JP2004533240A - IFNα−17遺伝子の新規のポリヌクレオチドおよびポリペプチド - Google Patents
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Abstract
Description
【0001】
関連出願
本発明は、仏国特許出願第0105516号(2001年4月24日提出)(表題「Nouveaux polynucleotides et polypeptides du gene IFNa-17」)に基づく優先権を主張する。
【0002】
発明の背景
(産業上の利用分野)
本発明は、新規のSNPを含むIFNα−17遺伝子のヌクレオチド配列に由来する新規のポリヌクレオチド、ならびにこれらのSNPにより引き起こされる突然変異を包含する天然野生型IFNα−17タンパク質に由来する新規のポリペプチドに、ならびにそれらの治療的使用に関する。
【背景技術】
【0003】
インターフェロンα17遺伝子(本明細書中では以後、IFNα−17と呼ぶ)は、以下の出版物に記載されている:
−Olopade et al.: “Mapping of the shortest region of overlap of deletion of the short arm of chromosome 9 associated with human neoplasia”; Genomics; 14: 437-443; 1992。
【0004】
−Lawn R.M. et al.; “DNA sequence of two closely linked human leukocyte interferon genes”; Science 212 (4499), 1159-1162 (1981)。
【0005】
この遺伝子のヌクレオチド配列は、GenBankデータベースにおいて寄託番号V00532で入手可能である。
【0006】
IFNαは、それらの細胞抗増殖作用、ならびに抗ウイルスおよび抗寄生生物性応答におけるそれらの関与に関して既知である。
【0007】
IFNαは、造血性幹細胞のレベルでのいくつかのその他のサイトカインの発現を阻害すること、ならびにある種の腫瘍の細胞増殖を抑制することも既知である。
【0008】
IFNαは、腎臓癌におけるEGFに対する受容体の発現を低減し、ある種のミトコンドリア遺伝子の発現を抑制し、繊維芽細胞、単球およびBリンパ球の増殖を、特にin vitroで抑制し、そしてBリンパ球による抗体の合成を遮断することも既知である。
【0009】
IFNαは、腫瘍細胞の表面での腫瘍特異的抗原の発現を誘導し、そしてISRE型(インターフェロン刺激性応答素子)のプロモーター領域の制御下に置かれる遺伝子を、これらのISREの特異的転写因子に作用することにより、誘導することも既知である。
【0010】
IFNαは、異なる障害および/またはヒト疾患、例えば異なる癌、例えば癌腫、黒色腫、リンパ腫、白血病、ならびに肝臓、頚部、頭部および腎臓の癌、心臓血管性疾患、代謝性疾患、例えば免疫系に関連しない疾患、例えば肥満症、感染性疾患、例えばB型およびC型肝炎、ならびにエイズ、肺炎、潰瘍性結腸炎、中枢神経系の疾患、例えばアルツハイマー病、神経分裂病およびうつ病、組織または器官移植片の拒絶、創傷の治癒、透析患者における貧血、アレルギー、喘息、多発性硬化症、骨粗鬆症、乾癬、慢性関節リウマチ、クローン病、自己免疫疾患および障害、胃腸障害に、あるいは化学療法処置に関連した障害にさえも関与する、ということが既知である。
【0011】
IFNαは、ある種の白血病、転移性腎臓癌、ならびにエイズの症例におけるカポジ肉腫のような免疫不全後に出現する腫瘍の治療のために特に用いられる。IFNαは、その他の種類の腫瘍に対して、そしてある種のウイルス感染に対しても有効である。IFNαは、性器疣または性病の治療のためにFDA(食品医薬品局)にもみとめられている。
【0012】
しかしながらIFNα、特にIFNα−17は、それらが製剤組成物中に用いられる場合、多数の副作用、例えば急性過敏症(蕁麻疹、気管支収縮、アナフィラキシーショック等)の反応、不整脈、低血圧、癲癇発作、甲状腺機能に伴う問題、インフルエンザ様症候群(発熱、発汗、筋肉痛)等を有する。
【0013】
さらにIFNαで治療される患者は、抗体を生じてこれらの分子を中和し、したがってそれらの有効性を低減する。
【0014】
天然野生型IFNα−17タンパク質と異なる機能性を有し得るIFNα−17との新規のポリペプチドおよび新規のポリヌクレオチド類似体を本発明人は見出した。
【0015】
これらの新規のポリペプチドおよびポリヌクレオチドは特に、前記の障害または疾患を治療または予防するために、そしてそれらに結び付けられる欠点の全部または一部を回避するために用いられ得る。
【発明の開示】
【0016】
発明の要約
本発明は、その第一の目的として、1または数個のSNP(単一ヌクレオチド多型性)を含むという点で、対照野生型IFNα−17遺伝子のヌクレオチド配列と異なる新規のポリヌクレオチドを有する。
【0017】
ヒト対照野生型IFNα−17遺伝子の配列番号1のヌクレオチド配列は1873個のヌクレオチドで構成され、ヌクレオチド639(開始コドン)からヌクレオチド1208(終止コドン)までの570個のヌクレオチドのコード配列を含む。
【0018】
本出願人は、対照野生型IFNα−17遺伝子のヌクレオチド配列中の2つのSNPを同定した。
【0019】
これらのSNPは、以下の:g771c、808Ins(a)である。
【0020】
本発明の意味において、前記のSNPの位置決定に対応するナンバリングは、配列番号1のヌクレオチド配列のナンバリングに呼応する、と理解される。
【0021】
文字a、t、cおよびgは、それぞれ窒素塩基アデニン、チミン、シトシンおよびグアニンに対応する。
【0022】
最初の文字が野生型ヌクレオチドに対応するのに対して、最後の文字は突然変異化ヌクレオチドに対応する。
【0023】
したがってSNPg771cは、対照野生型IFNα−17遺伝子の配列番号1のヌクレオチド配列の位置771のヌクレオチドグアニン(g)のシトシン(c)への突然変異に相当する。
【0024】
SNP808Ins(a)は、対照野生型IFNα−17遺伝子の配列番号1のヌクレオチド配列の位置808でのヌクレオチドアデニン(a)挿入に対応する。
【0025】
これらのSNPは、出願人の特許出願FR 00 22894(表題“Process for the determination of one or several functional polymorphism(s) in the nucleotide sequence of a preselected functional candidate gene and its applications”)(2000年12月6日提出)(参照により本明細書中に引用される)に記載された確定方法を用いて本出願人により同定された。
【0026】
この特許出願に記載された方法は、個体の無作為集団からの少なくとも1つの個体における1つ(または数個)の先在SNP(単数または複数)の同定を可能にする。
【0027】
本発明の範囲において、例えばコード配列を含むIFNα−17遺伝子のヌクレオチド配列の断片は、無作為様式で選択された個体の集団中の異なる個体から単離された。
【0028】
次にこれらの断片のシーケンシングは、DHPLC(「変性高速液体クロマトグラフィー」)による分析後、ヘテロ二重らせんプロフィール(即ち、参照野生型IFNα−17遺伝子配列のものと異なるプロフィール)を有するある種のこれらの試料に関して実行した。
【0029】
この方法でシーケンシングされた断片は次に、対照野生型IFNα−17遺伝子の断片のヌクレオチド配列および同定された本発明にしたがうSNPと比較された。
【0030】
したがってSNPは天然であり、それらの各々は世界の人口の特定の個体中に存在する。
【0031】
対照野生型IFNα−17遺伝子は、最初の23個のアミノ酸を含むシグナルペプチドの切断により、166個のアミノ酸の成熟タンパク質に転換する配列番号2のアミノ酸配列に対応する189個のアミノ酸の未熟タンパク質をコードする。
【0032】
本発明のコードSNP、即ちg771cおよび808Ins(a)は、アミノ酸配列のレベルで、IFNα−17遺伝子のヌクレオチド配列によりコードされるタンパク質の修飾を引き起こす。これらの修飾は、以下のものである:
−SNPg771cはIFNα−17遺伝子の未熟タンパク質中の位置45のアミノ酸グリシン(G)の突然変異を引き起こす。それは、配列番号2のアルギニン(R)及び成熟タンパク質の位置22に対応する。本発明の説明において、それぞれ成熟タンパク質を指すかまたは未熟タンパク質を指すかによってこのSNPによりコードされる突然変異を、区別せずにG22RおよびG45Rと呼ぶ。
【0033】
−SNP808Ins(a)はIFNα−17遺伝子の未熟タンパク質中の位置57のアミノ酸ヒスチジン(H)の突然変異を引き起こす。それは配列番号2のアミノ酸配列のグルタミン(Q)ならびに成熟タンパク質の位置34に対応するさらにヌクレオチド配列上の位置808のアデニンの挿入は、タンパク質の翻訳のフレームシフトを引き起こし、これがアミノ酸配列の位置58の終止コドンの出現を生じる。したがってSNP808Ins(a)は、グルタミン57直後の翻訳停止を引き起こす。結果的に、生じる未熟タンパク質は短縮され、57個のアミノ酸のみから作られる。この多型性は、H57Qフレーム57とも呼ばれる。本発明の説明において、それぞれ成熟タンパク質を指すかまたは未熟タンパク質を指すかによってこのSNPによりコードされる突然変異を、区別せずにH34Qフレーム34およびH57Qフレーム57と呼ぶ。
【0034】
配列番号3のアミノ酸配列は、SNP808Ins(a)を含むヌクレオチド配列によりコードされる突然変異化未熟タンパク質(H57Qフレーム57)に対応する。
【0035】
本発明のSNPの各々は、野生型参照IFNα−17遺伝子のヌクレオチド配列によりコードされるポリペプチドと比較して、本発明にしたがうポリペプチドの空間的配座の修飾を引き起こす。
【0036】
これらの修飾は、例えばde novoでモデリングツール(例えばSEQFOLD/MSI)、相同(例えばMODELER/MSI)、力場の最小化(例えばDISCOVER, DELPHI/MSI)、および/または分子力学(例えばCFF/MSI)を使用し、当業者に周知である方法にしたがって、コンピューター分子モデリングにより観察され得る。
【0037】
このようなモデルの一例は、本明細書中で後に実験の節で示される。
【0038】
コンピューター分子モデリングは、突然変異化成熟タンパク質上の突然変異G22Rが位置22周囲のABループの修飾および置換を包含し、これが水素結合の消失を引き起こす、ということを示す。
【0039】
図1Aおよび1Bは、ABループが折りたたまれず、そして突き出ていることを示す。
【0040】
天然野生型IFNα−17上では、G22残基はR144残基に非常に近い。このR144残基は、インターフェロンα−2(IFNα−2)とその受容体との結合に関与することが既知である。IFNα−2およびIFNα−17の構造は非常に類似し、IFNα−17中のR144残基はその受容体との結合に関与すると思われる。
【0041】
したがってG22R突然変異化タンパク質は、天然野生型IFNα−17タンパク質と異なる三次元配座を保有する。
【0042】
コンピューター分子モデリングは、位置22のアミノ酸アルギニンの存在が構造の、ならびに特にIFNα−17とその受容体との結合レベルでの天然野生型タンパク質IFNα−17の機能の、有意の修飾に関与する、という予測も可能にする。
【0043】
本発明にしたがうポリヌクレオチドのゲノタイプ化は、集団中のこれらのポリヌクレオチドの対立遺伝子頻度を確定するといったような方式で実行され得る。
【0044】
本発明のポリペプチドの機能性の確定は、それらの生物学的活性の試験により、同様に実行され得る。
【0045】
この点において、例えば本発明に従うポリペプチドのシグナル伝達、樹状細胞成熟、Tリンパ球によるサイトカイン放出、単球によるサイトカイン放出、in vitroまたはin vivo抗ウイルス活性、ダウジ バーキット細胞株における細胞抗増殖活性、TF−1細胞株における細胞抗増殖活性を測定し、そして市販製品であるイントロンAの代表的なものとして選択されるIFNα−17または野生型IFNα−2と比較し得る。
【0046】
本発明は、一目的のために、本発明に従うポリヌクレオチドのおよびポリペプチドの使用、ならびに特にある種のヒト障害および/または疾患の予防および治療のために、これらのポリヌクレオチドおよびポリペプチドから出発して得られるかおよび/または同定される治療用分子の使用も有する。
【0047】
本発明の詳細な説明
定義
「対照野生型遺伝子のヌクレオチド配列」とは、ヒトIFNα−17遺伝子の配列番号1のヌクレオチド配列と理解される。
【0048】
この配列は、寄託番号V00532でGenBankで入手可能であり、そして以下に記載されている:
−Olopade et al.: “Mapping of the shortest region of overlap of deletion of the short arm of chromosome 9 associated with human neoplasia”; Genomics; 14: 437-443; 1992。
【0049】
−Lawn R.M. et al.; “DNA sequence of two closely linked human leukocyte interferon genes”; Science 212 (4499), 1159-1162 (1981)。
【0050】
「天然野生型IFNα−17タンパク質」または「野生型IFNα−17タンパク質」とは、対照野生型IFNα−17遺伝子のヌクレオチド配列によりコードされる成熟タンパク質と理解される。天然野生型未熟タンパク質IFNα−17は、配列番号2で示されるペプチド配列に対応する。
【0051】
「ポリペプチド」とは、修飾化または非修飾化DNAまたはRNAであり得るポリリボヌクレオチドまたはポリデオキシリボヌクレオチドと理解される。
【0052】
ポリヌクレオチドという用語は、例えば一本鎖または二本鎖DNA、1または数個の一本鎖領域(単数または複数)のおよび1または数個の二本鎖領域(単数または複数)の混合物で構成されるDNA、一本鎖または二本鎖RNA、ならびに1または数個の一本鎖領域(単数または複数)のおよび1または数個の二本鎖領域(単数または複数)の混合物で構成されるRNAを包含する。ポリヌクレオチドという用語は、1または数個の三重鎖領域を含むRNAおよび/またはDNAも包含し得る。ポリヌクレオチドとは同様に、安定性という理由のためにまたはその他の理由のために修飾された骨格を有するような方式で修飾された1または数個の塩基を含有するDNAおよびRNAと理解される。修飾化塩基とは、例えば普通でない塩基、例えばイノシンと理解される。
