JP2007503816A - β−カテニン/TCF活性化転写の調節 - Google Patents

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Abstract

本発明は、Wnt/β−カテニンの経路により標的とされる遺伝子の選択的抑制等の、β−カテニン/TCF活性化転写の調節を行うための化合物及び方法を提供する。

Description

本発明は、β−カテニン/TCF活性化転写の調節、例えばWnt/β−カテニン経路により標的とされる遺伝子の選択的抑制のための化合物および方法に関する。
Wnt/β−カテニン経路は、正常発達ならびに癌の開始及び進行の双方において重要な情報伝達増幅経路を開始させる(非特許文献1〜4:Wodarz et al., "Mechanisms of Wnt signaling in development," Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 14:59-88 (1998); Morin, P.J., "Beta-catenin signaling and cancer," Bioessays 21:1021-30 (1999); Moon et al., "The promise and perils of Wnt signaling through beta-catenin," Science 296:1644-46 (2002); Oving et al., "Molecular causes of colon cancer," Eur. J. Clin. Invest. 32:448-57 (2002))。この経路の特徴は、多機能タンパク質であるβ−カテニンの転写における役割を活性化させることにある。正常細胞において、β−カテニンの大多数は、細胞接着において重要な役割を担うカドヘリン(cadherin)に結合した状態細胞膜で発見される。β−カテニンの別のプール(pool)は、転写を調節する細胞質及び核で発見される(非特許文献5:Gottardi et al., "Adhesion signaling: how beta-catenin interacts with its partners," Curr. Biol. 11:R792-4 (2001))。形質膜(plasma membrane)で細胞接着のメディエータとしておよび転写活性因子としての様々な役割において、β−カテニンは多数のタンパク質と相互作用し、それらの大部分は相当な配列相同性が欠如しているにも拘わらず、β−カテニンの同じアルマジロリピート(armadillo-repeats)に対して競合する。突然変異の研究と共に、結晶構造は多様なアルマジロリピートに対する様々なタンパク質のβ−カテニン結合部位をマッピング(mapping)した(非特許文献6および7:Gottardi et al., "Adhesion signaling: how beta-catenin interacts with its partners," Curr. Biol. 11:R792-4 (2001); Huber et al., "The structure of the beta-catenin/E-cadherin complex and the molecular basis of diverse ligand recognition by beta-catenin," Cell 105:391-402 (2001)) 。
β−カテニンの細胞質プールは、例えば、グリコーゲン合成酵素キナーゼ−3β(GSK−3β)、カゼインキナーゼ−1α(CK−1α)、骨格タンパク質(scaffold protein)、アキシン(Axin)、および腫瘍抑制因子、大腸腺腫症(APC)を含む「分解複合体(destruction complex)」によるリン酸化によって調節される(非特許文献8:Behrens J., "Control of beta-catenin signaling in tumor development," Ann. N. Y. Acad. Sci. 910:21-33 (2000); discussion 33-5)。Wnt情報伝達がなければ、リン酸化は、細胞質のβ−カテニンをSkp1−Cullin−Fボックス(SCF)−指向ユビキチン化(ubiquitination)及びプロテオソームの分解するためのしるしとなる。Wnt経路の活性化は、GSK−3βの機能を不活化し、β−カテニンのリン酸化を妨げ、その結果β−カテニンが細胞質に蓄積され、次いで転写活性複合体を形成し且つ標的遺伝子の発現を生じさせる核に移動される。標的遺伝子を活性化させる重要な段階は、β−カテニン及び転写因子のT細胞因子(TCF)/リンパ系増強因子(LEF−1)ファミリーの構成員との複合体の形成である(非特許文献9:Brantjes et al., "TCF: Lady Justice casting the final verdict on the outcome of Wnt signaling," Biol. Chem. 383:255-61 (2002))。転写活性複合体を発生させるために、β−カテニンは、基本的な転写機構類の別の構成要素とともに、転写コアクチベーターであるCREB−結合タンパク質(CBP)またはその密接に関連している相同体(homolog)p300 (非特許文献10および11:Hecht et al., "The p300/CBP acetyltransferases function as transcriptional coactivators of beta-catenin in vertebrates," EMBO J. 19:1839-50 (2000); Takemaru et al., "The transcriptional coactivator CBP interacts with beta-catenin to activate gene expression," J. Cell Biol. 149:249-54 (2000))を補充する。
β−カテニン/TCF複合体がWnt反応遺伝子の転写を活性化させる正確なメカニズムは不明であるが、転写活性作用に関与するβ−カテニンドメインはNH2−及びCOOH−の末端にマッピングされている(非特許文献12:Staal et al., "Wnt signals are transmitted through N-terminally dephosphorylated beta-catenin," EMBO 3:63-68 (2002))。β−カテニンのCOOH−末端領域は、約100アミノ酸からなり、TATA結合タンパク質(TBP)と相互作用することが知られている(非特許文献13:Hecht et al., "Functional characterization of multiple transactivating elements in beta-catenin, some of which interact with the TATA-binding protein in vitro," J. Biol. Chem. 274:18017-25 (1999))。LEF−1に融合させるとき、COOH−末端は、転写活性作用(transactivation)を促進させるのに十分である(非特許文献14:Vleminckx et al., "The C-terminal transactivation domain of beta-catenin is necessary and sufficient for signaling by the LEF-1/beta-catenin complex in Xenopus laevis," Mech. Dev. 81:65-74 (1999))。β−カテニンのNH2−末端部分(portion)は、プロテオソームの分解(degradation)に必要なGSK−3βリン酸化部位を含む約130アミノ酸から構成される。
Wnt/β−カテニン経路は、通常、増殖及び分化の増進に関与する各種遺伝子の発現を調節する。しかし、大腸癌の85%以上で、分解複合体の構成成分の一つであるAPC及び/またはβ−カテニン自体が突然変異して、核のβ−カテニン及び標的遺伝子の構造的活性(constitutive activation)の増加をもたらす(非特許文献15:Fearnhead et al., "Genetics of colorectal cancer: hereditary aspects and overview of colorectal tumorigenesis," Br. Med. Bull. 64:27-43 (2002))。細胞の増殖、増殖及び分化に重要な役割を担うcyclin D1(非特許文献16および17Shtutman et al., "The cyclin D1 gene is a target of the beta-catenin/LEF-1 pathway," Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96:5522-27 (1999); Tetsu et al., "Beta-catenin regulates expression of cyclin D1 in colon carcinoma cells," Nature 398:422-26 (1999))およびc−myc(非特許文献18:He et al., "Identification of c-MYC as a target of the APC pathway," Science 281:1509-12 (1998))を含むこれら多くの遺伝子は、matrilysin(非特許文献19:Crawford et al., "The metalloproteinase matrilysin is a target of beta-catenin transactivation in intestinal tumors," Oncogene 18:2883-91 (1999))、fibronectin(非特許文献20:Gradl et al., "The Wnt/Wg signal transducer beta-catenin controls fibronectin expression," Mol. Cell. Biol. 19:5576-87 (1999))、CD44(非特許文献21:Wielenga et al., "Expression of CD44 in Apc and Tcf mutant mice implies regulation by the WNT pathway," Am. J. Pathol. 154:515-23 (1999))、及びμPAR(非特許文献22:Mann et al., "Target genes of beta-catenin-T cell-factor/lymphoid-enhancer-factor signaling in human colorectal carcinomas," Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96:1603-08 (1999))などの浸潤性(invasive)増殖に必要な遺伝子と共に不適当に活性化される。
Wodarz et al., "Mechanisms of Wnt signaling in development," Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 14:59-88 (1998) Morin, P.J., "Beta-catenin signaling and cancer," Bioessays 21:1021-30 (1999) Moon et al., "The promise and perils of Wnt signaling through beta-catenin," Science 296:1644-46 (2002) Oving et al., "Molecular causes of colon cancer," Eur. J. Clin. Invest. 32:448-57 (2002) Gottardi et al., "Adhesion signaling: how beta-catenin interacts with its partners," Curr. Biol. 11:R792-4 (2001) Gottardi et al., "Adhesion signaling: how beta-catenin interacts with its partners," Curr. Biol. 11:R792-4 (2001) Huber et al., "The structure of the beta-catenin/E-cadherin complex and the molecular basis of diverse ligand recognition by beta-catenin," Cell 105:391-402 (2001) Behrens J., "Control of beta-catenin signaling in tumor development," Ann. N. Y. Acad. Sci. 910:21-33 (2000); discussion 33-5) Brantjes et al., "TCF: Lady Justice casting the final verdict on the outcome of Wnt signaling," Biol. Chem. 383:255-61 (2002) Hecht et al., "The p300/CBP acetyltransferases function as transcriptional coactivators of beta-catenin in vertebrates," EMBO J. 19:1839-50 (2000) Takemaru et al., "The transcriptional coactivator CBP interacts with beta-catenin to activate gene expression," J. Cell Biol. 149:249-54 (2000) Staal et al., "Wnt signals are transmitted through N-terminally dephosphorylated beta-catenin," EMBO 3:63-68 (2002) Hecht et al., "Functional characterization of multiple transactivating elements in beta-catenin, some of which interact with the TATA-binding protein in vitro," J. Biol. Chem. 274:18017-25 (1999) Vleminckx et al., "The C-terminal transactivation domain of beta-catenin is necessary and sufficient for signaling by the LEF-1/beta-catenin complex in Xenopus laevis," Mech. Dev. 81:65-74 (1999) Fearnhead et al., "Genetics of colorectal cancer: hereditary aspects and overview of colorectal tumorigenesis," Br. Med. Bull. 64:27-43 (2002) Shtutman et al., "The cyclin D1 gene is a target of the beta-catenin/LEF-1 pathway," Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96:5522-27 (1999) Tetsu et al., "Beta-catenin regulates expression of cyclin D1 in colon carcinoma cells," Nature 398:422-26 (1999) He et al., "Identification of c-MYC as a target of the APC pathway," Science 281:1509-12 (1998) Crawford et al., "The metalloproteinase matrilysin is a target of beta-catenin transactivation in intestinal tumors," Oncogene 18:2883-91 (1999) Gradl et al., "The Wnt/Wg signal transducer beta-catenin controls fibronectin expression," Mol. Cell. Biol. 19:5576-87 (1999) Wielenga et al., "Expression of CD44 in Apc and Tcf mutant mice implies regulation by the WNT pathway," Am. J. Pathol. 154:515-23 (1999) Mann et al., "Target genes of beta-catenin-T cell-factor/lymphoid-enhancer-factor signaling in human colorectal carcinomas," Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96:1603-08 (1999)
結腸直腸癌の大部分がβ−カテニン情報伝達経路の活性に関与しており、複数の突然変異がこの活性をもたらすということから、β−カテニンの核における機能を遅延させる薬物に対する明確な必要性がある。本発明は、β−カテニン/TCF媒介転写に拮抗する(antagonize)薬剤を提供し、後述の関連した利点をさらに提供する。
要約すると、本発明は、β−カテニン/TCF媒介転写に拮抗する薬剤およびそれらの使用方法を提供する。一形態において、本発明は、β−カテニン/TCF―反応性遺伝子のサブセットが特異的に下方制御される方法を提供し、一方、関連形態において、本発明は、前記方法に有用な化合物を提供する。別の形態において、本発明は、CBPおよびβ−カテニン間の結合が破壊されるが、構造的に関連したコアクチベーター(coactivator)であるp300およびβ−カテニン間の結合は破壊されない方法を提供し、一方、関連した形態において、前記方法に有用な化合物を提供する。別の形態において、本発明は、CBPによって促進(promoted)されるがp300によっては促進されない遺伝子を選択的に活性化させる方法を提供し、関連形態では、本発明は、この方法に有用な化合物を提供する。また、本発明は、p300によって促進されるがCBPによっては促進されない遺伝子を選択的に活性化させる方法を提供し、関連形態において、本発明は、この方法に有用な化合物を提供する。別の形態において、本発明は、細胞周期のG1−期で発達を停止させるために、癌腫(carcinoma)細胞を化学薬剤(chemical agent)で処理する方法を提供する。この化学薬剤による長期処理は、正常大腸細胞では検出されないアポトーシス(apoptosis)を誘導する。癌腫細胞は、例えば大腸、乳房、前立腺などである。
例えば、一形態において、本発明は、β−カテニンにより誘導される遺伝子の発現を調節する方法を提供する。前記方法は、組成物を薬剤と接触させることを含み、前記組成物は、β−カテニン、CBPおよびp300を含み、前記β−カテニンは、p300に対するCBPへの結合可能性が高い。前記薬剤は、p300に対するCBPへのβ−カテニンの結合可能性を変化させるために有効な量で組成物内に存在する。言い換えれば、前記薬剤がなければ、β−カテニンは、薬剤が存在するときと比較して異なる割合でCBPおよびp300に結合する。例えば、化学構造に応じて、前記薬剤は、下記のことを行うことができる:β−カテニンに対するCBPの結合を増加させること、この際、任意にβ−カテニンに対するp300の結合を減少させる;またはβ−カテニンに対するp300の結合を増加させること、この際、任意にβ−カテニンに対するCBPの結合を減少させる。前記方法は、生体内または生体外で行われる。一形態において、前記方法は生体外で行われ、その組成物は幹細胞を含む。別の形態において、前記方法は生体内で行われ、その組成物は哺乳動物内にある。本発明の方法は、様々な病状の治療に使用できる。例えば、本発明の様々な形態において:哺乳動物が癌に罹患し、その量が癌の治療に有効であり;組成物が細胞内にあり、その薬剤は細胞分化する可能性を増加させ;組成物が細胞内にあり、その薬剤は細胞が増殖する可能性を増加させる。
別の形態において、本発明は、β−カテニン、CBP、p300および薬剤を含む組成物を提供する。β−カテニンは、p300に対するCBPへの結合可能性が高く、前記薬剤は、p300に対するCBPへのβカテニンの結合可能性を変更し得るために有効な量で組成物内に存在する。言い換えれば、前記薬剤がなければ、β−カテニンは、薬剤が存在するときに観察される割合とは異なる割合でCBPおよびp300に結合する。例えば、化学構造に応じて、前記薬剤は、下記のことを行うことができる:β−カテニンに対するCBPの結合を増加させ、この際、任意にβ−カテニンに対するp300の結合を減少させる;またはβ−カテニンに対するp300の結合を増加させること、この際、任意にΒ−カテニンに対するCBPの結合を減少させる。前記組成物は、生体内または生体外に存在することができる。一形態において、前記組成物は生体外に存在し、その組成物は幹細胞をさらに含む。別の形態において、前記組成物は生体内に存在し、その組成物は哺乳動物、例えばマウスの内部にある。
別の形態において、本発明は、以下の工程を含むWnt経路の活性を調節する方法を提供する:(a)Wnt経路の構成成分を、Wnt経路を活性化させる化合物と接触させ、活性化されたWnt経路とする工程、および(b)前記活性化されたWnt経路を、p300およびカテニン間の結合を完全にまたは実質的に妨げるが、CBPおよびカテニン間の結合は殆どまたは全く妨げない化学薬剤と接触させる工程。任意に、前記Wnt経路は細胞内に存在する。任意に、前記方法は生体外で行われる。任意に、Wnt経路を活性化させる前記化合物は、LiClおよびGSK抑制剤から選択される。
別の形態において、本発明は、下記の工程を含む細胞増殖を調節する方法を提供する:(a)細胞集団(cell population)を、集団の一部は増殖し、一部は分化する条件下とし、および(b)集団に化学薬剤を添加し、この際、前記薬剤は、分化する細胞の割合に対して増殖する細胞の割合を増加させる。前記方法の様々な任意の実施態様において:前記化合物はp300及びカテニン間の結合を妨げる;前記方法はWnt経路を活性化させる薬剤を集団に添加することを含む;細胞集団は幹細胞の集団である;前記方法は生体外で行われる;前記方法は、例えば、集団内の細胞が分化して血液細胞を形成するか、または集団内の細胞が分化して神経細胞を形成する細胞集団の分化を起こす薬剤を添加することをさらに含む。
別の形態において、本発明は、未分化状態の幹細胞を維持させる方法であって、幹細胞を、細胞分化を抑制するか、または細胞増殖を増進させる薬剤と、未分化状態の幹細胞を維持するために有効な量で接触させることを含む方法を提供する。ある実施態様において、前記方法で使用される薬剤は、β−カテニン/CBP相互作用に対してβ−カテニン/p300相互作用を選択的に抑制する。
つまり、別の形態において、本発明は下記の方法を提供する:
β−カテニン/p300相互作用に対してβ−カテニン/CBP相互作用を選択的に抑制する方法であって、前記方法は、化合物を組成物に投与することを含み、前記組成物はβ−カテニン、CBP及びp300を含み、前記化合物はβ−カテニン/p300相互作用に対してβ−カテニン/CBP相互作用を選択的に抑制する方法;
β−カテニン/CBP相互作用に対してβ−カテニン/p300相互作用を選択的に抑制する方法であって、前記方法は化合物を組成物に投与することを含み、その組成物はβ−カテニン、CBP及びp300を含み、その化合物はβ−カテニン/CBP相互作用に対してβ−カテニン/p300相互作用を選択的に抑制する方法;
核から細胞質へβ−カテニンの転位(translocation)を促進させる方法であって、前記方法は化合物を細胞に投与することを含み、前記細胞は核及び細胞質を含み、前記核はβ−カテニンを含み、前記化合物は核から細胞質へのβ−カテニンの転位を起こす方法;
WNT/β−カテニン経路により標的とされる遺伝子の発現を選択的に抑制する方法であって、前記方法は化合物を組成物に投与することを含み、前記組成物はWNT/β−カテニン経路により標的とされる遺伝子を含み、前記化合物はWNT/β−カテニン経路により標的とされる遺伝子の発現の変化させる方法。
本発明の方法及び組成物において、前記化学薬剤は、式(I)の化合物及びその立体異性体から任意に選択される:
Figure 2007503816
式中、Aは−(CHR3)−または−(C=O)−であり、Bは−(CHR4)−または−(C=O)−であり、Dは−(CHR5)−または−(C=O)−であり、Eは−(ZR6)−または−(C=O)−であり、Gは−(XR7n−、−(CHR7)−(NR8)−、−(C=O)−(XR9)−、または−(C=O)−であり、Wは−Y(C=O)−、−(C=O)NH−、−(SO2)−、または存在せず、Yは酸素または硫黄であり、XおよびZは独立に窒素またはCHであり、n=0または1であり;そしてR1、R2、R3、R4、R5、R6、R7、R8およびR9は同一または異なり、アミノ酸側鎖基、アミノ酸側鎖基の誘導体、または分子の残基からそれぞれ独立に選択される。
ある実施態様において、式(I)のR1、R2、R3、R4、R5、R6、R7、R8およびR9は、アミノC2-5アルキル、グアニジノC2-5アルキル、C1-4アルキルグアニジノC2-5アルキル、ジC1-4アルキルグアニジノC2-5アルキル、アミジノC2-5アルキル、C1-4アルキルアミジノC2-5アルキル、ジC1-4アルキルアミジノC2-5アルキル、C1-3アルコキシ、フェニル、置換フェニル(ここで、置換基はアミノ、アミジノ、グアニジノ、ヒドラジノ、アミダゾニル、C1-4アルキルアミノ、C1-4ジアルキルアミノ、ハロゲン、パーフルオロC1-4アルキル、C1-4アルキル、C1-3アルコキシ、ニトロ、カルボキシ、シアノ、スルフリルまたはヒドロキシルの少なくとも一つから独立に選択される)、ベンジル、置換ベンジル(ここで、ベンジル上の置換基はアミノ、アミジノ、グアニジノ、ヒドラジノ、アミダゾニル、C1-4アルキルアミノ、C1-4ジアルキルアミノ、ハロゲン、パーフルオロC1-4アルキル、C1-3アルコキシ、ニトロ、カルボキシ、シアノ、スルフリルまたはヒドロキシルの少なくとも一つから独立に選択される)、ナフチル、置換ナフチル(ここで、置換基はアミノ、アミジノ、グアニジノ、ヒドラジノ、アミダゾニル、C1-4アルキルアミノ、C1-4ジアルキルアミノ、ハロゲン、パーフルオロC1-4アルキル、C1-4アルキル、C1-3アルコキシ、ニトロ、カルボキシ、シアノ、スルフリルまたはヒドロキシルの少なくとも一つから独立に選択される)、ビス−フェニルメチル、置換ビス−フェニルメチル(ここで、置換基はアミノ、アミジノ、グアニジノ、ヒドラジノ、アミダゾニル、C1-4アルキルアミノ、C1-4ジアルキルアミノ、ハロゲン、パーフルオロC1-4アルキル、C1-4アルキル、C1-3アルコキシ、ニトロ、カルボキシ、シアノ、スルフリルまたはヒドロキシルの少なくとも一つから独立に選択される)、ピリジル、置換ピリジル、(ここで、置換基はアミノ、アミジノ、グアニジノ、ヒドラジノ、アミダゾニル、C1-4アルキルアミノ、C1-4ジアルキルアミノ、ハロゲン、パーフルオロC1-4アルキル、C1-4アルキル、C1-3アルコキシ、ニトロ、カルボキシ、シアノ、スルフリルまたはヒドロキシルの少なくとも一つから独立に選択される)、ピリジルC1-4アルキル、置換ピリジルC1-4アルキル(ここで、ピリジン置換基はアミノ、アミジノ、グアニジノ、ヒドラジノ、アミダゾニル、C1-4アルキルアミノ、C1-4ジアルキルアミノ、ハロゲン、パーフルオロC1-4アルキル、C1-4アルキル、C1-3アルコキシ、ニトロ、カルボキシ、シアノ、スルフリルまたはヒドロキシルの少なくとも一つから独立に選択される)、ピリミジルC1-4アルキル、置換ピリミジルC1-4アルキル(ここで、ピリミジン置換基はアミノ、アミジノ、グアニジノ、ヒドラジノ、アミダゾニル、C1-4アルキルアミノ、C1-4ジアルキルアミノ、ハロゲン、パーフルオロC1-4アルキル、C1-4アルキル、C1-3アルコキシ又はニトロ、カルボキシ、シアノ、スルフリルまたはヒドロキシルの少なくとも一つから独立に選択される)、トリアジン−2−イル−C1-4アルキル、置換トリアジン−2−イル−C1-4アルキル(ここで、トリアジン置換基はアミノ、アミジノ、グアニジノ、ヒドラジノ、アミダゾニル、C1-4アルキルアミノ、C1-4ジアルキルアミノ、ハロゲン、パーフルオロC1-4アルキル、C1-4アルキル、C1-3アルコキシ、ニトロ、カルボキシ、シアノ、スルフリルまたはヒドロキシルの少なくとも一つから独立に選択される)、イミダゾールC1-4アルキル、置換イミダゾールC1-4アルキル(ここで、イミダゾール置換基はアミノ、アミジノ、グアニジノ、ヒドラジノ、アミダゾニル、C1-4アルキルアミノ、C1-4ジアルキルアミノ、ハロゲン、パーフルオロC1-4アルキル、C1-4アルキル、C1-3アルコキシ、ニトロ、カルボキシ、シアノ、スルフリルまたはヒドロキシルの少なくとも一つから独立に選択される)、イミダゾリニルC1-4アルキル、N−アミジノピペラジニル−N−C0-4アルキル、ヒドロキシC2-5アルキル、C1-5アルキルアミノC2-5アルキル、ヒドロキシC2-5アルキル、C1-5アルキルアミノC2-5アルキル、C1-5ジアルキルアミノC2-5アルキル、N−アミジノピペリジニルC1-4アルキルおよび4−アミノシクロヘキシルC0-2アルキルから独立に選択される。
ある実施態様において、Aが−(CHR3)−であり、Bが−(C=O)−であり、Dが−(CHR5)−であり、Eが−(C=O)−であり、Gが−(XR7n−であり、前記化合物は下記一般式(II)を有する:
Figure 2007503816
式中、R1、R2、R3、R5、R7、W、Xおよびnは、式(I)で定義したとおりである。
ある実施態様において、Aが−(C=O)−であり、Bが−(CHR4)−であり、Dが−(C=O)−であり、Eが−(ZR6)−であり、Gが−(C=O)−(XR9)−であり、前記化合物は下記一般式(III)を有する:
Figure 2007503816
式中、R1、R2、R4、R6、R9、WおよびXは、式(I)で定義したとおりであり、Zは窒素またはCH(ZがCHであれば、Xは窒素である)である。
ある実施態様において、Aが−(C=O)−であり、Bが−(CHR4)−であり、Dが−(C=O)−であり、Eが−(ZR6)−であり、Gが(XR7n−であり、前記化合物は下記一般式(IV)を有する:
Figure 2007503816
式中、R1、R2、R4、R6、R7、W、X及びnは、式(I)で定義したとおりであり、Zは窒素またはCH(Zが窒素であれば、nは0であり、またZがCHであれば、Xは窒素であり、nは0ではない)である。
ある実施態様において、前記化合物は下記一般式(VI)を有する:
Figure 2007503816
式中、Raは、窒素、酸素または硫黄から選択される1〜3個のヘテロ原子を持つことが可能な8〜11員環の二環式(bicyclic)アリール基であり、Rbは、5〜7員環の単環式アリール基であって、窒素、酸素または硫黄から選択される1〜2個のヘテロ原子を持つことができ、化合物中のアリール環がハロゲン化物、ヒドロキシ、シアノ、低級アルキル、及び低級アルコキシ基からなる群から選択される1以上の置換基を有してもよい。任意に、Raはナフチル、キノリニルまたはイソキノリニル基であり、Rbはフェニル、ピリジルまたはピペリジルであり、これらすべてはハロゲン化合物、ヒドロキシ、シアノ、低級アルキル、および低級アルコキシ基からなる群から選択される少なくとも一つの置換基で置換されてもよい。ある実施態様において、Raはナフチルであり、Rbはフェニルであり、ハロゲン化物、ヒドロキシ、シアノ、低級アルキル、及び低級アルコキシ基からなる群から選択される1以上の置換基で置換されてもよい。
ある実施態様において、前記化合物は化合物1、3、4及び5から選択される。
別の実施態様において、本発明は、スクリーニングする方法、すなわち、生物学的に活性な化合物が同定される方法及び/またはそれらの効用が評価できる方法を提供する。例えば、本発明は、下記の工程を含むβ−カテニン/CBP相互作用の小分子抑制剤を同定する方法を提供する、:(a)推定のβ−カテニン:CBPの小分子抑制剤を、CBP 1−111を含む部分(moiety)と接触させる工程;(b)前記工程(a)の混合物を、β−カテニンを含む部分(moiety)と接触させる工程;(c)分析手段によって、前記工程(a)の前記分子が、前記工程(b)のβ−カテニンを含む部分(moiety)と工程(a)のCBP 1−111を含む部分(moiety)との結合を抑制するかどうかを決定する工程、および、(d)前記工程(a)の前記小分子がCBP 1−111を含む部分(moiety)とβ−カテニンを含む部分(moiety)との結合を抑制するとの決定によって、前記工程(a)の小分子をβ−カテニン:CBP相互作用の抑制剤として同定する工程。
任意に、前記方法は、下記の工程をさらに含むことができる:(e)前記工程(d)の同定されたβ−カテニン:CBP相互作用の小分子抑制剤を、(1)p300 1−111を含む部分(moiety)及び(2)β−カテニンを含む混合物に接触させる工程と、(f)分析手段によって、前記工程(e)の前記小分子が、前記p300 1−111を含む部分(moiety)とβ−カテニンとの結合を抑制しないかどうかを決定する工程と、及び(g)前記工程(e)の前記小分子が、前記p300 1−111を含む部分(moiety)と前記β−カテニンとの結合を抑制しないとの決定により、前記小分子がβ−カテニン:CBP相互作用の選択的抑制剤であることを確認する工程。
