JP2009534036A - 細胞培養表現型の示差的発現プロファイリング分析およびその使用 - Google Patents
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Abstract
Description
本願は原本対象の一部として「コピー1」、「コピー2」および「コピー3」と表示された3つのコンパクトディスクを含み、各ディスクには配列表が含まれている。各コンパクトディスクの形式はIBM−PCであり、各コンパクトディスクのオペレーションシステムはMS−ウィンドウズである。各コンパクトディスクには、「WYE-060pc.ST25.txt」の名称のテキストファイル(1,423KB、2007年4月20日作成)が1つ入っている。これら「コピー1」、「コピー2」および「コピー3」と表示されたコンパクトディスクの内容は出典明示によりそのまま本明細書の一部とされる。
本発明は、示差的発現プロファイリング分析による特定の細胞表現型の付与に関与する遺伝子およびタンパク質を同定する方法、ならびに細胞株培養条件および導入遺伝子の発現の至適化における該遺伝子およびタンパク質の使用に関する。
図2は、CHO株と細胞表現型のマトリックス例を示す。
図3は、「高細胞増殖速度」表現型に関する試験細胞株と対照細胞株の表現型比較例を示す。
図4は、タンパク質発現プロファイリング法を示す。
図5および6は、一例としてのゲル上のCy3およびCy5染色を示し、選択されたタンパク質の相対的存在量のグラフ表示である。図5では、Cy5標識試験細胞抽出液において5倍のアップレギュレーションを示すタンパク質の概略を示す。図6では、Cy5標識試験細胞抽出液において4分の1のダウンレギュレーションを示すタンパク質の概略を示す。
図7〜138は、個々の示差的に発現されるタンパク質に関する配列データおよび分析を示す。
図139および140は、教師なし(unsupervised)ピアソンクラスター分析を模式的に示す。
図141は、ペアワイズ・ディフェレンス(pairwise differences)を用いた、データ解析法の例を示す。
図142は、ペアワイズ・ディフェレンス(pairwise differences)によらない、データ解析法の例を示す。
図143〜146は、3C7細胞株における、同定された遺伝子の評価の例を示す。
図147および148は、細胞増殖および生産性に対する同定された遺伝子の過剰発現の影響を評価するための24ウェル形式を示す。
細胞増殖および生産性に対する同定された遺伝子の過剰発現の結果の例を図149〜151に示す。
本発明は、目的の細胞培養表現型に影響を及ぼす遺伝子およびタンパク質を同定するための体系的方法を提供する。本発明のこれらの方法は、DNAマイクロアレイおよびプロテオミクス分析の使用の組み込みによる工業関連の細胞培養表現型の示差的発現プロファイリング分析に基づくものである。特に、該方法は、試験細胞株に由来するサンプルの遺伝子またはタンパク質発現プロフィールを作製すること;その遺伝子またはタンパク質発現プロフィールを、試験細胞株とは異なる細胞培養表現型を有する対照細胞株に由来する対照プロフィールと比較すること;およびその比較に基づき、1個または複数の示差的に発現される遺伝子またはタンパク質を同定することを含む。本明細書において、試験細胞株および対照細胞株は、異なる遺伝的背景を有する異なる細胞株であっても、あるいは異なる細胞培養条件下で増殖した同じ細胞株であってもよい。
本発明は、限定されるものではないが、細菌、植物、真菌および動物(後者には限定されるものではないが、昆虫および哺乳類が含まれる)を含む種々の生物に由来する細胞株の示差的発現プロファイリング分析および至適化を意図する。例えば、本発明は、大腸菌(Escherichia coli)、ヨトウガ(Spodoptera frugiperda)、タバコ種(Nicotiana sp.)、トウモロコシ(Zea mays)、アオウキクサ種(Lemna sp.)、サッカロミセス(Saccharomyces sp.)、ピチア種(Pichia sp.)、シゾサッカロミセス種(Schizosaccharomyces sp.)、哺乳類細胞(限定されるものではないが、COS細胞、CHO細胞、293細胞、A431細胞、3T3細胞、CV−1細胞、HeLa細胞、L細胞、BHK21細胞、HL−60細胞、U937細胞、HEK細胞、PerC6細胞、Jurkat細胞、正常二倍体細胞、一次組織のin vitro培養物に由来する細胞株、および一次外植体を含む)に適用することができる。この生物および細胞株の一覧は、単に限定されない例を示すことを意味する。
