JP2001190290A - 遺伝子sucCおよびsucDをコードする新規のヌクレオチド配列 - Google Patents

遺伝子sucCおよびsucDをコードする新規のヌクレオチド配列

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JP2001190290A
JP2001190290A JP2000358256A JP2000358256A JP2001190290A JP 2001190290 A JP2001190290 A JP 2001190290A JP 2000358256 A JP2000358256 A JP 2000358256A JP 2000358256 A JP2000358256 A JP 2000358256A JP 2001190290 A JP2001190290 A JP 2001190290A
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メッケル ベッティーナ
Walter Pfefferle
プフェッフェルレ ヴァルター
Achim Marx
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Abstract

(57)【要約】 (修正有) 【課題】 アミノ酸、特にL−リジン及びL−グルタメ
ートの発酵的製造改善のための新規措置の提供。 【解決手段】 a)Corynebacterium
glutamicum由来の特定のアミノ酸配列を有す
るポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに少なく
とも70%の同一性を有するポリヌクレオチド、 b)上記アミノ酸配列に少なくとも70%の同一性を有
するアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポ
リヌクレオチド、 c)a)又はb)のポリヌクレオチドに相補的なポリヌ
クレオチド、及び d)a)、b)又はc)のポリヌクレオチド配列の少な
くとも15個の連続したヌクレオチドを有するポリヌク
レオチドからなる群から選択されるポリヌクレオチドを
有し、その際、有利には該ポリペプチドがスクシニル−
CoAシンセターゼの活性を示す、単離されたポリヌク
レオチド。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【発明の属する技術分野】本発明の対象は、コリネ型細
菌からの遺伝子sucCおよびsucDをコードするヌ
クレオチド配列およびsucC遺伝子および/またはs
ucD遺伝子を弱めた細菌の使用下でのアミノ酸、特に
L−リジンおよびL−グルタメートの発酵的使用であ
る。
【0002】
【従来の技術】L−アミノ酸、特にL−リジンおよびL
−グルタメートはヒトの医学および製薬工業において、
飼料工業、特に動物の栄養において使用される。
【0003】アミノ酸はコリネ型細菌の株、特にコリネ
バクテリウム グルタミクム(C.グルタミクム)の発
酵によって製造できる。アミノ酸のその重大な重要性の
ために、製造プロセスの改善に絶えず努力が注がれてい
る。製造の改善は発酵技術的措置、例えば撹拌および酸
素の供給または栄養培地の組成、例えば発酵中の糖類濃
度または、例えばイオン交換クロマトグラフィーによる
製品形への後処理、または微生物それ自体の固有の生産
量特性を含むことがある。
【0004】突然変異誘発、選択および変異体の選択を
含む方法を使用して生産量特性を改善する。こうして代
謝拮抗物質に耐性であり、かつ調節に重要な代謝物質に
関して栄養要求性であり、かつアミノ酸を産生する菌株
が得られる。
【0005】
【発明が解決しようとする課題】本発明の課題はアミノ
酸、特にL−リジンおよびL−グルタメートの発酵的製
造を改善するための新規の措置を提供することである。
【0006】以下にL−アミノ酸またはアミノ酸を挙げ
ているが、これらの用語は、L−アスパラギン、L−ト
レオニン、L−セリン、L−グルタメート、L−グリシ
ン、L−アラニン、L−システイン、L−バリン、L−
メチオニン、L−イソロイシン、L−ロイシン、L−チ
ロシン、L−フェニルアラニン、L−ヒスチジン、L−
リジン、L−トリプトファンおよびL−アルギニンから
なる群から選択される1種以上のその塩を含むアミノ酸
を示すと解される。L−リジンおよびL−グルタメート
が特に有利である。
【0007】
【課題を解決するための手段】本発明は a)配列番号2のアミノ酸配列を有するポリペプチドを
コードするポリヌクレオチドに少なくとも70%の同一
性を有するポリヌクレオチド、 b)配列番号3のアミノ酸配列を有するポリペプチドを
コードするポリヌクレオチドに少なくとも70%の同一
性を有するポリヌクレオチド、 c)配列番号2のアミノ酸配列に少なくとも70%の同
一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドをコー
ドするポリヌクレオチド、 d)配列番号3のアミノ酸配列に少なくとも70%の同
一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドをコー
ドするポリヌクレオチド、 e)a)、b)、c)またはd)のポリヌクレオチドに
相補的なポリヌクレオチド、および f)a)、b)、c)、d)またはe)のポリヌクレオ
チド配列の少なくとも15個の連続したヌクレオチドを
有するポリヌクレオチド からなる群から選択されるポリヌクレオチドを有し、そ
の際、有利には該ポリペプチドがスクシニル−CoAシ
ンセターゼの活性を示す、単離されたポリヌクレオチド
を提供する。
【0008】また本発明は(i)配列番号1に示される
ヌクレオチド配列、または(ii)遺伝コードの縮重の
範囲内で配列(i)に相応する少なくとも1つの配列、
または(iii)配列(i)または(ii)に相補的な
配列とハイブリダイズする少なくとも1つの配列、およ
び場合により、(iv)(i)中での機能的中立なセン
ス突然変異を有する、有利には複製可能なDNAである
請求項1記載のポリヌクレオチドを提供する。
【0009】更に本発明は配列番号1に示されるような
ヌクレオチド配列を有する請求項4記載のポリヌクレオ
チド、コリネ型細菌中で複製可能な、有利には組み換え
DNAである、請求項1記載のポリヌクレオチド、本発
明によるポリヌクレオチドの部分を有するが、請求され
た配列の少なくとも15個の連続したヌクレオチドを有
するベクター、およびsucC遺伝子および/またはs
ucD遺伝子が、特に挿入または欠失によって減衰され
ているコリネ型細菌を提供する。
【0010】更に本発明は、配列番号1に相当するポリ
ヌクレオチド配列を有する完全なsucC遺伝子および
/またはsucD遺伝子を有する相応の遺伝子ライブラ
リーを配列番号1による前記のポリヌクレオチドの配列
またはその断片を有するプローブとのハイブリダイゼー
ションによってスクリーニングすることによって得られ
るポリヌクレオチド配列を実質的に有するポリヌクレオ
チドを提供し、かつ前記のDNA配列の単離を提供す
る。
【0011】本発明による配列を有するポリヌクレオチ
ドはRNA、cDNAおよびDNAのためのハイブリダ
イゼーションプローブとしてcDNA、核酸および/ま
たはポリヌクレオチドまたはスクシニル−CoAシンセ
ターゼをコードするその全長の遺伝子ならびにスクシニ
ル−CoAシンセターゼ遺伝子の配列に高い類似性を有
するcDNAまたは遺伝子の配列を単離するために適当
である。
【0012】本発明による配列を有するポリヌクレオチ
ドは更にプライマーとしても適当であり、それを使用し
てポリメラーゼ連鎖反応(PCR)によってスクシニル
−CoAシンセターゼをコードする遺伝子からDNAを
製造できる。
【0013】プローブまたはプライマーとして役に立つ
このようなオリゴヌクレオチドは少なくとも30個、有
利には少なくとも20個、より特に有利には少なくとも
15個の連続したヌクレオチドを有する。少なくとも4
0または50のヌクレオチド長を有するヌクレオチドも
適当である。
【0014】“単離された”とはその自然環境から分離
されたことを意味する。
【0015】“ポリヌクレオチド”は一般にポリリボヌ
クレオチドおよびポリデオキシリボヌクレオチドを示
し、本明細書においてはこれらの用語は非修飾RNAも
しくはDNAまたは修飾RNAもしくはDNAを示して
よい。
【0016】用語“ポリペプチド”とはペプチド結合を
介して結合した2個以上のアミノ酸を有するペプチドま
たはタンパク質であると解される。
【0017】本発明によるポリペプチドは配列番号2お
よび配列番号3によるポリペプチド、特にスクシニル−
CoAシンセターゼの生物学的活性を有するポリペプチ
ドならびに配列番号2または配列番号3によるポリペプ
チドに少なくとも70%、有利には少なくとも80%、
特に有利には少なくとも90〜95%の同一性を有する
前記の活性を有するポリペプチドを含む。
【0018】更に本発明は、L−アスパラギン、L−ト
レオニン、L−セリン、L−グルタメート、L−グリシ
ン、L−アラニン、L−システイン、L−バリン、L−
