FR3012471A1 - Micropeptides et leur utilisation pour moduler l'expression de genes - Google Patents
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Abstract
Procédé de détection et d'identification de micropeptides (miPEP) codés par une séquence nucléotidique contenue dans la séquence du transcrit primaire d'un microARN et leur utilisation pour moduler l'expression de gènes.
Description
MICROPEPTIDES ET LEUR UTILISATION POUR MODULER L'EXPRESSION DE GENES La présente invention concerne des micropeptides (peptides codés par des microARNs 5 ou « miPEPs ») et leur utilisation pour moduler l'expression de gènes. Les microARNs (miRs) sont des petits ARNs non codants, d'environ 21 nucléotides après maturation, qui contrôlent l'expression de gènes cibles au niveau posttranscriptionnel, en dégradant l'ARNm cible ou en inhibant sa traduction. Les miRs sont 10 rencontrés chez les plantes et les animaux. Les gènes cibles sont souvent des gènes clés de processus développementaux. Ils codent par exemple des facteurs de transcription ou des protéines du protéasome. 15 La régulation de l'expression des miRs est très peu connue, mais on sait notamment que celle-ci fait intervenir, à l'instar de la plupart des gènes codants, une ARN polymerase II : cette enzyme produit un transcrit primaire, appelé « pri-miR », qui est ensuite maturé par un complexe protéique contenant notamment les enzymes type Dicer. Cette maturation conduit tout d'abord à la formation d'un précurseur de miR appelé «pre- 20 miR », ayant une structure secondaire en forme tige-boucle contenant le miR et sa séquence miR* complémentaire. Puis le précurseur est maturé, ce qui conduit à la formation d'un ARN double brin plus court contenant le miR et le miR*. Le miR est ensuite pris en charge par le complexe RISC qui clive l'ARNm du gène cible ou bien inhibe sa traduction. 25 Par ailleurs, il a été montré que la présence d'introns dans le transcrit primaire du microARN augmente l'expression du microARN mature (Schwab et al., EMBO Rep., 14(7):615-21, 2013). Cependant, du fait de difficultés expérimentales, les transcrits primaires de microARNs, ou pri-miRs, sont très peu étudiés. 30 Environ 50% des gènes eucaryotes possèdent, au sein de leur région 5'UTR (5' UnTranslated Region) en amont de la séquence codante, de petits cadres ouverts de lecture. Ces petits cadres ouverts de lecture (ou « uORFs » pour upstream ORFs) peuvent jouer un rôle de régulateur de la traduction, principalement en cis, en modulant la fixation et la vitesse des ribosomes sur l'ARNm, mais également en trans selon un mécanisme encore inconnu, par l'intermédiaire de peptides codés par lesdits uORFs (Combier et al., Gene Dey, 22:1549-1559, 2008). Par définition, les uORFS sont présents en amont de gènes codants.
Récemment, il a également été découvert de petits ORFs dans de longs ARN non codants intergéniques (lincRNAs) dont la fonction putative, si elle existe, n'est pas connue (Ingolia et al., Cell, 147(4):789-802, 2011 ; Guttman & Rinn, Nature, 482(7385):339-46, 2012).
Toutefois, aucun exemple n'a encore été rapporté concernant l'existence d'ORFs codant des peptides au sein de microARNs non codants. Jusqu'à présent, les microARNs, et par extension leur transcrit primaire, ont toujours été considérés, de par leur mode d'action particulier, comme des ARNs régulateurs non codants ne produisant aucun peptide.
L'un des aspects de l'invention est de proposer des peptides capables de moduler l'expression des microARNs. Un autre aspect de l'invention est de proposer un moyen permettant de moduler l'expression d'un ou plusieurs gènes cibles d'un microARN.
La présente invention présente l'avantage de permettre un contrôle plus facile et plus efficace de l'expression de gènes ciblés par les microARNs, à l'aide d'un moyen autre que le microARN. L'invention concerne ainsi un procédé de détection et d'identification d'un micropeptide 25 (miPEP) codé par une séquence nucléotidique contenue dans la séquence du transcrit primaire d'un microARN, comprenant : - a) une étape de détection d'un cadre ouvert de lecture de 15 à 303 nucléotides contenu dans la séquence du transcrit primaire dudit microARN, puis 30 - b) une étape de comparaison entre : - l'accumulation dudit microARN dans une cellule eucaryote déterminée exprimant ledit microARN, en présence d'un peptide codé par une séquence nucléotidique identique ou dégénérée par rapport à celle dudit cadre ouvert de lecture, ledit peptide étant présent dans la cellule indépendamment de la transcription du transcrit primaire dudit microARN, et - l'accumulation dudit microARN dans une cellule eucaryote de même type que la susdite cellule eucaryote déterminée exprimant ledit microARN, en absence dudit peptide, dans lequel, une modulation de l'accumulation dudit microARN en présence dudit peptide par rapport à l'accumulation dudit microARN en absence dudit peptide indique 10 l'existence d'un micropeptide codé par ledit cadre ouvert de lecture. Dans une première étape, le procédé de détection et d'identification d'un micropeptide consiste donc à détecter sur le transcrit primaire d'un microARN l'existence d'un cadre ouvert de lecture codant potentiellement un peptide. 15 La deuxième étape permet, quant à elle, de caractériser ledit peptide, c'est-à-dire de déterminer si ledit peptide correspond a un peptide réellement produit dans la cellule, en recherchant un effet dudit peptide sur l'accumulation dudit microARN. 20 Pour mettre en évidence un effet du peptide sur l'accumulation du microARN, une quantité importante de peptide est introduite dans une première cellule exprimant ledit microARN. L'accumulation du microARN dans cette première cellule est ensuite mesurée et comparée avec l'accumulation du microARN dans une deuxième cellule identique à la première, mais ne contenant pas ledit peptide. 25 L'observation d'une variation des quantités de microARN entre les cellules en présence et en absence du peptide indique ainsi (i) qu'il existe un peptide codé sur le transcrit primaire dudit microARN, (ii) que la séquence de ce peptide est codée par le cadre ouvert de lecture identifié sur le transcrit primaire dudit microARN, et (iii) que ledit peptide agit 30 sur l'accumulation dudit microARN. L'invention repose donc sur la double observation inattendue faite par les Inventeurs que d'une part, il existe des cadres ouverts de lecture susceptibles de coder des micropeptides présents sur les transcrits primaires de microARNs, et d'autre part que lesdits micropeptides sont capables de moduler l'accumulation desdits microARNs. Dans l'invention, les termes « microARN », « microARN non codant » et « miR » sont 5 équivalents et peuvent être utilisés l'un pour l'autre. Ils définissent des petites molécules d'ARN d'environ 21 nucléotides, qui ne sont pas traduites et ne conduisent pas à un peptide ou une protéine. Cependant, sous cette forme mature, les microARNs assurent une fonction de régulation de certains gènes via des mécanismes post-transcriptionnels, comme par exemple par 10 l'intermédiaire du complexe RISC. Le transcrit primaire du microARN ou « pri-miR » correspond lui à la molécule d'ARN directement obtenue à partir de la transcription de la molécule d'ADN. Généralement, ce transcrit primaire subit une ou plusieurs modifications post-transcriptiormelles, qui 15 entraînent par exemple une structure particulière de l'ARN ou un clivage de certaines parties de l'ARN par des phénomènes d'épissage, et qui conduisent à la forme précurseur du microARN ou « pre-miR », puis à la forme mature du microARN ou « miR ». Les termes « micropeptides » et « miPEPs » (microRNA encoded PEPtides) sont 20 équivalents et peuvent être utilisés l'un pour l'autre. Ils définissent un peptide qui est codé par un cadre ouvert de lecture présent sur le transcrit primaire d'un microARN, et qui est capable de moduler l'accumulation dudit microARN. Les micropeptides au sens de la présente invention ne doivent être entendus comme étant nécessairement des peptides de petite taille, dans la mesure où « micro » ne correspond pas à la taille du 25 peptide. Compte tenu de la dégénérescence du code génétique, un même micropeptide peut être codé par plusieurs séquences nucléotidiques. De telles séquences nucléotidiques, différentes entre elles d'au moins un nucléotide mais codant un même peptide, sont 30 appelées « séquences dégénérées ». Les termes « cadre ouvert de lecture » ou « ORF » (open readingframe) sont équivalents et peuvent être utilisés l'un pour l'autre. Ils correspondent à une séquence de nucléotides dans une molécule d'ADN ou d'ARN pouvant potentiellement coder un peptide ou une protéine: ledit cadre ouvert de lecture débute par un codon start, suivi d'une série de codons, et se termine par un codon stop. Dans l'invention, les ORFs peuvent être dénommés de manière spécifique « miORFs » 5 lorsque ceux-ci sont présents sur les transcrits primaires de microARN. Dans l'invention, par « accumulation », on entend la production d'une molécule, telle qu'un microARN ou un micropeptide, dans la cellule. Ainsi, la « modulation » de l'accumulation d'une molécule dans une cellule correspond à 10 une modification de la quantité de cette molécule présente dans la cellule. Dans un mode de réalisation, l'invention concerne un procédé de détection et d'identification d'un miPEP tel que défini ci-dessus, dans lequel la modulation de l'accumulation dudit microARN est une diminution ou une augmentation de 15 l'accumulation dudit microARN, en particulier une augmentation. Une « diminution de l'accumulation » correspond à une baisse de la quantité de ladite molécule dans la cellule. A l'inverse, une « augmentation de l'accumulation » correspond à une hausse de la 20 quantité de ladite molécule dans la cellule. Dans un mode de réalisation avantageux, l'invention concerne un procédé de détection et d'identification d'un miPEP tel que défini ci-dessus, dans lequel la modulation de l'accumulation dudit microARN est une augmentation de l'accumulation dudit 25 microARN. Dans un mode de réalisation, l'invention concerne un procédé de détection et d'identification d'un miPEP tel que défini ci-dessus, dans lequel la présence dudit peptide dans la cellule résulte : 30 - de l'introduction dans la cellule d'un acide nucléique codant ledit peptide, ou - de l'introduction dans la cellule dudit peptide De manière à caractériser un miPEP, il est nécessaire de disposer d'un modèle cellulaire exprimant un microARN et dans lequel ledit peptide à tester est présent. Pour cela, il est possible d'introduire un peptide dans la cellule, soit en mettant la cellule en contact avec le dit peptide, soit en introduisant dans la cellule un acide nucléique codant ledit peptide, lequel acide nucléique sera alors traduit en peptide à l'intérieur de la cellule. Dans un mode de réalisation, l'invention concerne un procédé de détection et d'identification d'un miPEP tel que défini ci-dessus, dans lequel le dit cadre ouvert de lecture de l'étape a) est contenu dans la partie 5' ou 3' dudit transcrit primaire du 10 microARN, de préférence dans la partie 5'. Les parties 5' ou 3' du transcrit primaire du microARN correspondent aux parties terminales de la molécule de l'ARN qui sont clivées au cours de la maturation du microARN. 15 Dans un mode de réalisation, l'invention concerne un procédé de détection et d'identification d'un miPEP tel que défini ci-dessus, dans lequel ledit microARN est présent dans une cellule végétale sauvage. 20 Dans l'invention, une cellule végétale sauvage correspond à une cellule végétale qui n'a pas été modifiée génétiquement par l'homme. Dans un mode de réalisation, l'invention concerne un procédé de détection et d'identification d'un miPEP tel que défini ci-dessus, dans lequel ledit microARN est 25 présent dans une cellule animale sauvage, et notamment une cellule humaine sauvage. Dans l'invention, une cellule animale sauvage correspond à une cellule animale, et notamment humaine, qui n'a pas été modifiée génétiquement par l'homme. 30 Dans un mode de réalisation, l'invention concerne un procédé de détection et d'identification d'un miPEP tel que défini ci-dessus, dans lequel ladite cellule eucaryote déterminée, et ladite cellule eucaryote de même type que la susdite cellule eucaryote déterminée, utilisées à l'étape b, sont des cellules végétales, de préférence des cellules de Medicago truncatula ou d'Arabidopsis thaliana. Dans un mode de réalisation, l'invention concerne un procédé de détection et d'identification d'un miPEP tel que défini ci-dessus, dans lequel ladite cellule eucaryote déterminée, et ladite cellule eucaryote de même type que la susdite cellule eucaryote déterminée, utilisées à l'étape b, sont des cellules animales, de préférence des cellules de drosophile.
Dans le procédé de détection et d'identification d'un micropeptide tel que défini ci-dessus, après avoir identifié un ORF susceptible de coder un peptide sur le transcrit primaire d'un microARN, il est nécessaire de disposer d'un modèle cellulaire possédant ledit microARN et ledit peptide, pour pouvoir démontrer un effet éventuel du peptide sur ledit microARN.
Deux options sont donc envisageables : - le modèle cellulaire dans lequel a été identifié le miORF et celui dans lequel est mis en évidence l'effet du peptide sur le miR sont identiques, ou - le modèle cellulaire dans lequel a été identifié le miORF et celui dans lequel est 20 mis en évidence l'effet du peptide sur le miR sont différents. Dans la première option, le modèle cellulaire utilisé pour observer un effet du peptide est le même que celui dans lequel le transcrit primaire dudit microARN a été isolé. Dans ce modèle cellulaire, les cellules eucaryotes déterminées contiennent naturellement ledit 25 microARN et seul le peptide à tester doit être introduit dans ces cellules. Dans ce contexte, ledit microARN est qualifié « d'origine endogène » car celui-ci existe naturellement dans les cellules. Néanmoins, dans une cellule, d'autres copies d'un microARN d'origine endogène peuvent être ajoutées, comme par exemple en introduisant dans la cellule un vecteur codant ledit microARN d'origine endogène. 30 Dans la deuxième option, le modèle cellulaire utilisé pour observer un effet du peptide est différent de celui dans lequel le transcrit primaire dudit microARN a été isolé. Dans ce modèle cellulaire, les cellules eucaryotes déterminées ne contiennent ni le microARN, ni le peptide à tester. Ces deux éléments doivent donc être introduits dans ces cellules. Dans ce contexte, ledit microARN est qualifié « d'origine exogène » car celui-ci n'existe pas naturellement dans les cellules.
Dans un mode de réalisation, l'invention concerne un procédé de détection et d'identification d'un miPEP tel que défini ci-dessus, dans lequel ledit microARN est d'origine endogène dans ladite cellule eucaryote et dans ladite cellule eucaryote de même type que la susdite cellule eucaryote déterminée, utilisées à l'étape b).
Dans un mode de réalisation, l'invention concerne un procédé de détection et d'identification d'un miPEP tel que défini ci-dessus dans lequel ledit microARN est d'origine exogène dans ladite cellule eucaryote et dans ladite cellule eucaryote de même type que la susdite cellule eucaryote déterminée, utilisées à l'étape b), lesdites cellules eucaryotes contenant un vecteur permettant l'expression dudit microARN.
Dans un mode de réalisation, l'invention concerne un procédé de détection et d'identification d'un miPEP tel que défini ci-dessus, dans lequel l'accumulation dudit microARN est déterminée en mettant en oeuvre une RT-PCR quantitative ou un Northern blot.
Dans un mode de réalisation, l'invention concerne un procédé de détection et d'identification d'un miPEP tel que défini ci-dessus, dans lequel l'accumulation dudit microARN est déterminée en mettant en oeuvre une puce à ADN ou à ARN.
L'accumulation dudit microARN peut être déterminée à l'aide des techniques de biologie moléculaire permettant le dosage de molécules d'acides nucléiques spécifiques. Dans un autre aspect, l'invention concerne également un procédé de détection et d'identification d'un microARN dont la séquence du transcrit primaire contient une 30 séquence nucléotidique codant un miPEP, comprenant : - a) une étape de détection d'un cadre ouvert de lecture de 15 à 303 nucléotides contenu dans la séquence du transcrit primaire dudit microARN, puis - b) une étape de comparaison entre : - l'accumulation dudit microARN dans une cellule eucaryote déterminée exprimant ledit microARN, en présence d'un peptide codé par une séquence nucléotidique identique ou dégénérée par rapport à celle dudit cadre ouvert de lecture, ledit peptide étant présent dans la cellule indépendamment de la transcription du transcrit primaire dudit microARN, et - l'accumulation dudit microARN dans une cellule eucaryote, de même type que la susdite cellule eucaryote déterminée exprimant ledit microARN, en absence dudit peptide, dans lequel, une modulation de l'accumulation dudit microARN en présence dudit peptide par rapport à l'accumulation dudit microARN en absence dudit peptide indique l'existence d'un microARN dont le transcrit primaire contient une séquence nucléotidique codant un micropeptide.
Dans un mode de réalisation, l'invention concerne un procédé de détection et d'identification d'un microARN tel que défini ci-dessus, dans lequel la modulation de l'accumulation dudit microARN est une diminution ou une augmentation de l'accumulation dudit microARN, en particulier une augmentation.
Dans un mode de réalisation, l'invention concerne un procédé de détection et d'identification d'un microARN tel que défini ci-dessus, dans lequel la présence dudit peptide dans la cellule résulte : - de l'introduction dans la cellule d'un acide nucléique codant ledit peptide, ou - de l'introduction dans la cellule de ledit peptide. Dans un mode de réalisation, l'invention concerne un procédé de détection et d'identification d'un microARN tel que défini ci-dessus, dans lequel le dit cadre ouvert de lecture de l'étape a) est contenu dans la partie 5' ou 3' dudit transcrit primaire du 30 microARN, de préférence dans la partie 5'.
Dans un mode de réalisation, l'invention concerne un procédé de détection et d'identification d'un microARN tel que défini ci-dessus, dans lequel ledit microARN est présent dans une cellule végétale sauvage.
Dans un mode de réalisation, l'invention concerne un procédé de détection et d'identification d'un microARN tel que défini ci-dessus, dans lequel ledit microARN est présent dans une cellule animale, et notamment humaine, sauvage. Dans un mode de réalisation, l'invention concerne un procédé de détection et d'identification d'un microARN tel que défini ci-dessus, dans lequel ladite cellule eucaryote, et ladite cellule eucaryote de même type que la susdite cellule eucaryote déterminée, utilisées à l'étape b) sont des cellules végétales, de préférence des cellules de Medicago truncatzda.
Dans un mode de réalisation, l'invention concerne un procédé de détection et d'identification d'un microARN tel que défini ci-dessus, dans lequel ladite cellule eucaryote, et ladite cellule eucaryote de même type que la susdite cellule eucaryote déterminée, utilisées à l'étape b) sont des cellules animales, de préférence des cellules de drosophile.
Dans un mode de réalisation, l'invention concerne un procédé de détection et d'identification d'un microARN tel que défini ci-dessus, dans lequel ledit microARN est d'origine endogène dans ladite cellule eucaryote et dans ladite cellule eucaryote de même type que la susdite cellule eucaryote déterminée, utilisées à l'étape b).
Dans un mode de réalisation, l'invention concerne un procédé de détection et d'identification d'un microARN tel que défini ci-dessus dans lequel ledit microARN est d'origine exogène dans ladite cellule eucaryote et dans ladite cellule eucaryote de même type que la susdite cellule eucaryote déterminée, utilisées à l'étape b), lesdites cellules eucaryotes contenant un vecteur permettant l'expression dudit microARN. Dans un mode de réalisation, l'invention concerne un procédé de détection et d'identification d'un microARN tel que défini ci-dessus, dans lequel l'accumulation dudit microARN est déterminée en mettant en oeuvre une RT-PCR quantitative ou un Northern blot. Dans un mode de réalisation, l'invention concerne un procédé de détection et 5 d'identification d'un microARN tel que défini ci-dessus, dans lequel l'accumulation dudit microARN est déterminée en mettant en oeuvre une puce à ADN ou à ARN. Dans un autre aspect, l'invention concerne un miPEP tel qu'obtenu par la mise en oeuvre du procédé tel que défini ci-dessus. Un autre aspect de l'invention concerne également un miPEP de 4 à 100 acides aminés, de préférence de 4 à 40 acides aminés, codé par une séquence nucléotidique contenue dans le transcrit primaire d'un microARN, ledit miPEP étant capable de moduler l'accumulation dudit microARN dans une cellule eucaryote. Par ailleurs, il convient de noter que plusieurs miORFS peuvent être identifiés sur le transcrit primaire d'un microARN, indiquant qu'un transcrit primaire de microARN peut potentiellement coder plusieurs miPEPs. 20 Il convient également de noter que l'effet d'un miPEP est généralement spécifique d'un seul microARN, à savoir celui résultant du transcrit primaire codant ledit miPEP. Dans un mode de réalisation, l'invention concerne un miPEP tel que défini ci-dessus, ladite séquence nucléotidique étant contenue dans la partie 5' ou 3' dudit transcrit 25 primaire d'un microARN, de préférence dans la partie 5'. Dans un mode de réalisation, l'invention concerne un miPEP tel que défini ci-dessus, ladite séquence nucléotidique correspondant au premier cadre ouvert de lecture présent sur ledit transcrit primaire d'un microARN. 30 10 15 Dans un mode de réalisation, l'invention concerne un miPEP tel que défini ci-dessus, ledit miPEP possédant un polie isoélectrique basique, de préférence supérieur à 8.
Dans un mode de réalisation, l'invention concerne un miPEP tel que défini ci-dessus, ledit miPEP étant choisi parmi le groupe de peptides consistant en SEQ ID NO : 1 à SEQ ID NO : 104 et SEQ ID NO : 355 (Table 1).
Dans un autre aspect, l'invention concerne une molécule d'acide nucléique codant un miPEP tel que défini ci-dessus. Dans un mode de réalisation, l'invention concerne une molécule d'acide nucléique telle que définie ci-dessus, ladite molécule étant choisie parmi le groupe d'acides nucléiques 10 consistant en SEQ ID NO : 105 à SEQ ID NO 208 et SEQ ID NO : 356 (Table 2). Dans un mode de réalisation particulier, l'invention concerne le MtmiPEP171b1 (SEQ ID NO : 59) codé par la séquence nucléotidique (SEQ ID NO : 163) contenue dans le transcrit primaire du miR171b (SEQ ID NO : 319), ledit MtmiPEP171b1 étant capable de 15 moduler l'accumulation dudit miR171b dans une cellule eucaryote. Dans un mode de réalisation particulier, l'invention concerne le AtmiPEP165a (SEQ ID NO : 43) codé par la séquence nucléotidique (SEQ ID NO : 147) contenue dans le transcrit primaire du miR165a (SEQ ID NO : 305), ledit miPEP165a étant capable de 20 moduler l'accumulation dudit miR165a dans une cellule eucaryote. Dans un mode de réalisation particulier, l'invention concerne le AtmiPEP319a2 (SEQ ID NO : 77) codé par la séquence nucléotidique (SEQ ID NO : 181) contenue dans le transcrit primaire du miR319a (SEQ ID NO : 331), ledit AtmiPEP319a2 étant capable de 25 moduler l'accumulation dudit miR319a dans une cellule eucaryote. Dans un mode de réalisation particulier, l'invention concerne le DmmiPEP1 a (SEQ ID NO : 102) codé par la séquence nucléotidique (SEQ ID NO : 206) contenue dans le transcrit primaire du miR1 (SEQ ID NO : 353), ledit dmmiPEP 1 a étant capable de 30 moduler l'accumulation dudit miR1 dans une cellule eucaryote. Dans un mode de réalisation particulier, l'invention concerne le DmmiPEPlb (SEQ ID NO : 103) codé par la séquence nucléotidique (SEQ ID NO : 207) contenue dans le transcrit primaire du miR1 (SEQ ID NO : 353), ledit dmmiPEP lb étant capable de moduler l'accumulation dudit miR1 dans une cellule eucaryote. Dans un mode de réalisation particulier, l'invention concerne le dmmiPEP8 (SEQ ID 5 NO : 104) codé par la séquence nucléotidique (SEQ ID NO : 208) contenue dans le transcrit primaire du miR8 (SEQ ID NO : 354), ledit dmmiPEP8 étant capable de moduler l'accumulation dudit miR8 dans une cellule eucaryote. Dans un mode de réalisation particulier, l'invention concerne le HsmiPEP155 (SEQ ID 10 NO : 355) codé par la séquence nucléotidique (SEQ ID NO : 356) contenue dans le transcrit primaire du miR155 (SEQ ID NO : 358), ledit HsmiPEP155 étant capable de moduler l'accumulation dudit miRl55 dans une cellule eucaryote. Dans autre aspect, l'invention concerne un vecteur comprenant au moins une molécule 15 d'acide nucléique tel que définie ci-dessus. Dans un autre aspect, l'invention concerne également l'utilisation d'au moins : - un miPEP tel que défini ci-dessus, - un acide nucléique codant ledit miPEP, ou 20 - un vecteur contenant ledit acide nucléique, pour moduler l'expression d'au moins un gène dans une cellule eucaryote déterminée, ladite cellule eucaryote déterminée étant capable d'exprimer un microARN, dont le transcrit primaire contient au moins une séquence nucléotidique codant ledit au moins un miPEP et dont l'accumulation est modulée par ledit au moins un miPEP, 25 l'expression dudit au moins un gène étant régulée par ledit microARN. Dans un autre aspect, l'invention concerne également l'utilisation d'au moins : - un miPEP de 4 à 100 acides aminés, de préférence de 4 à 40 acides aminés, codé par une séquence nucléotidique contenue dans le transcrit primaire d'un microARN, 30 ledit miPEP étant capable de moduler l'accumulation dudit microARN dans une cellule eucaryote, - un acide nucléique codant ledit miPEP, ou - un vecteur contenant ledit acide nucléique, pour moduler l'expression d'au moins un gène dans une cellule eucaryote déterminée, ladite cellule eucaryote déterminée étant capable d'exprimer un microARN, dont le transcrit primaire contient au moins une séquence nucléotidique codant ledit au moins un miPEP et dont l'accumulation est modulée par ledit au moins un miPEP, l'expression dudit au moins un gène étant régulée par ledit microARN. L'invention repose sur l'observation surprenante faite par les Inventeurs qu'il est possible de moduler l'expression d'un ou plusieurs gènes cibles d'un même microARN en modulant l'accumulation dudit microARN à l'aide d'un miPEP.
