JP2007503218A5

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Publication number: JP2007503218A5
Application number: JP2006533715A
Authority: JP
Filing date: 2004-06-14
Publication date: 2007-07-26
Anticipated expiration: 2024-06-14

Claims

ｍＲＮＡインターフェラーゼまたはその機能的フラグメントの活性を検出するための方法であって、ここで、該活性がエンドリボヌクレアーゼ活性であり、該方法は、
（ａ）該ｍＲＮＡインターフェラーゼまたはその機能的フラグメントをコードする核酸配列を提供する工程；
（ｂ）該核酸配列を発現する工程；
（ｃ）工程（ｂ）の発現した核酸配列をエンドリボヌクレアーゼ基質とインキュベートする工程；および
（ｄ）前記基質の切断を測定する工程、
を包含し、ここで、該基質の切断が、エンドリボヌクレアーゼ活性を示し、該ｍＲＮＡインターフェラーゼまたはその機能的フラグメントのエンドリボヌクレアーゼ活性を検出する手段を提供する、方法。
ｍＲＮＡインターフェラーゼまたはその機能的フラグメントの活性を調節することができる薬剤を同定するスクリーニングのための方法であって、ここで、該活性がエンドリボヌクレアーゼ活性であり、該方法は、
（ａ）該ｍＲＮＡインターフェラーゼまたはその機能的フラグメントをコードする核酸配列を提供する工程；
（ｂ）該核酸配列を発現する工程；
（ｃ）エンドリボヌクレアーゼ活性を促進することができる条件下で、工程（ｂ）の発現した核酸配列をエンドリボヌクレアーゼ基質とインキュベートする工程；
（ｄ）該ｍＲＮＡインターフェラーゼまたはその機能的フラグメントのエンドリボヌクレアーゼ活性を調節することができるかどうかを決定するために少なくとも１つの薬剤を添加する工程；および
（ｅ）該基質の切断を測定する工程、
を包含し、ここで、該基質の切断が、エンドリボヌクレアーゼ活性を示し、該ｍＲＮＡインターフェラーゼまたはその機能的フラグメントのエンドリボヌクレアーゼ活性を検出する手段を提供し、ここで、少なくとも１つの薬剤の存在下での切断基質量の変化によって該ｍＲＮＡインターフェラーゼまたはその機能的フラグメントの活性を調節することができる薬剤が同定される、方法。
前記方法が、インビトロまたは細胞内で実施される、請求項２に記載の方法。
前記ｍＲＮＡインターフェラーゼまたはその機能的フラグメントのエンドリボヌクレアーゼ活性を調節することができる薬剤が、基質切断の増加を達成する、請求項２に記載の方法。
前記ｍＲＮＡインターフェラーゼまたはその機能的フラグメントのエンドリボヌクレアーゼ活性を調節することができる薬剤が、基質切断の減少を達成する、請求項２に記載の方法。
ｍＲＮＡインターフェラーゼまたはその機能的フラグメントの活性を調節するための方法であって、ここで、該活性がエンドリボヌクレアーゼ活性であり、該方法は、
（ａ）該ｍＲＮＡインターフェラーゼまたはその機能的フラグメントをコードする核酸配列を提供する工程；
（ｂ）該核酸配列を発現する工程；
（ｃ）エンドリボヌクレアーゼ活性を促進することができる条件下で、工程（ｂ）の発現した核酸配列をエンドリボヌクレアーゼ基質とインキュベートする工程；
（ｄ）該ｍＲＮＡインターフェラーゼまたはその機能的フラグメントのエンドリボヌクレアーゼ活性を調節することができる請求項２に記載の薬剤を添加する工程；および
（ｅ）該基質の切断を測定する工程、
を包含し、ここで、該基質の切断が、エンドリボヌクレアーゼ活性を示し、該ｍＲＮＡインターフェラーゼまたはその機能的フラグメントのエンドリボヌクレアーゼ活性を検出する手段を提供し、ここで、該薬剤の存在下での切断基質量の変化によって、該ｍＲＮＡインターフェラーゼまたはその機能的フラグメントのエンドリボヌクレアーゼ活性を調節する手段が提供される、方法。