メチオニン、L−イソロイシン、L−ロイシン、L−チ
ロシン、L−フェニルアラニン、L−ヒスチジン、L−
リジン、L−トリプトファンおよびL−アルギニン、特
にL−リジンおよびL−グルタメートからなる群から選
択されるアミノ酸を、特に既にアミノ酸、特にL−リジ
ンおよび/またはL−グルタメートを生産し、かつsu
cC遺伝子および/またはsucD遺伝子が減衰、特に
低いレベルで発現するコリネ型細菌を使用して発酵的に
製造するための方法に関する。
【0019】用語“減衰”は本明細書においては相応の
DNAによってコードされうる微生物の1種以上の酵素
(タンパク質)の細胞内活性を、例えば弱いプロモータ
ーまたは低い活性を有する相応の酵素をコードし、かつ
/または相応の遺伝子または酵素(タンパク質)を不活
性化する遺伝子および/または対立遺伝子および場合に
よりこれらの機能を組み合わせることによって低下また
はスイッチオフすることを記載している。
【0020】本発明の対象の微生物はアミノ酸、特にL
−リジンをグルコース、スクロース、ラクトース、フル
クトース、マルトース、蜜ろう、デンプン、セルロース
からか、またはグリセロールおよびエタノールから産生
できる。該微生物はコリネ型細菌の種類、特にコリネバ
クテリウム属の種類であってよい。コリネバクテリウム
属において、特にコリネバクテリウム グルタミクムの
種類が挙げられるべきであり、これはそのL−アミノ酸
産生能に関して当業者に知られている。
【0021】コリネバクテリウム属、特にコリネバクテ
リウム グルタミクムの種類の適当な株は、特に以下の
公知の野生型の菌株: コリネバクテリウム グルタミクムATCC13032 コリネバクテリウム アセトグルタミクムATCC15
806 コリネバクテリウム アセトアシドフィルムATCC1
3870 コリネバクテリウム メラッセコラATCC17965 コリネバクテリウム サーモアミノゲネスFERM BP
−1539 ブレビバクテリウム フラブムATCC14067 ブレビバクテリウム ラクトフェルメンツムATCC1
3869 ブレビバクテリウム ディヴァリカツムATCC140
20 であり、これらから得られるL−アミノ酸を生産する突
然変異体および/または株、例えばL−リジン産生株: コリネバクテリウム グルタミクムFERM−P170
9 ブレビバクテリウム フラブムFERM−P1708 ブレビバクテリウム ラクトフェルメンツムFERM−
P1712 コリネバクテリウム グルタミクムFERM−P646
3 コリネバクテリウム グルタミクムFERM−P646
4 コリネバクテリウム グルタミクムDSM−P5714 である。
【0022】酵素スクシニル−CoAシンセターゼ(E
C6.2.1.5)をコードする新規の遺伝子sucC
およびsucDはC.グルタミクムから単離されてい
る。
【0023】sucC遺伝子および/またはsucD遺
伝子またはC.グルタミクムからの他の遺伝子を単離す
るために該微生物の遺伝子ライブラリーをまずE.コリ
中で培養する。遺伝子ライブラリーの培養は一般に公知
のテキストブックおよびハンドブックに記載されてい
る。例としては、ヴィナッカー:遺伝子およびクロー
ン、遺伝子技術における導入(Winnacker: Gene und Kl
one, Eine Einfuehrung indie Gentechnologie)(ヒェ
ミー出版(Verlag Chemie)、ヴァインハイム、ドイ
ツ、1990)によるテキストブックまたはサンブロー
ク他:モレキュラークローニング、研究室のマニュアル
(Sambrook et al.: Molecular Cloning, A Laboratory
Manual)(コールドスプリングハーバー研究室プレス
(Cold Spring Harbor Laboratory Press)、198
9)によるハンドブックが挙げられる。非常によく知ら
れた遺伝子ライブラリーは、λ−ベクターにおいてコハ
ラ他(細胞50(Cell 50),495−508(198
7))によって培養されているE.コリ K−12株W
3110のライブラリーである。バーゼ他(Bathe et a
l)(分子遺伝学および一般遺伝学(Molecular and Gen
eral Genetics)、252:255−265)はE.コ
リ K−12株NM554(ラライヒ他(Raleigh et a
l)、1988、核酸リサーチ16(Nucleic Acids Res
earch 16):1563−1575)においてコスミドベ
クターSuperCos I(ヴァール他(Wahl eta
l)、1987,国立科学アカデミーUSAの処置(Pro
ceedings of the National Academy of Sciences US
A)、84:2160−2164)を使用して培養され
ているC.グルタミクムATCC13032からの遺伝
子ライブラリーを記載している。
【0024】またベルマン他(Boermann et al)(分子
微生物学(Molecular Microbiology)6(3)、317
−326(1992))は、コスミドpHC79(ホー
ンおよびコリンズ(Hohn and Collins)、遺伝子11
(Gene 11)、291−298(1980))を使用し
てC.グルタミクムATCC13032から得られた遺
伝子ライブラリーを記載している。オードノヒュー(O'
Donohue)(コリネバクテリウム グルタミクムからの4
つの共通の芳香族アミノ酸生合成遺伝子のクローニング
および分子分析(The Cloning and Molecular Analysis
of Four Common Aromatic Amino Acid Biosynthetic G
enes from Corynebacterium glutamicum)、ph.D.
セシス、アイルランド国立大学、ガルウェイ(ph. D. T
hesis, National University of Ireland, Galway)、
1997)は、ショート他(Shortet al)(核酸リサー
チ、16:7583)によって記載されているλ Za
p発現システム(λ Zap Expression system)を使用す
るC.グルタミクム遺伝子のクローニングを記載してい
る。
【0025】E.コリにおいてC.グルタミクムからの
遺伝子ライブラリーを作成するために、プラスミド、例
えばpBR322(ボリヴァー他、ライフサイエンス
(Bolivar, Life Sciences)、25,807−818
(1979))またはpUC9(ヴィエイラ他(Vieira
et al)、1982,遺伝子、19:259−268)
を使用してもよい。制限性および組み換え系が欠如した
E.コリ株、例えば株DH5α(ジェフリー H.ミラ
ー:“細菌遺伝学のショートコース、大腸菌および関連
の細菌のための研究室のマニュアルおよびハンドブッ
ク”、コールドスプリングハーバー研究室プレス、19
92(Jeffrey H. Miller: "A Short Course in Bacter
ial Genetics, A Laboratory Manual and Handbook for
Escherichia coli and Related Bacteria", Cold Spri
ng Harbour Laboratory Press))が宿主として特に適
当である。
【0026】プラスミドまたは他のλ−ベクターを使用
してクローニングされた長いDNA断片をDNA配列決
定のために適当な利用しやすいベクター中にサブクロー
ニングしてよい。
【0027】DNA配列決定のための方法は就中、サン
ガー他(アメリカ合衆国の国立科学アカデミーの処置、
74:5463−5467,1977)によって記載さ
れている。
【0028】得られたDNA配列を公知のアルゴリズム
および/または配列分析プログラム、例えばスタデン
(Staden)のプログラム(核酸リサーチ14,217−
232(1986))、ブトラー(Butler)のGCG−
プログラム(生化学分析の方法39(Methods of Bioch
emical Analysis 39),74−97(1998))、ピ
アーソンおよびリップマン(Pearson and Lipman)のF
ASTAアルゴリズム(アメリカ合衆国の国立科学アカ
デミーの処置、85,2444−2448(198
8))またはアルチュル他(Altschul et al)のBLA
STアルゴリズム(ネイチャージェネティクス6(Natu
re Genetics 6),119−129(1994))によ
って調査してよく、公的にアクセス可能なデータバンク
に列記される配列エントリーと比較してもよい。ヌクレ
オチド配列のための公共にアクセス可能なデータバンク
は、例えば欧州分子生物学研究所(European Molecular
Biologies Laboratories)(EMBL、ハイデルベル
ク、ドイツ)または生物学的情報のための国立センター
(National Center for Biotechnology Information)
(NCBI、ベテスダ、MD、USA)のデータバンク
である。
【0029】sucC遺伝子およびsucD遺伝子をコ