本発明は、また、下記の工程を含む、β−カテニン:CBP相互作用の小分子抑制剤の同定方法を提供する:(a)推定のβ−カテニン:CBP相互作用の小分子抑制剤を、β−カテニンを含む部分と接触させる工程と;(b)前記工程(a)の混合物を、CBP 1−111を含む部分(moiety)と接触させる工程と;(c)前記工程(a)の前記分子が、前記工程(b)のCBP 1−111を含む部分(moiety)と前記工程(a)のβ−カテニンを含む部分(moiety)との結合を抑制するかどうかを分析手段によって決定する工程と、(d)前記工程(a)の前記小分子が、β−カテニンを含む部分(moiety)とCBP 1−111を含む部分(moiety)との結合を抑制するとの決定によって、前記工程(a)の小分子がβ−カテニン:CBP相互作用の抑制剤であるか否かを同定する工程。
任意に、前記方法は、下記の工程をさらに含むことができる:(e)前記工程(d)の同定されたβ−カテニン:CBP相互作用の小分子抑制剤を、(1)p300 1−111を含む部分(moiety)および(2)β−カテニンを含む混合物と接触させる工程;(f)前記工程(e)の前記分子が、前記p300 1−111を含む部分(moiety)とβ−カテニンとの結合を抑制しないかどうかを分析手段によって決定する工程;および(g)前記工程(e)の前記小分子が、前記p300 1−111を含む部分(moiety)とβ−カテニンとの結合を抑制しないとの決定により、前記小分子がβ−カテニン:CBP相互作用の選択的抑制剤であることを確認する工程。
本発明は、また、下記の工程を含むβ−カテニン:CBP相互作用の小分子抑制剤を同定する方法を提供する:(a)推定のβ−カテニン:CBP小分子抑制剤を、(1)CBP 1−111と結合した(associated)β−カテニンを含む部分(moiety)と接触させる工程;(b)前記工程(a)の前記分子が、β−カテニンからCBP 1−111を分離させるかどうかを分析手段によって決定する工程;及び(c)前記工程(a)の前記小分子がCBP 1−111とβ−カテニンの結合を分離させるとの決定により、前記工程(a)の小分子をβ−カテニン:CBP相互作用の抑制剤として同定する工程。
任意に、前記方法は、下記の工程をさらに含むことができる:(d)前記工程(c)で同定されたβ−カテニン:CBP相互作用の小分子抑制剤を、(1)p300 1−111を含む部分(moiety)および(2)β−カテニンを含む混合物と接触させる工程;(e)前記工程(d)の前記分子が、前記p300 1−111を含む部分(moiety)とβ−カテニンとの結合を抑制しないかどうかを分析手段によって決定する工程;および(f)前記工程(d)の前記小分子が、前記p300 1−111を含む部分とβ−カテニンとの結合を抑制しないとの決定により、前記小分子がβ−カテニン:CBP相互作用の選択的抑制剤であることを確認する工程。
本発明は、また、下記の工程を含むβ−カテニン:p300相互作用の小分子抑制剤を同定する方法を提供する:(a)推定のβ−カテニン:CBP相互作用の小分子抑制剤を、p300 1−111を含む部分と接触させる工程;(b)前記工程(a)の混合物を、β−カテニンを含む部分(moiety)と接触させる工程;(c)前記工程(a)の前記分子が、前記工程(b)のβ−カテニンを含む部分(moiety)と前記工程(a)のp300 1−111を含む部分(moiety)との結合を抑制するかどうかを分析手段によって決定する工程;および(d)前記工程(a)の前記小分子が、p300 1−111を含む部分(moiety)とβ−カテニンを含む部分(moiety)との結合を抑制するかの決定により、前記工程(a)の小分子をβ−カテニン:p300相互作用の抑制剤として同定する工程。
任意に、前記方法は、下記の工程をさらに含むことができる:(e)前記工程(d)の同定されたβ−カテニン:p300相互作用の小分子抑制剤を、(1)CBP 1−111を含む部分(moiety)および(2)β−カテニンを含む混合物と接触させる工程;(f)前記工程(e)の前記分子が、前記CBP 1−111を含む部分(moiety)とβ−カテニンとの結合を抑制しないかどうかを分析手段によって決定する工程;および(g)前記工程(e)の前記小分子が、CBP 1−111を含む部分(moiety)とβ−カテニンとの結合を抑制しないとの決定により、前記小分子がβ−カテニン:p300相互作用の選択的抑制剤であることを確認する工程。
本発明は、また、下記の工程を含むβ−カテニン:p300相互作用の小分子抑制剤を同定する方法を提供する:(a)推定のβ−カテニン:p300相互作用の小分子抑制剤を、β−カテニンを含む部分と接触させる工程;(b)前記工程(a)の混合物を、p300 1−111を含む部分(moiety)と接触させる工程;(c)前記工程(a)の前記分子が、前記工程(b)のp300 1−111を含む部分(moiety)と前記工程(a)のβ−カテニンを含む部分(moiety)との結合を抑制するかどうかを分析手段によって決定する工程;および(d)前記工程(a)の前記小分子が、β−カテニンを含む部分(moiety)とp300 1−111を含む部分(moiety)との結合を抑制するとの決定によって、前記工程(a)の小分子をβ−カテニン:p300相互作用の抑制剤として同定する工程。
任意に、前記方法は、下記の工程をさらに含むことができる:(e)前記工程(d)の同定されたβ−カテニン:p300相互作用の小分子抑制剤を、(1)CBP 1−111を含む部分(moiety)および(2)β−カテニンを含む混合物に接触させる工程;(f)前記工程(e)の前記分子が、CBP 1−111を含む部分(moiety)とβ−カテニンとの結合を抑制しないかどうかを分析手段によって決定する工程;および(g)前記工程(e)の前記小分子が、CBP 1−111を含む部分とβ−カテニンとの結合を抑制しないとの決定により、前記小分子がβ−カテニン:p300相互作用の選択的抑制剤であることを確認する工程。
本発明は、また、下記の工程を含むβ−カテニン:p300相互作用の小分子抑制剤を同定する方法を提供する:(a)推定のβ−カテニン:p300小分子抑制剤を、(1)p300 1−111と結合したβ−カテニンを含む部分(moiety)と接触させる工程;(b)前記工程(a)の前記分子が、β−カテニンからp300 1−111を分離させるかどうかを分析手段によって決定する工程;および(c)前記工程(a)の前記分子が、β−カテニンからp300 1−111を分離させるとの決定により、前記工程(a)の小分子をβ−カテニン:p300相互作用の抑制剤として同定する工程。
任意に、前記方法は、下記の工程をさらに含むことができる:(d)前記工程(c)で同定されたβ−カテニン:p300相互作用の小分子抑制剤を、(1)CBP 1−111を含む部分(moiety)および(2)β−カテニンを含む混合物に接触させる工程;(e)前記工程(d)の前記分子が、CBP 1−111を含む部分(moiety)とβ−カテニンとの結合を抑制しないかどうかを分析手段によって決定する工程;および(f)前記工程(d)の前記小分子が、CBP 1−111を含む部分(moiety)とβ−カテニンとの結合を抑制しないとの決定により、前記小分子がβ−カテニン:p300相互作用の選択的抑制剤であることを確認する工程。
別の形態において、本発明は、核酸およびペプチド配列を提供し、これらの配列は、例えば、治療剤としてまたはスクリーニング方法において有用である。したがって、様々な代表的形態において、本発明は、下記のものを提供する:
配列番号:1または配列番号:1と少なくとも80%以上の同一性を有する配列を含む実質的に精製単離された核酸配列、但し前記配列はCBPタンパク質をコードしない;
配列番号:1の断片または前記断片と少なくとも80%以上の同一性を有する配列を含む、実質的に精製単離された核酸配列、但し前記配列はCBPタンパク質をコードしない;
配列番号:2または配列番号:2と少なくとも80%以上の同一性を有するペプチドを含む実質的に精製単離されたペプチド、但し前記ペプチドはCBPタンパク質ではない;
配列番号:2の断片または前記断片と少なくとも80%以上の同一性を有する配列を含む実質的に精製単離されたペプチド、但し前記ペプチドはCBPタンパク質ではない;
配列番号:1または配列番号:1と少なくとも80%以上の同一性を有する配列から本質的に構成される、実質的に精製単離された核酸配列、但し前記配列はCBPタンパク質をコードしない;
配列番号:1の断片または前記断片と少なくとも80%以上の同一性を有する配列から本質的に構成される、実質的に精製単離された核酸配列、但し前記配列はCBPタンパク質をコードしない;
配列番号:2または配列番号:2と少なくとも80%以上の同一性を有するペプチドから本質的に構成される、実質的に精製単離されたペプチド、但し前記ペプチドはCBPタンパク質ではない;
配列番号:2の断片または前記断片と少なくとも80%以上の同一性を有する配列から本質的に構成されるペプチド、実質的に精製単離された配列、但し前記ペプチドはCBPタンパク質ではない;
配列番号:1または配列番号:1と少なくとも80%以上の同一性を有する配列から構成される、実質的に精製単離された核酸配列、但し前記配列はCBPタンパク質をコードしない;
配列番号:1の断片または前記断片と少なくとも80%以上の同一性を有する配列から構成される、実質的に精製単離された核酸配列、但し前記配列はCBPタンパク質をコードしない;
配列番号:2または配列番号:2と少なくとも80%以上の同一性を有するペプチドから構成される、実質的に精製単離されたペプチド、但し前記ペプチドはCBPタンパク質ではない;
配列番号:2の断片または前記断片と少なくとも80%以上の同一性を有する配列から構成される、実質的に精製単離されたペプチド、但し前記ペプチドはCBPタンパク質ではない;
配列番号:3または配列番号:1と少なくとも80%以上の同一性を有する配列を含む、実質的に精製単離された核酸配列、但し前記配列はp300タンパク質をコードしない;
配列番号:3の断片または前記断片と少なくとも80%以上の同一性を有する配列を含む、実質的に精製単離された核酸配列、但し前記配列はp300タンパク質をコードしない;
配列番号:4または配列番号:4と少なくとも80%以上の同一性を有するペプチドを含む、実質的に精製単離されたペプチド、但し前記ペプチドはp300タンパク質ではない;
配列番号:4の断片または前記断片と少なくとも80%以上の同一性を有する配列を含む、実質的に精製単離されたペプチド、但し前記ペプチドはp300タンパク質ではない;
配列番号:3または配列番号:3と少なくとも80%以上の同一性を有する配列から本質的に構成される、実質的に精製単離された核酸配列、但し前記配列はp300タンパク質をコードしない;
配列番号:3の断片または前記断片と少なくとも80%以上の同一性を有する配列から本質的に構成される、実質的に精製単離された核酸配列、但し前記配列はp300タンパク質をコードしない;
配列番号:4または配列番号:2と少なくとも80%以上の同一性を有するペプチドから本質的に構成される、実質的に精製単離されたペプチド、但し前記ペプチドはp300タンパク質ではない;
配列番号:4の断片または前記断片と少なくとも80%以上の同一性を有する配列から本質的に構成される、実質的に精製単離されたペプチド、但し前記ペプチドはp300タンパク質ではない;
配列番号:3または配列番号:3と少なくとも80%以上の同一性を有するペプチドから構成される、実質的に精製単離された核酸配列、但し前記配列はp300タンパク質をコードしない;
配列番号:3の断片または前記断片と少なくとも80%以上の同一性を有する配列から構成される、実質的に精製単離された核酸配列、但し前記配列はp300タンパク質をコードしない;
配列番号:4または配列番号:2と少なくとも80%以上の同一性を有するペプチドから構成される、実質的に精製単離されたペプチド、但し前記ペプチドはp300タンパク質ではない;
配列番号:4の断片または前記断片と少なくとも80%以上の同一性を有する配列から構成される、実質的に精製単離されたペプチド、但し前記ペプチドはp300タンパク質ではない;
これらおよび本発明の関連した形態は、下記にさらに詳しく述べられる。
(図面の簡単な説明)
図1.化合物1はβ−カテニン/TCF転写を抑制する。
A(i)およびA(ii).化合物1、化合物2、化合物3、化合物4、および化合物5の構造。
B(i)およびB(ii).化合物1はβ−カテニン/TCFレポーター遺伝子構築物(reporter gene construct)を5μMのIC50で選択的に抑制する。SW480細胞(105)(図1B(i))は、β−カテニン/TCFルシフェラーゼ構築物でトランスフェクションされた。細胞は、化合物1(1〜64μM)で処理された。処理24時間後に溶解質(lysate)が調製され、デュアルルシフェラーゼ分析(dual luciferase assay)を行った。データを図1B(ii)に相異なる形で示す。
C.化合物1はNFATレポーター構築物に影響を及ぼさない。NFATレポーター構築物で安定的にトランスフェクションされたJurkat細胞(右側パネル)は、PMA(10ng/mL)/イオノマイシン(Ionomycin)(1μg/mL)で刺激され、化合物1(0.781〜50μM)で処理された。処理24時間後、溶解質(lysate)が調製され、デュアルルシフェラーゼ分析が行われた。全ての実験は2回ずつ行われ、その値は平均+/−標準偏差で示した。
D.CBPは化合物1の分子標的である。SW480の核抽出物は、化合物2(25μm)でコートされたストレプトアビジン−アガロースビーズと共に培養された。ビーズは3回洗浄され、溶離されたものは抗−CBP抗体と共にゲル電気泳動および免疫ブロットを行った。矢印は、CBPに対する免疫活性により、大きさが対応するバンドを示す。
E.14C標識化合物1はCBPに結合する。化合物1は、14C標識チロシンの挿入によって調製された。SW480細胞は、全長のXenopus laevis β−カテニンを発現するベクター(2.2μg)または全長のマウスCBPを発現するベクター(1.1μg)でトランスフェクションされた。50μgの核溶解質(NE−PER kit、Pierce)が20μMの14C標識化合物1(7.16×104CPM)でDMSO(0.5%)または100μMおよび200μMの冷化合物1で処理された。結合していない14C標識化合物1を除去するために、溶解質は、G−25 1ccカラム(Pharmacia)を用いて脱塩(desalt)され、14C標識化合物1の挿入が測定された。
図2.CBPの最初の111アミノ酸は化合物1に特異的に結合するが、p300には結合しない。
A.CBPの野生型およびCBPの欠損(deletion)構築物の模式図。
B.CBP(1−111)は、化合物1の最小結合ドメインを含む。SW480細胞内におけるCBP欠損構築物の発現レベルが示される(上部パネル)。10μgの総タンパク質は、電気泳動され、抗−His抗体を用いて免疫ブロットされた。CBP欠損構築物を発現するSW480細胞の細胞溶解質全体は、100μMの化合物2でコートされたストレプトアビジン−アガロースビーズに結合した。結合した分画(fraction)は、電気泳動及び抗−His抗体を用いて免疫ブロットされた(下部パネル)。矢印は、化合物2でコートされたビーズに結合したままで残っている構築物を示す。
C.過剰の化合物1は、CBP(1−111)を競合して除去するが、p300(1−111)は競合しない。CBP欠損構築物であるCBP(1−111)、CBP(1−211)およびCBP(1―351)、およびp300欠損構築物であるp300(1−111)、p300(1−211)、およびp300(1−351)は、SW480細胞にトランスフェクションされた。細胞溶解質全体は、ストレプトアビジン−アガロースビーズまたは100μMの化合物2でコートされたストレプトアビジン−アガロースビーズと共に培養された(下部パネル)。CBP構築物(1−111、1−211および1−351)及びp300構築物(1−111、1−211および1−351)のビーズへの結合は、過剰の化合物1(150μM)でテストされる(challenged)。
D.CBP(1−111)は、自由な方法のリン酸化反応で化合物1に結合する。CBP(1−111)またはp300(1−111)は、E.coliで発現され,Ni−NTA−アガロース(クマシーブルー染色されたゲル)によって精製された。CBP(1−111)が示される(上部、右側)。1および3μLの精製されたタンパク質は、抗−His抗体を用いて免疫ブロットを行された。矢印は、それらの適当な抗体によって認識される組み換えタンパク質を示す。増加する量の精製されたCBP(1−111)(0.5、1及び3μL)およびp300(1−111)(1、3、および5μL)が100μMの化合物2でコートされたストレプトアビジン−アガロースビーズと共に培養された。そのビーズは洗浄された。その溶離されたタンパク質は抗−His抗体を用いて電気泳動および免疫ブロットされた。矢印は、PVDF膜上のタンパク質を示す。特異的結合相互作用は、過剰の化合物1(300μM)を用いてテストされた(challenged)。
E.CBPのΔ1-111+NLS構築物は、化合物1によって抑制されるβ−カテニン/TCF転写を救う(rescuing)ことができない。SW480細胞は、全長またはCBP(Δ1−111+NLS)のいずれか一つを発現する発現ベクター(0.1〜1)μgでトランスフェクションされた。トランスフェクション24時間後、細胞は化合物1(25μM)または対照群(0.5%DMSO)で処理された。処理24時間後、溶解質が調製され、デュアルルシフェラーゼ分析が行われた。
図3.化合物1は、β−カテニン/CBP複合体を分裂させるが、p300/β−カテニン複合体は分裂させない。
A.全長のXenopus laevis β−カテニン(1.1、2.2、および3.3μg)またはマウス(murine)のCBP(0.14、0.28、0.55、1.1および2.2μg)プラスミドがβ−カテニン/TCF(1.1μg)レポーター遺伝子構築物と共にSW480細胞内にコトランスフェクションされた。空(empty)pcDNA3ベクターが、各反応に使用されるDNAの量を同等にするために用いられた。デュアルルシフェラーゼ分析が化合物1の処理24時間後に行われた。全ての実験は2回ずつ行われ、その値は平均+/−標準偏差として示した。
B.化合物1はCBPに対してβ−カテニンと競合する。SW480細胞は、5または10μMの化合物1または対照群(0.5%DMSO)で処理された。処理24時間後、溶解質は、対照群抗体または抗−CBP若しくは抗−p300抗体でコートされたビーズと共に培養された。共免疫沈澱されたタンパク質は、ゲル電気泳動および抗−β−カテニン抗体を用いて免疫ブロットされた。矢印は、免疫沈澱されたβ−カテニンを示す(二重線)。
C.CBP(1−111)は、β−カテニンと相互作用の最小領域(region)である。CBP欠損シリーズでトランスフェクションされたSW480細胞は、タンパク質A−アガロースビーズ上にコートされた抗−β−カテニン抗体を用いて免疫沈澱された。免疫複合体は洗浄され、ゲル電気泳動された後、続いて抗−His抗体を用いて免疫ブロットされた。矢印は、ビーズに結合して残っている構築物を示す。
D.化合物1は、CBPに対してβ−カテニンと競合するが、p300構築物に対しては競合しない。CBP(1−111、1−211、および1−351)およびp300(1−111、1−211、および1−351)構築物がSW480細胞にトランスフェクションされた(下部パネル)。トランスフェクション48時間後、全ての細胞溶解質が調製され、前述したタンパク質A−アガロース−抗−β−カテニン抗体を用いて免疫沈澱された(中央パネル)。免疫複合体は洗浄され、ゲル電気泳動及び抗−His抗体を用いて免疫ブロットされた。矢印は、結合したタンパク質(上部パネル)を示す。競合分析のために、ビーズ上の免疫複合体は50μMの化合物1でテストされた。
E.共通β−カテニン結合モチーフを有するCBP及びp300の配列アライメント(配列番号:47〜55)。共通配列は囲まれている。アライメント(alignment)は、NCBIデータベース内のタンパク質配列のためのプログラムBLASTを用いて行われた。
F.CBP 1−111(CBP M1、配列番号:2)およびp300 1−111(p300 M1、配列番号:4)の配列アライメント。
図4.化合物1は核のβ−カテニンを減少させる。
A.β−カテニン免疫蛍光顕微鏡検査。SW480のログ期(log phase)(左)およびHCT116(右)細胞が固定され、抗−β−カテニンレッド(red)(上部パネル、A)または抗−CBPグリーン(green) (上部パネル、B)で染色された。中央パネルは、SW480(左)およびHCT116(右)細胞内で重ね合わせた(superimposed)β−カテニンおよびCBPを示す。下部パネルは、化合物1(25μM)で24時間処理したβ−カテニンをSW480の細胞質(左)およびHCT116細胞の細胞質膜(右)の再分配を示す。
B.β−カテニンのウェスタンブロット分析。化合物1の24時間処理の有無に関らずSW480細胞の細胞抽出物からの25μgの総タンパク質が細胞質及び核のβ−カテニンの検出のために使用された。
図5.化合物1はcyclin D1の発現を抑制する。
A.cyclin D1レベルは、化合物1の処理で減少する。ウェスタンブロット分析が25μMの化合物1または対照群(0.5%DMSO)のいずれか一つで4、8、または24時間処理された25μgのSW480細胞溶解質全体に対して行われた。免疫ブロットが抗Cyclin D1抗体(Santa Cruz Biotechnology Inc.)を用いて行われた。
B.CBP及びp300によるcyclin D1およびc−mycプロモータの生体内占有。ChIP(材料及び方法参照)は、化合物1処理時のc−mycプロモータのCBP及びp300占有を示す。ChIP分析が化合物1(25μM)または対照群(0.5%DMSO)で8時間処理されたSW840細胞からのc−mycプロモータに対して行われた。CBP(AC−26、マサチューセッツ州ボストンのハーバード大学のデビッドリビングストン博士からの寛大なギフト)またはp300(C−20、Santa Cruz Biotechnology Inc.)特異性抗体が化合物1または対照群(DMSO)処理の存在下でCBPまたはp300によるプロモータ占有を評価するために使用された。
図6.
A.化合物1は細胞をG1で停止させる。FACS分析は、化合物1(25μM)(右)または対照群(0.5%DMSO)(左)で24時間処理されたSW480(下部パネル)及びHCT116(上部パネル)細胞に対して行った。5.5×106細胞は、ヨウ化プロピジウム(PI)で固着および染色させた。G0/G1、S、およびG2/Mは、矢印によって示される。
B.化合物1は、大腸癌腫細胞株においてカスパーゼを選択的に活性化させる。正常な大腸細胞CCD18Co(右グラフ)と共にSW480及びHCT116(左グラフ)細胞(105)は、対照群(0.5%DMSO)または化合物1(25μM)で処理された。処理24時間後、細胞は溶解され(lysed)、カスパーゼ−3/7酵素活性を測定した。相対蛍光単位(RFU)は、処理されたサンプル(化合物1または対照群)からブランク(対照群、細胞なし)の単位値を差し引いて計算した後、プロットした。
図7.化合物1は用量依存方法によって軟寒天におけるコロニー増殖を減少させる。
A.増加濃度の5−フルオロウラシル(5−FU)(0.5〜32μM)および化合物1(0.25〜5μM)は、三重のウェルのSW480(5000細胞/ウェル)に添加した。細胞は洗浄され、軟寒天増殖培地に懸濁された。8日後、コロニーの数(直径60μM以上のコロニー)を数え、化合物の濃度に対してプロットした。3個の測定の平均±SEが示される。化合物の不在下で、対照群のコロニー数は1,637±71であった。
B.化合物1の効果の模式図。それらの理論に束縛される意図なしに、出願人は、β−カテニン/TCF複合体がコアクチベーター(coactivator)依存方法で、下方制御標的遺伝子の発現を調節することを提案する。さらに詳しくは、核のβ−カテニン/TCFは、CBPまたはP300と異なるように(differentially)結合されること、およびその三量体複合体がβ−カテニン/TCF反応遺伝子のサブセットの発現を促進することを示す。化合物1は、特異的に且つ選択的にβ−カテニン/TCF/CBPを標的とするが、β−カテニン/TCF/p300複合体を標的とせずに、CBP依存性のcyclin D1、axin2、およびhnkdなどの遺伝子の発現を下方制御する。化合物1の処理は、β−カテニン/CBP相互作用の遮断により、プロモータがコアクチベーターを利用することが可能な遺伝子(c−myc)または好ましくはコアクチベーターとしてp300を利用することが可能な遺伝子(c−jun及びfra−1)の発現に利用可能なβ−カテニン/TCF複合体を増加させる。
図8は本発明の実施に有用な化学薬剤を調製するための一般的な合成スキームを提供する。
図9は本発明の実施に有用な化学薬剤を調製するための一般的な合成スキームを提供する。
図10.化合物3の代謝分析。
A.ラットにおける化合物3およびその代謝物に対するダイオードアレイトレース(diode Array trace)(上部パネル)及び総イオン電流(下部パネル)。
B.ヒトにおける化合物3及びその代謝物に対するダイオードアレイトレース(上部パネル)及び総イオン電流(下部パネル)。
本発明は、β−カテニン/TCF媒介転写を拮抗(antagonize)する薬剤およびそれに関連した方法を提供する。一つの形態において、本発明は、β−カテニン/TCF反応性遺伝子のサブセットが特異的に下方制御される方法を提供し、関連形態において、本発明は、この方法に有用な化合物を提供する。別の形態において、本発明は、CBP及びβ−カテニン間の結合が破壊されるが、構造的に連関したコアクチベーターp300及びβ−カテニン間の結合は破壊されない方法を提供し、関連形態において、本発明は、この方法に有用な化合物を提供する。別の形態において、本発明は、CBPによって促進されるがp300によっては促進されない遺伝子を選択的に活性化させる方法を提供し、関連形態において、本発明は、この方法に有用な化合物を提供する。また、本発明は、p300によって促進されるがCBPによっては促進されない遺伝子を選択的に活性化させる方法を提供し、関連形態において、本発明は、この方法に有用な化合物を提供する。別の形態において、本発明は、細胞周期のG1期(phase)で発達を停止させるために、大腸癌腫細胞が化学薬剤で処理される方法を提供し、化学薬剤の長期処理が、正常結腸細胞では見られないアポトーシスを誘導する。
これらの方法および薬剤のより詳細を下記に示す。まず、これらの詳細を提供する前に、下記定義を、読者の本技術に対する理解に役に立つために提供する。
定義
配列番号:1は核酸配列である:tgaggaatca acagccgcca tcttgtcgcg gacccgaccg gggcttcgag cgcgatctac tcggccccgc cggtcccggg ccccacaacc gcccgcgctc gctcctctcc ctcgcagccg gcagggcccc cgacccccgt ccgggccctc gccggcccgg ccgcccgtgc ccggggctgt tttcgcgagc aggtgaaaat ggctgagaac ttgctggacg gaccgcccaa ccccaaaaga gccaaactca gctcgcccgg tttctcggcg aatgacagca cagattttgg atcattgttt gacttggaaa atgatcttcc tgatgagctg。
配列番号:2はアミノ酸配列である:MAENLLDGPPNPKRAKLSSPGFSANDSTDFGSLFDL
ENDLPDELIPNGGELGLLNSGNLVPDAASKHKQLSELLRGGSGSSINPGIGNVSASSPVQQGLGGQAQGQPNSAN。
配列番号:3は核酸配列である:ccttgtttgt gtgctaggct gggggggaga gagggcgaga gagagcgggc gagagtgggc aagcaggacg ccgggctgag tgctaactgc gggacgcaga gagtgcggag gggagtcggg tcggagagag gcggcagggg ccagaacagt ggcagggggc ccggggcgca cgggctgagg cgacccccag ccccctcccg tccgcacaca cccccaccgc ggtccagcag ccgggccggc gtcgacgcta ggggggacca ttacataacc cgcgccccgg ccgtcttctc ccgccgccgc ggcgcccgaa ctgagcccgg ggcgggcgct ccagcactgg。
配列番号:4はアミノ酸配列である:MAENVVEPGPPSAKRPKLSSPALSASASDGTDFGSL
FDLEHDLPDELINSTELGLTNGGDINQLQTSLGMVQDAASKHKQLSELLRSGSSPNLNMGVGGPGQVMASQAQQSSPGLGL。
小分子抑制剤:用語「小分子」は、約5000g/mol未満の式量(formular weight)を有する化学化合物を意味する。前記化合物は有機または無機であってもよく、合成または天然固有であってもよく、例えばペプチド、オリゴヌクレオチド、ペプチド類似体(mimetic)、オリゴヌクレオチド類似体、オリゴ糖、オリゴ糖類似体、天然産物同族体(analog)または誘導体、または例えば少なくとも1つの非環基、環基、炭素環基、ヘテロ環基、多環基、及び/又は芳香族基を挿入することができる純粋な合成化合物に分類できる。用語「抑制剤」は、統計的に意味のある程度で、本願明細書に記述された2つのポリペプチド、例えばβ−カテニンおよびCBP、またはβ−カテニンおよびp300間の結合を抑制する化合物を意味する。言い換えれば、抑制剤の存在下で、2つのポリペプチド間の結合は、抑制剤が存在しない場合の結合に対して、統計的に意味のある程度に減少する。好ましくは、前記抑制は、細胞特性への影響、例えば小分子抑制剤を投与した患者における治療反応を達成するのに十分なものである。
β−カテニン:CBP相互作用:β−カテニンおよびCBPは、それぞれよく知られているポリペプチドである。例えば、Morin, P.J., Bioessays 21:1021-30 (1999)およびHecht et al. EMBO J. 19:1839-50 (2000)を参照されたい。β−カテニンとCBP相互作用は、文書化され、測定されている。例えば、Takemaru et al. J. Cell. Biol. 149:249-54 (2000)を参照されたい。用語β−カテニン:CBP相互作用は、これら2つのタンパク質間に生じる結合を意味する。
推定(putative):小分子が、例えばβ−カテニン/TCF活性化転写の調節因子として活性をテストされる前、前記小分子は、推定調節因子として見なされる。その小分子が調節活性を示したときには、それはβ−カテニン/TCF活性化転写の調節因子とも呼ばれる。同様に、小分子がタンパク質−タンパク質相互作用、例えばβ−カテニン:CBP相互作用の抑制剤としてテストされる前には、その小分子は推定β−カテニン:CBP相互作用の抑制剤と呼ばれる。
接触する(contacting):2つの物質、例えば化学化合物、タンパク質、オリゴヌクレオチドなどが両方とも液体培地、例えば水または緩衝液に置かれ、その培地内にそれらの動きに対する障害が置かれない場合、それら2つの物質は互いに接触する。また、2つの物質が接触し合うことができるように互いに隣接して置かれると、それらの物質は互いに接触する。分析を行うとき、例えばそれらが測定培地に両方とも置かれると、2つの物質は接触する。
β−カテニンは、当該分野によく知られているタンパク質をいう。Morin, P.J., Bioessays 21:1021-30 (1999); Gottardi et al., Curr. Biol. 11:R792-4 (2001); Huber et al., Cell 105:391-402 (2001)を参照されたい。β−カテニンは、血漿膜における細胞接着のメディエータとして且つ転写活性因子として同定された。
用語「分析(assay)」は、様々な物質(例えば、化学物質、酵素など)が検出可能な事象を生み出すか、又は生み出さない選択条件下で互いに接触し合う間の処理または手段を意味する。前記事象が検出されるか否かは、様々な物質および/または選択条件に関する情報を明らかする。
用語「結合を抑制」、「相互作用を抑制」、「複合体の形成を抑制」などは、それぞれ2つのタンパク質間の結合を、統計的に意味のある度合いに、強度または度数(degree)または程度(extent)を減少させることを意味する。強い結合は、例えば2つのタンパク質が、複合されていない形に対して複合された形で相当さらに安定しているときに起こり得る。定量および定性によるタンパク質−タンパク質結合の研究は、当該分野によく知られている。β−カテニン結合に関連した例は、次の文献に記述されている:Brantjes et al., Biol. Chem. 383:255-61 (2002, for β-catenin binding with members of the T-cell factor (TCF)); Gottardi et al., Curr. Biol. 11:R792-4 (2001), for describing structural elements of β-catenin that interact with binding partners); and Takemaru et al., J. Cell Biol. 149:249-54 (2000, describing β-catenin interaction with CBP)。
用語「CBPタンパク質」は、CREB−結合タンパク質としても知られているタンパク質を意味しており、CREBは、「cAMP−応答配列結合」の略語である。このタンパク質は、当分野によく知られている。例えば、Takemaru et al., J. Cell Biol. 149:249-54 (2000)および米国特許第6,063,583号を参照されたい。
