JP2009502196A - Bkウイルス検出のための方法および組成物 - Google Patents
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Abstract
Description
本発明はBKウイルスの検出に関する。
本出願は米国仮出願第60/705,217号(2005年8月2日出願)および米国特許出願第11/246,904号(2005年10月6日出願)に基づく優先権を主張する(これらの出願は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる)。
BK型ヒトポリオーマウイルス(BKウイルス)はエンベロープを有さない約5,300bpの環状2本鎖DNAゲノムである。BKウイルスは1971年、腎移植患者の尿から単離された後、ポリオーマウイルス・ファミリーのメンバーとして初めて認識された。その後の研究により、世界的な血清陽性率は成人の80%を超えることが明らかになった。一般に、BKウイルスへの一次感染は小児期に呼吸経路を介して起こり、その後ウイルスは尿生殖路に潜伏する。尿中のウイルスの無症候からの再活性化および断続的発芽は免疫正常者で自然発生的に起こるが、細胞性免疫が変化している人、例えば妊婦、化学療法を受けている癌患者、HIV-1感染者、および腎臓または他の同種移植のレシピエントではより頻度が高い。BKウイルス感染による顕在的な疾患は稀であり、明らかに免疫抑制の程度と関係する。
関係する文献には以下がある:
本発明は、サンプル中のBKウイルスの検出のための核酸に基づく(例えばDNAに基づく)迅速、高感度、かつ高度に特異的な方法および組成物を提供する。一般に、この方法は、BKウイルスゲノムの保存領域の標的配列を有する標的核酸を検出することを伴う。本発明はまた、本発明の方法に使用するための組成物(プライマー、プローブ、およびキットを含む)を特徴とする。
図1A-図1AAAに32個のBKウイルス遺伝子型の核酸配列のアラインメントを示す。本発明にかかるBKウイルス(BKV)検出のための標的核酸領域をBK1、BK2、BK3、BK4、およびBK5と称し(本明細書ではそれぞれ標的領域I、II、III、IV、およびVとも記載する)、下線、並びに開始および終了矢印で示す。
本明細書で使用する“BKウイルス”または“BKV”という用語は、腎症および腎機能障害と関連付けられているポリオーマウイルス・ファミリーのウイルスをいう。BKウイルスはエンベロープを有さない小型のウイルスであり、そのゲノムは約5,300bpの環状2本鎖DNA分子を含有する。
本発明は、サンプル(特に生体サンプル)中のBKVを特異的かつ高感度で検出するための標的核酸配列(本明細書では標的配列とも記載する)を含有する、BKウイルス(BKV)ゲノム内のコンセンサス標的核酸領域の発見に基づく。特に、1またはそれ以上の標的核酸配列領域の検出によってサンプル中のBKVの検出が可能となると同時に、一般に、BKVおよびJCウイルス(JCV)、並びに/またはBKVおよびSV40間の識別が可能となる。これらのアッセイの特異性および簡便性により、一般に、迅速で信頼性が高く、安価なBKV検出アッセイを得ることが容易になる。本発明は種々の適用(例えば研究、医療、創薬、および診断への適用)における利用法が見いだされる。
種々のBKV単離株ゲノムのアラインメントにより、標的核酸配列領域の同定を行った。本発明は、1もしくはそれ以上の標的核酸領域、またはその一部を検出することによるサンプル(例えば生体サンプル)中のBKVの同定法を提供する。一般に検出は核酸の増幅によって行い、ある態様では、その後ハイブリダイゼーション・プローブを用いて増幅産物を検出する。標的核酸領域については、以下に更に詳細に記載する。
ある態様では、本発明はサンプル(例えば生体サンプル)中のBKVの検出法を提供し、これは以下の標的核酸配列領域I(図1、標的領域I(別名BK1)、GenBankアクセッション番号AY628224のナンバリングに基づくアラインメント位置は435-585):
AACAAAAAAAAGAGCTCAGAGGATTTTTATTTTTATTTTAGAGCTTTTGCTGGAAT TTTGTAGAGGTGAAGACAGTGTAGACGGGAAAAACAAAGGTACCACTGCTTTACC TGCTGTAAAAGACTCTGTAAAAGACTCCTAGGTAAGTAAT (SEQ ID NO:01)
もしくはその相補体、またはそれらのフラグメントの検出によるものであり、ここで、核酸の5’および3’末端はSEQ ID NO:1内に包含される。このBKVゲノム中の保存された配列を図1にアラインさせて示す。特に興味深い態様では、標的領域は標的領域Iのサブ配列、例えば以下:
ACAAAAAAAAGAGCTCAGAGGATTTTTATTTTAGAGCTTTTGCTGGAATT TTGTAGAGGTGAAGACAGTGTAGACGGAAAAACAAAAAGTACCACTGCTTTACCT GCTGTAA (SEQ ID NO:55)
もしくはその相補体、またはそれらのフラグメントである。
ある態様では、本発明はサンプル(例えば生体サンプル)中のBKVの検出法を提供し、これは以下の標的核酸配列領域II(図1、標的領域II(別名BK2)、GenBankアクセッション番号AY628224のナンバリングに基づくアラインメント位置は1418-1545):
TGTACATTCAGGAGAGTTTATAGAAAAAACTATTGCCCCAGGAGGTGCTAATCAA AGAACTGCTCCTCAATGGATGTTGCCTTTACTTCTAGGCCTGTACGGGACTGTAAC ACCTGCTCTTGAAGCAT (SEQ ID NO:02)
もしくはその相補体、またはそれらのフラグメントの検出によるものであり、ここで、核酸の5’および3’末端はSEQ ID NO:2内に包含される。BKVゲノム中に見られるこの保存された配列を図1にアラインさせて示す。特に興味深い態様では、標的領域は標的領域IIのサブ配列、例えば以下:
TTGCCCCAGGAGGTGCTAATCAAAGAACTGCTCCTCAATGGATGTTGCCTTTACTT CTAGGCCTGTACGGGA (SEQ ID NO:56)
もしくはその相補体、またはそれらのフラグメントである。
別の態様では、本発明はサンプル(例えば生体サンプル)中のBKVの検出法を提供し、これは以下の標的核酸配列領域III(図1、標的領域III(別名BK3)、GenBankアクセッション番号AY628224のナンバリングに基づくアラインメント位置は4097-4560):
