JP2000333686A - ワクチンおよび診断に有用なHelicobacterpyloriタンパク質 - Google Patents

ワクチンおよび診断に有用なHelicobacterpyloriタンパク質

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Abstract

(57)【要約】 【課題】 H.pyloriの新たな診断法の開発に有
用な、H.pylori「細胞毒素関連免疫優性」抗原
のタンパク質を提供すること。 【解決手段】 免疫原性であり、そして毒性に対して機
能的寄与をまったく示さないか、または毒性に対して実
質的に低い機能的寄与を示す組換えポリペプチドであっ
て、以下の特性を有する、少なくとも8アミノ酸の連続
する配列を含む組換えポリペプチド:(1)該少なくと
も8アミノ酸の連続する配列は、少なくとも1つの部位
を含み、ここで該部位はHelicobacter p
yloriに対する抗体によって結合され得;そして
(2)該少なくとも8アミノ酸の連続する配列は、開示
されたアミノ酸配列から得られる。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【発明の属する技術分野】本発明は概して、特定のHe
licobacter pyloriタンパク質、これ
らのタンパク質を発現する遺伝子、および、診断および
ワクチンへの適用に有用なこれらのタンパク質の使用に
関する。
【0002】
【従来の技術】Helicobacter pylor
iは、1982年に慢性胃炎患者の胃生検より初めて単
離された、螺旋状の微好気性グラム陰性細菌である(W
arrenら、Lancet i:1273−75(1
983))。元来Campylobacter pyl
oriと呼ばれていたものが、別属に属するものと認め
られ、Helicobacterと命名された(Goo
dwinら、Int.J.Syst.Bacterio
l.39:397−405(1989))。この細菌は
ヒト胃粘膜にコロニーを形成し、感染が何十年もの間継
続する。ここ数年の間に、この細菌の存在は、大半の感
染患者は無症候性であるが、消化性潰瘍および胃腺癌の
危険性をかなり増大する症状である、慢性B型胃炎に関
連づけられた。ごく最近の研究で、H.pylori感
染が、B型胃炎、消化性潰瘍、および胃癌の原因または
補助因子であり得ることが、強く示唆された(例えば、
Blaser,Gastroenterology 9
3:371−83(1987);Dooleyら、Ne
w Engl.J.Med.321:1562−66
(1989);Parsonnetら、New Eng
l.J.Med.325:1127−31(1991)
を参照のこと)。H.pyloriは、経口経路により
伝搬されると考えられており(Thomasら、Lan
cet i:340,1194(1992))、その感
染の危険性は、年齢とともに増大し(Grahamら、
Gastroenterology 100:1495
−1501(1991))、群衆化により促進される
(Drummら、New Engl.J.Med.43
22:359−63(1990);Blaser.Cl
in.Infect.Dis.15:386−93(1
992))。先進諸国では、H.pylori抗原に対
する抗体の存在が、30才代の人では20%未満から、
60才代では50%以上に増加している(Jones
ら、Med.Microbio.22:57−62(1
986);Morrisら、N.Z.Med.J.9
9:657−59(1986))が、一方発展途上国で
は、人口の80%以上が20才代までにすでに感染して
いる(Grahamら、DigestiveDisea
ses and Sciences 36:1084−
88(1991))。
【0003】H.pylori発病因子の特性および機
能は、いまだによく理解されていない。今までのところ
同定された因子には、おそらく粘膜層を越えて移動する
ために必要な鞭毛(例えば、Leyingら、Mol.
Microbiol.6:2863−74(1992)
を参照のこと);胃の酸性環境を中和し、初期のコロニ
ー化を可能にするために必要なウレアーゼ(例えば、C
ussacら、J.Bacteriol.174:24
66−73(1992);Perez−Perezら、
J.Infect.Immun.60:3658−36
63(1992);Austinら、J.Bacter
iol.174:7470−73(1992);PCT
公開No.WO90/04030を参照のこと)、およ
び、真核上皮細胞中に空胞形成をなし、疾患に関連する
H.pylori株により産生される、報告によれば8
7kDaの分子量を有するモノマーにより形成された、
高分子量細胞毒性タンパク質(例えば、Coverら、
J.Bio.Chem.267:10570−75(1
992)(特定のN末端23アミノ酸配列を有する「空
胞形成毒素」を参照);Coverら、J.Clin.
Invest.90:913−18(1992);Le
unk,Rev.Infect.Dis.13:568
6−89(1991)を参照のこと)が包含される。さ
らに、以下のことが周知である。
【0004】H.pylori培養上清には、分子量が
120、128、または130kDaである抗原が含有
されることが、別々の著者により示された(Apel
ら、Aentralblat fur Bakteri
ol.Microb.undHygiene 268:
271−76(1988);Crabtreeら、J.
Clin.Pathol 45:733−34(199
2);Coverら、Infect.Imunn.5
8:603−10(1990);Figuraら、H.
pylori qastritis and pept
ic ulcer(Malfrtheinerら、
編),Springer Verlag,Berlin
(1990))。記載された抗原の大きさの相違は、同
じタンパク質の分子量測定についての各研究室間の相違
によるのか、同じ抗原の大きさの可変性によるのか、ま
たは、実際に異なるタンパク質であるのかは、明白では
なかった。このタンパク質についてのヌクレオチド配列
またはアミノ酸配列の情報はなかった。H.pylor
i感染の実質的に全患者の血清中に、特異抗体が検出さ
れたので、感染ヒト中で、このタンパク質は非常に免疫
原性である(Gersteneckerら、Eur.
J.Clin.Microbiol.11:595−6
01(1992))。
【0005】H.pylori熱ショックタンパク質
(hsp)が記載された(Evansら、Infec
t.Immun.60:2125−27(1992)
〔44アミノ酸N末端配列および分子量約62kD
a);Dunnら、Infect.Immun.60:
1946−51(1992)(N末端配列中に認められ
た33アミノ酸および分子量約54kDa);Aust
inら、J.Bacteriol.174:7470−
73(1992)(N末端配列中に認められた37アミ
ノ酸および分子量約60kDa)〕。Austinら
は、N末端に同じアミノ酸配列を有する同じタンパク質
が事実存在することを示唆している。
【0006】診断試験の例については、H.pylor
i溶解物または半精製抗原に基づいた〔Evansら、
Gastroenterology 96:1004−
08(1989);U.S.4,882,271;PC
T公開No.WO89/08843(いずれもウレアー
ゼ活性を有する、外膜表面由来の同じ高分子量(300
−700kDa)抗原を含有する組成物およびアッセイ
に関連する);EPO公開No.329 570(6
3、57、45および31kDaの群からの少なくとも
1つのフラグメントを有する、H.pylori抗体を
検出するための抗原性組成物に関する)を参照のこ
と〕。
【0007】
【発明が解決しようとする課題】症候状態または無症候
状態のH.pylori感染患者の割合は、発展途上国
および先進国の両方において非常に高く、入院費および
治療費からして、H.pyloriワクチンおよびこの
疾患に対するさらなる診断試験の開発が望まれる。
【0008】
【課題を解決するための手段】本発明は、H.pylo
riの3つの主要なタンパク質のヌクレオチド配列およ
びアミノ酸配列に関する。詳細には、これらは、細胞毒
素、「細胞毒素関連免疫優性」(CAI)抗原、および
熱ショックタンパク質である。これらのタンパク質の完
全なアミノ酸配列は未知であり、それらの遺伝子も同定
されていない。本発明は、これらの精製タンパク質およ
びそれらの遺伝子に関するばかりではなく、それらに関
連する組換え物、例えば、ベクターおよび宿主細胞にも
関する。これらのタンパク質の分子レベルでの特性およ
び機能についての理解、ならびに、組換え産物の入手可
能性は、H.pyloriの新たな診断法の開発、およ
び、H.pylori感染の予防および疾患の処置を行
い得るワクチン設計に、重要な影響を及ぼす。
【0009】このように、これらのタンパク質は、ワク
チンおよび診断の両方の用途に使用され得る。本発明に
は、H.pyloriに関連する疾患の処置および診断
のための方法が包含される。H.pyloriは、B型
胃炎、消化性潰瘍、および胃腺癌に関連するので、本発
明が、これらの疾患症状の初期検出および緩和の助けと
なることが望まれる。最近では、診断は内視鏡および生
検の組織学的染色に依存し、既存の免疫アッセイは、
H.pylori溶解物または半精製抗原に基づく。こ
のようなアッセイにおいて認められる不均一性により、
疾患症状との相関性は十分には確立されていない。従っ
て、組換え抗原に基づくアッセイは、疾患検出のための
核酸アッセイと同様に優れる。従来、H.pylori
感染または処置のための市販ワクチンは存在しない。従
って、組換えワクチンは本発明の目的である。
【0010】
【発明の実施の形態】(A.一般的な方法論)本発明の
実施には、他に示されていなければ、当該分野の分子生
物学、微生物学、組換えDNA、および免疫学の従来の
方法を使用する。このような方法は、文献に十分に説明
されている。例えば、Sambrookら、MOLEC
ULAR CLONING;A LABORATORY
MANUAL,第二版(1989);DNA CLO
NING,VOLUMES I AND II(D.
N. Glover編 1985);OLIGONUC
LEOTIDE SYNTHESIS(M.J.Gai
t編 1984);NUCLEIC ACID HYB
RIDIZATION(B.D.HamesおよびS.
J.Higgins編 1984);TRANSCRI
PTION AND TRANSLATION(B.
D.HamesおよびS.J.Higgins編 19
84);ANIMAL CELL CULTURE
(R.I.Freshney編 1986);IMMO
BILIZED CELLS AND ENZYMES
(IRL Press, 1986);B. Perb
al,A PRACTICAL GUIDE TO M
OLECULAR CLONING(1984);ME
THODS IN ENZYMOLOGYシリーズ(A
cademic Press,Inc.);GENE
TRANSFER VECTORS FOR MAMM
ALIAN CELLS(J.H.Millerおよび
M.P.Calos編1987,Cold Sprin
g Harbor Laboratory)、Meth
ods in Enzymology Vol. 15
4およびVol.155(それぞれに、WuおよびGr
ossman、およびWu編)、MayerおよびWa
lker編(1987),IMMUNOCHEMICA
L METHODS IN CELL AND MOL
ECULAR BIOLOGY(Academic P
ress,London)、Scopes,(198
7),PROTEIN PURIFICATION:P
RINCIPLES AND PRACTICE,第二
版(Springer−Verlag,N.Y.)、お
よび、HANDBOOK OF EXPERIMENT
AL IMMUNOLOGY,VOLUMES I−I
V (D.M.WeirおよびC.C.Blackwe
ll編 1986)を参照のこと。
【0011】ヌクレオチドおよびアミノ酸の標準的な省
略形が、本明細書中で使用されている。本明細書中に掲
載されている、全ての刊行物、特許、および特許出願
は、参考として援用されている。
【0012】(B.定義)H.pyloriの「細胞毒
素」または「毒素」とは、図1〜3および4にそれぞれ
に示されているヌクレオチド配列またはアミノ酸配列を
有する、タンパク質またはそれらのフラグメント、なら
びに、それらの誘導体のことであり、分子量は約140
kDaである。このタンパク質は、分子量が約100k
Daの細胞毒素活性を有するタンパク質の前駆体として
機能する。細胞毒素は、空胞を形成して多くの真核細胞
型を死滅させ、そして、H.pylori培養上清から
精製された。さらに、細胞毒素は、タンパク性であり、
ゲル濾過法による見かけの分子量約950−972kD
aを有する。精製物質の変性ゲル電気泳動により、報告
によれば、950ー972kDa分子の主要成分が、見
かけの分子量87kDaのポリペプチドであったことが
以前に示されている(Coverら、J.Biol.C
hem.267:10570−75 1992)。しか
し、本明細書中において、以前に記載された87kDa
は、100kDaタンパク質のさらなるプロセッシング
によるのか、または、精製中に大きなタンパク質がタン
パク質分解したことによるかのいずれかであることが示
唆される。
【0013】「細胞毒素関連免疫優性」(CAI)抗原
とは、図6〜8に記載されているアミノ酸配列を有する
タンパク質およびそのフラグメント、およびそれらの誘
導体のことである。これは、親水性の表面露出タンパク
質であり、約120−132kDa、好ましくは128
−130kDaの分子量を有し、臨床分離株から産生さ
れる。遺伝子の大きさ、およびコードされるタンパク質
の大きさは、遺伝子内部の領域の複製を含む機構によ
り、個々の株により変化する。CAI抗原を産生しない
臨床分離株は、cai遺伝子を有さず、また活性細胞毒
素も産生し得ない。cai遺伝子の存在と細胞毒性との
関連は、cai遺伝子産物が、細胞毒素の転写、折り畳
み、移送、または機能に必要であることを示唆する。ま
たは、細胞毒素(CT)およびcai遺伝子の両方が、
非細胞毒性株には存在しない。このことは、2つの遺伝
子間である種の物理的連鎖を示唆する。CAI抗原固有
の特性は、大きさの可変性であり、このことはcai遺
伝子が連続的に変化していることを示唆する。CAI抗
原は、細胞表面に結合されるようである。このことは、
上清中への抗原放出が、抗原自身または細菌表面に結合
されたCAI抗原を有する複合体のいずれかを切断す
る、血清中に存在するプロテアーゼの作用のためであり
得ることを示唆する。同様のプロセッシング活性が、イ
ンビボにおける増殖中に抗原を放出し得る。典型的なリ
ーダーペプチド配列が存在しないことにより、非依存的
移送系が存在することが示唆される。
【0014】「熱ショックタンパク質」(hsp)と
は、図9〜11に示されているアミノ酸配列を有する、
H.pyloriタンパク質およびそのフラグメントの
ことであり、分子量は54−62kDaの範囲であり、
好ましくは約58−60kDaである。このhspは、
グラム陰性細菌熱ショックタンパク質群、hsp60に
属する。一般的には、hspは、原核および真核いずれ
も、動物および植物の全ての生物中に最も保存されたタ
ンパク質に属し、この保存は全配列に沿って広がってい
る。この高度の保存は、その活性を損なうことなく改変
されることはあり得ない、タンパク質の機能構造に、全
配列が関与することを示唆する。
【0015】本発明に使用され得るタンパク質の例に
は、このタンパク質の天然アミノ酸配列から主要でない
アミノ酸が変化したポリペプチドが含まれ、特に、同類
アミノ酸置換が予測される。同類置換は、それらの側鎖
が縁続きのアミノ酸ファミリー内でなされる置換であ
る。遺伝的にコードされるアミノ酸は、一般に4つのフ
ァミリーに分けられる:(1)酸性=アスパラギン酸、
グルタミン酸;(2)塩基性=リシン、アルギニン、ヒ
スチジン;(3)非極性=アラニン、バリン、ロイシ
ン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチ
オニン、トリプトファン;および、(4)非帯電極性=
グリシン、アスパラギン、グルタミン、シスチン、セリ
ン、スレオニン、チロシン。フェニルアラニン、トリプ
トファン、およびチロシンは、ときには、合わせて、芳
香族アミノ酸として分類される。例えば、ロイシンのイ
ソロイシンまたはバリンによる置換、アスパラギン酸の
グルタミン酸による置換、スレオニンのセリンによる置
換、または、構造的に関連するアミノ酸による同様の同
類置換などの分離された置換が、生物学的活性に重要な
影響を与えないことが、当然予測される。タンパク質と
して実質的に同じアミノ酸配列を有するが、実質的に機
能面に影響しない、主要でないアミノ酸置換を有するポ
リペプチド分子は、タンパク質の定義内に存在する。
【0016】天然源からのタンパク質の単離および精製
によるのではなく、組換えDNA法によるタンパク質の
生産の重要な利点は、天然源からタンパク質を単離する
ために要求される開始物質より、より少量の物質を使用
して、同量のタンパク質が生産され得ることである。組
換え法によるタンパク質の生産はまた、細胞内に通常存
在するある種の分子を伴わずにタンパク質を単離するこ
とを可能にする。組換え非ヒト宿主により産生されたヒ
トタンパク質のみが議論の組換えタンパク質であるの
で、事実、いかなるヒトタンパク質夾雑物も完全に含ま
ないタンパク質組成物が、容易に生産され得る。天然源
からの潜在的なウイルス因子、および、ヒトに対して病
原性であるウイルス成分もまた除外される。
【0017】本明細書中に使用されているように、用語
「組換えポリヌクレオチド」は、ゲノム、cDNA、半
合成または合成起源のポリヌクレチドを示し、その起源
または操作により:(1)天然では結合しているポリヌ
クレオチドの全てまたは一部と結合しない、(2)天然
ではそれに結合しているポリヌクレオチド以外のポリヌ
クレオチドに結合する、または(3)天然では存在しな
い。従って、この用語はまた、H. pylori細菌
ゲノムが遺伝子的に改変されて(例えば、変異誘発によ
り)、1つ以上の改変ポリペプチドを産生する状態も包
含する。
【0018】本明細書中に使用されているように、用語
「ポリヌクレオチド」とは、任意の長さのヌクレオチ
ド、好ましくはデオキシリボヌクレオチドのポリマー形
態のことであり、本明細書中では、用語「オリゴヌクレ
オチド」および「オリゴマー」と相互変換的に使用され
る。この用語は、分子の一次構造のみを示す。従って、
この用語には、二本鎖および一本鎖DNAおよびアンチ
センスポリヌクレオチドが包含される。これにはさら
に、既知の型の改変、例えば、当該分野で公知の標識の
存在、メチル化、末端「caps」、1つ以上の天然に
存在するヌクレオチドのアナログとの置換、ヌクレオチ
ド間の改変(例えば、ある型の非荷電性結合(例えば、
ホスホン酸メチル、ホスホトリエステル、ホスホアミデ
ート、カルバミン酸エステルなど)、または、荷電性結
合(例えば、ホスホチオエート、ホスホロジチオエート
など)との置換)、ペンダント部分の導入(例えば、タ
ンパク質(ヌクレアーゼ、毒素、抗体、シグナルペプチ
ド、ポリーLーリシンなど)、挿入剤(例えば、アクリ
ジン、プソラレン(psoralen))、キレーター
(例えば、金属、放射性物質、ホウ素、酸化成分な
ど)、アルキル化剤(例えば、αアノマー性核酸));
が、包含される。
【0019】用語「ゲノムの」により、ベクターにクロ
ーン化された制限フラグメント由来のDNA分子のコレ
クションまたはライブラリーを意味する。これには、微
生物の遺伝子物質の全てまたは一部が包含される。
【0020】用語「cDNA」により、mRNAの相補
鎖にハイブリダイズする相補mRNA配列を意味する。
【0021】本明細書中で使用されているように、用語
「オリゴマー」は、プライマーおよびプローブの両方を
意味し、本明細書では用語「ポリヌクレオチド」と相互
変換的に使用される。用語オリゴマーは、分子の大きさ
を意味しない。しかし、典型的にオリゴマーは、100
0ヌクレオチド未満、より典型的には500ヌクレオチ
ド未満、さらに典型的には250ヌクレオチド未満であ
り、それらは100ヌクレオチド未満であり得、75ヌ
クレオチド未満、そしてさらに50ヌクレオチド未満の
長さであり得る。
【0022】本明細書中で使用されているように、用語
「プライマー」とは、適切な条件下で使用されるとき
に、ポリヌクレオチド鎖の合成開始点として作用し得る
オリゴマーのことである。プライマーは、コピーされる
べきポリヌクレオチド鎖の領域に、完全にまたは実質的
に相補的である。従って、ハイブリダイゼーションを行
