JP2000287695A - シキミ酸の製造法 - Google Patents

シキミ酸の製造法

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JP2000287695A
JP2000287695A JP2000079001A JP2000079001A JP2000287695A JP 2000287695 A JP2000287695 A JP 2000287695A JP 2000079001 A JP2000079001 A JP 2000079001A JP 2000079001 A JP2000079001 A JP 2000079001A JP 2000287695 A JP2000287695 A JP 2000287695A
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shikimate
shikimic acid
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bacillus
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Yurgis Antanas Vladov Iomantas
ユルギス・アンタナス・ヴラドヴィッチ・イオマンタス
Elena Georgievna Abalakina
エレナ・ゲオルギエヴナ・アバルキナ
Boris Mironovich Polanuer
ボリス・ミロノヴィッチ・ポラヌエル
Tatyana Abramovna Yampolskaya
タチアナ・アブラモヴナ・ヤンポリスカヤ
Tatyana Aleksandrovna Bachina
タチアナ・アレクサンドロヴナ・バーチナ
Yuri Ivanovich Kozlov
ユーリ・イヴァノヴィッチ・コズロフ
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    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12PFERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
    • C12P7/00Preparation of oxygen-containing organic compounds
    • C12P7/40Preparation of oxygen-containing organic compounds containing a carboxyl group including Peroxycarboxylic acids
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Abstract

(57)【要約】 【課題】 直接発酵法によるシキミ酸を製造する方法及
び同方法に用いる微生物を提供する。 【解決手段】シキミ酸キナーゼ活性を欠損し、さらに細
胞中の3−デオキシ−D−アラビノ−ヘプツロソン酸−
7−リン酸合成酵素が増強され、かつ、シキミ酸生産能
を有するバチルス属細菌を培地で培養し、シキミ酸を培
地中に生成蓄積させ、該培地よりシキミ酸を採取するこ
とにより、シキミ酸を製造する。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【発明の属する技術分野】本発明は、シキミ酸の製造法
に関する。シキミ酸は、フェニルアラニン、チロシン、
トリプトファン、p−アミノ安息香酸、p−ヒドロキシ
安息香酸等の芳香族化合物合成の中間体等として有用で
ある。また、シキミ酸は廃棄物処理材の成分等として用
いられている。
【0002】
【従来の技術】芳香族中間体であるシキミ酸は、ホスホ
エノールピルビン酸とエリスロース−4−リン酸から、
4つの酵素反応を経て合成される。これら4つの酵素
は、バチルス・ズブチリスではaroA、aroB、a
roCおよびaroDによって、コードされている。シ
キミ酸は、さらにaroI、aroEおよびaroFに
よってコードされる3つの酵素による反応でコリスミン
酸に変換される。このホスホエノールピルビン酸及びエ
リスロース−4−リン酸からコリスミン酸に至る経路は
シキミ酸経路と呼ばれている。シキミ酸経路は、芳香族
アミノ酸であるL−トリプトファン、L−フェニルアラ
ニン及びL−チロシンの生合成の共通経路として知られ
ている。
【0003】シキミ酸は、従来植物から得られており、
微生物の直接発酵によっては製造されていない。ところ
で、アミラーゼ欠損株として知られていたバチルス・ズ
ブチリス1−118株(aroI116,amy4)
は、aroI遺伝子に変異を有することが知られている
(Yuki, S., Japan. J. Genetics, 50 (2), 155-157 (1
975))が、この株がシキミ酸を産生することは知られて
いない。また、バチルス・ズブチリスSB130株(a
roE130,hisH32)は、5−エノールピルビ
ルシキミ酸−3−リン酸合成酵素(EC:2.5.1.19)をコ
ードするaroE遺伝子に変異を有することが知られて
いるが、同株がシキミ酸を産生することは知られていな
い。
【0004】
【発明が解決しようとする課題】本発明は、直接発酵法
によるシキミ酸を製造する方法及び同方法に用いる微生
物を提供することを課題とする。
【0005】
【課題を解決するための手段】本発明者は、上記課題を
解決するために鋭意研究を行った結果、欠陥のあるシキ
ミ酸キナーゼを保持するバチルス・ズブチリスは、シキ
ミ酸を蓄積することを明らかにした。そして、3−デオ
キシ−D−アラビノ−ヘプツロソン酸−7−リン酸合成
酵素(以下、「DAHP合成酵素」ともいう)の活性、
及びシキミ酸脱水素酵素活性を増強することにより、同
細菌のシキミ酸生産性を改善することに成功した。ま
た、活性なシキミ酸キナーゼを保持するバチルス・ズブ
チリスであっても、aroE産物である5−エノールピ
ルビルシキミ酸−3−リン酸合成酵素の活性を欠損する
ことによってシキミ酸生産能を示すこと、及び、さらに
シキミ酸脱水素酵素の活性を増強することによって、そ
のシキミ酸生産能が向上することを見出した。すなわち
本発明は、以下のとおりである。
【0006】(1)シキミ酸キナーゼ活性を欠損し、シ
キミ酸生産能を有するバチルス属細菌を培地で培養し、
シキミ酸を培地中に生成蓄積させ、該培地よりシキミ酸
を採取することを特徴とするシキミ酸の製造法。 (2)前記細菌がバチルス・ズブチリスである(1)記
載の方法。 (3)前記細菌は、細胞中のシキミ酸脱水素酵素活性が
増強されていることを特徴とする(1)記載の方法。 (4)前記シキミ酸脱水素酵素活性の増強が、シキミ酸
脱水素酵素をコードする遺伝子のコピー数を高めるこ
と、同遺伝子の発現調節配列の強化、又は同遺伝子の染
色体DNAへの組み込みによるものである(3)記載の
方法。 (5)固有のプロモーターが他の遺伝子のプロモーター
に置換されるか、又は、他の遺伝子のプロモーターが追
加されたシキミ酸脱水素酵素遺伝子が染色体DNAに組
み込まれた(4)記載の方法。 (6)前記細菌は、さらに細胞中の3−デオキシ−D−
アラビノ−ヘプツロソン酸−7−リン酸合成酵素が増強
されていることを特徴とする(3)記載の方法。
【0007】(7)前記3−デオキシ−D−アラビノ−
ヘプツロソン酸−7−リン酸合成酵素活性の増強が、3
−デオキシ−D−アラビノ−ヘプツロソン酸−7−リン
酸合成酵素をコードする遺伝子のコピー数を高めるこ
と、同遺伝子の発現調節配列の強化、又は同遺伝子の染
色体DNAへの組み込みによるものである(6)記載の
方法。 (8)シキミ酸キナーゼ活性を欠損し、かつ、細胞中の
シキミ酸脱水素酵素活性が増強され、シキミ酸生産能を
有するバチルス属細菌。 (9)さらに、細胞中の3−デオキシ−D−アラビノ−
ヘプツロソン酸−7−リン酸合成酵素活性が増強された
(8)記載の細菌。 (10)細胞中の5−エノールピルビルシキミ酸−3−
リン酸合成酵素活性を欠損し、かつ、シキミ酸生産能を
有するバチルス属細菌を培地で培養し、シキミ酸を培地
中に生成蓄積させ、該培地よりシキミ酸を採取すること
を特徴とするシキミ酸の製造法。 (11)前記細菌がバチルス・ズブチリスである(1
0)記載の方法。 (12)前記細菌は、さらに、シキミ酸脱水素酵素活性
が増強されていることを特徴とする(10)記載の方
法。 (13)前記シキミ酸脱水素酵素活性の増強が、シキミ
酸脱水素酵素をコードする遺伝子のコピー数を高めるこ
と、同遺伝子の発現調節配列の強化、又は同遺伝子の染
色体DNAへの組み込みによるものである(12)記載
の方法。 (14)細胞中の5−エノールピルビルシキミ酸−3−