AGTAAGTATTCCTTATTAACACCCTTACAAATTAAAAAACTAAAGGTACACAGCTT TTGACAGAAATTATTAATTGCAGAAACTCTATGTCTATGTGGAGTTAAAAAGAATA TAATATTATGCCCAGCACACATGTGTCTACTAATGAAAGTTACAGAATATTTTTCC ATAAGTTTTTTATACAGAATTTGAGCTTTTTCTTTAGTAGTATACACAGCAAAGCA GGCAAGGGTTCTATTACTAAATACAGCTTGACTAAGAAACTGGTGTAGATCAGAG GGAAAGTCTTTAGGGTCTTCTACCTTTCTCTTTTTCTTGGGTGGTGTGGAGTGTTGA GAATCTGCTGTTGCTTCTTCATCACTGGCAAACATATCTTCATGGCAAAATAAATC TTCATCCCATTTTTCATTAAAGGAGCTCCACCAGGACTCCCACTCTTCTGTTCCATA GGTTGGCACCTATAA (SEQ ID NO:03)
もしくはその相補体、またはそれらのフラグメントの検出によるものであり、ここで、核酸の5’および3’末端はSEQ ID NO:3内に包含される。このBKVゲノム中の保存された配列を、3つのゲノムをアラインさせて図1に示す。特に興味深い態様では、標的領域は標的領域IIIのサブ配列、例えば以下:
GGAAAGTCTTTAGGGTCTTCTACCTTTCTCTTTTTCTTGGGTGGTGTGGAGTGTTGA GAATCTGCTGTTGCTTCTTCATCACTGGCAAACATATCTTCATG (SEQ ID NO:57)
もしくはその相補体、またはそれらのフラグメントである。
別の態様では、本発明はサンプル(例えば生体サンプル)中のBKVの検出法を提供し、これは以下の標的核酸配列領域IV(図1、標的領域IV(別名BK4)、GenBankアクセッション番号AY628224のナンバリングに基づくアラインメント位置は612-864):
ATGGGTGCTGCTCTAGCACTTTTGGGGGACCTAGTTGCCAGTGTATCTGAGGCTGC TGCTGCCACAGGATTTTCAGTGGCTGAAATTGCTGCTGGGGAGGCTGCTGCTGCTA TAGAAGTTCAAATTGCATCCCTTGCTACTGTAGAGGGCATAACAAGTACCTCAGAG GCTATAGCTGCCATAGGCCTAACTCCTCAAACATATGCTGTAATTGCTGGTGCTCC TGGGGCTATTGCTGGGTTTGCTGCTTTAA (SEQ ID NO:04)
もしくはその相補体、またはそれらのフラグメントの検出によるものであり、ここで、核酸の5’および3’末端はSEQ ID NO:4内に包含される。このBKVゲノム中の保存された配列を、3つのゲノムをアラインさせて図1に示す。特に興味深い態様では、標的領域は標的領域IVのサブ配列、例えば以下:
ATGGGTGCTGCTCTAGCACTTTTGGGGGACCTAGTTGCCAGTGTATCTGAGGCTGC TGCTGCCACAGGATTTTCAGTGGCTGAAATTGCTGCTGG (SEQ ID NO:58)
もしくはその相補体、またはそれらのフラグメントである。
別の態様では、本発明はサンプル(例えば生体サンプル)中のBKVの検出法を提供し、これは以下の標的核酸配列領域V(図1、標的領域V(別名BK5)、GenBankアクセッション番号AY628224の番号に基づくアラインメント位置は2810-2895):
GGGGCTGAAGTATCTGAGACTTGGGAAGAGCATTGTGATTGGGATTCAGTGCTTG ATCCATGTCCAGAGTCTTCAGTTTCTGAATC (SEQ ID NO:05)
もしくはその相補体、またはそれらのフラグメントの検出によるものであり、ここで、核酸の5’および3’末端はSEQ ID NO:5内に包含される。このBKVゲノム中の保存された配列を、3つのゲノムをアラインさせて図1に示す。特に興味深い態様では、標的領域は標的領域Vのサブ配列、例えば以下:
GGGCTGAAGTATCTGAGACTTGGGAAGAGCATTGTGATTGGGATTCAGTGCTTGAT CCATGTC (SEQ ID NO:59)
もしくはその相補体、またはそれらのフラグメントである。
上記のように、標的核酸配列領域I-Vは種々のBKV遺伝子型において保存されている核酸領域である。これらのアッセイに使用するためのプライマーおよびプローブは、好ましくは上記の標的核酸配列領域I-Vから誘導する。特に興味深い態様では、本アッセイで使用するプライマーおよびプローブは、標的核酸配列領域I-Vの高度に保存されたヌクレオチド配列から設計する。
ある観点では、アッセイはサンプル中のBKVの存在を検出する。それらの観点では、アッセイは変性プライマーおよびプローブを使用する、増幅に基づくアッセイであり、プライマーおよびプローブはBKVゲノムの標的核酸配列領域を増幅するように設計する。
ATGGGTGCTGCTCTAGCAC (5’プライマー)(SEQ ID NO:15)
GTGGCTGAAATTGCTGCTGG (3’プライマー)(SEQ ID NO:16)
を有するプライマーを使用して標的配列を検出し、そして以下の配列:
TGCCAGTGTATCTGAGGCTGCTGCTGC (SEQ ID NO:17)
を有するプローブが特に興味深い。
GGGCTGAAGTATCTGAG (5’プライマー)(SEQ ID NO:18)
CAGTGCTTGATCCATGTC (3’プライマー)(SEQ ID NO:19)
を有するプライマーを使用して標的配列を検出し、そして以下の配列:
CTTGGGAAGAGCATTGTGATTGG (SEQ ID NO:20)
を有するプローブが特に興味深い。
本発明はサンプル中のBKVを検出するためのDNAに基づくアッセイを提供する。検出は種々の方法を用いて行ってもよく、それらには直接シーケンシング、配列特異的オリゴマーとのハイブリダイゼーション、ゲル電気泳動、および質量分析がある。これらの方法は不均一または均一系、同位体または非同位体標識を使用するか、全く標識を使用しなくてもよい。
