JP2006022063A - Lox−1遺伝子発現抑制剤 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】N−メチルピロール単位(以下Pyとも言う)、N−メチルイミダゾール単位(以下Imとも言う)及びγ−アミノ酪酸単位を含むピロールイミダゾールポリアミドであって、レクチン様LDL受容体−1(以下LOX−1とも言う)遺伝子プロモーターの−130〜−11(配列番号2)の一部又は全部とこれに対する相補鎖を含む二重らせん領域(以下標的領域と言う)の副溝内において、前記γ−アミノ酪酸単位の部位で折りたたまれてU字型のコンフォメーションをとることができ、C−G塩基対に対してはPy/Im対が、G−C塩基対に対してはIm/Py対が、A−T塩基対及びT−A塩基対に対してはいずれもPy/Py対がそれぞれ対応する、上記ピロールイミダゾールポリアミドを含んでなるLOX−1遺伝子発現抑制剤。
【選択図】なし
Description
(1) N−メチルピロール単位(以下Pyとも言う)、N−メチルイミダゾール単位(以下Imとも言う)及びγ−アミノ酪酸単位を含むピロールイミダゾールポリアミドであって、レクチン様LDL受容体−1(以下LOX−1とも言う)遺伝子プロモーターの−130〜−11(配列番号2)の一部又は全部とこれに対する相補鎖を含む二重らせん領域(以下標的領域と言う)の副溝内において、前記γ−アミノ酪酸単位の部位で折りたたまれてU字型のコンフォメーションをとることができ、C−G塩基対に対してはPy/Im対が、G−C塩基対に対してはIm/Py対が、A−T塩基対及びT−A塩基対に対してはいずれもPy/Py対がそれぞれ対応する、上記ピロールイミダゾールポリアミドを含んでなるLOX−1遺伝子発現抑制剤。
(2) 更にβ−アラニン単位を含む上記(1)記載のLOX−1遺伝子発現抑制剤。
(3) 前記標的領域がLOX−1遺伝子プロモーターの塩基配列−62〜−55(配列番号3)の一部又は全部とこれに対する相補鎖を含む二重らせん領域である上記(1)又は(2)記載のLOX−1遺伝子発現抑制剤。
(4) 前記標的領域がLOX−1遺伝子プロモーターの塩基配列−52〜−45(配列番号4)の一部又は全部とこれに対する相補鎖を含む二重らせん領域である上記(1)又は(2)記載のLOX−1遺伝子発現抑制剤。
(5) 前記ピロールイミダゾールポリアミドの末端のカルボキシル基がアミドを形成している上記(1)〜(4)のいずれか一項記載のLOX−1遺伝子発現抑制剤。
(6) 前記アミドがN,N−ジメチルアミノプロピルアミンとのアミドである上記(1)〜(5)のいずれか一項記載のLOX−1遺伝子発現抑制剤。
(7) 前記ピロールイミダゾールポリアミドが下式で表される上記(2)又は(3)記載のLOX−1遺伝子発現抑制剤。
(8) 前記ピロールイミダゾールポリアミドが下式で表される上記(2)又は(4)記載のLOX−1遺伝子発現抑制剤。
(9)下式で表されるピロールイミダゾールポリアミド。
副溝の塩基対とピロールイミダゾールポリアミドのPyとImの対が上述のように対応していないと、副溝とピロールイミダゾールポリアミドとの結合が不十分となる。このように、副溝の塩基対とPy−Im対が上述のように対応していないピロールイミダゾールポリアミドを本願ではミスマッチ又はミスマッチポリアミドと呼ぶ。
本発明のピロールイミダゾールポリアミドGBP3102及びGBP3103は下記に示す通りである。
GBP3102は、分子式C89H107N33O17、分子量1911.01を有し、その標的配列はLOX−1遺伝子調節領域の−250〜−1の領域のうち、CAP結合領域、p gene結合領域、及びTREを含む−130〜−11(配列番号2)の領域であり、直接的にはgattgagt(−62〜−55)(配列番号3)の8塩基に結合することにより、ヒトLOX−1遺伝子の発現を抑制する。
GBP3103は、分子式C90H108N32O17、分子量1910.03を有し、その標的配列はLOX−1遺伝子調節領域の−250〜−1の領域のうち、TRE、GATA−1(GATA転写因子1)結合領域、及びCAP(catabolite gene activator protein、カタボライト遺伝子アクチベータータンパク質、cAMP受容体蛋白質)結合領域を含む−130〜−11(配列番号2)の領域であり、直接的にはttcttcta(−52〜−45)(配列番号4)の8塩基に結合することにより、ヒトLOX1遺伝子の発現を抑制する。
