JP5908834B2 - 病原体抵抗性の植物 - Google Patents
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Description
a. 配列番号1の順方向プライマーおよび配列番号2の逆方向プライマーにより表されるプライマー対1、
b. 配列番号3の順方向プライマーおよび配列番号4の逆方向プライマーにより表されるプライマー対2、
c. 配列番号5の順方向プライマーおよび配列番号6の逆方向プライマーにより表されるプライマー対3、
d. 配列番号7の順方向プライマーおよび配列番号8の逆方向プライマーにより表されるプライマー対4、ならびに
e. 配列番号9の順方向プライマーおよび配列番号10の逆方向プライマーにより表されるプライマー対5、
から選択されるPCRオリゴヌクレオチドプライマーの対により表される少なくとも1つのDNAマーカーにより、または、ブレミア抵抗性形質と統計的に相関し、したがって遺伝的に連鎖した染色体8上の他の任意のマーカーにより特徴付けられる、前述の実施形態のいずれかによる植物を企図する。
a. 配列番号1の順方向プライマーおよび配列番号2の逆方向プライマーにより表されるプライマー対1、
b. 配列番号3の順方向プライマーおよび配列番号4の逆方向プライマーにより表されるプライマー対2、
c. 配列番号5の順方向プライマーおよび配列番号6の逆方向プライマーにより表されるプライマー対3、
d. 配列番号7の順方向プライマーおよび配列番号8の逆方向プライマーにより表されるプライマー対4、ならびに
e. 配列番号9の順方向プライマーおよび配列番号10の逆方向プライマーにより表されるプライマー対5、
から選択されるPCRオリゴヌクレオチドプライマーの対により、または、ブレミア抵抗性形質と統計的に相関し、したがって遺伝的に連鎖した染色体8上の他の任意のマーカーにより、PCR反応において同定され得る、前述の実施形態のいずれかによるラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)植物に関連する。
a. 配列番号1の順方向プライマーおよび配列番号2の逆方向プライマーにより表されるプライマー対1、
b. 配列番号3の順方向プライマーおよび配列番号4の逆方向プライマーにより表されるプライマー対2、
c. 配列番号5の順方向プライマーおよび配列番号6の逆方向プライマーにより表されるプライマー対3、
d. 配列番号7の順方向プライマーおよび配列番号8の逆方向プライマーにより表されるプライマー対4、ならびに
e. 配列番号9の順方向プライマーおよび配列番号10の逆方向プライマーにより表されるプライマー対5、
から選択されるPCRオリゴヌクレオチドプライマーの対により、または、ブレミア抵抗性形質と統計的に相関し、したがって遺伝的に連鎖した染色体8上の他の任意のマーカーにより同定され得る、レタスべと病菌(Bremia lactucae)に対する抵抗性に寄与するラクツカ・サティバ(L.sativa)ゲノムの質的形質座位における少なくとも1つの対立遺伝子を有する、前述の実施形態によるラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)植物が提供される。
a. 配列番号1の順方向プライマーおよび配列番号2の逆方向プライマーにより表されるプライマー対1、
b. 配列番号3の順方向プライマーおよび配列番号4の逆方向プライマーにより表されるプライマー対2、
c. 配列番号5の順方向プライマーおよび配列番号6の逆方向プライマーにより表されるプライマー対3、
d. 配列番号7の順方向プライマーおよび配列番号8の逆方向プライマーにより表されるプライマー対4、ならびに
e. 配列番号9の順方向プライマーおよび配列番号10の逆方向プライマーにより表されるプライマー対5、
から選択されるPCRオリゴヌクレオチドプライマーの対により、または、ブレミア抵抗性形質と統計的に相関し、したがって遺伝的に連鎖した染色体8上の他の任意のマーカーにより同定され得る、レタスべと病菌(Bremia lactucae)に対する抵抗性に寄与するラクツカ・サティバ(L.sativa)ゲノムの質的形質座位における少なくとも1つの対立遺伝子またはその一部を有する、前述の実施形態のいずれかによるラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)植物が提供される。
プライマー対1が247bpのSSR断片を増幅し、
プライマー対2が、465bpのSSR断片を増幅する植物が提供される。
別の実施形態において、前記植物が雄性不稔性である前述の実施形態のいずれかによる植物もまた企図される。
a. 配列番号1の順方向プライマーおよび配列番号2の逆方向プライマーにより現されるプライマー対1、
b. 配列番号3の順方向プライマーおよび配列番号4の逆方向プライマーにより表されるプライマー対2、
c. 配列番号5の順方向プライマーおよび配列番号6の逆方向プライマーにより表されるプライマー対3、
d. 配列番号7の順方向プライマーおよび配列番号8の逆方向プライマーにより表されるプライマー対4、および
e. 配列番号9の順方向プライマーおよび配列番号10の逆方向プライマーにより表されるプライマー対5、
から選択されるPCRオリゴヌクレオチドプライマーの対、または、ブレミア抵抗性形質と統計的に相関し、したがって遺伝的に連鎖した、またレタスべと病菌(Bremia lactucae)抵抗性遺伝子座に連鎖したDNAマーカーを増幅することができる、染色体8上の他の任意のマーカーを備えるキットが、本明細書で提供される。
a. 配列番号1の順方向プライマーおよび配列番号2の逆方向プライマーにより現されるプライマー対1、
b. 配列番号3の順方向プライマーおよび配列番号4の逆方向プライマーにより表されるプライマー対2、
c. 配列番号5の順方向プライマーおよび配列番号6の逆方向プライマーにより表されるプライマー対3、
d. 配列番号7の順方向プライマーおよび配列番号8の逆方向プライマーにより表されるプライマー対4、および
