JP2010508015A - リポーター分子の製造のためのクリックケミストリー - Google Patents
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Abstract
Description
(a)少なくとも1個の構成要素が、アルキン基、保護されたアルキン基、アジド基、アルデヒド基、保護されたアルデヒド基、ヒドラジン基もしくはヒドロキシルアミノ基から選択される第1のハンドル基を含み、少なくとも1個の構成要素が、アルキン基、保護されたアルキン基、アジド基、アルデヒド基、保護されたアルデヒド基、ヒドラジン基もしくはヒドロキシルアミノ基から選択される第2のハンドル基を含み、第1のハンドル基が第2のハンドル基と異なる、複数の構成要素からリポーター分子を合成すること;
(b)第1のハンドル基が反応性であり、第2のハンドル基が非反応性であり、第1の反応パートナーが第1の官能基を含む条件下で第1のハンドル基に第1の反応パートナーを結合させること;ならびに続いて、
(c)第2の反応パートナーが第2の官能基を含み、第1の官能基が第2の官能基と異なる、該第2の反応パートナーを第2のハンドル基に結合させること;
を含む前記方法に関する。
(a)サンプルを提供する工程;
(b)該サンプルと、少なくとも2個の異なる官能基を含むリポーター分子とを接触させる工程であって、該官能基が1,2,3-トリアゾール環を含むリンカー基を介してリポーター分子に結合されている、前記工程;および
(c)該サンプル中の分析物の存在および/もしくは量を示す、該リポーター分子と分析物との相互作用を検出する工程、
を含む、前記方法に関する。
C-S-N
[式中、
Cは保護されたアルキン基であり、
Sはスペーサーまたは結合であり、および
Nはヌクレオシドもしくはヌクレオチドもしくは非ヌクレオシド化合物などの核酸または核酸類似体構成要素である]
の化合物である。
B-S-N3
[式中、
Bはビオチンまたはデスチオビオチンもしくはアミノビオチンなどのビオチン誘導体であり、
Sはスペーサーまたは結合であり、および
N3はアジド基である]
の化合物である。
Q-S-N
[式中、
Qはクエンチャー基であり、
Sはスペーサーまたは結合であり、および
Nはアジド基である]
の化合物である。
Z-S-N
[式中、
Zはアルドース基であり、ここで、ヒドロキシ基はアシルおよび/もしくはシリル基で保護されるか、または保護されたか、もしくは未保護の1,2ジオール基であり、
Sはスペーサーまたは結合であり、ならびに
Nはヌクレオシドもしくはヌクレオチド化合物などの核酸または核酸類似体構成要素である]
の化合物に関する。
D-S-N
[式中、
Dは赤外(IR)色素であり、
Sはスペーサーまたは結合であり、および
Nはアジド基である]
の化合物に関する。
Aは保護されたか、または未保護のアルキン基であり、
S1およびS2はそれぞれ独立に、非ヌクレオシド基、例えば、スペーサーまたは結合であり、例えば、S1は以下に定義されるスペーサーであり、S2は共有結合であり、
Pはリン酸またはリン酸類似体基、例えば、ホスホルアミダイト基であり、ならびに
Rは核酸合成のためのカップリング基、例えば、ジメトキシトリチル(DMT)基である]
を有する。
本発明を、以下の実施例および図面によりさらに説明する。
図1に示される三リン酸として、およびホスホルアミダイトとしてのヌクレオチド構成要素1〜5の合成を、短く効率的な反応順序で達成することができる。標準的な固相化学においてこれらのホスホルアミダイトを用いるDNA合成を、改変された構成要素に関するカップリング時間の延長を唯一除いて、標準的なプロトコルに従って実行することができる。PCRを介する三リン酸の組込みを、実施例6に記載する。これらの構成要素を、図2に示されるクリック化学を介する、リポーター分子、特にDNA分子の官能化に用いることができる。様々な官能基を、図3に示される連続的クリック反応を介して組込むことができる。