う条件下で、プライマーは、分析物である鎖の相補領域
にアニールする。適切な反応物(例えば、ポリメラー
ゼ、ヌクレオチドトリホスフェートなど)の添加によ
り、プライマーは、重合剤により伸長されて分析物であ
る鎖のコピーを形成する。プライマーは一本鎖であり得
るか、または、部分的または全体に二本鎖であり得る。
【0023】用語「分析物ポリヌクレオチド」および
「分析物鎖」とは、標的領域を含有すると思われる、一
本鎖または二本鎖核酸分子のことであり、生物学的試料
中に存在し得る。
【0024】本明細書中で使用されているように、用語
「プローブ」とは、標的配列中の配列とプローブ中の少
なくとも1つの配列との相補性により、標的配列とハイ
ブリッド構造を形成するポリヌクレオチドを含有する構
造のことである。プローブのポリヌクレオチド領域は、
DNAおよび/またはRNA、および/または合成ヌク
レオチドアナログから構成され得る。「捕獲プローブ」
および「標識プローブ」は、プローブ内に包含される。
【0025】本明細書中で使用されているように、用語
「標的領域」とは、増幅および/または検出されるべき
核酸領域のことである。用語「標的配列」とは、プロー
ブまたはプライマーが、所望の条件下で安定なハイブリ
ッドを形成し得る配列のことである。
【0026】本明細書中で使用されているように、用語
「捕獲プローブ」とは、結合パートナーに組み合わされ
る一本鎖ポリヌクレオチドを有するポリヌクレオチドプ
ローブのことである。この一本鎖ポリヌクレオチドは、
標的するポリヌクレオチド配列に含有され、これは、分
析物ポリヌクレオチド中の検出されるべき標的領域内の
標的配列に相補的である。この相補領域は、二本鎖に、
分析物ポリヌクレオチドを固体表面に固定する(結合パ
ートナーを介して)のに十分に安定性を与えるために、
十分な長さからなり、標的配列に対して相補的である。
結合パートナーは、第二の結合パートナーに特異的であ
り、第二の結合パートナーは、固体支持体の表面に結合
され得るか、または、その他の構造物または結合パート
ナーを介して間接的に固体支持体に結合され得る。
【0027】本明細書中で使用されているように、用語
「標的するポリヌクレオチド配列」とは、標的ヌクレオ
チド配列に相補的であるヌクレオチド配列が含有される
ポリヌクレチド配列のことであり、その配列は、意図さ
れる目的に十分な安定性を有する二本鎖を形成するの
に、十分な長さからなり、標的配列に相補的である。
【0028】本明細書中で使用されているように、用語
「結合パートナー」とは、例えば、抗原とそれに特異的
な抗体のような、高度な特異性を有するリガンド分子を
結合し得る分子のことである。一般的に、特異結合パー
トナーは、単離条件下で、分析物コピー/相補鎖の二本
鎖(捕獲プローブの場合)を固定するのに十分な親和性
で結合する。特異結合パートナーは、当該分野で公知で
あり、例えば、ビオチンとアビジンまたはストレプトア
ビジン、IgGとプロテインA、多くの既知のレセプタ
ー−リガンド対、および、相補的ポリヌクレオチド鎖を
包含する。相補的ポリヌクレオチド結合パートナーの場
合には、パートナーは通常、少なくとも約15塩基の長
さであり、少なくとも40塩基であり得、さらに、少な
くとも約40%から約60%のG+C含有量を有する。
ポリヌクレオチドは、DNA、RNAまたは合成ヌクレ
オチドアナログを含み得る。
【0029】本明細書中で使用されているように、用語
「カップルした(coupled)」とは、共有結合に
よるまたは非共有結合の強い相互作用(例えば、疎水相
互作用、水素結合など)による付着のことである。共有
結合は、例えば、エステル、エーテル、リン酸エステ
ル、アミド、ペプチド、イミド、炭素−イオウ結合、炭
素−リン結合などであり得る。
【0030】用語「支持体」とは、所望の結合パートナ
ーが固定され得る、いずれもの固体または半固体の表面
のことである。適切な支持体には、ガラス、プラスチッ
ク、金属、ポリマーゲルなどが含まれ、ビーズ、ウエ
ル、ディップスティック、膜などの形態にされ得る。
【0031】本明細書中で使用されているように、用語
「標識」とは、検出し得る(好ましくは定量し得る)シ
グナルを提供するために使用され得、ポリヌクレオチド
またはポリペプチドに結合され得る、いずれもの元素ま
たは部分のことである。
【0032】本明細書中で使用されているように、用語
「標識プローブ」とは、分析物ポリヌクレオチド中の検
出されるべき標的配列に相補的である、標的するポリヌ
クレオチド配列を含有するポリヌクレオチドプローブの
ことである。この相補領域は、「標識プローブ」および
「標識配列」を含有する二本鎖が、標識により検出され
るように、十分な長さからなり、標的配列に相補的であ
る。標識プローブは、直接に、または、マルチマーを含
む、互いに高度な特異性を有する1組のリガンド分子を
介して間接に、標識とカップルする。
【0033】本明細書中で使用されているように、用語
「マルチマー」とは、同じ繰り返しの一本鎖ポリヌクレ
オチドユニットまたは異なる一本鎖ポリヌクレオチドユ
ニットの、直鎖状または分枝状ポリマーのことである。
ユニットの少なくとも1つは、目的の、第一の一本鎖ヌ
クレオチド配列、典型的には分析物または分析物に結合
したポリヌクレオチドプローブ(例えば、標識プロー
ブ)に特異的にハイブリダイズし得る、配列、長さ、お
よび組成を有する。このような特異性および安定性を得
るために、このユニットは、通常は少なくとも約15ヌ
クレオチドの長さであり、典型的には約50ヌクレオチ
ド以下の長さ、そして好ましくは約30ヌクレオチドの
長さであり;G+C含有量は、通常は少なくとも約40
%、ほとんどは約60%である。このようなユニットに
加えて、マルチマーには、目的の第二の一本鎖ヌクレオ
チド、典型的には標識ポリヌクレオチドまたはその他の
マルチマーに、特異的および安定にハイブリダイズし得
る、多くのユニットが包含される。これらのユニット
は、上記に考察されたマルチマーのように、一般にはほ
ぼ同じ大きさおよび組成である。マルチマーがその他の
マルチマーにハイブリダイズされるように設計されてい
るときには、第一および第二のオリゴヌクレオチドユニ
ットは異質(異なる)であり、選択されたアッセイの条
件下では、互いにはハイブリダイズしない。従って、マ
ルチマーは、標識プローブであり得るか、または標識を
プローブにカップルするリガンドであり得る。
【0034】「レプリコン」は、細胞内のポリヌクレオ
チド複製の自己複製ユニットとして挙動する、すなわ
ち、自己制御下に複製し得るいずれもの遺伝子エレメン
ト、例えば、プラスミド、染色体、ウイルス、コスミド
などである。これには選択マーカーが含まれる。
【0035】「PCR」とは、Saikiら、Natu
re 324:163(1986);およびSchar
fら、Science(1986)233:1076−
1078;および米国特許第4,683,195号;な
らびに米国特許第4,683,202号に記載されてい
るようなポリメラーゼ連鎖反応のことである。
【0036】本明細書中で使用されているように、本来
xが、同じ様式でyに関連しない場合に、xはyに関し
て「異種」である。すなわち、天然ではxが全くyに関
連しないか、または、天然に実在して認められるような
同じ様式でyに関連しない。
【0037】「相同性」とは、xとyとの間の類似性の
程度のことである。1つの形態の配列と別の配列との類
似は、当該分野で公知の方法により決定され得る。例え
ば、それらはポリヌクレオチドの配列情報の直接比較に
より決定され得る。または、相同は、相同領域(例え
ば、S1消化の前に使用される)間で安定な二本鎖を形
成する条件下でポリヌクレオチドをハイブイブリダイズ
し、その後、一本鎖特異ヌクレアーゼにより消化し、そ
の後に消化されたフラグメントの大きさを決定すること
により決定され得る。
【0038】「ベクター」は、別のポリヌクレオチドセ
グメントが接続されて、この接続されたセグメントの複
製および/または発現をもたらすレプリコンである。
【0039】「制御配列」とは、それらが連結されるコ
ーディング配列の発現をもたらすために必要であるポリ
ヌクレオチド配列のことである。このような制御配列の
性質は、宿主生物に依存して異なる;原核生物では、こ
のような制御配列は、一般的にプロモーター、リボソー
ム結合部位、および転写終止配列を含み;真核生物で
は、一般的に、このような制御配列は、プロモーターお
よび転写終止配列を含む。用語「制御配列」は、最少
限、発現に必要とされる全成分を含み、さらに存在が有
利である付加的な成分、例えば、リーダー配列および融
合パートナー配列を含み得ると意図される。
【0040】「作動可能に連結された」とは、記載され
ている成分が、それらの意図する様式で機能し得る関係
にある並列のことである。コーディング配列に「作動可
能に連結された」制御配列は、コーディング配列の発現
が制御配列に適合した条件下で得られるように連結され
ている。
【0041】「オープンリーディングフレーム」(OR
F)は、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配
列の領域のことである;この領域は、コーディング配列
の一部またはコーディング配列全てを示し得る。
【0042】「コーディング配列」は、適切な調節配列
の制御下におかれると、通常はmRNAを介してポリペ
プチドに翻訳されるポリヌクレオチド配列である。コー
ディング配列の境界は、5’末端の翻訳開始コドンおよ
び3’末端の翻訳終止コドンにより決定される。コーデ
ィング配列には、cDNAおよび組換えポリヌクレオチ
ド配列が含まれる得るが、これらに限定されない。
【0043】本明細書中で使用されているように、用語
「ポリペプチド」は、アミノ酸のポリマーを指し、特定
の長さの産物を指すわけではない;従って、ペプチド、
オリゴペプチド、およびタンパク質が、ポリペプチドの
定義内に包含される。この用語にはまた、ポリペプチド
の発現後改変(例えば、グリコシル化、アセチル化、リ
ン酸化など)は意味されず、すなわち包含されない。定
義に包含されるのは、例えば、アミノ酸の1つ以上のア
ナログを含有するポリペプチド(例えば、非天然アミノ
酸などを含む)、置換結合を有するポリペプチド、およ
び当該分野で公知の天然に存在するおよび存在しない改
変である。
【0044】示された核酸配列「由来の」ポリペプチド
またはアミノ酸配列とは、配列にコードされたポリペプ
チドのアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列を有するポリ
ペプチド、またはそれらの部分、ここで、この部分は、
少なくとも3−5アミノ酸、さらに好ましくは少なくと
も8−10アミノ酸、そしてよりさらに好ましくは少な
くとも11−15アミノ酸からなる、または配列にコー
ドされたポリペプチドにより免疫学的に同定され得るポ
リペプチドのことである。この用語にはまた、示された
核酸配列から発現されるポリペプチドも包含される。
【0045】「免疫原性の」とは、アジュバントの存在
または非存在下で、それのみで、またはキャリアに結合
されて、体液性免疫応答および/または細胞性免疫応答
を引き起こすポリペプチドの能力のことである。「中
和」とは、感染因子の感染力を、部分的または全体的に
抑制する免疫応答のことである。
【0046】「エピトープ」とは、ペプチド、ポリペプ
チド、またはタンパク質の抗原決定基のことである;1
つのエピトープは、そのエピトープに対して唯一の高次
構造(spatial conformation)
で、3つ以上のアミノ酸を含み得る。一般的には、エピ
トープは、少なくとも5つのこのようなアミノ酸からな
り、さらに通常には少なくとも8−10のこのようなア
ミノ酸からなる。アミノ酸の高次構造の決定方法は当該
分野では公知であり、例えば、これらには、x線結晶解
析および二次元核磁気共鳴が含まれる。同じエピトープ
を認識する抗体は、1つの抗体が標的抗原に対するその
他の抗原の結合を阻む能力を示す、簡単な免疫アッセイ
において同定され得る。
【0047】本明細書中で使用されているように、「処
置(treatment)」とは、予防および/または
治療(therapy)(すなわち、あらゆる疾患症状
の調整)のことである。「個体(individua
l)」は、H.pylori感染が疑われる動物を意味
し、これにはヒトを含む霊長類が包含されるが、これら
に限定されない。「ワクチン」は、免疫原性の、また
は、部分的または完全にH.pyloriに対する保護
を誘起し得る、個体の処置に有用な組成物である。
【0048】H.pyloriタンパク質は、このタン
パク質に特異的な、モノクローナルまたはポリクローナ
ル抗体の産生に使用され得る。これらの抗体を産生する
方法は、当該分野で公知である。
【0049】「組換え宿主細胞」、「宿主細胞」、「細
胞」、「細胞培養物」、およびその他のこのような用語
は、組換えベクターまたは他の転移DNAの受容体とし
て使用され得るか、または使用されてきた、微生物、昆
虫細胞、および哺乳類細胞を示し、これには、形質転換
されたもとの細胞の子孫も包含される。1つの母細胞の
子孫は、自然突然変異、偶発突然変異または意図的突然
変異(deliberate mutation)のた
めに、形態学的に、または、ゲノムDNAまたは全DN
A成分が、もとの母細胞と完全に同一である必要はない
ことが理解される。哺乳類宿主細胞の例には、チャイニ
ーズハムスター卵巣(CHO)細胞およびサル腎(CO
S)細胞が含まれる。
【0050】特定して、本明細書中で使用されているよ
うに、用語「細胞系」とは、インビトロにおいて継続し
てまたは長期間に増殖および分裂し得る細胞群のことで
ある。しばしば、細胞系は1つの幹細胞(progen
itor cell)からのクローン群である。このよ
うなクローン群の貯蔵または転移の間に、核型に自発変
化または誘導変化が起こり得ることが、当該分野では公
知である。従って、いわゆる細胞系由来の細胞は、祖先
細胞または培養物に正確には同一ではなく、この細胞系
には、このような変異体が包含される。用語「細胞系」
はまた、不死化細胞を包含する。好ましくは、細胞系
は、非ハイブリッド細胞系、または二細胞型のハイブリ
ドーマを包含する。
【0051】本明細書中で使用されているように、用語
「微生物」には、細菌および真菌のような、原核微生物
種および真核微生物種が包含され、後者には、酵母およ
び糸状菌が含まれる。
【0052】本明細書中で使用されているように、「形
質転換」とは、挿入に用いられる方法(例えば、直接取
り込み、形質導入、f−交配またはエレクトロポーレー
ション)に関係なく、外因性ポリヌクレオチドの宿主細
胞への挿入のことである。外因性ポリヌクレオチドは、
非組込みベクター(例えばプラスミド)として維持され
得るか、または、宿主細胞ゲノムに組み込まれ得る。
【0053】ポリペプチドまたはヌクレオチド配列に関
するときには、「精製された」および「単離された」と
は、示された分子が、同じ型のその他の生物学的高分子
を実質的に含まずに存在することを意味する。本明細書
中で使用されているように、用語「精製された」は、好
ましくは、同じ型の生物学的高分子が、少なくとも75
重量%、さらに好ましくは少なくとも85重量%、さら
に好ましくは95重量%、そして最も好ましくは98重
量%で存在することを意味する(しかし、水、緩衝液、
およびその他の小分子、特に、1000未満の分子量を
有する分子は存在し得る)。
【0054】(C.核酸アッセイ)基本としてH.py
loriゲノムを使用して、約8ヌクレオチド以上のポ
リヌクレオチドプローブは、cDNAに加えて、RNA
の正鎖またはその相補鎖にハイブリダイズするように調
製され得る。これらのポリヌクレオチドは、ヌクレオチ
ド配列を含むポリヌクレオチドの検出、単離および/ま
たは標識用のプローブとして、および/または標的配列
の転写および/または複製用のプライマーとして働く。
各プローブは標的するポリヌクレオチド配列を含有し、
標的ヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチドから構成
される;その配列は、意図する目的に対して十分に安定
性を有する二本鎖を形成するために、十分な長さからな
り、その配列に相補的である。例えば、目的が、標的配
列を含有する分析物を固定化により単離することである
ときには、プローブは、単離条件下で分析物を固体表面
上に固定するのに十分な二本鎖安定性をもたらすため
に、十分な長さからなる、標的される配列に相補的であ
るポリヌクレオチド領域を含有する。さらに例えば、標
的配列の転写および/または複製用のプライマーとして
働くときには、プローブは、複製を成し遂げるために、
十分な長さからなる、標的される配列に相補的であるポ
リヌクレオチド領域を含有する。さらに例えば、ポリヌ
クレオチドプローブが、標識プローブとして用いられる
か、またはマルチマーに結合されるときには、標的する
ポリヌクレオチド領域は、標識プローブおよび/または
マルチマーと安定なハイブリッド二本鎖構造を形成する
のに、十分な長さからなり、相補的である。このプロー
ブは、標的される配列に相補的である、最低約4つの連
続したヌクレオチドを含有し得る;通常は、このオリゴ
マーは、標的される配列に相補的な最低約8つの連続し
たヌクレオチド、そして好ましくは標的される配列に相
補的な最低約14個の連続したヌクレオチドを含有す
る。
【0055】しかし、プローブは、標的される配列に相
補的な配列のみからなる必要はない。それらは、さらな
るヌクレオチド配列またはその他の部分を含有し得る。
例えば、プローブがPCRによる配列の増幅のためのプ
ライマーとして使用されるときには、それらは、二本鎖
の場合には、増幅される配列のクローニングを促進する
制限酵素部位を形成する配列を含有し得る。さらに例え
ば、プローブがハイブリダイゼーションアッセイでの
「捕獲プローブ」として使用されるときには、それら
は、上記定義のような「結合パートナー」にカップルさ
れる。プローブの調製は、当該分野で公知の手段によ
り、このような手段には、例えば、切り出し、転写、ま
たは化学合成を含む方法によることが含まれる。
【0056】(D.発現系)一旦、適切なH.pylo
riコーディング配列が単離されると、それは種々の異
なる発現系、例えば、哺乳類細胞、バキュロウイルス、
細菌、および酵母により用いられる発現系、で発現され
得る。
【0057】(i.哺乳類系)哺乳類発現系は当該分野
で公知である。哺乳類プロモーターは、哺乳類RNAポ
リメラーゼを結合し得、コーディング配列(例えば、構
造遺伝子)のmRNAへの下流(3’)転写を開始し得
る、いずれものDNA配列である。プロモーターは、通
常はコーディング配列の5’末端近傍に位置する転写開
始領域、および、通常は転写開始部位の上流25−30
塩基対(bp)に位置するTATAボックスを有する。
TATAボックスは、RNAポリメラーゼIIがRNA
合成を適切な部位で開始させるのを導くと考えられてい
る。哺乳類プロモーターはさらに、通常はTATAボッ
クスの上流100から200bp内に位置する上流プロ
モーターエレメントを有する。上流プロモーターエレメ
ントは、転写が開始される速度を決定し、いずれかの向
きに作用し得る(Sambrookら、Molecul
ar Cloning:A Laboratory M
anual,第二版(1989))。
【0058】哺乳類ウイルス遺伝子は、しばしば高度に
発現され、広範囲の宿主を有する;従って、哺乳類ウイ
ルス遺伝子をコードする配列は、特に有用なプロモータ
ー配列を提供する。例には、SV40初期プロモータ
ー、マウス乳癌ウイルスLTRプロモーター、アデノウ
イルス主要後期プロモーター(Ad MLP)、および
単純ヘルペスウイルスプロモーターが含まれる。さら
に、ネズミメタロチオネイン(metallothei
onein)遺伝子のような非ウイルス遺伝子由来の配
列もまた、有用なプロモーター配列を提供する。発現
は、構成的または調節され得(誘導可能な)、プロモー
ターに依存して、ホルモン−応答細胞中でグルココルチ
コイドにより誘導され得る。
【0059】上記のプロモーターエレメントに組み合わ
されたエンハンサーエレメント(エンハンサー)の存在
は、通常は発現レベルを増大させる。エンハンサーは、
相同または異種プロモーターに連結されたときに、通常
のRNA開始部位で合成を開始して、最高1000倍ま
で転写を促進し得る調節DNA配列である。さらに、エ
ンハンサーは、通常の向きまたは裏返しの向きで転写開
始部位から上流または下流に、または、プロモーターか
ら1000ヌクレオチドを超える位置に配置されるとき
に活性である(Maniatisら、Scince 2
36:1237(1989);Albertsら、Mo
lecular Biology ofthe Cel
l,第二版(1989))。ウイルス由来のエンハンサ
ーエレメントは、通常は広範囲の宿主を有するので、特
に有用である。例には、SV40初期遺伝子エンハンサ
ー(Dijkemaら、(1985) EMBO J.