e. 配列番号9の順方向プライマーおよび配列番号10の逆方向プライマーにより表されるプライマー対5、
から選択されるPCRオリゴヌクレオチドプライマーの対により、または、ブレミア抵抗性形質と統計的に相関し、したがって遺伝的に連鎖した、またレタスべと病菌(Bremia lactucae)抵抗性遺伝子座に連鎖したDNAマーカーを増幅することができる、染色体8上の他の任意のマーカーにより増幅され得る、DNAマーカーが提供される。
a. 配列番号1の順方向プライマーおよび配列番号2の逆方向プライマーにより表されるプライマー対1、
b. 配列番号3の順方向プライマーおよび配列番号4の逆方向プライマーにより表されるプライマー対2、
c. 配列番号5の順方向プライマーおよび配列番号6の逆方向プライマーにより表されるプライマー対3、
d. 配列番号7の順方向プライマーおよび配列番号8の逆方向プライマーにより表されるプライマー対4、ならびに
e. 配列番号9の順方向プライマーおよび配列番号10の逆方向プライマーにより表されるプライマー対5、
以下から選択されるPCRオリゴヌクレオチドプライマーの対、または、ブレミア抵抗性形質と統計的に相関し、したがって遺伝的に連鎖した染色体8上の他の任意のマーカーが関与するPCR反応において得ることができる、ポリヌクレオチド(増幅産物)であって、その増幅産物は、同一のプライマーまたはプライマー対を用いたPCR反応において、ラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)系統LSA−(1306/SATxSAT)−37−1−3:1(NCIMB41625)から得ることができる増幅産物に対応するが、ただし、それぞれの標識座は、前記ラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)植物中にまだ存在する、および/またはその対立遺伝子としてみなすことができる、ポリヌクレオチド(増幅産物)に関する。
a. 配列番号1の順方向プライマーおよび配列番号2の逆方向プライマーにより表されるプライマー対1、
b. 配列番号3の順方向プライマーおよび配列番号4の逆方向プライマーにより表されるプライマー対2、
c. 配列番号5の順方向プライマーおよび配列番号6の逆方向プライマーにより表されるプライマー対3、
d. 配列番号7の順方向プライマーおよび配列番号8の逆方向プライマーにより表されるプライマー対4、および
e. 配列番号9の順方向プライマーおよび配列番号10の逆方向プライマーにより表されるプライマー対5、
から選択されるPCRオリゴヌクレオチドプライマーの対、または、ブレミア抵抗性形質と統計的に相関し、したがって遺伝的に連鎖した染色体染色体8上の他の任意のマーカーを用いたPCR反応を適用することにより同定される。
本出願の範囲内で使用される技術的用語および表現には、本明細書の以降において別段の指定がない限り、概して、植物の育種および栽培に関連する分野におけるそれらの用語および表現に一般的に適用される意味が与えられる。
サザンおよびノーザンハイブリダイゼーション等の核酸ハイブリダイゼーション実験に関する「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」および「ストリンジェントなハイブリダイゼーション洗浄条件」は、配列依存的であり、異なる環境パラメータ下で異なる。より長い配列は、より高い温度で特異的にハイブリダイズする。核酸のハイブリダイゼーションの広範囲にわたる指針は、Tijssen(1993)Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology−Hybridization with Nucleic Acid Probes part I chapter 2 "Overview of principles of hybridization and the strategy of nucleic acid probe assays" Elsevier,New Yorkに見られる。一般に、極めてストリンジェントなハイブリダイゼーションおよび洗浄条件は、規定イオン強度およびpHにおいて、特定の配列に対して熱融解温度よりも約5℃低くなるように選択される。典型的には、「ストリンジェントな条件」下で、プローブはその標的部分配列にハイブリダイズするが、他の配列にはハイブリダイズしない。
−関心のある領域の他の配列を同定するためのハイブリダイゼーション手法における、開示された配列/マーカーの使用:本明細書において開示されたプライマー配列を使用して決定され得る、本明細書において開示されたプライマー配列および/またはマーカー/遺伝子配列(またはその一部)は、遺伝子核酸試料および/またはRNAもしくはcDNA試料、または試料のプールから(例えばBACライブラリ等の遺伝子源のスクリーニングまたはgDNAもしくはcDNAライブラリスクリーニングから)、マーカーと隣接している、および/またはブレミア抵抗性遺伝子座に連結している、および/またはその遺伝子座に関連している、および/またはその遺伝子座に特異的な核酸配列/遺伝子を単離する際の(ハイブリダイゼーション)プローブとして使用され得る。
−関心のある領域における他の配列を同定するためのPCR手法における、開示された配列/マーカーの使用:本明細書において開示されたプライマー配列、および/または開示されたプライマー配列を使用することによって決定され得るマーカー/(候補)遺伝子配列(またはその一部)は、ゲノム核酸試料由来の、および/またはRNAもしくはcDNA試料由来の、または特定の植物組織から、および/または植物の特定の処理の後に、およびトウガラシもしくは主に十分な相同性を有する任意の他の生物から単離されるか、または単離されない試料のプール由来のブレミア抵抗性遺伝子座の領域に隣接する、および/または連鎖した、および/または関連した、および/またはそれに特異的な核酸配列/遺伝子を増幅するために、(PCR)増幅プライマーとして使用され得る。
