JP2002262876A - 高感度な核酸のハイブリダイゼーション方法、及びその方法を用いた遺伝子解析方法 - Google Patents

高感度な核酸のハイブリダイゼーション方法、及びその方法を用いた遺伝子解析方法

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JP2002262876A
JP2002262876A JP2001064050A JP2001064050A JP2002262876A JP 2002262876 A JP2002262876 A JP 2002262876A JP 2001064050 A JP2001064050 A JP 2001064050A JP 2001064050 A JP2001064050 A JP 2001064050A JP 2002262876 A JP2002262876 A JP 2002262876A
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nucleic acid
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annealing
stranded nucleic
temperature
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JP2001064050A
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English (en)
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Kazunari Yamada
和成 山田
Mitsuo Kawase
三雄 川瀬
Isao Miyazaki
功 宮崎
Chiho Matsuda
千穂 松田
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NGK Insulators Ltd
Original Assignee
NGK Insulators Ltd
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Publication date
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    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813Hybridisation assays
    • C12Q1/6827Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism

Abstract

(57)【要約】 【課題】 高い測定感度を有するとともに操作が簡便で
ある核酸のハイブリダイゼーション方法、及び当該核酸
のハイブリダイゼーション方法を利用した遺伝子解析方
法を提供する。 【解決手段】 被固定材料の表面上に固定化された第一
の単鎖核酸断片と、蛍光又はラジオアイソトープ標識を
施した第二の単鎖核酸断片を用意し、第一の単鎖核酸断
片と第二の単鎖核酸断片の相補的二本鎖を形成させるア
ニーリング工程と、酵素処理工程とを含む核酸のハイブ
リダイゼーション方法であって、アニーリング工程にお
いては高温域から低温域への温度勾配処理を実施して相
補的二本鎖を形成させるとともに、酵素処理工程におい
てはエンドヌクレアーゼを添加して、相補的二本鎖に含
まれる非相補的核酸部分を認識して切除する。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【発明の属する技術分野】 本発明は、高感度な核酸の
ハイブリダイゼーション方法、及びその方法を用いた遺
伝子解析方法に関する。
【0002】
【従来の技術】 遺伝子の先天的異常に起因する遺伝病
やDNAの突然変異等に起因する疾患、例えば、各種の
ガンの診断等にDNAシーケンサー等を利用した検査方
法が実際に使用されている。一方、各種生物のゲノム塩
基配列の解読が進み、その知見に基づき遺伝子の機能解
析を目的とする研究開発が一段と活発化してきている。
【0003】 ところで、遺伝子の機能解析には、遺伝
子配列の個体差や変異、細胞内での遺伝子発現の頻度な
どを、効率よく測定・検査する技術の開発が求められて
いる。そのような技術に、癌などの検査方法の1つとし
て、特定遺伝子の発現を検査するために、所定の検査対
象であるDNA断片が予め登載されたDNAマイクロア
レイ上に、検査対象者から抽出し、蛍光又はラジオアイ
ソトープ標識したDNA断片の被検試料を添加し、ハイ
ブリダイゼーションを行った後、特異的スポット上の蛍
光又はラジオアイソトープ標識を同定、認識することに
より、被検試料中に特定遺伝子が発現しているか否かを
検査する方法が知られている。
【0004】 マイクロアレイ上に固定化されたDNA
断片と蛍光又はラジオアイソトープ標識したDNAプロ
ーブで相補的二本鎖を形成する工程(以下、「アニーリ
ング工程」という)では、使用するDNAの塩基組成に
よって温度・pH・塩濃度等の諸条件を適宜設定して実