CBP 1−111は、CBPのN−末端から同定されたタンパク質CBPの最初の111アミノ酸を意味する。ヒトから単離されたCBPのアミノ酸1−111は、配列番号:2として上述されている。それに対応する核酸配列は、配列番号:1として上述されている。マウスから単離されたCBPのアミノ酸1−111は、配列番号:5であって、下記のとおりである:MAENLLDGPPNPKRAKLSSPGFSANDNTDFGSLFDLENDLPDELIPNGELSLLNSGNLVPDAASKHKQLSELLRGGSGSSINPGIGNVSASSPVQQGLGGQAQGQPNSTN。マウスからの対応する核酸配列は、配列番号:6であって、下記のとおりである:atggccgaga acttgctgga cggaccgccc aaccccaaac gagccaaact cagctcgccc ggcttctccg cgaatgacaa cacagatttt ggatcattgt ttgacttgga aaatgacctt cctgatgagc tgatccccaa tggagaatta agccttttaa acagtgggaa ccttgttcca gatgctgcgt ccaaacataa acaactgtca gagcttctta gaggaggcag cggctctagc atcaacccag ggataggcaa tgtgagtgcc agcagccctg tgcaacaggg ccttggtggc caggctcagg ggcagccgaa cagtacaaac。
p300 1−111は、p300のN−末端から同定され、タンパク質p300の最初の111アミノ酸を意味する。ヒトから単離されたp300のアミノ酸1−111は、配列番号:4として上述されている。それに対応する核酸配列は、配列番号:3として上述されている。
β−カテニンは、p300およびCBPを含む多数の異なるタンパク質と自然的に相互作用する、すなわち複合体を形成するものと知られている(例えば、Hecht et al. EMBO J. 19:1839-50 (2000)を参照されたい)。複数の異なる潜在的結合パートナーが存在するときは、β−カテニンは、β−カテニンとそれらの潜在的結合パートナー間の結合強度に応じて、それらの潜在的結合パートナーと様々な範囲で結合する。β−カテニン結合の選択的抑制は、β−カテニンと少なくとも一つの結合パートナーの(第1結合パートナー)間の結合程度が、β−カテニンと少なくとももう一つの結合パートナーの(第2結合パートナー)間の結合程度に対して減少するときに発生する。このような結合の相対的な減少は、β−カテニンと第2結合パートナー間の結合に影響を及ぼさず、β−カテニンと第1結合パートナー間の結合を減少させたと判断でき;またはβ−カテニンと第2結合パートナー間の結合が増加し、β−カテニンと第1結合パートナー間の結合を減少させたと判断でき;またはそれはβ−カテニンと第1結合パートナー間の結合の減少がβ−カテニンと第2結合パートナー間の結合の減少より大きいものであれば、β−カテニンと第2結合パートナー間の結合を減少させるとともに、β−カテニンと第1結合パートナー間の結合を減少させたと判断できる。
用語「p300タンパク質」は、当該分野によく知られているタンパク質を意味する。Gusterson, R.J. et al., J Biol Chem. 2003 Feb 28;278(9):6838-47; An and Roeder, J Biol Chem. 2003 Jan 17;278(3):1504-10; Rebel, V.I. et al., Proc Natl Acad Sci U S A. 2002 Nov 12;99(23):14789-94;および米国特許第5,658,784号、そしてその中に引用された参証を参照されたい。
実質的に精製されるというのは、核酸またはポリペプチドが単離され、本質的に他の核酸またはポリペプチドがないことを意味する。すなわち、核酸またはポリペプチドは、主な活性構成成分である。本願明細書に使用される用語「単離された(isolated)」は、本来の状態で、通常それと結合される他の全ての分子から実質的に単離された分子をいう。実質的に精製され、単離された分子は、製剤に存在する主な種をいう。実質的に精製された分子は、自然混合物に存在する他の分子が60%以上、好ましくは75%以上、さらに好ましくは90%以上、最も好ましくは95%以上ない(溶媒を除く)ものである。用語「単離された」は、それらの本来の状態で存在する分子を含むことは意図しない。
「p300に対するCBPへの結合可能性」という語句は、p300に対してCBPに結合するβ−カテニン分子の可能性をいう。このような可能性は、特定の条件下でCBPに結合するβ−カテニン分子の数とp300に結合するβ−カテニンの分子の数の比率により表現および/または測定される。同様に、「p300に対するCBPへのβ−カテニンの結合可能性を変化させる」薬剤は、反応混合物に化合物が存在しないときの比率に対して、反応混合物内に化合物が存在するときに上述したような比率を変化させる化合物をいう。
「細胞が増殖ではなく分化する可能性」という語句は、細胞が増殖ではなく分化する可能性をいう。このような可能性は、特定の条件下で分化する細胞の数と増殖する細胞の数の比率により表現および/または測定される。「細胞が増殖ではなく分化する可能性を増加させる」薬剤は、化合物が存在しないときの比率と比較し、化合物が存在するときに分化する細胞の数:増殖する細胞の数の比率を増加させる化合物をいう。同様に「細胞が分化ではなく増殖する可能性を増加させる」薬剤は、化合物が存在しないときの比率と比較して、化合物が存在するときに、増殖する細胞の数と分化する細胞の数の比率を増加させる化合物をいう。
「Wnt経路」という語句は、フリズル(frizzled)された7回膜貫通−スパンレセプター(seven-transmembrane-span receptors)へのWntタンパク質(分泌された糖蛋白質(glycoproteins))の結合により開始される情報伝達カスケードを意味する。この経路は、当該分野に知られており、特徴付けられ、多くの論文およびレビューの対象となった(例えば、Huelsken and Behrens, J. Cell Sci. 115: 3977-8, 2002; Wodarz et al., Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 14:59-88 (1998); Morin, P.J., Bioessays 21:1021-30 (1999); Moon et al., Science 296:1644-46 (2002); Oving et al., Eur. J. Clin. Invest. 32:448-57 (2002); Sakanaka et al., Recent Prog. Horm. Res. 55: 225-36, 2000参照)。
「Wnt経路の活性」という語句は、その経路の少なくとも一つの構成成分の活性をいう。例えば、Wnt経路の活性は、ある実施態様において、標的遺伝子の発現を誘導するβ−カテニンの活性を意味する。Wnt経路の多くの構成成分が当該分野に知られており、Cerberus(Cer)、FrzB、Dickkopf(DKK)、LRP、ヘテロトリメリック(heterotrimeric)Gタンパク質、Dsh、カゼインキナーゼIa(CKIa)、GSK3β、(TrCP、ACP、Axin、CBP、p300、β−カテニン、TCF、Frouchoなどを含み、しかしこれらに制限されるものではない。
「Wnt経路を活性化させる」化合物は、Wnt経路を有するシステムに存在するとき、β−カテニンが標的遺伝子の発現を誘導するように導く化合物をいう。β−カテニンによって発現が誘導される多くの標的遺伝子が、当該分野に知られており、Conductin、Myc、Twin、Cyclin D1、Nkd、Ubx、En−2、PPARδ、Xbra、ID2、Siamois、Xnr3、MMP7、TCF−1、Survivinなどを含み、これらに制限されるものではない。このような遺伝子は、「Wnt/β−カテニン経路により標的とされる遺伝子」として言及されることもある。
「Wnt/β−カテニン経路により標的とされる遺伝子の発現の選択的抑制」という語句は、Wnt/β−カテニン経路により標的とされる遺伝子の一部の発現を抑制するが、Wnt/β−カテニン経路により標的とされる残りの他の遺伝子(the other genes)の発現は抑制しないことを意味する。任意の特定のメカニズムに束縛されることを所望しないが、本発明者らは、遺伝子発現の選択的抑制がβ−カテニンおよびその潜在的結合パートナーの全部ではなく一部間の相互作用を妨げることにより達成できるということを熟考した。
薬剤
一形態において、本発明は、上述した方法に使用できる薬剤を提供する。化合物1以外に、本発明の方法に有用な他の薬剤が、一般式(I)の化合物およびそれらの立体異性体をスクリーニングすることにより同定できる。
Figure 2007503816
式中、Aは−(CHR3)−または−(C=O)−であり、Bは−(CHR4)−または−(C=O)−であり、Dは−(CHR5)−または−(C=O)−であり、Eは−(ZR6)−または−(C=O)−であり、Gは−(XR7n−、−(CHR7)−(NR8)−、−(C=O)−(XR9)−、または−(C=O)−であり、Wは−Y(C=O)−、−(C=O)NH−、−(SO2)−、または存在せず、Yは酸素または硫黄であり、XおよびZは独立に窒素またはCHであり、n=0または1であり;、そしてR1、R2、R3、R4、R5、R6、R7、R8およびR9は同一または異なり、アミノ酸側鎖基、アミノ酸側鎖基の誘導体、または分子の残基からそれぞれ独立に選択される。
一つの実施態様において、R1、R2、R3、R4、R5、R6、R7、R8およびR9は、アミノC2-5アルキル、グアニジノC2-5アルキル、C1-4アルキルグアニジノC2-5アルキル、ジC1-4アルキルグアニジノC2-5アルキル、アミジノC2-5アルキル、C1-4アルキルアミジノC2-5アルキル、ジC1-4アルキルアミジノC2-5アルキル、C1-3アルコキシ、フェニル、置換フェニル(ここで、置換基はアミノ、アミジノ、グアニジノ、ヒドラジノ、アミダゾニル、C1-4アルキルアミノ、C1-4ジアルキルアミノ、ハロゲン、パーフルオロC1-4アルキル、C1-4アルキル、C1-3アルコキシ、ニトロ、カルボキシ、シアノ、スルフリルまたはヒドロキシルの少なくとも一つから独立に選択される)、ベンジル、置換ベンジル(ここで、ベンジル上の置換基はアミノ、アミジノ、グアニジノ、ヒドラジノ、アミダゾニル、C1-4アルキルアミノ、C1-4ジアルキルアミノ、ハロゲン、パーフルオロC1-4アルキル、C1-3アルコキシ、ニトロ、カルボキシ、シアノ、スルフリルまたはヒドロキシルの少なくとも一つから独立に選択される)、ナフチル、置換ナフチル(ここで、置換基はアミノ、アミジノ、グアニジノ、ヒドラジノ、アミダゾニル、C1-4アルキルアミノ、C1-4ジアルキルアミノ、ハロゲン、パーフルオロC1-4アルキル、C1-4アルキル、C1-3アルコキシ、ニトロ、カルボキシ、シアノ、スルフリルまたはヒドロキシルの少なくとも一つから独立に選択される)、ビス−フェニルメチル、置換ビス−フェニルメチル(ここで、置換基はアミノ、アミジノ、グアニジノ、ヒドラジノ、アミダゾニル、C1-4アルキルアミノ、C1-4ジアルキルアミノ、ハロゲン、パーフルオロC1-4アルキル、C1-4アルキル、C1-3アルコキシ、ニトロ、カルボキシ、シアノ、スルフリルまたはヒドロキシルの少なくとも一つから独立に選択される)、ピリジル、置換ピリジル、(ここで、置換基はアミノ、アミジノ、グアニジノ、ヒドラジノ、アミダゾニル、C1-4アルキルアミノ、C1-4ジアルキルアミノ、ハロゲン、パーフルオロC1-4アルキル、C1-4アルキル、C1-3アルコキシ、ニトロ、カルボキシ、シアノ、スルフリルまたはヒドロキシルの少なくとも一つから独立に選択される)、ピリジルC1-4アルキル、置換ピリジルC1-4アルキル(ここで、ピリジン置換基はアミノ、アミジノ、グアニジノ、ヒドラジノ、アミダゾニル、C1-4アルキルアミノ、C1-4ジアルキルアミノ、ハロゲン、パーフルオロC1-4アルキル、C1-4アルキル、C1-3アルコキシ、ニトロ、カルボキシ、シアノ、スルフリルまたはヒドロキシルの少なくとも一つから独立に選択される)、ピリミジルC1-4アルキル、置換ピリミジルC1-4アルキル(ここで、ピリミジン置換基はアミノ、アミジノ、グアニジノ、ヒドラジノ、アミダゾニル、C1-4アルキルアミノ、C1-4ジアルキルアミノ、ハロゲン、パーフルオロC1-4アルキル、C1-4アルキル、C1-3アルコキシ、ニトロ、カルボキシ、シアノ、スルフリルまたはヒドロキシルの少なくとも一つから独立に選択される)、トリアジン−2−イル−C1-4アルキル、置換トリアジン−2−イル−C1-4アルキル(ここで、トリアジン置換基はアミノ、アミジノ、グアニジノ、ヒドラジノ、アミダゾニル、C1-4アルキルアミノ、C1-4ジアルキルアミノ、ハロゲン、パーフルオロC1-4アルキル、C1-4アルキル、C1-3アルコキシ、ニトロ、カルボキシ、シアノ、スルフリルまたはヒドロキシルの少なくとも一つから独立に選択される)、イミダゾールC1-4アルキル、置換イミダゾールC1-4アルキル(ここで、イミダゾール置換基はアミノ、アミジノ、グアニジノ、ヒドラジノ、アミダゾニル、C1-4アルキルアミノ、C1-4ジアルキルアミノ、ハロゲン、パーフルオロC1-4アルキル、C1-4アルキル、C1-3アルコキシ、ニトロ、カルボキシ、シアノ、スルフリルまたはヒドロキシルの少なくとも一つから独立に選択される)、イミダゾリニルC1-4アルキル、N−アミノピペラジニル−N−C0-4アルキル、ヒドロキシC2-5アルキル、C1-5アルキルアミノC2-5アルキル、ヒドロキシC2-5アルキル、C1-5ジアルキルアミノC2-5アルキル、N−アミジノピペリジニルC1-4アルキル、および4−アミノシクロヘキシルC0-2アルキルから独立に選択される。
一つの実施態様において、EのR1、R2、R6、そしてGのR7、R8およびR9は同一または異なり、化合物の残基を示す。AのR3、BのR4、またはDのR5はアミノ酸側鎖基またはその誘導体から選択される。
別の実施態様において、AのR3、DのR5、EのR6およびGのR7、R8およびR9は同一または異なり、1以上の化合物の残基を示し、、また一つの態様において、BのR1、R2およびR4の全てはアミノ酸側鎖を示す。この場合、用語「化合物の残基」は、R3、R5、R6、R7、R8および/またはR9の位置でリバース−ターン類似体構造に共有的に結合される任意の部分(moiety)、薬剤、化合物、支持体、分子、リンカー(linker)、アミノ酸、ペプチドまたはタンパク質を意味する。この用語は、また、アミノ酸側鎖基とその誘導体を含む。
本願明細書で使用される用語「化合物の残基」は、リバース−ターン類似体構造に共有的に結合される任意の基、薬剤、化合物、支持体、分子、リンカー、アミノ酸、ペプチドまたはタンパク質を意味する。この用語は、また、アミノ酸側鎖基およびその誘導体を含む。本発明の一態様において、R1、R2、R3、R4、R5、R6、R7、R8および/またはR9の任意の1以上は、化合物の残基を示すことができる。本発明の一態様において、R1、R2およびR4の少なくとも一つは、アミノ酸残基またはその誘導体を示すことができる。
本願明細書で使用される用語「アミノ酸側鎖基」は、表Aに分類された天然アミノ酸側鎖基を含む(これに制限されない)、天然タンパク質に存在する任意のアミノ酸側鎖基を示す。本発明の他の天然アミノ酸側鎖基は、3,5−ジブロモチロシン、3,5−ジヨードチロシン、ヒドロキシリジン、γ−カルボキシグルタメート、ホスホチロシンおよびホスホセリンの側鎖基を含むが、これらに制限されるものではない。その他に、グリコシル化トレオニン、セリンおよびアスパラギンを含む(ところが、これらに制限されない)グリコシル化アミノ酸の側鎖基が本発明の実施に使用されることもある。
Figure 2007503816
天然アミノ酸の側鎖基以外に、本発明のアミノ酸側鎖基は、それらの様々な誘導体をさらに含む。本願明細書で使用されるアミノ酸側鎖基の「誘導体」は、天然アミノ酸側鎖基に対する変形および/または変異体を含む。例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシンおよびフェニルアラニンのアミノ酸側鎖基は、通常、低級アルキル、アリール、アリールアルキル基に分類することができる。アミノ酸側鎖基の誘導体は、他の直鎖または分岐鎖、環式または非環式、置換または非置換、飽和または非飽和の低級アルキル、アリールまたはアリールアルキル基を含む。
本願明細書で使用される「低級アルキル基」は炭素原子を1〜12個含み、「低級アリール基」は炭素原子を6〜12個含み、「低級アリールアルキル基」は炭素原子を7〜12個含む。したがって、一つの実施態様において、アミノ酸側鎖誘導体は、C1-12アルキル、C6-12アリールおよびC7-12アリールアルキルから選択される。さらに好ましい実施態様では、アミノ酸側鎖誘導体は、C1-7アルキル、C6-10アリールおよびC7-11アリールアルキルから選択される。
本発明のアミノ酸側鎖誘導体は、また、低級アルキル、アリールおよびアリールアルキル基の置換誘導体を含み、ここで、置換基は、下記の以上の化学基:−OH、−OR、−COOH、-COOR、−CONH2、−NH2、−NHR、−NRR、−SH、−SR、−SO2R、−SO2H、−SORおよびハロゲン(F、Cl、BrおよびIを含む)から選択される(これらに制限されない)。ここで、前記Rは、それぞれ独立に直鎖または分岐鎖、環式または非環式、置換または非置換、飽和または不飽和の低級アルキル、アリールおよびアラルキル基から選択される。さらに、本発明の環式低級アルキル、アリールおよびアリールアルキル基は、ナフタレンだけでなく、チオフェン、ピロール、フラン、イミダゾール、オキサゾール、チアゾール、ピラゾール、3−ピロリン、ピロリジン、ピリジン、ピリミジン、プリン、キノリン、イソキノリンおよびカルバゾールなどのヘテロ環化合物を含む。アミノ酸側鎖誘導体は、また、アルキルおよびアラルキルホスホネートおよびシランを含む(これらに制限されない)、低級アルキルおよびアラルキル基のアルキル基のヘテロアルキル誘導体を含む。
代表的なR1、R2、R3、R4、R5、R6、R7、R8およびR9基は、特に(これらに制限されないが)−OH、−OR、−COR、−COOR、−CONH2、−CONR、−CONRR、−NH2、−NHR、−NRR、−SO2Rおよび−COSRを含み、ここで、Rは、上述の定義と同様である。
別の実施態様において、アミノ酸側鎖基またはその誘導体(またはR1、R2、R3、R5、R6、R7、R8およびR9の場合に化合物の残基)以外にも、R1、R2、R3、R4、R5、R6、R7、R8またはR9は、別の基または化合物に対する結合を容易にするリンカーであってもよい。例えば、本発明の化合物は、診断またはスクリーニング分析に使用するためのビオチンのような公知の1以上の化合物に連結できる。また、R1、R2、R3、R4、R5、R6、R7、R8またはR99は、固体支持体(例えば、固相ペプチドの合成に使用される支持体)に化合物を結合させるリンカーであってもよい。この実施態様において、別の基または化合物へのまたは固体支持体(solid supporter)への結合がR1、R2、R7またはR8またはR9の位置で行われることが好ましく、さらに好ましくはR1またはR2の位置である。
Aが−(CHR3)−であり、Bが−(C=O)−であり、Dが−(CHR5)−であり、Eが−(C=O)−であり、Gが−(XR7n−である実施態様において、本発明のリバース−ターン類似化合物は、下記式(II)を有する:
Figure 2007503816
式中、R1、R2、R3、R5、R7、W、Xおよびnは、上述の定義と同様である。好ましい実施態様において、R1、R2およびR7は化合物の残基を示し、R3またはR5はアミノ酸側鎖基から選択される。
Aが−(C=O)−であり、Bが−(CHR4)−であり、Dが−(C=O)−であり、Eが−(ZR6)−であり、Gが−(C=O)−(XR9)−である一つの実施態様において、本発明のリバース−ターン類似化合物は下記一般式(III)を有する:
Figure 2007503816
式中、R1、R2、R4、R6、R9、WおよびXは、上述の定義と同様であり、Zは窒素またはCH(ZがCHであれば、Xは窒素である)である。好ましい実施態様において、R1、R2、R6およびR9は化合物の残基を示し、R4はアミノ酸側鎖基から選択される。
Aが−(C=O)−であり、Bが−(CHR4)−であり、Dが−(C=O)−であり、Eが−(ZR6)−であり、Gが(XR7n−であるさらに詳細な実施態様において、本発明のリバースターン類似化合物は下記式(IV)を有する:
Figure 2007503816
式中、R1、R2、R4、R6、R7、W、X及びnは、上述の定義と同様であり、Zは窒素またはCHである(但し、Zが窒素であれば、nは0であり、ZがCHであれば、Xは窒素であり、nは0ではない)。好ましい実施態様において、R1、R2、R6およびR7は、化合物の残基を示し、R4はアミノ酸側鎖基から選択される。一つの態様において、R6またはR7は、ZおよびXが両方ともCHであれば、アミノ酸側鎖基から選択される。
これらの化合物は、適当な出発構成分子(以下、「構成片」いう)を用いて調製することができる。要するに、式(I)の構造を有するリバース−ターン類似体の合成において、第1および第2構成片をカップリングさせて結合された第1−第2中間体を形成し、必要に応じて、第3および/または第4構成片をカップリングさせて結合された第3−第4中間体(または、市販される場合、単一の第3中間体が使用できる)を形成し、結合された第1−第2中間体および第3−第4中間体(または第3中間体)をカップリングさせて第1−第2−第3−第4中間体(または、第1−第2−第3中間体)を形成し、これを閉環させて本発明のリバース−ターン類似体を得る。別の方法としては、式(I)のリバース−ターン類似体は、溶液中で段階的に個々の構成片を連続的にカップリングさせ、または固相ペプチド合成で通常実施される固相合成によって連続的にカップリングさせることにより、調製することができる。
本発明の化合物を調製するための具体的な構成片およびそのアセンブリは、図8に示されている。例えば、「第1構成片」は、次の式S1の構造を持つことができる:
Figure 2007503816
式中、R2は、上述の定義と同様であり、Rは、ペプチド合成への使用に適した保護基である。この保護基は、固相合成を可能にするために、高分子支持体に結合できる。適当なR基は、アルキル基を含み、好ましい実施態様において、Rはメチル基である。図8において、R基中の一つは高分子(固体)支持体であり、「Pol」で表わす。このような第1構成片は、H2N−R2のCH(OR)2−CHOでの還元性アミン化(amination)によって、またはH2N−R2とCH(OR)2−CH2−LG(ここで、LGは離脱基、例えばハロゲン(Hal)基を意味する)間の置換反応によって容易に合成することができる。
「第2構成片」は、次の式S2の構造を持つことができる。
Figure 2007503816
式中、Pはペプチド合成の使用に適したアミノ保護基であり、L1はヒドロキシルまたはカルボキシル−活性化基であり、R4は、上述の定義と同様である。好ましい保護基は、t−ブチルジメチルシリル(TBDMS)、t−ブチルオキシカルボニル(BOC)、メチルオキシカルボニル(MOC)、9H−フルオレニルメチルオキシカルボニル(FMOC)、およびアリルオキシカルボニル(Alloc)を含む。N−保護アミノ酸は、市販されており、例えば、FMOCアミノ酸は、様々な供給源から市販されている。第2構成片を第1構成片と反応させるために、L1はカルボキシル−活性化基であり、またカルボキシル基の活性化カルボキシル基への転換は、カルボキシ基の活性化について当該分野で公知の方法で容易に達成することができる。適当な活性化カルボキシル酸基は、酸ハロゲン化物(acid halide)(ここで、L1は塩素またはブロムなどのハロゲン化物である)、酸無水物(ここで、L1はアセチルなどのアシル基、N−ヒドロキシスクシニミドエステルやペンタフルオロフェニルエステルなどの反応性エステル)、およびジシクロヘキシルカルボジイミド(DCC)などのカルボジイミドを用いてカップリング反応で形成された活性中間体などの活性化中間体を含む。したがって、市販されるN−保護アミノ酸は、当業者に知られている手段によってカルボキシル活性化形態に転換することができる。
第2構成片として作用するアミノ酸のアジド(azido)誘導体の場合、このような化合物は、Zaloomなど(J. Org. Chem. 46:5173-76, 1981)により開示された反応によって対応するアミノ酸から調製できる。
別の方法として、本発明の第1構成片は、次の一般式S1’を持つことができる:
Figure 2007503816
式中、Rは前記に定義したとおりであり、L2はハロゲン原子またはトシル基などの離脱基であり、本発明の第2構成片は次の式S2’の構造を持つことができる:
Figure 2007503816
式中、R2、R4およびPは、上述の定義と同様である。
本発明の「第3構成片」は、次の式S3の構造を持つことができる:
Figure 2007503816
式中、G、E、L1およびL2は、上述の定義と同様である。適当な第3構成片は、様々な供給源から市販されているものか、あるいは有機化学でよく知られている方法によって調製することができる。
図8において、式(1)の化合物は、Aが−(C=0)−、Bが−(CHR4)−、Dが−(C=O)−、そしてEが−(CR6)−である。カルボニル基が位置Bにあり、R基が位置Bにある式(1)の化合物、すなわちAが−(CHR3)−であり、Bが−(C=O)−である化合物は、図9に示したように、図8の図示と同様の方法で調製することができる。図9は、また、第1−第2中間体片と反応する前に、第4構成片を第3構成片に結合させるのではなく第1−第2−第3構成中間体に第4成分を添加することを示している。その他に、図9は、Dが−(CHR5)−(図8と同様の−(C=O)ではない)であり、Eが−(C=O)(図8と同様の−(CHR6)−ではない)である本発明の化合物の調製を示している。最終的に、図9は、GがNR7である化合物の調製を示する。
したがって、前記示したように、式(I)のリバースターン類似体化合物は、第1構成片を第2構成片と反応させて結合された第1−第2中間体を生成させた後、結合された第1−第2中間体を第3構成片と連続的に反応させて結合された第1−第2−第3−第4中間体を生成させた後、この中間体を閉環させてリバース−ターン類似体を得ることにより合成できる。
式(III)および(IV)の構造を持つリバース−ターン類似体は、上述したモジュール構成成分合成法と同様の技術であって、その構成片に適当な変形を加える技術によって調製することができ、構成片に応じて適当な変形が可能である。
例えば、本発明に有用な化合物は、下記一般式によって記述できる:
Figure 2007503816
式中、R1は、窒素、酸素または硫黄から選択される1〜3個のへテロ原子を持つことが可能な、8〜11員環の二環式(bicyclic)アリール基であり、R2は、5〜7員環の単環式アリール基であって、窒素、酸素または硫黄から選択される1〜2個のヘテロ原子を持つことができると、化合物中のアリール環がハロゲン化物、ヒドロキシ、シアノ、低級アルキル及び低級アルコキシ基からなる群から選ばれる1つ以上の置換基を持つことができる。
好ましくは、R1はナフチル、キノリニルまたはイソキノリニル基であり、R2はフェニル、ピリジルまたはピペリジルであり、さらに好ましくは、R1はナフチルであり、R2はフェニルである。
別の好ましい実施態様において、前記化合物は、下記のような(6S、10R)−構造(configuration)を持つ:
Figure 2007503816
式中、R1およびR2は、上述の定義と同様である。別の好ましい実施態様において、一般式(I)の化合物は、図1Aに示した化学構造を有し、その化合物はここで化合物1と呼ぶ。一般式(I)を有する化合物は、Molecumetics Ltd.に譲渡された米国特許第6,184,223号に開示されているとおりに調製できる。前記の論議は化合物1の活性によって示されたが、式(1)の別の化合物は、本方法で活性をスクリーニングできる。
本発明に有用な追加の例示的な薬剤は、PCT出願公開番号WO03/031448、米国出願公開番号US20040072831、米国出願番号10/803,179および10/826,972で見出すことができるが、この米国出願の両方ともは「リバース−ターン類似体およびそれに関連した方法」という題目を持つ。
核酸分子
一つの形態において、本発明は、β−カテニンとp300間の相互作用に対してβ−カテニンとCBP間の相互作用を選択的に抑制する薬剤のスクリーニングに有用なポリペプチドをコードする様々な核酸分子を提供する。
ある実施態様において、本発明は、配列番号:1(または配列番号:6)または配列番号:1(または配列番号:6)に対して80%、85%、90%、95%、98%または99%以上の同一性を有する配列を含む実質的に精製単離された核酸分子を提供する(但し、その配列は全長のヒト(またはマウス)CBPタンパク質をコードしない)。本願明細書に使用される2つの核酸の百分率の同一性は、Altschul et al.(J. Mol. Biol. 215: 403-10, 1990)のBLASTプログラムをそれらの基本変数と共に用いて測定された。これらのプログラムをKarlinおよびAltschul(Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:5873-7, 1993)で変形されたKarlinおよびAltschul(Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:2264-8, 1990)のアルゴリズムを行う。BLASTプログラムは、例えばWebサイトhttp://www.ncbi.nlm.nih.govで利用可能である。好ましい実施態様において、前記核酸配列は、β−カテニンに結合するペプチドをコードする。
ある実施態様において、前記核酸分子は、自然発生のCBP配列(例えば、ヒトCBP又はマウスCBP)内に存在する100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、250または300個以下の連続したアミノ酸残基を含むアミノ酸配列をコードする。ある実施態様において、前記核酸分子は、配列番号:1または配列番号:6を含む。
ある実施態様において、本発明は、配列番号:1(または配列番号:6)の断片、または前記断片と少なくとも80%以上の同一性を有する配列を含む実質的に精製単離された核酸配列を提供する(但し、前記配列はCBPタンパク質をコードしない)。様々な任意の実施態様において、前記断片は、少なくとも30、または少なくとも60、または少なくとも90、または少なくとも120、または少なくとも150、または少なくとも180、または少なくとも210、または少なくとも240、または少なくとも270、または少なくとも300核酸を有し、前記断片は、独立に、300、または270、または240、または210、または180、または150、または120、または90、または60核酸の長さ(可能であれば、断片の最小長さに基づいて)を持つ。独立にかつ任意に、核酸配列内の前記断片は、配列番号:1(または配列番号:6)の断片に対して少なくとも85%、または少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。好ましい実施態様において、核酸の配列は、β−カテニンに結合するペプチドをコードする。
ある実施態様において、本発明は、配列番号:1(または配列番号:6)または配列番号:1(または配列番号:6)と少なくとも80%の同一性を有する配列から本質的に構成される実質的に精製単離された核酸を提供する。様々な任意の実施態様において、前記配列は、配列番号:1(または配列番号:6)に対して少なくとも85%、または少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。好ましい実施態様において、核酸配列は、β−カテニンに結合するペプチドをコードする。
ある実施態様において、本発明は、配列番号:1(または配列番号:6)の断片または前記断片と少なくとも80%の同一性を有する配列から本質的に構成される実質的に精製単離された核酸を提供する。様々な任意の実施態様において、前記断片は、少なくとも30、または少なくとも60、または少なくとも90、または少なくとも120、または少なくとも150、または少なくとも180、または少なくとも210、または少なくとも240、または少なくとも270、または少なくとも300核酸を有し、前記断片は、独立に(可能であれば、断片の最小長さに基づいて)300、または270、または240、または210、または180、または150、または120、または90、または60核酸の長さを持つ。独立にかつ任意に、核酸配列内の前記断片は、配列番号:1(または配列番号:6)の断片に対して少なくとも85%、または少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。好ましい実施態様において、核酸の配列は、β−カテニンに結合するペプチドをコードする。
ある実施態様において、本発明は、配列番号:1(または配列番号:6)または配列番号:1(または配列番号:6)と少なくとも80%の同一性を有する配列から構成される実質的に精製単離された核酸を提供する。様々な任意の実施態様において、前記配列は、配列番号:1(または配列番号:6)に対して少なくとも85%、または少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。好ましい実施態様において、核酸配列は、β−カテニンに結合するペプチドをコードする。
ある実施態様において、本発明は、配列番号:1(または配列番号:6)の断片または前記断片と少なくとも80%の同一性を有する配列から構成される実質的に精製単離された核酸を提供する。様々な任意の実施態様において、前記断片は、少なくとも30、または少なくとも60、または少なくとも90、または少なくとも120、または少なくとも150、または少なくとも180、または少なくとも210、または少なくとも240、または少なくとも270、または少なくとも300核酸を有し、前記断片は、独立に(可能であれば、断片の最小長さに基づいて)300、または270、または240、または210、または180、または150、または120、または90、または60核酸の長さを持つ。独立にかつ任意に、核酸配列内の前記断片は、配列番号:1(または配列番号:6)の断片に対して少なくとも85%、または少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。好ましい実施態様において、核酸の配列は、β−カテニンに結合するペプチドをコードする。