4:761)、および、ラウス肉腫ウイルスの長末端反
復(LTR)由来(Gormanら、(1982)Pr
oc.Natl.Acad.Sci.79:6777)
およびヒトサイトメガロウイルス由来(Boshart
ら、(1985)Cell 41:5221)のエンハ
ンサー/プロモーターが含まれる。さらに、いくつかの
エンハンサーは、調節可能であり、ホルモンまたは金属
イオンのような誘導物質が存在するときのみに活性にな
る(Sassone−Corsiら、(1986)Tr
ends Genet.2:215;Maniatis
ら、(1987)Science 236:123
7)。
【0060】DNA分子は、哺乳類細胞において細胞内
に発現され得る。プロモータ配列はDNA分子に直接連
結され得るが、この場合にはいつも、組換えタンパク質
のN末端の最初のアミノ酸がメチオニンであり、ATG
開始コドンによりコードされる。所望であれば、N末端
は、インビトロにおける臭化シアンとのインキュベーシ
ョンにより、タンパク質から切断され得る。
【0061】あるいは、外来タンパク質はまた、哺乳類
細胞で外来タンパク質の分泌をなすリーダー配列フラグ
メントを含む、融合タンパク質をコードするキメラDN
A分子をつくることにより、細胞から増殖培地内に分泌
され得る。好ましくは、リーダーフラグメントと外来遺
伝子との間でコードされるプロセッシング部位が存在
し、これは、インビボまたはインビトロのいずれかにお
いて切断され得る。リーダー配列フラグメントは通常、
細胞からのタンパク質の分泌を導く、疎水性アミノ酸か
ら構成されるシグナルペプチドをコードする。アデノウ
イルス3分節系リーダーは、哺乳類細胞内での外来タン
パク質の分泌を提供するリーダー配列の例である。
【0062】一般には、哺乳類細胞により認識される転
写終止およびポリアデニル化配列は、翻訳終止コドンに
対し3’側に位置する調節領域であり、従って、プロモ
ーターエレメントとともに、コーディング配列に隣接す
る。成熟mRNAの3’末端は、部位特異的に翻訳後に
切断され、ポリアデニル化されて形成される(Birn
stielら、(1985)Cell 41:349;
ProudfootおよびWhitelaw(198
8)「真核RNAの終結および3’末端プロセッシング
(Termination and 3’ end p
rocessing of eukaryotic R
NA)」Transcription and spl
icing(B.D.HamesおよびD.M.Glo
ver編);Proudfoot(1989)Tren
ds Biochem.Sci.14:105)。これ
らの配列は、DNAによりコードされるポリペプチドに
翻訳され得るmRNAの転写を導く。転写ターミネータ
ー/ポリアデニル化シグナルの例には、SV40由来の
ものが含まれる(Sambrookら(1989),M
olecular Cloning:A Labora
tory Manual.)。
【0063】いくつかの遺伝子は、イントロン(介在配
列とも呼ばれる)が存在するときに、より効率よく発現
され得る。しかし、数個のcDNAは、スプライシング
シグナル(スプライス供与部位および受容部位とも呼ば
れる)が欠如しているベクターから効率よく発現された
(例えば、GethingおよびSambrook(1
981)Nature 293:620を参照のこ
と)。イントロンは、スプライス供与部位および受容部
位を有するコーディング配列内の介在非コーディング配
列である。それらは、一次転写物のポリアデニル化の後
に、「スプライシング」と呼ばれるプロセスにより除去
される(Nevins(1983)Annu.Rev.
Biochem.52:441;Green(198
6)Annu.Rev.Genet.20:671;P
adgettら、(1986)Annu.Rev.Bi
ochem.55:1119;KrainerおよびM
aniatis(1988)「RNAスプライシング
(RNA splicing)」,Transcrip
tion and splicing(B.D.Ham
esおよびD.M.Glover編))。
【0064】通常、プロモーター、ポリアデニル化シグ
ナル、およ転写終止配列を含有する上記の成分は、発現
構築物中に組み立てられる。エンハンサー、機能性スプ
ライス供与部位および受容部位を有するイントロン、お
よびリーダー配列もまた、所望であれば発現構築物中に
含まれる。発現構築物は、哺乳類細胞または細菌のよう
な宿主中で安定に維持され得る染色体外エレメント(例
えば、プラスミド)のような、レプリコン中に維持され
る。哺乳類複製系には、複製にトランス作用因子が必要
とされる動物ウイルス由来のものが含まれる。例えば、
SV40のようなパポーバウイルス(Gluzman
(1981)Cell 23:175)またはポリオー
マウイルスの複製系を含むプラスミドが、適切なウイル
スT抗原存在下で、非常に多数のコピーを複製する。哺
乳類レプリコンのさらなる例には、ウシパピローマウイ
ルスおよびエプスタイン・バーウイルス由来のものが含
まれる。さらに、レプリコンは2つの複製系を有し得、
このため、例えば、発現のために哺乳類細胞中に、およ
びクローニングおよび増幅のために原核生物宿主中に維
持される。このような哺乳類−細菌シャトルベクターの
例には、pMT2(Kaufmanら(1989)Mo
l.Cell.Biol.9:946)、およびpHE
BO(Shimizuら(1986)Mol.Cel
l.Biol.6:1074)が含まれる。
【0065】使用される形質転換方法は、形質転換され
るべき宿主に依存する。異種ポリヌクレオチドの哺乳類
細胞への導入方法は、当該分野で公知であり、デキスト
ラン介在トランスフェクション、リン酸カルシウム沈降
法、ポリブレン介在トランスフェクション、プロトプラ
スト融合、エレクトロポレーションポリヌクレオチドの
リポソーム内へのカプセル化、および、DNAの核への
直接マイクロインジェクションを包含する。
【0066】発現用の宿主として入手可能な哺乳類細胞
系は、当該分野で公知であり、チャイニーズハムスター
卵巣(CHO)細胞、HeLa細胞、ベビーハムスター
腎(BHK)細胞、サル腎細胞(COS)、ヒト肝細胞
癌腫細胞(例えば、HepG2)および多くのその他の
細胞系を含む、アメリカンタイプカルチャーコレクショ
ン(American Type Culture C
ollection)(ATCC)から入手可能な多く
の不死化細胞系を包含する。
【0067】(ii.バキュロウイルス系)タンパク質
をコードするポリヌクレオチドもまた、適切な昆虫発現
ベクターに挿入され得、ベクター内の制御エレメントに
作動可能に連結される。ベクター構築には、当該分野で
公知の方法が用いられる。
【0068】一般的に、発現系の成分には転移ベクタ
ー、通常は細菌プラスミドが含まれ、これは、バキュロ
ウイルスゲノムフラグメントと、発現されるべき異種の
遺伝子または遺伝子群挿入のための便宜的な制限部位と
の両方;転移ベクター内のバキュロウイルス特異フラグ
メントに相同な配列を有する野生型バキュロウイルス
(これは、バキュロウイルスゲノム内への異種遺伝子の
相同的組換えを考慮する);および、適切な昆虫宿主細
胞および増殖培地を含む。
【0069】タンパク質をコードするDNA配列を転移
ベクター内に挿入した後に、ベクターおよび野生型ウイ
ルスゲノムが、昆虫宿主細胞内へトランスフェクトさ
れ、そこでベクターとウイルスゲノムとの組換えが起こ
る。パッケージングされた組換えウイルスが発現され、
組換えプラークが同定および精製される。バキュロウイ
ルス/昆虫細胞発現系用の材料および方法は、キット形
態で、特に、Invitrogen,San Dieg
o CA(”MaxBac”キット)から市販されてい
る。これらの方法は当業者に公知であり、Summer
sおよびSmith, Texas Agricult
ural Experimennt Station
Bulletin No.1555(1987)(以
後、「SummersおよびSmith」)に十分に記
載されている。
【0070】タンパク質をコードするDNA配列をバキ
ュロウイルスゲノムに挿入する前に、プロモーター、リ
ーダー(所望であれば)、目的のコーディング配列、お
よび転写終止配列を含む上記の成分が、通常は中間置換
構築物(intermediate transpla
cement construct)(転移ベクター)
に組み立てられる。この構築物は、1つの遺伝子および
作動可能に連結された調節エレメント;各遺伝子がそれ
自身の固有のセットの作動可能に連結された調節エレメ
ントを有する複数の遺伝子;または、同じセットの調節
エレメントに調節される複数の遺伝子、を含む。中間置
換構築物はしばしば、細菌のような宿主中で安定して維
持され得る染色体外エレメント(例えば、プラスミド)
のような、レプリコン中に維持される。レプリコンは1
つの複製系を有し、このため、クローニングおよび増幅
のために適切な宿主中に維持される。
【0071】現在では、AcNPVへ外来遺伝子を導入
するための最も一般的に使用される転移ベクターは、p
Ac373である。当業者に公知のその他の多くのベク
ターもまた設計されている。これらは、例えば、pVL
985(ポリヘドリン開始コドンをATGからATTに
変え、ATT下流32塩基対にBamHIクローニング
部位を導入する;LuckowおよびSummers,
Virology(1989)17:31を参照)。
【0072】プラスミドは通常さらに、ポリヘドロンポ
リアデニル化シグナル(Millerら(1988)A
nn.Rev.Microbiol.,42:17
7)、および、選択およびE.coli中での増殖のた
めの原核アンピシリン耐性(amp)遺伝子および複製
起点を含有する。
【0073】バキュロウイルス転移ベクターは通常、バ
キュロウイルスプロモーターを含有する。バキュロウイ
ルスプロモーターは、バキュロウイルスRNAポリメラ
ーゼを結合し得、そしてコーディング配列(例えば、構
造遺伝子)のmRNAへの下流(5’から3’)翻訳を
開始し得る、いずれものDNA配列である。プロモータ
ーは、コーディング配列の5’末端近傍に通常位置する
転写開始領域を有する。この転写開始領域は通常、RN
Aポリメラーゼ結合部位および転写開始部位を含有す
る。バキュロウイスル転移ベクターもまた、エンハンサ
ーと呼ばれる第二ドメインを有し、これは存在する場合
には、構造遺伝子の遠位に存在する。発現は調節され得
るか、または構成的であり得る。
【0074】ウイルス感染サイクルの後期に多量に転写
された構造遺伝子は、特に有用なプロモーター配列を提
供する。例には、ウイルスポリヘドロンタンパク質をコ
ードする遺伝子由来の配列(Friesenら、(19
86)「バキュロウイルス遺伝子発現の調節(The
Regulation of Baculovirus
Gene Expression)」,The Mo
lecular Biology of Baculo
viruses(Walter Doerfler
編);EPO公開No.127 839およびNo.1
55 476);および、p10タンパク質をコードす
る遺伝子(Vlakら、(1988),J.Gen.V
irol.69:765)が含まれる。
【0075】適切なシグナル配列をコードするDNA
は、バキュロウイルスポリヘドリン遺伝子のような、昆
虫またはバキュロウイルス分泌タンパク質の遺伝子由来
であり得る(Carbonellら(1988)Gen
e,73:409)。あるいは、哺乳類細胞の翻訳後の
改変(シグナルペプチド切断、タンパク質分解切断、お
よびリン酸化のような)のためのシグナルは、昆虫細胞
により認識されると考えられており、そして分泌に必要
なシグナルおよび核集積は、無脊椎動物および脊椎動物
間で保存されているとも考えられているので、ヒトα−
インターフェロン(Maedaら、(1985),Na
ture 315:592);ヒトガストリン放出ペプ
チド(Lebacq−Verheydenら、(198
8),Molec.Cell.Biol.8:312
9);ヒトIL−2(Smithら、(1985)Pr
oc.Nat’l Acad.Sci.USA,82:
8404);マウス IL−3,(Miyajima
ら、(1987)Gene 58:273;ヒトグルコ
セレブロシダーゼ(Martinら(1988)DNA
7:99)をコードする遺伝子由来のような、非昆虫起
源のリーダーもまた、昆虫での分泌を提供するために使
用され得る。
【0076】組換えポリペプチドまたはポリタンパク質
は、細胞内に発現され得るか、または、適切な調節配列
で発現されれば分泌され得る。非融合外来タンパク質の
良好な細胞内発現は通常、ATG開始シグナルの前に適
切な翻訳開始シグナルを含有する短いリーダー配列を理
想的に有する異種遺伝子を必要とする。所望であれば、
N末端のメチオニンは、インビトロにおける臭化シアン
とのインキュベーションにより、成熟タンパク質から切
断され得る。
【0077】あるいは、天然では分泌されない組換えポ
リタンパク質またはタンパク質は、昆虫において外来タ
ンパク質の分泌を提供するリーダー配列フラグメントを
有する融合タンパク質をコードするキメラDNA分子を
つくることにより、昆虫細胞から分泌され得る。リーダ
ー配列フラグメントは通常、小胞体へのタンパク質の輸
送(translocation)を導く、疎水性アミ
ノ酸を有するシグナルペプチドをコードする。
【0078】タンパク質の発現産物の前駆体をコードす
るDNA配列および/または遺伝子の挿入後に、昆虫細
胞宿主を、転移ベクターの異種DNAと野生型バキュロ
ウイルスのゲノムDNAとで共形質転換(通常は共トラ
ンスフェクション)する。構築物のプロモーターおよび
転写終止配列は、通常バキュロウイルスゲノムの2−5
kb断片を含有する。バキュロウイルスの所望の部位に
異種DNAを導入する方法は、当該分野で公知である。
(SummersおよびSmith;Juら(198
7);Smithら、Mol.Cell.Biol.
(1983)3:2156;および、Luckowおよ
びSummers(1989)を参照のこと)。例え
ば、挿入は、ポリヘドリン遺伝子のような遺伝子に、相
同的二本鎖交差組換えによりなされ得る;挿入はまた、
所望のバキュロウイルス遺伝子中に設計された制限酵素
部位になされ得る。Millerら、(1989),B
ioessays 4:91。
【0079】DNA配列は、発現ベクターのポリヘドリ
ン遺伝子の位置にクローニングされたときには、ポリヘ
ドリン特異配列により、5’および3’両側に隣接さ
れ、ポリヘドリンプロモーターの下流に配置される。
【0080】新たに形成されたバキュロウイルス発現ベ
クターは、次に、感染性組換えバキュロウイルス中にパ
ッケージングされる。相同的組換えは低頻度(約1%か
ら約5%の間)で生じるため、共トランスフェクション
後に産生された主要なウイルスは、まだ野生型である。
従って、組換えウイルスを同定する方法が必要である。
発現系の利点は、視覚スクリーニングにより、組換えウ
イルスの区別が可能であることである。天然ウイルスに
より産生されるポリヘドリンタンパク質は、ウイルス感
染後、後期に感染細胞の核に非常に高レベルで産生され
る。集積されたポリヘドリンタンパク質は、埋め込まれ
た粒子をも含む封入体を形成する。これらの封入体は、
15μmまでの大きさであり、非常に屈折性であるため
に、光学顕微鏡下で容易に視覚化される光沢のある外観
となる。組換えウイルスに感染した細胞には、封入体が
ない。野生型ウイルスから組換えウイルスを区別するに
は、トランスフェクション上清を、当業者に公知の方法
により、単層の昆虫細胞上でプラーク形成させる。すな
わち、プラークを光学顕微鏡下で、封入体の存在(野生
型ウイルスの指標)または非存在(組換えウイルスの指
標)についてスクリーニングする。”Current
Protocols in Microbiolog
y” Vol.2(Ausubelら編)16.8(S
upp. 10, 1990);Summersおよび
Smith;Millerら(1989)。
【0081】組換えバキュロウイルス発現ベクターは、
数種の昆虫細胞への感染のために開発されている。例え
ば、組換えバキュロウイルは、とりわけ、Aedes
aegypti、Autographa califo
rnica、Bombyxmori、Drosophi
la melanogaster、Spodopter
a frugiperda、およびTrichoplu
sia niのために開発されている(PCT公開N
o.WO89/046699;Carbonellら、
(1985)J.Virol.56:153;Wrig
ht(1986)Nature 321:718;Sm
ithら、(1983)Mol.Cell.Biol.