−関心のある領域における他の配列を同定するためのPCR手法における、開示された配列/マーカーの使用:前記マーカー配列のための内部プライマーが、ブレミア抵抗性遺伝子座の領域内にある、および/またはその形質と遺伝的に連鎖した、および/またはそれに関連した追加の隣接配列/遺伝子をさらに決定するために設計および使用され得る前に、1つ以上のマーカーのヌクレオチド配列/遺伝子が決定され得る。
−同じ領域(複数を含む)におけるマーカーを同定するためのマッピングおよび/または比較マッピング手法における、開示された配列/マーカーの使用(他のマップにおけるブレミア抵抗性遺伝子座の位置決め):本明細書において開示された位置情報および/またはマーカー情報に基づき、任意の種類のマーカーが、遺伝子マッピング手法により、最終的には(既に必要である場合は)(高密度)遺伝子マップ(複数を含む)および/または統合遺伝子もしくはコンセンサスマップ(複数を含む)上の、(遺伝子マッピング、またはマップ上の共通マーカーに基づく外挿による)開示されたマーカーの位置決めにより同定され得る。開示されたマーカーおよび/またはブレミア抵抗性遺伝子座の領域の近傍に遺伝的に連鎖した、および/または位置した既知のマーカーおよび/または新規のマーカーが同定および/または獲得され、最終的にブレミア抵抗性遺伝子座の(精細)マッピングおよび/またはクローニングおよび/またはMAS育種用途に使用され得る。
−追加の配列/マーカー/(候補)遺伝子を同定するための「イン−シリコ」手法における開示された配列/マーカーの使用:本明細書において開示されたプライマー配列を使用して、または連鎖したマーカーに基づいて決定され得る、本明細書において開示されたプライマー配列、および/またはマーカー/(候補)遺伝子配列(あるいはその一部)は、本明細書に記載の形質と遺伝的に連鎖した、および/またはそれに関連した、および/またはブレミア抵抗性遺伝子座の領域に位置した、(追加の)隣接および/またはホモログ配列/遺伝子、および/または対立遺伝子の多様性、(両方の遺伝子および/またはcDNA配列もしくはタンパク質、ならびにトウガラシおよび/または任意の他の生物に由来する両方)のための配列またはタンパク質データベース(例えばBLAST)を調べるために、「イン−シリコ」法において使用され得る。
−物理的マッピング手法における、開示された配列/マーカーの使用(物理的マップまたはゲノム配列上のブレミア抵抗性遺伝子座の位置決め):本明細書において開示されたプライマー配列を使用して、あるいは本明細書において開示されたマーカーと遺伝的に連鎖した、および/またはブレミア抵抗性遺伝子座の領域に位置する他のマーカーを使用して決定され得る、本明細書において開示されたプライマー配列、および/またはマーカー/遺伝子配列(またはその一部)は、物理的マップ、ならびに/または、ブレミア抵抗性遺伝子座の(精細マッピング)および/もしくはクローニングおよび/もしくはMAS育種用途に適用可能な(候補)配列/マーカー/遺伝子を同定するために十分な相同性を有する任意の生物の主に(全)ゲノム配列に基づいて、位置決めされ得る。
−他の(物理的)マップまたはゲノム上にブレミア抵抗性遺伝子座を位置付けるための、開示された配列/マーカーの使用(種に関して、レタスの他に、他のキク科の種がモデル種として使用され得る):本明細書において開示されたプライマー配列を使用して決定され得る、本明細書において開示されたプライマー配列、および/またはマーカー/遺伝子配列(またはその一部)は、ブレミア抵抗性遺伝子座の領域中に遺伝的に連鎖している、および/または位置している、ならびにブレミア抵抗性遺伝子座の(精細マッピング)および/またはクローニング、および/またはMAS育種用途に適用可能であるホモログ領域、ならびにホモログおよび/またはオルソログ配列/(候補)遺伝子を同定するために、比較ゲノムもしくはシンテニーマッピング手法において使用され得る。
−関心のある領域におけマーカーの同定を遺伝的手法により行うことができる好適な個体を選択するための、開示された配列/マーカーの使用:本明細書において開示されたプライマー配列および/またはマーカーは、例えば遺伝的関連手法、および/またはバルク分離解析(BSA、Michelmore et al.,PNAS,88,9828−9832,1991)において、関心のある特定の領域、および/または記載された形質と関連のある、もしくは遺伝的に連鎖した領域におけるマーカー/遺伝子を同定するために使用され得る、異なる/対照的な対立遺伝子を有する個体を選択するために使用され得る。
−(位置的)候補遺伝子を探索するための、開示された情報の使用:開示された情報は、記載された形質と関連付けられた、および/または遺伝的に連鎖し得る位置的および/または機能的候補遺伝子を同定するために使用され得る。
実施例1:材料および方法
1.1 材料
−Ls1ブレミア抵抗性遺伝子に関して分離する2つの分離F2および対応するF3集団が、BSAを用いたマーカー作製用に作製された(集団3043=S系統[Winnie]*R系統[LSA−1306−158xK175/13xAng−2−45)1:3−2]および集団3045=S系統[Kristo]*R系統[(Kris/B28−1−19xB06/SAT−79−6)−1−1:2])。
−SSR−BSAによって同定され、レタス標準物質ラクツカ・サティバ(L.sativa)xラクツカ・セリオラ(L.serriola)のRILマップの連鎖群8でLs1ブレミア抵抗性遺伝子にマッピングされた、SSR候補マーカーNL0918、NL0920およびNL0222の配列。
−2つのESTクローンLE0178およびLK1463の配列をUC Davis ESTコレクションから得たが、これらの2つのESTはLs1遺伝子および連鎖群8の3つの連鎖SSRマーカーと同じ領域に位置する。
全ての植物DNAを酢酸カリウム+プロテイナーゼKのプロトコルに従って単離した。
対立遺伝子の配列決定のために、連鎖SSRおよびESTの5’末端および3’末端で最大3つの異なるPCRプライマーの組み合わせを設計した。抵抗性系および感受性系のパネルからの系統を用いて、これらの5つの潜在的マーカーのPCR断片およびDNA配列を得た。
1.3.1 PCRプロトコル
1.標準的なDNA抽出用の酢酸カリウム+プロテイナーゼKのプロトコルを用いてDNAゲノムを単離する。最終的に、150μlのDNAを得た。
