JP2006501807A5 - - Google Patents

Download PDF

Info

Publication number
JP2006501807A5
JP2006501807A5 JP2003563707A JP2003563707A JP2006501807A5 JP 2006501807 A5 JP2006501807 A5 JP 2006501807A5 JP 2003563707 A JP2003563707 A JP 2003563707A JP 2003563707 A JP2003563707 A JP 2003563707A JP 2006501807 A5 JP2006501807 A5 JP 2006501807A5
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
reaction
light
pattern
substrate
isolation region
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
JP2003563707A
Other languages
English (en)
Other versions
JP2006501807A (ja
JP4471660B2 (ja
Filing date
Publication date
Priority claimed from US10/279,200 external-priority patent/US7157229B2/en
Application filed filed Critical
Publication of JP2006501807A publication Critical patent/JP2006501807A/ja
Publication of JP2006501807A5 publication Critical patent/JP2006501807A5/ja
Application granted granted Critical
Publication of JP4471660B2 publication Critical patent/JP4471660B2/ja
Anticipated expiration legal-status Critical
Expired - Fee Related legal-status Critical Current

Links

Claims (21)

  1. (a)ヌクレオチド付加反応を起こすことが可能な空間的に隔離された反応部位のアレイを有するあらかじめパターン形成された基板をもつ反応器と、
    (b)ヌクレオチド付加反応を促進することが可能な光を与える光源と、
    (c)前記光源と前記反応器との間の光路に沿って位置決めされ、前記光を受け取り、この光が、前記あらかじめパターン形成された基板の前記隔離された反応部位のサブセットに対応する照射部分をもつように、光にパターンを印加するパターン生成器と、
    (d)前記照射部分が該反応部位と位置合わせされるように、前記光パターンを該あらかじめパターン形成された基板上に投射する投射光学系と、
    を備えることを特徴とするDNA合成装置。
  2. 前記投射光学系、前記パターン生成器、及び前記基板のうちの少なくとも2つの相対的配置を調整する位置合わせ手段をさらに含むことを特徴とする、請求項1に記載の装置。
  3. 前記投射光学系、前記パターン生成器、及び前記基板のうちの少なくとも2つの相対的配置の調整を制御するために、前記あらかじめパターン形成された基板からの光を受け取る光センサをさらに備えることを特徴とする、請求項2に記載の装置。
  4. 前記あらかじめパターン形成された基板の前記空間的に隔離された反応部位の前記アレイと前記光パターンの前記照射部分との間の、糸巻形、台形、樽形、該基板に関して該基板の面に沿った並進、該基板と垂直な回転、過剰拡大、及び過小拡大からなる群から選択される該照射部分のゆがみをもたらす位置ずれを補正するために、前記投射光学系、前記パターン生成器、及び該基板のうちの少なくとも2つの相対的配置の手動調整を可能にする位置合わせ手段を含むことを特徴とする、請求項1に記載の装置。
  5. 前記光パターンで照射されたとき、前記あらかじめパターン形成された基板が、該光パターンの少なくとも一部のイメージを再生して、モアレ干渉パターンを与えることを特徴とする、請求項1に記載の装置。
  6. 前記パターン生成器が、前記光源と前記反応器との間の光路に沿って位置決めされ、前記光を受け取って反射する電子的に方向付けすることができる1組のマイクロミラーであることを特徴とする、請求項1に記載の装置。
  7. 前記電子的に方向付けすることができるマイクロミラーのイメージが、ミラー領域とレーン領域とを含み、前記あらかじめパターン形成された基板が、前記ミラー領域に対応する反応部位と、前記レーンに対応する反応隔離領域とを含むことを特徴とする、請求項6に記載の装置。
  8. 前記反応隔離領域が、前記反応部位と比べて少ない光反射を与えるように処理されることを特徴とする、請求項6に記載の装置。
  9. 前記反応隔離領域が、前記反応部位と比べて多くの光反射を与えるように処理されることを特徴とする、請求項6に記載の装置。