アルキン官能化2'-デオキシウリジン誘導体の合成を、図4に体系的に記載する。それは、市販の5-2'-デオキシヨードウリジン6から始まる。遊離の官能化されたヌクレオシド8を、1-トリメチルシリル-1,7-オクタジインを用いる標準的な保護-Sonogashira-脱保護順序により取得して、Sonogashira交差カップリングにおける容易に官能化されたリンカーを導入することができる。ホスホルアミダイト9を、標準的な手順を用いて取得することができる。三リン酸10を、Yoshikawaのリン酸化手順[7]により調製する。
容易に官能化される遊離のヌクレオシド12を、未保護かつ市販の5-ヨード-2'-デオキシシチジン上でのSonogashira交差カップリングにより調製することができる。TMS基を、アンモニアを用いる処理により除去することができる。N4-ベンゾイル保護されたホスホルアミダイト13を、段階的様式で調製する。三リン酸14を、2段階Ludwig-Eckstein手順[8]により調製する。TMSで保護されたアルキンを担持するホスホルアミダイト16を、Sonogashira交差カップリング後にTMS脱保護工程を単に省略することにより得る。この反応スキームを図5に示す。同様の手段により、TIPSで保護されたアルキン基を担持するホスホルアミダイトを得ることができる。
17の合成は、Froehlerら[9]による合成に従う。Sonogashira交差カップリング、全体的な脱保護およびYoshikawa[7]手法によるリン酸化の標準的な反応順序により、三リン酸18を得る。反応スキームを図6に示す。
改変された2'-デオキシアデノシン誘導体4の合成は、デオキシグアノシン誘導体の合成と非常に類似している。それはFroehlerら[9]の研究と密接に類似する。Sonogashira交差カップリングを、グアノシン合成と同様に連続的に行った。最終工程は、誘導体18について記載のものと同様である。
289マーのDNA鎖への構成要素1および2の同時的組込みを、プライマー伸長により行った。2の三リン酸については、最良の組込み効率が達成された。用いるポリメラーゼは、ファミリーB由来Vent exo-およびPwoである。高密度の改変の場合、添加物(DMSO、ホルムアミド、TMAC、ベタイン)の添加が必須になるかもしれない。様々なレベルのアルキン改変物を、PAGEゲル電気泳動により可視化することができる。図7のレーン2〜4は、DNA中へのアルキンの取込みを増加させる効果を示す。観察されるシフトは、DNA鎖の分子量の増加に起因する。
序論に概略されたように、合成後標識戦略の主な利点は、不安定な、または反応性の部分をDNAに導入する可能性である。DNAに結合させようとする分子は、クリック反応において用いようとするアジドを担持しなければならないのみである。この手法は高度に調節的であり、かくして、精巧な合成の必要性なしに変化させることができる。
8.1. 一般的考慮
合成後の改変のための2個のリンカーを含むDNAを、上記の方法を用いて調製することができる。PCRにより調製されるDNAは樹脂に連結させず、核酸塩基上に任意の保護基を含まず、図9に概略される単純な様式で官能化することができる。
例えば、オリゴヌクレオチド(ODN)を、Expedite DNA合成装置(Applied Biosystems)を用いて、またはAmersham Biosciences社製のAkta Oligopilot上でCPG支持体(500Å)上でのDMT-およびβ-(シアノエチル)ホスホルアミダイト方法により調製した。二重カップリングプロトコル(それぞれ10等量)を、改変された塩基のカップリングに適用し、カップリング時間を10分に延長した。活性化剤として、ベンジルチオテトラゾール(BTT)は最良のカップリング収率を与えた。自動化合成の後、ODNを、25℃で24時間、濃縮された水性アンモニア/エタノール溶液(3:1)に浸すことにより固相支持体から切断した。水性アンモニアをSpeedVac中で除去し、粗ODNをRP-HPLCにより精製した。UV/Vis分光分析およびMALDI-TOF質量分析を用いて、ODNを特性評価した。
