JP2002350347A - 蛍光検出装置 - Google Patents
蛍光検出装置Info
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- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N21/00—Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
- G01N21/62—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light
- G01N21/63—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light optically excited
- G01N21/64—Fluorescence; Phosphorescence
- G01N21/6428—Measuring fluorescence of fluorescent products of reactions or of fluorochrome labelled reactive substances, e.g. measuring quenching effects, using measuring "optrodes"
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- G01N21/645—Specially adapted constructive features of fluorimeters
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Abstract
(57)【要約】
【課題】 小型化が可能で光路が短い蛍光検出装置を提
供する。 【解決手段】 p型シリコン基板7の表面部にn型不純
物層8を設けてフォトダイオードを形成し、この上に蛍
光反応の場となる蛍光反応槽13を配置する。n型不純
物層8の表面にはp+不純物層21を形成する。逆バイ
アス印加時にはp+不純物層の一部が空乏化せず、n型
不純物層が空乏化するようにすれば、励起光による電荷
はn型不純物層8に蓄積されず、蛍光のみ検出できる。
供する。 【解決手段】 p型シリコン基板7の表面部にn型不純
物層8を設けてフォトダイオードを形成し、この上に蛍
光反応の場となる蛍光反応槽13を配置する。n型不純
物層8の表面にはp+不純物層21を形成する。逆バイ
アス印加時にはp+不純物層の一部が空乏化せず、n型
不純物層が空乏化するようにすれば、励起光による電荷
はn型不純物層8に蓄積されず、蛍光のみ検出できる。
Description
【0001】
【発明の属する技術分野】本発明は、蛍光反応を検出す
る蛍光検出装置に関し、例えば、サンプル中に含まれる
特定の遺伝子の検出等に有用な蛍光検出装置に関する。
る蛍光検出装置に関し、例えば、サンプル中に含まれる
特定の遺伝子の検出等に有用な蛍光検出装置に関する。
【0002】
【従来技術】近年、ゲノム解読研究の進展は凄まじく、
ヒトゲノムについては2003年に全塩基配列が解読さ
れる予定である。また、他の生物のゲノムについても世
界的に解読が進められている。このようなゲノム研究の
進展に伴い、遺伝子の機能解明や医療診断等の見地か
ら、遺伝子検出の重要性がさらに増している。従来の遺
伝子検出法としては、PCR(polymerase chain react
ion)法に代表される遺伝子増幅法があるが、最近ではD
NAチップによる遺伝子検出法も汎用されるようになって
きた。
ヒトゲノムについては2003年に全塩基配列が解読さ
れる予定である。また、他の生物のゲノムについても世
界的に解読が進められている。このようなゲノム研究の
進展に伴い、遺伝子の機能解明や医療診断等の見地か
ら、遺伝子検出の重要性がさらに増している。従来の遺
伝子検出法としては、PCR(polymerase chain react
ion)法に代表される遺伝子増幅法があるが、最近ではD
NAチップによる遺伝子検出法も汎用されるようになって
きた。
【0003】DNAは、約1cm角のガラスチップやシ
リコンチップ等に多数の一本鎖DNAを固定したもので
ある。固定する一本鎖DNAとして、病因遺伝子のDN
A等がある。DNAチップを用いた遺伝子検査は、例え
ば、つぎのようにして行う。まず、検出対象の遺伝子を
細胞(例えば、血球など)から抽出する。そして、PC
Rにより検出対象遺伝子を増幅する。この増幅の際に、
蛍光物質で増幅産物が標識されるようにする。この蛍光
色素で標識した核酸鎖を含む溶液中にDNAチップを入
れて、ハイブリダイゼーション反応をさせる。その後、
DNAチップを洗浄し、ハイブリダイズしていない核酸
鎖を除去する。
リコンチップ等に多数の一本鎖DNAを固定したもので
ある。固定する一本鎖DNAとして、病因遺伝子のDN
A等がある。DNAチップを用いた遺伝子検査は、例え
ば、つぎのようにして行う。まず、検出対象の遺伝子を
細胞(例えば、血球など)から抽出する。そして、PC
Rにより検出対象遺伝子を増幅する。この増幅の際に、
蛍光物質で増幅産物が標識されるようにする。この蛍光
色素で標識した核酸鎖を含む溶液中にDNAチップを入
れて、ハイブリダイゼーション反応をさせる。その後、
DNAチップを洗浄し、ハイブリダイズしていない核酸
鎖を除去する。
【0004】つぎに、DNAチップに励起光を当てて、
蛍光を検出する。これに使用する蛍光検出装置の例を図
8に示す。この装置において、レーザなどの光源205
からの励起光209は、ビームスプリッター204で反
射されて、対物レンズ206に入り、ここで集光され
て、DNAチップ208の核酸プローブの固定部207
に当たる。ハイブリダイゼーションして二本鎖を形成し
ている場合、蛍光物質がDNAチップ208上に存在し
ているため、励起光209により蛍光210が発生す
る。通常、蛍光210と励起光209には、数十nm程
度の波長の差がある。蛍光の一部211と励起光209
の反射光が対物レンズに戻り、ビームスプリッター20
4に入射する。励起光209の反射光は、ほとんどがビ
ームスプリッター204で反射されて、光源側に向か