Dans un mode de réalisation, l'invention concerne l'utilisation telle que définie ci-dessus dans laquelle ladite cellule eucaryote déterminée est une cellule végétale. Dans un mode de réalisation, l'invention concerne l'utilisation telle que définie ci-dessus 15 dans laquelle ladite cellule eucaryote déterminée est une cellule animale, notamment humaine. Dans un mode de réalisation, l'invention concerne l'utilisation telle que définie ci-dessus dans laquelle ladite cellule eucaryote déterminée est une cellule animale, notamment 20 humaine, ledit miPEP n'étant pas utilisé pour le traitement chirurgical ou thérapeutique du corps humain ou animal, ni pour modifier l'identité génétique de l'être humain. Dans un mode de réalisation, l'invention concerne l'utilisation telle que définie ci-dessus dans laquelle ladite cellule eucaryote déterminée est une cellule animale, ledit miPEP 25 étant utilisé pour le traitement chirurgical ou thérapeutique du corps humain ou animal. Dans un mode de réalisation, l'invention concerne l'utilisation telle que définie ci-dessus dans laquelle ledit microARN et ledit gène sont d'origine endogène dans ladite cellule eucaryote déterminée. 30 Dans un mode de réalisation, l'invention concerne l'utilisation telle que définie ci-dessus dans laquelle ledit microARN et ledit gène sont d'origine exogène dans ladite cellule eucaryote déterminée, ladite cellule eucaryote déterminée contenant au moins un vecteur permettant l'expression dudit microARN et dudit gène. Dans l'invention, les expressions « d'origine endogène » et « d'origine exogène » sont 5 utilisées pour distinguer lesdits microARNs et/ou les gènes d'espèces différentes, étant donné la conservation des séquences entre espèces. Ainsi, le terme « d'origine endogène » indique que le microARN et/ou le gène peuvent être présents de manière naturelle dans la cellule en question. De manière artificielle, d'autres copies du microARN et/ou du gène d'origine endogène peuvent néanmoins être 10 ajoutées dans la cellule en question, comme par exemple par clonage. A l'inverse, le terme « d'origine exogène » indique que le microARN et/ou le gène ne sont jamais présents naturellement dans la cellule en question. Il s'agit d'un microARN et/ou d'un gène identifié dans un autre type cellulaire ou dans un organisme d'une autre espèce, ce microARN et/ou ce gène sont donc nécessairement introduits artificiellement 15 dans la cellule en question. Dans l'invention, une cellule transformée génétiquement peut donc contenir 2 groupes de microARNs et/ou de gènes potentiellement proches en termes de séquence, l'un d'origine endogène et l'autre d'origine exogène. 20 Dans un mode de réalisation, l'invention concerne l'utilisation telle que définie ci-dessus dans laquelle ledit miPEP est choisi parmi le groupe de peptides consistant en SEQ ID NO : 1 à SEQ ID NO : 104 et SEQ ID NO : 355 (Table 1). Dans un mode de réalisation, l'invention concerne l'utilisation telle que définie ci-dessus 25 dans laquelle ledit miPEP est choisi parmi le MtmiPEP171b1 (SEQ ID NO : 59), le AtmiPEP165a (SEQ ID NO 43) et le AtmiPEP319a2 (SEQ ID NO : 77). Dans un mode de réalisation, l'invention concerne l'utilisation telle que définie ci-dessus dans laquelle ledit miPEP est choisi parmi le DmmiPEP1 a (SEQ ID NO : 102), le 30 DmmiPEPlb (SEQ ID NO : 103) et le DmmiPEP8 (SEQ ID NO : 104). Dans un mode de réalisation, l'invention concerne l'utilisation telle que définie ci-dessus dans laquelle ledit miPEP est le HsmiPEP155a (SEQ ID NO : 355).
Dans un mode de réalisation, l'invention concerne l'utilisation telle que définie ci-dessus dans laquelle ledit acide nucléique est choisi parmi le groupe d'acides nucléiques consistant en SEQ ID NO : 105 à SEQ ID NO : 208 et SEQ ID NO : 356 (Table 2).
Dans un mode de réalisation, l'invention concerne l'utilisation telle que définie ci-dessus dans laquelle ledit acide nucléique est choisi parmi le miORF171b (SEQ ID NO : 163), le miORF165a (SEQ ID NO : 147) et le miORF319a (SEQ ID NO : 181).
Dans un mode de réalisation, l'invention concerne l'utilisation telle que définie ci-dessus dans laquelle ledit acide nucléique est choisi parmi le miORF1 a (SEQ ID NO : 206), le miORFlb (SEQ ID NO : 207) et le miORF8 (SEQ ID NO : 208). Dans un mode de réalisation, l'invention concerne l'utilisation telle que définie ci-dessus 15 dans laquelle ledit acide nucléique est choisi parmi le miORF155 (SEQ ID NO : 356). Dans un mode de réalisation, l'invention concerne l'utilisation telle que définie ci-dessus dans laquelle ledit microARN est choisi paluli le groupe d'acides nucléiques consistant en SEQ ID NO : 282 à SEQ ID NO : 354 et SEQ ID NO : 358. 20 Dans un mode de réalisation, l'invention concerne l'utilisation telle que définie ci-dessus dans laquelle ledit microARN est choisi parmi le miR171b (SEQ ID NO : 319), le miR165a (SEQ ID NO : 305) et le miR319a (SEQ ID NO : 331). 25 Dans un mode de réalisation, l'invention concerne l'utilisation telle que définie ci-dessus dans laquelle ledit microARN est choisi parmi le miR1 a (SEQ ID NO : 353) et le miR8 (SEQ ID NO : 354). Dans un mode de réalisation, l'invention concerne l'utilisation telle que définie ci-dessus 30 dans laquelle ledit microARN est choisi parmi le miR155 (SEQ ID NO : 358). Dans un autre aspect, l'invention concerne un procédé de modulation de l'expression d'un gène régulée par un microARN dans une cellule eucaryote, comprenant la mise en oeuvre d'une étape d'accumulation d'un miPEP dans ladite cellule eucaryote, ledit miPEP ayant : une taille de 4 à 100 acides aminés, de préférence 4 à 20 acides aminés, et une séquence peptidique identique à celle codée par une séquence nucléotidique contenue dans le transcrit primaire d'un microARN régulant l'expression dudit gène, et étant capable de moduler l'accumulation dudit microARN, dans lequel, l'accumulation dudit miPEP dans ladite cellule eucaryote induit une 10 modulation de l'expression dudit gène par rapport à l'expression dudit gène sans accumulation dudit miPEP. Dans un mode de réalisation, l'invention concerne un procédé de modulation de l'expression d'un gène tel que défini ci-dessus, dans lequel l'accumulation dudit miPEP 15 dans la cellule résulte : - de l'introduction dans la cellule d'un acide nucléique codant ledit miPEP, ou - de l'introduction dans la cellule dudit miPEP. Dans un mode de réalisation, l'invention concerne un procédé de modulation de 20 l'expression d'un gène tel que défini ci-dessus dans lequel ladite cellule eucaryote est une cellule végétale. Dans un mode de réalisation, l'invention concerne un procédé de modulation de l'expression d'un gène tel que défini ci-dessus dans lequel ladite cellule eucaryote est une 25 cellule animale et notamment humaine. Dans un mode de réalisation, l'invention concerne un procédé de modulation de l'expression d'un gène tel que défini ci-dessus dans lequel ladite cellule eucaryote est une cellule animale et notamment humaine, ledit procédé n'étant pas utilisé pour le traitement 30 chirurgical ou thérapeutique du corps humain ou animal, ni pour modifier l'identité génétique de l'être humain.
Dans un mode de réalisation, l'invention concerne un procédé de modulation de l'expression d'un gène tel que défini ci-dessus dans lequel ledit microARN et ledit gène sont d'origine endogène dans ladite cellule eucaryote.
Dans un mode de réalisation, l'invention concerne un procédé de modulation de l'expression d'un gène tel que défini ci-dessus dans lequel ledit microARN et ledit gène sont d'origine exogène dans ladite cellule eucaryote, ladite cellule eucaryote contenant au moins un vecteur permettant l'expression dudit microARN et dudit gène.
Dans un mode de réalisation, l'invention concerne un procédé de modulation de l'expression d'un gène tel que défini ci-dessus dans lequel ledit miPEP est choisi parmi le groupe de peptides consistant en SEQ ID NO : 1 à SEQ ID NO : 104 et SEQ ID NO : 355.
Dans un mode de réalisation particulier, l'invention concerne un procédé de modulation de l'expression d'un gène régulée par le miR171b (SEQ ID NO : 319) dans une cellule eucaryote, comprenant la mise en oeuvre d'une étape d'accumulation du MtmiPEP171b1 (SEQ ID NO : 59) dans ladite cellule eucaryote, dans lequel, l'accumulation dudit MtmiPEP171b1 dans ladite cellule eucaryote induit une modulation de l'expression dudit gène par rapport à l'expression dudit gène sans accumulation dudit MtmiPEP171b1. Dans un mode de réalisation particulier, l'invention concerne un procédé de modulation 25 de l'expression d'un gène régulée par le miR171b (SEQ ID NO : 319) dans une cellule eucaryote, comprenant la mise en oeuvre d'une étape d'accumulation du MtmiPEP171b1 (SEQ ID NO : 59) dans ladite cellule eucaryote, dans lequel, l'accumulation dudit MtmiPEP171b1 dans ladite cellule eucaryote induit 30 une modulation de l'expression dudit gène par rapport à l'expression dudit gène sans accumulation dudit MtmiPEP171b1, dans lequel ledit gène est choisi parmi les gènes HAM1 (accession n° MtGI9- TC114268) et HAM2 (accession n° MtGI9- TC120850).
Dans un mode de réalisation particulier, l'invention concerne un procédé de modulation de l'expression d'un gène régulée par le miR165a (SEQ ID NO : 305) dans une cellule eucaryote, comprenant la mise en oeuvre d'une étape d'accumulation du AtmiPEP165a (SEQ ID NO : 43) dans ladite cellule eucaryote, dans lequel, l'accumulation dudit AtmiPEP165a dans ladite cellule eucaryote induit une modulation de l'expression dudit gène par rapport à l'expression dudit gène sans accumulation dudit AtmiPEP165a.
Dans un mode de réalisation particulier, l'invention concerne un procédé de modulation de l'expression d'un gène régulée par le miR319a (SEQ ID NO : 331) dans une cellule eucaryote, comprenant la mise en oeuvre d'une étape d'accumulation du AtmiPEP319a2 (SEQ ID 15 NO : 77) dans ladite cellule eucaryote, dans lequel, l'accumulation dudit AtmiPEP319a2 dans ladite cellule eucaryote induit une modulation de l'expression dudit gène par rapport à l'expression dudit gène sans accumulation dudit AtmiPEP319a2. 20 Dans un mode de réalisation particulier, l'invention concerne un procédé de modulation de l'expression d'un gène régulée par le miR1 (SEQ ID NO : 353) dans une cellule eucaryote, comprenant la mise en oeuvre d'une étape d'accumulation du DmmiPEPla (SEQ ID NO : 102) dans ladite cellule eucaryote, 25 dans lequel, l'accumulation dudit DmmiPEP 1 a dans ladite cellule eucaryote induit une modulation de l'expression dudit gène par rapport à l'expression dudit gène sans accumulation dudit DmmiPEP 1 a. Dans un mode de réalisation particulier, l'invention concerne un procédé de modulation 30 de l'expression d'un gène régulée par le miR1 (SEQ ID NO : 353) dans une cellule eucaryote, comprenant la mise en oeuvre d'une étape d'accumulation du DmmiPEPlb (SEQ ID NO : 103) dans ladite cellule eucaryote, dans lequel, l'accumulation dudit DmmiPEP lb dans ladite cellule eucaryote induit une modulation de l'expression dudit gène par rapport à l'expression dudit gène sans accumulation dudit DmmiPEP1b.
Dans un mode de réalisation particulier, l'invention concerne un procédé de modulation de l'expression d'un gène régulée par le miR8 (SEQ ID NO : 354) dans une cellule eucaryote, comprenant la mise en oeuvre d'une étape d'accumulation du DmmiPEP8 (SEQ ID NO : 104) dans ladite cellule eucaryote, dans lequel, l'accumulation dudit DmmiPEP8 dans ladite cellule eucaryote induit une modulation de l'expression dudit gène par rapport à l'expression dudit gène sans accumulation dudit DmmiPEP8. Dans un mode de réalisation particulier, l'invention concerne un procédé de modulation 15 de l'expression d'un gène régulée par le miR155 (SEQ ID NO : 358) dans une cellule eucaryote, comprenant la mise en oeuvre d'une étape d'accumulation du hsmiPEP155 (SEQ ID NO : 355) dans ladite cellule eucaryote, dans lequel, l'accumulation dudit hsmiPEP155 dans ladite cellule eucaryote induit une 20 modulation de l'expression dudit gène par rapport à l'expression dudit gène sans accumulation dudit hsmiPEP155. Dans un autre aspect, l'invention concerne une cellule eucaryote modifiée contenant un peptide identique à un miPEP tel que défini ci-dessus, lequel peptide est présent dans 25 ladite cellule eucaryote indépendamment de la transcription du transcrit primaire du microARN portant la séquence nucléotidique codant ledit miPEP. Dans l'invention, le terme « cellule eucaryote modifiée » signifie que ladite cellule eucaryote contient un miPEP introduit artificiellement dans la cellule, que ce soit en tant 30 que peptide, ou par l'intermédiaire d'un vecteur codant ledit miPEP. Dans un mode de réalisation, l'invention concerne une cellule eucaryote modifiée telle que définie ci-dessus, dans laquelle ledit microARN est d'origine endogène.
Dans un autre mode de réalisation, l'invention concerne une cellule eucaryote modifiée telle que définie ci-dessus dans laquelle ledit microARN est d'origine exogène, ladite cellule eucaryote modifiée contenant un vecteur permettant l'expression dudit 5 microARN. Dans un mode de réalisation, l'invention concerne une cellule eucaryote modifiée telle que définie ci-dessus, ladite cellule étant une cellule végétale. 10 Dans un mode de réalisation, l'invention concerne une cellule eucaryote modifiée telle que définie ci-dessus, dans laquelle la dite cellule végétale est une cellule de Medicago truncatula ou d' Arabidopsis thaliana, ledit peptide est choisi parmi le groupe de peptides consistant en SEQ ID NO : 43, SEQ ID NO : 59 et SEQ ID NO : 77. 15 Dans un mode de réalisation, l'invention concerne une cellule eucaryote modifiée telle que définie ci-dessus, ladite cellule étant une cellule animale. Dans un mode de réalisation, l'invention concerne une cellule eucaryote modifiée telle que définie ci-dessus, dans laquelle la dite cellule animale est une cellule de drosophile et 20 ledit peptide est choisi parmi le groupe de peptides consistant en SEQ ID NO : 102, SEQ ID NO 103 et SEQ ID NO : 104. Dans un mode de réalisation, l'invention concerne une cellule eucaryote modifiée telle que définie ci-dessus, dans laquelle la dite cellule animale est une cellule humaine et ledit 25 peptide consiste en SEQ ID NO : 355. Dans un autre aspect, l'invention concerne une plante comprenant au moins une cellule eucaryote modifiée telle que définie ci-dessus. 30 Dans un autre aspect, l'invention également un organisme animal non humain comprenant au moins une cellule eucaryote modifiée tel que définie ci-dessus. Dans un autre aspect, l'invention concerne une composition comprenant au moins : - un miPEP tel que défini ci-dessus, - un acide nucléique codant ledit miPEP, ou - un vecteur contenant ledit acide nucléique.
Dans un autre aspect, l'invention concerne une composition pesticide comprenant au moins : - un miPEP tel que défini ci-dessus, - un acide nucléique codant ledit miPEP, ou - un vecteur contenant ledit acide nucléique.
Dans un autre aspect, l'invention concerne une composition phytopharmaceutique comprenant au moins : - un miPEP tel que défini ci-dessus, - un acide nucléique codant ledit miPEP, ou - un vecteur contenant ledit acide nucléique. Dans un autre aspect, l'invention concerne une composition élicitrice comprenant au moins : - un miPEP tel que défini ci-dessus, - un acide nucléique codant ledit miPEP, ou - un vecteur contenant ledit acide nucléique. Par « composition élicitrice », on désigne une composition capable de conférer à la plante une meilleure aptitude à la symbiose ou une meilleure résistance à différents 25 stress, qu'ils soient de nature thermiques, hydriques ou chimiques. A cet effet, l'invention concerne également des compositions agissant sur la croissance (inhibition de la croissance ou au contraire augmentation de la croissance) et la physiologie (meilleure aptitude à mycorhizer, noduler, meilleure tolérance à différents stress) de la plante. 30 Dans un autre aspect, l'invention concerne une composition herbicide comprenant au moins : - un miPEP tel que défini ci-dessus, - un acide nucléique codant ledit miPEP, ou - un vecteur contenant ledit acide nucléique. Dans un autre aspect, l'invention concerne une composition insecticide comprenant au moins : - un miPEP tel que défini ci-dessus, - un acide nucléique codant ledit miPEP, ou - un vecteur contenant ledit acide nucléique.
Dans un autre aspect, l'invention concerne l'utilisation d'une composition telle que définie ci-dessus, en tant qu'herbicide pour éliminer les plantes ou ralentir leur croissance, de préférence en tant qu'herbicide spécifique d'une espèce ou d'un genre de plantes.
Dans un autre aspect, l'invention concerne l'utilisation d'une composition telle que définie ci-dessus, en tant qu'agent phytopharmaceutique, - pour favoriser la croissance et/ou le développement des plantes, notamment pour la modulation des paramètres physiologiques d'une plante, en particulier la biomasse, la surface foliaire, la floraison, le calibre du fruit, la production et/ou la sélection de semence végétales, en particulier pour contrôler la parthénocarpie ou la monoecie d'une plante, ou pour la modification des paramètres physiologiques de semences végétales, en particulier la germination, l'implantation racinaire et la résistance au stress hydrique, - ou pour prévenir ou traiter les maladies des plantes, en particulier pour favoriser la résistance aux maladies infectieuses. Dans un autre aspect, l'invention concerne l'utilisation d'une composition telle que définie ci-dessus, pour moduler les paramètres physiologiques d'une plante, en particulier la biomasse, la surface foliaire, ou le calibre du fruit.
Dans un mode de réalisation, l'invention concerne l'utilisation d'une composition telle que définie ci-dessus, pour l'éclaircissage de vergers afin d'augmenter le calibre des fruits.
Dans un mode de réalisation, l'invention concerne l'utilisation d'une composition telle que définie ci-dessus, pour la production et/ou la sélection de semences végétales, ladite composition étant utilisée pour contrôler la parthénocarpie ou la moncecie d'une plante.
Dans un mode de réalisation, l'invention concerne l'utilisation d'une composition telle que définie ci-dessus, ladite composition étant administrée à ladite plante par la voie foliaire ou par la voie racinaire.
Dans un mode de réalisation, l'invention concerne l'utilisation d'une composition telle que définie ci-dessus, pour la production et/ou la sélection de semences végétales. Dans un mode de réalisation, l'invention concerne l'utilisation d'une composition telle que définie ci-dessus, dans laquelle ladite composition est utilisée pour modifier les 15 paramètres physiologiques desdites semences végétales, en particulier l'implantation racinaire, la germination et la résistance au stress hydrique. Dans un mode de réalisation, l'invention concerne l'utilisation d'une composition telle que définie ci-dessus, dans laquelle ladite composition est appliquée par enrobage ou 20 pelliculage sur lesdites semences végétales. Dans un autre aspect, l'invention concerne l'utilisation d'une composition telle que définie ci-dessus, en tant que pesticide, pour éliminer les organismes nuisibles des plantes ou susceptibles d'être classés comme tels, 25 notamment en tant qu'insecticide, arachnicide, limacide ou rodonticide. Dans un mode de réalisation, l'invention concerne l'utilisation d'une composition telle que définie ci-dessus, en tant qu'insecticide. 30 Dans un mode de réalisation, l'invention concerne l'utilisation d'une composition telle que définie ci-dessus, pour éliminer les insectes ravageurs.
Dans un mode de réalisation, l'invention concerne l'utilisation d'une composition telle que définie ci-dessus, pour éliminer les espèces animales classées nuisibles ou susceptibles d'être classées comme telles, en particulier les muridae, notamment le rat.
Dans un autre aspect, l'invention concerne l'utilisation d'une composition telle que définie ci-dessus, dans laquelle ladite composition est appliquée sur une plante pour la protéger d'insectes ravageurs. Dans un autre aspect, l'invention concerne une composition comprenant au moins : - un miPEP tel que défini ci-dessus - un acide nucléique codant ledit miPEP, ou - un vecteur contenant ledit acide nucléique. pour son utilisation en tant que médicament, notamment pour l'Homme ou pour les animaux.
L'utilisation des compositions de l'invention est applicable en médecine humaine et en médecine vétérinaire. Dans un autre aspect, l'invention concerne une composition comprenant au moins : - un miPEP tel que défini ci-dessus - un acide nucléique codant ledit miPEP, ou - un vecteur, contenant ledit acide nucléique. pour son utilisation dans la prévention et/ou le traitement d'une pathologie impliquant la dérégulation de l'expression d'un gène du patient, l'expression dudit gène étant régulée par un microARN dont l'accumulation est modulée par ledit miPEP. Dans un mode de réalisation, l'invention concerne la composition telle que définie ci- dessus dans laquelle ladite pathologie est choisie parmi le cancer, le diabète, l'obésité, les maldies infectieuses et les maladies neurodégénératives.