2.鋳型DNAを1/30に希釈する。
3.それぞれの希釈DNAサンプル4μlを個々のウェルにピペットで入れる。
4.蓋をして、プレートを遠心分離にかけ、氷上に置く。
5.マスターミックスを作製する。以下は、反応ごとである。
MGB蛍光標識プローブは、ABIから購入することができる。以下の反応ミックスを使用してPCR増幅を行う。
7.短時間の遠心分離で沈降させる。
8.PCR機にプレートを装填する。
9.以下のABI GENEAMP PCR9700 384プレートフォーマットに対するPCRプログラム:
10.ABI7900でプレートを測定する。
以下を用いて検証を行った:
(i)29個の遺伝子型(固定抵抗系13個、感受性系15個および分離系1個)からなる特定の検証パネル
(ii)96個の感受性遺伝子型(栽培品種)
試験は、人工気候室内で高湿度で行う。日照時間は16時間であり、日中の温度は18℃、RHは約85%である。夜間の温度は15℃、RHは約100%である。試験の植菌前、ブレミア病原体の胞子を、感受性種に対し増殖させる。ブレミア分離株に対する感受性種の選択は、正式な判別宿主セットから、および内部セットから行う。ブレミア抵抗性に関する病害試験は、様々なブレミア株またはBl20、Bl21、Bl24およびBl25等の分離株を使用して行った。
400の多型増幅可能SSRを使用して、標準的なSSR−BSAを行ったが、個々の抵抗性および感受性BSAバルクは、2つのマーカー作製集団3043および3045から得られた4つのプール個体系統を含む8つのF3系統から成っていた。2つのSSR(NL0918およびNL0920)を同定したが、これらはLs1抵抗性遺伝子に連鎖している。連鎖は、個々のF3バルクメンバー植物を試験することにより確認した。
特定検証パネルからの4つのR系統および4つのS系統を使用して、SSR対立遺伝子の配列決定を行い、観察されたSNPパターンに基づき対立遺伝子のハプロタイプ分析を行った。
R系統は、1つのハプロタイプ(A)を示し、一方S系統は、2つのハプロタイプを示し、SNP305#および430に基づき2つのTaqmanアッセイが開発された。
R系統は、1つのハプロタイプ(A)を示し、同様にS系統は(B)を示し、SNP#217および272に基づき2つのTaqmanアッセイが開発された。SNP217では特異的な増幅が得ることができなかったが、SNP272に基づくTaqmanマーカーは、特定の検証パネルとの完璧な相関を示した。
作製されたSSR NL0918およびNL0920の両方の2つの共優性Taqmanマーカーを、表現型分析された育種系統との相関について検証した。
SSR NL0918では、SNP#217系Taqmanマーカーは、特定および広域の検証パネルの両方において相関を示さなかった。しかしながら、SNP#272系Taqmanマーカーは、全ての系統の表現型との完全な相関を示す。
SSR NL0920では、SNP#305および430系Taqmanマーカーの両方が、全ての系統の表現型との完全な相関を示す。
Taqmanプロトコルの試験は、SNP#430が、ホモ接合抵抗性、ヘテロ接合およびホモ接合感受性の3つの観察された遺伝子型の特徴的な分離および分類を示すことを示した。
・ マーカーは、両方のマーカーにおける特定のSNP変異に基づき、感受性Ls1対立遺伝子を抵抗性LS1対立遺伝子から区別する。
・ マーカーは、系統(Ls1抵抗性および感受性系統)の表現型との完璧な相関を示す。
SNP−A、SNP−BおよびSNP−Cの3つのSNPを、バルク断片分析により、抵抗性遺伝子座と共に分離するものとして同定した。バルクは、抵抗性源と、ブレミア抵抗性が知られていない系統であるCobham Greenとの間の交配のF1植物から個々のF2植物を自殖することにより得られたF3ファミリーに対して試験した、Bl20、Bl21、Bl24およびBl25等の複数のブレミア分離株でのスクリーニングの結果により選択した。SNP−Aと抵抗性遺伝子座との間および/またはSNP−Bと抵抗性遺伝子座との間の近い連鎖(せいぜい0.6cMであるが、5cM以下)が、分離して抵抗性を示す3つの独立したF3集団において決定された。
ラクツカ・サリグナ(Lactuca saligna)由来の抵抗性は、小植物、厚い亀裂の入った葉、暗すぎる色合いの葉等のいくつかの望ましくない形質に関連する。ラクツカ・サリグナ(Lactuca saligna)をラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)と交配することにより、遺伝子がラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)(通常のレタス)に移入する。ラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)との戻し交配および続く田畑における選択により、これらの望ましくない遺伝子と抵抗性遺伝子との間の連鎖が破壊される。
ラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)系統LSA−(1306/SATxSAT)−37−1−3:1の以下の種子試料が、2009年6月11日、NCIMB,Ferguson Building,Craibstone Estate,Bucksburn,Aberdeen AB21 9YA,Scotland,UKに、Syngenta Participations AGの名のもとで、ブダペスト条約の規定に従い寄託された。
1.レタスべと病菌(Bremia lactucae)抵抗性のラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)植物であって、ブレミア抵抗性遺伝子座は、遺伝的決定基と連鎖しており、野生のラクツカ植物のゲノムから、特にラクツカ・サリグナ(Lactuca saligna)のゲノムから得ることができる、ラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)植物。