い、蛍光の一部211は、ビームスプリッター204を
透過して、受光器201側に向かう。ビームスプリッタ
ー204を透過した蛍光の一部211は、波長を限定す
るフィルター203を透過するが、励起光209の反射
光は除去される。さらに、蛍光の一部211は、受光器
レンズ202を通って、蛍光強度を測定する受光器20
1に入射し、ここで蛍光が検出される。
蛍光を検出する。これに使用する蛍光検出装置の例を図
8に示す。この装置において、レーザなどの光源205
からの励起光209は、ビームスプリッター204で反
射されて、対物レンズ206に入り、ここで集光され
て、DNAチップ208の核酸プローブの固定部207
に当たる。ハイブリダイゼーションして二本鎖を形成し
ている場合、蛍光物質がDNAチップ208上に存在し
ているため、励起光209により蛍光210が発生す
る。通常、蛍光210と励起光209には、数十nm程
度の波長の差がある。蛍光の一部211と励起光209
の反射光が対物レンズに戻り、ビームスプリッター20
4に入射する。励起光209の反射光は、ほとんどがビ
ームスプリッター204で反射されて、光源側に向か
い、蛍光の一部211は、ビームスプリッター204を
透過して、受光器201側に向かう。ビームスプリッタ
ー204を透過した蛍光の一部211は、波長を限定す
るフィルター203を透過するが、励起光209の反射
光は除去される。さらに、蛍光の一部211は、受光器
レンズ202を通って、蛍光強度を測定する受光器20
1に入射し、ここで蛍光が検出される。
【0005】
【発明の解決しようとする課題】従来の蛍光検出装置
は、大掛かりで複雑な装置であり、また光路が長いた
め、この間に蛍光のロスが生じ、検出感度が低いという
問題があった。
は、大掛かりで複雑な装置であり、また光路が長いた
め、この間に蛍光のロスが生じ、検出感度が低いという
問題があった。
【0006】本発明は、このような事情に鑑みなされた
もので、小型で高感度の蛍光検出装置の提供を、その目
的とする。
もので、小型で高感度の蛍光検出装置の提供を、その目
的とする。
【0007】
【課題を解決するための手段】前記目的を達成するため
に、本発明の蛍光検出装置は、半導体集積回路基板およ
び蛍光反応の場となる蛍光反応槽を備え、前記半導体集
積回路基板は、フォトダイオードと、前記フォトダイオ
ードで光電変換された電荷が入力される信号検出トラン
ジスタ回路と、前記信号検出トランジスタ回路駆動信号
の入出力端子とを有し、前記フォトダイオード上に前記
蛍光反応槽が形成され、前記フォトダイオード表層部お
よび前記フォトダイオードと前記蛍光反応槽との間の少
なくとも一方に励起光侵入防止層が形成されているとい
う構成である。
に、本発明の蛍光検出装置は、半導体集積回路基板およ
び蛍光反応の場となる蛍光反応槽を備え、前記半導体集
積回路基板は、フォトダイオードと、前記フォトダイオ
ードで光電変換された電荷が入力される信号検出トラン
ジスタ回路と、前記信号検出トランジスタ回路駆動信号
の入出力端子とを有し、前記フォトダイオード上に前記
蛍光反応槽が形成され、前記フォトダイオード表層部お
よび前記フォトダイオードと前記蛍光反応槽との間の少
なくとも一方に励起光侵入防止層が形成されているとい
う構成である。
【0008】このように、本発明の蛍光検出装置では、
蛍光を検出するフォトダイオードの上に蛍光反応槽を設
けているため、光路を短くすることができ、この結果、
蛍光検出感度が向上するとともに、装置全体を小型化す
ることもできる。また、この装置では、励起光侵入防止
層を有するため、励起光がフォトダイオードに入射する
ことが防止され、励起光による影響を排除できる。
蛍光を検出するフォトダイオードの上に蛍光反応槽を設
けているため、光路を短くすることができ、この結果、
蛍光検出感度が向上するとともに、装置全体を小型化す
ることもできる。また、この装置では、励起光侵入防止
層を有するため、励起光がフォトダイオードに入射する
ことが防止され、励起光による影響を排除できる。
【0009】本発明の装置において、前記フォトダイオ
ードは、その表面側から、高濃度第1導電型半導体層、
第2導電型半導体層および低濃度第1導電型半導体層
が、この順序で積層されて構成され、前記高濃度第1導
電型半導体層が前記励起光侵入防止層であり、逆バイア
ス印加時に前記高濃度第1導電型半導体層の一部が空乏
化せず、前記第2導電型半導体層が空乏化するという構
成でもよい。励起光は蛍光より短波長であるからフォト
ダイオード表面で光電変換されるため、前述のような構
成にすれば、励起光により前記表面付近で生じた電荷が
フォトダイオードに蓄積されなくなる。
ードは、その表面側から、高濃度第1導電型半導体層、
第2導電型半導体層および低濃度第1導電型半導体層
が、この順序で積層されて構成され、前記高濃度第1導
電型半導体層が前記励起光侵入防止層であり、逆バイア
ス印加時に前記高濃度第1導電型半導体層の一部が空乏
化せず、前記第2導電型半導体層が空乏化するという構
成でもよい。励起光は蛍光より短波長であるからフォト
ダイオード表面で光電変換されるため、前述のような構
成にすれば、励起光により前記表面付近で生じた電荷が
フォトダイオードに蓄積されなくなる。
【0010】本発明の装置において、前記励起光侵入防
止層は、励起光吸収層または励起光を反射する光干渉層
であり、これが前記フォトダイオードと前記蛍光反応層
との間に配置されていてもよい。さらに、前記励起光侵
入防止層は、気体層であり、これが前記フォトダイオー
ドと前記蛍光反応層との間に配置されており、励起光
が、屈折率が小さくなる前記気体層と前記蛍光反応槽底
面との界面で全反射する方向から照射されるように設定
されていても良い。
止層は、励起光吸収層または励起光を反射する光干渉層
であり、これが前記フォトダイオードと前記蛍光反応層
との間に配置されていてもよい。さらに、前記励起光侵
入防止層は、気体層であり、これが前記フォトダイオー
ドと前記蛍光反応層との間に配置されており、励起光
が、屈折率が小さくなる前記気体層と前記蛍光反応槽底
面との界面で全反射する方向から照射されるように設定
されていても良い。
【0011】本発明の装置において、前記蛍光反応槽の