Dans un autre aspect, l'invention concerne une composition comprenant au moins : - un miPEP tel que défini ci-dessus, - un acide nucléique codant ledit miPEP, ou - un vecteur contenant ledit acide nucléique. pour son utilisation dans la prévention et/ou le traitement d'une infection d'un animal ou d'un humain par un organisme parasitaire, ledit organisme parasitaire possédant un gène dont l'expression est régulée par un 5 microARN dont l'accumulation est modulée par ledit miPEP. L'ensemble des séquences des miPEPs, des miORFs, des miRs et des transcrits primaires de miRs est indiqué dans les tables 1, 2, 3, 4, 5 et 6. 10 miPEP miR Organisme Gènes cibles du Séquence du miPEP SEQ ID miR AttniPEP156a1 miR156a Arabidopsis thaliana Famille du gène SPL, MFCSIQCVARELFPLHVREIKKATRAI KKGKTL SEQ ID NO:1 impliqué dans le développement de la tige et la floraison AtmiPEP156a2 miR156a Arabidopsis thaliana MRRQTSVPFACKRDKESDKSHKER SEQ ID NO:2 AtmiPEP156a3 miR156a Arabidopsis thaliana MVMFFLDLDKNPRFDLLKGLKWNLF SSHISPSLPPSL SEQ ID NO:3 AtmiPEP156c1 miR156c Arabidopsis thaliana MKDNFPLLLRL SEQ ID NO:4 AtmiPEPl56c2 miR156c Arabidopsis thaliana MSDD SEQ ID NO:5 AtmiPEP156e1 miR156e Arabidopsis thaliana MIYINKYGSISAVEDD SEQ ID NO:6 AtiiiiPEP156f1 miR156f Arabidopsis thaliana MSQR SEQ ID NO:7 A1miPEP159a miR159a Arabidopsis lyrata Famille du gène MYB, MTCPLLSLSFLLSKYI SEQ ID NO:8 impliqué dans la germination et la floraison AtmiPEP159a1 miR159a Arabidopsis thaliana MTWPLLSLSFLLSKYV SEQ ID NO:9 CrmiPEP159a miR159a Capsella rubella MTCTLSALSLSLNMFRVN SEQ ID NO:10 AtmiPEP159b1 miRl59b Arabidopsis thaliana MFYLS SEQ ID NO:11 AtmiPEPl59b2 miR159b Arabidopsis thaliana M VNTSSFFISSFELPLVLSESNCLLFRTI YKFSMVLY SEQ ID NO:12 AtmiPEP160a1 miR160a Arabidopsis thaliana Famille du gène ARF, MFCLLIPIFSFVFSPNRHLRLQEQ SEQ ID NO:13 impliqué dans la germination, le développement et la floraison AtmiPEP160b 1 miR160b Arabidopsis thaliana MFSPQ SEQ ID NO:14 AtmiPEP160b2 miR160b Arabidopsis thaliana MKYIH1LILFKSRSTYKLSTNHI SEQ ID NO:15 AtmiPEP161 miR161 Arabidopsis thaliana Famille du gène PPR MKIPLFLPKL SEQ ID NO:16 AtmiPEP162a1 miR162a Arabidopsis thaliana Gène DCLI, impliqué dans le développement MVSGQEDSWLKLSSLCFLFLSLLDSLI SEQ ID NO:17 AtmiPEP162b1 miRl62b Arabidopsis thaliana MFLLTFLRLIMICVCSSTDFLRSVNYFC LFIYDL SEQ ID NO:18 AtmiPEP163-1 miR163 Arabidopsis thaliana Famille du gène MSTTQEHRS SEQ ID NO:19 SAMT, impliqué dans la production de métabolites secondaires AtmiPEP163-2 miRl63 Arabidopsis thaliana M1LKCWSSRFLRVSPYQNAHSLSLG SEQ ID NO:20 A1miPEP164a1 miR164a Arabidopsis lyrata Famille du gène NAC, MPLAVIRQGIVWP SEQ ID NO:21 impliqué dans le développement racinaire, foliaire et floral AlmiPEP164a2 miR164a Arabidopsis lyrata MPS VVHDMVLLPYVKHTHANTRHIT SEQ ID NO:22 A1miPEP164a3 miR164a Arabidopsis lyrata MTWFFCLT SEQ ID NO:23 A m iPEP164a1 miR164a Arabidopsis thaliana MPSWHGMVLLPYVKHTHASTHTHTHNIYGCACELVFH SEQ ID NO:24 AtmiPEP164a2 miR164a Arabidopsis thaliana MAWYGSFALRKTHSRQHTHTHT SEQ ID NO:25 AtmiPEP164a3 miR164a Arabidopsis thaliana MVWFFCLT SEQ ID NO:26 BrmiPEP164a1 miR164a Brassica rapa MMIILWK SEQ ID NO:27 BrmiPEPl64a2 miR164a Brassica rapa MLWAKLVSFSTLHSLVFLLSPSFA SEQ ID NO:28 BrmiPEP164a3 miR164a Brassica rapa MPSWHGIVILPFVKHTHANIHYSYSC SEQ ID NO:29 VCI CpmiPEP164a1 miRl64a Caricapapaya MIACIIPYLPFPLFLSLIFYSIFFSPSPPS SEQ ID NO:30 PSLPL CpmiPEP164a2 miR164a Caricapapaya MPSLLAFSPFPFSNILLNLLLPLPPFPLS SEQ ID NO:31 AIITILKPLSLSLPLSL SL SGF SV CrmiPEPl64al miRl64a Capsella rubella MELKGLRTWQLLDKV SEQ ID NO:32 CrmiPEP164a2 miR164a Capsella rubella MPSWHGMACFYCLT SEQ ID NO:33 CrmiPEP164a3 miR164a Capsella rubella MAWHGMFLLPYVKHTHANTYSLYM SEQ ID NO:34 GrmiPEP164a1 miR164a Gossypium raimondii MMRSRELKFQYRFGMGIGGRKQLKN SEQ ID NO:35 QLCQIQGRIS GrmiPEP164a2 miR164a Gossypium raimondii MSNSRSYQLK SEQ ID NO:36 GrmiPEP164a3 miRl64a Gossypium raimondii MNEDLEISTRKRTPQLC SEQ ID NO:37 MtmiPEP164a1 miRl64a Medicago truncatula MPKFDIFFYIFV SEQ ID NO:38 MtmiPEP164a2 miRl64a Medicago truncatula MSYISLSPKLLPINITKPFPWLVQFNFY SEQ ID NO:39 FSSNTKCNKLHFLGEKLLVGEAGHVQ ILFLIHSLIMHINLECTCSPSPTRLPHPSL OsmiPEP164a1 miRl64a Oryza sativa MQTHSNTPQSTYSLSLSLSE SEQ ID NO:40 OsmiPEPl64a2 miR164a Oryza sativa MCVCDINMESMLMLL SEQ ID NO:41 AlmiPEP165a miR165a Arabidopsis lyrata Famille du gène HD- MRIKLFQLRGMLSGSRILYIYTCVC SEQ ID NO:42 ZIPIII, impliqué dans développement vasculaire, racinaire, foliaire, floral, modulation AtmiPEP165a miRl65a Arabidopsis thaliana MRVKLFQLRGMLSGSRIL SEQ ID NO:43 BcmiPEPl65a miRl65a Brassica carinata MRMKLFQLRGMLSGSRIL YIHKYVY SEQ ID NO:44 MLIQVFDHICI BjmiPEP165a miR165a Brassica juncea MRMKLFQLRGMLSGSRILYIHKYVYI SEQ ID NO:45 C BnmiPEP165a miR165a Brassica napus MRMKLFQLRGMLSGSRILYIHKYVY SEQ ID NO:46 MIIQVFDH1CI BomiPEP165a miRl65a Brassica oleracea MRMIKLFQLRGMLSGSRILYIRKYVY SEQ ID NO:47 MLIQVFDHICI BrmiPEP165a miRl65a Brassica capa MRM KLFQLRGMLSGSRILYIHKYVYI SEQ ID NO:48 C AtmiPEP166a miR166 a Arabidopsis thaliana MLDLFRSNNRIEPSDFRFD SEQ ID NO:49 AtmiPEPl66b miR166b Arabidopsis thaliana MRDR SEQ ID NO:50 AtmiPEP167a miR167a Arabidopsis thaliana Famille du gène ARF, ué dans leliq impliqué MNRKISLSLS SEQ ID NO:51 développement racinaire et floral AtmiPEP167b1 miR167b Arabidopsis thaliana MMGCFVGF SEQ ID NO:52 AtmiPEPl67b2 miRl67b Arabidopsis thaliana MQEETYEG SEQ ID NO:53 AtmiPEP16901 miR169c Arabidopsis thaliana Famille du gène du MPHTNLKDLFIFSPNVFFSFAIYLHNS SEQ ID NO:54 facteur CCAAT-bing, WNKNYIHKRENFHNTSFALLFFFSSIM impliqué dans la SINYG nodulation, la résistance à la AtmiPEP169c2 miR169c Arabidopsis thaliana MFFFRLLFISTILGTKTTFTNERIFTTPL LLSFFFFRPL SEQ ID NO:55 AtmiPEP16911 miR1691 Arabidopsis thaliana sécheresse, la MRHKES SEQ ID NO:56 résistance à la carence azotée AtmiPEP171a1 miR171a Arabidopsis thaliana Famille du gène MNLLKKERQRRRQRSIGSHCIASLVLKDGYMKKI SEQ ID NO:57 GRAS, impliqué dans le développement floral, foliaire, racinaire, la mycorhization, la nodulation AtmiPEP171b miRl7lb Arabidopsis thaliana MVLSGKLTF SEQ ID NO:58 MtmiPEP171b1 miR171b Medicago truncatula MLLHRLSKFCKIERDIVYIS SEQ ID NO:59 MtmiPEP171b2 miRl7lb Medicago truncatula MKIEE SEQ ID NO:60 ZmmiPEP171b miR171b Zea mays MHLPSTPSRPPPQHTSLSFLGKEMTKG TTTACFG SEQ ID NO:61 AtmiPEP171 el miR171 c Arabidopsis thaliana MLSLSHFHIC SEQ ID NO:62 MtiiiiPEP171e miR171e Medicago truncatula MMVFGKPKKAMLVRFNPKTDLHV SEQ ID NO:63 MtmiPEP171h miRl7lh Medicago truncatula MASAAKVYMA SEQ ID NO:64 A tilliPEP172a1 miRl72a Arabidopsis thaliana Famille du gène AP2, MASKIW SEQ ID NO:65 impliqué dans le développement floral AtmiPEPl72a3 miRl72a Arabidopsis thaliana MVRFQLSIRD SEQ ID NO:66 AtmiPEP172b1 miRl72b Arabidopsis thaliana MCTYYYLINKYF SEQ ID NO:67 AtmiPEPl72cl miR172c Arabidopsis thaliana MFPAKWCRLES SEQ ID NO:68 AtmiPEPl72el miR172e Arabidopsis thaliana MGSLSLFKSQLEILMLLLSLSK SEQ ID NO:69 AtmiPEP172e2 miR172e Arabidopsis thaliana MSVYIHVPISLNCFSPKSSC SEQ ID NO:70 AtmiPEPl72e3 miR172e Arabidopsis thaliana MGVPNFRPRNR SEQ ID NO:71 AcmiPEP319a1 miR319a Arabidopsis cebennensis Famille du gène TCP, MRSRVSFFFFKIMLFRLLGYRSM SEQ ID NO:72 impliqué dans le développement floral et foliaire AcmiPEP319a2 miR319a Arabidopsis cebennensis MHTYIHTISNISSIFFCSKRSFSPFTYIRI IVVIDPFRIALTFR SEQ ID NO:73 AhmiPEP319a miR319a Arabidopsis halleri MRSRVSLFLSFSSNFAAYSPRS SEQ ID NO:74 A1miPEP319a miR319a Arabidospis lyrata MIITYIPS S SEPT SN I S SVFF CYKRS F S PYTYIRIIVVIDPFRIALTFR SEQ ID NO:75 AtmiPEP319a1 miR319a Arabidopsis thaliana IVINIFITYHELLFPSLVFHQSSDVPNALSLEITHTYEYIIVVIDPFRITLAFR SEQ ID NO:76 AtmiPEP319a2 miR319a Arabidopsis thaliana MFQTLYLFIYIHTNILLLS SEQ ID NO:77 BrmiPEP319a miR319a Brassica capa MFKLYFSAILSTQYMHTYHHRIALIFLSELYP STNYLMSPELNPT SEQ ID NO:78 CpmiPEP319a miR319a Carica papaya MKIKLGFSLIKIIILLDKNS SEQ ID NO:79 CrmiPEP319a miR319a Capsella rubella MHPHTYITIIPSSSFLISSFCL SEQ ID NO:80 EgmiPEP319a miR319a Eucalyptus grandis MKHIQRWRYGETSGRQGDWKRLEIKVHSNPSLKVKKNTNNFSSSL SEQ ID NO:81 GrmiPEP319a miR319a Gossypium raimondii MITIFNLSQWRAIV SEQ ID NO:82 MANFHLTYSFLFG C L MtmiPEP319a miR319a Medicago truncatula MHVYLELFMVIKGLGFLLLVK SEQ ID NO:83 0 smiPEP319a miR319a Oryza sativa MEMIQRPCLILKFFFKLSTLYIP SEQ ID NO:84 PpmiPEP319a miR319a Physcomitrella patens MFHRRRSSVLLPPFGQTQPNPRCLPDLRFPSCFTPCTA SEQ ID NO:85 ThmiPEP319a1 miR319a Thellungiella halophila MTICKVSKACFYAGKLENSRLIKKIGIPKREGAPFSPIRENQ SEQ ID NO:86 ThmiPEP319a2 miR319a Thellungiella halophila MEIQLKKKNLYIIVINTQKLPNLYIYIYKYVFIKLMVVE SEQ ID NO:87 AtmiPEP319b1 miR319b Arabidopsis thaliana MVPQLNLWSSRVILKIIRMSSTRREED SEQ ID NO:88 HCIQNHKHGLSFIFSF AtmiPEP394a1 miR394a Arabidopsis thaliana Famille du gène F- MSLQFYERVSFKNTVK SEQ ID NO:89 box, impliqué dans le développement foliaire et résistance à la sécheresse AtmiPEP395c1 miR395c Arabidopsis thaliana Famille des gènes APS MTEQEEESQMST SEQ ID NO:90 et AST, impliqués dans la germination et le AtmiPEP395e1 miR395e Arabidopsis thaliana MYLQYIDNVISIYSNNRRVGRMFSRV PLSTSLEIQFFIK SEQ ID NO:91 métabolisme du soufre AtmiPEP397b1 miR397b Arabidopsis thaliana Famille des gènes de MSKEIFFSPGFE SEQ ID NO:92 laccases, impliqués dans le métabolisme du cuivre, leur surexpression améliore la croissance AtmiPEP398c1 miR398c Arabidopsis thaliana Famille du gène CSD, MRTELEQSTAITTLRHCYSSRFMCSQV TPAELFLYRPCFINAVAR SEQ ID NO:93 impliqué dans le métabolisme du cuivre, sa surexpression améliore la croissance AtmiPEP399b miR399b Arabidopsis thaliana Famille du gène MKRNM SEQ ID NO:94 PHO2, impliqué dans le métabolisme du phosphore AtmiPEP399d1 miR399d Arabidopsis thaliana MQCEI SEQ ID NO:95 AtmiPEP403 miR403 Arabidopsis thaliana Famille du gène AGO MFCA SEQ ID NO:96 AtmiPEP447a1 miR447a Arabidopsis thaliana Famille des gènes de MVMAHH SEQ ID NO:97 phosphoglycérate kinase AtmiPEP447a2 miR447a Arabidopsis thaliana MMKPRWNCSLYGITEWTNNQNQKSK RKGRRKTQIWRIGDRLDTVECITLML SEQ ID NO:98 SAY AtmiPEP447b1 miR447b Arabidopsis thaliana MLLIIVELVL SEQ ID NO:99 AtmiPEP447b2 miR447b Arabidopsis thaliana MLCFNFRCVRRFAE SEQ ID NO:100 AtmiPEP447c miR447c Arabidopsis thaliana MYTYQLDNSFSWFLCTRFCLYRYFLF NFRCFRRFSE NO:101 SEQ ID DmmiPEPla miR1 Drosophila melanogaster Differenciation MWREVCAQKSQTKRRNFITGNQR SEQ ID musculaire RNKTKANRKAETKQQKVYEFFVQ NO:102 ARERCKTRKKHEKKTLKKTKKIQ NRYRAVSENEWGKGFPSHI DmmiPEPlb miR1 Drosophila melanogaster Dfferenciation MRTKKSNKKAQFYYGQPTTKQNK SQPKSRNKAAKSL SEQ ID musculaire NO:103 DmmiPEP8 miR8 Drosophila melanogaster Croissance MEPGFVFVLFPTHLSTQHTQREKSI SEQ ID LVMGLNLQSAKQSDKQNSKERKK NO:104 NTQINSQRIPYRQGGQCSKVLSP HsmiPEP155 miR155 Homo sapiens inflammation MEMALMVAQTRKGKSVV SEQ ID NO:355 Table 1. Liste des miPEPs (miPEPs) potentiels miPEP Organisme Séquence du miORF SEQ ID A lin iPEP 156a1 Arabidopsis thaliana ATGTTCTGTTCAATTCAATGCGTCGCCAGACATCTGTTCCCTTTGC ATGTAAGAGAGATAAAGAAAGCGACAAGAGCCATAAAGAAAGG TAA SEQ ID NO:105 AtmiPEP156a2 Arabidopsis thaliana ATGCGTCGCCAGACATCTGTTCCCTTTGCATGTAAGAGAGATAAA GAAAGCGACAAGAGCCATAAAGAAAGGTAA SEQ ID NO:106 AtmiPEP156a3 Arabidopsis thaliana ATGGTTATGTTTTTTCTCGATTTAGACAAAAACCCTAGATTTGATC TTCTAAAGGGTCTCAAATGGAATCTCTTCTCTTCTCATATCTCTCC CTCTCTCCCTCCCTCTCTTTGA SEQ ID NO:107 AtmiPEP156c1 Arabidopsis thaliana ATGAAGGACAACTTTCCTCTTCTCCTTCGGTTATAA SEQ ID NO:108 AtmiPEP156c2 Arabidopsis thaliana ATGAGTGATGACTGA SEQ ID NO:109 AtmiPEP156e1 Arabidopsis thaliana ATGATATATATAAATAAATATGGGTCGATATCGGCTGTGGAGGAC GACTAG SEQ ID NO:110 AtmiPEP156f1 Arabidopsis thaliana ATGAGCCAAAGATAA SEQ ID NO:111 AlmiPEP159a Arabidopsis lyrata ATGACGTGTCCTCTTCTCTCTCTCTCTTTCCTTCTCTCTAAGTATAT TTAG SEQ ID NO:112 AtmiPEP159a1 Arabidopsis thaliana ATGACGTGGCCTCTTCTCTCTCTCTCTTTCCTTCTCTCTAAGTATGT TTAG SEQ ID NO:113 CrmiPEP159 a Capsella rubella ATGACGTGTACTCTCTCTGCTCTATCTCTCTCTCTAAATATGTTTA GGGTTAA SEQ ID NO:114 AtmiPEP159b1 Arabidopsis thaliana ATGTTTTATCTTTCATAA SEQ ID NO:115 AtmiPEP159b2 Arabidopsis thaliana ATGGTTAATACTAGTAGCTTTTTCATTICAAGTTTTATCCTTCCAT TGGTTCTTTCTGAGTCAAATTGTCTCCTGTTTCGAACCATATATAA GTTTTCAATGGTTTTGTATTAA SEQ ID NO:116 AtmiPEP160a1 Arabidopsis thaliana ATGTTTTGTTTGTTGATTCCCATCTTCTCTTTTGTCTTTTCACCAAA TCGTCATTTAAGGCTTCAAGAACAGTAA SEQ ID NO:117 AtmiPEP160b1 Arabidopsis thaliana ATGTTTTCCCCTCAATGA SEQ ID NO:118 A liniPEP160b2 Arabidopsis thaliana ATGAAATACATACACATTTTGATTTTATTTAAATCAAGATCGACG TATAAGCTATCCACCAATCATATTTAA SEQ ID NO:119 AtmiPEP161 Arabidopsis thaliana ATGAAAATTCCATTGTTTCTGCCGAAGCTTTGA SEQ ID NO:120 AtmiPEP162a1 Arabidopsis thaliana ATGGTATCTGGTCAAGAAGATTCCTGGTTAAAACTTTCATCTCTCT GTTTCCTTTTTCTTTCTTTGTTGGATTCATTAATTTGA SEQ ID NO:121 AtmiPEP162b1 Arabidopsis thaliana ATGTTTCTTTTAATCTTTTTGAGATTAATAATGATTTGTGTTTGTTC ATCAACCGATTTTCTCAGATCTGTCAATTATTTTTGTTTATTTATTT SEQ ID NO:122 ATGAT f IATGA AtmiPEP163-1 Arabidopsis thaliana ATGTCCACTACTCAAGAGCATAGGTCTTGA SEQ ID NO:123 AtmiPEP163-2 Arabido sis thaliana ATGATACTAAAGTGCTGGAGTTCCCGGTTCCTGAGAGTGAGTCCA TATCAAAATGCGCATTCGTTATCACTTGGTTGA SEQ ID NO:124 A1miPEP164a1 Arabidopsis lyrata ATGCCCTTAGCAGTTATTAGACAAGGGATTGTTTGGCCCTAG SEQ ID NO:125 AlmiPEP164a2 Arabidopsis lyrata ATGCCATCATGGCATGACATGGTTCTTTTGCCTTACGTAAAACAC ACTCACGCCAACACACGCCACATAACATAA SEQ ID NO:126 A1miPEP164a3 Arabidopsis lyrata ATGGTATGGTTCTTTTGCCTTACGTAA SEQ ID NO:127 AtmiPEP164a1 Arabidopsis thaliana ATGCCATCATGGCATGGTATGGTTCTTTTGCCTTACGTAAAACAC ACTCACGCCAGCACACACACACACACACATAACATATACGGATG TGCGTGTGAGCTAGTCTTCCATTAA SEQ ID NO:128 AtmiPEP164a2 Arabidopsis thaliana ATGGCATGGTATGGTTCTTTTGCCTTACGTAAAACACACTCACGC CAGCACACACACACACACACATAA SEQ ID NO:129 AtmiPEPl64a3 Arabidopsis thaliana ATGGTATGGTTCTTTTGCCTTACGTAA SEQ ID NO:130 BrmiPEPl64al Brassica rapa ATGATGATAATTTTGTGGAAATAA SEQ ID NO:131 BrmiPEP164a2 Brassica rapa ATGCTTTGGGCCAAGCTAGTTTCTTTTAGCACTCTTCACTCACTAG TTTTTCTTCTCAGCCCTTCTTTTGCGTGA SEQ ID NO:132 BrmiPEP164a3 Brassica rapa ATGCCATCATGGCATGGCATTGTCATTTTGCCTTTCGTAAAACAC ACTCACGCCAACATACATTATTCATATTCATGTGTATGTATATGA ATGCCATCATGGCATATGCCATCATGGCAT SEQ ID NO:133 CpmiPEP164a1 Carica papaya ATGATTGCATGCCATCCCTACTTGCCTTTTCCCCTTTTCCTTTCTCT AACATTTTACTCAATCTTCTTCTCCCCCTCCCCCCCTTCCCCCTCTC TGCCATTATAA SEQ ID NO:134 CpmiPEP164a2 Carica papaya ATGCCATCCCTACTTGCCTTTTCCCCTTTTCCTTTCTCTAACATTTT ACTCAATCTTCTTCTCCCCCTCCCCCCCTTCCCCCTCTCTGCCATTA TAACCATAATTAAACCTCTCTCCCTCTCTCTCCCTCTCTCTCTCTCT CTCTCTGGGTTCTCAGTATAA SEQ ID NO:135 CrmiPEP164a1 Capsella rubella ATGGGAATTAAAAGGTTTGAGAACTTGGCAGTTATTAGACAAGGTA TA SEQ ID NO:136 CrmiPEP164a2 Capsella rubella ATGCCATCATGGCATGGCATGGCATGTTTCTATTGCCTTACGTAA SEQ ID NO:137 CrmiPEPl64a3 Ca sella rubella ATGGCATGGCATGTTTCTATTGCCTTACGTAAAACACACTCACGC CAACACATACTCACTATACATGTAAATAAGTATGTGCGCGTGTGA SEQ ID NO:138 GrmiPEPl64al Gossypium raimondii ATGATGAGATCAAGAATTTTAAAGTTTCAATATAGATTTGGCATG GGTATTGGCGGCAGAAAGCAATTAAAAAACCAGTTATGTCAAAT TCAAGGTCGTATCAGTTAA SEQ ID NO:139 GrmiPEP164a2 Gossypium raimondii ATGTCAAATTCAAGGTCGTATCAGTTAAAATGA SEQ ID NO:140 GrmiPEP164a3 Gossypium raimondii ATGAATGAAGATTTAGAAATTTCAACAAGGAAGAGGACCCCACA GCTTTGTTAA SEQ ID NO:141 MtmiPEPl64al Medicago truncatula