a.配列番号1の順方向プライマーおよび配列番号2の逆方向プライマーにより表されるプライマー対1、
b.配列番号3の順方向プライマーおよび配列番号4の逆方向プライマーにより表されるプライマー対2、
配列番号5の順方向プライマーおよび配列番号6の逆方向プライマーにより表されるプライマー対3、
d.配列番号7の順方向プライマーおよび配列番号8の逆方向プライマーにより表されるプライマー対4、ならびに
e.配列番号9の順方向プライマーおよび配列番号10の逆方向プライマーにより表されるプライマー対5、
から選択されるPCRオリゴヌクレオチドプライマーの対を用いたDNA断片の増幅により、または、ブレミア抵抗性形質と統計的に相関し、したがって遺伝的に連鎖した染色体8上の他の任意のマーカーにより、PCR反応において同定され得る、上記実施形態のいずれかに記載の植物。
a.配列番号1の順方向プライマーおよび配列番号2の逆方向プライマーにより表されるプライマー対1、
b.配列番号3の順方向プライマーおよび配列番号4の逆方向プライマーにより表されるプライマー対2、
c.配列番号5の順方向プライマーおよび配列番号6の逆方向プライマーにより表されるプライマー対3、
d.配列番号7の順方向プライマーおよび配列番号8の逆方向プライマーにより表されるプライマー対4、ならびに
e.配列番号9の順方向プライマーおよび配列番号10の逆方向プライマーにより表されるプライマー対5、
から選択されるPCRオリゴヌクレオチドプライマーの対を用いたDNA談断片の増幅により、または、ブレミア抵抗性形質と統計的に相関し、したがって遺伝的に連鎖した染色体8上の他の任意のマーカーにより、PCR反応においてラクツカ・サリグナ(Lactuca saligna)ゲノムにおいて同定され得る、上記実施形態のいずれかに記載の植物。
a.配列番号1の順方向プライマーおよび配列番号2の逆方向プライマーにより表されるプライマー対1、
b.配列番号3の順方向プライマーおよび配列番号4の逆方向プライマーにより表されるプライマー対2、
c.配列番号5の順方向プライマーおよび配列番号6の逆方向プライマーにより表されるプライマー対3、
d.配列番号7の順方向プライマーおよび配列番号8の逆方向プライマーにより表されるプライマー対4、ならびに
e.配列番号9の順方向プライマーおよび配列番号10の逆方向プライマーにより表されるプライマー対5、
から選択されるPCRオリゴヌクレオチドプライマーの対を用いたDNA断片の増幅により、または、ブレミア抵抗性形質と統計的に相関し、したがって遺伝的に連鎖した染色体8上の他の任意のマーカーにより、PCR反応においてラクツカ・サリグナ(Lactuca saligna)ゲノムにおいて同定され得る、レタスべと病菌(Bremia lactucae)に対する抵抗性に寄与するラクツカ・サティバ(L.sativa)ゲノムの質的形質座位における少なくとも1つの対立遺伝子を有する、上記実施形態のいずれかに記載の植物。
a.配列番号1の順方向プライマーおよび配列番号2の逆方向プライマーにより表されるプライマー対1、
b.配列番号3の順方向プライマーおよび配列番号4の逆方向プライマーにより表されるプライマー対2、
c.配列番号5の順方向プライマーおよび配列番号6の逆方向プライマーにより表されるプライマー対3、
d.配列番号7の順方向プライマーおよび配列番号8の逆方向プライマーにより表されるプライマー対4、ならびに
e.配列番号9の順方向プライマーおよび配列番号10の逆方向プライマーにより表されるプライマー対5、
から選択されるPCRオリゴヌクレオチドプライマーの対を用いたDNA断片の増幅により、または、ブレミア抵抗性形質と統計的に相関し、したがって遺伝的に連鎖した染色体8上の他の任意のマーカーにより、PCR反応においてラクツカ・サリグナ(Lactuca saligna)ゲノムにおいて同定され得る、レタスべと病菌(Bremia lactucae)に対する抵抗性に寄与するラクツカ・サティバ(L.sativa)ゲノムの質的形質座位における少なくとも1つの対立遺伝子またはその一部を有する、上記実施形態のいずれかに記載のラクツカ・サティバ(L.sativa)植物。
a.配列番号1の順方向プライマーおよび配列番号2の逆方向プライマーにより現されるプライマー対1、
b.配列番号3の順方向プライマーおよび配列番号4の逆方向プライマーにより表されるプライマー対2、
c.配列番号5の順方向プライマーおよび配列番号6の逆方向プライマーにより表されるプライマー対3、
d.配列番号7の順方向プライマーおよび配列番号8の逆方向プライマーにより表されるプライマー対4、および
e.配列番号9の順方向プライマーおよび配列番号10の逆方向プライマーにより表されるプライマー対5、
から選択されるPCRオリゴヌクレオチドプライマーの対、または、ブレミア抵抗性形質と統計的に相関し、したがって遺伝的に連鎖した、染色体8上の他の任意のマーカーを用いて、PCR反応において増幅され得る、実施形態32に記載のキット。
a.配列番号1の順方向プライマーおよび配列番号2の逆方向プライマーにより現されるプライマー対1、
b.配列番号3の順方向プライマーおよび配列番号4の逆方向プライマーにより表されるプライマー対2、
c.配列番号5の順方向プライマーおよび配列番号6の逆方向プライマーにより表されるプライマー対3、
d.配列番号7の順方向プライマーおよび配列番号8の逆方向プライマーにより表されるプライマー対4、および
e.配列番号9の順方向プライマーおよび配列番号10の逆方向プライマーにより表されるプライマー対5、
から選択されるPCRオリゴヌクレオチドプライマーの対を用いて、または、ブレミア抵抗性形質と統計的に相関し、したがって遺伝的に連鎖した染色体8上の他の任意のマーカーにより、PCR反応において増幅され得る、DNAマーカー。
a.配列番号1の順方向プライマーおよび配列番号2の逆方向プライマーにより表されるプライマー対1、
b.配列番号3の順方向プライマーおよび配列番号4の逆方向プライマーにより表されるプライマー対2、
c.配列番号5の順方向プライマーおよび配列番号6の逆方向プライマーにより表されるプライマー対3、
