JP2008283989A - 染色体−特異的染色の方法および組成物 - Google Patents
染色体−特異的染色の方法および組成物 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2008283989A JP2008283989A JP2008207383A JP2008207383A JP2008283989A JP 2008283989 A JP2008283989 A JP 2008283989A JP 2008207383 A JP2008207383 A JP 2008207383A JP 2008207383 A JP2008207383 A JP 2008207383A JP 2008283989 A JP2008283989 A JP 2008283989A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- chromosome
- probe
- nucleic acid
- dna
- sequence
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6841—In situ hybridisation
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6879—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for sex determination
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2525/00—Reactions involving modified oligonucleotides, nucleic acids, or nucleotides
- C12Q2525/10—Modifications characterised by
- C12Q2525/204—Modifications characterised by specific length of the oligonucleotides
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2527/00—Reactions demanding special reaction conditions
- C12Q2527/101—Temperature
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2531/00—Reactions of nucleic acids characterised by
- C12Q2531/10—Reactions of nucleic acids characterised by the purpose being amplify/increase the copy number of target nucleic acid
- C12Q2531/113—PCR
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2565/00—Nucleic acid analysis characterised by mode or means of detection
- C12Q2565/60—Detection means characterised by use of a special device
- C12Q2565/601—Detection means characterised by use of a special device being a microscope, e.g. atomic force microscopy [AFM]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/112—Disease subtyping, staging or classification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/118—Prognosis of disease development
Abstract
【解決手段】 各疑わしい遺伝子再配列を含む領域における標的染色体物質の座位に各々が相補的である標識された異種の核酸断片の混合物からなる高度コンプレッキシティ核酸プローブを使用して、インシトゥ ハイブリダイゼーションを行い、隣接する遺伝子症候群を検出する。核酸プローブは、隣接する遺伝子症候群の複数の成分の特性を示す核酸配列に実質的に相同である配列からなる。疑わしい遺伝学的異常としては、急性リンパ性白血病(ALL)、慢性骨髄性白血病(CML)、ダウン症候群が検出される。
【選択図】図8
Description
German, Studying Human Chromosomes Today, American Scientist, Vol.58, pp.182-201 (1970) Yunis, The Chromosomal Basis of Human Neoplasia, Science, Vol.221, pp.227-236 (1983) German, Clinical Implication of Chromosome Breakage, in Genetic Damage in Man Caused by Environmental Agents, Berg, Ed., pp.65-86 (Academic Press, New York, 1979) Epstein, The Consequences of Chromosome Imbalance: Principles, Mechanisms and Models (Cambridge Univ. Press 1986) Jacobs, Am. J. Epidemiol, 105: 180 (1977) Lubs et al., Science, 169: 495 (1970) Nora and Fraser, Medical Genetics: Principles and Practice, (Lea and Febiger 1989) Biochemical Indicators of Radiation Injury in Man (International Atomic Energy Agency, Vienna, 1971) Berg Ed. Genetic Damage in Man Caused by Environmental Agents (Academic Press, New York, 1979) Kraybill et al., Eds., Environmental Cancer (Hemisphere Publishing Corporation, New York, 1977) Latt, Optical Studies of Metaphase Chromosome Organization, Annual Review of Biophysics and Bioengineering, Vol.5, pp.1-37 (1976) Emanuel, Am. J. Hum. Genet., 43: 575 (1988) Schmickel, J. Pediatr., 109: 231 (1986) Sparkes, Biochem. Biophys. Acta., 780: 95 (1985) A. de Klein et al., Nature 300, 765 (1982) J. Groffen et al., Cell 36, 93 (1984) N. Heisterkamp et al., Nature 306, 239 (1983) E. Shtivelman et al., Blood 69, 971 (1987) J. B. Konopka, S. M. Watanabe, O. N. Witte, Cell 37, 1035 (1984) Y. Ben-Neriah et al., Science 233, 212 (1986) P. C. Nowell and D. A. Hungerford, Science 132, 1497 (1960) J. D. Rowley, Nature 243, 290 (June 1973) G. Grosveld et al., Mol Cell Biol 6, 607 (1986) E. Canaani et al., Lancet 1, 593 (1984) R. P. Gale and E. Canaani, Proc Natl Acad Sci USA81, 5648 (1984) Konopka J. B. et al., Proc Natl Acad Sci USA82: 1810 (1985) P. Benn et al., Cancer Genet Cytogenet 29, 1 (1987) S. Abe et al., Cancer Genet Cytogenet 38, 61 (1989) M. Shtalrid et al., Blood 72, 485 (1988) I. Dube et al., Genes Chromosomes and Cancer 1, 106 (1989) A. J. Fishleder, B. Shadrach and C. Tuttle, Leukemia 3:10, 746 (1989) C. R. Bartram et al., J Exp Med 164(5):1389 (1986) S. Hiroswa et al., Am L Hematol 28, 133 (1988) M. S. Lee et al., Blood 73(8):2165 (1989) E. S. Kawasaki et al., Proc Natl Acad Sci USA85, 5698 (1988) M. S. Roth et al., Blood 74, 882 (1989) A. L. Hooberman et al., Blood 74, 1101 (1989) C. A. Westbrook et al., Blood 71(3): 697-702 (1988) B. Trask, D. Pinkel, and G. van den Engh, Genomics 5, 710 (1989) S. J. Collins and M. T. Groudine, Proc Natl Acad Sci USA80, 4813 (1983) D. Pinkel et al., Proc Natl Acad Sci USA83, 2934 (1986) D. Pinkel, T. Straume and J. W. Gay., Proc Natl Acad Sci USA85, 9138 (1988) B. Trask and J. Hamlin, Genes and Development, 3: 1913 (1989) J. B. Lawrence, C. A. Villnave and R. H. Singer, Cell 42, 51 (1988) G. D. Johnson and J. G. Nogueria, J. Immunol. Methods 43, 349 (1981) Hegewisch-Becker et al., J. Cell. Biochem. (Suppl.) 13E, 289 (1989) Kohler et al., "Expression of BCR-ABL from Transcripts Following Bone Marrow Transplant for Philadelphia Chromosome Positive Leukemias", (manuscript submitted) Heisterkamp et al., Nature, 315: 758(1985) Heisterkamp et al., J.Molec. Appl. Genet., 2: 57(1983)。
略語
BN −NP−40を伴うビカーボネート緩衝液
DAPI −4,6−ジアミジノ−2−フェニルインドール
DCS −フルオロセイン−アビジンDCS(フルオロセインAvidan
Dの商業的に入手できるセルソータグレイド)
AAF −N−アセトキシ−N−2−アセチル−アミノフルオレン
EDTA −エチレンジアミンテトラアセテート
FACS −フルオロセイン−アクティベイティド セル ソーティング
FITC −フルオロセイン イソチオシアネート
IB −分離緩衝液
NP−40 −Sigma as Nonidet P−40(St.Louis, MO)から
商業的に入手できる非イオン界面活性剤
PBS −フォスフェード−ブァファード サリン
PI −プロピジウム アイオダイド
PMSF −フエニルメチルスルフォニル フルオライド
PN緩衝液 −0.1M NaH2PO4と0.1M Na2HPO4の混合物
pH8;0.1%NP−40
PNM緩衝液 −非脂肪ドライミルク(遠心分離)を伴うPn緩衝液;0.02%
Naアジド
SDS −ソジウム ドデシル サルフェート
SSC −0.15M NaCl/0.015M Naサイトレート,pH7
VNTR −可変数タンデム反復(variable number tandem repeat)。
I.A.染色体−特異的DNAの分離とDNA断片ライブラリーの形成
本発明に係る組成物を調製する好ましい第1ステップは、染色体−特異的DNAを分離することである。(この文言は上記したごとく標的−特異的および/または領域−特異的DNAを包含するもので、その特異性はDNAの起源に起因する)。同ステップは第1に、染色組成物が導かれる十分な量の特定の染色体タイプまたは染色体サブリージョンを分離すること、その後分離された染色体または染色体サブリージョンからDNAを抽出すること含む。ここで“十分な量”とは本方法のその後のステップを遂行するに十分な量のことを意味する。好ましくは、抽出されたDNAは標準的な遺伝子工学技術を用いてクローニングすることによりDNAインサートを形成するために使用される。