ードするC.グルタミクムの新規のDNA配列が見いだ
され、かつ本発明の部分である配列番号1として見いだ
された。更に相応のタンパク質のアミノ酸配列は現存の
DNA配列から前記の方法を使用して得られる。得られ
たsucC遺伝子およびsucD遺伝子の生成物のアミ
ノ酸配列を配列番号2および配列番号3に示す。
【0030】遺伝コードの縮重のために配列番号1に由
来するコーディングDNA配列も本発明の対象である。
同様に配列番号1または配列番号1の部分とハイブリダ
イズするDNA配列は本発明の対象である。最後に、配
列番号1から得られるプライマーを使用するポリメラー
ゼ連鎖反応(PCR)によって作成されるDNA配列も
本発明の対象である。
【0031】当業者は、就中ベーリンガーマンハイムG
mbH(マンハイム、ドイツ、1993)によって発行
されたハンドブック“フィルターハイブリダイゼーショ
ンのためのDIGシステムユーザーズガイド(The DIG
System User's Guide for Filter Hybridization)”お
よびリーブル他(Liebl et al)(系統細菌学の国際ジ
ャーナル(International Journal of Systematic Bact
eriology)(1991)41:255−260)におい
てハイブリダイゼーションによるDNA配列の同定にお
ける情報を見いだしうる。ハイブリダイゼーションは、
ストリンジェントな条件で実施する、換言するとプロー
ブと標的配列、すなわちプローブで処理されるポリヌク
レオチドとが少なくとも70%の同一性を有するハイブ
リッドだけが形成する。洗浄工程を含む完全なハイブリ
ダイゼーションを実施するか、またはバッファー組成、
温度および塩濃度を変化させることによって決定するこ
とさえも公知である。有利にはハイブリダイゼーション
反応は洗浄工程と比較して比較的低い程度の完全性で実
施する(ハイバイド ハイブリダイゼーションガイド(H
ybaid Hybridisation Guide)、ハイバイド リミテッ
ド、テディントン(Hybaid Limited, Teddington)、U
K、1996)。
【0032】例えば5×SSC−バッファーをハイブリ
ダイゼーション反応のために約50〜68℃の温度で使
用してよい。本明細書においてはプローブはプローブの
配列に70%未満の同一性を有するポリヌクレオチドと
ハイブリダイズされてよい。かかるハイブリッドは殆ど
安定でなく、ストリンジェントな条件下に洗浄によって
除去される。これは、例えば塩濃度を2×SSCおよび
場合により0.5×SSCに低減することによって実施
し(フィルターハイブリダイゼーションのためのDIG
システムユーザーズガイド、ベーリンガーマンハイム、
マンハイム、ドイツ、1995)、その際、約50〜6
8℃の温度を維持する。また場合により塩濃度を0.1
×SSCに低減することもできる。50℃から68℃に
約1〜2℃ずつハイブリダイゼーション温度を徐々に上
昇させることによって、例えば使用されるプローブの配
列に少なくとも70%または少なくとも80%または少
なくとも90〜95%の同一性を有するポリヌクレオチ
ド断片を分離することができる。ハイブリダイゼーショ
ンのための更なる指示は、いわゆるキットの形で市販さ
れている(例えばロッヒェディアグノスティックスGm
bH、マンハイム、ドイツのDIGイージーHyb(DI
G Easy Hyb von der Firma Roche Diagnostics GmbH, M
annheim, Germany)、カタログ番号1603558)。
【0033】当業者はポリメラーゼ連鎖反応(PCR)
によるDNA配列の増幅の詳細は、就中ガイト(Gait)
によるハンドブック:オリゴヌクレオチド合成:実践的
アプローチ(Oligonucleotide synthesis: A Practical
Approach)(IRLプレス、オックスフォード、U
K、1984)およびニュートンおよびグラハム(Newt
on and Graham):PCR(スペクトラム アカデミッシ
ュ出版(Spektrum Akademischer Verlag)、ハイデルベ
ルク、ドイツ、1994)において見いだすことができ
る。
【0034】本明細書においてはコリネ型細菌がアミノ
酸、特にL−リジンをsucC遺伝子および/またはs
ucD遺伝子の減衰後に改善されて産生することが見い
だされた。
【0035】かかる減衰を達成するために、sucC遺
伝子および/またはsucD遺伝子の発現または酵素タ
ンパク質の触媒特性のいずれかを低減させるか、または
スイッチオフしてよい。両者の措置を場合により組み合
わせてよい。
【0036】遺伝子発現の低下は適当な培地条件または
遺伝子発現のシグナル構造の遺伝子的変化(突然変異)
によって達成してよい。遺伝子発現のシグナル構造は、
例えば抑制遺伝子、アクチベーター遺伝子、オペレータ
ー、プロモーター、アテニュエーター、リボソーム結合
部位、開始コドンおよびターミネーターである。当業者
は、例えば特許出願WO96/15246号、ボイドお
よびマーフィー(Boydand Murphy)(ジャーナルオブバ
クテリオロジー170(Journal of Bacteriology):
5949(1988))、ヴォスキルおよびカンブリス
(Voskuil andChambliss)(核酸リサーチ26:354
8(1998))、ヤンセンおよびハンマー(Jensen a
nd Hammer)(バイオテクノロジーおよびバイオエンジ
ニアリング(Biotechnology and Bioengineering)5
8:191(1998))、パテック他(Patek et a
l)(微生物学(Microbiology)142:1297(1
996))ならびに遺伝学および分子生物学における公
知のテキストブック、例えばニッパーズ(Knippers)に
よるテキストブック(“分子遺伝学”、第6版、ゲオル
グ出版、シュトゥットガルト、ドイツ、1995)また
はヴィナッカーによるテキストブック(“遺伝子および
クローン”、VCH出版会社、ヴァインハイム、ドイ
ツ、1990)において前記の情報を見いだすことがで
きる。
【0037】酵素タンパク質の触媒特性の変更および/
または低減をもたらす突然変異は先行技術から公知であ
る;例としてはクイおよびグッドマン(Qui and Goodme
n)によって実施された研究(ジャーナルオブバイオロ
ジカルケミストリー(Journal of Biological Chemistr
y)272:8611−8617(1997))、スギ
モト他(生物科学 生物工学および生物化学(Bioscien
ce Biotechnology andBiochemistry)61:1760−
1762(1997))およびメッケル(Moeckel)
(“コリネバクテリウム グルタミクムからのトレオニ
ンデヒドラターゼ:アロステリック調節の停止ならびに
酵素の構造(Die Threonin Dehydratase aus Corynebac
terium glutamicum: Aufhebung der allosterischen Re
gulation und Struktur des Enzyms)”)、ユーリクス
リサーチセンター(Juelichs Research Centre)、J
uel−2906,ISSN09442952、ユーリ
ッヒ、ドイツ、1994)が挙げられる。概要は遺伝学
および分子生物学における公知のテキストブック、例え
ばハーゲマン(Hagemann)(“一般遺伝学”グスタフフ
ィッシャー出版(Gustav Fischer Verlag)、シュトゥ
ットガルト、1986)によるテキストブックから得ら
れる。
【0038】突然変異はトランジション、トランスバー
ジョン、挿入および欠失として現象に及んでいる。アミ
ノ酸交換の酵素活性における効果に依存して、ミスセン
ス突然変異またはナンセンス突然変異と呼ばれる。遺伝
子における少なくとも1個の塩基対の挿入または欠失は
フレームシフト突然変異をもたらし、その結果として誤
ったアミノ酸が導入されるか、または翻訳が早期に阻止
される。幾つかのコドンの欠失は典型的に酵素活性の完
全な抑制をもたらす。このような突然変異誘発の詳細は
従来の技術部分であり、かつ遺伝学および分子生物学に
おける公知のテキストブック、例えばニッパーによるテ
キストブック(“分子生物学”、第6版、ゲオルグ出
版、シュトゥットガルト、ドイツ、1995)、ヴィナ
ッカーによるテキストブック(“遺伝子およびクロー
ン”、VCH出版会社、ヴァインハイム、ドイツ、19
90)またはハーゲマンによるテキストブック(“一般
遺伝学”、グスタフ フィッシャー出版、シュトゥット
ガルト、1986)から得ることができる。
【0039】C.グルタミクムの遺伝子の突然変異の慣
用の方法はシュヴァルツァーおよびピューラー(Schwar
zer and Puehler)(バイオ/テクノロジー9,84−
87(1991))によって記載される遺伝子破壊およ
び遺伝子置換の方法である。
【0040】遺伝子破壊の方法において、関連の遺伝子
のコーディング領域の中心部分を、宿主(典型的にE.