3:2156;および一般的にはFraserら(19
89)In Vitro Cell.Dev.Bio
l.25:225を参照のこと)。
【0082】細胞および細胞培養培地は、バキュロウイ
ルス/発現系での異種ポリペプチドの直接発現および融
合発現市販されている;細胞培養法は、一般に当業者に
公知である。例えば、SummersおよびSmith
を参照のこと。
【0083】次に、改変昆虫細胞は、適切な栄養培地で
増殖され得る。この栄養培地により、改変昆虫宿主内に
存在するプラスミドは安定に維持され得る。発現産物遺
伝子が誘導制御下にある場合には、宿主は高密度に増殖
され得、発現が誘導され得る。あるいは、発現が構成的
である場合には、産物は培地に連続的に発現される。目
的の産物を取り出し、枯渇した栄養分を補給しながら、
栄養培地を連続的に取り替えねばならない。産物は、例
えば、HPLC、アフィニティークロマトグラフィー、
イオン交換クロマトグラフィーなどのクロマトグラフィ
ー;電気泳動;密度勾配遠心分離;溶媒抽出などの方法
で精製され得る。適切には、培地に分泌されるかまたは
昆虫細胞溶解から生じるいずれもの昆虫タンパク質を実
質的に除去するために、宿主の破片(例えば、タンパク
質、脂質および多糖類)を少なくとも実質的に含まない
産物を提供するために、必要であれば産物はさらに精製
され得る。
【0084】タンパク質発現を得るために、形質転換体
由来の組換え宿主細胞は、配列をコードする組換えタン
パク質の発現を可能にする条件下でインキュベートされ
る。これらの条件は、選択される宿主細胞に依存して変
化する。しかし、条件は、当該分野で公知のものに基づ
いて、当業者に容易に確認され得る。
【0085】(iii.細菌系)細菌発現法は当該分野
で公知である。細菌プロモーターは、細菌RNAポリメ
ラーゼに結合し得、コーディング配列(例えば、構造遺
伝子)のmRNAへの下流(3’’)転写を開始し得る
いずれものDNA配列である。プロモーターは、通常コ
ーディング配列の5’末端近傍に位置する転写開始領域
を有する。この転写開始領域は通常、RNAポリメラー
ゼ結合部位および転写開始部位を含む。細菌プロモータ
ーはまた、オペレーターと呼ばれる第二ドメインを有し
得、これは、RNA合成を開始する位置である隣接RN
Aポリメラーゼ結合部位に重複し得る。遺伝子リプレッ
サータンパク質はオペレターに結合し得、そのことによ
り特異遺伝子の転写を阻害し得るので、オペレーター
は、負の調節(誘導可能な)転写を行い得る。構成的発
現は、オペレーターのような負の調節エレメントの非存
在下で起こり得る。さらに、正の調節は、遺伝子活性化
タンパク質結合配列により達成され得、これは、存在す
る場合には、通常RNAポリメラーゼ結合配列(5’)
の近くに存在する。遺伝子活性化タンパク質の例は、カ
タボライト活性化タンパク質(CAP)であり、これ
は、E.coliでのlacオペロンの転写開始を助け
る(Raibaudら(1984)Annu.Rev.
Genet.18:173)。従って、調節的発現は正
または負のいずれかであり得、そのことにより転写を促
進または減退する。
【0086】代謝経路の酵素をコードする配列は、特に
有用なプロモーター配列を提供する。例には、ガラクト
ース、ラクトース(lac)(Changら(197
7)Nature 198:1056)、およびマルト
ースのような糖代謝酵素由来のプロモーター配列が含ま
れる。さらなる例には、トリプトファン(trp)のよ
うな生合成酵素由来のプロモーター配列が含まれる(G
oeddelら(1980)Nuc.Acids Re
s.8:4057;Yelvertonら(1981)
Nucl.Acids Res.9:731;米国特許
第4,738,921号;EPO公開No.03677
6およびNo.121775)。g−ラオタマーゼ(g
−laotamase)(bla)プロモーター系(W
eissmann(1981)「インターフェロンのク
ローニングおよびその他のmistakes(The
cloning of interferon and
other mistakes)」 Interfe
ron 3(I.Gresser編)、バクテリオファ
ージλPL(Shimatakeら(1981)Nat
ure 292:128)、およびT5(米国特許第
4,689,406号)プロモーター系もまた、有用な
プロモーター配列を提供する。
【0087】さらに、天然に存在しない合成プロモータ
ーもまた細菌プロモーターとして機能する。例えば、1
つの細菌またはバクテリオファージプロモーターの転写
活性化配列は、その他の細菌またはバクテリオファージ
プロモーターのオペロン配列に接続され得て、合成雑種
プロモーターをつくる(米国特許第4,551,433
号)。例えば、tacプロモーターは、lacリプレッ
サーにより調節される、trpプロモーターおよびla
cオペロン両配列を含有する雑種trp−lacプロモ
ーターである(Amannら(1983)Gene 2
5:167;de Boerら(1983)Proc.
Natl.Acad.Sci.80:21)。さらに、
細菌プロモーターは、細菌RNAポリメラーゼに結合
し、転写を開始する能力を有する、非細菌起源の天然に
存在するプロモーターを含み得る。非細菌起源の天然に
存在するプロモーターはまた、適合するRNAポリメラ
ーゼと結合して原核生物中である種の遺伝子を高レベル
で発現し得る。バクテリオファージT7 RNAポリメ
ラーゼ/プロモーター系は、結合されたプロモーター系
の例である(Studierら(1986)J.Mo
l.Biol.189:113;Taborら(198
5)Proc Natl.Acad.Sci.82:1
074)。さらに、雑種プロモーターもまた、バクテリ
オファージプロモーターおよびE.coliオペレータ
ー領域を含有し得る(EPO公開No.26785
1)。
【0088】機能プロモーター配列に加えて、能率のよ
いリボソーム結合部位もまた、原核生物での外来遺伝子
の発現に有用である。E.coliでは、リボソーム結
合部位はシャイン・ダルガーノ(SD)配列と呼ばれ、
開始コドン(ATG)および開始コドンの3−11ヌク
レオチド上流に位置する3−9ヌクレオチドの長さの配
列を含む(Shineら(1975)Nature 2
54:34)。SD配列は、SD配列とE.coli
16S rRNAの3’末端(3’ and)との間で
塩基対合してmRNAのリボソームへの結合を促進する
と考えられている(Steitzら(1979)「メッ
センジャーRNAにおける遺伝シグナルおよびヌクレオ
チド配列(Genetic signals and
nucleotide sequences in m
essenger RNA)」,Biological
Regulation and Developme
nt:Gene Expression(R.F.Go
ldberger編))。弱リボソーム結合部位を有す
る原核遺伝子および真核遺伝子を発現するために、(S
ambrookら(1989),Molecular
Cloning:A Laboratory Manu
al)。
【0089】DNA分子は細胞内に発現され得る。プロ
モーター配列は、直接DNA分子に連結され得、その場
合、N末端の最初のアミノ酸はメチオニンであり、これ
はATG開始コドンによりコードされる。必要であれ
ば、N末端のメチオニンは、インビトロにおける臭化シ
アンとのインキュベーション、または細菌メチオニンN
末端ペプチダーゼとのインビボまたはインビトロインキ
ュベーションにより、タンパク質から切断され得る(E
PO公開No.219237)。
【0090】融合タンパク質は、直接発現の代替を提供
する。通常は、内因性細菌タンパク質またはその他の安
定なタンパク質のN末端部分をコードするDNA配列
が、異種コーディング配列の5’末端に融合される。発
現に際し、この構築物は、2つのアミノ酸配列の融合を
提供する。例えば、バクテリオファージλ細胞遺伝子が
外来遺伝子の5’末端で連結され得、細菌内で発現され
得る。得られた融合タンパク質は、好ましくは、外来遺
伝子からバクテリオファージタンパク質を切断するため
のプロセッシング酵素(因子Xa)に対する部位を保持
している(Nagaiら(1984)Nature 3
09:810)。融合タンパク質はまたlacZ由来の
配列を用いて生成され得る(Jiaら(1987)Ge
ne 60:197,trpE,Allenら(198
7)J.Biotechnol.5:93;Makof
fら(1989)J.Gen.Microbiol.1
35:11、およびEPO公開No.324647,g
enes)。2つのアミノ酸配列を接続したDNA配列
は、切断部位をコードし得るか、またはコードし得な
い。その他の例は、ユビキチン融合タンパク質である。
このような融合タンパク質は、好ましくは、外来遺伝子
からユビキチンを切断するためのプロセッシング酵素
(例えば、ユビキチン特異プロセッシングプロテアー
ゼ)に対する部位を保持しているユビキチン領域を用い
て生成される。この方法によって、そのままの外来タン
パク質が単離され得る(Millerら(1989)B
io/Technology 7:698)。
【0091】あるいは、外来タンパク質はまた、細菌で
外来タンパク質分泌を提供するシグナルペプチド配列フ
ラグメントを含有する融合タンパク質をコードするキメ
ラDNA分子をつくることにより、細胞から分泌され得
る(米国特許第4,336,336号)。シグナル配列
フラグメントは通常、細胞からのタンパク質分泌を導く
疎水性アミノ酸を含有するシグナルペプチドをコードす
る。タンパク質は、増殖培地(グラム陽性細菌)、また
は、細胞の内膜と外膜との間に位置する細胞周辺腔(グ
ラム陰性細菌)のいずれかに分泌される。好ましくは、
シグナルペプチドフラグメントと外来遺伝子との間でコ
ードされるプロセッシング部位が存在し、これはインビ
ボまたはインビトロにおいて切断され得る。
【0092】適切なシグナル配列をコードするDNA
は、E.coli外膜タンパク質遺伝子(ompA)
(Masuiら(1983),Experimenta
l Manipulation of Gene Ex
pression;Ghrayebら(1984)EM
BO J.3:2437)およびE.coliアルカリ
ホスファターゼシグナル配列(phoA),(Okaら
(1985)Proc.Natl.Acad.Sci.
82:7212)のような、分泌される細菌タンパク質
の遺伝子由来であり得る。さらなる例として、種々のB
acillus株由来のαーアミラーゼ遺伝子のシグナ
ル配列は、B.subtilisから異種タンパク質を
分泌するために使用され得る(Palvaら(198
2)Proc.Natl.Acad.Sci.USA
79:5582;EPO公開No.244042)。
【0093】通常、細菌により認識される転写終止配列
は、翻訳終止コドンに対して3’側に位置する調節領域
であり、従って、プロモーターとともにコーディング配
列に隣接する。これらの配列は、DNAにコードされる
ポリペプチドに翻訳され得るmRNAの転写を導く。転
写終止配列はしばしば、転写終止の助けとなるステムル
ープ構造を形成し得る、約50ヌクレオチドのDNA配
列を含む。例には、E.coliのtrp遺伝子および
その他の生合成遺伝子のような、強プロモーターを伴っ
た遺伝子由来の転写終止配列が含まれる。
【0094】通常、プロモーター、シグナル配列(所望
であれば)、目的のコーディング配列、および転写終止
配列を含む上記の成分は、発現構築物中に組み立てられ
る。発現構築物は、細菌のような宿主に安定して維持さ
れ得る染色体外エレメント(例えば、プラスミド)のよ
うな、レプリコン中に維持される。レプリコンは、1つ
の複製系を有し、このため、発現、またはクローニング
および増幅のいずれかのために原核宿主中に維持され
る。さらに、レプリコンは、高コピー数または低コピー
数のプラスミドであり得る。高コピー数のプラスミド
は、一般的に、約5から約200、そして通常約10か
ら約150、の範囲のコピー数を有する。高コピー数の
プラスミドを含有する宿主は、好ましくは少なくとも約
10、より好ましくは少なくとも約20のプラスミドを
含有する。高コピー数または低コピー数のいずれかのベ
クターが、宿主でのベクターの効果および外来タンパク
質に依存して選択され得る。
【0095】あるいは、発現構築物は、組込みベクター
を用いて細菌ゲノムに組み込まれ得る。組込みベクター
は通常、ベクターの組込みを可能にする細菌染色体に相
同な少なくとも1つの配列を含有する。組込みは、ベク
ター中の相同DNAと細菌染色体と間の組換えによると
考えられる。例えば、種々のBacillus株由来の
DNAで構築された組込みベクターは、Bacillu
s染色体に組み込む(EPO公開No.12732
8)。組込みベクターはまた、バクテリオファージまた
はトランスポゾン配列を含有し得る。
【0096】通常、染色体外および組込み発現構築物
は、形質転換された細菌株の選択を可能にする選択マー
カーを含有し得る。選択マーカーは、細菌宿主中で発現
され得、アンピシリン、クロラムフェニコール、エリス
ロマイシン、カナマイシン(ネオマイシン)およびテト
ラサイクリンのような薬剤に対して細菌を耐性にする遺
伝子を含有し得る。(Daviesら、(1978)A
nnu.Rev.Microbiol.32:46
9)。選択マーカーはまた、ヒスチジン、トリプトファ
ン、およびロイシンの生合成経路でのような、生合成遺
伝子を含み得る。
【0097】あるいは、上記成分のいくつかは、形質転
換ベクター中に組み立てられ得る。形質転換ベクターは
通常、レプリコン中に維持されるかまたは組込みベクタ
ーに組み込まれる選択マーカーを含有する。
【0098】染色体外レプリコンまたは組込みベクター
である、発現および形質転換ベクターは、多くの細菌へ
の形質転換のために開発されている。例えば、発現ベク
ターは、特に以下の細菌のために開発されている:Ba
cillus subtilis,Palvら(198
2)Proc.Natl.Acad.Sci.USA7
9:5582;EPO公開No.036259およびN
o.063953;PCT公開No.Wo84/045
41;E.coli,Shimatakeら(198
1)Nature 292:128;Amannら(1
985)Gene 40:183;Studierら
(1986)J.Mol.Biol.189:113;
EPO公開No.036776,No.136829お
よびNo.136907;Streptococcus
cremoris,Powellら(1988)Ap
pl.Environ.Microbiol.54:6
55;Streptococcus lividan
s,Powellら(1988)Appl.Envir
on.Microbiol.54:655;およびSt
reptomyces lividans、米国特許第
4,745,056号。
【0099】外因性DNAの細菌宿主への導入方法は当
該分野で公知であり、CaCl2、または、二価カチオ
ンおよびDMS0のようなその他の試薬で処理された細
菌の形質転換を包含する。DNAはまた、エレクトロポ
ーレーションにより細菌細胞中に導入され得る。形質転
換の方法は、通常形質転換されるべき細菌種により変化
する。Massonら(1989)FEMS Micr
obiol.Lett. 60:273;Palvaら
(1982)Proc.Natl.Acad.Sci.
USA 79:5582;EPO公開No.03625
9およびNo.063953;PCT公開No.WO8
4/04541、Bacillusに関する;Mill
erら(1988)Proc.Natl.Acad.S
ci.85:856;Wangら(1990)J.Ba
cteriol.172:949、Campyloba
cterに関する;Cohenら(1973)Pro
c.Natl.Acad.Sci.69:2110;D
owerら(1988)Nucleic Acids
Res.16:6127;Kushner(1978)
「ColE1由来プラスミドによるE.coli形質転
換のための改良法(An improved meth
od for transformationof
E.coli with ColE1−derived
plasmids)」, Genetic Engi
neering:Proceedings of th
e International Symposium
onGenetic Engineering(H.
W.BoyerおよびS.Nicosia編);Man
delら(1970)J.Mol.Biol.53:1
59;Taketo(1988)Biochim.Bi
ophys.Acta949:318、Escheri
chiaに関する;Chassyら(1987)FEM
S Microbiol.Lett.44:173、L
actobacillusに関する;Fiedlerら
(1988)Anal.Biochem170:38、
Pseudomonasに関する;Augustinら
(1990) FEMS Microbiol.Let
t.66:203、Staphylococcusに関
する;Baranyら(1980)J.Bacteri
ol. 144:698;Harlander(198
7)「エレクトロポーレーションによるStrepto
coccus lactisの形質転換(Transf
omation of Streptococcus
lactis by electroporatio
n)」,Streptococcal Genetic
s (J.FerrettiおよびR.Curtiss
III編);Perryら(1981)Infec.
Immun.32:1295;Powellら(198
8)Appl.Environ.Microbiol.
54:655;Somkutiら(1987)Pro
c.4th Evr.Cong.Biotechnol
ory 1:412、Streptococcusに関
する、を参照のこと。
【0100】(iv.酵母発現)酵母発現系もまた当業
者に公知である。酵母プロモーターは、酵母RNAポリ
メラーゼに結合し得、コーディング配列(例えば、構造
遺伝子)のmRNAへの下流(3’)転写を開始し得
る、いずれものDNA配列である。プロモーターは、コ
ーディング配列の5’末端近傍に通常位置する転写開始
領域を有する。この転写開始領域は通常、RNAポリメ
ラーゼ結合部位(「TATAボックス」)および転写開
始部位を含む。酵母プロモーターはさらに、上流活性化
配列(UAS)と呼ばれる第二ドメインを有し得、これ
は、存在する場合には通常構造遺伝子の遠位に存在す
る。UASにより、調節(誘導可能な)発現が行われ
る。構成的発現は、UASの非存在下で起こる。調節的
発現は正または負のいずれかであり得、そのことにより
転写を促進または減退する。
【0101】酵母は、活性代謝経路を有する発酵微生物
であり、従って、代謝経路の酵素をコードする配列は特
に有用なプロモーター配列を提供する。例には、アルコ
ールデヒドロゲナーゼ(ADH)(EPO公開No.2
84044)、エノラーゼ、グルコキナーゼ、グルコー
ス−6−リン酸イソメラーゼ、グリセルアルデヒド−3
−リン酸−デヒドロゲナーゼ(GAPまたはGAPD
H)、ヘキソキナーゼ、ホスホフルクトキナーゼ、3−
ホスホグリセリン酸ムターゼ、およびピルビン酸キナー
ゼ(PyK)(EPO公開No.329203)が包含
される。酸性ホスファターゼをコードする酵母PHO5
遺伝子もまた、有用なプロモーター配列を提供する(M
yanoharaら(1983)Proc.Natl.