d.配列番号7の順方向プライマーおよび配列番号8の逆方向プライマーにより表されるプライマー対4、ならびに
e.配列番号9の順方向プライマーおよび配列番号10の逆方向プライマーにより表されるプライマー対5、
から選択されるPCRオリゴヌクレオチドプライマーの対を用いたDNA断片の増幅により、ブレミア抵抗性形質と統計的に相関し、したがって遺伝的に連鎖した染色体8上の他の任意のマーカーにより、PCR反応において得ることができるポリヌクレオチドであって、
その増幅産物は、同一のプライマーまたはプライマー対を用いたPCR反応において、その代表的種子が寄託番号NCIMB41625としてNCIMBに寄託されるラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)系統LSA−(1306/SATxSAT)−37−1−3:1から得ることができる増幅産物に対応するが、ただし、それぞれの標識座は、前記ラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)植物中にまだ存在する、および/またはその対立遺伝子とみなすことができる、ポリヌクレオチド。
a.上記実施形態のいずれか1つに記載の第1のラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)植物を得るステップと、
b.前記第1のラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)植物を第2のラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)植物と交配させるステップであって、前記第2のラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)植物は、前記対立遺伝子を欠失している、ステップと、
c.レタスべと病菌(Bremia lactucae)に対する抵抗性の増加を示し、前記ブレミア抵抗性と共に同時分離する少なくとも1つのマーカー対立遺伝子を有する、前記交配から得られる植物を同定するステップと、
d.任意選択的に、前記植物を単離するステップと、
e.任意選択的に、前記植物を前記第1または第2のラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)植物と戻し交配するステップと、を含む方法。
a.ラクツカ・サリグナ(Lactuca saligna)植物を、レタスべと病菌(Bremia lactucae)の寄生を被りやすいラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)植物と交配させることにより、F1−雑種を得るステップと、
b.前記F1−雑種を、前記ラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)植物と戻し交配するステップと、
c.レタスべと病菌(Bremia lactucae)に対する抵抗性を示し、前記ブレミア抵抗性と共に同時分離する少なくとも1つのマーカー対立遺伝子を有する、前記交配から得られる植物を同定するステップと、
d.任意選択的に、前記植物を栽培するステップと、を含む方法。
a.上記実施形態のいずれか1つに記載の第1のラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)植物を得るステップと、
b.前記第1のラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)植物を第2のラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)植物と交配させるステップであって、前記第2のラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)植物は、前記対立遺伝子を欠失している、ステップと、
c.レタスべと病菌(Bremia lactucae)に対する抵抗性を示し、前記ブレミア抵抗性と共に同時分離する少なくとも1つのマーカー対立遺伝子を有する、前記交配から得られる植物を同定するステップと、
d.前記ブレミア抵抗性と共に同時分離する少なくとも1つのマーカー対立遺伝子を有する、前記交配からの子孫種子を回収するステップと、を含む方法。
a.配列番号1の順方向プライマーおよび配列番号2の逆方向プライマーにより表されるプライマー対1、
b.配列番号3の順方向プライマーおよび配列番号4の逆方向プライマーにより表されるプライマー対2、
c.配列番号5の順方向プライマーおよび配列番号6の逆方向プライマーにより表されるプライマー対3、
d.配列番号7の順方向プライマーおよび配列番号8の逆方向プライマーにより表されるプライマー対4、および
e.配列番号9の順方向プライマーおよび配列番号10の逆方向プライマーにより表されるプライマー対5、
から選択されるPCRオリゴヌクレオチドプライマーの対を用いたDNA断片の増幅により、または、ブレミア抵抗性形質と統計的に相関し、したがって遺伝的に連鎖した染色体染色体8上の他の任意のマーカーにより、PCR反応において同定される、実施形態40から42のいずれか1つに記載の方法。
a.実施形態1から23のいずれか1つに記載の、レタスべと病菌(Bremia lactucae)に抵抗性のラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)植物を得るステップと、
b.高い病害(レタスべと病菌(Bremia lactucae))圧力を有する領域において前記植物を栽培するステップとを含む、ラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)植物をレタスべと病菌(Bremia lactucae)の寄生から保護する方法。
Claims (15)