【0053】
「ポリペプチド」とは、例えばアイスステリックペプチドの場合のように、正常または修飾化ペプチド結合により互いに連結された少なくとも2つのアミノ酸を含むペプチド、オリゴペプチド、オリゴマーまたはタンパク質と理解される。
【0054】
ポリペプチドは、遺伝暗号により限定される20個のアミノ酸以外のアミノ酸で構成され得る。ポリペプチドは同様に、翻訳成熟過程のような天然過程により、または当業者に周知の化学的過程により修飾されたアミノ酸で構成され得る。このような修飾は、文献中で十分に詳述されている。これらの修飾は、ポリペプチド中、ペプチド骨格中、アミノ酸鎖中のどこでも、あるいはカルボキシ−またはアミノ末端でさえ、出現し得る。
【0055】
ポリペプチドは、ユビキチン化後に分枝されるか、または分枝を伴ってまたは伴わずに環状であり得る。この種類の修飾は、当業者に周知である天然または合成翻訳後過程の結果であり得る。
【0056】
例えばポリペプチド修飾は、アセチル化、アシル化、ADP−リボシル化、アミド化、ヌクレオチドのまたはヌクレオチド誘導体の共有的固定、脂質または脂質誘導体の共有的固定、ホスファチジルイノシトールの共有的固定、共有的または非共有的架橋、環化、ジスルフィド結合形成、脱メチル化、システイン生成、ピログルタメート生成、ホルミル化、γ−カルボキシル化、グリコシル化、例えばPEGイル化、GPIアンカー生成、ヒドロキシル化、ヨード化、メチル化、ミリストイル化、酸化、タンパク質分解過程、リン酸化、プレニル化、ラセミ化、セネロイル化、スルフェート化、アミノ酸付加、例えばアルギニル化またはユビキチン化を含む、と理解される。このような修飾は、以下の文献中に十分に詳述されている:PROTEINS-STRUCTURE AND MOLECULAR PROPERTIES, 2nd Ed., T.E. Creighton, New York, 1993, POST-TRANSLATIONAL COVALENT MODIFICATION OF PROTEINS, B.C. Johnson, Ed., Academic Press, New York, 1983, Seifter et al. “Analysis for protein modifications and nonprotein cofactors”, Meth. Enzymol. (1990) 182: 626-646およびRattan et al. “Protein Synthesis: Post-translational Modifications and Aging”, Ann NY Acad Sci (1992) 663:48-62。
【0057】
「単離ポリヌクレオチド」または「単離ポリペプチド」とは、ヒト身体から単離されるかまたはそうでなければ技術的過程により産生されるそれぞれ前記のようなポリヌクレオチドまたはポリペプチドと理解される。
【0058】
「同一性」とは、ヌクレオチドまたはポリペプチド配列同一性の測定値と理解される。
【0059】
同一性とは、当業者に周知の用語であり、文献中に十分に記載されている(COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY, Lesk, A.M., Ed., Oxford University Press, New York, 1998; BIOCOMPUTING INFORMATICS AND GENOME PROJECT, Smith, D.W., Ed., Academic Press, New York, 1993; COMPUTER ANALYSIS OF SEQUENCE DATA, PART I, Griffin, A.M. and Griffin, H.G., Ed, Humana Press, New Jersey, 1994;およびSEQUENCE ANALYSIS IN MOLECULAR BIOLOGY, von Heinje, G., Aademic Press, 1987参照)。
【0060】
2つの配列間の同一性および類似性を確定するために一般に用いられる方法は、同様に文献中に十分に記載されている(GUIDE TO HUGE COMPUTER, Martin J. Bishop, Ed, Academic Press, San Diego, 1994およびCarillo H. and Lipton D., Siam J Applied Math (1988) 48: 1073参照)。
【0061】
例えば配列番号1のヌクレオチド配列と少なくとも95%の同一性を有するポリヌクレオチドは、前記の配列と比較して、100ヌクレオチドに亘って最多で5つの点の突然変異を含有ポリヌクレオチドである。
【0062】
これらの点の突然変異は、1つ(または数個)のヌクレオチド(単数または複数)の1つ(または数個)の置換(単数または複数)、付加(単数または複数)および/または欠失(単数または複数)であり得る。
【0063】
同様に、例えば配列番号2のアミノ酸配列と少なくとも95%の同一性を有するポリペプチドは、前記配列と比較して、100アミノ酸に亘って最多で5つの点の突然変異を含有ポリペプチドである。
【0064】
これらの点の突然変異は、1つ(または数個)のアミノ酸(単数または複数)の1つ(または数個)の置換(単数または複数)、付加(単数または複数)および/または欠失(単数または複数)であり得る。
【0065】
それぞれ以下の:
−少なくとも1つの以下のSNP:g771cおよび808Ins(a)を含む配列番号1のヌクレオチド配列、
−SNP G45Rを含む配列番号2のアミノ酸配列、
−おそらくはSNP G45Rを含む配列番号3のアミノ酸配列
と全体的に同一であるというわけではない本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、これらの配列の変異体と考えられる。
【0066】
通常、本発明のポリヌクレオチドは、少なくとも1つのSNP:g771および808Ins(a)を含む配列番号1のヌクレオチド配列と同一のまたは実際的に同一の生物学的活性を保有する。
【0067】
同様にして、通常、本発明のポリペプチドは、以下の:
−SNP G45Rを含む配列番号2のアミノ酸配列、および/または
−おそらくはSNP G45Rを含む配列番号3のアミノ酸配列
と同一のまたは実際的に同一の生物学的活性を保有する。
【0068】
本発明の変異体は、例えば部位特異的突然変異誘発により、または直接合成により得られる。
【0069】
「SNP」とは、ヌクレオチド配列中の塩基の任意の天然変異と理解される。SNPは、ヌクレオチド配列に関しては、コード、サイレントまたは非コードであり得る。
【0070】
コードSNPは、このヌクレオチド配列によりコードされるアミノ酸の配列中にアミノ酸の修飾を包含するヌクレオチド配列のコード配列中に含まれる多型性である。この場合、SNPという用語は、拡大解釈することにより、同様に、アミノ酸配列中の突然変異にも当てはまる。
【0071】
サイレントSNPは、このヌクレオチド配列によりコードされるアミノ酸の配列中にアミノ酸の修飾を包含しないヌクレオチド配列のコード配列中に含まれる多型性である。
【0072】
非コードSNPは、ヌクレオチド配列の非コード配列中に含まれる多型性である。この多型性は特に、イントロン、スプライシングゾーン、転写プロモーターまたは部位エンハンサー配列中に見出され得る。
【0073】
「機能的SNP」とは、機能性を有するヌクレオチド配列またはアミノ酸配列中に含まれる前記のようなSNPと理解される。
【0074】
「機能性」とは、ポリペプチドのまたはポリヌクレオチドの生物学的活性と理解される。
【0075】
本発明のポリペプチドまたはポリヌクレオチドの機能性は、野生型対照遺伝子の、またはこの後者のヌクレオチド配列のヌクレオチド配列によりコードされるポリペプチドの生物学的活性の保存、増大、低減または抑制に存する。
【0076】
本発明のポリペプチドまたはポリヌクレオチドの機能性は同様に、対照野生型遺伝子の、またはこの後者のヌクレオチド配列のヌクレオチド配列によりコードされるポリペプチドの生物学的活性の性質の変化に存する。
【0077】
生物学的活性は特に、受容体との本発明のポリペプチドの親和性または親和性の非存在に結び付けられ得る。
【0078】
ポリヌクレオチド
本発明は、その第一の目的のために、以下の:
a)配列番号1の配列またはそのコード配列(ヌクレオチド639〜ヌクレオチド1208)と少なくとも90%の同一性、好ましくは少なくとも95%の同一性、さらに好ましくは少なくとも99%の同一性を有するヌクレオチド配列であって、少なくとも1つの以下のコードSNP:g771cおよび808Ins(a)を含むヌクレオチド配列、または
b)a)のヌクレオチド配列と相補的なヌクレオチド配列
を含む単離ポリヌクレオチドを有する。
【0079】
本発明にしたがって、a)のヌクレオチド配列は、SNPg771cまたはSNP808Ins(a)あるいはSNPg771cおよびSNP808Ins(a)の両方を含み得る。
【0080】
本発明の意味においては、ナンバリングは、配列番号1のヌクレオチド配列中のSNPの位置確定に対応する。
【0081】
本発明は同様に、以下の:
a)配列番号1のヌクレオチド配列またはそのコード配列であって、これらの配列の各々が少なくとも1つの以下のコードSNP:g771cおよび808Ins(a)を含むと理解されるヌクレオチド配列、あるいは
b)a)のヌクレオチド配列と相補的なヌクレオチド配列
を含む単離ポリヌクレオチドに関する。
【0082】
好ましくは本発明のポリヌクレオチドは、配列番号1の配列またはそのコード配列から成り、これらの配列の各々は、少なくとも1つの以下のコードSNP:g771cおよび808Ins(a)を含むと理解される。
【0083】
本発明によれば、前記のポリヌクレオチドは、g771cおよび808Ins(a)からなる群から選択される単一コードSNPを含む。
【0084】
本発明は、以下の:
a)配列番号1のヌクレオチド配列またはそのコード配列であって、これらの配列の各々が少なくとも1つの以下のコードSNP:g771cおよび808Ins(a)を含むと理解されるヌクレオチド配列、あるいは
b)a)のヌクレオチド配列と相補的なヌクレオチド配列
の一部から成る単離ポリヌクレオチドにも関する。
【0085】
前記の単離ポリヌクレオチドは、少なくとも10のヌクレオチドで構成される。
【0086】
好ましくは前記の単離ポリヌクレオチドは、10〜40ヌクレオチドで構成される。
【0087】
本発明は、その目的のために、以下の:
a)配列番号2のアミノ酸配列、または
b)配列番号2のアミノ酸の配列の位置24および189間に含まれるアミノ酸を含むアミノ酸配列
を含むポリペプチドをコードする単離ポリヌクレオチドであって、a)およびb)のアミノ酸配列の各々がコードSNP:G45Rを含むと理解される単離ポリヌクレオチドも有する。
【0088】
本発明の意味において、SNP G45Rの位置確定に対応するナンバリングは、配列番号2のアミノ酸配列のナンバリングに呼応する、と理解される。
【0089】
本発明は、その目的のために、以下の:
a)配列番号3のアミノ酸配列、または
b)配列番号3のアミノ酸の配列の位置24および57間に含まれるアミノ酸を含むアミノ酸配列
を含むポリペプチドをコードする単離ポリヌクレオチド
も有する。
【0090】
前記のポリペプチドのa)およびb)のアミノ酸配列の各々は、SNP G45Rを含む。
【0091】
本発明の好ましい目的によれば、前記のポリペプチドは、前記のような単一コードSNPを含む。
【0092】
さらに好ましくは、本発明の単離ポリヌクレオチドは、配列番号2のアミノ酸配列の全部または一部を含み、そしてコードSNP G45Rを有するポリペプチドをコードする。
【0093】
さらに好ましくは、本発明の単離ポリヌクレオチドは、配列番号3のアミノ酸配列の全部または一部を含み、おそらくはコードSNP G45Rも有するポリペプチドをコードする。
【0094】
好ましくは本発明のポリヌクレオチドは、DNAまたはRNA分子で構成される。
【0095】
本発明のポリヌクレオチドは、標準DNAまたはRNA合成方法により得られる。
【0096】
SNPg771cを含む本発明のポリヌクレオチドは同様に、配列番号1のヌクレオチド配列の位置771の突然変異化ヌクレオチドシトシン(c)により野生型ヌクレオチドグアニン(g)を修飾することにより、IFNα−17遺伝子のヌクレオチド配列から出発して、部位特異的突然変異誘発により得られる。
【0097】
SNP808Ins(a)を含む本発明のポリヌクレオチドは同様に、配列番号1のヌクレオチド配列の位置808にアデニンヌクレオチド(a)を付加することによりIFNα−17遺伝子のヌクレオチド配列から出発して、部位特異的突然変異誘発により得られる。
【0098】
このようにして実行され得る部位特異的突然変異誘発の過程は、当業者に周知である。“Proc. Natl. Acad. Sci. USA”82:488における1985年のTA Kunkelの発表は、特に言及され得る。
【0099】
単離ポリヌクレオチドは同様に、例えばプレ−、プロ−またはプレ−プロ−タンパク質アミノ酸配列あるいはマーカーアミノ酸配列、例えば6−ヒスチジンペプチドを含み得る。
【0100】
本発明のポリヌクレオチドは同様に、融合タンパク質またはその他の精製物質を得るために、その他のタンパク質またはタンパク質断片をコードするヌクレオチド配列と関連し得る。
【0101】
本発明のポリヌクレオチドは同様に、5‘および/または3’非コード配列、例えば転写化または非転写化配列、翻訳化または非翻訳化配列、スプライシングシグナル配列、ポリアデニル化配列、リボソーム結合配列のようなヌクレオチド配列を、あるいはmRNAを安定化する配列さえも包含し得る。
【0102】
ヌクレオチドまたはポリヌクレオチド配列と相補的なヌクレオチド配列は、緊縮(ストリンジェント)条件下でこのヌクレオチド配列とハイブリダイズし得るものと定義される。
【0103】
「緊縮ハイブリダイゼーション条件」とは限定するわけではないが、ヌクレオチド配列が少なくとも80%の、好ましくは90%以上の、さらに好ましくは95%以上の、最も好ましくは97%以上の同一性を有する場合に、ハイブリダイゼーションを可能にする化学的条件、と一般的に理解される。
【0104】
緊縮条件は、当業者に周知の方法により、例えば50%ホルムアミド、5 x SSC(150 mMのNaCl、15 mMのクエン酸三ナトリウム)、50 mMのリン酸ナトリウム(pH=7.6)、5 x デンハート溶液、10%硫酸デキストランおよび20 μg変性サケ精子DNAを含む溶液中で4℃でポリヌクレオチドをインキュベートし、その後、65℃で0.1 x SSCでフィルターを洗浄することにより得られる。
【0105】
本発明の範囲内では、緊縮ハイブリダイゼーション条件が100%の同一性を有するヌクレオチド配列のハイブリダイゼーションを可能にする場合、ヌクレオチド配列はa)で記載されたようなヌクレオチド配列と厳密に相補的であると考えられる。