ATGCCCAAATTTGATATTTTTTTTTATATATTTGTATAG SEQ ID NO:142 MtmiPEP164a2 Medicago truncatula ATGTCATATATCTCTCTCTCTCCTAAGTTGCTACCTATAAATACTA AGCCTTTCCCTTGGTTGGTTCAATTCAACTTCTACTTCTCATCAAA CACAAAGTGCAATAAGCTTCATTTCCTGGGTGAGAAGCTCCTTGT TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAAATCCTCTTTCTGATTCATTCTCT CATAATGCATATCAATATCTTTTGCACGTGCTCCCCTTCTCCAACT AGG SEQ ID NO:143 OsmiPEP164a1 O za sauva ry CTCTCTCTCTCTGAGTAG SEQ ID NO:144 OsmiPEP164a2 Oryza sauva ATGTGTGTGTGTGATATCAATATGCATTCGATGTTGATGCTACTGT AG SEQ ID NO:145 AlmiPEP165 a Arabidopsis lyrata ATGAGAATTAAGCTATTTCAGTTGAGGGGAATGTTGTCTGGATCG AGGATATTATACATATATACATGTGTATGTTGA SEQ ID NO:146 AtmiPEP165a Arabidopsis thaliana ATGAGGGTTAAGCTATTTCAGTTGAGGGGAATGTTGTCTGGATCG AGGATATTATAG SEQ ID NO:147 B cmiPEP165a Brassica carinata ATGAGAATGAAGCTATTTCAGTTGAGGGGAATGTTGTCTGGATCG AGGATATTATATATACACAAATACGTATATATGTTAATACAAGTG TTTGATCATATATGTATATAG SEQ ID NO:148 BjmiPEP 165a Brassica juncea ATGAGAATGAAGCTATTTCAGTTGAGGGGAATGTTGTCTGGATCG AGGATATTATATATACACAAATATGTATATATATGTTAA SEQ ID NO:149 BnmiPEP165 a Brassica napus ATGAGAATGAAGCTATTTCAGTTGAGGGGAATGTTGTCTGGATCG AGGATATTATATATACACAAATACGTATATATGATAATACAAGTG TTTGATCATATATGTATATAG SEQ ID NO:150 BomiPEP165a Brassica oleracea ATGAGAATGAAGCTATTTCAGTTGAGGGGAATGTTGTCTGGATCG AGGATATTATATATACACAAGTACGTATATATGTTAATACAAGTG SEQ ID NO:151 TTTGATCATATATGTATATAG BrmiPEP165a Brassica ra ATGAGAATGAAGCTATTTCAGTTGAGGGGAATGTTGTCTGGATCG AGGATATTATATATACACAAATATGTATATATATGTTAA SEQ ID NO:152 pa AtmiPEP166a Arabidopsis thaliana ATGTTGGATCTCTTTCGATCTAACAATCGAATTGAACCTTCAGATT TCAGATTTGATTAG SEQ ID NO:153 AtmiPEPl66b Arabidopsis thaliana ATGAGAGATAGATAA SEQ ID NO:154 AtmiPEP167a Arabidopsis thaliana ATGAACAGAAAAATCTCTCTTTCTCTTTCTTGA SEQ BD NO:155 AliniPEP167b1 Arabidopsis thaliana ATGATGGGTTGTTTTGTGGGATTTTAA SEQ ID NO:156 AtmiPEP167b2 Arabidopsis thaliana ATGCAGGAGGAAACATATGAGGGGTGA SEQ ID NO:157 AtmiPEP169c1 Arabidopsis thaliana ATGCCACATACAAACTTGAAAGATCTCTTCATC=CTCCAAATG TTTTTTTTTCGTTTGCTATTTATCTCCACAATTCTTGGAACAAAA A CTACATTCACAAACGAGAGAATTTTCACAACACCTCTTTTGCTCTC ATTTTTTTTTTTTCGTCCATTATGAGTATTAATTATGGTTAG SEQ ID NO:158 Atm iPEP169c2 Arabidopsis thaliana ATGTTTTTTTTTCGTTTGCTATTTATCTCCACAATTCTTGGAACAA AAACTACATTCACAAACGAGAGAATTTTCACAACACCTCTTTTGC TCTCATTTTTTTTTTTTCGTCCA'TTATGA SEQ II) NO:159 AtmiPEP16911 Arabidopsis thaliana ATGAGACATAAAGAGAGTTAA SEQ ID NO:160 AtmiPEP171a 1 Arabidopsis thaliana ATGAACCTCCTCAAGAAGGAAAGACAGAGGAGGAGACAAAGAA GTATAGGTTCACATTGCATAGCCAGTTTAGTTTTGAAGGATGGAT ATATGAAAAAAATATGA SEQ ID NO:161 AtmiPEP171b Arabidopsis thaliana ATGGTTCTCTCCGGTAAATTAACATTTTAG SEQ ID NO:162 MtmiPEP171b1 Medicago truncatula ATGCTTCTTCATAGGCTCTCCAAATTTTGCAAAATTGAAAGAGAC ATAGTATATATATCTTAG SEQ ID NO:163 MtmiPEP171b2 Medicago truncatula ATGAAGATTGAAGAGTAA SEQ ID NO:164 ZmmiPEP171b Zea mays ATGCATCTGCCTTCAACTCCCTCTCGCCCCCCACCCCAACACACAT CTCTCTCTTTTCTAGGGAAGGAAATGACGAAGGGGACGACGACG GCATGCTTCGGCTAG SEQ ID NO:165 AtiniPEP171c1 Arabidopsis thaliana ATGTTGTCTCTTTCTCATTTTCATATCTGCTAA SEQ ID NO:166 MtmiPEP171e Medicago truncatula ATGATGGTGTTTGGGAAGCCGAAAAAAGCGATGTTGGTGAGGTT CAATCCGAAGACGGATTTACATGTATAG SEQ ID NO:167 MlnuiPEP171h Medicago truncatula ATGGCTTCAGCTGCAAAAGTATACATGGCGTGA SEQ ID NO:168 A tmiPEP172a1 Arabidopsis thaliana ATGGCTTCCAAGATCTGGTAA SEQ ID NO:169 AtmiPEP172a3 Arabidopsis thaliana ATGGTTAGGTTCCAACTAAGTATACGAGATTAA SEQ ID NO:170 A imiPEP172b1 Arabidopsis thaliana ATGTGTACGTACTATTATCTCATAAATAAATATTTTTAA SEQ ID NO:171 AtmiPEP172c1 Arabidopsis thaliana ATGTTTCCAGCAAAATGGTGCCGTCTTGAGTCTTGA SEQ ID NO:172 AtmiPEP172e1 Arabidopsis thaliana ATGGGATCTCTCTCITTATTTAAAAGTCAATTAGAGATCTTGATGC TACTTCTGTCCCTTTCCAAGTGA SEQ ID NO:173 AtmiPEP172e2 Arabidopsis thaliana ATGAGTGTATATATTCATGTACCTATCTCTCTCAATTGCTTCTCAC CAAAATCATCTTGCTGA SEQ ID NO:174 AtmiPEP172e3 Arabidopsis thaliana ATGGGAGTTCCCAACTTTAGACCTCGAAACCGATAA SEQ ID NO:175 AcmiPEP319a1 Arabidopsis cebennensis ATGAGATCTAGGGTTTCTTTCTTTTTCTTCAAAATCATGCTTTTTC GCTTGCTAGGTTATAGATCCATGTAA SEQ ID NO:176 AcmiPEP319a2 Arabidopsis cebennensis ATGCATACATACATACATACCATCTCTAATATTTCATCAATCTTCT TTTGTTCCAAACGCCTTTCTCTCCATTTACATACATACGAATCATT GTTGTCATAGATCCGTTTAGAATTGCTTTAACTTTTAGATGA SEQ ID NO:177 AhmiPEP319a Arabidopsis halleri ATGAGATCTAGGGTITCTTTGTTTCTTTCGTTTTCTTCAAATTTTGC TGCATATTCTCCAAGATCATGA SEQ ID NO:178 AlmiPEP319a Arabidospis lyrata ATGCATACATACATACCATCATCATCTTTTCCCATCTCTAATATTT CATCAGTCTTCTTTTGTTACAAACGCTCTTTCTCGCCATATACATA CATAAGAATCATTGTTGTCATAGATCCGTTTAGAATTGCTTTAACT TTTAGATGA SEQ ID NO:179 AtmiPEP319a1 Arabidopsis thaliana ATGAATATACATACATACCATCATCTTCTTTTCCCATCTCTAGTTT TTCATCAATCTTCTGATGTTCCAAACGCTCTATCTCTTCATATACA TACATACGAATATATTATTGTTGTCATAGATCCATTTAGAATCACT TTAGCTTTTAGATGA SEQ ID NO:180 AtmiPEP319a2 Arabidopsis thaliana ATGTTCCAAACGCTCTATCTCTTCATATACATACATACGAATATAT TATTGTTGTCATAG SEQ ID NO:181 BrmiPEP319a Brassica rapa ATGTTTAAGCTCTACTTCTCAGCAATTCTCTCCACCCAATACATGC ATACATACCATCATCGTATCGCTCTAATTTTTCTATCAATCTTGTA TCCTTCCACAAATTATCTTATGTCTCCCATTTTAAATCCTACATAG SEQ ID NO:182 CpmiPEP319a Carica papaye ATGAAGATTAAATTAGGTTTTAGTCTTATTAAGATTATTATATTAC TAGACAAAAACAGTTAA SEQ ID NO:183 CrmiPEP319a Capselle rubella ATGCATCCACATACATACATACATATACCATCATCTTCTTTTCTCA TCTCTAGTTTTTGTTTATAA SEQ ID NO:184 EgmiPEP319a Eucalyptus grandis ATGAAGCATATTCAAAGGTGGAGATATGGGGAGACTTCCGGAAG GCAAGGGGATTGGAAAAGGCTCGAGATCAAAGTGCATAGCAACC CTTCGCTAAAGGTGAAAAAGAATACGAATAACTTCAGTAGCTCAC TTTAA SEQ ID NO:185 GrmiPEP319a Gossypium raimondii ATGATCCATTTCAACCTGTCACAGTGGAGAGCAATTTGTATGGCT AATTTCCATCTCACCTATTCTETTCTGTTTGGGGTTCTCTAG SEQ ID NO:186 MtmiPEP319a Medicago truncatula ATGCATGTATATCTTGAATTGTTTATGGTAATAAAGGGGTTAGGA TTTCTCCTTTTGGTGAAGTGA SEQ ID NO:187 OsmiPEP319a Oryza sauva ATGGAAATGATACAAAGGCCGTGTTTAATTTTAAAATTTTTTTTCA AACTTTCAACACTTTACATCCCATAA SEQ ID NO:188 PpmiPEP319a Physcomitrella patens ATGTTCCACCGTCGGAGATCCTCGGTGCTGCTACCCCCGTTCGGC CAAACCCAACCCAACCCTAGGTGTCTGCCGGACCTCCGCTTCCCC TCCTGCTTCACCCCCTGCACCGCTTAA SEQ ID NO:189 ThmiPEP319a1 Thellungiella halophila ÀTGACGATATGTAAAGTAAGCAAGGCATGTTTTTATGCAGGGAA GATTGAAAATTCAAGATTAATCAAGAAAATTGGAATACCAAAAA GAGAGGGAGCTCCCTTCAGTCCAATCAGAGAGAATCAATGA SEQ ID NO:190 ThmiPEP319a2 Thellungiella halophila ATGGAGATTCAAATTAAAAAGAAAAACTTATATATAATGAATAC ACAAAAGCTACCTAATCTGTATATATATATATATAAATATGTCTT CATTAAATTAATGGTCGTGGAATAG SEQ ID NO:191 AtmiPEP319b1 Arabidopsis thaliana ATGGTACCTCAAATTAATCTATGGTCATCTAGGGTTATCTTGAAG ATTAGAATTGATTCTAGCACGCACAGAGAGGAAGATCATTGCATC CAGAATCACAAACATG3GCCTATCTTTTATCTTTTCTTTTTGA SEQ ID NO:192 AtmiPEP394a1 Arabidopsis thaliana ATGTCTCTCCAATTTTATGAGAGGGTTTCCTTCAAGAACACAGTA AAATAG SEQ ID NO:193 AtmiPEP395c1 Arabidopsis thaliana ATGACAGAGCAAGAAGAAGAAAGTCAAATGTCCACATGA SEQ ID NO:194 AtmiPEP395 el Arabidopsis thaliana ATGTATCTACAATATATTGATAATGTAATATCTATATATTCAAAC AATCGTCGTGTTGGTCGGATGTTTTCTAGAGTTCCTCTGAGCACTT CATTGGAGATACAATTTTTTATAAAATAG SEQ ID NO:195 AtmiPEP397b1 Arabidopsis thaliana ATGAGCAAGGAGATATTTTTTTCCCCTGGGTTTGAATGA SEQ ID NO:196 AtmiPEP398c1 Arabidopsis thaliana ATGAGAACACACGAGCAATCAACGGCTATAACGACGCTACGTCA TTGTTACAGCTCTCGTTTCATGTGTTCTCAGGTCACCCCTGCTGAG CTCTTTCTCTACCGTCCATGTTTTATCAACGCCGTGGCCCGTG SEQ ID NO:197 AtmiPEP399b Arabidopsis thaliana ATGAAGAGAAACATGTAA SEQ ID NO:198 AtmiPEP399d1 Arabidopsis thaliana ATGCAATGTGAAATATGA SEQ ID NO:199 AtmiPEP403 Arabidopsis thaliana ATGTTTTGTGCTTGA SEQ ID NO:200 AtmiPEP447a1 Arabidopsis thaliana ATGGTCATGGCTCATCATTAG SEQ ID NO:201 AtmiPEP447a2 Arabidopsis thaliana ATGATGAAACCTCGATGGAACTGCTCTCTTTATGGAATCACGGAA TGGACAAATAATCAAAATCAGAAATCGAAGCGAAAAGGGAGGA GAAAAACGCAGATTTGGAGGATTGGGGACAGATTAGATACTGTT GAATGCATCACTCTAATGCTATCAGCCTATTAA SEQ ID NO:202 AtmiPEP447b1 Arabidopsis thaliana ATGCTGCTTATCATCGTGGAGTTGGTTCTGTAA SEQ ID NO:203 AlmiPEP447b2 Arabidopsis thaliana ATGCTTTGTTTCAATTTCAGGTGCGTTAGAAGGTTTGCAGAGTAG SEQ ID NO:204 AtiniPEP447c Arabidopsis thaliana ATGTACACCTACCAGCTTGATAACTCTTTTTCGTGGTTTCTGTGTA CTCGTTTCTGTTTGTACAGATACTTCTTGTTCAATTTCAGATGCTTT AGAAGGTTTTCGGAG SEQ ID NO:205 dmmiPEPla Drosophila melanogaster ATGTGGCGCGAAGTATGCGCACAAAAAAGTCAAACAAAAAGGCG CAATTTTATTACGGGCAACCAACGACGAAACAAAACAAAAGCCA ACCGAAAAGCAGAAACAAAGCAGCAAAAAGTTTATGAATTTTTT GTGCAGGCGCGTGAAAGATGCAAAACGAGAAAAAAACATGAAA AAAAAACATTAAAAAAAACAAAAAAAATCCAAAACAGATACCG AGCTGTATCCGAAAACGAGTGGGGAAAGGGGTTTCCCAGTCACA TATAA SEQ ID NO:206 DmmiPEP lb Drosophila melanogaster ATGCGCACAAAAAAGTCAAACAAAAAGGCGCAATTTTATTACGG GCAACCAACGACGAAACAAAACAAAAGCCAACCGAAAAGCAGA AACAAAGCAGCAAAAAGTTTATGA SEQ ID NO:207 DmmiPEP8 Drosophila melanogaster ATGGAGCCTGGCTTTGTTTTTGTTTTA'TTTCCAACCCACTTGAGCA CACAGCACACACAGAGAGAAAAATCAATACTCGTTATGGGATTA AATTTACAAAGCGCAAAGCAAAGCGACAAACAAAATTCAAAAGA AAGAAAAAAAAACACTCAAATAAACTCACAAAGAATTCCTTATC GCCAAGGGGGCCAATGTTCTAAGGTTCTTTCGCCTTGA SEQ ID NO:208 HsmiPEP155 Homo sapiens TGGAGATGGCTCTAATGGTGGCACAA_A CCAGGAAGGGGAA ATCTGTGGTTTAA SEQ ID NO:356 Table 2. Liste des miORFs miPEP Organisme Séquence du Pri-miR SEQ ID AtmiPEP156a1 Arabidopsis thaliana ATTCATTGTTCACTCTCAAATCTCAAGTTCATTGCCATTTTTAGGTCT CTCTATAAATTCAAATGTTCTGTTCAATTCAATGCGTCGCCAGACATC TGTTCCCTTTGCATGTAAGAGAGATAAAGAAAGCGACAAGAGCCAT AAAGAAAGGTAAGACTCTTTGAAATAGAGAGAGATAAGGTTTTCTC TTATCTTCTTCTCATCAGATCTTTGTTTCTTTACCCTCTTTCTTTCTTTT TTTTGCTTTTTATGGTTATGTTTTTTCTCGATTTAGACAAAAACCCTA GATTTGATCTTCTAAAGGGTCTCAAATGGAATCTCTTCTCTTCTCATA TCTCTCCCTCTCTCCCTCCCTCTCTTTGATTCTTTGTCTTCTCCAGTTA AAACTCAGATCTAACACAAAGCTTAAAAGATTCTCATCGTTTCTTGT TTTCTTTGTTTCATCTTGTAGATCTCTGAAGTTGGACTAATTGTGAAT GAAAGAGTTGGGACAAGAGAAACGCAAAGAAACTGACAGAAGAGA GTGAGCACACAAAGGCAATTTGCATATCATTGCACTTGCTTCTCTTG CGTGCTCACTGCTCTTTCTGTCAGATTCCGGTGCTGATCTCTTT SEQ ID NO:209 AtmiPEP156a2 AtmiPEP156a3 AtmiPEPl56cl Atm iPEP156c2 Arabidopsis thaliana CTCTGCCTTTAGTTCTTTCTTTTTTGGTAATATATTTATTTTTCGTTAC GATTTGGTCAAAACCCTAGATTTGTTTTCCAAAAGCATATCTGAAAA TGAAGGACAACTTTCCTCTTCTCCTTCGGTTATAAATATTCTCTCCGG TTTTGCTTGTTTAACCTAAAAGCCTCAGATCTAACTCCAACACCTTCA AAGTCTGCCTCCTTTCCAATCTTCTTTCTTCTGTTCGATCTCTAATCTC AGAATTTGTGTCGGTAAGGTAAAGGTGATAATGAGTGATGACTGAT GAGGGAGTTTTGGGACAAATTTTAAGAGAAACGCATAGAAA.CTGAC AGAAGAGAGTGAGCACACAAAGGCACTTTGCATGTTCGATGCATTT GCTTCTCTTGCGTGCTCACTGCTCTATCTGTCAGATTCCGGCT SEQ ID NO:210 A miPEP156e1 Arabidopsis thaliana TCCCACATCCAAAGATAGAAAGATGTAAGGTCTAGAGTCTTGTTCTT AATCCCCTAACAGAACAATGATATATATAAATAAATATGGGTCGATA TCGGCTGTGGAGGACGACTAGCTACGGTTTCGAGCCTGGTCACATGC GTAGAGTGTGAAAGGTAATTAGGAGGTGACAGAAGAGAGTGAGCAC ACATGGTGGTTTCTTGCATGCTTTTTTGATTAGGGTTTCATGCTTGAA GCTATGTGTGCTTACTCTCTCTCTGTCACCCCT SEQ ID NO:211 AtmiPEPl56fl Arabidopsis thaliana TCCCACAGCCAATGAGCCAAAGATAAAGAAACACCTATCCTATAAT SEQ ID NO:212 AATTTAGAGCAATATACCTCCATAATGGAACATCTATATATATAAAG GTATCCGTATATCTCTATATATTATATTCATTGAGTTTAAAGTGGCTA GGGTTTATAGATGTATGTGATATTAAGAGATATGAAACATATTTGTC GACGGTTTGAGTGGTGAGGAATTGATGGTGACAGAAGAGAGTGAGC ACACATGGTGGCTTTCTTGCATATTTGAAGGTTCCATGCTTGAAGCT ATGTGTGCTCACTCTCTATCCGTCACCCCCTTCTCTCCCTCTCCCTC A1miPEP159a Arabidopsis lyrata AAAAAATGACGTGTCCTCTTCTCTCTCTCTCTTTCCTTCTCTCTAAGT ATATTTAGGGITAATTATTAGGGTTCTTTATCTCTTTCTTCAGTCTTTG AAGTTTCTTCAATAGCTTTAATTGAAGTGATTTACCTCTCTGGGTGTT TTTAGTATATATATCATGTACATGATCGAATTTCTTTCTATCCAAGTT CTCATCAAACCTTCTCATGTTTTGAAGAGTTAAAGGCTTTATAGTTTG CTTAGGTCAGATCCATAACATACTGTATTTGACAAGTTTCTTTGTCTC ACGATAGATCTTGGTCTGACCAAAATGATTTTCTCGAGAAAAAAAAA GATGGAAGTAGAGCTCCTTGAAGTTCAAACGAGAGTTGAGCAGGGT AAAGAAAAGCTGCTAAGCTATGGATCCCATAAGCCCTAATCCTTATA AAGAAAAAAAAGGATTTGGTTATATGGCTTGCATATCTCAGGAGCTT TAACTTGCCCTTTAATGGCTTTTACTCTTCTTTGGATTGAAGGGAGCT CTACATCTTCTTTCACCTTCTCTATTTTTCTTTCTTTATTTTCTCCTCTA CAGTAATTTATTTGGATT SEQ ID NO:213 AtmiPEP159a1 Arabidopsis thaliana TTCCAAAACATGACGTGGCCTCTTCTCTCTCTCTCTTTCCTTCTCTCTA AGTATGTTTAGGGTTAATAATTAGGGTTCCTCCTCTCTTTTGTTCTGT CTTTATATCTCCTTCATAGCTCTAATGTAAGAGATTTACCTCTTTTGG TGTTTITGTTAATCCACGTTCTCATCAAAACTTTCTCATTGTTTTATGA AGAGTTAAAGGTCTTTACAGTTTGCTTATGTCAGATCCATAATATATT TGACAAGATACTTTGTTTTTCGATAGATCTTGATCTGACGATGGAAG TAGAGCTCCTTAAAGTTCAAACATGAGTTGAGCAGGGTAAAGAAAA GCTGCTAAGCTATGGATCCCATAAGCCCTAATCCTTGTAAAGTAAAA AAGGATTTGGTTATATGGATTGCATATCTCAGGAGCTTTAACTTGCC CTTTAATGGCTTTTACTCTTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTACATC'TT CTTTCACCTTCTCTATTTTTTATTTTTCTTTATTTCTACTCAACAATTA TTTATTCGGATTCATCTTTAATTITCCGTTATAATTTCTTTTTGGTAAG GATTATTCGCTATAATTTGAGAAT SEQ ID NO:214 CrmiPEP159a Capsella rubella TTCCAACGAATGACGTGTACTCTCTCTGCTCTATCTCTCTCTCTAAAT ATGTTTAGGGTTAATTAGGGTTCTTCATCTGTCTCTCTCTCTCTCTCTC SEQ ID NO:215 TTCAGAGTCTTTATAGCTTCTTCCAAGATTTTTAATTGAAAGTAATTT ACCTCTTTTGGAGTTCTGTACATATAGAATATCAGGAGTCGTGTTTCT TTTTTATCAAGGTTCTCATCTAACCTTTATAGTATTTTCATTAGTTGAT AAAGGTCTTCATAGTTTGCTTAGATCAGATCTTGTCTTCGTCTTTTCG ATAGATCTTGTTCTGTCCAATATACAGTGATTTTATTTCGAGAGCAA AAAAGATGAGAGGTAGAGCTCCTTGAAGTTCAAACGAGAGTTTAGC AGGGTAGAGAAAAGCTGCTAAGCTATGGATCCCATAAGCCCTAATC CTTGTTAATGATAAAGGATTTGGTTATATGGCTTGCATATCTCAGGA GCTTTAACTTGCCCTTTAATTGCTTTTACTCTTCTTTGGATTGAAGGG AGCTCTACATCTTCTTTGACTTCTCTCTCTATTAAGTCTTTCTTTATTT TCTTCTCTACAATAGTTGTTTTGGATCGGAAGATCTTTAAGTTTCCCT TA AtmiPEP159b1 Arabidopsis thaliana TTTCACTTTTGTTCTCCTCCTCCCTTTTTTTCTTTTCAGGATTCTTCTTT SEQ ID NO:216 AtiniPEP159b2 TCTATGTTTTATCTTTCATAATAGATCTGATAATTTTGATTTTTCACTA TATATATTATGGTTAATACTAGTAGCTTTTTCATTTCAAGTTTTATCC TTCCATTGGTTCTTTCTGAGTCAAATTGTCTCCTGTTTCGAACCATAT ATAAGTTTTCAATGGTTTTGTATTAACTCAAGTATTCAACATTATGTC TCTCTTTTTCTTGCTTGGATCTCTAATGCTGTTCATATTTTAAAGCATA GGTTTAGGTTAGATGCATGTAACTGCCAATTAAAAGAAGGTCAAGA GTTTTTTGATTGTATGAATATATGAGTTAGTCAAAGCAGATCCACAC GATTATATAGAAAAACAAAGGAAGAAGAAGAGGAAGAGCTCCTTGA AGTTCAATGGAGGGTTTAGCAGGGTGAAGTAAAGCTGCTAAGCTAT GGATCCCATAAGCCTTATCAAATTCAATATAATTGATGATAAGGTTT TTTTTATGGATGCCATATCTCAGGAGCTTTCACTTACCCCTTTAATGG CTTCACTCTTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTTCATCTCTC AtmiPEP160a1 Arabidopsis thaliana CATCCCACCCTTAATTGTTTTATATAAACCATTTCTCCTCCTCTCTCC SEQ ID NO:217 ATCACCTTCAATCTCTCTCGATCTCTCTCTGGATCCCCAATCTCACCT CCATGTTTTGTTTGTTGATTCCCATCTTCTCTTTTGTCTTTTCACCAAA TCGTCATTTAAGGCTTCAAGAACAGTAACCCCAATTCCTCCACAAGA GGGAGAGAAAACA_AAAGATCTTCCAATTCCATTCTCGTACATGCAA ATCACAATCCATGCCATAGATTGTTTCTATTCCTCCTTATTTATTGCT TGTATCTGTTCATGCATGGACCAGGTGGAGAGAGCATTACTTAAAAA TAGAATTAGCTATCTGTTTTAGGCGAATTAGTTTCCTTACATAACCAT GTATATGTCATGACGCATATACATATGTAGATGTATATGTATTATAT ATGTATGCCTGGCTCCCTGTATGCCATATGCTGAGCCCATCGAGTAT CGATGACCTCCGTGGATGGCGTATGAGGAGCCATGCATAT AtrniPEP160b1 Arabidopsis thaliana ACTCATAACTCTCCCCAAATTCTTGACCAAAAATATCCGCCACTTTCT CTCTGGTTCATGTTTTCCCCTCAATGAAATACATACACATTTTGATTT TATTTAAATCAAGATCGACGTATAAGCTATCCACCAATCATATTTAA GGGTTCCCGTATACATATATACTATATATATATATGGAATAATAGTC GTGCCTGGCTCCCTGTATGCCACAAGAAAACATCGATTTAGTTTCAA AATCGATCACTAGTGGCGTACAGAGTAGTCAAGCATGAC SEQ ID NO:218 A trniPEP160b2 AtmiPEP161 Arabidopsis thaliana CTCTAACTCATCCTTCTCTTCTATGAAAATTCCATTGTTTCTGCCGAA GCTTTGATCAGTACTTCTCTTTTGCTTGATCTCGGTTTTTGACCAGTTT ATTGCGTCGATCAATGCATTGAAAGTGACTACATCGGGGTTCCGATT TTTTTTGTTCTTCATATGATGAAGCGGAAACAGTAATCAACCCTGGTT TAGTCACTTTCACTGCATTAATCAATGCATTTGTAAAAA.GAGGGAAA AGCA SEQ ID NO:219 AtmiPEP I 62a1 Arabidopsis thaliana CTAGAAGAAAAAACCAGATCTATAAAGTTTGTTATTAAAAGATAGA GAGAGAGGAGGGATGTAGTAGGCCAATAGGCAAATCAGAGAATCAC AAATGGTATCTGGTCAAGAAGATTCCTGGTTAAAACTTTCATCTCTC TGTTTCCTTTTTCTTTCTTTGTTGGATTCATTAATTTGACATATCTCTA