组关联分析的方法，获得标记-形状显著相关联的标记，挖掘与农艺性状相关联的分子标记(12个株高相关联的标记；2个与穗长相关联标记；8个小穗数相关联标记；3个穗粒数关联标记；4个不实小穗数关联的标记；3个粒长关联的标记；1个千粒重关联的标记；4个粒宽关联的标记)为小麦分子标记辅助育种提供了基础信息。

附图说明

图1是本发明实施例1提供的2012-2014试验区4-9月积温及降雨量变化曲线；

图2是本发明实施例1提供的适当K值的确定(a.LnP(D)值重复性检测b.ΔK值的变化)图；

图3是本发明实施例1提供的利用STRUCTURE软件对56份春小麦材料的分组信息图；

图4是本发明实施例1提供的56份参试材料的连锁不平衡分布图。

具体实施方式

为更进一步阐述本发明为达成预定发明目的所采取的技术手段及功效，以下以较佳实施例，对依据本发明申请的具体实施方式、技术方案、特征及其功效，详细说明如后。下述说明中的多个实施例中的特定特征、结构、或特点可由任何合适形式组合。

DArT标记(Diversity array technology)是澳大利亚Andrzej Kilian(2001)团队开发的一种遗传标记技术，它综合运用了AFLP原理、PCR原理、分子克隆原理和基因芯片技术原理以及分子杂交原理，将来源于基因组的DNA的限制性酶切片段通过载体克隆，然后将该克隆(探针)点样在生物芯片上，再将被检材料和芯片杂交，最后通过杂交信号检测判断该标记是否存在于被检材料中。与跑电泳胶相比具有高通量和低成本的显著特点，是一种比较理想的遗传标记技术。

STRUCTURE：其是一种群体结构分析软件，通过该软件可直观了解个体间的分类关系，即可将某个群体分为若干亚群、群体间是否存在基因交流等，群体的亚群数被称为K值。

贝叶斯模型：其是一种概率统计方法，用来估计统计量的某种性质。

TASSEL：其是一种研究表现型与基因型之间关系的工具；其具有的功能是进行关联研究，评价进化关系，分析连锁不平衡，主成分分析，聚类分析，估算缺失数据，数据可视化。

实施例1

供试材料选取西北地区春麦区20世纪50年代以来大面积推广的56个小麦核心种质组成自然群体,其中青海省31个、农家品种6个、甘肃省10个、宁夏3个、山西引进2个、河南引进1个以及国外引进3个。56份品种种子均为本课组繁育，详见表1。

表1.供试小麦材料名

表型性状的考察：参试材料于2012年、2013年、2014年三年在青海省水利厅香日德试验站种植，图1为香日德地区2012-2013年4-9月小麦生育期间的月积温和降雨量变化。试验采用随机区组设计，3次重复，1行区，小区1×2m²，每行150粒种子。成熟期，每个材料随机取15株，对株高(Plant height,PH)、穗长(Eer length,EL)、小穗数(Spikets number perear,SN)、穗粒数(Kernels number per ear,KN)、基部不孕小穗数(Basal panicles ofinfertility,BP)5个农艺性状进行考种调查。成熟后收获种子，对种子进行随机取样，用高通量Marvin种子分析仪(德国)进行测定，每年测定三个重复。测定时，随机取250-300粒种子，直接测得种子粒宽(Grain Width,GW)、粒长(Grain Length,GL)、重量(Grain Weight,GW)三个参数，之后计算千粒重(Thousand kernel weight,TKW)＝重量/粒数*1000。

DArT分子标记检测：用CTAB法提取DNA,将DNA浓度调至约50-100ng·μl^-1，DArT芯片由澳大利亚Diversity Arrays Technology Pty Ltd公司进行扫描(http://www.triticarte.com.au)。基因分型的重复性通过三次独立实验进行验证其分型质量。