遺伝子発現プロファリング分析を行うために、細胞株に由来するサンプルから標的核酸プールを調製する。標的核酸源としていずれの生体サンプルを用いてもよい。標的核酸プールは、全RNA、またはmRNAの逆転写により作製されたcDNAの各一本鎖、もしくは二本鎖cDNA中間体から転写されたRNAを含む、それに由来する任意の核酸であってもよい。オリゴヌクレオチドアレイまたは他のプローブを用いた分析のための標的核酸を単離する方法は、フェノール−クロロホルム抽出、エタノール沈殿、磁性ビーズ分離またはシリカゲルアフィニティー精製など、当業者によく知られている。
本発明に好適なプローブとしては、既知の細胞または配列決定されていない生物に由来する細胞を含む細胞(または細胞株)による、特定の細胞表現型、例えば、上昇した効率的な導入遺伝子発現の誘導に関与する可能性のある遺伝子(これまでに発見されていない遺伝子を含む)および関連の経路を同定するための、複数の遺伝子の発現を検出し得るオリゴヌクレオチドアレイまたは他のプローブが含まれる。
インキュベーション反応は絶対的または示差的ハイブリダイゼーション形式で行うことができる。絶対的ハイブリダイゼーション形式では、一サンプルに由来するポリヌクレオチドをオリゴヌクレオチドアレイ中のプローブとハイブリダイズさせる。ハイブリダイゼーション複合体の形成後に検出されるシグナルは、そのサンプル中のポリヌクレオチドレベルと相関がある。示差的ハイブリダイゼーション形式では、2つのサンプルに由来するポリヌクレオチドを異なる標識部分で標識する。これら標識の異なるポリヌクレオチドの混合物をオリゴヌクレオチドアレイに加える。次に、オリゴヌクレオチドアレイを、2つに異なる標識からの発光が個々に検出可能な条件下で調べる。一実施形態では、蛍光団Cy3およびCy5(Amersham Pharmacia Biotech, Piscataway, N.J.)を示差的ハイブリダイゼーション形式の標識部分として用いる。
標的核酸とオリゴヌクレオチドプローブのハイブリダイゼーションプロフィールを検出するために用いられる方法は当技術分野よく知られている。特に、各個の標的核酸−オリゴヌクレオチドプローブハイブリッドの蛍光を検出および記録する手段は十分確立されており、当技術分野でよく知られ、例えば、米国特許第5,631,734号、米国公開第20060010513ll(出典明示によりそのまま本明細書の一部とされる)に記載されている。例えば、全アレイのハイブリダイゼーションプロフィールを自動検出するために、共焦顕微鏡をコンピューター制御することができる。さらに、さらなる非限定例として、顕微鏡に、各個のハイブリッドが生じた蛍光シグナルを自動記録するためのデータ採集システムと接続した光変換器を搭載することもできる。
本発明はまた、タンパク質発現プロファイリング分析により示差的に発現されるタンパク質を同定する方法を提供する。タンパク質発現プロフィールは細胞株由来のサンプルのタンパク質の分離および検出を可能とするいずれの方法によって作製してもよい。一般に、分離力が高ければ、より多くの各タンパク質の分析が可能となり、プロフィールの能力および有用性が高まるので、分離力の高い方法が好ましい。豊富なタンパク質の存在は、他のタンパク質、特に存在量の少ないタンパク質の発現における微妙な変化をマスクしてしまうことがあるので、タンパク質の分離および検出の前に、免疫抑制によるなど、サンプルから豊富なタンパク質を除去する前処理をサンプルに施すことができる。また、サンプルの複雑性を軽減するために、サンプルに1または複数の手順を施すこともできる。例えば、クロマトグラフィーを用いてサンプルを分画することができ、各画分は複雑性が軽減され、画分内のタンパク質の分析が容易となる。