特定の全染色体(whole chromosome)(特異的染色体タイプ)を分離するための好ましい手段は、インタースペシフィック ハイブリッドセル システムを使用するか否かにかかわらず、中期染色体のダイレクト フロー ソーティング(フルオロセンス−アクティベイティド セル ソーティング)による手段である。ある種にとって、全ての染色体は慣用の有効なソーティング技術により分離できる。全てではないが、多くのヒト染色体は一般にフロー ソーティングによりヒト細胞から分離できる。[Carrano et al., 「Measurement and Purification of Human Chromosomes by Flow Cytometry and Sorting」, Proc. Natl Acad Sci., Vol. 76, pp.1382-1384 (1979)]。従って、ヒト染色体の分離にはヒト/ゲッシ動物 ハイブリッド セル システムが必要である。[Kao, 「Somatic Cell Genetics and Gene Mapping」, International Review of Cytology., Vol.85, pp.109-146 (1983)、Gusella et al.,「Isolation and Localization of DNA Segments from Specific Human Chromosomes」, Proc. Natl.Acad. Sci., Vol.77, pp.2829-2833 (1980)]を参照。染色体ソーティングは商業的に入手できるフルオルセン−アクティベイティド ソーティングマシン、例えばベクトン ディキンソン FACS−II(Becton Dickinson FACS-II)、カウルター エピシス V ソーター(Coulter Epics V sorter)、または染色体ソーティングに活用できる特殊目的のソーターまたはこれに類似する機器により行われる。
領域−特異的染色体DNAを分離するのに使用できる方法には、下記の方法が含まれる。前もってマップ化されたDNA、例えばマップ化されたコスミドのライブラリーからの適宜の染色体領域の選択:例えばFACSによる誘導染色体のソーティング:選択された染色体の微視的解体:減ハイブリダイゼーション:所望の染色体断片を含み、DNAを抽出するとともに増幅し、かつ所望の増幅されたDNAを選択する適宜のハイブリッドセルの同定:放射線ハイブリッドからの適宜の染色体物質の選択。サブセクションI.A.1で概略的に記載した標準的遺伝子工学技術は、本技術分野の周知の手法で使用される。領域−特異的DNAの増幅は、適宜のベクターでクローニングすることにより、適宜の細胞系で増殖することより、および/またはPCRの使用により遂行できる(後述のI.B.を参照)。
あるケースにおいては、不均一混合物の核酸断片はー重鎖RNAまたはDNAからなることが好ましい。ある条件のもとでは、一重鎖核酸プローブの結合効率(binding efficiency)は例えばコックス等の下記の文献にしめされているように、インシトゥ ハイブリダイゼーションの間により高くなることが発見された。[Cox et al., 「Detection of mRNAs in Sea Urchin Embryos by In Situ Hybridization Using Asymmetric RNA Probes」, Developmental Biolgy, Vol.101, pp.485-502 (1984)]。
本発明に係るプローブを形成する他の方法は、ポリメラーゼ鎖反応[PCR]の使用を含む。[PCRのメカニックの説明として、Saiki et al., Sciense, 230: 1350 (1985)、USP Nos.4,683,195、 4,683,202 (1987,7,24)、 4,800,159 (1989,1,24)]。上記したごとく、分離された標的−特異的核酸配列はPCRによって増幅でき、反復配列の少ないまたは皆無である標的−特異的配列を形成する。かかる手法に使用されたPCRプライマーは、反復配列の末端のためのものであり、反復物によりフランクされた配列の増幅をもたらす。
本発明に係るプローブは典型的には、以下の幾多のステップにより形成される。ゲノムの標的領域に相補的である核酸配列源を得るステップ。同配列が標的物質に能率的にハイブリダイズしかつそれらが結合した後検出し得るように、同配列を標識しまたはその他の処理を行うステップ。ハイブリダイゼーション能力を無能力化しまたは共有反復配列の十分な量を除去し、またはかかる配列を無能力化しかつ除去すべく同配列を処理するステップ。これらのステップの順序は、採用される特定の方法に依存する。
シングル−コピー プローブは、ゲノムの標的領域に含まれるシングルコピー配列に相補的である核酸断片からなりたっている。かかるプローブを構成するー方法は、標的領域をクローニングにより形成されたDNAライブラリーで始めることである。ライブラリーにおけるクローンの中には、全配列がシングル−コピーであるDNAを含むであろうし、他のものは反復配列を含むであろうし、またさらに他のものはシングル−コピー配列および反復配列の部分を持つであろう。個々のクローンによる選択、およびシングル−コピー配列のみを含んでいるこれらのクローンのプーリングは、標的領域に特異的にハイブリダイズするプローブをもたらす。クローンのシングル−コピーの性質は最終的には、標準技術を使用するサザン ハイブリダイゼーションにより確認される。図4Hは、第4染色体ライブラリーからこの方法で選択された120クローンによるハイブリダイゼーションを示す。
核酸のピース、例えばクローンのハイブリダイゼーション特異性は、インシトゥ ハイブリダイゼーションにより試験できる。適宜のハイブリダイゼーション条件のもとで、上記ピースが所望の標的領域としての特異的なシングル−コピーまたは反復配列に結合するならば、同ピースはプローブに包含できる。染色体−特異的反復配列[Trask et al., supra, (1988) and references therein],VNTRs,多数のマップ化されたシングルコピー配列等のごとく、特異的ハイブリダイゼーション特性を持っている多くの配列がすでに知られている。もっと多くのものが連続的にマップ化されている。かかる配列は本発明のプローブに包含できる。
ヒトゲノムのごとく多くのゲノムにおいて、共有反復DNAの主要部分はAluのごとき高度に反復された配列の若干のファミリーに含まれている。このような高度コピー反復配列を実質的に含んでいないプローブは、多くの適用において有効な染色コントラストを形成するであろう。かかるプローブは核酸配列のある源、例えば第1表のライブラリーから比較的簡単な集団固定法で形成できる。それ故、かかる集団固定法はかかる適用にとって好ましい方法である。
ハイブリダイゼーション混合物における二重鎖プローブ核酸は変性され、その後ハイブリダイゼーション条件のもとで高度コピー配列のための十分な時間プローブ中でインキュベートされて、実質的に二重鎖配列となる。ハイブリダイゼーション混合物はその後サンプルに適用される。高度に反復された配列の残留している標識されたー重鎖コピーは、サンプルのいたるところに結合し、弱くかつ幅広く分散されたシグナルを形成する。ゲノムの標的領域のための特異的な低度コピー配列の多様な結合は、容易に識別し得る特異的シグナルを形成する。
ハイブリダイゼーション混合物には、ハイブリダイゼーション能力を抑制することが望まれる配列と相補的である標識されない核酸配列が添加される。必要によりプローブおよびブロッキング核酸は変性され、また適宜のハイブリダイゼーション条件もとでインキュベートされる。ブロックされるべき配列は他のものより早く二重鎖配列になるため、ハイブリダイゼーション混合物が標的物質に適用される場合には同標的物質に結合することはできない。あるケースにおいては、ブロッキング反応はインキュベート期間が極めて短縮できるほど早く生じ、ハイブリダイゼーション混合物が変性後直ちに標的物質に適用される場合には十分な結果が得られる。ブロッキング方法は一般にシーリイ等により下記の文献に記述され、かかる文献は参考文献として取り入れられる。[Sealy et al, 「Removal of Repeat Sequence form Hybridization probes」, Nucleic Acid Research, 13: 1905(1985)]。ブロッキング核酸の実施例はゲノムDNA、ゲノムDNAの高度コピーフラクションおよび下記(i−iii)に概略的に示したごとく特定の配列を含んでいる。
ゲノムDNAは生物の核酸配列の全てを、それらのゲノムにおけるコピー数に比例して含む。従って、ゲノムDNAをハイブリダイゼーション混合物に添加することは、高度コピー反復配列の濃度を低度配列より増加し、それ故前者をブロッキングするのにより効果的である。しかしながら、ゲノムDNAは標的物質に対して特異的である配列のコピーを含み、同ゲノムDNAがあまりにも多く添加される場合には所望の染色体−特異的結合を減少するであろう。添加すべきゲノムDNA量を決定するガイドライン(後述の3.e.項のQの概念を参照)、およびゲノムブロッキングDNAを使用する実施例は下記に提供される。ゲノムDNAのブロッキング効果性はある条件のもとでは、そのハイブリダイゼーション混合物への添加タイミングの調整により高めることができる。かかるタイミング調整の実施例は、後述の図4B〜図4E(プロトコルI)および図4F(プロトコルII)に示されたプロトコルIおよびプロトコルII ハイブリダイゼーションで提供され、またセクションVIに詳述されている。
ゲノムDNAの使用での難しさは、同ゲノムDNAもまた低度コピー配列のハイブリダイゼーションをブロックすることであり、かかるブロックは所望の標的染色を与える配列に対して支配的である。従って、単に高度コピー配列のみを得るためにゲノムDNAを分別すること、およびこれらをブロッキングに使用することはこの困難性を克服する。かかる分別は例えば、後述(3c.i.)するごとくハイドロオキシアパタイトで行うことができる。
プローブにおける特定の配列のブロッキングは、同配列の標識されないコピーを多く添加することにより成し遂げられる。例えば、プローブにおけるAlu配列は、クローン化されたAluを添加することによりブロックできる。ヒトゲノムにおける最高度コピー配列を含んでいるわずかなクローンの混合物から調製されたブロッキングDNAは、染色体−特異的ライブラリー例えば[表1]のライブラリーとともに効果的に使用できる。1または複数の染色体−特異的ライブラリーからの標識されない核酸配列は、1または複数の他の染色体−特異的ライブラリーからの標識された配列を含んでいるプローブをブロックするのに使用できる。共有配列はブロックされ、標的染色体上にのみ存在する配列は影響されない。図4Fは、ゲノムDNAがヒト第21染色体および他の末端動原体型染色体の動原体型領域により共有された配列、または配列類のハイブリダイゼーションを完全にブロッキングするには効果的ではないことを示している。これらの配列または配列類を含んでいるクローンまたはクローンズが最終的に分離されると、これから形成された標識されないDNAは染色の特異性を改良するためにゲノムブロッキングDNAに添加される。
3c.i.ハイドロオキシアパタイト
一重鎖核酸および二重鎖核酸は、ハイドロオキシアパタイトに対して異なる結合特性を持っている。かかる特性は核酸を分別するのに一般的に使用される基礎を提供する。ハイドロオキシアパタイトは商業的に入手できる(例えば、Bio-Rad Labratories, Richmond, CA)。最高度コピー数からシングルコピー数までの反復の特定の度合の配列を含んでいるゲノムDNAのフラクションは、ゲノムDNAを変性し、それを適宜の条件のもとでCotの特定の値に再結合することを許容することにより得られ、それに続いてハイドロオキシアパタイトを使用する分離に付される。一重鎖核酸および二重鎖核酸もまた、S1ヌクレアーゼの使用により識別できる。かかる技術およびCotの概念はブリテン等により以下の文献に説明されており、かかる文献は参考文献として本明細書に取り入れられている(Britten et al., 「Analysis of repeating DNA Sequences by Reassociation」, in Method in Enzymololgy, Vol.29, pp. 363-418 (1974)。
特定の配列の除去は、一重鎖「吸収」(absorbing)核酸配列をソリッドサポート(solid support)に付着することによっても遂行できる。一重鎖源核酸は固定された核酸にハイブリダイズされる。ハイブリダイゼーション後、未結合配列は収集されプローブとして使用される。例えば、ヒトゲノムDNAはヒトプローブから反復配列を吸収するために使用できる。かかる方法の一つの方法がブリソン等により以下の文献に記述されており、かかる文献は参考文献として取り入れられている[Brison et al.,「General Method for Cloning Amplified DNA by Differential Screening with Genomic Probes」, Molecular and Cellular Biology, Vol.2, pp.578-587 (1982)]。簡単に言えば、わずかに奪い取られたヒトゲノムDNAは、ジアゾニウムセルロースまたはその類似のサポートに結合される。断片に適宜にカットされた源DNAは固定されたDNAに対してハイブリダイズされ、約1〜100のCot値になる。ハイブリダイゼーション条件の好ましいストリンジェンシイは、DNAのベース組成により変化する。かかる手法は染色体−特異的ライブラリー、例えば[表1]のライブラリーから反復配列を除去し、全ヒト染色体を染色し得るプローブを形成する。