数据分析：采用STRUCTURE计算56份小麦品种的群体结构，利用贝叶斯模型进行群体结构的划分。首先设定群体数(k)为1-10，将period参数设为100000次，再将MCMC设为1000000次。每个k值进行5次运算，进行三次重复运算，选取合适的K值作为亚群数目。采用TASSEL5.0进行群体连锁不平衡(LD)分析，分别计算不连锁标记间的成对R²，permutation设为1000。R²的对应P值小于0.01时予以采纳。为了消除环境间的差异将三年三个环境下的表型数据做BLUP后进行关联分析，使用TASSEL5.0软件的MLM(mixed linear model)与GLM(general linear model)模型结合性状和标记之间的关联分析，利用群体结构分析所得的每个个体的Q值及Kinship矩阵作为协变量控制伪关联的产生。另外在R软件中利用全基因组预测集成工具包(GAPIT)(www.r—project.org)作关联分析。

结果与分析：

(1)表型性状间的相关性系数及主成分分析：表型性状的相关性分析在相同环境下不同表型性状间相关分析结果发现，性状间存在不同程度的相关性(见表2)。农艺性状方面，株高与穗长、小穗数、穗粒数呈现极显著正相关，而与粒宽呈极显著负相关；这表明株高是重要的农艺性状，会明显的影响其他农艺性状的表现，虽然株高越高能增加小穗数，穗粒数和穗长等小穗性状，但影响了种子大小等性状，使得产量减少，这也是长期以来育种家利用矮杆基因来增加产量的原因。穗长与小穗数、不实小穗数、粒宽、粒长、千粒重都达到极显著正相关；小穗数与穗粒数、不实小穗数和粒长都呈极显著正相关水平；不实小穗数与粒长呈现极显著正相关，与千粒重呈极显著负相关；粒宽与粒长和千粒重都达到极显著水平；粒长和千粒重也呈现极显著相关水平。这说明种子的大小、形状与重量之间存在高度相关，通过对上述性状的直接将会显著改变种子的产量，特别是种子的长、宽这两个性状在今后的育种实践中可作为种子产量直观的选择指标。

表2.8个表型性状间的相关性系数

注：**P<0.01,*P<0.05。

主成分分析是将原有的多个性状简化为少数的几个综合性状，用主成分解释表型变异。特征根的大小代表各个主成分遗传方差的大小，特征根的累计贡献率表示主成分对总遗传方差贡献的百分率，特征向量的大小表示供试材料各考察性状对主成分贡献的大小。8个考察的表型性状的遗传相关系数以8×8的遗传相关矩阵(表3)给出。经分析发现各性状间存在一定程度的相关，因此需采用主成分分析，将相关变量转换为非相关变量。根据遗传相关矩阵算出特征根、特征向量，从中选取前3个主成分代表了全部8个考察性状72.4％的表型变异。第一主成分的特征向量中，种子宽最大，其次为穗长；第二主成分的特征向量中，穗粒数最大，其次为小穗数；第三主成分的特征向量中，小穗数最大，其次为穗长；第三主成分的特征向量中，不实小穗数最大，其次为株高。第一个主成分为种子特性主成分，后两个主成分为农艺性状主成分。

表3.入选特征根(λi)、特征根累计百分比(Λ)及特征向量(li)

(2)DarT标记遗传多样性分析：全基因组DArT标记扫描作图群体，共28580个多态性标记，如表4所示，其中有位置信息的标记共10878个，覆盖全基因组5624.57cM。B基因组的标记个数最多，占整个标记总数的51％，其中1B和2B染色体上的标记数最多；D基因组标记个数最少，占总标记数的14％，其中4D染色体仅有43个标记。各个标记的多态性信息含量在0.006～0.500之间，平均为0.280。其中第5同源群染色体的PIC指最高，而第4同源群染色体PIC指最低。

