JP2006087431A - プローブセットを設計する方法、それによって設計されたプローブが固定化された基板を有するマイクロアレイ及び該方法をコンピュータで実行可能なプログラムとして記録したコンピュータで読み取り可能な記録媒体 - Google Patents
プローブセットを設計する方法、それによって設計されたプローブが固定化された基板を有するマイクロアレイ及び該方法をコンピュータで実行可能なプログラムとして記録したコンピュータで読み取り可能な記録媒体 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2006087431A JP2006087431A JP2005267523A JP2005267523A JP2006087431A JP 2006087431 A JP2006087431 A JP 2006087431A JP 2005267523 A JP2005267523 A JP 2005267523A JP 2005267523 A JP2005267523 A JP 2005267523A JP 2006087431 A JP2006087431 A JP 2006087431A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- probe
- target sequence
- target
- sequence group
- computer
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6811—Selection methods for production or design of target specific oligonucleotides or binding molecules
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6834—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase
- C12Q1/6837—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase using probe arrays or probe chips
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B25/00—ICT specially adapted for hybridisation; ICT specially adapted for gene or protein expression
- G16B25/20—Polymerase chain reaction [PCR]; Primer or probe design; Probe optimisation
Abstract
【解決手段】(a)複数種の標的配列から構成される第1標的配列群を選択するステップと、(b)第1標的配列群の各標的配列に特異的に結合するオリゴヌクレオチドをプローブとして選択するステップと、(c)第1標的配列群のうちで特異的に結合するプローブを有さない一種以上の標的配列を第2標的配列群として選択するステップと、(d)第2標的配列群の各標的配列に特異的に結合するオリゴヌクレオチドをプローブとして選択するステップとを含み、第2標的配列群のうちで特異的に結合するプローブを有さない標的配列が存在しなくなるまで、(c)及び(d)ステップを反復する、ハイブリダイゼーションにより複数種の標的配列群から標的配列を確認するのに使われるプローブセットを設計する方法。
【選択図】図4
Description
本実施例では、下記のような七種のマイコバクテリウムの16S rRNAの一部領域から、本発明の方法により前記菌株を判別するのに使われうるプローブセットを設計した。
Claims (4)
- (a)複数種の標的配列から構成される第1標的配列群を選択するステップと、
(b)前記第1標的配列群の各標的配列に特異的に結合するオリゴヌクレオチドをプローブとして選択するステップと、
(c)前記第1標的配列群のうちで特異的に結合するプローブを有さない一種以上の標的配列を第2標的配列群として選択するステップと、
(d)前記第2標的配列群の各標的配列に特異的に結合するオリゴヌクレオチドをプローブとして選択するステップとを含み、
前記第2標的配列群のうちで特異的に結合するプローブを有さない標的配列が存在しなくなるまで、前記(c)及び(d)ステップを反復する、ハイブリダイゼーションにより複数個の標的配列群から標的配列を確認するのに使われるプローブセットを設計する方法。 - 前記第2標的配列群の各標的配列間の配列相同性が高くて特異的プローブを選択することが不可能な場合には、
前記第2標的配列群に共通に存在する配列に相補的なオリゴヌクレオチドであり、前記第1標的配列群の他の標的配列には存在しない配列をプローブとして選択する請求項1に記載のプローブセットを設計する方法。 - 請求項1に記載の方法によって設計されたプローブセットが固定化された基板を有するポリヌクレオチドマイクロアレイ。
- 請求項1に記載の方法をコンピュータで実行可能なプログラムとして記録したコンピュータで読み取り可能な記録媒体。
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
KR1020040073366A KR100682891B1 (ko) | 2004-09-14 | 2004-09-14 | 프로브 세트를 설계하는 방법, 그에 의하여 설계된프로브가 고정화된 기판을 갖는 마이크로어레이 및 상기방법을 컴퓨터가 수행할 수 있도록 하는 프로그램을기록한 컴퓨터 판독가능한 매체 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2006087431A true JP2006087431A (ja) | 2006-04-06 |
JP4286243B2 JP4286243B2 (ja) | 2009-06-24 |
Family
ID=36228970
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2005267523A Expired - Fee Related JP4286243B2 (ja) | 2004-09-14 | 2005-09-14 | プローブセットを設計する方法、それによって設計されたプローブが固定化された基板を有するマイクロアレイ及び該方法をコンピュータで実行可能なプログラムとして記録したコンピュータで読み取り可能な記録媒体 |
Country Status (6)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US7657381B2 (ja) |
EP (1) | EP1634959B1 (ja) |
JP (1) | JP4286243B2 (ja) |
KR (1) | KR100682891B1 (ja) |
CN (1) | CN1782097B (ja) |
DE (1) | DE602005024750D1 (ja) |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2006246889A (ja) * | 2005-03-08 | 2006-09-21 | Samsung Electronics Co Ltd | プローブセットの設計方法、それにより設計されたプローブセット、前記プローブセットを備えるマイクロアレイ、前記方法をコンピュータが実行可能にするプログラムを記録したコンピュータ読み取り可能な記録媒体、および前記プローブセットを利用した標的配列の同定方法 |