本発明に関連して使用されるキットも提供する。上記のアッセイ試薬(プライマー、プローブ、プローブが結合した固相支持体を含む)および他の検出試薬を、好適な取扱説明書および他の必要な試薬と共にキットとして提供し、上記のアッセイを実施することができる。キットは通常、別個の容器に入ったプライマーおよびプローブ(すでに固体マトリクスに結合しているか、またはそれらをマトリクスに結合させるための試薬と別個で)の組み合わせ、コントロール製剤(陽性および/または陰性)、標識された試薬(アッセイフォーマットに必要とされる場合)、および、標識がシグナルを直接生成しない場合はシグナル生成試薬(例えば酵素基質)を含有する。通常、アッセイを実施するための取扱説明書(例えば文書、テープ、VCR、CD-ROMなど)がキットに含まれる。キットは、使用する特定のアッセイによって、容器に封入された他の試薬および物質(すなわち洗浄バッファーなど)を含んでもよい。例えば上記のような標準的なアッセイをこれらのキットを用いて実施できる。
以下の実施例は本発明を実施(make)および使用するための方法の完全な開示および説明を当業者に提供するために記載するものであり、発明者がその発明と見なすものを制限することを意図するものではなく、また以下の実験が実施される実験の全てもしくは唯一であることを示すことを意図するものでもない。使用する数値(例えば量、温度など)に関しては正確を期すよう試みたが、ある程度の実験誤差および偏差は一定の割合を占めるはずである。特に記載しない限り、部分は重量による部分であり、分子量は平均分子量であり、温度は摂氏であり、圧は大気圧またはその付近である。
以下の方法および材料を以下の実施例(単数または複数)に使用した。
BKVのゲノム多様性を理解し、診断に適用するための候補配列を同定するために、ウイルスゲノム全長のシーケンシングを実施した。13検体のBKV陽性患者から尿サンプルを採取した。臨床的関係が密接になるのを防ぐため、これらの患者は地理的に多様なソースから選択し、あるいは無作為に選択した。通常の方法によってウイルスDNAをサンプルから抽出した。次いで、長鎖PCR法(Stratagene)によって、抽出したDNAからその5.1kbのゲノム全長を増幅した。増幅したウイルスDNAのシーケンシングを行うために、予め設計したシーケンシング・プライマー・セットを用いて4色ジデオキシ法を行い、ABI377シーケンサー・システムで分離した。各BKVゲノムについてのLasergene 6ソフトウェア解析により、配列断片を再構成して5.1-5.2kbの完全長コンティグを得た。
図1に示すように、全ての新規に完成した核酸配列および公開されている核酸配列にわたる配列の比較により、保存されていて、核酸に基づく生体サンプル中のBKVの存在または非存在の特異的かつ高感度検出をもたらす1より多い配列領域の選択を行った。GenBankアクセッション番号AY628224のヌクレオチド435から585を含むBK1領域を選択してPCRプライマーの設計を行った。BK1標的配列の核酸配列は以下である:
AACAAAAAAAAGAGCTCAGAGGATTTTTATTTTTATTTTAGAGCTTTTGCTGGAAT TTTGTAGAGGTGAAGACAGTGTAGACGGGAAAAACAAAGGTACCACTGCTTTACC TGCTGTAAAAGACTCTGTAAAAGACTCCTAGGTAAGTAAT (SEQ ID NO:01)
全ての新規に完成したBKV核酸配列および公開されているBKV核酸配列にわたる配列の比較により、BK2標的領域の選択を行った。BK2標的領域はGenBankアクセッション番号AY628224のヌクレオチド1418から1545を含む。BK2標的配列の核酸配列は以下である:
TGTACATTCAGGAGAGTTTATAGAAAAAACTATTGCCCCAGGAGGTGCTAATCAA AGAACTGCTCCTCAATGGATGTTGCCTTTACTTCTAGGCCTGTACGGGACTGTAAC ACCTGCTCTTGAAGCAT (SEQ ID NO:02)
全ての新規に完成したBKV核酸配列および公開されているBKV核酸配列にわたる配列の比較により、BK3標的領域の選択を行った。BK3標的領域はGenBankアクセッション番号AY628224のヌクレオチド4097から4560を含む。BK3標的配列の核酸配列は以下である:
AGTAAGTATTCCTTATTAACACCCTTACAAATTAAAAAACTAAAGGTACACAGCTT TTGACAGAAATTATTAATTGCAGAAACTCTATGTCTATGTGGAGTTAAAAAGAATA TAATATTATGCCCAGCACACATGTGTCTACTAATGAAAGTTACAGAATATTTTTCC ATAAGTTTTTTATACAGAATTTGAGCTTTTTCTTTAGTAGTATACACAGCAAAGCA GGCAAGGGTTCTATTACTAAATACAGCTTGACTAAGAAACTGGTGTAGATCAGAG GGAAAGTCTTTAGGGTCTTCTACCTTTCTCTTTTTCTTGGGTGGTGTGGAGTGTTGA GAATCTGCTGTTGCTTCTTCATCACTGGCAAACATATCTTCATGGCAAAATAAATC TTCATCCCATTTTTCATTAAAGGAGCTCCACCAGGACTCCCACTCTTCTGTTCCATA GGTTGGCACCTATAA (SEQ ID NO:03)
全ての新規に完成したBKV核酸配列および公開されているBKV核酸配列にわたる配列の比較により、BK4標的領域の選択を行った。BK4標的領域はGenBankアクセッション番号AY628224のヌクレオチド612から864を含む。BK4標的配列の核酸配列は以下である:
ATGGGTGCTGCTCTAGCACTTTTGGGGGACCTAGTTGCCAGTGTATCTGAGGCTGC TGCTGCCACAGGATTTTCAGTGGCTGAAATTGCTGCTGGGGAGGCTGCTGCTGCTA TAGAAGTTCAAATTGCATCCCTTGCTACTGTAGAGGGCATAACAAGTACCTCAGAG GCTATAGCTGCCATAGGCCTAACTCCTCAAACATATGCTGTAATTGCTGGTGCTCC TGGGGCTATTGCTGGGTTTGCTGCTTTAA (SEQ ID NO:04)
全ての新規に完成したBKV核酸配列および公開されているBKV核酸配列にわたる配列の比較により、BK4標的領域の選択を行った。BK4標的領域はGenBankアクセッション番号AY628224のヌクレオチド2810から2895を含む。BK5標的配列の核酸配列は以下である:
GGGGCTGAAGTATCTGAGACTTGGGAAGAGCATTGTGATTGGGATTCAGTGCTTG ATCCATGTCCAGAGTCTTCAGTTTCTGAATC (SEQ ID NO:05)
Claims (33)