- レタスべと病菌(Bremia lactucae)抵抗性のラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)植物であって、ブレミア抵抗性遺伝子座は、遺伝的決定基と連鎖しており、ラクツカ・サリグナ(Lactuca saligna)のゲノムから得ることができ、そして当該ブレミア抵抗性遺伝子座が、連鎖群8に位置する質的形質遺伝子座であり、そしてここで当該遺伝子座が、その代表的種子が、寄託番号NCIMB41625でNCIMBに寄託されているラクツカ・サティバLSA−(1306/SATXSAT)−37−1−3:1系統の遺伝的背景を有する植物から、又は当該質的形質遺伝子座を含むその子孫若しくは祖先から取得可能である、ラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)植物。
- 前記レタスべと病菌(Bremia lactucae)抵抗性遺伝子座は、連鎖群8に位置する、請求項1に記載の植物。
- 前記レタスべと病菌(Bremia lactucae)抵抗性遺伝子座は、少なくとも1つの標識座に遺伝的に連鎖し、これがブレミア抵抗性形質と共に同時分離し、
a.配列番号1の順方向プライマーおよび配列番号2の逆方向プライマーにより表されるプライマー対1、
b.配列番号3の順方向プライマーおよび配列番号4の逆方向プライマーにより表されるプライマー対2、
c.配列番号5の順方向プライマーおよび配列番号6の逆方向プライマーにより表されるプライマー対3、
d.配列番号7の順方向プライマーおよび配列番号8の逆方向プライマーにより表されるプライマー対4、ならびに
e.配列番号9の順方向プライマーおよび配列番号10の逆方向プライマーにより表されるプライマー対5、
から選択されるPCRオリゴヌクレオチドプライマーの対を用いたDNA断片の増幅により、または、ブレミア抵抗性形質と統計的に相関し、したがって遺伝的に連鎖した染色体8上の他の任意のマーカーにより、PCR反応において同定され得る、請求項1または2に記載の植物。 - プライマー対1およびプライマー対2は、それぞれ、ブレミア抵抗性遺伝子座と共に同時分離するSSR断片を増幅し、
a.プライマー対1は、247bpのSSR断片を増幅し、および/または
b.プライマー対2は、465bpのSSR断片を増幅し、および/または
c.プライマー対3は、ブレミア抵抗性遺伝子座と共に同時分離するSNP、特にSSR配列における位置272でのCとAのヌクレオチド交換により表されるSNPを含む247bpSSR断片内のDNA断片を増幅し、および/または
d.プライマー対4およびプライマー対5は、465bpSSR断片内のDNA断片を増幅する、特に、それぞれ前記SSR断片内の位置430でのGとAのヌクレオチド交換、および位置305でのTとGのヌクレオチド交換により表されるSNPを増幅する、請求項3に記載の植物。 - a.請求項1から4のいずれかに記載のホモ接合植物、または
b.レタスべと病菌(Bremia lactucae)に対する抵抗性に寄与する遺伝的決定基を有する、請求項1から4のいずれか一項に記載のラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)植物、または
c.交配植物、または
d.NCIMB41625の遺伝的背景を有する植物
の種子であって、前記ブレミア抵抗性遺伝子は、連鎖群8に位置する、種子。 - レタスべと病菌(Bremia lactucae)に対する抵抗性に寄与する遺伝的決定基を有する種子を生成するための、請求項1から4のいずれか一項に記載のラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)植物の使用。
- 請求項1から4のいずれか一項に記載のラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)植物におけるレタスべと病菌(Bremia lactucae)抵抗性遺伝子座の検出のためのキットであって、レタスべと病菌(Bremia lactucae)抵抗性遺伝子座に連鎖したDNAマーカーを増幅することができる、1つのPCRオリゴヌクレオチドプライマーまたはPCRオリゴヌクレオチドプライマーの対を備える、キット。
- レタスべと病菌(Bremia lactucae)抵抗性遺伝子座に連鎖し、
a.配列番号1の順方向プライマーおよび配列番号2の逆方向プライマーにより現されるプライマー対1、
b.配列番号3の順方向プライマーおよび配列番号4の逆方向プライマーにより表されるプライマー対2、
c.配列番号5の順方向プライマーおよび配列番号6の逆方向プライマーにより表されるプライマー対3、
d.配列番号7の順方向プライマーおよび配列番号8の逆方向プライマーにより表されるプライマー対4、および
e.配列番号9の順方向プライマーおよび配列番号10の逆方向プライマーにより表されるプライマー対5、
から選択されるPCRオリゴヌクレオチドプライマーにより、または、ブレミア抵抗性形質と統計的に相関し、したがって遺伝的に連鎖した染色体8上の他の任意のマーカーにより、PCR反応において増幅され得る、DNAマーカー。 - 植物において、レタスべと病菌(Bremia lactucae)抵抗性遺伝子座の存在を同定するため、および/またはラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)におけるレタスべと病菌(Bremia lactucae)抵抗性遺伝子座の遺伝子移入を監視するための、請求項8に記載のDNAマーカーの使用。
- a.配列番号1の順方向プライマーおよび配列番号2の逆方向プライマーにより表されるプライマー対1、
b.配列番号3の順方向プライマーおよび配列番号4の逆方向プライマーにより表されるプライマー対2、
c.配列番号5の順方向プライマーおよび配列番号6の逆方向プライマーにより表されるプライマー対3、
d.配列番号7の順方向プライマーおよび配列番号8の逆方向プライマーにより表されるプライマー対4、ならびに
e.配列番号9の順方向プライマーおよび配列番号10の逆方向プライマーにより表されるプライマー対5、
から選択されるPCRオリゴヌクレオチドプライマーの対を用いたDNA断片の増幅により、または、ブレミア抵抗性形質と統計的に相関し、したがって遺伝的に連鎖した染色体8上の他の任意のマーカーにより、PCR反応において得ることができるポリヌクレオチドであって、