9.1. 一般的考慮
クリックケミストリーを、樹脂上で実施することができる[10]。第1の官能基R1をDNAに結合させる時間までに、TMS-基、核酸塩基保護基の全体的な脱保護および樹脂の切断除去を、長時間かけてアンモニアを用いる一工程において達成することができる。この時点で、第2の官能基R2を、標準的なクリック反応により導入することができる。この手法においては、R1は塩基安定分子でなければならない。
例えば、CPG樹脂上の約0.02μmolのDNAを、DNA合成後に高減圧下で乾燥させ、20μLのベンジルアジド35と共に1.5 mLのバイアルに入れた。別のバイアル中に、40μLのCuBr溶液(DMSO/tBuOH 3:1中、10 mM)、10μLのアスコルビン酸ナトリウム(水中の100 mM)および80μLのリガンド溶液(DMSO/tBuOH 3:1中、10 mM)をボルテックスし、DNAに添加した。反応バイアルを一晩緩やかに回転させ、遠心分離し、溶液を注意深く除去し、廃棄した。溶媒を添加し、溶液をボルテックスし、遠心分離し、および廃棄することにより、樹脂を繰り返し洗浄した(2 x DMSO、2 x H2O、2 x エタノール)。
DNA核酸塩基を脱保護し、鎖を樹脂から切断した後、第1のクリック反応(アンモニア、12時間)を行うことができる。脱保護条件に対するTMS-アルキンの安定性は、無傷の形態でその多くを保持するのに十分に高いものであるべきである。HPLC精製を行って、脱保護されたTMS-アルキン部位を含むDNAを取り出さなければならないであろう。この時点から前方では、図9に概略される合成を用いることができる。
11.1. 一般的な考慮
クリックケミストリーを、保護基を除去することなく、樹脂からDNAを切断した後、溶液中で実施することもできる。
DNA(0.38μM、200μL)およびアジド(10 mM、114μL)を、1.5 mLのバイアル中に入れた。別のバイアル中で、17μLのCuBr溶液(DMSO/tBuOH 3:1中、100 mM)および34μLのリガンド溶液(DMSO/tBuOH 3:1中、100 mM)をボルテックスし、DNAに添加した。溶液を25℃で4時間振とうし、SpeedVac中でほぼ乾燥するまで蒸発させた。酢酸ナトリウム溶液(0.3 M、100μL)を添加し、懸濁液を時折ボルテックスしながら、1時間静置した。1 mLのエタノールを添加し、バイアルをボルテックスし、冷凍庫(-20℃)に一晩入れた。遠心分離(13000 rpmで15分間)した後、上清をDNAペレットから注意深く除去する。70%エタノール(-20℃)を添加し、バイアルをボルテックスし、遠心分離し、上清を除去した。この洗浄工程を2回繰り返した。最後の洗浄工程の後、ペレットを空気中で静置乾燥し、必要に応じて水またはバッファー中に取った。
凍結乾燥されたDNAを、乾燥アセトニトリル(400μL)および乾燥DMF(100μL)中に溶解した。2滴のTBAF(THF中に1.0 M)を添加し、溶液を45℃で2時間振とうした。過剰のフッ化物イオンを、MeOTMS(10μL)でクエンチする。DNA鎖に対してさらなるクリック反応を実施する場合、有機溶媒を以下のように水に交換すべきである:反応溶液をSpeedVac中でほぼ乾燥するまで蒸発させる。水(1 mL)を添加し、溶液を凍結し、乾燥するまで凍結乾燥し、好適な量の水の中に取る。
