CN110423844A - 检测bk病毒的方法和组合物 - Google Patents
检测bk病毒的方法和组合物 Download PDFInfo
- Publication number
- CN110423844A CN110423844A CN201910529553.9A CN201910529553A CN110423844A CN 110423844 A CN110423844 A CN 110423844A CN 201910529553 A CN201910529553 A CN 201910529553A CN 110423844 A CN110423844 A CN 110423844A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- nucleic acid
- sequence
- bkv
- seq
- detection
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 241000829111 Human polyomavirus 1 Species 0.000 title claims abstract description 274
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 158
- 239000000203 mixture Substances 0.000 title abstract description 20
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims abstract description 277
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims abstract description 248
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims abstract description 206
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims abstract description 206
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims abstract description 153
- 238000012360 testing method Methods 0.000 claims abstract description 34
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 104
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 103
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 103
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims description 87
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 82
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims description 82
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 82
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims description 77
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 56
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims description 27
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 claims description 18
- 238000007899 nucleic acid hybridization Methods 0.000 claims description 11
- 238000007689 inspection Methods 0.000 claims description 2
- 239000013615 primer Substances 0.000 description 176
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 112
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 50
- 239000002987 primer (paints) Substances 0.000 description 38
- 241000701460 JC polyomavirus Species 0.000 description 35
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 35
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 34
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 32
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 32
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 31
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 30
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 22
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 20
- 239000002585 base Substances 0.000 description 18
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 17
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 17
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 16
- RXNXLAHQOVLMIE-UHFFFAOYSA-N phenyl 10-methylacridin-10-ium-9-carboxylate Chemical compound C12=CC=CC=C2[N+](C)=C2C=CC=CC2=C1C(=O)OC1=CC=CC=C1 RXNXLAHQOVLMIE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 16
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 14
- 210000004940 nucleus Anatomy 0.000 description 14
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 13
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 13
- 108020005187 Oligonucleotide Probes Proteins 0.000 description 13
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 13
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 13
- 229940088598 enzyme Drugs 0.000 description 13
- 239000000463 material Substances 0.000 description 13
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 description 13
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 13
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 12
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 12
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 12
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 12
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 12
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 10
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 10
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 9
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 9
- PMZURENOXWZQFD-UHFFFAOYSA-L Sodium Sulfate Chemical compound [Na+].[Na+].[O-]S([O-])(=O)=O PMZURENOXWZQFD-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 9
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 9
- -1 phosphotriester Chemical compound 0.000 description 9
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 9
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 9
- 238000012772 sequence design Methods 0.000 description 9
- 229910052938 sodium sulfate Inorganic materials 0.000 description 9
- 235000011152 sodium sulphate Nutrition 0.000 description 9
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 8
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 8
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 8
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 8
- 238000011895 specific detection Methods 0.000 description 8
- 230000008859 change Effects 0.000 description 7
- 230000004087 circulation Effects 0.000 description 7
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 7
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 7
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 7
- ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N Formamide Chemical compound NC=O ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 description 6
- 108091036078 conserved sequence Proteins 0.000 description 6
- 230000000875 corresponding effect Effects 0.000 description 6
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 6
- 238000010828 elution Methods 0.000 description 6
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 6
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 6
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 6
- 238000002864 sequence alignment Methods 0.000 description 6
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 5
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 5
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 5
- 238000013461 design Methods 0.000 description 5
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 5
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 5
- 230000007062 hydrolysis Effects 0.000 description 5
- 238000006460 hydrolysis reaction Methods 0.000 description 5
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 5
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 5
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 5
- 238000002887 multiple sequence alignment Methods 0.000 description 5
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 description 5
- 125000003835 nucleoside group Chemical group 0.000 description 5
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 5
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 5
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 5
- 206010029164 Nephrotic syndrome Diseases 0.000 description 4
- IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N Thymidine Chemical group O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N 0.000 description 4
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical group O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- DZBUGLKDJFMEHC-UHFFFAOYSA-N acridine Chemical compound C1=CC=CC2=CC3=CC=CC=C3N=C21 DZBUGLKDJFMEHC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 239000012491 analyte Substances 0.000 description 4
- 238000004422 calculation algorithm Methods 0.000 description 4
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 4
- PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N gold Chemical compound [Au] PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 239000010931 gold Substances 0.000 description 4
- 229910052737 gold Inorganic materials 0.000 description 4
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 4
- 239000002184 metal Substances 0.000 description 4
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 description 4
- 208000009928 nephrosis Diseases 0.000 description 4
- 231100001027 nephrosis Toxicity 0.000 description 4
- 210000002381 plasma Anatomy 0.000 description 4
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 4
- 238000010791 quenching Methods 0.000 description 4
- 230000006798 recombination Effects 0.000 description 4
- 238000005215 recombination Methods 0.000 description 4
- 238000011160 research Methods 0.000 description 4
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 4
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 4
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 4
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 4
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 4
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 4
- 230000014616 translation Effects 0.000 description 4
- 108090001008 Avidin Proteins 0.000 description 3
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 description 3
- 108091035707 Consensus sequence Proteins 0.000 description 3
- 108090000626 DNA-directed RNA polymerases Proteins 0.000 description 3
- 102000004163 DNA-directed RNA polymerases Human genes 0.000 description 3
- 102100031780 Endonuclease Human genes 0.000 description 3
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 3
- 241000282326 Felis catus Species 0.000 description 3
- 108020004711 Nucleic Acid Probes Proteins 0.000 description 3
- 241001505332 Polyomavirus sp. Species 0.000 description 3
- 239000004793 Polystyrene Substances 0.000 description 3
- 241000218636 Thuja Species 0.000 description 3
- 239000003513 alkali Substances 0.000 description 3
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 3
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 3
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 3
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 description 3
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 description 3
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 3
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 3
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 3
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 3
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 3
- 230000001506 immunosuppresive effect Effects 0.000 description 3
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 3
- MYWUZJCMWCOHBA-VIFPVBQESA-N methamphetamine Chemical compound CN[C@@H](C)CC1=CC=CC=C1 MYWUZJCMWCOHBA-VIFPVBQESA-N 0.000 description 3
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 3
- 239000002853 nucleic acid probe Substances 0.000 description 3
- 231100000614 poison Toxicity 0.000 description 3
- 239000002574 poison Substances 0.000 description 3
- 238000006116 polymerization reaction Methods 0.000 description 3
- 229920002223 polystyrene Polymers 0.000 description 3
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 description 3
- 230000008569 process Effects 0.000 description 3
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 3
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 3
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 3
- 238000003860 storage Methods 0.000 description 3
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 2
- 102000040650 (ribonucleotides)n+m Human genes 0.000 description 2
- KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N 7H-purine Chemical compound N1=CNC2=NC=NC2=C1 KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108091093088 Amplicon Proteins 0.000 description 2
- 241000208340 Araliaceae Species 0.000 description 2
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 2
- DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N Beta-D-1-Arabinofuranosylthymine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1C(O)C(O)C(CO)O1 DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- KXDHJXZQYSOELW-UHFFFAOYSA-M Carbamate Chemical compound NC([O-])=O KXDHJXZQYSOELW-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 108010017826 DNA Polymerase I Proteins 0.000 description 2
- 102000004594 DNA Polymerase I Human genes 0.000 description 2
- 108020001019 DNA Primers Proteins 0.000 description 2
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 description 2
- 108010042407 Endonucleases Proteins 0.000 description 2
- MHAJPDPJQMAIIY-UHFFFAOYSA-N Hydrogen peroxide Chemical compound OO MHAJPDPJQMAIIY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- YNAVUWVOSKDBBP-UHFFFAOYSA-N Morpholine Chemical compound C1COCCN1 YNAVUWVOSKDBBP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 235000005035 Panax pseudoginseng ssp. pseudoginseng Nutrition 0.000 description 2
- 235000003140 Panax quinquefolius Nutrition 0.000 description 2
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N Phosphoric acid Chemical compound OP(O)(O)=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000002202 Polyethylene glycol Substances 0.000 description 2
- 108091034057 RNA (poly(A)) Proteins 0.000 description 2
- 108091028664 Ribonucleotide Proteins 0.000 description 2
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 2
- 241000589500 Thermus aquaticus Species 0.000 description 2
- 125000004103 aminoalkyl group Chemical group 0.000 description 2
- 210000004381 amniotic fluid Anatomy 0.000 description 2
- 230000000840 anti-viral effect Effects 0.000 description 2
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 2
- 235000021028 berry Nutrition 0.000 description 2
- IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N beta-L-thymidine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1OC(CO)C(O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000027455 binding Effects 0.000 description 2
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 2
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 2
- 238000010804 cDNA synthesis Methods 0.000 description 2
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 2
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 2
- 230000029087 digestion Effects 0.000 description 2
- 150000002148 esters Chemical class 0.000 description 2
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 2
- 235000008434 ginseng Nutrition 0.000 description 2
- 229930182478 glucoside Natural products 0.000 description 2
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 description 2
- 239000004615 ingredient Substances 0.000 description 2
- 208000017169 kidney disease Diseases 0.000 description 2
- 238000004806 packaging method and process Methods 0.000 description 2
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 2
- 239000013610 patient sample Substances 0.000 description 2
- PTMHPRAIXMAOOB-UHFFFAOYSA-L phosphoramidate Chemical compound NP([O-])([O-])=O PTMHPRAIXMAOOB-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- 229910052698 phosphorus Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000011574 phosphorus Substances 0.000 description 2
- 229920001223 polyethylene glycol Polymers 0.000 description 2
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 2
- ZCCUUQDIBDJBTK-UHFFFAOYSA-N psoralen Chemical compound C1=C2OC(=O)C=CC2=CC2=C1OC=C2 ZCCUUQDIBDJBTK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000000171 quenching effect Effects 0.000 description 2
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 2
- 230000008085 renal dysfunction Effects 0.000 description 2
- 210000002345 respiratory system Anatomy 0.000 description 2
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 2
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 2
- 230000028327 secretion Effects 0.000 description 2
- KZNICNPSHKQLFF-UHFFFAOYSA-N succinimide Chemical compound O=C1CCC(=O)N1 KZNICNPSHKQLFF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 description 2
- 229940104230 thymidine Drugs 0.000 description 2
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 2
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 description 2
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ASJSAQIRZKANQN-CRCLSJGQSA-N 2-deoxy-D-ribose Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)CC=O ASJSAQIRZKANQN-CRCLSJGQSA-N 0.000 description 1
- 108020005065 3' Flanking Region Proteins 0.000 description 1
- 108020005345 3' Untranslated Regions Proteins 0.000 description 1
- 108010037497 3'-nucleotidase Proteins 0.000 description 1
- VXGRJERITKFWPL-UHFFFAOYSA-N 4',5'-Dihydropsoralen Natural products C1=C2OC(=O)C=CC2=CC2=C1OCC2 VXGRJERITKFWPL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108020005029 5' Flanking Region Proteins 0.000 description 1
- 108010011619 6-Phytase Proteins 0.000 description 1
- BZTDTCNHAFUJOG-UHFFFAOYSA-N 6-carboxyfluorescein Chemical compound C12=CC=C(O)C=C2OC2=CC(O)=CC=C2C11OC(=O)C2=CC=C(C(=O)O)C=C21 BZTDTCNHAFUJOG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- HRPVXLWXLXDGHG-UHFFFAOYSA-N Acrylamide Chemical compound NC(=O)C=C HRPVXLWXLXDGHG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 description 1
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010055181 BK virus infection Diseases 0.000 description 1
- 241000193830 Bacillus <bacterium> Species 0.000 description 1
- ZOXJGFHDIHLPTG-UHFFFAOYSA-N Boron Chemical compound [B] ZOXJGFHDIHLPTG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CURLTUGMZLYLDI-UHFFFAOYSA-N Carbon dioxide Chemical compound O=C=O CURLTUGMZLYLDI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000040710 Chela Species 0.000 description 1
- 108020003215 DNA Probes Proteins 0.000 description 1
- 239000003298 DNA probe Substances 0.000 description 1
- 230000006820 DNA synthesis Effects 0.000 description 1
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 1
- IAYPIBMASNFSPL-UHFFFAOYSA-N Ethylene oxide Chemical class C1CO1 IAYPIBMASNFSPL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000193385 Geobacillus stearothermophilus Species 0.000 description 1
- 108010001483 Glycogen Synthase Proteins 0.000 description 1
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 241001597008 Nomeidae Species 0.000 description 1
- 239000004677 Nylon Substances 0.000 description 1
- RCEAADKTGXTDOA-UHFFFAOYSA-N OS(O)(=O)=O.CCCCCCCCCCCC[Na] Chemical compound OS(O)(=O)=O.CCCCCCCCCCCC[Na] RCEAADKTGXTDOA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108091093037 Peptide nucleic acid Proteins 0.000 description 1
- 108010010677 Phosphodiesterase I Proteins 0.000 description 1
- OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N Phosphorus Chemical compound [P] OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004952 Polyamide Substances 0.000 description 1
- 206010060862 Prostate cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000000236 Prostatic Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 108010076504 Protein Sorting Signals Proteins 0.000 description 1
- CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N Pyrimidine Chemical compound C1=CN=CN=C1 CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 108010077895 Sarcosine Proteins 0.000 description 1
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 description 1
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 description 1
- 101710137500 T7 RNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 241000205180 Thermococcus litoralis Species 0.000 description 1
- 241000589596 Thermus Species 0.000 description 1
- 241000589499 Thermus thermophilus Species 0.000 description 1
- 108091023045 Untranslated Region Proteins 0.000 description 1
- 108020005202 Viral DNA Proteins 0.000 description 1
- 108020000999 Viral RNA Proteins 0.000 description 1
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 1
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 description 1
- PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N aldehydo-D-ribose Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N 0.000 description 1
- 239000012670 alkaline solution Substances 0.000 description 1
- 239000002168 alkylating agent Substances 0.000 description 1
- 229940100198 alkylating agent Drugs 0.000 description 1
- 229910000147 aluminium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 1
- 230000003466 anti-cipated effect Effects 0.000 description 1
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 1
- 239000003443 antiviral agent Substances 0.000 description 1
- 229940121357 antivirals Drugs 0.000 description 1
- 230000003416 augmentation Effects 0.000 description 1
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 1
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 1
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 1
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 1
- 230000006287 biotinylation Effects 0.000 description 1
- 238000007413 biotinylation Methods 0.000 description 1
- 229910052796 boron Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000003139 buffering effect Effects 0.000 description 1
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 1
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 1
- 235000011089 carbon dioxide Nutrition 0.000 description 1
- 230000003197 catalytic effect Effects 0.000 description 1
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 1
- 230000007969 cellular immunity Effects 0.000 description 1
- 239000001913 cellulose Substances 0.000 description 1
- 229920002678 cellulose Polymers 0.000 description 1
- 210000001175 cerebrospinal fluid Anatomy 0.000 description 1
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 1
- 239000005081 chemiluminescent agent Substances 0.000 description 1
- 238000002512 chemotherapy Methods 0.000 description 1
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 238000010835 comparative analysis Methods 0.000 description 1
- 230000000536 complexating effect Effects 0.000 description 1
- 239000002131 composite material Substances 0.000 description 1
- 238000004590 computer program Methods 0.000 description 1
- 239000003636 conditioned culture medium Substances 0.000 description 1
- 238000012790 confirmation Methods 0.000 description 1
- 239000005289 controlled pore glass Substances 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- 238000012937 correction Methods 0.000 description 1
- 230000002596 correlated effect Effects 0.000 description 1
- 239000006071 cream Substances 0.000 description 1
- 238000004163 cytometry Methods 0.000 description 1
- RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J dCTP(4-) Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1O[C@H](COP([O-])(=O)OP([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O)[C@@H](O)C1 RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J 0.000 description 1
- HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N dGTP Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N 0.000 description 1
- NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N dTTP Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C1 NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N 0.000 description 1
- 230000007423 decrease Effects 0.000 description 1
- 230000007812 deficiency Effects 0.000 description 1
- 239000003398 denaturant Substances 0.000 description 1
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 1
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 1
- 238000000151 deposition Methods 0.000 description 1
- 238000010612 desalination reaction Methods 0.000 description 1
- 230000010460 detection of virus Effects 0.000 description 1
- MCWXGJITAZMZEV-UHFFFAOYSA-N dimethoate Chemical compound CNC(=O)CSP(=S)(OC)OC MCWXGJITAZMZEV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000003292 diminished effect Effects 0.000 description 1
- NAGJZTKCGNOGPW-UHFFFAOYSA-K dioxido-sulfanylidene-sulfido-$l^{5}-phosphane Chemical compound [O-]P([O-])([S-])=S NAGJZTKCGNOGPW-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 238000010494 dissociation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000005593 dissociations Effects 0.000 description 1
- 238000009826 distribution Methods 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 238000009509 drug development Methods 0.000 description 1
- 230000009977 dual effect Effects 0.000 description 1
- 239000012149 elution buffer Substances 0.000 description 1
- 239000003623 enhancer Substances 0.000 description 1
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 1
- 239000002532 enzyme inhibitor Substances 0.000 description 1
- 229940125532 enzyme inhibitor Drugs 0.000 description 1
- 108700020302 erbB-2 Genes Proteins 0.000 description 1
- 238000010931 ester hydrolysis Methods 0.000 description 1
- 230000005284 excitation Effects 0.000 description 1
- 238000013401 experimental design Methods 0.000 description 1
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 1
- 210000003608 fece Anatomy 0.000 description 1
- GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N fluorescein Chemical compound O1C(=O)C2=CC=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 1
- 238000011010 flushing procedure Methods 0.000 description 1
- 238000009472 formulation Methods 0.000 description 1
- 238000004108 freeze drying Methods 0.000 description 1
- 230000007614 genetic variation Effects 0.000 description 1
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 1
- 230000005283 ground state Effects 0.000 description 1
- 239000001963 growth medium Substances 0.000 description 1
- 230000003760 hair shine Effects 0.000 description 1
- 230000003301 hydrolyzing effect Effects 0.000 description 1
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 1
- 230000002779 inactivation Effects 0.000 description 1
- 239000000411 inducer Substances 0.000 description 1
- 230000006698 induction Effects 0.000 description 1
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 1
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 description 1
- 239000000138 intercalating agent Substances 0.000 description 1
- 230000002452 interceptive effect Effects 0.000 description 1
- 150000002500 ions Chemical class 0.000 description 1
- 150000002540 isothiocyanates Chemical class 0.000 description 1
- 210000003734 kidney Anatomy 0.000 description 1
- 210000002429 large intestine Anatomy 0.000 description 1
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 1
- 210000004072 lung Anatomy 0.000 description 1
- 239000012139 lysis buffer Substances 0.000 description 1
- 238000001819 mass spectrum Methods 0.000 description 1
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 1
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 1
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 1
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 1
- 230000011987 methylation Effects 0.000 description 1
- 238000007069 methylation reaction Methods 0.000 description 1
- YACKEPLHDIMKIO-UHFFFAOYSA-N methylphosphonic acid Chemical compound CP(O)(O)=O YACKEPLHDIMKIO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000003068 molecular probe Substances 0.000 description 1
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 1
- 238000001668 nucleic acid synthesis Methods 0.000 description 1
- 229920001778 nylon Polymers 0.000 description 1
- 229940124276 oligodeoxyribonucleotide Drugs 0.000 description 1
- 238000002515 oligonucleotide synthesis Methods 0.000 description 1
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 1
- 150000008300 phosphoramidites Chemical class 0.000 description 1
- 229940085127 phytase Drugs 0.000 description 1
- 239000004033 plastic Substances 0.000 description 1
- 229920003023 plastic Polymers 0.000 description 1
- 229920000729 poly(L-lysine) polymer Polymers 0.000 description 1
- 230000008488 polyadenylation Effects 0.000 description 1
- 229920002647 polyamide Polymers 0.000 description 1
- 239000013641 positive control Substances 0.000 description 1
- 230000002035 prolonged effect Effects 0.000 description 1
- 230000000644 propagated effect Effects 0.000 description 1
- 125000006239 protecting group Chemical group 0.000 description 1
- 230000001681 protective effect Effects 0.000 description 1
- 239000002213 purine nucleotide Substances 0.000 description 1
- 150000003212 purines Chemical group 0.000 description 1
- 239000002719 pyrimidine nucleotide Substances 0.000 description 1
- 150000003230 pyrimidines Chemical group 0.000 description 1
- 238000012797 qualification Methods 0.000 description 1
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 1
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 1
- 239000000376 reactant Substances 0.000 description 1
- 230000007420 reactivation Effects 0.000 description 1
- 238000011897 real-time detection Methods 0.000 description 1
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 1
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 1
- 230000000241 respiratory effect Effects 0.000 description 1
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 description 1
- PYWVYCXTNDRMGF-UHFFFAOYSA-N rhodamine B Chemical compound [Cl-].C=12C=CC(=[N+](CC)CC)C=C2OC2=CC(N(CC)CC)=CC=C2C=1C1=CC=CC=C1C(O)=O PYWVYCXTNDRMGF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 229920002477 rna polymer Polymers 0.000 description 1
- 210000003296 saliva Anatomy 0.000 description 1
- 239000001509 sodium citrate Substances 0.000 description 1
- NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K sodium citrate Chemical compound O.O.[Na+].[Na+].[Na+].[O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- FQENQNTWSFEDLI-UHFFFAOYSA-J sodium diphosphate Chemical compound [Na+].[Na+].[Na+].[Na+].[O-]P([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O FQENQNTWSFEDLI-UHFFFAOYSA-J 0.000 description 1
- 229940048086 sodium pyrophosphate Drugs 0.000 description 1
- 229940048098 sodium sarcosinate Drugs 0.000 description 1
- ZUFONQSOSYEWCN-UHFFFAOYSA-M sodium;2-(methylamino)acetate Chemical compound [Na+].CNCC([O-])=O ZUFONQSOSYEWCN-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 239000008279 sol Substances 0.000 description 1
- 230000009870 specific binding Effects 0.000 description 1
- 238000002798 spectrophotometry method Methods 0.000 description 1
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 1
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 1
- 229960002317 succinimide Drugs 0.000 description 1
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 1
- 210000001138 tear Anatomy 0.000 description 1
- ABZLKHKQJHEPAX-UHFFFAOYSA-N tetramethylrhodamine Chemical compound C=12C=CC(N(C)C)=CC2=[O+]C2=CC(N(C)C)=CC=C2C=1C1=CC=CC=C1C([O-])=O ABZLKHKQJHEPAX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000019818 tetrasodium diphosphate Nutrition 0.000 description 1
- 239000001577 tetrasodium phosphonato phosphate Substances 0.000 description 1
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 description 1
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 1
- 150000003573 thiols Chemical class 0.000 description 1
- 230000008467 tissue growth Effects 0.000 description 1
- 238000004448 titration Methods 0.000 description 1
- 239000003053 toxin Substances 0.000 description 1
- 231100000765 toxin Toxicity 0.000 description 1
- 241001515965 unidentified phage Species 0.000 description 1
- 230000009107 upstream regulation Effects 0.000 description 1
- 230000029812 viral genome replication Effects 0.000 description 1
- 210000002845 virion Anatomy 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/70—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/70—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
- C12Q1/701—Specific hybridization probes
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2710/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA dsDNA viruses
- C12N2710/00011—Details
- C12N2710/22011—Polyomaviridae, e.g. polyoma, SV40, JC
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
- Y02A50/00—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE in human health protection, e.g. against extreme weather
- Y02A50/30—Against vector-borne diseases, e.g. mosquito-borne, fly-borne, tick-borne or waterborne diseases whose impact is exacerbated by climate change
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Zoology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Immunology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Virology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明提供了用于快速、灵敏和高度特异性地基于核酸(例如，基于DNA)检测样品中的BK病毒的方法和组合物。一般地，所述方法涉及检测具有BK病毒基因组保守区域的靶序列的靶核酸。本发明也表征了用于本发明方法的组合物和试剂盒，所述组合物包括引物、探针。
Description
本申请为分案申请，基于申请号为201510303094.4的分案申请。原申请的申请日是2006年7月25日，申请号是200680034771.6(PCT/US2006/029243)，发明名称为“检测BK病毒的方法和组合物”。
技术领域
本发明涉及BK病毒的检测。
交叉引用
本申请要求2005年8月2日提交的美国临时申请60/705,217号和2005年10月6日提交的美国专利申请11/246,904号的权益，这些申请通过引用其全部内容并入本文。
背景技术
人多瘤病毒BK型(Human polymavirus type BK)(BK病毒)是具有大约5,300bp的环状双链DNA基因组的无包被病毒。在1971年，BK病毒在从肾移植受体的尿中分离后，被首次承认为多瘤病毒家族的成员。随后的研究表明，全世界成人的血清阳性率为80％以上。一般地，BK病毒的原发感染在儿童时期通过呼吸道发生，随后病毒潜伏在泌尿生殖道中。尿中病毒的无症状再活化和间歇性脱落在具有免疫能力的人中自然发生，但是在那些细胞免疫改变的人如孕妇、正在接收化疗的癌症患者、感染HIV-1的个体和肾或其它同种异体移植的受体中频率更高。BK病毒感染引起的明显临床疾病很少，并且与免疫抑制的程度明显相关。
BK病毒相关性肾病已经越来越多地被认为是肾移植患者肾功能障碍的原因。根据回顾性研究，在1-5％的肾移植受体中发生BK病毒性肾病，在多达45％的被感染患者中发生同种异体移植功能损耗。尽管得不到BK病毒特异性的抗病毒治疗，但在一些情况下，可以通过降低维持免疫抑制的水平控制BK病毒复制。最近的证据表明，BK病毒DNA的检测紧密跟随BK病毒性肾病的过程，并且可以作为用于诊断和监测的非侵入性手段。因此，肾移植患者的BK病毒负荷的定量化对于诊断BK病毒性肾病和监测对治疗的反应即免疫抑制的减低二者，都将是有用的。另外，BK病毒涉及了其它疾病，如前列腺癌。
因此，需要开发出可靠的诊断试验，以便以能够检测低滴度的病毒的灵敏度来检测BK病毒，以及用于检测不同的BK病毒基因型。另外，需要可靠的诊断试验，以便区分BK病毒和其它多瘤病毒如JC病毒。这样的检测对于防止病毒通过血液和血浆衍生物或者通过密切的身体接触传播是重要的。本发明致力于这些需要。
文献
值得注意的文献包括：
美国专利5,213,796号；6,605,602号；WO 92/19774；Watzinger等，Journal ofClinical Microbiology，42(11)：5189-5198(2004)；Anna Marta Degener等，J MedicalVirology 58:413(1999)；和Stoner等，American J of Kidney Diseases.33:1102(2002)。
发明内容
本发明提供了用于快速、灵敏和高度特异性地基于核酸(例如，基于DNA)检测样品中的BK病毒的方法和组合物。一般地，所述方法涉及检测具有BK病毒基因组保守区域的靶序列的靶核酸。本发明也表征了用于本发明方法的组合物和试剂盒，所述组合物包括引物、探针。
本发明的一个优点是，它提供用于BK病毒的检测，同时避免了遗传上密切相关的病毒的检测。因此，本发明减少了假阳性的发生。
本发明的另一个优点是，它减少了可以由于不能检测BK病毒的遗传变体(如，不同基因型或者毒株的BK病毒)而导致的假阴性结果的发生。
另一个优点是，本发明包括只需要检测相对短的靶序列的实施方式。这对利用基于扩增的技术如实时PCR的检测可以具有特别的优势。
本发明可以被发展为检验(assays)或者制造为试剂盒，以在相关实验室或者医院中用于诊断BK病毒。所述检验也可以在用于治疗BKV感染导致的疾病的治疗药物的开发和临床实验中使用。
这些优点和其它优点对于阅读本说明书后的普通技术人员来说将是显而易见的。
附图说明
图1A-图1AAA显示了32个BK病毒基因型的核酸序列的比对。用于检测根据本发明的BK病毒(BKV)的靶核酸区域—所述区域被命名为BK1、BK2、BK3、BK4和BK5(本文也分别称为靶区域I、II、III、IV和V)，如以下划线字体和起始及结束箭头表示。
图右侧的编号系统表示各基因型的序列编号—其根据各基因型的各自的Genbank登录号(GenBank Accession Numbers)，或者被测序基因组的编号。如没有另外说明，本文对序列编号的所有引用都是基于Genbank登录号AY628224的序列编号。适合用于本发明方法的靶区域I-V中的示例性引物和探针用黑体表示。适合用于本发明的探针包括位于用两条选择引物(selected primer)产生的扩增产物序列中的任何序列。
图2是显示BK1、BK2、BK3、BK4和BK5中的每一个的Taqman实时检测的标准曲线的图。模板浓度范围是每个反应50个拷贝至每个反应50,000个拷贝。一式两份进行所有检测。对于BK1检测：斜率＝-3.58，截距＝43.428，R2＝0.997。对于BK2检测：斜率＝-3.48，截距＝44.053，R2＝0.999。对于BK3检测：斜率＝-3.49，截距＝44.819，R2＝0.999。对于BK4检测：斜率＝-3.21，截距＝41.466，R2＝0.999。对于BK5检测：斜率＝-3.61，截距＝47.324，R2＝0.994。
定义
如本文所用的术语“BK病毒”或者“BKV”指来自与肾病和肾功能障碍相关的多瘤病毒家族的病毒。BK病毒是小的无包被病毒，其基因组包括大约5,300bp的环状、双链DNA分子。
术语“多核苷酸”、“寡核苷酸”、“核酸”和“核酸分子”在本文中可互换使用，包括聚合形式的核苷酸，或是核糖核苷酸或是脱氧核糖核苷酸。该术语仅指分子的一级结构。因此，该术语包括三链、双链和单链DNA，以及三链、双链和单链RNA。其也包括修饰，如通过甲基化和/或通过加帽，和未修饰形式的多核苷酸。更具体地，术语“多核苷酸”、“寡核苷酸”、“核酸”和“核酸分子”包括多脱氧核糖核苷酸(含有2-脱氧-D-核糖)、多核糖核苷酸(含有D-核糖)、为嘌呤或嘧啶碱基的N-糖苷或C-糖苷的任何其它形式的多核苷酸、和含有非核苷酸骨架的其它聚合物，例如聚酰胺(例如，肽核酸(PNAs))和聚吗啉(可商业得自Anti-Virals,Inc.,Corvallis,Oreg.，为Neugene)聚合物、和其它合成的序列特异性核酸聚合物—只要这些聚合物含有处于允许碱基配对和碱基堆积的构型中的核碱基，如在DNA和RNA中所见的。
除非另外具体说明，术语“多核苷酸”、“寡核苷酸”、“核酸”和“核酸分子”在长度上没有预期的不同，并且这些术语将被相互交换使用。这些术语仅指分子的一级结构。因此，这些术语包括，例如，3'-脱氧-2',5'-DNA、寡脱氧核糖核苷酸N3'P5'氨基磷酸酯、2'-O-烷基取代的RNA、双链和单链DNA、以及双链和单链RNA、DNA:RNA杂合体(hybrids)、和PNAs与DNA或者RNA之间的杂合体；也包括已知类型的修饰，如本领域已知的标记，甲基化，“帽”，用类似物取代一个或多个天然发生的核苷酸，核苷酸间修饰如，例如那些带有不带电的连接(例如，甲基膦酸酯、磷酸三酯、氨基磷酸酯、氨基甲酸酯等)、带有负电荷连接(例如，硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯等)、和带有正电荷连接(例如，氨烷基氨基磷酸酯、氨烷基磷酸三酯)的修饰，那些含有悬垂部分(pendant moieties)如例如蛋白质(包括核酸酶、毒素、抗体、信号肽、聚-L-赖氨酸等)的修饰，那些具有嵌入剂(例如，吖啶、补骨脂素等)的修饰，那些含有螯合剂(例如，金属、放射性金属、硼、氧化性金属等)的修饰，那些含有烷化剂的修饰，那些具有修饰连接(例如，α端基异构核酸等)的修饰；以及未修饰形式的多核苷酸或寡核苷酸。特别地，DNA是脱氧核糖核酸。
在整个说明书中，应用缩写指代核苷酸(也指代为碱基)，其包括指代多个核苷酸的缩写。如本文所用，G＝鸟嘌呤，A＝腺嘌呤，T＝胸腺嘧啶，C＝胞嘧啶、和U＝尿嘧啶。另外，R＝嘌呤核苷酸(A或者G)；Y＝嘧啶核苷酸(A或者T(U))；S＝C或者G；W＝A或者T(U)；M＝A或者C；K＝G或者T(U)；V＝A、C或者G；和N＝任何核苷酸(A、T(U)、C或者G)。各处的核苷酸可以应用小写字母或大写字母表示。也理解，在说明书中，提供用于DNA的核苷酸序列也代表RNA的核苷酸序列，其中T替换为U。
如本文所用的术语“脱氧核糖核酸”和“DNA”意味着由脱氧核糖核苷酸组成的聚合物。
如本文所用的术语“核糖核酸”和“RNA”指由核糖核苷酸组成的聚合物。其中核酸序列用DNA序列的核苷酸提供，可以理解，这样的序列包括互补DNA序列，也进一步包括基于给出的DNA序列或者其互补序列的RNA序列，其中尿嘧啶(U)取代了DNA序列或其互补序列中胸腺嘧啶(T)。
当其分子共享碱基对结构同源性时，两个核苷酸序列是彼此“互补的”。“互补的”核苷酸序列在合适的杂交条件下将会特异地结合形成稳定的双链体。例如，当部分第一序列能够以反向平行方向结合到部分第二序列，其中每条序列的3'-端结合到另一序列的5'-端并且随后一条序列的每个A、T(U)、G和C分别匹配另一序列的T(U)、A、C和G时，则两条序列是互补的。RNA序列也可以包括互补的G＝U或者U＝G碱基对。因此，在本发明下，两条序列不必具有完全的同源性以便是“互补的”。通常，当在规定长度的分子中，至少大约85％(优选地，至少大约90％，最优选地，至少大约95％)的核苷酸具有碱基对结构时，两条序列充分互补。
如本文所用，术语“分离的”当用在分离化合物的情况下时，是指目标化合物处于与该化合物在其中天然发生的环境不同的环境中。“分离的”意味着包括大量富含目标化合物、和/或者其中目标化合物被部分或者基本纯化的样品内的化合物。术语“分离的”包括这样的情况：其中所述材料不伴有在其天然状态下通常与之结合的至少一些材料，优选地，构成给定样品总蛋白重量的至少大约0.5％，更优选地，至少大约5％。例如，关于多核苷酸的术语“分离的”一般是指，完全或者部分地缺乏通常在天然状态下与其结合的序列的核酸分子；或者如其天然存在、但具有与其结合的异源序列的序列；或者从染色体解离的分子。
如本文的所用的“纯化的”意味着，所述材料包括总材料重量的至少大约75％，优选至少大约80％，特别优选至少大约90％。如本文所用，术语“基本纯的”是指化合物从其天然环境移去并且至少60％、优选75％、和更优选90％不含有与其天然结合的其它成分。
“衍生自”或者“特异于(对…具有特异性)”指定序列—如靶核酸的靶序列—的多核苷酸是指这样的多核苷酸序列，其包括与指定的核苷酸序列的区域对应，即相同或者互补的大约至少约6个核苷酸，优选地，至少大约8个核苷酸，更优选地，至少大约10-12个核苷酸，甚至更优选地，至少大约15-20个核苷酸的连续序列。衍生的多核苷酸不必物理上来自目标核苷酸序列，而是可以以许多方式产生，包括但不限于化学合成、复制、反转录或者转录，这基于该多核苷酸从其衍生的区域或对其具有特异性的区域(一个或多个)中的碱基序列提供的信息。“衍生自”或者“特异于”指定序列的多核苷酸包括相对于原始多核苷酸为有义或者反义取向的多核苷酸。
“同源性”指两个多核苷酸或者两个多肽部分之间的相似性百分数。当两个DNA或者两个多肽序列在限定长度的分子上显示至少大约50％，优选地至少大约75％，更优选地至少大约80％，至少大约85％，优选地至少大约90％，最优选地至少大约95％或者至少大约98％的序列相似性时，所述序列是彼此“基本上同源的”。如本文所述，基本上同源也指序列显示出与指定的DNA或者多肽序列完全的同一性。
一般，“同一性”是指两个多核苷酸或者多肽序列分别具有精确的核苷酸-核苷酸或者氨基酸-氨基酸一致性。同一性百分数可以通过比对序列进行两个分子之间的序列信息的直接比较，计数两个比对序列之间的匹配的精确数目，除以较短序列的长度、和将结果乘以100来确定。
在同源性和同一性分析中，可以使用容易获得的计算机程序加以辅助，如来自DNASTAR，Inc.的Lasergene，和ALIGN，Dayhoff，M.O.，Atlas of Protein Sequence andStructure M.O.Dayhoff ed.，5Suppl.3:353-358，National biomedical ResearchFoundation，Washington，DC，其采用Smith and Waterman Advance，Appl.Math.2:482-489,1981的局部同源性算法进行肽分析。确定核苷酸序列同源性的程序可在Wisconsin序列分析软件包版本8(Wisconsin Sequence Analysis Package Version 8，从GeneticsComputer Group，Madison，Wis.获得)中获得，例如，BESTFIT、FASTA和GAP程序，它们也依赖于Smith and Waterman算法。这些程序容易应用制造商推荐的和在上述Wisconsin序列分析软件包中描述的缺省参数而使用。例如，用Smith and Waterman同源性算法和缺省评分表和六核苷酸位置(six nucleotide positions)空位罚分，可以确定特定核苷酸序列与参照序列的同源性百分数。