内部底面に、一本鎖DNAが固定されていてもよい。こ
の場合は、DNAチップとして使用されることになる。
この他に、前記蛍光反応槽の内部底面に、抗体又は抗原
が固定されていてもよい。さらに、前記蛍光反応槽で、
PCR反応等の遺伝子増幅反応を行い、その増副産物を
蛍光で検出してもよい。
内部底面に、一本鎖DNAが固定されていてもよい。こ
の場合は、DNAチップとして使用されることになる。
この他に、前記蛍光反応槽の内部底面に、抗体又は抗原
が固定されていてもよい。さらに、前記蛍光反応槽で、
PCR反応等の遺伝子増幅反応を行い、その増副産物を
蛍光で検出してもよい。
【0012】
【発明の実施の形態】つぎに、本発明の蛍光検出装置の
例を、図面に基づき説明する。
例を、図面に基づき説明する。
【0013】(実施形態1)図1、図2および図3に、
本発明の蛍光検出装置の一例を示す。図1は、この装置
の光検出部分の構造を示す断面図であり、図2(a)
は、前記装置の蛍光検出回路の回路構成図であり、図2
(b)は、前記蛍光検出回路の駆動タイミングチャート
であり、図3は、前記装置の光検出部分の斜視図であ
る。図1、図2および図3において、同一部分には、同
一符号を付している。
本発明の蛍光検出装置の一例を示す。図1は、この装置
の光検出部分の構造を示す断面図であり、図2(a)
は、前記装置の蛍光検出回路の回路構成図であり、図2
(b)は、前記蛍光検出回路の駆動タイミングチャート
であり、図3は、前記装置の光検出部分の斜視図であ
る。図1、図2および図3において、同一部分には、同
一符号を付している。
【0014】図1に示すように、この装置の光検出部分
は、p型シリコン基板7(低濃度第1導電型半導体層)
表面部にn型不純物層8(第2導電型半導体層)が形成
され、さらにその表面にp+不純物層21(高濃度第1
導電型半導体層)が形成され、これらによってフォトダ
イオードが構成されており、ここで蛍光が光電変換され
て電荷が生じる。このフォトダイオードは、増幅トラン
ジスタ6の制御ゲート3と金属配線1で接続しており、
これによりフォトダイオードの電圧が増幅トランジスタ
6に入力される。2、5は、増幅トランジスタ6のソー
ス金属配線、ドレイン金属配線をそれぞれ示す。また、
フォトダイオードにはリセットトランジスタ9が接続さ
れており、これにより、電荷信号を読み出した後、フォ
トダイオードをリセットする。11はリセットトランジ
スタ9の制御ゲートを示し、10はリセット電源線を示
す。12は、フォトダイオード以外のリセットトランジ
スタなどの能動素子を遮光する金属層を示す。4は層間
絶縁層を示す。前記フォトダイオードの上には蛍光反応
槽13が配置され、これは透明容器14により構成され
ている。半導体集積回路基板(図3において符号15で
示す)は、例えば、シリコン基板7からIC(集積回
路)を製造するMOS(金属−酸化膜−半導体)プロセ
スにより作製することができるが、本発明はこれに限定
されず、フォトダイオードとトランジスタが形成可能な
基板材料ならよい。例えば、ガラス基板上に形成した多
結晶シリコン集積回路基板、アモルファスシリコン集積
回路基板、GaAs集積回路基板などでも良い。また、
透明材料による容器14は、例えば、石英、PMMA
(ポリメチルメタクリレート)、ガラス等で形成できる
が、これに限定されず、光透過率が高く、蛍光が極力少
ない材料であれば良い。
は、p型シリコン基板7(低濃度第1導電型半導体層)
表面部にn型不純物層8(第2導電型半導体層)が形成
され、さらにその表面にp+不純物層21(高濃度第1
導電型半導体層)が形成され、これらによってフォトダ
イオードが構成されており、ここで蛍光が光電変換され
て電荷が生じる。このフォトダイオードは、増幅トラン
ジスタ6の制御ゲート3と金属配線1で接続しており、
これによりフォトダイオードの電圧が増幅トランジスタ
6に入力される。2、5は、増幅トランジスタ6のソー
ス金属配線、ドレイン金属配線をそれぞれ示す。また、
フォトダイオードにはリセットトランジスタ9が接続さ
れており、これにより、電荷信号を読み出した後、フォ
トダイオードをリセットする。11はリセットトランジ
スタ9の制御ゲートを示し、10はリセット電源線を示
す。12は、フォトダイオード以外のリセットトランジ
スタなどの能動素子を遮光する金属層を示す。4は層間
絶縁層を示す。前記フォトダイオードの上には蛍光反応
槽13が配置され、これは透明容器14により構成され
ている。半導体集積回路基板(図3において符号15で
示す)は、例えば、シリコン基板7からIC(集積回
路)を製造するMOS(金属−酸化膜−半導体)プロセ
スにより作製することができるが、本発明はこれに限定
されず、フォトダイオードとトランジスタが形成可能な
基板材料ならよい。例えば、ガラス基板上に形成した多
結晶シリコン集積回路基板、アモルファスシリコン集積
回路基板、GaAs集積回路基板などでも良い。また、
透明材料による容器14は、例えば、石英、PMMA
(ポリメチルメタクリレート)、ガラス等で形成できる
が、これに限定されず、光透過率が高く、蛍光が極力少
ない材料であれば良い。
【0015】フォトダイオードを構成するp+不純物層
21は、定電圧源に接続され、ここで、励起光により光
電変換された電荷がn型不純物層8に入らないようにし
ている。光が、光吸収係数αの材質に入射すると、深さ
dでの光電変換される電荷生成率g(d)は、γ・Φ・
α・exp(−α・d)で表される。γは量子効率で、
Φは光束密度である。シリコンの光吸収係数αは、可視
光域付近では短い波長になるほど大きくなることから、
短い波長の光は、表面付近で光電変換され、吸収されや
すいことになる。また、蛍光を励起する光は、蛍光より
短い波長であるので、より表面での吸収が大きいことに
なる。このことより、励起光による電荷は、p+不純物
層21で吸収されるため、n型不純物層8に不要な励起
光による電荷が蓄積されにくくなる。
21は、定電圧源に接続され、ここで、励起光により光
電変換された電荷がn型不純物層8に入らないようにし
ている。光が、光吸収係数αの材質に入射すると、深さ
dでの光電変換される電荷生成率g(d)は、γ・Φ・
α・exp(−α・d)で表される。γは量子効率で、