標的ゲノムにおける非標的結合座位を、標識されない相補的反復配列によるハイブリダイゼーションを行うことによりブロックすることは、結合する潜在力を持つプローブにおける標識された配列の結合を阻止する。例えば、標識されないゲノムDNAによるハイブリダイゼーションは、標的ゲノム二重鎖に高度コピー反復配列を与える。プローブにおけるかかる配列の標識されたコピーは、プローブがその後に適用される場合結合することができない。
上記3b.i.セクションで示したごとく、プローブにおける高度コピー反復のハイブリダイゼーション能力を抑制することと、標的−特異的配列の結合を抑制することによる所望のシグナル強度を減すこととの間の最適な妥協を図るためには、正確な量のゲノムDNAを添加することが必要である。次のディスカッションは、ゲノムの標的領域からのDNAをクローニングすることにより形成された、または同DNAの広がり(streches)をクローニングとは異なる他の複製により形成されたプローブをともなうゲノムブロッキングDNAの使用に関するものである。従って、プローブはシングルコピー、染色体−特異的反復配列、および標的において発見される共有反復配列の典型的なサンプリングを含んでいる。かかるプローブは、コンプレキシティがゲノムの小さな領域、例えばいくつかの接近されたコスミドクローンから誘導された100kbから、例えば[表1]からの多数のライブラリーのコンビネーションである数億ベースまでの範囲のものである。下記のディスカッションは例示的であり、異なる核酸が使用される他の状況にまで拡大できる。下記のQのディスカッションは、本発明を如何に進行すべきかに関する一般的なガイドラインを与えることのみを意図したものである。
不均一混合物のー重鎖および二重鎖核酸断片を標識するにはいくつもの技術がある。これらの方法は放射線的標識の結合を含んでいる。例えば、ハーパー等[Harper et al., Chromosoma, Vol. 83, pp.431-439 (1984)];フルオロクロムまたは酵素の直接付着(direct attachment)、例えばスミス等[Smith et al., Nucleic Acids Reserch, Vol.13, pp.2399-2412 (1986),およびコノリイ等[Connolly et al., Nicleic Acids Research, Vol.13, pp.4485-4502 (1985)];免疫化学的または他のアフィニティリアクションにより核酸断片を検出し得るようにする同断片の種種の化学的変更、例えばテーン等[Tchen et al., 「Cemically Modified Nucleic Acids as Immunodetectable Probes in Hybridization Experiments」, Proc. Natl. Acad. Sci., Vol.81, pp.3466-3470 (1984)];リチャードソン等[Richardson et al., 「Biotin and Fluorescent Labeling of RNA Using T4 RNA Ligase」, Nucleic Acids Reserch, Vol.11, pp.6167-6184 (1983)];ランガー等[Langer et al., 「Enzymatic Synthesis of Biotin-Labeled Polynucleotides: Nucleic Acid Affinity Probes」, Proc. Natl. Acad. Sci., Vol.78, pp.6633-6637 (1981)];ブリガティ等[Brigati et al., 「Detection of Viral Genomesin Cultured Cells and Paraffin-Embedded Tissue Sections Using Biotin-Labeled Hybridization Probes」, Virology, Vol.126, pp.32-50 (1983)];ブロカー等[Broker et al., 「Electron Microscopic Visualization of tRNA Genes Ferrin-Avidin: Biotin Labels」, Nucleic Acids Research Vol.5, pp.363-384 (1978)];ベヤー等[Bayer et al.,「The Use of the Avidin Biotin Complex as a Tool in Molecular Biology」, Methods of Biochemical Analysis, Vol.26, pp.1-45 (1980);クールマン[Kuhlmann, Immunoenzyme Techniques in Cytochemistry (Weinheim, Basel, 1984)]、ランガー−サファー等[PNAS USA,79: 4381 (1982)];ランデゲント等[Exp. Cell Res., 153: 61 (1984)];ホップマン等[Hopman et al., Exp. Cell Res., 169: 357(1987)]。典型的な標識化手段はこれらを含み、これらの手段においてプローブ断片はビオチニル化され、N−アセトキシ−N−2−アセチルアミノフルオレンで変更され、フルオロセインで変更され、水銀/TNPリガントで変更され、スルホン化され、ジゴキシゲニン化され、またはT−Tダイマを含む。
染色体に対する本発明に係る不均一混合物の適用は、標準的なインシトゥ ハイブリダイゼーション技術により遂行される。技術上の幾多の優れたガイドが役に立つ。例えばガルおよびパードゥ[Gall and Pardue, 「Nucleic Acid Hybridization in Cytological Preparations」, Methods in enzymology, Vol. 21, pp.470-480 (1981)]、例えばヘンダーソン[Henderson, 「Cytological Hybridization to Mammalian Chromosomes」, International Review of Cytology, Vol.76, pp.1-46 (1982)];例えばアンゲラー等[Angerer, et al., 「In Situ Hybridization to Cellular RNAs」, in Genetic Engineerng: Principles and Methods, Setlow and Hollaender, Eds., Vol.7, pp.43-65 (Plenum Press,New York, 1985)]。したがって、これらの文献は参考文献として取り入れられる。
V.A.ヒト第21染色体に特異的な染色試薬の製造および使用
V.A.1.第21染色体の分離および第21染色体−特異的ライブラリーの構造
ヒト染色体−特異的ライブラリーからのDNA断片は、ナショナル ラボラトリー ジーン ライブラリー プロジェクト(National Laboratory Gene Library Project)から、アメリカン タイプ カルチャー コレクション[American Type Culture Collection (ATCC), Rockville, MD.]を通して入手可能である。第21染色体からのDNA断片は、フスコー等により記載された手法[Fuscoe et al., in 「Construction of Fifteen Human Chromosome-Specific DNA Libraries from Flow-Purified Chromosome」, Cytogenet. Cell Genet., Vol.43, pp.76-86 (1986)]で造られ、この文献は参考文献として取り入れられる。簡単に言えば、ヒト二倍体繊維芽細胞培養は新生児包皮組織から確立された。細胞の染色体はファン デン エンフ等のMgSO4法[van den Enph et al., Cytometry, Vol.5, pp.108-123 (1984)]により分離され、蛍光染料−ヘキスト33258およびクロモマイシンA3−で染色された。第21染色体はピータース等[Peters et al., Cytometry, Vol.6, pp290-301 (1985)]により述べられたローレンス リバーモア ナショナル ラボラトリーの高速ソーターにより分離された。
非反復配列インサートを有するクローンはベントンおよびデービスの方法[Benton and Davis, Science, Vol.196, pp.180-182 (1977)]により分離される。簡単に言えば、約1000の組換えファージが第21染色体−特異的ライブラリーからランダムに分離される。これらはニトロセルロースに移されてニックトランスレートされた全ゲノムヒトDNAでプローブされる。
フスコー等[Fuscoe et al., Genomics, 5: 100-109 (1989)]は、多数のシングルコピー配列または非常に低いコピー数の反復配列クローンを組換えファージライブラリーから選択するための、すぐ上(V.A.2)で述べた方法よりもっと効率的な手法を提供して、第21染色体を染色するためのその使用につき実証している。前記記事はこれにより参考として取り入れられる。簡単に言えば、クローンは2つの基本的手法を用いて(ヒト第21染色体のDNAから造られた)カロン21Aから選択された。第1に、ファージライブラリーは、クローン内の反復配列の存在に対しセクションV.A.2.の方法よりもっと敏感になるように案出された方法を用いて2つのステージに区別された。それから選択されたクローンはプラスミドにサブクローンされた。このようにして選択された450のインサートがライブラリーpBS−U21を形成する。第2は複数ステップの処理からなり、そこでは、1)LL21NS02からのインサートはブルースクライブプラスミドにサブクローンされ、2)プラスミドはニトロセルロースのフィルター上のバクテリアコロニー中で高密度で増殖され、3)放射性ヒトゲノムDNAがニトロセルロースのフィルター上のプラスミドDNAに2ステップの低い厳格性でハイブリダイズされ、4)ハイブリダイズされなかったインサートを有するプラスミドがシングルコピー配列を備えている可能性があるものとして選択された。このようにして5030のコロニーが選び出されて、ライブラリーpBS−U21/1530を形成した。
ピンケル等[Pinkel et al., PNAS(USA), 85: 9138-9142 (December 1988)]は、第4染色体シングルコピー配列を調製する手法および、次いで前記シングルコピー プローブをヒト中期スプレッドにハイブリダイズするためのプロトコル{ピンケル等[Pinkel et al; PNAS(USA), 83: 2934-2938 (1986)]}に記載された手法の変形を記載している。図4Hは第4染色体からの120のシングルコピー プローブのプールでのヒト中期スプレッドに対するハイブリダイゼーションを示す。
VI.A.ブロッキングDNAを使用した第21染色体−特異的染色
高濃度の標識されていないヒトゲノムDNAとラムダファージDNAが標的染色体に対し反復およびベクターDNA配列結合を抑制するのに使用された。重質プロテイナーゼのダイジェスションとこれに続く標的の固定は標的DNAに対するプローブのアクセスを改良する。
セクションVI.A.で説明したごとく、共有反復配列を含むヒト染色体−特異的ライブラリーは、標識しないヒトゲノムDNAでのインキュベーションにより共有反復配列のハイブリダイゼーションキャパシイティが減少されていれば、その染色体を染色するのに使用することが出来る。セクションVI.A.では、不均一な混合物の核酸配列がファージベクターカロン21A中でクローンされ、そこではベクターDNAのインサートの比は約0.1(40kbのベクターに対し平均4kbのインサート)である。このセクションでは、より小さいクローニングベクター、約3キロベースのブルースクライブプラスミド、に対して同じインサートの転移することが、ベクターDNAに対するインサートの比を0.5に増大させて、染色の特異性と強さを改良したことを実証する。
YACS.7つの酵母クローンHY1,HY19,HY29,HYA1.A2,HYA3.A2,HYA3.A9およびHYA9.E6がD.バーク(Washington University, St.Louis, MO)から得られた。クローン中のヒトDNAの長さは約100kbから600kbの範囲であった。ゲル電気泳動がこれらのインサートのサイズを確かめるために行われた。これらの各クローンは増殖されて全てのDNAが分離された。分離されたDNAはチミジンの10−30%がビオチン−11−dUTPで置換されるようにニックトランスレーションによりビオチン化された。ニックトランスレーション後の全ての標識されたDNAの濃度は10−20ng/μlの範囲内だった。
上記ピンケル等(1988)の手法で詳述され上記セクションV.C.およびVI.B.で例示されたと本質的に同じハイブリダイゼーションおよび染色条件が、この例では使用された。この例では、ヒト第19染色体の一つのコピーを含むハムスター−ヒト雑種細胞からの400ngのビオチン標識されたDNAが、10ulのハイブリダイゼーション混合物中で、1.9μgの標識されていないヒトゲノムDNAと混合された。ハイブリダイゼーションは37℃でおよそ60時間であった。結合プローブの蛍光染色と染色体の対比染色は上述の他の例と同様であった。図6は、ハイブリダイゼーションの結果を示す。