JP2006246888A (ja) * | 2005-03-08 | 2006-09-21 | Samsung Electronics Co Ltd | プライマー−プローブセットを設計する方法、それによって設計されたプライマー−プローブセット、該セットを含むキット、該方法をコンピュータに実行させるプログラムを記録したコンピュータ読み取り可能な記録媒体、および該セットを利用した標的配列の同定方法 |
Families Citing this family (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
KR100745763B1 (ko) * | 2005-03-08 | 2007-08-02 | 삼성전자주식회사 | 프로브 세트를 설계하는 방법, 그에 의하여 설계된 프로브세트, 상기 프로브 세트를 포함하는 마이크로어레이, 및상기 프로브 세트를 이용한 표적 서열의 동정 방법 |
KR100813263B1 (ko) * | 2006-08-17 | 2008-03-13 | 삼성전자주식회사 | 표적 서열 검출용 프로브 설계 방법 및 상기 프로브를이용한 표적 서열 검출 방법 |
EP2099935B1 (en) * | 2006-11-30 | 2014-02-26 | The Regents Of The University Of California | Array for detecting microbes |
KR20210067684A (ko) * | 2019-11-29 | 2021-06-08 | 주식회사 씨젠 | 올리고뉴클레오타이드 세트들의 최적 조합을 제공하는 방법 |
Family Cites Families (12)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5744101A (en) * | 1989-06-07 | 1998-04-28 | Affymax Technologies N.V. | Photolabile nucleoside protecting groups |
US5424186A (en) * | 1989-06-07 | 1995-06-13 | Affymax Technologies N.V. | Very large scale immobilized polymer synthesis |
US5143854A (en) * | 1989-06-07 | 1992-09-01 | Affymax Technologies N.V. | Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof |
US7288371B1 (en) * | 1996-12-23 | 2007-10-30 | The University Of Chicago | Discrimination of Bacillus anthracis from closely related microorganisms by analysis of 16S and 23S rRNA with oligonucleotide microchips |
JP4109873B2 (ja) | 2001-02-28 | 2008-07-02 | キヤノン株式会社 | プローブ設計方法及び情報処理装置 |
JP2002330768A (ja) | 2001-05-11 | 2002-11-19 | Hitachi Software Eng Co Ltd | プローブ設計方法及びバイオチップ |
US20020160401A1 (en) | 2001-03-29 | 2002-10-31 | Yasuyuki Nozaki | Biochip and method of designing probes |
JP2002296279A (ja) | 2001-03-29 | 2002-10-09 | Hitachi Software Eng Co Ltd | バイオチップ及びプローブ設計方法 |
JP3979793B2 (ja) | 2001-05-29 | 2007-09-19 | 日立ソフトウエアエンジニアリング株式会社 | プローブ設計装置及びプローブ設計方法 |
KR100454585B1 (ko) * | 2001-10-09 | 2004-11-02 | 주식회사 에스제이하이테크 | 마이코박테리아의 균주 감별, 결핵균의 스트레인 감별과항생제 내성을 검출하기 위한 프로브를 포함하는마이크로어레이와 이를 이용한 검출 방법 및 진단 키트 |
US7029854B2 (en) * | 2002-11-22 | 2006-04-18 | Agilent Technologies, Inc. | Methods designing multiple mRNA transcript nucleic acid probe sequences for use in nucleic acid arrays |
KR100506089B1 (ko) * | 2003-02-05 | 2005-08-05 | 삼성전자주식회사 | 이형 유전정보를 이용한 프로브 어레이 설계 시스템 및 방법 |
-
2004
- 2004-09-14 KR KR1020040073366A patent/KR100682891B1/ko not_active IP Right Cessation
-
2005
- 2005-09-06 DE DE602005024750T patent/DE602005024750D1/de active Active
- 2005-09-06 EP EP05019375A patent/EP1634959B1/en not_active Expired - Fee Related
- 2005-09-14 US US11/226,082 patent/US7657381B2/en not_active Expired - Fee Related
- 2005-09-14 CN CN2005101096089A patent/CN1782097B/zh not_active Expired - Fee Related
- 2005-09-14 JP JP2005267523A patent/JP4286243B2/ja not_active Expired - Fee Related
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2006246889A (ja) * | 2005-03-08 | 2006-09-21 | Samsung Electronics Co Ltd | プローブセットの設計方法、それにより設計されたプローブセット、前記プローブセットを備えるマイクロアレイ、前記方法をコンピュータが実行可能にするプログラムを記録したコンピュータ読み取り可能な記録媒体、および前記プローブセットを利用した標的配列の同定方法 |
JP2006246888A (ja) * | 2005-03-08 | 2006-09-21 | Samsung Electronics Co Ltd | プライマー−プローブセットを設計する方法、それによって設計されたプライマー−プローブセット、該セットを含むキット、該方法をコンピュータに実行させるプログラムを記録したコンピュータ読み取り可能な記録媒体、および該セットを利用した標的配列の同定方法 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
DE602005024750D1 (de) | 2010-12-30 |
CN1782097B (zh) | 2010-05-12 |
JP4286243B2 (ja) | 2009-06-24 |