ある実施態様において、本発明は、配列番号:3または配列番号:3と少なくとも80%、85%、90%、95%、98%、または99%の同一性を有する配列を含む実質的に精製単離された核酸分子を提供する(但し、前記配列は全長のヒトp300タンパク質をコードしない)。ある実施態様において、前記核酸配列は、自然的に発生するp300配列(例えばヒトp300またはマウスp300)内に存在する、酸残基100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、250または300個未満の連続したアミノを含むアミノ酸配列をコードする。ある実施態様において、前記核酸分子は、配列番号:3を含む。
ある実施態様において、本発明は、配列番号:3の断片、または前記断片と少なくとも80%の同一性を有する配列を含む実質的に精製単離された核酸配列を提供する(但し、前記断片は全長のp300タンパク質をコードしない)。様々な任意の実施態様において、前記断片は、少なくとも30、または少なくとも60、または少なくとも90、または少なくとも120、または少なくとも150、または少なくとも180、または少なくとも210、または少なくとも240、または少なくとも270、または少なくとも300核酸を有し、前記断片は、独立に(可能であれば、断片の最小長さに基づいて)300、または270、または240、または210、または180、または150、または120、または90、または60核酸の長さを持つ。独立にかつ任意に、核酸配列内の前記断片は、配列番号:3の断片に対して少なくとも85%、または少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。好ましい実施態様において、核酸の配列は、β−カテニンに結合するペプチドをコードする。
ある実施態様において、本発明は、配列番号:3または配列番号:3と少なくとも80%の同一性を有する配列から本質的に構成される実質的に精製単離された核酸を提供する。様々な任意の実施態様において、前記配列は、配列番号:3に対して少なくとも85%、または少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。好ましい実施態様において、核酸配列は、β−カテニンに結合するペプチドをコードする。
ある実施態様において、本発明は、配列番号:3の断片または前記断片と少なくとも80%の同一性を有する配列から本質的に構成される実質的に精製単離された核酸配列を提供する。様々な任意の実施態様において、前記断片は、少なくとも30、または少なくとも60、または少なくとも90、または少なくとも120、または少なくとも150、または少なくとも180、または少なくとも210、または少なくとも240、または少なくとも270、または少なくとも300核酸を有し、前記断片は、独立に(可能であれば、断片の最小長さに基づいて)300、または270、または240、または210、または180、または150、または120、または90、または60核酸の長さを持つ。独立にかつ任意に、核酸配列内の前記断片は、配列番号:3の断片に対して少なくとも85%、または少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。好ましい実施態様において、核酸分子は、β−カテニンに結合するペプチドをコードする。
ある実施態様において、本発明は、配列番号:3または配列番号:3と少なくとも80%の同一性を有する配列から構成される実質的に精製単離された核酸配列を提供する。様々な任意の実施態様において、前記配列は、配列番号:3に対して少なくとも85%、または少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。好ましい実施態様において、核酸配列は、β−カテニンに結合するペプチドをコードする。
ある実施態様において、本発明は、配列番号:3の断片、または前記断片と少なくとも80%の同一性を有する配列から構成される実質的に精製単離された核酸配列を提供する。様々な任意の実施態様において、前記断片は、少なくとも30、または少なくとも60、または少なくとも90、または少なくとも120、または少なくとも150、または少なくとも180、または少なくとも210、または少なくとも240、または少なくとも270、または少なくとも300核酸を有し、前記断片は、独立に(可能であれば、断片の最小長さに基づいて)300、または270、または240、または210、または180、または150、または120、または90、または60核酸の長さを持つ。独立にかつ任意に、核酸配列内の前記断片は、配列番号:3の断片に対して少なくとも85%、または少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。好ましい実施態様において、核酸の配列は、β−カテニンに結合するペプチドをコードする。
本発明に係る核酸分子は、全長のCBPおよびp300タンパク質をコードする核酸分子を制限酵素または他の核酸分解酵素で切断することにより得られる。全長のCBPおよびp300タンパク質をコードする核酸分子は、当該分野に知られている方法でゲノムDNAまたはcDNAから単離できる(Sambrook and Russell, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Press, 2001参照)。配列番号:1、3または6の領域に対応する核酸のプローブは、ゲノムまたはcDNAライブラリのスクリーニングに使用できる。ゲノムまたはcDNAライブラリのスクリーニングに適したオリゴヌクレオチドは、通常、長さが20〜40塩基であり、検出を容易にする様々な分子で標識できる(例えば、放射性核種(radionuclide)、酵素的標識、タンパク質標識、蛍光標識またはビオチン)。ゲノムまたはcDNAライブラリは、多様な適当なベクターで調製できるが、このベクターにはプラスミド、バクテリオファージ、酵母人工染色体およびコスミドベクターが含まれる。別の方法として、ライブラリは、市販の供給源から購入することができる(例えば、Clontech、Palo Alto、CA)。
別の方法が本発明に係る核酸分子を得るのに使用できる。一つの好ましい方法は、ポリメラーゼ連鎖反応を行い、CBPおよびp300タンパク質をコードする核酸分子の所望の領域(例えば、CBPまたはp300の最初111アミノ酸を含むポリペプチドをコードする領域)を増幅させることである。PCR増幅の詳細な方法は、例えば、Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology, Greene Publishing Associates and Wiley-Interscience, NY 1995に出ている。
核酸分子を得る別の方法は、CBP 1−111またはp300 1−111に結合できるポリペプチドのプローブを用いた発現クローニングによる。そのプローブは、CBP 1−111、p300 1−111、またはその断片に対する抗体を含むことができる。発現クローニングの方法は、Sambrook and Russell, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Press, 2001; Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology, Greene Publishing Associates and Wiley-Interscience, NY 1995; ・ Blackwood and Eisenman, Methods in Enzymology 254: 229-40, 1995に記述されている。
本発明のポリヌクレオチドは、また、本願明細書に開示されている配列がえられる合成化学技法を用いて調製できる。遺伝コードの縮重(degeneracy)は、配列番号:1、3、または6に記載のアミノ酸配列をコードする交互(alternate)のヌクレオチド配列を許容する。このような全てのヌクレオチド配列は、本発明の範囲内である。
CBPまたはp300断片をコードする核酸配列は、例えば親和性タグ(例えば、GSTおよびHis−tag)コードするものおよび分泌シグナルをコードするものなど多様な異種由来(heterologous)の配列と融合できる。親和性タグをコードする配列との融合は、融合したタグを介しての親和性精製の使用を許容することにより、コードされたポリペプチドの精製を容易にする。分泌シグナルをコードする配列との融合は、また、細胞溶解物、原形質周囲空間、篩管部(phloem)、または成長または発酵培地からポリペプチドの回収を許容することにより、コードされたポリペプチドの精製を容易にする。使用に適した分泌シグナルは、広く用いられており、当該分野によく知られている(例えば、von Heijne, J. Mol. Biol. 184:99-105, 1985)。
上述したように、本発明の核酸分子は、配列番号:1、3または6に記載の固有の核酸分子の変異(対立遺伝子を含む)もまた含むことができる。このような変異は、自然変異(例えば、変性(degenerate)型、多型性(polymorphism)、スプライス変異または突然変異)および当該分野に知られている遺伝工学によって生産されたものを含む。
ポリペプチド配列
一つの形態において、本発明は、β−カテニンとp300間の相互作用に対してβ−カテニンとCBP間の相互作用を選択的に抑制する薬剤のスクリーニングに有用な様々なポリペプチド分子を供給する。
ある実施態様において、本発明は、配列番号:2(または配列番号:5)または配列番号:2(または配列番号:5)に対して少なくとも80%、85%、90%、95%、98%または99%の同一性を有する配列を含む実質的に精製単離されたペプチドを提供する(但し、前記ペプチドは全長のCBPタンパク質(例えば、ヒトまたはマウス)ではない)。本願明細書に使用される2つのペプチドの百分率同一性は、Altschul et al.(J. Mol. Biol. 215: 403-10, 1990)のBLASTプログラムをそれらの基本変数と共に用いて測定された。これらのプログラムをKarlinおよびAltschul(Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:5873-7, 1993)で変形されたKarlinおよびAltschul(Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:2264-8, 1990)のアルゴリズムを行う。BLASTプログラムは、例えばWebサイトhttp://www.ncbi.nlm.nih.govで利用可能である。好ましい実施態様において、前記ペプチドは、β−カテニンに結合する。
ある実施態様において、本発明のポリペプチド分子は、自然的に発生するCBP配列(例えば、ヒトCBP又はマウスCBP)内に存在する100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、250または300個以下の連続したアミノ酸残基を持つアミノ酸配列を含む。ある実施態様において、前記ポリペプチド分子は、配列番号:2または配列番号:5を含む。
ある実施態様において、本発明は、配列番号:2の断片、または前記断片と少なくとも80%以上の同一性を有する配列を含む実質的に精製単離されたペプチドを提供する(但し、前記ペプチドは全長のCBPタンパク質ではない)。様々な任意の実施態様において、前記断片は、少なくとも10、または少なくとも20、または少なくとも30、または少なくとも40、または少なくとも50、または少なくとも60、または少なくとも70、または少なくとも80、または少なくとも90アミノ酸(残基)を有し、前記断片は、独立に(可能であれば、断片の最小長さに基づいて)100、または90、または80、または70、または60、または50、または40、または30、または20アミノ酸(残基)の長さを持つ。独立にかつ任意に、ペプチド内の前記断片は、配列番号:2の断片に対して少なくとも85%、または少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。好ましい実施態様において、前記ペプチドは、β−カテニンに結合する。
ある実施態様において、本発明は、配列番号:2または配列番号:2と少なくとも80%の同一性を有するペプチドから本質的に構成される実質的に精製単離されたペプチドを提供する。様々な任意の実施態様において、前記ペプチドは、配列番号:2に対して少なくとも85%、または少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。好ましい実施態様において、前記ペプチドはβ−カテニンに結合する。
ある実施態様において、本発明は、配列番号:2の断片または前記断片と少なくとも80%の同一性を有する配列から本質的に構成される実質的に精製単離されたペプチドを提供する。様々な任意の実施態様において、前記断片は、少なくとも10、または少なくとも20、または少なくとも30、または少なくとも40、または少なくとも50、または少なくとも60、または少なくとも70、または少なくとも80、または少なくとも90アミノ酸(残基)を有し、前記断片は、独立に(可能であれば、断片の最小長さに基づいて)100、または90、または80、または70、または60、または50、または40、または30、または20アミノ酸(残基)の長さを持つ。独立にかつ任意に、ペプチド内の前記断片は、配列番号:2の断片に対して少なくとも85%、または少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。好ましい実施態様において、前記ペプチドは、β−カテニンに結合する。
ある実施態様において、本発明は、配列番号:2または配列番号:2と少なくとも80%の同一性を有するペプチドから構成される実質的に精製単離されたペプチドを提供する(但し、前記ペプチドはCBPタンパク質ではない)。様々な任意の実施態様において、前記ペプチドは、配列番号:2に対して少なくとも85%、または少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。好ましい実施態様において、前記ペプチドは、β−カテニンに結合する。
ある実施態様において、本発明は、配列番号:2の断片または前記断片と少なくとも80%の同一性を有する配列から構成される実質的に精製単離されたペプチドを提供する。様々な任意の実施態様において、前記断片は、少なくとも10、または少なくとも20、または少なくとも30、または少なくとも40、または少なくとも50、または少なくとも60、または少なくとも70、または少なくとも80、または少なくとも90アミノ酸(残基)を有し、前記断片は、独立に(可能であれば、断片の最小長さに基づいて)100、または90、または80、または70、または60、または50、または40、または30、または20アミノ酸(残基)の長さを持つ。独立にかつ任意に、ペプチド内の前記断片は、配列番号:2の断片に対して少なくとも85%、または少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。好ましい実施態様において、前記ペプチドは、β−カテニンに結合する。
ある実施態様において、本発明は、配列番号:4または配列番号:3と少なくとも80%、85%、90%、95%、98%、または99%の同一性を有する配列を含む実質的に精製単離された核酸分子を提供する(但し、前記ペプチドが全長のヒトp300タンパク質をコードしない)。ある実施態様において、そのポリペプチドは、自然的に発生するp300配列(例えばヒトp300またはマウスp300)内に存在する、連続したアミノ酸残基100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、250または300個以下を含むアミノ酸配列を含む。ある実施態様において、前記ポリペプチドは、配列番号:4を含む。
ある実施態様において、本発明は、配列番号:4の断片または前記断片と少なくとも80%の同一性を有する配列を含む実質的に精製単離されたペプチドを提供する(但し、前記ペプチドは全長のp300タンパク質ではない)。様々な任意の実施態様において、前記断片は、少なくとも10、または少なくとも20、または少なくとも30、または少なくとも40、または少なくとも50、または少なくとも60、または少なくとも70、または少なくとも80、または少なくとも90アミノ酸(残基)を有し、前記断片は、独立に(可能であれば、断片の最小長さに基づいて)100、または90、または80、または70、または60、または50、または40、または30、または20アミノ酸(残基)の長さを持つ。独立にかつ任意に、前記ペプチド内の前記断片は、配列番号:4の断片に対して少なくとも85%、または少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。好ましい実施態様において、ペプチドは、β−カテニンに結合する。
ある実施態様において、本発明は、配列番号:4または配列番号:4と少なくとも80%の同一性を有する配列から本質的に構成される実質的に精製単離されたペプチドを提供する。様々な任意の実施態様において、前記配列は、配列番号:4に対して少なくとも85%、または少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。好ましい実施態様において、前記ペプチドは、β−カテニンに結合する。
ある実施態様において、本発明は、配列番号:4の断片または前記断片と少なくとも80%の同一性を有する配列から本質的に構成される実質的に精製単離されたペプチドを提供する。様々な任意の実施態様において、前記断片は、少なくとも10、または少なくとも20、または少なくとも30、または少なくとも40、または少なくとも50、または少なくとも60、または少なくとも70、または少なくとも80、または少なくとも90アミノ酸(残基)を有し、前記断片は、独立に(可能であれば、断片の最小長さに基づいて)100、または90、または80、または70、または60、または50、または40、または30、または20アミノ酸(残基)の長さを持つ。独立にかつ任意に、前記ペプチド内の前記断片は、配列番号:4の断片に対して少なくとも85%、または少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。好ましい実施態様において、前記ペプチドは、β−カテニンに結合する。
ある実施態様において、本発明は、配列番号:4または配列番号:4と少なくとも80%の同一性を有するペプチドから構成される実質的に精製単離されたペプチドを提供する(但し、前記ペプチドはCBPタンパク質ではない)。様々な任意の実施態様において、前記配列は、配列番号:4に対して少なくとも85%、または少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。好ましい実施態様において、前記ペプチドは、β−カテニンに結合する。
ある実施態様において、本発明は、配列番号:4の断片または前記断片と少なくとも80%の同一性を有する配列から構成される実質的に精製単離されたペプチドを提供する。様々な任意の実施態様において、前記断片は、少なくとも10、または少なくとも20、または少なくとも30、または少なくとも40、または少なくとも50、または少なくとも60、または少なくとも70、または少なくとも80、または少なくとも90アミノ酸(残基)を有し、前記断片は、独立に(可能であれば、断片の最小長さに基づいて)100、または90、または80、または70、または60、または50、または40、または30、または20アミノ酸(残基)の長さを持つ。独立にかつ任意に、ペプチド内の前記断片は、配列番号:4の断片に対して少なくとも85%、または少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する。好ましい実施態様において、前記ペプチドは、β−カテニンに結合する。
ある実施態様において、本発明のポリペプチドは、保存的アミノ酸変更、すなわち配列番号:2または4の同様に荷電或いは非荷電アミノ酸の置換を含む。保存的アミノ酸変更は、一つのアミン酸を、構造的に関連した側鎖を有するアミノ酸ファミリーの他のアミノ酸に置換することを伴う。自然的に発生するアミノ酸は、通常、4つのファミリーに区分される:酸性アミノ酸(アスパラギン酸塩(aspartate)、グルタミン酸塩)、塩基性アミノ酸(リジン、アルギニン、ヒスチジン)、非極性アミノ酸(アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン)、非荷電極性(uncharged polar)アミノ酸(グリシン、アスパラギン、グルタミン、システイン、セリン、トレオニン、チロシン)、フェニルアラニン、トリプトパン、およびチロシンは、芳香族アミノ酸として分類されることもある。自然的に発生しないアミノ酸も、また、本発明のポリペプチドの形成に使用できる。
本発明は、また、一つ以上の異種由来(heterologous)のポリペプチドを含むアミノ酸配列に融合したCBPまたはp300断片またはこれらの同族体を含むCBPまたはp300融合タンパク質を提供する。このような異種由来のポリペプチドは、任意の供給源の自然発生ポリペプチドに使用でき、あるいはアミノ酸配列に組み換え設計できる。融合タンパク質は、精製、アミノ酸配列に対する抗体の生成、および多様な分析システムで有用である。融合タンパク質構造でよく使用されるタンパク質は、β−ガラクトシダーゼ、β−グルクロニダーゼ、緑色蛍光タンパク質(GFP)、青色蛍光タンパク質(BFP)を含む自動蛍光タンパク質、グルタチオンS−トランスフェラーゼ酵素(GST)、ルシフェラーゼ、ホースラディシュペルオキシダーゼ(HRP)、およびクロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ(CAT)を含む。さらに、エピトープタグが融合タンパク質構造に使用できるが、このエピトープタグには、ヒスチジン(His)タグ、FLAGタグ、インフルエンザ血球凝集素(HA)タグ、Mycタグ、VSV−Gタグ、およびチオレドキシン(Trx)タグを挙げることができる。他の融合構造は、麦芽糖結合タンパク質(MBP)、S−タグ、Lex a DNA結合ドメイン(DBD)融合、GAL4 DNA結合ドメイン融合、および単純ヘルペスウィルス(HSV)BP16タンパク質融合を含むことができる。
本発明のポリペプチドは、当該分野に知られている様々な方法によって得られる。例えば、配列番号:2(または配列番号:4)を含むCBP(またはp300)断片が生化学的方法、例えば親和性クロマトグラフィによって単離できる。CBPまたはp300ポリペプチドに使用できる親和マトリックスは、配列番号:2(または配列番号:4)またはその断片に対して準備された抗−CBPまたは抗−p300モノクローナルまたはポリクローナル抗体を結合させた固相であってもよい。別の方法としては、CBPまたはp300に結合するものと知られているポリペプチド(例えば、β−カテニン)は、CBPまたはp300ポリペプチドまたはその断片を単離するための親和マトリックスとして使用できる。
CBP、p300またはその断片を単離するための別の生化学的方法は、分取クロマト電気泳動、ゲル濾過、親和性クロマトグラフィ、イオン交換および逆相クロマトグラフィ、クロマトフォーカシング、等電圧フォーカシング、および蔗糖またはグリセロール密度勾配を含む(Deutscher, Methods in Enzymology: Guide to Protein Purification, Vol. 182, Academic Press, Inc., San Diego, Chapter 38, 1990; Balch et al., Methods in Enzymology, Vol. 257, Academic Press, Inc., San Diego, Chapter 8, 1995)。
本発明に係るポリペプチドは、また、化学合成、例えば固相ペプチド合成方法(Merrifield et al., J. Am. Chem. Soc. 85:2149, 1964)によって合成できる。当該分野によく知られている標準溶液方法が、また、配列番号:2または4もしくはその同族体の合成に使用できる(Bodanszky, Principles of Peptide Synthesis, Springer-Verlag, Berlin, 1984; Bodanszky, Peptide Chemistry, SpringerVerlag, Berlin, 1993)。新規合成されたポリペプチドは、例えば、高性能液体クロマトグラフィによって単離でき、質量分光法またはアミノ酸配列分析を用いて特徴付けることができる。
本発明に係るポリペプチドは、また、組み換えDNA方法によって生産できる。本発明に提供される配列番号:2または4もしくはその同族体をコードする核酸は、適当な発現ベクターにクローニングできる。この種のベクターは、市販されており或いは当業者によって構築でき、転写および解読に必要な発現要素を含んでいる。選択されたベクターは、適当な起源の発現および調節要素が提供される場合、原核または真核宿主システムで使用できる。宿主細胞で生産されたポリペプチドまたはその細胞から分泌された組み換えポリペプチドは、例えば、配列番号:2または4またはその断片に対する抗体で親和クロマトグラフィ、イオン交換クロマトグラフィ、HPLC、サイズ排除クロマトグラフィ、硫酸アンモニウム結晶化、焦点電気泳動、または分取クロマト電気泳動を用いて単離できる((Ausubel et al., supra; Sambrook et al., supra一般参照。単離精製されたタンパク質は、通常、クマシーブルーで染色されたSDS−PAGEゲル上の単一バンドとして確認される。
本発明は、また、配列番号:2または4もしくはその同族体および異種由来のポリペプチドを含む融合タンパク質を提供する。この種の融合タンパク質は、2つのタンパク質断片(segment)を共有結合させ、または分子生物学分野の標準的な手段によって調製できる。例えば、組み換えDNA方法は、当該分野に知られているように、適当な第2タンパク質断片をコードするヌクレオチドを有するリードフレーム内の配列番号:2または4から選択されるコード配列を含むDNA構築物を作るり、前記DNA構築物を宿主細胞で発現させることにより、融合タンパク質を調製することに使用できる。融合タンパク質を構成する多くのキットは、研究実験室に実験道具を供給する会社、例えばPromega Corporation(Madison、WI)、Stratagene(La Jolla、CA)、Clontech(Mountain View、CA)、Santa Cruz Biotechnology(Santa Cruz、CA)、MBL Internatinal Corporation(MIC;Watertown、MA)、およびQuantum Biotechnologies(Montreal、Canada;1−888−DNA−KITS)から入手できる。
使用方法
本発明は、β−カテニン/TCF誘導転写の一部を抑制する式(I)の化合物を提供する。例えば、実施例に詳細に記述されているように、化合物1は、CBPと密接に関係があるp300とβ−カテニンの相互作用を妨げることなく、CBPとβ−カテニンの相互作用を選択的に遮断する。化合物1の処理は、核から細胞質へのβ−カテニンの再配置をもたらし、ある標的遺伝子(例えば、c−mycおよびcyclin D1)のプロモータとのCBPの結合を抑制し、これによりこれら遺伝子の発現を抑制する。また、化合物1は、形質転換され、正常でない大腸細胞におけるアポトーシス性カスパーゼを選択的に活性化させ、癌細胞のG1/S−期を停止させ、形質転換された直腸結腸細胞の増殖を減少させる。したがって、本発明の化合物は、癌の治療、腫瘍増殖の減少、アポトーシスの増加、β−カテニン誘導の遺伝子発現の調節などといった様々な有用性を持つことができる。
一つの形態において、本発明は、β−カテニン/p300相互作用に対してβ−カテニン/CBP相互作用を選択的に抑制する方法を提供し、前記方法は、β−カテニン、CBP、およびp300を含む組成物に化合物を投与することを含み、前記化合物は、β−カテニン/p300相互作用に対してβ−カテニン/CBP相互作用を選択的に抑制する。
別の形態において、本発明は、β−カテニン/CBP相互作用に対してβ−カテニン/p300相互作用を選択的に抑制する方法を提供し、前記方法は、β−カテニン、CBP、およびp300を含む組成物に化合物を投与することを含み、前記化合物は、β−カテニン/CBP相互作用に対してβ−カテニン/p300相互作用を選択的に抑制する。化合物1の特定の類似物は、β−カテニン/p300タンパク質複合体に対して選択的である。
タンパク質−タンパク質相互作用(例えば、β−カテニンとp300間の相互作用、およびβ−カテニンとCBP間の相互作用)のみならず、タンパク質−タンパク質相互作用への薬剤の効果は、当該分野に知られている任意の方法によって特徴付けおよび/または測定できる。このような方法は、親和精製された組み換えβ−カテニン、CBPおよびp300タンパク質またはこれらの断片を用いた試験管内結合分析を含む。ある実施態様において、一つのタンパク質構成成分は、固体支持体(例えば、ELISAプレート)にまず固定され、タンパク質−タンパク質相互作用の検出および測定を容易してもよい。タンパク質−タンパク質相互作用は、また、実施例に記述された免疫沈澱やウェスタンブロット分析などの生体内結合分析を用いて特性化できる。
別の形態において、本発明は、核から細胞質へのβ−カテニンの転位(translocation)促進させる方法を提供し、前記方法は化合物を細胞に投与することを含み、前記細胞は核及び細胞質を含み、前記核はβ−カテニンを含み、前記化合物は核から細胞質へのβ−カテニンの転位を起こす。核から細胞質へのβ−カテニンの転位は、実施例に記述されているとおりに、免疫蛍光分析を用いて検出できる。
別の形態において、本発明は、Wnt/β−カテニン経路により標的とされる遺伝子の発現を選択的に抑制する方法を提供し、前記方法は組成物に化合物を投与することを含み、前記組成物はWnt/β−カテニン経路により標的とされる遺伝子を含み、前記化合物はWnt/β−カテニン経路により標的とされる遺伝子の発現の変化を起こす。
前述したように、本発明は、CBPによって促進(poromoted)された遺伝子発現に影響を与えるための方法を提供し、好ましい実施態様では、p300促進遺伝子発現への影響よりはむしろ、CBP促進遺伝子発現に影響を与えるための方法を提供する。本発明は、また、CBP促進遺伝子発現への影響よりはむしろ、p300促進遺伝子発現に影響を与えるための方法を提供する。本発明は、特にCBPおよびp300間の構造的類似性、および多くの当業者がCBPおよびp300を本質的に同等な(equivalent)生物学的機能を持つという事実からみて特に顕著である。この効能は、例えばsurvivinの発現に影響を与えることに適用できる。
一つの形態において、本発明は、組成物を薬剤と接触させることを含む、β−カテニン誘導遺伝子発現を調節する方法を提供し、この際、前記組成物はβ−カテニン、CBPおよびp300を含み、β−カテニンはp300に対してCBPに結合する可能性を有し、前記薬剤はp300に対してCBPに結合するβ−カテニンの可能性を変化させるために有効な量の組成物と接触させる。例示的な形態において、前記調節は、β−カテニンに対するCBPの結合を増加させる形を取ることができ、この際、選択的にβ−カテニンに対するp300の結合を減少させる形であってもよい。または、前記調節は、β−カテニンに対するp300の結合を増加させる形を取ることができ、この際、選択的にβ−カテニンに対するCBPの結合を減少させることができる。前記組成物は、細胞であってもよい。
対象遺伝子の発現およびこれら遺伝子の発現への薬剤の影響は、当該分野に知られている任意の適当な方法によって行われる。このような方法は、cDNAマイクロアレイ、対象遺伝子の増幅のためのプライマーを用いたRT−PRC、および対象遺伝子のプロモータにより推進されるレポータ活性の測定およびChlP分析の使用を含むことができる。
別の形態において、本発明は、下記のことを含むWnt経路の活性を調節する方法を提供する:
(a)Wnt経路の構成成分を含む組成物(i)を、Wnt経路を活性化させる化合物(ii)と接触させ、活性化されたWnt経路を準備し、および
(b)p300およびβ―カテニン間の結合を完全にまたは実質的に妨げるが、CBPおよびβ−カテニン間の結合は殆どまたは全く妨げない化学薬剤と接触させてWnt経路の活性を調節する。
別の形態において、本発明は、、下記のことを含む細胞増殖を促進させる方法を提供する:
(a)細胞集団(cell population)を、集団の一部は増殖し、一部は分化する条件下とし、および
(b)前記集団に化学薬剤を添加し、前記薬剤は分化する細胞の割合に対して増殖する細胞の割合を増加させる。
細胞増殖および細胞分化は、当該分野に知られている任意の適当な方法によって特徴付けられる。このような方法は、実施例に記述されている流動細胞測定法および軟寒天分析を含む。
別の形態において、本発明は、未分化状態の幹細胞を維持させる方法であって、未分化状態の幹細胞の維持に有効な量の細胞分化を抑制し或いは細胞増殖を増進させる薬剤と幹細胞を接触させることを含む方法を提供する。ある実施態様において、前記薬剤は、β−カテニンとCBPの相互作用を妨げることなく、β−カテニンとp300の相互作用を減少させることができる。
幹細胞治療法は、特定細胞タイプの機能不良の未成熟死亡およびその体の代替または回復の失敗によって引き起こされる多くの退行性疾患を治療する機会を提供する。幹細胞の可能な治療的用途は、臓器移植のための患者の免疫的条件化(conditioning)、筋肉退行萎縮、多発硬化症および関節リウマチなどの自己免疫疾患の治療、脳卒中、脊椎損傷および火傷などの損傷した組織の回復、ルーゲーリック病、およびパーキンスン病やハンチントン病、アルツハイマー病などといった神経系症状などの神経退行性疾患の治療、白血病、鎌状赤血球貧血、心臓疾患および糖尿の治療を含む。大部分の幹細胞治療法のために、胚幹細胞または成体幹細胞は、試験管内での培養、所望する細胞への分化誘導および患者への利殖が可能である。幹細胞の成功的な培養のために、幹細胞は、未分化条件に維持されなければならない。