Acad.Sci.USA 80:1)。
【0102】さらに、天然に存在しない合成プロモータ
ーもまた、酵母プロモーターとして機能する。例えば、
1つの酵母プロモーターのUAS配列は、別の酵母プロ
モーターの転写活性化領域に接続され得、合成雑種プロ
モーターがつくられ得る。このような雑種プロモーター
の例には、GAP転写活性化領域に連結されたADH調
節配列が含まれる(米国特許第4,876,197号お
よび米国特許第4,880,734号)。雑種プロモー
ターのその他の例には、GAPまたはPyKのような解
糖酵素遺伝子の転写活性化領域に組み合わされた、AD
H2、GAL4、GAL10、またはPHO5遺伝子の
いずれかの調節配列からなるプロモーターが含まれる
(EPO公開No.164556)。さらに、酵母プロ
モーターには、酵母RNAポリメラーゼに結合し、転写
を開始する能力を有する、非酵母起源の天然に存在する
プロモーターが含まれ得る。このようなプロモーターの
例には、特に、Cohenら(1980)Proc.N
atl.Acad.Sci.USA 77:1078;
Henikoffら(1981)Nature 28
3:835;Hollenbergら(1981)Cu
rr.Topics Microbiol.Immun
ol.96:119;Hollenbergら(197
9)「酵母Saccharomyces cerevi
siaeでの細菌抗生物質耐性遺伝子の発現(The
Expresion of Bacterial An
tibioic Resistance Genes
in the Yeast Saccharomyce
s cerevisiae)」:Plasmids o
f Medical,Environmental a
ndCommercial Importance
(K.N.TimmisおよびA.Puhler編);
Mercerau−Puigalonら(1980)G
ene 11:163;Panthierら(198
0)Curr.Genet.2:109が、含まれる。
【0103】DNA分子は酵母において細胞内に発現さ
れ得る。プロモーター配列は、DNA分子に直接に連結
され得、その場合には、組換えタンパク質のN末端の最
初のアミノ酸はいつもメチオニンであり、これはATG
開始コドンによりコードされる。所望であれば、N末端
メチオニンは、インビトロにおける臭化シアンとのイン
キュベーションにより、タンパク質から切断され得る。
【0104】融合タンパク質は、哺乳類、バキュロウイ
ルス、および細菌発現系と同様に、酵母発現系の代替を
提供する。通常、内因性酵母タンパク質またはその他の
安定なタンパク質のN末端部分をコードするDNA配列
が、異種コーディング配列の5’に融合される。発現に
際し、この構築物は、2つアミノ酸配列の融合を提供す
る。例えば、酵母またはヒトのスーパーオキシドジスム
ターゼ(SOD)遺伝子が、外来遺伝子の5’末端で連
結され得、酵母で発現され得る。2つのアミノ酸配列の
接続部位DNA配列は、切断部位をコードし得るか、ま
たはコードし得ない。例えば、EPO公開No.196
056を参照のこと。その他の例は、ユビキチン融合タ
ンパク質である。このような融合タンパク質は、好まし
くは、外来タンパク質からユビキチンを切断するための
プロセッシング酵素(例えば、ユビキチン特異プロセッ
シングプロテアーゼ)に対する部位を保持しているユビ
キチン領域でつくられる。従って、この方法によってそ
のままの外来タンパク質が単離され得る(例えば、PC
T公開No.WO88/024066を参照のこと)。
【0105】あるいは、外来タンパク質はまた、酵母で
の外来タンパク質の分泌を提供するリーダー配列フラグ
メントを含有する融合タンパク質をコードする、キメラ
DNA分子をつくることにより、細胞から増殖培地に分
泌され得る。好ましくは、リーダーフラグメントと外来
遺伝子との間でコードされるプロセッシング部位が存在
し、インビボまたはインビトロのいずれかで切断され得
る。リーダー配列フラグメントは通常、細胞からのタン
パク質の分泌を導く疎水性アミノ酸を含有するシグナル
ペプチドをコードする。
【0106】適切なシグナル配列をコードするDNA
は、酵母インベルターゼ遺伝子(EPO公開No.01
2873;JPO公開No.62,096,086)お
よびA因子遺伝子(米国特許第4,588,684号)
のような、分泌酵母タンパク質の遺伝子に由来し得る。
あるいは、インターフェロンリーダーのような、非酵母
起源のリーダーが存在し、これもまた酵母での分泌を提
供する(EPO公開No.060057)。
【0107】分泌リーダーの好ましいクラスには、酵母
α因子遺伝子のフラグメントを用いるリーダーがあり、
これは「pre」シグナル配列および「pro」領域の
両方を含有する。用いられ得るα因子フラグメントの型
には、全長pre−proα因子リーダー(約83アミ
ノ酸残基)および切断型α因子リーダー(通常約25か
ら約50アミノ酸残基)が含まれる(米国特許第4,5
46,083号および米国特許第4,870,008
号;EPO公開No.324274)。分泌を提供する
α因子リーダーフラグメントを用いる別のリーダーに
は、第一酵母のpre配列でつくられたハイブリッドα
因子リーダーが含まれるが、第二酵母のα因子のpro
領域は含まれない。(例えば、PCT公開No.WO8
9/02463を参照のこと)。
【0108】通常、酵母により認識される転写終止配列
は、翻訳終止コドンに対して3’側に位置する調節領域
であり、従って、プロモーターとともにコーディング領
域に隣接する。これらの配列は、DNAによりコードさ
れるポリペプチドに翻訳され得るmRNAの転写を導
く。転写終止配列およびその他の酵母認識終止配列の例
は、解糖酵素をコードする配列などである。
【0109】通常、プロモーター、リーダー(所望であ
れば)、目的のコーディング配列、および転写終止配列
を含む上記の成分は、発現構築物中に組み立てられる。
発現構築物はしばしば、酵母または細菌のような宿主中
に安定して維持され得る染色体外エレメント(例えば、
プラスミド)のような、レプリコン中に維持される。レ
プリコンは2つの複製系を有し得、このため、例えば、
発現のために酵母中に、およびクローニングおよび増幅
のために原核宿主中に維持される。このような酵母−細
菌シャトルベクターの例には、YEp24(Botst
einら(1979)Gene 8:17−24);p
Cl/1(Brakeら(1984)Proc.Nat
l.Acad.Sci USA 81:4642−46
46);およびYRp17(Stinchcombら
(1982)J.Mol.Biol.158:157)
が含まれる。さらに、レプリコンは、高コピー数または
低コピー数のプラスミドであり得る。高コピー数のプラ
スミドは一般に、約5から約200の範囲のコピー数を
有し、通常約10から約150のコピー数を有する。高
コピー数のプラスミドを含有する宿主は、好ましくは少
なくとも約10、より好ましくは少なくとも約20を有
する。高コピー数または低コピー数のベクターは、宿主
におけるベクターおよび外来タンパク質の効果に依存し
て選択され得る。
【0110】あるいは、発現構築物は、組込みベクター
を用いて酵母ゲノムに組み込まれ得る。組込みベクター
は通常、ベクターの組込みを可能にする、酵母染色体に
相同な少なくとも1つの配列を含有し、好ましくは、発
現構築物に隣接する2つの相同な配列を含有する。組込
みは、ベクター中の相同DNAと酵母染色体との組換え
によると考えられる(Orr−Weaverら(198
3)Methodsin Enzymol.101:2
28−245)。組込みベクターは、ベクター中への封
入に適切な相同配列を選択することにより、酵母の特異
的な座に導かれ得る。1つ以上の発現構築物が組み込ま
れ得、おそらく産生される組換えタンパク質レベルに影
響し得る(Rineら(1983)Proc.Nat
l.Acad.Sci.USA 80:6750)。ベ
クターに含まれる染色体配列は、ベクター中の1つのセ
グメントとして存在して、完全ベクターの組込みになり
得るか、または、染色体中の隣接セグメントに相同で、
ベクター中で発現構築物に隣接する2つのセグメントと
して存在して、発現構築物のみの安定な組込みになり得
る。
【0111】通常は、染色体外および組込み発現構築物
は、形質転換された酵母株の選択を可能にする選択マー
カーを含有し得る。選択マーカーは、ADE2、HIS
4、LEU2、TRP1、およびALG7のような、酵
母宿主で発現され得る生合成遺伝子、および、ツニカマ
イシンおよびG418のそれぞれに対する酵母細胞にお
いて耐性を与えるG418耐性遺伝子を含み得る。さら
に、適切な選択マーカーはまた、金属のような毒素成分
の存在下で増殖する能力を有する酵母を提供し得る。例
えば、CUP1の存在は、銅イオンの存在下での酵母の
増殖を可能にする(Buttら(1987)Micro
biol,Rev. 51:351)。
【0112】あるいは、上記成分のいくつかは、形質転
換ベクター中に組み立てれられ得る。形質転換ベクター
は通常、レプリコン中に維持されるかまたは組込みベク
ターに組み込まれる選択マーカーを含有する。
【0113】染色体外レプリコンまたは組込みベクター
である、発現および形質転換ベクターは、多くの酵母の
形質転換のために開発されている。例えば、発現ベクタ
ーは、特に以下の酵母のために開発されている:Can
dida albicans(Kurtzら(198
6)Mol.Cell.Biol. 6:142);C
andida maltosa(Kunzeら(198
5)J.Basic Microbiol. 25:1
41);Hansenula polymorpha
(Gleesonら(1986)J.Gen.Micr
obiol 132:3459;Roggenkamp
ら(1986)Mol.Gen.Genet.202:
302);Kluyveromyces fragil
is(Dasら(1984)J.Bacteriol.
158:1165);Kluyveromyces l
actis(De Louvencourtら(198
3)J.Bacteriol.154:737;Van
den Bergら(1990)Bio/Techn
ology 8:135);Pichia guill
erimondii(Kunzeら(1985)J.B
asic Microbiol.25:141);Pi
chia pastoris(Creggら(198
5)Mol.Cell.Biol.5:3376;米国
特許第4,837.148号および米国特許第4,92
9,555号);Saccharomyces cer
evisiae(Hinnenら(1978)Pro
c.Natl.Acad.Sci.USA 75:19
29;Itoら(1983)J.Bacteriol.
153:163);Schizosaccharomy
cespombe(Beachら(1981)Natu
re 300:706);および、Yarrowia
lipolytica(Davidowら(1985)
Curr.Genet.10:380471 Gail
lardinら(1985)Curr.Genet.1
0:49)。
【0114】外因性DNAの酵母宿主への導入方法は、
当該分野では公知であり、通常は、スフェロプラストま
たは完全酵母細胞をアルカリカチオンで処理する形質転
換を包含する。形質転換方法は通常、形質転換される酵
母種により変化する。例えば、Kurtzら(198
6)Mol.Cell.Biol.6:142;Kun
zeら(1985)J.Basic Microbio
l.25:141、Candidaに関する;Glee
sonら(1986)J.Gen.Microbio
y.132:3459;Roggenkampら(19
86)Mol.Gen.Genet.202:302、
Hansenulaに関する;Dasら(1984)
J.bioteriol.58:1165;De Lo
uvencourtら(1983)J.Bacteri
ol.154:1165;Van den Bergら
(1990)Bio/Technology 8:13
5、Kluyveromycesに関する;Cregg
ら(1985)Mol.Cell.Biol.5:33
76;Kunzeら(1985)J.Basic Mi
crobiol.25:141;米国特許第4,83
7,148号および米国特許第4,929,555号、
Pichiaに関する;Hinnenら(1978)P
roc.Natl.Acad.Sci.USA 75;
1929;Itoら(1983)J.Bacterio
l.153:163、Saccharomycesに関
する;Beachら(1981)Nature 30
0:706、Schizosaccharomyces
に関する;Davidowら(1985)Curr.G
enet.10:39;Gaillardinら(19
85)Curr.Genet.10:49、Yarro
wiaに関する;参照のこと。
【0115】(E.ワクチン)本明細書中で考察されて
いる各H.pyloriタンパク質は、単一ワクチン候
補物として、または1つ以上のその他の抗原との組み合
わせで使用され得、後者はH.pyloriまたはその
他の病原のいずれかに由来する。好ましくは「カクテ
ル」ワクチンであり、例えば、細胞毒素(CT)抗原、
CAIタンパク質、およびウレアーゼを含有する。さら
に、hspが、これらの成分の1つ以上に対して加えら
れ得る。これらのワクチンは、予防剤(感染を予防する
ため)または治療剤(感染後に疾患を治療するため)の
いずれかであり得る。
【0116】このようなワクチンは、H.pylori
抗原または抗原類を、通常は「薬学的に受容可能なキャ
リア」との組合せで含有し、このキャリアは、この組成
物が与えられる個体に対して有害な抗体の産生をそれ自
身が誘導しないいずれものキャリアを含む。適切なキャ
リアは、典型的には、タンパク質、多糖類、ポリ乳酸、
ポリグリコール酸、アミノ酸ポリマー、アミノ酸コポリ
マー、脂質凝集体(例えば、油滴またはリポソーム)、
および不活性ウイルス粒子のような、大きくて徐々に代
謝される高分子である。このようなキャリアは、当業者
に周知である。さらに、これらのキャリアは、免疫刺激
剤(「アジュバント」)として機能し得る。さらに、抗
原は、ジフテリア、破傷風、コレラ、H.pylori
などの病原体のような細菌トキソイドにコンジュゲート
され得る。
【0117】組成物の効果を増強させる好ましいアジュ
バントには、以下が包含されるが、これらに限定されな
い:(1)アルミニウム塩(alum)(水酸化アルミ
ニウム、リン酸アルミニウム、硫酸アルミニウムな
ど);(2)水中油型エマルジョン製剤〔ムラミルペプ
チド(下記を参照)のようなその他の特異免疫刺激剤ま
たは細菌細胞壁成分を伴うまたは伴わない〕、例えば、
(a)MF59(PCT公開No.WO90/1483
7):5%スクワレン、0.5%Tween 80、お
よび0.5%Span 85〔必須ではないが必要に応
じて、種々の量のMTP−PE(下記を参照)を含有す
る〕を含有して、110Y型マイクロフルイダイザー
(Microfluidics,Newton,MA)
のようなマイクロフルイダイザーを使用して、サブミク
ロン粒子に処方される;(b)SAF:10%スクワレ
ン、0.4%Tween 80、5%プルロニック(p
luronic)−ブロックポリマーL121、および
thr−MDP(下記を参照)を含有し、マイクロフル
イダイザーにかけてサブミクロン粒子エマルジョンにさ
れるか、ボルテックスにかけてより大きな粒子サイズの
エマルジョンを生成する;および、(c)RibiTM
ジュバント系(RAS)(Ribi Immunoch
em,Hamilton,MT):2%スクワレン、
0.2%Tween80、および、1つ以上の細菌細胞
壁成分(モノホスホリルリピド(monophosph
orylipid) A(MPL)、トレハロースジミ
コレート(TDM)、および細胞壁骨格(CWS)より
なる群にから選ばれる、好ましくはMPL+CWS(D
etoxTM)を含有する;(3)サポニンアジュバント
(例えばStimulonTM(Cambridge B
ioscience,Worcester,MA))が
使用され得るか、または、ISCOM(免疫刺激複合
体)のような、それらからつくられた粒子;(4)完全
フロイントアジュバント(CFA)および不完全フロイ
ントアジュバント(IFA);(5)サイトカイン(例
えば、インターロイキン(IL−1、IL−2など)、
マクロファージコロニー刺激因子(M−CSF)、腫瘍
壊死因子(TNF)など);および、(6)組成物の効
果を増強するための免疫刺激剤として作用するその他の
物質。AlumおよびMF59が好ましい。
【0118】上記のように、ムラミルペプチドには、N
−アセチル−ムラミル−L−トレオニル−D−イソグル
タミン(thr−MDP)、N−アセチル−ノルムラミ
ル−L−アラニル−D−イソグルタミン(nor−MD
P)、N−アセチルムラミル−L−アラニル−D−イソ
グルタミニル−L−アラニン−2−(1’−2’−ジパ
ルミトイル−sn−グリセロ−3−ヒドロキシホスホリ
ルオキシ(huydroxyphosphorylox
y))−エチルアミン(MTP−PE)などが含まれる
が、これらに限定されない。
【0119】免疫原性組成物(例えば、抗原、薬学的に
受容可能なキャリア、およびアジュバント)は典型的
に、水、生理食塩水、グリセロール、エタノールなどの
ような希釈剤を含有する。さらに、湿潤または乳化剤、
pH緩衝物質などのような補助物質が、このような賦形
剤中に存在し得る。
【0120】典型的には、免疫原性組成物は、溶液また
は懸濁液のいずれかとして注射用に調製される;注射の
前に液体賦形剤に溶解または懸濁するのに適切な固形も
また、調製され得る。薬学的に受容可能なキャリアにつ
いて上記で考察したように、調製物は、アジュバント効
果を増強するために、エマルジョンにされるか、または
リポソームにカプセル化され得る。
【0121】ワクチンとして使用される免疫原性組成物
は、免疫学的に有効な量の抗原ポリペプチド、および必
要であれば、上記成分のいかなる他の成分をも含有す
る。「免疫学的に有効な量」とは、単回投与でまたは連
続投与の一部として個体に投与される量が、治療または
予防に有効であることを意味する。この量は、処置され
る個体の健康状態および身体条件、処置される個体の分
類学上のグループ(例えば、ヒト以外の霊長類、霊長類
など)、抗体を合成するための個体の免疫系の能力、所
望の予防程度、ワクチン処方、医療状況での治療医の評
価、およびその他の関連因子に依存して変化する。その
量は比較的広範囲にあり、所定の試行により決定され得
ると思われる。
【0122】免疫原性組成物は従来より非経口的に、例
えば、皮下または筋肉内注射により、投与される。その
他の投与形態に適した処方には、経口および肺への処
方、坐薬、および経皮投与が含まれる。経口処方は、
H.pyloriタンパク質に対して最も好ましい。投
与処置は、単回投与スケジュールまたは複数回投与スケ
ジュールであり得る。ワクチンは、その他の免疫調節剤
と組み合わせて投与され得る。
【0123】(F.免疫診断アッセイ)H.pylor
i抗原は、抗体レベルを検出するために免疫アッセイに
おいて使用され得(または逆に、H.pylori抗体
が抗原レベルを検出するために使用され得る)、特に、
胃十二指腸疾患および十二指腸潰瘍との相関が得られ得
る。免疫アッセイは、よく判っている組換え抗原に基づ
いて、今日使用されている観血的診断法に置き換えられ
るように開発され得る。例えば、血液または血清試料を
包含する生物学的試料中のH.pyloriタンパク質
に対する抗体が、検出され得る。免疫アッセイの設計は
非常に多様であり、これらの多様性は当該分野では公知
である。免疫アッセイのプロトコールは、例えば、競
合、直接反応、またはサンドイッチ型アッセイに基づき
得る。プロトコールはさらに、例えば、固体支持体を使
用し得るか、または免疫沈降法によるものであり得る。
ほとんどのアッセイは、標識された抗体またはポリペプ
チドの使用を包含する;その標識は、例えば、蛍光、化
学発光、放射性、または染色分子であり得る。プローブ
からのシグナルを増幅するアッセイもまた周知である;
その例は、ビオチンおよびアビジンを使用するアッセ
イ、ならびに、ELISAアッセイのような酵素が標識
および介在した免疫アッセイである。
【0124】免疫診断に適した、適切な標識試薬を含む
キットが、適当な容器中に、本発明の組成物を含む適切
な材料を、アッセイの実施に必要とされるその他の試薬
および材料(例えば、適切な緩衝液、塩溶液など)、な
らびにアッセイの説明書とともに包装することにより、
構成される。
【0125】
【実施例】(G.実施例)以下に示されている実施例
は、当業者が実施するための指針として提供され、いか
なる方法においても本発明を限定するようには構成され
ていない。
【0126】(i.H.pylori細胞毒素(CT)
抗原) (1.材料および方法)H.pylori増殖およびD
NA単離に関する一般的な材料および方法については、
CAI抗原およびhspのそれぞれに関する、以下のi
i節およびiii節を参照のこと。
【0127】(a.クローニング)縮重オリゴヌクレオ
チドの2つの混合物を、Applied Biosys
temsモデル380BのDNAシンセサイザーを使用
して、合成した。これらの混合物を、Genamp P
CRキットを使用して、製造業者の指示に従い、200
ngの精製DNAと100μlのポリメラーゼ連鎖反応
に4μMの濃度で使用した。この反応物を、94℃で1
分間、48℃で2分間、および56℃で2分間インキュ
ベートした。反応混合物をこの条件に30サイクル供し
た。
【0128】この反応の生成物をアガロースゲル電気泳
動により分析すると、約87bpの顕著なDNAフラグ
メントが現れた。制限酵素XbaIおよびEcoRIで
の消化後に、そのフラグメントを、前もってXbaIお
よびEcoRIで消化したBluscript SK+
(Stratgene)プラスミドに連結した。混合し
た連結物を使用して、(200Ω)a BioRad
Gene Pulser(California)を使
用する2000Vおよび25μFでのエレクトロポレー
ションにより、コンピテントE.coliを形質転換し
た。形質転換されたE.coliを、100μg/mL
のアンピシリンを含有するL−寒天プレート上での増殖
に対して選択した。プラスミドDNAは、陽性E.co
li単離物から抽出して、Sequenase 2(U
nited States Biochemical
Corporation)DNA配列決定キットを使用
し、製造業者の指示に従って配列分析にかけた。
【0129】(b.ライブラリーの調製) (1)HindIIIフラグメントのライブラリー 7μgの精製DNAを、制限酵素HindIIで完全に
消化した。3μgのBluescript SK+プラ
スミドDNAを、HindIIIで完全に消化し、次
に、仔ウシ腸ホスファターゼで処理した。両DNA混合
物を、水飽和フェノールと撹拌して精製し、次に67%
V/Vまでエチルアルコールを加えて沈澱させた。両D
NAを50μLの水に再懸濁させた。0.7μgのDN
Aフラグメントを、25 mM Tris(pH7.