  10. 前記反応隔離領域が、角度を持たせた反射を与えるように格子状に刻印されることを特徴とする、請求項9に記載の装置。
  11. 前記反応隔離領域が、該反応隔離領域におけるヌクレオチド付加反応を阻害するように処理されることを特徴とする、請求項1に記載の装置。
  12. (a)反応器内でヌクレオチド付加反応を起こすことが可能な空間的に隔離された反応部位のアレイを有するあらかじめパターン形成された基板を位置決めし、
    (b)ヌクレオチド付加反応を促進することが可能な光源を設け、
    (c)前記隔離された反応部位のサブセットに対応する照射部分をもつ光パターンを、前記照射部分が該反応部位と位置合わせされるように、前記あらかじめパターン形成された基板上に投射する、
    ステップを含むことを特徴とするDNA合成方法。
  13. 前記あらかじめパターン形成された基板上の前記光パターンの相対的配置を調整するステップをさらに含むことを特徴とする、請求項12に記載の方法。
  14. 前記あらかじめパターン形成された基板上の前記光パターンの相対的配置の調整を制御するために、該あらかじめパターン形成された基板から出る光を検出するステップをさらに含むことを特徴とする、請求項13に記載の方法。
  15. 糸巻形、台形、樽形、前記基板に関して該基板の面に沿った並進、該基板と垂直な回転、過剰拡大、及び過小拡大からなる群から選択されるゆがみを補正するために、前記光パターンを手動で調整するステップをさらに含むことを特徴とする、請求項12に記載の方法。
  16. 前記光パターンで照射されたとき、前期あらかじめパターン形成された基板の前記パターンが、該光パターンの少なくとも一部のイメージを再生して、モアレ干渉パターンを与えることを特徴とする、請求項12に記載の方法。
  17. 前記あらかじめパターン形成された基板の前記パターンが、ミラー領域とレーン領域とを有する電子的に方向付けすることができる1組のマイクロミラーのイメージを再生し、該あらかじめパターン形成された基板の該パターンが、前記ミラー領域に対応する反応部位と、前記レーンに対応する反応隔離領域とを含むことを特徴とする、請求項12に記載の方法。
  18. 前記反応部位と比べて少ない光反射を与えるように、前記反応隔離領域を処理するステップを含むことを特徴とする、請求項17に記載の方法。
  19. 前記反応部位と比べて多くの光反射を与えるように、前記反応隔離領域を処理するステップを含むことを特徴とする、請求項17に記載の方法。
  20. 角度を持たせた反射を与えるように、前記反応隔離領域を格子状に刻印するステップを含むことを特徴とする、請求項17に記載の方法。
  21. 前記反応隔離領域におけるヌクレオチド付加反応を阻害するように、該反応隔離領域を処理するステップを含むことを特徴とする、請求項12に記載の方法。
JP2003563707A 2002-01-31 2003-01-28 Dnaプローブの光学的合成のためのあらかじめパターン形成された基板、装置、及び方法 Expired - Fee Related JP4471660B2 (ja)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US35321902P 2002-01-31 2002-01-31
US10/279,200 US7157229B2 (en) 2002-01-31 2002-10-23 Prepatterned substrate for optical synthesis of DNA probes
PCT/US2003/002525 WO2003064026A1 (en) 2002-01-31 2003-01-28 Pre-patterned substrate, device and method for optical synthesis of dna probes

Publications (3)

Publication Number Publication Date
JP2006501807A JP2006501807A (ja) 2006-01-19
JP2006501807A5 true JP2006501807A5 (ja) 2006-03-02
JP4471660B2 JP4471660B2 (ja) 2010-06-02

Family

ID=27616470

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2003563707A Expired - Fee Related JP4471660B2 (ja) 2002-01-31 2003-01-28 Dnaプローブの光学的合成のためのあらかじめパターン形成された基板、装置、及び方法

Country Status (7)

Country Link
US (1) US7157229B2 (ja)
EP (1) EP1469942A1 (ja)
JP (1) JP4471660B2 (ja)
AU (1) AU2003214924C1 (ja)
CA (1) CA2474601C (ja)
IS (1) IS7367A (ja)
WO (1) WO2003064026A1 (ja)