幹細胞を未分化条件に維持させるために、本発明に係る化合物、例えば細胞増殖を促進するか、または細胞分化を抑制する化合物は、幹細胞培養の様々な段階で使用できる。例えば、このような化合物は、幹細胞がそれらの源泉組織から単離されるときに使用できる。他の方法として、それは培養の特定の培養期間後に培養培地に添加してもよい。それは、また、幹細胞を未分化状態に維持するために培養培地に持続的に存在させてもよい。前記化合物の濃度は、幹細胞が未分化状態に維持される、または幹細胞の分化が化合物のないときに培養された幹細胞の場合と比較して減少し、細胞培養物の他の特徴(例えば、細胞生存率および細胞増殖率)が悪影響をうけないレベルに化合物の量を調整することにより、最適化できる。
本発明のこれらおよび他の方法は、化学薬剤、例えば化合物1およびその同族体としてここに識別された化学薬剤で実行できる。
スクリーニング分析
式(I)の化合物および他の薬剤は、本願明細書に記載されているように、および下記方法によって活性のためにスクリーニングできる。
例えば、一つの形態において、本発明は、下記の工程を含む、β−カテニン:CBP相互作用の小分子抑制剤を同定する方法を提供する:(a)推定のβ−カテニン:CBP小分子抑制剤を、CBP 1−111を含む部分(moiety)と接触させる工程;(b)前記工程(a)の混合物を、β−カテニンを含む部分(moiety)と接触させる工程;(c)前記工程(a)の前記分子が、前記工程(b)のβ−カテニンを含む部分(moiety)と前記工程(a)のCBP 1−111を含む部分(moiety)との結合を抑制するかどうかを分析手段によって決定する工程、および、(d)前記工程(a)の前記分子が、CBP 1−111を含む部分(moiety)とβ−カテニンを含む部分(moiety)との結合を抑制するとの決定によって、前記工程(a)の小分子をβ−カテニン:CBP相互作用の抑制剤として同定する工程。任意で、前記方法は、下記の工程をさらに含むことができる:(e)前記工程(d)の同定されたβ−カテニン:CBP相互作用の小分子抑制剤を、(1)p300 1−111を含む部分(moiety)及び(2)β−カテニンを含む混合物と接触させる工程と、(f)前記工程(e)の前記分子が、前記p300 1−111を含む部分(moiety)とβ−カテニンとの結合を抑制しないかどうかを分析手段によって決定する工程、および、(g)前記工程(e)の前記小分子が、前記p300 1−111を含む部分(moiety)とβ−カテニンとの結合を抑制しないとの決定により、前記小分子がβ−カテニン:CBP相互作用の選択的抑制剤であることを確認する工程。
別の形態において、本発明は、下記の工程を含む、β−カテニン:CBP相互作用の小分子抑制剤を同定する方法を提供する:(a)推定のβ−カテニン:CBP相互作用の小分子抑制剤を、β−カテニンを含む部分と接触させる工程と;(b)前記工程(a)の混合物を、CBP 1−111を含む部分(moiety)と接触させる工程と;(c)前記工程(a)の前記分子が、前記工程(b)のCBP 1−111を含む部分(moiety)と前記工程(a)のβ−カテニンを含む部分(moiety)との結合を抑制するかどうかを分析手段によって決定する工程;および(d)前記工程(a)の前記小分子が、β−カテニンを含む部分(moiety)とCBP 1−111を含む部分(moiety)との結合を抑制するとの決定によって、前記工程(a)の小分子をβ−カテニン:CBP相互作用の抑制剤として同定する工程。任意で、本方法は、下記の工程をさらに含むことができる:(e)前記工程(d)の同定されたβ−カテニン:CBP相互作用の小分子抑制剤を、(1)p300 1−111を含む部分(moiety)および(2)β−カテニンを含む混合物と接触させる工程;(f)前記工程(e)の前記分子が、前記p300 1−111を含む部分(moiety)とβ−カテニンとの結合を抑制しないかどうかを分析手段によって決定する工程;および(g)前記工程(e)の前記小分子が、前記p300 1−111を含む部分(moiety)とβ−カテニンとの結合を抑制しないとの決定により、前記小分子がβ−カテニン:CBP相互作用の選択的抑制剤であることを確認する工程。
別の形態において、本発明は、下記の工程を含むβ−カテニン:CBP相互作用の小分子抑制剤を同定する方法を提供する:(a)推定のβ−カテニン:CBP小分子抑制剤を、CBP 1−111と結合した(associated)β−カテニンを含む部分(moiety)と接触させる工程;(b)前記工程(a)の前記分子が、β−カテニンからCBP 1−111を分離させるかどうかを分析手段によって決定する工程;及び(c)前記工程(a)の前記小分子がCBP 1−111からβ−カテニンの結合を分離させるとの決定により、前記工程(a)の小分子をβ−カテニン:CBP相互作用の抑制剤として同定する工程。任意で、前記方法は、下記の工程をさらに含むことができる:(d)同定されたβ−カテニン:CBP相互作用の小分子抑制剤を、(1)p300 1−111を含む部分(moiety)および(2)β−カテニンを含む混合物と接触させる工程;(e)前記工程(d)の前記分子が、前記p300 1−111を含む部分(moiety)と前記β−カテニンとの結合を抑制しないかどうかを分析手段によって決定する工程;および(f)前記工程(d)の前記小分子が、前記p300 1−111を含む部分(moiety)とβ−カテニンとの結合を抑制しないとの決定により、前記小分子がβ−カテニン:CBP相互作用の選択的抑制剤であることを確認する工程。
別の形態において、本発明は、下記の工程を含むβ−カテニン:p300相互作用の小分子抑制剤を同定する方法を提供する:(a)推定のβ−カテニン:p300小分子抑制剤を、p300 1−111を含む部分と接触させる工程;(b)前記工程(a)の混合物を、β−カテニンを含む部分(moiety)と接触させる工程;(c)前記工程(a)の前記分子が、前記工程(b)のβ−カテニンを含む部分(moiety)と前記工程(a)のp300 1−111を含む部分(moiety)との結合を抑制するかどうかを分析手段によって決定する工程;および(d)前記工程(a)の前記小分子が、p300 1−111を含む部分(moiety)とβ−カテニンを含む部分(moiety)との結合を抑制するかの決定により、前記工程(a)の小分子をβ−カテニン:CBP相互作用の抑制剤として同定する工程。任意で、本方法は、下記の工程をさらに含むことができる:(e)前記工程(d)の同定されたβ−カテニン:p300相互作用の小分子抑制剤を、(1)CBP 1−111を含む部分(moiety)および(2)β−カテニンを含む混合物と接触させる工程;(f)前記工程(e)の前記分子が、前記CBP 1−111を含む部分(moiety)とβ−カテニンとの結合を抑制しないかどうかを分析手段によって決定する工程;および(g)前記工程(e)の前記小分子が、CBP 1−111を含む部分(moiety)とβ−カテニンとの結合を抑制しないとの決定により、前記小分子がβ−カテニン:p300相互作用の選択的抑制剤であることを確認する工程。
別の形態において、本発明は、下記の工程を含むβ−カテニン:p300相互作用の小分子抑制剤を同定する方法を提供する:(a)推定のβ−カテニン:p300相互作用の小分子抑制剤を、β−カテニンを含む部分と接触させる工程;(b)前記工程(a)の混合物を、p300 1−111を含む部分(moiety)と接触させる工程;(c)前記工程(a)の前記分子が、前記工程(a)のβ−カテニンを含む部分(moiety)と前記工程(b)のp300 1−111を含む部分(moiety)との結合を抑制するかどうかを分析手段によって決定する工程;および(d)前記工程(a)の前記小分子が、β−カテニンを含む部分(moiety)とp300 1−111を含む部分(moiety)との結合を抑制するかの決定により、前記工程(a)の小分子をβ−カテニン:p300相互作用の抑制剤として同定する工程。任意で、本方法は、下記の工程をさらに含むことができる:(e)前記工程(d)の同定されたβ−カテニン:p300相互作用の小分子抑制剤を、(1)CBP 1−111を含む部分(moiety)および(2)β−カテニンを含む混合物と接触させる工程;(f)前記工程(e)の前記分子が、CBP 1−111を含む部分(moiety)とβ−カテニンとの結合を抑制しないかどうかを分析手段によって決定する工程;および(g)前記工程(e)の前記小分子が、CBP 1−111を含む部分と前記β−カテニンとの結合を抑制しないとの決定により、前記小分子がβ−カテニン:p300相互作用の選択的抑制剤であることを確認する工程。
別の形態において、本発明は、下記の工程を含むβ−カテニン:p300相互作用の小分子抑制剤を同定する方法を提供する:(a)推定のβ−カテニン:p300小分子抑制剤を、(1)p300 1−111と結合したβ−カテニンを含む部分(moiety)と接触させる工程;(b)前記工程(a)の前記分子が、β−カテニンからp300 1−111を分離させるかどうかを分析手段によって決定する工程;および(c)前記工程(a)の前記分子がβ−カテニンからp300 1−111を分離させるとの決定により、前記工程(a)の小分子をβ−カテニン:p300相互作用の抑制剤として同定する工程。任意で、本方法は、下記の工程をさらに含むことができる:(d)前記工程(c)で同定されたβ−カテニン:p300相互作用の小分子抑制剤を、(1)CBP 1−111を含む部分(moiety)および(2)β−カテニンを含む混合物と接触させる工程;(e)前記工程(d)の前記分子が、CBP 1−111を含む部分(moiety)とβ−カテニンとの結合を抑制しないかどうかを分析手段によって決定する工程;および(f)前記工程(d)の前記小分子が、CBP 1−111を含む部分(moiety)とβ−カテニンとの結合を抑制しないとの決定により、前記小分子がβ−カテニン:p300相互作用の選択的抑制剤であることを確認する工程。
タンパク質−タンパク質相互作用(例えば、β−カテニンとp300間の相互作用、およびβ−カテニンとCBP間の相互作用)およびタンパク質−タンパク質相互作用への薬剤の効果は、当該分野に知られている任意の適当な方法によって特徴付けされおよび/または測定できる。例えば、本発明の適当な分析手段としては、等温滴定カロリー分析(ITC)がある。ITC実験は、MicroCal MSC等温滴定熱量測定(MicroCal、Northampton MA)を製作者の推奨とおりに本質的に用いて行われる。つまり、CBP C1断片は、50mM PIPES(pH7.5)および0.1mM EDTAを含む透析緩衝液に対して広範囲に透析される。希釈薬物サンプルに対応させるために、DMSOをタンパク質サンプルに最終濃度が0.05%となるように添加する。タンパク質濃度は、牛血漿ガンマグロブリンを標準として使用するBradfordタンパク質分析(Bio−Rad laboratories、Hercules CA)(Bio−Rad)を用いて測定される。可溶性抑制のため、ITC実験は、5〜15μLのCBP C1[223μM]を23.3μMの推定小分子抑制剤で充填されたサンプル細胞に注入することにより行われる。希釈熱は、サンプル細胞内の推定小分子抑制剤の飽和後に算定され、熱力学的変数は、Origin 5.0ソフトウェアパッケージ(MicroCal)を用いて計算される。さらに高い希釈熱は、推定の小分子抑制剤およびCBP断片間のより強い結合を示す。推定の小分子抑制剤およびCBP断片間のより強い結合は、CBP結合、例えばβ−カテニンへのCBP結合の分解にさらに効果的でありうる小分子を同定する。
薬学組成物および投与
本発明に係る核酸分子、ペプチドおよび化合物は、投与に適した薬学組成物に含まれることが可能である。このような組成物は、典型的に、核酸分子、ペプチド、または化合物および薬学的に許容可能な担体を含む。「薬学的に許容可能な担体」とは、薬学投与に利用可能な溶媒や分散媒、コーティング、抗細菌および抗真菌剤、等張および吸収遅延剤などをいう。このような薬学活性成分のための媒質または薬剤の利用は、当該分野によく知られている。補助活性化合物は、また、その組成物に含有できる。
本発明の薬学組成物は、治療的処置のために非経口的、局所的、経口的または局部的に投与できる。例えば、水、緩衝水、0.4%食塩水、0.3%グリシンなどの様々な水性担体を使用でき、アルブミン、脂質タンパク、グロブリンなどの安定性を強化する他のタンパク質を含むことができる。得られる組成物は、既存の公知の滅菌技法によって滅菌されてもよい。その溶液は、使用のために包装し、無菌条件で濾過および冷凍乾燥し、前記冷凍乾燥した生成物は、投与の前に滅菌溶液と結合されてもよい。
経口組成物は、通常、不活性希釈剤または食用担体を含む。それらは、ゼラチンカプセルに封じ込まれており、あるいは錠剤に圧縮されている。経口治療的投与の目的のために、前記活性化合物は、賦形剤と共に含まれて錠剤、トローチまたはカプセルの形で使用できる。薬学的に利用可能な結合剤、および/またはアジュバント物質は前記組成物の一部として含有できる。前記錠剤、丸薬、カプセル、トローチなどは、下記成分のいずれか一つまたは類似な属性の化合物を含むことができる:バインダー(例えば、微晶質のセルロース、トラガカントゴムまたはゼラチン);賦形剤(例えば、澱粉または乳糖)、崩壊剤(disintegrating agent)(例えば、アルギン酸、プリモゲルまたはコーンスターチ);潤滑剤(例えば、ステアリン酸マグネシウムまたはステロテス)、流動促進剤(glidant)(例えば、コロイド状二酸化ケイ素);甘味剤(例えば、蔗糖またはサッカリン);または香味剤(例えば、ペパーミント、メチルサリチル酸、またはオレンジ香)。
吸入による投与のために、前記化合物は、例えば二酸化炭素のようなガスまたはネブライザ(nebulizer)などの適当な噴射剤を含む圧縮容器または分配器からエアロゾルスプレーの形で伝達される。
全身投与は、また、経粘膜的または経皮的な手段によることができる。経粘膜的または経皮的な投与のために染み込むべき障壁に適した浸透剤が調製に使用される。このような浸透剤は、当該分野に通常知られており、例えば経粘膜な投与のために、洗剤、胆汁塩およびフシジン酸(fusidic acid)誘導体を含む。経粘膜投与のためには、鼻スプレーまたは座剤の使用によって達成できる。経皮的な投与のために、活性化合物は、当該分野に通常知られている軟膏(ointments)、膏薬(salves)、ゲルまたはクリームとして調製できる。
一つの実施態様において、その活性化合物は、例えば移植およびマイクロカプセル化された運搬システムを含む制御された放出剤形など、前記化合物が体内からの急速除去されることを保護する担体と共に調製される。生分解可能な、生利用可能なポリマーが使用できるが、エチレン酢酸ビニル、ポリ無水物、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエステル、およびポリ乳酸などがある。このような剤形を調製する方法は、当業者には明らかなことであろう。その物質は、また、Alza CorporationおよびNova Pharmaceuticals,Inc.から市販されている。
投与の便宜性および服用量の単一性のために、服用量単位形態で経口または非経口組成物を調製することが特に有利である。本願明細書で使用される服用量単位形態は、処置される患者に対する単一服用量として適当である物理的に区別された単位をいう;各単位は、必要な薬学担体と結合して所望の治療効果を引き起こすように計算された活性成分の所定の量を含む。本発明の服用量単位形態の詳細は、活性成分の独特な特徴、並びに達成しようとする特定治療効果および各個人の治療のための活性化合物を調製する技術に固有な制限に直接依存し、それにより示される。
このような化合物の毒性および治療効果は、細胞培養または実験動物、例えばLD50(集団の50%が死亡する致死量)、およびED50(集団の50%が反応する治療的有効量)の決定のための実験動物における標準薬学手段によって決定できる。毒性と治療効果間の線量率(dose rate)は治療指標であり、それはLD50/ED50で表現できる。大きい治療指標を示す化合物が好ましい。毒性副作用を示す化合物が使用できるが、、感染していない細胞への潜在的損傷を最小化し、これにより副作用を減らすために、このような化合物が影響される組織の部位に到達するようにする運搬システムを設計すべきである。
細胞培養分析および動物研究から得たデータは、ヒトに使用するための服用量の範囲を公式化することに使用できる。このような化合物の服用量は、好ましくは毒性が殆どまたは全くないED50を含む循環濃度の範囲内でなければならない。服用量は、使用される服用形態および用いられる投与経路に応じてこの範囲内で変化できる。本発明の方法で使用される任意の化合物に対して、治療的有効量は、最初は細胞培養分析で算定できる。その量は、細胞培養物で決定されたIC50(症状の最大値の2分の1の抑制を達成するテスト化合物の濃度)を含む循環血漿濃度範囲を達成するため動物モデルにおいて公式化できる。このような情報は、ヒトに有用な量をさらに正確に決定することに使用できる。血漿内のレベルは、例えば、高性能液体クロマトグラフィによって測定できる。
下記実施例は、本発明を説明するために提供されるもので、本発明を制限するものと解釈されてはならない。
調製例
調製例1
(N−Fmoc−N’−R3−ヒドラジノ)−酢酸の調製
(1)N−Fmoc−N’−メチルヒドラジンの調製
Figure 2007503816
2Lの二口丸底フラスコをガラスストッパーおよびカルシウムチューブと共に設置した。THF(300mL)中のメチルヒドラジン硫酸(20g、139mmol、R3はメチル)溶液を添加し、THF中のDiBoc溶液(33g、153mmol)を添加した。激烈に攪拌しながら、重炭酸ナトリウム飽和水溶液(500mL)を一滴ずつ添加漏斗を介して2時間添加した。6時間後、THF中のFmoc−Cl(39g、153mmol)溶液を徐々に添加した。得られる懸濁液を6時間0℃で攪拌した。その混合物を酢酸エチル(EA、500mL)で抽出し、有機層を保持した。その溶液を硫酸ナトリウムで乾燥させ、真空下で蒸発させた。次の工程は精製過程なしに進行した。
1Lの二口丸底フラスコをガラスストッパーおよびカルシウムチューブと共に設置した。前工程の生成物溶液をMeOH(300mL)に入れ、氷浴でマグネチック攪拌しながら、濃HCl(30mL、12N)を添加漏斗を介してゆっくり添加し、一晩中攪拌した。前記混合物をEA(1000mL)で抽出し、有機層を保持した。その溶液を硫酸ナトリウムで乾燥させ、真空下で蒸発させた。その残渣をn−ヘキサンおよびEAと共に再結晶化によって精製し、N−Fmoc−N’−メチルヒドラジン(32.2g、83%)を得た。1HNMR (DMSO-D6) δ 7.90〜7.88 (d, J=6 Hz, 2H,),δ 7.73〜7.70 (d, J=9 Hz, 2H,), 7.44〜7.31 (m, 4H), 4.52〜4.50 (d, J=6 Hz, 2H), 4.31〜4.26 (t, J=6 Hz, 1H), 2.69 (s, 1H)。
(2)(N−Fmoc−N’−メチル−ヒドラジノ)−酢酸t−ブチルエステルの調製
Figure 2007503816
1Lの二口丸底フラスコをガラスストッパーおよびカルシウムチューブに連結された還流冷却器(reflux condenser)と共に設置した。トルエン中のN−Fmoc−N’−メチル−ヒドラジン(20g、75mmol)溶液(300mL)を添加した。トルエン中のt−ブチルブロモアセテート(22g、111mmol)溶液(50mL)をゆっくり添加した。Cs2CO3(49g、149mmol)をゆっくり添加した。激烈に攪拌しながら、NaI(11g、74mmol)をゆっくり添加した。反応混合物を1日以上還流(reflux)温度で攪拌した。生成混合物を濾過し、EA(500mL)で抽出した。その溶液を硫酸ナトリウムで乾燥させ、真空下で蒸発させた。生成物をヘキサン:EA=2:1の溶液でクロマトグラフィによって精製し、(N−Fmoc−N’−メチル−ヒドラジノ)−酢酸t−ブチルエステル(19.8g、70%)を得た。1H-NMR (CDCl3-d) δ 7.78〜7.75 (d, J=9 Hz, 2H,),δ 7.61〜7.59 (d, J=6 Hz, 2H,), 7.43〜7.26 (m, 4H), 4.42〜4.40 (d, J=6 Hz, 2H), 4.23 (b, 1H), 3.57 (s, 2H), 2.78 (s, 3H), 1.50 (s, 9H)。
(3)(N−Fmoc−N’−メチルヒドラジノ)−酢酸の調製
Figure 2007503816
1Lの二口丸底フラスコをガラスストッパーおよびカルシウムチューブに連結された還流冷却器と共に設置した。(N−Fmoc−N’−メチルヒドラジノ)−酢酸t−ブチルエステル(20g、52mmol)を添加した。激烈に攪拌しながら、HCl溶液(150mL、ジオキサン中の4M溶液)を氷浴内でゆっくり添加した。前記反応混合物は、室温で1日以上攪拌した。前記溶液は減圧下で40℃で完全に濃縮した。飽和NaHCO3水溶液(100mL)を添加し、その水層(aqueous layer)をジエチルエーテル(100mL)で洗浄した。濃HClを0℃(pH2〜3)で一滴ずつゆっくり添加した。前記混合物を抽出し、有機物層を保持した(500mL、MC)。前記溶液を硫酸ナトリウムで乾燥させ、真空下で蒸発させた。その残渣をn−へキサンおよび酢酸エチルで再結晶化によって精製し、(N−Fmoc−N’−メチルヒドラジノ)−酢酸(12g、72%)を得た。1H-NMR (DMSO-d6) δ 12.38 (s, 1H), 8.56 (b, 1H), 7.89〜7.86 (d, J=9 Hz, 2H,), 7.70〜7.67 (d, J=9 Hz, 2H,), 7.43〜7.29 (m, 4H), 4.29〜4.27 (d, J=6 Hz, 2H), 4.25〜4.20 (t, J=6 Hz, 1H), 3.47 (s, 2H), 2.56 (s, 3H)。
調製例2
(N−Fmoc−N’−R7−ヒドラジノ)−酢酸の調製
(1)(N’−メトキシカルボニル−ヒドラジノ)−酢酸エチルエステルの調製
Figure 2007503816
MOC−NH−NH2(50g、0.55moL)をDMF(300mL)に溶解し、ついでエチルブロモアセテート(68mL、0.555moL)および炭酸カリウム(77g、0.555moL)を反応槽に添加した。前記混合物は5時間50℃に維持した。反応が終わった後、混合物を濾過し、EtOAcで希釈した後、塩水で洗浄した(3回)。粗生成物をカラム(溶離液:Hex/EtOAc=4/1)で精製し、72の無色オイルを得た。
(2)[N−R7−N’−メトキシカルボニル−ヒドラジノ]−酢酸エチルエステル
Figure 2007503816
エチルエステル(10g、0.05moL)、炭酸カリウム(6.9g、0.05moL)およびR7−臭化物(14.1g、0.06moL)をDMF(200mL)に溶解し、その混合物は5時間50℃に維持した。反応が終わった後、混合物を濾過し、EtOAcで希釈した後、塩水で洗浄した(3回)。粗生成物をカラム(溶離液:Hex/EtOAc=4/1)で精製した。
(3)[N−R7−N’−メトキシカルボニル−ヒドラジノ]−酢酸
Figure 2007503816
アルキル化されたエチルエステル(9.5g、0.03moL)をTHF/水(1/1、mL)に溶解し、2N NaOH(28.3mL)溶液を0℃で添加した。その混合物は室温で2時間攪拌した。出発エステルがUVで検出されなかった後、前記溶液をEAで希釈し、分離した。水層を1N HClによってpH3〜4に酸性化し、その化合物をDCMによって抽出した(3回)。合わせた有機層をMgSO4で乾燥させ、蒸発させて黄色の固体を得た
調製例3
Figure 2007503816
(1)Nβ−Moc−Nα−ベンジル−ヒドラジノグリシンの調製
Figure 2007503816
この化合物は、文献の手段によって調製された(Cheguillaume et. al., Synlett 2000, 3, 331)。
(2)1−メトキシカルボニル−2,8−ジベンジル−6−メチル−4,7−ジオキソ−ヘキサヒドロ−ピラジノ[2,1−c][1,2,4]トリアジンの調製
ブロモアセタール樹脂(60mg、0.98mmol/g)およびDMSO(2.5mL、2M)中のベンジルアミン溶液をねじ口ガラス瓶に入れた。その反応混合物を回転オーブン[Robbins Scientific]を用いて60℃で12時間振とうした。樹脂は、濾過によって収集し、DMFで洗浄した後、DCMで洗浄して第1構成片を得た。
NMP(Advanced ChemTech)中の、Fmoc−アラニン(4当量、市販、第2構成片)、HATU(PerSeptive Biosystems、4当量)、およびDIEA(4当量)の溶液を樹脂に添加した。反応混合物を室温で4時間振とうした後、樹脂は濾過によって収集し、DMF、DCMで洗浄した後、DMFで洗浄した。
樹脂にDMF中の20%ピペリジンを添加した。反応混合物を室温で8分間振とうした後、樹脂を濾過によって収集し、DMF、DCMで洗浄した後、DMFで洗浄した。
DMF中のNβ−Moc−Nα−ベンジル−ヒドラジノグリシン(4当量、調製例2の化合物(3)、なお、R7はベンジル、第3構成片)、HOBT[Advanced ChemTech](4当量)、およびDIC(4当量)の溶液を前記調製された樹脂に添加した。反応混合物を室温で3時間振とうした後、樹脂を濾過によって収集し、DMF、DCMで洗浄した後、MeOHで洗浄した。樹脂は室温で真空下で乾燥させた。
前記樹脂を室温で18時間蟻酸(2.5mL)で処理した。樹脂を濾過によって除去した後、濾過液を減圧下で濃縮し、その生産物をオイルとして得た。1H-NMR (400 MHz, CDCl3) δ ppm; 1.51 (d, 3H), 2.99 (m, 1H), 3.39 (d, 1H), 3.69 (m, 1H), 3.75 (m, 1H), 3.82 (s, 3H), 4.02 (d, 1H), 4.24 (d, 1H), 4.39 (d, 1H), 4.75 (d, 1H), 5.14 (q, 1H), 5.58 (dd, 1H), 7.10〜7.38 (m, 10H)。
調製例4
Figure 2007503816
(1)N’−Fmoc−N−メチル−ヒドラジノカルボニルクロライドの調製
Figure 2007503816
トルエン中の1.93Mホスゲン(1.03mL、2mmol)が一つの部分として添加される間、15mLCH2Cl2および15mLのNaHCO3飽和水溶液中のN−メチルヒドラジンカルボン酸9H−フルオロ−9−イルメチルエステル(107mg、0.4mmol)の氷冷した二相性混合物を急激に攪拌した。前記反応混合物を30分間攪拌し、有機相を収集し、水相をCH2Cl2で抽出した。組み合わせられた有機層はMgSO4で乾燥させ、濾過し、真空下で濃縮して128mg(97%)の塩化カルバモイルを泡状(foamy)固形物として得た。[注意:ホスゲン蒸気は毒性が強い。フードで使用されない]。この生産物はそれ以上の精製なしに下記の固相合成に使用した。
(2)2,5−ジメチル−7−ベンジル−3,6−ジオキソ−ヘキサヒドロ−[1,2,4]トリアゾロ[4,5−a]ピラジン−1−カルボン酸ベンジルアミドの調製
ブロモアセタール樹脂(30mg、0.98mmol/g)およびDMSO中のベンジルアミン溶液(1.5mL、2M)をねじ口ガラス瓶に入れた。その反応混合物を回転オーブン[Robbins Scientific]を用いて60℃で12時間振とうした。樹脂を濾過によって収集し、DMFで洗浄した後、DCMで洗浄して第1構成片を得た。
NMP(Advanced ChemTech)中のFmoc−アラニン(3当量、商業的に利用可能、第2構成片)、HATU(PerSeptive Biosystems、3当量)、およびDIEA(3当量)の溶液を樹脂に添加した。反応混合物を室温で4時間振とうした後、樹脂を濾過によって収集し、DMF、DCMで洗浄した後、DMFで洗浄した。それにより第2構成片を第1構成片に添加した。
樹脂にDMF中の20%ピペリジンを添加した。反応混合物を室温で8分間振とうした後、樹脂を濾過によって収集し、DMF、DCMで洗浄した後、DMFで洗浄した。
DCM中の前記工程(1)で得られたN’−Fmoc−N−メチル−ヒドラジノカルボニルクロライド(5当量、第3および第4構成片をあわせたもの)、およびDIEA(5当量)の溶液を前記調製された樹脂に添加した。反応混合物を室温で4時間振とうした後、樹脂を濾過によって収集し、DMF、DCMで洗浄した後、DMFで洗浄した。
前記樹脂にDMF中の20%ピペリジンを添加した(1gの樹脂当たり10mL)。反応混合物を室温で8分間振とうした後、樹脂を濾過によって収集し、DMF、DCMで洗浄した後、DMFで洗浄した。
前記樹脂を室温で4時間DCM中のイソシアン酸ベンジル(4当量)およびDIEA(4当量)の混合物で処理した。ついで樹脂を濾過によって収集し、DMF、DCMで洗浄した後、MeOHで洗浄した。樹脂を室温で真空乾燥させた。
前記樹脂を室温で14時間蟻酸で処理した。樹脂を濾過によって除去した後、濾過液を減圧下で濃縮し、その生産物をオイルとして得た。1H-NMR (400 MHz, CDCl3) δ ppm; 1.48 (d, 3H), 2.98 (s, 3H), 3.18 (m, 1H), 3.46 (m, 1H), 4.37〜4.74 (m, 5H), 5.66 (dd, 1H), 6.18 (m, 1H), 7.10〜7.40 (m, 10H)。
調製例5
2,5,7−トリメチル−3,6−ジオキソ−ヘキサヒドロ−[1,2,4]トリアゾロ[4,5−A]ピラジン−1−カルボン酸ベンジルアミドの調製
標題化合物は、ブロモアセタール樹脂をベンジルアミンに代えてメチルアミン溶液と反応させる以外は、調製例4と同様にして調製される。
1H-NMR (400 MHz, CDCl3) δ ppm; 1.48 (d, 3H), 2.99 (s, 3H), 3.03 (s, 3H), 3.38 (m, 1H), 3.53 (dd, 1H), 4.36 (dd, 1H), 4.52 (q, 1H), 4.59 (dd, 1H), 5.72 (dd, 1H), 6.19 (br.t, 1H), 7.10〜7.38 (m, 5H)。
調製例6
2−メチル−5−(p−ヒドロキシフェニルメチル)−7−ナフチルメチル−3,6−ジオキソ−ヘキサヒドロ−[1,2,4]トリアゾロ[4,5−A]ピラジン−1−カルボン酸ベンジルアミドの調製
ブロモアセタール樹脂(30mg、0.98mmol/g)およびDMSO中のナフチルメチルアミン溶液(1.5mL、2M)をねじ口ガラス瓶に入れた。その反応混合物を回転オーブン[Robbins Scientific]を用いて60℃で12時間振とうした。樹脂を濾過によって収集し、DMFで洗浄した後、DCMで洗浄して第1構成片を得た。
NMP(Advanced ChemTech)中の、Fmoc−Tyr(OBut)−OH(3当量)、HATU(PerSeptive Biosystems、3当量)、およびDIEA(3当量)の溶液を樹脂に添加した。反応混合物を室温で4時間振とうした後、樹脂を濾過によって収集し、DMF、DCMで洗浄した後、DMFで洗浄した。それにより第2構成片を第1構成片に添加した。
樹脂にDMF中の20%ピペリジンを添加した。反応混合物を室温で8分間振とうした後、樹脂を濾過によって収集し、DMF、DCMで洗浄した後、DMFで洗浄した。
DCM中のN’−Fmoc−N−メチル−ヒドラジノカルボニルクロライド(5当量)およびDIEA(5当量)の溶液を前記調製された樹脂に添加した。反応混合物を室温で4時間振とうした後、樹脂を濾過によって収集し、DMF、DCMで洗浄した後、DMFで洗浄した。
前記樹脂にDMF中の20%ピペリジンを添加した(1gの樹脂当たり10mL)。反応混合物を室温で8分間振とうした後、樹脂を濾過によって収集し、DMF、DCMで洗浄した後、DMFで洗浄した。
前記樹脂を室温で4時間DCM中のイソシアン酸ベンジル(4当量)およびDIEA(4当量)の混合物で処理した。ついで、樹脂を濾過によって収集し、DMF、DCMで洗浄した後、MeOHで洗浄した。樹脂は室温で真空乾燥させた。
前記樹脂を室温で14時間蟻酸で処理した。樹脂を濾過によって除去した後、その濾過液を減圧下で濃縮し、その生産物をオイルとして得た。
1H-NMR (400 MHz, CDCl3) δ ppm; 2.80〜2.98 (m, 5H), 3.21〜3.37 (m, 2H), 4.22〜4.52 (m, 2H), 4.59 (t, 1H), 4.71 (d, 1H), 5.02 (dd, 1H), 5.35 (d, 1H), 5.51 (d, 1H), 6.66 (t, 2H), 6.94 (dd, 2H), 7.21〜8.21 (m, 12H)。
調製例7
2−メチル−6−(p−ヒドロキシフェニルメチル)−8−ナフチル−4,7−ジオキソ−ヘキサヒドロ−ピラジノ[2,1−c][1,2,4]トリアジン−1−カルボン酸ベンジルアミドの調製
ブロモアセタール樹脂(60mg、0.98mmol/g)およびDMSO中のナフチルメチルアミン溶液(2.5mL、2M)をねじ口ガラス瓶に入れた。その反応混合物を回転オーブン[Robbins Scientific]を用いて60℃で12時間振とうした。樹脂を濾過によって収集し、DMFで洗浄した後、DCMで洗浄した。
NMP(Advanced ChemTech)中の、Fmoc−Tyr(OBut)−OH(4当量)、HATU[PerSeptive Biosystems](4当量)、およびDIEA(4当量)の溶液を樹脂に添加した。反応混合物を室温で4時間振とうした後、樹脂を濾過によって収集し、DMF、DCMで洗浄した後、DMFで洗浄した。
樹脂にDMF中の20%ピペリジンを添加した。反応混合物を室温で8分間振とうした後、樹脂を濾過によって収集し、DMF、DCMで洗浄した後、DMFで洗浄した。