Φは光束密度である。シリコンの光吸収係数αは、可視
光域付近では短い波長になるほど大きくなることから、
短い波長の光は、表面付近で光電変換され、吸収されや
すいことになる。また、蛍光を励起する光は、蛍光より
短い波長であるので、より表面での吸収が大きいことに
なる。このことより、励起光による電荷は、p+不純物
層21で吸収されるため、n型不純物層8に不要な励起
光による電荷が蓄積されにくくなる。
【0016】図2(a)において、22はフォトダイオ
ード、23はリセットトランジスタ、24は増幅トラン
ジスタ、25は負荷トランジスタを、それぞれ示す。負
荷トランジスタ25は、ソース接地している。32は増
幅トランジスタ24の電源、33はリセットトランジス
タ23のリセット電源、34はリセットトランジスタの
タイミング制御入力端子を、それぞれ示す。35は、増
幅トランジスタ24と負荷トランジスタ25で構成され
るソースホロワ回路の信号出力端子を示す。図2(b)
は、図2(a)の回路の駆動タイミングを示す。
ード、23はリセットトランジスタ、24は増幅トラン
ジスタ、25は負荷トランジスタを、それぞれ示す。負
荷トランジスタ25は、ソース接地している。32は増
幅トランジスタ24の電源、33はリセットトランジス
タ23のリセット電源、34はリセットトランジスタの
タイミング制御入力端子を、それぞれ示す。35は、増
幅トランジスタ24と負荷トランジスタ25で構成され
るソースホロワ回路の信号出力端子を示す。図2(b)
は、図2(a)の回路の駆動タイミングを示す。
【0017】この蛍光検出回路は、つぎのように作動す
る。すなわち、まず、フォトダイオード22のカソード
側をリセットトランジスタ23により、正電圧に充電す
る。その時、増幅トランジスタ24と負荷トランジスタ
25で構成されるソースホロワ回路の信号出力は、ほぼ
増幅トランジスタ24のゲート電圧と同じである。増幅
トランジスタ24のゲートは、フォトダイオード22の
カソードに接続されていることから、リセット時には、
信号出力端子35が、ほぼリセット電源33の電圧とな
る。その後、フォトダイオード22に光が入射すると、
光電変化により発生した電子が、フォトダイオード22
を形成しているn型不純物層8に蓄積され、フォトダイ
オード22のカソード側の電圧が低下する。その結果、
増幅トランジスタ24のゲート電圧が低下し、信号出力
端子35の電圧も低下する。以上の動作をタイミングチ
ャートで示すと、図2(b)になる。すなわち、リセッ
トトランジスタ23のタイミング制御入力端子34がH
I(トランジスタがオン状態)になると、信号出力端子
35がリセット電源33の電圧に充電される。その後、
リセットトランジスタ23のタイミング制御入力端子3
4がLO(トランジスタがオフ状態)になると、フォト
ダイオード22での光電変換によって、リセットトラン
ジスタ23のタイミング制御入力端子34の電圧が変化
し、信号出力端子35も同様に変化する。信号出力端子
35の電圧が光電変換させる光の強度を表す。
る。すなわち、まず、フォトダイオード22のカソード
側をリセットトランジスタ23により、正電圧に充電す
る。その時、増幅トランジスタ24と負荷トランジスタ
25で構成されるソースホロワ回路の信号出力は、ほぼ
増幅トランジスタ24のゲート電圧と同じである。増幅
トランジスタ24のゲートは、フォトダイオード22の
カソードに接続されていることから、リセット時には、
信号出力端子35が、ほぼリセット電源33の電圧とな
る。その後、フォトダイオード22に光が入射すると、
光電変化により発生した電子が、フォトダイオード22
を形成しているn型不純物層8に蓄積され、フォトダイ
オード22のカソード側の電圧が低下する。その結果、
増幅トランジスタ24のゲート電圧が低下し、信号出力
端子35の電圧も低下する。以上の動作をタイミングチ
ャートで示すと、図2(b)になる。すなわち、リセッ
トトランジスタ23のタイミング制御入力端子34がH
I(トランジスタがオン状態)になると、信号出力端子
35がリセット電源33の電圧に充電される。その後、
リセットトランジスタ23のタイミング制御入力端子3
4がLO(トランジスタがオフ状態)になると、フォト
ダイオード22での光電変換によって、リセットトラン
ジスタ23のタイミング制御入力端子34の電圧が変化
し、信号出力端子35も同様に変化する。信号出力端子
35の電圧が光電変換させる光の強度を表す。
【0018】この装置を用いた遺伝子の蛍光検出操作
は、例えば、つぎのようにして行う。まず、検出したい
遺伝子と相補的配列の一本鎖DNAを蛍光反応槽に固定
する。固定の方法は、特に制限されず、一般的な方法が
適用できる。蛍光反応槽の底面に直接DNA(オリゴヌ
クレオチド)を合成してもよいし、蛍光反応槽底面をD
NAが結合しやすい素材でコーティングし、その上にク
ローン化したDNAやPCR産物を固定してもよい。そ
して、蛍光反応槽にサンプル溶液を入れる。この場合、
ターゲットDNA自身がCy3、Cy5等で蛍光標識さ
れている場合は、サンプル溶液を入れた後、蛍光反応槽
を洗浄してもよい。また、ターゲットDNAが蛍光標識
されていなくても、サンプル溶液若しくは蛍光反応槽内
に、SYBR−Green等の蛍光インターカーレータ
を入れておけばよい。そして、図3に示すように、励起
光6を蛍光反応槽(透明容器14)の側面から入射す
る。同図において、15は半導体集積回路基板を示し、
17は蛍光反応液を示す。蛍光反応槽底面に固定された
一本鎖DNAとターゲットDNAがハイブリダイズして
2本鎖が形成されている場合、この中に入り込んだ蛍光
インターカーレータ若しくはターゲットDNAの蛍光標
識によって蛍光が放射状に発生する。SYBR−Gre
enを使用する場合は、波長473nmのSHGレーザ
を照射すればよい。発生した蛍光の一部はフォトダイオ
ードで検出され、光電交換により電気信号に変換され、
この電子信号は増幅トランジスタに入力され、その後
は、前述の動作が半導体集積回路基板で行われる。
は、例えば、つぎのようにして行う。まず、検出したい
遺伝子と相補的配列の一本鎖DNAを蛍光反応槽に固定
する。固定の方法は、特に制限されず、一般的な方法が
適用できる。蛍光反応槽の底面に直接DNA(オリゴヌ