施する。例えば、温度条件に関しては、DNAの融解温
度(以下、「Tm」という)を指標として設定される。
【0005】 一般的には、DNAの長さが一定の場
合、DNAを構成する塩基の種類であるグアニン及びシ
トシンの含有率の合計で示されるGC含量が高いほど、
Tmは高い数値を示すことになる。また、DNAの繰り
返し配列の配列長、繰り返し数の構造的複雑度によって
アニーリングの温度は異なってくる。従って、至適なア
ニーリング温度はDNA断片固有であり、使用するDN
Aプローブに依って至適アニーリング温度は異にしてい
る。
【0006】 また、アニーリングの条件を決定する要
因としては、上述した温度の他にpH、塩濃度等を挙げ
ることができるが、いずれの場合においても、使用する
DNA断片の種類によって至適条件が異なる。すなわ
ち、複数種類のDNAプローブを使用する際には、その
アニーリングの条件を画一的に決定することが困難であ
る。従って多くの場合、比較的アニーリングを生起し易
い低温度・中性pH・高塩濃度条件下においてハイブリ
ダイゼーションを実施し、次いで遺伝子発現を解析する
ことが一般的である。
【0007】 しかしながら、上述したアニーリングの
条件下においては相補性の低いDNA同士であってもア
ニーリングしてしまうために、アニーリング後の洗浄操
作で相補性の低いDNA二本鎖を除去する必要性があ
る。したがって、厳格な条件下で洗浄を行うと検出感度
が良好ではなくなる等の不具合を生ずる場合もあった。
【0008】 これに対して、検出感度を増加させるた
めに洗浄操作を穏やかに行うと、バックグラウンドのノ
イズシグナルが増加し、擬陽性数が増加して、正確な検
査、解析が行われ難くなってくる。このため、使用する
DNAプローブ及び被検試料によっては検出感度が低く
なる場合もあり、高感度な遺伝子発現解析のためには、
更なる高検出感度を有するハイブリダイゼーション方法
の創出が望まれていた。
【0009】
【発明が解決しようとする課題】 本発明は、このよう
な従来技術の有する問題点に鑑みてなされたものであ
り、その目的とするところは、高い測定感度を有すると
ともに操作が簡便である核酸のハイブリダイゼーション
方法、及び当該核酸のハイブリダイゼーション方法を利
用した遺伝子解析方法を提供することにある。
【0010】
【課題を解決するための手段】 即ち、本発明によれ
ば、被固定材料の表面上に固定化された第一の単鎖核酸
断片と、蛍光又はラジオアイソトープ標識を施した第二
の単鎖核酸断片を用意し、第一の単鎖核酸断片と第二の
単鎖核酸断片の相補的二本鎖を形成させるアニーリング
工程と、酵素処理工程とを含む核酸のハイブリダイゼー
ション方法であって、該アニーリング工程においては高
温域から低温域への温度勾配処理を実施して該相補的二
本鎖を形成させるとともに、該酵素処理工程においては
エンドヌクレアーゼを添加して、該相補的二本鎖に含ま
れる非相補的核酸部分を認識して切除することを特徴と
する核酸のハイブリダイゼーション方法が提供される。
【0011】 また、本発明においては、アニーリング
工程において、高温域から低温域への温度勾配処理に代
えて、高pH域から低pH域へのpH勾配処理を実施す
ることが好ましい。
【0012】 さらに、本発明においては、アニーリン
グ工程において、高温域から低温域への温度勾配処理に
代えて、低塩濃度域から高塩濃度域への塩濃度勾配処理
を実施することが好ましい。
【0013】 一方、本発明によれば、上述したいずれ
かの核酸のハイブリダイゼーション方法を用いることを
特徴とする遺伝子解析方法が提供される。
【0014】
【発明の実施の形態】 以下、本発明の実施の形態につ
いて説明するが、本発明は以下の実施の形態に限定され
るものではなく、本発明の趣旨を逸脱しない範囲で、当
業者の通常の知識に基づいて、適宜、設計の変更、改良
等が加えられることが理解されるべきである。
【0015】 本発明の核酸のハイブリダイゼーション
方法は、まず、予め被固定材料の表面上に固定化された
第一の単鎖核酸断片と、蛍光、又はラジオアイソトープ
標識が施された第二の単鎖核酸断片を用意する。次に、
高温域から低温域への温度勾配処理を実施しながら第一
の単鎖核酸断片と第二の単鎖核酸断片をアニーリングし
(アニーリング工程)、相補的二本鎖を形成させる。そ
の後、エンドヌクレアーゼを添加して、前記アニーリン
グ工程において形成された相補的二本鎖に含まれる非相
補的核酸部分を認識して切断し、除去する(酵素処理工
程)。
【0016】 ここで、前記アニーリング工程において
は、高温域から低温域への温度勾配処理を実施すること
によって、アニーリングを生起し難い高温条件からアニ
ーリングを開始し、順次処理温度を下げていく。したが
って、特定の温度でのみアニーリングを実施していた従
来の方法に比して、非特異的なアニーリングを排除する
ことが可能である。
【0017】 上述の工程においては、非特異的なアニ
ーリングが生起されてしまう場合もある。そこで、その
後の酵素処理工程において、反応系中にエンドヌクレア
ーゼを添加することによって、相補的二本鎖に含まれる
非相補的部分である、非対合塩基対部分を認識して切断
し、除去する。このことにより、完全な相補的二本鎖を