DMF中のNβ−Fmoc−Nα−ベンジル−ヒドラジノグリシン(4当量)、HOBT[Advanced ChemTech](4当量)、およびDIC(4当量)の溶液を前記調製された樹脂に添加した。反応混合物を室温で3時間振とうした後、樹脂を濾過によって収集し、DMFで洗浄した後、DCMで洗浄した。前記樹脂にDMF中の20%ピペリジンを添加した(1gの樹脂当たり10mL)。反応混合物を室温で8分間振とうした後、樹脂を濾過によって収集し、DMF、DCMで洗浄した後、DMFで洗浄した。
前記樹脂を室温で4時間DCM中のイソシアン酸ベンジル(4当量)およびDIEA(4当量)の混合物で処理した。樹脂を濾過によって収集し、DMF、DCMで洗浄した後、MeOHで洗浄した。ついで樹脂を室温で真空乾燥し、室温で18時間蟻酸(2.5mL)で処理した。この樹脂を濾過によって除去した後、濾過液を減圧下で濃縮し、その生産物をオイルとして得た。
1H-NMR (400 MHz, CDCl3) δ ppm; 2.73 (s, 3H), 3.13 (d, 1H), 3.21〜3.38 (m, 3H), 3.55 (d, 1H), 3.75 (t, 1H), 4.22 (dd, 1H), 4.36 (dd, 1H), 4.79 (d, 1H), 5.22 (t, 1H), 5.47 (m, 2H), 6.68 (d, 2H), 6.99 (d, 2H), 7.21〜8.21 (m, 12H);
MS (m/z, ESI) 564.1 (MH+) 586.3 (MNa+)
実施例
プラスミド
CBPおよびp300の欠損構築物が市販のpTriEx−3ベクター(Novagen、Madison、WI)で発現された。マウスのCBPの欠損シリーズが全長のマウスCBPプラスミド(オレゴン州ポトランドのVollum InstituteのRichard Goodman博士からの譲与)からPCRによって生成された。増幅された領域は、5’−末端にBamHI部位を、3’−末端にNotI部位を持っているため、発現ベクターpTriEx−3のATGを有するフレームをクローニングできる。プラスミドを認識し精製するために、プラズミドは、また、COOH−末端に6X−ヒスチジンおよび単純へスペルウィルス(Herpes Simplex Viral)(HSV)タグを有するフレームをクローニングさせた。CBPのC−末端側が切断された構築物のクローニングに使用された順方向プライマー(forward primers)は、5’−GATATCTGAGCTCGTGGATCCGATGGCCGAGAACTTGCTG−3’(配列番号:7)である。CBP−C1(1−334)、−C2(1−634)、−C3(1−1594)、−C4(1−2062)、−C5(1−2623)、−C6(1−3094)、−C7(1−3694)に使用された逆方向プライマー(reverse primers)は:C1:5’−CGTGTATACAGCTGTGCGGCC-GCGTTTGTACTGTTCGGCTG−3’(配列番号:8)、C2:5’−CGTGTATACAGCTGTGCGGCCGCTCC-ATTCATGACTTGAGC−3’(配列番号:9)、C3:5’−CGTGTATACAGCTGTGCGGCCGCGCGTTTTT-CAGGGTCTGC−3’(配列番号:10)、C4:5’−CGTGTATACAGCTGTGCGGCCGC AGCTGGTAAAGC-TGGCTG−3’(配列番号:11)、C5:5’−CGTGTATACAGCTGTG CGGCCGCATGTTGGAGAGAGGGC−3’(配列番号:12)、C6:5’−CGTGTATA CAGCTGTGCGGCCGCAGAACCTTGTAAATCCTC−3’(配列番号:13)、C7:5’−CGTGTATACAGCTGTGCGGCCGCGCTGTAGTAGGCTGCATC−3’(配列番号:14)である。CBPのN−末端側が切断された構築物は、以下の逆方向プライマーで生成された:5’−GTATACAGCTGTGCGGCCGCCAAACCCTCCACAA ACTTTTC−3’(配列番号:15)。CBP−C8(4081−7324)、−C9(4534−7324)、−C10(5074−7324)、−C11(5674−7324)、−C12(6286−7324)、−C3(6754−7324)のための順方向プライマーは:、C8:5’−GATATCTGAGCTCG-TGGATCCGGAAGCTGGGGAGGTTT TT−3’(配列番号:16)、C9:5’−GATATCTGAGCTCGTGGAT-CCGAAGAAGATGC TGGACAAG−3’(配列番号:17)、C10:5’−GATATCTGAGCTCGTGGATCCGT-CC AAATGGTCCACTCTG−3’(配列番号:18)、C11:5’−GATATCTGAGCTCGTGGAT CCGTCTCCT-ACCTCAGCACCA−3’(配列番号:19)、C12:5’−GATATCTGAGCTC GTGGATCCGAACATCCTTAA-ATCAAAC−3’(配列番号:20)、C13:5’−GATATCTGAGCTCGTGGATCCGCAGCAGCAACGCATGGATATCT GAGCCGTGGATCCGCAGCAGCAACGCATG-CAA−3’(配列番号:21)である。C−末端が切断された構築物の順方向プライマー、およびN−末端が切断された構築物の逆方向プライマーを用いて、全長のマウスCBPは増幅され、pTriEx−3ベクターにクローニングされた。CBP(Δ1−111:NLS)は、下記の順方向プライマーを用いて、全長のCBPのPCRによって生成された。前記プライマーは、CBPのNLS配列(下線)の上流のBamHI部位を含むプライマーであり、PAGEによって精製されたプライマー:5’−ATCTGAGCTCGTGGATCCGGGACCGCCCAACCCCAAACGAGCCAAACTCCAGCCGAACAGTACAAACATGGCCAGCTTA−3’(配列番号:22)、使用した逆方向プライマーは、前述したN−末端が切断されたCBPの構築物を生成するプライマーを使用した。挿入体は、pTriEx−3プラスミドのBamHI−NotI部位にクローニングされた。
p300の欠損構築物は、David Livingston博士(Harvard、MA)が寄贈したヒトp300プラスミド(CMVβ−p300−CHA)のPCRによって生成された。前記PCR生成物は、pTriEx−3ベクターのHindIII−NotI部位にクローニングされた。C末端が切断されたp300構築物に対する順方向プライマー:5’−GACGGTACCGGTTCGAAGCTTA-TGGCCGAGAATGTGGT-G−3’(配列番号:23)であった。p300−P1(1−334)、p300−P2(1−634)およびp300−P3’(1−1054)に対する逆方向プライマーは、次のとおりである:P1:5’−CGTGTATACAGCTGTGCGGCCGC-CAAACCTAATC CAGGACT−3’(配列番号:24)、P2:CGTG-TATACAGCTGTGCGGCCGCGTTGC CAGCACTTCCCAT−3’(配列番号:25)、P3:CGTGTATACA-GCTGTGCGGCCG CGGCCTGTTCCCGGCGCTG−3’(配列番号:26)。
β−カテニン/TCFレポータプラスミドは、4タンデム(tandem)TCF4結合部位(CCAACCTTTGATCTTACCCCCTTTGATCTTACCCCCTTTGATCAG-GAATTCGGTTGGAAACTAGAATGGGGGAAACTAGAATGGGGGAAACTAGTCCTTAAG)(配列番号:27)を、下流のルシフェラーゼ遺伝子の発現を起こすSV40プロモータの上流にpGL3プラスミド(Promega)のXhoI−KpnI部位に挿入して生成された。
全てのプライマーは、Integrated DNA Technologies,Inc.(Coralville、IA)から購入した。クローニングに使用される制限酵素は下線し、New England Biolabs、Beverly、MAから購入した。
細胞培養
ヒト大腸癌腫細胞株SW480およびHCT116、並びに正常的な大腸細胞CCD18Co(ATCC、Manassas、VA)は、5%CO2雰囲気下、37℃で10%胎児小牛血清が補充された、DMEM(Invitrogen Gibco−BRL、Baltimore、MD)で増殖させた。
トランスフェクション
幾何級数的に増殖するSW480およびHCT116細胞(105)は24−ウェルプレートまたは100−mmディッシュで培養され、0.5μgのβ−カテニン/TCFレポータおよびエフェクター(effector)プラスミドの増加濃度または10μgの発現ベクターでそれぞれトランスフェクションされた。細胞は、示したとおりに、FuGENE6(Roche Molecular Biochemicals、Indianapolis、IN)またはSuperfect(Qiagen、Valencia、CA)でトランスフェクションされた。核抽出物は、NE−PERキット(Pierce Biotechnology、Rockford、IL)に記載の方法によって調製された。
ルシフェラーゼ分析
様々なグループについてのルシフェラーゼ分析は、デュアルルシフェラーゼ分析(Promega)を用いて、トランスフェクション16〜24時間後、示されたとおりに20μLの細胞溶解物に対して行われた。空発現ベクターであるpTriEx−3の増加濃度が標準化(normalization)のために使用された。
軟寒天分析
軟寒天コロニー形成分析は、前記方法(Moody et al.,「血管作用の腸内ペプチド拮抗剤は、小さくない細胞肺癌生長を抑制する」Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 90:4345-49 (1993))を少し修正して、SW480細胞で実施した。
6−ウェルプレート(Nalge Nunc International、 Roskide、Denmark)の各ウェル(35mm)は、10%の胎児牛血清を含有するDMEM培地内の0.8%の底寒天1mLでコートされた。凝固した後、0.4%の上層寒天、10%の胎児牛血清、2倍濃縮された化合物、および5,000個の単一生細胞を含むDMEM培地1mLを各ウェルに添加した。前記培養は、37℃で湿度のある5%CO2インキュベータでインキュベーションした。軟寒天培地におけるコロニーを、毎日観察し、8日間のインキュベーション後に写真を取った。直径60μmを超過するコロニーの数を数えた。
免疫沈澱
細胞は、20mM Hepes pH7.9、100mM NaCl、0.5mM EDTA、0.5% Nonidet P−40、6mM MgCl2、5mM 2−メルカプトエタノール(Mercaptoethanol)、およびCompleteTMタンパク質分解酵素阻害剤カクテル(Roche Molecular Biochemcals)の1錠を含む溶解(lysis)緩衝液で氷浴上で30分間溶解され、遠心分離により澄ませた(cleared)。全ての細胞溶解質(lysate)は、Santa Cruz Biotechnology,Inc.からのCBP−C1、A−22抗体に対する特異的抗体、p300−P1、N−15抗体(Santa Cruz Biotechnology,Inc.Santa Cruz、CA)に対する特異的抗体、および全長の内因性β−カテニン特異的抗体、タンパク質A−アガロースビーズ(Pierce、Rockford、IL)に予備結合させたモノクローナル抗体(Transduction Laboratories、Lexington、KY)と室温で1時間インキュベーションした。免疫複合体は、HBS(100〜150mM NaCl(示すとおり)、10mM Hepes pH7.9、5mM 2−メルカプトエタノール、およびCompleteTMタンパク質分解酵素阻害剤カクテル1錠)で数回洗浄し、ウェスタンブロットを行った(下記参照)。その後、前記ビーズ(beads)は(20mM Hepes pH7.9、500mM NaCl、およびCompleteTMタンパク質分解酵素阻害剤カクテルの1錠を含む5mM 2−メルカプトエタノール)を含む緩衝液で7回洗浄した。
プルダウン分析
25〜100μMのビオチニル化された化合物2は、50%DMSOおよび50%タンパク質結合緩衝液のPBB(20mM Hepes pH7.9、20%グリセロール、0.5mM EDTA、60mM NaCl、6mM MgCl2、0.1% Nonidet P−40、5mM 2−メルカプトエタノール、およびCompleteTMタンパク質分解酵素阻害剤カクテル1錠)を含む緩衝液中の100μLのストレプトアビジン−アガロースビーズの50%スラリー(Amersham Pharmacia Biotech、Arlington Heights、IL)に、一晩室温で結合させた。前記ビーズは、PBBで3回洗浄し、結合していない化合物2を除去した。過剰発現させたプラスミドを含む100〜200μLの全体細胞溶解質を(免疫沈澱部分参照)、室温で3〜4時間、または4℃で一晩ビーズとインキュベーションした。前記ビーズは、さらにPBB緩衝液で3回洗浄し、その溶離したタンパク質をSDS−PAGE電気泳動およびウェスタンブロットした(下記参照)。競合分析において、過剰の化合物1は、各実験で示されたように、室温で1時間、溶解質と前インキュベーションされた。
ChIP分析
SW480細胞のホルムアルデヒド架橋およびクロマチン免疫沈澱分析は、前述のとおりに行った(Barlev et al., "Acetylation of p53 activates transcription through recruitment of coactivators/histone acetyltransferases," Mol. Cell 8:1243-54 (2001); El-Osta et al., "Analysis of chromatin-immunopurified MeCP2-associated fragments," Biochem. Biophys. Res. Commun. 289:733-37 (2001); Shang et al., "Formation of the androgen receptor transcription Complex," Mol. Cell 9:601-10 (2002))。c−mycおよびcyclin D1プロモータのPCRに使用されるプライマーは、下記のとおりである:c−myc順方向プライマー:5’−TGGTAGGCGCGCGTAGTTA−3’(配列番号:28)および逆方向プライマー:5’−GGGCGGAGATTAGCGAGAG−3’(配列番号:29)。Cyclin D1順方向プライマー:5’−TGCTTAACAACA-GTAACGT−3’(配列番号:30)および逆方向プライマー:5’−GGGGCTCTTCCTGGGCAGC−3’(配列番号:31)。これらのChIPプライマーは、転写開始部位近くのプロモータ領域内のTCF4結合ドメインの下流の約20〜30塩基対を設計した。PCR生成物は、サイズが約200の塩基対である。抗−CBP、AC−26、抗体は、David Livingston博士からの親切なギフトであった。
ウェスタンブロット分析
前記免疫複合体は、SDS−PAGE上で分離された後、(Millipore、Bedford、MA)からのイモビロン−P膜(PVDF)に送られた。前記膜は、TBST(15mM Tris/HCl、pH7.4、0.9% NaCl、および0.05% Tween20)中の5%無脂肪乾燥牛乳で遮断された後、特異的抗体でブロットされた。Qiagen Inc.からの抗−His抗体が、pTriEx−3で作られたタンパク質の検出に使用された。ホースラディッシュペルオキサイドに結合された2次抗体(Santa Cruz Biotechnology Inc.)が検出に使用された。免疫ブロットは、ECL検出キット(Amersham Pharmacia Biotech)を用いて分析された。
免疫蛍光
化合物1(25μM)または対照群(0.5%DMSO)で処理されたSW480およびHCT116内のCBPおよびβ−カテニンの位置を調査するために、免疫蛍光が使用された。ログ期の細胞が播種され、24時間後、前記細胞は化合物1または対照群で処理された。処理24時間後、細胞は固定された。カバースリップは、それぞれCBP(A−22)に対する抗体(Santa Cruz Biotechnology)およびβ−カテニンに対する抗体(Transduction Laboratories)でインキュベーションされた。スライドは、FITCまたはTRITC(Jackson ImmunoResearch、Westgrove、PA)に接合された2次抗体が適用された後、Nikon PCM2000 Laser Scanning Confocal Microscopeを用いて検査された。
流動細胞測定法(FACS)
FACS分析のために、PNRI−処理された細胞または媒体−処理された約5×106細胞は、70%冷却エタノールで固定され、少なくとも30分間−20℃に保管された。細胞は、1×PBSで1回洗浄され、ヨウ化プロピジウム(PI)溶液(85μg/mLヨウ化プロピジウム、0.1% Nonidet P−40、10mg/mL RNAse)と共に30分間室温でインキュベーションされた。各サンプルで10,000個の染色された細胞がBeckman Coulter EPICS XL−MCL流動細胞計測器を用いて得られた。細胞サイクルの別の時期にある細胞の百分率は、Expo32 ADCソフトウェア(Coulter Corporation、Miami、Florida、33196)によって決定された。
タンパク質の精製
CBP(1−111)およびp300(1−111)は、6X−Hisタグと共に融合タンパク質として発現され、それらの6X−His−タグを用いてバクテリアの溶解質から親和精製(affinity-purified)された。形質転換されたバクテリアのペレット(1L培養液)は、5〜10mLの溶解緩衝液(20mM Hepes pH7.9、150mM NaCl、0.1% Nonidet P−40、5mM 2−メルカプトエタノール、およびCompleteTMタンパク質分解酵素阻害剤カクテル1錠)にさらに懸濁された。細胞は、超音波破砕によって溶解された。透明の溶解質は、500μLのNi−NTA−アガロースビーズ(Qiagen)で1時間4℃でインキュベーションされた。結合したタンパク質は、500μLの溶離緩衝液(20mM Hepes pH7.9および150mM NaCl、タンパク質分解酵素阻害剤カクテル1錠、5mM 2−メルカプトエタノールおよび250mMイミダゾール)で溶離した。溶離したタンパク質は、少量の部分ずつに分けて冷凍された。
リアルタイム逆転写−PCR分析
RNA抽出のためにRNeasy Midi Kit(Qiagen)が使用され、SYBR Green PCR Master Mix Kit(Perkin Elmer Biosystems、SheltonmCT)に提供されたプロトコルによってリアルタイムRT−PCRが行われた。cyclin D1、axin2、hnkd、c−myc、c−jun、およびfra−1増幅のために使用されたプライマーは:cyclin D1順方向プライマー:5’−AGATCGAAGC-CCTGCTG−3’(配列番号:32)逆方向プライマー:約300bpサイズの生産物をもたらす5’−AGGGGGAAAGAGCAAAGG−3’(配列番号:33);axin2順方向プライマー:5’−GTGTGAGGTCCAC GGAAA-CT−3’(配列番号:34)および逆方向プライマー:5’−CTCGGGAAATGAGGTA-GAGA−3’(配列番号:35);hnkd順方向プライマー:5’−CTGGCTGCTGCTACCACCA TTGCGT−3’(配列番号:36)および逆方向プライマー:5’−CCAGGCCCAAATTGGG ACGT−3’(配列番号:37);c−myc順方向プライマー:5’−GAA-GAAATTCGAGCTG CTGC−3’(配列番号:38)および逆方向プライマー:5’−CACATACAGTCCTGGATGAT-G−3’(配列番号:39);c−jun順方向プライマー:5’−AGATGCCCGGCGAGACACCG−3’(配列番号:40)および逆方向プライマー:5’−AGCCCCCGACGGTCTCTTT−3’(配列番号:41);fra−1順方向プライマー:5’−ACC-CCGGCCAGGAG-TCATCCGGGCCC−3’(配列番号:42)および逆方向プライマー:5’−AGGCGCCTCACAAAGCGAGGAGGG-TT−3’(配列番号:43)である。β−actinが標準化のために使用された。β−actinのためのプライマーは:順方向プライマー:5’−ATCTGGCACCACACCTTCTACAATGAGCTGCG−3’(配列番号:44)および逆方向プライマー5’−CGTCATACTCCTCCTTGCYGATCCACA TCTGC−3’(配列番号:45)である。各プライマーセットは、95℃で10分間、95℃で15秒間40サイクル、60℃で1分間増幅された。
カスパーゼ−3活性分析
SW480、HCT116、およびCCD18Co細胞が、処理前24時間の間ウェル当たり105細胞で播種された(96−ウェルプレート)。25μMの化合物1または対照群(0.5%DMSO)が各ウェルに添加された。処置24時間後に、細胞は融解され、カスパーゼ−3/7活性キット(Apo−one Homogeneous caspase−3/7assay、#G77905、Promega)を用いてカスパーゼ活性が測定された。相対蛍光単位(RFU)は、実験測定値からブランク(対照群、細胞なし)の単位値を差し引いて得た。
表1は、化合物1(25μ)または対照群(0.5%DMSO)で4、8または24時間処置されたSW480細胞の定量的リアルタイム逆転写−PCR(RT−PCT)分析の結果を示す。各時点についてのmRNA1μgがリアルタイムRT−PCRを行われた。内因性cyclin D1、c−myc、fibronectin、hnkd、axin2、c−junおよびBMP−4は、β−actinに対して測定された。Δしきい値周期(CT)値の定量は、各セットの平均値からβ−actinに対して得た対応平均値を差し引いて決定した。全ての実験は2回ずつ行った。
化合物1はCBPを標的することによりβ−カテニン/TCF転写に拮抗する
APC内の突然変異のため、TOPFLASHレポータシステムによる評価によれば、SW480大腸癌腫細胞は、核へのβ−カテニンの構成性(constitutive)転位(translocation)、すなわち高い基礎(basal)β−カテニン/TCF転写を示す(Korinek et al., "Constitutive transcriptional activation by a beta-catenin-Tcf complex in APC-/- colon carcinoma," Science 275:1784-87 (1997))。関連したレポータは、β−カテニン/TCF媒介転写の抑制剤のための2次構造−鋳型小分子ライブラリのスクリーニングに使用された(Ogbu et al., "Highly efficient and versatile synthesis of libraries of constrained b-strand mimetics," Bioorg. Med. Chem. Lett. 8:2321-26 (1998); Eguchi et al., "Solid-phase synthesis and structural analysis of Bicyclic β-Turn mimetics incorporating fnctionality at the i to i+3' positions," Amer. Chem. Soci. 102:22031-32 (1999))。この最初のスクリーニングから、われわれは5μMのIC50(図1B)、並びにNFAT(図1C)、CREおよびAP−1(図示せず)を含む多くの他のCBP−依存性レポータに比べて非常に良い選択性を持つ化合物1(図1A)を選別した。β−カテニンリン酸化部位が欠乏するが、野性型APCを発現するHCT116細胞で、化合物1は同様の活性を示した(図示せず)。
化合物1の分子標的を決定するために、われわれは、親和試薬として使用するために化合物1を誘導して化合物2(図1A)を得た。核抽出物は、化合物1または媒体で前処理した後、480細胞から調製し、その後化合物2と培養した。ついで、その複合体は、ストレプトアビジン−アガロースビーズで分離し、ゲル電気泳動を実施した。化合物2親和カラム上のでSW480核抽出物から得られた主バンドは、見掛け分子量225KDaを有し、免疫ブロットによってCREB結合タンパク質(CBP)と特定された(図1D)。化合物1は、化合物2に結合したCBPを特異的に溶離させ(図1D、レイン7をレイン8と比較する)、親和クロマトグラフィの前の化合物1(20μM)との核抽出物の前インキュベーションにより、CBPの結合を遮断させた(図1D、レイン9)。使用された抗体は、CBPに特異的であり、p300と交差反応しない。したがって、これらのデータは、化合物1がCBPと結合するということを示す。
さらなる一連の調査は、化合物1がCBPに結合するということを確認するために行われた。14C標識化合物1は、14C標識チロシンを合成の際に挿入させることにより合成された。β−カテニンまたはCBP発現ベクターでトランスフェクションされていないまたはトランスフェクションされたSW480細胞の核溶解質は、DMSOまたは冷化合物1と一晩14C標識化合物1で処理された。その後、細胞溶解質は、結合していない14C標識化合物1を除去するために、G−25カラムを用いて除塩され、放射性の挿入が測定された。図1Eに示すように、CBPでトランスフェクションされた核溶解質は、対照群に比べて約4〜6倍の14C標識化合物1の挿入増加を示したが(図1E、レイン2をレイン6と比較する)、それは冷化合物1によって用量依存様式で競合排除された(図1E、レイン6をレイン7および8と比較する)。
この証拠に基づき、化合物1はCBPに結合すると結論付けられた。したがって、本発明の一つの特徴は、CBP含有組成物を薬剤と結合させることを含む方法を提供し、前記薬剤はCBPに結合する。CBPへの前記結合は、CBPがその他に行う任意の他の結合反応を妨げる。よって、本発明は、CPBに結合することにより患者を治療する方法であって、薬剤の有効量を必要とする患者に投与する方法を提供する。
化合物1はCBPの最初の111アミノ酸と特異的に相互作用する
ビオチン化された同族体(analog)としての化合物2(図1A)は、化合物1を結合するために必要なCBPの最小領域の輪郭を描くのに使用された。過剰発現されたCBP断片を含む細胞溶解質(図2B、上部パネル)は、数時間化合物2と予備結合したストレプトアビジン−アガロースビーズと培養された。その後、前記結合したタンパク質は、ビーズから溶離され、結合したCBP断片を検出するために、抗−His抗体を用いてゲル電気泳動および免疫ブロットされた。図示の如く(図2B、下部パネル)、化合物2が特異的に結合する最小部位は、CBPのNH2−末端のアミノ酸1−111であった(レイン2、3および4を他のものと比較する)。共同−免疫沈澱実験から予想されたように、SW480細胞で過剰発現されたp300断片のいずれとも結合が検出されなかった(図示せず。下記参照)。p300(1−111)、p300(1−211)およびp300(1−351)と共に、CBP(1−111)、CBP(1−211)およびCBP(1−351)がSW480細胞で過剰発現されると(図2C、下部パネル)、過剰の化合物1は、CBP断片の結合を強く競合したが(図2C、上部パネル、レイン4〜6をレイン7〜9と比較する)、p300断片の結合に対して何らの影響を与えることができなかった(図2C、上部パネル、レイン10〜12をレイン13〜15と比較する)。したがって、化合物1がCBPの最初111アミノ酸に結合するが、関連タンパク質であるp300には結合しないものと判断された。
他の細胞構成成分によって媒介されるCBPおよび化合物1の間接的な結合の可能性を排除するために、かつ直接結合をテストするために、われわれは、6X−His−タグされたE.coli発現タンパク質を用いてCBP(1−111)およびp300(1−111)を親和−精製した(図2D、右)。ストレプトアビジン−アガロースビーズに結合する化合物2を用いて、われわれは、p300(1−111)には結合せず、化合物2に対するCBP(1−111)の特異結合を示した。それは、過剰の化合物1(図2D、右側、レイン3〜5をレイン6〜8と比較する)によって競合排除された。このデータは、試験管内でCBP(1−111)と化合物1間の直接結合を確認させる。化合物1がE.coliで発現されたCBPに結合するから、これは、CBPが化合物1に結合するための哺乳動物キナーゼによるリン酸化を必要とする可能性を減少させる。
CBPのアミノ末端による重要な役割のさらなる確認が構築物CBP(Δ1−111+NLS)を用いて得られた。全長のCBPの発現が用量依存様式で化合物1(25μM)のβ−カテニン/TCFプロモータ活性抑制を救済するが、CBP(Δ1−111+NLS)の発現は影響を及ぼさなかった(図2E)。
したがって、本発明の一つの特徴は、組成物を薬剤と接触させることを含むβ−カテニンによって誘導された遺伝子発現の調節方法であって、組成物を薬剤と接触させ、前記組成物はβ−カテニン、CBPおよびp300を含み、前記薬剤はp300に対するβ−カテニンの結合には全くまたは殆ど影響せず、CBPに対するβ−カテニンの結合を減少させる有効な量の組成物と接触するという方法を提供する。
化合物1はCBPに対してβ−カテニンと競合する
CBPは、多くの転写事象において律速因子である。図3Aに示すように、CBPの濃度を増加させながらトランスフェクションさせると、化合物1(12.5μM)のIC50は用量依存方式で増加するが、β−カテニンはそうではない。化合物1がCBPに対するβ−カテニンの結合を破壊するかを決定するために、SW480細胞で免疫沈降分析が行われた。CBPでのβ−カテニンの免疫沈降は、濃度依存方式で化合物1によって抑制された(図3B、レイン2、3、および4を比較する。レイン1は対照群であって、抗体が添加されなかった)。CBPに対する化合物1の結合は非常に特異的であり、前記化合物はCBPとp300が非常に同種由来的であるにも拘わらず、p300に対するβ−カテニンの結合を妨げない(図3B、下部パネル、レイン2〜4を比較する)。
前記β−カテニン/CBP相互作用をさらに確認するために、SW480細胞が前述したCBPおよびp300欠損構築物でトランスフェクションされた(図2A)。ビーズの洗浄後、p300(1−111)、p300(1−211)およびp300(1−351)のみならず、CBP(1−111)、CBP(1−211)およびCBP(1−351)は、免疫沈降したβ−カテニンに特異的に結合したままで残っていた(図3C、レイン2〜4をレイン5〜15と比較する)。これらの結合研究は、CBPおよびp300の両方とものNH2−末端の最初111アミノ酸がβ−カテニンに結合することを強調した。この部位が化合物1のCBP結合部位と重畳することを確認するために、われわれは、過剰の化合物1の存在下で、β−カテニンに対する、CBP(1−111)、CBP(1−211)およびCBP(1−351)、並びにp300(1−111)、p300(1−211)およびp300(1−351)の結合を評価した。図3D、下部パネルは、SW480細胞内でこれらの断片の発現レベルの比較を示す。過剰の化合物1に露出させると、前記断片のβ−カテニンに対する結合を急激に競合排除させる(図3D、上部パネル、レイン4〜9をレイン10〜15と比較する)。示されたデータから、化合物1は、CBP(1−111アミノ酸)のアミノ末端に特異的に結合して、2つの非常に同種由来のコアクチベーターであるCBPとp300間で区別し、β−カテニンがCBPと相互作用することを競合排除する。
これらの結合研究は、CBPおよびp300の両方ともの最初111アミノ酸をβ−カテニンとの相互作用の最小領域として強調した。これら領域の配列アライメントは、以前出版されたTCF、APCおよびE−カドヘリン(cadherin)内で発見されたβ−カテニン結合モチーフと顕著な類似性を示す。配列アライメントデータは、他のβ−カテニン相互作用タンパク質と同様に、CBPが、β−カテニン結合に必要な陰電荷を帯びたアミノ酸の保存伸張部分(conserved stretch)に潜伏することを強く暗示する。
化合物1は核のβ−カテニンを減少させる
2つの中のいずれか一つの位置が化合物1によって影響されるかを決定するために、β−カテニンとCBPの細胞内分布が調査された。SW480細胞内の内因性β−カテニンの多くは、CBPと同様に核内で発見された(図4A)。化合物1での処理は、SW480細胞の細胞質へのβ−カテニンの転位を引き起こし、ここで内因性E−カドヘリンの発現は制限される(図4A、対照群(上部)を処理された細胞(下部パネル)と比較する)(de Vries et al., "In vivo and in vitro invasion in relation to phenotypic characteristics of human colorectal carcinoma cells," Br. J. Cancer 71:271-77 (1995))。核伝送抑制剤レプトマイシンBでの処理は、化合物1によって誘導されるβ−カテニンの細胞質伝送を除去するが、これは、図4Aから観察されるβ−カテニンの核放出はβ−カテニン/CBP複合体の破壊に起因することを示唆する(図示せず)。したがって、われわれは、CBPに対するβ−カテニンの結合の破壊がβ−カテニンの核レベルを減少させると結論付けた。化合物1によって誘導されるSW480細胞の核から細胞質へのβ−カテニンの転位は、ウェスタンブロット分析によって観察された(図4B)。
β−カテニン標的遺伝子による分別の調節およびコアクチベーターの利用
cyclin D1遺伝子は、多くの相異なる腫瘍タイプで不適切に発現され、Wnt/β−カテニン経路の直接的標的として知られている(Shtutman et al., "The cyclin D1 gene is a target of the beta-catenin/LEF-1 pathway," Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96:5522-27 (1999); Tetsu et al., "Beta-catenin regulates expression of cyclin D1 in colon carcinoma cells," Nature 398:422-26 (1999))。このβ−カテニン/TCF経路の直接的標的の発現における化合物1の効果を決定するために、リアルタイム逆転写−PCR(RT−PCR)が化合物1(25μM)または対照群で処理された細胞から抽出されたmRNAに対し、処理後4、8または24時間で行われた(表1)。表1は、化合物1(25μM)または対照群(0.5%DMSO)で4、8または24時間処理されたSW480細胞の定量的リアルタイム逆転写−PCR(RT−PCR)の結果を示す。各時間地点に対し、1μgのmRNAがリアルタイムRT−PCRされた。内因性cyclin D1、c−myc、fibronectin、hnkd、axin2、c−jun、およびBMP−4の発現レベルがβ−アクチンに対して相対的に測定された。Δしきい値周期(CT)値の定量は、各セットの平均値から、β−アクチンに対して得られた対応する平均値を差し引くことにより決定された。全ての実験は2回ずつ行われた。