EP1634959A2 (en) | 2006-03-15 |
EP1634959B1 (en) | 2010-11-17 |
KR100682891B1 (ko) | 2007-02-15 |
KR20060024566A (ko) | 2006-03-17 |
CN1782097A (zh) | 2006-06-07 |
US7657381B2 (en) | 2010-02-02 |
US20060058967A1 (en) | 2006-03-16 |
EP1634959A3 (en) | 2006-03-22 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
San Segundo-Val et al. | Introduction to the gene expression analysis | |
CN111032881B (zh) | 核酸的精确和大规模平行定量 | |
JP4860869B2 (ja) | 固相支持体上の複数のポリヌクレオチドを増幅し、検出する方法 | |
US20110046010A1 (en) | Polynucleotides for use as tags and tag complements, manufacture and use thereof | |
JP4286243B2 (ja) | プローブセットを設計する方法、それによって設計されたプローブが固定化された基板を有するマイクロアレイ及び該方法をコンピュータで実行可能なプログラムとして記録したコンピュータで読み取り可能な記録媒体 | |
EP1096024A1 (en) | Method and kit for the screening and/or the quantification of multiple homologous nucleic acid sequences on arrays | |
JP4887061B2 (ja) | プライマー−プローブセットを設計する方法、それによって設計されたプライマー−プローブセット、該セットを含むキット、該方法をコンピュータに実行させるプログラムを記録したコンピュータ読み取り可能な記録媒体、および該セットを利用した標的配列の同定方法 | |
WO2011052586A1 (ja) | 標的核酸の検出方法 | |
JP6140422B2 (ja) | 反復dnaエレメント(line/sine)を陰性対照として用いる、次世代シークエンシングのための標的濃縮の効率を予測するための、定量pcrに基づく方法 | |
KR100813263B1 (ko) | 표적 서열 검출용 프로브 설계 방법 및 상기 프로브를이용한 표적 서열 검출 방법 | |
JP4813215B2 (ja) | プローブセットの設計方法、それにより設計されたプローブセット、前記プローブセットを備えるマイクロアレイ、前記方法をコンピュータが実行可能にするプログラムを記録したコンピュータ読み取り可能な記録媒体、および前記プローブセットを利用した標的配列の同定方法 | |
WO2009098038A1 (en) | Methods and systems for quality control metrics in hybridization assays | |
US7297477B2 (en) | Methods and compositions for detecting viral nucleic acid in a cell | |
JP4535266B2 (ja) | Dnaコンピュータ技術による核酸の定量検出方法 | |
US20040086867A1 (en) | Method for detecting nucleic acid | |
EP1593745B1 (en) | Customized micro-array construction and its use for target molecule detection | |
US7364898B2 (en) | Customized micro-array construction and its use for target molecule detection | |
US20080153094A1 (en) | Reduction of nonspecific binding in nucleic acid assays and nucleic acid synthesis reactions | |
JP2004081062A (ja) | 核酸プローブマイクロアレイ、ならびにそれを用いるアッセイ方法 | |
EP1136566A1 (en) | Method and kit for detection and/or quantification of homologus nucleotide sequences on arrays | |
JP2010509904A (ja) | 配列が解明された生物を検出および同定するための遺伝子標的の設計と選択 | |
US20050079497A1 (en) | Multiple oligonucleotides per gene for use in gene arrays | |
JP2005321389A (ja) | 高感度での多数のポリヌクレオチド配列の検出のためのマイクロアレイ支持体の調製方法および使用 | |
US20090149342A1 (en) | Method for reduction of nonspecific binding in nucleic acid assays, nucleic acid synthesis and multiplex amplification reactions | |
Cherbas et al. | CGB Technical Report 2006-01 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20050914 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20080729 |
|
A521 | Written amendment |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20081022 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20081118 |
|
A521 | Written amendment |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20090213 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20090310 |
|
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20090324 |
|
FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20120403 Year of fee payment: 3 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20130403 Year of fee payment: 4 |
|
FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20140403 Year of fee payment: 5 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
LAPS | Cancellation because of no payment of annual fees |