表4.参试群体各染色体标记数、遗传距离及多态性信息含量

(2)群体结构分析：利用贝叶斯方法在每条染色体的长臂和短臂分别随机选取1个标记，共选取遍及全基因组的42个DArT标记在STRUCTURE软件中对56份材料进行遗传群体结构分析，结果用于排除关联分析中的伪关联。设置k值为1-20，每个k值运行5次，运行三个重复，每次运算得到一个LnP(D)值及Q矩阵。得到的数据结果压缩后将文件输入到STRUCTURE HARVEST网站上分析，运算结果显示依照LnP(D)值的变化确定合适的K值，用ΔK来确定亚群体数目。

如图2所示，ΔK在K＝2、4、7、9、12、14、17时均出现峰值，但在K＝7时峰值最高，由此判断56份大麦亲本群体可被分为7个亚群，并绘制供试材料群体结构图(图3)。对各个重复的Q矩阵进行整合，群体中Q值大于0.8的个体共40份，占整个群体的71％。POP1:包括8个品种，其中两个甘肃品种，5个青海品种，1个农家品种；POP2:包括中国春、两个山西品种、两个青海品种和一个甘肃品种；POP3:共四个品种，除一个甘肃早年审定品种，其余为农家品种；POP4:包括3个品种，其中两个青海品种和一个河南品种；POP5:包括阿勃和两个甘肃品种和8个青海品种，据查阅系谱发现，甘肃品种甘麦8号和甘麦35号的亲本就是阿勃。POP6:这一亚群共17个品种，其中包括9个青海品种，两个国外引进品种：墨波和欧柔，三个甘肃品种，和三个宁夏品种；POP7:除甘肃96外，都是西北高原生物研究所选育的高原系列品种。

表5.利用STRUCTURE软件对56份春小麦材料的分组明细

(3)连锁不平衡分析：10878个DArT位点，共有222366个位点组合，其中56787个是共线性位点组合(同一连锁群)，其余是非共线性位点组合位点(不同连锁群)，无论是共线性组合，还是非共线性组合，均有一定程度的LD存在。其中有10189个位点(5.05％)组合存在显著的LD(P<0.01)，r²平均值为0.07。在共线性位点组合中，1021个位点组合(12.26％)存在显著的LD，r²平均值为0.09，有340个位点组合r²大于0.2。非共线性组合中，10008个位点组合(4.71％)存在显著的LD，r²平均值为0.066，有230个位点组合r²大于0.2。共线性组合标记间的LD(r²)值和遗传距离的关系如图4所示。

(4)性状全基因组关联分析：本发明利用DART标记-性状全基因组关联分析的方法，运用一般线性模型(GLM)在三个环境下稳定检测到与产量和种子性状显著关联的标记311个，遍布于21条染色体上，其中与株高相关34个、穗长相关16个、小穗数相关19个、不孕小穗数相关5个、穗粒数相关12个、千粒重相关143个、粒宽相关33个、粒长相关49个；运用混合线性模型(MLM)和GAPIT共检测到36个显著关联的性标记，分别位于1A、1B、1D、2A、2B、3A、4A、4B、6B、7B染色体上，其中B基因组占63％；对应的表型变异的解析率在10-50％之间。表6列出了所有关联标记及其对相应的表型变异。

纵向分析表发现：

(1)与5个农艺性状相关联的标记有28个，与3个种子性状相关联的标记有8个；

(2)同一性状关联的标记在连锁群上有集中分布的趋势。

本发明只将Tasse软件得到的MLM结果和R语言GAPIT的结果作为最终结果，进行详细分析。12个株高相关联的标记，分别位于2BS、2BL、3AL、3DL、4AL、6BL、7BL染色体上，解析率为10％-50％之间；2个与穗长相关联标记位于1BL和1DS染色体上，解析率两者都为15％；8个小穗数相关联标记位点，位于2BL、4AL、4BS和7AS染色体上，单个位点解释20-41％的表型变异；3个穗粒数关联的增效标记位点，位于2BS、3B、4AS染色体上，单个位点解释表型变异在25-28％之间。4个不实小穗数关联的标记，位于4AL和2AS染色体上，单个位点解释表型变异在9-29％之间。3个粒长关联的标记，位于3AL、3DL和6BL染色体上，单个位点解释表型变异在25-41％之间；1个千粒重关联的标记，位于4BS染色体上，单个位点解释表型变异为43％；4个粒宽关联的标记，位于1BL、4BS和6BS染色体上，单个位点解释表型变异25％和31％。