リン酸合成酵素活性を欠損し、かつ、シキミ酸脱水素酵
素活性が増強され、シキミ酸生産能を有するバチルス属
細菌。 本発明において、「シキミ酸生産能を有する」とは、本
発明のバチルス属細菌を培地に培養したときに、培地中
にシキミ酸を蓄積する能力を有することをいう。
【0008】
【発明の実施の形態】以下、本発明を詳細に説明する。
本発明のシキミ酸の製造法に用いるバチルス属細菌の第
一の態様は、シキミ酸キナーゼ活性を欠損したバチルス
属細菌である。バチルス属細菌としては、バチルス・ズ
ブチリス、バチルス・アミロリケファシエンス等が挙げ
られる。
【0009】シキミ酸キナーゼ活性を欠損したバチルス
属細菌としては、シキミ酸キナーゼの活性を実質的に完
全に欠損した変異株、又は野生株に比べてシキミ酸キナ
ーゼの活性が有意に低下した変異株が挙げられる。ま
た、染色体上のシキミ酸キナーゼをコードする遺伝子
(aroI)が相同組換えにより破壊されたものであっ
てもよい。バチルス属細菌のシキミ酸キナーゼを欠損さ
せるには、バチルス属細菌を従来知られている方法によ
って変異処理し、同酵素をコードする遺伝子(aroI)に
変異を有する変異株を選択すればよい。変異処理として
は、バチルス属細菌を紫外線照射またはN−メチル−N'
−ニトロ−N−ニトロソグアニジン(NTG)もしくは亜硝
酸等の通常変異処理に用いられている変異剤によって処
理する方法が挙げられる。
【0010】また、バチルス属細菌のaroI変異株は、す
でに取得されているバチルス属細菌のaroI変異株を用い
た遺伝子変換(gene conversion)により、取得するこ
とができる。すなわち、aroI遺伝子に変異を有する変異
株と、クローン化された野生型aroI遺伝子を含むプラス
ミドを用いた遺伝子変換により、前記プラスミド上の野
生型aroI遺伝子を変異型aroI遺伝子に変換する。次に、
得られたプラスミドを用いた遺伝子変換により、変異を
導入しようとするバチルス属細菌の野生型aroI遺伝子を
変異型aroI遺伝子に変換する。
【0011】シキミ酸キナーゼ活性を欠損したバチルス
属細菌として具体的には、aroIに変異を有するバチ
ルス・ズブチリス1−118株(aroI116,am
y4)、及び同株から誘導されたaroI116株(後
記実施例1参照)等が挙げられる。1−118株は、Yu
ki, S., Japan J. Genetics, 50 (2), 155-157 (1975)
に記載されている。
【0012】本発明において、シキミ酸キナーゼ活性を
欠損したバチルス属細菌は、細胞内のシキミ酸脱水素酵
素活性が増強されていることが好ましい。それに加え
て、細胞内のDAHP合成酵素活性が増強されているこ
とがより好ましい。細胞内のシキミ酸脱水素酵素活性又
はDAHP合成酵素活性の増強は、例えば、これらの酵
素をコードする遺伝子のコピー数を高めること、同遺伝
子の発現調節配列を強化すること、又は同遺伝子を染色
体DNAへ組み込むことによって行うことができる。
【0013】具体的には、細胞中のシキミ酸脱水素酵素
活性を増強するには、シキミ酸脱水素酵素をコードする
遺伝子断片を、バチルス属細菌で機能するベクターと連
結して組み換えDNAを作製し、これをバチルス属細菌
の宿主に導入して形質転換すればよい。シキミ酸脱水素
酵素は、aroD遺伝子にコードされている。
【0014】aroD遺伝子は、バチルス属細菌の遺伝
子を用いることも、他の生物由来の遺伝子を用いること
も可能である。aroD遺伝子源となるバチルス属細菌
としては、バチルス・ズブチリス、バチルス・アミロリ
ケファシエンス等が挙げられる。
【0015】aroD遺伝子をバチルス属細菌に導入す
るためのベクターとしては、バチルス属細菌において複
製可能なものであればよく、具体的には、pUB110、pC19
4、pE194、pSM19035、pMX30、pMX39、pCB20、pCB30およ
びpCA1等が挙げられる。また、バチルス属細菌では、ベ
クターを用いずに直鎖状のDNAを用いて染色体DNA
へ組み込むことによっても、形質転換を行うことができ
る。
【0016】シキミ酸脱水素酵素をコードするaroD
遺伝子とバチルス属細菌で機能するベクターを連結して
組み換えDNAを調製するには、aroD遺伝子を含む
DNA断片と、このDNA断片の末端に合うような制限
酵素で切断したベクターとを連結する。ベクターとの連
結は、T4DNAリガーゼ等のリガーゼを用いて行うの
が普通である。
【0017】上記のように調製した組換えDNA又は直
鎖状DNAをバチルス属細菌に導入するには、これまで
に報告されている形質転換法に従って行えばよい。例え
ば、増殖段階の細胞からコンピテントセルを調製してD
NAを導入する方法(Duncan,C.H.,Wilson,G.A.and You
ng,F.E., Gene, 1, 153 (1977))がある。あるいは、D
NA受容菌の細胞を、組換えDNAを容易に取り込むプ
ロトプラストの状態にして組換えDNAをDNA受容菌
に導入する方法(Chang,S.and Choen,S.N.,Molec. Gen.
Genet., 168, 111 (1979);Bibb,M.J.,Ward,J.M.and Ho
pwood,O.A.,Nature, 274, 398 (1978);Hinnen,A.,Hick
s,J.B.and Fink,G.R.,Proc. Natl. Acad.Sci. USA, 75
1929 (1978))も応用できる。また、バチルス属細菌の
染色体DNA上にaroD遺伝子を組み込むには、直鎖
状DNAを用い、二つの配列をランダムに染色体DNA
に組み込む会合法(congression method)(Erickson,
R.T. et al., Genetics, 73(1), 13 (1973); Nester,
E.W. et al., Genetics, 48, 529 (1963))により行う
ことができる。
【0018】シキミ酸脱水素酵素活性の増強は、上記の
遺伝子増幅による以外に、プラスミド上又は染色体上の
aroD遺伝子のプロモーター等の発現調節配列を強力
なものに置換することによっても達成される。強力なプ
ロモーターをaroD遺伝子の構造遺伝子に連結した組
換え遺伝子をバチルス属細菌の細胞に導入することによ
って、aroD遺伝子の発現を強化することができる。
また、染色体DNA上のaroD遺伝子の発現調節配列
の置換は、特開平1−215280号公報記載の方法に
よって行うことができる。たとえば、バチルス・アミロ
リケファシエンスのリボソームタンパク質遺伝子rpm
AのプロモーターPr(rpmA)等が、バチルス属細菌の強
力なプロモーターとして知られている。aroD遺伝子
固有のプロモーターをこれらのプロモーターに置換する
ことによって、aroD遺伝子の発現が増強され、それ
によってシキミ酸脱水素酵素の活性が増強される。発現
調節配列の増強は、aroD遺伝子のコピー数を高める
ことと組み合わせてもよい。
【0019】上記の方法において、aroD遺伝子の代
わりにDAHP合成酵素をコードする遺伝子(aroA
遺伝子)を用いることによって、DAHP合成酵素活性
を増強することができる。本発明のシキミ酸の製造法に
用いるバチルス属細菌の第二の態様は、5−エノールピ
ルビルシキミ酸−3−リン酸合成酵素活性を欠損したバ
チルス属細菌である。バチルス属細菌としては、バチル
ス・ズブチリス、バチルス・アミロリケファシエンス等
が挙げられる。
【0020】5−エノールピルビルシキミ酸−3−リン
酸合成酵素活性を欠損したバチルス属細菌としては、同
酵素の活性を実質的に完全に欠損した変異株、又は野生
株に比べて同酵素の活性が有意に低下した変異株が挙げ
られる。また、染色体上の同酵素をコードする遺伝子
(aroE)が相同組換えにより破壊されたものであっ
てもよい。
【0021】バチルス属細菌の5−エノールピルビルシ
キミ酸−3−リン酸合成酵素活性を欠損させるには、バ
チルス属細菌を従来知られている方法によって変異処理
し、同酵素をコードする遺伝子(aroE)に変異を有する
変異株を選択すればよい。変異処理としては、バチルス
属細菌を紫外線照射またはN−メチル−N'−ニトロ−N−
ニトロソグアニジン(NTG)もしくは亜硝酸等の通常変
異処理に用いられている変異剤によって処理する方法が
挙げられる。
【0022】また、バチルス属細菌のaroE変異株は、す
でに取得されているバチルス属細菌のaroE変異株を用い
た遺伝子変換(gene conversion)により、取得するこ
とができる。すなわち、aroE遺伝子に変異を有する変異
株と、クローン化された野生型aroE遺伝子を含むプラス
ミドを用いた遺伝子変換により、前記プラスミド上の野