ｍＲＮＡインターフェラーゼまたはその機能的フラグメントの活性を検出するための方法であって、該活性がエンドリボヌクレアーゼ活性であり、ここで、該方法は、
（ａ）該ｍＲＮＡインターフェラーゼのアミノ酸配列を提供する工程；
（ｂ）エンドリボヌクレアーゼ活性を促進することができる条件下で、工程（ａ）のアミノ酸配列をエンドリボヌクレアーゼ基質とインキュベートする工程；および
（ｃ）該基質の切断を測定する工程、
を包含し、ここで、該基質の切断が、エンドリボヌクレアーゼ活性を示し、該ｍＲＮＡインターフェラーゼまたはその機能的フラグメントのエンドリボヌクレアーゼ活性を検出する手段を提供する、方法。
ｍＲＮＡインターフェラーゼまたはその機能的フラグメントの活性を調節することができる薬剤を同定するスクリーニングのための方法であって、活性がエンドリボヌクレアーゼ活性であり、ここで、該方法は、
（ａ）該ｍＲＮＡインターフェラーゼのアミノ酸配列を提供する工程；
（ｂ）エンドリボヌクレアーゼ活性を促進することができる条件下で、工程（ａ）のアミノ酸配列をエンドリボヌクレアーゼ基質とインキュベートする工程；
（ｃ）該ｍＲＮＡインターフェラーゼまたはその機能的フラグメントのエンドリボヌクレアーゼ活性を調節することができるかどうかを決定するために少なくとも１つの薬剤を添加する工程；および
（ｄ）該基質の切断を測定する工程、
を包含し、ここで、該基質の切断が、エンドリボヌクレアーゼ活性を示し、該ｍＲＮＡインターフェラーゼまたはその機能的フラグメントのエンドリボヌクレアーゼ活性を検出する手段を提供し、ここで、少なくとも１つの薬剤の存在下での切断基質量の変化によって該ｍＲＮＡインターフェラーゼまたはその機能的フラグメントの活性を調節することができる薬剤が同定される、方法。
前記方法が、インビトロまたは細胞内で実施される、請求項８に記載の方法。
前記ｍＲＮＡインターフェラーゼまたはその機能的フラグメントのエンドリボヌクレアーゼ活性を調節することができる薬剤が、基質切断の増加を達成する、請求項８に記載の方法。
前記ｍＲＮＡインターフェラーゼまたはその機能的フラグメントのエンドリボヌクレアーゼ活性を調節することができる薬剤が、基質切断の減少を達成する、請求項８に記載の方法。
ｍＲＮＡインターフェラーゼまたはその機能的フラグメントの活性を調節するための方法であって、ここで、該活性がエンドリボヌクレアーゼ活性であり、該方法は、
（ａ）該ｍＲＮＡインターフェラーゼのアミノ酸配列を提供する工程；
（ｂ）エンドリボヌクレアーゼ活性を促進することができる条件下で、工程（ａ）のアミノ酸配列をエンドリボヌクレアーゼ基質とインキュベートする工程；
（ｃ）該ｍＲＮＡインターフェラーゼまたはその機能的フラグメントのエンドリボヌクレアーゼ活性を調節することができる請求項８に記載の薬剤を添加する工程；および
（ｄ）該基質の切断を測定する工程、
を包含し、ここで、該基質の切断が、エンドリボヌクレアーゼ活性を示し、該ｍＲＮＡインターフェラーゼまたはその機能的フラグメントのエンドリボヌクレアーゼ活性を検出する手段を提供し、ここで、該薬剤の存在下での切断基質量の変化によって該ｍＲＮＡインターフェラーゼまたはその機能的フラグメントのエンドリボヌクレアーゼ活性を調節する手段が提供される、方法。
障害を有する患者を治療するための組成物であって、該組成物は、治療有効量のｍＲＮＡインターフェラーゼまたはその機能的フラグメントをコードする少なくとも１つの核酸配列および薬学的に許容可能な緩衝液を含み、該障害の症状を緩和する、組成物。
前記組成物の少なくとも１つの核酸配列の発現が、エンドリボヌクレアーゼ基質切断の増加を達成し、前記障害の症状が緩和する、請求項１３に記載の組成物。
前記障害が細菌感染症であり、前記組成物が、前記患者中の細菌数を減少することによって、該細菌感染症の症状を緩和する、請求項１４に記載の組成物。
前記細菌感染症が少なくとも１つの抗生物質耐性細菌株を含む、請求項１５に記載の組成物。
前記障害が過剰増殖障害であり、前記組成物が、過剰増殖障害細胞数を減少することによって、該過剰増殖障害の症状を緩和する、請求項１４に記載の組成物。