Courey et al:Cell.1988;55:887−98.)、合成ポリアミドはTATA結合タンパク質の結合部位を競合的に占有し、遺伝子転写に干渉する。様々なプロモータで設計したポリアミドの成功例のうちで、TATAボックスを標的とするものが常に機能することが知られている(非特許文献13、14)。
(1)LOX−1プロモータに対応するPy−Imポリアミドの設計
Py−Imポリアミドとして、LOX−1プロモータの−62〜−56又は−52〜−46の塩基対に結合するように、上記のようなGBP3102又はGBP3103を設計した。
ピロールイミダゾールポリアミドのマシンアシスト自動合成を、連続フローペプチド合成機Pioneer(商標)(アプライドバイオシステムズ)を用いて0.1mmolスケール(200mgのFmoc−β−アラニン−CLEAR酸レジン、0.50meq/g、Peptide Institute,Inc.)で実施した。自動固相合成はDMF洗浄、Fmoc基の20%ピペリジン/DMFによる除去、メタノール洗浄、HATU及びDIEA(それぞれ4当量)の存在下でのモノマーとの60分間のカップリング、メタノール洗浄、必要に応じて無水酢酸/ピリジンによる保護、及び最終的なDMF洗浄からなっている。Py−Imポリアミドは一般に中程度の収率(10−30%)で得られた。
FITCカップリング: 4倍過剰のフルオレセイン(0.40mmol)及びDIEA(HATUなし)をDMFに溶解したものをカラムを通して60分間フラッシュした。
アミンとしての分解: 合成ポリアミドを冷エチルエーテル沈澱により分解工程(N,N−ジメチルアミノプロピルアミン5ml/樹脂0.1mmol、50℃、一晩)の後に単離した。
精製: 最終精製は、10ml/minの流速の分析用RP−HPLCで、緩衝液A(0.1%AcOH/水)中B(アセトニトリル)の直線勾配を用いて、350nmのUV検出により行った。
GBP3103は元素分析の結果、C:56.59、H:5.70、N:23.47、O:14.24という測定値を得た。質量分析スペクトルを図3に示す。
HUVEC(Clonetics)を10%ウシ胎児血清(Invitrogen)、100U/mlペニシリン、及び100mg/mlストレプトマイシンを含むDulbecco改変Eagle培地(DMEM)にて培養した。細胞をCa2+,Mg2+フリーのリン酸緩衝食塩水(PBS)中0.05%トリプシン(Invitrogen)でのトリプシン処理により継代し、75mm2組織培養フラスコで培養した。培地は4〜5日毎に交換し、5〜10継代の間の細胞について実験を行った。
培養細胞をPBSで洗浄し、1000μL Trizol(Invitrogen)に溶解、100μLのクロロホルムと混合、遠心分離し、上部水相を等体積のイソプロパノールと混合してRNAを沈澱させた。RNAの沈殿を500μLの75%エタノールで二回洗浄し、乾燥後、10μlのTE緩衝液に溶解した。
65℃で15分間変性させた後、RNA試料を室温で45分間、0.5mlのDNアーゼ緩衝液(20mM Tris−HCl pH 8.3,50mM KCl,2.5mM MgCl2)中、0.5U DNアーゼ(Gibco)で処理した。DNアーゼは0.5mL 0.5M EDTAを添加し、98℃で10分間加熱することによって不活化した。
結果は平均値±SEMで表現した。平均値間の差の有意性はスチューデントt検定により評価した。0.05未満のp値を有意であるとした。
(6)合成ポリアミドによるHUVECでのLOX1mRNAの阻害
インビボにおけるLOX1遺伝子の発現に対するポリアミドの効果を観察するために、培養HUVECを10−7M PMAおよび10−6M〜10−9Mのポリアミドとともに6時間インキュベートし、LOX1mRNAをRT−PCR法を用いて分析した。PMAを陽性対照として用いた。10−7M PMAはLOX1mRNAの発現を有意に刺激した。本発明のポリアミドはPMAにより誘導されたLOX1mRNAの発現を有意に阻害した。
以下に、本発明のポリアミドとしてGBP3102及びGBP3103を用いたLOX−1メッセンジャーRNAの発現抑制効果の実験例を示す。