- サンプル中のBKウイルス(BKV)核酸を検出する方法であって、BKV核酸を含有する疑いのあるサンプル中の少なくとも第1の核酸の存在または非存在を検出することを含み、第1の核酸は以下の標的配列:
AACAAAAAAAAGAGCTCAGAGGATTTTTATTTTTATTTTAGAGCTTTTGC TGGAATTTTGTAGAGGTGAAGACAGTGTAGACGGGAAAAACAAAGGTAC CACTGCTTTACCTGCTGTAAAAGACTCTGTAAAAGACTCCTAGGTAAGTAAT (SEQ ID NO:01)
またはその相補配列の少なくとも20個の連続するヌクレオチドを有し、第1の核酸の5’および3’末端はSEQ ID NO:1内に含有され;
標的配列を有する核酸の存在の検出は、サンプルがBKV核酸を含有することを示す、上記方法。 - 該検出が核酸に基づく増幅によるものである、請求項1記載の方法。
- 増幅産物が約30ヌクレオチド長またはそれ未満である、請求項2記載の方法。
- BKV核酸を含有する疑いのあるサンプル中の少なくとも第2の核酸の存在または非存在を検出することを更に含み、第2の核酸は以下の標的配列:
TGTACATTCAGGAGAGTTTATAGAAAAAACTATTGCCCCAGGAGGTGCTA ATCAAAGAACTGCTCCTCAATGGATGTTGCCTTTACTTCTAGGCCTGTAC GGGACTGTAACACCTGCTCTTGAAGCAT (SEQ. ID NO:02)
またはその相補配列の少なくとも20個の連続するヌクレオチドを有する、請求項1記載の方法。 - BKV核酸を含有する疑いのあるサンプル中の少なくとも第2の核酸の存在または非存在を検出することを更に含み、第2の核酸は以下の標的配列:
AGTAAGTATTCCTTATTAACACCCTTACAAATTAAAAAACTAAAGGTACA CAGCTTTTGACAGAAATTATTAATTGCAGAAACTCTATGTCTATGTGGAG TTAAAAAGAATATAATATTATGCCCAGCACACATGTGTCTACTAATGAAA GTTACAGAATATTTTTCCATAAGTATTTTTTATAACAGAATTTGAGCTTTTTCT TTAGTAGTATACACAGCAAAGCAGGCAAGGGTTCTATTACTAAATACAGC TTGACTAAGAAACTGGTGTAGATCAGAGGGAAAGTCTTTAGGGTCTTCTA CCTTTCTCTTTTTCTTGGGTGGTGTGGAGTGTTGAGAATCTGCTGTTGCTT CTTCATCACTGGCAAACATATCTTCATGGCAAAATAAATCTTCATCCCATT TTTCATTAAAGGAGCTCCACCAGGACTCCCACTCTTCTGTTCCATAGGTTG GCACCTATAA (SEQ ID NO:03)
またはその相補配列の少なくとも20個の連続するヌクレオチドを有する、請求項1記載の方法。 - BKV核酸を含有する疑いのあるサンプル中の少なくとも第2の核酸の存在または非存在を検出することを更に含み、第2の核酸は以下の標的配列:
ATGGGTGCTGCTCTAGCACTTTTGGGGGACCTAGTTGCCAGTGTATCTGA GGCTGCTGCTGCCACAGGATTTTCAGTGGCTGAAATTGCTGCTGGGGAGG CTGCTGCTGCTATAGAAGTTCAAATTGCATCCCTTGCTACTGTAGAGGGC ATAACAAGTACCTCAGAGGCTATAGCTGCCATAGGCCTAACTCCTCAAAC ATATGCTGTAATTGCTGGTGCTCCTGGGGCTATTGCTGGGTTTGCTGCTTT AA (SEQ ID NO:04)
またはその相補配列の少なくとも20個の連続するヌクレオチドを有する、請求項1記載の方法。 - BKV核酸を含有する疑いのあるサンプル中の少なくとも第2の核酸の存在または非存在を検出することを更に含み、第2の核酸は以下の標的配列:
GGGGCTGAAGTATCTGAGACTTGGGAAGAGCATTGTGATTGGGATTCAGT GCTTGATCCATGTCCAGAGTCTTCAGTTTCTGAATC (SEQ ID NO:05)
またはその相補配列の少なくとも20個の連続するヌクレオチドを有する、請求項1記載の方法。 - サンプル中のBKウイルス(BKV)核酸を検出する方法であって、BKV核酸を含有する疑いのあるサンプル中の少なくとも第1の核酸の存在または非存在を検出することを含み、第1の核酸は以下の標的配列:
TGTACATTCAGGAGAGTTTATAGAAAAAACTATTGCCCCAGGAGGTGCTA ATCAAAGAACTGCTCCTCAATGGATGTTGCCTTTACTTCTAGGCCTGTAC GGGACTGTAACACCTGCTCTTGAAGCAT (SEQ ID NO:02)
またはその相補配列の少なくとも20個の連続するヌクレオチドを含有し、第1の核酸の5’および3’末端はSEQ ID NO:2内に含有され;
標的配列を有する核酸の非存在の検出は、サンプルがBKV核酸を含有することを示す、上記方法。 - 該検出が核酸に基づく増幅によるものである、請求項8記載の方法。
- 増幅産物が約30ヌクレオチド長またはそれ未満である、請求項9記載の方法。
- BKV核酸を含有する疑いのあるサンプル中の少なくとも第2の核酸の存在または非存在を検出することを更に含み、第2の核酸は以下の標的配列:
AACAAAAAAAAGAGCTCAGAGGATTTTTATTTTTATTTTAGAGCTTTTGC TGGAATTTTGTAGAGGTGAAGACAGTGTAGACGGGAAAAACAAAGGTAC CACTGCTTTACCTGCTGTAAAAGACTCTGTAAAAGACTCCTAGGTAAGTAAT (SEQ ID NO:01)
またはその相補配列の少なくとも20個の連続するヌクレオチドを含有する、請求項8記載の方法。 - BKV核酸を含有する疑いのあるサンプル中の少なくとも第2の核酸の存在または非存在を検出することを更に含み、第2の核酸は以下の標的配列:
AGTAAGTATTCCTTATTAACACCCTTACAAATTAAAAAACTAAAGGTACA CAGCTTTTGACAGAAATTATTAATTGCAGAAACTCTATGTCTATGTGGAG TTAAAAAGAATATAATATTATGCCCAGCACACATGTGTCTACTAATGAAA GTTACAGAATATTTTTCCATAAGTTTTTTATACAGAATTTGAGCTTTTTCT TTAGTAGTATACACAGCAAAGCAGGCAAGGGTTCTATTACTAAATACAGC TTGACTAAGAAACTGGTGTAGATCAGAGGGAAAGTCTTTAGGGTCTTCTA CCTTTCTCTTTTTCTTGGGTGGTGTGGAGTGTTGAGAATCTGCTGTTGCTT CTTCATCACTGGCAAACATATCTTCATGGCAAAATAAATCTTCATCCCATT TTTCATTAAAGGAGCTCCACCAGGACTCCCACTCTTCTGTTCCATAGGTTG GCACCTATAA (SEQ ID NO:03)