障害を有する患者を治療するための組成物であって、該組成物は、治療有効量のｍＲＮＡインターフェラーゼまたはその機能的フラグメントおよび薬学的に許容可能な緩衝液を含み、該障害の症状を緩和する、組成物。
前記組成物が、エンドリボヌクレアーゼ基質切断の増加を達成し、前記障害の症状が緩和する、請求項１８に記載の組成物。
前記障害が細菌感染症であり、前記組成物が、前記患者中の細菌数を減少することによって、該細菌感染症の症状を緩和する、請求項１９に記載の組成物。
前記細菌感染症が少なくとも１つの抗生物質耐性細菌株を含む、請求項２０に記載の組成物。
前記障害が過剰増殖障害であり、前記組成物が、前記患者中の過剰増殖障害細胞数を減少することによって、該過剰増殖障害の症状を緩和する、請求項１９に記載の組成物。
前記過剰増殖障害が、異なる組織の形成異常および化生、炎症性状態、自己免疫疾患、過剰増殖性皮膚障害、乾癬、アレルギー／喘息、アテローム性動脈硬化症、および血管形成術後の再狭窄からなる群から選択される、請求項１７または請求項２２のいずれか１項に記載の組成物。
細胞においてポリペプチドを作製する方法であって、該方法は、
（ａ）該細胞を該ポリペプチドをコードする核酸配列でトランスフェクトする工程であって、ここで、該ポリペプチドをコードする核酸配列が、ｍＲＮＡインターフェラーゼ認識配列を別のトリプレットコドンに置換するように変異されており、ここで、該変異した核酸配列によってコードされる該ポリペプチドのアミノ酸配列が該変異によって変化されない、工程；
（ｂ）該細胞をｍＲＮＡインターフェラーゼをコードする核酸配列でトランスフェクトする工程であって、ここで、該ｍＲＮＡインターフェラーゼが該ｍＲＮＡインターフェラーゼ認識配列を認識する、工程；および
（ｃ）該細胞において工程（ａ）および工程（ｂ）の核酸配列を発現する工程、
を包含し、ここで、該細胞における工程（ａ）および工程（ｂ）の核酸配列の発現が、該細胞において該ポリペプチドを産生する手段を提供する、方法。
前記ｍＲＮＡ認識配列がアデニン−シトシン−アデニン（ＡＣＡ）配列であり、前記ｍＲＮＡインターフェラーゼが配列番号２を含むＭａｚＦまたはその機能的フラグメントである、請求項２４に記載の方法。
前記ｍＲＮＡ認識配列がウラシル−アデニン−Ｘ（ＵＡＸ）配列であり（式中、Ｘはシトシン（Ｃ）、Ａ、またはＵである）、前記ｍＲＮＡインターフェラーゼが配列番号４を含むＰｅｍＫまたはその機能的フラグメントである、請求項２４に記載の方法。
工程（ｂ）の核酸の発現が、ＡＣＡ配列を含む核酸配列によってコードされる細胞ポリペプチドの合成を減少または阻害する、請求項２５に記載の方法。
工程（ｂ）の核酸の発現が、ＵＡＸ配列を含む核酸配列によってコードされる細胞ポリペプチドの合成を減少または阻害する、請求項２６に記載の方法。
工程（ａ）および工程（ｂ）が同時に実施される、請求項２４に記載の方法。
工程（ｃ）の前または間に、少なくとも１つの放射性標識同位体を含む培地中で前記細胞をインキュベートする工程をさらに包含する、請求項２４に記載の方法。
ポリペプチドを作製する方法であって、該方法は、
（ａ）該ポリペプチドをコードする核酸配列を提供する工程であって、ここで、該ポリペプチドをコードする該核酸配列が、ｍＲＮＡインターフェラーゼ認識配列を別のトリプレットコドンに置換するように変異されており、ここで、該変異した核酸配列によってコードされる該ポリペプチドのアミノ酸配列が該変異によって変化されない、工程；
（ｂ）ｍＲＮＡインターフェラーゼをコードする核酸配列を提供する工程であって、ここで、該ｍＲＮＡインターフェラーゼが該ｍＲＮＡインターフェラーゼ認識配列を認識する、工程；および
（ｃ）工程（ａ）および工程（ｂ）の核酸配列を発現する工程、
を包含し、ここで、工程（ａ）および（ｂ）の該核酸配列の発現が、該ポリペプチドを産生する手段を提供する、方法。
前記ｍＲＮＡ認識配列がＡＣＡ配列であり、かつ前記ｍＲＮＡインターフェラーゼが配列番号２を含むＭａｚＦまたはその機能的フラグメントであるか、あるいは、該ｍＲＮＡ認識配列がＵＡＸ配列であり（式中、ＸはＣ、Ａ、またはＵである）、かつ該ｍＲＮＡインターフェラーゼが配列番号４を含むＰｅｍＫまたはその機能的フラグメントである、請求項３１に記載の方法。