综上所知，检测到与参试性状相关的标记主要集中在2BL、4AL、6B和7B染色体上，其中3B、4B和7B相对应的表型解析率超过40％，表明这两条染存在控制参试表型性状的主效基因。

表6.与8个表型显著相关的标记位点(-logp>3)及其对表型变异的解析率R²

对56份西北春小麦遗传多样性进行分析：

本发明结果表明西北麦区小麦群体三个基因组的位点遗传多样性为B＞A＞D。第5部分同源群具有最高的多样性，而第4同源群群多样性最低。21条染色体中1B和2B三条染色体遗传多样性较高，4D和5D的遗传多样性偏低。

对全基因组关联分析：群体结构对关联作图的准确性是至关重要的，如果群体中的亚群划分不准确，会使关联分析的结果产生假阳性，使一些原本没有关联的标记位点表现出关联性。而在群体构建中遗传多样性丰富度是影响分析结果的主要因素，非群体的个数，所以构建关联分析时并不是材料越多越好。本研究虽然只用到了56个品种，但其群体结构较为丰富，可以划分为七个亚群。这七大亚群主要是按品种的系谱来源划分的，以白大头、中国春、阿勃、内向5号、甘肃96为骨干亲本将其衍生品种聚为同一类中，所以此群体亚群的划分可信度较高。

本发明将56份春小麦核心种质群体划分为7个亚群，通过全基因组关联分析共检测到36个显著相关DArT标记，其中与株高、穗长、小穗数、穗粒数、不实小穗数相关的标记数分别为12、2、8、3、4；与粒长、千粒重、个粒宽相关的标记数分别为3、1、4。这些检测到的位点除了2D、4D、5A、5B、6A、6D、7D之外的14条染色体上，且大部分标记集中在2BL、4AL和6BL染色体上，其中位于4B染色体上的DArT-seq标记1091633与千粒重和粒宽都相关联，为多效性标记。研究发现之前在双亲本作图群体中已定位到的农艺性状的QTL在本群体中被也定位到，这些位点为西北地区春小麦核心种质深入挖掘优异等位基因奠定了基础。本发明确定的上述DArT分子标记可应用于农业育种技术中。

本发明实施例中未尽之处，本领域技术人员均可从现有技术中选用。

以上公开的仅为本发明的具体实施方式，但本发明的保护范围并不局限于此，任何熟悉本技术领域的技术人员在本发明揭露的技术范围内，可轻易想到变化或替换，都应涵盖在本发明的保护范围之内。因此，本发明的保护范围应以上述权利要求的保护范围为准。

Claims

1.一种西北春小麦全基因组关联分析方法，其特征在于，所述方法包括：选择小麦种子并种植；成熟期，测量株高、穗长、小穗数、穗粒数、基部不孕小穗数；成熟后，收获种子，采用高通量分子仪测定收获种子的粒宽、粒长、重量，计算千粒重；用CTAB法提取DNA，将DNA浓度调至50-100ng·μl^-1，制备DArT芯片；采用STRUCTURE计算小麦品种的群体结构，利用贝叶斯模型划分群体结构，采用TASSEL进行群体连锁不平衡分析，分别获得与产量和种子特性相关的DArT分子标记；所述分子标记包括：