形成した部分のみを測定・検出することが可能である。
さらには、当該酵素処理工程と、前述した温度勾配処理
を実施するアニーリング工程とを組み合わせることによ
って、その後の解析において高検出感度を実現すること
ができる。
【0018】 なお、ここで使用する被固定材料として
は、例えばポリスチレン製基材や、核酸との親和性付与
のために表面処理のなされたガラス基材等をはじめとし
て、マイクロタイタープレート等の適当なウェルを有す
る反応容器、あるいはニトロセルロース、ナイロン等の
メンブレンを好適に採用することができる。
【0019】 また、第一、及び第二の単鎖核酸断片と
しては、通常はクローン化したDNA断片、PCR法に
より増幅した増幅DNA断片、あるいはRNA断片やc
DNA、オリゴヌクレオチド等が好適に使用される。P
CR増幅方法については、当業者なら周知のことである
のでこれ以上詳述はしない。なお、PCR増幅方法につ
いては、例えば、Innis M., D. H. Gelfand, J. J. Sni
nsky and T. White, PCR Protocols: A Guide to Metho
ds and Applications, Academic Press N.Y., N.Y., 19
90に記載されているので必要に応じて参照されたい。
【0020】 さらに、酵素処理工程において用いるエ
ンドヌクレアーゼとしては、相補的二本鎖に含まれる非
相補的核酸部分を認識、切除するエンドヌクレアーゼで
あればよく、このようなエンドヌクレアーゼを添加する
ことによって上述した高検出感度を達成することができ
る。例を挙げると、uvrABCエクシヌクレアーゼ等
のDNA修復酵素を好適に採用することができる。
【0021】 また、本発明に係る核酸のハイブリダイ
ゼーション方法においては、上述してきたアニーリング
工程における高温域から低温域への温度勾配処理に代え
て、高pH域から低pH域へのpH勾配処理を実施する
ことも、同様に好ましい。アニーリング工程における条
件の一つであるpHも、アニーリングし易さを決定する
ための一要因である。すなわち、アニーリングを生起し
難い高pH条件からアニーリングを開始し、順次処理p
Hを下げていく。従って、特定のpH値でのみアニーリ
ングを実施していた従来の方法に比して、非特異的なア
ニーリングを排除することが可能である。
【0022】 このときpHを下げていくためには、一
般的に使用され得る酸水溶液であればその種類を問わず
使用可能であるが、塩酸、燐酸、燐酸水素ナトリウムな
どが好適に使用される。中でも、塩酸が好適に使用する
ことができ、また、pH12〜7に調整しうる濃度範囲
内で適宜使用し、順次pHを下げていけばよい。
【0023】 さらに、本発明に係る核酸のハイブリダ
イゼーション方法においては、アニーリング工程におけ
る高温域から低温域への温度勾配処理に代えて、低塩濃
度域から高塩濃度域への塩濃度勾配処理を実施すること
も、同様に好ましい。アニーリング工程における条件の
一つである塩濃度も、アニーリングし易さを決定するた
めの一要因であり、アニーリングを生起し難い低塩濃度
条件からアニーリングを開始し、順次処理塩濃度を上げ
ていく。従って、特定の塩濃度域でのみアニーリングを
実施していた従来の方法に比して、非特異的なアニーリ
ングを排除することが可能である。
【0024】 このとき塩濃度を決定するために使用す
る塩としては、例えば塩化ナトリウム、塩化カリウム、
硫酸ナトリウム等の無機塩を好適に使用することができ
るが、中でも、塩化ナトリウムが好適に使用される。こ
れらの塩を使用し、例えば15mM〜3Mの濃度範囲内
で順次塩濃度を上げていけばよい。
【0025】 なお、上述してきた温度勾配、pH勾
配、塩濃度勾配の各パラメーターは段階的に変化させる
(ステップワイズ)他、グラジェント的に変化させても
よい。また、各パラメーターを個別に変化させる他、こ
れらの2種以上を組み合わせて変化させてもよい。
【0026】 上述の核酸のハイブリダイゼーション方
法を遺伝子解析方法に使用するには、FAM、Rhod
amine、Cy3、Cy5等の蛍光、又はラジオアイ
ソトープで5’−末端が標識されたオリゴヌクレオチ
ド、或いはニックトランスレーションで蛍光又はラジオ
アイソトープ標識されたDNA等を使用すればよい。解
析は、定法に従って行えばよく、例えば、蛍光標識され
たDNA等については蛍光マイクロアレイスキャナー等
を使用して行う。具体的には、上述した田代康介ら、細
胞工学、Vol.18、No.7(1999):105
0−1056等に記載の方法に従えばよい。
【0027】
【実施例】 以下、実施例及び比較例によって本発明を
さらに詳しく説明するが、本発明は以下の実施例などに
より制限的に解釈されるものではないことはいうまでも
ない。
【0028】(実施例) 1.ブロッティング 配列番号1に示す2961bpのpBluescrip
t II KS(この配列は、全ヌクレオチドの配列を示
す。)200ngを用いて、常法に従って、Hybon
d N+(アマシャム・ファルマシア社製)メンブレンに
対してブロッティングを行った。
【0029】2.プローブの準備 配列番号2に示す20bpのpBK2−15−FAM