またはその相補配列の少なくとも20個の連続するヌクレオチドを含有する、請求項8記載の方法。 - BKV核酸を含有する疑いのあるサンプル中の少なくとも第2の核酸の存在または非存在を検出することを更に含み、第2の核酸は以下の標的配列:
ATGGGTGCTGCTCTAGCACTTTTGGGGGACCTAGTTGCCAGTGTATCTGA GGCTGCTGCTGCCACAGGATTTTCAGTGGCTGAAATTGCTGCTGGGGAGG CTGCTGCTGCTATAGAAGTTCAAATTGCATCCCTTGCTACTGTAGAGGGC ATAACAAGTACCTCAGAGGCTATAGCTGCCATAGGCCTAACTCCTCAAAC ATATGCTGTAATTGCTGGTGCTCCTGGGGCTATTGCTGGGTTTGCTGCTTTAA (SEQ ID NO:04)
またはその相補配列の少なくとも20個の連続するヌクレオチドを含有する、請求項8記載の方法。 - BKV核酸を含有する疑いのあるサンプル中の少なくとも第2の核酸の存在または非存在を検出することを更に含み、第2の核酸は以下の標的配列:
GGGGCTGAAGTATCTGAGACTTGGGAAGAGCATTGTGATTGGGATTCAGT GCTTGATCCATGTCCAGAGTCTTCAGTTTCTGAATC (SEQ ID NO:05)
またはその相補配列の少なくとも20個の連続するヌクレオチドを含有する、請求項8記載の方法。 - サンプル中のBKウイルス(BKV)核酸を検出する方法であって、BKV核酸を含有する疑いのあるサンプル中の少なくとも第1の核酸の存在または非存在を検出することを含み、第1の核酸は以下の標的配列:
ATGGGTGCTGCTCTAGCACTTTTGGGGGACCTAGTTGCCAGTGTATCTGA GGCTGCTGCTGCCACAGGATTTTCAGTGGCTGAAATTGCTGCTGGGGAGG CTGCTGCTGCTATAGAAGTTCAAATTGCATCCCTTGCTACTGTAGAGGGC ATAACAAGTACCTCAGAGGCTATAGCTGCCATAGGCCTAACTCCTCAAAC ATATGCTGTAATTGCTGGTGCTCCTGGGGCTATTGCTGGGTTTGCTGCTTTAA (SEQ ID NO:04)
またはその相補配列の少なくとも20個の連続するヌクレオチドを含有し、第1の核酸の5’および3’末端はSEQ ID NO:4内に含有され;
標的配列を有する核酸の存在の検出は、サンプルがBKV核酸を含有することを示す、上記方法。 - 該検出が核酸に基づく増幅によるものである、請求項15記載の方法。
- 増幅産物が約30ヌクレオチド長またはそれ未満である、請求項16記載の方法。
- BKV核酸を含有する疑いのあるサンプル中の少なくとも第2の核酸の存在または非存在を検出することを更に含み、第2の核酸は以下の標的配列:
AACAAAAAAAAGAGCTCAGAGGATTTTTATTTTTATTTTAGAGCTTTTGC TGGAATTTTGTAGAGGTGAAGACAGTGTAGACGGGAAAAACAAAGGTAC CACTGCTTTACCTGCTGTAAAAGACTCTGTAAAAGACTCCTAGGTAAGTAAT (SEQ ID NO:01)
またはその相補配列の少なくとも20個の連続するヌクレオチドを含有する、請求項15記載の方法。 - BKV核酸を含有する疑いのあるサンプル中の少なくとも第2の核酸の存在または非存在を検出することを更に含み、第2の核酸は以下の標的配列:
AGTAAGTATTCCTTATTAACACCCTTACAAATTAAAAAACTAAAGGTACA CAGCTTTTGACAGAAATTATTAATTGCAGAAACTCTATGTCTATGTGGAG TTAAAAAGAATATAATATTATGCCCAGCACACATGTGTCTACTAATGAAA GTTACAGAATATTTTTCCATAAGTATTTTTTATAACAGAATTTGAGCTTTTTCT TTAGTAGTATACACAGCAAAGCAGGCAAGGGTTCTATTACTAAATACAGC TTGACTAAGAAACTGGTGTAGATCAGAGGGAAAGTCTTTAGGGTCTTCTA CCTTTCTCTTTTTCTTGGGTGGTGTGGAGTGTTGAGAATCTGCTGTTGCTT CTTCATCACTGGCAAACATATCTTCATGGCAAAATAAATCTTCATCCCATT TTTCATTAAAGGAGCTCCACCAGGACTCCCACTCTTCTGTTCCATAGGTTG GCACCTATAA (SEQ ID NO:03)
またはその相補配列の少なくとも20個の連続するヌクレオチドを含有する、請求項15記載の方法。 - BKV核酸を含有する疑いのあるサンプル中の少なくとも第2の核酸の存在または非存在を検出することを更に含み、第2の核酸は以下の標的配列:
TGTACATTCAGGAGAGTTTATAGAAAAAACTATTGCCCCAGGAGGTGCTA ATCAAAGAACTGCTCCTCAATGGATGTTGCCTTTACTTCTAGGCCTGTAC GGGACTGTAACACCTGCTCTTGAAGCAT (SEQ ID NO:02)
またはその相補配列の少なくとも20個の連続するヌクレオチドを含有する、請求項15記載の方法。 - BKV核酸を含有する疑いのあるサンプル中の少なくとも第2の核酸の存在または非存在を検出することを更に含み、第2の核酸は以下の標的配列:
GGGGCTGAAGTATCTGAGACTTGGGAAGAGCATTGTGATTGGGATTCAGT GCTTGATCCATGTCCAGAGTCTTCAGTTTCTGAATC (SEQ ID NO:05)
またはその相補配列の少なくとも20個の連続するヌクレオチドを含有する、請求項15記載の方法。 - サンプル中のBKウイルス(BKV)核酸を検出する方法であって、BKV核酸を含有する疑いのあるサンプル中の少なくとも第1の核酸の存在または非存在を検出することを含み、第1の核酸は以下の標的配列:
GGGGCTGAAGTATCTGAGACTTGGGAAGAGCATTGTGATTGGGATTCAGT GCTTGATCCATGTCCAGAGTCTTCAGTTTCTGAATC (SEQ ID NO:05)
またはその相補配列の少なくとも20個の連続するヌクレオチドを含有し、第1の核酸の5’および3’末端はSEQ ID NO:5内に含有され;
標的配列を有する核酸の存在の検出は、サンプルがBKV核酸を含有することを示す、上記方法。 - 該検出が核酸に基づく増幅によるものである、請求項22記載の方法。
- 増幅産物が約30ヌクレオチド長またはそれ未満である、請求項23記載の方法。
- BKV核酸を含有する疑いのあるサンプル中の少なくとも第2の核酸の存在または非存在を検出することを更に含み、第2の核酸は以下の標的配列:
AACAAAAAAAAGAGCTCAGAGGATTTTTATTTTTATTTTAGAGCTTTTGC TGGAATTTTGTAGAGGTGAAGACAGTGTAGACGGGAAAAACAAAGGTAC CACTGCTTTACCTGCTGTAAAAGACTCTGTAAAAGACTCCTAGGTAAGTAAT (SEQ ID NO:01)
またはその相補配列の少なくとも20個の連続するヌクレオチドを含有する、請求項22記載の方法。 - BKV核酸を含有する疑いのあるサンプル中の少なくとも第2の核酸の存在または非存在を検出することを更に含み、第2の核酸は以下の標的配列:
AGTAAGTATTCCTTATTAACACCCTTACAAATTAAAAAACTAAAGGTACA CAGCTTTTGACAGAAATTATTAATTGCAGAAACTCTATGTCTATGTGGAG TTAAAAAGAATATAATATTATGCCCAGCACACATGTGTCTACTAATGAAA GTTACAGAATATTTTTCCATAAGTATTTTTTATAACAGAATTTGAGCTTTTTCT TTAGTAGTATACACAGCAAAGCAGGCAAGGGTTCTATTACTAAATACAGC TTGACTAAGAAACTGGTGTAGATCAGAGGGAAAGTCTTTAGGGTCTTCTA CCTTTCTCTTTTTCTTGGGTGGTGTGGAGTGTTGAGAATCTGCTGTTGCTT CTTCATCACTGGCAAACATATCTTCATGGCAAAATAAATCTTCATCCCATT TTTCATTAAAGGAGCTCCACCAGGACTCCCACTCTTCTGTTCCATAGGTTG GCACCTATAA (SEQ ID NO:03)
またはその相補配列の少なくとも20個の連続するヌクレオチドを含有する、請求項22記載の方法。 - BKV核酸を含有する疑いのあるサンプル中の少なくとも第2の核酸の存在または非存在を検出することを更に含み、第2の核酸は以下の標的配列:
TGTACATTCAGGAGAGTTTATAGAAAAAACTATTGCCCCAGGAGGTGCTA ATCAAAGAACTGCTCCTCAATGGATGTTGCCTTTACTTCTAGGCCTGTAC GGGACTGTAACACCTGCTCTTGAAGCAT (SEQ ID NO:02)
またはその相補配列の少なくとも20個の連続するヌクレオチドを含有する、請求項22記載の方法。 - BKV核酸を含有する疑いのあるサンプル中の少なくとも第2の核酸の存在または非存在を検出することを更に含み、第2の核酸は以下の標的配列:
ATGGGTGCTGCTCTAGCACTTTTGGGGGACCTAGTTGCCAGTGTATCTGA GGCTGCTGCTGCCACAGGATTTTCAGTGGCTGAAATTGCTGCTGGGGAGG CTGCTGCTGCTATAGAAGTTCAAATTGCATCCCTTGCTACTGTAGAGGGC ATAACAAGTACCTCAGAGGCTATAGCTGCCATAGGCCTAACTCCTCAAAC ATATGCTGTAATTGCTGGTGCTCCTGGGGCTATTGCTGGGTTTGCTGCTTTAA (SEQ ID NO:04)
またはその相補配列の少なくとも20個の連続するヌクレオチドを含有する、請求項22記載の方法。 - 標的領域I、II、III、IV、またはVの1またはそれ以上のヌクレオチド配列の増幅産物の生成に好適なプライマー・ペアを含むキット。
- 増幅産物の検出のためのプローブを更に含む、請求項29記載のキット。
- キットが標的領域の少なくとも2つの増幅産物の生成のための少なくとも2つのプライマー・ペアを含む、請求項29記載のキット。
- 以下のいずれか:
(i) AACAAAAAAAAGAGCTCAGAGGATTTTTATTTTTATTTTAGAGCTTTTG
CTGGAATTTTGTAGAGGTGAAGACAGTGTAGACGGGAAAAACAAAGGTACCAC
TGCTTTACCTGCTGTAAAAGACTCTGTAAAAGACTCCTAGGTAAGTAAT (SEQ ID NO:01)
またはその相補配列(核酸は約151ヌクレオチド長を超えない);
(ii) TGTACATTCAGGAGAGTTTATAGAAAAAACTATTGCCCCAGGAGGTG
CTAATCAAAGAACTGCTCCTCAATGGATGTTGCCTTTACTTCTAGGCCTGTACGG
GACTGTAACACCTGCTCTTGAAGCAT (SEQ ID NO:02)
またはその相補配列(核酸は約128ヌクレオチド長を超えない);
(iii) ATGGGTGCTGCTCTAGCACTTTTGGGGGACCTAGTTGCCAGTGTATCT
GAGGCTGCTGCTGCCACAGGATTTTCAGTGGCTGAAATTGCTGCTGGGGAGGCT
GCTGCTGCTATAGAAGTTCAAATTGCATCCCTTGCTACTGTAGAGGGCATAACA
AGTACCTCAGAGGCTATAGCTGCCATAGGCCTAACTCCTCAAACATATGCTGTA
ATTGCTGGTGCTCCTGGGGCTATTGCTGGGTTTGCTGCTTTAA (SEQ ID NO:04)
またはその相補配列(核酸は約253ヌクレオチド長を超えない);
(iv) GGGGCTGAAGTATCTGAGACTTGGGAAGAGCATTGTGATTGGGATTC
AGTGCTTGATCCATGTCCAGAGTCTTCAGTTTCTGAATC (SEQ ID NO:05),
またはその相補配列(核酸は約86ヌクレオチド長を超えない)
の少なくとも20個の連続するヌクレオチドの単離された核酸。 - 核酸が検出可能なように標識されている、請求項32記載の単離された核酸。