生型aroE遺伝子を変異型aroE遺伝子に変換する。次に、
得られたプラスミドを用いた遺伝子変換により、変異を
導入しようとするバチルス属細菌の野生型aroE遺伝子を
変異型aroE遺伝子に変換する。aroE変異株として具体的
には、バチルス・ズブチリスSB130 (aroE130 hisH32)
株が挙げられる。
【0023】本発明において、5−エノールピルビルシ
キミ酸−3−リン酸合成酵素活性を欠損したバチルス属
細菌は、細胞内のシキミ酸脱水素酵素活性が増強されて
いることが好ましい。それに加えて、細胞内のDAHP
合成酵素活性が増強されていることがより好ましい。こ
れらの酵素活性の増強は、前記本発明に用いるバチルス
属細菌の第一の態様と同様に、行うことができる。細菌
中において、シキミ酸は、aroI産物であるシキミ酸
キナーゼの作用により、シキミ酸3−リン酸に変換され
る。また、シキミ酸は、エシェリヒア・コリ(E.coli)
細胞と同様に、バチルス・ズブチリス中のシキミ酸脱水
素酵素(シキミ酸5−デヒドロゲナーゼ)の生産物阻害
物質であることがわかっている。一方、シキミ酸3−リ
ン酸は、シキミ酸5−デヒドロゲナーゼを阻害しない。
シキミ酸キナーゼは、シキミ酸の細胞内濃度を下げるた
め、シキミ酸キナーゼ活性を増大させることによって、
シキミ酸によるシキミ酸5−デヒドロゲナーゼのフィー
ドバック阻害を回避することができると本発明者は考え
た。
【0024】そして、本発明者は、活性なシキミ酸キナ
ーゼ遺伝子を保持するシキミ酸生産菌を構築できるか調
べた。その結果、活性なaroIを保持するバチルス・ズブ
チリスは、5−エノールピルビルシキミ酸−3−リン酸
合成酵素の活性を欠損することによってシキミ酸生産能
を示すこと、及び、さらにaroD産物であるシキミ酸
脱水素酵素の活性を増強することによって、そのシキミ
酸生産能が向上することを見出した。すなわち、シキミ
酸キナーゼによって蓄積したシキミ酸−5−リン酸は、
ホスファターゼの作用によって容易に脱リン酸され、生
成したシキミ酸は細胞から排出される。
【0025】上記のようにして得られるシキミ酸生産能
を有するバチルス属細菌を培地で培養し、シキミ酸を培
地中に生成蓄積させ、該培地よりシキミ酸を採取するこ
とにより、シキミ酸の製造することができる。
【0026】培養に使用する培地は、炭素源、窒素源、
無機イオン及び必要に応じその他の有機成分を含有する
通常の培地である。炭素源としては、グルコース、ガラ
クトース、フラクトースもしくはでんぷんの加水分解物
などの糖類、グリセロールもしくはソルビトールなどの
アルコール類、またはフマール酸、クエン酸もしくはコ
ハク酸等の有機酸類を用いることができる。
【0027】窒素源としては、硫酸アンモニウム、塩化
アンモニウムもしくはリン酸アンモニウム等の無機アン
モニウム塩、大豆加水分解物などの有機窒素、アンモニ
アガス、またはアンモニア水等を用いることができる。
【0028】有機微量栄養源としては、ビタミンB1
L−イソロイシンなどの要求物質または酵母エキス等を
適量含有させることが望ましい。これらの他に、必要に
応じて、リン酸カリウム、硫酸マグネシウム、鉄イオ
ン、マンガンイオン等が少量添加される。
【0029】培養は、好気的条件下で16〜72時間実
施するのがよく、培養温度は25℃〜45℃に、培養中
pHは5〜8に制御する。尚、pH調整には無機あるい
は有機の酸性あるいはアルカリ性物質、更にアンモニア
ガス等を使用することができる。
【0030】発酵液からのシキミ酸の採取は、通常イオ
ン交換樹脂法、沈澱法等を組み合わせることにより実施
できる。
【0031】
【実施例】以下、本発明を実施例によりさらに具体的に
説明する。
【0032】<1>発酵液中のシキミ酸及びデヒドロシ
キミ酸の分析 以下の実施例において、発酵液中のシキミ酸及びデヒド
ロシキミ酸は、以下のようにして分析した。
【0033】(1)サンプル調製 発酵液のサンプルは、細胞と残渣を除去するために54
15C型マイクロフュージ(エッペンドルフ製、ドイ
ツ)で5分遠心分離した。上清は、水で30倍に水釈さ
れ、さらなる精製なしにHPLC分析に使用された。
【0034】(2)逆相分離 分析は、510型ポンプ、IBM−PCを基礎とするデ
ータステーションを有する990型ダイオードアレイ検
出器(いずれもウォーターズ製、ミルフォード、アメリ
カ)、および1μlの内部ループを有する7010型イ
ンジェクターからなるイソクラティックシステム(レオ
ダイン製、コタチ、アメリカ)を用いて行なった。すべ
ての分離は、室温で、5μmのセパロンC18吸着剤
(テッセック製、Cheh共和国)を充填した150×
3.3mm(内径)の逆相(C18)カラムで実施され
た。
【0035】0.5%酢酸と0.7%トリエリルアミン
を含む溶出液(pH6)は、超音波浴槽で脱気された。
代表的な溶出速度は、0.3ml/分であった。上記条
件で、シキミ酸はデヒドロシキミ酸より速く溶出され
る。一回の分析時間は約7分であった。
【0036】(3)アミノ相分離 全分析は、510型ポンプ、990ソフトウェアを備え
た990型ダイオートアレイ検出器(いずれもウォータ
ーズ製、アメリカ)、および1μlの内部ループを有す
る7010型インジェクター(レオダイン製、アメリ
カ)を含有する上記と同じイソクラティックHPLCシ
ステムを用いて実施された。
【0037】自家製の水循環ジャケットを付けた、5μ
mのNH2吸収剤(テッセック製、Cheh共和国)を
充填した150×3.3mm(内径)のガラスカラムを
用いた。分析は、以下の条件で行った。
【0038】カラム温度:50℃ 溶出液:60%アセトニトリルおよび6g/L酢酸アン
モニウムを含む 流速:0.5ml/分 上記条件で、シキミ酸はデヒドロシキミ酸より速く溶出
される。一回の分析時間は約7分であった。
【0039】<2>ジャーファーメンターによる培養 以下の実施例において、バチルス・ズブチリスの菌株の
培養は、以下の条件で行った。
【0040】(1)種培養 菌株は、10mg/Lのエリスロマイシンを含むLB培
地寒天のプレートまたは斜面上で37℃24時間生育さ
せた。次に、種培地として使用した700ml容量のフ
ラスコ中でLB培地30ml中で菌体をインキュベート
した。種培養は37℃、6〜7時間ロータリーシェーカ
ーでインキュベートした。
【0041】(2)ジャーファーメンターでの培養 シキミ酸生産菌の培養は、「マルビシ」研究用ファーメ
ンター(V〜1−1.2L)中で実施された。酵母エキ
スに含まれているため、下記培地には芳香族アミノ酸
(フェニルアラニン、トリプトファン、およびチロシ
ン)を加えなかった。
【0042】初期培養培地の構成(in g/L): グルコース :100(1Lにつき〜150gが
フィード溶液として加えられる) (NH42SO4 :2 NH4Cl :3 KH2PO4 :3 MgSO4 :0.4 FeSO4 :0.02 酵母エキス :15 (「シグマ」Y4000) エリスロマイシン :10mg/L pH7.0 ファーメンター中の培地の初期容量:500ml 接種サイズ:6%(Em10mg/Lを含むLB培地3
0ml中の6時間培養) フィード溶液(200〜250ml)は濃度700g/
Lのグルコースを含有する。
【0043】供給率: 培養初期から19時間まで:3〜3.2ml/L・時間 19時間後:4.5ml/L・時間 温度:37℃、 アジテーション:1000〜1100r.p.m.、 エアー:0.6L/分
【0044】
【実施例1】 バチルス・アミロリケファシエンスのシ
キミ酸脱水素酵素遺伝子aroDを保持するバチルス・
ズブチリスの構築 <1>バチルス・アミロリケファシエンスのシキミ酸脱
水素酵素遺伝子aroDのクローニング シキミ酸脱水素酵素をコードする遺伝子(aroD)は、バ
チルス・アミロリケファシエンスの菌株から、プラスミ
ド・ベクター上にクローン化された。このクローン化に
は、エリスロマイシン耐性遺伝子であるermを保持する
プラスミドpMX39を使用した。pMX39(22.4kbp)は、バチ
ルス・ズブチリスとエシェリヒア・コリにおいて複製す
ることができる二機能のプラスミドである(図2)。こ
のプラスミドは、pBR322 (bla, tet)とpMX30 (erm)の二
つのゲノムから成り、これらのゲノムは、EcoRI部位で
接続されている。プラスミドpMX30(18kbp)は、ストレプ
トコッカス・ピオジェネスの菌株から分離されたpSM190
35の欠失誘導体である(Rabinovich, P.M. et al., "Cl
oning of genetic material in Bacilli" In: "Genetic
s and biotechnology of Bacilli" Ganesan and J.A.