【0106】
本発明の意味の範囲内では、一ヌクレオチド配列と相補的なヌクレオチド配列は少なくとも1つの本発明のアンチセンスSNPを含む、と理解される。
【0107】
したがって例えばヌクレオチド配列がSNPg771cを含む場合、その相補的ヌクレオチド配列は、位置771と等価の位置にヌクレオチドgを含む。
【0108】
SNPを含むポリヌクレオチドの同定、ハイブリダイゼーションおよび/または増幅
本発明は、その目的のために、配列番号1のヌクレオチド配列との、あるいは必要な場合には、そのコード配列(ヌクレオチド639〜ヌクレオチド1208)(これらの配列は各々、少なくとも1つの以下のSNP:g771c、808Ins(a)を含むと理解される)との80〜100%同一性(好ましくは少なくとも90%同一性、さらに好ましくは95%同一性、特に100%同一性)を有するポリヌクレオチドの全部または一部を同定し、ハイブリダイズし、および/または増幅するために、以下の:
a)配列番号1のヌクレオチド配列との80〜100%同一性(好ましくは少なくとも90%同一性、さらに好ましくは95%同一性、特に100%同一性)を有するポリヌクレオチド、および/または
b)少なくとも1つのSNPを含む本発明のポリヌクレオチド
の全部または一部の使用も有する。
【0109】
SNPのゲノタイプ化および頻度の確定
本発明は同様に、その目的のために、配列番号1のヌクレオチド配列との、あるいは必要な場合には、そのコード配列(ヌクレオチド639〜ヌクレオチド1208)(これらの配列は各々、少なくとも1つの以下のSNP:g771c、808Ins(a)を含むと理解される)との80〜100%同一性(好ましくは少なくとも90%同一性、さらに好ましくは95%同一性、特に100%同一性)を有するポリヌクレオチドの全部または一部のゲノタイプ化のために、以下の:
a)配列番号1のヌクレオチド配列との80〜100%同一性(好ましくは少なくとも90%同一性、さらに好ましくは95%同一性、特に100%同一性)を有するポリヌクレオチド、および/または
b)少なくとも1つのSNPを含む本発明のポリヌクレオチド
の全部または一部の使用も有する。
【0110】
本発明によれば、ゲノタイプ化は、個体または個体の集団に関して実行され得る。
【0111】
本発明の意味の範囲内では、ゲノタイプ化は、個体または個体の集団のゲノタイプの確定のための過程と定義される。ゲノタイプは、1つまたはそれ以上の特定遺伝子座に存在する対立遺伝子から成る。
【0112】
「個体の集団」とは、無作為または非無作為方式で選択される個体の一群と理解される。これらの個体は、ヒト、動物、微生物または植物であり得る。
【0113】
通常は、個体の群は、少なくとも10の個体、好ましくは100〜300の個体を含む。
【0114】
個体は、それらの種族により、またはそれらの表現型により、特に以下の障害および/または疾患に影響を及ぼされるものにより選択され得る:癌腫、黒色腫、リンパ腫、白血病、ならびに肝臓、頚部、頭部および腎臓の癌、心臓血管性疾患、代謝性疾患、例えば免疫系に関連しない疾患、例えば肥満症、感染性疾患、特にウイルス感染、例えばB型およびC型肝炎ならびにエイズ、肺炎、潰瘍性結腸炎、中枢神経系の疾患、例えばアルツハイマー病、神経分裂病およびうつ病、組織または器官移植片の拒絶、創傷の治癒、透析患者における貧血、アレルギー、喘息、多発性硬化症、骨粗鬆症、乾癬、慢性関節リウマチ、クローン病、自己免疫疾患および障害、胃腸障害、あるいは化学療法処置に関連した障害。
【0115】
本発明の機能的SNPは、好ましくは個体の一集団においてゲノタイプ化される。
【0116】
SNPをゲノタイプ化するために実行され得る多数の技法が存在する(特にKwok Pharmacogenomics, 2000, vol 1, pp 95-100. “High-throughput genotyping assay approaches”参照)。これらの技法は、4つの以下の原理のうちの1つに基づいている:対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション、任意にデオキシヌクレオチドの存在下でのジデオキシヌクレオチドによるオリゴヌクレオチド伸長、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドの結繋、あるいは対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドの切断。これらの技法の各々は、直接または分極蛍光の測定、あるいは質量分析法といった検出系と連結され得る。
【0117】
ゲノタイプ化は特に、分極蛍光スキャナーと一緒に、熱ddNTP(異なるフルオロフォアにより標識された2つの異なるddNTP)および冷ddNTP(2つの非標識化ddNTP)を用いてミニシーケンシングすることにより、実行され得る。分極蛍光の読取りを伴うミニシーケンシングプロトコール(FP−TDI技法または蛍光分極鋳型−直接染料−ターミネーター取込み)は、当業者に周知である。それは、各個体のDNAのポリメラーゼ連鎖反応(PCR)による増幅後に得られる物質に関して実行され得る。このPCR産物は、試験されたSNPを含有するポリヌクレオチド遺伝子領域に及ぶよう選択される。PCRサーモサイクラー中での最終工程後、フルオロフォア特異的励起および発光フィルターを用いることによる標識化塩基の読取りのために、プレートを分極化蛍光スキャナー上に載せる。標識化塩基の強度値がグラフで報告される。
【0118】
PCR増幅のために、本発明の一SNPの場合、本発明のSNPの位置によって当業者により、それぞれセンスおよびアンチセンスプライマーが容易に選択され得る。
【0119】
例えばPCR増幅のためのセンスおよびアンチセンスヌクレオチド配列は、それぞれ以下のとおりである:
配列番号4:センスプライマー:TTCAAGGTTACCCATCTCAA
配列番号5:アンチセンスプライマー:TTAGTCAATCAGGATCATTGC
ヌクレオチド配列は、配列番号1のヌクレオチド配列中のヌクレオチド591からヌクレオチド1245までの655ヌクレオチドの長さを有する断片の増幅を可能にする。
【0120】
個体の集団中のSNPを含む遺伝子によりコードされる各対立遺伝子の頻度(対立遺伝子頻度)の統計学的分析が次に達成され、これが、異なる亜群における、特に、必要な場合には、個体のこの集団を構成する多様な種族群におけるそれらの衝撃およびそれらの分布の重要性の確定を可能にする。
【0121】
試験集団で観察された異なる対立遺伝子の分布頻度を概算するために、ゲノタイプ化データが分析される。対立遺伝子頻度の算定は、SAS−suite(登録商標)(SAS)またはSPLUS(登録商標)(MathSoft)のようなソフトウエアの助けを借りて実行され得る。個体の集団の異なる種族群と交差する本発明のSNPの対立遺伝子分布の比較は、ソフトウエアARLEQUIN(登録商標)およびSAS−suite(登録商標)により実行され得る。
【0122】
遺伝子マーカーとしての本発明のSNP
遺伝子の機能的配列(例えばプロモーター、スプライシング部位、コード領域)を修飾するSNPは疾患感受性または耐性に直接関連すると思われるが、一方、すべてのSNP(機能的または非機能的)が、これらの疾患状態に関与する1または数個の遺伝子の同定のための有益なマーカーを提供し得るし、したがってこれらの疾患状態に間接的に関連し得る(Cargill et al. (1999). Nature Genetics 22: 231-238; Riley et al. (2000). Pharmacogenomics 1: 39-47; Roberts L. (2000). Science 287: 1898-1899参照)。
【0123】
したがって本発明は、IFNα−17遺伝子のポリヌクレオチド中に少なくとも1つの以下のSNP:g771c、808Ins(a)を含むデータバンクにも関する。
【0124】
前記のSNPは配列番号1のヌクレオチド配列にしたがって番号付けされる、ということは十分理解される。
【0125】
このデータバンクは、以下の:
(i)IFNα−17遺伝子のポリヌクレオチド中の少なくとも1つの以下のSNP:g771c、808Ins(a)、および
(ii)疾患または疾患に対する耐性
間の統計学的関連性を確定するために分析され得る。
【0126】
さらに好ましくは本発明は、IFNα−17遺伝子中のg771c、808Ins(a)から成る群から選択される少なくとも1つのSNPと疾患または疾患に対する耐性との間の統計学的関連性を確定するための方法であって、以下の:
a)個体の群をゲノタイプ化し、
b)前記個体群内の前記疾患または疾患に対する耐性の分布を確定し、
c)ゲノタイプデータを前記疾患または疾患に対する耐性の分布と比較し、そして
d)統計学的関連性に関して前記比較を分析する
ことを包含する方法に関する。
【0127】
本発明は、疾患または疾患に対する耐性に関する診断/予後キットを開発するための、IFNα−17遺伝子のポリヌクレオチド中の少なくとも1つの以下のSNP:g771c、808Ins(a)の使用に関する。
【0128】
前記のような本発明のSNPは、疾患または疾患に対する耐性に、直接または間接的に関連し得る。
【0129】
好ましくは、これらの疾患は前記のように定義されるものであり得る。
【0130】
発現ベクターおよび宿主細胞
本発明は、その目的のために、少なくとも1つの本発明のポリヌクレオチドを含む組換えベクターも有する。
【0131】
多数の発現系、例えば染色体、エピソームおよび誘導化ウイルスが用いられ得るが、これらに限定されない。特に、用いられる組換えベクターは、細菌プラスミド、トランスポゾン、酵母エピソーム、挿入素子、酵母染色体素子、ウイルス、例えばバキュロウイルス、パピローマウイルス、例えばSV40、ワクシニアウイルス、アデノウイルス、キツネ痘ウイルス、仮性狂犬病ウイルス、レトロウイルスに由来し得る。
【0132】
これらの組換えベクターは同様に、コスミドまたはファジミド誘導体であり得る。ヌクレオチド配列は、当業者に周知の方法により、例えばMOLECULAR CLONING: A LABORATORY MENUAL, Sambrook et al., 4th Ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y., 2001に記載された方法により、組換え発現ベクター中に挿入され得る。
【0133】
組換えベクターは、ポリヌクレオチド発現の調節を制御するヌクレオチド配列、ならびに本発明のポリヌクレオチドの発現および転写を、そして本発明のポリペプチドの翻訳を可能にするヌクレオチド配列を含み得るが、これらの配列は用いられる宿主細胞によって選択される。
【0134】
したがって例えば適切な分泌シグナルは、本発明のポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドが小胞体の管腔の方向に、膜上の細胞周囲間隙の方向に、または細胞外環境の方向に向けられるよう、組換えベクター中に組み込まれ得る。
【0135】
本発明は、その目的のために、本発明の組換えベクターを含む宿主細胞も有する。
【0136】
宿主細胞中の組換えベクターの導入は、当業者に周知の方法により、例えばBASIC METHODS IN MOLECULAR BIOLOGY, DMGPPおよびMOLECULAR CLONING: A LABORATORY MANUAL(上記)に記載された方法、例えばリン酸カルシウムによるトランスフェクション、DEAEデキストランによるトランスフェクション、トランスフェクション、マイクロインジェクション、陽イオン性脂質によるトランスフェクション、電気穿孔、形質導入または感染により実行され得る。
【0137】
宿主細胞は、例えば細菌細胞、例えば連鎖球菌属、ブドウ球菌属、大腸菌または枯草菌、真菌属の細胞、例えば酵母細胞ならびにアスペルギルス属、ストレプトミセス属の細胞、昆虫細胞、例えばショウジョウバエS2の、そしてスポドプテラSpodopteraSf9の細胞、動物細胞、例えばCHO、COS、HeLa、C127、BHK、HEK293細胞および治療される被験者のヒト細胞、または植物細胞でもあり得る。
【0138】
宿主細胞は、本明細書中で後述されるように、例えば本発明のポリペプチドを発現するために、または製剤組成物中に活性物質として用いられ得る。
【0139】
ポリペプチド
本発明は、その目的のために、以下の:
a)配列番号2のアミノ酸配列、または
b)配列番号2のアミノ酸の位置24および189間に含まれるアミノ酸を含むアミノ酸配列
であって、a)およびb)のアミノ酸配列の各々がコードSNP:G45Rを含有すると理解されるアミノ酸配列の全部または一部との少なくとも80%同一性、好ましくは少なくとも90%の同一性、さらに好ましくは少なくとも95%の同一性、さらに好ましくは少なくとも99%の同一性を有するアミノ酸配列を含む単離ポリペプチドも有する。
【0140】
本発明のポリペプチドは同様に、以下の:
a)配列番号2のアミノ酸配列、または
b)配列番号2のアミノ酸の位置24および189間に含まれるアミノ酸を含有するアミノ酸配列
であって、a)およびb)のアミノ酸配列の各々がコードSNP:G45Rを含有すると理解されるアミノ酸配列の全部または一部を含み得る。
【0141】
本発明のポリペプチドは特に、以下の:
a)配列番号2のアミノ酸配列、または
b)配列番号2のアミノ酸の位置24および189間に含まれるアミノ酸を含有するアミノ酸配列
であって、a)およびb)のアミノ酸配列の各々がコードSNP:G45Rを含有すると理解されるアミノ酸配列の全部または一部からなる。
【0142】
本発明は、その目的のために、以下の:
a)配列番号3のアミノ酸配列、または
b)配列番号3のアミノ酸の位置24および57間に含まれるアミノ酸を含むアミノ酸配列
であって、a)およびb)のアミノ酸配列の各々がコードSNP:H57Qフレーム57を含有すると理解されるアミノ酸配列の全部または一部との少なくとも80%同一性、好ましくは少なくとも90%の同一性、さらに好ましくは少なくとも95%の同一性、さらに好ましくは少なくとも99%の同一性を有するアミノ酸配列を含む単離ポリペプチドも有する。
【0143】
本発明のポリペプチドは同様に、以下の:
a)配列番号3のアミノ酸配列、または
b)配列番号3のアミノ酸の位置24および57間に含まれるアミノ酸を含有するアミノ酸配列
の全部または一部を含み得る。
【0144】
本発明のポリペプチドは特に、以下の:
a)配列番号3のアミノ酸配列、または
b)配列番号3のアミノ酸の位置24および57間に含まれるアミノ酸を含有するアミノ酸配列
の全部または一部から成り得る。
【0145】
前記ポリペプチドのa)およびb)下のアミノ酸配列の各々は、SNP G45Rも含み得る。
【0146】