三リン酸22〜26を、DNA中に首尾良く組込んだ。23の対応するホスホルアミダイトも合成し、DNA中に組込んだ。化合物26中のアセチル保護された糖は、保護基がTollens処理の条件下で切断されるため、ポリアクリルアミドゲル中の改変されたDNAの効率的な染色を引き起こす。アセトニド保護された糖24および25を、酸性条件下で脱保護する必要がある。DNAの脱プリン反応を引き起こすことなく、アセタール保護基の切断が実現可能であることが予備実験により示される。
全部で5種の提供されたヌクレオチドを、PCRを介してDNAに、ヌクレオチド26を2000 bpの鎖にでさえ、組込むことができる。今までのところ、ヌクレオチド26を用いて得られた結果は、任意の目的の遺伝子の効率的な銀染色のための道を開く。原理的には、末端ジオールで改変されたシチジンを合成することにより、DNA中の全ての塩基対のアルデヒド官能化を実現することが可能であるべきである。
ジオール改変ウラシルを有するDNA鎖の化学合成により示されるように、得られる鎖を、NaIO4を用いる穏和な条件下で処理し、観察可能な副反応なしにジオール部分の円滑な切断を得ることができる。アルデヒドを担持する鎖を、MALDI、ならびにジニトロフェニルヒドラジンとのクリーンカップリング反応により特性評価することができる。長い、ジオールで改変されたDNA鎖の切断を行ったところ、切断が短いオリゴヌクレオチドに匹敵する効率で進行することが消化試験により示された。第1の結果は、ヒドラジンを含む色素へのアルデヒドを担持するDNAのカップリングにおいて得られ、ペリオダート切断の効率を示している。
16.1. 2個の異なる標識の導入
16.1.1. 樹脂上での二重クリック反応
第1の手法は、樹脂上での穏和な酸による脱保護の後の、第1のクリック反応のための1種の遊離アルキンおよび第2のクリックプロセスのための第2のTMSにより保護されたアルキンの導入を含んでいた。樹脂上でのクリック反応の実現可能性を試験するために、本発明者らは1種の遊離アルキン33を含む試験鎖を調製し、樹脂上で直接クリック反応を実施した後、DNA脱保護を行った。HPLC微量の官能化DNA鎖と、同じシリーズの未処理のDNA鎖との比較により、クリック反応が、DNA合成に用いられる制御された孔径のガラス支持体上で高い効率で進行することを示す実質的に定量的な変換が示された(データは示さない)。
いくつかの場合、溶液中で第2のクリック反応を実施することが好ましい。水/エタノール中の濃NH3を用いる単一改変されたODN-2(表1)の処理は、樹脂からDNAを切断する。これらの条件下で、塩基保護基およびアルキンを保護するTMS基を同様に除去する。1個のクリックオン改変および1個の遊離アルキンを担持する、得られた生のDNAを、溶液(CuBr、TBTAリガンド、アジド)中で第2のクリック反応に供したところ、優れた収率および純度で二重改変されたDNAが得られる(表2、エントリー2)。
2個の塩基および求核試薬感受性分子で改変されたオリゴヌクレオチドを、構成要素33および34bを担持する2個のアルキンを用いて容易に取得することができる。両方とも、標準的な固相ホスホルアミダイト化学を用いてODN-3(表1)中に組込んだ。脱保護および樹脂からのオリゴヌクレオチドの切断の後、第1のクリック反応を実施した(上記で報告された溶液条件を用いる)ところ、平均90%を超える高い収率で単一改変オリゴヌクレオチドが得られた。第2の工程において、本発明者らは、1個の標識を担持するDNA鎖に対していかなる損傷も引き起こすことなく、アセトニトリル/DMF(4:1 v/v)中のTBAFの溶液を用いて、TIPS保護基を切断した。溶液中での第2のクリック反応により、3段階の手順に渡って典型的には60〜90%の優れた収率で二重改変オリゴヌクレオチドが得られた。