この発明は、細胞上において細胞ベースで、顕微鏡的なまたある場合にはフローサイトメトリー的な遺伝的異常の検出を可能にする。検鏡は全て人間の観察者によりなされてもよいし、完全なオートメーションにいたるまでの種々の程度の付加的器具の使用および算出方法の助成手段を含んでもよい。このような分析のための器具の使用やオートメーションは多くの利点を与える。その中には、人間の観察者には不可視な蛍光染料(例えばインフェアードダイ(infared dyes))の使用や、同時的には可視でない多重標識法(例えば蛍光および吸収染色、オートラジオグラフィー等の組合せ)で得られた結果を判断する機会がある。量的測定は人間の観察者では検出できない染色の差を検出するのに使用できる。以下に述べるごとく、オートメーション化された分析は、細胞および染色体が分析される速度を増大させることもできる。
中期スプレッドによる自動的な染色体の分類および異常検出のためのオートメーション化されたシステム(特にコンピューター制御顕微鏡)の開発に向けて、過去30年間相当な努力がなされてきた。近年は、種々の染色体タイプ上にはっきり認識できるバンディングパターンを生ずるように化学的に染色された染色体の自動分類に努力が向けられてきた。これらの努力は、おおよそ同じサイズの染色体タイプの間のバンディングパターンの微妙な差のために、また異なる中期中の染色体の特質的な収縮は各タイプの染色体上に見られるバンドの数および幅の変化の原因となるので、ごく部分的にしか成功していない。本発明は、間隔、幅および標識の差異(例えば異なる色)がオートメーション化された染色体の分類および異常検出を容易にするように最適化される染色パターンを生じる試薬の構成を可能にすることにより、これらの問題を克服する。このことは、ハイブリダイゼーションプローブが染色体の長さに沿って所望のように選択できるので可能である。このような試薬により生じるバンドのサイズは、単一の小さいドットから一つまたはそれ以上の染色体を本質的に一様に覆うものまでの範囲に及ぶであろう。従って本発明は、隣接したハイブリダイゼーションドメインが例えば色により見分けられるような、ハイブリダイゼーションプローブの構成、および好ましくは蛍光のような標識手段の使用を可能にし、これにより分解するには空間的に余りにも接近しているバンドもスペクトル的に検出される(すなわち、もし赤と緑の蛍光を発するバンドが合体していれば、この2つのバンドの存在は結果として生じる黄色の蛍光により検出される)。
生物学的線量法への一つの接近手段は、潜在的に有毒な薬剤に暴露された個体により被った遺伝学的損傷の兆候として、構造的に異常な染色体の頻度を測定することである。多数の研究が、染色体異常誘発物と呼ばれる電離性放射線およびその他の薬剤に対する暴露の増大と共に構造的異常の頻度が増大することを示している。二動原体染色体は、その特徴のある性質がバンド分析なしに速やかに記録することを可能とするので、最も普通に記録される。作業場で見いだされるレベルに暴露された個体におけるこのような異常は低い頻度(〜2×10−3/細胞)であるので、速やかな分析が重要である。遺憾ながら、二動原体は安定して維持されないので測定された二動原体の頻度は暴露後の時間と共に減少する。従って、長時間にわたる低レベルの暴露は、異常が連続的に除去されるので結果的に高い二動原体頻度とはならない。転座は多かれ少なかれいつまでも維持されるのでこのような線量法的研究のための記録にはより適した異常である。従って、遺伝子損傷の評価を暴露後長時間たったときに行うことが出来る。転座は、それを見分けることの困難さが線量法のために充分な数の細胞を記録することを論理的に不可能にするので、生物学的線量法のためには日常的に記録されない。
出生前に発見される最も普通の異常は、第21染色体(ダウン症候群)、第18染色体(エドワード症候群)および第13染色体(パトー症候群)ならびにX0染色体(ターナー症候群)、XXY染色体(クラインフェルター症候群)およびXYY染色体の異常を伴う三染色体性である。構造的異常も生じる。しかしながら、これらはまれであってその臨床的重要性もしばしば不確実である。従って、これらの異常を検出することの重要性は疑問である。羊水穿刺や絨毛生検の様な伝統的な核型のために胎児細胞を得る今の技法は、分析のための百から千の細胞をもたらす。これらは通常細胞遺伝学的分析に充分な分裂細胞を作り出すために、2から5週間培養基中で増殖される。中期スプレッドが調製されれば、伝統的バンド分析で分析される。このような処理は高度に熟練した分析家によってのみ実行できまた時間を浪費するので、最大の細胞遺伝学研究所によるものでも信頼性を持ってなされる分析の数は年に数千だけである。結果的に、出生前の細胞遺伝学的分析は通常、子供に遺伝病の高いリスクがある婦人(例えば35才以上の婦人)に限られている。
J1D8 HB10096
P1B5 HB10097
両ハイブリドーマの培養は1989年4月4日にATTCにより受け入れられて1989年4月14日に生育可能と報告された。
近年の多数の研究は、特定の病気の表現型の診断に役立ちまた病気それ自身の遺伝学的性質への手がかりを提供する、構造的および数的染色体の異常の存在を明らかにした。著名な例には、慢性骨髄性白血病と第9および第22染色体に伴う転座との密接な関連、13q14の部位の欠失と網膜芽細胞腫との関連および第8および第14染色体に伴う転座とバーキットリンパ腫との関連が含まれる。新種の腫瘍の特異的異常を明らかにする今日の進歩は、細胞遺伝学的分析のための代表的な高品質のバンデッド中期スプレッドを造ることの困難性により制限されている。これらの問題は、多くのヒト腫瘍は培養基中で増殖させることが困難または不可能であるという事実に由来する。従って、分裂細胞を得ることは普通は困難である。たとえ細胞が培養基中で増殖できたとしても、増殖する細胞が腫瘍集団を代表するものでないという少なからぬ危険がある。この困難性はまた存在する遺伝学的知識を臨床的診断および予後に応用することを妨げる。
重複および欠失、遺伝子増幅およびヘテロ接合度がなくなることに伴うプロセスも、本発明の技法を用いて中期および間期において検出できる。そのようなプロセスは異なる腫瘍の数の増大に関連している。
このセクションは、本質的に全てのCML患者において融合BCR、ABL配列のわきに位置する第9及び第22染色体からのプローブを用いるFISHに基づくCML試験について詳述する(図8)。このセクションの例において用いられたBCR、ABLプローブは、米国イリノイ州シカゴのユニバーシティオブシカゴメディカルセンターの血液学/腫瘍学セクション、デパートメントオブメディシンのカロル エイ.ウエストブルックによって好意的に提供された。
結果.ABLおよびBCRハイブリダイゼーション座位は、たいていの中期スプレッド中の染色体の両染色分体上に見られた。正常な個体からの中期スプレッドと結合したABLプローブは、9qのテロメア近くにあるが(図9A)、BCRプローブは22q11において結合している(図9B)。正常な間期核へのABLまたはBCRによるハイブリダイゼーションは、典型的には両相同染色体上の標的配列に対応した2つの小さな蛍光点を生じた。これらの点は、二次元的核イメージ内に外見上ランダムに分布しており、通常はよく分離していた。少数の細胞は、2つのダブレットハイブリダイゼーションシグナルを示したが、これはたぶんDNAのこの領域を複製した細胞内の両相同の両姉妹染色分体(すなわち細胞サイクルのS−またはG2−フェイズにおけるそれら)へのハイブリダイゼーションの結果であろう。正常なG1核へのABL(赤色)、BCR(緑色)プローブの二重カラーFISHは、核の周囲にランダムに分布した2つの赤色(ABL)および緑色(BCR)ハイブリダイゼーションシグナルを生じた。
一般に一重鎖DNAハイブリダイゼーションプローブを調製してこれを二重鎖標的DNAに適用する方法は、標的DNAとプローブDNAの両方を同一の制限エンドヌクレアーゼで処理することとこれに続く制限切断端付近での一重鎖のダイジェスションを含んでいる。プローブはダイジェストされた一重鎖を標識されたヌクレオチドで再合成することにより構成される。標識された鎖は標的DNAのダイジェストされていない一重鎖と本質的に相補的である。標識された一重鎖を含む二重鎖DNA断片はより小さいピースに切断されて変性される。ハイブリダイゼーションプローブは標識された一重鎖断片を標識されていない断片から分離することにより得られる。
本発明の以上の実施例の記述は例証および説明の目的で提示された。それらは網羅的であるとか、または本発明を開示されたまさにその形態に限定することを意図するものではなく、上記教示に照らして明らかに多くの変更や変形が可能である。実施例は本発明の原理と実際の適用を最もよく説明し、これによりこの技術に熟練した他の者が本発明を種々の実施例でまた期待される特定の用途適合した種々の変更と共に最もよく利用することが可能となるようにするために、選ばれ記述された。ここに添付する特許請求の範囲により本発明の技術的範を定義することが意図されている。
Claims (28)
- 染色体の一部におけるDNA配列のコピー数の増加を検出するために標的染色体DNAを染色する方法であって、下記の工程を含む方法;
a)検出が所望される染色体の第1の部分に実質的に相補的である非反復配列を有する標識された核酸断片の不均一混合物を含む第1のプローブを供する工程であって、非反復配列を有する標識された核酸断片は第1標識で標識されており約40キロベース(kb)から10メガベース(Mb)のコンプレキシティを有する、工程、
b)標的染色体DNAにハイブリダイズするプローブの検出を可能にするために、インシトゥ ハイブリダイゼーションにおいて該プローブと標的染色体DNAとを用いる工程であって、標的染色体DNAは、インシトゥ ハイブリダイゼーションの際に形態学的に確認可能な細胞核中に存在する間期DNAである、工程、および
c)標的染色体DNAにおいてDNA配列のコピー数の増加が起こっているかどうかを決定するためにハイブリダイズしたプローブを検出する工程。 - 染色体の第2の部分に実質的に相補的である標識された核酸断片を含む第2のプローブを供する工程であって、当該第2の部分は染色体の第1の部分とは異なり、該標識された核酸断片は第2標識で標識されており、該第2標識は第1標識とは異なる工程をさらに含む、請求項1記載の方法。
- 染色体の一部におけるDNA配列のコピー数の減少を検出するために標的染色体DNAを染色する方法であって、下記の工程を含む方法;
a)以下i)およびii)のプローブを供する工程:
i)検出が所望される染色体の第1の部分に実質的に相補的である非反復配列を有する標識された核酸断片の不均一混合物を含む第1のプローブであって、非反復配列を有する標識された核酸断片は第1標識で標識されており約40キロベース(kb)から10メガベース(Mb)のコンプレキシティを有する、プローブ、および
ii)染色体の第2の部分に実質的に相補的である標識された核酸断片を含む第2のプローブであって、当該第2の部分は染色体の第1の部分とは異なり、該標識された核酸断片は第2標識で標識されており、該第2標識は第1標識とは異なる、プローブ、
b)染色体DNAにハイブリダイズするプローブの検出を可能にするために、インシトゥ ハイブリダイゼーションにおいて該プローブと標的染色体DNAとを用いる工程、および
c)標的染色体DNAにおいてDNA配列のコピー数の減少が起こっているかどうかを決定するためにハイブリダイズしたプローブを検出する工程。 - 標的染色体DNAがインシトゥ ハイブリダイゼーションの際に形態学的に確認可能な細胞核中に存在する間期DNAである、請求項3記載の方法。
- 第1の部分が染色体1〜22、XおよびYから選択されるヒト染色体の一部を含む、請求項1または3記載の方法。
- 第1の部分が第21染色体の一部を含む、請求項1記載の方法。
- 第1の部分が網膜芽腫遺伝子を含む、請求項3記載の方法。
- 第1のプローブの非反復配列を有する標識された核酸断片が、少なくとも約50キロベース(kb)のコンプレキシティを有する、請求項1または3記載の方法。
- 第1のプローブの非反復配列を有する標識された核酸断片が、YAC、コスミドまたはプラスミド由来の核酸を含む、請求項1または3記載の方法。
- 第2のプローブの標識された核酸断片が、非反復配列を有する標識された核酸断片の不均一な混合物を含む、請求項2または3記載の方法。
- 第2の部分が染色体特異的な反復配列を有する、請求項2または3記載の方法。
- 染色体特異的な反復配列が動原体配列である、請求項11記載の方法。
- 染色体特異的な反復配列がアルファサテライト配列である、請求項11記載の方法。
- 標識の一方あるいは両方ともが蛍光標識を含む、請求項1または3記載の方法。
- 標識の一方あるいは両方ともが免疫化学標識を含む、請求項1または3記載の方法。
- 一方の標識がビオチンを含む、請求項1または3記載の方法。
- a)検出が所望される染色体の第1の部分に実質的に相補的である非反復配列を有する標識された核酸断片の不均一混合物を含む第1のプローブであって、非反復配列を有する標識された核酸断片は第1標識で標識されており少なくとも約40キロベース(kb)のコンプレキシティを有する、プローブ、および
b)染色体の第2の部分(当該部分は染色体の第1の部分とは異なる)に実質的に相補的である標識された核酸断片を含む第2のプローブであって、該標識された核酸断片は第2標識で標識されており、該第2標識は第1標識とは異なる、プローブ
を含む、染色体の一部におけるDNA配列のコピー数の増加あるいは減少を検出するための染色体DNAを染色するためのテストキット。 - 第1の部分が染色体1〜22、XおよびYから選択されるヒト染色体の一部を含む、請求項17記載のキット。