上記のように、本発明は、少なくとも1つの異なる細胞表現型を有する異なる細胞株または細胞で示差的に発現される遺伝子のポリヌクレオチド配列(または部分配列)またはタンパク質のポリペプチド配列(または部分配列)を提供する。これらの配列は異なる配列と総称される。これらの異なる配列は、ある細胞表現型、特に、組換え導入遺伝子の高い効率的な産生、高細胞増殖速度、高極大細胞密度、持続的高細胞生存力、高最大細胞生産性、持続的高細胞生産性、低アンモニウム産生および低乳酸塩産生などを特徴とする表現型を達成するための標的として使用可能である。
上記のように、本発明は、CHO細胞により発現されることが新たに発見された配列を含む示差的配列を提供する。よって、本発明は、これまでに発見されていない遺伝子の少なくとも一部である新規な単離および/または精製されたポリヌクレオチドを提供する。CHO細胞により発現され、新たに発見された遺伝子の新規なポリヌクレオチド配列(または部分配列)の例を表9、13および15に示す。本発明はまた、これまでに発見されていないタンパク質の少なくとも一部である単離および/または精製されたポリペプチドも提供する。CHO細胞により発現され、新たに発見されたタンパク質の新規なポリペプチド配列(または部分配列)の例を表2および4に示す。本発明はまた、表2および4に示すようなポリペプチド配列をコードする新規なポリヌクレオチドも提供する。
1:ハイブリッド長はハイブリダイゼーションポリヌクレオチドのハイブリダイズ領域に対して予測されるものである。ポリヌクレオチドと未知の配列の標的ポリヌクレオチドがハイブリダイズする場合には、ハイブリッド長はハイブリダイゼーションポリヌクレオチドの長さであると推定される。既知の配列のポリヌクレオチドがハイブリダイズする場合には、ハイブリッド長は、そのポリヌクレオチド配列をアラインし、最適な配列相補性の領域を同定することにより決定することができる。
H:ハイブリダイゼーションバッファーおよび洗浄バッファーでは、をSSC(1xSSCは0.15M NaClおよび15mMクエン酸ナトリウム)の代わりにSSPE(1xSSPEは0.15M NaCl、10mM NaH2PO4および1.25mM EDTA、pH7.4である)を用いることができる。
TB *−TR *:50塩基対未満の長さであると予測されるハイブリッドのハイブリダイゼーション温度はそのハイブリッドの融解温度(Tm)よりも5〜10℃低いべきである(ここで、Tmは次の方程式に従って決定される。18塩基対未満の長さのハイブリッドでは、Tm(℃)=2(A+T塩基の数)+4(G+C塩基の数)。18〜49塩基対の長さのハイブリッドでは、Tm(℃)=81.5+16.6(log10[Na+])+0.41(%G+C)−(600/N)(ここで、Nはハイブリッドの塩基数であり、[Na+]はハイブリダイゼーションバッファー中のナトリウムイオンのモル濃度である(1xSSCの[Na+]=0.165M)。
2つの基本条件下、2つの基本形式にて、血清不含懸濁培養で細胞を培養した。一方の形式は小スケールの振盪フラスコ培養であり、CO2インキュベーター内の旋回シェーカー上で回転させた通気性の組織培養フラスコ中、100ml未満で細胞を培養した。第二の形式は、pH、栄養、溶存酸素および温度を制御した実施量2L未満のベンチトップバイオリアクターとした。2つの基本培養条件は37℃の通常の継代条件、または流加培養条件とした。基本流加培養では、細胞をより長期間増殖させ、細胞の生存能を延長させ、培養の生産期へと延長するために低温に移行する。
CHO細胞株を、高生産性流加細胞培養法に有用な次の表現型:高細胞増殖速度、高極大細胞密度、持続的高細胞生存力、高最大細胞生産性、持続的高細胞生産性、低アンモニウム産生および低乳酸塩産生の各々に基づいて分類した。振盪フラスコおよびベンチトップバイオリアクターから採取し、375の個々のサンプル(生物学的三反復または四反復を含む)およびモノクローナル抗体、サイトカイン、血液凝固因子およびFc:受容体融合分子を発現する29の異なるrCHO株を含んだ適当なCHO細胞サンプルとともに表現型分類を配置した細胞サンプルマトリックスを作成した。この細胞サンプルマトリックスの一部の例が図2で示され、略号Qpは細胞生産性に対して用いられる。「高細胞増殖速度」表現型に関する試験細胞株と対照細胞株の間の表現型比較の例が図3に示されている。