複数のポリリボヌクレオチド配列を作製する方法であって、該方法は、
（ａ）第１および第２の核酸配列を提供する工程であって、該第１の核酸配列の領域が該第２の核酸配列の領域と相補的であり、該第１の核酸配列または該第２の核酸配列の相補領域が、ｍＲＮＡインターフェラーゼ認識部位と相補的な配列を含まず、該第１の核酸配列および該第２の核酸配列の相補領域が、それぞれその５’末端でリン酸化されている、工程；
（ｂ）該第１の核酸配列および該第２の核酸配列の相補領域を介して、該第１の核酸配列および該第２の核酸配列をアニーリングして、一本鎖オーバーハングに隣接する相補領域を含む二本鎖核酸配列を形成する工程であって、ここで、該一本鎖オーバーハングがそれぞれｍＲＮＡインターフェラーゼ認識部位に相補的な少なくとも１つの配列を含み、かつ該一本鎖オーバーハングが互いに相補的である、工程；
（ｃ）アニーリングした該第１の核酸配列および該第２の核酸配列を、相補的な一本鎖オーバーハングを介してライゲーションして、アニーリングした該第１の核酸配列および該第２の核酸配列の、複数の縦列反復を含むコンカテマーを形成する、工程；
（ｄ）Ｔ７プロモーターおよび該第１の核酸配列に相補的な領域を含む第１のプライマーならびに該第２の核酸配列に相補的な第２のプライマーを使用して該コンカテマーを増幅する工程であって、ここで、該増幅する工程が、Ｔ７プロモーターを含む複数のコンカテマーを産生する、工程；
（ｅ）Ｔ７ＲＮＡポリメラーゼを使用して、複数の該コンカテマー由来のＲＮＡ分子を転写する工程であって、ここで、該ＲＮＡ分子はそれぞれｍＲＮＡインターフェラーゼ認識部位に隣接するポリリボヌクレオチド配列の複数の縦列反復を含む、工程；および
（ｆ）該インターフェラーゼ認識部位で、ＲＮＡを切断することができるｍＲＮＡインターフェラーゼで該ＲＮＡ分子を消化する工程であって、該消化が、複数の該ポリリボヌクレオチド配列を産生する、工程
を包含する、方法。
前記ｍＲＮＡ認識配列がＡＣＡ配列であり、かつ前記ｍＲＮＡインターフェラーゼが配列番号２を含むＭａｚＦまたはその機能的フラグメントであるか、あるいは、該ｍＲＮＡ認識配列がＵＡＸ配列であり（式中、ＸはＣ、Ａ、またはＵである）、かつ該ｍＲＮＡインターフェラーゼが配列番号４を含むＰｅｍＫまたはその機能的フラグメントである、請求項３３に記載の方法。
ｍＲＮＡインターフェラーゼまたはその機能的フラグメントに配列相同性および／または構造相同性を有するポリペプチドをコードする単離された核酸配列であって、ここで、該ポリペプチドがエンドリボヌクレアーゼ活性を示すことができる；該単離された核酸配列を含む発現ベクターおよび該発現ベクターを含む細胞；該単離された核酸配列を含む発現ベクターおよび該発現ベクターを含む細胞であって、ここで、該核酸配列が調節配列に作動可能に連結される；該単離核酸配列を含むトランスジェニック動物であって、ここで、該核酸配列が該トランスジェニック動物の少なくとも１つの細胞中で発現される；ｍＲＮＡインターフェラーゼまたはその機能的フラグメントに配列相同性および／または構造相同性を有するポリペプチドを含む単離されたアミノ酸配列であって、該ポリペプチドがエンドリボヌクレアーゼ活性を示すことができる；該ポリペプチドをコードする発現ベクターおよび該発現ベクターを含む細胞；該ポリペプチドをコードする発現ベクターおよび該発現ベクターを含む細胞であって、該ポリペプチドの発現が、調節配列の調節下である；該ポリペプチドを含むトランスジェニック動物であって、ここで、該ポリペプチドが該トランスジェニック動物の少なくとも１つの細胞中で発現される；該単離核酸配列または該ポリペプチドのいずれか、および薬学的に許容可能な緩衝液を含む組成物ならびに障害を有する患者の治療のための、障害の症状を緩和する該組成物の使用；ならびに該単離された核酸配列、該ポリペプチドまたはその機能的フラグメントを含む単離されたアミノ酸配列、ｍＲＮＡインターフェラーゼ活性適合緩衝液、および取扱い説明書を含むキット。