Families Citing this family (78)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US7563600B2 (en) * 2002-09-12 2009-07-21 Combimatrix Corporation Microarray synthesis and assembly of gene-length polynucleotides
US20040152083A1 (en) * 2003-01-31 2004-08-05 Leproust Eric M. Multiple arrays with surface energy transition to maintain separation of samples on the arrays
WO2005082098A2 (en) 2004-02-27 2005-09-09 President And Fellows Of Harvard College Polony fluorescent in situ sequencing beads
US7072500B2 (en) * 2004-05-07 2006-07-04 Wisconsin Alumni Research Foundation Image locking system for DNA micro-array synthesis
US7560417B2 (en) * 2005-01-13 2009-07-14 Wisconsin Alumni Research Foundation Method and apparatus for parallel synthesis of chain molecules such as DNA
WO2007016502A2 (en) 2005-08-02 2007-02-08 Wisconsin Alumni Research Foundation Synthesis of arrays of oligonucleotides and other chain molecules
US20070196834A1 (en) * 2005-09-09 2007-08-23 Francesco Cerrina Method and system for the generation of large double stranded DNA fragments
US7994098B2 (en) 2005-12-09 2011-08-09 Wisconsin Alumni Research Foundation Light directed DNA synthesis using inverse capping for error reduction
EP1963923B1 (en) * 2005-12-15 2018-02-21 Koninklijke Philips N.V. Analysis device with an array of focusing microstructures
US20070224616A1 (en) * 2006-03-24 2007-09-27 Erdogan Gulari Method for forming molecular sequences on surfaces
WO2008027558A2 (en) 2006-08-31 2008-03-06 Codon Devices, Inc. Iterative nucleic acid assembly using activation of vector-encoded traits
US20100093554A1 (en) * 2007-06-01 2010-04-15 Keting Chu Methods for identifying biomarkers, autoantibody signatures, and stratifying subject groups using peptide arrays
EP2053132A1 (en) 2007-10-23 2009-04-29 Roche Diagnostics GmbH Enrichment and sequence analysis of geomic regions
WO2009099280A2 (en) * 2008-02-05 2009-08-13 Lg Electronics Inc. Input unit and control method thereof
US20090246788A1 (en) 2008-04-01 2009-10-01 Roche Nimblegen, Inc. Methods and Assays for Capture of Nucleic Acids
US8808986B2 (en) 2008-08-27 2014-08-19 Gen9, Inc. Methods and devices for high fidelity polynucleotide synthesis
US8796011B2 (en) * 2008-10-20 2014-08-05 Samsung Electronics Co., Ltd. Apparatus for fabricating and optically detecting biochip
US20100161607A1 (en) * 2008-12-22 2010-06-24 Jasjit Singh System and method for analyzing genome data
US20100331204A1 (en) 2009-02-13 2010-12-30 Jeff Jeddeloh Methods and systems for enrichment of target genomic sequences
US9778188B2 (en) * 2009-03-11 2017-10-03 Industrial Technology Research Institute Apparatus and method for detection and discrimination molecular object
US10207240B2 (en) 2009-11-03 2019-02-19 Gen9, Inc. Methods and microfluidic devices for the manipulation of droplets in high fidelity polynucleotide assembly
WO2011066185A1 (en) 2009-11-25 2011-06-03 Gen9, Inc. Microfluidic devices and methods for gene synthesis
EP2504449B1 (en) 2009-11-25 2016-03-23 Gen9, Inc. Methods and apparatuses for chip-based dna error reduction
WO2011085075A2 (en) 2010-01-07 2011-07-14 Gen9, Inc. Assembly of high fidelity polynucleotides
US8716467B2 (en) 2010-03-03 2014-05-06 Gen9, Inc. Methods and devices for nucleic acid synthesis
US9482615B2 (en) 2010-03-15 2016-11-01 Industrial Technology Research Institute Single-molecule detection system and methods
WO2011128096A1 (en) 2010-04-16 2011-10-20 Roche Diagnostics Gmbh Polymorphism markers for predicting response to interleukin-6 receptor-inhibiting monoclonal antibody drug treatment
US8774494B2 (en) 2010-04-30 2014-07-08 Complete Genomics, Inc. Method and system for accurate alignment and registration of array for DNA sequencing
WO2011143556A1 (en) 2010-05-13 2011-11-17 Gen9, Inc. Methods for nucleotide sequencing and high fidelity polynucleotide synthesis
US9187777B2 (en) 2010-05-28 2015-11-17 Gen9, Inc. Methods and devices for in situ nucleic acid synthesis
US9670243B2 (en) 2010-06-02 2017-06-06 Industrial Technology Research Institute Compositions and methods for sequencing nucleic acids
CA2801468C (en) 2010-06-04 2018-09-04 Chronix Biomedical Prostate cancer associated circulating nucleic acid biomarkers
JP2013529089A (ja) 2010-06-07 2013-07-18 エフ.ホフマン−ラ ロシュ アーゲー インターロイキン−6受容体を阻害するモノクローナル抗体による薬剤治療に対する応答を予測するための遺伝子発現マーカー
US8865077B2 (en) 2010-06-11 2014-10-21 Industrial Technology Research Institute Apparatus for single-molecule detection
US8865078B2 (en) 2010-06-11 2014-10-21 Industrial Technology Research Institute Apparatus for single-molecule detection