方法
細胞を採取し、7M尿素、2Mチオ尿素、4%CHAPS、30mM Tris、5mM酢酸マグネシウム、pH8.5で標準的な溶解を行った。150μgアリコートの溶解液を二次元ゲル電気泳動により分析し、18cm固定化pH勾配等電点電気泳動勾配ストリップpH4〜7を用い、サンプルの質を確認した。これらのストリップを一ストリップ当たり340μlのバッファーで一晩、再水和させた。サンプルをストリップの陰極末端に置き、1時間500V、1時間1000Vおよび4時間8000Vをかけ、12.5%アクリルアミドゲル上で二次元を行うまで、−80℃で保存した。二次元電気泳動はゲル当たり1.5Wで30分間、その後、6つの大形式ゲルのDalt 6泳動では合計100Wで5時間行った。銀染色によってタンパク質を可視化し、溶解液中のタンパク質の質を確認した。
高細胞生産性を有し、PACE(フリンプレプロタンパク質)を過剰発現する細胞株の4つの培養物のタンパク質発現プロフィールを、対照細胞株の4つの培養物のタンパク質発現プロフィールと比較した。およそ2000のタンパク質を全8ゲルの試験(合計24画像を含む)で適合を探した。DeCyder分析で示差的に発現されるタンパク質とみなされるためには、タンパク質は24全てで同定され、少なくとも1.5倍のアップレギュレーションまたはダウンレギュレーションを示し、t検定スコア0.05未満が示されなければならない。188のタンパク質が示差的に調節されると同定され、数種の存在量の少ないタンパク質を含め、ほとんどのものが極めて有意なt検定スコアを有していた。図5は例示的ゲル上のCy3およびCy5染色パターンを示す。この図では、Cy5標識試験細胞抽出液において5倍アップレギュレートされることが明らかなタンパク質の概略が示され、Cy5標識試験細胞抽出液におけるタンパク質の相対的存在量のグラムも示されている。図6では、Cy5標識試験細胞抽出液において4倍ダウンレギュレートされることが明らかなタンパク質の概略が示され、先の図面と同様のグラフが示されている。
高細胞増殖速度を有するPA DUKX 378のタンパク質発現プロフィールをPA DUKX 153.8のタンパク質発現プロフィールと比較した。表4および5は高最大細胞生産性細胞株において示差的に発現されると同定されたいくつかのスポットを示す。これらの表に示されている各スポットについては、MALDI配列分析によりチャイニーズハムスターまたは別種に由来する対応するアミノ酸配列とのマッチが同定された。これらの表は、各スポット番号について、「平均比率」として示される、試験サンプルと対照サンプルの間のタンパク質レベルの違いの倍率が示され、試験サンプルでレベルが低下しているタンパク質をマイナスで示している。これらの表にはまた、p値(統計学的有意性)、ならびに同定されたアミノ酸配列に対応するタンパク質名、受託番号および種も示されている。
表7は、実施例3に記載されている方法を用い、持続的高細胞生存力を有する細胞で示差的に発現されると同定されたいくつかのスポットを示す。同定されたタンパク質の配列データを図113〜127に示す。表8は、同様の方法を用い、高極大細胞密度を有する細胞で示差的に発現されると同定されたいくつかのスポットを示し、対応する配列データを表128〜138に示す。これらの表は、各スポット番号について、「平均比率」として示される、試験サンプルと対照サンプルの間のタンパク質レベルの違いの倍率が示され、試験サンプルでレベルが低下しているタンパク質をマイナスで示している。これらの表にはまた、発現の違いが無作為な機会の結果であると考えられるp値、同定されたアミノ酸配列に対応するタンパク質名および受託番号も示されている。得られたペプチドを質量分析により分析した。ペプチドマスフィンガープリント法では、特にゲル上に存在量の多いサンプルについてMALDIを用いる。存在量の少ないサンプルでは、MDLC LTQ装置を用いるLC−MS/MSを用いる。MALDI配列分析では、トリプシン断片の分子量を既知配列のトリプシン断片の推定分子量と比較した。これらの表では、「配列包括度%」とは、試験において対応するトリプシン断片が検出されたデータベース配列の全長のパーセンテージを指す。pIおよびMRとは、タンパク質スポットの見掛けの等電点および見掛けの分子量を指す。