- 第1の部分が第21染色体の一部を含む、請求項17記載のキット。
- 第1の部分が網膜芽腫遺伝子を含む、請求項17記載のキット。
- 第1のプローブの非反復配列を有する標識された核酸断片が、少なくとも約50キロベース(kb)のコンプレキシティを有する、請求項17記載のキット。
- 第1のプローブの非反復配列を有する標識された核酸断片が、YAC、コスミドまたはプラスミド由来の核酸を含む、請求項17記載のキット。
- 第2のプローブの標識された核酸断片が、非反復配列を有する標識された核酸断片の不均一な混合物を含む、請求項17記載のキット。
- 第2の部分が染色体特異的な反復配列を有する、請求項17記載のキット。
- 染色体特異的な反復配列が動原体配列である、請求項24記載のキット。
- 染色体特異的な反復配列がアルファサテライト配列である、請求項24記載のキット。
- 標識の一方あるいは両方ともが蛍光標識を含む、請求項17記載のキット。
- 標識の一方あるいは両方ともが免疫化学標識を含む、請求項17記載のキット。
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US44466989A | 1989-12-01 | 1989-12-01 | |
US49709890A | 1990-03-20 | 1990-03-20 |
Related Parent Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2005207840A Division JP4517152B2 (ja) | 1989-12-01 | 2005-07-15 | 染色体−特異的染色の方法および組成物 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2008283989A true JP2008283989A (ja) | 2008-11-27 |
Family
ID=27034011
Family Applications (4)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP22094690A Expired - Lifetime JP3771934B2 (ja) | 1989-12-01 | 1990-08-21 | 染色体―特異的染色の方法および組成物 |
JP2002337236A Withdrawn JP2003199564A (ja) | 1989-12-01 | 2002-11-20 | 染色体−特異的染色の方法および組成物 |
JP2005207840A Expired - Lifetime JP4517152B2 (ja) | 1989-12-01 | 2005-07-15 | 染色体−特異的染色の方法および組成物 |
JP2008207383A Pending JP2008283989A (ja) | 1989-12-01 | 2008-08-11 | 染色体−特異的染色の方法および組成物 |
Family Applications Before (3)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP22094690A Expired - Lifetime JP3771934B2 (ja) | 1989-12-01 | 1990-08-21 | 染色体―特異的染色の方法および組成物 |
JP2002337236A Withdrawn JP2003199564A (ja) | 1989-12-01 | 2002-11-20 | 染色体−特異的染色の方法および組成物 |
JP2005207840A Expired - Lifetime JP4517152B2 (ja) | 1989-12-01 | 2005-07-15 | 染色体−特異的染色の方法および組成物 |
Country Status (9)
Country | Link |
---|---|
EP (2) | EP0885971B1 (ja) |
JP (4) | JP3771934B2 (ja) |
KR (1) | KR910012263A (ja) |
AT (2) | ATE366323T1 (ja) |
AU (1) | AU647741B2 (ja) |
DE (2) | DE69034245T2 (ja) |
DK (1) | DK0885971T3 (ja) |
IE (2) | IE20070380A1 (ja) |
NZ (1) | NZ234529A (ja) |
Cited By (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2014516551A (ja) * | 2011-06-02 | 2014-07-17 | マサチューセッツ インスティテュート オブ テクノロジー | メタカリオート(metakaryotic)幹細胞のdsRNA/DNAハイブリッドゲノム複製中間体 |
US9499851B2 (en) | 2010-10-25 | 2016-11-22 | Massachusetts Institute Of Technology | Wound healing metakaryotic stem cells and methods of use thereof |
JP2017215311A (ja) * | 2016-05-31 | 2017-12-07 | シスメックス株式会社 | 蛍光画像分析装置および分析方法 |
Families Citing this family (98)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5721098A (en) * | 1986-01-16 | 1998-02-24 | The Regents Of The University Of California | Comparative genomic hybridization |
US6344315B1 (en) | 1986-01-16 | 2002-02-05 | The Regents Of The University Of California | Chromosome-specific staining to detect genetic rearrangements associated with chromosome 3 and/or chromosome 17 |
US6872817B1 (en) | 1986-01-16 | 2005-03-29 | The Regents Of The Univ. Of California | Method of staining target interphase chromosomal DNA |
US5447841A (en) | 1986-01-16 | 1995-09-05 | The Regents Of The Univ. Of California | Methods for chromosome-specific staining |
US5756696A (en) | 1986-01-16 | 1998-05-26 | Regents Of The University Of California | Compositions for chromosome-specific staining |
US6280929B1 (en) | 1986-01-16 | 2001-08-28 | The Regents Of The University Of California | Method of detecting genetic translocations identified with chromosomal abnormalities |
US6475720B1 (en) | 1986-01-16 | 2002-11-05 | The Regents Of The University Of California | Chromosome-specific staining to detect genetic rearrangements associated with chromosome 3 and/or chromosome 17 |
US7115709B1 (en) | 1986-01-16 | 2006-10-03 | The Regents Of The University Of California | Methods of staining target chromosomal DNA employing high complexity nucleic acid probes |
JP2935741B2 (ja) * | 1988-12-06 | 1999-08-16 | フリンダーズ・テクノロジーズ・プラプライアテリー・リミテッド | 出生前診断を可能にする母体血液からの胎児細胞の分離 |
US8592155B2 (en) | 1989-07-19 | 2013-11-26 | The Regents Of The University Of California | Method of detecting genetic deletions identified with chromosomal abnormalities |
AU647741B2 (en) * | 1989-12-01 | 1994-03-31 | Regents Of The University Of California, The | Methods and compositions for chromosome-specific staining |
US5491224A (en) * | 1990-09-20 | 1996-02-13 | Bittner; Michael L. | Direct label transaminated DNA probe compositions for chromosome identification and methods for their manufacture |
US5789161A (en) * | 1990-09-20 | 1998-08-04 | Amoco Corporation | Methods for genome identification using direct label probe composition |
US5538869A (en) * | 1990-12-13 | 1996-07-23 | Board Of Regents, The University Of Texas System | In-situ hybridization probes for identification and banding of specific human chromosomes and regions |
WO1992010566A1 (en) * | 1990-12-13 | 1992-06-25 | Board Of Regents, The University Of Texas System | In-situ hybridization probes for identification and banding of specific human chromosomes and regions |
US6025126A (en) * | 1991-10-28 | 2000-02-15 | Arch Development Corporation | Methods and compositions for the detection of chromosomal aberrations |
GB9204610D0 (en) * | 1992-03-03 | 1992-04-15 | Lynxvale Ltd | Detection of trisomy 21;materials and methods |
ATE205542T1 (de) * | 1992-03-04 | 2001-09-15 | Univ California | Vergleichende genomhybridisierung |
US5965362A (en) | 1992-03-04 | 1999-10-12 | The Regents Of The University Of California | Comparative genomic hybridization (CGH) |
US7534567B2 (en) | 1992-03-04 | 2009-05-19 | The Regents Of The University Of California | Detection of nucleic acid sequence differences by comparative genomic hybridization |
JPH07505777A (ja) * | 1992-04-09 | 1995-06-29 | アイジー・ラボラトリーズ,インコーポレイテッド | 一般的な生産の染色体異数体の検出用プローブ |
WO1994009022A1 (en) * | 1992-10-09 | 1994-04-28 | Oncor, Inc. | Methods for the detection of chromosome structural abnormalities by in situ hybridization to fixed tissue |
WO1994016104A1 (en) * | 1993-01-08 | 1994-07-21 | Ctrc Research Foundation | Color imaging system for use in molecular biology |