在本发明的背景中，确立同源性百分数的另一方法是用MPSRCH程序包，University of Edinburgh拥有其版权，由John F.Collins和Shane S.Sturrok开发，由IntelliGenetics,Inc.(Mountain View,Calif.)分销。依据该组程序包，可以使用Smith-Waterman算法，其中评分表使用缺省参数(例如，空位开放罚分12，空位延伸罚分1和空位(gap)6)。从所产生的数据，"匹配"值反映了"序列同源性"。用于计算序列之间的同一性或者相似性百分数的其它合适的程序在本领域中一般是已知的，例如，另一个比对程序是使用缺省参数的BLAST。例如，可以用以下缺省参数使用BLASTN和BLASTP：遗传密码＝标准，过滤器(filter)＝无，链＝双链，截断(cutoff)＝60，期望(expect)＝10，矩阵＝BLOSUM62，描述(Descriptions)＝50个序列，筛选(sort by)＝高分，数据库＝非冗余的，GenBank+EMBL+DDBJ+PDB+GenBank CDS translations+Swiss protein+Spupdate+PIR。这些程序的细节可以在因特网上、在美国国立生物技术信息中心(National Center for BiotechnologyInformation，NCBI)和美国国立医学图书馆(National Library of Medicine)主办的网站上找到(见万维网站ncbi.nlm.gov/cgi-bin/BLAST)。
可选地，通过在同源区域之间形成稳定双链体的条件下杂交多核苷酸，接着通过用单链特异性核酸酶(一种或者多种)消化，和确定消化片段的大小，可以确定同源性。基本同源的DNA序列可以在例如，该具体系统规定的严格条件下、以DNA杂交(Sourthernhybridization)实验鉴定。限定合适的杂交条件在本领域的技术范围内。参见例如，Sambrook等人，见上；DNA Cloning,见上；Nucleic Acid Hybridization见上。
如本文所用描述核酸分子的“重组的”是指，根据其来源或者操作，或者二者，基因组多核苷酸、cDNA多核苷酸、哺乳动物多核苷酸、细菌多核苷酸、病毒多核苷酸、半合成多核苷酸、合成多核苷酸或者其它来源的多核苷酸不与在天然状态下与其结合的全部或者部分多核苷酸结合。如针对蛋白或者多肽所用的术语“重组的”是指通过重组多核苷酸的表达产生的多肽。
“控制元件”是指帮助与其连接的核苷酸序列的转录和/或者翻译的多核苷酸序列。该术语包括启动子、转录终止序列、上游调节域、聚腺苷酸化信号、非翻译区包括5'-UTRs和3'-UTRs、和适当时包括前导序列和增强子，其共同提供用于宿主细胞中编码序列的转录和翻译或者协助宿主细胞中编码序列的转录和翻译。
“依赖DNA的DNA聚合酶”是从DNA模板合成互补DNA拷贝的酶。例子包括来自大肠杆菌(E.coli)的DNA聚合酶I和噬菌体T7DNA聚合酶。所有已知的依赖DNA的DNA聚合酶需要互补引物来起始合成。在合适的条件下，依赖DNA的DNA聚合酶可以从RNA模板合成互补的DNA拷贝。
如本文所述，术语“靶核酸区域”或者“靶核酸”或者“靶分子”是指具有待检测(例如，通过扩增)的“靶序列”的核酸分子。靶核酸可以是单链的或者双链的，并且可以包括或者可以不包括除靶序列之外的其它序列(例如，靶核酸可以包括或者可以不包括上游核酸序列或者5′侧翼序列，可以包括或者可以不包括下游序列或者3′侧翼序列，在一些实施方式中，可以不包括相对于靶序列为上游(5′)或者下游(3′)的核酸序列)。当采用扩增检测时，靶序列以外的这些其它的序列可以随靶序列扩增或者可以不随靶序列扩增。
术语“靶序列”或者“靶核酸序列”指待检测(例如，通过扩增)的靶核酸的特定核苷酸序列。靶序列可以包括靶分子内包含的探针杂交区域，探针与该区域在期望的条件下会形成稳定的杂合体。“靶序列”也可以包括寡核苷酸引物与其复合并以靶序列作为模板被延伸的复合序列(complexing sequence)。当靶核酸为单链时，术语“靶序列”也指与如存在于靶核酸中的“靶序列”互补的序列。如果“靶核酸”最初是双链的，术语“靶序列”是指正链(+)和负链(-)。本发明也考虑具有本文提供的序列全长的靶区域，以及这样的靶区域的片段或者子序列，和其互补序列。术语“片段”和“子序列”在该情况下可互换。而且，在本文提供“靶序列”的序列时，可以理解，该序列可以是DNA或者RNA。因此，在提供DNA序列时，RNA序列也被考虑，并且通过用“U”取代DNA序列的“T”以提供RNA序列而被容易地提供。
如本文所用的术语“引物”或者“寡核苷酸引物”是指，在被置于其中引物延伸产物的合成被诱导的条件下时，例如，在核苷酸和聚合-诱导剂如DNA或者RNA聚合酶存在和在合适的温度、pH、金属浓度和盐浓度下，发挥作用以起始互补核酸链的合成的寡核苷酸。引物的长度一般是与其在引物延伸产物合成中的应用相适合的长度，长度范围通常在8至100个核苷酸之间，如10至75、15至60、15至40、18至30、20至40、21至50、22至45、25至40等，更典型地，在18-40、20-35、21-30个核苷酸长的范围，和在所述范围之间的任何长度。典型地，引物可以是10-50个核苷酸长的范围，如15-45、18-40、20-30、21-25等，以及在所述范围之间的任何长度。在一些实施方式中，引物通常不超过大约10、12、15、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45、50、55、60、65或者70个核苷酸的长度。
为了获得最大的扩增效率，引物通常是单链的，但是可以可选地是双链的。如果引物是双链的，在用于制备延伸产物之前，引物通常首先被处理以分开其链。该变性步骤典型地通过热引起，但可以可选地用碱进行，随后中和。因此，“引物”与模板互补，并且通过氢键或者杂交与模板复合以形成引物/模板复合物，用于起始通过聚合酶的合成，在DNA合成过程中，引物通过添加共价结合的碱基而延伸，所述碱基在其3'端连接，与模板互补。
本文所用的“引物对”是指具有适合于靶核酸的基于核酸扩增的核酸序列的第一引物和第二引物。这样的引物对一般包括第一引物—其具有与靶核酸的第一部分序列相同或者相似的序列，和第二引物—其具有与靶核酸的第二部分互补的序列，以提供用于扩增靶核酸或者其片段。除非另外特别指出，本文对于“第一”和“第二”引物的引用是随意的。例如，第一引物可以被设计为“正向引物”(其引发从靶核酸的5′端的核酸合成)或者“反向引物”(其引发从正向引物引发的合成产生的延伸产物从5′端的核酸合成)。同样，第二引物可以被设计为正向引物或者反向引物。
如本文所用，本文可互换使用的术语“探针”或者“寡核苷酸探针”是指由如上定义的多核苷酸构成的结构，其含有与靶核酸序列分析物(例如，核酸扩增产物)中存在的核酸序列互补的核酸序列。探针的多核苷酸区域可以由DNA和/或RNA和/或合成的核苷酸类似物构成。探针一般具有与其在靶核酸的所有或部分靶序列的具体检测中的应用相适应的长度，其范围通常在8至100个核苷酸长度之间，如8至75、10至74、12至72、15至60、15至40、18至30、20至40、21至50、22至45、25至40等，更典型的在18-40、20-35、21-30个核苷酸长之间的范围，和在上述范围之间的任何长度。典型的探针是10-50个核苷酸长之间的范围，如15-45、18-40、20-30、21-28、22-25等，以及在所述范围之间的任何长度。在一些实施方式中，引物通常不超过大约10、12、15、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45、50、55、60、65或者70个核苷酸的长度。
本文考虑的探针包括含有可检测标记的探针。例如，当“寡核苷酸探针”被用于5'核酸酶分析如TaqManTM分析时，所述探针包括至少一种荧光剂和至少一种被反应中使用的聚合酶的5'内切核酸酶活性消化的猝灭剂，以检测任何扩增的靶寡核苷酸序列。在这种情况下，寡核苷酸探针将具有足够数目的邻近其5'端的磷酸二酯键，这样所应用的5'到3'核酸酶活性能够有效地降解所结合的探针，以分离荧光剂和猝灭剂。当寡核苷酸探针用于TMA技术时，它将被适当地标记，如下所述。
如本文所述，术语“标记”和“可检测标记”指能够检测的分子，包括但不限于放射性同位素、荧光剂、化学发光剂、生色团、酶、酶底物、酶辅因子、酶抑制剂、生色团、染料、金属离子、金属溶胶、配体(例如，生物素、亲和素、链霉亲和素或半抗原)等。术语“荧光剂(fluorescer)”是指能够显示可检测范围荧光的物质或者其部分。
术语“杂交”(hybridize)和“杂交”(hybridization)是指，在通过Watson-Crick碱基配对充分互补形成复合物的核苷酸序列之间形成复合物。当引物与靶(模板)“杂交”时，这样的复合物(或者杂合体)足够稳定以发挥如DNA聚合酶起始DNA合成所需的引发功能。
术语“严格条件”是指这样的条件：在该条件下，引物将优选地与其互补结合配偶体(partner)杂交或特异性结合，并较少程度地与其它序列杂交或结合、或者根本不与其它序列杂交或结合。换言之，本文所用的术语“严格杂交条件”是指这样的条件：其适合于在互补结合成员之间—例如，在探针和样品中的互补靶之间—的阵列(array)表面上产生双链体，例如，核酸探针双链体，如DNA探针和样品中存在的它们的相应核酸靶，例如，样品中存在的它们相应的mRNA分析物。
如本文所用，术语“结合对”是指彼此特异性结合的第一分子和第二分子，如能够形成核酸双链体的互补多核苷酸对。结合对的第一成员与样品中结合对的第二成员的“特异性结合”通过第一成员以比对样品中其它成分的结合更大的亲和力和特异性结合于第二成员而证明，或者反之亦然。结合对成员之间的结合一般是非共价的。
“选择性结合”意味着，分子优选地结合到目标靶或者以比与其它分子的结合更大的亲和力结合到靶上。例如，DNA分子会结合到基本互补的序列但不会结合到非相关序列。
在核酸杂交情况下(例如，如在阵列，DNA杂交或者RNA杂交中)，“严格杂交”和“严格杂交洗脱条件”是序列依赖性的，在不同的环境参数下是不同的。能够用于鉴定本发明的范围内的核酸的严格杂交条件可以包括，例如，在包括50％甲酰胺、5×SSC和1％SDS的缓冲液中在42℃下杂交，或者在包括5×SSC和1％SDS的缓冲液中在65℃下杂交，二者都用0.2×SSC和0.1％SDS在65℃下洗脱。示范性严格杂交条件也可以包括在40％甲酰胺、1M NaCl和1％SDS的缓冲液中在37℃下杂交，并在1×SSC中在45℃下洗脱。可选地，可以采用在0.5MNaHPO4、7％十二烷基硫酸钠(SDS)、1mnM EDTA中在65℃下与滤膜上结合的DNA杂交，并在0.1×SSC/0.1％SDS中在68℃下洗脱。再其它的严格杂交条件包括在60℃或者更高的温度下和3×SSC(450mM氯化钠/45mM柠檬酸钠)中杂交或者在42℃下在含有30％甲酰胺、1MNaCl、0.5％肌氨酸钠、50mM MES，pH 6.5的溶液中温育。本领域普通技术人员将容易知道，可以利用可选而相当的杂交和洗脱条件以提供相似严格性的条件。
在某些实施方式中，洗脱条件的严格性阐明了确定核酸是否与探针特异性杂交的条件。用于鉴定核酸的洗脱条件可以包括，例如：pH 7、盐浓度大约0.02摩尔、和温度至少大约50℃或者大约55℃到大约60℃；或者，盐浓度为大约0.15M NaCl、72℃，进行大约15分钟；或者，盐浓度大约为0.2×SSC，温度至少大约50℃或者大约55℃到大约60℃，进行大约15到大约20分钟；或者，用具有含0.1％SDS的大约2×SSC盐浓度的溶液在室温下洗脱杂交复合物15分钟两次，随后用含有0.1％SDS的0.1×SSC在68℃下洗脱15分钟2次；或者等同条件。用于洗脱的严格条件也可以是，例如，在42℃下、0.2×SSC/0.1％SDS。在核酸分子是脱氧寡核苷酸("寡核苷酸(oligos)")的情况下，严格条件可以包括，在6×SSC/0.05％焦磷酸钠中在37℃下(对14个碱基的寡核苷酸)、48℃下(对17个碱基的寡核苷酸)、55℃下(对20个碱基的寡核苷酸)和60℃下(对23个碱基的寡核苷酸)洗脱。等同的杂交和洗脱条件和试剂与缓冲液如SSC缓冲液和等同的试剂和条件的详细描述参见Sambrook、Ausubel或者Tijssen(下文引用)。
严格杂交条件是至少如上述代表性条件那样严格的杂交条件，其中如果杂交条件具有上述具体的严格条件的至少大约80％，典型地至少大约90％的严格性，则认为该条件是至少严格的。其它的严格杂交条件是本领域已知的，也可以被适当采用。
双链DNA的“解链温度”或者“Tm”被定义为，由于热或者例如通过酸或碱处理或类似处理造成的碱基对之间氢键的其它解离，失去一半DNA螺旋结构时的温度。DNA分子的Tm依赖于其长度和其碱基组成。富含GC碱基对的DNA分子比那些具有大量AT碱基对的DNA分子具有更高的Tm。当温度降低到Tm以下时，分开的DNA互补链自发地重缔合或者退火形成双链DNA。最高的核酸杂交率发生在低于Tm大约25摄氏度下。Tm可以用以下关系式估计：Tm＝69.3+0.41(GC)％(Marmur等人，(1962)，J.MoI.Biol.5:109-118)。
如本文所用，“生物样品”是指从对象分离的组织或者流体样品，其在本发明的背景下，一般是指被怀疑为含有BK病毒的核酸和/或病毒颗粒的样品，该样品在任选地操作后，可以在体外试验中进行分析。典型的目标样品包括但不限于，呼吸道分泌物(例如，从鼻道、肺等的流体或组织获得的样品)、血液、血浆、血清、血细胞、脑脊液、粪便物、尿、眼泪、唾液、乳、器官、活组织检查和肠道与呼吸道的分泌物。样品也包括体外细胞培养物组分样品，其包括但不限于由培养基中的细胞和组织生长得到的条件培养基，例如重组细胞和细胞组分。
术语“评价”包括任何形式的测定，并包括确定一个要素存在与否。术语“确定”、“测定”、“评估”、“评价”和“检测(分析，试验)”可互换使用，包括定量和定性测定。评价可以是相对的或者绝对的。“评价存在”包括确定存在物的量，和/或确定其存在与否。如本文所用，术语“确定”、“测定”和“评价”和“检测(分析，试验)”可互换使用，并包括定量和定性测定。
在涉及基于核酸扩增靶序列的方法的背景下，术语“参照范围”是指来自BK病毒阴性样品的CT(循环阀值)值的范围，其代表了被认为表明样品(例如，患者样品)是BK病毒阴性的结果。
在涉及基于核酸扩增靶序列的方法的背景下，术语“报告范围”指BK病毒阳性样品产生的CT值的范围，其代表了被报告为BK病毒阳性患者样品的结果。
如本文所用的“检测特异性”是指检测系统特异性地检测靶病毒、和不检测其它相关病毒或者正被验证的样本类型中发现的病原或者共生群系(flora)的能力。例如，关于利用BK病毒引物和探针进行检测的“检测特异性”是指，检测系统特异性地扩增和检测靶病毒和不检测其它相关病毒或者正被验证的样本类型中发现的病原或者共生群系的能力。
在涉及基于核酸扩增靶序列的方法的背景下，“检测灵敏度”是指对每个被验证的样品类型，能够被检测的BK病毒靶DNA的最低可检测量。
“精密度”是指检测对给定样品能够重复产生相同或者相当的结果的能力。
“准确度”是指检测正确地测定含有阳性和阴性二种样品的盲组(blinded panel)中的靶分子的能力。
进一步指出的是，可以起草权利要求以排除任何任选的要素。同样地，该陈述旨在充当使用与叙述权利要求要素相关的排除性术语如“独有地”、“仅仅”等的先行基础，或者使用“负”限定的先行基础。
在进一步描述本发明前，可以理解本发明不限于所述的具体实施方式，同样地，当然可以变化。也可以理解，本文所用的术语仅仅是为了描述具体的实施方式，并不意图于是限制性的，因为本发明的范围仅由所附权利要求所限制。
当值的范围被提供时，可以理解，如果上下文没有清楚地说明，在该范围的上限和下限之间的每个中间值到下限的十分位(tenth of the unit of the lower limit)和所述范围内的任何其它陈述值或中间值，都包括在本发明内。这些较小范围的上和下限可以独立地包括在较小的范围内，并且也包括在发明内，适用于所述范围中任何特别排除的限值。当所述范围包括一个或者两个限值时，排除那些被包括的限值的任一或者两个的范围也包括在本发明中。
除非另外定义，本文所用的所有技术和科学术语具有与本发明所属领域普通技术人员通常所理解的意义相同的意义。尽管与本文所述的方法和材料相似或者等价的任何方法和材料也可以用于本发明实践或检测，但现在描述优选的方法和材料。本文提及的所有出版物通过引用包含在此，以便公开和描述与所引用的出版物相关的方法和/或材料。
必须注意，如本文和所附权利要求所用，除非上下文另外清楚地说明，单数形式“一个或一种(a)”、“一个或一种(an)”和“该(the)”包括复数的所指对象。因此，例如，对“寡核苷酸引物”的提及包括多个这样的引物，对“引物”的提及包括指代一条或者多条引物和本领域技术人员已知的其等同物等。
本文所述的出版物被提供只是因为它们在本申请提交日之前公开。本文中的任何出版物都不被解释为承认本发明由于现有发明而没有资格先于这些出版物。而且，所提供的出版日期可能与实际的出版日期不同，这可能需要单独地证实。
除非另外指出，本发明的实施将利用本领域技术内的常规的化学、生物化学、重组DNA技术和病毒学方法。这样的技术在文献中被充分地解释。例如，见FundamentalVirology,2nd Edition,vol.I&II(B.N.Fields and D.M.Knipe,eds.)；A.L.Lehninger,Biochemistry(Worth Publishers,Inc.,current addition)；Sambrook,等人，MolecularCloning:A Laboratory Manual(2nd Edition,1989)；Methods In Enzymology(S.Colowick and N.Kaplan eds.,Academic Press,Inc.)；Oligonucleotide Synthesis(N.Gait,ed.,1984)；A Practical Guide to Molecular Cloning(1984)。
现在本发明将被更加详细地陈述。
具体实施方式
本发明基于发现包括靶核酸序列(本文也称为靶序列)的BK病毒(BKV)基因组中的共有靶核酸区域，用于具有特异性和灵敏度地检测样品、尤其是生物样品中的BKV。特别地，检测一个或者多个靶核酸序列区域一般允许检测样品中的BKV，而也能够区分，例如BKV与JC病毒(JCV)和/或BKV与SV40。这些检测的特异性和简便性促进了用于一般性地测定BKV的快速、可靠和廉价的检测。本发明在多种不同应用中具有用处，包括研究、医疗、药品开发和诊断应用。
一般地，本方法提供用于通过检测BKV基因组的靶核酸区域来检测样品如生物样品中的BKV。本文描述了5个这样的靶核酸区域，分别称为靶区域I-V，如图1所指明。
在一些实施方式中，本方法提供用于检测样品如生物样品中的任何BKV分离物。在这样的实施方式中，本方法通过应用相应于靶区域中的序列的引物和探针检测靶核酸区域或其片段。适用于本发明方法的靶区域I-V内的示例性引物提供在表1中。适用于本发明的探针包括位于用选择引物产生的扩增产物序列内的任何序列。选择适用于这样的实施方式的探针，以便其对应于待测的不同BKV分离物之间的共享核苷酸序列的区域。
我们注意到，本文提供的序列，尤其是共有序列被提供为DNA序列。可以理解，提供的DNA序列可以是单链的或者双链的，同样地，下文对DNA序列的描述也旨在同时提供互补序列。
现在更加详细地描述本发明的组合物和方法。
靶核酸区域
通过比对不同的BKV分离基因组鉴定靶核酸序列区域。本发明提供用于通过检测一个或者多个靶核酸区域或者其部分鉴定样品如生物样品中的BKV。一般地，检测通过核酸扩增进行，在一些实施方式中，随后用杂交探针检测扩增产物。下文进一步具体描述靶核酸区域。
可以理解，由于BKV含有在病毒复制期间从其中产生RNA的双链DNA基因组，本文所述的引物和探针包括那些具有本文所述核酸序列的引物和探针，以及具有这些核酸序列的互补序列的引物和探针。
而且，可以理解，用于本发明的引物对包括具有与本文提供的BKV序列相同或者相似的序列的第一引物和具有与本文提供的BKV序列互补的序列的第二引物，以便提供用于扩增本文所述的BKV靶核酸区域或者其片段(例如，第一引物是“正向”引物和第二引物是“反向”引物)。进一步理解的是，用于本发明的引物对也包括具有与本文提供的BKV序列互补的序列的第一引物和具有与本文提供的BKV序列相同或者相似的序列的第二引物，以便提供用于扩增本文所述的BKV靶核酸区域或者其片段(例如，第一引物是“反向”引物和第二引物是“正向”引物)。
也将理解，本文所述的探针的核酸序列可以与所提供的BKV序列或者其互补序列的核酸序列相同或者相似。另外，本文所述的引物也可以被用作探针，例如，以便检测扩增产物。
靶区域I(BK1)
在一个实施方式中，本发明提供用于检测样品如生物样品中的BKV，通过检测如下靶核酸序列区域I(图1，靶区域I(也称为BK1)，基于Genbank登录号AY628224的编号的比对位置435-585)：
AACAAAAAAAAGAGCTCAGAGGATTTTTATTTTTATTTTAGAGCTTTTGCTGGAATTTTGTAGAGGTGAAGACAGTGTAGACGGGAAAAACAAAGGTACCACTGCTTTACCTGCTGTAAAAGACTCTGTAAAAGACTCCTAGGTAAGTAAT(SEQ ID NO:01)
或者其互补序列，或者其片段实施，其中核酸的5'和3'端包含在SEQ ID NO:01中。BKV基因组中的该保守序列显示在图1中的比对中。在尤其值得注意的一个实施方式中，靶区域是靶区域I的子序列，如
ACAAAAAAAAGAGCTCAGAGGATTTTTATTTTTATTTTAGAGCTTTTGCTGGAATTTTGTAGAGGTGAAGACAGTGTAGACGGGAAAAACAAAAGTACCACTGCTTTACCTGCTGTAA(SEQ ID NO:55)
或者其互补序列，或者其片段。
适于设计用于扩增靶区域I核酸的引物和适用于本发明方法的示例性核酸序列在图1中用下划线字体表示。用于扩增靶区域I核酸的引物的合适序列对应于SEQ ID NO:01的核苷酸序列的核苷酸1-26和94-119，或其互补序列。
适用于本发明的探针可以从位于用两条选择引物产生的扩增产物序列内的任何序列设计。用作检测靶区域I核酸的探针的合适序列对应于SEQ ID NO:01的核苷酸序列的核苷酸57-90，或其互补序列。
在一个实施方式中，靶区域I核酸的检测包括产生SEQ ID NO:01的至少151、至少145、至少140、至少135、至少130、至少125、至少120、至少115、至少110、至少105、至少100、至少95、至少90、至少85、至少80、至少75、至少70、至少65、至少60、至少55、至少50、至少45、至少40、至少35、至少30、至少28、至少26、至少24、至少22,至少20个连续核苷酸的扩增产物。
本发明的方法可以包括单独检测靶区域I核酸或者联合检测本文所述的靶区域II-V中的一个或多个。例如，本发明的方法可以包括检测靶区域I(BK1)和靶区域II(BK2)，靶区域I(BK1)和靶区域III(BK3)，靶区域I(BK1)和靶区域IV(BK4)，靶区域I(BK1)和靶区域V(BK5)，靶区域I(BK1)、靶区域II(BK2)和靶区域III(BK3)，靶区域I(BK1)、靶区域IV(BK4)和靶区域V(BK5)，靶区域I(BK1)、靶区域III(BK3)和靶区域V(BK5)等。可以理解，检测靶区域I-V的所有组合为本方法所预期。
下面更加详细地讨论示例性引物和探针。
靶区域II(BK2)
在一个实施方式中，本发明提供用于检测样品如生物样品中的BKV，通过检测如下靶核酸序列区域II(图1，靶区域II(也称为BK2)，基于Genbank登录号AY628224的编号的比对位置1418-1545)：
TGTACATTCAGGAGAGTTTATAGAAAAAACTATTGCCCCAGGAGGTGCTAATCAAAGAACTGCTCCTCAATGGATGTTGCCTTTACTTCTAGGCCTGTACGGGACTGTAACACCTGCTCTTGAAGCAT(SEQ ID NO:02)
或者其互补序列，或者其片段实施，其中核酸的5'和3'端包含在SEQ ID NO:02中。BKV基因组中发现的这一保守序列在图1中的比对中说明。在尤其值得注意的一个实施方式中，靶区域是靶区域II的子序列，如：TTGCCCCAGGAGGTGCTAATCAAAGAACTGCTCCTCAATGGATGTTGCCTTTACTTCTAGGCCTGTACGGGA(SEQ ID NO:56)
或者其互补序列，或者其片段。
适于设计用于扩增靶区域II核酸的引物和适用于本发明方法的示例性核酸序列在图1中用下划线字体表示。用于扩增靶区域II核酸的引物的适当序列对应于SEQ ID NO:02的核苷酸序列的核苷酸33-50和82-104，或其互补序列。
适用于本发明的探针可以从位于用两条选择引物产生的扩增产物序列内的任何序列设计。用作检测靶区域II核酸的探针的合适序列对应于SEQ ID NO:02的核苷酸序列的核苷酸52-80，或其互补序列。在一个实施方式中，靶区域II核酸的检测包括产生SEQ IDNO:02的至少128、至少120、至少110、至少100、至少90、至少80、至少75、至少70、至少65、至少60、至少55、至少50、至少45、至少40、至少35、至少30、至少28、至少26、至少24、至少22,至少20个连续核苷酸的扩增产物。
本发明方法可以包括单独检测靶区域II核酸或者联合检测本文所述的靶区域I和III-V中的一个或者多个。例如，本发明方法可以包括检测靶区域II(BK2)和靶区域I(BK1)，靶区域II(BK2)和靶区域III(BK3)，靶区域II(BK2)和靶区域IV(BK4)，靶区域II(BK2)和靶区域V(BK5)，靶区域I(BK1)、靶区域II(BK2)和靶区域III(BK3)，靶区域II(BK2)、靶区域IV(BK4)和靶区域V(BK5)，或靶区域II(BK2)、靶区域III(BK3)和靶区域V(BK5)等。可以理解，检测靶区域I-V的所有组合为本方法所预期。
下面更加详细地讨论示例性的引物和探针。
靶区域III(BK3)
在另一个实施方式中，本发明提供用于检测样品如生物样品中的BKV，通过检测如下靶核酸序列区域III(图1，靶区域III(也称为BK3)，基于Genbank登录号AY628224的编号的比对位置4097-4560)：
AGTAAGTATTCCTTATTAACACCCTTACAAATTAAAAAACTAAAGGTACACAGCTTTTGACAGAAATTATTAATTGCAGAAACTCTATGTCTATGTGGAGTTAAAAAGAATATAATATTATGCCCAGCACACATGTGTCTACTAATGAAAGTTACAGAATATTTTTCCATAAGTTTTTTATACAGAATTTGAGCTTTTTCTTTAGTAGTATACACAGCAAAGCAGGCAAGGGTTCTATTACTAAATACAGCTTGACTAAGAAACTGGTGTAGATCAGAGGGAAAGTCTTTAGGGTCTTCTACCTTTCTCTTTTTCTTGGGTGGTGTGGAGTGTTGAGAATCTGCTGTTGCTTCTTCATCACTGGCAAACATATCTTCATGGCAAAATAAATCTTCATCCCATTTTTCATTAAAGGAGCTCCACCAGGACTCCCACTCTTCTGTTCCATAGGTTGGCACCTATAA(SEQ ID NO:03)
或者其互补序列，或者其片段实施，其中核酸的5'和3'端包含在SEQ ID NO:03中。BKV基因组中的这一保守序列显示在图1三个基因组的比对中。在尤其值得注意的一个实施方式中，所述靶区域是靶区域III的子序列，如：
GGAAAGTCTTTAGGGTCTTCTACCTTTCTCTTTTTCTTGGGTGGTGTGGAGTGTTGAGAATCTGCTGTTGCTTCTTCATCACTGGCAAACATATCTTCATG(SEQ ID NO:57)
或者其互补序列，或者其片段。
适于设计用于扩增靶区域III核酸的引物和适用于本发明方法的示例性核酸序列在图1中用下划线字体表示。用于扩增靶区域III核酸的引物的序列对应于SEQ ID NO:03核苷酸序列的核苷酸280-306和355-380，或其互补序列。
适用于本发明的探针能够从位于用两条选择引物产生的扩增产物序列内的任何序列设计。用作检测靶区域III核酸的探针的合适序列对应于SEQ ID NO:03的核苷酸序列的核苷酸330-354，或者其互补序列。
在一个实施方式中，靶区域III核酸的检测包括产生SEQ ID NO:03的至少464、至少425、至少400、至少375、至少350、至少325、至少300、至少275、至少250、至少225、至少200、至少175、至少150、至少125、至少120、至少115、至少110、至少100、至少95、至少90、至少85、至少80、至少75、至少70、至少65、至少60、至少55、至少50、至少45、至少40、至少35、至少30、至少28、至少26、至少24、至少22,至少20个连续核苷酸的扩增产物。
本发明的方法可以包括单独检测靶区域III核酸或者联合检测本文所述的靶区域I-II和IV-V中的一个或者多个。例如，本发明方法可以包括检测靶区域III(BK3)和靶区域IV(BK4)，靶区域III(BK3)和靶区域V(BK5)，靶区域III(BK3)和靶区域I(BK1)，靶区域III(BK3)和靶区域II(BK2)，靶区域I(BK1)、靶区域II(BK2)和靶区域III(BK3)，靶区域III(BK3)、靶区域IV(BK4)和靶区域V(BK5)，或者靶区域III(BK3)、靶区域I(BK1)和靶区域V(BK5)等。可以理解，检测靶区域I-V的所有组合为本方法所预期。
下面更加详细地讨论示例性的引物和探针。
靶区域IV(BK4)
在另一个实施方式中，本发明提供用于检测样品如生物样品中的BKV，通过检测如下靶核酸序列区域IV(图1，靶区域IV(也称为BK4)，基于Genbank登录号AY628224编号的比对位置612-864)：
ATGGGTGCTGCTCTAGCACTTTTGGGGGACCTAGTTGCCAGTGTATCTGAGGCTGCTGCTGCCACAGGATTTTCAGTGGCTGAAATTGCTGCTGGGGAGGCTGCTGCTGCTATAGAAGTTCAAATTGCATCCCTTGCTACTGTAGAGGGCATAACAAGTACCTCAGAGGCTATAGCTGCCATAGGCCTAACTCCTCAAACATATGCTGTAATTGCTGGTGCTCCTGGGGCTATTGCTGGGTTTGCTGCTTTAA(SEQ ID NO:04)
或者其互补序列，或者其片段实施，其中核酸的5'和3'端包含在SEQ ID NO:04中。BKV基因组中的这一保守序列显示在图1三个基因组的比对中。在尤其值得注意的一个实施方式中，靶区域是靶区域IV的子序列，如：
ATGGGTGCTGCTCTAGCACTTTTGGGGGACCTAGTTGCCAGTGTATCTGAGGCTGCTGCTGCCACAGGATTTTCAGTGGCTGAAATTGCTGCTGG(SEQ ID NO:58)
或者其互补序列，或者其片段。
适于设计用于扩增靶区域IV核酸的引物和适用于本发明方法的示例性核酸序列在图1中用下划线字体表示。用于扩增靶区域IV核酸的合适引物的序列对应于SEQ ID NO:04的核苷酸序列的核苷酸1-19和76-95，或其互补序列。
适用于本发明的探针可以从位于用两条选择引物产生的扩增产物序列内的任何序列设计。用作检测靶区域IV核酸的探针的合适序列对应于SEQ ID NO:04的核苷酸序列的核苷酸36-62，或其互补序列。
在一个实施方式中，靶区域IV核酸的检测包括产生SEQ ID NO:04的至少253、至少250、至少225、至少200、至少175、至少150、至少125、至少120、至少115、至少110、至少100、至少95、至少90、至少85、至少80、至少75、至少70、至少65、至少60、至少55、至少50、至少45、至少40、至少35、至少30、至少28、至少26、至少24、至少22,至少20个连续核苷酸的扩增产物。
本发明的方法可以包括单独检测靶区域IV核酸或者联合检测本文所述的靶区域I-III和V中的一个或者多个。例如，本发明的方法可以包括检测靶区域IV(BK4)和靶区域I(BK1)，靶区域IV(BK4)和靶区域II(BK2)，靶区域IV(BK4)和靶区域III(BK3)，靶区域IV(BK4)和靶区域V(BK5)，靶区域I(BK1)、靶区域II(BK2)和靶区域IV(BK4)，靶区域III(BK3)、靶区域IV(BK4)和靶区域V(BK5)，或者靶区域I(BK1)、靶区域IV(BK4)和靶区域V(BK5)等。可以理解，检测靶区域I-V的所有组合为本方法所预期。
下面更加详细地讨论示例性的引物和探针。
靶区域V
在另一个实施方式中，本发明提供用于检测样品如生物样品中的BKV，通过检测如下靶核酸序列区域V(图1，靶区域V(也称为BK5)，基于Genbank登录号AY628224编号的比对位置2810-2895)：
GGGGCTGAAGTATCTGAGACTTGGGAAGAGCATTGTGATTGGGATTCAGTGCTTGATCCATGTCCAGAGTCTTCAGTTTCTGAATC(SEQ ID NO:05)
或者其互补序列，或者其片段，其中核酸的5'和3'端包含在SEQ ID NO:05中。BKV基因组中的这一保守序列显示在图1三个基因组的比对中。在尤其值得注意的一个实施方式中，靶区域是靶区域V的子序列，如：
GGGCTGAAGTATCTGAGACTTGGGAAGAGCATTGTGATTGGGATTCAGTGCTTGATCCATGTC(SEQID NO:59)
或者其互补序列，或者其片段。
适于设计用于扩增靶区域V核酸的引物和适用于本发明方法的示例性核酸序列在图1中用下划线字体表示。用于扩增靶区域V核酸的合适引物的序列对应于SEQ ID NO:05的核苷酸序列的核苷酸2-18和47-64，或其互补序列。
适用于本发明的探针可以从位于用两条选择引物产生的扩增产物序列内的任何序列设计。用作检测靶区域V核酸的探针的合适序列对应于SEQ ID NO:05的核苷酸序列的核苷酸19-41，或其互补序列。
在一个实施方式中，靶区域V核酸的检测包括产生SEQ ID NO:05的至少86、至少80、至少75、至少70、至少65、至少60、至少55、至少50、至少45、至少40、至少35、至少30、至少28、至少26、至少24、至少22,至少20个连续核苷酸的扩增产物。
本发明的方法可以包括单独检测靶区域V核酸或者联合检测本文所述的靶区域I-IV中的一个或者多个。例如，本发明方法可以包括检测靶区域V(BK5)和靶区域I(BK1)，靶区域V(BK5)和靶区域II(BK2)，靶区域V(BK5)和靶区域III(BK3)，靶区域IV(BK4)和靶区域V(BK5)，靶区域V(BK5)、靶区域II(BK2)和靶区域III(BK3)，靶区域III(BK3)、靶区域IV(BK4)和靶区域V(BK5)，或者靶区域I(BK1)、靶区域III(BK3)和靶区域V(BK5)等。可以理解，检测靶区域I-V的所有组合为本方法所预期。
下面更加详细地讨论示例性的引物和探针。
引物和探针
如上述，靶核酸序列区域I-V是不同的BKV基因型中的保守核酸区域。用于这些检测的引物和探针优选地来自如上述的靶核酸序列区域I-V。在一个尤其值得注意的实施方式中，本检测使用的引物和探针从靶核酸序列区域I-V的高度保守的核苷酸序列设计。
一般地，引物提供用于扩增靶核酸以产生靶核酸扩增产物(也称为“扩增子”)。引物可以，并且优选地与探针结合使用。5′引物一般结合到一个区域以提供用于靶核酸的扩增，并且优选地结合到靶序列的5′部分，如图1所示。3′引物一般结合到与从5′引物延伸产生的核酸的3′部分互补的序列，如图1所示。5′和3′引物可以被大约10、20、30或者40个相邻的核苷酸、通常是大约30个相邻的核苷酸分开。在某些实施方式中，设计引物以便具有与靶区域序列中的一个或多个变异核苷酸互补的序列，和/或具有与靶区域序列的变异核苷酸相邻的3′端。一般地，设计探针以便具有与靶区域序列内的一个或多个变异核苷酸互补的序列。在一些涉及基于扩增的检测的实施方式中，设计探针以便具有与下述序列互补的序列：所述序列的侧翼是与用于扩增的一条或者多条引物互补的序列。
本文检测中应用的引物和探针是基于本文公开的序列设计的，并且通过标准的技术容易合成，例如通过亚磷酰胺化学的固相合成，如通过引用包含在本文中的美国专利4,458,066和4,415,732号；Beaucage等(1992)Tetrahedron 48:2223-2311；和AppliedBiosystems User Bulletin No.13(1Apr.1987)中公开。其它的化学合成方法包括，例如，Narang等，Meth.Enzymol.(1979)68:90中所述的磷酸三酯法和Brown等，Meth.Enzymol.(1979)68:109中所述的磷酸二酯法。聚腺苷酸(Poly(A))或者聚胞苷酸(poly(C))或者其它非互补核苷酸延伸物(extensions)可以用这些相同方法包含到探针中。六氧化乙烯(Hexaethylene oxide)延伸物可以通过本领域已知的方法被偶联到探针上。Cload等(1991)J.Am.Chem.Soc.113:6324-6326；Levenson等的美国专利4,914,210号；Durand等(1990)Nucleic Acids Res.18:6353-6359；和Horn等(1986)Tet.Lett.27:4705-4708。
典型地，引物序列的长度范围是10-75个核苷酸之间，如10至70、12至65、15至60、20至55、25至50、30至45等。更典型地，引物的长度范围是18至40、19至35、20至30、21至29、22至28、23至27、24-25个核苷酸之间，和所述范围之间的任何长度。尤其值得注意的是长度大约20至22个核苷酸的引物。
典型的探针的长度范围是10-50个核苷酸之间，如10至50、12至45、15至40、20至35、25至30等。更典型地，探针的长度范围是18至40、19至35、20至30、21至29、22至28、23至27、24-25个核苷酸之间，和所述范围之间的任何长度。尤其值得注意的是长度大约20至22个核苷酸的探针。
在一些实施方式中，本方法提供用于检测样品如生物样品中的任何BKV基因型。在这样的实施方式中，本方法通过用与靶区域内的序列对应的引物和探针检测靶核酸区域或者其片段。靶区域I-V内的适用于本发明方法的示例性引物用黑体在图1中指出。适用于本发明的探针可以从位于用两条选择引物产生的扩增产物序列内的任何序列设计。选择适用于这样的实施方式的探针，使其对应于待检测的不同BKV基因型之间的共享核苷酸序列的区域。
在其它实施方式中，本方法提供用于检测和区分样品如生物样品中的不同基因型。在这样的实施方式中，本方法通过应用与靶区域内的序列对应的引物和探针检测靶核酸区域或者其片段。靶区域I-V内的适用于本发明方法的示例性引物用黑体在图1中指出。适用于本发明的探针可以从位于用两条选择引物产生的扩增产物序列内的任何序列设计。在这样的实施方式中，选择探针序列，以便使其对应于待检测的不同BKV基因型之间的一个或者多个核苷酸序列不同的区域。
适合用作本发明检测中的引物和探针的BKV基因型的示例性核酸序列在表1中描述。表1中示出的序列编号是图1中GenBank登录号AY628224的编号。
表1：用于检测BKV核酸的靶区域I-V的示例性引物和探针序列(序列基于BKV基因组序列提供；序列编号基于图1中的GenBank登录号AY628224的编号)
“F”指正向引物，“R”指反向引物，“P”指探针。
探针可以被偶联到标记上用于检测。已知有几种方法和组合物用于用允许加入标记的活性官能团衍生寡核苷酸。例如，有几种方法可用于生物素化探针，以便使放射性标记、荧光标记、化学发光标记、酶标记、或者电子致密标记能够通过亲和素被连接。例如，见Broken等，Nucl.Acids Res.(1978)5:363-384，其公开了铁蛋白-亲和素-生物素标记的使用；和Chollet等，Nucl.Acids Res.(1985)13:1529-1541，其公开了寡核苷酸5'端经氨烷基磷酰胺连接臂的生物素化。也有几种可用于合成氨基衍生的寡核苷酸的方法，所述寡核苷酸容易通过荧光或者其它类型的由氨基活性基团衍生的化合物标记，如异硫氰酸酯、N-羟基琥珀酰亚胺或类似物，例如，见Connolly(1987)Nucl.Acids Res.15:3131-3139,Gibson等，(1987)Nucl.Acids Res.15:6455-6467和Miyoshi等，美国专利4,605,735号。也可以利用合成巯基衍生的寡核苷酸的方法，所述寡核苷酸能够与硫羟-特异性标记反应，例如，参见Fung等，美国专利4,757,141号，Connolly等，(1985)Nuc.Acids Res.13:4485-4502和Spoat等，(1987)Nucl.Acids Res.15:4837-4848。在Matthews等，Anal.Biochem.(1988)169:1-25中提供了用于标记DNA片段的方法的综述。
例如，通过将荧光分子连接到探针的非连接端，可以对探针进行荧光标记。用于选择合适的荧光标记的指南可以在Smith等,Meth.Enzymol.(1987)155:260-301；Karger等,Nucl.Acids Res.(1991)19:4955-4962；Haugland(1989)Handbook of FluorescentProbes and Research Chemicals(Molecular Probes,Inc.,Eugene,Oreg.)中找到。优选的荧光标记包括如在美国专利4,318,846号和Lee等,Cytometry(1989)10:151-164中公开的荧光素及其衍生物，和6-FAM、JOE、TAMRA、ROX、HEX-I、HEX-2、ZOE、TET-1或NAN-2等。
另外，探针可以用吖啶酯(Acridinium Ester,AE)标记。目前的技术允许AE标记位于探针内的任何位置。例如，参见Nelson等(1995)在Nonisotopic Probing,Blotting andSequencing,Kricka L.J.(ed)Academic Press,San Diego,Calif.中的“Detection ofAcridinium Esters by Chemiluminescence"；Nelson等(1994)在The Polymerase ChainReaction,Mullis et al.(eds.)Birkhauser,Boston,Mass.中的"Application of theHybridization Protection Assay(HPA)to PCR"；Weeks等,Clin.Chem.(1983)29:1474-1479；Berry等,Clin.Chem.(1988)34:2087-2090。AE分子可以用基于非核苷酸的连接臂化学被直接连接到探针上，其允许将标记放在探针内的任何位置，例如，参见，美国专利5,585,481和5,185,439号。
如果在检测中使用固相支持物(例如，利用探针捕获靶核酸的扩增子)，则寡核苷酸探针可以用不同的方式被连接到固相支持物上。例如，通过将探针的3′或者5′端核苷酸连接到固相支持物，可以将探针连接到固相支持物上。更优选地，探针通过起到将探针与固相支持物隔开作用的接头被连接到固相支持物上。接头通常为至少15-30个原子的长度，更优选地，至少15-50个原子的长度。接头的期望长度将取决于所应用的具体固相支持物。例如，当应用高度交联的聚苯乙烯作为固相支持物时，6个原子的接头通常是足够的。
本领域已知众多的接头，它们可以用于将寡核苷酸探针连接到固相支持物。接头可以由不显著干扰靶序列与连接到固相支持物上的探针杂交的任何化合物形成。接头可以由能够通过自动合成容易地加到接头上的同聚寡核苷酸形成。可选地，聚合物如官能化聚乙二醇可以被用作接头。这样的聚合物比同聚寡核苷酸优选，因为它们不明显地干扰探针与靶寡核苷酸的杂交。聚乙二醇特别优选。
在碱性条件和高温下，在去除碱基保护基期间，固相支持物、接头和探针之间的连接通常不被切割。优选的连接的例子包括氨基甲酸酯和酰胺键。
用于固定寡核苷酸探针的优选类型的固相支持物的例子包括可控孔度玻璃、玻璃板、聚苯乙烯、亲和素包被的聚苯乙烯珠子、纤维素、尼龙、丙烯酰胺凝胶和活化葡聚糖。
在某些实施方式中，加入内参照(internal control，IC)或者内标(internalstandard)作为对照，以便说明任何阴性结果不是因为检测失败所引起。IC的使用使得能够控制分离过程、扩增过程和检测系统，并且使得能够监控检测行为和对样品(一个或多个)进行定量。IC可以在任何合适的点被包含，例如，在裂解缓冲液中。在一个实施方式中，IC包括噬菌体核酸。当在检测中使用固相支持物时，固相支持物可以另外包括特异于内标的探针(IC探针)，从而在使用IC探针时协助捕获。IC探针可以任选地与不同于靶序列的可检测标记的可检测标记偶联。在可检测的标记是荧光团的实施方式中，IC可以通过分光光度法和通过探测限研究(limit of detection studies)定量。
检测样品中的BKV
在一个方面，检测测定样品中BKV的存在。在这样一个方面，检测是利用简并引物和探针的基于扩增的检测，其中引物和探针被设计以便提供用于扩增BKV基因组的靶核酸序列区域。
如上述，检测测定一个或者多个靶核酸区域(例如，靶区域I-V)或者其部分的存在。靶核酸序列区域I-V是在不同的BKV基因型中的保守核酸区域。这些检测中使用的引物和探针优选地来自上述靶核酸序列区域I-V。本检测中使用的特别优选的引物和探针设计自靶核酸序列区域I-V的高度保守的核苷酸序列。
如上所述，在一个实施方式中，引物和/或探针被设计进行基于核酸的检测，特别是扩增方法，测定具有上述靶核酸序列例如靶核酸序列区域I-V的靶核酸。即，在这样的实施方式中，引物被设计以便扩增具有上述核酸序列的核酸序列的靶序列，例如靶核酸序列区域I-V。
在另一个实施方式中，引物和/或探针被设计进行基于核酸的检测，特别是扩增方法，测定具有为上述靶核酸序列例如靶核酸序列区域I-V的片段的核酸序列的靶核酸。即，在这样的实施方式中，引物被设计以便扩增具有比上述完整核酸序列例如靶核酸序列区域I-V小的部分的核酸序列的靶序列。
样品中BKV核酸的具体检测一般通过检测靶序列区域I-V中的一个或者多个、或者其片段来完成。在一个实施方式中，通过用根据靶序列区域V的序列设计的引物和探针检测BKV靶核酸。
在特别值得注意的实施方式中，用具有序列ATGGGTGCTGCTCTAGCAC(5'引物)(SEQID NO:15)、GTGGCTGAAATTGCTGCTGG(3'引物)(SEQ ID NO:16)的引物检测靶序列，具有序列TGCCAGTGTATCTGAGGCTGCTGCTGC(SEQ ID NO:17)的探针特别值得注意。
在另一个特别值得注意的实施方式中，用具有序列GGGCTGAAGTATCTGAG(5'引物)(SEQ ID NO:18)、CAGTGCTTGATCCATGTC(3'引物)(SEQ ID NO:19)的引物检测靶序列，具有序列CTTGGGAAGAGCATTGTGATTGG(SEQ ID NO:20)的探针特别值得注意。
特别值得注意的是在实时RT-PCR方法中使用这些引物和探针和使用双标记的TaqMan探针检测样品中的BKV。
检测方法
本发明提供基于DNA的检测，用于测定样品中的BKV。检测可以用各种方法进行，包括直接测序、用序列特异性寡聚体杂交、凝胶电泳和质谱。这些方法可以使用不同类或者同类的方式，同位素或者非同位素标记，以及根本无标记。
优选地，所述方法涉及扩增来自样品的核酸。如果获得诊断核酸，就表明样品中存在BKV。一般地，所述方法涉及用检测引物和至少一条其它引物扩增来自样品的核酸，如上述，和评价扩增的核酸。尽管检测可受线性范围检测的限制，但所述方法高度灵敏，并可以检测每个反应少至5个拷贝的BKV，其相当于每mL样品中200个拷贝的DNA。因此，本发明一般性地提供用于检测样品中的BKV，其中存在的BKV为每mL样品中至少200个拷贝的DNA。
如本领域所知，可以通过许多方法评价扩增的核酸，包括例如，确定核酸的存在或者不存在，确定核酸的大小或者确定核酸相对于另一扩增的核酸的丰度。在大多数实施方式中，用凝胶电泳、核酸杂交、测序和/或检测结合到扩增核酸的标记的信号评价扩增的核酸。扩增核酸的方法(例如，通过聚合酶链反应)、进行引物延伸的方法、和评价核酸的方法一般为本领域公知(例如，见Ausubel等人，Short Protocols in Molecular Biology,3rded.,Wiley&Sons,1995和Sambrook等人，Molecular Cloning:A Laboratory Manual,ThirdEdition,(2001)Cold Spring Harbor,N.Y.)，不需要任何更详细的描述。
例如，上述引物和探针可以用在基于聚合酶链反应(PCR)的技术中，以检测生物样品中的BKV。PCR是用于扩增包含在核酸分子或者分子混合物中的期望靶核酸序列的技术。在PCR中，使用过量的引物对与靶核酸序列的互补链杂交。引物利用靶核酸作为模板通过聚合酶被各自延伸。延伸产物从原始靶链上解离后本身成为靶序列。随后新的引物被杂交并通过聚合酶延伸，该循环被重复以便几何学地增加靶序列分子的数目。用于扩增样品中靶核酸序列的PCR方法为本领域公知，并已经在如Innis等人(eds.)PCR Protocols(AcademicPress,NY 1990)；Taylor(1991)Polymerase chain reaction:basic principles andautomation,PCR，A Practical Approach,McPherson等人(eds.)IRL Press,Oxford；Saiki等人(1986)Nature 324:163；以及在美国专利4,683,195,4,683,202和4,889,818号中被描述，所有这些文献通过引用其全部被包含在本文中。
特别地，PCR使用位于待扩增的靶核苷酸序列两侧的相对短的寡核苷酸引物，其方向是：它们的3′端互相面对，每条引物朝着另一引物延伸。提取多核苷酸样品和优选地通过热变性，并与存在的摩尔数过量的第一和第二引物杂交。在存在四种脱氧核糖核苷酸三磷酸(dNTPs-dATP、dGTP、dCTP和dTTP)时，用引物和模板依赖性多核苷酸聚合剂催化聚合，所述聚合剂如任何能够产生引物延伸产物的酶，例如，大肠杆菌(E.coli)DNA聚合酶I、DNA聚合酶I的Klenow片段、T4DNA聚合酶、从水生栖热菌(Thermus aquaticus)(Taq)分离的热稳定性DNA聚合酶，它们从各种来源获得(例如Perkin Elmer)，嗜热栖热菌(Thermusthermophilus)(United States Biochemicals)、嗜热脂肪芽孢杆菌(Bacillusstereothermophilus)(Bio-Rad)或者海滨热球菌(Thermococcus litoralis)("Vent"聚合酶,New England Biolabs)。这得到两个“长的产物”，它们在其5'端含有各自的引物，共价连接到新合成的原始链的互补链上。
随后将反应混合物例如通过降低温度、失活变性剂或者加入更多的聚合酶返回聚合条件，起始第二循环。第二循环提供两条原始链，来自第一循环的两条长产物，从原始链复制的两条新的长产物、和从长产物复制的两条“短产物”。短产物具有靶序列的序列，每端含有引物。在每个附加循环中，产生附加的两个长产物，和与前一循环结束时保留的长产物和短产物的数目相等的许多短产物。因此，含有靶序列的短产物数随着每一循环呈指数增长。优选地，PCR应用商业可得的热循环仪如Perkin Elmer进行。
被称为TAQMANTM分析(Perkin-Elmer)的荧光5'核酸酶分析(fluorogenic 5’nuclease assay)，是强大的和多用途的基于PCR的核酸靶检测系统。关于TAQMANTM分析、其中使用的试剂和条件的具体描述，参见，如Holland等人，Proc.Natl.Acad.Sci,U.S.A.(1991)88:7276-7280；美国专利5,538,848、5,723,591和5,876,930号，所有文献通过引用其全部被包含于本文中。因此，来自本文所述BKV基因组区域的引物和探针可以用于TAQMANTM分析，以检测生物样品中感染的存在。结合热循环通过监测荧光信号的产生进行分析。所述分析系统不需要凝胶电泳分析，并且具有产生允许测定靶拷贝数的定量数据的能力。
应用例如AMPLITAQ GOLDTMDNA聚合酶可以方便地进行荧光5'核酸酶分析，所述聚合酶具有5'核酸内切酶(endogenous 5’nuclease)活性以消化用荧光报告染料和猝灭剂二者标记的内部寡核苷酸探针(见，Holland等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA(1991)88:7276-7280，和Lee等人，Nucl.Acids Res.(1993)21:3761-3766)。通过测量扩增循环中发生的荧光改变检测分析结果，所述改变是由于荧光探针被消化、染料和猝灭剂标记解偶联和引起荧光信号增加，所述增加与靶核酸的扩增成正比。
扩增产物可以在溶液中被检测或者用固相支持物检测。在该方法中，设计TAQMANTM探针使其与期望PCR产物内的靶序列杂交。TAQMANTM探针的5'端含有荧光报告染料。探针的3'端被封闭以阻止探针的延伸，并且含有会猝灭5'荧光团的荧光的染料。在随后的扩增中，如果反应中存在具有5'外切核酸酶活性的聚合酶，5'荧光标记就被切割掉。5'荧光团的切除导致荧光增加，其能够被检测。
特别地，构建寡核苷酸探针，这样，当探针未杂交时，其以至少一种单链构象存在，其中猝灭剂分子距报告分子足够近以猝灭报告分子的荧光。当寡核苷酸探针杂交到靶多核苷酸时，其也可以以至少一种构象存在，这样猝灭剂分子不位于与报告分子足够近以猝灭报告分子的荧光的位置。通过采用这些杂交和未杂交构象，当探针杂交和未杂交时，探针上的报告分子和猝灭剂分子显示不同的荧光信号强度。结果，基于报告分子、猝灭剂分子或者其结合的荧光强度的改变，可以确定探针是否杂交或者未杂交。另外，因为探针能够被设计为当探针未杂交时猝灭剂分子猝灭报告分子，所以探针能够被设计为使报告分子显示有限的荧光—除非探针被杂交或者消化。
因此，本发明涉及应用具有5'到3'核酸酶活性的核酸聚合酶、能够杂交到靶BKV序列或者其延伸产物的一种或者多种引物、和能够杂交到相对于引物3'端的靶BKV序列的寡核苷酸探针扩增靶BKV核苷酸序列的方法。在扩增过程中，当寡核苷酸探针杂交到靶序列上时，聚合酶消化寡核苷酸探针，从而将报告分子与猝灭剂分子分开。随着扩增的进行，监测报告分子的荧光，荧光相应于核酸扩增的发生。报告分子优选为荧光染料，猝灭剂分子优选为罗丹明染料。
另一个检测方法涉及利用靶序列特异性寡核苷酸探针，其含有与上述靶序列互补的区域。所述探针可以用于杂交保护实验(hybridization protection assays，HPA)。在该实施方式中，探针被方便地标记有高度化学发光分子吖啶酯(AE)。例如见Nelson等(1995)"Detection of Acridinium Esters by Chemiluminescence",Nonisotopic Probing,Blotting and Sequencing,Kricka L.J.(ed)Academic Press,San Diego,Calif.；Nelson等(1994)"Application of the Hybridization Protection Assay(HPA)to PCR",ThePolymerase Chain Reaction,Mullis等人(eds.)Birkhauser,Boston,Mass.；Weeks等,Clin.Chem.(1983)29:1474-1479；Berry等,Clin.Chem.(1988)34:2087-2090。用基于非核苷酸的连接臂化学将一个AE分子直接连接到探针上，所述连接臂化学允许将标记放在探针内的任何位置。例如，见美国专利5,585,481和5,185,439号。化学发光通过与碱性过氧化氢的反应触发，该反应产生激发态的N-甲基吖啶酮，其随后衰落到基态发出光子。另外，AE引起酯水解，这产生了非化学发光-甲基吖啶羧酸。
当AE分子被共价连接到核酸探针上时，在弱碱性条件下水解是快速的。当AE标记的探针精确地与靶核酸互补时，AE水解的速度被大大降低。因此，杂交和未杂交的AE标记的探针可以直接在溶液中检测，不需要物理分离。
HPA一般由以下步骤组成：(a)在溶液中将AE标记的探针与靶核酸杂交大约15到大约30分钟。接着加入弱碱性溶液，水解偶联到未杂交的探针上的AE。这个反应大约需要5到10分钟。检测剩余的杂合体结合的AE作为存在的靶量的度量。该步骤大约需要2到5秒。优选地，在与杂交步骤相同的温度下，一般是50到70摄氏度下，进行差示水解(differentialhydrolysis)步骤。可选地，可以在室温下进行第二差示水解步骤。这允许使用例如范围在10-11的增加的pH值，这在杂交和未杂交的AE标记的探针之间产生了更大的水解速率差异。HPA在例如美国专利6,004,745、5,948,899和5,283,174号中被详细描述，其公开内容通过引用其全部被包含在本文中。
本发明的寡核苷酸分子也可以用在基于核酸序列的扩增(NASBA)中。该方法是启动子指导的酶法，其诱导特定核酸的体外连续、均一和等温地扩增，以提供核酸的RNA拷贝。进行NASBA的试剂包括具有含启动子的5'尾的第一DNA引物、第二DNA引物、反转录酶、RNAse-H、T7RNA聚合酶、NTP(多种)和dNTP(多种)。利用NASBA从单链RNA或者DNA，或者双链DNA产生大量的单链RNA。当RNA待被扩增时，ssRNA充当模板，通过延伸含有RNA聚合酶识别位点的第一引物，合成第一条DNA链。该DNA链又充当模板，通过延伸第二引物合成第二条互补的DNA链，产生了双链活性RNA聚合酶启动子位点，并且第二条DNA链作为模板，在RNA聚合酶的帮助下，用于合成大量的第一模板ssRNA。NASBA技术为本领域已知，并在如欧洲专利329,822号、国际专利申请号WO 91/02814和美国专利6,063,603、5,554,517和5,409,818号中描述，所有文献整体并入本文。
本文所述的BKV序列也用于使用分支DNA分子的核酸杂交和扩增技术中。在基本的核酸杂交试验中，单链分析物核酸被杂交到标记的单链核酸探针，并检测产生的标记双链体。已经开发出该基本方法的变化方法，以便将待检测的双链体从异物中分离和/或扩增被检测的信号。一种用于扩增信号的方法应用为多核苷酸的扩增多聚体，其带有特异性杂交于分析物核酸或与分析物结合的核酸链的第一片段和特异性杂交于标记探针的重复的第二片段。所述扩增在理论上与第二片段的重复数目成正比。所述多聚体可以是线性的或者分支的。在这些技术中使用两种一般类型的分支多聚体：叉状和梳状。制备和使用分支核酸分子的方法为本领域已知，并在如美国专利5,849,481号中描述，其通过引用其全部被包含在本文中。
显而易见的是，对本文所述的试验设计可以进行很多改变，并且许多形式是本领域已知的。上述描述仅仅作为指南提供，本领域技术人员能够用本领域公知的技术容易地修改上述方案。
试剂盒
与本发明结合使用的试剂盒也被提供。试剂盒中可以提供上述检测试剂，包括引物、探针、带有结合探针的固相支持物、以及其它检测试剂，和适当的说明书和其它需要的试剂，以便进行如上述的检测。通常，试剂盒在单独的容器中包含：引物和探针的结合(或是已经结合到固相支持物；或是单独地，带有将它们结合到基质的试剂)、对照配制物(阳性和/或阴性)、标记试剂—当检测形式需要时、和信号产生试剂(例如酶底物)—如果标记不直接产生信号。进行检测的说明书(例如，书写的、磁带、VCR、CD-ROM等)通常包含在试剂盒中。根据所应用的具体检测，所述试剂盒也可以包含其它的包装试剂和材料(即，洗脱缓冲液等)。用这些试剂盒可以进行标准的检测，如上述检测。
说明书一般记录在合适的记录介质上。例如，说明书可以被印刷在基底如纸或者塑料等上。同样地，说明书可以作为包装插页(package insert)存在于试剂盒中、在试剂盒或其组分的容器的标签(例如，与包装或者分包装相连)中等。在其它的实施方式中，说明书作为合适的计算机可读存储介质上的电子存储数据文件存在，所述介质例如CD-ROM、磁盘等，包括其上存在程序的相同介质。
在另外的实施方式中，试剂盒中不存在说明书本身，但提供了从远的来源例如经因特网获得说明书的手段。该实施方式的一个例子是包括网址的试剂盒，其中说明书可从所述网址阅读或者说明书可从所述网址下载。
更进一步地，试剂盒可以是其中说明书得自或下载自遥远来源如因特网或万维网的试剂盒。可以应用一些形式的访问安全或者识别协议以限制那些有权使用本发明的人的访问。根据本教导，获得说明书和/或程序设计的方法一般记录在合适的记录介质上。
一般，本发明的试剂盒包括至少一种引物、通常至少两种引物(5'引物和3'引物)，通常是至少两种引物和探针，如上述。试剂盒也可以含有说明书，用于使用试剂盒，用上述方法、包括上述的PCR方法检测样品中BKV。本试剂盒中也可以包括缓冲液、dNTPs和对照(例如，阳性和阴性对照核酸)，用于实施本方法。本试剂中的引物可以被可检测地标记或者不标记。
实施例
提出以下实施例，以便为本领域普通技术人员提供如何进行和应用本发明的完全公开和描述，其意图不是限制发明者认为是其发明的范围，也不是表明下面的实验是进行的所有实验或者仅仅进行的实验。已经做出努力确保关于所用数字的准确性(例如，量、温度等)，但是应该存在一些实验误差和偏差。除非另外说明，份数是重量份数，分子量是重均分子量，温度是摄氏度，压力是大气压或者接近大气压。
材料和方法
在以下实施例中使用下面的方法和材料。
样品类型和处理。用于检测本发明所述的BKV的样品可以是任何合适的生物样品，如血清、血浆、羊水和组织样品。组织样品应该在-20±10℃下冷冻贮藏在盐水或者磷酸缓冲盐水中(PBS)中。血清、血浆和羊水应该在-20±10℃下冷冻贮藏。所有上述样品类型可以根据需要经隔夜快运在干冰上运输。
引物和探针。利用标准的程序(Primer Express,Applied Biosystems)，通过计算机分析，设计寡核苷酸引物和探针并分析它们对于PCR和杂交的适用性。寡核苷酸引物和荧光探针由合格的供应商合成。对寡核苷酸引物脱盐和冻干。用于检测BKV的寡核苷酸引物对组如下：
“F”指正向引物，“R”指反向引物，“P”指探针。探针以100μM的浓度冷冻，探针的工作浓度是5μM，其用10mM Tris-HCl，pH 8.0以1:10稀释，分装成100μL的等份。探针可以被贮存在-20℃或者以下并避光。
酶。使用以下酶：Universal PCR Master Mix，Applied BiosystemsCat.#4304437或4318157，其包括Applied Biosystems的AmpliTaq Gold DNA聚合酶。
试剂和缓冲液。以下物质在检测中被使用：QIAamp DNA Blood Mini Kit(QIAGENCat.No.51106)；
设备。所应用的设备包括ABISequence Detection System 7500。
扩增。通过广泛使用的上述PCR方法完成DNA扩增(例如，见Persing等，1993,Diagnostic Molecular Microbiology:Principles and Amplifications,AmericanSociety for Microbiology,Washing D.C.)。扩增的DNA序列通过杂交和通过Taqman方法切割双标记的寡核苷酸探针检测。简而言之，扩增和检测方案如下：在含有各引物500nM、100nM的双标记探针(Taqman探针)、各200μM的四种dNTPs的25μl PCR反应混合物中(PCRMaster Mix,Applied Biosystems)，扩增从临床样品提取的DNA。在混合物中使用AmpliTaqGold聚合酶，所述酶是热激活(热启动)酶，以提高扩增的特异性和灵敏度。通过用ABI7500实时PCR系统(ABI7500Real Time PCR System)使PCR反应物接受热循环(95℃，10min，接着95℃30秒、60℃30秒进行40个循环)。实时监测扩增和检测，并在PCR循环完成后用ABI序列检测软件(v1.2.2)分析。
特异性。在一组临床BKV阳性和阴性样品上，对来自测序DNA和在GenBank获得的序列的寡核苷酸引物和探针的特异性进行测定。也在JCV阳性和阴性样品上以及许多对照上测定引物和探针。将结果与目前在临床实验室中使用的PCR检测结果进行比较。对一些扩增核酸进行测序以验证检测的特异性。扩增序列的测序证实，所有的PCR片段的确是BKV序列。这些序列片段都不与JCV序列或者来自任何其它种类的序列相关。
灵敏度。通过滴定已知浓度系列的BKV DNA和将浓度转化为标准曲线，分析检测的灵敏度。因为有靶向不同区域的几组引物/探针，灵敏度轻微变化。总之，分析的灵敏度达到每个反应管5个拷贝或更低。基于样品制备程序和体积调整方案，对临床样品(例如，血清、尿或者其它形式的液体样品)而言，本分析的灵敏度等同于每ml大约200个拷贝。
实施例1
BKV全基因组的完整测序
为了理解BKV基因组多样性和鉴定用于其诊断应用的候选序列，对病毒全基因组进行测序。从13个BKV阳性患者收集尿样品。为了避免密切的临床关联，这些患者从地理上多样的来源选择或随机挑选。通过常规方法提取样品获得病毒RNA。随后通过长PCR方案(Stratagene)扩增提取的DNA以获得其完整的5.1kb基因组。用预先设计的一组测序引物通过四色双脱氧终止法对扩增的病毒DNA测序，并在ABI377测序仪系统上分离。对每个BKV基因组，将序列片段通过Lasergene6软件组装成完整的5.1-5.2kb重叠群，进行分析。
将十三个组装的BKV重叠群相互比对，也与所有公布的BKV序列比对。从公共数据库(GenBank、EMBL和Swiss-Port)获得公布的序列信息。比较32个BKV全基因组序列，包括13个新测序的BKV序列和19个公布的BKV序列(GenBank登录号：AY628224、AY628225、AY628226、AY628227、AY628228、AY628229、AY628230、AY628231、AY628232、AY628233、AY628234、AY628235、AY628236、AY628237、AY628238、M23122、NC001538、V01108和V01109)。
首先，相互比较来自BKV株的所有序列。随后，将BKV序列与其它密切相关的种类的基因组相比较。在被筛选的所有种类中，特别值得注意的是多瘤病毒家族的另一个成员，人多瘤病毒JC病毒(JCV)。
BKV基因组内的全序列比对允许选择几个候选序列区域用于诊断检测。这些区域享有所有32个BKV基因组中的共有序列，并且它们的序列中有最小的变异。这些区域外的序列或是不一致或是高度多态，这使得它们很难被用于诊断应用中的普遍检测。对公共数据库中的所有其它种的序列进一步进行比较性分析。显著地，JCV与BKV共享高度的同源性。尽管具有高度的同源性，但是BKV与JVC的选择区域的比较显示出一些序列差异。这些序列差异尽管有限，但是对鉴别检测BKV和JCV是关键的。
在来自全基因组的5100+个碱基对中，总共有142个以前未公布的核苷酸变异被鉴定。在这些核苷酸变异中，105个是核苷酸取代(单个或者多个碱基对)，37个是缺失或者插入(多个碱基对)。新鉴定的变异分布在整个BKV基因组上。通过结合新鉴定的序列变异与公共数据库中的变异，建立BKV遗传多样性精细图谱。如图1所示，该图谱说明了高度多态的区域和相对保守的区域。对该精密图谱的分析允许选择候选序列用于诊断应用。
实施例2
靶区域BK1(“BK1”)的鉴定
如图1所示，对所有新完成的核酸序列和公布的核酸序列的序列比较允许选择一个以上的保守序列区，和会提供对生物样品中BKV存在或者不存在的特异的和灵敏的基于核酸的检测。选择由GenBank登录号AY628224的核苷酸435到585组成的BK1区域进行PCR引物设计。BK1靶序列的核酸序列是：
AACAAAAAAAAGAGCTCAGAGGATTTTTATTTTTATTTTAGAGCTTTTGCTGGAATTTTGTAGAGGTGAAGACAGTGTAGACGGGAAAAACAAAGGTACCACTGCTTTACCTGCTGTAAAAGACTCTGTAAAAGACTCCTAGGTAAGTAAT(SEQ ID NO:01)。
用于设计基于核酸的扩增引物的策略是基于对所有BKV基因组序列和密切相关病毒序列的多序列比对分析。设计该分析以便包括BKV的所有变体。也对该分析进行设计以排除任何密切相关但不是BKV的序列，如JCV序列。对这些比对的仔细分析允许选择覆盖所有BKV变体的序列、但区分来自任何其它密切相关属的序列的寡核苷酸序列，从而允许BKV的属特异性扩增和广泛检测及鉴定。用于BK1靶区域的引物和探针的序列如下：
为了证实BKV的特异性检测，对来自BKV样品的PCR扩增产物进行测序和分析。扩增产物序列与BKV序列比对良好，没有扩增产物序列被鉴定为JCV序列或者任何其它属的序列。检测结果显示在图2中。模板浓度范围是每个反应50个拷贝到每个反应50,000个拷贝，检测一式两份进行。BK1检测：斜率＝-3.58，截距＝43.428，R2＝0.997。
实施例3
靶区域II(“BK2”)的鉴定
对所有新完成的BKV核酸序列和公布的BKV核酸序列的核酸序列比较使得能够选择BK2靶区域。BK2靶区域包括GenBank登录号AY628224的核苷酸1418到1545。BK2靶序列的核酸序列是：
TGTACATTCAGGAGAGTTTATAGAAAAAACTATTGCCCCAGGAGGTGCTAATCAAAGAACTGCTCCTCAATGGATGTTGCCTTTACTTCTAGGCCTGTACGGGACTGTAACACCTGCTCTTGAAGCAT(SEQ ID NO:02)。
用于设计基于核酸扩增的引物和探针的策略是基于对所有BKV序列和密切相关病毒序列的多重序列比对的分析。设计该分析以包括所有的BKV变体。也对该分析进行设计以排除任何密切相关但非BKV的序列，如JCV序列。对这些比对的仔细分析允许选择覆盖所有BKV变体序列、但区分来自任何其它密切相关属的序列的寡核苷酸序列，从而允许BKV的属特异性扩增和广泛检测及鉴定。用于BK2靶区域的引物和探针的序列如下：
为了证实BKV的特异性检测，对来自BKV样品的PCR扩增产物进行测序和分析。扩增产物序列与BKV序列比对良好，没有扩增产物序列被鉴定为JCV序列或者任何其它属的序列。检测结果显示在图2中。模板浓度范围是每个反应50个拷贝到每个反应50,000个拷贝，检测一式两份进行。BK2检测：斜率＝-3.48，截距＝44.053和R2＝0.999。
实施例4
靶区域III(“BK3”)的鉴定
对所有新完成的BKV核酸序列和公布的BKV核酸序列的核酸序列比较允许选择BK3靶区域。BK3靶区域包括GenBank登录号AY628224的核苷酸4097到4560。BK3靶序列的核酸序列是：
AGTAAGTATTCCTTATTAACACCCTTACAAATTAAAAAACTAAAGGTACACAGCTTTTGACAGAAATTATTAATTGCAGAAACTCTATGTCTATGTGGAGTTAAAAAGAATATAATATTATGCCCAGCACACATGTGTCTACTAATGAAAGTTACAGAATATTTTTCCATAAGTTTTTTATACAGAATTTGAGCTTTTTCTTTAGTAGTATACACAGCAAAGCAGGCAAGGGTTCTATTACTAAATACAGCTTGACTAAGAAACTGGTGTAGATCAGAGGGAAAGTCTTTAGGGTCTTCTACCTTTCTCTTTTTCTTGGGTGGTGTGGAGTGTTGAGAATCTGCTGTTGCTTCTTCATCACTGGCAAACATATCTTCATGGCAAAATAAATCTTCATCCCATTTTTCATTAAAGGAGCTCCACCAGGACTCCCACTCTTCTGTTCCATAGGTTGGCACCTATAA(SEQ ID NO:03)。
用于设计基于核酸的扩增引物和探针的策略是基于对所有BKV序列和密切相关病毒的序列的多重序列比对的分析。设计该分析以包括所有的BKV变体。也对该分析进行设计以排除任何密切相关但非BKV的序列，如JCV序列。对这些比对的仔细分析允许选择覆盖所有BKV变体的序列但区分来自任何其它密切相关属的序列的寡核苷酸序列，从而允许BKV的属特异性扩增和广泛检测及鉴定。用于BK3靶区域的引物和探针的序列如下：
为了证实BKV的特异性检测，对来自BKV样品的PCR扩增产物进行测序和分析。扩增产物序列与BKV序列比对良好，没有扩增产物序列被鉴定为JCV序列或者任何其它属的序列。检测结果显示在图2中。模板浓度范围是每个反应50个拷贝到每个反应50,000个拷贝，检测一式两份进行。BK3检测：斜率＝-3.49，截距＝44.819和R2＝0.999。
实施例5
靶区域IV(“BK4”)的鉴定
对所有新完成的BKV核酸序列和公布的BKV核酸序列的核酸序列比较允许选择BK4靶区域。BK4靶区域包括GenBank登录号AY628224的核苷酸612到864。BK4靶序列的核酸序列是：
ATGGGTGCTGCTCTAGCACTTTTGGGGGACCTAGTTGCCAGTGTATCTGAGGCTGCTGCTGCCACAGGATTTTCAGTGGCTGAAATTGCTGCTGGGGAGGCTGCTGCTGCTATAGAAGTTCAAATTGCATCCCTTGCTACTGTAGAGGGCATAACAAGTACCTCAGAGGCTATAGCTGCCATAGGCCTAACTCCTCAAACATATGCTGTAATTGCTGGTGCTCCTGGGGCTATTGCTGGGTTTGCTGCTTTAA(SEQ IDNO:04)
用于设计基于核酸的扩增引物和探针的策略是基于对所有BKV序列和密切相关病毒的序列的多重序列比对的分析。设计该分析以包括所有的BKV变体。也对该分析进行设计以排除任何密切相关但非BKV的序列，如JCV序列。对这些比对的仔细分析允许选择覆盖所有BKV变体的序列、但区分来自任何其它密切相关属的序列的寡核苷酸序列，从而允许BKV的属特异性扩增和广泛检测及鉴定。用于BK4靶区域的引物和探针的序列如下：
为了证实BKV的特异性检测，对来自BKV样品的PCR扩增产物进行测序和分析。扩增产物序列与BKV序列比对良好，没有扩增产物序列被鉴定为JCV序列或者任何其它属的序列。检测结果显示在图2中。模板浓度范围是每个反应50个拷贝到每个反应50,000个拷贝，检测一式两份进行。BK4检测：斜率＝-3.21，截距＝41.466和R2＝0.999。
寡核苷酸引物和探针的分析灵敏度通过滴定已知浓度系列的DNA检测和用标准曲线分析计算而检测。其显示，检测的分析灵敏度达到每个反应管5个拷贝或者更低。从样品制备程序和体积调整方案校正，该分析灵敏度等同于每ml液体临床样品中大约200个拷贝。
在总共333个以前检测的临床样品组上检测引物/探针组。样品组包括47个已知的BKV阳性(已检测)和286个已知的BKV阴性(未检测)样品。寡核苷酸引物/探针组检测所有47个阳性样品。而且，在284个阴性样品中，其检测34个为BKV阳性。为了证实那些“遗漏的”阳性结果，对28个样品测序。所有28个测序的扩增产物被鉴定为BKV。剩余的6个样品因为样品体积不足没能够被测序。总之，通过新的引物/探针策略，至少10％的临床阴性样品被检测为BKV阳性，并且通过测序证实为真阳性。检测这样的真阳性百分率的失败可能是由变异位点上的引物/探针错配或者PCR效率差或者上述二者造成的。
实施例6
靶区域V(“BK5”)的鉴定
对所有新完成的BKV核酸序列和公布的BKV核酸序列的核酸序列比较允许选择BK5靶区域。BK5靶区域包括GenBank登录号AY628224的核苷酸2810到2895。BK5靶序列的核酸序列是：
GGGGCTGAAGTATCTGAGACTTGGGAAGAGCATTGTGATTGGGATTCAGTGCTTGATCCATGTCCAGAGTCTTCAGTTTCTGAATC(SEQ ID NO:05)。
用于设计基于核酸的扩增引物和探针的策略是基于对所有BKV序列和密切相关病毒序列的多重序列比对的分析。设计该分析以包括所有的BKV变体。也对该分析进行设计以排除任何密切相关但非BKV的序列，如JCV序列。对这些比对的仔细分析允许选择覆盖所有BKV变体的序列、但区分来自任何其它密切相关属的序列的寡核苷酸序列，从而允许BKV的属特异性扩增和广泛检测及鉴定。用于BK5靶区域的引物和探针的序列如下：
为了证实BKV的特异性检测，对来自BKV样品的PCR扩增产物进行测序和分析。扩增产物序列与BKV序列比对良好，没有扩增产物序列被鉴定为JCV序列或者任何其它属的序列。检测结果显示在图2中。模板浓度范围是每个反应50个拷贝到每个反应50,000个拷贝，检测一式两份进行。BK5检测：斜率＝-3.61，截距＝47.324和R2＝0.994。
上述结果和论述显而易见地说明，本发明提供了用于检测BK病毒以及区分不同BK病毒基因型或者毒株的重要的新方法。同样地，本方法和系统在各种不同应用，包括研究、医学、治疗、诊断、军事和其它应用中有用。因此，本发明表现出了对本领域的重要贡献。
尽管本发明针对其具体实施方式进行了描述，本领域技术人员应该理解，可以进行各种变化并且可以替换为等同物，而不偏离本发明的真正精神和范围。另外，可以进行许多修改，使得具体的情况、材料、物质组分、方法、处理步骤或者多个步骤适应于本发明的目的、精神和范围。所有的这样的修改意图包含在所附权利要求范围内。
具体而言，本发明的实施方式包括如下：
实施方式1：检测样品中BK病毒(BKV)核酸的存在或不存在的方法，所述方法包括使所述样品与一个或多个被设计以在区分BKV和JCV核酸的条件下与SEQ ID NO:4或其互补序列而不与JC病毒(JCV)核酸杂交的寡核苷酸接触，以及检测所述一个或多个寡核苷酸与SEQ ID NO:4或其互补序列的杂交是否已经发生，其中所述杂交检测BKV核酸的存在或者不存在。
实施方式2：实施方式1所述的方法，其中所述检测杂交是否已经发生的步骤包括基于核酸的扩增。
实施方式3：实施方式2所述的方法，其中所述扩增产生长度约30个核苷酸或以下的产物。
实施方式4：实施方式1所述的方法，进一步包括检测所述样品中第二BKV核酸的存在或不存在，其中所述第二BKV核酸包括选自SEQ ID NO:3和5或其互补序列的核酸序列，其中所述检测第二BKV核酸包括使所述样品与一个或多个被设计以在区分BKV和JCV核酸的条件下与SEQ ID NO:3或5或其互补序列而不与JC病毒核酸杂交的寡核苷酸接触以及检测所述一个或多个寡核苷酸与SEQ ID NO:3或5或其互补序列的杂交是否已经发生，其中所述杂交检测BKV核酸的存在或者不存在。
实施方式5：试剂盒，其包括适于产生包括核苷酸序列SEQ ID NO:2、4或5的靶区域的核苷酸序列的扩增产物的引物对，其中所述引物对在区分BKV和JCV核酸的条件下与SEQID NO:2、4或5或其互补序列而不与JCV核酸杂交。
实施方式6：实施方式5所述的试剂盒，进一步包括用于检测所述扩增产物的探针。
实施方式7：检测样品中BK病毒(BKV)核酸的存在或不存在的方法，所述方法包括使所述样品与一个或多个被设计以在区分BKV和JCV核酸的条件下与SEQ ID NO:2或其互补序列而不与JC病毒(JCV)核酸杂交的寡核苷酸接触，以及检测所述一个或多个寡核苷酸与SEQ ID NO:2或其互补序列的杂交是否已经发生，其中所述杂交检测BKV核酸的存在或者不存在。
实施方式8：实施方式7所述的方法，其中所述检测杂交是否已经发生的步骤包括基于核酸的扩增。
实施方式9：实施方式8所述的方法，其中所述扩增产生长度约30个核苷酸或以下的产物。
实施方式10：实施方式7所述的方法，进一步包括检测所述样品中第二BKV核酸的存在或不存在，其中所述第二BKV核酸包括选自SEQ ID NO:3、4和5或其互补序列的核酸序列，其中所述检测第二BKV核酸包括使所述样品与一个或多个被设计以在区分BKV和JCV核酸的条件下与SEQ ID NO:3、4或5或其互补序列而不与JC病毒核酸杂交的寡核苷酸接触以及检测所述一个或多个寡核苷酸与SEQ ID NO:3、4或5或其互补序列的杂交是否已经发生，其中所述杂交检测BKV核酸的存在或者不存在。
实施方式11：检测样品中BK病毒(BKV)核酸的存在或不存在的方法，所述方法包括使所述样品与一个或多个被设计以在区分BKV和JCV核酸的条件下与SEQ ID NO:5或其互补序列而不与JC病毒(JCV)核酸杂交的寡核苷酸接触，以及检测所述一个或多个寡核苷酸与SEQ ID NO:5或其互补序列的杂交是否已经发生，其中所述杂交检测BKV核酸的存在或者不存在。
实施方式12：实施方式11所述的方法，其中所述检测杂交是否已经发生的步骤包括基于核酸的扩增。
实施方式13：实施方式12所述的方法，其中所述扩增产生长度约30个核苷酸或以下的产物。
实施方式14：实施方式11所述的方法，进一步包括检测所述样品中第二BKV核酸的存在或不存在，其中所述检测第二BKV核酸包括使所述样品与一个或多个被设计以在区分BKV和JCV核酸的条件下与SEQ ID NO:3或其互补序列而不与JC病毒核酸杂交的寡核苷酸接触以及检测所述一个或多个寡核苷酸与SEQ ID NO:3或其互补序列的杂交是否已经发生，其中所述杂交检测BKV核酸的存在或者不存在。
实施方式15：试剂盒，其包括适于产生靶区域I、II、III、IV或V中的一个或多个的核苷酸序列的扩增产物的引物对，其中所述引物对在区分BKV和JCV核酸的条件下与BKV核酸而不与JC病毒(JCV)核酸杂交。
实施方式16：实施方式15所述的试剂盒，进一步包括用于检测所述扩增产物的探针。
实施方式17：实施方式15所述的试剂盒，其中所述试剂盒包括至少两个用于产生所述靶区域中的至少两个的扩增产物的引物对。
实施方式18：下述序列的至少20个相邻核苷酸的分离核酸：
(i)SEQ ID NO:01或者其互补序列，其中所述核酸的长度不超过约151个核苷酸；
(ii)SEQ ID NO:02或者其互补序列，其中所述核酸的长度不超过约128个核苷酸；
(iii)SEQ ID NO:04或者其互补序列，其中所述核酸的长度不超过约253个核苷酸；或
(iv)SEQ ID NO:05或者其互补序列，其中所述核酸的长度不超过约86个核苷酸。
实施方式19：实施方式18所述的分离核酸，其中所述核酸包括可检测标记。
实施方式20：实施方式1所述的方法，其中所述被设计以与SEQ ID NO:4或其互补序列杂交的寡核苷酸中的一个包含SEQ ID NO:4的核苷酸1-19、36-62或76-95。
实施方式21：实施方式1所述的方法，其中所述被设计以与SEQ ID NO:4或者其互补序列杂交的寡核苷酸中的至少一个是简并寡核苷酸。
实施方式22：实施方式1所述的方法，其中所述被设计以与SEQ ID NO:4或者其互补序列杂交的寡核苷酸中的至少一个包含可检测标记。
实施方式23：实施方式1所述的方法，其中所述检测杂交是否已经发生的步骤包括对部分SEQ ID NO:4进行核酸测序。
实施方式24：实施方式2所述的方法，其中所述基于核酸的扩增包括使用引物对SEQ ID NO:15和SEQ ID NO:16扩增部分SEQ ID NO:4或者其互补序列。
实施方式25：实施方式4所述的方法，其中所述检测第二BKV核酸包括扩增部分SEQID NO:3或5或者其互补序列。
实施方式26：实施方式4所述的方法，其中所述被设计以与SEQ ID NO:3或5或者其互补序列杂交的寡核苷酸中的至少一个是简并寡核苷酸。
实施方式27：实施方式4所述的方法，其中所述被设计以与SEQ ID NO:3或5或者其互补序列杂交的寡核苷酸中的至少一个包含可检测标记。
实施方式28：实施方式4所述的方法，其中所述检测杂交是否已经发生的步骤包括对部分SEQ ID NO:3或5或其互补序列进行核酸测序。
实施方式29：实施方式7所述的方法，其中所述寡核苷酸中的一个包含SEQ ID NO:2或其互补序列的核苷酸33-50、52-80或82-104。
实施方式30：实施方式8所述的方法，其中所述基于核酸的扩增包括使用引物对SEQ ID NO:9和SEQ ID NO:10或其互补序列扩增部分SEQ ID NO:2。
实施方式31：实施方式7所述的方法，其中所述被设计以与SEQ ID NO:2或者其互补序列杂交的寡核苷酸中的至少一个是简并寡核苷酸。
实施方式32：实施方式7所述的方法，其中所述被设计以与SEQ ID NO:2或者其互补序列杂交的寡核苷酸中的至少一个包含可检测标记。
实施方式33：实施方式7所述的方法，其中所述检测杂交是否已经发生的步骤包括对部分SEQ ID NO:2进行核酸测序。
实施方式34.：实施方式10所述的方法，其中所述检测第二BKV核酸包括扩增部分SEQ ID NO:3、4、5或其互补序列。
实施方式35：实施方式10所述的方法，其中所述被设计以与SEQ ID NO:4或者其互补序列杂交的寡核苷酸中的至少一个是简并寡核苷酸。
实施方式36：实施方式10所述的方法，其中所述被设计以与SEQ ID NO:3、4、5或者其互补序列杂交的寡核苷酸中的至少一个包含可检测标记。
实施方式37：实施方式10所述的方法，其中所述检测杂交是否已经发生的步骤包括对部分SEQ ID NO:3、4、5或其互补序列进行核酸测序。
实施方式38：实施方式11所述的方法，其中所述寡核苷酸中的一个包含SEQ IDNO:5或其互补序列的核苷酸2-18、19-41或47-64。
实施方式39：实施方式12所述的方法，其中所述基于核酸的扩增包括使用引物对SEQ ID NO:18和SEQ ID NO:19或其互补序列扩增部分SEQ ID NO:5。
实施方式40：实施方式11所述的方法，其中所述被设计以与SEQ ID NO:5或者其互补序列杂交的寡核苷酸中的至少一个是简并寡核苷酸。
实施方式41：实施方式11所述的方法，其中所述被设计以与SEQ ID NO:5或者其互补序列杂交的寡核苷酸中的至少一个包含可检测标记。
实施方式42：实施方式11所述的方法，其中所述检测的步骤包括对部分SEQ IDNO:5进行核酸测序。
实施方式43.：实施方式14所述的方法，其中所述检测第二BKV核酸包括扩增部分SEQ ID NO:3或其互补序列。
实施方式44：实施方式14所述的方法，其中所述被设计以与SEQ ID NO:3或者其互补序列杂交的寡核苷酸中的至少一个是简并寡核苷酸。
实施方式45：实施方式14所述的方法，其中所述被设计以与SEQ ID NO:3或者其互补序列杂交的寡核苷酸中的至少一个包含可检测标记。
实施方式46：实施方式14所述的方法，其中所述检测杂交是否已经发生的步骤包括对部分SEQ ID NO:3进行核酸测序。
实施方式47：检测样品中BK病毒(BKV)核酸的存在或不存在的方法，所述方法包括使所述样品与一个或多个被设计以在区分BKV和JCV核酸的条件下与SEQ ID NO:1或其互补序列而不与JC病毒(JCV)核酸杂交的寡核苷酸接触，以及检测所述一个或多个寡核苷酸与SEQ ID NO:1或其互补序列的杂交是否已经发生，其中所述杂交检测BKV核酸的存在或者不存在，其中所述寡核苷酸中的一个包含SEQ ID NO:1或其互补序列的核苷酸1-26、57-90或94-119。
实施方式48：检测样品中BK病毒(BKV)核酸的存在或不存在的方法，所述方法包括使所述样品与一个或多个被设计以在区分BKV和JCV核酸的条件下与SEQ ID NO:1或其互补序列而不与JC病毒(JCV)核酸杂交的寡核苷酸接触，以及检测所述一个或多个寡核苷酸与SEQ ID NO:1或其互补序列的杂交是否已经发生，其中所述杂交检测BKV核酸的存在或者不存在，其中所述检测杂交是否已经发生的步骤包括至少部分SEQ ID NO:1的核酸测序。
序列表
<110> F•陈(CHEN,Fan)
L•I•孔(KONG,Lilly I.)