クレオチド)を合成してもよいし、蛍光反応槽底面をD
NAが結合しやすい素材でコーティングし、その上にク
ローン化したDNAやPCR産物を固定してもよい。そ
して、蛍光反応槽にサンプル溶液を入れる。この場合、
ターゲットDNA自身がCy3、Cy5等で蛍光標識さ
れている場合は、サンプル溶液を入れた後、蛍光反応槽
を洗浄してもよい。また、ターゲットDNAが蛍光標識
されていなくても、サンプル溶液若しくは蛍光反応槽内
に、SYBR−Green等の蛍光インターカーレータ
を入れておけばよい。そして、図3に示すように、励起
光6を蛍光反応槽(透明容器14)の側面から入射す
る。同図において、15は半導体集積回路基板を示し、
17は蛍光反応液を示す。蛍光反応槽底面に固定された
一本鎖DNAとターゲットDNAがハイブリダイズして
2本鎖が形成されている場合、この中に入り込んだ蛍光
インターカーレータ若しくはターゲットDNAの蛍光標
識によって蛍光が放射状に発生する。SYBR−Gre
enを使用する場合は、波長473nmのSHGレーザ
を照射すればよい。発生した蛍光の一部はフォトダイオ
ードで検出され、光電交換により電気信号に変換され、
この電子信号は増幅トランジスタに入力され、その後
は、前述の動作が半導体集積回路基板で行われる。
【0019】この装置において、フォトダイオードを複
数設け、それに応じて一本鎖DNAも複数種類固定すれ
ば、一回の蛍光検出で、複数の検査が可能になる。
数設け、それに応じて一本鎖DNAも複数種類固定すれ
ば、一回の蛍光検出で、複数の検査が可能になる。
【0020】この例では、蛍光反応槽底面に一本鎖DN
Aを固定した例を挙げたが、この他に、抗体若しくは抗
原を固定してもよい。その場合、蛍光標識した抗原若し
くは抗体のサンプル溶液を蛍光反応槽に入れる。その
後、サンプル溶液を除去し、蛍光の励起光を照射する。
ここで、抗原抗体複合体が形成されている場合は、蛍光
が発生し、これをフォトダイオードで検出できる。ま
た、エンザイムイムノアッセイ(ELISA)を適用す
ることもできる。この場合、蛍光反応槽の底面に第1の
抗体を固定し、ここに抗原を含むサンプル溶液を供給す
る。すると、抗原抗体複合体が形成される。さらに酵素
標識された第2の抗体を供給し、サンドイッチ構造の第
1抗体−抗原−第2抗体の複合体を形成させる。ここ
に、酵素反応により蛍光物質に変化する基質を加え、酵
素反応させる。そして、励起光を照射し、生じた蛍光物
質の蛍光をフォトダイオードで検出すればよい。なお、
抗原抗体反応による蛍光検出において、フォトダイオー
ドが多数形成されている場合には、複数種類の抗体若し
くは抗原を固定化していれば、同時に複数種類の抗原若
しくは抗体を検出できる。
Aを固定した例を挙げたが、この他に、抗体若しくは抗
原を固定してもよい。その場合、蛍光標識した抗原若し
くは抗体のサンプル溶液を蛍光反応槽に入れる。その
後、サンプル溶液を除去し、蛍光の励起光を照射する。
ここで、抗原抗体複合体が形成されている場合は、蛍光
が発生し、これをフォトダイオードで検出できる。ま
た、エンザイムイムノアッセイ(ELISA)を適用す
ることもできる。この場合、蛍光反応槽の底面に第1の
抗体を固定し、ここに抗原を含むサンプル溶液を供給す
る。すると、抗原抗体複合体が形成される。さらに酵素
標識された第2の抗体を供給し、サンドイッチ構造の第
1抗体−抗原−第2抗体の複合体を形成させる。ここ
に、酵素反応により蛍光物質に変化する基質を加え、酵
素反応させる。そして、励起光を照射し、生じた蛍光物
質の蛍光をフォトダイオードで検出すればよい。なお、
抗原抗体反応による蛍光検出において、フォトダイオー
ドが多数形成されている場合には、複数種類の抗体若し
くは抗原を固定化していれば、同時に複数種類の抗原若
しくは抗体を検出できる。
【0021】さらに、この装置において、PCR法など
の遺伝子増幅法を実施してもよい。この場合、ターゲッ
トDNAを含むサンプル溶液と、前記ターゲットDNA
の両端にハイブリダイズ可能な一対のプライマー、耐熱
性DNAポリメラーゼ(TaqDNAポリメラーゼ
等)、dNTPsおよび蛍光インターカーレータ等を含
むバッファー液とを前記蛍光反応槽に入れる。そして、
ターゲットDNAの熱変性、プライマーのアニーリング
およびDNAポリメラーゼによる伸長反応の一連のステ
ップを繰り返すことにより、ターゲットDNAの増幅を
行う。得られた増幅産物に蛍光インターカーレータが結
合するから、これに励起光を照射し、生じる蛍光をフォ
トダイオードで検出すればよい。
の遺伝子増幅法を実施してもよい。この場合、ターゲッ
トDNAを含むサンプル溶液と、前記ターゲットDNA
の両端にハイブリダイズ可能な一対のプライマー、耐熱
性DNAポリメラーゼ(TaqDNAポリメラーゼ
等)、dNTPsおよび蛍光インターカーレータ等を含
むバッファー液とを前記蛍光反応槽に入れる。そして、
ターゲットDNAの熱変性、プライマーのアニーリング
およびDNAポリメラーゼによる伸長反応の一連のステ
ップを繰り返すことにより、ターゲットDNAの増幅を
行う。得られた増幅産物に蛍光インターカーレータが結
合するから、これに励起光を照射し、生じる蛍光をフォ
トダイオードで検出すればよい。
【0022】(実施形態2)図4の断面図に、励起光を
吸収若しくは反射するフィルター層を設けた蛍光検出装
置の一例を示す。同図において、図1と同一部分には同
一符号を付している。
吸収若しくは反射するフィルター層を設けた蛍光検出装
置の一例を示す。同図において、図1と同一部分には同
一符号を付している。
【0023】この装置において、フィルター層18は、
n型不純物層8と蛍光反応槽13の底部との間に設けら
れている。フィルター層18の材料としては、励起光1
6を透過させない機能があればよく、顔料膜、多層干渉
膜、染色膜、色ガラス等でもよい。例えば、励起光波長
が497nmで蛍光波長が520nmの場合、510n
m以下の光を吸収する顔料膜をフィルター層18に使用
すれば良い。この他に、例えば、多層干渉膜は、半導体
集積回路基板を作製した後、屈折率の相違した材料を多
層に積層することで形成できる。この多層膜は、例え
ば、二酸化シリコンと酸化チタン、若しくは二酸化シリ