Hoch eds., AcademicPress., USA (1984) p.297-30
8)。pSM19035、pMX30およびpMX39のプラスミドは、バ
チルス属の菌株中で複製し、染色体に対して約2から3
のコピー数を有している。pCB20、pCB30およびpCA1など
の小さな欠失誘導体は、コピー数が染色体に対して30か
ら50に増大している。
【0045】aroD遺伝子をクローニングするために、バ
チルス・アミロリケファシエンスの染色体DNAをEcoRIで
切断し、pMX39プラスミドのEcoRI断片に連結した(図
3)。このDNAを用いて、バチルス・ズブチリスaroD12
0, lys1, trpC2, recE4レシピエントストレイン(ルシ
アン・ナショナル・コレクション・オブ・インダストリ
アル・マイクロオーガニズムス(VKPM)・デポジタリー
GNIIgenetika(Russian National Collection of Indu
strial Microorganisms(VKPM)Depositary, GNIIgenet
ika)(住所:1, Dorozhny Proezd., 1, 113545, Mosco
w, Russia)に、VKPM B-1403の登録番号で寄託されてい
る。また、バチルス・ジェネティック・ストックセンタ
ー(Bacillus Genetic Stock Center, The Ohio State
University,Department of Biochemistry(484 West Tw
elfth Avenue, Columbus, Ohio 43210 USA))にBGSC 1A
8の登録番号で寄託されている。)を形質転換し、EmR,
AroD+のクローンが選択された。分離された組換えプラ
スミドは、pAD2と命名された(図3)。このpAD2 (er
m,aroD+) プラスミドのサイズは30kbpであり、バチル
ス・アミロリケファシエンスのaroD遺伝子を含むバチル
ス・アミロリケファシエンスの12kbpのDNAを挿入物を保
持している。
【0046】aroD遺伝子を含む長いDNA断片は、種々の
制限酵素で切断し、小さなマルチコピー・ベクターにサ
ブクローンすることによって最小化した(図4)。最初
のステップは、pAD2 DNAをPaeI(SphI)で切断することに
より行った。pAD2上にクローン化されたバチルス・アミ
ロリケファシエンスのDNA断片は、8つ以上のPael部位
を有していたが、プラスミドのベクター部分はPaeI部位
を有していない。従って、PaeIによる切断とプラスミド
pAD2のセルフライゲーションにより、クローン化された
DNA 断片のサイズを縮小することができる。断片を縮小
化するために、PaeI DNA断片の連結混合物で、バチルス
・ズブチリスaroD120, lys1, trpC2, recE4レシピエン
トストレインを形質転換した。AroD+,EmRクローンを選
択し、プラスミドDNAを分離した。得られたプラスミドp
AD2derlPae3 (erm, aroD+)は、aroD遺伝子を含む7 kbp
のDNA断片を保持する。
【0047】7 kbp EcoRI DNA断片は、pAD2delPae3プラ
スミドから、クロラムフェニコール耐性の遺伝子catを
保持するマルチコピー(〜30)のプラスミドベクター pCA
1(図5)にサブクローニングされた。得られたプラス
ミドはpADP4 (cat, aroD+)と命名された。pADP4のDNAは
単一のBglII部位を有し、バチルス・アミロリケファシ
エンスからクローン化された DNA断片はBglIIによって
半分に分割される。
【0048】プラスミドpADP4を保持するバチルス・ズ
ブチリスaroD120, lys1, trpC2, recE4は、1998年12月3
日に、ルシアン・ナショナル・コレクション・オブ・イ
ンダストリアル・マイクロオーガニズムス(VKPM)・デ
ポジタリー GNIIgenetika(Russian National Collecti
on of Industrial Microorganisms(VKPM)Depositary,
GNIIgenetika)(住所:1, Dorozhny Proezd., 1, 113
545, Moscow, Russia)に、登録番号VKPM B-7692のもと
に寄託されている。
【0049】pADP4プラスミドの4 kbpの BglII-PstI DN
A断片は、バチルス・アミロリケファシエンスのaroD遺
伝子を保持する。この断片は、新たなプラスミドを構築
するために用いられ、そしてaroD遺伝子をバチルス・ズ
ブチリスのクロモゾームに組み込むために用いられた
(後述)。
【0050】pADP4プラスミドからaroD遺伝子を含んで
いない部分を削除するために、同DNAをBglIIおよびBamH
Iで線状化し、DNAリガーゼによって連結し、E. coli TG
1株を形質転換した。アンピシリン耐性のクローンを選
択した。その結果、pADP43(aroD+) プラスミドは、複製
可能であり、バチルス・ズブチリスのaroD120変異を相
補することができた。このプラスミドは薬剤耐性マーカ
ーを有していないが、バチルス属菌株中で増幅するのに
必要なpSM19035プラスミドのレプリコンを有している。
【0051】次の段階で、pADP43から、pCA1に由来する
pUC18プラスミドのDNAテンプレートを削除し、クロラム
フェニコール耐性遺伝子であるcatをマーカーとして付
与した。そのために、対象なポリリンカーを両側に有す
るスタフィロコッカス・アウレウスのcat遺伝子を含有
するpUC7(CmR)プラスミド(BRL社から購入)を使用し
た。pADP43プラスミドDNAおよびpUC7プラスミドDNAをPs
tIで切断し、連結した。この連結混合物で、バチルス・
ズブチリスaroD, lys1, trpC2, recE4株を形質転換し
た。AroD+, CmRの形質転換体を選択し、新規な組換えプ
ラスミドpDP4(cat, aroD+)を得た。pDP4中のバチルス・
アミロリケファシエンスのDNA断片は3.5kbに最小化
されている(図6)。
【0052】<2>aroDを保持するバチルス・ズブ
チリスによるシキミ酸および前駆体デヒドロシキミ酸の
産生 バチルス・ズブチリス1-118(aroI116,amy4)からrecE-
株を誘導し、バチルス・ズブチリスaroI116株と命名し
た。バチルス・ズブチリスaroI116をpDP4、及びバチル
ス・ズブチリス168株のaroA遺伝子を含むプラスミドpBA
G7で形質転換し、aroI116(pDP4)及びaroI116(pBAG7)を
得た。pBAG7の構築過程を図1に示す。バチルス・ズブ
チリス aroI116(pBAG7)は、1999年3月1日に、ルシアン
・ナショナル・コレクション・オブ・インダストリアル
・マイクロオーガニズムス(VKPM)・デポジタリー GNI
Igenetika(Russian National Collection of Industri
al Microorganisms(VKPM)Depositary, GNIIgenetik
a)(住所:1, Dorozhny Proezd., 1, 113545, Moscow,
Russia)に、登録番号VKPM B-7756のもとに寄託されて
いる。バチルス・ズブチリスaroI116、aroI116(pDP4)、
及びaroI116(aroI116,amy4)(pBAG7)の各菌株を培養し、
発酵液中のシキミ酸(SH)とデヒドロシキミ酸(DHSH)を
前記のようにして分析した。結果を表1に示す。また、
バチルス・ズブチリスATCC6051 Marburg(aroD120,lys
1,trpC2,recE4)(野生株)、aroI116、a5 (2468,aroI11
6)、aroD120,lys1,trpC2, recE4 (pDP4)、及びaroI116
(pDP4)の培養菌体の粗抽出物について、たシキミ酸脱水
素酵素活性を逆反応を用いて測定した結果を、表2に示
す。
【0053】
【表1】 表1 ────────────────────────────────── 菌株 時間 OD シキミ酸 デヒドロシキミ酸 比率 hr 540nm g/l g/l DHSH/SH ────────────────────────────────── aroI116 24 68.8 3.1 4.8 1.5 45 53.4 5.9 8.0 1.3 70 45.2 8.5 9.5 1.1 aroI116 24 62.0 6.5 1.9 0.29 (pDP4) 45 43.0 14.0 3.6 0.25 70 36.4 14.0 6.8 0.48 aroI116 24 77.6 4.9 14 2.8 (pBAG7) 45 76.8 8.0 24 3.0 70 65.6 7.2 20 2.7 ──────────────────────────────────
【0054】
【表2】
【0055】
【実施例2】aroD遺伝子染色体組込み株の構築 <1>aroD遺伝子のバチルス・ズブチリスaroI
116染色体への組込み 上記のように、pDP4プラスミドを有するバチルス・