TCATCACACTGATTCTCTTTCTCCCAGTTTGTCTGCAGATGCATGTGT GTAATCTAGGGTATATGTTTTTGTCCATTTGGTTTCATAAGGCAATAA AGATCCAGCTATTTACTACTTGTGGTATAGATTTTGACTGTTGAATTT TCAGATCTGATGTGTTTCGTTTGATCCGATTCGGAAAATTTATGTTTC GTTGACATTTTGGAGTTTAGTTGGAAGAAGAGTGAGAGTCGCTGGAG GCAGCGGTTCATCGATCTCTTCCTGTGAACACATTAAAAATGTAAAA GCATGAATAGATCGATAAACCTCTGCATCCAGCGTTTGCCTCTTGTA TCTTTCTTATTGACTT SEQ ID NO:220 AtmiPEP162b1 Arabidopsis thaliana CTGCATCTATCCACCTCTCTCTGTAAATTTATCTAAATGTTTCTTTTA ATCTTTTTGAGATTAATAATGATTTGTGTTTGTTCATCAACCGATTTT CTCAGATCTGTCAATTATTTTTGTITATTTATTTATGATTTATGAATG AGGAAAGAGTGAAGTCGCTGGAGGCAGCGGTTCATCGATCAATTCC TGTGAATATTTATTTTTGTTTACAAAAGCAAGAATCGATCGATAAAC CTCTGCATCCAGCGCTGCTTGCTC SEQ ID NO:221 AtmiPEP I 63-1 AtmiPEP163-2 Arabidopsis thaliana TATCACAGTTCTCATCAAATATTTGAAAGTATCAAACAA_AAAAAGGA GAGTGAGAAAAATAAAGAGAGAGATAGAGAGAGATCATGTCCACTA CTCAAGAGCATAGGTCTTGATTGGTGGAAGACAAGTACCTTAGATAA SEQ ID NO:222 ACCGACCAAAACCCGGTGGATAAAATCGAGTTCCAACCTCTTCAACG ACAACGATTTCAACACTCTCTTCCAGGAACAACTTCCTCCAGGCAGA TGATACTAAAGTGCTGGAGTTCCCGGTTCCTGAGAGTGAGTCCATAT CAA_A_A.TGCGCATTCGTTATCACTTGGTTGAACCCATTTGGGGATTTA AATTTGGAGGTGAAATGGAACGCGTAATTGATGACTCCTACGTGGA ACCTCTTCTTAGGAAGAGCACGGTCGAAGAAGTAACTGCGCAGTGCT TAAATCGTAGATGCTAAAGTCGTTGAAGAGGACTTGGAACTTCGATA TTATCCCCCGTGT A1miPEP164a1 Arabidopsis lyrata AGTAGGGTTGGAAAATTTTTTTACATTTTTACTCTAAAATAGAATAG AGTTGGAGATGCCCTTAGCAGTTATTAGACAAGGGATTGTTTGGCCC TAGCGATCCTCTCTTCACTCTCTCACTTTTGTAGTTCAACCCTTCTTTT GCGTGAGATGCCATCATGGCATGACATGGTTCTTTTGCCTTACGTAA AACACACTCACGCCAACACACGCCACATAACATAAATAAATTATAT ATACATATACGTATGTGCGTGTGAGTCTTCCATTAATGCAATCTTTGG GCCTATATATATATACAAACCTTCCATAACCAAAGTTATCATACTAC AAAAGCTCTCTCGTACTTGGAAATGCGGGTGAGAATCTCCATGTTGG AGAAGCAGGGCACGTGCAAACCAACAAACACGAAATCCGTCTCATG TGTTTTGCACGTACTCCCCTTCTCCAACATGAGCTCCTGACCCATTG SEQ ID NO:223 AlmiPEP164a2 AlmiPEP164a3 AtmiPEPl64al AtmiPEP164a2 Arabidopsis thaliana AGACAAGCCCCCACACTAAAAAAACAGTAATATGGAATAAAAAAAA GCTTTCAAAACTTAGCAGTTATTAGACAAGGTATTGTTTGGCCCTAG CTAGCGATCGTTTAGCTCTCTTCACTCTCTCACTTTTTTAGTTCAACC CTTCTTTTGCGTGAGATGCCATCATGGCATGGTATGGTTCTTTTGCCT TACGTAAAACACACTCACGCCAGCACACACACACACACACATAACA TATACGGATGTGCGTGTGAGCTAGTCTTCCATTAATGCAATCTTTGG GCCTATATATACAAACCTTTCCATAACCAAAGTTCTCATACTACAAA CGCCCCTCATGTGCTTGGAAATGCGGGTGAGAATCTCCATGTTGGAG AAGCAGGGCACGTGCAAACCAACAAACACGAAATCCGTCTCATTTG CTTATTTGCACGTACTTAACTTCTCCAACATGAGCTCTTCACCC SEQ ID NO:224 A taiiPEP164a3 BrmiPEPl64al Brassica rapa AGACAACCCCACGTTTTAAAA TAAGAAATGATGATAATTTTGTGGAA ATAAAAGCTAGTATACTTTTGCAATAATTAGACAAGGTATTGATGCT TTGGGCCAAGCTAGTTTCTTTTAGCACTCTTCACTCACTAGTTTTTCT TCTCAGCCCTTCTTTTGCGTGAAATGCCATCATGGCATGGCATTGTCA TTTTGCCTTTCGTAAAACACACTCACGCCAACATACATTATTCATATT CATGTGTATGTATATGAATGTTCCATTAATGCAATCTTTGGGGCCTAT SEQ ID NO:225 BrmiPEP164a2 BrmiPEP164a3 ATATACGAAGCTTACATCACCAAAGCTCTCATATTACAAAAGCTCAC ATATATACTTGGAAATGTAGGTGAGAACCTCCATGTTGGAGAAGCA GGGCACGTGCAAACCAAAAAACATGAAATCTGTTTCATATGCTTTGC ACGTGCTCCCCTCCTCCAACATGA CpmiPEP164a1 CpmiPEP164a2 Carica papaya AGACAACACTCCTCTTTGTTCCCTTCCTCACGTATCCACTTTTGAAAT TTGTAATTTGTGTGCACCACCATGATTGCATGCCATCCCTACTTGCCT TTTCCCCTTTTCCTTTCTCTAACATTTTACTCAATCTTCTTCTCCCCCT CCCCCCCTTCCCCCTCTCTGCCATTATAACCATAATTAAACCTCTCTC CCTCTCTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGGGTTCTCAGTATAAATG CAGCTCTGCTTATACTTCCACACCTATATATATATACCTGACCCTTCT TCACCTCCTTCATCCACCTCCTCCTTCTTCCCCAAAACTTTCTTAACT GTTCTCTGCATACATATATATCCACATACATATATATATATATAGAG AGAGAGTGAGACAGAGAGGTTACCGAGGCAATTGGGTGAGTAGCTC CCTGTTGGAGAAGCAGGGCACGTGCAAATTCTCCATGGCTTTCCCCT CTTTGCACGTGCTCCCCTTCTCCAACATGGGTTCC SEQ ID NO:226 CrmiPEP164a1 Capsella rubella CGGCCACCCCCACATTTAACAAGAAAAAAACTGATGGAATTAAAAG GTTTGAGAACTTGGCAGTTATTAGACAAGGTATAGTTTGGCCCTAGC TTCTTTTAATTTAGCTCTCTCCACTCTCACACTTTTCAACTTTCACCCT TCTCTTGCGTGAGTCGCGAGATGCCATCATGGCATGGCATGGCATGT TTCTATTGCCTTACGTAAAACACACTCACGCCAACACATACTCACTA TACATGTAAATAAGTATGTGCGCGTGTGAGTCTTCCATCCATCAATG CAATCTTTGGGGCTATATATATACAAACCTTTTCCATAACCAAAGCT CTCATATAAACTACAAAAGGCTCACTTGGGAAATGCGGGTGAGAAT CTCCACGTTGGAGAAGCAGGGCACGTGCAAACCAACAAACACGAAA CCCTCCTCATGTGCTTTGCACGTACTCCCCTTCTCCAACATG SEQ ID NO:227 CrmiPEP164a2 CrmiPEP164a3 GrmiPEP164a1 Gossypium raimondii GAAAACCCAAGTTCAGGCTAACAAGTTATCTGATGATGAGATCAAG AATTTTAAAGTTTCAATATAGATTTGGCATGGGTATTGGCGGCAGAA AGCAATTAAAAAACCAGTTATGTCAAATTCAAGGTCGTATCAGTTAA AATGAATGAAGATTTAGAAATTTCAACAAGGAAGAGGACCCCACAG CTTTGTTAAATTAAGTGTGTGGTTTTTATAATTATCATCTCGAAAGTT TCATAATATCAATTAGATTAAAACATCTCTGAATTTCATAATTACAA ACCAGATAGATAGATACATGAAAACTTAGACCCCAGAGATCTGTCTT TAAAGAATGCCCACTTCTAGACTCAATCTCTATTACTCTCTTTTTTTC TCTCTCTCTCTCTTCGGAAAAACTTGTATATAAATAAATGACACTTTC SEQ ID NO:228 GrmiPEP164a2 GrmiPEP164a3 TTTGCTTTCTGCACTCAACTCATGAACTTGAAAAGCTTTACTTGGATG GGTTGGTTGGGGGTGAGTATCTCTTGTTGGAGAAGCAGGGCACGTGC AAGTTCCTATGTTTAAGTGAACTTTGCACGTGCTCCCCTTCTCCACCG TGAG MtmiPEP164a1 MtmiPEP164a2 Medicago truncatula GAAGAGAAAAAACCTAGTGTAAAATTTGATATACTCTTTATGTATAG TACGAATGTTTTTTTAAAAATTATGTAAAAAATGATAAAATAATAAC TAACTAAATTAACAGTAAAATTAGAAAAGTAAAATACTATGCCCAA ATTTGATATTTTTTTTTATATATTTGTATAGATTATTATTATTTGATAT GTAAAGTCCAATTAAAAATTTGTTTTAACTAAGATTTGAACTAGGTT TTCTTAAAAGACTCATCTTTTACTTCAAATTTATTTATCATTTGAATT CAATCACTTTCTAATATTATTATTATTATTTCCACCATACTCATTGCTT CTGCCACGTTACTTTAGTTAGATCTCTTATGTCATATATCTCTCTCTCT CCTAAGTTGCTACCTATAAATACTAAGCCTTTCCCTTGGTTGGTTCAA TTCAACTTCTACTTCTCATCAAACACAAAGTGCAATAAGCTTCATTTC CTGGGTGAGAAGCTCCTTGTTGGAGAAGCAGGGCACGTGCAAATCC TCTTTCTGATTCATTCTCTCATAATGCATATCAATATCTTTTGCACGT GCTCCCCTTCTCCAACTAGG SEQ ID NO:229 0 smiPEP 164a1 OsmiPEP164a2 Oryza sativa ATGCAAACCCACTCCAACACTCCACAATCCACATACTCTCTCTCTCTC TCTCTCTCTGAGTAGGAGTACATGTGTGTGTGTGATATCAATATGCA SEQ ID NO:230 TTCGATG ITGATGCTACTGTAGCCATCTTGTGGCTATATAAACCCAG CAGGCAGCAGCACAGCTTAGCTAGAGAGCCATATTGCATGCACACT CGCTAATCTCTTTTCTCTACTCTACTTGCATTACACCACCTCTGCATT GCACTTCAGTTCATTCATTCCACTGATGCATGGATCGATGTTGCTACC TTCTTCTCTTCTCCTCATGCATCCATGCATCGATCTCACCTAGCTTCTT CCTCATCCTCTCTCGATCGATTACAAGAGAAAAGTGTTTGCTGTTCTT GCTATCGATCTACAGGTGAGTAGGTTCTTGTTGGAGAAGCAGGGTAC GTGCAAAATGCACACCGGTTGGTCGAGCTAATTAACAAGCTCTGACG ACCATGGTGATCGAATGCACGTGCTCCCCTTCTCCACCATGGCCT A1miPEP165a Arabidopsis lyrata CTAGGGTTTAGGAATGACGACTTGTTTCTGTTGTGTCTTATTAAAAGC CCATCTTCGTCTCCGCCACTCATCATTCCCTCATCATAACACCATCAT CACCATTCACCAACCTCTCTCTCTTTCTCTCTCTCCTCTCGATCTACA ACAAAATGTGAATCTGCTAAGATCGATTATCATGAGAATTAAGCTAT TTCAGTTGAGGGGAATGTTGTCTGGATCGAGGATATTATACATATAT ACATGTGTATGTTGATACATGTGATCATAGAGAGTATCCTCGGACCA SEQ ID NO:231 GGCTTCATCCCCCCCAACATGTTATTGCCTCTGATCACCATATATATG TCGTTACATTTCATGGTTAATTACTTGCACAAATCACAAAAGCTTGG TTTGTAACTTTCTATGACCTTTTTTAATGACTTTGAATCTTTCATGCAT GACTTC'TTAAGAGTAGATTTACACATTTGCGGATCCGTTTATGCTTTT TGCTTTTGTTTCGTTTATATATAT AtmiPEP165a Arabidopsis thaliana CTAGGGTTTAGGAATGACGACCTGTTTCTGTTGTGTCTTATTAAAAG CCCATCTTCGTCTCCGCCACTCATCATTCCCTCATCATAACACCATCA TCACCATTCACCAACCTCTCTCTCTCTCTCCTCTATCACTCTCTACAA CAAAAATTTGTGAATCTGCTAAGATCGATTATCATGAGGGTTAAGCT ATTTCAGTTGAGGGGAATGTTGTCTGGATCGAGGATATTATAGATAT ATACATGTGTATGTTAATGATTCAAGTGATCATAGAGAGTATCCTCG GACCAGGCTTCATCCCCCCCAACATGTTATTGCCTCTGATCACCATTT ATTGTTACATTTTTTTTTGTTAATTACTTGCGCAAATTACAAAAGCTT GGTTTTTGTGATGACTTTGAATCTTTCTTGCATGGCTTCTTAAGAGTA GATTTACGGATCCGTCTATGCTTTTTGCTTTTTGTTTCGTTTATTTGTA TTTAAAC SEQ ID NO:232 BcmiPEP165a Brassica carinata GAGATCAATGAAATTATCCTGCCAAATAAAACGTGTGACGTTTATTC AAAAATATATGCATTAGATGCTTTGATATTAAAATATTTCCTTTTAAA AGCTAGCTAGGGTTTAGGAATGACGAGTTGTGTCTTATTAAAAGCCC TTCTTCTCCTCCGCCACTCATCATTCCCTCATCATAACACCATCATCA CCATTCACCCACCTCTCCTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT CTAGAACAACAAGTGAGAATCTGCTAAAATATTGTGACTATTATCAT GAGAATGAAGCTATTTCAGTTGAGGGGAATGTTGTCTGGATCGAGG ATATTATATATACACAAATACGTATATATGTTAATACAAGTGTTTGA TCATATATGTATATAGATTATTCTCGGACCAGGCTTCATCCCCCCTAA CATGTTATTGCCTCTGATCACCAGATTCTATCAACTCTTCGCTTATTA TTTTGTCACAAACAAGTAATAAGCTCATAATTTTCTTTGAGTCTTTCA GCATCGTTTCATTATGTTTTTCGAATCCG SEQ ID NO:233 Bj miPEP 165 a Brassica juncea GAGATCAATGAAATTATCCTGCCAAATAAAACGTGTGACGTTTATTC AAAAATATATGCATTAA ATGCTTTGATATTAAAATATTTCCTTTTAA A AGCTAGCTAGGGTTTAGGAATGACGAGTTGTGTCTTATTAAAAGCCC TTCTTCTCCTCCGCCACTCATCATTCCCTCATCATAACACCATCATCA CCATTCATCCACCTCTTCTCTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC TCTCTCTCTCTCTCTAGAACAACAAGTGAGAATCTGCTAAAATATTG SEQ ID NO:234 TGATTATTATCATGAGAATGAAGCTATTTCAGTTGAGGGGAATGTTG TCTGGATCGAGGATATTATATATACACAAATATGTATATATATGTTA ATATCAGTGTTTGATCATATATATGTATATAGATTATTCTCGGACCAG GCTTCATCCCCCCTAACATGTTATTGCCTCTGATCACCAGATTCTATC AACTCTTAGCTTATTATTTGTCACAAACAAGTAATAAGCTCAATAAT GTCTTTGAGTCTTTCAGCATCGTTTCATATGTTTTCGAATCCG BnmiPEP165a Brassica napus - GATATCAATGAAATTATCCTGCCAA_A.TAAAACGTGTGACGTTTATTC AAAAATATATGCTTTAAATGCTTTCATATTAAAATATTTCCTTTTAAA AGCTAGCTAGGGTTTAGGAATGACGAGTTGTGTCTTATTAAAAGCCC TTCTTCTCCTCCGCCACTCATCATTCCCTCATCATAACACCATCATCA CCATTCACCCACCTCTCCTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT CTAGAACAACAAGTGAGAATCTGCTAAAATATTGTGACTATTATCAT GAGAATGAAGCTATTTCAGTTGAGGGGAATGTTGTCTGGATCGAGG ATATTATATATACACAAATACGTATATATGATAATACAAGTGTTTGA TCATATATGTATATAGATTATTCTCGGACCAGGCTTCATCCCCCCTAA CATGTTATTGCCTCTGATCACCAGATTCTATCAACTCTTCGCTTATTA TTTGTCACAAACAAGTAATAAGCTCAATAATGTCTTTGAGTCTTTCA GCATCGTTTCATATGTTITCGAATCCG SEQ ID NO:235 BomiPEPl65a Brassica oleracea GGGATCAATGAAAATTATCCTGCCAAATAAAAACGTGTGACGTTTAT CCAAAAATATATGCATTAAATGCTGTGATATGAAGTATTTCCTTTAA AAGCTAGCTAGGGTTTAGGAATTACGAGTTGTGTTTTATTAAAAGCC CTTCTTCTCCTCCGCCACTCATCATTCCCTCATCATAACACCATCATC ACCATTCACCCACCTCTCCTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTAGA ACAACAAGTGAGAATCTGCTAAAATATTGTGACTATTATCATGAGAA TGAAGCTATTTCAGTTGAGGGGAATGTTGTCTGGATCGAGGATATTA TATATACACAAGTACGTATATATGTTAATACAAGTGTTTGATCATAT ATGTATATAGATTATTCTCGGACCAGGCTTCATCCCCCCTAACATGTT ATTGCCTCTGATCACCAGATTCTATCAACTCTTCGCTTATTATTTGTC ACAAACAAGTAGTAAGCTCAATAATGTCTTTGAGCCTTTCAGCATCG TTTCATATGTTTTCGAATCCG SEQ ID NO:236 BrmiPEPl65a Brassica rapa GAGATCAATGAAATTATCCTGCCAAATAAAACGTGTGACGTTTATTC AAAAATATATGCATTAAATGCTTTGATATTAAA ATATTTCCTTTTAAA AGCTAGCTAGGGTTTAGGAATGACGAGTTGTGTCTTATTAAAAGCCC TTCTTCTCCTCCGCCACTCATCATTCCCTCATCATAACACCATCATCA SEQ ID NO:237 CCATTCATCCACCTCTTCTCTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC TCTCTCTCTCTCTCTAGAACAACAAGTGAGAATCTGCTAAAATATTG TGATTATTATCATGAGAATGAAGCTATTTCAGTTGAGGGGAATGTTG TCTGGATCGAGGATATTATATATACACAAATATGTATATATATGTTA ATATCAGTGTTTGATCATATATATGTATATAGATTATTCTCGGACCAG GCTTCATCCCCCCTAACATGTTATTGCCTCTGATCACCAGATTCTATC AACTCTTAGCTTATTATTTGTCACAAACAAGTAATAAGCTCAATAAT GTCTTTGAGTCTTTCAGCATCGTTTCATATGTTTTCGAATCCG AtmiPEP166a Arabidopsis thaliana CATCATCACCACTCACTTATCTTCTTCTCCATCTCTCTCTCTGCTTCTC CCTTAATCTTAGCCGGGTCTCGTGGGGGACGAACATAGAAAGAGAG AGATATAAAGATATATATTCAGAAACCCTAGATTCTATAATTTCGAC TGAAAAGAAAAAGGGGCTTTCTCTTTTGAGGGGACTGTTGTCTGGCT CGAGGACTCTGGCTCGCTCTATTCATGTTGGATCTCTTTCGATCTAAC AATCGAATTGAACCTTCAGATTTCAGATTTGATTAGGGTTTTAGCGT CTTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAATTGTTGCTCCCTGTTTACTCC ATATTTCTTCCTTCTTTTCAAATTAGGGTTTCAGATCCAGTGAATGAA CCCTTGTTAAAGGTTTGATCTCTTACCTTACTTT SEQ ID NO:238 AtmiPEP166b Arabidopsis thaliana TCTCATCATTCTCTTCATCATCACCACATTCATCTCTCTCTCTCTCTCT CTCTCTCTCTCTTTCTCTTCCTTGATCTTAGCCGGATCTGTTGGGGGA CGAACACATGAGAGATAGATAAAATATAAGAAATTTCTCGAAAAAA CCTAATAGAAAAAGGTCTGTTTCTTAAAGAAGAAGAAGAAGAGGAT TTAAAGAGGGATTTTTCTTTTGAGGGGACTGTTGTCTGGCTCGAGGA CTCTTATTCTAATACAATCTCATTTGAATACATTCAGATCTGATGATT GATTAGGGTTTTAGTGTCGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAA SEQ ID NO:239 A miPEP167a Arabidopsis thaliana TGATGAACAGAA_AAATCTCTCTTTCTCTTTCTTGATCTGCTACGGTGA AGTCTATGGTGCACCGGCATCTGATGAAGCTGCCAGCATGATCTAAT TAGCTTTCTTTATCCTTTGTTGTGTTTCATGACGATGGTTAAGAGATC AGTCTCGATTAGATCATGTTCGCAGTTTCACCCGTTGACTGTCGCACC C SEQ ID NO:240 AtmiPEP167b1 Arabidopsis thaliana AACCACAAAGTACCGCTGCTATTTTCTTTTTACGTCTTTGTATTTGCA TCGTCTAAGAGAATGATGGGTTGTTTTGTGGGATTTTAATGCAGGAG GAAACATATGAGGGGTGATTAAGGCAAAAACCTTAAGATGTGGTCA TTTAGATACATGGAGTCAAACTAAGAATGGACCTTGGCGAAAGCTTC TTCACGGTCAAGATTTAAAATCAGGTACGACACTGTGTACGTGAGAG SEQ ID NO:241 A imiPEP167b2 AGAGAGAGAGAGAGAGAAAGAGATTATAGAAAGAAAGAGATGTAT CACAATAAAGGAGTATATTTAGGGTCACAGGTGGTGGAGATATAGG TATGCAGGGCCAAGGCTCTAATCTCTTCATAGCCCTATTGATTTTGTC CCTCTCTCTCTCTCTTTCTTCCTCTCTTAGCTGTATGCATTATGATGCG TCTTTTAATTCACTGTTTCAGGCTTCTTTAATTCGTGGTGTCTCTCTCC TTTTTACCCAACCATCTCTTAAAATTTITAACATCTGTTCCTCAAATC CTCTCTCATCTCTTTCTATAAGTATCTATAGCGCCTCTTAAACCACAA AGCATCACCTCTGTCTTCTCTCATCTCCTTTCTGTATTCTCTTTCATTG CCITCACGTCTGTTGCAATTTCTCCACTTCTTGAGCTTCCGTTTTTTAC AATTATTGATCCGTCAAATATGTGAGATTTGCACAACTTGTTGCTCA GGTATTTTGAAGACAAGTCCACAAGGGAACAAGTGAAGCTGCCAGC ATGATCTATCTTTGGTTAAGAGATGAATGTGGAAACATATTGCTTAA ACCCAAGCTAGGTCATGCTCTGACAGCCTCACTCCTTCCT AtmiPEP169c1 AtmiPEP169c2 Arabidopsis thaliana GAGCAAGACAATGCCACATACAAACTTGAAAGATCTCTTCATCTTTT CTCCAAATGTTTTTTTTTCGTTTGCTATTTATCTCCACAATTCTTGGAA CAAAAACTACATTCACAAACGAGAGAATTTTCACAACACCTCTTTTG CTCTCATTTTTTTTTTTTCGTCCATTATGAGTATTAATTATGGTTAGGG AATCTTACAGAATGAAAATGAAGGTGTGAATGGATTGTCTCATCTAA AGCCTTGAATGTGGGAAAAAGGCCATTGTTGTTCAGCCAAGGATGA 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T"TTATGTCTCTCCAATTTTATGAGAGGGTTTCCTTCAAGAACACAGTA AAATAGATTGGATCTTTAAACTTTTGTTCCTTTTCATGAGGGTTTGAC AAAGATTTTCTTACAGTCATCTTTGGCATTCTGTCCACCTCCTTCTAT ACATATATGCATGTGTATATATATATGCGTTTCGTGTGAAAGAAGGA GGTGGGTATACTGCCAATAGAGATCTGTTAG SEQ ID NO:269 AtmiPEP3 95 c 1 Arabidopsis thaliana TTGTATCATGACAGAGCAAGAAGAAGAAAGTCAAATGTCCACATGA GTTCCCTTTAACGCTTCATTGTTGAATACTCAAAGCCACATTGGTTTG TATATAACACTGAAGTGTTTGGGGGGACTCTTGGTGTCAT SEQ ID NO:270 AtmiPEP395e1 Arabidopsis thaliana TTTCAAACCCTAACACTCTTATAAACCGATTCGCCAAAATGTATCTA CAATATATTGATAATGTAATATCTATATATTCAAACAATCGTCGTGTT GGTCGGATGTTTTCTAGAGTTCCTCTGAGCACTTCATTGGAGATACA SEQ II) NO:271 ATTTTTTATAAAATAGTTTTCTACTGAAGTGTTTGGGGGAACTCCCGG GCTGATTCGGTATTTTAAATTCAGTAGACTAGCTAGCTG AtmiPEP3 9 7b 1 Arabidopsis thaliana TGGTAATAGAAATGAGCAAGGAGATATTTTTTTCCCCTGGGTTTGAA SEQ ID NO:272 TGAACATCATTGAGTGCATCGTTGATGTAATTTTACTTATTTTATTCC ATTGTTGAATTAATTAAAGAAGTATATATCAGCGTTGCATTCAATTA TG=TCTAATTTTCAGGAAATACAAAAAAAATGAAAAAAAAAAAT CACTTAAAAGACCTTGAGAGTTCTTTTGACT AtmiPEP3 9 8c 1 Arabidopsis thaliana GGATATCGAAACTCAAACTGTAACAGTCCTTTTATTACTGGTTTAGA AGATAGATAAATATTGTTAAGGTAGTGGATCTCGACAGGGTTGATAT GAGAACACACGAGCAATCAACGGCTATAACGACGCTACGTCATTGT TACAGCTCTCGTTTCATGTGTTCTCAGGTCACCCCTGCTGAGCTCTTT CTCTACCGTCCATGTTTTATCAACGCCGTGGCCCGTG SEQ ID NO:273 AtmiPEP399b Arabidopsis thaliana TCTTATAGAGATGAAGAGAAACATGTAAACTCACTAGTTTTAGGGCG CCTCTCCATTGGCAGGTCCTTTACTTCCAAATATACACATACATATAT GAATATCGAAAATTTCCGATGATCGATTTATAAATGACCTGCCAAAG GAGAGTTGCCCTGAAACTGGTTC SEQ ID NO:274 AtmiPEP399d1 Arabidopsis thaliana CAATAACTCAAAATGCAATGTGAAATATGAAGAATATATTAAATAG TAGTGAAGATGCATGTTTATGAAGACAGAGAGATAATGTATGGTTG SEQ II) NO:275 GATTACTGGGCGAATACTCCTATGGCAGATCGCATTGGCTAGATATG CAAGTAAAATGCTTCTCTGCCAAAGGAGATTTGCCCCGCAATTCATC C AtmiPEP403 Arabidopsis thaliana ATTTAGGTCTCTCTTCTTCTTCTTCTTTTTCTTCTTGAGCGCCGGCGAA AAAAGTCTCTGTGAGAAAA_A.GATACGACGATTGTCATTAGAAGAGT CGTATTACATGTTTTGTGCTTGAATCTAATTCAACAGGCTTTATGTAA GAGATTCTTTAACAATTCCTATAATCTTTGTTGTTGGATTAGATTCAC GCACAAACTCGTAATCTGTCTTTTCGATTTTTACCAGATCTGTC SEQ ID NO:276 AtmiPEP447a1 AtmiPEP447a2 Arabidopsis thaliana AATTATATCCATGGTCATGGCTCATCATTAGTCGCACTGCTCTCCTTT TCTCAAAGTTTAAATTCGACATTTQGTAAAATGATGAAACCTCGATG GAACTGCTCTCTTTATGGAATCACGGAATGGACAAATAATCAAAATC