J•陈(CHEN,Jules)
M•捷纳提保(JANNATIPOUR,Mehrdad)
<120> 检测BK病毒的方法和组合物
<130> FOCS-013WO
<150> 11/246,904
<151> 2005-10-06
<150> 60/705,217
<151> 2005-08-02
<160> 54
<170> FastSEQ for Windows Version 4.0
<210> 1
<211> 151
<212> DNA
<213> 人多瘤病毒BK型病毒
<400> 1
aacaaaaaaa agagctcaga ggatttttat ttttatttta gagcttttgc tggaattttg 60
tagaggtgaa gacagtgtag acgggaaaaa caaaggtacc actgctttac ctgctgtaaa 120
agactctgta aaagactcct aggtaagtaa t 151
<210> 2
<211> 128
<212> DNA
<213> 人多瘤病毒BK型病毒
<400> 2
tgtacattca ggagagttta tagaaaaaac tattgcccca ggaggtgcta atcaaagaac 60
tgctcctcaa tggatgttgc ctttacttct aggcctgtac gggactgtaa cacctgctct 120
tgaagcat 128
<210> 3
<211> 464
<212> DNA
<213> 人多瘤病毒BK型病毒
<400> 3
agtaagtatt ccttattaac acccttacaa attaaaaaac taaaggtaca cagcttttga 60
cagaaattat taattgcaga aactctatgt ctatgtggag ttaaaaagaa tataatatta 120
tgcccagcac acatgtgtct actaatgaaa gttacagaat atttttccat aagtttttta 180
tacagaattt gagctttttc tttagtagta tacacagcaa agcaggcaag ggttctatta 240
ctaaatacag cttgactaag aaactggtgt agatcagagg gaaagtcttt agggtcttct 300
acctttctct ttttcttggg tggtgtggag tgttgagaat ctgctgttgc ttcttcatca 360
ctggcaaaca tatcttcatg gcaaaataaa tcttcatccc atttttcatt aaaggagctc 420
caccaggact cccactcttc tgttccatag gttggcacct ataa 464
<210> 4
<211> 253
<212> DNA
<213> 人多瘤病毒BK型病毒
<400> 4
atgggtgctg ctctagcact tttgggggac ctagttgcca gtgtatctga ggctgctgct 60
gccacaggat tttcagtggc tgaaattgct gctggggagg ctgctgctgc tatagaagtt 120
caaattgcat cccttgctac tgtagagggc ataacaagta cctcagaggc tatagctgcc 180
ataggcctaa ctcctcaaac atatgctgta attgctggtg ctcctggggc tattgctggg 240
tttgctgctt taa 253
<210> 5
<211> 86
<212> DNA
<213> 人多瘤病毒BK型病毒
<400> 5
ggggctgaag tatctgagac ttgggaagag cattgtgatt gggattcagt gcttgatcca 60
tgtccagagt cttcagtttc tgaatc 86
<210> 6
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 6
aacaaaaaaa agagctcaga ggattt 26
<210> 7
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 7
aagtaccact gctttacctg ctgtaa 26
<210> 8
<211> 34
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 8
tttgtagagg tgaagacagt gtagacggga aaaa 34
<210> 9
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 9
ttgccccagg aggtgcta 18
<210> 10
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 10
tttacttcta ggcctgtacg gga 23
<210> 11
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 11
tcaaagaact gctcctcaat ggatgttgc 29
<210> 12
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 12
ggaaagtctt tagggtcttc taccttt 27
<210> 13
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 13
tcatcactgg caaacatatc ttcatg 26
<210> 14
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 14
gtgttgagaa tctgctgttg cttct 25
<210> 15
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 15
atgggtgctg ctctagcac 19
<210> 16
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 16
gtggctgaaa ttgctgctgg 20
<210> 17
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 17
tgccagtgta tctgaggctg ctgctgc 27
<210> 18
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 18
gggctgaagt atctgag 17
<210> 19
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 19
cagtgcttga tccatgtc 18
<210> 20
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成寡核苷酸
<400> 20
cttgggaaga gcattgtgat tgg 23
<210> 21
<211> 4012
<212> DNA
<213> 人多瘤病毒BK型病毒共有序列
<400> 21
acagaagaag tgcatgactg cagcacagag aatgagcgat tttgcggcca gaatcttgtg 60
gtttcgccag ctgtcacgac aaaaaaaggc tcagaggatt ttatttttat tttagagctt 120
ttgctggaat tttgtagagg taagacagtg tagacgggaa aaacaaagta ccactgcttt 180
acctgctgta aagactctgt aaaagactcc taggtaagta atcttttttt ttgtatttca 240
ggttatgggt gctgctctag cacttttggg ggacctagtt gccagtgtat ctgaggctgc 300
tgctgccaca ggttttcgtg gctgaaattg ctgctgggga ggctgctgct gcatagaagt 360
tcaaattgca tcccttgcta ctgagagggc ataacaatac ctcagaggct atagctgcat 420
aggcctaacc ctcaaacata tgctgtaatt gctggtgctc cggggctatt gctgggtttg 480
ctgctttatt caaactgtta tggtattagt tcttgctcaa gtagggtaag ttttttgatt 540
gggatcacaa agtttccact gtaggcctta tcagcaatca ggcatggctt gaattgttta 600
acccagatga gtactagata ttgtttcctg gtgtaaatac ttttgtaata atattcaata 660
ctgatcctag gcattggggt ccttcttgtt tgctactatt tccaggcttt gtggcatgtt 720
attaggatga tatacctcta tactcacaga attgcaagag aacagaagat ttttaggact 780
cttggctaga tttttggaga aacacctgga cattgtaaat gcccctaact tttataatta 840
tattcaatat tattctattt cccctattag gcctaatggt agcaagtgct gaaagggaag 900
gacccgtaat tttggccatc taagatagat atgctgacag tataaagaag ttaccaaaga 960
atggattaag aaataaatgt acattcagga gagtttatag aaaaaactat tgccccagga 1020
ggtgctaatc aaagaactgc tcctcaatgg atgttgcctt tcttctaggc ctgtacggga 1080
ctgtaacacc tgctcttgaa gcattgaaga tggccccaca aaagaaaagg agagtgtcca 1140
ggggcagctc ccaaaaagcc aaggaaccgt gcaagtgcca aaactctaat aaaaggagga 1200
gtagaagttc tagaagttaa aactggtaga tgctatacaa gtagaatgct tctaaaccca 1260
gaaatgggga gatgaaacct taggggctta gtcctaatgc taaatgcttt agtgatagcc 1320
cagaagaaaa atgcttcctg ttacagacag caagaattcc ctccaataat gaggactaac 1380
ctgtggaatt actatgtggg aggctgtacg taaaacagag gtatggaata actagatgct 1440
aaccttcagc agggtccaaa agtcatgaat ggtggaggaa accttcaggc agaatttcac 1500
tttttgctgt ggtgggaccc ttggaaatgc agggagtcta tgaatacgca agtacccagg 1560
tacttacccc aaaaaccaca gccagtccca gtaatgaata ctgacataag gcctattgga 1620
caaaaacaat gctatccagt tgatgctggt cctgaccagt agaaatgaaa atctaggtat 1680
tttggactca caggagggga aaatgttccc cagtacttca tgtaccaaca cagctaccac 1740
agtgttgctg atgaacaggg tgtggggccc ttgtaaagct gatgcctgta tgtttcagct 1800
gctgatattt gtggctgttt actaacagtc tggacacaac agtggagggc cttcaagata 1860
ttttagacgc ctgagaaaaa gatctgtaaa accttaccaa tttcctttgc tagtgaccta 1920
taacagggaa cccaaagtgg atgggcagcc tatgtatggt atggatccag tggaggtagg 1980
gtgtttgatg gcacagaact tccaggggac ccagatatga taagatatat tgaacaggac 2040
aattgcaaac aaaatgttta aacaggtgct ttattgtata tatttaataa atgctgcttt 2100
ttatacatta actttgttat tttgggggtg gtgttttagg cttttaaaac atgaaagcct 2160
ttacacaaat gactcttctt ggggttttct acggggctga agtatctgag acttgggaag 2220
agcattgtga ttgggattca gtgcttgatc catgtccaga gtcttcagtt tctgaatctc 2280
ttctcttgta tacaagaata catttcccat gcatatatta tatttcatcc ttgaaaaagt 2340
atacatactt atctcagaat ccagcctttc ttccattcaa caattctaga tgtatatctg 2400
aaaatcagct acaggcctac caaattagag tagcaaaggt cattccactt tgtaattctt 2460
ttttcaagta aaatcgagtt tgaggatttc ttaaataatt ttggctaaaa tctattgtct 2520
tacaaatcta gctgagtttt ggacaggata ctcattcatt gtaacacctg gtggaaatat 2580
ttggtctttt gtttaatgtt tttttctaaa ttacttacac ttccactaat aatcctaaac 2640
tgtctaaatt gtttattcca tgtcctgaag gcaaatcctt tgattcagcc cgtccttaca 2700
tctcaaaaac aaccatactg atcatagcac accagtcaaa gtagccttcc atgggtatta 2760
catttaagct ttcccacaaa tctaaaccct gcagctagtt gttttccact atcatggacc 2820
tttaataacc agtatcttct tttaggtaca ttaaaacaaa cagtgaaaat caaaatacag 2880
aatccatttt aggtacaaac atgagccagc aaccctgcca tatattgttc atacgcattt 2940
ccatgagccc aaatataaat ccatttatct aatatatgat taatcttctg ttagcatttc 3000
ttcctgtcat atgaggtatc tacctttttt agctaaactg tatcactgct tgctgacaaa 3060
tttttttttt actttctgca aaattagcat ttgcaatgct tttcatgata ttaaagtgta 3120
ggtgtctttt ttgacacttt ttcactctct acattgtatg aaattctaaa tacataccaa 3180
tataaacaca tctcacactt tgttctactg catatcagta ttaattccag aacctgcttt 3240
gttcttcagg tctctgggta aatcatgctc ctttagcccc cttgaatctt tctctattat 3300
tatggtccta gttaaggcac ttaagtaagt attccttatt aacaccctta caaattaaaa 3360
aactaaagta cacagctttt gacagaatta ttaattgcag aaactctatg tctatgtgga 3420
gttaaaaaga atataatatt atgccagcaa catgtgtcta ctataaagtt acagatattt 3480
ttccataagt tttttataca gattagcttt ttctttagtg tatacacagc aaacaggcag 3540
gttctattac taaaacagct tgactaagaa actggtgtag atcaaggaaa gtctttaggg 3600
tcttctacct tctttttttt gggtggtgtg agtgttggaa tctgctgttg ctctcatcac 3660
tggcaaacat atctcatggc aaataatctt catcccattt ttcattaaag gactccacca 3720
gactcccact cttctgttcc ataggttggc acctataaaa aaaaattact tagggttttt 3780
ttaaaataca aacttctagg tcaatagaca ccttcatctc attacaatca tatcgtgcct 3840
tcaactttct taaattttct ttaagattcg cactcaaggc aagttgatgt cctgtatcga 3900
aagcaaatgt ccataggcta cctacactat ttaaaaagtc ctcctttatt tgcaggggat 3960
cttacctaac tctcaaggaa gtcggcagcg gcaaagacct atcctaatac ca 4012
<210> 22
<211> 5141
<212> DNA
<213> 人多瘤病毒BK型病毒多数序列（majority sequence）
<400> 22
ttttgcaaaa attgcaaaag aatagggatt tccccaaata gttttgctag gcctcagaaa 60
aagcctccac acccttacta cttgagagaa agggtggagg cagaggcggc ctcggcctct 120
tatatattat aaaaaaaaag gccacaggga ggagctgctt acccatggaa tgcagccaaa 180
ccatgacctc aggaaggaaa gtgcatgact gggcagccag ccagtggcag ttaatagtga 240
aaccccgccc ctaaaattct caaataaaca caagaggaag tggaaactgg ccaaaggagt 300
ggaaagcagc cagacagaca tgttttgcga gcctaggaat cttggccttg tccccagtta 360
aactggacaa aggccatggt tctgcgccag ctgtcacgac aagcttctgt gaaagttggt 420
aaaacctgga ctggaacaaa aaaaagagct cagaggattt ttatttttat tttagagctt 480
ttgctggaat tttgtagagg tgaagacagt gtagacggga aaaacaaaag taccactgct 540
ttacctgctg taaaagactc tgtaaaagac tcctaggtaa gtaatccctt tttttttgta 600
tttccaggtt gatgggtgct gctctagcac ttttggggga cctagttgcc agtgtatctg 660
aggctgctgc tgccacagga ttttcagtgg ctgaaattgc tgctggggag gctgctgctg 720
ctatagaagt tcaaattgca tcccttgcta ctgtagaggg cataacaagt acctcagagg 780
ctatagctgc tataggccta actcctcaaa catatgctgt aattgctggt gctcctgggg 840
ctattgctgg gtttgctgct ttaattcaaa ctgttactgg tattagttcc ttggctcaag 900
tagggtatag gttttttagt gattgggatc acaaagtttc cactgtaggc ctctatcagc 960
aatcaggcat ggctttggaa ttgtttaacc cagatgagta ctatgatatt ttgtttcctg 1020
gtgtaaatac ttttgtaaat aatattcaat accttgatcc taggcattgg ggtccttctt 1080
tgtttgctac tatttcccag gctttgtggc atgttattag ggatgatata cctgctataa 1140
cctcacaaga attgcaaaga agaacagaaa gattttttag agactccttg gctagatttt 1200
tggaggaaac tacctggaca attgtaaatg cccctataaa cttttataat tatattcaag 1260
aatattattc tgatctttcc cctattaggc cctcaatggt tagacaagta gctgaaaggg 1320
aaggtacccg tgtacatttt ggccatactt atagtataga tgatgctgac agtatagaag 1380
aagttacaca aagaatggac ttaagaaatc aacaaactgt acattcagga gagtttatag 1440
aaaaaactat tgccccagga ggtgctaatc aaagaactgc tcctcaatgg atgttgcctt 1500
tacttctagg cctgtacggg actgtaacac ctgctcttga agcatatgaa gatggcccca 1560
accaaaagaa aaggagagtg tccaggggca gctcccaaaa agccaaagga acccgtgcaa 1620
gtgccaaaac tactaataaa aggaggagta gaagttctag aagttaaaac tggggtagat 1680
gctataacag aggtagaatg cttcctaaac ccagaaatgg gggatccaga tgaaaacctt 1740
aggggcttta gtctaaagct aagtgctgaa aatgacttta gcagtgatag cccagaaaga 1800
aaaatgcttc cctgttacag cacagcaaga attcccctcc ccaatttaaa tgaggaccta 1860
acctgtggaa atctactgat gtgggaggct gtaactgtac aaacagaggt cattggaata 1920
actagcatgc ttaaccttca tgcagggtca caaaaagtgc atgagcatgg tggaggtaaa 1980
cctattcaag gcagtaattt ccacttcttt gctgttggtg gagacccctt ggaaatgcag 2040
ggagtgctaa tgaattacag gacaaagtac ccagatggta ctataacccc aaaaaaccca 2100
acagcccagt cccaggtaat gaatactgac cataaggcct atttggacaa aaacaatgct 2160
tatccagttg agtgctgggt tcctgatccc agtagaaatg aaaatactag gtattttggg 2220
actttcacag gaggggaaaa tgttccccca gtacttcatg tgaccaacac agctaccaca 2280
gtgttgctag atgaacaggg tgtggggcct ctttgtaaag ctgatagcct gtatgtttca 2340
gctgctgata tttgtggcct gtttactaac agctctggaa cacaacagtg gagaggcctt 2400
gcaagatatt ttaagattcg cctgagaaaa agatctgtaa aaaatcctta cccaatttcc 2460
tttttgctaa gtgaccttat aaacaggaga acccagagag tggatgggca gcctatgtat 2520
ggtatggaat cccaggtaga agaggtcagg gtgtttgatg gcacagaaag acttccaggg 2580
gacccagata tgataagata tattgacaaa caaggacaat tgcaaaccaa aatgctttaa 2640
acaggtgctt ttattgtaca tatacattta ataaatgctg cttttgtata agccactttt 2700
aagcttgtgt tattttgggg gtggtgtttt aggcctttta aaacactgaa agcctttaca 2760
caaatgcaac tcttgactat gggggtctga cctttgggaa tcttcagcag gggctgaagt 2820
atctgagact tgggaagagc attgtgattg ggattcagtg cttgatccat gtccagagtc 2880
ttcagtttct gaatcttctt ctcttgtgat atcaagaata catttcccca tgcatatatt 2940
atatttcatc cttgaaaaag tatacatact tatctcagaa tccagccttt ccttccattc 3000
aacaattcta gattgtatat ctgttgcaaa atcagctaca ggcctaaacc aaattagcag 3060
tagcaacaag gtcattccac tttgtaaaat tcttttttca agtaagaact ctgagttttg 3120
taaggatttt cttaaatata ttttgggcct aaaatctatc tgtcttacaa atctagcctg 3180
cagggtttta gggacaggat actcattcat tgtaaccagg cctggtggaa atatttgggt 3240
tcttttgttt aaatgtttct tttctaaatt aaccttaaca cttccatcta aataatctct 3300
caaactgtct aaattgttta ttccatgtcc tgaaggcaaa tcctttgatt cagctcctgt 3360
tccttttaca tcttcaaaaa caaccatgta ctgatctata gctacaccta gttcaaaggt 3420
tagcctttcc atgggtaggt ttacatttaa ggctttacct ccacacaaat ctaataaccc 3480
tgcagctagt gttgtttttc cactatcaat gggaccttta aataaccagt atcttctttt 3540
aggtacatta aaaacaatac agtgcaaaaa atcaaatata acagaatcca ttttaggtag 3600
caaacagtgc agccaagcaa cacctgccat atattgttct agtacagcat ttccatgagc 3660
tccaaatatt aaatccattt tatctaatat atgattaaat ctttctgtta gcatttcttc 3720
tctggtcata tgaagggtat ctactctttt tttagctaaa actgtatcta ctgcttgctg 3780
acaaatactt ttttgatttt tactttctgc aaaaatagta gcatttgcaa aatgcttttc 3840
atgatactta aagtgataag gttggtcttt tttctgacac tttttacact cctctacatt 3900
gtattgaaat tctaaataca tacctaataa taaaaacaca tcctcacact ttgtctctac 3960
tgcatactca gtaattaatt tccaagacac ctgctttgtt tcttcaggct cttctgggtt 4020
aaaatcatgc tcctttaagc ccccttgaat gctttcttct attgtatggt atggatctct 4080
agttaaggca ctatatagta agtattcctt attaacaccc ttacaaatta aaaaactaaa 4140
ggtacacagc ttttgacaga aattattaat tgcagaaact ctatgtctat gtggagttaa 4200
aaagaatata atattatgcc cagcacacat gtgtctacta ataaaagtta cagaatattt 4260
ttccataagt tttttataca gaatttgagc tttttcttta gtagtataca cagcaaagca 4320
ggcaagggtt ctattactaa atacagcttg actaagaaac tggtgtagat cagaaggaaa 4380
gtctttaggg tcttctacct ttcttttttt cttgggtggt gttgagtgtt gagaatctgc 4440
tgttgcttct tcatcactgg caaacatatc ttcatggcaa aataaatctt catcccattt 4500
ttcattaaag gagctccacc aggactccca ctcttctgtt ccataggttg gcacctataa 4560
aaaaaataat tacttagggc ctttaaatat tttattattt atctaaatat aagttagtta 4620
ccttaaagct ttagatctct gaagggagtt tctccaatta tttggaccca ccattgcaga 4680
gtttcttcag ttaggtctaa gccaaaccac tgtgtgaagc agtcaatgca gtagcaatct 4740
atccaaacca agggctcttt tcttaaaaat tttctattta aatgccttaa tctaagctga 4800
catagcatgc aagggcagtg cacagaaggc tttttggaac aaataggcca ttccttgcag 4860
tacagggtat ctgggcaaag aggaaaatca gcacaaacct ctgagctact ccaggttcca 4920
aaatcaggct gatgagctac ctttacatcc tgctccattt ttttatataa agtattcatt 4980
ctcttcattt tatcctcgtc gccccctttg tcagggtgaa attccttaca cttccttaaa 5040
taggcttttc tcattaaggg aaggtttccc caggcagctc tttcaaggcc taaaaggtcc 5100
atgagctcca tggattcttc cctgttaagc actttatcca t 5141
<210> 23
<211> 5141
<212> DNA
<213> 人多瘤病毒BK型病毒
<400> 23
ttttgcaaaa attgcaaaag aatagggatt tccccaaata tttttgctag gcctcagaaa 60
aagcctccac acccttacta cttgagagaa agggtggagg cagaggcggc ctcggcctct 120
tatatattat aaaaaaaaag gccacaggga ggagctgcta acccatggaa tgtagccaaa 180
ccatgacctc aggaaggaaa gtgcatgact gggcagccag ccagtggcag ttaatagtga 240
aaccccgccc ctaaaattct caaataaaca caagaggaag tggaaactgg ccaaaggagt 300
ggaaagcagc cagacagaca tgttttgcga gcctaggaat cttggccttg tccccagtta 360
aactggacaa aggccatggt tctgcgccag ctgtcacgac aagcttctgt gaaagttagt 420
aaaacctgga ctggaacaaa aaaaagagct cagaggattt ttatttttat tttagagctt 480
ttgctggaat tttgtagagg tgaagacagt gtagacggga aaaacaaagg taccactgct 540
ttacctgctg taaaagactc tgtaaaagac tcctaggtaa gtaatccctt tttttttgta 600
tttccaggtt gatgggtgct gctctagcac ttttggggga cctagttgcc agtgtatctg 660
aggctgctgc tgccacagga ttttcagtgg ctgaaattgc tgctggggag gctgctgctg 720
ctatagaagt tcaaattgca tcccttgcta ctgtagaggg cataacaagt acctcagagg 780
ctatagctgc cataggccta actcctcaaa catatgctgt aattgctggt gctcctgggg 840
ctattgctgg gtttgctgct ttaattcaaa ctgttactgg tattagttcc ttggctcaag 900
tagggtatag gttttttagt gattgggatc acaaagtttc cactgtaggc ctctatcagc 960
aatcaggcat ggctttggaa ttgtttaacc cagatgagta ctatgatatt ttgtttcctg 1020
gtgtaaatac ttttgtaaat aatattcaat accttgatcc taggcattgg ggtccttcct 1080
tgtttgctac tatttcccag gctttgtggc atgttattag ggatgatata cctgctataa 1140
cctcacaaga attgcaaaga agaacagaaa gattttttag agactccttg gctagatttt 1200
tggaggaaac tacctggaca attgtaaatg cccctataaa cttttataat tatattcaag 1260
aatattattc tgatctttcc cctattaggc cctcaatggt tagacaagtg gctgaaaggg 1320
aaggtacccg tgtacatttt ggccatactt atagtataga tgatgctgac agtatagaag 1380
aagttacaca aagaatggac ttaagaaatc agcaaactgt acattcagga gagtttatag 1440
aaaaaactat tgccccagga ggtgctaatc aaagaactgc tcctcaatgg atgttgcctt 1500
tacttctagg cctgtacggg actgtaacac ctgctcttga agcatatgaa gatggcccca 1560
accaaaagaa aaggagagtg tccaggggca gctcccaaaa agccaaagga acccgtgcaa 1620
gtgccaaaac tactaataaa aggaggagta gaagttctag aagttaaaac tggggtagat 1680
gctataacag aggtagaatg cttcctaaac ccagaaatgg gggatccaga tgaaaacctt 1740
aggggcttta gtctaaagct aagtgctgaa aatgacttta gcagtgatag cccagaaaga 1800
aaaatgcttc cctgttacag cacagcaaga attcccctcc ccaatttaaa tgaggaccta 1860
acctgtggaa atctactgat gtgggaggct gtaactgtac aaacagaggt cattggaata 1920
actagcatgc ttaaccttca cgcagggtca caaaaagtgc atgagcatgg tggaggtaaa 1980
cctattcaag gcagtaattt ccacttcttt gctgttggtg gagacccctt ggaaatgcag 2040
ggagtgctaa tgaattacag gaccaagtac ccagatggta ctataacccc aaaaaaccca 2100
acagcccagt cccaggtaat gaatactgac cataaggcct atttggacaa aaacaatgct 2160
tatccagttg agtgctgggt tcctgatccc agtagaaatg aaaatactag gtattttgga 2220
actttcacag gaggggaaaa tgttccccca gtacttcatg tgaccaacac agctaccaca 2280
gtgttgctag atgaacaggg tgtggggcct ctttgtaaag ctgatagcct gtatgtttca 2340
gctgctgata tttgtggcct gtttactaac agctctggaa cacaacagtg gagaggcctt 2400
gcaagatatt ttaagattcg cctgagaaaa agatctgtaa aaaatcctta cccaatttcc 2460
tttttgctga gtgaccttat aaacaggaga acccagagag tggatgggca gcctatgtat 2520
ggtatggaat cccaggtaga agaggtcagg gtgtttgatg gcacagaaag acttccaggg 2580
gacccagata tgataagata tattgataga caaggacaat tgcaaaccaa aatgctttaa 2640
acaggtgctt ttattgtaca tatacattta ataaatgctg cttttgtata agccactttt 2700
aagcttgtgt tattttgggg gtggtgtttt aggcctttta aaacattgaa agcctttaca 2760
caaatgcaac tcttgactat gggggtctga cctttgggaa tcttcagccg gggctgaagt 2820
atctgagact tgggaagagc attgtgattg ggattcagtg cttgatccat gtccagagtc 2880
ttcagtttct gaatcttctt ctcttgtgat atcaagaata catttcccca tgcatatatt 2940
atatttcatc cttgaaaaag tatacatact tatctcagaa tccagccttt ccttccattc 3000
aacaattcta gattgtatat ctgttgcaaa atcagctaca ggcctaaacc aaattagcag 3060
tagcaacaag gtcattccac tttgtaaaat tcttttttca agtaagaact ctgagttttg 3120
taaggatttt cttaaatata ttttgggtct aaaatctatc tgtcttacaa atctagcctg 3180
cagggtttta ggaacaggat actcattcat tgtaaccagg cctggtggaa atatttgggt 3240
tcttttgttt aaatgtttct tttctaaatt aaccttaaca cttccatcta aataatctct 3300
caaactgtct aaattgttta ttccatgtcc tgaaggcaaa tcctttgatt cagcccccgt 3360
tccttttaca tcttcaaaaa caaccatgta ctgatctata gctacaccta gttcaaaggt 3420
tagcctttcc atgggtaggt ttacatttaa ggctttacct ccacacaaat ctaataaccc 3480
tgcagctagt gttgtttttc cactatcaat gggaccttta aataaccagt atcttctttt 3540
aggtacatta aaaacaatac agtgcaaaaa atcaaatata acagaatcca ttttaggtag 3600
caaacagtgc agccaagcaa cacctgccat atattgttcc agtacagcat ttccatgagc 3660
tccaaatatt aaatccattt tatctaatat atgattaaat ctttctgtta gcatttcttc 3720
tctggtcata tgaagggtat ctactctttt tttagctaaa actgtatcta ctgcttgctg 3780
acaaatactt ttttgatttt tactttctgc aaaaatagta gcatttgcaa aatgcttttc 3840
atgatactta aagtgataag gttggtcttt tttctgacac tttttacact cttctacatt 3900
gtattgaaat tctaaataca tacccaataa taaaagcaca tcctcacact ttgtctctac 3960
tgcatactca gtaattaatc tccaagacac ctgctttgtt tcttcaggct cttctgggtt 4020
aaaatcatgc tcctttaagc ccccttgaat gctttcttct attgtatggt atggatctct 4080
agttaaggca ctatatagta agtattcctt attaacaccc ttacaaatta aaaaactaaa 4140
ggtacacagc ttttgacaga aattattaat tgcagaaact ctatgtctat gtggagttaa 4200
aaagaatata atattatgcc cagcacacat gtgtctacta atgaaagtta cagaatattt 4260
ttccataagt tttttataca gaatttgagc tttttcttta gtagtataca cagcaaagca 4320
ggcaagggtt ctattactaa atacagcttg actaagaaac tggtgtagat cagagggaaa 4380
gtctttaggg tcttctacct ttctcttttt cttgggtggt gtggagtgtt gagaatctgc 4440
tgttgcttct tcatcactgg caaacatatc ttcatggcaa aataaatctt catcccattt 4500
ttcattaaag gagctccacc aggactccca ctcttctgtt ccataggttg gcacctataa 4560
aaaaaataat tacttagggc ctttaaatat tttcttattt atctaaatat aagttagtta 4620
ccttaaagct ttagatctct gaagggagtt tctccaatta tttggaccca ccattgcaga 4680
gtttcttcag ttaggtctaa gccaaaccac tgtgtgaagc agtcaatgca gtagcaatct 4740
atccaaacca agggctcttt tcttaaaaat tttctattta aatgccttaa tctaagctga 4800
catagcatgc aagggcagtg cacagaaggc tttttggaac aaataggcca ttccttgcag 4860
tacagggtat ctgggcaaag aggaaaatca gcacaaacct ctgagctact ccaggttcca 4920
aaatcaggct gatgagctac ctttacatcc tgctccattt ttttatataa agtattcatt 4980
ctcttcattt tatcctcgtc gccccctttg tcagggcgaa attccttaca cttccttaaa 5040
taggcttttc tcattaaggg aaggtttccc caggcagctc tttcaaggcc taaaaggtcc 5100
atgagctcca tggattcttc cctgttaagc actttatcca t 5141
<210> 24
<211> 5141
<212> DNA
<213> 人多瘤病毒BK型病毒
<400> 24
ttttgcaaaa attgcaaaag aatagggatt tccccaaata tttttgctag gcctcagaaa 60
aagcctccac acccttacta cttgagagaa agggtggagg cagaggcggc ctcggcctct 120
tatatattat aaaaaaaaag gccacaggga ggagctgcta acccatggaa tgtagccaaa 180
ccatgacctc aggaaggaaa gtgcatgact gggcagccag ccagtggcag ttaatagtga 240
aaccccgccc ctaaaattct caaataaaca caagaggaag tggaaactgg ccaaaggagt 300
ggaaagcagc cagacagaca tgttttgcga gcctaggaat cttggccttg tccccagtta 360
aactggacaa aggccatggt tctgcgccag ctgtcacgac aagcttctgt gaaagttagt 420
aaaacctgga ctggaacaaa aaaaagagct cagaggattt ttatttttat tttagagctt 480
ttgctggaat tttgtagagg tgaagacagt gtagacggga aaaacaaaag taccactgct 540
ttacctgctg taaaagactc tgtaaaagac tcctaggtaa gtaatccctt tttttttgta 600
tttccaggtt gatgggtgct gctctagcac ttttggggga cctagttgcc agtgtatctg 660
aggctgctgc tgccacagga ttttcagtgg ctgaaattgc tgctggggag gctgctgctg 720
ctatagaagt tcaaattgca tcccttgcta ctgtagaggg cataacaagt acctcagagg 780
ctatagctgc tataggccta actcctcaaa catatgctgt aattgctggt gctcctgggg 840
ctattgctgg gtttgctgct ttaattcaaa ctgttactgg tattagttcc ttggctcaag 900
tagggtatag gttttttagt gattgggatc acaaagtttc cactgtaggc ctctatcagc 960
aatcaggcat ggctttagaa ttgtttaacc cagatgagta ctatgatatt ttgtttcctg 1020
gtgtaaatac ttttgtaaat aatattcaat accttgatcc taggcattgg ggtccttcct 1080
tgtttgctac tatttcccag gctttgtggc atgttattag ggatgatata cctgctataa 1140
cctcacagga attgcaaaga agaacagaaa gattttttag agactccttg gctagatttt 1200
tggaggaaac tacctggaca attgtaaatg cccctatgaa cttttataat tatattcaag 1260
aatattattc tgatctttcc cctattaggc cctcaatggt cagacaagtg gctgaaaggg 1320
aaggtacccg tgtacatttt ggccatactt atagtataga tgatgctgac agtatagaag 1380
aagttacaca aagaatggac ttaagaaatc aacaaactgt acattcagga gagtttatag 1440
aaaaaactat tgccccagga ggtgctaatc aaagaactgc tcctcaatgg atgttgcctt 1500
tacttctagg cctgtacggg actgtaacac ctgctcttga agcatatgaa gatggcccca 1560
accaaaagaa aaggagagtg tccaggggca gctcccaaaa agccaaagga acccgtgcaa 1620
gtgccaaaac tactaataaa aggaggagta gaagttctag aagttaaaac tggggtagat 1680
gctataacac aggtagaatg cttcctaaac ccagaaatgg gggatccaga tgaaaacctt 1740
aggggcttta gtctaaagct aagtgctgaa aatgacttta gcagtgatag cccagaaaga 1800
aaaatgcttc cctgttacag cacagcaaga attcccctcc ccaatttaaa tgaggaccta 1860
acctgtggaa atctactgat gtgggaggct gtaactgtac aaacagaggt cattggaata 1920
actagcatgc ttaaccttca tgcagggtca caaaaagtgc atgagcatgg tggaggtaaa 1980
cctattcgag gcagtaattt ccacttcttt gctgttggtg gagacccctt ggaaatgcag 2040
ggagtgctaa tgaattacag gaccaagtac ccagaaggta ctataacccc aaaaaaccca 2100
acagcccagt cccaggtaat gaatactgac cataaggcct atttggacaa aaacaatgcc 2160
tatccagttg agtgctgggt tcctgatccc agtagaaatg aaaatactag gtattttggg 2220
actttcacag gaggggaaaa tgttccccca gtacttcatg tgaccaacac agctaccaca 2280
gtgttgctag atgaacaggg tgtggggcct ctttgtaaag ctgatagcct gtatgtttca 2340
gctgctgata tttgtggcct gtttactaac agctctggaa cacaacagtg gagaggcctt 2400
gcaagatatt ttaagatccg cctgagaaaa agatctgtaa aaaatcctta cccaatttcc 2460
ttttcgctaa gtgaccttat aaacaggaga acccagagag tggatgggca gcctatgtat 2520
ggtatggaat cccaggtaga agaggtcagg gtgtttgatg gcacagaaag acttccaggg 2580
gacccagata tgataagata tattgataaa caaggacaat tgcaaaccaa aatgctttaa 2640
acaggtgctt ttattgtaca tatacattta ataaatgctg cttttgtata agccactttt 2700
aagcttgtgt tattttgggg gtggtgtttt aggcctttta aaacattgaa agcctttaca 2760
caaatgcaac tcttcactat gggggtctga cctttgggaa tcttcagcag gggctgaagt 2820
atctgagact tgggaagagc attgtgattg ggattcagtg cttgatccat gtccagagtc 2880
ttcagtttct gaatcttctt ctcttgtgat atcaagaata catttcccca tgcatatatt 2940
atatttcatc cttgaaaaag tatacatact tatctcagaa tccagccttt ccttccattc 3000
aacaattcta gattgtatat ctgttgcaaa atcagctaca ggcctaaacc aaattagcag 3060
tagcaacaag gtcattccac tttgtaaaat tcttttttca agtaagaact ctgagttttg 3120
taaggatttt cttaaatata ttttgggtct aaaatctatc tgtcttacaa atctagcctg 3180
cagggtttta ggaacaggat actcattcat tgtaaccagg cctggtggaa atatttgggt 3240
tcttttgttt aaatgtttct tttctaaatt aaccttaaca cttccatcta aataatctct 3300
caaactgtct aaattgttta ttccatgtcc tgaaggcaaa tcctttgatt cagcccctgt 3360
tccttttaca tcttcaaaaa caaccatgta ctgatctata gctacaccta gttcaaaggt 3420
tagcctttcc atgggtaggt ttacatttaa ggctttacct ccacacaaat ctagtaaccc 3480
tgcagctagt gttgtttttc cactatcaat gggaccttta aataaccagt atcttctttt 3540
aggtacatta aaaacaatac agtgcaaaaa atcaaatata acagaatcca ttttaggtag 3600
caaacagtgc agccaggcaa cacctgccat atattgttcc agtacagcat ttccatgagc 3660
tccaaatatt aaatccattt tatctaatat atgattaaat ctttctgtta gcatttcttc 3720
tctggtcata tgaagggtat ctactctttt tttagctaaa actgtatcta ctgcttgctg 3780
acaaatactt ttttgatttt tactttctgc aaaaatagta gcatttgcaa aatgcttttc 3840
atgatactta aagtgataag gttggtcttt tttctgacac tttttacact cttctacatt 3900
gtattgaaat tctaaataca tacccaataa taaaaacaca tcctcacact ttgtctctac 3960
tgcatactca gtaattaatt tccaagacac ctgctttgtt tcttcaggct cttctgggtt 4020
aaaatcatgc tcctttaagc ccccttgaat gctttcttct attgtatggt atggatctct 4080
agttaaggca ctatatagta agtattcctt attaacaccc ttacaaatta aaaaactaaa 4140
ggtacacagc ttttgacaga aattattaat tgcagaaact ctatgtctat gtggagttaa 4200
aaagaatata atattatgcc cagcacacat gtgtctacta ataaaagtta cagaatattt 4260
ttccataagt tttttataca gaatttgagc tttttcttta gtagtataca cagcaaagca 4320
ggcaagggtt ctattactaa atacagcttg actaagaaac tggtgtagat cagaaggaaa 4380
gtctttaggg tcttctacct ttctcttttt cttgggtggt gtggagtgtt gagaatctgc 4440
tgttgcttct tcatcactgg caaacatatc ttcatggcaa aataaatctt catcccattt 4500
ttcattaaag gagctccacc aggactccca ctcttctgtt ccataggttg gcacctataa 4560
aaaaaataat tacttagggc ctttaaatat tttcttattt atctaaatat aagttagtta 4620
ccttaaagct ttagatctct gaagggagtt tctccaatta tttggaccca ccattgcaga 4680
gtttcttcag ttaggtctaa gccaaaccac tgtgtgaagc agtcaatgca gtagcaatct 4740
atccaaacca agggctcttt tcttaaaaat tttctattta aatgccttaa tctaagctga 4800
catagcatgc aagggcagtg cacagaaggc tttttggaac aaataggcca atccttgcag 4860
tacagggtat ctgggcaaag aggaaaatca gcacaaacct ctgagctact ccaggttcca 4920
aaatcaggct gatgagctac ctttacatcc tgctccattt ttttatataa agtattcatt 4980
ctcttcattt tatcctcgtc gccccctttg tcagggtgaa attccttaca cttccttaaa 5040
taggcttttc tcattaaggg aaggtttccc caggcagctc tttcaaggcc taaaaggtcc 5100
atgagctcca tggattcttc cctgttaagc actttatcca t 5141
<210> 25
<211> 5141
<212> DNA
<213> 人多瘤病毒BK型病毒
<400> 25
ttttgcaaaa attgcaaaag aatagggatt tccccaaata tttttgctag gcctcagaaa 60
aagcctccac acccttacta cttgagagaa agggtggagg cagaggcggc ctcggcctct 120
tatatattat aaaaaaaaag gccacaggga ggagctgcta acccatggaa tgtagccaaa 180
ccatgacctc aggaaggaaa gtgcatgact gggcagccag ccagtggcag ttaatagtga 240
aaccccgccc ctaaaattct caaataaaca caagaggaag tggaaactgg ccaaaggagt 300
ggaaagcagc cagacagaca tgttttgcga gcctaggaat cttggccttg tccccagtta 360
aactggacaa aggccatggt tctgcgccag ctgtcacgac aagcttctgt gaaagttagt 420
aaaacctgga ctggaacaaa aaaaagagct cagaggattt ttatttttat tttagagctt 480
ttgctggaat tttgtagagg tgaagacagt gtagacggga aaaacaaaag taccactgct 540
ttacctgctg taaaagactc tgtaaaagac tcctaggtaa gtaatccctt tttttttgta 600
tttccaggtt gatgggtgct gctctagcac ttttggggga cctagttgcc agtgtatctg 660
aggctgctgc tgccacagga ttttcagtgg ctgaaattgc tgctggggag gctgctgctg 720
ctatagaagt tcaaattgca tcccttgcta ctgtagaggg cataacaagt acctcagagg 780
ctatagctgc tataggccta actcctcaaa catatgctgt aattgctggt gctcctgggg 840
ctattgctgg gtttgctgct ttaattcaaa ctgttactgg tattagttcc ttggctcaag 900
tagggtatag gttttttagt gattgggatc acaaagtttc cactgtaggc ctctatcagc 960
aatcaggcat ggctttggaa ttgtttaacc cagatgagta ctatgatatt ttgtttcctg 1020
gtgtaaatac ttttgtaaat aatattcaat accttgatcc taggcattgg ggtccttcct 1080
tgtttgctac tatttcccag gctttgtggc atgttattag ggatgatata cctgctataa 1140
cctcacaaga attgcaaaga agaacagaaa gattttttag agactccttg gctagatttt 1200
tggaggaaac tacctggaca attgtaaatg cccctatgaa cttttataat tatattcaag 1260
aatattattc tgatctttcc cctattaggc cctcaatggt tagacaagtg gctgaaaggg 1320
aaggtacccg tgtacatttt ggccatactt atagtataga tgatgctgac agtatagaag 1380
aagttacaca aagaatggac ttaagaaatc aacaaactgt acattcagga gagtttatag 1440
aaaaaactat tgccccagga ggtgctaatc aaagaactgc tcctcaatgg atgttgcctt 1500
tacttctagg cctgtacggg actgtaacac ctgctcttga agcatatgaa gatggcccca 1560
gccaaaagaa aaggagagtg tccaggggca gctcccaaaa agccaaagga acccgtgcaa 1620
gtgccaaaac tactaataaa aggaggagta gaagttctag aagttaaaac tggggtagat 1680
gctataacag aggtagaatg cttcctaaac ccagaaatgg gggatccaga tgaaaacctt 1740
aggggcttta gtctaaagct aagtgctgaa aatgacttta gcagtgatag cccagaaaga 1800
aaaatgcttc cctgttacag cacagcaaga attcccctcc ccaatttaaa tgaggaccta 1860
acctgtggaa atctactgat gtgggaggct gtaactgtac aaacagaggt cattggaata 1920
actagcatgc ttaaccttca tgcagggtca caaaaagtgc atgagcatgg tggaggtaaa 1980
cctattcaag gcagtaattt ccacttcttt gctgttggtg gagacccctt ggaaatgcag 2040
ggagtgctaa tgaattacag gaccaagtac ccagatggta ctataacccc aaaaaaccca 2100
acagcccagt cccaggtaat gaatactgac cataaggcct atttggacaa aaacaatgct 2160
tatccagttg agtgctgggt tcctgatccc agtagaaatg aaaatactag gtattttgga 2220
actttcacag gaggggaaaa tgttccccca gtacttcatg tgaccaacac agctaccaca 2280
gtgttgctag atgaacaggg tgtggggcct ctttgtaaag ctgatagcct gtatgtttca 2340
gctgctgata tttgtggcct gtttactaac agctctggaa cacaacagtg gagaggcctt 2400
gcaagatatt ttaggattcg cctgagaaaa agatctgtaa aaaatcctta cccaatttcc 2460
tttttgctga gtgaccttat aaacaggaga acccagagag tggatgggca gcctatgtat 2520
ggtatggaat cccaggtagg agaggtcagg gtgtttgatg gcacagaaag acttccaggg 2580
gacccagata tgataagata tattgataaa caaggacaat tgcaaaccaa aatgctttaa 2640
acaggtgctt ttattgtaca tatacattta ataaatgctg cttttgtata agccactttt 2700
aagcttgtgt tattttgggg gtggtgtttt aggcctttta aaacattgaa agcctttaca 2760
caaatgcaac tcttgactat gggggtctga cctttgggaa tcttcagcag gggctgaagt 2820
atctgagact tgggaagagc attgtgattg ggattcagtg cttgatccat gtccagagtc 2880
ttcagtttct gaatcttctt ctcttgtgat atcaagaata catttcccca tgcatatatt 2940
atatttcatc cttgaaaaag tatacatact tatctcagaa tccagccttt ccttccattc 3000
aacaattcta gattgtatat ctgttgcaaa atcagctaca ggcctaaacc aaattagcag 3060
tagcaacaag gtcattccac tttgtaaaat tcttttttca agtaagaact ctgagttttg 3120
taaggatttt cttaaatata ttttgggtct aaaatctatc tgtcttacaa atctagcctg 3180
cagggtttta ggaacaggat actcattcat tgtaaccagg cctggtggaa atatttgggt 3240
tcttttgttt aaatgtttct tttctaaatt aaccttaaca cttccatcta aataatctct 3300
caaactgtct aaattgttta ttccatgtcc tgaaggcaaa tcctttgatt cagccccagt 3360
tccttttaca tcttcaaaaa caaccatgta ctgatctata gctacaccta gttcaaaggt 3420
tagcctttcc atgggtaggt ttacatttaa ggctttacct ccacacaaat ctaataaccc 3480
tgcagctagt gttgtttttc cactatcaat gggaccttta aataaccagt atcttctttt 3540
aggtacatta aaaacaatac agtgcaaaaa atcaaatata acagaatcca ttttaggtag 3600
caaacagtgc agccaagcaa cacctgccat atattgttcc agtacagcat ttccatgagc 3660
tccaaatatt aaatccattt tatctaatat atgattaaat ctttctgtta gcatttcttc 3720
tctggtcata tgaagggtat ctactctttt tttagctaaa actgtatcta ctgcttgctg 3780
acaaatactt ttttgatttt tactttctgc aaaaatagta gcatttgcaa aatgcttttc 3840
atgatactta aagtgataag gttggtcttt tttctgacac tttttacact cttctacatt 3900
gtattgaaat tctaaataca tacccaataa taaaaacaca tcctcacact ttgtctctac 3960
tgcatactca gtaattaatt tccaagacac ctgctttgtt tcttcaggct cttctgggtt 4020
aaaatcatgc tcctttaagc ccccttgaat gctttcttct attgtatggt atggatctct 4080
agttaaggca ctatatagta agtattcctt attaacaccc ttacaaatta aaaaactaaa 4140
ggtacacagc ttttgacaga aattattaat tgcagaaact ctatgtctat gtggagttaa 4200
aaagaatata atattatgcc cagcacacat gtgtctacta ataaaagtta cagaatattt 4260
ttccataagt tttttataca gaatttgagc tttttcttta gtagtataca cagcaaagca 4320
ggcaagggtt ctattactaa atacagcttg actaagaaac tggtgtagat cagaaggaaa 4380
gtctttaggg tcttctacct ttctcttttt cttgggtggt gtggagtgtt gagaatctgc 4440
tgttgcttct tcatcactgg caaacatatc ttcatggcaa aataaatctt catcccattt 4500
ttcattaaag gagctccacc aggactccca ctcttctgtt ccataggttg gcacctataa 4560
aaaaaataat tacttagggc ctttaaatat tttcttattt atctaaatat aagttagtta 4620
ccttaaagct ttagatctct gaagggagtt tctccaatta tttggaccca ccattgcaga 4680
gtttcttcag ttaggtctaa gccaaaccac tgtgtgaagc agtcaatgca gtagcaatct 4740
atccaaacca agggctcttt tcttaaaaat tttctattta aatgccttaa tctaagctga 4800
catagcatgc aagggcagtg cacagaaggc tttttggaac aaataggcca atccttgcag 4860
tacagggtat ctgggcaaag aggaaaatca gcacaaacct ctgagctact ccaggttcca 4920
aaatcaggct gatgagctac ctttacatcc tgctccattt ttttatataa agtattcatt 4980
ctcttcattt tatcctcgtc gccccctttg tcagggtgaa attccttaca cttccttaaa 5040
taggcttttc tcattagggg aaggtttccc caggcagctc tttcaaggcc taaaaggtcc 5100
atgagctcca tggattcttc cctgttaagc actttatcca t 5141
<210> 26
<211> 5141
<212> DNA
<213> 人多瘤病毒BK型病毒
<400> 26
ttttgcaaaa attgcaaaag aatagggatt tccccaaata tttttgctag gcctcagaaa 60
aagcctccac acccttacta cttgagagaa agggtggagg cagaggcggc ctcggcctct 120
tatatattat aaaaaaaaag gccacaggga ggagctgcta acccatggaa tgtagccaaa 180
ccatgacctc aggaaggaaa gtgcatgact gggcagccag ccagtggcag ttaatagtga 240
aaccccgccc ctaaaattct caaataaaca caagaggaag tggaaactgg ccaaaggagt 300
ggaaagcagc cagacagaca tgttttgcga gcctaggaat cttggccttg tccccagtta 360
aactggacaa aggccatggt tctgcgccag ctgtcacgac aagcttctgt gaaagttagt 420
aaaacctgga ctggaacaaa aaaaagagct cagaggattt ttatttttat tttagagctt 480
ttgctggaat tttgtagagg tgaagacagt gtagacggga aaaacaaaag taccactgct 540
ttacctgctg taaaagactc tgtaaaagac tcctaggtaa gtaatccctt tttttttgta 600
tttccaggtt gatgggtgct gctctagcac ttttggggga cctagttgcc agtgtatctg 660
aggctgctgc tgccacagga ttttcagtgg ctgaaattgc tgctggggag gctgctgctg 720
ctatagaagt tcaaattgca tcccttgcta ctgtagaggg cataacaagt acctcagagg 780
ctatagctgc tataggccta actcctcaaa catatgctgt aattgctggt gctcctgggg 840
ctattgctgg gtttgctgct ttaattcaaa ctgttactgg tattagttcc ttggctcaag 900
tagggtatag gttttttagt gattgggatc acaaagtttc cactgtaggc ctctatcagc 960
aatcaggcat ggctttggaa ttgtttaacc cagatgagta ctatgatatt ttgtttcctg 1020
gtgtaaatac ttttgtaaat aatattcaat accttgatcc taggcattgg ggtccttcct 1080
tgtttgctac tatttcccag gctttgtggc atgttattag ggatgatata cctgctataa 1140
cctcacaaga attgcaaaga agaacagaaa gattttttag agactccttg gctagatttt 1200
tggaggaaac tacctggaca attgtaaatg cccctatgaa cttttataat tatattcaag 1260
aatattattc tgatctttcc cctattaggc cctcaatggt tagacaagtg gctgaaaggg 1320
aaggtacccg tgtacatttt ggccatactt atagtataga tgatgctgac agtatagaag 1380
aagttacaca aagaatggac ttaagaaatc aacaaactgt acattcagga gagtttatag 1440
aaaaaactat tgccccagga ggtgctaatc aaagaactgc tcctcaatgg atgttgcctt 1500
tacttctagg cctgtacggg actgtaacac ctgctcttga agcatatgaa gatggcccca 1560
accaaaagaa aaggagagtg tccaggggca gctcccaaaa agccaaagga acccgtgcaa 1620
gtgccaaaac tactaataaa aggaggagta gaagttctag aagttaaaac tggggtagat 1680
gctataacag aggtagaatg cttcctaaac ccagaaatgg gggatccaga tgaaaacctt 1740
aggggcttta gtctaaagct aagtgctgaa aatgacttta gcagtgatag cccagaaaga 1800
aaaatgcttc cctgttacag cacagcaaga attcccctcc ccaatttaaa tgaggaccta 1860
acctgtggaa atctactgat gtgggaggct gtaactgtac aaacagaggt cattggaata 1920
actagcatgc ttaaccttca tgcagggtca caaaaagtgc atgagcatgg tggaggtaaa 1980
cctattcaag gcagtaattt ccacttcttt gctgttggtg gagacccctt ggaaatgcag 2040
ggagtgctaa tgaattacag gaccaagtac ccagatggta ctataacccc aaaaaaccca 2100
acagcccagt cccaggtaat gaatactgac cataaggcct atttggacaa aaacaatgct 2160
tatccagttg agtgctgggt tcctgatccc agtagaaatg aaaatactag gtattttgga 2220
actttcacag gaggggaaaa tgttccccca gtacttcatg tgaccaacac agctaccaca 2280
gtgttgctag atgaacaggg tgtggggcct ctttgtaaag ctgatagcct gtatgtttca 2340
gctgctgata tttgtggcct gtttactaac agctctggaa cacaacagtg gagaggcctt 2400
gcaagatatt ttaagattcg cctgagaaaa agatctgtaa aaaatcctta cccaatttcc 2460
tttttgctga gtgaccttat aaacaggaga acccagagag tggatgggca gcctatgtat 2520
ggtatggaat cccaggtaga agaggtcagg gtgtttgatg gcacagaaag acttccaggg 2580
gacccagata tgataagata tattgataaa caaggacaat tgcaaaccaa aatgctttaa 2640
acaggtgctt ttattgtaca tatacattta ataaatgctg cttttgtata agccactttt 2700
aagcttgtgt tattttgggg gtggtgtttt aggcctttta aaacattgaa agcctttaca 2760
caaatgcaac tcttgactat gggggtctga cctttgggaa tcttcagcag gggctgaagt 2820
atctgagact tgggaagagc attgtgattg ggattcagtg cttgatccat gtccagagtc 2880
ttcagtttct gaatcttctt ctcttgtgat atcaagaata catttcccca tgcatatatt 2940
atatttcatc cttgaaaaag tatacatact tatctcagaa tccagccttt ccttccattc 3000
aacaattcta gattgtatat ctgttgcaaa atcagctaca ggcctagacc aaattagcag 3060
tagcaacaag gtcattccac tttgtaaaat tcttttttca agtaagaact ctgagttttg 3120
taaggatttt cttaaatata ttttgggtct aaaatctatc tgtcttacaa atctagcctg 3180
cagggtttta ggaacaggat actcattcat tgtaaccagg cctggtggaa atatttgggt 3240
tcttttgttt aaatgtttct tttctaaatt aaccttaaca cttccatcta aataatctct 3300
caaactgtct aaattgttta ttccatgtcc tgaaggcaaa tcctttgatt cagccccagt 3360
tccttttaca tcttcaaaaa caaccatgta ctgatctata gctacaccta gttcaaaggt 3420
tagcctttcc atgggtaggt ttacatttaa ggctttacct ccacacaaat ctaataaccc 3480
tgcagctagt gttgtttttc cactatcaat gggaccttta aataaccagt atcttctttt 3540
aggtacatta aaaacaatac agtgcaaaaa atcaaatata acagaatcca ttttaggtag 3600
caaacagtgc agccaagcaa cacctgccat atattgttcc agtacagcat ttccatgagc 3660
tccaaatatt aaatccattt tatctaatat atgattaaat ctttctgtta gcatttcttc 3720
tctggtcata tgaagggtat ctactctttt tttagctaaa actgtatcta ctgcttgctg 3780
acaaatactt ttttgatttt tactttctgc aaaaatagta gcatttgcaa aatgcttttc 3840
atgatactta aagtgataag gttggtcttt tttctgacac tttttacact cttctacatt 3900
gtattgaaat tctaaataca tacccaataa taaaaacaca tcctcacact ttgtctctac 3960
tgcatactca gtaattaatt tccaagacac ctgctttgtt tcttcaggct cttctgggtt 4020
aaaatcatgc tcctttaagc ccccttgaat gctttcttct attgtatggt atggatctct 4080