クリック反応、次いで、エタノール沈降を用いて、3種の異なる標識を用いてオリゴヌクレオチドを改変することもできた。この目的のために、本発明者らは、3種の構成要素33、34aおよび34bを、ODN-4などのオリゴヌクレオチドに導入した(表1)。第1のクリック反応を、樹脂上で直接実施した。続いて、単一改変オリゴヌクレオチドを、TMS基の同時切断の下で支持体から切断し、HPLCにより精製した。第2のクリック反応を、高収率で溶液中で実施した。二重改変オリゴヌクレオチドのエタノール沈降、TBAFを用いるTIPS基の切断およびその後の溶液中での第3のクリック反応により、約50%の収率で最終的なエタノール沈降の後に所望の3重改変オリゴヌクレオチドが得られた(表2、エントリー16および17)。
特定の塩基(ここでは、dCおよびdT)での直接的なオリゴヌクレオチドの標識が高度に望ましいが、核酸塩基の外側、例えば、リン酸または糖上での標識の導入が必要であることが多い。標識の容易な導入を可能にするために、本発明者らは、アルキンを担持する非ヌクレオシドDNA改変剤37および38を調製した(図16)。DNA中でのこれらの構成要素を用いるクリック反応は、ちょうどよい効率で機能した。
まとめると、本発明者らは、本明細書で、高効率で、調節的かつ強固なDNAの複数の官能化プロトコルを報告する。この方法の効率は、3つの特徴に基づく:1. TMSにより保護されたアルキンを、DNA脱保護の間のアンモニア処理の間に定量的に除去する、2. TIPSにより保護されたアルキンを、このアンモニア処理の間に定量的に保持する、3. TIPSにより保護されたアルキンの切断を、効率的かつ穏和に達成することができる。保護されたアルキンを担持する三リン酸の合成により、同様に段階的な様式でPCR断片を標識することができる。この方法は、生体分子診断およびナノ技術用途に必要とされるDNAを操作する本発明者らの能力を大きく広げるであろう。さらに、複数改変されたDNA鎖のライブラリーの組合せ合成は、新規アプタマーを誘導する。
リボヌクレオチドの合成は、デオキシリボシリーズと同じ手順に従う。全てのアルキンを、遊離アルキンとして、TMSにより保護されたアルキンとして、またはTIPSにより保護されたアルキンとして生成することができる。これにより、12種のデオキシリボヌクレオチド-ホスホルアミダイトおよび12種のデオキシリボヌクレオチド-三リン酸(核酸塩基あたり3種の異なるアルキン)ならびにリボヌクレオチドシリーズについては他の24種へのアクセスが得られる。さらに、6種の末端アルキンホスホルアミダイトは同様に入手可能である。
三リン酸として、およびホスホルアミダイトとしてのヌクレオシド構成要素の合成を、短く効率的な反応順序で達成することができる。これらの合成の数例を以下に報告する。
アルキン官能化ウリジン誘導体の合成は、市販の5-ヨードウリジン7から始まる。遊離の官能化ヌクレオシド9を、1-トリメチルシリル-1,7-オクタジインを用いる標準的な保護-Sonogashira-脱保護順序により取得して、Sonogashira交差カップリング中に容易に官能化されるリンカーを導入することができる。ホスホルアミダイト10を、標準的な手順を用いて取得することができる。三リン酸11を、Yoshikawaのリン酸化手順により調製する。
容易に官能化される遊離ヌクレオシド13を、未保護かつ市販の5-ヨードシチジン上でのSonogashira交差カップリングにより調製することができる。TMS基をアンモニアを用いる処理により除去することができる。N4-ベンゾイル保護されたホスホルアミダイト14を、段階的様式で調製する。三リン酸15を、2段階Ludwig-Eckstein手順により調製する。TMSにより保護されたアルキンを担持するホスホルアミダイト17を、Sonogashira1交差カップリング後にTMS脱保護工程を単に省略することにより取得する。