AGAAATCGAAGCGAAAAGGGAGGAGAAAAACGCAGATTTGGAGGA TTGGGGACAGATTAGATACTGTTGAATGCATCACTCTAATGCTATCA GCCTATTAATAGCGTCCTATATTTTCGAAGACTTTTAATGTTTAGGGT TATGGATTTTTCGAGCGAAGCATGGAGAGATGTTGAATTGGATACTA TAGGATTTGGTACAACACATACATATGTTCTGCTTCTGCAAAACTAA CATATCAAGTTCAGAGAAACCAGTAAGTCGTTGAATATTTTATTATC CATTCAACGCTTTCTTCTTTTGGATCATGTCTTGTTTGCTTGACCACTT CTTCTTGCTTAAGAGGATGGACAATATATAAAAACTGGAGCCTTCTT TTTCTATGAATGCTTATCATCGCGGAGTTGATCTGTTCAATTCACCTG CCATTGGATGCTTTTTTTATATATACTTCACTGTTCAATTTCAGATGC TTTAGAAGGTTTGCGGAGTAGCTAGAGAATCTGGTATCTTCAGTTCT TCAATTTCAGCTACTTGGTATCAGCTTCGTCATTGTATATCAACACAT TCTTAATATATAATACTACTTTTTCATCCATTAAACCCCTTACAATGT CGAGTAAACGAAGCATCTGTCCCCTGGTATTGTCTTCGAGCTTGGTG TTTTTTTCTAGCCAACTCCAAGTTCTCGAGTTGATCATTGTTTGTATT CTTGAGACATTATTTGGGGACGAGATGTTTTGTTGACTCGATATAAG AAGGGGCTTTATGGAAGAAATTGTAGTATTATATATCGAGAGTG SEQ ID NO:277 AtmiPEP447b1 AtmiPEP447b2 Arabidopsis thaliana CTATAAATGCTGCTTATCATCGTGGAGTTGGTTCTGTAAACATTTGA AAATTCTGAACAGTTTCACCTGCCATTGGATGCTTTGTTTCAATTTCA GGTGCGTTAGAAGGTTTGCAGAGTAGCTAGAGAATCTCGTATCTTCA CTTTCTGCTACTTGGTATCAGCTTCGTCACTTTATATCAACACATTCT TAATATACAATACTACTTTTTCATCCATTAATCCCCTTACAATGTCGA GTAAACGAAGCATCTGTCCCCTGGTATTGTCTTCGAGCTTGGTGTGTT SEQ ID NO:278 TTTCTAGCCAGCCCCAAGTTCTCGAGTTGATCATTGTTTGTATTCTGA CACATTATTTGGGGACGAGATGTTTTGTTGACTCGATATAAGAAGGG GCTTTATGGAAGAAATTGTAGTATTATATATTGAGAATG AtmiPEP447c Arabidopsis thaliana TAGTATAACCGCTGATGTACACCTACCAGCTTGATAACTCTTTTTCGT SEQ ID NO:279 GGTTTCTGTGTACTCGTTTCTGTTTGTACAGATACTTCTTGTTCAATTT CAGATGCTTTAGAAGGTTTTCGGAGTGGCTAGAGATCTGTTATCTGT ATGAACAGCTACTTGGTATCAGCTTCGTCATTTTATCAACACATTCTT AATATACAATACTTCTTTTTCATGCATTAAGCCCCTTACAATGTCGAG TAAACAAAGCATGTGTCCGCTAATATTGTCTTCGAGCTTGGTATTTTT GTATTCTGATACGGTATTTGGGGACGACATCTTTTGTTGACTCGATAT AAGAAGGGGGTTTGTGGAAGAAATTGTAGTATTATATATCAAGAAT G DmmiPEP la Drosophila melanogaster TTTGTGGAACACATTCGACCCACTGAAAAATTGATATAATTTAATGA SEQ ID NO:280 DmmiPEP 1 b AAGTGCATAAAAATGGTGGACAGTGCATTAAACTGAGCATTGAACA CAAAGGCCGCTCAGCAAATTGCTAATTAAAATTCACGATTGCCATTT CACCTGACACGTTGACGATTTTCATTACAATTCGATTATGTTTCGTTG CAGGGAATTTTAAATGTTAATTGCCA,AGAATGTTTCAACAAATTCAT TTCTCATTAATGTGTCTTTTCATTTAÀ-TTTTATGTTGTATGAGCTGCAC GAGAAATGAGTTGTACTTTTAGTTCGACGGCAGAGTCATGAATGTTC GGCAAAGAATGTAATAATAACTATCCTCTTTAGACAAATATAGATAC AAATCTATCAGATTCTAAAAGTAGAATAATCAATTAATCAGAAAGCT AAAAATAAATAGGCATATTTATATTTTAATGCGGATTTTTGAAGTTC AACGGGAGAAATGAATCCTTTTTACCAGCCACAGGCGCAATTTGCAA CAGAAAGTGTAGCAGAAGTACTCCTCGAATATTTCCCTGCTCCAGGA GTCATCCATGTGGTTTCGAGGCACACATTTGACAAACTCATGCCCCG CTATTTGTTGTAAAAACACAATCGCACACATGGCCGCATTTCGGCGA CTTCCAGAGAGCGGTACACTTAAGGCGGCCTGGGAAACGCCTGCAA TCTGCTGGTCGCGAACTGCAGATTGCATCCATGTGCCAGGCGACCAT GCGACCATGTGACCATGTGCCCGCCCGACGCCTCGCAGCCCACATCC TGCCCATCGAGGGCACAACTCAGCGTGGGTATTGCCGCTCCGGCTGC TTCAAGTAGGTAAAAACCGAGAAGATTGAGGATGAATGTATGAGTA TGAGAAAATACTCGGCGGAACATATGCTGCCGGGCTTGACCTGACCC TGCCTCATGTGTGGGTCTCCGATTTAATTTTAGGCACCTATATAAACG CGTGTTTACACTGCAGCCAGAACACAGTCGCCGTCTTCAGTTCGCGC CGTCAACTCCTCGATCGATCGATCGCATCGTCTCGGATCGAATAGAG CTGGGCTTCTGCTCCGGAGCTACATCGCCGTACTTGTCGGACGAGTG TGGTGATGAAAAGTCGCTTAGTCCGGGATTCCTGCCAGATCTCTAAG GGATGAGCTGGCATCCCAGGCTGGCCATGTGGCGCGAAGTATGCGC ACAAAAAAGTCAAACAAAAAGGCGCAATTTTATTACGGGCAACCAA CGACGAAACAAA_A.CAAAAGCCAACCGAAAAGCAGAAACAAAGCAG CAAAAAGTTTATGAATTTTTTGTGCAGGCGCGTGAAAGATGCAAAAC GAGAAAAAAACATGAAAAAAAAACATTAAAAAAAACAAAAAAAAT CCAAAACAGATACCGAGCTGTATCCGAAAACGAGTGGGGAAAGGGG TTTCCCAGTCACATATAAACACACTTCAGTGCGCTTAAAAATTGCTTT ATTGCAGTTGGACTATAAAAACGCACGGCAGCGAACACCGCACAAC AAAAAGGACGAGCAGAAGTGGGCAAATAAAACGAAAGCTCTTAAA CGAAAAACAGGAAAATTTGCATGCCACAAAAATAAGCATAAGGATT TGCCGCGCACAAAGTAGAAGCAAAAAGGAATTGCCCAAATGCAGCC ACAAAAGACTGTGGCAAATGTTTTGCAGCTTGCCCCTTTTTCCCTGC AATTACCGTCAGTCGTTGTCATTATTCAGCAGATTATATGGTTTTGCT TATTCCGGACCACCATCATCATCATCATTATCATCATCTTCGGTAAGT TAGACAATCCCATAAAAAACTGTCCAAGTGAGTAGTGCCACCAAAA GTTAGCCGCGTTGTGGAAAATCCAAAACAAAGACCATCCCATATTCA GCCTTTGAGAGTTCCATGCTTCCTTGCATTCAATAGTTATATTCAAGC ATATGGAATGTAAAGAAGTATGGAGCGAAATCTGGCGAGACATCGG AGTTGAAACTAAAACTGAAATTTGATTGAAACAGAAGTAGAACCGT AATGAAATGAATGAAATATTAACCCGTTTCTACAATCCCTGAATAAA ATTATTAATTAATTATAGAGCGGGCTAATTTTACAATATATATTGATT TTTTTTTGAAG DmmiPEP 8 Drosophila melanogaster ATTCTTTTTTGGTGCTCGATCGTGACGGTTTGCTCGCGCTCTCCGCTG SEQ ID NO:281 CGCCGCTCTTTCCGTTGCATATGTGTGCGGGCGTTATTGTGCATGTTT CCGGTGGCCGAAA.AAAAATAGTAAAATAAAATATAGAAAACAGAA ACCAAGAATAATAACAGCCATACGATAAACAGTGTGCCAATGTGTG TGTCTGTGTGTGTGTGCATCTCGCGTAACAACAATAATTGCATTTATC GGATGGCGCCAGCTTCAATTTAATTATAAATAACATGTTCAACTTTTT ATACTA=CCCTGCGTCAAAGTGGGCGTTGCAACTGCCCCCGGAA AATCACGCGCCCCGGTTCAAAGTTAAAGTTTGCTGGGTAACGCACAC ACACACACACACAATCACTCACACGCGGTCACACGCACATTTCAATA AACTAATG1GAGCCTGGCTTTGTTTTTGTTTTATTTCCAACCCACTTGA GCACACAGCACACACAGAGAGAAAAATCAATACTCGTTATGGGATT AAATTTACAAAGCGCAAAGCAAAGCGACAAACAAAATTCAAAAGAA AGAAAAAAAAACACTCAAATAAA.CTCACAAA.GAATTCCTTATCGCC AAGGGGGCCAATGTTCTAAGGTTCTTTCGCCTTGA1GAACTTTGAGCT TCCTCTGGCAAAGGAGATTATAATGTACAAATAATGTTGCAATAACC AGTTGAAACCAATGGAATACCGAATCTTGCTAATTAGCAAGGACATC TGTTCACATCTTACCGGGCAGCATTAGATCCTTTTTATAACTCTAATA CTGTCAGGTAAAGATGTCGTCCGTGTCCTTAACCTTCAGTACCACCA ACAGCAGCAGCAGCACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAATGCGTAAAA ATCCAAACAAATCATAAAAGTCGAAGGA HsmiPEP155 Homo sapiens GCCGAGCCCGGGCCCAGCGCCGCCTGCAGCCTCGGGAAGGGAGCGG SEQ ID NO:357 ATAGCGGAGCCCCGAGCCGCCCGCAGAGCAAGCGCGGGGAACCAAG GAGACGCTCCTGGCACTGCAGATAACTTGTCTGCATTTCAAGAACAA CCTACCAGAGACCTTACCTGTCACCTTGGCTCTCCCACCCAATGGAG ATGGCTCTAATGGTGGCACAAACCAGGAAGGGGAAATCTGTGGTTT AAATTCTTTATGCCTCATCCTCTGAGTGCTGAAGGCTTGCTGTAGGCT GTATGCTGTTAATGCTAATCGTGATAGGGGTTTTTGCCTCCAACTGA CTCCTACATATTAGCATTAACAGTGTATGATGCCTGTTACTAGCATTC ACATGGAACAAATTGCTGCCGTGGGAGGATGACAAAGAAGCATGAG TCACCCTGCTGGATAAACTTAGACTTCAGGCTTTATCATTTTTCAATC TGTTAATCATAATCTGGTCACTGGGATGTTCAACCTTAAACTAAGTTT TGAAAGTAAGGTTATTTAAAAGATTTATCAGTAGTATCCTAAATGCA AACATTTTCATTTAAATGTCAAGCCCATGTTTGTTTTTATCATTAACA GAAAATATATTCATGTCATTCTTAATTGCAGGTTTTGGCTTGTTCATT ATAATGTTCATAAACACCTTTGATTCAACTGTTAGAAATGTGGGCTA AACACAAATTTCTATAATATTTTTGTAGTTAAAAATTAGAAGGACTA CTAACCTCCAGTTATATCATGGATTGTCTGGCAACGTTTTTTAAAAG ATTTAGAAACTGGTACTTTCCCCCAGGTAACGATTTTCTGTTCAGGC AACTTCAGTTTAAAATTAATACTTTTATTTGACTCTTAAAGGGAAACT GAAAGGCTATGAAGCTGAATTTTTTTAATGAAATATTTTTAACAGTT AGCAGGGTAAATAACATCTGACAGCTAATGAGATATTTTTTCCATAC AAGATAAAAAGATTTAATCAAAAAATTTCATATTTGAAATGAAGTCC CAAATCTAGGTTCAAGTTCAATAGCTTAGCCACATAATACGGTTGTG CGAGCAGAGAATCTACCTTTCCACTTCTAAGCCTGTTTCTTCCTCCAT ATGGGGATAATACTTTACAAGGTTGTTGTGAGGCTTAGATGAGATAG AGAATTATTCCATAAGATAATCAAGTGCTACATTAATGTTATAGTTA GATTAATCCAAGAACTAGTCACCCTACTTTATTAGAGAAGAGAAAA GCTAATGATTTGATTTGCAGAATATTTAAGGTTTGGATTTCTATGCAG TTTTTCTAAATAACCATCACTTACAAATATGTAACCAAACGTAATTG TTAGTATATTTAATGTAAACTTGTTTTAACAACTCTTCTCAACATTTT GTCCAGGTTATTCACTGTAACCAAATAAATCTCATGAGTCTTTAGTT GATTTAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA Table 3. Liste des transcrits primaires (pri-miRs) miPEP Organisme Séquence du miR SEQ ID AtmiPEP156a1 AtmiPEP156a2 AtmiPEP156a3 Arabidopsis thaliana ugacagaagagagugagcac SEQ ID NO:282 AtmiPEP156c1 AtmiPEP156c2 Arabidopsis thaliana ugacagaagagagugagcac SEQ ID NO:283 AtmiPEP156e1 Arabidopsis thaliana ugacagaagagagugagcac SEQ ID NO:284 AtmiPEP156fl Arabidopsis thaliana ugacagaagagagugagcac SEQ ID NO:285 A1miPEP159a Arabidopsis lyrata uuuggauugaagggagcucua SEQ ID NO:286 AtmiPEP159a1 Arabidopsis thaliana uuuggauugaagggagcucua SEQ ID NO:287 CrmiPEP159a Capsella rubella uuuggauugaagggagcucua SEQ ID NO:288 AtmiPEPl59bl AtmiPEP159b2 Arabidopsis thaliana uuuggauugaagggagcucuu SEQ ID NO:289 AtmiPEP160a1 Arabidopsis thaliana ugccuggcucccuguaugcca SEQ ID NO:290 AtmiPEP160b1 AtmiPEP160b2 Arabidopsis thaliana ugccuggcucccuguaugcca SEQ ID NO:291 AtmiPEP 161 Arabidopsis thaliana ucaaugcauugaaagugacua SEQ ID NO:292 AtmiPEP162a1 Arabidopsis thaliana ucgauaaaccucugcauccag SEQ ID NO:293 AtmiPEP162b1 Arabidopsis thaliana ucgauaaaccucugcauccag SEQ ID NO:294 AtmiPEP163-1 AtmiPEP163-2 Arabidopsis thaliana uugaagaggacuuggaacuucgau SEQ ID NO:295 A1miPEP164a1 Arabidopsis lyrata uggagaagcagggcacgugca SEQ ID NO:296 AlmiPEP164a2 AlmiPEP164a3 AtmiPEP164a1 Arabidopsis thaliana uggagaagcagggcacgugca SEQ ID NO:297 AtmiPEP164a2 AtmiPEPI64a3 BrmiPEP164a1 BrmiPEP164a2 BrmiPEP164a3 Brassica rapa uggagaagcagggcacgugca SEQ ID NO:298 CpmiPEP164a1 CpmiPEP164a2 Carica papaya uggagaagcagggcacgugca SEQ ID NO:299 CrmiPEPl64al CrmiPEP164a2 CrmiPEP164a3 Capsella rubella uggagaagcagggcacgugca SEQ ID NO:300 GrmiPEP164a1 GrmiPEP164a2 GrmiPEP164a3 Gossypium raimondii uggagaagcagggcacgugca SEQ ID NO:301 MtmiPEP164a1 MtmiPEP164a2 Medicago truncatula uggagaagcagggcacgugca SEQ ID NO:302 OsmiPEPl64al OsmiPEP164a2 Oryza sativa uggagaagcaggguacgugca SEQ ID NO:303 A1miPEP165a Arabidopsis lyrata ucggaccaggcuucauccccc SEQ ID NO:304 AtmiPEP 165a Arabidopsis thaliana ucggaccaggcuucauccccc SEQ ID NO:305 BcmiPEP165a Brassica carinata ucggaccaggcuucauccccc SEQ ID NO:306 BjmiPEPl65a Brassica juncea ucggaccaggcuucauccccc SEQ ID NO:307 BnmiPEP165a Brassica napus ucggaccaggcuucauccccc SEQ ID NO:308 BomiPEPl65a Brassica oleracea ucggaccaggcuucauccccc SEQ ID NO:309 BrmiPEPl65a Brassica rapa ucggaccaggcuucauccccc SEQ ID NO:310 AtmiPEP166a Arabidopsis thaliana ucggaccaggcuucauucccc SEQ ID NO:311 AtmiPEPl66b Arabidopsis thaliana ucggaccaggcuucauucccc SEQ ID NO:3 12 AtmiPEP167a Arabidopsis thaliana ugaagcugccagcaugaucua SEQ ID NO:313 AtmiPEP167b1 AtmiPEP167b2 Arabidopsis thaliana ugaagcugccagcaugaucua SEQ ID NO:314 AtmiPEP169c1 AtmiPEP169c2 Arabidopsis thaliana cagccaaggaugacuugccgg SEQ ID NO:315 AtmiPEP16911 Arabidopsis thaliana uagccaaggaugacuugccug SEQ ID NO:316 AtmiPEP171a 1 Arabidopsis thaliana ugauugagccgcgccaauauc SEQ ID NO:317 AtmiPEP171b Arabidopsis thaliana uugagccgugccaauaucacg SEQ ID NO:318 MtmiPEP171b1 MtmiPEP171b2 Medicago truncatula ugauugagccgcgucaauauc SEQ ID NO:319 ZmmiPEP171b Zea mays ggauugagccgcgucaauauc SEQ ID NO:320 AtmiPEP171 cl Arabidopsis thaliana uugagccgugccaauaucacg SEQ ID NO:321 MtmiPEP171e Medicago truncatula agauugagccgcgccaauauc SEQ ID NO:322 MtmiPEP171h Medicago truncatula cgagccgaaucaauaucacuc SEQ ID NO:323 AtmiPEP172a1 AtmiPEP172a3 Arabidopsis thaliana agaaucuugaugaugcugcau SEQ ID NO:324 AtmiPEP172b1 Arabidopsis thaliana gcagcaccauuaagauucac SEQ ID NO:325 AtmiPEP172c1 Arabidopsis thaliana agaaucuugaugaugcugcag SEQ ID NO:326 AtmiPEP172e1 AtmiPEP172e2 AtmiPEP172e3 Arabidopsis thaliana ggaaucuugaugaugcugcau SEQ ID NO:327 AcmiPEP319a1 AcmiPEP319a2 Arabidopsis cebennensis uuggacugaagggagcucccu SEQ ID NO:328 AhmiPEP319a Arabidopsis halleri uuggacugaagggagcucccu SEQ ID NO:329 A1miPEP319a Arabidospis lyrata uuggacugaagggagcucccu SEQ ID NO:330 AtmiPEP319a1 AtmiPEP319a2 Arabidopsis thaliana uuggacugaagggagcucccu SEQ ID NO:331 BrmiPEP319a Brassica capa uuggacugaagggagcucccu SEQ ID NO:332 CpmiPEP319a Carica papaya uuggacugaagggagcuccuu SEQ ID NO:333 CrmiPEP319a Capsella rubella uuggacugaagggagcucc SEQ ID NO:334 EgmiPEP319a Eucalyptus grandis uuggacugaagggagcucccu SEQ ID NO:335 GrmiPEP319a Gossypium raimondii uuggacugaagggagcucccu SEQ ID NO:336 MtmiPEP319a Medicago truncatula uuggacugaagggagucucccu SEQ ID NO:337 0 smiPEP319a Oryza sativa uuggacugaagggugcucccu SEQ ID NO:338 PpmiPEP319a Physcomitrella patens cuuggacugaagggagcucc SEQ ID NO:339 ThmiPEP319a1 ThmiPEP319a2 Thellungiella halophila uggacucaaggaagcucucu SEQ ID NO:340 AtmiPEP319b 1 Arabidopsis thaliana uuggacugaagggagcucccu SEQ ID NO:341 AtmiPEP394a1 Arabidopsis thaliana uuggcauucuguccaccucc SEQ ID NO:342 AtmiPEP395c1 Arabidopsis thaliana cugaaguguuuggggggacuc SEQ ID NO:343 AtmiPEP395e 1 Arabidopsis thaliana cugaaguguuugggggaacuc SEQ ID NO:344 AtmiPEP397b1 Arabidopsis thaliana ucauugagugcaucguugaug SEQ ID NO:345 AtmiPEP398c1 Arabidopsis thaliana uguguucucaggucaccccug SEQ ID NO:346 AtmiPEP399b Arabidopsis thaliana ugccaaaggagaguugcccug SEQ ID NO:347 AtmiPEP399d1 Arabidopsis thaliana ugccaaaggagauuugccccg SEQ ID NO:348 A miPEP403 Arabidopsis thaliana uuagauucacgcacaaacucg SEQ ID NO:349 A miPEP447a1 Arabidopsis thaliana uuggggacgagauguuuuguug SEQ ID NO:350 AtmiPEP447a2 Arabidopsis thaliana uuggggacgagauguuuuguug AtmiPEP447b1 Arabidopsis thaliana uuggggacgagauguuuuguug SEQ ID NO:351 AtmiPEP447b2 Arabidopsis thaliana uuggggacgagauguuuuguug AtmiPEP447c Arabidopsis thaliana ccccuuacaaugucgaguaaa SEQ ID NO:352 DmmiPEPla DmmiPEP 1 b Drosophila melanogaster uggaauguaaagaaguauggag SEQ ID NO:353 DmmiPEP8 Drosophila melanogaster uaauacugucagguaaagauguc SEQ ID NO:354 HsmiPEP155 Homo sapiens uuaaugcuaaucgugauaggggu SEQ ID NO:358 Table 4. Liste des mieroARNs (miRs) Pre-miR Organisme Séquence du Pre-miR SEQ ID Pre-miRl69 Medicago truncatula TTAGGGTTTTCAGCTCATGGTAATAAAAATGTCATCTAATGTCTTGCATGT GGGAATGAGGTCATATATGCAGCCAAGGATGACTTGCCGGCGAGCCTCTT TCGATACTTTTATGACATAATTAATCATGTGGATAGCCAAGGTACTAAACT CACTTTGCACTAAAACAAATATTTTTGCTTTAGTGCAAACTTAGTTTAGGC GCTTCGCAACGGCTAGTCAAATGTCCTAGTTCCAATGTGATTGGTTGTCCG GCAAGTCGTCTCTGGCTACGTAAAGGCCTCCTTTTTTCATGCTAGATTTTTG ATGATTTGATATAGCCACACATATTTTGGAA SEQ ID NO:359 Pre-miRl69a Medicago truncatula AAGAGGCAGAGAGAGTAATGCAGCCAAGGATGACTTGCCGACAACATTG GCGAATGTTCATGTGATTTCTGCCTCATTGTGCCGGCAAGTTGTCCTTGGCT ATGTTAGTCTCTCATCTTCT SEQ ID NO:360 Pre-miR171a MI Medicago truncatula TGAATTCCCCTCCGCTTTTTGATGTTGGCTTGTCTCAATCAAATCAAAGTTC TTGAAATTTGAGTTCTTTAGTCTGATTGAGTCGTGCCAATATCATATTAAG CGATAAAAGTC SEQ ID NO:361 0001753 Pre-miR171h Medicago truncatula CCACAAAACTATAACTAGCTAGAAGCTTTAATCGCCTTATTTATTATAATA ATAATAATAAATATGGCTTCAGCTGCAAAAGTATACATGGCGTGATATTG ATCCGGCTCATCTATATCTTCAAGTTCAATCATCCATATTCATATCAATTTC AGACGAGCCGAATCAATATCACTCTTGTTTGCTTCATTGCATATTAATTAT ATACTTCATTTATAAGTTATAGTTTGCCATATATATATTAGATTGATTCTGC AGAAGTAGACAGGAGTGGTGTTGTTTCTGCTCATCTTATTAAATAATGAAT GAATGAATGACATTTGCTTACTTATAAGACGAGCCGAATCAATATCACTCC AGTACACCT SEQ ID NO:362 Pre-miR393 a Medicago truncatula AACTGCAACTTGAGGAGGCATCCAAAGGGATCGCATTGATCCTATAATAT TTCAACTTTAGTCACTTTAATTTTCTCTCATATAATACTTAATTGGGATCAT GCCATCCCTTTGGATTTCTCCTTTAGTAGCTAC SEQ ID NO:363 Pre-miR393b Medicago truncatula AGGCATCCAAAGGGATCGCATTGATCCCAAATCTAATTAAGTCCCTAGCTA CTTAATTAACAACTTAATTTCCTTAATATCTCATAATATTTGGGATCATGCT ATCCCTTTGGATTCAT SEQ ID NO:364 Pre-miR396a Medicago truncatula TGCTTTTCCACAGCTITCTTGAACTTCTTTCGTATCTTAAATCTGTTTTCAA GATTAAAAGTCCTAGAAGCTCAAGAAAGCTGTGGGAGAATA SEQ ID NO:365 Pre-miR396b Medicago truncatula TATTCTTCCACAGCTTTCTTGAACTGCATCCAAATTGAGTTCCTTTGCATTQ CCATGGCCATTGTTTTGCGGTTCAATAAAGCTGTGGGAAGATA SEQ ID NO:366 Table 5. Liste des Pre-miRs témoins miR Organisme Séquence du miR SEQ ID miRl69 Medicago truncatula CAGCCAAGGAUGACUUGCCGG SEQ ID NO:367 miRl69a Medicago truncatula CAGCCAAGGAUGACUUGCCGA SEQ ID NO:368 miR171a Medicago truncatula UGAUUGAGUCGUGCCAAUAUC SEQ ID NO:369 miRl7lh Medicago truncatula GAGCCGAAUCAAUAUCACUC SEQ ID NO:370 miR393a Medicago truncatula UC CAAAG G GAU C G CAUUGAUC SEQ ID NO:371 miR393b Medicago truncatula uC CAAAGGGAU C G CAUU GAUC SEQ ID NO:372 miR396a Medicago truncatula uUCCACAGCUUUCUUGAACUU SEQ ID NO:373 miR396b Medicago truncatula UUCCACAGCUUUCUUGAACUG SEQ ID NO:374 Table 6. Liste des miRs témoins Les figures et les exemples suivants illustreront mieux l'invention, sans pour autant en limiter sa portée.