試験および対照CHO細胞株からのRNAサンプルを得、米国特許出願公報US2006/0010513(その全内容は出典明示により本明細書の一部とされる)に記載されているようにCHO mRNA配列のプローブを含むマイクロチップで分析した。ハイブリダイゼーションカクテルをフラグメント化cRNA標準でスパイクし、既知濃度の、標識した対照配列のフラグメント化cRNAを用いて標準曲線を作成し、これによってデータのノーマライゼーションならびにチップの感受性および飽和の評価が可能となる。3’/5’比のβ−アクチンおよびGAPDH、シグナル強度と一貫性、ならびに存在%を用い、このスキャンデータの質的制御を行った。一般に、データのノーマライゼーションはソフトウエアツールAffy 5.0およびGenesis 2.0;またはdChiP(Li et al. (2001) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98:31-36およびLi et al. (2001) Genome Biol. 2:0032.1-0032.11参照)およびGenespringを用いて行った。遺伝子をさらに検討する前に、PValue 0.05以下、かつ、試験株および対照株の間の最小変化倍率1.2であることが必要であった。教師なし(unsupervised)ピアソンクラスター分析を図139および140に示す。
高最大細胞生産性を有する細胞で示差的に発現されると同定された核酸の概要を表9および10に示す。各核酸について、より適正な名称、記号およびタイトルを示すとともに、その核酸がより高い最大細胞生産性を有する細胞でアップレギュレートされるかダウンレギュレートされるかが示されている。Unigeneデータベースにおいてヒトまたはマウスホモログを有する核酸については、この表にUnigene ID番号、ならびにe値、CHO配列とUnigeneデータバンク登録の間の配列同一性%および配列包括度%(「%QC」)を含む比較関連の統計値を示す。
高細胞増殖速度を有する細胞で示差的に発現されると同定された核酸の概要を表13および14に示す。各核酸について、より適正な名称、記号およびタイトルを示すとともに、その核酸がより高い最大細胞生産性を有する細胞でアップレギュレートされるかダウンレギュレートされるかが示されている。Unigeneデータベースにおいてヒトまたはマウスホモログを有する核酸については、この表にUnigene ID番号、ならびにe値、CHO配列とUnigeneデータバンク登録の間の配列同一性%および配列包括度%(「%QC」)を含む比較関連の統計値を示す。
高極大細胞密度を有する細胞で示差的に発現されると同定された核酸の概要を表15、16および17に示す。各核酸について、より適正な名称、記号およびタイトルを示すとともに、その核酸がより高い最大細胞生産性を有する細胞でアップレギュレートされるかダウンレギュレートされるかが示されている。Unigeneデータベースにおいてヒトまたはマウスホモログを有する核酸については、この表にUnigene ID番号、ならびにe値、CHO配列とUnigeneデータバンク登録の間の配列同一性%および配列包括度%(「%QC」)を含む比較関連の統計値を示す。
Bcl−xLは細胞死の強力な阻害剤である。Bcl−xLを過剰発現する細胞は持続的高細胞生存力を示す。表18および19は、Bcl−xLを過剰発現する細胞で少なくとも1.2倍示差的に発現される核酸をまとめたものである。比較のためにサンプルを複数の時点で採取した。表18は、5日目に少なくとも1.2倍示差的に発現される核酸をまとめたものである。表19は、5日目に少なくとも1.2倍示差的に発現される核酸をまとめたものである。
4つの細胞株を、流加培養で培養した際に望ましい代謝表現型を示すプラットフォームプロセスカテゴリーから分析した。すなわち、これらの細胞株は流加培養で高い生存力を維持し、かつ、および乳酸塩およびアンモニアの消費が遅い。流加培養で増殖した各細胞株を複数の時点で採取した。各細胞株からの時点をANOVA分析で調べ、培養過程での遺伝子発現の変化をモニタリングした。各細胞株からの遺伝子リストを比較し、4つの細胞系統全てで共通していたものを同定した。核酸配列例を表20に挙げる。