US5597694A (en) * | 1993-10-07 | 1997-01-28 | Massachusetts Institute Of Technology | Interspersed repetitive element-bubble amplification of nucleic acids |
US5830645A (en) | 1994-12-09 | 1998-11-03 | The Regents Of The University Of California | Comparative fluorescence hybridization to nucleic acid arrays |
US5814444A (en) * | 1995-06-07 | 1998-09-29 | University Of Washington | Methods for making and using single-chromosome amplfication libraries |
AU3417895A (en) * | 1995-08-25 | 1997-03-19 | Dade International Inc. | Chronic myelogenous leukemia diagnostic assay |
US5801021A (en) | 1995-10-20 | 1998-09-01 | The Regents Of The University Of California | Amplifications of chromosomal region 20q13 as a prognostic indicator in breast cancer |
US7455964B1 (en) | 1996-07-15 | 2008-11-25 | The Hospital For Sick Children | Genes from the 20q13 amplicon and their uses |
US7049424B2 (en) | 1996-07-15 | 2006-05-23 | The Regents Of The University Of California | Genes from the 20Q13 amplicon and their uses |
US5892010A (en) * | 1996-07-15 | 1999-04-06 | The Regents Of The University Of California | Genes from the 20Q13 amplicon and their uses |
US5776683A (en) * | 1996-07-11 | 1998-07-07 | California Pacific Medical Center | Methods for identifying genes amplified in cancer cells |
DE69739497D1 (de) | 1996-10-01 | 2009-08-27 | Geron Corp | Menschlische Telomerase katalytische Untereinheit |
DE69830598T2 (de) | 1997-01-31 | 2006-05-18 | The Horticulture And Food Research Institute Of New Zealand Limited | Optische vorrichtung und methode |
EP0878552A1 (en) | 1997-05-13 | 1998-11-18 | Erasmus Universiteit Rotterdam | Molecular detection of chromosome aberrations |
US6149867A (en) | 1997-12-31 | 2000-11-21 | Xy, Inc. | Sheath fluids and collection systems for sex-specific cytometer sorting of sperm |
EP1092783A4 (en) * | 1998-02-25 | 2004-11-03 | Sumitomo Electric Industries | CANCER DIAGNOSIS METHOD BASED ON DETECTION OF CHROMOSOMAL ABNORMALITIES |
US6414133B1 (en) | 1998-10-13 | 2002-07-02 | Ventana Medical Systems, Inc. | Multiple fusion probes |
US7208265B1 (en) | 1999-11-24 | 2007-04-24 | Xy, Inc. | Method of cryopreserving selected sperm cells |
GB0009784D0 (en) * | 2000-04-20 | 2000-06-07 | Simeg Limited | Methods for clinical diagnosis |
US7083924B2 (en) | 2000-07-10 | 2006-08-01 | Btg International Limited | Diagnostic method for the identification of foetal DNA in a material sample |
GB0016742D0 (en) * | 2000-07-10 | 2000-08-30 | Simeg Limited | Diagnostic method |
US7713687B2 (en) | 2000-11-29 | 2010-05-11 | Xy, Inc. | System to separate frozen-thawed spermatozoa into x-chromosome bearing and y-chromosome bearing populations |
AU2002220018A1 (en) | 2000-11-29 | 2002-06-11 | Colorado State University | System for in-vitro fertilization with spermatozoa separated into x-chromosome and y-chromosome bearing populations |
CA2447320A1 (en) | 2001-05-14 | 2002-11-21 | Cancer Genetics, Inc. | Methods of analyzing chromosomal translocations using fluorescence in situ hybridization (fish) |
MXPA05001100A (es) | 2002-08-01 | 2005-04-28 | Xy Inc | Sistema de separacion de baja presion para celulas de esperma. |
US8486618B2 (en) | 2002-08-01 | 2013-07-16 | Xy, Llc | Heterogeneous inseminate system |
WO2004017041A2 (en) | 2002-08-15 | 2004-02-26 | Xy, Inc. | High resolution flow cytometer |
JP2004089046A (ja) * | 2002-08-30 | 2004-03-25 | Fuso Pharmaceutical Industries Ltd | カンジダアルビカンス菌の検出用プローブおよびそれを用いた方法 |
US7169548B2 (en) | 2002-09-13 | 2007-01-30 | Xy, Inc. | Sperm cell processing and preservation systems |
WO2004029221A2 (en) | 2002-09-27 | 2004-04-08 | The General Hospital Corporation | Microfluidic device for cell separation and uses thereof |
DK2309245T3 (en) | 2003-03-28 | 2016-01-04 | Inguran Llc | Methods for providing sex-sorted animal semen |
NZ544103A (en) | 2003-05-15 | 2010-10-29 | Xy Llc | Efficient haploid cell sorting for flow cytometer systems |
WO2005079474A2 (en) | 2004-02-17 | 2005-09-01 | The Regents Of The University Of California | Detection of nucleic acid sequence differences by comparative genomic hybridization |
EP2151243B1 (en) | 2004-03-29 | 2012-10-24 | Inguran, LLC | Sperm suspensions for sorting into X or Y chromosome-bearing enriched populations |
EP1745156A2 (en) * | 2004-05-04 | 2007-01-24 | Dako Denmark A/S | Methods for detecting chromosome aberrations |
CA2574499C (en) | 2004-07-22 | 2016-11-29 | Monsanto Technology Llc | Process for enriching a population of sperm cells |
EP1853735B1 (en) | 2005-02-18 | 2011-02-09 | GOVERNMENT OF THE UNITED STATES OF AMERICA, as represented by THE SECRETARY, DEPARTMENT OF HEALTH AND HUMAN SERVICES | Methods for detecting progression of low grade cervical dysplasia |
US20070196820A1 (en) | 2005-04-05 | 2007-08-23 | Ravi Kapur | Devices and methods for enrichment and alteration of cells and other particles |
US8921102B2 (en) | 2005-07-29 | 2014-12-30 | Gpb Scientific, Llc | Devices and methods for enrichment and alteration of circulating tumor cells and other particles |
US20100286232A1 (en) | 2006-03-02 | 2010-11-11 | The Ohio State University | Microrna expression profile associated with pancreatic cancer |
EP2079850B1 (en) * | 2006-09-20 | 2016-02-24 | Colorado State University Research Foundation | Detection of chromosomal inversions |
DK2076289T3 (da) | 2007-04-13 | 2015-02-09 | Dana Farber Cancer Inst Inc | Fremgangsmåder til behandling af cancerresistens over for ErbB-lægemider |
US20110110923A1 (en) * | 2008-02-12 | 2011-05-12 | The Brigham And Women's Hospital, Inc. | Fish assay for eml4 and alk fusion in lung cancer |
TWI518325B (zh) | 2010-02-04 | 2016-01-21 | 自治醫科大學 | 對alk抑制劑具有先抗性或後抗性癌症的識別、判斷和治療 |
CA2807823C (en) | 2010-08-24 | 2023-02-07 | The Brigham And Women's Hospital, Inc. | Methods for predicting anti-cancer response |
US9090935B2 (en) | 2010-10-11 | 2015-07-28 | Kromatid, Inc. | Characterization of chromosomal inversions using anti-parallel probes |
JP2014518069A (ja) | 2011-06-17 | 2014-07-28 | デイナ ファーバー キャンサー インスティチュート,インコーポレイテッド | 骨髄異形成症候群対象の生存率を予測するための変異シグネチャー |
WO2012174378A2 (en) | 2011-06-17 | 2012-12-20 | Myriad Genetics, Inc. | Methods and materials for assessing allelic imbalance |