コリ)中で複製できるが、C.グルタミクム中ではでき
ないプラスミドベクター中にクローニングする。使用で
きるベクターは、例えばpSUP301(サイモン他
(Simon et al)、バイオ/テクノロジー1,784−
791(1983))、pK18mobまたはpK19
mob(シャファー他(Schaefer et al)、遺伝子14
5、69−73(1994))、pK18mobsac
BまたはpK19mobsacB(ジェガー他(Jaeger
et al)、ジャーナルオブバクテリオロジー174:5
462−65(1992))、pGEM−T(プロメガ
コーポレーション、マジソン、WI、USA)、pCR
2.1−TOPO(シューマン(1994).ジャーナ
ルオブバイオロジカルケミストリー269:32678
−84;US−特許5487993号)、pCR(R)
Blunt(インビトロゲン社、グロニンゲン、オラン
ダ;バーナード他、ジャーナルオブモレキュラーバイオ
ロジー、234:534−541(1993))または
pEM1(シュルンプフ他、1991、ジャーナルオブ
バクテリオロジー173:4510−4516)を含
む。遺伝子のコーディング領域の中心部分を有するプラ
スミドベクターを次いで接合または形質転換によって所
望のC.グルタミクム中に転換する。
【0041】接合の方法は、例えばシェファー他(応用
および環境微生物学(Applied andEnvironmental Micro
biology)60、756−759(1994))におい
て記載されている。形質転換のための方法は、例えばチ
ールバッハ他(Thierbach etal)(応用および環境微生
物学29,356−362(1988))、デュニカン
およびシヴナン(Dunican and Shivnan)(バイオ/テ
クノロジー7,1067−1070(1989))およ
びタウチ他(Tauch et al)(FEMS ミクロバイオロ
ジカル レター(FEMS Microbiological Letters)12
3、343−347(1994))に記載されている。
交差による相同組み換え後に、作用した遺伝子のコーデ
ィング領域はベクター配列によって破壊され、かつそれ
ぞれが3′−末端および5′−末端を欠損する2つの不
完全な対立遺伝子が得られる。この方法を、例えばフィ
ッツパトリック他(Fitzpatrick et al)(応用および
環境微生物学42、575−580(1994))によ
って使用し、C.グルタミクムのrecA遺伝子がスイ
ッチオフされた。sucC遺伝子および/またはsuc
D遺伝子は前記の方法においてスイッチオフされてよ
い。
【0042】遺伝子置換の方法において、突然変異、例
えば欠失、挿入または塩基交換をインビトロで関連の遺
伝子において生成する。生成した対立遺伝子をC.グル
タミクムで複製できないベクター中にクローニングし、
かつ次いでベクターを形質転換または接合によってC.
グルタミクムのための所望の宿主中に転換する。標的遺
伝子および/または標的配列への突然変異および/また
は対立遺伝子の導入は相同組み換え後に、第1の交差に
より組み込まれ、かつ適当な第2の交差によって切り出
されることで達成される。この方法は、ピータース−ヴ
ェンディッシュ(Peters-Wendisch)(微生物学14
4、915−927(1998))によって欠失による
C.グルタミクムのpyc−遺伝子のスイッチオフのた
めに使用されている。欠失、挿入または塩基交換は前記
のようにしてsucC遺伝子および/またはsucD遺
伝子に導入できる。
【0043】欠失、挿入または塩基交換は前記のように
してsucC遺伝子および/またはsucD遺伝子に導
入できる。
【0044】更に、L−アミノ酸、特にL−リジンの製
造のために関連の生合成経路、解糖、アナプレロティッ
ク経路、クエン酸回路またはアミノ酸輸送の1種以上の
酵素を強化、特に過剰発現する以外に、sucC遺伝子
および/またはsucD遺伝子を減衰させるために有利
であってよい。
【0045】このように、L−リジンおよび/またはL
−グルタミンの製造において、sucC遺伝子および/
またはsucD遺伝子の減衰の他に、以下の群から選択
される1種以上の遺伝子を強化、特に過剰発現してよ
い:・ジヒドロジピコリン酸−シンターゼをコードする
dapA遺伝子(EP−B0197335号)、 ・グリセルアルデヒド−3−リン酸デヒドロゲナーゼを
コードするgap遺伝子(エイクマン(Eikmanns)(1
992)、ジャーナルオブバクテリオロジー174:6
076−6086)、 ・トリオースリン酸イソメラーゼをコードする遺伝子t
pi(エイクマン(1992)、ジャーナルオブバクテ
リオロジー174:6076−6086)、 ・3−ホスホグリセリン酸キナーゼをコードする遺伝子
pgk(エイクマン(1992)、ジャーナルオブバク
テリオロジー174:6076−6086)、 ・ピルビン酸カルボキシラーゼをコードするpyc遺伝
子(エイクマン(1992)、ジャーナルオブバクテリ
オロジー174:6076−6086)、 ・マレイン酸:キノンオキシドレダクターゼをコードす
るmqo遺伝子(モレナール他、欧州ジャーナルオブバ
イオケミストリー254(Molenaar et al., European
Journal of Biochemistry 254),395−403(1
998))、 ・フィードバック耐性アスパラギン酸キナーゼをコード
する遺伝子lysC(アクセッション番号P2651
2)、 ・L−リジン輸送(lysine-export)をコードするly
sE遺伝子(DE−A−19548222号)、 ・Zwa1タンパク質をコードする遺伝子zwa1(D
E:19959328.0、DSM13115)。
【0046】更にL−リジンおよび/またはL−グルタ
メートの製造のために、sucC遺伝子および/または
sucD遺伝子の減衰の他に同時に以下の群から選択さ
れる1種以上の遺伝子の発現を減衰、特に低減させるこ
とが有利である: ・ホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼをコー
ドする遺伝子pck(DE19950409.1,DS
M13047)、 ・グルコース−6−リン酸イソメラーゼをコードする遺
伝子pgi(US09/396,478,DSM129
69)、 ・ピルビン酸−オキシダーゼをコードする遺伝子pox
B(DE:1995 1975.7,DSM1311
4)、 ・zwa2タンパク質をコードする遺伝子zwa2(D
E:9959327.2、DSM13113)。
【0047】更にアミノ酸、特にL−リジンおよび/ま
たはL−グルタメートの製造のために、sucC遺伝子
および/またはsucD遺伝子の減衰の他に望ましくな
い二次反応をスイッチオフすることが有利でありうる
(ナカヤマ:“アミノ酸酸性微生物の交配”、in:微
生物産物の過剰生産、クルムファンツル、ジキータ、ヴ
ァネック(出版)、アカデミックプレス、ロンドン、U
K、1982(Nakayama: "Breeding of Amino Acid Pr
oducing Microorganisms", in: Overproductionof Micr
obial Products, Krumphanzl, Sikyta, Vanek(eds.), A
cademic Press,London, UK, 1982))。
【0048】請求項1記載のポリヌクレオチドを有する
微生物も本発明の対象であり、かつ連続的またはバッチ
法においてバッチ式(回分培養)にか、または流加式ま
たは反復流加法で培養して、L−アミノ酸、特にL−リ
ジンを製造してもよい。公知の培養法の概要はクミール
によるテキストブック(バイオプロセス技術1.生物学
的工学への導入(Bioprozesstechnik 1. Einfuehrung i
n die Bioverfahrenstechnik))(グスタフ フィッシ
ャー出版、シュトゥットガルト、1991)またはスト
ーハス(Storhas)によるテキストブック(バイオリア