好ましくは本発明のポリペプチドは、G45R、H57Qフレーム57からなる群から選択される単一コードSNPを含有する。
【0147】
さらに好ましくは本発明のポリペプチドは、配列番号2のアミノ酸配列のアミノ酸24〜189を含み、コードSNP G45Rを有する。
【0148】
さらに好ましくは本発明のポリペプチドは、配列番号3のアミノ酸配列のアミノ酸24〜57を含む。
【0149】
本発明は同様に、その目的のために、前記の宿主細胞が培地中で培養され、そして前記のポリペプチドが培地から単離される前記のポリペプチドの製造方法を有する。
【0150】
ポリペプチドは、当業者に周知の方法により、例えばカオトロピック剤、例えば塩、特に硫酸アンモニウム、エタノール、アセトンまたはトリクロロ酢酸の助けによる沈降、酸抽出;イオン交換クロマトグラフィー;ホスホセルロースクロマトグラフィー;疎水性相互作用クロマトグラフィー;アフィニティークロマトグラフィー;ヒドロキシアパタイトクロマトグラフィーまたは排除クロマトグラフィーにより、宿主細胞の培地から出発して精製され得る。
【0151】
「培地」とは、本発明のポリペプチドが単離され、または精製される培地と理解される。この培地は、細胞外培地および/または細胞溶解物で構成され得る。当業者に周知の技法は同様に、前記のポリペプチドのコンホメーションが単離または精製中に変更された場合、これらがポリペプチドに活性コンホメーションを戻すのを可能にする。
【0152】
抗体
本発明は、その目的のために、免疫特異的抗体の産生方法も有する。
【0153】
「抗体」とは、モノクローナル、ポリクローナル、キメラ、一本鎖、ヒト化抗体、ならびにFab断片、例えばFaまたは免疫グロブリン発現ライブラリー産物と理解される。
【0154】
免疫特異的抗体は、本発明のポリペプチドを用いた動物の免疫感作により得られる。
【0155】
本発明は、前記のような本発明のポリペプチドに対する免疫特異的抗体にも関する。
【0156】
本発明のポリペプチド、その断片の1つ、類似体、その変異体の1つ、またはこのポリペプチドを発現する細胞も、免疫特異的抗体を産生するために用いられ得る。
【0157】
「免疫特異的」という用語は、抗体が当業界で既知のその他のペプチドより良好な本発明のポリペプチドに対する親和性を保有する、ということを意味する。
【0158】
免疫特異的抗体は、当業者に周知の方法による、哺乳類における、好ましくは非ヒトにおける、本発明のポリペプチドの、その断片の1つの、類似体の、またはエピトープ断片の、あるいはこのポリヌクレオチドを発現する細胞の投与により産生され得る。モノクローナル抗体の調製のためには、細胞株から出発する、例えばハイブリドーマ技法(Kohler et al., Nature (1975) 256: 495-497)、トリオーマ技法、ヒトB細胞ハイブリドーマ技法(Kozbor et al., Immunology Today (1983) 4: 72)、ならびにEBVハイブリドーマ技法(Cole et al., “The EBV-hybridoma technique and its application to human lung cancer,” in Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy (Vol. 27, UCLA Symposia on Molecular and Cellular Biology, New Series)(eds. R.A. Reisfeld and S. Sell), pp. 77-96, Alan R. Liss, Inc. N.Y., 1985, pp. 77-96)といったような抗体産生のための典型的方法が用いられ得る。
【0159】
例えば米国特許第4,946,778号に記載されているような一本鎖抗体産生の技法が同様に用いられ得る。
【0160】
例えばトランスジェニック動物、例えばマウスは同様に、ヒト化抗体を産生するために用いられ得る。
【0161】
本発明のポリペプチドと相互作用する作用物質
本発明は同様に、その目的のために、本発明のポリペプチドを活性化または抑制する作用物質の同定方法であって、以下の:
a)少なくとも1つのコードSNPを含有する本発明のポリヌクレオチドを含む組換えベクターの調製、
b)a)による組換えベクターを含む宿主細胞の調製、
c)b)による宿主細胞と試験される作用物質との接触、ならびに
d)試験される作用物質により生成される活性化または抑制作用の確定
を包含する方法を有する。
【0162】
本発明のポリペプチドは、それと相互作用する化合物をスクリーニングするための方法にも用いられ得る。
【0163】
これらの化合物は、本発明のポリペプチドの固有の活性の活性剤(アゴニスト)または阻害剤(アンタゴニスト)であり得る。これらの化合物は同様に、本発明のポリペプチドのリガンドまたは基質であり得る(Coligan et al., Current Protocols in Immunology 1(2), Chapter 5 (1991)参照)。
【0164】
概して、このような方法を実行するためには、先ず、本発明のポリペプチドを発現する適切な宿主細胞を産生するのが望ましい。このような細胞は、例えば哺乳類、酵母、昆虫、例えばショウジョウバエ、または細菌、例えば大腸菌の細胞であり得る。
【0165】
これらの細胞またはこれらの細胞の膜抽出物が次に、試験される化合物の存在下に置かれる。
【0166】
次に、試験される化合物と本発明のポリペプチドとの結合能力、ならびに機能的応答の抑制または活性化が観察され得る。
【0167】
前記の方法の過程d)は、直接的または間接的に標識される試験さるべき作用物質を用いて実行され得る。それは、標識化または非標識化作用物質ならびに標識化競合体作用物質を用いることによる競合試験も包含する。
【0168】
同様に、試験される作用物質が、検出されるシグナルにより適切に選択される検出手段を用いることにより本発明のポリペプチドを発現する細胞において活性化または抑制シグナルを生じるか否かが確定され得る。
【0169】
このような活性剤または阻害剤はポリヌクレオチドであり得るし、そしてある種の場合には、オリゴヌクレオチドまたはポリペプチド、例えばタンパク質または抗体であり得る。
【0170】
本発明は、その目的のために、本発明のポリペプチドにより活性化または抑制される作用物質の同定方法であって、以下の:
a)少なくとも1つのコードSNPを含有する本発明のポリヌクレオチドを含む組換えベクターの調製、
b)a)による組換えベクターを含む宿主細胞の調製、
c)試験される作用物質の存在下にb)による宿主細胞を置くこと、ならびに
d)試験される作用物質に及ぼすポリペプチドにより生成される活性化または抑制作用の確定
を包含する方法も有する。
【0171】
本発明のポリペプチドにより活性化または抑制される作用物質は、このポリペプチドの存在下での活性化または抑制によりそれぞれ応答する作用物質である。
【0172】
本発明のポリペプチドにより直接的にまたは間接的に活性化または抑制される作用物質は、ポリペプチド、例えば膜または核受容体、キナーゼ、さらに好ましくはチロシンキナーゼ、転写因子あるいはポリヌクレオチドから成り得る。
【0173】
疾患の検出
本発明は、目的のために、被験者における本発明のポリヌクレオチドおよび/または本発明のポリペプチドの生物学的特性の分析方法であって、以下の:
a)被験者のゲノム中の本発明のポリヌクレオチドの存在または非存在を確定し、
b)被験者における本発明のポリヌクレオチドの発現レベルを確定し、
c)被験者における本発明のポリペプチドの存在または非存在を確定し、
d)被験者における本発明のポリペプチドの濃度を確定し、および/または
e)被験者における本発明のポリペプチドの機能性を確定する
過程の少なくとも1つを包含する方法も有する。
【0174】
これらの生物学的特性は、被験者においてまたは被験者からの試料中で分析され得る。
【0175】
これらの生物学的特性は、遺伝子診断を実行することを、そして被験者が、本発明のポリヌクレオチドおよび/または本発明のポリペプチドの存在に関連した疾患、不快または障害の発症の影響を受け、または影響される危険があり、あるいは反対にそれらに対する部分的耐性を示すか否かを確定することを可能にし得る。
【0176】
これらの疾患は、障害および/またはヒト疾患、例えば癌および腫瘍、感染性疾患、性病、免疫学的関連疾患および/または自己免疫疾患および障害、心臓血管性疾患、代謝性疾患、中枢神経系疾患、ならびに化学療法慮地に関連した障害であり得る。
【0177】
前記の癌および腫瘍としては、転移性腎臓癌、黒色腫、リンパ腫、例えば濾胞性リンパ腫および皮膚T細胞リンパ腫、白血病、例えばヘアリーセル白血病、慢性リンパ性白血病および慢性骨髄性白血病、肝臓、頚部、頭部および腎臓の癌、多発性骨髄腫、類癌腫およびエイズの症例におけるカポジ肉腫を含めた免疫不全後に出現する腫瘍を含む癌が挙げられる。
【0178】
前記の感染性疾患としては、ウイルス感染、例えば慢性B型およびC型肝炎、ならびにHIV/AIDS、感染性肺炎ならびに性病、例えば性器疣を含むウイルス感染が挙げられる。
【0179】
前記の免疫学的および自己免疫学的関連疾患としては、組織または器官移植片の拒絶、アレルギー、喘息、乾癬、慢性関節リウマチ、多発性硬化症、クローン病および潰瘍性結腸炎が挙げられ得る。
【0180】
前記の代謝性疾患としては、非免疫関連疾患、例えば肥満症が挙げられ得る。
【0181】
前記の中枢神経系の疾患としては、アルツハイマー病、パーキンソン病、精神分裂病およびうつ病が挙げられ得る。
【0182】
前記の疾患および障害は、創傷の治癒、透析患者における貧血、および骨粗鬆症も包含し得る。
【0183】
この方法は、本発明のSNPによりコードされる突然変異体対立遺伝子の、被験者中での、存在に関連した疾患の遺伝子診断または疾患に対する耐性も可能にする。
【0184】
好ましくは過程a)においては、前記のような少なくとも1つのコードSNPを含有するポリヌクレオチドの存在または非存在が検出されるよう意図される。
【0185】
ポリヌクレオチドの検出は、試験される被験者からの生物学的試料、例えば細胞、血液、尿、唾液から開始して、あるいは試験される被験者の生検または剖検から開始して、実行され得る。ゲノムDNAは、直接的または例えばPCR増幅後の検出のために用いられ得る。RNAまたはcDNAは同様に、類似の方法で用いられ得る。
【0186】
次に、本発明のポリヌクレオチドのヌクレオチド配列を、被験者のゲノム中で検出されたヌクレオチド配列と比較することが出来る。
【0187】
ヌクレオチド配列の比較は、シーケンシングにより、DNAハイブリダイゼーション法により、変性剤を用いたまたは用いない電気泳動ゲル上でのDNA断片の移動度差により、あるいは融解温度差により実行され得る(Myers et al., Science (1985) 230: 1242参照)。的確な点でのヌクレオチド配列の構造中のこのような修飾は同様に、ヌクレアーゼ保護試験、例えばRNアーゼおよびS1ヌクレアーゼにより、酵素消化により、あるいは化学的切断剤によっても明示され得る(Cotton et al., Proc. Nat. Acad. Sci. USA (1985) 85: 4397-4401参照)。本発明のポリヌクレオチド断片を含むオリゴヌクレオチドプローブは同様に、シーケンシングを実施するために用いられ得る。
【0188】
当業者に周知の多数の方法が、本発明のポリヌクレオチドの発現を確定するために、そしてこのポリヌクレオチドの遺伝子可変性を同定するために用いられ得る(Chee et al., Science (1996), Vol 274, pp 610-613参照)。
【0189】
過程b)において、ポリヌクレオチドの発現レベルは、当業者に周知の方法により、例えばPCR、RT−PCR、RNアーゼ保護、ノーザンブロットおよびその他のハイブリダイゼーション法により、このポリヌクレオチドによりコードされる(そしてポリペプチドをコードする)RNAのレベルを定量することにより、測定され得る。
【0190】
過程c)およびd)において、被験者または被験者からの試料中の本発明のポリペプチドの存在または非存在、ならびに濃度は、周知の方により、例えばラジオイムノアッセイ、競合的結合検定、ウエスタンブロットおよびELISA検定により確定され得る。
【0191】
過程d)に続いて、本発明のポリペプチドの確定濃度が、被験者において通常見出される天然野生型タンパク質濃度と比較され得る。
【0192】
前記で引き起こされた疾患、不快または障害に対する感受性、または反対に耐性を生じるより高いまたは低い閾値を、従来技術出版物の助けを借りて、または例えば前記のような慣用的試験または検定により、当業者は同定し得る。
【0193】
過程e)では、当業者に周知の方法により、例えば前記のようなin vitro試験により、または前記のポリペプチドを発現する宿主細胞の使用により、本発明のポリペプチドの機能性の確定が実行され得る。
【0194】
治療用化合物および疾患の治療
本発明は、その目的のために、活性作用物質として、本発明のポリペプチドを含有する治療用化合物も有する。
【0195】
本発明は、異なるヒト障害および/または疾患の予防または治療を意図された治療用化合物の製造のための本発明のポリペプチドの使用にも関する。これらの疾患は、障害および/またはヒト疾患、例えば癌および腫瘍、感染性疾患、性病、免疫学的関連疾患および/または自己免疫疾患および障害、心臓血管性疾患、代謝性疾患、中枢神経系疾患、ならびに化学療法慮地に関連した障害であり得る。
【0196】
前記の癌および腫瘍としては、転移性腎臓癌、黒色腫、リンパ腫、例えば濾胞性リンパ腫および皮膚T細胞リンパ腫、白血病、例えばヘアリーセル白血病、慢性リンパ性白血病および慢性骨髄性白血病、肝臓、頚部、頭部および腎臓の癌、多発性骨髄腫、類癌腫およびエイズの症例におけるカポジ肉腫を含めた免疫不全後に出現する腫瘍を含む癌が挙げられる。
【0197】
前記の感染性疾患としては、ウイルス感染、例えば慢性B型およびC型肝炎、ならびにHIV/AIDS、感染性肺炎ならびに性病、例えば性器疣を含むウイルス感染が挙げられる。
【0198】
前記の免疫学的および自己免疫学的関連疾患としては、組織または器官移植片の拒絶、アレルギー、喘息、乾癬、慢性関節リウマチ、多発性硬化症、クローン病および潰瘍性結腸炎が挙げられ得る。
【0199】
前記の代謝性疾患としては、非免疫関連疾患、例えば肥満症が挙げられ得る。
【0200】
前記の中枢神経系の疾患としては、アルツハイマー病、パーキンソン病、精神分裂病およびうつ病が挙げられ得る。
【0201】
前記の疾患および障害は、創傷の治癒、透析患者における貧血、および骨粗鬆症も包含し得る。
【0202】
好ましくは本発明のポリペプチドは、異なるヒト障害および/または疾患、例えばある種のウイルス感染、例えば慢性B型およびC型肝炎、白血病、例えばヘアリーセル白血病および慢性骨髄性白血病、多発性骨髄腫、濾胞性リンパ腫、類癌腫、悪性黒色腫、転移性腎臓癌、アルツハイマー病、パーキンソン病、ならびにエイズの症例におけるカポジ肉腫のような免疫不全後に出現する腫瘍、ならびに性器疣または性病の予防または治療のために意図された治療用化合物の製造のためにも用いられ得る。