(FAMで蛍光標識したオリゴヌクレオチド、ライフテ
ック社製)、及び、配列番号3に示す20bpのpBK
2−306−Rho(Rhodamineで蛍光標識し
たオリゴヌクレオチド、ライフテック社製)を準備し、
使用した。なお、pBK2−15−FAM、pBK2−
306−RhoのGC含量は、各々10%、50%であ
る。
【0030】3.温度勾配条件(実施例1〜3) ブロッティング後のメンブレンをハイブリバッグに入
れ、プレハイブリダイゼーションカクテル(5xSSP
E、5xDenhart’s溶液、0.5% SDS、
100μg Salmon sperm DNA)中、
42℃、2時間プレハイブリダイゼーションを行った。
次いで、pBK2−15−FAMのみ、pBK2−30
6−Rhoのみ、pBK2−15−FAMとpBK2−
306−Rhoの両方を、各100ngずつ添加し(実
施例1〜3)、pH7.4、750mM NaClの条
件下、55℃で2時間、40℃で2時間振盪した。
【0031】4.pH勾配条件(実施例4〜6) ブロッティング後のメンブレンをハイブリバッグに入
れ、プレハイブリダイゼーションカクテル(5xSSP
E、5xDenhart’s溶液、0.5% SDS、
100μg Salmon sperm DNA、pH
11)中、42℃、2時間プレハイブリダイゼーション
を行った。次いで、pBK2−15−FAMのみ、pB
K2−306−Rhoのみ、pBK2−15−FAMと
pBK2−306−Rhoの両方を、各100ngずつ
添加し(実施例4〜6)、42℃、750mM NaC
lの条件下で2時間、その後1N HClを添加してp
H10で2時間、pH9で2時間、pH8で2時間振盪
した。
【0032】5.塩濃度勾配条件(実施例7〜9) ブロッティング後のメンブレンをハイブリバッグに入
れ、プレハイブリダイゼーションカクテル(0.1xS
SPE、5xDenhart’s溶液、0.5%SD
S、100μg Salmon sperm DNA)
中、42℃、2時間プレハイブリダイゼーションを行っ
た。次いで、pBK2−15−FAMのみ、pBK2−
306−Rhoのみ、pBK2−15−FAMとpBK
2−306−Rhoの両方を、各100ngずつ添加し
(実施例7〜9)、42℃、pH7.4の条件下、Na
Clを添加して最終塩濃度20mMで2時間、200m
Mで2時間振盪した。
【0033】6.メンブレンの洗浄及びヌクレアーゼ処
理 メンブレンを2xSSPEで軽くリンスし、1mlの緩
衝液(50mM KAc、20mM Tris−AcO
H、10mM MgAc2、1mM DTT)中に移し
た。次に、50unitsのT7 Endonucle
ase I(New England Biolabs
社製)を添加して、37℃で15分間反応させた後、洗
浄液(2xSSPE)でリンスした。
【0034】7.測定 モレキュラーイメジャーFX(Bio−Rad社製)を
使用して、FAM及び/又はRhodamineの蛍光
量を計測した。結果を表1に示す。
【0035】(比較例)アニーリングの際に、温度・p
H・塩濃度の各勾配条件の実施をしない以外は上記実施
例と同様にしてアニーリングを行った(比較例1〜
3)。その後、メンブレンを洗浄液1(2xSSPE、
0.1% SDS)を用いて、42℃で15分間の洗浄
2回、次に洗浄液2(1xSSPE、0.1% SD
S)にて42℃で15分間の洗浄1回を行い、FAM及
び/又はRhodamineの蛍光量を計測した。同じ
く結果を表1に示す。
【0036】
【表1】
【0037】(考察)本発明に係る方法は、上記の結果
から明らかなとおり、比較例に比して大幅に測定感度が
高くなることが判る。また、洗浄操作も簡単であり、本
発明の優位性を確認することができた。
【0038】
【発明の効果】 以上説明したように、本発明の核酸の
ハイブリダイゼーション方法によれば、アニーリング工
程において、温度・pH・塩濃度の各勾配処理を実施し
ているために、非特異的なアニーリングが起こり難い。
また、その後の酵素処理工程においてエンドヌクレアー
ゼ処理を実施しているために、完全な相補的二本鎖のみ
得られるので、信頼性の高いデータ収集と高い測定感度
の実現が可能である。さらに、このハイブリダイゼーシ
ョン方法を用いることにより、より高い感度で測定可能
な遺伝子解析方法が提供されることとなる。
【0039】
【配列表】 SEQUENCE LISTING <110> NGK Insulators, LTD. <120> A method for high performance hybridization of nucleic acids, and a method for genome analysis using the same <130> WP03480 <140> <141> <160> 3 <170> PatentIn Ver. 2.0 <210> 1 <211> 2961 <212> DNA <213> Artificial Sequence <223> Sequence of pBluescript II KS <400> 1 ctaaattgta agcgttaata ttttgttaaa