agttaaggca ctatatagta agtattcctt attaacaccc ttacaaatta aaaaactaaa 4140
ggtacacagc ttttgacaga aattattaat tgcagaaact ctatgtctat gtggagttaa 4200
aaagaatata atattatgcc cagcacacat gtgtctacta ataaaagtta cagaatattt 4260
ttccataagt tttttataca gaatttgagc tttttcttta gtagtataca cagcaaagca 4320
ggcaagggtt ctattactaa atacagcttg actaagaaac tggtgtagat cagaaggaaa 4380
gtctttaggg tcttctacct ttctcttttt cttgggtggt gtggagtgtt gagaatctgc 4440
tgttgcttct tcatcactgg caaacatatc ttcatggcaa aataaatctt catcccattt 4500
ttcattaaag gagctccacc aggactccca ctcttctgtt ccataggttg gcacctataa 4560
aaaaaataat tacttagggc ctttaaatat tttcttattt atctaaatat aagttagtta 4620
ccttaaagct ttagatctct gaagggagtt tctccaatta tttggaccca ccattgcaga 4680
gtttcttcag ttaggtctaa gccaaaccac tgtgtgaagc agtcaatgca gtagcaatct 4740
atccaaacca agggctcttt tcttaaaaat tttctattta aatgccttaa tctaagctga 4800
catagcatgc aagggcagtg cacagaaggc tttttggaac aaataggcca atccttgcag 4860
tacagggtat ctgggcaaag aggaaaatca gcacaaacct ctgagctact ccaggttcca 4920
aaatcaggct gatgagctac ctttacatcc tgccccattt ttttatataa agtattcatt 4980
ctcttcattt tatcctcgtc gccccctttg tcagggtgaa attccttaca cttccttaaa 5040
taggcttttc tcattaaggg aaggtttccc caggcagctc tttcaaggcc taaaaggtcc 5100
atgagctcca tggattcttc cctgttaagc actttatcca t 5141
<210> 27
<211> 5141
<212> DNA
<213> 人多瘤病毒BK型病毒
<400> 27
ttttgcaaaa attgcaaaag aatagggatt tccccaaata tttttgctag gcctcagaaa 60
aagcctccac acccttacta cttgagagaa agggtggagg cagaggcggc ctcggcctct 120
tatatattat aaaaaaaaag gccacaggga ggagctgcta acccatggaa tgtagccaaa 180
ccatgacctc aggaaggaaa gtgcatgact gggcagccag ccagtggcag ttaatagtga 240
aaccccgccc ctaaaattct caaataaaca caagaggaag tggaaactgg ccaaaggagt 300
ggaaagcagc cagacagaca tgttttgcga gcctaggaat cttggccttg tccccagtta 360
aactggacaa aggccatggt tctgcgccag ctgtcacgac atgcttctgt gaaagttagt 420
aaaacctgga ctggaacaaa aaaaagagct cagaggattt ttatttttat tttagagctt 480
ttgctggaat tttgtagagg tgaagacagt gtagacggga aaaacaaaag taccactgct 540
ttacctgctg taaaagactc tgtaaaagac tcctaggtaa gtaatccctt tttttttgta 600
tttccaggtt gatgggtgct gctctagcac ttttggggga cctagttgcc agtgtatctg 660
aggctgctgc tgccacagga ttttcagtgg ctgaaattgc tgctggggag gctgctgctg 720
ctatagaagt tcaaattgca tcccttgcta ctgtagaggg cataacaagt acctcagagg 780
ctatagctgc tataggccta actcctcaaa catatgctgt aattgctggt gctcctgggg 840
ctattgctgg gtttgctgct ttaattcaaa ctgttactgg tattagttcc ttggctcaag 900
tagggtatag gttttttagt gattgggatc acaaagtttc cactgtaggc ctctatcagc 960
aatcaggcat ggctttggaa ttgtttaacc cagatgagta ctatgatatt ttgtttcctg 1020
gtgtaaatac ttttgtaaat aatattcaat accttgatcc taggcattgg ggtccttcct 1080
tgtttgctac tatttcccag gctttgtggc atgttattag ggatgatata cctgctataa 1140
cctcacaaga attgcaaaga agaacagaaa gattttttag agactccttg gctagatttt 1200
tggaggaaac tacctggaca attgtaaatg cccctatgaa cttttataat tatattcaag 1260
aatattattc tgatctttcc cctattaggc cctcaatggt tagacaagtg gctgaaaggg 1320
aaggtacccg tgtacatttt ggccatactt atagtataga tgatgctgac agtatagaag 1380
aagttacaca aagaatggac ttaagaaatc aacaaactgt acattcagga gagtttatag 1440
aaaaaactat tgccccagga ggtgctaatc aaagaactgc tcctcaatgg atgttgcctt 1500
tacttctagg cctgtacggg actgtaacac ctgctcttga agcatatgaa gatggcccca 1560
accaaaagaa aaggagagtg tccaggggca gctcccaaaa agccaaagga acccgtgcaa 1620
gtgccaaaac tactaataaa aggaggagta gaagttctag aagttaaaac tggggtagat 1680
gctataacag aggtagaatg cttcctaaac ccagaaatgg gggatccaga tgaaaacctt 1740
aggggcttta gtctaaagct aagtgctgaa aatgacttta gcagtgatag cccagaaaga 1800
aaaatgcttc cctgttacag cacagcaaga attcccctcc ccaatttaaa tgaggaccta 1860
acctgtggga atctactgat gtgggaggct gtaactgtac aaacagaggt cattggaata 1920
actagcatgc ttaaccttca tgcagggtca caaaaagtgc atgagcatgg tggaggtaaa 1980
cctattcaag gcagtaattt ccacttcttt gctgttggtg gagacccctt ggaaatgcag 2040
ggagtgctaa tgaattacag gaccaagtac ccagatggta ctataacccc aaaaaaccca 2100
acagcccagt cccaggtaat gaatactgac cataaggcct atttggacaa aaacaatgct 2160
tatccagttg agtgctgggt tcctgatccc agtagaaatg aaaatactag gtattttgga 2220
actttcacag gaggggaaaa tgttccccca gtacttcatg tgaccaacac agctaccaca 2280
gtgttgctag atgaacaggg tgtggggcct ctttgtaaag ctgatagcct gtatgtttca 2340
gctgctgata tttgtggcct gtttactaac agctctggaa cacaacagtg gagaggcctt 2400
gcaagatatt ttaagattcg cctgagaaaa agatctgtaa aaaatcctta cccaatttcc 2460
tttttgctga gtgaccttat aaacaggaga acccagagag tggatgggca gcctatgtat 2520
ggtatggaat cccaggtaga agaggtcagg gtgtttgatg gcacagaaag acttccaggg 2580
gacccagata tgataagata tattgataaa caaggacaat tgcaaaccaa aatgctttaa 2640
acaggtgctt ttattgtaca tatgcattta ataaatgctg cttttgtata agccactttt 2700
aagcttgtgt tattttgggg gtggtgtttt aggcctttta aaacattgaa agcctttaca 2760
caaatgcaac tcttgactat gggggtctga cctttgggaa tcttcagcag gggctgaagt 2820
atctgagact tgggaagagc attgtgattg ggattcagtg cttgatccat gtccagagtc 2880
ttcagtttct gaatcttctt ctcttgtgat atcaagaata catttcccca tgcatatatt 2940
atatttcatc cttgaaaaag tatacatact tatctcagaa tccagccttt ccttccattc 3000
aacaattcta gattgtatat ctgttgcaaa atcagctaca ggcctaaacc aaattagcag 3060
tagcaacaag gtcattccac tttgtaaaat tcttttttca agtaagaact ctgagttttg 3120
taaggatttt cttaaatata ttttgggtct aaaatctatc tgtcttacaa atctagcctg 3180
cagggtttta ggaacaggat actcattcat tgtaaccagg cctggtggaa atatttgggt 3240
tcttttgttt aaatgtttct tttctaaatt aaccttaaca cttccatcta aataatctct 3300
caaactgtct aaattgttta ttccatgtcc tgaaggcaaa tcctttgatt cagccccagt 3360
tccttttaca tcttcaaaaa caaccatgta ctgatctata gctacaccta gttcaaaggt 3420
tagcctttcc atgggtaggt ttacatttaa ggctttacct ccacacaaat ctaataaccc 3480
tgcagctagt gttgtttttc cactatcaat gggaccttta aataaccagt atcttctttt 3540
aggtacatta aaaacaatac agtgcaaaaa atcaaatata acagaatcca ttttaggtag 3600
caaacagtgc agccaagcaa cacctgccat atattgttcc agtacggcat ttccatgagc 3660
tccaaatatt aaatccattt tatctaatat atgattaaat ctttctgtta gcatttcttc 3720
tctggtcata tgaagggtat ctactctttt tttagctaaa actgtatcta ctgcttgctg 3780
acaaatactt ttttgatttt tactttctgc aaaaatagta gcatttgcaa aatgcttttc 3840
atgatactta aagtgataag gttggtcttt tttctgacac tttttacact cttctacatt 3900
gtattgaaat tctaaataca tacccaataa taaaaacaca tcctcacact ttgtctctac 3960
tgcatactca gtaattaatt tccaagacac ctgctttgtt tcttcaggct cttctgggtt 4020
aaaatcatgc tcctttaagc ccccttgaat gctttcttct attgtatggt atggatctct 4080
agttaaggca ctatatagta agtattcctt attaacaccc ttacaaatta aaaaactaaa 4140
ggtacacagc ttttgacaga aattattaat tgcagaaact ctatgtctat gtggagttaa 4200
aaagaatata atattatgcc cagcacacat gtgtctacta ataaaagtta cagaatattt 4260
ttccataagt tttttataca gaatttgagc tttttcttta gtagtataca cagcaaagca 4320
ggcaagggtt ctattactaa atacagcttg actaagaaac tggtgtagat cagaaggaaa 4380
gtctttaggg tcttctacct ttctcttttt cttgggtggt gtggagtgtt gagaatctgc 4440
tgttgcttct tcatcactgg caaacatatc ttcatggcaa aataaatctt catcccattt 4500
ttcattaaag gagctccacc aggactccca ctcttctgtt ccataggttg gcacctataa 4560
aaaaaataat tacttagggc ctttaaatat tttcttattt atctaaatat aagttagtta 4620
ccttaaagct ttagatctct gaagggagtt tctccaatta tttggaccca ccattgcaga 4680
gtttcttcag ttaggtctaa gccaaaccac tgtgtgaagc agtcaatgca gtagcaatct 4740
atccaaacca agggctcttt tcttaaaaat tttctattta aatgccttaa tctaagctga 4800
catagcatgc aagggcagtg cacagaaggc tttttggaac aaataggcca atccttgcag 4860
tacagggtat ctgggcaaag aggaaaatca gcacaaacct ctgagctact ccaggttcca 4920
aaatcaggct gatgagctac ctttacatcc tgctccattt ttttatataa agtattcatt 4980
ctcttcattt tatcctcgtc gccccctttg tcagggtgaa attccttaca cttccttaaa 5040
taggcttttc tcattaaggg aaggtttccc caggcagctc tttcaaggcc taaaaggtcc 5100
atgagctcca tggattcttc cctgttaagc actttatcca t 5141
<210> 28
<211> 5141
<212> DNA
<213> 人多瘤病毒BK型病毒
<400> 28
ttttgcaaaa attgcaaaag aatagggatt tccccaaata tttttgctag gcctcagaaa 60
aagcctccac acccttacta cttgagagaa agggtggagg cagaggcggc ctcggcctct 120
tatatattat aaaaaaaaag gccacaggga ggagctgcta acccatggaa tgtagccaaa 180
ccatgacctc aggaaggaaa gtgcatgact gggcagccag ccagtggcag ttaatagtga 240
aaccccgccc ctaaaattct caaataaaca caagaggaag tggaaactgg ccaaaggagt 300
ggaaagcagc cagacagaca tgttttgcga gcctaggaat cttggccttg tccccagtta 360
aactggacaa aggccatggt tctgcgccag ctgtcacgac aagcttctgt gaaagttagt 420
aaaacctgga ctggaacaaa aaaaagagct cagaggattt ttatttttat tttagagctt 480
ttgctggaat tttgtagagg tgaagacagt gtagacggga aaaacaaaag taccactgct 540
ttacctgctg taaaagactc tgtaaaagac tcctaggtaa gtaatccctt tttttttgta 600
tttccaggtt gatgggtgct gctctagcac ttttggggga cctagttgcc agtgtatctg 660
aggctgctgc tgccacagga ttttcagtgg ctgaaattgc tgctggggag gctgctgctg 720
ctatagaagt tcaaattgca tcccttgcta ctgtagaggg cataacaagt acctcagagg 780
ctatagctgc tataggccta actcctcaaa catatgctgt aattgctggt gctcctgggg 840
ctattgctgg gtttgctgct ttaattcaaa ctgttactgg tattagttcc ttggctcaag 900
tagggtatag gttttttagt gattgggatc acaaagtttc cactgtaggc ctctatcagc 960
aatcaggcat ggctttggaa ttgtttaacc cagatgagta ctatgatatt ttgtttcctg 1020
gtgtaaatac ttttgtaaat aatattcaat accttgatcc taggcattgg ggtccttcct 1080
tgtttgctac tatttcccag gctttgtggc atgttattag ggatgatata cctgctataa 1140
cctcacaaga attgcaaaga agaacagaaa gattttttag agactccttg gctagatttt 1200
tggaggaaac tacctggaca attgtaaatg cccctatgaa cttttataat tatattcaag 1260
aatattattc tgatctttcc cctattaggc cctcaatggt tagacaagtg gctgaaaggg 1320
aaggtacccg tgtacatttt ggccatactt atagtataga tgatgctgac agtatagaag 1380
aagttacaca aagaatggac ttaagaaatc aacaaactgt acattcagga gagtttatag 1440
aaaaaactat tgccccagga ggtgctaatc aaagaactgc tcctcaatgg atgttgcctt 1500
tacttctagg cctgtacggg actgtaacac ctgctcttga agcatatgaa gatggcccca 1560
accaaaagaa aaggagagtg tccaggggca gctcccaaaa agccaaagga acccgtgcaa 1620
gtgccaaaac tactaataaa aggaggagta gaagttctag aagttaaaac tggggtagat 1680
gctataacag aggtagaatg cttcctaaac ccagaaatgg gggatccaga tgaaaacctt 1740
aggggcttta gtctaaagct aagtgctgaa aatgacttta gcagtgatag cccagaaaga 1800
aaaatgcttc cctgttacag cacagcaaga attcccctcc ccaatttaaa tgaggaccta 1860
acctgtggaa atctactgat gtgggaggct gtaactgtac aaacagaggt cattggaata 1920
actagcatgc ttaaccttca tgcagggtca caaaaagtgc atgagcatgg tggaggtaaa 1980
cctattcaag gcagtaattt ccacttcttt gctgttggtg gagacccctt ggaaatgcag 2040
ggagtgctaa tgaattacag gaccaagtac ccagatggta ctataacccc aaaaaaccca 2100
acagcccagt cccaggtaat gaatactgac cataaggcct atttggacaa aaacaatgct 2160
tatccagttg agtgctgggt tcctgatccc agtagaaatg aaaatactag gtattttgga 2220
actttcacag gaggggaaaa tgttccccca gtacttcatg tgaccaacac agctaccaca 2280
gtgttgctag atgaacaggg tgtggggcct ctttgtaaag ctgatagcct gtatgtttca 2340
gctgctgata tttgtggcct gtttactaac agctctggaa cacaacagtg gagaggcctt 2400
gcaagatatt ttaagattcg cctgagaaaa agatctgtaa aaaatcctta cccaatttcc 2460
tttttgctga gtgaccttat aaccaggaga acccagagag tggatgggca gcctatgtat 2520
ggtatggaat cccaggtaga agaggtcagg gtgtttgatg gcacagaaag acttccaggg 2580
gacccagata tgataagata tattgataaa caaggacaat tgcaaaccaa aatgctttaa 2640
acaggtgctt ttattgtaca tatacattta ataaatgctg cttttgtata agccactttt 2700
aagcttgtgt tattttgggg gtggtgtttt aggcctttta aaacattgaa agcctttaca 2760
caaatgcaac tcttgactat gggggtctga cctttgggaa tcttcagcag gggctgaagt 2820
atctgagact tgggaagagc attgtgattg ggattcagtg cttgatccat gtccagagtc 2880
ttcagtttct gaatcttctt ctcttgtgat atcaagaata catttcccca tgcatatatt 2940
atatttcatc cttgaaaaag tatacatact tatctcagaa tccagccttt ccttccattc 3000
aacaattcta gattgtatat ctgttgcaaa atcagctaca ggcctaaacc aaattagcag 3060
tagcaacaag gtcattccac tttgtaaaat tcttttttca agtaagaact ctgagttttg 3120
taaggatttt cttaaatata ttttgggtct aaaatctatc tgtcttacaa atctagcctg 3180
cagggtttta ggaacaggat actcattcat tgtaaccagg cctggtggaa atatttgggt 3240
tcttttgttt aaatgtttct tttctaaatt aaccttaaca cttccatcta aataatctct 3300
caaactgtct aaattgttta ttccatgtcc tgaaggcaaa tcctttgatt cagccccagt 3360
tccttttaca tcttcaaaaa caaccatgta ctgatctata gctacaccta gttcaaaggt 3420
tagcctttcc atgggtaggt ttacatttaa ggctttacct ccacacaaat ctaataaccc 3480
tgcagctagt gttgtttttc cactatcaat gggaccttta aataaccagt atcttctttt 3540
aggtacatta aaaacaatac agtgcaaaaa atcaaatata acagaatcca ttttaggtag 3600
caaacagtgc agccaagcaa cacctgccat atattgttcc agtacagcat ttccatgagc 3660
tccaaatatt aaatccattt tatctaatat atgattaaat ctttctgtta gcatttcttc 3720
tctggtcata tgaagggtat ctactctttt tttagctaaa actgtatcta ctgcttgctg 3780
acaaatactt ttttgatctt tactttctgc aaaaatagta gcatttgcaa aatgcttttc 3840
atgatactta aagtgataag gttggtcttt tttctgacac tttttacact cttctacatt 3900
gtattgaaat tctaaataca tacccaataa taaaaacaca tcctcacact ttgtctctac 3960
tgcatactca gtaattaatt tccaagacac ctgctttgtt tcttcaggct cttctgggtt 4020
aaaatcatgc tcctttaagc ccccttgaat gctttcttct attgtatggt atggatctct 4080
agttaaggca ctatatagta agtattcctt attaacaccc ttacaaatta aaaaactaaa 4140
ggtacacagc ttttgacaga aattattaat tgcagaaact ctatgtctat gtggagttaa 4200
aaagaatata atattatgcc cagcacacat gtgtctacta ataaaagtta cagaatattt 4260
ttccataagt tttttataca gaatttgagc tttttcttta gtagtataca cagcaaagca 4320
ggcaagggtt ctattactaa acacagcttg actaagaaac tggtgtagat cagaaggaaa 4380
gtctttaggg tcttctacct ttctcttttt cttgggtggt gtggagtgtt gagaatctgc 4440
tgttgcttct tcatcactgg caaacatatc ttcatggcaa aataaatctt catcccattt 4500
ttcattaaag gagctccacc aggactccca ctcttctgtt ccataggttg gcacctataa 4560
aaaaaataat tacttagggc ctttaaatat tttcttattt atctaaatat aagttagtta 4620
ccttaaagct ttagatctct gaagggagtt tctccaatta tttggaccca ccattgcaga 4680
gtttcttcag ttaggtctaa gccaaaccac tgtgtgaagc agtcaatgca gtagcaatct 4740
atccaaacca agggctcttt tcttaaaaat tttctattta aatgccttaa tctaagctga 4800
catagcatgc aagggcagtg cacagaaggc tttttggaac aaataggcca atccttgcag 4860
tacagggtat ctgggcaaag aggaaaatca gcacaaacct ctgagctact ccaggttcca 4920
aaatcaggct gatgagctac ctttacatcc tgctccattt ttttatataa agtattcatt 4980
ctcttcattt tatcctcgtc gccccctttg tcagggtgaa attccttaca cttccttaaa 5040
taggcttttc tcattaaggg aaggtttccc caggcagctc tttcaaggcc taaaaggtcc 5100
atgagctcca tggattcttc cctgttaagc actttatcca t 5141
<210> 29
<211> 5141
<212> DNA
<213> 人多瘤病毒BK型病毒
<400> 29
ttttgcaaaa attgcaaaag aatagggatt tccccaaata ttttcgctag gcctcagaaa 60
aagcctccac acccttacta cttgagagaa agggtggagg cagaggcggc ctcggcctct 120
tatatattat aaaaaaaaag gccacaggga ggagctgcta acccatggaa tgtagccaaa 180
ccatgacctc aggaaggaaa gtgcatgact gggcagccag ccagtggcag ttaatagtga 240
aaccccgccc ctaaaattct caaataaaca caagaggaag tggaaactgg ccaaaggagt 300
ggaaagcagc cagacagaca tgttttgcga gcctaggaat cttggccttg tccccagtta 360
aactggacaa aggccatggt tctgcgccag ctgtcacgac aagcttctgt gaaagttagt 420
aaaacctgga ctggaacaaa aaaaagagct cagaggattt ttatttttat tttagagctt 480
ttgctggaat tttgtagagg tgaagacagt gtagacggga aaaacaaaag taccactgct 540
ttacctgctg taaaagactc tgtaaaagac tcctaggtaa gtaatccctt tttttttgta 600
tttccaggtt gatgggtgct gctctagcac ttttggggga cctagttgcc agtgtatctg 660
aggctgctgc tgccacaggg ttttcagtgg ctgaaattgc tgctggggag gctgctgctg 720
ctatagaagt tcaaattgca tcccttgcta ctgtagaggg cataacaagt acctcagagg 780
ctatagctgc tataggccta actcctcaaa catatgctgt aattgctggt gctcctgggg 840
ctattgctgg gtttgctgct ttaattcaaa ctgttactgg tattagttcc ttggctcaag 900
tagggtatag gttttttagt gattgggatc acaaagtttc cactgtaggc ctctatcagc 960
aatcaggcat ggctttggaa ttgtttaacc cagatgagta ctatgatatt ttgtttcctg 1020
gtgtaaatac ttttgtaaat aatattcaat accttgatcc taggcattgg ggtccttcct 1080
tgtttgctac tatttcccag gctttgtggc atgttattag ggatgatata cctgctataa 1140
cctcacaaga attgcaaaga agaacagaaa gattttttag agactccttg gctagatttt 1200
tggaggaaac tacctggaca attgtaaatg cccctatgaa cttttataat tatattcaag 1260
aatattattc tgatctttcc cctattaggc cctcaatggt tagacaagtg gctgaaaggg 1320
aaggtacccg tgtacatttt ggccatactt atagtataga tgatgctgac agtatagaag 1380
aagttacaca aagaatggac ttaagaaatc aacaaactgt acattcagga gagtttatag 1440
aaaaaactat tgccccagga ggtgctaatc aaagaactgc tcctcaatgg atgttgcctt 1500
tacttctagg cctgtacggg actgtaacac ctgctcttga agcatatgaa gatggcccca 1560
accaaaagaa aaggagagtg tccaggggca gctcccaaaa agccaaagga acccgtgcaa 1620
gtgccaaaac tactaataaa aggaggagta gaagttctag aagttaaaac tggggtagat 1680
gctataacag aggtagaatg cttcctaaac ccagaaatgg gggatccaga tgaaaacctt 1740
aggggcttta gtctaaagct aagtgctgaa aatgacttta gcagtgatag cccagaaaga 1800
aaaatgcttc cctgttacag cacagcaaga attcccctcc ccaatttaaa tgaggaccta 1860
acctgtggaa atctactgat gtgggaggct gtaactgtac aaacagaggt cattggaata 1920
actagcatgc ctaaccttca tgcagggtca caaaaagtgc atgagcatgg tggaggtaaa 1980
cctattcaag gcagtaattt ccacttcttt gctgttggtg gagacccctt ggaaatgcag 2040
ggagtgctaa tgaattacag gaccaagtac ccagatggta ctataacccc aaaaaaccca 2100
acagcccagt cccaggtaat gaatactgac cataaggcct atttggacaa aaacaatgct 2160
tatccagttg agtgctgggt tcctgatccc agtagaaatg aaaatactag gtattttgga 2220
actttcacag gaggggaaaa tgttccccca gtacttcatg tgaccaacac agctaccaca 2280
gtgttgctag atgaacaggg tgtggggcct ctttgtaaag ctgatagcct gtatgtttca 2340
gctgctgata tttgtggcct gtttactaac agctctggaa cacaacagtg gagaggcctt 2400
gcaagatatt ttaagattcg cctgagaaaa agatctgtaa aaaatcctta cccaatttcc 2460
tttttgctga gtgaccttat aaacaggaga acccagagag tggatgggca gcctatgtat 2520
ggtatggaat cccaggtaga agaggtcagg gtgtttgatg gcacagaaag acttccaggg 2580
gacccagata tgataagata tattgataag caaggacaat tgcaaaccaa aatgctttaa 2640
acaggtgctt ttattgtaca tatacattta ataaatgctg cttttgtata agccactttt 2700
aagcttgtgt tattttgggg gtggtgtttt aggcctttta aaacattgaa agcctttaca 2760
caaatgcagc tcttgactat gggggtctga cctttgggaa tcttcagcag gggctgaagt 2820
atctgagact tgggaagagc attgtgattg ggattcagtg cttgatccat gtccagagtc 2880
ttcagtttct gaatcttctt ctcttgtgat atcaagaata catttcccca tgcatatatt 2940
atatttcatc cttgaaaaag tatacatact tatctcagaa tccagccttt ccttccattc 3000
aacaattcta gattgtatat ctgttgcaaa atcagctaca ggcctaaacc aaattagcag 3060
tagcaacaag gtcattccac tttgtaaaat tcttttttca agtaagaact ctgagttttg 3120
taaggatttt cttaaatata ttttgggtct aaaatctatc tgtcttacaa atctagcctg 3180
cagggtttta ggaacaggat actcattcat tgtaaccagg cctggtggaa atatttgggt 3240
tcttttgttt aaatgtttct tttctaaatt aaccttaaca cttccatcta aataatctct 3300
caaactgtct aaattgttta ttccatgtcc tgaaggcaaa tcctttgatt cagccccagt 3360
tccttttaca tctccaaaaa caaccatgta ctgatctata gctacaccta gttcaaaggt 3420
tagcctttcc atgggtaggt ttacatttaa ggctttacct ccacacaaat ctaataaccc 3480
tgcagctagt gttgtttttc cactatcaat gggaccttta aataaccagt atcttctttt 3540
aggtacatta aaaacaatac agtgcaaaaa atcaaatata acagaatcca ttttaggtag 3600
caaacagtgc agccaagcaa cacctgccat atattgttcc agtacagcat ttccatgagc 3660
tccaaatatt aaatccattt tatctaatat atgattaaat ctttctgtta gcatttcttc 3720
tctggtcata tgaagggtat ctactctttt tttagctaaa actgtatcta ctgcttgctg 3780
acaaatactt ttttgatttt tactttctgc aaaaatagta gcatttgcaa aatgcttttc 3840
atgatactta aagtgataag gttggtcctt tttctgacac tttttacact cttctacatt 3900
gtattgaaat tctaaataca tacccaataa taaaaacaca tcctcacact ttgtctctac 3960
tgcatactca gtaattaatt tccaagacac ctgctttgtt tcttcaggct cttctgggtt 4020
aaaatcatgc tcctttaagc ccccttgaat gctttcttct attgtatggt atggatctct 4080
agttaaggca ctatatagta agtattcctt attaacaccc ttacaaatta aaaaactaaa 4140
ggtacacagc ttttgacaga aattattaat tgcagaaact ctatgtctat gtggagttaa 4200
aaagaatata atattatgcc cagcacacat gtgtctacta ataaaagtta cagaatattt 4260
ttccataagt tttttataca ggatttgagc tttttcttta gtagtataca cagcaaagca 4320
ggcaagggtt ctattactaa atacagcttg actaagaaac tggtgtagat cagaaggaaa 4380
gtctttaggg tcttctacct ttctcttttt cttgggtggt gtggagtgtt gagaatctgc 4440
tgttgcttct tcatcactgg caaacatatc ttcatggcaa aataaatctt catcccattt 4500
ttcattaaag gagctccacc aggactccca ctcttctgtt ccataggttg gcacctataa 4560
aaaaaataat tacttagggc ctttaaatat tttcttattt atctaaatat aagttagtta 4620
ccctaaagct ttagatctct gaagggagtt tctccaatta tttggaccca ccattgcaga 4680
gtttcttcag ttaggtctaa gccaaaccac tgtgtgaagc agtcaatgca gtagcaatct 4740
atccaaacca agggctcttt tcttaaaaat tttctattta aatgccttaa tctaagctga 4800
catagcatgc aagggcagtg cacagaaggc tttttggaac aaataggcca atccttgcag 4860
tacagggtat ctgggcaaag aggaaaatca gcacaaacct ctgagctact ccaggttcca 4920
aaatcaggct gatgagctac ctttacatcc tgctccattt ttttatataa agtattcatt 4980
ctcttcattt tatcctcgtc gccccctttg tcagggtgaa attccttaca cctccttaaa 5040
taggcttttc tcattaaggg aaggtttccc caggcagctc tttcaaggcc taaaaggtcc 5100
atgagctcca tggattcttc cctgttaagc actttatcca t 5141
<210> 30
<211> 5141
<212> DNA
<213> 人多瘤病毒BK型病毒
<400> 30
ttttgcaaaa attgcaaaag aatagggatt tccccaaata tttttgctag gcctcagaaa 60
aagcctccac acccttacta cttgagagaa agggtggagg cagaggcggc ctcggcctct 120
tatatattat aaaaaaaaag gccacaggga ggagctgcta acccatggaa tgtagccaaa 180
ccatgacctc aggaaggaaa gtgcatgact gggcagccag ccagtggcag ttaatagtga 240
aaccccgccc ctaaaattct caaataaaca caagaggaag tggaaactgg ccaaaggagt 300
ggaaagcagc cagacagaca tgttttgcga gcctaggaat cttggccttg tccccagtta 360
aactggacaa aggccatggt tctgcgccag ctgtcacgac aagcttctgt gaaagttagt 420
aaaacctgga ctggaacaaa aaaaagagct cagaggattt ttatttttat tttagagctt 480
ttgctggaat tttgtagagg tgaagacagt gtagacggga aaaacaaaag taccactgct 540
ttacctgctg taaaagactc tgtaaaagac tcctaggtaa gtaatccctt tttttttgta 600
tttccaggtt gatgggtgct gctctagcac ttttggggga cctagttgcc agtgtatctg 660
aggctgctgc tgccacagga ttttcagtgg ctgaaattgc tgctggggag gctgctgctg 720
ctatagaagt tcaaattgca tcccttgcta ctgcagaggg cataacaagt acctcagagg 780
ctatagctgc tataggccta actcctcaaa catatgctgt aattgctggt gctcctgggg 840
ctattgctgg gtttgctgct ttaattcaaa ctgttactgg tattagttcc ttggctcaag 900
tagggtatag gttttttagt gattgggatc acaaagtttc cactgtaggc ctctatcagc 960
aatcaggcat ggctttggaa ttgtttaacc cagatgagta ctatgatatt ttgtttcctg 1020
gtgtaaatac ttttgtaaat aatattcaat accttgatcc taggcattgg ggtccttcct 1080
tgtttgctac tatttcccag gctttgtggc atgttattag ggatgatata cctgctataa 1140
cctcacaaga attgcaaaga agaacagaaa gattttttag agactccttg gctagatttt 1200
tggaggaaac tacctggaca attgtaaatg cccctatgaa cttttataat tatattcaag 1260
aatattattc tgatctttcc cctattaggc cctcaatggt tagacaagtg gctgaaaggg 1320
aaggtacccg tgtacatttt ggccatactt atagtataga tgatgctgac agtatagaag 1380
aagttacaca aagaatggac ttaagaaatc aacaaactgt acattcagga gagtttatag 1440
aaaaaactat tgccccagga ggtgctaatc aaagaactgc tcctcaatgg atgttgcctt 1500
tacttctagg cctgtacggg actgtaacac ctgctcttga agcatatgaa gatggcccca 1560
accaaaagaa aaggagagtg tccaggggca gctcccaaaa agccagagga acccgtgcaa 1620
gtgccaaaac tactaataaa aggaggagta gaagttctag aagttaaaac tggggtagat 1680
gctataacag aggtagaatg cttcctaaac ccagaaatgg gggatccaga tgaaaacctt 1740
aggggcttta gtctaaagct aagtgctgaa aatgacttta gcagtgatag cccagaaaga 1800
aaaatgcttc cctgttacag cacagcaaga attcccctcc ccaatttaaa tgaggaccta 1860
acctgtggaa atctactgat gtgggaggct gtaactgtac aaacagaggt cattggaata 1920
actagcatgc ttaaccttca tgcagggtca caaaaagtgc atgagcatgg tggaggtaaa 1980
cctattcaag gcagtaattt ccacttcttt gctgttggtg gagacccctt ggaaatgcag 2040
ggagtgctaa tgaattacag gaccaagtac ccagatggta ctataacccc aaaaaaccca 2100
acagcccagt cccaggtaat gaatactgac cataaggcct atttggacaa aaacaatgct 2160
tatccagttg agtgctgggt tcctgatccc agtagaaatg aaaatactag gtattttgga 2220
actttcacag gaggggaaaa tgttccccca gtacttcatg tgaccaacac agctaccaca 2280
gtgttgctag atgaacaggg tgtggggcct ctttgtaaag ctgatagcct gtatgtttca 2340
gctgctgata tttgtggcct gtttactaac agctctggaa cacaacagtg gagaggcctt 2400
gcaagatatt ttaagattcg cctgagaaaa agatctgtaa aaaatcctta cccaatttcc 2460
tttttgctga gtgaccttat aaacaggaga acccagagag tggatgggca gcctatgtat 2520
ggtatggaat cccaggtaga agaggtcagg gtgtttgatg gcacagaaag acttccaggg 2580
gacccagata tgataagata tattgataaa caaggacaat tgcaaaccaa aatgctttaa 2640
acaggtgctt ttattgtaca tatacattta ataaatgctg cttttgtata agccactttt 2700
aagcttgtgt tattttgggg gtggtgtttt aggcctttta aaacattgaa agcctttaca 2760
caaatgcaac tcttgactat gggggtctga cctttgggaa tcttcagcag gggctgaagt 2820
atctgagact tgggaagagc attgtgattg ggattcagtg cttgatccat gtccagagtc 2880
ttcagtttct gaatcttctt ctcttgtgat atcaagaata catttcccca tgcatatatt 2940
atatttcatc cttgaaaaag tatacatact tatctcagaa tccagccttt ccttccattc 3000
aacaattcta gattgtatat ctgttgcaaa atcagctaca ggcctaaacc aaattagcag 3060
tagcaacaag gtcattccac tttgtaaaat tcttttttca agtaagaact ctgagttttg 3120
taaggatttt cttaaatata ttttgggtct aaaatctatc tgtcttacaa atctagcctg 3180
cagggtttta ggaacaggat actcattcat tgtaaccagg cctggtggaa atatttgggt 3240
ccttttgttt aaatgtttct tttctaaatt aaccttaaca cttccatcta aataatctct 3300
caaactgtct aaattgttta ttccatgtcc tgaaggcaaa tcctttgatt cagccccagt 3360
tccttttaca tcttcaaaaa caaccatgta ctgatctata gctacaccta gttcaaaggt 3420
tagcctttcc atgggtaggt ttacatttaa ggctttacct ccacacaaat ctaataaccc 3480
tgcagctagt gttgtttttc cactatcaat gggaccttta aataaccagt atcttctttt 3540
aggtacatta aaaacaatac agtgcaaaaa atcaaatata acagaatcca ttttaggtag 3600
caaacagtgc agccaagcaa cacctgccat atattgttcc agtacagcat ttccatgagc 3660
tccaaatatt aaatccattc tatctaatat atgattaaat ctttctgtta gcatttcttc 3720
tctggtcata tgaagggtat ctactctttt tttagctaaa actgtatcta ctgcttgctg 3780
acaaatactt ttttgatttt tactttctgc aaaaatagta gcatttgcaa aatgcttttc 3840
atgatactta aagtgataag gttggtcttt tttctgacac tttttacact cttctacatt 3900
gtattgaaat tctaaataca tacccaataa taaaaacaca tcctcacact ttgtctctac 3960
tgcatactca gtaattaatt tccaagacac ctgctttgtt tcttcaggct cttctgggtt 4020
aaaatcatgc tcctttaagc ccccttgaat gctttcttct attgtatggt atggatctct 4080
agttaaggca ctatatagta agtattcctt attaacaccc ttacaaatta aaaaactaaa 4140
ggtacacagc ttttgacaga aattattaat tgcagaaact ctatgtctat gtggagttaa 4200
aaagaatata atattatgcc cagcacacat gtgtctacta ataaaagtta caggatattt 4260
ttccataagt tttttataca gaatttgagc tttttcttta gtagtataca cagcaaagca 4320
ggcaagggtt ctattactaa atacagcttg actaagaaac tggtgtagat cagaaggaaa 4380
gtctttaggg tcttctacct ttctcttttt cttgggtggt gtggagtgtt gagaatctgc 4440
tgttgcttct tcatcactgg caaacatatc ttcatggcaa aataaatctt catcccattt 4500
ttcattaaag gagctccacc aggactccca ctcttctgtt ccataggttg gcacctataa 4560
aaaaaaaaat tacttagggc ctttaaatat tttcttattt atctaaatat aagttagtta 4620
ccttaaagct ttagatctct gaagggagtt tctccaatta tttggaccca ccattgcaga 4680
gtttcttcag ttaggtctaa gccaaaccac tgtgtgaagc agtcaatgca gtagcaatct 4740
atccaaacca agggctcttt tcttaaaaat tttctattta aatgccttaa tctaagctga 4800
catagcatgc aagggcagtg gacagaaggc tttttggaac aaataggcca atccttgcag 4860
tacggggtat ctgggcaaag aggcaaatca gcacaaacct ctgagctact ccaggttcca 4920
aaatcaggct gatgagctac ctttacatcc tgctccattt ttttatataa agtattcatt 4980
ctcttcattt tatcctcgtc gccccctttg tcagggtgaa attccttaca cttccttaaa 5040
taggcttttc tcattaaggg aaggtttccc caggcagctc tttcaaggcc taaaaggtcc 5100
atgagctcca tggattcttc cctgttaagc actttatcca t 5141
<210> 31
<211> 5141
<212> DNA
<213> 人多瘤病毒BK型病毒
<400> 31
ttttgcaaaa attgcaaaag aatagggatt tccccaaata tttttgctag gcctcagaaa 60
aagcctccac acccttacta cttgagagaa agggtggagg cagaggcggc ctcggcctct 120
tatatattat aaaaaaaaag gccacaggga ggagctgcta acccatggaa tgtagccaaa 180
ccatgacctc aggaaggaaa gtgcatgact gggcagccag ccagtggcag ttaatagtga 240
aaccccgccc ctaaaattct caaataaaca caagagggag tggaaactgg ccaaaggagt 300
ggaaagcagc cagacagaca tgttttgcga gcctaggaat cttggccttg tccccagtta 360
aactggacaa aggccatggt tctgcgccag ctgtcacgac aagcttctgt gaaagttagt 420
aaaacctgga ctggaacaaa aaaaagagct cagaggattt ttatttttat tttagagctt 480
ttgctggaat tttgtagagg tgaagacagt gtagacggga aaaacaaaag taccactgct 540
ttacctgctg taaaagactc tgtaaaagac tcctaggtaa gtaatccctt tttttttgta 600
tttccaggtt gatgggtgct gctctagcac ttttggggga cctagttgcc agtgtatctg 660
aggctgctgc tgccacagga ttttcagtgg ctgaaattgc tgctggggag gctgctgctg 720
ctatagaagt tcaaattgca tcccttgcta ctgtagaggg cataacaagt acctcagagg 780
ctatagctgc tataggccta actcctcaaa catatgctgt aattgctggt gctcctgggg 840
ctattgctgg gtttgctgct ttaattcaaa ctgttactgg tattagttcc ttggctcaag 900
tagggtatag gttttttagt gattgggatc acaaagtttc cactgtaggc ctctatcagc 960
aatcaggcat ggctttggaa ttgtttaacc cagatgagta ctatgatatt ttgtttcctg 1020
gtgtaaatac ttttgtaaat aatattcaat accttgatcc taggcattgg ggtccttcct 1080
tgtttgctac tatttcccag gctttgtggc atgttattag ggatgatata cctgctataa 1140
cctcacaaga attgcaaaga agaacagaaa gattttttag agactccttg gctagatttt 1200
tggaggaaac tacctggaca attgtaaatg cccctatgaa cttttataat tatattcaag 1260
aatattattc tgatctttcc cctattaggc cctcaatggt tagacaagtg gctgaaaggg 1320
aaggtacccg tgtacatttt ggccatactt atagtataga tgatgctgac agtatagaag 1380
aagttacaca aagaatggac ttaagaaatc aacaaactgt acattcagga gagtttatag 1440
aaaaaactat tgccccagga ggtgctaatc aaagaactgc tcctcaatgg atgttgcctt 1500
tacttctagg cctgtacggg actgtaacac ctgctcttga agcatatgaa gatggcccca 1560
accaaaagaa aaggagagtg tccaggggca gctcccaaaa agccaaagga acccgtgcaa 1620
gtgccaaaac tactaataaa aggaggagta gaagttctag aagttaaaac tggggtagat 1680
gctataacag aggtagaatg cttcctaaac ccagaaatgg gggatccaga tgaaaacctt 1740
aggggcttta gtctaaagct aagtgctgaa aatgacttta gcagtgatag cccagaaaga 1800
aaaatgcttc cctgttacag cacagcaaga attcccctcc ccaatttaaa tgaggaccta 1860
acctgtggaa atctactgat gtgggaggct gtaactgtac aaacagaggt cattggaata 1920
actagcatgc ttaaccttca tgcagggtca caaaaagtgc atgagcatgg tggaggtaaa 1980
cctattcaag gcagtaattt ccacttcttt gctgttggtg gagacccctt ggaaatgcag 2040
ggagtgctaa tgaattacag gaccaagtac ccagatggta ctataacccc aaaaaaccca 2100
acagcccagt cccaggtaat gaatactgac cataaggcct atttggacaa aaacaatgct 2160
tatccagttg agtgctgggt tcctgatccc agtagaaatg aaaatactag gtattttgga 2220
actttcacag gaggggaaaa tgttccccca gtacttcatg tgaccaacac agctaccaca 2280
gtgttgctag atgaacaggg tgtggggcct ctttgtaaag ctgatagcct gtatgtttca 2340
gctgctgata tttgtggcct gtttactaac agctctggaa cacaacagtg gagaggcctt 2400
gcaagatatt ttaagattcg cctgagaaaa agatctgtaa aaaatcctta cccaatttcc 2460
tttttgctga gtgaccttat aaacaggaga acccagagag tggatgggca gcctatgtat 2520
ggtatggaat cccaggtaga agaggtcagg gtgtttgatg gcacagaaag acttccaggg 2580
gacccagata tgataagata tattgataaa caaggacaat tgcaaaccaa aatgctttaa 2640
acaggtgctt ttattgtaca tatacattta ataaatgctg cttttgtata agccactttt 2700
aagcttgtgt tattttgggg gtggtgtttt aggcctttta aaacattgaa agcctttaca 2760
caaatgcaac tcttgactat gggggtctga cctttgggaa tcttcagcag gggctgaagt 2820
atctgagact tgggaagagc attgtgattg ggattcagtg cttgatccat gtccagagtc 2880
ttcagtttct gaatcttctt ctcttgtgat accaagaata catttcccca tgcatatatt 2940
atatttcatc cttgaaaaag tatacatact tatctcagaa tccagccttt ccttccattc 3000
aacaattcta gattgtatat ctgttgcaaa atcagctaca ggcctaaacc aaattagcag 3060
tagcaacaag gtcattccac tttgtagaat tcttttttca agtaagaact ctgagttttg 3120
taaggatttt cttaaatata ttttgggtct aaaatctatc tgtcttacaa atctagcctg 3180
cagggtttta ggaacaggat actcattcat tgtaaccagg cctggtggaa atatttgggt 3240
tcttttgttt aaatgtttct tttctaaatt aaccttaaca cttccatcta aataatctct 3300
caaactgtct aaattgttta ttccatgtcc tgaaggcaaa tcctttgatt cagccccagt 3360
tccttttaca tcttcaaaaa caaccatgta ctgatctata gctacaccta gttcaaaggt 3420
tagcctttcc atgggtaggt ttacatttaa ggctttacct ccacacaaat ctaataaccc 3480
tgcagctagt gttgtttttc cactatcaat gggaccttta aataaccagt atcttctttt 3540
aggtacatta aaaacaatac agtgcaaaaa atcaaatata acagaatcca ttttaggtag 3600
caaacagtgc agccaagcaa cacctgccat atattgttcc agtacagcat ttccatgagc 3660
tccaaatatc aaatccattt tatctaatat atgattaaat ctttctgtta gcatttcttc 3720
tctggtcata tgaagggtat ctactctttt tttagctaaa actgtatcta ctgcttgctg 3780
acaaatactt ttttgatttt tactttctgc aaaaatagta gcatttgcaa aatgcttttc 3840
atgatactta aagtgataag gttggtcttt tttctgacac tttttacact cttctacatt 3900
gtattgaaat tctaaataca tacccaataa taaaaacaca tcctcacact ttgtctctac 3960
tgcatactca gtaattaatt tccaagacac ctgctttgtt tcttcaggct cttctgggtt 4020
aaaatcatgc tcctttaagc ccccttgaat gctttcttct attgtatggt atggatctct 4080
agttaaggca ctatatagta agtattcctt attaacaccc ttacaaatta aaaaactaaa 4140
ggtacacagc ttttgacaga aattattaat tgcagaaact ctatgtctat gtggagttaa 4200
aaagaatata atattatgcc cagcacacat gtgtctacta ataaaagtta cagaatattt 4260
ttccataagt tttttataca gaatttgagc tttttcttta gtagtataca cagcaaagca 4320
ggcaagggtt ctattactaa atacagcttg actaagaaac tggtgtagat cagagggaaa 4380
gtctttaggg tcttctacct ttctcttttt cttgggtggt gtggagtgtt gagaatctgc 4440
tgttgcttct tcatcactgg caaacatatc ttcatggcaa aataaatctt catcccattt 4500
ttcattaaag gagctccacc aggactccca ctcttctgtt ccataggttg gcacctataa 4560
aaaaaataat tacttagggc ctttaaatat tttcttattt atctaaatat aagttagtta 4620
ccttaaagct ttagatctct gaagggagtt tctccaatta tttggaccca ccattgcaga 4680
gtttcttcag ttaggtctaa gccaaaccac tgtgtgaagc agtcaatgca gtagcaatct 4740
atccaaacca agggctcttt tcttaaaaat tttctattta aatgccttaa tctaagctga 4800
catagcatgc aagggcagtg cacagaaggc tttttggaac aaataggcca atccttgcag 4860
tacagggtat ctgggcaaag aggaaaatca gcacaaacct ctgagctact ccaggttcca 4920
aaatcaggct gatgagctac ctttacatcc tgctccattt ttttatataa agtattcatt 4980
ctcttcattt tatcctcgtc gccccctttg tcagggtgaa attccttaca cttccttaaa 5040
taggcttttc tcattaaggg aaggtttccc caggcagctc tttcaaggcc taaaaggtcc 5100
atgagctcca tggattcttc cctgttaagc actttatcca t 5141
<210> 32
<211> 5140
<212> DNA
<213> 人多瘤病毒BK型病毒
<400> 32
ttttgcaaaa attgcaaaag aatagggatt tccccaaata tttttgctag gcctcagaaa 60
aagcctccac acccttacta cttgagagaa agggtggagg cagaggcggc ctcggcctct 120
tatatattat aaaaaaaaag gccacaggga ggagctgcta acccatggaa tgtagccaaa 180
ccatgacctc aggaaggaaa gtgcatgact gggcagccag ccagtggcag ttaatagtga 240
aaccccgccc taaaattctc aaataaacac aagaggaagt ggaaactggc caaaggagtg 300
gaaagcagcc agacagacat gttttgcgag cctaggaatc ttggccttgt ccccagttaa 360
actggacaaa ggccatggtt ctgcgccagc tgtcacgaca agcttctgtg aaagttagta 420
aaacctggac tggaacaaaa aaaagagctc agaggatttt tatttttatt ttagagcttt 480
tgctggaatt ttgtagaggt gaagacagtg tagacgggaa aaacaaaagt accactgctt 540
tacctgctgt aaaagactct gtaaaagact cctaggtaag taatcccttt ttttttgtat 600
ttccaggttg atgggtgctg ctctagcact tttgggggac ctagttgcca gtgtatctga 660
ggctgctgct gccacaggat tttcagtggc tgaaattgct gctggggagg ctgctgctgc 720
tatagaagtt caaattgcat cccttgctac tgtagagggc ataacaagta cctcagaggc 780
tatagctgct ataggcctaa ctcctcaaac atatgctgta attgctggtg ctcctggggc 840
tattgctggg tttgctgctt taattcaaac tgttactggt attagttcct tggctcaagt 900
agggtatagg ttttttagtg attgggatca caaagtttcc actgtaggcc tctatcagca 960
atcaggcatg gctttggaat tgtttaaccc agatgagtac tatgatattt tgtttcctgg 1020
tgtaaatact tttgtaaata atattcaata ccttgatcct aggcattggg gtccttcctt 1080
gtttgctact atttcccagg ctttgtggca tgttattagg gatgatatac ctgctatgac 1140
ctcacaagaa ttgcaaagaa gaacagaaag attttttaga gactccttgg ctagattttt 1200
ggaggaaact acctggacaa ttgtaaatgc ccctatgaac ttttataatt atattcaaga 1260
atattattct gatctttccc ctattaggcc ctcaatggtt agacaagtgg ctgaaaggga 1320
aggtacccgt gtacattttg gccatactta tagtatagat gatgctgaca gtatagaaga 1380
agttacacaa agaatggact taagaaatca acaaactgta cattcaggag agtttataga 1440
aaaaactatt gccccaggag gtgctaatca aagaactgct cctcaatgga tgttgccttt 1500
acttctaggc ctgtacggga ctgtaacacc tgctcttgaa gcatatgaag atggccccaa 1560
ccaaaagaaa aggagagtgt ccaggggcag ctcccaaaaa gccaaaggaa cccgtgcaag 1620
tgccaaaact actaataaaa ggaggagtag aagttctaga agttaaaact ggggtagatg 1680
ctataacaga ggtagaatgc ttcctaaacc cagaaatggg ggatccagat gaaaacctta 1740
ggggctttag tctaaagcta agtgctgaaa atgactttag cagtgatagc ccagaaagaa 1800
aaatgcttcc ctgttacagc acagcaagaa ttcccctccc caatttaaat gaggacctaa 1860
cctgtggaaa tctactgatg tgggaggctg taactgtaca aacagaggtt actggaataa 1920
ctagcatgct taaccttcat gcagggtcac aaaaagtgca tgagcatggt ggaggtaaac 1980
ctattcaagg cagtaatttc cacttctttg ctgttggtgg agaccccttg gaaatgcagg 2040
gagtgctaat gaattacagg accaagtacc cagatggtac tataacccca aaaaacccaa 2100
cagcccagtc ccaggtaatg aatactgacc ataaggccta tttggacaaa aacaatgctt 2160
atccagttga gtgctgggtt cctgatccca gtagaaatga aaatactagg tattttggaa 2220
ctttcacagg aggggaaaat gttcccccag tacttcatgt gaccaacaca gctaccacag 2280
tgttgctaga tgaacagggt gtggggcctc tttgtaaagc tgatggcctg tatgtttcag 2340
ctgctgatat ttgtggcctg tttactaaca gctctggaac acaacagtgg agaggccttg 2400
caagatattt taagactcgc ctgagaaaaa gatctgtaaa aaatccttac ccaatttcct 2460
ctttgctgag tgaccttata aacaggagaa cccagagagt ggatgggcag cctatgtatg 2520
gtatggaatc ccaggtagaa gaggtcaggg tgtttgatgg cacagaaaga cttccagggg 2580
acccagatat gataagatat attgataaac aaggacaatt gcaaaccaaa atgctttaaa 2640
caggtgcttt tattgtacat atacatttaa taaatgctgc ttttgtataa gccactttta 2700
agcttgtgtt attttggggg tggtgtttta ggccttttaa aacattgaaa gcctttacac 2760
aaatgcaact cttgactatg ggggtctgac ctttgggaat cttcagcagg ggctgaagta 2820
tctgagactt gggaagagca ttgtgattgg gattcagtgc ttgatccatg tccagagtct 2880
tcagtttctg aatcttcttc tcttgtgata tcaagaatac atttccccat gcatatatta 2940
tatttcatcc ttgaaaaagt atacatactt atctcagaat ccagcctttt cttccattca 3000
acaattctag attgtatatc tgttgcaaaa tcagctacag gcctaaacca aattagcagt 3060
agcaacaagg tcattccact ttgtaaaatt cttttttcaa gtaagaactc tgagttttgt 3120
aaggattttc ttaaatatat tttgggtcta aaatctatct gtcttacaaa tctagcctgc 3180
agggttttag gaacaggata ctcattcatt gtaaccaggc ctggtggaaa tatttgggtt 3240
cttttgttta aatgtttctt ttctaaatta accttaacac ttccacctaa ataatctctc 3300
aaactgtcta aattgtttat tccatgtcct gaaggcaaat cctttgattc agccccagtt 3360
ccttttacat cttcaaaaac aaccacgtac tgatctatag ctacacctag ttcaaaggtt 3420
agcctttcca tgggtaggtt tacatttaag gctttacctc cacacaaatc taataaccct 3480
gcagctagtg ttgtttttcc actatcagtg ggacctttaa ataaccagta tcttctttta 3540
ggtacattaa aaacaataca gtgcaaaaaa tcaaatataa cagaatccat tttaggtagc 3600
aaacagtgca gccaagcaac acctgccata tattgttcca gtacagcatt tccatgagct 3660
ccaaatatta aatccatttt atctaatata tgattaaatc tttctgttag catttcttct 3720
ctggtcatat gaagggtatc tactcttttt ttagctaaaa ctgtatctac tgcttgctga 3780
caaatacttt tttgattttt actttctgca aaaatagtag catttgcaaa atgcttttca 3840
tgatacttaa agtgataagg ttggtctttt ttctgacact ttttgcactc ttctacattg 3900
tattgaaatt ctaaatacat acccaataat aaaaacacat cctcacactt tgtctctact 3960
gcatactcag taattaattt ccaagacacc tgctttgttt cttcaggctc ttctgggtta 4020
aaatcatgct cctttaagcc cccttgaatg ctttcttcta ttgtatggta tggatctcta 4080
gttaaggcac tatatagtaa gtattcctta ttaacaccct tacaaattaa aaaactaaag 4140
gtacacagct tttgacagaa attattaatt gcagaaactc tatgtctatg tggagttaaa 4200
aagaatataa tattatgccc agcacacatg tgtctactaa taaaagttac agaatatttt 4260
tccataagtt ttttatacag aatttgagct ttttctttag tagtatacac agcaaagcag 4320
gcaagggttc tattactaaa tacagcttga ctaagaaact ggtgtagatc agaaggaaag 4380
tctttagggt cttctacctc tctctttttc ttgggtggtg tggagtgttg agaatctgct 4440
gttgcttctt catcactggc aaacatatct tcatggcaaa ataaatcttc atcccatttt 4500
tcattaaagg agctccacca ggactcccac tcttctgttc cataggttgg cacctataaa 4560