【0203】
本発明のポリペプチドを生成することを可能にするある種の化合物、ならびにこのポリペプチドによりまたはそれから生成または同定される化合物は、同様に、ヒト身体の治療的処置のために、即ち治療用化合物として用いられ得る。
【0204】
これが、本発明が、一目的のために、活性作用物質として、少なくとも1つの前記のコードSNPを含有する本発明のポリヌクレオチド、前記の組換えベクター、前記の宿主細胞および/または前記の抗体を含有する薬剤も有する理由である。
【0205】
本発明は、異なるヒト障害および/または疾患の予防または治療を意図された薬剤の製造のための、少なくとも1つの前記のコードSNPを含有する本発明のポリヌクレオチド、前記の組換えベクター、前記の宿主細胞および/または前記の抗体の使用にも関する。これらの疾患は、障害および/またはヒト疾患、例えば癌および腫瘍、感染性疾患、性病、免疫学的関連疾患および/または自己免疫疾患および障害、心臓血管性疾患、代謝性疾患、中枢神経系疾患、ならびに化学療法処置に関連した障害であり得る。
【0206】
前記の癌および腫瘍としては、転移性腎臓癌、黒色腫、リンパ腫、例えば濾胞性リンパ腫および皮膚T細胞リンパ腫、白血病、例えばヘアリーセル白血病、慢性リンパ性白血病および慢性骨髄性白血病、肝臓、頚部、頭部および腎臓の癌、多発性骨髄腫、類癌腫およびエイズの症例におけるカポジ肉腫を含めた免疫不全後に出現する腫瘍を含む癌が挙げられる。
【0207】
前記の感染性疾患としては、慢性B型およびC型肝炎、ならびにHIV/AIDS、感染性肺炎ならびに性病、例えば性器疣を含むウイルス感染が挙げられる。
【0208】
前記の免疫学的および自己免疫学的関連疾患としては、組織または器官移植片の拒絶、アレルギー、喘息、乾癬、慢性関節リウマチ、多発性硬化症、クローン病および潰瘍性結腸炎が挙げられ得る。
【0209】
前記の代謝性疾患としては、非免疫関連疾患、例えば肥満症が挙げられ得る。
【0210】
前記の中枢神経系の疾患としては、アルツハイマー病、パーキンソン病、精神分裂病およびうつ病が挙げられ得る。
【0211】
前記の疾患および障害は、創傷の治癒、透析患者における貧血、および骨粗鬆症も包含し得る。
【0212】
好ましくは本発明は、異なるヒト障害および/または疾患、例えばある種のウイルス感染、例えば慢性B型およびC型肝炎、白血病、例えばヘアリーセル白血病および慢性骨髄性白血病、多発性骨髄腫、濾胞性リンパ腫、類癌腫、悪性黒色腫、転移性腎臓癌、アルツハイマー病、パーキンソン病、ならびにエイズの症例におけるカポジ肉腫のような免疫不全後に出現する腫瘍、ならびに性器疣または性病の予防または治療のために意図された治療用化合物の製造のための、少なくとも1つの前記のコードSNP含有する本発明のポリヌクレオチド、前記の組換えベクター、前記の宿主細胞および/または前記の抗体の使用にも関する。
【0213】
活性作用物質として有用な本発明のポリペプチドおよび本発明のその他の化合物の投与量は、化合物の選択、治療適応症、投与方式、処方物の性質、被験者の性質および医師の判断によっている。
【0214】
それが活性作用物質として用いられる場合、本発明のポリペプチドは一般に、1〜15 M IU(国際単位)の範囲の用量で投与される。推奨用量は、1〜12ヶ月間、1〜5回、皮下または筋肉内経路により投与され得る。
【0215】
本発明は、本発明のポリヌクレオチド、少なくとも1つの前記のコードSNPを含有する本発明のポリペプチド、前記の組換えベクター、前記の宿主細胞および/または前記の抗体のような少なくとも1つの前記の化合物を活性作用物質として、製薬上許容可能な賦形剤と共に含有する製剤組成物も、一目的として有する。
【0216】
これらの製剤組成物中では、活性作用物質は、生理学的有効用量で有益に存在する。
【0217】
これらの製剤組成物は、例えば固体または液体であり得るし、あるいはヒト薬剤に一般に用いられる製剤形態、例えば被覆錠剤、ゲルキャップ、顆粒、カラメル、座薬、ならびに好ましくは注射用調製物および注射用粉末中に存在し得る。これらの製剤形態は、通常の方法により調製され得る。
【0218】
活性作用物質(単数または複数)は、製剤組成物中に通常用いられる賦形剤、例えばタルク、アラビアゴム、ラクトース、デンプン、デキストロース、グリセロール、エタノール、ステアリン酸マグネシウム、ココアバター、水性または非水性ビヒクル、動物または植物起源の脂肪物質、パラフィン誘導体、グリコール、種々の湿潤剤、分散剤または乳化剤、防腐剤中に混入され得る。
【0219】
本発明の活性作用物質(単数または複数)は、単独で、またはその他の化合物、例えば治療用化合物、例えばその他のサイトカイン、例えばインターロイキンまたはインターフェロンと組合せて用いられ得る。
【0220】
製剤組成物の異なる処方物は、投与方式によって適合される。
【0221】
製剤組成物は、当業者に既知の投与の異なる経路により投与され得る。
【0222】
本発明は同様に、一目的のために、活性作用物質として、少なくとも1つの前記の化合物、例えば本発明のポリペプチド、本発明のポリヌクレオチドの全部または一部、前記の組換えベクター、前記の宿主細胞および/または前記の抗体を、適切な製薬上許容可能な賦形剤と共に含有する診断用組成物を有する。
【0223】
この診断用組成物は、例えば適切な賦形剤、例えば緩衝剤および防腐剤のような診断用組成物中に一般的に用いられるものを含有し得る。
【0224】
本発明は同様に、一目的として、本発明のポリペプチドの、被験者中での、発現のまたは活性の増大を増大するよう意図された治療用化合物を調整するための、以下の:
a)治療的有効量の本発明のポリペプチドの、および/または
b)本発明のポリヌクレオチドの、および/または
c)前記の治療される被験者からの宿主細胞の
使用を有する。
【0225】
したがって、本発明のポリペプチドの発現のまたは活性の増大を必要とする被験者を治療するためには、いくつかの方法が考えられる。
【0226】
治療的有効量の本発明のポリペプチドを、製薬上許容可能な賦形剤とともに、被験者に投与することができる。
【0227】
同様に、被験者への本発明のポリヌクレオチドの投与により、本発明のポリペプチドの内因性産生を増大することが可能である。例えばこのポリヌクレオチドは、レトロウイルス発現ベクター中に挿入され得る。このようなベクターは、本発明のポリペプチドをコードするRNAを含有するレトロウイルスプラスミドベクターにより感染されていた細胞から出発して、形質導入細胞が、当該遺伝子を含有する感染性ウイルス粒子を産生するような方式で、単離され得る(Gene Therapy and other Molecular Genetic-based Therapeutic Approaches, Chapter 20, in Human Molecular Genetics, Strachan and Read, BIOS Scientifics Publishers Ltd (1996)参照)。
【0228】
本発明にしたがって、少なくとも1つの前記のようなコードSNPを含有するポリヌクレオチドが、好ましくは用いられる。
【0229】
同様に、被験者に、彼に属する宿主細胞を投与することが可能であるが、これらの宿主細胞は、前記のような本発明のポリペプチドを発現するよう、あらかじめ採取され、修飾されていた。
【0230】
本発明は同様に、本発明のポリペプチドの、被験者中での、発現または活性を低減するよう意図された治療用化合物を調製するために、以下の:
a)治療的有効量の前記の免疫特異的抗体の、および/または
b)本発明のポリヌクレオチドの発現の抑制を可能にするポリヌクレオチドの
使用に関する。
【0231】
したがって、治療的有効量の前記のような阻害剤および/または抗体を、おそらくは製薬上許容可能な賦形剤と組合せて、被験者に投与され得る。
【0232】
同様に、本発明のポリヌクレオチドの発現の抑制を可能にする本発明の相補的ポリヌクレオチドの被験者への投与により、本発明のポリペプチドの内因性産生を低減し得る。
【0233】
好ましくは、前記のような少なくとも1つのコードSNPを含有する相補的ポリヌクレオチドが用いられ得る。
【0234】
本発明は、配列番号1のヌクレオチド配列(ただし、前記のヌクレオチド配列は以下のSNP:g771c、808Ins(a)のうちの1つを含む)との95%同一性(好ましくは97%同一性、さらに好ましくは99%同一性、特に100%同一性)を有するヌクレオチド配列の前記の患者のゲノム中の存在に関連したIFNα−17変異体により引き起こされる障害または疾患を有する患者の予防または治療のための薬剤の調製のためのIFNα−17タンパク質の使用にも関する。
【0235】
好ましくは前記の薬剤は、癌および腫瘍、感染性疾患、性病、免疫学的関連疾患および/または自己免疫疾患および障害、心臓血管性疾患、代謝性疾患、中枢神経系疾患ならびに化学療法処置と関連した障害からなる群から選択される疾患のうちの1つの予防または治療のために用いられる。
【0236】
前記の癌および腫瘍としては、転移性腎臓癌、黒色腫、リンパ腫、例えば濾胞性リンパ腫および皮膚T細胞リンパ腫、白血病、例えばヘアリーセル白血病、慢性リンパ性白血病および慢性骨髄性白血病、肝臓、頚部、頭部および腎臓の癌、多発性骨髄腫、類癌腫およびエイズの症例におけるカポジ肉腫を含めた免疫不全後に出現する腫瘍を含む癌が挙げられる。
【0237】
前記の感染性疾患としては、ウイルス感染、例えば慢性B型およびC型肝炎、ならびにHIV/AIDS、感染性肺炎ならびに性病、例えば性器疣を含む感染が挙げられる。
【0238】
前記の免疫学的および自己免疫学的関連疾患としては、組織または器官移植片の拒絶、アレルギー、喘息、乾癬、慢性関節リウマチ、多発性硬化症、クローン病および潰瘍性結腸炎が挙げられ得る。
【0239】
前記の代謝性疾患としては、非免疫関連疾患、例えば肥満症が挙げられ得る。
【0240】
前記の中枢神経系の疾患としては、アルツハイマー病、パーキンソン病、精神分裂病およびうつ病が挙げられ得る。
【0241】
前記の疾患および障害は、創傷の治癒、透析患者における貧血、および骨粗鬆症も包含し得る。
【0242】
本発明のSNPg771cを含むIFNα−17ポリペプチドの模倣化合物
本発明は、以下の:
a)配列番号2のアミノ酸配列、または
b)配列番号2のアミノ酸配列の位置24および189間に含まれるアミノ酸を含むアミノ酸配列
であるが、但し、a)およびb)のアミノ酸配列がSNP G45Rを含むアミノ酸配列
のポリペプチドのものと実質的に同様の生物学的活性を有する新規の化合物にも関する。
【0243】
前記の生物学的活性は、例えば実験の部に記載されたような樹状細胞成熟、CD4+またはCD8+Tリンパ球によるサイトカイン放出、単球によるサイトカイン放出、in vitroまたはin vivo抗ウイルス活性、TF−1細胞株における細胞抗増殖活性、またはダウディ バーキット細胞株における細胞抗増殖活性を測定することにより、評価され得る。
【0244】
実験の節で言及されているように、野生型IFNα−2との比較において、G45R突然変異化IFNα−17は、以下の:
−CD4+Tリンパ球によるIFN−γ放出を刺激するより高い能力
−CD8+Tリンパ球によるIFN−γおよびIL−10放出を刺激するより高い能力
−単球によるIL−10およびIL−12放出を刺激するより低い能力
−TF−1細胞における同様の抗増殖活性
−ダウディ バーキット細胞株におけるより高い抗増殖活性
−VSに感染された細胞培養中のin vitroでのより高い抗ウイルス活性
−EMCVマウスモデルにおけるin vivoでのより高い抗ウイルス活性
を保有する。
【0245】
これも実験の節で言及されるように、G45R突然変異化IFNα−17は、野生型IFNα−17のものと比較して、ダウディ バーキット細胞株におけるより低い細胞抗増殖活性を保有する。
【0246】
前記のような本発明の新規の化合物は、G45R突然変異化IFNα−17のものと実質的に同様の生物学的活性を保有し得る。
【0247】
前記の化合物は、CD4+またはCD8+Tリンパ球によるIFN−γ放出、CD8+Tリンパ球によるIL−10放出、in vitroでの抗ウイルス活性、またはin vivoでの抗ウイルス活性のような生物学的活性も有し得るが、これは、G45R突然変異化IFNα−17の活性より高くさえある。
【0248】
前記の化合物は、単球によるIL−10およびIL−12放出のような生物学的活性も有し得るが、これは、G45R突然変異化IFNα−17の活性より低くさえある。
【0249】
前記の化合物は、生化学的化合物、例えばポリペプチドまたはペプチド、または有機化学化合物、例えば合成ペプチド模倣物であり得る。
【0250】
本発明は、前記のような化合物の同定のための、G45R SNPを含有する本発明のポリペプチドの使用にも関する。
【0251】
本発明は、本発明の化合物の同定方法であって、以下の:
a)試験される化合物の生物学的活性、例えば樹状細胞成熟、CD4+またはCD8+Tリンパ球によるサイトカイン放出、単球によるサイトカイン放出、TF−1細胞株における細胞抗増殖活性、ダウディ バーキット細胞株における細胞抗増殖活性、in vitroまたはin vivo抗ウイルス活性を確定し、
b)以下の:
i)試験される化合物の過程a)で確定された活性を、
ii)配列番号2のアミノ酸配列の、または配列番号2の位置24〜189の間に含まれるアミノ酸を含むアミノ酸配列(但し、前記アミノ酸配列はG45R SNPを含む)のポリペプチドの活性と比較し、そして
c)過程b)で実行された比較に基づいて、配列番号2のアミノ酸配列の、または配列番号2の位置24〜189の間に含まれるアミノ酸を含むアミノ酸配列(但し、前記アミノ酸配列はG45R SNPを含む)のポリペプチドの活性と比較して、試験される化合物が実質的に同様の活性を有するか、あるいはそれより低いまたは高い活性を有するかを確定する過程を包含する方法にも関する。
【0252】
好ましくは試験される化合物は、合成ペプチドコンビナトリアルライブラリー、ハイスループットスクリーニングから予め同定され、あるいは配列番号2のアミノ酸配列の、または配列番号2のアミノ酸配列の位置24および189間に含有されるアミノ酸を含むアミノ酸配列(但し、前記アミノ酸配列はG45R SNPを含む)のポリペプチドの構造と同一の三次元構造を有するようコンピューター支援薬剤設計により設計され得る。
【0253】
化合物を同定し、設計するための方法は、当業者に周知である。
【0254】
これらの方法を照会する出版物を以下に示す:
−Silverman R.B. (1992). “Organic Chemistry of Drug Design and Drug Action”. Academic Press, 1st edition (January 15, 1992).