コンと窒化シリコンをスパッタ法やCVD(化学的気相
成長)法などにより、多層に積層することで形成でき
る。この装置において、その他の構成、条件、操作等
は、前述の実施形態1と同様である。
n型不純物層8と蛍光反応槽13の底部との間に設けら
れている。フィルター層18の材料としては、励起光1
6を透過させない機能があればよく、顔料膜、多層干渉
膜、染色膜、色ガラス等でもよい。例えば、励起光波長
が497nmで蛍光波長が520nmの場合、510n
m以下の光を吸収する顔料膜をフィルター層18に使用
すれば良い。この他に、例えば、多層干渉膜は、半導体
集積回路基板を作製した後、屈折率の相違した材料を多
層に積層することで形成できる。この多層膜は、例え
ば、二酸化シリコンと酸化チタン、若しくは二酸化シリ
コンと窒化シリコンをスパッタ法やCVD(化学的気相
成長)法などにより、多層に積層することで形成でき
る。この装置において、その他の構成、条件、操作等
は、前述の実施形態1と同様である。
【0024】(実施形態3)図4の断面図に、気体層を
設けた蛍光検出装置の一例を示す。図5において図1と
同一部分には同一符号を付している。この装置では、蛍
光反応槽13の底面に石英ガラスから形成された透明層
20を配置し、この透明層20とn型不純物層8との間
に、空気からなる気体層19を設けている。屈折率は、
空気が1.0で、石英ガラスが1.5であり、透明層2
0と気体層19の界面で屈折率が低くなり、石英ガラス
層20から空気層19へ入る光は、法線方向に対して約
44度以上で全反射する。したがって、励起光16を法
線方向に対し、例えば、60度で入射すると、励起光
は、透明層20と気体層19の界面で反射されn型不純
物層8に入射せず、蛍光だけが入射する。気体層19
は、空気に限らず、屈折率の小さいものであればよく、
例えば、窒素でも、真空でもよい。また、透明層20
は、石英ガラスに限らず、蛍光が透過する透明材料で、
気体層19より高い屈折率であればよく、ポリメチルメ
タクリレート、蛍光特性のないガラスなどでもよい。こ
の装置において、その他の構成、条件、操作等は、前述
の実施形態1と同様である。
設けた蛍光検出装置の一例を示す。図5において図1と
同一部分には同一符号を付している。この装置では、蛍
光反応槽13の底面に石英ガラスから形成された透明層
20を配置し、この透明層20とn型不純物層8との間
に、空気からなる気体層19を設けている。屈折率は、
空気が1.0で、石英ガラスが1.5であり、透明層2
0と気体層19の界面で屈折率が低くなり、石英ガラス
層20から空気層19へ入る光は、法線方向に対して約
44度以上で全反射する。したがって、励起光16を法
線方向に対し、例えば、60度で入射すると、励起光
は、透明層20と気体層19の界面で反射されn型不純
物層8に入射せず、蛍光だけが入射する。気体層19
は、空気に限らず、屈折率の小さいものであればよく、
例えば、窒素でも、真空でもよい。また、透明層20
は、石英ガラスに限らず、蛍光が透過する透明材料で、
気体層19より高い屈折率であればよく、ポリメチルメ
タクリレート、蛍光特性のないガラスなどでもよい。こ
の装置において、その他の構成、条件、操作等は、前述
の実施形態1と同様である。
【0025】(実施形態4)図6の平面図および図7の
断面図に、フォトダイオードを複数設けた蛍光検出装置
の一例を示す。図7は、図6のI−I方向断面であり、
前記両図において、同一部分には同一符号を付してい
る。
断面図に、フォトダイオードを複数設けた蛍光検出装置
の一例を示す。図7は、図6のI−I方向断面であり、
前記両図において、同一部分には同一符号を付してい
る。
【0026】図6に示すように、この装置は、半導体集
積回路基板147と、蛍光反応槽を形成する透明容器1
35とを主要構成要素とする。半導体集積回路基板14
7には、二次元に配列されたフォトダイオード102、
Y転送部101、X転送部103、電荷蓄積部104、
電荷蓄積部104を入力とする増幅回路115が形成さ
れている。Y転送部101およびX転送部103は、複
数の転送電極を持つもので、いわゆる電荷結合素子(C
CD)である。増幅回路115は、増幅トランジスタ1
06、リセットトランジスタ107および負荷トランジ
スタ105を主要構成要素とする。増幅トランジスタ1
06のゲートには、電荷蓄積部104の電圧が入力され
る。リセットトランジスタ107は、電荷蓄積部104
の電荷をリセットする。負荷トランジスタ105は、増
幅トランジスタ106とソースホロワ回路を構成する。
増幅回路115は、さらに、入力となる増幅トランジス
タ106の制御ゲート118、リセット電源114、リ
セットパルス端子113(φr)、負荷抵抗の抵抗を決
める負荷トランジスタのゲート電源109、ソースホロ
ワ回路の電源112と接地電源110および信号出力端
子111を有する。
積回路基板147と、蛍光反応槽を形成する透明容器1
35とを主要構成要素とする。半導体集積回路基板14
7には、二次元に配列されたフォトダイオード102、
Y転送部101、X転送部103、電荷蓄積部104、
電荷蓄積部104を入力とする増幅回路115が形成さ
れている。Y転送部101およびX転送部103は、複
数の転送電極を持つもので、いわゆる電荷結合素子(C
CD)である。増幅回路115は、増幅トランジスタ1
06、リセットトランジスタ107および負荷トランジ
スタ105を主要構成要素とする。増幅トランジスタ1
06のゲートには、電荷蓄積部104の電圧が入力され
る。リセットトランジスタ107は、電荷蓄積部104
の電荷をリセットする。負荷トランジスタ105は、増
幅トランジスタ106とソースホロワ回路を構成する。
増幅回路115は、さらに、入力となる増幅トランジス
タ106の制御ゲート118、リセット電源114、リ
セットパルス端子113(φr)、負荷抵抗の抵抗を決
める負荷トランジスタのゲート電源109、ソースホロ
ワ回路の電源112と接地電源110および信号出力端
子111を有する。
【0027】この装置において、蛍光反応槽を形成する
透明容器135の中の蛍光反応液139に、励起光14
1を入射すると、球状に蛍光発光する。この蛍光がフォ
トダイオード102に入射して、光電変換されて電荷が