2.如权利要求1所述的一种西北春小麦全基因组关联分析方法，其特征在于，所述与株高相关的DArT分子标记名称分别为3948001，其在染色体上的定位点为2BS-49.35；分子标记名称为977285 2，其在染色体上的定位点为2BL-147.5；分子标记名称为1095515，其在染色体上的定位点为2B-169.5；分子标记名称为1110999，其在染色体上的定位点为2BL-149.1；分子标记名称为3022662，其在染色体上的定位点为3A-251.6；分子标记名称为3034494，其在染色体上的定位点为3B-102.6；分子标记名称为2242056，其在染色体上的定位点为3DL-30.91；分子标记名称为1084423，其在染色体上的定位点为4AL-211.5；分子标记名称为1407545，其在染色体上的定位点为6BL-27.69；分子标记名称为2289515，其在染色体上的定位点为6BL-140.5；分子标记名称为1121404其在染色体上的定位点为7BL-39.3；分子标记名称为1696288其在染色体上的定位点为7BL-111.3。

3.如权利要求1所述的一种西北春小麦全基因组关联分析方法，其特征在于，所述与穗长相关的DArT分子标记名称为1399704，其在染色体上的定位点为1BL-329.68，分子标记名称为3952261，其在染色体上的定位点为1DS-206.1；

4.如权利要求1所述的一种西北春小麦全基因组关联分析方法，其特征在于，所述与穗粒数相关的DArT分子标记名称为1162334，其在染色体上的定位点为2BS-139.8，分子标记名称为1148843，其在染色体上的定位点为3B-16.73，分子标记名称为1082451，其在染色体上的定位点为4AS-45.7。

5.如权利要求1所述的一种西北春小麦全基因组关联分析方法，其特征在于，所述与不实小穗数相关的DArT分子标记名称1105852，其在染色体上的定位点为2AS-130.9，分子标记名称为1084423，其在染色体上的定位点为4AL-211.5，分子标记名称为1139997，其在染色体上的定位点为4AL-237.6，分子标记名称为5410765，其在染色体上的定位点为4AL-248.4；

6.如权利要求1所述的一种西北春小麦全基因组关联分析方法，其特征在于，所述与千粒重相关的DArT分子标记名称为1091633，其在染色体上的定位点为4BS-64.7；

7.如权利要求1所述的一种西北春小麦全基因组关联分析方法，其特征在于，所述与株高相关的DArT分子标记的解析率为10％-50％；所述与穗长相关的DArT分子标记的解析率均为15％；所述与小穗数相关的DArT分子标记的解析率为20-41％；所述与穗粒数相关的DArT分子标记的单个位点解析率分别为25-28％；所述与不实小穗数相关的DArT分子标记的单个位点解析率为9-29％；所述与粒长相关的DArT分子标记的单个位点解析率25-41％；所述与千粒重相关的DArT分子标记的单个位点解析率为43％；所述与粒宽相关的DArT分子标记的单个位点解析率为25％和31％。

8.如权利要求7所述的一种西北春小麦全基因组关联分析方法，其特征在于，所述选择小麦种子的品种为56种；所述划分群体结构是分为7个亚群，分别为pop1、pop2、pop3、pop4、pop5、pop6及pop7；所述pop1包括以下品种：陇春17、陇春8139、柴春236、高原338、白大头、青春25、青春254和青农524；所述pop2包括以下品种：晋麦33、晋2148、中国春、高原602、陇春13、青春5号；所述pop3包括以下品种：结巴、和尚头、红农1号、大麦子；所述pop4包括以下品种：高原506、东春1号、内乡5号；所述pop5包括以下品种：曹选3号、互麦11号、甘春8号、青春533、柴春018、青春891、青春570、青春415、甘麦35、阿勃；所述pop6包括以下品种：民和853、欧柔、陇春23、山旱901、瀚海304、互助红宁春26号、青春38、辐射阿勃、宁春13、互麦13号、墨波、甘春20、柴春901、宁春4号、陇春15、青春37；所述pop7包括以下品种：高原158、高原175、高原314、甘肃96、高原363、高原448、高原913、高原437。

9.如权利要求1-8任一项所述的一种西北春小麦全基因组关联分析方法，其特征在于，所述的DArT分子标记在小麦育种中的应用。