attcgcgtta aatttttgtt aaatcagctc 60 attttttaac caataggccg aaatcggcaa aatcccttat aaatcaaaag aatagaccga 120 gatagggttg agtgttgttc cagtttggaa caagagtcca ctattaaaga acgtggactc 180 caacgtcaaa gggcgaaaaa ccgtctatca gggcgatggc ccactacgtg aaccatcacc 240 ctaatcaagt tttttggggt cgaggtgccg taaagcacta aatcggaacc ctaaagggag 300 cccccgattt agagcttgac ggggaaagcc ggcgaacgtg gcgagaaagg aagggaagaa 360 agcgaaagga gcgggcgcta gggcgctggc aagtgtagcg gtcacgctgc gcgtaaccac 420 cacacccgcc gcgcttaatg cgccgctaca gggcgcgtcc cattcgccat tcaggctgcg 480 caactgttgg gaagggcgat cggtgcgggc ctcttcgcta ttacgccagc tggcgaaagg 540 gggatgtgct gcaaggcgat taagttgggt aacgccaggg ttttcccagt cacgacgttg 600 taaaacgacg gccagtgagc gcgcgtaata cgactcacta tagggcgaat tggagctcca 660 ccgcggtggc ggccgctcta gaactagtgg atcccccggg ctgcaggaat tcgatatcaa 720 gcttatcgat accgtcgacc tcgagggggg gcccggtacc cagcttttgt tccctttagt 780 gagggttaat tgcgcgcttg gcgtaatcat ggtcatagct gtttcctgtg tgaaattgtt 840 atccgctcac aattccacac aacatacgag ccggaagcat aaagtgtaaa gcctggggtg 900 cctaatgagt gagctaactc acattaattg cgttgcgctc actgcccgct ttccagtcgg 960 gaaacctgtc gtgccagctg cattaatgaa tcggccaacg cgcggggaga ggcggtttgc 1020 gtattgggcg ctcttccgct tcctcgctca ctgactcgct gcgctcggtc gttcggctgc 1080 ggcgagcggt atcagctcac tcaaaggcgg taatacggtt atccacagaa tcaggggata 1140 acgcaggaaa gaacatgtga gcaaaaggcc agcaaaaggc caggaaccgt aaaaaggccg 1200 cgttgctggc gtttttccat aggctccgcc cccctgacga gcatcacaaa aatcgacgct 1260 caagtcagag gtggcgaaac ccgacaggac tataaagata ccaggcgttt ccccctggaa 1320 gctccctcgt gcgctctcct gttccgaccc tgccgcttac cggatacctg tccgcctttc 1380 tcccttcggg aagcgtggcg ctttctcata gctcacgctg taggtatctc agttcggtgt 1440 aggtcgttcg ctccaagctg ggctgtgtgc acgaaccccc cgttcagccc gaccgctgcg 1500 ccttatccgg taactatcgt cttgagtcca acccggtaag acacgactta tcgccactgg 1560 cagcagccac tggtaacagg attagcagag cgaggtatgt aggcggtgct acagagttct 1620 tgaagtggtg gcctaactac ggctacacta gaaggacagt atttggtatc tgcgctctgc 1680 tgaagccagt taccttcgga aaaagagttg gtagctcttg atccggcaaa caaaccaccg 1740 ctggtagcgg tggttttttt gtttgcaagc agcagattac gcgcagaaaa aaaggatctc 1800 aagaagatcc tttgatcttt tctacggggt ctgacgctca gtggaacgaa aactcacgtt 1860 aagggatttt ggtcatgaga ttatcaaaaa ggatcttcac ctagatcctt ttaaattaaa 1920 aatgaagttt taaatcaatc taaagtatat atgagtaaac ttggtctgac agttaccaat 1980 gcttaatcag