aaaaataatt acttagggcc tttaaatatt ttcttattta tctaaatata agttagttac 4620
cttaaagctt tagatctctg aagggagttt ctccaattat ttggacccac cattgcagag 4680
tttcttcagc taggtctaag ccaaaccact gtgtgaagca gtcaatgcag tagcaatcta 4740
tccaaaccaa gggctctttt cttaaaaatt ttctatttaa atgccttaat ctaagctgac 4800
atagcatgca agggcagtgc acagaaggct ttttggaaca aataggccat tccttgcagt 4860
acagggtatc tgggcaaaga ggaaaatcag cacaaacctc tgagctactc caggttccaa 4920
aatcaggctg atgagctacc tttacatcct gctccatttt tttatataaa gtattcattc 4980
tcttcatttt atcctcgtcg ccccctttgt cagggtgaaa ttccttacac ttccttaaat 5040
aggcttttct cattaaggga aggtttcccc aggcagctct ttcaaggcct aaaaggtcca 5100
tgagctccat ggattcttcc ctgttaagca ctttatccat 5140
<210> 33
<211> 5092
<212> DNA
<213> 人多瘤病毒BK型病毒
<400> 33
ttttgcaaaa attgcaaaag aatagggatt tccccaaata gttttgctag gcctcagaaa 60
aagcctccac acccttacta cttgaaagaa agggtggagg cagaggcggc ctcggcctct 120
tatatattat aaaaaaaaag gccacaggga ggagctgctt acccatggaa tgcagccaaa 180
ccatgacctc aggaaggaaa gtgcatgact gggcagccag ccaagaggaa gtggaaactg 240
gccaaaggag tggaaagcag ccagacagac atgttttgcg ggcctaggaa tcttggcctt 300
gtccccagtt aaactggaca aaggccatgg ttctgcgcca gctgtcacga caagcttctg 360
tgaaacttgg taaaacctgg actggaacaa aaaaaagagc tcagaggatt tttattttta 420
ttttagagct tttgctggaa ttttgtagag gtgaagacag tgtagacggg aaaaacaaaa 480
gtaccactgc tttacctgct gtaaaagact ctgtaaaaga ctcctaggta agtaatccct 540
ttttttttgt atttccaggt tgatgggtgc tgctctagca cttttggggg acctagttgc 600
cagtgtatct gaggctgctg ctgccacagg attttcagtg gctgaaattg ctgctgggga 660
ggctgctgct gctatagaag ttcaaattgc atcccttgct actgtagagg gcataacaag 720
tacctcagag gctatagctg ctataggcct aactcctcaa acatatgctg taattgctgg 780
tgctcctggg gctattgctg ggtttgctgc tttaattcaa actgttactg gtattagttc 840
cttggctcaa gtagggtata ggttttttag tgattgggat cacaaagttt ccactgtagg 900
cctctatcag caatcaggca tggctttgga attgtttaac ccagatgagt actatgatat 960
attgtttcct ggtgtaaata cttttgtaaa taatattcaa taccttgatc ctaggcattg 1020
gggtccttct ttgtttgcta ctatttctca ggctttgtgg catgttatta gggatgatat 1080
acctgctata acctcacaag aattgcaaag aagaacagaa agatttttta gagactcctt 1140
ggctagattt ttggaggaaa ctacctggac aattgtaaat gcccctatga acttttataa 1200
ttatattcaa gaatattatt ctgatctttc ccctattagg cccttaatgg ttagacaagt 1260
agctgaaagg gaaggtaccc gtgtacattt tggccatact tatagtatag atgatgctga 1320
cagtatagaa gaagttacac aaagaatgga cttaagaaat caacaaactg tacattcagg 1380
agagtttata gaaaaaacta ttgccccagg aggtgctaat caaagaactg ctcctcaatg 1440
gatgttgcct ttacttctag gcctgtacgg gactgtaaca cctgctcttg aagcatatga 1500
agatggcccc aacaaaaaga aaaggagagt gtccaggggc agctcccaaa aagccaaagg 1560
aacccgtgca agtgccaaaa ctactaataa aaggaggagt agaagttcta gaagttaaaa 1620
ctgggctaga tgctataaca gaggtagaat gcttcctaaa cccagaaatg ggggatccag 1680
atgaaaacct taggggcttt agtctaaagc taagtgctga aaatgacttt agcagtgata 1740
gcccagaaag aaaaatgctt ccctgttaca gcacagcaag aattcccctc cccaatttaa 1800
atgaggacct aacctgtgga aatctactga tgtgggaggc tgtaacagta caaacagagg 1860
tcattggaat aactagcatg cttaaccttc atgcagggtc acaaaaagtg catgagcatg 1920
gtggaggtaa acctattcaa ggcagtaatt tccacttttt tgctgttggt ggagacccct 1980
tggaaatgca gggagtgcta atgaattaca ggacaaagta cccagaaggt actataaccc 2040
caaaaaaccc aacagcccag tcccaagtaa tgaatactga ccataaggcc tatttggaca 2100
aaaacaatgc ttatccagtt gagtgctgga ttcctgatcc cagtagaaat gaaaatacta 2160
ggtattttgg gactttcaca ggaggggaaa atgttccccc agtacttcat gtgaccaaca 2220
cagctaccac agtgttgcta gatgaacagg gtgtggggcc tctttgtaaa gctgatagcc 2280
tgtatgtttc agctgctgat atttgtggcc tgtttactaa cagctctgga acacaacagt 2340
ggagaggcct tgcaagatat tttaagattc gcctgagaaa aagatctgta aaaaatcctt 2400
acccaatttc ctttttgcta agtgacctta taaacagggg aacccagaga gtggatgggc 2460
agcctatgta tggtatggaa tcccaggtag aagaggtcag ggtgtttgat ggcacagaaa 2520
gacttccagg ggacccagat atgataagat atattgacaa acaaggacaa ttgcaaacta 2580
aaatggttta aacaggtgct tttattgtac atatacattt aataaatgct gcttttgtat 2640
aagccagttc taagcttgtg ttattttggg ggtggtgttt taggcctttt aaaacactga 2700
aagcctttac acaaatgcaa ctcttgacta tgggggtctg acctttggga atcttcagca 2760
ggggctgaag tatctgagac ttgggaagag cattgtgatt gggattcagt gcttgatcca 2820
tgtccagagt cttcagtttc tgaatcttct tctcttgtga tatcaagaat acatttcccc 2880
atgcatatat tatatttcat ccttgaaaaa gtatacatac ttatctcaga atccagcctt 2940
tccttccatt caacaattct agattgtata tctgttgcaa aatcagctac aggcctaaac 3000
caaattagca gtagcaacaa ggtcattcca ctttgtaaaa ttcttttttc aagtaagaac 3060
tctgagtttt gtaaggattt tcttaaatat attttgggcc taaaatctat ctgtcttaca 3120
aatctagcct gcagggtttt agggacagga tactcattca ttgtaaccag gcctggtgga 3180
aatatttggg ttcttttgtt taaatgtttc ttttctaaat taaccttaac acttccatct 3240
aaataatctc tcaaactgtc taaattgttt attccatgtc ctgaaggcaa atcctttgat 3300
tcagctcctg ttccttttac atcttcaaaa acaaccatgt actgatctat agctacacct 3360
agttcaaagg tcagcctttc catgggtagg tttacattta aagctttacc tccacacaaa 3420
tctaataacc ctgcagctag tgttgttttt ccactatcaa tgggaccttt aaataaccag 3480
tatcttcttt taggtacatt aaaaacaata cagtgcaaaa aatcaaatat aacagaatcc 3540
attttaggta acaaacagtg cagccaagca acacctgcca tatattgttc taatacagca 3600
tttccatgag ccccaaatat taaatccatt ttatctaata tatgattaaa tctttctgtt 3660
agcatttctt ctctagtcat atggaggcta tctactcttt ttttagctaa aactgtatct 3720
actgcttgct gacaaatact tttttgattt ttactttctg caaagatagt agcatttgca 3780
aaatgctttt catgatactt aaagtgataa ggttggtctt ttttctgaca ctttttacac 3840
tcctctacat tgtattgaaa ttctaaatac atacctaata ataaaaacac atcctcacac 3900
tttgtttcta ctgcatactc agtaattaat ttccaagaga cctgctttgt ttcttcaggc 3960
tcttctgggt taaaatcatg ctcctttaag cccccttgaa tgctttcttc tattgtatgg 4020
tatggatctc tagttaaggc actatatagt aagtattcct tattaacacc cttacaaatt 4080
aaaaaactaa aggtacacag cttttgacag aaattattaa ttgcagaaac tctatgtcta 4140
tgtggagtta aaaagaatat aatattatgc ccagcacaca tgtgtctact aataaaagtt 4200
acagaatatt tttccataag ttttttatac agaatttgag ctttttcttt agtagtatac 4260
acagcaaagc aggcaagggt tctattacta aatacagctt gactaagaaa ctggtgtaga 4320
tcacaaggaa agtctttagg gtcttctacc tttctttttt tcttgggtgg tgttgagtgt 4380
tgagaatctg ctgttgcttc ttcatcactg gcaaacatat cttcatggca aaataaatct 4440
tcatcccatt tttcattaaa ggagctccac caggactccc actcttctgt tccataggtt 4500
ggcacctata aaacaaataa ttacttaggg cctttaaata ttttattatt tatttaaata 4560
taaggtagtt accttaaagc tttagatctc tgaagggagt ttctccaatt atttggaccc 4620
accattgcag agtttcttca gttaggtcta agccaaacca ctgtgtgaag cagtcaatgc 4680
agtagcaatc tatccaaacc aagggctctt ttcttaaaaa ttttctattt aaatgcctta 4740
atctaagctg acatagcatg caaggacagt gcacagaagg ctttttggaa caaataggcc 4800
attccttgca gtacagggta tctgggcaaa gaggaaaatc agcacaaacc tctgagctac 4860
tccaggttcc aaaatcaggc tgatgagcta cctttacatc ttgctccatt tttttatata 4920
aagtattcat tctcttcatt ttatcctcgt cgcccccttt gtcagggtga aattccttac 4980
acttccttaa ataggctttt ctcattaagg aaaggtttcc ccaggcagct ctttcaaggc 5040
ccaaaaggtc catgagctcc atggattctt ccctgttaag cactttatcc at 5092
<210> 34
<211> 5141
<212> DNA
<213> 人多瘤病毒BK型病毒
<400> 34
ttttgcaaaa attgcaaaag aatagggatt tccccaaata gttttgctag gcctcagaaa 60
aagcctccac acccttacta cttgaaagaa agggtggagg cagaggcggc ctcggcctct 120
tatatattat aaaaaaaaag gccacaggga ggagctgctt acccatggaa tgcagccaaa 180
ccatgacctc aggaaggaaa gtgcatgact gggcagccag ccagtggcag ttaatagtga 240
aaccccgccc ctgaaattct caaataaaca caagaggaag tggaaactgg ccaaaggagt 300
ggaaagcagc cagacagaca tgttttgcgg gcctaggaat cttggccttg tccccagtta 360
aactggacaa aggccatggt tctgcgccag ctgtcacgac aagcttctgt gaaacttggt 420
aaaacctgga ctggaacaaa aaaaagagct cagaggattt ttatttttat tttagagctt 480
ttgctggaat tttgtagagg tgaagacagt gtagacggga aaaacaaaag taccactgct 540
ttacctgctg taaaagactc tgtaaaagac tcctaggtaa gtaatccctt tttttttgta 600
tttccaggtt gatgggtgct gctctagcac ttttggggga cctagttgcc agtgtatctg 660
aggctgctgc tgccacagga ttttcagtgg ctgaaattgc tgctggggag gctgctgctg 720
ctatagaagt tcaaattgca tcccttgcta ctgtagaggg cataacaagt acctcagagg 780
ctatagctgc tataggccta actcctcaaa catatgctgt aattgctggt gctcctgggg 840
ctattgctgg gtttgctgct ttaattcaaa ctgttactgg tattagttcc ttggctcaag 900
tagggtatag gttttttagt gattgggatc acaaagtttc cactgtaggc ctctatcagc 960
aatcaggcat ggctttggaa ttgtttaacc cagatgagta ctatgatata ttgtttcctg 1020
gtgtaaatac ttttgtaaat aatattcaat accttgatcc taggcattgg ggtccttctt 1080
tgtttgctac tatttctcag gctttgtggc atgttattag ggatgatata cctgctataa 1140
cctcacaaga attgcaaaga agaacagaaa gattttttag agactccttg gctagatttt 1200
tggaggaaac tacctggaca attgtaaatg cccctatgaa cttttataat tatattcaag 1260
aatattattc tgatctttcc cctattaggc cctcaatggt tagacaagta gctgaaaggg 1320
aaggtacccg tgtacatttt ggccatactt atagtataga ttatgctgac agtatagaag 1380
aagttacaca aagaatggac ttaagaaatc aacaaactgt acattcagga gagtttatag 1440
aaaaaactat tgccccagga ggtgctaatc aaagaactgc tcctcaatgg atgttgcctt 1500
tacttctagg cctgtacggg actgtaacac ctgctcttga agcatatgaa gatggcccca 1560
acaaaaagaa aaggagagtg tccaggggca gctcccaaaa agccaaagga acccgtgcaa 1620
gtgccaaaac tactaataaa aggaggagta gaagttctag aagttaaaac tgggctagat 1680
gctataacag aggtagaatg cttcctaaac ccagaaatgg gggatccaga tgaaaacctt 1740
aggggcttta gtctaaagct aagtgctgaa aatgacttta gcagtgatag cccagaaaga 1800
aaaatgcttc cctgttacag cacagcaaga attcccctcc ccaatttaaa tgaggaccta 1860
acctgtggaa atctactgat gtgggaggct gtaacagtac aaacagaggt cattggaata 1920
actagcatgc ttaaccttca tgcagggtca caaaaagtgc atgagcatgg tggaggtaaa 1980
cctattcaag gcagtaattt ccactttttt gctgttggtg gagacccctt ggaaatgcag 2040
ggagtgctaa tgaattacag gacaaagtac ccagaaggta ctataacccc aaaaaaccca 2100
acagcccagt cccaagtaat gaatactgac cataaggcct atttggacaa aaacaatgct 2160
tatccagttg agtgctggat tcctgatccc agtagaaatg aaaatactag gtattttggg 2220
actttcacag gaggggaaaa tgttccccca gtacttcatg tgaccaacac agctaccaca 2280
gtgttgctag atgaacaggg tgtggggcct ctttgtaaag ctgatagcct gtatgtttca 2340
gctgctgata tttgtggcct gtttactaac agctctggaa cacaacagtg gagaggcctt 2400
gcaagatatt ttaagattcg cctgagaaaa agatctgtaa aaaatcctta cccaatttcc 2460
tttttgctaa gtgaccttat aaacaggaga acccagagag tggatgggca gcctatgtat 2520
ggtatggaat cccaggtaga agaggtcagg gtgtttgatg gcacagaaag acttccaggg 2580
gacccagata tgataagata tattgacaaa caaggacaat tgcaaactaa aatggtttaa 2640
acaggtgctt ttattgtaca tatacattta ataaatgctg cttttgtata agccagttct 2700
aagcttgtgt tattttgggg gtggtgtttt aggcctttta aaacactgaa agcctttaca 2760
caaatgcaac tcttgactat gggggtctga cctttgggaa tcttcagcag gggctgaagt 2820
atctgagact tgggaagagc attgtgattg ggattcagtg cttgatccat gtccagagtc 2880
ttcagtttct gaatcttctt ctcttgtgat atcaagaata catttcccca tgcatatatt 2940
atatttcatc cttgaaaaag tatacatact tatctcagaa tccagccttt ccttccattc 3000
aacaattcta gattgtatat ctgttgcaaa atcagctaca ggcctaaacc aaattagcag 3060
tagcaacaag gtcattccac tttgtaaaat tcttttttca agtaagaact ctgagttttg 3120
taaggatttt cttaaatata ttttgggcct aaaatctatc tgtcttacaa atctagcctg 3180
cagggtttta gggacaggat actcattcat tgtaaccagg cctggtggaa atatttgggt 3240
tcttttgttt aaatgtttct tttctaaatt aaccttaaca cttccatcta aataatctct 3300
caaactgtct aaattgttta ttccatgtcc tgaaggcaaa tcctttgatt cagctcctgt 3360
tccttttaca tcttcaaaaa caaccatgta ctgatctata gctacaccta gttcaaaggt 3420
cagcctttcc atgggtaggt ttacatttaa agctttacct ccacacaaat ctaataaccc 3480
tgcagctagt gttgtttttc cactatcaat gggaccttta aataaccagt atcttctttt 3540
aggtacatta aaaacaatac agtgcaaaaa atcaaatata acagaatcca ttttaggtaa 3600
caaacagtgc agccaagcaa cacctgccat atattgttct aatacagcat ttccatgagc 3660
cccaaatatt aaatccattt tatctaatat atgattaaat ctttctgtta gcatttcttc 3720
tctagtcata tgaaggctat ctactctttt tttagctaaa actgtatcta ctgcttgctg 3780
acaaatactt ttttgatttt tactttctgc aaagatagta gcatttgcaa aatgcttttc 3840
atgatactta aagtgataag gttggtcttt tttctgacac tttttacact cctctacatt 3900
gtattgaaat tctaaataca tacctaataa taaaaacaca tcctcacact ttgtttctac 3960
tgcatactca gtaattaatt tccaagagac ctgctttgtt tcttcaggct cttctgggtt 4020
aaaatcatgc tcctttaagc ccccttgaat gctttcttct attgtatggt atggatctct 4080
agttaaggca ctatatagta agtattcctt attaacaccc ttacaaatta aaaaactaaa 4140
ggtacacagc ttttgacaga aattattaat tgcagaaact ctatgtctat gtggagttaa 4200
aaagaatata atattatgcc cagcacacat gtgtctacta ataaaagtta cagaatattt 4260
ttccataagt tttttataca gaatttgagc tttttcttta gtagtataca cagcaaagca 4320
ggcaagggtt ctattactaa atacagcttg actaagaaac tggtgtagat cacaaggaaa 4380
gtctttaggg tcttctacct ttcttttttt cttgggtggt gttgagtgtt gagaatctgc 4440
tgttgcttct tcatcactgg caaacatatc ttcatggcaa aataaatctt catcccattt 4500
ttcattaaag gagctccacc aggactccca ctcttctgtt ccataggttg gcacctataa 4560
aacaaataat tacttagggc ctttaaatat tttattattt atttaaatat aaggtagtta 4620
ccttaaagct ttagatctct gaagggagtt tctccaatta tttggaccca ccattgcaga 4680
gtttcttcag ttaggtctaa gccaaaccac tgtgtgaagc agtcaatgca gtagcaatct 4740
atccaaacca agggctcttt tcttaaaaat tttctattta aatgccttaa tctaagctga 4800
catagcatgc aagggcagtg cacagaaggc tttttggaac aaataggcca ttccttgcag 4860
tacagggtat ctgggcaaag aggaaaatca gcacaaacct ctgagctact ccaggttcca 4920
aaatcaggct gatgagctac ctttacatct tgctccattt ttttatataa agtattcatt 4980
ctcttcattt tatcctcgtc gccccctttg tcagggtgaa attccttaca cttccttaaa 5040
taggcttttc tcattaagga aaggtttccc caggcagctc tttcaaggcc caaaaggtcc 5100
atgagctcca tggattcttc cctgttaagc actttatcca t 5141
<210> 35
<211> 5141
<212> DNA
<213> 人多瘤病毒BK型病毒
<400> 35
ttttgcaaaa attgcaaaag aatagggatt tccccaaata gttttgctag gcctcagaaa 60
aagcctccac acccttacta cttgaaagaa agggtggagg cagaggcggc ctcggcctct 120
tatatattat aaaaaaaaag gccacaggga ggagctgctt acccatggaa tgcagccaaa 180
ccatgacctc aggaaggaaa gtgcatgact gggcagccag ccagtggcag ttaatagtga 240
aaccccgccc ctgaaattct caaataaaca caagaggaag tggaaactgg ccaaaggagt 300
ggaaagcagc cagacagaca tgttttgcgg gcctaggaat cttggccttg tccccagtta 360
aactggacaa aggccatggt tctgcgccag ctgtcacgac aggcttctgt gaaacttggt 420
aaaacctgga ctggaacaaa aaaaagagct cagaggattt ttatttttat tttagagctt 480
ttgctggaat tttgtagagg tgaagacagt gtagacggga aaaacaaaag taccactgct 540
ttacctgctg taaaagactc tgtaaaagac tcctaggtaa gtaatccctt tttttttgta 600
tttccaggtt gatgggtgct gctctagcac ttttggggga cctagttgcc agtgtatctg 660
aggctgctgc tgccacagga ttttcagtgg ctgaaattgc tgctggggag gctgctgctg 720
ctatagaagt tcaaattgca tcccttgcta ctgtagaggg cataacaagt acctcagagg 780
ctatagctgc tataggccta actcctcaaa catatgctgt aattgctggt gctcctgggg 840
ctattgctgg gtttgctgct ttaattcaaa ctgttactgg tattagttcc ttggctcaag 900
tagggtatag gttttttagt gattgggatc acaaagtttc cactgtaggc ctctatcagc 960
aatcaggcat ggctttggaa ttgtttaacc cagatgagta ctatgatata ttgtttcctg 1020
gtgtaaatac ttttgtaaat aatattcaat accttgatcc taggcattgg ggtccttctt 1080
tgtttgctac tatttctcag gctttgtggc atgttattag ggatgatata cctgctataa 1140
cctcacaaga attgcaaaga agaacagaaa gattttttag agactccttg gctagatttt 1200
tggaggaaac tacctggaca attgtaaatg cccctatgaa cttttataat tatattcaag 1260
aatattattc tgatctttcc cctattaggc ccttaatggt tagacaagta gctgaaaggg 1320
aaggtacccg tgtacatttt ggccatgctt atagtataga tgatgctgac agtatagaag 1380
aagttacaca aagaatggac ttaagaaatc aacaaactgt acattcagga gagtttatag 1440
aaaaaactat tgccccagga ggtgctaatc aaagaactgc tcctcaatgg atgttgcctt 1500
tacttctagg cctgtacggg actgtaacac ctgctcttga agcatatgaa gatggcccca 1560
acaaaaagaa aaggagagtg tccaggggca gctcccaaaa agccaaagga acccgtgcaa 1620
gtgccaaaac tactaataaa aggaggagta gaagttctag aagttaaaac tgggctagat 1680
gctataacag aggtagaatg cttcctaaac ccagaaatgg gggatccaga tgaaaacctt 1740
aggggcttta gtctaaagct aagtgctgaa aatgacttta gcagtgatag cccagaaaga 1800
aaaatgcttc cctgttacag cacagcaaga attcccctcc ccaatttaaa tgaggaccta 1860
acctgtggaa atctactgat gtgggaggct gtaacagtac aaacagaggt cattggaata 1920
actagcatgc ttaaccttca tgcagggtca caaaaagtgc atgagcatgg tggaggtaaa 1980
cctattcaag gcagtaattt ccactttttt gctgttggtg gagacccctt ggaaatgcag 2040
ggagtgctaa tgaattacag gacaaagtac ccagaaggta ctataacccc aaaaaaccca 2100
acagcccagt cccaagtaat gaatactgac cataaggcct atttggacaa aaacaatgct 2160
tatccagttg agtgctggat tcctgatccc agtagaaatg aaaatactag gtattttggg 2220
actttcacag gaggggaaaa tgttccccca gtacttcatg tgaccaacac agctaccaca 2280
gtgttgctag atgaacaggg tgtggggcct ctttgtaaag ctgatagcct gtatgtttca 2340
gctgctgata tttgtggcct gtttactaac agctctggaa cacaacagtg gagaggcctt 2400
gcaagatatt ttaagattcg cctgagaaaa agatctgtaa aaaatcctta cccaatttcc 2460
tttttgctaa gtgaccttat aaacaggaga acccagagag tggatgggca gcctatgtat 2520
ggtatggaat cccaggtaga agaggtcagg gtgtttgatg gcacagaaag acttccaggg 2580
gacccagata tgataagata tattgacaaa caaggacaat tgcaaactaa aatggtttaa 2640
acaggtgctt ttattgtaca tatacattta ataaatgctg cttttgtata agccagttct 2700
aagcttgtgt tattttgggg gtggtgtttt aggcctttta aaacactgaa agcctttaca 2760
caaatgcaac tcttgactat gggggtctga cctttgggaa tcttcagcag gggctgaagt 2820
atctgagact tgggaagagc attgtgattg ggattcagtg cttgatccat gtccagagtc 2880
ttcagtttct gaatcttctt ctcttgtgat atcaagaata catttcccca tgcatatatt 2940
atatttcatc cttgaaaaag tatacatact tatctcagaa tccagccttt ccttccattc 3000
aacaattcta gattgtatat ctgttgcaaa atcagctaca ggcctaaacc aaattagcag 3060
tagcaacaag gtcattccac tttgtaaaat tcttttttca agtaagaact ctgagttttg 3120
taaggatttt cttaaatata ttttgggcct aaaatctatc tgtcttacaa atctagcctg 3180
cagggtttta gggacaggat actcattcat tgtaaccagg cctggtggaa atatttgggt 3240
tcttttgttt aaatgtttct tttctaaatt aaccttaaca cttccatcta aataatctct 3300
caaactgtct aaattgttta ttccatgtcc tgaaggcaaa tcctttgatt cagctcctgt 3360
tccttttaca tcttcaaaaa caaccatgta ctgatctata gctacaccta gttcaaaggt 3420
cagcctttcc atgggtaggt ttacatttaa agctttacct ccacacaaat ctaataaccc 3480
tgcagctagt gttgtttttc cactatcaat gggaccttta aataaccagt atcttctttt 3540
aggtacatta aaaacaatac agtgcaaaaa atcaaatata acagaatcca ttttaggtaa 3600
caaacagtgc agccaagcaa cacctgccat atattgttct aatacagcat ttccatgagc 3660
cccaaatatt aaatccattt tatctaatat atgattaaat ctttctgtta gcatttcttc 3720
tctagtcata tgaaggctat ctactctttt tttagctaaa actgtatcta ctgcttgctg 3780
acaaatgctt ttttgatttt tactttctgc aaagatagta gcatttgcac aatgcttttc 3840
atgatactta aagtgataag gttggtcttt tttctgacac tttttacact cctctacatt 3900
gtattgaaat tctaaataca tacctaataa taaaaacaca tcctcacact ttgtttctac 3960
tgcatactca gtaattaatt tccaagagac ctgctttgct tcttcaggct cttctgggtt 4020
aaaatcatgc tcctttaagc ccccttgaat gctttcttct attgtatggt atggatctct 4080
agttaaggca ctatatagta agtattcctt attaacaccc ttacaaatta aaaaactaaa 4140
ggtacacagc ttttgacaga aattattaat tgcagaaact ctatgtctat gtggagttaa 4200
aaagaatata atattatgcc cagcacacat gtgtctacta ataaaagtta cagaatattt 4260
ttccataagt tttttataca gaatttgagc tttttcttta gtagtataca cagcaaagca 4320
ggcaagggtt ctattactaa atacagcttg actaagaaac tggtgtagat cacaaggaaa 4380
gtctttaggg tcttctacct ttcttttttt cttgggtggt gttgagtgtt gagaatctgc 4440
tgttgcttct tcatcactgg caaacatatc ttcatggcaa aataaatctt catcccattt 4500
ttcattaaag gagctccacc aggactccca ctcttctgtt ccataggttg gcacctataa 4560
aacaaataat tacttagggc ctttaaatat tttattattt atttaaatat aaggtagtta 4620
ccttaaagct ttagatctct gaagggagtt tctccaatta tttggaccca ccattgcaga 4680
gtttcttcag ttaggtctaa gccaaaccac tgtgtgaagc agtcaatgca gtagcaatct 4740
atccaaacca agggctcttt tcttaaaaat tttctattta aatgccttaa tctaagctga 4800
catagcatgc aagggcagtg cacagaaggc tttttggaac aaataggcca ttccttgcag 4860
tacagggtat ctgggcaaag aggaaaatca gcacaaacct ctgagctact ccaggttcca 4920
aaatcaggct gatgagctac ctttacatct tgctccattt ttttatataa agtattcatt 4980
ctcttcattt tatcctcgtc gccccctttg tcagggtgaa attccttaca cttccttaaa 5040
taggcttttc tcattaagga aaggtttccc caggcagctc tttcaaggcc caaaaggtcc 5100
atgagctcca tggattcttc cctgttaagc actttatcca t 5141
<210> 36
<211> 5129
<212> DNA
<213> 人多瘤病毒BK型病毒
<400> 36
ttttgcaaaa attgcaaaag aatagggatt tccccaaata tttttgctag gcctcagaaa 60
aagcctccac acccttacta cttgagagaa agggtggagg cagaggcggc ctcggcctct 120
tatatattat aaaaaaaaag gccacaggga ggagctgcta acccatggaa tgtagccaaa 180
ccatgacctc aggaaggaaa gtgcatgact gggcagccag ccagtggcag ttaatagtga 240
aaccccgccc ctaaaattct caaataaaca caagagggag tggaaactgg ccaaaggagt 300
ggaaagcagc cagacagaca tgttttgcga gcctaggaat cttggccttg tccccagtta 360
aactggacaa aggccatggt tctgcgccag ctgtcacgga aagttagtaa aacctggact 420
ggaacaaaaa aaagagctca gaggattttt atttttattt tagagctttt gctggaattt 480
tgtagaggtg aagacagtgt agacgggaaa aacaaaagta ccactgcttt acctgctgta 540
aaagactctg taaaagactc ctaggtaagt aatccctttt tttttgtatt tccaggttga 600
tgggtgctgc tctagcactt ttgggggacc tagttgccag tgtatctgag gctgctgctg 660
ccacaggatt ttcagtggct gaaattgctg ctggggaggc tgctgctgct atagaagttc 720
aaattgcatc ccttgctact gtagagggca taacaagtac ctcagaggct atagctgcta 780
taggcctaac tcctcaaaca tatgctgtaa ttgctggtgc tcctggggct attgctgggt 840
ttgctgcttt aattcaaact gttactggta ttagttcctt ggctcaagta gggtataggt 900
tttttagtga ttgggatcac aaagtttcca ctgtaggcct ctatcagcaa tcaggcatgg 960
ctttggaatt gtttaaccca gatgagtact acgatatttt gtttcctggt gtaaatactt 1020
ttgtaaataa tattcaatac cttgatccta ggcattgggg tccttccttg tttgctacta 1080
tttcccaggc tttgtggcat gttattaggg atgatatacc tgctataacc tcacaggaat 1140
tgcaaagaag aacagaaaga ttttttagag actccttggc tagatttttg gaggaaacta 1200
cctggacaat tgtaaatgcc cctatgaact tttataatta tattcaagaa tattattctg 1260
atctttcccc tattaggccc tcaatggtca gacaagtggc tgaaagggaa ggtacccgtg 1320
tacattttgg ccatacttat agtatagatg atgctgacag tatagaagaa gttacacaaa 1380
gaatggactt aagaaatcaa caaactgtac attcaggaga gtttatagaa aaaactattg 1440
ccccaggagg tgctaatcaa agaactgctc ctcaatggat gttgccttta cttctaggcc 1500
tgtacgggac tgtaacacct gctcttgaag catatgaaga tggccccaac caaaagaaaa 1560
ggagagtgtc caggggcagc tcccaaaaag ccaaaggaac ccgtgcaagt gccaaaacta 1620
ctaataaaag gaggagtaga agttctagaa gttaaaactg gggtagatgc tataacagag 1680
gtagaatgct tcctaaaccc agaaatgggg gatccagatg aaaaccttag gggctttagt 1740
ctaaagctaa gtgctcaaaa tgactttagc agtgatagcc cagaaagaaa aatgcttccc 1800
tgttacagca cagcaagaat tcccctcccc aatttaaatg aggacctaac ctgtggaaat 1860
ctactgatgt gggaggctgt aactgtacaa acagaggtca ttggaataac tagcatgctt 1920
aaccttcatg cagggtcaca aaaagtgcat gagcatggtg gaggtaaacc tattcaaggc 1980
agtaatttcc acttctttgc tgttggtgga gatcccttgg aaatgcaggg agtgctaatg 2040
aattacagga ccaagtaccc agaaggtact ataaccccaa aaaacccaac agcccagtcc 2100
caggtaatga atactgacca taaggcctat ttggacaaaa acaatgccta tccagttgag 2160
tgctgggttc ctgatcccag tagaaatgaa aatactaggt attttgggac tttcacagga 2220
ggggaaaatg ttcccccagt acttcatgtg accaacacag ctaccacagt gttgctagat 2280
gaacagggtg tggggcctct ttgtaaagct gatagcctgt atgtttcagc tgctgatatt 2340
tgtggcctgt ttactaacag ctctggaaca caacagtgga gaggccttgc aagatatttt 2400
aagatccgcc tgagaaaaag atctgtaaaa aatccttacc caatttcctt tttgctaagt 2460
gaccttataa acaggagaac ccagagagtg gatgggcagc ctatgtatgg tatggaatcc 2520
caggtagaag aggtcagggt gtttgatggc acagaaagac ttccagggga cccagatatg 2580
ataagatata ttgataaaca aggacaattg caaaccaaaa tgctttaaac aggtgctttt 2640
attgtacata tacatttaat aaatgctgct tttgtataag ccacttttaa gcttgtgtta 2700
ttttgggggt ggtgttttag gccttttaaa acattgaaag cctttacaca aatgcaactc 2760
ttcactatgg gggtctgacc tttgggaatc ttcagcaggg gctgaagtat ctgagacttg 2820
ggaagagcat tgtgattggg attcagtgct tgatccatgt ccagagtctt cagtttctga 2880
atcttcttct cttgtgatat caagaataca tttccccatg catatattat atttcatcct 2940
tgaaaaagta tacatactta tctcagaatc cagcctttcc ttccattcaa caattctaga 3000
ttgtatatct gttgcaaaat cagctacagg cctaaaccaa attagcagta gcaacaaggt 3060
cattccactt tgtaaaattc ttttttcaag taagaactct gagttttgta aggattttct 3120
taaatatatt ttgggtctaa aatctatctg tcttacaaat ctagcctgca gggttttagg 3180
aacaggatac tcattcattg taaccaggcc tggtggaaat atttgggttc ttttgtttaa 3240
atgtttcttt tctaaattaa ccttaacact tccatctaaa taatctctca aactgtctaa 3300
attgtttatt ccatgtcctg aaggcaaatc ctttgattca gcccctgttc cttttacatc 3360
ttcaaaaaca accatgtact gatctatagc tacacctagt tcaaaggtta gcctttccat 3420
gggtaggttt acatttaagg ctttacctcc acacaaatct agtaaccctg cagctagtgt 3480
tgtttttcca ctatcaatgg gacctttaaa taaccagtat cttcttttag gtacattaaa 3540
aacaatacag tgcaaaaaat caaatataac agaatccatt ttaggtagca aacagtgcag 3600
ccaggcaaca cctgccatat attgttccag tacagcattt ccatgagctc caaatattaa 3660
atccatttta tctaatatat gattaaatct ttctgttagc atttcttctc tggtcatatg 3720
aagggtatct actctttttt tagctaaaac tgtatctact gcttgctgac aaatactttt 3780
ttgattttta ctttctgcaa aaatagtagc atttgcaaaa tgcttttcat gatacttaaa 3840
gtgataaggt tggtcttttt tctgacactt tttacactct tctacattgt attgaaattc 3900
taaatacata cccaataata aaaacacatc ctcacacttt gtctctactg catactcagt 3960
aattaatttc caagacacct gctttgtttc ttcaggctct tctgggttaa aatcatgctc 4020
ctttaagccc ccttgaatgc tttcttctat tgtatggtat ggatctctag ttaaggcact 4080
atatagtaag tattccttat taacaccctt acaaattaaa aaactaaagg tacacagctt 4140
ttgacagaaa ttattaattg cagaaactct atgtctatgt ggagttaaaa agaatataat 4200
attatgccca gcacacatgt gtctactaat aaaagttaca gaatattttt ccataagttt 4260
tttatacaga atttgagctt tttctttagt agtatacaca gcaaagcagg caagggttct 4320
attactaaat acagcttgac taagaaactg gtgtagatca gaaggaaagt ctttagggtc 4380
ttctaccttt ctctttttct tgggtggtgt ggagtgttga gaatctgctg ttgcttcttc 4440
atcactggca aacatatctt catggcaaaa taaatcttca tcccattttt cattaaagga 4500
gctccaccag gactcccact cttctgttcc ataggttggc acctataaaa aaaataatta 4560
cttagggcct ttaaatattt tcttatttat ctaaatataa gttagttacc ttaaagcttt 4620
agatctctga agggagtttc tccaattatt tggacccacc attgcagagt ttcttcagtt 4680
aggtctaagc caaaccactg tgtgaagcag tcaatgcagt agcaatctat ccaaaccaag 4740
ggctcttttc ttaaaaattt tctatttaaa tgccttaatc taagctgaca tagcatgcaa 4800
gggcagtgca cagaaggctt tttggaacaa ataggccaat ccttgcagta cagggtatct 4860
gggcaaagag gaaaatcagc acaaacctct gagctactcc aggttccaaa atcaggctga 4920
tgagctacct ttacatcctg ctccattttt ttatataaag tattcattct cttcatttta 4980
tcctcgtcgc cccctttgtc agggtgaaat tccttacact tccttaaata ggcttttctc 5040
attaagggaa ggtttcccca ggcagctctt ccaaggccta aaaggtccat gagctccatg 5100
gattcttccc tgttaagcac tttatccat 5129
<210> 37
<211> 5132
<212> DNA
<213> 人多瘤病毒BK型病毒
<400> 37
ttttgcaaaa attgcaaaag aatagggatt tccccaaata tttttgctag gcctcagaaa 60
aagcctccac acccttacta cttgagagaa agggtggagg cagaggcggc ctcggcctct 120
tatatattat aaaaaaaaag gccacaggga ggagctgcta acccatggaa tgtagccaaa 180
caggaaggaa agtgcatgac tgggcagcca gccagtggca gttaatagtg aaaccccgcc 240
cctaaaattc tcaaataaac acaagaggga gtggaaactg gccaaaggag tggaaagcag 300
ccagacagac atgttttgcg agcctaggaa tcttggcctt gtccccagtt aaactggaca 360
aaggccatgg ttctgcgcca gctgtcacga caagcttctg tgaaagttag taaaacctgg 420
actggaacaa aaaaaagagc tcagaggatt tttattttta ttttagagct tttgctggaa 480
ttttgtagag gtgaagacag tgtagacggg aaaaacaaaa gtaccactgc tttacctgct 540
gtaaaagact ctgtaaaaga ctcctaggta agtaatccct ttttttttgt atttccaggt 600
tgatgggtgc tgctctagca cttttggggg acctagttgc cagtgtatct gaggctgctg 660
ctgccacagg attttcggtg gctgaaattg ctgctgggga ggctgctgct gctatagaag 720
ttcaaattgc atcccttgct actgtagagg gcataacaag tacctcagag gctatagctg 780
ctataggcct aactcctcaa acatatgctg taattgctgg tgctcctggg gctattgctg 840
ggtttgctgc tttaattcaa actgttactg gtattagttc cttggctcaa gtagggtaca 900
ggttttttag tgattgggat cacaaagttt ccactgtagg cctctatcag caatcaggca 960
tggctttgga attgtttaac ccagatgagt actatgatat tttgtttcct ggtgtaaata 1020
cttttgtaaa taatattcaa taccttgatc ctaggcattg gggtccttcc ttgtttgcta 1080
ctatttccca ggctttgtgg catgttatta gggatgatat acctgctata acctcacagg 1140
aattgcaaag aagaacagaa agatttttta gagactcctt ggctagattt ttggaggaaa 1200
ctacctggac aattgtaaat gcccctatga acttttataa ttatattcaa gaatattatt 1260
ctgatctttc ccctattagg ccctcaatgg tcagacaagt ggctgaaagg gaaggtaccc 1320
gtgtacattt tggccatact tatagtatag atgatgctga cagtatagaa gaagttacac 1380
aaagaatgga cttaagaaat caacaaactg tacattcagg agagtttata gaaaaaacta 1440
ttgccccagg aggtgctaat caaagaactg ctcctcaatg gatgttgcct ttacttctag 1500
gcctgtacgg gactgtaaca cctgctcttg aagcatatga agatggcccc aaccaaaaga 1560
aaaggagagt gtccaggggc agctcccaaa aagccaaagg aacccgtgca agtgccaaaa 1620
ctactaataa aaggaggagt agaagttcta gaagttaaaa ctggggtaga tgctataaca 1680
gaggtagaat gcttcctaaa cccagaaatg ggggatccag atgaaaacct taggggcttt 1740
agtctaaagc taagtgctca aaatgacttt agcagtgata gcccagaaag aaaaatgctt 1800
ccctgttaca gcacagcaag aattcccctc cccaatttaa atgaggacct aacctgtgga 1860
aatctactga tgtgggaggc tgtaactgta caaacagagg tcattggaat aactagcatg 1920
cttaaccttc atgcagggtc acaaaaagtg catgagcatg gtggaggtaa acctattcaa 1980
ggcagtaatt tccacttctt tgctgttggt ggagacccct tggaaatgca gggagtgcta 2040
atgaattact ggaccaagta cccagaaggt actataaccc caaaaaaccc aacagcccag 2100
tcccaggtaa tgaatactga ccataaggcc tatttggaca aaaacaatgc ctatccagtt 2160
gagtgctggg ttcctgatcc cagtagaaat gaaaatacta ggtattttgg gactttcaca 2220
ggaggggaaa atgttccccc agtacttcat gtgaccaaca cagctaccac agtgttgcta 2280
gatgaacagg gtgtggggcc tctttgtaaa gctgatagcc tgtatgtttc agctgctgat 2340
atttgtggcc tgtttactaa cagctctgga acacaacagt ggagaggcct tgcaagatat 2400
tttaagatcc gcctgagaaa aagatctgta aaaaatcctt acccaatttc ctttttgcta 2460
agtgacctta taaacaggag aacccagaga gtggatgggc agcctatgta tggtatggaa 2520
tcccaggtag aagaggtcag ggtgtttgat ggcacagaaa gacttccagg ggacccagat 2580
atgataagat atattgataa acaaggacaa ttgcaaacca aaatgcttta aacaggtgct 2640
tttattgtac atatacattt aataaatgct gcttttgtat aagccacttt taagcttgtg 2700
ttattttggg ggtggtgttt taggcctttt aaaacattga aagcctttac acaaatgcaa 2760
ctcttcacta tgggggtctg acctttggga atcttcagca ggggctgaag tatctgagac 2820
ttgggaagag cattgtgatt gggattcagt gcttgatcca tgtccagagt cttcagtttc 2880
tgaatcttct tctcttgtga tatcaagaat acatttcccc atgcatatat tatatttcat 2940
ccttgaaaaa gtatacatac ttatctcaga atccagcctt tccttccatt caacaattct 3000
agattgtata tctgttgcaa aatcagctac aggcctaaac caaattagca gtagcaacaa 3060
ggtcattcca ctttgtaaaa ttcttttttc aagtaagaac tctgagtttt gtaaggattt 3120
tcttaaatat attttgggtc taaaatctat ctgtcttaca aatctagcct gcagggtttt 3180
aggaacagga tactcattca ttgtaaccag gcctggtgga aatatttggg ttcttttgtt 3240
taaatgtttc ttttctaaat taaccttaac acttccatct aaataatctc tcaaactgtc 3300
taaattgttt attccatgtc ctgaaggcaa atcctttgat tcagcccctg ttccttttac 3360
atcttcaaaa acaaccatgt actgatctat agctacacct agttcaaagg ttagcctttc 3420
catgggtagg tttacattta aggctttacc tccacacaaa tctagtaacc ctgcagctag 3480
tgttgttttt ccactatcaa tgggaccttt aaataaccag tatcttcttt taggtacatt 3540
aaaaacaata cagtgcaaaa aatcaaatat aacagaatcc attttaggta gcaaacagtg 3600
cagccaggca acacctgcca tatattgttc cagtacagca tttccatgag ctccaaatat 3660
taaatccatt ttatctaata tatgattaaa tctttctgtt agcatttctt ctctggtcat 3720
atgaagggta tctactcttt ttttagctaa aactgtatct actgcttgct gacaaatact 3780
tttttgattt ttactttctg caaaaatagt agcatttgca aaatgctttt catgatactt 3840
aaagtgataa ggttggtctt ttttctgaca ctttttacac tcttctacat tgtattgaaa 3900
ttctaaatac atacccaata ataaaaacac atcctcacac tttgtctcta ctgcatactc 3960
agtaattaat ttccaagaca cctgctttgt ttcttcaggc tcttctgggt taaaatcatg 4020
ctcctttaag cccccttgaa tgctttcttc tattgtatgg tatggatctc tagttaaggc 4080
actatatagt aagtattcct tattaacacc cttacaaatt aaaaaactaa aggtacacag 4140
cttttgacag aaattattaa ttgcagaaac tctatgtcta tgtggagtta aaaagaatat 4200
aatattatgc ccagcacaca tgtgtctact aataaaagtt acagaatatt tttccataag 4260
ttttttatac agaatttgag ctttttcttt agtagtatac acagcaaagc aggcaagggt 4320
tctattacta aatacagctt gactaagaaa ctggtgtaga tcagaaggaa agtctttagg 4380
gtcttctacc tttctctttt tcttgggtgg tgtggagtgt tgagaatctg ctgttgcttc 4440
ttcatcactg gcaaacatat cttcatggca aaataaatct tcatcccatt tttcattaaa 4500
ggagctccac caggactccc actcttctgt tccataggtt ggcacctata aaaaaaataa 4560
ttacttaggg cctttaaata ttttcttatt tatctaaata taagttagtt accttaaagc 4620
tttagatctc tgaagggagt ttctccaatt atttggaccc accattgcag agtttcttca 4680
gttaggtcta agccaaacca ctgtgtgaag cagtcaatgc agtagcaatc tatccaaacc 4740
aagggctctt ttcttaaaaa ttttctattt aaatgcctta atctaagctg acatagcatg 4800
caagggcagt gcacagaagg ctttttggaa caaataggcc aatccttgca gtacagggta 4860
tctgggcaaa gaggaaaatc agcacaaacc tctgagctac tccaggttcc aaaatcaggc 4920
tgatgagcta cctttacatc ctgctccatt tttttatata aagtattcat tctcttcatt 4980
ttatcctcgt cgcccccttt gtcagggtga aattccttac acttccttaa ataggctttt 5040
ctcattaagg gaaggtttcc ccaggcagct ctttcaaggc ctaaaaggtc catgagctcc 5100
atggattctt ccctgttaag cactttatcc at 5132
<210> 38
<211> 5098
<212> DNA
<213> 人多瘤病毒BK型病毒
<400> 38
ttttgcaaaa aattgcaaaa gaatagggat ttccccaaat agttttgcta ggcctcagaa 60
aaagcctcca cacccttact acttcagaga aagggtggag gcagaggcgg cctcggcctc 120
ttatatatta taaaaaaaaa ggccacaggg aggagctgct tacccatgga atgcagccaa 180
accatgacct caagaagcaa gtgcatgact gggcagccag ccagtggcag ttaatagtga 240
aaccccgccc ctaacattct caaataaaca caagaggaag tggaaactgt ccaaaggagt 300
ggaaagcagc cagacagaca tgttttgcga gcctaagaat cttgtggttt tgcgccagct 360
gtcacgacaa gcttcagtga aagttggtaa aacctggact ggaactaaaa aaagagctca 420
gaggattttt atttttattt tagagctttt gctggaattt tgtagaggtg aagacagtgt 480
agacgggaaa aacaaaagta ccactgcttt acctgctgta aaagactctg taaaagactc 540
ctaggtaagt aatgcttttt ttttgtattt tcaggttgat gggtgctgct ctagcacttt 600
tgggggacct agttgccagt gtatctgagg ctgctgctgc cacaggattt tcagtggctg 660
aaattgctgc tggggaggct gctgctgcca tagaagttca aattgcatcc cttgctactg 720
tagagggcat aacaactacc tcagaggcta tagctgctat aggcctaaca cctcaaacat 780
atgctgtaat tgctggtgct ccaggggcta ttgctgggtt tgctgcttta attcaaactg 840
ttactggtat tagttctttg gctcaagtag ggtataggtt ttttagtgat tgggatcaca 900
aagtttccac tgtaggcctt tatcagcaat caggcatggc tttggaattg tttaacccag 960
atgagtacta tgatattttg tttcctggtg taaatacttt tgttaataat attcaatatc 1020
tagatcctag gcattggggt ccttctttgt ttgctactat ttcccaggct ttgtggcatg 1080
ttattagaga tgatatacct gctataactt cacaagaatt gcaaaggaga acagagagat 1140
tttttaggga ctctttggct agatttttgg aagaaaccac ctggacaatt gtaaatgccc 1200
ccataaactt ttataattat attcaggatt attattctaa tttgtcccct attaggcctt 1260
caatggttag gcaagtagct gaaagggaag gtacccatgt aaattttggc catacctaca 1320
gcatagataa tgctgacagt atagaagaag ttacccaaag aatggattta agaaataagg 1380
aaagtgtaca ttcaggagag tttatagaaa aaactattgc cccaggaggt gctaatcaaa 1440
gaactgctcc tcaatggatg ttgcctttgc ttctaggcct gtacgggact gtaacacctg 1500
ctcttgaagc atatgaagat ggccccaacc aaaagaaaag gagagtgtcc aggggcagct 1560
cccaaaaagc caaaggaacc cgtgcaagtg ccaaaactac taataaaagg aggagtagaa 1620
gttctagaag ttaaaactgg ggtagatgct ataacagagg tagaatgctt tctaaaccca 1680
gaaatggggg atccagatga taaccttagg ggctatagtc agcacctaag tgctgaaaat 1740
gcctttgaga gtgatagccc agacagaaaa atgcttcctt gttacagtac agcaagaatt 1800
ccactgccca acctaaatga ggacctaacc tgtggaaatc tactaatgtg ggaggctgta 1860
actgtaaaaa cagaggttat tggaataact agcatgctta accttcatgc agggtcccaa 1920
aaagttcatg agaatggtgg aggtaaacct gtccaaggca gtaatttcca cttttttgct 1980
gtgggtggag accccttgga aatgcaggga gtgctaatga attacagaac aaagtaccca 2040
caaggtacta taacccctaa aaaccctaca gctcagtccc aggtaatgaa tactgatcat 2100
aaggcctatt tggacaaaaa caatgcttat ccagttgagt gctggattcc tgatcctagt 2160
agaaatgaaa atactaggta ttttggaact tacacaggag gggaaaatgt tcctccagta 2220
cttcatgtta ccaacacagc taccacagtg ttgctggatg aacagggtgt ggggcctctg 2280
tgtaaagctg atagcctgta tgtttcagct gctgatattt gtgggctgtt tactaacagc 2340
tctgggacac aacagtggag aggccttgca agatatttta agattcgcct gagaaaaaga 2400
tctgtgaaga atccttaccc aatttccttt ttgctaagtg accttataaa caggagaacc 2460
caaaaagtgg atgggcagcc tatgtatggt atggaatctc aggttgagga ggtaagggtg 2520
tttgatggca cagaacagct tccaggggac ccagatatga taagatatat tgacagacaa 2580
ggacaattgc aaacaaaaat ggtttaaaca ggtgctttat tgtacatata tatgcttaat 2640
aaatgctgct tttgtataac acagttgaag cttctgttat tttgggggtg gtgttttagg 2700
ccttttaaaa cactgaaagc ctttacacaa atgtaactct tggctgtgag ggttttctga 2760
atcaggggct gaagtatctg agacttggga agagcattgt gattgggatt cagtgcttga 2820
tccatgtcca gagtcttcag tttctgaatc ttcttctctt gtaatatcaa gaatacattt 2880
tcccatgcat atattatatt tcatccttga aaaagtatac atacttatct cagaatccag 2940
cctttccttc cattcaacaa ttctagactg tatatctttt gaaaaatcag ctacaggcct 3000
aaaccaaatt agtagtagca aaagggtcat tccactttgt aatattcttt tttcaagtaa 3060
aaactcagag ttttgcaggg actttcttaa atatattttg ggtctaaaat ctatctgtct 3120
tacaaatcta gcctgaagag ttttagggac aggatactca ttcattgtaa ctaaccctgg 3180
tggaaatatt tgtgttcttt tgtttaaatg tttcttttct aaattaacct taacacttcc 3240
atctagataa tccctcaaac tgtctaaatt gtttattcca tgtcctgaag gcaaatcctt 3300
tgattcagct cctgtccctt ttacatcttc aaaaacaacc atgtactgat caatagccac 3360
acccagttca aaagttagcc tttccatggg taaatttaca tttaaagctt tacctccaca 3420
taagtctaat aaccctgcag ctaaggttgt tttgccacta tcaattggac ctttaaataa 3480
ccagtatctt cttttaggta cattaaaaac aacacagtga agaaaatcaa aaataacaga 3540
atccatttta ggtagcaaac aatgtagcca agcaacccct gccatatatt gttctagtac 3600
agcatttcca tgagctccaa atattaaatc cattttatct aatatatgat taaatctttc 3660
tgttagcatt tcttccctgg tcatatgaag ggtatctact ctttttttag ctaatactgt 3720
atctactgct tgctgacaaa tacttttttg atttttactt tctgcaaaaa taatagcatt 3780
tgcaaaatgc ttttcatgat acttaaagtg gtaaggttga tctttttttt gacacttttt 3840
acactcctct acattgtatt gaaattctaa atacataccc aataataaaa acacatcctc 3900
acactttgtt tctactgcat attcagtaat taatttccaa gacacctgct ttgtttcttc 3960
aggctcctct gggttaaagt catgctcctt taagccccct tgaatgcttt cctctattat 4020
atggtatgga tccctagtta aggcactgta tagtaagtat tccttattaa cacccttaca 4080
aattaaaaaa ctaaaagtac acagcttttg acagaaatta ttaattgcag aaactctatg 4140
tctatgtgga gttaaaaaga atataatatt atgaccagca cacatgtgtc tactgataaa 4200
agttacagaa tatttttcca taagtttttt atacagaatt tgagcttttt ctttagtggt 4260
atacacagca aaacaggcaa gtgttctatt actaaataca gcttgactaa gaaactggtg 4320
tagatcagag ggaaagtctt tagggtcttc tacctttctt ttttttttgg gtggtgttga 4380
gtgttgggaa tctgctgttg cttcttcatc actggcaaac atatcctcat ggcagaataa 4440
atcttcatcc catttttcat taaaggagct ccaccaggac tcccactctt ctgttccata 4500
ggttggcacc tataaaaaaa aaataattac ttagggtctt cttttaattt actacttttc 4560
taaatataaa ttagttacct taaagcttta gatctctgaa gggagtttct ccaattattt 4620
ggacccacca ttgcagggtt tcttcagtga ggtctaagcc aaaccactgt gtgaagcaat 4680
caatgcagta gcaatctatc caaaccaatg gctcttttct taaaaatttt ctatttaaat 4740
gccttaatct tagctgacat agcatgcaag ggcaatgcac tgaaggcttt ttggaacaaa 4800
taggccattc cttgcagtac aaagtatctg ggcaaagagg aaaatcagca caaacctctg 4860
agctattcca ggttccaaaa tcaggctgat gagctacctt tacatcctgc tccatttttt 4920
tatataaagt attcattctc ttcattttat cctcgtcgcc ccctttgtca gggtgaaatt 4980
ccttacactt ttttaaatag gcttttctca ttaagggaag gtttccccag gcagctcttt 5040
caaggcctaa aaggtccatg agctccatgg attcttccct gtttaagact ttatccat 5098
<210> 39
<211> 5153
<212> DNA
<213> 人多瘤病毒BK型病毒
<400> 39