LEGENDES DES FIGURES FIGURE 1. Effets de la surexpression du MtmiR171b (miR171b identifié chez Medicago truncatula) sur l'expression des gènes HAM1 et HAM2 (A) ou sur le nombre de racines latérales (B) chez M. truncatula. (A) L'axe des ordonnées indique l'expression relative du MtmiR171b (colonnes de gauche), de HAM1 (colonnes du milieu) ou de HAM2 (colonnes de droite) chez une plante témoin (colonnes blanches) ou chez une plante dans laquelle est surexprimé MtmiRl7lb (colonnes noires). La barre d'erreur correspond à l'erreur standard à la moyenne (nombre d'individus = 12). La surexpression de MtmiR171b induit une diminution de l'expression des gènes HAM1 et HAM2. (B) L'axe des ordonnées indique le nombre moyen de racines latérales observées chez une plante témoin (colonne blanche) ou chez une plante dans laquelle est surexprimé MtmiRl7lb (colonne noire). La barre d'erreur correspond à l'erreur standard à la moyenne (nombre d'individus = 100). La surexpression de MtmiR171b entraîne une réduction du nombre de racines latérales. FIGURE 2. Effets de la surexpression du MtmiPEP171b1 sur l'expression du MtmiR171b et des gènes HAM1 et HAM2 (A) ou sur le nombre racines latérales (B) chez M. truncatula. (A) L'axe des ordonnées indique l'expression relative du MtmiPEP171b1 (graphique de gauche), du miR171b (graphique de droite, colonnes de gauche), de HAM1 (accession n°MtGI9- TC114268) (graphique de droite, colonnes du milieu) ou de HAM2 (accession n° MtGI9- TC120850) (graphique de droite, colonnes de droite) chez une plante témoin (colonnes blanches) ou chez une plante dans laquelle est surexprimé MtmiPEP171b1 (colonnes noires). La barre d'erreur correspond à l'erreur standard à la moyenne (nombre d'individus = 12). La surexpression de MtmiPEP171b1 induit une augmentation de l'accumulation de MtmiR171b, ainsi qu'une diminution de l'expression des gènes HAM1 et HAM2. (B) L'axe des ordonnées indique le nombre moyen de racines latérales observées chez une plante témoin (colonne blanche) ou chez une plante dans laquelle est surexprimé MtmiPEP171b1 (colonne noire). La barre d'erreur correspond à l'erreur standard à la moyenne (nombre d'individus = 100). La surexpression de MtmiPEP171b1 entraîne une réduction du nombre de racines latérales. FIGURE 3. Effets du MtmiPEP171b1 sur l'expression du MtmiR171b et des gènes HAM1 et HAM2 (A) et sur le nombre racines latérales (B) chez M. truncatula. (A) L'axe des ordonnées indique l'expression relative du MtmiR171b (colonnes de gauche), de HAM1 (colonnes du milieu) ou de HAM2 (colonnes de droite) chez une plante témoin (colonnes blanches) ou chez une plante traitée par arrosage pendant 5 jours et 1 fois par jour avec le MtmiPEP171b1 à 0,01 itM (colonnes gris clair), 0,1 p,M (colonnes gris foncé) ou 1µM (colonnes noires). La barre d'erreur correspond à l'erreur standard à la moyenne (nombre d'individus = 12). L'application du MtmiPEP171b1 à différentes concentrations induit une augmentation de l'accumulation de MtmiR171b, ainsi qu'une diminution de l'expression des gènes HAM1 et HAM2. (B) L'axe des ordonnées indique le nombre moyen de racines latérales observées chez une plante témoin (colonne blanche) ou chez une plante traitée par arrosage avec le MtmiPEP171b1 à 0,1 pi,M pendant 5 jours et 1 fois par jour (colonne noire). La barre d'erreur correspond à l'erreur standard à la moyenne (nombre d'individus = 100). L'application du MtmiPEP171b1 à 0,1 p,M entraîne une réduction du nombre de racines latérales. FIGURE 4. Effets du MtmiPEP171b1 sur l'expression du pre-MtmiR171b (A) et du 25 MtmiR171b (B) chez M. truncatula. L'axe des ordonnées indique l'expression relative des précurseurs des différentes formes du microARN chez des plantes contrôles (colonne de gauche) ou chez des plantes traitées par arrosage pendant 5 jours et 1 fois par jour avec le MtmiPEP171b1 à 0,01 kuM, 0,1 i_tM ou 1 p,M (colonnes de droite). La barre d'erreur correspond à l'erreur standard à la 30 moyenne (nombre d'individus = 200). L'application du MtmiPEP171b1 à différentes concentrations entraîne une augmentation de l'accumulation du pre-MtmiR171b (A) et du MtmiR171b (B).
FIGURE 5. Effets de la surexpression du MtmiPEP171b1 (A) et effets du MtmiPEP171b1 (B) sur l'expression de différents précurseurs de microARNs chez M. truncatula. L'axe des ordonnées indique le ratio de l'expression des précurseurs de microARNs dans des plantes surexprimant le MtmiPEP171b1 sur l'expression de ces mêmes précurseurs dans des racines contrôle (A), ou le ratio de l'expression des précurseurs de microARNs dans des plantes traitées avec le MtmiPEP171b1 (0,1 p,M) sur l'expression de ces mêmes précurseurs dans des racines contrôle (B). Les différents précurseurs de microARNs testés sont indiqués de gauche à droite sur l'axe des abscisses, à savoir pre-MtmiR171b (SEQ ID NO : 246), pre-MtmiRl69 (SEQ ID NO : 359), pre-MtmiR169a (SEQ ID NO : 360), preMtmiR171a (SEQ ID NO : 361), pre-MtmiR171h (SEQ ID NO : 362), pre-MtmiR393a (SEQ ID NO : 363), pre-MtmiR393b (SEQ ID NO : 364), pre-MtmiR396a (SEQ ID NO : 365) et pre-MtmiR396b (SEQ ID NO : 366). La barre d'erreur correspond à l'erreur standard à la moyenne (nombre d'individus = 12). On constate que le MtmiPEP171b1 n'entraîne un effet que sur l'accumulation du MtmiR171b et pas sur les autres miRs. FIGURE 6. Effets de la traduction du MtmiPEP171b1 sur l'expression du MtmiRl7lb mis en évidence chez la plante modèle Nicotiana benthamiana. L'axe des ordonnées indique l'expression relative du MtmiRl7lb chez des plantes de tabac transformées pour exprimer le MtmiR171b (colonne blanche) ou un MtmiR171b muté dans lequel le codon ATG a été remplacé par ATT (colonne noire). Le MtmiR171b muté est donc incapable de produire le MtmiPEP171b1. La barre d'erreur correspond à l'erreur standard à la moyenne (nombre d'individus = 6). On constate que l'absence de la traduction du MtmiPEP171b1 entraîne une forte diminution de l'accumulation du miRl7lb. FIGURE 7. Effets de la surexpression du MtmiPEP171b1 sur l'expression du preMtmiRr/lb mis en évidence chez la plante modèle Nicotiana benthamiana. L'axe des ordonnées indique l'expression relative du pre-MtmiR171b chez des plantes de tabac qui ont été transformées pour exprimer le MtmiR171b (colonne de gauche), le MtmiR171b et le MtmiPEP171b1 (colonne du centre), ou le MtmiRl7lb et une version mutée du MtmiORF171b dans laquelle le codon d'initiation ATG a été remplacé ATT (colonne de droite). La barre d'erreur correspond à l'erreur standard à la moyenne (nombre d'individus = 35). On constate que l'expression du MtmiPEP171b1 augmente l'expression du MtmiR171b, et cet effet est dépendant de la traduction du MtmiORF171b en MtmiPEP171b1.
FIGURE 8. Effets du MtmiPEP171b1 sur l'expression du pre-MtmiR171b mis en évidence chez la plante modèle Nicotiana benthamiana. L'axe des ordonnées indique l'expression relative du MtmiR171b chez des plantes de tabac transformées pour exprimer le MtmiR171b sur lesquelles le MtrniPEP171b1 a été pulvérisé (0,1 ptM) 2 fois, 12h puis 30min avant prélèvement (colonne de droite) ou non (colonne de gauche). La barre d'erreur correspond à l'erreur standard à la moyenne (nombre d'individus = 6). Le peptide MtmiPEP171b1 utilisé par pulvérisation induit une augmentation de l'accumulation du MtmiR171b. FIGURE 9. Effets du MtmiPEP171b1 sur l'expression du pri-miR171b (A), du pre15 MtmiR171b (B) et du MtmiR171b (C) mis en évidence chez la plante modèle Nicotiana benthamiana. L'axe des ordonnées indique l'expression relative des précurseurs des différentes formes du microARN chez des plantes de tabac modifiées pour exprimer le MtmiR171b (colonne de gauche) ou modifiées pour exprimer le MtmiR171b et surexprimer le MtmiPEP171b1 20 (colonnes de droite, fig. 9A) ou traitées par 0.11.1M de miPEP171b1 (Fig. 9B et C). La barre d'erreur correspond à l'erreur standard à la moyenne (nombre d'individus = 6). La surexpression du MtmiPEP171b1 ou l'application du miPEP171b1 augmente l'accumulation du pri-MtmiR171b (A), du pre-MtmiR171b (B) et du MtmiR171b (C). 25 FIGURE 10. Localisation du MtmiPEP171b1 dans les cellules de feuilles de tabac qui ont été modifiées pour exprimer le MtmiPEP171b1. Les photographies représentent des cellules de feuilles de tabac modifiées pour exprimer la protéine GFP seule (cadre de gauche) ou la protéine GFP fusionnée au MtmiPEP171b1 (cadre de droite). Ces observations indiquent que le MtmiPEP171b1 est localisé dans des 30 petits corps nucléaires. FIGURE 11. Effets de l'expression du AtmiPEP165a (identifié chez Arabidopsis thaliana) sur l'expression du AtmiR165a (A) et de l'expression du AtmiPEP319a2 (identifié chez Arabidopsis thaliana) sur le AtmiR319a (B), mis en évidence chez la plante modèle du tabac. (A) L'axe des ordonnées indique l'expression relative du AtmiR165a chez des plantes de tabac modifiées pour exprimer le AtmiR165a (colonne de gauche) ou pour exprimer le 5 AtmiR165a et le AtmiPEP165a (colonne de droite). (B) L'axe des ordonnées indique l'expression relative du AtmiR319a chez des plantes de tabac modifiées pour exprimer le AtmiR319a (colonne de gauche) ou pour exprimer le AtmiR319a et le AtmiPEP319a (colonne de droite). La barre d'erreur correspond à l'erreur standard à la moyenne (nombre d'individus = 6). 10 Dans les deux cas, on constate que l'expression du miORF, et donc la production du miPEP, entraîne une augmentation de l'accumulation du pre-miR. FIGURE 12. Effets du traitement par le AtmiPEP165a sur la croissance des racines d'Arabidopsis thaliana. 15 La photographie présente deux plantes de même âge : une plante contrôle (plante de gauche) et une plante traitée par le AtmiPEP165a (plante de droite). Le traitement par le AtmiPEP165a entraine un phénotype de croissance racinaire très accélérée chez Arabidopsis thaliana. Le graphique montre l'expression du pre-miR165 en réponse au traitement par des doses croissantes de AtmiPEP165a. 20 FIGURE 13. Conservation de la séquence du miPEP8 identifié chez la drosophile. Les séquences du miPEP8 (SEQ ID NO : 104) ont été déduites à partir des séquences du miORF8 (SEQ ID NO : 208) de 12 espèces de drosophile différentes et ont été alignées. Un histogramme représente la conservation de chaque acide aminé entre les séquences du 25 miORF8 chez les 12 espèces analysées. FIGURE 14. Evolution de la masse (kDa) et du point isoélectrique (pI) du miPEP8 chez les espèces de drosophile. L'axe des ordonnées de gauche indique la taille du miPEP8 (en kD). L'axe des ordonnées 30 de droit indique le point isoélectrique du miPEP. L'axe des abscisses indique l'origine du miPEP, c'est-à-dire l'espèce de drosophile. On constate que malgré une modification importante de leur taille (plus d'un facteur 3), la charge des miPEPs reste très basique (>9,8) chez les 12 espèces étudiées.
FIGURE 15. Effet de l'ajout de séquences sur la fonction du miPEP. Les feuilles de tabac ont été transformées pour surexprimer le miPEP171b. Ces graphiques montrent que l'ajout de séquences (tag His, HA ou GFP) n'altère pas la fonction du miPEP. L'axe des ordonnées indique l'expression relative du pre-MtmiRl7lb chez des plantes de tabac qui ont été transformées pour exprimer le MtmiR171b (colonne de gauche), le MtmiR171b et le MtmiPEP171b1 avec ou sans ajout de tags proteiques (colonnes de droite) La barre d'erreur correspond à l'erreur standard à la moyenne (nombre d'individus = 6). On constate que l'expression du MtmiPEP171b1 augmente l'expression du MtmiR171b, et cet effet est indépendant de la présence de tags.
FIGURE 16. Expression du MtmiPEP171b1 dans le système racinaire de Medicago truncatula. Les racines de Medicago truncatula ont été transformées pour exprimer des fusions entre la protéine GUS (en bleu) et le promoteur du miRl7b (A, E), l'ATG du miPEP171b1 (B, F), le miPEP171b1 entier (C, G) ou bien l'ATG2 (deuxième ATG se trouvant sur le précurseur, après le miPEP) (D, H). On voit bien une expression du miR dans les pointes racinaires (A) ainsi que les racines latérales (E). Les fusions transcriptionnelles (B, F) et traductionnelles (C, G) montrent une expression du miPEP171b dans les mêmes tissus, alors que l'ATG suivant n'est pas actif (D, H).
FIGURE 17. Expression du DmmiPEP8 dans des cellules de Drosophila melanogaster Les cellules de Drosphila melanogaster ont été transfectées pour surexprimer le DmmiPEP8 (0E miPEP8) ou bien le miPEP8 dont les codons d'initiation de traduction ont été mutés (0E miPEP8 mut). L'axe des ordonnées indique l'expression relative du Pre- miR8. La barre d'erreur correspond à l'erreur standard à la moyenne (nombre d'expériences indépendantes = 6). On constate que l'expression du DmmiPEP8 augmente l'expression du DmmiR8, et cet effet est lié à la traduction de l'ARNm. FIGURE 18. Impact du DmmiPEP8 sur l'accumulation du DmmiR8 dans des cellules 30 de D. melanogaster Les cellules de Drosphila melanogaster ont été transfectées pour surexprimer le DmmiR8 sauvage (0E miR8) ou bien le DmmiR8 dans lequel les codons d'intitiation de la traduction ont été mutés (0E miR8 miPEP8 mut) L'axe des ordonnées indique l'expression relative du Pre-miR8. La barre d'erreur correspond à l'erreur standard à la moyenne (nombre d'expériences indépendantes = 2). On constate que la présence du DmmiPEP8 augmente l'expression du DmmiR8.
FIGURE 19. Impact du HsmiPEP155 sur l'accumulation du HsmiR155 dans des cellules d'Homo sapiens Les cellules HeLA d'Homo sapiens ont été transfectées pour surexprimer le HsmiPEP155 (0E miPEP155). L'axe des ordonnées indique l'expression relative du Pre-miR155. La barre d'erreur correspond à l'erreur standard à la moyenne (nombre d'expériences indépendantes = 2). On constate que l'expression du HsmiPEP155 augmente l'expression du HsmiR155. EXEMPLES EXEMPLE 1 : Analyse des miPEPS chez les plantes A-Caractérisation chez la plante modèle Medicago truncatula a) Identification et caractérisation du MtmiPEP171b1 (miPEP171b1 identifié chez 20 Medicago truncatula) Le microARN MtmiR171b est impliqué dans la synthèse mycorhizienne chez la plante Medicago truncatula. Ce microARN est exprimé dans la région méristématique des racines. La surexpression de ce microARN conduit notamment à une réduction de l'expression des gènes HAM1 (Accession n°. MtGI9- TC114268) et HAM2 (Accession n°. 25 MtGI9- TC120850) (Figure 1A), ainsi qu'à une réduction du nombre de racines latérales (Figure 1B). La séquence du transcrit primaire du MtmiR17 lb a été déterminée en utilisant la technique de RACE-PCR. L'analyse de la séquence du transcrit primaire a permis d'identifier la 30 présence de plusieurs petits cadres ouverts de lecture (ORF) complètement inattendus. Ces ORFs ont été dénommés miORFs pour « microRNA ORF ». Ces miORFs codent potentiellement des peptides courts, d'environ 4 à 100 acides aminés. Aucune homologie significative concernant ces miORFS n'a été trouvée dans les bases de données.
La surexpression du premier miORF, nommé MtmiORF171b, conduit à une augmentation de l'accumulation de MtmiRl7lb et une réduction de l'expression des gènes HAM1 et HAM2 (voir Figure 2A), ainsi qu'à une réduction du nombre de racines latérales (Figure 5 2B), comme cela a déjà été observé lors de la surexpression du MtmiRl7lb. Pour déterminer si le MtmiORF171b conduit à la production réelle d'un peptide et si la fonction de régulation observée ci-dessus est bien portée par ledit peptide, un peptide synthétique, dont la séquence est identique à celle potentiellement codée par 10 MtmiORF171b, a été appliqué sur les racines de Medicago truncatula. L'application de ce peptide entraîne le phénotype déjà observé plus haut lors de la surexpression du MtmiORF171b, c'est-à-dire qu'il entraîne une augmentation de l'accumulation de MtmiR171b et une réduction de l'expression des gènes HAM] et HAM2 (voir Figure 3A), ainsi qu'une réduction du nombre de racines latérales (Figure 3B). 15 Les résultats de ces expériences démontrent que le MtmiORF171b code un peptide capable de moduler l'accumulation du MtmiR171b, et l'expression des gènes cibles de MtmiR171b: HAM] et HAM2. Ledit peptide a été dénommé MtmiPEP171b1 (« miPEP » correspondant à microRNA encoded PEPtide). 20 Par ailleurs, le MtPEP171b1 entraîne une augmentation de l'accumulation du MtmiR171b (Figure 4A) et du pre-MtmiR171b (figure 4B). b) Spécificité du miPEP171b1 25 L'expression de différents précurseurs microARNs de Medicago truncatula (MtmiR171b SEQ ID NO: 319, MtmiR169 SEQ ID NO : 367, MtmiR169a SEQ ID NO: 368, MtmiR171a SEQ ID NO : 369, MtmiR171h SEQ ID NO : 370, MtmiR393a SEQ ID NO : 371, MtmiR393b SEQ ID NO : 372, MtmiR396a SEQ ID NO : 373 et MtmiR396b SEQ ID NO : 374) a été déterminée et comparée entre des plantes témoins et des plantes dans 30 lesquelles a été surexprimé le MtmiORF171b codant le MtmiPEP171b1 (Figure 5A), ou entre des plantes témoins et des plantes traitées par arrosage avec le MtmiPEP171b1 (Figure 5B).
Les résultats obtenus indiquent que le MtmiPEP171b1 n'entraîne une augmentation de l'accumulation que du MtmiR171b et pas des autres miRs, ce qui indique qu'un miPEP n'a d'effet que sur le microARN dont il est issu.
