JP2010509904A - 配列が解明された生物を検出および同定するための遺伝子標的の設計と選択 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】これらのセットは、対応するサブ配列と、対応するサブ配列の中心にあるヌクレオチドを変えることによって形成された、対応するサブ配列のあらゆる変異とからなる。各標的配列に対応する断片のセットであって、各断片セットが、対応する標的配列の所定の一定の断片長を有するすべての断片を有するセットを作製すること。各断片が、その断片の相補配列と結合する自由エネルギーを計算すること。いずれの結合自由エネルギーが上記所定の一定の閾値を超える場合には、その断片を一度に一塩基ずつ延長して、結合自由エネルギーが閾値を下回るか、断片がプローブと同じ長さになるまで、延長断片のセットを作製すること。どの延長断片が、プローブのいずれかに完全に一致するかを決定すること。各候補プロトタイプ配列に対応するベースコール配列を集める。このベースコール配列は、いずれかの延長断片に完全に一致する対応するプロトタイプ配列の各プローブの中央にあるヌクレオチドに対応するベースコールを有するが、完全に一致するプローブを含むプローブのセットの残りメンバーは、いずれの延長断片とも完全には一致せず、別の状況ではベースコールしない。
Description
Claims (13)
- 生物リスト中の一種類以上の生物に関連する標的配列のリストを提供することと、
標的配列の一つ以上にハイブリダイズすると推定される候補プロトタイプ配列のリストを提供することと、
各候補プロトタイプ配列に対応するプローブのコレクションであって、各プローブコレクションが、対応する候補プロトタイプ配列の所定の一定のサブ配列長を有するすべてのサブ配列に対する、1セットのプローブを含み、前記セットが、対応するサブ配列と、対応するサブ配列の中心にあるヌクレオチドを変えることによって形成された対応するサブ配列のすべての変異とからなるコレクションを作製することと、
各標的配列に対応する1セットの断片であって、各断片セットが、対応する標的配列の所定の一定の断片長を有するすべての断片を含むセットを作製することと、
各断片が、その断片の完全な相補配列と結合する自由エネルギーを計算し、いずれかの結合自由エネルギーが、所定の一定の閾値を上回る場合には、その結合自由エネルギーが閾値を下回るか、その断片がプローブと同じ長さになるまで、その断片を一度に一塩基ずつ延長して、延長された断片のセットを作製することと、
どの延長断片が、いずれかのプローブと完全に一致すると判定すること、ならびに各候補プロトタイプ配列に対応するベースコール配列を集めることと、を含み、
いずれかの延長断片と完全に一致する対応するプロトタイプ配列の各プローブの中心にあるヌクレオチドに対応するベースコールであるが、完全に一致するプローブを含むプローブのセットの他のメンバーは、いずれの延長断片とも完全には一致しないベースコールと、
別の状況では非ベースコールとを含む、コンピュータによって実行される方法。 - 標的配列のサブセットが、生物のサブセットに共通する単一遺伝子に対応する、請求項1に記載の方法。
- 生物のリストが、単一種の複数の系統を含む、請求項1に記載の方法。
- 少なくとも一つの生物で見られることが知られている名目的な標的配列を選択することと、
名目的な標的配列に対して、少なくとも所定の程度の類似性を有する追加的な標的配列を付加するために、既知の配列のデータベースに対して類似性検索を行うことと、
標的配列のリストと同一の候補プロトタイプ配列のリストを作成することと、をさらに含む、請求項1に記載の方法。 - サブ配列の長さが25個である、請求項1に記載の方法。
- 断片の長さが13個である、請求項1に記載の方法。
- 結合自由エネルギーが、オリゴヌクレオチド最近隣モデルに従って計算される、請求項1に記載の方法。
- 結合自由エネルギーの閾値が約−14.5kcal/molである、請求項1に記載の方法。
- 各候補プロトタイプ配列について、前記候補プロトタイプ配列に対応するベースコール配列が一定の最小数のベースコールを含む、前記候補プロトタイプ配列を含む、一致する生物のリストを作製することと、
一致する生物の最も長いリストに対応する候補プロトタイプ配列を、最終的なプロトタイプ配列のリストに移動させることと、
前記生物のリストから移されたプロトタイプ配列に対応する一致する生物を削除することと、
前記生物リストが空になるまで移動および削除を繰り返すこととをさらに含む、請求項1に記載の方法。 - ベースコールの最小数が50である、請求項9に記載の方法。
- 各最終的なプロトタイプ配列に対応するプローブの各セットを含むリシークエンシング用マイクロアレイを製造することをさらに含む、請求項9に記載の方法。
- 請求項11に記載の方法によって製造されたマイクロアレイ。
- マイクロアレイが、マイクロアレイ上の各プローブに相補的な配列をさらに含む、請求項11記載の方法。
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