ttttgcaaaa attgcaaaag aatagggatt tccccaaata gttttgctag gcctcagaaa 60
aagcctccac acccttacta cttgagagaa agggtggagg cagaggcggc ctcggcctct 120
tatatattat aaaaaaaaag gccacaggga ggagctgctt acccatggaa tgcagccaaa 180
ccatgacctc aggaaggaaa gtgcatgact cacaggggaa tgcagccaaa ccatgacctc 240
aggaaggaaa gtgcatgact cacagggagg agctgcttac ccatggaatg cagccaaacc 300
atgacctcag gaaggaaagt gcatgacaga catgttttgc gagcctagga atcttggcct 360
tgtccccagt taaactggac aaaggccatg gttctgcgcc agctgtcacg acaagcttca 420
gtgaaagttg gtaaaacctg gactggaaca aaaaaaagag ctcagaggat ttttattttt 480
attttagagc ttttgctgga attttgtaga ggtgaagaca gtgtagacgg gaaaaacaaa 540
agtaccactg ctttacctgc tgtaaaagac tctgtaaaag actcctaggt aagtaatccc 600
tttttttttg tatttccagg ttcatgggtg ctgctctagc acttttgggg gacctagttg 660
ccagtgtatc tgaggctgct gctgccacag gattttcagt ggctgaaatt gctgctgggg 720
aggctgctgc tgctatagaa gttcaaattg catcccttgc tactgtagag ggcataacaa 780
gtacctcaga ggctatagct gctataggcc taactcctca aacatatgct gtaattgctg 840
gtgctcctgg ggctattgct gggtttgctg ctttaattca aactgttagt ggtattagtt 900
ccttagctca agtagggtat aagttctttg atgattggga tcacaaagtt tccactgtag 960
gcctctatca gcaatcaggc atggctttgg aattgtttaa cccagatgag tactatgata 1020
ttctgtttcc tggtgtaaat acttttgtta ataatattca ataccttgat cctaggcatt 1080
ggggtccttc tttgtttgct actatttccc aggctttgtg gcatgttatt agggatgata 1140
taccttctat aacctcacag gaattgcaga gaagaacaga aagatttttt agagactcct 1200
tggctagatt tttggaggaa actacctgga caattgtaaa tgcccctata aacttttata 1260
attatattca acaatattat tctgatcttt cccctattag gccctcaatg gttagacaag 1320
tagctgaaag ggaaggtacc cgtgtacatt ttggccatac ttatagtata gatgatgctg 1380
acagtataga agaagttaca caaagaatgg acttaagaaa tcaacaaagt gtacattcag 1440
gagagtttat agaaaaaact attgccccag gaggtgctaa tcaaagaact gctcctcaat 1500
ggatgttgcc tttacttcta ggcctgtacg ggactgtaac acctgctctt gaagcatatg 1560
aagatggccc caaccaaaag aaaaggagag tgtccagggg cagctcccaa aaagccaaag 1620
gaacccgtgc aagtgccaaa actactaata aaaggaggag tagaagttct agaagttaaa 1680
actggggtag atgctattac agaggtagaa tgcttcctaa acccagaaat gggggatcca 1740
gatgaaaacc ttaggggctt tagtctaaag ctaagtgctg aaaatgactt tagcagtgat 1800
agcccagaga gaaaaatgct tccctgttac agcacagcaa gaattcccct ccccaattta 1860
aatgaggacc taacctgtgg aaatctactg atgtgggagg ctgtaactgt acaaacagag 1920
gttattggaa taactagcat gcttaacctt catgcagggt cacaaaaagt gcatgagcat 1980
ggtggaggaa aacctattca aggcagtaat ttccacttct ttgctgtagg tggagaaccc 2040
ttggaaatgc agggagtgct aatgaattac aggtcaaagt accctgatgg tactataacc 2100
cctaaaaacc caacagccca gtcccaggta atgaatactg accataaggc ctatttggac 2160
aaaaacaatg cttatccagt tgagtgctgg gtacctgatc ccagtagaaa tgaaaatgct 2220
aggtattttg ggactttcac aggaggggaa aatgttcccc cagtacttca tgtgaccaac 2280
acagctacca cagtgttgct agatgaacag ggtgtggggc ctctttgtaa agctgatagc 2340
ctgtatgttt cagctgctga tatttgtggc ctgtttacta acagctctgg aacacaacag 2400
tggagaggcc ttgcaagata ttttaagatc cgcctgagaa aaagatctgt aaagaatcct 2460
tacccaattt cctttttgct aagtgacctt ataaacagga gaacccagag agtggatggg 2520
cagcctatgt atggtatgga atcccaggta gaagaggtta gggtgtttga tggcacagaa 2580
agacttccag gggacccaga tatgataaga tatattgaca aacagggaca attgcaaacc 2640
aaaatgcttt aaacaggtgc ttttattgta catatacatt taataaatgc tgcttttgta 2700
taagccactt ttaagcttgt gttattttgg gggtggtgtt ttaggccttt taaaacactg 2760
aaagccttta cacaaatgca actcttgact atgggggtct gacctttggg aatcttcagc 2820
aggggctgaa gtatctgaga cttgggaaga gcattgtgat tgggattcag tgcttgatcc 2880
atgtccagag tcttcagttt ctgaatcctc ttctcttgta atatcaagaa tacatttccc 2940
catgcatata ttatatttca tccttgaaaa agtatacata cttatctcag aatccagcct 3000
ttccttccat tcaacaattc tagattgtat atcagttgca aaatcagcta caggcctaaa 3060
ccaaattagc agtagcaaca aggtcattcc actttgtaaa attctttttt caagtaagaa 3120
ctctgagttt tgtaaggatt ttcttaaata tattttgggc ctaaaatcta tttgtcttac 3180
aaatctagct tgcagggttt tagggacagg atactcattc attgtaacca agcctggtgg 3240
aaatatttgg gttcttttgt ttaaatgttt cttttctaaa tttaccttaa cacttccatc 3300
taaataatct ctcaaactgt ctaaattgtt tattccatgt cctgaaggca aatcctttga 3360
ttcagctcct gtccctttta catcttcaaa aacaaccatg tactgatcta tagctacacc 3420
tagctcaaag gttagccttt ccatgggtag gtttacattt aaggctttac caccacacaa 3480
atctaataac cctgcagcta gtgttgtttt tccactatca atgggacctt taaataacca 3540
gtatcttctt ttaggtacat tgaaaacaat acagtgcaaa aaatcaaata ttacagaatc 3600
cattttaggt agcaaacagt gcagccaagc aacacctgcc atatattgtt ctagtacagc 3660
atttccatga gctccaaata ttaaatccat tttatctaat atatgattga atctttctgt 3720
tagcatttct tccctggtca tatgaagggt atctactctt tttttagcta aaactgtatc 3780
tactgcttgc tgacaaatac ttttttgatt tttactttct gcaaaaataa tagcatttgc 3840
aaagtgcttt tcatgatact taaagtgata aggctggtct tttttctgac actttttaca 3900
ctcctctaca ttgtattgaa attctaaata catacctaat aataaaaaca catcctcaca 3960
ctttgtctct actgcatact cagtaattaa tttccaagac acctgctttg tttcttcagg 4020
ctcttctggg ctaaaatcat gctcctttaa gcccccttga atgctttctt ctatagtatg 4080
gtatggatct ctagttaagg cactatatag taagtattcc ttattaacac ccttacaaat 4140
taaaaaacta aaggtacaca gcttttgaca gaaattatta attgcagaaa ctctatgtct 4200
atgtggagtt aaaaagaata taatattatg cccagcacac atgtgtctac taataaaagt 4260
tacagaatat ttttccataa gttttttata cagaatttga gctttttctt tagtagtata 4320
cacagcaaag caggcaaggg ttctattact aaatacagct tgactaagaa actggtgtag 4380
atcagaggga aagtctttag ggtcttctac ctttcttttt tttttgggtg gtgttgagtg 4440
ttgagaatct gctgttgctt cttcatcact ggcaaacata tcttcatggc aaaataaatc 4500
ttcatcccat ttttcattaa aggaactcca ccaggactcc cactcttctg ttccataggt 4560
tggcacctat aaaaaaaata attacttagg gccttttaat attttattat ttatctaaat 4620
ataagttagt taccttaaag ctttagatct ctgaagggag tttctccaat tatttggacc 4680
caccattgca gagtttcttc agttaggtct aagccaaacc actgtgtgaa gcagtcaatg 4740
cagtagcaat ctatccaaac caagggctct tttcttaaaa attttctatt taaatgcctt 4800
aatctaagct gacatagcat gcaagggcag tgcacagaag gctttttgga acaaataggc 4860
cattccttgc agtacagggt atctgggcaa agaggaaaat cagcacaaac ctctgagcta 4920
ctccaggttc caaaatcagg ctgatgagct acctttacat cctgctccat ttttttatac 4980
aaagtattca ttctcttcat tttatcctcg tcgccccctt tgtcagggtg aaattcctta 5040
cacttcctta aataagcttt tctcattaag ggaagatttc cccaggcagc tctttcaagg 5100
cctaaaaggt ccatgagctc catggattct tccctgttaa gaactttatc cat 5153
<210> 40
<211> 5153
<212> DNA
<213> 人多瘤病毒BK型病毒
<400> 40
ttttgcaaaa attgcaaaag aatagggatt tccccaaata gttttgctag gcctcagaaa 60
aagcctccac acccttacta cttgagagaa agggtggagg cagaggcggc ctcggcctct 120
tatatattat aaaaaaaaag gccacaggga ggagctgctt acccatggaa tgcagccaaa 180
ccatgacctc aggaaggaaa gtgcatgact cacaggggaa tgcagccaaa ccatgacctc 240
aggaaggaaa gtgcatgact cacagggagg agctgcttac ccatggaatg cagccaaacc 300
atgacctcag gaaggaaagt gcatgacaga catgttttgc gagcctagga atcttggcct 360
tgtccccagt taaactggac aaaggccatg gttctgcgcc agctgtcacg acaagcttca 420
gtgaaagttg gtaaaacctg gactggaaca aaaaaaagag ctcagaggat ttttattttt 480
attttagagc ttttgctgga attttgtaga ggtgaagaca gtgtagacgg gaaaaacaaa 540
agtaccactg ctttacctgc tgtaaaagac tctgtaaaag actcctaggt aagtaatccc 600
tttttttttg tatttccagg ttcatgggtg ctgctctagc acttttgggg gacctagttg 660
ccagtgtatc tgaggctgct gctgccacag gattttcagt ggctgaaatt gctgctgggg 720
aggctgctgc tgctatagaa gttcaaattg catcccttgc tactgtagag ggcataacaa 780
gtacctcaga ggctatagct gctataggcc taactcctca aacatatgct gtaattgctg 840
gtgctcctgg ggctattgct gggtttgctg ctttaattca aactgttagt ggtattagtt 900
ccttagctca agtagggtat aagttctttg atgattggga tcacaaagtt tccactgtag 960
gcctctatca gcaatcaggc atggctttgg aattgtttaa cccagatgag tactatgata 1020
ttctgtttcc tggtgtaaat acttttgtta ataatattca ataccttgat cctaggcatt 1080
ggggtccttc tttgtttgct actatttccc aggctttgtg gcatgttatt agggatgata 1140
taccttctat aacctcacag gaattgcaga gaagaacaga aagatttttt agagactcct 1200
tggctagatt tttggaggaa actacctgga caattgtaaa tgcccctata aacttttata 1260
attatattca acaatattat tctgatcttt cccctattag gccctcaatg gttagacaag 1320
tagctgaaag ggaaggtacc cgtgtacatt ttggccatac ttatagtata gatgatgctg 1380
acagtataga agaagttaca caaagaatgg acttaagaaa tcaacaaagt gtacattcag 1440
gagagtttat agaaaaaact attgccccag gaggtgctaa tcaaagaact gctcctcaat 1500
ggatgttgcc tttacttcta ggcctgtacg ggactgtaac acctgctctt gaagcatatg 1560
aagatggccc caaccaaaag aaaaggagag tgtccagggg cagctcccaa aaagccaaag 1620
gaacccgtgc aagtgccaaa actactaata aaaggaggag tagaagttct agaagttaaa 1680
actggggtag atgctattac agaggtagaa tgcttcctaa acccagaaat gggggatcca 1740
gatgaaaacc ttaggggctt tagtctaaag ctaagtgctg aaaatgactt tagcagtgat 1800
agcccagaga gaaaaatgct tccctgttac agcacagcaa gaattcccct ccccaattta 1860
aatgaggacc taacctgtgg aaatctactg atgtgggagg ctgtaactgt acaaacagag 1920
gttattggaa taactagcat gcttaacctt catgcagggt cacaaaaagt gcatgagcat 1980
ggtggaggaa aacctattca aggcagtaat ttccacttct ttgctgtagg tggagaaccc 2040
ttggaaatgc agggagtgct aatgaattac aggtcaaagt accctgatgg tactataacc 2100
cctaaaaacc caacagccca gtcccaggta atgaatactg accataaggc ctatttggac 2160
aaaaacaatg cttatccagt tgagtgctgg gtacctgatc ccagtagaaa tgaaaatgct 2220
aggtattttg ggactttcac aggaggggaa aatgttcccc cagtacttca tgtgaccaac 2280
acagctacca cagtgttgct agatgaacag ggtgtggggc ctctttgtaa agctgatagc 2340
ctgtatgttt cagctgctga tatttgtggc ctgtttacta acagctctgg aacacaacag 2400
tggagaggcc ttgcaagata ttttaagatc cgcctgagaa aaagatctgt aaagaatcct 2460
tacccaattt cctttttgct aagtgacctt ataaacagga gaacccagag agtggatggg 2520
cagcctatgt atggtatgga atcccaggta gaagaggtta gggtgtttga tggcacagaa 2580
agacttccag gggacccaga tatgataaga tatattgaca aacagggaca attgcaaacc 2640
aaaatgcttt aaacaggtgc ttttattgta catatacatt taataaatgc tgcttttgta 2700
taagccactt ttaagcttgt gttattttgg gggtggtgtt ttaggccttt taaaacactg 2760
aaagccttta cacaaatgca actcttgact atgggggtct gacctttggg aatcttcagc 2820
aggggctgaa gtatctgaga cttgggaaga gcattgtgat tgggattcag tgcttgatcc 2880
atgtccagag tcttcagttt ctgaatcctc ttctcttgta atatcaagaa tacatttccc 2940
catgcatata ttatatttca tccttgaaaa agtatacata cttatctcag aatccagcct 3000
ttccttccat tcaacaattc tagattgtat atcagttgca aaatcagcta caggcctaaa 3060
ccaaattagc agtagcaaca aggtcattcc actttgtaaa attctttttt caagtaagaa 3120
ctctgagttt tgtaaggatt ttcttaaata tattttgggc ctaaaatcta tttgtcttac 3180
aaatctagct tgcagggttt tagggacagg atactcattc attgtaacca agcctggtgg 3240
aaatatttgg gttcttttgt ttaaatgttt cttttctaaa tttaccttaa cacttccatc 3300
taaataatct ctcaaactgt ctaaattgtt tattccatgt cctgaaggca aatcctttga 3360
ttcagctcct gtccctttta catcttcaaa aacaaccatg tactgatcta tagctacacc 3420
tagctcaaag gttagccttt ccatgggtag gtttacattt aaggctttac caccacacaa 3480
atctaataac cctgcagcta gtgttgtttt tccactatca atgggacctt taaataacca 3540
gtatcttctt ttaggtacat tgaaaacaat acagtgcaaa aaatcaaata ttacagaatc 3600
cattttaggt agcaaacagt gcagccaagc aacacctgcc atatattgtt ctagtacagc 3660
atttccatga gctccaaata ttaaatccat tttatctaat atatgattga atctttctgt 3720
tagcatttct tccctggtca tatgaagggt atctactctt tttttagcta aaactgtatc 3780
tactgcttgc tgacaaatac ttttttgatt tttactttct gcaaaaataa tagcatttgc 3840
aaagtgcttt tcatgatact taaagtgata aggctggtct tttttctgac actttttaca 3900
ctcctctaca ttgtattgaa attctaaata catacctaat aataaaaaca catcctcaca 3960
ctttgtctct actgcatact cagtaattaa tttccaagac acctgctttg tttcttcagg 4020
ctcttctggg ctaaaatcat gctcctttaa gcccccttga atgctttctt ctatagtatg 4080
gtatggatct ctagttaagg cactatatag taagtattcc ttattaacac ccttacaaat 4140
taaaaaacta aaggtacaca gcttttgaca gaaattatta attgcagaaa ctctatgtct 4200
atgtggagtt aaaaagaata taatattatg cccagcacac atgtgtctac taataaaagt 4260
tacagaatat ttttccataa gttttttata cagaatttga gctttttctt tagtagtata 4320
cacagcaaag caggcaaggg ttctattact aaatacagct tgactaagaa actggtgtag 4380
atcagaggga aagtctttag ggtcttctac ctttcttttt tttttgggtg gtgttgagtg 4440
ttgagaatct gctgttgctt cttcatcact ggcaaacata tcttcatggc aaaataaatc 4500
ttcatcccat ttttcattaa aggaactcca ccaggactcc cactcttctg ttccataggt 4560
tggcacctat aaaaaaaata attacttagg gccttttaat attttattat ttatctaaat 4620
ataagttagt taccttaaag ctttagatct ctgaagggag tttctccaat tatttggacc 4680
caccattgca gagtttcttc agttaggtct aagccaaacc actgtgtgaa gcagtcaatg 4740
cagtagcaat ctatccaaac caagggctct tttcttaaaa attttctatt taaatgcctt 4800
aatctaagct gacatagcat gcaagggcag tgcacagaag gctttttgga acaaataggc 4860
cattccttgc agtacagggt atctgggcaa agaggaaaat cagcacaaac ctctgagcta 4920
ctccaggttc caaaatcagg ctgatgagct acctttacat cctgctccat ttttttatac 4980
aaagtattca ttctcttcat tttatcctcg tcgccccctt tgtcagggtg aaattcctta 5040
cacttcctta aataagcttt tctcattaag ggaagatttc cccaggcagc tctttcaagg 5100
cctaaaaggt ccatgagctc catggattct tccctgttaa gaactttatc cat 5153
<210> 41
<211> 4963
<212> DNA
<213> 人多瘤病毒BK型病毒
<400> 41
accatgacct caggaaggaa agtgcatgac tgggcagcca gccagtggca gttaatagtg 60
aaaccatgcc aaaccatgac ctcaggaagg aaagtgcatg actgggcagc cagccagtgg 120
cagttaattt gcgagcctag gaatcttggc cttgtcccca gttaaactgg acaaaggcca 180
tggttctgcg ccagctgtca cgacaagctt cagtgaaagt tggtaaaacc tggactggaa 240
caaaaaaaag agctcagagg atttttattt ttattttaga gcttttgctg gaattttgta 300
gaggtgaaga cagtgtagac gggaaaaaca aaagtaccac tgctttacct gctgtaaaag 360
actctgtaaa agactcctag gtaagtaatc cctttttttt tgtatttcca ggttcatggg 420
tgctgctcta gcacttttgg gggacctagt tgccagtgta tctgaggctg ctgctgccac 480
aggattttca gtggctgaaa ttgctgctgg ggaggctgct gctgctatag aagttcaaat 540
tgcatccctt gctactgtag agggcataac aagtacctca gaggctatag ctgctatagg 600
cctaactcct caaacatatg ctgtaattgc tggtgctcct ggggctattg ctgggtttgc 660
tgctttaatt caaactgtta gtggtattag ttccttggct caagtagggt ataggttctt 720
tagtgattgg gatcacaaag tttccactgt aggcctctat cagcaatcag gcatggcttt 780
ggaattgttt aacccagatg agtactatga tattctgttt cctggtgtaa atacttttgt 840
taataatatt caataccttg atcctaggca ttggggtcct tctttgtttg ctactatttc 900
ccaggctttg tggcatgtta ttagggatga tataccttct ataacctcac aggaattgca 960
gagaagaaca gaaagatttt ttagagactc cttggctaga tttttggagg aaactacctg 1020
gacaattgta aatgccccta taaactttta taattatatt caacaatatt attctgatct 1080
ttcccctatt aggccctcaa tggttagaca agtagctgaa agggaaggta cccgtgtaca 1140
ttttggccat acttatagta tagatgatgc tgacagtata gaagaagtta cacaaagaat 1200
ggacttaaga aatcaacaaa gtgtacattc aggagagttt atagaaaaaa ctattgcccc 1260
aggaggtgct aatcaaagaa ctgctcctca atggatgttg cctttacttc taggcctgta 1320
cgggactgta acacctgctc ttgaagcatg tgaagatggc cccaaccaaa agaaaaggag 1380
agtgtccagg ggcagctccc aaaaagccaa aggaacccgt gcaagtgcca aaactactaa 1440
taaaaggagg agtagaagtt ctagaagtta aaactggggt agatgctatt acagaggtag 1500
aatgcttcct aaacccagaa atgggggatc cagatgaaaa ccttaggggc tttagtctaa 1560
agctaagtgc tgaaaatgac tttagcagtg atagcccaga gagaaaaatg cttccctgtt 1620
acagcacagc aagaattccc ctccccaatt taaatgagga cctaacctgt ggaaatctac 1680
tgatgtggga ggctgtaact gtacaaacag aggttattgg aataactagc atgcttaacc 1740
ttcatgcagg gtcacaaaaa gtgcatgagc atggtggagg aaaacctatt caaggcagta 1800
atttccactt ctttgctgtt ggtggagacc ccttggaaat gcagggagtg ctaatgaatt 1860
acaggacaaa gtacccagat ggtactataa cccctaaaaa cccaacagcc cagtcccagg 1920
taatgaatac tgaccataag gcctatttgg acaaaaacaa tgcttatcca gttgagtgct 1980
gggttcctga tcctagtaga aatgaaaata ctaggtattt tgggactttc acaggagggg 2040
aaaatgttcc cccagtactt catgtgacca acacagctac cacagtgttg ctagatgaac 2100
agggtgtggg gcctctttgt aaagctgata gcctgtatgt ttcagctgct gatatttgtg 2160
gcctgtttac taacagctct ggaacacaac agtggagagg ccttgcaaga tattttaaga 2220
tccgcctgag aaaaagatct gtaaagaatc cttacctaat ttcctttttg ctaagtgacc 2280
ttataaacag gagaacccag agagtggatg ggcagcctat gtatggtatg gaatcccagg 2340
tagaagaggt tagggtgttt gatggcacag aaagacttcc aggggaccca gatatgataa 2400
gatatattga caaacaggga caattgcaaa ccaaaatgct ttaaacaggt gcttttattg 2460
tacatataca tttaataaat gctgcttttg tataagccac ttttaagctt gtgttatttt 2520
gggggtggtg ttttaggcct tttaaaacac tgaaagcctt tacacaaatg caactcttga 2580
ctatgggggt ctgacctttg ggaatcttca gcaggggctg aagtatctga gacttgggaa 2640
gagcattgtg attgggattc agtgcttgat ccatgtccag agtcttcagt ttctgaatcc 2700
tcttctcttg taatatcaag aatacatttc cccatgcata tattatattt catccttgaa 2760
aaagtataca tacttatctc agaatccagc ctttccttcc attcaacaat tctagattgt 2820
atatcagttg caaaatcagc tacaggccta aaccaaatta gcagtagcaa caaggtcatt 2880
ccactttgta aaattctttt ttcaagtaag aactctgagt tttgtaagga ttttcttaaa 2940
tatattttgg gcctaaaatc tatttgtctt acaaatctag cttgcagggt tttagggaca 3000
ggatactcat tcattgtaac caagcctggt ggaaatattt gggttctttt gtttaaatgt 3060
ttcttttcta aatttacctt aacacttcca tctaaataat ctctcaaact gtctaaattg 3120
tttattccat gtcctgaagg caaatccttt gattcagctc ctgtcccttt tacatcttca 3180
aaaacaacca tgtactgatc tatagctaca cctagctcaa aggttagcct ttccatgggt 3240
aggtttacat ttaaggcttt acctctacac aaatctaaca accctgcagc tagtgttgtt 3300
tttccactat caatgggacc tttaaataac cagtatcttc ttttaggtac attgaaaaca 3360
atacagtgca aaaaatcaaa tattacagaa tccattttag gtagcaaaca gtgcagccaa 3420
gcaacacctg ccatatattg ttctagtaca gcatttccat gagctccaaa tattaaatcc 3480
attttatcta atatatgatt gaatctttct gttagcattt cttccctggt catatgaagg 3540
gtatctactc tttttttagc taaaactgta tctactgctt gctgacaaat aacttttttg 3600
tttttacttt ctgcaaaaat aatagcattt gcaaagtgct tttcatgata cttaaagtga 3660
taaggctggt cttttttctg acacttttta cactcctcta cattgtattg aaattctaaa 3720
tacataccta ataataaaaa cacatcctca cactttgtct ctactgcata ctcagtaatt 3780
aatttccaag acacctgctt tgtttcttca ggctcttctg ggttaaaatc atgctccttt 3840
aagccccctt gaatgctttc ttctatagta tggtatggat ctctagttaa ggcactatat 3900
agtaagtatt ccttattaac acccttacaa attaaaaaac taaaggtaca cagcttttga 3960
cagaaattat taattgcaga aactctatgt ctatgtggag ttaaaaagaa tataatatta 4020
tgcccagcac acatgtgtct actaataaaa gttacagaat atttttccat aagtttttta 4080
tacagaattt gagctttttc tttagtagta tacacagcaa agcaggcaag ggttctatta 4140
ctaaatacag cttgactaag aaactggtgt agatcagagg gaaagtcttt agggtcttct 4200
acctttcttt tttttttggg tggtgttgag tgttgagaat ctgctgttgc ttcttcatca 4260
ctggcaaaca tatcttcatg gcaaaataaa tcttcatccc atttttcatt aaaggaactc 4320
caccaggact cccactcttc tgttccatag gttggcacct ataaaaaaaa taattactta 4380
gggcataggc cattccttgc agtacagggt atctgggcaa agaggaaaat cagcacaaac 4440
ctctgagcta ctccaggttc caaaatcagg ctgatgagct acctttacat cctgctccat 4500
ttttttatac aaagtattca ttctcttcat tttatcctcg tcgccccctt tgtcagggtg 4560
aaattcctta cacttcctta aagcttttct cattaaggga agatttcccc aggcagctct 4620
ttcaaggcct aaaaggtcca tgagctccat ggattcttcc ctgttaagaa ctttatccat 4680
ttttgcaaaa attgcaaaag aatagggatt tccccaaata gttttgctag gcctcagaaa 4740
aagcctccac acccttacta cttgagagaa agggtggagg cagaggcggc ctcggcctct 4800
tatatattat aaaaaaaaag gccacaggga ggagctgctt acccatggaa tgcagccaaa 4860
ccatgacctc aggaaggaaa gtgcatgact gggcagccag ccagtggcag ttaatagtga 4920
aaccccgccc ctaaaatctc tcttacccat ggaatgcagc caa 4963
<210> 42
<211> 5147
<212> DNA
<213> 人多瘤病毒BK型病毒
<400> 42
ttttgcaaaa attgcaaaag aatagggatt tccccaaata gttttgctag gcctcagaaa 60
aagcctccac acccttacta cttgagagaa agggtggagg cagaggcggc ctcggcctct 120
tatatattat aaaaaaaaag gccacaggga ggagctgctt acccatggaa tgcagccaaa 180
ccatgacctc aggaaggaaa gtgcatgact gggcagccag ccagtggcag ttaatagtga 240
aaccccgccc ctaaaattct caaataaaca caagaggaag tggaaactgg ccaaaggagt 300
ggaaagcagc cagacagaca tgttttgcga gcctaggaat cttggccttg tccccagtta 360
aactggacaa aggccatggt tctgcgccag ctgtcacgac aagcttctgt gaaagttggt 420
aaaacctgga ctggaacaaa aaaaagagct cagaggattt ttatttttat tttagagctt 480
ttgctggaat tttgtagagg tgaagacagt gtagacggga aaaacaaaag taccactgct 540
ttacctgctg taaaagactc tgtaaaagac tcctaggtaa gtaatccctt tttttttgta 600
tttccaggtt catgggtgct gctctagcac ttttggggga cctagttgcc agtgtatctg 660
aggctgctgc tgccacagga ttttcagtgg ctgaaattgc tgctggggag gctgctgctg 720
ctatagaagt tcaaattgca tcccttgcta ctgtagaggg cataacaagt acctcagagg 780
ctatagctgc tataggccta actcctcaaa catatgctgt aattgctggt gctcctgggg 840
ctattgctgg gtttgctgct ttaattcaaa ctgttagtgg tattagttcc ttggctcaag 900
tagggtatag gttctttagt gattgggatc acaaagtttc cactgtaggc ctctatcagc 960
aatcaggcat ggctttggaa ttgtttaacc cagatgagta ctatgatatt ctgtttcctg 1020
gtgtaaatac ttttgttaat aatattcaat accttgatcc taggcattgg ggtccttctt 1080
tgtttgctac tatttcccag gctttgtggc atgttattag ggatgatata ccttctataa 1140
cctcacagga attgcagaga agaacagaaa gattttttag agactccttg gctagatttt 1200
tggaggaaac tacctggacc attgtaaatg cccctataaa cttttataat tatattcaac 1260
aatattattc tgatctgtcc cctattaggc cctcaatggt tagacaagta gctgaaaggg 1320
aaggtacccg tgtacatttt ggccatactt atagtataga tgatgctgac agtatagaag 1380
aagttacaca aagaatggat ttaagaaatc aacaaagtgt acattcagga gagtttatag 1440
aaaaaactat tgccccagga ggtgctaatc aaagaactgc tcctcaatgg atgttgcctt 1500
tacttctagg cctgtacggg actgtaacac ctgctcttga agcatatgaa gatggcccca 1560
accaaaagaa aaggagagtg tccaggggca gctcccaaaa agccaaagga acccgtgcaa 1620
gtgccaaaac tactaataaa aggaggagta gaagttctag aagttaaaac tggggtagat 1680
gctattacag aggtagaatg cttcctaaac ccagaaatgg gggatccgga tccagatgaa 1740
aaccttaggg gctttagtct aaagctaagt gctgaaaatg actttagcag tgatagccca 1800
gagagaaaaa tgcttccctg ttacagcaca gcaagaattc ccctccccaa tttaaatgag 1860
gacctaacct gtggaaatct actgatgtgg gaggctgtaa ctgtacaaac agaggttatt 1920
ggaataacta gcatgcttaa ccttcatgca gggtcacaaa aagtgcatga gcatggtgga 1980
ggaaaaccta ttcaaggcag taatttccac ttctttgctg ttggtggaga ccccttggaa 2040
atgcagggag tgctaatgaa ttacaggaca aagtacccag atggtactat aacccctaaa 2100
aacccaacag cccagtccca ggtaatgaat actgaccata aggcctattt ggacaaaaac 2160
aatgcttatc cagttgagtg ctgggttcct gatcccagta gaaatgaaaa tactaggtat 2220
tttgggactt tcacaggagg ggaaaatgtt cccccagtac ttcatgtgac caacacagct 2280
accacagtgt tgctagatga acagggtgtg gggcctcttt gtaaagctga tagcctgtat 2340
gtttcagctg ctgatatttg tggcctgttt actaacagct ctggaacaca acagtggaga 2400
ggccttgcaa gatattttaa gatccgcctg agaaaaagat ctgtaaagaa tccttaccca 2460
atttcctttt tgctaagtga cctcataaac aggagaaccc agagagtgga tgggcagcct 2520
atgtatggta tggaatccca ggtagaagag gttagggtgt ttgatggcac agaaagactt 2580
ccaggggacc cagatatgat aagatatatt gacaaacagg gacaattgca aaccaaaatg 2640
ctttaaacag gtgcttttat tgtacatata catttaataa atgctgcttt tgtataagcc 2700
acttttaacc ttgtgttatt ttgggggtgg tgttttaggc cttttaaaac actgaaagcc 2760
tttacacaaa tgtaactctt gactatgggg gtctgacctt tgggaatctt cagcaggggc 2820
tgaagtatct gagacttggg aagagcattg tgattgggat tcagtgcttg atccatgtcc 2880
agagtcttca gtttctgaat cctcttctct tgtgatatca agaatacatt tccccatgca 2940
tatattatat ttcatccttg aaaaagtata catacttatc tcagaatcca gcctttcctt 3000
ccattcaaca attctagatt gtatatctgt tgcaaaatca gctacaggcc taaaccaaat 3060
tagcagtagc aacaaggtca ttccactttg taaaattctt ttttcaagta agaactctga 3120
gttttgtaag gattttctta aatatatttt gggcctaaaa tctatttgtc ttacaaatct 3180
agcttgcagg gttttaggga caggatactc attcattgta accaagcctg gtggaaatat 3240
ttgggttctt ttgtttaaat gttttttttc taaatttacc ttaacacttc catctaaata 3300
atctcttaaa ctgtctaaat tgtttattcc atgtcctgaa ggcaaatcct ttgattcagc 3360
ccctgtccct tttacatctt caaaaacaac catgtactga tctatagcta cacctagctc 3420
aaaggttagc ctttccatgg gtaggtttac atttaaggct ttacctccac acaaatctaa 3480
taaccctgca gctagtgttg tttttccact atcaatggga cctttaaata accagtatct 3540
tcttttaggt acattgaaaa caatacagtg caaaaaatca aatataacag aatccatttt 3600
aggtagcaaa cagtgcagcc aagcaacacc tgccatatat tgttctagta cagcatttcc 3660
atgagctcca aatattaaat ccattttatc taatatatga ttgaatcttt ctgttagcat 3720
ttcttccctg gtcatatgaa gggtatctac tcttttttta gctaaaactg tatctactgc 3780
ttgctgacaa atactttttt gatttttact ttctgcaaag ataatagcat ttgcaaagtg 3840
cttttcatga tacttaaagt gataaggttg gtcttttttc tgacactttt tacactcctc 3900
tacattgtat tgaaattcta aatacatacc taataataaa aacacatcct cacactttgt 3960
ctctactgca tactcagtaa ttaatttcca agacacctgc tttgtttctt caggctcttc 4020
tgggttaaaa tcatgctcct ttaagccccc ttgaatgctt tcttctatag tatggtatgg 4080
ctctctagtt aaggcactat atagtaagta ttccttatta acacccttac aaattaaaaa 4140
actaaaggta cacagctttt gacagaagtt attaattgca gaaactctat gtctatgtgg 4200
agttaaaaag aatataatat tatgcccagc acacatgtgt ctactaataa aagttacaga 4260
atatttttcc ataagttttt tatacagaat ttgagctttt tctttagtag tatacacagc 4320
aaagcaggca agggttctat tactaaatac agcttgacta agaaactggt gtagatcaga 4380
gggaaagtct ttagggtctt ctacctttct ttttttcttg ggtggtgttg agtgttgaga 4440
atctgctgtt gcttcttcat cactggcaaa catatcttca tggcaaaata agtcttcatc 4500
ccatttttca ttaaaggaac tccaccagga ctcccactct tctgttccat aggttggcac 4560
ctataaaaaa aataattact tagggccttt taatatttta ttatttatct aaatataagt 4620
tagttacctt aaagctttag atctctgaag ggagtttctc caattatttg gacccaccat 4680
tgcagagttt cttcagttag gtctaagcca aaccactgtg tgaagcagtc aatgcagtag 4740
caatctatcc aaaccaaggg ctcttttctt aaaaattttc tatttaaatg ccttaatcta 4800
agctgacata gcatgcaagg gcagtgcaca gaaggctttt tggaacaaat aggccattcc 4860
ttgcagtaca gggtatctgg gcaaagagga aaatcagcac aaacctctga gctactccag 4920
gttccaaaat caggctgatg agctaccttt acatcctgct ccattttttt atataaagta 4980
ttcattctct tcattttatc ctcgtcgccc cctttgtcag ggtgaaattc cttacacttc 5040
cttaaataag cttttctcat taagggaaga tttccccagg cagctctttc aaggcctaaa 5100
aggtccatga gctccatgga ttcttccctg ttaagcactt tatccat 5147
<210> 43
<211> 5147
<212> DNA
<213> 人多瘤病毒BK型病毒
<400> 43
ttttgcaaaa attgcaaaag aatagggatt tccccaaata gttttgctag gcctcagaaa 60
aagcctccac acccttacta cttgagagaa agggtggagg cagaggcggc ctcggcctct 120
tatatattat aaaaaaaaag gccacaggga ggagctgctt acccatggaa tgcagccaaa 180
ccatgacctc aggaaggaaa gtgcatgact gggcagccag ccagtggcag ttaatagtga 240
aaccccgccc ctgaaattct caaataaaca caagaggaag tggaaactgg ccaaaggagt 300
ggaaagcagc cagacagaca tgttttgcgg gcctaggaat cttggccttg tccccagtta 360
aactggacaa aggccatggt tctgcgccag ctgtcacgac aagcttctgt gaaacttggt 420
aaaacctgga ctggaacaaa aaaaagagct cagaggattt ttatttttat tttagagctt 480
ttgctggaat tttgtagagg tgaagacagt gtagacggga aaaacaaaag taccactgct 540
ttacctgctg taaaagactc tgtaaaagac tcctaggtaa gtaatccctt tttttttgta 600
tttccaggtt gatgggtgct gctctagcac ttttggggga cctagttgcc agtgtatctg 660
aggctgctgc tgccacagga ttttcagtgg ctgaaattgc tgctggggag gctgctgctg 720
ctatagaagt tcaaattgca tcccttgcta ctgtagaggg cataacaagt acctcagagg 780
ctatagctgc tataggccta actcctcaaa catatgctgt aattgctggt gctcctgggg 840
ctattgctgg gtttgctgct ttaattcaaa ctgttactgg tattagttcc ttggctcaag 900
tagggtatag gttttttagt gattgggatc acaaagtttc cactgtaggc ctctatcagc 960
aatcaggcat ggctttggaa ttgtttaacc cagatgagta ctatgatata ttgtttcctg 1020
gtgtaaatac ttttgtaaat aatattcaat accttgatcc taggcattgg ggtccttctt 1080
tgtttgctac tatttctcag gctttgtggc atgttattag ggatgatata cctgctataa 1140
cctcacaaga attgcaaaga agaacagaaa gattttttag agactccttg gctagatttt 1200
tggaggaaac tacctggaca attgtaaatg cccctataaa cttttataat tatattcaag 1260
aatattattc tgatctttcc cctattaggc cctcaatggt tagacaagta gctgaaaggg 1320
aaggtacccg tgtacatttt ggccatactt atagtataga tgatgctgac agtatagaag 1380
aagttacaca aagaatggac ttaagaaatc aacaaactgt acattcagga gagtttatag 1440
aaaaaactat tgccccagga ggtgctaatc aaagaactgc tcctcaatgg atgttgcctt 1500
tacttctagg cctgtacggg actgtaacac ctgctcttga agcatatgaa gatggcccca 1560
acaaaaagaa aaggagagtg tccaggggca gctcccaaaa agccaaagga acccgtgcaa 1620
gtgccaaaac tactaataaa aggaggagta gaagttctag aagttaaaac tgggctagat 1680
gctataacag aggtagaatg cttcctaaac ccagaaatgg gggatccgga tccagatgaa 1740
aaccttaggg gctttagtct aaagctaagt gctgaaaatg actttagcag tgatagccca 1800
gaaagaaaaa tgcttccctg ttacagcaca gcaagaattc ccctccccaa tttaaatgag 1860
gacctaacct gtggaaatct actgatgtgg gaggctgtaa cagtacaaac agaggtcatt 1920
ggaataacta gcatgcttaa ccttcatgca gggtcacaaa aagtgcatga gcatggtgga 1980
ggtaaaccta ttcaaggcag taatttccac ttttttgctg ttggtggaga ccccttggaa 2040
atgcagggag tgctaatgaa ttacaggaca aagtacccag aaggtactat aaccccaaaa 2100
aacccaacag cccagtccca agtaatgaat actgaccata aggcctattt ggacaaaaac 2160
aatgcttatc cagttgagtg ctggattcct gatcccagta gaaatgaaaa tactaggtat 2220
tttgggactt tcacaggagg ggaaaatgtt cccccagtac ttcatgtgac caacacagct 2280
accacagtgt tgctagatga acagggtgtg gggcctcttt gtaaagctga tagcctgtat 2340
gtttcagctg ctgatatttg tggcctgttt actaacagct ctggaacaca acagtggaga 2400
ggccttgcaa gatattttaa gattcgcctg agaaaaagat ctgtaaaaaa tccttaccca 2460
atttcctttt tgctaagtga ccttataaac aggagaaccc agagagtgga tgggcagcct 2520
atgtatggta tggaatccca ggtagaagag gttagggtgt ttgatggcac agaaagactt 2580
ccaggggacc cagatatgat aagatatatt gacaaacaag gacaattgca aactaaaatg 2640
gtttaaacag gtgcttttat tgttgatata catttaataa atgctgcttt tgtataagcc 2700
agttttaagc ttgtgttatt ttgggggtgg tgttttaggc cttttaaaac actgaaagcc 2760
tttacacaaa tgcaactctt gactatgggg gtctgacctt tgggaatctt cagcaggggc 2820
tgaagtatct gagacttggg aagagcattg tgattgggat tcagtgcttg atccatgtcc 2880
agagtcttca gtttctgaat cttcttctct tgtgatatca agaatacatt ttcccatgca 2940
tatattatat ttcatccttg aaaaagtata catacttatc tcagaatcca gcctttcctt 3000
ccattcaaca attctagatt gtatatctgt tgcaaaatca gctacaggcc taaaccaaat 3060
tagcagtagc aacaaggtca ttccactttg tagaattctt ttttcaagta agaactctga 3120
gttttgtaag gattttctta aatatatttt gggcctaaaa tctatctgtc ttacaaatct 3180
agcctgcagg gttttaggga caggatactc attcattgta accaggcctg gtggaaatat 3240
ttgggttctt ttgtttaaat gtttcttttc taaattaacc ttaacacttc catctaaata 3300
atctctcaaa ctgtctaaat tgtttattcc atgtcctgaa ggcaaatcct ttgattcagc 3360
tcctgttcct tttacatctt caaaaacaac catgtactga tctatagcta cacctagttc 3420
aaaggtcagc ctttccatgg gtaggtttac atttaaagct ttacctccac acaaatctaa 3480
taaccctgca gctagtgttg tttttccact atcaatggga cctttaaata accagtatct 3540
tcttttaggt acattaaaaa caatacagtg caaaaaatca aatataacag aatccatttt 3600
aggtaacaaa cagtgcagcc aagcaacacc tgccatatat tgttctaata cagcatttcc 3660
atgagcccca aatattaaat ccattttatc taatatatga ttaaatcttt ctgttagcat 3720
ttcttctcta gtcatatgaa ggctatctac tcttttttta gctaaaactg tatctactgc 3780
ttgctgacaa atactttttt gatttttact ttctgcaaag atagtagcat ttgcaaaatg 3840
cttttcatga tacttaaagt gataaggttg gtcttttttc tgacactttt tacactcctc 3900
tacattgtat tgaaattcta aatacatacc taataataaa aacacatcct cacactttgt 3960
ttctactgca tactcagtaa ttaatttcca agagacctgc tttgtttctt caggctcttc 4020
tgggttaaaa tcatgctcct ttaagccccc ttgaatgctt tcttctattg tatggtatgg 4080
atctctagtt aaggcactat atagtaagta ttccttatta acacccttac aaattaaaaa 4140
actaaaggta cacagctttt gacagaaatt attaattgca gaaactctat gtctatgtgg 4200
agttaaaaag aatataatat tatgcccagc atacatgtgt ctactaataa aagttacaga 4260
atatttttcc ataagttttt tatacagaat ttgagctttt tctttagtag tatacacagc 4320
aaagcaggca agggttctat tactaaatac agcttgacta agaaactggt gtagatcaga 4380
aggaaagtct ttagggtctt ctacctttct ttttttcttg ggtggtgttg agtgttgaga 4440
atctgctgtt gcttcttcat cactggcaaa catatcttca tggcaaaata aatcttcatc 4500
ccatttttca ttaaaggaac tccaccagga ctcccactct tctgttccat aggttggcac 4560
ctataaaaca aataattact tagggccttt aaatatttta ttatttatct aaatataagg 4620
tagttacctt aaagctttag atctctgaag ggagtttctc caattatttg gacccaccat 4680
tgcagagttt cttcagttag gtctaagcca aaccactgtg tgaagcagtc aatgcagtag 4740
caatctatcc aaaccaaggg ctcttttctt aaaaattttc tatttaaatg ccttaatcta 4800
agctgacata gcatgcaagg gcagtgcaca gaaggctttt tggaacaaat aggccattcc 4860
ttgcagtaca gggtatctgg gcaaagagga aaatcagcac aaacctctga gctactccag 4920
gttccaaaat caggctgatg agctaccttt acatcttgct ccattttttt atataaagta 4980
ttcattctct tcattttatc ctcgtcgccc cctttgtcag ggtgaaattc cttacacttc 5040
cttaaatagg cttttctcat taagggaagg tttccccagg cagctctttc aaggcccaaa 5100
aggtccatga gctccatgga ttcttccctg ttaagcactt tatccat 5147
<210> 44
<211> 5196
<212> DNA
<213> 人多瘤病毒BK型病毒
<400> 44
ttttgcaaaa attgcaaaag aatagggatt tccccaaata gttttgctag gcctcagaaa 60
aagcctccac acccttacta cttgagagaa agggtggagg ccgaggcggc ctcggcctct 120
tatatattat aaaaaaaaag gccacaggga ggagctgctt acccatggaa tgcagccaaa 180
ccatgacctc aggaaggaaa gtgcatgact cacaggggaa tgcagccaaa ccatgacctc 240
aggaaggaaa gtgcatgact gggcagccag ccagtggcag ttaatagtga aaccccgccc 300
ctgaaattct caaataaaca caagaggaag tggaaactgg ccaaaggagt ggaaagcgcc 360
agacagacat gttttgcggg cctaggaatc ttggccttgt ccccagttaa actggacaaa 420
ggccatggtt ctgcgccagc tgtcacgaca agcttctgtg aaacttggta aaacctggac 480
tggaacaaaa aaaagagctc agaggatttt tatttttatt ttagagcttt tgctggaatt 540
ttgtagaggt gaagacagtg tagacgggaa aaacaaaagt accactgctt tacctgctgt 600
aaaagactct gtaaaagact cctaggtaag taatcccttt ttttttgtat ttccaggttg 660
atgggtgctg ctctagcact tttgggggac ctagttgcca gtgtatctga ggctgctgct 720
gccacaggat tttcagtggc tgaaattgct gctggggagg ctgctgctgc tatagaagtt 780
caaattgcat cccttgctac tgtagagggc ataacaagta cctcagaggc tatagctgct 840
ataggcctaa ctcctcaaac atatgctgta attgctggtg ctcctggggc tattgctggg 900
tttgctgctt taattcaaac tgttactggt attagttcct tggctcaagt agggtatagg 960
ttttttagtg attgggatca caaagtttcc actgtaggcc tctatcagca atcaggcatg 1020
gctttggaat tgtttaaccc agatgagtac tatgatatat tgtttcctgg tgtaaatact 1080
tttgtaaata atattcaata ccttgatcct aggcattggg gtccttcttt gtttgctact 1140
atttctcagg ctttgtggca tgttattagg gatgatatac ctgctataac ctcacaagaa 1200
ttgcaaagaa gaacagaaag attttttaga gactccttgg ctagattttt ggaggaaact 1260
acctggacaa ttgtaaatgc ccctataaac ttttataatt atattcaaga atattattct 1320
gatctttccc ctattaggcc ctcaatggtt agacaagtag ctgaaaggga aggtacccgt 1380
gtacattttg gccatactta tagtatagat gatgctgaca gtatagaaga agttacacaa 1440
agaatggact taagaaatca acaaactgta cattcaggag agtttataga aaaaactatt 1500
gccccaggag gtgctaatca aagaactgct cctcaatgga tgttgccttt acttctaggc 1560
ctgtacggga ctgtaacacc tgctcttgaa gcatatgaag atggccccaa caaaaagaaa 1620
aggagagtgt ccaggggcag ctcccaaaaa gccaaaggaa cccgtgcaag tgccaaaact 1680
actaataaaa ggaggagtag aagttctaga agttaaaact ggggtagatg ctattacaga 1740
ggtagaatgc ttcctaaacc cagaaatggg ggatccggat ccagatgaaa accttagggg 1800
ctttagtcta aagctaagtg ctgaaaatga ctttagcagt gatagcccag acagaaaaat 1860
gcttccctgt tacagcacag caagaattcc cctccccaat ttaaatgagg acctaacctg 1920
tggaaatcta ctgatgtggg aggctgtaac agtacaaaca gaggtcattg gaataactag 1980
catgcttaac cttcatgcag ggtcacaaaa agtgcatgag catggtggag gtaaacctat 2040
tcaaggcagt aatttccact tttttgctgt tggtggagac cccttggaaa tgcagggagt 2100
gctaatgaat tacaggacaa agtacccaga aggtactata accccaaaaa acccaacagc 2160
ccagtcccaa gtaatgaata ctgaccataa ggcctatttg gacaaaaaca atgcttatcc 2220
agttgagtgc tggattcctg atcccagtag aaatgaaaat actaggtatt ttgggacttt 2280
cacaggaggg gaaaatgttc ccccagtact tcatgtgacc aacacagcta ccacagtgtt 2340
gctagatgaa cagggtgtgg ggcctctttg taaagctgat agcctgtatg tttcagctgc 2400
tgatatttgt ggcctgttta ctaacagctc tggaacacaa cagtggagag gccttgcaag 2460
atattttaag attcgcctga gaaaaagatc tgtaaaaaat ccttacccaa tttccttttt 2520
gctaagtgac cttataaaca ggagaaccca gagagtggat gggcagccta tgtatggtat 2580
ggaatcccag gtagaagagg ttagggtgtt tgatggcaca gaaagacttc caggggaccc 2640
agatatgata agatatattg acaaacaagg acaattgcaa accaaaatgc tttaaacagg 2700
tgcttttatt gttgatatac atttaataaa tgctgctttt gtataagcca gttttaagct 2760
tgtgttattt tgggggtggt gttttaggcc ttttaaaaca ctgaaagcct ttacacaaat 2820
gcaactcttg actatggggg tctgaccttt gggaatcttc agcaggggct gaagtatctg 2880
agacttggga agagcattgt gattgggatt cagtgcttga tccatgtcca gagtcttcag 2940
tttctgaatc ttcttctctt gtaatatcaa gaatacattt tcccatgcat atattatatt 3000
tcatccttga aaaagtatac atacttatct cagaatccag cctttccttc cattcaacaa 3060
ttctagattg tatatctgtt gcaaaatcag ctacaggcct aaaccaaatt agcagtagca 3120
acaaggtcat tccactttgt agaattcttt tttcaagtaa gaactctgag tttggtaagg 3180
attttcttaa atatattttg ggcctaaaat ctatctgtct tacaaatcta gcctgcaggg 3240
ttttagggac aggatactca ttcattgtaa ccaggcctgg tggaaatatt tgggttcttt 3300
tgtttaaatg tttcttttct aaattaacct taacacttcc atctaaataa tctctcaaac 3360
tgtctaaatt gtttattcca tgtcctgaag gcaaatcctt tgattcagct cctgttcctt 3420
ttacatcttc aaaaacaacc atgtactgat ctatagctac acctagttca aaggttagcc 3480
tttccatggg taggtttaca tttaaagctt tacctccaca caaatctaat aaccctgcag 3540
ctagtgttgt ttttccacta tcaatgggac ctttaaataa ccagtatctt cttttaggta 3600
cattaaaaac aatacagtgc aaaaaatcaa atataacaga atccatttta ggtagcaaac 3660
agtgcagcca agcaacacct gccatatatt gttctaatac agcatttcca tgagccccaa 3720
atattaaatc cattttatct aatatatgat taaatctttc tgttagcatt tcttctctag 3780
tcatatgaag gctatctact ctttttttag ctaaaactgt atctactgct tgctgacaaa 3840
tacttttttg atttttactt tctgcaaata tagtagcatt tgcaaaatgc ttttcatgat 3900
acttaaagtg ataaggttgg tcttttttct gacacttttt acactcctct acattgtatt 3960
gaaattctaa atacatacct aataataaaa acacatcctc acactttgtt tctactgcat 4020
actcagtaat taatttccaa gagacctgct ttgtttcttc aggctcttct gggttaaaat 4080
catgctcctt taagccccct tgaatgcttt cttctattgt atggtatgga tctctagtta 4140
aggcactata tagtaagtat tccttattaa cacccttaca aattaaaaaa ctaaaggtac 4200
acagcttttg acagaaatta ttaattgcag aaactctatg tctatgtgga gttaaaaaga 4260
atataatatt atgcccagca cacatgtgtc tactaataaa agttacagaa tatttttcca 4320
taagtttttt atacagaatt tgagcttttt ctttagtagt atacacagca aagcaggcaa 4380
gggttctatt actaaataca gcttgactaa gaaactggtg tagatcagaa ggaaagtctt 4440
tagggtcttc tacctttctt tttttcttgg gtggtgttga gtgttgagaa tctgctgttg 4500
cttcttcatc actggcaaac atatcttcat ggcaaaataa atcttcatcc catttttcat 4560
taaaggaact ccaccaggac tcccactctt ctgttccata ggttggcacc tataaaacaa 4620
ataattactt agggccttta aatattttat tatttatcta aatataaggt agttacctta 4680
aagctttaga tctctgaagg gagtttctcc aattatttgg acccaccatt gcagagtttc 4740
ttcagttagg tctaagccaa accactgtgt gaagcagtca atgcagtagc aatctatcca 4800
aaccaagggc tcttttctta aaaattttct atttaaatgc cttaatctaa gctgacatag 4860
catgcaaggg cagtgcacag aaggcttttt ggaacaaata ggccattcct tgcagtacag 4920
ggtatctggg caaagaggaa aatcagcaca aacctctgag ctactccagg ttccaaaatc 4980
aggctgatga gctaccttta catcttgctc cattttttta tataaagtat tcattctctt 5040
cattttatcc tcgtcgcccc ctttgtcagg gtgaaattcc ttacacttcc ttaaataggc 5100
ttttctcatt aagggaaggt ttccccaggc agctctttct aggcccaaaa ggtccatgag 5160
ctccatggat tcttccctgt taagcacttt atccat 5196
<210> 45
<211> 5154
<212> DNA
<213> 人多瘤病毒BK型病毒
<400> 45
ttttgcaaaa aattgcaaaa gaatagggat ttccccaaat agttttgcta ggcctcagaa 60
aaagcctcca cacccttact acttgagaga aagggtggag gcagaggcgg cctcggcctc 120
ttatatatta taaaaaaaaa ggccacaggg aggagctgct ttcccatgga atgcagccaa 180
accatgacct caggaaggaa agtgcatgac tgggcagcca gccagtggca gttaatagtg 240
aaaccccgcc cctagaatgc tcaaataaac acaagaggaa gtggaaagta gccaaaggag 300
tggaaagcag ccagacagac atgttttgcg agccgaggaa tcttggcctt gtccccagtt 360
aatactggac aaaggccatg gttctgcgcc agctgtcacg acaagcttct gtgaaagtta 420
gtaaaacctg gactggaact aaaaaaagag ctcagaggat tcttattttt attttagagc 480
ttttgctgga attttgtaga ggtgaagaca gtgtagacgg gaaaaacaaa agtaccactg 540
ctttacctgc tgtaaaagac tctgtaaaag actcctaggt aagtaatccc tttttttttg 600