B-Caractérisation chez la plante modèle du tabac a) Conservation du mécanisme chez le tabac Pour déterminer si le mécanisme de régulation des microARNs est conservé chez d'autres espèces de plantes, la régulation du MtmiR171b par le MtmiPEP171b1 a été testée dans un modèle cellulaire différent. Pour cela, le MtmiR171b et le MtmiPEP171b1 ont été 10 introduits dans des feuilles de tabac. L'accumulation du MtmiR171b été mesurée chez des feuilles de tabac transformées pour exprimer le MtmiR171b de Medicago truncatula à partir du pri-miR sauvage capable de produire le MtmiPEP171b1, ou à partir d'une version mutée du pri-miR incapable de produire le MtmiPEP171b1 (dans laquelle le codon d'initiation ATG du MtmiORF'171b a 15 été remplacé ATT) (Figure 6). L'absence de traduction du MtmiPEP171b1 conduit à une forte diminution de l'accumulation du MtmiR171b. L'accumulation de pre-MtmiRl7lb a été mesurée chez des feuilles de tabac transformées pour exprimer le MtmiR171b de Medicago truncatula seul (témoin), ou exprimant en plus 20 le MtmiORF171b sauvage de Medicago truncatula (35 S miPEP171b1 ATG), ou une version mutée de MtmiORF171b dans laquelle le codon d'initiation ATG a été remplacé ATT (35 S miPEP171b1 ATT) (Figure 7). L'expression de MtmiORF171b entraîne une augmentation de l'accumulation du pre-miR171b, et cette accumulation du pre-miR171b dépend de la traduction du MtmiORF171b en micropeptide. 25 De même, chez les feuilles de tabac transformées pour exprimer le MtmiR171b de Medicago truncatula, traitées ou non par arrosage avec le MtmiPEP171b1 (0,1 iiM) pendant 5 jours 1 fois par jour, il a été observé que le MtmiPEP171b1 peut être utilisé directement sous forme de peptide par le biais de pulvérisations foliaires (Figure 8). 30 Par ailleurs, il a été observé chez le tabac (comme chez Medicago truncatula) que le MtmiPEP171b1 entraîne une augmentation de l'accumulation du mtmiR171b (Figure 9A) et du pre-MtmiRl7lb (Figure 9B), mais diminue l'accumulation du pri-MtmiRl7lb (Figure 9C). L'ensemble de ces résultats indique que le mécanisme de régulation des microARNs et de 5 leurs gènes cibles sous le contrôle de miPEPs est conservé entre les espèces. b) Localisation intracellulaire du MtmiPEP171b1 Les feuilles de tabac ont été transformées pour surexprimer le MtmiPEP171b1 de Medicago truncatula fusionné à une protéine fluorescente (GFP) (Figure 10). Les résultats 10 obtenus indiquent que le miPEP est localisé dans de petits corps nucléaires. c) Identification de miPEPS à partir des bases de données A partir des bases de données génomiques de plantes, il a été recherché la présence de cadres ouverts de lecture au sein des transcrits primaires de 70 miRs, nous avons identifié 15 101 miORFs susceptibles de coder un miPEP. A l'heure actuelle, les AtmiPEP165a et AtmiPEP319a2, identifiés chez Arabidopsis thaliana, ont déjà été caractérisés. Les expériences réalisées chez la plante modèle du tabac ont permis de démontrer que la surexpression de AtmiORFl65a ou de AtmiORF319a entraîne respectivement une augmentation de l'accumulation du AtmiR165a ou du 20 AtmiR319a (Figure 11). miR165a régule des facteurs de transcription comme Revoluta, Phavoluta et Phabulosa. Le miR319 régule des gènes de la famille TCP. C-Caractérisation chez la plante modèle Arabidopsis thaliana 25 Concernant AtmiPEP165a, il a également été démontré in vivo chez Arabidopsis thaliana que la surexpression du AtmiORF165a entraîne un phénotype de croissance très ralentie (Figure 12), identique au phénotype associé à la surexpression du AtmiR165a. D-Matériels et Méthodes 30 Matériel biologique La surface des graines de M truncatula a été stérilisée et celles-ci ont été mises à germer sur des plaques d'agar pendant 5 jours à 4°C dans l'obscurité. Les jeunes pousses ont ensuite été cultivées sur des plaques carrées de 12 cm remplies de milieu Fahraeus sans nitrogène et contenant du phosphate 7,5 I_EM (Lauresergues et al., Plant J, 72(3):512-22, 2012). Les racines latérales ont été dénombrées chaque jour. En pots, les plantes ont été arrosées tous les deux jours avec du milieu Long Ashton modifié contenant peu de phosphore (Balzergue et al., 2011 Journal of experimental botany 62, 1049-1060.).
Les peptides ont été synthétisés par Eurogentec ou Smartox-Biotech. Le MtmiPEP171b1 a été remis en suspension dans une solution d'eau 40%/ acétonitrile 50%/ acide acétique 10% (v/v/v), et les autres peptides ont été remis en suspension dans de l'eau. L'arrosage des feuilles par pulvérisations avec les peptides a été réalisé en utilisant des solutions de peptides à différentes concentrations (0,01, 0,1, 1 une première fois 12h avant prélevement puis une deuxième fois 30min avant prélevement Transcription inverse des microRNAs L'ARN a été extrait en utilisant le réactif Tri-Reagent (MRC) selon les instructions du fabricant, à l'exception de la précipitation de l'ARN qui a été réalisée avec 3 volumes d'éthanol. La transcription inverse de l'ARN a été réalisée en utilisant l'amorce spécifique RTprimer171b tige boucle en combinaison avec des hexamères pour effectuer la transcription inverse de l'ARN de haut poids moléculaire. En bref, 1µg de RNA a été ajouté à l'amorce tige boucle MIR171b (0,2 1,tM), l'héxamère (500 ng), le tampon RT (1X), l'enzyme SuperScript Reverse transcriptase (SSIII) (une 20 unité), les dNTPs (0,2 mM chacun), le DTT (0,8 mM) dans un mélange réactionnel final de 25 Pour effectuer la transcription inverse, une réaction de transcription inverse pulsée a été réalisée (40 répétitions du cycle suivant : 16°C pendant 2 minutes, 42°C pendant une minute et 50°C pendant une seconde, suivies d'une inactivation finale de la transcription inverse à 85°C pendant 5 minutes). 25 Analyses par RT-PCR quantitative (qRT-PCR) L'ARN total des racines de M. truncatula ou des feuilles de tabac a été extrait en utilisant le kit d'extraction RNeasy Plant Mini Kit (Qiagen). La transcription inverse a été réalisée en utilisant la transcriptase inverse SuperScript II (Invitrogen) à partir de 500 ng d'ARN 30 total. Trois répétitions (n=3) ont été réalisées avec deux répétitions techniques chacune. Chaque expérience a été répétée de deux à trois fois. Les amplifications par qPCR ont été réalisées en utilisant un thermocycleur LightCycler 480 System (Roche Diagnostics) selon la méthode décrite dans Lauressergues et al. (Plant J, 72(3):512-22, 2012) à compléter.
Analyses statistiques Les valeurs moyennes de l'expression relative des gènes ou de la production de racines latérales ont été analysées en utilisant le test de Student ou le test de Kruskal-Wallis. Les 5 barres d'erreurs représentent l'écart type de la moyenne (SEM, Standard Error of the Mean). Les astérisques indiquent une différence significative (p<0,05). Constructions plasmidiques Les fragments d'ADN d'intérêt ont été amplifiés avec la Pfu polymerase (Promega). Les 10 fragments d'ADN ont été clonés à l'aide des enzymes Xhof et NotI dans un plasmide pPEX-DsRED pour une surexpression sous le contrôle du promoteur fort constitutif 35S, et à l'aide des enzymes KpnI-Ncof dans un plasmide pPEX GUS pour les gènes rapporteurs, selon la méthode décrite dans Combier et al. (Genes & Dey, 22: 1549-1559, 2008). Pour les miPEPs 165a et 319a, les miORFs correspondants ont été clonés dans pBIN19 15 selon la méthode décrite dans Combier et al. (Genes & Dey, 22: 1549-1559, 2008). Transformation des plantes Les plantes composites possédant des racines transformées avec Agrobacterium Rhizogenes ont été obtenues par la méthode décrite dans Boisson-Dernier et al. (Mol 20 Plant-Microbe Interact, 18:1269-1276, 2005). Les racines transformées ont été vérifiées et sélectionnées par observations du DsRED avec une loupe binoculaire à fluorescence. Les racines témoins correspondent à des racines transformées avec A. rhizogenes ne contenant pas le vecteur pPEX-DsRED. La transformation des feuilles de tabac a été réalisée selon la méthode décrite dans Combier et al. (Genes & Dey, 22: 1549-1559, 2008). 25 Marquage histochimiques Le marquage avec GUS a été réalisée selon la méthode décrite dans Combier et al., (Genes & Dey, 22: 1549-1559, 2008). Les échantillons ont été observés avec un microscope (axiozoom). 30 EXEMPLE 2 : Analyse des miPEPs chez l'animal a) Identification de candidats miPEPs chez la drosohile Une première étude réalisée par RACE-PCR chez l'animal modèle Drosophila melanogaster montre l'existence de miRs qui sont exprimés au cours de l'embryogenèse, miR1 et miR8.
Comme chez les plantes, il a été identifié des miORFs dans chacun des deux miRs étudiés. Par exemple, le miR8, connu pour son rôle dans la régulation de la croissance des insectes, présente un miORF codant potentiellement le miPEP8. Le DmmiRl (identifié chez Drosophila melanogaster) présente quant à lui deux DmmiORFs codant potentiellement le DmmiPEPla et le DmmiPEP1b.
Une analyse phylogénétique montre la conservation évolutive de la présence des miORFs à travers la douzaine d'espèces de drosophile analysées, c'est à dire depuis leur divergence il y a plus de 60 millions d'années (Figure 13).
Les miPEPs identifiés chez la drosophile présentent par ailleurs plusieurs similitudes avec les miPEPs de plante. Si leur séquence primaire et donc leur taille évoluent rapidement entre espèces, on retrouve une taille réduite (de 32 à 104 aa), ainsi qu'une forte conservation pour une charge globale basique (pHi de 9,5 à 12) (Figure 14).
L'ensemble de ces résultats indiquent donc l'existence de miPEPs régulateurs, codés par les transcrits primaires des microRNAs, à travers un large spectre d'espèces eucaryotes. Ces peptides découverts représentent un réservoir encore inexploré de molécules naturelles, susceptibles de réguler une variété de fonctions biologiques fondamentales, aussi bien chez les végétaux que chez les animaux. b) Cellules de Drosophila melanogaster Les cellules S2 sont cultivées dans un flask T75 dans 12mL de milieu Schneider's (GIBCO), contenant 1% de pénicilline 100U/mL et streptavidine 100mg/mL (Sigma) et 10% de sérum de veau foetal décomplémenté (30' à 56°C).
Les transfections transitoires sont réalisées à l'aide du kit de transfection FuGENE® HD (Roche), selon leurs recommandations. Classiquement, 1,5 millions de cellules S2, préalablement ensemmencées dans des plaques 6 puits (3m1 de milieu par puit), sont transfectées avec 250 ng d'ADN plasmidique total. L'ADN est mis en contact avec le Fugene (3 gl) dans 100 ul d'OPTIMEM (GIBCO). Apres 20 minutes, le réactif de transfection formé est mis en contact avec les cellules dans le milieu de culture. L'ARN des cellules est extrait 66h après transfection.
EXEMPLE 3 : Caractérisation de miPEPs chez l'homme Les fragments d'ADN d'intérêt (le HsmiPEP155 et le miPEP muté) ont été synthétisés ou amplifiés par PCR à l'aide d'amorces spécifiques, puis clonés à l'aide des enzymes Xhoi et NotI dans un plasmide piIÀS permettant leur surexpression par le biais du facteur de transcription GAL4 dont l'expression est contrôlée par un promoteur fort constitutif.
Les différentes constructions ont été réalisées soit par amplification PCR sur de l'ADN génomique de cellules HeLa, soit par RT-PCR sur des ARN totaux de cellules humaines L428. Les fragments PCR amplifiés sont digérés par les enzymes de restriction HindIII/EcoRI puis clonés dans le vecteur pcDNA3.1. La souche d'Escherichia coli DH5u est électroporée puis cultivée sur un milieu solide (2YT+agar+Ampicilline). L'ADN plasmidique de différents clones est alors préparé et séquencé pour vérification. Les constructions sont ensuite préparées à l'aide du QIAfilter Plasmid Midi kit (QIAGEN) et conservées à -20°C. Les cellules HeLa (lignée tumorale établie, ATCC CCL-2.2) sont cultivées en plaque 6 20 puits dans du milieu complet [(DMEM (lx) +Glutamax +4.5g/L glucose sans pyruvate + lx Pénicilline/Streptomycine + 1mM Na-pyruvate + 10% sérum de veau] et placées dans un incubateur à 37°C et 5% de CO2. Les cellules sont transfectées lorsqu'elles sont à 50% de confluence. En début 25 d'expérience, le milieu complet contenant les antibiotiques est remplacé par du milieu complet sans antibiotique. Pour chaque puit, un mix A [250p1 d'Optimem (+Glutamax) (Gibco) + 2ug d'ADN] et un mix B [250u1 d'Optimem + 4u1 de Lipofectamine 2000 (Invitrogen)] est préparé, on laisse 5' à température ambiante. Puis le mix B est mélangé dans le mix A goutte à goutte, et 30 laissé à incuber à 25' à température ambiante. Le mélange est alors déposé dans le puit, goutte à goutte. 4-5 heures après, le milieu est changé et remplacé par du milieu complet avec antibiotiques. 48 heures après transfection, les cellules sont arrêtées. Le milieu est aspiré et éliminé, les cellules sont rincées au PBS 1X. Il est alors possible de garder les cellules à -20°C ou d'extraire directement les ARN totaux. Pour chaque puit, les ARNs sont extraits en déposant lml de Tri-Reagent (Euromedex) sur 5 les cellules. On aspire et refoule plusieurs fois le Tri-reagent afin de lyses correctement les cellules, puis on le transfère dans un tube de 1,5 ml. On rajoute 0,2 ml de chloroforme saturé en eau. On mélange par vortex, puis on laisse 2 à 3 minutes à température ambiante. On centrifuge 5 minutes à 15300rpm et à 4°C. La phase aqueuse est précipitée avec 0,5 ml d'isopropanol après une incubation de 10 minutes à température ambiante et une 10 centrifugation de 15 minutes à 15300rpm et à 4°C. Le surnageant est éliminé et le culot est rincé avec lml d'Ethanol 70% et centrifugation de 5 minutes à 15300rpm à 4°C. De nouveau on élimine le surnageant et le culot est séché quelques minutes à l'air. Afin d'éliminer au mieux l'ADN génomique potentiellement restant, les ARNs sont traités à la DNase. Pour cela, le culot est resuspendu dans 174'1 d'eau ultra pure, 20111 de tampon 15 DNase 10x et 100 de RQ1 RNase free-DNase et placé 30 minutes à 37°C. Puis, on rajoute 201..t1 de SDS10% et 5µl de protéinase K (20mg/m1) durant 20 minutes à 37°C. Une dernière extraction phénol est réalisée avec 225p.1 d'un mélange Phénol/H2O/Chloroforme, et centrifugée pendant 5 minutes à 15300 rpm à 4°C. La phase aqueuse est alors précipitée avec 200 de Sodium Acetate 3M et 6001.1 d'Ethanol 20 100% pendant 20 minutes à -80°C. Puis, on centrifuge 15' à 4°C à 15300rpm. On élimine le surnageant. On rince le culot dans lml d'Ethanol 70%, on centrifuge 5' 15300rpm 4°C, on élimine de nouveau le surnageant et on laisse quelques minutes le culot sécher à l'air. Le culot est ensuite repris dans 15-20 pl d'eau ultra pure et les ARNs sont dosés. 25 10-151.1g d'ARN totaux sont ensuite analysés par Northern Blot sur un gel 15% acrylamide [solution d'acrylamide/bis-acrylamide 40%, ratio 19:1], 7M Urée en TBE lx. La migration est réalisée à 400V, dans du TBElx comme tampon de migration, après avoir pré-chauffé le gel. Les ARN sont ensuite électro-transférés sur une membrane de nylon Biodyne Plus 0.45mm, pendant 2heures, à 1V et 4°C dans une cuve de transfert. A la fin du transfert, la 30 membrane est irradiée aux UV à 0,124 J/cm2. La membrane est ensuite pré-hybridée dans un tampon 5xSSPE, lxDenhardt's, 1%SDS et 150µg/ml de d'ARNt de levure, lheere à 50°C dans un four à hybridation. Puis, on rajoute la sonde nucléotidique marquée en 5' au 7-32P-ATP (0.5 à 1.106cpm/ml de tampon d'hybridation) et on hybride la nuit à 50°C. La membrane est alors lavée 2 fois dans du 0.1xSSPE/0.1%SDS à température ambiante et exposée dans une cassette d'autoradiographie contenant un ecran BioMax HE (Kodak) et un film BioMax MS (Kodak), pour détecter un microARN, durant 24-48 heures, à -80°C.5
Claims (18)
- REVENDICATIONS1. Procédé de détection et d'identification d'un micropeptide (miPEP) codé par une séquence nucléotidique contenue dans la séquence du transcrit primaire d'un microARN, 5 comprenant : - a) une étape de détection d'un cadre ouvert de lecture de 15 à 303 nucléotides contenu dans la séquence du transcrit primaire dudit microARN, puis - b) une étape de comparaison entre : - l'accumulation dudit microARN dans une cellule eucaryote déterminée exprimant 10 ledit microARN, en présence d'un peptide codé par une séquence nucléotidique identique ou dégénérée par rapport à celle dudit cadre ouvert de lecture, ledit peptide étant présent dans la cellule indépendamment de la transcription du transcrit primaire dudit microARN, et 15 - l'accumulation dudit microARN dans une cellule eucaryote de même type que la susdite cellule eucaryote déterminée exprimant ledit microARN, en absence dudit peptide, dans lequel, une modulation de l'accumulation dudit microARN en présence dudit peptide par rapport à l'accumulation dudit microARN en absence dudit peptide indique l'existence 20 d'un micropeptide codé par ledit cadre ouvert de lecture.
- 2. Procédé de détection et d'identification d'un miPEP selon la revendication 1, dans lequel la modulation de l'accumulation dudit microARN est une diminution ou une augmentation de l'accumulation dudit microARN, en particulier une augmentation. 25
- 3. Procédé de détection et d'identification d'un miPEP selon la revendication 1 ou 2, dans lequel la présence du peptide dans la cellule résulte : - de l'introduction dans la cellule d'un acide nucléique codant ledit peptide, ou - de l'introduction dans la cellule dudit peptide. 30
- 4. Procédé de détection et d'identification d'un miPEP selon l'une des revendications précédentes, dans lequel le dit cadre ouvert de lecture de l'étape a) est contenu dans la partie 5' ou 3' dudit transcrit primaire du microARN, de préférence dans la partie 5'.
- 5. Procédé de détection et d'identification d'un miPEP selon l'une des revendications précédentes, dans lequel ledit microARN est présent dans une cellule végétale sauvage ou dans une cellule animale sauvage, et dans lequel ladite cellule eucaryote utilisée à l'étape b) est une cellule végétale, de préférence une cellule de Medicago truncatula ou d'Arabidopsis thaliana, ou est une cellule animale, de préférence une cellule de drosophile.
- 6. Procédé de détection et d'identification d'un miPEP selon l'une des revendications précédentes, dans lequel ledit microARN est d'origine endogène dans ladite cellule eucaryote utilisée à l'étape b).
- 7. Procédé de détection et d'identification d'un miPEP selon l'une des revendications précédentes, dans lequel ledit microARN est d'origine exogène dans ladite cellule eucaryote utilisée à l'étape b), ladite cellule eucaryote contenant un vecteur permettant l'expression dudit microARN.
- 8. Procédé de détection et d'identification d'un miPEP selon l'une des revendications précédentes, dans lequel l'accumulation dudit microARN est déterminée en mettant en oeuvre une RT-PCR quantitative, un Northern blot, une puce à ADN ou à ARN. 20
- 9. MiPEP codé par la séquence nucléotidique telle qu'obtenue par la mise en oeuvre du procédé selon l'une des revendications 1 à 8
- 10. MiPEP de 4 à 100 acides aminés, de préférence de 4 à 40 acides aminés, codé par un cadre ouvert de lecture de 15 à 303 nucléotides contenu dans une séquence nucléotidique 25 contenue dans le transcrit primaire d'un microARN, ledit miPEP étant capable de moduler l'accumulation dudit microARN dans une cellule eucaryote, ladite séquence nucléotidique étant contenue dans la partie 5' ou 3' dudit transcrit primaire d'un microARN, de préférence dans la partie ladite modulation du microARN par ledit miPEP étant mise en évidence après observation 30 d'une variation des quantités de microARN entre les cellules en présence et en absence de miPEP. 15
- 11. MiPEP selon la revendication 9 ou 10, ledit miPEP étant choisi parmi le groupe de peptides consistant en SEQ ID NO : 1 à SEQ ID NO : 104 et SEQ ID NO : 355.
- 12. Molécule d'acide nucléique codant un miPEP tel que défini selon l'une des 5 revendications 9 à 11, ladite molécule d'acide nucléique étant notamment choisie parmi le groupe d'acides nucléiques consistant en SEQ ID NO : 105 à SEQ ID NO 208 et SEQ ID NO : 356.
- 13. Utilisation d'au moins : 10 - un miPEP tel que défini selon l'une des revendications 9 à 11, - un acide nucléique codant ledit miPEP, ou - un vecteur contenant ledit acide nucléique, pour moduler l'expression d'un gène dans une cellule eucaryote déterminée, ledit miPEP n'étant pas utilisé pour le traitement chirurgical ou thérapeutique du corps 15 humain ou animal, ni pour modifier l'identité génétique de l'être humain, ladite cellule eucaryote déterminée étant capable d'exprimer un microARN, dont le transcrit primaire contient au moins une séquence nucléotidique codant ledit au moins un miPEP et dont l'accumulation est modulée par ledit au moins un miPEP, l'expression dudit gène étant régulée par ledit microARN, ledit miPEP étant notamment 20 choisi parmi le groupe de peptides consistant en SEQ ID NO : 1 à 104 et SEQ ID NO : 355, en particulier SEQ ID NO : 59, SEQ ID NO : 43, et SEQ ID NO : 77, ledit acide nucléique étant notamment choisi parmi le groupe d'acides nucléiques consistant en SEQ ID NO : 105 à 208 et SEQ ID NO : 356, en particulier SEQ ID NO : 163, SEQ ID NO : 147, 181, ledit microARN étant notamment choisi parmi le groupe d'acides nucléiques 25 consistant en SEQ ID NO : 282 à 354 et SEQ ID NO 358, en particulier SEQ ID NO : 319, SEQ ID NO : 305 et SEQ ID NO : 331.
- 14. Composition comprenant au moins : - un miPEP tel que défini selon l'une des revendications 9 à 11, 30 - un acide nucléique codant ledit miPEP, ou - un vecteur contenant ledit acide nucléique. pour son utilisation en tant que médicament humain ou vétérinaire.
- 15. Procédé de modulation de l'expression d'un gène régulée par un microARN dans une cellule eucaryote végétale ou animale, en particulier une cellule humaine, comprenant la mise en oeuvre d'une étape d'accumulation d'un miPEP selon la revendication 9 dans ladite cellule eucaryote, ledit miPEP ayant : - une taille de 4 à 100 acides aminés, de préférence 4 à 20 acides aminés, et une séquence peptidique identique à celle codée par une séquence nucléotidique contenue dans le transcrit primaire d'un microARN régulant l'expression dudit gène, et étant capable de moduler l'accumulation dudit microARN, dans lequel, l'accumulation dudit miPEP dans ladite cellule eucaryote induit une modulation de l'expression dudit gène par rapport à l'expression dudit gène sans accumulation dudit miPEP, ledit procédé n'étant pas utilisé pour le traitement chirurgical ou thérapeutique du corps 15 humain ou animal, ni pour modifier l'identité génétique de l'être humain.
- 16. Utilisation d'une composition comprenant au moins : - un miPEP tel que défini selon l'une des revendications 9 à 11, - un acide nucléique codant ledit miPEP, ou 20 - un vecteur contenant ledit acide nucléique, en tant qu'agent phytopharmaceutique, - pour favoriser la croissance et/ou le développement des plantes, notamment pour la modulation des paramètres physiologiques d'une plante, en particulier la biomasse, la surface foliaire, la floraison, le calibre du fruit, la production et/ou la 25 sélection de semences végétales, en particulier pour contrôler la parthénocarpie ou la monoecie d'une plante, ou pour la modification des paramètres physiologiques de semences végétales, en particulier la germination, l'implantation racinaire et la résistance au stress hydrique - ou pour prévenir ou traiter les maladies des plantes, 30 en particulier pour favoriser la résistance aux maladies infectieuses.
- 17. Utilisation d'une composition comprenant au moins : - un miPEP tel que défini selon l'une des revendications 9 à 11,- un acide nucléique codant ledit miPEP, ou - un vecteur contenant ledit acide nucléique, en tant qu'herbicide, pour éliminer les plantes ou ralentir leur croissance.
- 18. Utilisation d'une composition comprenant au moins : - un miPEP tel que défini selon l'une des revendications 9 à 11, - un acide nucléique codant ledit miPEP, ou - un vecteur contenant ledit acide nucléique, en tant que pesticide pour éliminer les organismes nuisibles des plantes ou susceptibles d'être classés comme tels, notamment en tant qu'insecticide, arachnicide, limacide, ou rodonticide, en particulier par application de ladite composition sur une plante.
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