クターおよび周辺装置(Bioreaktoren und periphere E
inrichtungen))(フィーヴェク出版(Vieweg Verla
g)、ブラウンシュバイク/ヴィースバーデン、199
4)において挙げられている。
【0049】使用されるべき培養培地は適宜に関連の株
の要求を満たさなければならない。種々の微生物のため
の培養培地の記載はハンドブックであるアメリカの微生
物協会(American Society for Bacteriology)(ワシ
ントンD.C.、USA、1981)の“一般細菌学の
ための方法のマニュアル(Manual of Methods for Gene
ral Bacteriology)”に挙げられる。
【0050】炭素源として、糖および炭化水素、例えば
グルコース、スクロース、ラクトース、フルクトース、
マルトース、蜜ろう、デンプンおよびセルロース、油お
よび脂肪、例えば大豆油、ヒマワリ油、落花生油および
ココナツ油、脂肪酸、例えばパルミチン酸、ステアリン
酸およびリノール酸、アルコール、例えばグリセロール
およびエタノール、および有機酸、例えば酢酸が使用で
きる。これらの物質は個々にか、または混合物として使
用してよい。
【0051】窒素源として、窒素含有の有機化合物、例
えばペプトン、酵母エキス、肉エキス、麦芽エキス、コ
ーンスチープリカー、大豆粉および尿素、または無機化
合物、例えば硫酸アンモニウム、塩化アンモニウム、リ
ン酸アンモニウム、炭酸アンモニウムおよび硝酸アンモ
ニウムが使用できる。窒素源は個々にか、または混合物
として使用してよい。
【0052】リン源として、リン酸、リン酸二水素カリ
ウムまたはリン酸水素二カリウム、または相応のナトリ
ウム含有塩が使用できる。更に培養培地は増殖のために
必要な金属の塩、例えば硫酸マグネシウムまたは硫酸鉄
を含有せねばならない。最終的に、必須の増殖物質、例
えばアミノ酸およびビタミンは、前記の物質の他に使用
してよい。これとは別に適当な前駆物質を培養培地に添
加してよい。前記の供給原料物質を培地に一回限りの培
地として添加するか、または適当な方法で実際の培養の
間に計量供給してよい。
【0053】アルカリ性化合物、例えば水酸化ナトリウ
ム、水酸化カリウム、アンモニアまたはアンモニア水ま
たは酸性化合物、例えばリン酸または硫酸を適当な方法
で、培養のpHを調整するために使用してよい。抑泡
剤、例えば脂肪酸ポリグリコールエステルを泡の形成を
妨げるために使用してよい。適当な選択的に作用する物
質、例えば抗生物質を培地に添加して、プラスミドの安
定性を保持してよい。酸素または酸素含有気体混合物、
例えば空気を培養中に導入して、有気性条件を保持して
よい。培養の温度は通常、20〜45℃、有利には25
〜40℃である。培養は所望の生成物の最大収率が形成
されるまで持続する。通常この目標は10〜160時間
以内で達成される。
【0054】L−アミノ酸を測定するための方法は先行
技術から公知である。分析は、例えばスペックマン他
(Spackman et al)(分析化学、30、(1958)、
1190)によって記載されるようにアニオン交換クロ
マトグラフィー、引き続きニンヒドリン誘導体化による
か、またはリンドロス他(Lindroth et al)(分析化学
(1979)51:1167−1174)によって記載
されるように逆相HPLCによって実施してよい。
【0055】本発明を以下に実施態様によってより詳細
に記載する。
【0056】
【実施例】例1 コリネバクテリウム グルタミクムATCC13032
からのゲノムのコスミド遺伝子ライブラリーの作成 コリネバクテリウム グルタミクムATCC13032
からの染色体DNAをタウチ他(1995、プラスミド
33:168−179)によって記載されるように単離
し、かつ部分的に制限酵素Sau3AI(アマシャムフ
ァルマシア、フライブルク、ドイツ、製品銘柄Sau3
AI、コード番号27−0913−02)で分解した。
DNA断片をエビのアルカリホスファターゼ(ロッヒェ
モレキュラー バイオケミカルズ、マンハイム、ドイ
ツ、製品銘柄SAP、コード番号1758250)で脱
リン酸化した。ストラタジーン(ラ ヨラ、USA、製
品銘柄SuperCos1コスミドベクターキット、コ
ード番号251301)から得られるコスミドベクター
SuperCos1(ヴァール他(1987)国立科学
アカデミーの処置、USA 84:2160−216
4)を制限酵素XbaI(アマシャムファルマシア、フ
ライブルク、ドイツ、製品銘柄XbaI、コード番号2
7−0948−02)で分解し、かつ同様にエビのアル
カリホスファターゼを使用して脱リン酸化した。次いで
コスミド−DNAを制限酵素BamHI(アマシャムフ
ァルマシア、フライブルク、ドイツ、製品銘柄BamH
I、コード番号27−0868−04)で分解した。前
記のように処理したコスミド−DNAを処理したATC
C13032−DNAと混合し、かつバッチをT4−D
NA−リガーゼ(アマシャムファルマシア、フライブル
ク、ドイツ、製品銘柄T4−DNA−リガーゼ、コード
番号27−0870−04)で処理した。次いでライゲ
ーション混合物をギガパックII XLパッキングエキ
ストラクト(Gigapack II XL Packing Extracts)(ス
トラタジーン、ラ ヨラ(Stratagene, La Jolla)、U
SA、製品銘柄ギガパックII XLパッキングエキス
トラクト、コード番号200217)を使用してファー
ジにパッケージングした。E.コリ株NM554(ララ
イト他、1988、核酸リサーチ、16:1563−1
575)に感染させるために、細胞を10mMのMgS
中にとり、かつファージ懸濁液のアリコートと混合
した。コスミドバンクの感染および力価測定はサンブロ
ーク他(1989、モレキュラークローニング:研究所
マニュアル、コールドスプリングハーバー)によって記
載されるように実施し、その際細胞は100μg/ml
のアンピシリンを有するLBアガー(レノクッス(Lenn
ox)、1995,ウイルス学、1:190)上にプレー
ティングした。個々の組み換えクローンを37℃での一
晩のインキュベーション後に選択した。
【0057】例2 遺伝子sucCおよびsucDの単離および配列決定 個々のコロニーのコスミド−DNAをキアプレップ ス
ピン ミニプレップ キット(Qiaprep Spin Miniprep Ki
t)(製品番号27106,キアゲン、ヒルデン、ドイ
ツ)を使用して製造元の指示に従って単離し、かつ制限
酵素Sau3AI(アマシャムファルマシア、フライブ
ルク、ドイツ、製品銘柄Sau3AI、製品番号27−
0913−02)を使用して部分的に分解した。DNA
断片をエビのアルカリホスファターゼ(ロッヒェ モレ
キュラー バイオケミカルズ、マンハイム、ドイツ、製
品銘柄SAP、製品番号1758250)を使用して脱
リン酸化した。
【0058】ゲル電気泳動分離の後に、コスミド断片を
1500〜2000bpの大きな領域でキアエクスII
ゲル エクストラクション キット(QiaExII Gel Extrac
tionKit)(製品番号20021,キアゲン、ヒルデ
ン、ドイツ)を使用して単離した。インビトロゲンから
得られる配列決定ベクターpZero−1(グロニンゲ
ン、オランダ、製品銘柄ゼロ バックグラウンド クロー
ニング キット(Zero Background Cloning Kit)、製品
番号K2500−01)のDNAを制限酵素BamHI
(アマシャムファルマシア、フライブルク、ドイツ、製
品銘柄BamHI、製品番号27−0868−04)で
分解した。配列決定ベクターpZero−1中へのコス
ミド断片のライゲーションをサンブローク他(198
9,モレキュラークローニング:研究所マニュアル、コ
ールドスプリングハーバー)によって記載されるように
実施し、その際、DNA混合物はT4−リガーゼ(ファ
ルマシアバイオテック、フライブルク、ドイツ)と一緒
に一晩インキュベートした。このライゲーション混合物