SG2014012728A (en) | 2011-08-23 | 2014-06-27 | Foundation Medicine Inc | Novel kif5b-ret fusion molecules and uses thereof |
WO2013055911A1 (en) | 2011-10-14 | 2013-04-18 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Znf365/zfp365 biomarker predictive of anti-cancer response |
AU2012358244A1 (en) | 2011-12-21 | 2014-06-12 | Myriad Genetics, Inc. | Methods and materials for assessing loss of heterozygosity |
DK2817630T3 (en) | 2012-02-23 | 2018-10-08 | Childrens Medical Center | Methods for predicting an anti-cancer response |
CA3190075A1 (en) | 2012-06-07 | 2013-12-12 | Institut Curie | Methods for detecting inactivation of the homologous recombination pathway (brca1/2) in human tumors |
CA2880764C (en) | 2012-08-03 | 2022-08-30 | Foundation Medicine, Inc. | Human papilloma virus as predictor of cancer prognosis |
WO2014071358A2 (en) | 2012-11-05 | 2014-05-08 | Foundation Medicine, Inc. | Novel ntrk1 fusion molecules and uses thereof |
EP2945652B1 (en) | 2013-01-18 | 2021-07-07 | Foundation Medicine, Inc. | Methods of treating cholangiocarcinoma |
US10308986B2 (en) | 2013-03-14 | 2019-06-04 | Children's Medical Center Corporation | Cancer diagnosis, treatment selection and treatment |
WO2014172390A2 (en) | 2013-04-15 | 2014-10-23 | Cedars-Sinai Medical Center | Methods for detecting cancer metastasis |
AU2014290044B2 (en) | 2013-07-17 | 2020-10-29 | Foundation Medicine, Inc. | Methods of treating urothelial carcinomas |
EP3074039A4 (en) | 2013-11-26 | 2017-10-11 | The Brigham and Women's Hospital, Inc. | Compositions and methods for modulating an immune response |
WO2015086473A1 (en) | 2013-12-09 | 2015-06-18 | Institut Curie | Methods for detecting inactivation of the homologous recombination pathway (brca1/2) in human tumors |
CA2944903A1 (en) | 2014-04-24 | 2015-10-29 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Tumor suppressor and oncogene biomarkers predictive of anti-immune checkpoint inhibitor response |
AU2015249666A1 (en) | 2014-04-25 | 2016-11-17 | The Brigham And Women's Hospital, Inc. | Compositions and methods for treating subjects with immune-mediated diseases |
DK3180447T3 (da) | 2014-08-15 | 2020-06-15 | Myriad Genetics Inc | Fremgangsmåder og materialer til analyse af homolog rekombinationsdeficiens |
WO2016057367A1 (en) | 2014-10-06 | 2016-04-14 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Angiopoietin-2 biomarkers predictive of anti-immune checkpoint response |
US10806773B2 (en) | 2014-10-09 | 2020-10-20 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Multiple-variable IL-2 dose regimen for treating immune disorders |
WO2016144673A1 (en) | 2015-03-06 | 2016-09-15 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Pd-l2 biomarkers predictive of pd-1 pathway inhibitor responses in esophagogastric cancers |
CA2996426A1 (en) | 2015-10-05 | 2017-04-13 | Cedars-Sinai Medical Center | Method of classifying and diagnosing cancer |
CN109476731A (zh) | 2016-02-29 | 2019-03-15 | 基础医药有限公司 | 治疗癌症的方法 |
US20230183780A1 (en) | 2016-07-25 | 2023-06-15 | InVivo BioTech Services GmbH | Dna probes for in situ hybridization on chromosomes |
WO2018057618A1 (en) | 2016-09-20 | 2018-03-29 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Compositions and methods for identification, assessment, prevention, and treatment of aml using usp10 biomarkers and modulators |
EP3634496A4 (en) | 2017-06-06 | 2021-09-08 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | METHOD FOR RISING AWARENESS IN CANCER CELLS AGAINST T-CELL-MEDIATED KILLING BY MODULATING MOLECULAR SIGNAL PATHS |
JP7403965B2 (ja) * | 2019-03-29 | 2023-12-25 | シスメックス株式会社 | 蛍光画像分析装置及び蛍光画像分析方法 |
EP4301777A1 (en) | 2021-03-02 | 2024-01-10 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Methods of treating red blood cell disorders |
WO2022261183A2 (en) | 2021-06-08 | 2022-12-15 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Compositions and methods for treating and/or identifying an agent for treating intestinal cancers |
WO2023097119A2 (en) | 2021-11-29 | 2023-06-01 | Dana-Farber Cancer Institute, Inc. | Methods and compositions to modulate riok2 |
CN114240883B (zh) * | 2021-12-16 | 2022-06-07 | 易构智能科技(广州)有限公司 | 一种染色体图像处理方法及系统 |
Citations (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JPH07505053A (ja) * | 1992-03-04 | 1995-06-08 | ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ カリフォルニア | 比較ゲノムハイブリダイゼーション(cgh) |
JP2002540789A (ja) * | 1999-04-02 | 2002-12-03 | コリクサ コーポレイション | 乳癌の処置および診断のための組成物ならびにそれらの使用方法 |
JP2002541826A (ja) * | 1999-04-09 | 2002-12-10 | ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ カリフォルニア | 悪性黒色腫由来のメラニン細胞母斑を区別するための染色体コピー数の変化の検出 |
JP2005304508A (ja) * | 1989-12-01 | 2005-11-04 | Regents Of The Univ Of California | 染色体−特異的染色の方法および組成物 |
JP2006094733A (ja) * | 2004-09-28 | 2006-04-13 | As One Corp | 癌の検出方法 |
JP2008048668A (ja) * | 2006-08-24 | 2008-03-06 | Yamaguchi Univ | Dnaコピー数多型を用いた癌発症体質の判定方法 |
Family Cites Families (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US4999290A (en) * | 1988-03-31 | 1991-03-12 | The Board Of Regents, The University Of Texas System | Detection of genomic abnormalities with unique aberrant gene transcripts |
US4874853A (en) * | 1988-04-18 | 1989-10-17 | City Of Hope | Synthetic oligonucleotides useful in diagnosis of chronic myelogenous leukemia |
ES2018959A6 (es) * | 1988-11-15 | 1991-05-16 | Univ Yale | Metodo de delineacion de cromosomas humanos individuales en celulas metafasicas e interfasicas mediante hibridacion de suspension in situ. |
-
1990
- 1990-07-13 AU AU58987/90A patent/AU647741B2/en not_active Expired
- 1990-07-16 NZ NZ234529A patent/NZ234529A/xx unknown
- 1990-07-19 KR KR1019900010947A patent/KR910012263A/ko not_active Application Discontinuation
- 1990-07-27 IE IE20070380A patent/IE20070380A1/en unknown
- 1990-07-27 IE IE272790A patent/IE902727A1/en not_active IP Right Cessation
- 1990-08-08 AT AT98202403T patent/ATE366323T1/de not_active IP Right Cessation
- 1990-08-08 DK DK98202403T patent/DK0885971T3/da active