その増幅産物は、同一のプライマーまたはプライマー対を用いたPCR反応において、その代表的種子が寄託番号NCIMB41625としてNCIMBに寄託されるラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)系統LSA−(1306/SATxSAT)−37−1−3:1から得ることができる増幅産物に対応するが、ただし、それぞれの標識座は、前記ラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)植物中にまだ存在する、および/またはその対立遺伝子とみなすことができる、ポリヌクレオチド。 - 前記対立遺伝子を欠失したラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)植物に、ブレミアに対する抵抗性に寄与する質的形質座位においてレタスべと病菌(Bremia lactucae)に対する抵抗性と関連した少なくとも1つの対立遺伝子を導入するための方法であって、
a.請求項1から4のいずれか一項に記載の第1のラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)植物を得るステップと、
b.前記第1のラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)植物を第2のラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)植物と交配させるステップであって、前記第2のラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)植物は、前記対立遺伝子を欠失している、ステップと、
c.レタスべと病菌(Bremia lactucae)に対する抵抗性の増加を示し、前記ブレミア抵抗性と共に同時分離する少なくとも1つのマーカー対立遺伝子を有する、前記交配から得られる植物を同定するステップと、
d.任意選択的に、前記植物を単離するステップと、
e.任意選択的に、前記植物を前記第1または第2のラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)植物と戻し交配するステップと、を含む方法。 - レタスべと病菌(Bremia lactucae)抵抗性ラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)植物を得る方法であって、
a.ラクツカ・サリグナ(Lactuca saligna)植物を、レタスべと病菌(Bremia lactucae)の寄生を被りやすいラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)植物と交配させることにより、F1−雑種を得るステップと、
b.前記F1−雑種を、前記ラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)植物と戻し交配するステップと、
c.レタスべと病菌(Bremia lactucae)に対する抵抗性を示し、前記ブレミア抵抗性と共に同時分離する少なくとも1つのマーカー対立遺伝子を有する、前記交配から得られる植物を同定するステップと、
d.任意選択的に、前記植物を栽培するステップと、を含み、レタスべと病菌(Bremia lactucae)に対する抵抗性に寄与するブレミア抵抗性遺伝子座が、連鎖群8に位置する質的遺伝子座である、方法。 - 前記請求項のいずれか一項に記載の種子を得るための方法であって、
a.請求項1から4のいずれか一項に記載の第1のラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)植物を得るステップと、
b.前記第1のラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)植物を第2のラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)植物と交配させるステップであって、前記第2のラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)植物は、前記対立遺伝子を欠失している、ステップと、
c.レタスべと病菌(Bremia lactucae)に対する抵抗性を示し、前記ブレミア抵抗性と共に同時分離する少なくとも1つのマーカー対立遺伝子を有する、前記交配から得られる植物を同定するステップと、
d.前記ブレミア抵抗性と共に同時分離する少なくとも1つのマーカー対立遺伝子を有する、前記交配からの子孫種子を回収するステップと、を含む方法。 - ステップc)において、前記交配から得られ、ブレミア抵抗性遺伝子座を有する植物は、
a.配列番号1の順方向プライマーおよび配列番号2の逆方向プライマーにより表されるプライマー対1、
b.配列番号3の順方向プライマーおよび配列番号4の逆方向プライマーにより表されるプライマー対2、
c.配列番号5の順方向プライマーおよび配列番号6の逆方向プライマーにより表されるプライマー対3、
d.配列番号7の順方向プライマー および配列番号8の逆方向プライマーにより表されるプライマー対4、および
e.配列番号9の順方向プライマーおよび配列番号10の逆方向プライマーにより表されるプライマー対5、
から選択されるPCRオリゴヌクレオチドプライマーの対を用いたDNA断片の増幅により、または、ブレミア抵抗性形質と統計的に相関し、したがって遺伝的に連鎖した染色体染色体8上の他の任意のマーカーにより、PCR反応において同定される、請求項11から13のいずれか一項に記載の方法。 - レタスべと病菌(Bremia lactucae)抵抗性のラクツカ・サティバ(Lactuca sativa)植物を栽培するための、請求項5に記載の種子の使用。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
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