JP2009534036A5 - - Google Patents

Claims (23)

1. 細胞株において細胞培養表現型を調節する、または細胞培養表現型の指標となるタンパク質を同定する方法であって、
   試験細胞株に由来するサンプルのタンパク質発現プロフィールを作製すること、
   そのタンパク質発現プロフィールを対照細胞株に由来する対照プロフィールと比較すること、および
   その比較に基づき、１個または複数の示差的に発現されるタンパク質を同定すること
   を含み、
   ここで、試験細胞株が対照細胞株と異なる細胞培養表現型を有し、１個または複数の示差的に発現されるタンパク質が細胞培養表現型を調節または表示し得るところの、方法。
2. 細胞株がチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞株である、請求項１記載の方法。
3. 細胞培養表現型が細胞増殖速度、細胞生産性、極大細胞密度、持続的細胞生存力、アンモニアの産生もしくは消費速度、または乳酸塩の産生もしくは消費速度である、請求項１または２記載の方法。
4. 細胞培養表現型が最大細胞生産性である、請求項１〜３いずれか１項記載の方法。
5. 細胞培養表現型が持続的細胞生存力である、請求項１〜３いずれか１項記載の方法。
6. 細胞培養表現型が極大細胞密度である、請求項１〜３いずれか１項記載の方法。
7. 細胞培養表現型が細胞増殖速度である、請求項１〜３いずれか１項記載の方法。
8. タンパク質発現プロフィールが、蛍光二次元ディファレンシャルゲル電気泳動により作製される、請求項１〜７いずれか１項記載の方法。
9. （ａ）請求項１に記載の方法に従って同定された１個または複数のタンパク質をアップレギュレートまたはダウンレギュレートすること；
   （ｂ）表２０、２４、２５および２６から選択される１個または複数の遺伝子を変調すること；または
   （ｃ）少なくとも２つの遺伝子またはタンパク質をアップレギュレートまたはダウンレギュレートすることを含み、第一の遺伝子またはタンパク質が、第一の細胞培養表現型に影響を及ぼし、第二の遺伝子またはタンパク質は第二の異なる細胞培養表現型に影響を及ぼし、ここで該細胞培養表現型が、細胞増殖速度、細胞生産性、極大細胞密度、持続的細胞生存力、アンモニアの産生もしくは消費速度、または乳酸塩の産生もしくは消費速度からなる群から選択される、細胞株の改良方法。
10. 請求項１に記載の方法に従って同定された１個または複数のタンパク質を過剰発現によりアップレギュレートすること、あるいは、請求項１に記載の方法に従って同定された１個または複数のタンパク質を、所望によりＲＮＡ干渉によりダウンレギュレートすることを含む、請求項９（ａ）に記載の方法。
11. 第一および第二の細胞培養表現型とは異なる第三の細胞培養表現型に影響を及ぼす第三の遺伝子またはタンパク質をアップレギュレートまたはダウンレギュレートすることをさらに含む、請求項９（ｃ）記載の方法。
12. （ａ）請求項１に記載の方法に従って同定された１個または複数のタンパク質をアップレギュレートまたはダウンレギュレートすることを含む、細胞株の細胞生産性を改良する方法。
    （ｂ）表２、３、９、１０、１１および１２から選択される１個または複数の遺伝子またはタンパク質を変調することまたは請求項４に記載の方法に従って同定された１個または複数のタンパク質を変調することを含む、細胞株の細胞生産性を改良する方法。
13. 表４、５、６、１３、１４、２７および２８から選択される１個または複数の遺伝子またはタンパク質を変調すること、あるいは、請求項７に記載の方法に従って同定された１個または複数のタンパク質を変調することを含む、細胞株の細胞増殖速度を改良する方法。
14. 表８、１５、１６および１７から選択される１個または複数の遺伝子またはタンパク質を変調すること、あるいは請求項６に記載の方法に従って同定された１個または複数のタンパク質を変調することを含む、細胞株の極大細胞密度を高める方法。
15. 表７、１８および１９から選択される、あるいは請求項５に記載の方法に従って同定された１個または複数の遺伝子またはタンパク質を変調することを含む、細胞株の持続的細胞生存力を高める方法。
16. 表２９および３０から選択される１個または複数の遺伝子を変調することを含む、細胞株において乳酸塩の産生または消費速度を変調する方法。
17. 細胞株の細胞培養表現型を評価する方法であって、
    （ｉ）細胞培養由来のサンプルにおいて、請求項１に従って同定されたタンパク質の発現レベルを検出すること、および
    その発現レベルを参照レベルと比較すること
    ここにその比較が細胞培養表現型の指標となる、あるいは
    （ｉｉ）細胞培養由来のサンプルにおいて、細胞培養表現型の指標となる１個または複数のマーカーを検出することを含み、ここに該マーカーが図７〜１３８から選択されるペプチド、表２〜８から選択されるタンパク質、ならびに表９〜２０および２４〜３０から選択される遺伝子からの遺伝子発現産物からなる群から選択される、方法。
18. 遺伝子操作細胞の集団を含む、改良された細胞培養表現型を有する、遺伝子操作された細胞株であって、その細胞の各々が、請求項１に従って同定された１個または複数のタンパク質をアップレギュレートまたはダウンレギュレートする遺伝子操作された構築物を含む、細胞株。
19. 遺伝子操作された細胞の集団を含む遺伝子操作された細胞株であって、
    （ａ）該細胞株が改良された細胞生産性を有し、その細胞の各々が、表２、３、９、１０、１１および１２から選択される１個または複数の遺伝子またはタンパク質をアップレギュレートまたはダウンレギュレートする遺伝子操作された構築物を含む；
    （ｂ）該細胞株が改良された細胞増殖速度を有し、その細胞の各々が、表４、５、６、１３、１４、２７および２８から選択される１個または複数の遺伝子またはタンパク質をアップレギュレートまたはダウンレギュレートする遺伝子操作された構築物を含む；
    （ｃ）該細胞株が改良された極大細胞密度を有し、その細胞の各々が、表８、１５、１６および１７から選択される１個または複数の遺伝子またはタンパク質をアップレギュレートまたはダウンレギュレートする遺伝子操作された構築物を含む；
    （ｄ）該細胞株が改良された持続的細胞生存力を有し、その細胞の各々が、表７、１８および１９から選択される１個または複数の遺伝子またはタンパク質をアップレギュレートまたはダウンレギュレートする遺伝子操作された構築物を含む；
    （ｅ）該細胞株が修飾された乳酸塩産生または消費を有し、その細胞の各々が、表２９および３０から選択される１個または複数の遺伝子をアップレギュレートまたはダウンレギュレートする遺伝子操作された構築物を含む；および
    （ｆ）該細胞株が改良されており、その細胞の各々が、表２０、２４、２５および２６から選択される１個または複数の遺伝子またはタンパク質をアップレギュレートまたはダウンレギュレートする遺伝子操作された構築物を含む、
    細胞株。
20. 遺伝子操作された構築物が過剰発現構築物またはＲＮＡ干渉構築物である、請求項１９記載の遺伝子操作された細胞株。
21. 目的タンパク質を発現する方法であって、
    請求項１８に記載の遺伝子操作された細胞株に目的タンパク質をコードする核酸を導入すること、および
    目的タンパク質を回収すること
    を含む、方法。
22. 表９、１３、および１５から選択されるＣＨＯ配列を含む、単離された核酸または組換え核酸。
23. 表２および４から選択されるＣＨＯ配列を含む、単離されたタンパク質または組換えタンパク質。