Figure 2007503816
β−アクチン遺伝子は、データを標準化するために使用された。Δしきい値周期(CT)値は、各セットの平均値から、β−アクチン遺伝子に対して得られた対応する平均値を差し引くことにより決定された。細胞内にmRNAの量が少なければ少ないほど、対応するΔCT値が増加する。表1に示すように、対照群と比較し、ΔCT値が時間−依存性方法により、化合物1が処理された細胞内にcyclin D1指標に対する増加が観察された。細胞内のcyclin D1タンパク質レベルも評価された。処理されたSW480細胞の全ての細胞溶解質は、ゲル電気泳動およびウェスタンブロットが行われた。図5Aに示すように、化合物1(25μM)で処理するとき、cyclin D1レベルの明白な減少があった。これは、処理後4時間から始まって24時間に増加した(レイン1をレイン2と、レイン3をレイン4と、そしてレイン5をレイン6と比較する)。
さらに、遺伝子のサブセットが選択されたが、これは、以前、文献からリアルタイムRT−PCRに対してβ-カテニン/TCFの直接的な標的であることが報告されたものである。これらのセットの中で、axin2の指標レベルおよびhuman naked cuticel(hnkd)(Yan et al., "Elevated expression of axin2 and hnkd mRNA provides evidence that Wnt/beta-catenin signaling is activated in human colon tumors," Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98:14973-78 (2001))が予見とおりに下方制御された(表1)。ところが、様々なβ−カテニン/TCFによって制御される遺伝子に対する指標レベルが相当増加した。例えば、c−myc(He et al., "Identification of c-MYC as a target of the APC pathway," Science 281:1509-12 (1998))、c−junおよびfra−1(表1)(Mann et al., "Target genes of beta-catenin-T cell-factor/lymphoid-enhancer-factor signaling in human colorectal carcinomas," Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96:1603-08 (1999))が挙げられる。したがって、化合物1はβ−カテニン標的遺伝子のサ一部の発現のみを抑制する。
化合物1が、β−カテニン情報伝達の2つの標的遺伝子である、c−mycは抑制せず、cyclin D1のみを抑制するという事実は、化合物1がCBPに対してのみ特異性を有し、p300にはそうではないことと、c−mycプロモータによるp300の選択的利用が化合物1による抑圧(repression)を回避させることができることを示唆する。内因性c−mycプロモータのコアクチベーターの使用を評価するために、化合物1(25μM)または対照群(0.5%DMSO)で処理されたSW480細胞でのクロマチン免疫沈降(ChIP)分析が行われた。図5Bに示すように、c−mycプロモータは、対照群処理細胞においてコアクチベーターCBPおよびp300の両方ともによって占有され、大部分はCBPによって占有される。化合物1で処理すると、CBPがc−mycプロモータに結合することが完全に且つ選択的に遮断されると同時に、結合したp300レベルが減少する。c−mycプロモータと同様に、化合物1で処理すると、cyclin D1プロモータでCBPの結合を完全に且つ選択的に遮断する(図5B、下部パネル)。これとは際立って対照的に、p300はcyclin D1遺伝子のプロモータに結合させるためにCBPの代わりに使用できない。これは、リアルタイムRT−PCRおよびウェスタンブロット分析(表1および図5A)から得たデータと関連している。したがって、化合物1は、CBPのβ−カテニンにより調節されるプロモータの一部で、p300ではなくCBPとの結合を選択的に減少させる。
化合物1の選択性をさらに研究するために、Clontech Atlas Human Cancer 1.2 Array(#7851−1)を用いたcDNAマイクロアレイ分析が行われた。データは、化合物1が全体遺伝子転写に対して非常に選択的な効果を持つことを示した(表2〜5)。SW480細胞を25μMの化合物1で処理した8時間後、分析された遺伝子の〜2%が2倍以上上方制御され、これに対し遺伝子の〜−0.3%が50%以上下方制御された(表2〜3)。
Figure 2007503816
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化合物1はG 1 /S期の停止を起こし、カスパーゼ活性を活性化させる
cyclin D1遺伝子の発現の抑制は、細胞周期のG1/S期における停止を起こすことと知られてきた(Shintani et al., 「唾液腺の腺様嚢胞癌におけるRB経路(Rb−p16INK4A−cyclin D1)の稀な変更」、Anticancer Res. 20:2169-75 (2000))。HCT116(図6A、上部パネル)およびSW480(図6A、下部パネル)細胞は、24時間化合物1(25μM)(図6A、右側パネル)または対照群(0.5%DMSO)(図6A、左側パネル)で処置された。次いで、細胞は、ヨウ化プロピジウム(PI)で染色され、FACS細胞蛍光計数器(cytofluorometry)でDNA含量が分析された。予想とおりに、対照群細胞(図6A、左)は正常的にサイクリングする反面、化合物1で処置された細胞(図6A、右側)は細胞周期のG1/S期における蓄積が増加することを示した。したがって、化合物1がG1期で細胞停止を起こすことが分かる。
カスパーゼは、システインタンパク質分解酵素であって、通常アポトーシス刺激により誘発される細胞の与えられた個体群で活性化される。SW480、HCT116および野性型大腸細胞(colonocytes)(CCD18Co細胞)でアポトーシス誘導を評価するために、細胞を化合物(25μM)または対照群(0.5%DMSO)で24時間処理した後、カスパーゼ−3/7活性度を分析した。図6Bに示すように、化合物1は。CCD18Co細胞に対してSW480およびHCT116細胞でカスパーゼ−3/7経路を特異的に且つ相当に活性化させる。
化合物1はトランスフェクションされた直腸結腸細胞(Colorectal Cells)の増殖を減少させる
軟寒天コロニー形成分析は、化合物1(0.25〜5μM)および5−フルオロウラシル(0.5〜32μM)で処置されたSW480細胞を用いて行われた。図7Aに示すように、化合物1は、コロニー形成数において用量依存減少を示す。化合物1および5−FUのIC50数値は、それぞれ0.87±0.11μMおよび1.98±0.17μmであった。したがって、化合物1は、カスパーゼ活性度を増加させ、β−カテニン情報伝達を活性化させる突然変異によってトランスフェクションされた直腸結腸細胞の試験管内における増殖を減少させた。
化合物4および化合物5はMInマウスモデルで腫瘍増殖を増殖させる
化合物4、化合物5、またはベクターが野性型およびMinマウスに投与された。化合物4は、また、化合物1の同族体(analog)である(図1A)。各種処置後、これらマウスの小腸および大腸に形成されるポリプの数を測定した(表6)。データは、化合物4および化合物5の両方ともで、約300mpkで投与される場合、ベクターのみで処置された対照マウスに比べてMinマウスでポリプの数が減少することを示す。
Figure 2007503816
化合物3の細胞毒性
化合物3(化合物1の同族体、図1A)の細胞毒性および他の抗癌治療剤は、様々な起源の癌細胞を用いて測定された。その結果によれば、化合物3は、他の抗癌治療剤(すなわち、シスプラチン、5−FU、ADR(アドリアマイシン)に対する濃度と同様であり或いはより少ない濃度における癌細胞の死亡を起こすことを示す(表7)。
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ラットおよびヒトにおける化合物3の代謝
化合物3の代謝は、その化合物をラットまたはヒトの肝ミクロソームと共に5分〜1時間インキュベーションし、HPLCを介して処置ミクロソームの分画抽出を行い、その分画に対してMS分析を行うことにより分析された。その結果は、図10Aおよび図10Bに示す。いろいろの代謝物(例えば、M1、M2、M3)が2つのシステムともから観察された。
化合物3、化合物4および化合物5の生体利用効率研究
化合物3、化合物4および化合物5の生体利用効率がマウスおよびラットで研究された。これら化合物の構造は図1Aに示す。これら全ての化合物は、同一のベクター(例えば、20%Tween80)を用いて投与された(i.vおよびp.o、10mg/kg)。化合物3、4および5のマウスにおける生体利用効率はそれぞれ2%未満、2%未満、略0%であった。ラットにおける化合物3の生体利用効率は約24%である。
論議
Wnt/β−カテニン経路の誤調節が癌の発達および進行に関与するという山のような強力な証拠がある(Morin, P.J., "Beta-catenin signaling and cancer," Bioessays 21:1021-30 (1999); Moon et al., "The promise and perils of Wnt signaling through beta-catenin," Science 296:1644-46 (2002); Oving et al., "Molecular causes of colon cancer," Eur. J. Clin. Invest. 32:448-57 (2002))。ここで、われわれは式(I)の化合物がβ−カテニン/TCF転写のサブセットを抑制するという発見を記述した。構成的に上昇したβ−カテニン/TCF転写をもたらすAPC遺伝子における突然変異を有するSW480大腸癌腫細胞内の2次構造−鋳型の化学ライブラリを利用するレポータ遺伝子スクリーニングを用いてこれらの少ない分子量抑制剤の生活性の特性を明らかにした。ビオチンが挿入された同族体(化合物2)を用いた親和性クロマトグラフィは、コアクチベータータンパク質CBPを化合物1の分子標的として同定した。
CBPのトランスフェクションは、14C標識化合物1のSW480核溶解質への結合を相当増加させ、これに対し、β−カテニンのトランスフェクションはそうでなかった。CBPを化合物1の分子標的として確認するために、CBP発現ベクターのトランスフェクションが化合物1によるβ−カテニン/TCFレポータ遺伝子構築物の抑制を効力なしにすることができる。しかも、化合物1は、β−カテニンおよびCBPの相互作用を選択的に遮断し、この際、β−カテニンが密接に関連しているコアクチベーターp300と相互作用をすることは妨げなかった。また、化合物1は、SW480細胞内で核から細胞質へのβ−カテニンの再分布を引き起こした。最後に、化合物1によって媒介されるcyclin D1発現の抑制がG1/S細胞周期の停止をもたらし、長期間の処理は、SW480細胞(またはHCT116)細胞でカスパーゼ活性を引き起こしたが、正常大腸細胞ではそうでなかった。トランスフェクションされた大腸癌腫細胞株のアポトーシスを招いた。したがって、化合物1はβ−カテニン経路の抑制剤であり、CBPはその細胞標的である。
化合物1の選択性をさらに研究するために、Clontech Atlas Human Cancer 1.2Array(#7851−1)を用いたcDNAマイクロアレイ分析が行われた。そのデータは、化合物1が全体遺伝子転写に非常に選択的な影響を及ぼすことを示した(表2〜5)。SW480細胞を25μMの化合物1で処理した8時間後、〜2%の分析された遺伝子が2倍以上上方制御され、これに対し、〜0.3%遺伝子が50%下方制御された(表2〜3)。
プロモータ依存性コアクチベーター選択性は、β−カテニン/TCF経路の複雑性に加える。予見とおりに、化合物1は、cyclin D1、hnkd、およびaxin2遺伝子の発現を抑制する(Yan et al., "Elevated expression of axin2 and hnkd mRNA provides evidence that Wnt/beta-catenin signaling is activated in human colon tumors," Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98:14973-78 (2001))。それとは異なり、c−myc (He et al., "Identification of c-MYC as a target of the APC pathway," Science 281:1509-12 (1998)) およびc−jun(Mann et al., "Target genes of beta-catenin-T cell-factor/lymphoid-enhancer-factor signaling in human colorectal carcinomas," Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96:1603-08 (1999)) の発現は、β−カテニン/TCF経路における差別的コアクチベーターの使用のために増加する(表1および図7B)。ChIP分析を用いて、化合物1は、CBPが内因性c−mycおよびcyclin D1プロモータと結合することを抑制し、処理された細胞でc−mycプロモータに対してはp300によるプロモータ占有が増加し、cyclin D1プロモータに対してはそうではなかった。これは、β−カテニンco−IP実験から得られたデータおよびcyclin D1に対するリアルタイムRT−PCRデータと非常に関連している。β−カテニン/CBP相互作用を抑制するのに選択的な化合物1およびβ−カテニン/p300に対して選択的に関連している同族体(Kahn等、出版されていないデータ)は、β−カテニン/TCF複合体がプロモータ依存性およびコアクチベーター−特異的方式(図7B)で遺伝子転写を活性化させるメカニズムを叙述するための新しいケモゲノミクスツールを提供する。
β−カテニンとコアクチベータータンパク質であるCBPおよびp300間の相互作用の特異的接触部位に関する文献には相当な矛盾がある。これは、多分CBPおよびp300のβ−カテニンに多い標的タンパク質に不規則な、そして一般に低いまたは適度な(moderate)親和結合と関係がある。われわれは、この状況を明確にするために、CBPに対する化合物1の結合特異性を使用することができると予想した。化合物1のCBP断片との結合研究は、CBPのNH2−末端(アミノ酸1−111)における相互作用最小部位の発見を誘導した。しかも、化合物1は、p300内の同族配列には結合しない。化合物1は、p300(1−111)/β−カテニンの相互作用を妨げず、細胞内のCBP(1−111)およびβ−カテニン間の相互作用を選択的に遮断する。この部位の配列アライメントは、TCF、APCおよびE−カドヘリンから発見された既存出版されたβ−カテニン結合モチーフと顕著な類似性がある(図5A)(Huber et al., "The structure of the beta-catenin/E-cadherin complex and the molecular basis of diverse ligand recognition by beta-catenin," Cell 105:391-402 (2001)) 。CBP(1−111)およびp300(1−111)の両方ともは、β−カテニンと相互作用をするための重要な陰性電荷を帯びたボタン(DELIXXXXE)を含む(Graham et al., "Tcf4 can specifically recognize beta-catenin using alternative conformations," Nat. Struct. Biol. 8:1048-52 (2001))。APCおよびE−カドヘリンから発見される、Xが非極性脂肪族R基を有するアミノ酸であるSXSSXSモチーフは、また、CBP、SASSP(アミノ酸89〜93)から発見されるが、p300にはない。たとえSW480細胞内で化合物1がp300(1−111)に対してCBP(1−111)に差別的に結合することは主に差別的なリン酸化に起因するが、知られている抑制剤GSK−3β(Nikoulina et al., "Inhibition of glycogen synthase kinase 3' improves insulin action and glucose metabolism in human skeletal muscle," Diabetes 51:2190-98 (2002))またはPKC(Bollag et al., "Effects of the selective protein kinase C inhibitor, Ro 31-7549, on the proliferation of cultured mouse epidermal keratinocytes," J. Invest. Dermatol. 100:240-46 (1993))の使用は、化合物1の結合(図示せず)に対しては効果がない。しかも、E.coliで発現された、精製された組み換えCBP(1−111)は、化合物1に結合でき、コアクチベーター依存性リン酸化に対して差別的因子としてさらに争う。したがって、化合物1を道具として用いて、われわれはCBPのβ−カテニンとの相互作用の最小部位をCBPの最初111アミノ酸に具体的にマッピングした。
われわれのマッピング研究に関する追加の支援は、CBP上のβ−カテニン結合モチーフに非常に近接した、レチノイン酸(RA)受容体RXR/RARに対するCBP上の結合部位の存在から出る(図3F)。以前、RA処理がβ−カテニン/TCF情報伝達を抑制すると見なされた(Earswaran et al., "Cross-regulation of beta-catenin-LEF/TCF and retinoid signaling pathways," Curr. Biol. 9:1415-18 (1999))。共通(LXXLL)(配列番号:46)RXR/RAR結合部位(LSELL)は、CBPおよびp300の両方とものわれわれ提案のβ−カテニン結合部位内のアミノ酸残基70〜74に位置する(Minucci et al., "Retinoid receptors in health and disease: co-regulators and the chromatin connection. Semin," Cell Dev. Biol. 10:215-25 (1999))。
化合物1は、また、われわれが、β−カテニン情報伝達経路であるプロモータ−依存性コアクチベーター−選択性のイッシュを言及可能にする。化合物1の処理は、p300がβ−カテニンと相互作用することを抑制せず(図3D)、処理された細胞で実際にβ−カテニン/p300複合体の形成を増加させる(図3B)。配列アライメントから分かるように、マッピングされたβ−カテニン結合モチーフ内で類似であるが、これら2つのコアクチベーター間には化合物1のCBPに対する、p300に対してはそうでない観察された特異性を説明する。この研究に基づき、CBP/p300のN末端111アミノ酸およびβ−カテニンの相互作用がβ−カテニン/TCF転写活性化に必要であると判断される。
β−カテニン/TCF転写の選択的小分子抑制剤の発見における集中的な興味にも拘わらず、われわれの知見によれば、化合物1は、この経路の直接的小分子抑制剤の最初例を示す。β−カテニンおよびTCF間の精密な構造研究(Graham et al., "Crystal structure of a beta-catenin/Tcf complex," Cell 103:885-96 (2000); Graham et al., "Tcf4 can specifically recognize beta-catenin using alternative conformations," Nat. Struct. Biol. 8:1048-52 (2001); Poy et al., "Structure of a human Tcf4-beta-catenin complex," Nat. Struct. Biol. 8:1053-57 (2001))、この経路の抑制の演繹的な魅力的モードにも拘わらず、β−カテニンの中央Arm反復にまた結合する、TCF(例えば、APCおよびE−カドヘリン)以外の様々なパートナーに起因した特異的抑制剤の発達に関する関心が起こる(Huber et al., "The structure of the beta-catenin/E-cadherin complex and the molecular basis of diverse ligand recognition by beta-catenin," Cell 105:391-402 (2001))。化合物1の精密な選択性は、非常に相同のコアクチベーターp300(CBPとアミノ酸レベルで96%までの同一性を有する)とは異なり、それのβ−カテニン/CBP相互作用の特異的抑制を介して、β−カテニン/TCF媒介の転写を調査するための独特なケモゲノミクスツール(chemogenomics tool)を提供した。化合物1の特異性、その選択的にトランスフェクションされたが正常ではない大腸細胞でアポトーシス性カスパーゼを活性化させる能力、およびその軟寒天コロニー分析における効用は、それの大腸癌における潜在的有用性を高める情報伝達である。また、化合物1の同族体は、マウスの癌モデルにおいて制限された毒性で生体内効用を示してきた(SW480細胞に注射されたヌードマウスおよびMinマウスモデル;Moser et al., "ApcMin: a mouse model for intestinal and mammary tumorigenesis," Eur. J. Cancer A:1061-64 (1995); Kahn et al., 出版されていないデータ)。これは、他の超増殖障害および癌化学治療における潜在的使用に対するβ−カテニン/TCF/CBP転写の選択的抑制剤の用途を確認させる。
この明細書および/または出願データシートに記録された前記全ての米国特許、米国特許出願公開、米国特許出願、外国出願、外国特許出願および特許ではない出版らは、本願明細書にその全体が引用として挿入される。
以上、本発明の特定の実施態様について説明したが、本発明の範囲および精神から逸脱することなく、各種変形例に想到することができ、よって、本発明は、特許請求の範囲による例外を除いては制限されない。
図1A(i)は、化合物1及び化合物2の構造を示す図である。 図1A(ii)は、化合物3、化合物4及び化合物5の構造を示す図である。 図1B(i)は、化合物1が、βカテニン/TCFレポーター遺伝子構造体を抑制することを示す一例の図である。 図1B(ii)は、化合物1が、βカテニン/TCFレポーター遺伝子構造体を抑制することを示すその他の例の図である。 図1Cは、化合物1の、NFATレポーター遺伝子構造体への影響を及ぼさないこと示す一例の図である。 図1Dは、CBPが化合物1の分子標的であることを示す一例の図である。 図1Eは、14C標識化合物1の取り込みを測定した結果の一例を示す図である。 図2Aは、CBPの野生型及び欠失構造体を説明する図である。 図2Bは、CBP欠失構造体と化合物2との結合を示す一例の図である。 図2Cは、化合物1のCBPへの競合を示す一例の図である。 図2Dは、化合物1のCBPへの競合を示すその他の例の図である。 図2Eは、化合物1のCBP(Δ1−111+NLS)への影響を示す一例の図である。 図3Aは、化合物1の結合破壊に対するCBP及びβ−カテニンの容量依存性の一例を示す図である。 図3Bは、化合物1がCBPに対してβ−カテニンと競合する一例を示す図である。 図3Cは、CBP(1−111)が、β−カテニンと相互作用する最小部位であることを示す一例の図である。 図3Dは、化合物1が、CBPに対してβ−カテニンと競合するが、p300構造体とは競合しないことを示す一例の図である。 図3Eは、β−カテニン結合モチーフのアライメントの一例を示す図である。 図3Fは、CBP1−111とp3001−111とのアライメントの一例を示す図である。 図4Aは、β−カテニン及びCBPの免疫蛍光顕微鏡観察の一例を示す図である。 図4Bは、β−カテニンのウエスタンロット分析の一例を示す図である。 図5Aは、サイクリンD1のウエスタンロット分析の一例を示す図である。 図5Bは、c−mycプロモーター及びサイクリンD1プロモーターを用いたChIP測定法の結果の一例を示す図である。 図6Aは、化合物1を作用させた細胞のFACS分析の結果の一例を示す図である。 図6Bは、化合物1の大腸癌細胞におけるカスパーゼ活性化作用の一例を示す図である。 図7Aは、化合物1がトランスフェクションされた直腸結腸細胞の増殖を減少させることの一例を示す図である。 図7Bは、化合物1の効果の概略図である。 図8は、本発明の実施に有用な化学薬剤の製造するための一般的な合成概略を示す一例の図である。 図9は、本発明の実施に有用な化学薬剤の製造するための一般的な合成概略を示すその他の例の図である。 図10Aは、化合物3のラットにおける代謝分析の結果の一例を示す図である。 図10Bは、化合物3のヒトにおける代謝分析の結果の一例を示す図である。
配列番号7、16〜23、28、30、32、34、36、38、40、42、44:フォワードプライマー
配列番号8〜15、24〜26、29、31、33、35、37、39、41、43、45:リバースプライマー
配列番号27:4タンデム(tandem)TCF4結合部位
配列番号46:RXR/RAR結合部位

Claims (165)

  1. 組成物を薬剤と接触させることを含む、β−カテニンにより誘導される標的遺伝子の発現を調節する方法であって、前記組成物はβ−カテニン、CBPおよびp300を含み、前記β−カテニンはp300に対するCBPへの結合可能性を有し、前記薬剤はβ−カテニンがp300に対するCBPへの結合可能性を変化させるのに有効な量で組成物と接触する方法。
  2. 前記薬剤がβ−カテニンに対するCBPの結合を増加させる、請求項1に記載の方法。
  3. 前記薬剤がβ−カテニンに対するp300の結合を減少させる、請求項2に記載の方法。
  4. 前記薬剤がβ−カテニンに対するp300の結合を増加させる、請求項1に記載の方法。
  5. 前記薬剤がβ−カテニンに対するCBPの結合を減少させる、請求項4に記載の方法。
  6. 前記組成物が生体外(ex vivo)に存在する、請求項1に記載の方法。
  7. 前記組成物が幹細胞を含む、請求項6に記載の方法。
  8. 前記組成物が細胞または哺乳動物である、請求項1に記載の方法。
  9. 前記哺乳動物が癌に罹患し、前記量が前記癌の治療に有効な量である、請求項8に記載の方法。
  10. 前記癌が大腸癌(colon cancer)である、請求項9に記載の方法。
  11. 前記癌が前立腺癌および乳房癌から選択される、請求項9に記載の方法。
  12. 前記組成物は細胞であり、前記薬剤は前記細胞が増殖ではなく分化する可能性を増加させる、請求項1に記載の方法。
  13. 前記組成物は細胞であり、前記薬剤は前記細胞が分化ではなく増殖する可能性を増加させる、請求項1に記載の方法。
  14. 前記薬剤が、下記式(I)およびその異性体から選択される構造を有する、請求項1に記載の方法:
    Figure 2007503816
    式中、Aは−(CHR3)−または−(C=O)−であり、Bは−(CHR4)−または−(C=O)−であり、Dは−(CHR5)−または−(C=O)−であり、Eは−(ZR6)−または−(C=O)−であり、Gは−(XR7n−、−(CHR7)−(NR8)−、−(C=O)−(XR9)−、または−(C=O)−であり、Wは−Y(C=O)−、−(C=O)NH−、−(SO2)−、または存在せず、Yは酸素または硫黄であり、XおよびZは独立に窒素またはCHであり、n=0または1であり;およびR1、R2、R3、R4、R5、R6、R7、R8およびR9は同一または異なり、それぞれアミノ酸側鎖基(side chain moiety)、アミノ酸側鎖基の誘導体、または分子の残基から独立に選択される。
  15. 1、R2、R3、R4、R5、R6、R7、R8およびR9は、アミノC2-5アルキル、グアニジノC2-5アルキル、C1-4アルキルグアニジノC2-5アルキル、ジC1-4アルキルグアニジノC2-5アルキル、アミジノC2-5アルキル、C1-4アルキルアミジノC2-5アルキル、ジC1-4アルキルアミジノC2-5アルキル、C1-3アルコキシ、フェニル、置換フェニル(ここで、置換基はアミノ、アミジノ、グアニジノ、ヒドラジノ、アミダゾニル、C1-4アルキルアミノ、C1-4ジアルキルアミノ、ハロゲン、パーフルオロC1-4アルキル、C1-4アルキル、C1-3アルコキシ、ニトロ、カルボキシ、シアノ、スルフリルまたはヒドロキシルの少なくとも一つから独立に選択される)、ベンジル、置換ベンジル(ここで、ベンジル上の置換基はアミノ、アミジノ、グアニジノ、ヒドラジノ、アミダゾニル、C1-4アルキルアミノ、C1-4ジアルキルアミノ、ハロゲン、パーフルオロC1-4アルキル、C1-3アルコキシ、ニトロ、カルボキシ、シアノ、スルフリルまたはヒドロキシルの少なくとも一つから独立に選択される)、ナフチル、置換ナフチル(ここで、置換基はアミノ、アミジノ、グアニジノ、ヒドラジノ、アミダゾニル、C1-4アルキルアミノ、C1-4ジアルキルアミノ、ハロゲン、パーフルオロC1-4アルキル、C1-4アルキル、C1-3アルコキシ、ニトロ、カルボキシ、シアノ、スルフリルまたはヒドロキシルの少なくとも一つから独立に選択される)、ビス−フェニルメチル、置換ビス−フェニルメチル(ここで、置換基はアミノ、アミジノ、グアニジノ、ヒドラジノ、アミダゾニル、C1-4アルキルアミノ、C1-4ジアルキルアミノ、ハロゲン、パーフルオロC1-4アルキル、C1-4アルキル、C1-3アルコキシ、ニトロ、カルボキシ、シアノ、スルフリルまたはヒドロキシルの少なくとも一つから独立に選択される)、ピリジル、置換ピリジル、(ここで、置換基はアミノ、アミジノ、グアニジノ、ヒドラジノ、アミダゾニル、C1-4アルキルアミノ、C1-4ジアルキルアミノ、ハロゲン、パーフルオロC1-4アルキル、C1-4アルキル、C1-3アルコキシ、ニトロ、カルボキシ、シアノ、スルフリルまたはヒドロキシルの少なくとも一つから独立に選択される)、ピリジルC1-4アルキル、置換ピリジルC1-4アルキル(ここで、ピリジン置換基はアミノ、アミジノ、グアニジノ、ヒドラジノ、アミダゾニル、C1-4アルキルアミノ、C1-4ジアルキルアミノ、ハロゲン、パーフルオロC1-4アルキル、C1-4アルキル、C1-3アルコキシ、ニトロ、カルボキシ、シアノ、スルフリルまたはヒドロキシルの少なくとも一つから独立に選択される)、ピリミジルC1-4アルキル、置換ピリミジルC1-4アルキル(ここで、ピリミジン置換基はアミノ、アミジノ、グアニジノ、ヒドラジノ、アミダゾニル、C1-4アルキルアミノ、C1-4ジアルキルアミノ、ハロゲン、パーフルオロC1-4アルキル、C1-4アルキル、C1-3アルコキシ、または、ニトロ、カルボキシ、シアノ、スルフリルまたはヒドロキシルの少なくとも一つから独立に選択される)、トリアジン−2−イル−C1-4アルキル、置換トリアジン−2−イル−C1-4アルキル(ここで、トリアジン置換基はアミノ、アミジノ、グアニジノ、ヒドラジノ、アミダゾニル、C1-4アルキルアミノ、C1-4ジアルキルアミノ、ハロゲン、パーフルオロC1-4アルキル、C1-4アルキル、C1-3アルコキシ、ニトロ、カルボキシ、シアノ、スルフリルまたはヒドロキシルの少なくとも一つから独立に選択される)、イミダゾールC1-4アルキル、置換イミダゾールC1-4アルキル(ここで、イミダゾール置換基はアミノ、アミジノ、グアニジノ、ヒドラジノ、アミダゾニル、C1-4アルキルアミノ、C1-4ジアルキルアミノ、ハロゲン、パーフルオロC1-4アルキル、C1-4アルキル、C1-3アルコキシ、ニトロ、カルボキシ、シアノ、スルフリルまたはヒドロキシルの少なくとも一つから独立に選択される)、イミダゾリニルC1-4アルキル、N−アミノピペラジニル−N−C0-4アルキル、ヒドロキシC2-5アルキル、C1-5アルキルアミノC2-5アルキル、ヒドロキシC2-5アルキル、C1-5アルキルアミノC2-5アルキル、C1-5ジアルキルアミノC2-5アルキル、N−アミジノピペリジニルC1-4アルキルおよび4−アミノシクロヘキシルC0-2アルキルから独立に選択される、請求項14に記載の方法。
  16. Aが−(CHR3)−であり、Bが−(C=O)−であり、Dが−(CHR5)−であり、Eが−(C=O)−であり、Gが−(XR7n−であり、前記化合物が下記一般式(II)を有する、請求項14に記載の方法:
    Figure 2007503816
    式中、R1、R2、R3、R5、R5、R7、W、Xおよびnは、請求項1の定義と同様である。
  17. Aが−(C=O)−であり、Bが−(CHR4)−であり、Dが−(C=O)−であり、Eが−(ZR6)−であり、Gが−(C=O)−(XR9)−であり、前記化合物が下記一般式(III)を有する、請求項14に記載の方法:
    Figure 2007503816
    式中、R1、R2、R4、R6、R9、WおよびXは、請求項1の定義と同様であり、Zは、窒素またはCHであり、但しZがCHであれば、Xは窒素である。