蓄積される。この光電変換されて蓄積された電荷を、読
出し動作121でY転送部101に移す。Y転送部10
1に移された電荷を、Y転送部101の複数の転送電極
にパルス電圧を印加して、転送動作122を行い、X転
送部103に移す。次に、X転送部に移された電荷は、
X転送部103の複数の転送電極にパルス電圧を印加し
て、転送動作123を行うことにより、電荷蓄積部10
4に移す。このような動作により、フォトダイオードで
光電変換された電荷を全て、いったん電荷蓄積部104
に蓄積する。一方、蛍光による電荷を電荷蓄積部104
に蓄積する前に、リセットパルス端子113からリセッ
トトランジスタ107のゲートにトランジスタがON状
態になるパルスを入力し、電荷蓄積部4をリセット電源
114に充電する。このリセット動作で電荷蓄積部10
4がリセット電源114の電圧になり、その後に蛍光の
電荷が電荷蓄積部104に蓄積されて、電荷蓄積部10
4の電圧が変調される。電荷蓄積部104は、増幅トラ
ンジスタ106の制御ゲート118に接続されていて、
制御ゲート118の電圧は、電荷蓄積部の電圧と同じに
なる。増幅トランジスタ106と負荷トランジスタ10
5でソースホロワ回路を構成するので、信号出力端子1
11(Vo)の電圧は、制御ゲート118の電圧とほぼ
同じ電圧にある。この信号出力端子111(Vo)の電
圧により、蛍光の発光強度を検出する。蛍光が強い場合
には、光電変換した電荷が多くなり、電荷蓄積部104
の電圧は低くなり、信号出力端子111(Vo)の電圧
は低くなる。蛍光が弱い場合には、逆に光電変換される
電荷が少なく、信号出力端子111(Vo)の電圧は、
リセット電源114の電圧に近く、高い電圧になる。
透明容器135の中の蛍光反応液139に、励起光14
1を入射すると、球状に蛍光発光する。この蛍光がフォ
トダイオード102に入射して、光電変換されて電荷が
蓄積される。この光電変換されて蓄積された電荷を、読
出し動作121でY転送部101に移す。Y転送部10
1に移された電荷を、Y転送部101の複数の転送電極
にパルス電圧を印加して、転送動作122を行い、X転
送部103に移す。次に、X転送部に移された電荷は、
X転送部103の複数の転送電極にパルス電圧を印加し
て、転送動作123を行うことにより、電荷蓄積部10
4に移す。このような動作により、フォトダイオードで
光電変換された電荷を全て、いったん電荷蓄積部104
に蓄積する。一方、蛍光による電荷を電荷蓄積部104
に蓄積する前に、リセットパルス端子113からリセッ
トトランジスタ107のゲートにトランジスタがON状
態になるパルスを入力し、電荷蓄積部4をリセット電源
114に充電する。このリセット動作で電荷蓄積部10
4がリセット電源114の電圧になり、その後に蛍光の
電荷が電荷蓄積部104に蓄積されて、電荷蓄積部10
4の電圧が変調される。電荷蓄積部104は、増幅トラ
ンジスタ106の制御ゲート118に接続されていて、
制御ゲート118の電圧は、電荷蓄積部の電圧と同じに
なる。増幅トランジスタ106と負荷トランジスタ10
5でソースホロワ回路を構成するので、信号出力端子1
11(Vo)の電圧は、制御ゲート118の電圧とほぼ
同じ電圧にある。この信号出力端子111(Vo)の電
圧により、蛍光の発光強度を検出する。蛍光が強い場合
には、光電変換した電荷が多くなり、電荷蓄積部104
の電圧は低くなり、信号出力端子111(Vo)の電圧
は低くなる。蛍光が弱い場合には、逆に光電変換される
電荷が少なく、信号出力端子111(Vo)の電圧は、
リセット電源114の電圧に近く、高い電圧になる。
【0028】図7に示すように、この装置では、p型半
導体基板131(低濃度第1導電型半導体層)、n型不
純物層132(第2導電型半導体層)およびp+不純物
層133(高濃度第1導電型半導体層)とによりフォト
ダイオードが構成されており、前記実施形態1と同様の
メカニズムにより励起光による影響を排除している。ま
た、この装置は、さらに、光電変換された電荷を読み出
す読出しトランジスタ116、Y転送部101を構成す
るn型不純物層134、ポリシリコン層137、層間絶
縁膜138、蛍光反応槽140を形成する透明容器13
5を有する。139は蛍光反応液を示す。ポリシリコン
層137は、複数の転送電極を持つY転送部101の転
送ゲートで、読出しトランジスタ116のゲートも兼ね
ている。蛍光反応溶液139からの蛍光は、光電変換さ
れ、信号電荷としてn型不純物層132に蓄積される。
p+不純物層133は、定電圧源に接続され、信号電荷
を蓄積する前は、n型不純物層132を、空乏化させて
おく。n型不純物層132に蓄積された電荷は、ポリシ
リコン層137を高電圧にして、Y転送部101を構成
するn型不純物層34に移す。この動作は、図6におけ
る読出し動作121に該当する。
導体基板131(低濃度第1導電型半導体層)、n型不
純物層132(第2導電型半導体層)およびp+不純物
層133(高濃度第1導電型半導体層)とによりフォト
ダイオードが構成されており、前記実施形態1と同様の
メカニズムにより励起光による影響を排除している。ま
た、この装置は、さらに、光電変換された電荷を読み出
す読出しトランジスタ116、Y転送部101を構成す
るn型不純物層134、ポリシリコン層137、層間絶
縁膜138、蛍光反応槽140を形成する透明容器13
5を有する。139は蛍光反応液を示す。ポリシリコン
層137は、複数の転送電極を持つY転送部101の転
送ゲートで、読出しトランジスタ116のゲートも兼ね
ている。蛍光反応溶液139からの蛍光は、光電変換さ
れ、信号電荷としてn型不純物層132に蓄積される。
p+不純物層133は、定電圧源に接続され、信号電荷
を蓄積する前は、n型不純物層132を、空乏化させて
おく。n型不純物層132に蓄積された電荷は、ポリシ
リコン層137を高電圧にして、Y転送部101を構成
するn型不純物層34に移す。この動作は、図6におけ
る読出し動作121に該当する。
【0029】このように、フォトダイオードからの信号
電荷をCCD(電荷結合素子)を用いて、一旦、蓄積容
量に転送し、その後増幅回路に入力することによって
も、励起光による電荷の影響を抑制する効果がある。
電荷をCCD(電荷結合素子)を用いて、一旦、蓄積容