ズブチリスaroI116シキミ酸生産菌は、シキミ酸
を14g/L程度生産し、プラスミドを有しない株より
も、前駆体であるデヒドロシキミ酸は2倍以下であり、
シキミ酸デヒドロゲナーゼ活性は50倍高かった。しか
しながら、pDP4プラスミドは、分離的(segregatio
nally)には不安定であった。24時間の培養後、細胞
の90%はプラスミドを失っていた。そこで、バチルス
・アミロリケファシエンスのaroD遺伝子をバチルス
・ズブチリス aroI116シキミ酸生産菌のクロモ
ゾームに組込んだ。
【0056】クロモゾームへのaroD遺伝子組込みの
ための標的タイプ組込み法の開発をした。この方法は、
以下のステップを含む(図7)。
【0057】(1)バチルス・ズブチリスのアルファア
ミラーゼ遺伝子は、pAA1プラスミド(CmR,K
R,Amy+)上でクローン化された。pAA1を保持
するバチルス・ズブチリス21,amy4,recE4
は、1998年12月3日に、ルシアン・ナショナル・コレク
ション・オブ・インダストリアル・マイクロオーガニズ
ムス(VKPM)・デポジタリー GNIIgenetika(Russian N
ational Collection of Industrial Microorganisms(V
KPM)Depositary, GNIIgenetika)(住所:1, Dorozhny
Proezd., 1, 113545, Moscow, Russia)に、登録番号V
KPM B-7693のもとに寄託されている。
【0058】(2)バチルス・アミロリケファシエンス
のプレフェン酸デヒドラターゼ遺伝子pheAは、プラ
スミドpHEA32(PheA+,EmR)上でクローン
化された。
【0059】(3)pHEA32プラスミドが改変され
た。プレフェン酸デヒドラターゼ遺伝子pheAは、プ
ラスミドpHEA323上でバチルス・アミロリケファ
シエンスのリボソームタンパク質遺伝子rpmAの強力
なプロモーターPr(rpmA)下にクローン化された。pH
EA323を保持するバチルス・ズブチリスSB11
2,trpC2,pheA112は、1998年12月3日
に、ルシアン・ナショナル・コレクション・オブ・イン
ダストリアル・マイクロオーガニズムス(VKPM)・デポ
ジタリー GNIIgenetika(Russian National Collection
of Industrial Microorganisms(VKPM)Depositary, G
NIIgenetika)(住所:1, Dorozhny Proezd.,1, 11354
5, Moscow, Russia)に、登録番号VKPM B-7694のもとに
寄託されている。
【0060】(4)強力なプロモーターPr(rpmA)とプ
レフェン酸デヒドラターゼ遺伝子pheAを有するDN
A断片は、プラスミドpAA1上のバチルス・ズブチリ
スのアルファアミラーゼ遺伝子に挿入された。得られた
プラスミドは線状化され、バチルス・ズブチリスphe
A112株に導入された。
【0061】(5)バチルス・アミロリケファシエンス
のPr(rpmA)−pheA DNA断片は、プラスミドと
クロモゾーム上のアミラーゼ遺伝子間の相同組換えによ
ってバチルス・ズブチリスSB112,trpC2,p
heA112(ルシアン・ナショナル・コレクション・
オブ・インダストリアル・マイクロオーガニズムス(VK
PM)・デポジタリー GNIIgenetika(Russian National
Collection of Industrial Microorganisms(VKPM)Dep
ositary, GNIIgenetika)(住所:1, Dorozhny Proez
d., 1, 113545, Moscow, Russia)に、VKPM B-1734の登
録番号で寄託されている。また、バチルス・ジェネティ
ック・ストックセンター(Bacillus GeneticStock Cent
er, The Ohio State University, Department of Bioch
emistry(484 West Twelfth Avenue, Columbus, Ohio 4
3210 USA))にBGSC 1A227の登録番号で寄託されてい
る。)のクロモゾーム上のアミラーゼ遺伝子に組込まれ
た。
【0062】組込み体は、pheA変異の相補性により
選択された。構築されたバチルス・ズブチリスA10
(trpC2,pheA112,amy::Pr(rpmA)
−pheA)はクロモゾーム中に、強力なプロモーター
とバチルス・アミロリケファシエンスのプレフェン酸デ
ヒドラターゼ遺伝子からなる挿入物を有する。組込まれ
たDNA断片は、前記菌株のpheA112変異を相補
した。同菌株は、Phe +プラス表現型を有したが、A
my-とTry-マイナス表現型であった。
【0063】チロシン要求性は、細菌中の全プレフェン
酸の資化とチロシン生合成へのプレフェン酸の欠乏によ
り引き起こされた。これは、細菌中における、強力なP
(r pmA)プロモーター下でのpheA遺伝子発現と、非
常に高いプレフェン酸デヒドラターゼ酵素の活性による
結果であった(酵素活性は5000倍以上に上昇し
た)。
【0064】さらに、Pr(rpmA)−pheA挿入物は、
バチルス・アミロリケファシエンスのaroD遺伝子の
挿入のたたき台として使用された。
【0065】(6)組込まれたDNA断片(amy::
Pr(rpmA)−pheA)は、高濃度のクロモゾームDN
Aによる形質転換における会合法(congression metho
d)(JErickson, R.T. et al., Genetics, 73(1), 13,
(1973); Nester, E.W. et al.,Genetics, 48, 529 (19
63))を用いることにより、バチルス・ズブチリスA1
0株からバチルス・ズブチリスaroD120,lys
1,trpC2のクロモゾーム中へ転移された。
【0066】構築されたバチルス・ズブチリスA10−
aroD120株は、amy::Pr(rpmA)−phe
A,trpC2,AroD120遺伝子型とAmy-
Try-、及びAro-(マイナス)表現型を有してい
た。
【0067】(7)次に、aroD遺伝子がクロモゾー
ムへ組込まれた(図8)。バチルス・アミロリケファシ
エンスのaroD遺伝子を有するDNA断片は、Pr
(rpmA)プロモーターとpheA遺伝子間に組込まれた。
Pr(rpmA)−aroD(+)−pheAの構造は、インビ
トロでプラスミドpHEA323とpADP4のDNA
を連結することにより構築された。生じたDNA連結混
合物は、栄養要求性バチルス・ズブチリスA10−ar
oD120(amy::Pr(rpmA)−pheA,trp
C2,aroD120)株に形質転換された。AroD
+(プラス)、Tyr+(プラス)、およびAmy-(マ
イナス)原栄養体クローンが選択された。二重交差組換
えの結果、aroD遺伝子を有するDNA断片は、Pr
(rpmA)プロモーターとpheA遺伝子間でクロモゾーム
に組込まれ、Pr(rpmA)−aroD(+ )−pheA構造
が形成された。得られた菌株バチルス・ズブチリスd3
は、aroD120,trpC2,amy::Pr
(rpmA)−aroD(+)−pheAの遺伝子型を有した。
さらに、この挿入物はシキミ酸生産菌に形質導入され
た。
【0068】<2>クロモゾームへ組込まれたプロモー
ターPr(rpmA)とaroD遺伝子のシキミ酸生産菌への
転移。 バチルス・ズブチリスd3株中に組込まれた遺伝子は抗
生物質耐性マーカー(EmR,CmR)でマークされ、形
質導入ファージAR9を用いて、複合体の全てをバチル
ス・ズブチリスaroI116シキミ酸生産菌に転移し
た。そのために、バチルス・ズブチリスd3株のクロモ
ゾームに組み込めるようなプラスミドpAE7を構築し
た。プラスミドpAE7は、アミラーゼ遺伝子、cat
遺伝子(クロラフェニコールアセチルトランスフェラー
ゼ)(CmR)、emr遺伝子(RNAメチラーゼ)
(EmR)およびpUC19(ApR)レプリコンの各ク
ローン化断片を有する。pAE7プラスミド(ApR
EmR,CmR,amy-)は、バチルス・ズブチリス中
では複製しないが、形質転換後は、キャンベル型組換え
による単交差組換えによってバチルス・ズブチリスのク
ロモゾームのアミラーゼ遺伝子中に組込まれることがで
きる。
【0069】このようにして、バチルス・ズブチリスd
3株はマークされた。得られた株は、バチルス・ズブチ
リスd3−pAE7(trpC2,aroD120,a
my::Pr(rpmA)−aroD(+)−pheA;am
y::pAE7,CmR,EmR)と命名された。同株
は、互いに近接する2つの組込物を保持する(図9)。
形質導入ファージAR9の形質導入は、これら2つの組
込構造物をバチルス・ズブチリスd3−pAE7株から
シキミ酸生産菌のバチルス・ズブチリスaroI116
のクロモゾームに転移するために使用された。EmR
CmRマーカーが、形質導入体の選択に使用された。
【0070】このようにして、更なる遺伝子が組み込ま
れた新規なシキミ酸生産菌バチルス・ズブチリスd3−
pAE7−aroI116(aroI116,amy