−Anderson S and Chiplin J. (2002). “Structural genomics; shaping the future of drug design” Drug Discov. Today. 7(2): 105-107.
−Selick HE, Beresford AP, Tarbit ,MH. (2002). “The emerging importance of predictive ADME simulation in drug discovery”. Drug Discov. Today. 7(2): 109-116.
−Burbidge R, Trotter M, Buxton B, Holden S. (2001). “Drug design by machine learning: support vector machines for pharmaceutical data analysis”. Comput. Chem. 26(1): 5-14.
−Kauvar L.M. (1996). “Peptide mimetic drugs: a comment on progress and prospects” 14(6): 709.
本発明の化合物は、癌および腫瘍、感染性疾患、性病、免疫学的関連疾患および/または自己免疫疾患および障害、心臓血管性疾患、代謝性疾患、中枢神経系疾患ならびに化学療法処置と関連した障害からなる群から選択される疾患のうちの1つの予防または治療のために意図された薬剤の製造のために用いられ得る。
【0255】
前記の癌および腫瘍としては、転移性腎臓癌、黒色腫、リンパ腫、例えば濾胞性リンパ腫および皮膚T細胞リンパ腫、白血病、例えばヘアリーセル白血病、慢性リンパ性白血病および慢性骨髄性白血病、肝臓、頚部、頭部および腎臓の癌、多発性骨髄腫、類癌腫およびエイズの症例におけるカポジ肉腫を含めた免疫不全後に出現する腫瘍を含む癌が挙げられる。
【0256】
前記の感染性疾患としては、ウイルス感染、例えば慢性B型およびC型肝炎、ならびにHIV/AIDS、感染性肺炎ならびに性病、例えば性器疣が挙げられる。
【0257】
前記の免疫学的および自己免疫学的関連疾患としては、組織または器官移植片の拒絶、アレルギー、喘息、乾癬、慢性関節リウマチ、多発性硬化症、クローン病および潰瘍性結腸炎が挙げられ得る。
【0258】
前記の代謝性疾患としては、非免疫関連疾患、例えば肥満症が挙げられ得る。
【0259】
前記の中枢神経系の疾患としては、アルツハイマー病、パーキンソン病、精神分裂病およびうつ病が挙げられ得る。
【0260】
前記の疾患および障害は、創傷の治癒、透析患者における貧血、および骨粗鬆症も包含し得る。
【0261】
好ましくは本発明の化合物は、ある種のウイルス感染、例えば慢性B型およびC型肝炎、白血病、例えばヘアリーセル白血病および慢性骨髄性白血病、多発性骨髄腫、濾胞性リンパ腫、類癌腫、悪性黒色腫、転移性腎臓癌、アルツハイマー病、パーキンソン病、ならびにエイズの症例におけるカポジ肉腫のような免疫不全後に出現する腫瘍、ならびに性器疣または性病からなる群から選択される疾患のうちの1つの予防または治療のために意図された薬剤の製造のために用いられ得る。
【0262】
実験の部
【実施例1】
【0263】
SNP G45Rを含有するヌクレオチド配列のポリヌクレオチドによりコードされるタンパク質の、ならびに野生型対照遺伝子のヌクレオチド配列によりコードされるタンパク質のモデリング
第一段階において、その構造がPDBデータベースで利用可能なIFNα−2の構造(コード1ITF)から出発して、ソフトウエアModeler(MSI, San Diego, CA)を用いることにより、IFNα−17の三次元構造を構築した。
【0264】
次に、突然変異G45Rを再現するような方法で、成熟ポリペプチド断片を修飾した。プログラムAMBERおよびDISCOVER(MSI: Molecular Simulations Inc.)を用いることにより、この突然変異化断片に関して、多数の分子最小化過程を実行した。
【0265】
次に、2回の分子動力学計算実施を、同一プログラムおよび同一力場を用いて実行した。
【0266】
各々の場合、50,000過程を300°Kで算定し、300平衡過程により終結させた。
【0267】
このモデリングの結果を、図1Aおよび1Bで可視化する。
【実施例2】
【0268】
酵母における天然野生型IFNα−17およびG45R突然変異化IFNα−17の発現
a)真核生物発現ベクターpPicZα−topo中での天然野生型IFNα−17および突然変異化IFNα−17のクローニング
天然野生型IFNα−17およびG45R突然変異化IFNα−17の成熟部分をコードするヌクレオチド配列を、SNPに関するヘテロ接合体である個体からの鋳型ゲノムDNAを用いて、PCRにより増幅する。
【0269】
このような増幅を可能にするPCRプライマーを以下に示す:
配列番号6:センスプライマー:TGTGATCTGCCTCAGACCCAC
配列番号7:アンチセンスプライマー:TCAATCCTTCCTCCTTAATATTTTTTGC
メタノールにより誘導可能なハイブリッドプロモーターAOX1の制御下で、PCT産物を真核生物発現ベクターpPicZα−TOPO中に挿入する(TOPOTM−クローニング;Invtrogen Corp.)。
【0270】
このベクターは、酵母Pichia pastoris中での真核生物タンパク質の異種発現を可能にする。
【0271】
組換えタンパク質をコードするベクターの領域のヌクレオチド配列の検査後、ベクターをPme1制限酵素により線状化し、P. pastoris酵母株(Invitrogen)をこれらの組換え発現ベクターで形質転換する。
【0272】
b)酵母Pichia pastoris中での異種発現ならびに野生型IFNα−17およびG45R突然変異化IFNα−17タンパク質の精製
野生型IFNα−17タンパク質をコードするクローンまたはG45R突然変異化IFNα−17タンパク質をコードするクローンを含有するBMGY培地(2%ペプトン、1%酵母抽出物、1.34%YNB、1%グリセロール、100 mMリン酸カリウム、0.4 mg/Lビオチン、pH6.0)50 mLの2回の飽和予備培養を、200回転/分(rpm)の撹拌で、30℃で24〜48時間実行した。
【0273】
培養が飽和細胞密度(600 nmの波長で測定された光学濃度12に対応する)に達したら、それを用いて、5 OD/mLでBMMY培地(2%ペプトン、1%酵母抽出物、1.34%YNB、0.5%メタノール、100 mMリン酸カリウム、0.4 mg/Lビオチン、pH6.0)250 mL 250 mLに接種する。
【0274】
次に、180 rpmで培養フラスコを撹拌しながら、30℃で24時間、最終濃度1%のメタノールにより、タンパク質の発現を誘導する。
【0275】
コード配列の上流の「α因子」のシグナルペプチド配列の存在のために、タンパク質は、培地中で酵母により分泌される。α因子は、プロセシング中に自然に切断される。
【0276】
懸濁液を遠心分離し、得られた上清から出発して、HPLCにより、タンパク質を精製する。
【0277】
開始前段階では、限外濾過(Labscale, 切断5000 Da, Millipore)とその後の透析は、50 mMトリス−Cl、pH9.0、25 mMNaClの緩衝液中の10倍濃度の酵母上清を可能にする。
【0278】
第一クロマトグラフィー処理過程は、ブルーセファロースカラム(Amersham Pharmacia)上の親和性によるタンパク質回収を可能にする。収集分画中のタンパク質の存在を、一方でSDS PAGE型の電気泳動により、そして他方ではIFNα−17タンパク質に対して向けられる特異的抗体による免疫検出により立証する。この段階では、当該タンパク質の純度は75%より高い。
【0279】
第二精製過程では、ゲル濾過は、50 mMトリス、pH9.0、25 mMNaClに対するIFNα−17タンパク質に対応する収集分画の緩衝液交換を可能にする。
【0280】
精製の最終過程は、イオン交換クロマトグラフィーカラム上でのタンパク質の分離からなる。
【0281】
組換えタンパク質を含有する分画を、トリス50 mM、pH9、NaCl25 mM緩衝液中で予め平衡させた陰イオン交換カラム(ResourceQ6.0 mL、Pharmacia)上に注入する。トリス50 mM、pH9緩衝液中での0.025および1 MNaCl間の勾配の移動により、タンパク質の溶離を実行する。
【0282】
当該タンパク質の純度をSDS/PAGEゲル上で概算し、そして濃度計(Quantity one, Biorad)およびBCA検定(ビシンコニン酸および硫酸銅、Sigma)によりタンパク質濃度を測定した。
【0283】
このプロトコールにより生成され、より多量のタンパク質を製造するために終局的に増大された精製野生型IFNα−17およびG45R突然変異化IFNα−17タンパク質を、下記の機能的試験のために用いる。
【実施例3】
【0284】
天然野生型IFNα−17およびG45R突然変異化IFNα−17の免疫調整活性の評価
IFN型(IFNαおよびIFNβ)は、免疫系のある種の機能を調整し得る。それらは、樹状細胞(DC)成熟を増大することが実証されている:MHCクラスI(HLA−ABC)およびII(HLA−DR)分子の発現における増大、Tリンパ球、CD80、CD86およびCD83分子の同時刺激に関与する分子の発現における増大、ならびにTリンパ球の刺激機能における増大。
【0285】
a)樹状細胞成熟に及ぼすG45R突然変異化IFNα−17の作用
先ずG45R突然変異化IFNα−17の免疫調整活性を樹状細胞成熟に関して調べ、市販イントロンA物質の代表として選択された野生型IFNα−2と比較した。
【0286】
そうするために、樹状細胞を先ず、GM−CSFおよびIL−4サイトカインの存在下で培養した成体末梢血単球から生成した。CD14+細胞精製キットを用いた精製後、これらの樹状細胞を100 ng/mLの野生型IFNα−2またはG45R突然変異化IFNα−17の存在下に置いて、それらの表現型を、MHCクラスIおよびII分子、ならびにCD40、CD80、CD86、CD83およびCD1aマーカーの発現を調べることを目指すFACS分析により確定した。これらの樹状細胞の成熟状態も、非刺激化樹状細胞を有する対照を提供するためにIFNα処理をせずに得られたものと比較した。
【0287】
各マーカーに関する、そして3つの実験条件に関する蛍光強度の測定値の中央値を、以下の表に示す:
【0288】
【表1】
【0289】
この試験の結果は、G45R突然変異化IFNα−17タンパク質が樹状細胞成熟を刺激し得ることを実証する。
【0290】
b)Tリンパ球によるサイトカイン放出に及ぼすG45R突然変異化IFNα−17の作用
突然変異化IFNα−17タンパク質の存在下に置かれたT細胞によるサイトカイン放出を測定することにより、そして攻撃に対する免疫応答を模倣するために強力抗原(SEB)を用いてまたは用いずに、G45R突然変異化IFNα−17の免疫調整活性も調べた。この試験は、対照として用いられそしてイントロンA市販物質の代表として選択された野生型IFNα−2の存在下でも実施した。
【0291】
そうするために、末梢血単核球(PBMC)を健常ドナーから単離し、抗CD3および抗CD28抗体またはSEBを含有する適切な培地中で16時間刺激した。各培養中に、4 μg/mLの野生型IFNα−2またはG45R突然変異化IFNα−17を付加した。刺激後、リンパ球を、抗CD3、抗CD4および抗CD69抗体または抗CD3、抗CD8および抗CD69抗体を用いて細胞外標識し、そしてTh1型サイトカイン(IFN−γ)またはTh2型サイトカイン(IL−10)に対して向けられる特異的抗体を用いて細胞内標識した。蛍光細胞を、FACScaliburおよびCellQuestソフトウエアを用いて分析した。
【0292】
得られた結果は、G45R突然変異化IFNα−17および野生型IFNα−2はIL−10およびIFN−γ放出を刺激せず、したがってSEBの非存在下でTリンパ球を活性化しない、ということを示す。
【0293】
それに対比して、G45R突然変異化IFNα−17および野生型IFN−2は、以下の表に示したように、SEB活性化Tリンパ球によるサイトカイン(IL−10およびIFN−γ)放出を刺激する。この表は、それぞれCD4+Tリンパ球およびCD8+Tリンパ球に関するCD4+CD69+細胞またはCD8+CD69細胞のパーセンテージ、ならびに全細胞におけるCD69+細胞のパーセンテージとして表される、SEBの存在下でのTリンパ球によるサイトカイン放出を示す。
【0294】
【表2】
【0295】
これらの結果は、G45R突然変異化IFNα−17が、SEB抗原により予め活性化されたCD4+Tリンパ球およびCD8+Tリンパ球によるサイトカイン放出(IFNγおよびIL−10)を強力に刺激する、ということを明らかに実証する。この試験では、CD4+Tリンパ球によるインターフェロンγ産生は野生型IFNα−2の存在下よりもG45R突然変異化IFNα−17の存在下においてより高く、そしてCD8+Tリンパ球によるインターフェロンγおよびIL−10産生は野生型IFNα−2の存在下よりもG45R突然変異化IFNα−17の存在下でより高い。