をE.コリ株DH5αMCR(グラント、1990、国
立科学アカデミーUSAの処置、87:4645−46
49)(タウチ他、1994,FEMSミクロバイオロ
ジーレター、1223:343−7)中にエレクトロポ
レーションし、かつ50μg/mlのゼオシンを有する
LB−アガー(レノックス、1955,ウイルス学、
1:190)上にプレーティングした。組み換えクロー
ンのプラスミド調製をバイオロボット9600(Biorob
ot 9600)(製品番号900200,キアゲン、ヒルデ
ン、ドイツ)を使用して実施した。配列決定をサンガー
他(1977,国立科学アカデミーUSAの処置、7
4:5463−5467)のジデオキシチェーンターミ
ネーション法に従ってツィマーマン他(1990,核酸
リサーチ、18:1067)によって改良されたように
実施した。PEアプライドバイオシステムズ(PE Appli
ed Biosystems)からのRR dローダミン ターミネー
ター サイクル シークエンシング キット(RR dRhodami
n Terminator Cycle Sequencing Kit)(製品番号40
3044,ヴァイターシュタット、ドイツ)を使用し
た。ゲル電気泳動分離および配列決定反応の分析はロー
ティフォレシスNFアクリルアミド(rothiphoresis NF
acrylamide)/ビスアクリルアミドゲル(29:1)
(製品番号A124.1、ロト、カールスルーエ、ドイ
ツ)中で一緒にPEアプライドバイオシステムズ(ヴァ
イターシュタット、ドイツ)からの“ABIプリズム3
77(ABI Prism 377)”配列決定装置を使用して実施
した。
【0059】得られた配列生データをStadenプロ
グラムパッケージ(1986,核酸リサーチ、14:2
17−231)バージョン97−0を使用して加工し
た。pZero1誘導体の個々の配列を一貫のコンティ
グにアセンブルした。コーディング領域のコンピュータ
支援分析はプログラムXNIP(スタデン、1986,
核酸リサーチ、14:217−231)を使用して実施
した。更なる分析をBLASTサーチプログラム(アル
チュル他、1997,核酸リサーチ、25:3389−
3402)を使用して、国立バイオテクノロジー情報セ
ンター(NCBI、ベテスダ、MD、USA)の非重複
データバンク(non-redundant data bank)に対して実
施した。
【0060】得られたヌクレオチド配列を配列番号1に
記載する。ヌクレオチド配列の分析によってsucC遺
伝子として同定された1206塩基対のオープンリーデ
ィングフレームならびにsucDとして同定された88
2塩基対のオープンリーディングフレームが示された。
sucC遺伝子は配列番号2に示される402アミノ酸
のポリペプチドをコードする。sucD遺伝子は配列番
号3に示される294アミノ酸のポリペプチドをコード
している。
【0061】例3 3.1 sucC遺伝子の組み込み突然変異誘発のため
の組み込みベクターの製造 染色体DNAをエイクマン他(微生物学140:181
7−1828(1994))の方法に従って株ATCC
13032から単離した。例1から公知のC.グルタミ
クムに関するsucC遺伝子の配列に基づき、以下のオ
リゴヌクレオチドをポリメラーゼ連鎖反応のために選択
した: sucC−in1: 5’CGCGCGAATCGTTCGTAT3’ sucC−in2: 5’CGCCACCAATGTCTAGGA3’ 示したプライマーはMWGバイオテック(エベルスベル
ク、ドイツ)によって合成され、かつPCR反応をベー
リンガーマンハイムからのPwoポリメラーゼ(ドイ
ツ、製品銘柄Pwo DNA ポリメラーゼ、製品番号1
644947)を使用してイニス他の標準PCR法(P
CRプロトコール、方法および応用へのガイド(A Guid
e to Methods and Applications)、1990,アカデ
ミックプレス)に従って実施した。ポリメラーゼ連鎖反
応を使用して、sucC遺伝子の約0.55kbの大き
な内部断片を増幅できた。前記のように増幅した生成物
を0.8%アガロースゲル中での電気泳動によって確認
した。
【0062】増幅したDNA断片をベクターpCR
(R)Blunt II(バーナード他、ジャーナルオ
ブモレキュラーバイオロジー、234:534−541
(1993))中にインビトロゲンコーポレーション
(カールスバッド、CA、USA;カタログ番号K27
00−20)からのZero BluntTMキットを
使用してライゲーションした。
【0063】次いでE.コリ株TOP10をライゲーシ
ョンバッチ中にエレクトロポレーションした(ハナハ
ン、In:DNAクローニング.実践的アプローチ(A
Practical Approach)、Vol.I、IRL−プレス、
オックスフォード、ワシントンDC、USA、198
5)。プラスミドを有する細胞の選択を、形質転換バッ
チの25mg/lのカナマイシンを補ったLBアガー
(サンブローク他、モレキュラークローニング:研究室
マニュアル、第2版、コールドスプリングハーバー、
N.Y.1989)上へのプレーティングによって実施
した。プラスミドDNAをキアゲンからのキアプレップ
スピン ミニプレップ キット(QIAprep Spin Miniprep
Kit)を使用して形質転換体から単離し、制限酵素Ec
oRIによる制限に引き続き、アガロースゲル電気泳動
(0.8%)を実施した。プラスミドはpCRBlun
tsucCintと名付け、図1に示した。
【0064】3.2 sucD遺伝子の欠失 この目的のために、染色体DNAを株ATCC1303
2から、タウチ他(1995,プラスミド33:168
−179)の方法によって単離した。例2から公知の
C.グルタミクムに関するsucD遺伝子の配列に基づ
いて、以下に記載するオリゴヌクレオチドをsucD欠
失対立遺伝子の作成のために選択した。
【0065】sucD−d1: 5’−CGATGTGATTGCGCTTGATG−
3’ sucD−d2: 5’−ACCTCACGCATAAGCTTCGCAT
GCTCTGAACCTTCCGAAC−3’ sucD−d3: 5’−GTTCGGAAGGTTCAGAGCATGC
GAAGCTTATGCGTGAGGT−3’ sucD−d4: 5’−ATGAAGCCAGCGACTGCAGA−
3’ 関連のプライマーはMWGバイオテック(エベルスベル
ク、ドイツ)によって合成され、PCR反応をPfuポ
リメラーゼ(ストラタジーン、製品番号600135,
ラ ヨラ、USA)およびPTC 100−サーモサイク
ラー(PTC 100-Thermocyclers)(MJリサーチIn
c、ウォールサム、USA)を使用して実施した。ポリ
メラーゼ連鎖反応を使用してプライマーは内部欠失を有
するsucD対立遺伝子の増幅を可能にした。前記のよ
うに増幅させた生成物を0.8%アガロースゲル中での
電気泳動によって試験し、かつサンガー他(国立科学ア
カデミーUSAの処置、74:5463−5467,1
977)によって記載されるように配列決定した。
【0066】例4 4.1 DSM5715株中のsucC遺伝子の組み込
み突然変異誘発 例3.1に挙げたベクターpCRBluntscuCi
ntをC.グルタミクムDSM5715中にタウチ他
(FEMSミクロバイオロジカルレター、123:34
3−347(1994))のエレクトロポレーション法
によってエレクトロポレーションした。株DSM571
5はAEC耐性のL−リジン生産菌である。ベクターp
CRBlunt−sucCintはDSM5715中で
独立に複製できず、従ってDSM5715の染色体中に
組み込まれた場合、細胞中に残留するだけである。染色
体中に組み込まれたpCRBluntsucCintを
有するクローンの選択を、エレクトロポレーションバッ
チの15mg/lのカナマイシンを補ったLBアガー
(サンブローク他、モレキュラークローニング:研究室
マニュアル、第2版、コールドスプリングハーバーラボ
ラトリープレス、コールドスプリングハーバー、、N.