4,amy::Pr(rpmA)−aroD(+)−pheA;
amy::pAE7,CmR,EmR)が構築された。組
込まれたpAE7プラスミドは、抗生物質を含まない培
地で前記菌株を生育させることにより除去された。その
結果、新規なシキミ酸生産菌バチルス・ズブチリスID
3(aroI116,amy4,amy::Pr (rpmA)
−aroD(+)−pheA)が得られた。このシキミ酸
生産菌は、クロモゾーム中にaroD遺伝子の2つのコ
ピーを含有している。ひとつは親株由来の遺伝子であ
り、もう一つは組込まれた遺伝子である(図9)。バチ
ルス・ズブチリスID3株は、バチルス・ズブチリスa
roI116に比べて8倍以上のシキミ酸デヒドロゲナ
ーゼ活性を有する(後述表5)。研究用ファーメンター
で、バチルス・ズブチリスID3株は11〜12g/L
のシキミ酸を生産した。バチルス・ズブチリスID3株
は、1999年3月1日に、ルシアン・ナショナル・コレクシ
ョン・オブ・インダストリアル・マイクロオーガニズム
ス(VKPM)・デポジタリー GNIIgenetika(Russian Nat
ional Collection of Industrial Microorganisms(VKP
M)Depositary, GNIIgenetika)(住所:1, Dorozhny P
roezd., 1, 113545, Moscow, Russia)に、登録番号VKP
M B-7755のもとに寄託されている。
【0071】<3>aroD組込み株へのaroA遺伝
子の導入 aroA遺伝子は、芳香族化合物生合成の最初の酵素で
あるDAHPシンターゼをコードしている。バチルス・
アミロリケファシエンスA50株のaroA遺伝子を有
する3.5kbDNA断片は、バチルス・ズブチリスW
B2281 aroA6レシピエント中の低コピーベク
ターpMX39(EmR)上でクローニングされた(図
10)。生じた組換えプラスミドpAAP6(AroA
+,EmR)は安定であり、抗生物質エリスロマイシン非
存在下の培地中での生育の間、バチルス・ズブチリス細
胞から分離しなかった。
【0072】pAAP6を保持するバチルス・ズブチリ
スaroA6は、1998年12月3日に、(ルシアン・ナシ
ョナル・コレクション・オブ・インダストリアル・マイ
クロオーガニズムス(VKPM)・デポジタリー GNIIgenet
ika(Russian National Collection of Industrial Mic
roorganisms(VKPM)Depositary, GNIIgenetika)(住
所:1, Dorozhny Proezd., 1, 113545, Moscow, Russi
a)に、登録番号VKPM B-7698のもとに寄託されている。
【0073】プラスミドpAAP6はシキミ酸生産菌で
あるバチルス・ズブチリスID3へ転移された。生じた
株は、バチルス・ズブチリスID36(ID3/pAA
P6)と命名された。その遺伝子型は、aroI116
amy4amy::Pr(r pmA)−aroD(+)−ph
eA/pAAP6(erm, aroA(+))である。I
D36株は、aroI116変異であるため芳香族アミ
ノ酸要求株であり、エリスロマイシン(10ml/L)
に耐性である。
【0074】バチルス・ズブチリスID36株は、最終
的な最適条件ではないが、研究用のファーメンターで1
8−19g/Lのシキミ酸を生産した(表3)。グルコ
ース供給率はシキミ酸生産に影響を与えることがわかっ
た。初発培養培地が100g/L又はそれ以下の濃度の
グルコースを含む場合、3g/L・時間の供給率が上記
条件では最適であった。供給率がそれよりも低くても高
くても生産性は減少した。さらに、初発発酵培地がグル
コースを含まない場合、生産量は20g/Lまで上昇し
た。
【0075】
【表3】 表3 研究用ファーメンター(1L)中でのバチルス・ズブチリス ID36株によるシキミ酸生産 ──────────────────────────────────── 菌株 付加遺伝子 時間OD シキミ酸 テ゛ヒト゛ロシキミ酸 比率 h 560nm g/L g/L DHSH/SH ──────────────────────────────────── ID36 aroD クロモソ゛ーム中 28 56 4.4 6.0 1.4 (ID3/pAAP6) aroA フ゜ラスミト゛上 52 60 13.9 9.7 0.7 66 64 16.7 10.9 0.65 73 64 18.6 10.3 0.55 90 62 19.7 9.8 0.5 ────────────────────────────────────
【0076】pAAP6プラスミドを有する各菌株につ
いて、DAHPシンターゼ活性を測定した。これらの菌
株のDAHPシンターゼ活性は、プラスミドを有しない
株よりも5倍高かった(表4)。
【0077】
【表4】 表4 バチルス・ズブチリス シキミ酸生産菌中の DAHPシンターゼ活性 ───────────────────────────── 菌株 付加遺伝子 DAHPシンターゼ活性 (nm/分・mg) ───────────────────────────── aroI116 なし 13 ───────────────────────────── ID3 aroD クロモゾーム中 13 ───────────────────────────── ID36 aroD クロモゾーム中 67 (ID3/pAAP6) aroA プラスミドpAAP6上 ─────────────────────────────
【0078】
【実施例3】シキミ酸デヒドロゲナーゼをコードするa
roD遺伝子の発現の最適化 バチルス・ズブチリスID3株をpDP4プラスミドD
NAで形質転換し、aroD遺伝子の量(dose)とシキ
ミ酸デヒドロゲナーゼ活性を上昇させた。温度シフトと
抗生物質濃度により、いくつかの新規な菌株が構築され
た。
【0079】バチルス・ズブチリスID34−37−5
は、ID3株をpDP4で形質転換し、37℃で5mg
/LのCmを含む培地上での培養により選択することに
より、構築された。
【0080】バチルス・ズブチリスID34.50.5
は、ID3株をpDP4で形質転換し、50℃で5mg
/LのCmを含む培地上での培養により選択し、さらに
37℃、5mg/L Cmで生育させることにより、構
築された。プラスミドpDP4とバチルス・ズブチリス
ID3株のクロモゾームに保持されるバチルス・アミロ
リケファシエンスのaroD遺伝子は相同性を有してい
る。前記プラスミドは、細菌中で、複製可能でない温度
である50℃では自律複製できないが、aroD遺伝子
の相同性を利用することによりクロモゾームに組込むこ
とができる。したがって、50℃で培養することによ
り、組込まれたプラスミドを持つクローンが選択され
る。
【0081】バチルス・ズブチリスID34.50.1
00は、バチルス・ズブチリスID34.50.5を3
7℃で100mg/LのCmを含む培地上で生育させる
ことにより構築された。ID34.50.5.のクロモ
ゾーム中に組込まれた2つのaroDコピーは、ダイレ
クトリピートとその間にあるcat遺伝子の構造を形成
する。ID34.50.5は、高濃度のクロロフェニコ
ール中で生育させることによりaroDとcat遺伝子
の増幅を引き起こすために使用された。
【0082】pDP4プラスミドを有するバチルス・ズ
ブチリスID3生産菌のシキミ酸デヒドロゲナーゼ活性
は、非常に高く、150〜200倍まで上昇した(表
5)。しかしながら、pDP4プラスミドは、分離的に
は不安定であった。この問題は安定なベクターとクロモ
ゾームへのaroD遺伝子マルチ組込みを利用すること
で解決されるであろう。
【0083】
【表5】 表5 バチルス・ズブチリス シキミ酸生産菌の粗抽出液中の シキミ酸デヒドロゲナーゼ活性 ─────────────────────────────── 菌株 付加遺伝子 シキミ酸デヒドロゲナーゼ 活性(nm/分・mg) ─────────────────────────────── aroI116 なし 5 ─────────────────────────────── ID3 aroDクロモゾーム中 43 ─────────────────────────────── ID36 aroDクロモゾーム中 42 (ID3/pAAP6) aroAプラスミドpAAP6上 ─────────────────────────────── ID34.37.5 aroDクロモゾーム中 560 (ID3/pDP4) aroDプラスミドpDP4上 ─────────────────────────────── ID34.50.5 aroDクロモゾーム中 710 (ID3/pDP4) aroDプラスミドpDP4上 ─────────────────────────────── ID34.50.100 aroDクロモゾーム中 1090 (ID3/pDP4) aroDプラスミドpDP4上 ───────────────────────────────
【0084】
【実施例4】 バチルス・ズブチリスID3株染色体へ
のaroA遺伝子の組み込み aroA遺伝子を、ID3株の染色体上のリボフラビン