5)、10mM MgCl2および5ユニットのT4
DNAリガーゼを含有する溶液50μL中の、0.3μ
gのBluescript DNAと混合した。この混
合物を15℃で20時間インキュベートし、その後、D
NAを水飽和フェノールで抽出して、エチルアルコール
で沈澱させた。続いて、そのDNAを50μLの水に再
懸濁させた。エレクトロポーレーションにより、このD
NA1μgをE.coliに導入して、約3000−1
0,000のアンピシリン耐性細菌コロニーを得た。
【0130】2)EcoRIフラグメントのライブラリ
ー 約0.7μgのEcoRI消化DNAを精製し、前もっ
てEcoRIで消化して仔ウシ腸ホスファターゼで処理
しておいた0.45μgのBluescript SK
+プラスミドと混合した。そのフラグメントを50μL
の溶液中で連結した。精製および沈澱の後に、そのDN
Aを50μLの水に再懸濁させた。この溶液1μLによ
るE.coliのエレクトロポレーションで、約200
のアンピシリン耐性細菌コロニーを得た。
【0131】さらなるクローニング用のゲノムから適切
な制限フラグントを同定するために、プラスミドを32
pで均一に標識し、種々の制限酵素で消化した株CCU
G由来のDNAを分析するためのプローブとして使用
し、アガロースゲル電気泳動で分離し、そしてニトロセ
ルロースフィルターに移した。そのプローブにより、単
一の約3.5kbのHindIII制限フラグメントが
現れた。HindIII消化DNAフラグメントのライ
ブラリーを調製し、Bluescriptプラスミドベ
クターにクローニングした。このライブラリーを、予め
クローニングしておいた87bpフラグメントに対応す
る32p標識DNAでスクリーニングした。同一の約
3.3kbpのHindIIIフラグメントを含有する
2つのクローンが同定された。これらのHindIII
フラグメントのDNA配列決定により、前記の87kD
a細胞毒素のアミノ末端に対応する23アミノ酸をコー
ドし得る配列が明らかになった。これらの配列は、Hi
ndIII制限酵素部位により境界を定められフラグメ
ントの末端で終止する、約300ヌクレオチドのオープ
ンリーディングフレームの部分を含有した。また、この
配列からは、HindIII部位から120bp離れた
推定オープンリーディングフレーム内にEcoRI制限
部位が存在することが明らかになった。
【0132】EcoRI部位とHindIII部位との
間の配列に対応する32p標識プローブを、Blues
cript SKベクターにクローニングされたDNA
由来のEcoRフラグメントのライブラリーをスクリー
ニングするために使用した。このプローブにより、2つ
のクローンが、約7.3kbpフラグメントを含有する
ことが明らかになった。このフラグメントのDNA配列
決定により、3.2kbpのHindIIIフラグメン
トから決定された配列と重複した、連続的なオープンリ
ーディングフレームがあることが判った。これらの重複
フラグメントのDNA配列、および、含有される1つの
長いオープンリーディングフレームの概念的な(con
ceptual)翻訳を、それぞれ図1〜3および4に
示す。
【0133】これらのクローンは非常に不安定であるこ
とが認められたことは注目されるべきである。スクリー
ニングで同定された最初のコロニーは、あまりにも小さ
いので検出が困難であった。16−18時間の継代培養
の従来方法によるこれらのクローンの広がりは、DNA
再配列および欠失のために非常に不均一な群のプラスミ
ドとなった。これらのクローンの十分な量を、抗生物質
選択のない8−10時間の継代培養により増殖させた。
この様式では、プラスミドの収量は比較的に少ないが、
生存再配列プラスミドを含有する細菌の選択および副産
物を排除した。
【0134】(C.DNAライブラリーのスクリーニン
グ)顕著な87 bpフラグメントを含有するPCR反
応産物を、Prime−a−geneキット(Prom
ega)を使用するランダムプライマー法により32p
で標識した。この標識プローブを、ニトロセルロースフ
ィルター上に固定された約3000の細菌クローン由来
のDNAとのハイブリダイゼーション反応に使用した。
ハイブリダイゼーション反応は、0.3M NaCl溶
液中60℃で実施した。陽性細菌クローンを発展させ
て、プラスミドDNAを調製した。プラスミドは、約
3.3kbのDNA挿入断片を含有し、TOXHH1と
呼ばれた。
【0135】図1〜3に示されている292位と410
位との間の配列を含有する120bpフラグメントは、
プラスミドTOXHH1由来であり、EcoRIフラグ
メントのライブラリーの約400コロニーをスクリーニ
ングするために使用した。約7.3kbのDNA配列を
含有し、TOXEE1と呼ばれる陽性クローンを単離し
た。
【0136】図1〜3に示されているヌクレオチド配列
は、クローンTOXHH1およびTOXEE1から、S
equenase 2配列決定キットを使用して得た。
図1〜3の1位と410位との間のヌクレオチオドをT
OXHH1から得、そして、291位と3507位との
間のヌクレオチドをTOXEE1から得た。プラスミド
TOXHH1およびTOXEE1を含有するE.col
iをアメリカンタイプカルチャーコレクションに寄託し
た。下記を参照のこと。
【0137】(d.細胞毒素に対する抗血清の調製)図
1〜3に示されている配列のヌクレオチド116ー41
3に対応するDNAフラグメントを、細菌発現ベクター
pex 34 Aにクローニングし、細菌プロモーター
の誘導で、細胞毒素ポリペプチドのアミノ酸に融合さ
れ、以前に同定された23アミノ酸を含有する、MS2
ポリメラーゼポリペプチドの一部を含有する融合タンパ
ク質を産生させた。この融合タンパク質の約200μg
を、アクリルアミド電気泳動で部分精製し、標準的な方
法でウサギを免疫するために使用した。
【0138】1ヶ月間隔3回の免疫後に採取したこれら
のウサギからの抗血清を、標準的なイムノブロッティン
グ実験に、H.pyloriの細胞毒素陽性株および細
胞毒素陰性株からのタンパク質抽出物をプローブするた
めに使用した。その抗血清は、見かけの分子量100k
Daの、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動上で移動
したポリペプチドを現した。このポリペプチドは、細胞
毒素陽性株のタンパク質抽出物には検出されたが、細胞
毒素陰性株には検出されなかった。免疫前に採取した血
清は、このポリペプチドと反応しなかった。
【0139】(e.空胞化活性の部分精製)6mg/m
lの濃度のH.pylori全膜を、1% CHAP
S、0.5MNaCl、10mM Hepes(pH
7.4)、2.5mM EDTA、20%スクロース溶
液に、4℃で1時間溶解した。次に、この混合物を、3
0%、35%、40%、および55%スクロース段階を
含む、不連続スクロースグラジエントにかけ、そして2
0000xgで17時間超遠心分離にかけた。グラジエ
ントにかけたものを分画して、各画分を空胞化活性およ
びウレアーゼ活性に対して試験した。ウレアーゼ活性に
関連した空胞化活性を、グラジエント画分のいくつかに
認めた。空胞化活性のピークもまた、グラジエントの一
番高い画分に認め、これらの画分には、本質的にウレア
ーゼ活性はなかった。
【0140】このウレアーゼ非依存空胞化活性を、20
%から34%の濃度の間の硫酸アンモニウムによる段階
沈澱法(stepwise precipitatio
n)によってさらに分画した。異なる濃度の硫酸アンモ
ニウムで沈澱させたタンパク質の変性ポリアクリルアミ
ドゲル電気泳動で顕著な約100kDaポリペプチドが
現れ、このポリペプチドは空胞化活性に関して精製され
た。このポリペプチドは、上記の組換え融合タンパク質
に対してつくられたウサギ抗血清により認識された。
【0141】(2.結果)H.pyloriゲノムの約
10kbpに対応する2つの重複フラグメントがクロー
ニングされた。これらのクローンは、1296アミノ酸
(図4に示されている)のポリペプチドをコードし得る
3960bp(図1〜3に示されている)からなる遺伝
子を含有する。この推定ポリペプチドの分子量は13
9.8kdである。図1〜3における18位のメチオニ
ンコドンの9bp上流のヌクレオチド配列AGGAAG
は、シャイン−ダルガーノコンセンサス配列(the
consensus Shine−Dalgarno
sequence)に密接に類似しており、このメチオ
ニンがポリペプチド合成の開始メチオニンに相当すると
いう仮説を支持する。図1〜3の3906位の推定終止
コドンの10bp下流に始まる30bpヌクレオチド配
列は、原核転写ターミネーターの構造に密接に類似して
おり、メッセンジャーRNAコーディング配列の末端に
相当すると思われる。
【0142】細胞毒素遺伝子は、以下の基準により、
H.pylori空胞化活性のポリペプチド前駆体をコ
ードするとして定義される: (i)推定ポリペプチドは、以前に記載された87kD
a空胞化タンパク質(Cloverら、J.Biol.