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Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2020501600A (ja) * | 2016-11-09 | 2020-01-23 | エフ.ホフマン−ラ ロシュ アーゲーF. Hoffmann−La Roche Aktiengesellschaft | Bkウイルスの検出のための組成物および方法 |
WO2020256529A1 (ko) * | 2019-06-21 | 2020-12-24 | 울산대학교 산학협력단 | 신장이식 후 bk 바이러스 감염성 신병증의 진단 또는 신장이식 후 환자의 예후 예측을 위한 소변 엑소좀 바이오마커 |
Families Citing this family (15)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US7892795B2 (en) | 2005-08-02 | 2011-02-22 | Focus Diagnostics, Inc. | Methods and compositions for detecting BK virus |
US20090246754A1 (en) * | 2008-02-19 | 2009-10-01 | Intelligent Mdx | Optimized probes and primers and methods of using same for the detection and quantitation of bk virus |
JP2011512160A (ja) * | 2008-02-20 | 2011-04-21 | アイエム テクノロジーズ, インコーポレイテッド | ポリオーマウイルスの検出 |
WO2009126517A2 (en) * | 2008-04-09 | 2009-10-15 | Intelligent Medical Devices, Inc. | Optimized probes and primers and methods of using same for the detection, quantification and grouping of hiv-1 |
CN102344970B (zh) * | 2010-07-27 | 2013-01-23 | 温州医学院附属第一医院 | 同时检测人cmv和bk病毒dna的引物序列及定量检测试剂盒 |
CN102154523B (zh) * | 2011-04-07 | 2013-01-02 | 温岭市第一人民医院 | 检测人bk病毒核酸的引物与荧光探针及其应用 |
CN102690894B (zh) * | 2011-06-08 | 2013-05-01 | 中国人民解放军第三〇九医院 | 一种bk病毒的检测方法、其试剂盒及应用 |
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CN104745723A (zh) * | 2015-01-30 | 2015-07-01 | 湖北永邦医疗科技有限公司 | 一种用于检测bk病毒的引物、探针和试剂盒 |
WO2019168402A1 (en) * | 2018-03-02 | 2019-09-06 | Academisch Ziekenhuis Leiden H.O.D.N. Lumc | Inhibition of polyomavirus replication |
FR3082524B1 (fr) * | 2018-06-18 | 2022-03-25 | Univ Paris Sud | Methode de stratification du risque de nephropathie a bk-virus apres transplantation renale |
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CN111733298B (zh) * | 2020-08-25 | 2020-11-20 | 圣湘生物科技股份有限公司 | 检测多瘤病毒并分型的组合物、试剂盒、方法及其用途 |
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Family Cites Families (27)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US4318846A (en) | 1979-09-07 | 1982-03-09 | Syva Company | Novel ether substituted fluorescein polyamino acid compounds as fluorescers and quenchers |
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US4415732A (en) | 1981-03-27 | 1983-11-15 | University Patents, Inc. | Phosphoramidite compounds and processes |
US4605735A (en) | 1983-02-14 | 1986-08-12 | Wakunaga Seiyaku Kabushiki Kaisha | Oligonucleotide derivatives |
US4683202A (en) | 1985-03-28 | 1987-07-28 | Cetus Corporation | Process for amplifying nucleic acid sequences |
US4683195A (en) | 1986-01-30 | 1987-07-28 | Cetus Corporation | Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences |
US4757141A (en) | 1985-08-26 | 1988-07-12 | Applied Biosystems, Incorporated | Amino-derivatized phosphite and phosphate linking agents, phosphoramidite precursors, and useful conjugates thereof |
US4889818A (en) | 1986-08-22 | 1989-12-26 | Cetus Corporation | Purified thermostable enzyme |