tgaggcacct atctcagcga tctgtctatt tcgttcatcc atagttgcct 2040 gactccccgt cgtgtagata actacgatac gggagggctt accatctggc cccagtgctg 2100 caatgatacc gcgagaccca cgctcaccgg ctccagattt atcagcaata aaccagccag 2160 ccggaagggc cgagcgcaga agtggtcctg caactttatc cgcctccatc cagtctatta 2220 attgttgccg ggaagctaga gtaagtagtt cgccagttaa tagtttgcgc aacgttgttg 2280 ccattgctac aggcatcgtg gtgtcacgct cgtcgtttgg tatggcttca ttcagctccg 2340 gttcccaacg atcaaggcga gttacatgat cccccatgtt gtgcaaaaaa gcggttagct 2400 ccttcggtcc tccgatcgtt gtcagaagta agttggccgc agtgttatca ctcatggtta 2460 tggcagcact gcataattct cttactgtca tgccatccgt aagatgcttt tctgtgactg 2520 gtgagtactc aaccaagtca ttctgagaat agtgtatgcg gcgaccgagt tgctcttgcc 2580 cggcgtcaat acgggataat accgcgccac atagcagaac tttaaaagtg ctcatcattg 2640 gaaaacgttc ttcggggcga aaactctcaa ggatcttacc gctgttgaga tccagttcga 2700 tgtaacccac tcgtgcaccc aactgatctt cagcatcttt tactttcacc agcgtttctg 2760 ggtgagcaaa aacaggaagg caaaatgccg caaaaaaggg aataagggcg acacggaaat 2820 gttgaatact catactcttc ctttttcaat attattgaag catttatcag ggttattgtc 2880 tcatgagcgg atacatattt gaatgtattt agaaaaataa acaaataggg gttccgcgca 2940 catttccccg aaaagtgcca c 2961 <210> 2 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 2 ttaatatttt gttaaaattc 20 <210> 3 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <400> 3 gatttagagc ttgacgggga 20
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (72)発明者 松田 千穂 神奈川県川崎市幸区北加瀬3−2−28− 205 Fターム(参考) 4B024 AA11 AA20 BA80 CA04 CA09 HA14 4B063 QA01 QA17 QA18 QA19 QQ01 QQ42 QQ52 QR08 QR32 QR42 QR56 QR62 QS25 QS34 QS36 QX02 QX07

Claims (4)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 被固定材料の表面上に固定化された第一
    の単鎖核酸断片と、蛍光又はラジオアイソトープ標識を
    施した第二の単鎖核酸断片を用意し、第一の単鎖核酸断
    片と第二の単鎖核酸断片の相補的二本鎖を形成させるア
    ニーリング工程と、酵素処理工程とを含む核酸のハイブ
    リダイゼーション方法であって、 該アニーリング工程においては高温域から低温域への温
    度勾配処理を実施して該相補的二本鎖を形成させるとと
    もに、 該酵素処理工程においてはエンドヌクレアーゼを添加し
    て、該相補的二本鎖に含まれる非相補的核酸部分を認識
    して切除することを特徴とする核酸のハイブリダイゼー
    ション方法。
  2. 【請求項2】 該アニーリング工程において、 高温域から低温域への温度勾配処理に代えて、 高pH域から低pH域へのpH勾配処理を実施する請求
    項1に記載の核酸のハイブリダイゼーション方法。
  3. 【請求項3】 該アニーリング工程において、 高温域から低温域への温度勾配処理に代えて、 低塩濃度域から高塩濃度域への塩濃度勾配処理を実施す
    る請求項1に記載の核酸のハイブリダイゼーション方
    法。
  4. 【請求項4】 請求項1〜3のいずれか一項に記載の核
    酸のハイブリダイゼーション方法を用いることを特徴と
    する遺伝子解析方法。
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