示差的に発現される遺伝子およびタンパク質が細胞表現型に影響を及ぼす能力を、当技術分野で公知の方法を用い、関連遺伝子の発現を阻害する核酸を過剰発現させることによって確認する。干渉RNA構築物に基づく方法の例を以下に記載する。
一般に、siRNAが介在する遺伝子ノックダウンの候補となる標的を配列決定し、それらの配列をバリデーションする。全長cDNA配列情報は、siRNAデザインを助けるのに好ましい(必要ではない)。遺伝子ノックダウンの候補となる標的配列を、公開または専有データベース(例えば、BLAST検索)で入手可能な遺伝子配列と比較する。他の既知の配列と重複する標的遺伝子内の配列(例えば、相同な連続する16〜17塩基対)は一般に、特定のsiRNA介在遺伝子ノックダウンの好適な標的とは言えない。
トランスフェクション(D0)
Per Spin Tube(50ml)
100μL R1
2μL Transit−TKOトランスフェクション試薬(Mirus)
10μL 10μM siRNA
2mL 1e5細胞/mL、AS1培地
トランスフェクション後
37℃:72時間
31℃:96時間
供給:3日目(D3)にAQ3
サンプルは1日目(D1)、3日目(D3)、7日目(D7)に採取
各試験につき、総量1mL中100,000細胞(例えば、3C7細胞)および50nM siRNAを用いた。反応3回分の混合物を作製するため、150μL R1および70μL Mirus TKO試薬を混合し、室温で10分間インキュベーションした。15μLの10μM siRNAを加え、この混合物を室温で10分間インキュベーションした。3つのウェルにそれぞれ57.3μLの混合物を移した。942.7μLのR5CD1(100,000細胞含有)を加え、このプレートを振盪器上、37℃で72時間インキュベーションした。
各試験につき、総量1mL中100,000細胞(例えば、3C7細胞)を用いた。各トランスフェクションにつき、100μL R1および2μL Mirus TKO試薬を混合し、室温で10分間インキュベーションした。10μLの10μM siRNAを加え、この混合物を室温で15分間インキュベーションし、時々混合した。1.9mLの培養物を各スピンチューブに移した。siRNA混合物(112μL)を各スピンチューブに加えた。培養物をまず37℃でインキュベーションした後、3日目に温度を31℃に変えた。スピンチューブ培養は高速振盪した(〜250RPM)。1日目、3日目および7日目にサンプルを採取した。培養は7日目に終了した。
示差的に発現される遺伝子およびタンパク質が細胞表現型に影響を及ぼす能力を、当技術分野で公知の方法を用い、関連遺伝子の発現をコードする核酸を過剰発現させることによって確認する。干渉RNA構築物に基づく方法の例を以下に記載する。
確認された標的遺伝子を用い、細胞表現型、特に、高い効率的な組換え導入遺伝子の産生、高細胞増殖速度、高極大細胞密度、持続的高細胞生存力、高最大細胞生産性、持続的高細胞生産性、低アンモニウム産生および低乳酸塩産生などを特徴とする表現型を達成する。標的遺伝子の例は、例えば表2〜20および表24〜30など、上記に開示されている。
本願に引用されている全ての配列受託番号、刊行物および特許文献は、目的によらず、各個の刊行物または特許文献の内容が本明細書に組み込まれている場合と同等に出典明示によりそのまま本明細書の一部とされる。
Claims (50)
- 細胞株において細胞培養表現型を調節する、または細胞培養表現型の指標となるタンパク質を同定する方法であって、
試験細胞株に由来するサンプルのタンパク質発現プロフィールを作製すること、
そのタンパク質発現プロフィールを対照細胞株に由来する対照プロフィールと比較すること、および
その比較に基づき、1個または複数の示差的に発現されるタンパク質を同定すること
を含み、
ここで、試験細胞株が対照細胞株と異なる細胞培養表現型を有し、1個または複数の示差的に発現されるタンパク質が細胞培養表現型を調節または表示し得るところの、方法。 - 細胞株がチャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞株である、請求項1記載の方法。