Y.)上へのプレーティングによって実施した。
【0067】sucCint断片の組み込みを検出する
ために、sucCint断片をベーリンガーマンハイム
GmbH(マンハイム、ドイツ、1993)の“フィル
ターハイブリダイゼーションのためのDIGシステムユ
ーザーズガイド”に記載される方法に従ってベーリンガ
ーからのDig−ハイブリダイゼーションキット(Dig-
Hybridization Kit)を使用して標識した。潜在的組み
込み体の染色体DNAをエイクマン他(ミクロバイオロ
ジー140:1817−1828(1994))の方法
によって単離し、それぞれの場合に制限酵素SphIお
よびHindIIIで切断した。得られた断片をアガロ
ースゲル電気泳動によって分離し、かつベーリンガーか
らのDig−ハイブリダイゼーションキットを使用して
68℃でハイブリダイズさせた。例3.1で名付けたプ
ラスミドpCRBluntsucCintはDSM57
15の染色体中で染色体のsucC遺伝子内にそれ自体
を挿入した。該株をDSM5715::pCRBlun
tsucCintとして同定した。
【0068】4.2 交換ベクターpK18mobsa
cBsucDdelの構築 例3.2で得られるsucD欠失誘導体を、キアゲンク
イック ゲル エクストラクション キット(キアゲン、
ヒルデン、ドイツ)を使用するアガロースゲル(0.8
%)での分離後にアガロースゲルから単離し、次いでラ
イゲーションのために可動性のクローニングベクターp
K18mobsacB(シャファー他(1994)、遺
伝子14:69−73)と一緒に使用した。これは事前
に制限酵素XmaIおよびXbaIで処理され、suc
D−欠失対立遺伝子と混合し、T4−DNA−リガーゼ
(アマシャムファルマシア、フライブルク、ドイツ)で
処理した。
【0069】次いでE.コリ株DH5αmcr(グラン
ト、1990、国立科学アカデミーUSAの処置、8
7:4645−4649)にライゲーションバッチをエ
レクトロポレーションした(ハナハン、In.DNAク
ローニング、実践的アプローチ、Vol.1、ILR−
プレス、コールドスプリングハーバー、ニューヨーク、
1989)。プラスミドを有する細胞を、形質転換バッ
チの25mg/lのカナマイシンを補ったLBアガー
(サンブローク他、モレキュラークローニング:研究室
マニュアル、第2版、コールドスプリングハーバー、
N.Y.1989)上へのプレーティングによって実施
した。
【0070】プラスミドDNAを形質転換体からキアゲ
ンからのキアプレップ スピン ミニプレップ キットに
よって単離し、かつクローニングしたsucD欠失対立
遺伝子をMWGバイオテック社(エベルスベルク、ドイ
ツ)による配列決定によって確認した。プラスミドをp
K18mobsacBsucDdelと名付けた。該株
をE.coliDH5αmcr/pK18mobsac
BsucDdelとして同定した。
【0071】4.3 C.グルタミクム株DSM571
5中のsucD遺伝子の欠失突然変異誘発 例4.2で挙げられるベクターpK18mobsacB
sucDdelをタウチ他(1989FEMSミクロバ
イオロジーレター123:343−347)のエレクト
ロポレーション方法によってエレクトロポレーションし
た。該ベクターはDSM5715中で独立に複製できな
い、従って染色体中に組み込まれた場合には細胞中に残
留するだけである。組み込まれたpK18mobsac
BsucDdelを有するクローンの選択をエレクトロ
ポレーションバッチの15mg/lのカナマイシンを補
ったLBアガー(サンブローク他、モレキュラークロー
ニング:研究室マニュアル、第2版、コールドスプリン
グハーバー、N.Y.1989)上へのプレーティング
によって実施した。培養したクローンを25mg/lの
カナマイシンを含有するLB−アガープレート上にスト
リークし、かつ33℃で16時間インキュベートした。
【0072】sucD遺伝子の完全な染色体コピーと一
緒にプラスミドを切り出すために、次いでクローンを1
0%のスクロースを含有するLB−アガー上で増殖させ
た。プラスミドpK18mobsacBはsacB遺伝
子のコピーを有し、これはスクロースをC.グルタミク
ムに対して毒性でないレバンスクラーゼに変換する。従
って組み込まれたpK18mobsacBsucDde
lも切り出されたクローンだけがスクロースを含有する
LB−アガー上で増殖可能である。切り出しにおいてs
ucD遺伝子の完全な染色体コピーまたは内部欠失を有
する不完全なコピーがプラスミドと一緒に切り出される
ことがある。
【0073】sucDの不完全なコピーが染色体中に残
留しているかどうかを検出するために、プラスミドpK
18mobsacBsucDdel断片をベーリンガー
マンハイムによって発行された“フィルターハイブリダ
イゼーションのためのDIGシステムユーザーズガイ
ド”に記載される方法によってベーリンガーからのDi
gハイブリダイゼーション キットを使用して標識し
た。潜在的な欠失変異体をエイクマン他(ミクロバイオ
ロジー140:1817−1828(1994))の方
法によって単離し、それぞれの場合において制限酵素S
phIおよびPstIを使用して別々の切片に切断し
た。得られた断片をアガロースゲル電気泳動によって分
離し、ベーリンガーからのDigハイブリダイゼーショ
ン キットを使用して68℃でハイブリダイズさせた。
得られた断片に基づいて株DSM5717がsucD遺
伝子のその完全なコピーを失い、かつその代わりに欠失
したコピーだけがなお利用可能であると示された。
【0074】該株はC.グルタミクムDSM5715Δ
sucDとして同定された。
【0075】例5 5.1 DSM5715::pCRBluntsucC
int株を使用するL−グルタメートの製造 例4.1で得られたC.グルタミクム株DSM571
5::pCRBluntsucCintを適当な栄養培
地中でL−グルタメートの製造のために培養し、かつ培
養上清中のグルタメート含有率を決定した。
【0076】この目的のために、該株をまず相応の抗生
物質を含有するアガープレート(カナマイシン(25m
g/l)を有する脳−心臓アガー(brain-heart aga
r))上で33℃で24時間インキュベートした。前培
養を前記のアガープレート培養を使用して接種した(1
00mlのエルレンマイヤーフラスコ中に10ml)。
完全培地CgIIIを前培養のための培地として使用し
た。
【0077】 培地CgIII NaCl 2.5g/l バクト−ペプトン 10g/l バクト−酵母エキス 10g/l グルコース(別にオートクレーブする) 2%(w/v) pHをpH7.4に調整した。
【0078】この培地にカナマイシン(25mg/l)
を添加した。前培養を振盪器において33℃で240r
pmで16時間インキュベートした。主培養は前記の前
培養から、主培養の初期光学密度(660nm)が0.
1ODになるように接種した。培地MMを主培養のため
に使用した。
【0079】 培地MM CSL(コーンスチープリカー) 5g/l MOPS(モルホリノプロパンスルホン酸) 20g/l グルコース(別にオートクレーブする) 50g/l 塩: (NHSO 25g/l KHPO 0.1g/l MgSO・7HO 1.0g/l CaCl・2HO 10mg/l FeSO・7HO 10mg/l MnSO・HO 5.0mg/l ビオチン(滅菌濾過) 0.3mg/l チアミン・HCl(滅菌濾過) 0.2mg/l フマレート(滅菌濾過) 5.81g/l ロイシン(滅菌濾過) 0.1g/l CaCO 25g/l CSL、MOPSおよび塩溶液をアンモニア水でpH7
に調整し、かつオートクレーブした。滅菌基体およびビ
タミン溶液ならびにオートクレーブした乾燥CaCO
を次いで添加した。
【0080】培養はバッフルを有する100mlのエル
レンマイヤーフラスコ中で10mlの容量において実施
する。カナマイシン(25mg/l)を添加した。培養
は33℃および80%大気湿気において実施した。
【0081】24時間後にODを測定波長660nmで
ビオメック1000装置(Biomek 1000 instrument)
(ベックマン インストルメントGmbH、ミュンヘ
ン)を使用して測定した。形成したグルタメートの量を
エッペンドルフ−バイオトロニック(ハンブルク、ドイ
ツ)からのアミノ酸アナライザーにおいてイオン交換ク
ロマトグラフィーおよびニンヒドリン検出による後カラ
ム誘導体化によって測定した。
【0082】試験の結果を第1表に示す。
【0083】
【表1】
【0084】5.2 株DSM5715ΔsucDを使
用するL−グルタメートの製造 例4.3で得られたC.グルタミクム株DSM5715
/pK18mobsacBsucDdelをL−グルタ
メートの製造のために適当な栄養培地中で培養し、かつ
培養上清中のグルタメート含有率を測定した。
【0085】この目的のために、該株をまずアガープレ
ート上で33℃で24時間インキュベートした。前培養
を該アガープレート培養(100mlのエルレンマイヤ
ーフラスコ中で10mlの培地)を使用して接種した。
完全培地CgIIIを前培養のために使用した。この培
地にカナマイシン(25mg/l)を添加した。前培養
を振盪器において33℃で240rpmで16時間イン
キュベートした。主培養は前記の前培養から主培養の初
期OD(660nm)が0.1ODになるように接種し
た。主培養のために培地MMを使用した。
【0086】培養は、バッフルを備えた100mlエル
レンマイヤーフラスコ中で10mlの容量において実施
した。培養は、33℃および80%大気湿気において実
施した。
【0087】72時間後に、ODを660nmの測定波
長でビオメック1000装置(Biomek 1000 instrumen
t)(ベックマン インストルメントGmbH、ミュンヘ
ン)を使用して測定した。形成したグルタメートの量を
エッペンドルフ−バイオトロニック(ハンブルク、ドイ
ツ)からのアミノ酸アナライザーにおいてイオン交換ク
ロマトグラフィーおよびニンヒドリン検出による後カラ
ム誘導体化によって測定した。
【0088】試験の結果を第2表に示す。
【0089】
【表2】
【0090】以下の図面を同封する: 図1:プラスミドpCRBluntsucCintのマ
ップ 使用される頭字語および略語は以下の意味を有する。
【0091】KmR:カナマイシン耐性遺伝子 Zeocin:ゼオシン耐性遺伝子 HindIII:制限酵素HindIIIの切断部位 SphI:制限酵素SphIの切断部位 EcoRI:制限酵素EcoRIの切断部位 sucCint:sucC遺伝子の内部断片 ColE1 ori:プラスミドColE1の複製起点 図2:プラスミドpK18mobsacBsucDde
lのマップ 使用される頭字語および略語は以下の意味を有する。
【0092】oriV:pMB1のColE1様開始点 sacB:タンパク質レバンスクラーゼをコードするs
acB遺伝子 RP4mob:RP4可動化部位 Kan:カナマイシンのための耐性遺伝子 sucDdel:C.グルタミクムのsucD遺伝子の
欠失した対立遺伝子 SphI:制限酵素SphIの切断部位 PstI:制限酵素PstIの切断部位 XmaI:制限酵素XmaIの切断部位 XbaI:制限酵素XbaIの切断部位
【0093】
【配列表】
【0094】
【外1】
【0095】
【外2】
【0096】
【外3】
【0097】
【外4】
【0098】
【外5】
【0099】
【外6】
【0100】
【外7】
【図面の簡単な説明】
【図1】図1はプラスミドpCRBluntsucCi
ntのマップを示す。
【図2】図2はプラスミドpK18mobsacBsu
cDdelのマップを示す。
【符号の説明】
KmR カナマイシン耐性遺伝子、 Zeocin ゼ
オシン耐性遺伝子、HindIII 制限酵素Hind
IIIの切断部位、 SphI 制限酵素SphIの切
断部位、 EcoRI 制限酵素EcoRIの切断部
位、 sucCint sucC遺伝子の内部断片、
ColE1 ori プラスミドColE1の複製起
点、 oriV pMB1のColE1様開始点、 s
acB タンパク質レバンスクラーゼをコードするsa
cB遺伝子、 RP4mob RP4可動化部位、 K
an カナマイシンのための耐性遺伝子、 sucDd
elC.グルタミクムのsucD遺伝子の欠失した対立
遺伝子、 SphI 制限酵素SphIの切断部位、
PstI 制限酵素PstIの切断部位、 XmaI
制限酵素XmaIの切断部位、 XbaI 制限酵素X
baIの切断部位
─────────────────────────────────────────────────────
【手続補正書】
【提出日】平成12年12月27日(2000.12.