ヒト臍帯静脈由来培養血管内皮細胞を培養し、1x10−7MのPMA(12−O−tetradecanoylphorbol−13−acetate)を添加して刺激し、Py−ImとしてGBP3102を加えて,そのLOX−1メッセンジャーRNAの発現抑制効果を検討した。細胞を、サブコンフルエントの状態で無血清培地に交換して24時間培養し、1x10−7MのPMAと各濃度のPy−Imを加えて更に12時間無血清で培養した。細胞からguanidium thiocyanate法にてメッセンジャーRNAを分離し、これにavian myeloblastoma virus reverse transcriptaseにより逆転写を行い、PCR法にて増幅した。PCR産物はAgilent Bioanalyzerにより定量した。LOX−1遺伝子、18S rRNAに対する特異的プライマーを作成してPCRを行い、LOX−1遺伝子発現量は18sにて補正した。LOX−1遺伝子発現量は1x10−7MのPMA刺激により3倍以上に増加し、GBP3102の添加により1x10−6Mで約50%に抑制された(図4)。
ヒト臍帯静脈由来培養血管内皮細胞を培養し、1x10−7MのPMA(12−O−tetradecanoylphorbol−13−acetate)を添加して刺激し、Py−ImとしてGBP3103を加えて,そのLOX−1メッセンジャーRNAの発現抑制効果を検討した。細胞を、サブコンフルエントの状態で無血清培地に交換して24時間培養し、1x10−7MのPMAと各濃度のPy−Imを加えて更に12時間無血清で培養した。細胞からguanidium thiocyanate法にてメッセンジャーRNAを分離し、これにavian myeloblastoma virus reverse transcriptaseにより逆転写を行い、PCR法にて増幅した。PCR産物はAgilent Bioanalyzerにより定量した。LOX−1遺伝子、18S rRNAに対する特異的プライマーを作成してPCRを行い、LOX−1遺伝子発現量は18sにて補正した。LOX−1遺伝子発現量は1x10−7MのPMA刺激により3倍以上に増加し、GBP3103の添加により1x10−6Mで約30%抑制された(図5)。
配列番号6 アンチセンスプライマー
配列番号7 センスプライマー
配列番号8 アンチセンスプライマー
Claims (9)
- N−メチルピロール単位(以下Pyとも言う)、N−メチルイミダゾール単位(以下Imとも言う)及びγ−アミノ酪酸単位を含むピロールイミダゾールポリアミドであって、レクチン様酸化LDL受容体−1(以下LOX−1とも言う)遺伝子プロモーターの塩基配列−130〜−11(配列番号2)の一部又は全部とこれに対する相補鎖を含む二重らせん領域(以下標的領域と言う)の副溝内において、前記γ−アミノ酪酸単位の部位で折りたたまれてU字型のコンフォメーションをとることができ、C−G塩基対に対してはPy/Im対が、G−C塩基対に対してはIm/Py対が、A−T塩基対及びT−A塩基対に対してはいずれもPy/Py対がそれぞれ対応する、上記ピロールイミダゾールポリアミドを含んでなるLOX−1遺伝子発現抑制剤。
- 更にβ−アラニン単位を含む請求項1記載のLOX−1遺伝子発現抑制剤。
- 前記標的領域がLOX−1遺伝子プロモーターの塩基配列−62〜−55(配列番号3)の一部又は全部とこれに対する相補鎖を含む二重らせん領域である請求項1又は2記載のLOX−1遺伝子発現抑制剤。
- 前記標的領域がLOX−1遺伝子プロモーターの塩基配列−52〜−45(配列番号4)の一部又は全部とこれに対する相補鎖を含む二重らせん領域である請求項1又は2記載のLOX−1遺伝子発現抑制剤。
- 前記ピロールイミダゾールポリアミドの末端のカルボキシル基がアミドを形成している請求項1〜4のいずれか一項記載のLOX−1遺伝子発現抑制剤。
- 前記アミドがN,N−ジメチルアミノプロピルアミンとのアミドである請求項1〜5のいずれか一項記載のLOX−1遺伝子発現抑制剤。
- 前記ピロールイミダゾールポリアミドが下式で表される請求項2又は3記載のLOX−1遺伝子発現抑制剤。
- 前記ピロールイミダゾールポリアミドが下式で表される請求項2又は4記載のLOX−1遺伝子発現抑制剤。
- 下式で表されるピロールイミダゾールポリアミド。
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