US5541308A (en) * | 1986-11-24 | 1996-07-30 | Gen-Probe Incorporated | Nucleic acid probes for detection and/or quantitation of non-viral organisms |
US5283174A (en) | 1987-09-21 | 1994-02-01 | Gen-Probe, Incorporated | Homogenous protection assay |
US5639604A (en) | 1987-09-21 | 1997-06-17 | Gen-Probe Incorporated | Homogeneous protection assay |
US6004745A (en) | 1987-09-21 | 1999-12-21 | Gen-Probe Incorporated | Hybridization protection assay |
US5585481A (en) | 1987-09-21 | 1996-12-17 | Gen-Probe Incorporated | Linking reagents for nucleotide probes |
US4914210A (en) | 1987-10-02 | 1990-04-03 | Cetus Corporation | Oligonucleotide functionalizing reagents |
US5185439A (en) | 1987-10-05 | 1993-02-09 | Gen-Probe Incorporated | Acridinium ester labelling and purification of nucleotide probes |
CA1340807C (en) | 1988-02-24 | 1999-11-02 | Lawrence T. Malek | Nucleic acid amplification process |
JP2650159B2 (ja) | 1988-02-24 | 1997-09-03 | アクゾ・ノベル・エヌ・ベー | 核酸増幅方法 |
US5849481A (en) | 1990-07-27 | 1998-12-15 | Chiron Corporation | Nucleic acid hybridization assays employing large comb-type branched polynucleotides |
US5213796A (en) | 1991-05-06 | 1993-05-25 | Dana Farber Cancer Institute | Assay for polyomavirus in humans and uses thereof |
US5538848A (en) | 1994-11-16 | 1996-07-23 | Applied Biosystems Division, Perkin-Elmer Corp. | Method for detecting nucleic acid amplification using self-quenching fluorescence probe |
US6127121A (en) * | 1998-04-03 | 2000-10-03 | Epoch Pharmaceuticals, Inc. | Oligonucleotides containing pyrazolo[3,4-D]pyrimidines for hybridization and mismatch discrimination |
AU2001237256A1 (en) | 2000-03-08 | 2001-09-17 | Neurosearch A/S | A method of sensitising endothelial cells to prodrugs |
US6605602B1 (en) | 2001-09-28 | 2003-08-12 | University Of Pittsburgh-Of The Commonwealth System Of Higher Education | Method of treating BK virus nephropathy |
EP1448793B1 (en) * | 2001-12-08 | 2008-09-03 | Seegene, Inc. | Annealing control primer and its uses |
US7892795B2 (en) * | 2005-08-02 | 2011-02-22 | Focus Diagnostics, Inc. | Methods and compositions for detecting BK virus |
US7691824B2 (en) * | 2006-04-28 | 2010-04-06 | Alnylam Pharmaceuticals, Inc. | Compositions and methods for inhibiting expression of a gene from the JC virus |
WO2007130519A2 (en) | 2006-05-02 | 2007-11-15 | Government Of The Usa, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services | Viral nucleic acid microarray and method of use |
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Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2020501600A (ja) * | 2016-11-09 | 2020-01-23 | エフ.ホフマン−ラ ロシュ アーゲーF. Hoffmann−La Roche Aktiengesellschaft | Bkウイルスの検出のための組成物および方法 |
WO2020256529A1 (ko) * | 2019-06-21 | 2020-12-24 | 울산대학교 산학협력단 | 신장이식 후 bk 바이러스 감염성 신병증의 진단 또는 신장이식 후 환자의 예후 예측을 위한 소변 엑소좀 바이오마커 |
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