- 1990-08-08 EP EP98202403A patent/EP0885971B1/en not_active Revoked
- 1990-08-08 AT AT90308718T patent/ATE176281T1/de active
- 1990-08-08 DE DE69034245T patent/DE69034245T2/de not_active Expired - Lifetime
- 1990-08-08 DE DE1990632920 patent/DE69032920T4/de not_active Expired - Lifetime
- 1990-08-08 EP EP90308718A patent/EP0430402B2/en not_active Expired - Lifetime
- 1990-08-21 JP JP22094690A patent/JP3771934B2/ja not_active Expired - Lifetime
-
2002
- 2002-11-20 JP JP2002337236A patent/JP2003199564A/ja not_active Withdrawn
-
2005
- 2005-07-15 JP JP2005207840A patent/JP4517152B2/ja not_active Expired - Lifetime
-
2008
- 2008-08-11 JP JP2008207383A patent/JP2008283989A/ja active Pending
Patent Citations (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2005304508A (ja) * | 1989-12-01 | 2005-11-04 | Regents Of The Univ Of California | 染色体−特異的染色の方法および組成物 |
JPH07505053A (ja) * | 1992-03-04 | 1995-06-08 | ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ カリフォルニア | 比較ゲノムハイブリダイゼーション(cgh) |
JP2002540789A (ja) * | 1999-04-02 | 2002-12-03 | コリクサ コーポレイション | 乳癌の処置および診断のための組成物ならびにそれらの使用方法 |
JP2002541826A (ja) * | 1999-04-09 | 2002-12-10 | ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ カリフォルニア | 悪性黒色腫由来のメラニン細胞母斑を区別するための染色体コピー数の変化の検出 |
JP2006094733A (ja) * | 2004-09-28 | 2006-04-13 | As One Corp | 癌の検出方法 |
JP2008048668A (ja) * | 2006-08-24 | 2008-03-06 | Yamaguchi Univ | Dnaコピー数多型を用いた癌発症体質の判定方法 |
Cited By (10)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US9499851B2 (en) | 2010-10-25 | 2016-11-22 | Massachusetts Institute Of Technology | Wound healing metakaryotic stem cells and methods of use thereof |
JP2014516551A (ja) * | 2011-06-02 | 2014-07-17 | マサチューセッツ インスティテュート オブ テクノロジー | メタカリオート(metakaryotic)幹細胞のdsRNA/DNAハイブリッドゲノム複製中間体 |
JP2017215311A (ja) * | 2016-05-31 | 2017-12-07 | シスメックス株式会社 | 蛍光画像分析装置および分析方法 |
JP2018010017A (ja) * | 2016-05-31 | 2018-01-18 | シスメックス株式会社 | 蛍光画像分析装置、分析方法および前処理の評価方法 |
JP2018010018A (ja) * | 2016-05-31 | 2018-01-18 | シスメックス株式会社 | 蛍光画像分析装置および分析方法 |
US10401289B2 (en) | 2016-05-31 | 2019-09-03 | Sysmex Corporation | Fluorescent image analyzer, analyzing method, and pretreatment evaluation method |
JP2022037000A (ja) * | 2016-05-31 | 2022-03-08 | シスメックス株式会社 | 蛍光画像分析装置および蛍光画像分析方法 |
JP7061446B2 (ja) | 2016-05-31 | 2022-04-28 | シスメックス株式会社 | 蛍光画像分析装置、分析方法および前処理の評価方法 |
US11340170B2 (en) | 2016-05-31 | 2022-05-24 | Sysmex Corporation | Fluorescent image analyzer, analyzing method, and pretreatment evaluation method |
JP7232308B2 (ja) | 2016-05-31 | 2023-03-02 | シスメックス株式会社 | 蛍光画像分析装置および蛍光画像分析方法 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
JPH03224499A (ja) | 1991-10-03 |
ATE366323T1 (de) | 2007-07-15 |
EP0885971B1 (en) | 2007-07-04 |
AU647741B2 (en) | 1994-03-31 |
ATE176281T1 (de) | 1999-02-15 |
JP2005304508A (ja) | 2005-11-04 |
DE69032920T4 (de) | 2009-11-05 |
EP0430402A3 (en) | 1991-09-11 |
DE69032920T2 (de) | 1999-09-09 |
EP0430402B1 (en) | 1999-01-27 |
JP3771934B2 (ja) | 2006-05-10 |
KR910012263A (ko) | 1991-08-07 |
DE69032920T3 (de) | 2008-10-09 |
IE20070380A1 (en) | 2007-06-27 |
EP0430402A2 (en) | 1991-06-05 |
NZ234529A (en) | 1993-12-23 |
DK0885971T3 (da) | 2007-11-12 |
AU5898790A (en) | 1991-06-06 |
DE69034245D1 (de) | 2007-08-16 |
EP0430402B2 (en) | 2008-03-05 |
DE69032920D1 (de) | 1999-03-11 |
EP0885971A3 (en) | 1999-11-10 |
JP4517152B2 (ja) | 2010-08-04 |
EP0885971A2 (en) | 1998-12-23 |
JP2003199564A (ja) | 2003-07-15 |
DE69034245T2 (de) | 2008-03-13 |
IE902727A1 (en) | 1991-06-05 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP4517152B2 (ja) | 染色体−特異的染色の方法および組成物 | |
US8415464B2 (en) | Chromosome-specific staining to detect genetic rearrangements | |
US6607877B1 (en) | Methods and compositions for chromosome-specific staining | |
US6596479B1 (en) | Methods and compositions for chromosome-specific staining | |
US5856089A (en) | Method for the detection of chromosome structural abnormalities by in situ hybridization to fixed tissue | |
USRE40494E1 (en) | Chromosome-specific staining to detect genetic rearrangements associated with chromosome 3 and/or chromosome 17 | |
US6344315B1 (en) | Chromosome-specific staining to detect genetic rearrangements associated with chromosome 3 and/or chromosome 17 | |
WO1994028178A1 (en) | In-situ hybridization probes for identification and banding of specific human chromosomes and regions | |
US6475720B1 (en) | Chromosome-specific staining to detect genetic rearrangements associated with chromosome 3 and/or chromosome 17 | |
EP0500290A2 (en) | Chromosome-specific staining to detect genetic rearrangements | |
US8592155B2 (en) | Method of detecting genetic deletions identified with chromosomal abnormalities | |
CA2021489C (en) | Methods and compositions for chromosome-specific staining | |
US6872817B1 (en) | Method of staining target interphase chromosomal DNA | |
US20040235039A1 (en) | Chromosome-specific staining to detect genetic rearrangements | |
CA1301605C (en) | Methods and compositions for chromosome specific staining | |
CA2449414A1 (en) | Methods and compositions for chromosome specific staining | |
NZ245427A (en) | Methods and compositions for chromosome-specific staining | |
Gray et al. | Compositions for chromosome-specific staining | |
Gray et al. | Chromosome-specific staining to detect genetic rearrangements associated with chromosome 3 and/or chromosome 17 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20080908 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20080908 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20081118 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20090217 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20090220 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20090317 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20090323 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20090417 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20090422 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20090518 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20090707 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821 Effective date: 20091229 |