tatttccagg ttcatgggtg ctgctctagc acttttgggg gacctagttg ccagtgtatc 660
tgaggctgct gctgccacag gattttcagt ggctgaaatt gctgctgggg aggctgctgc 720
tgctatagaa gttcaaattg catcccttgc tactgtagag ggcataacaa gtacctcaga 780
ggctatagct gctataggcc taactcctca aacatatgct gtaattgctg gtgctccagg 840
ggctattgct gggtttgctg ctttaattca aactgttact ggtattagtt ctttggctca 900
agtagggtat aggtttttta gtgattggga tcacaaagtt tccactgtag gcctttatca 960
gcaatcaggc atggcattgg aattgtttaa cccagatgag tactatgata ttttgtttcc 1020
tggtgtaaat acttttgtaa ataatattca atacctagat cctaggcatt ggggtccttc 1080
tttgtttgct actatttccc aggctttgtg gcatgttatt agggatgata tacctgctat 1140
aacttcacaa gaattgcaaa gaagaacaga gagattcttt agagactcct tggctagatt 1200
tttggaagaa actacctgga caattgtaaa tgcccctgta aacttttata attatattca 1260
ggattattat tctaatttgt cccctattag gccttcaatg gttaggcaag ttgctgaaag 1320
ggaaggaacc caggtaaatt ttggccatac ctacagaata gatgatgctg acagtataca 1380
agaagttacc caaagaatgg agttaagaaa taaagagaat gtacattcag gagagtttat 1440
agaaaaaact attgccccag gaggtgctaa tcaaagaact gctcctcaat ggatgttgcc 1500
tttgcttcta ggcctgtacg ggactgtaac acctgctctt gaagcatatg aagatggccc 1560
caaccaaaag aaaaggagag tgtccagggg cagctcccaa aaagccaaag gaacccgtgc 1620
aagtgccaaa actactaata aaaggaggag tagaagttct agaagttaaa actggggtag 1680
atgctataac agaagtagaa tgcttcctaa acccagaaat gggggatccg gatccagatg 1740
aaaaccttag gggctttagt ctaagactaa ctgctgaaac tgcctttgac agtgatagcc 1800
cagacagaaa aatgcttccc tgttacagca cagcaagaat tccactacct aatttgaatg 1860
aggatctaac ctgtggaaat ctactaatgt gggaggctgt gactgtaaaa acagaggtta 1920
ttggaataac tagtatgctt aaccttcatg cagggtcaca gaaagtacat gaaaatggtg 1980
gaggcaaacc tattcaaggc agcaattttc acttttttgc tgtgggtggg gaccccttgg 2040
aaatgcaggg agtacttatg aactacagaa caaagtaccc agaaggtact gtcaccccaa 2100
aaaatcccac agctcagtcc caggtaatga atactgacca taaggcctac ttggacaaaa 2160
acaatgctta tccagttgaa tgctggattc ctgaccctag tagaaatgaa aatactaggt 2220
attttggaac atacacagga ggggaaaatg ttcccccagt acttcatgta accaacacag 2280
ctaccacagt gttgctggat gaacagggtg tggggcctct gtgtaaagct gatagcctgt 2340
atgtttcagc tgctgatatt tgtggactgt ttactaacag gtctggaaca caacagtgga 2400
ggggccttcc aagatatttt aagattcgcc tgagaaaaag atctgtaaag aacccttacc 2460
caatttcctt tttgcttagt gaccttataa acaggagaac ccagagagtg gatgggcagc 2520
ctatgtatgg tatggagtct caggtggagg aggtcagggt gtttgatggc acagaacagc 2580
ttccagggga cccagatatg ataagatata ttgacagaca gggacaattg caaacaaaaa 2640
tggtttaaac aaggtgcttt tattgtacat atacatgctt aataaatgct gcttttatat 2700
tacacacttt taatcttgtg ttattttggg ggtggtgttt taggcctttt aaaacactga 2760
aagcctttac acaaatgtaa ctcttcacta tgggggtcta gcctttggga atcttcagca 2820
ggggctgaag tatctgagac ttgggaagag cattgtgatt gggattcagt gcttgatcca 2880
tgtccagagt cttcagtttc tgaatcttct tctcttgtta tatcaagaat acatttcccc 2940
atgcatatat tatatttcat ccttgaaaaa gtatacatac ttatctcaga atccagcctt 3000
tccttccatt caacaattct agactgtata tcttgtgcaa aatcagctac aggcctgaac 3060
caaattagca gtagcaacaa ggtcattcca ctttgtaata ttcttttttc aagtaaaaat 3120
tctgagtttt gcagggattt tcttaaataa attttaggtc taaaatctat ctgtcttaca 3180
aatctagcct gcaaggtttt ggggacagga tactcattca ttgtaactaa acctggtgga 3240
aatatttggg ttcttttgtt taagtgtttc ttttctaaat taactttgac acttccatct 3300
aaataatccc ttaaactgtc taaattgttt attccatgtc ctgaaggcaa atcctttgat 3360
tcagctcctg ttcccttcac atcttcaaaa acaaccatat actgatctat agccacaccc 3420
agttcaaaag taagcctctc catgggtaaa ttcacattta aagctttgcc tccacataaa 3480
tctaataacc ctgcagctag tgttgttttt ccactatcaa ttggaccttt gaataaccag 3540
tatcttcttt taggtacatt aaaaacaata cagtgcagga aatcaaatat aacagaatcc 3600
attttaggta gcaaacagtg cagccaggca actcctgcca tatattgttc tagtacagca 3660
tttccatgag ctccaaatat taaatccatt ttatctaata tatgattaaa tctgtctgtt 3720
agcatttctt ctctggtcat atggagggta tctacccttt ttttagctaa cactgtatcc 3780
actgcttgct gacaaatact tttttgattt ttactttctg caaaaatggt agcatttgca 3840
aaatgctttt catgatattt aaagtggtag ggttggtctt ttttttgaca ctttttacac 3900
tcctctacat tgtactgaaa ttctaaatac atacccaata gtagaaacac atcttcacac 3960
tttgtttcta ctgcatattc agttattaat ttccaggaca cctgctttgt ttcttcaggt 4020
tcctctgggt taaaatcatg ctcctttagg cccccttgaa tactttcctc tattatataa 4080
tatggatctc tagttaaggc actgtatagt aagtattcct tattaacacc cttacaaatt 4140
aaaaaactaa aagtacacag cttttgacag aaattattaa ttgcagaaac tctatgtcta 4200
tgtggagtta aaaagaatat aatattatga ccagcacaca tgtgtctact aataaaagtt 4260
acagaatatt tttccataag ttttttatac agaattaaag ctttttcttt agtagtatac 4320
acagcaaagc aggcaagagt tctattacta aatacagctt gactaagaaa ctggtgtaga 4380
tcagaaggaa agtctttagg gtcttctacc tttctttttt ttttgggtgg tgttgagtgt 4440
tgagaatctg ctgttgcctc ctcatcactg gcaaacatat cttcatggca aaataaatct 4500
tcatcccatt tttcattaaa ggacctccac caggactccc actcttctgt tccataggtt 4560
ggcacctata aaaaaaacat aattacttag ggccttccta taatttacta tttatctaaa 4620
gataaattag ttaccttaaa gctttagatc tctgaaggga gtctctccaa ttatttggac 4680
ccaccattgc agagtttctt cagttaggtc taagccaaac cactgtgtga agcagtcaat 4740
gcagtagcaa tctatccaaa ccaagggctc ttttcttaaa aattttctat ttaaatgtct 4800
taatcttagc tgacacagca tgcaagggca gtgcactgaa ggctttttgg aacaaatagg 4860
ccattccttg cagtacaggg tatctgggca aagaggaaaa tcagcacaaa cctctgagct 4920
actccaggtt ccaaaatcag gctggtgagc tacctttaca tcctgctcca tttttttata 4980
taaagtattc attctcttca ttttatcctc gtcgccccct ttgtcagggt gaaattcctt 5040
acactttctt aaataggctt tcctcattaa gggaaggttt ccccaggcag ctctttcaag 5100
gcctaaaagg tccatgagct ccatggattc ctccctgttt agaactttat ccat 5154
<210> 46
<211> 5149
<212> DNA
<213> 人多瘤病毒BK型病毒
<400> 46
ttttgcaaaa attgcaaaag aatagggatt tcccccaaat agttttgcta ggcctcagaa 60
aaagcctcca cacccttact acttgagaga aagggtggag gcagaggcgg cctcggcctc 120
ttatatatta taaaaaaaaa ggccacaggg aggagctgct tacccatgga atgcagccaa 180
accatgacct caggaaggaa agtgcatgac tgggcagcca gccagtggca gttaatagtg 240
aaaccccgcc cctgaaattc tcaaataaac acaagaggaa gtggaaactg gccaaaggag 300
tggaaagcag ccagacagac atgttttgcg ggcctaggaa tcttggcctt gtccccagtt 360
aaactggaca aaggccatgg ttctgcgcca gctgtcacga caagcttctg tgaaacttgg 420
taaaacctgg actggaacaa aaaaaagagc tcagaggatt tttattttta ttttagagct 480
tttgctggaa ttttgtagag gtgaagacag tgtagacggg aaaaacaaaa gtaccactgc 540
tttacctgct gtaaaagact ctgtaaaaga ctcctaggta agtaatccct ttttttttgt 600
atttccaggt tgatgggtgc tgctctagca cttttggggg acctagttgc cagtgtatct 660
gaggctgctg ctgccacagg attttcagtg gctgaaattg ctgctgggga ggctgctgct 720
gctatagaag ttcaaattgc atcccttgct actgtagagg gcataacaag tacctcagag 780
gctatagctg ctataggcct aactcctcaa acatatgctg taattgctgg tgctcctggg 840
gctattgctg ggtttgctgc tttaattcaa actgttactg gtattagttc cttggctcaa 900
gtagggtata ggttttttag tgattgggat cacaaagttt ccactgtagg cctctatcag 960
caatcaggca tggctttgga attgtttaac ccagatgagt actatgatat attgtttcct 1020
ggtgtaaata cttttgtaaa taatattcaa taccttgatc ctaggcattg gggtccttct 1080
ttgtttgcta ctatttctca ggctttgtgg catgttatta gggatgatat acctgctata 1140
acctcacaag aattgcaaag aagaacagaa agatttttta gagactcctt ggctagattt 1200
ttggaggaaa ctacctggac aattgtaaat gcccctataa acttttataa ttatattcaa 1260
gaatattatt ctgatctttc ccctattagg ccctcaatgg ttagacaagt agctgaaagg 1320
gaaggtaccc gtgtacattt tggccatact tatagtatag atgatgctga cagtatagaa 1380
gaagttacac aaagaatgga cttaagaaat caacaaactg tacattcagg agagtttata 1440
gaaaaaacta ttgccccagg aggtgctaat caaagaactg ctcctcaatg gatgttgcct 1500
ttacttctag gcctgtacgg gactgtaaca cctgctcttg aagcatatga agatggcccc 1560
aacaaaaaga aaaggagagt gtccaggggc agctcccaaa aagccaaagg aacccgtgca 1620
agtgccaaaa ctgctaataa aaggaggagt agaagttcta gaagttaaaa ctgggctaga 1680
tgctataaca gaggtagaat gcttcctaaa cccagaaatg ggggatccag gatccagatg 1740
aaaaccttag gggctttagt ctaaagctaa gtgctgaaaa tgactttagc agtgatagcc 1800
cagaaagaaa aatgcttccc tgttacagca cagcaagaat tcccctcccc aatttaaatg 1860
aggacctaac ctgtggaaat ctactgatgt gggaggctgt aacagtacaa acagaggtca 1920
ttggaataac tagcatgctt aaccttcatg cagggtcaca aaaagtgcat gagcatggtg 1980
gaggtaaacc tattcaaggc agtaatttcc acttttttgc tgttggtgga gaccccttgg 2040
aaatgcaggg agtgctaatg aattacagga caaagtaccc agaaggtact ataaccccaa 2100
aaaacccaac agcccagtcc caagtaatga atactgacca taaggcctat ttggacaaaa 2160
acaatgctta tccagttgag tgctggattc ctgatcccag tagaaatgaa aatactaggt 2220
attttgggac tttcacagga ggggaaaatg ttcccccagt acttcatgtg accaacacag 2280
ctaccacagt gttgctagat gaacagggtg tggggcctct ttgtaaagct gatagcctgt 2340
atgtttcagc tgctgatatt tgtggcctgt ttactaacag ctctggaaca caacagtgga 2400
gaggccttgc aagatatttt aagattcgcc tgagaaaaag atctgtaaaa aatccttacc 2460
caatttcctt tttgctaagt gaccttataa acaggagaac ccagagagtg gatgggcagc 2520
ctatgtatgg tatggaatcc caggtagaag aggttagggt gtttgatggc acagaaaaac 2580
ttccagggga cccagatatg ataagatata ttgacaaaca aggacaattg caaaccaaaa 2640
tgctttaaac aggtgctttt attgttgata tacatttaat aaatgctgct tttgtataag 2700
ccagttttaa gcttgtgtta ttttgggggt ggtgttttag gccttttaaa acactgaaag 2760
cctttacaca aatgcaactc ttgactatgg gggtctgacc tttgggaatc ttcagcaggg 2820
gctgaagtat ctgagacttg ggaagagcat tgtgattggg attcagtgct tgatccatgt 2880
ccagagtctt cagtttctga atcttcttct cttgtgatat caagaataca ttttcccatg 2940
catatattat atttcatcct tgaaaaagta tacatactta tctcagaatc cagcctttcc 3000
ttccattcaa caattctaga ttgtatatct gttgcaaaat cagctacagg cctaaaccaa 3060
attagcagta gcaacaaggt cattccactt tgtaaaattc ttttttcaag taagaactct 3120
gagttttgta aggattttct taaatatatt ttgggcctaa aatctatctg tcttacaaat 3180
ctagcctgca gggttttagg gacaggatac tcattcattg taaccaggcc tggtggaaat 3240
atttgggttc ttttgtttaa atgtttcttt tctaaattaa ccttaacact tccatctaaa 3300
taatctctca aactgtctaa attgtttatt ccatgtcctg aaggcaaatc ctttgattca 3360
gctcctgttc cttttacatc ttcaaaaaca accatgtact gatctatagc tacacctagt 3420
tcaaaggtta gcctttccat gggtaggttt acatttaaag ctttacctcc acacaaatct 3480
aataaccctg cagctagtgt tgtttttcca ctatcaatgg gacctttaaa taaccagtat 3540
cttcttttag gtacattaaa aacaatacag tgcaaaaaat caaatataac agaatccatt 3600
ttaggtagca aacagtgcag ccaagcaaca cctgccatat attgttctaa tacagcattt 3660
ccatgagccc caaatattaa atccatttta tctaatatat gattaaatct ttctgttagc 3720
atttcttctc tagtcatatg aaggctatct actctttttt tagctaaaac tgtatctact 3780
gcttgctgac aaatactttt ttgattttta ctttctgcaa agatagtagc atttgcaaaa 3840
tgcttttcat gatacttaaa gtgataaggt tggtcttttt tctgacactt tttacactcc 3900
tctacattgt attgaaattc taaatacata cctaataata aaaacacatc ctcacacttt 3960
gtttctactg catactcagt aattaatttc caagagacct gctttgtttc ttcaggctct 4020
tctgggttaa aatcatgctc ctttaagccc ccttgaatgc tttcttctat tgtatggtat 4080
ggatctctag ttaaggcact atatagtaag tattccttat taacaccctt acaaattaaa 4140
aaactaaagg tacacagctt ttgacagaaa ttattaattg cagaaactct atgtctatgt 4200
ggagttaaaa agaatataat attatgccca gcacacatgt gtctactaat aaaagttaca 4260
gaatattttt ccataagttt tttatacaga atttgagctt tttctttagt agtatacaca 4320
gcaaagcagg cgagggttct attactaaat acagcttgac taagaaactg gtgtagatca 4380
gaaggaaagt ctttagggtc ttctaccttt ctttttttct tgggtggtgt tgagtgttga 4440
gaatctgctg ttgcttcttc atcactggca aacatatctt catggcaaaa taaatcttca 4500
tcccattttt cattaaagga actccaccaa gactcccact cttctgttcc ataggttggc 4560
acctataaaa caaataatta cttagggcct ttaaatattt tattatttat ctaaatataa 4620
ggtagttacc ttaaagcttt agatctctga agggagtttc tccaattatt tggacccacc 4680
attgcagagt ttcttcagtt aggtctaagc caaaccactg tgtgaagcag tcaatgcagt 4740
agcaatctat ccaaaccaag ggctcttttc ttaaaaattt tctatttaaa tgccttaatc 4800
taagctgaca tagcatgcaa gggcagtgca cagaaggctt tttggaacaa ataggccatt 4860
ccttgcagta cagggtatct gggcaaagag gaaaatcagc acaaacctct gagctactcc 4920
aggttccaaa atcaggctga tgagctacct ttacatcttg ctccattttt ttatataaag 4980
tattcattct cttcatttta tcctcgtcgc cccctttgtc agggtgaaat tccttacact 5040
tccttaaata ggcttttctc attaagggaa ggtttcccca ggcagctctt tcaaggccca 5100
aaaggtccat gagctccatg gattcttccc tgttaagcac tttatccat 5149
<210> 47
<211> 5146
<212> DNA
<213> 人多瘤病毒BK型病毒
<400> 47
ttttgcaaaa attgcaaaag aatagggatt tccccaaata gttttgctag gcctcagaaa 60
aagcctccac acccttacta cttgagagaa agggtggagg cagaggcggc ctcggcctct 120
tatatattat aaaaaaaaag gccacaggga ggagctgctt acccatggaa tgcagccaaa 180
ccatgacctc aggaaggaaa gtgcatgact gggcagccag ccagtggcag ttaatagtga 240
aaccccgccc ctgaaattct caaataaaca caagaggaag tggaaactgg ccaaaggagt 300
ggaaagcagc cagacagaca tgttttgcgg gcctaggaat cttggccttg tccccagtta 360
aactggacaa aggccatggt tctgcgccag ctgtcacgac aagcttctgt gaaacttggt 420
aaaacctgga ctggaacaaa aaaaagagct cagaggattt ttatttttat tttagagctt 480
ttgctggaat tttgtagagg tgaagacagt gtagacggga aaaacaaaag taccactgct 540
ttacctgctg taaaagactc tgtaaaagac tcctaggtaa gtaatccctt tttttttgta 600
tttccaggtt gatgggtgct gctctagcac ttttggggga cctagttgcc agtgtatctg 660
aggctgctgc tgccacagga ttttcagtgg ctgaaattgc tgctggggag gctgctgctg 720
ctatagaagt tcaaattgca tcccttgcta ctgtagaggg cataacaagt acctcagagg 780
ctatagctgc tataggccta actcctcaaa catatgctgt aattgctggt gctcctgggg 840
ctattgctgg gtttgctgct ttattcaaac tgttactggt attagttcct tggctcaagt 900
agggtatagg ttttttagtg attgggatca caaagtttcc actgtaggcc tctatcagca 960
atcaggcatg gctttggaat tgtttaaccc agatgagtac tatgatatat tgtttcctgg 1020
tgtaaatact tttgtaaata atattcaata ccttgatcct aggcattggg gtccttcttt 1080
gtttgctact atttctcagg ctttgtggca tgttattagg gatgatatac ctgctataac 1140
ctcacaagaa ttgcaaagaa gaacagaaag attttttaga gactccttgg ctagattttt 1200
ggaggaaact acctggacaa ttgtaaatgc ccctataaac ttttataatt atattcaaga 1260
atattattct gatctttccc ctattaggcc ctcaatggtt agacaagtag ctgaaaggga 1320
aggtacccgt gtacattttg gccatactta tagtatagat gatgctgaca gtatagaaga 1380
agttacacaa agaatggact taagaaatca acaaactgta cattcaggag agtttataga 1440
aaaaactatt gccccaggag gtgctaatca aagaactgct cctcaatgga tgttgccttt 1500
acttctaggc ctgtacggga ctgtaacacc tgctcttgaa gcatatgaag atggccccaa 1560
caaaaagaaa aggagagtgt ccaggggcag ctcccaaaaa gccaaaggaa cccgtgcaag 1620
tgccaaaact actaataaaa ggaggagtag aagttctaga agttaaaact gggctagatg 1680
ctataacaga ggtagaatgc ttcctaaacc cagaaatggg ggatccggat ccagatgaaa 1740
accttagggg ctttagtcta aagctaagtg ctgaaaatga ctttagcagt gatagcccag 1800
aaagaaaaat gcttccctgt tacagcacag caagaattcc cctccccaat ttaaatgagg 1860
acctaacctg tggaaatcta ctgatgtggg aggctgtaac agtacaaaca gaggtcattg 1920
gaataactag catgcttaac cttcatgcag ggtcacaaaa agtgcatgag catggtggag 1980
gtaaacctat tcaaggcagt aatttccact tttttgctgt tggtggagac cccttggaaa 2040
tgcagggagt gctaatgaat tacaggacaa agtacccaga aggtactata accccaaaaa 2100
acccaacagc ccagtcccaa gtaatgaata ctgaccataa ggcctatttg gacaaaaaca 2160
atgcttatcc agttgagtgc tggattcctg atcccagtag aaatgaaaat actaggtatt 2220
ttgggacttt cacaggaggg gaaaatgttc ccccagtact tcatgtgacc aacacagcta 2280
ccacagtgtt gctagatgaa cagggtgtgg ggcctctttg taaagctgat agcctgtatg 2340
tttcagctgc tgatatttgt ggcctgttta ctaacagctc tggaacacaa cagtggagag 2400
gccttgcaag atattttaag attcgcctga gaaaaagatc tgtaaaaaat ccttacccaa 2460
tttccttttt gctaagtgac cttataaaca ggagaaccca gagagtggat gggcagccta 2520
tgtatggtat ggaatcccag gtagaagagg ttagggtgtt tgatggcaca gaaagacttc 2580
caggggaccc agatatgata agatatattg acaaacaagg acaattgcaa actaaaatgg 2640
tttaaacagg tgcttttatt gttgatatac atttaataaa tgctgctttt gtataagcca 2700
gttttaagct tgtgttattt tgggggtggt gttttaggcc ttttaaaaca ctgaaagcct 2760
ttacacaaat gcaactcttg actatggggg tctgaccttt gggaatcttc agcaggggct 2820
gaagtatctg agacttggga agagcattgt gattgggatt cagtgcttga tccatgtcca 2880
gagtcttcag tttctgaatc ttcttctctt gtgatatcaa gaatacattt tcccatgcat 2940
atattatatt tcatccttga aaaagtatac atacttatct cagaatccag cctttccttc 3000
cattcaacaa ttctagattg tatatctgtt gcaaaatcag ctacaggcct aaaccaaatt 3060
agcagtagca acaaggtcat tccactttgt agaattcttt tttcaagtaa gaactctgag 3120
ttttgtaagg attttcttaa atatattttg ggcctaaaat ctatctgtct tacaaatcta 3180
gcctgcaggg ttttagggac aggatactca ttcattgtaa ccaggcctgg tggaaatatt 3240
tgggttcttt tgtttaaatg tttcttttct aaattaacct taacacttcc atctaaataa 3300
tctctcaaac tgtctaaatt gtttattcca tgtcctgaag gcaaatcctt tgattcagct 3360
cctgttcctt ttacatcttc aaaaacaacc atgtactgat ctatagctac acctagttca 3420
aaggtcagcc tttccatggg taggtttaca tttaaagctt tacctccaca caaatctaat 3480
aaccctgcag ctagtgttgt ttttccacta tcaatgggac ctttaaataa ccagtatctt 3540
cttttaggta cattaaaaac aatacagtgc aaaaaatcaa atataacaga atccatttta 3600
ggtaacaaac agtgcagcca agcaacacct gccatatatt gttctaatac agcatttcca 3660
tgagccccaa atattaaatc cattttatct aatatatgat taaatctttc tgttagcatt 3720
tcttctctag tcatatgaag gctatctact ctttttttag ctaaaactgt atctactgct 3780
tgctgacaaa tacttttttg atttttactt tctgcaaaga tagtagcatt tgcaaaatgc 3840
ttttcatgat acttaaagtg ataaggttgg tcttttttct gacacttttt acactcctct 3900
acattgtatt gaaattctaa atacatacct aataataaaa acacatcctc acactttgtt 3960
tctactgcat actcagtaat taatttccaa gagacctgct ttgtttcttc aggctcttct 4020
gggttaaaat catgctcctt taagccccct tgaatgcttt cttctattgt atggtatgga 4080
tctctagtta aggcactata tagtaagtat tccttattaa cacccttaca aattaaaaaa 4140
ctaaaggtac acagcttttg acagaaatta ttaattgcag aaactctatg tctatgtgga 4200
gttaaaaaga atataatatt atgcccagca cacatgtgtc tactaataaa agttacagaa 4260
tatttttcca taagtttttt atacagaatt tgagcttttt ctttagtagt atacacagca 4320
aagcaggcaa gggttctatt actaaataca gcttgactaa gaaactggtg tagatcagaa 4380
ggaaagtctt tagggtcttc tacctttctt tttttcttgg gtggtgttga gtgttgagaa 4440
tctgctgttg cttcttcatc actggcaaac atatcttcat ggcaaaataa atcttcatcc 4500
catttttcat taaaggaact ccaccaggac tcccactctt ctgttccata ggttggcacc 4560
tataaaacaa ataattactt agggccttta aatattttat tatttatcta aatataaggt 4620
agttacctta aagctttaga tctctgaagg gagtttctcc aattatttgg acccaccatt 4680
gcagagtttc ttcagttagg tctaagccaa accactgtgt gaagcagtca atgcagtagc 4740
aatctatcca aaccaagggc tcttttctta aaaattttct atttaaatgc cttaatctaa 4800
gctgacatag catgcaaggg cagtgcacag aaggcttttt ggaacaaata ggccattcct 4860
tgcagtacag ggtatctggg caaagaggaa aatcagcaca aacctctgag ctactccagg 4920
ttccaaaatc aggctgatga gctaccttta catcttgctc cattttttta tataaagtat 4980
tcattctctt cattttatcc tcgtcgcccc ctttgtcagg gtgaaattcc ttacacttcc 5040
ttaaataggc ttttctcatt aagggaaggt ttccccaggc agctctttca aggcccaaaa 5100
ggtccatgag ctccatggat tcttccctgt taagcacttt atccat 5146
<210> 48
<211> 5153
<212> DNA
<213> 人多瘤病毒BK型病毒
<400> 48
ttttgcaaaa aattgcaaaa gaatagggat ttccccaaat agttttgcta ggcctcagaa 60
aaagcctcca cacccttact acttgagaga aagggtggag gcagaggcgg cctcggcctc 120
ttatatatta taaaaaaaaa ggccacaggg aggagctgct ttcccatgga atgcagccaa 180
accatgacct caggaaggaa agtgcatgac tgggcagcca gccagtggca gttaatagtg 240
aaaccccgcc cctagaattc tcaaataaac acaagaggaa gtggaaagta gccaaaggag 300
tggaaagcag ccagacagac atgttttgcg agccgaggaa tcttggcctt gtccccagtt 360
aatactggac aaaggccatg gttctacgcc agctgtcacg acaagcttct gtgaaagtta 420
gtaaaacctg gactggaact aaaaaaagag ctcagaggat tcttattttt attttagagc 480
ttttgctgga attttgtaga ggtgaagaca gtgtagacgg gaaaaacaaa agtaccactg 540
ctttacctgc tgtaaaagac tctgtaaaag actcctaggt aagtaatccc tttttttttg 600
tatttccagg ttcatgggtg ctgctctagc acttttgggg gacctagttg ccagtgtatc 660
tgaggctgct gctgccacag gattttcagt ggctgaaatt gctgctgggg aggctgctgc 720
tgctatagaa gttcaaattg catcccttgc tactgtagag ggcataacaa gtacctcaga 780
ggctatagct gctataggcc taactcctca aacatatgct gtaattgctg gtgctccagg 840
ggctattgct gggtttgctg ctttaattca aactgttact ggtattagtt ctttggctca 900
agtagggtat aggtttttta gtgattggga tcacaaagtt tccactgtag gcctttatca 960
gcaatcaggc atggcattgg aattgtttaa cccagatgag tactatgata ttttgtttcc 1020
tggtgtaaat acttttgtaa ataatattca atacctagat cctaggcatt ggggtccttc 1080
tttgtttgct actatttccc aggctttgtg gcatgttatt agggatgata tacctgctat 1140
aacttcacaa gaattgcaaa gaagaacaga gagattcttt agagactcct tggctagatt 1200
tttggaagaa actacctgga caattgtaaa tgcccctgta aacttttata attatattca 1260
ggattattat tctaatttgt cccctattag gccttcaatg gttaggcaag ttgctgaaag 1320
ggaaggaacc caggtaaatt ttggccatac ctacagaata gatgatgctg acagtataca 1380
agaagttacc caaagaatgg agttaagaaa taaagagaat gtacattcag gagagtttat 1440
agaaaaaact attgccccag gaggtgctaa tcaaagaact gctcctcaat ggatgttgcc 1500
tttgcttcta ggcctgtacg ggactgtaac acctgctctt gaagcatatg aagatggccc 1560
caaccaaaag aaaaggagag tgtccagggg cagctcccaa aaagccaaag gaatccgtgc 1620
aagtgccaaa actactaata aaaggaggag tagaagttct agaagttaaa acttgggtag 1680
atgctataac agaggtagaa tgcttcctaa acccagaaat gggggatccg gatccagatg 1740
aaaaccttag gggctttagt ctaagactaa ctgctgaaac tgcctttgac agtgatagcc 1800
cagacagaaa aatgcttccc tgttacagca cagcaagaat tccactacct aatttgaatg 1860
aggatctaac ctgtggaaat ctactaatgt gggaggctgt gactgtaaaa acagaggtta 1920
ttggaataac tagtatgctt aaccttcatg cagggtcaca gaaagtacat gaaaatggtg 1980
gaggcaaacc tattcaaggc agcaattttc acttttttgc tgtgggtggg gaccccttgg 2040
aaatgcaggg agtacttatg aactacagaa caaagtaccc agaaggtact gtcaccccaa 2100
aaaatcccac agctcagtcc caggtaatga atactgacca taaggcctac ttggacaaaa 2160
acaatgctta tccagttgaa tgctggattc ctgaccctag tagaaatgaa aatactaggt 2220
attttggaac atacacagga ggggaaaatg ttcccccagt acttcatgta accaacacag 2280
ctaccacagt gttgctggat gaacagggtg tggggcctct gtgtaaagct gatagcctgt 2340
atgtttcagc tgctgatatt tgtggactgt ttactaacag ctctggaaca caacagtgga 2400
ggggccttcc aagatatttt aagattcgcc tgagaaaaag atctgtaaag aacccttacc 2460
caatttcctt tttgcttagt gaccttataa acaggagaac ccagagagtg gatgggcagc 2520
ctatgtatgg tatggagtct cacgtggagg aggtcagggt gtttgatggc acagaaacag 2580
cttccagggg acccagatat gataagatat attgacagac agggacaatt gcaaacaaaa 2640
atggtttaaa caaggtgctt ttattgtaca tatacatgct taataaatgc tgcttttata 2700
ttacacactt ttaatcttgt gttattttgg gggtggtgtt ttaggccttt taaaacactg 2760
aaagccttta cacaaatgta actcttcact atgggggtct gacctttggg aatcttcagc 2820
aggggctgaa gtatctgaga cttgggaaga gcattgtgat tgggattcag tgcttgatcc 2880
atgtccagag tcttcagttt ctgaatcttc ttctcttgtt atatcaagaa tacatttccc 2940
catgcatata ttatatttca tccttgaaaa agtatacata cttatctcag aatccagcct 3000
ttccttccat tcaacaattc tagattgtat atcagttgca aaatcagcta caggcctaaa 3060
ccaaattagc agtagcaaca aggtcattcc actttgtaaa attctttttt caagtaagaa 3120
ctctgagttt tgtaaggatt ttcttaaata aattttaggt ctaaaatcta tctgtcttac 3180
aaatctagcc tgcaaggttt tggggacagg atactcattc attgtaacta aacctggtgg 3240
aaatatttgg gttcttttgt ttaaatgttt cttttctaaa tttaccttga cacttccatc 3300
taaataatcc cttaaactgt ctaaattgtt tattccatgt cctgaaggca aatcctttga 3360
ttcagctcct gttcccttca catcttcaaa aacaaccata tactgatcta tagccacacc 3420
cagttcaaaa gtaagccttt ccatgggtaa attcacattt aaagctttgc ctccacataa 3480
atctaataac cctgcagcta gtgttgtttt tccactatca attggacctt tgaataacca 3540
gtatcttctt ttaggtacat taaaaacaat acagtgcagg aaatcaaata taacagaatc 3600
cattttaggt agcaaacagt gcagccaggc aactcctgcc atatattgtt ctagtacagc 3660
atttccatga gctccaaata ttaaatccat tttatctaat atatgattaa atctgtctgt 3720
tagcatttct tctctggtca tatggagggt atctaccctt tttttagcta acactgtatc 3780
cactgcttgc tgacaaatac ttttttgatt tttactttct gcaaaaatgg tagcatttgc 3840
aaaatgcttt tcatgatatt taaagtggta gggttggtct tttttttgac actttttaca 3900
ctcctctaca ttgtactgaa attctaaata catacccaat agtagaaaca catcttcaca 3960
ctttgtttct actgcatatt cagttattaa tttccaggac acctgctttg tttcttcagg 4020
ttcctctggg ttaaaatcat gctcctttag gcccccttga atactttcct ctattatata 4080
atatggatct ctagttaagg cactgtatag taagtattcc ttattaacac ccttacaaat 4140
taaaaaacta aaagtacaca gcttttgaca gaaattatta attgcagaaa ctctatgtct 4200
atgtggagtt aaaaagaata taatattatg accagcacac atgtgtctac taataaaagt 4260
tacagaatat ttttccataa gttttttata cagaattaaa gctttttctt tagtagtata 4320
cacagcaaag caggcaagag ttctattact aaatacagct tgactaagaa actggtgtag 4380
atcagaagga aagtctttag ggtcttctac ctttcttttt tttttgggtg gtgttgagtg 4440
ttgggaatct gctgttgcct cctcatcact ggcaaacata tcttcatggc aaaataaatc 4500
ttcatcccat ttttcattaa aggacctcca ccaggactcc cactcttctg ttccataggt 4560
tggcacctat aaaaaaaata attacttagg gccttttaat aatttactat ttatctaaag 4620
ataaattagt taccttaaag ctttagatct ctgaagggag tctctccaat tatttggacc 4680
caccattgca gagtttcttc agttaggtct aagccaaacc actgtgtgaa gcagtcaatg 4740
cagtagcaat ctatccaaac caagggctct tttcttaaaa attttctatt taaatgtctt 4800
aatcttagct gacacagcat gcaagggcag tgcactgaag gctttttgga acaaataggc 4860
cattccttgc agtacagggt atctgggcaa agaggaaaat cagcacaaac ctctgagcta 4920
ctccaggttc caaaatcagg ctggtgagct acctttacat cctgctccat ttttttatat 4980
aaagtattca ttctcttcat tttatcctcg tcgccccctt tgtcagggtg aaattcctta 5040
cactttctta aataggcttt cctcattaag ggaaggtttc cccaggcagc tctttcaagg 5100
cctaaaaggt ccatgagctc catggattcc tccctgttta gcactttatc cat 5153
<210> 49
<211> 5147
<212> DNA
<213> 人多瘤病毒BK型病毒
<400> 49
ttttgcaaaa attgcaaaag aatagggatt tccccaaata tttttgctag gcctcagaaa 60
aagcctccac acccttacta cttgagagaa agggtggagg cagaggcggc ctcggcctct 120
tatatattat aaaaaaaaag gccacaggga ggagctgcta acccatggaa tgtagccaaa 180
ccatgacctc aggaaggaaa gtgcatgact gggcagccag ccagtggcag ttaatagtga 240
aaccccgccc ctaaaattct caaataaaca caagaggaag tggaaactgg ccaaaggagt 300
ggaaagcagc cagacagaca tgttttgcga gcctaggaat cttggccttg tccccagtta 360
aactggacaa aggccatggt tctgcgccag ctgtcacgac aagcttctgt gaaagttagt 420
aaaacctgga ctggaacaaa aaaaagggct cagaggattt ttatttttat tttagagctt 480
ttgctggaat tttgtagagg tgaagacagt gtagacggga aaaacaaaag taccactgct 540
ttacctgctg taaaagactc tgtaaaagac tcctaggtaa gtaatccctt tttttttgta 600
tttccaggtt gatgggtgct gctctagcac ttttggggga cctagttgcc agtgtatctg 660
aggctgctgc tgccacagga ttttcagtgg ctgaaattgc tgctggggag gctgctgctg 720
ctatagaagt tcaaattgca tcccttgcta ctgtagaggg cataacaagt acctcagagg 780
ctatagctgc tataggccta actcctcaaa catatgctgt aattgctggt gctcctgggg 840
ctattgctgg gtttgctgct ttaattcaaa ctgttactgg tattagttcc ttggctcaag 900
tagggtatag gttttttagt gattgggatc acaaagtttc cactgtaggc ctctatcagc 960
aatcaggcat ggctttggaa ttgtttaacc cagatgagta ctatgatatt ttgtttcctg 1020
gtgtaaatac ttttgtaaat aatattcaat accttgatcc taggcattgg ggtccttcct 1080
tgtttgctac tatttcccag gctttgtggc atgttattag ggatgatata cctgctataa 1140
cctcacaaga attgcaaaga agaacagaaa gattttttag agactccttg gctagatttt 1200
tggaggaaac tacctggaca attgtaaatg cccctataaa cttttataat tatattcaag 1260
aatattattc tgatctttcc cctattaggc cctcaatggt tagacaagtg gctgaaaggg 1320
aaggtacccg tgtacatttt ggccatactt atagtataga tgatgctgac agtatagaag 1380
aagttacaca aagaatggac ttaagaaatc aacaaactgt acattcagga gagtttatag 1440
aaaaaactat tgccccagga ggtgctaatc aaagaactgc tcctcaatgg atgttgcctt 1500
tacttctagg cctgtacggg actgtaacac ctgctcttga agcatatgaa gatggcccca 1560
accaaaagaa aaggagagtg tccaggggca gctcccaaaa agccaaagga acccgtgcaa 1620
gtgccaaaac tactaataaa aggaggagta gaagttctag aagttaaaac tggggtagat 1680
gctataacag aggtagaatg cttcctaaac ccagaaatgg gggatccgga tccagatgaa 1740
aaccttaggg gctttagtct aaagctaagt gctgaaaatg actttagcag tgatagccca 1800
gaaagaaaaa tgcttccctg ttacagcaca gcaagaattc ccctccccaa tttaaatgag 1860
gacctaacct gtggaaatct actgatgtgg gaggctgtaa ctgtacaaac agaggtcatt 1920
ggaataacta gcatgcttaa ccttcatgca gggtcacaaa aagtgcatga gcatggtgga 1980
ggtaaaccta ttcaaggcag taatttccac ttctttgctg ttggtggaga ccccttggaa 2040
atgcagggag tgctaatgaa ttacaggacc aagtacccag atggtactat aaccccaaaa 2100
aacccaacag cccagtccca ggtaatgaat actgaccata aggcctattt ggacaaaaac 2160
aatgcttatc cagttgagtg ctgggttcct gatcctagta gaaatgaaaa tactaggtat 2220
tttgggactt tcacaggagg ggaaaatgtt cccccagtac ttcatgtgac caacacagct 2280
accacagtgt tgctagatga acagggtgtg gggcctcttt gtaaagctga tagcctgtat 2340
gtttcagctg ctgatatttg tggcctgttt actaacagct ctggaacaca acagtggaga 2400
ggccttgcaa gatattttaa gattcgcctg agaaaaagat ctgtaaaaaa tccttaccca 2460
atttcctttt tgctaagtga ccttataaac aggagaaccc agagagtgga tgggcagcct 2520
atgtatggta tggaatccca ggtagaagag gttagggtgt ttgatggcac agaaagactt 2580
ccaggggacc cagatatgat aagatatatt gataaacaag gacaattgca aaccaaaatg 2640
ctttaaacag gtgcttttat tgtacatata catttaataa atgctgcttt tgtataagcc 2700
acttttaagc ttgtgttatt ttgggggtgg tgttttaggc cttttaaaac attgaaagcc 2760
tttacacaaa tgcaactctt gactatgggg gtctaacctt tgggaatctt cagcaggggc 2820
tgaagtatct gagacttggg aagagcattg tgattgggat tcagtgcttg atccatgtcc 2880
agagtcttca gtttctgaat cttcttctct tgtgatatca agaatacatt tccccatgca 2940
tatattatat ttcatccttg aaaaagtata catacttatc tcagaatcca gcctttcctt 3000
ccattcaaca attctagatt gtatatctgt tgcaaaatca gctacaggcc taaaccaaat 3060
tagcagtagc aacaaggtca ttccactttg taaaattctt ttttcaagta agaactctga 3120
gttttgtaag gattttctta aatatatttt gggcctaaaa tctatttgtc ttacaaatct 3180
agcttgcagg gttttaggaa caggatactc attcattgta accaggcctg gtggaaatat 3240
ttgggttctt ttgtttaaat gtttcttttc taaattaacc ttaacacttc catctaaata 3300
atctctcaaa ctgtctaaat tgtttattcc atgtcctgaa ggcaaatcct ttgattcagc 3360
ccctgttcct tttacatctt caaaaacaac catgtactga tctatagcta cacctagttc 3420
aaaggttagc ctttccatgg gtaggtttac atttaaggct ttacctccac acaaatctaa 3480
taaccctgca gctagtgttg tttttccact atcaatggga cctttaaata accagtatct 3540
tcttttaggt acattaaaaa caatacagtg caaaaaatca aatataacag aatccatttt 3600
aggtagcaaa cagtgcagcc aagcaacacc tgccatatat tgttccagta cagcatttcc 3660
atgagctcca aatattaaat ccattttatc taatatatga ttaaatcttt ctgttagcat 3720
ttcttctctg gtcatatgaa gggtatctac tcttttttta gctaaaactg tatctactgc 3780
ttgctgacaa atactttttt gatttttact ttctgcaaaa atagtagcat ttgcaaaatg 3840
cttttcatga tacttaaagt gataaggttg gtcttttttc tgacactttt tacactcttc 3900
tacattgtat tgaaattcta aatacatacc caataataaa aacacatcct cacactttgt 3960
ctctactgca tactcagtaa ttaatttcca agacacctgc tttgtttctt caggctcttc 4020
tgggttaaaa tcatgctcct ttaagccccc ttgaatgctt tcttctattg tatggtatgg 4080
atctctagtt aaggcactat atagtaagta ttccttatta acacccttac aaattaaaaa 4140
actaaaggta cacagctttt gacagaaatt attaattgca gaaactctat gtctatgtgg 4200
agttaaaaag aatataatat tatgcccagc acacatgtgt ctactaataa aagttacaga 4260
atatttttcc ataagttttt tatacagaat ttgagctttt tctttagtag tatacacagc 4320
aaagcaggca agggttctat tactaaatac agcttgacta agaaactggt gtagatcaga 4380
aggaaagtct ttagggtctt ctacctttct ctttttcttg ggtggtgtgg agtgttgaga 4440
atctgctgtt gcttcttcat cactggcaaa catatcttca tggcaaaata aatcttcatc 4500
ccatttttca ttaaaggagc tccaccagga ctcccactct tctgttccat aggttggcac 4560
ctataaaaaa aataattact tagggccttt aaatattttc ttatttatct aaatataagt 4620
tagttacctt aaagctttag atctctgaag ggagtttctc caattatttg gacccaccat 4680
tgcagagttt cttcagttag gtctaagcca aaccactgtg tgaagcagtc aatgcagtag 4740
caatctatcc aaaccaaggg ctcttttctt aaaaattttc tatttaaatg ccttaatcta 4800
agctgacata gcatgcaagg gcagtgcaca gaaggctttt tggaacaaat aggccaatcc 4860
ttgcagtaca gggtatctgg gcaaagagga aaatcagcac aaacctctga gctactccag 4920
gttccaaaat caggctgatg agctaccttt acatcctgct ccattttttt atataaagta 4980
ttcattctct tcattttatc ctcgtcgccc cctttgtcag ggtgaaattc cttacacttc 5040
cttaaatagg cttttctcat taagggaagg tttccccagg cagctctttc aaggcctaaa 5100
aggtccatga gctccatgga ttcttccctg ttaagcactt tatccat 5147
<210> 50
<211> 5147
<212> DNA
<213> 人多瘤病毒BK型病毒
<400> 50
ttttgcaaaa attgcaaaag aatagggatt tccccaaata gttttgctag gcctcagaaa 60
aagcctccac acccttacta cttgagagaa agggtggagg cagaggcggc ctcggcctct 120
tatatattat aaaaaaaaag gccacaggga ggagctgctt acccatggaa tgcagccaaa 180
ccatgacctc aggaaggaaa gtgcatgact gggcagccag ccagtggcag ttaatagtga 240
aaccccgccc ctaaaattct caaataaaca caagaggaag tggaaactgg ccaaaggagt 300
ggaaagcagc cagacagaca tgttttgcga gcctaggaat cttggccttg tccccagtta 360
aactggacaa aggccatggt tctgcgccag ctgtcacgac aagcttctgt gaaagttggt 420
aaaacctgga ctggaacaaa aaaaagagct cagaggattt ttatttttat tttagagctt 480
ttgctggaat tttgtagagg tgaagacagt gtagacggga aaaacaaaag taccactgct 540
ttacctgctg taaaagactc tgtaaaagac tcctaggtaa gtaatccctt tttttttgta 600
tttccaggtt catgggtgct gctctagcac ttttggggga cctagttgcc agtgtatctg 660
aggctgctgc tgccacagga ttttcagtgg ctgaaattgc tgctggggag gctgctgctg 720
ctatagaagt tcaaattgca tcccttgcta ctgtagaggg cataacaagt acctcagagg 780
ctatagctgc tataggccta actcctcaaa catatgctgt aattgctggt gctcctgggg 840
ctattgctgg gtttgctgct ttaattcaaa ctgttagtgg tattagttcc ttggctcaag 900
tagggtatag gttctttagt gattgggatc acaaagtttc cactgtaggc ctctatcagc 960
aatcaggcat ggctttggaa ttgtttaacc cagatgagta ctatgatatt ctgtttcctg 1020
gtgtaaatac ttttgttaat aatattcaat accttgatcc taggcattgg ggtccttctt 1080
tgtttgctac tatttcccag gctttgtggc atgttattag ggatgatata ccttctataa 1140
cctcacagga attgcagaga agaacagaaa gattttttag agactccttg gctagatttt 1200
tggaggaaac tacctggacc attgtaaatg cccctataaa cttttataat tatattcaac 1260
aatattattc tgatctgtcc cctattaggc cctcaatggt tagacaagta gctgaaaggg 1320
aaggtacccg tgtacatttt ggccatactt atagtataga tgatgctgac agtatagaag 1380
aagttacaca aagaatggat ttaagaaatc aacaaagtgt acattcagga gagtttatag 1440
aaaaaactat tgccccagga ggtgctaatc aaagaactgc tcctcaatgg atgttgcctt 1500
tacttctagg cctgtacggg actgtaacac ctgctcttga agcatatgaa gatggcccca 1560
accaaaagaa aaggagagtg tccaggggca gctcccaaaa agccaaagga acccgtgcaa 1620
gtgccaaaac tactaataaa aggaggagta gaagttctag aagttaaaac tggggtagat 1680
gctattacag aggtagaatg cttcctaaac ccagaaatgg gggatccgga tccagatgaa 1740
aaccttaggg gctttagtct aaagctaagt gctgaaaatg actttagcag tgatagccca 1800
gagagaaaaa tgcttccctg ttacagcaca gcaagaattc ccctccccaa tttaaatgag 1860
gacctaacct gtggaaatct actgatgtgg gaggctgtaa ctgtacaaac agaggttatt 1920
ggaataacta gcatgcttaa ccttcatgca gggtcacaaa aagtgcatga gcatggtgga 1980
ggaaaaccta ttcaaggcag taatttccac ttctttgctg ttggtggaga ccccttggaa 2040
atgcagggag tgctaatgaa ttacaggaca aagtacccag atggtactat aacccctaaa 2100
aacccaacag cccagtccca ggtaatgaat actgaccata aggcctattt ggacaaaaac 2160
aatgcttatc cagttgagtg ctgggttcct gatcccagta gaaatgaaaa tactaggtat 2220
tttgggactt tcacaggagg ggaaaatgtt cccccagtac ttcatgtgac caacacagct 2280
accacagtgt tgctagatga acagggtgtg gggcctcttt gtaaagctga tagcctgtat 2340
gtttcagctg ctgatatttg tggcctgttt actaacagct ctggaacaca acagtggaga 2400
ggccttgcaa gatattttaa gatccgcctg agaaaaagat ctgtaaagaa tccttaccca 2460
atttcctttt tgctaagtga cctcataaac aggagaaccc agagagtgga tgggcagcct 2520
atgtatggta tggaatccca ggtagaagag gttagggtgt ttgatggcac agaaagactt 2580
ccaggggacc cagatatgat aagatatatt gacaaacagg gacaattgca aaccaaaatg 2640
ctttaaacag gtgcttttat tgtacatata catttaataa atgctgcttt tgtataagcc 2700
acttttaacc ttgtgttatt ttgggggtgg tgttttaggc cttttaaaac actgaaagcc 2760
tttacacaaa tgtaactctt gactatgggg gtctgacctt tgggaatctt cagcaggggc 2820
tgaagtatct gagacttggg aagagcattg tgattgggat tcagtgcttg atccatgtcc 2880
agagtcttca gtttctgaat cctcttctct tgtgatatca agaatacatt tccccatgca 2940
tatattatat ttcatccttg aaaaagtata catacttatc tcagaatcca gcctttcctt 3000
ccattcaaca attctagatt gtatatctgt tgcaaaatca gctacaggcc taaaccaaat 3060
tagcagtagc aacaaggtca ttccactttg tagaattctt ttttcaagta agaactctga 3120
gttttgtaag gattttctta aatatatttt gggcctaaaa tctatttgtc ttacaaatct 3180
agcttgcagg gttttaggga caggatactc attcattgta accaagcctg gtggaaatat 3240
ttgggttctt ttgtttaaat gttttttttc taaatttacc ttaacacttc catctaaata 3300
atctcttaaa ctgtctaaat tgtttattcc atgtcctgaa ggcaaatcct ttgattcagc 3360
ccctgtccct tttacatctt caaaaacaac catgtactga tctatagcca cacctagctc 3420
aaaggttagc ctttccatgg gtaggtttac atttaaggct ttacctccac acaaatctaa 3480
taaccctgca gctagtgttg tttttccact atcaatggga cctttaaata accagtatct 3540
tcttttaggt acattgaaaa caatacagtg caaaaaatca aatataacag aatccatttt 3600
aggtagcaaa cagtgcagcc aagcaacacc tgccatatat tgttctagta cagcatttcc 3660
atgagctcca aatattaaat ccattttatc taatatatga ttgaatcttt ctgttagcat 3720
ttcttccctg gtcatatgaa gggtatctac tcttttttta gctaaaactg tatctactgc 3780
ttgctgacaa atactttttt gatttttact ttctgcaaag ataatagcat ttgcaaagtg 3840
cttttcatga tacttaaagt gataaggttg gtcttttttc tgacactttt tacactcctc 3900
tacattgtat tgaaattcta aatacatacc taataataaa aacacatcct cacactttgt 3960
ctctactgca tactcagtaa ttaatttcca agacacctgc tttgtttctt caggctcttc 4020
tgggttaaaa tcatgctcct ttaagccccc ttgaatgctt tcttctatag tatggtatgg 4080
ctctctagtt aaggcactat acagtaagta ttccttatta acacccttac aaattaaaaa 4140
actaaaggta cacagctttt gacagaagtt attaattgca gaaactctat gtctatgtgg 4200
agttaaaaag aatataatat tatgcccagc acacatgtgt ctactaataa aagttacaga 4260
atatttttcc ataagttttt tatacaggat ttgagctttt tctttagtag tatacacagc 4320
aaagcaggca agggttctat tactaaatac agcttgacta agaaactggt gtagatcaga 4380
gggaaagtct ttagggtctt ctacctttct ttttttcttg ggtggtgttg agtgttgaga 4440
atctgctgtt gcttcttcat cactggcaaa catatcttca tggcaaaata agtcttcatc 4500
ccatttttca ttaaaggaac tccaccagga ctcccactct tctgttccat aggttggcac 4560
ctataaaaaa aataattact tagggccttt taatatttta ttatttatct aaatataagt 4620
tagttacctt aaagctttag atctctgaag ggagtttctc caattatttg gacccaccat 4680
tgcagagttt cttcagttag gtctaagcca aaccactgtc tgaagcagtc aatgcagtag 4740
caatctatcc aaaccaaggg ctcttttctt aaaaattttc tatttaaatg ccttaatcta 4800
agctgacata gcatgcaagg gcagtgcaca gaaggctttt tggaacaaat aggccattcc 4860
ttgcagtaca gggtatctgg gcaaagagga aaatcagcac aaacctctga gctactccag 4920
gttccaaaat caggctgatg agctaccttt acatcctgct ccattttttt atataaagta 4980
ttcattctct tcattttatc ctcgtcgccc cctttgtcag ggtgaaattc cttacacttc 5040
cttaaataag cttttctcat taagggaaga tttccccagg cagctctttc aaggcctaaa 5100
aggtccatga gctccatgga ttcttccctg ttaagcactt tatccat 5147
<210> 51
<211> 5148
<212> DNA
<213> 人多瘤病毒BK型病毒
<400> 51
ttttgcaaaa attgcaaaag aatagggatt tcccccaaat agttttgcta ggcctcagaa 60
aaagcctcca cacccttact acttgagaga aagggtggag gcagaggcgg cctcggcctc 120
ttatatatta taaaaaaaaa ggccacaggg aggagctgct tacccatgga atgcagccaa 180
accatgacct caggaaggaa agtgcatgac tgggcagcca gccagtggca gttaatagtg 240
aaaccccgcc cctgaaattc tcaaataaac acaagaggaa gtggaaactg gccaaaggag 300
tggaaagcag ccagacagac atgttttgcg ggcctaggaa tcttggcctt gtccccagtt 360
aaactggaca aaggccatgg ttctgcgcca gctgtcacga caagcttctg tgaaacttgg 420
taaaacctgg actggaacaa aaaaaagagc tcagaggatt tttattttta ttttagagct 480
tttgctggaa ttttgtagag gtgaagacag tgtagacggg aaaaacaaaa gtaccactgc 540
tttacctgct gtaagagact ctgtaaaaga ctcctaggta agtaatccct ttttttttgt 600
atttccaggt tgatgggtgc tgctctagca cttttggggg acctagttgc cagtgtatct 660
gaggctgctg ctgccacagg attttcagtg gctgaaattg ctgctgggga ggctgctgct 720
gctatagaag ttcaaattgc atcccttgct actgtagagg gcataacaag tacctcagag 780
gctatagctg ctataggcct aactcctcaa acatatgctg taattgctgg tgctcctggg 840
gctattgctg ggtttgctgc tttaattcaa actgttactg gtattagttc cttggctcaa 900
gtagggtata ggttttttag tgattgggat cacaaagttt ccactgtagg cctctatcag 960
caatcaggca tggctttgga attgtttaac ccagatgagt actatgatat attgtttcct 1020
ggtgtaaata cttttgtaaa taatattcaa taccttgatc ctaggcattg gggtccttct 1080