18の合成は、Froehlerらによる合成に従う。Sonogashira交差カップリング、全体的な脱保護およびYoshikawa手法によるリン酸化の標準的な反応順序により、三リン酸19が得られる。改変されたアデノシン誘導体4の合成は、グアノシン誘導体のものと非常に類似しており、依然として進行中である。それはFroehlerらの研究と密接に類似している。Sonogashira交差カップリングを、グアノシン合成と同様に首尾良く行った。最終工程は、グアノシン誘導体19について記載されたものと類似する。
IR色素を、そのアジド誘導体に容易に転換することができる。以下のスキームは、多くの他の可能性のある合成のうちの2種の異なる合成経路を示す。
Claims (34)
- 少なくとも2個の異なる官能基を含むリポーター分子を製造する方法であって、少なくとも1個の第1および少なくとも1個の第2のハンドル基をリポーター分子に組込み、該ハンドル基をアルキン基、保護されたアルキン基、アジド基、アルデヒド基、保護されたアルデヒド基、ヒドラジン基またはヒドロキシルアミノ基から選択し、第1および第2のハンドル基が異なり、第1および第2のハンドル基を、異なる第1および第2の官能基を含む第1および第2の反応パートナーに選択的に結合させる、前記方法。
- 少なくとも2個の異なる官能基を含むリポーター分子を製造する方法であって、
(a)少なくとも1個の構成要素が、アルキン基、保護されたアルキン基、アジド基、アルデヒド基、保護されたアルデヒド基、ヒドラジン基もしくはヒドロキシルアミノ基から選択される第1のハンドル基を含み、少なくとも1個の構成要素が、アルキン基、保護されたアルキン基、アジド基、アルデヒド基、保護されたアルデヒド基、ヒドラジン基もしくはヒドロキシルアミノ基から選択される第2のハンドル基を含み、且つ第1のハンドル基が第2のハンドル基と異なる、複数の該構成要素からリポーター分子を合成すること;
(b)第1のハンドル基が反応性であり、第2のハンドル基が非反応性であり、第1の反応パートナーが第1の官能基を含む条件下で、第1の反応パートナーを第1のハンドル基に結合させること、ならびに続いて;
(c)第2の反応パートナーが第2の官能基を含み、第1の官能基が第2の官能基と異なる、該第2の反応パートナーを第2のハンドル基に結合させること、
を含む、前記方法。 - リポーター分子がペプチド、核酸および核酸類似体から選択される、請求項1または2に記載の方法。
- リポーター分子が、最大2000、好ましくは4〜200およびより好ましくは10〜100の構成要素を含む、請求項1〜3のいずれか1項に記載の方法。
- 官能基が、色素などの標識基、クエンチャー基ならびにビオチン、ビオチン誘導体およびハプテンなどの結合基から選択される、請求項1〜4のいずれか1項に記載の方法。
- 第1および第2の官能基が標識基およびクエンチャー基であるか、または第1および第2の官能基が標識基および結合基である、請求項1〜5のいずれか1項に記載の方法。
- ハンドル基が、アルキン基および保護されたアルキン基から選択される、請求項1〜6のいずれか1項に記載の方法。
- アジド基を含む反応パートナーを、クリック反応を介してアルキン基に結合させる、請求項7に記載の方法。
- 第1および第2のハンドル基がアルキン基および保護されたアルキン基であるか、または第1および第2のハンドル基が第1の保護されたアルキン基および第2の保護されたアルキン基である、請求項1〜8のいずれか1項に記載の方法。
- 第1のハンドル基を保護せず、第2のハンドル基を保護する条件下で、第1の反応パートナーを第1のハンドル基に結合させる、請求項1〜9のいずれか1項に記載の方法。
- 少なくとも3種のハンドル基を、リポーター分子に組込む、請求項1〜10のいずれか1項に記載の方法。
- 第1のハンドル基がアルキン基であり、第2および第3のハンドル基が異なる保護基を担持する保護されたアルキン基である、請求項1〜11のいずれか1項に記載の方法。