Chem.267:10570−75(1992))の
アミノ末端として同定された23アミノ酸配列(図4、
34−56位)を含有する。この配列は、原核リーダー
配列に類似する33アミノ酸の後に続き、従って、この
配列は、成熟タンパク質のアミノ末端に相当すると思わ
れる; (ii)目的のアミノ末端を含有する推定ポリペプチド
の100アミノ酸フラグメントに特異的なウサギ抗血清
は、H.pyloriの細胞毒素陽性株の100kDa
ポリペプチドを認識したが、細胞毒素陰性株では認識し
なかった。この100kDaポリペプチドは、H.py
lori膜から空胞化活性に対して精製する。
【0143】まとめて、本明細書中に記載された遺伝子
は、H.pylori細胞毒素活性に関連の100kD
aポリペプチドにプロセスされる約140kDaポリペ
プチドをコードする。以前に記載された87kDaポリ
ペチドは、100kDaポリペプチドがさらにプロセス
されたか、または精製中のタンパク質分解によるかのい
ずれかにちがいない。
【0144】(ii.H.pylori CAI抗原) (1.材料および方法) (a.材料の起源)クローンA1、64/4、G5、A
17、24および57/Dは、λgt11ライブラリー
から得た。クローンB1は、HindIIIフラグメン
トのゲノムプラスミドライブラリーから得た。007は
PCRにより得た。細胞毒素を産生するH.pylor
i株は、以下である:G10、G27、G29、G3
2、G33、G39、G56、G65、G105、G1
13A。非細胞毒素株は、以下である:G12、G2
1、G25、G47、G50、G204。それらは、G
rosseto Hospital(Tuscany,
Italy)の内視鏡検査生検標本から単離された。株
CCUG 17874(細胞毒素陽性)はCultur
e Collection of the Unive
rsity ofGotheborgから得た。非細胞
毒素株Pylo 2U+(ウレアーゼ陽性)およびPy
lo 2U−(ウレアーゼ陰性)は、F. Megra
ud, Centre Hospitalier,Bo
rdeaux(France)から得た。E.coli
株のDH10B(Bethesda Research
Laboratories)、TG1、K12ΔH1
Δtrp、Y1088、Y1089、Y1090は、当
該分野では公知である。プラスミドBluescrip
t SK+(Stratagene,La Joll
a,CA)を、クローニング用ベクターとして使用し
た。MS2融合タンパク質の発現用の、pEx34a、
b、cプラスミドは、以前に記載されている。ライブラ
リー発現に使用されたλgt11ファージベクターは、
λgt11クローニングシステムキット(Bethes
da Research Laboratories)
からのものである。E.coli株は、LB培地(2
4)で培養した。H.pylori株は、選択培地(5
%ウマ血液、Dent or Skirrow’s抗生
物質補充のColumbia寒天ベース、0.2%シク
ロデキストリン)、または、5% ウシ胎児血清(6)
または0.2%シクロデキストリン(25)を含有する
Brucella肉汁液体培地にプレートした。
【0145】(b.H.pyloriの増殖およびDN
A単離)H.pylori株は、37℃で3日間、固体
培地または液体培地中で培養した。両方とも、Oxoi
d(Basingstoke,England)または
Becton and Dickinsin(Cock
eysville,MD)ガスパックジェネレーターを
使用した微好気性環境中、または、5%CO2補充空気
を含有するインキュベーター(26)中で培養した。細
菌を採取して、最終濃度100μg/mlのリゾチーム
を含有するSTE(NaCl 0.1M、Tris−H
Cl 10mM(pH8)、EDTA 1mM(pH
8))に再懸濁させ、室温で5分間インキュベートし
た。細菌を溶解するために、最終濃度1%にSDSを加
え、65℃に加熱した。プロテイナーゼKを最終濃度2
5μg/mlに加えた後、溶液を50℃で2時間インキ
ュベートした。DNAを、臭化エチジウムを加えたCs
Clグラジエントにより精製し、77%エタノールで沈
澱させて封入ガラスキャピラリーで回収した。
【0146】(c.λgt11発現ライブラリーの構築
およびスクリーニング)λgt11発現ライブラリーを
作製するために、制限酵素HaeIIIおよびAluI
で部分消化した、CCUG 17874株由来のゲノム
DNAを使用した。0.8%アガロースゲル上での分画
後、0.6kbと8Kbとの間の大きさのDNAを、C
ostar Spin−X(0.22ミクロン)微量遠
心分離フィルターを使用して溶出した。各消化からの産
物を合わせて、λgt11クローニングシステムキット
(Bethesda Research Labora
tories)およびGigapack II Gol
dパッケージングキット(Stratagene,La
Jolla, CA)を使用して、発現ライブラリー
を構築するために使用した。0.8−1x106個の組
換えファージを含有するライブラリーをE.coli
Y1088で増幅し、109ファージ/mlの力価、8
5%組換え、平均挿入断片の大きさ900塩基対の溶解
物150mlを得た。Protoblotシステム(P
romega,Madison,WI)を使用する標準
的な方法により、免疫学的スクリーニングを実施した。
【0147】(d.プラスミドライブラリーの構築)E
MBL4またはλDashのような標準ベクターを使用
する、部分消化された染色体DNAの完全ゲノムライブ
ラリーを作製する試みは、H.pyloriDNAクロ
ーニングにおいての多くの著者により記載された困難に
直面し、十分なライブラリーを得られなかった。従っ
て、制限酵素HindIIIで消化し、Bluescr
ipt SK+にクローニングした株CCUG 178
74、G39およびG50由来のゲノムDNAを使用し
て、部分ライブラリーを得た。DNA連結、E. co
li DH 10Bのエレクトロポレーション、スクリ
ーニング、およびライブラリー増幅を実施した。10%
を超えないバックグラウンドとともに70000から8
5000の範囲のコロニーを有するライブラリーを得
た。
【0148】(e.DNA操作およびヌクレオチド配列
決定)DNA操作を標準的な方法によって実施した。D
NA配列決定をSequenase 2.0(USB)
を使用して実施し、図5に示されているDNAフラグメ
ントをBluscript KS+にサブクローニング
した。各鎖を少なくとも3回配列決定した。DNAクロ
ーンが入手できなかった1533と2289との間の領
域をPCRにより増幅し、非対称PCR、および増幅産
物の直接配列決定により配列決定した。この領域の重複
は、one and double side anc
hored PCRにより確認した:5’付着末端Hi
ndIII配列、およびClaI、SalI、XhoI
の認識部位を含むエクスターナルユニバーサルアンカー
(external universal ancho
r)(5’−GCAAGCTTATCGATGTCGA
CTCGAGCT−3’/5’−GACTCGAGTC
GACATCGA−3’)を、プライマー伸長DNAに
連結して増幅した。次に、入れられた(nested)
プライマーによるPCRの第二ラウンドを使用して、ク
ローニングおよび配列決定に適したDNAフラグメント
を得た。DNA配列データを集めて、VMS下のVAX
3900走査GCGパッケージ(Genetics
Computer Group,Inc.,Madis
on,WI)により分析した。EMBL VAXclu
sterを使用して、GenBankおよびEMBLデ
ータベースを調べた。
【0149】(f.タンパク質調製およびELISA)
タンパク質抽出物を、H.pyloriペレットを6M
グアニジンで処理して得た。ウエスタンブロッティン
グ、SDS−PAGE、電気溶出を、標準的な方法で実
施した。融合タンパク質を誘導し、electrocu
tionまたはイオン交換クロマトグラフィーにより精
製した。精製タンパク質を、ウサギを免疫するため、お
よびELISAアッセイのマイクロタイタープレートを
コーティングするために使用した。正常粘膜保有者、血
液供給者、および患者に由来する血清は、A.Ponz
etto(Torino,Italy)から得た。臨床
診断は、胃生検の組織学に基づいた。試料の空胞化活性
は、Coverら、Infect.Immun.59:
1264−70(1991)に記載されているようにH
eLa細胞で試験した。
【0150】(2.結果) (a.免疫優性および細胞毒性)胃十二指腸疾患にかか
っている患者由来の血清でプローブされたH.pylo
riグアニジン抽出物のウエスタンブロットは、クーマ
シーブルー染色ゲルでの主要でない成分である130k
Daのタンパク質が、試験された全血清により強く認識
されることを示した。CAIタンパク質を電気溶出し、
ウエスタンブロットでこのタンパク質のみを認識するマ
ウス血清をつくるのにこれを使用した。次に、この血清
を、H.pylori株の抽出物中のCAIタンパク質
をウエスタンブロッティングにより検出するために使用
した。抗原は、HeLa細胞で空胞化活性を有する10
株全てに存在しており、このような活性を有さない8株
には存在していなかった;さらに、タンパク質の大きさ
は株によりわずかに異なっていた。CAI抗原は、Ca
mpylobacter jejuni、Helico
bacter mustelae、E.coli、およ
びBordetella pertussisのような
その他の試験された種では、ウエスタンブロッティング
により検出されなかった。
【0151】(b.cai遺伝子の構造)λgt11発
現ライブラリーの106個のクローンを、CAI抗原に
対して特異的なマウス血清を用いて、および胃十二指腸
疾患の患者由来の血清プールを使用して、スクリーニン
グした。マウス血清により、3x10-3の頻度で陽性ク
ローンが検出された。8つのクローンの配列分析によ
り、それら全てが、図5に示されているクローンA1と
部分的に重複することが明らかになった。ヒト血清プー
ルにより、クローン57/D、64/4および24、お
よび、クローンA1に重複する数種のクローンを含む、
cai遺伝子の異なる領域を含有する多くのクローンが
同定された。
【0152】図5中のクローンA1、64/4、G5、
A17、24、および57/Dは、λgt11ライブラ
リーから得た。クローンB1は、HindIIIフラグ
メントのプラスミドライブラリーから得た。プラスミド
57/D、64/4、B1(B/1)、およびP1−2
4(最も後ろのプラスミドはヌクレオチド2150から
2650)は、アメリカンタイプカルチャーコレクショ
ン(ATCC)に寄託した。下記を参照のこと。007
はPCRにより得た。オープンリーディングフレーム
は、図5の下段に示されている。矢印は、配列決定のた
めのプライマーとして使用した合成オリゴヌクレチドの
位置および方向を示し、そして、G39の繰り返し配列
の挿入位置が示されている。株G39に認められる繰り
返し配列のうち1つのヌクレオチドおよびアミノ酸配列
もまた、示されている。大文字は、cai遺伝子から複
製された配列D1、D2、およびD3を示し、小文字
は、ヌクレオチドおよびアミノ酸リンカーを示し、Pは
プロモーターであり、およびTはターミネーターであ
る。
【0153】λgt11ライブラリー由来のクローン、
HindIIIプラスミドライブラリーから単離された
クローンB1、および染色体DNAのPCRにより得ら
れたフラグメント007を使用して、全領域のヌクレオ
チド配列を決定した。5925個のヌクレオチド配列の
コンピューター分析により、ヌクレオチド535から3
977にわたる長いオープンリーディングフレームが、
λgt11クローン64/4、24およびA1およびA
17から生じる融合タンパク質のフレーム内にはまって
いることが明らかになった。クローン57/Dは、クロ
ーニングされたフラグメントの3’末端のみにオープン
リーディングフレームを含有するため、遺伝子をλgt
11のβガラクトシダーゼと融合し得なかった。λgt
11クローン57/D中の免疫反応性タンパク質の存在
は、非融合タンパク質の発現を誘導する内因性プロモー
ターの存在によってのみ説明され得る。この仮説は、B
luescriptプラスミドベクターに挿入断片57
/4を両方向でサブクローニングすること、および、免
疫反応性タンパク質が両場合ともに得られたことを示す
ことによって、真実であることが証明された。同定され
た遺伝子が事実CAI抗原をコードするという確実な証
拠は、pEx 34Bプラスミドベクターに挿入断片A
17および64/4をサブクローニングして、融合タン
パク質を得、これを精製して用いてウサギを免疫するこ
とにより得られる。得られた血清は、細胞毒素H.py
lori株中のCAI抗原バンドを特異的に認識した。
【0154】cai遺伝子は、1147アミノ酸からな
る、推定分子量128012.73ダルトンおよび、等
電点9.72を有する推定タンパク質をコードすた。精
製タンパク質の基本特性を、二次元ゲル電気泳動により
確認した。遺伝子のコドンの用法およびGC含有量(3
7%)は、その他のH.pylori遺伝子に関する記
載と類似した(13,26)。推定リボソーム結合部
位:AGGAGは、目的のATG開始コドンから5塩基
対上流に同定された。ATG開始コドンから上流領域の
プロモーター配列についてのコンピューター検索は、−
10または−35領域のいづれかに類似する配列を同定
したが、E.coliプロモーターに共通する領域また
は公開されえいるH.pyloriプロモーター配列に
類似することは見いだされなかった。精製H.pylo
riRNAのプライマー伸長分析により、ATG開始コ
ドンの104および214塩基対上流に2つの転写開始
部位が存在することが示された。正統なプロモーター
は、いずれの転写開始部位の上流にも同定され得なかっ
た。クローン57/DによるCAI抗原部分の発現は、
E.coliもまた、この領域のプロモーターを認識し
ていることを示唆したが、E.coliがH.pylo
riの同じプロモーターを認識するか、またはA−Tに
富むH.pyloriDNAが、プロモーターとして作
用し得る領域を有するE. coliを提供するかは、
明らかではない。rho非依存ターミネーターが、開始
コドンの下流に同定された。図6〜8では、AGGAG
リボソーム結合部位およびターミネーターには下線を付
け、繰り返し配列および6個のアスパラギンを含有する
モチーフは線で囲った。CAI抗原は非常に親水性であ
り、明白なリーダーペプチドまたはトランスメンブラン
配列を示さなかった。最も親水性である領域は、アミノ
酸600から900であり、そこではまた、多くの例外
的な特徴が認められ得る:配列 EFKNGKNKDF
SKおよびEPYIAの繰り返し、および、6個の連続
したアスパラギンの存在(図6〜8では線で囲った)。
【0155】(c.cai遺伝子の多様性)遺伝子の多
様性は、内部複製により生じると考えられている。異な
る株におけるCAIタンパク質の大きさの不均一性の機
構を見いだすために、より大きなCAIタンパク質(G
39)を有する1つの株の構造を、サザンブロッティン
グ、PCRおよびDNA配列決定により分析した。結果
は、G39およびCCUG17874のcai遺伝子が
3406位までの大きさで同一であることを示し、G3
9株が、102塩基対からなる2つの同一の繰り返しに
より生成される204塩基対の挿入断片を含有すること
が分かった。各繰り返しは、cai遺伝子の同じ領域か
らの3つのDNAセグメント(図5の配列D1、D2お
よびD3)の複製から生じ、小さなリンカー配列により
接続されている配列を含有することが認められた。挿入
がなされた領域および挿入断片自身の図式を、図5に示
す。
【0156】(d.非細胞毒素株中のcai抗原の非存
在)CAI抗原が非細胞毒素株に存在しない理由を研究
するために、それらの2つ(G50およびG21)から
のDNAをEcoRI、HindIIIおよびHaeI
II制限酵素で消化し、cai遺伝子内の2つのプロー
ブ(それぞれに、ヌクレオチド520−1840および
2850−4331の範囲)を使用したサザンブロッテ
ィングにより試験した。両プローブは、株CCUG 1
7874およびG39において強くハイブリダイズする
バンドを認識した。そのバンドは2つの株で大きさが変
わり、遺伝子の多様性に一致する。しかし、プローブ
は、G50およびG21 DNAのいずれにもハイブリ
ダイズしなかった。このことは、試験された非細胞毒素
株がcai遺伝子を含まないことを示した。
【0157】(e.血清抗体)CAI抗原に対する血清
抗体の存在を、胃十二指腸疾患に関連づけた。CAI抗
原に対する定量的抗体応答を研究するために、pEx3
4にサブクローニングされたA17フラグメントにより
産生された融合タンパク質を、均質に精製して、ELI
SA試験用にμタイタープレートをコーティングするた
めに使用した。このアッセイでは、胃十二指腸病状の患
者は、無作偽に選択された血液供給者および正常な胃粘
膜を有する人間に認められるより、有意に高い平均EL
ISA力価を有した。抗体力価が、特に胃十二指腸疾患
に関連するかどうかを評価するために、既知の組織学的
診断による患者からの血清を、ELISAアッセイで試
験した。十二指腸潰瘍の患者は、その他全ての患者より
有意に高い平均抗体力価を有した。概して、ELISA
は、胃十二指腸疾患患者の75.3%、および十二指腸
潰瘍患者の100%を予測し得ることが認められた。
【0158】1つの特定のELISAでは、CAI抗原
に由来する230アミノ酸を含有する組換えタンパク質
を、タンパク質に特異的な抗血清を使用した、H. p
ylori DNAの発現ライブラリーのスクリーニン
グによって同定した。組換え抗原を、E.coli中で
融合タンパク質として発現させ、均質に精製して、μタ
イタープレートをコーティングするために使用した。次
に、そのプレートを、ヤギ抗ヒトIgGアルカリホスフ
ァターゼコンジュゲートの1/2000希釈と90分間
インキュベートした。洗浄後、酵素基質をプレートに加
え、30分間後に405nmでの光学濃度を読みとっ
た。胃疾患ではなく、ウエスタンブロッティングで検出
可能な抗H.pylori抗体を有さない20人の固体
からの血清を使用して、カットオフレベルを、平均吸光
度+2標準偏差により決定した。ELISAアッセイ
を、規定通りの上部胃十二指腸内視鏡検査を受けた82
人の消化不良患者(平均年齢50.6±13.4才、2
8才から80才)の末梢血試料で試験した。患者の胃洞
部粘膜を、組織学およびギムザ染色のために得た。20
人の患者は十二指腸潰瘍、5人は胃潰瘍、43人は慢性
活性B型胃炎、8人は十二指腸炎、そして6人は胃粘膜
が正常であった。十二指腸潰瘍の全ての患者は、カット
オフレベルを超える光学濃度値を有した。十二指腸炎、
胃潰瘍、および慢性胃炎の患者は、それぞれに、75
%、80%および53.9%の症例において陽性ELI
SA値を有した。ELISAと組織学的ギムザ染色間と
の一致は、十二指腸潰瘍で95%、十二指腸炎で98
%、胃潰瘍で80%、そして、慢性胃炎で55.8%で
あった。このアッセイは、十二指腸炎潰瘍疾患と非常に
相関性を与えた(p<0.0005)。
【0159】(iii.熱ショックタンパク質(hs
p)) (1.材料および方法) (a.H.pylori株および増殖条件)使用した
H.pylori株は:CCUG 17874、G3
9、およびG33(the hospital of
Grosseto, Italyでの胃生検から単離し
た)、Pylo 2U+およびPylo 2U−(F.
Megraud, hospital Pelleg
zin,Bordeaux,France)、BA96
(University of Siena,Ital
yでの胃生検で単離した)であった。Pylo 2U+
株は非細胞毒性;Pylo2U−株は非細胞毒性および
ウレアーゼ陰性である。全株は、0.2%シクロデキス
トリン、5μg/mlセフスロジン、および5μg/m
lアムホテリシンBを含有するColumbia寒天
で、微好気性条件下で37℃で5ー6日間ルーチンで増
殖した。細胞を採取し、PBSで洗浄した。ペレットを
Laemmli試料緩衝液に再懸濁させ、煮沸して溶解
した。
【0160】胃炎および潰瘍に冒された患者の血清
(A.Ponzetto,hospital ”Le
Molinette”,Torino,Italyから
提供された)、および胃癌患者の血清(F.Rovie
llo,Universityof Siena,It
alyから提供された)を使用した。
【0161】(b.ライブラリーの免疫スクリーニン
グ)λgt11 H.pylori DNA発現ライブ
ラリーの500,000プラークを、0.2%マルトー
スおよび10mM MgSO4を含有するLB中で一晩
増殖させたE.coliY1090株の懸濁液5mlと
混合し、0.5 O.D.で10mM MgSO4中に
再懸濁させた。37℃で10分間のインキュベーション
後に、溶かしたTopAgarose75mlを、細菌
/ファージ混合物に注ぎ入れ、その全部をBBLプレー
トに塗布した(50,000プラーク/プレート)。塗
布したライブラリーを42℃で3.5時間インキュベー
トした後、予め10mM IPTGで湿潤させたニトロ
セルロースフィルター(Schleicher and
Schuell,Dassel,Germany)を
プレートに取付けて37℃でのインキュベーションを
3.5時間続け、次いで4℃で一晩放置した。λタンパ
ク質のついたフィルターを持ち上げてPBSですすぎ、
TBST(10mM TRIS pH8、100mM
NaCl、5M MgCl2)に溶解した5%脱脂粉乳
に20分間浸した。最初のハイブリダイゼーション工程
は、患者血清を用いて実施した;陽性プラークの呈色お
よび可視化のために、アルカリホスファターゼコンジュ
ゲート抗ヒトIg抗体(Cappel,West Ch
ester,PA)、およびAP緩衝液(100mM
Tris pH9.5、100mM NaCl、5mM
MgCl2)中のNBT/BCIPキット(Prom
ega,Madison,WI)を、製造者の指示に従
って使用した。
【0162】(c.組換えDNA法)使用した試薬およ
び制限酵素は、Sigma(St.Louis,MO)
およびBoehringer(Mannheim,Ge
rmany)から入手した。分子クローニング、一本鎖
DNA精製、E.coliでの形質転換、プローブの放
射活性標識、H.pylori DNAゲノムライブラ
リーのコロニースクリーニング、サザンブロット分析、
PAGEおよびウエスタンブロット分析について、標準
的な方法を使用した。
【0163】(d.DNA配列分析)DNAフラグメン
トをBluescript SK+(Stratage
ne,San Diego,CA)にサブクローニング
した。[33P]αdATP(New England
Nuclear,Boston,MA)およびSequ
enaseキット(U.S.Biochemical
Corp.,Cleveland,OH)を製造者の指
示に従って使用して、一本鎖DNA配列決定を実施し
た。配列は両鎖について決定し、各鎖は平均2回配列決
定した。コンピューター配列分析は、GCGパッケージ
を用いて実施した。
【0164】(e.組換えタンパク質)MS2ポリメラ
ーゼ融合タンパク質を、pEX31の誘導体である、ベ
クターpEX34Aを用いて生産した。挿入断片Hp6
7(図9〜11のヌクレオチド445からヌクレオチド
1402)およびEcoRIリンカーを、ベクターのE
coRi部位に挿入してクローニングした。停止コドン
の位置を確認するために、HpG3’ HindIII
フラグメントを、pEX34AのHindIII部位に
挿入してクローニングした。組換えプラスミドを、E
coli K12:H1Δtrpに形質転換した。誘導
後両場合とも、予期した分子量の融合タンパク質が産生
された。EcoRI/EcoRIフラグメントの場合
に、誘導後に得られた融合タンパク質を電気溶出し、標
準的なプロトコールにより、ウサギに免疫した。
【0165】(2.結果) (a.発現ライブラリーのスクリーニングおよびH.