量に転送し、その後増幅回路に入力することによって
も、励起光による電荷の影響を抑制する効果がある。
【0030】このようなCCDを用いた装置において、
励起光による電荷の影響を抑制する方法として、p+不
純物層133を設ける方法の他に、前述のように、光干
渉膜、光吸収膜または気体層を設ける方法を採用しても
よい。
励起光による電荷の影響を抑制する方法として、p+不
純物層133を設ける方法の他に、前述のように、光干
渉膜、光吸収膜または気体層を設ける方法を採用しても
よい。
【0031】
【発明の効果】以上のように、本発明の蛍光検出装置
は、小型化が可能であり、また光路を短くすることで
き、しかも励起光の影響も防止できるため、検出感度が
高い。したがって、本発明の蛍光検出装置により、例え
ば、蛍光による遺伝子検出等を高精度で行うことが可能
である。
は、小型化が可能であり、また光路を短くすることで
き、しかも励起光の影響も防止できるため、検出感度が
高い。したがって、本発明の蛍光検出装置により、例え
ば、蛍光による遺伝子検出等を高精度で行うことが可能
である。
【図1】本発明の蛍光検出装置の一例を示す断面図であ
る。
る。
【図2】(a)は、前記装置の蛍光検出回路の構成図で
あり、(b)は前記装置の駆動タイミングチャートであ
る。
あり、(b)は前記装置の駆動タイミングチャートであ
る。
【図3】前記装置の斜視図である。
【図4】本発明の蛍光検出装置のその他の例を示す断面
図である。
図である。
【図5】本発明の蛍光検出装置のさらにその他の例を示
す断面図である。
す断面図である。
【図6】本発明の蛍光検出装置のさらにその他の例を示
す平面図である。
す平面図である。
【図7】前記装置の部分断面図である。
【図8】従来の蛍光検出装置の構造図である。
1 金属配線 2 ソース金属線 3 制御ゲート 4 層間絶縁膜 5 ドレイン金属配線 6 増幅トランジスタ 7 P型シリコン基板 8 n型不純物層 9 リセットトランジスタ 10 リセット電源線 11 制御ゲート 12 遮光金属層 13 蛍光反応槽 14 透明容器 15 半導体集積回路基板 16 励起光 17 蛍光反応溶液 18 フィルター層 19 気体層 20 透明層 21 p+不純物層 22 フォトダイオード 23 リセットトランジスタ 24 増幅トランジスタ 25 負荷トランジスタ 32 電源線 33 リセット電源 34 タイミング制御入力端子 35 信号出力端子 101 Y転送部 102 フォトダイオード 103 X転送部 104 電荷蓄積部 105 負荷トランジスタ 106 増幅トランジスタ 107 リセットトランジスタ 109 負荷トランジスタのゲート電源 110 接地電源 111 信号出力端子 112 ソースホロワ回路の電源 113 リセットパルス端子 114 リセット電源 115 増幅回路 116 読出しトランジスタ 118 制御ゲート 121 読出し動作 122 転送動作 123 転送動作 131 p型半導体基板 132 n型不純物層 133 p+不純物層 134 n型不純物層 135 透明材料による容器 137 ポリシリコン層 138 層間絶縁膜 139 蛍光反応溶液 140 蛍光反応槽 141 励起光 201 受光器 202 受光器レンズ 203 波長を限定するフィルター 204 ビームスプリッター 205 光源 206 対物レンズ 207 核酸プローブの固定部 208 DNAチップ 209 励起光 210 蛍光 211 ビームスプリッターを透過した蛍光の一部
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 FI テーマコート゛(参考) G01N 37/00 102 G01N 37/00 102 H01L 27/14 H01L 27/14 Z 27/148 B Fターム(参考) 2G043 AA03 BA16 CA03 DA02 DA06 EA01 GA08 GB01 HA08 JA02 KA02 KA05 KA09 LA03 2G057 AA04 AB04 AC01 BA01 BB04 BB06 4M118 AA01 AB01 BA02 BA13 CA03 CB11 FA06 FC06 FC17 FC18 FC20 GC20
Claims (7)
- 【請求項1】 半導体集積回路基板および蛍光反応の場
となる蛍光反応槽を備え、前記半導体集積回路基板は、
フォトダイオードと、前記フォトダイオードで光電変換
された電荷が入力される信号検出トランジスタ回路と、
前記信号検出トランジスタ回路駆動信号の入出力端子と
を有し、前記フォトダイオード上に前記蛍光反応槽が形
成され、前記フォトダイオード表層部および前記フォト
ダイオードと前記蛍光反応槽との間の少なくとも一方に
励起光侵入防止層が形成されている蛍光検出装置。 - 【請求項2】 前記フォトダイオードは、その表面側か
ら、高濃度第1導電型半導体層、第2導電型半導体層お
よび低濃度第1導電型半導体層が、この順序で積層され
て構成され、前記高濃度第1導電型半導体層が前記励起
光侵入防止層であり、逆バイアス印加時に前記高濃度第
1導電型半導体層の一部が空乏化せず、前記第2導電型
半導体層が空乏化する請求項1記載の装置。 - 【請求項3】 前記励起光侵入防止層が励起光吸収層で
あり、これが前記フォトダイオードと前記蛍光反応層と
の間に配置されている請求項1記載の装置。 - 【請求項4】 前記励起光侵入防止層が励起光を反射す
る光干渉層であり、これが前記フォトダイオードと前記
蛍光反応層との間に配置されている請求項1記載の装
置。 - 【請求項5】 前記励起光侵入防止層が気体層であり、
これが前記フォトダイオードと前記蛍光反応層との間に
配置されており、励起光が前記気体層と前記蛍光反応槽
底面との界面で全反射する方向から照射されるように設
定されている請求項1記載の装置。 - 【請求項6】 前記蛍光反応槽の内部底面に、一本鎖D
NAが固定されている請求項1から5のいずれかに記載
の装置。 - 【請求項7】 前記蛍光反応槽の内部底面に、抗体又は
抗原が固定されている請求項1から5のいずれかに記載
の装置。
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