【0296】
c)単球によるサイトカイン放出に及ぼすG45R突然変異化IFNα−17の作用
最後に、細菌毒性作用物質(LPS)の非存在下または存在下での単球によるサイトカイン放出を測定することにより、G45R突然変異化IFNα−17の免疫調整活性を調べた。この試験は、対照として用いられそしてイントロンA市販物質の代表として選択された野生型IFNα−2の存在下でも実施した。
【0297】
そうするために、ヒト末梢血単核球(PBMC)を健常ドナーから単離し、それらの表現型を分析して、相対量のCD64+CD4dim細胞を確定した(CD64およびCD4dimは、血液単球のためのマーカーである)。一夜培養後、これらのPBMCを培地単独(非刺激細胞)中で、またはLPSの存在下で(刺激細胞)インキュベートした。各培養中に、4 μg/mLの野生型IFNα−2またはG45R突然変異化IFNα−17を付加した。培養後、細胞を、抗CD64および抗CD4dimを用いて細胞外標識し、そしてTh1型サイトカイン(IFN−α)、IL−12およびIL−10に対して向けられる特異的抗体を用いて細胞内標識した。
【0298】
蛍光細胞を、FACScaliburおよびCellQuestソフトウエアを用いて分析した。
【0299】
得られた結果は、G45R突然変異化IFNα−17および野生型IFNα−2は、LPSの非存在下ではサイトカイン(IL−10、IL−12およびIFN−α)放出を刺激しない、ということを示す。
【0300】
それに対比して、LPSの存在下では、単球はサイトカインを放出する。LPSの存在下での単球によるIL−10およびIL−12放出はさらに、以下の表に示したように、野生型IFNα−2の存在下では増大されるが、しかしG45R突然変異化IFNα−17の存在下では相ではない。この表は、CD64+CD4dim細胞のパーセンテージ、ならびに全細胞におけるCD4dimCD64+細胞のパーセンテージとして表される、LPSの存在下での単球によるサイトカイン放出を示す。
【0301】
【表3】
【0302】
したがって、G45R突然変異化IFNα−17およびLPSの存在下で観察された相乗作用の非存在下は、G45R突然変異化IFNα−17が免疫抑制作用を有し得る、ということを示唆する。
【実施例4】
【0303】
TF−1赤白血病細胞株に及ぼすG45R突然変異化IFNα−17のin vitro抗増殖活性の評価
G45R突然変異化IFNα−17の作用を、TF−1赤白血病細胞株においても評価した。この試験も、対照として用いられそしてイントロンA市販物質の代表として選択された野生型IFNα−2の存在下で実施した。
【0304】
そうするために、TF−1細胞を漸増濃度の突然変異化IFNα−21または野生型IFNα−2(0.001〜1000 ng/mL)と接触して置いて細胞増殖を測定した。
【0305】
図2に提示した結果は、G45R突然変異化IFNα−17がTF−1細胞に及ぼす弱抗増殖作用を有し、そしてこの作用は野生型IFNα−2の作用と類似することを示すが、これは、G45R突然変異化IFNα−17の血液学的毒性が野生型IFNα−2より高くないことを示唆する。
【実施例5】
【0306】
ヒトダウディ バーキットリンパ腫細胞株の抗増殖を誘導するG45R突然変異化IFNα−17の能力の評価
2つの異なるIFNα−17タンパク質、即ちG45R突然変異化IFNα−17および天然野生型IFNα−17に関して、これらの試験を実行した。RPMI1640培地(10%ウシ胎仔血清および2 mMのL−グルタミンを補足)中で予め培養した細胞(ヒトダウディ バーキットリンパ腫細胞株、本明細書中では以後、「ダウディ細胞」と呼ぶ)を、4.104細胞/ウエルの細胞密度で、96ウエルプレート中に接種した。
【0307】
各ウエル中では、ダウディ細胞を漸増濃度の天然野生型IFNα−17またはG45R突然変異化IFNα−17タンパク質と接触して置いた。
【0308】
試験したIFNα−17(天然野生型または突然変異化タンパク質)の濃度は、0.003 Pm〜600 nM(ウエル中の最終濃度)に含まれる。
【0309】
次にダウディ細胞を5%CO2下で37℃で66時間インキュベートし、その後、アプティブルーUptiblue(Uptima)を培養に付加した。4時間の付加的インキュベーション時間後の590 nm(励起560 nm)で発光される蛍光を測定することにより、細胞増殖速度を定量する。
【0310】
天然野生型IFNα−17またはG45R突然変異化IFNα−17の抗増殖活性は、細胞増殖の50%を阻害するIFNα−17の濃度(ピコモル(pM))に対応するIC50の測定値に基づいている。
【0311】
4つの同様の実験を実行し、各々、4回反復した。各実験に関して、IC50値を以下の表に記述する:
【0312】
【表4】
【0313】
野生型IFNα−17に関して測定された平均IC50値は0.49 pMであり、一方、G45R突然変異化IFNα−17に関して測定された平均IC50値は5.31 pMである。したがって天然野生型IFNα−17に関する値を上回る突然変異化IFNα−17に関するIC50の値に対応する平均比は、10.80に達する(標準偏差3.46)。
【0314】
この試験は、野生型IFNα−17との比較により、G45R突然変異化IFNα−17の場合、細胞抗増殖活性が強度に抑制される(約5分の1〜15分の1の範囲)、ということを実証する。
【0315】
ダウディ細胞増殖に及ぼすG45R突然変異化IFNα−17の抗増殖作用を野生型IFNα−2の作用と比較するために、野生型IFNα−2を用いた同様の非依存性実験も実施した。そうするために、ダウディ細胞を、0.001〜10 ng/mLの範囲のG45R突然変異化IFNα−17または野生型IFNα−2の濃度の存在下で培養した。
【0316】
3つの同様の実験を実行した。代表的一実験結果を、表3に示す。
【0317】
これらの結果は、ダウディ バーキット細胞株におけるG45R突然変異化IFNα−17の細胞抗増殖活性が野生型IFNα−2の場合より高い、ということを実証する。
【実施例6】
【0318】
G45R突然変異化IFNα−17の抗ウイルス活性の評価
IFNは、抗ウイルス防御において重要な役割を演じる。IFN抗ウイルス活性は、一部は、以下のようなIFN誘導性酵素系に帰因する:
−アデノシンオリゴマー合成を触媒する酵素である2‘5’オリゴアデニレートシンテターゼ。これらのオリゴマーは、エンドリボヌクレアーゼであるRNアーゼLを活性化し、これが一旦活性化されたウイルスRNAを破壊する。
【0319】
−ウイルス転写体の合成および/または成熟を抑制するMxタンパク質(GTPアーゼ)。この活性は主に、インフルエンザウイルスにおいて発揮される。
【0320】
−二本鎖RNAにより活性化されるPKRタンパク質(またはp68キナーゼ)。活性化PKRはタンパク質合成を阻害する。
【0321】
IFN抗ウイルス活性は、その他のメカニズム、例えばレトロウイルスの場合には、細胞中へのウイルス粒子進入抑制、複製、結合、粒子の流出およびウイルス粒子の感染力によっても誘導される。
【0322】
最後に、IFNは、免疫系のある種の機能を調整することにより、特に細胞媒介に対する応答を促進する(例えばMHCクラスIおよびII分子の増大、IL−12およびIFN−γ産生の増大、CTL活性の増大等)ことにより、間接的抗ウイルス活性を発揮する。
【0323】
G45R突然変異化IFNα−17の抗ウイルス活性は、細胞培養中でin vitroに、そしてマウスモデルにおいてin vivoに評価されている。両試験を、対照として用いられ、イントロンA市販物質の代表として選択された野生型IFNα−2と平行して実行した。
【0324】
a)細胞培養中でのin vitro抗ウイルス活性
この検定は、水疱性口内炎ウイルス(VSV)を用いた細胞培養中でのG45R突然変異化IFNα−17および野生型IFNα−2の抗ウイルス活性の評価を可能にする。
【0325】
そうするために、WISHヒト上皮細胞を、漸減濃度のG45R突然変異化IFNα−17または野生型IFNα−2の存在下で、24時間培養する。次に、さらに24〜48時間、水疱性口内炎ウイルス(VSV)のウイルスを細胞に感染させて、細胞溶解を測定する。
【0326】
VSVにより誘導された細胞溶解の50%を抑制するIFN濃度に対応するIC50値を比較することにより、試験される異なるIFNαの抗ウイルス作用を確定する。
【0327】
同様の実験を2回実行し、代表的一実験で測定されたIC50値を以下の表に示す:
【0328】
【表5】
【0329】
したがって、VSVに感染した細胞培養において、G45R突然変異化IFNα−17は抗ウイルス活性を示し、このウイルス活性は野生型IFNα−2の場合より高い。
【0330】
b)マウスモデルにおけるin vivoでの抗ウイルス活性
このin vivo試験を、EMCV(脳心筋炎ウイルス)マウスモデルで実施する。
【0331】
ヒトIFNは、マウスにおいて用量依存性抗ウイルス活性を示し、これは、概して、同量のマウスIFNにより示されるものの100分の1〜1,000分の1である(Meister et al. (1986). J. Gen. Virol. 67, 1633-1644)。
【0332】
脳心筋炎ウイルス(EMCV)を用いたマウスの腹腔内注入は、中枢神経系関与および脳炎を特徴とする迅速進行性致命的疾患を生じる(Finter NB (1973). Front Biol. 2: 295-360)。マウスおよびヒトインターフェロン−αは、致死的EMCV感染に対してマウスを防御するのに有効であることが示されている(Tovey and Maury (1999). J. IFN Cytokine Res. 19: 145-155)。
【0333】
20匹の6週齢Swissマウスの群に、100 x LD50EMCVを腹腔内(ip)感染させて、1時間後に、そしてその後3日間、1日1回、2 μgのG45R突然変異化IFNα−17または野生型IFNα−2調製物で処置した。対照群は、賦形剤のみで処置されていた動物を用いて実施した。21日間、生存に関して毎日動物を追跡調査した。
【0334】
結果を図4に提示するが、これは、G45R突然変異化IFNα−17で処置されていたマウスの相対生存率が非処置マウスの生存率より非常に高く、野生型IFNα−2で処置されていたマウスに関して観察されたものより高くさえある、ということを示す。これらのデータは、マウスモデルにおけるin vivoでのG45R突然変異化IFNα−17の強力な抗ウイルス活性を実証する。
【0335】
これらの結果はすべて、G45R突然変異化IFNα−17が独自の生物学的特性を保有することを実証する。
【図面の簡単な説明】
【0336】
【図1】図1Aは、SNP G45Rを含む本発明のコードタンパク質および野生型IFNα−17タンパク質のモデルを表す。図1Bは、図1Aで表されたタンパク質の各々の下方部分のモデルの大写しを表す。
【0337】
図1Aおよび1Bにおいて、黒色リボンは野生型IFNα−17タンパク質の構造を表し、白色リボンはG22R突然変異化IFNα−17タンパク質の構造を表す。
【図2】TF−1細胞株に及ぼすG45R突然変異化IFNα−17の抗増殖作用を測定するための試験結果を表す。この図では、横座標はIFNα(ng/mL)の濃度に対応し、縦座標は細胞増殖の抑制(%)に対応する。G45R突然変異化IFNα−17の抗増殖作用(黒色菱形)は、野生型IFNα−2の作用(白色四角形)と比較される。
【図3】ダウディ バーキット細胞株に及ぼすG45R突然変異化IFNα−17の抗増殖作用を測定するための試験結果を表す。この図では、横座標はIFNα(ng/mL)の濃度に対応し、縦座標は細胞増殖の抑制(%)に対応する。G45R突然変異化IFNα−17の抗増殖作用(黒色菱形)は、野生型IFNα−2の作用(白色正方形)と比較される。
【図4】野生型IFNα−2で処理されたもの、または処置されていなかったものとの比較における、VSVウイルスによりあらかじめ感染され、G45R突然変異化IFNα−17タンパク質で処置されたマウスの生存率を表す。
【0338】
この図では、横座標は生存時間(日)に対応し、縦座標はVSV感染マウスの相対的生存率に対応する。黒色菱形はG45R突然変異化IFNα−17で処置されたVSV感染マウスに関するデータを表し、黒色正方形は野生型IFNα−2で処置されたVSV感染マウスに関するデータを表し、そして中白三角形は処置されなかったVSV感染マウスに関するデータを表す。
Claims (47)
- 以下の:
a)配列番号1のヌクレオチド配列であるが、但しこのようなヌクレオチド配列はg771c、808Ins(a)から成る群から選択される少なくとも1つのSNPを含む;または
b)a)下のヌクレオチド配列と相補的なヌクレオチド配列
の全部または一部を含む単離ポリヌクレオチド。 - 配列番号1のヌクレオチド639〜1208を含むが、但し当該配列がg771、808Ins(a)から成る群から選択される少なくとも1つのコードSNPを含有する請求項1記載の単離ポリヌクレオチド。