US9671344B2 (en) * 2010-08-31 2017-06-06 Complete Genomics, Inc. High-density biochemical array chips with asynchronous tracks for alignment correction by moiré averaging
KR101396370B1 (ko) 2010-09-30 2014-05-19 엠파이어 테크놀로지 디벨롭먼트 엘엘씨 고해상도의 텍스처 추출을 위한 시스템, 방법 및 컴퓨터 판독가능 저장 매체를 포함하는 기술
EP4039363A1 (en) 2010-11-12 2022-08-10 Gen9, Inc. Protein arrays and methods of using and making the same
EP2638157B1 (en) 2010-11-12 2015-07-22 Gen9, Inc. Methods and devices for nucleic acids synthesis
US9752176B2 (en) 2011-06-15 2017-09-05 Ginkgo Bioworks, Inc. Methods for preparative in vitro cloning
CA2839418A1 (en) 2011-06-15 2012-12-20 Gen9, Inc. Methods for preparative in vitro cloning
EP3594340B1 (en) 2011-08-26 2021-06-30 Gen9, Inc. Compositions and methods for high fidelity assembly of nucleic acids
EP2766498B1 (en) 2011-10-14 2019-06-19 President and Fellows of Harvard College Sequencing by structure assembly
WO2013066641A1 (en) 2011-10-21 2013-05-10 Chronix Biomedical Colorectal cancer associated circulating nucleic acid biomarkers
US9150853B2 (en) 2012-03-21 2015-10-06 Gen9, Inc. Methods for screening proteins using DNA encoded chemical libraries as templates for enzyme catalysis
US20140018253A1 (en) 2012-04-05 2014-01-16 Oregon Health And Science University Gene expression panel for breast cancer prognosis
EP3543350B1 (en) 2012-04-24 2021-11-10 Gen9, Inc. Methods for sorting nucleic acids and multiplexed preparative in vitro cloning
WO2013184754A2 (en) 2012-06-05 2013-12-12 President And Fellows Of Harvard College Spatial sequencing of nucleic acids using dna origami probes
WO2014004393A1 (en) 2012-06-25 2014-01-03 Gen9, Inc. Methods for nucleic acid assembly and high throughput sequencing
AU2013292709B2 (en) 2012-07-19 2017-04-13 President And Fellows Of Harvard College Methods of storing information using nucleic acids
US9476089B2 (en) 2012-10-18 2016-10-25 President And Fellows Of Harvard College Methods of making oligonucleotide probes
EP2971184B1 (en) 2013-03-12 2019-04-17 President and Fellows of Harvard College Method of generating a three-dimensional nucleic acid containing matrix
GB2533173A (en) 2013-08-05 2016-06-15 Twist Bioscience Corp De Novo synthesized gene libraries
US10669304B2 (en) 2015-02-04 2020-06-02 Twist Bioscience Corporation Methods and devices for de novo oligonucleic acid assembly
CA2975855A1 (en) 2015-02-04 2016-08-11 Twist Bioscience Corporation Compositions and methods for synthetic gene assembly
US9981239B2 (en) 2015-04-21 2018-05-29 Twist Bioscience Corporation Devices and methods for oligonucleic acid library synthesis
KR20180050411A (ko) 2015-09-18 2018-05-14 트위스트 바이오사이언스 코포레이션 올리고핵산 변이체 라이브러리 및 그의 합성
CN108698012A (zh) 2015-09-22 2018-10-23 特韦斯特生物科学公司 用于核酸合成的柔性基底
CN115920796A (zh) 2015-12-01 2023-04-07 特韦斯特生物科学公司 功能化表面及其制备
SG11201901563UA (en) 2016-08-22 2019-03-28 Twist Bioscience Corp De novo synthesized nucleic acid libraries
EP3516528A4 (en) 2016-09-21 2020-06-24 Twist Bioscience Corporation NUCLEIC ACID BASED DATA STORAGE
KR102514213B1 (ko) 2016-12-16 2023-03-27 트위스트 바이오사이언스 코포레이션 면역 시냅스의 변이체 라이브러리 및 그의 합성
JP2020508661A (ja) 2017-02-22 2020-03-26 ツイスト バイオサイエンス コーポレーション 核酸ベースのデータ保存
CN110913865A (zh) 2017-03-15 2020-03-24 特韦斯特生物科学公司 免疫突触的变体文库及其合成
JP7113842B2 (ja) 2017-03-29 2022-08-05 クラウン バイオサイエンス,インコーポレイテッド(タイツァン) 胃がんのセツキシマブ感受性を決定するためのシステムおよび方法
US10696965B2 (en) 2017-06-12 2020-06-30 Twist Bioscience Corporation Methods for seamless nucleic acid assembly
WO2018231864A1 (en) 2017-06-12 2018-12-20 Twist Bioscience Corporation Methods for seamless nucleic acid assembly
SG11202002194UA (en) 2017-09-11 2020-04-29 Twist Bioscience Corp Gpcr binding proteins and synthesis thereof
CA3079613A1 (en) 2017-10-20 2019-04-25 Twist Bioscience Corporation Heated nanowells for polynucleotide synthesis
CN112041438A (zh) 2018-01-04 2020-12-04 特韦斯特生物科学公司 基于dna的数字信息存储
EP3814497A4 (en) 2018-05-18 2022-03-02 Twist Bioscience Corporation POLYNUCLEOTIDES, REAGENTS, AND METHODS FOR NUCLEIC ACID HYBRIDIZATION
US20220010306A1 (en) 2018-11-30 2022-01-13 Geneinfosec, Inc. A method for generating random oligonucleotides and determining their sequence
WO2020127990A1 (en) 2018-12-20 2020-06-25 Biomedrex Ab System for production of crispr-based pharmaceutical compositions
US20220119787A1 (en) 2019-02-20 2022-04-21 Biomedrex Ab Virus therapy
JP2022522668A (ja) 2019-02-26 2022-04-20 ツイスト バイオサイエンス コーポレーション 抗体を最適化するための変異体核酸ライブラリ
CN113766930A (zh) 2019-02-26 2021-12-07 特韦斯特生物科学公司 Glp1受体的变异核酸文库
JP2022550497A (ja) 2019-06-21 2022-12-02 ツイスト バイオサイエンス コーポレーション バーコードに基づいた核酸配列アセンブリ
WO2023200261A1 (ko) * 2022-04-13 2023-10-19 고려대학교 산학협력단 이미지반전에 의한 자가 정렬 기반 정밀 dna 광학 합성