- リポーター分子の合成が、化学合成、好ましくは化学固相合成であり、リポーター分子を、固相に結合させながら、構成要素の段階的集合により合成する、請求項1〜12のいずれか1項に記載の方法。
- リポーター分子を固相に結合させながら、少なくとも第1の反応パートナーを結合させる、請求項13に記載の方法。
- リポーター分子を固相から切断した後、第1の反応パートナーを結合させる、請求項13に記載の方法。
- 合成が、リポーター分子をヌクレオシド三リン酸構成要素から合成する、リポーター分子の合成である、請求項1〜12のいずれか1項に記載の方法。
- サンプル中の分析物を検出する方法であって、
(a)サンプルを提供する工程;
(b)サンプルと、少なくとも2個の異なる官能基を含むリポーター分子とを接触させる工程であって、該官能基は1,2,3-トリアゾール環を含むリンカー基を介してリポーター分子に結合されている、前記工程;ならびに
(c)サンプル中の分析物の存在および/または量を示す、リポーター分子と分析物との相互作用を検出する工程、
を含む、前記方法。 - 分析物が核酸または核酸を切断するかもしくは核酸に結合するタンパク質である、請求項17に記載の方法。
- リポーター分子と分析物との相互作用が、結合、好ましくはハイブリダイゼーションである、請求項17または18に記載の方法。
- リポーター分子が核酸または核酸類似体、好ましくは分子ビーコンである、請求項12〜19のいずれか1項に記載の方法。
- 少なくとも2個の異なる官能基を含むリポーター分子であって、該官能基は1,2,3-トリアゾール環を含むリンカー基を介してリポーター分子に結合されている、前記リポーター分子。
- 核酸または核酸類似体、好ましくは分子ビーコンである、請求項21に記載のリポーター分子。
- 式(I):
C-S-N
[式中、
Cは保護されたアルキン基であり、
Sはスペーサーまたは結合であり、および
Nはヌクレオシドまたはヌクレオチドまたは非ヌクレオシド化合物などの核酸または核酸類似体構成要素である]
の化合物。 - S1がスペーサーであり、S2が共有結合である、請求項24に記載の化合物。
- スペーサーが3〜10原子の鎖長である、請求項23〜25のいずれか1項に記載の化合物。
- スペーサーがアルキン基を含む、請求項23〜26のいずれか1項に記載の化合物。
- 保護されたアルキン基がシリル保護されたアルキン基である、請求項23〜27のいずれか1項に記載の化合物。
- シリル基が、トリメチルシリル、トリエチルシリル、トリイソプロピルシリル、トリフェニルシリルまたはtert-ブチル-ジメチルシリル、または環状架橋シリル基などのトリス(アルキル/アリール)シリル基である、請求項28に記載の化合物。
- 式(II):
B-S-N3
[式中、
Bはビオチンまたはデスチオビオチンもしくはアミノビオチンなどのビオチン誘導体であり、
Sはスペーサーまたは結合であり、および
N3はアジド基である]
の化合物。 - 式(III):
Q-S-N3
[式中、
Qはクエンチャー基であり、
Sはスペーサーまたは結合であり、および
N3はアジド基である]
の化合物。 - 式(IV):
Z-S-N
[式中、
Zはアルドース基であり、ここでヒドロキシ基はアシルおよび/もしくはシリル基で保護されているか、または保護された、もしくは未保護の1,2-ジオール基であり、
Sはスペーサーまたは結合であり、ならびに
Nはヌクレオシドもしくはヌクレオチド化合物などの核酸または核酸類似体構成要素である]
の化合物。 - アシル基がアセチル、ブチリルまたはピバロイルから選択される、請求項32に記載の化合物。
- 式(V):
D-S-N
[式中、
Dは赤外(IR)色素であり、
Sはスペーサーまたは結合であり、および
Nはアジド基である]
の化合物。
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