- 前記ポリヌクレオチドが少なくとも10のヌクレオチドで構成される請求項1記載の単離ポリヌクレオチド。
- 配列番号2のアミノ酸配列の全部または一部を含み、コードSNP G45Rを有するポリペプチドをコードする単離ポリヌクレオチド。
- 配列番号3のアミノ酸配列の全部または一部を含むポリペプチドをコードする単離ポリヌクレオチド。
- 前記アミノ酸がコードSNP、G45Rも含有することを特徴とする請求項5記載のポリヌクレオチド。
- 配列番号1のヌクレオチド配列との80〜100%同一性を有するポリヌクレオチドの全部または一部を同定または増幅するための方法であって、適切なハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイゼーションすることを包含し、前記ポリヌクレオチドが請求項1記載のポリヌクレオチドを含む方法。
- 配列番号1のヌクレオチドと80〜100%同一性を有するポリヌクレオチドの全部または一部をゲノタイプ化するための方法であって、被験者または被験者集団のゲノムDNA中の注目の領域を増幅し、そして771、808からなる群から選択される配列番号1のヌクレオチド中の少なくとも1つの位置における対立遺伝子を確定する過程を包含する方法。
- ゲノタイプ化がミニシーケンシングにより実行される請求項8記載の方法。
- 請求項1記載のポリヌクレオチドを含む組換えベクター。
- 請求項10記載の組換えベクターを含む宿主細胞。
- ポリペプチドの分離方法であって、培地中で請求項11記載の宿主細胞を培養し、そして培地から前記ポリペプチドを分離することを包含する方法。
- 請求項1記載の単離ポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチド。
- 配列番号2のアミノ酸の全部または一部を含み、SNP G45Rを有する単離ポリペプチド。
- 配列番号2のアミノ酸配列のアミノ酸24〜189を含み、SNP G45Rを有する請求項13記載のポリペプチド。
- 配列番号3のアミノ酸配列の全部または一部を含む単離ポリペプチド。
- 配列番号3のアミノ酸配列のアミノ酸24〜57を含む請求項16記載のポリペプチド。
- 配列番号3のアミノ酸配列のアミノ酸24〜57を含み、コードSNP G45Rを有する請求項16記載のポリペプチド。
- 免疫特異的抗体を得るための方法であって、請求項13記載のポリペプチドで動物を免疫感作し、そして前記動物から前記抗体を収集することを包含する方法。
- 請求項19記載の方法に起因する免疫特異的抗体。
- 試験される1つまたはそれ以上の化合物から配列番号2のアミノ酸配列の全部または一部を含み、SNP G45Rを有する単離ポリペプチドの活性を活性化または阻害する作用物質を同定する方法であって、以下の:
a)請求項10記載の組換えベクターを含む宿主細胞を提供し、
b)前記宿主細胞と試験される前記化合物とを接触させ、
c)前記ポリペプチドの活性に及ぼす活性化または阻害作用を確定し、それにより前記活性剤または阻害剤が同定される
ことを包含する方法。 - 試験されるべき1つまたはそれ以上の化合物からその活性が配列番号2のアミノ酸配列の全部または一部を含みそしてSNP G45Rを有する単離ポリペプチドにより強化または抑制される作用物質を同定する方法であって、以下の:
a)請求項10記載の組換えベクターを含む宿主細胞を提供し、
b)前記宿主細胞と試験される前記化合物とを接触させ、
c)前記作用物質の活性に及ぼす強化または抑制作用を確定し、それにより前記強化または抑制剤が同定される
ことを包含する方法。 - 試験される1つまたはそれ以上の化合物から配列番号3のアミノ酸配列の全部または一部を含み、おそらくはコードSNP G45Rも有する単離ポリペプチドの活性を活性化または阻害する作用物質を同定する方法であって、以下の:
a)請求項10記載の組換えベクターを含む宿主細胞を提供し、
b)前記宿主細胞と試験される前記化合物とを接触させ、
c)前記ポリペプチドの活性に及ぼす活性化または阻害作用を確定し、それにより前記活性剤または阻害剤が同定される
ことを包含する方法。 - 試験されるべき1つまたはそれ以上の化合物からその活性が配列番号3のアミノ酸配列の全部または一部を含みそしておそらくはコードSNP G45Rも有する単離ポリペプチドにより強化または抑制される作用物質を同定する方法であって、以下の:
a)請求項10記載の組換えベクターを含む宿主細胞を提供し、
b)前記宿主細胞と試験される前記化合物とを接触させ、
c)前記作用物質の活性に及ぼす強化または抑制作用を確定し、それにより前記強化または抑制剤が同定される
ことを包含する方法。 - 被験者の生物学的特性の分析方法であって、以下の:
a)被験者のゲノム中の請求項1記載のポリヌクレオチドの存在または非存在を確定し、
b)被験者における請求項1記載のポリヌクレオチドの発現レベルを確定し、
c)被験者における請求項13記載のポリペプチドの存在または非存在を確定し、
d)被験者における請求項13記載のポリペプチドの濃度を確定し、あるいは
e)被験者における請求項13記載のポリペプチドの機能性を確定する
過程のうちの少なくとも1つを実行することを包含する方法。 - g771c、808Ins(a)からなる群から選択される少なくとも1つのSNPを含む配列番号1のヌクレオチドの全部または一部を含む単離ポリペプチド、または前記ヌクレオチド配列と相補的なヌクレオチド配列;前記ポリヌクレオチドを含む組換えベクター;前記組換えベクターを含む宿主細胞;配列番号2のアミノ酸配列の全部または一部を含み、そしてSNP G45Rを有する単離ポリペプチド;配列番号3のアミノ酸配列の全部または一部を含み、そしておそらくはコードSNP G45Rを有する単離ポリペプチド;前記ポリペプチドのうちの1つに特異的である抗体、からなる群から選択される1つまたはそれ以上の化合物を含む治療薬。
- 癌および腫瘍、感染性疾患、免疫学的および自己免疫学的関連疾患、心臓血管性疾患、代謝性疾患、中枢神経系疾患ならびに化学療法処置と関連した障害からなる群から選択される疾患を個体において予防または治療するための方法であって、治療的有効量の請求項26記載の作用物質と製薬上許容可能な賦形剤とを前記個体に投与することを包含する方法。
- 前記癌および腫瘍が転移性腎臓癌、黒色腫、濾胞性リンパ腫および皮膚T細胞リンパ腫を含むリンパ腫、ヘアリーセル白血病、慢性リンパ性白血病および慢性骨髄性白血病を含む白血病、肝臓、頚部、頭部および腎臓の癌、多発性骨髄腫、類癌腫およびエイズの症例におけるカポジ肉腫を含めた免疫不全後に出現する腫瘍を含む請求項27記載の方法。
- 前記代謝性疾患が非免疫関連疾患、例えば肥満症を含む請求項27記載の方法。
- 前記感染性疾患が慢性B型およびC型肝炎、ならびにHIV/AIDSを含むウイルス感染、感染性肺炎ならびに性病、例えば性器疣を含む請求項27記載の方法。
- 前記中枢神経系の疾患がアルツハイマー病、パーキンソン病、精神分裂病およびうつ病を含む請求項27記載の方法。
- 前記免疫学的および自己免疫学的関連疾患が組織または器官移植片の拒絶、アレルギー、喘息、乾癬、慢性関節リウマチ、多発性硬化症、クローン病および潰瘍性結腸炎を含む請求項27記載の方法。
- 創傷の治癒、透析患者における貧血、および/または骨粗鬆症からなる群から選択される疾患を個体において予防または治療するための方法であって、治療的有効量の請求項26記載の作用物質と製薬上許容可能な賦形剤とを前記個体に投与することを包含する方法。
- 請求項13記載のポリペプチドの被験者における活性を増大または低減するための方法であって、配列番号1のヌクレオチドの全部または一部を含む単離ポリヌクレオチドであるが、但し、ヌクレオチド配列がg771c、808Ins(a)からなる群から選択される少なくとも1つのSNPを含むポリヌクレオチド、または前記ヌクレオチド配列と相補的なヌクレオチド配列;前記ポリヌクレオチドを含む組換えベクター;前記組換えベクターを含み、治療される前記被験者から得られたものであってよい宿主細胞;配列番号2のアミノ酸配列の全部または一部を含み、そしてSNP G45Rを有する単離ポリペプチド;配列番号3のアミノ酸配列の全部または一部を含み、そしておそらくはコードSNP G45Rを有する単離ポリペプチド;前記ポリペプチドのうちの1つに特異的である抗体、のうちの1つまたはそれ以上の治療的有効量と製薬上許容可能な賦形剤を投与することを包含する方法。
- 請求項1記載のポリヌクレオチドの前記個体のゲノム中での存在に関連した障害または疾患を個体において予防または治療するための方法であって、配列番号1のヌクレオチド配列の全部または一部を含み、そしてg771c、808Ins(a)から成る群から選択される少なくとも1つのSNPを有する単離ポリヌクレオチド、または前記ヌクレオチド配列と相補的なヌクレオチド配列;前記ポリヌクレオチドのうちの1つを含む組換えベクター;前記組換えベクターを含む宿主細胞;配列番号2のアミノ酸配列の全部または一部を含み、そしてSNP G45Rを有する単離ポリペプチド;配列番号3のアミノ酸配列の全部または一部を含み、そしておそらくはコードSNP G45Rも有する単離ポリペプチド;前記ポリペプチドのうちの1つに特異的な抗体、のうちの1つまたはそれ以上の治療的有効量と製薬上許容可能な賦形剤を投与することを包含する方法。
- IFNα−17遺伝子中のg771、808Ins(a)からなる群から選択される少なくとも1つのSNPと疾患または疾患に対する耐性との間の統計学的に関連性を確定するための方法であって、以下の:
a)個体の群をゲノタイプ化し、
b)前記個体群内の前記疾患または疾患に対する耐性の分布を確定し、
c)ゲノタイプデータを前記疾患または疾患に対する耐性の分布と比較し、そして
d)統計学的関連性に関して前記比較を分析する
過程を包含する方法。 - 疾患の予後または疾患に対する耐性を診断または確定するための方法であって、IFNα−17遺伝子中のg771c、808Ins(a)から成る群から選択される少なくとも1つのSNPを検出することを包含する方法。
- 試験される1つまたはそれ以上の化合物からのG45R突然変異化IFNα−17遺伝子産物の活性と実質的に同様の生物学的活性を有する一化合物の同定方法であって、以下の:
a)前記化合物の生物学的活性、例えば樹状細胞成熟、CD4+またはCD8+Tリンパ球によるサイトカイン放出、単球によるサイトカイン放出、TF−1細胞株における細胞抗増殖活性、ダウディ バーキット細胞株における細胞抗増殖活性、in vitroまたはin vivo抗ウイルス活性を確定し、
b)前記化合物の過程a)で確定された活性とG45R突然変異化IFNα−17遺伝子産物の活性とを比較し、
c)過程b)で実行された比較に基づいて、G45R突然変異化IFNα−17遺伝子産物の場合と比較して、前記化合物が実質的に同様の活性を有するか、あるいはそれより低いまたは高い活性を有するかを確定する
過程を包含する方法。 - 前記試験されるべき化合物が合成ペプチドコンビナトリアルライブラリー、ハイスループットスクリーニングから同定されたものであるか、あるいは配列番号2のアミノ酸配列のポリペプチド、または配列番号2のアミノ酸配列の位置24および189間に含有されるアミノ酸を含むアミノ酸配列のポリペプチドの構造と同一の三次元構造を有するようコンピューター支援薬剤設計により設計されたものであり、但し、前記アミノ酸配列はG45R SNPを含む請求項38記載の方法。
- 請求項39記載の方法により同定された化合物。
- 癌および腫瘍、感染性疾患、免疫学的および自己免疫学的関連疾患、心臓血管性疾患、代謝性疾患、中枢神経系疾患ならびに化学療法処置と関連した障害からなる群から選択される疾患を個体において予防または治療するための方法であって、治療的有効量の請求項40記載の化合物と製薬上許容可能な賦形剤とを前記個体に投与することを包含する方法。
- 前記癌および腫瘍が転移性腎臓癌、黒色腫、濾胞性リンパ腫および皮膚T細胞リンパ腫を含むリンパ腫、ヘアリーセル白血病、慢性リンパ性白血病および慢性骨髄性白血病を含む白血病、肝臓、頚部、頭部および腎臓の癌、多発性骨髄腫、類癌腫およびエイズの症例におけるカポジ肉腫を含めた免疫不全後に出現する腫瘍を含む請求項41記載の方法。
- 前記感染性疾患がウイルス感染、例えば慢性B型およびC型肝炎、ならびにHIV/AIDS、感染性肺炎ならびに性病、例えば性器疣を含む請求項41記載の方法。
- 前記免疫学的および自己免疫学的関連疾患が組織または器官移植片の拒絶、アレルギー、喘息、乾癬、慢性関節リウマチ、多発性硬化症、クローン病および潰瘍性結腸炎を含む請求項41記載の方法。
- 前記中枢神経系の疾患がアルツハイマー病、パーキンソン病、精神分裂病およびうつ病を含む請求項41記載の方法。
- 前記代謝性疾患が非免疫関連疾患、例えば肥満症を含む請求項41記載の方法。
- 創傷の治癒、透析患者における貧血、および/または骨粗鬆症からなる群から選択される疾患を個体において予防または治療するための方法であって、治療的有効量の請求項40記載の化合物と製薬上許容可能な賦形剤とを前記個体に投与することを包含する方法。
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