Family Cites Families (15)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4568189A (en) * 1983-09-26 1986-02-04 The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Navy Apparatus and method for aligning a mask and wafer in the fabrication of integrated circuits
JPS63228421A (ja) * 1987-03-17 1988-09-22 Minolta Camera Co Ltd 自動合焦装置
US5424186A (en) * 1989-06-07 1995-06-13 Affymax Technologies N.V. Very large scale immobilized polymer synthesis
JPH03134504A (ja) * 1989-10-19 1991-06-07 Tosoh Corp 位置合わせ方法
EP0972564B1 (en) 1991-11-22 2003-05-28 Affymetrix, Inc. (a Delaware Corporation) Method of forming arrays of polymers
JP3379238B2 (ja) * 1994-09-08 2003-02-24 株式会社ニコン 走査型露光装置
JP3379237B2 (ja) * 1994-09-07 2003-02-24 株式会社ニコン 投影露光装置
US6121048A (en) 1994-10-18 2000-09-19 Zaffaroni; Alejandro C. Method of conducting a plurality of reactions
WO1997006468A2 (en) 1995-07-28 1997-02-20 Ely Michael Rabani Pattern formation, replication, fabrication and devices thereby
JPH10214765A (ja) * 1997-01-29 1998-08-11 Nikon Corp アライメント方法及び装置
DE69909972T2 (de) * 1998-02-11 2004-05-13 University Of Houston, Houston Vorrichtung zur durchführung chemischer und biochemischer reaktionen unter anwendung von photoerzeugten reagenzien
ATE464946T1 (de) 1998-02-23 2010-05-15 Wisconsin Alumni Res Found Verfahren und vorrichtung zur synthese von dan- sonderanordnungen
JP2002531470A (ja) 1998-12-01 2002-09-24 シントリクス バイオチップ, インコーポレイテッド 支持体表面上で化学反応のアレイを行うための方法および組成物
FR2797054A1 (fr) 1999-07-27 2001-02-02 Commissariat Energie Atomique Dispositif de lecture de puce biologique
US6545758B1 (en) 2000-08-17 2003-04-08 Perry Sandstrom Microarray detector and synthesizer