- 細胞培養表現型が細胞増殖速度、細胞生産性、極大細胞密度、持続的細胞生存力、アンモニアの産生もしくは消費速度、または乳酸塩の産生もしくは消費速度である、請求項1記載の方法。
- 細胞培養表現型が最大細胞生産性である、請求項3記載の方法。
- 細胞培養表現型が持続的細胞生存力である、請求項3記載の方法。
- 細胞培養表現型が極大細胞密度である、請求項3記載の方法。
- 細胞培養表現型が細胞増殖速度である、請求項3記載の方法。
- タンパク質発現プロフィールが、蛍光二次元ディファレンシャルゲル電気泳動により作製される、請求項1記載の方法。
- 請求項1に記載の方法に従って同定された1個または複数のタンパク質をアップレギュレートすることを含む、細胞株の改良方法。
- 請求項1に記載の方法に従って同定された1個または複数のタンパク質を過剰発現によりアップレギュレートすることを含む、細胞株の改良方法。
- 請求項1に記載の方法に従って同定された1個または複数のタンパク質をダウンレギュレートすることを含む、細胞株の改良方法。
- 請求項1に記載の方法に従って同定された1個または複数のタンパク質をRNA干渉によりダウンレギュレートすることを含む、請求項11記載の方法。
- 請求項1に記載の方法に従って同定された1個または複数のタンパク質をアップレギュレートすることを含む、細胞株の細胞生産性を改良する方法。
- 請求項1に記載の方法に従って同定された1個または複数のタンパク質をダウンレギュレートすることを含む、細胞株の細胞生産性を改良する方法。
- 表2、3、9、10、11および12から選択される1個または複数の遺伝子またはタンパク質を変調することを含む、細胞株の細胞生産性を改良する方法。
- 請求項4に記載の方法に従って同定された1個または複数のタンパク質を変調することを含む、細胞株の細胞生産性を改良する方法。
- 表4、5、6、13、14、27および28から選択される1個または複数の遺伝子またはタンパク質を変調することを含む、細胞株の細胞増殖速度を改良する方法。
- 請求項7に記載の方法に従って同定された1個または複数のタンパク質を変調することを含む、細胞株の細胞増殖速度を改良する方法。
- 表8、15、16および17から選択される1個または複数の遺伝子またはタンパク質を変調することを含む、細胞株の極大細胞密度を高める方法。
- 請求項6に記載の方法に従って同定された1個または複数のタンパク質を変調することを含む、細胞株の極大細胞密度を高める方法。
- 表7、18および19から選択される1個または複数の遺伝子またはタンパク質を変調することを含む、細胞株の持続的細胞生存力を高める方法。
- 請求項5に記載の方法に従って同定された1個または複数の遺伝子またはタンパク質を変調することを含む、細胞株の持続的細胞生存力を高める方法。
- 表20、24、25および26から選択される1個または複数の遺伝子を変調することを含む、細胞株の改良方法。
- 表29および30から選択される1個または複数の遺伝子を変調することを含む、細胞株において乳酸塩の産生または消費速度を変調する方法。
- 少なくとも2つの遺伝子またはタンパク質をアップレギュレートまたはダウンレギュレートすることを含み、第一の遺伝子またはタンパク質は第一の細胞培養表現型に影響を及ぼし、第二の遺伝子またはタンパク質は第二の異なる細胞培養表現型に影響を及ぼし、ここで該細胞培養表現型は細胞増殖速度、細胞生産性、極大細胞密度、持続的細胞生存力、アンモニアの産生もしくは消費速度、または乳酸塩の産生もしくは消費速度からなる群から選択される、細胞株の改良方法。
- 第一および第二の細胞培養表現型とは異なる第三の細胞培養表現型に影響を及ぼす第三の遺伝子またはタンパク質をアップレギュレートまたはダウンレギュレートすることをさらに含む、請求項25記載の方法。
- 細胞株の細胞培養表現型を評価する方法であって、
細胞培養由来のサンプルにおいて、請求項1に従って同定されたタンパク質の発現レベルを検出すること、および
その発現レベルを参照レベルと比較すること
を含み、ここでその比較が細胞培養表現型の指標となる、方法。 - 細胞株の細胞培養表現型を評価する方法であって、細胞培養由来のサンプルにおいて、細胞培養表現型の指標となる1個または複数のマーカーを検出することを含み、ここで該マーカーが図7〜138から選択されるペプチド、表2〜8から選択されるタンパク質、ならびに表9〜20および24〜30から選択される遺伝子からの遺伝子発現産物からなる群から選択される、方法。