合成系オペロンに組み込んだ(図11)。バチルス・ズ
ブチリスのリボフラビン合成系オペロン(ribオペロ
ン)を含むプラスミドpLP95をEcoRIで切断して、ribオ
ペロンを含むDNA断片を得た。同断片をPstIで切断し
て得られる2つのEcoRI-PstI断片と、pAAP6(Ar
oA +,EmR )をPstIで切断して得られるaroA遺伝子
を含む断片を連結し、バチルス・ズブチリスWB228
1 aroA6を形質転換した。AroA(+)及びRi
(-)の形質を有する形質転換株バチルス・ズブチリス
F8株は、染色体上のrib-オペロンの内部にaroA
(+)遺伝子が組み込まれている。
【0085】次に、F8株から染色体DNAを単離し、
ヘルパープラスミドpMX39(EmR)と混合し、バチルス・ズ
ブチリスID3株を形質転換した。Rib(-)、Aro(-)、Am
y(-)及びEmRのクローンを選択し、ID4株と名付け
た。得られた株ID4(ribG::aroA(+))は、ID3株
の3倍のDAHP合成酵素活性を有していた(表6)。ま
た、ID3株及びID4株を研究用ファーメンターで培
養したときのシキミ酸及びデヒドロシキミ酸生成量を経
時的に測定した結果を表7に示す。
【0086】
【表6】 表6バチルス・ズブチリスシキミ酸生産菌の 粗抽出物中のDAHP合成酵素活性 ─────────────────────────── 株 ハ゛チルス・アミロリケファシエンス DAHP合成酵素活性 の組込み遺伝子 (nm/分・mg) ─────────────────────────── ID3 染色体上aroD 7 ─────────────────────────── ID4 染色体上aroD, 24 染色体上aroA ───────────────────────────
【0087】
【表7】 表7バチルス・ズブチリスID3とID4株における 研究用ファーメンター内でのシキミ産生酸 ─────────────────────────────────── 株 染色体に組込んだハ゛チルス・ 時間 OD シキミ酸 テ゛ヒト゛ロシキミ酸 アミロリケファシエンス遺伝子と特徴 (h) 560nm (g/L) (g/L) ─────────────────────────────────── ID3 染色体上aroD(+)遺伝子 23 43 4.8 0.8 Amy(-)マイナス 43 53 12.1 2.6 Aro(-)マイナス 51 53 14.8 3.7 66 54 16.5 4.4 90 47 17.3 4.5 ─────────────────────────────────── ID4 染色体上 23 43 4.1 0.9 aroD(+)とaroA(+)遺伝子 43 45 9.6 2.5 Amy(-)マイナス 51 38 10.6 2.2 Aro(-)マイナス 66 30 10.6 1.8 Rib(-)マイナス 90 29 11.3 2.1 ───────────────────────────────────
【0088】
【実施例5】 ID4株のリボフラビン原栄養株の構築 ID4株のリボフラビン栄養要求性を相補するために、
バチルス・アミロリケファシエンスのribG遺伝子をID
4株の染色体に組み込んだ。得られた菌株は、ID5株
(ribG::aroA(+),xyz::ribG(B. am))と命名された。I
D3、ID4及びID5株の試験管内最小OSM100培地で
のシキミ酸及びデヒドロシキミ酸の生産量を表8に示
す。
【0089】
【表8】 表8 バチルス・ズブチリスID3、ID4、ID5株による 試験管内最小OSM100培地でのシキミ酸生産 ──────────────────────────────────── 株 ID3 ID4 ID5 ──────────────────────────────────── 染色体中の標的と amy::aroD(+) amy::aroD(+), amy::aroD(+), ハ゛チルス・アミロリケファシエンスの rib::aroA(+) rib::aroA(+), 組込み遺伝子 xyz::ribG(+) ──────────────────────────────────── シキミ酸 (g/L) 6.3 5.7 5.1 ──────────────────────────────────── テ゛ヒト゛ロシキミ酸 (g/L) 0.8 0.9 0.6 ────────────────────────────────────
【0090】(試験管内発酵用の最小培地「OSM100」の
組成) K2HPO4・3H2O 1.83% KH2PO4 0.6% 尿素 0.6%マルトース 4%シュークロース 8% MgSO4・7H20 0.1% FeSO4 0.001% MnSO4 0.001% L-trp 0.01% L-tyr 0.01% L-phe 0.01%
【0091】
【実施例6】5−エノールピルビルシキミ酸−3−リン
酸合成酵素をコードするaroE遺伝子を欠損し、か
つ、シキミ酸キナーゼを保持するシキミ酸生産の構築 本発明者は、研究室菌株であるバチルス・ズブチリスSB
130 (aroE130 hisH32)株を分析した。バチルス・ズブチ
リスSB130 (aroE130 hisH32)は、Russian National Col
lection of Industrial Microorganisms (VKPM) Deposi
tary, GNIIgenetika(住所:1, Dorozhny Proezd., 1,1
13545, Moscow, Russia)にVKPM B-1730の受託番号で寄
託されている。また、バチルス・ジェネティック・スト
ックセンター(Bacillus Genetic Stock Center, The O
hio State University, Department of Biochemistry
(484 West Twelfth Avenue, Columbus, Ohio 43210 US
A))にBGSC 1A133の登録番号で寄託されている。SB130
株を、試験管中、37℃、90時間、OSM100培地で培養し
た。HPLC分析で、この菌株がシキミ酸1.1g/Lとデヒ
ドロシキミ酸0.16g/Lを蓄積したことが示された(表
9)。理論的には、この菌株はシキミ酸3−リン酸を蓄
積し得るはずであるが、シキミ酸を蓄積することが見い
出された。バチルス・ズブチリスのホスファターゼは、
シキミ酸3−リン酸からリン酸を切り離し、シキミ酸を
生成する可能性がある。
【0092】上記のように、本発明者は、シキミ酸は、
バチルス・ズブチリスのaroI116変異だけでなく、aroE1
30変異によっても産生されることを見いだした。そこ
で、シキミ酸生産菌であるバチルス・ズブチリスID3を
基に、EPSP合成酵素をコードする遺伝子中にaroE130変
異を有し、かつ、シキミ酸キナーゼ遺伝子中にaroI116
変異を有しない、新規のシキミ酸生産株を構築した。同
株は、ID3株から以下の3工程で構築された。
【0093】(1)aroI116(Aro-)変異を有するバチ
ルス・ズブチリスID3を、バチルス・ズブチリス168のク
ローニングされたaroI遺伝子を含む1050bpの直鎖型Hind
III DNA断片を用いて形質転換し、原栄養形質(Ar
o+)を得た。バチルス・ズブチリスのaroI遺伝子は、す
でにクローニングされ、配列決定されている(データベ
ース"SWISS-PROT:P37944"; Nakane A. et al., J. Ferm
ent. Bioeng., 77 (2), 312-314, (1994))。ここで
は、E. coliベクターpTZ19RJL1を基に構築されたプラス
ミドpGI502のDNAを用いた。最小培地上のAro+形質転
換体を選別し、得られた株をバチルス・ズブチリスD4と
命名した。その遺伝子型は、amy4, amy::Pr(rpmA)-aroD
(+)-pheAであり、表現型はAro+及びAmy-である。D4株
は、シキミ酸を産生しなかった。
【0094】(2)クローニングされたaroE変異を有す
るaroE遺伝子を含むプラスミドを用いて、aroE130変異
を、「遺伝子変換(gene conversion)」法(Iglesias
A. andTrautner T.A., Mol. Gen. Genet., 189:73-76
(1983))を利用してバチルス・ズブチリスD4株に導入し
た。バチルス・ズブチリスaroE(+)遺伝子は、すでにpTP
72プラスミド上にクローニングされている。aroE(+)遺
伝子をクローニングするために、バチルス・ズブチリス
の染色体DNAを、EcoRIで切断し、pCB20(先述)のEc
oRI断片とライゲーションした。このDNAでバチルス
・ズブチリス trpE1733 recE4 受容菌を形質転換し、Em
R、Trp+のクローンを選択した。単離された組換えプラ
イマーをpTP72と命名した。このプラスミドpTP72で、tr
pE1733, trpE8, trpD10, trpC2, trpF5, trpB3, trpA17
22, trpA4, hisH32, tyrA and aroE130の変異を有する
