JP2008504826A5

JP2008504826A5 -

Info

Publication number: JP2008504826A5
Application number: JP2007519575A
Authority: JP
Filing date: 2005-06-30
Publication date: 2008-08-07

Claims

試料中で、チトクロムP450-2D6をコードする遺伝子中の多型部位におけるヌクレオチド変種の存在または非存在を検出するための方法であって、以下の工程を含む方法：
a)変種を含むDNAの領域を試料より増幅して、増幅DNA産物を形成する工程；
b)少なくとも二つのタグ付き対立遺伝子特異的伸長プライマーを増幅DNA産物中の相補的な標的配列にハイブリダイズする工程であって、各タグ付き対立遺伝子特異的伸長プライマーは、相補的な増幅DNAにハイブリダイズすることが可能な3'端ハイブリダイズ部分を有し、かつ少なくとも二つのタグ付き対立遺伝子特異的伸長プライマーの3'端ハイブリダイズ部分はそれぞれ、SEQ ID NO：10〜SEQ ID NO：35の25位から3'末端ヌクレオチドまでの塩基からなる群より選択される配列、および対応するアンチタグ配列に相補的な5'端タグ部分を含み、3'端ハイブリダイズ部分の末端ヌクレオチドは疑わしい変種ヌクレオチドまたは部位の対応する野生型ヌクレオチドのいずれかに相補的である、工程；
c)各3'端ハイブリダイズ部分の末端ヌクレオチドが、相補的な増幅DNA産物に完全マッチしている場合に、少なくとも二つのタグ付き対立遺伝子特異的伸長プライマーを、標識ヌクレオチドを用いて伸長する工程；
d)少なくとも二つのタグ付き対立遺伝子特異的伸長プライマーをそれらの対応するアンチタグ配列にハイブリダイズし、標識伸長産物の存在を検出する工程。
少なくとも二つのタグ付き対立遺伝子特異的プライマーの5'端タグ部分がそれぞれ、SEQ ID NO：10〜SEQ ID NO：35の塩基1から24からなる群より選択される配列を含み、かつ各5'端タグ部分の配列が特有である、請求項1記載の方法。
アンチタグ配列が固体支持体に連結している、請求項1記載の方法。
固体支持体が、ビーズ、スペクトルコード化ビーズ、およびチップに基づくマイクロアレイからなる群より選択される、請求項3記載の方法。
増幅する工程が、SEQ ID NO：2 およびSEQ ID NO：3、SEQ ID NO：4および SEQ ID NO：5、SEQ ID NO：6およびSEQ ID NO：7、ならびにSEQ ID NO：8 およびSEQ ID NO：9からなる対の群より選択されるプライマー対を含むPCR増幅プライマーのセットを用いて、PCRによって実施される方法であって、
該プライマー対が、各プライマー対と検出される選択された変種との関係に従って選択される、
請求項1記載の方法。
試料中で、チトクロムP450-2D6をコードする遺伝子中の多型部位におけるヌクレオチド変種の存在または非存在を検出するための方法であって、以下の工程を含む方法；
a)選択された変種を含むDNAの領域を試料より増幅して、増幅DNA産物を形成する工程；
b)SEQ ID NO：10〜SEQ ID NO：35からなる群より選択される少なくとも二つのタグ付き対立遺伝子特異的伸長プライマーを、増幅DNA産物中の相補的な標的配列にハイブリダイズする工程であって、各タグ付き対立遺伝子特異的伸長プライマーは、相補的な増幅DNAにハイブリダイズすることが可能な3'端ハイブリダイズ部分および対応するアンチタグ配列に相補的な5'端タグ部分を有し、3'端ハイブリダイズ部分の末端ヌクレオチドは、疑わしい変種ヌクレオチドまたは部位の対応する野生型ヌクレオチドのいずれかに相補的である、工程；
c)各3'端ハイブリダイズ部分の末端ヌクレオチドが、相補的な増幅DNA産物に完全マッチしている場合に、少なくとも二つのタグ付き対立遺伝子特異的伸長プライマーを、標識ヌクレオチドを用いて伸長する工程；
d)少なくとも二つのタグ付き対立遺伝子特異的伸長プライマーをそれらの対応するアンチタグ配列にハイブリダイズし、標識伸長産物の存在を検出する工程。
アンチタグ配列が固体支持体に連結している、請求項6記載の方法。
固体支持体が、ビーズ、スペクトルコード化ビーズ、およびチップに基づくマイクロアレイからなる群より選択される、請求項7記載の方法。
増幅する工程が、SEQ ID NO：2 およびSEQ ID NO：3、SEQ ID NO：4および SEQ ID NO：5、SEQ ID NO：6およびSEQ ID NO：7、ならびにSEQ ID NO：8 およびSEQ ID NO：9からなる対の群より選択されるプライマー対を含むPCR増幅プライマーのセットを用いて、PCRにより実施される方法であって、
該プライマー対が、各プライマー対と検出される選択された変種との関係に従って選択される、
請求項6記載の方法。
試料中で、チトクロムP450-2D6をコードする遺伝子中の多型部位におけるヌクレオチド変種の存在または非存在を検出するためのキットであって、キットは少なくとも二つのタグ付き対立遺伝子特異的伸長プライマーのセットを含み、各タグ付き対立遺伝子特異的伸長プライマーは、変種ヌクレオチドまたは多型部位の一つの対応する野生型ヌクレオチドのいずれかに相補的な3'末端ヌクレオチドを含む3'端ハイブリダイズ部分、および対応するアンチタグ配列に相補的な5'端タグ部分を有し、かつ少なくとも二つのタグ付き対立遺伝子特異的伸長プライマーは、SEQ ID NO：10〜SEQ ID NO：35からなる群より選択される、キット。
SEQ ID NO：2 およびSEQ ID NO：3、SEQ ID NO：4および SEQ ID NO：5、SEQ ID NO：6およびSEQ ID NO：7、ならびにSEQ ID NO：8 およびSEQ ID NO：9からなる対の群より選択されるプライマー対を含むPCR増幅プライマーのセットをさらに含む、多型部位を含むDNAの領域を増幅するためのキットであって、
該プライマー対が、各プライマー対と検出される選択された変種との関係に従って選択される、
請求項10記載のキット。
選択された少なくも二つのタグ付き対立遺伝子特異的伸長プライマーのヌクレオチド1〜24に相補的であるアンチタグのセットをさらに含む、請求項10記載のキット。
アンチタグが支持体に連結している、請求項12記載のキット。