ttgtttgcta ctatttctca ggctttgtgg catgttatta gggatgatat acctgctata 1140
acctcacaag aattgcaaag aagaacagaa agatttttta gagactcctt ggctagattt 1200
ttggaggaaa ctacctggac aattgtaaat gcccctataa acttttataa ttatattcaa 1260
gaatattatt ctgatctttc ccctattagg ccctcaatgg ttagacaagt agctgaaagg 1320
gaaggtaccc gtgtacattt tggccatact tatagtatag atgatgctga cagtatagaa 1380
gaagttacac aaagaatgga cttaagaaat caacaaactg tacattcagg agagtttata 1440
gaaaaaacta ttgccccagg aggtgctaat caaagaactg ctcctcaatg gatgttgcct 1500
ttacttctag gcctgtacgg gactgtaaca cctgctcttg aagcatatga agatggcccc 1560
aacaaaaaga aaaggagagt gtccaggggc agctcccaaa aagccaaagg aacccgtgca 1620
agtgccaaaa ctactaataa aaggaggagt agaagttcta gaagttaaaa ctgggctaga 1680
tgctataaca gaggtagaat gcttcctaaa cccagaaatg ggggatccgg atccagatga 1740
aaaccttagg ggctttagtc taaagctaag tgctgaaaat gactttagca gtgatagccc 1800
agaaagaaaa atgcttccct gttacagcac agcaagaatt cccctcccca atttaaatga 1860
ggacctaacc tgtggaaatc tactgatgtg ggaggctgta acagtacaaa cagaggtcat 1920
tggaataact agcatgctta accttcatgc agggtcacaa aaagtgcatg agcatggtgg 1980
aggtaaacct attcaaggca gtaatttcca cttttttgct gttggtggag accccttgga 2040
aatgcaggga gtgctaatga attacaggac aaagtaccca gaaggtacta taaccccaaa 2100
aaacccaaca gcccagtccc aagtaatgaa tactgaccat aaggcctatt tggacaaaaa 2160
caatgcttat ccagttgagt gctggattcc tgatcccagt agaaatgaaa atactaggta 2220
ttttgggact ttcacaggag gggaaaatgt tcccccagta cttcatgtga ccaacacagc 2280
taccacagtg ttgctagatg aacagggtgt ggggcctctt tgtaaagctg atagcctgta 2340
tgtttcagct gctgatattt gtggcctgtt tactaacagc tctggaacac aacagtggag 2400
aggccttgca agatatttta agattcgcct gagaaaaaga tctgtaaaaa atccttaccc 2460
aatttccttt ttgctaagtg accttataaa caggagaacc cagagagtgg atgggcagcc 2520
tatgtatggt atggaatccc aggtagaaga ggttagggtg tttgatggca cagaaaaact 2580
tccaggggac ccagatatga taagatatat tgacaaacaa ggacaattgc aaaccaaaat 2640
gctttaaaca ggtgctttta ttgttgatat acatttaata aatgctgctt ttgtataagc 2700
cagttttaag cttgtgttat tttgggggtg gtgttttagg ccttttaaaa cactgaaagc 2760
ctttacacaa atgcaactct tgactatggg ggtctgacct ttgggaatct tcagcagggg 2820
ctgaagtatc tgagacttgg gaagagcatt gtgattggga ttcagtgctt gatccatgtc 2880
cagagtcttc agtttctgaa tcttcttctc ttgtgatatc aagaatacat tttcccatgc 2940
atatattata tttcatcctt gaaaaagtat acatacttat ctcagaatcc agcctttcct 3000
tccattcaac aattctagat tgtatatctg ttgcaaaatc agctacaggc ctaaaccaaa 3060
ttagcagtag caacaaggtc attccacttt gtagaattct tttttcaagt aagaactctg 3120
agttttgtaa ggattttctt aaatatattt tgggcctaaa atctatctgt cttacaaatc 3180
tagcctgcag ggttttaggg acaggatact cattcattgt aaccaggcct ggtggaaata 3240
tttgggttct tttgtttaaa tgtttctttt ctaaattaac cttaacactt ccatctaaat 3300
aatctctcaa actgtctaaa ttgtttattc catgtcctga aggcaaatcc tttgattcag 3360
ctcctgttcc ttttacatct tcaaaaacaa ccatgtactg atctatagct acacctagtt 3420
caaaggttag cctttccatg ggtaggttta catttaaagc tttacctcca cacaaatcta 3480
ataaccctgc agctagtgtt gtttttccac tatcaatggg acctttaaat aaccagtatc 3540
ttcttttagg tacattaaaa acaatacagt gcaaaaaatc aaatataaca gaatccattt 3600
taggtagcaa acagtgcagc caagcaacac ctgccatata ttgttctaat acagcatttc 3660
catgagcccc aaatattaaa tccattttat ctaatatatg attaaatctt tctgttagca 3720
tttcttctct agtcatatga aggctatcta ctcttttttt agctaaaact gtatctactg 3780
cttgctgaca aatacttttt tgatttttac tttctgcaaa gatagtagca tttgcaaaat 3840
gcttttcatg atacttaaag tgataaggtt ggtctttttt ctgacacttt ttacactcct 3900
ctacattgta ttgaaattct aaatacatac ctaataataa aaacacatcc tcacactttg 3960
tttctactgc atactcagta attaatttcc aagagacctg ctttgtttct tcaggctctt 4020
ctgggttaaa atcatgctcc tttaagcccc cttgaatgct ttcttctatt gtatggtatg 4080
gatctctagt taaggcacta tatagtaagt attccttatt aacaccctta caaattaaaa 4140
aactaaaggt acacagcttt tgacagaaat tattaattgc agaaactcta tgtctatgtg 4200
gagttaaaaa gaatataata ttatgcccag cacacatgtg tctactaata aaagttacag 4260
aatatttttc cataagtttt ttatacagaa tttgagcttt ttctttagta gtatacacag 4320
caaagcaggc gagggttcta ttactaaata cagcttgact aagaaactgg tgtagatcag 4380
aaggaaagtc tttagggtct tctacctttc tttttttctt gggtggtgtt gagtgttgag 4440
aatctgctgt tgcttcttca tcactggcaa acatatcttc atggcaaaat aaatcttcat 4500
cccatttttc attaaaggaa ctccaccagg actcccactc ttctgttcca taggttggca 4560
cctataaaac aaataattac ttagggcctt taaatatttt attatttatc taaatataag 4620
gtagttacct taaagcttta gatctctgaa gggagtttct ccaattattt ggacccacca 4680
ttgcagagtt tcttcagtta ggtctaagcc aaaccactgt gtgaagcagt caatgcagta 4740
gcaatctatc caaaccaagg gctcttttct taaaaatttt ctatttaaat gccttaatct 4800
aagctgacat agcatgcaag ggcagtgcac agaaggcttt ttggaacaaa taggccattc 4860
cttgcagtac agggtatctg ggcaaagagg aaaatcagca caaacctctg agctactcca 4920
ggttccaaaa tcaggctgat gagctacctt tacatcttgc tccatttttt tatataaagt 4980
attcattctc ttcattttat cctcgtcgcc ccctttgtca gggtgaaatt ccttacactt 5040
ccttaaatag gcttttctca ttaagggaag gtttccccag gcagctcttt caaggcccaa 5100
aaggtccatg agctccatgg attcttccct gttaagcact ttatccat 5148
<210> 52
<211> 5147
<212> DNA
<213> 人多瘤病毒BK型病毒
<400> 52
ttttgcaaaa attgcaaaag aatagggatt tccccaaata gttttgctag gcctcagaaa 60
aagcctccac acccttacta cttgagagaa agggtggagg cagaggcggc ctcggcctct 120
tatatattat aaaaaaaaag gccacaggga ggagctgctt acccatggaa tgcagccaaa 180
ccatgacctc aggaaggaaa gtgcatgact gggcagccag ccagtggcag ttaatagtga 240
aaccccgccc ctgaaattct caaataaaca caagaggaag tggaaactgg ccaaaggagt 300
ggaaagcagc cagacagaca tgttttgcgg gcctaggaat cttggccttg tccccagtta 360
aactggacaa aggccatggt tctgcgccag ctgtcacgac aagcttctgt gaaacttggt 420
aaaacctgga ctggaacaaa aaaaagagct cagaggattt ttatttttat tttagagctt 480
ttgctggaat tttgtagagg tgaagacagt gtagacggga aaaacaaaag taccactgct 540
ttacctgctg taaaagactc tgtaaaagac tcctaggtaa gtaatccctt tttttttgta 600
tttccaggtt gatgggtgct gctctagcac ttttggggga cctagttgcc agtgtatctg 660
aggctgctgc tgccacagga ttttcagtgg ctgaaattgc tgctggggag gctgctgctg 720
ctatagaagt tcaaattgca tcccttgcta ctgtagaggg cataacaagt acctcagagg 780
ctatagctgc tataggccta actcctcaaa catatgctgt aattgctggt gctcctgggg 840
ctattgctgg gtttgctgct ttaattcaaa ctgttactgg tattagttcc ttggctcaag 900
tagggtatag gttttttagt gattgggatc acaaagtttc cactgtaggc ctctatcagc 960
aatcaggcat ggctttggaa ttgtttaacc cagatgagta ctatgatata ttgtttcctg 1020
gtgtaaatac ttttgtaaat aatattcaat accttgatcc taggcattgg ggtccttctt 1080
tgtttgctac tatttctcag gctttgtggc atgttattag ggatgatata cctgctataa 1140
cctcacaaga attgcaaaga agaacagaaa gattttttag agactccttg gctagatttt 1200
tggaggaaac tacctggaca attgtaaatg cccctataaa cttttataat tatattcaag 1260
aatattattc tgatctttcc cctattaggc cctcaatggt tagacaagta gctgaaaggg 1320
aaggtacccg tgtacatttt ggccatactt atagtataga tgatgctgac agtatagaag 1380
aagttacaca aagaatggac ttaagaaatc aacaaactgt acattcagga gagtttatag 1440
aaaaaactat tgccccagga ggtgctaatc aaagaactgc tcctcaatgg atgttgcctt 1500
tacttctagg cctgtacggg actgtaacac ctgctcttga agcatatgaa gatggcccca 1560
acaaaaagaa aaggagagtg tccaggggca gctcccaaaa agccaaagga acccgtgcaa 1620
gtgccaaaac tactaataaa aggaggagta gaagttctag aagttaaaac tgggctagat 1680
gctataacag aggtagaatg cttcctaaac ccagaaatgg gggatccgga tccagatgaa 1740
aaccttaggg gctttagtct aaagctaagt gctgaaaatg actttagcag tgatagccca 1800
gaaagaaaaa tgcttccctg ttacagcaca gcaagaattc ccctccccaa tttaaatgag 1860
gacctaacct gtggaaatct actgatgtgg gaggctgtaa cagtacaaac agaggtcatt 1920
ggaataacta gcatgcttaa ccttcatgca gggtcacaaa aagtgcatga gcatggtgga 1980
ggtaaaccta ttcaaggcag taatttccac ttttttgctg ttggtggaga ccccttggaa 2040
atgcagggag tgctaatgaa ttacaggaca aagtacccag aaggtactat aaccccaaaa 2100
aacccaacag cccagtccca agtaatgaat actgaccata aggcctattt ggacaaaaac 2160
aatgcttatc cagttgagtg ctggattcct gatcccagta gaaatgaaaa tactaggtat 2220
tttgggactt tcacaggagg ggaaaatgtt cccccagtac ttcatgtgac caacacagct 2280
accacagtgt tgctagatga acagggtgtg gggcctcttt gtaaagctga tagcctgtat 2340
gtttcagctg ctgatatttg tggcctgttt actaacagct ctggaacaca acagtggaga 2400
ggccttgcaa gatattttaa gattcgcctg agaaaaagat ctgtaaaaaa tccttaccca 2460
atttcctttt tgctaagtga ccttataaac aggagaaccc agagagtgga tgggcagcct 2520
atgtatggta tggaatccca ggtagaagag gttagggtgt ttgatggcac agaaagactt 2580
ccaggggacc cagatatgat aagatatatt gacaaacaag gacaattgca aactaaaatg 2640
gtttaaacag gtgcttttat tgttgatata catttaataa atgctgcttt tgtataagcc 2700
agttttaagc ttgtgttatt ttgggggtgg tgttttaggc cttttaaaac actgaaagcc 2760
tttacacaaa tgcaactctt gactatgggg gtctgacctt tgggaatctt cagcaggggc 2820
tgaagtatct gagacttggg aagagcattg tgattgggat tcagtgcttg atccatgtcc 2880
agagtcttca gtttctgaat cttcttctct tgtgatatca agaatacatt ttcccatgca 2940
tatattatat ttcatccttg aaaaagtata catacttatc tcagaatcca gcctttcctt 3000
ccattcaaca attctagatt gtatatctgt tgcaaaatca gctacaggcc taaaccaaat 3060
tagcagtagc aacaaggtca ttccactttg tagaattctt ttttcaagta agaactctga 3120
gttttgtaag gattttctta aatatatttt gggcctaaaa tctatctgtc ttacaaatct 3180
agcctgcagg gttttaggga caggatactc attcattgta accaggcctg gtggaaatat 3240
ttgggttctt ttgtttaaat gtttcttttc taaattaacc ttaacacttc catctaaata 3300
atctctcaaa ctgtctaaat tgtttattcc atgtcctgaa ggcaaatcct ttgattcagc 3360
tcctgttcct tttacatctt caaaaacaac catgtactga tctatagcta cacctagttc 3420
aaaggtcagc ctttccatgg gtaggtttac atttaaagct ttacctccac acaaatctaa 3480
taaccctgca gctagtgttg tttttccact atcaatggga cctttaaata accagtatct 3540
tcttttaggt acattaaaaa caatacagtg caaaaaatca aatataacag aatccatttt 3600
aggtaacaaa cagtgcagcc aagcaacacc tgccatatat tgttctaata cagcatttcc 3660
atgagcccca aatattaaat ccattttatc taatatatga ttaaatcttt ctgttagcat 3720
ttcttctcta gtcatatgaa ggctatctac tcttttttta gctaaaactg tatctactgc 3780
ttgctgacaa atactttttt gatttttact ttctgcaaag atagtagcat ttgcaaaatg 3840
cttttcatga tacttaaagt gataaggttg gtcttttttc tgacactttt tacactcctc 3900
tacattgtat tgaaattcta aatacatacc taataataaa aacacatcct cacactttgt 3960
ttctactgca tactcagtaa ttaatttcca agagacctgc tttgtttctt caggctcttc 4020
tgggttaaaa tcatgctcct ttaagccccc ttgaatgctt tcttctattg tatggtatgg 4080
atctctagtt aaggcactat atagtaagta ttccttatta acacccttac aaattaaaaa 4140
actaaaggta cacagctttt gacagaaatt attaattgca gaaactctat gtctatgtgg 4200
agttaaaaag aatataatat tatgcccagc acacatgtgt ctactaataa aagttacaga 4260
atatttttcc ataagttttt tatacagaat ttgagctttt tctttagtag tatacacagc 4320
aaagcaggca agggttctat tactaaatac agcttgacta agaaactggt gtagatcaga 4380
aggaaagtct ttagggtctt ctacctttct ttttttcttg ggtggtgttg agtgttgaga 4440
atctgctgtt gcttcttcat cactggcaaa catatcttca tggcaaaata aatcttcatc 4500
ccatttttca ttaaaggaac tccaccagga ctcccactct tctgttccat aggttggcac 4560
ctataaaaca aataattact tagggccttt aaatatttta ttatttatct aaatataagg 4620
tagttacctt aaagctttag atctctgaag ggagtttctc caattatttg gacccaccat 4680
tgcagagttt cttcagttag gtctaagcca aaccactgtg tgaagcagtc aatgcagtag 4740
caatctatcc aaaccaaggg ctcttttctt aaaaattttc tatttaaatg ccttaatcta 4800
agctgacata gcatgcaagg gcagtgcaca gaaggctttt tggaacaaat aggccattcc 4860
ttgcagtaca gggtatctgg gcaaagagga aaatcagcac aaacctctga gctactccag 4920
gttccaaaat caggctgatg agctaccttt acatcttgct ccattttttt atataaagta 4980
ttcattctct tcattttatc ctcgtcgccc cctttgtcag ggtgaaattc cttacacttc 5040
cttaaatagg cttttctcat taagggaagg tttccccagg cagctctttc aaggcccaaa 5100
aggtccatga gctccatgga ttcttccctg ttaagcactt tatccat 5147
<210> 53
<211> 5148
<212> DNA
<213> 人多瘤病毒BK型病毒
<400> 53
ttttgcaaaa attgcaaaag aatagggatt tcccccaaat agttttgcta ggcctcagaa 60
aaagcctcca cacccttact acttgagaga aagggtggag gcagaggcgg cctcggcctc 120
ttatatatta taaaaaaaaa ggccacaggg aggagctgct tacccatgga atgcagccaa 180
accatgacct caggaaggaa agtgcatgac tgggcagcca gccagtggca gttaatagtg 240
aaaccccgcc cctgaaattc tcaaataaac acaagaggaa gtggaaactg gccaaaggag 300
tggaaagcag ccagacagac atgttttgcg ggcctaggaa tcttggcctt gtccccagtt 360
aaactggaca aaggccatgg ttctgcgcca gctgtcacga caagcttctg tgaaacttgg 420
taaaacctgg actggaacaa aaaaaagagc tcagaggatt tttattttta ttttagagct 480
tttgctggaa ttttgtagag gtgaagacag tgtagacggg aaaaacaaaa gtaccactgc 540
tttacctgct gtaagagact ctgtaaaaga ctcctaggta agtaatccct ttttttttgt 600
atttccaggt tgatgggtgc tgctctagca cttttggggg acctagttgc cagtgtatct 660
gaggctgctg ctgccacagg attttcagtg gctgaaattg ctgctgggga ggctgctgct 720
gctatagaag ttcaaattgc atcccttgct actgtagagg gcataacaag tacctcagag 780
gctatagctg ctataggcct aactcctcaa acatatgctg taattgctgg tgctcctggg 840
gctattgctg ggtttgctgc tttaattcaa actgttactg gtattagttc cttggctcaa 900
gtagggtata ggttttttag tgattgggat cacaaagttt ccactgtagg cctctatcag 960
caatcaggca tggctttgga attgtttaac ccagatgagt actatgatat attgtttcct 1020
ggtgtaaata cttttgtaaa taatattcaa taccttgatc ctaggcattg gggtccttct 1080
ttgtttgcta ctatttctca ggctttgtgg catgttatta gggatgatat acctgctata 1140
acctcacaag aattgcaaag aagaacagaa agatttttta gagactcctt ggctagattt 1200
ttggaggaaa ctacctggac aattgtaaat gcccctataa acttttataa ttatattcaa 1260
gaatattatt ctgatctttc ccctattagg ccctcaatgg ttagacaagt agctgaaagg 1320
gaaggtaccc gtgtacattt tggccatact tatagtatag atgatgctga cagtatagaa 1380
gaagttacac aaagaatgga cttaagaaat caacaaactg tacattcagg agagtttata 1440
gaaaaaacta ttgccccagg aggtgctaat caaagaactg ctcctcaatg gatgttgcct 1500
ttacttctag gcctgtacgg gactgtaaca cctgctcttg aagcatatga agatggcccc 1560
aacaaaaaga aaaggagagt gtccaggggc agctcccaaa aagccaaagg aacccgtgca 1620
agtgccaaaa ctactaataa aaggaggagt agaagttcta gaagttaaaa ctgggctaga 1680
tgctataaca gaggtagaat gcttcctaaa cccagaaatg ggggatccgg atccagatga 1740
aaaccttagg ggctttagtc taaagctaag tgctgaaaat gactttagca gtgatagccc 1800
agaaagaaaa atgcttccct gttacagcac agcaagaatt cccctcccca atttaaatga 1860
ggacctaacc tgtggaaatc tactgatgtg ggaggctgta acagtacaaa cagaggtcat 1920
tggaataact agcatgctta accttcatgc agggtcacaa aaagtgcatg agcatggtgg 1980
aggtaaacct attcaaggca gtaatttcca cttttttgct gttggtggag accccttgga 2040
aatgcaggga gtgctaatga attacaggac aaagtaccca gaaggtacta taaccccaaa 2100
aaacccaaca gcccagtccc aagtaatgaa tactgaccat aaggcctatt tggacaaaaa 2160
caatgcttat ccagttgagt gctggattcc tgatcccagt agaaatgaaa atactaggta 2220
ttttgggact ttcacaggag gggaaaatgt tcccccagta cttcatgtga ccaacacagc 2280
taccacagtg ttgctagatg aacagggtgt ggggcctctt tgtaaagctg atagcctgta 2340
tgtttcagct gctgatattt gtggcctgtt tactaacagc tctggaacac aacagtggag 2400
aggccttgca agatatttta agattcgcct gagaaaaaga tctgtaaaaa atccttaccc 2460
aatttccttt ttgctaagtg accttataaa caggagaacc cagagagtgg atgggcagcc 2520
tatgtatggt atggaatccc aggtagaaga ggttagggtg tttgatggca cagaaaaact 2580
tccaggggac ccagatatga taagatatat tgacaaacaa ggacaattgc aaaccaaaat 2640
gctttaaaca ggtgctttta ttgttgatat acatttaata aatgctgctt ttgtataagc 2700
cagttttaag cttgtgttat tttgggggtg gtgttttagg ccttttaaaa cactgaaagc 2760
ctttacacaa atgcaactct tgactatggg ggtctgacct ttgggaatct tcagcagggg 2820
ctgaagtatc tgagacttgg gaagagcatt gtgattggga ttcagtgctt gatccatgtc 2880
cagagtcttc agtttctgaa tcttcttctc ttgtgatatc aagaatacat tttcccatgc 2940
atatattata tttcatcctt gaaaaagtat acatacttat ctcagaatcc agcctttcct 3000
tccattcaac aattctagat tgtatatctg ttgcaaaatc agctacaggc ctaaaccaaa 3060
ttagcagtag caacaaggtc attccacttt gtagaattct tttttcaagt aagaactctg 3120
agttttgtaa ggattttctt aaatatattt tgggcctaaa atctatctgt cttacaaatc 3180
tagcttgcag ggttttaggg acaggatact cattcattgt aaccaggcct ggtggaaata 3240
tttgggttct tttgtttaaa tgtttctttt ctaaattaac cttaacactt ccatctaaat 3300
aatctctcaa actgtctaaa ttgtttattc catgtcctga aggcaaatcc tttgattcag 3360
ctcctgttcc ttttacatct tcaaaaacaa ccatgtactg atctatagct acacctagtt 3420
caaaggttag cctttccatg ggtaggttta catttaaagc tttacctcca cacaaatcta 3480
ataaccctgc agctagtgtt gtttttccac tatcaatggg acctttaaat aaccagtatc 3540
ttcttttagg tacattaaaa acaatacagt gcaaaaaatc aaatataaca gaatccattt 3600
taggtagcaa acagtgcagc caagcaacac ctgccatata ttgttctaat acagcatttc 3660
catgagcccc aaatattaaa tccattttat ctaatatatg attaaatctt tctgttagca 3720
tttcttctct agtcatatga aggctatcta ctcttttttt agctaaaact gtatctactg 3780
cttgctgaca aatacttttt tgatttttac tttctgcaaa gatagtagca tttgcaaaat 3840
gcttttcatg atacttaaag tgataaggtt ggtctttttt ctgacacttt ttacactcct 3900
ctacattgta ttgaaattct aaatacatac ctaataataa aaacacatcc tcacactttg 3960
tttctactgc atactcagta attaatttcc aagagacctg ctttgtttct tcaggctctt 4020
ctgggttaaa atcatgctcc tttaagcccc cttgaatgct ttcttctatt gtatggtatg 4080
gatctctagt taaggcacta tatagtaagt attccttatt aacaccctta caaattaaaa 4140
aactaaaggt acacagcttt tgacagaaat tattaattgc agaaactcta tgtctatgtg 4200
gagttaaaaa gaatataata ttatgcccag cacacatgtg tctactaata aaagttacag 4260
aatatttttc cataagtttt ttatacagaa tttgagcttt ttctttagta gtatacacag 4320
caaagcaggc gagggttcta ttactaaata cagcttgact aagaaactgg tgtagatcag 4380
aaggaaagtc tttagggtct tctacctttc tttttttctt gggtggtgtt gagtgttgag 4440
aatctgctgt tgcttcttca tcactggcaa acatatcttc atggcaaaat aaatcttcat 4500
cccatttttc attaaaggaa ctccaccagg actcccactc ttctgttcca taggttggca 4560
cctataaaac aaataattac ttagggcctt taaatatttt attatttatc taaatataag 4620
gtagttacct taaagcttta gatctctgaa gggagtttct ccaattattt ggacccacca 4680
ttgcagagtt tcttcagtta ggtctaagcc aaaccactgt gtgaagcagt caatgcagta 4740
gcaatctatc caaaccaagg gctcttttct taaaaatttt ctatttaaat gccttaatct 4800
aagctgacat agcatgcaag ggcagtgcac agaaggcttt ttggaacaaa taggccattc 4860
cttgcagtac agggtatctg ggcaaagagg aaaatcagca caaacctctg agctactcca 4920
ggttccaaaa tcaggctgat gagctacctt tacatcttgc tccatttttt tatataaagt 4980
attcattctc ttcattttat cctcgtcgcc ccctttgtca gggtgaaatt ccttacactt 5040
ccttaaatag gcttttctca ttaagggaag gtttccccag gcagctcttt caaggcccaa 5100
aaggtccatg agctccatgg attcttccct gttaagcact ttatccat 5148
<210> 54
<211> 5111
<212> DNA
<213> 人多瘤病毒BK型病毒
<400> 54
ttttgcaaaa attgcaaaag aatagggatt tccccaaata gttttgctag gcctcagaaa 60
aagcctccac acccttacta cttgagagaa agggtggagg cagaggcggc ctcggcctct 120
tatatattat aaaaaaaaag gccacaggga ggagctgctt acccatggaa tgcagccaaa 180
ccatgacctc aggaaggaaa gtgcatgact gggcaggcag ccagtggcag ttaatagtga 240
aaccccgccc ctaaaattct caaataaaca caagaggaag tggaaactgg ccaaaggagt 300
ggaaagcagc cagacagaca tgttttgcga gcctaggaat cttggccttg tccccagtta 360
aactggacaa aggccatggt tctgcgccag ctgtcacgaa caaaaaaaag agctcagagg 420
atttttattt ttattttaga gcttttgctg gaattttgta gaggtaaaga cagtgtagac 480
gggaaaaaca aaagtaccac tgctttacct gctgtaaaag actctgtaaa agactcctag 540
gtaagtaatc cctttttttt tgtatttcca ggttcatggg tgctgctcta gcacttttgg 600
gggacctagt tgccagtgta tctgaggctg ctgctgccac aggattttca gtggctgaaa 660
ttgctgctgg ggaggctgct gctgctatag aagttcaaat tgcatccctt gctactgtag 720
agggcataac aagtacctca gaggctatag ctgctatagg cctaactcct caaacatatg 780
ctgtaattgc tggtgctcct ggggctattg ctgggtttgc tgctttaatt caaactgtta 840
gtggtattag ttccttggct caagtagggt ataggttctt tagtgattgg gatcacaaag 900
tttccactgt aggcctctat cagcaatcag gcatggcttt ggaattgttt aacccagatg 960
agtactatga tattctgttt cctggtgtaa atacttttgt taataatatt caataccttg 1020
atcctaggca ttggggtcct tctttgtttg ctactatttc ccaggctttg tggcatgtta 1080
ttagggatga tataccttct ataacctcac aggaattgca gagaagaaca gaaagatttt 1140
ttagagactc cttggctaga tttttggagg aaactacctg gaccattgta aatgccccta 1200
taaactttta taattatatt caacaatatt attctgattt gtcccctatt aggccctcaa 1260
tggttagaca agtagctgaa agggaaggta cccgtgtaca ttttggccat acttatagta 1320
tagatgatgc tgacagtata gaagaagtta cacaaagaat ggatttaaga aatcaacaaa 1380
gtgtacattc aggagagttt atagaaaaaa ctattgcccc aggaggtgct aatcaaagaa 1440
ctgctcctca atggatgttg cctttacttc taggcctgta cgggactgta acacctgctc 1500
ttgaagcata tgaagatggc cccaaccaaa agaaaaggag agtgtccagg ggcagctccc 1560
aaaaagccaa aggaacccgt gcaagtgcca aaactactaa taaaaggagg agtagaagtt 1620
ctagaagtta aaactggggt agatgctatt acagaggtag aatgcttcct aaacccagaa 1680
atgggggatc cggatccaga tgaaaacctt aggggcttta gtctaaagct aagtgctgaa 1740
aatgacttta gtagtgatag cccagagaga aaaatgcttc cctgttacag cacagcaaga 1800
attcccctgc ccaatttaaa tgaggaccta acctgtggaa atttactgat gtgggaggct 1860
gtaactgtac aaacagaggt tattggaata actagcatgc ttaaccttca tgcagggtca 1920
caaaaagtgc atgagcatgg tggaggaaaa cctattcaag gcagtaattt ccacttcttt 1980
gctgttggtg gagacccctt ggaaatgcag ggagtgctaa tgaattacag gacaaagtac 2040
ccagatggta ctataacccc taaaaaccca acagcccagt cccaggtaat gaatactgac 2100
cataaggcct atttggacaa aaacaatgct tatccagttg agtgctgggt tcctgatccc 2160
agtagaaatg aaaatactag gtattttggg actttcacag gaggggaaaa tgttccccca 2220
gtacttcatg tgaccaacac agctaccaca gtgttgctag atgaacaggg tgtggggccc 2280
ctttgtaaag ctgatagcct gtatgtttca gctgctgata tttgtggcct gtttactaac 2340
agctctggaa cacaacagtg gagaggcctt gcaagatatt ttaagatccg cctgagaaaa 2400
agatctgtaa agaatcctta cccaatttcc tttttgctaa gtgaccttat aaacaggaga 2460
acccagagag tggatgggca gcctatgtat ggtatggaat cccaggtaga ggaggttagg 2520
gtgtttgatg gcacagaaag acttccaggg gacccagata tgataagata tattgacaaa 2580
cagggacaat tgcaaaccaa aatgctttaa acaggtgctt ttattgtaca tatacattta 2640
ataaatgctg cttttgtata agccactttt aagcttgtgt tattttgggg gtggtgtttt 2700
aggtctttta aaacactgaa agcctttaca caaatgtaac tcttgactat gggggtctga 2760
cctttgggaa tcttcagcag gggctgaagt atctgagact tgggaagagc attgtgattg 2820
ggattcagtg cttgatccat gtccagagtc ttcagtttct gaatcctctt ctcttgtgat 2880
atcaagaata catttcccca tgcatatatt atatttcatc cttgaaaaag tatacatact 2940
tatctcagaa tccagccttt ccttccattc aacaattcta gattgtatat ctgttgcaaa 3000
atcagctaca ggcctaaacc aaattagcag tagcaacaag gtcattccac tttgtagaat 3060
tcttttttca agtaaaaact ctgagttttg taaggatttt cttaaatata ttttgggcct 3120
aaaatctatt tgtcttacaa atctagcttg cagggtttta gggacaggat actcattcat 3180
tgtaaccaag cctggtggaa atatttgggt tcttttgttt aaatgtttct tttctaaatt 3240
tactttaaca cttccatcta aataatctct caaactgtct aaattgttta ttccatgtcc 3300
tgaaggcaaa tcctttgatt cagcccctgt cccttttaca tcttcaaaaa caaccatgta 3360
ctgatctata gctacaccta gctcaaaggt tagcctttcc atgggtaggt ttacatttaa 3420
ggctttacct ccacacaaat ctaataaccc tgcagctagt gttgtttttc cactatcaat 3480
gggaccttta aataaccagt atcttctttt aggtacattg aaaacaatac agtgcaaaaa 3540
atcaaatata acagaatcca ttttaggtag caaacagtgc agccaagcaa cacctgccat 3600
atattgttct agtacagcat ttccatgagc tccaaatatt aaatccattt tatctaatat 3660
atgattgaat ctttctgtta gcatttcttc cctggtcata tgaagggtat ctactctttt 3720
cttagctaaa actgtatcta ctgcttgctg acaaatactt ttttgatttt tactttctgc 3780
aaagataata gcatttgcaa agtgcttttc atgatactta aagtgataag gttggtcttt 3840
tttctgacac tttttacact cctctacatt gtattgaaat tctaaataca tacctaataa 3900
taaaaacaca tcctcacact ttgtctctac tgcatactca gtaattaatt tccaagacac 3960
ctgctttgtt tcttcaggct cttctgggtt aaaatcatgc tcctttaagc ccccttgaat 4020
gctttcttct atagtatggt atggctctct agttaaggca ctatatagta agtattcctt 4080
attaacaccc ttacaaatta aaaaactaaa ggtacacagc ttttgacaga agttattaat 4140
tgcagaaact ctatgtctat gtggagttaa aaagaatata atattatgcc cagcacacat 4200
gtgtctacta ataaaagtta cagaatattt ttccataagt tttttataca gaatttgagc 4260
tttttcttta gtagtataca cagcaaagca ggcaagggtt ctattactaa atacagcttg 4320
actaagaaac tggtgtagat cagagggaaa gtctttaggg tcttctacct ttcttttttt 4380
cttgggtggt gttgagtgtt gagaatctgc tgttgcttct tcatcactgg caaacatatc 4440
ttcatggcaa aataagtctt catcccattt ttcattaaag gaactccacc aggactccca 4500
ctcttctgtt ccataggttg gcacctataa aaaaaataat tacttagggc cttttaatat 4560
tttattattt atctaaatat aagttagtta ccttaaagct ttagatctct gaagggagtt 4620
tctccaatta tttggaccca ccattgcaga gtttcttcag ttaggtctaa gccaaaccac 4680
tgtgtgaagc agtcaatgca gtagcaatct atccaaacca agggctcttt tcttaaaaat 4740
tttctattta aatgccttaa tctaagctga catagcatgc aagggcagtg cacagaaggc 4800
tttttggaac aaataggcca ttccttgcag tacagggtat ctgggcaaag aggaaaatca 4860
gcacaaacct ctgagctact ccaggttcca aaatcaggct gatgagctac ctttacatcc 4920
tgctccattt ttttatataa agtattcatt ctcttcattt tatcctcgtc gccccctttg 4980
tcagggtgaa attccttaca cttccttaaa taagcttttc tcattaaggg aagatttccc 5040
caggcagctc tttcaaggcc taaaaggtcc atgagctcca tggattcttc cctgttaagc 5100
actttatcca t 5111
Claims (10)
1.检测样品中BK病毒(BKV)核酸的存在或不存在的方法，所述方法包括使所述样品与一个或多个被设计以在区分BKV和JCV核酸的条件下与SEQ ID NO:4或其互补序列而不与JC病毒(JCV)核酸杂交的寡核苷酸接触，以及检测所述一个或多个寡核苷酸与SEQ ID NO:4或其互补序列的杂交是否已经发生，其中所述杂交检测BKV核酸的存在或者不存在。
2.权利要求1所述的方法，其中所述检测杂交是否已经发生的步骤包括基于核酸的扩增。
3.权利要求2所述的方法，其中所述扩增产生长度约30个核苷酸或以下的产物。
4.权利要求1所述的方法，进一步包括检测所述样品中第二BKV核酸的存在或不存在，其中所述第二BKV核酸包括选自SEQ ID NO:3和5或其互补序列的核酸序列，其中所述检测第二BKV核酸包括使所述样品与一个或多个被设计以在区分BKV和JCV核酸的条件下与SEQID NO:3或5或其互补序列而不与JC病毒核酸杂交的寡核苷酸接触以及检测所述一个或多个寡核苷酸与SEQ ID NO:3或5或其互补序列的杂交是否已经发生，其中所述杂交检测BKV核酸的存在或者不存在。
5.试剂盒，其包括适于产生包括核苷酸序列SEQ ID NO:2、4或5的靶区域的核苷酸序列的扩增产物的引物对，其中所述引物对在区分BKV和JCV核酸的条件下与SEQ ID NO:2、4或5或其互补序列而不与JCV核酸杂交。
6.权利要求5所述的试剂盒，进一步包括用于检测所述扩增产物的探针。
7.检测样品中BK病毒(BKV)核酸的存在或不存在的方法，所述方法包括使所述样品与一个或多个被设计以在区分BKV和JCV核酸的条件下与SEQ ID NO:2或其互补序列而不与JC病毒(JCV)核酸杂交的寡核苷酸接触，以及检测所述一个或多个寡核苷酸与SEQ ID NO:2或其互补序列的杂交是否已经发生，其中所述杂交检测BKV核酸的存在或者不存在。
8.权利要求7所述的方法，其中所述检测杂交是否已经发生的步骤包括基于核酸的扩增。
9.权利要求8所述的方法，其中所述扩增产生长度约30个核苷酸或以下的产物。
10.权利要求7所述的方法，进一步包括检测所述样品中第二BKV核酸的存在或不存在，其中所述第二BKV核酸包括选自SEQ ID NO:3、4和5或其互补序列的核酸序列，其中所述检测第二BKV核酸包括使所述样品与一个或多个被设计以在区分BKV和JCV核酸的条件下与SEQ ID NO:3、4或5或其互补序列而不与JC病毒核酸杂交的寡核苷酸接触以及检测所述一个或多个寡核苷酸与SEQ ID NO:3、4或5或其互补序列的杂交是否已经发生，其中所述杂交检测BKV核酸的存在或者不存在。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN201910529553.9A CN110423844B (zh) | 2005-08-02 | 2006-07-25 | 检测bk病毒的方法和组合物 |
Applications Claiming Priority (7)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US70521705P | 2005-08-02 | 2005-08-02 | |
| US60/705,217 | 2005-08-02 | ||
| US11/246,904 | 2005-10-06 | ||
| US11/246,904 US7892795B2 (en) | 2005-08-02 | 2005-10-06 | Methods and compositions for detecting BK virus |
| PCT/US2006/029243 WO2007016275A2 (en) | 2005-08-02 | 2006-07-25 | Methods and compositions for detecting bk virus |
| CN200680034771.6A CN101511995B (zh) | 2005-08-02 | 2006-07-25 | 检测bk病毒的方法和组合物 |
| CN201910529553.9A CN110423844B (zh) | 2005-08-02 | 2006-07-25 | 检测bk病毒的方法和组合物 |
Related Parent Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN200680034771.6A Division CN101511995B (zh) | 2005-08-02 | 2006-07-25 | 检测bk病毒的方法和组合物 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN110423844A true CN110423844A (zh) | 2019-11-08 |
| CN110423844B CN110423844B (zh) | 2023-10-24 |
Family
ID=37709186
Family Applications (3)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN201510303094.4A Active CN104862422B (zh) | 2005-08-02 | 2006-07-25 | 检测bk病毒的方法和组合物 |
| CN201910529553.9A Active CN110423844B (zh) | 2005-08-02 | 2006-07-25 | 检测bk病毒的方法和组合物 |
| CN200680034771.6A Active CN101511995B (zh) | 2005-08-02 | 2006-07-25 | 检测bk病毒的方法和组合物 |
Family Applications Before (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN201510303094.4A Active CN104862422B (zh) | 2005-08-02 | 2006-07-25 | 检测bk病毒的方法和组合物 |
Family Applications After (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN200680034771.6A Active CN101511995B (zh) | 2005-08-02 | 2006-07-25 | 检测bk病毒的方法和组合物 |
Country Status (9)
| Country | Link |
|---|---|
| US (4) | US7892795B2 (zh) |
| EP (2) | EP2662456A1 (zh) |
| JP (1) | JP2009502196A (zh) |
| CN (3) | CN104862422B (zh) |
| AU (1) | AU2006275803B2 (zh) |
| CA (1) | CA2617635C (zh) |
| ES (1) | ES2552725T3 (zh) |
| HK (1) | HK1115613A1 (zh) |
| WO (1) | WO2007016275A2 (zh) |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| TWI833069B (zh) * | 2021-03-17 | 2024-02-21 | 國防醫學院 | 核酸探針組、核酸側流檢測套組以及該核酸側流檢測套組之用途 |
Families Citing this family (16)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US7892795B2 (en) | 2005-08-02 | 2011-02-22 | Focus Diagnostics, Inc. | Methods and compositions for detecting BK virus |
| US20090246754A1 (en) * | 2008-02-19 | 2009-10-01 | Intelligent Mdx | Optimized probes and primers and methods of using same for the detection and quantitation of bk virus |
| WO2009105212A2 (en) * | 2008-02-20 | 2009-08-27 | Metic Immunogenetic Consultant, Inc | Detection of polyomavirus |
| US20090258342A1 (en) * | 2008-04-09 | 2009-10-15 | Intelligent Medical Devices, Inc. | Optimized probes and primers and methods of using same for the detection, quantification and grouping of hiv-1 |
| CN102344970B (zh) * | 2010-07-27 | 2013-01-23 | 温州医学院附属第一医院 | 同时检测人cmv和bk病毒dna的引物序列及定量检测试剂盒 |
| CN102154523B (zh) * | 2011-04-07 | 2013-01-02 | 温岭市第一人民医院 | 检测人bk病毒核酸的引物与荧光探针及其应用 |
| CN102690894B (zh) * | 2011-06-08 | 2013-05-01 | 中国人民解放军第三〇九医院 | 一种bk病毒的检测方法、其试剂盒及应用 |
| CN103093120A (zh) * | 2011-11-08 | 2013-05-08 | 北京健数通生物计算技术有限公司 | 高通量检测脊椎动物病原体基因芯片的探针设计方法 |
| CN104745723A (zh) * | 2015-01-30 | 2015-07-01 | 湖北永邦医疗科技有限公司 | 一种用于检测bk病毒的引物、探针和试剂盒 |
| US10793923B2 (en) * | 2016-11-09 | 2020-10-06 | Roche Molecular Systems, Inc. | Compositions and methods for detection of BK virus |
| JP2021524730A (ja) * | 2018-03-02 | 2021-09-16 | アカデミシュ・ジークンホイス・ライデン・ハー・オー・デー・エン・ライドス・ユニヴェルシタイル・メディシュ・セントルム | ポリオーマウイルス複製の阻害 |
| FR3082524B1 (fr) * | 2018-06-18 | 2022-03-25 | Univ Paris Sud | Methode de stratification du risque de nephropathie a bk-virus apres transplantation renale |
| AU2019365821A1 (en) * | 2018-10-22 | 2021-06-10 | Gen-Probe Incorporated | Compositions and methods for amplifying, detecting or quantifying human polyomavirus BK virus |
| KR102347899B1 (ko) * | 2019-06-21 | 2022-01-06 | 울산대학교 산학협력단 | 신장이식 후 bk 바이러스 신병증의 진단 또는 예후 예측을 위한 소변 엑소좀 바이오마커 |
| CN111733298B (zh) * | 2020-08-25 | 2020-11-20 | 圣湘生物科技股份有限公司 | 检测多瘤病毒并分型的组合物、试剂盒、方法及其用途 |
| CN114107571A (zh) * | 2022-01-18 | 2022-03-01 | 复旦大学附属中山医院 | 用于bk病毒lamp检测的试剂盒 |
Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US6605602B1 (en) * | 2001-09-28 | 2003-08-12 | University Of Pittsburgh-Of The Commonwealth System Of Higher Education | Method of treating BK virus nephropathy |
| US20080003565A1 (en) * | 2006-05-02 | 2008-01-03 | Government Of The Us, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services | Viral nucleic acid microarray and method of use |
Family Cites Families (25)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US4318846A (en) | 1979-09-07 | 1982-03-09 | Syva Company | Novel ether substituted fluorescein polyamino acid compounds as fluorescers and quenchers |
| US4458066A (en) | 1980-02-29 | 1984-07-03 | University Patents, Inc. | Process for preparing polynucleotides |
| US4415732A (en) | 1981-03-27 | 1983-11-15 | University Patents, Inc. | Phosphoramidite compounds and processes |
| US4605735A (en) | 1983-02-14 | 1986-08-12 | Wakunaga Seiyaku Kabushiki Kaisha | Oligonucleotide derivatives |
| US4683195A (en) | 1986-01-30 | 1987-07-28 | Cetus Corporation | Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences |
| US4683202A (en) | 1985-03-28 | 1987-07-28 | Cetus Corporation | Process for amplifying nucleic acid sequences |
| US4757141A (en) | 1985-08-26 | 1988-07-12 | Applied Biosystems, Incorporated | Amino-derivatized phosphite and phosphate linking agents, phosphoramidite precursors, and useful conjugates thereof |
| US4889818A (en) | 1986-08-22 | 1989-12-26 | Cetus Corporation | Purified thermostable enzyme |
| US5541308A (en) * | 1986-11-24 | 1996-07-30 | Gen-Probe Incorporated | Nucleic acid probes for detection and/or quantitation of non-viral organisms |
| US6004745A (en) | 1987-09-21 | 1999-12-21 | Gen-Probe Incorporated | Hybridization protection assay |
| US5585481A (en) | 1987-09-21 | 1996-12-17 | Gen-Probe Incorporated | Linking reagents for nucleotide probes |
| US5283174A (en) | 1987-09-21 | 1994-02-01 | Gen-Probe, Incorporated | Homogenous protection assay |
| US5639604A (en) | 1987-09-21 | 1997-06-17 | Gen-Probe Incorporated | Homogeneous protection assay |
| US4914210A (en) | 1987-10-02 | 1990-04-03 | Cetus Corporation | Oligonucleotide functionalizing reagents |
| US5185439A (en) | 1987-10-05 | 1993-02-09 | Gen-Probe Incorporated | Acridinium ester labelling and purification of nucleotide probes |
| CA1340807C (en) | 1988-02-24 | 1999-11-02 | Lawrence T. Malek | Nucleic acid amplification process |
| JP2650159B2 (ja) | 1988-02-24 | 1997-09-03 | アクゾ・ノベル・エヌ・ベー | 核酸増幅方法 |
| US5849481A (en) | 1990-07-27 | 1998-12-15 | Chiron Corporation | Nucleic acid hybridization assays employing large comb-type branched polynucleotides |
| US5213796A (en) * | 1991-05-06 | 1993-05-25 | Dana Farber Cancer Institute | Assay for polyomavirus in humans and uses thereof |
| US5538848A (en) | 1994-11-16 | 1996-07-23 | Applied Biosystems Division, Perkin-Elmer Corp. | Method for detecting nucleic acid amplification using self-quenching fluorescence probe |
| US6127121A (en) * | 1998-04-03 | 2000-10-03 | Epoch Pharmaceuticals, Inc. | Oligonucleotides containing pyrazolo[3,4-D]pyrimidines for hybridization and mismatch discrimination |
| US20030036524A1 (en) | 2000-03-08 | 2003-02-20 | Jens Licthenberg | Method of sensitising endothelial cells to prodrugs |
| CN1578841B (zh) * | 2001-12-08 | 2013-03-27 | 视基因公司 | 退火控制引物及该退火控制引物的使用 |
| US7892795B2 (en) * | 2005-08-02 | 2011-02-22 | Focus Diagnostics, Inc. | Methods and compositions for detecting BK virus |
| US7691824B2 (en) * | 2006-04-28 | 2010-04-06 | Alnylam Pharmaceuticals, Inc. | Compositions and methods for inhibiting expression of a gene from the JC virus |
-
2005
- 2005-10-06 US US11/246,904 patent/US7892795B2/en active Active
-
2006
- 2006-07-25 CN CN201510303094.4A patent/CN104862422B/zh active Active
- 2006-07-25 ES ES06788689.5T patent/ES2552725T3/es active Active
- 2006-07-25 EP EP12196497.7A patent/EP2662456A1/en not_active Withdrawn
- 2006-07-25 JP JP2008525040A patent/JP2009502196A/ja active Pending
- 2006-07-25 CN CN201910529553.9A patent/CN110423844B/zh active Active
- 2006-07-25 WO PCT/US2006/029243 patent/WO2007016275A2/en active Application Filing
- 2006-07-25 CA CA2617635A patent/CA2617635C/en active Active
- 2006-07-25 EP EP06788689.5A patent/EP1910578B1/en active Active
- 2006-07-25 CN CN200680034771.6A patent/CN101511995B/zh active Active
- 2006-07-25 AU AU2006275803A patent/AU2006275803B2/en active Active
-
2008
- 2008-10-16 HK HK08111451.1A patent/HK1115613A1/zh unknown
-
2011
- 2011-01-12 US US13/005,490 patent/US8748092B2/en active Active
-
2014
- 2014-04-29 US US14/264,462 patent/US9745638B2/en active Active
-
2017
- 2017-08-22 US US15/683,036 patent/US10801078B2/en active Active
Patent Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US6605602B1 (en) * | 2001-09-28 | 2003-08-12 | University Of Pittsburgh-Of The Commonwealth System Of Higher Education | Method of treating BK virus nephropathy |
| US20080003565A1 (en) * | 2006-05-02 | 2008-01-03 | Government Of The Us, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services | Viral nucleic acid microarray and method of use |
Non-Patent Citations (5)
| Title |
|---|
| ANNA MARTA DEGENER ET AL.: ""Identification of a New Control Region in the Genome of the DDP Strain of BK Virus Isolated From PBMC"", 《JOURNAL OF MEDICAL VIROLOGY》 * |
| F. WATZINGER ET AL.: ""Real-Time Quantitative PCR Assays for Detection and Monitoring ofPathogenic Human Viruses in Immunosuppressed Pediatric Patients"", 《JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY》 * |
| GERALD L. STONER ET AL.: ""BK Virus Regulatory Region Rearrangements in Brain and Cerebrospinal Fluid From a Leukemia Patient With Tubulointerstitial Nephritis and Meningoencephalitis"", 《AMERICAN JOURNAL OF KIDNEY DISEASES》 * |
| RAY R. ARTHUR ET AL.: ""Detection of BK Virus and JC Virus in Urine and Brain Tissue by the Polymerase Chain Reaction"", 《JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY》 * |
| RAY R. ARTHUR ET AL.: ""Detection of BK Virus and JC Virus in Urine and Brain Tissue by the Polymerase Chain Reaction"" * |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| TWI833069B (zh) * | 2021-03-17 | 2024-02-21 | 國防醫學院 | 核酸探針組、核酸側流檢測套組以及該核酸側流檢測套組之用途 |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| AU2006275803A1 (en) | 2007-02-08 |
| HK1115613A1 (zh) | 2008-12-05 |
| US10801078B2 (en) | 2020-10-13 |
| EP1910578A2 (en) | 2008-04-16 |
| CN101511995B (zh) | 2015-07-01 |
| CN101511995A (zh) | 2009-08-19 |
| US20180044742A1 (en) | 2018-02-15 |
| CA2617635C (en) | 2015-07-21 |
| US20110143349A1 (en) | 2011-06-16 |
| AU2006275803B2 (en) | 2012-08-30 |
| CN104862422A (zh) | 2015-08-26 |
| CN110423844B (zh) | 2023-10-24 |
| US7892795B2 (en) | 2011-02-22 |
| US20140349275A1 (en) | 2014-11-27 |
| US9745638B2 (en) | 2017-08-29 |
| CN104862422B (zh) | 2019-07-16 |
| JP2009502196A (ja) | 2009-01-29 |
| EP1910578B1 (en) | 2015-06-10 |
| ES2552725T3 (es) | 2015-12-01 |
| US20070031825A1 (en) | 2007-02-08 |
| EP1910578A4 (en) | 2009-12-09 |
| WO2007016275A3 (en) | 2009-04-30 |
| CA2617635A1 (en) | 2007-02-08 |
| US8748092B2 (en) | 2014-06-10 |
| EP2662456A1 (en) | 2013-11-13 |
| WO2007016275A2 (en) | 2007-02-08 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN101511995B (zh) | 检测bk病毒的方法和组合物 | |
| ES2374954T3 (es) | Variaciones genéticas asociadas con tumores. | |
| KR102555447B1 (ko) | Rna 전사물 변이체의 정량분석을 위한 방법 및 생성물 | |
| CN101772578A (zh) | 作为标记物用在乳腺癌风险评估、诊断、预后和治疗中的在CHR 5p12和10q26上的遗传变异体 | |
| CN101801993A (zh) | 用于扩增和检测呼吸道病毒的核酸序列 | |
| PL210849B1 (pl) | Sposób wykrywania ludzkiego parwowirusa B19 w próbce biologicznej | |
| CN104911268A (zh) | 基于肽核酸探针的Wnt信号通路中Pygo2基因突变的检测试剂、PCR检测方法及应用 | |
| KR20200081380A (ko) | 유전적 조절 | |
| CA2666057C (en) | Genetic variations associated with tumors | |
| AU2007353946A1 (en) | Standardized method and kit for the quantification of hepatitis A virus | |
| US20230167511A1 (en) | An ultrasensitive rapid and portable case13d-based diagnostic assay | |
| KR20060123291A (ko) | 신규한 비정형 폐렴-원인성 바이러스 | |
| CN108676797B (zh) | 用于检测人乳头瘤病毒的成套试剂与方法 | |
| WO2006009260A1 (ja) | Ｅ型肝炎ウイルスの検出方法 | |
| WO2007119557A1 (ja) | コイヘルペスウイルス（ｋｈｖ）の検出方法 | |
| CN101622361A (zh) | 用于心律不齐的风险管理的遗传标记物 | |
| AU2012261529B2 (en) | Methods and compositions for detecting BK virus | |
| Salimović-Bešić et al. | The SARS-CoV-2 Delta (B. 1.617. 2) variant with spike N501Y mutation in the shadow of Omicron emergence | |
| CN116018404A (zh) | 缺陷干扰病毒基因组 | |
| KR20220066754A (ko) | 수면병 저항성 소 African taurine cattle (AFT) 품종 특이적 단일염기다형성 및 그의 용도 | |
| CN114032298A (zh) | 用于检测遗传性胆红素代谢异常及肝内胆汁淤积症相关基因变异的探针组、试剂盒及其应用 | |
| CN117836411A (zh) | 使用α-N-乙酰半乳糖胺α-2,6-唾液酸转移酶5(ST6GALNAC5)抑制剂治疗认知障碍 | |
| JP2003274957A (ja) | 小型球形ウイルスを特徴づける塩基配列 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| GR01 | Patent grant | ||
| GR01 | Patent grant |