  18. Aが−(C=O)−であり、Bが−(CHR4)−であり、Dが−(C=O)−であり、Eが−(ZR6)−であり、Gが(XR7n−であり、前記化合物は下記一般式(IV)を有する、請求項14に記載の化合物:
    Figure 2007503816
    式中、R1、R2、R4、R6、R7、W、X及びnは、請求項1の定義と同様であり、Zは、窒素またはCHであり、但し、Zが窒素であれば、nは0であり、またZがCHであれば、Xは窒素であり、nは0ではない。
  19. 前記化合物は、下記一般式(VI)を有する、請求項18に記載の方法:
    Figure 2007503816
    式中、Raは、窒素、酸素または硫黄から選択される1〜3個のヘテロ原子を持つことが可能な8〜11員環の二環式(bicyclic)アリール基であり、Rbは、窒素、酸素または硫黄から選択される1〜2個のヘテロ原子を持つことが可能な5〜7員環の単環式アリール基であり、化合物中のアリール環がハロゲン化物、ヒドロキシ、シアノ、低級アルキル、及び低級アルコキシ基からなる群から選択される少なくとも一つの置換基を持つことができる。
  20. aはナフチル、キノリニルまたはイソキノリニル基であり、Rbはフェニル、ピリジルまたはピペリジルであり、これらすべてはハロゲン化合物、ヒドロキシ、シアノ、低級アルキル、および低級アルコキシ基からなる群から選択される少なくとも一つの置換基で置換できる、請求項19に記載の方法。
  21. aはナフチルであり、Rbはフェニルであり、これらはハロゲン化物、ヒドロキシ、シアノ、低級アルキル、及び低級アルコキシ基からなる群から選択される少なくとも一つの置換基で置換できる、請求項20に記載の方法。
  22. 前記薬剤が化合物1である、請求項14に記載の方法。
  23. 薬剤、β−カテニン、CBPおよびp300を含む組成物であって、β−カテニンはp300に対するCBPへの結合可能性を有し、前記薬剤はβ−カテニンがp300に対するCBPへの結合可能性を変化させるのに有効な量で組成物内に存在する、組成物。
  24. 前記薬剤がβ−カテニンに対するCBPの結合を増加させる、請求項23に記載の組成物。
  25. 前記薬剤がβ−カテニンに対するp300の結合を減少させる、請求項24に記載の組成物。
  26. 前記薬剤がβ−カテニンに対するp300の結合を増加させる、請求項23に記載の組成物。
  27. 前記薬剤がβ−カテニンに対するCBPの結合を減少させる、請求項26に記載の組成物。
  28. 前記組成物が生体外(ex vivo)状態にある、請求項23に記載の組成物。
  29. 前記組成物が幹細胞をさらに含む、請求項28に記載の組成物。
  30. 前記薬剤は、細胞が増殖ではなく分化する可能性を増加させる、請求項29に記載の組成物。
  31. 前記薬剤は、細胞が分化ではなく増殖する可能性を増加させる、請求項29に記載の組成物。
  32. 前記薬剤が、下記式(I)およびその異性体から選択される構造を持つ、請求項23に記載の組成物:
    Figure 2007503816
    式中、Aは−(CHR3)−または−(C=O)−であり、Bは−(CHR4)−または−(C=O)−であり、Dは−(CHR5)−または−(C=O)−であり、Eは−(ZR6)−または−(C=O)−であり、Gは−(XR7n−、−(CHR7)−(NR8)−、−(C=O)−(XR9)−、または−(C=O)−であり、Wは−Y(C=O)−、−(C=O)NH−、−(SO2)−、または存在せず、Yは酸素または硫黄であり、XおよびZは独立に窒素またはCHであり、n=0または1であり;およびR1、R2、R3、R4、R5、R6、R7、R8およびR9は同一または異なり、それぞれアミノ酸側鎖基、アミノ酸側鎖基の誘導体、または分子の残基から独立に選択される。
  33. 前記薬剤が化合物1である、請求項32に記載の化合物。
  34. (a)Wnt経路の構成要素を含む組成物(i)を、Wnt経路を活性化させる化合物(ii)と接触させ、活性化されたWnt経路を提供し、
    (b)p300およびβ−カテニン間の結合を完全にまたは実質的に妨げるが、CBPおよびβ−カテニン間の結合は殆どまたは全く妨げない化学薬剤でWnt経路の活性を調節することを含む、Wnt経路の活性を調節する方法。
  35. 前記組成物が細胞である、請求項34に記載の方法。
  36. 生体外(ex vivo)で行われる、請求項34に記載の方法。
  37. 前記化合物がLiClまたはGSK3抑制剤である、請求項34に記載の方法。
  38. 前記化学薬剤が、下記式(I)およびその異性体から選択される構造を持つ、請求項34に記載の方法:
    Figure 2007503816
    式中、Aは−(CHR3)−または−(C=O)−であり、Bは−(CHR4)−または−(C=O)−であり、Dは−(CHR5)−または−(C=O)−であり、Eは−(ZR6)−または−(C=O)−であり、Gは−(XR7n−、−(CHR7)−(NR8)−、−(C=O)−(XR9)−、または−(C=O)−であり、Wは−Y(C=O)−、−(C=O)NH−、−(SO2)−、または存在せず、Yは酸素または硫黄であり、XおよびZは独立に窒素またはCHであり、n=0または1であり;およびR1、R2、R3、R4、R5、R6、R7、R8およびR9は同一または異なり、それぞれアミノ酸側鎖基、アミノ酸側鎖基の誘導体、または分子の残基から独立に選択される。
  39. (a)細胞集団を、集団の一部は増殖し、一部は分化する条件下とし、
    (b)前記集団に化学薬剤を添加し、前記薬剤が、分化する細胞の割合に対して増殖する細胞の割合を増加させることを含む、細胞増殖を調節する方法。
  40. 前記化合物はp300及びカテニン間の結合を妨げる、請求項39に記載の方法。
  41. Wnt経路を活性化させる薬剤を集団に添加することをさらに含む、請求項39に記載の方法。
  42. 前記細胞集団は幹細胞の集団である、請求項39に記載の方法。
  43. 生体外(ex vivo)で行われる、請求項39に記載の方法。
  44. 細胞集団の分化を引き起こす薬剤を添加することをさらに含む、請求項39に記載の方法。
  45. 集団内の細胞が分化して血液細胞を形成する、請求項44に記載の方法。
  46. 集団内の細胞が分化して神経細胞、筋肉細胞、骨細胞または膵臓ベータ細胞(pancreatic beta-cells)を形成する、請求項44に記載の方法。
  47. 前記化学薬剤が、下記式(I)およびその異性体から選択される構造を持つ、請求項44に記載の方法:
    Figure 2007503816
    式中、Aは−(CHR3)−または−(C=O)−であり、Bは−(CHR4)−または−(C=O)−であり、Dは−(CHR5)−または−(C=O)−であり、Eは−(ZR6)−または−(C=O)−であり、Gは−(XR7n−、−(CHR7)−(NR8)−、−(C=O)−(XR9)−、または−(C=O)−であり、Wは−Y(C=O)−、−(C=O)NH−、−(SO2)−、または存在せず、Yは酸素または硫黄であり、XおよびZは独立に窒素またはCHであり、n=0または1であり;およびR1、R2、R3、R4、R5、R6、R7、R8およびR9は同一または異なり、それぞれアミノ酸側鎖基、アミノ酸側鎖基の誘導体、または分子の残基から独立に選択される。
  48. β−カテニン/p300相互作用に対してβ−カテニン/CBP相互作用を選択的に抑制する方法であって、前記方法は化合物を組成物に投与することを含み、前記組成物はβ−カテニン、CBP及びp300を含み、前記化合物はβ−カテニン/p300相互作用に対してβ−カテニン/CBP相互作用を選択的に抑制する方法。
  49. 前記化合物が、下記式(I)およびその異性体から選択される構造を持つ、請求項48に記載の方法:
    Figure 2007503816
    式中、Aは−(CHR3)−または−(C=O)−であり、Bは−(CHR4)−または−(C=O)−であり、Dは−(CHR5)−または−(C=O)−であり、Eは−(ZR6)−または−(C=O)−であり、Gは−(XR7n−、−(CHR7)−(NR8)−、−(C=O)−(XR9)−、または−(C=O)−であり、Wは−Y(C=O)−、−(C=O)NH−、−(SO2)−、または存在せず、Yは酸素または硫黄であり、XおよびZは独立に窒素またはCHであり、n=0または1であり;およびR1、R2、R3、R4、R5、R6、R7、R8およびR9は同一または異なり、それぞれアミノ酸側鎖基、アミノ酸側鎖基の誘導体、または分子の残基から独立に選択される。
  50. β−カテニン/CBP相互作用に対してβ−カテニン/p300相互作用を選択的に抑制する方法であって、前記方法は化合物を組成物に投与することを含み、前記組成物はβ−カテニン、CBP及びp300を含み、前記化合物はβ−カテニン/CBP相互作用に対してβ−カテニン/p300相互作用を選択的に抑制する方法。
  51. 前記化合物が、下記式(I)およびその異性体から選択される構造を持つ、請求項50に記載の方法:
    Figure 2007503816
    式中、Aは−(CHR3)−または−(C=O)−であり、Bは−(CHR4)−または−(C=O)−であり、Dは−(CHR5)−または−(C=O)−であり、Eは−(ZR6)−または−(C=O)−であり、Gは−(XR7n−、−(CHR7)−(NR8)−、−(C=O)−(XR9)−、または−(C=O)−であり、Wは−Y(C=O)−、−(C=O)NH−、−(SO2)−、または存在せず、Yは酸素または硫黄であり、XおよびZは独立に窒素またはCHであり、n=0または1であり;およびR1、R2、R3、R4、R5、R6、R7、R8およびR9は同一または異なり、それぞれアミノ酸側鎖基、アミノ酸側鎖基の誘導体、または分子の残基から独立に選択される。
  52. 核から細胞質へのβ−カテニンの転位(translocation)を促進させる方法であって、前記方法は化合物を細胞に投与することを含み、前記細胞は核及び細胞質を含み、前記核はβ−カテニンを含み、前記化合物は核から細胞質へのβ−カテニンの転位を起こす方法。
  53. 前記化合物が、下記式(I)およびその異性体から選択される構造を持つ、請求項52に記載の方法:
    Figure 2007503816
    式中、Aは−(CHR3)−または−(C=O)−であり、Bは−(CHR4)−または−(C=O)−であり、Dは−(CHR5)−または−(C=O)−であり、Eは−(ZR6)−または−(C=O)−であり、Gは−(XR7n−、−(CHR7)−(NR8)−、−(C=O)−(XR9)−、または−(C=O)−であり、Wは−Y(C=O)−、−(C=O)NH−、−(SO2)−、または存在せず、Yは酸素または硫黄であり、XおよびZは独立に窒素またはCHであり、n=0または1であり;およびR1、R2、R3、R4、R5、R6、R7、R8およびR9は同一または異なり、それぞれアミノ酸側鎖基、アミノ酸側鎖基の誘導体、または分子の残基から独立に選択される。
  54. WNT/β−カテニン経路により標的とされる遺伝子の発現を選択的に抑制する方法であって、前記方法は化合物を組成物に投与することを含み、前記組成物はWNT/β−カテニン経路により標的とされる遺伝子を含み、前記化合物はWNT/β−カテニン経路により標的とされる遺伝子の発現の変化を起こす方法。
  55. 前記化合物が、下記式(I)およびその異性体から選択される構造を持つ、請求項54に記載の方法:
    Figure 2007503816
    式中、Aは−(CHR3)−または−(C=O)−であり、Bは−(CHR4)−または−(C=O)−であり、Dは−(CHR5)−または−(C=O)−であり、Eは−(ZR6)−または−(C=O)−であり、Gは−(XR7n−、−(CHR7)−(NR8)−、−(C=O)−(XR9)−、または−(C=O)−であり、Wは−Y(C=O)−、−(C=O)NH−、−(SO2)−、または存在せず、Yは酸素または硫黄であり、XおよびZは独立に窒素またはCHであり、n=0または1であり;およびR1、R2、R3、R4、R5、R6、R7、R8およびR9は同一または異なり、それぞれアミノ酸側鎖基、アミノ酸側鎖基の誘導体、または分子の残基から独立に選択される。
  56. 幹細胞を未分化状態に維持させる方法であって、細胞の分化を抑制しまたは細胞の増殖を促進させる薬剤と、幹細胞を未分化状態に維持するのに有効な量で幹細胞を接触させることを含む方法。
  57. 前記薬剤は、β−カテニン/CBP相互作用に対してβ−カテニン/p300相互作用を選択的に抑制する、請求項56に記載の方法。
  58. β−カテニン:CBP相互作用の小分子抑制剤を同定する方法であって、
    (a)推定のβ−カテニン:CBP小分子抑制剤を、CBP 1−111を含む部分(moiety)と接触させる工程と、
    (b)前記工程(a)の混合物を、β−カテニンを含む部分(moiety)と接触させる工程と、
    (c)前記工程(a)の前記分子が、前記工程(b)のβ−カテニンを含む部分(moiety)と前記工程(a)のCBP 1−111を含む部分(moiety)との結合を抑制するかどうかを分析手段によって決定する工程と、
    (d)前記工程(a)の前記小分子が、前記CBP 1−111を含む部分(moiety)と前記β−カテニンを含む部分(moiety)との結合を抑制するとの決定によって、前記工程(a)の小分子をβ−カテニン:CBP相互作用の抑制剤として同定する工程とを含む方法。
  59. (e)前記工程(d)の同定されたβ−カテニン:CBP相互作用の小分子抑制剤を、p300 1−111を含む部分(moiety)(1)及びβ−カテニン(2)を含む混合物に接触させる工程と、
    (f)前記工程(e)の前記分子が、前記p300 1−111を含む部分(moiety)とβ−カテニンとの結合を抑制しないかどうかを分析手段によって決定する工程と、
    (g)前記工程(e)の前記小分子が、前記p300 1−111を含む部分(moiety)とβ−カテニンとの結合を抑制しないとの決定により、前記小分子がβ−カテニン:CBP相互作用の選択的抑制剤であることを確認する工程とをさらに含む、請求項58に記載の方法。
  60. β−カテニン:CBP相互作用の小分子抑制剤を同定する方法であって、
    (a)推定のβ−カテニン:CBPの小分子抑制剤を、β−カテニンを含む部分と接触させる工程と、
    (b)前記工程(a)の混合物を、CBP 1−111を含む部分(moiety)と接触させる工程と、
    (c)前記工程(a)の前記分子が、前記工程(b)のCBP 1−111を含む部分(moiety)と前記工程(a)のβ−カテニンを含む部分(moiety)との結合を抑制するかどうかを分析手段によって決定する工程と、
    (d)前記工程(a)の前記小分子が、β−カテニンを含む部分(moiety)とCBP 1−111を含む部分(moiety)との結合を抑制するか否かの決定により、前記工程(a)の小分子をβ−カテニン:CBP相互作用の抑制剤として同定する工程とを含む方法。
  61. (e)前記工程(d)の同定されたβ−カテニン:CBP相互作用の小分子抑制剤を、p300 1−111を含む部分(moiety)(1)およびβ−カテニン(2)を含む混合物と接触させる工程と、
    (f)前記工程(e)の前記分子が、前記p300 1−111を含む部分(moiety)とβ−カテニンとの結合を抑制しないかどうかを分析手段によって決定する工程と、
    (g)前記工程(e)の前記小分子が、前記p300 1−111を含む部分(moiety)とβ−カテニンとの結合を抑制しないとの決定により、前記小分子がβ−カテニン:CBP相互作用の選択的抑制剤であることを確認する工程とをさらに含む、請求項60に記載の方法。
  62. β−カテニン:CBP相互作用の小分子抑制剤を同定する方法であって、
    (a)推定のβ−カテニン:CBP小分子抑制剤を、CBP 1−111と結合した(associated)β−カテニンを含む部分(moiety)と接触させる工程と、
    (b)前記工程(a)の前記分子が、β−カテニンからCBP 1−110を分離させるかどうかを分析手段によって決定する工程と、
    (c)前記工程(a)の前記小分子が、CBP 1−111からβ−カテニンの結合を分離させるとの決定により、前記工程(a)の小分子をβ−カテニン:CBP相互作用の抑制剤として同定する工程とを含む方法。
  63. (d)前記工程(c)で同定されたβ−カテニン:CBP相互作用の小分子抑制剤を、p300 1−111を含む部分(moiety)(1)およびβ−カテニン(2)を含む混合物に接触させる工程と、
    (e)前記工程(d)の前記分子が、前記p300 1−111を含む部分(moiety)とβ−カテニンとの結合を抑制しないかどうかを分析手段によって決定する工程と、
    (f)前記工程(d)の前記小分子が、前記p300 1−111を含む部分(moiety)とβ−カテニンとの結合を抑制しないとの決定により、前記小分子がβ−カテニン:CBP相互作用の選択的抑制剤であることを確認する工程とをさらに含む、請求項62に記載の方法。
  64. β−カテニン:p300相互作用の小分子抑制剤を同定する方法であって、
    (a)推定のβ−カテニン:p300小分子抑制剤を、p300 1−111を含む部分と接触させる工程と、
    (b)前記工程(a)の混合物を、β−カテニンを含む部分(moiety)と接触させる工程と、
    (c)前記工程(a)の前記分子が、前記工程(b)のβ−カテニンを含む部分(moiety)と前記工程(a)のp300 1−111を含む部分(moiety)との結合を抑制するかどうかを分析手段によって決定する工程と、
    (d)前記工程(a)の前記小分子が、前記p300 1−111を含む部分(moiety)とβ−カテニンを含む部分(moiety)との結合を抑制するとの決定によって、前記工程(a)の前記小分子をβ−カテニン:p300相互作用の抑制剤として同定する工程とを含む方法。
  65. (e)前記工程(d)の同定されたβ−カテニン:p300相互作用の小分子抑制剤を、CBP 1−111を含む部分(moiety)(1)およびβ−カテニン(2)を含む混合物に接触させる工程と、
    (f)前記工程(e)の前記分子が、前記CBP 1−111を含む部分(moiety)とβ−カテニンとの結合を抑制しないかどうかを分析手段によって決定する工程と、
    (g)前記工程(e)の前記小分子が、前記CBP 1−111を含む部分(moiety)と前記β−カテニンとの結合を抑制しないとの決定により、前記小分子がβ−カテニン:p300相互作用の選択的抑制剤であることを確認する工程とをさらに含む、請求項64に記載の方法。
  66. β−カテニン:p300相互作用の小分子抑制剤を同定する方法であって、
    (a)推定のβ−カテニン:p300小分子抑制剤を、β−カテニンを含む部分と接触させる工程と、
    (b)前記工程(a)の混合物を、p300 1−111を含む部分(moiety)と接触させる工程と、
    (c)前記工程(a)の前記分子が、前記工程(b)のp300 1−111と含む部分(moiety)が前記工程(a)のβ−カテニンを含む部分(moiety)との結合を抑制するかどうかを分析手段によって決定する工程と、
    (d)前記工程(a)の前記小分子が、前記β−カテニンを含む部分(moiety)とp300 1−111を含む部分(moiety)との結合を抑制するとの決定によって、前記工程(a)の小分子をβ−カテニン:p300相互作用の抑制剤として同定する工程とを含む、方法。
  67. (e)前記工程(d)の同定されたβ−カテニン:p300相互作用の小分子抑制剤を、CBP 1−111を含む部分(moiety)(1)およびβ−カテニン(2)を含む混合物に接触させる工程と、
    (f)工程(e)の前記分子が、前記CBP 1−111を含む部分とβ−カテニンとの結合を抑制しないかどうかを分析手段によって決定する工程と、
    (g)前記工程(e)の前記小分子が、前記CBP 1−111を含む部分(moiety)と前記β−カテニンとの結合を抑制しないことの決定により、前記小分子がβ−カテニン:p300相互作用の選択的抑制剤であることを確認する工程とをさらに含む、請求項66に記載の方法。
  68. β−カテニン:p300相互作用の小分子抑制剤を同定する方法であって、
    (a)推定のβ−カテニン:p300小分子抑制剤を、p300 1−111と結合したβ−カテニン(1)を含む部分(moiety)と接触させる工程と、
    (b)前記工程(a)の前記分子が、β−カテニンからp300 1−111を分離させるかどうかを分析手段によって決定する工程と、
    (c)前記工程(a)の前記小分子が、p300 1−111からβ−カテニンの結合を分離させるとの決定により、前記工程(a)の小分子をβ−カテニン:p300相互作用の抑制剤として同定する工程とを含む方法。
  69. (d)前記工程(c)で同定されたβ−カテニン:p300相互作用の小分子抑制剤を、CBP 1−111を含む部分(moiety)(1)およびβ−カテニン(2)を含む混合物に接触させる工程と、
    (e)前記工程(d)の前記分子が、前記CBP 1−111を含む部分(moiety)とβ−カテニンとの結合を抑制しないかどうかを分析手段によって決定する工程と、
    (f)前記工程(d)の前記小分子が、前記CBP 1−111を含む部分(moiety)と前記β−カテニンとの結合を抑制しないとの決定により、前記小分子がβ−カテニン:p300相互作用の選択的抑制剤であることを確認する工程とをさらに含む、請求項68に記載の方法。
  70. 配列番号:1または配列番号:1と少なくとも80%以上の同一性を有する配列(但し、前記配列は全長のCBPタンパク質をコードしない)を含む、実質的に精製単離された核酸分子。
  71. 前記核酸分子は、前記配列番号:1と少なくとも90%以上の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、請求項70に記載の核酸分子。
  72. 前記核酸分子は、β−カテニンに結合するペプチドをコードする、請求項70に記載の核酸分子。
  73. 前記核酸分子が、CBPタンパク質内に存在する、200個以下の連続したアミノ酸残基を含むペプチドをコードする、請求項70に記載の核酸分子。
  74. 前記核酸分子が、CBPタンパク質内に存在する、150個以下の連続したアミノ酸残基を含むペプチドをコードする、請求項70に記載の核酸分子。
  75. 前記ペプチドが、配列番号:2または配列番号:5を含む、請求項74に記載の核酸分子。
  76. 配列番号:1の断片または前記断片と少なくとも80%以上の同一性を有する配列(但し、前記配列は全長のCBPタンパク質をコードしない)を含む、実質的に精製単離された核酸分子。
  77. 前記断片が90〜300核酸を有する、請求項76に記載の核酸分子。
  78. 前記核酸分子が前記断片と少なくとも90%以上の同一性を有する、請求項76に記載の核酸分子。
  79. 前記断片が、β−カテニンに結合するペプチドをコードする、請求項76に記載の核酸分子。
  80. 配列番号:2または配列番号:2と少なくとも80%以上の同一性を有するペプチドを含む、実質的に精製単離されたペプチド(但し、ペプチドは全長のCBPタンパク質ではない)。
  81. 前記ペプチドが配列番号:2と少なくとも90%以上の同一性を有する、請求項80に記載のペプチド。
  82. 前記ペプチドがβ−カテニンに結合する、請求項80に記載のペプチド。
  83. 前記ペプチドが、CBPタンパク質内に存在する、連続したアミノ酸200残基以下を含む、請求項80に記載のペプチド。
  84. 前記ペプチドが、CBPタンパク質内に存在する、連続したアミノ酸150残基以下を含む、請求項80に記載のペプチド。
  85. 前記ペプチドが配列番号:2または配列番号:4を含む、請求項84に記載のペプチド。
  86. 配列番号:2の断片または前記断片と少なくとも80%以上の同一性を有する配列を含む、実質的に精製単離されたペプチド(但し、前記ペプチドは全長のCBPタンパク質ではない)。
  87. 前記断片が30〜100アミノ酸を有する、請求項86に記載のペプチド。
  88. 前記ペプチドが前記断片と少なくとも90%以上の同一性を有する、請求項86に記載のペプチド。
  89. 前記ペプチドがβ−カテニンに結合する、請求項86に記載のペプチド。
  90. 配列番号:1または配列番号:1と少なくとも80%以上の同一性を有する配列(但し、前記配列は全長のCBPタンパク質をコードしない)から本質的に構成される、実質的に精製単離された核酸分子。
  91. 前記核酸分子は配列番号:1と少なくとも90%以上の同一性を有する、請求項90に記載の核酸分子。
  92. 前記核酸分子が、β−カテニンに結合するペプチドをコードする、請求項90に記載の核酸分子。
  93. 配列番号:1の断片または前記断片と少なくとも80%以上の同一性を有する配列から本質的に構成される、実質的に精製単離された核酸分子。
  94. 前記断片は90〜300ヌクレオチドを有する、請求項93に記載の核酸分子。
  95. 前記核酸分子が、前記断片と少なくとも90%以上の同一性を有する、請求項93に記載の核酸分子。
  96. 前記断片が、β−カテニンに結合するペプチドをコードする、請求項93に記載の核酸分子。
  97. 配列番号:2または配列番号:2と少なくとも80%以上の同一性を有するペプチドから本質的に構成される、実質的に精製単離されたペプチド。
  98. 前記ペプチドが配列番号:2と少なくとも90%以上の同一性を有する、請求項97に記載のペプチド。
  99. 前記ペプチドがβ−カテニンに結合する、請求項97に記載のペプチド。
  100. 配列番号:2の断片または前記断片と少なくとも80%以上の同一性を有する配列から本質的に構成される、実質的に精製単離されたペプチド。
  101. 前記断片は30〜100アミノ酸を有する、請求項100に記載のペプチド。
  102. 前記ペプチドは前記断片と少なくとも90%以上の同一性を有する、請求項100に記載のペプチド。
  103. 前記ペプチドはβ−カテニンに結合する、請求項100に記載のペプチド。
  104. 配列番号:1または配列番号:1と少なくとも80%以上の同一性を有する配列から構成される、実質的に精製単離された核酸分子。
  105. 前記核酸分子は配列番号:1と少なくとも90%以上の同一性を有する、請求項104に記載の核酸分子。
  106. 前記核酸分子がβ−カテニンに結合する、請求項104に記載の核酸分子。
  107. 配列番号:1の断片または前記断片と少なくとも80%以上の同一性を有する配列から構成される、実質的に精製単離された核酸分子。
  108. 前記断片は90〜300ヌクレオチドを有する、請求項107に記載の核酸分子。
  109. 前記核酸分子が前記断片と少なくとも90%以上の同一性を有する、請求項107に記載の核酸分子。
  110. 前記断片が、β−カテニンに結合するペプチドをコードする、請求項107に記載の核酸分子。
  111. 配列番号:2または配列番号:2と少なくとも80%以上の同一性を有するペプチドから構成される、実質的に精製単離されたペプチド。
  112. 前記ペプチドが配列番号:2と少なくとも90%以上の同一性を有する、請求項111に記載のペプチド。
  113. 前記ペプチドがβ−カテニンに結合する、請求項111に記載のペプチド。
  114. 配列番号:2の断片または前記断片と少なくとも80%以上の同一性を有する配列から構成される、実質的に精製単離されたペプチド。
  115. 前記断片は30〜100アミノ酸を有する、請求項114に記載のペプチド。
  116. 前記ペプチドは前記断片と少なくとも90%以上の同一性を有する、請求項114に記載のペプチド。
  117. 前記ペプチドはβ−カテニンに結合する、請求項114に記載のペプチド。
  118. 配列番号:3または配列番号:3と少なくとも80%以上の同一性を有する配列(但し、前記配列は全長のp300タンパク質をコードしない)を含む、実質的に精製単離された核酸分子。
  119. 前記核酸分子は配列番号:3と少なくとも90%以上の同一性を有する、請求項118に記載の核酸分子。
  120. 前記核酸分子が、β−カテニンに結合するペプチドをコードする、請求項118に記載の核酸分子。
  121. 前記核酸分子が、p300タンパク質内に存在する、200個以下の連続したアミノ酸残基を含むペプチドをコードする、請求項118に記載の核酸分子。
  122. 前記核酸分子が、p300タンパク質内に存在する、150個以下の連続したアミノ酸残基を含むペプチドをコードする、請求項118に記載の核酸分子。
  123. 前記ペプチドが配列番号:4を含む、請求項122に記載の核酸分子。
  124. 配列番号:3の断片または前記断片と少なくとも80%以上の同一性を有する配列(但し、前記配列は全長のp300タンパク質をコードしない)を含む、実質的に精製単離された核酸分子。
  125. 前記断片は90〜300ヌクレオチドを有する、請求項124に記載の核酸分子。
  126. 前記核酸分子は、前記断片と少なくとも90%以上の同一性を有する、請求項124に記載の核酸分子。
  127. 前記断片は、β−カテニンに結合するペプチドをコードする、請求項124に記載の核酸分子。
  128. 配列番号:4または配列番号:4と少なくとも80%以上の同一性を有するペプチドを含む、実質的に精製単離されたペプチド(但し、ペプチドは全長のp300タンパク質ではない)。
  129. 前記ペプチドが配列番号:4と少なくとも90%以上の同一性を有する、請求項128に記載のペプチド。
  130. 前記ペプチドがβ−カテニンに結合する、請求項128に記載のペプチド。
  131. 前記ペプチドが、p300タンパク質内に存在する、連続したアミノ酸200残基以下を含む、請求項128に記載のペプチド。
  132. 前記ペプチドが、p300タンパク質内に存在する、連続したアミノ酸150残基以下を含む、請求項128に記載のペプチド。
  133. 前記ペプチドが配列番号:4を含む、請求項132に記載のペプチド。
  134. 配列番号:4の断片または前記断片と少なくとも80%以上の同一性を有する配列を含む、実質的に精製単離されたペプチド(但し、ペプチドは全長のp300タンパク質ではない)。
  135. 前記断片が30〜100アミノ酸を有する、請求項134に記載のペプチド。
  136. 前記ペプチドが前記断片と少なくとも90%以上の同一性を有する、請求項134に記載のペプチド。
  137. 前記ペプチドがβ−カテニンに結合する、請求項134に記載のペプチド。
  138. 配列番号:3または配列番号:3と少なくとも80%以上の同一性を有する配列から本質的に構成される、実質的に精製単離された核酸分子。
  139. 前記核酸分子が配列番号:3と少なくとも90%以上の同一性を有する、請求項138に記載の核酸分子。
  140. 前記核酸分子が、β−カテニンに結合するペプチドをコードする、請求項138に記載の核酸分子。
  141. 配列番号:3の断片または前記断片と少なくとも80%以上の同一性を有する配列から本質的に構成される、実質的に精製分離された核酸分子。
  142. 前記断片が90〜300ヌクレオチドを有する、請求項141に記載の核酸分子。
  143. 前記核酸分子が前記断片と少なくとも90%以上の同一性を有する、請求項141に記載の核酸分子。
  144. 前記断片が、β−カテニンに結合するペプチドをコードする、請求項141に記載の核酸分子。
  145. 配列番号:4または配列番号:4と少なくとも80%以上の同一性を有するペプチドから本質的に構成される、実質的に精製単離されたペプチド。
  146. 前記ペプチドが配列番号:4と少なくとも90%以上の同一性を有する、請求項145に記載のペプチド。
  147. 前記ペプチドがβ−カテニンに結合する、請求項145に記載のペプチド。
  148. 配列番号:4の断片または前記断片と少なくとも80%以上の同一性を有する配列から本質的に構成される、実質的に精製単離されたペプチド。
  149. 前記断片は30〜100アミノ酸を有する、請求項148に記載のペプチド。
  150. 前記ペプチドは前記断片と少なくとも90%以上の同一性を有する、請求項148に記載のペプチド。
  151. 前記ペプチドはβ−カテニンに結合する、請求項148に記載のペプチド。
  152. 配列番号:3または配列番号:3と少なくとも80%以上の同一性を有する配列から構成される、実質的に精製単離された核酸分子。
  153. 前記核酸分子が、配列番号:3と少なくとも90%以上の同一性を有する、請求項152に記載の核酸分子。
  154. 前記核酸分子が、β−カテニンに結合するペプチドをコードする、請求項152に記載の核酸分子。
  155. 配列番号:3の断片または前記断片と少なくとも80%以上の同一性を有する配列から本質的に構成される、実質的に精製単離された核酸分子。
  156. 前記断片が90〜300ヌクレオチドを有する、請求項155に記載の核酸分子。
  157. 前記核酸分子が前記断片と少なくとも90%以上の同一性を有する、請求項155に記載の核酸分子。
  158. 前記断片が、β−カテニンに結合するペプチドをコードする、請求項155に記載の核酸分子。
  159. 配列番号:4または配列番号:4と少なくとも80%以上の同一性を有するペプチドから構成される、実質的に精製単離されたペプチド。
  160. 前記ペプチドが配列番号:4と少なくとも90%以上の同一性を有する、請求項159に記載のペプチド。
  161. 前記ペプチドがβ−カテニンに結合する、請求項159に記載のペプチド。
  162. 配列番号:4の断片または前記断片と少なくとも80%以上の同一性を有する配列から構成される、実質的に精製単離されたペプチド。
  163. 前記断片は30〜100アミノ酸を有する、請求項162に記載のペプチド。
  164. 前記ペプチドは前記断片と少なくとも90%以上の同一性を有する、請求項162に記載のペプチド。
  165. 前記ペプチドはβ−カテニンに結合する、請求項162に記載のペプチド。
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