pylori hspのクローニング)H.pylor
i DNA発現ライブラリーのスクリーニングに適した
血清を見つけるために、H.pyloriCCUG 1
7874株の超音波処理抽出物を、異なる型の胃炎に冒
された患者の血清に対するウエスタンブロット分析で試
験した。異なる血清による抗原認識のパターンは、おそ
らく、患者の免疫応答の相違、および感染に関連する株
により発現された抗原の相違によって、多用である。
【0166】血清N。19を、細菌増殖の間にインビボ
で発現されたH.pylori特異抗原を同定するため
のλgt11 H.pylori DNA発現ライブラ
リーをスクリーニングするために、選択した。この血清
を用いるライブラリーのスクリーニング後に、多くの陽
性クローンを単離して特徴付けた。Hp67と呼ばれ
る、これらのうちの1つのヌクレオチド配列で、熱ショ
ックタンパク質のhsp60ファミリーに高度の相同性
を有するタンパク質をコードする、958塩基対のオー
プンリーディングフレームが明らかにされた(Elli
s,Nature358:191−92(199
2))。全コーディング領域を得るために、異なる制限
酵素により消化されたH.pylori DNAのサザ
ンブロット分析でのプローブとして、フラグメントHp
67を使用した。プローブHp67は、それぞれに約8
00および1000塩基対の2つのHindIIIバン
ドを認識した。HindIIIで消化されたDNAのゲ
ノムH.pyloriライブラリーを、プローブHp6
7でスクリーニングし、予期した分子量の2つの陽性ク
ローン(HpG5’およびHpG3’)を得た。プラス
ミドpHp60G2(約ヌクレオチド1から829)お
よびpHp60G5(約ヌクレオチド824から183
8)を含有するE.coliを、アメリカンタイプカル
チャーコレクション(ATCC)に寄託した。
【0167】(b.配列分析)ヌクレオチド配列分析
で、開始ATGの6塩基対上流の推定リボソーム結合部
位を有する、1638塩基対のオープンリーディングフ
レームが明らかにされた。図9〜11は、H.pylo
ri hspのヌクレチドおよびアミノ酸配列を示す。
推定リボソーム結合部位および内部HindIII部位
には、下線を付けた。445位のシトシンおよび140
2位のグアニンは、Hp67フラグメント中の、それぞ
れに最初および最後のヌクレオチドである。1772位
のチミジンを、因子独立ターミネーター領域の位置を計
算して、転写された最後の推定ヌクレオチドとして同定
した。オープンリーディングフレームは、推定分子量5
8.3kDaおよび推定pI値5.37を有する、54
6アミノ酸のタンパク質をコードした。この遺伝子のコ
ドン選択は、H.pyloriコドンの用法と一致す
る。
【0168】親水性特性の分析で、推定リーダーペプチ
ドまたはその他のトランスメンブランドメイン以外の大
部分の親水性タンパク質が明らかにされた。アミノ末端
配列は、Dunnら、Infect.Immun.6
0:1946−51(1992)により、精製タンパク
質で決定された30アミノ酸の配列と100%相同性を
示し、Evansら、Infect.Immun.6
0:2125−27(1992)により公表された44
アミノ酸の配列と1残基(Lysに代わってSer4
2)のみが異なった(Evansら、1992)。成熟
hspタンパク質のN末端配列は、開始メチオニンを含
有せず、このことは、メチオニンが翻訳後に除去された
ことを示す。
【0169】(c.hsp60ファミリーとの相同性)
アミノ酸配列分析で、熱ショックタンパク質hsp60
のファミリーと高度な相同性を示した。このファミリー
のメンバーは、あらゆる生物に存在する。異種のhsp
60タンパク質間の相同性の程度に基づくと、H.py
lori hspは、グラム陰性細菌のhsp60タン
パク質のサブグループに属する;しかし、hsp60フ
ァミリーの他のタンパク質との相同性の程度は、非常に
高い(少なくとも54%一致)。
【0170】(d.組換えタンパク質の発現およびポリ
クローナル抗血清の産生)クローンHp67およびクロ
ーンHpG3’の挿入断片を、MS2ポリメラーゼのア
ミノ末端に融合したこれらのオープンリーディングフレ
ームを発現するために、発現ベクターpEX34Aにサ
ブクローニングした。そのクローンは、予測された大き
さの組換えタンパク質を産生し、最初のスクリーニング
のために使用したヒト血清により認識された。クローン
Hp67由来の融合タンパク質を電気溶出し、抗hsp
特異ポリクローナル抗血清を得るためにウサギの免疫に
使用した。得られた抗血清は、融合タンパク質と、ウレ
アーゼ陰性株および非細胞毒性株を含む、試験したH.
pyloriのいくつかの株の全細胞抽出物の58KD
aのタンパク質との両方を認識した。
【0171】hspは、試験し全H.pylori株に
より発現されたことが示され、その発現はウレアーゼの
存在または細胞毒性に関連しない。抗hsp抗血清に認
識されたタンパク質は、H.pyloriの水溶性抽出
物に認められ、ウレアーゼサブユニットとともに精製さ
れた。このことは、このタンパク質の細菌の外膜への弱
い関連性を示唆する。従って、hspはウレアーゼ関連
および表面露出されたとして記載され得る。hsp相同
タンパク質のほとんどが、細胞質またはミトコンドリア
およびプラスチドに局在するので、細胞表面への局在は
驚きである。hspにリーダーペプチドが存在しないこ
とは、これが、特有の移送系により膜に移送されるか、
そのタンパク質が細胞質から放出され、細菌の死後に細
菌の膜に受動的に吸着されるかのいずれかであることを
示唆する。
【0172】hsp60タンパク質は、オリゴマーまた
はマルチマータンパク質の正常な折り畳み、組立、およ
び輸送を補助する分子シャペロン(chaperon)
として作用することが示された。H.pylori h
spの細胞局在性、およびウレアーゼへの弱い関連性よ
り、hspは膜表面に露出された最終四次構造がA6B
6であるタンパク質の折り畳みおよび/または組立を補
助する役割をなし得る、ウレアーゼのような複数のサブ
ユニットからなることを示唆する。Austinら、
J.Bacteriol.174:7470−73(1
992)は、H.pylori hspの超微細構造
は、4つのグループに並んで積み重った円盤状の粒子に
組み立てられた、7つのサブユニットからなることが示
された。この構造はウレアーゼ高分子の形および大きさ
に類似し、このことは、それらが同時精製になるこれら
の2つの高分子の共通の特性を説明し得る。しかし、
H.pylori hsp遺伝子は、ウレアーゼオペロ
ンの部分ではない。他の細菌hsp60タンパク質の遺
伝子構造に一致し、これはジシストロン性オペロンであ
るはずだ。
【0173】(e.胃十二指腸疾患患者中の抗hsp抗
体の存在)精製融合タンパク質を、H.pylori感
染患者ならびに萎縮性および表在性胃炎に冒された患
者、ならびに十二指腸および胃潰瘍患者の血清を使用す
る、ウエスタンブロットにより試験した。ほとんどの血
清は組換えタンパク質を認識した。しかし、認識の程度
は、個々の患者間で非常に多様であり、抗体レベルは、
疾患型と明白な相関を示さなかった。さらに、H.py
lori抗原および特にhspタンパク質に対する抗体
が、試験された胃癌患者の12血清のほとんどに認めら
れた。H.pylori hsp認識は疾患の特定の臨
床状態には関係しないが、H.pylori hspと
そのヒト相同物間の高度な保存があるとすると、このタ
ンパク質がヒトの対応物と交差反応する自己免疫抗体を
誘導し得ることは可能である。このクラスは相同タンパ
ク質は、別の系における自己免疫疾患の誘導に関係があ
る。従って非消化性患者中のヒト相同物と交差反応する
可能性がある高力価抗H.pylori hsp抗体の
存在は、このタンパク質が胃十二指腸疾患において役割
を有することを示唆する。この自己反応性は、H.py
lori誘導性胃炎で生じる組織の損傷に役割を果たし
得、従ってこの細菌感染に関連する病原機序を増加し
た。
【0174】このような保存されたタンパク質に対する
高レベルの抗体は、やや異常である;ヒトのものを含む
hsp60ファミリーのメンバー間で高度に相同である
ので、このタンパク質は、宿主免疫系に非常によく許容
されるにちがいない。多くの患者に認められる強い免疫
応答は、2つの異なる方法で説明され得る:(1)免疫
応答は、H.pylori hspに特異的なエピトー
プに対してのみ指示される;(2)免疫応答は、H.p
ylori hspおよびヒト相同物間で共通のエピト
ープに対して指示される。
【0175】(H.生物学的材料の寄託)以下の材料
は、ブダペスト条約(特許手続き上微生物の寄託の国際
的承認に関する)のもとに、本発明の譲受人であるBi
ocine Sclavo,S.p.A.により、19
92年12月15日および1993年1月22日に、メ
リーランド州、ロックビル、パークローンドライブ12
301、電話(301)231−5519のアメリカン
タイプカルチャーコレクション(ATCC)に寄託され
た。
【0176】細胞毒素タンパク質(CT)について: ATCC No.69157 プラスミドTOXHH
1を含むE.coliTG1 ATCC No. n/a プラスミドTOXEE
1を含むE.coliTG1。
【0177】CAIタンパク質について: ATCC No.69158 プラスミド57/Dを
含むE.coli TG1 ATCC No.69159 プラスミド64/4を
含むE.coli TG1 ATCC No.69160 プラスミドP1−24
を含むE.coli TG1 ATCC No.69161 プラスミドB/1を含
むE.coli TG1。
【0178】熱ショックタンパク質(hsp)につい
て: ATCC No.69155 プラスミドpHp60
G2を含むE.coliTG1 ATCC No.69156 プラスミドpHp60
5を含むE.coliTG1。
【0179】これらの寄託物は、当業者の利便性のため
に提供されており、寄託が米国特許法112条のもとに
必要とされることを認めるものではない。これらの寄託
物の核酸配列およびこれらによりコードされるポリペプ
チドのアミノ酸配列は、本明細書中に参考として援用さ
れており、万一寄託物の配列と比較して本明細書中に記
載された配列に任意の誤りがある場合には、参考にされ
るべきである。寄託物質の製造、使用、または売却には
認可が必要であり得るが、ここではそのような認可は承
認されていない。
【0180】Helicobacter pylori
は、B型胃炎、消化性潰瘍および胃癌の原因または補助
因子であることが知られている。先進国および発展途上
国の両方において、高い割合で人々はこの細菌に感染し
ている。本発明は概して、ある種のH.pyloriタ
ンパク質、これらのタンパク質を発現する遺伝子、およ
び、これらのタンパク質の診断およびワクチン用途のた
めの使用に関する。特に、H.pylori細胞毒素
(CT)の分子クローニング、ヌクレオチド、およびア
ミノ酸配列、「細胞毒素関連免疫優性」(CAI)抗
原、および熱ショックタンパク質(hsp60)が、本
明細書中に記載されている。
【0181】
【発明の効果】本発明によれば、H.pylori「細
胞毒素関連免疫優性」(CAI)抗原のタンパク質の分
子レベルでの特性および機能についての理解、ならび
に、組換え産物の入手可能性によって、H.pylor
iの新たな診断法の開発、および、H.pylori感
染の予防および疾患の処置を行い得るワクチン設計に有
用な影響を及ぼし得る。
【図面の簡単な説明】
【図1】細胞毒素(CT)タンパク質のヌクレオチド配
列を示す図である。
【図2】図1の続きである。
【図3】図2の続きである。
【図4】細胞毒素(CT)タンパク質のアミノ酸配列を
示す図である。
【図5】CAIタンパク質のcai遺伝子マップ、およ
び、この遺伝子の同定および配列決定に使用されたクロ
ーンのまとめを示す図である。
【図6】CAI抗原のヌクレオチド配列およびアミノ酸
配列を示す図である。
【図7】図6の続きである。
【図8】図7の続きである。
【図9】熱ショックタンパク質(hsp)のヌクレオチ
ド配列およびアミノ酸配列を示す図である。
【図10】図9の続きである。
【図11】図10の続きである。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 FI テーマコート゛(参考) C12N 9/80 C12P 21/02 C // C12P 21/02 A61K 37/02 (C12N 15/09 ZNA C12R 1:01) (72)発明者 ジョン テルフォード イタリア国 イ−53100 シエナ,ビア フィオレンティーナ 1 (72)発明者 ジョバンニ マッチア イタリア国 イ−53100 シエナ,ビア フィオレンティーナ 1 (72)発明者 リノ ラプオリ イタリア国 イ−53100 シエナ,ビア フィオレンティーナ 1

Claims (13)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 免疫原性であり、そして毒性に対して機
    能的寄与をまったく示さないか、または毒性に対して実
    質的に低い機能的寄与を示す組換えポリペプチドであっ
    て、以下の特性を有する、少なくとも8アミノ酸の連続
    する配列を含む組換えポリペプチド: (1)該少なくとも8アミノ酸の連続する配列は、少な
    くとも1つの部位を含み、 ここで該部位は、該少なくとも8アミノ酸の連続する配
    列からなる配列中においても該ポリペプチド中において
    もHelicobacter pyloriに対する抗
    体によって結合され得;そして(2)該少なくとも8ア
    ミノ酸の連続する配列は、以下のアミノ酸配列: 【化1】 【化2】 【化3】 から得られる。
  2. 【請求項2】 毒性または毒性に対する機能的寄与を低
    下または排除するように化学的に改変されている、請求
    項1に記載の組換えポリペプチド。
  3. 【請求項3】 1つ以上のアミノ酸置換または欠失を含
    む、請求項1に記載の組換えポリペプチド。
  4. 【請求項4】 Helicobacter pylor
    i感染の処置における使用のための組換えポリペプチド
    であって、以下の特性を有する、少なくとも8アミノ酸
    の連続する配列を含む組換えポリペプチド: (1)該少なくとも8アミノ酸の連続する配列は、少な
    くとも1つの部位を含み、 ここで該部位は、該少なくとも8アミノ酸の連続する配
    列からなる配列中においても該ポリペプチド中において
    もHelicobacter pyloriに対する抗
    体によって結合され得;そして(2)該少なくとも8ア
    ミノ酸の連続する配列は、以下のアミノ酸配列: 【化4】 【化5】 【化6】 から得られる。
  5. 【請求項5】 Helicobacter pylor
    i感染の処置における使用のための、請求項1〜3のい
    ずれか1項に記載の組換えポリペプチド。
  6. 【請求項6】 ワクチンとしての使用のための組換えポ
    リペプチドであって、以下の特性を有する、少なくとも
    8アミノ酸の連続する配列を含む組換えポリペプチド: (1)該少なくとも8アミノ酸の連続する配列は、少な
    くとも1つの部位を含み、 ここで該部位は、該少なくとも8アミノ酸の連続する配
    列からなる配列中においても該ポリペプチド中において
    もHelicobacter pyloriに対する抗
    体によって結合され得;そして(2)該少なくとも8ア
    ミノ酸の連続する配列は、以下のアミノ酸配列: 【化7】 【化8】 【化9】 から得られる。
  7. 【請求項7】 ワクチンとしての使用のための、請求項
    1〜3のいずれか1項に記載の組換えポリペプチド。
  8. 【請求項8】 組換えポリペプチドおよび薬学的に受容
    可能なキャリアを含む、ワクチンまたは治療組成物であ
    って、該組換えポリペプチドは、以下の特性を有する、
    少なくとも8アミノ酸の連続する配列を含む、ワクチン
    または治療組成物: (1)該少なくとも8アミノ酸の連続する配列は、少な
    くとも1つの部位を含み、 ここで該部位は、該少なくとも8アミノ酸の連続する配
    列からなる配列中においても該ポリペプチド中において
    もHelicobacter pyloriに対する抗
    体によって結合され得;そして(2)該少なくとも8ア
    ミノ酸の連続する配列は、以下のアミノ酸配列: 【化10】 【化11】 【化12】 から得られる。
  9. 【請求項9】 請求項1〜3のいずれか1項に記載の組
    換えポリペプチドおよび薬学的に受容可能なキャリアを
    含む、ワクチンまたは治療組成物。
  10. 【請求項10】 請求項8または9に記載のワクチンま
    たは治療組成物であって、さらに以下のうちの1つ以上
    を組み合わせて含む、ワクチンまたは治療組成物: i)以下の特性を有する、少なくとも8アミノ酸の連続
    する配列を含む組換えポリペプチド: (1)該少なくとも8アミノ酸の連続する配列は、少な
    くとも1つの部位を含み、 ここで該部位は、該少なくとも8アミノ酸の連続する配
    列からなる配列中においても該ポリペプチド中において
    もHelicobacter pyloriに対する抗
    体によって結合され得、そして(2)該少なくとも8ア
    ミノ酸の連続する配列は、以下のアミノ酸配列: 【化13】 【化14】 【化15】 から得られる; ii)以下の特性を有する、少なくとも8アミノ酸の連
    続する配列を含む組換えポリペプチド: (1)該少なくとも8アミノ酸の連続する配列は、少な
    くとも1つの部位を含み、 ここで該部位は、該少なくとも8アミノ酸の連続する配
    列からなる配列中においても該ポリペプチド中において
    もHelicobacter pyloriに対する抗
    体によって結合され得、そして(2)該少なくとも8ア
    ミノ酸の連続する配列は、以下のアミノ酸配列: 【化16】 【化17】 【化18】 から得られる;および/または iii)Helicobacter pyloriウレ
    アーゼ。
  11. 【請求項11】 アジュバントを含む、請求項8〜10
    のいずれか1項に記載のワクチンまたは治療組成物。
  12. 【請求項12】 請求項8、10、および11のいずれ
    か1項に記載のワクチンまたは治療組成物の調製のため
    の方法であって、該方法は以下の工程:組換えポリペプ
    チド、または請求項10に記載の(i)〜(iii)の
    うちの1つ以上と組み合わせた該組換えポリペプチド
    を、薬学的に受容可能なキャリア、および必要に応じて
    アジュバントと組み合わせる工程、を包含し、ここで該
    組換えポリペプチドは、以下の特性を有する、少なくと
    も8アミノ酸の連続する配列を含む、方法: (1)該少なくとも8アミノ酸の連続する配列は、少な
    くとも1つの部位を含み、 ここで該部位は、該少なくとも8アミノ酸の連続する配
    列からなる配列中においても該ポリペプチド中において
    もHelicobacter pyloriに対する抗
    体によって結合され得;そして(2)該少なくとも8ア
    ミノ酸の連続する配列は、以下のアミノ酸配列: 【化19】 【化20】 【化21】 から得られる。
  13. 【請求項13】 請求項9〜11のいずれか1項に記載
    のワクチンまたは治療組成物の調製のための方法であっ
    て、以下の工程:請求項1〜3のいずれか1項に記載の
    組換えポリペプチド、または請求項10に記載の(i)
    〜(iii)のうちの1つ以上と組み合わせた該組換え
    ポリペプチドを、薬学的に受容可能なキャリア、および
    必要に応じてアジュバントと組み合わせる工程、を包含
    する、方法。
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