バチルス・ズブチリス原栄養株を形質転換した。このプ
ラスミドpTP72(26.4 kbp)は、pCB20ベクター上にクロ
ーニングされたバチルス・ズブチリスの全トリプトファ
ンオペロン遺伝子、hisH、tyrA、及びaroE遺伝子を、19
kbpの単一のEcoRI断片上に有している。pTP72プラスミ
ドで、バチルス・ズブチリスSB130 aroE130 hisH32を形
質転換した。EmR形質転換体を選別し、Aro-表現型の有
無をテストした。aroE130変異は、「遺伝子変換」によ
り染色体からプラスミドへ導入された。同じ遺伝子の2
つの異なる対立遺伝子aroE130//aroE+は、4%の頻度で
単一のaroE130に変換された。プラスミド上のaroE+遺伝
子がaroE130に変換されたプラスミドを、pTP72 aroE130
と呼ぶ。
【0095】(3)pTP72 aroE130プラスミドで、バチ
ルス・ズブチリスD4株を形質転換した。Aro-クローン
を、EmR形質転換体の中から選別した。aroE130変異は、
「遺伝子変換」により、pTP72 aroE130プラスミドから
バチルス・ズブチリスD4染色体へ4%の頻度で導入され
た。得られた菌株、バチルス・ズブチリスD4 aroE/pTP7
2aroE130は、染色体中とaroE遺伝子のプラスミド上に、
aroE130変異を有する。このプラスミドは、50℃で同菌
株から除去された。この菌株を、バチルス・ズブチリス
DE1株と命名した。その遺伝子型はaroE130, amy4, am
y::Pr(rpmA)-aroD(+)-pheAであり、表現型はAro-、Amy-
である。DE1株は、5−エノールピルビルシキミ酸−3
−リン酸合成酵素をコードするaroE遺伝子中にマイナス
変異を有する。バチルス・ズブチリスDE1(aroE130)株
は、37℃、90時間、試験管内のOSM100培地中で、シキミ
酸2.8g/L及びデヒドロシキミ酸0.18g/Lを産生した(表
9)。
【0096】
【表9】 表9 ──────────────────────────────────── 菌株 D4 SB130 DE1 ID3 ──────────────────────────────────── 栄養要求性変異 原栄養株 aroE130 aroE130 aroI116 hisH32 ──────────────────────────────────── 染色体中の標的と amy::aroD(+) − amy::aroD(+) amy::aroD(+) 組込まれたハ゛チルス・アミロリケファシエンス の 遺伝子 ──────────────────────────────────── シキミ酸(g/L) 0 1.1 2.8 6 ────────────────────────────────────テ゛ヒト゛ロシキミ 酸(g/L) 0 0.16 0.18 0.8 ────────────────────────────────────
【0097】
【発明の効果】本発明により、シキミ酸を発酵法により
効率よく製造することができる。
【図面の簡単な説明】
【図1】 aroA遺伝子を含むプラスミドpBAG7の構築過
程を示す図。
【図2】 バチルス・ズブチリスとエシェリヒア・コリ
において複製することができる二機能のプラスミドpMX3
9の構造を示す図。
【図3】 aroD遺伝子のクローニング及び同遺伝子を含
むプラスミドpAD2の構造を示す図。
【図4】 aroD遺伝子を含むプラスミドpAD2の最小化の
工程を示す図。
【図5】 プラスミドpCA1の構造を示す図。
【図6】 aroD遺伝子を含むプラスミドpDP4の構造を示
す図。
【図7】 Pr(rpmA)−pheA DNA断片をバチル
ス・ズブチリスSB112,trpC2,pheA112のクロモゾームに
組み込み、A10株を得る工程を示す図。
【図8】 aroD遺伝子をバチルス・ズブチリスA10のク
ロモゾームに組み込み、バチルス・ズブチリスd3を得る
工程を示す図。
【図9】 aroD遺伝子が組み込まれたバチルス・ズブチ
リスID3のクロモゾーム断片の構造を示す図。
【図10】 aroA遺伝子を含むプラスミドpAAP6の構造
を示す図。
【図11】 バチルス・サブチリスID3の染色体上のリ
ボフラビン合成系オペロンへのaroA遺伝子の組み込みの
過程を示す図。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 FI テーマコート゛(参考) C12R 1:125) (C12N 1/20 C12R 1:125) (C12N 1/21 C12R 1:125) (C12N 15/09 C12R 1:125) (72)発明者 エレナ・ゲオルギエヴナ・アバルキナ ロシア連邦,113545,モスクワ,1,ドロ ズニィ プロエズド,1 アジノモト−ジ ェネティカ リサーチ インスティテュー ト内 (72)発明者 ボリス・ミロノヴィッチ・ポラヌエル ロシア連邦,113545,モスクワ,1,ドロ ズニィ プロエズド,1 アジノモト−ジ ェネティカ リサーチ インスティテュー ト内 (72)発明者 タチアナ・アブラモヴナ・ヤンポリスカヤ ロシア連邦,113545,モスクワ,1,ドロ ズニィ プロエズド,1 アジノモト−ジ ェネティカ リサーチ インスティテュー ト内 (72)発明者 タチアナ・アレクサンドロヴナ・バーチナ ロシア連邦,113545,モスクワ,1,ドロ ズニィ プロエズド,1 アジノモト−ジ ェネティカ リサーチ インスティテュー ト内 (72)発明者 ユーリ・イヴァノヴィッチ・コズロフ ロシア連邦,113545,モスクワ,1,ドロ ズニィ プロエズド,1 アジノモト−ジ ェネティカ リサーチ インスティテュー ト内

Claims (14)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 シキミ酸キナーゼ活性を欠損し、シキミ
    酸生産能を有するバチルス属細菌を培地で培養し、シキ
    ミ酸を培地中に生成蓄積させ、該培地よりシキミ酸を採
    取することを特徴とするシキミ酸の製造法。
  2. 【請求項2】 前記細菌がバチルス・ズブチリスである
    請求項1記載の方法。
  3. 【請求項3】 前記細菌は、細胞中のシキミ酸脱水素酵
    素活性が増強されていることを特徴とする請求項1記載
    の方法。
  4. 【請求項4】 前記シキミ酸脱水素酵素活性の増強が、
    シキミ酸脱水素酵素をコードする遺伝子のコピー数を高
    めること、同遺伝子の発現調節配列の強化、又は同遺伝
    子の染色体DNAへの組み込みによるものである請求項
    3記載の方法。
  5. 【請求項5】 固有のプロモーターが他の遺伝子のプロ
    モーターに置換されるか、又は、他の遺伝子のプロモー
    ターが追加されたシキミ酸脱水素酵素遺伝子が染色体D
    NAに組み込まれた請求項4記載の方法。
  6. 【請求項6】 前記細菌は、さらに細胞中の3−デオキ
    シ−D−アラビノ−ヘプツロソン酸−7−リン酸合成酵
    素が増強されていることを特徴とする請求項3記載の方
    法。
  7. 【請求項7】 前記3−デオキシ−D−アラビノ−ヘプ
    ツロソン酸−7−リン酸合成酵素活性の増強が、3−デ
    オキシ−D−アラビノ−ヘプツロソン酸−7−リン酸合
    成酵素をコードする遺伝子のコピー数を高めること、同
    遺伝子の発現調節配列の強化、又は同遺伝子の染色体D
    NAへの組み込みによるものである請求項6記載の方
    法。
  8. 【請求項8】 シキミ酸キナーゼ活性を欠損し、かつ、
    細胞中のシキミ酸脱水素酵素活性が増強され、シキミ酸
    生産能を有するバチルス属細菌。
  9. 【請求項9】 さらに、細胞中の3−デオキシ−D−ア
    ラビノ−ヘプツロソン酸−7−リン酸合成酵素活性が増
    強された請求項8記載の細菌。
  10. 【請求項10】 細胞中の5−エノールピルビルシキミ
    酸−3−リン酸合成酵素活性を欠損し、かつ、シキミ酸
    生産能を有するバチルス属細菌を培地で培養し、シキミ
    酸を培地中に生成蓄積させ、該培地よりシキミ酸を採取
    することを特徴とするシキミ酸の製造法。
  11. 【請求項11】 前記細菌がバチルス・ズブチリスであ
    る請求項10記載の方法。
  12. 【請求項12】 前記細菌は、さらに、シキミ酸脱水素
    酵素活性が増強されていることを特徴とする請求項10
    記載の方法。
  13. 【請求項13】 前記シキミ酸脱水素酵素活性の増強
    が、シキミ酸脱水素酵素をコードする遺伝子のコピー数
    を高めること、同遺伝子の発現調節配列の強化、又は同
    遺伝子の染色体DNAへの組み込みによるものである請
    求項12記載の方法。
  14. 【請求項14】 細胞中の5−エノールピルビルシキミ
    酸−3−リン酸合成酵素活性を欠損し、かつ、シキミ酸
    脱水素酵素活性が増強され、シキミ酸生産能を有するバ
    チルス属細菌。
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