- 遺伝子操作細胞の集団を含む、改良された細胞培養表現型を有する、遺伝子操作された細胞株であって、その細胞の各々が、請求項1に従って同定された1個または複数のタンパク質をアップレギュレートまたはダウンレギュレートする遺伝子操作された構築物を含む、細胞株。
- 遺伝子操作された細胞の集団を含む、改良された細胞生産性を有する、遺伝子操作された細胞株であって、その細胞の各々が、表2、3、9、10、11および12から選択される1個または複数の遺伝子またはタンパク質をアップレギュレートまたはダウンレギュレートする遺伝子操作された構築物を含む、細胞株。
- 遺伝子操作された構築物が過剰発現構築物である、請求項30記載の遺伝子操作された細胞株。
- 遺伝子操作された構築物がRNA干渉構築物である、請求項30記載の遺伝子操作された細胞株。
- 遺伝子操作された細胞の集団を含む、改良された細胞増殖速度を有する、遺伝子操作された細胞株であって、その細胞の各々が、表4、5、6、13、14、27および28から選択される1個または複数の遺伝子またはタンパク質をアップレギュレートまたはダウンレギュレートする遺伝子操作された構築物を含む、細胞株。
- 遺伝子操作された構築物が過剰発現構築物である、請求項33記載の遺伝子操作された細胞株。
- 遺伝子操作された構築物がRNA干渉構築物である、請求項33記載の遺伝子操作された細胞株。
- 遺伝子操作された細胞の集団を含む、改良された極大細胞密度を有する、遺伝子操作された細胞株であって、その細胞の各々が、表8、15、16および17から選択される1個または複数の遺伝子またはタンパク質をアップレギュレートまたはダウンレギュレートする遺伝子操作された構築物を含む、細胞株。
- 遺伝子操作された構築物が過剰発現構築物である、請求項36記載の遺伝子操作された細胞株。
- 遺伝子操作された構築物がRNA干渉構築物である、請求項36記載の遺伝子操作された細胞株。
- 遺伝子操作された細胞の集団を含む、改良された持続的細胞生存力を有する、遺伝子操作された細胞株であって、その細胞の各々が、表7、18および19から選択される1個または複数の遺伝子またはタンパク質をアップレギュレートまたはダウンレギュレートする遺伝子操作された構築物を含む、細胞株。
- 遺伝子操作された構築物が過剰発現構築物である、請求項39記載の遺伝子操作された細胞株。
- 遺伝子操作された構築物がRNA干渉構築物である、請求項39記載の遺伝子操作された細胞株。
- 遺伝子操作された細胞の集団を含む、乳酸塩産生または消費が修飾された、遺伝子操作された細胞株であって、その細胞の各々が、表29および30から選択される1個または複数の遺伝子をアップレギュレートまたはダウンレギュレートする遺伝子操作された構築物を含む、細胞株。
- 遺伝子操作された構築物が過剰発現構築物である、請求項42記載の遺伝子操作された細胞株。
- 遺伝子操作された構築物がRNA干渉構築物である、請求項42記載の遺伝子操作された細胞株。
- 遺伝子操作された細胞の集団を含む、改良された細胞株であって、その細胞の各々が、表20、24、25および26から選択される1個または複数の遺伝子またはタンパク質をアップレギュレートまたはダウンレギュレートする遺伝子操作された構築物を含む、細胞株。
- 遺伝子操作された構築物が過剰発現構築物である、請求項45記載の遺伝子操作された細胞株。
- 遺伝子操作された構築物がRNA干渉構築物である、請求項
45記載の遺伝子操作された細胞株。 - 目的タンパク質を発現する方法であって、
請求項29に記載の遺伝子操作された細胞株に目的タンパク質をコードする核酸を導入すること、および
目的タンパク質を回収すること
を含む、方法。 - 表9、13、および15から選択されるCHO配列を含む、単離された核酸または組換え核酸。
- 表2および4から選択されるCHO配列を含む、単離されたタンパク質または組換えタンパク質。
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