27)
【手続補正1】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】0100
【補正方法】変更
【補正内容】
【0100】
【外7】
【外8】
【外9】
フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 FI テーマコート゛(参考) C12Q 1/68 (C12N 1/21 //(C12N 1/21 C12R 1:15) C12R 1:15) C12N 15/00 ZNAA (72)発明者 ヴァルター プフェッフェルレ ドイツ連邦共和国 ハレ ヤーンシュトラ ーセ 33 (72)発明者 アーヒム マルクス ドイツ連邦共和国 ビーレフェルト アル テンブレーデ 4ベー

Claims (18)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 sucC遺伝子および/またはsucD
    遺伝子をコードし、 a)配列番号2のアミノ酸配列を有するポリペプチドを
    コードするポリヌクレオチドに少なくとも70%まで同
    一であるポリヌクレオチド、 b)配列番号3のアミノ酸配列を有するポリペプチドを
    コードするポリヌクレオチドに少なくとも70%まで同
    一であるポリヌクレオチド、 c)配列番号2のアミノ酸配列に少なくとも70%まで
    同一であるアミノ酸配列を有するポリペプチドをコード
    するポリヌクレオチド、 d)配列番号3のアミノ酸配列に少なくとも70%まで
    同一であるアミノ酸配列を有するポリペプチドをコード
    するポリヌクレオチド、 e)ポリヌクレオチドa)、b)、c)またはd)に相
    補的であるポリヌクレオチド、および f)ポリヌクレオチド配列a)、b)、c)、d)また
    はe)の少なくとも15個の連続的なヌクレオチドを有
    するポリヌクレオチドからなる群から選択されるポリヌ
    クレオチド配列を有し、その際、有利には前記ポリペプ
    チドがスクシニル−CoAシンセターゼ活性を有する単
    離されたポリヌクレオチド。
  2. 【請求項2】 ポリヌクレオチドがコリネ型細菌中で複
    製可能な、有利には組み換えDNAである、請求項1記
    載のポリヌクレオチド。
  3. 【請求項3】 ポリヌクレオチドがRNAである、請求
    項1記載のポリヌクレオチド。
  4. 【請求項4】 配列番号1に示されるような核酸配列を
    有する、請求項2記載のポリヌクレオチド。
  5. 【請求項5】 複製可能であり、(i)配列番号1に示
    されるヌクレオチド配列、または(ii)遺伝コードの
    縮重の範囲内で配列(i)に相応する少なくとも1つの
    配列、または(iii)配列(i)または(ii)に相
    補的な配列とハイブリダイズする少なくとも1つの配
    列、および場合により(iv)(i)における機能的中
    立なセンス突然変異を有する請求項2記載のDNA。
  6. 【請求項6】 ハイブリダイゼーションを2×SSC以
    下に相当するストリンジェントな条件下で実施する、請
    求項5記載の複製可能なDNA。
  7. 【請求項7】 配列番号2に示されるアミノ酸配列を有
    するポリペプチドをコードする、請求項1記載のポリヌ
    クレオチド配列。
  8. 【請求項8】 sucC遺伝子および/またはsucD
    遺伝子が減衰された、コリネ型細菌。
  9. 【請求項9】 L−アミノ酸、特にL−リジンおよび/
    またはL−グルタメートを製造するための方法におい
    て、 a)まずsucC遺伝子および/またはsucD遺伝子
    またはそれをコードするヌクレオチド配列が減衰、特に
    スイッチオフされた、所望のL−アミノ酸を産生する細
    菌の発酵工程; b)培地または細菌細胞におけるL−アミノ酸の富化工
    程、および c)L−アミノ酸の単離工程を実施することを特徴とす
    る、L−アミノ酸、特にL−リジンおよび/またはL−
    グルタメートの製造方法。
  10. 【請求項10】 所望のL−アミノ酸の生合成経路の他
    の遺伝子を更に強化する、請求項9記載の方法。
  11. 【請求項11】 所望のL−アミノ酸の形成を低下させ
    る代謝経路が少なくとも部分的にスイッチオフされてい
    る細菌を使用する、請求項9記載の方法。
  12. 【請求項12】 sucC遺伝子もしくはsucD遺伝
    子をコードするポリヌクレオチドの発現を減衰、特にス
    イッチオフする、請求項9記載の方法。
  13. 【請求項13】 ポリヌクレオチドsucCおよびsu
    cDがコードするポリペプチド(酵素タンパク質)の触
    媒特性を低下させる、請求項9記載の方法。
  14. 【請求項14】 L−アミノ酸の製造のために、同時に
    以下の群: 14.1 ジヒドロジピコリン酸シンターゼをコードす
    るdapA遺伝子、 14.2 ピルビン酸カルボキシラーゼをコードするp
    yc遺伝子、 14.3 グリセルアルデヒド−3−リン酸デヒドロゲ
    ナーゼをコードするgap遺伝子 14.4 トリオースリン酸イソメラーゼをコードする
    遺伝子tpi、 14.5 3−ホスホグリセリン酸キナーゼをコードす
    る遺伝子pgk、 14.6 マレイン酸:キノンオキシドレダクターゼを
    コードするmqo遺伝子、 14.7 L−リジン輸送をコードするlysE遺伝
    子、 14.8 フィードバック耐性アスパラギン酸キナーゼ
    をコードする遺伝子lysC、 14.9 Zwa1−タンパク質をコードする遺伝子z
    wa1 から選択される1種以上の遺伝子が強化もしくは過剰発
    現されている微生物を発酵させる、請求項9記載の方
    法。
  15. 【請求項15】 L−アミノ酸の製造のために、同時に
    以下の群:15.1 ホスホエノールピルビン酸カルボ
    キシキナーゼをコードする遺伝子pck、 15.2 グルコース−6−リン酸イソメラーゼをコー
    ドする遺伝子pgi、 15.3 ピルビン酸−オキシダーゼをコードする遺伝
    子poxB、 15.4 Zwa2−タンパク質をコードする遺伝子z
    wa2 から選択される1種以上の遺伝子が減衰されているコリ
    ネ型微生物を発酵させる、請求項9記載の方法。
  16. 【請求項16】 請求項1記載のポリヌクレオチドの部
    分を有するが、請求された配列の少なくとも15個の連
    続的なヌクレオチドを有する、ベクターを有するコリネ
    型細菌。
  17. 【請求項17】 コリネバクテリウム グルタミクムの
    種類の微生物を使用する、請求項9から16までのいず
    れか1項記載の方法。
  18. 【請求項18】 核酸もしくはポリヌクレオチドまたは
    スクシニル−CoAシンターゼをコードするか、または
    sucC遺伝子および/またはsucD遺伝子の配列に
    高い類似性を有する遺伝子を単離するために、RNA、
    cDNAおよびDNAを検出する方法において、請求項
    1、2、3または4記載のポリヌクレオチド配列を有す
    るポリヌクレオチドをハイブリダイゼーションプローブ
    として使用することを特徴とする、RNA、cDNAお
    よびDNAの検出方法。
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