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP2006501807A5 (ja)
CA2474601A1 (en) Pre-patterned substrate, device and method for optical synthesis of dna probes
TWI298825B (en) Lithographic apparatus and device manufacturing method
EP2180309A3 (en) Method and apparatus for synthesis of arrays of DNA probes
KR950033688A (ko) 웨이퍼상의 레지스트막을 노광하기 위한 노광계와 그에 사용되는 조명계 및 방법
TW200627084A (en) Lithographic apparatus and device manufacturing method
JP2005268489A5 (ja)
TW200731023A (en) System and method for compensating for radiation induced thermal distortions
TW200627086A (en) Lithographic apparatus and device manufacturing method
TW200629000A (en) Lithographic apparatus and device manufacturing method
TW200632570A (en) Lithographic apparatus and device manufacturing method
KR20170002375A (ko) 기판 처리 장치, 디바이스 제조 방법 및 기판 처리 방법
TW200628996A (en) Lithographic apparatus, device manufacturing method, and a projection element for use in the lithographic apparatus
TW200600977A (en) Lithographic apparatus, device manufacturing method and variable attenuator
US20120050705A1 (en) Photolithography system
CN104428715B (zh) 衬底处理装置及器件制造方法
TW200500822A (en) Lithographic apparatus and device manufacturing method
TW200811587A (en) Method and tool for patterning thin films on moving substrates
TW200951645A (en) Lithographic apparatus and device manufacturing method
TW200510964A (en) Lithographic apparatus, device manufacturing method, and device manufactured thereby
RU2157763C2 (ru) Способ изготовления печатных шаблонов
EP1037266A4 (en) PROJECTION EXPOSURE METHOD AND DEVICE
US8072580B2 (en) Maskless exposure apparatus and method of manufacturing substrate for display using the same
KR101375886B1 (ko) 노광장치, 노광방법 및 표시용 패널기판의 제조방법
JP2005191495A5 (ja)